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Reference ( gi|5 ) : TATGGTGTGATTATTCTTATACGAGATGT----------A-----TTACACA----CA---CAC-TTT----ATTTTTTTGGAAAAATA--C--------CGAAGTTTGGGTATTTGGAGT--GGAGGC-TTGG-ACG------GCAA-CCATTC--GTG---C-TCGGGTGTGGCC--TAAA-----ATTGA----TGACC-ATTC---------GTGTCTAT-CCT--T---ACGG--CAC-GT-TCGGTG-------GC------CC---G--ACGAC---CAA--A-C-----GTG--C---GG--CA----CG--A---ATGGT-CGTC--GG-CGACC-AA-AC-T-T----CC----A-GA------GG--CGAC-CAA--A-C--G--CCGTCACA
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gi|11 : aaagT--GGGGGCGTTGG-GTG------ACGA-CCATT---GTG---CCTCTGGTATAGCC--GAAA-----ATTGA----CGACCCATTC---------GTGTCAAT-CCT--C---AATG--CAC-GT-TCGGTC-------GC------CA---G---C-----------A-C-----ATA--C---GG--CA----TG--A---ATGGT-CGCT--GA-CGACC-AA-AC-G-T----AC----G-GA------ggcacgaatggtagcaaacgtgccgaggcgactaaacgta
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gi|14 : aacttcg-TTAG-GTG------GCAAATCATCC--GTG---C-TC-GGTATGG-C--TAAA-----ATTGA----GGATT-ATCT---------GTA-CGAC-CCT--C---AC-G--CAC-GT-TTGG-G-------TC------TC-------CGGT---TGG--A-CATTTTGTA--C---GA--CA----TG------ATGGTCCGCC--GG-CAACCAAA-AC-T-T----gtcttcgggaggccgaacgtgccgaggcgaaaaacgtgctgttacacacattgcattt
gi|20 : TGG-GTA------GCGA-CCATTC--GTG---T-TAGGGTATGGCC--TAAAT----ATTGACAGTTGACC-ATTC---------CTG---A----T--G---ACAG--CA--------GTG-------------------------------CA-------------G--C---G---------CG--A---ATGGT-CGTC--AG-CAACT-AA-Agcttgtacaaatggtaagaaat
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gi|19 : aggtTG---T-TCGGGTATGGCC--TAAA-----ATTGA----TGACC-AGTC---------ATGTCGA--CCT--T---------CACTGT-GCGGTGAACAAATGT------GCAAAG--GCGAC---CAA--A-C-----GTG--C-------CAT---CA--A---ATAGC-CCTC--gcacagc
gi|1 : aGA----CAACC-ATTC---------GTG-CCAC-GTT--T---A----------T-TCG------------------CC---G--GCGAC---CAT--C-C-----GTG--C---CG--CT----GG--T---ATTGT-CACCG-GG-CGACC-GA-AC-G-T----GC----A-G
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gi|11 : aaatttggagtttggactgggttcttggataatgaccattcgtgcttgggtatggcttaaaatCT--T----CGG--CAC-GT-TGGGTC-------TC------CCC--G--GCGAC---CCA--T-T-----TTT--C---CG--TA----CG--T---TTGGT-CGTC--AG-CGACC-AT-TCAT-G----CC----G-TATGTGCTGG--CGAC-CGA--A-C--G--caccgcagcagtaaacaatgcaagcacgggtatacttgtctggctaggaaacgataataaagctggcaattccgacagaattctcgtaatatt
gi|22 : tgggggcgttgggtgacgaccattgtgcctctggtatagccgaaaattgacgacccattcgtgtcaatcctcaatgca---ACGG--CAC-AT-TCGGTC-------GT------CC---G--TCGAC---CAT--T-C-----ATG--C---CG--CA----CG--T---ATCGT-C-TCCAGG-CGACC-AA-AC-G-T----GC----A-GA------t
gi|18 : CGG--CAC-GT-TCGGCC-------TC------CC---G--AAGAC---TAG--GCC-----ATACCC---AG--CA----CG--A---ATGGT-CGCC-------ACC-AA-Ac
gi|1 : aacttcgggcG--CAC-GT-TTGGTT-------GC------C----G--ACAAC---CAT--T-C-----GTG--C-------CA----CG--T---TTATT-CGCC--GG-CGACC-Aaggcgaaaaacgtgctgttacacacattgcattt
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gi|4 : tctT-TGGGTG-------GC----------------GAC---CAT--T-C-----GTG--CTCGGG--TATTACCA--ATATATAGT-CGTC--GG-TGACC-AA-AC-G-T----GC----C-GA------GG--CGAC-CAA--A-C--GTTCCATCACAtgtgccgtc
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gi|19 : C--GG-TGAAC-AA-AT-G-T----GC----A-AA------GG--CGAC-CAA--A-CGTG--CCATCAaag
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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gi|17 : aACGC----------A-----TCA-AC----ACT-CAC--------TTTAGCT------AAAA-AGG--C------AAAATTTTGGGT--TTG-GATTGGAGGC-TTGTGTG-GCGA-CCACTT--GTG---C-TCGGATATGACC----TAGA--ATc
gi|18 : gcGGGC-TTTGGTG-GCGA-CCATTC--GTG---C-T-GGGTATGGCC----TAacgtcgg
gi|18 : aacttc-C--GG--C--ACGTTC-GGCCTCC---C--GA-A--G----A-C----TA--GGCCATACC-C---AGC-A----CG--A---A-TGGT-C-GCC------ACCAAAgtcttcgggaggccgaacgtgccgaggcgaaaaacgtgctgttacacacattgcattt
gi|18 : aacttcgggc--GG-C--G----A-C----CA--TT-CGTG---CTG-GGT-A----TG--G---CCTAGT-C-TTC-GGGAGGCCGAACGT--G----CC-G-A------GGCGA-AAA--ACGTG--CTGTTACAaggcgaaaaacgtgctgttacacacattgcattt
gi|19 : aacttcgggctttggtTG---T-TCGGGTATGGCC----TAAA--ATTGAT---GA-C-CAGTCATGTCGACCT----------TCA-C----------TGTGC-GGT----------------G----A-A----CA--AA-TGTG----------------CA--A---A------------GGC-GACCAAACGT--G----Ccacattgcattt
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gi|21 : g--G----A-T----CA--AA-AATT---C---GGC-GATC-CGCCA---A-TTGT-C-GCC-GGC-AACAAAACTT--G----CA-G-A------GGCGACCAA--AC--ATCCCGTCACAc
gi|22 : A-C--GG--C--ACATTC-GGTCGTC---C--GT-C--G----A-C----CA--TT-CATG---C---CGC-A----CG--T---A-TCGT-C-TCCAGGC-GACCAAACGT--G----CA-G-A------aag
gi|24 : GGGAAA-AT----------CAAAATTTGTGTATTAG-GACTGGAGGC-TTTGGTG-GCGA-TTATTT--GTG---C-Tc
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gi|4 : tttacccatttcttccacatttaggcctactctctgcatgtcaaaaatttgaagagctattttggaaaagaaaa--GG-C--G----A-C----CA--TT-CGTG---CTCGGGT-ATTACCA--ATATA-TAGT-C-GTC-GGT-GACCAAACGT--G----CC-G-A------GGCGACCAA--AC--GTTCCATCACAggcgaccaaacgttccatcacaatgcatct
gi|5 : tttacccatttcttccacatttaggcctactctctgcatgtcaaaaatttgaagagctattttggaaaagaaaatatgctgtgattttttttatatggggcgtgcaggcaaaaaccacacaggaacacatattttcaagcaaaaaaaaaaaagactgggtcttgggtTATGGTGTGATTATTCTTATACG-AGATGT----------A-----TTACAC----ACA-CAC--------TTTATTTTTTTGGAAAA-ATA--C------CGAAGTTTGGGTATTTG-GAGTGGAGGC-TTGGACG-GCAA-CCATTC--GTG---C-TCGGGTGTGGCC----TAAA--ATTGAT---GA-C-CATTCGTGTCTATCC----------TTA-C--GG--C--ACGTTC-GGTGGCC---C--GA-C--G----A-C----CA--AA-CGTG---C---GGC-A----CG--A---A-TGGT-C-GTC-GGC-GACCAAACTT--C----CA-G-A------GGCGACCAA--AC--G--CCGTCACAatgcatct
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gi|9 : C---C--GG-T--G----A-T----CA--AA-CGT----C---GGC-A----CG--A---A-TGGT-A-GC----------AAACGT--G----CC-G-A------GGCGACTAA--AC--G--tgccgaggcgactaaacgta
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CAAGAATAGGTCTGTTCTCCATATGTCGAAGGACTGAAGAGCTGTTTCAGAATAAAATGTGATGTGA
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Reference ( family-1650 ) : TATGGTGTGATTTTTCTTATACG-AGACGT----------A-----TCACAC----ACA-CAC--------TTTATTTT-TTGGAAAA-ACG--C------CAAAATTTGGGTATTTG-GACTGGGGGC-TTGGGTG-GCGA-CCATTC--GTG---C-TCGGGTATGGCC----TAAA--ATTGAC---GA-C-CATTCGTGTCGACCC----------TCA-C--GG--C--ACGTTC-GGTCGCC---C--GG-C--G----A-C----CA--NA-CGTG---C---GGC-A----CG--A---A-TGGT-C-GCC-GGC-GACCAAACGT--G----CA-G-A------GGCGACCAA--AC--G--CCGTCACA
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gi|7 : ATGGTGTGATTATTCTTATACG-AGATGT----------A-----TTACACC---ACA-C-C--------TTTATTTT-TTGGAAAATACA--CAAGATACGAAGTTTGGGTATTTG-AAGTGGAGGC-TTGGACG-GCAA-CCATTC--GTG---C-TCGGGTGTGGCC----TAAA--ATTGAT---GA-C-CATTCGTGTT-ATCC----------T-A-C--GA--CTGGAGCTC-GG-CACTGTGC--GG-T--G-----------CA--CG-AGTGTTAC---GGCGA----CG--A---A-TACT-CTCCC-GGC-GACCAAAtcgtagaaatgattgcaggttttgaaatttcgtgccga
gi|8 : TATGATGTGATTTTTATT----G-AGACGT----------AACAACTCGCAC----GCA-CGCACGCAAAATTTATTT----AAAAAA-ACAAAC------CAAAGCTTTGGCAATTG-GAATGAAGGC-TTGTATG-ATGA-CCATTC--GTA---C-TCGGGTATGGCC----TAAC--AT
gi|9 : ttaccctctgcaccacatagaataggcctattctctgcatgtcgaaggactgaagagctgtttcgggagagaaAAAGTTGGA-GTTGG-GACTGGGTAC-GTTAGTA-GCAA-CCATTC--GTG---C-TCGG-TATGACC----TGAA--TTTGAC---GA-T-CACTGGTG-CGATCC----------TCA-CACGG--C--ACGTT--AGTCGTC---A--GG-T--ATGATA-CA---TA--CA-CGTG---C---AGA-A----CA--A---A-TGAT-T-GCC-GGT-GATCAAACGTCGG----CACG-AAT----GGT-AGCAA--AC--G--gtcg
gi|9 : C---C--GG-T--G----A-T----CA--AA-CGT----C---GGC-A----CG--A---A-TGGT-A-GC----------AAACGT--G----CC-G-A------GGCGACTAA--AC--G--tgccgaggcgactaaacgta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): CAAGAATAGGTCTGTTCTCCATATGTCGAAGGACTGAAGAGCTGTTTCAGAATAAAATGTGATGTGA
Unaligned ( gi|26 ): GATCAAAAATTCGGCGATCCGCCAATTCTCCACCGGCGA