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blockSeqs : . . CC . . . . A . . . .
blockSeqs : . . CC . . . . A . . . .
blockSeqs : . . CC . . . . A . . . .
blockSeqs : . . T . . . . A . . . .
blockSeqs : . . C . . . . A . . . .
blockSeqs : . . T . . . . A . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . .
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blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : CC*************
originalCons : GACTGG-TA---CCC--C-----------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGTT
finalCons : GACTGG-TA---CCCC-------------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGTT
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CTGGTCCCACGTTTATTGGTGCATACACAAAACAACGAGTAAGGGGTACTTG
Unaligned ( gi|11 ): GGCGATGCCCCTGGGTTGAGTAGTATGCAAGTCACAAATACATTGA
Unaligned ( gi|13 ): GTCTCCCCGTTGATTTGATGCTATTCATAACTTGTACTTGAGCAA
Unaligned ( gi|33 ): TGGTCCCCCGTTTTATTGGTCTATACACTTTTGTACTTGAG
Unaligned ( gi|35 ): CTGGTCCCCCGTTGATTGGTGCAATACACAATAGTACTTG
Unaligned ( gi|36 ): GGTCCCCCCCGTTGATTGATGCTATACATAAACTTGTTGA
Unaligned ( gi|37 ): ACTGGTCCCCCGTTGATTGGTGCTATCACATTGACTGAGT
Unaligned ( gi|40 ): CTGGTCCCCCCTTGATTGATGCTATACATAAACTTGAGC
Unaligned ( gi|41 ): TGCCTGTTGTACTCGAAAGAAGCGAGATCCAATAGGATA
Unaligned ( gi|46 ): AACTGGTCCCCCGTTGATTGGTGCTTAATACACAAAA
Unaligned ( gi|47 ): TACCTAAGAGAGCCAGAGCCAACAGGGAACCAGTTT
Unaligned ( gi|50 ): GTCCCCCGTTTGATGGTGCAACACAAACTTGAG
Unaligned ( gi|51 ): CCCCGTTGATTTGGTGCTGACACAAACTGGAGC
Alignments
lowQualScore : 222222222222222
lowQualScore : 2 222 000000000000000 1 0 1 0 1 333 0 444444444 11 44 0 0 1 2222 222222 1
lowQualScore : . ... ............... . . . . . ... . ......... .. .. . . . .... ...... .
lowQualScore : 4 111 999999999999999 0 9 8 9 8 888 9 555555555 99 00 9 9 9 0000 777777 0
consensus : GACTGG-TA---CCC--C-----------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGTT
Reference ( family-1740 ) : GACTGG-TA---CCC--C-----------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGTT
gi|1 : ACTGG-TA---CCT--CCCACCTGACCGGAG-A--A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGTT
gi|10 : atgtcgaGACTGG-TA---CCC--T-----------GAG-AG-A-A-GC-AA---T-GG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGTT
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gi|15 : GACTGG-TA---CCC--C-----------GAG-AG-A-A-GC-GA---G-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGT
gi|16 : cGACTGG-TA---CC---------------GAG-GG-A-A-GC-AA---T-AG---------CA-C--AAC-A-GAG----G------TAC-CAGTT
gi|17 : cGACTGG-TA---CC---------------GAG-A--A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-GCG----G------TACACAGTT
gi|18 : cGACTGG-TA---C----------------GAG-TG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGTT
gi|19 : atcACTGG-TA---CT---------------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-AGC--------CA-CAAAAC-AGG-G----G------TAC-C
gi|20 : gtGACTGG-TA---CC---------------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-TG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGTTg
gi|21 : GACTGG-TA---CCC--C-----------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGt
gi|22 : cGACTGG-TA---CC---------------GAA-AG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----A------TAC-CAGTT
gi|23 : cGACTGG-TA---CT--------------------G-A-A-GC-AA---T-AG---------CA-CA-AAG-G-G-G----G------TAC-CAGTT
gi|24 : atcGACTGG-TA---CCC--C-----------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGTt
gi|25 : GACTGG-CA---CT---------------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGT
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gi|27 : tcGACTGG-TA---CC---------------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAG
gi|28 : tcGACTGG-TA---CCC--C-----------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-C
gi|29 : cGACTGG-TA---CCC--C-----------GAGAAG-A-A-GC-GAATCT-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------
gi|3 : cGACTGGGTA---C----------------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-AGAAATTTAAACA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAG
gi|30 : cACTGG-TA---CC---------------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGTTg
gi|31 : GACTGG-TA---CC---------------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGT
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gi|34 : C--C-----------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----GGCTTCCTAC-CAGTT
gi|38 : GG-TA---CTT--------------GAG-AG-A-A-GC-CA---G-AG---------C--C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGTT
gi|39 : -----------GAG-AG-A-A-GC-GA---G-AA---------C--C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGt
gi|4 : tgttgtactgGACTGG-TA---CACGAC-----------GA--AG-ATA-GCCGA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-C-GTT
gi|42 : cGACTG--TA---CCC--------------GAG-AG-A-AAGC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A---G----G------TAC-t
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gi|48 : --C-----------GAG-AG-A-A-GC-CA---G-AG---------T--C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGTTtagccgaa
gi|49 : tGACTGG-TA---CT---------------GAG-AA-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--
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gi|56 : -AG-A-A-GC-GA---G-AG---------C--C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGTTtaag
gi|57 : -TA---CCC--C-----------AAG-AG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------tag
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gi|7 : tCTGG-TA---CCC--C-----------GAG-AG-A-A--C-GA---TAAG---------CA-C--AAC-A-G-G----G------TAC-CAGTTt
gi|8 : cgacGACTGG-TA----CC--C-----------GAG-AG-ATA-GCTGA---T-AG----------A-C--AACGA-G-C----G------TAC-CAt
gi|9 : attcGACTGG-TA---CCC--C-----------GAG-AG-A-A-GC-GA---T-AG---------CA-CA-AAC-A-G-G----G------TAC-CAGTTa
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): CTGGTCCCACGTTTATTGGTGCATACACAAAACAACGAGTAAGGGGTACTTG
Unaligned ( gi|11 ): GGCGATGCCCCTGGGTTGAGTAGTATGCAAGTCACAAATACATTGA
Unaligned ( gi|13 ): GTCTCCCCGTTGATTTGATGCTATTCATAACTTGTACTTGAGCAA
Unaligned ( gi|33 ): TGGTCCCCCGTTTTATTGGTCTATACACTTTTGTACTTGAG
Unaligned ( gi|35 ): CTGGTCCCCCGTTGATTGGTGCAATACACAATAGTACTTG
Unaligned ( gi|36 ): GGTCCCCCCCGTTGATTGATGCTATACATAAACTTGTTGA
Unaligned ( gi|37 ): ACTGGTCCCCCGTTGATTGGTGCTATCACATTGACTGAGT
Unaligned ( gi|40 ): CTGGTCCCCCCTTGATTGATGCTATACATAAACTTGAGC
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