lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111111
lowQualScore : 1 1111 1111 33333333333 1111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 11111111 1111 1111111111 11 33333333333333 1 1111 11 11 22222 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 222 111 111 111 222 2222222222222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11 22222222222 1111111111 4444 555555555555555555555555555 1111 22222222222222222222222222222222222222222222 11 1111111 333333333333333333333333333333333333333333333333 11111111111 44444444444444 44444444444444444444444444 11 00000000000000000000 1 222 11111111
lowQualScore : 4 5 2 4444 6666 3 55 2222 22222222222 2 3 1111 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 00000000 88888 3 44 6 88 3 0000 3 777 99999 9999999999 55 3 5 5 4 4 5 2 88 8888888 0 00000000000000 4 4 777 4 3 55 99999 6 3 1 55 4 0000 3 00 2 7777 66 3 7777 3 1 00000 3 3 1 666 6 4 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 7 66 222 111 9999999 555 0 111 5 4 8 333 8888 4 0000000000000 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 44 3 4 0 2 88 77777777777 33 2222222222 2222 2 2 2 44 8888888888 1 1 4444 22 666 999999999999999999999999999 0000 1 5555 77777777777777777777777777777777777777777777 1 22 33 1 55 777777 444 2 2 2222222 777777777777777777777777777777777777777777777777 3 4444 333 33333333333 7 33 2 2 99999999999999 44 555 3 3 3 3 88888888888888888888888888 66 0 6 0 0 7 1 00000000000000000000 4 0 444 9 66666666 0
lowQualScore : . . . .... .... . .. .... ........... . . .... ..................................................................... ........ ..... . .. . .. . .... . ... ..... .......... .. . . . . . . . .. ....... . .............. . . ... . . .. ..... . . . .. . .... . .. . .... .. . .... . . ..... . . . ... . . ....................................................................................................... . .. ... ... ....... ... . ... . . . ... .... . ............. ................................................................................................................................................................................. .. . . . . .. ........... .. .......... .... . . . .. .......... . . .... .. ... ........................... .... . .... ............................................ . .. .. . .. ...... ... . . ....... ................................................ . .... ... ........... . .. . . .............. .. ... . . . . .......................... .. . . . . . . .................... . . ... . ........ .
lowQualScore : 4 8 0 7777 5555 6 00 7777 44444444444 0 6 9999 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55555555 33333 3 66 2 22 1 4444 3 222 11111 5555555555 88 2 0 0 4 2 0 5 99 6666666 6 00000000000000 0 0 000 0 6 00 11111 0 6 6 55 0 9999 6 00 0 7777 99 6 1111 3 0 99999 6 6 0 444 5 9 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 11 999 111 2222222 222 1 444 3 4 9 444 8888 0 0000000000000 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66 3 8 8 5 22 11111111111 22 6666666666 9999 1 0 0 55 3333333333 9 9 0000 66 000 444444444444444444444444444 5555 7 4444 11111111111111111111111111111111111111111111 8 55 11 7 22 333333 888 1 1 4444444 777777777777777777777777777777777777777777777777 5 7777 999 55555555555 2 99 9 9 55555555555555 22 444 1 1 1 3 11111111111111111111111111 11 8 6 1 5 5 0 22222222222222222222 2 8 444 6 00000000 2
consensus : CAACAC-GGGATATACAGACCACG--CAGCCTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG----ATCA-N-G--G-AC-ACCAACACA-GTG--TCTGTATATA------------G-GCGNANGNGNAGNANTNTCTCTNNNNNGTNNGAGTNTAATANNCNGTNTANTTTATTGTAC--T-----ATAT-----AT-CA--GT-CAG-TA-C----AAA-TAA-C-----ATAC----------ACACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-ATAAATTAT-TGTGA--GACAATGTT-AT--TGTTAGGATGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA-CA--ATGTGGG----TTA-TTA-CTA----ATTAA-TTGATCATT--A--A-TTAAGAT-AAC---TATTCNATGTCGGAA----GN---------------GACTGA--------------------ACAAA-----------------T---------------T-------------TTTAGA--GAAGATTTC--TGAT-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-G-TACAGT--NTAGCTTTC--A--T--A----TGTTTGNTT-TT----T-----TNTTCT-----A-------TTCA-CAC-ATT-TG-T--TTCATT-T--TCTTT-ATTGTATC-AT-CAC-TCATTT--------A-T--------CATTCGTTCAT-TC-GT--TTCTTTC--AT----------TC--ATT------TAT--A----TTAT--C-ATTCACTCAT-TTCGTTCAT----T----T-T--TCT----------TTCATT---CT-AT-CATTC-AC--TCATTT----------GTT-C-AT----TC--A---TT--TTA-TT-T----ATT-TN-A-C--ATTCAC--T-CATTTG-TTCAT----T---T--A----TTC--------TT---TCA--T---TCTA-T-CATTC-AC--TC-ATTTGTTCAT-TCA--TT-----ATTCTA-TCA-TT-CT-A----TCA--------TT----CAC------NC------------A-TT---N---TTTCA----T---TC-----------TATCATTCAC--T-CATTTGTTCAT-TCAT-ANTT---TTAT--T---CT-A-T-CATTCAC--------------TN----------ATTTGTTCATNCATTTTTCTTTCATTCTATCA-TT-ATCATTCATTTGT---TCNTTCATTTTATC-CTTATTCATT-CTCTAATTTTATCATGCCCTCATTTGTTC
Reference ( gi|1 ) : CAACAC-GGGATAGACAAACCATA--CAGCCTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG----ATCA-G-G--G-ACAACCAACACA-GTG--CGTGTATATA------------T-GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTAC--T-----ATAT-----AT-CA--GT-CAA-TA-C----AAA-TAG-C-----ATAC----------ACACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-ATGAATTAT-TGTGAG-GACAATGTT-AT--TGTTAGGATGT----ATG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAAC-TTCG--TT-ATAA---TTA-CA--ATGTGGG----TTA-GTA-CTA----ATTAA-TTGATCATT--T--A-TTAAGAT-AGC---TATTCTATATC---A----GG---------------GACTGA--------------------AC--------------------T---------------T-------------TTTAGA--GAAGATTTA--TGAC-GCTTGT---T---AA--AACTGTCAAT--TTTAGGGAC-A-G-AGCAGT--ATAGCTTTC--A--T--A----TGTTTGATC-CT----C-----TCTTCTA--CAA-------TTCA-CAC-ATTCTGGT--TTCATT-T--TCTCT-ATTGTACC-AC-CAC-TCATTTTCTC--CCA-T--------CATTCGTTCAT-TC-AT--CTCTTTC--ATG---------TC--ATT------TAT--A----TTAT--C-ACTCACTCAT-TTCGTTCAT----T----T-T--TCT----------TTCATGG--CT-AT-CATTC-AC--TCATTT----------GTT-C-AT----TC--A---TT--TTA-TT-T----ATT-TA-A-CA-ATTCAC--T-CATTTG-TTCAT----T---T--G----TTC--------TT---TCA--T---GCTA-C-CATTC-AC--TA-ATTTGTTCAT-TCA--TT-----ATTCCA-TCA-TT-CT-A----TCA--------TC----CAC------AC------------A-TT---A---TTTTA----T---TC-----------TATCGTTCAC--T-CATTTGTTCAT-TGAT-AGTT---TTGT--T---CT-A-T-CATTTAC--------------TA----------ATTTGTTCATTTATTTTTCTTTCATTCTATCACTTAATTATGTATTTGT---TCTTTCATTTTATC-CTTGTTCATT-CTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGTTC
gi|4 : CAACATTGGGCTATACAGAACGGAGCTAGTCTGAACTAATTTGATGAATAAAACTCACCTTCT-TGGGTTCCGGTG--ATCT-T-GTTA-AAATCCAACACA-GTGTTCCTGTCT-TA------------G-ATGTATACAGAGAGGTATCTCTGACTTGGTGTAGTCTAATAGTACGTGTTATTTATTGTAC--T-----ATAT-----ATTCA--GTTCAGGTA-C----AA--TAA-C-----A--C----------GCATA-GAAATAG-GAAGCT-ATTTATAAATTATGTGTGAATGA-ATTGTT-ATCTTTTTAGGGTATTGTGGTG-------GAT-ACTGAA---ACT---AGAGTTAGCGA-TTAA-----GAGC-TTAG--TTTACAAG--TTA-CATGATGTAGG----TTA-GTA-CTA----ATCAA-TTGATCGTT--A--T-TTAAGAT-AGC---TATTCTAT-TC---AGAAGGG---------------GACTGA------------------------------------------T---------------T-------------------------ATTT---CGAT-ACTTGT---T---AA--GAC-GTCATTTGTTTGGGGACTATG-TACAGT--AAAGCTTTC--G--T-------TGTTTGATT-AT----T-----TGTT--------------------CAT-GTT---GT--TTC--------TTCA-ATTGTATA-TT-CAC-TCATTTT---------T--------CATTCATT-AT-TC-----------C--AT----------TC--ATT----------------CTAT--C-ATTCAAACAT-TTGTTTCAT----T----CAT--TCT----------TTCAT----TC-AT-CATTC-ACGATCATTT----------GTT-C-ATGTAATT--A---TT--TCA--T-C----ATTCTA-A-TC-GTTCACA-A-CATTTG-TTCAT----
gi|7 : CAACAC-GGGATACAAAAACCATT--CAGTGTGAACTT---TGATGA-TAAAACTAACCTTCTCTGGGT--CGG----ATCA-T-TT-G-ACAGC-AACAGA-GTG--TCCGTATATA-----------------------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--N-----NNNT-----AT-CA--AT-CAG-TA-C----AAA-CAG-C-----ATAA----------ACA-A-TTAATAG-GGAGTCTATT-GCAGATTCC-TATGA----CAATGCT-GT--AGTTAGAATGT----ATA-------GAT-ACTAAATA-ATT---T-TGTTACAAA-T--A-----GAGT-TTCG--TT-ATAA---TTA-TA--ATGTGGT----TTA-TTA-CTA----ATTAG-TTAATTATTAATCAA-TCAAGAT-AAC---TATTCCATGTCGTAA----GT---------------GATTGA--------------------Acacat
gi|15 : CAACAC-GGGATATACAAACCACA--CAGCCTGAAATA---TGATGG-AAAAACTCACCTTCTCTGGGT--TGG----ATCA-T-T--C-AACACCAAGATA-GTG--TGTGTGTATA------------G-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTACTAT-----ATAT-----AT-CA--GT-CAC-TA-CATTGAAA-TTA-C-----ATACATATACATGTACACT-TAAAAAG-GAAGCC-ATT-ATAAGTtaactattgaataataattactttttgaga
gi|14 : aaCAA-AC-GGAGTAAACGAACCATG--GAGTTTGAACTG---TGATGA-AAAATCTCACCTCCTCTGGGT--CGG----ATTA-C-G--G-AACACCAACACA-GTG--TCTGTATACA------------G-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTAC--T-----ATATGATCCAT-CA--GT-AAA-TA-gctga
gi|23 : cCAACAC-GGGATA--CAGACCA----CCGCCTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG----ATCA-G-ttttgtcacaatgacatgattgttatgatgttaaaataattagaggcagtgactagttaaattgcaatgtgggttataatt
gi|16 : aAACAC-GGGATATACACACCATG--TAGCCTGAACTC---TGATGA-TAAAAATCACATTCTCAGGGT--CGG----ATCA-G-G--GTAC-ACCAACACA-GTG--TCTGTATATAGNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTAC--T-----ATAT-----AG-CA--TT-TAG-TA-CA---AAA-TAG-C-----ATAC----------ACAa
gi|19 : AACTT-GGGATATACTGACCAAG--CGGACTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGAGT--CGG----ATCACT-G--G-AC-ACCAACACA-GTG--CGTGTATAgctaga
gi|6 : ACAC-GGGATATACGGACCACG--CAGCCTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACTTTATCTGGGT--GGG----ATCACG-G--G-AC-ACCAACACG-GTG--CGTGTATATA------------G-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTGTGC--T-----ATAT-----AT-CA--GT-CAG-TA-C----AAA-TAA-C-----ATAC----------ACACA-GAAAT-G-AAAGCC-ATT-ATAAATTGT-TGT----GACAATGTT-AT--TGTTAAGATGT----GT---------AT-ACTAAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAT---TTA-CA--ATGTGGG----TTA-GTA-CTA----ATTAA-TTGATCATT--A--A-TTAAGAT-CGC---TATTCTATATC---A-------------------------GA--------------------A-----------------------------------------------------GAGACGGAAGATTTC--TGAT-ACTCGT---T---AA--GAGTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-G-TACAGT--aa
gi|11 : CAT-GGATTAAACAGACCGTA--CAGCCTGGACTA---TGACGA-TAAAACTCAACTCCTCTGGGT--CGG----ATCA-GTG--G-AC-ACCAACACA-GTG--TCTGTATATA---------------GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTAGAATGGTTTGTAC--TAACTGATAT-----AT--A--GTACAA-T-------AAA-T---T-----ATAC----------A
gi|12 : GCCTGAGCAT---TGATGA-TAAAACACAGATTCTCTGGCT--AGGATCAATCA-G-A--G-AC-ACC-ACA-----------GTATACA-----------------------AAGGAAATACATTTTAACTTGTGAGTGTTAGCAGCACTATATTTTATTGCAC--------A-AT-----AT-CA--GC-TAG-TA-G----AAA-TTG-CAAAAAATACT---------ACACA-GGAAT-------CT-A-C-ATAGATTAT-TGC---------TGT-------------------------------GAT-ATTGAATA-ATT---A-AATTAGAAG-C--G-----TTGC-TTTG--TT-TTAC---ATA-AA--ATGTGGA----CTA--TACCTAGAACATTTA-CTTATCATT--acgttctataatttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|21 : gccaagct---TGATGA-CAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG----AGAA-C-G--G-AACACCAACATT-GTG--TCTGTATATA------------aagta
gi|2 : ACCAACAAAAGTG--CGTTTATATAGAATATAT----TAGCAGAGGAGCGGTACTCTCTCGACTGGGTAAGTACTAAGTATACTGGTTAGTTTATTGTAC--T-----ATAT-----AT-CGAGGT-CAAGTAAC----AAAATAAAC-----ATAC----------ACACACAAAATAGAGAAGCC-ATT-ATAAATGAT-TGTGAG-GACAATGTTTAT--TGTTAGGATGT----GTGTGATACTGATTACTGAATATATT---A-A-TTACAGAAT--AATGGTGAGCCTTAG--TG-ATAAAATTTAACAGAATGTGGACGATTTAAGTA-CTA----ATTAA-TT-ATCATT--T--AATTAAGAT-AGCCCTTATTCTATATC---A----GAAGCACTAAAAAATGTGAATGATG------------------ACGA------------------T---------------T-------------TTT-GA--GAAGAGTGGACTGACCACTTGT---T---AA--ACTTGTCAAT--GTTAGGGAC-C-GTATCAGCTAATAGCTTTTCTA--TGGA----TGTTTGATT-TT----T-----T-TTC------A-------TTCAACACCATT-TG----TTCATT-TGTTCTTT-AT-GT-----T-CAT-TCATTCTTTC--AGT-T--------CATTCTATCAT-TC-CA--CTCCTTT--GT----------TC--ATTATATTTTAT--T----TTAT--C-ATTCACTCATGTTC-TTCAT----T----TGT--TCT----------TTCATTG--CTTAT-CAT-C-AC--TAAATT----------GTC-C-AT----TC--A---TT--T-A-TT-CCATCATTCTATA-CT-ATCCAC--A-CATT------AT----T---T--A----AT----------------A--T---A-TA-C--ATTC-AC--TC-ATTTGTTCAT-TCA--TT-----GTT----TTA-TT-CT-A----TC--------------------------------------------------TTTG----------------------------CAC--T-CATTTG-TCAT-T--T-ATTT---TTCT--TTCATT-A-T-CACTTAC--------------TT----------ATT----------TTCTTCTTTCATTTTAT-A--------------------TCCTTTATTCAAT---TTGTTCATTCCTCTAA-TTTATCATGCCCTTTATTGTgatatatacagaggagatactctttga
gi|11 : TTGTAC--T-----ATAT-----AT-CA--GT-TAG-TA-C----AAA-
gi|10 : catggattaaacagaccgtacagcctggactatgacgataaaactcaactcctctgggtcggatcagtggacaccaacacagtgtctgtatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaatgg--T-----ATAT-----AT-CA--GT-CAG-TA-C----AAA-TAA-C-----ATAC----------ACACA-CAAATAG-GAAGCC-ATT-ATAAATGAT-TGTGAT-GACAATG-----------AGG---T----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA-CA--GTATCAG----TTA-TTA-CTA----ACTAA-TTGATCATT--A--A-TTAAGAT-AAA---TATTCAATGTC---A----GAAGT------------GATTGA--------------------ATAAATA---------------T---------------TGAAGGATGAAGACTTTAGA--GAAGATTTC--TGAT-ACTTAT---TAACAA--GACTGCCAAT--CTTGGGGAC-A-G-TACAGT--taaattatacaacgttctataatttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|20 : TAT-----AT-CT--TT-CAG-TA-C----AAA-TTG-C-----ATAC----------ACATA-tttgtttg
gi|5 : tcT-CAA-TA-C----AAA-TAA-C-----ATAC----------ACACA-GAAATAG-GGAGCC-ATT-ATGAATTAT-TGTGAT-GACAATGTT-AT--TGTTAGGATGT----AAG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAAA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATGA---TTA-CA--ATGTGGG----TTA-TTA-CTA----TTCAT-TTGATCAAT--A--A-TTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGTAA----AG---------------GACTGAACAGATATTGAAGGATGAAGAC--------------------T---------------T-------------TTTTGA--GAAGATTTC--TGAC-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGTC-ATG-ATGAGT--ACA-CTTTC--ATGT--A----TGTTTGTTCATT----CATAATTCTTTT-----A-------TTCA-CCC-ATT-TA----TTCATT-TG-TCTTTCATTTTATCAAT-CACTTCATTTGTTCATTCA-TTTCTAATGCATTTGCTCAT-TT-G-------TTC--AT----------TC--A-T------TAT--T----CTAT--C-A-TTGCTCAT-TT-GTTCATTCA-T----T-T--TCT----------ATCATTT--CT-AT-CATTC-AC--TCATTT----------GTT-C-AT----TCATA---TT--TTA-TT-T----catactgtcgttaggatgtcgtgtgaatactgaatagttaagttacagatagagttta
gi|9 : TT-ATAAATGAT-TGTGAT-GACAATGTT-AT--TCTTAGGAGGT----GTC-------GAT-ACTGAATA-ATTTTAA-AGTTAATAA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-TTA-----TA-CA--GTATCGG----TTA-ATA-CTA----ATTAA-TTGATCATT--A--A-TTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA----GT---------------GATTGA--------------------ACAAA-----------------TATTGAAGGATGAATAT-------------TTTAGA--GAAGATTTC--TGAT-ACTTGTTAGT---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-G-TACAGT--TAAACTTTC--A--T--ACGTTTGTTTGTTC-ATTTGAT-----TATTCTT--TCA-------TTCA-TAA-ATT-TGTTCATTCATTAT--TCTtgtca
gi|20 : ATACT-GT--CGTTAGGATGTCGT-GTG-------AAT-ACTGAATA-GTT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGT-TT
gi|3 : tctatatctttcagtacaaattgcatacacatacGAGGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A----TACAGA-T--A-----GAGC-TTAGTTTT-ATAA---TTA-CA--GTATCGG----TTATTTA-CTG----ATTAG-TTGATAATT--A--G-ATAAGATAAAC---TACTCAATa
gi|8 : TTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA-CA--ATATCCG----TTA-TTA-CTA----ATTAA-TTAATCATT--A--A-CTAAGAT-AGA---TATTCTATATCAGAA----GG---------------GACTGAACAAATGTTGAATGATGAAGAC--------------------T---------------T-------------TTT-GA--GAAGATTTC--TGAC-ACT-----------------TGTCAAT--CTTGGGGAC-A-G-TACAGT--ATAGCTTTC--G--T--A----TGTTTGAGA-TT----T-----TCC--------A-------TTCA-CTC-ATT-TG----TTCATT----------------------CAT-TCATT--------CACT--------CATTTGTTCAT-TTAAT--TTATTTC--A-----------TC--ATT------T-----------------GCTCATTT-C-TTCATTCAT----T----A-T--TCC----------ATCAT-T--CT-AA-TATTC-AC--TAATTT----------GTT-C-AT----AC--A---TT--TTATTT-T----ATT-caattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|13 : ---TTA-CA--ATGTAGG----TTA-TTA-GTA----ATTAA-TTTATCATT--A--A-TTGAGAT-ACC---TATCCAATGTTGGAA----GT---------------GACTGA--------------------ACAAATATTAAAGGATGAAGTCT---------------T-------------TTTAGA--GAACATGTC--TGAT-ACTTGT---T---AA--------CACT--CTTCGGGAC-A-GTAG-AGT--TTAACTTTC--A--T--A----TGTTT-----CT----T-----CATTC-A--TAAATTTTTCTTCA-CAC-ATT-TG----TTCCTT-T--GTTCT-GTTGTTCT-AC-CAT-TCA-----------G-T--------CATTTGTTTAT-TC-AT---TCTTCC--AT----------TCTAATT------TTT--G----TTc
gi|3 : atagtgtA----ATTAAATTGATCATT--C--A-TTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA----GT---------------GATTGA--------------------ATATATA---------------T---------------TGAAGGATGAAGACTTTAGA--GAAGATTTC--TGAT-ACTTGT---T---AATAGACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-G-TACAGT--TTAACTTTC--A--T--A----CGTTTGTTTGTT----C-----TTTTTTATTCAT-------TTCATCAT-ATTAT--T--TTCATT-catttg
gi|17 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactgattagttgataattagataagataaactactcaatc--TTCATTAT--TCTTTCATTTTATC-ATTCAC-TGATTT--------------------ATTCATTCAT-T--AT---TCTATC--A------------C--ATT------TGTTCA----TTCTTTC-ATTCACTCAT-TT-GTTCAT----TCA--T-TAATCT----------TTTA-AT--TT-AT-CACTC-AC--TCCTT---------------C-TT----TC--A---TT--TTA-TC------------------ATGCTT--T-CATTTG-TTCAT----T---T-------TTC--------TT---TCA--T---TC-A-T-CATcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|4 : tgttcaA-T--------TATTTGTTCATGTT-GT--TTCTT-C--A---------------ATTG-----TAT--A----TT----C-ACTCATT--T-TTCATTCAT----T----A-T--TCCA---------TTCATT---CT-AT-CATTC-AA--ACATTT----------GTTTC-AT----TC--A---TT--CT--TT-C----ATT-CA-T-CA--TTCACGAT-CATTTG-TTCATGTAAT---T--A----TTT--------CA---TCA--T---TCTAAT-CGTTC-AC--AACATTTGTTCAT-
gi|18 : caacattgggctatacagaacggagctagtctgaactaatttgatgaataaaactcaccttcttgggttccggtgatcttgttaaaatccaacacagtgttcctgtcttagatgtatacagagaggtatctctgacttggtgtagtctaatagtacgtgttatttattgtactatatattcagttcaggtacaataacacgcatagaaataggaagctatttataaattatgtgtgaatgaattgttatctttttagggtattgtggtggatactgaaactagagttagcgattaagagcttagtttacaagttacatgatgtaggttagtactaatcaattgatcgttatttaagatagctattctattcagaaggggactgattatttcgatacttgttaagacgtcatttgtttggggactatgtacagtaaagctttcgttgtttg-T--------CATTTGTTCAT-AC-A---CTATTCC--AT-----------C--A---------AT-------CTAT--C-ATTCACACGT-TT-GTTCAT----T----TAT--TCT----------TTAATT---CT-AT-CATTC-AT--TCATTT----------GTT-C-AT----AC--A-------TTA-TT-T----cacat
gi|17 : attctatcattcacGTTCAT-TC-ATTATTCTTTC--AT---------------TT------TATC-A----T--T--C-ACTGATTTA--TTCATTCAT----T----A-T--TCTATCACATTTGTTCAT-T--CT-TT-CATTC-AC--TCATTT----------GTT-C-AT----TC--A---TTAATCT-TT-TA---ATT-TA-T-C--ACTCAC--T-CCTTCT-TTCAT----T---T------------------TA---TCA--T---GCT------TTC--------ATTTGTTCAT-TT-----------TTCTT-TCA-TT-C--A----TCA--------Tcatcatt
gi|5 : tCTTTC--ATGTATGTTTGTTC--ATT------CAT--AATTCTT-T--T-ATTCACCCAT-TT-ATTCAT----T----T-G--TCT----------TTCAT-T--TT-AT-CAATC-ACT-TCATTT----------GTT-C-AT----TC--A---TT---------------TC-TA-A-TGCATTTGC--T-CATTTG-TTCAT----T---C--A----TT----------------A--T---TCTA-T-CATT--GC--TC-ATTTGTTCAT-TCA--TT------TTCTA-TCATTT-CT-A----TCA--------TT----CAC------TC------------A-TT---T---GTTCA----T---TCA----------TAT
gi|8 : tcaatacaaataacatacacacagaaatagggagccattatgaattattgtgatgacaatgttattgttaggatgtaaggatactgaataattaagttacaaatagagcttagttatgattacaatgtgggttattactattcatttgatcaataattaagataactattcaatgtcgtaaaggactgaacagatattgaaggatgaagacttttttgagaagatttctgacacttgttaagactgtcaatcttggggtcatgatgagtacaCTTTCGTATG---------T----TT------GAG--A----TTTT--CCATTCACTCAT-TT-GTTCA----------------------------TTCAT--------T-CATTC-AC--TCATTT----------GTT-C-AT----TT--A---------A-TT-T----ATT-TC-A-TC-ATTTGC--T-CATTTC-TTCAT----T---C--A----TTA--------TTCCATCA--T---TCTA-A-TATTC-AC--TA-ATTTGTTCAT-ACATTTT-----ATTTTA-Ttttattttgtca
gi|22 : ttacagatagagcttagttataattacaatatccgttattactaattaattaatcattaactaagatagatattctatatcagaagggactgaacaaatgttgaatgatgaagactttttgagaagatttctgacacttgtcaatcttggggacagtacagtatag------TAT--T----CTAT--C-ATTCACTCAT-TT-GTTCAT----TAAAGT-T--TTA----------TTC-------T-AT-CATTC-AT--TCATTT----------GTT-C-AT----TT--A---TT--TTtc
gi|18 : TAT--C-ATTCACTCAT-TT-GTTCATACACT----A-T--TCC----------ATCA-AT--CT-AT-CATTC-AC--ACGTTT----------GTT-C-AT----TT--A---TT--CT--TT-A----ATT-CT-A-TC-ATTCAT--T-CATTTG-TTCAT----A---C--A----TTA--------TT---TCA--T---tct
gi|3 : attcTCACCC----TCATTTGT----T----T-A--TCT----------TTCATT---CT-ATTCATTCTAC--TCATTT----------GTA-T-AT----TC-------T--TCA-TC-T-----CT-TA-T-CA--TTCAC--TACA---A-TACAT----T---A-------------------T---TCA--T---TCTA-T-CATTC-AC--TC-ATTTATTATT-TCA--TT-----CTTTCA-Tcatt
gi|4 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactgattagttgataattagataagataaactactcaatcaattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntTTAT-TT-GTTCATGT--TG---T-T--TCT----------TCAATTG---T-AT--ATTC-AC--TCATTTTTCATTCATTATT-CCAT----TC--A---TT--CTA-TC------------------ATTCAA--A-CATTTGTTTCAT----T---C--A----TTC--------TT---TCA--T---TC-A-T-CATTC-ACGATC-ATTTGTTCATGTAA--TT-----ATTTCA-TCA-TT-CTAA----TCG--------TT----CACA-----AC------------A-TT---tgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|13 : caacattgggctatacagaacggagctagtctgaactaatttgatgaataaaactcaccttcttgggttccggtgatcttgttaaaatccaacacagtgttcctgtcttagatgtatacagagaggtatctctgacttggtgtagtctaatagtacgtgttatttattgtactatatattcagttcaggtacaataacacgcatagaaataggaagctatttataaattatgtgtgaatgaattgttatctttttagggtattgtggtggatactgaaactagagttagcgattaagagcttagtttacaagttacatgatgtaggttagtactaatcaattgatcgttatttaagatagctattctattcagaaggggactgattatttcgatacttgttaagacgtcatttgtttggggactatgtacagtaaagctttcgttgtttgaT-TTCATATGT----T----TCT--TCA----------TTCATAAATTT-TT-C-TTC-AC--ACATTT----------GTT-C-CT----TT--G---TT--CTG-TT------GTT-CT-A-CC-ATTCAG--T-CATTTG-TTTAT----T---C--A----TTC--------TT---CCA--T---TCTA----ATT----------TTTGTTCAT-Ttgttcatcacat
gi|17 : atagtgtttacaatgtaggttattagtaattaatttatcattaattgagatacctatccaatgttggaagtgactgaacaaatattaaaggatgaagtctttttagagaacatgtctgatacttgttaacactcttcgggacagtagagtttaac-TTCATTCAT----T----A-T--TCT----------TTCATT---TT-AT-CATTC-AC--TGATTT----------ATT-C-AT----TC--A---TT----A-TT-C--------TA--------TCAC-----ATTTG-TTCAT----T-------------C--------TT---TCA--T-------------TC-AC--TC-ATTTGTTCAT-TCA--TT-----AATCTT-TTA-AT-TT-A----TCA--------CT----CAC------TC------------C-TT---C---TTTCA----T---TT-----------TATCATGCTT--T-CATTTGTTCAT-TT-T-TCTT---TCAT--T---C--A-T-CATtg
gi|5 : tgT----T----G-T--TCA----------TTCATAATTCT-TT-TATTC-AC--CCATTT----------ATT-C-AT----TT--G---TC--TT---T-C----ATT-TT-ATCA-AT-CAC--TTCATTTG-TTCAT----T---C--A----TT---------TC---TAA--T---GC------ATTT-GC--TC-ATTTGTTCAT-TCA--TT-----ATTCTA-TCA-TTGCTCAT---TTG--------TT----CAT------TC------------A-TT-------TTCTATCATT---TC-----------TATCATTCAC--T-CATTTGTTCAT-TCAT-A-TT---TTAT--T---TT-G-T-CA
gi|18 : tcaatacaaataacatacacacagaaatagggagccattatgaattattgtgatgacaatgttattgttaggatgtaaggatactgaataattaagttacaaatagagcttagttatgattacaatgtgggttattactattcatttgatcaataattaagataactattcaatgtcgtaaaggactgaacagatattgaaggatgaagacttttttgagaagatttctgacacttgttaagactgtcaatcttggggtcatgatgagtacactttcatgtatgt--CT-AT-CATTC-AC--TCATTT----------GTT-C-AT----AC--ACTATT--CCA-TC-A----ATC-TA-T-CA--TTCAC--A-CGTTTG-TTCAT----T---T--A----TTC--------TT---TAA--T---TCTA-T-CATTC-AT--TC-ATTTGTTCAT-ACA--TT-----ATTTCA-TCA-TT-
gi|22 : att--CT-AT-CATTC-AC--TCATTT----------GTT-C-AT----TA--AAG-TT--TTA-TTCT----ATC---------ATTCAT--T-CATTTG-TTCAT----T---T--A----TTT--------TT---
gi|8 : tatt-CATTC-AC--TCATTT----------GTT-C-AT----TC--A---TT--C-----------------------ATTCAC--T-CATTTG-TTCAT----T---T--AAT--TTA--------TT---TCA--T----------CATTT-GC--TC-ATTTCTTCAT-TCA--TT-----ATTCCA-TCA-TT-CT-AATATTCACTAATTTGTT----CAT------AC------------A-TTTT-A---TTTTA----T---TC-----------ct
gi|13 : ttacagatagagcttagttataattacaatatccgttattactaattaattaatcattaactaagatagatattctatatcagaagggactgaacaaatgttgaatgatgaagactttttgagaagatttctgacacttgtcaatcttggggacagtacagtatagctttcgtatgtttgagattttc--TCATAT----------GTT-T-CT----TC--A---TT--C-A-TA-A----ATT-TT-T-C---TTCAC--A-CATTTG-TTCCT----T---T--G----TTC--------TG---TTG--T---TCTA-C-CATTC-AG--TC-ATTTGTTTAT-TCA--TT-----CTTC----CA-TT-CT-A----
gi|22 : atagtgtttacaatgtaggttattagtaattaatttatcattaattgagatacctatccaatgttggaagtgactgaacaaatattaaaggatgaagtctttttagagaacatgtctgatacttgttaacactcttcgggacagtagagtttaactt-T----ATT-CT-A-TC-ATTCAC--T-CATTTG-TTCAT----T---AAAG----TTT--------T------A--T---TCTA-T-CATTC-AT--TC-ATTTGTTCAT-TTA--TT-----TTTCatttttgttcatttg
gi|18 : -ATTCTA--T-CATTCA-CTCAT----T---T--G----TTCATACACTATT---CCA--TCAATCTA-T-CATTC-AC--AC-GTTTGTTCAT-TTA--TTCTTTAATTCTA-TCA-TT-CA-T----TCATTTG----TT----CAT------AC------------A-TT---A---TTTCA----T---t
gi|3 : TTCACCCT-CATTTG-TTTAT------------------C--------TT---TCA--T---TCTA-TTCATTCTAC--TC-ATTTGTATAT-TC------------TTCA-TC--TC-TT-A----TCA--------TT----CACTACAATAC------------A-TT---A---TTC-A----T---TC-----------TATCATTCAC--T-CATTTATT----------ATT---TCAT--T---CT-T-T-CATTGAC--------------TG----------GT---TTTATAGACTTTTATTTAA-TAGATCA--TAATCATAT-CTTGTAAATC-TTCATATCATC-TTTATTAATcatt
gi|4 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactgattagttgataattagataagataaactactcaatcaattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnn--T-TATTTG-TTCATG---T---T--G----TTT--------CT---TCAATT---G-TA-T--ATTC-AC--TC-ATTT-TTCAT-TCA--TT-----ATTCCATTCA-TT-CT-A----TCA--------TT----CAA------AC------------ATTT---G---TTTCA----T---TCATTCTTTCATTCATCATTCACGAT-CATTTGTTCATGTAAT-TATTTCATCAT--T---CTAA-T-CGTTCAC--------------AAC---------ATTTGTTCAT
gi|9 : caacattgggctatacagaacggagctagtctgaactaatttgatgaataaaactcaccttcttgggttccggtgatcttgttaaaatccaacacagtgttcctgtcttagatgtatacagagaggtatctctgacttggtgtagtctaatagtacgtgttatttattgtactatatattcagttcaggtacaataacacgcatagaaataggaagctatttataaattatgtgtgaatgaattgttatctttttagggtattgtggtggatactgaaactagagttagcgattaagagcttagtttacaagttacatgatgtaggttagtactaatcaattgatcgttatttaagatagctattctattcagaaggggactgattatttcgatacttgttaagacgtcatttgtttggggactatgtacagtaaagctttcgttgtttgaTTTG-TTCAT----T---T--GATTATTC--------TT---TCA--T-------------TC-AT--AA-ATTTGTTCAT-TCA--TT-----ATTCcacat
gi|17 : ttataaatgattgtgatgacaatgttattcttaggaggtgtcgatactgaataattttaaagttaataatagagcttagttttatacagtatcggttaatactaattaattgatcattaattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaacaaatattgaaggatgaatattttagagaagatttctgatacttgttagtaagactgtcaatcttggggacagtacagttaaactttcatacgtttgTG-TTCAT----TCATT--A----TTC--------TT---TCA--T---TTTA-T-CATTC-AC--TG-ATTTATTCAT-TCA--TT-----ATTCTA-TCA---------------------------------------C------------A-TT---T---GTTCA----T---TC-----------TTTCATTCAC--T-CATTTGTTCAT-TCATTAATC---TTTTAAT---TT-A-T-CACTCACTCCTTCTTTCATTTTATCATGCTTTCATTTGTTC----ATTTTTCTTTCATTC-ATCAt
gi|18 : A--T---TCTA-T-CATTC-AC--TC-ATTTGTTCAT-ACA--CT-----ATTCCA-TCA-AT-CT-A----TCA--------TT----CAC------ACGTTTGTTCATTTA-TT---C---TTTAA----T---TC-----------TATCATTCAT--T-CATTTGTTCAT---AC-A------TTAT--T---TC-A-T-CATTt
gi|22 : A--T---TCTA-T-CATTC-AC--TC-ATTTGTTCAT-TAAAGTT------------TTA-TT-CT-A----TCA--------TT----CAT------TC------------A-TT---T---GTTCA----T---T------------TATTTTTC
gi|8 : t-C-CATTC-AC--TC-ATTTGTTCAT-TCA--TTC----ATTCAC-TCA-TT-TG-T----TCA--------T------------------------------TT---A---ATTTA----T---TT-----------CATCATTTGC--T-CATTTCTTCAT-TCAT-TATTCCATCAT--T---CT-A-A-TATTCAC--------------TA----------ATTTGTTCATACA-TTTTATTTTATTCt
gi|5 : ttacagatagagcttagttataattacaatatccgttattactaattaattaatcattaactaagatagatattctatatcagaagggactgaacaaatgttgaatgatgaagactttttgagaagatttctgacacttgtcaatcttggggacagtacagtatagctttcgtatgtttgagattttTTTGTTCAT-TCA--TA-----ATTCTT-TTA-TT-CA-C----CCA--------TT----TAT------TC------------A-TTTGTC---TTTCA----T---TT-----------TATCAATCAC--TTCATTTGTTCAT-TCAT-----------T--T---CT-AATGCATTTGC--------------TC----------ATTTGTTCATTCATT--------ATTCTATCA-----TTGCTCATTTGT---TCATTCATTTT----CTA--TCATT--------TCTATCATTCACTCATTTGTTC
gi|22 : tcaatacaaataacatacacacagaaatagggagccattatgaattattgtgatgacaatgttattgttaggatgtaaggatactgaataattaagttacaaatagagcttagttatgattacaatgtgggttattactattcatttgatcaataattaagataactattcaatgtcgtaaaggactgaacagatattgaaggatgaagacttttttgagaagatttctgacacttgttaagactgtcaatcttggggtcatgatgagtacactttcatgtatgT-----ATTCTA-TCA-TT-CA-C----TCA--------TT----TGT------TC------------A-TT---AAAGTTTTA----T---TC-----------TATCATTCAT--T-CATTTGTTCAT-T--T-ATTT---TTattcatattttattttgtca
gi|18 : -----ATTCTA-TCA-TT-CA-C----TCA--------TTTGTTCAT------AC------------A-CT---A---TTCCA----TCAATC-----------TATCATTCAC--A-CGTTTGTTCAT-TTAT-TCTT---TAAT--T---CT-A-T-CATTCAT--------------TC----------ATTTGTTCATACATTATTTCATCATTct
gi|17 : ----TCA--------TT----CAT-------T------------A-TT---C---TTTCA----T---TT-----------TATCATTCAC--T-GATTTATTCAT-TCAT---------TAT--T---CT-A-T-CAC------------------------------ATTTGTTCATT-------CTTTCATTCACTCATTTGTTCATTCA-TTAA---TCTTTTAATTTATCACTCACTCCTT-CTTTCATTTTATCATGCTTTCATTTGTTC
gi|8 : tgtCA--------TT----CAC------TC------------A-TT---T---GTTCA----T---TC-----------ATTCATTCAC--T-CATTTGTTCAT-T--T-AATT---T-AT--T---TC-A-T-CATTTGC--------------TC----------ATTTCTTCATTCATTATTCCATCATTCTAATA-TTCACTA---ATTTGT---TCATACATTTTAT--TTTATTCatttttctttcattcatcat
gi|22 : ttacagatagagcttagttataattacaatatccgttattactaattaattaatcattaactaagatagatattctatatcagaagggactgaacaaatgttgaatgatgaagactttttgagaagatttctgacacttgtcaatcttggggacagtacagtatagctttcgtatgtttgagattttcTA----T---TC-----------TATCATTCAC--T-CATTTGTTCAT-TAA--AGTT---TTAT--T---CT-A-T-CATTCAT--------------TC----------ATTTGTTCATTTATTTTTCT
gi|24 : TCATT-CTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 2222222 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111111111 1111111111 3333 22222222222222 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 7777777777777 11111111 111 11 111111 11111111 22222222 111 111 1 111 2222222 22222 11 222 555555555555555 222 1 222 4444444444
lowQualScore : 4 5 33 7777 555 3 44 1111 3333333 6 1 3 777 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 1 0 777777777777 77777 2 66 33 2 2 2 2 2 5555 2 77777 77 3 4444444444 44 1 4 4 3 3 3 4 0000 888888 55 22222222222222 3 3 555 333 3 44 77777 2 44 6 777 66 77 0 2 11111 6666 3 0 9999 3 555 1 0 1 3 1 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 55 4 7777777 55 55 4 4 4 4 1 6 66 0 1 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 0000000000000 99999999 66 111 66 3 22 1 5 5 66 333333 888 55555555 88888888 888 5 222 77 5 3 6 6 4 111 6666666 0 1 0 6 0 66666 0 00 1 3 3 99 111 333333333333333 333 4 333 0 3333333333 7 6
lowQualScore : . . .. .... ... . .. .... ....... . . . ... .......................................................... .. . . ............ ..... . .. .. . . . . . .... . ..... .. . .......... .. . . . . . . . .... ...... .. .............. . . ... ... . .. ..... . .. . ... .. .. . . ..... .... . . .... . ... . . . . . .................................................................... . .. . ....... .. .. . . . . . . .. . . .............................................................................................. . ............. ........ .. ... .. . .. . . . .. ...... ... ........ ........ ... . ... .. . . . . . ... ....... . . . . . ..... . .. . . . .. ... ............... ... . ... . .......... . .
lowQualScore : 0 0 00 7777 888 3 66 7777 4444444 7 0 3 111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 0 1 111111111111 77777 9 88 99 7 7 7 7 7 7777 7 11111 99 3 6666666666 11 9 4 0 6 6 1 0 5555 000000 00 99999999999999 3 3 888 666 1 22 77777 9 22 2 999 88 99 6 9 99999 5555 1 2 6666 3 888 0 4 8 6 0 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 9 55 0 4444444 55 55 0 0 0 0 0 4 99 9 0 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 8 0000000000000 66666666 00 777 22 2 88 8 7 7 99 111111 888 22222222 11111111 888 0 777 99 7 2 7 7 8 888 8888888 6 0 8 7 8 66666 8 22 0 2 2 22 333 000000000000000 333 0 333 7 8888888888 3 0
consensus : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG----ATCA-CG--G-ACA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG---------GTATANGCGGAGNAGTNNCTCTNANNTGTNNNAGTN-TAA-NANGC-NGTATANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AGC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACA-A--------------A-----------------T-TT-AA-GATGAA----T-------------TTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTNTAGCTTTCA--TACGTTTGNTCGTTCAT----TTNTTCT---A---TTCA------CACAT-TT--GT---TTCATT-T-TCT-TT-ATT-TACC-AT-CACTCATTT--------TCATTCGTTCATTCGTTTC--TCAT-TCATTTAT-TTATCATTCGCTCAT---TTCGTTCATTN-TTCTTTCATT-CTATCATTC-AC--TCATTTGTTCAT----T-CA---TTTTA-T-TNATTT-NN--CA-TTCAC--NCAT-TTGTTCATTTGTTCTTTCATT--CTAT-CATTC-ACTCATTTGTTCATTCATT-ATTCCATCATTCTAT--CATTCACN------CATTATTTCAT-TCTATCATTCACTCATTTGTTCATTNATNGTTTTATTCTATCATT-CACTNATTTGTTCATTTATTTTTCTTTCATT-TATCA-TT--A-TTAT--C-TTTGT---TCTTTCATTTTAT---CTTTATTCA----------TTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTC
Reference ( family-1593 ) : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG----ATCA-NG--G-ACA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG---------GCGNANGNGNAGNANTNTCTCTNNNNNGTNNGAGTN-TAA-TANNC-NGTNTANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AAC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACA-A--------------A-----------------T-----------------T-------------TTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTNTAGCTTTCA--TATGTTTGNTT-TT-------TTNTTCT---A---TTCA------CACAT-TT--GT---TTCATT-T-TCT-TT-ATTGTATC-AT-CACTCATTT------A-TCATTCGTTCATTCGTTTCTTTCAT-TCATTTATATTATCATTCACTCAT---TTCGTTCATTT-TTCTTTCATT-CTATCATTC-AC--TCATTTGTTCAT----T-CA---TTTTA-T-TTATTT-NA--CA-TTCAC--TCAT-TTGTTCATTTATTCTTTCATT--CTAT-CATTC-ACTCATTTGTTCATTCATT-ATTCTATCATTCTAT--CATTCACN------CATTNTTTCAT-TCTATCATTCACTCATTTGTTCATTCATANTTTTATTCTATCATT-CACTNATTTGTTCATNCATTTTTCTTTCATTCTATCA-TT--A-TCAT-TCATTTGT---TCNTTCATTTTAT---CCTTATTCA----------TTCTCTAATTTTATCATGCCCTCATTTGTTC
gi|1 : CAACAC-GGGATAGACAAACCATACAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG----ATCA-GG--G-ACAACCAACACA-GTGC--GTGTATATAT---------GNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-A-TA-C-A----AA-T-----AG--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TGAATTAT-TGTGA--GGACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----ATG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAAC-TTCG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-GT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----TATTAAGAT-AGC---TATTCTATATC---A-GGGACTGAAC-----------------------------------T-----------------T-------------TTTAGAGAAGATTT--ATGAC-GCTTGT---T---AA--AACTGTCAAT--TTTAGGGAC-A-GAG-C-AGTATAGCTTTCA--TATGTTTGATC-CT-------CTCTTCT---ACAATTCA------CACAT-TCTGGT---TTCATT-T-TCT-CT-ATTGTACC-AC-CACTCATTTTCTCCCA-TCATTCGTTCATTCATCTCTTTCATGTCATTTATATTATCACTCACTCAT---TTCGTTCATTT-TTCTTTCATGGCTATCATTC-AC--TCATTTGTTCAT----T-CA---TTTTA-T-TTATTT-AA--CAATTCAC--TCAT-TTGTTCATTTGTTCTTTCATG--CTAC-CATTC-ACTAATTTGTTCATTCATT-ATTCCATCATTCTAT--CATCCACA------CATTATTTTAT-TCTATCGTTCACTCATTTGTTCATTGATAGTTTTGTTCTATCATT-TACTAATTTGTTCATTTATTTTTCTTTCATTCTATCA-CTTAA-TTAT-GTATTTGT---TCTTTCATTTTAT---CCTTGTTCA----------TTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGTTC
gi|10 : T-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-CAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATGAT-TGTGAT-G-ACAATG--------------AGG---T----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--GTATCAGTTA-TT-----ACTA----ACTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AAA---TATTCAATGTCAGAA-GTGATTGAATA-A--------------A-----------------TATTGAAGGATGAAGA--C-------------TTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTAT---TAACAA--GACTGCCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTTTTGTTT
gi|11 : CAT-GGATTAAACAGACCGTACAGC----CTGGACTA---TGACGA-TAAAACTCAACTCCTCTGGGT--CGG----ATCAGTG--G-ACA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNNTAGAATGGT---T------------TGTACTAACTGATAT-AT----------A-G-TA-C------AA-T-----AAATTATAC-A----------g
gi|11 : TA-TAG-AACGT-TGTATAATTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-TA-G-TA-C-A----AA-acgttctataatttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|11 : catggattaaacagaccgtacagcctggactatgacgataaaactcaactcctctgggtcggatcagtggacaccaacacagtgtctgtatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaatggTATAATTTAT------------TGTACT-----ATTT-AT--CA--GA-TA-G-TA-C-A----AA-T-----atttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|12 : catggattaaacagaccgtacagcctggactatgacgataaaactcaactcctctgggtcggatcagtggacaccaacacagtgtctgtatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaatggtttgtactaactgatatatagtacaataaattatacaacgttcCCAAGCTGC----CTGAGCAT---TGATGA-TAAAACACAGATTCTCTGGCT--AGGATCAATCA-GA--G-ACA-CC-ACA-----------GTATACA--------------AAG----GAAATACATTTTAACT-TGTGAGTG-TTA-GCAGC-ACTATATTTTAT------------TGCAC------A-AT-AT--CA--GC-TA-G-TA-G-A----AA-TTGCAAAA--AATACTA----------CACA-GGAAT-------CT-A-C-A-TAGATTAT-TGC----------TG---T-------------------------------GAT-ATTGAATA-ATT---A-AATTAGAAG-C--G-----TTGC-TTTG--TT-TTAC---ATA--AA--ATGTGGACTA-TA-----CCTAGAACATTTA-CTTATCATT----AAGTAtattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|13 : g---TTA--CA--ATGTAGGTTA-TT-----AGTA----ATTAA-TTTATCATT----AATTGAGAT-ACC---TATCCAATGTTGGAA-GTGACTGAACA-A--------------A-----------------TATTAAAGGATGAAGTCTT-------------TTTAGAGAACATGT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--CACT--------CTTCGGGAC-A-GTA-G-AGTTTAACTTTCA--TATGTTTCTTCATTCATAAA-TTTTTCT--------TCA------CACAT-TT--GT---TCCTTTGT-TCTGTT-GTTCTACC-ATTCAGTCATTT------G-T
gi|13 : atagtgt--TCATATGTTTCT----T-CA---TTC-A-T-AAATTT-TT--C--TTCAC--ACAT-TTGTTCCTTTGTTCTGTTGTT--CTAC-CATTC-AGTCATTTGTTTATTCATT-CTTC---CATTCTA----ATT------------TTTGTTCAT-Tttattcattcttccattctaatttttgttcatttg
gi|14 : atagtgtttacaatgtaggttattagtaattaatttatcattaattgagatacctatccaatgttggaagtgactgaacaaatattaaaggatgaagtctttttagagaacatgtctgatacttgttaacactcttcgggacagtagagtttaacttCAA-AC-GGAGTAAACGAACCATGGAGT----TTGAACTG---TGATGA-AAAATCTCACCTCCTCTGGGT--CGG----ATTA-CG--GAACA-CCAACACA-GTGT--CTGTATACAG---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATATGAT--CC--AT-CA-G-T----A----AA-T-----Atg
gi|14 : cCC-ATC-AGTAAAT-AT-TTTGT--C-ACAATGACATG-AT--TGTTATGATGT----------------T-A--AAATA-ATT---A-G-----AGG-C--A-----GTGA-CTAG--TT-A-AA---TTG--CA--ATGTGGGTTA-Tttttgtcacaatgacatgattgttatgatgttaaaataattagaggcagtgactagttaaattgcaatgtgggttataatt
gi|15 : ccaaacggagtaaacgaaccatggagtttgaactgtgatgaaaaatctcacctcctctgggtcggattacggaacaccaacacagtgtctgtatacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtactatatgatCAACAC-GGGATATACAAACCACACAGC----CTGAAATA---TGATGG-AAAAACTCACCTTCTCTGGGT--TGG----ATCA-TTC-A-ACA-CCAAGATA-GTGT--GTGTGTATAG---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATAT-ATATCA--GT-CA-C-TA-C-ATTGAAA-T-----TA--CATAC-ATATACATGTACACT-TAAAAAG-GAAGCC-ATT-A-TAAGTaatt
gi|16 : aaAACAC-GGGATATACACACCATGTAGC----CTGAACTC---TGATGA-TAAAAATCACATTCTCAGGGT--CGG----ATCA-GG--GTACA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTACT-----ATAT-AG--CA--TT-TA-G-TA-CAA----AA-T-----AG--CATAC-A----------CAgctga
gi|17 : ---TTCATTCATTA-TTCTTTCATT-TTATCATTC-AC--TGATTTATTCAT----T-CA---TT--------ATTC-TA------TCAC----AT-TTGTTCATT----CTTTCATT--C----------ACTCATTTGTTCATTCATT-AATCTTTTAATTTAT--CACTCACT------CCTTCTTTCAT-TTTATCATGCTTTCATTTGTTCATTT-TTCTTTCATTC-ATCATgctaga
gi|18 : tgATT-CTATCATTC-AC--TCATTTGTTCAT----A-CACTATTCCA-T-CAATCT-AT--CA-TTCAC--ACGT-TTGTTCATTTATTCTTTAATT--CTAT-CATTC-ATTCATTTGTTCATACATT-ATTTCATCATT
gi|19 : AACTT-GGGATATACTGACCAAGCGGA----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGAGT--CGG----ATCACTG--G-ACA-CCAACACA-GTGC--GTGTATA
gi|2 : A-CCAACAAAAGTGC--GTTTATATAGAATATATTAGCAGAGGAGCGGTACTCTCTCGACTGGGTA--AGTACTAAGTATAC-TGGTTAGTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CGAGGT-CAAG-TAAC-A----AAAT-----AAA-CATAC-A----------CACACAAAATAGAGAAGCC-ATT-A-TAAATGAT-TGTGA--GGACAATG---TTTAT--TGTTAGGATGT----GTGTGATACTGATTACTGAATATATT---A-A-TTACAGAAT--AATGGTGAGCCTTAG--TG-ATAAAATTTAA-CAGAATGTGGACGA-TTTAAGTACTA----ATTAA-TT-ATCATTT---AATTAAGAT-AGCCCTTATTCTATATCAGAA-GC-ACTAAAAA-ATGTGAATGATGACGA-----------------T-----------------T-------------TTT-GAGAAGAGTGGACTGACCACTTGT---T---AA--ACTTGTCAAT--GTTAGGGAC-C-GTATC-AG-CTA------A--TA-----GCTT-TT------------CT---A---TGGA-------------T--GT---TTGATT-T-TTT-TTCATT----C-AA-CAC---------------CATTTGTTCATTTGTTC-----------TTTATGTT--CATTCA--------TTCTTTCAGTT-------CATT-CTATCATTCCAC--TCCTTTGTTCAT----TATA---TTTTA-T-TT---T-AT--CA-TTCAC--TCATGTTCTTCATTTGTTCTTTCATTGCTTAT-CAT-C-ACTAAATTGTCCATTCATTTATTCCATCATTCTATACTATCCACA------CATTATTTAATATATA-CATTCACTCATTTGTTCATTCATTGTTTTATTCTATCTTTGCACTCATTTG-TCATTTATTTTTCTTTCAT--TATCACTT--ACTTAT----TTTCT---TCTTTCATTTTATATCCTTTATTCAATTTGTTCATTCCTCTAA-TTTATCATGCCCTaa
gi|20 : TAT-AT--CT--TT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----TG--CATAC-A----------CATA-ttattgt
gi|20 : tcATA---CT-GT--CGTTAGGATGTCGT-GTG-------AAT-ACTGAATA-GTT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGT-TTAcatactgtcgttaggatgtcgtgtgaatactgaatagttaagttacagatagagttta
gi|21 : tctatatctttcagtacaaattgcatacacatac---TGATGA-CAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG----AGAA-CG--GAACA-CCAACATT-GTGT--CTGTATATAG---------ATATATACAGAGGAGATACTCT
gi|22 : AT-TCTATCATTCACTCATTTGTTCATTAA-AGTTTTATTCTATCATT-CATTCATTTGTTCATTTATTTTTCTttga
gi|23 : tCAACAC-GGGATA--CAGACCAC-C-GC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG----ATCA-
gi|24 : aTCA----------TTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTCga
gi|3 : GAGGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A----TACAGA-T--A-----GAGC-TTAGTTTT-ATAA---TTA--CA--GTATCGGTTATTT-----ACTG----ATTAG-TTGATAATT----AGATAAGATAAAC---TACTCAAT
gi|3 : -TTAG--TTGATAA---TTAGATA--AGATAAACTA-CTCA---ATCA----ATTAAATTGATCATT----CATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA-GTGATTGAATATAT-------------A-----------------T-----------------TGAAGGATGAAGACTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AATAGACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTTTAACTTTCA--TACGTTTGTTTGTT-------CTTTTTT---A---TTCATTTCATCATAT-TA--TT---TTCATT-caattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|3 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactga-TTCACCCTCAT-TTGTTTAT-----CTTTCATT--CTATTCATTCTACTCATTTGTATATTC-----TTC-ATC-TCTTAT--CATTCACTACAATACATTATT-CAT-TCTATCATTCACTCATTTATT--------ATTTCATTCTTTCATT-GACTGGT---TTTATAGACTTTTATTTAA-TAGATCA-TA--A-TCATATC--TTGTAAATC-TTCATATCAT---CTTTATTAA----------Tcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|4 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactgattagttgataattagataagataaactactcaatcaattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAACATTGGGCTATACAGA--ACGGAGCTAGTCTGAACTAATTTGATGAATAAAACTCACCTTCT-TGGGTTCCGGTG--ATCT-TGTTA-AAATCCAACACA-GTGTTCCTGTCT-TAG---------ATGTATACAGAGAGGTATCTCTGACTTGGTGTAGTC-TAA-TAGTA-CGTGTTATTTAT------------TGTACT-----ATAT-ATT-CA--GTTCA-GGTA-C-A----A--T-----AA--CA--C-G----------CATA-GAAATAG-GAAGCT-ATTTA-TAAATTATGTGTGAATG-A-ATTG---TT-ATCTTTTTAGGGTATTGTGGTG-------GAT-ACTGAA---ACT---AGAGTTAGCGA-TTAA-----GAGC-TTAG--TTTACAAG--TTA--CATGATGTAGGTTA-GT-----ACTA----ATCAA-TTGATCGTT----ATTTAAGAT-AGC---TATTCTAT-TCAGAAGGGGACTG--------------------A-----------------T-----------------T-----------------------ATTT--C-GAT-ACTTGT---T---AA--GAC-GTCATTTGTTTGGGGACTATGTA-C-AGTAAAGCTTTCG--T-TGTTTGATT-AT-------TTGTT---------------------CATGTT--GT---TTC----T-TC---A-ATTGTATA-TT-CACTCATTT------T-TCATTCATT-ATTC--------CAT-TCATT----CTATCATTCAAACAT---TTGTTTCATTCATTCTTTCATT-C-ATCATTC-ACGATCATTTGTTCATGTAAT-TA---TTTCA---TCATTC-TAATCG-TTCACA-ACAT-TTGTTCAT
gi|5 : T-CA-A-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GGAGCC-ATT-A-TGAATTAT-TGTGAT-G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----AAG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAAA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATGA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----TTCAT-TTGATCAAT----AATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGTAA-AGGACTGAACA-G--------------ATATTGAAGGATGAAGACT-----------------T-------------TTTTGAGAAGATTT--CTGAC-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGTC-A-TGA-TGAGTACA-CTTTCATGTATGTTTGTTCATTCATAA--TTCTTTT---A---TTCA------CCCAT-TT--A----TTCATT-TGTCT-TTCATTTTATCAAT-CACT-------------TCATTTGTTCATTCATTTC--TAAT-GCATTT------------GCTCAT---TT-GTTCA----TTCATT-ATT-CTATCATT--GC--TCATTTGTTCAT----T-CA---TTTTC-TATCATTTCTAT-CA-TTCAC--TCAT-TTGTTCATTCA-TATTTTATT--TTGT-CAcacat
gi|6 : ACAC-GGGATATACGGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACTTTATCTGGGT--GGG----ATCA-CG--GGACA-CCAACACG-GTGC--GTGTATATAG---------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNT------------TGTGCT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAAT-G-AAAGCC-ATT-A-TAAATTGT-TGTGA-----CAATG---TT-AT--TGTTAAGATGT----GT---------AT-ACTAAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAT---TTA--CA--ATGTGGGTTA-GT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-CGC---TATTCTATATCAGAA-GAGAC-----------------------------------------------------------------------------GGAAGATTT--CTGAT-ACTCGT---T---AA--GAGTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGT
gi|7 : CAACAC-GGGATACAAAAACCATTCAGT----GTGAACTT---TGATGA-TAAAACTAACCTTCTCTGGGT--CGG----ATCA-TTT-G-ACA-GCAACAGA-GTGT--CCGTATATA-------------------ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN-NNNNN-NNNNNNNNNNNN------------NNNNNN-----NNNT-AT--CA--AT-CA-G-TA-C-A----AA-C-----AG--CATAA-A----------CA-A-TTAATAG-GGAGTCTATT-G-CAGATTCC-TATGA-----CAATG---CT-GT--AGTTAGAATGT----ATA-------GAT-ACTAAATA-ATT---T-TGTTACAAA-T--A-----GAGT-TTCG--TT-ATAA---TTA--TA--ATGTGGTTTA-TT-----ACTA----ATTAG-TTAATTATTAATCAATCAAGAT-AAC---TATTCCATGTCGTAA-GTGATTGAATA-A--------------
gi|8 : TTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATATCCGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTAATCATT----AACTAAGAT-AGA---TATTCTATATCAGAA-GGGACTGAACA-A--------------A-----------------TGTTGAATGATGAAGAC-T-------------TTTTGAGAAGATTT--CTGAC-ACT-----------------TGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTATAGCTTTCG--TATGTTTGAGA-TT----------TTCC---A---TTCA------CTCAT-TT--G----TTCAT---------------------T-CATTCATTC------ACTCATTTGTTCAT------------T-TAATTTATTTCATCATTTGCTCATTTCTTCATTCATTA-TTCCATCATT-CTAATATTC-AC--TAATTTGTTCAT----A-CA---TTTTATT-TTATTctattgaataataattactttttgaga
gi|9 : TT-A-TAAATGAT-TGTGAT-G-ACAATG---TT-AT--TCTTAGGAGGT----GTC-------GAT-ACTGAATA-ATTTTAA-AGTTAATAA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-TTA-----TA--CA--GTATCGGTTA-AT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA-GTGATTGAACA-A--------------A-----------------TATTGAAGGATGAATA--T-------------TTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGTTAGT---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTTAAACTTTCA--TACGTTTGTTTGTTCATTTGATTATTCTTTCA---TTCA------TAAAT-TT--GTTCATTCATTAT-TCT-c
Alignments
lowQualScore : 222222222 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111 1111111111 3333 22222222222222 11111 9999999999999999999999999999999 3333333333333 111111 1111111 1111 222222 44444444444444444444444 4444444444444 33333333333333 111 11 222 11 22222222222 1111 444444444444444444444444444444444 1111 44444444444444 11 22222 222 55555555555555 333 1
lowQualScore : 4 5 33 7777 555 3 44 44 555555555 3 6 3 777 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 1 0 777777777777 77777 2 66 33 2 2 2 2 2 5555 2 77777 77 3 4444444444 44 1 4 4 3 3 3 4 0000 888888 55 22222222222222 3 3 555 333 3 44 77777 2 44 6 777 66 77 0 2 11111 6666 3 0 9999 3 0 555 1 0 1 3 1 9999999999999999999999999999999 4 55 4 7777777 55 55 4 4 4 4 777 0 66 2 5555555555555 2 555555 99999 5 2222222 2 00 9999 5 5 5 888888 5 1 6 66666666666666666666666 2222222222222 6 22222222222222 3 0 555 33 000 11 33333333333 66 0000 888 444444444444444444444444444444444 5 99 66 0000 3 6 8 8 0 0 22 1 0 88 55555555555555 3 3 11 8 77777 0 0 22 3 2 777 99999999999999 555 5 4
lowQualScore : . . .. .... ... . .. .. ......... . . . ... ....................................................... . . . ............ ..... . .. .. . . . . . .... . ..... .. . .......... .. . . . . . . . .... ...... .. .............. . . ... ... . .. ..... . .. . ... .. .. . . ..... .... . . .... . . ... . . . . . ............................... . .. . ....... .. .. . . . . ... . .. . ............. . ...... ..... . ....... . .. .... . . . ...... . . . ....................... ............. . .............. . . ... .. ... .. ........... .. .... ... ................................. . .. .. .... . . . . . . .. . . .. .............. . . .. . ..... . . .. . . ... .............. ... . .
lowQualScore : 0 0 00 7777 888 3 66 66 888888888 6 7 3 111 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2 0 1 111111111111 77777 9 88 99 7 7 7 7 7 7777 7 11111 99 3 6666666666 11 9 4 0 6 6 1 0 5555 000000 00 99999999999999 3 3 888 666 1 22 77777 9 22 2 999 88 99 6 9 99999 5555 1 2 6666 3 1 888 0 4 8 6 0 4444444444444444444444444444444 8 55 0 4444444 55 55 0 0 0 0 111 9 99 0 8888888888888 8 222222 88888 0 9999999 2 55 1111 0 0 7 333333 7 0 7 88888888888888888888888 0000000000000 7 77777777777777 2 7 777 11 111 99 88888888888 99 6666 888 111111111111111111111111111111111 0 55 99 7777 7 7 0 0 8 8 00 4 8 11 88888888888888 0 2 00 0 00000 8 2 22 2 5 000 55555555555555 000 5 0
consensus : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--C-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAGA-TATAT--GCAGAGGAGNNN----CTCTNAACTGGGTNAGTA-TAAN-ANGN-NGTATANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AGC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACAA--ATAT---T--AA--GATGA--AG---TTTTNGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTN--TAGCTTTCG--TATGTTTGTTCGTTCAT----TTNTTCT---ATTCA-CAC-AT-TT--GT---TTCATT-T--TC-T-TT-ATT-TACCAT-CACTCA-TT-------T------TC-------ATTCGTTCATTCGTCTC--T--CAT-TCATT------TAT-TT-ATCATTCGCTCAT---TTCGTTCATT-N-TTCTTTCATT--CTATCATT-----------CAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTA-T------------TCATT--T--AN------CA-TTCAC-NC--ATTTGTTCATTCGTTCTTTCATTCTAT-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTTTATCACTCACT------CA-----TTNTTTCATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTNATNGTTTTATTCTATCATTCACTNATTTGTTCATTTATTTTTCTTTNATNCNATCACNTAATCATATGTNTTTGTAAATCTTTCATNTCATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTC
Reference ( family-1593 ) : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--C-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAGG-TATAN--GCGGAGNAGTNN----CTCTNANNTGTNNNAGTN-TAAN-ANGC-NGTATANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AGC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACAA--AT-T---T--AA--GATGA--A----TTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTN--TAGCTTTCA--TACGTTTGNTCGTTCAT----TTNTTCT---ATTCA-CAC-AT-TT--GT---TTCATT-T--TC-T-TT-ATT-TACCAT-CACTCA-TT-------T------TC-------ATTCGTTCATTCGTTTC--T--CAT-TCATT------TAT-TT-ATCATTCGCTCAT---TTCGTTCATT-N-TTCTTTCATT--CTATCATT-----------CAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTA-T------------TNATT--T--NN------CA-TTCAC-NC--ATTTGTTCATTTGTTCTTTCATTCTAT-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTCTATCATTCACN------CA-----TTATTTCATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTNATNGTTTTATTCTATCATTCACTNATTTGTTCATTTATTTTTCTTTCATT-TATCATT--AT--TA--TCTTTGT---TCTTTCATTTTATCTTTATTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTC
gi|1 : CAACAC-GGGATAGACAAACCATACAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--G-G--G-A-CAACCAACACA-GTGC--GTGTATATATG-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-A-TA-C-A----AA-T-----AG--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TGAATTAT-TGTGA--GGACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----ATG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAAC-TTCG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-GT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----TATTAAGAT-AGC---TATTCTATATC---A-GGGACTGAAC--------------------T---------TTTTAGAGAAGATTT--ATGAC-GCTTGT---T---AA--AACTGTCAAT--TTTAGGGAC-A-GAG-C-AGTA--TAGCTTTCA--TATGTTTGATC-CTCTC----TTCTACA---ATTCA-CAC-AT-TCTGGT---TTCATT-T--TC-T-CT-ATTGTACCAC-CACTCA-TT-------T------TCTCCCATCATTCGTTCATTCATCTC--TTTCATGTCATT------TATATT-ATCACTCACTCAT---TTCGTTCATT-T-TTCTTTCATGG-CTATCATT-----------CAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTA-T------------TTATT--T--AA------CAATTCAC-TC--ATTTGTTCATTTGTTCTTTCATGCTAC-CATT-C-ACTAATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTCTATCATCCACA------CA-----TTATTTTATTC--TATCGTTCACTC-ATTTGTTCATTGATAGTTTTGTTCTATCATTTACTAATTTGTTCATTTATTTTTCTTTCATTCTATCACTTAAT--TATGTATTTGT---TCTTTCATTTTATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGTTC
gi|10 : T-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-CAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATGAT-TGTGAT-G-ACAATG--------------AGG---T----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--GTATCAGTTA-TT-----ACTA----ACTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AAA---TATTCAATGTCAGAA-GTGATTGAATAA--ATAT---TGAAG--GATGAAGA----CTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTAT---TAACAA--GACTGCCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTT--TTGTTT
gi|11 : CAT-GGATTAAACAGACCGTACAGC----CTGGACTA---TGACGA-TAAAACTCAACTCCTCTGGGT--CGG--ATCAG-T-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAGN-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNNTAGAATGGT---T------------TGTACTAACTGATAT-AT----------A-G-TA-C------AA-T-----AAATTATAC-A----------g
gi|11 : TA-TAGA-ACGT-TGTATAATTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-TA-G-TA-C-A----AA-acgttctataatttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|11 : catggattaaacagaccgtacagcctggactatgacgataaaactcaactcctctgggtcggatcagtggacaccaacacagtgtctgtatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaatggTA-TACA-ACGT-TCTATAATTTAT------------TGTACT-----ATTT-AT--CA--GA-TA-G-TA-C-A----AA-T-----atttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|12 : catggattaaacagaccgtacagcctggactatgacgataaaactcaactcctctgggtcggatcagtggacaccaacacagtgtctgtatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaatggtttgtactaactgatatatagtacaataaatCCAAGCTGC----CTGAGCAT---TGATGA-TAAAACACAGATTCTCTGGCT--AGG--ATCAATC-A--G-A-GA-C-ACCACA-GT--------ATACA------AA--G----GAAATAC----ATTTTAACT-TGTGAGTG-TTAG-CAGC-ACTATATTTTAT------------TGCAC------A-AT-AT--CA--GC-TA-G-TA-G-A----AA-TTGCAAAA--AATACTA----------CACA-GGAAT-------CT-A-C-A-TAGATTAT-TGC----------TG---T-------------------------------GAT-ATTGAATA-ATT---A-AATTAGAAG-C--G-----TTGC-TTTG--TT-TTAC---ATA--AA--ATGTGGACTA-TA-----CCTAGAACATTTA-CTTATCATT----AAGTAtattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|13 : g---TTA--CA--ATGTAGGTTA-TT-----AGTA----ATTAA-TTTATCATT----AATTGAGAT-ACC---TATCCAATGTTGGAA-GTGACTGAACAA--ATAT---T--AAAGGATGA--AGTCTTTTTAGAGAACATGT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--CACT--------CTTCGGGAC-A-GTA-G-AGTT--TAACTTTCA--TATGTTTCTTCATTCATAAA-TTTTTCT-----TCA-CAC-AT-TT--GT---TCCTTTGT--TC-TGTT-GTTCTACCATTCAGTCA-TT-------TGTTTATTC-------ATTC
gi|13 : atagtgtTTCATATGTTTC--TT-CAT-TCATA------AAT-TT-TTC-TTCACACAT---TT-GTTCCTT-TGTTCTGTTGTT--CTACCATT-----------CAG--TCATTTGTTTAT----TCA---TTCT--T------------CCATT--C--TA-------A-TT---------TTTGTTCATTTGttccattctaatttttgttcatttg
gi|14 : atagtgtttacaatgtaggttattagtaattaatttatcattaattgagatacctatccaatgttggaagtgactgaacaaatattaaaggatgaagtctttttagagaacatgtctgatacttgttaacactcttcgggacagtagagtttaactCAA-AC-GGAGTAAACGAACCATGGAGT----TTGAACTG---TGATGA-AAAATCTCACCTCCTCTGGGT--CGG--ATTA--C-G--GAA-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATACAGN-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATATGAT--CC--AT-CA-G-T----A----AA-T-----A
gi|14 : cCC-ATC-AGTAAAT-AT-TTTGT--C-ACAATGACATG-AT--TGTTATGATGT----------------T-A--AAATA-ATT---A-G-----AGG-C--A-----GTGA-CTAG--TT-A-AA---TTG--CA--ATGTGGGTTA-Tttttgtcacaatgacatgattgttatgatgttaaaataattagaggcagtgactagttaaattgcaatgtgggttataatt
gi|15 : ccaaacggagtaaacgaaccatggagtttgaactgtgatgaaaaatctcacctcctctgggtcggattacggaacaccaacacagtgtctgtatacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtactatatgatCAACAC-GGGATATACAAACCACACAGC----CTGAAATA---TGATGG-AAAAACTCACCTTCTCTGGGT--TGG--ATCATTC-A----A-CA-CCAAGATA-GTGT--GTGTGTATAGN-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATAT-ATATCA--GT-CA-C-TA-C-ATTGAAA-T-----TA--CATAC-ATATACATGTACACT-TAAAAAG-GAAGCC-ATT-A-TAAGTaatt
gi|16 : aaAACAC-GGGATATACACACCATGTAGC----CTGAACTC---TGATGA-TAAAAATCACATTCTCAGGGT--CGG--ATCA--G-G--GTA-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAGN-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTACT-----ATAT-AG--CA--TT-TA-G-TA-CAA----AA-T-----AG--CATAC-A----------CAgctga
gi|17 : ---TTCATTCATT-A-TTCTTTCATT--TTATCATT-----------CAC--TGATTTATTCAT----TCA-----TTA-T------------TC-----T--AT------CA--------C--ATTTGTTCA----TTCTT--------T-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTAATCTTTTAATTTATCACTCACT------CC-----TTCTTTCATTT--TATCATGCTTTC-ATTTGTTCATTT-TTCTTTCATTC-ATCATgctaga
gi|18 : tgATT--CTATCATT-----------CAC--TCATTTGTTCAT----ACACTATTCCA-T------------CAATC--T--AT------CA-TTCAC-AC--GTTTGTTCATTTATTCTTTAATTCTAT-CATT-C-ATTCATTTGTTCATACATTATTTCATCATT
gi|19 : AACTT-GGGATATACTGACCAAGCGGA----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGAGT--CGG--ATCA--CTG--G-A-CA-CCAACACA-GTGC--GTGTATA
gi|2 : A-CCAACAAAAGTGC--GTTTATATAGAATATATTAGCAGAGGAGCGGTACTCTCTCGACTGGGTAAGTACTAAGTATAC-TGGTTAGTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CGAGGT-CAAG-TAAC-A----AAAT-----AAA-CATAC-A----------CACACAAAATAGAGAAGCC-ATT-A-TAAATGAT-TGTGA--GGACAATG---TTTAT--TGTTAGGATGT----GTGTGATACTGATTACTGAATATATT---A-A-TTACAGAAT--AATGGTGAGCCTTAG--TG-ATAAAATTTAA-CAGAATGTGGACGA-TTTAAGTACTA----ATTAA-TT-ATCATTT---AATTAAGAT-AGCCCTTATTCTATATCAGAA-GC-ACTAAA-AA--AT-G---T--GAATGATGACGA----TTTTTGAGAAGAGTGGACTGACCACTTGT---T---AA--ACTTGTCAAT--GTTAGGGAC-C-GTATC-AGCTAATAGCTTTTC--TATGGATGTTTG---AT----TTTTTTTC--ATTCAACACCAT-TT--GT---T-CATT-TGTTC-T-TT-ATG-T----T-CATTCA-TTCTTTCAGT------TC-------ATTCTATCATTCCACTCCTT--TGT-TCATTATATTTTAT-TTTATCATTCACTCATG--TTC-TTCATT-TGTTCTTTCATTGCTTATCATCACTAAATTGTCCAT--TCATTTATTCCA----TCA---TTCTA-TACTATCCACACATTATT--T--AATATATACA-TTCAC-TC--ATTTGTTCATTCATTGTTTTATTCTAT-CTTTGC-ACTCATTTG-TCATTTATTTTTCTTTCAT--TATCACTTACT------TATTTTCTTCTTTCATTTTATATCCTTTATTCAATTTGTTCATTC----CTCTAATTTATCATGCCCTTTATTGTaa
gi|20 : TAT-AT--CT--TT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----TG--CATAC-A----------CATA-
gi|20 : tcATA---CT-GT--CGTTAGGATGTCGT-GTG-------AAT-ACTGAATA-GTT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGT-TTAcatactgtcgttaggatgtcgtgtgaatactgaatagttaagttacagatagagttta
gi|21 : tctatatctttcagtacaaattgcatacacatac---TGATGA-CAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--AGAA--C-G--G-AACA-CCAACATT-GTGT--CTGTATATAGA-TATAT--ACAGAGGAGATA----CTCT
gi|22 : ATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTAA-AGTTTTATTCTATCATTCATTCATTTGTTCATTTATTTTTCTttga
gi|23 : tCAACAC-GGGATA--CAGACCAC-C-GC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--
gi|24 : aTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTCga
gi|3 : GAGGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A----TACAGA-T--A-----GAGC-TTAGTTTT-ATAA---TTA--CA--GTATCGGTTATTT-----ACTG----ATTAG-TTGATAATT----AGATAAGATAAAC---TACTCAAT
gi|3 : -TTAG--TTGATAA---TTAGATA--AGATAAACTA-CTCA---ATCA----ATTAAATTGATCATT----CATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA-GTGATTGAATAT--ATAT---T--GAAGGATGA--AGA--CTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AATAGACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTT--TAACTTTCA--TACGTTTGTTTGTTC-------TTTTTT---ATTCA-T----T-TC--AT---CATATT-A--TT-T-TC-ATT-CACCCT-CAcaattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|3 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactga-TTCAC-CCTCATTTGTTTAT-----CTTTCATTCTATTCATT-CTACTCATTTGTATATTC-----TTCATC-TCTTATCATTCACTACAATACA-----TTATT-CATTC--TATCATTCACTC-ATTT--------ATTATTTCATTCTTTCATTGACTGGT---TTTATAGACTTTTATTTAATA-GATCATA--ATCATA--TC-TTGTAAATC-TTCATATCATCTTTATTAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|4 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactgattagttgataattagataagataaactactcaatcaattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAACATTGGGCTATACAGA--ACGGAGCTAGTCTGAACTAATTTGATGAATAAAACTCACCTTCT-TGGGTTCCGGTGATCT--T-GTTA-A-AATCCAACACA-GTGTTCCTGTCT-TAGA-TGTAT--ACAGAGAGGTAT----CTCTGACTTGGTGTAGTC-TAAT-AGTA-CGTGTTATTTAT------------TGTACT-----ATAT-ATT-CA--GTTCA-GGTA-C-A----A--T-----AA--CA--C-G----------CATA-GAAATAG-GAAGCT-ATTTA-TAAATTATGTGTGAATG-A-ATTG---TT-ATCTTTTTAGGGTATTGTGGTG-------GAT-ACTGAA---ACT---AGAGTTAGCGA-TTAA-----GAGC-TTAG--TTTACAAG--TTA--CATGATGTAGGTTA-GT-----ACTA----ATCAA-TTGATCGTT----ATTTAAGAT-AGC---TATTCTAT-TCAGAAGGGGACTG-------AT-T---------------------------------ATTT--C-GAT-ACTTGT---T---AA--GAC-GTCATTTGTTTGGGGACTATGTA-C-AGTA--AAGCTTTCG--T-TGTTTGA----TTAT----TTGTT-------------C-ATGTT--GT---TTC----T--TCAA-TT-GTA-TAT--T-CACTCATTT-------T------TC-------ATTCATT-ATTC----------CAT-TCAT---------T-CT-ATCATTCAAACAT---TTGTTTCATTCA-TTCTTTCATT--C-ATCATT-----------CACGATCATTTGTTCATGTAATTA---TTTCA--------------TCATT--CTAAT------CG-TTCACAAC--ATTTGTTCAT
gi|5 : T-CA-A-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GGAGCC-ATT-A-TGAATTAT-TGTGAT-G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----AAG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAAA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATGA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----TTCAT-TTGATCAAT----AATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGTAA-AGGACTGAACAG--ATAT---TGAAG--GATGA--AGACTTTTTTGAGAAGATTT--CTGAC-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGTC-A-TGA-TGAGTA--CA-CTTTCATGTATGTTTGTTCATTCATAA--TTCTTTT---ATTCA-CCC-AT-TT--A----TTCATT-TG-TC-T-TTCATT-T--TAT-CAATCA--C-------T------TC-------ATTTGTTCATTCATTTC--T--AAT-GCATT------T-------------GCTCAT---TT-GTTCA-----TTCATT-ATT--CTATCATT------------GC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTC-TA-----------TCATTTCT--AT------CA-TTCAC-TC--ATTTGTTCATTCA-TATTTTATTTTGT-CAcacat
gi|6 : ACAC-GGGATATACGGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACTTTATCTGGGT--GGG--ATCA--C-G--GGA-CA-CCAACACG-GTGC--GTGTATATAGN-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNT------------TGTGCT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAAT-G-AAAGCC-ATT-A-TAAATTGT-TGTGA-----CAATG---TT-AT--TGTTAAGATGT----GT---------AT-ACTAAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAT---TTA--CA--ATGTGGGTTA-GT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-CGC---TATTCTATATCAGAA-GAGACGG-----------------------------------------AAGATTT--CTGAT-ACTCGT---T---AA--GAGTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGT
gi|7 : CAACAC-GGGATACAAAAACCATTCAGT----GTGAACTT---TGATGA-TAAAACTAACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--T-TT-G-A-CA-GCAACAGA-GTGT--CCGTATATAAN-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNT----------------------------AT--CA--AT-CA-G-TA-C-A----AA-C-----AG--CATAA-A----------CA-A-TTAATAG-GGAGTCTATT-G-CAGATTCC-TATGA-----CAATG---CT-GT--AGTTAGAATGT----ATA-------GAT-ACTAAATA-ATT---T-TGTTACAAA-T--A-----GAGT-TTCG--TT-ATAA---TTA--TA--ATGTGGTTTA-TT-----ACTA----ATTAG-TTAATTATTAATCAATCAAGAT-AAC---TATTCCATGTCGTAA-GTGATTGAATAACTAT-TGAAT--AAT-AATTA--C----TTTTTGAGA
gi|8 : TTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATATCCGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTAATCATT----AACTAAGAT-AGA---TATTCTATATCAGAA-GGGACTGAACAA--ATGT---T--GAATGATGA--AGAC-TTTTTGAGAAGATTT--CTGAC-ACT-----------------TGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTA--TAGCTTTCG--TATGTTTGA--G---AT----T--TTCC---ATTCA-CTC-AT-TT--G----TTCA---------T-TC-ATT-CAT--T-CACTCA-TT-------T-------------------GTTCAT--------------T-TAATT------TAT-TTCATCATTTGCTCATTTCTTCATTCATT-A-TTCCATCATT--CTAATATT-----------CAC--TAATTTGTTCAT----ACA---TTTTATT------------TTATT--
gi|9 : TT-A-TAAATGAT-TGTGAT-G-ACAATG---TT-AT--TCTTAGGAGGT----GTC-------GAT-ACTGAATA-ATTTTAA-AGTTAATAA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-TTA-----TA--CA--GTATCGGTTA-AT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA-GTGATTGAACAA--ATAT---TGAAG--GATGAATA----TTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGTTAGT---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTT--AAACTTTCA--TACGTTTGTTTGTTCATTTGATTATTCTTTCATTCA-TAA-AT-TT--GTTCATTCATTAT--TC-T-c
Alignments
lowQualScore : 222222222 111111111 111111111111 1111111111 3333 22222222222222 11111 6666666666666666666 3333333333333 22222 1111111 1111 3333333 44444444444444444 6666666666666666666666666666666666 111 11 111 11 22222222222 1111 111 444444444444444444444444444444 1111 4444444444444 11 22222 111 22 11 222 222 1
lowQualScore : 4 5 33 7777 555 3 44 44 555555555 3 6 3 777 88888888888 111111111 333 666666 33 66666666 0 1 0 777777777777 77777 2 66 33 2 2 2 2 2 5555 2 77777 77 3 4444444444 44 1 4 4 3 3 3 4 0000 888888 55 22222222222222 3 3 555 333 3 44 77777 2 44 6 777 66 77 0 2 11111 6666 3 0 9999 3 0 555 1 0 1 3 1 444 0000000000000000000 3 55 4 7777777 666 55 4 4 4 4 777 0 888 8888888888888 1 11111 99999 5 2222222 2 00 9999 5 5 5 4444444 1 6 00000000000000000 4444444444444444444444444444444444 888 00 666 33 77777777777 77 2222 000 2 222222222222222222222222222222 5 88 77 9999 3 1 6 8 8 0 0 22 1 66 4444444444444 1 3 11 8 77777 0 0 22 3 1 777 33 88 666 111 5 1
lowQualScore : . . .. .... ... . .. .. ......... . . . ... ........... ......... ... ...... .. ........ . . . ............ ..... . .. .. . . . . . .... . ..... .. . .......... .. . . . . . . . .... ...... .. .............. . . ... ... . .. ..... . .. . ... .. .. . . ..... .... . . .... . . ... . . . . . ... ................... . .. . ....... ... .. . . . . ... . ... ............. . ..... ..... . ....... . .. .... . . . ....... . . ................. .................................. ... .. ... .. ........... .. .... ... . .............................. . .. .. .... . . . . . . . .. . .. ............. . . .. . ..... . . .. . . ... .. .. ... ... . .
lowQualScore : 0 0 00 7777 888 3 66 66 888888888 6 7 3 111 44444444444 444444444 444 111111 44 11111111 2 0 1 111111111111 77777 9 88 99 7 7 7 7 7 7777 7 11111 99 3 6666666666 11 9 4 0 6 6 1 0 5555 000000 00 99999999999999 3 3 888 666 1 22 77777 9 22 2 999 88 99 6 9 99999 5555 1 2 6666 3 1 888 0 4 8 6 0 555 1111111111111111111 5 55 0 4444444 222 55 0 0 0 0 111 9 000 1111111111111 0 22222 88888 0 9999999 2 55 1111 0 0 7 0000000 0 7 00000000000000000 2222222222222222222222222222222222 333 33 777 66 11111111111 99 1111 000 3 333333333333333333333333333333 7 77 99 2222 7 0 7 0 0 8 8 00 4 88 8888888888888 0 2 00 0 00000 8 2 22 2 0 000 00 00 000 555 5 0
consensus : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--C-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGNNN----C-TCTNAACTTGGTG-AGTA-TAAN-ANGNNGTATANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AGC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACAAATATT--AA--GATGA--A-GA--TTTTNGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTN--TAGCTTTC--GTATGTTTGTTCGTTCAT----TTTTTCT---ATTCA-CAC-AT-TT--GT---TTCATT-T--TC-T-TT-ATT-TACCA-TCACTCA-TT-------TTC-------ATTCGTTCATTC-TCTC--T--CAT-TC--ATT------TAT-TT-ATCATTCGCTCAT---TTCGTTCATT-A-TTCTTTCATT--CTATCATT-----------CAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTAT------------TCATT--T--AT------CA-TTCAC-NC--ATTTGTTCATTCATTCTTTCATTCTAT-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTTTATCACTCACT------CA-----TTNTTTCATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTNATNGTTTTATTCTATCATTCACTNATTTGTTCATTTATTTTTCTTTNATNCNATCACTTAATCATATGTACTTGTAAATCTTTCATNTCATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTC
Reference ( family-1593 ) : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--C-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--GCAGAGGAGNNN----C-TCTNAACTGGGTN-AGTA-TAAN-ANGNNGTATANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AGC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACAAATATT--AA--GATGA--A-G---TTTTNGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTN--TAGCTTTC--GTATGTTTGTTCGTTCAT----TTNTTCT---ATTCA-CAC-AT-TT--GT---TTCATT-T--TC-T-TT-ATT-TACCA-TCACTCA-TT-------TTC-------ATTCGTTCATTCGTCTC--T--CAT-TC--ATT------TAT-TT-ATCATTCGCTCAT---TTCGTTCATT-N-TTCTTTCATT--CTATCATT-----------CAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTAT------------TCATT--T--AN------CA-TTCAC-NC--ATTTGTTCATTCGTTCTTTCATTCTAT-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTTTATCACTCACT------CA-----TTNTTTCATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTNATNGTTTTATTCTATCATTCACTNATTTGTTCATTTATTTTTCTTTNATNCNATCACNTAATCATATGTNTTTGTAAATCTTTCATNTCATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTC
gi|1 : CAACAC-GGGATAGACAAACCATACAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--G-G--G-A-CAACCAACACA-GTGC--GTGTATATAT-G-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-A-TA-C-A----AA-T-----AG--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TGAATTAT-TGTGA--GGACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----ATG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAAC-TTCG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-GT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----TATTAAGAT-AGC---TATTCTATATC---A-GGGACTGAAC---------------T----------TTTTAGAGAAGATTT--ATGAC-GCTTGT---T---AA--AACTGTCAAT--TTTAGGGAC-A-GAG-C-AGTA--TAGCTTTC--ATATGTTTGATC-CTCTC----TTCTACA---ATTCA-CAC-AT-TCTGGT---TTCATT-T--TC-T-CT-ATTGTACCA-CCACTCA-TT-------TTCTCCCATCATTCGTTCATTCATCTC--TTTCATGTC--ATT------TATATT-ATCACTCACTCAT---TTCGTTCATT-T-TTCTTTCATGG-CTATCATT-----------CAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTAT------------TTATT--T--AA------CAATTCAC-TC--ATTTGTTCATTTGTTCTTTCATGCTAC-CATT-C-ACTAATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTCTATCATCCACA------CA-----TTATTTTATTC--TATCGTTCACTC-ATTTGTTCATTGATAGTTTTGTTCTATCATTTACTAATTTGTTCATTTATTTTTCTTTCATTCTATCACTTAAT--TATGTATTTGT---TCTTTCATTTTATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGTTC
gi|10 : T-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-CAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATGAT-TGTGAT-G-ACAATG--------------AGG---T----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--GTATCAGTTA-TT-----ACTA----ACTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AAA---TATTCAATGTCAGAA-GTGATTGAATAAATATTGAAG--GATGA--A-GA--CTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTAT---TAACAA--GACTGCCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTT--TTGTTT
gi|11 : CAT-GGATTAAACAGACCGTACAGC----CTGGACTA---TGACGA-TAAAACTCAACTCCTCTGGGT--CGG--ATCAG-T-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAGNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNTAGAATGGT---T------------TGTACTAACTGATAT-AT----------A-G-TA-C------AA-T-----AAATTATAC-A----------g
gi|11 : TA-TAGA-ACGTTGTATAATTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-TA-G-TA-C-A----AA-acgttctataatttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|11 : catggattaaacagaccgtacagcctggactatgacgataaaactcaactcctctgggtcggatcagtggacaccaacacagtgtctgtatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaatggTA-TACA-ACGTTCTATAATTTAT------------TGTACT-----ATTT-AT--CA--GA-TA-G-TA-C-A----AA-T-----atttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|12 : catggattaaacagaccgtacagcctggactatgacgataaaactcaactcctctgggtcggatcagtggacaccaacacagtgtctgtatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaatggtttgtactaactgatatatagtacaataaatCCAAGCTGC----CTGAGCAT---TGATGA-TAAAACACAGATTCTCTGGCT--AGG--ATCAATC-A--G-A-GA-C-ACCACA-GT--------------------AT--ACAAAGGAAATA----CATTTTAACTTG-TG-AGTG-TTAG-CAGCACTATATTTTAT------------TGCAC------A-AT-AT--CA--GC-TA-G-TA-G-A----AA-TTGCAAAA--AATACTA----------CACA-GGAAT-------CT-A-C-A-TAGATTAT-TGC----------TG---T-------------------------------GAT-ATTGAATA-ATT---A-AATTAGAAG-C--G-----TTGC-TTTG--TT-TTAC---ATA--AA--ATGTGGACTA-TA-----CCTAGAACATTTA-CTTATCATT----AAGTAtattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|13 : g---TTA--CA--ATGTAGGTTA-TT-----AGTA----ATTAA-TTTATCATT----AATTGAGAT-ACC---TATCCAATGTTGGAA-GTGACTGAACAAATATT--AAAGGATGA--A-GTCTTTTTAGAGAACATGT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--------CACT--CTTCGGGAC-A-GTA-G-AGTT--TAACTTTC--ATATGTTTCTTCATTCATAAA-TTTTTC-----TTCA-CAC-AT-TT--GT---TCCTTTGT--TC-TGTT-GTTCTACCATTCAGTCA-TT-------T---------GTTTATTCATTCTTC-------CAT-TCTAATT------T-T-TG-TTCATTTG
gi|14 : atagtgtCAA-AC-GGAGTAAACGAACCATGGAGT----TTGAACTG---TGATGA-AAAATCTCACCTCCTCTGGGT--CGG--ATTA--C-G--GAA-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATACAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATATGAT--CC--AT-CA-G-T----A----AA-T-----A
gi|14 : cCC-ATC-AGTAAAT-AT-TTTGT--C-ACAATGACATG-AT--TGTTATGATGT----------------T-A--AAATA-ATT---A-G-----AGG-C--A-----GTGA-CTAG--TT-A-AA---TTG--CA--ATGTGGGTTA-Tttttgtcacaatgacatgattgttatgatgttaaaataattagaggcagtgactagttaaattgcaatgtgggttataatt
gi|15 : ccaaacggagtaaacgaaccatggagtttgaactgtgatgaaaaatctcacctcctctgggtcggattacggaacaccaacacagtgtctgtatacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtactatatgatCAACAC-GGGATATACAAACCACACAGC----CTGAAATA---TGATGG-AAAAACTCACCTTCTCTGGGT--TGG--ATCATTC-A----A-CA-CCAAGATA-GTGT--GTGTGTATAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATAT-ATATCA--GT-CA-C-TA-C-ATTGAAA-T-----TA--CATAC-ATATACATGTACACT-TAAAAAG-GAAGCC-ATT-A-TAAGTaatt
gi|16 : aaAACAC-GGGATATACACACCATGTAGC----CTGAACTC---TGATGA-TAAAAATCACATTCTCAGGGT--CGG--ATCA--G-G--GTA-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTACT-----ATAT-AG--CA--TT-TA-G-TA-CAA----AA-T-----AG--CATAC-A----------CAgctga
gi|17 : ---TTCATTCATT-A-TTCTTTCATT--TTATCATT-----------CAC--TGATTTATTCAT----TCA---TT--AT------------TC-----T--AT------CA--------C--ATTTGTTCATTC---------TT---T-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTAATCTTTTAATTTATCACTCACT------CC-----TTCTTTCATTT--TATCATGCTTTC-ATTTGTTCATTT-TTCTTTCATTC-ATCATgctaga
gi|18 : tgATT--CTATCATT-----------CAC--TCATTTGTTCAT----ACACTATTCCAT------------CAATC--T--AT------CA-TTCAC-AC--GTTTGTTCATTTATTCTTTAATTCTAT-CATT-C-ATTCATTTGTTCATACATTATTTCATCATT
gi|19 : AACTT-GGGATATACTGACCAAGCGGA----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGAGT--CGG--ATCA--CTG--G-A-CA-CCAACACA-GTGC--GTGTATA
gi|2 : A-CCAACAAAAGTGC--GTTTATATAG-AATATATTAGCAGAGGAGCGGTACTC-TCTCGACTGGGTA-AGTACTAAGTATACTGGTTAGTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CGAGGT-CAAG-TAAC-A----AAAT-----AAA-CATAC-A----------CACACAAAATAGAGAAGCC-ATT-A-TAAATGAT-TGTGA--GGACAATG---TTTAT--TGTTAGGATGT----GTGTGATACTGATTACTGAATATATT---A-A-TTACAGAAT--AATGGTGAGCCTTAG--TG-ATAAAATTTAA-CAGAATGTGGACGA-TTTAAGTACTA----ATTAA-TT-ATCATTT---AATTAAGAT-AGCCCTTATTCTATATCAGAA-GC-ACTAAA-AAATGTG--AAT-GATGA--C-GA--TTTTTGAGAAGAGTGGACTGACCACTTGT---T---AA--ACTTGTCAAT--GTTAGGGAC-C-GTATC-AGCTAATAGCTTTT--CTATGGATGTTTG---AT----TTTTTTTC--ATTCAACACCAT-TT--GT---T-CATT-TGTTC-T-TT-ATG-T-----TCATTCA-TTCTTTCAGTTC-------ATTCTATCATTCCACTCCTT--TGT-TC--ATTATATTTTAT-TTTATCATTCACTCATG--TTC-TTCATT-TGTTCTTTCATTGCTTATCATCACTAAATTGTCCAT--TCATTTATTCCA----TCA---TTCTATACTATCCACACATTATT--T--AATATATACA-TTCAC-TC--ATTTGTTCATTCATTGTTTTATTCTAT-CTTTGC-ACTCATTTG-TCATTTATTTTTCTTTCA--TTATCACTTACT------TATTTTCTTCTTTCATTTTATATCCTTTATTCAATTTGTTCATTC----CTCTAATTTATCATGCCCTTTATTGTaa
gi|20 : TAT-AT--CT--TT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----TG--CATAC-A----------CATA-
gi|20 : tcATA---CT-GT--CGTTAGGATGTCGT-GTG-------AAT-ACTGAATA-GTT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGT-TTAcatactgtcgttaggatgtcgtgtgaatactgaatagttaagttacagatagagttta
gi|21 : tctatatctttcagtacaaattgcatacacatac---TGATGA-CAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--AGAA--C-G--G-AACA-CCAACATT-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGATA----C-TCT
gi|22 : ATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTAA-AGTTTTATTCTATCATTCATTCATTTGTTCATTTATTTTTCTttga
gi|23 : tCAACAC-GGGATA--CAGACCAC-C-GC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--
gi|24 : aTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTCga
gi|3 : GAGGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A----TACAGA-T--A-----GAGC-TTAGTTTT-ATAA---TTA--CA--GTATCGGTTATTT-----ACTG----ATTAG-TTGATAATT----AGATAAGATAAAC---TACTCAAT
gi|3 : -TTAG--TTGATAA---TTAGATA--AGATAAACTA-CTCA---ATCA----ATTAAATTGATCATT----CATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA-GTGATTGAATATATATT--GAAGGATGA--A-GA--CTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AATAGACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTT--TAACTTTC--ATACGTTTGTTTGTTC-------TTTTTT---ATTCA-T----T-TC--AT---CATATT-A--TT-T-TC-ATT-CACCC-TCAcaattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|3 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactga-TTCAC-CCTCATTTGTTTAT-----CTTTCATTCTATTCATT-CTACTCATTTGTATATTC-----TTCATC-TCTTATCATTCACTACAATACA-----TTATT-CATTC--TATCATTCACTC-ATTT--------ATTATTTCATTCTTTCATTGACTGGT---TTTATAGACTTTTATTTAATA-GATCA--TAATCATAT---CTTGTAAATC-TTCATATCATCTTTATTAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|4 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactgattagttgataattagataagataaactactcaatcaattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAACATTGGGCTATACAGA--ACGGAGCTAGTCTGAACTAATTTGATGAATAAAACTCACCTTCT-TGGGTTCCGGTGATCT--T-GTTA-A-AATCCAACACA-GTGTTCCTGTCT-TAG-A-TGTAT--ACAGAGAGGTAT----C-TCTGA-CTTGGTGTAGTC-TAAT-AGTACGTGTTATTTAT------------TGTACT-----ATAT-ATT-CA--GTTCA-GGTA-C-A----A--T-----AA--CA--C-G----------CATA-GAAATAG-GAAGCT-ATTTA-TAAATTATGTGTGAATG-A-ATTG---TT-ATCTTTTTAGGGTATTGTGGTG-------GAT-ACTGAA---ACT---AGAGTTAGCGA-TTAA-----GAGC-TTAG--TTTACAAG--TTA--CATGATGTAGGTTA-GT-----ACTA----ATCAA-TTGATCGTT----ATTTAAGAT-AGC---TATTCTAT-TCAGAAGGGGACTG-------ATT--A----------------------------TTT--C-GAT-ACTTGT---T---AA--GAC-GTCATTTGTTTGGGGACTATGTA-C-AGTA--AAGCTTTC--GT-TGTTTG---ATT-AT----TTGTT-------------C-ATGTT--GT---TTC----T--TCAA-TT-GTA-TAT---TCACTCATTT-------TTC-------ATTCATT-ATTC----------CAT-TC--AT---------T-CT-ATCATTCAAACAT---TTGTTTCATTCA-TTCTTTCATT--C-ATCATT-----------CACGATCATTTGTTCATGTAATTA---TTTCA-------------TCATT--CTAAT------CG-TTCACAAC--ATTTGTTCAT
gi|5 : T-CA-A-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GGAGCC-ATT-A-TGAATTAT-TGTGAT-G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----AAG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAAA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATGA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----TTCAT-TTGATCAAT----AATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGTAA-AGGACTGAACAGATATTGAAG--GATGA--A-GACTTTTTTGAGAAGATTT--CTGAC-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGTC-A-TGA-TGAGTA--CA-CTTTCATGTATGTTTGTTCATTCATAA--TTCTTTT---ATTCA-CCC-AT-TT--A----TTCATT-TG-TC-T-TTCATT-T--TA-TCAATCA--C-------TTC-------ATTTGTTCATTCATTTC--T--AAT-GC--ATT------T-------------GCTCAT---TT-GTTCA-----TTCATT-ATT--CTATCATT------------GC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTCTA-----------TCATTTCT--AT------CA-TTCAC-TC--ATTTGTTCATTCA-TATTTTATTTTGT-CAcacat
gi|6 : ACAC-GGGATATACGGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACTTTATCTGGGT--GGG--ATCA--C-G--GGA-CA-CCAACACG-GTGC--GTGTATATAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTGCT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAAT-G-AAAGCC-ATT-A-TAAATTGT-TGTGA-----CAATG---TT-AT--TGTTAAGATGT----GT---------AT-ACTAAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAT---TTA--CA--ATGTGGGTTA-GT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-CGC---TATTCTATATCAGAA-GAGACGG------------AA--GAT-----------------------TT--CTGAT-ACTCGT---T---AA--GAGTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGT
gi|7 : CAACAC-GGGATACAAAAACCATTCAGT----GTGAACTT---TGATGA-TAAAACTAACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--T-TT-G-A-CA-GCAACAGA-GTGT--CCGTATATAA-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT----------------------------AT--CA--AT-CA-G-TA-C-A----AA-C-----AG--CATAA-A----------CA-A-TTAATAG-GGAGTCTATT-G-CAGATTCC-TATGA-----CAATG---CT-GT--AGTTAGAATGT----ATA-------GAT-ACTAAATA-ATT---T-TGTTACAAA-T--A-----GAGT-TTCG--TT-ATAA---TTA--TA--ATGTGGTTTA-TT-----ACTA----ATTAG-TTAATTATTAATCAATCAAGAT-AAC---TATTCCATGTCGTAA-GTGATTGAATAACTATT--GAATAATAATTA-C---TTTTTGAGA
gi|8 : TTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATATCCGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTAATCATT----AACTAAGAT-AGA---TATTCTATATCAGAA-GGGACTGAACAAATGTT--GAATGATGA--A-GAC-TTTTTGAGAAGATTT--CTGAC-ACT-----------------TGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTA--TAGCTTTC--GTATGTTTG-------AG----ATTTTCC---ATTCA-CTC-AT-TT--G----TTCA---------T-TC-ATT-CAT---TCACTCA-TT-------T-------------GTTCAT--------------T-TA--ATT------TAT-TTCATCATTTGCTCATTTCTTCATTCATT-A-TTCCATCATT--CTAATATT-----------CAC--TAATTTGTTCAT----ACA---TTTTAT------------T
gi|9 : TT-A-TAAATGAT-TGTGAT-G-ACAATG---TT-AT--TCTTAGGAGGT----GTC-------GAT-ACTGAATA-ATTTTAA-AGTTAATAA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-TTA-----TA--CA--GTATCGGTTA-AT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA-GTGATTGAACAAATATTGAAG--GATGA--ATA---TTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGTTAGT---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTT--AAACTTTC--ATACGTTTGTTTGTTCATTTGATTATTCTTTCATTCA-TAA-AT-TT--GTTCATTCATTAT--TC-T-ttattc
Alignments
lowQualScore : 222222222 111111111 111111111111 1111111111 3333 22222222222222 11111 44444444444444444444 4444444444444444444444 11 11111 1111111 1111 3333333 44444444444444444 55555555555555555555555555555555 111 11 2 11 22222222222 1111 111 444444444444444444444444444444 1111 4444444444444 11 22222 111 11 11 222 222 1
lowQualScore : 4 5 33 7777 555 3 44 44 555555555 3 6 3 777 77777 55 111111111 333 0 2 4 33 66666666 0 1 0 777777777777 77777 2 66 33 2 2 2 2 2 5555 2 77777 77 3 4444444444 44 1 4 4 3 3 3 4 0000 888888 55 22222222222222 3 3 555 333 3 44 77777 2 44 6 777 66 77 0 2 11111 6666 3 0 9999 3 0 555 1 0 1 3 1 444 22222222222222222222 2 55 4 7777777 666 55 4 4 4 4 777 0 888 1111111111111111111111 0 33 33333 2222222 2 00 9999 5 5 5 4444444 1 6 66666666666666666 1 88888888888888888888888888888888 888 00 0 33 77777777777 77 2222 000 2 333333333333333333333333333333 5 88 77 4444 3 1 6 8 8 0 0 22 1 66 4444444444444 1 3 11 8 77777 0 0 22 3 1 777 88 88 111 111 5 1
lowQualScore : . . .. .... ... . .. .. ......... . . . ... ..... .. ......... ... . . . .. ........ . . . ............ ..... . .. .. . . . . . .... . ..... .. . .......... .. . . . . . . . .... ...... .. .............. . . ... ... . .. ..... . .. . ... .. .. . . ..... .... . . .... . . ... . . . . . ... .................... . .. . ....... ... .. . . . . ... . ... ...................... . .. ..... ....... . .. .... . . . ....... . . ................. . ................................ ... .. . .. ........... .. .... ... . .............................. . .. .. .... . . . . . . . .. . .. ............. . . .. . ..... . . .. . . ... .. .. ... ... . .
lowQualScore : 0 0 00 7777 888 3 66 66 888888888 6 7 3 111 77777 00 444444444 444 4 7 0 44 11111111 2 0 1 111111111111 77777 9 88 99 7 7 7 7 7 7777 7 11111 99 3 6666666666 11 9 4 0 6 6 1 0 5555 000000 00 99999999999999 3 3 888 666 1 22 77777 9 22 2 999 88 99 6 9 99999 5555 1 2 6666 3 1 888 0 4 8 6 0 555 22222222222222222222 3 55 0 4444444 222 55 0 0 0 0 111 9 000 1111111111111111111111 4 44 88888 9999999 2 55 1111 0 0 7 0000000 0 7 88888888888888888 0 77777777777777777777777777777777 333 33 0 66 11111111111 99 1111 000 3 999999999999999999999999999999 7 77 99 3333 7 0 7 0 0 8 8 00 4 88 8888888888888 0 2 00 0 00000 8 2 22 2 0 000 00 00 000 555 5 0
consensus : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--C-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGNNN----C-TCTNAACTTGGTG-AGTA-TAAN-ANGNNGTATANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AGC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACAAATATT--AA--GATGAAG--A----TTTTNGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTN--TAGCTTTC--GTATGTTTGTTCGTTCAT---TT--------TTTCT-ATTCA-CAC-ATTT--GT---TTCATT-T--TC-T-TT-ATT-TACCA-TCACTCA-TT-------TTC-------ATTCGTTCATTC---T--CTTTCGT-TCATT------TAT-TT-ATCATTCGCTCAT---TTCGTTCATTCATTCTTTCATT--CTATCATT-----------CAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTAT------------TCATT--T--A-----T-CA-TTCAC-NC--ATTTGTTCATTCATTCTTTCATTCTAT-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTTTATCACTCACT------CA-----TTNTTTCATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTNATNGTTTTATTCTATCATTCACTNATTTGTTCATTTATTTTTCTTTNATNCNATCACTTAATCATATGTACTTGTAAATCTTTCATNTCATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTC
Reference ( family-1593 ) : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--C-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGNNN----C-TCTNAACTTGGTG-AGTA-TAAN-ANGNNGTATANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AGC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACAAATATT--AA--GATGAAG--A----TTTTNGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTN--TAGCTTTC--GTATGTTTGTTCGTTCAT---TT--------TTTCT-ATTCA-CAC-ATTT--GT---TTCATT-T--TC-T-TT-ATT-TACCA-TCACTCA-TT-------TTC-------ATTCGTTCATTC---T--CTCTCAT-TCATT------TAT-TT-ATCATTCGCTCAT---TTCGTTCATT-ATTCTTTCATT--CTATCATT-----------CAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTAT------------TCATT--T--A-----T-CA-TTCAC-NC--ATTTGTTCATTCATTCTTTCATTCTAT-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTTTATCACTCACT------CA-----TTNTTTCATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTNATNGTTTTATTCTATCATTCACTNATTTGTTCATTTATTTTTCTTTNATNCNATCACTTAATCATATGTACTTGTAAATCTTTCATNTCATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTC
gi|1 : CAACAC-GGGATAGACAAACCATACAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--G-G--G-A-CAACCAACACA-GTGC--GTGTATATAT-G-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-A-TA-C-A----AA-T-----AG--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TGAATTAT-TGTGA--GGACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----ATG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAAC-TTCG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-GT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----TATTAAGAT-AGC---TATTCTATATC---A-GGGACTGAAC---------------T-----------TTTTAGAGAAGATTT--ATGAC-GCTTGT---T---AA--AACTGTCAAT--TTTAGGGAC-A-GAG-C-AGTA--TAGCTTTC--ATATGTTTGATC-CTCTC---TT--------CTACA-ATTCA-CAC-ATTCTGGT---TTCATT-T--TC-T-CT-ATTGTACCA-CCACTCA-TT-------TTCTCCCATCATTCGTTCATTCATCT--CTTTCATGTCATT------TATATT-ATCACTCACTCAT---TTCGTTCATT-TTTCTTTCATGG-CTATCATT-----------CAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTAT------------TTATT--T--A-----A-CAATTCAC-TC--ATTTGTTCATTTGTTCTTTCATGCTAC-CATT-C-ACTAATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTCTATCATCCACA------CA-----TTATTTTATTC--TATCGTTCACTC-ATTTGTTCATTGATAGTTTTGTTCTATCATTTACTAATTTGTTCATTTATTTTTCTTTCATTCTATCACTTAAT--TATGTATTTGT---TCTTTCATTTTATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGTTC
gi|10 : T-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-CAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATGAT-TGTGAT-G-ACAATG--------------AGG---T----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--GTATCAGTTA-TT-----ACTA----ACTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AAA---TATTCAATGTCAGAA-GTGATTGAATAAATATTGAAG--GATGAAG--A----CTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTAT---TAACAA--GACTGCCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTT--TTGTTT
gi|11 : CAT-GGATTAAACAGACCGTACAGC----CTGGACTA---TGACGA-TAAAACTCAACTCCTCTGGGT--CGG--ATCAG-T-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAGNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNTAGAATGGT---T------------TGTACTAACTGATAT-AT----------A-G-TA-C------AA-T-----AAATTATAC-A----------g
gi|11 : TA-TAGA-ACGTTGTATAATTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-TA-G-TA-C-A----AA-acgttctataatttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|11 : catggattaaacagaccgtacagcctggactatgacgataaaactcaactcctctgggtcggatcagtggacaccaacacagtgtctgtatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaatggTA-TACA-ACGTTCTATAATTTAT------------TGTACT-----ATTT-AT--CA--GA-TA-G-TA-C-A----AA-T-----atttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|12 : catggattaaacagaccgtacagcctggactatgacgataaaactcaactcctctgggtcggatcagtggacaccaacacagtgtctgtatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaatggtttgtactaactgatatatagtacaataaatCCAAGCTGC----CTGAGCAT---TGATGA-TAAAACACAGATTCTCTGGCT--AGG--ATCAATC-A--G-A-GA-C-ACCACA-GT--------------------AT--ACAAAGGAAATA----CATTTTAACTTG-TG-AGTG-TTAG-CAGCACTATATTTTAT------------TGCAC------A-AT-AT--CA--GC-TA-G-TA-G-A----AA-TTGCAAAA--AATACTA----------CACA-GGAAT-------CT-A-C-A-TAGATTAT-TGC----------TG---T-------------------------------GAT-ATTGAATA-ATT---A-AATTAGAAG-C--G-----TTGC-TTTG--TT-TTAC---ATA--AA--ATGTGGACTA-TA-----CCTAGAACATTTA-CTTATCATT----AAGTAtattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|13 : g---TTA--CA--ATGTAGGTTA-TT-----AGTA----ATTAA-TTTATCATT----AATTGAGAT-ACC---TATCCAATGTTGGAA-GTGACTGAACAAATATT--AAAGGATGAAGTCT----TTTTAGAGAACATGT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--------CACT--CTTCGGGAC-A-GTA-G-AGTT--TAACTTTC--ATATGTTTCTTCATTCATAAATT--------TTTC---TTCA-CAC-ATTT--GT---TCCTTTGT--TC-TGTT-GTTCTACCATTCAGTCA-TTTGTTTA-TTC-------ATTCTTCCATTC---TAATTTTTGT-TCATT------T
gi|14 : atagtgtCAA-AC-GGAGTAAACGAACCATGGAGT----TTGAACTG---TGATGA-AAAATCTCACCTCCTCTGGGT--CGG--ATTA--C-G--GAA-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATACAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATATGAT--CC--AT-CA-G-T----A----AA-T-----Ag
gi|14 : cCC-ATC-AGTAAAT-AT-TTTGT--C-ACAATGACATG-AT--TGTTATGATGT----------------T-A--AAATA-ATT---A-G-----AGG-C--A-----GTGA-CTAG--TT-A-AA---TTG--CA--ATGTGGGTTA-Tttttgtcacaatgacatgattgttatgatgttaaaataattagaggcagtgactagttaaattgcaatgtgggttataatt
gi|15 : ccaaacggagtaaacgaaccatggagtttgaactgtgatgaaaaatctcacctcctctgggtcggattacggaacaccaacacagtgtctgtatacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtactatatgatCAACAC-GGGATATACAAACCACACAGC----CTGAAATA---TGATGG-AAAAACTCACCTTCTCTGGGT--TGG--ATCATTC-A----A-CA-CCAAGATA-GTGT--GTGTGTATAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATAT-ATATCA--GT-CA-C-TA-C-ATTGAAA-T-----TA--CATAC-ATATACATGTACACT-TAAAAAG-GAAGCC-ATT-A-TAAGTaatt
gi|16 : aaAACAC-GGGATATACACACCATGTAGC----CTGAACTC---TGATGA-TAAAAATCACATTCTCAGGGT--CGG--ATCA--G-G--GTA-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTACT-----ATAT-AG--CA--TT-TA-G-TA-CAA----AA-T-----AG--CATAC-A----------CAgctga
gi|17 : ---TTCATTCATT-ATTCTTTCATT--TTATCATT-----------CAC--TGATTTATTCAT----TCA---TT--AT------------TC-----T--A-----T-CA--------C--ATTTGTTCATTC---------TT---T-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTAATCTTTTAATTTATCACTCACT------CC-----TTCTTTCATTT--TATCATGCTTTC-ATTTGTTCATTT-TTCTTTCATTC-ATCATgctaga
gi|18 : tgATT--CTATCATT-----------CAC--TCATTTGTTCAT----ACACTATTCCAT------------CAATC--T--A-----T-CA-TTCAC-AC--GTTTGTTCATTTATTCTTTAATTCTAT-CATT-C-ATTCATTTGTTCATACATTATTTCATCATT
gi|19 : AACTT-GGGATATACTGACCAAGCGGA----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGAGT--CGG--ATCA--CTG--G-A-CA-CCAACACA-GTGC--GTGTATA
gi|2 : A-CCAACAAAAGTGC--GTTTATATAG-AATATATTAGCAGAGGAGCGGTACTC-TCTCGACTGGGTA-AGTACTAAGTATACTGGTTAGTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CGAGGT-CAAG-TAAC-A----AAAT-----AAA-CATAC-A----------CACACAAAATAGAGAAGCC-ATT-A-TAAATGAT-TGTGA--GGACAATG---TTTAT--TGTTAGGATGT----GTGTGATACTGATTACTGAATATATT---A-A-TTACAGAAT--AATGGTGAGCCTTAG--TG-ATAAAATTTAA-CAGAATGTGGACGA-TTTAAGTACTA----ATTAA-TT-ATCATTT---AATTAAGAT-AGCCCTTATTCTATATCAGAA-GC-ACTAAA-AAATGTG--AAT-GATGACG--A----TTTTTGAGAAGAGTGGACTGACCACTTGT---T---AA--ACTTGTCAAT--GTTAGGGAC-C-GTATC-AGCTAATAGCTTTT--CTATGGATGTTTG---AT---TT--------TTTTTCATTCAACACCATTT--GT---T-CATT-TGTTC-T-TT-ATG-T-----TCATTCA-TTCTTTCAGTTC-------ATTCTATCATTCCACT--CCTTTGT-TCATTATATTTTAT-TTTATCATTCACTCATG--TTC-TTCATTTGTTCTTTCATTGCTTATCATCACTAAATTGTCCAT--TCATTTATTCCA----TCA---TTCTATACTATCCACACATTATT--T--AATATATACA-TTCAC-TC--ATTTGTTCATTCATTGTTTTATTCTAT-CTTTGC-ACTCATTTG-TCATTTATTTTTCTTTCA--TTATCACTTACT------TATTTTCTTCTTTCATTTTATATCCTTTATTCAATTTGTTCATTC----CTCTAATTTATCATGCCCTTTATTGTaa
gi|20 : TAT-AT--CT--TT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----TG--CATAC-A----------CATA-
gi|20 : tcATA---CT-GT--CGTTAGGATGTCGT-GTG-------AAT-ACTGAATA-GTT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGT-TTAcatactgtcgttaggatgtcgtgtgaatactgaatagttaagttacagatagagttta
gi|21 : tctatatctttcagtacaaattgcatacacatac---TGATGA-CAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--AGAA--C-G--G-AACA-CCAACATT-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGATA----C-TCT
gi|22 : ATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTAA-AGTTTTATTCTATCATTCATTCATTTGTTCATTTATTTTTCTttga
gi|23 : tCAACAC-GGGATA--CAGACCAC-C-GC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--
gi|24 : aTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTCga
gi|3 : GAGGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A----TACAGA-T--A-----GAGC-TTAGTTTT-ATAA---TTA--CA--GTATCGGTTATTT-----ACTG----ATTAG-TTGATAATT----AGATAAGATAAAC---TACTCAAT
gi|3 : -TTAG--TTGATAA---TTAGATA--AGATAAACTA-CTCA---ATCA----ATTAAATTGATCATT----CATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA-GTGATTGAATATATATT--GAAGGATGAAG--A----CTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AATAGACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTT--TAACTTTC--ATACGTTTGTTTGTTC------T--------TTTTT-ATTCA-T----TTC--AT---CATATT-A--TT-T-TC-ATT-CACCC-TCAcaattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|3 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactga-TTCAC-CCTCATTTGTTTAT-----CTTTCATTCTATTCATT-CTACTCATTTGTATATTC-----TTCATC-TCTTATCATTCACTACAATACA-----TTATT-CATTC--TATCATTCACTC-ATTT--------ATTATTTCATTCTTTCATTGACTGGT---TTTATAGACTTTTATTTAATA-GATCA--TAATCATAT---CTTGTAAATC-TTCATATCATCTTTATTAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|4 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactgattagttgataattagataagataaactactcaatcaattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAACATTGGGCTATACAGA--ACGGAGCTAGTCTGAACTAATTTGATGAATAAAACTCACCTTCT-TGGGTTCCGGTGATCT--T-GTTA-A-AATCCAACACA-GTGTTCCTGTCT-TAG-A-TGTAT--ACAGAGAGGTAT----C-TCTGA-CTTGGTGTAGTC-TAAT-AGTACGTGTTATTTAT------------TGTACT-----ATAT-ATT-CA--GTTCA-GGTA-C-A----A--T-----AA--CA--C-G----------CATA-GAAATAG-GAAGCT-ATTTA-TAAATTATGTGTGAATG-A-ATTG---TT-ATCTTTTTAGGGTATTGTGGTG-------GAT-ACTGAA---ACT---AGAGTTAGCGA-TTAA-----GAGC-TTAG--TTTACAAG--TTA--CATGATGTAGGTTA-GT-----ACTA----ATCAA-TTGATCGTT----ATTTAAGAT-AGC---TATTCTAT-TCAGAAGGGGACTG-------ATT--A------------------TTTCG--------------AT-ACTTGT---T---AA--GAC-GTCATTTGTTTGGGGACTATGTA-C-AGTA--AAGCTTTC--GT-TGTTTG-------AT---TA--------TT--T-GTTCA-TG----TT--GT---TTC----T--TCAA-TT-GTA-TAT---TCACTCATTT-------TTC-------ATTCATT-ATTC----------CAT-TCAT---------T-CT-ATCATTCAAACAT---TTGTTTCATTCATTCTTTCATT--C-ATCATT-----------CACGATCATTTGTTCATGTAATTA---TTTCA-------------TCATT--CTAA-----T-CG-TTCACAAC--ATTTGTTCAT
gi|5 : T-CA-A-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GGAGCC-ATT-A-TGAATTAT-TGTGAT-G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----AAG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAAA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATGA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----TTCAT-TTGATCAAT----AATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGTAA-AGGACTGAACAGATATTGAAG--GATGAAG--ACT--TTTTTGAGAAGATTT--CTGAC-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGTC-A-TGA-TGAGTA--CA-CTTTCATGTATGTTTGTTCATTCATAA-TT--------CTTTT-ATTCA-CCC-ATTT--A----TTCATT-TG-TC-T-TTCATT-T--TA-TCAATCA--C-------TTC-------ATTTGTTCATTCA--T--TTCTAAT-GCATT------T-------------GCTCAT---TT-GTTCATTCATT-----ATT--CTATCATT------------GC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTCTA-----------TCATTTCT--A-----T-CA-TTCAC-TC--ATTTGTTCATTCA-TATTTTATTTTGT-CAcacat
gi|6 : ACAC-GGGATATACGGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACTTTATCTGGGT--GGG--ATCA--C-G--GGA-CA-CCAACACG-GTGC--GTGTATATAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTGCT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAAT-G-AAAGCC-ATT-A-TAAATTGT-TGTGA-----CAATG---TT-AT--TGTTAAGATGT----GT---------AT-ACTAAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAT---TTA--CA--ATGTGGGTTA-GT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-CGC---TATTCTATATCAGAA-GAGAC-G-------------------GAAG--A----T------------TT--CTGAT-ACTCGT---T---AA--GAGTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGT
gi|7 : CAACAC-GGGATACAAAAACCATTCAGT----GTGAACTT---TGATGA-TAAAACTAACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--T-TT-G-A-CA-GCAACAGA-GTGT--CCGTATATAA-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT----------------------------AT--CA--AT-CA-G-TA-C-A----AA-C-----AG--CATAA-A----------CA-A-TTAATAG-GGAGTCTATT-G-CAGATTCC-TATGA-----CAATG---CT-GT--AGTTAGAATGT----ATA-------GAT-ACTAAATA-ATT---T-TGTTACAAA-T--A-----GAGT-TTCG--TT-ATAA---TTA--TA--ATGTGGTTTA-TT-----ACTA----ATTAG-TTAATTATTAATCAATCAAGAT-AAC---TATTCCATGTCGTAA-GTGATTGAATAACTATT--GA---ATAATA--ATTACTTTTTGAGA
gi|8 : TTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATATCCGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTAATCATT----AACTAAGAT-AGA---TATTCTATATCAGAA-GGGACTGAACAAATGTT--GAATGATGAAG--AC---TTTTTGAGAAGATTT--CTGAC-ACT-----------------TGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTA--TAGCTTTC--GTATGTTTG-------AG---AT--------TTTCC-ATTCA-CTC-ATTT--G----TTCA---------T-TC-ATT-CAT---TCACTCA-TT-------T-------------GTTCAT--------------T-TAATT------TAT-TTCATCATTTGCTCATTTCTTCATTCATT-ATTCCATCATT--CTAATATT-----------CAC--TAATTTGTTCAT----ACA---TTTTAT---------------TT--T--A-----T-
gi|9 : TT-A-TAAATGAT-TGTGAT-G-ACAATG---TT-AT--TCTTAGGAGGT----GTC-------GAT-ACTGAATA-ATTTTAA-AGTTAATAA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-TTA-----TA--CA--GTATCGGTTA-AT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA-GTGATTGAACAAATATTGAAG--GATGAAT--A----TTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGTTAGT---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTT--AAACTTTC--ATACGTTTGTTTGTTCAT---TTGATTATTCTTTC--ATTCA-TAA-ATTT--GTTCATTCATTAT--TC-T-tc
Alignments
lowQualScore : 222222222 111111111 111111111111 1111111111 3333 22222222222222 11111 44444444444444444444 4444444444444444444444 11 11111 1111111 1111 3333333 77777777777777777777777777777777777777777 2222222222222 22222222 11 111 1 1111 111 444444444444444444444444444444 1111 4444444444444 11 22222 111 11 11 222 222 1
lowQualScore : 4 5 33 7777 555 3 44 44 555555555 3 6 3 777 77777 55 111111111 333 0 2 4 33 66666666 0 1 0 777777777777 77777 2 66 33 2 2 2 2 2 5555 2 77777 77 3 4444444444 44 1 4 4 3 3 3 4 0000 888888 55 22222222222222 3 3 555 333 3 44 77777 2 44 6 777 66 77 0 2 11111 6666 3 0 9999 3 0 555 1 0 1 3 1 444 22222222222222222222 2 55 4 7777777 666 55 4 4 4 4 777 0 888 1111111111111111111111 0 33 33333 2222222 2 00 9999 5 5 5 4444444 1 6 22222222222222222222222222222222222222222 6 8888888888888 8 44444444 00 1 99 888 1 77 77 2222 000 2 333333333333333333333333333333 5 88 77 4444 3 1 6 8 8 0 0 22 1 66 4444444444444 1 3 11 8 77777 0 0 22 3 1 777 88 88 111 111 5 1
lowQualScore : . . .. .... ... . .. .. ......... . . . ... ..... .. ......... ... . . . .. ........ . . . ............ ..... . .. .. . . . . . .... . ..... .. . .......... .. . . . . . . . .... ...... .. .............. . . ... ... . .. ..... . .. . ... .. .. . . ..... .... . . .... . . ... . . . . . ... .................... . .. . ....... ... .. . . . . ... . ... ...................... . .. ..... ....... . .. .... . . . ....... . . ......................................... . ............. . ........ .. . .. ... . .. .. .... ... . .............................. . .. .. .... . . . . . . . .. . .. ............. . . .. . ..... . . .. . . ... .. .. ... ... . .
lowQualScore : 0 0 00 7777 888 3 66 66 888888888 6 7 3 111 77777 00 444444444 444 4 7 0 44 11111111 2 0 1 111111111111 77777 9 88 99 7 7 7 7 7 7777 7 11111 99 3 6666666666 11 9 4 0 6 6 1 0 5555 000000 00 99999999999999 3 3 888 666 1 22 77777 9 22 2 999 88 99 6 9 99999 5555 1 2 6666 3 1 888 0 4 8 6 0 555 22222222222222222222 3 55 0 4444444 222 55 0 0 0 0 111 9 000 1111111111111111111111 4 44 88888 9999999 2 55 1111 0 0 7 0000000 0 7 22222222222222222222222222222222222222222 7 0000000000000 0 22222222 33 0 22 333 4 99 99 1111 000 3 999999999999999999999999999999 7 77 99 3333 7 0 7 0 0 8 8 00 4 88 8888888888888 0 2 00 0 00000 8 2 22 2 0 000 00 00 000 555 5 0
consensus : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--C-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGNNN----C-TCTNAACTTGGTG-AGTA-TAAN-ANGNNGTATANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AGC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACAAATATT--AA--GATGAAG--A----TTTTNGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTN--TAGCTTTC--GTATGTTTGTTCGTTCAT---TT--------TTTCT-ATTCA-CAC-ATTT--GT---TTCATT-T--TC-T-TT-ATT-TACCA-TCACTCA-TT-------TTC-------ATTCGTTCATTC---T--CTTTCGT-TCATT------TAT-TT-AT-CATTCGCTCAT--------TTCGTTCATTCATT-CTT---TCATT-CTA--TCATTCAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTAT------------TCATT--T--A-----T-CA-TTCAC-NC--ATTTGTTCATTCATTCTTTCATTCTAT-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTTTATCACTCACT------CA-----TTNTTTCATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTNATNGTTTTATTCTATCATTCACTNATTTGTTCATTTATTTTTCTTTNATNCNATCACTTAATCATATGTACTTGTAAATCTTTCATNTCATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTC
Reference ( family-1593 ) : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--C-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGNNN----C-TCTNAACTTGGTG-AGTA-TAAN-ANGNNGTATANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AGC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACAAATATT--AA--GATGAAG--A----TTTTNGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTN--TAGCTTTC--GTATGTTTGTTCGTTCAT---TT--------TTTCT-ATTCA-CAC-ATTT--GT---TTCATT-T--TC-T-TT-ATT-TACCA-TCACTCA-TT-------TTC-------ATTCGTTCATTC---T--CTTTCGT-TCATT------TAT-TT-AT-CATTCGCTCAT--------TTCGTTCATTCATT-CTT---TCATT-CTA--TCATTCAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTAT------------TCATT--T--A-----T-CA-TTCAC-NC--ATTTGTTCATTCATTCTTTCATTCTAT-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTTTATCACTCACT------CA-----TTNTTTCATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTNATNGTTTTATTCTATCATTCACTNATTTGTTCATTTATTTTTCTTTNATNCNATCACTTAATCATATGTACTTGTAAATCTTTCATNTCATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTC
gi|1 : CAACAC-GGGATAGACAAACCATACAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--G-G--G-A-CAACCAACACA-GTGC--GTGTATATAT-G-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-A-TA-C-A----AA-T-----AG--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TGAATTAT-TGTGA--GGACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----ATG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAAC-TTCG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-GT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----TATTAAGAT-AGC---TATTCTATATC---A-GGGACTGAAC---------------T-----------TTTTAGAGAAGATTT--ATGAC-GCTTGT---T---AA--AACTGTCAAT--TTTAGGGAC-A-GAG-C-AGTA--TAGCTTTC--ATATGTTTGATC-CTCTC---TT--------CTACA-ATTCA-CAC-ATTCTGGT---TTCATT-T--TC-T-CT-ATTGTACCA-CCACTCA-TT-------TTCTCCCATCATTCGTTCATTCATCT--CTTTCATGTCATT------TATATT-AT-CACTCACTCAT--------TTCGTTCATTT-TT-CTT---TCATGGCTA--TCATTCAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTAT------------TTATT--T--A-----A-CAATTCAC-TC--ATTTGTTCATTTGTTCTTTCATGCTAC-CATT-C-ACTAATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTCTATCATCCACA------CA-----TTATTTTATTC--TATCGTTCACTC-ATTTGTTCATTGATAGTTTTGTTCTATCATTTACTAATTTGTTCATTTATTTTTCTTTCATTCTATCACTTAAT--TATGTATTTGT---TCTTTCATTTTATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGTTC
gi|10 : T-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-CAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATGAT-TGTGAT-G-ACAATG--------------AGG---T----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--GTATCAGTTA-TT-----ACTA----ACTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AAA---TATTCAATGTCAGAA-GTGATTGAATAAATATTGAAG--GATGAAG--A----CTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTAT---TAACAA--GACTGCCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTT--TTGTTT
gi|11 : CAT-GGATTAAACAGACCGTACAGC----CTGGACTA---TGACGA-TAAAACTCAACTCCTCTGGGT--CGG--ATCAG-T-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAGNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNTAGAATGGT---T------------TGTACTAACTGATAT-AT----------A-G-TA-C------AA-T-----AAATTATAC-A----------g
gi|11 : TA-TAGA-ACGTTGTATAATTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-TA-G-TA-C-A----AA-acgttctataatttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|11 : catggattaaacagaccgtacagcctggactatgacgataaaactcaactcctctgggtcggatcagtggacaccaacacagtgtctgtatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaatggTA-TACA-ACGTTCTATAATTTAT------------TGTACT-----ATTT-AT--CA--GA-TA-G-TA-C-A----AA-T-----atttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|12 : catggattaaacagaccgtacagcctggactatgacgataaaactcaactcctctgggtcggatcagtggacaccaacacagtgtctgtatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaatggtttgtactaactgatatatagtacaataaatCCAAGCTGC----CTGAGCAT---TGATGA-TAAAACACAGATTCTCTGGCT--AGG--ATCAATC-A--G-A-GA-C-ACCACA-GT--------------------AT--ACAAAGGAAATA----CATTTTAACTTG-TG-AGTG-TTAG-CAGCACTATATTTTAT------------TGCAC------A-AT-AT--CA--GC-TA-G-TA-G-A----AA-TTGCAAAA--AATACTA----------CACA-GGAAT-------CT-A-C-A-TAGATTAT-TGC----------TG---T-------------------------------GAT-ATTGAATA-ATT---A-AATTAGAAG-C--G-----TTGC-TTTG--TT-TTAC---ATA--AA--ATGTGGACTA-TA-----CCTAGAACATTTA-CTTATCATT----AAGTAtattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|13 : g---TTA--CA--ATGTAGGTTA-TT-----AGTA----ATTAA-TTTATCATT----AATTGAGAT-ACC---TATCCAATGTTGGAA-GTGACTGAACAAATATT--AAAGGATGAAGTCT----TTTTAGAGAACATGT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--------CACT--CTTCGGGAC-A-GTA-G-AGTT--TAACTTTC--ATATGTTTCTTCATTCATAAATT--------TTTC---TTCA-CAC-ATTT--GT---TCCTTTGT--TC-TGTT-GTTCTACCATTCAGTCA-TTTGTTTA-TTC-------ATTCTTCCATTC---TAATTTTTGT-TCATT------T
gi|14 : atagtgtCAA-AC-GGAGTAAACGAACCATGGAGT----TTGAACTG---TGATGA-AAAATCTCACCTCCTCTGGGT--CGG--ATTA--C-G--GAA-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATACAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATATGAT--CC--AT-CA-G-T----A----AA-T-----Ag
gi|14 : cCC-ATC-AGTAAAT-AT-TTTGT--C-ACAATGACATG-AT--TGTTATGATGT----------------T-A--AAATA-ATT---A-G-----AGG-C--A-----GTGA-CTAG--TT-A-AA---TTG--CA--ATGTGGGTTA-Tttttgtcacaatgacatgattgttatgatgttaaaataattagaggcagtgactagttaaattgcaatgtgggttataatt
gi|15 : ccaaacggagtaaacgaaccatggagtttgaactgtgatgaaaaatctcacctcctctgggtcggattacggaacaccaacacagtgtctgtatacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtactatatgatCAACAC-GGGATATACAAACCACACAGC----CTGAAATA---TGATGG-AAAAACTCACCTTCTCTGGGT--TGG--ATCATTC-A----A-CA-CCAAGATA-GTGT--GTGTGTATAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATAT-ATATCA--GT-CA-C-TA-C-ATTGAAA-T-----TA--CATAC-ATATACATGTACACT-TAAAAAG-GAAGCC-ATT-A-TAAGTaatt
gi|16 : aaAACAC-GGGATATACACACCATGTAGC----CTGAACTC---TGATGA-TAAAAATCACATTCTCAGGGT--CGG--ATCA--G-G--GTA-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTACT-----ATAT-AG--CA--TT-TA-G-TA-CAA----AA-T-----AG--CATAC-A----------CAgctga
gi|17 : --------TTCATTCATT-ATT-CTT---TCATT-TTA--TCATTCAC--TGATTTATTCAT----TCA---TT--AT------------TC-----T--A-----T-CA--------C--ATTTGTTCATTC---------TT---T-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTAATCTTTTAATTTATCACTCACT------CC-----TTCTTTCATTT--TATCATGCTTTC-ATTTGTTCATTT-TTCTTTCATTC-ATCATgctaga
gi|18 : tgATT-CTA--TCATTCAC--TCATTTGTTCAT----ACACTATTCCAT------------CAATC--T--A-----T-CA-TTCAC-AC--GTTTGTTCATTTATTCTTTAATTCTAT-CATT-C-ATTCATTTGTTCATACATTATTTCATCATT
gi|19 : AACTT-GGGATATACTGACCAAGCGGA----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGAGT--CGG--ATCA--CTG--G-A-CA-CCAACACA-GTGC--GTGTATA
gi|2 : A-CCAACAAAAGTGC--GTTTATATAG-AATATATTAGCAGAGGAGCGGTACTC-TCTCGACTGGGTA-AGTACTAAGTATACTGGTTAGTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CGAGGT-CAAG-TAAC-A----AAAT-----AAA-CATAC-A----------CACACAAAATAGAGAAGCC-ATT-A-TAAATGAT-TGTGA--GGACAATG---TTTAT--TGTTAGGATGT----GTGTGATACTGATTACTGAATATATT---A-A-TTACAGAAT--AATGGTGAGCCTTAG--TG-ATAAAATTTAA-CAGAATGTGGACGA-TTTAAGTACTA----ATTAA-TT-ATCATTT---AATTAAGAT-AGCCCTTATTCTATATCAGAA-GC-ACTAAA-AAATGTG--AAT-GATGACG--A----TTTTTGAGAAGAGTGGACTGACCACTTGT---T---AA--ACTTGTCAAT--GTTAGGGAC-C-GTATC-AGCTAATAGCTTTT--CTATGGATGTTTG---AT---TT--------TTTTTCATTCAACACCATTT--GT---T-CATT-TGTTC-T-TT-ATG-T-----TCATTCA-TTCTTTCAGTTC-------ATTCTATCATTCCACT--CCTTTGT-TCATTATATTTTAT-TTTAT-CATTCACTCATGTTCTTCATTTGTTCTTTCATTGCTTA--TCATCACTAAATTGTCCAT--TCATTTATTCCA----TCA---TTCTATACTATCCACACATTATT--T--AATATATACA-TTCAC-TC--ATTTGTTCATTCATTGTTTTATTCTAT-CTTTGC-ACTCATTTG-TCATTTATTTTTCTTTCA--TTATCACTTACT------TATTTTCTTCTTTCATTTTATATCCTTTATTCAATTTGTTCATTC----CTCTAATTTATCATGCCCTTTATTGTaa
gi|20 : TAT-AT--CT--TT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----TG--CATAC-A----------CATA-
gi|20 : tcATA---CT-GT--CGTTAGGATGTCGT-GTG-------AAT-ACTGAATA-GTT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGT-TTAcatactgtcgttaggatgtcgtgtgaatactgaatagttaagttacagatagagttta
gi|21 : tctatatctttcagtacaaattgcatacacatac---TGATGA-CAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--AGAA--C-G--G-AACA-CCAACATT-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGATA----C-TCT
gi|22 : ATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTAA-AGTTTTATTCTATCATTCATTCATTTGTTCATTTATTTTTCTttga
gi|23 : tCAACAC-GGGATA--CAGACCAC-C-GC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--
gi|24 : aTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTCga
gi|3 : GAGGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A----TACAGA-T--A-----GAGC-TTAGTTTT-ATAA---TTA--CA--GTATCGGTTATTT-----ACTG----ATTAG-TTGATAATT----AGATAAGATAAAC---TACTCAAT
gi|3 : -TTAG--TTGATAA---TTAGATA--AGATAAACTA-CTCA---ATCA----ATTAAATTGATCATT----CATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA-GTGATTGAATATATATT--GAAGGATGAAG--A----CTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AATAGACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTT--TAACTTTC--ATACGTTTGTTTGTTC------T--------TTTTT-ATTCA-T----TTC--AT---CATATT-A--TT-T-TC-ATT-CACCC-TCAcaattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|3 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactga-TTCAC-CCTCATTTGTTTAT-----CTTTCATTCTATTCATT-CTACTCATTTGTATATTC-----TTCATC-TCTTATCATTCACTACAATACA-----TTATT-CATTC--TATCATTCACTC-ATTT--------ATTATTTCATTCTTTCATTGACTGGT---TTTATAGACTTTTATTTAATA-GATCA--TAATCATAT---CTTGTAAATC-TTCATATCATCTTTATTAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|4 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactgattagttgataattagataagataaactactcaatcaattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAACATTGGGCTATACAGA--ACGGAGCTAGTCTGAACTAATTTGATGAATAAAACTCACCTTCT-TGGGTTCCGGTGATCT--T-GTTA-A-AATCCAACACA-GTGTTCCTGTCT-TAG-A-TGTAT--ACAGAGAGGTAT----C-TCTGA-CTTGGTGTAGTC-TAAT-AGTACGTGTTATTTAT------------TGTACT-----ATAT-ATT-CA--GTTCA-GGTA-C-A----A--T-----AA--CA--C-G----------CATA-GAAATAG-GAAGCT-ATTTA-TAAATTATGTGTGAATG-A-ATTG---TT-ATCTTTTTAGGGTATTGTGGTG-------GAT-ACTGAA---ACT---AGAGTTAGCGA-TTAA-----GAGC-TTAG--TTTACAAG--TTA--CATGATGTAGGTTA-GT-----ACTA----ATCAA-TTGATCGTT----ATTTAAGAT-AGC---TATTCTAT-TCAGAAGGGGACTG-------ATT--A------------------TTTCG--------------AT-ACTTGT---T---AA--GAC-GTCATTTGTTTGGGGACTATGTA-C-AGTA--AAGCTTTC--GT-TGTTTG-------AT---TA--------TT--T-GTTCA-TG----TT--GT---TTC----T--TCAA-TT-GTA-TAT---TCACTCATTT-------TTC-------ATTCATT-ATTC----------CAT-TCAT---------T-CT-AT-CATTCAAACAT--------TTGTTTCATTCATT-CTT---TCATT-C-A--TCATTCACGATCATTTGTTCATGTAATTA---TTTCA-------------TCATT--CTAA-----T-CG-TTCACAAC--ATTTGTTCAT
gi|5 : T-CA-A-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GGAGCC-ATT-A-TGAATTAT-TGTGAT-G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----AAG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAAA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATGA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----TTCAT-TTGATCAAT----AATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGTAA-AGGACTGAACAGATATTGAAG--GATGAAG--ACT--TTTTTGAGAAGATTT--CTGAC-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGTC-A-TGA-TGAGTA--CA-CTTTCATGTATGTTTGTTCATTCATAA-TT--------CTTTT-ATTCA-CCC-ATTT--A----TTCATT-TG-TC-T-TTCATT-T--TA-TCAATCA--C-------TTC-------ATTTGTTCA---------------T-TCATT------T-C-TA-ATGCATTTGCTCAT--------TT-GTTCATTCATT---------ATT-CTA--TCATT-GC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTCTA-----------TCATTTCT--A-----T-CA-TTCAC-TC--ATTTGTTCATTCA-TATTTTATTTTGT-CAcacat
gi|6 : ACAC-GGGATATACGGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACTTTATCTGGGT--GGG--ATCA--C-G--GGA-CA-CCAACACG-GTGC--GTGTATATAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTGCT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAAT-G-AAAGCC-ATT-A-TAAATTGT-TGTGA-----CAATG---TT-AT--TGTTAAGATGT----GT---------AT-ACTAAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAT---TTA--CA--ATGTGGGTTA-GT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-CGC---TATTCTATATCAGAA-GAGAC-G-------------------GAAG--A----T------------TT--CTGAT-ACTCGT---T---AA--GAGTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGT
gi|7 : CAACAC-GGGATACAAAAACCATTCAGT----GTGAACTT---TGATGA-TAAAACTAACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--T-TT-G-A-CA-GCAACAGA-GTGT--CCGTATATAA-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT----------------------------AT--CA--AT-CA-G-TA-C-A----AA-C-----AG--CATAA-A----------CA-A-TTAATAG-GGAGTCTATT-G-CAGATTCC-TATGA-----CAATG---CT-GT--AGTTAGAATGT----ATA-------GAT-ACTAAATA-ATT---T-TGTTACAAA-T--A-----GAGT-TTCG--TT-ATAA---TTA--TA--ATGTGGTTTA-TT-----ACTA----ATTAG-TTAATTATTAATCAATCAAGAT-AAC---TATTCCATGTCGTAA-GTGATTGAATAACTATT--GA---ATAATA--ATTACTTTTTGAGA
gi|8 : TTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATATCCGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTAATCATT----AACTAAGAT-AGA---TATTCTATATCAGAA-GGGACTGAACAAATGTT--GAATGATGAAG--AC---TTTTTGAGAAGATTT--CTGAC-ACT-----------------TGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTA--TAGCTTTC--GTATGTTTG-------AG---AT--------TTTCC-ATTCA-CTC-ATTT--G----TTCA---------T-TC-ATT-CAT---TCACTCA-TT-------T-------------GTTCAT--------------T-TAATT------TAT-TTCAT-CATTTGCTCAT--------TTC-TTCATTCATT-ATTCCATCATT-CTA--ATATTCAC--TAATTTGTTCAT----ACA---TTTTAT---------------TT--T--A-----T-
gi|9 : TT-A-TAAATGAT-TGTGAT-G-ACAATG---TT-AT--TCTTAGGAGGT----GTC-------GAT-ACTGAATA-ATTTTAA-AGTTAATAA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-TTA-----TA--CA--GTATCGGTTA-AT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA-GTGATTGAACAAATATTGAAG--GATGAAT--A----TTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGTTAGT---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTT--AAACTTTC--ATACGTTTGTTTGTTCAT---TTGATTATTCTTTC--ATTCA-TAA-ATTT--GTTCATTCATTAT--TC-T-tc
Alignments
lowQualScore : 222222222 111111111 111111111111 1111111111 3333 22222222222222 11111 44444444444444444444 4444444444444444444444 11 11111 1111111 1111 3333333 77777777777777777777777777777777777777777 2222222222222 22222222 11 111 1 1111 111 444444444444444444444444444444 1111 4444444444444 11 22222 111 11 11 222 222 1
lowQualScore : 4 5 33 7777 555 3 44 44 555555555 3 6 3 777 77777 55 111111111 333 0 2 4 33 66666666 0 1 0 777777777777 77777 2 66 33 2 2 2 2 2 5555 2 77777 77 3 4444444444 44 1 4 4 3 3 3 4 0000 888888 55 22222222222222 3 3 555 333 3 44 77777 2 44 6 777 66 77 0 2 11111 6666 3 0 9999 3 0 555 1 0 1 3 1 444 22222222222222222222 2 55 4 7777777 666 55 4 4 4 4 777 0 888 1111111111111111111111 0 33 33333 2222222 2 00 9999 5 5 5 4444444 1 6 22222222222222222222222222222222222222222 6 8888888888888 8 44444444 00 1 99 888 1 77 77 2222 000 2 333333333333333333333333333333 5 88 77 4444 3 1 6 8 8 0 0 22 1 66 4444444444444 1 3 11 8 77777 0 0 22 3 1 777 88 88 111 111 5 1
lowQualScore : . . .. .... ... . .. .. ......... . . . ... ..... .. ......... ... . . . .. ........ . . . ............ ..... . .. .. . . . . . .... . ..... .. . .......... .. . . . . . . . .... ...... .. .............. . . ... ... . .. ..... . .. . ... .. .. . . ..... .... . . .... . . ... . . . . . ... .................... . .. . ....... ... .. . . . . ... . ... ...................... . .. ..... ....... . .. .... . . . ....... . . ......................................... . ............. . ........ .. . .. ... . .. .. .... ... . .............................. . .. .. .... . . . . . . . .. . .. ............. . . .. . ..... . . .. . . ... .. .. ... ... . .
lowQualScore : 0 0 00 7777 888 3 66 66 888888888 6 7 3 111 77777 00 444444444 444 4 7 0 44 11111111 2 0 1 111111111111 77777 9 88 99 7 7 7 7 7 7777 7 11111 99 3 6666666666 11 9 4 0 6 6 1 0 5555 000000 00 99999999999999 3 3 888 666 1 22 77777 9 22 2 999 88 99 6 9 99999 5555 1 2 6666 3 1 888 0 4 8 6 0 555 22222222222222222222 3 55 0 4444444 222 55 0 0 0 0 111 9 000 1111111111111111111111 4 44 88888 9999999 2 55 1111 0 0 7 0000000 0 7 22222222222222222222222222222222222222222 7 0000000000000 0 22222222 33 0 22 333 4 99 99 1111 000 3 999999999999999999999999999999 7 77 99 3333 7 0 7 0 0 8 8 00 4 88 8888888888888 0 2 00 0 00000 8 2 22 2 0 000 00 00 000 555 5 0
consensus : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--C-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGNNN----C-TCTNAACTTGGTG-AGTA-TAAN-ANGNNGTATANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AGC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACAAATATT--AA--GATGAAG--A----TTTTNGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTN--TAGCTTTC--GTATGTTTGTTCGTTCAT---TT--------TTTCT-ATTCA-CAC-ATTT--GT---TTCATT-T--TC-T-TT-ATT-TACCA-TCACTCA-TT-------TTC-------ATTCGTTCATTC---T--CTTTCGT-TCATT------TAT-TT-AT-CATTCGCTCAT--------TTCGTTCATTCATT-CTT---TCATT-CTA--TCATTCAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTAT------------TCATT--T--A-----T-CA-TTCAC-NC--ATTTGTTCATTCATTCTTTCATTCTAT-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTTTATCACTCACT------CA-----TTNTTTCATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTNATNGTTTTATTCTATCATTCACTNATTTGTTCATTTATTTTTCTTTNATNCNATCACTTAATCATATGTACTTGTAAATCTTTCATNTCATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTC
Reference ( family-1593 ) : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--C-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGNNN----C-TCTNAACTTGGTG-AGTA-TAAN-ANGNNGTATANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AGC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACAAATATT--AA--GATGAAG--A----TTTTNGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTN--TAGCTTTC--GTATGTTTGTTCGTTCAT---TT--------TTTCT-ATTCA-CAC-ATTT--GT---TTCATT-T--TC-T-TT-ATT-TACCA-TCACTCA-TT-------TTC-------ATTCGTTCATTC---T--CTTTCGT-TCATT------TAT-TT-AT-CATTCGCTCAT--------TTCGTTCATTCATT-CTT---TCATT-CTA--TCATTCAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTAT------------TCATT--T--A-----T-CA-TTCAC-NC--ATTTGTTCATTCATTCTTTCATTCTAT-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTTTATCACTCACT------CA-----TTNTTTCATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTNATNGTTTTATTCTATCATTCACTNATTTGTTCATTTATTTTTCTTTNATNCNATCACTTAATCATATGTACTTGTAAATCTTTCATNTCATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTC
gi|1 : CAACAC-GGGATAGACAAACCATACAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--G-G--G-A-CAACCAACACA-GTGC--GTGTATATAT-G-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-A-TA-C-A----AA-T-----AG--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TGAATTAT-TGTGA--GGACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----ATG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAAC-TTCG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-GT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----TATTAAGAT-AGC---TATTCTATATC---A-GGGACTGAAC---------------T-----------TTTTAGAGAAGATTT--ATGAC-GCTTGT---T---AA--AACTGTCAAT--TTTAGGGAC-A-GAG-C-AGTA--TAGCTTTC--ATATGTTTGATC-CTCTC---TT--------CTACA-ATTCA-CAC-ATTCTGGT---TTCATT-T--TC-T-CT-ATTGTACCA-CCACTCA-TT-------TTCTCCCATCATTCGTTCATTCATCT--CTTTCATGTCATT------TATATT-AT-CACTCACTCAT--------TTCGTTCATTT-TT-CTT---TCATGGCTA--TCATTCAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTAT------------TTATT--T--A-----A-CAATTCAC-TC--ATTTGTTCATTTGTTCTTTCATGCTAC-CATT-C-ACTAATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTCTATCATCCACA------CA-----TTATTTTATTC--TATCGTTCACTC-ATTTGTTCATTGATAGTTTTGTTCTATCATTTACTAATTTGTTCATTTATTTTTCTTTCATTCTATCACTTAAT--TATGTATTTGT---TCTTTCATTTTATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGTTC
gi|10 : T-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-CAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATGAT-TGTGAT-G-ACAATG--------------AGG---T----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--GTATCAGTTA-TT-----ACTA----ACTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AAA---TATTCAATGTCAGAA-GTGATTGAATAAATATTGAAG--GATGAAG--A----CTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTAT---TAACAA--GACTGCCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTT--TTGTTT
gi|11 : CAT-GGATTAAACAGACCGTACAGC----CTGGACTA---TGACGA-TAAAACTCAACTCCTCTGGGT--CGG--ATCAG-T-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAGNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNTAGAATGGT---T------------TGTACTAACTGATAT-AT----------A-G-TA-C------AA-T-----AAATTATAC-A----------g
gi|11 : TA-TAGA-ACGTTGTATAATTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-TA-G-TA-C-A----AA-acgttctataatttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|11 : catggattaaacagaccgtacagcctggactatgacgataaaactcaactcctctgggtcggatcagtggacaccaacacagtgtctgtatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaatggTA-TACA-ACGTTCTATAATTTAT------------TGTACT-----ATTT-AT--CA--GA-TA-G-TA-C-A----AA-T-----atttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|12 : catggattaaacagaccgtacagcctggactatgacgataaaactcaactcctctgggtcggatcagtggacaccaacacagtgtctgtatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaatggtttgtactaactgatatatagtacaataaatCCAAGCTGC----CTGAGCAT---TGATGA-TAAAACACAGATTCTCTGGCT--AGG--ATCAATC-A--G-A-GA-C-ACCACA-GT--------------------AT--ACAAAGGAAATA----CATTTTAACTTG-TG-AGTG-TTAG-CAGCACTATATTTTAT------------TGCAC------A-AT-AT--CA--GC-TA-G-TA-G-A----AA-TTGCAAAA--AATACTA----------CACA-GGAAT-------CT-A-C-A-TAGATTAT-TGC----------TG---T-------------------------------GAT-ATTGAATA-ATT---A-AATTAGAAG-C--G-----TTGC-TTTG--TT-TTAC---ATA--AA--ATGTGGACTA-TA-----CCTAGAACATTTA-CTTATCATT----AAGTAtattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|13 : g---TTA--CA--ATGTAGGTTA-TT-----AGTA----ATTAA-TTTATCATT----AATTGAGAT-ACC---TATCCAATGTTGGAA-GTGACTGAACAAATATT--AAAGGATGAAGTCT----TTTTAGAGAACATGT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--------CACT--CTTCGGGAC-A-GTA-G-AGTT--TAACTTTC--ATATGTTTCTTCATTCATAAATT--------TTTC---TTCA-CAC-ATTT--GT---TCCTTTGT--TC-TGTT-GTTCTACCATTCAGTCA-TTTGTTTA-TTC-------ATTCTTCCATTC---TAATTTTTGT-TCATT------T
gi|14 : atagtgtCAA-AC-GGAGTAAACGAACCATGGAGT----TTGAACTG---TGATGA-AAAATCTCACCTCCTCTGGGT--CGG--ATTA--C-G--GAA-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATACAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATATGAT--CC--AT-CA-G-T----A----AA-T-----Ag
gi|14 : cCC-ATC-AGTAAAT-AT-TTTGT--C-ACAATGACATG-AT--TGTTATGATGT----------------T-A--AAATA-ATT---A-G-----AGG-C--A-----GTGA-CTAG--TT-A-AA---TTG--CA--ATGTGGGTTA-Tttttgtcacaatgacatgattgttatgatgttaaaataattagaggcagtgactagttaaattgcaatgtgggttataatt
gi|15 : ccaaacggagtaaacgaaccatggagtttgaactgtgatgaaaaatctcacctcctctgggtcggattacggaacaccaacacagtgtctgtatacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtactatatgatCAACAC-GGGATATACAAACCACACAGC----CTGAAATA---TGATGG-AAAAACTCACCTTCTCTGGGT--TGG--ATCATTC-A----A-CA-CCAAGATA-GTGT--GTGTGTATAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATAT-ATATCA--GT-CA-C-TA-C-ATTGAAA-T-----TA--CATAC-ATATACATGTACACT-TAAAAAG-GAAGCC-ATT-A-TAAGTaatt
gi|16 : aaAACAC-GGGATATACACACCATGTAGC----CTGAACTC---TGATGA-TAAAAATCACATTCTCAGGGT--CGG--ATCA--G-G--GTA-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTACT-----ATAT-AG--CA--TT-TA-G-TA-CAA----AA-T-----AG--CATAC-A----------CAgctga
gi|17 : --------TTCATTCATT-ATT-CTT---TCATT-TTA--TCATTCAC--TGATTTATTCAT----TCA---TT--AT------------TC-----T--A-----T-CA--------C--ATTTGTTCATTC---------TT---T-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTAATCTTTTAATTTATCACTCACT------CC-----TTCTTTCATTT--TATCATGCTTTC-ATTTGTTCATTT-TTCTTTCATTC-ATCATgctaga
gi|18 : tgATT-CTA--TCATTCAC--TCATTTGTTCAT----ACACTATTCCAT------------CAATC--T--A-----T-CA-TTCAC-AC--GTTTGTTCATTTATTCTTTAATTCTAT-CATT-C-ATTCATTTGTTCATACATTATTTCATCATT
gi|19 : AACTT-GGGATATACTGACCAAGCGGA----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGAGT--CGG--ATCA--CTG--G-A-CA-CCAACACA-GTGC--GTGTATA
gi|2 : A-CCAACAAAAGTGC--GTTTATATAG-AATATATTAGCAGAGGAGCGGTACTC-TCTCGACTGGGTA-AGTACTAAGTATACTGGTTAGTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CGAGGT-CAAG-TAAC-A----AAAT-----AAA-CATAC-A----------CACACAAAATAGAGAAGCC-ATT-A-TAAATGAT-TGTGA--GGACAATG---TTTAT--TGTTAGGATGT----GTGTGATACTGATTACTGAATATATT---A-A-TTACAGAAT--AATGGTGAGCCTTAG--TG-ATAAAATTTAA-CAGAATGTGGACGA-TTTAAGTACTA----ATTAA-TT-ATCATTT---AATTAAGAT-AGCCCTTATTCTATATCAGAA-GC-ACTAAA-AAATGTG--AAT-GATGACG--A----TTTTTGAGAAGAGTGGACTGACCACTTGT---T---AA--ACTTGTCAAT--GTTAGGGAC-C-GTATC-AGCTAATAGCTTTT--CTATGGATGTTTG---AT---TT--------TTTTTCATTCAACACCATTT--GT---T-CATT-TGTTC-T-TT-ATG-T-----TCATTCA-TTCTTTCAGTTC-------ATTCTATCATTCCACT--CCTTTGT-TCATTATATTTTAT-TTTAT-CATTCACTCATGTTCTTCATTTGTTCTTTCATTGCTTA--TCATCACTAAATTGTCCAT--TCATTTATTCCA----TCA---TTCTATACTATCCACACATTATT--T--AATATATACA-TTCAC-TC--ATTTGTTCATTCATTGTTTTATTCTAT-CTTTGC-ACTCATTTG-TCATTTATTTTTCTTTCA--TTATCACTTACT------TATTTTCTTCTTTCATTTTATATCCTTTATTCAATTTGTTCATTC----CTCTAATTTATCATGCCCTTTATTGTaa
gi|20 : TAT-AT--CT--TT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----TG--CATAC-A----------CATA-
gi|20 : tcATA---CT-GT--CGTTAGGATGTCGT-GTG-------AAT-ACTGAATA-GTT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGT-TTAcatactgtcgttaggatgtcgtgtgaatactgaatagttaagttacagatagagttta
gi|21 : tctatatctttcagtacaaattgcatacacatac---TGATGA-CAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--AGAA--C-G--G-AACA-CCAACATT-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGATA----C-TCT
gi|22 : ATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTAA-AGTTTTATTCTATCATTCATTCATTTGTTCATTTATTTTTCTttga
gi|23 : tCAACAC-GGGATA--CAGACCAC-C-GC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--
gi|24 : aTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTCga
gi|3 : GAGGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A----TACAGA-T--A-----GAGC-TTAGTTTT-ATAA---TTA--CA--GTATCGGTTATTT-----ACTG----ATTAG-TTGATAATT----AGATAAGATAAAC---TACTCAAT
gi|3 : -TTAG--TTGATAA---TTAGATA--AGATAAACTA-CTCA---ATCA----ATTAAATTGATCATT----CATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA-GTGATTGAATATATATT--GAAGGATGAAG--A----CTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AATAGACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTT--TAACTTTC--ATACGTTTGTTTGTTC------T--------TTTTT-ATTCA-T----TTC--AT---CATATT-A--TT-T-TC-ATT-CACCC-TCAcaattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|3 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactga-TTCAC-CCTCATTTGTTTAT-----CTTTCATTCTATTCATT-CTACTCATTTGTATATTC-----TTCATC-TCTTATCATTCACTACAATACA-----TTATT-CATTC--TATCATTCACTC-ATTT--------ATTATTTCATTCTTTCATTGACTGGT---TTTATAGACTTTTATTTAATA-GATCA--TAATCATAT---CTTGTAAATC-TTCATATCATCTTTATTAATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|4 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactgattagttgataattagataagataaactactcaatcaattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAACATTGGGCTATACAGA--ACGGAGCTAGTCTGAACTAATTTGATGAATAAAACTCACCTTCT-TGGGTTCCGGTGATCT--T-GTTA-A-AATCCAACACA-GTGTTCCTGTCT-TAG-A-TGTAT--ACAGAGAGGTAT----C-TCTGA-CTTGGTGTAGTC-TAAT-AGTACGTGTTATTTAT------------TGTACT-----ATAT-ATT-CA--GTTCA-GGTA-C-A----A--T-----AA--CA--C-G----------CATA-GAAATAG-GAAGCT-ATTTA-TAAATTATGTGTGAATG-A-ATTG---TT-ATCTTTTTAGGGTATTGTGGTG-------GAT-ACTGAA---ACT---AGAGTTAGCGA-TTAA-----GAGC-TTAG--TTTACAAG--TTA--CATGATGTAGGTTA-GT-----ACTA----ATCAA-TTGATCGTT----ATTTAAGAT-AGC---TATTCTAT-TCAGAAGGGGACTG-------ATT--A------------------TTTCG--------------AT-ACTTGT---T---AA--GAC-GTCATTTGTTTGGGGACTATGTA-C-AGTA--AAGCTTTC--GT-TGTTTG-------AT---TA--------TT--T-GTTCA-TG----TT--GT---TTC----T--TCAA-TT-GTA-TAT---TCACTCATTT-------TTC-------ATTCATT-ATTC----------CAT-TCAT---------T-CT-AT-CATTCAAACAT--------TTGTTTCATTCATT-CTT---TCATT-C-A--TCATTCACGATCATTTGTTCATGTAATTA---TTTCA-------------TCATT--CTAA-----T-CG-TTCACAAC--ATTTGTTCAT
gi|5 : T-CA-A-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GGAGCC-ATT-A-TGAATTAT-TGTGAT-G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----AAG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAAA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATGA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----TTCAT-TTGATCAAT----AATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGTAA-AGGACTGAACAGATATTGAAG--GATGAAG--ACT--TTTTTGAGAAGATTT--CTGAC-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGTC-A-TGA-TGAGTA--CA-CTTTCATGTATGTTTGTTCATTCATAA-TT--------CTTTT-ATTCA-CCC-ATTT--A----TTCATT-TG-TC-T-TTCATT-T--TA-TCAATCA--C-------TTC-------ATTTGTTCA---------------T-TCATT------T-C-TA-ATGCATTTGCTCAT--------TT-GTTCATTCATT---------ATT-CTA--TCATT-GC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTCTA-----------TCATTTCT--A-----T-CA-TTCAC-TC--ATTTGTTCATTCA-TATTTTATTTTGT-CAcacat
gi|6 : ACAC-GGGATATACGGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACTTTATCTGGGT--GGG--ATCA--C-G--GGA-CA-CCAACACG-GTGC--GTGTATATAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTGCT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAAT-G-AAAGCC-ATT-A-TAAATTGT-TGTGA-----CAATG---TT-AT--TGTTAAGATGT----GT---------AT-ACTAAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAT---TTA--CA--ATGTGGGTTA-GT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-CGC---TATTCTATATCAGAA-GAGAC-G-------------------GAAG--A----T------------TT--CTGAT-ACTCGT---T---AA--GAGTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGT
gi|7 : CAACAC-GGGATACAAAAACCATTCAGT----GTGAACTT---TGATGA-TAAAACTAACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--T-TT-G-A-CA-GCAACAGA-GTGT--CCGTATATAA-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT----------------------------AT--CA--AT-CA-G-TA-C-A----AA-C-----AG--CATAA-A----------CA-A-TTAATAG-GGAGTCTATT-G-CAGATTCC-TATGA-----CAATG---CT-GT--AGTTAGAATGT----ATA-------GAT-ACTAAATA-ATT---T-TGTTACAAA-T--A-----GAGT-TTCG--TT-ATAA---TTA--TA--ATGTGGTTTA-TT-----ACTA----ATTAG-TTAATTATTAATCAATCAAGAT-AAC---TATTCCATGTCGTAA-GTGATTGAATAACTATT--GA---ATAATA--ATTACTTTTTGAGA
gi|8 : TTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATATCCGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTAATCATT----AACTAAGAT-AGA---TATTCTATATCAGAA-GGGACTGAACAAATGTT--GAATGATGAAG--AC---TTTTTGAGAAGATTT--CTGAC-ACT-----------------TGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTA--TAGCTTTC--GTATGTTTG-------AG---AT--------TTTCC-ATTCA-CTC-ATTT--G----TTCA---------T-TC-ATT-CAT---TCACTCA-TT-------T-------------GTTCAT--------------T-TAATT------TAT-TTCAT-CATTTGCTCAT--------TTC-TTCATTCATT-ATTCCATCATT-CTA--ATATTCAC--TAATTTGTTCAT----ACA---TTTTAT---------------TT--T--A-----T-
gi|9 : TT-A-TAAATGAT-TGTGAT-G-ACAATG---TT-AT--TCTTAGGAGGT----GTC-------GAT-ACTGAATA-ATTTTAA-AGTTAATAA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-TTA-----TA--CA--GTATCGGTTA-AT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA-GTGATTGAACAAATATTGAAG--GATGAAT--A----TTTTAGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGTTAGT---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTT--AAACTTTC--ATACGTTTGTTTGTTCAT---TTGATTATTCTTTC--ATTCA-TAA-ATTT--GTTCATTCATTAT--TC-T-tc
blockSeqs : T A TA TAGT ATT A TC TG ATCAG A T A TCC NNNN TA CGGTACTC NNN N T AC AGTATACT G NNNNNNNNNNNC AACTG G AT AG T A G A A TTGA A TGCAA AT T TATACATGTA CA A A T T G G G ATG ACATG CT GTGTGATACT T T TTA GAG A TA ATGGT C TT G AAT GA GA T TAAGT GAAC A AATC A CCT A A G T TAA AAAGGATGAAGTCT A GA C TAAC TAG TG T T T G TAA ATG TTTGTTCATTTGATTATTC TC ACACC GTTCA C TGT A G C CTACCAT G T CTTTCAGTTCATTCTATCATTCCACTCCTTTG . ATATTTTATTTT G GTTCTTCA CA C GC CCA A AA GA GTAA CTA C ACTATCCACACATTATTTAATATATA . AA TC ATTC A C T G T AA T AA ACAATACA C T TA A TTTC TT T A AG . CA . AAA . A
blockSeqs : . A AG . . . . . TGTTA . . . C AATA . ATACA TAA N . N NNNNNTA A . . . T . . . . . . . . . A . . C A . . . . T . TG TTT . TGTGGTG . . . AG . . . . . T G A TG . CA . . T . . A G . T CAA GAAGGATGAAGACT A . . TAGT G . . . . . T A TTCATTCATAAATT T CAC GT A GT . . . CACCC T . TGTTTATTCATTCTTCCATTCTAATTTTTG . TATTTC . . TG C C A . . . . . C ATCATTTCTAT . A . ATTG T C . . . AT A AT TATTTTC C T . . AAAG CA T
blockSeqs : . T TG . . . . . GTGG . . . C NNN . NNNN NNN N . A GAACGTT A . . . . . . . . . . . . . . . . G A . . . . G . GG CT . CGTGTG . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . T A . C TAT GAATAATAATTAC T . . T A . . . . . T C TTCATTCATAATT T CCC GT T TG . . . TAT C . TTCATTCATTATTCCA . TCTA . . GT C C . . . . . . T TCATTCTAAT . T . ATA C C . . . TT T A CC A . . . ATTA GG .
blockSeqs : . T CA . . . . . CGGA . . . G NNN . NNNN NNN N . A CAACGTT T . . . . . . . . . . . . . . . . T A . . . . T . TG TT . GTG . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . A G . T CAG GAATGATGAAGAC A . . T G . . . . . T A TTTGATTT T CTC AT T AT . . . TTA A . TTCATTTGTTCA . TCT . . G C A . . . . . . T CAATCTAT . C . C T T . . . . A T . . C
blockSeqs : . T TG . . . . . TTCA . . . C NNN . NNNN NNN G . G AGCAGCA N . . . . . . . . . . . . . . . . G A . . . . T . TG TT . GTG . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . A A . G TAA GAAGGATGAAGA C . . T G . . . . . A G TTTGTTCT C TAA GT T A . . . CAT C . TGTTCAT . . C . . . . . . . . T TCTAT . T . . . . .
blockSeqs : . T AG . . . . . GGGT . . . G ATA . NNNN CGA G . N NNNNNNN N . . . . . . . . . . . . . . . . G A . . . . T . C TT . AAG . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . T G . G CAA GAAGGATGAAGA T . . T G . . . . . A G ATTA . TG A T T . . . T . . . . . . TTTAT . . .
blockSeqs : . T CG . . . . . CTGG . . . G ATG . ATAC NNN N . N NNNNNNN N . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . T . . CT . ATA . . . TG . . . . . . . . . . . . . . . . A A . A CAA GAAGGATGAATA T . . T G . . . . . A A AGAT . T G . . . .
blockSeqs : . C CG . . . . . CGGG . . . C NNN . TATC NNN N . N NNNNNNN G . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . G . . TT . GTC . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . T G . T AA AATGATGACGA T . . T . . . . . . T
blockSeqs : . . TT . . . . . TTTG . . . G NNN . NNNN GA . . C ATAGTAC A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . GT . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . C A . G . GAAGA A . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . CGG . . . C . . NNNN N NNNNNNN N . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . T G . T . A .
blockSeqs : . . . . . . . N NNNNNNN N . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : CTGG***** CAA GAAGGATGAAGA******** TTCGTTCATAATT********* GT***** GT** CAT**** TTCT********* TCTAT************************* ATTN*
originalCons : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCA--C-G--G-A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGNNN----C-TCTNAACTTGGTG-AGTA-TAAN-ANGNNGTATANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AGC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACAAATATT--AA--GATGAAG--A----TTTTNGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTN--TAGCTTTC--GTATGTTTGTTCGTTCAT---TT--------TTTCT-ATTCA-CAC-ATTT--GT---TTCATT-T--TC-T-TT-ATT-TACCA-TCACTCA-TT-------TTC-------ATTCGTTCATTC---T--CTTTCGT-TCATT------TAT-TT-AT-CATTCGCTCAT--------TTCGTTCATTCATT-CTT---TCATT-CTA--TCATTCAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTAT------------TCATT--T--A-----T-CA-TTCAC-NC--ATTTGTTCATTCATTCTTTCATTCTAT-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTTTATCACTCACT------CA-----TTNTTTCATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTNATNGTTTTATTCTATCATTCACTNATTTGTTCATTTATTTTTCTTTNATNCNATCACTTAATCATATGTACTTGTAAATCTTTCATNTCATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTC
finalCons : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATCACTGG-----A-CA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGNNN----C-TCTNAACTTGGTG-AGTA-TAAN-ANGNNGTATANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TT-AT--TGTTAGGATGT----GTG-------GAT-ACTGAATA-ATT---A-AGTTACAGA-T--A-----GAGC-TTAG--TT-ATAA---TTA--CA--ATGTGGGTTA-TT-----ACTA----ATTAA-TTGATCATT----AATTAAGAT-AGC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACAAATATTGAAGGATGAAGA--------TTTTNGAGAAGATTT--CTGAT-ACTTGT---T---AA--GACTGTCAAT--CTTGGGGAC-A-GTA-C-AGTN--TAGCTTTC--GTATGTTTGTTCGTTCATAATT---------TTTCT-ATTCA-CAC-ATTTGT-----TTCATTGT--TC-T-TT-ATTCAT----TCACTCA-TT-------TTC-------ATTCGTTCATTC---T--CTTTCGT-TCATTTTCT---------AT-CATTCGCTCAT--------TTCGTTCATTCATT-CTT---TCATT-CTA--TCATTCAC--TCATTTGTTCAT----TCA---TTTTATTCTAT-------------------------CA-TTCAC-NC--ATTTGTTCATTCATTCTTTCATTCTAT-CATT-C-ACTCATTTGTTCATTCATTATTCCATCATTTTATCACTCACT------CA-----TTNTTTCATTC--TATCATTCACTC-ATTTGTTCATTATTN-TTTTATTCTATCATTCACTNATTTGTTCATTTATTTTTCTTTNATNCNATCACTTAATCATATGTACTTGTAAATCTTTCATNTCATCCTTGTTCATTCTCTAATTTTATCATGCCCTTATTTGCTC
Alignments
lowQualScore : 11111 111111111 111111111111 1111111111 2222 111 11111111 1111111 11111 1111111111 33333333333333333333 22222222 333333333333333333333333333333333333333 3333333333333333333 777777777777777 11111 11 111 55555555555555555555555555555555555555555 11 1111111111111 111 3333333 1 11 333 4444444444444444 111 5555555555 1 1
lowQualScore : 4 5 33 7777 555 3 44 44 44 44444 3 3 777 77777 55 111111111 333 0 2 4 33 66666666 0 1 0 777777777777 77777 2 66 33 2 2 2 2 2 5555 2 77777 77 3 4444444444 44 1 4 4 3 3 3 4 5555 000 55 55555555 0000000 3 555 333 3 44 77777 3 44 6 44 2 33 33 33 33 0 9999999 44 6666 3 0 3 6666 3 0 555 1 0 1 3 1 3 0 3 0 22222 2 55 4 5555555555 0 777 888 0 888 77777777777777777777 11111111 5 222222222222222222222222222222222222222 4 2222222222222222222 1 888888888888888 6 7 99999 8 8 66 9 6 111 5 77 11111111111111111111111111111111111111111 1 00 77 7777777777777 6 0 8 88 1 0 2 777 2222222 1 33 0 8 0 6 22 0 00 1 3 3 1 000 6 5555555555555555 7 1 999 8888888888 3 7 3
lowQualScore : . . .. .... ... . .. .. .. ..... . . ... ..... .. ......... ... . . . .. ........ . . . ............ ..... . .. .. . . . . . .... . ..... .. . .......... .. . . . . . . . .... ... .. ........ ....... . ... ... . .. ..... . .. . .. . .. .. .. .. . ....... .. .... . . . .... . . ... . . . . . . . . . ..... . .. . .......... . ... ... . ... .................... ........ . ....................................... . ................... . ............... . . ..... . . .. . . ... . .. ......................................... . .. .. ............. . . . .. . . . ... ....... . .. . . . . .. . .. . . . . ... . ................ . . ... .......... . . .
lowQualScore : 0 0 00 7777 888 3 66 66 66 00000 3 3 111 77777 00 444444444 444 4 7 0 44 11111111 2 0 1 111111111111 77777 9 88 99 7 7 7 7 7 7777 7 11111 99 3 6666666666 11 9 4 0 6 6 1 0 5555 000 00 44444444 8888888 3 888 666 1 22 77777 1 22 2 22 9 99 99 99 99 6 1111111 22 5555 1 2 1 5555 3 1 888 0 4 8 6 0 5 5 6 5 88888 3 55 0 8888888888 7 111 111 9 000 00000000000000000000 55555555 0 444444444444444444444444444444444444444 3 5555555555555555555 0 777777777777777 7 3 11111 0 0 00 3 7 777 7 99 00000000000000000000000000000000000000000 4 77 99 3333333333333 7 8 0 88 0 8 5 555 8888888 0 55 8 0 8 0 44 8 22 0 2 2 0 000 7 3333333333333333 3 0 000 3333333333 3 3 3
consensus : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATC--ANT---GGACA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGNNN----C-TCTNAACTTGGTG-AGTA-TAAN-ANGNNGTATANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TTAT--TGTTAGGATGT----GTG-GA-------TACTGAATA-ATT---A-AGTTACAG-AT--A-----GAG-CTTAG--TT-AT--AA-TT--A--C--A--ATGTGGGTTA-T-----T--ACTA----ATTAA-TTGATCA-TT----AATTAAGAT-AGC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACAAATATTGAAGGATGAAG--A--TTTTNGAGAAGATTT--CTGA-CACTTGT---T---A--AGACTGTCAATCTTGGGGACAGTA-C-AGT--NTAGCTTTC--GTATGTTTG----TTCG-TTCA--T-AATTTTTCT---A---TTC-ACA-CATTT--GT---TTCA-T--TGTTCT-TTATT----CATTCACTCA-TT------TTC-------ATTCGTTCATTC---------TCGT-TCATTT-T-CTAT-CATT-CGCTCATTTCGTTCATTCATTCTT---TCATT-CTATCATTCAC--TCATTTGTTCAT-----TCA---TT---T--TA----T---TCT-ATC-----ATTCAC-NC--ATTTGTTCATTCATT-CTTTCATTCTAT-CATTC-ACTCATTTGTTCATTCA-TTATTCCATCATTCTATCACT---CACN------CATTATTTCATTCTAT-CATTCACTCATTTGTTCATT-ATTGTTTTATTCTATCATT-CACTNATTTGTTCATTTATTTTTCTTTCAT--TATCACTTAAT--TAT-T-CTTGT---TCTTTCATTT--TATCC----------TTGTTCATT-CTCTAATTTTATCATGCCC-TTATTTGCTC
Reference ( family-1593 ) : CAACAC-GGGATATACAGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATC--ACT---GGACA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGNNN----C-TCTNAACTTGGTG-AGTA-TAAN-ANGNNGTATANTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATTAT-TGTGA--G-ACAATG---TTAT--TGTTAGGATGT----GTG-GA-------TACTGAATA-ATT---A-AGTTACAG-AT--A-----GAG-CTTAG--TT-AT--AA-TT--A--C--A--ATGTGGGTTA-T-----T--ACTA----ATTAA-TTGATCA-TT----AATTAAGAT-AGC---TATTCNATGTCGGAA-GNGACTGAACAAATATTGAAGGATGAAG--A--TTTTNGAGAAGATTT--CTGA-TACTTGT---T---A--AGACTGTCAATCTTGGGGACAGTA-C-AGT--NTAGCTTTC--GTATGTTTG----TTCG-TTCA--T-AATTTTTCT---A---TTC-ACA-CATTT--GT---TTCA-T--TGTTCT-TTATT----CATTCACTCA-TT------TTC-------ATTCGTTCATTC---T--CTTTCGT-TCATTT-T-CTAT-CATT-CGCTCATTTCGTTCATTCATTCTT---TCATT-CTATCATTCAC--TCATTTGTTCAT-----TCA---TT---T--TA----T---TCT-ATC-----ATTCAC-NC--ATTTGTTCATTCATT-CTTTCATTCTAT-CATTC-ACTCATTTGTTCATTCA-TTATTCCATCATTTTATCACT---CACT------CATTNTTTCATTCTAT-CATTCACTCATTTGTTCATT-ATTNTTTTATTCTATCATT-CACTNATTTGTTCATTTATTTTTCTTTNATNCNATCACTTAATCATATGTACTTGTAAATCTTTCATNT--CATCC----------TTGTTCATT-CTCTAATTTTATCATGCCC-TTATTTGCTC
gi|1 : CAACAC-GGGATAGACAAACCATACAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATC--AG----GGACAACCAACACA-GTGC--GTGTATATAT-G-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-A-TA-C-A----AA-T-----AG--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TGAATTAT-TGTGA--GGACAATG---TTAT--TGTTAGGATGT----ATG-GA-------TACTGAATA-ATT---A-AGTTACAG-AT--A-----GAA-CTTCG--TT-AT--AA-TT--A--C--A--ATGTGGGTTA-G-----T--ACTA----ATTAA-TTGATCA-TT----TATTAAGAT-AGC---TATTCTATATC---A-GGGACTGAAC-------------T---------TTTTAGAGAAGATTT--ATGA-CGCTTGT---T---A--AAACTGTCAATTTTAGGGACAGAG-C-AGT--ATAGCTTTC--ATATGTTTG----ATC--CTC--------TCTTCT---ACAATTC-ACA-CATTCTGGT---TTCA-T--T-TTCT-CTATTGTACCAC-CACTCA-TT------TTCTCCCATCATTCGTTCATTCATCT--CTTTCATGTCATTTATATTAT-CACT-CACTCATTTCGTTCATTT-TTCTT---TCATGGCTATCATTCAC--TCATTTGTTCAT-----TCA---TT---T--TA----T---T-T-ATTTAACAATTCAC-TC--ATTTGTTCATTTGTT-CTTTCATGCTAC-CATTC-ACTAATTTGTTCATTCA-TTATTCCATCATTCTATCATC---CACA------CATTATTTTATTCTAT-CGTTCACTCATTTGTTCATTGATAGTTTTGTTCTATCATT-TACTAATTTGTTCATTTATTTTTCTTTCATTCTATCACTTAAT--TATGTATTTGT---TCTTTCATTT--TATCC----------TTGTTCATT-CTCTAATTTTATCATGCCC-TTATTTGTTC
gi|10 : T-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-CAAATAG-GAAGCC-ATT-A-TAAATGAT-TGTGAT-G-ACAATG-------------AGG---T----GTG-GA-------TACTGAATA-ATT---A-AGTTACAG-AT--A-----GAG-CTTAG--TT-AT--AA-TT--A--C--A--GTATCAGTTA-T-----T--ACTA----ACTAA-TTGATCA-TT----AATTAAGAT-AAA---TATTCAATGTCAGAA-GTGATTGAATAAATATTGAAGGATGAAG--A--CTTTAGAGAAGATTT--CTGA-TACTTAT---TAACA--AGACTGCCAATCTTGGGGACAGTA-C-AGT--TTTGTTT
gi|11 : CAT-GGATTAAACAGACCGTACAGC----CTGGACTA---TGACGA-TAAAACTCAACTCCTCTGGGT--CGG--ATC--AGT---GGACA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAGNN-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNTAGAATGGT---T------------TGTACTAACTGATAT-AT----------A-G-TA-C------AA-T-----AAATTATAC-A----------g
gi|11 : TA-TAGA-ACGTTGTATAATTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CA--GT-TA-G-TA-C-A----AA-acgttctataatttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|11 : catggattaaacagaccgtacagcctggactatgacgataaaactcaactcctctgggtcggatcagtggacaccaacacagtgtctgtatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaatggTA-TACA-ACGTTCTATAATTTAT------------TGTACT-----ATTT-AT--CA--GA-TA-G-TA-C-A----AA-T-----atttattgtactatttatcagatagtacaaattattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|12 : catggattaaacagaccgtacagcctggactatgacgataaaactcaactcctctgggtcggatcagtggacaccaacacagtgtctgtatatagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntagaatggtttgtactaactgatatatagtacaataaatCCAAGCTGC----CTGAGCAT---TGATGA-TAAAACACAGATTCTCTGGCT--AGG--ATC--AATCAGAGACA-CCA---CA-GT--------------------AT--ACAAAGGAAATA----CATTTTAACTTG-TG-AGTG-TTAG-CAGCACTATATTTTAT------------TGCAC------A-AT-AT--CA--GC-TA-G-TA-G-A----AA-TTGCAAAA--AATACTA----------CACA-GGAAT-------CT-A-C-A-TAGATTAT-TGC----------TG---T------------------------GA-------TATTGAATA-ATT---A-AATTAGAA-GC--G-----TTG-CTTTG--TT-TT--AC-AT--A--A--A--ATGTGGACTA-T-----A--CCTAGAACATTTA-CTTATCA-TT----AAGTAtattttacaagattaatttatagttaatctaagtaaatcgttgaat
gi|13 : g-TT--A--C--A--ATGTAGGTTA-T-----T--AGTA----ATTAA-TTTATCA-TT----AATTGAGAT-ACC---TATCCAATGTTGGAA-GTGACTGAACAAATATTAAAGGATGAAGTCT--TTTTAGAGAACATGT--CTGA-TACTTGT---T---A--A------CACTCTTCGGGACAGTA-G-AGT--TTAACTTTC--ATATGTTTC----TTCA-TTCA--TAAATTTTTC--------TTC-ACA-CATTT--GT---TCCT-T--TGTTCTGTTGTTCTACCATTCAGTCA-TTTGTTTATTC-------ATTCTTCCATTC---TAATTTTTGT-TCATTT-
gi|14 : atagtgtCAA-AC-GGAGTAAACGAACCATGGAGT----TTGAACTG---TGATGA-AAAATCTCACCTCCTCTGGGT--CGG--ATT--ACG---GAACA-CCAACACA-GTGT--CTGTATACAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATATGAT--CC--AT-CA-G-T----A----AA-T-----Ag
gi|14 : cCC-ATC-AGTAAAT-AT-TTTGT--C-ACAATGACATGAT--TGTTATGATGT-----------------TA--AAATA-ATT---A-G-----AG-GC--A-----GTG-ACTAG--TT-A---AA-TT--G--C--A--ATGTGGGTTA-T-----ttttgtcacaatgacatgattgttatgatgttaaaataattagaggcagtgactagttaaattgcaatgtgggttataatt
gi|15 : ccaaacggagtaaacgaaccatggagtttgaactgtgatgaaaaatctcacctcctctgggtcggattacggaacaccaacacagtgtctgtatacagnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttgtactatatgatCAACAC-GGGATATACAAACCACACAGC----CTGAAATA---TGATGG-AAAAACTCACCTTCTCTGGGT--TGG--ATC--ATT---CAACA-CCAAGATA-GTGT--GTGTGTATAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTACT-----ATAT-ATATCA--GT-CA-C-TA-C-ATTGAAA-T-----TA--CATAC-ATATACATGTACACT-TAAAAAG-GAAGCC-ATT-A-TAAGTaatt
gi|16 : aaAACAC-GGGATATACACACCATGTAGC----CTGAACTC---TGATGA-TAAAAATCACATTCTCAGGGT--CGG--ATC--AGG---GTACA-CCAACACA-GTGT--CTGTATATAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTGTACT-----ATAT-AG--CA--TT-TA-G-TA-CAA----AA-T-----AG--CATAC-A----------CAgctga
gi|17 : TTCATTCATT-ATTCTT---TCATT-TTATCATTCAC--TGATTTATTCAT-----TCA--------T--TA----T---TCT-ATC-----A-------C--ATTTGTTCATTC-TT------------T-CATTC-ACTCATTTGTTCATTCA-TTAATCTTTTAATTTATCACT---CACT------CCTTCTTTCATTTTAT-CATGCTTTCATTTGTTCATT-TTTCTTTCATTC-ATCATgctaga
gi|18 : tgATT-CTATCATTCAC--TCATTTGTTCAT-----ACACTATT---C--CA----TCAATCT-ATC-----ATTCAC-AC--GTTTGTTCATTTATT-CTTTAATTCTAT-CATTC-ATTCATTTGTTCATACA-TTATTTCATCATT
gi|19 : AACTT-GGGATATACTGACCAAGCGGA----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGAGT--CGG--ATC--ACT---GGACA-CCAACACA-GTGC--GTGTATA
gi|2 : A-CCAACAAAAGTGC--GTTTATATAG-AATATATTAGCAGAGGAGCGGTACTC-TCTCGACTGGGTA-AGTACTAAGTATACTGGTTAGTTTAT------------TGTACT-----ATAT-AT--CGAGGT-CAAG-TAAC-A----AAAT-----AAA-CATAC-A----------CACACAAAATAGAGAAGCC-ATT-A-TAAATGAT-TGTGAG-G-ACAATGT--TTAT--TGTTAGGATGT----GTGTGATACTGATTACTGAATATATT---A-A-TTACAGAAT--AATGGTGAGCCTTAG--TG-ATAAAA-TTTAA--CAGA--ATGTGGACGA-TTTAAGT--ACTA----ATTAA-TT-ATCATTT----AATTAAGAT-AGCCCTTATTCTATATCAGAA-GC-ACTAAA-AAATG-TGAATGATGACG--A--TTTTTGAGAAGAGTGGACTGACCACTTGT---T---A--AACTTGTCAATGTTAGGGACCGTATC-AGCTAATAGCTTTT--CTATGGATG----TTTGATT--------TTTTTTC---A---TTCAACACCATTT--G----TTCATT--TGTTCT-TTAT------GTTCA-------------TTC-------ATTCTTTCA--------------GT-TCA--T-T-CTAT-CATTCCACTCCTTT-GTTCATT-A-TATT---TTATT-TTATCATTCAC--TCA--TGTTC-T-----T-------------------------------------------C--ATTTGTTCTTTCATTGCT-------TAT-CA-TC-ACTAAATTGTCCATTCATTTATTCCATCATTCTAT-ACTATCCACA------CATTATTTAA-TATATACATTCACTCATTTGTTCATTCATTGTTTTATTCTATCTTTGCACTCATTTG-TCATTTATTTTTCTTTCAT--TATCACTTACT--TATTTTCT------TCTTTCATTTTATATCCTTTATTCAATTTGTTCATTCCTCTAA-TTTATCATGCCCTTTATTaa
gi|20 : TAT-AT--CT--TT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----TG--CATAC-A----------CATA-gt
gi|20 : tcATA---CTGT--CGTTAGGATGTCGT-GTG-AA-------TACTGAATA-GTT---A-AGTTACAG-AT--A-----GAG-TTTAcatactgtcgttaggatgtcgtgtgaatactgaatagttaagttacagatagagttta
gi|21 : tctatatctttcagtacaaattgcatacacatac---TGATGA-CAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--AGA--ACG---GAACA-CCAACATT-GTGT--CTGTATATAG-A-TATAT--ACAGAGGAGATA----C-TCT
gi|22 : ATTCTAT-CATTCACTCATTTGTTCATT-AAAGTTTTATTCTATCATT-CATTCATTTGTTCATTTATTTTTCTttga
gi|23 : tCAACAC-GGGATA--CAGACCAC-C-GC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACCTTCTCTGGGT--CGG--ATC--A
gi|24 : aTCATT-CTCTAATTTTATCATGCCC-TTATTTGCTCga
gi|3 : GAGGT----GTG-GA-------TACTGAATA-ATT---A----TACAG-AT--A-----GAG-CTTAGTTTT-AT--AA-TT--A--C--A--GTATCGGTTATT-----T--ACTG----ATTAG-TTGATAA-TT----AGATAAGATAAAC---TACTCAAT
gi|3 : TTAG--TTGAT--AA-TT--AGAT--A--AGATAAACTA-C-----TCAATCA----ATTAAATTGATCA-TT----CATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA-GTGATTGAATATATATTGAAGGATGAAG--A--CTTTAGAGAAGATTT--CTGA-TACTTGT---T---AATAGACTGTCAATCTTGGGGACAGTA-C-AGT--TTAACTTTC--ATACGTTTG----TTTG-TTC--------TTTTTT---A---TTC-A-----------T---TTCA-TCATATTAT-T--TT----CATTCACCCcaattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|3 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactgaTTCAC-CCTCATTTGTTTAT------CTTTCATTCTATTCATTCTACTCATTTGTATATTC------TTCATC-TCTTATCATT---CACTACAATACATTATT-CATTCTAT-CATTCACTCAT-------TT-ATTATTTCATTCTTTCATT-GACTGGT---TTTATAGACTTTTATTTAATA-GATCA--TAATCATAT---CTTGTAAATC-TTCATAT--CATCT----------TTATTAATtcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttcaccctcatttgtttatctttcattctattcattctactcatttgtatattcttcatctcttatcattcactacaatacattattcattctatcattcactcatttattatttcattctttcattgactggttttatagacttttatttaatagatcataatcatatcttgtaaatcttcatatcatctttattaat
gi|4 : gaggtgtggatactgaataattatacagatagagcttagttttataattacagtatcggttatttactgattagttgataattagataagataaactactcaatcaattaaattgatcattcattaagataactattcaatgtcggaagtgattgaatatatattgaaggatgaagactttagagaagatttctgatacttgttaatagactgtcaatcttggggacagtacagtttaactttcatacgtttgtttgttcttttttattcatttcatcatattattttcattcaccctcannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCAACATTGGGCTATACAGA--ACGGAGCTAGTCTGAACTAATTTGATGAATAAAACTCACCTTCT-TGGGTTCCGGTGATCTTGTT---AAAAT-CCAACACA-GTGTTCCTGTCT-TAG-A-TGTAT--ACAGAGAGGTAT----C-TCTGA-CTTGGTGTAGTC-TAAT-AGTACGTGTTATTTAT------------TGTACT-----ATAT-ATT-CA--GTTCA-GGTA-C-A----A--T-----AA--CA--C-G----------CATA-GAAATAG-GAAGCT-ATTTA-TAAATTATGTGTGAATG-A-ATTG---TTATCTTTTTAGGGTATTGTGGTG-GA-------TACTGAA---ACT---AGAGTTAGCG-ATTAA-----GAG-CTTAG--TTTAC--AAGTT--A--C--ATGATGTAGGTTA-G-----T--ACTA----ATCAA-TTGATCG-TT----ATTTAAGAT-AGC---TATTCTAT-TCAGAAGGGGACTG----ATTATT------T--CG--A--TACTTGTTAAGACGT--C-----ATTTGT---TTG-G--GGACTAT---------GTACAGTA---A------AGCTTTC--GT-TGTTTGATTATTTG-TTCA--T-GTTGTTTC--------TTC-A------------------A-T--TG------TAT------ATTCACTCATTT------TTC-------ATTCATT-ATTC----------CAT-TCA--T-T-CTAT-CATT-CAAACATTTGTTTCATTCATTCTT---TCATT-C-ATCATTCACGATCATTTGTTCATGTAA-TTA---TTTCAT--CA----T---TCTAATC-----GTTCACAAC--ATTTGTTCAT
gi|5 : T-CA-A-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAATAG-GGAGCC-ATT-A-TGAATTAT-TGTGAT-G-ACAATG---TTAT--TGTTAGGATGT----AAG-GA-------TACTGAATA-ATT---A-AGTTACAA-AT--A-----GAG-CTTAG--TT-AT--GA-TT--A--C--A--ATGTGGGTTA-T-----T--ACTA----TTCAT-TTGATCA-AT----AATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGTAA-AGGACTGAACAGATATTGAAGGATGAAG--ACTTTTTTGAGAAGATTT--CTGA-CACTTGT---T---A--AGACTGTCAATCTTGGGGTCATGA-TGAGT--ACA-CTTTCATGTATGTTTG----TTCA-TTCA--T-AATTCTTTT---A---TTC-ACC-CATTT--A----TTCATT--TGTCTT-TCATT----TTATCAATCA--C------TTC-------ATTTGTTCA---------------T-TCATTT-C-TAATGCATT-TGCTCATTT-GTTCATTCATT--------ATT-CTATCATT-GC--TCATTTGTTCAT-----TCA---TT---TTCTATCATT---TCT-ATC-----ATTCAC-TC--ATTTGTTCATTCA-T-ATTTTATTTTGT-CAcacat
gi|6 : ACAC-GGGATATACGGACCACGCAGC----CTGAACTA---TGATGA-TAAAACTCACTTTATCTGGGT--GGG--ATC--ACG---GGACA-CCAACACG-GTGC--GTGTATATAG-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT------------TGTGCT-----ATAT-AT--CA--GT-CA-G-TA-C-A----AA-T-----AA--CATAC-A----------CACA-GAAAT-G-AAAGCC-ATT-A-TAAATTGT-TGT----G-ACAATG---TTAT--TGTTAAGATGT----GT---A-------TACTAAATA-ATT---A-AGTTACAG-AT--A-----GAG-CTTAG--TT-AT--AT-TT--A--C--A--ATGTGGGTTA-G-----T--ACTA----ATTAA-TTGATCA-TT----AATTAAGAT-CGC---TATTCTATATCAGAA-GAGAC-G-----------------GAAG--A--TT------------T--CTGA-TACTCGT---T---A--AGAGTGTCAATCTTGGGGACAGTA-C-AGT--
gi|7 : CAACAC-GGGATACAAAAACCATTCAGT----GTGAACTT---TGATGA-TAAAACTAACCTTCTCTGGGT--CGG--ATC--ATT---TGACA-GCAACAGA-GTGT--CCGTATATAA-N-NNNNN--NNNNNNNNNNNN----N-NNNNNNNNNNNNN-NNNN-NNNN-NNNNNNNNNNNNNNNT----------------------------AT--CA--AT-CA-G-TA-C-A----AA-C-----AG--CATAA-A----------CA-A-TTAATAG-GGAGTCTATT-G-CAGATTCC-TATGA-----CAATG---CTGT--AGTTAGAATGT----ATA-GA-------TACTAAATA-ATT---T-TGTTACAA-AT--A-----GAG-TTTCG--TT-AT--AA-TT--A--T--A--ATGTGGTTTA-T-----T--ACTA----ATTAG-TTAATTA-TTAATCAATCAAGAT-AAC---TATTCCATGTCGTAA-GTGATTGAATAACTATTGAATAATAATT--AC-TTTTTGAGA
gi|8 : TTACAG-AT--A-----GAG-CTTAG--TT-AT--AA-TT--A--C--A--ATATCCGTTA-T-----T--ACTA----ATTAA-TTAATCA-TT----AACTAAGAT-AGA---TATTCTATATCAGAA-GGGACTGAACAAATGTTGAATGATGAAG--AC-TTTTTGAGAAGATTT--CTGA-CACTTGT-----------------CAATCTTGGGGACAGTA-C-AGT--ATAGCTTTC--GTATGTTTG-----------------AGATTTTCC---A---TTC-ACT-CATTT--GT---T-CA-T--T-------CATT----CATTCACTCA-TT------T-------------GTTCATT----------TAAT-TTATTT-C---AT-CATT-TGCTCATTTC-TTCATTCATTATTCCATCATT-CTAATATTCAC--TAATTTGTTCATACATTTTA---TT---T--TA----T---TC
gi|9 : TT-A-TAAATGAT-TGTGAT-G-ACAATG---TTAT--TCTTAGGAGGT----GTC-GA-------TACTGAATA-ATTTTAA-AGTTAATA-AT--A-----GAG-CTTAG--TT-TT--A---T--A--C--A--GTATCGGTTA-A-----T--ACTA----ATTAA-TTGATCA-TT----AATTAAGAT-AAC---TATTCAATGTCGGAA-GTGATTGAACAAATATTGAAGGATGAAT--A--TTTTAGAGAAGATTT--CTGA-TACTTGTTAGT---A--AGACTGTCAATCTTGGGGACAGTA-C-AGT--TAAACTTTC--ATACGTTTG----TTTG-TTCATTT-GATTATTCTTTCA---TTC-ATA-AATTT--GTTCATTCA-T--TATTCT-