lowQualScore : 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 444444444444 1 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 111 11 111 333333333333333333 3333 1
lowQualScore : 6 6 0 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 6 77 888888888888 1 0 4 777 5 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 55 4 888 4 22 3 4 4 8 8 000 9 4 2 000000000000000000 5 77 0 1111 7 6
lowQualScore : . . . ....................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... . . .. ............ . . . ... . . ....................................................................................................... . .. . ... . .. . . . . . ... . . . .................. . .. . .... . .
lowQualScore : 0 0 8 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2 0 44 777777777777 7 4 4 888 0 4 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 55 0 999 0 66 7 0 0 0 6 999 0 4 7 444444444444444444 0 66 6 8888 2 3
consensus : GCATGCGCAAGTACATGTTTATCGGAATCA---ACGGCATG--TNTCAAGAGAAT-CT---GAG--AAATATCCT-GC-ATGGCTTGTGGAAAACAGATTTTTATTGA--T-----CT-TT-AATGNTATGGAGTTTGA-ATATATATACATTTATATATNCATAGTTATA-TGACA--ATATAC---T---CNAAC-----AACGCTCAACA---AAAN---AAG-TA-ATATA-------TTGCTNTTCG-AATAT-TTTGAAATGGACA-TC--AG-ATTTGTGTAAATG-TGTAT-ACACTTTTTAANTTTT-GGAACGAAAA-AGA----A--CA--A--GCTTATGAACATCAATATTTNGTTGCCGNAGNTA---TATCATTGGATTAAGGTATTTTGTTG-C---CA-GAT-TT------GC--ATCATTGNA-AT----A--A--A--TATG-A-AACTCAAA------A---------C-TTATCATT--T------AGACNAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TTTAA-G-GTCN-AGATC-AAATA-CAA-GGNTGACTCTTAATTCT-AAGGTT--A---------------A-AG-GCCAAAGCTNCGAATANTTCATATCCATTA
Reference ( gi|1 ) : GCATACACAGGTACATGCTTATCGGAATTA---ACA--AT---TATCAAAAGAA--CT---AAATGAAATGTTCT-GC-ATGATTTGTGTAAAAC---TTTTCATTGAAATAAAAACTATT-GATGATATGGAGTCTAAAACATA-AAACATTCGTATATACATAGTGACA-TGACT--ACATAC---T---CCACC-----AACGTTCACCA---AAAAGGCAAA-TACATGTA-------CTGTTATTCA-AATAT-TTCAAAATGGGTACTCCTAGTACTTGTG-AAATT-TGTAT-GCACTTCATAATATTT-AAAGCGAAAA-AGA----A--CA--A--ACTTGAGAGCATCAGTATTTTATTGTCATAGTTA---TATCATTAGATTAAGGTATTTTGTTG-C---CA-GAT-TT------GT--ATCATTGCA-AT----A--A--A--TATG-A-AGCTCAAA------A---------CTTTATCATT--C------AGACCTAATTGTGTTTCCTGTTGAATTT-G--AAC-TTTGG-G-GTCA-AGGTC-AAATA-CAA-GGTTGTCTCTTGATTCT-AAGGTT--A---------------A-AA-GTCAAAGCTCCTAATAATTCAAATCCATTA
gi|2 : GCATGCACAAGTACATGTTTATCGGGATCG---GCG--ATGTTTTTT----GAA--C-----------ATGTTAT-GA-ATGGTTTGTGAAAAAC---AGGTTATAGAGGT-----CT--T-AATACTATGGAGT-----ATATATATACATTTATATATTCAAGGTCATATTTACA--ATATAT---TATCTCAAC-----AACGCT--GTA---AAAA--CAAAGTACATGTAATTATATTTTTTGTTC---ATATCTTGGAAATGGATA-TC-----ATTCGTG-AAGC------T-GCACTT
gi|13 : gcGCATGCACAGGTACATGTTT-TCGGAATTAGGGATG--AT---TAT--AGACAA--TTGTCAAGTAAAA-ATTCC-CC-ACGGGATGTGAAAAACAG-TTTTTGTTG---------CTCTTAAATGTTATGGAGTTTGAagcttgtgagcatcaatattaaggtgtgaaactcaatcgccattacctgaccagattatgtcccttgttgaaatttgaggttctgatggaagattatccttaattatgaagttcaaaaatgtcaaagctacacatatatcatatccattatatataattactgctctagtaataaaacgtataatgaattacatgcatgtttcaagactaaaagacctcttgtgcaccatattttttttttatttcaaactaaaat
gi|3 : CGCAAGTACATGTTTATCGGAA--A---ACAGCAA---TGTCAAGAAAATTCT---GAA--AAATATCCT-GC-ATGGCTTG-GGAAAATAGATTTTTATTtttattcatttgtacagt
gi|4 : ttCGCAAGTACATGTTTATCGGAA--A---ACAGCAA---TGTCAGAGAAAT-CT---GA---AAATATCCTGGCAATG-CTTG-GGAAAATAGATTTTTATTAATTTAAAAA--GTT--ATGATattttaaagttatgattttttttcttcaattatgcatagttatctgactttatatacacttcggtcaagctcaacatgcatatgggaagtaaaatattgctcttcgtatgttgaaatggacatcagatgtgtacatgtatatcacactttttaaattttggaacgaaaacagatcaagcttatgaatattaatattttgttggtagatacatatgatttgattaaggcattttgttaccaggcttgcaccattgcaataagatatgatactcaaacattaatatttagacaagatagaatagaatttgaactttaaggtccaaattaaagacaataattgttgttaactcttaaaataaacgccatagctaaaggtattccgtgcatgatgatta
gi|17 : ttAGCTACATGTTTATCGGAATCA---GCA--ATG--TTTCATAAGttttttatcttcaattctgcatagttatctgactttaaaggtatacacttcggtcaagctcaatcatgctatgggaagtaaaatattgctcttcgtaatgttgaaatgggccatcaggatgtgtacatgtatacacactttttaaaattttggaacgaaaaaaacagcatcaagcttatgatattaatattttgttggtagataacatatgatttgattaaggcattttgttacccaggtcttgcacattgcaataagcatatgataactcaaaacattaatatttagacaagatagaatagaatttgaaaactttaaggtccaaattaaagaccaataattgttgttaaactctaaaataaacgccaa
gi|3 : gcacatgTATGCATAGTTATC-TGACTTTATATACACTT---CGGTC-----AA-GCTCAACATGCATATGGGAAG-TAAA-ATA-------TTGCTCTTCG---TAT-GTTGAAATGGACA-TC--AG-A--TGTGTACATG-TATATCACACTTTTTAAATTTT-GGAACGAAAACAGA----T--CA--A--GCTTATGAATATTAATATTTTGTTG--GTAGATACA-TATGATTTGATTAAGGCATTTTGTTA-C---CA-GGC-TT------GC--ACCATTGCA-AT----A--AG-A--TATG-A-TACTC-AA------A---------CATTAATATT--T------AGACAAGATAG-------AATAGAATTT-G--AAC-TTTAA-G-GTCC-AAATT-AAAGA-CAATAATTGT-TGTTAACTCT-TAAAAT--A---------------A-AC-GCCATAGCTcagttgtcaagagaattctgttgctattgcttttgaaa
gi|5 : ttcgcaagtacatgtttatcggaaaacagcaatgtcaagaaaattctgaaaaatatcctgcatggcttgggaaaatagatttttattattttaaagttatgattttttttcttcaatTATACTTAGTTGCA-TGACA--ACATA----T---CTAACTTAGAAACGCTCAACA---AAAG---AAG-TA-ATATG-------ATGTTGTTCA-AAT-----TAAAGTGGACA-TC--------------AATTCTGAAT-AC------TGGTTTTG-AAATC--AAA-AGG----A--CATCAGTACCTGTGATCATCAACATTTAGTTGCCAGATTTA---TATCTTTGGATTAAGGTATTTTGTTG-C---CATGAT-TA------G---AACACTGGATTT----A--G--C--TATACA-ATTCCAAA------A------------TGTTATT---------AG--------GTGTCTCATGTTAAATTT-A--AAC-CAGAA-G-ATCA-AGATC-AAATA-CAA-GGGTGaaaggtattccgtgcatgatgatta
gi|4 : taattatgcatgtacaagtatatatttatcgaaatcagcaatgcttcttacacaattttcaaagatttattatgaaatttcttaaactcttgttcttagtattgaacaattaacataaccgagtcccacatttactccttaagcataatTA-------TTGCTCTTCGTAATGT-T--GAAATGGGCCATC--AGGA--TGTGTACATG-TATAC-ACACTTTTTAAAATTTTGGAACGAAAA-AAACAGCAT-CA--A--GCTTATGA-TATTAATATTTTGTTG--GTAGATAACATATGATTTGATTAAGGCATTTTGTTACC---CA-GGTCTT------GC--A-CATTGCA-AT----A--AGCA--TATG-ATAACTCAAA------A---------CATTAATATT--T------AGACAAGATAG-------AATAGAATTT-GAAAAC-TTTAA-G-GTCC-AAATT-AAAGACCAATAATTGTTGTTAAACTCT-AAAA-T--A---------------A-AC-GCCAAat
gi|6 : ttcgcaagtacatgtttatcggaaaacagcaatgtcagagaaatctgaaaatatcctggcaatgcttgggaaaatagatttttattaatttaaaaagttatgatttttttatcttcaattctgcatagttatctgactttaaaggtatacacttcggtcaagctcaatcatgctatgggaagtaaaaT-TTTAAAATGGAT-----TATCATTTG-G-AAA----G-AT-GCATTT---AACTTTT-GAAATGAAAA-AAA----AACCA--A--A------AACA-CAATGTTAAACTTTCTGAGC------ATC-------TAAA-TACTTTGTTG-C---CA-GGT-TT------AT--AT------A-AT----G--G--A--T-T--A-AG-------------------------TATC-----T------AGACCAGATCATGTACCCTGCTGAATTT-G--AAC-TTTTA-G-ATCG-GGG-------A-CAA-GGATGACTCTTTATTTC-ATGGTT--AAAGATTTTTGTGGTTA-AG-GTCAGAGCTTCTAATAATTC
gi|7 : ATTTCGTTGCC----TTA---TATCATTGCATTAAGGTATTTTGTTG-C---CA-GAT-TTAT----GT--ATT-TTGT-----------------TGT------CT-AAA------A---------CATTATTATC--T------GGACAAAACTGTGTCTTCTGTTGACCTT-G--ACC-TTTAC-C-ATCC-AGATT-ACGTA-CAA-GGACAACTCT--ACTCT-GAGGTT--A---------------A-AG-GTCAAAGCT-AGAATAGTTCACATCttatcataaaagttctaggtacaacttataaagaaatatttgcaatatttcaaaacacatttttatttcaacctaaaatattaagtttctgttagaaacacaaacctatggttc
gi|11 : agac---TGTCATTGAATTAAGGTACTTTGTTG-CTCCCA-TAT-TT------AC--GTCACTGAA-ATTTCCA--A--A--TATG-AGAAATCTAACATGTTA---------CTTTATCATA--T------AAACC--ATTTTTTGTCGTGTGGAATTTTG------TTCA-----TAA-AGGCCTAAATA-CAG-GGGTGACTCTTACTTCT-AA-GT---------------------AA-GCTATAGATCT--ATACTTAATATCCATTtttcatacatcataatagttaaaatgaatatttttaaaatgcttcaagattttaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattaaaacacgtttaattcaa
gi|20 : ctaggcccttcac---TATCATCGGATCAAGGTGTTTTGTTG-C---
gi|8 : ctaggccattcatTCGTTG-C---CA-AAT-TTTAATAGGTTTATCATTG-G-AT----G--A--A--TAT----------------------------CT-----------------AGACCAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TGTAA-GTGTTGCAGATC-AAATG-TAA-GGATGACACTTAATTTT-GTGGTT--T---------------A-AA-ttctttatttacgtcactga
gi|12 : tggtcactgtttgttatctttgcctttacgatactattgataagaaaaacgacattcaagcttaattgtgatcaTTGTTG-C---TA-GAT-T-----------A--ATTGGGTAT----A--T--G--TATG-A-TACCCAAA------AGTCATTACGTTTTGT-ATT--TTTAAAAAAACATA-TTGTGTCTTATGTTGAATTT-G--AAC-TTTAACG-GTCC-AAATC-AAATA-AAA-GGGCGGTCCTTCAATCT-AAAGTT--A---------------ctacgattaaataattacatctcaagcaagaacatttataatgaaatatttgcaagattttatttatttgcaacata
gi|2 : -TT------GTG-AGCAT--CA-AT----ATTA--AGGTGTG-A-AACTCAA-------------------TCGCCATTACC------TGACCAGATTATGTCCCTTGTTGAA--------A--TTTGA-G-GT------TC-TGATG-GAA-GATTATC-CTTAATTAT-GAAGTTCAA---------------A-AATGTCAAAGCTACACATATATCATATCCATTAcattattccacgtccattaggcctacat
gi|10 : gcgcatgcacaagtacatgtttatcgggatcggcgatgttttttgaacatgttatgaatggtttgtgaaaaacaggttatagaggtcttaatactatggagtatatatatacatttatatattcaaggtcatatttacaatatattatctcaacaacgctgtaaaaacaaagtacatgtaattatattttttgttcatatcttggaaatggatatcattcgtgaagctgcacttagcATGGTGTCCGCTGTTGAATTG-A--AACTTTTGC-G-GTCT-AGATC-AAAT--CAA-AGATGACTTTTAATTCTGAAGGTA--A---------------ATAG-GTCAAAGCTtatataattactgctctagtaataaaacgtataatgaattacatgcatgtttcaagactaaaagacctcttgtgcaccatattttttttttatttcaaactaaaat
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GCACATGCACAAGAACATATTTATTTGGAGCGGCAATGTTTCATAAACAATTACCAAGAGAATATGTATGGTTTGTGAAAAACAGGTGTGGGTACTGGTTTTTGTGTTCTTAATTAGAAAAAAGCCCACGGAGTCTGTTATTAATTTACACATACGTGACCATATATTCACCTCAGACTCAACACTCAACAAAAGAGGTAATACCATTGCTAAAGTTAAAATGAAAATCGACATTCATGCACGTGAGCATCAATATTTCGTTGCCAGGTATATA
Unaligned ( gi|14 ): AGCTCTAGCAAAAACTTAAAATGAAATAGTTACATGCTGAAAGATTTTACAAAATTCTGTTTTAAACACATTTTTATTTTAGCCTAGAATATTGGGTTTCTGTTCGACTGTTAGAAACGCATACATGTGGTC
Unaligned ( gi|15 ): TCGAAACCACTAATATTTCAGATCCATTATTTACCACTGTGGCTCTAGCAATAAGTATATGTACTATATATTACGGAAAATGTGCATGTTTCAAG
Unaligned ( gi|16 ): TTGTTATCGTAATTATACAGCTGGGTGCATGTATAAAACTCTGATGATCAGCCTTTTGGACAAATGAAAAGACAAAGATGATGAAGGGTGA
Unaligned ( gi|18 ): CTGTGTACAGTTACATGTACATGTATGTGGCAACATATTCACCATAGCAACGTCAACAAGCGAGGTAATACGTACATTG
Unaligned ( gi|19 ): TGCGCATGCACGATTGCATGTATATAGGGATCGGCAATGTTTTAGAAACATACGGAAATGGAAAGTTTGT
Unaligned ( gi|21 ): TTGGTCACTGTTTGTTATCTTTGCCTTTACAGACAGATGGTCAGAAGGACCGAC
Alignments
lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555 1111 111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 22222222 55555555555555555555555555 1111 444444444444444444444 2222222 111 33333333 11111111111 333333 11 11 22222222222 111 222222222222222 1111 4444444444444444444444444444444 1111 33333333333333333333333 222222222
lowQualScore : 5 999999999999999999999999999999999999999 5 1 6 5 2222 0 5 2 000000 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 0 777 8 5 1 1 0 77 00000000 99999999999999999999999999 4 2222 111111111111111111111 5 5 5 6 1 5555555 5 111 5 66666666 1 9 3 5 55555555555 1 8 8 222222 11 11 1 0 1 99999999999 2 66 4 888 4 4 666 7 666666666666666 2222 4 5555555555555555555555555555555 2 666 1 2222 3 55 3 3 3 44 2 0 1 8888 4 0 00000000000000000000000 1 888888888 1 5
lowQualScore : . ....................................... . . . . .... . . . ...... . ..................................................... . ... . . . . . .. ........ .......................... . .... ..................... . . . . . ....... . ... . ........ . . . . ........... . . . ...... .. .. . . . ........... . .. . ... . . ... . ............... .... . ............................... . ... . .... . .. . . . .. . . . .... . . ....................... . ......... . .
lowQualScore : 0 333333333333333333333333333333333333333 7 7 3 7 1111 4 0 7 555555 0 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 111 4 0 0 7 7 99 77777777 11111111111111111111111111 3 1111 999999999999999999999 7 7 7 7 0 5555555 7 999 7 00000000 4 8 0 2 99999999999 0 0 0 222222 00 00 8 3 0 66666666666 9 11 0 000 0 0 444 2 999999999999999 9999 4 1111111111111111111111111111111 4 444 5 5555 6 00 6 6 6 66 0 5 0 5555 0 9 88888888888888888888888 7 333333333 0 7
consensus : GCATGCGCAAGTACATGTTTATC-GGAATCAGCGGCA-TGTNTCA-AGAG-AAT--CTG---A--G-A-AATATTCT-G----CATGGCTTGTGAAAAACAGGTTT--TTATTGA--T-----CT-TTAATGTT-------------------ATGGAGTTTG---TATATATNCATTTATATATACATAGTTACG-TGAC---AA---CATA-----C---TCG----GN--C-----AACGCT----CAACA---A------A--A---G---AAGTA-A-TA-TA-TTGCTNTTCGAATATNTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-ATTCGTGTANATGTGTAT-ACACTTTTT-AANTTTTGAAA-CGAAAA-AGA-A-C--CA--AG--CTTGTGAACATCAATATTTCGTTGCCGTAGNT---ATATCATTGGATTAAG--GTATTTTG-TTG---CCA-GAT-TT--GCATCATTGNA-AT----AA--G-TATGA-AACT-CAAA------AC-TTATTA-----------TT---TAGACCAG---ATTGTGTCCCCTGTTGAA-TTTG--AAC-TTTAA-G-GTC-CAGATCAAATACAAGGATGACTCTT----AATTCT-AAGGTT---A---------------A-ANGTCAAAGCT--ACG----AATANTT-CATATCCATTA
Reference ( family-1693 ) : GCATGCGCAAGTACATGTTTATC-GGAATCAACGGCA-TGTNTCA-AGAG-AAT--CTG---A--G-A-AATATCCT-G----CATGGCTTGTGGAAAACAGATTT--TTATTGA--T-----CT-TTAATGNT-------------------ATGGAGTTTGAA-TATATATACATTTATATATNCATAGTTATA-TGAC---AA---TATA-----C---TCN----AA--C-----AACGCT----CAACA---A------A--A---N---AAGTA-A-TA-TA-TTGCTNTTCGAATATTTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-ATTTGTGTAAATGTGTAT-ACACTTTTT-AANTTTTGGAA-CGAAAA-AGA-A----CA--AG--CTTATGAACATCAATATTTNGTTGCCGNAGNT---ATATCATTGGATTAAG--GTATTTTG-TTG---CCA-GAT-TT--GCATCATTGNA-AT----AA--A-TATGA-AACT-CAAA------AC-TTATCA-----------TT---TAGACNAG---ATTGTGTCCCCTGTTGAA-TTTG--AAC-TTTAA-G-GTC-NAGATCAAATACAAGGNTGACTCTT----AATTCT-AAGGTT---A---------------A-AGGCCAAAGCT--NCG----AATANTT-CATATCCATTA
gi|1 : GCATACACAGGTACATGCTTATC-GGAATTAACA--A-T-TATCA-AAAG-AA---CTA---AATG-A-AATGTTCT-G----CATGATTTGTGTAAAAC---TTT--TCATTGAAATAAAAACTATTGATGAT-------------------ATGGAGTCTAAAACATAAA-ACATTCGTATATACATAGTGACA-TGAC---TA---CATA-----C---TCC----AC--C-----AACGTT----CACCA---A------A--A---AGGCAAATACA-TG-TA-CTGTTATTCAAATATTTC-AAAATGGG-T-ACTCCTA-GTACTTGTG-AAATTTGTAT-GCACTTCAT-AATATTTAAAG-CGAAAA-AGA-A----CA--AA--CTTGAGAGCATCAGTATTTTATTGTCATAGTT---ATATCATTAGATTAAG--GTATTTTG-TTG---CCA-GAT-TT--GTATCATTGCA-AT----AA--A-TATGA-AGCT-CAAA------ACTTTATCA-----------TT---CAGACCTA---ATTGTGTTTCCTGTTGAA-TTTG--AAC-TTTGG-G-GTC-AAGGTCAAATACAAGGTTGTCTCTT----GATTCT-AAGGTT---A---------------A-AAGTCAAAGCT--CCT----AATAATT-CAAATCCATTA
gi|10 : ---ATGGTGTCCGCTGTTGAA-TTGA--AACTTTTGC-G-GTC-TAGATCAAAT-CAAAGATGACTTTT----AATTCTGAAGGTA---A---------------ATAGGTCAAAGCTAAACA----GATATTT-CATATC
gi|11 : TGTCATTGAATTAAG--GTACTTTG-TTGCTCCCA-TAT-TT--ACGTCACTGAA-ATTTCCAA--A-TATGAGAAAT-CTAACATGTTACTTTATCA-----------TA---TAAACCAT---TTTTTGT--CGTGTGGAATTTTG--TTC-ATAAA-G-GCC-T-----AAATACAGGGGTGACTCTT----ACTTCT-AAG--T---A---------------A---GCTATAGAT--CT------ATACTT-AATATCCATTacaattgagtgcctatacacaatcagtacttttggcaagcatataaaacttataatgtcagaaatatttgcatgttgaaacttttaaaatgtcctattttgattaaacatattttttt
gi|12 : ctaggcccttcacTTG-TTG---CTA-GAT-T-----A--ATTGGGTAT----AT--G-TATGA-TACC-CAAA------AG-TCATTACGTTTTGTATTTT---TAAAAAAACATATTGTGTCTTATGTTGAA-TTTG--AAC-TTTAACG-GTC-CAAATCAAATAAAAGGGCGGTCCTT----CAATCT-AAAGTT---A---------------
gi|13 : GCATGCACAGGTACATGTTT-TC-GGAATTA--GGGA-TG-ATTATAGAC-AAT---TGTCAA--GTA-AAAATTCC-C----CACGGGATGTGAAAAACAG-TTT--TTGTTGC--T-----CT-TAAATGTT-------------------ATGGAGTTTG----ATTTATTCATTTGTACAcattattccacgtccattaggcctacat
gi|17 : CATGAGC---TACATGTTTATC-GGAATCAGCA--A-TGTTTCA-TAAG-CAG--TTGTCAA--G-A-GA-ATTCT-GTTGCTATTGCTTTTGAAAgt
gi|18 : gcaTGTGTACAGTTACATGTACATG--TATG-TGGC---AA---CATA-----T---TCACCATAG--C-----AACG-T----CAACA---A------G--C---G---AGGTA-A-TA-
gi|2 : cGCATGCACAAGTACATGTTTATC-GGGATCGGCG--A-TGTTT----------T--TTG---A----A-CATGTTAT-G----AATGGTTTGTGAAAAACAGG-----TTATAGAGGT-----C--TTAATACT-------------------ATGGAGT----A-TATATATACATTTATATATTCAAGGTCATATTTAC---AA---TATATTAT-C---TC-----AA--C-----AACGCTGTAAAAACA---A------AGTA---C---ATGTA-ATTA-TATTTTTTGTTC--ATATCTTGGAAATGGA-T-A-TC------ATTCGTGcgtacattg
gi|2 : gc---ATATCATTCG-TGAAGCTGCACTTAGCTTG---T---GA------GCATCAATAT---T----AA--GGTGTGA-AACT-CAA----------TCGCCA-----------TTACCT-GACCAG---ATTATGTCCCTTGTTGAA-------A---TTTGA-G-GTT-CTGATGGAA------GATTATCCTT----AATTAT-GAAGTTCAAA---------------A-ATGTCAAAGCT--ACA----CATATAT-CATATCCATTAaagctgcacttagcttgtgagcatcaatattaaggtgtgaaactcaatcgccattacctgaccagattatgtcccttgttgaaatttgaggttctgatggaagattatccttaattatgaagttcaaaaatgtcaaagctacacatatatcatatccattatatataattactgctctagtaataaaacgtataatgaattacatgcatgtttcaagactaaaagacctcttgtgcaccatattttttttttatttcaaactaaaat
gi|20 : gcgcatgcacaagtacatgtttatcgggatcggcgatgttttttgaacatgttatgaatggtttgtgaaaaacaggttatagaggtcttaatactatggagtatatatatacatttatatattcaaggtcatatttacaatatattatctcaacaacgctgtaaaaacaaagtacatgtaattatattttttgttcatatcttggaaatggTATCATCGGATCAAG--GTGTTTTG-TTGCTTCTT-TAT-TT--ACGTCACTGtatataattactgctctagtaataaaacgtataatgaattacatgcatgtttcaagactaaaagacctcttgtgcaccatattttttttttatttcaaactaaaat
gi|3 : ctaggccattcatCGCAAGTACATGTTTATC-GGAA--AACAGCA--ATGTCA-AGAA-AATT-CTG---A--A-A-AATATCCT-G----CATGGCTTG-GGAAAATAGATTT--TTATT-A--T------T-TTAAAGTT-------------------ATG--ATTT----TTTTTCTTCA---AT-TATGCATAGTTATC-TGACTT-TA---TATA-----CACTTCG----GT--C-----AA-GCT----CAACATGCA------T--ATGGG---AAGTA-A-AA-TA-TTGCTCTTCG--TATGTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-A--TGTGTACATGTATATCACACTTTTT-AAATTTTGGAA-CGAAAACAGA-T----CA--AG--CTTATGAATATTAATATTTTGTTG--GTAGATAC-ATATGATTTGATTAAG--GCATTTTG-TTA---CCA-GGC-TT--GCACCATTGCA-AT----AAG-A-TATGA-TACT-CAAA------CA-TTAATA-----------TT---TAGACAAG---ATAGAATA-------GAA-TTTG--AAC-TTTAA-G-GTC-CAAATTAAAGACAATAATTGTTGTT----AACTCT-TAAAAT---A---------------A-ACGCCATAGCT--a
gi|4 : ttCGCAAGTACATGTTTATC-GGAA--AACAGCA--ATGTC--AGAGAAAT--CTG---A----A-AATATCCTGG----CAATGCTTG-GGAAAATAGATTT--TTATTAA--T-----TT-AAAAAGTT-------------------AT-GATTTT----TTTATCTTCA---AT-TCTGCATAGTTATC-TGACTTTAAAGGTATA-----CACTTCG----GT--C-----AA-GCT----CAATC---ATGCTATG--G---G---AAGTA-A-AA-TA-TTGCTCTTCGTA-ATGTT-GAAATGGGCC-A-TC--AGG-A--TGTGTACATGTATAC-ACACTTTTTAAAATTTTGGAA-CGAAAA-AAACAGCATCA--AG--CTTATG-ATATTAATATTTTGTTG--GTAGATAACATATGATTTGATTAAG--GCATTTTG-TTAC--CCA-GGTCTT--GCA-CATTGCA-AT----AAGCA-TATGATAACT-CAAA------ACATTAATA-----------TT---TAGACAAG---ATAGAATA-------GAA-TTTGAAAAC-TTTAA-G-GTC-CAAATTAAAGACCA--ATAATTGTTGTTAAACTCT-AAAA-T---A---------------A-ACGCCAAaaaggtattccgtgcatgatgatta
gi|5 : ttGCATGTACAAGTATATATTTATC-GAAATCAGCA--A-TGCTTC
gi|5 : taattatTATACTTAGTTGCA-TGAC---AA---CATA---------TCT----AA--CTTAGAAACGCT----CAACA---A------A--A---G---AAGTA-A-TA-TG-ATGTTGTTCAAAT----T-AAAGTGGA-C-A-TC--A---ATTC---TGAAT---------ACT------GGTTTTGAAATC--AAA-AGG-A----CATCAGTACCTGTGATCATCAACATTTAGTTGCCAGATTT---ATATCTTTGGATTAAG--GTATTTTG-TTG---CCATGAT-TA--GAA-CACTGGATTT----AG--C-TATAC-AATTCCAAA------A---TGTTA------------T---TAG-----------GTGTCTCATGTTAAA-TTTA--AAC-CAGAA-G-ATC-AAGATCAAATACAAGGGTGAttacacaattttcaaagatttattatgaaatttcttaaactcttgttcttagtattgaacaattaacataaccgagtcccacatttactccttaagcataattatacttagttgcatgacaacatatctaacttagaaacgctcaacaaaagaagtaatatgatgttgttcaaattaaagtggacatcaattctgaatactggttttgaaatcaaaaggacatcagtacctgtgatcatcaacatttagttgccagatttatatctttggattaaggtattttgttgccatgattagaacactggatttagctatacaattccaaaatgttattaggtgtctcatgttaaatttaaaccagaagatcaagatcaaatacaagggtgat
gi|6 : taattatgcatgtacaagtatatatttatcgaaatcagcaatgcttcttacacaattttcaaagatttattatgaaatttcttaaactcttgttcttagtattgaacaattaacataaccgagtcccacatttactccttaagcataatTTTT-AAAATGGA-TTA-TC--A----TTTG-G-AAAGATGCAT--------TT-AACTTTTGAAA-TGAAAA-AAA-AAC--CA--AA--------AACA-CAATGTTAAACTTTCTGAGC------ATC-------TAAA---TACTTTG-TTG---CCA-GGT-TT--ATATAAT-GGA-TT----AA--G-TAT---------------------------------------C---TAGACCAG---ATCATGTACCCTGCTGAA-TTTG--AAC-TTT---------TAGATCGGGGACAAGGATGACTCTT----TATTTC-ATGGTT---AAAGATTTTTGTGGTTA-AGGTCAGAGCT--TCT----AATAATT-CTTATCt
gi|7 : ACATTTCGTTGCC----TT---ATATCATTGCATTAAG--GTATTTTG-TTG---CCA-GAT-TTATGTATT-TTGT--------------TGT-----CT--AAA------ACATTATTA-----------TC---TGGACAAA---ACTGTGTCTTCTGTTGAC-CTTG--ACC-TTTAC-C-ATC-CAGATTACGTACAAGGACAACTCT------ACTCT-GAGGTT---A---------------A-AGGTCAAAGCT--A-G----AATAGTT-CACATCataaaagttctaggtacaacttataaagaaatatttgcaatatttcaaaacacatttttatttcaacctaaaatattaagtttctgttagaaacacaaacctatggttc
gi|8 : agA-----------TC---TAGACCAG---ATTGTGTCCCCTGTTGAA-TTTG--AAC-TGTAA-GTGTTGCAGATCAAATGTAAGGATGACACTT----AATTTT-GTGGTT-------------------------TAAA-CT--ACGATTAAATAATTACATCTCtttcatacatcataatagttaaaatgaatatttttaaaatgcttcaagattttaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattaaaacacgtttaattcaa
gi|9 : tggtcactgtttgttatctttgcctttacgatactattgataagaaaaacgacattcaagcttaattgtgatcatcgttgccaaattttaataggtttatcattggatgaatCATGCACAAGAACATATTTATTTGGAG----CGGCAATGTTTCATAAAC-AATTACCA---A--G-AGAATAT----G----TATGGTTTGTGAAAAACAGGTGTGGGTACTGG--T-----TT-TT-GTGTTCTTAATTAGAAAAAAGCCCACGGAGTCTG---T-TAT-TA-ATTTACACATAC--------G-TGAC---CA---TATATTCACC---TCA----GACTC-----AACACT----CAACA---A------A--A---G---AGGTA-A-TACCA-TTGCTA----AA---GTT-AAAATGAA-A-A-TCG-A-C-ATTCATGCACGTGAGCAT-aagcaagaacatttataatgaaatatttgcaagattttatttatttgcaacata
gi|9 : gcaTGAGCATCAATATTTCGTTGCC--AGGT---ATATcaatatttcgttgccaggtatata
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGCTCTAGCAAAAACTTAAAATGAAATAGTTACATGCTGAAAGATTTTACAAAATTCTGTTTTAAACACATTTTTATTTTAGCCTAGAATATTGGGTTTCTGTTCGACTGTTAGAAACGCATACATGTGGTC
Unaligned ( gi|15 ): TCGAAACCACTAATATTTCAGATCCATTATTTACCACTGTGGCTCTAGCAATAAGTATATGTACTATATATTACGGAAAATGTGCATGTTTCAAG
Unaligned ( gi|16 ): TTGTTATCGTAATTATACAGCTGGGTGCATGTATAAAACTCTGATGATCAGCCTTTTGGACAAATGAAAAGACAAAGATGATGAAGGGTGA
Unaligned ( gi|19 ): TGCGCATGCACGATTGCATGTATATAGGGATCGGCAATGTTTTAGAAACATACGGAAATGGAAAGTTTGT
Unaligned ( gi|21 ): TTGGTCACTGTTTGTTATCTTTGCCTTTACAGACAGATGGTCAGAAGGACCGAC
Alignments
lowQualScore : 666666666666666666666666666666666666 11111 111 55555555555555555555555555555555555555 222222 111111 111 2222222222 66666666666666666666 1111 333333333333333333333 2222222 111 44444444444444444444444444444444 333333333333 111111111 44444444444444444444 111 1111111 222222222 1111 333333333333333333333333333 111 11111 3333333333333333333 33333333333333
lowQualScore : 5 99 111111111111111111111111111111111111 5 0 0 5 00000 2 1 3 1 5 77 000 77777777777777777777777777777777777777 1 0 777777 9999 222222 000 2 0 99 0000000000 11111111111111111111 4 2222 666666666666666666666 5 5 5 6 1 1111111 5 111 5 66666666666666666666666666666666 6 22 0 2 111111111111 222222222 44 9999 66 00000000000000000000 8888 55 000 666 3 3 2222222 555 444444444 2222 4 555555555555555555555555555 8888 1 2 777 4 55 4 55 444 4 00000 4 0 1111111111111111111 44444444444444 1 6
lowQualScore : . .. .................................... . . . . ..... . . . . . .. ... ...................................... . . ...... .... ...... ... . . .. .......... .................... . .... ..................... . . . . . ....... . ... . ................................ . .. . . ............ ......... .. .... .. .................... .... .. ... ... . . ....... ... ......... .... . ........................... .... . . ... . .. . .. ... . ..... . . ................... .............. . .
lowQualScore : 0 66 666666666666666666666666666666666666 0 4 9 0 99999 2 1 2 7 3 99 000 00000000000000000000000000000000000000 4 9 666666 8888 888888 111 4 7 77 7777777777 77777777777777777777 3 1111 777777777777777777777 7 7 7 7 0 7777777 7 999 7 00000000000000000000000000000000 7 77 4 2 222222222222 111111111 44 4444 11 44444444444444444444 5555 55 000 444 6 6 2222222 111 888888888 9999 4 888888888888888888888888888 9999 9 5 111 0 55 0 55 666 0 33333 4 9 3333333333333333333 00000000000000 0 7
consensus : GCATGCGCAAGTACATGTTTATC-GGAATCAGCGGCA-TGTNTCATAGAN-AAT--CT---G---A--G-A-AATATTCT-G----CATGGCTTGTGAAAAACAGGTTT--TTA---TTGA--T-----CT-TTAATGTT-------------------ACGGAGTCT-NTATNTATT---CATT---TATA--TATACATAGTTACG-TGAC---A--A---CATAT----C---TCG----G--NCAACGCT----CAACA---A------A--A---G---AAGTA-A-TA-TA-TTGCTNTTCGAATATNTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-ATTCGTGNANATGTGTAT-ACACTTTTT-AANTTTTGAAACGAAAAAAG----A-C---CAA-GCTT----GTGAACATCAAT----ATTT--CGTTGCCG--------TAG-NT---ATATC----ATTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-TT--GCATCATTGNA-AT----AAG--TATGA-AACT-CAAA------AC-TT-ATTA-----------TTTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAGATCAAATACAAGGATGACTCTT----AATTCT-AAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCT--AC-G----A---ATANTT-CATATCCATTA
Reference ( family-1693 ) : GCATGCGCAAGTACATGTTTATC-GGAATCAGCGGCA-TGTNTCA-AGAG-AAT--CT---G---A--G-A-AATATTCT-G----CATGGCTTGTGAAAAACAGGTTT--TTA---TTGA--T-----CT-TTAATGTT-------------------ATGGAGTTT-GTATATATN---CATT---TATA--TATACATAGTTACG-TGAC---A--A---CATA-----C---TCG----G--NCAACGCT----CAACA---A------A--A---G---AAGTA-A-TA-TA-TTGCTNTTCGAATATNTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-ATTCGTGTANATGTGTAT-ACACTTTTT-AANTTTTGAAACGAAAAAGA----A-C---CAA-GCTT----GTGAACATCAAT----ATTT--CGTTGCCG--------TAG-NT---ATATC----ATTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-TT--GCATCATTGNA-AT----AAG--TATGA-AACT-CAAA------AC-TT-ATTA-----------TTTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAGATCAAATACAAGGATGACTCTT----AATTCT-AAGGTTA---------------A-ANGTCAAAGCT--AC-G----A---ATANTT-CATATCCATTA
gi|1 : GCATACACAGGTACATGCTTATC-GGAATTAACA--A-T-TATCA-AAAG-AA---CT---A---AATG-A-AATGTTCT-G----CATGATTTGTGTAAAAC---TTT--TCA---TTGAAATAAAAACTATTGATGAT-------------------ATGGAGTCT-AAA-ACATAAAACATT---CGTA--TATACATAGTGACA-TGAC---T--A---CATA-----C---TCC----A--CCAACGTT----CACCA---A------A--A---AGGCAAATACA-TG-TA-CTGTTATTCAAATATTTC-AAAATGGG-T-ACTCCTA-GTACTTGTG-AAATTTGTAT-GCACTTCAT-AATATTTAAAGCGAAAAAGA----A-C----AA-ACTT----GAGAGCATCAGT----ATTT--TATTGTCA--------TAG-TT---ATATC----ATTAGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-TT--GTATCATTGCA-AT----AAA--TATGA-AGCT-CAAA------AC-TTTATCA-----------TTCAGAC---CTAATTGTGTTTCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TGG-G-GTC-AAGGTCAAATACAAGGTTGTCTCTT----GATTCT-AAGGTTA---------------A-AAGTCAAAGCT--CC-T----A---ATAATT-CAAATCCATTA
gi|10 : ATGGTGTCCGCTGTTGAATTG-A--AACTTT--TGC-G-GTC-TAGATCAAAT-CAAAGATGACTTTT----AATTCTGAAGGTAA---------------ATAGGTCAAAGCTAAAC-A----G---ATATTT-CATATC
gi|11 : TGTC----ATTGAA--TTAAGGTACTTTGTTG---CTCCCA-TAT-TT--ACGTCACTGAA-ATTTCCAAA--TATGAGAAAT-CTAACATGTTAC-TTTATCA-----------TATAAAC---CATTTTTTGTCG--TGTGGAATTTTG------TTCATAA-A-GGC-C----TAAATACAGGGGTGACTCTT----ACTTCT-AA-GT-------------------------AAGCT--ATAG----ATCTATACTT-AATATCCATTacaattgagtgcctatacacaatcagtacttttggcaagcatataaaacttataatgtcagaaatatttgcatgttgaaacttttaaaatgtcctattttgattaaacatattttttt
gi|12 : ctaggcccttcacTTGTTG---C---TA-GAT-T-----A--ATTGGGTAT----ATG--TATGA-TACC-CAAA------AG-TC-ATTACGTTTTGTATTTTTAAAAAAACATATTGTGTCTTATGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAACG-GTC-CAAATCAAATAAAAGGGCGGTCCTT----CAATCT-AAAGTTA---------------
gi|13 : GCATGCACAGGTACATGTTT-TC-GGAATTAG-GG-A-TG-ATTATAGAC-AAT---T---GTCAA--GTA-AAAATTCC-C----CACGGGATGTGAAAAACAG-TTT--TTG---TTGC--T-----CT-TAAATGTT-------------------ATGGAGTTT-G-ATTTATT---CATT---TGTA--CAcattattccacgtccattaggcctacat
gi|17 : CATGAGC---TACATGTTTATC-GGAATCAGCA--A-TGTTTCA-TAAG-CAG--TT---GTCAA--G-A-GA-ATTCT-GTTGCTATTGCTTTTGAAAgt
gi|18 : gcaTGTGTA---CAGT---TACA--TGTACATG--TATG-TGGC---A--A---CATA-----T---TCACCATA--GCAACG-T----CAACA---A------G--C---G---AGGTA-A-TA-
gi|2 : cGCATGCACAAGTACATGTTTATC-GGGATCGGCG--A-TGTTT----------T--TT---G---A----A-CATGTTAT-G----AATGGTTTGTGAAAAACAGG-----TTA---TAGAGGT-----C--TTAATACT-------------------ATGGAG--T-ATATATATA---CATT---TATA--TATTCAAGGTCATATTTAC---A--A---TATATTAT-C---TC-----A--ACAACGCTGTAAAAACA---A------AGTA---C---ATGTA-ATTA-TATTTTTTGTTC--ATATCTTGGAAATGGA-T-A-TC------ATTCGTGAAGCTG-------CAC---TT-AGCTTGTGA---GCATCAAT----A-T---TAA-G-GT----GTGAAACTCAATCGCCATTA--CCTGACC----------AGATT---ATGTCCCTTGTTGAAATTTGAGG--TTCTGATG---G---AA-GAT-T-----ATCCTT--A-AT---------TATGA-AGTT-CAAA------Acgtacattg
gi|20 : gcTATC----ATCGGA--TCAAGGTGTTTTGTTGCTTC---TT-TAT-TT--ACGTCACTGatgtcaaagctacacatatatcatatccattatatataattactgctctagtaataaaacgtataatgaattacatgcatgtttcaagactaaaagacctcttgtgcaccatattttttttttatttcaaactaaaat
gi|3 : ctaggccattcatCGCAAGTACATGTTTATC-GGAA--AACAGCA--ATGTCA-AGAA-AATT-CT---G---A--A-A-AATATCCT-G----CATGGCTTG-GGAAAATAGATTT--TTA---TT-A--T------T-TTAAAGTT-------------------ATGA--TTT-TTTT-TCTT---CA------AT---TATGCATAGTTATC-TGAC---TTTA---TATA-----CACTTCG----G--TCAA-GCT----CAACATGCA------T--ATGGG---AAGTA-A-AA-TA-TTGCTCTTCG--TATGTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-AT--GTGTACATGTATATCACACTTTTT-AAATTTTGGAACGAAAACAG----A-T---CAA-GCTT----ATGAATATTAAT----ATTT--TGTTG--G--------TAG-ATAC-ATATG----ATTTGA--TTAAGGCATTTTGTTA---C---CA-GGC-TT--GCACCATTGCA-AT----AAGA-TATGA-TACT-CAAA------CA-TT-AATA-----------TTTAGAC---AAGATAGAATA-------GAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAAATTAAAGACAATAATTGTTGTT----AACTCT-TAAAATA---------------A-ACGCCATAGCT--Aa
gi|4 : ttCGCAAGTACATGTTTATC-GGAA--AACAGCA--ATGTC--AGAGAAAT--CT---G---A----A-AATATCCTGG----CAATGCTTG-GGAAAATAGATTT--TTA---TTAA--T-----TT-AAAAAGTT-------------------ATG--ATTT-TTTTATCTT---CA------AT---TCTGCATAGTTATC-TGACTTTA--AAGGTATA-----CACTTCG----G--TCAA-GCT----CAATC---ATGCTATG--G---G---AAGTA-A-AA-TA-TTGCTCTTCGTA-ATGTT-GAAATGGGCC-A-TC--AGG-AT--GTGTACATGTATAC-ACACTTTTTAAAATTTTGGAACGAAAAAAACAGCA-T---CAA-GCTT----ATG-ATATTAAT----ATTT--TGTTG--G--------TAG-ATAACATATG----ATTTGA--TTAAGGCATTTTGTTAC--C---CA-GGTCTT--GCA-CATTGCA-AT----AAGCATATGATAACT-CAAA------ACATT-AATA-----------TTTAGAC---AAGATAGAATA-------GAATTT-GAAAAC-TT--TAA-G-GTC-CAAATTAAAGACCA--ATAATTGTTGTTAAACTCT-AAAA-TA---------------A-ACGCCAAaaggtattccgtgcatgatgatta
gi|5 : ttGCATGTACAAGTATATATTTATC-GAAATCAGCA--A-TGCTTCTTACAC-AAT--TTTCAA---A--G-A-TTTATTAT-G----AA--ATTTCTTAAACTCTTGTTC--TTAGTATTGA--A-----CAATTAACATA-------------------ACCGAGTCCCACATTTACT---CCTTAAGCATAATTATACTTAGTTGCA-TGAC---A--A---CATATCTAAC---TTA----G--A-AACGCT----CAACA---A------A--A---G---AAGTA-A-TA-TG-ATGTTGTTCAAAT----T-AAAGTGGA-C-A-TC--A---ATTC---------TGAAT-AC------T-G-GTTTTGAAATCAAAAGGAC---A-T---CAGTACCT----GTGATCATCAAC----ATTT--AGTTGCCA--------GAT-TT---ATATC----TTTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CATGAT-TA--GAA-CACTGGA-TT----TAGC-TATAC-AATTCCAAA------A---T-GTTA------------TTAG-----------GTGTCTCATGTTAAATTT-A--AAC-CA--GAA-G-ATC-AAGATCAAATACAAGGGTGA
gi|6 : taattatTTTT-AAAATGGA-TTA-TC--A----TT--TGGAAAGATGCAT--------TT-AACTTTTGAAATGAAAAAAA----AAC---CAA-A----------AACA-CAAT----GTTAAACTTT-CTG---------AG-C------ATC-------------TAAA-TACTTTGTTG---C---CA-GGT-TT--ATATAAT-GGA-TT----AAG--TAT----------------------------------------CTAGAC---CAGATCATGTACCCTGCTGAATTT-G--AAC-TT--T---------TAGATCGGGGACAAGGATGACTCTT----TATTTC-ATGGTTAAAGATTTTTGTGGTTA-AGGTCAGAGCT--TC-T----A---ATAATT-CTTATCt
gi|7 : AC----ATTT--CGTTGCC-------------TT---ATATC----ATTGCA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-TTATGTATT-TTGT-------------TGT-----CT--AAA------ACATT-ATTA-----------TCTGGAC---AAAACTGTGTCTTCTGTTGACCTT-G--ACC-TT--TAC-C-ATC-CAGATTACGTACAAGGACAACTCT------ACTCT-GAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCT--A--G----A---ATAGTT-CACATCataaaagttctaggtacaacttataaagaaatatttgcaatatttcaaaacacatttttatttcaacctaaaatattaagtttctgttagaaacacaaacctatggttc
gi|8 : agTTGATAAGAAAAACG----A-CATTCAA-GCTTAATTGTGA---TCA---------T--CGTTGCCAAATTTTAATAG-GT---TTATC----ATTGGA--TGAA--TATCTAG--A---C---CA-GAT-Ttttcatacatcataatagttaaaatgaatatttttaaaatgcttcaagattttaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattaaaacacgtttaattcaa
gi|8 : tggtcactgtttgttatctttgcctttacgatactaTA-----------TCTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TG--TAA-GTGTTGCAGATCAAATGTAAGGATGACACTT----AATTTT-GTGGTT---------------------T--AAACT--AC-GATTAA---ATAATTACATCTCgtgtcccctgttgaatttgaactgtaagtgttgcagatcaaatgtaaggatgacacttaattttgtggtttaaactacgattaaataattacatctcaagcaagaacatttataatgaaatatttgcaagattttatttatttgcaacata
gi|9 : tggtcactgtttgttatctttgcctttacgatactattgataagaaaaacgacattcaagcttaattgtgatcatcgttgccaaattttaataggtttatcattggatgaaCATGCACAAGAACATATTTATTTGGA----GCGGCAATGTTTCATAAAC-AATTACC---A---A--G-AGAATAT----G----TATGGTTTGTGAAAAACAGGTGTGGGTA---CTGG--T-----TT-TT-GTGTTCTTAATTAGAAAAAAGCCCACGGAGTCT-GT---TATT---AATT---TACA--CA--------TACG-TGAC---C--A---TATATTCACC---TCA----GACTCAACACT----CAACA---A------A--A---G---AGGTA-A-TACCA-TTGCTA----AA---GTT-AAAATGAA-A-A-TCG-A-C-ATTCATGCACGTGAGCAT-aagcaagaacatttataatgaaatatttgcaagattttatttatttgcaacata
gi|9 : gcaTTAAAATGAAAATCG----A-CATTCAT-GCAC----GTGAGCATCAAT----ATTT--CGTTGCC----------AG-GT---ATATcaatatttcgttgccaggtatata
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGCTCTAGCAAAAACTTAAAATGAAATAGTTACATGCTGAAAGATTTTACAAAATTCTGTTTTAAACACATTTTTATTTTAGCCTAGAATATTGGGTTTCTGTTCGACTGTTAGAAACGCATACATGTGGTC
Unaligned ( gi|15 ): TCGAAACCACTAATATTTCAGATCCATTATTTACCACTGTGGCTCTAGCAATAAGTATATGTACTATATATTACGGAAAATGTGCATGTTTCAAG
Unaligned ( gi|16 ): TTGTTATCGTAATTATACAGCTGGGTGCATGTATAAAACTCTGATGATCAGCCTTTTGGACAAATGAAAAGACAAAGATGATGAAGGGTGA
Unaligned ( gi|19 ): TGCGCATGCACGATTGCATGTATATAGGGATCGGCAATGTTTTAGAAACATACGGAAATGGAAAGTTTGT
Unaligned ( gi|21 ): TTGGTCACTGTTTGTTATCTTTGCCTTTACAGACAGATGGTCAGAAGGACCGAC
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444444444444444444 11111 111 55555555555555555555555555555555555555 222222 111111 111 111 444444444444444444444444444444444444 1111 333333333333333333333 2222222 111 44444444444444444444444444444444444 222222222222 111111111 44444444444444444444 111 1111111 222222222 1111 333333333333333333333333333 111 11111 3333333333333333333 33333333333333
lowQualScore : 5 99 66666666666666666666666666666666666 5 0 0 5 00000 2 1 3 1 5 77 000 77777777777777777777777777777777777777 1 1 0 222222 9999 222222 000 1 0 222 888888888888888888888888888888888888 4 2222 666666666666666666666 5 5 5 6 1 1111111 5 111 5 11111111111111111111111111111111111 1 0 55 888888888888 222222222 44 9999 66 00000000000000000000 8888 55 000 666 3 3 2222222 555 444444444 2222 4 555555555555555555555555555 8888 1 2 777 4 55 4 55 444 4 00000 5555 0000000000000000000 1 44444444444444 1 6
lowQualScore : . .. ................................... . . . . ..... . . . . . .. ... ...................................... . . . ...... .... ...... ... . . ... .................................... . .... ..................... . . . . . ....... . ... . ................................... . . .. ............ ......... .. .... .. .................... .... .. ... ... . . ....... ... ......... .... . ........................... .... . . ... . .. . .. ... . ..... .... ................... . .............. . .
lowQualScore : 0 66 66666666666666666666666666666666666 0 4 9 0 99999 2 1 2 7 3 99 000 00000000000000000000000000000000000000 4 4 4 222222 2222 888888 111 7 7 444 999999999999999999999999999999999999 3 1111 777777777777777777777 7 7 7 7 0 7777777 7 999 7 55555555555555555555555555555555555 0 4 22 666666666666 111111111 44 4444 11 44444444444444444444 5555 55 000 444 6 6 2222222 111 888888888 9999 4 888888888888888888888888888 9999 9 5 111 0 55 0 55 666 0 33333 7777 9999999999999999999 4 00000000000000 0 7
consensus : GCATGCGCAAGTACATGTTTATC-GGAATCAGCGGCA-TGTNTCATAGACAAT--CT---G---A--G-A-AATATTCT-G----CATGGCTTGTGAAAAACAGGTTTT--TA---TTGA--T-----CT-TTAATGTT-------------------ACGGAGTCTN-TATNTATT---CATT---TATA--TATACATAGTTACG-TGAC----A-ACA---TAT----CT----CG----GNC--AACGCT----CAACA---A------A--A---G---AAGTA-A-TA-TA-TTGCTNTTCGAATATNTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-ATTCGTGAACATGTGTAT-ACACTTTTT-AANTTTTGAAA-CGAAAAAAG----A-C---CAA-GCTT----GTGAACATCAAT----ATTT--CGTTGCCG--------TAG-NT---ATATC----ATTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-TT--GCATCATTGNA-AT----AAG--TATGA-AACT-CAAA------AC-TT-ATTA-----------TTTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAGATCAAATACAAGGATGACTCTT----AATTCT-AAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCT--AC-G----A---ATANTT-CATATCCATTA
Reference ( family-1693 ) : GCATGCGCAAGTACATGTTTATC-GGAATCAGCGGCA-TGTNTCATAGANAAT--CT---G---A--G-A-AATATTCT-G----CATGGCTTGTGAAAAACAGGTTTT--TA---TTGA--T-----CT-TTAATGTT-------------------ACGGAGTCTN-TATNTATT---CATT---TATA--TATACATAGTTACG-TGAC----A-ACA---TAT----CT----CG----GNC--AACGCT----CAACA---A------A--A---G---AAGTA-A-TA-TA-TTGCTNTTCGAATATNTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-ATTCGTGNANATGTGTAT-ACACTTTTT-AANTTTTGAAA-CGAAAAAAG----A-C---CAA-GCTT----GTGAACATCAAT----ATTT--CGTTGCCG--------TAG-NT---ATATC----ATTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-TT--GCATCATTGNA-AT----AAG--TATGA-AACT-CAAA------AC-TT-ATTA-----------TTTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAGATCAAATACAAGGATGACTCTT----AATTCT-AAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCT--AC-G----A---ATANTT-CATATCCATTA
gi|1 : GCATACACAGGTACATGCTTATC-GGAATTAACA--A-T-TATCA-AAAGAA---CT---A---AATG-A-AATGTTCT-G----CATGATTTGTGTAAAAC---TTTT--CA---TTGAAATAAAAACTATTGATGAT-------------------ATGGAGTCTA-AA-ACATAAAACATT---CGTA--TATACATAGTGACA-TGAC----T-ACA---TA-----CT----CC----ACC--AACGTT----CACCA---A------A--A---AGGCAAATACA-TG-TA-CTGTTATTCAAATATTTC-AAAATGGG-T-ACTCCTA-GTACTTGTGAA-ATTTGTAT-GCACTTCAT-AATATTTAAAG-CGAAAAA-G----A-A---CAA-ACTT----GAGAGCATCAGT----ATTT--TATTGTCA--------TAG-TT---ATATC----ATTAGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-TT--GTATCATTGCA-AT----AAA--TATGA-AGCT-CAAA------ACTTT-ATCA-----------TTCAGAC---CTAATTGTGTTTCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TGG-G-GTC-AAGGTCAAATACAAGGTTGTCTCTT----GATTCT-AAGGTTA---------------A-AAGTCAAAGCT--CC-T----A---ATAATT-CAAATCCATTA
gi|10 : ATGGTGTCCGCTGTTGAATTG-A--AACTTT--TGC-G-GTC-TAGATCAAAT-CAAAGATGACTTTT----AATTCTGAAGGTAA---------------ATAGGTCAAAGCTAAAC-A----G---ATATTT-CATATC
gi|11 : TGTC----ATTGAA--TTAAGGTACTTTGTTG---CTCCCA-TAT-TT--ACGTCACTGAA-ATTTCCAAA--TATGAGAAAT-CTAACATGTTAC-TTTATCA-----------TATAAAC---CATTTTTTGTCG--TGTGGAATTTTG------TTCATAA-A-GGC-C----TAAATACAGGGGTGACTCTT----ACTTCT-AA-GT-------------------------AAGCT--ATAG----ATCTATACTT-AATATCCATTacaattgagtgcctatacacaatcagtacttttggcaagcatataaaacttataatgtcagaaatatttgcatgttgaaacttttaaaatgtcctattttgattaaacatattttttt
gi|12 : ctaggcccttcacTTGTTG---C---TA-GAT-T-----A--ATTGGGTAT----ATG--TATGA-TACC-CAAA------AG-TC-ATTACGTTTTGTATTTTTAAAAAAACATATTGTGTCTTATGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAACG-GTC-CAAATCAAATAAAAGGGCGGTCCTT----CAATCT-AAAGTTA---------------
gi|13 : GCATGCACAGGTACATGTTT-TC-GGAATTAG-GG-A-TG-ATTATAGACAAT---T---GTCAA--GTA-AAAATTCC-C----CACGGGATGTGAAAAACAG-TTTT--TG---TTGC--T-----CT-TAAATGTT-------------------ATGGAGTTTG--ATTTATT---CATT---TGTA--CAcattattccacgtccattaggcctacat
gi|17 : CATGAGC---TACATGTTTATC-GGAATCAGCA--A-TGTTTCATAAGCAGT---T---GTCAA--G-A-GA-ATTCT-GTTGCTATTGCTTTTGAAAgt
gi|18 : gcaTGTGTA---CAGT---TACA--TGTACATG--TATG-TGGC----A-ACA---TAT-----T----CACCATAGC--AACG-T----CAACA---A------G--C---G---AGGTA-A-TA-
gi|2 : cGCATGCACAAGTACATGTTTATC-GGGATCGGCG--A-TGTTT---------T--TT---G---A----A-CATGTTAT-G----AATGGTTTGTGAAAAACAGG---T--TA---TAGAGGT-----C--TTAATACT-------------------ATGGAGTATA-TATATA-----CATT---TATA--TATTCAAGGTCATATTTAC----A-ATATATTAT----CT----C-----AAC--AACGCTGTAAAAACA---A------AGTA---C---ATGTA-ATTA-TATTTTTTGTTC--ATATCTTGGAAATGGA-T-A-TC------ATTCGTGAAGCTG-------CAC---TT-AGCTTGTGA----GCATCAAT----A-T---TAA-G-GT----GTGAAACTCAATCGCCATTA--CCTGACC----------AGATT---ATGTCCCTTGTTGAAATTTGAGG--TTCTGATG---G---AA-GAT-T-----ATCCTT--A-AT---------TATGA-AGTT-CAAA------Acgtacattg
gi|20 : gcTATC----ATCGGA--TCAAGGTGTTTTGTTGCTTC---TT-TAT-TT--ACGTCACTGatgtcaaagctacacatatatcatatccattatatataattactgctctagtaataaaacgtataatgaattacatgcatgtttcaagactaaaagacctcttgtgcaccatattttttttttatttcaaactaaaat
gi|3 : ctaggccattcatCGCAAGTACATGTTTATC-GGAA--AACAGCA--ATGTCA-AGAAAATT-CT---G---A--A-A-AATATCCT-G----CATGGCTTG-GGAAAATAGATTTT--TA---TT-A--T------T-TTAAAGTT-------------------ATGA--TTTT-T-TTTCTT---CA------AT---TATGCATAGTTATC-TGACTTT-ATATA---CAC----TT----CG----GTC--AA-GCT----CAACATGCA------T--ATGGG---AAGTA-A-AA-TA-TTGCTCTTCG--TATGTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-AT--GTGTACATGTATATCACACTTTTT-AAATTTTGGAA-CGAAAACAG----A-T---CAA-GCTT----ATGAATATTAAT----ATTT--TGTTG--G--------TAG-ATAC-ATATG----ATTTGA--TTAAGGCATTTTGTTA---C---CA-GGC-TT--GCACCATTGCA-AT----AAGA-TATGA-TACT-CAAA------CA-TT-AATA-----------TTTAGAC---AAGATAGAATA-------GAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAAATTAAAGACAATAATTGTTGTT----AACTCT-TAAAATA---------------A-ACGCCATAGCT--Aa
gi|4 : ttCGCAAGTACATGTTTATC-GGAA--AACAGCA--ATGTCAGAGA-AAT--CT---G---A----A-AATATCCTGG----CAATGCTTG-GGAAAATAGATTTT--TA---TTAA--T-----TT-AAAAAGTT-------------------ATG--ATTTT-TTTATCTT---CA------AT---TCTGCATAGTTATC-TGACTTTAA-AGG---TATACACTT----CG----GTC--AA-GCT----CAATC---ATGCTATG--G---G---AAGTA-A-AA-TA-TTGCTCTTCGTA-ATGTT-GAAATGGGCC-A-TC--AGG-AT--GTGTACATGTATAC-ACACTTTTTAAAATTTTGGAA-CGAAAAAAACAGCA-T---CAA-GCTT----ATG-ATATTAAT----ATTT--TGTTG--G--------TAG-ATAACATATG----ATTTGA--TTAAGGCATTTTGTTAC--C---CA-GGTCTT--GCA-CATTGCA-AT----AAGCATATGATAACT-CAAA------ACATT-AATA-----------TTTAGAC---AAGATAGAATA-------GAATTT-GAAAAC-TT--TAA-G-GTC-CAAATTAAAGACCA--ATAATTGTTGTTAAACTCT-AAAA-TA---------------A-ACGCCAAaaggtattccgtgcatgatgatta
gi|5 : ttGCATGTACAAGTATATATTTATC-GAAATCAGCA--A-TGCTTCTTACACAAT--TTTCAA---A--G-A-TTTATTAT-G----AA--ATTTCTTAAACTCTTGTTCT--TAGTATTGA--A-----CAATTAACATA-------------------ACCGAGTCCCACATTTACT---CCTTAAGCATAATTATACTTAGTTGCA-TGAC----A-ACA---TAT----CTAACTTA----GA---AACGCT----CAACA---A------A--A---G---AAGTA-A-TA-TG-ATGTTGTTCAAAT----T-AAAGTGGA-C-A-TC--A---ATTC-TGAATAC-TG----------------GTTTTGAAATCAAAAGGAC----A-T---CAGTACCT----GTGATCATCAAC----ATTT--AGTTGCCA--------GAT-TT---ATATC----TTTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CATGAT-TA--GAA-CACTGGA-TT----TAGC-TATAC-AATTCCAAA------A---T-GTTA------------TTAG-----------GTGTCTCATGTTAAATTT-A--AAC-CA--GAA-G-ATC-AAGATCAAATACAAGGGTGA
gi|6 : taattatTTTT-AAAATGGA-TTA-TC--A----TTTGGAAAGATG-------CA---TTT-AACTTTTGAAA-TGAAAAAAA----AAC---CAA-A----------AACA-CAAT----GTTAAACTTT-CTG---------AG-C------ATC-------------TAAA-TACTTTGTTG---C---CA-GGT-TT--ATATAAT-GGA-TT----AAG--TAT----------------------------------------CTAGAC---CAGATCATGTACCCTGCTGAATTT-G--AAC-TT--T---------TAGATCGGGGACAAGGATGACTCTT----TATTTC-ATGGTTAAAGATTTTTGTGGTTA-AGGTCAGAGCT--TC-T----A---ATAATT-CTTATCt
gi|7 : AC----ATTT--CGTTGCC-------------TT---ATATC----ATTGCA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-TTATGTATT-TTGT-------------TGT-----CT--AAA------ACATT-ATTA-----------TCTGGAC---AAAACTGTGTCTTCTGTTGACCTT-G--ACC-TT--TAC-C-ATC-CAGATTACGTACAAGGACAACTCT------ACTCT-GAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCT--A--G----A---ATAGTT-CACATCataaaagttctaggtacaacttataaagaaatatttgcaatatttcaaaacacatttttatttcaacctaaaatattaagtttctgttagaaacacaaacctatggttc
gi|8 : agTTGATA-AGAAAAACG----A-CATTCAA-GCTTAATTGTGA---TCA---------T--CGTTGCCAAATTTTAATAG-GT---TTATC----ATTGGA--TGAA--TATCTAG--A---C---CA-GAT-Ttttcatacatcataatagttaaaatgaatatttttaaaatgcttcaagattttaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattaaaacacgtttaattcaa
gi|8 : tggtcactgtttgttatctttgcctttacgatactaTA-----------TCTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TG--TAA-GTGTTGCAGATCAAATGTAAGGATGACACTT----AATTTT----GT--------------------GGTTTAAACT--AC-GATTAA---ATAATTACATCTCgtgtcccctgttgaatttgaactgtaagtgttgcagatcaaatgtaaggatgacacttaattttgtggtttaaactacgattaaataattacatctcaagcaagaacatttataatgaaatatttgcaagattttatttatttgcaacata
gi|9 : tggtcactgtttgttatctttgcctttacgatactattgataagaaaaacgacattcaagcttaattgtgatcatcgttgccaaattttaataggtttatcattggatgaaCATGCACAAGAACATATTTATTTGGA----GCGGCAATGTTTCATAAACAATTACC---A---A--G-AGAATAT----G----TATGGTTTGTGAAAAACAGGTGTGGGTA---CTGG--T-----TT-TTG-TGTTCTTAATTAGAAAAAAGCCCACGGAGTCTG-T---TATT---AATT---TACA--CATAC--------G-TGAC----C-ATA---TATTCACCT----CA----GACTCAACACT----CAACA---A------A--A---G---AGGTA-A-TACCA-TTGCTA----AA---GTT-AAAATGAA-A-A-TCG-A-C-ATTCATGCACGTGAGCAT-aagcaagaacatttataatgaaatatttgcaagattttatttatttgcaacata
gi|9 : gcaTTAAAA-TGAAAATCG----A-CATTCAT-GCAC----GTGAGCATCAAT----ATTT--CGTTGCC----------AG-GT---ATATcaatatttcgttgccaggtatata
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGCTCTAGCAAAAACTTAAAATGAAATAGTTACATGCTGAAAGATTTTACAAAATTCTGTTTTAAACACATTTTTATTTTAGCCTAGAATATTGGGTTTCTGTTCGACTGTTAGAAACGCATACATGTGGTC
Unaligned ( gi|15 ): TCGAAACCACTAATATTTCAGATCCATTATTTACCACTGTGGCTCTAGCAATAAGTATATGTACTATATATTACGGAAAATGTGCATGTTTCAAG
Unaligned ( gi|16 ): TTGTTATCGTAATTATACAGCTGGGTGCATGTATAAAACTCTGATGATCAGCCTTTTGGACAAATGAAAAGACAAAGATGATGAAGGGTGA
Unaligned ( gi|19 ): TGCGCATGCACGATTGCATGTATATAGGGATCGGCAATGTTTTAGAAACATACGGAAATGGAAAGTTTGT
Unaligned ( gi|21 ): TTGGTCACTGTTTGTTATCTTTGCCTTTACAGACAGATGGTCAGAAGGACCGAC
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444444444444444444 11111 111 55555555555555555555555555555555555555 222222 111111 111 111 444444444444444444444444444444444444 1111 333333333333333333333 2222222 111 44444444444444444444444444444444444 222222222222 111111111 44444444444444444444 111 1111111 222222222 1111 333333333333333333333333333 111 11111 3333333333333333333 33333333333333
lowQualScore : 5 99 44444444444444444444444444444444444 5 0 0 5 00000 2 1 3 1 5 77 000 77777777777777777777777777777777777777 1 1 0 222222 9999 222222 000 1 0 222 888888888888888888888888888888888888 4 2222 666666666666666666666 5 5 5 6 1 1111111 5 111 5 22222222222222222222222222222222222 1 0 55 888888888888 222222222 44 9999 66 00000000000000000000 8888 55 000 666 3 3 1111111 555 444444444 2222 4 555555555555555555555555555 8888 1 2 777 4 55 4 55 444 4 00000 5555 0000000000000000000 1 44444444444444 1 6
lowQualScore : . .. ................................... . . . . ..... . . . . . .. ... ...................................... . . . ...... .... ...... ... . . ... .................................... . .... ..................... . . . . . ....... . ... . ................................... . . .. ............ ......... .. .... .. .................... .... .. ... ... . . ....... ... ......... .... . ........................... .... . . ... . .. . .. ... . ..... .... ................... . .............. . .
lowQualScore : 0 66 66666666666666666666666666666666666 0 4 9 0 99999 2 1 2 7 3 99 000 00000000000000000000000000000000000000 4 4 4 222222 2222 888888 111 7 7 444 999999999999999999999999999999999999 3 1111 777777777777777777777 7 7 7 7 0 7777777 7 999 7 44444444444444444444444444444444444 0 4 22 666666666666 111111111 44 4444 11 44444444444444444444 5555 55 000 444 6 6 7777777 111 888888888 9999 4 888888888888888888888888888 9999 9 5 111 0 55 0 55 666 0 33333 7777 9999999999999999999 4 00000000000000 0 7
consensus : GCATGCGCAAGTACATGTTTATC-GGAATCAGCGGCA-TGTNTCATAGACAAT--CT---G---A--G-A-AATATTCT-G----CATGGCTTGTGAAAAACAGGTTTT--TA---TTGA--T-----CT-TTAATGTT-------------------ACGGAGTCTN-TATNTATT---CATT---TATA--TATACATAGTTACG-TGAC----A-ACA---TAT----CT----CG----GNC--AACGCT----CAACA---A------A--A---G---AAGTA-A-TA-TA-TTGCTNTTCGAATATNTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-ATTCGTGAACATGTGTAT-ACACTTTTT-AANTTTTGAAA-CGAAAAAAG----A-C---CAA-GCTT----GTGAACATCAAT----ATTT--CGTTGCCG--------TAG-NT---ATATC----ATTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-T--TGCATCATTGNA-AT----AAG--TATGA-AACT-CAAA------AC-TT-ATTA-----------TTTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAGATCAAATACAAGGATGACTCTT----AATTCT-AAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCT--AC-G----A---ATANTT-CATATCCATTA
Reference ( family-1693 ) : GCATGCGCAAGTACATGTTTATC-GGAATCAGCGGCA-TGTNTCATAGACAAT--CT---G---A--G-A-AATATTCT-G----CATGGCTTGTGAAAAACAGGTTTT--TA---TTGA--T-----CT-TTAATGTT-------------------ACGGAGTCTN-TATNTATT---CATT---TATA--TATACATAGTTACG-TGAC----A-ACA---TAT----CT----CG----GNC--AACGCT----CAACA---A------A--A---G---AAGTA-A-TA-TA-TTGCTNTTCGAATATNTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-ATTCGTGAACATGTGTAT-ACACTTTTT-AANTTTTGAAA-CGAAAAAAG----A-C---CAA-GCTT----GTGAACATCAAT----ATTT--CGTTGCCG--------TAG-NT---ATATC----ATTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-T--TGCATCATTGNA-AT----AAG--TATGA-AACT-CAAA------AC-TT-ATTA-----------TTTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAGATCAAATACAAGGATGACTCTT----AATTCT-AAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCT--AC-G----A---ATANTT-CATATCCATTA
gi|1 : GCATACACAGGTACATGCTTATC-GGAATTAACA--A-T-TATCA-AAAGAA---CT---A---AATG-A-AATGTTCT-G----CATGATTTGTGTAAAAC---TTTT--CA---TTGAAATAAAAACTATTGATGAT-------------------ATGGAGTCTA-AA-ACATAAAACATT---CGTA--TATACATAGTGACA-TGAC----T-ACA---TA-----CT----CC----ACC--AACGTT----CACCA---A------A--A---AGGCAAATACA-TG-TA-CTGTTATTCAAATATTTC-AAAATGGG-T-ACTCCTA-GTACTTGTGAA-ATTTGTAT-GCACTTCAT-AATATTTAAAG-CGAAAAA-G----A-A---CAA-ACTT----GAGAGCATCAGT----ATTT--TATTGTCA--------TAG-TT---ATATC----ATTAGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-T--TGTATCATTGCA-AT----AAA--TATGA-AGCT-CAAA------AC-TTTATCA-----------TTCAGAC---CTAATTGTGTTTCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TGG-G-GTC-AAGGTCAAATACAAGGTTGTCTCTT----GATTCT-AAGGTTA---------------A-AAGTCAAAGCT--CC-T----A---ATAATT-CAAATCCATTA
gi|10 : ATGGTGTCCGCTGTTGAATTG-A--AACTTT--TGC-G-GTC-TAGATCAAAT-CAAAGATGACTTTT----AATTCTGAAGGTAA---------------ATAGGTCAAAGCTAAAC-A----G---ATATTT-CATATC
gi|11 : TGTC----ATTGAA--TTAAGGTACTTTGTTG---CTCCCA-TAT-T--TACGTCACTGAA-ATTTCCAAA--TATGAGAAAT-CTAACATGTTAC-TTTATCA-----------TATAAAC---CATTTTTTGTCG--TGTGGAATTTTG------TTCATAA-A-GGC-C----TAAATACAGGGGTGACTCTT----ACTTCT-AA-GT-------------------------AAGCT--ATAG----ATCTATACTT-AATATCCATTacaattgagtgcctatacacaatcagtacttttggcaagcatataaaacttataatgtcagaaatatttgcatgttgaaacttttaaaatgtcctattttgattaaacatattttttt
gi|12 : ctaggcccttcacTTGTTG---C---TA-GAT-T-----A--ATTGGGTAT----ATG--TATGA-TACC-CAAA------AG-TC-ATTACGTTTTGTATTTTTAAAAAAACATATTGTGTCTTATGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAACG-GTC-CAAATCAAATAAAAGGGCGGTCCTT----CAATCT-AAAGTTA---------------
gi|13 : GCATGCACAGGTACATGTTT-TC-GGAATTAG-GG-A-TG-ATTATAGACAAT---T---GTCAA--GTA-AAAATTCC-C----CACGGGATGTGAAAAACAG-TTTT--TG---TTGC--T-----CT-TAAATGTT-------------------ATGGAGTTTG--ATTTATT---CATT---TGTA--CAcattattccacgtccattaggcctacat
gi|17 : CATGAGC---TACATGTTTATC-GGAATCAGCA--A-TGTTTCATAAGCAGT---T---GTCAA--G-A-GA-ATTCT-GTTGCTATTGCTTTTGAAAgt
gi|18 : gcaTGTGTA---CAGT---TACA--TGTACATG--TATG-TGGC----A-ACA---TAT-----T----CACCATAGC--AACG-T----CAACA---A------G--C---G---AGGTA-A-TA-
gi|2 : cGCATGCACAAGTACATGTTTATC-GGGATCGGCG--A-TGTTT---------T--TT---G---A----A-CATGTTAT-G----AATGGTTTGTGAAAAACAGG---T--TA---TAGAGGT-----C--TTAATACT-------------------ATGGAGTATA-TATATA-----CATT---TATA--TATTCAAGGTCATATTTAC----A-ATATATTAT----CT----C-----AAC--AACGCTGTAAAAACA---A------AGTA---C---ATGTA-ATTA-TATTTTTTGTTC--ATATCTTGGAAATGGA-T-A-TC------ATTCGTGAAGCTG-------CAC---TT-AGCTTGTGA----GCATCAAT----A-T---TAA-G-GT----GTGAAACTCAATCGCCATTA--CCTGACC----------AGATT---ATGTCCCTTGTTGAAATTTGAGG--TTCTGATG---G---AA-GAT-T-----ATCCTT--A-AT---------TATGA-AGTT-CAAA------Acgtacattg
gi|20 : gcTATC----ATCGGA--TCAAGGTGTTTTGTTGCTTC---TT-TAT-T--TACGTCACTGatgtcaaagctacacatatatcatatccattatatataattactgctctagtaataaaacgtataatgaattacatgcatgtttcaagactaaaagacctcttgtgcaccatattttttttttatttcaaactaaaat
gi|3 : ctaggccattcatCGCAAGTACATGTTTATC-GGAA--AACAGCA--ATGTCA-AGAAAATT-CT---G---A--A-A-AATATCCT-G----CATGGCTTG-GGAAAATAGATTTT--TA---TT-A--T------T-TTAAAGTT-------------------ATGA--TTTT-T-TTTCTT---CA------AT---TATGCATAGTTATC-TGACTTT-ATATA---CAC----TT----CG----GTC--AA-GCT----CAACATGCA------T--ATGGG---AAGTA-A-AA-TA-TTGCTCTTCG--TATGTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-AT--GTGTACATGTATATCACACTTTTT-AAATTTTGGAA-CGAAAACAG----A-T---CAA-GCTT----ATGAATATTAAT----ATTT--TGTTG--G--------TAG-ATAC-ATATG----ATTTGA--TTAAGGCATTTTGTTA---C---CA-GGC-T--TGCACCATTGCA-AT----AAGA-TATGA-TACT-CAAA------CA-TT-AATA-----------TTTAGAC---AAGATAGAATA-------GAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAAATTAAAGACAATAATTGTTGTT----AACTCT-TAAAATA---------------A-ACGCCATAGCT--Aa
gi|4 : ttCGCAAGTACATGTTTATC-GGAA--AACAGCA--ATGTCAGAGA-AAT--CT---G---A----A-AATATCCTGG----CAATGCTTG-GGAAAATAGATTTT--TA---TTAA--T-----TT-AAAAAGTT-------------------ATG--ATTTT-TTTATCTT---CA------AT---TCTGCATAGTTATC-TGACTTTAA-AGG---TATACACTT----CG----GTC--AA-GCT----CAATC---ATGCTATG--G---G---AAGTA-A-AA-TA-TTGCTCTTCGTA-ATGTT-GAAATGGGCC-A-TC--AGG-AT--GTGTACATGTATAC-ACACTTTTTAAAATTTTGGAA-CGAAAAAAACAGCA-T---CAA-GCTT----ATG-ATATTAAT----ATTT--TGTTG--G--------TAG-ATAACATATG----ATTTGA--TTAAGGCATTTTGTTAC--C---CA-GGTCT--TGCA-CATTGCA-AT----AAGCATATGATAACT-CAAA------ACATT-AATA-----------TTTAGAC---AAGATAGAATA-------GAATTT-GAAAAC-TT--TAA-G-GTC-CAAATTAAAGACCA--ATAATTGTTGTTAAACTCT-AAAA-TA---------------A-ACGCCAAaaggtattccgtgcatgatgatta
gi|5 : ttGCATGTACAAGTATATATTTATC-GAAATCAGCA--A-TGCTTCTTACACAAT--TTTCAA---A--G-A-TTTATTAT-G----AA--ATTTCTTAAACTCTTGTTCT--TAGTATTGA--A-----CAATTAACATA-------------------ACCGAGTCCCACATTTACT---CCTTAAGCATAATTATACTTAGTTGCA-TGAC----A-ACA---TAT----CTAACTTA----GA---AACGCT----CAACA---A------A--A---G---AAGTA-A-TA-TG-ATGTTGTTCAAAT----T-AAAGTGGA-C-A-TC--A---ATTC-TGAATAC-TG----------------GTTTTGAAATCAAAAGGAC----A-T---CAGTACCT----GTGATCATCAAC----ATTT--AGTTGCCA--------GAT-TT---ATATC----TTTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CATGAT-T--AGAA-CACTGGA-TT----TAGC-TATAC-AATTCCAAA------A---T-GTTA------------TTAG-----------GTGTCTCATGTTAAATTT-A--AAC-CA--GAA-G-ATC-AAGATCAAATACAAGGGTGA
gi|6 : taattatTTTT-AAAATGGA-TTA-TC--A----TTTGGAAAGATG-------CA---TTT-AACTTTTGAAA-TGAAAAAAA----AAC---CAA-A----------AACA-CAAT----GTTAAACTTT-CTG---------AG-C------ATC-------------TAAA-TACTTTGTTG---C---CA-GGT-T--TATATAAT-GGA-TT----AAG--TAT----------------------------------------CTAGAC---CAGATCATGTACCCTGCTGAATTT-G--AAC-TT--T---------TAGATCGGGGACAAGGATGACTCTT----TATTTC-ATGGTTAAAGATTTTTGTGGTTA-AGGTCAGAGCT--TC-T----A---ATAATT-CTTATCt
gi|7 : AC----ATTT--CGTTGCC-------------TT---ATATC----ATTGCA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-TTATGTATT-TTGT-------------TGT-----CT--AAA------ACATT-ATTA-----------TCTGGAC---AAAACTGTGTCTTCTGTTGACCTT-G--ACC-TT--TAC-C-ATC-CAGATTACGTACAAGGACAACTCT------ACTCT-GAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCT--A--G----A---ATAGTT-CACATCataaaagttctaggtacaacttataaagaaatatttgcaatatttcaaaacacatttttatttcaacctaaaatattaagtttctgttagaaacacaaacctatggttc
gi|8 : agTTGATA-AGAAAAACG----A-CATTCAA-GCTTAATTGTGA---TCA---------T--CGTTGCCAAATTTTAATAG-GT---TTATC----ATTGGA--TGAA--TATCTAG--A---C---CA-GAT-T--tttcatacatcataatagttaaaatgaatatttttaaaatgcttcaagattttaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattaaaacacgtttaattcaa
gi|8 : tggtcactgtttgttatctttgcctttacgatactaTA-----------TCTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TG--TAA-GTGTTGCAGATCAAATGTAAGGATGACACTT----AATTTT----GT--------------------GGTTTAAACT--AC-GATTAA---ATAATTACATCTCgtgtcccctgttgaatttgaactgtaagtgttgcagatcaaatgtaaggatgacacttaattttgtggtttaaactacgattaaataattacatctcaagcaagaacatttataatgaaatatttgcaagattttatttatttgcaacata
gi|9 : tggtcactgtttgttatctttgcctttacgatactattgataagaaaaacgacattcaagcttaattgtgatcatcgttgccaaattttaataggtttatcattggatgaaCATGCACAAGAACATATTTATTTGGA----GCGGCAATGTTTCATAAACAATTACC---A---A--G-AGAATAT----G----TATGGTTTGTGAAAAACAGGTGTGGGTA---CTGG--T-----TT-TTG-TGTTCTTAATTAGAAAAAAGCCCACGGAGTCTG-T---TATT---AATT---TACA--CATAC--------G-TGAC----C-ATA---TATTCACCT----CA----GACTCAACACT----CAACA---A------A--A---G---AGGTA-A-TACCA-TTGCTA----AA---GTT-AAAATGAA-A-A-TCG-A-C-ATTCATGCACGTGAGCAT-aagcaagaacatttataatgaaatatttgcaagattttatttatttgcaacata
gi|9 : gcaTTAAAA-TGAAAATCG----A-CATTCAT-GCAC----GTGAGCATCAAT----ATTT--CGTTGCC----------AG-GT---ATATcaatatttcgttgccaggtatata
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGCTCTAGCAAAAACTTAAAATGAAATAGTTACATGCTGAAAGATTTTACAAAATTCTGTTTTAAACACATTTTTATTTTAGCCTAGAATATTGGGTTTCTGTTCGACTGTTAGAAACGCATACATGTGGTC
Unaligned ( gi|15 ): TCGAAACCACTAATATTTCAGATCCATTATTTACCACTGTGGCTCTAGCAATAAGTATATGTACTATATATTACGGAAAATGTGCATGTTTCAAG
Unaligned ( gi|16 ): TTGTTATCGTAATTATACAGCTGGGTGCATGTATAAAACTCTGATGATCAGCCTTTTGGACAAATGAAAAGACAAAGATGATGAAGGGTGA
Unaligned ( gi|19 ): TGCGCATGCACGATTGCATGTATATAGGGATCGGCAATGTTTTAGAAACATACGGAAATGGAAAGTTTGT
Unaligned ( gi|21 ): TTGGTCACTGTTTGTTATCTTTGCCTTTACAGACAGATGGTCAGAAGGACCGAC
Alignments
lowQualScore : 44444444444444444444444444444444444 11111 111 55555555555555555555555555555555555555 222222 111111 111 111 444444444444444444444444444444444444 1111 333333333333333333333 2222222 111 44444444444444444444444444444444444 222222222222 111111111 44444444444444444444 111 1111111 222222222 1111 333333333333333333333333333 111 11111 3333333333333333333 33333333333333
lowQualScore : 5 99 44444444444444444444444444444444444 5 0 0 5 00000 2 1 3 1 5 77 000 77777777777777777777777777777777777777 1 1 0 222222 9999 222222 000 1 0 222 888888888888888888888888888888888888 4 2222 666666666666666666666 5 5 5 6 1 1111111 5 111 5 22222222222222222222222222222222222 1 0 55 888888888888 222222222 44 9999 66 00000000000000000000 8888 55 000 666 3 3 1111111 555 444444444 2222 4 555555555555555555555555555 8888 1 2 777 4 55 4 55 444 4 00000 5555 0000000000000000000 1 44444444444444 1 6
lowQualScore : . .. ................................... . . . . ..... . . . . . .. ... ...................................... . . . ...... .... ...... ... . . ... .................................... . .... ..................... . . . . . ....... . ... . ................................... . . .. ............ ......... .. .... .. .................... .... .. ... ... . . ....... ... ......... .... . ........................... .... . . ... . .. . .. ... . ..... .... ................... . .............. . .
lowQualScore : 0 66 66666666666666666666666666666666666 0 4 9 0 99999 2 1 2 7 3 99 000 00000000000000000000000000000000000000 4 4 4 222222 2222 888888 111 7 7 444 999999999999999999999999999999999999 3 1111 777777777777777777777 7 7 7 7 0 7777777 7 999 7 44444444444444444444444444444444444 0 4 22 666666666666 111111111 44 4444 11 44444444444444444444 5555 55 000 444 6 6 7777777 111 888888888 9999 4 888888888888888888888888888 9999 9 5 111 0 55 0 55 666 0 33333 7777 9999999999999999999 4 00000000000000 0 7
consensus : GCATGCGCAAGTACATGTTTATC-GGAATCAGCGGCA-TGTNTCATAGACAAT--CT---G---A--G-A-AATATTCT-G----CATGGCTTGTGAAAAACAGGTTTT--TA---TTGA--T-----CT-TTAATGTT-------------------ACGGAGTCTN-TATNTATT---CATT---TATA--TATACATAGTTACG-TGAC----A-ACA---TAT----CT----CG----GNC--AACGCT----CAACA---A------A--A---G---AAGTA-A-TA-TA-TTGCTNTTCGAATATNTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-ATTCGTGAACATGTGTAT-ACACTTTTT-AANTTTTGAAA-CGAAAAAAG----A-C---CAA-GCTT----GTGAACATCAAT----ATTT--CGTTGCCG--------TAG-NT---ATATC----ATTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-T--TGCATCATTGNA-AT----AAG--TATGA-AACT-CAAA------AC-TT-ATTA-----------TTTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAGATCAAATACAAGGATGACTCTT----AATTCT-AAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCT--AC-G----A---ATANTT-CATATCCATTA
Reference ( family-1693 ) : GCATGCGCAAGTACATGTTTATC-GGAATCAGCGGCA-TGTNTCATAGACAAT--CT---G---A--G-A-AATATTCT-G----CATGGCTTGTGAAAAACAGGTTTT--TA---TTGA--T-----CT-TTAATGTT-------------------ACGGAGTCTN-TATNTATT---CATT---TATA--TATACATAGTTACG-TGAC----A-ACA---TAT----CT----CG----GNC--AACGCT----CAACA---A------A--A---G---AAGTA-A-TA-TA-TTGCTNTTCGAATATNTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-ATTCGTGAACATGTGTAT-ACACTTTTT-AANTTTTGAAA-CGAAAAAAG----A-C---CAA-GCTT----GTGAACATCAAT----ATTT--CGTTGCCG--------TAG-NT---ATATC----ATTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-T--TGCATCATTGNA-AT----AAG--TATGA-AACT-CAAA------AC-TT-ATTA-----------TTTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAGATCAAATACAAGGATGACTCTT----AATTCT-AAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCT--AC-G----A---ATANTT-CATATCCATTA
gi|1 : GCATACACAGGTACATGCTTATC-GGAATTAACA--A-T-TATCA-AAAGAA---CT---A---AATG-A-AATGTTCT-G----CATGATTTGTGTAAAAC---TTTT--CA---TTGAAATAAAAACTATTGATGAT-------------------ATGGAGTCTA-AA-ACATAAAACATT---CGTA--TATACATAGTGACA-TGAC----T-ACA---TA-----CT----CC----ACC--AACGTT----CACCA---A------A--A---AGGCAAATACA-TG-TA-CTGTTATTCAAATATTTC-AAAATGGG-T-ACTCCTA-GTACTTGTGAA-ATTTGTAT-GCACTTCAT-AATATTTAAAG-CGAAAAA-G----A-A---CAA-ACTT----GAGAGCATCAGT----ATTT--TATTGTCA--------TAG-TT---ATATC----ATTAGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-T--TGTATCATTGCA-AT----AAA--TATGA-AGCT-CAAA------AC-TTTATCA-----------TTCAGAC---CTAATTGTGTTTCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TGG-G-GTC-AAGGTCAAATACAAGGTTGTCTCTT----GATTCT-AAGGTTA---------------A-AAGTCAAAGCT--CC-T----A---ATAATT-CAAATCCATTA
gi|10 : ATGGTGTCCGCTGTTGAATTG-A--AACTTT--TGC-G-GTC-TAGATCAAAT-CAAAGATGACTTTT----AATTCTGAAGGTAA---------------ATAGGTCAAAGCTAAAC-A----G---ATATTT-CATATC
gi|11 : TGTC----ATTGAA--TTAAGGTACTTTGTTG---CTCCCA-TAT-T--TACGTCACTGAA-ATTTCCAAA--TATGAGAAAT-CTAACATGTTAC-TTTATCA-----------TATAAAC---CATTTTTTGTCG--TGTGGAATTTTG------TTCATAA-A-GGC-C----TAAATACAGGGGTGACTCTT----ACTTCT-AA-GT-------------------------AAGCT--ATAG----ATCTATACTT-AATATCCATTacaattgagtgcctatacacaatcagtacttttggcaagcatataaaacttataatgtcagaaatatttgcatgttgaaacttttaaaatgtcctattttgattaaacatattttttt
gi|12 : ctaggcccttcacTTGTTG---C---TA-GAT-T-----A--ATTGGGTAT----ATG--TATGA-TACC-CAAA------AG-TC-ATTACGTTTTGTATTTTTAAAAAAACATATTGTGTCTTATGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAACG-GTC-CAAATCAAATAAAAGGGCGGTCCTT----CAATCT-AAAGTTA---------------
gi|13 : GCATGCACAGGTACATGTTT-TC-GGAATTAG-GG-A-TG-ATTATAGACAAT---T---GTCAA--GTA-AAAATTCC-C----CACGGGATGTGAAAAACAG-TTTT--TG---TTGC--T-----CT-TAAATGTT-------------------ATGGAGTTTG--ATTTATT---CATT---TGTA--CAcattattccacgtccattaggcctacat
gi|17 : CATGAGC---TACATGTTTATC-GGAATCAGCA--A-TGTTTCATAAGCAGT---T---GTCAA--G-A-GA-ATTCT-GTTGCTATTGCTTTTGAAAgt
gi|18 : gcaTGTGTA---CAGT---TACA--TGTACATG--TATG-TGGC----A-ACA---TAT-----T----CACCATAGC--AACG-T----CAACA---A------G--C---G---AGGTA-A-TA-
gi|2 : cGCATGCACAAGTACATGTTTATC-GGGATCGGCG--A-TGTTT---------T--TT---G---A----A-CATGTTAT-G----AATGGTTTGTGAAAAACAGG---T--TA---TAGAGGT-----C--TTAATACT-------------------ATGGAGTATA-TATATA-----CATT---TATA--TATTCAAGGTCATATTTAC----A-ATATATTAT----CT----C-----AAC--AACGCTGTAAAAACA---A------AGTA---C---ATGTA-ATTA-TATTTTTTGTTC--ATATCTTGGAAATGGA-T-A-TC------ATTCGTGAAGCTG-------CAC---TT-AGCTTGTGA----GCATCAAT----A-T---TAA-G-GT----GTGAAACTCAATCGCCATTA--CCTGACC----------AGATT---ATGTCCCTTGTTGAAATTTGAGG--TTCTGATG---G---AA-GAT-T-----ATCCTT--A-AT---------TATGA-AGTT-CAAA------Acgtacattg
gi|20 : gcTATC----ATCGGA--TCAAGGTGTTTTGTTGCTTC---TT-TAT-T--TACGTCACTGatgtcaaagctacacatatatcatatccattatatataattactgctctagtaataaaacgtataatgaattacatgcatgtttcaagactaaaagacctcttgtgcaccatattttttttttatttcaaactaaaat
gi|3 : ctaggccattcatCGCAAGTACATGTTTATC-GGAA--AACAGCA--ATGTCA-AGAAAATT-CT---G---A--A-A-AATATCCT-G----CATGGCTTG-GGAAAATAGATTTT--TA---TT-A--T------T-TTAAAGTT-------------------ATGA--TTTT-T-TTTCTT---CA------AT---TATGCATAGTTATC-TGACTTT-ATATA---CAC----TT----CG----GTC--AA-GCT----CAACATGCA------T--ATGGG---AAGTA-A-AA-TA-TTGCTCTTCG--TATGTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-AT--GTGTACATGTATATCACACTTTTT-AAATTTTGGAA-CGAAAACAG----A-T---CAA-GCTT----ATGAATATTAAT----ATTT--TGTTG--G--------TAG-ATAC-ATATG----ATTTGA--TTAAGGCATTTTGTTA---C---CA-GGC-T--TGCACCATTGCA-AT----AAGA-TATGA-TACT-CAAA------CA-TT-AATA-----------TTTAGAC---AAGATAGAATA-------GAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAAATTAAAGACAATAATTGTTGTT----AACTCT-TAAAATA---------------A-ACGCCATAGCT--Aa
gi|4 : ttCGCAAGTACATGTTTATC-GGAA--AACAGCA--ATGTCAGAGA-AAT--CT---G---A----A-AATATCCTGG----CAATGCTTG-GGAAAATAGATTTT--TA---TTAA--T-----TT-AAAAAGTT-------------------ATG--ATTTT-TTTATCTT---CA------AT---TCTGCATAGTTATC-TGACTTTAA-AGG---TATACACTT----CG----GTC--AA-GCT----CAATC---ATGCTATG--G---G---AAGTA-A-AA-TA-TTGCTCTTCGTA-ATGTT-GAAATGGGCC-A-TC--AGG-AT--GTGTACATGTATAC-ACACTTTTTAAAATTTTGGAA-CGAAAAAAACAGCA-T---CAA-GCTT----ATG-ATATTAAT----ATTT--TGTTG--G--------TAG-ATAACATATG----ATTTGA--TTAAGGCATTTTGTTAC--C---CA-GGTCT--TGCA-CATTGCA-AT----AAGCATATGATAACT-CAAA------ACATT-AATA-----------TTTAGAC---AAGATAGAATA-------GAATTT-GAAAAC-TT--TAA-G-GTC-CAAATTAAAGACCA--ATAATTGTTGTTAAACTCT-AAAA-TA---------------A-ACGCCAAaaggtattccgtgcatgatgatta
gi|5 : ttGCATGTACAAGTATATATTTATC-GAAATCAGCA--A-TGCTTCTTACACAAT--TTTCAA---A--G-A-TTTATTAT-G----AA--ATTTCTTAAACTCTTGTTCT--TAGTATTGA--A-----CAATTAACATA-------------------ACCGAGTCCCACATTTACT---CCTTAAGCATAATTATACTTAGTTGCA-TGAC----A-ACA---TAT----CTAACTTA----GA---AACGCT----CAACA---A------A--A---G---AAGTA-A-TA-TG-ATGTTGTTCAAAT----T-AAAGTGGA-C-A-TC--A---ATTC-TGAATAC-TG----------------GTTTTGAAATCAAAAGGAC----A-T---CAGTACCT----GTGATCATCAAC----ATTT--AGTTGCCA--------GAT-TT---ATATC----TTTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CATGAT-T--AGAA-CACTGGA-TT----TAGC-TATAC-AATTCCAAA------A---T-GTTA------------TTAG-----------GTGTCTCATGTTAAATTT-A--AAC-CA--GAA-G-ATC-AAGATCAAATACAAGGGTGA
gi|6 : taattatTTTT-AAAATGGA-TTA-TC--A----TTTGGAAAGATG-------CA---TTT-AACTTTTGAAA-TGAAAAAAA----AAC---CAA-A----------AACA-CAAT----GTTAAACTTT-CTG---------AG-C------ATC-------------TAAA-TACTTTGTTG---C---CA-GGT-T--TATATAAT-GGA-TT----AAG--TAT----------------------------------------CTAGAC---CAGATCATGTACCCTGCTGAATTT-G--AAC-TT--T---------TAGATCGGGGACAAGGATGACTCTT----TATTTC-ATGGTTAAAGATTTTTGTGGTTA-AGGTCAGAGCT--TC-T----A---ATAATT-CTTATCt
gi|7 : AC----ATTT--CGTTGCC-------------TT---ATATC----ATTGCA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-TTATGTATT-TTGT-------------TGT-----CT--AAA------ACATT-ATTA-----------TCTGGAC---AAAACTGTGTCTTCTGTTGACCTT-G--ACC-TT--TAC-C-ATC-CAGATTACGTACAAGGACAACTCT------ACTCT-GAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCT--A--G----A---ATAGTT-CACATCataaaagttctaggtacaacttataaagaaatatttgcaatatttcaaaacacatttttatttcaacctaaaatattaagtttctgttagaaacacaaacctatggttc
gi|8 : agTTGATA-AGAAAAACG----A-CATTCAA-GCTTAATTGTGA---TCA---------T--CGTTGCCAAATTTTAATAG-GT---TTATC----ATTGGA--TGAA--TATCTAG--A---C---CA-GAT-T--tttcatacatcataatagttaaaatgaatatttttaaaatgcttcaagattttaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattaaaacacgtttaattcaa
gi|8 : tggtcactgtttgttatctttgcctttacgatactaTA-----------TCTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TG--TAA-GTGTTGCAGATCAAATGTAAGGATGACACTT----AATTTT----GT--------------------GGTTTAAACT--AC-GATTAA---ATAATTACATCTCgtgtcccctgttgaatttgaactgtaagtgttgcagatcaaatgtaaggatgacacttaattttgtggtttaaactacgattaaataattacatctcaagcaagaacatttataatgaaatatttgcaagattttatttatttgcaacata
gi|9 : tggtcactgtttgttatctttgcctttacgatactattgataagaaaaacgacattcaagcttaattgtgatcatcgttgccaaattttaataggtttatcattggatgaaCATGCACAAGAACATATTTATTTGGA----GCGGCAATGTTTCATAAACAATTACC---A---A--G-AGAATAT----G----TATGGTTTGTGAAAAACAGGTGTGGGTA---CTGG--T-----TT-TTG-TGTTCTTAATTAGAAAAAAGCCCACGGAGTCTG-T---TATT---AATT---TACA--CATAC--------G-TGAC----C-ATA---TATTCACCT----CA----GACTCAACACT----CAACA---A------A--A---G---AGGTA-A-TACCA-TTGCTA----AA---GTT-AAAATGAA-A-A-TCG-A-C-ATTCATGCACGTGAGCAT-aagcaagaacatttataatgaaatatttgcaagattttatttatttgcaacata
gi|9 : gcaTTAAAA-TGAAAATCG----A-CATTCAT-GCAC----GTGAGCATCAAT----ATTT--CGTTGCC----------AG-GT---ATATcaatatttcgttgccaggtatata
blockSeqs : T TT GCAATGTTTCATAAACAATTACCAAG G G TTGCT C G T A G GG GTA TTTTTGTGTTCTTAATTAGAAAAAAGCCC T A CACATT T TTAAGC AAT A TAT TTTAAAGGTATACACTTCGGTC C GTAA TGCATATGGG . T C T G GTAATG G CC . AGGATGTGTACATGTATACACACTTTTTA C TC AACAGCAT GCTTAATT AA CGCC AA CCAAATTTTAATAGGT CCTT AT CTT TCC T C TATGTAT GGT TTCCAAA GAGA C AGTCATTACGTTTTGTATT AAAC T G CGC T AA T CA CG G GTTAA GAAG TAAAGATTTTTGTGGTTA G ATAGATCT T A
blockSeqs : . TC GATGATTATAGACAATTGTCAAGT . . C T C T A A . . GGTCTTAATACT T A ATATA A TTT A A TG CATATATTCACCTCAGACTC C . ATGCTATGGG . . . . C ATATC . TT . AGATGTGTACATGTATATCACACTTTTT A C CGACATT TACCT AT . . GTAGATAAC . . C . . . TACGT AA AAGCA GATA . CATGTTACTTTATCA C T T TTA . . . . GT . A AAA AAAT C ACGATTAA C .
blockSeqs : . TC ATGCTTCTTACACAATTTTCAAAG . . A T T T A A . . ACAATTAACATA T A TTTTA T GTT A A TC TTTATATACACTTCGGTC C . AAGTAC . . . . C GTATG . T . ATTCGTGAAGCTGCACTT A C CGACATT GCTT AT . . GTAGATAC . . . . . . TACGT CA AAGA GAT . ACATTAATA A G T TCA . . . . G . A TAA TAA C AAACAG A .
blockSeqs : . TC ATGTTTCATAAGCAGTTGTCAAG . . C T C T A G . . TCTTAAATGTT T A GATT T TTT A A TC AACATATTCACCATAGC C . AGCG . . . . G AAAT . C . ATTTGGAAAGATGCATTT G T AAAAC GCTT TC . . CCAGATTT . . . . . . TGCAC CA TAGC GAA . ACATTATTA A G A CCC . . . . A . C AAA TAA G TCTA G .
blockSeqs : . . GCAATGTCAAGAAAATTCTGAA . . C A C T T G . . TTTAAAAAGTT C . TTTT T TTT A T CA AACATATCTAACTTAGA . . AAAG . . . . A AAG . C . AATTCTGAATACTG C A ATAT GCAC AC . . CCAGATT . . . . . . TATAT GA ATG GAT . CATTAATA C G A TTC . . . . G . A ATG TAA G AGA A .
blockSeqs : . . GCAATGTCAGAGAAATCTGA . . A T T . A . . . TTTTAAAGTT C . GT T . . . G AATATATTATCTCAAC . . AAAG . . . . A . T AGAT GGT GC . . CTGAGC . . . . . . TGCA GA AAG ACA . ATGTTA A A C CCC . . . . G . T GAG . G
blockSeqs : . . ATGTTTTTTGA . . T . T . . . . . ACAT A . . . CCAGGT . . . . . . AGAA A . . . . C G T G . . . . G . A AA . .
blockSeqs : . . CCTT . . . . . . AT T . . . . . T . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqCons : GATGTTTCATAGACAATTTCGAG************ TCTTAAAGTT**************************** T*** AATATATNCACCTCGGTC****************** AGAG***************** ATATG** ATNTGCGAAGATGNATACACTTT************ ACAT******** CCAGATC************* AAG****** ACGAAC********
originalCons : GCATGCGCAAGTACATGTTTATC-GGAATCAGCGGCA-TGTNTCATAGACAAT--CT---G---A--G-A-AATATTCT-G----CATGGCTTGTGAAAAACAGGTTTT--TA---TTGA--T-----CT-TTAATGTT-------------------ACGGAGTCTN-TATNTATT---CATT---TATA--TATACATAGTTACG-TGAC----A-ACA---TAT----CT----CG----GNC--AACGCT----CAACA---A------A--A---G---AAGTA-A-TA-TA-TTGCTNTTCGAATATNTT-GAAATGGA-C-A-TC--A-G-ATTCGTGAACATGTGTAT-ACACTTTTT-AANTTTTGAAA-CGAAAAAAG----A-C---CAA-GCTT----GTGAACATCAAT----ATTT--CGTTGCCG--------TAG-NT---ATATC----ATTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-T--TGCATCATTGNA-AT----AAG--TATGA-AACT-CAAA------AC-TT-ATTA-----------TTTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAGATCAAATACAAGGATGACTCTT----AATTCT-AAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCT--AC-G----A---ATANTT-CATATCCATTA
finalCons : GCATGCGCAAGTACATGTTTATC-GGAATCAGCGGATGTTTCATAGACAATTTCGAG------------A-AATATTCT-G----CATGGCTTGTGAAAAACAGGTTTT--TA---TTGATCTTAAAGTT----------------------------ACGGAGTCTN-TATNTATT---CATT---TATA--TATACATAGTTACG-TGACAATATATNCACCTCGGTC------------------AACGCT----CAACAAGAG-----------------AAGTA-A-TA-TA-TTGCTNTTCATATG--TT-GAAATGGA-C-A-TCATNTGCGAAGATGNATACACTTT------------AANTTTTGAAA-CGAAAAAACAT--------CAA-GCTT----GTGAACATCAAT----ATTT--CGTTGCCAGATC-------------ATATC----ATTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-T--TGCATCATTGNA-ATAAG------TATGA-AACT-CAAA------AC-TT-ATTA-----------TTTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAGATCAAATACAAGGATGACTCTT----AATTCT-AAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCTACGAAC--------ATANTT-CATATCCATTA
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGCTCTAGCAAAAACTTAAAATGAAATAGTTACATGCTGAAAGATTTTACAAAATTCTGTTTTAAACACATTTTTATTTTAGCCTAGAATATTGGGTTTCTGTTCGACTGTTAGAAACGCATACATGTGGTC
Unaligned ( gi|15 ): TCGAAACCACTAATATTTCAGATCCATTATTTACCACTGTGGCTCTAGCAATAAGTATATGTACTATATATTACGGAAAATGTGCATGTTTCAAG
Unaligned ( gi|16 ): TTGTTATCGTAATTATACAGCTGGGTGCATGTATAAAACTCTGATGATCAGCCTTTTGGACAAATGAAAAGACAAAGATGATGAAGGGTGA
Unaligned ( gi|19 ): TGCGCATGCACGATTGCATGTATATAGGGATCGGCAATGTTTTAGAAACATACGGAAATGGAAAGTTTGT
Unaligned ( gi|21 ): TTGGTCACTGTTTGTTATCTTTGCCTTTACAGACAGATGGTCAGAAGGACCGAC
Alignments
lowQualScore : 33 111111 2222222 11111 222222222222222 111 444444444444444444444444444444 222222 111111 111 111 11111 222 1111 444444444444444444 1111 111 555555555555555555555555555555555555555555555555 222222222222222 111111111 1111 1111111 11111 555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111 11111 3333333333333333333 6666666666
lowQualScore : 5 55 55 111111 2 5 5555555 5 777 0 5 00000 2 1 3 999999999999999 000 000000000000000000000000000000 5 1 1 0 222222 9999 222222 000 1 0 222 44444 0 5 1 1 2 333 4 2222 222222222222222222 5 5 5 6 1 5555 6 5 111 5 555555555555555555555555555555555555555555555555 0 55 111111111111111 222222222 44 9999 0 44 4444 3 44 8888 66666 1 0000000 3 3 44444 5 2 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 8888 2 777 4 55 4 55 444 4 00000 5555 0000000000000000000 1 1111111111 1 6
lowQualScore : . .. .. ...... . . ....... . ... . . ..... . . . ............... ... .............................. . . . . ...... .... ...... ... . . ... ..... . . . . . ... . .... .................. . . . . . .... . . ... . ................................................ . .. ............... ......... .. .... . .. .... . .. .... ..... . ....... . . ..... . . ...................................................... .... . ... . .. . .. ... . ..... .... ................... . .......... . .
lowQualScore : 0 55 88 666666 2 6 2222222 0 222 9 0 99999 2 1 2 333333333333333 000 777777777777777777777777777777 7 4 4 4 222222 2222 888888 111 7 7 444 00000 9 7 0 7 7 333 3 1111 444444444444444444 7 7 7 7 0 2222 7 7 999 7 777777777777777777777777777777777777777777777777 4 22 444444444444444 111111111 44 4444 9 44 9999 6 00 5555 11111 3 9999999 6 6 22222 7 4 999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9999 5 111 0 55 0 55 666 0 33333 7777 9999999999999999999 4 0000000000 0 7
consensus : GCATGCGCAAGTACATGTTTATCGG-AAT-CAGCAGATGTTTCATAGACAATT-TCGAG-A-AAT--ATTCT-G----CATGGCTTGTGAAAAACAGGT-----------TTTTA---TTGA---------TC--TT--AA---------A-GTT-ACGGAGTCTN-TATNTATT---CATT---TATA--TATACATAGTTACG-TGAC----AACATA-TNCACCTCGG--TCAACGCT----CAACA-----A------GAG---AAGTA-A-TA-TA-TTGCTNTTCG--T-ATGTT-GAAATGGA-C-A-TC-----A-NNTGTGAA-AT--GTAT--A---CACTT--T---A----ANTTTTGAAA-CGAAAA--A--A----CA-T-CAA-GCTT----GTGAACATCAAT----ATTTCGTTGCCAGA-T--C-A-T-ATC----ATTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-TT--GCATCATTGNA-AT----AAG--TATGA-AACTC-AAA------AC-TT-ATTA-----------TTTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAGATCAAATACAAGGATGACTCTT----AATTCT-AAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCTAC-GA------ATANTT-CATATCCATTA
Reference ( family-1693 ) : GCATGCGCAAGTACATGTTTATCGG-AAT-CAGCGGATGTTTCATAGACAATT-TCGAG-A-AAT--ATTCT-G----CATGGCTTGTGAAAAACAGGT-----------TTTTA---TTGA---------TC--TT--AA---------A-GTT-ACGGAGTCTN-TATNTATT---CATT---TATA--TATACATAGTTACG-TGAC----AATATA-TNCACCTCGG--TCAACGCT----CAACA-----A------GAG---AAGTA-A-TA-TA-TTGCTNTTCA--T-ATGTT-GAAATGGA-C-A-TC-----A-TNTGCGAAGAT--GNAT--A---CACTT--T---A----ANTTTTGAAA-CGAAAA--A--A----CA-T-CAA-GCTT----GTGAACATCAAT----ATTTCGTTGCCAGA-T--C-A-T-ATC----ATTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-TT--GCATCATTGNA-AT----AAG--TATGA-AACTC-AAA------AC-TT-ATTA-----------TTTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAGATCAAATACAAGGATGACTCTT----AATTCT-AAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCTAC-GA--AC--ATANTT-CATATCCATTA
gi|1 : GCATACACAGGTACATGCTTATCGG-AAT-TAACA-AT-TATCA-AAAGAACT-AAATG-A-AAT--GTTCT-G----CATGATTTGTGTAAAAC---T-----------TTTCA---TTGAAATAAAAACTA--TT--GA---------T-GAT-ATGGAGTCTA-AA-ACATAAAACATT---CGTA--TATACATAGTGACA-TGAC----TACATACTCCACC--------AACGTT----CACCA-----A------AAAGGCAAATACA-TG-TA-CTGTTATTCAAAT-ATTTC-AAAATGGG-T-ACTCCTAGTA-CTTGTGAA-ATTTGTAT--G---CACTTCAT---A----ATATTTAAAG-CGAAAA--A--G----AA---CAA-ACTT----GAGAGCATCAGT----ATTTTATTGTCATAGT--T-A-T-ATC----ATTAGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-TT--GTATCATTGCA-AT----AAA--TATGA-AGCTC-AAA------AC-TTTATCA-----------TTCAGAC---CTAATTGTGTTTCCTGTTGAATTT-G--AAC-TT--TGG-G-GTC-AAGGTCAAATACAAGGTTGTCTCTT----GATTCT-AAGGTTA---------------A-AAGTCAAAGCTCC-TA------ATAATT-CAAATCCATTA
gi|10 : ATGGTGTCCGCTGTTGAATTG-A--AACTTT--TGC-G-GTC-TAGATCAAAT-CAAAGATGACTTTT----AATTCTGAAGGTAA---------------ATAGGTCAAAGCTA---A--ACAGATATTT-CATATC
gi|11 : -T--C-ACT-GTC----ATTGAA--TTAAGGTACTTTGTTG---CTCCCA-TAT-TT--ACGTCACTGAA-ATTTCCAAA--TATGAGAAATC-TAACATGTTAC-TTTATCA-----------TATAAAC---CATTTTTTGTCG--TGTGGAATTTTG------TTCATAA-A-GGC-C----TAAATACAGGGGTGACTCTT----ACTTCT-AA-GT-------------------------AAGCTATAGA--TCT-ATACTT-AATATCCATTacaattgagtgcctatacacaatcagtacttttggcaagcatataaaacttataatgtcagaaatatttgcatgttgaaacttttaaaatgtcctattttgattaaacatattttttt
gi|12 : ctaggccctTTGTTG---C---TA-GAT-T-----A--ATTGGGTAT----ATG--TATGA-TACCC-AAA------AG-TC-ATTACGTTTTGTATTTTTAAAAAAACATATTGTGTCTTATGTTGAATTT-G--AAC-TT--TAACG-GTC-CAAATCAAATAAAAGGGCGGTCCTT----CAATCT-AAAGTTA---------------
gi|13 : GCATGCACAGGTACATGTTT-TCGG-AAT-TAG-GGATGATT-ATAGACAATTGTCAAGTA-AAA--ATTCC-C----CACGGGATGTGAAAAACA-GT-----------TTTTG---TTGC---------TC--TT--AA---------ATGTT-ATGGAGTTTG--ATTTATT---CATT---TGTA--CAcattattccacgtccattaggcctacat
gi|17 : CATGAGC---TACATGTTTATCGG-AAT-CAGC-AATGTTTCATAAGCAGTTGTCAAG-A-GA---ATTCT-GTTGCTATTGCTTTTGAAAgt
gi|18 : gcaTGTGTA---CAGT---TACA--TGTACATG--TATG-TGGC----AACATA-TTCACCATAG---CAACG-T----CAACA-----A------GCG---AGGTA-A-TA-
gi|2 : cGCATGCACAAGTACATGTTTATCGG-GAT-CGGC-GATGTT----------TT-TTGA--A-CAT--GTTAT-G----AATGGTTTGTGAAAAACAGG--------------TTA---TAGAGG-------TC--TT--AA---------T-ACT-ATGGAGTATA-TATATA-----CATT---TATA--TATTCAAGGTCATATTTAC----AATATA-TT-ATCTCAA---CAACGCTGTAAAAACA-----A-------AGTACATGTA-ATTA-TATTTTTTGTTCA--T-ATCTTGGAAATGGA-T-A-TC-----A-TTCGTGAAGCT--G---------CAC-T--T---A----GCTTGTGA----GCATC--A--A----TA-T-TAA-G-GT----GTGAAACTCAATCGCCATTACCTGACCAGA-T--T-A-T-GTCCCTTGTTGAAATTTGAGG--TTCTGATG---G---AA-GAT-T-----ATCCTT--A-AT---------TATGA-AGTTC-AAA------Acgtacattg
gi|20 : gc-T--C-A-TTATC----ATCGGA--TCAAGGTGTTTTGTTGCTTC---TT-TAT-TT--ACGTCACTGatgtcaaagctacacatatatcatatccattatatataattactgctctagtaataaaacgtataatgaattacatgcatgtttcaagactaaaagacctcttgtgcaccatattttttttttatttcaaactaaaat
gi|3 : ctaggccatCGCAAGTACATGTTTATCGG-AAAACAGCA-ATGT--CA-AGAAAATT-CTGAA-A-AAT--ATCCT-G----CATGGCTTG-GGAAAATAGAT-----------TTTTA---TT-A---------TT--TT--AA---------A-GTT-ATGA--TTTT-T-TTTCTT---CA------AT---TATGCATAGTTATC-TGAC----TTTATA-TACACTTCGG--TCAA-GCT----CAACATGCATAT-----GGG---AAGTA-A-AA-TA-TTGCTCTTCG--T-ATGTT-GAAATGGA-C-A-TC-----A-GATGTGTACAT--GTAT--ATCACACTT--TTT-A----AATTTTGGAA-CGAAAA--C--A----GA-T-CAA-GCTT----ATGAATATTAAT----ATTTTGTTGGTAGA-TA-C-A-T-ATG----ATTTGA--TTAAGGCATTTTGTTA---C---CA-GGC-TT--GCACCATTGCA-AT----AAGA-TATGA-TACTC-AAA------CA-TT-AATA-----------TTTAGAC---AAGATAGAATA-------GAATTT-G--AAC-TT--TAA-G-GTC-CAAATTAAAGACAATAATTGTTGTT----AACTCT-TAAAATA---------------A-ACGCCATAGCTAa
gi|4 : ttCGCAAGTACATGTTTATCGGAAAA-CAGC-AATG--TCAGAGA-AATC-T-GA--A-AAT--ATCCTGG----CAATGCTTG-GGAAAATAGAT-----------TTTTA---TTAA---------T---TTAAAA---------A-GTT-ATG--ATTTT-TTTATCTT---CA------AT---TCTGCATAGTTATC-TGACTTTAAAGGTA-TACACTTCGG--TCAA-GCT----CAATC-----ATGCTATGGG---AAGTA-A-AA-TA-TTGCTCTTCG--TAATGTT-GAAATGGGCC-A-TC-----AGGATGTGTACAT--GTATACA---CACTT--TTTAA----AATTTTGGAA-CGAAAA--A--AACAGCA-T-CAA-GCTT----ATG-ATATTAAT----ATTTTGTTGGTAGA-TAAC-A-T-ATG----ATTTGA--TTAAGGCATTTTGTTAC--C---CA-GGTCTT--GCA-CATTGCA-AT----AAGCATATGATAACTC-AAA------ACATT-AATA-----------TTTAGAC---AAGATAGAATA-------GAATTT-GAAAAC-TT--TAA-G-GTC-CAAATTAAAGACCA--ATAATTGTTGTTAAACTCT-AAAA-TA---------------A-ACGCCAAaaggtattccgtgcatgatgatta
gi|5 : ttGCATGTACAAGTATATATTTATCGA-AAT-CAGCA-ATGCTTCTTACACAATT-TTCAA-A-GATTTATTAT-G----AA--ATTTCTTAAACTCTTGT-----------TCTTAGTATTGA---------ACAATT--AA---------C-ATA-ACCGAGTCCCACATTTACT---CCTTAAGCATAATTATACTTAGTTGCA-TGAC----AACATA-TCTAACTTAG---AAACGCT----CAACA-----A------AAG---AAGTA-A-TA-TG-ATGTTGTTCA--A-AT--T-AAAGTGGA-C-A-TC-----A--ATTC-----T--GAAT--A---C------T---G-----GTTTTGAAATCAAAAG--G--A----CA-T-CAGTACCT----GTGATCATCAAC----ATTTAGTTGCCAGA-T--TTA-T-ATC----TTTGGA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CATGAT-TA--GAA-CACTGGA-TT----TAGC-TATAC-AATTCCAAA------A---T-GTTA-----------TT---------AG---GTGTCTCATGTTAAATTT-A--AAC-CA--GAA-G-ATC-AAGATCAAATACAAGGGTGA
gi|6 : taattatTT-AAAATGGA-TTA-TC-----A-TTTGGAAAGAT--GCAT----------T--T---A----ACTTTTGAAA-TGAAAA--A--A----AAAC-CAA-A----------AACA-CAAT----GTTAAACTTTCTGA-G--C-A-T----------------CTAAA-TACTTTGTTG---C---CA-GGT-TT--ATATAAT-GGA-TT----AAG--TAT----------------------------------------CTAGAC---CAGATCATGTACCCTGCTGAATTT-G--AAC-TT--T---------TAGATCGGGGACAAGGATGACTCTT----TATTTC-ATGGTTAAAGATTTTTGTGGTTA-AGGTCAGAGCTTC-TA------ATAATT-CTTATCt
gi|7 : ttAC----ATTTCGTTGCC----T--T-A-T-ATC----ATTGCA--TTAAGGTATTTTGTTG---C---CA-GAT-TTATGTATT-TTGT-------------TGT-----CT--AAA------ACATT-ATTA-----------TCTGGAC---AAAACTGTGTCTTCTGTTGACCTT-G--ACC-TT--TAC-C-ATC-CAGATTACGTACAAGGACAACTCT------ACTCT-GAGGTTA---------------A-AGGTCAAAGCTA--GA------ATAGTT-CACATCataaaagttctaggtacaacttataaagaaatatttgcaatatttcaaaacacatttttatttcaacctaaaatattaagtttctgttagaaacacaaacctatggttc
gi|8 : agCTT--T---ACGATACTATTGATA-AGAAAA--ACGA----CA-TTCAA-GCTTAATTGTGA---TCA---------TCGTTGCCAA------------------ATT-----TTAA-------------------TA-GGT-TT----ATCATTGGA--------------TGA-A----------------------TA-----------TCTAGAC---CAGATTGTGTCCCCTGTTGAATTT-G--AAC-TG--TAA-GTGTTGCAGATCAAATGTAAGGATGACACTT----AATTTT----GT--------------------GGTTTAAACTAC-GATTAA--ATAATTACATCTCtttcatacatcataatagttaaaatgaatatttttaaaatgcttcaagattttaccaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattaaaacacgtttaattcaa
gi|9 : tggtcactgtttgttatctttgcCATGCACAAGAACATATTTATTTG-GAG-CGGCA-ATGTTTCATAAACAATTACCAAG-AGAAT--AT----G----TATGGTTTGTGAAAAACAGGTGTGGGTACTGGTTTTT---GTGT---------TC--TT--AATTAGAAAAAA-GCCCACGGAGTCTG-T---TATT---AATT---TACA--CATAC--------G-TGAC----CATATA-TTCACCTCAGACTCAACACT----CAACA-----A------AAG---AGGTA-A-TACCA-TTGCTA--------AAGTT-AAAATGAA-A-A-TC-----aagcaagaacatttataatgaaatatttgcaagattttatttatttgcaacata
gi|9 : gcaTTAAAA-TGAAAATCG--A----CA-TTCAT-GCAC----GTGAGCATCAAT----ATTTCGTTGCCAGG-T----A-T-ATgacattcatgcacgtgagcatcaatatttcgttgccaggtatata
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): AGCTCTAGCAAAAACTTAAAATGAAATAGTTACATGCTGAAAGATTTTACAAAATTCTGTTTTAAACACATTTTTATTTTAGCCTAGAATATTGGGTTTCTGTTCGACTGTTAGAAACGCATACATGTGGTC
Unaligned ( gi|15 ): TCGAAACCACTAATATTTCAGATCCATTATTTACCACTGTGGCTCTAGCAATAAGTATATGTACTATATATTACGGAAAATGTGCATGTTTCAAG
Unaligned ( gi|16 ): TTGTTATCGTAATTATACAGCTGGGTGCATGTATAAAACTCTGATGATCAGCCTTTTGGACAAATGAAAAGACAAAGATGATGAAGGGTGA
Unaligned ( gi|19 ): TGCGCATGCACGATTGCATGTATATAGGGATCGGCAATGTTTTAGAAACATACGGAAATGGAAAGTTTGT
Unaligned ( gi|21 ): TTGGTCACTGTTTGTTATCTTTGCCTTTACAGACAGATGGTCAGAAGGACCGAC