lowQualScore : 1 3333333333333333333333 33333 22 11 4444 111111 22222222222222 11 22222222
lowQualScore : 77 4 55 55 4 5555555555555555555555 55 4 55 4 11111 2 66 4 8 33 8 8 4 4 66 2 666 3 3 3 00 0 3 3 3 0000 3 3 444444 55 7777 6 1 1 44 6 555 3 6 3 6666 3 3 6 3 3 3 33333333333333 6 3 44 44 00 3 3 3 33 44 77777777
lowQualScore : .. . .. .. . ...................... .. . .. . ..... . .. . . .. . . . . .. . ... . . . .. . . . . .... . . ...... .. .... . . . .. . ... . . . .... . . . . . . .............. . . .. .. .. . . . .. .. ........
lowQualScore : 99 1 55 55 0 5555555555555555555555 55 0 55 4 33333 6 22 4 9 99 0 9 4 4 11 0 444 6 6 6 00 3 6 6 6 5555 6 6 555555 00 7777 7 2 2 66 7 888 3 7 3 5555 1 1 2 1 1 1 88888888888888 2 1 22 22 44 1 1 1 66 22 66666666
consensus : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTAA--CAATG-AA----------------------G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATG-TTTTTCTANTCAA-GACTTT-ATTT-CAAAG-TCNACGG-CT-AGC-AG--GTCTAAA---CA-A-TCA-A--CTCTTGA-C-A-AGT--T-TTT-T-N----AAAT--AACTTTAACA----TGTA-CACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGT-T----T--G---T--TT-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----C---TTGTTAA
Reference ( gi|5 ) : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTAA--CAATG-AA----------------------G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATACTTTTTCTAATCAA-GACTTT-ATTT-CAAA--TCTACGG-CT-AGC-AG--GTCTAAA---CA-A-TCA-A--CTCTTGA-C-A-A----T-TTT-T-A----AAAT--AACTTTAACA----TGTA-CACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGT-T----T--G---T--TT-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----C---TTGTTAA
gi|6 : TCAT--GTTATTTT-AATTTTTGTGAGAG--TTGTAA--CAATG-AA----------------------G--ACAT-TAT--TCAAAA-A-----TTTCAAATCAA-GACTTT-ATTT-CAAAG-TCAACGG-CA-AGC-AG--GTCTAAA---CA-A-TCA-A--CTCTTGA-C-AGA----T-TTT-T-G----AAAT--AACTTTAACA----TG------TGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGT-T----T--G---TG-TTAGT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----CGTATTGTTAA
gi|3 : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTATTTCAAT--AA----------------------G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATG--TTTTCTAATCAA-GACTTTTATTT-CAAAATTCTACGG-CT-AGC-AG--GTC-AAA---CA-A-TCA-A--CTCTTGA-CCA-A----T-TTTTT-A----AAAT--AACTTTAACA----TGTA-CACTGTATTT--TATTT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GATTT-T-GA-CTTGGT-TTG--T--G---T--TT-GT-A--G--AT-T-GTTGTGTATTG-TTTGAAATAAA--AGC----C---TTATTtaa
gi|4 : TCAT--GT-ATTTT-AGTTTTTGCGAGAGGTTTGTAA--CAATG-AA----------------------G--ACAT-TAT--TCAAAAGATG---TTTCTAATCAA-GACTT--ATTT-CAA---TCAACGGGCT-AGC-AG--GTCTAAA---CA-AATCA-A--CTCTTGA-C-A-AG---T-TTT-T-T----TAAT--AACTTTAACA----TGTA-CACTGTATTTTATA-TT---CGTGC-GTC-TT-G-ACAT----GA--T-T-GA-C-TGGT-T----T--GTGTT--TT-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTG-AAT-AAACAGC----C---TTATTgttaat
gi|7 : TTAT--GTTATTTTTAGTTTTTTCCAGAG--T-GTAT--CAATG-AA----------------------G---CAT-TAT--TCAAAA-ATGTTTTTCGTATTCA--GACTTT-ATTT-CAAA--TCTACGG-CT-AGCGAG--GTCGAAA---CA-A-TCA-A--CTCTTGA-C-A-A----TATTT-TAA----AAAT--AACTTTAACA----TGTA-CACTTTA--T--TA-TT---CGTGC-GTC-TT--TACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGT-T----TA-G---TG-TT-GTAA--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAA---AA--AGC----TTA-TTGTT
gi|1 : TCATTGGTTATTTTC-GTTTTTGTGAGAG--TTGTAA--CAATG-AA----------------------G--AC-T-TAT---CAAAA-ATGTTTTTTCTAATC---GATTTT-ATTTTCAAAG-TCAACGG-CT-AGG-AG--GTCTAAA---CA-A-TCA-ATGCTCTTGA-C-A-AGT--T-TTT-T-A----AAAT--A--TTTATCA----TGTAGCAC-GTGTTT--TA-TTTTACTGGC-GTCGTTGGTACGCGTTGGA-TTGT-CA-C-TGGT-TTTTGT--G---T--TT-GT-A--G--AG-T-G-CGTGTATTGTTTTGAAAT-AA--AGCCTAAC---TTGTTAA
gi|16 : TCAT--TTTATTTT-AGTTTTTGCGAGAG--TT-TAA--CAATGCAA----------------------G--A-ATCTAT--TCAAA
gi|8 : CAT--GTTATTTTTAGTT---GCGAGAG--TTG-AA--CA--G-AA----------------------ACAACAA-TAT--TCAAAA-A-AATGTTTCTAATCAA-GAC-TT-ATTTACAAA--TCTACGG-CT-AGC-AG--GTCT-AA---CA-A-TCA-A--CTCTTGA-C-A-A----T-TTT-T-A----AAAT--AACTTTAACA----TGTACCACTGTATTT--TA-TT---CTTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-TGGA-T-TGGT-TC---T--G---T--TT-GT-T--GTAA--T-T-TGTGTATTG--TTGAAAT--A--AGC----C---TTAT
gi|2 : TTTTTGTGAGAG--TTGTAA--CAATG-AATGAGATTGTTGAGCAATGAGAGG--ACAT-TAT--TCCAAA-ATG-TGTTTCTATTCAATGACTTT-ATTT-CAGAG-TC--CGAACTGAGC-AGCGGTCTAAAATACA-A-TCA-A--CTCTTGA-C-A-AGTT-T-TTT-T-T----AGAT--AACTTTAACA----TGTG-CATTGTATTT--CA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGT-T----T--G---TG-TTAGA-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-CTTGAAAA-AA--AGC----C---TTATT
gi|9 : TTTTTTTGAAAG--TTTAAA--TAATG-AA----------------------G--ACGT-GAT--TCAAAA-AT-CTTTTTATATACAC-GACTTT-ATAT-CAAAG-TCTACAG-CA-AGT-AG--GTCAAAA---CATA-TAT-A--CA---GA-C-A-AGTTTT-CTT-T-T----AAAT--AACTTGAACA----TGAA-C-------TT--TA-TT---TCTAT-GTC-TT-GTATGG----GA-TT-T-GA-C-TGAT-TTG--T--G---T--TT-GT-G--G--A--T-G-TGTCTATTG----AAAAT-GA--AGC----C---TTATTgttaa
gi|10 : aTTGTGAAAG--TTTTAA--CAATG-AA----------------------G--ACGT-TATATTCAAAA-ATA-TTTTTATATACAA-GATTTT-AT----AAG--TCAACGG-CA-AGT-AG--ATCTAAA---CA-A-TTA-A--ATATAGA-C-A-ATTT-T-TTT-T-A----AAAG--AATTTAAACATAATTATA-CACTGTATTT--TA-TT---CGTGgttaa
gi|11 : AAG---CA-A-GCAGA--CTCTAGA-C-A-AGTT-T-TTT-T-GTCCTAGATTGAACATTATTA----T-CA-AAATGTCGTG--TAGTT---CGT-------TT-GTACGT----GT-TT-TTGA-T-TGGT-T----T------T--GT-GT-ACTG--AGTT-A-TGTGTATTA-TGTAAAAT-GA--AGCCTT-C---TTGTTAA
gi|13 : AA---CA-A-GCA-AGACTCTAGAGC-A-AGT--T-TTT-T-T----TCCT--AGATTGAACA----TATA-TAC-ATAATG--TA------AGTGTAGTCGTT-GTACGT----G--TT-T-GA-T-TGGT-T----T--G---T-----GT-A--C--A--TTA-TGTGTATTA-TCTAAAAT-GA--AGCCTT-C---TTGTTAAtaa
gi|14 : GTA-CACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-ATC-TT-GTATGT----GA-TT-T-GA-C-TGGT-T----TGAG---T--TT-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--t
gi|12 : -GTC-TT-GTACGT----GG-TT-T-GATT-TGGTGT----T--G-------T-GT-A--C--A--T-A-TGTGTATT--TCTAAAAT-GA--AGCCCTTC---TTGTTAA
gi|15 : caaaggcaagcactcctagacaagttttttttgtcctatattgaacattatacataattaagttaGT----GA-TT-T-GA-C-TGGT-T----T--G---TGTTT-GT-A--G--A--C-G-TGTCTATTG-TTTAAAAT-GA--AAC----C---TTATTta
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333333333333 11 11 111111111111 1111 11 22222222
lowQualScore : 66 1 55 44444444444444444444 3 55 55 3 55 4 00 4 1 0 4 4 0 4 4 33 666 4 1 4 55 0 555 3 3 3 88 3 3 55 44 333333333333 44 6666 2 2 3 1 33 5 555 3 6 3 6666 2 2 5 2 2 6666 66 555 22 2 5 2 33 33 99 2 2 2 2 33 44444444
lowQualScore : .. . .. .................... . .. .. . .. . .. . . . . . . . . .. ... . . . .. . ... . . . .. . . .. .. ............ .. .... . . . . .. . ... . . . .... . . . . . .... .. ... .. . . . .. .. .. . . . . .. ........
lowQualScore : 99 2 00 55555555555555555555 6 00 00 6 00 0 33 0 0 8 0 0 8 0 0 11 555 0 2 0 55 9 888 3 3 1 55 1 1 88 22 444444444444 22 5555 9 9 2 6 99 7 000 1 2 1 1111 9 9 7 9 9 8888 88 000 55 9 7 9 99 99 66 9 9 9 9 99 77777777
consensus : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATG-TTTTTC-TAATCAA-GAC-TTTA-TTT-CAAAG-TCN--ACGG-CTAGC-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTN-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---T--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----C---TTGTTAA
Reference ( family-1505 ) : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATG-TTTTTC-TANTCAA-GAC-TTTA-TTT-CAAAG-TCN--ACGG-CTAGC-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTN-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---T--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----C---TTGTTAA
gi|1 : TCATTGGTTATTTTC-GTTTTTGTGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--AC-T-TAT---CAAAA-ATGTTTTTTC-TAATC---GAT-TTTATTTT-CAAAG-TCA--ACGG-CTAGG-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-ATGCTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTA-----AA----AT--A--TTTATCA----TGTAGC-AC-GTGTTT--TA-TTTTACTGGC-GTCGTTGGTACGCGTTGGA-TTGT-CA-C-TGGTTTTTGT--G---T--T-T-GT-A--G--AG-T-G-CGTGTATTGTTTTGAAAT-AA--AGCCTAAC---TTGTTAA
gi|10 : TTGTGAAAG--TTTTAA--------------------CAATG-AA--G--ACGT-TATATTCAAAA-ATA-TTTTTA-TATACAA-GAT-TTTA-T-----AAG-TCA--ACGG-CAAGT-AG--ATCTAAA---C-A-ATTA-A--ATATA-GA-CAATTTTT--TTTA-----AA----AG--AATTTAAACATAATTATA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTG
gi|11 : AAG---C-A-AGCAGA--CTCTA-GA-CAA-GTTT--TTTTGTCCTAG----ATTGAACATTATTA----T-CA-A-AATGTCGTG--TAGTT---CGT-------TT-GTACGT----GT-TT-TTGA-T-TGGTT----T------T--G-T-GT-ACTG--AGTT-A-TGTGTATTA-TGTAAAAT-GA--AGCCTT-C---TTGTTAA
gi|12 : -A--CTCCTAGA-CAA-GTTT--TTTT-----TGTCCTAT--A--TTGAACA----T-TA-T-AC-ATAATT--AA-------GTTA-GTC-TT-GTACGT----GG-TT-T-GATT-TGG------T--G---T--TGT-GT-A--C--A--T-A-TGTGTATT--TCTAAAAT-GA--AGCCCTTC---TTGTTAAtaa
gi|13 : caaaggcaagcAA---C-A-AGCA-AGACTCTA-GAGCAA-GTTT--TTTT-----TC----CT--AGATTGAACA----TATA-T-AC-ATAATG--TA------AGTGTAGTCGTT-GTACGT----G--TT-T-GA-T-TGGTT----T--G---T------GT-A--C--A--TTA-TGTGTATTA-TCTAAAAT-GA--AGCCTT-C---TTGTTAAta
gi|14 : GTA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-ATC-TT-GTATGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----TGAG---T--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--t
gi|15 : GT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---TGTT-T-GT-A--G--A--C-G-TGTCTATTG-TTTAAAAT-GA--AAC----C---TTATT
gi|16 : TCAT--TTTATTTT-AGTTTTTGCGAGAG--TT-TAA--------------------CAATGCAA--G--A-ATCTAT--TCAAAgttaa
gi|2 : TTTTTGTGAGAG--TTGTAACAATGAATGAGATTGTTGAGCAATG-AGAGG--ACAT-TAT--TCCAAA-ATG-TGTTTC-TATTCAATGAC-TTTA-TTT-CAGAG-TCCGAACTG---AGC-AGCGGTCTAAAATAC-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTTT----AG----AT--AACTTTAACA----TGTG-C-ATTGTATTT--CA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---TG-T-TAGA-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-CTTGAAAA-AA--AGC----C---TTATT
gi|3 : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTATTT------------------CAAT--AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATG--TTTTC-TAATCAA-GACTTTTA-TTT-CAAAATTCT--ACGG-CTAGC-AG--GTC-AAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CCA-ATTT--TTTA-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTT--TATTT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GATTT-T-GA-CTTGGTTTG--T--G---T--T-T-GT-A--G--AT-T-GTTGTGTATTG-TTTGAAATAAA--AGC----C---TTATTgttaa
gi|4 : TCAT--GT-ATTTT-AGTTTTTGCGAGAGGTTTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAAGATG-TTT--C-TAATCAA-GAC-TT-A-TTT-CAA---TCA--ACGGGCTAGC-AG--GTCTAAA---CAA-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTT------A----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTTTATA-TT---CGTGC-GTC-TT-G-ACAT----GA--T-T-GA-C-TGGTT----T--GTGTT--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTG-AAT-AAACAGC----C---TTATTgttaat
gi|5 : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATACTTTTTC-TAATCAA-GAC-TTTA-TTT-CAAA--TCT--ACGG-CTAGC-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA---TT--TTTA-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---T--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----C---TTGTTAA
gi|6 : TCAT--GTTATTTT-AATTTTTGTGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-AT-----TTC-AAATCAA-GAC-TTTA-TTT-CAAAG-TCA--ACGG-CAAGC-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-C-A-GATT--TTTG-----AA----AT--AACTTTAACA----TG-------TGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---TG-T-TAGT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----CGTATTGTTAA
gi|7 : TTAT--GTTATTTTTAGTTTTTTCCAGAG--T-GTAT--------------------CAATG-AA--G---CAT-TAT--TCAAAA-ATG-TTTTTCGTATTC-A-GAC-TTTA-TTT-CAAA--TCT--ACGG-CTAGCGAG--GTCGAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-TATT--TTAA-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTTTA--T--TA-TT---CGTGC-GTC-TT--TACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----TA-G---TG-T-T-GTAA--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAA---AA--AGC----TTA-TTGTTtaa
gi|8 : CAT--GTTATTTTTAGTT---GCGAGAG--TTG-AA--------------------CA--G-AA--ACAACAA-TAT--TCAAAA-AAA-TGTTTC-TAATCAA-GAC-TT-A-TTTACAAA--TCT--ACGG-CTAGC-AG--GTCTAA----C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA---TT--TTTA-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-CCACTGTATTT--TA-TT---CTTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-TGGA-T-TGGTTC---T--G---T--T-T-GT-T--GTAA--T-T-TGTGTATTG--TTGAAAT--A--AGC----C---TTAT
gi|9 : TTTTTTTGAAAG--TTTAAA--------------------TAATG-AA--G--ACGT-GAT--TCAAAA-ATC-TTTTTA-TATACAC-GAC-TTTA-TAT-CAAAG-TCT--ACAG-CAAGT-AG--GTCAAAA---C-ATATAT-A--C---A-GA-CAA-GTTTTCTTTT-----AA----AT--AACTTGAACA----TGAA-C--------TT--TA-TT---TCTAT-GTC-TT-GTATGG----GA-TT-T-GA-C-TGATTTG--T--G---T--T-T-GT-G--G--A--T-G-TGTCTATTG----AAAAT-GA--AGC----C---TTATT
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333333333333 11 11 111111111111 1111 11 22222222
lowQualScore : 66 1 55 44444444444444444444 3 55 55 3 55 4 00 4 1 0 4 4 0 4 4 33 666 4 1 4 55 0 555 3 3 3 88 3 3 55 44 333333333333 44 6666 2 2 3 1 33 5 555 3 6 3 6666 2 2 5 2 2 6666 66 555 22 2 5 2 33 33 99 2 2 2 2 33 44444444
lowQualScore : .. . .. .................... . .. .. . .. . .. . . . . . . . . .. ... . . . .. . ... . . . .. . . .. .. ............ .. .... . . . . .. . ... . . . .... . . . . . .... .. ... .. . . . .. .. .. . . . . .. ........
lowQualScore : 99 2 00 55555555555555555555 6 00 00 6 00 0 33 0 4 8 0 0 8 0 0 11 555 0 2 0 55 9 888 3 3 1 55 1 1 88 22 444444444444 22 5555 9 9 2 6 99 7 000 1 2 1 1111 9 9 7 9 9 8888 88 000 55 9 7 9 99 99 66 9 9 9 9 99 77777777
consensus : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATG-TTTTTC-TAATCAA-GAC-TTTA-TTT-CAAAG-TCN--ACGG-CTAGC-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTN-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---T--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----C---TTGTTAA
Reference ( family-1505 ) : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATG-TTTTTC-TAATCAA-GAC-TTTA-TTT-CAAAG-TCN--ACGG-CTAGC-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTN-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---T--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----C---TTGTTAA
gi|1 : TCATTGGTTATTTTC-GTTTTTGTGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--AC-T-TAT---CAAAA-ATGTTTTTTC-TAATC---GAT-TTTATTTT-CAAAG-TCA--ACGG-CTAGG-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-ATGCTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTA-----AA----AT--A--TTTATCA----TGTAGC-AC-GTGTTT--TA-TTTTACTGGC-GTCGTTGGTACGCGTTGGA-TTGT-CA-C-TGGTTTTTGT--G---T--T-T-GT-A--G--AG-T-G-CGTGTATTGTTTTGAAAT-AA--AGCCTAAC---TTGTTAA
gi|10 : TTGTGAAAG--TTTTAA--------------------CAATG-AA--G--ACGT-TATATTCAAAA-ATA-TTTTTA-TATACAA-GAT-TTTA-T-----AAG-TCA--ACGG-CAAGT-AG--ATCTAAA---C-A-ATTA-A--ATATA-GA-CAATTTTT--TTTA-----AA----AG--AATTTAAACATAATTATA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTG
gi|11 : AAG---C-A-AGCAGA--CTCTA-GA-CAA-GTTT--TTTTGTCCTAG----ATTGAACATTATTA----T-CA-A-AATGTCGTG--TAGTT---CGT-------TT-GTACGT----GT-TT-TTGA-T-TGGTT----T------T--G-T-GT-ACTG--AGTT-A-TGTGTATTA-TGTAAAAT-GA--AGCCTT-C---TTGTTAA
gi|12 : -A--CTCCTAGA-CAA-GTTT--TTTT-----TGTCCTAT--A--TTGAACA----T-TA-T-AC-ATAATT--AA-------GTTA-GTC-TT-GTACGT----GG-TT-T-GATT-TGG------T--G---T--TGT-GT-A--C--A--T-A-TGTGTATT--TCTAAAAT-GA--AGCCCTTC---TTGTTAAtaa
gi|13 : caaaggcaagcAA---C-A-AGCA-AGACTCTA-GAGCAA-GTTT--TTTT-----TC----CT--AGATTGAACA----TATA-T-AC-ATAATG--TA------AGTGTAGTCGTT-GTACGT----G--TT-T-GA-T-TGGTT----T--G---T------GT-A--C--A--TTA-TGTGTATTA-TCTAAAAT-GA--AGCCTT-C---TTGTTAAta
gi|14 : GTA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-ATC-TT-GTATGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----TGAG---T--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--t
gi|15 : GT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---TGTT-T-GT-A--G--A--C-G-TGTCTATTG-TTTAAAAT-GA--AAC----C---TTATT
gi|16 : TCAT--TTTATTTT-AGTTTTTGCGAGAG--TT-TAA--------------------CAATGCAA--G--A-ATCTAT--TCAAAgttaa
gi|2 : TTTTTGTGAGAG--TTGTAACAATGAATGAGATTGTTGAGCAATG-AGAGG--ACAT-TAT--TCCAAA-ATG-TGTTTC-TATTCAATGAC-TTTA-TTT-CAGAG-TCCGAACTG---AGC-AGCGGTCTAAAATAC-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTTT----AG----AT--AACTTTAACA----TGTG-C-ATTGTATTT--CA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---TG-T-TAGA-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-CTTGAAAA-AA--AGC----C---TTATT
gi|3 : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTATTT------------------CAAT--AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATG--TTTTC-TAATCAA-GACTTTTA-TTT-CAAAATTCT--ACGG-CTAGC-AG--GTC-AAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CCA-ATTT--TTTA-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTT--TATTT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GATTT-T-GA-CTTGGTTTG--T--G---T--T-T-GT-A--G--AT-T-GTTGTGTATTG-TTTGAAATAAA--AGC----C---TTATTgttaa
gi|4 : TCAT--GT-ATTTT-AGTTTTTGCGAGAGGTTTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAAGATG-TTT--C-TAATCAA-GAC-TT-A-TTT-CAA---TCA--ACGGGCTAGC-AG--GTCTAAA---CAA-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTT------A----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTTTATA-TT---CGTGC-GTC-TT-G-ACAT----GA--T-T-GA-C-TGGTT----T--GTGTT--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTG-AAT-AAACAGC----C---TTATTgttaat
gi|5 : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATACTTTTTC-TAATCAA-GAC-TTTA-TTT-CAAA--TCT--ACGG-CTAGC-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA---TT--TTTA-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---T--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----C---TTGTTAA
gi|6 : TCAT--GTTATTTT-AATTTTTGTGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-AT-----TTC-AAATCAA-GAC-TTTA-TTT-CAAAG-TCA--ACGG-CAAGC-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-C-A-GATT--TTTG-----AA----AT--AACTTTAACA----TG-------TGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---TG-T-TAGT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----CGTATTGTTAA
gi|7 : TTAT--GTTATTTTTAGTTTTTTCCAGAG--T-GTAT--------------------CAATG-AA--G---CAT-TAT--TCAAAA-ATG-TTTTTCGTATTC-A-GAC-TTTA-TTT-CAAA--TCT--ACGG-CTAGCGAG--GTCGAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-TATT--TTAA-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTTTA--T--TA-TT---CGTGC-GTC-TT--TACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----TA-G---TG-T-T-GTAA--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAA---AA--AGC----TTA-TTGTTtaa
gi|8 : CAT--GTTATTTTTAGTT---GCGAGAG--TTG-AA--------------------CA--G-AA--ACAACAA-TAT--TCAAAA-AAA-TGTTTC-TAATCAA-GAC-TT-A-TTTACAAA--TCT--ACGG-CTAGC-AG--GTCTAA----C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA---TT--TTTA-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-CCACTGTATTT--TA-TT---CTTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-TGGA-T-TGGTTC---T--G---T--T-T-GT-T--GTAA--T-T-TGTGTATTG--TTGAAAT--A--AGC----C---TTAT
gi|9 : TTTTTTTGAAAG--TTTAAA--------------------TAATG-AA--G--ACGT-GAT--TCAAAA-ATC-TTTTTA-TATACAC-GAC-TTTA-TAT-CAAAG-TCT--ACAG-CAAGT-AG--GTCAAAA---C-ATATAT-A--C---A-GA-CAA-GTTTTCTTTT-----AA----AT--AACTTGAACA----TGAA-C--------TT--TA-TT---TCTAT-GTC-TT-GTATGG----GA-TT-T-GA-C-TGATTTG--T--G---T--T-T-GT-G--G--A--T-G-TGTCTATTG----AAAAT-GA--AGC----C---TTATT
blockSeqs : . T GT CAATGAATGAGATTGTTGAG C AG CA C AT G AC G T T T . A AT CGA G A G CG ATA A T G GA A G TT TC TGTCCTAG TG TAAT . C T T TA G . A G . . T . T T T TG GA TGT GT G A A CT TA GT T T . A AC CCTTC
blockSeqs : . T . TT . . . . . . A . T . . . . G A . T . . . . . . . . . G . TTGTCCT . . . . T G . T . . . . . . . G . . TG A . G . A . . . T . . . . . CTTC
blockSeqs : . T . . . . . . . . G . A . . . . G T . T . . . . . . . . . G . TTAG . . . . T A . . . . . . . . . . . . C . . G . . . . . . . . . . . CTTC
blockSeqs : . T . . . . . . . . G . A . . . . G A . T . . . . . . . . . G . AAA . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . CGTA
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . A . . . . G T . A . . . . . . . . . G . TTC . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TTA
blockSeqs : . . . . . . . . . . G . A . . . . . A . T . . . . . . . . . A . AAA . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . T . . . . . T . T . . . . . . . . . G . AAA . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . C . A . . . . . T . A . . . . . . . . . G . GAA . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . . T . AAA . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . G . AAA . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . TAA . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . TA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** G* ** *** **** **** ** C*******
originalCons : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATG-TTTTTC-TAATCAA-GAC-TTTA-TTT-CAAAG-TCN--ACGG-CTAGC-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTN-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---T--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----C---TTGTTAA
finalCons : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATG-TTTTTC-TAATCAA-GAC-TTTA-TTT-CAAAG-TCN--ACGG-CTAGC-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTN-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---T--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGCC-------TTGTTAA
Alignments
lowQualScore : 1 33333333333333333333 11 11 111111111111 1111 11 22222222
lowQualScore : 66 1 55 44444444444444444444 3 55 55 3 55 4 00 4 1 0 4 4 0 4 4 33 666 4 1 4 55 0 555 3 3 3 88 3 3 55 44 333333333333 44 6666 2 2 3 1 33 5 555 3 6 3 6666 2 2 5 2 2 6666 66 555 22 2 5 2 33 33 99 2 2 2 2 33 44444444
lowQualScore : .. . .. .................... . .. .. . .. . .. . . . . . . . . .. ... . . . .. . ... . . . .. . . .. .. ............ .. .... . . . . .. . ... . . . .... . . . . . .... .. ... .. . . . .. .. .. . . . . .. ........
lowQualScore : 99 2 00 55555555555555555555 6 00 00 6 00 0 33 0 4 8 0 0 8 0 0 11 555 0 2 0 55 9 888 3 3 1 55 1 1 88 22 444444444444 22 5555 9 9 2 6 99 7 000 1 2 1 1111 9 9 7 9 9 8888 88 000 55 9 7 9 99 99 66 9 9 9 9 99 77777777
consensus : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATG-TTTTTC-TAATCAA-GAC-TTTA-TTT-CAAAG-TCN--ACGG-CTAGC-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTN-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---T--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----C---TTGTTAA
Reference ( family-1505 ) : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATG-TTTTTC-TAATCAA-GAC-TTTA-TTT-CAAAG-TCN--ACGG-CTAGC-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTN-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---T--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----C---TTGTTAA
gi|1 : TCATTGGTTATTTTC-GTTTTTGTGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--AC-T-TAT---CAAAA-ATGTTTTTTC-TAATC---GAT-TTTATTTT-CAAAG-TCA--ACGG-CTAGG-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-ATGCTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTA-----AA----AT--A--TTTATCA----TGTAGC-AC-GTGTTT--TA-TTTTACTGGC-GTCGTTGGTACGCGTTGGA-TTGT-CA-C-TGGTTTTTGT--G---T--T-T-GT-A--G--AG-T-G-CGTGTATTGTTTTGAAAT-AA--AGCCTAAC---TTGTTAA
gi|10 : TTGTGAAAG--TTTTAA--------------------CAATG-AA--G--ACGT-TATATTCAAAA-ATA-TTTTTA-TATACAA-GAT-TTTA-T-----AAG-TCA--ACGG-CAAGT-AG--ATCTAAA---C-A-ATTA-A--ATATA-GA-CAATTTTT--TTTA-----AA----AG--AATTTAAACATAATTATA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTG
gi|11 : AAG---C-A-AGCAGA--CTCTA-GA-CAA-GTTT--TTTTGTCCTAG----ATTGAACATTATTA----T-CA-A-AATGTCGTG--TAGTT---CGT-------TT-GTACGT----GT-TT-TTGA-T-TGGTT----T------T--G-T-GT-ACTG--AGTT-A-TGTGTATTA-TGTAAAAT-GA--AGCCTT-C---TTGTTAA
gi|12 : -A--CTCCTAGA-CAA-GTTT--TTTT-----TGTCCTAT--A--TTGAACA----T-TA-T-AC-ATAATT--AA-------GTTA-GTC-TT-GTACGT----GG-TT-T-GATT-TGG------T--G---T--TGT-GT-A--C--A--T-A-TGTGTATT--TCTAAAAT-GA--AGCCCTTC---TTGTTAAtaa
gi|13 : caaaggcaagcAA---C-A-AGCA-AGACTCTA-GAGCAA-GTTT--TTTT-----TC----CT--AGATTGAACA----TATA-T-AC-ATAATG--TA------AGTGTAGTCGTT-GTACGT----G--TT-T-GA-T-TGGTT----T--G---T------GT-A--C--A--TTA-TGTGTATTA-TCTAAAAT-GA--AGCCTT-C---TTGTTAAta
gi|14 : GTA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-ATC-TT-GTATGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----TGAG---T--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--t
gi|15 : GT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---TGTT-T-GT-A--G--A--C-G-TGTCTATTG-TTTAAAAT-GA--AAC----C---TTATT
gi|16 : TCAT--TTTATTTT-AGTTTTTGCGAGAG--TT-TAA--------------------CAATGCAA--G--A-ATCTAT--TCAAAgttaa
gi|2 : TTTTTGTGAGAG--TTGTAACAATGAATGAGATTGTTGAGCAATG-AGAGG--ACAT-TAT--TCCAAA-ATG-TGTTTC-TATTCAATGAC-TTTA-TTT-CAGAG-TCCGAACTG---AGC-AGCGGTCTAAAATAC-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTTT----AG----AT--AACTTTAACA----TGTG-C-ATTGTATTT--CA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---TG-T-TAGA-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-CTTGAAAA-AA--AGC----C---TTATT
gi|3 : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTATTT------------------CAAT--AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATG--TTTTC-TAATCAA-GACTTTTA-TTT-CAAAATTCT--ACGG-CTAGC-AG--GTC-AAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CCA-ATTT--TTTA-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTT--TATTT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GATTT-T-GA-CTTGGTTTG--T--G---T--T-T-GT-A--G--AT-T-GTTGTGTATTG-TTTGAAATAAA--AGC----C---TTATTgttaa
gi|4 : TCAT--GT-ATTTT-AGTTTTTGCGAGAGGTTTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAAGATG-TTT--C-TAATCAA-GAC-TT-A-TTT-CAA---TCA--ACGGGCTAGC-AG--GTCTAAA---CAA-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-GTTT--TTTT------A----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTTTATA-TT---CGTGC-GTC-TT-G-ACAT----GA--T-T-GA-C-TGGTT----T--GTGTT--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTG-AAT-AAACAGC----C---TTATTgttaat
gi|5 : TCAT--GTTATTTTTAGTTTTTGCGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-ATACTTTTTC-TAATCAA-GAC-TTTA-TTT-CAAA--TCT--ACGG-CTAGC-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA---TT--TTTA-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---T--T-T-GT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----C---TTGTTAA
gi|6 : TCAT--GTTATTTT-AATTTTTGTGAGAG--TTGTAA--------------------CAATG-AA--G--ACAT-TAT--TCAAAA-AT-----TTC-AAATCAA-GAC-TTTA-TTT-CAAAG-TCA--ACGG-CAAGC-AG--GTCTAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-C-A-GATT--TTTG-----AA----AT--AACTTTAACA----TG-------TGTATTT--TA-TT---CGTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----T--G---TG-T-TAGT-A--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAAAT-AA--AGC----CGTATTGTTAA
gi|7 : TTAT--GTTATTTTTAGTTTTTTCCAGAG--T-GTAT--------------------CAATG-AA--G---CAT-TAT--TCAAAA-ATG-TTTTTCGTATTC-A-GAC-TTTA-TTT-CAAA--TCT--ACGG-CTAGCGAG--GTCGAAA---C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA-TATT--TTAA-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-C-ACTTTA--T--TA-TT---CGTGC-GTC-TT--TACGT----GA-TT-T-GA-C-TGGTT----TA-G---TG-T-T-GTAA--G--A--T-G-TGTGTATTG-TTTGAA---AA--AGC----TTA-TTGTTtaa
gi|8 : CAT--GTTATTTTTAGTT---GCGAGAG--TTG-AA--------------------CA--G-AA--ACAACAA-TAT--TCAAAA-AAA-TGTTTC-TAATCAA-GAC-TT-A-TTTACAAA--TCT--ACGG-CTAGC-AG--GTCTAA----C-A-ATCA-A--CTCTT-GA-CAA---TT--TTTA-----AA----AT--AACTTTAACA----TGTA-CCACTGTATTT--TA-TT---CTTGC-GTC-TT-GTACGT----GA-TT-TGGA-T-TGGTTC---T--G---T--T-T-GT-T--GTAA--T-T-TGTGTATTG--TTGAAAT--A--AGC----C---TTAT
gi|9 : TTTTTTTGAAAG--TTTAAA--------------------TAATG-AA--G--ACGT-GAT--TCAAAA-ATC-TTTTTA-TATACAC-GAC-TTTA-TAT-CAAAG-TCT--ACAG-CAAGT-AG--GTCAAAA---C-ATATAT-A--C---A-GA-CAA-GTTTTCTTTT-----AA----AT--AACTTGAACA----TGAA-C--------TT--TA-TT---TCTAT-GTC-TT-GTATGG----GA-TT-T-GA-C-TGATTTG--T--G---T--T-T-GT-G--G--A--T-G-TGTCTATTG----AAAAT-GA--AGC----C---TTATT