lowQualScore : 1111111111111111
lowQualScore : 1 1111 11 11111 11111111111111111111111 11 1111111111111 33333333333333333333333333333 11111 1111 1 666666666666666666666666666666666 3333333 0000000000000000 222222
lowQualScore : 5 33 8 9 666 3 0000 555 99 6666 2 8888 55555 44444444444444444444444 55 4444 2 00 22 4444 3333333333333 333 22 22 8888888888 2 2 7 2 33 2 77777777777777777777777777777 3 555 3 3 3 3 44 3 3 3 3 3 3 4 3 2 2 2 33 11111 3 3 0000 5 3 888888888888888888888888888888888 2 2 2 2 2 33 9999999 5 66666 2 8888888 2 2 88 9999999 2 2 2 2 5555 2 2 0000000000000000 2 2 33 0 666666 66 2 2 2 2 4 0 5 2
lowQualScore : . .. . . ... . .... ... .. .... . .... ..... ....................... .. .... . .. .. .... ............. ... .. .. .......... . . . . .. . ............................. . ... . . . . .. . . . . . . . . . . . .. ..... . . .... . . ................................. . . . . . .. ....... . ..... . ....... . . .. ....... . . . . .... . . ................ . . .. . ...... .. . . . . . . . .
lowQualScore : 0 99 9 8 555 3 4444 888 66 1111 7 1111 11111 66666666666666666666666 55 0000 0 00 66 2222 0000000000000 555 88 88 8888888888 0 0 8 1 11 4 55555555555555555555555555555 3 888 3 3 3 3 66 3 3 3 3 3 3 8 1 7 9 9 22 55555 1 1 8888 0 1 333333333333333333333333333333333 9 9 9 9 9 99 6666666 3 77777 7 1111111 7 7 44 4444444 2 2 4 5 3333 7 7 4444444444444444 5 7 77 5 888888 66 9 9 9 9 9 5 6 7
consensus : TAACGCTGAATAAGCGTTAGAAACACC-GAGTGT-T-TAG-G----G---GG--TGTTGG----TATCTC-CCCGGTAGATAN---TTGNT--AGATAGG---GG----AG--T---------G--TTGG----TATCT-CCCC-GGT--AGA----C---C---------GC---T--GG--A----------GAGGG-GT-GTTGGTATC-CCC--GT-GAAC--AA----T-A-G-GT---AG-CAAAG-AG-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAATTGG-GTGT-GTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGTCC-AT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------ACG-TT-G-CG-CA-TATTTG--TATAT----ATATTTGAGGCGC-----ACC-A-----G-TT-C-TGATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGT---------------TATAT-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTT-AG-CTCTCTGA-GGTCTG-A-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCC
Reference ( gi|2 ) : TAACGATGAATAAGTGTTAGAAACACC-GAATGT-T-TAG-G----G---GG--TGTTGG----TATCTC-CCCGGTAGATAA---TTAAT--AGATAGG---AG----AT--T---------G--TTGG----TATCT-CCCC-TGT--AGA----C---C---------GC---T--GG--A----------GAGGG-GT-GTTGGTGTC-CCC--GT-GAAC--TA----T-A-G-GT---AG-CAAAG-AG-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAGTTGG-GTGT-GTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGTCC-AT----AGACAGGTCAGGCACA-CC--------A--------------T---------ACG-TT-G-CG-CA-TATTTG--TATAT---AATATTTGAGGCAC-----ACC-A-----G-TT-C-TGGTAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGTTA---CAG------ATATAT-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTT-TG-CTCTCTGG-GGTCTG-A-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTCGTAGGGCGTGATAAGTAGTCAG-ACCCCC
gi|6 : TAACGCTGAATAAGTGTTAAA-----C-GAGTGT-TGTAG-G----G---GGAGTGTTGG----TATCTC-CC-GGTA-ATAT---TTGAT--AGATAGG---CG----AG--T---------G--TTGG----TATCT-CCCC-TGT--AGA----C---CTC-------GC---T--G---A----------GAGGG--T-GTTGGTATC-CCC--TTTGAACAGTA------A-G-GT---AG-AAAAG-GT-GGTTTTG-AAATCCCT---GGTTACCTTG-A-GGC-ACT--GGTTA-GC-CTCGGGAGCGG-T-C--GTCACACAATTGG-GTGT-GTGAAGGATTAGCGCTCTGGTGATGTC-AGTGGTCGAACGTCC-AT----AGACAGGTCAGGCAGAGCC--------A--------------T---------ACGTTT-G-CGCCA-TATTTG--TA-AT----ATATTT-AAGCGC-----A-C-A-----GTTT-C-TGGTAA-GTC-------AGGGCAGACCAAATTGTA-A-ATACG----TTGCGG-CATATCTG----------------TATAT-TTTGAAGCG-CATCTTAAGTTAGG-CTCTC
gi|5 : TAAAGCTGAATAAACGTTAGTGGCACCTGAGTATAT-TGG-G----G---AG--TGTTGG----TATC-C-TCCGGTAGATAA---TTGCT--AGATAGG----G----AG--T---------G--TTGG----TATCT-CC---------------T---C---------GC---T--AG--A----------GAGGG-GT-GTTGGTAAC-TCC--at
gi|21 : cTAACGCTGAATAAGTGTTAGAAACACC-GAGTGT-A-AAG-G----G---GGAGTGTTGG----TATCTC-CCCGGTAGAAAT---TTCAT--AATTAGG---CG----AG--T---------G--TTGG----TAT-T-CCCtagtaccttgaggcattggttagtctcggaacggtcggtcacacaattggatgtgtgaaggtttatctctggtcgacgtccatagataggtcatgcagaccattgtgtgatattgcgcatatttgtatatattttaggcgcaccagttctaataaggtcaggcagaccaattgtaaatacgtagcgcatatctgcacattttaaagcgcactaagctagctctctgaggtctgatactacatagacccgatctcggttgtagggcttcacaagtagtcagaccccctacacgtt
gi|17 : TAAGGCTGAATAAGTGTTA-----ATC-TT-TGC-T-TAG-ATAGCG---AG--TGTCGG----TTTCTC-CCTAGTAGACGA---TCGTTG-AGATAGG----G----AG--T---------G--TTGG----TATCT-TTCC-GGT--ACA----C---A---------GC---T--AG--A----------AAGGA-GT-GTTGGTATA-CCC--GT-TAAC--AA----TAA-G-GT---AA-TAAgt
gi|1 : AACGCTGAATAATTGTTCGAAATACT-CAGTGG-T-TAG-G----G---GGAGTGTTGG----TATCTC-CCCGGTAGATAT---TTGAA--AGATAGG---AG----AG--T---------G--TTGG----TAGCTTCCCC-TGT--AGA----C---C---------GC---T--GG--A----------AAGGG-GT-GTTGGTATC-CCC--GT-GAAC--AA----TAA-G-GT---AG-CAAAG--G-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ATCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTA-GGAGAGG-T-CG-GTCACACAATTGG-GTGT-GCGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TCAAGTGGTCG-ACGTCC-AT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------ATTGTAAGATACATGT---------ACG-TT-G-CG-CA-TATTTGTCTATATTAGAAAATT---GGTACCGTATATG-ATTTATA-TT-C-TGATAAGGTC-------A-AGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CACATCTG----------------TATAT-TTTGAAGCG-CA--CTAAGCT-AG-CTCTCTGA-GGTCTG-A-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCC
gi|23 : cAACGCTGAATAAGTGTTAGAAACACC-GAGTGT-A-AAG-G----G---GGAGTGTTGG----TATCTC-CCCGGTAGATAT---TCAAT--AGATTGG---CG----AC--T---------G--tacacg
gi|4 : TGAATAAGCATTAGTAGTACT-GAGTGT-T-TAG-GT---G---GG------GG----TGTTCC-CCTGGg
gi|11 : aaagcAACACC-GAGTGT-C-AAG-G----G---GGAGTGTTGG----TATCTC-CCCGGTAGATAT---TTAAT--ATATAGG---CG----AG--T---------G--TTGG----TATCT-CCCC-TGT--AGA----C---C---------GC---T--GG--A----------GAGGG-GT-GTTGGTATC-CCC--GT-GAAC--AG----T-A-A-GTT--AG-CAAAG--G-GGTGTTGGATACTC-T---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--TGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAATTGG-GTGT-GTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGTCC-AT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------ACG-TT-G-CG-CA-TTTTTG--TAT------ATATTTGAAGCGC-----ACC-A-----GTTT-T-TGGTAATGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGagaccgctgggatgttggtatccccgtgaacaataaagtagaaaaagggtgttgggaactcttggtaccttgaggcattggttagcctcggggctggcggtcacacaattgggtgtgcggatgttagcctctggtgatcaagtggtcgacgcccatagacaggtcaggcagaccattgtaagatacgttgcgcatatttgtatatttttgaggcgcaccagttctaataaggtcaggcagaccaattgtaaataggttgcgcatatctgtatattttgaagcgcagtaagctagctttccgaggtctgatactacgcagacccgatcccggttgtggggcgtgacaagtagtcagaccctcctacacgttac
gi|25 : ACACCTGAGTAT-T-TGGTA----G---AG--TGTTGG----TATCTT-CCTGGTAGACAA---TTGCT--A-ATA-G---AG----AG--T---------GGTTTGT----TATCT-CCC---GT--AG
gi|7 : -TAG-G----G---AG--AGTTGG----TATCTT-CCCGGTAGGTAA---TTGCT--AGATAG----AG----AG--T---------G--TTGG----TATCT-CCCT-GGTTGAGA----C---CCATAGGAGCGT---T--GG--AATATCCTCGAGGGGG-GT-GTTGGAATC-CTC--GT-GAAC--AA----A-AAG-GT---A--------AG-GGTGTTGAAAACCCCT---GGT-ACCTTA-A-GGC-ATT--GGTTT-GC-CTC-GGAGCAG-T-CG-GTCACACAATTCG-GTGT-GTGAAGG-TTAGC-CT-------------GTAGTTG-ACGTCC-AT----AGACAGGTCAGGTGGA-CC--------ATTGTAAGT------T---------ACG-TT-G-CG-CA-TATTTG--AAT------ATATTTGATGCAC-----ACC-A-----G-TT-C-GCAAAAGGTC-------A-TGCAGACC-AATTGTA-A-ATACT----TTGC-A-CATA
gi|26 : cggtaggtaattgctagatttggagttttggtatatccctggtataggtaattgctaga-TAG-G----GAGTGG--TGTTGG----CATCTC-CCAGGTGG---A---CCGCT--AGAGAGG---GG--------T---------G--TT-G----TATC
gi|8 : gataattgctaga-G----G---AG--TGTTGG----TATCTC-CCTGGTACGTAGACCTTCGTTGAGACGGG---GGTGGGGT--T---------GGGTTGG----CATCT-CTTG--GT--AGA----C---C---------GT---T--TG--A----------GAGGG-GT-GTTAGTATC-CCC--GT-GAAC--GA----T-AAG-GT---AGGC---G-AGTGGTGTTGGTAACCCCT---GGT-ACC--A-ACGGC-ATT--GGTTA-GC-CTT-GGAGCAG-T-CG-GGTACACAATTGG-GTAT-GTGAAGG-TTAGC-ATCTGGTGA--TCAAGTGGTCG-ACGTCC-AT----AGACAGGTCAGGCAGA-CCACTGTAAGA--------------T---------ACA-TT-G-CA-CA-TATTTG--TATAT-----TA--TGAGGTGC-----ATC-A-----T-TT-C-TCATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-A-CATATCT-------CA---------ATAT-TTT
gi|3 : gtggtagaccttcgttgagatca--TGTTAGCCGCTATCTCCCCCTGTAGACCG---CT--T--GGAAGAG---GG----GT--T---------G--TTGG----TAT-T-CTCC-TGT--a
gi|24 : cagagt--TGTTGG----TATCTC-CCCGGTAGATAT---TT------GATAGG---AG----AT--A---------T--TTGG----TATCT-CAAC-TGT--AGA----C---C---------GC---T--GT--A----------AAGGG-GT-ATTCGTATC-gaatacaactaagtgctagcaaaggagggtggaaactccttcaggtaccttgaggccattttggttaagtctcggagcgggtcgcgtcacacaattgggtgttgtgaagttagcctttggtgatccatggtcgacgtcccattttaggacaggtcaggcagaccatacattgcctcactatttgtcatatatttgaggcgcaccagttcttgatagtcaaggcagaccaatagtacaatacgttgcgccatatctgtatactttttgaagcgccactaagctagtctctctgacggtctgattactacccaacccgatcccgggttgtaggcgtgacaagtaatcagcaccccctcacatt
gi|20 : CTC-CCCGGTAGGTAA---TTGCT--AGATAGGTAGAG----AC--CTATAGGAGCA--TTGG----TATCT-CCTC------------------------------------G--A----------GAGGG-GT-GTTGAGATC-CTC--GT-GAAC--AA----TAA-G-GT---A--------AG-GGTGT
gi|26 : GATAA---TTGCT--AGATAGG---GA----GTGGT---------G--TTGG----CATCT-CCCA-GGT--GGA----C---C---------GC---T--AG--A----------GAGGG-GT-GTTG
gi|5 : AGT--ATATTGG---GG----AG--T---------G--TTGG----TATC--CTCC-GGT--AGA----TAATT---------GC---T--AG--A----------TAGGGAGT-GTTGGTATC-TCC--TC-G--C--TA----G-A-G------------AG--G-GGTGTTGGTAACTCCT---AGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GT-CTC-GGAACGG-T-CG-GTCACACAATTGG-ATGT-GTGAAGG-TTTAT-CTC-------------TGGTCG-ACGTCC-AT----AGATAGGTCATGCAGA-CC--------A--------------TTGTGTG---ATA-TT-G-CG-CA-TATTTG--TAT------ATATTTTAGGCGC-----ACC-A-----G-TT-C-TAATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TAGC-G-CATATCTG----------------CACAT-TTTAAAGCG-CA--CTAAGCT-AG-CTCTCTGA-GGTCTG-A-TACTACATA-GACCCGATCTC-GGTTGTAGGGCTTCACAAGTAGTCAG-ACCCCCtatc
gi|21 : ctaaagctgaataaacgttagtggcacctgGG---GG----AG--T---------G--TTGG----TATCT-CCCC-GGT--AGAAATTT---C---------A----T--AATTA----------GGCGA-GT-GTTGGTATT-CCC--GT-tacacgtt
gi|23 : taacgctgaataagtgttagaaacaccgagtgtaaagGG---GG----AG--T---------G--TTGG----TATCT-CCCC-GGT--AGA----
gi|3 : aacgctgaataagtgttagaaacaccgagtgtaaagG---AG-----T--T---------G--TTAGCCGCTATCT-CCCCCTGT--AGA----C---C---------GC---TTGGA--A----------GAGGG-GTTGTTGGTATT-CTCCTGT-GAA---TACAACT-A-A-GTGCTAG-CAAAGGAG-GGTG---GAAACTCCTTCAGGT-ACCTTG-A-GGCCATTTTGGTTAAGT-CTC-GGAGCGGGT-CGCGTCACACAATTGG-GTGTTGTGAAG--TTAGC-CTTTGGTGA--TC-CATGGTCG-ACGTCCCATTTTAGGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------ACA-TT-GCCT-CACTATTTG--T-CAT----ATATTTGAGGCGC-----ACC-A-----G-TT-CTTGATA--GTCA------A-GGCAGACC-AATAGTACA-ATACG----TTGC-GCCATATCTGT--------------ATACTT-TTTGAAGCGCCA--CTAAGCT-AGTCTCTCTGACGGTCTG-ATTACTACCCA--ACCCGATCCCGGGTTGTA-GGCGTGACAAGTAATCAGCACCCCCtattcaatagattggcgactgg
gi|25 : ca---AG----AG--T---------G--TTGG----TATCT-TCCT-GGT--AGA----CAATT---------GCTAAT--AG--A----------GAGTG-GT--TTGTTATCTCCC--GT-tcacatt
gi|4 : acacctgagtatttggtGG----TGT-T-CCCC-TGG--AGA----C---C---------GC---T--GG-----------------G-AT-GTTGGTATC-CCC--GT-GAAC--AA----T-A-AAGT---AG--AAAA-AG-GGTGTTGGGAACTCTT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGGGCTG-G-CG-GTCACACAATTGG-GTGT-GCGGATG-TTAGC-CTCTGGTGA--TCAAGTGGTCG-ACGCCC-AT----AGACAGGTCAGGCAGA-CCATTGTAAGA--------------T---------ACG-TT-G-CG-CA-TATTTG--TATAT-----T-TTTGAGGCGC-----ACC-A-----G-TT-C-TAATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATAGG----TTGC-G-CATATCTG----------------TATAT-TTTGAAGCG-CA--GTAAGCT-AG-CTTTCCGA-GGTCTG-A-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTGGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCTCag
gi|9 : aaagctgaataagcattagtagtactgagtgtttaggtgggGG----CATCT-CGCC-AGT---GA----C---C---------GC---T--AG--A----------GAGGG--T-GTTG-T-TC-CCC--GT-GAAC--AA----T-A-A-GT---AG-GAAAG-GA-ATTGATGAAAACTCCT---TGT-ACCTTG-A--GC-ATT--GGTTA-GCTCGC-GAAGCGG-T-CA-AT-ACACAATTAG-A-GT-GTGAAGG-TTAGT-CT----------------GTCG-ACGTCC-ACTA--AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------CTGTTTGATGATG-TT-G-C--TA-TATTTG--TATAT---ATTAT---AGGCTC-----ACC-A-----G-TT-C---GAAA---T-------A-GG--------ATTGTA-A-A-ACG----TGAC-G-CATATCTGTT-------------ATATAT-TTTGAAGCC-CA--CT----------------G-GCTCTGCA-TACTACGCAGGACCTGATCCC-GGTTATAGGA-G-GACAATTATTCAG-ACCctacacgttac
gi|30 : -TGT--AGA----C---C---------GC---T--TG--A----------GAGGG-GT-GTTGGTATC-CCC--GT-GAAC--ttcctaacgtt
gi|10 : --AGA----C---C---------GC---T--GG--A----------GAGGG-GT-GTTGGTATC-CCC--GT-GAAC----------A--------AG-AAAAA-GG-GGTGTTGAAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGA-ATT--GGTTA-CC-CTC-GGAGCGG-T-CA-GTCACACAGTTGG-GTGT-GTAAAG---------------GA--TC-AGTGGTCG-ACGTCC-AT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------ACC-TT-G-TG-CA-TATTTG--CAT------ATATTTGAGGCGG-----ACC-A-----G-TTAC-T-ATCATGTG-------G-AGCATTCC-CATTTTA-T-AAACG----GTCC-G-CATTTCTG--------G--------ATAT-TTTGTAGCG-GA--CTAAGTT-AG-CGCTCCGA-GGGCTG-C-TAGGACGCA-GGCCCGATCCC-GGCTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCCagt
gi|12 : ----C---C---------GC---T--GG--A----------GAGGG-GT-GTTGGTATC-CCC--AT-GAAC--AA----T-A-A-G-----G-CAAGG----GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCAG-T-CC-GTCACACAATTGG-GTGT-GTGAAGG-TCAGC-CTC-------------TGGTCG-GCGTTC-AT----AGACAGGTCTGGCAGA-CCATTATAAGA--------------T---------ACG-TG-G-CG-CA-TATCTG--TATAT-------TTTGAAATGC-----ACTGA-----G-CT-C-T-CTGAGGTCTGATAATA-TGCAGACC-tacacgtt
gi|29 : ---T--GG--A----------GAGGG-GT-GTTGGTATC-TCC--GT-GAAC--AA----TAA-G-GT---AG-CAAcgatcccggttgtagggcgtgacaagtagtcagacaccccctcccccacctacacattaca
gi|18 : ACCCCT---AGT-A--TTGTA-GTC-GT---GGTTA-TC-CTC-A---CGG-TTCG-ATCACACAATTGGTGTGC-GT
gi|13 : CAATTGG-GTGT-GCGAAGG-TTAGC-CTCTGGTTA--TTGAGTGGTCG-ACGTCC-AT----AGACAAGTTAGGCAGA-CC--------A--------------T---------TCG-TT-G-CG-CA-TATTTG--AA------AATATTTGAGGCGC-----ACC-A-----G-TT-C-TGGTAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGT----------------ATAT-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTT-AG-CTCTCTGA-GGTCTG-A-TACTACGCA-GACCTGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCCtgttctgttcatccttcttagatagctcgtagtgagcagtatatcacgcttatgttt
gi|14 : TGT-GTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGTCC-AT----AGACAGGTCAGGCCGA-CC--------A--------------TA--------ACG-TTGG-CG-CA-TATTTG--TAT------ATATTTGAGGCGC-----ACC-A-----G--T-C-TGGTAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATTC---------G------GTATAT-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTT-AG-CTCTCTGA-GGTCTG-A-TACTACGCA-G-CCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCCctacacgt
gi|34 : -GTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCctacac
gi|16 : ---------ACG-TT-A-TG-CA-TATTTG--TA------AATATT-GAGGCGC-----ACC-A-----T-TT-C-TCATAGGGCC-------A-GGTAGACC-AATTGTA-T-ATA-----------G----ATCTGT-A---AAC------GCATAT-TTT-AAGCG-CA--CTGAG------ATCTCTGA-GGTATG-A-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTTGGGC-TGACAAGTTGTCA--ACCCCC
gi|27 : TGAAGCCC-----TCC-A-----C-TT-C-TCATTGGGTC-------A-GGTAAACC-ATATGTA-A-ATACGTTAATTGC-G-CATATtacacat
gi|19 : caTAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-at
gi|11 : AGGTC-------A-GGCAGACC-----------ATACG----TTGC-G-CATTTTTGT--------------ATATA--TTTGAAGCG-CA--CC-AGTT-------TTTGG-----TA-A-TGTCAGGCA-GACCtattttgaaacgcactaagttagctctttgaggtctgatactacgcagacccgatcccggttgtagggcgtgacaagtagtcagacc
gi|12 : aacaccgagtgtcaagggggagtgttggtatctccccggtagatatttaatatataggcgagtgttggtatctcccctgtagaccgctggagaggggtgttggtatccccgtgaacagtaagttagcaaaggggtgttggatactctggtaccttgaggcatttgttagcctcggagcggtcggtcacacaattgggtgtgtgaaggttagcctctggtgatcagtggtcgacgtccatagacAGGTC-------T-GGCAGACC-A-TTATA-AGATACG----TGGC-G-CATATCTGT----------------ATAT-TTTGAAATG-CA--CTGAG------CTCTCTGA-GGTCTG-A-TAATATGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACACCCaattgtaaatacgttg
gi|15 : ccgctggagaggggtgttggtatccccatgaacaataaggcaaggggtgttggaaactcctggtaccttgaggcattggttagcctcggagcagtccgtcacacaattgggtgtgtgaaggtcagcctctggtcggcgttcatagacTATATGTTAAAACAGTGTGCCATATATATTTGAAATG-CA--CCAAG------CTTTAAGA-GGTCTG-A-TACTATGCA-GAC------------CGTAAGCCAT-ATAAATAGCCTG-ACCTCcctcccccacctacacattaca
gi|19 : tatatcataaaactgtaataaatgatataagatagctcgtaagctttaaagaggagTATAT-TTTGAAACG-CA--CTAAGTT-AG-CTCTTTGA-GGTCTG-A-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCtaacaccttacagtacctatat
gi|22 : taaggtcaggcagaccaattgTATAT-ATTGAAGTA-CA--CTG-----TG-CTCTCTGA-GGTCCG-A-TACTAGGCA-GACCCGATTCC-GGTTGTAGGGC-CAAGAAGTAGTTAA-ACCCC
gi|31 : tgCTGATCAC-GGTTGTAGGGCGTGACAGTTAGTTAG-ACCCttcac
gi|33 : GGGCATGACAGGTAGTCAG-AACCCC
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|28 ): AACTAAAGCTGAATAAGCGTTAGTAGCACCTGAGTATATTGGG
Unaligned ( gi|32 ): TAGGGAGGGACAATTATTCAGACCTTCCTACACGTT
Alignments
lowQualScore : 1 11 11111111111111111 111111111 2222222222222222222222222222222 1 1111 555555555555555555555555555555555 111111 11111111111111 33333333
lowQualScore : 1 0 2 0 777 2 8888 44 55 33 5555 1 3 5 66666666666666666 33 666 33 88888888 4444 2 888 22 333 333 111111111 22 8888888888 2 2 2 666 666 33 2 1111111111111111111111111111111 2 555 2 3 3 3 44 3 3 3 3 3 3 2 2 2 33 0 2 2 0000 2 999999999999999999999999999999999 2 2 5 2 2 666 666 222222 2 33333333333333 2 2 4 9999999 2 2 2 2 5555 2 2 66666666 33 2 2 33 6666 2 2 2 2 2 2
lowQualScore : . . . . ... . .... .. .. .. .... . . . ................. .. ... .. ........ .... . ... .. ... ... ......... .. .......... . . . ... ... .. . ............................... . ... . . . . .. . . . . . . . . . .. . . . .... . ................................. . . . . . ... ... ...... . .............. . . . ....... . . . . .... . . ........ .. . . .. .... . . . . . .
lowQualScore : 1 7 3 9 777 9 9999 22 77 77 3333 0 6 0 22222222222222222 11 111 11 11111111 7777 2 666 99 777 777 333333333 88 8888888888 0 0 0 999 555 22 4 2222222222222222222222222222222 9 000 9 1 1 1 22 1 1 1 1 1 1 7 7 7 77 7 9 9 0000 9 666666666666666666666666666666666 7 7 3 7 7 111 111 333333 5 55555555555555 5 5 5 4444444 2 2 4 4 0000 5 5 77777777 44 5 7 77 7777 7 9 9 9 7 5
consensus : TAACGCTGAATAAGCGTTAGAAACACC-GAGTGT-T-TAG-G----GG--G--TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATANTTGNT-AGATAGG------------GG---A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCG-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-T-A-GG-----T---AG--------CAAAG-AG-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTATAT-A-T-----ATTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-C-TGATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGT------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCC
Reference ( family-1484 ) : TAACGCTGAATAAGCGTTAGAAACACC-GAGTGT-T-TAG-G----GG--G--TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATANTTGNT-AGATAGG------------GG---A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCG-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-T-A-GG-----T---AG--------CAAAG-AG-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTATAT-A-T-----ATTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-C-TGATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGT------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCC
gi|1 : AACGCTGAATAATTGTTCGAAATACT-CAGTGG-T-TAG-G----GG--GAGTGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATATTTGAA-AGATAGG------------AG---A--GT---G--TT--------GG----TAGCTTCCCCT-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------AAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-TAA-GG-----T---AG--------CAAAG--G-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ATCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTA-GGAGAGG-T-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGCGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TCAAGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------ATTGTAAGATACATGT---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTCTAT-A-TTAGAAAATTG----GTACC-GTATATGATTTATA-TT-C-TGATAAGGTC-------A-AGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CACATCTG-------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGCTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCC
gi|10 : c--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-----------------G--------AAAAA-GG-GGTGTTGAAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGA-ATT--GGTTA-CC-CTC-GGAGCGG-T-CA-GTCACACAGTTGGGTG-TGTAAAG---------------GA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CC-TTG-TG-CA-TATTTG--CAT-A-T-----ATTTGAGGCGGACC-A------------G-TTAC-T-ATCATGTG-------G-AGCATTCC-CATTTTA-T-AAACG----GTCC-G-CATTTCTG-------GATA--T-TTTGTAGCG-GA--CTAAGTTA-G-CGCTCCGA-GGGCTGC-TAGGACGCA-GGCCCGATCCC-GGCTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCCtacacg
gi|11 : AACACC-GAGTGT-C-AAG-G----GG--GAGTGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATATTTAAT-ATATAGG------------CG---A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCT-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAG-T-A-AG-----TT--AG--------CAAAG--G-GGTGTTGGATACTC-T---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--TGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TTTTTG--TAT-A-T-----ATTTGAAGCGCACC-A------------GTTT-T-TGGTAATGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGtacacgtt
gi|12 : C---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---AT---GAA--CAA-T-A-AG----------G--------CAAGG----GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCAG-T-CC-GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGG-TCAGC-CTC-------------TGGTCG-GCGT-TCAT----AGACAGGTCTGGCAGA-CCATTATAAGA--------------T---------A-CG-TGG-CG-CA-TATCTGTATAT----------TTTGAAATGCACTGA------------G-CT-C-T-CTGAGGTCTGATAATA-TGCAGACC-
gi|12 : AGGTC-------T-GGCAGACC-A-TTATA-AGATACG----TGGC-G-CATATCTGT-------ATA--T-TTTGAAATG-CA--CTGAG------CTCTCTGA-GGTCTGA-TAATATGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACACCCcgatcccggttgtagggcgtgacaagtagtcagacaccccctcccccacctacacattaca
gi|13 : ccgctggagaggggtgttggtatccccatgaacaataaggcaaggggtgttggaaactcctggtaccttgaggcattggttagcctcggagcagtccgtcacacaattgggtgtgtgaaggtcagcctctggtcggcgttcatagacCAATTGGGTG-TGCGAAGG-TTAGC-CTCTGGTTA--TTGAGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAAGTTAGGCAGA-CC--------A--------------T---------T-CG-TTG-CG-CA-TATTTGAA-A--A-T-----ATTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-C-TGGTAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGT-------ATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCTGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCCcctcccccacctacacattaca
gi|14 : TG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCCGA-CC--------A--------------T---------AACG-TTGGCG-CA-TATTTGTATAT-A-T-------TTGAGGCGCACC-A------------G-T--C-TGGTAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATTCGG------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-G-CCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCCctacacgt
gi|15 : ------TATA--TATTTGAAATG-CA--CCAAG------CTTTAAGA-GGTCTGA-TACTATGCA-GACC------------GTAAGCCAT-ATAAATAGCCTG-ACCTCctacac
gi|16 : tatatcataaaactgtaataaatgatataagatagctcgtaagctttaaagaggagtatatgttaaaacagtgtgcca---------A-CG-TTA-TG-CA-TATTTGTAAAT-A-T--------TGAGGCGCACC-A------------T-TT-C-TCATAGGGCC-------A-GGTAGACC-AATTGTA-T-ATA-----------G----ATCTGTAAACG-CATA--T-TTT-AAGCG-CA--CTGAG--A----TCTCTGA-GGTATGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTTGGGC-TGACAAGTTGTCA--ACCCCCtaacaccttacagtacctatat
gi|17 : TAAGGCTGAATAAGTGTTA-----ATC-T-TTGC-T-TAG-ATAGCGA--G--TGTCGGTTTCTCCCTAG--TA----GACGATCGTTGAGATAGG------------G----A--GT---G--TT--------GG----TATCT-TTCCG-GT--AC---AC---A---------GCT--AGA----------AAG-GA-GT-GTTGGTATACCC---GT---TAA--CAA-TAA-GG-----T---AA--------TAAtacacat
gi|18 : ACCCCT---AGT-A--TTGTA-GTC-GT---GGTTA-TC-CTC-A---CGG-TTCG-ATCACACAATT-GGTG-TGCG
gi|19 : TAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA------------------------------------TA--T-TTTGAAACG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTTTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCttgttctgttcatccttcttagatagctcgtagtgagcagtatatcacgcttatgttt
gi|2 : TAACGATGAATAAGTGTTAGAAACACC-GAATGT-T-TAG-G----GG--G--TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATAATTAAT-AGATAGG------------AG---A--TT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCT-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTGTCCCC---GT---GAA--CTA-T-A-GG-----T---AG--------CAAAG-AG-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAGTTGGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCACA-CC--------A--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTATATAA-T-----ATTTGAGGCACACC-A------------G-TT-C-TGGTAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGTTACAGATATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTT-G-CTCTCTGG-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTCGTAGGGCGTGATAAGTAGTCAG-ACCCCC
gi|20 : CTCCCCGG--TA----GGTAATTGCT-AGATAGGTAGAGACCTATAGG---A--GC---A--TT--------GG----TATCT-CCTC--------------------------------GA----------GAG-GG-GT-GTTGAGATCCTC---GT---GAA--CAA-TAA-GG-----T---A---------------AG-GGTGT
gi|21 : TAACGCTGAATAAGTGTTAGAAACACC-GAGTGT-A-AAG-G----GG--GAGTGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GAAATTTCAT-AATTAGG------------CG---A--GT---G--TT--------GG----TAT-T-CCC
gi|22 : ------TATA--T-ATTGAAGTA-CA--CT--GT---G-CTCTCTGA-GGTCCGA-TACTAGGCA-GACCCGATTCC-GGTTGTAGGGC-CAAGAAGTAGTTAA-ACCCCgt
gi|23 : tgAACGCTGAATAAGTGTTAGAAACACC-GAGTGT-A-AAG-G----GGGAG--TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATATTCAAT-AGATTGG------------CG---A--CT---G--ttcac
gi|24 : --TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATATTTG-----ATAGG------------AG---A--TA---T--TT--------GG----TATCT-CAACT-GT--AG---AC---C---------GCT--GTA----------AAG-GG-GT-ATTCGTATCg
gi|25 : ACACCTGAGTAT-T-TGGTA----GA--G--TGTTGGTATCTTCCTGG--TA----GACAATTGCT-A-ATA-G------------AG---A--GT---GGTTT--------GT----TATCT-CCC---GT--AG---
gi|26 : ----GATAATTGCT-AGATAGG------------GA---GTGGT---G--TT--------GG----CATCT-CCCAG-GT--GG---AC---C---------GCT--AGA----------GAG-GG-GT-GTT-GTATC
gi|27 : TGAAGCCCTCC-A------------C-TT-C-TCATTGGGTC-------A-GGTAAACC-ATATGTA-A-ATACGTTAATTGC-G-CATAT
gi|28 : caTAAAGCTGAATAAGCGTTAGTAGCACCTGAGTATAT-TGG-G----at
gi|29 : aacT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCTCC---GT---GAA--CAA-TAA-GG-----T---AG--------CAA
gi|3 : G---A--GTT--G--TT--------AGCCGCTATCT-CCCCCTGT--AG---AC---C---------GCTTGGAA----------GAG-GG-GTTGTTGGTATTCTCCT-GT---GAATACAACT-A-AG-----TGCTAG--------CAAAGGAG-GGTG---GAAACTCCTTCAGGT-ACCTTG-A-GGCCATTTTGGTTAAGT-CTC-GGAGCGGGT-CGCGTCACACAATTGGGTGTTGTGAA-G-TTAGC-CTTTGGTGA--TC-CATGGTCG-ACGTCCCATTTTAGGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CA-TTGCCT-CACTATTTGT-CAT-A-T-----ATTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-CTTGATA--GTCA------A-GGCAGACC-AATAGTACA-ATACG----TTGC-GCCATATCTG-------TATACTT-TTTGAAGCGCCA--CTAAGCTA-GTCTCTCTGACGGTCTGATTACTACCCA--ACCCGATCCCGGGTTGTA-GGCGTGACAAGTAATCAGCACCCCC
gi|30 : ca-GT--AG---AC---C---------GCT--TGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAG-T-tcacatt
gi|31 : tCTGATCAC-GGTTGTAGGGCGTGACAGTTAGTTAG-ACCC
gi|33 : GGGCATGACAGGTAGTCAG-AACCCC
gi|34 : GTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCtacacgttac
gi|4 : AAAGCTGAATAAGCATTAGTAGTACT-GAGTGT-T-TAG-GT---GG--G------GGTGTTCCCCTGG---A----GA
gi|4 : G---A--GT---G--TTTAGGTGGGGG----TGTTC-CCCTG-G---AG---AC---C---------GCT--GG----------------G-AT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-TAA-AG-----T---AG---------AAAA-AG-GGTGTTGGGAACTCTT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGGGCTG-G-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGCGGATG-TTAGC-CTCTGGTGA--TCAAGTGGTCG-ACGC-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CCATTGTAAGA--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTATAT---T------TTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-C-TAATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATAGG----TTGC-G-CATATCTG-------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--GTAAGCTA-G-CTTTCCGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTGGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCTCccgctgggatgttggtatccccgtgaacaataaagtagaaaaagggtgttgggaactcttggtaccttgaggcattggttagcctcggggctggcggtcacacaattgggtgtgcggatgttagcctctggtgatcaagtggtcgacgcccatagacaggtcaggcagaccattgtaagatacgttgcgcatatttgtatatttttgaggcgcaccagttctaataaggtcaggcagaccaattgtaaataggttgcgcatatctgtatattttgaagcgcagtaagctagctttccgaggtctgatactacgcagacccgatcccggttgtggggcgtgacaagtagtcagaccctcctacacgttac
gi|5 : aaagctgaataagcattagtagtactTAAAGCTGAATAAACGTTAGTGGCACCTGAGTATAT-TGG-G----GA--G--TGTTGGTATC-CTCCGG--TA----GATAATTGCT-AGATAGG------------G----A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CC--------------T---C---------GCT--AGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTAACTCC---ctacacgttac
gi|5 : cT-ATATTGG------------GG---A--GT---G--TT--------GG----TATC--CTCCG-GT--AG---ATAATT---------GCT--AGA----------TAG-GGAGT-GTTGGTATCTCC-----------------T-C-GC-----T---AG---------AGAG--G-GGTGTTGGTAACTCCT---AGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GT-CTC-GGAACGG-T-CG-GTCACACAATTGGATG-TGTGAAGG-TTTAT-CTCTGGT-------------CG-ACGT-CCAT----AGATAGGTCATGCAGA-CC--------A--------------TTGTGTG---A-TA-TTG-CG-CA-TATTTGTATAT-A-T------TTT-AGGCGCACC-A------------G-TT-C-TAATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TAGC-G-CATATCTGC-------ACA--T-TTTAAAGCG-CA--CTAAGCTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACATA-GACCCGATCTC-GGTTGTAGGGCTTCACAAGTAGTCAG-ACCCCCtagtaccttgaggcattggttagtctcggaacggtcggtcacacaattggatgtgtgaaggtttatctctggtcgacgtccatagataggtcatgcagaccattgtgtgatattgcgcatatttgtatatattttaggcgcaccagttctaataaggtcaggcagaccaattgtaaatacgtagcgcatatctgcacattttaaagcgcactaagctagctctctgaggtctgatactacatagacccgatctcggttgtagggcttcacaagtagtcagaccccctacacgtt
gi|6 : ctaaagctgaataaacgttagtggcacctgagTAACGCTGAATAAGTGTTAAA-----C-GAGTGT-TGTAG-G----GG--GAGTGTTGGTATCTCCC-GG--TA-----ATATTTGAT-AGATAGG------------CG---A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCT-GT--AG---AC---CTC-------GCT--G-A----------GAG-GG--T-GTTGGTATCCCC---TTT--GAA--CAG-T-AAGG-----T---AG--------AAAAG-GT-GGTTTTG-AAATCCCT---GGTTACCTTG-A-GGC-ACT--GGTTA-GC-CTCGGGAGCGG-T-C--GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGGATTAGCGCTCTGGTGATGTC-AGTGGTCGAACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGAGCC--------A--------------T---------A-CGTTTG-CGCCA-TATTTGTA-AT-A-T-----ATTT-AAGCGCA-C-A------------GTTT-C-TGGTAA-GTC-------AGGGCAGACCAAATTGTA-A-ATACG----TTGCGG-CATATCTG-------TATA--T-TTTGAAGCG-CATCTTAAGTTAGG-CTCTCtacacgtt
gi|7 : -G----GA--G--TTTTGGTATATCCCTGGTATA----GGTAATTGCT-AGATA-G------------GG---A--GA---G--TT--------GG----TATCT-TCCCG-GT--AGGTAAT---T---------GCT--AGA----------TAGAGA-GT-GTTGGTATCTCCCTGGTTGAGAC--CCA-T-A-GGAGCGTT---GGAATATCCTCGAGG-GG-GGTGTTGGAA--TCCT---CGT-at
gi|7 : cggtaggtaattgctagattt-TAG-G----GA--G--AGTTGGTATCTTCCCGG--TA----GGTAATTGCT-AGATAGA------------G----A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCTG-GTTGAG---AC---CCATAGGAGCGTT--GGAATATCCTCGAGGG-GG-GT-GTTGGAATCCTC---GT---GAA--CAA-A-AAGG-----T---A---------------AG-GGTGTTGAAAACCCCT---GGT-ACCTTA-A-GGC-ATT--GGTTT-GC-CTC-GGAGCAG-T-CG-GTCACACAATTCGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CT-------------GTAGTTG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGTGGA-CC--------ATTGTAAGT------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTG-A-AT-A-T-----ATTTGATGCACACC-A------------G-TT-C-GCAAAAGGTC-------A-TGCAGACC-AATTGTA-A-ATACT----TTGC-A-CATAgaacaaaaaggtaagggtgttgaaaacccctggtaccttaaggcattggtttgcctcggagcagtcggtcacacaattcggtgtgtgaaggttagcctgtagttgacgtccatagacaggtcaggtggaccattgtaagttacgttgcgcatatttgaatatatttgatgcacaccagttcgcaaaaggtcatgcagaccaattgtaaatactttgcacata
gi|8 : cggtaggtaattgctagatttggagttttggtatatccctggtataggtaattgctaga-G----GA--G--TGTTGGTATCTCCCTGG--TACGTAGACCTTCGTTGAGACGGG------------GGTGGG--GTTGGG--TT--------GG----CATCT-CTT-G-GT--AG---AC---C---------GTT--TGA----------GAG-GG-GT-GTTAGTATCCCC---GT---GAA--CGA-T-AAGG-----T---AGG-------C---G-AGTGGTGTTGGTAACCCCT---GGT-ACC--A-ACGGC-ATT--GGTTA-GC-CTT-GGAGCAG-T-CG-GGTACACAATTGGGTA-TGTGAAGG-TTAGC-ATCTGGTGA--TCAAGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CCACTGTAAGA--------------T---------A-CA-TTG-CA-CA-TATTTGTATAT---T-----A--TGAGGTGCATC-A------------T-TT-C-TCATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-A-CATATCT-C------AATA--T-TTT
gi|9 : gtggtagaccttcgttgagatca--------GG----CATCT-CGCCA-GT---G---AC---C---------GCT--AGA----------GAG-GG--T-GTTG-T-TCCCC---GT---GAA--CAA-T-A-AG-----T---AG--------GAAAG-GA-ATTGATGAAAACTCCT---TGT-ACCTTG-A--GC-ATT--GGTTA-GCTCGC-GAAGCGG-T-CA-AT-ACACAATTAGA-G-TGTGAAGG-TTAGT-CT----------------GTCG-ACGT-CCACTA--AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------CTGTTTGATGA-TG-TTG-C--TA-TATTTGTATAT-ATT-----AT---AGGCTCACC-A------------G-TT-C--GA-AA---T-------A-GG--------ATTGTA-A-A-ACG----TGAC-G-CATATCTGTTA----TATA--T-TTTGAAGCC-CA--C-----TG-G-CTCT------GC---A-TACTACGCAGGACCTGATCCC-GGTTATAGGA-G-GACAATTATTCAG-ACCa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TAGGGAGGGACAATTATTCAGACCTTCCTACACGTT
Alignments
lowQualScore : 1 11 11111111111111111 111111111 2222222222222222222222222222222 1 1111 555555555555555555555555555555555 111111 11111111111111 33333333
lowQualScore : 1 0 2 0 777 2 8888 44 55 33 5555 1 3 5 66666666666666666 33 666 33 88888888 4444 2 888 22 333 333 111111111 22 8888888888 2 2 2 666 666 33 2 1111111111111111111111111111111 2 555 2 3 3 3 44 3 3 3 3 3 3 2 2 2 33 0 2 2 0000 2 999999999999999999999999999999999 2 2 5 2 2 666 666 222222 2 33333333333333 2 2 4 9999999 2 2 2 2 5555 2 2 66666666 33 2 2 33 6666 2 2 2 2 2 2
lowQualScore : . . . . ... . .... .. .. .. .... . . . ................. .. ... .. ........ .... . ... .. ... ... ......... .. .......... . . . ... ... .. . ............................... . ... . . . . .. . . . . . . . . . .. . . . .... . ................................. . . . . . ... ... ...... . .............. . . . ....... . . . . .... . . ........ .. . . .. .... . . . . . .
lowQualScore : 1 7 3 9 777 9 9999 22 77 77 3333 0 6 0 22222222222222222 11 111 11 11111111 7777 2 666 99 777 777 333333333 88 8888888888 0 0 0 999 555 22 4 2222222222222222222222222222222 9 000 9 1 1 1 22 1 1 1 1 1 1 7 7 7 77 7 9 9 0000 9 666666666666666666666666666666666 7 7 3 7 7 111 111 333333 5 55555555555555 5 5 5 4444444 2 2 4 4 0000 5 5 77777777 44 5 7 77 7777 7 9 9 9 7 5
consensus : TAACGCTGAATAAGCGTTAGAAACACC-GAGTGT-T-TAG-G----GG--G--TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATANTTGNT-AGATAGG------------GG---A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCG-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-T-A-GG-----T---AG--------CAAAG-AG-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTATAT-A-T-----ATTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-C-TGATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGT------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCC
Reference ( family-1484 ) : TAACGCTGAATAAGCGTTAGAAACACC-GAGTGT-T-TAG-G----GG--G--TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATANTTGNT-AGATAGG------------GG---A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCG-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-T-A-GG-----T---AG--------CAAAG-AG-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTATAT-A-T-----ATTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-C-TGATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGT------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCC
gi|1 : AACGCTGAATAATTGTTCGAAATACT-CAGTGG-T-TAG-G----GG--GAGTGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATATTTGAA-AGATAGG------------AG---A--GT---G--TT--------GG----TAGCTTCCCCT-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------AAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-TAA-GG-----T---AG--------CAAAG--G-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ATCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTA-GGAGAGG-T-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGCGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TCAAGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------ATTGTAAGATACATGT---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTCTAT-A-TTAGAAAATTG----GTACC-GTATATGATTTATA-TT-C-TGATAAGGTC-------A-AGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CACATCTG-------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGCTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCC
gi|10 : c--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-----------------G--------AAAAA-GG-GGTGTTGAAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGA-ATT--GGTTA-CC-CTC-GGAGCGG-T-CA-GTCACACAGTTGGGTG-TGTAAAG---------------GA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CC-TTG-TG-CA-TATTTG--CAT-A-T-----ATTTGAGGCGGACC-A------------G-TTAC-T-ATCATGTG-------G-AGCATTCC-CATTTTA-T-AAACG----GTCC-G-CATTTCTG-------GATA--T-TTTGTAGCG-GA--CTAAGTTA-G-CGCTCCGA-GGGCTGC-TAGGACGCA-GGCCCGATCCC-GGCTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCCtacacg
gi|11 : AACACC-GAGTGT-C-AAG-G----GG--GAGTGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATATTTAAT-ATATAGG------------CG---A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCT-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAG-T-A-AG-----TT--AG--------CAAAG--G-GGTGTTGGATACTC-T---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--TGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TTTTTG--TAT-A-T-----ATTTGAAGCGCACC-A------------GTTT-T-TGGTAATGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGtacacgtt
gi|12 : C---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---AT---GAA--CAA-T-A-AG----------G--------CAAGG----GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCAG-T-CC-GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGG-TCAGC-CTC-------------TGGTCG-GCGT-TCAT----AGACAGGTCTGGCAGA-CCATTATAAGA--------------T---------A-CG-TGG-CG-CA-TATCTGTATAT----------TTTGAAATGCACTGA------------G-CT-C-T-CTGAGGTCTGATAATA-TGCAGACC-
gi|12 : AGGTC-------T-GGCAGACC-A-TTATA-AGATACG----TGGC-G-CATATCTGT-------ATA--T-TTTGAAATG-CA--CTGAG------CTCTCTGA-GGTCTGA-TAATATGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACACCCcgatcccggttgtagggcgtgacaagtagtcagacaccccctcccccacctacacattaca
gi|13 : ccgctggagaggggtgttggtatccccatgaacaataaggcaaggggtgttggaaactcctggtaccttgaggcattggttagcctcggagcagtccgtcacacaattgggtgtgtgaaggtcagcctctggtcggcgttcatagacCAATTGGGTG-TGCGAAGG-TTAGC-CTCTGGTTA--TTGAGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAAGTTAGGCAGA-CC--------A--------------T---------T-CG-TTG-CG-CA-TATTTGAA-A--A-T-----ATTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-C-TGGTAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGT-------ATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCTGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCCcctcccccacctacacattaca
gi|14 : TG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCCGA-CC--------A--------------T---------AACG-TTGGCG-CA-TATTTGTATAT-A-T-------TTGAGGCGCACC-A------------G-T--C-TGGTAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATTCGG------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-G-CCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCCctacacgt
gi|15 : ------TATA--TATTTGAAATG-CA--CCAAG------CTTTAAGA-GGTCTGA-TACTATGCA-GACC------------GTAAGCCAT-ATAAATAGCCTG-ACCTCctacac
gi|16 : tatatcataaaactgtaataaatgatataagatagctcgtaagctttaaagaggagtatatgttaaaacagtgtgcca---------A-CG-TTA-TG-CA-TATTTGTAAAT-A-T--------TGAGGCGCACC-A------------T-TT-C-TCATAGGGCC-------A-GGTAGACC-AATTGTA-T-ATA-----------G----ATCTGTAAACG-CATA--T-TTT-AAGCG-CA--CTGAG--A----TCTCTGA-GGTATGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTTGGGC-TGACAAGTTGTCA--ACCCCCtaacaccttacagtacctatat
gi|17 : TAAGGCTGAATAAGTGTTA-----ATC-T-TTGC-T-TAG-ATAGCGA--G--TGTCGGTTTCTCCCTAG--TA----GACGATCGTTGAGATAGG------------G----A--GT---G--TT--------GG----TATCT-TTCCG-GT--AC---AC---A---------GCT--AGA----------AAG-GA-GT-GTTGGTATACCC---GT---TAA--CAA-TAA-GG-----T---AA--------TAAtacacat
gi|18 : ACCCCT---AGT-A--TTGTA-GTC-GT---GGTTA-TC-CTC-A---CGG-TTCG-ATCACACAATT-GGTG-TGCG
gi|19 : TAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA------------------------------------TA--T-TTTGAAACG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTTTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCttgttctgttcatccttcttagatagctcgtagtgagcagtatatcacgcttatgttt
gi|2 : TAACGATGAATAAGTGTTAGAAACACC-GAATGT-T-TAG-G----GG--G--TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATAATTAAT-AGATAGG------------AG---A--TT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCT-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTGTCCCC---GT---GAA--CTA-T-A-GG-----T---AG--------CAAAG-AG-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAGTTGGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCACA-CC--------A--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTATATAA-T-----ATTTGAGGCACACC-A------------G-TT-C-TGGTAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGTTACAGATATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTT-G-CTCTCTGG-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTCGTAGGGCGTGATAAGTAGTCAG-ACCCCC
gi|20 : CTCCCCGG--TA----GGTAATTGCT-AGATAGGTAGAGACCTATAGG---A--GC---A--TT--------GG----TATCT-CCTC--------------------------------GA----------GAG-GG-GT-GTTGAGATCCTC---GT---GAA--CAA-TAA-GG-----T---A---------------AG-GGTGT
gi|21 : TAACGCTGAATAAGTGTTAGAAACACC-GAGTGT-A-AAG-G----GG--GAGTGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GAAATTTCAT-AATTAGG------------CG---A--GT---G--TT--------GG----TAT-T-CCC
gi|22 : ------TATA--T-ATTGAAGTA-CA--CT--GT---G-CTCTCTGA-GGTCCGA-TACTAGGCA-GACCCGATTCC-GGTTGTAGGGC-CAAGAAGTAGTTAA-ACCCCgt
gi|23 : tgAACGCTGAATAAGTGTTAGAAACACC-GAGTGT-A-AAG-G----GGGAG--TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATATTCAAT-AGATTGG------------CG---A--CT---G--ttcac
gi|24 : --TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATATTTG-----ATAGG------------AG---A--TA---T--TT--------GG----TATCT-CAACT-GT--AG---AC---C---------GCT--GTA----------AAG-GG-GT-ATTCGTATCg
gi|25 : ACACCTGAGTAT-T-TGGTA----GA--G--TGTTGGTATCTTCCTGG--TA----GACAATTGCT-A-ATA-G------------AG---A--GT---GGTTT--------GT----TATCT-CCC---GT--AG---
gi|26 : ----GATAATTGCT-AGATAGG------------GA---GTGGT---G--TT--------GG----CATCT-CCCAG-GT--GG---AC---C---------GCT--AGA----------GAG-GG-GT-GTT-GTATC
gi|27 : TGAAGCCCTCC-A------------C-TT-C-TCATTGGGTC-------A-GGTAAACC-ATATGTA-A-ATACGTTAATTGC-G-CATAT
gi|28 : caTAAAGCTGAATAAGCGTTAGTAGCACCTGAGTATAT-TGG-G----at
gi|29 : aacT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCTCC---GT---GAA--CAA-TAA-GG-----T---AG--------CAA
gi|3 : G---A--GTT--G--TT--------AGCCGCTATCT-CCCCCTGT--AG---AC---C---------GCTTGGAA----------GAG-GG-GTTGTTGGTATTCTCCT-GT---GAATACAACT-A-AG-----TGCTAG--------CAAAGGAG-GGTG---GAAACTCCTTCAGGT-ACCTTG-A-GGCCATTTTGGTTAAGT-CTC-GGAGCGGGT-CGCGTCACACAATTGGGTGTTGTGAA-G-TTAGC-CTTTGGTGA--TC-CATGGTCG-ACGTCCCATTTTAGGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CA-TTGCCT-CACTATTTGT-CAT-A-T-----ATTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-CTTGATA--GTCA------A-GGCAGACC-AATAGTACA-ATACG----TTGC-GCCATATCTG-------TATACTT-TTTGAAGCGCCA--CTAAGCTA-GTCTCTCTGACGGTCTGATTACTACCCA--ACCCGATCCCGGGTTGTA-GGCGTGACAAGTAATCAGCACCCCC
gi|30 : ca-GT--AG---AC---C---------GCT--TGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAG-T-tcacatt
gi|31 : tCTGATCAC-GGTTGTAGGGCGTGACAGTTAGTTAG-ACCC
gi|33 : GGGCATGACAGGTAGTCAG-AACCCC
gi|34 : GTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCtacacgttac
gi|4 : AAAGCTGAATAAGCATTAGTAGTACT-GAGTGT-T-TAG-GT---GG--G------GGTGTTCCCCTGG---A----GA
gi|4 : G---A--GT---G--TTTAGGTGGGGG----TGTTC-CCCTG-G---AG---AC---C---------GCT--GG----------------G-AT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-TAA-AG-----T---AG---------AAAA-AG-GGTGTTGGGAACTCTT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGGGCTG-G-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGCGGATG-TTAGC-CTCTGGTGA--TCAAGTGGTCG-ACGC-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CCATTGTAAGA--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTATAT---T------TTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-C-TAATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATAGG----TTGC-G-CATATCTG-------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--GTAAGCTA-G-CTTTCCGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTGGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCTCccgctgggatgttggtatccccgtgaacaataaagtagaaaaagggtgttgggaactcttggtaccttgaggcattggttagcctcggggctggcggtcacacaattgggtgtgcggatgttagcctctggtgatcaagtggtcgacgcccatagacaggtcaggcagaccattgtaagatacgttgcgcatatttgtatatttttgaggcgcaccagttctaataaggtcaggcagaccaattgtaaataggttgcgcatatctgtatattttgaagcgcagtaagctagctttccgaggtctgatactacgcagacccgatcccggttgtggggcgtgacaagtagtcagaccctcctacacgttac
gi|5 : aaagctgaataagcattagtagtactTAAAGCTGAATAAACGTTAGTGGCACCTGAGTATAT-TGG-G----GA--G--TGTTGGTATC-CTCCGG--TA----GATAATTGCT-AGATAGG------------G----A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CC--------------T---C---------GCT--AGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTAACTCC---ctacacgttac
gi|5 : cT-ATATTGG------------GG---A--GT---G--TT--------GG----TATC--CTCCG-GT--AG---ATAATT---------GCT--AGA----------TAG-GGAGT-GTTGGTATCTCC-----------------T-C-GC-----T---AG---------AGAG--G-GGTGTTGGTAACTCCT---AGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GT-CTC-GGAACGG-T-CG-GTCACACAATTGGATG-TGTGAAGG-TTTAT-CTCTGGT-------------CG-ACGT-CCAT----AGATAGGTCATGCAGA-CC--------A--------------TTGTGTG---A-TA-TTG-CG-CA-TATTTGTATAT-A-T------TTT-AGGCGCACC-A------------G-TT-C-TAATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TAGC-G-CATATCTGC-------ACA--T-TTTAAAGCG-CA--CTAAGCTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACATA-GACCCGATCTC-GGTTGTAGGGCTTCACAAGTAGTCAG-ACCCCCtagtaccttgaggcattggttagtctcggaacggtcggtcacacaattggatgtgtgaaggtttatctctggtcgacgtccatagataggtcatgcagaccattgtgtgatattgcgcatatttgtatatattttaggcgcaccagttctaataaggtcaggcagaccaattgtaaatacgtagcgcatatctgcacattttaaagcgcactaagctagctctctgaggtctgatactacatagacccgatctcggttgtagggcttcacaagtagtcagaccccctacacgtt
gi|6 : ctaaagctgaataaacgttagtggcacctgagTAACGCTGAATAAGTGTTAAA-----C-GAGTGT-TGTAG-G----GG--GAGTGTTGGTATCTCCC-GG--TA-----ATATTTGAT-AGATAGG------------CG---A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCT-GT--AG---AC---CTC-------GCT--G-A----------GAG-GG--T-GTTGGTATCCCC---TTT--GAA--CAG-T-AAGG-----T---AG--------AAAAG-GT-GGTTTTG-AAATCCCT---GGTTACCTTG-A-GGC-ACT--GGTTA-GC-CTCGGGAGCGG-T-C--GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGGATTAGCGCTCTGGTGATGTC-AGTGGTCGAACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGAGCC--------A--------------T---------A-CGTTTG-CGCCA-TATTTGTA-AT-A-T-----ATTT-AAGCGCA-C-A------------GTTT-C-TGGTAA-GTC-------AGGGCAGACCAAATTGTA-A-ATACG----TTGCGG-CATATCTG-------TATA--T-TTTGAAGCG-CATCTTAAGTTAGG-CTCTCtacacgtt
gi|7 : -G----GA--G--TTTTGGTATATCCCTGGTATA----GGTAATTGCT-AGATA-G------------GG---A--GA---G--TT--------GG----TATCT-TCCCG-GT--AGGTAAT---T---------GCT--AGA----------TAGAGA-GT-GTTGGTATCTCCCTGGTTGAGAC--CCA-T-A-GGAGCGTT---GGAATATCCTCGAGG-GG-GGTGTTGGAA--TCCT---CGT-at
gi|7 : cggtaggtaattgctagattt-TAG-G----GA--G--AGTTGGTATCTTCCCGG--TA----GGTAATTGCT-AGATAGA------------G----A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCTG-GTTGAG---AC---CCATAGGAGCGTT--GGAATATCCTCGAGGG-GG-GT-GTTGGAATCCTC---GT---GAA--CAA-A-AAGG-----T---A---------------AG-GGTGTTGAAAACCCCT---GGT-ACCTTA-A-GGC-ATT--GGTTT-GC-CTC-GGAGCAG-T-CG-GTCACACAATTCGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CT-------------GTAGTTG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGTGGA-CC--------ATTGTAAGT------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTG-A-AT-A-T-----ATTTGATGCACACC-A------------G-TT-C-GCAAAAGGTC-------A-TGCAGACC-AATTGTA-A-ATACT----TTGC-A-CATAgaacaaaaaggtaagggtgttgaaaacccctggtaccttaaggcattggtttgcctcggagcagtcggtcacacaattcggtgtgtgaaggttagcctgtagttgacgtccatagacaggtcaggtggaccattgtaagttacgttgcgcatatttgaatatatttgatgcacaccagttcgcaaaaggtcatgcagaccaattgtaaatactttgcacata
gi|8 : cggtaggtaattgctagatttggagttttggtatatccctggtataggtaattgctaga-G----GA--G--TGTTGGTATCTCCCTGG--TACGTAGACCTTCGTTGAGACGGG------------GGTGGG--GTTGGG--TT--------GG----CATCT-CTT-G-GT--AG---AC---C---------GTT--TGA----------GAG-GG-GT-GTTAGTATCCCC---GT---GAA--CGA-T-AAGG-----T---AGG-------C---G-AGTGGTGTTGGTAACCCCT---GGT-ACC--A-ACGGC-ATT--GGTTA-GC-CTT-GGAGCAG-T-CG-GGTACACAATTGGGTA-TGTGAAGG-TTAGC-ATCTGGTGA--TCAAGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CCACTGTAAGA--------------T---------A-CA-TTG-CA-CA-TATTTGTATAT---T-----A--TGAGGTGCATC-A------------T-TT-C-TCATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-A-CATATCT-C------AATA--T-TTT
gi|9 : gtggtagaccttcgttgagatca--------GG----CATCT-CGCCA-GT---G---AC---C---------GCT--AGA----------GAG-GG--T-GTTG-T-TCCCC---GT---GAA--CAA-T-A-AG-----T---AG--------GAAAG-GA-ATTGATGAAAACTCCT---TGT-ACCTTG-A--GC-ATT--GGTTA-GCTCGC-GAAGCGG-T-CA-AT-ACACAATTAGA-G-TGTGAAGG-TTAGT-CT----------------GTCG-ACGT-CCACTA--AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------CTGTTTGATGA-TG-TTG-C--TA-TATTTGTATAT-ATT-----AT---AGGCTCACC-A------------G-TT-C--GA-AA---T-------A-GG--------ATTGTA-A-A-ACG----TGAC-G-CATATCTGTTA----TATA--T-TTTGAAGCC-CA--C-----TG-G-CTCT------GC---A-TACTACGCAGGACCTGATCCC-GGTTATAGGA-G-GACAATTATTCAG-ACCa
blockSeqs : G A T AT T TAGC GA AG TA CGTA T A G TAGAGACCTATAGG TG TGG GT TAGGTGGG CCGC . CCT TG GTA AAT CATAGGAGC TG ATATCCTCGA A A T CTG TGA TA C AGGAGCGTTGGAATATCCTCGAGGG T TCA T T C C TT A T G G T C T A G TG G A C TTTA G ACTGTTTGATG A T G C C TAT AA A G GT A T G TGATAAT G A C G TTAA G C TTACAGAT CT A C TC TTAG T C T G G C
blockSeqs : C A T AT . T . AG . . A T G GGTGG . T . . . . CT . . . TC . . . . . CT T . . AAGTGCTAGCAAAGGA . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . TA . ATTATAAGAT . . C . . TAT AT A . GT . . G A . . . . . . . TAAACGC . . . . TTA . . . . . .
blockSeqs : C A T TG . . . AG . . A A . CG . . . . . . CG . . . . . . . . . . . . . AAGGTAGAAAAGG . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . ATTGTAAGAT . . . . . TAA A A . G . . G . . . . . . . . TTAT . . . . TTA . . . . . .
blockSeqs : C T . C . . . . . . A C . AG . . . . . . CT . . . . . . . . . . . . . AAGTTAGCAAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTGTAAGTT . . . . . TAT A A . G . . C . . . . . . . . GT . . . . TTA . . . . . .
blockSeqs : A T . T . . . . . . T A . CG . . . . . . CT . . . . . . . . . . . . . AGGTAGCAAAGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ACTGTAAGAT . . . . . TAT A A . G . . G . . . . . . . . CA . . . . TTA . . . . . .
blockSeqs : A T . T . . . . . . T A . CG . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . AAAGTAGAAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . ATTGTGTG . . . . . TAT A A . G . . C . . . . . . . . G . . . . TTT . . . . . .
blockSeqs : A A . A . . . . . . T C . AG . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . AAGTAGGAAAGG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . TAT A A . T . . G . . . . . . . . T . . . . CTA . . . . . .
blockSeqs : C . . A . . . . . . A C . AG . . . . . . CG . . . . . . . . . . . . . AAGGTAGGCGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . TAT A A . G . . A . . . . . . . . T . . . . CTA . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . A C . GA . . . . . . CT . . . . . . . . . . . . . CGCTAGAGAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . AA A A . C . . A . . . . . . . . T . . . . CTA . . . . . .
blockSeqs : . T . . . . . . A A . GG . . . . . . CG . . . . . . . . . . . . . AAGGCAAGG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . TC A . . G . . G . . . . . . . . T . . . . TG . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . T C . CG . . . . . . TG . . . . . . . . . . . . . GAAAAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . TA A . . G . . C . . . . . . . . C . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A C . GG . . . . . . CA . . . . . . . . . . . . . AAGGTAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . C . . . G . . C . . . . . . . . T . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . A T . G . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . AAGGTAA . . . . . . . . . . . . AT . . . . . T . . . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . G . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : ** AT******************************* A***** G*************
originalCons : TAACGCTGAATAAGCGTTAGAAACACC-GAGTGT-T-TAG-G----GG--G--TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATANTTGNT-AGATAGG------------GG---A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCG-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-T-A-GG-----T---AG--------CAAAG-AG-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTATAT-A-T-----ATTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-C-TGATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGT------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCC
finalCons : TAACGCTGAATAAGCGTTAGAAACACC-GAGTGT-T-TAG-G----GG--G--TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATANTTGNT-AGATAGG------------GG---A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCG-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-T-A-GG-----T---AG--------CAAAG-AG-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CCAT-------------------------------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTATAT-A-TA-----TTTGAGGCGCACC-AG-------------TT-C-TGATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGT------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TAGGGAGGGACAATTATTCAGACCTTCCTACACGTT
Alignments
lowQualScore : 1 11 11111111111111111 111111111 2222222222222222222222222222222 1 1111 555555555555555555555555555555555 111111 11111111111111 33333333
lowQualScore : 1 0 2 0 777 2 8888 44 55 33 5555 1 3 5 66666666666666666 33 666 33 88888888 4444 2 888 22 333 333 111111111 22 8888888888 2 2 2 666 666 33 2 1111111111111111111111111111111 2 555 2 3 3 3 44 3 3 3 3 3 3 2 2 2 33 0 2 2 0000 2 999999999999999999999999999999999 2 2 5 2 2 666 666 222222 2 33333333333333 2 2 4 9999999 2 2 2 2 5555 2 2 66666666 33 2 2 33 6666 2 2 2 2 2 2
lowQualScore : . . . . ... . .... .. .. .. .... . . . ................. .. ... .. ........ .... . ... .. ... ... ......... .. .......... . . . ... ... .. . ............................... . ... . . . . .. . . . . . . . . . .. . . . .... . ................................. . . . . . ... ... ...... . .............. . . . ....... . . . . .... . . ........ .. . . .. .... . . . . . .
lowQualScore : 1 7 3 9 777 9 9999 22 77 77 3333 0 6 0 22222222222222222 11 111 11 11111111 7777 2 666 99 777 777 333333333 88 8888888888 0 0 0 999 555 22 4 2222222222222222222222222222222 9 000 9 1 1 1 22 1 1 1 1 1 1 7 7 7 77 7 9 9 0000 9 666666666666666666666666666666666 7 7 3 7 7 111 111 333333 5 55555555555555 5 5 5 4444444 2 2 4 4 0000 5 5 77777777 44 5 7 77 7777 7 9 9 9 7 5
consensus : TAACGCTGAATAAGCGTTAGAAACACC-GAGTGT-T-TAG-G----GG--G--TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATANTTGNT-AGATAGG------------GG---A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCG-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-T-A-GG-----T---AG--------CAAAG-AG-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTATAT-A-T-----ATTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-C-TGATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGT------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCC
Reference ( family-1484 ) : TAACGCTGAATAAGCGTTAGAAACACC-GAGTGT-T-TAG-G----GG--G--TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATANTTGNT-AGATAGG------------GG---A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCG-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-T-A-GG-----T---AG--------CAAAG-AG-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTATAT-A-T-----ATTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-C-TGATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGT------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCC
gi|1 : AACGCTGAATAATTGTTCGAAATACT-CAGTGG-T-TAG-G----GG--GAGTGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATATTTGAA-AGATAGG------------AG---A--GT---G--TT--------GG----TAGCTTCCCCT-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------AAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-TAA-GG-----T---AG--------CAAAG--G-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ATCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTA-GGAGAGG-T-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGCGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TCAAGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------ATTGTAAGATACATGT---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTCTAT-A-TTAGAAAATTG----GTACC-GTATATGATTTATA-TT-C-TGATAAGGTC-------A-AGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CACATCTG-------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGCTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCC
gi|10 : c--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-----------------G--------AAAAA-GG-GGTGTTGAAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGA-ATT--GGTTA-CC-CTC-GGAGCGG-T-CA-GTCACACAGTTGGGTG-TGTAAAG---------------GA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CC-TTG-TG-CA-TATTTG--CAT-A-T-----ATTTGAGGCGGACC-A------------G-TTAC-T-ATCATGTG-------G-AGCATTCC-CATTTTA-T-AAACG----GTCC-G-CATTTCTG-------GATA--T-TTTGTAGCG-GA--CTAAGTTA-G-CGCTCCGA-GGGCTGC-TAGGACGCA-GGCCCGATCCC-GGCTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCCtacacg
gi|11 : AACACC-GAGTGT-C-AAG-G----GG--GAGTGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATATTTAAT-ATATAGG------------CG---A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCT-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAG-T-A-AG-----TT--AG--------CAAAG--G-GGTGTTGGATACTC-T---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--TGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TTTTTG--TAT-A-T-----ATTTGAAGCGCACC-A------------GTTT-T-TGGTAATGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGtacacgtt
gi|12 : C---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---AT---GAA--CAA-T-A-AG----------G--------CAAGG----GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCAG-T-CC-GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGG-TCAGC-CTC-------------TGGTCG-GCGT-TCAT----AGACAGGTCTGGCAGA-CCATTATAAGA--------------T---------A-CG-TGG-CG-CA-TATCTGTATAT----------TTTGAAATGCACTGA------------G-CT-C-T-CTGAGGTCTGATAATA-TGCAGACC-
gi|12 : AGGTC-------T-GGCAGACC-A-TTATA-AGATACG----TGGC-G-CATATCTGT-------ATA--T-TTTGAAATG-CA--CTGAG------CTCTCTGA-GGTCTGA-TAATATGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACACCCcgatcccggttgtagggcgtgacaagtagtcagacaccccctcccccacctacacattaca
gi|13 : ccgctggagaggggtgttggtatccccatgaacaataaggcaaggggtgttggaaactcctggtaccttgaggcattggttagcctcggagcagtccgtcacacaattgggtgtgtgaaggtcagcctctggtcggcgttcatagacCAATTGGGTG-TGCGAAGG-TTAGC-CTCTGGTTA--TTGAGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAAGTTAGGCAGA-CC--------A--------------T---------T-CG-TTG-CG-CA-TATTTGAA-A--A-T-----ATTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-C-TGGTAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGT-------ATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCTGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCCcctcccccacctacacattaca
gi|14 : TG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCCGA-CC--------A--------------T---------AACG-TTGGCG-CA-TATTTGTATAT-A-T-------TTGAGGCGCACC-A------------G-T--C-TGGTAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATTCGG------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-G-CCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCCCctacacgt
gi|15 : ------TATA--TATTTGAAATG-CA--CCAAG------CTTTAAGA-GGTCTGA-TACTATGCA-GACC------------GTAAGCCAT-ATAAATAGCCTG-ACCTCctacac
gi|16 : tatatcataaaactgtaataaatgatataagatagctcgtaagctttaaagaggagtatatgttaaaacagtgtgcca---------A-CG-TTA-TG-CA-TATTTGTAAAT-A-T--------TGAGGCGCACC-A------------T-TT-C-TCATAGGGCC-------A-GGTAGACC-AATTGTA-T-ATA-----------G----ATCTGTAAACG-CATA--T-TTT-AAGCG-CA--CTGAG--A----TCTCTGA-GGTATGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTTGGGC-TGACAAGTTGTCA--ACCCCCtaacaccttacagtacctatat
gi|17 : TAAGGCTGAATAAGTGTTA-----ATC-T-TTGC-T-TAG-ATAGCGA--G--TGTCGGTTTCTCCCTAG--TA----GACGATCGTTGAGATAGG------------G----A--GT---G--TT--------GG----TATCT-TTCCG-GT--AC---AC---A---------GCT--AGA----------AAG-GA-GT-GTTGGTATACCC---GT---TAA--CAA-TAA-GG-----T---AA--------TAAtacacat
gi|18 : ACCCCT---AGT-A--TTGTA-GTC-GT---GGTTA-TC-CTC-A---CGG-TTCG-ATCACACAATT-GGTG-TGCG
gi|19 : TAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA------------------------------------TA--T-TTTGAAACG-CA--CTAAGTTA-G-CTCTTTGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTAGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCttgttctgttcatccttcttagatagctcgtagtgagcagtatatcacgcttatgttt
gi|2 : TAACGATGAATAAGTGTTAGAAACACC-GAATGT-T-TAG-G----GG--G--TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATAATTAAT-AGATAGG------------AG---A--TT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCT-GT--AG---AC---C---------GCT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTGTCCCC---GT---GAA--CTA-T-A-GG-----T---AG--------CAAAG-AG-GGTGTTGGAAACTCCT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGAGCGG-T-CG-GTCACACAGTTGGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCACA-CC--------A--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTATATAA-T-----ATTTGAGGCACACC-A------------G-TT-C-TGGTAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-G-CATATCTGTTACAGATATA--T-TTTGAAGCG-CA--CTAAGTTT-G-CTCTCTGG-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTCGTAGGGCGTGATAAGTAGTCAG-ACCCCC
gi|20 : CTCCCCGG--TA----GGTAATTGCT-AGATAGGTAGAGACCTATAGG---A--GC---A--TT--------GG----TATCT-CCTC--------------------------------GA----------GAG-GG-GT-GTTGAGATCCTC---GT---GAA--CAA-TAA-GG-----T---A---------------AG-GGTGT
gi|21 : TAACGCTGAATAAGTGTTAGAAACACC-GAGTGT-A-AAG-G----GG--GAGTGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GAAATTTCAT-AATTAGG------------CG---A--GT---G--TT--------GG----TAT-T-CCC
gi|22 : ------TATA--T-ATTGAAGTA-CA--CT--GT---G-CTCTCTGA-GGTCCGA-TACTAGGCA-GACCCGATTCC-GGTTGTAGGGC-CAAGAAGTAGTTAA-ACCCCgt
gi|23 : tgAACGCTGAATAAGTGTTAGAAACACC-GAGTGT-A-AAG-G----GGGAG--TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATATTCAAT-AGATTGG------------CG---A--CT---G--ttcac
gi|24 : --TGTTGGTATCTCCCCGG--TA----GATATTTG-----ATAGG------------AG---A--TA---T--TT--------GG----TATCT-CAACT-GT--AG---AC---C---------GCT--GTA----------AAG-GG-GT-ATTCGTATCg
gi|25 : ACACCTGAGTAT-T-TGGTA----GA--G--TGTTGGTATCTTCCTGG--TA----GACAATTGCT-A-ATA-G------------AG---A--GT---GGTTT--------GT----TATCT-CCC---GT--AG---
gi|26 : ----GATAATTGCT-AGATAGG------------GA---GTGGT---G--TT--------GG----CATCT-CCCAG-GT--GG---AC---C---------GCT--AGA----------GAG-GG-GT-GTT-GTATC
gi|27 : TGAAGCCCTCC-A------------C-TT-C-TCATTGGGTC-------A-GGTAAACC-ATATGTA-A-ATACGTTAATTGC-G-CATAT
gi|28 : caTAAAGCTGAATAAGCGTTAGTAGCACCTGAGTATAT-TGG-G----at
gi|29 : aacT--GGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCTCC---GT---GAA--CAA-TAA-GG-----T---AG--------CAA
gi|3 : G---A--GTT--G--TT--------AGCCGCTATCT-CCCCCTGT--AG---AC---C---------GCTTGGAA----------GAG-GG-GTTGTTGGTATTCTCCT-GT---GAATACAACT-A-AG-----TGCTAG--------CAAAGGAG-GGTG---GAAACTCCTTCAGGT-ACCTTG-A-GGCCATTTTGGTTAAGT-CTC-GGAGCGGGT-CGCGTCACACAATTGGGTGTTGTGAA-G-TTAGC-CTTTGGTGA--TC-CATGGTCG-ACGTCCCATTTTAGGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------T---------A-CA-TTGCCT-CACTATTTGT-CAT-A-T-----ATTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-CTTGATA--GTCA------A-GGCAGACC-AATAGTACA-ATACG----TTGC-GCCATATCTG-------TATACTT-TTTGAAGCGCCA--CTAAGCTA-GTCTCTCTGACGGTCTGATTACTACCCA--ACCCGATCCCGGGTTGTA-GGCGTGACAAGTAATCAGCACCCCC
gi|30 : ca-GT--AG---AC---C---------GCT--TGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAG-T-tcacatt
gi|31 : tCTGATCAC-GGTTGTAGGGCGTGACAGTTAGTTAG-ACCC
gi|33 : GGGCATGACAGGTAGTCAG-AACCCC
gi|34 : GTGAAGG-TTAGC-CTCTGGTGA--TC-AGTGGTCtacacgttac
gi|4 : AAAGCTGAATAAGCATTAGTAGTACT-GAGTGT-T-TAG-GT---GG--G------GGTGTTCCCCTGG---A----GA
gi|4 : G---A--GT---G--TTTAGGTGGGGG----TGTTC-CCCTG-G---AG---AC---C---------GCT--GG----------------G-AT-GTTGGTATCCCC---GT---GAA--CAA-TAA-AG-----T---AG---------AAAA-AG-GGTGTTGGGAACTCTT---GGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GC-CTC-GGGGCTG-G-CG-GTCACACAATTGGGTG-TGCGGATG-TTAGC-CTCTGGTGA--TCAAGTGGTCG-ACGC-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CCATTGTAAGA--------------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTGTATAT---T------TTTGAGGCGCACC-A------------G-TT-C-TAATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATAGG----TTGC-G-CATATCTG-------TATA--T-TTTGAAGCG-CA--GTAAGCTA-G-CTTTCCGA-GGTCTGA-TACTACGCA-GACCCGATCCC-GGTTGTGGGGCGTGACAAGTAGTCAG-ACCCTCccgctgggatgttggtatccccgtgaacaataaagtagaaaaagggtgttgggaactcttggtaccttgaggcattggttagcctcggggctggcggtcacacaattgggtgtgcggatgttagcctctggtgatcaagtggtcgacgcccatagacaggtcaggcagaccattgtaagatacgttgcgcatatttgtatatttttgaggcgcaccagttctaataaggtcaggcagaccaattgtaaataggttgcgcatatctgtatattttgaagcgcagtaagctagctttccgaggtctgatactacgcagacccgatcccggttgtggggcgtgacaagtagtcagaccctcctacacgttac
gi|5 : aaagctgaataagcattagtagtactTAAAGCTGAATAAACGTTAGTGGCACCTGAGTATAT-TGG-G----GA--G--TGTTGGTATC-CTCCGG--TA----GATAATTGCT-AGATAGG------------G----A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CC--------------T---C---------GCT--AGA----------GAG-GG-GT-GTTGGTAACTCC---ctacacgttac
gi|5 : cT-ATATTGG------------GG---A--GT---G--TT--------GG----TATC--CTCCG-GT--AG---ATAATT---------GCT--AGA----------TAG-GGAGT-GTTGGTATCTCC-----------------T-C-GC-----T---AG---------AGAG--G-GGTGTTGGTAACTCCT---AGT-ACCTTG-A-GGC-ATT--GGTTA-GT-CTC-GGAACGG-T-CG-GTCACACAATTGGATG-TGTGAAGG-TTTAT-CTCTGGT-------------CG-ACGT-CCAT----AGATAGGTCATGCAGA-CC--------A--------------TTGTGTG---A-TA-TTG-CG-CA-TATTTGTATAT-A-T------TTT-AGGCGCACC-A------------G-TT-C-TAATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TAGC-G-CATATCTGC-------ACA--T-TTTAAAGCG-CA--CTAAGCTA-G-CTCTCTGA-GGTCTGA-TACTACATA-GACCCGATCTC-GGTTGTAGGGCTTCACAAGTAGTCAG-ACCCCCtagtaccttgaggcattggttagtctcggaacggtcggtcacacaattggatgtgtgaaggtttatctctggtcgacgtccatagataggtcatgcagaccattgtgtgatattgcgcatatttgtatatattttaggcgcaccagttctaataaggtcaggcagaccaattgtaaatacgtagcgcatatctgcacattttaaagcgcactaagctagctctctgaggtctgatactacatagacccgatctcggttgtagggcttcacaagtagtcagaccccctacacgtt
gi|6 : ctaaagctgaataaacgttagtggcacctgagTAACGCTGAATAAGTGTTAAA-----C-GAGTGT-TGTAG-G----GG--GAGTGTTGGTATCTCCC-GG--TA-----ATATTTGAT-AGATAGG------------CG---A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCCT-GT--AG---AC---CTC-------GCT--G-A----------GAG-GG--T-GTTGGTATCCCC---TTT--GAA--CAG-T-AAGG-----T---AG--------AAAAG-GT-GGTTTTG-AAATCCCT---GGTTACCTTG-A-GGC-ACT--GGTTA-GC-CTCGGGAGCGG-T-C--GTCACACAATTGGGTG-TGTGAAGGATTAGCGCTCTGGTGATGTC-AGTGGTCGAACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGAGCC--------A--------------T---------A-CGTTTG-CGCCA-TATTTGTA-AT-A-T-----ATTT-AAGCGCA-C-A------------GTTT-C-TGGTAA-GTC-------AGGGCAGACCAAATTGTA-A-ATACG----TTGCGG-CATATCTG-------TATA--T-TTTGAAGCG-CATCTTAAGTTAGG-CTCTCtacacgtt
gi|7 : -G----GA--G--TTTTGGTATATCCCTGGTATA----GGTAATTGCT-AGATA-G------------GG---A--GA---G--TT--------GG----TATCT-TCCCG-GT--AGGTAAT---T---------GCT--AGA----------TAGAGA-GT-GTTGGTATCTCCCTGGTTGAGAC--CCA-T-A-GGAGCGTT---GGAATATCCTCGAGG-GG-GGTGTTGGAA--TCCT---CGT-at
gi|7 : cggtaggtaattgctagattt-TAG-G----GA--G--AGTTGGTATCTTCCCGG--TA----GGTAATTGCT-AGATAGA------------G----A--GT---G--TT--------GG----TATCT-CCCTG-GTTGAG---AC---CCATAGGAGCGTT--GGAATATCCTCGAGGG-GG-GT-GTTGGAATCCTC---GT---GAA--CAA-A-AAGG-----T---A---------------AG-GGTGTTGAAAACCCCT---GGT-ACCTTA-A-GGC-ATT--GGTTT-GC-CTC-GGAGCAG-T-CG-GTCACACAATTCGGTG-TGTGAAGG-TTAGC-CT-------------GTAGTTG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGTGGA-CC--------ATTGTAAGT------T---------A-CG-TTG-CG-CA-TATTTG-A-AT-A-T-----ATTTGATGCACACC-A------------G-TT-C-GCAAAAGGTC-------A-TGCAGACC-AATTGTA-A-ATACT----TTGC-A-CATAgaacaaaaaggtaagggtgttgaaaacccctggtaccttaaggcattggtttgcctcggagcagtcggtcacacaattcggtgtgtgaaggttagcctgtagttgacgtccatagacaggtcaggtggaccattgtaagttacgttgcgcatatttgaatatatttgatgcacaccagttcgcaaaaggtcatgcagaccaattgtaaatactttgcacata
gi|8 : cggtaggtaattgctagatttggagttttggtatatccctggtataggtaattgctaga-G----GA--G--TGTTGGTATCTCCCTGG--TACGTAGACCTTCGTTGAGACGGG------------GGTGGG--GTTGGG--TT--------GG----CATCT-CTT-G-GT--AG---AC---C---------GTT--TGA----------GAG-GG-GT-GTTAGTATCCCC---GT---GAA--CGA-T-AAGG-----T---AGG-------C---G-AGTGGTGTTGGTAACCCCT---GGT-ACC--A-ACGGC-ATT--GGTTA-GC-CTT-GGAGCAG-T-CG-GGTACACAATTGGGTA-TGTGAAGG-TTAGC-ATCTGGTGA--TCAAGTGGTCG-ACGT-CCAT----AGACAGGTCAGGCAGA-CCACTGTAAGA--------------T---------A-CA-TTG-CA-CA-TATTTGTATAT---T-----A--TGAGGTGCATC-A------------T-TT-C-TCATAAGGTC-------A-GGCAGACC-AATTGTA-A-ATACG----TTGC-A-CATATCT-C------AATA--T-TTT
gi|9 : gtggtagaccttcgttgagatca--------GG----CATCT-CGCCA-GT---G---AC---C---------GCT--AGA----------GAG-GG--T-GTTG-T-TCCCC---GT---GAA--CAA-T-A-AG-----T---AG--------GAAAG-GA-ATTGATGAAAACTCCT---TGT-ACCTTG-A--GC-ATT--GGTTA-GCTCGC-GAAGCGG-T-CA-AT-ACACAATTAGA-G-TGTGAAGG-TTAGT-CT----------------GTCG-ACGT-CCACTA--AGACAGGTCAGGCAGA-CC--------A--------------CTGTTTGATGA-TG-TTG-C--TA-TATTTGTATAT-ATT-----AT---AGGCTCACC-A------------G-TT-C--GA-AA---T-------A-GG--------ATTGTA-A-A-ACG----TGAC-G-CATATCTGTTA----TATA--T-TTTGAAGCC-CA--C-----TG-G-CTCT------GC---A-TACTACGCAGGACCTGATCCC-GGTTATAGGA-G-GACAATTATTCAG-ACCa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|32 ): TAGGGAGGGACAATTATTCAGACCTTCCTACACGTT