lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2 444444444444444444444444444 1 11 1111 11 111 222 22 1111 33333333 111111 44444444444444444 555555 1 111 33333 1 22222222222222222 666666666666666666666666666666666666666 1 111 11 6666666666666666 5555555555555555555555555555 2
lowQualScore : 5 66 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 6 0 444444444444444444444444444 7 3 0 8 11 6 6 5 2222 77 55 222 5 1 77 000 1 6 5 5 000 4 5 00 5 0000 8 0 4 66 88888888 222222 4 999 66 77777777777777777 555 4 3 8 4 8 333333 5 2 2 000 2 888 8 2 0 444 2 33333 6 5 2 0 444 77777 33333333333333333 8 999999999999999999999999999999999999999 3 77 9 5 555 33 7 6666666666666666 88 3 7777777777777777777777777777 0 6
lowQualScore : . .. . ....................................................................... . . . ........................... . . . . .. . . . .... .. .. ... . . .. ... . . . . ... . . .. . .... . . . .. ........ ...... . ... .. ................. ... . . . . . ...... . . . ... . ... . . . ... . ..... . . . . ... ..... ................. . ....................................... . .. . . ... .. . ................ .. . ............................ . .
lowQualScore : 0 00 5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7 7 5 777777777777777777777777777 0 0 6 0 00 0 7 7 1111 99 00 000 7 4 99 000 4 0 0 0 000 4 0 00 0 6666 9 7 4 11 99999999 888888 4 555 99 88888888888888888 666 0 5 0 0 0 222222 2 9 9 555 7 333 1 5 6 444 5 88888 0 0 7 7 777 11111 33333333333333333 0 666666666666666666666666666666666666666 4 99 6 7 777 66 3 6666666666666666 88 2 0000000000000000000000000000 0 0
consensus : TACAGGTTCCTANGGTTAGGA--------CA--------A----------------T-----T----------------NTTT---------CAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AA-T----T-NAAT-CAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTGTG---TG-TGTGGCTCC-TGC-AGAT-CTTA----GCAAACCA-TCTT-TCT--TAGTT-G---TACTGCA------T-ACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-CAAATACATATTAGGT-ATGTTTGCAA-T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGA-AGGGT-C-AA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATGT---GC-CA-ATAATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA-----ATG-----------------TAT-GT------------ATA--T---GTA--------GCT----AATGTTT--TATGT-T---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCAT-GTCGGTCGAAAGCTCAGCCTNTGTTACANAGTTATATATATCCCGACTATATA
Reference ( gi|3 ) : TACATGTTCCTAGGGTTAGGA--------CA--------A----------------T-----T----------------CTTG---------CAGATATGCA-GGA-GCCTAACT---------------T-TGGAA-----TGAACAATCTGAAAA-TATT--AGGGATACTACA-AA-T----T-AAAA-CAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTAGAATG-GGGAATC-CTGTG---TG-TGTGGCTCC-TGA-AGAT-CTTA----GCAAACCA-TCCT-TCT--TAGAT-C---CACTGCA------T-ACATTC-GAA--ATTGTAAACTGACAAATACATATTAAGT-ATGTTTACAA-T-T-TT-GTGGAATATGACATTG-TGA-AGGGT-C-AA-CTTAA---CTGTGATATTTTAGA-TAATGT---GC-CAAATAATACCTCCAC-ATGATT---TAAAA-----ATG-----------------TAT-GT------------ATA--A---GTA--------GCA----AATGCTT--TTTGT-T---ATT--TATGTATGTG--------------GTTTTTATGTCAT-GTCGGTCG----------TTA---TACAT-G---TATATAT-CCGACTATGTA
gi|2 : TACAGGTTCCAACGGTTAGGA--------CA--------ACTAAACAAGGTTTAAAT-----T----------------ATTT---------CAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-AGGAA-----TGATCTACCTGAAGC-TATT--AGGAATACTACA-AA-T----T-TAAA-----TCA-A-----TT---TAA------ATTGGAATG-GGAAATC-CTGTG---TG-TGCGGCTCC-TGC-AGAT-CTTACATAGCAAACCA-TCCTGTAC--TACAT------ACTG--------T-ACATTC-AAA--ATTGTAAACTGACAAATACAAATTAAGT-ATGTTTGCAA-T-T-TTTATG--ATATGACATGG-TGA-AG------------------TGTAATATTCTAAA-TAGTGT---GC-CAAATA---CTTGCAC-ATGATT---TAAAA-----ATG-----------------TAT-GTGTATGTATGTGTATA--T---GTA--------GTG----AATGTTT--TATGT-T---ATT--TACGTATGT---------------ATTTTTAAGTCA---------G----------CTC---TACAGAG---T-TATATCCCGACTATATA
gi|10 : tacaaggatacatgtacatcatataatttaagaaagaacaacactgTACAGGTTCCTACGGTTACGAAAACTAAACATGGTTTTGA----------------T-----T----------------CTTT---------CAGATATGCA-GGA-GTC-AACT---------------T-TG-----------ACTACCTGAAAA-TATT--GGGAATACTACA-AATT----T-AAAT-CAATTcaacattttctga
gi|4 : cagggatacatcatataatttaagaaagaacaacgCAGGTTCCTAGGGTGAGGA--------CA--------A----------------C-----TAAACATGGTTTAATATCTTT---------CAGATATACA-GGG-ACCAAACT---------------T-TGGAA-----AAAACTACCTGAATA-TATC--AAGAATGCTACA-CA-T----TTAAAC-CAAT--ATAAAG--TT---TAATAA------GGAGTG-GGGAATCTTTATG---TG-TGTGG
gi|13 : GTTC--AGGGTTAGGA--------CA--------C----------------TGAAAAT----------------GTTGAGTTATATTCAGAT-TGCATGGA-GCCGAACT---------------TGTGG-A-----TGAACgggggggggggggggggatctagtgtggtgtggctcctgcagatgttagcaaaccatccatctgagttgttactacaaacattcgaaattgtcaactaccaaatacatattaggtgcgtttaaaatttttgtgatatgatttggtgaagggtcaaacttaactgtgatatttgaaatatatgccaaatacttgcacatgattttaaaatgtatctgcaagtaatgttttatgttatttatgtat
gi|6 : aatacaaggatcccaataactttaagaaagaacacacagtag---------CAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGTA-----TGAATTACCGGAAAA-TATC--AGGAATGCTACA-AA-TATAAT-AAAT-CAATTTA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTGTG---TT-TGTGGCTCC-TGC-AGAT-CTTA----GCAAA-CA-TCTT-TCT--TAGTT-G---TACTGCA------T-ACATTC-AAA--ATT----ACT----------TAT----T-ATGTTTGCAA-T-T-T---------------TTA-TGA-AGGGTAA-AA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATGT---GC-CA---GATACTTGCAC-AAGA-T---TAAAA-----ta
gi|1 : ctatGATATGCA-GGAAGCCAAACTGATGGAATGAACTACT-CGGAAACATATGAACTATCGGAAAAATATTTCAGGAATACTACATAA-T----T-TAAATCAATTCA-ACTGCTTT---TAATAAATAATTGGAA-G-GGGAATC-CTGTG---T--TGTGGCTC--TGCCAGAT-CTTA----GCAAAGCAGTCTT-TCTAATAGTT-G---TACTGCA------TTACATTT-CAA--ATTGTA--------------T-TTAAGT-ATGTTTTGGA-T-T-TT-TTATGATATGACACGGTTGA-AGGGA-T-AA-CTTAAAGTCTGTGATATTTTA-A-TAATAT---GCGC--ATAATATTTGCAC-AT-ATT---TAAAA-----ATGGTACGGTTTGACACACATAT-GT------------ATATTATATGTA--------GGATTATAATGTTT--TATGT-TA--ATT--TATATA------------------------ATGTCAT-ATAGGTC
gi|7 : ggttcaagagtctagggacaacttaaacatggtttCA-AA-T----T-TAAT-CAA-----AAAA--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGAAATC-CTGTGTG-TG-TGTGGCTCC-TGC-AGAT-CTAA----ACAAACCA-TCTT-TCT--TAATT-G---TACTACATACATGT-ACATTC-AAA--ATTGTAA----------ACATGT----T-ATGTTTGCAATT-T-TT-ATG--ATATGACAAGA-TGA-AGCGT-C-AA-CTTAA---CTGTGATA-TCTAAA-TAATGT---AC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TGAAA-----ATG-----------------TAT-GT------------GTA--T---GTA--------aaagcctgtcgcacagagcgtattgtttactgtttaaattccactttaagataaaatttttcggaacttctgaagc
gi|5 : -T----T-AAAT-CAATTTA-AAAG--TTGTTTAATAAATAATTGGAATGCGGGAATC-CCGTGCTGTG-TGTGACTCCATGC-AGATTCTTA----ACAAACCAATCTT-TTT--TAAGT-TAAGTACTTCA------T-ACATTTAGAA--ATT---------CAAACA-GTA--AACT-ACG-----AA-T-T-TTTGTG--ATATGACATGG-TGA-AGG-C-C-AA-CTTAGTT-CTGCAATATTTTAAA-TAATGTACTGC-CAAATA---CTTGCACGATGATT---TAAAA-----ATG-----------------TAT-GT------------AT-------GTT--------TT------ATGCTTAATTTATGT---ATTA-CATGTATGTGCTTTTTTGGGGTTTATTTTTGTGTCAT-GTCAGTCtatgta
gi|8 : aacatATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTGTGTG-TG-TGTGGCTCC-TGC-AGAT-CTTA----GCAAACCA-TCTT-TCT--TAGTT-G---TACTGCA------T-ACATTC-AAA--ATTGAAAACTGAAAACTACATATTAAGT-ATGTTTGCAA-TGT-TT-ATG--ATATGACACGG-TGA-AGGGT-C--A-CTTAA---CTGTGATATCTTAAA-TAATGT---GT-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA-----ATG-----------------TAaaaatctctacagagcttatgttactgtttatatatattgactataaaatgatattttctgaa
gi|4 : tctG-GGGGATC-TAGTG---TGGTGTGGCTCC-TGC-AGAT-GTTA----GCAAACCA-TCCA-TCT--GAGTTGT---TACTACA------A-ACATTC-GAA--ATTGTCAACTACCAAATACATATTAGGT-GCGTTTAAAATT-T-TT-GTG--ATATGATTTGG-TGA-AGGGT-CAAA-CTTAA---CTGTGATATTTGAAA-T-ATAT---GC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TTAAA-----ATG-----------------TAT-CT------------GCA--A---GT----------------AATGTTT--TATGT-T---ATT--TATGTAT
gi|23 : caggttcctagggtgaggacaactaaacatggtttaatatctttcagatatacagggaccaaactttggaaaaaactacctgaatatatcaagaatgctacacatttaaaccaatataaagtttaataaggagtggggaatctttatgtgtgtggggggggggggggGTG---TG-TGTGGCTTC-TGC-AGAT-CTT
gi|24 : TA----GAAAACCA-TCTT-TCT--TAGTT-G---TACTGCA------T-ACActtaattgtacttcatac
gi|12 : CTA-TCCT-TCT--TAGTT-G---TACTTCA------T-ACATT---AATGATTGTCATCT-----------ATTAGGT-ATGTTTACAA-T-TATT-ATG--ATATGATAT---------GGT---------AA---CTGTGATATTCTAAA-TTATAT---GC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA-----
gi|11 : AAACTGACTAATACATATTA--TCATGTATGCAA-T-T-TTTATG--ATATGACACGG-TGA-AGGGT-C-AA-CTTAA---CTATGATATTTTAAA-TAATAT---GC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA-----ATG-----------------TAT-AT------------GTG--T---GTA--------
gi|16 : AGGT-ATGTTTACAA-T-TGTT-ATG--ATATGATAT----GATATGGT---------AA---CTGTGATATTCTAAA-TTATAT---GC-CAAATA---CTTGCAC-GTGATT---TAAAA-----ATG-----------------TAT-GT------------ATA--T---GTcgtat
gi|18 : ATA-GACACGG-TGA-AGTGT-T-AA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TTTTGT---AC-C-AAT--CACTTGCAC-ATGATT---TAAAA-----ATA-----------------T
gi|17 : tatgTG-TAA-AGG---C-AA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATGT---GC-CA---AATACTTGAAC-ATGATT---TAAA
gi|15 : tcttgctaatgtctaatttgtatagcG-TGA-AGGGT-A-AA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATGT---GC-CA---GATACTTGCAC-AAGATTAAAAAAAA-----ATG-----------------TAT-GT------------ATA--T---GTA--------GCT----AATGTTT--TATGT-T---ATT--
gi|22 : gG-TGA-AGAGT-C-AAACTTAA---CTGTGATATTTTGAA-TTATAT---GC-CAAATAa
gi|14 : A-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATGT---GT-CA---GATACTTGCA--ACTATT---T-AAA-----ATG-----------------TATGGT------------ATAC-ACATGTATGTTATGTGCT----GATG-TT--TTTAT-TTACATTTGTATGTATGTcatgta
gi|9 : ATTTTAAAATAAT-T---GC----A-GATACTTGCAC-ATG--T---TAAAATGTGTATG-----------------TGTTGT------------ATA--T---GT----------CT----AATG-TT--TATGT-T---ATT--TATATG-GTA--------------TTTTTTATGT-ATGGTCGGTC
gi|20 : GTG--------------TTTTTTATGTCAT-GTTGGTCAAAAGCTCAGCTTATGTTAC-T-GTTATATATAT-CCGACTAaaaagctctaagagattaatgttagtgttttgaatattcgactttagataaatttttt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTCGGTCAAAAGTTTTACAGAGCTTTACTGTAACAGTTTTATATATCCGACTTTAAATAAAATTTTCTGAATATGC
Unaligned ( gi|21 ): TACAAGGATACATCATATAATTTAAGAAAGAACAACAGTACAGGTTCCAAGGGTTA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 333333333333333 111111 111111 11 111111 444444444 111 11 333 11111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222 111111 111 11 4444444444444444 1 555555555555555555555555 2
lowQualScore : 1 1 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 8 5 5 555555555555555 5 555555 6 99 5 666666 1 4 2 5 0 66 888 0 4 4 777 11 4 4 4 4 8888 3 3 3 55 3 55 3 444444 77 66 1 0 000000000 000 0 55 3 7 3 44 2 2 1 444 2 777 2 444 2 888 2 0 444 88888888888888 4444444444444444444444444444444444444444444 3 44 777777 2 0 333 11 5 7777777777777777 6 1 8 999999999999999999999999 7
lowQualScore : . . ........................................................... . . . ............... . ...... . .. . ...... . . . . . .. ... . . . ... .. . . . . .... . . . .. . .. . ...... .. .. . . ......... ... . .. . . . .. . . . ... . ... . ... . ... . . ... .............. ........................................... . .. ...... . . ... .. . ................ . . . ........................ .
lowQualScore : 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 7 7 777777777777777 7 777777 7 22 7 666666 0 4 2 0 4 99 888 1 4 4 000 00 0 4 4 4 5555 6 6 6 00 6 00 6 111111 11 11 1 9 666666666 444 4 99 6 3 3 66 2 7 1 999 5 888 4 111 4 111 5 1 444 33333333333333 3333333333333333333333333333333333333333333 6 88 000000 0 4 888 99 0 7777777777777777 7 0 8 000000000000000000000000 5
consensus : TACAGGTTCCTAGGGTTAGGA--------CA--G----------A----------------TTA----------------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTG-AAAATATT--AGGAATACTACA-AATT----TAAA-TCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--G-TACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-CAAA-TACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTC-AA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGCC-A--AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TA-----T------------G-----TATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCAT-GTCGGTCAAAAGCTC-----AGCTTATGTTACACGGTTATATATAT-CCGACTATATA
Reference ( family-1781 ) : TACAGGTTCCTANGGTTAGGA--------CA-------------A----------------TTN----------------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTG-AAAATATT--AGGAATACTACA-AA-T----TNAA-TCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--G-TACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-CAAA-TACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTC-AA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGCC-AATAATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TA-----T------------G-----TATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCAT-GTCGGTCGAAAGCTC-----AGCCTNTGTTACANAGTTATATATATCCCGACTATATA
gi|1 : GATATGCA-GGAAGCCAAACTGATGGAATGAACTACT-CGGAAACATATGAACTATCGGAAAAATATTTCAGGAATACTACATAATT----TAAA-TCAATTCA-ACTGCTTT---TAATAAATAATTGGAA-G-GGGAATC-CTG---TG--T--TGTGGCT-C-TGCCAGA-TCTTA----GCAAAGC-AGTCTT-TCTAAT-AGTT--G-TACTGCAT-----TACATTT-CAA--ATTGTA---T-------------TTAAGTATGTTTTGGATTT-T-TT-ATG--ATATGACACGGTTGAAGGGAT-AA-CTTAAAGTCTGTGATATTTT-AA-TAATA---TGCG-CATAATATTTGCAC-AT-ATT---TAAAA--------------ATGGTACGGTTTGACACACATA-----T------------GTATATTATA-TGTA-GGATTA-TAATGTTTTATGTTA--ATT--TATATA------------------------ATGTCAT-ATAGGTC-AAAGC
gi|10 : ggttcaagagtctagggacaacttaaacatggtttTACAGGTTCCTACGGTTACGAAAACTAAACATGGTTTTG-----A----------------TTC----------------T-TTCAGATATGCA-GGA-GTCAA-CT---------------T-TG-----------ACTACCTG-AAAATATT--GGGAATACTACA-AATT----TAAA-TCAATTctgtcgcacagagcgtattgtttactgtttaaattccactttaagataaaatttttcggaacttctgaagc
gi|11 : cagggatacatcatataatttaagaaagaacaacgAAACTGACTAA-TACATATTA-TCATGTATGCAAT-T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTC-AA-CTTAA---CTATGATATTTTAAA-TAATA---TGCC-A--AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TA-----T------------A-----TGTG-TGTA-
gi|12 : CT-A-TCCT-TCT--T-AGTT--G-TACTTCA------TACATT---AATGATTGTCATC------------TATTAGGTATGTTTACAA--T-TATT-ATG--ATATGATATGG----------------TAA---CTGTGATATTCTAAA-TTATA---TGCC-A--AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------cgtat
gi|13 : AGGTTC--AGGGTTAGGA--------CACTGAAAATGTTGAG----------------TTA----------------TATTCAGAT-TGCATGGA-GCCGAACT---------------TGTGGA------TGAACTA
gi|14 : aatacaaggatcccaataactttaagaaagaacacacagtA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGTC-A--GATACTTGCA--ACTATT---TAAAATGTATGGTATACACATG-----------------TA-----T------------G-----T-TA-TGT--G----C-TGATGTTTT-TATTTACATTTGTATGTATGT
gi|15 : GG-TGAAGGGTA-AA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGCC-A--GATACTTGCAC-AAGATTAAAAAAAA--------------ATG-----------------TA-----T------------G-----TATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--
gi|16 : AGGTATGTTTACAA--T-TGTT-ATG--ATATGATATGA-T--ATGGT--------AA---CTGTGATATTCTAAA-TTATA---TGCC-AA--ATACTTGCAC-GTGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TA-----T------------G-----TATA-TGTa
gi|17 : G-TAAAGG--C-AA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGCC-A--AATACTTGAAC-ATGATT---TAAA
gi|18 : tcttgctaatgtctaatttgtatagctT-ATG--ATA-GACACGG-TGAAGTGTT-AA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TTTTG---TACC-AAT--CACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATA-----------------T
gi|2 : TACAGGTTCCAACGGTTAGGA--------CA-------------ACTAAACAAGGTTTAAATTA----------------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-AGGAA-----TGATCTACCTG-AAGCTATT--AGGAATACTACA-AA-T----TTAAATCAATTTA-AA-------------------TTGGAATG-GGAAATC-CTG---TG--TG-TGCGGCTCC-TG-CAGA-TCTTACATAGCAAACC-A-TCCTGTAC--T-A--C--A-TACTG--------TACATTC-AAA--ATTGTAAACTGACAAA-TACAAATTAAGTATGTTTGCAA--T-T-TTTATG--ATATGACATGG-TGAAG-----------------TGTAATATTCTAAA-TAGTG---TGCC-AA--ATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TA-----TGTGTATGTATGTG-----TATA-TGTA-G----T-GAATGTTTTATGTT---ATT--TACGTATGT---------------ATTTTTAAGTC-------------AGCTC--------------TACAGAGT----TATATCCCGACTATATA
gi|20 : tacaaggatacatgtacatcatataatttaagaaagaacaacactgGTG--------------TTTTTTATGTCAT-GTTGGTCAAAAGCTC-----AGCTTATGTTAC--TGTTATATATAT-CCGACTACAcaacattttctga
gi|22 : G-TGAAGAGTC-AAACTTAA---CTGTGATATTTTGAA-TTATA---TGCC-A--AATACATGTAaata
gi|23 : G---TG--TG-TGTGGCTTC-TG-CAGA-TC--------------------T-TCT--T-AATT--G-TACTTCA------TAC
gi|24 : TA----GAAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--G-TACTGCA------TACA
gi|3 : TACATGTTCCTAGGGTTAGGA--------CA-------------A----------------TTC----------------T-TGCAGATATGCA-GGA-GCCTAACT---------------T-TGGAA-----TGAACAATCTG-AAAATATT--AGGGATACTACA-AA-T----TAAA-ACAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTAGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-AAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCCT-TCT--T-AGAT--C-CACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTGACAAA-TACATATTAAGTATGTTTACAA--T-T-TT-GTGGAATATGACATTG-TGAAGGGTC-AA-CTTAA---CTGTGATATTTTAGA-TAATG---TGCCAAATAATACCTCCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TA-----T------------G-----TATA-AGTA-G----C-AAATGCTTTTTGTT---ATT--TATGTATGTG--------------GTTTTTATGTCAT-GTCGGTC--------------------GTTATACA--TGTATATAT-CCGACTATGTA
gi|4 : CAGGTTCCTAGGGTGAGGA--------CA-------------A----------------CTAAACATGGTTTAATATCT-TTCAGATATACA-GGG-ACCAAACT---------------T-TGGAA-----AAAACTACCTG-AATATATC--AAGAATGCTACA-CATT----TAAA-CCAAT--ATAAAG--TT---TAATAA------GGAGTG-GGGAATCTTTA---TG--TG-TGTGG
gi|4 : G-GGGGATC-TAG---TG--TGGTGTGGCTCC-TG-CAGA-TGTTA----GCAAACC-A-TCCA-TCT--G-AGTT--GTTACTACA------AACATTC-GAA--ATTGTCAACTACCAAA-TACATATTAGGTGCGTTTAAAAT-T-T-TT-GTG--ATATGATTTGG-TGAAGGGTCAAA-CTTAA---CTGTGATATTTGAAA-T-ATA---TGCC-A--AATACTTGCAC-ATGATT---TTAAA--------------ATG-----------------TA-----T------------C-----TGCA----A-G------TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATgggggggggggggggggatctagtgtggtgtggctcctgcagatgttagcaaaccatccatctgagttgttactacaaacattcgaaattgtcaactaccaaatacatattaggtgcgtttaaaatttttgtgatatgatttggtgaagggtcaaacttaactgtgatatttgaaatatatgccaaatacttgcacatgattttaaaatgtatctgcaagtaatgttttatgttatttatgtat
gi|5 : caggttcctagggtgaggacaactaaacatggtttaatatctttcagatatacagggaccaaactttggaaaaaactacctgaatatatcaagaatgctacacatttaaaccaatataaagtttaataaggagtggggaatctttatgtgtgtgggggggggggggg-T----TAAA-TCAATTTA-AAAG--TTGTTTAATAAATAATTGGAATGCGGGAATC-CCGTGCTG--TG-TGTGACTCCATG-CAGATTCTTA----ACAAACCAA-TCTT-TTT--TAAGTTAAG-TACTTCA------TACATTTAGAA--ATT-CAAACAG-TAAACTACGAAT-----------------T-T-TT-GTG--ATATGACATGG-TGAA-GGCC-AA-CTTAGTT-CTGCAATATTTTAAA-TAATGTACTGCC-A--AATACTTGCACGATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TA-----T------------G-----TATGTTTTATG----CTTAA---TTTATG-T---ATTA-CATGTATGTGCTTTTTTGGGGTTTATTTTTGTGTCAT-GTCAGTCAAAATCTCTACAGAGCTTATGTTAC-TGTTTATATATAT--TGACTATA
gi|6 : aacatTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGTA-----TGAATTACCGG-AAAATATC--AGGAATGCTACA-AA-TATAATAAA-TCAATTTA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TT-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAA-C-A-TCTT-TCT--T-AGTT--G-TACTGCA------TACATTC-AAA--ATT----ACT-----------TAT----TATGTTTGCAA--T-T-TT-------TATGA-AGGG-TAA-------AA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGCC-A--GATACTTGCAC-AAGA-T---TAAAA--------------aaatgatattttctgaa
gi|7 : ctaCA-AA-T----TTAA-TCAA-----AAAA--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGAAATC-CTG---TGTGTG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTAA----ACAAACC-A-TCTT-TCT--T-AATT--G-TACTACATACATGTACATTC-AAA--ATTGTAA-----------ACATGT----TATGTTTGCAAT-T-T-TT-ATG--ATATGACAAGA-TGAAGCGTC-AA-CTTAA---CTGTGATA-TCTAAA-TAATG---TACC-A--AATACTTGCAC-AAGATT---TGAAA--------------ATG-----------------TA-----T------------G-----TGTA-TGTA-
gi|8 : -TCTATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TGTGTG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--G-TACTGCA------TACATTC-AAA--ATTGAAAACTG-AAAACTACATATTAAGTATGTTTGCAA--TGT-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTC--A-CTTAA---CTGTGATATCTTAAA-TAATG---TGTC-A--AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TA-----tatgta
gi|9 : ATTTTAAAATAAT----TGC---A-GATACTTGCAC-ATG--T---TAAAAT-------------GTG-----------------TATGTGTT------------G-----TATA-TGT-------C-TAATG-TTTATGTT---ATT--TATATG-GTA--------------TTTTTTATGT-ATGGTCGGTCAAAAGCTC-----
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): GTCGGTCAAAAGTTTTACAGAGCTTTACTGTAACAGTTTTATATATCCGACTTTAAATAAAATTTTCTGAATATGC
Unaligned ( gi|21 ): TACAAGGATACATCATATAATTTAAGAAAGAACAACAGTACAGGTTCCAAGGGTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333 111111 11 111111 4444444444 111 11 22222222222222 22222222222222222 222222222222222222 111111 111 11 4444444444444444 888888888888888888888888
lowQualScore : 00 6 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888 6 5 5 555555555555555 5 555555 6 99 5 5 66 2 5 0 66 888 0 4 4 777 11 4 4 4 4 8888 3 3 3 55 3 55 3 444444 77 66 1 0 0000000000 000 0 22 3 7 6 44 2 2 1 22 5 777 2 444 2 666 2 0 444 22222222222222 11111111111111111 555555555555555555 3 44 777777 0 333 11 5 7777777777777777 5 1 111111111111111111111111 2 1
lowQualScore : .. . . ................................................. . . . ............... . ...... . .. . . .. . . . .. ... . . . ... .. . . . . .... . . . .. . .. . ...... .. .. . . .......... ... . .. . . . .. . . . .. . ... . ... . ... . . ... .............. ................. .................. . .. ...... . ... .. . ................ . . ........................ . .
lowQualScore : 00 7 7 3333333333333333333333333333333333333333333333333 7 7 7 777777777777777 7 777777 7 22 7 0 99 2 0 4 99 888 1 4 4 000 00 0 4 4 4 5555 6 6 6 00 6 00 6 111111 11 11 1 9 6666666666 444 4 33 6 3 7 66 2 7 1 33 0 888 4 111 4 555 5 1 444 33333333333333 55555555555555555 111111111111111111 6 88 000000 4 888 99 0 7777777777777777 7 4 777777777777777777777777 2 0
consensus : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA-----------G---------------A-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-C-AAA-TACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTCTA-A-AGCTT-A-TGTTACACG-GTTNTATATATCCGACTATATA
Reference ( family-1781 ) : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA-----------G---------------A-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-C-AAA-TACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTC-----AGCTT-A-TGTTACACG-GTTATATATATCCGACTATATA
gi|1 : GGTTCA-AGAGTCTAGGGA--------CA-----------A---------------C-TTAAACATGGT-TT--GATATGCA-GGAAGCCAAACTGATGGAATGAACTACT-CGGAAACATATGAACTATCGGAAAAATATTTCAGGAATACTACATAAT-T--TAAATCAATTCA-ACTGCTTT---TAATAAATAATTGGAA-G-GGGAATC-CTG---TG--T--TGTGGCT-C-TGCCAGA-TCTTA----GCAAAGC-AGTCTT-TCTAAT-AGTT--GT-ACTGCAT-----TACATTT-CAA--ATTGTA---T--------------TTAAGTATGTTTTGGATTT-T-TT-ATG--ATATGACACGGTTGAAGGGATAA-CTTAAAGTCTGTGATATTTT-AA-TAATA---TGCGCAT--AATATTTGCAC-AT-ATT---TAAAA--------------ATGGTACGGTTTGACACACATAT------------GTATATTATA-TGTA-GGATTA-TAATGTTTTATGTTA--ATT--TATATA------------------------ATGTCATA-TAGGTCAAA
gi|10 : TACAGGTTCCTACGGT-TACG-AAAACTAAACATGGTTTT----G---------------A-TTC-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GTCAA-CT---------------T-TG-----------ACTACCTGAAAA-TATT--GGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTgcctgtcgcacagagcgtattgtttactgtttaaattccactttaagataaaatttttcggaacttctgaagc
gi|11 : cagggatacatcatataatttaagaaagaacaacgAAACTGAC-TAA-TACATATTA-TCATGTATGCAAT-T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTATGATATTTTAAA-TAATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------A-----TGTG-TGTA-
gi|12 : CT-A-TCCT-TCT--T-AGTT--GT-ACTTCA------TACATT---AATGATTGTCATC-------------TATTAGGTATGTTTACAA--T-TATT-ATG--ATATGATATGG---------------TAA---CTGTGATATTCTAAA-TTATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------cgtat
gi|13 : AGGTTC--AGGGT-TAGG-A--------CACTGAAAATGTTG---------------AGTTA-------TATTCAGAT-TGCATGGA-GCCGAACT---------------TGTGGA------TGAACTA
gi|14 : aatacaaggatcccaataactttaagaaagaacacacagtA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGT-CA---GATACTTGCA--ACTATT---TAAAATGTATGGTATACACATG-----------------TAT------------G-----T-TA-TGT--G----C-TGATGTTTT-TATTTACATTTGTATGTATGT
gi|15 : GG-TGAAGGGTAAA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---GATACTTGCAC-AAGATTAAAAAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--
gi|16 : AGGTATGTTTACAA--T-TGTT-ATG--ATATGATATGA-T--ATGGT-------AA---CTGTGATATTCTAAA-TTATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-GTGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTa
gi|17 : G-TAAAGG--CAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGAAC-ATGATT---TAAA
gi|18 : tcttgctaatgtctaatttgtatagctT-ATG--ATA-GACACGG-TGAAGTGTTAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TTTTG---TAC-CA---ATCACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATA-----------------T
gi|19 : G-TCGGTCAAAAGTTTTACAGAGCTTTACTGTAACA---GTTTTATATATCCGACTTTA
gi|2 : TACAGGTTCCAACGGT-TAGG-A--------CA-----------ACTAAACAAGGTTTAAA-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-AGGAA-----TGATCTACCTGAAGC-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTTA-AA-------------------TTGGAATG-GGAAATC-CTG---TG--TG-TGCGGCTCC-TG-CAGA-TCTTACATAGCAAACC-A-TCCTGTAC--T-A--C--AT-ACTG--------TACATTC-AAA--ATTGTAAACTGAC-AAA-TACAAATTAAGTATGTTTGCAA--T-T-TTTATG--ATATGACATGG-TGAAG----------------TGTAATATTCTAAA-TAGTG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TATGTGTATGTATGTG-----TATA-TGTA-G----T-GAATGTTTTATGTT---ATT--TACGTATGT---------------ATTTTTAAGTC-------------AGCTC----------------TACAGA-GTTATAT---CCCGACTATATAaataaaattttctgaatatgc
gi|20 : tacaaggatacatgtacatcatataatttaagaaagaacaacactgGTG--------------TTTTTTATGTCATG-TTGGTCAAAAGCTC-----AGCTT-A-TGTT--ACT-GTTATATATATCCGACTACAcaacattttctga
gi|22 : G-TGAAGAGTCAAACTTAA---CTGTGATATTTTGAA-TTATA---TGC-CA---AATACATGTAaata
gi|23 : G---TG--TG-TGTGGCTTC-TG-CAGA-TC--------------------T-TCT--T-AATT--GT-ACTTCA------TAC
gi|24 : TA----GAAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACA
gi|3 : TACATGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA---------------------------A-TTC-------T-TGCAGATATGCA-GGA-GCCTAACT---------------T-TGGAA-----TGAACAATCTGAAAA-TATT--AGGGATACTACA-AAT-T--AAAA-CAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTAGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-AAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCCT-TCT--T-AGAT--CC-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTGAC-AAA-TACATATTAAGTATGTTTACAA--T-T-TT-GTGGAATATGACATTG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAGA-TAATG---TGC-CAAATAATACCTCCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-AGTA-G----C-AAATGCTTTTTGTT---ATT--TATGTATGTG--------------GTTTTTATGTCATG-TCGGTC----------------------GTTATACA---TGTATATATCCGACTATGTA
gi|4 : CAGGTTCCTAGGGT-GAGG-A--------CAACTAAACATG-G---------------T-TTAATATC--T-TTCAGATATACA-GGG-ACCAAACT---------------T-TGGAA-----AAAACTACCTGAATA-TATC--AAGAATGCTACA-CAT-T--TAAACCAAT--ATAAAG--TT---TAATAA------GGAGTG-GGGAATCTTTA---TG--TG-TGTGG
gi|4 : G-GGGGATC-TAG---TG--TGGTGTGGCTCC-TG-CAGA-TGTTA----GCAAACC-A-TCCA-TCT--G-AGTT--GTTACTACA------AACATTC-GAA--ATTGTCAACTA-CCAAA-TACATATTAGGTGCGTTTAAAA--T-T-TTTGTG--ATATGATTTGG-TGAAGGGTCAAACTTAA---CTGTGATATTTGAAA-TA-TA---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TTAAA--------------ATG-----------------TAT------------C-----TGCA----A-G------TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATgggggggggggggggggatctagtgtggtgtggctcctgcagatgttagcaaaccatccatctgagttgttactacaaacattcgaaattgtcaactaccaaatacatattaggtgcgtttaaaatttttgtgatatgatttggtgaagggtcaaacttaactgtgatatttgaaatatatgccaaatacttgcacatgattttaaaatgtatctgcaagtaatgttttatgttatttatgtat
gi|5 : caggttcctagggtgaggacaactaaacatggtttaatatctttcagatatacagggaccaaactttggaaaaaactacctgaatatatcaagaatgctacacatttaaaccaatataaagtttaataaggagtggggaatctttatgtgtgtggggggggggggggAT-T--TAAATCAATTTA-AAAG--TTGTTTAATAAATAATTGGAATGCGGGAATC-CCGTGCTG--TG-TGTGACTCCATG-CAGATTCTTA----ACAAACCAA-TCTT-TTT--TAAGTTAAGT-ACTTCA------TACATTTAGAA--ATT-CAAACAG-T-AAACTACGAAT-----------------T-T-TT-GTG--ATATGACATGG-TGAA-GGCCAA-CTTAGTT-CTGCAATATTTTAAA-TAATGTACTGC-CA---AATACTTGCACGATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATGTTTTATG----CTTAA---TTTATG-T---ATTA-CATGTATGTGCTTTTTTGGGGTTTATTTTTGTGTCATG-TCAGTCAAAATCTCTACAGAGCTT-A-TGTTAC-TG-TTTATATATAT-TGACTATA
gi|6 : aacTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGTA-----TGAATTACCGGAAAA-TATC--AGGAATGCTACA-AATATAATAAATCAATTTA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TT-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAA-C-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-AAA--ATT----ACT------------TAT----TATGTTTGCAA--T-T-TT-------TATGA-AGGG-TAA------AA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---GATACTTGCAC-AAGA-T---TAAAA--------------aaatgatattttctgaa
gi|7 : ctaCA-AAT-T--TAA-TCAA-----AAAA--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGAAATC-CTG---TGTGTG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTAA----ACAAACC-A-TCTT-TCT--T-AATT--GT-ACTACATACATGTACATTC-AAA--ATTGTAA------------ACATGT----TATGTTTGCAAT-T-T-TT-ATG--ATATGACAAGA-TGAAGCGTCAA-CTTAA---CTGTGATA-TCTAAA-TAATG---TAC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TGAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TGTA-TGTA-
gi|8 : TCTATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TGTGTG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-AAA--ATTGAAAACTG-A-AAACTACATATTAAGTATGTTTGCAA--TGT-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTC-A-CTTAA---CTGTGATATCTTAAA-TAATG---TGT-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAtatgta
gi|9 : ATTTTAAAATAAT----TGC--A---GATACTTGCAC-ATG--T---TAAAATGTGT---------ATG-----------------TGTT-----------G-----TATA-TGT-------C-TAATGTTT-ATGTT---ATT--TATATG-GTA--------------TTTTTTATGT-ATGGTCGGTCAAAAGCTCTAAG-AGATTAA-TGTTA---GTGTTTTGAATATTCGACTTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TACAAGGATACATCATATAATTTAAGAAAGAACAACAGTACAGGTTCCAAGGGTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333 111111 11 111111 4444444444 111 11 22222222222222 22222222222222222 222222222222222222 111111 111 11 4444444444444444 777777777777777777777777777
lowQualScore : 00 6 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888 6 5 5 555555555555555 5 555555 6 99 5 5 66 2 5 0 66 888 0 4 4 777 11 4 4 4 4 8888 3 3 3 55 3 55 3 444444 77 66 1 0 0000000000 000 0 22 3 7 6 44 2 2 1 22 5 777 2 444 2 666 2 0 444 22222222222222 11111111111111111 555555555555555555 3 44 777777 0 333 11 5 7777777777777777 5 1 777777777777777777777777777 1 1
lowQualScore : .. . . ................................................. . . . ............... . ...... . .. . . .. . . . .. ... . . . ... .. . . . . .... . . . .. . .. . ...... .. .. . . .......... ... . .. . . . .. . . . .. . ... . ... . ... . . ... .............. ................. .................. . .. ...... . ... .. . ................ . . ........................... . .
lowQualScore : 00 7 7 3333333333333333333333333333333333333333333333333 7 7 7 777777777777777 7 777777 7 22 7 0 99 2 0 4 99 888 1 4 4 000 00 0 4 4 4 5555 6 6 6 00 6 00 6 111111 11 11 1 9 6666666666 444 4 33 6 3 7 66 2 7 1 33 0 888 4 111 4 555 5 1 444 33333333333333 55555555555555555 111111111111111111 6 88 000000 4 888 99 0 7777777777777777 7 4 333333333333333333333333333 0 0
consensus : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA-----------G---------------A-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-C-AAA-TACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTCT--A--G-AGCTT-A-TGTTACACG-GTTNTATATATCCGACTATATA
Reference ( family-1781 ) : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA-----------G---------------A-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-C-AAA-TACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTCT--A--A-AGCTT-A-TGTTACACG-GTTNTATATATCCGACTATATA
gi|1 : GGTTCA-AGAGTCTAGGGA--------CA-----------A---------------C-TTAAACATGGT-TT--GATATGCA-GGAAGCCAAACTGATGGAATGAACTACT-CGGAAACATATGAACTATCGGAAAAATATTTCAGGAATACTACATAAT-T--TAAATCAATTCA-ACTGCTTT---TAATAAATAATTGGAA-G-GGGAATC-CTG---TG--T--TGTGGCT-C-TGCCAGA-TCTTA----GCAAAGC-AGTCTT-TCTAAT-AGTT--GT-ACTGCAT-----TACATTT-CAA--ATTGTA---T--------------TTAAGTATGTTTTGGATTT-T-TT-ATG--ATATGACACGGTTGAAGGGATAA-CTTAAAGTCTGTGATATTTT-AA-TAATA---TGCGCAT--AATATTTGCAC-AT-ATT---TAAAA--------------ATGGTACGGTTTGACACACATAT------------GTATATTATA-TGTA-GGATTA-TAATGTTTTATGTTA--ATT--TATATA------------------------ATGTCATA-TAGGTCAAA
gi|10 : TACAGGTTCCTACGGT-TACG-AAAACTAAACATGGTTTT----G---------------A-TTC-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GTCAA-CT---------------T-TG-----------ACTACCTGAAAA-TATT--GGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTgcctgtcgcacagagcgtattgtttactgtttaaattccactttaagataaaatttttcggaacttctgaagc
gi|11 : cagggatacatcatataatttaagaaagaacaacgAAACTGAC-TAA-TACATATTA-TCATGTATGCAAT-T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTATGATATTTTAAA-TAATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------A-----TGTG-TGTA-
gi|12 : CT-A-TCCT-TCT--T-AGTT--GT-ACTTCA------TACATT---AATGATTGTCATC-------------TATTAGGTATGTTTACAA--T-TATT-ATG--ATATGATATGG---------------TAA---CTGTGATATTCTAAA-TTATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------cgtat
gi|13 : AGGTTC--AGGGT-TAGG-A--------CACTGAAAATGTTG---------------AGTTA-------TATTCAGAT-TGCATGGA-GCCGAACT---------------TGTGGA------TGAACTA
gi|14 : aatacaaggatcccaataactttaagaaagaacacacagtA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGT-CA---GATACTTGCA--ACTATT---TAAAATGTATGGTATACACATG-----------------TAT------------G-----T-TA-TGT--G----C-TGATGTTTT-TATTTACATTTGTATGTATGT
gi|15 : GG-TGAAGGGTAAA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---GATACTTGCAC-AAGATTAAAAAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--
gi|16 : AGGTATGTTTACAA--T-TGTT-ATG--ATATGATATGA-T--ATGGT-------AA---CTGTGATATTCTAAA-TTATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-GTGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTa
gi|17 : G-TAAAGG--CAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGAAC-ATGATT---TAAA
gi|18 : tcttgctaatgtctaatttgtatagctT-ATG--ATA-GACACGG-TGAAGTGTTAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TTTTG---TAC-CA---ATCACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATA-----------------T
gi|19 : G-TCGGTCAAAAGTTTT--ACAG-AGCTTTACTGTAACA---GTTTTATATATCCGACTTTA
gi|2 : TACAGGTTCCAACGGT-TAGG-A--------CA-----------ACTAAACAAGGTTTAAA-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-AGGAA-----TGATCTACCTGAAGC-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTTA-AA-------------------TTGGAATG-GGAAATC-CTG---TG--TG-TGCGGCTCC-TG-CAGA-TCTTACATAGCAAACC-A-TCCTGTAC--T-A--C--AT-ACTG--------TACATTC-AAA--ATTGTAAACTGAC-AAA-TACAAATTAAGTATGTTTGCAA--T-T-TTTATG--ATATGACATGG-TGAAG----------------TGTAATATTCTAAA-TAGTG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TATGTGTATGTATGTG-----TATA-TGTA-G----T-GAATGTTTTATGTT---ATT--TACGTATGT---------------ATTTTTAAGTC-------------AGCTC-------------------TACAGA-GTTATAT---CCCGACTATATAaataaaattttctgaatatgc
gi|20 : tacaaggatacatgtacatcatataatttaagaaagaacaacactgGTG--------------TTTTTTATGTCATG-TTGGTCAAAAGCTC--------AGCTT-A-TGTT--ACT-GTTATATATATCCGACTACAcaacattttctga
gi|22 : G-TGAAGAGTCAAACTTAA---CTGTGATATTTTGAA-TTATA---TGC-CA---AATACATGTAaata
gi|23 : G---TG--TG-TGTGGCTTC-TG-CAGA-TC--------------------T-TCT--T-AATT--GT-ACTTCA------TAC
gi|24 : TA----GAAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACA
gi|3 : TACATGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA---------------------------A-TTC-------T-TGCAGATATGCA-GGA-GCCTAACT---------------T-TGGAA-----TGAACAATCTGAAAA-TATT--AGGGATACTACA-AAT-T--AAAA-CAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTAGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-AAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCCT-TCT--T-AGAT--CC-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTGAC-AAA-TACATATTAAGTATGTTTACAA--T-T-TT-GTGGAATATGACATTG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAGA-TAATG---TGC-CAAATAATACCTCCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-AGTA-G----C-AAATGCTTTTTGTT---ATT--TATGTATGTG--------------GTTTTTATGTCATG-TCGGTC-------------------------GTTATACA---TGTATATATCCGACTATGTA
gi|4 : CAGGTTCCTAGGGT-GAGG-A--------CAACTAAACATG-G---------------T-TTAATATC--T-TTCAGATATACA-GGG-ACCAAACT---------------T-TGGAA-----AAAACTACCTGAATA-TATC--AAGAATGCTACA-CAT-T--TAAACCAAT--ATAAAG--TT---TAATAA------GGAGTG-GGGAATCTTTA---TG--TG-TGTGG
gi|4 : G-GGGGATC-TAG---TG--TGGTGTGGCTCC-TG-CAGA-TGTTA----GCAAACC-A-TCCA-TCT--G-AGTT--GTTACTACA------AACATTC-GAA--ATTGTCAACTA-CCAAA-TACATATTAGGTGCGTTTAAAA--T-T-TTTGTG--ATATGATTTGG-TGAAGGGTCAAACTTAA---CTGTGATATTTGAAA-TA-TA---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TTAAA--------------ATG-----------------TAT------------C-----TGCA----A-G------TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATgggggggggggggggggatctagtgtggtgtggctcctgcagatgttagcaaaccatccatctgagttgttactacaaacattcgaaattgtcaactaccaaatacatattaggtgcgtttaaaatttttgtgatatgatttggtgaagggtcaaacttaactgtgatatttgaaatatatgccaaatacttgcacatgattttaaaatgtatctgcaagtaatgttttatgttatttatgtat
gi|5 : caggttcctagggtgaggacaactaaacatggtttaatatctttcagatatacagggaccaaactttggaaaaaactacctgaatatatcaagaatgctacacatttaaaccaatataaagtttaataaggagtggggaatctttatgtgtgtggggggggggggggAT-T--TAAATCAATTTA-AAAG--TTGTTTAATAAATAATTGGAATGCGGGAATC-CCGTGCTG--TG-TGTGACTCCATG-CAGATTCTTA----ACAAACCAA-TCTT-TTT--TAAGTTAAGT-ACTTCA------TACATTTAGAA--ATT-CAAACAG-T-AAACTACGAAT-----------------T-T-TT-GTG--ATATGACATGG-TGAA-GGCCAA-CTTAGTT-CTGCAATATTTTAAA-TAATGTACTGC-CA---AATACTTGCACGATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATGTTTTATG----CTTAA---TTTATG-T---ATTA-CATGTATGTGCTTTTTTGGGGTTTATTTTTGTGTCATG-TCAGTCAAAATCTCTACA--G-AGCTT-A-TGTTAC-TG-TTTATATATAT-TGACTATA
gi|6 : aacTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGTA-----TGAATTACCGGAAAA-TATC--AGGAATGCTACA-AATATAATAAATCAATTTA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TT-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAA-C-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-AAA--ATT----ACT------------TAT----TATGTTTGCAA--T-T-TT-------TATGA-AGGG-TAA------AA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---GATACTTGCAC-AAGA-T---TAAAA--------------aaatgatattttctgaa
gi|7 : ctaCA-AAT-T--TAA-TCAA-----AAAA--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGAAATC-CTG---TGTGTG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTAA----ACAAACC-A-TCTT-TCT--T-AATT--GT-ACTACATACATGTACATTC-AAA--ATTGTAA------------ACATGT----TATGTTTGCAAT-T-T-TT-ATG--ATATGACAAGA-TGAAGCGTCAA-CTTAA---CTGTGATA-TCTAAA-TAATG---TAC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TGAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TGTA-TGTA-
gi|8 : TCTATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TGTGTG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-AAA--ATTGAAAACTG-A-AAACTACATATTAAGTATGTTTGCAA--TGT-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTC-A-CTTAA---CTGTGATATCTTAAA-TAATG---TGT-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAtatgta
gi|9 : ATTTTAAAATAAT----TGC--A---GATACTTGCAC-ATG--T---TAAAATGTGT---------ATG-----------------TGTT-----------G-----TATA-TGT-------C-TAATGTTT-ATGTT---ATT--TATATG-GTA--------------TTTTTTATGT-ATGGTCGGTCAAAAGCTCT--A--AGAGATTAA-TGTTA---GTGTTTTGAATATTCGACTTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TACAAGGATACATCATATAATTTAAGAAAGAACAACAGTACAGGTTCCAAGGGTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333 111111 11 111111 4444444444 111 11 22222222222222 22222222222222222 222222222222222222 111111 111 11 4444444444444444 7777777777777777777777777777
lowQualScore : 00 6 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888 6 5 5 555555555555555 5 555555 6 99 5 5 66 2 5 0 66 888 0 4 4 777 11 4 4 4 4 8888 3 3 3 55 3 55 3 444444 77 66 1 0 0000000000 000 0 22 3 7 6 44 2 2 1 22 5 777 2 444 2 666 2 0 444 22222222222222 11111111111111111 555555555555555555 3 44 777777 0 333 11 5 7777777777777777 5 1 0 2222222222222222222222222222 6 1 2
lowQualScore : .. . . ................................................. . . . ............... . ...... . .. . . .. . . . .. ... . . . ... .. . . . . .... . . . .. . .. . ...... .. .. . . .......... ... . .. . . . .. . . . .. . ... . ... . ... . . ... .............. ................. .................. . .. ...... . ... .. . ................ . . . ............................ . . .
lowQualScore : 00 7 7 3333333333333333333333333333333333333333333333333 7 7 7 777777777777777 7 777777 7 22 7 0 99 2 0 4 99 888 1 4 4 000 00 0 4 4 4 5555 6 6 6 00 6 00 6 111111 11 11 1 9 6666666666 444 4 33 6 3 7 66 2 7 1 33 0 888 4 111 4 555 5 1 444 33333333333333 55555555555555555 111111111111111111 6 88 000000 4 888 99 0 7777777777777777 7 4 7 3333333333333333333333333333 6 7 1
consensus : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA-----------G---------------A-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-C-AAA-TACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTCTA----AGAGC-TT-A-TGTTACACG-GTTNTATATATCCGACTNTATA
Reference ( family-1781 ) : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA-----------G---------------A-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-C-AAA-TACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTCT-----AGAGC-TT-A-TGTTACACG-GTTNTATATATCCGACTATATA
gi|1 : GGTTCA-AGAGTCTAGGGA--------CA-----------A---------------C-TTAAACATGGT-TT--GATATGCA-GGAAGCCAAACTGATGGAATGAACTACT-CGGAAACATATGAACTATCGGAAAAATATTTCAGGAATACTACATAAT-T--TAAATCAATTCA-ACTGCTTT---TAATAAATAATTGGAA-G-GGGAATC-CTG---TG--T--TGTGGCT-C-TGCCAGA-TCTTA----GCAAAGC-AGTCTT-TCTAAT-AGTT--GT-ACTGCAT-----TACATTT-CAA--ATTGTA---T--------------TTAAGTATGTTTTGGATTT-T-TT-ATG--ATATGACACGGTTGAAGGGATAA-CTTAAAGTCTGTGATATTTT-AA-TAATA---TGCGCAT--AATATTTGCAC-AT-ATT---TAAAA--------------ATGGTACGGTTTGACACACATAT------------GTATATTATA-TGTA-GGATTA-TAATGTTTTATGTTA--ATT--TATATA------------------------ATGTCATA-TAGGTCAAAGCCTGTCGCACAGAGC-GT-ATTGTT-TACT-GTT---TAAATTCCACTTTA
gi|10 : TACAGGTTCCTACGGT-TACG-AAAACTAAACATGGTTTT----G---------------A-TTC-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GTCAA-CT---------------T-TG-----------ACTACCTGAAAA-TATT--GGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTagataaaatttttcggaacttctgaagc
gi|11 : cagggatacatcatataatttaagaaagaacaacgAAACTGAC-TAA-TACATATTA-TCATGTATGCAAT-T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTATGATATTTTAAA-TAATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------A-----TGTG-TGTA-
gi|12 : CT-A-TCCT-TCT--T-AGTT--GT-ACTTCA------TACATT---AATGATTGTCATC-------------TATTAGGTATGTTTACAA--T-TATT-ATG--ATATGATATGG---------------TAA---CTGTGATATTCTAAA-TTATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------cgtat
gi|13 : AGGTTC--AGGGT-TAGG-A--------CACTGAAAATGTTG---------------AGTTA-------TATTCAGAT-TGCATGGA-GCCGAACT---------------TGTGGA------TGAACTA
gi|14 : aatacaaggatcccaataactttaagaaagaacacacagtA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGT-CA---GATACTTGCA--ACTATT---TAAAATGTATGGTATACACATG-----------------TAT------------G-----T-TA-TGT--G----C-TGATGTTTT-TATTTACATTTGTATGTATGT
gi|15 : GG-TGAAGGGTAAA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---GATACTTGCAC-AAGATTAAAAAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--
gi|16 : AGGTATGTTTACAA--T-TGTT-ATG--ATATGATATGA-T--ATGGT-------AA---CTGTGATATTCTAAA-TTATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-GTGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTa
gi|17 : G-TAAAGG--CAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGAAC-ATGATT---TAAA
gi|18 : tcttgctaatgtctaatttgtatagctT-ATG--ATA-GACACGG-TGAAGTGTTAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TTTTG---TAC-CA---ATCACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATA-----------------T
gi|19 : G-TCGGTCAAAAGTTTTAC---AGAGCTTT-ACTGTAACA---GTTTTATATATCCGACTTTA
gi|2 : TACAGGTTCCAACGGT-TAGG-A--------CA-----------ACTAAACAAGGTTTAAA-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-AGGAA-----TGATCTACCTGAAGC-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTTA-AA-------------------TTGGAATG-GGAAATC-CTG---TG--TG-TGCGGCTCC-TG-CAGA-TCTTACATAGCAAACC-A-TCCTGTAC--T-A--C--AT-ACTG--------TACATTC-AAA--ATTGTAAACTGAC-AAA-TACAAATTAAGTATGTTTGCAA--T-T-TTTATG--ATATGACATGG-TGAAG----------------TGTAATATTCTAAA-TAGTG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TATGTGTATGTATGTG-----TATA-TGTA-G----T-GAATGTTTTATGTT---ATT--TACGTATGT---------------ATTTTTAAGTC-------------AGCTC--------------------TACAGA-GTTATAT---CCCGACTATATAaataaaattttctgaatatgc
gi|20 : tacaaggatacatgtacatcatataatttaagaaagaacaacactgGTG--------------TTTTTTATGTCATG-TTGGTCAAAAGCTC--------AGC-TT-A-TGTT--ACT-GTTATATATATCCGACTACAcaacattttctga
gi|22 : G-TGAAGAGTCAAACTTAA---CTGTGATATTTTGAA-TTATA---TGC-CA---AATACATGTAaata
gi|23 : G---TG--TG-TGTGGCTTC-TG-CAGA-TC--------------------T-TCT--T-AATT--GT-ACTTCA------TAC
gi|24 : TA----GAAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACA
gi|3 : TACATGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA---------------------------A-TTC-------T-TGCAGATATGCA-GGA-GCCTAACT---------------T-TGGAA-----TGAACAATCTGAAAA-TATT--AGGGATACTACA-AAT-T--AAAA-CAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTAGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-AAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCCT-TCT--T-AGAT--CC-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTGAC-AAA-TACATATTAAGTATGTTTACAA--T-T-TT-GTGGAATATGACATTG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAGA-TAATG---TGC-CAAATAATACCTCCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-AGTA-G----C-AAATGCTTTTTGTT---ATT--TATGTATGTG--------------GTTTTTATGTCATG-TCGGTC--------------------------GTTATACA---TGTATATATCCGACTATGTA
gi|4 : CAGGTTCCTAGGGT-GAGG-A--------CAACTAAACATG-G---------------T-TTAATATC--T-TTCAGATATACA-GGG-ACCAAACT---------------T-TGGAA-----AAAACTACCTGAATA-TATC--AAGAATGCTACA-CAT-T--TAAACCAAT--ATAAAG--TT---TAATAA------GGAGTG-GGGAATCTTTA---TG--TG-TGTGG
gi|4 : G-GGGGATC-TAG---TG--TGGTGTGGCTCC-TG-CAGA-TGTTA----GCAAACC-A-TCCA-TCT--G-AGTT--GTTACTACA------AACATTC-GAA--ATTGTCAACTA-CCAAA-TACATATTAGGTGCGTTTAAAA--T-T-TTTGTG--ATATGATTTGG-TGAAGGGTCAAACTTAA---CTGTGATATTTGAAA-TA-TA---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TTAAA--------------ATG-----------------TAT------------C-----TGCA----A-G------TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATgggggggggggggggggatctagtgtggtgtggctcctgcagatgttagcaaaccatccatctgagttgttactacaaacattcgaaattgtcaactaccaaatacatattaggtgcgtttaaaatttttgtgatatgatttggtgaagggtcaaacttaactgtgatatttgaaatatatgccaaatacttgcacatgattttaaaatgtatctgcaagtaatgttttatgttatttatgtat
gi|5 : caggttcctagggtgaggacaactaaacatggtttaatatctttcagatatacagggaccaaactttggaaaaaactacctgaatatatcaagaatgctacacatttaaaccaatataaagtttaataaggagtggggaatctttatgtgtgtggggggggggggggAT-T--TAAATCAATTTA-AAAG--TTGTTTAATAAATAATTGGAATGCGGGAATC-CCGTGCTG--TG-TGTGACTCCATG-CAGATTCTTA----ACAAACCAA-TCTT-TTT--TAAGTTAAGT-ACTTCA------TACATTTAGAA--ATT-CAAACAG-T-AAACTACGAAT-----------------T-T-TT-GTG--ATATGACATGG-TGAA-GGCCAA-CTTAGTT-CTGCAATATTTTAAA-TAATGTACTGC-CA---AATACTTGCACGATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATGTTTTATG----CTTAA---TTTATG-T---ATTA-CATGTATGTGCTTTTTTGGGGTTTATTTTTGTGTCATG-TCAGTCAAAATCTCTAC---AGAGC-TT-A-TGTTAC-TG-TTTATATATAT-TGACTATA
gi|6 : aacTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGTA-----TGAATTACCGGAAAA-TATC--AGGAATGCTACA-AATATAATAAATCAATTTA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TT-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAA-C-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-AAA--ATT----ACT------------TAT----TATGTTTGCAA--T-T-TT-------TATGA-AGGG-TAA------AA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---GATACTTGCAC-AAGA-T---TAAAA--------------aaatgatattttctgaa
gi|7 : ctaCA-AAT-T--TAA-TCAA-----AAAA--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGAAATC-CTG---TGTGTG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTAA----ACAAACC-A-TCTT-TCT--T-AATT--GT-ACTACATACATGTACATTC-AAA--ATTGTAA------------ACATGT----TATGTTTGCAAT-T-T-TT-ATG--ATATGACAAGA-TGAAGCGTCAA-CTTAA---CTGTGATA-TCTAAA-TAATG---TAC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TGAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TGTA-TGTA-
gi|8 : TCTATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TGTGTG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-AAA--ATTGAAAACTG-A-AAACTACATATTAAGTATGTTTGCAA--TGT-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTC-A-CTTAA---CTGTGATATCTTAAA-TAATG---TGT-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAtatgta
gi|9 : ATTTTAAAATAAT----TGC--A---GATACTTGCAC-ATG--T---TAAAATGTGT---------ATG-----------------TGTT-----------G-----TATA-TGT-------C-TAATGTTT-ATGTT---ATT--TATATG-GTA--------------TTTTTTATGT-ATGGTCGGTCAAAAGCTCTA----AGAGA-TTAA-TGTTA---GTGTTTTGAATATTCGACTTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TACAAGGATACATCATATAATTTAAGAAAGAACAACAGTACAGGTTCCAAGGGTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333 111111 11 111111 4444444444 111 11 22222222222222 22222222222222222 222222222222222222 111111 111 11 4444444444444444 444444444444444444444444444
lowQualScore : 00 6 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888 6 5 5 555555555555555 5 555555 6 99 5 5 66 2 5 0 66 888 0 4 4 777 11 4 4 4 4 8888 3 3 3 55 3 55 3 444444 77 66 1 0 0000000000 000 0 22 3 7 6 44 2 2 1 22 5 777 2 444 2 666 2 0 444 22222222222222 11111111111111111 555555555555555555 3 44 777777 0 333 11 5 7777777777777777 5 1 0 111111111111111111111111111 6 3 1
lowQualScore : .. . . ................................................. . . . ............... . ...... . .. . . .. . . . .. ... . . . ... .. . . . . .... . . . .. . .. . ...... .. .. . . .......... ... . .. . . . .. . . . .. . ... . ... . ... . . ... .............. ................. .................. . .. ...... . ... .. . ................ . . . ........................... . . .
lowQualScore : 00 7 7 3333333333333333333333333333333333333333333333333 7 7 7 777777777777777 7 777777 7 22 7 0 99 2 0 4 99 888 1 4 4 000 00 0 4 4 4 5555 6 6 6 00 6 00 6 111111 11 11 1 9 6666666666 444 4 33 6 3 7 66 2 7 1 33 0 888 4 111 4 555 5 1 444 33333333333333 55555555555555555 111111111111111111 6 88 000000 4 888 99 0 7777777777777777 7 4 7 777777777777777777777777777 6 7 0
consensus : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA-----------G---------------A-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-C-AAA-TACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTCT---ACAGAGCTT-A-TGTTACACG-GTTNTATATATCCGACTNTATA
Reference ( family-1781 ) : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA-----------G---------------A-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-C-AAA-TACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTCT---A-AGAGCTT-A-TGTTACACG-GTTNTATATATCCGACTNTATA
gi|1 : GGTTCA-AGAGTCTAGGGA--------CA-----------A---------------C-TTAAACATGGT-TT--GATATGCA-GGAAGCCAAACTGATGGAATGAACTACT-CGGAAACATATGAACTATCGGAAAAATATTTCAGGAATACTACATAAT-T--TAAATCAATTCA-ACTGCTTT---TAATAAATAATTGGAA-G-GGGAATC-CTG---TG--T--TGTGGCT-C-TGCCAGA-TCTTA----GCAAAGC-AGTCTT-TCTAAT-AGTT--GT-ACTGCAT-----TACATTT-CAA--ATTGTA---T--------------TTAAGTATGTTTTGGATTT-T-TT-ATG--ATATGACACGGTTGAAGGGATAA-CTTAAAGTCTGTGATATTTT-AA-TAATA---TGCGCAT--AATATTTGCAC-AT-ATT---TAAAA--------------ATGGTACGGTTTGACACACATAT------------GTATATTATA-TGTA-GGATTA-TAATGTTTTATGTTA--ATT--TATATA------------------------ATGTCATA-TAGGTCAAAGCCTGTCGCACAGAGCGT-ATTGTT-TACT-GTT---TAAATTCCACTTTA
gi|10 : TACAGGTTCCTACGGT-TACG-AAAACTAAACATGGTTTT----G---------------A-TTC-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GTCAA-CT---------------T-TG-----------ACTACCTGAAAA-TATT--GGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTagataaaatttttcggaacttctgaagc
gi|11 : cagggatacatcatataatttaagaaagaacaacgAAACTGAC-TAA-TACATATTA-TCATGTATGCAAT-T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTATGATATTTTAAA-TAATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------A-----TGTG-TGTA-
gi|12 : CT-A-TCCT-TCT--T-AGTT--GT-ACTTCA------TACATT---AATGATTGTCATC-------------TATTAGGTATGTTTACAA--T-TATT-ATG--ATATGATATGG---------------TAA---CTGTGATATTCTAAA-TTATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------cgtat
gi|13 : AGGTTC--AGGGT-TAGG-A--------CACTGAAAATGTTG---------------AGTTA-------TATTCAGAT-TGCATGGA-GCCGAACT---------------TGTGGA------TGAACTA
gi|14 : aatacaaggatcccaataactttaagaaagaacacacagtA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGT-CA---GATACTTGCA--ACTATT---TAAAATGTATGGTATACACATG-----------------TAT------------G-----T-TA-TGT--G----C-TGATGTTTT-TATTTACATTTGTATGTATGT
gi|15 : GG-TGAAGGGTAAA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---GATACTTGCAC-AAGATTAAAAAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--
gi|16 : AGGTATGTTTACAA--T-TGTT-ATG--ATATGATATGA-T--ATGGT-------AA---CTGTGATATTCTAAA-TTATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-GTGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-TGTa
gi|17 : G-TAAAGG--CAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGAAC-ATGATT---TAAA
gi|18 : tcttgctaatgtctaatttgtatagctT-ATG--ATA-GACACGG-TGAAGTGTTAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TTTTG---TAC-CA---ATCACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATA-----------------T
gi|19 : G-TCGGTCAAAAGTTTT---ACAGAGCTTTACTGTAACA---GTTTTATATATCCGACTTTA
gi|2 : TACAGGTTCCAACGGT-TAGG-A--------CA-----------ACTAAACAAGGTTTAAA-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-AGGAA-----TGATCTACCTGAAGC-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTTA-AA-------------------TTGGAATG-GGAAATC-CTG---TG--TG-TGCGGCTCC-TG-CAGA-TCTTACATAGCAAACC-A-TCCTGTAC--T-A--C--AT-ACTG--------TACATTC-AAA--ATTGTAAACTGAC-AAA-TACAAATTAAGTATGTTTGCAA--T-T-TTTATG--ATATGACATGG-TGAAG----------------TGTAATATTCTAAA-TAGTG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TATGTGTATGTATGTG-----TATA-TGTA-G----T-GAATGTTTTATGTT---ATT--TACGTATGT---------------ATTTTTAAGTC-------------AGCTCT---ACAGAG-TT-A-TAT--CCCG-ACTATATACAaataaaattttctgaatatgc
gi|20 : tacaaggatacatgtacatcatataatttaagaaagaacaacactgGTG--------------TTTTTTATGTCATG-TTGGTCAAAAGCTC--------AGCTT-A-TGTT--ACT-GTTATATATATCCGACTACAacattttctga
gi|22 : G-TGAAGAGTCAAACTTAA---CTGTGATATTTTGAA-TTATA---TGC-CA---AATACATGTAaata
gi|23 : G---TG--TG-TGTGGCTTC-TG-CAGA-TC--------------------T-TCT--T-AATT--GT-ACTTCA------TAC
gi|24 : TA----GAAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACA
gi|3 : TACATGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA---------------------------A-TTC-------T-TGCAGATATGCA-GGA-GCCTAACT---------------T-TGGAA-----TGAACAATCTGAAAA-TATT--AGGGATACTACA-AAT-T--AAAA-CAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTAGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-AAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCCT-TCT--T-AGAT--CC-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTGAC-AAA-TACATATTAAGTATGTTTACAA--T-T-TT-GTGGAATATGACATTG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAGA-TAATG---TGC-CAAATAATACCTCCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATA-AGTA-G----C-AAATGCTTTTTGTT---ATT--TATGTATGTG--------------GTTTTTATGTCATG-TCGGTC-------------------------GTTATACA---TGTATATATCCGACTATGTA
gi|4 : CAGGTTCCTAGGGT-GAGG-A--------CAACTAAACATG-G---------------T-TTAATATC--T-TTCAGATATACA-GGG-ACCAAACT---------------T-TGGAA-----AAAACTACCTGAATA-TATC--AAGAATGCTACA-CAT-T--TAAACCAAT--ATAAAG--TT---TAATAA------GGAGTG-GGGAATCTTTA---TG--TG-TGTGG
gi|4 : G-GGGGATC-TAG---TG--TGGTGTGGCTCC-TG-CAGA-TGTTA----GCAAACC-A-TCCA-TCT--G-AGTT--GTTACTACA------AACATTC-GAA--ATTGTCAACTA-CCAAA-TACATATTAGGTGCGTTTAAAA--T-T-TTTGTG--ATATGATTTGG-TGAAGGGTCAAACTTAA---CTGTGATATTTGAAA-TA-TA---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TTAAA--------------ATG-----------------TAT------------C-----TGCA----A-G------TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATgggggggggggggggggatctagtgtggtgtggctcctgcagatgttagcaaaccatccatctgagttgttactacaaacattcgaaattgtcaactaccaaatacatattaggtgcgtttaaaatttttgtgatatgatttggtgaagggtcaaacttaactgtgatatttgaaatatatgccaaatacttgcacatgattttaaaatgtatctgcaagtaatgttttatgttatttatgtat
gi|5 : caggttcctagggtgaggacaactaaacatggtttaatatctttcagatatacagggaccaaactttggaaaaaactacctgaatatatcaagaatgctacacatttaaaccaatataaagtttaataaggagtggggaatctttatgtgtgtggggggggggggggAT-T--TAAATCAATTTA-AAAG--TTGTTTAATAAATAATTGGAATGCGGGAATC-CCGTGCTG--TG-TGTGACTCCATG-CAGATTCTTA----ACAAACCAA-TCTT-TTT--TAAGTTAAGT-ACTTCA------TACATTTAGAA--ATT-CAAACAG-T-AAACTACGAAT-----------------T-T-TT-GTG--ATATGACATGG-TGAA-GGCCAA-CTTAGTT-CTGCAATATTTTAAA-TAATGTACTGC-CA---AATACTTGCACGATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TATGTTTTATG----CTTAA---TTTATG-T---ATTA-CATGTATGTGCTTTTTTGGGGTTTATTTTTGTGTCATG-TCAGTCAAAATCTCT---ACAGAGCTT-A-TGTTAC-TG-TTTATATATAT-TGACTATA
gi|6 : aacTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGTA-----TGAATTACCGGAAAA-TATC--AGGAATGCTACA-AATATAATAAATCAATTTA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TT-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAA-C-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-AAA--ATT----ACT------------TAT----TATGTTTGCAA--T-T-TT-------TATGA-AGGG-TAA------AA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---GATACTTGCAC-AAGA-T---TAAAA--------------aaatgatattttctgaa
gi|7 : ctaCA-AAT-T--TAA-TCAA-----AAAA--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGAAATC-CTG---TGTGTG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTAA----ACAAACC-A-TCTT-TCT--T-AATT--GT-ACTACATACATGTACATTC-AAA--ATTGTAA------------ACATGT----TATGTTTGCAAT-T-T-TT-ATG--ATATGACAAGA-TGAAGCGTCAA-CTTAA---CTGTGATA-TCTAAA-TAATG---TAC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TGAAA--------------ATG-----------------TAT------------G-----TGTA-TGTA-
gi|8 : TCTATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TGTGTG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-AAA--ATTGAAAACTG-A-AAACTACATATTAAGTATGTTTGCAA--TGT-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTC-A-CTTAA---CTGTGATATCTTAAA-TAATG---TGT-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAtatgta
gi|9 : ATTTTAAAATAAT----TGC--A---GATACTTGCAC-ATG--T---TAAAATGTGT---------ATG-----------------TGTT-----------G-----TATA-TGT-------C-TAATGTTT-ATGTT---ATT--TATATG-GTA--------------TTTTTTATGT-ATGGTCGGTCAAAAGCTCT---A-AGAGATTAA-TGTTA---GTGTTTTGAATATTCGACTTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TACAAGGATACATCATATAATTTAAGAAAGAACAACAGTACAGGTTCCAAGGGTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333 111111 11 111111 4444444444 111 11 22222222222222 22222222222222222 111111111111111111 111111 111 11 4444444444444444 111111 1111111 33333333
lowQualScore : 00 6 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888 6 5 5 555555555555555 5 555555 6 99 5 5 66 2 5 0 66 888 0 4 4 777 11 4 4 4 4 8888 3 3 3 55 3 55 3 444444 77 66 1 0 0000000000 000 0 22 3 7 6 44 2 2 1 22 5 777 2 444 2 666 2 0 444 22222222222222 11111111111111111 3 888888888888888888 3 44 777777 0 333 11 5 7777777777777777 5 1 0 333333 3333333 55555555 6 3 1
lowQualScore : .. . . ................................................. . . . ............... . ...... . .. . . .. . . . .. ... . . . ... .. . . . . .... . . . .. . .. . ...... .. .. . . .......... ... . .. . . . .. . . . .. . ... . ... . ... . . ... .............. ................. . .................. . .. ...... . ... .. . ................ . . . ...... ....... ........ . . .
lowQualScore : 00 7 7 3333333333333333333333333333333333333333333333333 7 7 7 777777777777777 7 777777 7 22 7 0 99 2 0 4 99 888 1 4 4 000 00 0 4 4 4 5555 6 6 6 00 6 00 6 111111 11 11 1 9 6666666666 444 4 33 6 3 7 66 2 7 1 33 0 888 4 111 4 555 5 1 444 33333333333333 55555555555555555 6 777777777777777777 6 88 000000 4 888 99 0 7777777777777777 7 4 7 666666 9999999 00000000 6 7 0
consensus : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA-----------G---------------A-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-C-AAA-TACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----T------------ATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTCT---ACAGAGC-TT-A-TGTTACACG-GTTNTATATATCCGACTNTATA
Reference ( family-1781 ) : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA-----------G---------------A-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-C-AAA-TACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----T------------ATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTCT---ACAGAGC-TT-A-TGTTACACG-GTTNTATATATCCGACTNTATA
gi|1 : GGTTCA-AGAGTCTAGGGA--------CA-----------A---------------C-TTAAACATGGT-TT--GATATGCA-GGAAGCCAAACTGATGGAATGAACTACT-CGGAAACATATGAACTATCGGAAAAATATTTCAGGAATACTACATAAT-T--TAAATCAATTCA-ACTGCTTT---TAATAAATAATTGGAA-G-GGGAATC-CTG---TG--T--TGTGGCT-C-TGCCAGA-TCTTA----GCAAAGC-AGTCTT-TCTAAT-AGTT--GT-ACTGCAT-----TACATTT-CAA--ATTGTA---T--------------TTAAGTATGTTTTGGATTT-T-TT-ATG--ATATGACACGGTTGAAGGGATAA-CTTAAAGTCTGTGATATTTT-AA-TAATA---TGCGCAT--AATATTTGCAC-AT-ATT---TAAAA--------------ATGGTACGGTTTGACACACATAT-GTATATT------------ATA-TGTA-GGATTA-TAATGTTTTATGTTA--ATT--TATATA------------------------ATGTCATA-TAGGTCAAAGCCTGTCGCACAGAGC-GT-ATTGTT-TACT-GTT---TAAATTCCACTTTA
gi|10 : TACAGGTTCCTACGGT-TACG-AAAACTAAACATGGTTTT----G---------------A-TTC-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GTCAA-CT---------------T-TG-----------ACTACCTGAAAA-TATT--GGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTagataaaatttttcggaacttctgaagc
gi|11 : cagggatacatcatataatttaagaaagaacaacgAAACTGAC-TAA-TACATATTA-TCATGTATGCAAT-T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTATGATATTTTAAA-TAATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-A-----T------------GTG-TGTA-
gi|12 : CT-A-TCCT-TCT--T-AGTT--GT-ACTTCA------TACATT---AATGATTGTCATC-------------TATTAGGTATGTTTACAA--T-TATT-ATG--ATATGATATGG---------------TAA---CTGTGATATTCTAAA-TTATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------cgtat
gi|13 : AGGTTC--AGGGT-TAGG-A--------CACTGAAAATGTTG---------------AGTTA-------TATTCAGAT-TGCATGGA-GCCGAACT---------------TGTGGA------TGAACTA
gi|14 : aatacaaggatcccaataactttaagaaagaacacacagtA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGT-CA---GATACTTGCA--ACTATT---TAAAATGTATGGTATACACATG-----------------TAT-G-----T-------------TA-TGT--G----C-TGATGTTTT-TATTTACATTTGTATGTATGT
gi|15 : GG-TGAAGGGTAAA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---GATACTTGCAC-AAGATTAAAAAAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----T------------ATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--
gi|16 : AGGTATGTTTACAA--T-TGTT-ATG--ATATGATATGA-T--ATGGT-------AA---CTGTGATATTCTAAA-TTATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-GTGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----T------------ATA-TGTa
gi|17 : G-TAAAGG--CAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGAAC-ATGATT---TAAA
gi|18 : tcttgctaatgtctaatttgtatagctT-ATG--ATA-GACACGG-TGAAGTGTTAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TTTTG---TAC-CA---ATCACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATA-----------------T
gi|19 : G-TCGGTCAAAAGTTTT---ACAGAGCTTT-ACTGTAACA---GTTTTATATATCCGACTTTA
gi|2 : TACAGGTTCCAACGGT-TAGG-A--------CA-----------ACTAAACAAGGTTTAAA-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-AGGAA-----TGATCTACCTGAAGC-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTTA-AA-------------------TTGGAATG-GGAAATC-CTG---TG--TG-TGCGGCTCC-TG-CAGA-TCTTACATAGCAAACC-A-TCCTGTAC--T-A--C--AT-ACTG--------TACATTC-AAA--ATTGTAAACTGAC-AAA-TACAAATTAAGTATGTTTGCAA--T-T-TTTATG--ATATGACATGG-TGAAG----------------TGTAATATTCTAAA-TAGTG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----TGTATGTATGTGTATA-TGTA-G----T-GAATGTTTTATGTT---ATT--TACGTATGT---------------ATTTTTAAGTCA-------------GCTCT---ACAGAG--TT-A-TAT--CCCG-ACTATATACAaataaaattttctgaatatgc
gi|20 : tacaaggatacatgtacatcatataatttaagaaagaacaacactgGTG--------------TTTTTTATGTCATG-TTGGTCAAAAGCTC--------AGC-TT-A-TGTT--ACT-GTTATATATATCCGACTACAacattttctga
gi|22 : G-TGAAGAGTCAAACTTAA---CTGTGATATTTTGAA-TTATA---TGC-CA---AATACATGTAaata
gi|23 : G---TG--TG-TGTGGCTTC-TG-CAGA-TC--------------------T-TCT--T-AATT--GT-ACTTCA------TAC
gi|24 : TA----GAAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACA
gi|3 : TACATGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA---------------------------A-TTC-------T-TGCAGATATGCA-GGA-GCCTAACT---------------T-TGGAA-----TGAACAATCTGAAAA-TATT--AGGGATACTACA-AAT-T--AAAA-CAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTAGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-AAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCCT-TCT--T-AGAT--CC-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTGAC-AAA-TACATATTAAGTATGTTTACAA--T-T-TT-GTGGAATATGACATTG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAGA-TAATG---TGC-CAAATAATACCTCCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----T------------ATA-AGTA-G----C-AAATGCTTTTTGTT---ATT--TATGTATGTG--------------GTTTTTATGTCATG-TCGGTC--------------------------GTTATACA---TGTATATATCCGACTATGTA
gi|4 : CAGGTTCCTAGGGT-GAGG-A--------CAACTAAACATG-G---------------T-TTAATATC--T-TTCAGATATACA-GGG-ACCAAACT---------------T-TGGAA-----AAAACTACCTGAATA-TATC--AAGAATGCTACA-CAT-T--TAAACCAAT--ATAAAG--TT---TAATAA------GGAGTG-GGGAATCTTTA---TG--TG-TGTGG
gi|4 : G-GGGGATC-TAG---TG--TGGTGTGGCTCC-TG-CAGA-TGTTA----GCAAACC-A-TCCA-TCT--G-AGTT--GTTACTACA------AACATTC-GAA--ATTGTCAACTA-CCAAA-TACATATTAGGTGCGTTTAAAA--T-T-TTTGTG--ATATGATTTGG-TGAAGGGTCAAACTTAA---CTGTGATATTTGAAA-TA-TA---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TTAAA--------------ATG-----------------TAT-C-----T------------GCA----A-G------TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATgggggggggggggggggatctagtgtggtgtggctcctgcagatgttagcaaaccatccatctgagttgttactacaaacattcgaaattgtcaactaccaaatacatattaggtgcgtttaaaatttttgtgatatgatttggtgaagggtcaaacttaactgtgatatttgaaatatatgccaaatacttgcacatgattttaaaatgtatctgcaagtaatgttttatgttatttatgtat
gi|5 : caggttcctagggtgaggacaactaaacatggtttaatatctttcagatatacagggaccaaactttggaaaaaactacctgaatatatcaagaatgctacacatttaaaccaatataaagtttaataaggagtggggaatctttatgtgtgtggggggggggggggAT-T--TAAATCAATTTA-AAAG--TTGTTTAATAAATAATTGGAATGCGGGAATC-CCGTGCTG--TG-TGTGACTCCATG-CAGATTCTTA----ACAAACCAA-TCTT-TTT--TAAGTTAAGT-ACTTCA------TACATTTAGAA--ATT-CAAACAG-T-AAACTACGAAT-----------------T-T-TT-GTG--ATATGACATGG-TGAA-GGCCAA-CTTAGTT-CTGCAATATTTTAAA-TAATGTACTGC-CA---AATACTTGCACGATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----T------------ATGTTTTATG----CTTAA---TTTATG-T---ATTA-CATGTATGTGCTTTTTTGGGGTTTATTTTTGTGTCATG-TCAGTCAAAATCTCT---ACAGAGC-TT-A-TGTTAC-TG-TTTATATATAT-TGACTATA
gi|6 : aacTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGTA-----TGAATTACCGGAAAA-TATC--AGGAATGCTACA-AATATAATAAATCAATTTA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TT-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAA-C-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-AAA--ATT----ACT------------TAT----TATGTTTGCAA--T-T-TT-------TATGA-AGGG-TAA------AA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---GATACTTGCAC-AAGA-T---TAAAA--------------aaatgatattttctgaa
gi|7 : ctaCA-AAT-T--TAA-TCAA-----AAAA--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGAAATC-CTG---TGTGTG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTAA----ACAAACC-A-TCTT-TCT--T-AATT--GT-ACTACATACATGTACATTC-AAA--ATTGTAA------------ACATGT----TATGTTTGCAAT-T-T-TT-ATG--ATATGACAAGA-TGAAGCGTCAA-CTTAA---CTGTGATA-TCTAAA-TAATG---TAC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TGAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----T------------GTA-TGTA-
gi|8 : TCTATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TGTGTG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-AAA--ATTGAAAACTG-A-AAACTACATATTAAGTATGTTTGCAA--TGT-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTC-A-CTTAA---CTGTGATATCTTAAA-TAATG---TGT-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAtatgta
gi|9 : ATTTTAAAATAAT----TGC--A---GATACTTGCAC-ATG--T---TAAAATGTGT---------ATG-----------------TGTTG-----T------------ATA-TGT-------C-TAATGTTT-ATGTT---ATT--TATATG-GTA--------------TTTTTTATGT-ATGGTCGGTCAAAAGCTCT---A-AGAGA-TTAA-TGTTA---GTGTTTTGAATATTCGACTTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TACAAGGATACATCATATAATTTAAGAAAGAACAACAGTACAGGTTCCAAGGGTTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 5555555555555555555555555555555555555555555555555 333333333333333 111111 11 111111 4444444444 111 11 22222222222222 22222222222222222 111111111111111111 111111 111 11 4444444444444444 111111 1111111 33333333
lowQualScore : 00 6 6 8888888888888888888888888888888888888888888888888 6 5 5 555555555555555 5 555555 6 99 5 5 66 2 5 0 66 888 0 4 4 777 11 4 4 4 4 8888 3 3 3 55 3 55 3 444444 77 66 1 0 0000000000 000 0 22 3 7 6 44 2 2 1 22 5 777 2 444 2 666 2 0 444 22222222222222 11111111111111111 3 888888888888888888 3 44 777777 0 333 11 5 7777777777777777 5 1 0 333333 3333333 55555555 6 3 1
lowQualScore : .. . . ................................................. . . . ............... . ...... . .. . . .. . . . .. ... . . . ... .. . . . . .... . . . .. . .. . ...... .. .. . . .......... ... . .. . . . .. . . . .. . ... . ... . ... . . ... .............. ................. . .................. . .. ...... . ... .. . ................ . . . ...... ....... ........ . . .
lowQualScore : 00 7 7 3333333333333333333333333333333333333333333333333 7 7 7 777777777777777 7 777777 7 22 7 0 99 2 0 4 99 888 1 4 4 000 00 0 4 4 4 5555 6 6 6 00 6 00 6 111111 11 11 1 9 6666666666 444 4 33 6 3 7 66 2 7 1 33 0 888 4 111 4 555 5 1 444 33333333333333 55555555555555555 6 777777777777777777 6 88 000000 4 888 99 0 7777777777777777 7 4 7 666666 9999999 00000000 6 7 0
consensus : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA-----------G---------------A-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-C-AAA-TACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----T------------ATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTCT---ACAGAGC-TT-A-TGTTACACG-GTTNTATATATCCGACTNTATA
Reference ( family-1781 ) : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA-----------G---------------A-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-C-AAA-TACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----T------------ATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTCT---ACAGAGC-TT-A-TGTTACACG-GTTNTATATATCCGACTNTATA
gi|1 : GGTTCA-AGAGTCTAGGGA--------CA-----------A---------------C-TTAAACATGGT-TT--GATATGCA-GGAAGCCAAACTGATGGAATGAACTACT-CGGAAACATATGAACTATCGGAAAAATATTTCAGGAATACTACATAAT-T--TAAATCAATTCA-ACTGCTTT---TAATAAATAATTGGAA-G-GGGAATC-CTG---TG--T--TGTGGCT-C-TGCCAGA-TCTTA----GCAAAGC-AGTCTT-TCTAAT-AGTT--GT-ACTGCAT-----TACATTT-CAA--ATTGTA---T--------------TTAAGTATGTTTTGGATTT-T-TT-ATG--ATATGACACGGTTGAAGGGATAA-CTTAAAGTCTGTGATATTTT-AA-TAATA---TGCGCAT--AATATTTGCAC-AT-ATT---TAAAA--------------ATGGTACGGTTTGACACACATAT-GTATATT------------ATA-TGTA-GGATTA-TAATGTTTTATGTTA--ATT--TATATA------------------------ATGTCATA-TAGGTCAAAGCCTGTCGCACAGAGC-GT-ATTGTT-TACT-GTT---TAAATTCCACTTTA
gi|10 : TACAGGTTCCTACGGT-TACG-AAAACTAAACATGGTTTT----G---------------A-TTC-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GTCAA-CT---------------T-TG-----------ACTACCTGAAAA-TATT--GGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTagataaaatttttcggaacttctgaagc
gi|11 : cagggatacatcatataatttaagaaagaacaacgAAACTGAC-TAA-TACATATTA-TCATGTATGCAAT-T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTATGATATTTTAAA-TAATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-A-----T------------GTG-TGTA-
gi|12 : CT-A-TCCT-TCT--T-AGTT--GT-ACTTCA------TACATT---AATGATTGTCATC-------------TATTAGGTATGTTTACAA--T-TATT-ATG--ATATGATATGG---------------TAA---CTGTGATATTCTAAA-TTATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------cgtat
gi|13 : AGGTTC--AGGGT-TAGG-A--------CACTGAAAATGTTG---------------AGTTA-------TATTCAGAT-TGCATGGA-GCCGAACT---------------TGTGGA------TGAACTA
gi|14 : aatacaaggatcccaataactttaagaaagaacacacagtA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGT-CA---GATACTTGCA--ACTATT---TAAAATGTATGGTATACACATG-----------------TAT-G-----T-------------TA-TGT--G----C-TGATGTTTT-TATTTACATTTGTATGTATGT
gi|15 : GG-TGAAGGGTAAA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---GATACTTGCAC-AAGATTAAAAAAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----T------------ATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--
gi|16 : AGGTATGTTTACAA--T-TGTT-ATG--ATATGATATGA-T--ATGGT-------AA---CTGTGATATTCTAAA-TTATA---TGC-CA---AATACTTGCAC-GTGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----T------------ATA-TGTa
gi|17 : G-TAAAGG--CAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGAAC-ATGATT---TAAA
gi|18 : tcttgctaatgtctaatttgtatagctT-ATG--ATA-GACACGG-TGAAGTGTTAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TTTTG---TAC-CA---ATCACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATA-----------------T
gi|19 : G-TCGGTCAAAAGTTTT---ACAGAGCTTT-ACTGTAACA---GTTTTATATATCCGACTTTA
gi|2 : TACAGGTTCCAACGGT-TAGG-A--------CA-----------ACTAAACAAGGTTTAAA-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-AGGAA-----TGATCTACCTGAAGC-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTTA-AA-------------------TTGGAATG-GGAAATC-CTG---TG--TG-TGCGGCTCC-TG-CAGA-TCTTACATAGCAAACC-A-TCCTGTAC--T-A--C--AT-ACTG--------TACATTC-AAA--ATTGTAAACTGAC-AAA-TACAAATTAAGTATGTTTGCAA--T-T-TTTATG--ATATGACATGG-TGAAG----------------TGTAATATTCTAAA-TAGTG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----TGTATGTATGTGTATA-TGTA-G----T-GAATGTTTTATGTT---ATT--TACGTATGT---------------ATTTTTAAGTCA-------------GCTCT---ACAGAG--TT-A-TAT--CCCG-ACTATATACAaataaaattttctgaatatgc
gi|20 : tacaaggatacatgtacatcatataatttaagaaagaacaacactgGTG--------------TTTTTTATGTCATG-TTGGTCAAAAGCTC--------AGC-TT-A-TGTT--ACT-GTTATATATATCCGACTACAacattttctga
gi|22 : G-TGAAGAGTCAAACTTAA---CTGTGATATTTTGAA-TTATA---TGC-CA---AATACATGTAaata
gi|23 : G---TG--TG-TGTGGCTTC-TG-CAGA-TC--------------------T-TCT--T-AATT--GT-ACTTCA------TAC
gi|24 : TA----GAAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACA
gi|3 : TACATGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA---------------------------A-TTC-------T-TGCAGATATGCA-GGA-GCCTAACT---------------T-TGGAA-----TGAACAATCTGAAAA-TATT--AGGGATACTACA-AAT-T--AAAA-CAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTAGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-AAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCCT-TCT--T-AGAT--CC-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTGAC-AAA-TACATATTAAGTATGTTTACAA--T-T-TT-GTGGAATATGACATTG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAGA-TAATG---TGC-CAAATAATACCTCCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----T------------ATA-AGTA-G----C-AAATGCTTTTTGTT---ATT--TATGTATGTG--------------GTTTTTATGTCATG-TCGGTC--------------------------GTTATACA---TGTATATATCCGACTATGTA
gi|4 : CAGGTTCCTAGGGT-GAGG-A--------CAACTAAACATG-G---------------T-TTAATATC--T-TTCAGATATACA-GGG-ACCAAACT---------------T-TGGAA-----AAAACTACCTGAATA-TATC--AAGAATGCTACA-CAT-T--TAAACCAAT--ATAAAG--TT---TAATAA------GGAGTG-GGGAATCTTTA---TG--TG-TGTGG
gi|4 : G-GGGGATC-TAG---TG--TGGTGTGGCTCC-TG-CAGA-TGTTA----GCAAACC-A-TCCA-TCT--G-AGTT--GTTACTACA------AACATTC-GAA--ATTGTCAACTA-CCAAA-TACATATTAGGTGCGTTTAAAA--T-T-TTTGTG--ATATGATTTGG-TGAAGGGTCAAACTTAA---CTGTGATATTTGAAA-TA-TA---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TTAAA--------------ATG-----------------TAT-C-----T------------GCA----A-G------TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATgggggggggggggggggatctagtgtggtgtggctcctgcagatgttagcaaaccatccatctgagttgttactacaaacattcgaaattgtcaactaccaaatacatattaggtgcgtttaaaatttttgtgatatgatttggtgaagggtcaaacttaactgtgatatttgaaatatatgccaaatacttgcacatgattttaaaatgtatctgcaagtaatgttttatgttatttatgtat
gi|5 : caggttcctagggtgaggacaactaaacatggtttaatatctttcagatatacagggaccaaactttggaaaaaactacctgaatatatcaagaatgctacacatttaaaccaatataaagtttaataaggagtggggaatctttatgtgtgtggggggggggggggAT-T--TAAATCAATTTA-AAAG--TTGTTTAATAAATAATTGGAATGCGGGAATC-CCGTGCTG--TG-TGTGACTCCATG-CAGATTCTTA----ACAAACCAA-TCTT-TTT--TAAGTTAAGT-ACTTCA------TACATTTAGAA--ATT-CAAACAG-T-AAACTACGAAT-----------------T-T-TT-GTG--ATATGACATGG-TGAA-GGCCAA-CTTAGTT-CTGCAATATTTTAAA-TAATGTACTGC-CA---AATACTTGCACGATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----T------------ATGTTTTATG----CTTAA---TTTATG-T---ATTA-CATGTATGTGCTTTTTTGGGGTTTATTTTTGTGTCATG-TCAGTCAAAATCTCT---ACAGAGC-TT-A-TGTTAC-TG-TTTATATATAT-TGACTATA
gi|6 : aacTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGTA-----TGAATTACCGGAAAA-TATC--AGGAATGCTACA-AATATAATAAATCAATTTA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TT-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAA-C-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-AAA--ATT----ACT------------TAT----TATGTTTGCAA--T-T-TT-------TATGA-AGGG-TAA------AA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---GATACTTGCAC-AAGA-T---TAAAA--------------aaatgatattttctgaa
gi|7 : ctaCA-AAT-T--TAA-TCAA-----AAAA--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGAAATC-CTG---TGTGTG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTAA----ACAAACC-A-TCTT-TCT--T-AATT--GT-ACTACATACATGTACATTC-AAA--ATTGTAA------------ACATGT----TATGTTTGCAAT-T-T-TT-ATG--ATATGACAAGA-TGAAGCGTCAA-CTTAA---CTGTGATA-TCTAAA-TAATG---TAC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TGAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----T------------GTA-TGTA-
gi|8 : TCTATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TGTGTG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-AAA--ATTGAAAACTG-A-AAACTACATATTAAGTATGTTTGCAA--TGT-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTC-A-CTTAA---CTGTGATATCTTAAA-TAATG---TGT-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAtatgta
gi|9 : ATTTTAAAATAAT----TGC--A---GATACTTGCAC-ATG--T---TAAAATGTGT---------ATG-----------------TGTTG-----T------------ATA-TGT-------C-TAATGTTT-ATGTT---ATT--TATATG-GTA--------------TTTTTTATGT-ATGGTCGGTCAAAAGCTCT---A-AGAGA-TTAA-TGTTA---GTGTTTTGAATATTCGACTTTA
blockSeqs : CT . . AAACTAAACATGGTTTTGATTC A T . . G A . . . A AA T T . GTT C T TGC TG G A . T CATA A . G . A AA T TACATG AG TG G TGACTAAT TAG T G A T GA C . G TC A TT A TAC . AAT G AAA TGTATGGTATACAC . T TGTATGTATGTGT T AT CT TAC TG T GCTTTTTTGGGGTTTA G A TAC CTTTAC TATACA T C T
blockSeqs : CA . . CAACTAAACAAGGTTTAAATTA . . . . . A . . . . . C . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . A . G TGACAAAT TAA T . G T . T . G TA A . . . . . . . TGTGT . . T . A C . A T GT . A TAC ATTAA TACTGT A C A
blockSeqs : CT . . CAACTAAACATGGTTTAATATC . . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . G TGACAAAT TAA . . . . . T . G TT . . . . . . . . . . . T . A C . . T GG . A TAC CTTA AACAG A C A
blockSeqs : CT . . CACTGAAAATGTTGAGTTA . . . . . A . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . G TACCAAAT TAG . . . . . C . G TC . . . . . . . . . . . T . A T . . T AT . A TA CTTA CCCGA G T A
blockSeqs : . . . CAATTC . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G AGTAAACT TAA . . . . . T . T TC . . . . . . . . . . . T . A C . . T A . . . TTA TACTG A . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . G TGAAAACT TA . . . . . T . A TC . . . . . . . . . . . T . A C . . . . . . . TAGTG T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . T . . . . . . T . G CC . . . . . . . . . . . T . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . G TC . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . G TC . . . . . . . . . . . T . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . A . C T . . . . . . . . . . . T .
blockSeqs : . . C . G C . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : CT CAACTAAACATGGTTTAAATTC*************************** *************** A***** ** ** ** ****** TGACAAAT** ** *** *** ***************** T***************** C***** *** GT************** TAC*** CTTA*** TACNG***
originalCons : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-A--------CA-----------G---------------A-TTA-------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTG-C-AAA-TACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-G-----T------------ATA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTG--------------NTTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTCT---ACAGAGC-TT-A-TGTTACACG-GTTNTATATATCCGACTNTATA
finalCons : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-ACAACTAAACATGGTTTAAATTC---------------------------T-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTG---TG--TG-TGTGGCTCC-TG-CAGA-TCTTA----GCAAACC-A-TCTT-TCT--T-AGTT--GT-ACTGCA------TACATTC-GAA--ATTGTAAACTGACAAAT--ACATATTAGGTATGTTTGCAA--T-T-TT-ATG--ATATGACACGG-TGAAGGGTCAA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATG---TGC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-GT-----------------ATA-TGTA-GC-----TAATGTTTTATGTT---ATT--TATGTATGTGT--------------TTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTCTAC---AGAGCTTA---TGTTACNG---TTNTATATATCCGACTNTATA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TACAAGGATACATCATATAATTTAAGAAAGAACAACAGTACAGGTTCCAAGGGTTA
Alignments
lowQualScore : 11 111 333333333333333 111111 111 111111 111111 2222222222 11 22222222222222 22222222222222222 222222222222222222 111111 1111 3333333333333333 111 1111111
lowQualScore : 00 6 6 6 2 777 0 5 5 5 3 555555555555555 5 555555 6 99 5 5 66 2 5 0 66 888 0 4 4 888 4 4 4 4 8888 7 3 55 3 55 3 000000 3 77 66 222222 0 9999999999 7777 0 7 3 7 11 44 2 2 77777 2 777 2 444 2 666 2 0 444 22222222222222 11111111111111111 3 777777777777777777 3 44 777777 3 5 5 2222 5 4444444444444444 2 5 1 000 0 0 3333333 5 0 3 5 6 3 1
lowQualScore : .. . . . . ... . . . . . ............... . ...... . .. . . .. . . . .. ... . . . ... . . . . .... . . .. . .. . ...... . .. .. ...... . .......... .... . . . . .. .. . . ..... . ... . ... . ... . . ... .............. ................. . .................. . .. ...... . . . .... . ................ . . . ... . . ....... . . . . . . .
lowQualScore : 00 7 7 7 5 333 7 7 7 7 9 777777777777777 7 777777 7 22 7 0 99 2 0 4 99 888 1 4 4 000 0 4 4 4 5555 3 6 00 6 00 6 555555 6 11 11 888888 9 7777777777 0000 4 3 6 3 22 66 2 7 77777 5 888 4 111 4 555 5 1 444 33333333333333 55555555555555555 6 333333333333333333 6 88 000000 2 0 0 1111 0 0000000000000000 5 7 4 000 7 7 9999999 7 3 0 7 6 7 0
consensus : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-ACAACT-AAACATGGTTT-A-TTCT-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTGTG---TG-TGTGGCTCC-TGC-AGAT-CTTA----GCAAACCA-TCTT-TCT--TA-GTT--GT-ACTGCA------T-ACATTC-GAA--ATT------GTAAACTGACAAATACATATTAGGTATGTTTGCAA-T-T-TT--ATG--ATATGACACGGT-GAAGGGTC-AA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATGT---GC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-GT------------A-----TA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT-ATT-TA----TGTATGTGT--------------TTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTCT---ACAGAGC-TT-A-TG-TTACTG-TTNTATATATCCGACTNTATA
Reference ( family-1781 ) : TACAGGTTCCTAGGGT-TAGG-ACAACT-AAACATGGTTTAAATTCT-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGAA-----TGAACTACCTGAAAA-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTGTG---TG-TGTGGCTCC-TGC-AGAT-CTTA----GCAAACCA-TCTT-TCT--TA-GTT--GT-ACTGCA------T-ACATTC-GAA--ATT------GTAAACTGACAAATACATATTAGGTATGTTTGCAA-T-T-TT--ATG--ATATGACACGGT-GAAGGGTC-AA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATGT---GC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-GT------------A-----TA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT-ATT-TA----TGTATGTGT--------------TTTTTATGTCATG-TCGGTCAAAAGCTCT---ACAGAGC-TT-A-TG-TTACNG-TTNTATATATCCGACTNTATA
gi|1 : GGTTCA-AGAGTCTAGGGACAACTTAAACATGGTTT------------GATATGCA-GGAAGCCAAACTGATGGAATGAACTACT-CGGAAACATATGAACTATCGGAAAAATATTTCAGGAATACTACATAAT-T--TAAATCAATTCA-ACTGCTTT---TAATAAATAATTGGAA-G-GGGAATC-CTGTG---T--TGTGGCTC--TGCCAGAT-CTTA----GCAAAGCAGTCTT-TCTAATA-GTT--GT-ACTGCA------TTACATTT-CAA--ATT------GTA--------------T-TTAAGTATGTTTTGGA-T-T-TTTTATG--ATATGACACGGTTGAAGGGAT-AA-CTTAAAGTCTGTGATATTTTAA--TAATAT---GCGCAT--AATATTTGCAC-AT-ATT---TAAAA--------------ATGGTACGGTTTGACACACATAT-GT------------ATATTATA-TGTA-GGATTA-TAATGTTTTATGTTAATT-TA----TATA------------------------ATGTCATA-TAGGTCAAAGCCTGTCGCACAGAGC-GT-ATTGTTTACTG-TT---TAAATTCCACTTTA
gi|10 : TACAGGTTCCTACGGT-TACG-AAAACT-AAACATGGTTTTGATTCT-TTCAGATATGCA-GGA-GTC-AACT---------------T-TG-----------ACTACCTGAAAA-TATT--GGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTagataaaatttttcggaacttctgaagc
gi|11 : cagggatacatcatataatttaagaaagaacaacgAAACTGACTAATACATATTAT-CATGTATGCAA-T-T-TTT-ATG--ATATGACACGGT-GAAGGGTC-AA-CTTAA---CTATGATATTTTAAA-TAATAT---GC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-AT------------G-----TG-TGTA-
gi|12 : CTA-TCCT-TCT--TA-GTT--GT-ACTTCA------T-ACATT---AATGATT------GTCATCT-----------ATTAGGTATGTTTACAA-T-TATT--ATG--ATATGATATGGT----------------AA---CTGTGATATTCTAAA-TTATAT---GC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------cgtat
gi|13 : AGGTTC--AGGGT-TAGG-ACA-CT-GAAAATG--TTGAGTTATATTCAGAT-TGCATGGA-GCCGAACT---------------TGTGGA------TGAACTA
gi|14 : aatacaaggatcccaataactttaagaaagaacacacagtA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATGT---GT-CA---GATACTTGCA--ACTATT---TAAAATGTATGGTATACACATG-----------------TAT-GT------------------TA-TGT--G----C-TGATGTTT----TT-ATT-TACATTTGTATGTAT--------------
gi|15 : GGT-GAAGGGTA-AA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATGT---GC-CA---GATACTTGCAC-AAGATTAAAAAAAA--------------ATG-----------------TAT-GT------------A-----TA-TGTA-G----C-TAATGTTTTATGTT-ATT-gt
gi|16 : AGGTATGTTTACAA-T-TGTT--ATG--ATATGATATGAT---ATGGT--------AA---CTGTGATATTCTAAA-TTATAT---GC-CA---AATACTTGCAC-GTGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-GT------------A-----TA-TGTa
gi|17 : GT-AAAGG--C-AA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATGT---GC-CA---AATACTTGAAC-ATGATT---TAAA
gi|18 : tcttgctaatgtctaatttgtatagctT--ATG--ATA-GACACGGT-GAAGTGTT-AA-CTTAA---CTGTGATATTTTAAA-TTTTGT---AC-CA---ATCACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATA-----------------T
gi|19 : G-TCGGTCAAAAGTTTT---ACAGAGCTTT-ACTG-TAACAG-TTTTATATATCCGACTTTA
gi|2 : TACAGGTTCCAACGGT-TAGG-ACAACT-AAACAAGGTTTAAATTAT-TTCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-AGGAA-----TGATCTACCTGAAGC-TATT--AGGAATACTACA-AAT-T--TAAATCAATTTA-AA-------------------TTGGAATG-GGAAATC-CTGTG---TG-TGCGGCTCC-TGC-AGAT-CTTACATAGCAAACCA-TCCTGTAC--TA---C--AT-ACTG--------T-ACATTC-AAA--ATT------GTAAACTGACAAATACAAATTAAGTATGTTTGCAA-T-T-TTT-ATG--ATATGACATGGT-GAAG-----------------TGTAATATTCTAAA-TAGTGT---GC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-GTGTATGTATGTGTA-----TA-TGTA-G----T-GAATGTTTTATGTT-ATT-TA----CGTATGTAT--------------TTTTAA-----------GTCA---GCTCT---ACAGAG--TT-A-TA-TCCCGA-CTATATACAaataaaattttctgaatatgc
gi|20 : tacaaggatacatgtacatcatataatttaagaaagaacaacactgGTGT--------------TTTTTATGTCATG-TTGGTCAAAAGCTC--------AGC-TT-A-TG-TTACTG-TTATATATATCCGACTACAacattttctga
gi|22 : GT-GAAGAGTC-AAACTTAA---CTGTGATATTTTGAA-TTATAT---GC-CA---AATACATGTAaata
gi|23 : GTG---TG-TGTGGCTTC-TGC-AGAT-C-------------------T-TCT--TA-ATT--GT-ACTTCA------T-AC
gi|24 : TA----GAAAACCA-TCTT-TCT--TA-GTT--GT-ACTGCA------T-ACA
gi|3 : TACATGTTCCTAGGGT-TAGG-ACAA-----------------TTCT-TGCAGATATGCA-GGA-GCCTAACT---------------T-TGGAA-----TGAACAATCTGAAAA-TATT--AGGGATACTACA-AAT-T--AAAA-CAATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTAGAATG-GGGAATC-CTGTG---TG-TGTGGCTCC-TGA-AGAT-CTTA----GCAAACCA-TCCT-TCT--TA-GAT--CC-ACTGCA------T-ACATTC-GAA--ATT------GTAAACTGACAAATACATATTAAGTATGTTTACAA-T-T-TT--GTGGAATATGACATTGT-GAAGGGTC-AA-CTTAA---CTGTGATATTTTAGA-TAATGT---GC-CAAATAATACCTCCAC-ATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-GT------------A-----TA-AGTA-G----C-AAATGCTTTTTGTT-ATT-TA----TGTATGTGG--------------TTTTTATGTCATG-TCGGTC----GTTAT---ACA---------------------TGTATATATCCGACTATGTA
gi|4 : CAGGTTCCTAGGGT-GAGG-ACAACT-AAACATGGTTTAATATCT-TTCAGATATACA-GGG-ACCAAACT---------------T-TGGAA-----AAAACTACCTGAATA-TATC--AAGAATGCTACA-CAT-T--TAAACCAAT--ATAAAG--TT---TAATAA------GGAGTG-GGGAATCTTTATG---TG-TGTGG
gi|4 : G-GGGGATC-TAGTG---TGGTGTGGCTCC-TGC-AGAT-GTTA----GCAAACCA-TCCA-TCT--GA-GTT--GTTACTACA------A-ACATTC-GAA--ATT------GTCAACTACCAAATACATATTAGGTGCGTTTAAAATT-T-TT--GTG--ATATGATTTGGT-GAAGGGTCAAA-CTTAA---CTGTGATATTTGAAA-T-ATAT---GC-CA---AATACTTGCAC-ATGATT---TTAAA--------------ATG-----------------TAT-CT------------G-----CA----A-G------TAATGTTTTATGTT-ATT-TA----TGTATgggggggggggggggggatctagtgtggtgtggctcctgcagatgttagcaaaccatccatctgagttgttactacaaacattcgaaattgtcaactaccaaatacatattaggtgcgtttaaaatttttgtgatatgatttggtgaagggtcaaacttaactgtgatatttgaaatatatgccaaatacttgcacatgattttaaaatgtatctgcaagtaatgttttatgttatttatgtat
gi|5 : caggttcctagggtgaggacaactaaacatggtttaatatctttcagatatacagggaccaaactttggaaaaaactacctgaatatatcaagaatgctacacatttaaaccaatataaagtttaataaggagtggggaatctttatgtgtgtggggggggggggggAT-T--TAAATCAATTTA-AAAG--TTGTTTAATAAATAATTGGAATGCGGGAATC-CCGTGCTGTG-TGTGACTCCATGC-AGATTCTTA----ACAAACCAATCTT-TTT--TAAGTTAAGT-ACTTCA------T-ACATTTAGAA--ATTCAAACAGTAAACT-ACGAAT----------------------T-T-TT--GTG--ATATGACATGGT-GAAGG-CC-AA-CTTAGTT-CTGCAATATTTTAAA-TAATGTACTGC-CA---AATACTTGCACGATGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAT-GT------------A-----TGTTTTATG----CTTAA---TTTATG-T-ATTACA----TGTATGTGCTTTTTTGGGGTTTATTTTTGTGTCATG-TCAGTCAAAATCTCT---ACAGAGC-TT-A-TG-TTACTGTTTATATATAT-TGACTATA
gi|6 : aacCT-ATCAGATATGCA-GGA-GCCAAACT---------------T-TGGTA-----TGAATTACCGGAAAA-TATC--AGGAATGCTACA-AATATAATAAATCAATTTA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTGTG---TT-TGTGGCTCC-TGC-AGAT-CTTA----GCAAA-CA-TCTT-TCT--TA-GTT--GT-ACTGCA------T-ACATTC-AAA--ATT----------ACT----------TAT----TATGTTTGCAA-T-T-TT--------TATGA-AGGGT-AA-------AA-CGTAA---CTGTGATATTTTAAA-TAATGT---GC-CA---GATACTTGCAC-AAGA-T---TAAAA--------------aaatgatattttctgaa
gi|7 : CA-AAT-T--TAA-TCAA-----AAAA--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGAAATC-CTGTGTG-TG-TGTGGCTCC-TGC-AGAT-CTAA----ACAAACCA-TCTT-TCT--TA-ATT--GT-ACTACATACATGT-ACATTC-AAA--ATT------GTAA----------ACATGT----TATGTTTGCAATT-T-TT--ATG--ATATGACAAGAT-GAAGCGTC-AA-CTTAA---CTGTGATA-TCTAAA-TAATGT---AC-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TGAAA--------------ATG-----------------TAT-GT------------G-----TA-TGTA-
gi|8 : TCTATTCA-AAAG--TT---TAATAAATAATTGGAATG-GGGAATC-CTGTGTG-TG-TGTGGCTCC-TGC-AGAT-CTTA----GCAAACCA-TCTT-TCT--TA-GTT--GT-ACTGCA------T-ACATTC-AAA--ATT------GAAAACTGAAAACTACATATTAAGTATGTTTGCAA-TGT-TT--ATG--ATATGACACGGT-GAAGGGTC--A-CTTAA---CTGTGATATCTTAAA-TAATGT---GT-CA---AATACTTGCAC-AAGATT---TAAAA--------------ATG-----------------TAtatgta
gi|9 : ATTTTAAAATAAT-T---GC--A---GATACTTGCAC-ATG--T---TAAAATGTGT---------ATG-----------------TGTTGT------------A-----TA-TGT-------C-TAATGTTT-ATGTT-ATT-TA----TATG-GTAT--------------TTTTTATGT-ATGGTCGGTCAAAAGCTCT---A-AGAGA-TTAA-TG-TTAGTG-TTTTGAATATTCGACTTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): TACAAGGATACATCATATAATTTAAGAAAGAACAACAGTACAGGTTCCAAGGGTTA