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Reference ( gi|3 )            :                 TAAAAAATC--T--T----TGT-CC-GCAAAGTA---CCGGTAATGCGGCT-----A---C-ACT------TGT-CGAA--GAGATGTAT-----TATATGTACAT-GCTAGT--GGTACC-AG----CATC-T-GATA-CCAAATGGTA---GCT--ACAGC-TG--A--TTTAA-C-GCG-T-GTGG-ACT-GG-TACC-TAC-ATC---ATCCTTCA--AATTT-AT---TA------TAT-C-AA--ATATA-T-TGTTT--A-AT-TCTTC----G-----TTCT-T-T-AT-AATTTTGTGTT--GCAGC-GAGCA--TT-A------------T----CA-----------T-----CAT-TATCTTTTAAG-TTGAA--AG---AAAATCAAAATG--TTTAACATGGTT-GTT-T-------A-C-TGCT-A-T---T-A-----AA-GGATG-TAAACA-TTCGAGCCGTTT-TCCCTCT-TCG-CCATGGTTG-G--CT---G-TACGG-TACCCGAT--G-T-ACGT------AC---ATCT--GCTTTAGCA-CCAG
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gi|14                         :            cccccctaaaaATC--T--T----T-C-CT-GCAAACTAATGCCG--AATAT---T-----A---C-ACT------TGT-TGAAACGAGA-GTAT------------ACCT-GTTC-T--GGTACCCAG----CATC-T-GATA--AAAATGGTA---ctgta
gi|12                         :                        aagaagtc----TGT-CTTGCAAAGTA---------ATGCGGCT-----AATAC-ACTAAGTCTTGT-CGAAAAGAGATGTACATGTATACATGTACAC-ACTGAT--G---CC-AG----CATC-T-GATA-T-------------TT--ACAGC-GGA-A--TTTAA-C-cactgtacgtacgcggcaatt
gi|8                          :                                           ccccgaaaagcaccGTAATGCGGTT-----ATTGC-ACT------AGT-TGAA--AAGAT----------ATGTATATAT-GCTC-T--GGTAAC-AG----CATC-T-GATA--TAAATGGTA---CGT--ACAGCGGG--A--TTTAA-C-GAATT-GT-A-ACT-GG-TACC-TAC-ATC---AT-CTTCA--TTTTT-AT---TA------TA
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gi|4                          :                                                                                                                                   tgcaaaC-AG----CATC-T-GATA--TGAGTGGT-----CTAAACAGC-GGA-A--TTTAAGT-GC--C-GTGG-ACTGGG-TACT-TTT-AT----AT-CTTCA--TTTTTAAT---TA------TATAC-AG--ATA-A-TCTGT------GT-TTTTCTAAAG-----TTCG-T-A-TT-AA---TGTG-G--GCATC-GAGCA--GT-G------------A----CA-----------T------AT-T--------AG-TC------G---GAGATCGAAA----CTTAAGTTGGTT-ATTAT-------GTC-TGAT-A-T---C-A-----AT-GGTGG-TAAACA-TTCGAA-TGTTT-TTCCTCT-GTG--GATGTTTG-G--CT---G-T---G-TA-CTGAT----T-G-GT------AC---TCCTGGGCCTTAACAGCCA
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -TGAT-G-T---T-G-----AA-GGATA-AAAACT-CACGAACCGAAA-TCGCCTG-TCG-ACATG-TTGAG--AT---G-TA-GG-TACCCGATG-G-T-ACGT------GCATTATCA--GC-TTAACA-CC
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               taaaatttaaacagtaaataatgttgaaaaTG-CAAATA-TTCGAACCCTAT-TCC-TCTGTTG-C-ATTGTTG-GGAC----G-CA-GG-TACCCGAT--GGT-ACGT------AC---ATCG--GCTTTA-CA-ca
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACA-CTTGAACCGTTT-TCC-TCTGTTG-ACTTGTTGG-G--AT---G-TA-GG-TACCCGAT--GGT-ACGT------AC---ATCG--GCTTT-GCA-CC
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           AGCCGTTT-TCC-TCTGTTG-CCATGTTTG-G--CT---G-TA-GG-TACCCGAT--G-T-ACGT------AC---ATCG--GCTTTA-CA-CC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -TCA-CCATGGTGG-G--AT---G-TAC-G-TACCCGATG-G-C-ACAT------GC---ATCA--GCTTTA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           attgaaggataaaaccccacgaattgatgG-G--TT---G-TA-GG-TACCCGAT--GGT-ACGT------AC---ATCG--GCTTTAtgc
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgCCGAT--G-T-ACGT------AC---ATCcag
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CCCCCCCCCCCAAAAAAAACCATTTGCGAACGTGGGCCGATTAACAGGGAATACATGTAGGTGATACATTGA






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consensus                     :             NAAAAAATCCAT-C--TGTCCTGCAAAGTA---GT-ATGC-GGCT-----A-T--CACT------TGTC-GAAA-G-AGATGTAT-----TACA---TGTACAT-GCTC--ATGGTACC-AG----CATC-T-GATA-TCAAATGGTAC---GTACAGC-GG--A--TTTAAC-GCG-T-GTG-G-ACT-GG-TACC--CACATC---ATCCTTCATT--TTT-AT---TA------TAT-C-AAATATACTGTTT-----A-AT-TCTTC----G-----TT--CTT-NN-T-AATTTTGTGT-C--GCAGC-GAGCA--TT------------A----T----CATAC--------AT-TATC-TTT-AA-G-TTGAAAG---A--AA--ATCGAA---A-ANTTAA-A-TGGT------TA-TT-TA------A-C-TGAT-A-T---TA-----AA-GGATG-TAAACA-TTCGAGCCGTTT-TCCCTCTGTCG-CCATGTTGGG--CT---GT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACGT------AC---ATCGGCTTTAACA-CCAG
Reference ( family-1656 )     :             NAAAAAATCCATAC--TGTCTTGCAAAGTA---GTAATGC-GGCT-----A-T--CACT------TGTC-GAAA-G-AGATGTAT-----TACA---TGTACAT-GCTC--ATGGTACC-AG----CATC-T-GATA-TTAAATGGTAC---NTACAGC-GG--A--TTTAAC-GCG-T-GTG-G-ACT-GG-TACC--CACATC---ATCCTTCATT--TTT-AT---TA------TAT-C-AAATATACTGTTT-----A-AT-TCTTC----G-----TT--CTT-TN-T-AATTTTGTGT-C--GCAGC-GAGCA--TT------------A----T----CATAC--------AT-TATC-TTT-AA-G-TTGAAAG---A--AA--ATCGAA---A-ACTTAA-A-TGGT------TA-TT-TA------A-C-TGAT-A-T---TA-----AA-GGATG-CAAACA-TTCGAGCCGTTT-TCCCTCTGTCG-CCATGTTTGG--CT---GT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACGT------AC---ATCGGCTTTAACA-CCAG
gi|1                          :              AAAAAATCCATACCATGTCCCGCA---TA---GTAATGC-AGCT-----A-T---ACT------TGTT-CGAA-G-ACAT-TAT-----GA-A---TGTACATTGCTCTTCTGGTACC-GGGATACATT-TTGATA-CCAA-TG-TA-----TACAGCTGA--A--TTTAAC-GCG-TTGTG-G-ACT-GGATACCGGC-CATCCGTATCTTTCAAT--TC--AT---TA------TAT-CCAAATATATTGAT--------ATCTCTTC----A-----TT--CTT-TTATGAATTTTGTGTTC--GCAGC-GAGCA--TT------------A----TGCTTCATAC--------ATATATC-TTTTAA-G-TTGAAAGCATA--AA--ATCAAA---A-TGTTAA---CGGT------TAGTT-TA------AAC-TC-T-A-T---TA-----AAAGGATG-AAATCA-TTCGAGCCGTGT-TCCTTCTATCG-CAG----TGG--CT---GT---A--C--TACCGCA-T-GGT-ACGT------AA---ATT-GCTTT-ACA-CCAG
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          ccccccccccccaaaaa---A--AA--ATCTAAGGGA-ATTTAA---TTGT------TG-TT-GA------A-C-TGCTTACT---TAGTCAGAA-GGATG-CAA-CA-TTTGAGCCGTTT-TCC--TTGTTG-CCATGTTGGG--CT---GT---A-CGATTACCCGA-T-GGT-ACGT------A----ATCGGCTTT-ACA-CCAG
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         AA---A-ATTTAA-A-CAGTAAATAATG-TT-GA------A-AATGAT-G-T---TG-----AA-GGATA-AAAACT-CACGAACCGAAA-TCGC-CTGTCG-ACATGTTGAG--AT---GT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACGT------GCATTATCAGC-TTAACA-CC
gi|12                         :                         tC--TGTCTTGCAAAGTA------ATGC-GGCT-----AATA-CACTAAGTCTTGTC-GAAAAG-AGATGTACATGTATACA---TGTACAC-ACTG--ATG---CC-AG----CATC-T-GATA-TT-------------TACAGC-GGA-A--TTTAAC-ca
gi|13                         : ccccgaaaagcacAAAAAATCCAC-C--TGTCTTGCAA---A---GTAATGC-GGTT-----A-T--TA-------------GAGA-----ATACA------TGCA---TGTACAT-ACTG--ATG----C-AG----CATC-T-GATATTTAAATGGTATACGTTACAGC-GG--AATTTTA
gi|14                         :      gcccccaaaAAGAAGTCAT-C--TTTCCTGCAAACTA------ATGCCGAAT-----A-TTACACT------TGTT-GAAACG-AGA-GTAT---------------ACCT-GTTC---TGGTACCCAG----CATC-T-GATA--AAAATGGTAC---
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ------A-C-TGAT-A-C---CA-----AA-GGATG-TAAACA-TTCGAAACGTTT-T-TCTCTGTTG-CCGTGTTGGG--CT---GT---A-GG--TA-CCGA-T-GGT-TCGT------ACAT-ATCGCCTTT-ACA-CCAGactgtacgtacgcggcaatt
gi|16                         :              AAAAAATCCAT-C--TGTTCCACTAAGTA------ATGC-GGCT-----A----CACT------TGTCAAAAA-G-AGATATATA----TACACACTGTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               cccccctaaaaTGTCA-CCATGGTGGG--AT---GT---A-CG--TACCCGA-T-GGC-ACAT------GC---ATCAGCTTTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  attgaaggataaaaccccacgaattgaTG-CAAATA-TTCGAACCCTAT-TCC-TCTGTTG-CATTGTTGGG--AC---GC---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACGT------AC---ATCGGCTTT-ACA-tgc
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   ACA-CTTGAACCGTTT-TCC-TCTGTTG-ACTTGTTGGG--AT---GT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACGT------AC---ATCGGCTTT-GCA-CC
gi|2                          :              AAAGAATCCAT-C--TGTCTTGCAAAGTA---GT--TGC-GGCTTATTAA-C--CACG------TGTC-GAAA-GGAGATAT----------------TACAT-GCTT--ATG-TACC-AG----CATCCT-GATA-T--AATGGTAC---GTAC-GC-GG--AAATATAAC-GCG-T-ATT-ATACT-G--TATC--CACAT----ATCTTTCTTTCTTTT-AT---TA------TAT-C-AATAATACAGTTTTTTCGA-AT-ACTT------------T--CTT-AC-T-AACTTTGTGT-TAGGAAGCAGAGCAATTT------------A----A----CATGC--------TT-TATC-TGT-AA-G-TTGAAAG---AGAAA--ATTGAA---A-CAATAT-A-TCGT------TA-TT-CA------A-C-TGAT-A-T---TA-----AA--GATG-TAAACA-TTTGAG-CGTTT-T-CCTCCGTTGCCCATGGTTGGGCTT---GTTACA-GT--TA-CCGA-TCGGTAACGTAAATTCAC---ATCGGCTTT-ACA-CCAG
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         gaAGCCGTTT-TCC-TCTGTTG-CCATGTTTGG--CT---GT---A-GG--TACCCGA-T--GT-ACGT------AC---ATCGGCTTT-ACA-CC
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        GG--TT---GT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACGT------AC---ATCGGCTTTA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                tg--TTTGAC-GCG-T-GTG-G-ACT-GG-TACC--CACATC---AT-CTTCAcag
gi|3                          :              AAAAAATCT---T--TGTCC-GCAAAGTACCGGTAATGC-GGCT-----A----CACT------TGTC-GAA--G-AGATGTAT-----TATA---TGTACAT-GCTA--GTGGTACC-AG----CATC-T-GATA-CCAAATGGTAG---CTACAGC-TG--A--TTTAAC-GCG-T-GTG-G-ACT-GG-TACC--TACATC---ATCCTTCAAA--TTT-AT---TA------TAT-C-AAATATATTGTTT-----A-AT-TCTTC----G-----TT--CTT-TA-T-AATTTTGTGT-T--GCAGC-GAGCA--TT------------A----T----CAT-C--------AT-TATCTTTT-AA-G-TTGAAAG---A--AA--ATCAAA---ATGTTTAACA-TGGT------TG-TT-T-------A-C-TGCT-A-T---TA-----AA-GGATG-TAAACA-TTCGAGCCGTTT-TCCCTCT-TCG-CCATGGTTGG--CT---GT---ACGG--TACCCGA-T--GT-ACGT------AC---ATCTGCTTTAGCA-CCAG
gi|4                          :                                                                                                                                  tC-AG----CATC-T-GATA--TGAGTGGTCT---AAACAGC-GGA-A--TTTAA--GTGCC-GTG-G-ACTGGG-TACT--TTTAT----AT-CTTCATT--TTTAAT---TA------TATAC-AGATAATCTGT---------GT-TTTTCTAAAG-----TT--CGT-AT-T-AA---TGTG--G--GCATC-GAGCA--GT------------G----A----CAT----------AT-T---------A-G-TC----G---G--AG--ATCG-A---A-ACTTAA-GTTGGT------TA-TTATG------T-C-TGAT-A-T---CA-----AT-GGTGG-TAAACA-TTCGAA-TGTTT-TTCCTCTGTGG---ATGTTTGG--CT---GT------G--TA-CTGATT-GGT-AC-T-------C---CTGGGCCTTAACAGCCA
gi|5                          :                                                                                                             ggaagaaattatcctgataataattcgatattaactgaatagagattgctcttttgtgACAGC-GGGAA--TTTAACAGCA-T-GTG-GCACT-GG-TACAA-TACATC---A--CTTCATT--TT--AT---TA------TATTC-AAATA-A-TGTTT-----ATAT-TATTC----GACGGTTT--CGTATG-T-AATTT-GTGT-C---CATC-GAGCA--TTT-----------A----TTA--CATACTTAGTGTCAT-TATC-TTT-AACG-ATGAAAG---G--AAGAATCGAA---A-CATTAA-A-TGGA------TA-TT-TATCAATAA-T-TGAT-A-T---CA-----AATGGGT----AACA-TC---GCCATGTATTCCTCTGTTG-CCATGTTGGG--AT---GC---T-GG--TACCTGA-T-GGT-ACGT------AC----TCGGCT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                      -ACT-GG-TATC--CACACC---ATCCT-CATT--TT-------------------------ATACTGTTT-------AT-TTTAC----G-----TTCCCTT-AT-T-GA-TTTGTGT-T--GCCAC-GAGTA--TTAGATATACAATAA----T----TATAC--------AT-TATC-TTT-AA-GTTTGAAAA---A--AA--ATCT-A---A-ACTTAA-C-TGGT------GA-TT-TA------G-C-TGAT-A-TTTATA-----AA-GGATGCCAAACATTTCGAACCGTTT-T-CCTCTGTTG-TCATG-TTGA--CTGAAGT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACAT------GT-------GCTT--ACA-CCAGaaata
gi|7                          :                                 aTGCAAAGTA------ATGC-GGCT-----A-TTGCACT------AGTT-GAAATG-AGATGCAT---------------ACAT-GCTC---TGGTAAC-AG----CATC-T-GATA--CAAATGGTAC---GTACAGTGGG--A--TTTAAC-GAA-T--TGTA-ACT-AG-TACC--TACATC---AT-CTCTATT--TTT-AT---TATACATGTAT-C-AAATATACT
gi|8                          :                                  TGCAAAGTA------ATGC-GGTT-----A-TTGCACT------AGTT-GAAAAG-ATATGTAT---------------ATAT-GCTC---TGGTAAC-AG----CATC-T-GATA-T-AAATGGTAC---GTACAGC-GGG-A--TTTAAC-GAA-TTGTA---ACT-GG-TACC--TACATC---ATC-TTCATT--TTT-AT---TA------TA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                          TT-ATACATG------TAT-C-AAATATACTTTTT-----A-----CT------G-----TA--CT---G-T-AATTT-GTGT-C--GTAGC-GAGCA--TT------------AATTATA---CATAC--------AT-TATC-T---AA-G-TTGAAAG---A--AA--A----------ATTTAA-A-T------------TT-TA------A-G-TGAT-A-T---TA-----AA-AGATG-TAAACA-TTCG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CCCCCCCCCCCAAAAAAAACCATTTGCGAACGTGGGCCGATTAACAGGGAATACATGTAGGTGATACATTGA






Alignments
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lowQualScore                  :                      99 7              2222222  4     9999999999    888888    4    8 4    9  777777777777777     0   5555  8  0    4444    4 4    4444 8   11  222222      3  00000      4   0 55  999   4  4    66     9999  0       99  88  888  888888   0 0     4 2    66666666666666666666666666  99   444 7  1  0    0000     7     99  4444444444444444444444   4444444444  7    66666  7 7       444444  99   444444 333    111 9  888888  4  111111111 666  7 0 0 000  00000  0     66     3      4     3 2 2     8 1    1   7  99 000  000 9  99  7    9 9   9    44444444444         2   6    
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Reference ( family-1656 )     :          NAAAAAATCCAT--C-TGTCCTGCAAAGTA---GTA-TG-CGGCT-----A-T--CACT------TGTC-GAAA-G-AGATGTAT-----TACA---TGTACAT-GCTC--ATGGTA-CCAG----CATC-T-GATA-TCAAATGG--TAC---G-TACAGC-GG--A--TTTAAC-GCG-T-GTG-G-ACT-GG-TACC--CACATC---ATCCTTCATT--TTT-AT---TA------TAT-C-AAATATACTGTTT-----A-AT-TCTTC----G-----TT--CTTNN-T-AATTTTGTGT-C--GCAGC-GAGCA--TT------------A----T----CATAC--------AT-TATC-TTT-AA-G-TTGAAAG---A--AA--ATCGAA---A-ANTTAA-A-TGGT------TA-TT-TA------A-C-TGAT-A-T---TA-----AA-GGATG-TAAACA-TTCGAGCCGTTT-TCCCTCTGTCG-CCAT-GTTGGGC-T---GT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACGT------AC---ATCGGCTTTAACA-CCAG
gi|1                          :           AAAAAATCCATACCATGTCCCGCATAGTA-----A-TG-CAGCT-----A-T---ACT------TGTT-CGAA-G-ACAT-TAT-----GA-A---TGTACATTGCTCTTCTGGTA-CCGGGATACATT-TTGATA-CCAA-TG---TA------TACAGCTGA--A--TTTAAC-GCG-TTGTG-G-ACT-GGATACCGGC-CATCCGTATCTTTCAAT--TC--AT---TA------TAT-CCAAATATATTGAT--------ATCTCTTC----A-----TT--CTTTTATGAATTTTGTGTTC--GCAGC-GAGCA--TT------------A----TGCTTCATAC--------ATATATC-TTTTAA-G-TTGAAAGCATA--AA--ATCAAA---A-TGTTAA---CGGT------TAGTT-TA------AAC-TC-T-A-T---TA-----AAAGGATG-AAATCA-TTCGAGCCGTGT-TCCTTCTATCG-CAGT-----GGC-T---GT---A--C--TACCGCA-T-GGT-ACGT------AA---ATT-GCTTT-ACA-CCAG
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gi|23                         :                                                                                                                                                                                  --TTTGAC-GCG-T-GTG-G-ACT-GG-TACC--CACATC---AT-CTTCAcag
gi|3                          :           AAAAAATC--T--T-TGTCC-GCAAAGTACCGGTAATG-CGGCT-----A----CACT------TGTC-GAA--G-AGATGTAT-----TATA---TGTACAT-GCTA--GTGGTA-CCAG----CATC-T-GATA-CCAAATGG--TAG---C-TACAGC-TG--A--TTTAAC-GCG-T-GTG-G-ACT-GG-TACC--TACATC---ATCCTTCAAA--TTT-AT---TA------TAT-C-AAATATATTGTTT-----A-AT-TCTTC----G-----TT--CTTTA-T-AATTTTGTGT-T--GCAGC-GAGCA--TT------------A----T----CAT-C--------AT-TATCTTTT-AA-G-TTGAAAG---A--AA--ATCAAA---ATGTTTAACA-TGGT------TG-TT-T-------A-C-TGCT-A-T---TA-----AA-GGATG-TAAACA-TTCGAGCCGTTT-TCCCTCT-TCG-CCAT-GGTTGGC-T---GT---ACGG--TACCCGA-T--GT-ACGT------AC---ATCTGCTTTAGCA-CCAG
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Reference ( family-1656 )     :          NAAAAAATCCAT--C-TGTCCTGCAAAGTA------AT-G-CGGCT-----AT--CA------CTTGTC-G-AAA-G-AGATGTAT-----TACA---TGTACAT-GCTC--ATGGTA-CCAG----CATC-T-GATA-TCAAATGG--TAC---G-TACAGC-GG--A--TTTAAC-GCG-T-GTG-G-ACT-GG-TACC--CACATC---ATCCTTCATT--TTT-AT---TA------TAT-C-AAATATACTGTTT-----A-AT-TCTTC----G-----TT--CTT--AT-TAATTTTGTGT-C--GCAGC-GAGCA--TT------------A----T----CATAC--------AT-TATC-TTT-AA-G-TTGAAAG---A--AA--ATCGAA---A-ANTTAA-A-TGGT------TA-TT-TA------A-C-TGAT-A-T---TA-----AA-GGATG-TAAACA-TTCGAGCCGTTT-TCCCTCTGTCG-CCAT-GTTGGGC-T---GT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACGT------AC---ATCGGCTTTAACA-CCAG
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gi|12                         :                  tCAC--C-TGTCTTGCAAAGTA------AT-G-CGGCTA----ATA-CACTAAGTCTTGTC-GAAAA-G-AGATGTACATGTATACA---TGTACAC-ACTG--ATG----CCAG----CATC-T-GATA-TT----------------TACAGC-GGA-A--TTTAAC-ca
gi|13                         : ccccgaaaagAAAAAATCCAC--C-TGTCTTGCAAAGTA------AT-G-CGGTT-----AT--TA-------------G-AGA-----ATACA------TGCA---TGTACAT-ACTG--ATG-----CAG----CATC-T-GATATTTAAATGGTATAC---GTTACAGC-GG--AATTTTA
gi|14                         :   gcccccaaaAAGAAGTCAT--C-TTTCCTGCAAACTA------AT-GCCGAAT-----ATTACA------CTTGTT-G-AAACG-AGA-GTA---------------TACCT-GTTC---TGGTACCCAG----CATC-T-GATA--AAAATGG--TACACTG-TAC
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ------A-C-TGAT-A-C---CA-----AA-GGATG-TAAACA-TTCGAAACGTTT-T-TCTCTGTTG-CCGT-GTTGGGC-T---GT---A-GG--TA-CCGA-T-GGT-TCGT------ACAT-ATCGCCTTT-ACA-CCAGgtacgcggcaatt
gi|16                         :           AAAAAATCCAT--C-TGTTCCACTAAGTA------AT-G-CGGCT-----A---CA------CTTGTCAA-AAA-G-AGATATATA----TACACACTGTA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                cccccctaaaaTGTCA-CCAT-GGTGGGA-T---GT---A-CG--TACCCGA-T-GGC-ACAT------GC---ATCAGCTTTA
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   attgaaggataaaaccccacgaattgaTG-CAAATA-TTCGAACCCTAT-TCC-TCTGTTG-CATT-GTTGGGA-C---GC---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACGT------AC---ATCGGCTTT-ACA-tgc
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACA-CTTGAACCGTTT-TCC-TCTGTTG-ACTT-GTTGGGA-T---GT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACGT------AC---ATCGGCTTT-GCA-CC
gi|2                          :           AAAGAATCCAT--C-TGTCTTGCAAAGTA------GTTG-CGGCTTATTAAC--CA------CGTGTC-G-AAA-GGAGATAT----------------TACAT-GCTT--ATG-TA-CCAG----CATCCT-GATA-T--AATGG--TAC---G-TAC-GC-GG--AAATATAAC-GCG-T-ATT-ATACT-G--TATC--CACAT----ATCTTTCTTTCTTTT-AT---TA------TAT-C-AATAATACAGTTTTTTCGA-AT-ACTT------------T--CTT--AC-TAACTTTGTGT-TAGGAAGCAGAGCAATTT------------A----A----CATGC--------TT-TATC-TGT-AA-G-TTGAAAG---AGAAA--ATTGAA---A-CAATAT-A-TCGT------TA-TT-CA------A-C-TGAT-A-T---TA-----AA--GATG-TAAACA-TTTGAG-CGTTT-T-CCTCCGTTGCCCATGGTTGGGCTT---GTTACA-GT--TA-CCGA-TCGGTAACGTAAATTCAC---ATCGGCTTT-ACA-CCAG
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gaAGCCGTTT-TCC-TCTGTTG-CCAT-GTTTGGC-T---GT---A-GG--TACCCGA-T--GT-ACGT------AC---ATCGGCTTT-ACA-CC
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TGGGT-T---GT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACGT------AC---ATCGGCTTTA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                   --TTTGAC-GCG-T-GTG-G-ACT-GG-TACC--CACATC---AT-CTTCAcag
gi|3                          :           AAAAAATC--T--T-TGTCC-GCAAAGTACCGGTAAT-G-CGGCT-----A---CA------CTTGTC-G-AA--G-AGATGTAT-----TATA---TGTACAT-GCTA--GTGGTA-CCAG----CATC-T-GATA-CCAAATGG--TAG---C-TACAGC-TG--A--TTTAAC-GCG-T-GTG-G-ACT-GG-TACC--TACATC---ATCCTTCAAA--TTT-AT---TA------TAT-C-AAATATATTGTTT-----A-AT-TCTTC----G-----TT--CTT--TA-TAATTTTGTGT-T--GCAGC-GAGCA--TT------------A----T----CAT-C--------AT-TATCTTTT-AA-G-TTGAAAG---A--AA--ATCAAA---ATGTTTAACA-TGGT------TG-TT-T-------A-C-TGCT-A-T---TA-----AA-GGATG-TAAACA-TTCGAGCCGTTT-TCCCTCT-TCG-CCAT-GGTTGGC-T---GT---ACGG--TACCCGA-T--GT-ACGT------AC---ATCTGCTTTAGCA-CCAG
gi|4                          :                                                                                                                                 tCAG----CATC-T-GATA-T-GAGTGG--TCT---A-AACAGC-GGA-A--TTTAA--GTGCC-GTG-G-ACTGGG-TACT--TTTAT----AT-CTTCATT--TTTAAT---TA------TATAC-AGATAATCTGT---------GT-TTTTCTAAAG-----TT--CGT--AT-TAA---TGTG--G--GCATC-GAGCA--GT------------G----A----CAT----------AT-T---------A-G-TC----G---G--AG--ATCG-A---A-ACTTAA-GTTGGT------TA-TTATG------T-C-TGAT-A-T---CA-----AT-GGTGG-TAAACA-TTCGAA-TGTTT-TTCCTCTGTGG---AT-GTTTGGC-T---GT------G--TA-CTGATT-GGT-AC-T-------C---CTGGGCCTTAACAGCCA
gi|5                          :                                                                                                              ggaagaaattatcctgataataattcgatattaactgaatagagattgctcttttgtgACAGC-GGGAA--TTTAACAGCA-T-GTG-GCACT-GG-TACAA-TACATC---A--CTTCATT--TT--AT---TA------TATTC-AAATA-A-TGTTT-----ATAT-TATTC----GACGGTTT--CGT--ATGTAATTT-GTGT-C---CATC-GAGCA--TTT-----------A----TTA--CATACTTAGTGTCAT-TATC-TTT-AACG-ATGAAAG---G--AAGAATCGAA---A-CATTAA-A-TGGA------TA-TT-TATCAATAA-T-TGAT-A-T---CA-----AATGGGT----AACA-TC---GCCATGTATTCCTCTGTTG-CCAT-GTTGGGA-T---GC---T-GG--TACCTGA-T-GGT-ACGT------AC----TCGGCT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                       -ACT-GG-TATC--CACACC---ATCCT-CATT--TT-------------------------ATACTGTTT-------AT-TTTAC----G-----TTCCCTT--AT-TGA-TTTGTGT-T--GCCAC-GAGTA--TTAGATATACAATAA----T----TATAC--------AT-TATC-TTT-AA-GTTTGAAAA---A--AA--ATCT-A---A-ACTTAA-C-TGGT------GA-TT-TA------G-C-TGAT-A-TTTATA-----AA-GGATGCCAAACATTTCGAACCGTTT-T-CCTCTGTTG-TCAT-GTT-GAC-TGAAGT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACAT------GT-------GCTT--ACA-CCAGaaata
gi|7                          :                              aTGCAAAGTA------AT-G-CGGCT-----ATTGCA------CTAGTT-G-AAATG-AGATGCA---------------TACAT-GCTC---TGGTA-ACAG----CATC-T-GATA--CAAATGG--TAC---G-TACAGTGGG--A--TTTAAC-GAA-T--TGTA-ACT-AG-TACC--TACATC---AT-CTCTATT--TTT-AT---TATACATGTAT-C-AAATATACT
gi|8                          :                               TGCAAAGTA------AT-G-CGGTT-----ATTGCA------CTAGTT-G-AAAAG-ATATGTAT---------------ATAT-GCTC---TGGTA-ACAG----CATC-T-GATA-T-AAATGG--TAC---G-TACAGCGGG--A--TTTAAC-GAA-T--TGTA-ACT-GG-TACC--TACATC---AT-CTTCATT--TTT-AT---TA------TA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                           TT-ATACATG------TAT-C-AAATATACTTTTT-----A-----CT------G-----TA--CTG-----TAATTT-GTGT-C--GTAGC-GAGCA--TT------------AATTATA---CATAC--------AT-TATC-T---AA-G-TTGAAAG---A--AA--A----------ATTTAA-A-T------------TT-TA------A-G-TGAT-A-T---TA-----AA-AGATG-TAAACA-TTCG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CCCCCCCCCCCAAAAAAAACCATTTGCGAACGTGGGCCGATTAACAGGGAATACATGTAGGTGATACATTGA






Alignments
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lowQualScore                  :                      .. .              ......  . .     .................      . .   . .    .  ...............     .   ....  .  .    ....    . .    .... .   ..  ......      .  .....      .   . ..  ...   .  .    ..     ....  .       ..  ..  ...  ......   . .     . .    ..........................  ..   .....   .  .    ....     .     ..  ......................   ..........  .    .....  . .       ......  ..   ...... ...    ... .  ......  .  ......... ...  . . . ...  .....  .     ..     .      .     . . .     . .    .   .  .. ...  ... .  ..  .    . .   .    ...........         .   .    
lowQualScore                  :                      99 7              888888  4 4     00000000000000000      4 4   3 4    9  333333333333333     0   5555  8  0    4444    4 4    4444 8   11  222222      3  00000      4   0 55  999   4  4    66     9999  0       99  88  888  888888   0 0     4 2    66666666666666666666666666  99   66666   1  0    0000     7     99  4444444444444444444444   4444444444  7    66666  7 7       444444  99   444444 333    111 9  888888  4  111111111 666  7 0 0 000  00000  0     66     3      4     3 2 2     8 1    1   7  99 000  000 9  99  7    9 9   9    44444444444         2   6    
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Reference ( family-1656 )     :          NAAAAAATCCAT--C-TGTCCTGCAAAGTA------AT-G-CGGCT-----AT--CA------CTTGTC-G-AAA-G-AGATGTAT-----TACA---TGTACAT-GCTC--ATGGTA-CCAG----CATC-T-GATA-TCAAATGG--TAC---G-TACAGC-GG--A--TTTAAC-GCG-T-GTG-G-ACT-GG-TACC--CACATC---ATCCTTCATT--TTT-AT---TA------TAT-C-AAATATACTGTTT-----A-AT-TCTTC----G-----TT--CTT--AT-TAATTTTGTGT-C--GCAGC-GAGCA--TT------------A----T----CATAC--------AT-TATC-TTT-AA-G-TTGAAAG---A--AA--ATCGAA---A-ANTTAA-A-TGGT------TA-TT-TA------A-C-TGAT-A-T---TA-----AA-GGATG-TAAACA-TTCGAGCCGTTT-TCCCTCTGTCG-CCAT-GTTGGGC-T---GT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACGT------AC---ATCGGCTTTAACA-CCAG
gi|1                          :           AAAAAATCCATACCATGTCCCGCATAGTA------AT-G-CAGCT-----AT---A------CTTGTT-C-GAA-G-ACAT-TAT-----GA-A---TGTACATTGCTCTTCTGGTA-CCGGGATACATT-TTGATA-CCAA-TG---TA------TACAGCTGA--A--TTTAAC-GCG-TTGTG-G-ACT-GGATACCGGC-CATCCGTATCTTTCAAT--TC--AT---TA------TAT-CCAAATATATTGAT--------ATCTCTTC----A-----TT--CTTTTAT-GAATTTTGTGTTC--GCAGC-GAGCA--TT------------A----TGCTTCATAC--------ATATATC-TTTTAA-G-TTGAAAGCATA--AA--ATCAAA---A-TGTTAA---CGGT------TAGTT-TA------AAC-TC-T-A-T---TA-----AAAGGATG-AAATCA-TTCGAGCCGTGT-TCCTTCTATCG-CAGT-----GGC-T---GT---A--C--TACCGCA-T-GGT-ACGT------AA---ATT-GCTTT-ACA-CCAG
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gi|13                         : ccccgaaaagAAAAAATCCAC--C-TGTCTTGCAAAGTA------AT-G-CGGTT-----AT--TA-------------G-AGA-----ATACA------TGCA---TGTACAT-ACTG--ATG-----CAG----CATC-T-GATATTTAAATGGTATAC---GTTACAGC-GG--AATTTTA
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gi|16                         :           AAAAAATCCAT--C-TGTTCCACTAAGTA------AT-G-CGGCT-----A---CA------CTTGTCAA-AAA-G-AGATATATA----TACACACTGTA
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gi|19                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    ACA-CTTGAACCGTTT-TCC-TCTGTTG-ACTT-GTTGGGA-T---GT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACGT------AC---ATCGGCTTT-GCA-CC
gi|2                          :           AAAGAATCCAT--C-TGTCTTGCAAAGTA------GTTG-CGGCTTATTAAC--CA------CGTGTC-G-AAA-GGAGATAT----------------TACAT-GCTT--ATG-TA-CCAG----CATCCT-GATA-T--AATGG--TAC---G-TAC-GC-GG--AAATATAAC-GCG-T-ATT-ATACT-G--TATC--CACAT----ATCTTTCTTTCTTTT-AT---TA------TAT-C-AATAATACAGTTTTTTCGA-AT-ACTT------------T--CTT--AC-TAACTTTGTGT-TAGGAAGCAGAGCAATTT------------A----A----CATGC--------TT-TATC-TGT-AA-G-TTGAAAG---AGAAA--ATTGAA---A-CAATAT-A-TCGT------TA-TT-CA------A-C-TGAT-A-T---TA-----AA--GATG-TAAACA-TTTGAG-CGTTT-T-CCTCCGTTGCCCATGGTTGGGCTT---GTTACA-GT--TA-CCGA-TCGGTAACGTAAATTCAC---ATCGGCTTT-ACA-CCAG
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          gaAGCCGTTT-TCC-TCTGTTG-CCAT-GTTTGGC-T---GT---A-GG--TACCCGA-T--GT-ACGT------AC---ATCGGCTTT-ACA-CC
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TGGGT-T---GT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACGT------AC---ATCGGCTTTA
gi|23                         :                                                                                                                                                                                   --TTTGAC-GCG-T-GTG-G-ACT-GG-TACC--CACATC---AT-CTTCAcag
gi|3                          :           AAAAAATC--T--T-TGTCC-GCAAAGTACCGGTAAT-G-CGGCT-----A---CA------CTTGTC-G-AA--G-AGATGTAT-----TATA---TGTACAT-GCTA--GTGGTA-CCAG----CATC-T-GATA-CCAAATGG--TAG---C-TACAGC-TG--A--TTTAAC-GCG-T-GTG-G-ACT-GG-TACC--TACATC---ATCCTTCAAA--TTT-AT---TA------TAT-C-AAATATATTGTTT-----A-AT-TCTTC----G-----TT--CTT--TA-TAATTTTGTGT-T--GCAGC-GAGCA--TT------------A----T----CAT-C--------AT-TATCTTTT-AA-G-TTGAAAG---A--AA--ATCAAA---ATGTTTAACA-TGGT------TG-TT-T-------A-C-TGCT-A-T---TA-----AA-GGATG-TAAACA-TTCGAGCCGTTT-TCCCTCT-TCG-CCAT-GGTTGGC-T---GT---ACGG--TACCCGA-T--GT-ACGT------AC---ATCTGCTTTAGCA-CCAG
gi|4                          :                                                                                                                                 tCAG----CATC-T-GATA-T-GAGTGG--TCT---A-AACAGC-GGA-A--TTTAA--GTGCC-GTG-G-ACTGGG-TACT--TTTAT----AT-CTTCATT--TTTAAT---TA------TATAC-AGATAATCTGT---------GT-TTTTCTAAAG-----TT--CGT--AT-TAA---TGTG--G--GCATC-GAGCA--GT------------G----A----CAT----------AT-T---------A-G-TC----G---G--AG--ATCG-A---A-ACTTAA-GTTGGT------TA-TTATG------T-C-TGAT-A-T---CA-----AT-GGTGG-TAAACA-TTCGAA-TGTTT-TTCCTCTGTGG---AT-GTTTGGC-T---GT------G--TA-CTGATT-GGT-AC-T-------C---CTGGGCCTTAACAGCCA
gi|5                          :                                                                                                              ggaagaaattatcctgataataattcgatattaactgaatagagattgctcttttgtgACAGC-GGGAA--TTTAACAGCA-T-GTG-GCACT-GG-TACAA-TACATC---A--CTTCATT--TT--AT---TA------TATTC-AAATA-A-TGTTT-----ATAT-TATTC----GACGGTTT--CGT--ATGTAATTT-GTGT-C---CATC-GAGCA--TTT-----------A----TTA--CATACTTAGTGTCAT-TATC-TTT-AACG-ATGAAAG---G--AAGAATCGAA---A-CATTAA-A-TGGA------TA-TT-TATCAATAA-T-TGAT-A-T---CA-----AATGGGT----AACA-TC---GCCATGTATTCCTCTGTTG-CCAT-GTTGGGA-T---GC---T-GG--TACCTGA-T-GGT-ACGT------AC----TCGGCT
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                       -ACT-GG-TATC--CACACC---ATCCT-CATT--TT-------------------------ATACTGTTT-------AT-TTTAC----G-----TTCCCTT--AT-TGA-TTTGTGT-T--GCCAC-GAGTA--TTAGATATACAATAA----T----TATAC--------AT-TATC-TTT-AA-GTTTGAAAA---A--AA--ATCT-A---A-ACTTAA-C-TGGT------GA-TT-TA------G-C-TGAT-A-TTTATA-----AA-GGATGCCAAACATTTCGAACCGTTT-T-CCTCTGTTG-TCAT-GTT-GAC-TGAAGT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACAT------GT-------GCTT--ACA-CCAGaaata
gi|7                          :                              aTGCAAAGTA------AT-G-CGGCT-----ATTGCA------CTAGTT-G-AAATG-AGATGCA---------------TACAT-GCTC---TGGTA-ACAG----CATC-T-GATA--CAAATGG--TAC---G-TACAGTGGG--A--TTTAAC-GAA-T--TGTA-ACT-AG-TACC--TACATC---AT-CTCTATT--TTT-AT---TATACATGTAT-C-AAATATACT
gi|8                          :                               TGCAAAGTA------AT-G-CGGTT-----ATTGCA------CTAGTT-G-AAAAG-ATATGTAT---------------ATAT-GCTC---TGGTA-ACAG----CATC-T-GATA-T-AAATGG--TAC---G-TACAGCGGG--A--TTTAAC-GAA-T--TGTA-ACT-GG-TACC--TACATC---AT-CTTCATT--TTT-AT---TA------TA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                           TT-ATACATG------TAT-C-AAATATACTTTTT-----A-----CT------G-----TA--CTG-----TAATTT-GTGT-C--GTAGC-GAGCA--TT------------AATTATA---CATAC--------AT-TATC-T---AA-G-TTGAAAG---A--AA--A----------ATTTAA-A-T------------TT-TA------A-G-TGAT-A-T---TA-----AA-AGATG-TAAACA-TTCG


blockSeqs                     :                      .  .              CCGGTA  T C     AATACACTAAGT           A A   C G       CATGTATACATG        .   GA    G  C    .       C .    TTTA     TA  CACTG       G  AAT        A   C A   AT    G  .    A      C     C       CT  TA  ACA  TACATG   A .            TATATTATTCGACGGT            CC   ATG     C  T    TAG      A     AT  AGATATACAATAAT           ACTTAGTGTC  .    TTTT   C T       AGA     GA   TAAGGG TGT    CA  T  AAATAA  .  TATCAATA  AA     T C TTA  GTCAG  T     CC     T            A C T     T C    G      CT GAA  TAC C  AT       T C   A    AAATTCAC            A   G
blockSeqs                     :                      .  .              .       . .     TATTAACCA              . .   T .       TATACACACTG         .   GA    G  .    .       . .    CCA      .   CGT         G  AAA        .   . G   GC    .  .    .      C     C       .   T   .    .        T .            TTTTCGAATACTT               .    AC      T  T    T        .     .   AATTATA                  GC          .    TGT    . .       A       .    GAA    AT     GT  A  .       .  ATG       C      . . .    .      .     C      .            . C C     C .    .      C  .    .   .  .        . .   .    GCATT               A   .
blockSeqs                     :                      .  .              .       . .     ATTACA                 . .   A .       TTATATG             .   TA    G  .    .       . .    TT       .   CG          .  GAA        .   . G   TA    .  .    .      C     C       .   T   .    .        . .            GTTTTTCTAAAG                .    TA      T  T    G        .     .   TATTA                    AC          .    TTT    . .       A       .    AAA    AT     A   C  .       .  GA        C      . . .    .      .     A      .            . C C     T .    .      A  .    .   .  .        . .   .    ACAT                A   .
blockSeqs                     :                      .  .              .       . .     ATTGCA                 . .   . .       TGCATG              .   AG    G  .    .       . .    AA       .   GC          .  AA         .   . G   TA    .  .    .      C     .       .   T   .    .        . .            TAATTCTTCG                  .    AT      T  T    C        .     .   AA                       AC          .    TTT    . .       G       .    GAA    CA     A   G  .       .  GA        C      . . .    .      .     T      .            . C C     C .    .      C  .    .   .  .        . .   .    GC                  A   .
blockSeqs                     :                      .  .              .       . .     ATTGCA                 . .   . .       T                   .   C     .  .    .       . .    TG       .   TA          .  AA         .   . G   G     .  .    .      C     .       .   T   .    .        . .            TATTTTACG                   .    AT      .  .    T        .     .   AT                       C           .    T      . .       G       .    GA     AC     A   G  .       .  CA        C      . . .    .      .     C      .            . C C     T .    .      A  .    .   .  .        . .   .    AC                  A   .
blockSeqs                     :                      .  .              .       . .     ATTA                   . .   . .       .                   .   C     .  .    .       . .    CA       .   CG          .  A          .   . .   G     .  .    .      C     .       .   T   .    .        . .            TACTG                       .    .       .  .    C        .     .   GA                       .           .    .      . .       A       .    TA     CA     C   G  .       .  TA        C      . . .    .      .     T      .            . C C     T .    .      A  .    .   .  .        . .   .    AC                  .   .
blockSeqs                     :                                        .       . .     ACA                    . .   . .       .                   .   C     .  .    .       . .    TA       .   CG          .  A          .   . .   G     .  .    .      .     .       .   .   .    .        . .                                                                                                                                           A       .    .      AC     A   G  .       .  TA        T      . . .    .      .     T      .            . T C     T .    .      A  .    .   .  .        . .   .    AC                  .   .
blockSeqs                     :                                        .       . .     ACA                    . .   . .       .                                     .       . .    T        .   .           .  A          .               .  .    .      .     .           .   .    .                                                                                                                                                                          AT     .   .  .       .  T         C      . . .    .      .     T      .            . T C     T .    .      C  .    .   .  .        . .   .    AC                  .   .
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CCCCCCCCCCCAAAAAAAACCATTTGCGAACGTGGGCCGATTAACAGGGAATACATGTAGGTGATACATTGA






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Reference ( family-1656 )     :          NAAAAAATCCAT--C-TGTCCTGCAAAGTA------AT-GC-GGCT-ATTG--CA------CTTGTC-G-AAA-G-AGATGTAT-------CA-T--GTACAT-GCTG--ATGGTACC-AG----CATC-T-GATA--TAAATGG--TAC---G-TACAGC-GG--A--TTTAAC-GCG-T-GTGNNACT-GG-TACC--CACATC---ATCCTTCATT--TTT-AT---TA------TAT-C-AAATATACTGTTT-----A-AT-TCTTC----G-----TTC--TT--AT-TAATTTTGTGT-C--GCAGC-GAGCA--TT-A----T-AC---A-------TAC--------AT-TATC-TTT-AA-G-TTGAAAG---A--AA--ATCGAA---A-ANTTAA-A-TGGT------TA-TT-TA------A-C-TGAT-A-T---TA-----AA-GGATG-TAAACA-TTCGAGCCGTTT-TCCCTCTGTCG-CCAT-GTTGGGC-T---GT---A-GG--TACCCGA-T-GGT-ACGT------AC---ATCGGCTTTAACA-CCAG
gi|1                          :           AAAAAATCCATACCATGTCCCGCATAGTA------AT-GC-AGCT-AT-----A------CTTGTT-C-GAA-G-ACAT-TAT-------GAAT--GTACATTGCTCTTCTGGTACC-GGGATACATT-TTGATA--CCAATG---TA------TACAGCTGA--A--TTTAAC-GCG-TTGTGG-ACT-GGATACCGGC-CATCCGTATCTTTCAAT--TC--AT---TA------TAT-CCAAATATATTGAT--------ATCTCTTC----A-----TTC--TTTTAT-GAATTTTGTGTTC--GCAGC-GAGCA--TT-A----T-GCTTCA-------TAC--------ATATATC-TTTTAA-G-TTGAAAGCATA--AA--ATCAAA---A-TGTTAA---CGGT------TAGTT-TA------AAC-TC-T-A-T---TA-----AAAGGATG-AAATCA-TTCGAGCCGTGT-TCCTTCTATCG-CAGT-----GGC-T---GT---A--C--TACCGCA-T-GGT-ACGT------AA---ATT-GCTTT-ACA-CCAG
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CCCCCCCCCCCAAAAAAAACCATTTGCGAACGTGGGCCGATTAACAGGGAATACATGTAGGTGATACATTGA