lowQualScore : 11
lowQualScore : 22 11 1 22 999999999 44 22 22 1 3 1 3 1 1 9999 6666 222 7777 22 1
lowQualScore : .. .. . .. ......... .. .. .. . . . . . . .... .... ... .... .. .
lowQualScore : 22 00 5 11 000000000 11 00 00 5 7 5 0 5 5 8888 1111 666 8888 11 6
consensus : AAACTGTAA--G--A-A--AA--------CAAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T--AA---TC---A--AATGACTCA
Reference ( gi|24 ) : AAACTGTAA--G--A-A--AA--------CAAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T--AA---TC---A--AATAACTCA
gi|21 : AAACTGTA---G--A-A--AA--------CAAA--TATAACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T--AA---TC---A--AATAACTCA
gi|25 : AAAATGTAT--G--A-A--AA--------CAAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-AA-GATC-AG-AT----AA-T--AA---TC---A--AATAACTC
gi|23 : AAACTGTTA--G--A-A--AA--------CAAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CG-GATC-AG--T----AATT--AA---TC---A--AATAACTC
gi|17 : aAAACTGTAA--G--A-A--AA--------AAAA--TA--ACAAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-A--AA---TC---A--AAT
gi|9 : AAACTGTAA--G--A-AGAAA--------AAAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-A--AA---TA---A--AATcatgaacagactca
gi|26 : aAAACTGTAA--G--A-A--GA--------CAAA--TT--TCGAAA--A-A-AT-CA-GATC-AG-AT----GA-T--AA---TG---A--AATGACTCAcatgaaatgactca
gi|28 : AAACTGTAA--G--A-A--AA--------CAAA--TA--ATGAAA--A---AT-CA-GATC-AG-AT----AA-T--GA---T
gi|13 : AAACTGTAA--G--A-A--AA--------AAAAAATA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAA--AA-TA-AA---TCATGA--AATGACTCAgactca
gi|5 : aAAACTGTAA--GG-A-A--AA--------AAAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATCTAG-AT----AA-T--A---------A--AATAAATCA
gi|7 : gaAAACTGCAAAGG--A-A--AA--------AAAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-A--AA---TA---A--AATtgaagatgatcca
gi|14 : aAAACTGTAA--GG-A-A--AA--------AAAA--TA--CCGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-A--AA---TA---A--AATAcatgaaatgactca
gi|11 : aAAACTGTAA--G--A-A--AA--------AAAAAATA--ACGAAA--A--TAT-CA-GATC-AG-AT----AA-A--AA---TA---A--AATtgaaatgactca
gi|4 : aAAACTGTAG--G--A-A--TA--------CAAA--TT--TCGAAA--A-AT---CA-GATC-AG-AT----AA-T--GA---TT---A--AATGACTCAcatgaaatgactca
gi|22 : AAACTATAA--G--AAA--AA--------GAAA--TA--ACAAAA--A-AT-T-CA-GATT-AG-AT----AA-T--TA---TA---A--AATGACTCcaacctatgtcaagaaaa
gi|10 : gaAAACTGTAA--GGGA-A--AA--------AAAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA--ATC-AG-AT----AA-A--AA---TA---A--AAT
gi|8 : aAAACTGTAA--GG-A-A--AA--------AAAA--TA--ACGAAA--A--TAT-CA-GATC-AG-ATAAAAAA-T--AAAATTCATGA--AATGACTCAcatgaaatgactca
gi|20 : aAAACTGTAG--A--A-T--AA--------CAAA--TA--ACGAAAACA-ATATCCG-GATC-AG--T----AATT--AT---TC---A--AATAACTCA
gi|6 : aAAACTGTAA--GGGA-A--AA--------AAAA--TA--ACGAAA--A--TAT-CA-GAAC-AG-AT----AA-A--AA---TT---A--AAc
gi|3 : gaAAACTGTAA--GGAA-A--AA--------AAAA--TA--ACAAAA--AAATAT-CA-GATC-AGCATA---AA-A--AA---TC---A--AATatcatgaaatgactca
gi|16 : aAAACTGTAA--G--A-A--AA---------AAA--CC---CGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AA-ATTAAAAA-TAAAA---TC---ATGAATGACTCAcatgggaatggaactca
gi|2 : aACTATAA--G--A-A--AAAAGGAATACATG--TA--ACAAAA--A-AT-T-CA-GATC-AG-AT----AA-T--TA---TT---A--AATGACTCc
gi|27 : CTGAAA--G--A-A--AA--------CAAA--TA--AGGAAA--A-AT---CAAGATC-AG-AT----AA-T--AA---TC---A--AATGACTCAccaacctatgtaaataaaaat
gi|1 : TGTAA--G--A-A--GA--------CAAA--TT--GCGAAA--A-AT---CA-GATC-AG-AT----AG-T--AA---TA---A--AATTACTC
gi|12 : gaagaa--G--A-A--AA--------CAAA--TA--ACAAAA--A-AT-T-CA-GATC-AG-AT----AA-T--AA---TC---A--AATGACTCAgtaaccaacgtcaataaatttttataaa
gi|30 : --G--A-A--AA--------CAAA--CA--AGGAAA--A-AT---CAAGATC-AG-AT----AA-T--TA---TC---A--AATGACTCAcaaactatgtcaagaaaaat
gi|19 : --A-A--GA--------CAAA--TT--ACAAAA--A-A-AT-CA-GATC-AG-AT----AA-T--AA---TG---A--GATGACTCA
gi|29 : AA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-A--AA---TA---A--AATcaacttacgtccaaaaa
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAACTGTAAGAAAAAACCCGAAAAGATATACGATCAAATGAAACAATAATAGTCATGAAGACTCACA
Unaligned ( gi|18 ): GAAAACTGTAAAGAAAAAGCCCCGAAAATATCAGACAAAATAAAATAAATCATGAAATGACTCAC
Alignments
lowQualScore : 11 2222222222222222222222222
lowQualScore : 22 00 22 9999999999 33 22 22 1 3 1 2 1 1 7777777777777777777777777 22
lowQualScore : .. .. .. .......... .. .. .. . . . . . . ......................... ..
lowQualScore : 11 66 00 8888888888 99 00 00 4 2 4 9 4 4 7777777777777777777777777 00
consensus : AAACTGTAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATGACTCA
Reference ( family-1814 ) : AAACTGTAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATGACTCA
gi|1 : TGTAA--G--AA--GA--------C-AAA--TT--GCGAAA--A-AT---CA-GATC-AG-AT----AG-T---A----A---TA---A--AATTACTC
gi|10 : gaagaaAAACTGTAA--GGGAA--AA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA--ATC-AG-ATAAA-AA-TAA-A----A---TCATGA--AATGACTCAgtaaccaacgtcaataaatttttataaa
gi|11 : aAAACTGTAA--G--AA--AA--------A-AAAAATA--ACGAAA--A--TAT-CA-GATC-AG-ATAAA-AA-TAA-A----A---TCATGA--AATGACTCA
gi|12 : a--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACAAAA--A-AT-T-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATGACTCA
gi|13 : AAACTGTAA--G--AA--AA--------A-AAAAATA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAA--AA-TA--A----A---TCATGA--AATGACTCAcaaactatgtcaagaaaaat
gi|14 : aAAACTGTAA--GG-AA--AA--------A-AAA--TA--CCGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAAA-AA-T---AAAATA---TG---A--AATGACTCA
gi|16 : aAAACTGTAA--G--AA--AA----------AAA--CC---CGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AA-ATTAAAAA-TAA-A----A---TC---ATGAATGACTCA
gi|17 : aAAACTGTAA--G--AA--AA--------A-AAA--TA--ACAAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-A---A----A---TC---A--AATc
gi|19 : --AA--GA--------C-AAA--TT--ACAAAA--A-A-AT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TG---A--GATGACTCAcatgaacagactca
gi|2 : ACTATAA--G--AA--AAAAGGAATAC-ATG--TA--ACAAAA--A-AT-T-CA-GATC-AG-AT----AA-T---T----A---TT---A--AATGACTCcaacttacgtccaaaaa
gi|20 : AAACTGTAG--A--AT--AA--------C-AAA--TA--ACGAAAACA-ATATCCG-GATC-AG--T----AATT---A----T---TC---A--AATAACTCAccaacctatgtaaataaaaat
gi|21 : aAAACTGTA---G--AA--AA--------C-AAA--TATAACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATAACTCAc
gi|22 : AAACTATAA--G--AA--AA--------AGAAA--TA--ACAAAA--A-AT-T-CA-GATT-AG-AT----AA-T---T----A---TA---A--AATGACTC
gi|23 : gaAAACTGTTA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CG-GATC-AG--T----AATT---A----A---TC---A--AATAACTC
gi|24 : aAAACTGTAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATAACTCA
gi|25 : AAAATGTAT--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-AA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATAACTC
gi|26 : AAACTGTAA--G--AA--GA--------C-AAA--TT--TCGAAA--A-A-AT-CA-GATC-AG-AT----GA-T---A----A---TG---A--AATGACTCA
gi|27 : CTGAAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--AGGAAA--A-AT---CAAGATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATGACTCA
gi|28 : AAACTGTAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ATGAAA--A---AT-CA-GATC-AG-AT----AA-T--------------------GATGACTCA
gi|29 : AA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAAA-AA-TAA-A----A---TCATGA--AATGACTCA
gi|3 : AAACTGTAA--GGAAA--AA--------A-AAA--TA--ACAAAA--AAATAT-CA-GATC-AGCATA---AA-A---A----A---TC---A--AAT
gi|30 : a--G--AA--AA--------C-AAA--CA--AGGAAA--A-AT---CAAGATC-AG-AT----AA-T---T----A---TC---A--AATGACTCAcatgggaatggaactca
gi|4 : AAACTGTAG--G--AA--TA--------C-AAA--TT--TCGAAA--A-AT---CA-GATC-AG-AT----AA-T---G----A---TT---A--AATGACTCA
gi|5 : AAACTGTAA--GG-AA--AA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATCTAG-AT----AA-T---A-------------A--AATAAATCAcaacctatgtcaagaaaa
gi|6 : gaAAACTGTAA--GGGAA--AA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A--TAT-CA-GAAC-AG-ATAAA-AA-TTAAA----A---TCATGA--AATGACTCAtgaagatgatcca
gi|7 : gaAAACTGCAAAGG--AA--AA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAAA-AA-TAA-A----A---TCATGA--AATGACTCA
gi|8 : aAAACTGTAA--GG-AA--AA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A--TAT-CA-GATC-AG-ATAAAAAA-T---A----AAATTCATGA--AATGACTCA
gi|9 : aAAACTGTAA--G--AAGAAA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAAA-AA-TAA-A----A---TCATGA--AATGACTCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAACTGTAAGAAAAAACCCGAAAAGATATACGATCAAATGAAACAATAATAGTCATGAAGACTCACA
Unaligned ( gi|18 ): GAAAACTGTAAAGAAAAAGCCCCGAAAATATCAGACAAAATAAAATAAATCATGAAATGACTCAC
Alignments
lowQualScore : 11 2222222222222222222222222
lowQualScore : 22 00 22 9999999999 33 22 22 1 3 1 2 1 1 7777777777777777777777777 22
lowQualScore : .. .. .. .......... .. .. .. . . . . . . ......................... ..
lowQualScore : 11 66 00 8888888888 99 00 00 4 2 4 9 4 4 7777777777777777777777777 00
consensus : AAACTGTAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATGACTCA
Reference ( family-1814 ) : AAACTGTAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATGACTCA
gi|1 : TGTAA--G--AA--GA--------C-AAA--TT--GCGAAA--A-AT---CA-GATC-AG-AT----AG-T---A----A---TA---A--AATTACTC
gi|10 : gaagaaAAACTGTAA--GGGAA--AA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA--ATC-AG-ATAAA-AA-TAA-A----A---TCATGA--AATGACTCAgtaaccaacgtcaataaatttttataaa
gi|11 : aAAACTGTAA--G--AA--AA--------A-AAAAATA--ACGAAA--A--TAT-CA-GATC-AG-ATAAA-AA-TAA-A----A---TCATGA--AATGACTCA
gi|12 : a--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACAAAA--A-AT-T-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATGACTCA
gi|13 : AAACTGTAA--G--AA--AA--------A-AAAAATA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAA--AA-TA--A----A---TCATGA--AATGACTCAcaaactatgtcaagaaaaat
gi|14 : aAAACTGTAA--GG-AA--AA--------A-AAA--TA--CCGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAAA-AA-T---AAAATA---TG---A--AATGACTCA
gi|16 : aAAACTGTAA--G--AA--AA----------AAA--CC---CGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AA-ATTAAAAA-TAA-A----A---TC---ATGAATGACTCA
gi|17 : aAAACTGTAA--G--AA--AA--------A-AAA--TA--ACAAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-A---A----A---TC---A--AATc
gi|19 : --AA--GA--------C-AAA--TT--ACAAAA--A-A-AT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TG---A--GATGACTCAcatgaacagactca
gi|2 : ACTATAA--G--AA--AAAAGGAATAC-ATG--TA--ACAAAA--A-AT-T-CA-GATC-AG-AT----AA-T---T----A---TT---A--AATGACTCcaacttacgtccaaaaa
gi|20 : AAACTGTAG--A--AT--AA--------C-AAA--TA--ACGAAAACA-ATATCCG-GATC-AG--T----AATT---A----T---TC---A--AATAACTCAccaacctatgtaaataaaaat
gi|21 : aAAACTGTA---G--AA--AA--------C-AAA--TATAACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATAACTCAc
gi|22 : AAACTATAA--G--AA--AA--------AGAAA--TA--ACAAAA--A-AT-T-CA-GATT-AG-AT----AA-T---T----A---TA---A--AATGACTC
gi|23 : gaAAACTGTTA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CG-GATC-AG--T----AATT---A----A---TC---A--AATAACTC
gi|24 : aAAACTGTAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATAACTCA
gi|25 : AAAATGTAT--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-AA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATAACTC
gi|26 : AAACTGTAA--G--AA--GA--------C-AAA--TT--TCGAAA--A-A-AT-CA-GATC-AG-AT----GA-T---A----A---TG---A--AATGACTCA
gi|27 : CTGAAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--AGGAAA--A-AT---CAAGATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATGACTCA
gi|28 : AAACTGTAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ATGAAA--A---AT-CA-GATC-AG-AT----AA-T--------------------GATGACTCA
gi|29 : AA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAAA-AA-TAA-A----A---TCATGA--AATGACTCA
gi|3 : AAACTGTAA--GGAAA--AA--------A-AAA--TA--ACAAAA--AAATAT-CA-GATC-AGCATA---AA-A---A----A---TC---A--AAT
gi|30 : a--G--AA--AA--------C-AAA--CA--AGGAAA--A-AT---CAAGATC-AG-AT----AA-T---T----A---TC---A--AATGACTCAcatgggaatggaactca
gi|4 : AAACTGTAG--G--AA--TA--------C-AAA--TT--TCGAAA--A-AT---CA-GATC-AG-AT----AA-T---G----A---TT---A--AATGACTCA
gi|5 : AAACTGTAA--GG-AA--AA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATCTAG-AT----AA-T---A-------------A--AATAAATCAcaacctatgtcaagaaaa
gi|6 : gaAAACTGTAA--GGGAA--AA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A--TAT-CA-GAAC-AG-ATAAA-AA-TTAAA----A---TCATGA--AATGACTCAtgaagatgatcca
gi|7 : gaAAACTGCAAAGG--AA--AA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAAA-AA-TAA-A----A---TCATGA--AATGACTCA
gi|8 : aAAACTGTAA--GG-AA--AA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A--TAT-CA-GATC-AG-ATAAAAAA-T---A----AAATTCATGA--AATGACTCA
gi|9 : aAAACTGTAA--G--AAGAAA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAAA-AA-TAA-A----A---TCATGA--AATGACTCA
blockSeqs : AG GG GA AAGGAATAC AA TA AC A A C A T C AAAAAATAAAATTCATG TG
blockSeqs : . GA . AG AA . . . A . A . . AAAAATTAAAATCATG .
blockSeqs : . GG . A . . . . A . . . . AAAAATAAAATCATG .
blockSeqs : . G . A . . . . A . . . . AAAAATAAAATCATG .
blockSeqs : . G . C . . . . A . . . . AAAAATAAAATCATG .
blockSeqs : . G . A . . . . A . . . . AAAAATAAAATCATG .
blockSeqs : . . . A . . . . A . . . . AAAAATAAAATCATG .
blockSeqs : . . . A . . . . A . . . . AAAAATAAAATATG .
blockSeqs : . . . C . . . . A . . . . AAAATAAATCATG .
blockSeqs : . . . C . . . . A . . . . TAAAAATAAAATC .
blockSeqs : . . . C . . . . A . . . . AATTATTC .
blockSeqs : . . . C . . . . A . . . . AATTAATC .
blockSeqs : . . . C . . . . A . . . . AAAAAATC .
blockSeqs : . . . C . . . . A . . . . AATAATC .
blockSeqs : . . . C . . . . A . . . . AAAAATC .
blockSeqs : . . . C . . . . A . . . . AATAATG .
blockSeqs : . . . C . . . . A . . . . AATTATT .
blockSeqs : . . . A . . . . A . . . . AATAATC .
blockSeqs : . . . C . . . . A . . . . AATTATA .
blockSeqs : . . . C . . . . A . . . . AATAATC .
blockSeqs : . . . A . . . . A . . . . AATAATC .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . GATAATG .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . AATAATC .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . AATTATC .
blockSeqs : . . . A . . . . . . . . . AATGATT .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . AATA .
blockSeqs : . . . . . . . . . AAT .
blockSeqCons :
originalCons : AAACTGTAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATGACTCA
finalCons : AAACTGTAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATGACTCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAACTGTAAGAAAAAACCCGAAAAGATATACGATCAAATGAAACAATAATAGTCATGAAGACTCACA
Unaligned ( gi|18 ): GAAAACTGTAAAGAAAAAGCCCCGAAAATATCAGACAAAATAAAATAAATCATGAAATGACTCAC
Alignments
lowQualScore : 11 2222222222222222222222222
lowQualScore : 22 00 22 9999999999 33 22 22 1 3 1 2 1 1 7777777777777777777777777 22
lowQualScore : .. .. .. .......... .. .. .. . . . . . . ......................... ..
lowQualScore : 11 66 00 8888888888 99 00 00 4 2 4 9 4 4 7777777777777777777777777 00
consensus : AAACTGTAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATGACTCA
Reference ( family-1814 ) : AAACTGTAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATGACTCA
gi|1 : TGTAA--G--AA--GA--------C-AAA--TT--GCGAAA--A-AT---CA-GATC-AG-AT----AG-T---A----A---TA---A--AATTACTC
gi|10 : gaagaaAAACTGTAA--GGGAA--AA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA--ATC-AG-ATAAA-AA-TAA-A----A---TCATGA--AATGACTCAgtaaccaacgtcaataaatttttataaa
gi|11 : aAAACTGTAA--G--AA--AA--------A-AAAAATA--ACGAAA--A--TAT-CA-GATC-AG-ATAAA-AA-TAA-A----A---TCATGA--AATGACTCA
gi|12 : a--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACAAAA--A-AT-T-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATGACTCA
gi|13 : AAACTGTAA--G--AA--AA--------A-AAAAATA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAA--AA-TA--A----A---TCATGA--AATGACTCAcaaactatgtcaagaaaaat
gi|14 : aAAACTGTAA--GG-AA--AA--------A-AAA--TA--CCGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAAA-AA-T---AAAATA---TG---A--AATGACTCA
gi|16 : aAAACTGTAA--G--AA--AA----------AAA--CC---CGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AA-ATTAAAAA-TAA-A----A---TC---ATGAATGACTCA
gi|17 : aAAACTGTAA--G--AA--AA--------A-AAA--TA--ACAAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-A---A----A---TC---A--AATc
gi|19 : --AA--GA--------C-AAA--TT--ACAAAA--A-A-AT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TG---A--GATGACTCAcatgaacagactca
gi|2 : ACTATAA--G--AA--AAAAGGAATAC-ATG--TA--ACAAAA--A-AT-T-CA-GATC-AG-AT----AA-T---T----A---TT---A--AATGACTCcaacttacgtccaaaaa
gi|20 : AAACTGTAG--A--AT--AA--------C-AAA--TA--ACGAAAACA-ATATCCG-GATC-AG--T----AATT---A----T---TC---A--AATAACTCAccaacctatgtaaataaaaat
gi|21 : aAAACTGTA---G--AA--AA--------C-AAA--TATAACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATAACTCAc
gi|22 : AAACTATAA--G--AA--AA--------AGAAA--TA--ACAAAA--A-AT-T-CA-GATT-AG-AT----AA-T---T----A---TA---A--AATGACTC
gi|23 : gaAAACTGTTA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CG-GATC-AG--T----AATT---A----A---TC---A--AATAACTC
gi|24 : aAAACTGTAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATAACTCA
gi|25 : AAAATGTAT--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-AA-GATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATAACTC
gi|26 : AAACTGTAA--G--AA--GA--------C-AAA--TT--TCGAAA--A-A-AT-CA-GATC-AG-AT----GA-T---A----A---TG---A--AATGACTCA
gi|27 : CTGAAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--AGGAAA--A-AT---CAAGATC-AG-AT----AA-T---A----A---TC---A--AATGACTCA
gi|28 : AAACTGTAA--G--AA--AA--------C-AAA--TA--ATGAAA--A---AT-CA-GATC-AG-AT----AA-T--------------------GATGACTCA
gi|29 : AA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAAA-AA-TAA-A----A---TCATGA--AATGACTCA
gi|3 : AAACTGTAA--GGAAA--AA--------A-AAA--TA--ACAAAA--AAATAT-CA-GATC-AGCATA---AA-A---A----A---TC---A--AAT
gi|30 : a--G--AA--AA--------C-AAA--CA--AGGAAA--A-AT---CAAGATC-AG-AT----AA-T---T----A---TC---A--AATGACTCAcatgggaatggaactca
gi|4 : AAACTGTAG--G--AA--TA--------C-AAA--TT--TCGAAA--A-AT---CA-GATC-AG-AT----AA-T---G----A---TT---A--AATGACTCA
gi|5 : AAACTGTAA--GG-AA--AA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATCTAG-AT----AA-T---A-------------A--AATAAATCAcaacctatgtcaagaaaa
gi|6 : gaAAACTGTAA--GGGAA--AA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A--TAT-CA-GAAC-AG-ATAAA-AA-TTAAA----A---TCATGA--AATGACTCAtgaagatgatcca
gi|7 : gaAAACTGCAAAGG--AA--AA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAAA-AA-TAA-A----A---TCATGA--AATGACTCA
gi|8 : aAAACTGTAA--GG-AA--AA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A--TAT-CA-GATC-AG-ATAAAAAA-T---A----AAATTCATGA--AATGACTCA
gi|9 : aAAACTGTAA--G--AAGAAA--------A-AAA--TA--ACGAAA--A-ATAT-CA-GATC-AG-ATAAA-AA-TAA-A----A---TCATGA--AATGACTCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAACTGTAAGAAAAAACCCGAAAAGATATACGATCAAATGAAACAATAATAGTCATGAAGACTCACA
Unaligned ( gi|18 ): GAAAACTGTAAAGAAAAAGCCCCGAAAATATCAGACAAAATAAAATAAATCATGAAATGACTCAC