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Reference ( gi|3 )            : AAAAACAGTGT-GTG-GA-----ACTAAACA-------A-CTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-T-T-TGCTGTGGACGGAAACA------TATTCA--A-AAT-CC----GTT--------------C-AC--------CC----------------A-------------C------------TTTT---------TCCCCC-G------GAA---A-T-A--T-CA--------TGTTTATTAATA-TTTGTA--AAT-----TTTATAA--TTT-ACTT--CCACTT-TC--GAG-AAAA--CGCTATATGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTTTTG-TTCAAAGA--AAC--GC---AATGTAACAC
gi|2                          :    AGCAGTGTTGTG-GA-------TAACCA---------CTCGTCCTTTCATCAATACGAGCAAAA-T-T-TGCTGTGGGCGAATAGA------TATTCA--A-AATTCC----ATTGCATACAAGGCAAGCGAC--------CC------------------------------C------------TCCC---------CCCCCC-CCCTTCTGAATTTA-T-A--T-CA--------TGTTTATTTGCA-TTTATA--AAT-----TT-----------ACTT--CCGCTT-TT--GAG-AAAA--CACTGT--GTTAACCAAG--ATCATTTTTAGTGTGTTG-TTCAAAGA--AAC--GC---GATG
gi|9                          :     ACAGTGTTGTG-GA-----ACTAAACA-------AACTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-TAT-TGCTG--GACG-AAACA------TATTCATGA-AAT-CC----GTT--------------C-AC--------C-----------------A-------------C------------TTTT---------TCCCCC-G------GAA---A-T-A--T-CA--------TGTTTATTAATA-TTTGTA--AAT-----TTTATAA--TTTTACTTT-CCACTT-TC--GAG-AAAAAACGC
gi|8                          :     ACAGTGTTGTG-GA-----ACTAAACA-------AACTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-A-T-TGCTG--GACG-AAACA------TATTCAT-A-AAT-CC----GTT--------------C-A---------CC----------------A-------------C------------TTTT---------TCCCCC-G------GAA---A-T-A--T-CA--------TGTTTATTAATATTTTGTA--AA------TTTATAATTTTT-ACTTTCCCAC-T-TC--GAGAAAAA--CGCTAT
gi|26                         :     ACAGTGTTGTA-GA-------TAACCA---------CTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-T-T-T
gi|5                          :       AGTGTTGTG-GA-------TAACCA---------CTCTAC--------AATGCTAGCAAAA-T-T-TGCTGTGGGC--AAATAGATCGATATTCA--A-AAT-TAATAAGCC--------------C-ACATGGCGAGCG----------------A-------------C------------TCTT---------TCCTCC-A------AAA---A-T-A--T-CA--------TGTTTATT-------TGTA----T-----TTTATAA--TCT-ACCT--CCGCTT-T---GAG-AAAA--TGCTAT--GTAAACCAAG--ATTAATTTTAGAGTCTTG-TTAAAACA--AAT--GC---AATGTGGCA
gi|6                          :       AGTGTCGTG-GATAGCCACTAGCCC-------A-CTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-TCT-TGCTGTGGGCGAAAA----------TTCA--A-ATT-CC----ATT--------------C-AC--------CA----------------A-------------C------------ATGCAAAGCGACATCCCCC-A------GAA---A-T-A--C-CA--------T---CATTA-----TTGCA----T-----TTT-TAA--TT--ACTT--CTGCTT-TT--GAG-AAAA--CGCTGCGT---AACCAAA--ATTAATTTTAGTGTCTTG-TT--AAAA--AACTTGC---AATG
gi|23                         :       AGTGT--TGTGA-----AT--AACC-------A-CTTGCCTGGGC---AATGCACACAAAA-T-T-TGCTGTGGc
gi|7                          :           T-GTG-GA-------TAACCA---------CTCACC--------AATGCAAGCAATA-T-T-TACTGTGGGTGAATAGA------TATTCA--A-AAT-CC----ATT--------------C-GC--------CTACATGGCGAGCGAGCAA-------------C------------TTTT---------TCCCTC-G------AAA---A-T-A--T-CA--------CGTTCAg
gi|22                         :      aatgtT-GTG-GA-------TAACCACTTGCTCA-CTCACC--------AATGCGAGTGATA-T-T-TGCTGTGGGCGcgagaaaatgctgaaaaaaacgaattttcgtaccttgttcaaagaaacgcaat
gi|18                         :                               t-------A-CTCACC--------AATGAGAGCAAAATT-T-TGCTGTGGGCG--AATAT-----TATTCA--A-AAT-TT----ATT--------------C-A
gi|1                          :                                  gtgttgtggataatataaccacatccccGCAAAA-T-AATGTTA-GGATG----CA------TTTTCA--A-AAT-CC----GTT--------------A-GC--------CC----------------A-------------CACGGCGAGCGACTTTT---------TCCCCC-A------GAA---A-T-A--T---------------------TA-TTTGTA----T-----TTTATAA--TTT-ATTT--CCATTT-TT--GAG-AAAA--CGCTGT--GTTAACCAAG--TTTAATTTTAGTGTCTTG-TTCAAAGA--AAT--GC---AATGTAACACaatagccacatgacgagcaa
gi|10                         :                             atgctcagaatccttatcaatatagtttgttggattttctttaaatattacaatcttatCA------TTTTCA--A-AAT-CC----GTT--------------C-GC--------CC----------------A-------------CACGGCGAGCGACTTTT---------TCCCCC-A------GAA---A-T-A--T---------------------TA-TTTGTA----T-----TTTATAA--TTT-ATTT--CCATTT-TT--GAG-AAAA--CGCTGT--GTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTCTTG-TTCAAAGA--AAT--GC---AATGTAACACttt
gi|4                          :                                                                                        tg------TATTGA--ACAGT-CC-----TT--------------C-AC--------CC----------------ATCATGGCGAGCGAC------------TTTT---------TCCCCCCA------GAA---A-T-AGTTGCA--------TGTTCATT-------TGCA----T-----TCTATAA--TTT-ACTT--CCGCTT-TT--GAG-AAAA--CAC--CATGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTCTTt
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gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                     ttatgtttaattgcCACGT-TCACGAG-AAAA--TGCTG-A----AA--AAA--ACGAATTTTCGTACCTTG-TTCAAAGA--AAC--GC---AAT
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GTACATTGTATAAGTGTGTTTCGTAGACGTTATCATCTATCAGCTCAACTTATCATGACAAACACAGAATTTTATTGCCATGACAAAAACACCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCAAATAATAAATATAT
Unaligned ( gi|19 ): AGTGTCGTGGATAGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATC
Unaligned ( gi|21 ): TGCGAGTACTATTTGCTGTGGGTGATTAGATATACAAAACAGCTGCCCGCATGATGGCTACGCAATTTT






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Reference ( family-1820 )     :                                                                                                                     NNNAACAGTGTTGTGGA-----AC-TAACCA-------A-CTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-T-TTGCTGTGGGCGAAAA---C-ATATTCA--AAAT-CCGTT--------------CGCCC----------------AC------------TTTT---------T-CCCCCG------GAA---A-T-A-T--CA--------TGTTCATT--TA-TTTGC--A--TTTTAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAAA--CGC--C--GTGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTCTTG-TTCAAANA--AAC--GC---AATGTAGCAC
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gi|26                         :                                                                                                                    ttatgACAGTGTTGTAGA--------TAACCA---------CTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-T-TT
gi|3                          :                                                                                                                        AACAGTGT-GTGGA-----AC-TAAACA-------A-CTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-T-TTGCTGTGGACGGAAA---C-ATATTCA--AAAT-CCGTT--------------CACCC----------------AC------------TTTT---------T-CCCCCG------GAA---A-T-A-T--CA--------TGTTTATTAATA-TTTGTAAA--TTTTAT-AA--TTT---ACTT--CCACTT-TCGA-G-AAAA--CGCTAT--ATGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTTTTG-TTCAAAGA--AAC--GC---AATGTAACAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                   aaa----------------AC------------TTTT---------TCCCCCCA------GAA---A-T-AGTTGCA--------TGTTC------A-TTTGC--A--TTCTAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAAA--CAC--C--ATGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTCTT
gi|5                          :           atcgtggataatcgatcgtgcccataccttgctgagcaaatactctttgctggcctggtggatcgccgacctagagcgctattgaacagtccttcacccatcatggcgagcgAGTGTTGTGGA--------TAACCA---------CTCTAC--------AATGCTAGCAAAA-T-TTGCTGTGGGCAAATAGATCGATATTCA--AAAT-TAATA--------------AGCCC----------------ACATGGCGAGCGACTCTT---------T-CCTCCA------AAA---A-T-A-T--CA--------TGTT------TA-TTTGT--A--TTTTAT-AA--TCT---ACCT--CCGCTT-T-GA-G-AAAA--TGC--T--ATGTAAACCAAG--ATTAATTTTAGAGTCTTG-TTAAAACA--AAT--GC---AATGTGGCA
gi|6                          :                                                                                                                           AGTGTCGTGGATAGCCAC-TAGCCC-------A-CTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-TCTTGCTGTGGGCGAAAA--------TTCA--AATT-CCATT--------------CACCA----------------AC------------ATGCAAAGCGACAT-CCCCCA------GAA---A-T-A-C--CA--------T---CATT---A-TT-GC--A--TTTT-T-AA--TT----ACTT--CTGCTT-TTGA-G-AAAA--CGC--T--GCGT-AACCAAA--ATTAATTTTAGTGTCTTG-TT--AAAA--AACTTGC---AATG
gi|7                          :                                                                                                                           AATGTTGTGGA--------TAACCA---------CTCACC--------AATGCAAGCAATA-T-TTACTGTGGGTGAATA---G-ATATTCA--AAAT-CCATT--------------CGCCTACATGGCGAGCGAGCAAC------------TTTT---------T-CCCTCG------AAA---A-T-A-T--CA--------CGTTCAc
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gi|8                          : aatgttgtggataaccactcaccaatgcaagcaatatttactgtgggtgaatagatattcaaaatccattcgcctacatggcgagcgagcaactttttccctcgaaaatatcacgttcacACAGTGTTGTGGA-----AC-TAAACA-------AACTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-A-TTGCTG--GACGAAA----C-ATATTCAT-AAAT-CCGTT--------------CA-CC----------------AC------------TTTT---------T-CCCCCG------GAA---A-T-A-T--CA--------TGTTTATTAATATTTTGTA-A--ATTTAT-AATTTTT---ACTTTCCCAC-T-TCGA-GAAAAA--CGC--
gi|9                          :                                                                                                                         ACAGTGTTGTGGA-----AC-TAAACA-------AACTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-TATTGCTG--GACGAAA----C-ATATTCATGAAAT-CCGTT--------------CACC-----------------AC------------TTTT---------T-CCCCCG------GAA---A-T-A-T--CA--------TGTTTATTAATA-TTTGT--AAATTTTAT-AA--TTTT--ACTTT-CCACTT-TCGA-G-AAAAAACGC--tat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1820 )     :                                                                                                                     NNNAACAGTGTTGTGGA-----AC-TAACCA-------A-CTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-T-TTGCTGTGGGCGAANA---C-ATATTCA--AAAT-CCGTT--------------CGCCC----------------AC------------TTTT---------T-CCCCCG------GAA---A-T-A-T--CA--------TGTTCATT--TA-TTTGC--A--TTTTAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAAA--CGC--C--GTGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTCTTG-TTCAAANA--AAC--GC---AATGTAGCAC
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      CCG------GAA---A-T-A-T--CA--------TGTTCATT--T-----GC--A--TTTTAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAAA--CGC--C--GTGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTCTTG-TTCAAATA--AAC--GC---AATGTAGCAt
gi|18                         :                                                                                                                            GTGTTGTGGATA---ATATAACCACATCCCCA-CTCACC--------AATGAGAGCAAAATT-TTGCTGTGGGCGAATA---T--TATTCA--AAAT-TTATT--------------Ct
gi|2                          :                                                                                                                        AGCAGTGTTGTGGA--------TAACCA---------CTCGTCCTTTCATCAATACGAGCAAAA-T-TTGCTGTGGGCGAATA---G-ATATTCA--AAATTCCATTGCATACAAGGCAAGCGACC----------------CC------------TCCC---------C-CCCCCCCCTTCTGAATTTA-T-A-T--CA--------TGTT------TA-TTTGC--A---TTTATAAA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAAA--CAC--T--GTGTTAACCAAG--ATCATTTTTAGTGTGTTG-TTCAAAGA--AAC--GC---GATGaaatagccacatgacgagcaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               T--TG-TTTGC--A--TTTCAT-A---TTT---ACTT--CCACTT-TTGA-G-AAAA--TGC--T--ATGTTAACCAAG--ATTAATTTTTGTGTCTTG-TTCAAAGA--AAC--GA---AATGTGGCAC
gi|21                         :                                                                                                                                                                             TGCGAGTACTA-T-TTGCTGTGGGTGATTA---G-ATATACA--AAA--CAGCT---------------GCCC----------------GC------------t
gi|22                         :                                                                                                                               TTGTGGA--------TAACCACTTGCTCA-CTCACC--------AATGCGAGTGATA-T-TTGCTGTGGGCGatgatggctacgcaatttt
gi|23                         :                                                                                                                           AGTGTTGTGAA--------TAACCA---------CTTGCCTGGGC---AATGCACACAAAA-T-TTGCTGTGGG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             --TTTTAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           agaaatagttgaaatctggTT--TA-ATTGC--A--TTTTAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-
gi|26                         :                                                                                                                    ttatgACAGTGTTGTAGA--------TAACCA---------CTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-T-TT
gi|3                          :                                                                                                                        AACAGTGT-GTGGA-----AC-TAAACA-------A-CTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-T-TTGCTGTGGACGGAAA---C-ATATTCA--AAAT-CCGTT--------------CACCC----------------AC------------TTTT---------T-CCCCCG------GAA---A-T-A-T--CA--------TGTTTATTAATA-TTTGTAAA--TTTTAT-AA--TTT---ACTT--CCACTT-TCGA-G-AAAA--CGCTAT--ATGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTTTTG-TTCAAAGA--AAC--GC---AATGTAACAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                   aaa----------------AC------------TTTT---------TCCCCCCA------GAA---A-T-AGTTGCA--------TGTTC------A-TTTGC--A--TTCTAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAAA--CAC--C--ATGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTCTT
gi|5                          :           atcgtggataatcgatcgtgcccataccttgctgagcaaatactctttgctggcctggtggatcgccgacctagagcgctattgaacagtccttcacccatcatggcgagcgAGTGTTGTGGA--------TAACCA---------CTCTAC--------AATGCTAGCAAAA-T-TTGCTGTGGGCAAATAGATCGATATTCA--AAAT-TAATA--------------AGCCC----------------ACATGGCGAGCGACTCTT---------T-CCTCCA------AAA---A-T-A-T--CA--------TGTT------TA-TTTGT--A--TTTTAT-AA--TCT---ACCT--CCGCTT-T-GA-G-AAAA--TGC--T--ATGTAAACCAAG--ATTAATTTTAGAGTCTTG-TTAAAACA--AAT--GC---AATGTGGCA
gi|6                          :                                                                                                                           AGTGTCGTGGATAGCCAC-TAGCCC-------A-CTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-TCTTGCTGTGGGCGAAAA--------TTCA--AATT-CCATT--------------CACCA----------------AC------------ATGCAAAGCGACAT-CCCCCA------GAA---A-T-A-C--CA--------T---CATT---A-TT-GC--A--TTTT-T-AA--TT----ACTT--CTGCTT-TTGA-G-AAAA--CGC--T--GCGT-AACCAAA--ATTAATTTTAGTGTCTTG-TT--AAAA--AACTTGC---AATG
gi|7                          :                                                                                                                           AATGTTGTGGA--------TAACCA---------CTCACC--------AATGCAAGCAATA-T-TTACTGTGGGTGAATA---G-ATATTCA--AAAT-CCATT--------------CGCCTACATGGCGAGCGAGCAAC------------TTTT---------T-CCCTCG------AAA---A-T-A-T--CA--------CGTTCAc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GA-G-AAAA--TGC--T--G----AAA-AAA--ACGAATTTTCGTACCTTG-TTCAAAGA--AAC--GC---AATcgagaaaatgctgaaaaaaacgaattttcgtaccttgttcaaagaaacgcaat
gi|8                          : aatgttgtggataaccactcaccaatgcaagcaatatttactgtgggtgaatagatattcaaaatccattcgcctacatggcgagcgagcaactttttccctcgaaaatatcacgttcacACAGTGTTGTGGA-----AC-TAAACA-------AACTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-A-TTGCTG--GACGAA-A---C-ATATTCAT-AAAT-CCGTT--------------CACC-----------------AC------------TTTT---------T-CCCCCG------GAA---A-T-A-T--CA--------TGTTTATTAATATTTTGTA-A--ATTTAT-AATTTTT---ACTTTCCCAC-T-TCGA-GAAAAA--CGC--
gi|9                          :                                                                                                                         ACAGTGTTGTGGA-----AC-TAAACA-------AACTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-TATTGCTG--GACGAA-A---C-ATATTCATGAAAT-CCGTT--------------CACC-----------------AC------------TTTT---------T-CCCCCG------GAA---A-T-A-T--CA--------TGTTTATTAATA-TTTGT--AAATTTTAT-AA--TTTT--ACTTT-CCACTT-TCGA-G-AAAAAACGC--tat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GTACATTGTATAAGTGTGTTTCGTAGACGTTATCATCTATCAGCTCAACTTATCATGACAAACACAGAATTTTATTGCCATGACAAAAACACCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCAAATAATAAATATAT
Unaligned ( gi|19 ): AGTGTCGTGGATAGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATC






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Reference ( family-1820 )     :                                                                                                                     NNNAACAGTGTTGTGGA-----AC-TAACCA-------A-CTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-T-TTGCTGTGGGCGAATA---C-ATATTCA--AAAT-CCGTT--------------CGCCC----------------AC------------TTTT---------T-CCCCCG------GAA---A-T-A-T--CA--------TGTTCATT--TA-TTTGC--A--TTTTAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAAA--CGC--C--GTGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTCTTG-TTCAAANA--AAC--GC---AATGTAGCAC
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                      GGATG---C-ATTTTCA--AAAT-CCGTT--------------AGCCC----------------ACACGGCGAGCGACTTTT---------T-CCCCCA------GAA---A-T-A-T----------------------TA-TTTGT--A--TTTTAT-AA--TTT---ATTT--CCATTT-TTGA-G-AAAA--CGC--T--GTGTTAACCAAG--TTTAATTTTAGTGTCTTG-TTCAAAGA--AAT--GC---AATGTAACAC
gi|10                         :                                                                                                                                atgctcagaatccttatcaatatagtttgttggattttctttaaatattacaatcttatgcaaaataatgttaTG---C-ATTTTCA--AAAT-CCGTT--------------CGCCC----------------ACACGGCGAGCGACTTTT---------T-CCCCCA------GAA---A-T-A-T----------------------TA-TTTGT--A--TTTTAT-AA--TTT---ATTT--CCATTT-TTGA-G-AAAA--CGC--T--GTGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTCTTG-TTCAAAGA--AAT--GC---AATGTAACACttt
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        ------------TTTC---------C-CCCCCG------GAA---AAT-A-T--CAATGAAAAATGTTCAT----A-TT-GC--A--TTT-AT-AA--TTT---ACT---CCGCTT-TTGA-G-AAAA--CGC--C--ATGTTAACC-AG--ATTAATTTTAGTTTCTTG-TT-AAATATTAAC--GCAAAAATGTAGCAt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  -CCCCCG------GAA---A-TTA-T--CA--------T-----TT--CA-TTTGC--A--TTTTATTAA--TTTTATACTT--CCGCTTATTGA-A-GAAA--AGC--G--TTGTTAACCAAGGCATTAATTTTAGTGTCTTGTTTCAAATA--AAC--GC---tttt
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     CCCG------GAA---A-T-A-T--CA--------TGTTCATT--T-----GC--A--TTTTAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAAA--CGC--C--GTGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTCTTG-TTCAAATA--AAC--GC---AATGTAGCAcaatagt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        G------GAA---A-T-A-T--CA--------TGTT-ATT--T----TGC--A--TTTTAT-AA--TTT---ACTT--CTGCTT-TTGAGG-AAAA--CGC--CGTGTGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTG-CTTG-TTCAAATG--AAC--GC---AATG-AGCAtt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tCCA------GAA---A-T-A-C--CA--------T---CATT---A-TTTGC--A--TTTTAT-AA--TTT---ACTT--CTGCTT-TTGA-G-AAAA--CGC--T--GCGTTAACCAAA--ATTAATTTTAGTGTCTTG-TT-AAAAA--AACTTGC---AATGCAGTACttt
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gi|18                         :                                                                                                                            GTGTTGTGGATA---ATATAACCACATCCCCA-CTCACC--------AATGAGAGCAAAATT-TTGCTGTGGGCGAATA---T--TATTCA--AAAT-TTATT--------------Ct
gi|2                          :                                                                                                                        AGCAGTGTTGTGGA--------TAACCA---------CTCGTCCTTTCATCAATACGAGCAAAA-T-TTGCTGTGGGCGAATA---G-ATATTCA--AAATTCCATTGCATACAAGGCAAGCGACC----------------CC------------TCCC---------C-CCCCCCCCTTCTGAATTTA-T-A-T--CA--------TGTT------TA-TTTGC--A---TTTATAAA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAAA--CAC--T--GTGTTAACCAAG--ATCATTTTTAGTGTGTTG-TTCAAAGA--AAC--GC---GATGaaatagccacatgacgagcaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               T--TG-TTTGC--A--TTTCAT-A---TTT---ACTT--CCACTT-TTGA-G-AAAA--TGC--T--ATGTTAACCAAG--ATTAATTTTTGTGTCTTG-TTCAAAGA--AAC--GA---AATGTGGCAC
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gi|22                         :                                                                                                                               TTGTGGA--------TAACCACTTGCTCA-CTCACC--------AATGCGAGTGATA-T-TTGCTGTGGGCGatgatggctacgcaatttt
gi|23                         :                                                                                                                           AGTGTTGTGAA--------TAACCA---------CTTGCCTGGGC---AATGCACACAAAA-T-TTGCTGTGGG
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             --TTTTAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           agaaatagttgaaatctggTT--TA-ATTGC--A--TTTTAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-
gi|26                         :                                                                                                                    ttatgACAGTGTTGTAGA--------TAACCA---------CTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-T-TT
gi|3                          :                                                                                                                        AACAGTGT-GTGGA-----AC-TAAACA-------A-CTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-T-TTGCTGTGGACGGAAA---C-ATATTCA--AAAT-CCGTT--------------CACCC----------------AC------------TTTT---------T-CCCCCG------GAA---A-T-A-T--CA--------TGTTTATTAATA-TTTGTAAA--TTTTAT-AA--TTT---ACTT--CCACTT-TCGA-G-AAAA--CGCTAT--ATGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTTTTG-TTCAAAGA--AAC--GC---AATGTAACAC
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                   aaa----------------AC------------TTTT---------TCCCCCCA------GAA---A-T-AGTTGCA--------TGTTC------A-TTTGC--A--TTCTAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAAA--CAC--C--ATGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTCTT
gi|5                          :           atcgtggataatcgatcgtgcccataccttgctgagcaaatactctttgctggcctggtggatcgccgacctagagcgctattgaacagtccttcacccatcatggcgagcgAGTGTTGTGGA--------TAACCA---------CTCTAC--------AATGCTAGCAAAA-T-TTGCTGTGGGCAAATAGATCGATATTCA--AAAT-TAATA--------------AGCCC----------------ACATGGCGAGCGACTCTT---------T-CCTCCA------AAA---A-T-A-T--CA--------TGTT------TA-TTTGT--A--TTTTAT-AA--TCT---ACCT--CCGCTT-T-GA-G-AAAA--TGC--T--ATGTAAACCAAG--ATTAATTTTAGAGTCTTG-TTAAAACA--AAT--GC---AATGTGGCA
gi|6                          :                                                                                                                           AGTGTCGTGGATAGCCAC-TAGCCC-------A-CTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-TCTTGCTGTGGGCGAA-------A-ATTCA--AATT-CCATT--------------CACCA----------------AC------------ATGCAAAGCGACAT-CCCCCA------GAA---A-T-A-C--CA--------T---CATT---A-TT-GC--A--TTTT-T-AA--TT----ACTT--CTGCTT-TTGA-G-AAAA--CGC--T--GCGT-AACCAAA--ATTAATTTTAGTGTCTTG-TT--AAAA--AACTTGC---AATG
gi|7                          :                                                                                                                           AATGTTGTGGA--------TAACCA---------CTCACC--------AATGCAAGCAATA-T-TTACTGTGGGTGAATA---G-ATATTCA--AAAT-CCATT--------------CGCCTACATGGCGAGCGAGCAAC------------TTTT---------T-CCCTCG------AAA---A-T-A-T--CA--------CGTTCAc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               GA-G-AAAA--TGC--T--G----AAA-AAA--ACGAATTTTCGTACCTTG-TTCAAAGA--AAC--GC---AATcgagaaaatgctgaaaaaaacgaattttcgtaccttgttcaaagaaacgcaat
gi|8                          : aatgttgtggataaccactcaccaatgcaagcaatatttactgtgggtgaatagatattcaaaatccattcgcctacatggcgagcgagcaactttttccctcgaaaatatcacgttcacACAGTGTTGTGGA-----AC-TAAACA-------AACTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-A-TTGCTG--GACGAA-A---C-ATATTCAT-AAAT-CCGTT--------------CACC-----------------AC------------TTTT---------T-CCCCCG------GAA---A-T-A-T--CA--------TGTTTATTAATATTTTGTA-A--ATTTAT-AATTTTT---ACTTTCCCAC-T-TCGA-GAAAAA--CGC--
gi|9                          :                                                                                                                         ACAGTGTTGTGGA-----AC-TAAACA-------AACTCGCC--------AATGCGAGCAAAA-TATTGCTG--GACGAA-A---C-ATATTCATGAAAT-CCGTT--------------CACC-----------------AC------------TTTT---------T-CCCCCG------GAA---A-T-A-T--CA--------TGTTTATTAATA-TTTGT--AAATTTTAT-AA--TTTT--ACTTT-CCACTT-TCGA-G-AAAAAACGC--tat


blockSeqs                     :                                                                                                                                      TAGCCAC       CTTGCTCA       CTTTCATC             . C              TAGATCG       TG    T     GCATACAAGGCAAG    TACATGGCGAGCGAGCAAC                AAAGCGACA C      CCTTCT   TTT A T G TG  ATGAAAAATGTTCATA          AA AA      T  TT   TAT    TC      A    G A    AA   CGT              GC                  T  C   G TT   TT  AAA
blockSeqs                     :                                                                                                                                      AC            AA             TGGGC                . A              TGC           T     .     .                 CACACGGCGAGCGAC                    .         .      .        .   . . . .   TGTTTATTAATAT             A  .       A  .    T      T       .    . .    .    TAT              .                   .  C   T .    TT  .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                      AC            AA             .                    . .              TAT           .     .     .                 CACATGGCGAGCGAC                    .         .      .        .   . . . .   TGTTTATTAATA              .  .       .  .    .      .       .    . .    .    T                .                   .  C   T .    .   .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                      AC            A              .                    . .              TAG           .     .     .                 CCC                                .         .      .        .   . . . .   TGTTTATTAATA              .  .       .  .    .      .       .    . .    .    C                .                   .  C   T .    .   .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                      .             A              .                    . .              TAG           .     .     .                 CGC                                .         .      .        .   . . . .   TGTTCATTT                 .  .       .  .    .      .       .    . .    .    G                .                   .  C   T .    .   .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                      .             .              .                    . .              AAC           .     .     .                 CAC                                .         .      .        .   . . . .   TGTTCATTT                 .  .       .  .    .      .       .    . .    .    C                .                   .  C   A .    .   .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                      .             .              .                    . .              TAG           .     .     .                 AAC                                .         .      .        .   . . . .   TGTTATTT                  .  .       .  .    .      .       .    . .    .    T                .                   .  C   T .    .   .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                      .             .              .                    . .              AC            .     .     .                 AC                                 .         .      .        .   . . . .   TCATTA                    .  .       .  .    .      .       .    . .    .    C                .                   .  C   G .    .   .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                      .             .              .                    . .              AC            .     .     .                 AC                                 .         .      .        .   . . . .   TGTTTA                    .  .       .  .    .      .       .    . .    .    T                .                   .  A   G .    .   .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                      .             .              .                    . .              .             .     .     .                                                    .         .      .        .   . . . .   TGTTCA                    .  .       .  .    .      .       .    . .    .    T                .                   .  C   G .    .   .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                        . .                                                                                                       .      .        .   . . . .   TGTTTA                    .  .       .  .    .      .       .    . .    .    C                .                   .  .   C .    .   .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .        .   . . . .   TCATTA                    .  .       .  .    .      .       .    . .    .    T                .                   .  .   A .    .   .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .        .   . . . .   TTTCA                     .  .       .  .    .      .       .    . .    .    T                .                   .  .   G .    .   .  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                         .        .   . . . .   TA                        .  .       .  .    .      .       .    . .    .    T                .                                        
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -G------GAA---A-T-A--T-CA--------TGTT-AT-----T----TT-GC--A--TTT-TAT-AA--TTT---ACTT--CTGCTT-TTGAGG-AAAA--CGC--CGTGTGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTG-CTTG-TTCAAATG--AAC--GC---AATG-AGCAtt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 tCC-A------GAA---A-T-A--C-CA--------T---CAT-----TA---TTTGC--A--TTT-TAT-AA--TTT---ACTT--CTGCTT-TTGA-G-AAAA--CGC--T--GCGTTAACCAAA--ATTAATTTTAGTGTCTTG-TT-AAAAA--AACTTGC---AATGCAGTACttt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  CC-G------GAA---A-T-A--T-CA--------TGTTCAT-----T----T--GC--A--TTT-TAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAAA--CGC--C--GTGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTCTTG-TTCAAATA--AAC--GC---AATGTAGCAt
gi|18                         :                                                                                                                            GTGTTGTGGA--TAATATAACCACATCCCCA-CTCACC--------AATGA------GAGCAAA-AT--T-TTGCTG------TGG---GC-------GAATA---T--TATTCA--A-AAT-TTATTCt
gi|2                          :                                                                                                                        AGCAGTGTTGTGGA--TAA-----CCA---------CTCGTCCTTTCATCAATAC------GAGCAAA-A---T-TTGCTG------TGG---GC-------GAATA---G-ATATTCA--A-AATTCCATT-GCATAC--------------AAGGCAAGCGACCCC----------TCCCCCCCCC-CCCTTCTGAATTTA-T-A--T-CA--------TGTTTAT-----T----T--GC--A--TTTATA--AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAAA--CAC--T--GTGTTAACCAAG--ATCATTTTTAGTGTGTTG-TTCAAAGA--AAC--GC---GATGaaatagccacatgacgagcaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  ----TTTGC--A--TTT-CAT-A---TTT---ACTT--CCACTT-TTGA-G-AAAA--TGC--T--ATGTTAACCAAG--ATTAATTTTTGTGTCTTG-TTCAAAGA--AAC--GA---AATGTGGCAC
gi|21                         :                                                                                                                                                                         ttgTGC------GAGTACT-A---T-TTGCTG------TGG---GT-------GATTA---G-ATATACA--A-AA--CAGCT-GCCCGC--------------A-------------t
gi|22                         :                                                                                                                               TTGTGGA--TAA-----CCACTTGCTCA-CTCACC--------AATGC------GAGTGAT-A---T-TTGCTG------TGG---GC-------Gtgatggctacgcaatttt
gi|23                         :                                                                                                                           AGTGTTGTGAA--TAA-----CCA---------CTTGCCTGGGC---AATGC------ACACAAA-A---T-TTGCTG------TGG---G
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              --TTT-TAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAA
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    agaaatagttgaaatctgg--T-TA--------TGTTTAA-----T----T--GC--A--TTT-TAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-
gi|26                         :                                                                                                                         ACAGTGTTGTAGA--TAA-----CCA---------CTCGCC--------AATGC------GAGCAAA-A---T-TT
gi|3                          :                                                                                                                        AACAGTGT-GTGGAACTAA-----ACA-------A-CTCGCC--------AATGC------GAGCAAA-A---T-TTGCTG------TGG---AC-------GGAAA---C-ATATTCA--A-AAT-CCGTTCACC--C--------------A-------------C----------TTTTTCCCCC-G------GAA---A-T-A--T-CA--------TGTTTAT-----TAATATTTGTAAA--TTT-TAT-AA--TTT---ACTT--CCACTT-TCGA-G-AAAA--CGCTAT--ATGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTTTTG-TTCAAAGA--AAC--GC---AATGTAACAC
gi|4                          :                                                                                                                            aaaTCGTGGA--TAA-----TCG-------ATCGTGCC--------CATACCTTGCTGAGCAAATACTCT-TTGCTGGCCTGGTGGATCGCCGACCTAGAGCG---C--TATTGA--ACAGT-CC-TTCACCCATCATGGCGAGCG---A-------------C----------TTTTTCCCCCCA------GAA---A-T-AGTTGCA--------TGTTCAT-----T----T--GC--A--TTC-TAT-AA--TTT---ACTT--CCGCTT-TTGA-G-AAAA--CAC--C--ATGTTAACCAAG--ATTAATTTTAGTGTCTT
gi|5                          :                                                                                                                          aAGTGTTGTGGA--TAA-----CCA---------CTCTAC--------AATGC------TAGCAAA-A---T-TTGCTG------TGG---GC-------AAATAGATCGATATTCA--A-AAT-TAATAAGCCCAC--------------ATGGCGAGCGA---C----------TCTTTCCTCC-A------AAA---A-T-A--T-CA--------TGTTTAT-----T----T--GT--A--TTT-TAT-AA--TCT---ACCT--CCGCTT-T-GA-G-AAAA--TGC--T--ATGTAAACCAAG--ATTAATTTTAGAGTCTTG-TTAAAACA--AAT--GC---AATGTGGCA
gi|6                          :                                                                                                                           AGTGTCGTGGA--TAG-----CCACTAGCCCA-CTCGCC--------AATGC------GAGCAAA-A---TCTTGCTG------TGG---GC-------GAA-------A-ATTCA--A-ATT-CCATTCACCAAC--------------ATGCAAAG------C----------GACATCCCCC-A------GAA---A-T-A--C-CA--------T---CAT-----T----ATTGC--A--TTT-T-T-AA--TT----ACTT--CTGCTT-TTGA-G-AAAA--CGC--T--GCGT-AACCAAA--ATTAATTTTAGTGTCTTG-TT--AAAA--AACTTGC---AATG
gi|7                          :                                                                                                                           AATGTTGTGGA--TAA-----CCA---------CTCACC--------AATGC------AAGCAAT-A---T-TTACTG------TGG---GT-------GAATA---G-ATATTCA--A-AAT-CCATTCGCCTACATGGCGAGCGAGCAA-------------C----------TTTTTCCCTC-G------AAA---A-T-A--T-CA--------CGTTCAc
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 GA-G-AAAA--TGC--T--G----AAA-AAA--ACGAATTTTCGTACCTTG-TTCAAAGA--AAC--GC---AATcgagaaaatgctgaaaaaaacgaattttcgtaccttgttcaaagaaacgcaat
gi|8                          : aatgttgtggataaccactcaccaatgcaagcaatatttactgtgggtgaatagatattcaaaatccattcgcctacatggcgagcgagcaactttttccctcgaaaatatcacgttcacACAGTGTTGTGGAACTAA-----ACA-------AACTCGCC--------AATGC------GAGCAAA-A---A-TTGCTG--------G---AC-------GAA-A---C-ATATTCAT-A-AAT-CCGTTCACC-----------------A-------------C----------TTTTTCCCCC-G------GAA---A-T-A--T-CA--------TGTTTATTAATAT----TTTGTA-A--ATT-TAT-AATTTTT---ACTTTCCCAC-T-TCGA-GAAAAA--CGC--
gi|9                          :                                                                                                                         ACAGTGTTGTGGAACTAA-----ACA-------AACTCGCC--------AATGC------GAGCAAA-A---TATTGCTG--------G---AC-------GAA-A---C-ATATTCATGA-AAT-CCGTTCACC-----------------A-------------C----------TTTTTCCCCC-G------GAA---A-T-A--T-CA--------TGTTTAT-----TAATATTTGT--AAATTT-TAT-AA--TTTT--ACTTT-CCACTT-TCGA-G-AAAAAACGC--tat
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): GTACATTGTATAAGTGTGTTTCGTAGACGTTATCATCTATCAGCTCAACTTATCATGACAAACACAGAATTTTATTGCCATGACAAAAACACCCCCTCCCCCCCCCCCCCCCCAAATAATAAATATAT
Unaligned ( gi|19 ): AGTGTCGTGGATAGCNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCATC