lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 11111 1111 222222222222222 111 111 11 111111 22222 22 1111 1 1 1111 1 11111 111 111 1 1 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 222 1 11 11 33 2 111111 22 2 1 2 11111
lowQualScore : 00 5 5 66 5 888 11111 0000 66 444444444444444 5 555 55 2 333 11 5 4 55 444444 7777 3 55 3 3 4 44 0 66 5 77777 888 5 55 1 8888 0 77 2 1 5 5 5 5 77 77 77 5 5 1 2222 1 5 5 66666 5 66 000 5 777 5 5 5 0 0 0 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 444 1 00 77 4 5 5 33 1 5 00 77 6 666666 11 5 8 1 0 99999
lowQualScore : .. . . .. . ... ..... .... .. ............... . ... .. . ... .. . . .. ...... .... . .. . . . .. . .. . ..... ... . .. . .... . .. . . . . . . .. .. .. . . . .... . . . ..... . .. ... . ... . . . . . . ............................................................................................... ... . .. .. . . . .. . . .. .. . ...... .. . . . . .....
lowQualScore : 00 0 0 99 0 888 66666 6666 99 222222222222222 0 666 11 5 888 99 0 4 00 111111 7777 6 00 6 6 0 88 1 99 0 33333 666 7 00 4 0000 7 99 7 4 7 0 7 7 99 99 99 7 7 4 1111 4 7 7 44444 7 44 000 7 333 0 0 0 0 0 6 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 333 4 77 99 3 7 7 00 4 7 77 44 0 777777 44 7 6 4 0 00000
consensus : GATTATAG-NCAAATTTA-AA-CG--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAA---TTATCC--TGC-TTTT-CGGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTT-ATGATATATT-----ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-----ATAATAA-CAACA-CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAAC-GAGTTTATCAGAATTA-TTTCAAA--A---GTTA--TC-AAAATTTTGAA-TAT-AGACT-TA-TTATTCTCAG
Reference ( gi|2 ) : GATTATAG-GCAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAA---T-ATCC--TGC-TTT--CGGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTT-ATGATATATT-----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAA-CAACA-CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-CGTTTACA-TTT--AAAAC-AAGTTTATCAGAATTATTTTCAAA--A---GTTA--TC-AAAA-TTTGAA-TAT-AGACT-TG-TTATTCTCAG
gi|1 : GATTATAG-GCAAATTTA-AA-CA--TTTTAT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGA--CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAA---TTATCC--TGC-TTT--CGGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CACC-CG---AAC-ACGCATACA-A-GC-AATCA-T-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTT-ATGATATATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAA-CAACAGCATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTGAAAAAC-AAGTTTATCAGAATTA-TTTCAAA--A---GTTA--TCAAAAA-TTTG-A-TAT-AGACT-TGTTTATTCTCAG
gi|9 : GATTATAG-TAAAATTTA-AAACA--TTT--T---GTCTGGC---TT----AC--TT---------A-A---TG-TCCC-AGAA-CGA-A---CGG-T-GT-GA--T-G------CTGAG----T-TTTAGG-AT-CTCCAAATTCAAA-GGACGAT-----T-ATGA---T-----------------------------------G-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-TAG-TGGGACCCGGTCTTT-C-CAT-C----CA-CGCG---AACAACGCATACA-A-GCAAA-CACT-AAG-CTA-TGGTCTGAGGTAGGTGGTTTT-ATGATA
gi|12 : atGATTATAG-GCAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GT--G-T---TT----AC--TT---------A-T--CTG-TC---TGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-Cata
gi|10 : tatGATTATAGCGCAAATTTAGAA-CA--TTG-AT---GTCTGTT---TT----ACCTTT---------ACACTCTG-TC---AGAA-CGACAACTCG--TGGT-GATCTCGT-----CGGAGGAATT-TT--GGTATGTTCCAA-TTCAAA--GACGA-AT--AT-ATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttcgggcgg
gi|3 : tATTATGG-CCAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--T----------A-A--CTG-TC---AGAA-CAACA---CC--T-GT-AA--TTG------CTGAG----T-TT--AG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATATATGT-ATAA---TTATCC--TGC-TTTT-CAGAGCAGGA--GGT--GTG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-T-GG---AAC-ACTCATACA-A-GCAAATTACT-AAG-CTA-TCAGCTGA-TTAGGTGGTTTT-ATGATGTATT---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA-TAACA-CATATCAA-TGTA--ACTGAC--AT------G--------TG--AAAAC-GAGTTTATCAGAATTA-TTTCAAA--A---GTTA--TG-AAAATTTTGAA-T
gi|14 : ATTAGAG-TCGTATCTT-AA-CG--TCT-AT---GTCTG-TGTTTTCAAAAC--TCTGAGCCAGAA-A--TTG-TC---AGAC-CGACA---GG--T-GT-GA--TTG------C-GGG----CATT--AC-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGAT
gi|8 : TCATAG-TCAAATTTA-AA-CT--TCT-AT---GTCTG-T---T-----AT--TT---------A-A--TTGCTC---AGAAACGACAA--CG--T-GTAGA--TT-------CT-AG----T-TT--AG-AT-CTCCAA-TTCAAA-G----------------------ATC---TGC-TTTTCCGGAGC-GGACCGGT--GTG-ATATTTTG-TTA-ACT--GG--GGGTCG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C------GAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACTAAAG-CTATTCGAGTGA-GTCATTAGTTTT-ATGA
gi|7 : atgatgCAAATTTA-AA-CGATTTT-ATATTGTCTG-T---TT----AC--TT---------ACG--CTG-TTCTTAGAA-CGG-A---CGACT-GT-AG--TTGACTTGGCTGAG----T-TT--G--AT-CTCCAA-TTCAAAAGGACGATAT--GTAATAATCGT-ATCCTTTGCTTTT--CGGAGCAGGATGGGTTAGCG-A-AGTTTGATTAGACTTAGGAAGG--TGTT-G-CGTGAAC----CCTT-CACATGCCCAACA-C-CGGTAAAC-ACGCGCATA-C-GCAGActactat
gi|16 : gc-GA--TTG------CTGAG----T-TT--AG-AT-CTCCAA-TTCAAA-Gg
gi|5 : A--TTG------CTGAG----T-T---GG-AC-CTCCAA-TTCAA--GGACGATAT--GT-ATAA---TTATCC--TGC-TTTT-CGGAGCAG-A--GTT--GTGTA-AGTT-G-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-GCTGGGACC----CCTTTC-CAT-C-----A-C-CG---AAC-ACGCATACACATGCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTAATGATATCTT-----ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-------AATA---AACA-CATATCAA--GTA--A-TGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAAT-GAGTTTATCAGAATTA-TTTCAAAGGA---GTTATTTC-AAAATTTTGAATTATAAGAC--TA-TTAT
gi|4 : cA--TTG------CTGAG----T-T---GG-AC-CTCCAA-TTCAA--GGACGATAT--GT-ATAA---TTATCC--TGC-TTTT-CGGAGCAG-A--GTT--GTGTA-AGTT-G-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-GCTGGGACC----CCTTTC-CAT-C-----A-C-CG---AAC-ACGCATACACATGCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTAATGATATCTT-----ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATA-------AATA---AACA-CATATCAA--GTA--A-TGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAAT-GAGTTTATCAGAATTA-TTTCAAAGGA---GTTATTTC-AAAATTTTGAATTATAAGAC--TA-TTATgcatcattccag
gi|15 : cCAAT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTT-ATGgcatcattccag
gi|6 : CT-AAGGCTA-TCGCCTGAATTAGGTGGTTTT-ATGA-ATA
gi|6 : tATAATAAGCAACATCA-ATCAA-TGTACAACTGACTGATCGACATGTTTACAATTT--GAAAC-GAGTTTATC-GAATTATTTTCAAA--ATACGTTAC-TC-AACATTTTGAA-TATCAGACT-TG-TTTATCTCAaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataataagcaacatcaatcaatgtacaactgactgatcgacatgtttacaatttgaaacgagtttatcgaattattttcaaaatacgttactcaacattttgaatatcagacttgtttatctca
gi|13 : tctaaggctatcgcctgaattaggtggttttatgaataaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncTAATAA---ACA-CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAAC-GAGTTTATCAGATTTA-TTTCAAA--A---GTTA--TC-AAAA-TTTGAA-TAT-AGACT-TA-TTATTCTCA
gi|11 : AATA--CAACA-T-TATCAAGTGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTT-CA-TTTG-AAAACGAAGTTTATCAGAATTATTTCAAAA--A---GTTA--TC-AAAATTTTGAA-TAT-AGACTATATTTATTCTCAt
Alignments
lowQualScore : 111111 111111111 111 111 11 111111 111 11 1 1 1111 1 11111 111 4444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1111 1 11 11 1 1 11 1
lowQualScore : 55 4 4 999 4 777 4 4 777777 66 777777777 8 66 4 333 4 1 222 00 4 4 44 222222 7777 3 44 3 3 3 3 66 4 333 66 0 0 5 0 2 33 66 1 0 5 3 5 5 66 66 66 5 5 0 0000 0 5 5 33333 5 5 888 5 444 4 4 4 8 8 5555555 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 77 5555 88 66 2 5 5 5 5 5 5 0 5 33 888 88 6 0 7 00 1
lowQualScore : .. . . ... . ... . . ...... .. ......... . .. . ... . . ... .. . . .. ...... .... . .. . . . . .. . ... .. . . . . . .. .. . . . . . . .. .. .. . . . .... . . . ..... . . ... . ... . . . . . ....... ......................................................... . .. .... .. .. . . . . . . . . . .. ... .. . . . .. .
lowQualScore : 44 4 4 666 4 888 4 4 222222 11 888888888 9 11 4 999 4 1 222 66 4 0 66 999999 1111 3 66 3 3 6 6 11 4 111 99 1 1 0 1 5 88 99 1 0 0 2 0 0 99 99 99 0 0 0 6666 0 0 0 11111 0 0 888 0 000 4 4 4 9 9 0000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 88 6666 22 99 5 0 0 0 0 0 0 0 0 88 888 88 5 0 1 77 4
consensus : GATTATAGN-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T-TT------AC--TT---------A-ACT--G-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATAA-CAACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAACG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAATTTTGAA-TAT-AGACT-TG-TTATTCTCAG
Reference ( family-1630 ) : GATTATAGN-CAAATTTA-AA-CG--TTT-AT---GTCTG-T-TT------AC--TT---------A-ACT--G-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATAA-CAACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAACG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAATTTTGAA-TAT-AGACT-TA-TTATTCTCAG
gi|1 : GATTATAGG-CAAATTTA-AA-CA--TTTTAT---GTCTG-T-TT------AC--TT---------A-ACT--G-TC---AGA--CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGC-TTTC-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CACC-CG---AAC-ACGCATACA-A-GC-AATCA-T-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA-TAACAACAGCATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTGAAAAACA-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAAATTTG-A-TAT-AGACT-TGTTTATTCTCAG
gi|10 : GATTATAGCGCAAATTTAGAA-CA--TTG-AT---GTCTG-T-TTT-----ACCTTT---------ACACTCTG-TC---AGAA-CGACAACTCG--TGGT-GATCTCGT-----CGGAGGAATT-TT--GGTATGTTCCAA-TTCAAA--GACGA-AT--AT-AT
gi|11 : tAATA--CAACA----T-TATCAAGTGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTT-CA-TTTG-AAAACGAAGTTTATCAGAATTA-TTTCAAAA--A---GTTA--TCAAAATTTTGAA-TAT-AGACTATATTTATTCTCA
gi|12 : aGATTATAGG-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GT--G-T-TT------AC--TT---------A-TCT--G-TC---TGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-Ct
gi|13 : tatTAATAA---ACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAACG-AGTTTATCAGATTTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAA-TTTGAA-TAT-AGACT-TA-TTATTCTCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttcgggcgg
gi|14 : ATTAGAGT-CGTATCTT-AA-CG--TCT-AT---GTCTG-TGTTTTCAAAAC--TCTGAGCCAGAA-ATT--G-TC---AGAC-CGACA---GG--T-GT-GA--TTG------C-GGG----CATT--AC-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATt
gi|15 : CAAT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TG
gi|16 : -GA--TTG------CTGAG----T-TT--AG-AT-CTCCAA-TTCAAA-G
gi|2 : GATTATAGG-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T-TT------AC--TT---------A-ACT--G-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT---ATCC--TGCTTT-C-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATTNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAA-CAACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-CGTTTACA-TTT--AAAACA-AGTTTATCAGAATTATTTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAA-TTTGAA-TAT-AGACT-TG-TTATTCTCAG
gi|3 : ATTATGGC-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T-TT------AC--T----------A-ACT--G-TC---AGAA-CAACA---CC--T-GT-AA--TTG------CTGAG----T-TT--AG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATATATGT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-AGAGCAGGA--GGT--GTG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-T-GG---AAC-ACTCATACA-A-GCAAATTACT-AAG-CTA-TCAGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATGTATTN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA-TAACA----CATATCAA-TGTA--ACTG----------------ACA-TGTG-AAAACG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TGAAAATTTTGAA-T
gi|4 : A--TTG------CTGAG----T-T---GG-AC-CTCCAA-TTCAA--GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAG-A--GTT--GTGTA-AGTT-G-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-GCTGGGACC----CCTTTC-CAT-C-----A-C-CG---AAC-ACGCATACACATGCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTAATGATATCTT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA--ATAA---ACA----CATATCAA--GTA--A-TGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAATG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAAGGA---GTTATTTCAAAATTTTGAATTATAAGAC--TA-TTAT
gi|5 : cA--TTG------CTGAG----T-T---GG-AC-CTCCAA-TTCAA--GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAG-A--GTT--GTGTA-AGTT-G-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-GCTGGGACC----CCTTTC-CAT-C-----A-C-CG---AAC-ACGCATACACATGCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTAATGATATCTT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA--ATAA---ACA----CATATCAA--GTA--A-TGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAATG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAAGGA---GTTATTTCAAAATTTTGAATTATAAGAC--TA-TTATgcatcattccag
gi|6 : cCT-AAGGCTA-TCGCCTGAATTAGGTGGTTTTA-TGA-ATAgcatcattccag
gi|6 : tATAATAAGCAACAT---CA-ATCAA-TGTACAACTGACTGATCGACATGTTTACAATTTG-AAA-CG-AGTTTATC-GAATTATTTTC-AAA--ATACGTTAC-TCAACATTTTGAA-TATCAGACT-TG-TTTATCTCAaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataataagcaacatcaatcaatgtacaactgactgatcgacatgtttacaatttgaaacgagtttatcgaattattttcaaaatacgttactcaacattttgaatatcagacttgtttatctca
gi|7 : tctaaggctatcgcctgaattaggtggttttatgaataaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncGC-CAAATTTA-AA-CGATTTT-ATATTGTCTG-T-TT------AC--TT---------ACGCT--G-TTCTTAGAA-CGG-A---CGACT-GT-AG--TTGACTTGGCTGAG----T-TT--G--AT-CTCCAA-TTCAAAAGGACGATAT--GTAATAATCGTATCCTTTGCTTTTC-GGAGCAGGATGGGTTAGCG-A-AGTTTGATTAGACTTAGGAAGG--TGTT-G-CGTGAAC----CCTT-CACATGCCCAACA-C-CGGTAAAC-ACGCGCATA-C-GCAGA
gi|8 : TCATAGT-CAAATTTA-AA-CT--TCT-AT---GTCTG-T-T-------AT--TT---------A-ATT--GCTC---AGAAACGACAA--CG--T-GTAGA--TT-------CT-AG----T-TT--AG-AT-CTCCAA-TTCAAA-G---------------------ATC---TGCTTTTCCGGAGC-GGACCGGT--GTG-ATATTTTG-TTA-ACT--GG--GGGTCG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C------GAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACTAAAG-CTATTCGAGTGA-GTCATTAGTTTTA-TGAC-TACT-------ATg
gi|9 : atgatgGATTATAGT-AAAATTTA-AAACA--TTT--T---GTCTGGC-TT------AC--TT---------A-A-T--G-TCCC-AGAA-CGA-A---CGG-T-GT-GA--T-G------CTGAG----T-TTTAGG-AT-CTCCAAATTCAAA-GGACGAT-----T-ATGAT-------------------------GA--AGT-----------TTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-TAG-TGGGACCCGGTCTTT-C-CAT-C----CA-CGCG---AACAACGCATACA-A-GCAAA-CACT-AAG-CTA-TGGTCTGAGGTAGGTGGTTTTA-TGATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111 111 11 111111 111 11 1 1 1111 1 11111 111 4444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1111 1 11 11 1 1 11111
lowQualScore : 55 4 4 66 4 777 99999 9999 66 99999999999999 4 333 4 1 222 00 4 4 44 222222 7777 3 44 3 3 3 3 66 4 333 66 0 0 5 0 2 33 66 1 0 5 3 5 5 66 66 66 5 5 0 0000 0 5 5 33333 5 5 888 5 444 4 4 4 8 8 5555555 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 77 5555 88 66 2 5 5 5 5 5 5 0 5 33 888 88 6 0 7 22222
lowQualScore : .. . . .. . ... ..... .... .. .............. . ... . . ... .. . . .. ...... .... . .. . . . . .. . ... .. . . . . . .. .. . . . . . . .. .. .. . . . .... . . . ..... . . ... . ... . . . . . ....... ......................................................... . .. .... .. .. . . . . . . . . . .. ... .. . . . .....
lowQualScore : 44 4 4 11 4 888 33333 4444 11 33333333333333 4 999 4 1 222 66 4 0 66 999999 1111 3 66 3 3 6 6 11 4 111 99 1 1 0 1 5 88 99 1 0 0 2 0 0 99 99 99 0 0 0 6666 0 0 0 11111 0 0 888 0 000 4 4 4 9 9 0000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 88 6666 22 99 5 0 0 0 0 0 0 0 0 88 888 88 5 0 1 33333
consensus : GATTATAGN-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATAA-CAACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAACG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAATTTTGAA-TAT-AGACT-TG-TTATTCTCAG
Reference ( family-1630 ) : GATTATAGN-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATAA-CAACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAACG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAATTTTGAA-TAT-AGACT-TG-TTATTCTCAG
gi|1 : GATTATAGG-CAAATTTA-AA-CA--TTTTAT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGA--CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGC-TTTC-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CACC-CG---AAC-ACGCATACA-A-GC-AATCA-T-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA-TAACAACAGCATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTGAAAAACA-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAAATTTG-A-TAT-AGACT-TGTTTATTCTCAG
gi|10 : GATTATAGCGCAAATTTAGAA-CA--TTG-AT---GTCTGTT---TT----ACCTTT---------ACACTCTG-TC---AGAA-CGACAACTCG--TGGT-GATCTCGT-----CGGAGGAATT-TT--GGTATGTTCCAA-TTCAAA--GACGA-AT--AT-AT
gi|11 : tAATA--CAACA----T-TATCAAGTGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTT-CA-TTTG-AAAACGAAGTTTATCAGAATTA-TTTCAAAA--A---GTTA--TCAAAATTTTGAA-TAT-AGACTATATTTATTCTCA
gi|12 : aGATTATAGG-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GT--G-T---TT----AC--TT---------A-T--CTG-TC---TGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-Ct
gi|13 : tatTAATAA---ACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAACG-AGTTTATCAGATTTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAA-TTTGAA-TAT-AGACT-TA-TTATTCTCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttcgggcgg
gi|14 : ATTAGAGT-CGTATCTT-AA-CG--TCT-AT---GTCTG-TGTTTTCAAAAC--TCTGAGCCAGAA-A--TTG-TC---AGAC-CGACA---GG--T-GT-GA--TTG------C-GGG----CATT--AC-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATt
gi|15 : CAAT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TG
gi|16 : -GA--TTG------CTGAG----T-TT--AG-AT-CTCCAA-TTCAAA-G
gi|2 : GATTATAGG-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT---ATCC--TGCTTT-C-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATTNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAA-CAACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-CGTTTACA-TTT--AAAACA-AGTTTATCAGAATTATTTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAA-TTTGAA-TAT-AGACT-TG-TTATTCTCAG
gi|3 : ATTATGGC-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--T----------A-A--CTG-TC---AGAA-CAACA---CC--T-GT-AA--TTG------CTGAG----T-TT--AG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATATATGT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-AGAGCAGGA--GGT--GTG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-T-GG---AAC-ACTCATACA-A-GCAAATTACT-AAG-CTA-TCAGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATGTATTN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA-TAACA----CATATCAA-TGTA--ACTG----------------ACA-TGTG-AAAACG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TGAAAATTTTGAA-T
gi|4 : A--TTG------CTGAG----T-T---GG-AC-CTCCAA-TTCAA--GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAG-A--GTT--GTGTA-AGTT-G-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-GCTGGGACC----CCTTTC-CAT-C-----A-C-CG---AAC-ACGCATACACATGCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTAATGATATCTT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA--ATAA---ACA----CATATCAA--GTA--A-TGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAATG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAAGGA---GTTATTTCAAAATTTTGAATTATAAGAC--TA-TTAT
gi|5 : cA--TTG------CTGAG----T-T---GG-AC-CTCCAA-TTCAA--GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAG-A--GTT--GTGTA-AGTT-G-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-GCTGGGACC----CCTTTC-CAT-C-----A-C-CG---AAC-ACGCATACACATGCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTAATGATATCTT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA--ATAA---ACA----CATATCAA--GTA--A-TGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAATG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAAGGA---GTTATTTCAAAATTTTGAATTATAAGAC--TA-TTATgcatcattccag
gi|6 : cCT-AAGGCTA-TCGCCTGAATTAGGTGGTTTTA-TGA-ATAgcatcattccag
gi|6 : tATAATAAGCAACAT---CA-ATCAA-TGTACAACTGACTGATCGACATGTTTACAATTTG-AAA-CG-AGTTTATC-GAATTATTTTC-AAA--ATACGTTAC-TCAACATTTTGAA-TATCAGACT-TG-TTTATCTCAaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataataagcaacatcaatcaatgtacaactgactgatcgacatgtttacaatttgaaacgagtttatcgaattattttcaaaatacgttactcaacattttgaatatcagacttgtttatctca
gi|7 : tctaaggctatcgcctgaattaggtggttttatgaataaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncGC-CAAATTTA-AA-CGATTTT-ATATTGTCTG-T---TT----AC--TT---------ACG--CTG-TTCTTAGAA-CGG-A---CGACT-GT-AG--TTGACTTGGCTGAG----T-TT--G--AT-CTCCAA-TTCAAAAGGACGATAT--GTAATAATCGTATCCTTTGCTTTTC-GGAGCAGGATGGGTTAGCG-A-AGTTTGATTAGACTTAGGAAGG--TGTT-G-CGTGAAC----CCTT-CACATGCCCAACA-C-CGGTAAAC-ACGCGCATA-C-GCAGA
gi|8 : TCATAGT-CAAATTTA-AA-CT--TCT-AT---GTCTG-T---T-----AT--TT---------A-A--TTGCTC---AGAAACGACAA--CG--T-GTAGA--TT-------CT-AG----T-TT--AG-AT-CTCCAA-TTCAAA-G---------------------ATC---TGCTTTTCCGGAGC-GGACCGGT--GTG-ATATTTTG-TTA-ACT--GG--GGGTCG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C------GAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACTAAAG-CTATTCGAGTGA-GTCATTAGTTTTA-TGAC-TACT-------ATg
gi|9 : atgatgGATTATAGT-AAAATTTA-AAACA--TTT--T---GTCTGGC---TT----AC--TT---------A-A---TG-TCCC-AGAA-CGA-A---CGG-T-GT-GA--T-G------CTGAG----T-TTTAGG-AT-CTCCAAATTCAAA-GGACGAT-----T-ATGAT-------------------------GA--AGT-----------TTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-TAG-TGGGACCCGGTCTTT-C-CAT-C----CA-CGCG---AACAACGCATACA-A-GCAAA-CACT-AAG-CTA-TGGTCTGAGGTAGGTGGTTTTA-TGATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111 111 11 111111 111 11 1 1 1111 1 11111 111 4444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1111 1 11 11 1 1 11111
lowQualScore : 55 4 4 66 4 777 99999 9999 66 99999999999999 4 333 4 1 222 00 4 4 44 222222 7777 3 44 3 3 3 3 66 4 333 66 0 0 5 0 2 33 66 1 0 5 3 5 5 66 66 66 5 5 0 0000 0 5 5 33333 5 5 888 5 444 4 4 4 8 8 5555555 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 77 5555 88 66 2 5 5 5 5 5 5 0 5 33 888 88 6 0 7 22222
lowQualScore : .. . . .. . ... ..... .... .. .............. . ... . . ... .. . . .. ...... .... . .. . . . . .. . ... .. . . . . . .. .. . . . . . . .. .. .. . . . .... . . . ..... . . ... . ... . . . . . ....... ......................................................... . .. .... .. .. . . . . . . . . . .. ... .. . . . .....
lowQualScore : 44 4 4 11 4 888 33333 4444 11 33333333333333 4 999 4 1 222 66 4 0 66 999999 1111 3 66 3 3 6 6 11 4 111 99 1 1 0 1 5 88 99 1 0 0 2 0 0 99 99 99 0 0 0 6666 0 0 0 11111 0 0 888 0 000 4 4 4 9 9 0000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 88 6666 22 99 5 0 0 0 0 0 0 0 0 88 888 88 5 0 1 33333
consensus : GATTATAGN-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATAA-CAACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAACG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAATTTTGAA-TAT-AGACT-TG-TTATTCTCAG
Reference ( family-1630 ) : GATTATAGN-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATAA-CAACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAACG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAATTTTGAA-TAT-AGACT-TG-TTATTCTCAG
gi|1 : GATTATAGG-CAAATTTA-AA-CA--TTTTAT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGA--CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGC-TTTC-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CACC-CG---AAC-ACGCATACA-A-GC-AATCA-T-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA-TAACAACAGCATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTGAAAAACA-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAAATTTG-A-TAT-AGACT-TGTTTATTCTCAG
gi|10 : GATTATAGCGCAAATTTAGAA-CA--TTG-AT---GTCTGTT---TT----ACCTTT---------ACACTCTG-TC---AGAA-CGACAACTCG--TGGT-GATCTCGT-----CGGAGGAATT-TT--GGTATGTTCCAA-TTCAAA--GACGA-AT--AT-AT
gi|11 : tAATA--CAACA----T-TATCAAGTGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTT-CA-TTTG-AAAACGAAGTTTATCAGAATTA-TTTCAAAA--A---GTTA--TCAAAATTTTGAA-TAT-AGACTATATTTATTCTCA
gi|12 : aGATTATAGG-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GT--G-T---TT----AC--TT---------A-T--CTG-TC---TGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-Ct
gi|13 : tatTAATAA---ACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAACG-AGTTTATCAGATTTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAA-TTTGAA-TAT-AGACT-TA-TTATTCTCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttcgggcgg
gi|14 : ATTAGAGT-CGTATCTT-AA-CG--TCT-AT---GTCTG-TGTTTTCAAAAC--TCTGAGCCAGAA-A--TTG-TC---AGAC-CGACA---GG--T-GT-GA--TTG------C-GGG----CATT--AC-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATt
gi|15 : CAAT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TG
gi|16 : -GA--TTG------CTGAG----T-TT--AG-AT-CTCCAA-TTCAAA-G
gi|2 : GATTATAGG-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT---ATCC--TGCTTT-C-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATTNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAA-CAACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-CGTTTACA-TTT--AAAACA-AGTTTATCAGAATTATTTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAA-TTTGAA-TAT-AGACT-TG-TTATTCTCAG
gi|3 : ATTATGGC-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--T----------A-A--CTG-TC---AGAA-CAACA---CC--T-GT-AA--TTG------CTGAG----T-TT--AG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATATATGT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-AGAGCAGGA--GGT--GTG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-T-GG---AAC-ACTCATACA-A-GCAAATTACT-AAG-CTA-TCAGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATGTATTN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA-TAACA----CATATCAA-TGTA--ACTG----------------ACA-TGTG-AAAACG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TGAAAATTTTGAA-T
gi|4 : A--TTG------CTGAG----T-T---GG-AC-CTCCAA-TTCAA--GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAG-A--GTT--GTGTA-AGTT-G-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-GCTGGGACC----CCTTTC-CAT-C-----A-C-CG---AAC-ACGCATACACATGCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTAATGATATCTT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA--ATAA---ACA----CATATCAA--GTA--A-TGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAATG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAAGGA---GTTATTTCAAAATTTTGAATTATAAGAC--TA-TTAT
gi|5 : cA--TTG------CTGAG----T-T---GG-AC-CTCCAA-TTCAA--GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAG-A--GTT--GTGTA-AGTT-G-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-GCTGGGACC----CCTTTC-CAT-C-----A-C-CG---AAC-ACGCATACACATGCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTAATGATATCTT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA--ATAA---ACA----CATATCAA--GTA--A-TGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAATG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAAGGA---GTTATTTCAAAATTTTGAATTATAAGAC--TA-TTATgcatcattccag
gi|6 : cCT-AAGGCTA-TCGCCTGAATTAGGTGGTTTTA-TGA-ATAgcatcattccag
gi|6 : tATAATAAGCAACAT---CA-ATCAA-TGTACAACTGACTGATCGACATGTTTACAATTTG-AAA-CG-AGTTTATC-GAATTATTTTC-AAA--ATACGTTAC-TCAACATTTTGAA-TATCAGACT-TG-TTTATCTCAaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataataagcaacatcaatcaatgtacaactgactgatcgacatgtttacaatttgaaacgagtttatcgaattattttcaaaatacgttactcaacattttgaatatcagacttgtttatctca
gi|7 : tctaaggctatcgcctgaattaggtggttttatgaataaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncGC-CAAATTTA-AA-CGATTTT-ATATTGTCTG-T---TT----AC--TT---------ACG--CTG-TTCTTAGAA-CGG-A---CGACT-GT-AG--TTGACTTGGCTGAG----T-TT--G--AT-CTCCAA-TTCAAAAGGACGATAT--GTAATAATCGTATCCTTTGCTTTTC-GGAGCAGGATGGGTTAGCG-A-AGTTTGATTAGACTTAGGAAGG--TGTT-G-CGTGAAC----CCTT-CACATGCCCAACA-C-CGGTAAAC-ACGCGCATA-C-GCAGA
gi|8 : TCATAGT-CAAATTTA-AA-CT--TCT-AT---GTCTG-T---T-----AT--TT---------A-A--TTGCTC---AGAAACGACAA--CG--T-GTAGA--TT-------CT-AG----T-TT--AG-AT-CTCCAA-TTCAAA-G---------------------ATC---TGCTTTTCCGGAGC-GGACCGGT--GTG-ATATTTTG-TTA-ACT--GG--GGGTCG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C------GAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACTAAAG-CTATTCGAGTGA-GTCATTAGTTTTA-TGAC-TACT-------ATg
gi|9 : atgatgGATTATAGT-AAAATTTA-AAACA--TTT--T---GTCTGGC---TT----AC--TT---------A-A---TG-TCCC-AGAA-CGA-A---CGG-T-GT-GA--T-G------CTGAG----T-TTTAGG-AT-CTCCAAATTCAAA-GGACGAT-----T-ATGAT-------------------------GA--AGT-----------TTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-TAG-TGGGACCCGGTCTTT-C-CAT-C----CA-CGCG---AACAACGCATACA-A-GCAAA-CACT-AAG-CTA-TGGTCTGAGGTAGGTGGTTTTA-TGATA
blockSeqs : CG G A AT . ATT TGTT CAAA CT TGAGCCAGAAA C CTT A C ACT AC G A TC ACTTGG GAAT A TA T G A A AT A CGT TT C G TG TA C T T T A G TA AA GT T A C CGGT T A G CCAAC . G GTA A CAT A G T A A NNNNN NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T GC T GT CA C G G A A . A T A GG TAC TT T T A TATAT
blockSeqs : G . . . . . TT . . ACACT . CC . C A G . . . T . . . . . . . . . T . . G CC . T T . T . . . . . . . C . T . . C . . . . CAT . . . G A N NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T C . T . C . . . . . . T . GG . TT T T A TTA
blockSeqs : T . . . . . GC . . ACG . . . C . . . . . . . . . . . . . . . T . . G . . T . . T . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN N C . T . C . . . . . . . . . . C T . C TTG
blockSeqs : G . . . . . T . . AT . . . C . . . . . . . . . . . . . . . T . . G . . T . . T . . . . . . . . . . . . C . . . . A . . . . . . NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN T T . T . C . . . . . . . . . . . T . . TTG
blockSeqs : C . . . . . T . . AA . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . C . . T . . . . . . . . . . . . C . . . . C . . . . . . . . . T . C . . . . . . . . . . . T . . TA
blockSeqs : C . . . . . T . . AA . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TA
blockSeqs : T . . . . . T . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . T . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : T** ******* C* **** TTA**
originalCons : GATTATAGN-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATAA-CAACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAACG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAATTTTGAA-TAT-AGACT-TG-TTATTCTCAG
finalCons : GATTATAGN-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAATT--ATCC--TGCTTTTC-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATAAC-AACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAACG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAATTTTGAA-TAT-AGACTTA--TTATTCTCAG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 111 111 11 111111 111 11 1 1 1111 1 11111 111 4444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11 1111 1 11 11 1 1 11 1
lowQualScore : 55 4 4 66 4 777 99999 9999 66 99999999999999 4 333 4 1 222 00 4 4 44 222222 7777 3 44 3 3 3 3 66 4 333 66 0 0 5 0 2 33 66 1 0 5 3 5 5 66 66 66 5 5 0 0000 0 5 5 33333 5 5 888 5 444 4 4 4 8 8 5555555 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7 77 5555 88 66 2 5 5 5 5 5 5 0 5 33 888 88 6 0 7 00 1
lowQualScore : .. . . .. . ... ..... .... .. .............. . ... . . ... .. . . .. ...... .... . .. . . . . .. . ... .. . . . . . .. .. . . . . . . .. .. .. . . . .... . . . ..... . . ... . ... . . . . . ....... ......................................................... . .. .... .. .. . . . . . . . . . .. ... .. . . . .. .
lowQualScore : 44 4 4 11 4 888 33333 4444 11 33333333333333 4 999 4 1 222 66 4 0 66 999999 1111 3 66 3 3 6 6 11 4 111 99 1 1 0 1 5 88 99 1 0 0 2 0 0 99 99 99 0 0 0 6666 0 0 0 11111 0 0 888 0 000 4 4 4 9 9 0000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 9 88 6666 22 99 5 0 0 0 0 0 0 0 0 88 888 88 5 0 1 77 4
consensus : GATTATAGN-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATAA-CAACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAACG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAATTTTGAA-TAT-AGACT-TG-TTATTCTCAG
Reference ( family-1630 ) : GATTATAGN-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAATAA-CAACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAACG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAATTTTGAA-TAT-AGACT-TA-TTATTCTCAG
gi|1 : GATTATAGG-CAAATTTA-AA-CA--TTTTAT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGA--CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGC-TTTC-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CACC-CG---AAC-ACGCATACA-A-GC-AATCA-T-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA-TAACAACAGCATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTGAAAAACA-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAAATTTG-A-TAT-AGACT-TGTTTATTCTCAG
gi|10 : GATTATAGCGCAAATTTAGAA-CA--TTG-AT---GTCTGTT---TT----ACCTTT---------ACACTCTG-TC---AGAA-CGACAACTCG--TGGT-GATCTCGT-----CGGAGGAATT-TT--GGTATGTTCCAA-TTCAAA--GACGA-AT--AT-AT
gi|11 : tAATA--CAACA----T-TATCAAGTGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTT-CA-TTTG-AAAACGAAGTTTATCAGAATTA-TTTCAAAA--A---GTTA--TCAAAATTTTGAA-TAT-AGACTATATTTATTCTCA
gi|12 : aGATTATAGG-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GT--G-T---TT----AC--TT---------A-T--CTG-TC---TGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-Ct
gi|13 : tatTAATAA---ACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAACG-AGTTTATCAGATTTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAA-TTTGAA-TAT-AGACT-TA-TTATTCTCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttttcgggcgg
gi|14 : ATTAGAGT-CGTATCTT-AA-CG--TCT-AT---GTCTG-TGTTTTCAAAAC--TCTGAGCCAGAA-A--TTG-TC---AGAC-CGACA---GG--T-GT-GA--TTG------C-GGG----CATT--AC-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATt
gi|15 : CAAT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TG
gi|16 : -GA--TTG------CTGAG----T-TT--AG-AT-CTCCAA-TTCAAA-G
gi|2 : GATTATAGG-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--TT---------A-A--CTG-TC---AGAA-CGACA---CG--T-GT-GA--TTG------CTGAG----T-TT--GG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATAT--GT-ATAAT---ATCC--TGCTTT-C-GGAGCAGGA--GGT--GCG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C-CG---AAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATATATTNNNNN--NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAATAA-CAACA----CATATCAA-TGTA--ACTGACT-ATC-AC-CGTTTACA-TTT--AAAACA-AGTTTATCAGAATTATTTTC-AAA--A---GTTA--TCAAAA-TTTGAA-TAT-AGACT-TG-TTATTCTCAG
gi|3 : ATTATGGC-CAAATTTA-AA-CA--TTT-AT---GTCTG-T---TT----AC--T----------A-A--CTG-TC---AGAA-CAACA---CC--T-GT-AA--TTG------CTGAG----T-TT--AG-AT-CTCCAA-TTCAAA-GGACGATATATGT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-AGAGCAGGA--GGT--GTG-A-AGTTTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-T-GG---AAC-ACTCATACA-A-GCAAATTACT-AAG-CTA-TCAGCTGA-TTAGGTGGTTTTA-TGATGTATTN------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA-TAACA----CATATCAA-TGTA--ACTG----------------ACA-TGTG-AAAACG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAA--A---GTTA--TGAAAATTTTGAA-T
gi|4 : A--TTG------CTGAG----T-T---GG-AC-CTCCAA-TTCAA--GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAG-A--GTT--GTGTA-AGTT-G-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-GCTGGGACC----CCTTTC-CAT-C-----A-C-CG---AAC-ACGCATACACATGCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTAATGATATCTT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA--ATAA---ACA----CATATCAA--GTA--A-TGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAATG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAAGGA---GTTATTTCAAAATTTTGAATTATAAGAC--TA-TTAT
gi|5 : cA--TTG------CTGAG----T-T---GG-AC-CTCCAA-TTCAA--GGACGATAT--GT-ATAAT--TATCC--TGCTTTTC-GGAGCAG-A--GTT--GTGTA-AGTT-G-TTA-ACT--GG--GG--TG-T-GCTGGGACC----CCTTTC-CAT-C-----A-C-CG---AAC-ACGCATACACATGCAAATCACT-AAG-CTA-TCGGCTGA-TTAGGTGGTTTTAATGATATCTT-------ATTGATACGGCAATCATTTTATTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNATAA--ATAA---ACA----CATATCAA--GTA--A-TGACT-ATC-AC-TGTTTACA-TTTG-AAAATG-AGTTTATCAGAATTA-TTTC-AAAGGA---GTTATTTCAAAATTTTGAATTATAAGAC--TA-TTATgcatcattccag
gi|6 : cCT-AAGGCTA-TCGCCTGAATTAGGTGGTTTTA-TGA-ATAgcatcattccag
gi|6 : tATAATAAGCAACAT---CA-ATCAA-TGTACAACTGACTGATCGACATGTTTACAATTTG-AAA-CG-AGTTTATC-GAATTATTTTC-AAA--ATACGTTAC-TCAACATTTTGAA-TATCAGACT-TG-TTTATCTCAaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncataataagcaacatcaatcaatgtacaactgactgatcgacatgtttacaatttgaaacgagtttatcgaattattttcaaaatacgttactcaacattttgaatatcagacttgtttatctca
gi|7 : tctaaggctatcgcctgaattaggtggttttatgaataaatattnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncGC-CAAATTTA-AA-CGATTTT-ATATTGTCTG-T---TT----AC--TT---------ACG--CTG-TTCTTAGAA-CGG-A---CGACT-GT-AG--TTGACTTGGCTGAG----T-TT--G--AT-CTCCAA-TTCAAAAGGACGATAT--GTAATAATCGTATCCTTTGCTTTTC-GGAGCAGGATGGGTTAGCG-A-AGTTTGATTAGACTTAGGAAGG--TGTT-G-CGTGAAC----CCTT-CACATGCCCAACA-C-CGGTAAAC-ACGCGCATA-C-GCAGA
gi|8 : TCATAGT-CAAATTTA-AA-CT--TCT-AT---GTCTG-T---T-----AT--TT---------A-A--TTGCTC---AGAAACGACAA--CG--T-GTAGA--TT-------CT-AG----T-TT--AG-AT-CTCCAA-TTCAAA-G---------------------ATC---TGCTTTTCCGGAGC-GGACCGGT--GTG-ATATTTTG-TTA-ACT--GG--GGGTCG-T-G-TGGGACC----CCTT-C-CAT-C----CA-C------GAC-ACGCATACA-A-GCAAATCACTAAAG-CTATTCGAGTGA-GTCATTAGTTTTA-TGAC-TACT-------ATg
gi|9 : atgatgGATTATAGT-AAAATTTA-AAACA--TTT--T---GTCTGGC---TT----AC--TT---------A-A---TG-TCCC-AGAA-CGA-A---CGG-T-GT-GA--T-G------CTGAG----T-TTTAGG-AT-CTCCAAATTCAAA-GGACGAT-----T-ATGAT-------------------------GA--AGT-----------TTG-TTA-ACT--GG--GG--TG-TAG-TGGGACCCGGTCTTT-C-CAT-C----CA-CGCG---AACAACGCATACA-A-GCAAA-CACT-AAG-CTA-TGGTCTGAGGTAGGTGGTTTTA-TGATA