lowQualScore : 22222 22
lowQualScore : 2 6666 2 2 2 33333 7777 4444 2 2 22 2 555555 55555 4444 2 6666666 2 6 2 2 22 66
lowQualScore : . .... . . . ..... .... .... . . .. . ...... ..... .... . ....... . . . . .. ..
lowQualScore : 0 2222 0 0 0 22222 0000 5555 0 0 88 0 888888 00000 2222 0 5555555 0 0 1 1 99 88
consensus : GCGCATA-GG----AA-A-A-AA----CA----C--A-T-TTT-TA--GG-T------A-----ATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
Reference ( gi|16 ) : GCGCATA-GG----AA-A-A-A-----CA----C--A-T-TTT-TA--GG-T------A-----ATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAA--TTAC
gi|8 : GCGCATA-GG----AA-A-A-AA----CA----C--A-T-TTT-TA--GG-T------ACGGTAATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAA--
gi|10 : GCGCATA-GG----AA-A-A-AAC---CA----C--A-T-TTT-TA--GG-T------A-----ATA----A----------AT-TTC-TAAT-TT--CTAAC-TTACc
gi|2 : GCGCAGA-GG----AA-A-A-AA----CG----C--A-T-TTTTTA--GG-T------A-----ATA----AA-TTATTATAAT-TTC-T-AT-TT--CTAA--TT
gi|21 : GCGCATA-GG----AA-A-A-AT----CA----C--A-T-TTT-TA--GG-T------A-----A-A----GA-T-------AT-TTC-ta
gi|7 : GCACATA-GG----AA-A-A-A-----AAAA--C--G-T-TTT-TA--GG-T------------ATA----AA-T-------A--TTC-T-AT-TTCCCTAACGTTAC
gi|11 : CGCATA-GG----AA-A-A-A-----CA----CACA-T-TTT-TA--GG-T------A-----ATC----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAA--TT
gi|9 : CGCATA-GG----AACA-A-A-----CA----C--A-T-TTT-TA--GG-T------A-----ATA----AATT-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTACcac
gi|19 : CGCATA-GG----AA-A-A-AA----TA----C--A-T-TTT-TA--GG-T------A-----ATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAA--CT
gi|15 : CGCATA-GA----AA-A-A-A-----CA----C--G-CATTT-TA--GG-T------A-----ATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAA--TT
gi|3 : CGCATA-GG----AA-A-A-AA----CA----C--A-T-TTT-TA--GG-TCACAGTA-----ATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTACta
gi|17 : CGCATA-GG----AA-A-A-A-----CA----C----C-TTT-TA--GG-T------A-----ATA----AA-T-------AT-TTTAT-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|5 : CGCATT-GG----AA-A-A-AAACCCCG----C--A-T-TTT-TA--GG-T------A-----ATA----GA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAA--TT
gi|13 : CGCATA-GGA---AA-A-A-A-----CA----C----C-TTT-TA--GG-T------A-----ATA----AA-T-------AT-TTTAT-AT-TT--CTAAC-TTACtac
gi|6 : CGCATA-GG----AA-AGA-A-----CA----A--A-T-TTT-TATAGG-T------A-----ATA----AA-T-------AT-TTT-C-AT-TA--CTAAC-TTAC
gi|1 : CGCATATGG----AA-A-A-A-----CAAAACC--ACT-TTT-TA--GGGT------A-----ATA----AA-T-------ATCTTC-T-AT-TT--CTAACGTTACc
gi|14 : GCATA-GG----AA-A-A-AA----CA----C--C-T-TTT-TA--GG-T------A-----ATA----AA-T-------AT-TTTAT-AT-TT--CTAAC-TTACc
gi|18 : GCATA-GGGGGAAA-A-A-A--------------A-T-TTT-TA--GG-T------A-----ATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAA--CT
gi|4 : CATA-GG----AA-A-A-AACA--CA----C--A-T-TTT-TA--AG-T------A-----ATATATAAA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTACta
gi|12 : ATA-GG----AA-A-AAA-----CA----C--A-T-TTT-TA--GG-T------A-----ATA----AA-T-------AT-TGC-T-AT-TT--CAAAC-TTACc
gi|20 : gaATA-GG----AA-A-A-A-----CA----C--C-T-TTT-TA--GG-T------A-----ATA----AA-T-------AT-TT--T-ATATT--CTAAC-TTACc
Alignments
lowQualScore : 444444 1 6666 66 77777 1 555555 4444 1 6666666 1 5 2 2 22 4
lowQualScore : ...... . .... .. ..... . ...... .... . ....... . . . . .. .
lowQualScore : 888888 9 0000 44 44444 9 555555 0000 9 2222222 9 7 0 0 88 0
consensus : GCGCATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
Reference ( family-1518 ) : GCGCATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|1 : CGCATATGGAAAA-A----C-AAAACCAC-TTTTTA-----GGGT------AATA----AA-T-------ATCTTC-T-AT-TT--CTAACGTTAC
gi|10 : GCGCATAGGAAAAA-A----CCA----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----A----------AT-TTC-TAAT-TT--CTAAC-TTACc
gi|11 : CGCATAGGAAAAACA----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATC----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAT-TCAC
gi|12 : ATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TGC-T-AT-TT--CAAAC-TTAC
gi|13 : gaCGCATAGGAAAAA-A----C-A----C---CTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTTAT-AT-TT--CTAAC-TTACc
gi|14 : GCATAGGAAAAA-A----C-A----CC--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTTAT-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|15 : CGCATAGAAAAAACA----C-G----CA--TTTT-A-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAT-TTA
gi|16 : GCGCATAGGAAAA--A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAA--TTAC
gi|17 : CGCATAGGAAAAA------C-A----C---CTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTTAT-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|18 : GCATAGGGGGAA-A----A-A----AA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTA
gi|19 : CGCATAGGAAAAA-A----T-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-
gi|2 : GCGCAGAGGAAAAA-A----C-G----CAT-TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-TTATTATAAT-TTC-T-AT-TT--CTAAT-TTA
gi|20 : ATAGGAAAAA------C-A----CC--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TT--T-ATATT--CTAAC-TTAC
gi|21 : GCGCATAGGAAAAA-T----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AA-A----GA-T-------AT-TTC-c
gi|3 : CGCATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-TCACAGTAATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|4 : CATAGGAAAAA-A----C-A----CACATTTTTA-----AG-T------AATATATAAA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|5 : CGCATTGGAAAAA-AACCCC-G----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----GA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAT-TTACc
gi|6 : CGCATAGGAAAGA-A----C-A----AA--TTTTTATA---GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTT-C-AT-TA--CTAAC-TTAC
gi|7 : GCACATAGGAAAAA-A----A-AA---CG--TTTTTA-----GG-T-------ATA----AA-T-------A--TTC-T-AT-TTCCCTAACGTTACc
gi|8 : GCGCATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTAGGTACGG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-
gi|9 : CGCATAGGAACAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AATT-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
Alignments
lowQualScore : 444444 1 6666 66 77777 1 555555 4444 1 6666666 1 5 2 2 22 4
lowQualScore : ...... . .... .. ..... . ...... .... . ....... . . . . .. .
lowQualScore : 888888 9 0000 44 44444 9 555555 0000 9 2222222 9 7 0 0 88 0
consensus : GCGCATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
Reference ( family-1518 ) : GCGCATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|1 : CGCATATGGAAAA-A----C-AAAACCAC-TTTTTA-----GGGT------AATA----AA-T-------ATCTTC-T-AT-TT--CTAACGTTAC
gi|10 : GCGCATAGGAAAAA-A----CCA----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----A----------AT-TTC-TAAT-TT--CTAAC-TTACc
gi|11 : CGCATAGGAAAAACA----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATC----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAT-TCAC
gi|12 : ATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TGC-T-AT-TT--CAAAC-TTAC
gi|13 : gaCGCATAGGAAAAA-A----C-A----C---CTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTTAT-AT-TT--CTAAC-TTACc
gi|14 : GCATAGGAAAAA-A----C-A----CC--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTTAT-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|15 : CGCATAGAAAAAACA----C-G----CA--TTTT-A-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAT-TTA
gi|16 : GCGCATAGGAAAA--A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAA--TTAC
gi|17 : CGCATAGGAAAAA------C-A----C---CTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTTAT-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|18 : GCATAGGGGGAA-A----A-A----AA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTA
gi|19 : CGCATAGGAAAAA-A----T-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-
gi|2 : GCGCAGAGGAAAAA-A----C-G----CAT-TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-TTATTATAAT-TTC-T-AT-TT--CTAAT-TTA
gi|20 : ATAGGAAAAA------C-A----CC--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TT--T-ATATT--CTAAC-TTAC
gi|21 : GCGCATAGGAAAAA-T----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AA-A----GA-T-------AT-TTC-c
gi|3 : CGCATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-TCACAGTAATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|4 : CATAGGAAAAA-A----C-A----CACATTTTTA-----AG-T------AATATATAAA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|5 : CGCATTGGAAAAA-AACCCC-G----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----GA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAT-TTACc
gi|6 : CGCATAGGAAAGA-A----C-A----AA--TTTTTATA---GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTT-C-AT-TA--CTAAC-TTAC
gi|7 : GCACATAGGAAAAA-A----A-AA---CG--TTTTTA-----GG-T-------ATA----AA-T-------A--TTC-T-AT-TTCCCTAACGTTACc
gi|8 : GCGCATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTAGGTACGG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-
gi|9 : CGCATAGGAACAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AATT-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
blockSeqs : AACCC C A CA GGTAC . CACAGT TATA T TATTATA . A A A CC G
blockSeqs : CA . . T TA . . . . . . A . . . .
blockSeqs : CA . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : **** **
originalCons : GCGCATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
finalCons : GCGCATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
Alignments
lowQualScore : 444444 1 6666 66 77777 1 555555 4444 1 6666666 1 5 2 2 22 4
lowQualScore : ...... . .... .. ..... . ...... .... . ....... . . . . .. .
lowQualScore : 888888 9 0000 44 44444 9 555555 0000 9 2222222 9 7 0 0 88 0
consensus : GCGCATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
Reference ( family-1518 ) : GCGCATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|1 : CGCATATGGAAAA-A----C-AAAACCAC-TTTTTA-----GGGT------AATA----AA-T-------ATCTTC-T-AT-TT--CTAACGTTAC
gi|10 : GCGCATAGGAAAAA-A----CCA----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----A----------AT-TTC-TAAT-TT--CTAAC-TTACc
gi|11 : CGCATAGGAAAAACA----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATC----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAT-TCAC
gi|12 : ATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TGC-T-AT-TT--CAAAC-TTAC
gi|13 : gaCGCATAGGAAAAA-A----C-A----C---CTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTTAT-AT-TT--CTAAC-TTACc
gi|14 : GCATAGGAAAAA-A----C-A----CC--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTTAT-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|15 : CGCATAGAAAAAACA----C-G----CA--TTTT-A-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAT-TTA
gi|16 : GCGCATAGGAAAA--A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAA--TTAC
gi|17 : CGCATAGGAAAAA------C-A----C---CTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTTAT-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|18 : GCATAGGGGGAA-A----A-A----AA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTA
gi|19 : CGCATAGGAAAAA-A----T-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-
gi|2 : GCGCAGAGGAAAAA-A----C-G----CAT-TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-TTATTATAAT-TTC-T-AT-TT--CTAAT-TTA
gi|20 : ATAGGAAAAA------C-A----CC--TTTTTA-----GG-T------AATA----AA-T-------AT-TT--T-ATATT--CTAAC-TTAC
gi|21 : GCGCATAGGAAAAA-T----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AA-A----GA-T-------AT-TTC-c
gi|3 : CGCATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-TCACAGTAATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|4 : CATAGGAAAAA-A----C-A----CACATTTTTA-----AG-T------AATATATAAA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC
gi|5 : CGCATTGGAAAAA-AACCCC-G----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----GA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAT-TTACc
gi|6 : CGCATAGGAAAGA-A----C-A----AA--TTTTTATA---GG-T------AATA----AA-T-------AT-TTT-C-AT-TA--CTAAC-TTAC
gi|7 : GCACATAGGAAAAA-A----A-AA---CG--TTTTTA-----GG-T-------ATA----AA-T-------A--TTC-T-AT-TTCCCTAACGTTACc
gi|8 : GCGCATAGGAAAAA-A----C-A----CA--TTTTTAGGTACGG-T------AATA----AA-T-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-
gi|9 : CGCATAGGAACAA-A----C-A----CA--TTTTTA-----GG-T------AATA----AATT-------AT-TTC-T-AT-TT--CTAAC-TTAC