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gi|3                          : ttaATTTACAGTGTTACATG-TTT---GTATAGAGTA-TC---T---T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAT-AGGACCTCTC-AGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAG-TTTAGGGT-----------CGCTTCGAAC-CG--TGTTCTTCGA----GT-AGCACGGGCTTCATCA-TTTTCTCATTTGGTCTTAAAGATTTAAA-GTACAGAC----A---C--GAC-TTCT---GAGGT----GAGTA------AAACATTTT---------AATT-TACAATTT----CTT-TCCTTAAT--TTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGTCTCAGTATTTGTA--AAT--T---TG---TTTGATAAA-TTATTTCGTTTGTATACAGTAAACTTGTTTTGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAA-CTGACAAAATGTGAGTAAAGTGTATTCGTTTGG-TTCTTGTA-TATT-A--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATAATTCATTA-TGATTC--TAACAG--TG--AAGTGTG----T-A----------A---------------GTTATGTCAACGCAGTAA---------AGT------------------C--TTGAGTAAACTAAAATGGTGTAACAGAAATACCATTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT--CT-AGT-AC-AAG----T----T-AAAGTAAAGGAGCGCTG-CCA--CGTGTAATTACATTAGTT-CCCCGTAGTT-TAGTATGGTGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTA-TAATGTGTGTAACTTAATGTGTATTTATTGTGTATGT----AGGTCCCGTTGT-TGA-CGACTGTA--ACAATTGGAGTGTGTGTGTTTTACGTGGACC-------------------------------A---ATGAA-----TACCTGAGCCAAATAAATGAAAC-TTGAACT-TGTAGTATCTGTGATTGTGTA-TA--TAAAGTGA---ATGTGTATATG-AATTTGTATGTGTTTGTT-C---TAAATGGGAAACCACCCCGGTCAGCCTGTttattcacctgaatttaggtttccgttctttgttctacagctagcacgggcttcatcatttttctcttttggtattaaagttttaaagtaca
gi|5                          :    ATTGACAGTGTTACATG-TTTGCTATA---TATG-TA---TGT-TCTCAGTT-----AT-CAGCTGTATTAGGACCTCTC--GGC-G-TACACC-CTATCAA-GTTACCCCTGCGAT-AC----T--GTATTTATTC-ATCTGAG-T------------------CTCTTCGAACTCGGTCGCTCTAC-A----ACTAGCACGAGCTTC---AA-------AT--GTTTTTAAAATTTTAAAAGTATACACGTCCA---C--GAC-TTCTT--GAGGG----GAGTA------CAACATTT----------ACTT-TAC-AATT----CTTGTTCTCATT--TATACGTTC----CTACG---GAA-TAA-CTGT-GACTCAGTATTTGTT--AAT--TATATG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTGA-CTTGTTTTGTT-TGTGTAT-GT-GTA--TTGAT-TGAGGAAATATGAGCAGAGTTTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-CTTT-ATAGTATACATAAT-GTGAATTATCTGTCATAAATGATCTACTAACAG--TGGAAAGTGTAAGCTT-ATGTCAACTGCA---------------GTT--------------A---------AGT------------------C--TCGAGTAAATTAAAATGGTGTAATAAAAATA-TATTTGTGTAATTTGT-GTAGA----------TAAGCATTGTT-AGT-ACAAAG----TT------AAGTAAAGCAGCGTTG-CCAG-CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAATC-AAATATGGCGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TT-TA-TAAGATGGGTAAGTATTTGTGTATTTATaac
gi|1                          :     TTGACAGTGTTACATG-TTT---GTA---AATAGTT---TGT-T-TCAGTT-----AT-C--CTGTATTAGGACCTCTCTAGTC-G-TACACC--T-TCAA-GGTACCCCT-TGAT-AC---CT--GTATTTATTCCACCTGAG-TTA-GGGTT----TCCACTCTCTTCGAAC-CG--TGTTCTTCGA----ATTAGCACGGGCTTCATCA-TTTTCTCATTTGGTCTTAAAGTTTTAAA-GTACAGAC----A---C--GAC-TTCT---GAGGT----GAGTA------AAACATTT----------ACTTATA--ATTT----CTT-TTCTCAAT--TTTACAGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATTTGTA--AAT--T---TG---TTTGATAAA-TTATTCCGTTTGTATATAGTAAACTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAATCTGAGGAAATATGAGAAAAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTT-A--GTAT-CATAAT-GTTAAT-ATAATTCATAA-TGATTT--TAACAG--TG--AAGTGTG----T-A----------A---------------GTT--------------A---------AGT------------------C--TCGAGTAAACTAAAATGGTG-AATGAAAATACCATTAGTGTGATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT--CTCAGT-AC-AAG----TTTATT-AAAGTAAAGCAGCGCTG-CCA--CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAGTT-TAGTATGGC-GACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTATTAATGTGTGTAACTTAATGTGTGTTTATTGTGTATGT----AAGTCCCATTGT-TGA-CGACTGTA--GCAATTGGA--GTGTGTGTTCTACGTGGACCAACC--TAACAG--T--GCATTGGAC--AT-A---ACGAA-----T-CCTGAGCCCAAACGATGAATATTTGAACATTGTAGTATCTGTGATTGTGTA-TA--TAAAGTGA---ATGTGTATATG-AACTTGTTTGTGTTTGTT-C---TAAATGGGAAACCACCCCGGTCAGCCTGT
gi|4                          :        ACAGTGTTACATGGTT----GTA-----TA-TT---TATGT-TCATTT-----AT-T--CGGAAT-AGGACCTCTCCAGTC-G-TACACC-AT-TCAACGGTACCCCT-CGAT---------------------ACCT---------------------CTATCTTTCAAC-CG--TGCCCTAC------ACTAGCACGAGCTT--TCA------TAATT----CTTTAAATTTTAAA---AAAGAC----AAGCCAGGCC-TTCA---GAGGT----GAGTA------CATCATTTTGT-------ACTT-TAC-ATTT----CTT-TTCTCAAT--TTTCC--TC----CTA-----GGAATAA-CTGTTGACTCAGTAAT-TTA--ATT--T---TG---TT-GAGAAA-TTATTT--TCTGTATATAGTGAACTTGTT-CATTCTGTATATAG--GTAATTTGAT-TGAGGGAATATGAGCAGAGTGTATTCGTTGGGGCTCTTGTA-TTTT-A--GC-----TAATTGTGAA--ATGATTCATAA-AGATTC--TAACAGCTTA--AAGTGTG----T-A----------A---------------ATT--------------ATGTCAATGCAGTTAATTC------------C--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATGAAAGTAATATTAGTGTAAATTGT-GTAG-----------TAAGCAT--TT-AGT-AC-AAG----T----T-AAAGTAAA-CAGTGCTGCCCA--CGTGT-ATTGCATTAGTT--CCCGTAATCAAAATATGACAGACTAATGTGAGTCATTACATTGTATTAATGTGTGTACCTTAATGTGTATTTATTGTGTGTGTATTCACGCCCC---GT-TGACCAATTGTATTG-AATTGGA--GTGTCTATT----GTGGACCAAAC--TAACAGTAT--GCATTGGATTAACGA---ACGAA-----TACCC-AG--CAAAAGAT-AATA-TTGAACA-TGTAG--TTTGTG--TGTGTA-TA--T-AAGTAAAATATGTGTATATA-AA--TGCTTGT-TTTGT
gi|19                         :          catgTTAC--G-TT-----TA---ATTA-T-----GT-T-TCAGTT-----A--A--CTGAAT-AGG-CCTCTCTAGTC-GGTACACC-AT-TCAA-GGTACCCCT-CGATAAG---TT--GTATCTcactttcggatcacggcctgtcag
gi|10                         :                                         ---TGG-T-TGAGTT-----AA-T--CTGTA--AAGACCTCTCTAGTCTG-TACACCGCT-GTAA-AGTACCCCT-CGA--ACTGACTAAGTA-TTA-TC-ACCTGAT-TTTAGGGTT----TC-ACTCT-TGCGGAC-CG--TGCT----GACAACACTAACAT-GGCTTC-AAAACTTCTTTACC--------AATTTTAAAA-GTACCAGC--------C--GACATTCTAACGAGGT----GATCACGAGATAAACA--C----------ATTT-TA--ATTT-----------TAAAT-------GGTC----CTAGCTACGGA-TAACCTGTT-ACTC--T-TT-GCT--AATTCT---TGCCTTCTGAGAACTTTATTTCGTTTCTATATct
gi|15                         :                                             tg-T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAC-TAGACCTCTCTAGTC-A-AACACC-CT-TCCA-GATACCCCT-CGAT-AC---CT--ATATTCATTC-CACAGAGATTA-GGGTTGAAATC-ACTCTCTTg
gi|14                         :                                                                                                                      GAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAA-TTT-AGGTT----TC--CGTTCTT----------TGTTCTAC-A----GCTAGCACGGGCTTCATCATTTTTCTCTTTTGGTATTAAAGTTTTAAA-GTACA
gi|12                         :                                                                                                                                 ttacaattacagtgttatatgtttgtatattgaatgtttcagttcagcAC-CG--TGCTGTAC-A----ACTAACATGAGCTTC-AAAATTCT-----------TTAAAGTTTTAAAAGTACAATC----A---C--GAC-TTCT---GAGGTGATCGAGTA------AAACATT-----------------------------------TTAAT--TTTATGGTCCTAGCTA-----GGA-TAA-CTGCTTACTC--T-TT-GTACTAATTCT---TGCCTTCTGAGAACTTTATTTCGTTTCTATAT
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        GT----GAGTA------AAACGTTTT---------ACTT-TATAATTT----ATT-TTCTTAAT--TTTACGGTC----CTA-----AGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATT-TGA--AATG-T---TG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTATGTAGATAGTAAACTTGTTTGGTT-TGTATATAGT-GTA--TTAA-CTGTTGAACTATGAATGGAGTGTAGTTGTTTGG-CTCTTGTA-GTTT-gt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                  A------AAACATTTT---------ACTT-TACAATTT----CTT-TTCTTAAT--TTTACGATC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATTTGTA--A-------------TTTGA---A-TGATT---TTT-------------TT-TTTCGTT-TGTATATAGTCATC--TTG--TTGAGGAAATATGAGTAGAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGCA-TTTTTA--ATAT-CAAAAT-GTGAAT-ATAATTTATAAATTATTC--TAACTA--CG--AAGTGTA----T-A----------AAGTACTGTCAATGCAGTT--------------G---------AGT------------------C--TCACGTAAACTAAATTGGTGTAATAAGAATACCAGTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TATGTAT--TT-AGC-AC-GAG----TT-----AAAGTAAAGCAGTGCTG-TCA--CGTGT-----TATTAGTT-CCTCGTAATT-AGGTATGATGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTATTAAGGTGTGTAACGTAATGTGTATTTGTTGTGTATGC----ATGTCCt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ACATTTT---------ACTT-TACAATTT----CTT-TCCTTAATATTTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGTTTCAGTATTTGTA--AAT--T---TG---TTTGATAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTACACTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAA-CTGAGGAAATGTGAGTTAAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTTTA--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATGATTCATAAATGATTC--TAACAG--TG--AAGT-TG----T-A----------A---------------GTT--------------A---------AATATGTCAATGCAGTTAAATC--TCGAGTAAGTTAAAATGGTGTAATGAAAATGCCATTTGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT--TA-AGT-AC-AAGTTAATTTA-TAAAAGTAAAGCAGCGCTG-CCA--TGTGGAATTGCATTAGTT-CCCTGTAATT-CAGTATGGCGGACT-ATGTGAGTCa
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ACATTTT---------ACTT-TACAATTT----CTT-CTCTCAAT--TTTAAGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTCTTTATA--ATT--T---TG---TTTGAC----TTATTTCATTTGTATCTAGGGAGCTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAAT-TGAAGAAATAAGAATAGAGTGTATTCATTTGG-CTCTTGTATTTTT-A--GTAT-TAAAAT-GTGAAT-ATAATATTTAG-TGATTC--TAACAG--TG--AAGAGTT----TAA----------A---------------GTT--------------AC--------AGC------------------CAATGCAGT---TTAGTCTTGTGTAATAAAAATGCCATTCGTATAATCTGTGGTAGTATAATTTAAATAAGCAT--TA-AGTAAC-AAA----AT---T-CAAGTAAGTAAGCGCTG-CCAACCGTGTAATTACATTAGTT-CCCCGTAACT-AGGTATGGTGTACT-ATGTGAGTCATAAC-TTATAGTAATGTGTGTAACTTATTGTGTATTTGTTGTGTATGT----AGGT---AACGT-TGA-CGA
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        ATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT--TT-AGT-AC-AAG----TT-----ACAGTAAAGCAGCGCTG-CCG--CGTGTAATTGCATTAGTTCCCCCGTAATC-AAATATGACAGACT-ATGTGtagt
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TGTGTATGT----AGGTCC---TGCGTGA-CAATTGTA---TGATTGGA--GTGT----TCTACGTGGAGCAACCAATAACAGTAT--GCATTGGAT--GT-AACGACGAA-----TACCCAAGCa
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACACCAGCATTATTATTCTCAGGAAGCGTATCAGATCCATATATACTATACACATGGCTG






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Reference ( family-1378 )     :      CATTGACAGTGTTACATGTTTG-TA---AATA-T-T---TGT-T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAT-AGGACCTCTCTAGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAG-TT--GGGTT----TC-ACTCTCTTCGAAC-CG--TGCTCTACGA-ACTAGCACGGGCTTCANCAATTTTCTCATTTGGTCTTAAAGTTTTAAAAGTACA-GAC----ACGAC-TTCT---GAGGT----GA-------GTAAA-ACATTTT--ACTTTACA--------ATTT----CTTTTCTCAAT--TTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATTTGTA--AAT--T---TG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTGAACTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTGATCTGAGGAAATATGAGTAGAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTT-A--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATGATTCA-TAAATGATT--CTAACAG--TG--AAGTGTG----T-A----------A---------------GTT------------------A---------AGT------C--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATAAAAATACCATTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-T--TAGT-ACAA-GT---T--T-----A--AAGTAAAGCAGCGCTG-CCA--CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAATC-AAGTATGGCGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTATTAATGTGTGTAACTTAATGTGTATTTATTGTGTATGT----AGGTCCCATTGT-TGA-CGACTGTA--GCAATTGGA--GTGTGTGTTCTACGTGGACCAACC--TAACAGTATGCATTGGAT----GTA---AC-----GAATACCCGAGCCNAAAAGATGAATA-TTGAACA-TGTAGTATCTGTGATTGTGTA-TA--TAAAGTGA---ATGTGTATATA-AACTTGTTTGTGTTTGTT-CTAAA---TGGGAAGCCACCCCGGTCAGCCTGT
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gi|14                         :       ATT-ACAGTGTTATATGTTTG-T-----ATA-T-TGAATGT-T-TCAGTTCAGCGATAC--CTGTAT-
gi|14                         :                                                                                                                ttaca-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAA-TTT-AGGTT----TC--CGTTCTT----------TGTTCTAC-A-GCTAGCACGGGCTTCATCATTTTTCTCTTTTGGTATTAAAGTTTT-AAAGTACA-ttattcacctgaatttaggtttccgttctttgttctacagctagcacgggcttcatcatttttctcttttggtattaaagttttaaagtaca
gi|15                         : ttacaattacagtgttatatgtttgtatattgaatgtttcagttcag-T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAC-TAGACCTCTCTAGTC-A-AACACC-CT-TCCA-GATACCCCT-CGAT-AC---CT--ATATTCATTC-CACAGAGATTA-GGGTTGAAATC-ACTCTCTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            TGTGTATGT----AGGTCC---TGCGTGA-CAATTGTA---TGATTGGA--GTGT----TCTACGTGGAGCAACCAATAACAGTATGCATTGGAT----GTAACGAC-----GAATACCCAAGC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            ATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-T--TAGT-ACAA-GT---T--------A--CAGTAAAGCAGCGCTG-CCG--CGTGTAATTGCATTAGTTCCCCCGTAATC-AAATATGACAGACT-ATGTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A-TTGAAC--TGTAGTATCTGTG--TGT-TATTAATTAAAGTAT---ATGTGCATATACAACTTGTTTGT-TTCCTTACT--T---TGGGAAGCCA-CTCAGTCAGCATGT
gi|19                         :                 TTAC--GTTT-------AAT--T-A---TGT-T-TCAGTT-----A--A--CTGAAT-AGG-CCTCTCTAGTC-GGTACACC-AT-TCAA-GGTACCCCT-CGATAAG---TT--GTATCT
gi|2                          :      CATTTACAGTGTTACATGTT-G-TA---AATA-T-T---TGT-T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAT-AGGACCTCTCTAGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-TGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAG-TTT-GGGTT----TC-ACTCTCTTCGAAC-CG--TGTTCTTCGA-ATTAGCACGGGCTTC-TCAATTTTCTCATTTGGTCTTAAAGTTTTAAA-GTACA-GAC----ACGAC-TTCT---GAGGT----GA-------GTAAA-ACATTT---ACTTTA----------ATTT----CTTTTCTCAAT--TTTACAGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATT-GTA--AAT--T---TG---TTTGATAAA-TTATTCCGTTTGTATATAGTAAACTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAATCTGAGGAAATATGAGAAAAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTT-A--GTAT-CATAAT-GTTAAT-ATAATTCA-TAA-TGATT--TTAACAG--TG--AAGTGTG----T-A----------A---------------GTT------------------A---------AGT------C--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATGAAAATACCATTAGTGTGATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-C--TAGT-ACAA-GT---T--T-----ATAAAGTAAAGCAGCGCTG-CCA--CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAGTT-TAGTATGGCGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTATTAATGTGTGTAACTTAATGTGTGTTTATTGTGTATGT----AGGTCCCATTGT-TGA-CGACTGTA--GCAATTGGA--GTGTGTGTTCTACGTGGACCAACC--TAACAG--TGCATTGGAC----ATA---AC-----GAATACCTGAGCCCAAACGATGAATA-TTGAACA-TGTAGTATCTGTGATTGTGTA-TA--TAAAGTGA---ATGTGTATATG-AACTTGTTTGTGTTTGTT-CTAAA---TGGGAAACCACCCCGGTCAGCCTGTct
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           --TAGT-ACAA-GT---T--------A--AAGTAAAGC---------CA--CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAA
gi|3                          :      cATTTACAGTGTTACATGTTTG-TATAGAGTA-T-C---T---T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAT-AGGACCTCTC-AGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAG-TTTAGGGT-----------CGCTTCGAAC-CG--TGTTCTTCGA-G-TAGCACGGGCTTCATCA-TTTTCTCATTTGGTCTTAAAGATTTAAA-GTACA-GAC----ACGAC-TTCT---GAGGT----GA-------GTAAA-ACATTTT--AATTTACA--------ATTT----CTTTCCTTAAT--TTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGTCTCAGTATTTGTA--AAT--T---TG---TTTGATAAA-TTATTTCGTTTGTATACAGTAAACTTGTTTTGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAA-CTGACAAAATGTGAGTAAAGTGTATTCGTTTGG-TTCTTGTA-TATT-A--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATAATTCA-T-TATGATT--CTAACAG--TG--AAGTGTG----T-A----------A---------------GTTATGTCAACGCAGTA----A---------AGT------C--TTGAGTAAACTAAAATGGTGTAACAGAAATACCATTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-C--TAGT-ACAA-G----T--T-----A--AAGTAAAGGAGCGCTG-CCA--CGTGTAATTACATTAGTT-CCCCGTAGTT-TAGTATGGTGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTA-TAATGTGTGTAACTTAATGTGTATTTATTGTGTATGT----AGGTCCCGTTGT-TGA-CGACTGTA--ACAATTGGAGTGTGTGTGTTTTACGTGGACC------------------------------A---AT-----GAATACCTGAGCCAAATAAATGAAAC-TTGAACT-TGTAGTATCTGTGATTGTGTA-TA--TAAAGTGA---ATGTGTATATG-AATTTGTATGTGTTTGTT-CTAAA---TGGGAAACCACCCCGGTCAGCCTGT
gi|4                          :         TGACAGTGTTACATGGTTG-TA-----TA-T-T---TATGT-TCATTT-----AT-T--CGGAAT-AGGACCTCTCCAGTC-G-TACACC-AT-TCAACGGTACCCCT-CGAT-A--------------------CCT---------------------CTATCTTTCAAC-CG--TGCCCTAC---ACTAGCACGAGCTTTCATAATTCT-----------TTAAATTTTAAAAAAGACAAGCC----AGGCC-TTCA---GAGGT----GA-------GTACA-TCATTTTGTACTTTACA---------TTT----CTTTTCTCAAT--TTTCC--TC----CTA-----GGAATAA-CTGTTGACTCAGTAATT-TA--ATT--T---TG---TT-GAGAAA-TTATTT--TCTGTATATAGTGAACTTGTT-CATTCTGTATATAG--GTAATTTGAT-TGAGGGAATATGAGCAGAGTGTATTCGTTGGGGCTCTTGTA-TTTT-A--GC-----TAATTGTGAA--ATGATTCA-TAAA-GATT--CTAACAGCTTA--AAGTGTG----T-A----------A---------------ATT------------------ATGTCAATGCAGTTAATTCC--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATGAAAGTAATATTAGTGTAAATTGT-GTAG-----------TAAGCAT-T--TAGT-ACAA-G----T--T-----A--AAGTAAA-CAGTGCTGCCCA--CGTGT-ATTGCATTAGTT--CCCGTAATCAAAATATGACAGACTAATGTGAGTCATTACATTGTATTAATGTGTGTACCTTAATGTGTATTTATTGTGTGTGTATTCACGCCCC---GT-TGACCAATTGTATTG-AATTGGA--GTGTCTATT----GTGGACCAAAC--TAACAGTATGCATTGGATTAACG-A---AC-----GAATACCC-AGC--AAAAGAT-AATA-TTGAACA-TGTAG--TTTGTG--TGTGTA-TA--T-AAGTAAAATATGTGTATATA-AA--TGCTTGT-TTTGTaac
gi|5                          :     caATTGACAGTGTTACATGTTTGCTA---TATA-TGTA--TGT-TCTCAGTT-----AT-CAGCTGTATTAGGACCTCTC--GGC-G-TACACC-CTATCAA-GTTACCCCTGCGAT-AC----T--GTATTTATTC-ATCTGAG-T------------------CTCTTCGAACTCGGTCGCTCTAC-A-ACTAGCACGAGCTTCA--AAT------GTTT----TTAAAATTTTAAAAGTATA-CACGTCCACGAC-TTCTT--GAGGG----GA-------GTACA-ACATTT---ACTTTACA--------ATTC----TTGTTCTCATT--TATACGTTC----CTACG---GAA-TAA-CTGT-GACTCAGTATTTGTT--AAT--TATATG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTGA-CTTGTTTTGTT-TGTGTAT-GT-GTA--TTGAT-TGAGGAAATATGAGCAGAGTTTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-CTTT-ATAGTATACATAAT-GTGAATTATCTGTCA-TAAATGATCTACTAACAG--TGGAAAGTGTAAGCTT-ATGTCAACTGCA---------------GTT------------------A---------AGT------C--TCGAGTAAATTAAAATGGTGTAATAAAAATAT-ATTTGTGTAATTTGT-GTAGA----------TAAGCAT-TGTTAGT-ACAAAGT---T-----------AAGTAAAGCAGCGTTG-CCAG-CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAATC-AAATATGGCGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TT-TA-TAAGATGGGTAAGTATTTGTGTATTTATcactttcggatcacggcctgtcag
gi|6                          :      CATTGACAGTGTTACATGTTTG-TA---TATA-G-TA--TGT-T-TCAGCT-----AT-C--CTGTAT-AGGACATCTCTAGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAG-T-------------C-ACT-TCT---AAC-CG--TGCTCTAC-A-ACTAGCACGAGCTTCAT-AATTCT----TTT-------AAGTTTTAAAAGTACA-GAC----ACGAT-CTCT---GAGGT----GA-------GTGCA-ACATTTT--ACCTT-CATTACTTTCATTTTCTTCTTTTCTCAAT--TTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGAGTCAGTATTTGTA--ATT--T---TG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTGAACTGCTTTCGTT-TCTGTACAGT-GTA--TTGAT-TGAGGAAATATGAGCAGAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTTTA--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATGATTCA-TAAATGATT--CTAACAG--TG--ACGTGTG----T-A----------A---------------GTTTTGTCAATGCAATT----A---------AGT------C--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATAAAAATACTATTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-T--TAGT-ACAA-G----T--T-----A--AAGTAAACCAGCGCTG-CCA--CGTGTAATCGCATTAGTT-CCCCGTAATC-AAATATGAC
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Reference ( family-1378 )     :      CATTGACAGTGTTACATGTTTG-TA---AATA-T-T---TGT-T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAT-AGGACCTCTCTAGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAG-TTT-GGGTT----TC-ACTCTCTTCGAAC-CG--TGCTCTACGA-ACTAGCACGGGCTT-CATCAATTTTCTCATTTGGT-TTA-AAGTTTTAAAAGTACA-GAC----ACGAC-TTCT---GAGGT----GA-------GTAAA-ACATTTT--ACTTTACA--------ATTT----CTTTTCTCAAT--TTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATTTGTA--AAT--T---TG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTGAACTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAATCTGAGGAAATATGAGTAGAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTT-A--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATAATTCA-TAAATGATT--CTAACAG--TG--AAGTGTG----T-A----------A---------------GTT------------------A---------AGT------C--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATGAAAATACCATTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-T--TAGT-ACAA-GT---T--T-----A--AAGTAAAGCAGCGCTG-CCA--CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAATT-AAGTATGGCGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTATTAATGTGTGTAACTTAATGTGTATTTATTGTGTATGT----AGGTCCCATTGT-TGA-CGACTGTA--GCAATTGGA--GTGTGTGTTCTACGTGGACCAACC--TAACAGTATGCATTGG----ACGTA---AC-----GAATACCCGAGCCCAAAAGATGAATA-TTGAACA-TGTAGTATCTGTGATTGTGTA-TA--TAAAGTGA---ATGTGTATATG-AACTTGTTTGTGTTTGTT-CTAAA---TGGGAAACCACCCCGGTCAGCCTGT
gi|1                          :        TTGACAGTGTTACATGTTTG-TA---AATAGT-T---TGT-T-TCAGTT-----AT-C--CTGTATTAGGACCTCTCTAGTC-G-TACACC--T-TCAA-GGTACCCCT-TGAT-AC---CT--GTATTTATTCCACCTGAG-TTA-GGGTT----TCCACTCTCTTCGAAC-CG--TGTTCTTCGA-ATTAGCACGGGCTT-CATCA-TTTTCTCATTTGGTCTTA-AAGTTTTAAA-GTACA-GAC----ACGAC-TTCT---GAGGT----GA-------GTAAA-ACATTT---ACTT-ATA--------ATTT----CTTTTCTCAAT--TTTACAGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATTTGTA--AAT--T---TG---TTTGATAAA-TTATTCCGTTTGTATATAGTAAACTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAATCTGAGGAAATATGAGAAAAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTT-A--GTAT-CATAAT-GTTAAT-ATAATTCA-T-AATGATT--TTAACAG--TG--AAGTGTG----T-A----------A---------------GTT------------------A---------AGT------C--TCGAGTAAACTAAAATGGTG-AATGAAAATACCATTAGTGTGATTTGT-GTAG-----------TAAGCATCT--CAGT-ACAA-GTTTAT--T-----A--AAGTAAAGCAGCGCTG-CCA--CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAGTT-TAGTATGGC-GACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTATTAATGTGTGTAACTTAATGTGTGTTTATTGTGTATGT----AAGTCCCATTGT-TGA-CGACTGTA--GCAATTGGA--GTGTGTGTTCTACGTGGACCAACC--TAACAG--TGCATTGG----ACATA---AC-----GAAT-CCTGAGCCCAAACGATGAATATTTGAACATTGTAGTATCTGTGATTGTGTA-TA--TAAAGTGA---ATGTGTATATG-AACTTGTTTGTGTTTGTT-CTAAA---TGGGAAACCACCCCGGTCAGCCTGT
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gi|14                         :                                                                                                                ttaca-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAA-TTT-AGGTT----TC--CGTTCTT----------TGTTCTAC-A-GCTAGCACGGGCTT-CATCATTTTTCTCTTTTGGTATTA-AAGTTTT-AAAGTACA-ttattcacctgaatttaggtttccgttctttgttctacagctagcacgggcttcatcatttttctcttttggtattaaagttttaaagtaca
gi|15                         : ttacaattacagtgttatatgtttgtatattgaatgtttcagttcag-T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAC-TAGACCTCTCTAGTC-A-AACACC-CT-TCCA-GATACCCCT-CGAT-AC---CT--ATATTCATTC-CACAGAGATTA-GGGTTGAAATC-ACTCTCTT
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gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-T--TAGT-ACAA-GT---T--------A--CAGTAAAGCAGCGCTG-CCG--CGTGTAATTGCATTAGTTCCCCCGTAATC-AAATATGACAGACT-ATGTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A-TTGAAC--TGTAGTATCTGTG--TGT-TATTAATTAAAGTAT---ATGTGCATATACAACTTGTTTGT-TTCCTTACT--T---TGGGAAGCCA-CTCAGTCAGCATGT
gi|19                         :                 TTAC--GTTT-------AAT--T-A---TGT-T-TCAGTT-----A--A--CTGAAT-AGG-CCTCTCTAGTC-GGTACACC-AT-TCAA-GGTACCCCT-CGATAAG---TT--GTATCT
gi|2                          :      CATTTACAGTGTTACATGTT-G-TA---AATA-T-T---TGT-T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAT-AGGACCTCTCTAGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-TGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAG-TTT-GGGTT----TC-ACTCTCTTCGAAC-CG--TGTTCTTCGA-ATTAGCACGGGCTT-C-TCAATTTTCTCATTTGGTCTTA-AAGTTTTAAA-GTACA-GAC----ACGAC-TTCT---GAGGT----GA-------GTAAA-ACATTT---ACTTTA----------ATTT----CTTTTCTCAAT--TTTACAGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATT-GTA--AAT--T---TG---TTTGATAAA-TTATTCCGTTTGTATATAGTAAACTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAATCTGAGGAAATATGAGAAAAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTT-A--GTAT-CATAAT-GTTAAT-ATAATTCA-TAA-TGATT--TTAACAG--TG--AAGTGTG----T-A----------A---------------GTT------------------A---------AGT------C--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATGAAAATACCATTAGTGTGATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-C--TAGT-ACAA-GT---T--T-----ATAAAGTAAAGCAGCGCTG-CCA--CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAGTT-TAGTATGGCGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTATTAATGTGTGTAACTTAATGTGTGTTTATTGTGTATGT----AGGTCCCATTGT-TGA-CGACTGTA--GCAATTGGA--GTGTGTGTTCTACGTGGACCAACC--TAACAG--TGCATTGG----ACATA---AC-----GAATACCTGAGCCCAAACGATGAATA-TTGAACA-TGTAGTATCTGTGATTGTGTA-TA--TAAAGTGA---ATGTGTATATG-AACTTGTTTGTGTTTGTT-CTAAA---TGGGAAACCACCCCGGTCAGCCTGTct
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gi|3                          :      cATTTACAGTGTTACATGTTTG-TATAGAGTA-T-C---T---T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAT-AGGACCTCTC-AGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAG-TTTAGGGT-----------CGCTTCGAAC-CG--TGTTCTTCGA-G-TAGCACGGGCTT-CATCA-TTTTCTCATTTGGTCTTA-AAGATTT-AAAGTACA-GAC----ACGAC-TTCT---GAGGT----GA-------GTAAA-ACATTTT--AATTTACA--------ATTT----CTTTCCTTAAT--TTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGTCTCAGTATTTGTA--AAT--T---TG---TTTGATAAA-TTATTTCGTTTGTATACAGTAAACTTGTTTTGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAA-CTGACAAAATGTGAGTAAAGTGTATTCGTTTGG-TTCTTGTA-TATT-A--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATAATTCA-T-TATGATT--CTAACAG--TG--AAGTGTG----T-A----------A---------------GTTATGTCAACGCAGTA----A---------AGT------C--TTGAGTAAACTAAAATGGTGTAACAGAAATACCATTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-C--TAGT-ACAA-G----T--T-----A--AAGTAAAGGAGCGCTG-CCA--CGTGTAATTACATTAGTT-CCCCGTAGTT-TAGTATGGTGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTA-TAATGTGTGTAACTTAATGTGTATTTATTGTGTATGT----AGGTCCCGTTGT-TGA-CGACTGTA--ACAATTGGAGTGTGTGTGTTTTACGTGGACC------------------------------A---AT-----GAATACCTGAGCCAAATAAATGAAAC-TTGAACT-TGTAGTATCTGTGATTGTGTA-TA--TAAAGTGA---ATGTGTATATG-AATTTGTATGTGTTTGTT-CTAAA---TGGGAAACCACCCCGGTCAGCCTGT
gi|4                          :         TGACAGTGTTACATGGTTG-TA-----TA-T-T---TATGT-TCATTT-----AT-T--CGGAAT-AGGACCTCTCCAGTC-G-TACACC-AT-TCAACGGTACCCCT-CGAT---------------------ACCT---------------------CTATCTTTCAAC-CG--TGCCCTAC---ACTAGCACGAGCTTTCAT-AATTCT-----------TTA-AATTTTAAAAAAGACAAGCC----AGGCC-TTCA---GAGGT----GA-------GTACA-TCATTTTGTACTTTACA---------TTT----CTTTTCTCAAT--TTTCC--TC----CTA-----GGAATAA-CTGTTGACTCAGTAATT-TA--ATT--T---TG---TT-GAGAAA-TTATTT--TCTGTATATAGTGAACTTGTT-CATTCTGTATATAG--GTAATTTGAT-TGAGGGAATATGAGCAGAGTGTATTCGTTGGGGCTCTTGTA-TTTT-A--GC-----TAATTGTGAA--ATGATTCA-TAAA-GATT--CTAACAGCTTA--AAGTGTG----T-A----------A---------------ATT------------------ATGTCAATGCAGTTAATTCC--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATGAAAGTAATATTAGTGTAAATTGT-GTAG-----------TAAGCAT-T--TAGT-ACAA-G----T--T-----A--AAGTAAA-CAGTGCTGCCCA--CGTGT-ATTGCATTAGTT--CCCGTAATCAAAATATGACAGACTAATGTGAGTCATTACATTGTATTAATGTGTGTACCTTAATGTGTATTTATTGTGTGTGTATTCACGCCCC---GT-TGACCAATTGTATTG-AATTGGA--GTGTCTATT----GTGGACCAAAC--TAACAGTATGCATTGGATTAACG-A---AC-----GAATACCC-AG--CAAAAGAT-AATA-TTGAACA-TGTAG--TTTGTG--TGTGTA-TA--T-AAGTAAAATATGTGTATATA-AA--TGCTTGT-TTTGTaac
gi|5                          :     caATTGACAGTGTTACATGTTTGCTA---TATA-TGTA--TGT-TCTCAGTT-----AT-CAGCTGTATTAGGACCTCTC--GGC-G-TACACC-CTATCAA-GTTACCCCTGCGAT-AC----T--GTATTTATTC-ATCTGAG-T------------------CTCTTCGAACTCGGTCGCTCTAC-A-ACTAGCACGAGCTT-CA--AATGTT---------T-TTA-AAATTTTAAAAGTATA-CACGTCCACGAC-TTCTT--GAGGG----GA-------GTACA-ACATTT---ACTTTACA--------ATTC----TTGTTCTCATT--TATACGTTC----CTACG---GAA-TAA-CTGT-GACTCAGTATTTGTT--AAT--TATATG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTGA-CTTGTTTTGTT-TGTGTAT-GT-GTA--TTGAT-TGAGGAAATATGAGCAGAGTTTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-CTTT-ATAGTATACATAAT-GTGAATTATCTGTCA-TAAATGATCTACTAACAG--TGGAAAGTGTAAGCTT-ATGTCAACTGCA---------------GTT------------------A---------AGT------C--TCGAGTAAATTAAAATGGTGTAATAAAAATAT-ATTTGTGTAATTTGT-GTAGA----------TAAGCAT-TGTTAGT-ACAAAGT---T-----------AAGTAAAGCAGCGTTG-CCAG-CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAATC-AAATATGGCGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TT-TA-TAAGATGGGTAAGTATTTGTGTATTTATcactttcggatcacggcctgtcag
gi|6                          :      CATTGACAGTGTTACATGTTTG-TA---TATA-G-TA--TGT-T-TCAGCT-----AT-C--CTGTAT-AGGACATCTCTAGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAG-T-------------C-ACT-TCT---AAC-CG--TGCTCTAC-A-ACTAGCACGAGCTT-CAT-AATTCT---------T-TTA-A-GTTTTAAAAGTACA-GAC----ACGAT-CTCT---GAGGT----GA-------GTGCA-ACATTTT--ACCTT-CATTACTTTCATTTTCTTCTTTTCTCAAT--TTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGAGTCAGTATTTGTA--ATT--T---TG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTGAACTGCTTTCGTT-TCTGTACAGT-GTA--TTGAT-TGAGGAAATATGAGCAGAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTTTA--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATGATTCA-TAAATGATT--CTAACAG--TG--ACGTGTG----T-A----------A---------------GTTTTGTCAATGCAATT----A---------AGT------C--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATAAAAATACTATTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-T--TAGT-ACAA-G----T--T-----A--AAGTAAACCAGCGCTG-CCA--CGTGTAATCGCATTAGTT-CCCCGTAATC-AAATATGAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -ACATTTT--ACTTTACA--------ATTT----CTTCTCTCAAT--TTTAAGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTCTTTATA--ATT--T---TG---TTTG---AC-TTATTTCATTTGTATCTAGGGAGCTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAAT-TGAAGAAATAAGAATAGAGTGTATTCATTTGG-CTCTTGTATTTTT-A--GTAT-TAAAAT-GTGAAT-ATAAT--ATTTAGTGATT--CTAACAG--TG--AAGAGTT----TAA----------A---------------GTT------------------AC--------AGC------CAATGCAGT---TTAGTCTTGTGTAATAAAAATGCCATTCGTATAATCTGTGGTAGTATAATTTAAATAAGCAT-T--AAGTAACAA-AA---T--T-----C--AAGTAAGTAAGCGCTG-CCAACCGTGTAATTACATTAGTT-CCCCGTAACT-AGGTATGGTGTACT-ATGTGAGTCATAAC-TTATAGTAATGTGTGTAACTTATTGTGTATTTGTTGTGTATGT----AGGT---AACGT-TGA-CGA
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gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -ACATTTT--ACTTTACA--------ATTT----CTTTCCTTAATATTTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGTTTCAGTATTTGTA--AAT--T---TG---TTTGATAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTACACTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAA-CTGAGGAAATGTGAGTTAAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTTTA--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATGATTCA-TAAATGATT--CTAACAG--TG--AAGT-TG----T-A----------A---------------GTTAAATATGTCAATGCAGTTA---------AAT------C--TCGAGTAAGTTAAAATGGTGTAATGAAAATGCCATTTGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-T--AAGT-ACAA-GT---TAATTTATAA--AAGTAAAGCAGCGCTG-CCA--TGTGGAATTGCATTAGTT-CCCTGTAATT-CAGTATGGCGGACT-ATGTGAGTCa
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Reference ( family-1378 )     :      CATTGACAGTGTTACATGTTTG-TA---AATA-T-T---TGT-T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAT-AGGACCTCTCTAGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAG-TTT-GGGTT----TC-ACTCTCTTCGAAC-CG--TGCTCTACGA-ACTAGCACGGGCTT-CATCAATTTTCTCATTTGGT-TTA-AAGTTTTAAAAGTACA-GAC----ACGAC-TTCT---GAGGT----GA-------GTAAA-ACATTTT--ACTTTACA--------ATTT----CTTTTCTCAAT--TTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATTTGTA--AAT--T---TG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTGAACTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAATCTGAGGAAATATGAGTAGAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTT-A--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATAATTCA-TAAATGATT--CTAACAG--TG--AAGTGTG----T-A----------A---------------GTT------------------A---------AGT------C--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATGAAAATACCATTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-T--TAGT-ACAA-GT---T--T-----A--AAGTAAAGCAGCGCTG-CCA--CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAATT-AAGTATGGCGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTATTAATGTGTGTAACTTAATGTGTATTTATTGTGTATGT----AGGTCCCATTGT-TGA-CGACTGTA--GCAATTGGA--GTGTGTGTTCTACGTGGACCAACC--TAACAGTATGCATTGG----ACGTA---AC-----GAATACCCGAGCCCAAAAGATGAATA-TTGAACA-TGTAGTATCTGTGATTGTGTA-TA--TAAAGTGA---ATGTGTATATG-AACTTGTTTGTGTTTGTT-CTAAA---TGGGAAACCACCCCGGTCAGCCTGT
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgGT----GA-------GTAAA-ACGTTTT--ACTTTATA--------ATTT----ATTTTCTTAAT--TTTACGGTC----CTA-----AGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATTTG-A--AATG-T---TG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTATGTAGATAGTAAACTTGTTTGGTT-TGTATATAGT-GTA--TTAA-CTGTTGAACTATGAATGGAGTGTAGTTGTTTGG-CTCTTGTA-GTTT-g
gi|12                         :                                                                                                                                                                                  AC-CG--TGCTGTAC-A-ACTAACATGAGCTT-CA--AA-------ATTC--T-TTA-AAGTTTTAAAAGTACA-ATC----ACGAC-TTCT---GAGGTGATCGA-------GTAAA-ACATTTT----------------------------------AAT--TTTATGGTCCTAGCTA-----GGA-TAA-CTGCTTACTC----TTTGTACTAATTCT---TGCCTTCTGAGAACTTTATTTCGTTTCTATATt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TATTCTACGTAGACCAACC--TTACAGTATGCATTGA----ATGTA---ACGAACAGAATACCCGAG-CTAAAAGATGAATA-TTGAACA-TGTAGTATTTATG-TTATGTA-CA--TAAAGTGA---AAATGTGTGTA-AATTTGTTTGT-TTTCTT-C---ACTTTGGGAAGCCACCCGGGTCAGCCgt
gi|14                         :       ATT-ACAGTGTTATATGTTTG-T-----ATA-T-TGAATGT-T-TCAGTTCAGCGATAC--CTGTAT-
gi|14                         :                                                                                                                ttaca-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAA-TTT-AGGTT----TC--CGTTCTT----------TGTTCTAC-A-GCTAGCACGGGCTT-CATCATTTTTCTCTTTTGGTATTA-AAGTTTT-AAAGTACA-ttattcacctgaatttaggtttccgttctttgttctacagctagcacgggcttcatcatttttctcttttggtattaaagttttaaagtaca
gi|15                         : ttacaattacagtgttatatgtttgtatattgaatgtttcagttcag-T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAC-TAGACCTCTCTAGTC-A-AACACC-CT-TCCA-GATACCCCT-CGAT-AC---CT--ATATTCATTC-CACAGAGATTA-GGGTTGAAATC-ACTCTCTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              TGTGTATGT----AGGTCC---TGCGTGA-CAATTGTA---TGATTGGA--GTGT----TCTACGTGGAGCAACCAATAACAGTATGCATTGG----ATGTAACGAC-----GAATACCCAAGC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-T--TAGT-ACAA-GT---T--------A--CAGTAAAGCAGCGCTG-CCG--CGTGTAATTGCATTAGTTCCCCCGTAATC-AAATATGACAGACT-ATGTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A-TTGAAC--TGTAGTATCTGTG--TGT-TATTAATTAAAGTAT---ATGTGCATATACAACTTGTTTGT-TTCCTTACT--T---TGGGAAGCCA-CTCAGTCAGCATGT
gi|19                         :                 TTAC--GTTT-------AAT--T-A---TGT-T-TCAGTT-----A--A--CTGAAT-AGG-CCTCTCTAGTC-GGTACACC-AT-TCAA-GGTACCCCT-CGATAAG---TT--GTATCT
gi|2                          :      CATTTACAGTGTTACATGTT-G-TA---AATA-T-T---TGT-T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAT-AGGACCTCTCTAGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-TGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAG-TTT-GGGTT----TC-ACTCTCTTCGAAC-CG--TGTTCTTCGA-ATTAGCACGGGCTT-C-TCAATTTTCTCATTTGGTCTTA-AAGTTTTAAA-GTACA-GAC----ACGAC-TTCT---GAGGT----GA-------GTAAA-ACATTT---ACTTTA----------ATTT----CTTTTCTCAAT--TTTACAGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATT-GTA--AAT--T---TG---TTTGATAAA-TTATTCCGTTTGTATATAGTAAACTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAATCTGAGGAAATATGAGAAAAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTT-A--GTAT-CATAAT-GTTAAT-ATAATTCA-TAA-TGATT--TTAACAG--TG--AAGTGTG----T-A----------A---------------GTT------------------A---------AGT------C--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATGAAAATACCATTAGTGTGATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-C--TAGT-ACAA-GT---T--T-----ATAAAGTAAAGCAGCGCTG-CCA--CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAGTT-TAGTATGGCGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTATTAATGTGTGTAACTTAATGTGTGTTTATTGTGTATGT----AGGTCCCATTGT-TGA-CGACTGTA--GCAATTGGA--GTGTGTGTTCTACGTGGACCAACC--TAACAG--TGCATTGG----ACATA---AC-----GAATACCTGAGCCCAAACGATGAATA-TTGAACA-TGTAGTATCTGTGATTGTGTA-TA--TAAAGTGA---ATGTGTATATG-AACTTGTTTGTGTTTGTT-CTAAA---TGGGAAACCACCCCGGTCAGCCTGTct
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             --TAGT-ACAA-GT---T--------A--AAGTAAAGC---------CA--CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAA
gi|3                          :      cATTTACAGTGTTACATGTTTG-TATAGAGTA-T-C---T---T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAT-AGGACCTCTC-AGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAG-TTTAGGGT-----------CGCTTCGAAC-CG--TGTTCTTCGA-G-TAGCACGGGCTT-CATCA-TTTTCTCATTTGGTCTTA-AAGATTT-AAAGTACA-GAC----ACGAC-TTCT---GAGGT----GA-------GTAAA-ACATTTT--AATTTACA--------ATTT----CTTTCCTTAAT--TTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGTCTCAGTATTTGTA--AAT--T---TG---TTTGATAAA-TTATTTCGTTTGTATACAGTAAACTTGTTTTGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAA-CTGACAAAATGTGAGTAAAGTGTATTCGTTTGG-TTCTTGTA-TATT-A--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATAATTCA-T-TATGATT--CTAACAG--TG--AAGTGTG----T-A----------A---------------GTTATGTCAACGCAGTA----A---------AGT------C--TTGAGTAAACTAAAATGGTGTAACAGAAATACCATTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-C--TAGT-ACAA-G----T--T-----A--AAGTAAAGGAGCGCTG-CCA--CGTGTAATTACATTAGTT-CCCCGTAGTT-TAGTATGGTGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTA-TAATGTGTGTAACTTAATGTGTATTTATTGTGTATGT----AGGTCCCGTTGT-TGA-CGACTGTA--ACAATTGGAGTGTGTGTGTTTTACGTGGACC------------------------------A---AT-----GAATACCTGAGCCAAATAAATGAAAC-TTGAACT-TGTAGTATCTGTGATTGTGTA-TA--TAAAGTGA---ATGTGTATATG-AATTTGTATGTGTTTGTT-CTAAA---TGGGAAACCACCCCGGTCAGCCTGT
gi|4                          :         TGACAGTGTTACATGGTTG-TA-----TA-T-T---TATGT-TCATTT-----AT-T--CGGAAT-AGGACCTCTCCAGTC-G-TACACC-AT-TCAACGGTACCCCT-CGAT---------------------ACCT---------------------CTATCTTTCAAC-CG--TGCCCTAC---ACTAGCACGAGCTTTCAT-AATTCT-----------TTA-AATTTTAAAAAAGACAAGCC----AGGCC-TTCA---GAGGT----GA-------GTACA-TCATTTTGTACTTTACA---------TTT----CTTTTCTCAAT--TTTCC--TC----CTA-----GGAATAA-CTGTTGACTCAGTAATT-TA--ATT--T---TG---TT-GAGAAA-TTATTT--TCTGTATATAGTGAACTTGTT-CATTCTGTATATAG--GTAATTTGAT-TGAGGGAATATGAGCAGAGTGTATTCGTTGGGGCTCTTGTA-TTTT-A--GC-----TAATTGTGAA--ATGATTCA-TAAA-GATT--CTAACAGCTTA--AAGTGTG----T-A----------A---------------ATT------------------ATGTCAATGCAGTTAATTCC--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATGAAAGTAATATTAGTGTAAATTGT-GTAG-----------TAAGCAT-T--TAGT-ACAA-G----T--T-----A--AAGTAAA-CAGTGCTGCCCA--CGTGT-ATTGCATTAGTT--CCCGTAATCAAAATATGACAGACTAATGTGAGTCATTACATTGTATTAATGTGTGTACCTTAATGTGTATTTATTGTGTGTGTATTCACGCCCC---GT-TGACCAATTGTATTG-AATTGGA--GTGTCTATT----GTGGACCAAAC--TAACAGTATGCATTGGATTAACG-A---AC-----GAATACCC-AG--CAAAAGAT-AATA-TTGAACA-TGTAG--TTTGTG--TGTGTA-TA--T-AAGTAAAATATGTGTATATA-AA--TGCTTGT-TTTGTaac
gi|5                          :     caATTGACAGTGTTACATGTTTGCTA---TATA-TGTA--TGT-TCTCAGTT-----AT-CAGCTGTATTAGGACCTCTC--GGC-G-TACACC-CTATCAA-GTTACCCCTGCGAT-AC----T--GTATTTATTC-ATCTGAG-T------------------CTCTTCGAACTCGGTCGCTCTAC-A-ACTAGCACGAGCTT-CA--AATGTT---------T-TTA-AAATTTTAAAAGTATA-CACGTCCACGAC-TTCTT--GAGGG----GA-------GTACA-ACATTT---ACTTTACA--------ATTC----TTGTTCTCATT--TATACGTTC----CTACG---GAA-TAA-CTGT-GACTCAGTATTTGTT--AAT--TATATG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTGA-CTTGTTTTGTT-TGTGTAT-GT-GTA--TTGAT-TGAGGAAATATGAGCAGAGTTTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-CTTT-ATAGTATACATAAT-GTGAATTATCTGTCA-TAAATGATCTACTAACAG--TGGAAAGTGTAAGCTT-ATGTCAACTGCA---------------GTT------------------A---------AGT------C--TCGAGTAAATTAAAATGGTGTAATAAAAATAT-ATTTGTGTAATTTGT-GTAGA----------TAAGCAT-TGTTAGT-ACAAAGT---T-----------AAGTAAAGCAGCGTTG-CCAG-CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAATC-AAATATGGCGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TT-TA-TAAGATGGGTAAGTATTTGTGTATTTATcactttcggatcacggcctgtcag
gi|6                          :      CATTGACAGTGTTACATGTTTG-TA---TATA-G-TA--TGT-T-TCAGCT-----AT-C--CTGTAT-AGGACATCTCTAGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAG-T-------------C-ACT-TCT---AAC-CG--TGCTCTAC-A-ACTAGCACGAGCTT-CAT-AATTCT---------T-TTA-A-GTTTTAAAAGTACA-GAC----ACGAT-CTCT---GAGGT----GA-------GTGCA-ACATTTT--ACCTT-CATTACTTTCATTTTCTTCTTTTCTCAAT--TTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGAGTCAGTATTTGTA--ATT--T---TG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTGAACTGCTTTCGTT-TCTGTACAGT-GTA--TTGAT-TGAGGAAATATGAGCAGAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTTTA--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATGATTCA-TAAATGATT--CTAACAG--TG--ACGTGTG----T-A----------A---------------GTTTTGTCAATGCAATT----A---------AGT------C--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATAAAAATACTATTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-T--TAGT-ACAA-G----T--T-----A--AAGTAAACCAGCGCTG-CCA--CGTGTAATCGCATTAGTT-CCCCGTAATC-AAATATGAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -ACATTTT--ACTTTACA--------ATTT----CTTCTCTCAAT--TTTAAGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTCTTTATA--ATT--T---TG---TTTG---AC-TTATTTCATTTGTATCTAGGGAGCTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAAT-TGAAGAAATAAGAATAGAGTGTATTCATTTGG-CTCTTGTATTTTT-A--GTAT-TAAAAT-GTGAAT-ATAAT--ATTTAGTGATT--CTAACAG--TG--AAGAGTT----TAA----------A---------------GTT------------------AC--------AGC------CAATGCAGT---TTAGTCTTGTGTAATAAAAATGCCATTCGTATAATCTGTGGTAGTATAATTTAAATAAGCAT-T--AAGTAACAA-AA---T--T-----C--AAGTAAGTAAGCGCTG-CCAACCGTGTAATTACATTAGTT-CCCCGTAACT-AGGTATGGTGTACT-ATGTGAGTCATAAC-TTATAGTAATGTGTGTAACTTATTGTGTATTTGTTGTGTATGT----AGGT---AACGT-TGA-CGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAA-ACATTTT--ACTTTACA--------ATTT----CTTTTCTTAAT--TTTACGATC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATTTGTA--A-------------TTTGA---A-TGATTTT-TTT----------------TTTCGTT-TGTATATAGTCATC--TTG--TTGAGGAAATATGAGTAGAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGCA-TTTTTA--ATAT-CAAAAT-GTGAAT-ATAATTTA-TAAATTATT--CTAACTA--CG--AAGTGTA----T-A----------AAGTACTGTCAATGCAGTT------------------G---------AGT------C--TCACGTAAACTAAATTGGTGTAATAAGAATACCAGTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TATGTAT-T--TAGC-ACGA-GT---T--------A--AAGTAAAGCAGTGCTG-TCA--CGTGT-----TATTAGTT-CCTCGTAATT-AGGTATGATGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTATTAAGGTGTGTAACGTAATGTGTATTTGTTGTGTATGC----ATGTCCtagt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -ACATTTT--ACTTTACA--------ATTT----CTTTCCTTAATATTTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGTTTCAGTATTTGTA--AAT--T---TG---TTTGATAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTACACTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAA-CTGAGGAAATGTGAGTTAAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTTTA--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATGATTCA-TAAATGATT--CTAACAG--TG--AAGT-TG----T-A----------A---------------GTTAAATATGTCAATGCAGTTA---------AAT------C--TCGAGTAAGTTAAAATGGTGTAATGAAAATGCCATTTGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCAT-T--AAGT-ACAA-GT---TAATTTATAA--AAGTAAAGCAGCGCTG-CCA--TGTGGAATTGCATTAGTT-CCCTGTAATT-CAGTATGGCGGACT-ATGTGAGTCa


blockSeqs                     :          T                 C ATAGA   . TGAA    G C      CAGCG  A AG      T          T    T G      GC A    C         G    A  TGA  AA          .       A TAGGGTTGAAATCA         C    T  GT        A C              T  TCATTTTTCTCTTTTGGTA   C       A  A     A   GTCC     A    AAC     GATC  TCACGAG     C      TGT      T TTACTTTC    TCTT           AT         CTAG   GCTAC   A   C                    CT A TC ATA  CCT     G   T                                  C          C   AT    TC                                G        T    T TA    A      T      T        T A       TA       CT  GA       AGCT A AGTTAAATATGTCAATGCAGTTA                                     TAATTC AA                                                G    TATAATTTAAA       . GT    A    A TTAATTTATAA                     C   AC                  C          AA             A              A     T                                     ATTC      CAT   G   C        TTG        GT    G    C              AA      TA        ATTA   T ACG  GAACA        G  C              .      A              A       T  AT        AAT           C  T        G      A ACTT   
blockSeqs                     :          T                 . AA      . GTA     . .      .      . .       .          T    . .      C  .    .         .    .  .    .           .       . TTAGGGTTTCA            C    .  .         G .              .  TCAATTTTCTCATTTGGTC   .       A  A     .   .        .    T       .     .           .      T        C .           .              .          .      CG      .   .                    .  A TC .    CCT     G   T                                  .          .   .     C                                 .        .    T .     .      .      .        . A       .        .   .        .    . AAGTACTGTCAATGCAGTTG                                        .      .                                                 .    A                 . .     .    . TTTATA                          .   G                   .          A              .              .     T                                     .         CGT   .   .        GC         .     G    C              .       TA        .      T .    .            A  C              .      A              A       .  .         .             .  C        G      . TAAA   
blockSeqs                     :          G                 . AT      . TA      . .      .      . .       .          T    . .      A  .    .         .    .  .    .           .       . TTGGGTTTCA             C    .  .         G .              .  TCATTTTCTCATTTGGTC    .       A  A     .   .        .    .       .     .           .      T        C .           .              .          .      .       .   .                    .  A G  .    .       G   .                                  .          .   .     C                                 .        .    T .     .      .      .        . A       .        .   .        .    . AGTTATGTCAACGCAGTAA                                         .      .                                                 .    .                 . .     .    . ATTC                            .   .                   .          T              .              .     G                                     .         AA    .   .        AC         .     C    C              .       TA        .      T .    .            G  C              .      T              .       .  .         .             .  C        .      . TAAA   
blockSeqs                     :          G                 . AT      . A       . .      .      . .       .          T    . .      C  .    .         .    .  .    .           .       . TTAGGTTTC              T    .  .         . .              .  AAACTTCT              .       A  A     .   .        .    .       .     .           .      T        C .           .              .          .      .       .   .                    .  A .  .    .       T   .                                  .          .   .     T                                 .        .    . .     .      .      .        . A       .        .   .        .    . AGTTTTGTCAATGCAATTA                                         .      .                                                 .    .                 . .     .    . TTA                             .   .                   .          T              .              .     T                                     .         C     .   .        T          .     .    T              .       .         .      . .    .            G  .              .      A              .       .  .         .             .  T        .      . TT     
blockSeqs                     :          G                 . A       . T       . .      .      . .       .          C    . .      C  .    .         .    .  .    .           .       . TTAGGGT                C    .  .         . .              .  TAATTCTT              .       A  A     .   .        .    .       .     .           .      T        C .           .              .          .      .       .   .                    .  A .  .    .       T   .                                  .          .   .     T                                 .        .    . .     .      .      .        . T       .        .   .        .    . TGTCAACTGCAGTTA                                             .      .                                                 .    .                 . .     .    . TTA                             .   .                   .          A              .              .     .                                     .         .     .   .                              .              .       .         .      . .    .            .  .              .      .              .       .  .         .             .  .        .               
blockSeqs                     :          .                 . A       . C       . .      .      . .       .          T    . .      A  .    .         .    .  .    .           .       . CA                     .    .  .         . .              .  AAATTCT               .       A  A     .   .        .    .       .     .           .      T        C .           .              .          .      .       .   .                    .  T .  .    .       G   .                                  .          .   .     T                                 .        .    . .     .      .      .        . A       .        .   .        .    . AATTATGTCAATGC                                              .      .                                                 .    .                 . .     .    . TTA                             .   .                   .          A              .              .     .                                     .                                                                                                                                                                                                                     
blockSeqs                     :                            . .       . T       . .      .      . .       .          .    . .      C  .    .         .    .  .    .           .       . .                      .    .  .         . .              .  TAATTCT               .       .  A     .   .        .    .       .     .           .      T        C .           .              .          .      .       .   .                    .  A .  .    .       G   .                                  .          .   .     T                                 .        .    . .     .      .      .        . A       .        .   .        .    . AGTTAC                                                      .      .                                                 .    .                 . .     .    . TTA                             .   .                   .          A              .                                                                                                                                                                                                                                                                                
blockSeqs                     :                                                . .      .      . .       .          .    . .      C  .    .         .    .  .    .           .       . .                           .  .         . .              .  AATGTTT               .       .  .     .                         .     .           .      T        C .           .              .          .      .       .   .                    .  T .  .    .       G   .                                  .          .   .     T                                 .        .    . .     .      .      .        . .       .        .   .        .    . AGTTA                                                       .      .                                                 .    .                 . .     .    . TTA                             .   .                   .          A              .                                                                                                                                                                                                                                                                                
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Reference ( family-1378 )     :      CATTGACAGTGTTACATGTTTG-TA---AATA-T-T---TGT-T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAT-AGGACCTCTCTAGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAGTTTAGGGTT----TC-ACTCTCTTCGAAC-CG--TGCTCTACGA-ACTAGCACGGGCTT-CATAA---TTCTCT--TTT----TTAAAGTTTTAAAAGTACA-GAC----ACGAC-TTCT---GAGGT----GA-------GTAAA-ACATTTT--ACTTTACA--------ATTT----CTTTTCTCAAT--TTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATTTGTA--AAT--T---TG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTGAACTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAAT-TGAGGAAATATGAGTAGAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTT-A--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATAATTCA-TAAATGATT--CTAACAG--TG--AAGTGTG----T-A----------A---------------GTT------------------A---------AGT------C--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATGAAAATACCATTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCATT--T-AGT-AC-AA-GTT--------AAAGTAAAGCAGCGCTG-CCA--CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAATT-AAGTATGGCGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTATTAATGTGTGTAACTTAATGTGTATTTATTGTGTATGT----AGGTCCCATTGT-TGA-CGACTGTA--GCAATTGGA--GTGTGTGTTCTACGTGGACCAACC--TAACAGTATGCATTGG----ACGTA---AC-----GAATACCCGAGCCCAAAAGATGAATA-TTGAACA-TGTAGTATCTGTGATTGTGTA-TA--TAAAGTGA---ATGTGTATATG-AACTTGTTTGTGTTTGTT-CTAAA---TGGGAAACCACCCCGGTCAGCCTGT
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gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgGT----GA-------GTAAA-ACGTTTT--ACTTTATA--------ATTT----ATTTTCTTAAT--TTTACGGTC----CTA-----AGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATTTG-A--AATG-T---TG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTATGTAGATAGTAAACTTGTTTGGTT-TGTATATAGT-GTA--TTAAC-TGTTGAACTATGAATGGAGTGTAGTTGTTTGG-CTCTTGTA-GTTT-g
gi|12                         :                                                                                                                                                                                 AC-CG--TGCTGTAC-A-ACTAACATGAGCTT-CAAAA---TTCT-----------TTAAAGTTTTAAAAGTACA-ATC----ACGAC-TTCT---GAGGTGATCGA-------GTAAA-ACATTTT----------------------------------AAT--TTTATGGTCCTAGCTA-----GGA-TAA-CTGCTTACTC----TTTGTACTAATTCT---TGCCTTCTGAGAACTTTATTTCGTTTCTATATt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  TATTCTACGTAGACCAACC--TTACAGTATGCATTGA----ATGTA---ACGAACAGAATACCCGAG-CTAAAAGATGAATA-TTGAACA-TGTAGTATTTATG-TTATGTA-CA--TAAAGTGA---AAATGTGTGTA-AATTTGTTTGT-TTTCTT-C---ACTTTGGGAAGCCACCCGGGTCAGCCgt
gi|14                         :       ATT-ACAGTGTTATATGTTTG-T-----ATA-T-TGAATGT-T-TCAGTTCAGCGATAC--CTGTAT-
gi|14                         :                                                                                                                ttaca-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAATTTA-GGTT----TC--CGTTCTT----------TGTTCTAC-A-GCTAGCACGGGCTT-CATCATTTTTCTCT--TTTGGTATTAAAGTTTT-AAAGTACA-ttattcacctgaatttaggtttccgttctttgttctacagctagcacgggcttcatcatttttctcttttggtattaaagttttaaagtaca
gi|15                         : ttacaattacagtgttatatgtttgtatattgaatgtttcagttcag-T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAC-TAGACCTCTCTAGTC-A-AACACC-CT-TCCA-GATACCCCT-CGAT-AC---CT--ATATTCATTC-CACAGAGATTAGGGTTGAAATC-ACTCTCTT
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TGTGTATGT----AGGTCC---TGCGTGA-CAATTGTA---TGATTGGA--GTGT----TCTACGTGGAGCAACCAATAACAGTATGCATTGG----ATGTAACGAC-----GAATACCCAAGC
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              ATTTGT-GTAG-----------TAAGCATT--T-AGT-AC-AA-GTT--------ACAGTAAAGCAGCGCTG-CCG--CGTGTAATTGCATTAGTTCCCCCGTAATC-AAATATGACAGACT-ATGTG
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   A-TTGAAC--TGTAGTATCTGTG--TGT-TATTAATTAAAGTAT---ATGTGCATATACAACTTGTTTGT-TTCCTTACT--T---TGGGAAGCCA-CTCAGTCAGCATGT
gi|19                         :                 TTAC--GTTT-------AAT--T-A---TGT-T-TCAGTT-----A--A--CTGAAT-AGG-CCTCTCTAGTC-GGTACACC-AT-TCAA-GGTACCCCT-CGATAAG---TT--GTATCT
gi|2                          :      CATTTACAGTGTTACATGTT-G-TA---AATA-T-T---TGT-T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAT-AGGACCTCTCTAGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-TGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAGTTT-GGGTT----TC-ACTCTCTTCGAAC-CG--TGTTCTTCGA-ATTAGCACGGGCTT-CTCAA---TTTTCTCATTTGGTCTTAAAGTTTTAAA-GTACA-GAC----ACGAC-TTCT---GAGGT----GA-------GTAAA-ACATTT---ACTTTA----------ATTT----CTTTTCTCAAT--TTTACAGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATT-GTA--AAT--T---TG---TTTGATAAA-TTATTCCGTTTGTATATAGTAAACTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAATCTGAGGAAATATGAGAAAAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTT-A--GTAT-CATAAT-GTTAAT-ATAATTCA-TAA-TGATT--TTAACAG--TG--AAGTGTG----T-A----------A---------------GTT------------------A---------AGT------C--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATGAAAATACCATTAGTGTGATTTGT-GTAG-----------TAAGCATC--T-AGT-AC-AA-GTTTAT-----AAAGTAAAGCAGCGCTG-CCA--CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAGTT-TAGTATGGCGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTATTAATGTGTGTAACTTAATGTGTGTTTATTGTGTATGT----AGGTCCCATTGT-TGA-CGACTGTA--GCAATTGGA--GTGTGTGTTCTACGTGGACCAACC--TAACAG--TGCATTGG----ACATA---AC-----GAATACCTGAGCCCAAACGATGAATA-TTGAACA-TGTAGTATCTGTGATTGTGTA-TA--TAAAGTGA---ATGTGTATATG-AACTTGTTTGTGTTTGTT-CTAAA---TGGGAAACCACCCCGGTCAGCCTGTct
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            --T-AGT-AC-AA-GTT--------AAAGTAAAGC---------CA--CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAA
gi|3                          :      cATTTACAGTGTTACATGTTTG-TATAGAGTA-T-C---T---T-TCAGTT-----AT-C--CTGTAT-AGGACCTCTC-AGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAGTTTAGGGT-----------CGCTTCGAAC-CG--TGTTCTTCGA-G-TAGCACGGGCTT-CATCA---TTTTCTCATTTGGTCTTAAAGATTTAAA-GTACA-GAC----ACGAC-TTCT---GAGGT----GA-------GTAAA-ACATTTT--AATTTACA--------ATTT----CTTTCCTTAAT--TTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGTCTCAGTATTTGTA--AAT--T---TG---TTTGATAAA-TTATTTCGTTTGTATACAGTAAACTTGTTTTGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAAC-TGACAAAATGTGAGTAAAGTGTATTCGTTTGG-TTCTTGTA-TATT-A--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATAATTCA-T-TATGATT--CTAACAG--TG--AAGTGTG----T-A----------A---------------GTTATGTCAACGCAGTA----A---------AGT------C--TTGAGTAAACTAAAATGGTGTAACAGAAATACCATTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCATC--T-AGT-AC-AA-GTT--------AAAGTAAAGGAGCGCTG-CCA--CGTGTAATTACATTAGTT-CCCCGTAGTT-TAGTATGGTGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTA-TAATGTGTGTAACTTAATGTGTATTTATTGTGTATGT----AGGTCCCGTTGT-TGA-CGACTGTA--ACAATTGGAGTGTGTGTGTTTTACGTGGACC------------------------------A---AT-----GAATACCTGAGCCAAATAAATGAAAC-TTGAACT-TGTAGTATCTGTGATTGTGTA-TA--TAAAGTGA---ATGTGTATATG-AATTTGTATGTGTTTGTT-CTAAA---TGGGAAACCACCCCGGTCAGCCTGT
gi|4                          :         TGACAGTGTTACATGGTTG-TA-----TA-T-T---TATGT-TCATTT-----AT-T--CGGAAT-AGGACCTCTCCAGTC-G-TACACC-AT-TCAACGGTACCCCT-CGAT---------------------ACCT--------------------CTATCTTTCAAC-CG--TGCCCTAC---ACTAGCACGAGCTTTCATAA---TTCT-----------TTAAATTTTAAAAAAGACAAGCC----AGGCC-TTCA---GAGGT----GA-------GTACA-TCATTTTGTACTTTACA---------TTT----CTTTTCTCAAT--TTTCC--TC----CTA-----GGAATAA-CTGTTGACTCAGTAATT-TA--ATT--T---TG---TT-GAGAAA-TTATTT--TCTGTATATAGTGAACTTGTT-CATTCTGTATATAG--GTAATTTGAT-TGAGGGAATATGAGCAGAGTGTATTCGTTGGGGCTCTTGTA-TTTT-A--GC-----TAATTGTGAA--ATGATTCA-TAAA-GATT--CTAACAGCTTA--AAGTGTG----T-A----------A---------------ATT------------------ATGTCAATGCAGTTAATTCC--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATGAAAGTAATATTAGTGTAAATTGT-GTAG-----------TAAGCATT--T-AGT-AC-AA-GTT--------AAAGTAAA-CAGTGCTGCCCA--CGTGT-ATTGCATTAGTT--CCCGTAATCAAAATATGACAGACTAATGTGAGTCATTACATTGTATTAATGTGTGTACCTTAATGTGTATTTATTGTGTGTGTATTCACGCCCC---GT-TGACCAATTGTATTG-AATTGGA--GTGTCTATT----GTGGACCAAAC--TAACAGTATGCATTGGATTAACG-A---AC-----GAATACCC-AG--CAAAAGAT-AATA-TTGAACA-TGTAG--TTTGTG--TGTGTA-TA--T-AAGTAAAATATGTGTATATA-AA--TGCTTGT-TTTGTaac
gi|5                          :     caATTGACAGTGTTACATGTTTGCTA---TATA-TGTA--TGT-TCTCAGTT-----AT-CAGCTGTATTAGGACCTCTC--GGC-G-TACACC-CTATCAA-GTTACCCCTGCGAT-AC----T--GTATTTATTC-ATCTGAGT------------------CTCTTCGAACTCGGTCGCTCTAC-A-ACTAGCACGAGCTT-CA-AA---TG------TTT----TTAAAATTTTAAAAGTATA-CACGTCCACGAC-TTCTT--GAGGG----GA-------GTACA-ACATTT---ACTTTACA--------ATTC----TTGTTCTCATT--TATACGTTC----CTACG---GAA-TAA-CTGT-GACTCAGTATTTGTT--AAT--TATATG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTGA-CTTGTTTTGTT-TGTGTAT-GT-GTA--TTGAT-TGAGGAAATATGAGCAGAGTTTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-CTTT-ATAGTATACATAAT-GTGAATTATCTGTCA-TAAATGATCTACTAACAG--TGGAAAGTGTAAGCTT-ATGTCAACTGCA---------------GTT------------------A---------AGT------C--TCGAGTAAATTAAAATGGTGTAATAAAAATAT-ATTTGTGTAATTTGT-GTAGA----------TAAGCATTGTT-AGT-AC-AAAGTT--------AA-GTAAAGCAGCGTTG-CCAG-CGTGTAATTGCATTAGTT-CCCCGTAATC-AAATATGGCGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TT-TA-TAAGATGGGTAAGTATTTGTGTATTTATcactttcggatcacggcctgtcag
gi|6                          :      CATTGACAGTGTTACATGTTTG-TA---TATA-G-TA--TGT-T-TCAGCT-----AT-C--CTGTAT-AGGACATCTCTAGTC-G-TACACC-CT-TCAA-GGTACCCCT-CGAT-AC---CT--GTATTTATTC-ACCTGAGT-------------C-ACT-TCT---AAC-CG--TGCTCTAC-A-ACTAGCACGAGCTT-CATAA---TTCTTT--T---------AAGTTTTAAAAGTACA-GAC----ACGAT-CTCT---GAGGT----GA-------GTGCA-ACATTTT--ACCTT-CATTACTTTCATTTTCTTCTTTTCTCAAT--TTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGAGTCAGTATTTGTA--ATT--T---TG---TTTGAGAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTGAACTGCTTTCGTT-TCTGTACAGT-GTA--TTGAT-TGAGGAAATATGAGCAGAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTTTA--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATGATTCA-TAAATGATT--CTAACAG--TG--ACGTGTG----T-A----------A---------------GTTTTGTCAATGCAATT----A---------AGT------C--TCGAGTAAACTAAAATGGTGTAATAAAAATACTATTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCATT--T-AGT-AC-AA-GTT--------AAAGTAAACCAGCGCTG-CCA--CGTGTAATCGCATTAGTT-CCCCGTAATC-AAATATGAC
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -ACATTTT--ACTTTACA--------ATTT----CTTCTCTCAAT--TTTAAGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTCTTTATA--ATT--T---TG---TTTGAC----TTATTTCATTTGTATCTAGGGAGCTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAAT-TGAAGAAATAAGAATAGAGTGTATTCATTTGG-CTCTTGTATTTTT-A--GTAT-TAAAAT-GTGAAT-ATAAT--ATTTAGTGATT--CTAACAG--TG--AAGAGTT----TAA----------A---------------GTT------------------AC--------AGC------CAATGCAGT---TTAGTCTTGTGTAATAAAAATGCCATTCGTATAATCTGTGGTAGTATAATTTAAATAAGCATT--A-AGTAACAAA-ATT--------CAAGTAAGTAAGCGCTG-CCAACCGTGTAATTACATTAGTT-CCCCGTAACT-AGGTATGGTGTACT-ATGTGAGTCATAAC-TTATAGTAATGTGTGTAACTTATTGTGTATTTGTTGTGTATGT----AGGT---AACGT-TGA-CGA
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     AAA-ACATTTT--ACTTTACA--------ATTT----CTTTTCTTAAT--TTTACGATC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGACTCAGTATTTGTA--A-------------TTTGA---A-TGATTTT-TTT----------------TTTCGTT-TGTATATAGTCATC--TTG-T-TGAGGAAATATGAGTAGAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGCA-TTTTTA--ATAT-CAAAAT-GTGAAT-ATAATTTA-TAAATTATT--CTAACTA--CG--AAGTGTA----T-A----------AAGTACTGTCAATGCAGTT------------------G---------AGT------C--TCACGTAAACTAAATTGGTGTAATAAGAATACCAGTAGTGTAATTTGT-GTAG-----------TATGTATT--T-AGC-AC-GA-GTT--------AAAGTAAAGCAGTGCTG-TCA--CGTGT-----TATTAGTT-CCTCGTAATT-AGGTATGATGGACT-ATGTGAGTCATAAC-TTGTATTAAGGTGTGTAACGTAATGTGTATTTGTTGTGTATGC----ATGTCCtagt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -ACATTTT--ACTTTACA--------ATTT----CTTTCCTTAATATTTTACGGTC----CTA-----GGA-TAA-CTGTTGTTTCAGTATTTGTA--AAT--T---TG---TTTGATAAA-TTATTTCGTTTGTATATAGTACACTTGTTTCGTT-TGTGTATAGT-GTA--TTAAC-TGAGGAAATGTGAGTTAAGTGTATTCGTTTGG-CTCTTGTA-TTTTTA--GTAT-CATAAT-GTGAAT-ATGATTCA-TAAATGATT--CTAACAG--TG--AAGT-TG----T-A----------A---------------GTTAAATATGTCAATGCAGTTA---------AAT------C--TCGAGTAAGTTAAAATGGTGTAATGAAAATGCCATTTGTGTAATTTGT-GTAG-----------TAAGCATT--A-AGT-AC-AA-GTTAATTTATAAAAGTAAAGCAGCGCTG-CCA--TGTGGAATTGCATTAGTT-CCCTGTAATT-CAGTATGGCGGACT-ATGTGAGTCa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): ACACCAGCATTATTATTCTCAGGAAGCGTATCAGATCCATATATACTATACACATGGCTG