lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222
lowQualScore : 222 22 11 1 111111111111 1 1111 11 2 1111111 11 111111 111111111111111 3 111111 222222222222 11 22222222222 11 1 2222222222222222222222222222222222222 111111111 111
lowQualScore : 5 000 7 3 66 00 3 0 3 3 3 3 3 1 666666666666 3 7777 0 3 1111 4 22 6 55 2 5 6666666 11 222222 4 9999 2 4 999999 888888888888888 66 6 5 5 2 3 5 0 000000 4 4 4 777777777777 999 77 22 7 11111111111 22 88 5 5 66 77 88 3 6666666666666666666666666666666666666 4 777777777 55 111 99999 55 55 4 4 5
lowQualScore : . ... . . .. .. . . . . . . . . ............ . .... . . .... . .. . .. . . ....... .. ...... . .... . . ...... ............... .. . . . . . . . ...... . . . ............ ... .. .. . ........... .. .. . . .. .. .. . ..................................... . ......... .. ... ..... .. .. . . .
lowQualScore : 1 999 5 6 22 44 1 0 3 3 3 3 3 3 333333333333 3 1111 0 3 7777 6 33 0 00 2 0 2222222 99 888888 4 7777 0 4 777777 555555555555555 99 0 0 0 5 9 0 4 222222 4 4 4 222222222222 111 99 44 1 55555555555 11 55 0 0 99 44 00 3 4444444444444444444444444444444444444 0 000000000 55 444 11111 00 00 0 0 0
consensus : AGCCTAT-ATAGTCTATT-AAGACTGCTTTTT--AA--GC-TTTTG-TT-GATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACAT-ATGTTAT-------AT--TG------CTGA-AT-A--GAATT-TAT---T-AAA--C-T---T-G-A--TGTGTG--CCT-T-TGTACAC-CCATTTT-ACTTCCA--GG--GTCC-TC-AAG-A------------TACCTT--GA--TTCATGAAAATTNAT-----TTTATTTA-TTACAC-AA-AATAAA--ACC-GAACCGAAAAAAA-CGAANNCCGNGNTNCNTG------------G----TT---CCCGAACCGA-A--------CCG--AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
Reference ( gi|2 ) : AGCCTAT-ACAGTCGATT-AAGACTGCTTTTT--AA--GC-TTTTG-TT-GATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATAAAT--ATTAC-T-ATGTTAT-------AT--TG------CTGA-AT-A--GAATT-TAT---T-GAA--C-T---T-G-A--TGTGTG--CAT-T-TGTACACACCATTTT-ACTTCTA--GG--GTCC-TC-AAG-A------------TACCTT--GA--TCTATGAAAATTCAT-----TTTATTTA-ATACAC-AA-AATAAA--ACC-AAACCGAAGAAAA-CGANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGAAAATT---CCTGAACCGA-A--------CCG--AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|3 : AGCCTATTATAGTCTACT-TAGACTGCTTTTT--AA--AC-TTTTG-TT-GATTG-TCT-GT-A-TG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGCT-ATGAAT--ATTACAT-ATGTTAT-------ATTCTG------CTGA-ATAA--GAATT-TAT---C-GAAACT-T---T-G-A--TGTGTG--CCT-T-TGTA-AC-CCATTTTAACTTTCC--GATTGTCC-TC-AAGCA------------TACCCTGGGA--TTCATG-AAATTAAT-----TTTATTTA-TTACAC-AA-AAT-AA--ACC-GAGCCGAAAAAAA-CGAAAACTGGGGTTCATGCAGTTA----------------CCTGAACCAA-A--------CCG--AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGC
gi|5 : AGCCTAT-A--GTCTATTTAAGA-TACTTTTT--AACAGC-TTTTGGTT-GATTGGT-T-GT-ATTG----------T-ACCA----T-ACA----TGTCACCCT-G---ATGAAT---TTACAT-ATGTTAT-------ATA-TG------CTGA-AT-A--GAATTATAA---T-AAC--T-T---T-G-AA-TGTGTG--CCT-T-TGTACAC-CCA--TT-A-TTCCA--TG--GTCC-TCAAAG-A------------TACCTT--GA--T-TATGAAATTAGAT-----TTTA-TTA-TTACACAAA-AATAAA--ACC-AGAACAAACAAAACCGAGGTTCAGTTTCCT--------------GAA--------CCGAACCGACA--------CCGAAAAA---AATGT-----C--T--GA-ACCCGT-AC-AGCCCT
gi|9 : aAGCCT----TAGTCTATT-AAAACTGCTTTTTTAAA--GT-TTTTT-TT-TATTG-T-T-GT-TATG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATACTTGC--AAGAAT--ATTACAT-TTGTTAT-------AT--TG------CTGATAT----GAA-T-TAT---TAAAA--CAT---T-G-G--TGTGTG--CCT-T-TGTACAC-CCATTTT-ACTTCCA--TG--GTCC-TC-AAG-A------------TA
gi|24 : gAGCCTTT-A--GTCTATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--GC-TTT
gi|13 : GCCTAT--TAGTCTATA-ATGACTGCTTTTTTAAA--GCCTTTTG-TTTGATTG-T-T-GT-A-TG----------T-AC-A----TAA-A----TGTCATCCTTGCA-ATGAAT--ATTA
gi|16 : CCTAT-A--GTCGATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--GC-TTTTGTTT-GATTG-T-T-GT-ATTG----------TAAC-A----TGA-A----T-TCGTCCTTGC--ATGCAT--ATTAC-ac
gi|14 : CTCT-ATAGTCGATT-AAGACTGCTTTTTAAAA--GC-TTTTGTTT-GATTG---T-GTCATTG----------TAAC-A----TGA-A----T-TCGTCCTTGC--ATGCAT--ATTAC-T-a
gi|4 : T-ATAGTCTATT-AAGACTGCTTTTT--AAA-GC-TTTTT-TT-GATTG-T-TTGT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACAT-ATGTTAT-------AT--TG------CTGA-AT-A--GAATG-TATTAAT-AAA--C-TTTGT-G-ATCTGTGTG--CCT-T-TGTACAC-CCATTTT-ACTTATA--GG--GTCC-TC-AAG-A------------TACCTG--GG--TTCATGAAA--TTAA-----TTTATTTATTTACAC-AA-AATATA--ACC-GAACCGAAAAAAACCGAAAACCGAGGTTCAGT-----------------TT---CCTGAACCGA-A---------CG--AAAGACAATGTGATCGT--T--GACA-CCGTGAt
gi|12 : cT-ATAGTCGGTT-AAGACTGCTTTTT--AAA-GA-TTTTG-TT-GCTTA-T-T-AT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----T----TTCTTGC--ATGAAT--ATTAC-TCATGTTTT-------AT--TG------CTGA-AT-A--AAATT-TCT---T-AAA--T-T---T-aggc
gi|21 : cAGTCCATT-AAGACTGTTTTTA--AA--GC-TTTAG-TT-GATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCcga
gi|1 : gcctATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--GC-TTTTG-T---ATTG-T-T-GT-ATTG------------AC-AGCACT-A-ACCTCCCTCATCCTTGCAAATGAACTGATTAC-A-ACGCTATGATACTAAT--TGCCAACACTGA-AT-AAGAAATT-TAT---
gi|8 : gtgatctagtcccaactcaaaccacttgagacatacatgctgttctgtaccaacgctcggcaattcaaagcgttgaagaagcgcggatcatgattaataggctgatagacctttaaaaaatcaagaccggcacatatcacgcaccgaggcgttggttaagttcatacgaaacctgatccttacttatgacgttaaacgccgcaaccgctcgcctgtatagttacaaatccaaaacttctgacacctatataccctcacccagacagccccttatactagctccctCTTTTTTAAA--GC-TTTTG-TT-A--TG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-GAT--TGTCATCCTTGC--AAGAAT--ATTACAT-ATGTTA---------------------------------------T---T-AAA--C-T---T-TCA--TGTGTG--CAT-T-TCTACAC-CCATGTT-ACTTCTA--GG--GTCA-TC-AAG-ATACATGTATATGTACCTT--GA--TTCATG-AAATTCAT-----TTTATTTA-ATACAC-AA-AATAAA--ccacccaccacctatattggatagaagccccaccccagaaacatccaacactagtgtggccatatatgtacacccattccacctctcccatgtcaatcaagataccttggattccattgaaataaatagatttttatttattacacaacaataaaccgaggccgaaaaagaactaccagacaactggagaaggctcatgcagttcaccctgaaacaacgaaaggaatgtcaatagaaaccgtaagac
gi|19 : TTTTA--AA--GC-TTTTG-TT-GATTG-T-T-GT-ATTGCATTTTTTTGT-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--AT
gi|7 : TGTAAT-------AT--TG------CTGA-AT-A--AGAAT-TAT---T-AAAACT-T---T-G-A--TGTGTG--CCT-T-TGTACAC-CCATTTT-ACTTCCA--TG--GTCC-TC-AAG-AC-----------TACCTG--GA--TTCATGAAAATTTAT---------------TAC-C-CA-AATAAA--ACC-GAACCGA--AAAC-CGAGTTCAGTTTCCT---------------GAA---------CGAACCGA-A-------------AAA---A--GT-----C--T--GA-A-CCGTGACAAGCCC
gi|18 : G------CTGA-AT-A--GAATT-TAT---T-AAA--C-T---TTG-A--TGTGTT--CAT-T-TG-A-ACACCATTTT-ACTTCCA--GG--GTCC-TC-AAG-A------------Tata
gi|1 : GTGTGGCCATATATGTACAC-CCATTCC-ACCTCTCCCAT--GTCAATC-AAG-A------------TACCTT--GGATTCCATTGAAATAAATAGATTTTTATTTA-TTACAC-AACAATAAA--CCG-AGGCCGAAAAA----GAACTACCAGACAACTGGAGAAGGCTCATG-CAGTTCACCCTGAAACAA-----------CG--AAAGG-AATGT-----CAATAGAA-A-CCGTAA
gi|15 : gtgatctagtcccaactcaaaccacttgagacatacatgctgttctgtaccaacgctcggcaattcaaagcgttgaagaagcgcggatcatgattaataggctgatagacctttaaaaaatcaagaccggcacatatcacgcaccgaggcgttggttaagttcatacgaaacctgatccttacttatgacgttaaacgccgcaaccgctcgcctgtatagttacaaatccaaaacttctgacacctatataccctcacccagacagccccttatactagctccctattaagactgctttttaaagcttttgtattgttgtattgacagcactaacctccctcatccttgcaaatgaactgattacaacgctatgatactaattgccaacactgaataagaaatttatccacccaccacctatattggatagaagccccaccccagaaacatccaacacta-TC-AAG-A------------TACCTG--GA--TTCATGAAA-----------TTAATTTA-TTACAC-AA-GATAAA--ACC-GAgac
gi|11 : T-----TTT-CTTA-TTACAT-AA-AATAAAATACCGGAACAGCGGAAAA-AAAAAAATCCAAAAACTAGCTGTTC--------AGTT---CCCGAACCGA-ACCACAACCCCG--AAA---AATG------C--T--GA-A-CCATGAC-A-CCCTgagtcagtttcctgaaccaaaccgaaaaatgtcta
gi|15 : TT---CCTGAACCAA-A--------CCG--AAA---AATGT-----C--T--
gi|17 : tcaagatacctggattcatgaaattaatttattacacaagataaaaccgagagtcagtT---CCTGAACCGA-A--------CCG--AAA---AATGT-----A--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTa
gi|22 : accgaaaaaaccgaaaaccgaggttcagtcCTGAACCGA-A--------CCG--AAA---AATGT-----C--T--GG-A-CCGTGCC-AGCCCT
gi|23 : TGAACTGA-A--------CCA--AGA---AATGT-----C--T--GA-A-CTGTGAC-AGCCCTA
gi|25 : A---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TCGCGGGCTAGCAGTGTGAATTGTTCGGCTTCGTGACCGGAAGTTAAAGTGTTCTCAGTCCCACTTGCAAACTTGAGATGAACATAACTGTTCTTCCCCAACCGCTCGGGCATTCAGACTTGAGAGCATGCGGATCATAGGTATAAACCTTAAAATCGATGGTGTCACATATCACCGACCAGACGTATTCAAGTTTAAGAAACCCTTCCTACTACGACCGTAAGCGCTTATGTTATAGGTTTAAATTTGTCCAGTACCTGCACCC
Unaligned ( gi|10 ): GATCGCGGGTAGCCGTCAAGTGGTTGGAAGCATGTTCGCTTAGGAGCGAAGGTTACATTGAGTTCTAATCCAACAAACTGAGACACATGACTGTTCTTCCAAAACGGCTCGGCTGAGACTTCAGACGCCGAT
Unaligned ( gi|20 ): TAAGAAACCTTCCTACTACGACCGCAAGCTCTGTGTATAGGTGTAAAATTTCAGTACCTCACCCA
Alignments
lowQualScore : 22 1 111111111111 1111 11 11 111111 1111 11 222222222222 1 111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 11111111 11111111 111
lowQualScore : 6 999 555 0 3 44 99 2 2 3 3 3 3 444444444444 3 6666 9 3 0000 3 11 44 9999 66 00 111111 4 99 0 4 777 8 9999 777 11 4 4 777 1 66 4 4 4 444444444444 66 5 5 1 0 888888888 0 4 4 4 1 66 5 5 4 66 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 222 4 33333333 33333333 000 88888 44 44 3 3 4
lowQualScore : . ... ... . . .. .. . . . . . . ............ . .... . . .... . .. .. .... .. .. ...... . .. . . ... . .... ... .. . . ... . .. . . . ............ .. . . . . ......... . . . . . .. . . . .. . ..................................................... . ... . ........ ........ ... ..... .. .. . . .
lowQualScore : 2 111 888 2 3 33 66 9 3 1 1 1 1 444444444444 1 5555 2 1 8888 5 22 66 4444 11 66 555555 0 55 9 0 000 9 2222 888 99 4 4 888 1 11 0 0 0 555555555555 99 0 0 2 4 000000000 8 4 4 4 9 99 0 0 4 11 4 99999999999999999999999999999999999999999999999999999 4 222 4 22222222 22222222 444 33333 66 66 6 6 4
consensus : AGCCTAT-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TAT---T-AAA--C-T---TGA--TGTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TC-AAG-A------------TACCTT--G-ATTC-ATGAAAATTAAT-----TTTATTTA-TTACAC-AA-AATAAAA--CC-G-A-AC--CGAAAAA-AA-C-----GAAAACCG----A------GGTTCATG--G----------------T-T---CCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
Reference ( family-166 ) : AGCCTAT-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TAT---T-AAA--C-T---TGA--TGTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TC-AAG-A------------TACCTT--G-ATTC-ATGAAAATTNAT-----TTTATTTA-TTACAC-AA-AATAAAA--CC-G-A-AC--CGAAAAA-AA-C-----GAANNCCG----N------GNTNCNTG--G----------------T-T---CCCGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|1 : CTTAT-ACTAGCTCCCTATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTTTG-T--ATTG-T-T-GT-ATTG------------AC-AGCACT-A-ACCTCCCTCATCCTTGCAAATGAACTGATTACAACGCTATGATACTAAT--TGCCAACACTGAAT-AAGAAATT-TAT---
gi|1 : gtgatctagtcccaactcaaaccacttgagacatacatgctgttctgtaccaacgctcggcaattcaaagcgttgaagaagcgcggatcatgattaataggctgatagacctttaaaaaatcaagaccggcacatatcacgcaccgaggcgttggttaagttcatacgaaacctgatccttacttatgacgttaaacgccgcaaccgctcgcctgtatagttacaaatccaaaacttctgacacctatataccctcacccagacagcccTGTACAC-CCATTCC-ACCTCTCCCATG---TCAATC-AAG-A------------TACCTT--GGATTCCATTGAAATAAATAGATTTTTATTTA-TTACAC-AACAAT-AAA--CC-G-AGGC--CGAAAAAGAA-CTACCAGACAACTGGAGAA------GGCTCATGCAG----------------T-TCACCCTGAAACAA----------CG--------AAAGG-AATGT-----CAATAGAA-A-CCGTAAccacccaccacctatattggatagaagccccaccccagaaacatccaacactagtgtggccatatatgtacacccattccacctctcccatgtcaatcaagataccttggattccattgaaataaatagatttttatttattacacaacaataaaccgaggccgaaaaagaactaccagacaactggagaaggctcatgcagttcaccctgaaacaacgaaaggaatgtcaatagaaaccgtaagac
gi|11 : gtgatctagtcccaactcaaaccacttgagacatacatgctgttctgtaccaacgctcggcaattcaaagcgttgaagaagcgcggatcatgattaataggctgatagacctttaaaaaatcaagaccggcacatatcacgcaccgaggcgttggttaagttcatacgaaacctgatccttacttatgacgttaaacgccgcaaccgctcgcctgtatagttacaaatccaaaacttctgacacctatataccctcacccagacagccccttatactagctccctattaagactgctttttaaagcttttgtattgttgtattgacagcactaacctccctcatccttgcaaatgaactgattacaacgctatgatactaattgccaacactgaataagaaatttatccacccaccacctatattggatagaagccccaccccagaaacatccaacactagtgtggccatataT-----TTT-CTTA-TTACAT-AA-AATAAAATACC-GGA-ACAGCGGAAAA-AA-A-----AAAATCCA----AAAACTAGCTGTTCA--G----------------T-T---CCCGAACCGAACCACAACCCCG--------AAA---AATG------C--T--GA-A-CCATGAC-A-CCCTgac
gi|12 : T-A-TAGT---CGGTT-AAGACTGCTTTTT--AAA-G-ATTTTG-TTGCTTA-T-T-AT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----T----TTCTTGC--ATGAAT--ATTACT----CATGTTTT--AT--TG------CTGAAT-A--AAATT-TCT---T-AAA--T-T---T
gi|13 : cGCCTAT---TAGT---CTATA-ATGACTGCTTTTTTAAA--GCCTTTTGTTTGATTG-T-T-GT-A-TG----------T-AC-A----TAA-A----TGTCATCCTTGCA-ATGAAT--ATTAcga
gi|14 : CTCT-A-TAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTTAAAA--G-CTTTTGTTTGATTG---T-GTCATTG----------TAAC-A----TGA-A----T-TCGTCCTTGC--ATGCAT--ATTACac
gi|15 : -TC-AAG-A------------TACCTG--G-ATTC-ATGAAA-----------TTAATTTA-TTACAC-AA-GATAAAA--CC-G-A-----------------------------G----A------GTCA---G--T----------------T-T---CCTGAACCAAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--tt
gi|16 : T-A-TAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTTTGTTTGATTG-T-T-GT-ATTG----------TAAC-A----TGA-A----T-TCGTCCTTGC--ATGCAT--ATTACA----a
gi|17 : cc-AC--CGAAAAA-AC-C-----GAAAACCG----A------GGTTCA----G----------------TCT---CCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----A--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCT
gi|18 : G------CTGAAT-A--GAATT-TAT---T-AAA--CTT---TGA--TGTGTTCATTTGAACA--CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TC-AAG-A------------T
gi|19 : TTTTA--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTGCATTTTTTTGT-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--AT
gi|2 : AGCCTAT-A-CAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATAAAT--ATTAC-----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TAT---T-GAA--C-T---TGA--TGTGTGCATTTGTACACACCATTTT-ACTTC---TAGG--GTCC-TC-AAG-A------------TACCTT--G-ATCT-ATGAAAATTCAT-----TTTATTTA-ATACAC-AA-AATAAAA--CC-A-A-AC--CGAAGAA-AA-C-----GANNNNNN----N------NNNNNNNN--NNNNNNNNNNACGAAAAT-T---CCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|21 : -TAGT---CCATT-AAGACTGTTTTTA--AA--G-CTTTAG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTC
gi|22 : gccCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GG-A-CCGTGCC-AGCCCT
gi|23 : GAACTGAA--------CCA--------AGA---AATGT-----C--T--GA-A-CTGTGAC-AGCCCTA
gi|24 : tAGCCT-T---TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTT
gi|25 : A---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|3 : AGCCTATTA-TAGT---CTACT-TAGACTGCTTTTT--AA--A-CTTTTG-TTGATTG-TCT-GT-AT-G----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGCT-ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--ATTCTG------CTGAATAA--GAATT-TAT---CGAAA--CTT---TGA--TGTGTGCCTTTGTA-AC-CCATTTTAACTTT---CCGATTGTCC-TC-AAGCA------------TACCCTGGG-ATTC-ATG-AAATTAAT-----TTTATTTA-TTACAC-AA-AAT-AAA--CC-G-A-GC--CGAAAAA-AA-C-----GAAAACTG----G------GGTTCATGCAG----------------T-TA--CCTGAACCAAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCctgactgata
gi|4 : T-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AAA-G-CTTTTT-TTGATTG-T-TTGT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATG-TATTAAT-AAA--C-TTTGTGATCTGTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTA---TAGG--GTCC-TC-AAG-A------------TACCTG--G-GTTC-ATG-AAATTAA------TTTATTTATTTACAC-AA-AATATAA--CC-G-A-AC--CGAAAAA-AACC-----GAAAACCG----A------GGTTCA-G--T----------------T-T---CCTGAACCGAA---------CG--------AAAGACAATGTGATCGT--T--GACA-CCGTGA
gi|5 : cAGCCTAT-A---GT---CTATTTAAGA-TACTTTTT--AACAG-CTTTTGGTTGATTGGT-T-GT-ATTG----------T-ACCA----T-ACA----TGTCACCCT-G---ATGAAT---TTACA----TATGTTAT--ATA-TG------CTGAAT-A--GAATTATAA---T-AAC--T-T---TGAA-TGTGTGCCTTTGTACAC-CCA--TT-A-TTC---CATG--GTCC-TCAAAG-A------------TACCTT--G-ATT--ATGAAATTAGAT-----TTTA-TTA-TTACACAAA-AATAAAA--CCAG-A-AC--------A-AA-C------AAAACCG----A------GGTTCA-G--T----------------T-T---CCTGAACCGAA--------CCGACACCGAAAAA---AATGT-----C--T--GA-ACCCGT-AC-AGCCCTaggc
gi|7 : aTGTAAT--AT--TG------CTGAAT-A--AGAAT-TAT---T-AAAACT-T---TGA--TGTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CATG--GTCC-TC-AAG-AC-----------TACCTG--G-ATTC-ATGAAAATT--------------TA-TTACCC-AA-A-TAAAA--CC-G-A-AC--CGAAAA----------------CCG----A------GTTCAGT--------------------T-T---CCTGAAC-GAA--------CCG--------AAA---AAAGT-----C--T--GA-A-CCGTGACAAGCCC
gi|8 : CTTTTTTAAA--G-CTTTTG-TTA--TG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-GAT--TGTCATCCTTGC--AAGAAT--ATTACA----TATG--------------------------------T-TAT---T-AAA--CTT---TCA--TGTGTGCATTTCTACAC-CCATGTT-ACTTC---TAGG--GTCA-TC-AAG-ATACATGTATATGTACCTT--G-ATTC-ATG-AAATTCAT-----TTTATTTA-ATACAC-AA-AATAAAata
gi|9 : AGCCT-----TAGT---CTATT-AAAACTGCTTTTTTAAA--G-TTTTTT-TTTATTG-T-T-GT-TATG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATACTTGC--AAGAAT--ATTACA----TTTGTTAT--AT--TG------CTG-AT-AT-GAA-T-TAT---TAAAA--CAT---TGG--TGTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CATG--GTCC-TC-AAG-A------------TA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TCGCGGGCTAGCAGTGTGAATTGTTCGGCTTCGTGACCGGAAGTTAAAGTGTTCTCAGTCCCACTTGCAAACTTGAGATGAACATAACTGTTCTTCCCCAACCGCTCGGGCATTCAGACTTGAGAGCATGCGGATCATAGGTATAAACCTTAAAATCGATGGTGTCACATATCACCGACCAGACGTATTCAAGTTTAAGAAACCCTTCCTACTACGACCGTAAGCGCTTATGTTATAGGTTTAAATTTGTCCAGTACCTGCACCC
Unaligned ( gi|10 ): GATCGCGGGTAGCCGTCAAGTGGTTGGAAGCATGTTCGCTTAGGAGCGAAGGTTACATTGAGTTCTAATCCAACAAACTGAGACACATGACTGTTCTTCCAAAACGGCTCGGCTGAGACTTCAGACGCCGAT
Unaligned ( gi|20 ): TAAGAAACCTTCCTACTACGACCGCAAGCTCTGTGTATAGGTGTAAAATTTCAGTACCTCACCCA
Alignments
lowQualScore : 22 1 111111111111 1111 11 11 111111 1111 11 222222222222 1 11111 1 22222222222222222222222222 666666666666666666666 111 11111111 11111111 111
lowQualScore : 6 999 555 0 3 44 99 2 2 3 3 3 3 444444444444 3 6666 9 3 0000 3 11 44 9999 66 00 111111 4 99 0 4 777 8 9999 777 11 4 4 777 1 66 4 4 4 444444444444 66 5 5 7 3 5 11111 0 4 4 4 1 66 0 4 66666666666666666666666666 9999 66 555555555555555555555 4 222 33333333 33333333 000 88888 44 44 3 3 4
lowQualScore : . ... ... . . .. .. . . . . . . ............ . .... . . .... . .. .. .... .. .. ...... . .. . . ... . .... ... .. . . ... . .. . . . ............ .. . . . . . ..... . . . . . .. . . .......................... .... .. ..................... . ... ........ ........ ... ..... .. .. . . .
lowQualScore : 2 111 888 2 3 33 66 9 3 1 1 1 1 444444444444 1 5555 2 1 8888 5 22 66 4444 11 66 555555 0 55 9 0 000 9 2222 888 99 4 4 888 1 11 0 0 0 555555555555 99 0 0 4 2 0 11111 8 4 4 4 9 11 0 4 77777777777777777777777777 4444 11 666666666666666666666 4 222 22222222 22222222 444 33333 66 66 6 6 4
consensus : AGCCTAT-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TAT---T-AAA--C-T---TGA--TGTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TC-AAG-A------------TACCTT--G-ATTC-ATGAAAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACAC-AA-AATAAA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACCG----AG--GTTCA-G--N----------------T-T---CCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
Reference ( family-166 ) : AGCCTAT-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TAT---T-AAA--C-T---TGA--TGTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TC-AAG-A------------TACCTT--G-ATTC-ATGAAAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACAC-AA-AATAAA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACCG----AG--GTTCATG--G----------------T-T---CCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|1 : CTTAT-ACTAGCTCCCTATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTTTG-T--ATTG-T-T-GT-ATTG------------AC-AGCACT-A-ACCTCCCTCATCCTTGCAAATGAACTGATTACAACGCTATGATACTAAT--TGCCAACACTGAAT-AAGAAATT-TAT---
gi|1 : gtgatctagtcccaactcaaaccacttgagacatacatgctgttctgtaccaacgctcggcaattcaaagcgttgaagaagcgcggatcatgattaataggctgatagacctttaaaaaatcaagaccggcacatatcacgcaccgaggcgttggttaagttcatacgaaacctgatccttacttatgacgttaaacgccgcaaccgctcgcctgtatagttacaaatccaaaacttctgacacctatataccctcacccagacagcccTGTACAC-CCATTCC-ACCTCTCCCATG---TCAATC-AAG-A------------TACCTT--GGATTCCATTGAAATAA-ATAGATTTTTATTTA-TTACAC-AACAAT-AA--ACC-GAGGC--CGAAAAAGAA-------CTACCAGACAACTGGAGAAG--GCTCATGCAG----------------T-TCACCCTGAAACAA----------CG--------AAAGG-AATGT-----CAATAGAA-A-CCGTAAccacccaccacctatattggatagaagccccaccccagaaacatccaacactagtgtggccatatatgtacacccattccacctctcccatgtcaatcaagataccttggattccattgaaataaatagatttttatttattacacaacaataaaccgaggccgaaaaagaactaccagacaactggagaaggctcatgcagttcaccctgaaacaacgaaaggaatgtcaatagaaaccgtaagac
gi|11 : gtgatctagtcccaactcaaaccacttgagacatacatgctgttctgtaccaacgctcggcaattcaaagcgttgaagaagcgcggatcatgattaataggctgatagacctttaaaaaatcaagaccggcacatatcacgcaccgaggcgttggttaagttcatacgaaacctgatccttacttatgacgttaaacgccgcaaccgctcgcctgtatagttacaaatccaaaacttctgacacctatataccctcacccagacagccccttatactagctccctattaagactgctttttaaagcttttgtattgttgtattgacagcactaacctccctcatccttgcaaatgaactgattacaacgctatgatactaattgccaacactgaataagaaatttatccacccaccacctatattggatagaagccccaccccagaaacatccaacactagtgtggccatataT-----TTT-CTTA-TTACAT-AA-AATAAAATACCGGA-ACAGCGGAAAA-AAAAAAATCC-----AAAAACT-----AGCTGTTCA----G----------------T-T---CCCGAACCGAACCACAACCCCG--------AAA---AATG------C--T--GA-A-CCATGAC-A-CCCTgac
gi|12 : T-A-TAGT---CGGTT-AAGACTGCTTTTT--AAA-G-ATTTTG-TTGCTTA-T-T-AT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----T----TTCTTGC--ATGAAT--ATTACT----CATGTTTT--AT--TG------CTGAAT-A--AAATT-TCT---T-AAA--T-T---T
gi|13 : cGCCTAT---TAGT---CTATA-ATGACTGCTTTTTTAAA--GCCTTTTGTTTGATTG-T-T-GT-A-TG----------T-AC-A----TAA-A----TGTCATCCTTGCA-ATGAAT--ATTAcga
gi|14 : CTCT-A-TAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTTAAAA--G-CTTTTGTTTGATTG---T-GTCATTG----------TAAC-A----TGA-A----T-TCGTCCTTGC--ATGCAT--ATTACac
gi|15 : -TC-AAG-A------------TACCTG--G-ATTC-ATGAAA-TTA-AT-----TT-----A-TTACAC-AA-GATAAA--ACC-GA-----------------------------------G----AG----TCA-G--T----------------T-T---CCTGAACCAAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--tt
gi|16 : T-A-TAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTTTGTTTGATTG-T-T-GT-ATTG----------TAAC-A----TGA-A----T-TCGTCCTTGC--ATGCAT--ATTACA----a
gi|17 : cc-AC--CGAAAAA-AC-------C-----GAAAACCG----AG--GTTCA----G----------------TCT---CCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----A--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCT
gi|18 : G------CTGAAT-A--GAATT-TAT---T-AAA--CTT---TGA--TGTGTTCATTTGAACA--CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TC-AAG-A------------T
gi|19 : TTTTA--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTGCATTTTTTTGT-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--AT
gi|2 : AGCCTAT-A-CAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATAAAT--ATTAC-----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TAT---T-GAA--C-T---TGA--TGTGTGCATTTGTACACACCATTTT-ACTTC---TAGG--GTCC-TC-AAG-A------------TACCTT--G-ATCT-ATGAAAATTC-AT-----TTTATTTA-ATACAC-AA-AATAAA--ACC-AA-AC--CGAAGAA-AA-------C-----GANNNNNN----NN--NNNNNNN--NNNNNNNNNNACGAAAAT-T---CCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|21 : -TAGT---CCATT-AAGACTGTTTTTA--AA--G-CTTTAG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTC
gi|22 : gccCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GG-A-CCGTGCC-AGCCCT
gi|23 : TGAACTGAA--------CCA--------AGA---AATGT-----C--T--GA-A-CTGTGAC-AGCCCTA
gi|24 : AGCCT-T---TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTT
gi|25 : A---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|3 : AGCCTATTA-TAGT---CTACT-TAGACTGCTTTTT--AA--A-CTTTTG-TTGATTG-TCT-GT-AT-G----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGCT-ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--ATTCTG------CTGAATAA--GAATT-TAT---CGAAA--CTT---TGA--TGTGTGCCTTTGTA-AC-CCATTTTAACTTT---CCGATTGTCC-TC-AAGCA------------TACCCTGGG-ATTC-ATG-AAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACAC-AA-AAT-AA--ACC-GA-GC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACTG----GG--GTTCATGCAG----------------T-TA--CCTGAACCAAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCctgactgata
gi|4 : T-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AAA-G-CTTTTT-TTGATTG-T-TTGT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATG-TATTAAT-AAA--C-TTTGTGATCTGTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTA---TAGG--GTCC-TC-AAG-A------------TACCTG--G-GTTC-ATG-AAATTA-A------TTTATTTATTTACAC-AA-AATATA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AAC------C-----GAAAACCG----AG--GTTCA-G--T----------------T-T---CCTGAACCGAA---------CG--------AAAGACAATGTGATCGT--T--GACA-CCGTGA
gi|5 : cAGCCTAT-A---GT---CTATTTAAGA-TACTTTTT--AACAG-CTTTTGGTTGATTGGT-T-GT-ATTG----------T-ACCA----T-ACA----TGTCACCCT-G---ATGAAT---TTACA----TATGTTAT--ATA-TG------CTGAAT-A--GAATTATAA---T-AAC--T-T---TGAA-TGTGTGCCTTTGTACAC-CCA--TT-A-TTC---CATG--GTCC-TCAAAG-A------------TACCTT--G-ATT--ATG-AAATTAGAT-----TTTA-TTA-TTACACAAA-AATAAA--ACCAGA-AC--------A-AA-------C------AAAACCG----AG--GTTCA-G--T----------------T-T---CCTGAACCGAA--------CCGACACCGAAAAA---AATGT-----C--T--GA-ACCCGT-AC-AGCCCTaggc
gi|7 : aTGTAAT--AT--TG------CTGAAT-A--AGAAT-TAT---T-AAAACT-T---TGA--TGTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CATG--GTCC-TC-AAG-AC-----------TACCTG--G-ATTC-ATGAAA---------------ATTTA-TTAC-C-CA-AATAAA--ACC-GA-AC-------------------C-----GAAAACCG----A---GTTCA-G--T----------------T-T---CCTGAA-CGAA--------CCG--------AAA---AAAGT-----C--T--GA-A-CCGTGACAAGCCC
gi|8 : CTTTTTTAAA--G-CTTTTG-TTA--TG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-GAT--TGTCATCCTTGC--AAGAAT--ATTACA----TATG--------------------------------T-TAT---T-AAA--CTT---TCA--TGTGTGCATTTCTACAC-CCATGTT-ACTTC---TAGG--GTCA-TC-AAG-ATACATGTATATGTACCTT--G-ATTC-ATG-AAATTC-AT-----TTTATTTA-ATACAC-AA-AATAAA--ata
gi|9 : AGCCT-----TAGT---CTATT-AAAACTGCTTTTTTAAA--G-TTTTTT-TTTATTG-T-T-GT-TATG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATACTTGC--AAGAAT--ATTACA----TTTGTTAT--AT--TG------CTG-AT-AT-GAA-T-TAT---TAAAA--CAT---TGG--TGTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CATG--GTCC-TC-AAG-A------------TA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TCGCGGGCTAGCAGTGTGAATTGTTCGGCTTCGTGACCGGAAGTTAAAGTGTTCTCAGTCCCACTTGCAAACTTGAGATGAACATAACTGTTCTTCCCCAACCGCTCGGGCATTCAGACTTGAGAGCATGCGGATCATAGGTATAAACCTTAAAATCGATGGTGTCACATATCACCGACCAGACGTATTCAAGTTTAAGAAACCCTTCCTACTACGACCGTAAGCGCTTATGTTATAGGTTTAAATTTGTCCAGTACCTGCACCC
Unaligned ( gi|10 ): GATCGCGGGTAGCCGTCAAGTGGTTGGAAGCATGTTCGCTTAGGAGCGAAGGTTACATTGAGTTCTAATCCAACAAACTGAGACACATGACTGTTCTTCCAAAACGGCTCGGCTGAGACTTCAGACGCCGAT
Unaligned ( gi|20 ): TAAGAAACCTTCCTACTACGACCGCAAGCTCTGTGTATAGGTGTAAAATTTCAGTACCTCACCCA
Alignments
lowQualScore : 22 1 111111111111 1111 11 11 111111 22222222 222222222222 1 11111 1 22222222222222222222222222 4444444444444444444444 11111111 11111111 111
lowQualScore : 6 999 555 0 3 44 99 2 2 3 3 3 3 444444444444 3 6666 9 3 0000 3 11 44 9999 66 00 111111 4 99 0 4 8 00000000 777 5 66 4 4 777 1 66 4 4 4 444444444444 66 5 5 1 9 5 11111 4 4 4 1 66 0 4 66666666666666666666666666 9999 66 1111111111111111111111 5 66 33333333 33333333 000 88888 44 44 3 3 4
lowQualScore : . ... ... . . .. .. . . . . . . ............ . .... . . .... . .. .. .... .. .. ...... . .. . . . ........ ... . .. . . ... . .. . . . ............ .. . . . . . ..... . . . . .. . . .......................... .... .. ...................... . .. ........ ........ ... ..... .. .. . . .
lowQualScore : 2 111 888 2 3 33 66 9 3 1 1 1 1 444444444444 1 5555 2 1 8888 5 22 66 4444 11 66 555555 0 55 9 0 9 77777777 888 0 99 4 4 888 1 11 0 0 0 555555555555 99 0 0 2 4 0 11111 4 4 4 9 11 0 4 77777777777777777777777777 4444 11 2222222222222222222222 3 11 22222222 22222222 444 33333 66 66 6 6 4
consensus : AGCCTAT-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TATT-AA---A--C-TT---GA-T--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTT--G-ATTC-ATGAAAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACACAA-AA-TAAA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACCG----AG--GTT----C-----------------AGTT--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
Reference ( family-166 ) : AGCCTAT-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TATT-AA---A--C-TT---GA-T--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTT--G-ATTC-ATGAAAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACACAA-AA-TAAA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACCG----AG--GTT----C-----------------AGNT--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|1 : CTTAT-ACTAGCTCCCTATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTTTG-T--ATTG-T-T-GT-ATTG------------AC-AGCACT-A-ACCTCCCTCATCCTTGCAAATGAACTGATTACAACGCTATGATACTAAT--TGCCAACACTGAAT-AAGAAATT-TAT
gi|1 : gtgatctagtcccaactcaaaccacttgagacatacatgctgttctgtaccaacgctcggcaattcaaagcgttgaagaagcgcggatcatgattaataggctgatagacctttaaaaaatcaagaccggcacatatcacgcaccgaggcgttggttaagttcatacgaaacctgatccttacttatgacgttaaacgccgcaaccgctcgcctgtatagttacaaatccaaaacttctgacacctatataccctcacccagacagcccTGTACAC-CCATTCC-ACCTCTCCCATG---TCAATCAA-G-A------------TACCTT--GGATTCCATTGAAATAA-ATAGATTTTTATTTA-TTACACAACAA-T-AA--ACC-GAGGC--CGAAAAAGAA-------CTACCAGACAACTGGAGAAG--GCTCATGC-----------------AGTTCACCCTGAAACAA----------CG--------AAAGG-AATGT-----CAATAGAA-A-CCGTAAccacccaccacctatattggatagaagccccaccccagaaacatccaacactagtgtggccatatatgtacacccattccacctctcccatgtcaatcaagataccttggattccattgaaataaatagatttttatttattacacaacaataaaccgaggccgaaaaagaactaccagacaactggagaaggctcatgcagttcaccctgaaacaacgaaaggaatgtcaatagaaaccgtaagac
gi|11 : gtgatctagtcccaactcaaaccacttgagacatacatgctgttctgtaccaacgctcggcaattcaaagcgttgaagaagcgcggatcatgattaataggctgatagacctttaaaaaatcaagaccggcacatatcacgcaccgaggcgttggttaagttcatacgaaacctgatccttacttatgacgttaaacgccgcaaccgctcgcctgtatagttacaaatccaaaacttctgacacctatataccctcacccagacagccccttatactagctccctattaagactgctttttaaagcttttgtattgttgtattgacagcactaacctccctcatccttgcaaatgaactgattacaacgctatgatactaattgccaacactgaataagaaatttatccacccaccacctatattggatagaagccccaccccagaaacatccaacactagtgtggccatataT-----TTT-CTTA-TTACATAA-AA-TAAAATACCGGA-ACAGCGGAAAA-AAAAAAATCC-----AAAAACT-----AGCTGTT----C-----------------AG-T--TCCCGAACCGAACCACAACCCCG--------AAA---AATG------C--T--GA-A-CCATGAC-A-CCCTgac
gi|12 : T-A-TAGT---CGGTT-AAGACTGCTTTTT--AAA-G-ATTTTG-TTGCTTA-T-T-AT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----T----TTCTTGC--ATGAAT--ATTACT----CATGTTTT--AT--TG------CTGAAT-A--AAATT-TCTT-AA---A--T-TT---
gi|13 : cGCCTAT---TAGT---CTATA-ATGACTGCTTTTTTAAA--GCCTTTTGTTTGATTG-T-T-GT-A-TG----------T-AC-A----TAA-A----TGTCATCCTTGCA-ATGAAT--ATTAcga
gi|14 : CTCT-A-TAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTTAAAA--G-CTTTTGTTTGATTG---T-GTCATTG----------TAAC-A----TGA-A----T-TCGTCCTTGC--ATGCAT--ATTACac
gi|15 : -TCAA-G-A------------TACCTG--G-ATTC-ATGAAA-TTA-AT-----TT-----A-TTACACAA-GA-TAAA--ACC-GA-----------------------------------G----AG----T----C-----------------AGTT--TCCTGAACCAAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--tt
gi|16 : T-A-TAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTTTGTTTGATTG-T-T-GT-ATTG----------TAAC-A----TGA-A----T-TCGTCCTTGC--ATGCAT--ATTACA----a
gi|17 : cc-AC--CGAAAAA-AC-------C-----GAAAACCG----AG--GTT----C-----------------AGTC--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----A--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCT
gi|18 : G------CTGAAT-A--GAATT-TATT-AA---A--CTTT---GA-T--GTGTTCATTTGAACA--CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TCAA-G-A------------T
gi|19 : TTTTA--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTGCATTTTTTTGT-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--AT
gi|2 : AGCCTAT-A-CAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATAAAT--ATTAC-----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TATT-GA---A--C-TT---GA-T--GTGTGCATTTGTACACACCATTTT-ACTTC---TAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTT--G-ATCT-ATGAAAATTC-AT-----TTTATTTA-ATACACAA-AA-TAAA--ACC-AA-AC--CGAAGAA-AA-------C-----GANNNNNN----NN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNACGAAAAT--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|21 : -TAGT---CCATT-AAGACTGTTTTTA--AA--G-CTTTAG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTC
gi|22 : gccCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GG-A-CCGTGCC-AGCCCT
gi|23 : TGAACTGAA--------CCA--------AGA---AATGT-----C--T--GA-A-CTGTGAC-AGCCCTA
gi|24 : AGCCT-T---TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTT
gi|25 : A---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|3 : AGCCTATTA-TAGT---CTACT-TAGACTGCTTTTT--AA--A-CTTTTG-TTGATTG-TCT-GT-AT-G----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGCT-ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--ATTCTG------CTGAATAA--GAATT-TATCGAA---A--CTTT---GA-T--GTGTGCCTTTGTA-AC-CCATTTTAACTTT---CCGATTGTCC-TCAA-GCA------------TACCCTGGG-ATTC-ATG-AAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACACAA-AA-T-AA--ACC-GA-GC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACTG----GG--GTTCATGC-----------------AGTT--ACCTGAACCAAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCctgactgata
gi|4 : T-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AAA-G-CTTTTT-TTGATTG-T-TTGT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATG-TATT-AATAAA--C-TTTGTGA-TCTGTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTA---TAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTG--G-GTTC-ATG-AAATTA-A------TTTATTTATTTACACAA-AA-TATA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AAC------C-----GAAAACCG----AG--GTT----C-----------------AGTT--TCCTGAACCGAA---------CG--------AAAGACAATGTGATCGT--T--GACA-CCGTGA
gi|5 : cAGCCTAT-A---GT---CTATTTAAGA-TACTTTTT--AACAG-CTTTTGGTTGATTGGT-T-GT-ATTG----------T-ACCA----T-ACA----TGTCACCCT-G---ATGAAT---TTACA----TATGTTAT--ATA-TG------CTGAAT-A--GAATTATAAT-AA---C--T-TT---GAAT--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATT---A-TTC---CATG--GTCC-TCAAAG-A------------TACCTT--G-ATT--ATGAAA-TTAGAT-----TTTATT-A-TTACACAA-AAATAAA--ACCAGA-AC--------A-AA-------C------AAAACCG----AG--GTT----C-----------------AGTT--TCCTGAACCGAA--------CCGACACCGAAAAA---AATGT-----C--T--GA-ACCCGT-AC-AGCCCTaggc
gi|7 : aTGTAAT--AT--TG------CTGAAT-A--AGAAT-TATT-AA---AACT-TT---GA-T--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CATG--GTCC-TCAA-G-AC-----------TACCTG--G-ATTC-ATGAAA---------------ATTTA-TTAC-CCA-AA-TAAA--ACC-GA-AC-------------------C-----GAAAACCG----A---GTT----C-----------------AGTT--TCCTGAA-CGAA--------CCG--------AAA---AAAGT-----C--T--GA-A-CCGTGACAAGCCC
gi|8 : CTTTTTTAAA--G-CTTTTG-TTA--TG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-GAT--TGTCATCCTTGC--AAGAAT--ATTACA----TATG--------------------------------T-TATT-AA---A--CTTT---CA-T--GTGTGCATTTCTACAC-CCATGTT-ACTTC---TAGG--GTCA-TCAA-G-ATACATGTATATGTACCTT--G-ATTC-ATG-AAATTC-AT-----TTTATTTA-ATACACAA-AA-TAAA--ata
gi|9 : AGCCT-----TAGT---CTATT-AAAACTGCTTTTTTAAA--G-TTTTTT-TTTATTG-T-T-GT-TATG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATACTTGC--AAGAAT--ATTACA----TTTGTTAT--AT--TG------CTG-AT-AT-GAA-T-TATTAAA---A--CATT---GG-T--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CATG--GTCC-TCAA-G-A------------TA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TCGCGGGCTAGCAGTGTGAATTGTTCGGCTTCGTGACCGGAAGTTAAAGTGTTCTCAGTCCCACTTGCAAACTTGAGATGAACATAACTGTTCTTCCCCAACCGCTCGGGCATTCAGACTTGAGAGCATGCGGATCATAGGTATAAACCTTAAAATCGATGGTGTCACATATCACCGACCAGACGTATTCAAGTTTAAGAAACCCTTCCTACTACGACCGTAAGCGCTTATGTTATAGGTTTAAATTTGTCCAGTACCTGCACCC
Unaligned ( gi|10 ): GATCGCGGGTAGCCGTCAAGTGGTTGGAAGCATGTTCGCTTAGGAGCGAAGGTTACATTGAGTTCTAATCCAACAAACTGAGACACATGACTGTTCTTCCAAAACGGCTCGGCTGAGACTTCAGACGCCGAT
Unaligned ( gi|20 ): TAAGAAACCTTCCTACTACGACCGCAAGCTCTGTGTATAGGTGTAAAATTTCAGTACCTCACCCA
Alignments
lowQualScore : 22 1 111111111111 1111 11 11 111111 22222222 222222222222 1 11111 1 22222222222222222222222222 1111 33333333333333333 11111111 11111111 111
lowQualScore : 6 999 555 0 3 44 99 2 2 3 3 3 3 444444444444 3 6666 9 3 0000 3 11 44 9999 66 00 111111 4 99 0 4 8 00000000 777 5 66 4 4 777 1 66 4 4 4 444444444444 66 5 5 1 9 5 11111 4 4 4 1 66 0 4 66666666666666666666666666 9999 66 8888 11111111111111111 66 33333333 33333333 000 88888 44 44 3 3 4
lowQualScore : . ... ... . . .. .. . . . . . . ............ . .... . . .... . .. .. .... .. .. ...... . .. . . . ........ ... . .. . . ... . .. . . . ............ .. . . . . . ..... . . . . .. . . .......................... .... .. .... ................. .. ........ ........ ... ..... .. .. . . .
lowQualScore : 2 111 888 2 3 33 66 9 3 1 1 1 1 444444444444 1 5555 2 1 8888 5 22 66 4444 11 66 555555 0 55 9 0 9 77777777 888 0 99 4 4 888 1 11 0 0 0 555555555555 99 0 0 2 4 0 11111 4 4 4 9 11 0 4 77777777777777777777777777 4444 11 9999 11111111111111111 11 22222222 22222222 444 33333 66 66 6 6 4
consensus : AGCCTAT-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TATT-AA---A--C-TT---GA-T--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTT--G-ATTC-ATGAAAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACACAA-AA-TAAA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
Reference ( family-166 ) : AGCCTAT-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TATT-AA---A--C-TT---GA-T--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTT--G-ATTC-ATGAAAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACACAA-AA-TAAA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|1 : CTTAT-ACTAGCTCCCTATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTTTG-T--ATTG-T-T-GT-ATTG------------AC-AGCACT-A-ACCTCCCTCATCCTTGCAAATGAACTGATTACAACGCTATGATACTAAT--TGCCAACACTGAAT-AAGAAATT-TAT
gi|1 : gtgatctagtcccaactcaaaccacttgagacatacatgctgttctgtaccaacgctcggcaattcaaagcgttgaagaagcgcggatcatgattaataggctgatagacctttaaaaaatcaagaccggcacatatcacgcaccgaggcgttggttaagttcatacgaaacctgatccttacttatgacgttaaacgccgcaaccgctcgcctgtatagttacaaatccaaaacttctgacacctatataccctcacccagacagcccTGTACAC-CCATTCC-ACCTCTCCCATG---TCAATCAA-G-A------------TACCTT--GGATTCCATTGAAATAA-ATAGATTTTTATTTA-TTACACAACAA-T-AA--ACC-GAGGC--CGAAAAAGAA-------CTACCAGACAACTGGAGAAG--GCTCATGCAGT-----------------TCACCCTGAAACAA----------CG--------AAAGG-AATGT-----CAATAGAA-A-CCGTAAccacccaccacctatattggatagaagccccaccccagaaacatccaacactagtgtggccatatatgtacacccattccacctctcccatgtcaatcaagataccttggattccattgaaataaatagatttttatttattacacaacaataaaccgaggccgaaaaagaactaccagacaactggagaaggctcatgcagttcaccctgaaacaacgaaaggaatgtcaatagaaaccgtaagac
gi|11 : gtgatctagtcccaactcaaaccacttgagacatacatgctgttctgtaccaacgctcggcaattcaaagcgttgaagaagcgcggatcatgattaataggctgatagacctttaaaaaatcaagaccggcacatatcacgcaccgaggcgttggttaagttcatacgaaacctgatccttacttatgacgttaaacgccgcaaccgctcgcctgtatagttacaaatccaaaacttctgacacctatataccctcacccagacagccccttatactagctccctattaagactgctttttaaagcttttgtattgttgtattgacagcactaacctccctcatccttgcaaatgaactgattacaacgctatgatactaattgccaacactgaataagaaatttatccacccaccacctatattggatagaagccccaccccagaaacatccaacactagtgtggccatataT-----TTT-CTTA-TTACATAA-AA-TAAAATACCGGA-ACAGCGGAAAA-AAAAAAATCC-----AAAAACT-----AGCTGTT----CAG------------------T--TCCCGAACCGAACCACAACCCCG--------AAA---AATG------C--T--GA-A-CCATGAC-A-CCCTgac
gi|12 : T-A-TAGT---CGGTT-AAGACTGCTTTTT--AAA-G-ATTTTG-TTGCTTA-T-T-AT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----T----TTCTTGC--ATGAAT--ATTACT----CATGTTTT--AT--TG------CTGAAT-A--AAATT-TCTT-AA---A--T-TT---
gi|13 : cGCCTAT---TAGT---CTATA-ATGACTGCTTTTTTAAA--GCCTTTTGTTTGATTG-T-T-GT-A-TG----------T-AC-A----TAA-A----TGTCATCCTTGCA-ATGAAT--ATTAcga
gi|14 : CTCT-A-TAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTTAAAA--G-CTTTTGTTTGATTG---T-GTCATTG----------TAAC-A----TGA-A----T-TCGTCCTTGC--ATGCAT--ATTACac
gi|15 : -TCAA-G-A------------TACCTG--G-ATTC-ATGAAA-TTA-AT-----TT-----A-TTACACAA-GA-TAAA--ACC-GA-----------------------------------G----AG----T----CAGT-----------------T--TCCTGAACCAAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--tt
gi|16 : T-A-TAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTTTGTTTGATTG-T-T-GT-ATTG----------TAAC-A----TGA-A----T-TCGTCCTTGC--ATGCAT--ATTACA----a
gi|17 : cc-AC--CGAAAAA-AC-------C-----GAAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------C--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----A--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCT
gi|18 : G------CTGAAT-A--GAATT-TATT-AA---A--CTTT---GA-T--GTGTTCATTTGAACA--CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TCAA-G-A------------T
gi|19 : TTTTA--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTGCATTTTTTTGT-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--AT
gi|2 : AGCCTAT-A-CAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATAAAT--ATTAC-----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TATT-GA---A--C-TT---GA-T--GTGTGCATTTGTACACACCATTTT-ACTTC---TAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTT--G-ATCT-ATGAAAATTC-AT-----TTTATTTA-ATACACAA-AA-TAAA--ACC-AA-AC--CGAAGAA-AA-------C-----GANNNNNN----NN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNACGAAAAT--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|21 : -TAGT---CCATT-AAGACTGTTTTTA--AA--G-CTTTAG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTC
gi|22 : gccCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GG-A-CCGTGCC-AGCCCT
gi|23 : TGAACTGAA--------CCA--------AGA---AATGT-----C--T--GA-A-CTGTGAC-AGCCCTA
gi|24 : AGCCT-T---TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTT
gi|25 : A---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|3 : AGCCTATTA-TAGT---CTACT-TAGACTGCTTTTT--AA--A-CTTTTG-TTGATTG-TCT-GT-AT-G----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGCT-ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--ATTCTG------CTGAATAA--GAATT-TATCGAA---A--CTTT---GA-T--GTGTGCCTTTGTA-AC-CCATTTTAACTTT---CCGATTGTCC-TCAA-GCA------------TACCCTGGG-ATTC-ATG-AAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACACAA-AA-T-AA--ACC-GA-GC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACTG----GG--GTTCATGCAGT-----------------T--ACCTGAACCAAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCctgactgata
gi|4 : T-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AAA-G-CTTTTT-TTGATTG-T-TTGT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATG-TATT-AATAAA--C-TTTGTGA-TCTGTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTA---TAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTG--G-GTTC-ATG-AAATTA-A------TTTATTTATTTACACAA-AA-TATA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AAC------C-----GAAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAACCGAA---------CG--------AAAGACAATGTGATCGT--T--GACA-CCGTGA
gi|5 : cAGCCTAT-A---GT---CTATTTAAGA-TACTTTTT--AACAG-CTTTTGGTTGATTGGT-T-GT-ATTG----------T-ACCA----T-ACA----TGTCACCCT-G---ATGAAT---TTACA----TATGTTAT--ATA-TG------CTGAAT-A--GAATTATAAT-AA---C--T-TT---GAAT--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATT---A-TTC---CATG--GTCC-TCAAAG-A------------TACCTT--G-ATT--ATGAAA-TTAGAT-----TTTATT-A-TTACACAA-AAATAAA--ACCAGA-AC--------A-AA-------C------AAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAACCGAA--------CCGACACCGAAAAA---AATGT-----C--T--GA-ACCCGT-AC-AGCCCTaggc
gi|7 : aTGTAAT--AT--TG------CTGAAT-A--AGAAT-TATT-AA---AACT-TT---GA-T--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CATG--GTCC-TCAA-G-AC-----------TACCTG--G-ATTC-ATGAAA---------------ATTTA-TTAC-CCA-AA-TAAA--ACC-GA-AC-------------------C-----GAAAACCG----A---GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAA-CGAA--------CCG--------AAA---AAAGT-----C--T--GA-A-CCGTGACAAGCCC
gi|8 : CTTTTTTAAA--G-CTTTTG-TTA--TG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-GAT--TGTCATCCTTGC--AAGAAT--ATTACA----TATG--------------------------------T-TATT-AA---A--CTTT---CA-T--GTGTGCATTTCTACAC-CCATGTT-ACTTC---TAGG--GTCA-TCAA-G-ATACATGTATATGTACCTT--G-ATTC-ATG-AAATTC-AT-----TTTATTTA-ATACACAA-AA-TAAA--ata
gi|9 : AGCCT-----TAGT---CTATT-AAAACTGCTTTTTTAAA--G-TTTTTT-TTTATTG-T-T-GT-TATG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATACTTGC--AAGAAT--ATTACA----TTTGTTAT--AT--TG------CTG-AT-AT-GAA-T-TATTAAA---A--CATT---GG-T--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CATG--GTCC-TCAA-G-A------------TA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TCGCGGGCTAGCAGTGTGAATTGTTCGGCTTCGTGACCGGAAGTTAAAGTGTTCTCAGTCCCACTTGCAAACTTGAGATGAACATAACTGTTCTTCCCCAACCGCTCGGGCATTCAGACTTGAGAGCATGCGGATCATAGGTATAAACCTTAAAATCGATGGTGTCACATATCACCGACCAGACGTATTCAAGTTTAAGAAACCCTTCCTACTACGACCGTAAGCGCTTATGTTATAGGTTTAAATTTGTCCAGTACCTGCACCC
Unaligned ( gi|10 ): GATCGCGGGTAGCCGTCAAGTGGTTGGAAGCATGTTCGCTTAGGAGCGAAGGTTACATTGAGTTCTAATCCAACAAACTGAGACACATGACTGTTCTTCCAAAACGGCTCGGCTGAGACTTCAGACGCCGAT
Unaligned ( gi|20 ): TAAGAAACCTTCCTACTACGACCGCAAGCTCTGTGTATAGGTGTAAAATTTCAGTACCTCACCCA
Alignments
lowQualScore : 22 1 111111111111 1111 11 11 111111 22222222 222222222222 1 11111 1 22222222222222222222222222 1111 33333333333333333 11111111 11111111 111
lowQualScore : 6 999 555 0 3 44 99 2 2 3 3 3 3 444444444444 3 6666 9 3 0000 3 11 44 9999 66 00 111111 4 99 0 4 8 00000000 777 5 66 4 4 777 1 66 4 4 4 444444444444 66 5 5 1 9 5 11111 4 4 4 1 66 0 4 66666666666666666666666666 9999 66 8888 11111111111111111 66 33333333 33333333 000 88888 44 44 3 3 4
lowQualScore : . ... ... . . .. .. . . . . . . ............ . .... . . .... . .. .. .... .. .. ...... . .. . . . ........ ... . .. . . ... . .. . . . ............ .. . . . . . ..... . . . . .. . . .......................... .... .. .... ................. .. ........ ........ ... ..... .. .. . . .
lowQualScore : 2 111 888 2 3 33 66 9 3 1 1 1 1 444444444444 1 5555 2 1 8888 5 22 66 4444 11 66 555555 0 55 9 0 9 77777777 888 0 99 4 4 888 1 11 0 0 0 555555555555 99 0 0 2 4 0 11111 4 4 4 9 11 0 4 77777777777777777777777777 4444 11 9999 11111111111111111 11 22222222 22222222 444 33333 66 66 6 6 4
consensus : AGCCTAT-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TATT-AA---A--C-TT---GA-T--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTT--G-ATTC-ATGAAAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACACAA-AA-TAAA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
Reference ( family-166 ) : AGCCTAT-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TATT-AA---A--C-TT---GA-T--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTT--G-ATTC-ATGAAAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACACAA-AA-TAAA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|1 : CTTAT-ACTAGCTCCCTATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTTTG-T--ATTG-T-T-GT-ATTG------------AC-AGCACT-A-ACCTCCCTCATCCTTGCAAATGAACTGATTACAACGCTATGATACTAAT--TGCCAACACTGAAT-AAGAAATT-TAT
gi|1 : gtgatctagtcccaactcaaaccacttgagacatacatgctgttctgtaccaacgctcggcaattcaaagcgttgaagaagcgcggatcatgattaataggctgatagacctttaaaaaatcaagaccggcacatatcacgcaccgaggcgttggttaagttcatacgaaacctgatccttacttatgacgttaaacgccgcaaccgctcgcctgtatagttacaaatccaaaacttctgacacctatataccctcacccagacagcccTGTACAC-CCATTCC-ACCTCTCCCATG---TCAATCAA-G-A------------TACCTT--GGATTCCATTGAAATAA-ATAGATTTTTATTTA-TTACACAACAA-T-AA--ACC-GAGGC--CGAAAAAGAA-------CTACCAGACAACTGGAGAAG--GCTCATGCAGT-----------------TCACCCTGAAACAA----------CG--------AAAGG-AATGT-----CAATAGAA-A-CCGTAAccacccaccacctatattggatagaagccccaccccagaaacatccaacactagtgtggccatatatgtacacccattccacctctcccatgtcaatcaagataccttggattccattgaaataaatagatttttatttattacacaacaataaaccgaggccgaaaaagaactaccagacaactggagaaggctcatgcagttcaccctgaaacaacgaaaggaatgtcaatagaaaccgtaagac
gi|11 : gtgatctagtcccaactcaaaccacttgagacatacatgctgttctgtaccaacgctcggcaattcaaagcgttgaagaagcgcggatcatgattaataggctgatagacctttaaaaaatcaagaccggcacatatcacgcaccgaggcgttggttaagttcatacgaaacctgatccttacttatgacgttaaacgccgcaaccgctcgcctgtatagttacaaatccaaaacttctgacacctatataccctcacccagacagccccttatactagctccctattaagactgctttttaaagcttttgtattgttgtattgacagcactaacctccctcatccttgcaaatgaactgattacaacgctatgatactaattgccaacactgaataagaaatttatccacccaccacctatattggatagaagccccaccccagaaacatccaacactagtgtggccatataT-----TTT-CTTA-TTACATAA-AA-TAAAATACCGGA-ACAGCGGAAAA-AAAAAAATCC-----AAAAACT-----AGCTGTT----CAG------------------T--TCCCGAACCGAACCACAACCCCG--------AAA---AATG------C--T--GA-A-CCATGAC-A-CCCTgac
gi|12 : T-A-TAGT---CGGTT-AAGACTGCTTTTT--AAA-G-ATTTTG-TTGCTTA-T-T-AT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----T----TTCTTGC--ATGAAT--ATTACT----CATGTTTT--AT--TG------CTGAAT-A--AAATT-TCTT-AA---A--T-TT---
gi|13 : cGCCTAT---TAGT---CTATA-ATGACTGCTTTTTTAAA--GCCTTTTGTTTGATTG-T-T-GT-A-TG----------T-AC-A----TAA-A----TGTCATCCTTGCA-ATGAAT--ATTAcga
gi|14 : CTCT-A-TAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTTAAAA--G-CTTTTGTTTGATTG---T-GTCATTG----------TAAC-A----TGA-A----T-TCGTCCTTGC--ATGCAT--ATTACac
gi|15 : -TCAA-G-A------------TACCTG--G-ATTC-ATGAAA-TTA-AT-----TT-----A-TTACACAA-GA-TAAA--ACC-GA-----------------------------------G----AG----T----CAGT-----------------T--TCCTGAACCAAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--tt
gi|16 : T-A-TAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTTTGTTTGATTG-T-T-GT-ATTG----------TAAC-A----TGA-A----T-TCGTCCTTGC--ATGCAT--ATTACA----a
gi|17 : cc-AC--CGAAAAA-AC-------C-----GAAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------C--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----A--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCT
gi|18 : G------CTGAAT-A--GAATT-TATT-AA---A--CTTT---GA-T--GTGTTCATTTGAACA--CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TCAA-G-A------------T
gi|19 : TTTTA--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTGCATTTTTTTGT-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--AT
gi|2 : AGCCTAT-A-CAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATAAAT--ATTAC-----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TATT-GA---A--C-TT---GA-T--GTGTGCATTTGTACACACCATTTT-ACTTC---TAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTT--G-ATCT-ATGAAAATTC-AT-----TTTATTTA-ATACACAA-AA-TAAA--ACC-AA-AC--CGAAGAA-AA-------C-----GANNNNNN----NN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNACGAAAAT--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|21 : -TAGT---CCATT-AAGACTGTTTTTA--AA--G-CTTTAG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTC
gi|22 : gccCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GG-A-CCGTGCC-AGCCCT
gi|23 : TGAACTGAA--------CCA--------AGA---AATGT-----C--T--GA-A-CTGTGAC-AGCCCTA
gi|24 : AGCCT-T---TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTT
gi|25 : A---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|3 : AGCCTATTA-TAGT---CTACT-TAGACTGCTTTTT--AA--A-CTTTTG-TTGATTG-TCT-GT-AT-G----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGCT-ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--ATTCTG------CTGAATAA--GAATT-TATCGAA---A--CTTT---GA-T--GTGTGCCTTTGTA-AC-CCATTTTAACTTT---CCGATTGTCC-TCAA-GCA------------TACCCTGGG-ATTC-ATG-AAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACACAA-AA-T-AA--ACC-GA-GC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACTG----GG--GTTCATGCAGT-----------------T--ACCTGAACCAAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCctgactgata
gi|4 : T-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AAA-G-CTTTTT-TTGATTG-T-TTGT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATG-TATT-AATAAA--C-TTTGTGA-TCTGTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTA---TAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTG--G-GTTC-ATG-AAATTA-A------TTTATTTATTTACACAA-AA-TATA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AAC------C-----GAAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAACCGAA---------CG--------AAAGACAATGTGATCGT--T--GACA-CCGTGA
gi|5 : cAGCCTAT-A---GT---CTATTTAAGA-TACTTTTT--AACAG-CTTTTGGTTGATTGGT-T-GT-ATTG----------T-ACCA----T-ACA----TGTCACCCT-G---ATGAAT---TTACA----TATGTTAT--ATA-TG------CTGAAT-A--GAATTATAAT-AA---C--T-TT---GAAT--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATT---A-TTC---CATG--GTCC-TCAAAG-A------------TACCTT--G-ATT--ATGAAA-TTAGAT-----TTTATT-A-TTACACAA-AAATAAA--ACCAGA-AC--------A-AA-------C------AAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAACCGAA--------CCGACACCGAAAAA---AATGT-----C--T--GA-ACCCGT-AC-AGCCCTaggc
gi|7 : aTGTAAT--AT--TG------CTGAAT-A--AGAAT-TATT-AA---AACT-TT---GA-T--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CATG--GTCC-TCAA-G-AC-----------TACCTG--G-ATTC-ATGAAA---------------ATTTA-TTAC-CCA-AA-TAAA--ACC-GA-AC-------------------C-----GAAAACCG----A---GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAA-CGAA--------CCG--------AAA---AAAGT-----C--T--GA-A-CCGTGACAAGCCC
gi|8 : CTTTTTTAAA--G-CTTTTG-TTA--TG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-GAT--TGTCATCCTTGC--AAGAAT--ATTACA----TATG--------------------------------T-TATT-AA---A--CTTT---CA-T--GTGTGCATTTCTACAC-CCATGTT-ACTTC---TAGG--GTCA-TCAA-G-ATACATGTATATGTACCTT--G-ATTC-ATG-AAATTC-AT-----TTTATTTA-ATACACAA-AA-TAAA--ata
gi|9 : AGCCT-----TAGT---CTATT-AAAACTGCTTTTTTAAA--G-TTTTTT-TTTATTG-T-T-GT-TATG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATACTTGC--AAGAAT--ATTACA----TTTGTTAT--AT--TG------CTG-AT-AT-GAA-T-TATTAAA---A--CATT---GG-T--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CATG--GTCC-TCAA-G-A------------TA
blockSeqs : A TA . T TA CA C T G C T C CATTTTTTTGT C . A C AT G A . . . TC . A T A G TAAAC TGT A CT A A . G TT . A C TACATGTATATG GG . . A A G . T . A A AT G . AGCGGAAAAAAAAAAATCCA . CT CATG NNNNNNNNNNACGAAAA . CCACAACC ACACCGAA GAC GATCG . . C C A
blockSeqs : C A . . AA A . T . . . . TA . . G . . G T . . . A . . . . A AACT . . . . . . G . . . . C . . . A A . . . . . A . A . CGAAAAAAACCG . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A A . . TA A . T . . . . TA . . G . . G . . . . . . . . . . ACT . . . . . . G . . . . . . . . A A . . . . . A . . . CGAAAAAACCG . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A A . . TA . . G . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . ACT . . . . . . G . . . . . . . . A A . . . . . A . . . CGAAGAAAACG . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A A . . A . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . ACT . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CGAAAAAAACG . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . A . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . ACA . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AAAC . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . AC . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . CG . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . CT . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . .
blockSeqCons : A** *** ** T*********** **** **** ** ** **** ** ****** ** ACT***** *** ***** CGAAAAAAACG*************** **** **** ** *** ** **
originalCons : AGCCTAT-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TATT-AA---A--C-TT---GA-T--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTT--G-ATTC-ATGAAAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACACAA-AA-TAAA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
finalCons : AGCCTATA--TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTGT-----------AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGAAT-A--GAATT-TATT-AAACT-----TT---GA-T--GTGTGCCTTTGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTT--G-ATTC-ATGAAAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACACAA-AA-TAAA--ACC-GA-ACCGAAAAAAACG---------------AAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TCGCGGGCTAGCAGTGTGAATTGTTCGGCTTCGTGACCGGAAGTTAAAGTGTTCTCAGTCCCACTTGCAAACTTGAGATGAACATAACTGTTCTTCCCCAACCGCTCGGGCATTCAGACTTGAGAGCATGCGGATCATAGGTATAAACCTTAAAATCGATGGTGTCACATATCACCGACCAGACGTATTCAAGTTTAAGAAACCCTTCCTACTACGACCGTAAGCGCTTATGTTATAGGTTTAAATTTGTCCAGTACCTGCACCC
Unaligned ( gi|10 ): GATCGCGGGTAGCCGTCAAGTGGTTGGAAGCATGTTCGCTTAGGAGCGAAGGTTACATTGAGTTCTAATCCAACAAACTGAGACACATGACTGTTCTTCCAAAACGGCTCGGCTGAGACTTCAGACGCCGAT
Unaligned ( gi|20 ): TAAGAAACCTTCCTACTACGACCGCAAGCTCTGTGTATAGGTGTAAAATTTCAGTACCTCACCCA
Alignments
lowQualScore : 22 1 111111111111 1111 11 11 111111 11111 222222222222 1 11111 1 22222222222222222222222222 1111 33333333333333333 11111111 11111111 111
lowQualScore : 6 999 555 0 3 44 99 2 2 3 3 3 3 444444444444 3 6666 9 3 0000 3 11 44 9999 66 00 111111 4 7777 4 4 00000 1 55 4 66 777 4 4 777 1 66 4 4 4 444444444444 66 5 5 1 9 5 11111 4 4 4 1 66 0 4 66666666666666666666666666 9999 66 8888 11111111111111111 66 33333333 33333333 000 88888 44 44 3 3 4
lowQualScore : . ... ... . . .. .. . . . . . . ............ . .... . . .... . .. .. .... .. .. ...... . .... . . ..... . .. . .. ... . . ... . .. . . . ............ .. . . . . . ..... . . . . .. . . .......................... .... .. .... ................. .. ........ ........ ... ..... .. .. . . .
lowQualScore : 2 111 888 2 3 33 66 9 3 1 1 1 1 444444444444 1 5555 2 1 8888 5 22 66 4444 11 66 555555 0 8888 0 4 99999 1 55 0 11 888 4 4 888 1 11 0 0 0 555555555555 99 0 0 2 4 0 11111 4 4 4 9 11 0 4 77777777777777777777777777 4444 11 9999 11111111111111111 11 22222222 22222222 444 33333 66 66 6 6 4
consensus : AGCCTAT-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGA-AT-A--GAATT-TATT-AA---A-CTTTG--A-T--GTGTGCCTT---TGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTT--G-ATTC-ATGAAAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACACAA-AA-TAAA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
Reference ( family-166 ) : AGCCTAT-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGA-AT-A--GAATT-TATT-AA---A-CTTTG--A-T--GTGTGCCTT---TGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTT--G-ATTC-ATGAAAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACACAA-AA-TAAA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|1 : CTTAT-ACTAGCTCCCTATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTTTG-T--ATTG-T-T-GT-ATTG------------AC-AGCACT-A-ACCTCCCTCATCCTTGCAAATGAACTGATTACAACGCTATGATACTAAT--TGCCAACACTGA-AT-AAGAAATT-TAT
gi|1 : gtgatctagtcccaactcaaaccacttgagacatacatgctgttctgtaccaacgctcggcaattcaaagcgttgaagaagcgcggatcatgattaataggctgatagacctttaaaaaatcaagaccggcacatatcacgcaccgaggcgttggttaagttcatacgaaacctgatccttacttatgacgttaaacgccgcaaccgctcgcctgtatagttacaaatccaaaacttctgacacctatataccctcacccagacagcccA---A-CACTA--G-T--GTG-GCCATATATGTACAC-CCATTCC-ACCTCTCCCATG---TCAATCAA-G-A------------TACCTT--GGATTCCATTGAAATAA-ATAGATTTTTATTTA-TTACACAACAA-T-AA--ACC-GAGGC--CGAAAAAGAA-------CTACCAGACAACTGGAGAAG--GCTCATGCAGT-----------------TCACCCTGAAACAA----------CG--------AAAGG-AATGT-----CAATAGAA-A-CCGTAAccacccaccacctatattggatagaagccccaccccagaaacatccaacactagtgtggccatatatgtacacccattccacctctcccatgtcaatcaagataccttggattccattgaaataaatagatttttatttattacacaacaataaaccgaggccgaaaaagaactaccagacaactggagaaggctcatgcagttcaccctgaaacaacgaaaggaatgtcaatagaaaccgtaagac
gi|11 : gtgatctagtcccaactcaaaccacttgagacatacatgctgttctgtaccaacgctcggcaattcaaagcgttgaagaagcgcggatcatgattaataggctgatagacctttaaaaaatcaagaccggcacatatcacgcaccgaggcgttggttaagttcatacgaaacctgatccttacttatgacgttaaacgccgcaaccgctcgcctgtatagttacaaatccaaaacttctgacacctatataccctcacccagacagccccttatactagctccctattaagactgctttttaaagcttttgtattgttgtattgacagcactaacctccctcatccttgcaaatgaactgattacaacgctatgatactaattgccaacactgaataagaaatttatccacccaccacctatattggatagaagccccaccccagaaacatccT-----TTT-CTTA-TTACATAA-AA-TAAAATACCGGA-ACAGCGGAAAA-AAAAAAATCC-----AAAAACT-----AGCTGTT----CAG------------------T--TCCCGAACCGAACCACAACCCCG--------AAA---AATG------C--T--GA-A-CCATGAC-A-CCCTgac
gi|12 : T-A-TAGT---CGGTT-AAGACTGCTTTTT--AAA-G-ATTTTG-TTGCTTA-T-T-AT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----T----TTCTTGC--ATGAAT--ATTACT----CATGTTTT--AT--TG------CTGA-AT-A--AAATT-TCTT-AA---A-TTTCG--A-
gi|13 : cGCCTAT---TAGT---CTATA-ATGACTGCTTTTTTAAA--GCCTTTTGTTTGATTG-T-T-GT-A-TG----------T-AC-A----TAA-A----TGTCATCCTTGCA-ATGAAT--ATTA
gi|14 : CTCT-A-TAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTTAAAA--G-CTTTTGTTTGATTG---T-GTCATTG----------TAAC-A----TGA-A----T-TCGTCCTTGC--ATGCAT--ATTACac
gi|15 : -TCAA-G-A------------TACCTG--G-ATTC-ATGAAA-TTA-AT-----TT-----A-TTACACAA-GA-TAAA--ACC-GA-----------------------------------G----AG----T----CAGT-----------------T--TCCTGAACCAAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--tt
gi|16 : T-A-TAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTTTGTTTGATTG-T-T-GT-ATTG----------TAAC-A----TGA-A----T-TCGTCCTTGC--ATGCAT--ATTACA----a
gi|17 : cc-AC--CGAAAAA-AC-------C-----GAAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------C--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----A--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCT
gi|18 : G------CTGA-AT-A--GAATT-TATT-AA---A-CTTTG--A-T--GTGTTCATT---TGAACA--CCATTTT-ACTTC---CAGG--GTCC-TCAA-G-A------------T
gi|19 : TTTTA--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTGCATTTTTTTGT-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--AT
gi|2 : AGCCTAT-A-CAGT---CGATT-AAGACTGCTTTTT--AA--G-CTTTTG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATAAAT--ATTAC-----TATGTTAT--AT--TG------CTGA-AT-A--GAATT-TATT-GA---A-C-TTG--A-T--GTGTGCATT---TGTACACACCATTTT-ACTTC---TAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTT--G-ATCT-ATGAAAATTC-AT-----TTTATTTA-ATACACAA-AA-TAAA--ACC-AA-AC--CGAAGAA-AA-------C-----GANNNNNN----NN--NNN----NNNNNNNNNNNNNNACGAAAAT--TCCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|21 : -TAGT---CCATT-AAGACTGTTTTTA--AA--G-CTTTAG-TTGATTG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTC
gi|22 : gccCTGAACCGAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GG-A-CCGTGCC-AGCCCT
gi|23 : TGAACTGAA--------CCA--------AGA---AATGT-----C--T--GA-A-CTGTGAC-AGCCCTA
gi|24 : AGCCT-T---TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTTA-AA--G-CTTT
gi|25 : A---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCCCTA
gi|3 : AGCCTATTA-TAGT---CTACT-TAGACTGCTTTTT--AA--A-CTTTTG-TTGATTG-TCT-GT-AT-G----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGCT-ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--ATTCTG------CTGA-ATAA--GAATT-TATCGAA---A-CTTTG--A-T--GTGTGCCTT---TGTA-AC-CCATTTTAACTTT---CCGATTGTCC-TCAA-GCA------------TACCCTGGG-ATTC-ATG-AAATTA-AT-----TTTATTTA-TTACACAA-AA-T-AA--ACC-GA-GC--CGAAAAA-AA-------C-----GAAAACTG----GG--GTTCATGCAGT-----------------T--ACCTGAACCAAA--------CCG--------AAA---AATGT-----C--T--GA-A-CCGTGAC-AGCctgactgata
gi|4 : T-A-TAGT---CTATT-AAGACTGCTTTTT--AAA-G-CTTTTT-TTGATTG-T-TTGT-ATTG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATCCTTGC--ATGAAT--ATTACA----TATGTTAT--AT--TG------CTGA-AT-A--GAATG-TATT-AATAAA-CTTTGTGA-TCTGTGTGCCTT---TGTACAC-CCATTTT-ACTTA---TAGG--GTCC-TCAA-G-A------------TACCTG--G-GTTC-ATG-AAATTA-A------TTTATTTATTTACACAA-AA-TATA--ACC-GA-AC--CGAAAAA-AAC------C-----GAAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAACCGAA---------CG--------AAAGACAATGTGATCGT--T--GACA-CCGTGA
gi|5 : cAGCCTAT-A---GT---CTATTTAAGA-TACTTTTT--AACAG-CTTTTGGTTGATTGGT-T-GT-ATTG----------T-ACCA----T-ACA----TGTCACCCT-G---ATGAAT---TTACA----TATGTTAT--ATA-TG------CTGA-AT-A--GAATTATAAT-AA-----CTTTG--AAT--GTGTGCCTT---TGTACAC-CCATT---A-TTC---CATG--GTCC-TCAAAG-A------------TACCTT--G-ATT--ATGAAA-TTAGAT-----TTTATT-A-TTACACAA-AAATAAA--ACCAGA-AC--------A-AA-------C------AAAACCG----AG--GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAACCGAA--------CCGACACCGAAAAA---AATGT-----C--T--GA-ACCCGT-AC-AGCCCTaggc
gi|7 : aTGTAAT--AT--TG------CTGA-AT-A--AGAAT-TATT-AA---AACTTTG--A-T--GTGTGCCTT---TGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CATG--GTCC-TCAA-G-AC-----------TACCTG--G-ATTC-ATGAAA---------------ATTTA-TTAC-CCA-AA-TAAA--ACC-GA-AC-------------------C-----GAAAACCG----A---GTT----CAGT-----------------T--TCCTGAA-CGAA--------CCG--------AAA---AAAGT-----C--T--GA-A-CCGTGACAAGCCC
gi|8 : CTTTTTTAAA--G-CTTTTG-TTA--TG-T-T-GT-ATTG----------T-AC-A----T-A-GAT--TGTCATCCTTGC--AAGAAT--ATTACA----TATG---------------------------------T-TATT-AA---A-CTTTC--A-T--GTGTGCATT---TCTACAC-CCATGTT-ACTTC---TAGG--GTCA-TCAA-G-ATACATGTATATGTACCTT--G-ATTC-ATG-AAATTC-AT-----TTTATTTA-ATACACAA-AA-TAAA--ata
gi|9 : AGCCT-----TAGT---CTATT-AAAACTGCTTTTTTAAA--G-TTTTTT-TTTATTG-T-T-GT-TATG----------T-AC-A----T-A-A----TGTCATACTTGC--AAGAAT--ATTACA----TTTGTTAT--AT--TG------CTGATAT----GAATT--ATT-AA---AACATTG--G-T--GTGTGCCTT---TGTACAC-CCATTTT-ACTTC---CATG--GTCC-TCAA-G-A------------TA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TCGCGGGCTAGCAGTGTGAATTGTTCGGCTTCGTGACCGGAAGTTAAAGTGTTCTCAGTCCCACTTGCAAACTTGAGATGAACATAACTGTTCTTCCCCAACCGCTCGGGCATTCAGACTTGAGAGCATGCGGATCATAGGTATAAACCTTAAAATCGATGGTGTCACATATCACCGACCAGACGTATTCAAGTTTAAGAAACCCTTCCTACTACGACCGTAAGCGCTTATGTTATAGGTTTAAATTTGTCCAGTACCTGCACCC
Unaligned ( gi|10 ): GATCGCGGGTAGCCGTCAAGTGGTTGGAAGCATGTTCGCTTAGGAGCGAAGGTTACATTGAGTTCTAATCCAACAAACTGAGACACATGACTGTTCTTCCAAAACGGCTCGGCTGAGACTTCAGACGCCGAT
Unaligned ( gi|20 ): TAAGAAACCTTCCTACTACGACCGCAAGCTCTGTGTATAGGTGTAAAATTTCAGTACCTCACCCA