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Reference ( gi|3 )            :    AGCGATTTCCCATTCCTGGGG---GGTAGGGTTGACCCCAGG-GGCC-A-TATTG-AATGT-G----TAGCAT-AT--AT-TGCCTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCTT-CT--G-AAGATCT-C-A--TGTCAA-TATC-TCTGACGGTTTTC--AAGTT--ATAACCA-ATTACAATA
gi|5                          :    AGCAATTTAC-ATTTCTGGGG---G-TGGGGTTG--CCCAGGCGGCCCA-TATTG-AATGT-A----TGGCAT-ATT-AT-GCCCTGTGA-CG-TTCAG----TA------ATGCTT-CT--G-AAGATCT-CAA--TGTCCA-TATC-TCTGACGGTTTTG--AAGT----TAACCA-ATTAAAA
gi|1                          :  caAGCAATTTCTTGTTC--GGGGTTGGGTATAGTTGACCC-AGG-GGCC-ATTATTG-AATGT-A----T-GCAT-AT--AT-TGCCTGTAA-CATTTCAG----TA-----CATGCTTCCT--GAAAGAT-T-C-A--TGTCAATTATCTTCTGACGGTTTTTCAAAGTA--ATAAGCACATTACA
gi|7                          :  tcAGCAATTTCCCGTTCCTGGGG-----TGGGGTT-ACCCCTGG-GTCC-A-TATTG-AATGT-A----TAGCAT-AT--AG-TGTCTGTAC-CA-TTCAG----TA-----CATGCCT-CT--G-AAGATCT-C-A--TTTCAA-TA
gi|2                          : ttcAGCAATTTCCCGTTCCTGGG------T-GGGTT-ACCCTGGG-TCCC-A-TATTGGAATGT-A----TAGCAT-AT--AGATGTCTGTA--CA-TTCAG----TAAACAATATGCT--CT--G-A-GATCT-C-AG-TTTCAA-TATC-TCTGACGGTTTTCG-AAGCTTAATTATCA-ATTA
gi|14                         :  tcAACAATTTCCTGGTCCTAGAG---GGTGGGGTTGACCCCAAG-GGCA-A-TATTA-AATAT-A----TAGCAT-AT--AT-TGCCTGTAaca
gi|4                          :      CAATTTCTCATTCTTGGAA---GGTGGGGTTGACCCCAAG-GGCG-A-TATTG-AATGT-AA---TAGCAT-AT--AT-TGCTTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCCT-TG--A-AAGATCT-C-A--CGTCAA-TA---TCTGACGGTTTTCA-AAGTT--ATAACCA-ATTACAAT
gi|6                          :                     GGGA---GGCAGGATC-ACCTCGTGTGGTC-A-TATTA-AATAT-A----TAGCGT-AT--AT-TGCCTGTAA-CA-TTCAGTATATA-----TATGCCT-CT--G-AAGATCT-A-A--T
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gi|9                          :                                                       ATTG-AAGGT-A----TAACAT-AT--AT-TGCCTGTAA-CA-TTCAG----T------CATGACT-CT--G-AAGATCT-C-A--TGTCAA-TATC-TCTGACGGTTTTC--AAGTT--ATAACCA-ATTACAAT
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gi|10                         :                                                       ATTG-AATGT-AA---TAGCAT-AT--AT-TGCTTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCCT-TG--A-AAGATCT-C-A--CGTCAA-TA---TCTGACGGTTTCA--AAGTT--ATAACCA-ATTAC
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lowQualScore                  :                                    7          6    99 6666   6    3333 4     4 1    7     3333 3      3 7 77  7         9  9     1111  11111     2 9  99 9       2 1 55      3  4 3             55     55       0         
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Reference ( family-1583 )     :                          AGCAATTTCCCGTTCCTGGGGGGTGG--G----GTTGACCCCGG-G-GGCCA-T-ATTG-AATGT----A-TAGCAT-A-T--AT-TGCCTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCCT-CT--G-AAGATCT-C-A--TGTCAA-TATC-TCTGACGGTTTTC--AAGTT--ATAACCA-ATTACAATA
gi|1                          :                          AGCAATTTCTTGTTC---GGGGTTGG--GTATAGTTGACCC-AG-G-GGCCA-TTATTG-AATGT----A-T-GCAT-A-T--AT-TGCCTGTAA-CATTTCAG----TA-----CATGCTTCCT--GAAAGAT-T-C-A--TGTCAATTATCTTCTGACGGTTTTTCAAAGTA--ATAAGCACATTACA
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gi|14                         :                          AACAATTTCCTGGTCCTAGAGGGTGG--G----GTTGACCCCAA-G-GGCAA-T-ATTA-AATAT----A-TAGCAT-A-T--AT-TGCCTGTA
gi|15                         :                                                               ACCCGAG-G-AGCCAAT-ATTG-AACGTGCTTA-TAGGAT-A-TTCAT-TGCCTGTAGCCA-TT-AG----TA-----TATGCGT-CT--G-AAG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                  C-TCTGACGGTTTTC--AAGTT--ATAACCA-ATTTCAATA
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gi|4                          :                            CAATTTCTCATTCTTGGAAGGTGG--G----GTTGACCCCAA-G-GGCGA-T-ATTG-AATGT----AATAGCAT-A-T--AT-TGCTTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCCT-TG--A-AAGATCT-C-A--CGTCAA-TA---TCTGACGGTTTTCA-AAGTT--ATAACCA-ATTACAAT
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gi|6                          :                                         caGGGGGGAGGCAG----GATCACCTCGT-GTGGTCA-T-ATTA-AATAT----A-TAGCGT-A-T--AT-TGCCTGTAA-CA-TTCAGTATATA-----TATGCCT-CT--G-AAGATCT-A-A--T
gi|7                          : gatattaggacacttccggtttaagAGCAATTTCCCGTTCCTGGGG--TGG--G----GTT-ACCCCTG-G-GTCCA-T-ATTG-AATGT----A-TAGCAT-A-T--AG-TGTCTGTAC-CA-TTCAG----TA-----CATGCCT-CT--G-AAGATCT-C-A--TTTCAA-TA
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Reference ( family-1583 )     :                          AGCAATTTCCCGTTCCTGGGGGGTGG--G----GTTGACCCCGG-G-GGCCA-T-ATTG-AATGT----A-TAGCAT-A-T--AT-TGCCTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCCT-CT--G-AAGATCT-C-A--TGTCAA-TATC-TCTGACGGTTTTC--AAGTT--ATAACCA-ATTACAATA
gi|1                          :                          AGCAATTTCTTGTTC---GGGGTTGG--GTATAGTTGACCC-AG-G-GGCCA-TTATTG-AATGT----A-T-GCAT-A-T--AT-TGCCTGTAA-CATTTCAG----TA-----CATGCTTCCT--GAAAGAT-T-C-A--TGTCAATTATCTTCTGACGGTTTTTCAAAGTA--ATAAGCACATTACA
gi|10                         :                                                                              tc-ATTG-AATGT----AATAGCAT-A-T--AT-TGCTTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCCT-TG--A-AAGATCT-C-A--CGTCAA-TA---TCTGACGGTTTCA--AAGTT--ATAACCA-ATTAC
gi|11                         :                                                                                -ATTG-AATGT----A-TAGTAT-A-T--GT-TGCCTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCCT-CT--G-AAGATCT-C-A--TGTCAA-TGTC-TCTGACGGTTTTC---AGAT--ATAACCA-
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gi|13                         :                                                                                  TTG-AATGT----A-TTGCATTA-T--AT-TGCCTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCTT-CTTGG-AAAATCTCC-ATCTGTCAA-TATC-GCTGACG
gi|14                         :                          AACAATTTCCTGGTCCTAGAGGGTGG--G----GTTGACCCCAA-G-GGCAA-T-ATTA-AATAT----A-TAGCAT-A-T--AT-TGCCTGTA
gi|15                         :                                                               ACCCGAG-G-AGCCAAT-ATTG-AACGTGCTTA-TAGGAT-A-TTCAT-TGCCTGTAGCCA-TT-AG----TA-----TATGCGT-CT--G-AAG
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gi|2                          :                          AGCAATTTCCCGTTCCTGGG---TGG--G-----TT-ACCCTGG-G-TCCCA-T-ATTGGAATGT----A-TAGCAT-A-T--AGATGTCTGTA--CA-TTCAG----TAAACAATATGC-T-CT--G-A-GATCT-C-AG-TTTCAA-TATC-TCTGACGGTTTTCG-AAGCTTAATTATCA-ATTAgcgt
gi|3                          :                        tcAGCGATTTCCCATTCCTGGGGGGTAG--G----GTTGACCCCAG-G-GGCCA-T-ATTG-AATGT----G-TAGCAT-A-T--AT-TGCCTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCTT-CT--G-AAGATCT-C-A--TGTCAA-TATC-TCTGACGGTTTTC--AAGTT--ATAACCA-ATTACAATAaca
gi|4                          :                            CAATTTCTCATTCTTGGAAGGTGG--G----GTTGACCCCAA-G-GGCGA-T-ATTG-AATGT----AATAGCAT-A-T--AT-TGCTTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCCT-TG--A-AAGATCT-C-A--CGTCAA-TA---TCTGACGGTTTTCA-AAGTT--ATAACCA-ATTACAAT
gi|5                          :                          AGCAATTTAC-ATTTCTGGGG-GTGG--G----GTTG-CCCAGGCG-GCCCA-T-ATTG-AATGT----A-TGGCAT-ATT--AT-GCCCTGTGA-CG-TTCAG----TA------ATGCTT-CT--G-AAGATCT-CAA--TGTCCA-TATC-TCTGACGGTTTTG--AAGT----TAACCA-ATTAAAA
gi|6                          :                                         caGGGGGGAGGCAG----GATCACCTCGT-GTGGTCA-T-ATTA-AATAT----A-TAGCGT-A-T--AT-TGCCTGTAA-CA-TTCAGTATATA-----TATGCCT-CT--G-AAGATCT-A-A--T
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lowQualScore                  :                                    7          6    99 6666   6    3333 4     4 1    7     3333 3      3 7 77  7         9  9     1111  11111     2 9  99 9       2 1 55      3  4 3             55     55       0         
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Reference ( family-1583 )     :                          AGCAATTTCCCGTTCCTGGGGGGTGG--G----GTTGACCCCGG-G-GGCCA-T-ATTG-AATGT----A-TAGCAT-A-T--AT-TGCCTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCCT-CT--G-AAGATCT-C-A--TGTCAA-TATC-TCTGACGGTTTTC--AAGTT--ATAACCA-ATTACAATA
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gi|12                         :                                                                                  TTG-AATGT----A-TTGCATTA-T--AT-TGCCTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCTT-CTTGG-AAAATCTCC-ATCTGTCAA-TATC-GCTGACG
gi|13                         :                                                                                  TTG-AATGT----A-TTGCATTA-T--AT-TGCCTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCTT-CTTGG-AAAATCTCC-ATCTGTCAA-TATC-GCTGACG
gi|14                         :                          AACAATTTCCTGGTCCTAGAGGGTGG--G----GTTGACCCCAA-G-GGCAA-T-ATTA-AATAT----A-TAGCAT-A-T--AT-TGCCTGTA
gi|15                         :                                                               ACCCGAG-G-AGCCAAT-ATTG-AACGTGCTTA-TAGGAT-A-TTCAT-TGCCTGTAGCCA-TT-AG----TA-----TATGCGT-CT--G-AAG
gi|16                         :                                                                                                                                                                                  C-TCTGACGGTTTTC--AAGTT--ATAACCA-ATTTCAATA
gi|2                          :                          AGCAATTTCCCGTTCCTGGG---TGG--G-----TT-ACCCTGG-G-TCCCA-T-ATTGGAATGT----A-TAGCAT-A-T--AGATGTCTGTA--CA-TTCAG----TAAACAATATGC-T-CT--G-A-GATCT-C-AG-TTTCAA-TATC-TCTGACGGTTTTCG-AAGCTTAATTATCA-ATTAgcgt
gi|3                          :                        tcAGCGATTTCCCATTCCTGGGGGGTAG--G----GTTGACCCCAG-G-GGCCA-T-ATTG-AATGT----G-TAGCAT-A-T--AT-TGCCTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCTT-CT--G-AAGATCT-C-A--TGTCAA-TATC-TCTGACGGTTTTC--AAGTT--ATAACCA-ATTACAATAaca
gi|4                          :                            CAATTTCTCATTCTTGGAAGGTGG--G----GTTGACCCCAA-G-GGCGA-T-ATTG-AATGT----AATAGCAT-A-T--AT-TGCTTGTAA-CA-TTCAG----TA-----CATGCCT-TG--A-AAGATCT-C-A--CGTCAA-TA---TCTGACGGTTTTCA-AAGTT--ATAACCA-ATTACAAT
gi|5                          :                          AGCAATTTAC-ATTTCTGGGG-GTGG--G----GTTG-CCCAGGCG-GCCCA-T-ATTG-AATGT----A-TGGCAT-ATT--AT-GCCCTGTGA-CG-TTCAG----TA------ATGCTT-CT--G-AAGATCT-CAA--TGTCCA-TATC-TCTGACGGTTTTG--AAGT----TAACCA-ATTAAAA
gi|6                          :                                         caGGGGGGAGGCAG----GATCACCTCGT-GTGGTCA-T-ATTA-AATAT----A-TAGCGT-A-T--AT-TGCCTGTAA-CA-TTCAGTATATA-----TATGCCT-CT--G-AAGATCT-A-A--T
gi|7                          : gatattaggacacttccggtttaagAGCAATTTCCCGTTCCTGGGG--TGG--G----GTT-ACCCCTG-G-GTCCA-T-ATTG-AATGT----A-TAGCAT-A-T--AG-TGTCTGTAC-CA-TTCAG----TA-----CATGCCT-CT--G-AAGATCT-C-A--TTTCAA-TA
gi|8                          :                                                                             ttc-ATTG-AATGTT---A-TGGCAT-A-T--AT-TGCCTGTAA-CG-TTCAG----TA-----CATGCTT-TT--G-AAGATCT-C-A--TGTCAA-TA-C-TCTGACGGTTTTC--AAGTT--ATAACCA-ATTAAAAT
gi|9                          :                                                                                -ATTG-AAGGT----A-TAACAT-A-T--AT-TGCCTGTAA-CA-TTCAG----T------CATGACT-CT--G-AAGATCT-C-A--TGTCAA-TATC-TCTGACGGTTTTC--AAGTT--ATAACCA-ATTACAAT