lowQualScore : 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 1 66666666666666 111 33333 33 22222 1 99999999999999999999999999999999999999999999 2222222 1 222222222 333333333333333333 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1
lowQualScore : 5 7 2 3 11111111111111 2 333 2 88888 00 8 3 22222 1 77 3 22222222222222222222222222222222222222222222 888 66 555 1111111 4 0 4 1 55 333333333 777777777777777777 66 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7
lowQualScore : . . . . .............. . ... . ..... .. . . ..... . .. . ............................................ ... .. ... ....... . . . . .. ......... .................. .. . ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ .
lowQualScore : 0 0 0 2 55555555555555 2 000 5 00000 00 0 0 00000 0 99 9 77777777777777777777777777777777777777777777 888 11 111 2222222 0 3 0 2 55 777777777 777777777777777777 11 2 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 0
consensus : NNCGCAATTTCCGAGTTGCCCAATAGTTAT-TCCCCT-TGCTGAACTCT-TACGCACGNTG---A-GACGCAAAATATG-TTTTCGTATTCGCACGGTGGGTACAAA--TGCTTATCGCAGCTGC-GTTCAT--ATAT-----TG-C-T-CTGAA-GAC-GAT---G--ATTACCAGACGTC------ATGCAACCAC-CCGA-ACTGCAG--GGAAAC-CA---AATTCAGT-AAGTT---TATN-AG-T--ATTTGATAAT-A-A---ANA-GCTCAA--A--AAA-------------ATC-------------T---TTNT-------T-TC-ACAA---AATT--------ATCA---CTCG---TGTANAA-A---G--GAA-----T---TA--------AATAATTTCATATTTAATTGCC-TAATTTAATGGCC------TAATTCAAAC--AAATTATTCTT----GA--TATGG-TCGGTTT-------AATGTATA--------CG--ACGGCTGATAT-----AAACAAAAT------TTACG------------T-----TN----TCAT-A-----------ATCTAC-------A-------TAT---T--GC-------T-TACATNT-----------TGTA--CCCACCTAAGCGTTCAACAGAATACTGAATGTACCTCCAT--CACAGAAGAGCTGAT-ATGT---AAACGGACGTNGCGTGTTTGCATNTCATTCTCAAGTAGGGATTCGGTTTGAATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGAATACTTA
Reference ( gi|1 ) : TTCGCAAGTTCAGAGTTGTCCAACAGTTATGTCCCAT-TGTTTAACTTT-TGCGCACGGTG---T-GACGCAAAAGTTG-TTTTCATATCCTCGCGGTGGGTACAAA--TGCGTATTGCAGCTGC-GTTCAT--ATAT-----TG-C-TCCTGAA-AAC-GAT---G--ATTACCAGACATA------ATGCAACCAC-CAGA-ACTGCAG--GGAAATTCA---AATTTAGT-TAGTT---TATC-AT-T--ATTTGATGAT-A-A---ACAGGCTTAA--A--AAA-------------ATC-------------T---TTAT-------T-TC-ATAA---CATT--------ATCA---CTCG---AGTATAA-A---G--GAA-----T---TA--------AATGATTTCATATTTAGTTACCGTAGTTTAAAGACC------CAATTCAAAT--AAAGTACTCTT----CG--TATTA-CTAGTTT-------AATGTATA-------CTG--ACGGTTGATGT-----AAACAAAAT------TTACG------------T-----TA----TCAT-------------ATCTAC-------A-------TAT---T--GC-------T-TACATAT-----------TGTT--CCCATCGAAGCGTTCACCAGAGTACCAAATGTACCTCCAT--CAAAGGAGAGCAGGT-ATAT---ATACTGACAT--CTTGTTTTGATA--ATTCT-AAGTAAAA---CAA---AGATGTTCAAGAAAACAGGTACCAAGAATACATA
gi|9 : CGCAATTTCAGAGTTGCCCAATAGTTG--------------AACTCTATACGCACGGTG---A-GACGCAGAATATG-TTTTCGTATTCATACGATGGGTACAAA--TTCTTAT--CA-CTGC-GTTCAT--ATA---------CATCCTAAAGGAT-GATTTAG--ATTACCAGCTGTC------ATGCAACCAC-CCAG-GCAGCAA--GGAAACACA---GGTTTAGTATATCTAA-TATC-GT-T---TCTG-TGAT-
gi|16 : aCGCAATTTTCGAGTTGTCCAATACTTAT-TCCCCTATGTTGAACTCT-TACGCGTGGTG---A-GACGCAAAATATG-TTTTCGTATTCACGCGGTCGGTAC-AA--TGCTTAAT-CATC-GC-GTTCAT--ATAA-----TG-
gi|15 : taatgCGCAATGTCCGTGTTGCTCAACAGTTATTTCCCTT-TGCTGTACTCT-TTCGCACATGG---A-GACGCAAATAATG-GTTCCATATTGTC---------ACATT--CGCTTAT--CGG-TGC-GTT---------------------------AGC-AGT---GTGATTACCAGACGCC------ATGTAATAAC-CCTA-AGTGCAC--GGAAAtcttcca
gi|2 : TGTCTAATAG--ATGT----T-TCCTTAACTTA-CATGTATGTTAACTTAGATGCAAAA-TAGATTTTTGTACACACACACTGAGCACAAA--TGGTTATCACAGCAGTTATTCATCTATATAATAGTG-C---CTGAA-G---GAT---G--ATTATT---TATAGCTGCTATGCAACAAC-CGGA-ACAG-AA--GGAAACTCA---AATTCAAT-AAATT---TATG-A--T--ATTTGAGAAT-A-ATATAC---CTCAATTA--AAA-------------ATC----------------------------------GAA---CTTT--------CCCA---GTTGAA-AGTAT-C-A---GTTGTG-----T---CA--------AGTGATT--ACATTTAATT-TCAT--------GGCC------TAATCTAAAC--AATTTGTTCTTGATGCGGTCATT--TTAATGTACA----AATGTATACCACAGGCTG--ATGG-TAATGTATATAAAACAAAGT------TCATG------------T-----TT----TCATAACTTTTATCTTAATCTTC-------AAAATTAGTATATAT--AC-------A-TCTATAT-----------TCTTTACCCACCTAAAGGTTCAATAGAATACTGATTGCATTTCCAT--C--AGGA-AATAGATGATAT---c
gi|25 : AAAACATG-TTTTTGTACATGCATGGCGGGTACAAA--TTCTTATC---GTTGC-ATTCActcagaaa
gi|17 : GTGGATACAAAGTTTCATAATG-----AC-ATTCAT--ACAT-----TGTC-TAACGAA-A---GAT---A--AT---CAGTTGCA------ATGCAACCAC-CTGA-ACTATGGTTGAAAATGTATTTTATTTAAT-AAGTT---TATG-AA-T--ATTT
gi|6 : GGTACACA--TGCTTATTGCAGC----GTTCAT--AT----------C-TTTTCAG-AAG-GAT---G--GCCACCAGCTGTC------GTGCAATTAC-TTGA-ACTCCAG--GAAA---CA-------CAGC-GAGT---------------ATTTGATAAT-A-A---AATAGCGCAC--A--CAC-------------ATC-------------T---TCCC-------T-TG-ATAA---AAGT--------ATCA---CTCG---TGTCGAGGA---G--GAAATACAT---TATGTATGGTAATAATTTCATGTTTAATC----TAATT-----GCC------TAATTGAAAT--AAATTATATTT----GA--TATGG-CCAGTCT-------------TA-----------------TGATAT-----AAACAAAAT------TTACG------------C-----TT----TCAT-------------AACTAC-------A-------AAT---------------T-TACATCT-----------GGTA--CGCACTTAAACGGTCACTAGAATACTTAATGTACCTACTT--TACAGAAGAGC
gi|11 : tgtaataaaaagttttaaaatttcaagtttGCTTATTGC---TGT-GTTCAA--ATAT-----TAAC-T-------AACAGAT---G--ATTACTAGATGTC------ATGTGACCACGTAAAGGGGGCAA--GGATTCTCA---AATCTAGT-AAGGT---TATG-AG-T--ATTTGATGAT-A-A---AATAGCTCAAACA--AAA-------------ATCGATAATCACCATTT---TTCT-------T-TG-ACAA---AATT--------ATCA---CTCG---tg
gi|13 : AA-GAT-AAT---G--ATTACCAGACGTC------ATACAATCAC-CGGA-AGTGCAG--GGAAAT------ACTTCAGT-AAGTT---TATT-AGAT--ATTTGATTATCA-A---ATA-GCTCAA--AC-AAA-------------ATT-------------C---GTAT-------TATC-ACCAGTTCCTTTG------ATTAAT-TTCG---TGTAGAA---------AA-----T---GA--------AATAATT--AT-TTT--TTACT-TAATTTAAcagagaagagaaaa
gi|5 : T---G--ATTACAAGACGTC------AAGCAACCAC-CCGA-ACAGCAG--GGAAACGCA---AAATCAGG-AAGTTATATATTAAT-TAGATTTAGTAAT-A---------GCGCAA--A--CAA-------------AAC-------------TCGATTATCACCATCT-TCGATAA---AAGT--------ATCA---TACGTGTAGTTCAA-AGTGG--GAA---------TA--------AATA-----ATAGTTTCTTGTC-TAATTTAATGACCTATATATAGTTCAAGC--AAATTATTTTT----GA--TATGA-GCAGTTTAATGTACAATGTATA-------CCA--GCAGATGATTT-----A---AAAAT------ATAC
gi|14 : tcaataatcc--ATTACCAGACGTC------ATACAATCAC-CGGA-AGTGCAG--GGAAAT------ACTTCAGT-AAGTT---TATT-AG-T--ATTTGATTATCA-A---ATA-GCTCAA--AC-AAA-------------AT--------------T---CGAT-------TATC-AC-----CATTTTCCTTTGATTAATGTTCG---TGTAGAA-AAT-G--AAA-----T-------------AATTATTTCTTACTTAATTacttttaaataaactattcaatttattagatatacatacgttaccccccgcccccccgcccaacattcaacagatacgacgccgatcatcacagaaaagat
gi|18 : ------ATGTAACCAC-TCGA-ACTGCAG--AGAAACACA---TATTTAG----G--------C-G--T--ATTTGATAAC-ATG---ATA-GCTCAA--AGCAAAATCAATTATCACCATC-------------T---TTCT-------T-TG-ATAA---AAGT--------ATCA---CTC
gi|7 : cgtc-TC-ATAA-----TC--------ATCA------------TATCA-A---A--GAA-----TAAATA--------GATAAATTTGTGTTTGATT----TAGT-----GGCC------CAATTCAAGC--AAATTATTGTT----AA--TATGG-TCAGTTT-------AGTGCAT---------TGCAATGGCTGATGA-----TAATAAGAT------TTATG------------C-----TT----TCAT-------------AACTttgtc
gi|3 : taggccaaatcatcattagagatttagcattcaaacaacaagtcaattgagaatcactataaaacattgaT--------ATCA---CTCG---TGTA-AA-A---GAAGAA-----A---TA--------AATGGT---A-ATTT--CTGACACAATTTTATTGCC------TA-TTCAAAC--AAATTACTTCT----GA--TGTTG-GCAGGTT-------AATGTATA-------TCA--ACGGCAGTTAT-----AAGCAAAGT------TTATGCTTTCTCAATATT-----TA----TCATTA-----------ACATACCAAGTGTA-------TATA--T--AT-------T-TATACAT-----------CTTTTACCCACCCACGCATTCAACAGAATACCGAATGTACCTCCATTGCAAAAGAGAT--GGT-ATGT------CGGAAATTGCGTGTTTGCATATCATTCTCAAGTAGGAATTCGG---A-ATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGAATACTTAtttatagctatctatatagctggttcattattaatgatcaatacactctgtatccacttaagtgtttgatagaatactgaatatacttcc
gi|8 : ag--------AATAATTTCATATCTA---AC------TTAATGGCC------TACTTCAC-TCCAAATTATTCTT----GA--TATTGGTTGGTTT-------AATGTA-----------A--ATAGCTGATAT-----TAACAAATTCACCGCTTCCG------------TACTTTTA----TCCT--------------TCTTT-------A-------CAT---T--GCAATTCGGTATACATCT-----------TATA--ACCACCCAAGCGTTCAACACAATACTAAATGTACTTCCAT--CAAAAACGAGCcgtgcatgtctgtcacgattacagccaggccacttagacccaccagtgtaagaccagggagaaataaccaagggacatctacagaaaaaagatcaaataacaccatcagaccgc
gi|24 : agtCC------TACTTCACAC--AAATTATTCTT----GA--TATGG-TCGGTTT-------AATGTA-----------A--ATAGCTGATAT-----AAACAtgatttcttggaaatcgcatattgacccaatggttctcgataagaagcaaagaatttgaaaagaaa
gi|4 : caatgtGGTTGCTAT-----AAACACAAT------TTAGGCTTTC-------T-----TAACATTCATTGTT---------ATCTAC-------A-------TAA---CCAGT-------C-TATATATGGTATACACCATGTA--ACCACCTATGCATTTAACAGAATACTTAATGTACCTCCAT--TGCAGAAGAGCTGCT-GTGTCGAAAATTG-CGTA-TTTGTT---ATC--ATTCTCAAGT--AG---CAATTTGAATGT--AAGAGAA
gi|22 : aaaacaaaaatcgattatcactatctttctttgataaaggatcactcgtatagaataaaaactaaattattatttcttgtataattttatttctgatgtggtcaTCCAT-------A-------TAT---A--GCG------TATACATCT-----------TGTA--CCCA----AACGTTCAATAGAGTACTGAACGTACTTCCAC--TATAGAAGAGCTGAT-ATgaaaagtatatttacttgcatgtctgtcacgagcaaaccaaccattaaacccaccagtgtaagaccaggaggaacaaccaggggacatctagacaaaaagatcgaatgcatatcagaccg
gi|23 : acataaccagCACCGAAAAGTTCAACAGAAGATTAAATATACCTCCGC--CACAAAAGGGCctcgg
gi|21 : taatGTAC--AACGTACCTCCAT--CATAGAAGAGgaatctcttggacaa
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ATTGATTCAATAATTTCTTCTTGATATGTCGGTCCAATGTGTACAAACGGCCAATGTAATAGAAAATTCATACATTAATTTAACCAGTTTATAATTCACACAATACAAGCACATATAGTCATGTACCCATCTGAGCATTCAAAACAAAACAGAACGTACCTTCGTCACATAATCTTGAGCTAATATCTTGGAATTGTG
Unaligned ( gi|12 ): TTTGCCTTATCATACTTGAAAGAATACCAATGTAGAAGATTGATATTATCATGGAAAAAATATTCAACATGCCATGTCTGTCAGCCCAAGTAACAGCCAAGCCACTTAAACCCACCAATGGTAGACCTGGGAGAAACAACCAGGGGAACATCTTAGAGAAAACATAAAAAATAC
Unaligned ( gi|19 ): CAAAAATTGACAATCCTTGTCTTACTTTGATAAAATTACCACTCGTGCCGAAGAAAAAATAATAATTTCAATAATGTATGACCTAATTCGAACAAATTATTGATATACTCAGT
Unaligned ( gi|20 ): ACGCAATTTTCGAATTGCCTAATAGTTGTTTTCTTGTGTTGTAGTCTTACGCACAGAGAGTAGCAAAATATAGTTCCGTACCCTGCTTATTGTTGTGCGT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 1111 2222222 444444444444444444444 2222222222 11111111 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 22222222 4444444444444444 11111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111 1111111 444 11 1 11 55555555555 11
lowQualScore : 4 6 2 3 77777 6 1 4444 0 999 0 4 4444444 4 666 555555555555555555555 777 777 0 3 0 55 55 3333333333 55 3 0 777 0 1 44 777 2 77777777 4 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 66666 3 44 8888 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 33 4 000000000 66 0 3 0 1 77777777 2222222222222222 66666666666666 4 66 666 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 55 1 99999 77777777777 2 555 7777 0000000 3 7777 666 22 1 2 99 88 6 44444444444 88 4
lowQualScore : . . . . ..... . . .... . ... . . ....... . ... ..................... ... ... . . . .. .. .......... .. . . ... . . .. ... . ........ . .................................................................................... ..... . .. .... ......................................................... . .. . ......... .. . . . . ........ ................ .............. . .. ... .............................................................................................................. .. . ..... ........... . ... .... ....... . .... ... .. . . .. .. . ........... .. .
lowQualScore : 2 7 2 7 88888 7 0 2222 3 555 7 4 1111111 4 555 000000000000000000000 888 000 8 5 3 00 00 4444444444 00 6 8 000 7 0 77 000 8 33333333 4 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 66666 3 66 6666 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 44 8 888888888 22 4 6 5 6 55555555 2222222222222222 66666666666666 0 11 000 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 00 0 11111 33333333333 0 888 1111 8888888 3 7777 333 77 0 0 33 33 7 55555555555 55 0
consensus : NNCGCAATTTCCGAGTTGCCCAATAGTTAT-TTCCCT-T-GTTGAACTCT-TACGCACGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTATNCGCGCGGTGGGTACAAATGCTT-ATCGCAGCTG-CGTTCA--TATAT-----TG-CT-CTGAA-GA-GAT---GATTAC---CAGACGTCATGCAACCACCCGAACTG--CAG--GGAAA-C-CAA----AT--TCAGTA-AGTT---TATNAG-T---ATTTGATAAT-A-A-AN-A-GCTCAA--A---AAA------------ATC-------------T---TTCT-------T-TN-ATA----A---------AATT------ATCA--C--TCGT-GT--A---GAA-A---GGAA-----TTA--------AAT---A-ATTTCATATTTAAT-----TGCC-TAATTTAATGGCC------TAATTCAA-ACAAATTATTCTTGATA-TGGTCGGTTT--------AATGTA-TA-C-AA-C------GGCTGAT----AT-------AA-ACAAAATT--TA-C-GCT-----------TTC---A------------TA------------A----TC-------TA--C-------A-------T---------AT---T--GC--T---------TA--CATCT-----TGTA-----------CCCACCCAAGCGT---TCA----ACAGAATACTGAAT-------GTACCT-CCATCACAGAA----GAGCTGATATGT---CGGAAATCGCGTGTTTGCATATCATTCTCAAGTAGGAATTCGATTTGAATGTAAGAGAAGAAAAAAGNATACTTA
Reference ( family-1559 ) : NNCGCAATTTCCGAGTTGCCCAATAGTTAT-TCCCCT-T-GCTGAACTCT-TACGCACGNTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTATTCGCACGGTGGGTACAAATGCTT-ATCGCAGCTG-CGTTCA--TATAT-----TG-CT-CTGAA-GACGAT---GATTAC---CAGACGTCATGCAACCACCCGAACTG--CAG--GGAAA-C-CAA----AT--TCAGTA-AGTT---TATNAG-T---ATTTGATAAT-A-A-AN-A-GCTCAA--A---AAA------------ATC-------------T---TTNT-------T-TC-ACA----A---------AATT------ATCA--C--TCGT-GT--A---NAA-A---GGAA-----TTA--------AAT---A-ATTTCATATTTAAT-----TGCC-TAATTTAATGGCC------TAATTCAA-ACAAATTATTCTTGATA-TGGTCGGTTT--------AATGTA-TA-C-GA-C------GGCTGAT----AT-------AA-ACAAAATT--TA-C-GTT-----------NTC---A------------TA------------A----TC-------TA--C-------A-------T---------AT---T--GC--T---------TA--CATNT-----TGTA-----------CCCACCTAAGCGT---TCA----ACAGAATACTGAAT-------GTACCT-CCATCACAGAA----GAGCTGATATGTAAACGGACGTNGCGTGTTTGCATNTCATTCTCAAGTAGGGATTCGGTTTGAATGTAAGAGAAGAAAAAAGAATACTTA
gi|1 : CGCAAGTTCAGAGTTGTCCAACAGTTATGTCCCAT-T-GTTTAACTTT-TGCGCACGGTGT----GACGCAAAAGTTGTTTTCATATCCTCGCGGTGGGTACAAATGCGT-ATTGCAGCTG-CGTTCA--TATAT-----TG-CTCCTGAA-AACGAT---GATTAC---CAGACATAATGCAACCACCAGAACTG--CAG--GGAAATT-CAA----AT--TTAGTT-AGTT---TATCAT-T---ATTTGATGAT-A-A-AC-AGGCTTAA--A---AAA------------ATC-------------T---TTAT-------T-TC-ATA----A---------CATT------ATCA--C--TCGA-GT--A---TAA-A---GGAA-----TTA--------AAT---G-ATTTCATATTTAGT-----TACCGTAGTTTAAAGACC------CAATTCAA-ATAAAGTACTCTTCGTA-TTACTAGTTT--------AATGTA-TA-CTGA-C------GGTTGAT----GT-------AA-ACAAAATT--TA-C-GTT-----------ATC---A------------T-------------A----TC-------TA--C-------A-------T---------AT---T--GC--T---------TA--CATAT-----TGTT-----------CCCATCGAAGCGT---TCA----CCAGAGTACCAAAT-------GTACCT-CCATCAAAGGA----GAGCAGGTATATATACTGACATCTTGT-TTTG-ATA--ATTCT-AAGTA
gi|10 : tt------TGATTCAA--TAATTTCTTCTTGATA-T-GTCGGTCC--------AATGTG-TA-CAAA-C------GGCCAAT----GT-------AATAGAAAATTCATA-C-ATTAATTTAACCAGTTT---A------------TA------------A----TT-------CA--C-------A-------C---------AA---T--ACAAG---------CA--CATATAGTCATGTA-----------CCCATCTGAGCAT---TCA----AAACAAAACAGAAC-------GTACCT-TCGTCACATAATCTTGAGCTAATATaaacaaagatgttcaagaaaacaggtaccaagaatacata
gi|11 : atGCTT-ATTGC---TG-TGTTCA--AATAT-----TAACT----AA-CA-GAT---GATTAC---TAGATGTCATGTGACCACGTAAAGGGGGCAA--GGATT-CTCAA----AT--CTAGTA-AGGT---TATGAG-T---ATTTGATGAT-A-A-AATA-GCTCAA--ACA-AAA------------ATCGATAATCACCATTT---TTCT-------T-TG-ACA----A---------AATT------ATCA--C--TCGC-AG--A---GAA-G---AGAA-----cttggaattgtg
gi|13 : AA-GATAAT---GATTAC---CAGACGTCATACAATCACCGGAAGTG--CAG--GGAAA-T---A----CT--TCAGTA-AGTT---TATTAGAT---ATTTGATTATCA-A-AT-A-GCTCAA--AC--AAA------------ATT-------------C---GTAT-------TATC-AC-----C---------AGTTCCTTTGATTAATT--TCGT-GT--A---GAA-------AA-----TGA--------AAT---A-ATT--AT-TTT--T-----TACT-TAATTTAAaa
gi|14 : ATTAC---CAGACGTCATACAATCACCGGAAGTG--CAG--GGAAA-T---A----CT--TCAGTA-AGTT---TATTAG-T---ATTTGATTATCA-A-AT-A-GCTCAA--AC--AAA------------AT--------------T---CGAT-------TATC-ACC----ATTTTCCTTTGATT------AATG--T--TCGT-GT--A---GAA-AAT-GAAA-----T----------AAT---T-ATTTCTTACTTAAT-----T
gi|15 : CGCAATGTCCGTGTTGCTCAACAGTTAT-TTCCCT-TTGCTGTACTCT-TTCGCACATGGA----GACGCAAATAATGGTTCCATATT------GT---CACATTCGCTT-ATCG--G-TG-CGTT-A-------------G-CA-GTG--------T---GATTAC---CAGACGCCATGTAATAACCCTAAGTG--CAC--GGAAA-C-
gi|16 : CGCAATTTTCGAGTTGTCCAATACTTAT-TCCCCTAT-GTTGAACTCT-TACGCGTGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTATTCACGCGGTCGGTAC-AATGCTTAAT--CATC-G-CGTTCA--TATAA-----TG--T-CT
gi|17 : taatgGTGGATACAAA-GTTT---CATAATGA-CATTCA--TACAT-----TG--T-CTAAC-GA--AA---GATAAT---CAGTTGCAATGCAACCACCTGAACTA--TGGTTGAAAA-T-GTATTTTAT--TTAATA-AGTT---TATGAA-T---ATTTtcca
gi|18 : CGTCATGTAACCACTCGAACTG--CAG--AGAAA-CACAT----AT--TTAG-------------GCG-T---ATTTGATAAC-ATG-AT-A-GCTCAA--AGCAAAATCAATTATCACCATC-------------T---TTCT-------T-TG-ATA----A---------AAGT------ATCA--C--TCTT-GT--
gi|19 : TC-------------T---TACT-------T-TG-ATA----A---------AATT------ACCA--C--TCGT-GCCGA---AGA-A---AAAA-----T----------AAT---A-ATTTCA------AT-----------AATGTA-TGACC------TAATTCGA-ACAAATTA---TTGATA-TACTCAGTc
gi|2 : caaaaattgacaatccttgTGTCTAATAGATGT-TTCCTT-------AACTTA-CATGTATGTTAACTTAGATGCAAAATAGATTTTTGTACACACACACTGAGCACAAATGGTT-ATCACAGCAGTTATTCATCTATATAATAGTG-C--CTGAA-G--GAT---GATTATTTATAGCTGCTATGCAACAACCGGAACAG---AA--GGAAA-CTCAA----AT--TCAATA-AATT---TATGA--T---ATTTGAGAAT-A-ATAT-A-CCTCAATTA---AAA------------ATC-------------G---AACT-------T-TC-CCAGTTGA---------AAGT------ATCA--G--TTGT-G------------------------TCA--------AGT---G-ATT--ACATTTAAT-----TTC---------ATGGCC------TAATCTAA-ACAATTTGTTCTTGATG-CGGTCATTTTAATGTACAAATGTA-TA-C-CA-CA-----GGCTGATGGTAATGTATATAAA-ACAAAGTT--CA-T-GTT-----------TTC---ATAACTTTTATCTTA------------A----TC-------TT--C-------AAAATTAGT---------ATATAT--ACATC---------TA--TATTC-----TTTA-----------CCCACCTAAAGGT---TCA----ATAGAATACTGATT-------GCATTT-CCATCAGGAAA----TAGATGATAT
gi|20 : CGCAATTTTCGAATTGCCTAATAGTTGT-TTTCTTGT-GTTGTAGTCT-TACGCACAGAGA----GTAGCAAAATATAGTTCCGTActcagaaa
gi|21 : aA--CACCC-----TGTA-----------CCCACCCAAGCATAAATAATACTACAT-ACACTGAATGTACAACGTACCT-CCATCATAGAA----GAGccctgcttattgttgtgcgt
gi|22 : ataaccagtctataatgcatgtaaC---A------------TA------------ACCAGTC-------CA--T-------A-------T---------AT---A--GCG-TA--------TA--CATCT-----TGTA-----------CCCA----AACGT---TCA----ATAGAGTACTGAAC-------GTACTT-CCACTATAGAA----GAGCTGATAT
gi|23 : aCACCGAAAAGT---TCA----ACAGAAGATTAAAT-------ATACCT-CCGCCACAAAA----GGGCctcgg
gi|24 : taatAATGTCC------TACTTCAC-ACAAATTATTCTTGATA-TGGTCGGTTT--------AATGTA------AA-T------AGCTGAT----AT-------AA-ACAgaatctcttggacaa
gi|25 : cAAAACATGTTTTTGTACATGCATGGCGGGTACAAATTCTT-ATC---GTTG-CATTCA--
gi|3 : T------ATCA--C--TCGT-GT--A---AAAGA---AGAA-----ATA--------AATGGTA-ATTTC-----TGA--------CA-CAATTTTATTGCC------TA-TTCAA-ACAAATTACTTCTGATG-TTGGCAGGTT--------AATGTA-TATC-AA-C------GGCAGTT----AT-------AA-GCAAAGTT--TA-T-GCT-----------TTCTCAA------------TATTT---------A----TCATTAACATA--CCAAGTGTA-------T---------ATA--T--AT--T---------TATACATCT-----TTTA-----------CCCACCCACGCAT---TCA----ACAGAATACCGAAT-------GTACCT-CCATTGCAAAA----GAGATGGTATGT---CGGAAATTGCGTGTTTGCATATCATTCTCAAGTAGGAATTCG----GAATGTAAGAGAAGAAAAAAGAATACTTA
gi|4 : ag------------ATC-------------T---TTCT-------T-TG-ATA----A---------AGG-------ATCA--C--TCGT-AT--A---GAATA---AAAA-----CTA--------AAT---T-ATT----ATTTC-T-----TGTA-TAATTT----------------------------TATTTCTGATG-TGGTCAGGTT--------GCTATA-AA-C--A-CAATTTAGGCTT-T----CT-------TA-ACA---TT--CA-TTGTT-----------ATCTACA------------TA------------ACCAGTC-------TA--T-------A-------T---------AT---G--GT--A---------TA--CACCA-----TGTA-----------ACCACCTATGCAT---TTA----ACAGAATACTTAAT-------GTACCT-CCATTGCAGAA----GAGCTGCTGTGT---CGAAAATTGCGTATTTGT-TATCATTCTCAAGTAG-----CAATTTGAATGTAAGAGAAG--AAAAGTATATTTAcgtgcatgtctgtcacgattacagccaggccacttagacccaccagtgtaagaccagggagaaataaccaagggacatctacagaaaaaagatcaaataacaccatcagaccgc
gi|5 : aaaacaaaaatcgattatcactT---GATTAC---AAGACGTCAAGCAACCACCCGAACAG--CAG--GGAAA-CGCAA----AA--TCAGGA-AGTTATATATTAA-TTAGATTTAGTAAT--------A-GCGCAA--A---CAA------------AAC-------------TCGATTATCACCATCT-TCGATA----A---------AAGT------ATCA--T--ACGT-GT--AGTTCAA-AGTGGGAA------TA--------AAT---A------ATAGTTTCT-----TGTC-TAATTTAATGACCTATATATAGTTCAA-GCAAATTATTTTTGATA-TGAGCAGTTTAATGTAC-AATGTA-TA-C-CAGC------AGATGAT----TT-------A----AAAATA--TA-C-ACT-----------TTTAA-A------------TA------------A----AC-------TATTC-------AATT----T---------AT---TA-GA--TA--------TA--CATAC-----GTTACCCCCCGCCCCCCCGCCCAA-CAT---TCA----ACAG-ATAC-GA----------CGCCGATCATCACAGAA----AAGcttgcatgtctgtcacgagcaaaccaaccattaaacccaccagtgtaagaccaggaggaacaaccaggggacatctagacaaaaagatcgaatgcatatcagaccg
gi|6 : tcaataatccGGTACACATGCTT-ATTGCAGC----GTTCA--TATCT-----T--TT-CAGAA-G--GAT---GGCCAC---CAGCTGTCGTGCAATTACTTGAACTC--CAG--GAAA----CA----------CAGC------------GAG-T---ATTTGATAAT-A-A-AATA-GCGCAC--A---CAC------------ATC-------------T---TCCC-------T-TG-ATA----A---------AAGT------ATCA--C--TCGT-GT--C---GAGGA---GGAAATACATTATGTATGGTAAT---A-ATTTCATGTTTAATCTAATTGCC-TAAT----TG---------------AA-ATAAATTATATTTGATA-TGGCCAGTCT------------TA-------------------TGAT----AT-------AA-ACAAAATT--TA-C-GCT-----------TTC---A------------TA------------A-----C-------TA--C-------A-------A---------AT----------T---------TA--CATCT-----GGTA-----------CGCACTTAAACGG---TCA----CTAGAATACTTAAT-------GTACCT-ACTTTACAGAA----GAGCTGat
gi|7 : tgtaataaaaagttttaaaatttcaagttt-C-CAA----ATCATCATTAGAGAT---T--TAG-C---ATTCAA--AC-A-A-CA-A-G-TCAATTG---AGA------------ATC-------------A---CTAT------------AAA----A---------CATTG-----ATCA--TAATCATCAT--A---TCA-A---AGAA-----T-A--------AAT---AGAT---AAATTTG-------TGTT-TGATTTAGTGGCC------CAATTCAA-GCAAATTATTGTTAATA-TGGTCAGTTT--------AGTGCATTG-C-AA-T------GGCTGATG---AT--------A-ATAAGATT--TA-T-GCT-----------TTC---A------------TAACTTTTATAGCTA----TC-------TA--T-------A-------TAGCTGGTTCAT---T--AT--TAATGATCAATA--CACTC-----TGTA-----------TCCACTTAAGTGT---TTG----ATAGAATACTGAAT-------ATACTT-CC
gi|8 : tagg--------AAT---A-ATTTCATAT-------------C-TAACTTAATGGCC------TACTTCACTCCAAATTATTCTTGATATTGGTTGGTTT--------AATGTA------AA-T------AGCTGAT----AT-------TA-AC-AAATT--CACC-GCT-----------TCC---G------------TACTTTT-------A----TCCTTCTT-TA--C-------A-------TTGCA-----AT---TCGGT--A---------TA--CATCT-----TATA-----------ACCACCCAAGCGT---TCA----ACACAATACTAAAT-------GTACTT-CCATCAAAAAC----GAGCTGAT
gi|9 : agtCGCAATTTCAGAGTTGCCCAATAGTT---------------GAACTCTATACGCACGGTGA----GACGCAGAATATGTTTTCGTATTCATACGATGGGTACAAATTCTT-ATC---ACTG-CGTTCA--TATA------CA-TC-CTAAAGGATGATTTAGATTAC---CAGCTGTCATGCAACCACCCAGGCAG--CAA--GGAAA-CACAG----GT--TTAGTA-ttcttggaaatcgcatattgacccaatggttctcgataagaagcaaagaatttgaaaagaaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTTGCCTTATCATACTTGAAAGAATACCAATGTAGAAGATTGATATTATCATGGAAAAAATATTCAACATGCCATGTCTGTCAGCCCAAGTAACAGCCAAGCCACTTAAACCCACCAATGGTAGACCTGGGAGAAACAACCAGGGGAACATCTTAGAGAAAACATAAAAAATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1111 2222222 444444444444444444444 2222222222 1 88888888888888888888888888888888888888888888 1111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 11111111 444444444444444444 1111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111111 11111111111 1111111 11 333333 55555555555
lowQualScore : 4 4444 1 6 4444 0 666 2 0 4 9999999 4 777 333333333333333333333 777 777 0 3 0 55 55 3333333333 55 2 3 0 777 0 1 44 777 2 7 777 2 4 88888888888888888888888888888888888888888888 1111111 2 999 3 44 3 666 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 3333333 66 0 3 1 44444444 333333333333333333 3333333333333 4 66 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 55 3 999999 0 77777777777 2 555 7777 0000000 3 7777 7 888 33 000000 55 2 2 11111111111 7 7 1
lowQualScore : . .... . . .... . ... . . . ....... . ... ..................... ... ... . . . .. .. .......... .. . . . ... . . .. ... . . ... . . ............................................ ....... . ... . .. . ... . ....................................................... .. ....... .. . . . ........ .................. ............. . .. . .............................................................................................................. .. . ...... . ........... . ... .... ....... . .... . ... .. ...... .. . . ........... . . .
lowQualScore : 2 8888 5 7 2222 3 888 2 7 4 7777777 4 222 333333333333333333333 888 000 8 5 3 00 00 4444444444 00 1 6 8 000 7 0 77 000 8 8 000 6 4 66666666666666666666666666666666666666666666 8888888 3 111 3 66 3 444 6 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 8888888 22 4 6 6 55555555 000000000000000000 1111111111111 0 11 4 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 00 6 555555 5 33333333333 9 888 1111 8888888 3 7777 6 888 88 555555 88 5 5 33333333333 3 3 0
consensus : NNCGCAATTTCCGAGTTGCCCAATAGTTATTTCCC-T-TGTTGAACTCT-TACGCACGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTACNCGCGCGGTGGGTACAAATGCTT-ATCGCAGCTGC-GTTCAT--ATAT-----TG-CT-CTGAAGA--GAT---GATTACC---AGACGTCATGCAACCACCCGAACTG--CAG--GGAAA-C-CAA----AT--TCAGTA-AGTT---TATNAG-T---ATTTGATAAT-A-A-ATA-GCTCAA--A--AAA--------------A-T----C--------------TT-------TCTTTGATAAAA--NT-ATCAC--TCGT-GTAG---A-A--A--G---GA-----ATTA--------AAT---A-ATTTCATATTTAATTGCC-TAATTTAATGGCCTA------ATTCAA-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-TA--------C-AA-C-GGCTGAT----AT-------AA-ACAAAATT--TAC-GCT-----------TTC---------------------ATA--T---------A----TC-------TA--C-------A---T---------AT-T--GC--TA--------TA--CAT-CT------TGTA-----------CCCACCCAAGCGT---TCA----ACAGAATACTGAAT-------GTACCT-CCATCACAGAA----GAGCTGATATCT---CGGAAATCGCGTATTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAA-CCGA---GAATGTAAGAGAAGAAAAAAGNATACTTA
Reference ( family-1559 ) : NNCGCAATTTCCGAGTTGCCCAATAGTTATTTCCC-T-TGTTGAACTCT-TACGCACGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTATNCGCGCGGTGGGTACAAATGCTT-ATCGCAGCTGC-GTTCAT--ATAT-----TG-CT-CTGAAGA--GAT---GATTACC---AGACGTCATGCAACCACCCGAACTG--CAG--GGAAA-C-CAA----AT--TCAGTA-AGTT---TATNAG-T---ATTTGATAAT-A-A-ANA-GCTCAA--A--AAA--------------A-T----C--------------TT-------TCTTTNATAAAA--TT-ATCAC--TCGT-GTAG---A-A--A--G---GA-----ATTA--------AAT---A-ATTTCATATTTAATTGCC-TAATTTAATGGCCTA------ATTCAA-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-TA--------C-AA-C-GGCTGAT----AT-------AA-ACAAAATT--TAC-GCT-----------TTC---------------------ATA------------A----TC-------TA--C-------A---T---------AT-T--GC--T---------TA--CAT-CT------TGTA-----------CCCACCCAAGCGT---TCA----ACAGAATACTGAAT-------GTACCT-CCATCACAGAA----GAGCTGATATGT---CGGAAATCGCGTGTTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAATTCGATTTGAATGTAAGAGAAGAAAAAAGNATACTTA
gi|1 : CGCAAGTTCAGAGTTGTCCAACAGTTATGTCCCAT-TGTTTAACTTT-TGCGCACGGTGT----GACGCAAAAGTTGTTTTCATATCCTCGCGGTGGGTACAAATGCGT-ATTGCAGCTGC-GTTCAT--ATAT-----TG-CTCCTGAAAAC-GAT---GATTACC---AGACATAATGCAACCACCAGAACTG--CAG--GGAAATT-CAA----AT--TTAGTT-AGTT---TATCAT-T---ATTTGATGAT-A-A-ACAGGCTTAA--A--AAA--------------A-T----C--------------TT-------TATTTCATAACA--TT-ATCAC--TCGA-GTAT---A-A--A--G---GA-----ATTA--------AAT---G-ATTTCATATTTAGTTACCGTAGTTTAAAGACCCA------ATTCAA-ATAAAGTACTCTTCGTAT-TACTAGTTT--------AATGTA-TA--------CTGA-C-GGTTGAT----GT-------AA-ACAAAATT--TAC-GTT-----------ATC---------------------AT-------------A----TC-------TA--C-------A---T---------AT-T--GC--T---------TA--CAT-AT------TGTT-----------CCCATCGAAGCGT---TCA----CCAGAGTACCAAAT-------GTACCT-CCATCAAAGGA----GAGCAGGTATATATACTGACATCTTGT-TTTG----ATA--ATTCT-AAGTA
gi|10 : ttTG------ATTCAA--TAATTTCTTCTTGATAT-G-TCGGTCC--------AATGTG-TA--------C-AAAC-GGCCAAT----GT-------AATAGAAAATTCATAC-ATTAATTTAACCAGTTT---------------------ATA------------A----TT-------CA--C-------A---C---------AA-T--ACAAG---------CA--CAT-ATAGTCA-TGTA-----------CCCATCTGAGCAT---TCA----AAACAAAACAGAAC-------GTACCT-TCGTCACATAATCTTGAGCTAATATCT---TGGAAaaacaaagatgttcaagaaaacaggtaccaagaatacata
gi|11 : atGCTT-ATTGC---TGT-GTTCAA--ATAT-----TAACT----AACA--GAT---GATTACT---AGATGTCATGTGACCACGTAAAGGGGGCAA--GGATT-CTCAA----AT--CTAGTA-AGGT---TATGAG-T---ATTTGATGATAA-A-ATA-GCTCAAACA--AAA--------------A-T----CGATAATCACCATT-TT-------TCTTTGACAAAA--TT-ATCAC--TCGC-AGAG---A-A--G--A---GA-----Attgtg
gi|13 : AAGAT-AAT---GATTACC---AGACGTCATACAATCACCGGAAGTG--CAG--GGAAA-T---A----CT--TCAGTA-AGTT---TATTAGAT---ATTTGATTATCA-A-ATA-GCTCAA--AC-AAA--------------A-T----TCGTATTATCACCAGTT-------CCTTTGAT-TAA--TT--------TCGT-GTAG---A-A----------A-----ATGA--------AAT---A-ATT--AT-TTT--TTACT-TAATTTAAaa
gi|14 : ATTACC---AGACGTCATACAATCACCGGAAGTG--CAG--GGAAA-T---A----CT--TCAGTA-AGTT---TATTAG-T---ATTTGATTATCA-A-ATA-GCTCAA--AC-AAAATTCGATTATCACCA-T----T--------------TT-------CCTTTGATTAA----T-GT-----TCGT-GTAG---A-A--AATG---AA-----AT----------AAT---T-ATTTCTTACTTAATT
gi|15 : CGCAATGTCCGTGTTGCTCAACAGTTATTTCCCTT-TGCTGTACTCT-TTCGCACATGGA----GACGCAAATAATGGTTCCATATT------GT---CACATTCGCTT-ATCG--G-TGC-GTT-A-------------G-C------AGT--G-T---GATTACC---AGACGCCATGTAATAACCCTAAGTG--CAC--GGAAA-C-
gi|16 : CGCAATTTTCGAGTTGTCCAATACTTATTCCCC-TATGTTGAACTCT-TACGCGTGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTATTCACGCGGTCGGTAC-AATGCTTAAT--CATC-GC-GTTCAT--ATAA-----TG--T-CT
gi|17 : taatgGTGGATACAAA-GTTT---CATAATGAC-ATTCAT--ACAT-----TG--T-CTAACGA--AA----GATAATC---AGTTGCAATGCAACCACCTGAACTA--TGGTTGAAAA-T-GTATTTTAT--TTAATA-AGTT---TATGAA-T---ATTTtcca
gi|18 : CGTCATGTAACCACTCGAACTG--CAG--AGAAA-CACAT----AT--TTAG-------------GCG-T---ATTTGATAAC-ATG-ATA-GCTCAA--AGCAAAATCAATTATCACC-A-T----C--------------TT-------TCTTTGATAAAA--GT-ATCAC--TCTT-GT
gi|19 : -T----C--------------TT-------ACTTTGATAAAA--TT-ACCAC--TCGT-GCCG---A-AGAA--A---AA-----AT----------AAT---A-ATTTCA------AT------AATGTA-TGACCTA------ATTCGA-ACAAATTA---TTGATAT-ACTCAGTc
gi|2 : caaaaattgacaatccttgTGTCTAATAGATGTTTCCT-T------AACTTA-CATGTATGTTAACTTAGATGCAAAATAGATTTTTGTACACACACACTGAGCACAAATGGTT-ATCACAGCAGTTATTCATCTATATAATAGTG-C--CTGAAG---GAT---GATTATTTATAGCTGCTATGCAACAACCGGAACAG---AA--GGAAA-CTCAA----AT--TCAATA-AATT---TATGA--T---ATTTGAGAAT-A-ATATA-CCTCAATTA--AAA--------------A-TCGAAC--------------TT-------TCCCAGTTGAAA--GT-ATCAG--TTGT-G--------------------------TCA--------AGT---G-ATT--ACATTTAATTTC---------ATGGCCTA------ATCTAA-ACAATTTGTTCTTGATGC-GGTCATTTTAATGTACAAATGTA-TA--------C-CA-CAGGCTGATGGTAATGTATATAAA-ACAAAGTT--CAT-GTT-----------TTC---------------------ATAACTTTT------A----TC-------TT--A-------A---TCTTCAAA--AT-T--AG--TATATA----TA--CAT-CTATATTCTTTA-----------CCCACCTAAAGGT---TCA----ATAGAATACTGATT-------GCATTT-CCATCAGGAAA----TAGATGATATCT---CAGAAA
gi|20 : CGCAATTTTCGAATTGCCTAATAGTTGTTTTCT-TGTGTTGTAGTCT-TACGCACAGAGA----GTAGCAAAATATAGTTCCGTACCC
gi|21 : aA--CAC-CC------TGTA-----------CCCACCCAAGCATAAATAATACTACAT-ACACTGAATGTACAACGTACCT-CCATCATAGAA----GAGtgcttattgttgtgcgt
gi|22 : ataaccagtctataatgcatgtaaC---------------------ATA------------ACCAGTC-------CA--T-------A---T---------AT-A--GCG-TA--------TA--CAT-CT------TGTA-----------CCCA----AACGT---TCA----ATAGAGTACTGAAC-------GTACTT-CCACTATAGAA----GAGCTGATATCT---CGG
gi|23 : aCACCGAAAAGT---TCA----ACAGAAGATTAAAT-------ATACCT-CCGCCACAAAA----GGGCGAATCTCT---TGGA
gi|24 : taatAATGTCCTA------CTTCAC-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-------------AA-T-AGCTGAT----AT-------AA-ACAcaa
gi|25 : cAAAACATGTTTTTGTACATGCATGGCGGGTACAAATTCTT-ATC---GTTGC-ATTCA
gi|3 : T-ATCAC--TCGT-GTAA---A-AG-A--A---GA-----AATA--------AATGGTA-ATTTC-----TGA---CA-CAATTTTATTGCCTA-------TTCAA-ACAAATTACTTCTGATGT-TGGCAGGTT--------AATGTA-TAT-------C-AA-C-GGCAGTT----AT-------AA-GCAAAGTT--TAT-GCT-----------TTCTCA------------------ATATTT---------A----TCATTAACATA--CCAAGTGTA---T---------ATAT--AT--T---------TATACAT-CT------TTTA-----------CCCACCCACGCAT---TCA----ACAGAATACCGAAT-------GTACCT-CCATTGCAAAA----GAGATGGTATGT---CGGAAATTGCGTGTTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAATTCG----GAATGTAAGAGAAGAAAAAAGAATACTTA
gi|4 : ag--------------A-T----C--------------TT-------TCTTTGATAAAG--G--ATCAC--TCGT-ATAG---A-AT-A--A---AA-----ACTA--------AAT---T-ATT----ATTTC-TTGTA-TAATTT----------------------------TATTTCTGATGT-GGTCAG------------------------------------GTTGCT----AT-------AA-ACACAATT--TAG-GCT-----------TTCTTAACATTCATTGTTATCTACATA------------ACCAGTC-------TA--T-------A---T---------AT-G--GT--A---------TA--CAC-CA------TGTA-----------ACCACCTATGCAT---TTA----ACAGAATACTTAAT-------GTACCT-CCATTGCAGAA----GAGCTGCTGTGT---CGAAAATTGCGTATTTG---T-TATCATTCTCAAGTAG-----CAATTTGAATGTAAGAGAAG--AAAAGTATATTTAcgtgcatgtctgtcacgattacagccaggccacttagacccaccagtgtaagaccagggagaaataaccaagggacatctacagaaaaaagatcaaataacaccatcagaccgc
gi|5 : aaaacaaaaatcgattatcactT---GATTACA---AGACGTCAAGCAACCACCCGAACAG--CAG--GGAAA-CGCAA----AA--TCAGGA-AGTTATATATTAA-TTAGATTTAGTAAT-A-------GCGCAA--AC-AAA--------------ACT----CGA------------TTATCACCATCTTCGATAAAA--GT-ATCAT--ACGT-GTAGTTCA-A--A--GTGGGA-----AT-A--------AAT---A-AT-----AGTTTCTTGTC-TAATTTAATGACCTATATATAGTTCAA-GCAAATTATTTTTGATAT-GAGCAGTTT--------AATGTA-CAATGTATACC-AG-C-AGATGAT----TT-------A----AAAATA--TAC-ACT-----------TTTAA-------------------ATA------------A----AC-------TATTC-------AATTT---------AT-TA-GA--TA--------TA--CATACG------T-TACCCCCCGCCCCCCCGCCCAA-CAT---TCA----ACAG-ATAC-GA----------CGCCGATCATCACAGAA----AAGcttgcatgtctgtcacgagcaaaccaaccattaaacccaccagtgtaagaccaggaggaacaaccaggggacatctagacaaaaagatcgaatgcatatcagaccg
gi|6 : tcaataatccGGTACACATGCTT-ATTGCA---GC-GTTCAT--ATCT-----T--TT-CAGAAG---GAT---GGCCACC---AGCTGTCGTGCAATTACTTGAACTC--CAG--GAAA----CA----------CAG------------CGAG-T---ATTTGATAATAA-A-ATA-GCGCAC--A--CAC--------------A-T----C--------------TT-------CCCTTGATAAAA--GT-ATCAC--TCGT-GTCG---AGG--A--G---GAAATACATTATGTATGGTAAT---A-ATTTCATGTTTAAT---C-TAATT-----GCCTA------ATTGAA-ATAAATTATATTTGATAT-GGCCAGTCT------------TA---------------------TGAT----AT-------AA-ACAAAATT--TAC-GCT-----------TTC---------------------ATA------------A-----C-------TA--C-------A---A---------AT--------T---------TA--CAT-CT------GGTA-----------CGCACTTAAACGG---TCA----CTAGAATACTTAAT-------GTACCT-ACTTTACAGAA----GAGCTGat
gi|7 : tgtaataaaaagttttaaaatttcaagttt-C-CAA----ATCATCATTAGAGAT---T--TAG-C---ATTCAA--AC-A-A-CAA-G-TCAATTG--AGA--------------A-T----C--------------AC-------T-----ATAAAACATTGATCATAATCATCATAT---C-A--A--A---GA-----AT-A--------AAT---AGAT---AAATTTG--TGTT-TGATTTAGTGGCCCA------ATTCAA-GCAAATTATTGTTAATAT-GGTCAGTTT--------AGTGCATTG--------C-AA-T-GGCTGATG---AT--------A-ATAAGATT--TAT-GCT-----------TTC---------------------ATAACTTTTATAGCTA----TC-------TA--T-------A---TAGCTGGTTCAT-T--AT--TAATGATCAATA--CAC-TC------TGTA-----------TCCACTTAAGTGT---TTG----ATAGAATACTGAAT-------ATACTT-CC
gi|8 : tagg--------AAT---A-ATTTCATAT--------C-TAACTTAATGGCCTA------CTTCACTCCAAATTATTCTTGATATTGGTTGGTTT--------AATGTA-------------AA-T-AGCTGAT----AT-------TA-ACAAA-TT--CACCGCT-----------TCC---------------------GTACTTTT-------A----TCCTTCTT-TA--C-------A---TTGCA-----AT-TCGGT--A---------TA--CAT-CT------TATA-----------ACCACCCAAGCGT---TCA----ACACAATACTAAAT-------GTACTT-CCATCAAAAAC----GAGCTGATTTCT---TGGAAATCGCATA-TTGACCCA-ATGGTTCTCGA-TAAGAAGCAAA---GAATTT--GAAAAGAAA
gi|9 : agtCGCAATTTCAGAGTTGCCCAATAGTT--------------GAACTCTATACGCACGGTGA----GACGCAGAATATGTTTTCGTATTCATACGATGGGTACAAATTCTT-ATC---ACTGC-GTTCAT--ATA------CA-TC-CTAAAGGATGATTTAGATTACC---AGCTGTCATGCAACCACCCAGGCAG--CAA--GGAAA-CACAG----GT--TTAGTA-
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTTGCCTTATCATACTTGAAAGAATACCAATGTAGAAGATTGATATTATCATGGAAAAAATATTCAACATGCCATGTCTGTCAGCCCAAGTAACAGCCAAGCCACTTAAACCCACCAATGGTAGACCTGGGAGAAACAACCAGGGGAACATCTTAGAGAAAACATAAAAAATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1111 2222222 444444444444444444444 2222222222 11 2 999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 11111111 444444444444444444 1111111111111 11111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 11111111111 1111111 11 333333 33333 111 2222
lowQualScore : 4 4444 1 6 4444 0 666 2 0 4 9999999 4 666 333333333333333333333 777 777 0 3 0 55 55 9999999999 3 777 1 00 888 0 5 5 5 555555555555555555555555555555555555555555555 3333333 1 3 2 1 666 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222 33 3333333 66 0 3 1 44444444 333333333333333333 3333333333333 4 4 11111 777 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 1111111 0 77777777777 2 555 7777 0000000 3 7777 888 00 000000 55 2 2 99 66666 777 0000 1
lowQualScore : . .... . . .... . ... . . . ....... . ... ..................... ... ... . . . .. .. .......... . ... . .. ... . . . . ............................................. ....... . . . . ... . ....................................................... .. ....... .. . . . ........ .................. ............. . . ..... ... ............................................................................................... . . ....... . ........... . ... .... ....... . .... ... .. ...... .. . . .. ..... ... .... .
lowQualScore : 2 8888 5 7 2222 3 888 2 7 4 7777777 4 555 333333333333333333333 888 000 8 5 3 00 00 3333333333 2 888 0 11 111 0 0 0 0 111111111111111111111111111111111111111111111 0000000 4 6 2 8 444 6 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111 44 8888888 22 4 6 6 55555555 000000000000000000 1111111111111 0 4 11111 888 99999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 6 6 1111111 5 33333333333 9 888 1111 8888888 3 7777 888 22 555555 88 5 5 00 00000 000 8888 0
consensus : NNCGCAATTTCCGAGTTGCCCAATAGTTATTTCCC-T-TGTTGAACTCT-TACGCACGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTACNCGCGCGGTGGGTACAAATGCTT-ATCGCAGCTG-CGTTCA--TATAT-----TG-CT-CTGAAGA--GAT---GATTAC---CAGACGTCATGCAACCACCCGAACTG--CAG--GGAAA-C-CAA----ATTCAGTAAGTT---TATGAG-TATTTGAT--AAT-A-A-ATA-GCTCAA--AC--AAA--------------A-T----C--------------TT-------TCTTTGATAA-AAGTATCACTCGTGTAG---A-A--A--G---GA-----ATTA--------AAT---A-ATTTCATATTTAATTGCC-TAATTTAATGGCCTA------ATTCAA-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-TA--------C-AA-C-GGCTGAT----AT-------AA-ACAAAATTTAC-GC-----TTT---C---A---TA-C-T-------T-A-TC------------------TA--CA---T---------A-----T-------T-GC-----T--------ATACA-T-CT------TGTA-----------CCCACCCAAGCGT---TCA----ACAGAATACTGAAT-------GTACCT-CCATCACAGAA----GAGCTGATATCT---CGGAAATCGCGTATTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAA-TTNAGAATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGAATACTTA
Reference ( family-1559 ) : NNCGCAATTTCCGAGTTGCCCAATAGTTATTTCCC-T-TGTTGAACTCT-TACGCACGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTACNCGCGCGGTGGGTACAAATGCTT-ATCGCAGCTG-CGTTCA--TATAT-----TG-CT-CTGAAGA--GAT---GATTAC---CAGACGTCATGCAACCACCCGAACTG--CAG--GGAAA-C-CAA----ATTCAGTAAGTT---TATNAG-TATTTGAT--AAT-A-A-ATA-GCTCAA--A---AAA--------------A-T----C--------------TT-------TCTTTGATAA-AANTATCACTCGTGTAG---A-A--A--G---GA-----ATTA--------AAT---A-ATTTCATATTTAATTGCC-TAATTTAATGGCCTA------ATTCAA-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-TA--------C-AA-C-GGCTGAT----AT-------AA-ACAAAATTTAC-GC-----TTT---C---A---TA-----------T-A-TC------------------TA--CA---T---------A-----T-------T-GC-----T--------ATACA-T-CT------TGTA-----------CCCACCCAAGCGT---TCA----ACAGAATACTGAAT-------GTACCT-CCATCACAGAA----GAGCTGATATCT---CGGAAATCGCGTATTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAA-CCGAGAATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGNATACTTA
gi|1 : CGCAAGTTCAGAGTTGTCCAACAGTTATGTCCCAT-TGTTTAACTTT-TGCGCACGGTGT----GACGCAAAAGTTGTTTTCATATCCTCGCGGTGGGTACAAATGCGT-ATTGCAGCTG-CGTTCA--TATAT-----TG-CTCCTGAAAAC-GAT---GATTAC---CAGACATAATGCAACCACCAGAACTG--CAG--GGAAATT-CAA----ATTTAGTTAGTT---TATCAT-TATTTGAT--GAT-A-A-ACAGGCTTAA--A---AAA--------------A-T----C--------------TT-------TATTTCATAA-CATTATCACTCGAGTAT---A-A--A--G---GA-----ATTA--------AAT---G-ATTTCATATTTAGTTACCGTAGTTTAAAGACCCA------ATTCAA-ATAAAGTACTCTTCGTAT-TACTAGTTT--------AATGTA-TA--------CTGA-C-GGTTGAT----GT-------AA-ACAAAATTTAC-GT-----TAT---C--------A-----------T-A-TC------------------TA--CA---T---------A-----T-------T-GC-----T---------TACA-T-AT------TGTT-----------CCCATCGAAGCGT---TCA----CCAGAGTACCAAAT-------GTACCT-CCATCAAAGGA----GAGCAGGTATATATACTGACATCTTGT-TTTG----ATA--ATTCT-AAGTA--AA-ACAAAGATGTTCAAGAAAACAGGTACCAAGAATACATA
gi|10 : ttTG------ATTCAA--TAATTTCTTCTTGATAT-G-TCGGTCC--------AATGTG-TA--------C-AAAC-GGCCAAT----GT-------AATAGAAAATTCAT-ACATTAATTTAACC---AGTTTA-----------T-AATT------------------CA--CA---C---------A-----A-------T-ACAAGCAC--------ATATAGT-CA------TGTA-----------CCCATCTGAGCAT---TCA----AAACAAAACAGAAC-------GTACCT-TCGTCACATAATCTTGAGCTAATATCT---TGGAA
gi|11 : atGCTT-ATTGC---TG-TGTTCA--AATAT-----TAACT----AACA--GAT---GATTAC---TAGATGTCATGTGACCACGTAAAGGGGGCAA--GGATT-CTCAA----ATCTAGTAAGGT---TATGAG-TATTTGAT--GATAA-A-ATA-GCTCAAACA---AAA--------------A-T----CGATAATCACCATT-TT-------TCTTTGACAA-AATTATCACTCGCAGAG---A-A--G--A---GA-----Attgtg
gi|13 : AAGAT-AAT---GATTAC---CAGACGTCATACAATCACCGGAAGTG--CAG--GGAAA-T---A----CTTCAGTAAGTT---TATTAGATATTTGAT--TATCA-A-ATA-GCTCAA--AC--AAA--------------A-T----TCGTATTATCACCAGTT-------CCTTTGAT-T-AATT-----TCGTGTAG---A-A----------A-----ATGA--------AAT---A-ATT--AT-TTT--TTACT-TAATTTAAaa
gi|14 : ATTAC---CAGACGTCATACAATCACCGGAAGTG--CAG--GGAAA-T---A----CTTCAGTAAGTT---TATTAG-TATTTGAT--TATCA-A-ATA-GCTCAA--AC--AAAATTCGATTATCACCA-T----T--------------TT-------CCTTTGATTA-A--TGT---TCGTGTAG---A-A--AATG---AA-----AT----------AAT---T-ATTTCTTACTTAATT
gi|15 : CGCAATGTCCGTGTTGCTCAACAGTTATTTCCCTT-TGCTGTACTCT-TTCGCACATGGA----GACGCAAATAATGGTTCCATATT------GT---CACATTCGCTT-ATCG--G-TG-CGTT-A-------------G-C------AGT--G-T---GATTAC---CAGACGCCATGTAATAACCCTAAGTG--CAC--GGAAA-C-
gi|16 : CGCAATTTTCGAGTTGTCCAATACTTATTCCCC-TATGTTGAACTCT-TACGCGTGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTATTCACGCGGTCGGTAC-AATGCTTAAT--CATC-G-CGTTCA--TATAA-----TG--T-CT
gi|17 : taatgGTGGATACAAA-GTTT---CATAATGA-CATTCA--TACAT-----TG--T-CTAACGA--AA----GATAAT---CAGTTGCAATGCAACCACCTGAACTA--TGGTTGAAAA-T-GTATTTTATTTAATAAGTT---TATGAA-TATTTtcca
gi|18 : CGTCATGTAACCACTCGAACTG--CAG--AGAAA-CACAT----ATTTAG------------GCG-TATTTGAT--AAC-ATG-ATA-GCTCAA--AGCAAAATCAATTATCACC--A-T----C--------------TT-------TCTTTGATAA-AAGTATCACTCTTGT
gi|19 : -T----C--------------TT-------ACTTTGATAA-AATTACCACTCGTGCCG---A-AGAA--A---AA-----AT----------AAT---A-ATTTCA------AT------AATGTA-TGACCTA------ATTCGA-ACAAATTA---TTGATAT-ACTCAGTc
gi|2 : caaaaattgacaatccttgTGTCTAATAGATGTTTCCT-T------AACTTA-CATGTATGTTAACTTAGATGCAAAATAGATTTTTGTACACACACACTGAGCACAAATGGTT-ATCACAGCAGTTATTCATCTATATAATAGTG-C--CTGAAG---GAT---GATTATTTATAGCTGCTATGCAACAACCGGAACAG---AA--GGAAA-CTCAA----ATTCAATAAATT---TATGA--TATTTGAG--AAT-A-ATATA-CCTCAATTA---AAA--------------A-TCGAAC--------------TT-------TCCCAGTTGA-AAGTATCAGTTGTG--------------------------TCA--------AGT---G-ATT--ACATTTAATTTC---------ATGGCCTA------ATCTAA-ACAATTTGTTCTTGATGC-GGTCATTTTAATGTACAAATGTA-TA--------C-CA-CAGGCTGATGGTAATGTATATAAA-ACAAAGTTCAT-GT-----TTT---C---A---TAACTTT------T-A-TC------------------TT--AA---TCTTCAAA--A-----T-------TAGTATA--T--------ATACA-T-CTATATTCTTTA-----------CCCACCTAAAGGT---TCA----ATAGAATACTGATT-------GCATTT-CCATCAGGAAA----TAGATGATATCT---CAGAAA
gi|20 : CGCAATTTTCGAATTGCCTAATAGTTGTTTTCT-TGTGTTGTAGTCT-TACGCACAGAGA----GTAGCAAAATATAGTTCCGTACCC
gi|21 : aA---T---------A-----A-------T-GCATG--T--------AAACA-C-CC------TGTA-----------CCCACCCAAGCATAAATAATACTACAT-ACACTGAATGTACAACGTACCT-CCATCATAGAA----GAGtgcttattgttgtgcgt
gi|22 : ataaccagtct-TC------------------CA--TA---T---------A-----T-------A-GCG----T--------ATACA-T-CT------TGTA-----------CCCA----AACGT---TCA----ATAGAGTACTGAAC-------GTACTT-CCACTATAGAA----GAGCTGATATCT---CGG
gi|23 : acataaccagCACCGAAAAGT---TCA----ACAGAAGATTAAAT-------ATACCT-CCGCCACAAAA----GGGCGAATCTCT---TGGA
gi|24 : taatAATGTCCTA------CTTCAC-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-------------AA-T-AGCTGAT----AT-------AA-ACAcaa
gi|25 : cAAAACATGTTTTTGTACATGCATGGCGGGTACAAATTCTT-ATC---GTTG-CATTCA--
gi|3 : AGTATCACTCGTGTAA---A-AG-A--A---GA-----AATA--------AATGGTA-ATTTC-----TGA---CA-CAATTTTATTGCCTA-------TTCAA-ACAAATTACTTCTGATGT-TGGCAGGTT--------AATGTA-TAT-------C-AA-C-GGCAGTT----AT-------AA-GCAAAGTTTAT-GC-----TTT---CTCAA---TATT---------T-A-TCATTAACATACCAAGTGTATA--TA---T---------A-----T-------T--------T--------ATACA-T-CT------TTTA-----------CCCACCCACGCAT---TCA----ACAGAATACCGAAT-------GTACCT-CCATTGCAAAA----GAGATGGTATGT---CGGAAATTGCGTGTTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAA-TTCGGAATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGAATACTTA
gi|4 : --------------A-T----C--------------TT-------TCTTTGATAA-AGG-ATCACTCGTATAG---A-AT-A--A---AA-----ACTA--------AAT---T-ATT----ATTTC-TTGTA-TAATTT----------------------------TATTTCTGATGT-GGTCAG------------------------------------GTTGCT----AT-------AA-ACACAATTTAG-GC-----TTT---C---T---TAACATTCATTGTT-A-TC------------------TA--CA---T---------AACCAGTCTATATAT-GG-----T--------ATACA-C-CA------TGTA-----------ACCACCTATGCAT---TTA----ACAGAATACTTAAT-------GTACCT-CCATTGCAGAA----GAGCTGCTGTGT---CGAAAATTGCGTATTTG---T-TATCATTCTCAAGTAGCAA-TTT-GAATGT--AAGAGAAG-----AAAAGTATATTTAcgtgcatgtctgtcacgattacagccaggccacttagacccaccagtgtaagaccagggagaaataaccaagggacatctacagaaaaaagatcaaataacaccatcagaccgc
gi|5 : aaaacaaaaatcgattatcactT---GATTAC---AAGACGTCAAGCAACCACCCGAACAG--CAG--GGAAA-CGCAA----AATCAGGAAGTTATATATTA---ATTAGATTTAGT-A-A--TA-GCGCAA--AC--AAA--------------ACT----CGA------------TTATCACCATCTTCGATAA-AAGTATCATACGTGTAGTTCA-A--A--GTGGGA-----AT-A--------AAT---A-AT-----AGTTTCTTGTC-TAATTTAATGACCTATATATAGTTCAA-GCAAATTATTTTTGATAT-GAGCAGTTT--------AATGTA-CAATGTATACC-AG-C-AGATGAT----TT-------A----AAAATATAC-AC-----TTT---T---A---AA-----------TAA-AC------------------TATTCAATTT---------A-----T-------TAGA-----T--------ATACA-TACG------T-TACCCCCCGCCCCCCCGCCCAA-CAT---TCA----ACAG-ATAC-GA----------CGCCGATCATCACAGAA----AAGcttgcatgtctgtcacgagcaaaccaaccattaaacccaccagtgtaagaccaggaggaacaaccaggggacatctagacaaaaagatcgaatgcatatcagaccg
gi|6 : tcaataatccGGTACACATGCTT-ATTGCA---G-CGTTCA--TATCT-----T--TT-CAGAAG---GAT---GGCCAC---CAGCTGTCGTGCAATTACTTGAACTC--CAG--GAAA----CA--------CAG-----------CGAG-TATTTGAT--AATAA-A-ATA-GCGCAC--A---CAC--------------A-T----C--------------TT-------CCCTTGATAA-AAGTATCACTCGTGTCG---AGG--A--G---GAAATACATTATGTATGGTAAT---A-ATTTCATGTTTAAT---C-TAATT-----GCCTA------ATTGAA-ATAAATTATATTTGATAT-GGCCAGTCT------------TA---------------------TGAT----AT-------AA-ACAAAATTTAC-GC-----TTT---C---A---TA-------------A--C------------------TA--CA---A---------A-----T-------T------------------TACA-T-CT------GGTA-----------CGCACTTAAACGG---TCA----CTAGAATACTTAAT-------GTACCT-ACTTTACAGAA----GAGCTGat
gi|7 : tgtaataaaaagttttaaaatttcaagtttTTGATCATAATCATCA------TAT---C-A--A--A---GA-----AT-A--------AAT---AGAT---AAATTTG--TGTT-TGATTTAGTGGCCCA------ATTCAA-GCAAATTATTGTTAATAT-GGTCAGTTT--------AGTGCATTG--------C-AA-T-GGCTGATG---AT--------A-ATAAGATTTAT-GC-----TTT---C---A---TAACTTTTATAGCT-A-TC------------------TA--TA---TAGCTGGTTCA-----T-------T-AT-----TAATGATCAATACA-C-TC------TGTA-----------TCCACTTAAGTGT---TTG----ATAGAATACTGAAT-------ATACTT-CC
gi|8 : taggccaaatcatcattagagatttagcattcaaacaacaagtcaattgagaatcactataaaaca--------AAT---A-ATTTCATAT--------C-TAACTTAATGGCCTA------CTTCACTCCAAATTATTCTTGATATTGGTTGGTTT--------AATGTA-------------AA-T-AGCTGAT----AT-------TA-ACAAA-TTCACCGC-----TTC---C---G---TACTTT-------T-A-TCCTTCTT------------TA--CA---TTGCA-----A-----T-------TCGG-----T--------ATACA-T-CT------TATA-----------ACCACCCAAGCGT---TCA----ACACAATACTAAAT-------GTACTT-CCATCAAAAAC----GAGCTGATTTCT---TGGAAATCGCATA-TTGACCCA-ATGGTTCTCGA-TAAGAAGCAAAGAATTT----GAAAAGA---AA
gi|9 : agtCGCAATTTCAGAGTTGCCCAATAGTT--------------GAACTCTATACGCACGGTGA----GACGCAGAATATGTTTTCGTATTCATACGATGGGTACAAATTCTT-ATC---ACTG-CGTTCA--TATA------CA-TC-CTAAAGGATGATTTAGATTAC---CAGCTGTCATGCAACCACCCAGGCAG--CAA--GGAAA-CACAG----GTTTAGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTTGCCTTATCATACTTGAAAGAATACCAATGTAGAAGATTGATATTATCATGGAAAAAATATTCAACATGCCATGTCTGTCAGCCCAAGTAACAGCCAAGCCACTTAAACCCACCAATGGTAGACCTGGGAGAAACAACCAGGGGAACATCTTAGAGAAAACATAAAAAATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1111 2222222 444444444444444444444 2222222222 11 111 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 11111111 444444444444444444 1111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 11111111111 1111111 11 333333 22222 111 2222
lowQualScore : 4 4444 1 6 4444 0 666 2 0 4 4444444 4 666 333333333333333333333 777 777 0 3 0 55 55 9999999999 0 777 1 00 66 1 222 5 0 5 66 77 7777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333 777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 33 4 000000000 66 0 3 1 44444444 333333333333333333 3333333333333 4 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 1111111 0 77777777777 2 555 7777 0000000 3 7777 888 00 000000 55 2 2 99 00000 777 0000
lowQualScore : . .... . . .... . ... . . . ....... . ... ..................... ... ... . . . .. .. .......... . ... . .. .. . ... . . . .. .. ................................................. ....... ... .......................................................... . .. . ......... .. . . . ........ .................. ............. . . ................................................................................................................. . . ....... . ........... . ... .... ....... . .... ... .. ...... .. . . .. ..... ... ....
lowQualScore : 2 8888 5 7 2222 3 888 2 7 4 1111111 4 555 333333333333333333333 888 000 8 5 3 00 00 3333333333 9 888 1 11 99 2 111 0 0 0 99 55 8888888888888888888888888888888888888888888888888 0000000 000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 44 8 888888888 22 4 6 6 55555555 000000000000000000 1111111111111 0 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 1111111 5 33333333333 9 888 1111 8888888 3 7777 888 22 555555 88 5 5 00 00000 000 8888
consensus : NNCGCAATTTCCGAGTTGCCCAATAGTTATTTCCC-T-TGTTGAACTCT-TACGCACGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTACNCGCGCGGTGGGTACAAATGCTT-ATCGCAGCTG-CGTTCA--TATAT-----TG-CT-CTGAAGA--GAT---GATTAC---CAGACGTCATGCAACCACCCGAACTG--CAG--GGAAA-C-CAA----ATTCAGTAAGTT---TATGAG-TATTTGA--TAAT-A-A-A-TA-GCTCAA--A-CAAA--------------A--------------T----C--------------TT-------TCTTTGATAAAAGTATCACTCGTGTAG---AA--A---GGAA-----TTA--------AAT---A-ATTTCATATTTAAT-----TGCC-TAATTTAATGGCC------TAATTCAA-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-TA--------C-AA-C-GGCTGAT----AT-------AA-ACAAAATTTAC-GCTTTC---AT---A-----C----T--------T--------AT---C------------------TA--CA----T---------A-----------T-T-GC-----T--------ATACA-T-CT------TGTA-----------CCCACCCAAGCGT---TCA----ACAGAATACTGAAT-------GTACCT-CCATCACAGAA----GAGCTGATATCT---CGGAAATCGCGTATTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAANC-NAGAATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGAATACTTA
Reference ( family-1559 ) : NNCGCAATTTCCGAGTTGCCCAATAGTTATTTCCC-T-TGTTGAACTCT-TACGCACGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTACNCGCGCGGTGGGTACAAATGCTT-ATCGCAGCTG-CGTTCA--TATAT-----TG-CT-CTGAAGA--GAT---GATTAC---CAGACGTCATGCAACCACCCGAACTG--CAG--GGAAA-C-CAA----ATTCAGTAAGTT---TATGAG-TATTTGA--TAAT-A-A-A-TA-GCTCAA--A-CAAA--------------A--------------T----C--------------TT-------TCTTTGATAAAAGTATCACTCGTGTAG---AA--A---GGAA-----TTA--------AAT---A-ATTTCATATTTAAT-----TGCC-TAATTTAATGGCC------TAATTCAA-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-TA--------C-AA-C-GGCTGAT----AT-------AA-ACAAAATTTAC-GCTTTC---AT---A-----C----T--------T--------AT---C------------------TA--CA----T---------A-----------T-T-GC-----T--------ATACA-T-CT------TGTA-----------CCCACCCAAGCGT---TCA----ACAGAATACTGAAT-------GTACCT-CCATCACAGAA----GAGCTGATATCT---CGGAAATCGCGTATTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAATT-NAGAATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGAATACTTA
gi|1 : CGCAAGTTCAGAGTTGTCCAACAGTTATGTCCCAT-TGTTTAACTTT-TGCGCACGGTGT----GACGCAAAAGTTGTTTTCATATCCTCGCGGTGGGTACAAATGCGT-ATTGCAGCTG-CGTTCA--TATAT-----TG-CTCCTGAAAAC-GAT---GATTAC---CAGACATAATGCAACCACCAGAACTG--CAG--GGAAATT-CAA----ATTTAGTTAGTT---TATCAT-TATTTGA--TGAT-A-A-A-CAGGCTTAA--A--AAA--------------A--------------T----C--------------TT-------TATTTCATAACATTATCACTCGAGTAT---AA--A---GGAA-----TTA--------AAT---G-ATTTCATATTTAGT-----TACCGTAGTTTAAAGACC------CAATTCAA-ATAAAGTACTCTTCGTAT-TACTAGTTT--------AATGTA-TA--------CTGA-C-GGTTGAT----GT-------AA-ACAAAATTTAC-GTTATC---A------------------------T--------AT---C------------------TA--CA----T---------A-----------T-T-GC-----T---------TACA-T-AT------TGTT-----------CCCATCGAAGCGT---TCA----CCAGAGTACCAAAT-------GTACCT-CCATCAAAGGA----GAGCAGGTATATATACTGACATCTTGT-TTTG----ATA--ATTCT-AAGTA--AAAC-AAAGATGTTCAAGAAAACAGGTACCAAGAATACATA
gi|10 : tt------TGATTCAA--TAATTTCTTCTTGATAT-G-TCGGTCC--------AATGTG-TA--------C-AAAC-GGCCAAT----GT-------AATAGAAAATTCAT-ACATTA---ATTTAA-----CCAGTT--------T--------ATAATT------------------CA--CA----C---------A-----------A-T-ACAAGCAC--------ATATAGT-CA------TGTA-----------CCCATCTGAGCAT---TCA----AAACAAAACAGAAC-------GTACCT-TCGTCACATAATCTTGAGCTAATATCT---TGGAA
gi|11 : atGCTT-ATTGC---TG-TGTTCA--AATAT-----TAACT----AACA--GAT---GATTAC---TAGATGTCATGTGACCACGTAAAGGGGGCAA--GGATT-CTCAA----ATCTAGTAAGGT---TATGAG-TATTTGA--TGAT-A-A-AATA-GCTCAA--A-CAAA--------------AATCGATAATCACCAT----T--------------TT-------TCTTTGACAAAATTATCACTCGCAGAG---AA--G---AGAA-----ttgtg
gi|13 : AAGAT-AAT---GATTAC---CAGACGTCATACAATCACCGGAAGTG--CAG--GGAAA-T---A----CTTCAGTAAGTT---TATTAGATATTTGA--TTATCA-A-A-TA-GCTCAA--A-CAAA--------------A--------------T----TCGTATTATCACCAGTT-------CCTTTGATTAA--T----TTCGTGTAG---AA--------AA-----TGA--------AAT---A-ATT--AT-TTT--T-----TACT-TAATTTAAaa
gi|14 : ATTAC---CAGACGTCATACAATCACCGGAAGTG--CAG--GGAAA-T---A----CTTCAGTAAGTT---TATTAG-TATTTGA--TTATCA-A-A-TA-GCTCAA--A-CAAAATTCGATTATCACCA--------------T----T--------------TT-------CCTTTGATTAATGT-----TCGTGTAG---AA--AAT-GAAA-----T----------AAT---T-ATTTCTTACTTAAT-----T
gi|15 : CGCAATGTCCGTGTTGCTCAACAGTTATTTCCCTT-TGCTGTACTCT-TTCGCACATGGA----GACGCAAATAATGGTTCCATATT------GT---CACATTCGCTT-ATCG--G-TG-CGTT-A-------------G-C------AGT--G-T---GATTAC---CAGACGCCATGTAATAACCCTAAGTG--CAC--GGAAA-C-
gi|16 : CGCAATTTTCGAGTTGTCCAATACTTATTCCCC-TATGTTGAACTCT-TACGCGTGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTATTCACGCGGTCGGTAC-AATGCTTAAT--CATC-G-CGTTCA--TATAA-----TG--T-CT
gi|17 : taatgGTGGATACAAA-GTTT---CATAATGA-CATTCA--TACAT-----TG--T-CTAACGA--AA----GATAAT---CAGTTGCAATGCAACCACCTGAACTA--TGGTTGAAAA-T-GTATTTTATTTAATAAGTT---TATGAA-TATTTtcca
gi|18 : CGTCATGTAACCACTCGAACTG--CAG--AGAAA-CACAT----ATTTAG------------GCG-TATTTGA--TAAC-ATG-A-TA-GCTCAA--AGCAAAATCAATTATCACC-A--------------T----C--------------TT-------TCTTTGATAAAAGTATCACTCTTGT
gi|19 : --------------T----C--------------TT-------ACTTTGATAAAATTACCACTCGTGCCG---AAGAA---AAAA-----T----------AAT---A-ATTTCA------AT-----------AATGTA-TGACC------TAATTCGA-ACAAATTA---TTGATAT-ACTCAGTc
gi|2 : caaaaattgacaatccttgTGTCTAATAGATGTTTCCT-T------AACTTA-CATGTATGTTAACTTAGATGCAAAATAGATTTTTGTACACACACACTGAGCACAAATGGTT-ATCACAGCAGTTATTCATCTATATAATAGTG-C--CTGAAG---GAT---GATTATTTATAGCTGCTATGCAACAACCGGAACAG---AA--GGAAA-CTCAA----ATTCAATAAATT---TATGA--TATTTGA--GAAT-A-ATA-TA-CCTCAATTA--AAA--------------A--------------TCGAAC--------------TT-------TCCCAGTTGAAAGTATCAGTTGTG-----------------------TCA--------AGT---G-ATT--ACATTTAAT-----TTC---------ATGGCC------TAATCTAA-ACAATTTGTTCTTGATGC-GGTCATTTTAATGTACAAATGTA-TA--------C-CA-CAGGCTGATGGTAATGTATATAAA-ACAAAGTTCAT-GTTTTC---ATA--A-----C----T--------TTTATCTTAAT---C------------------TT--CAAAATT---------A-----------G-T-ATA----T--------ATACA-T-CTATATTCTTTA-----------CCCACCTAAAGGT---TCA----ATAGAATACTGATT-------GCATTT-CCATCAGGAAA----TAGATGATATCT---CAGAAA
gi|20 : CGCAATTTTCGAATTGCCTAATAGTTGTTTTCT-TGTGTTGTAGTCT-TACGCACAGAGA----GTAGCAAAATATAGTTCCGTACCC
gi|21 : aA----T---------A-----------A-T-GCATG--T--------AAACA-C-CC------TGTA-----------CCCACCCAAGCATAAATAATACTACAT-ACACTGAATGTACAACGTACCT-CCATCATAGAA----GAGtgcttattgttgtgcgt
gi|22 : ataaccagtctT---C------------------CA--TA----T---------A-----------T-A-GCG----T--------ATACA-T-CT------TGTA-----------CCCA----AACGT---TCA----ATAGAGTACTGAAC-------GTACTT-CCACTATAGAA----GAGCTGATATCT---CGG
gi|23 : acataaccagCACCGAAAAGT---TCA----ACAGAAGATTAAAT-------ATACCT-CCGCCACAAAA----GGGCGAATCTCT---TGGA
gi|24 : taatAATGTCC------TACTTCAC-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-------------AA-T-AGCTGAT----AT-------AA-ACAcaa
gi|25 : cAAAACATGTTTTTGTACATGCATGGCGGGTACAAATTCTT-ATC---GTTG-CATTCA--
gi|3 : AGTATCACTCGTGTAA---AAG-A---AGAA-----ATA--------AATGGTA-ATTTC-----TGA--------CA-CAATTTTATTGCC------TA-TTCAA-ACAAATTACTTCTGATGT-TGGCAGGTT--------AATGTA-TAT-------C-AA-C-GGCAGTT----AT-------AA-GCAAAGTTTAT-GCTTTCTCAAT---A-----T----T--------T--------AT---CATTAACATACCAAGTGTATA--TA----T---------A-----------T-T--------T--------ATACA-T-CT------TTTA-----------CCCACCCACGCAT---TCA----ACAGAATACCGAAT-------GTACCT-CCATTGCAAAA----GAGATGGTATGT---CGGAAATTGCGTGTTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAATT-CGGAATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGAATACTTA
gi|4 : --------------A--------------T----C--------------TT-------TCTTTGATAAAGG-ATCACTCGTATAG---AAT-A---AAAA-----CTA--------AAT---T-ATT----ATTTC-T-----TGTA-TAATTT----------------------------TATTTCTGATGT-GGTCAG------------------------------------GTTGCT----AT-------AA-ACACAATTTAG-GCTTTC---TT---AACATTCATTGT--------T--------AT---C------------------TA--CA----T---------AACCAGTCTATATAT-GG-----T--------ATACA-C-CA------TGTA-----------ACCACCTATGCAT---TTA----ACAGAATACTTAAT-------GTACCT-CCATTGCAGAA----GAGCTGCTGTGT---CGAAAATTGCGTATTTG---T-TATCATTCTCAAGTAGCAATT-T-GAATGT--AAGAGAAG-----AAAAGTATATTTAcgtgcatgtctgtcacgattacagccaggccacttagacccaccagtgtaagaccagggagaaataaccaagggacatctacagaaaaaagatcaaataacaccatcagaccgc
gi|5 : aaaacaaaaatcgattatcactT---GATTAC---AAGACGTCAAGCAACCACCCGAACAG--CAG--GGAAA-CGCAA----AATCAGGAAGTTATATATTA---ATTAGATTTAGT---A-A-TA-GCGCAA--A-CAAA--------------AC-------------T----CGA------------TTATCACCATCTTCGATAAAAGTATCATACGTGTAGTTCAA--AGTGGGAA------TA--------AAT---A------ATAGTTTCT-----TGTC-TAATTTAATGACCTATATATAGTTCAA-GCAAATTATTTTTGATAT-GAGCAGTTT--------AATGTA-CAATGTATACC-AG-C-AGATGAT----TT-------A----AAAATATAC-ACTTTT---A----A-----A----T--------A--------AA---C------------------TATTCAATT-T---------A-----------T-TAGA-----T--------ATACA-TACG------T-TACCCCCCGCCCCCCCGCCCAA-CAT---TCA----ACAG-ATAC-GA----------CGCCGATCATCACAGAA----AAGcttgcatgtctgtcacgagcaaaccaaccattaaacccaccagtgtaagaccaggaggaacaaccaggggacatctagacaaaaagatcgaatgcatatcagaccg
gi|6 : tcaataatccGGTACACATGCTT-ATTGCAGC----GTTCA--TATCT-----T--TT-CAGAAG---GAT---GGCCAC---CAGCTGTCGTGCAATTACTTGAACTC--CAG--GAAA----CA--------CAGC-----------GAG-TATTTGA--TAAT-A-A-AATA-GCGCAC--A-CACA-----------------------------T----C--------------TT-------CCCTTGATAAAAGTATCACTCGTGTCG---AGG-A---GGAAATACATTATGTATGGTAAT---A-ATTTCATGTTTAATCTAATTGCC-TAAT----TG---------------AA-ATAAATTATATTTGATAT-GGCCAGTCT------------TA---------------------TGAT----AT-------AA-ACAAAATTTAC-GCTTTC---AT---A----------------------------A----C------------------TA--CA----A---------A-----------T-T------------------TACA-T-CT------GGTA-----------CGCACTTAAACGG---TCA----CTAGAATACTTAAT-------GTACCT-ACTTTACAGAA----GAGCTGat
gi|7 : tgtaataaaaagttttaaaatttcaagtttA--A---AGAA-----T-A--------AAT---AGAT---AAATTTG-------TGTT-TGATTTAGTGGCC------CAATTCAA-GCAAATTATTGTTAATAT-GGTCAGTTT--------AGTGCATTG--------C-AA-T-GGCTGATG---AT--------A-ATAAGATTTAT-GCTTTC---ATA--A-----C----TTTTATAGCT--------AT---C------------------TA--TA----TAGCTGGTTCA-----------T-T-AT-----TAATGATCAATACA-C-TC------TGTA-----------TCCACTTAAGTGT---TTG----ATAGAATACTGAAT-------ATACTT-CC
gi|8 : taggccaaatcatcattagagatttagcattcaaacaacaagtcaattgagaatcactataaaacattgatcataatcatcatatc--------AAT---A-ATTTCATAT-------------C-TAACTTAATGGCC------TACTTCACTCCAAATTATTCTTGATATTGGTTGGTTT--------AATGTA-------------AA-T-AGCTGAT----AT-------TA-ACAAA-TTCACCGCTTCC---GT---A-----C----T--------TTT------AT---CCTTCTT------------TA--CA----TTGCA-----A-----------T-TCGG-----T--------ATACA-T-CT------TATA-----------ACCACCCAAGCGT---TCA----ACACAATACTAAAT-------GTACTT-CCATCAAAAAC----GAGCTGATTTCT---TGGAAATCGCATA-TTGACCCA-ATGGTTCTCGA-TAAGAAGCAAAGAATTT----GAAAAGA---AA
gi|9 : agtCGCAATTTCAGAGTTGCCCAATAGTT--------------GAACTCTATACGCACGGTGA----GACGCAGAATATGTTTTCGTATTCATACGATGGGTACAAATTCTT-ATC---ACTG-CGTTCA--TATA------CA-TC-CTAAAGGATGATTTAGATTAC---CAGCTGTCATGCAACCACCCAGGCAG--CAA--GGAAA-CACAG----GTTTAGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTTGCCTTATCATACTTGAAAGAATACCAATGTAGAAGATTGATATTATCATGGAAAAAATATTCAACATGCCATGTCTGTCAGCCCAAGTAACAGCCAAGCCACTTAAACCCACCAATGGTAGACCTGGGAGAAACAACCAGGGGAACATCTTAGAGAAAACATAAAAAATAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1111 2222222 444444444444444444444 2222222222 11 111 1 9999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 111111111 11111111 444444444444444444 1111111111111 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 11111111111 1111111 11 333333 111 111 2222
lowQualScore : 4 4444 1 6 4444 0 666 2 0 4 4444444 4 666 333333333333333333333 777 777 0 3 0 55 55 9999999999 0 777 1 00 66 1 222 5 0 5 66 77 7777777777777777777777777777777777777777777777777 3333333 777 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 33 4 000000000 66 0 3 1 44444444 333333333333333333 3333333333333 4 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 1111111 0 77777777777 2 555 7777 0000000 3 7777 888 00 000000 55 2 2 99 1 888 777 0000
lowQualScore : . .... . . .... . ... . . . ....... . ... ..................... ... ... . . . .. .. .......... . ... . .. .. . ... . . . .. .. ................................................. ....... ... .......................................................... . .. . ......... .. . . . ........ .................. ............. . . ................................................................................................................. . . ....... . ........... . ... .... ....... . .... ... .. ...... .. . . .. . ... ... ....
lowQualScore : 2 8888 5 7 2222 3 888 2 7 4 1111111 4 555 333333333333333333333 888 000 8 5 3 00 00 3333333333 9 888 1 11 99 2 111 0 0 0 99 55 8888888888888888888888888888888888888888888888888 0000000 000 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 7 44 8 888888888 22 4 6 6 55555555 000000000000000000 1111111111111 0 4 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 6 6 1111111 5 33333333333 9 888 1111 8888888 3 7777 888 22 555555 88 5 5 00 0 000 000 8888
consensus : NNCGCAATTTCCGAGTTGCCCAATAGTTATTTCCC-T-TGTTGAACTCT-TACGCACGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTACNCGCGCGGTGGGTACAAATGCTT-ATCGCAGCTG-CGTTCA--TATAT-----TG-CT-CTGAAGA--GAT---GATTAC---CAGACGTCATGCAACCACCCGAACTG--CAG--GGAAA-C-CAA----ATTCAGTAAGTT---TATGAG-TATTTGA--TAAT-A-A-A-TA-GCTCAA--A-CAAA--------------A--------------T----C--------------TT-------TCTTTGATAAAAGTATCACTCGTGTAG---AA--A---GGAA-----TTA--------AAT---A-ATTTCATATTTAAT-----TGCC-TAATTTAATGGCC------TAATTCAA-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-TA--------C-AA-C-GGCTGAT----AT-------AA-ACAAAATTTAC-GCTTTC---AT---A-----C----T--------T--------AT---C------------------TA--CA----T---------A-----------T-T-GC-----T--------ATACA-T-CT------TGTA-----------CCCACCCAAGCGT---TCA----ACAGAATACTGAAT-------GTACCT-CCATCACAGAA----GAGCTGATATCT---CGGAAATCGCGTATTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAANC-NAGAATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGAATACTTA
Reference ( family-1559 ) : NNCGCAATTTCCGAGTTGCCCAATAGTTATTTCCC-T-TGTTGAACTCT-TACGCACGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTACNCGCGCGGTGGGTACAAATGCTT-ATCGCAGCTG-CGTTCA--TATAT-----TG-CT-CTGAAGA--GAT---GATTAC---CAGACGTCATGCAACCACCCGAACTG--CAG--GGAAA-C-CAA----ATTCAGTAAGTT---TATGAG-TATTTGA--TAAT-A-A-A-TA-GCTCAA--A-CAAA--------------A--------------T----C--------------TT-------TCTTTGATAAAAGTATCACTCGTGTAG---AA--A---GGAA-----TTA--------AAT---A-ATTTCATATTTAAT-----TGCC-TAATTTAATGGCC------TAATTCAA-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-TA--------C-AA-C-GGCTGAT----AT-------AA-ACAAAATTTAC-GCTTTC---AT---A-----C----T--------T--------AT---C------------------TA--CA----T---------A-----------T-T-GC-----T--------ATACA-T-CT------TGTA-----------CCCACCCAAGCGT---TCA----ACAGAATACTGAAT-------GTACCT-CCATCACAGAA----GAGCTGATATCT---CGGAAATCGCGTATTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAANC-NAGAATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGAATACTTA
gi|1 : CGCAAGTTCAGAGTTGTCCAACAGTTATGTCCCAT-TGTTTAACTTT-TGCGCACGGTGT----GACGCAAAAGTTGTTTTCATATCCTCGCGGTGGGTACAAATGCGT-ATTGCAGCTG-CGTTCA--TATAT-----TG-CTCCTGAAAAC-GAT---GATTAC---CAGACATAATGCAACCACCAGAACTG--CAG--GGAAATT-CAA----ATTTAGTTAGTT---TATCAT-TATTTGA--TGAT-A-A-A-CAGGCTTAA--A--AAA--------------A--------------T----C--------------TT-------TATTTCATAACATTATCACTCGAGTAT---AA--A---GGAA-----TTA--------AAT---G-ATTTCATATTTAGT-----TACCGTAGTTTAAAGACC------CAATTCAA-ATAAAGTACTCTTCGTAT-TACTAGTTT--------AATGTA-TA--------CTGA-C-GGTTGAT----GT-------AA-ACAAAATTTAC-GTTATC---A------------------------T--------AT---C------------------TA--CA----T---------A-----------T-T-GC-----T---------TACA-T-AT------TGTT-----------CCCATCGAAGCGT---TCA----CCAGAGTACCAAAT-------GTACCT-CCATCAAAGGA----GAGCAGGTATATATACTGACATCTTGT-TTTG----ATA--ATTCT-AAGTA--AAAC-AAAGATGTTCAAGAAAACAGGTACCAAGAATACATA
gi|10 : tt------TGATTCAA--TAATTTCTTCTTGATAT-G-TCGGTCC--------AATGTG-TA--------C-AAAC-GGCCAAT----GT-------AATAGAAAATTCAT-ACATTA---ATTTAA-----CCAGTT--------T--------ATAATT------------------CA--CA----C---------A-----------A-T-ACAAGCAC--------ATATAGT-CA------TGTA-----------CCCATCTGAGCAT---TCA----AAACAAAACAGAAC-------GTACCT-TCGTCACATAATCTTGAGCTAATATCT---TGGAA
gi|11 : atGCTT-ATTGC---TG-TGTTCA--AATAT-----TAACT----AACA--GAT---GATTAC---TAGATGTCATGTGACCACGTAAAGGGGGCAA--GGATT-CTCAA----ATCTAGTAAGGT---TATGAG-TATTTGA--TGAT-A-A-AATA-GCTCAA--A-CAAA--------------AATCGATAATCACCAT----T--------------TT-------TCTTTGACAAAATTATCACTCGCAGAG---AA--G---AGAA-----ttgtg
gi|13 : AAGAT-AAT---GATTAC---CAGACGTCATACAATCACCGGAAGTG--CAG--GGAAA-T---A----CTTCAGTAAGTT---TATTAGATATTTGA--TTATCA-A-A-TA-GCTCAA--A-CAAA--------------A--------------T----TCGTATTATCACCAGTT-------CCTTTGATTAA--T----TTCGTGTAG---AA--------AA-----TGA--------AAT---A-ATT--AT-TTT--T-----TACT-TAATTTAAaa
gi|14 : ATTAC---CAGACGTCATACAATCACCGGAAGTG--CAG--GGAAA-T---A----CTTCAGTAAGTT---TATTAG-TATTTGA--TTATCA-A-A-TA-GCTCAA--A-CAAAATTCGATTATCACCA--------------T----T--------------TT-------CCTTTGATTAATGT-----TCGTGTAG---AA--AAT-GAAA-----T----------AAT---T-ATTTCTTACTTAAT-----T
gi|15 : CGCAATGTCCGTGTTGCTCAACAGTTATTTCCCTT-TGCTGTACTCT-TTCGCACATGGA----GACGCAAATAATGGTTCCATATT------GT---CACATTCGCTT-ATCG--G-TG-CGTT-A-------------G-C------AGT--G-T---GATTAC---CAGACGCCATGTAATAACCCTAAGTG--CAC--GGAAA-C-
gi|16 : CGCAATTTTCGAGTTGTCCAATACTTATTCCCC-TATGTTGAACTCT-TACGCGTGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTATTCACGCGGTCGGTAC-AATGCTTAAT--CATC-G-CGTTCA--TATAA-----TG--T-CT
gi|17 : taatgGTGGATACAAA-GTTT---CATAATGA-CATTCA--TACAT-----TG--T-CTAACGA--AA----GATAAT---CAGTTGCAATGCAACCACCTGAACTA--TGGTTGAAAA-T-GTATTTTATTTAATAAGTT---TATGAA-TATTTtcca
gi|18 : CGTCATGTAACCACTCGAACTG--CAG--AGAAA-CACAT----ATTTAG------------GCG-TATTTGA--TAAC-ATG-A-TA-GCTCAA--AGCAAAATCAATTATCACC-A--------------T----C--------------TT-------TCTTTGATAAAAGTATCACTCTTGT
gi|19 : --------------T----C--------------TT-------ACTTTGATAAAATTACCACTCGTGCCG---AAGAA---AAAA-----T----------AAT---A-ATTTCA------AT-----------AATGTA-TGACC------TAATTCGA-ACAAATTA---TTGATAT-ACTCAGTc
gi|2 : caaaaattgacaatccttgTGTCTAATAGATGTTTCCT-T------AACTTA-CATGTATGTTAACTTAGATGCAAAATAGATTTTTGTACACACACACTGAGCACAAATGGTT-ATCACAGCAGTTATTCATCTATATAATAGTG-C--CTGAAG---GAT---GATTATTTATAGCTGCTATGCAACAACCGGAACAG---AA--GGAAA-CTCAA----ATTCAATAAATT---TATGA--TATTTGA--GAAT-A-ATA-TA-CCTCAATTA--AAA--------------A--------------TCGAAC--------------TT-------TCCCAGTTGAAAGTATCAGTTGTG-----------------------TCA--------AGT---G-ATT--ACATTTAAT-----TTC---------ATGGCC------TAATCTAA-ACAATTTGTTCTTGATGC-GGTCATTTTAATGTACAAATGTA-TA--------C-CA-CAGGCTGATGGTAATGTATATAAA-ACAAAGTTCAT-GTTTTC---ATA--A-----C----T--------TTTATCTTAAT---C------------------TT--CAAAATT---------A-----------G-T-ATA----T--------ATACA-T-CTATATTCTTTA-----------CCCACCTAAAGGT---TCA----ATAGAATACTGATT-------GCATTT-CCATCAGGAAA----TAGATGATATCT---CAGAAA
gi|20 : CGCAATTTTCGAATTGCCTAATAGTTGTTTTCT-TGTGTTGTAGTCT-TACGCACAGAGA----GTAGCAAAATATAGTTCCGTACCC
gi|21 : aA----T---------A-----------A-T-GCATG--T--------AAACA-C-CC------TGTA-----------CCCACCCAAGCATAAATAATACTACAT-ACACTGAATGTACAACGTACCT-CCATCATAGAA----GAGtgcttattgttgtgcgt
gi|22 : ataaccagtctT---C------------------CA--TA----T---------A-----------T-A-GCG----T--------ATACA-T-CT------TGTA-----------CCCA----AACGT---TCA----ATAGAGTACTGAAC-------GTACTT-CCACTATAGAA----GAGCTGATATCT---CGG
gi|23 : acataaccagCACCGAAAAGT---TCA----ACAGAAGATTAAAT-------ATACCT-CCGCCACAAAA----GGGCGAATCTCT---TGGA
gi|24 : taatAATGTCC------TACTTCAC-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-------------AA-T-AGCTGAT----AT-------AA-ACAcaa
gi|25 : cAAAACATGTTTTTGTACATGCATGGCGGGTACAAATTCTT-ATC---GTTG-CATTCA--
gi|3 : AGTATCACTCGTGTAA---AAG-A---AGAA-----ATA--------AATGGTA-ATTTC-----TGA--------CA-CAATTTTATTGCC------TA-TTCAA-ACAAATTACTTCTGATGT-TGGCAGGTT--------AATGTA-TAT-------C-AA-C-GGCAGTT----AT-------AA-GCAAAGTTTAT-GCTTTCTCAAT---A-----T----T--------T--------AT---CATTAACATACCAAGTGTATA--TA----T---------A-----------T-T--------T--------ATACA-T-CT------TTTA-----------CCCACCCACGCAT---TCA----ACAGAATACCGAAT-------GTACCT-CCATTGCAAAA----GAGATGGTATGT---CGGAAATTGCGTGTTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAATT-CGGAATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGAATACTTA
gi|4 : --------------A--------------T----C--------------TT-------TCTTTGATAAAGG-ATCACTCGTATAG---AAT-A---AAAA-----CTA--------AAT---T-ATT----ATTTC-T-----TGTA-TAATTT----------------------------TATTTCTGATGT-GGTCAG------------------------------------GTTGCT----AT-------AA-ACACAATTTAG-GCTTTC---TT---AACATTCATTGT--------T--------AT---C------------------TA--CA----T---------AACCAGTCTATATAT-GG-----T--------ATACA-C-CA------TGTA-----------ACCACCTATGCAT---TTA----ACAGAATACTTAAT-------GTACCT-CCATTGCAGAA----GAGCTGCTGTGT---CGAAAATTGCGTATTTG---T-TATCATTCTCAAGTAGCAATT-T-GAATGT--AAGAGAAG-----AAAAGTATATTTAcgtgcatgtctgtcacgattacagccaggccacttagacccaccagtgtaagaccagggagaaataaccaagggacatctacagaaaaaagatcaaataacaccatcagaccgc
gi|5 : aaaacaaaaatcgattatcactT---GATTAC---AAGACGTCAAGCAACCACCCGAACAG--CAG--GGAAA-CGCAA----AATCAGGAAGTTATATATTA---ATTAGATTTAGT---A-A-TA-GCGCAA--A-CAAA--------------AC-------------T----CGA------------TTATCACCATCTTCGATAAAAGTATCATACGTGTAGTTCAA--AGTGGGAA------TA--------AAT---A------ATAGTTTCT-----TGTC-TAATTTAATGACCTATATATAGTTCAA-GCAAATTATTTTTGATAT-GAGCAGTTT--------AATGTA-CAATGTATACC-AG-C-AGATGAT----TT-------A----AAAATATAC-ACTTTT---A----A-----A----T--------A--------AA---C------------------TATTCAATT-T---------A-----------T-TAGA-----T--------ATACA-TACG------T-TACCCCCCGCCCCCCCGCCCAA-CAT---TCA----ACAG-ATAC-GA----------CGCCGATCATCACAGAA----AAGcttgcatgtctgtcacgagcaaaccaaccattaaacccaccagtgtaagaccaggaggaacaaccaggggacatctagacaaaaagatcgaatgcatatcagaccg
gi|6 : tcaataatccGGTACACATGCTT-ATTGCAGC----GTTCA--TATCT-----T--TT-CAGAAG---GAT---GGCCAC---CAGCTGTCGTGCAATTACTTGAACTC--CAG--GAAA----CA--------CAGC-----------GAG-TATTTGA--TAAT-A-A-AATA-GCGCAC--A-CACA-----------------------------T----C--------------TT-------CCCTTGATAAAAGTATCACTCGTGTCG---AGG-A---GGAAATACATTATGTATGGTAAT---A-ATTTCATGTTTAATCTAATTGCC-TAAT----TG---------------AA-ATAAATTATATTTGATAT-GGCCAGTCT------------TA---------------------TGAT----AT-------AA-ACAAAATTTAC-GCTTTC---AT---A----------------------------A----C------------------TA--CA----A---------A-----------T-T------------------TACA-T-CT------GGTA-----------CGCACTTAAACGG---TCA----CTAGAATACTTAAT-------GTACCT-ACTTTACAGAA----GAGCTGat
gi|7 : tgtaataaaaagttttaaaatttcaagtttA--A---AGAA-----T-A--------AAT---AGAT---AAATTTG-------TGTT-TGATTTAGTGGCC------CAATTCAA-GCAAATTATTGTTAATAT-GGTCAGTTT--------AGTGCATTG--------C-AA-T-GGCTGATG---AT--------A-ATAAGATTTAT-GCTTTC---ATA--A-----C----TTTTATAGCT--------AT---C------------------TA--TA----TAGCTGGTTCA-----------T-T-AT-----TAATGATCAATACA-C-TC------TGTA-----------TCCACTTAAGTGT---TTG----ATAGAATACTGAAT-------ATACTT-CC
gi|8 : taggccaaatcatcattagagatttagcattcaaacaacaagtcaattgagaatcactataaaacattgatcataatcatcatatc--------AAT---A-ATTTCATAT-------------C-TAACTTAATGGCC------TACTTCACTCCAAATTATTCTTGATATTGGTTGGTTT--------AATGTA-------------AA-T-AGCTGAT----AT-------TA-ACAAA-TTCACCGCTTCC---GT---A-----C----T--------TTT------AT---CCTTCTT------------TA--CA----TTGCA-----A-----------T-TCGG-----T--------ATACA-T-CT------TATA-----------ACCACCCAAGCGT---TCA----ACACAATACTAAAT-------GTACTT-CCATCAAAAAC----GAGCTGATTTCT---TGGAAATCGCATA-TTGACCCA-ATGGTTCTCGA-TAAGAAGCAAAGAATTT----GAAAAGA---AA
gi|9 : agtCGCAATTTCAGAGTTGCCCAATAGTT--------------GAACTCTATACGCACGGTGA----GACGCAGAATATGTTTTCGTATTCATACGATGGGTACAAATTCTT-ATC---ACTG-CGTTCA--TATA------CA-TC-CTAAAGGATGATTTAGATTAC---CAGCTGTCATGCAACCACCCAGGCAG--CAA--GGAAA-CACAG----GTTTAGTA
blockSeqs : A TTT C A CTTA TCA G A CATAATG T TCT TAATAGTGCCTGAAG TTA TTA T GG TT TGTATTTT ATA G GA TT G CA T A . TT GC AATCGATAATCACCATT ATCACCA TTC GAGGAAATACATTATGTATGGTAATAATTTCATGTTTAATCTAATTGCC AA A TATATATAG TC T G AATGTACA CAATGTATACCAGC GGTAATGTATATA T C ATAACTTTTATAGCTATCTATATAGCTGGTTCATTATTAATGATCA G A TATATTC CCCCCCGCCCC T AAA TACT GTACAAC A TCTT . GT ACCCA TC C G GG T AAA A A
blockSeqs : A TAT T . . ACA A . CACAGCA . A CATCCTAAAGGAT . . G . . CTCAA . T G . T CA . A . . C ATTCGTATTATCACCAG . . AGTGGGAATAAATAATAGTTTCTTGTC AA G TGA A . A . TACAAAC GAT . . TTAACATTCATTGTTATCTACATAACCAGTCTATATATGGT . . A . T . . . . . . AT CAT TC C G GC T CG A A
blockSeqs : G TGT T . . ATG A . TGCAGC . T TTGTCTAACGA . . G . . CACAT . T G . T AT . . . . C ATTCGATTATCACCATT . . GAAGAAATAAATGGTAATTTCTGACA TA T TAA A . A . TACCACA GT . . TCAATATTTATCATTAACATACCAAGTGTATATATATTT . . C . C . . . . . . A TT TG C . AG G T . .
blockSeqs : G T . . . TCA A . TGCT . T TTAACTAACA . . C . . CTCAA . G A . A A . . . . C ATCAATTATCACCATC . . TAAAAACTAAATTATTATTTCTTGTA AA G TAA A . G . TATCAAC AT . . ATTTAACCAGTTTATAATTCACACAATACAAGCAC . . T . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . CGGT . T TTTTCAGAAG . . T . . CGCAA . G G . A A . . . . C ATCGAAC . . AAGAATAAATAGATAAATTTGTGTT AG A TAC A . A . TTGCAAT AT . . ATAACTTTTATCTTAATCTTCAAAATTAGTATAT . . T . C . . . . . .
blockSeqs : . CATC . T GCAGT . . C . . CACAG . G G . A A . . . . C ACTCGA . . AATGAAATAATTATTTTTTACT AA G CAA G . A . AAT AT . . GTACTTTTATCCTTCTTTACATTGCAATTCGGT . . A . T . . . . . .
blockSeqs : . CGTT . . . . G . . TA . T . . A . . . . . . ATC . . TCAAGTGATTACATTTAATTTC A G TAC A . A . AAT TT . . AAATAAACTATTCAATTTATTAGAT . . G . C . . . . . .
blockSeqs : . CACT . . . C . . TA . G . TC . . GAAAAAATAATAATTTCAAT A . TA G . A . . AT . . ATAACTACAAATT . . T . T . . . . .
blockSeqs : . T . . CA . . . . . . . A . . AT . . . C . T . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . G . . T . C . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : CGCT*** TTNCCTGAAG*********** C* ATTCGATATCACCATC********************************* ***
originalCons : NNCGCAATTTCCGAGTTGCCCAATAGTTATTTCCC-T-TGTTGAACTCT-TACGCACGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTACNCGCGCGGTGGGTACAAATGCTT-ATCGCAGCTG-CGTTCA--TATAT-----TG-CT-CTGAAGA--GAT---GATTAC---CAGACGTCATGCAACCACCCGAACTG--CAG--GGAAA-C-CAA----ATTCAGTAAGTT---TATGAG-TATTTGA--TAAT-A-A-A-TA-GCTCAA--A-CAAA--------------A--------------T----C--------------TT-------TCTTTGATAAAAGTATCACTCGTGTAG---AA--A---GGAA-----TTA--------AAT---A-ATTTCATATTTAAT-----TGCC-TAATTTAATGGCC------TAATTCAA-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-TA--------C-AA-C-GGCTGAT----AT-------AA-ACAAAATTTAC-GCTTTC---AT---A-----C----T--------T--------AT---C------------------TA--CA----T---------A-----------T-T-GC-----T--------ATACA-T-CT------TGTA-----------CCCACCCAAGCGT---TCA----ACAGAATACTGAAT-------GTACCT-CCATCACAGAA----GAGCTGATATCT---CGGAAATCGCGTATTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAANC-NAGAATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGAATACTTA
finalCons : NNCGCAATTTCCGAGTTGCCCAATAGTTATTTCCC-T-TGTTGAACTCT-TACGCACGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTACNCGCGCGGTGGGTACAAATGCTT-ATCGCT---G-CGTTCA--TATATTNCCTGAAG-----------GAT---GATTAC---CAGACGTCATGCAACCACCCGAACTG--CAG--GGAAA-C-CAA----ATTCAGTAAGTT---TATGAG-TATTTGA--TAAT-A-A-A-TA-GCTCAA--AC-AAAATTCGATATCACCATC---------------------------------TT-------TCTTTGATAAAAGTATCACTCGTGTAG---AA--A---GGAA-----TTA--------AAT---A-ATTTCATATTTAAT-----TGCC-TAATTTAATGGCC------TAATTCAA-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-TA--------C-AA-C-GGCTGAT----AT-------AA-ACAAAATTTAC-GCTTTC---AT---A-----C----T--------T--------AT---C------------------TA--CA----T---------A-----------T-T-GC-----T--------ATACA-T-CT------TGTA-----------CCCACCCAAGCGT---TCA----ACAGAATACTGAAT-------GTACCT-CCATCACAGAA----GAGCTGATATCT---CGGAAATCGCGTATTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAANC-NAGAATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGAATACTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTTGCCTTATCATACTTGAAAGAATACCAATGTAGAAGATTGATATTATCATGGAAAAAATATTCAACATGCCATGTCTGTCAGCCCAAGTAACAGCCAAGCCACTTAAACCCACCAATGGTAGACCTGGGAGAAACAACCAGGGGAACATCTTAGAGAAAACATAAAAAATAC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222 1111 2222222222 111111 33333333 11 111 3333333333333 66666666666666666666666666666666666666666666666666666 111111 11111111 444444444444444444 1111111111111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 11111111111 1111111 11 333333 111 111 2222
lowQualScore : 4 4444 1 6 4444 0 666 2 0 8 8888 9999 777 1111111111 77 222222 777 0 3 55 0 55 11111111 0 777 1 00 66 1 777 5 4 4 66 3 3 5555555555555 3 2 2 1 666 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 33 000000 3 66 0 3 1 44444444 333333333333333333 3333333333333 4 4 777 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 3 1111111 0 77777777777 2 555 7777 0000000 3 7777 888 00 000000 55 2 2 99 1 888 777 0000
lowQualScore : . .... . . .... . ... . . . .... .... ... .......... .. ...... ... . . .. . .. ........ . ... . .. .. . ... . . . .. . . ............. . . . . ... ..................................................... .. ...... . .. . . . ........ .................. ............. . . ... ............................................................................................................ . . ....... . ........... . ... .... ....... . .... ... .. ...... .. . . .. . ... ... ....
lowQualScore : 2 8888 5 7 2222 3 888 2 7 9 9999 4444 222 6666666666 99 888888 000 8 5 00 3 00 22222222 9 888 1 11 99 2 111 0 4 4 11 6 6 0000000000000 6 1 5 0 444 00000000000000000000000000000000000000000000000000000 44 555555 4 22 4 6 6 55555555 000000000000000000 1111111111111 0 4 888 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 6 6 1111111 5 33333333333 9 888 1111 8888888 3 7777 888 22 555555 88 5 5 00 0 000 000 8888
consensus : NNCGCAATTTCCGAGTTGCCCAATAGTTATTTCCC-T-TGTTGAACTCT-TACGCACGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTACNCGCGCGGTGGGTACAAATGCTT-ATCGC---TGCG----TTCAT--ATAT-----TGC--CTGAAG--GAT------GATTACC---AGACGTCATGCAACCACCCGAA--CTGCAG--GGAAAC-CAA----ATTCAGTAAGTT---TATGAG-TATTTGA--TAAT-A-A-A-TAG-C--TCAAA-CAA-AANTCG-A-T-----A-TCACCATCTTTCTTTGATAAAAGTATCACTCGTGTAG---AA--A---GGAA-----TTA--------AAT---A-ATTTCATATTTAATTGCC-TAATTTAATGGCC------TAATTCAA-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-TA--------C-AA-C-GGCTGAT----AT-------AA-ACAAAATTTAC-GCTTTC---AT---A-----C----T--------T--------AT---C------------------TA--CA----T---------A-----------T-T-GC-----T--------ATACA-T-CT------TGTA-----------CCCACCCAAGCGT---TCA----ACAGAATACTGAAT-------GTACCT-CCATCACAGAA----GAGCTGATATCT---CGGAAATCGCGTATTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAANC-NAGAATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGAATACTTA
Reference ( family-1559 ) : NNCGCAATTTCCGAGTTGCCCAATAGTTATTTCCC-T-TGTTGAACTCT-TACGCACGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTACNCGCGCGGTGGGTACAAATGCTT-ATCGC---TGCG----TTCAT--ATAT-----TNC--CTGAAG--GAT------GATTACC---AGACGTCATGCAACCACCCGAA--CTGCAG--GGAAAC-CAA----ATTCAGTAAGTT---TATGAG-TATTTGA--TAAT-A-A-A-TAG-C--TCAAA-CAA-AATTCG-A-T-----A-TCACCATCTTTCTTTGATAAAAGTATCACTCGTGTAG---AA--A---GGAA-----TTA--------AAT---A-ATTTCATATTTAATTGCC-TAATTTAATGGCC------TAATTCAA-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-TA--------C-AA-C-GGCTGAT----AT-------AA-ACAAAATTTAC-GCTTTC---AT---A-----C----T--------T--------AT---C------------------TA--CA----T---------A-----------T-T-GC-----T--------ATACA-T-CT------TGTA-----------CCCACCCAAGCGT---TCA----ACAGAATACTGAAT-------GTACCT-CCATCACAGAA----GAGCTGATATCT---CGGAAATCGCGTATTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAANC-NAGAATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGAATACTTA
gi|1 : CGCAAGTTCAGAGTTGTCCAACAGTTATGTCCCAT-TGTTTAACTTT-TGCGCACGGTGT----GACGCAAAAGTTGTTTTCATATCCTCGCGGTGGGTACAAATGCGT-ATTGCAGCTGCG----TTCAT--ATAT-----TGCTCCTGAAAACGAT------GATTACC---AGACATAATGCAACCACCAGAA--CTGCAG--GGAAATTCAA----ATTTAGTTAGTT---TATCAT-TATTTGA--TGAT-A-A-A-CAGGC--TTAAA---A-AA--------------------ATCTTTATTTCATAACATTATCACTCGAGTAT---AA--A---GGAA-----TTA--------AAT---G-ATTTCATATTTAGTTACCGTAGTTTAAAGACC------CAATTCAA-ATAAAGTACTCTTCGTAT-TACTAGTTT--------AATGTA-TA--------CTGA-C-GGTTGAT----GT-------AA-ACAAAATTTAC-GTTATC---AT---A-----------------------------T---C------------------TA--CA----T---------A-----------T-T-GC-----T---------TACA-T-AT------TGTT-----------CCCATCGAAGCGT---TCA----CCAGAGTACCAAAT-------GTACCT-CCATCAAAGGA----GAGCAGGTATATATACTGACATCTTGT-TTTG----ATA--ATTCT-AAGTA--AAAC-AAAGATGTTCAAGAAAACAGGTACCAAGAATACATA
gi|10 : tt------TGATTCAA--TAATTTCTTCTTGATAT-G-TCGGTCC--------AATGTG-TA--------C-AAAC-GGCCAAT----GT-------AATAGAAAATTCAT-ACATTA---ATTTAA-----CCAGTT--------T--------ATAATT------------------CA--CA----C---------A-----------A-T-ACAAGCAC--------ATATAGT-CA------TGTA-----------CCCATCTGAGCAT---TCA----AAACAAAACAGAAC-------GTACCT-TCGTCACATAATCTTGAGCTAATATCT---TGGAA
gi|11 : atGCTT-ATTGC---TGTG----TTCAA--ATAT-----TAA--CTAACA--GAT------GATTACT---AGATGTCATGTGACCACGTAAAGGGGGCAA--GGATTCTCAA----ATCTAGTAAGGT---TATGAG-TATTTGA--TGATAA-A-A-TAG-C--TCAAA-CAA-AAATCG-A-TA----A-TCACCATTTTTCTTTGACAAAATTATCACTCGCAGAG---AA--G---AGAA-----ttgtg
gi|13 : AT------GATTACC---AGACGTCATACAATCACCGGAA--GTGCAG--GGAAAT---A----CTTCAGTAAGTT---TATTAGATATTTGA--TTATCA-A-A-TAG-C--TCAAA-CAA-AATTCGTATT-----A-TCACCA-GTTCCTTTGATTAA--T----TTCGTGTAG---AA--------AA-----TGA--------AAT---A-ATT--AT-TTT--TTACT-TAATTTAAaa
gi|14 : aagataATTACC---AGACGTCATACAATCACCGGAA--GTGCAG--GGAAAT---A----CTTCAGTAAGTT---TATTAG-TATTTGA--TTATCA-A-A-TAG-C--TCAAA-CAA-AATTCG-ATT-----A-TCACCATTTTCCTTTGATTAATGT-----TCGTGTAG---AA--AAT-GAAA-----T----------AAT---T-ATTTCTTACTTAATT
gi|15 : CGCAATGTCCGTGTTGCTCAACAGTTATTTCCCTT-TGCTGTACTCT-TTCGCACATGGA----GACGCAAATAATGGTTCCATATT------GT---CACATTCGCTT-ATCGG---TGCG----TT-A-------------------GCAG--TGT------GATTACC---AGACGCCATGTAATAACCCTAA--GTGCAC--GGAAAC-
gi|16 : CGCAATTTTCGAGTTGTCCAATACTTATTCCCC-TATGTTGAACTCT-TACGCGTGGTGA----GACGCAAAATATGTTTTCGTATTCACGCGGTCGGTAC-AATGCTTAATCAT---CGCG----TTCAT--ATAA-----TGT--CT
gi|17 : taatgGTGGATACAAA-GTTTCATAAT---GACA----TTCAT--ACAT-----TGT--CTAACG--AAA------GATAATC---AGTTGCAATGCAACCACCTGAA--CTATGGTTGAAAAT-GTATTTTATTTAATAAGTT---TATGAA-TATTTtcca
gi|18 : CGTCATGTAACCACTCGAA--CTGCAG--AGAAACACAT----ATTTAG------------GCG-TATTTGA--TAAC-ATG-A-TAG-C--TCAAAGCAA-AAT-CA-A-TT----A-TCACCATCTTTCTTTGATAAAAGTATCACTCTTGT
gi|19 : -CAA-AAATTG-A-C-----AATCCTTGTCTTACTTTGATAAAATTACCACTCGTGCCG---AAGAA---AAAA-----T----------AAT---A-ATTTCA------AT------AATGTA-TGACC------TAATTCGA-ACAAATTA---TTGATAT-ACTCAGTc
gi|2 : TGTCTAATAGATGTTTCCT-T------AACTTA-CATGTATGTTAACTTAGATGCAAAATAGATTTTTGTACACACACACTGAGCACAAATGGTT-ATCAC---AGCAGTTATTCATCTATATAATAGTGC--CTGAAG--GAT------GATTATTTATAGCTGCTATGCAACAACCGGAA--CAG-AA--GGAAACTCAA----ATTCAATAAATT---TATGA--TATTTGA--GAAT-A-ATA-TAC-C--TCAAT-TAA-AAATCG-A-------A--------CTTTCCCAGTTGAAAGTATCAGTTGTG-----------------------TCA--------AGT---G-ATT--ACATTTAATTTC---------ATGGCC------TAATCTAA-ACAATTTGTTCTTGATGC-GGTCATTTTAATGTACAAATGTA-TA--------C-CA-CAGGCTGATGGTAATGTATATAAA-ACAAAGTTCAT-GTTTTC---ATA--A-----C----T--------TTTATCTTAAT---C------------------TT--CAAAATT---------A-----------G-T-ATA----T--------ATACA-T-CTATATTCTTTA-----------CCCACCTAAAGGT---TCA----ATAGAATACTGATT-------GCATTT-CCATCAGGAAA----TAGATGATATCT---CAGAAA
gi|20 : CGCAATTTTCGAATTGCCTAATAGTTGTTTTCT-TGTGTTGTAGTCT-TACGCACAGAGA----GTAGCAAAATATAGTTCCGTACCC
gi|21 : aA----T---------A-----------A-T-GCATG--T--------AAACA-C-CC------TGTA-----------CCCACCCAAGCATAAATAATACTACAT-ACACTGAATGTACAACGTACCT-CCATCATAGAA----GAGtgcttattgttgtgcgt
gi|22 : ataaccagtctT---C------------------CA--TA----T---------A-----------T-A-GCG----T--------ATACA-T-CT------TGTA-----------CCCA----AACGT---TCA----ATAGAGTACTGAAC-------GTACTT-CCACTATAGAA----GAGCTGATATCT---CGG
gi|23 : acataaccagCACCGAAAAGT---TCA----ACAGAAGATTAAAT-------ATACCT-CCGCCACAAAA----GGGCGAATCTCT---TGGA
gi|24 : taatAATGTCC------TACTTCAC-ACAAATTATTCTTGATAT-GGTCGGTTT--------AATGTA-------------AA-T-AGCTGAT----AT-------AA-ACAcaa
gi|25 : cAAAACATGTTTTTGTACATGCATGGCGGGTACAAATTCTT-ATCGT---TGCA----TTCA
gi|3 : AGTATCACTCGTGTAA---AAG-A---AGAA-----ATA--------AATGGTA-ATTTC-----TGA---CA-CAATTTTATTGCC------TA-TTCAA-ACAAATTACTTCTGATGT-TGGCAGGTT--------AATGTA-TAT-------C-AA-C-GGCAGTT----AT-------AA-GCAAAGTTTAT-GCTTTCTCAAT---A-----T----T--------T--------AT---CATTAACATACCAAGTGTATA--TA----T---------A-----------T-T--------T--------ATACA-T-CT------TTTA-----------CCCACCCACGCAT---TCA----ACAGAATACCGAAT-------GTACCT-CCATTGCAAAA----GAGATGGTATGT---CGGAAATTGCGTGTTTG---CATATCATTCTCAAGTAGGAATT-CGGAATGT--AAGAGAAGA---AAAAAGAATACTTA
gi|4 : AAA-CAA-AAATCG-A-TT----A-TCACTATCTTTCTTTGATAAAGG-ATCACTCGTATAG---AAT-A---AAAA-----CTA--------AAT---T-ATT----ATTTC-TTGTA-TAATTT----------------------------TATTTCTGATGT-GGTCAG------------------------------------GTTGCT----AT-------AA-ACACAATTTAG-GCTTTC---TT---AACATTCATTGT--------T--------AT---C------------------TA--CA----T---------AACCAGTCTATATAT-GG-----T--------ATACA-C-CA------TGTA-----------ACCACCTATGCAT---TTA----ACAGAATACTTAAT-------GTACCT-CCATTGCAGAA----GAGCTGCTGTGT---CGAAAATTGCGTATTTG---T-TATCATTCTCAAGTAGCAATT-T-GAATGT--AAGAGAAG-----AAAAGTATATTTAcgtgcatgtctgtcacgattacagccaggccacttagacccaccagtgtaagaccagggagaaataaccaagggacatctacagaaaaaagatcaaataacaccatcagaccgc
gi|5 : aT------GATTACA---AGACGTCAAGCAACCACCCGAA--CAGCAG--GGAAACGCAA----AATCAGGAAGTTATATATTA---ATTAGATTTAGT---A-A-TAG-C--GCAAA-CAA-AACTCG-ATT-----A-TCACCA----TCTTCGATAAAAGTATCATACGTGTAGTTCAA--AGTGGGAA------TA--------AAT---A------ATAGTTTCTTGTC-TAATTTAATGACCTATATATAGTTCAA-GCAAATTATTTTTGATAT-GAGCAGTTT--------AATGTA-CAATGTATACC-AG-C-AGATGAT----TT-------A----AAAATATAC-ACTTTT---A----A-----A----T--------A--------AA---C------------------TATTCAATT-T---------A-----------T-TAGA-----T--------ATACA-TACG------T-TACCCCCCGCCCCCCCGCCCAA-CAT---TCA----ACAG-ATAC-GA----------CGCCGATCATCACAGAA----AAGcttgcatgtctgtcacgagcaaaccaaccattaaacccaccagtgtaagaccaggaggaacaaccaggggacatctagacaaaaagatcgaatgcatatcagaccg
gi|6 : tcaataatccGGTACACATGCTT-ATTGC---AGCG----TTCAT--ATCT-----TTT--CAGAAG--GAT------GGCCACC---AGCTGTCGTGCAATTACTTGAA--CTCCAG--GAAA---CA--------CAGC-----------GAG-TATTTGA--TAAT-A-A-AATAG-C--GCACA-CA-----------------------CATCTTCCCTTGATAAAAGTATCACTCGTGTCG---AGG-A---GGAAATACATTATGTATGGTAAT---A-ATTTCATGTTTAAT---C-TAATT-----GCC------TAATTGAA-ATAAATTATATTTGATAT-GGCCAGTCT------------TA---------------------TGAT----AT-------AA-ACAAAATTTAC-GCTTTC---AT---A----------------------------A----C------------------TA--CA----A---------A-----------T-T------------------TACA-T-CT------GGTA-----------CGCACTTAAACGG---TCA----CTAGAATACTTAAT-------GTACCT-ACTTTACAGAA----GAGCTGat
gi|7 : tgtaataaaaagttttaaaatttcaagttt-TAG-CATTCAAA-CAACAAGTCA-A-TTGAGAA-TCACTATAAAACATTGATCATA--ATCA-TCATATCA---AA-------GAA-----T-A--------AAT---AGAT---AAATTTG--TGTT-TGATTTAGTGGCC------CAATTCAA-GCAAATTATTGTTAATAT-GGTCAGTTT--------AGTGCATTG--------C-AA-T-GGCTGATG---AT--------A-ATAAGATTTAT-GCTTTC---ATA--A-----C----TTTTATAGCT--------AT---C------------------TA--TA----TAGCTGGTTCA-----------T-T-AT-----TAATGATCAATACA-C-TC------TGTA-----------TCCACTTAAGTGT---TTG----ATAGAATACTGAAT-------ATACTT-CC
gi|8 : taggccaaatcatcattagagatt--------AAT---A-ATTTCATAT--------C-TAACTTAATGGCC------TACTTCACTCCAAATTATTCTTGATATTGGTTGGTTT--------AATGTA-------------AA-T-AGCTGAT----AT-------TA-ACAAA-TTCACCGCTTCC---GT---A-----C----T--------TTT------AT---CCTTCTT------------TA--CA----TTGCA-----A-----------T-TCGG-----T--------ATACA-T-CT------TATA-----------ACCACCCAAGCGT---TCA----ACACAATACTAAAT-------GTACTT-CCATCAAAAAC----GAGCTGATTTCT---TGGAAATCGCATA-TTGACCCA-ATGGTTCTCGA-TAAGAAGCAAAGAATTT----GAAAAGA---AA
gi|9 : agtCGCAATTTCAGAGTTGCCCAATAGTT--------------GAACTCTATACGCACGGTGA----GACGCAGAATATGTTTTCGTATTCATACGATGGGTACAAATTCTT-ATCAC---TGCG----TTCAT--ATAC-----ATC--CTAAAG--GATGATTTAGATTACC---AGCTGTCATGCAACCACCCAGG--CAGCAA--GGAAACACAG----GTTTAGTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): TTTGCCTTATCATACTTGAAAGAATACCAATGTAGAAGATTGATATTATCATGGAAAAAATATTCAACATGCCATGTCTGTCAGCCCAAGTAACAGCCAAGCCACTTAAACCCACCAATGGTAGACCTGGGAGAAACAACCAGGGGAACATCTTAGAGAAAACATAAAAAATAC