lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111
lowQualScore : 1 3333333333333333 1 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 6666 333333333 11 4 33 44444 11 44444444 33 2 1 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222 11111 11 44444 11111 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 44 1111 44444444444444 1111 44444444444444444444 111 111 111 333333 4444444444 33 1111111111111111111111111111111111111111111111 222 1 1 1 1 1 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222222 1111 0000000000000000000 111111
lowQualScore : 5 3 4 3 0 0000000000000000 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 7777 555555555 22 0 8 33 1 88 99 22222 11 99999999 6 8 33 8 5 7 0 5 2 8 6 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1111 5 44444 77 55 6 22222 8 88888 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 00 1 66 5 5 6666 5 4 5 7 99 99 44444444444444 6 6 4444 99999999999999999999 5 1 444 8 444 444 666666 8 5555555555 44 3 4444444444444444444444444444444444444444444444 555 3 3 3 3 6 7 3 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 5 3333333 2222 5 1 5555555555555555555 2 1 777 111111
lowQualScore : . . . . . ................ . .................................................................................. .... ......... .. . . .. . .. .. ..... .. ........ . . .. . . . . . . . . .............................................................................. .... . ..... .. .. . ..... . ..... .................................................... .. . .. . . .... . . . . .. .. .............. . . .... .................... . . ... . ... ... ...... . .......... .. . .............................................. ... . . . . . . . ............................................................................................... ... ............................................................. . . ....... .... . . ................... . . ... ......
lowQualScore : 2 2 0 2 0 0000000000000000 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000 222222222 22 0 0 00 0 88 00 88888 00 00000000 0 0 44 0 0 8 8 8 2 0 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 9999 7 33333 99 88 7 00000 0 00000 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 88 4 99 0 0 2222 7 8 2 3 88 88 00000000000000 7 7 2222 88888888888888888888 0 8 000 0 000 000 888888 0 5555555555 88 2 1111111111111111111111111111111111111111111111 777 3 3 3 3 7 3 3 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 555 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 7 9999999 4444 7 3 2222222222222222222 0 1 000 555555
consensus : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAGTGGAGCGGAGTGGAG-TGGAG--CGAA-----ATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TTACCTTGCCTCTAT-ATTCAAATACGAAATGTAT--AA--G--AACTCAGTG-CA-ATGTTTGTATTGCCTTTTT-TGC-ACTT-GTC-TAATCTAATAT--ATA-TG--A--CAACAAGAATAATT-GAC-CCTCTGT-CTG-TGTTAAAATAGATNAAGG-GG-AGAACTCCGGT-ACT---AGAATGAGGT---TTCCCTTTAC--C--AA--------------TG-T-----AA-AA-GT------AGAG-GCGTT-GA-----AAGATTTGTC--AC--T-GC-----AGCA-T--ATTCAGGTAT-N-------C--AGCTG-TATCCTG-CT-TAAC---------GGACTTTTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAAATTTGTA-TTTCATCNCCTTTGT-AATT-GG-AGTAA--ACAT--CTTT-TCATG-TT----CTCATA-AACCCTAA-T-T-GA-ATAGTTNACCT---C-AATGAG---TCA---GAC----ATAGT-CAGTTTG-ATTAN-N-CAAAG-TCATAATATATA-CTA----TC-----------TTCTGG-GTTTCC-AAACGT----ACA--TTTAG-AATTG-GC-ACAGTAT-TGGATGACGGGAAATCATTT-TGTAAAAAAAA----A---AAAAAAAACACCAAAA-AAC-----GATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGTCA-GAGTCAC--------AT---GTAGAT-A-TCTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTTCAT--------ACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCC-TA-TT-CAGATTAATGT-CACT-CACTCCGCC-A--TCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
Reference ( gi|1 ) : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAG-TGGAG--TGAA-----ATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATTTTTG-TTACCTTGCCTCTATTGGCCAAATACGAAATGTAT--AA--G--AACTAAGTGGCA-ATGTTTGTA--GCCTTTTT-TGC-ACTTTGTCCTAATCTAATAC--ATAATA--G--CAACAAGAATAATT-GACACCTCTGT-CTGGTGTCAAAATAGATTAAAG-GG-AGAACTCCGGTCATT---A--ATGAGGT---T--CCTTTAC--C--AA--------------TG-T-----AA-AA-GT----TTAGAG-GCGTT-GA-----AAGATTTGTC--AC--T-GCC----AGCA-T--ATTCAGGTAT-T-------C--AGCTGGTATCCAG-CT-TAAC---------GGACTTTTTTAAAAACAC-ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAAATTTGTA-TTTCACCCCCTTTGT-AATT-GG-AGAAAT-ACAT-ACTTT-TCATG-TT----CTCATA-AACCTTAA-T-T-G--A-AGTTGACTT---C-AATGAG---TCA---GAC----A-AGT-CAGTTT--ATTAGAA-CAAAGTTCATAATATAT--CTA----TT-----------TTCTGAAGGTTCTTAAAC-T----ACA--TTTAG-AATTG-GC-ACAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAAAAAAAAAACCAAACAAAAAAAACACCAAAAAAACCCCACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGTCACGAGTCGC--------AG---GTAGAT-A-TCTTGAAATTACATCAGGGTAC----T--GAGTTCTT--------ATA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCC-TA-TT-CAGATTAATGT-CACTGCACTCCGCCCACGTCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
gi|2 : GGGTAAAAAGCTGAGTG-AATGGAATGGAGCGG-----AG-TGNNN--NNNN-----NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTACCTTACCTCTAT--ATTCAATACGAAATGTAT--AAAGG--AGCTCAGTG-CA-ATGTTTGTATTGCCTTTTTATGC-ACTT-GTC-TAATCTAATAC--ATA-TG--A--CAACAAGAATAATT-GAC--CTCTGT-GTTGTGTTAAAATAGATTAAGG-GG-AGAATTC--GT-ACT---AGAATGAGGT---TTCCCTTTAC--C--AA--------------TG-T-----AA-AAAGT------AGAA-G--TT-GA-----AAGATTTGTC--AC--T-GC-----AGCA-T--AT-CAGGTAT-C-----------GCTG-TGT---------AAC---------GGACTTTT---AAAACA--ATGAACAT--GATGAGT-TAC-CAA--TTGTA-TTTCACCCCCTTTGT-AAT---G-AGTAA---CAT-ACTTTCTCATG-TT----CTCATA-A--CCTAT-T-T-GAAA-AGTTGACTT---C-AATGAG---TCA---GAA----C-AGT-CAGTTTG-GTTAT-A-CAAAG-CCATAAT-TATTACTA----TC-----------TTCTGGTGTTTTCTAAACGG----ACA---TTAC-AATTG-GC-ACAGTATGTGGAT--CAGGAAATCATTT-TGTAAAAAAAA----ATACAAAAAAAA-A--AAAAAAACC--------TTGGAT-------------A-GATC-AC-TGT-AC-AGTCAC--------AT---GTAGAT---TC-TGAA--TACA----AATA------------------------ATA-------------------------TTTTGATTGTTT----AGCCTTT-TT-CAGATTAATGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---AGCTTTT------TACC
gi|3 : cgttgGGGTAAAAAGCTGAG----------TGGAGCGGAGTGGAGTTGGAGCATTAATCACCAATCAAAAAGCT-
gi|4 : ttgcctctatattcaaacacgaaatgtataaggaaactagtgcatatgtttgtaattgcccttttttgcatatgacaacaagaataattagaccctctgtctgtgttaaaatagataaaggggagaacttcgtactagaaatgagttttctcctttacaacaaaatgtatttaaaaagtagagtgcgttgaaatgtaagatttgttcaacgtggcatttagcattatcaggtatgctgagctgtatactgccttaacggaccttttaaaaacatgatgacataagacgagtattccaatactgtatttcatcccctttgtaaattgggtagtaacatcacttttcatgtttctcatataactctaatatgaaagttgacttcaaatgagtgctcacctgacatagtccagttttgattataatcaaagtcataatatatctaggccttattcttatctgttctgaagtttctaaaacgtcttgacaagtttagaaattgtgcaacagtattggatgaaggaaaatcatttgtaagaaaaaaaccaaaaaaacaacccccaaataaccaatttttaatctgttcgaggatcgacttgtccagagtcatgtagatatcttaattacaaatgggtgctaggagttcatatatctGGGTAAAAAGCTGAGTGGACTGGAGTGcaagccgt
gi|5 : tgaaactagattgaggttatccttcaccatcgctcacatgttaatttacggtaaaagtagagcgctgaaagatttgtcgctgcagcatatcagatatatcagctgtatcctctaaaaacaatgagcatgacaagttaccaatttgtatttcatctcctatgtaattgggagtaacattcttttcatgttaattcccataccctaatttgatagcttacctcaatgagtctgactatagtcagtttgattgttcaaagtcatattatatactatcttctaactgacatttagaattggcacagtattggatgacaggaaatcatttgtttaaaaaaaaaacaccagatttttaatctgttacatgtaagaacactgtcagagtcacatacatatagaatgtagataatcttgaatacatataggtatttagtaagttcatacatctacatgtatacatgtagcttttgattgtatcgacagcctatttcagattaatgtGGGTAAAAAGCTGAGTGGAA---------------TGGAA-TGGAG--CGGA-----GTGNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--TTACCTTGCTTCTAT-ATTCAAATACGAAATGTATTAAG--G--AACTCAGTG-CA-ATGTTTGTATTGCCTTTTT-TGC-ACTT-GTC-TAATCTAATAT--ATA-TG--A--CAACAAGAATAATT-GAC--CTCTGT-CTG-TGTTAAAATAGATTAAAG-GGGAGAACTC--GT-ACT---AGAATGAGGT---TTCCCTTTAC--C--AA--------------TG-T-----AA-AA-GT------AGAG--CGTT-GA-----AAGATTTTTC--AC--T-GC-----AGCA-T--AT-CAGGTGT---------C--AGCTG-TATCCAG-CT-TAACCATGTTAACGGACTTTT--AAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-C-AATTTGTcaaaccg
gi|18 : gcttgGGCTAAAAAGCTGAGTGAAATGGAATGGAACGGAGTG
gi|16 : aataatggcttgGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAGTGGAGTAGAGTG
gi|20 : tattaaccaattttagattaatgtTGGAGTGGAGTGGAG-TGGAG--CGAA-----ATTC-AAAAGCTAGTCTGTGATGTTatgtaccctaagcc
gi|3 : TTGCCTCTAT-ATTCAAACACGAAATGTAT--AA--GGAAACTA-GTG-CATATGTTTGTA--A------T-TGC-CCTTTTT----------TGC--ATA-TG--A--CAACAAGAATAATTAGAC-CCTCTGT-CTG-TGTTAAAATAGATAAAGG-GG-AGAACTTCG--TACTAGAA--ATGAGTTTTCT--CCTTTACAACAAAA--------------TG-TATTTAAA-AA-G------TAGAGTGCGTT-GAAATGTAAGATTTGTTCAACG-T-GGCATTTAGCA-T--TATCAGGTAT-G-------CTGAGCT-GTATACTGCCT-TAAC---------GGAC-CTTTTAAAAACATGATGA-CATAAGACGAGTATTC-CAATACTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAAATT-GG--GTAGTAACATCACTTT-TCATGTTT----CTCATATAACTCTAA-TAT-GA-A-AGTTGACTT---CAAATGAGTGCTCACCTGAC----ATAGTCCAGTTTTGATTATAATCAAAG-TCATAATATAT--CTAGGCCTTATTCTTATCTGTTCTGAAGTTTCTAAAACGTCTTGACAAGTTTAGAAATTGTGCAACAGTAT-TGGATGAAGGAAAATCA-TT-TGTAAGAAAAAAACCAA--AAAAACAACCCCCAAATAAC----CAATTTTTAATCTGT------TCGAGGATCGACTTGTCCAGAGT--C--------AT---GTAGAT-A-TCTT--AATTACAAATGGGTGC----TAGGAGTTCAT--------ATA----TC--------------TAGCTTTTTGATTGGT------------------GATTAATG---------CTCCA---AC-TCCACTCCGCTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
gi|10 : ATGTAT------G--AACTCAGTA-CA-ATGTTTGCATGGCCATTTA--GC-TCTT-GTC-TAATCTAATAT--ATA-TG--A--CAGAAAAAA-------ATACCCCTCT-CTG-TGTTAAA-TAGATGAAAG-GGAAGTACTCCTGT
gi|8 : tatatttaatt-ATGTTGATT--GCCTTTTT-TGCAACTTCGATCTAATATAATATCAAGGATATTGTCCAGAGAAAAAAATT-GACG-CTCTGTGCTGTTGGATGAATAAATGAATGTGA-ATAACTCCG-----T---ACGACCA---------CCTCAAC------A--------------TGCT-----AAGAA-GA----TCAGAG-CGGTT-GA-----AAGA-TTGTC--gtggaatgaa
gi|14 : gtataaagggacctcgtgcTGAGGT---TATCCTTTAC--T--AACTTCCACATGTTAATG-T-----AA-AA-GTAACGTTAGA--GTATT--------AAGATTAATC--AC--T-GCtttcgc
gi|6 : gaatgat--AA--------------TG-G-----AA-AA---------AAAA-GAGTTTAA-----AAGATTTGTC--ACGGTAGCA----AGCAGTGAATTT-GATAT-CAGGCTGAC--AGCT-GTATACTG-CTGTAAT----------GAC-CTTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GCCGAGT-TTCTTAAATTTATATTTTCATCACC-TTAT-ATTG-GG-AGTAAC-A----------------TT----CTCAT---ACCCTAC-T-TAG--ATAGTTCACGT---C-AGTGAA---TCA---GAC----A-AGT-CAGTTT--agtaag
gi|4 : tcagaataatttcaaagacatttaccaacattaacattttG-T-----AA-AA-GT------AGAG--CGCT-GA-----AAGATTTGTC--GC--T-GC-----AGCA-T--AT-CAGATATAT-------C--AGCTG-TATCC--------------------------TCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACAAGT-TAC-CAA-TTTGTA-TTTCATCTCCTATGT-AATT-GGGAGTAA---CAT-TCTTT-TCATG-TTAATTCCCATA---CCCTAA-T-TTG--ATAGCTTACCT---C-AATGAG---TCT---GACT---ATAGT-CAGTTTG-ATT-GTT-CAAAGT-CATATTATATA-CTA----TC-----------TTCT-----------AAC-TG---ACA--TTTAG-AATTG-GC-ACAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTTGTTTAAAAA--------------AAAAACACCA------------GATTTTTAATCTGTTACATGT-AA-GAAC-AC-TGTCA-GAGTCACATACATATAGAATGTAGATAA-TCTTGAA--TACATATAGGTATTTAGT--AAGTTCAT--------ACA----TCTACATGTATACATGTAGC-TTTTGATTGTATCGACAGCC-TATTT-CAGATTAATGT-CACT---------CCA-GT----------CCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAACCGgatcttgt
gi|7 : tgaaactagattgaggttatccttcaccatcgctcacatgttaatttacgTTCAAGTTG-A-------C--AGCCA-TATCCTG-CTCTAAC---------A-ACCTTCT-GAAAACA--ATGATCAT--GATAAGT-TAC-C-AATTTGTA-TTTCATCGCC-GTGT--ATT-GG--GAAAA-ACA----TTT-TCATA-CT----C
gi|9 : accaacaaaataatgaagttttcaaatttAC---------GGCCTTCT--AGAAACA--ATAAGCAT--GACGAGT-GAC-CA----TGCA-ATT-----CCTTTTT-CATTGGG-AGTA---ACAT-TCTTT-TAAAG-GT----CCCAT---ACCCTAATT-T-G--ATAGTTCACCTCTAC-AATGAA---TCA---GGCAATTA-AAT-CAGTTG--ATTAG-T-TAAAG-TCATAATATATA-CTA----TC-----------TTCcaatttgatagttcacccataggtcacctccatgaagtcatcacagttttgaatgtcagtttaacgttaag
gi|21 : gC---------GGACTTCT--AAAAACA--ATGAGCAT--GACCAGT-AAC-C-AATTTGTA-TT
gi|13 : ---GTAAAT-AATATTGAA--TACATATGAGTAT----T--CAGTCCAT--------ACA----TC--------------TA--------------T---TAGGC-TA-TTTCCGATAAATGT-TACT--------------------TCACTCCACTC---AGCATTT------T-CCCCAAGCCc
gi|11 : t-A-TCTTGA--TTACATATGAGTA-----T--AAGCTATTTAAATCATACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTAT---TAGCT-TATTT-CAGATTAATGT-AACTCCA-TTCACCC----CCACCCCACCCCACCCTTTAGCTTTT------TACCCCAAGacgaagaacgc
gi|17 : tga-A-TCTTGGA--TACATATGGGTAC----T--GAGTTCAT--------ACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGT
gi|12 : tgtaTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTTCAT--------ATAATTATC--------------TAGC-TTTTGATTGATT---CAGCC-TA-TT-TCATTTAATGT------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN---AGCATTT------TACCCCAAGCCGTat
gi|16 : -TT-TAGATTAATGT-CACT---------CTAC-TCCACTCCATTCCACTC---AGCTTTTTACATGTACCCTAAGCC
gi|2 : tattaaccaatCACTCCGC-----TCCATTCCATTC-ACTC---AGCTTTT------TACCCCAA
gi|5 : cgCACTCCGC-----TCCATTCCATTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaccttacctctatattcaatacgaaatgtataaaggagctcagtgcaatgtttgtattgcctttttatgcacttgtctaatctaatacatatgacaacaagaataattgacctctgtgttgtgttaaaatagattaaggggagaattcgtactagaatgaggtttccctttaccaatgtaaaaagtagaagttgaaagatttgtcactgcagcatatcaggtatcgctgtgtaacggacttttaaaacaatgaacatgatgagttaccaattgtatttcaccccctttgtaatgagtaacatactttctcatgttctcataacctatttgaaaagttgacttcaatgagtcagaacagtcagtttggttatacaaagccataattattactatcttctggtgttttctaaacggacattacaattggcacagtatgtggatcaggaaatcattttgtaaaaaaaaatacaaaaaaaaaaaaaaaaccttggatagatcactgtacagtcacatgtagattctgaatacaaataatattttgattgtttagcctttttcagattaatgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctttttacc
gi|18 : CACTCCGT-----TCCATTCCATTTCACTC---AGCTTTT------TAGCCCAAGCCATnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnttaccttgcttctatattcaaatacgaaatgtattaaggaactcagtgcaatgtttgtattgccttttttgcacttgtctaatctaatatatatgacaacaagaataattgacctctgtctgtgttaaaatagattaaaggggagaactcgtactagaatgaggtttccctttaccaatgtaaaagtagagcgttgaaagatttttcactgcagcatatcaggtgtcagctgtatccagcttaaccatgttaacggacttttaaaaacaatgagcatgacgagttaccaatttgt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAAAAAAGTACCCCTCTCTCATGTCTCTGCATGTGCATGTTAAATAGATGAAAGGGGAGAAGTCGATCCTGTTTGGA
Unaligned ( gi|19 ): ATGAATGAGGTTATCCTTTACTAACTTCCACGTGTTAATGTAAAAGTA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2222222 11 11111 1 11 111 666666666666666666666666666666666666666 11111 1111111 1111 1 11111 11111 5555555555555555555555555 11111 33333333333 222 11 111 11 333333333 1111 2222 111 111 111 111 22222 33333333333333 11 55555555555555555555555 11 1 1 1 1 1 5555555555 444444444444444444444 33333333333 1 1 1111 44444444444 111111111 11111111 11111 22222222222222 1111111 1 99999999999999999999999999 111111
lowQualScore : 6 6 2 0 0 8 0 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 6 6666666 99 2 6 6 1 6 6 6 6 55 6 66666 6 99 2 3 6 6 3 6 1 99 6 77 6 77 5 88 222 5 111111111111111111111111111111111111111 5 22222 5 0000000 2222 0 22222 22222 5 5 0000000000000000000000000 0 77777 5 4 22 77777777777 3 555 00 0 66 4 4 111 5 3 5 1 5 1 99 888888888 5 0 7777 3333 5 5555 1 0 000 5 000 000 6 999 6 6 6 11111 8 8 0 99999999999999 11 88888888888888888888888 33 3 0 0 0 0 2 2 3 0 3 0 4444444444 999999999999999999999 2 77777777777 0 0 3333 33 77777777777 1 999 66 0 555555555 88888888 22222 99999999999999 5 5555555 5 5 33333333333333333333333333 777 222222
lowQualScore : . . . . . . . ................................................................................. . . ....... .. . . . . . . . . .. . ..... . .. . . . . . . . .. . .. . .. . .. ... . ....................................... . ..... . ....... .... . ..... ..... . . ......................... . ..... . . .. ........... . ... .. . .. . . ... . . . . . . .. ......... . . .... .... . .... . . ... . ... ... . ... . . . ..... . . . .............. .. ....................... .. . . . . . . . . . . . .......... ..................... . ........... . . .... .. ........... . ... .. . ......... ........ ..... .............. . ....... . . .......................... ... ......
lowQualScore : 7 0 5 2 8 2 0 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 7777777 22 5 7 7 7 7 7 7 7 88 7 77777 7 22 5 5 7 7 3 7 7 22 7 77 7 55 7 66 777 7 666666666666666666666666666666666666666 0 55555 0 9999999 2222 0 55555 55555 0 7 1111111111111111111111111 6 33333 7 3 66 99999999999 9 666 66 1 11 4 4 222 0 0 0 4 7 4 33 666666666 7 7 9999 9999 7 7777 0 4 000 7 000 000 7 000 7 7 7 00000 0 0 8 88888888888888 00 00000000000000000000000 88 2 0 0 0 0 5 0 2 0 2 8 8888888888 888888888888888888888 5 00000000000 0 0 5555 22 55555555555 0 444 99 2 111111111 11111111 99999 44444444444444 0 4444444 7 0 33333333333333333333333333 888 888888
consensus : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGCGGAGCGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATT----TTACCTTGCCTCTAT-ATTCAAATACGAAATGTAT--AA---G--AACTCAGTG-CA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-ACTT--GTC-TAATCTAATAT-----ATA-TGA--CAACAAGAATAATT-GAC-CCTCTGT-CTG-TGTTAA--AATAGA-T-NAA-GGGGAGAACTCC-GT-ACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--T--AGAG-GCGTT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTGC-AGCA--------------T-----ATT--CAGGTATN-C--AGCTG-TATCCTGC---------T-TAACGGACTTT-CTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAAATTTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAA-TTGGG-AGTAA-ACAT-C--TTT-TCATGTT----CTCATA-AACCCTAAT-TNGATAGTTNACCTC---AA-TGAGT---CA---GAC-A--TAG-TC-AGTTT-GATTA-TA--CAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCTG--G-GTTTTT-AAA-CGN----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAAAAAAAAA--C----A--AAAAAAACA----CCAAA-AA------ACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CA-GAGTCGC-----------ATGTAGAT-A-TCTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATA----CATC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCC-TATTTCAGATTAATGT------ACT-C-ACTCCGC---C-TCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
Reference ( family-1580 ) : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAGTGGAGCGGAGTGGAGTGGAGCGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-TTACCTTGCCTCTAT-ATTCAAATACGAAATGTAT--AA---G--AACTCAGTG-CA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-ACTT--GTC-TAATCTAATAT-----ATA-TGA--CAACAAGAATAATT-GAC-CCTCTGT-CTG-TGTTAA--AATAGA-T-NAA-GGGGAGAACTCCGGT-ACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--T--AGAG-GCGTT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTGC-AGCA--------------T-----ATT--CAGGTATN-C--AGCTG-TATCCTGC---------T-TAACGGACTTTTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAAATTTGTA-TTTCATCNCCTTTGTAA-TTGG--AGTAA-ACAT-C--TTT-TCATGTT----CTCATA-AACCCTAAT-TGAATAGTTNACCTC---AA-TGAGT---CA---GAC-A--TAG-TC-AGTTT-GATTA-NN--CAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCTG--G-GTTTCC-AAA-CGT----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACGGGAAATCATTT-TGTAAAAAAAAA-------A--AAAAAAACA----CCAAA-AA------ACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CA-GAGTCAC-----------ATGTAGAT-A-TCTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATA----CATC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCC-TA-TTCAGATTAATGT-----CACT-C-ACTCCGC---CATCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
gi|1 : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGTGGAGTGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATTTTTGTTACCTTGCCTCTATTGGCCAAATACGAAATGTAT--AA---G--AACTAAGTGGCA-ATGTTTGTA---GCC-TTTTT-TGC-ACTTT-GTCCTAATCTAATAC-----ATAATAG--CAACAAGAATAATT-GACACCTCTGT-CTGGTGTCAA--AATAGA-T-TAA-AGGGAGAACTCCGGTCATTA--A-TGAGGTT---C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--TTTAGAG-GCGTT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTGCCAGCA--------------T-----ATT--CAGGTATT-C--AGCTGGTATCCAGC---------T-TAACGGACTTTTTTAAAAACAC-ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAAATTTGTA-TTTCACCCCCTTTGTAA-TTGG--AGAAATACATAC--TTT-TCATGTT----CTCATA-AACCTTAAT-TGA--AGTTGACTTC---AA-TGAGT---CA---GAC-A---AG-TC-AGTTT--ATTAGAA--CAAAGTTCATAAT-ATAT-----C--------TATTT--TCTGAAG-GTTCTT-AAA-C-T----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAAAAAAAAAACCAAACA--AAAAAAACA----CCAAA-AAAACCCCACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CACGAGTCGC-----------AGGTAGAT-A-TCTTGAAATTACATCAGGGTAC----T--GAGTT--------CTTA----TATC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCC-TA-TTCAGATTAATGT-----CACTGC-ACTCCGCCCACGTCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
gi|10 : TAT-ATTTAATTA-----TGTAT-------G--AACTCAGTA-CA-ATGTTTGCA-TGGCC-ATTTA--GC-TCTT--GTC-TAATCTAATAT-----ATA-TGA--CAG-AAAAA-AAT---AC-CC-CTCT-CTG-TGTT-A--AATAGA-TGAAA-GGGAAGTACTCCTGT-G-TGGAA-TGA
gi|11 : -A-TCTTGAT--TACATATGAGTA-----T--AAGCTATTTAAATCATA----CATC--------------TAGC-TTTTGATTGTAT---TAGCT-TATTTCAGATTAATGT-----AACT-C-CATTCAC---C-CCCACCCCACCCCACCCTTTAGCTTTT------TACCCCAAGa
gi|12 : tgaTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATATAATTATC--------------TAGC-TTTTGATTGATT---CAGCC-TA-TTTCATTTAATGT------NNN-N-NNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNN---AGCATTT------TACCCCAAGCCGT
gi|13 : TGTAAAT-AATATTGAA--TACATATGAGTAT----T--CAGTC--------CATA----CATC--------------TA--------------T---TAGGC-TATTTCCGATAAATGT--------------------------TACTTCACTCCACTC---AGCATTT------T-CCCCAAGCC
gi|14 : GAT-TGAGGTTAT-C-CTTTACTAACTTCCACATGTTA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--T--A----ACGTTAGAGTATTAA-----GATTAAT-CACTGC-AGTA--------------acgaagaacgc
gi|16 : gaat-TTTAGATTAATGT-----CACT-CTACTCC----------ACTCCATTCCACTC---AGCTTTTTACATGTACCCTAAGCCag
gi|17 : tattaaccaatTGTA----A-TCTTGGA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATA----CATC--------------TAGC-TTTTGATTGT
gi|18 : -C-ACTCCGT-----TCCATTCCATTTCACTC---AGCTTTT------TAGCCCAAGCCATat
gi|2 : aataGGGTAAAAAGCTGAGTG-AATGGAATGGAGCGGAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TTACCTTACCTCTAT-ATTCAA-TACGAAATGTAT--AAAG-G--AGCTCAGTG-CA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTTATGC-ACTT--GTC-TAATCTAATAC-----ATA-TGA--CAACAAGAATAATT-GAC-C-TCTGTGTTG-TGTTAA--AATAGA-T-TAA-GGGGAGAATTC--GT-ACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AAAG--T--AGAA-G--TT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTGC-AGCA--------------T-----AT---CAGGTATC-----GCTG-TGT-----------------AACGGACTTTT---AAAACA--ATGAACAT--GATGAGT-TAC-CAA--TTGTA-TTTCACCCCCTTTGTAA-T--G--AGTAA--CATAC--TTTCTCATGTT----CTCATA-A--CCTATT-TGAAAAGTTGACTTC---AA-TGAGT---CA---GA--A--CAG-TC-AGTTT-GGTTA-TA--CAAAG-CCATAATTAT-T----AC--------TATCT--TCTG--GTGTTTTCTAAA-CGG----ACA--TT-ACAA-TTG-GCA-CAGTATGTGGAT--CAGGAAATCATTT-TGTAAAAAAAAATAC----A--AAAAAAAAA------AAA-AA------AC---CTTGGAT-------------A-GATC-AC-TGT--A-CAGTCAC-----------ATGTAGAT---TC-TGAA--TACAAATA--------------------------ATA---------------------------TTTTGATTGTTT----AGCCTTT-TTCAGATTAATGTNNNNNNNNN-N-NNNNNNN---NNNNNNNNNNNNNNNNNNN---AGCTTTT------TACC
gi|20 : cgttgTGGAGTGGAGTGGAGTGGAGCGAAATTC-AAAAGCTAGTCTGTGATGTT
gi|21 : CGGACTT--CTAAAAACA--ATGAGCAT--GACCAGT-AAC-C-AATTTGTA-TT
gi|3 : TTGCCTCTAT-ATTCAAACACGAAATGTAT--AA---GGAAACT-AGTG-CATATGTTTGTAATTGCCCTTTTT-TGC-A--------------------------TA-TGA--CAACAAGAATAATTAGAC-CCTCTGT-CTG-TGTTAA--AATAGA-T-AAA-GGGGAGAACTTCG-T-ACTAGAAATGAGTTTTCTC-CTTTACAA------------CA--------------AAAT-----G-TATTTAAA-AA-G--T--AGAGTGCGTT-GA-----AATGTAAGATTTGTTCAACGT-GGCA--------------TTTAGCATTATCAGGTATG-CTGAGCTG-TATACTGCC--------T-TAACGGACCTTT-TAAAAACATGATGA-CATAAGACGAGTATTC-CAATACTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAAATTGGGTAGTAA--CAT-CACTTT-TCATGTTT---CTCATATAACTCTAATATGAA-AGTTGACTTC---AAATGAGTGCTCACCTGAC-A--TAG-TCCAGTTTTGATTA-TAATCAAAG-TCATAAT-ATATCTAGGCCTTATTCTTATCTGTTCTG--AAGTTTCT-AAAACGTCTTGACAAGTTTAGAAATTGTGCAACAGTAT-TGGATGAAGGAAAATCA-TT-TGTAAGAAAAAA-------ACCAAAAAAACAACCCCCAAATAA------CCAATTTTTAATCTGT------TCGAGGATCGACTTGTCCA-GAGT--C-----------ATGTAGAT-A-TCTTAAT--TACAAATGGGTGC----TAGGAGTT--------CATA----TATC--------------TAGCTTTTTGATTGGT-----------------GATTAATG--------------CTCCAA---C-TCCACTCCGCTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGTc
gi|4 : -ACTAGAT-TGAGGTTAT-C-CTTCAC--------------CATCGCTCACATGTTAA--TTTACGG-TA-----A-AA-G--T--AGAG--CGCT-GA-----AA-----GATTTGT-CGCTGC-AGCA--------------T-----AT---CAGATATATC--AGCTG-TATCCT-------------------------CTAAAAACA--ATGAGCAT--GACAAGT-TAC-CAA-TTTGTA-TTTCATCTCCTATGTAA-TTGGG-AGTAA--CATTC--TTT-TCATGTTAATTCCCATA---CCCTAAT-TTGATAGCTTACCTC---AA-TGAGT---CT---GACTA--TAG-TC-AGTTT-GATTG-TT--CAAAG-TCATATT-ATAT----AC--------TATCT--TCT-------------AA-CTG----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTTGTTT-------AA-------A--AAAAAAACA----CCA-------------GATTTTTAATCTGTTACATGT-AA-GAAC-AC-TGT-CA-GAGTCACATACATATAGAATGTAGATAA-TCTTGAA--TACATATAGGTATTTAGT--AAGTT--------CATA----CATCTACATGTATACATGTAGC-TTTTGATTGTATCGACAGCC-TATTTCAGATTAATGT--------------------------CACTCCAGTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAACCG
gi|5 : tgaaGGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATG----------GAGCGGAGTGNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN------TTACCTTGCTTCTAT-ATTCAAATACGAAATGTATTAAG---G--AACTCAGTG-CA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-ACTT--GTC-TAATCTAATAT-----ATA-TGA--CAACAAGAATAATT-GA--CCTCTGT-CTG-TGTTAA--AATAGATT-AAA-GGGGAGAACTC--GT-ACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--T--AGA--GCGTT-GA-----AA-----GATTTTT-CACTGC-AGCA--------------T-----A-T--CAGGTGT--C--AGCTG-TATCCAGCTTAACCATGT-TAACGGACTTT--TAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-C-AATTTGT
gi|6 : gcttgA--------------A--T-----G-GA-----A-AA-------AAAA-GAGTTTAA-----AA-----GATTTGT-CACGGT-AGCAAGCAGTGAATTTGAT-----AT---CAGGCTGA-C--AGCTG-TATACTGC---------TGTAATG-ACCTT-CTAAAAACA--ATGAGCAT--GCCGAGT-TTCTTAAATTTATATTTTCATCACC-TTATAT-TGGG--AGT-A-ACA--------------TT----CTCAT---ACCCTACT-TAGATAGTTCACGTC---AG-TGAAT---CA---GAC-A---AG-TC-AGTTT-GAT
gi|7 : tcagaataatttcaaagacatttaccaacattaacattttTT--CAAGTTGA-C--AGCCA-TATCCTGC---------TCTAACA-ACCTT-CTGAAAACA--ATGATCAT--GATAAGT-TAC-C-AATTTGTA-TTTCATCGCC-GTGT-A-TTGG--GAAAA-ACA-----TTT-TCAT---------------ACTCCAAT-TTGATAGTTCACCC-----A-TAGGT---CA---cttgt
gi|8 : accaacaaaataatgaagttttcaaatttGTAT--AAAGGG--ACCTC-GTG-CA--TGTT-G-A-TTGCC-TTTTT-TGCAACTTCGATC-TAATATAATATCAAGGATA-TTGTCCAGAGAAAAAAATT-GAC-GCTCTGTGCTG-T-TGGATGAATAAA-T-GAATGTGAATAACTCC-GT-AC--GA----------C-CACCTCAA--------------C---------------A--T-----GCTA-----AGAA-GATC--AGAG-CGGTT-GA-----AA-----GA-TTGT-Ccctccatgaagtcatcacagttttgaatgtcagtttaacgttaag
gi|9 : ACGGCCTT--CTAGAAACA--ATAAGCAT--GACGAGT-GAC-CA----TGCA-ATTC-----CTTTTTCA-TTGGG-AGTAA--CATTC--TTT-TAAAGGT----CCCATA---CCCTAAT-TTGATAGTTCACCTCTACAA-TGAAT---CA---GGC-AATTAAATC-AGTT--GATTA-GT--TAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCtttcgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAAAAAAGTACCCCTCTCTCATGTCTCTGCATGTGCATGTTAAATAGATGAAAGGGGAGAAGTCGATCCTGTTTGGA
Unaligned ( gi|19 ): ATGAATGAGGTTATCCTTTACTAACTTCCACGTGTTAATGTAAAAGTA
Alignments
lowQualScore : 1 33333 2222222 11111 1 1 111 666666666666666666666666666666666666666 11111 1111 1111 1 11111 11111 5555555555555555555555555 11111 33333333333 11 111 333333333 1111 2222 111 111 111 111 22222 33333333333333 11 44444444444444444444444 11 1 1 1 1 1 3333333333333333 444444444444444444444 33333333333 1 1 1111 44444444444 111111111 11111111 1111 22222222222222 1111 8888888888888888888888888 111111
lowQualScore : 6 6 0 0 8 0 55555 8 6 6666666 99 2 6 6 1 6 6 6 7777 99 6 66666 6 99 2 3 6 777 3 6 1 99 77 3 1 6 99 3 88 222 5 111111111111111111111111111111111111111 5 22222 5 5555 2222 0 22222 22222 5 5 0000000000000000000000000 0 77777 5 4 22 77777777777 3 44 0 00 0 66 4 4 111 5 3 5 8 5 0 5 1 888888888 5 0 7777 3333 6 5 1 0 000 5 000 000 6 999 6 6 6 11111 8 8 0 99999999999999 11 55555555555555555555555 33 3 0 0 0 0 2 3 0 7777777777777777 999999999999999999999 2 77777777777 0 0 3333 66 77777777777 1 999 66 0 555555555 88888888 2 0000 99999999999999 5 22 4444 0 9999999999999999999999999 777 222222
lowQualScore : . . . . . . ..... . . ....... .. . . . . . . . .... .. . ..... . .. . . . ... . . . .. .. . . . .. . .. ... . ....................................... . ..... . .... .... . ..... ..... . . ......................... . ..... . . .. ........... . .. . .. . .. . . ... . . . . . . . . ......... . . .... .... . . . . ... . ... ... . ... . . . ..... . . . .............. .. ....................... .. . . . . . . . . ................ ..................... . ........... . . .... .. ........... . ... .. . ......... ........ . .... .............. . .. .... . ......................... ... ......
lowQualScore : 7 5 8 8 2 0 77777 0 0 7777777 22 5 7 7 7 7 7 7 0000 22 7 77777 7 22 5 5 7 555 3 7 7 22 77 3 0 7 22 6 66 777 7 666666666666666666666666666666666666666 0 55555 0 0000 2222 0 55555 55555 0 7 1111111111111111111111111 6 33333 7 3 66 99999999999 9 88 9 66 1 11 4 4 222 0 0 0 4 7 7 7 7 666666666 7 7 9999 9999 6 4 0 4 000 7 000 000 7 000 7 7 7 00000 0 0 8 88888888888888 00 22222222222222222222222 88 2 0 0 0 0 5 2 0 8888888888888888 888888888888888888888 5 00000000000 0 0 5555 88 55555555555 0 444 99 2 111111111 11111111 2 6666 44444444444444 0 11 1111 1 5555555555555555555555555 888 888888
consensus : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGCGGAGCGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATT----TTACCTTGCCTCTA-TATTCAAATACGAAATGTAT--AA---G--AACTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-CCTCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGAT-NAA-GGGGAGAACTCC-G--TACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--TAGAG-GCGTT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTG-CAGCA--------------T-----ATT--CAGGTATN-C--AGCT-GTATCCTGC---------T-TAACGGAC-CTTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAAATTTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAA-TTGGG-AGTAA-ACAT-C--TTT-TCATGTT----CTCATA-AACCCTAATTTGATAGTTNACCTC---AA-TGAGT---CA---GAC-A--TAG-TC-AGTTT-GATTAT-A--CAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCTG--G-GTTTT-TAAA-CGN----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAA------AAA--CAAAAAAAACA----CCAAA-AA------ACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CA-GAGTCGC-----------ATGTAGAT-A-TCTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCCTATTTCAGATTAATGT-------ACT-CACTCCGCC----TCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
Reference ( family-1580 ) : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGCGGAGCGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATT----TTACCTTGCCTCTA-TATTCAAATACGAAATGTAT--AA---G--AACTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-CCTCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGAT-NAA-GGGGAGAACTCC-G--TACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--TAGAG-GCGTT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTG-CAGCA--------------T-----ATT--CAGGTATN-C--AGCT-GTATCCTGC---------T-TAACGGAC-TTTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAAATTTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAA-TTGGG-AGTAA-ACAT-C--TTT-TCATGTT----CTCATA-AACCCTAATTNGATAGTTNACCTC---AA-TGAGT---CA---GAC-A--TAG-TC-AGTTT-GATTAT-A--CAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCTG--G-GTTTT-TAAA-CGN----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAA------AAA--CAAAAAAAACA----CCAAA-AA------ACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CA-GAGTCGC-----------ATGTAGAT-A-TCTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCCTATTTCAGATTAATGT-------ACT-CACTCCGCC----TCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
gi|1 : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGTGGAGTGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATTTTTGTTACCTTGCCTCTATTGGCCAAATACGAAATGTAT--AA---G--AACTAAGTGGCA-ATGTTTGTA---GCC-TTTTT-TGC-ACTTT--GTCCTAATCTAATAC-----ATAATAG--CAACAAGAATAATT-GACACCTCTGT-CTGGTGTCAA--AATAGAT-TAA-AGGGAGAACTCC-GGTCATT--AA-TGAGGTT---C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-GTTTAGAG-GCGTT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTGCCAGCA--------------T-----ATT--CAGGTATT-C--AGCTGGTATCCAGC---------T-TAACGGACTTTTTTAAAAACAC-ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAAATTTGTA-TTTCACCCCCTTTGTAA-TT-GG-AGAAATACATAC--TTT-TCATGTT----CTCATA-AACCTTAATT-GA-AGTTGACTTC---AA-TGAGT---CA---GAC-A---AG-TC-AGTTT--ATTAGAA--CAAAGTTCATAAT-ATAT-----C--------TATTT--TCTGAAG-GTTCT-TAAA-C-T----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAAAAAACCAAA--CAAAAAAAACA----CCAAA-AAAACCCCACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CACGAGTCGC-----------AGGTAGAT-A-TCTTGAAATTACATCAGGGTAC----T--GAGTT--------CTTATA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCCTA-TTCAGATTAATGTC------ACTGCACTCCGCCCACGTCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
gi|10 : TA-TATTTAATTA-----TGTAT-------G--AACTCAGT-ACA-ATGTTTGCA-TGGCC-ATTTA--GC-TC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAG-AAAAA-AAT---AC-CC-CTCT-CT-GTGTT-A--AATAGATGAAA-GGGAAGTACTCCTG--TG-TGGAA-TGA
gi|11 : -A-TCTTGAT--TACATATGAGTA-----T--AAGCTATTTAAATCATACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTAT---TAGCTTATTTCAGATTAATGTA------ACT-CCATTCACC----CCCACCCCACCCCACCCTTTAGCTTTT------TACCCCAAGa
gi|12 : tgaTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATATAATTATC--------------TAGC-TTTTGATTGATT---CAGCCTATTTCAT-TTAATGTN------NNN-NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNN---AGCATTT------TACCCCAAGCCGT
gi|13 : TGTAAAT-AATATTGAA--TACATATGAGTAT----T--CAGTC--------CATACA----TC--------------TA--------------T---TAGGCTATTTCCGATAAATGT--------------------------TACTTCACTCCACTC---AGCATTT------T-CCCCAAGCC
gi|14 : GAT-TGAGGTTAT-C-CTTTACTAACTTCCACATGTTA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--TA----ACGTTAGAGTATTAA-----GATTAAT-CACTG-CAGTA--------------acgaagaacgc
gi|16 : gaatT---TAACCAATTTTAGATTAATGT-----------CACTCTAC-----TCCACTCCATTCCACTC---AGCTTTTTACATGTACCCTAAGCCag
gi|17 : taTGTA----A-TCTTGGA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGT
gi|18 : -CACTCCGT-----TCCATTCCATTTCACTC---AGCTTTT------TAGCCCAAGCCATat
gi|2 : aataGGGTAAAAAGCTGAGTG-AATGGAATGGAGCGGAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TTACCTTACCTCTA-TATTCAA-TACGAAATGTAT--AAAG-G--AGCTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTTATGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAC-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-C-TCTGTGTT-GTGTTAA--AATAGAT-TAA-GGGGAGAATTC--G--TACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AAAG--TAGAA-G--TT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTG-CAGCA--------------T-----AT---CAGGTATC-----GCT-GTGT-----------------AACGGAC-TTTT--AAAACA--ATGAACAT--GATGAGT-TAC-CAA--TTGTA-TTTCACCCCCTTTGTAA-T---G-AGTAA--CATAC--TTTCTCATGTT----CTCATA-A--CCTATTTGAAAAGTTGACTTC---AA-TGAGT---CA---GA--A--CAG-TC-AGTTT-GGTTAT-A--CAAAG-CCATAATTAT-T----AC--------TATCT--TCTG--GTGTTTTCTAAA-CGG----ACA--TT-ACAA-TTG-GCA-CAGTATGTGGAT--CAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAA------AAATACAAAAAAAAAA------AAA-AA------AC---CTTGGAT-------------A-GATC-AC-TGT--A-CAGTCAC-----------ATGTAGAT---TC-TGAA--TACAAATA--------------------------ATA---------------------------TTTTGATTGTTT----AGCCTTTTTCAGATTAATGTNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNN---AGCTTTT------TACC
gi|20 : cgttgTGGAGTGGAGTGGAGTGGAGCGAAATTC-AAAAGCTAGTCTGTGATGTT
gi|21 : CGGAC-TT-CTAAAAACA--ATGAGCAT--GACCAGT-AAC-C-AATTTGTA-TT
gi|3 : TTGCCTCTA-TATTCAAACACGAAATGTAT--AA---GGAAACT-AGT-GCATATGTTTGTAATTGCCCTTTTT-TGC-A---------------------------T-ATGA--CAACAAGAATAATTAGAC-CCTCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGAT-AAA-GGGGAGAACTTC-G--TACTAGAAATGAGTTTTCTC-CTTTACAA------------CA--------------AAAT-----G-TATTTAAA-AA-G--TAGAGTGCGTT-GA-----AATGTAAGATTTGTTCAACG-TGGCA--------------TTTAGCATTATCAGGTATG-CTGAGCT-GTATACTGCC--------T-TAACGGAC-CTTTTAAAAACATGATGA-CATAAGACGAGTATTC-CAATACTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAAATTGGGTAGTAA--CAT-CACTTT-TCATGTTT---CTCATATAACTCTAATATGAAAGTTGACTTC---AAATGAGTGCTCACCTGAC-A--TAG-TCCAGTTTTGATTAT-AATCAAAG-TCATAAT-ATATCTAGGCCTTATTCTTATCTGTTCTG--AAGTTTC-TAAAACGTCTTGACAAGTTTAGAAATTGTGCAACAGTAT-TGGATGAAGGAAAATCA-TT-TGTAAGAAAA------AAA--CCAAAAAAACAACCCCCAAATAA------CCAATTTTTAATCTGT------TCGAGGATCGACTTGTCCA-GAGT--C-----------ATGTAGAT-A-TCTTAAT--TACAAATGGGTGC----TAGGAGTT--------CATATA----TC--------------TAGCTTTTTGATTGGT----------------GATTAATG--------------CTCCAAC----TCCACTCCGCTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGTc
gi|4 : ACTAGAT-TGAGGTTAT-C-CTTCAC--------------CATCGCTCACATGTTAA--TTTACGG-TA-----A-AA-G--TAGAG--CGCT-GA-----AA-----GATTTGT-CGCTG-CAGCA--------------T-----AT---CAGATATATC--AGCT-GTATCCT-------------------------CTAAAAACA--ATGAGCAT--GACAAGT-TAC-CAA-TTTGTA-TTTCATCTCCTATGTAA-TTGGG-AGTAA--CATTC--TTT-TCATGTTAATTCCCATA---CCCTAATTTGATAGCTTACCTC---AA-TGAGT---CT---GACTA--TAG-TC-AGTTT-GATTGT-T--CAAAG-TCATATT-ATAT----AC--------TATCT--TCT-------------AA-CTG----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTTGTTTAA-----------------AAAAAAAACA----CCA-------------GATTTTTAATCTGTTACATGT-AA-GAAC-AC-TGT-CA-GAGTCACATACATATAGAATGTAGATAA-TCTTGAA--TACATATAGGTATTTAGT--AAGTT--------CATACA----TCTACATGTATACATGTAGC-TTTTGATTGTATCGACAGCCTATTTCAGATTAATGT--------------------------CACTCCAGTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAACCG
gi|5 : tgaaGGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAG----------CGGAGTGNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT------ACCTTGCTTCTA-TATTCAAATACGAAATGTATTAAG---G--AACTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-C-TCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGAT-TAAAGGGGAGAACT-C-G--TACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--TAGA--GCGTT-GA-----AA-----GATTTTT-CACTG-CAGCA--------------T-----A-T--CAGGTGT--C--AGCT-GTATCCAGCTTAACCATGT-TAACGGAC-TTT-TAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-C-AATTTGT
gi|6 : gcttgA--------------A--T-----G-GA-----A-AA-----AAAA-GAGTTTAA-----AA-----GATTTGT-CACGG-TAGCAAGCAGTGAATTTGAT-----AT---CAGGCTGA-C--AGCT-GTATACTGC---------TGTAATG-AC-CTTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GCCGAGT-TTCTTAAATTTATATTTTCATCACC-TTAT-A-TTGGG-AGT-A-ACA--------------TT----CTCAT---ACCCTACTTAGATAGTTCACGTC---AG-TGAAT---CA---GAC-A---AG-TC-AGTTT-GAT
gi|7 : tcagaataatttcaaagacatttaccaacattaacattttTT--CAAGTTGA-C--AGCC-ATATCCTGC---------TCTAACA-AC-CTTCTGAAAACA--ATGATCAT--GATAAGT-TAC-C-AATTTGTA-TTTCATCGCC-GTGT-A-TTGGG-AA-AA-ACA-----TTT-TCAT---------------ACTCCAATTTGATAGTTCACCC-----A-TAGGT---CA---cttgt
gi|8 : accaacaaaataatgaagttttcaaatttGTAT--AAAGGG--ACCTC-GT-GCA--TGTT-G-A-TTGCC-TTTTT-TGCAAC-TTCGAT-CTAATATAATATCAAGGAT-ATTGTCCAGAGAAAAAAATT-GAC-GCTCTGTGCT-GT-TGGATGAATAAAT-GAATGTGAATAACTCC-G--TAC--GA----------C-CACCTCAA--------------C---------------A--T-----GCTA-----AGAA-GATCAGAG-CGGTT-GA-----AA-----GA-TTGT-Ccctccatgaagtcatcacagttttgaatgtcagtttaacgttaag
gi|9 : ACGG-C-CTTCTAGAAACA--ATAAGCAT--GACGAGT-GAC-CA----TGCA-ATTC-----CTTTTTCA-TTGGG-AGTAA--CATTC--TTT-TAAAGGT----CCCATA---CCCTAATTTGATAGTTCACCTCTACAA-TGAAT---CA---GGC-AATTAAATC-AGTT--GATTAG-T--TAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCtttcgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAAAAAAGTACCCCTCTCTCATGTCTCTGCATGTGCATGTTAAATAGATGAAAGGGGAGAAGTCGATCCTGTTTGGA
Unaligned ( gi|19 ): ATGAATGAGGTTATCCTTTACTAACTTCCACGTGTTAATGTAAAAGTA
Alignments
lowQualScore : 1 33333 2222222 11111 1 1 111 666666666666666666666666666666666666666 11111 1111 1111 1 11111 11111 5555555555555555555555555 11111 33333333333 11 111 11 333333 1111 2222 111 111 111 22222 22222 33333333333333 11 44444444444444444444444 11 1 1 1 1 1 3333333333333333 444444444444444444444 33333333333 1 1 1111 44444444444 111111111 11111111 1111 22222222222222 1111 8888888888888888888888888 111111
lowQualScore : 6 6 0 0 8 0 55555 8 6 6666666 99 2 6 6 1 6 6 6 7777 99 6 66666 6 99 2 3 6 777 3 6 1 99 77 3 1 6 99 3 88 222 5 111111111111111111111111111111111111111 5 22222 5 5555 2222 0 22222 22222 5 5 0000000000000000000000000 0 77777 5 4 22 77777777777 77777 00 0 66 4 4 111 5 3 5 8 5 0 5 66 77 222222 5 0 7777 3333 1 5 5 1 0 000 5 000 000 33333 6 6 11111 8 8 0 99999999999999 11 55555555555555555555555 33 3 0 0 0 0 2 3 0 7777777777777777 999999999999999999999 2 77777777777 0 0 3333 66 77777777777 1 999 66 0 555555555 88888888 2 0000 99999999999999 5 22 4444 0 9999999999999999999999999 777 222222
lowQualScore : . . . . . . ..... . . ....... .. . . . . . . . .... .. . ..... . .. . . . ... . . . .. .. . . . .. . .. ... . ....................................... . ..... . .... .... . ..... ..... . . ......................... . ..... . . .. ........... ..... .. . .. . . ... . . . . . . . .. .. ...... . . .... .... . . . . . ... . ... ... ..... . . ..... . . . .............. .. ....................... .. . . . . . . . . ................ ..................... . ........... . . .... .. ........... . ... .. . ......... ........ . .... .............. . .. .... . ......................... ... ......
lowQualScore : 7 5 8 8 2 0 77777 0 0 7777777 22 5 7 7 7 7 7 7 0000 22 7 77777 7 22 5 5 7 555 3 7 7 22 77 3 0 7 22 6 66 777 7 666666666666666666666666666666666666666 0 55555 0 0000 2222 0 55555 55555 0 7 1111111111111111111111111 6 33333 7 3 66 99999999999 77777 66 1 11 4 4 222 0 0 0 4 7 7 7 77 77 999999 7 7 9999 9999 4 4 7 0 4 000 7 000 000 33333 7 7 00000 0 0 8 88888888888888 00 22222222222222222222222 88 2 0 0 0 0 5 2 0 8888888888888888 888888888888888888888 5 00000000000 0 0 5555 88 55555555555 0 444 99 2 111111111 11111111 2 6666 44444444444444 0 11 1111 1 5555555555555555555555555 888 888888
consensus : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGCGGAGCGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATT----TTACCTTGCCTCTA-TATTCAAATACGAAATGTAT--AA---G--AACTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-CCTCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGAT-NAA-GGGGAGAACTCC-G--TACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--TAGAG-GCGTT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTG-CAGCA--------------T-----ATT--CAGGTATN-C--AGCT-GTATCCTGC---------T-TAACGGAC-CTTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAAATTTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAA-TTGGG-AGTAA-ACA-T-C--TTT-TCATGTT----CTCATA-AACCCTAATTTGATA-GTTNACCT---CAA-TGAGT---CA---GAC-AT--AGTC-AGTTT-GATTAT-A--CAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCTG--G-GTTTT-TAAA-CGN----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAA------AAA--CAAAAAAAACA----CCAAA-AA------ACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CA-GAGTCGC-----------ATGTAGAT-A-TCTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCCTATTTCAGATTAATGT-------ACT-CACTCCGCC----TCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
Reference ( family-1580 ) : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGCGGAGCGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATT----TTACCTTGCCTCTA-TATTCAAATACGAAATGTAT--AA---G--AACTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-CCTCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGAT-NAA-GGGGAGAACTCC-G--TACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--TAGAG-GCGTT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTG-CAGCA--------------T-----ATT--CAGGTATN-C--AGCT-GTATCCTGC---------T-TAACGGAC-CTTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAAATTTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAA-TTGGG-AGTAA-ACA-T-C--TTT-TCATGTT----CTCATA-AACCCTAATTTGATA-GTTNACCT---CAA-TGAGT---CA---GAC-AT--AGTC-AGTTT-GATTAT-A--CAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCTG--G-GTTTT-TAAA-CGN----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAA------AAA--CAAAAAAAACA----CCAAA-AA------ACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CA-GAGTCGC-----------ATGTAGAT-A-TCTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCCTATTTCAGATTAATGT-------ACT-CACTCCGCC----TCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
gi|1 : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGTGGAGTGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATTTTTGTTACCTTGCCTCTATTGGCCAAATACGAAATGTAT--AA---G--AACTAAGTGGCA-ATGTTTGTA---GCC-TTTTT-TGC-ACTTT--GTCCTAATCTAATAC-----ATAATAG--CAACAAGAATAATT-GACACCTCTGT-CTGGTGTCAA--AATAGAT-TAA-AGGGAGAACTCC-GGTCATT--AA-TGAGGTT---C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-GTTTAGAG-GCGTT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTGCCAGCA--------------T-----ATT--CAGGTATT-C--AGCTGGTATCCAGC---------T-TAACGGACTTTTTTAAAAACAC-ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAAATTTGTA-TTTCACCCCCTTTGTAA-TT-GG-AGAAATACA-TAC--TTT-TCATGTT----CTCATA-AACCTTAA-TTGA-A-GTTGACTT---CAA-TGAGT---CA---GAC-A---AGTC-AGTTT--ATTAGAA--CAAAGTTCATAAT-ATAT-----C--------TATTT--TCTGAAG-GTTCT-TAAA-C-T----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAAAAAACCAAA--CAAAAAAAACA----CCAAA-AAAACCCCACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CACGAGTCGC-----------AGGTAGAT-A-TCTTGAAATTACATCAGGGTAC----T--GAGTT--------CTTATA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCCTA-TTCAGATTAATGTC------ACTGCACTCCGCCCACGTCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
gi|10 : TA-TATTTAATTA-----TGTAT-------G--AACTCAGT-ACA-ATGTTTGCA-TGGCC-ATTTA--GC-TC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAG-AAAAA-AAT---AC-CC-CTCT-CT-GTGTT-A--AATAGATGAAA-GGGAAGTACTCCTG--TG-TGGAA-TGA
gi|11 : -A-TCTTGAT--TACATATGAGTA-----T--AAGCTATTTAAATCATACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTAT---TAGCTTATTTCAGATTAATGTA------ACT-CCATTCACC----CCCACCCCACCCCACCCTTTAGCTTTT------TACCCCAAGa
gi|12 : tgaTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATATAATTATC--------------TAGC-TTTTGATTGATT---CAGCCTATTTCAT-TTAATGTN------NNN-NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNN---AGCATTT------TACCCCAAGCCGT
gi|13 : TGTAAAT-AATATTGAA--TACATATGAGTAT----T--CAGTC--------CATACA----TC--------------TA--------------T---TAGGCTATTTCCGATAAATGT--------------------------TACTTCACTCCACTC---AGCATTT------T-CCCCAAGCC
gi|14 : GAT-TGAGGTTAT-C-CTTTACTAACTTCCACATGTTA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--TA----ACGTTAGAGTATTAA-----GATTAAT-CACTG-CAGTA--------------acgaagaacgc
gi|16 : gaatT---TAACCAATTTTAGATTAATGT-----------CACTCTAC-----TCCACTCCATTCCACTC---AGCTTTTTACATGTACCCTAAGCCag
gi|17 : taTGTA----A-TCTTGGA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGT
gi|18 : -CACTCCGT-----TCCATTCCATTTCACTC---AGCTTTT------TAGCCCAAGCCATat
gi|2 : aataGGGTAAAAAGCTGAGTG-AATGGAATGGAGCGGAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TTACCTTACCTCTA-TATTCAA-TACGAAATGTAT--AAAG-G--AGCTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTTATGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAC-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-C-TCTGTGTT-GTGTTAA--AATAGAT-TAA-GGGGAGAATTC--G--TACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AAAG--TAGAA-G--TT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTG-CAGCA--------------T-----AT---CAGGTATC-----GCT-GTGT-----------------AACGGAC-TTTT--AAAACA--ATGAACAT--GATGAGT-TAC-CAA--TTGTA-TTTCACCCCCTTTGTAA-T---G-AGTAA--CA-TAC--TTTCTCATGTT----CTCATA-A--CCTA-TTTGAAAAGTTGACTT---CAA-TGAGT---CA---GA--AC--AGTC-AGTTT-GGTTAT-A--CAAAG-CCATAATTAT-T----AC--------TATCT--TCTG--GTGTTTTCTAAA-CGG----ACA--TT-ACAA-TTG-GCA-CAGTATGTGGAT--CAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAA------AAATACAAAAAAAAAA------AAA-AA------AC---CTTGGAT-------------A-GATC-AC-TGT--A-CAGTCAC-----------ATGTAGAT---TC-TGAA--TACAAATA--------------------------ATA---------------------------TTTTGATTGTTT----AGCCTTTTTCAGATTAATGTNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNN---AGCTTTT------TACC
gi|20 : cgttgTGGAGTGGAGTGGAGTGGAGCGAAATTC-AAAAGCTAGTCTGTGATGTT
gi|21 : CGGAC--TTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACCAGT-AAC-C-AATTTGTA-TT
gi|3 : TTGCCTCTA-TATTCAAACACGAAATGTAT--AA---GGAAACT-AGT-GCATATGTTTGTAATTGCCCTTTTT-TGC-A---------------------------T-ATGA--CAACAAGAATAATTAGAC-CCTCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGAT-AAA-GGGGAGAACTTC-G--TACTAGAAATGAGTTTTCTC-CTTTACAA------------CA--------------AAAT-----G-TATTTAAA-AA-G--TAGAGTGCGTT-GA-----AATGTAAGATTTGTTCAACG-TGGCA--------------TTTAGCATTATCAGGTATG-CTGAGCT-GTATACTGCC--------T-TAACGGAC-CTTTTAAAAACATGATGA-CATAAGACGAGTATTC-CAATACTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAAATTGGGTAGTAA--CA-T-CACTTT-TCATGTTT---CTCATATAACTCTAATATGAAA-GTTGACTT---CAAATGAGTGCTCACCTGAC-AT--AGTCCAGTTTTGATTAT-AATCAAAG-TCATAAT-ATATCTAGGCCTTATTCTTATCTGTTCTG--AAGTTTC-TAAAACGTCTTGACAAGTTTAGAAATTGTGCAACAGTAT-TGGATGAAGGAAAATCA-TT-TGTAAGAAAA------AAA--CCAAAAAAACAACCCCCAAATAA------CCAATTTTTAATCTGT------TCGAGGATCGACTTGTCCA-GAGT--C-----------ATGTAGAT-A-TCTTAAT--TACAAATGGGTGC----TAGGAGTT--------CATATA----TC--------------TAGCTTTTTGATTGGT----------------GATTAATG--------------CTCCAAC----TCCACTCCGCTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGTc
gi|4 : ACTAGAT-TGAGGTTAT-C-CTTCAC--------------CATCGCTCACATGTTAA--TTTACGG-TA-----A-AA-G--TAGAG--CGCT-GA-----AA-----GATTTGT-CGCTG-CAGCA--------------T-----AT---CAGATATATC--AGCT-GTATCCT-------------------------CTAAAAACA--ATGAGCAT--GACAAGT-TAC-CAA-TTTGTA-TTTCATCTCCTATGTAA-TTGGG-AGTAA--CA-TTC--TTT-TCATGTTAATTCCCATA---CCCTAATTTGATA-GCTTACCT---CAA-TGAGT---CT---GACTAT--AGTC-AGTTT-GATTGT-T--CAAAG-TCATATT-ATAT----AC--------TATCT--TCT-------------AA-CTG----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTTGTTTAA-----------------AAAAAAAACA----CCA-------------GATTTTTAATCTGTTACATGT-AA-GAAC-AC-TGT-CA-GAGTCACATACATATAGAATGTAGATAA-TCTTGAA--TACATATAGGTATTTAGT--AAGTT--------CATACA----TCTACATGTATACATGTAGC-TTTTGATTGTATCGACAGCCTATTTCAGATTAATGT--------------------------CACTCCAGTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAACCG
gi|5 : tgaaGGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAG----------CGGAGTGNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT------ACCTTGCTTCTA-TATTCAAATACGAAATGTATTAAG---G--AACTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-C-TCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGAT-TAAAGGGGAGAACT-C-G--TACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--TAGA--GCGTT-GA-----AA-----GATTTTT-CACTG-CAGCA--------------T-----A-T--CAGGTGT--C--AGCT-GTATCCAGCTTAACCATGT-TAACGGA--CTTTTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-C-AATTTGT
gi|6 : gcttgA--------------A--T-----G-GA-----A-AA-----AAAA-GAGTTTAA-----AA-----GATTTGT-CACGG-TAGCAAGCAGTGAATTTGAT-----AT---CAGGCTGA-C--AGCT-GTATACTGC---------TGTAATG-AC-CTTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GCCGAGT-TTCTTAAATTTATATTTTCATCACC-TTAT-A-TTGGG-AGT-A-ACA---------------TT----CTCAT---ACCCTACTTAGATA-GTTCACGT---CAG-TGAAT---CA---GAC-A---AGTC-AGTTT-GAT
gi|7 : tcagaataatttcaaagacatttaccaacattaacattttTT--CAAGTTGA-C--AGCC-ATATCCTGC---------TCTAACA-AC-CTTCTGAAAACA--ATGATCAT--GATAAGT-TAC-C-AATTTGTA-TTTCATCGCC-GTGT-A-TTGGG-AA-AA-ACA------TTT-TCAT---------------ACTCCAATTTGATA-GTTCACCC-----A-TAGGT---CA---cttgt
gi|8 : accaacaaaataatgaagttttcaaatttGTAT--AAAGGG--ACCTC-GT-GCA--TGTT-G-A-TTGCC-TTTTT-TGCAAC-TTCGAT-CTAATATAATATCAAGGAT-ATTGTCCAGAGAAAAAAATT-GAC-GCTCTGTGCT-GT-TGGATGAATAAAT-GAATGTGAATAACTCC-G--TAC--GA----------C-CACCTCAA--------------C---------------A--T-----GCTA-----AGAA-GATCAGAG-CGGTT-GA-----AA-----GA-TTGT-Ccctccatgaagtcatcacagttttgaatgtcagtttaacgttaag
gi|9 : ACGG-C-CTTCTAGAAACA--ATAAGCAT--GACGAGT-GAC-CA----TGCA-ATT-----CCTTTTTCA-TTGGG-AGT-A-ACATT-C--TTT-TAAAGGT----CCCAT---ACCCTAATTTGATA-GTTCACCTCTACAA-TGAAT---CA---GGCAATTAAATC-AG-TT-GATTAG-T--TAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCtttcgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAAAAAAGTACCCCTCTCTCATGTCTCTGCATGTGCATGTTAAATAGATGAAAGGGGAGAAGTCGATCCTGTTTGGA
Unaligned ( gi|19 ): ATGAATGAGGTTATCCTTTACTAACTTCCACGTGTTAATGTAAAAGTA
Alignments
lowQualScore : 1 33333 2222222 11111 1 1 111 666666666666666666666666666666666666666 11111 1111 1111 1 11111 11111 5555555555555555555555555 11111 33333333333 11 111 11 333333 1111 2222 111 111 111 22222 22222 33333333333333 11 44444444444444444444444 11 1 1 1 1 1 3333333333333333 444444444444444444444 33333333333 1 1 1111 44444444444 111111111 11111111 1111 22222222222222 1111 8888888888888888888888888 111111
lowQualScore : 6 6 0 0 8 0 55555 8 6 6666666 99 2 6 6 1 6 6 6 7777 99 6 66666 6 99 2 3 6 777 3 6 1 99 77 3 1 6 99 3 88 222 5 111111111111111111111111111111111111111 5 22222 5 5555 2222 0 22222 22222 5 5 0000000000000000000000000 0 77777 5 4 22 77777777777 77777 00 0 66 4 4 111 5 3 5 8 5 0 5 66 77 222222 5 0 7777 3333 1 5 5 1 0 000 5 000 000 33333 6 6 11111 8 8 0 99999999999999 11 55555555555555555555555 33 3 0 0 0 0 2 3 0 7777777777777777 999999999999999999999 2 77777777777 0 0 3333 66 77777777777 1 999 66 0 555555555 88888888 2 0000 99999999999999 5 22 4444 0 9999999999999999999999999 777 222222
lowQualScore : . . . . . . ..... . . ....... .. . . . . . . . .... .. . ..... . .. . . . ... . . . .. .. . . . .. . .. ... . ....................................... . ..... . .... .... . ..... ..... . . ......................... . ..... . . .. ........... ..... .. . .. . . ... . . . . . . . .. .. ...... . . .... .... . . . . . ... . ... ... ..... . . ..... . . . .............. .. ....................... .. . . . . . . . . ................ ..................... . ........... . . .... .. ........... . ... .. . ......... ........ . .... .............. . .. .... . ......................... ... ......
lowQualScore : 7 5 8 8 2 0 77777 0 0 7777777 22 5 7 7 7 7 7 7 0000 22 7 77777 7 22 5 5 7 555 3 7 7 22 77 3 0 7 22 6 66 777 7 666666666666666666666666666666666666666 0 55555 0 0000 2222 0 55555 55555 0 7 1111111111111111111111111 6 33333 7 3 66 99999999999 77777 66 1 11 4 4 222 0 0 0 4 7 7 7 77 77 999999 7 7 9999 9999 4 4 7 0 4 000 7 000 000 33333 7 7 00000 0 0 8 88888888888888 00 22222222222222222222222 88 2 0 0 0 0 5 2 0 8888888888888888 888888888888888888888 5 00000000000 0 0 5555 88 55555555555 0 444 99 2 111111111 11111111 2 6666 44444444444444 0 11 1111 1 5555555555555555555555555 888 888888
consensus : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGCGGAGCGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATT----TTACCTTGCCTCTA-TATTCAAATACGAAATGTAT--AA---G--AACTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-CCTCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGAT-NAA-GGGGAGAACTCC-G--TACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--TAGAG-GCGTT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTG-CAGCA--------------T-----ATT--CAGGTATN-C--AGCT-GTATCCTGC---------T-TAACGGAC-CTTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAAATTTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAA-TTGGG-AGTAA-ACA-T-C--TTT-TCATGTT----CTCATA-AACCCTAATTTGATA-GTTNACCT---CAA-TGAGT---CA---GAC-AT--AGTC-AGTTT-GATTAT-A--CAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCTG--G-GTTTT-TAAA-CGN----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAA------AAA--CAAAAAAAACA----CCAAA-AA------ACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CA-GAGTCGC-----------ATGTAGAT-A-TCTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCCTATTTCAGATTAATGT-------ACT-CACTCCGCC----TCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
Reference ( family-1580 ) : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGCGGAGCGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATT----TTACCTTGCCTCTA-TATTCAAATACGAAATGTAT--AA---G--AACTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-CCTCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGAT-NAA-GGGGAGAACTCC-G--TACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--TAGAG-GCGTT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTG-CAGCA--------------T-----ATT--CAGGTATN-C--AGCT-GTATCCTGC---------T-TAACGGAC-CTTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAAATTTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAA-TTGGG-AGTAA-ACA-T-C--TTT-TCATGTT----CTCATA-AACCCTAATTTGATA-GTTNACCT---CAA-TGAGT---CA---GAC-AT--AGTC-AGTTT-GATTAT-A--CAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCTG--G-GTTTT-TAAA-CGN----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAA------AAA--CAAAAAAAACA----CCAAA-AA------ACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CA-GAGTCGC-----------ATGTAGAT-A-TCTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCCTATTTCAGATTAATGT-------ACT-CACTCCGCC----TCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
gi|1 : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGTGGAGTGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATTTTTGTTACCTTGCCTCTATTGGCCAAATACGAAATGTAT--AA---G--AACTAAGTGGCA-ATGTTTGTA---GCC-TTTTT-TGC-ACTTT--GTCCTAATCTAATAC-----ATAATAG--CAACAAGAATAATT-GACACCTCTGT-CTGGTGTCAA--AATAGAT-TAA-AGGGAGAACTCC-GGTCATT--AA-TGAGGTT---C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-GTTTAGAG-GCGTT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTGCCAGCA--------------T-----ATT--CAGGTATT-C--AGCTGGTATCCAGC---------T-TAACGGACTTTTTTAAAAACAC-ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAAATTTGTA-TTTCACCCCCTTTGTAA-TT-GG-AGAAATACA-TAC--TTT-TCATGTT----CTCATA-AACCTTAA-TTGA-A-GTTGACTT---CAA-TGAGT---CA---GAC-A---AGTC-AGTTT--ATTAGAA--CAAAGTTCATAAT-ATAT-----C--------TATTT--TCTGAAG-GTTCT-TAAA-C-T----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAAAAAACCAAA--CAAAAAAAACA----CCAAA-AAAACCCCACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CACGAGTCGC-----------AGGTAGAT-A-TCTTGAAATTACATCAGGGTAC----T--GAGTT--------CTTATA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCCTA-TTCAGATTAATGTC------ACTGCACTCCGCCCACGTCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
gi|10 : TA-TATTTAATTA-----TGTAT-------G--AACTCAGT-ACA-ATGTTTGCA-TGGCC-ATTTA--GC-TC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAG-AAAAA-AAT---AC-CC-CTCT-CT-GTGTT-A--AATAGATGAAA-GGGAAGTACTCCTG--TG-TGGAA-TGA
gi|11 : -A-TCTTGAT--TACATATGAGTA-----T--AAGCTATTTAAATCATACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTAT---TAGCTTATTTCAGATTAATGTA------ACT-CCATTCACC----CCCACCCCACCCCACCCTTTAGCTTTT------TACCCCAAGa
gi|12 : tgaTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATATAATTATC--------------TAGC-TTTTGATTGATT---CAGCCTATTTCAT-TTAATGTN------NNN-NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNN---AGCATTT------TACCCCAAGCCGT
gi|13 : TGTAAAT-AATATTGAA--TACATATGAGTAT----T--CAGTC--------CATACA----TC--------------TA--------------T---TAGGCTATTTCCGATAAATGT--------------------------TACTTCACTCCACTC---AGCATTT------T-CCCCAAGCC
gi|14 : GAT-TGAGGTTAT-C-CTTTACTAACTTCCACATGTTA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--TA----ACGTTAGAGTATTAA-----GATTAAT-CACTG-CAGTA--------------acgaagaacgc
gi|16 : gaatT---TAACCAATTTTAGATTAATGT-----------CACTCTAC-----TCCACTCCATTCCACTC---AGCTTTTTACATGTACCCTAAGCCag
gi|17 : taTGTA----A-TCTTGGA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGT
gi|18 : -CACTCCGT-----TCCATTCCATTTCACTC---AGCTTTT------TAGCCCAAGCCATat
gi|2 : aataGGGTAAAAAGCTGAGTG-AATGGAATGGAGCGGAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TTACCTTACCTCTA-TATTCAA-TACGAAATGTAT--AAAG-G--AGCTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTTATGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAC-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-C-TCTGTGTT-GTGTTAA--AATAGAT-TAA-GGGGAGAATTC--G--TACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AAAG--TAGAA-G--TT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTG-CAGCA--------------T-----AT---CAGGTATC-----GCT-GTGT-----------------AACGGAC-TTTT--AAAACA--ATGAACAT--GATGAGT-TAC-CAA--TTGTA-TTTCACCCCCTTTGTAA-T---G-AGTAA--CA-TAC--TTTCTCATGTT----CTCATA-A--CCTA-TTTGAAAAGTTGACTT---CAA-TGAGT---CA---GA--AC--AGTC-AGTTT-GGTTAT-A--CAAAG-CCATAATTAT-T----AC--------TATCT--TCTG--GTGTTTTCTAAA-CGG----ACA--TT-ACAA-TTG-GCA-CAGTATGTGGAT--CAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAA------AAATACAAAAAAAAAA------AAA-AA------AC---CTTGGAT-------------A-GATC-AC-TGT--A-CAGTCAC-----------ATGTAGAT---TC-TGAA--TACAAATA--------------------------ATA---------------------------TTTTGATTGTTT----AGCCTTTTTCAGATTAATGTNNNNNNNNNN-NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNN---AGCTTTT------TACC
gi|20 : cgttgTGGAGTGGAGTGGAGTGGAGCGAAATTC-AAAAGCTAGTCTGTGATGTT
gi|21 : CGGAC--TTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACCAGT-AAC-C-AATTTGTA-TT
gi|3 : TTGCCTCTA-TATTCAAACACGAAATGTAT--AA---GGAAACT-AGT-GCATATGTTTGTAATTGCCCTTTTT-TGC-A---------------------------T-ATGA--CAACAAGAATAATTAGAC-CCTCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGAT-AAA-GGGGAGAACTTC-G--TACTAGAAATGAGTTTTCTC-CTTTACAA------------CA--------------AAAT-----G-TATTTAAA-AA-G--TAGAGTGCGTT-GA-----AATGTAAGATTTGTTCAACG-TGGCA--------------TTTAGCATTATCAGGTATG-CTGAGCT-GTATACTGCC--------T-TAACGGAC-CTTTTAAAAACATGATGA-CATAAGACGAGTATTC-CAATACTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAAATTGGGTAGTAA--CA-T-CACTTT-TCATGTTT---CTCATATAACTCTAATATGAAA-GTTGACTT---CAAATGAGTGCTCACCTGAC-AT--AGTCCAGTTTTGATTAT-AATCAAAG-TCATAAT-ATATCTAGGCCTTATTCTTATCTGTTCTG--AAGTTTC-TAAAACGTCTTGACAAGTTTAGAAATTGTGCAACAGTAT-TGGATGAAGGAAAATCA-TT-TGTAAGAAAA------AAA--CCAAAAAAACAACCCCCAAATAA------CCAATTTTTAATCTGT------TCGAGGATCGACTTGTCCA-GAGT--C-----------ATGTAGAT-A-TCTTAAT--TACAAATGGGTGC----TAGGAGTT--------CATATA----TC--------------TAGCTTTTTGATTGGT----------------GATTAATG--------------CTCCAAC----TCCACTCCGCTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGTc
gi|4 : ACTAGAT-TGAGGTTAT-C-CTTCAC--------------CATCGCTCACATGTTAA--TTTACGG-TA-----A-AA-G--TAGAG--CGCT-GA-----AA-----GATTTGT-CGCTG-CAGCA--------------T-----AT---CAGATATATC--AGCT-GTATCCT-------------------------CTAAAAACA--ATGAGCAT--GACAAGT-TAC-CAA-TTTGTA-TTTCATCTCCTATGTAA-TTGGG-AGTAA--CA-TTC--TTT-TCATGTTAATTCCCATA---CCCTAATTTGATA-GCTTACCT---CAA-TGAGT---CT---GACTAT--AGTC-AGTTT-GATTGT-T--CAAAG-TCATATT-ATAT----AC--------TATCT--TCT-------------AA-CTG----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTTGTTTAA-----------------AAAAAAAACA----CCA-------------GATTTTTAATCTGTTACATGT-AA-GAAC-AC-TGT-CA-GAGTCACATACATATAGAATGTAGATAA-TCTTGAA--TACATATAGGTATTTAGT--AAGTT--------CATACA----TCTACATGTATACATGTAGC-TTTTGATTGTATCGACAGCCTATTTCAGATTAATGT--------------------------CACTCCAGTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAACCG
gi|5 : tgaaGGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAG----------CGGAGTGNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT------ACCTTGCTTCTA-TATTCAAATACGAAATGTATTAAG---G--AACTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-C-TCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGAT-TAAAGGGGAGAACT-C-G--TACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--TAGA--GCGTT-GA-----AA-----GATTTTT-CACTG-CAGCA--------------T-----A-T--CAGGTGT--C--AGCT-GTATCCAGCTTAACCATGT-TAACGGA--CTTTTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-C-AATTTGT
gi|6 : gcttgA--------------A--T-----G-GA-----A-AA-----AAAA-GAGTTTAA-----AA-----GATTTGT-CACGG-TAGCAAGCAGTGAATTTGAT-----AT---CAGGCTGA-C--AGCT-GTATACTGC---------TGTAATG-AC-CTTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GCCGAGT-TTCTTAAATTTATATTTTCATCACC-TTAT-A-TTGGG-AGT-A-ACA---------------TT----CTCAT---ACCCTACTTAGATA-GTTCACGT---CAG-TGAAT---CA---GAC-A---AGTC-AGTTT-GAT
gi|7 : tcagaataatttcaaagacatttaccaacattaacattttTT--CAAGTTGA-C--AGCC-ATATCCTGC---------TCTAACA-AC-CTTCTGAAAACA--ATGATCAT--GATAAGT-TAC-C-AATTTGTA-TTTCATCGCC-GTGT-A-TTGGG-AA-AA-ACA------TTT-TCAT---------------ACTCCAATTTGATA-GTTCACCC-----A-TAGGT---CA---cttgt
gi|8 : accaacaaaataatgaagttttcaaatttGTAT--AAAGGG--ACCTC-GT-GCA--TGTT-G-A-TTGCC-TTTTT-TGCAAC-TTCGAT-CTAATATAATATCAAGGAT-ATTGTCCAGAGAAAAAAATT-GAC-GCTCTGTGCT-GT-TGGATGAATAAAT-GAATGTGAATAACTCC-G--TAC--GA----------C-CACCTCAA--------------C---------------A--T-----GCTA-----AGAA-GATCAGAG-CGGTT-GA-----AA-----GA-TTGT-Ccctccatgaagtcatcacagttttgaatgtcagtttaacgttaag
gi|9 : ACGG-C-CTTCTAGAAACA--ATAAGCAT--GACGAGT-GAC-CA----TGCA-ATT-----CCTTTTTCA-TTGGG-AGT-A-ACATT-C--TTT-TAAAGGT----CCCAT---ACCCTAATTTGATA-GTTCACCTCTACAA-TGAAT---CA---GGCAATTAAATC-AG-TT-GATTAG-T--TAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCtttcgc
blockSeqs : G C N A T . T AAAGG GA C . T C A C A AAC CG . CAAGG . TC C T A CC G . A TG GA A C T . G AA TCT A CATCGCTCACATGTTAATTTACG C TTTAA G GAT GTGC A GTATT TGTAA T . AGCAGTGAATTTGATAT GCTG . A TG TTAACCATGT GACT TG AA A T AAT T C T A A T TA A TCAC C AATT ATAA A A A G CTA A GCT CCT AATTA C T TAAT . T CTAGGCCTTATTCT GT GAAGTTTCTAAAACGTCTTG AG T A T A G G T G AAAAAAATA ACCCCCAAATAACCA C TACATGTAA G T CCA CA ATACATATAGA A AA . TTTAGTA ATTTAAAT C ATTA TACATGTATACATG T TA CGAC NNNNNNNNNNNNNNNNNNNN TTT TACATG
blockSeqs : . T N . . . A AAAG . C . . T . . . TC . . . . . C T . CC G . A . T T C . . A A AT . TAACTTCCACATGTTAAT . . . AG AGA T . . . . TTTAGCATTAT ATC . C AG CT GACC . . . . AAA . C T A . . TA A TAC . T AA A A . G . . . . TAT . . TA . . AC . GGTGTTTTCTAAACGG . T . . . . G T . GAAAAAAA AAAAAAC C TCGAG . . CA CA . G AA . CTAGG . T . . . AT T AACTCCATTCACCC . .
blockSeqs : . . . . A TAAG . C . . T . . . AC . . . . . C T . GC . . A . A . T . . A T TC . AACAAAAT . . . G GCG . . . . . TAT AC . C TG TG GAC . . . . AA . T T A . . TA A TTC . . A C T . T . . . . AC . . TT . . AC . AACTG . . . . . . . . . . CCAG . A . . A . . G A . CTG . C . . . TT C NNNNNNNNNNNNNN . .
blockSeqs : . . AA . C . . T . . . AC . . . . . A A . C . . G . T . C . . A A AT . CAAT . . . G AC . . . . . TAT AC . A TG TC GAC . . . . AA . A T C . . T . TTC . . A A T . C . . . . AT . . GT . . AC . G A . TTC . C . . . GT T CACTCTACT . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . . . . C . . . . G . . . . A T TC . CAAT . . . G AG . . . . . TAT C . C T . ACC . . . . AA . G . . . . A . . . . A A T . C . . . . A . . . A . CTG . T . . . TA T CTCCAACT . .
blockSeqs : . A C . CAT . . . G GC . . . . . C . . . . ACC . . . . AA . . . . . . T . . . . A . T . C . . . . . . TA . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . GC . . . . GCC . . . . AA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A . .
blockSeqCons : AAAG*** AC** CC* ** NC* G*** GC** TAT********************** AC*** TT********* GCC** ** AA* A* A*** AT*** TT*** AC************ ** NNCCNACC*****************
originalCons : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGCGGAGCGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATT----TTACCTTGCCTCTA-TATTCAAATACGAAATGTAT--AA---G--AACTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-CCTCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGAT-NAA-GGGGAGAACTCC-G--TACTAGAA-TGAGGTTTC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AA-G--TAGAG-GCGTT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTG-CAGCA--------------T-----ATT--CAGGTATN-C--AGCT-GTATCCTGC---------T-TAACGGAC-CTTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAAATTTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAA-TTGGG-AGTAA-ACA-T-C--TTT-TCATGTT----CTCATA-AACCCTAATTTGATA-GTTNACCT---CAA-TGAGT---CA---GAC-AT--AGTC-AGTTT-GATTAT-A--CAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCTG--G-GTTTT-TAAA-CGN----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAA------AAA--CAAAAAAAACA----CCAAA-AA------ACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CA-GAGTCGC-----------ATGTAGAT-A-TCTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCCTATTTCAGATTAATGT-------ACT-CACTCCGCC----TCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
finalCons : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGCGGAGCGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATT----TTACCTTGCCTCTA-TATTCAAATACGAAATGTATAAAG---G--AACTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGCAC--TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GACCC-TCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGAT-NAA-GGGGAGAACTCC-G--TACTAGAA-TGAGGTTNC-C-CTTTAC--------------CA--------------A--T-----G-TA-----A-AAG---TAGAGC--GTT-GA-----AA-----GATTTGT-CACTG-CAGCATAT----------------------CAGGTATAC---AGCT-GTATCCTGCTT---------TAACGGCC--TTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TAC-CAA-TTTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAA-TTGGG-AGTAAA-CA-T-C--TTT-TCATGTT----CTCATA---CCCTAATTTGATA-GTTNACCT---CAA-TGAGT---CA---GACAT---AGTC-AGTTT-GATTATT---CAAAG-TCATAAT-ATATAC------------TATCT--TCTG--G-GTTTT-TAAA-CGN----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAA------AAA--CAAAAAAAACA----CCAAA-AA------ACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CA-GAGTCGC-----------ATGTAGAT-A-TCTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATACA----TC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCCTATTTCAGATTAATGTNNCCNACC-----------------CCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAAAAAAGTACCCCTCTCTCATGTCTCTGCATGTGCATGTTAAATAGATGAAAGGGGAGAAGTCGATCCTGTTTGGA
Unaligned ( gi|19 ): ATGAATGAGGTTATCCTTTACTAACTTCCACGTGTTAATGTAAAAGTA
Alignments
lowQualScore : 1 33333 11111 1 111 77777777777777777777777777777777777 11111 1111111111 1111 11111 44444444444444444444444 11 3333333333 11 11 11111 3333333333333333333 111 111 111 111 22222 2222 33333333333333 11 44444444444444444444444 11 1 1 1 1 1 3333333333333333 444444444444444444444 33333333333 1 1 1111 44444444444 111111111 11111111 11111 22222222222222 1111 999999999999999999999999999999 111 111111
lowQualScore : 6 3 0 0 8 0 55555 8 6 3 5 5 6 6 1 6 6 6 7777 99 6 66666 6 99 2 3 6 6 3 6 1 99 6 77 6 1 6 99 3 88 000 77 11111111111111111111111111111111111 5 22222 5 5 5555555555 5 2222 22222 5 5 88888888888888888888888 5 0 66 77 5 4 22 1111111111 88 66 00 0 66 4 00 4 5 3 5 8 5 0 5 55555 9999999999999999999 5 77 000 1 5 5 1 0 000 5 000 000 33333 6 6 1111 8 8 0 99999999999999 11 55555555555555555555555 33 3 0 0 0 0 2 3 0 7777777777777777 999999999999999999999 2 77777777777 0 0 3333 66 77777777777 1 999 66 0 555555555 88888888 22222 99999999999999 5 22 4444 0 111111111111111111111111111111 000 666666
lowQualScore : . . . . . . ..... . . . . . . . . . . . .... .. . ..... . .. . . . . . . . .. . .. . . . .. . .. ... .. ................................... . ..... . . .......... . .... ..... . . ....................... . . .. .. . . .. .......... .. .. .. . .. . .. . . . . . . . . ..... ................... . .. ... . . . . . ... . ... ... ..... . . .... . . . .............. .. ....................... .. . . . . . . . . ................ ..................... . ........... . . .... .. ........... . ... .. . ......... ........ ..... .............. . .. .... . .............................. ... ......
lowQualScore : 5 2 8 8 2 0 77777 0 0 5 7 2 7 7 7 7 7 7 0000 22 7 77777 7 22 5 5 7 7 3 7 7 22 7 77 7 0 7 22 6 66 444 99 33333333333333333333333333333333333 7 55555 0 0 2222222222 0 1111 55555 0 7 77777777777777777777777 7 6 66 99 7 3 66 1111111111 33 11 66 1 11 4 66 4 0 0 0 4 7 7 7 44444 4444444444444444444 7 99 000 4 4 7 0 4 000 7 000 000 33333 7 7 0000 0 0 8 88888888888888 00 22222222222222222222222 88 2 0 0 0 0 5 2 0 8888888888888888 888888888888888888888 5 00000000000 0 0 5555 88 55555555555 0 444 99 2 111111111 11111111 99999 44444444444444 0 11 1111 1 888888888888888888888888888888 000 444444
consensus : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGCGGAGCGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATT----TTACCTTGCCTCTA-TATTCAAATACGAAATGTATAAAGGAACTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-CCTCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGA-T-NAA-GGGGAGAACTCC-G--TACTAGAA-TGAGGTTNC-CCTTTAC--CA--------------A--------------T-----G-TA-----A-AA-G--TA------GA-G--C-GTTGAAA-----GATTTGT-CACTG-CAGCA--------------T--------A-TCAGGTATA-C--AGCT-GTATCCTGCT--------TTAACGG-NC--TTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TACC--AAT-TTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAA-TTGGG-AGTAA-ACA-T-C--TTT-TCATG----TT-CTCAT--A---CCCTAATTTGATA-GTTNACCT---CAA-TGAGT---CA---GAC-AT--AGTC-AGTTT-GATTATA-TCAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCTG--G-GTTTT-TAAA-CGN----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAA------AAA--CAAAAAAAACA----CCAAA-AA------ACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CA-GAGTCGC-----------ATGTAGAT-A-TCTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATA----CATC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCCTATTTCAGATTAATGT------CACT-----CCA-----CC-----CCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
Reference ( family-1580 ) : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGCGGAGCGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATT----TTACCTTGCCTCTA-TATTCAAATACGAAATGTATAAAGGAACTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-CCTCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGA-T-NAA-GGGGAGAACTCC-G--TACTAGAA-TGAGGTTNC-CCTTTAC--CA--------------A--------------T-----G-TA-----A-AA-G--TA------GA-G--C-GTTGAAA-----GATTTGT-CACTG-CAGCA--------------T--------A-TCAGGTATA-C--AGCT-GTATCCTGCT--------TTAACGG-CC--TTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TACC--AAT-TTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAA-TTGGG-AGTAA-ACA-T-C--TTT-TCATG----TT-CTCAT--A---CCCTAATTTGATA-GTTNACCT---CAA-TGAGT---CA---GAC-AT--AGTC-AGTTT-GATTAT--TCAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCTG--G-GTTTT-TAAA-CGN----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAA------AAA--CAAAAAAAACA----CCAAA-AA------ACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CA-GAGTCGC-----------ATGTAGAT-A-TCTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATA----CATC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCCTATTTCAGATTAATGT------NNC------CNA-----CC-----CCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
gi|1 : GGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAGCGGAGTGGAGTGGAGTGAAATTCAAAAAGCT-GTCTGTGATGTTTATGTTAGCTGATCATTCTTGTTCGATATAAAGGTCATTTCTCTCTCTTTCATTTCCTGGATGCAAAATACAAAATTTTTGTTACCTTGCCTCTATTGGCCAAATACGAAATGTATAA--GAACTAAGTGGCA-ATGTTTGTA---GCC-TTTTT-TGC-ACTTT--GTCCTAATCTAATAC-----ATAATAG--CAACAAGAATAATT-GACACCTCTGT-CTGGTGTCAA--AATAGA-T-TAA-AGGGAGAACTCC-GGTCATT--AA-TGAGGTT---CCTTTAC--CA--------------A--------------T-----G-TA-----A-AA-GTTTA------GAGG--C-GTTGAAA-----GATTTGT-CACTGCCAGCA--------------T--------ATTCAGGTATT-C--AGCTGGTATCCAGC---------TTAACGG-ACTTTTTTAAAAACAC-ATGAGCAT--GACGAGT-TACCA-AAT-TTGTA-TTTCACCCCCTTTGTAA-TT-GG-AGAAATACA-TAC--TTT-TCATG----TT-CTCATAAA---CCTTAA-TTGA-A-GTTGACTT---CAA-TGAGT---CA---GAC-A---AGTC-AGTTT--ATTAGA-ACAAAGTTCATAAT-ATAT-----C--------TATTT--TCTGAAG-GTTCT-TAAA-C-T----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAAAAAACCAAA--CAAAAAAAACA----CCAAA-AAAACCCCACGATTTTTAATCTGT------T-GA-GATC-AC-TGT-CACGAGTCGC-----------AGGTAGAT-A-TCTTGAAATTACATCAGGGTAC----T--GAGTT--------CTTA----TATC--------------TAGC-TTTTGATTGTTT---CAGCCTA-TTCAGATTAATGT------CACTGCACTCCG-----CCCACGTCCACTCCACTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGT
gi|10 : TA-TATTTAATTA-----TGTAT----GAACTCAGT-ACA-ATGTTTGCA-TGGCC-ATTTA--GC-TC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAG-AAAAA-AAT---AC-CC-CTCT-CT-GTGTT-A--AATAGA-TGAAA-GGGAAGTACTCCTG--TG-TGGAA-TGA
gi|11 : -A-TCTTGAT--TACATATGAGTA-----T--AAGCTATTTAAATCATA----CATC--------------TAGC-TTTTGATTGTAT---TAGCTTATTTCAGATTAATGT------AACT-----CCATTCACCC-----CCACCCCACCCCACCCTTTAGCTTTT------TACCCCAAGa
gi|12 : tgaTTGAA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATATAATTATC--------------TAGC-TTTTGATTGATT---CAGCCTATTTCAT-TTAATGTNNNNNNNNN------NNN-----NN-----NNNNNNNNNNNNNNNN---AGCATTT------TACCCCAAGCCGT
gi|13 : TGTAAAT-AATATTGAA--TACATATGAGTAT----T--CAGTC--------CATA----CATC--------------TA--------------T---TAGGCTATTTCCGATAAATGT------T-------------------------ACTTCACTCCACTC---AGCATTT------T-CCCCAAGCC
gi|14 : GAT-TGAGGTTAT-CCTTTAC--TA--------------ACTTCCACATGTTAAT-----G-TA-----A-AA-G--TAACGTTAGA-G--T-ATT--AA-----GATTAAT-CACTG-CAGTA--------------acgaagaacgc
gi|16 : gaatT---TAACCAATTTTAGATTAATGT------CACT-----CTA-----CT-----CCACTCCATTCCACTC---AGCTTTTTACATGTACCCTAAGCCag
gi|17 : taTGTA----A-TCTTGGA--TACATATGGGTAC----T--GAGTT--------CATA----CATC--------------TAGC-TTTTGATTGT
gi|18 : GGCTAAAAAGCTGAGTGAAATGGAATGGAACGGAGTGat
gi|2 : aataatggcttgGGGTAAAAAGCTGAGTG-AATGGAATGGAGCGGAGTGNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN----TTACCTTACCTCTA-TATTCAA-TACGAAATGTATAAAGGAGCTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTTATGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAC-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GAC-C-TCTGTGTT-GTGTTAA--AATAGA-T-TAA-GGGGAGAATTC--G--TACTAGAA-TGAGGTTTC-CCTTTAC--CA--------------A--------------T-----G-TA-----A-AAAG--TA------GA-A----GTTGAAA-----GATTTGT-CACTG-CAGCA--------------T--------A-TCAGGTAT--C---GCT-GTGT----------------AACGG-AC--TTTTAAAA-CA--ATGAACAT--GATGAGT-TACC--AAT-T-GTA-TTTCACCCCCTTTGTAA-T---G-AGTAA--CA-TAC--TTTCTCATG----TT-CTCAT--A---ACCTA-TTTGAAAAGTTGACTT---CAA-TGAGT---CA---GA--AC--AGTC-AGTTT-GGTTAT--ACAAAG-CCATAATTAT-T----AC--------TATCT--TCTG--GTGTTTTCTAAA-CGG----ACA--TT-ACAA-TTG-GCA-CAGTATGTGGAT--CAGGAAATCATTT-TGTAA-AAAA------AAATACAAAAAAAAAA------AAA-AA------AC---CTTGGAT-------------A-GATC-AC-TGT--A-CAGTCAC-----------ATGTAGAT---TC-TGAA--TACAAATA--------------------------ATA---------------------------TTTTGATTGTTT----AGCCTTTTTCAGATTAATGT------
gi|20 : cgttgTGGAGTGGAGTGGAGTGGAGCGAAATTC-AAAAGCTAGTCTGTGATGTTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnagctttttacc
gi|21 : CGG-AC--TTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GACCAGT-AACC--AAT-TTGTA-TT
gi|3 : TTGCCTCTA-TATTCAAACACGAAATGTATAAGGAAACT-AGT-GCATATGTTTGTAATTGCCCTTTTT-TGC-A---------------------------T-ATGA--CAACAAGAATAATTAGAC-CCTCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGA-T-AAA-GGGGAGAACTTC-G--TACTAGAAATGAGTTTTCTCCTTTACAACA--------------AAA------------T-----G-TATTTAAA-AA-G--TA------GA-GTGC-GTTGAAATGTAAGATTTGTTCAACG-TGGCA--------------TTTAGCATTA-TCAGGTATG-CTGAGCT-GTATACTGCC--------TTAACGGACC--TTTTAAAAACATGATGA-CATAAGACGAGTATTCC--AATACTGTA-TTTCATCCCCTTTGTAAATTGGGTAGTAA--CA-T-CACTTT-TCATG----TTTCTCAT--ATAACTCTAATATGAAA-GTTGACTT---CAAATGAGTGCTCACCTGAC-AT--AGTCCAGTTTTGATTATAATCAAAG-TCATAAT-ATATCTAGGCCTTATTCTTATCTGTTCTG--AAGTTTC-TAAAACGTCTTGACAAGTTTAGAAATTGTGCAACAGTAT-TGGATGAAGGAAAATCA-TT-TGTAAGAAAA------AAA--CCAAAAAAACAACCCCCAAATAA------CCAATTTTTAATCTGT------TCGAGGATCGACTTGTCCA-GAGT--C-----------ATGTAGAT-A-TCTTAAT--TACAAATGGGTGC----TAGGAGTT--------CATA----TATC--------------TAGCTTTTTGATTGGT----------------GATTAATG-------CTC------CAA-----CT-----CCACTCCGCTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAGCCGTc
gi|4 : ACTAGAT-TGAGGTTAT-CCTTCAC--CATCGCTCACATGTTAA--------------TTTACGG-TA-----A-AA-G--TA------GA-G--C-GCTGAAA-----GATTTGT-CGCTG-CAGCA--------------T--------A-TCAGATATATC--AGCT-GTATCCT-------------------------CTAAAAACA--ATGAGCAT--GACAAGT-TACC--AAT-TTGTA-TTTCATCTCCTATGTAA-TTGGG-AGT-A-ACATT-C--TTT-TCATGTTAATT-CCCAT--A---CCCTAATTTGATA-GCTTACCT---CAA-TGAGT---CT---GACTAT--AGTC-AGTTT-GATTGT--TCAAAG-TCATATT-ATAT----AC--------TATCT--TCT-------------AA-CTG----ACA--TTTAGAA-TTG-GCA-CAGTAT-TGGATGACAGGAAATCATTTGTTTAA-----------------AAAAAAAACA----CCA-------------GATTTTTAATCTGTTACATGT-AA-GAAC-AC-TGT-CA-GAGTCACATACATATAGAATGTAGATAA-TCTTGAA--TACATATAGGTATTTAGT--AAGTT--------CATA----CATCTACATGTATACATGTAGC-TTTTGATTGTATCGACAGCCTATTTCAGATTAATGT-------------------------------CACTCCAGTCCACTC---AGCTTTT------TACCCCAAACCG
gi|5 : tgaaGGGTAAAAAGCTGAGTGGAATGGAATGGAG----------CGGAGTGNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTT------ACCTTGCTTCTA-TATTCAAATACGAAATGTATTAAGGAACTCAGT-GCA-ATGTTTGTA-TTGCC-TTTTT-TGC-AC-TT--GT-CTAATCTAATAT-----AT-ATGA--CAACAAGAATAATT-GA--CCTCTGT-CT-GTGTTAA--AATAGATT-AAA-GGGGAGAACT-C-G--TACTAGAA-TGAGGTTTC-CCTTTAC--CA--------------A--------------T-----G-TA-----A-AA-G--TA------GA-G--C-GTTGAAA-----GATTTTT-CACTG-CAGCA--------------T--------A-TCAGGTGT--C--AGCT-GTATCCAGCTTAACCATGTTAACGG-AC--TTTTAAAAACA--ATGAGCAT--GACGAGT-TACC--AAT-TTGT
gi|6 : gcttgA-----A-AA-A--AA------GA-G--T--TTAAAA-----GATTTGT-CACGG-TAGCAAGCAGTGAATTTGAT--------A-TCAGGCTGA-C--AGCT-GTATACTGCT--------GTAATGA-CC--TTCTAAAAACA--ATGAGCAT--GCCGAGT-TTCTTAAAT-TTATATTTTCATCACC-TTAT-A-TTGGG-AGT-A-ACA-------------------TT-CTCAT--A---CCCTACTTAGATA-GTTCACGT---CAG-TGAAT---CA---GAC-A---AGTC-AGTTT-GAT
gi|7 : tcagaataatttcaaagacatttaccaacattaacattttaatgga-TCAAGTTGA-C--AGCC-ATATCCTGCT--------CTAACAA-CC--TTCTGAAAACA--ATGATCAT--GATAAGT-TACC--AAT-TTGTA-TTTCATCGCC-GTGT-A-TTGGG-AA-AA-ACA-------------------TT-TTCAT--A---CTCCAATTTGATA-GTTCACCC-----A-TAGGT---CA---cttgt
gi|8 : accaacaaaataatgaagttttcaaattttGTATAAAGGGACCTCGT-GCA--TGTT-G-A-TTGCC-TTTTT-TGCAAC-TTCGAT-CTAATATAATATCAAGGAT-ATTGTCCAGAGAAAAAAATT-GAC-GCTCTGTGCT-GT-TGGATGAATAAA-T-GAATGTGAATAACTCC-G--TAC--GA---------CC-ACCTCAA--C---------------A--------------T-----GCTA-----AGAA-GATCA------GA-G--CGGTTGAAA-----GA-TTGT-Ccctccatgaagtcatcacagttttgaatgtcagtttaacgttaag
gi|9 : ACGG-CC--TTCTAGAAACA--ATAAGCAT--GACGAGT-GACC--A----TGCA-ATTC-----CTTTTTCA-TTGGG-AGT-A-ACATT-C--TTT-TAAAG----GT-CCCAT--A---CCCTAATTTGATA-GTTCACCTCTACAA-TGAAT---CA---GGCAATTAAATC-AG-TT-GATTAG--TTAAAG-TCATAAT-ATAT----AC--------TATCT--TCtttcgc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): AAAAAAAGTACCCCTCTCTCATGTCTCTGCATGTGCATGTTAAATAGATGAAAGGGGAGAAGTCGATCCTGTTTGGA
Unaligned ( gi|19 ): ATGAATGAGGTTATCCTTTACTAACTTCCACGTGTTAATGTAAAAGTA