lowQualScore                  :                                                              777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777                                                                 
lowQualScore                  :     3   3  2 2 2   77       444  2  66  33 2     6    55     111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111  2  2     4 2 2 2  22   2  2  2 2  55555 6666 2  2    2         
lowQualScore                  :     .   .  . . .   ..       ...  .  ..  .. .     .    ..     .....................................................................  .  .     . . . .  ..   .  .  . .  ..... .... .  .    .         
lowQualScore                  :     6   1  9 9 9   22       444  5  55  22 4     3    00     999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999  1  1     2 1 1 1  99   1  1  2 2  66666 2222 4  7    7         
consensus                     : CGTT-TGT-GG-T-C-ATC-ACATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GCTTA---------CC-A------------T-A-T---T--TGTTG-T----TGTG--C--TTT-----T---ACA-TG-CTCTA-T-G-T-AC--TTT-CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACA
Reference ( gi|4 )            : CGTT-TGT-GG-T-C-ATC-GCATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GCTTA--ATG----CC-A------------T-A-T---T--TGTTG-T----TGTG--C--TTTAA--AT---ACA-TG-CTCTA-T-G-T-AC--TTT-CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACA
gi|13                         : CGTT-TGT-GG-A-A-ATC-ACATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCA-AATC--GCTTA---------CC-A------------T-T-T---T--TTTTA-T----TGTG--C--TT------T---ACA-TG-CTCTA-T-G-T-AC--TTT-CC-TC-C-TA-----C-A--
gi|9                          : CGTT-TGT-GG-T-T-ATC-ACAAGTTT---AA-TT--TA--C-GTGCC-AATT--GCTTA---------CC-A------------T-A-T---T--TTTTG-C----TGTG--C--T-------------------TCTA-T-G-T-AC--TTT-CC-TC-C-TA-----T----A-TT-ACCG-GGACACAC
gi|5                          : CGTT-TAT-GG-T-A-TTC-ACATGTTT---AA-TT--TG----GCGCCAAATC--GCTTA---------CCAA------------T-A-T---TTATGTTG------TGTG--C--TT------T---ACA-TGTCTCTA-T-G-T-ACATTCT-CC-TG-C-TA-----C----A-TT-ACCG-GAGCACACgt
gi|1                          : CGTC-TGT-GG-T-C-ATC-ACATGTTT---AA-TT--TG--C-GTGCC-AATC--GCTCACCATGATCACC-ATATTTCAAATATT-A-T---T--TTTTG-T----TGTT--C--TT------T---ACA-TG---CTA-------A----TT-CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-TCCG-GAGCACACAgt
gi|12                         : CGTT-TGT-GG-C-C-A----CA-ATTT---AA-TT---G--C-GCGCC-AATG--GCTTA---------CC-A------------T-A-T---T----TTG-T----TGTG--C--TT------T---ACA-T--CTGTACT-G-T-AC---TT-CC-TC-C-TA-----A-A--A-T---CCC-GAGCACt
gi|8                          :  GTT-T-T-GG-T-C-ATC-ACATGTT----AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GCTTA---------CC-A------------T-A-T---T--TGTTG-T----TGTG--C--TT-----AC---AGA--G-CTCTA-T---T-AC--TTT-CCGTC-T-TA-----C-A--A-AT-ACCG-GGACACACcac
gi|6                          :  GTT-TGT-GG-T-C-ACCAGCATGTTTTATAA-TT--TG--C-ACGCC-AATC--ACTTA---------CC-A------------T-A-----T--TGTTGTT----TGTG--C--TT------T---ACA-TG-CTCTATT-GTT-AC--TTT-CC-T--C-TA-----C-A--A-TT-G-TG-GAGCACACgtg
gi|2                          :  GTT-TGT-GGGT-CGATC-ACATGTTT---AATTT--TG--C-GCGCCAAATCAGGCTT----TA----CC-A------------TCA-T--------TTG-T----TGTG--C--TTT----AT----CA-TG-CTCTA-T-G-TAAC--TTT-TC-TCAC-TAGATCTC-A--A-TT-ACCGCGAGCACACgt
gi|3                          :  GTTATGTAGG-T-C--TC-A-ACGTTT---AA-TTGTTG--CCGCGCCCAATCC-GCT----A-------C-A------------T-AAT---T--TGT-G-T----TGTGAGC--TTTAC--ATGTAACA-TG-CTCTA-T-G-T-AC--TTT-CC--C-C-TA-----CAA--A-TT-ACCG-GGGCACACgt
gi|21                         :  GTT-TGT-GG-T-C-AAC-ACATGTTC---AA-TT--TG--C-ACACC-AATC--GCTTA---------CC-A------------T-A-T---T--gt
gi|7                          :   TT-TGT-GG-T-C-ATC-GCATGTAT---AA-TT--TG--C-GCGCC-ATTC--GCTTA---------CC-A------------T-A-T---T--TGTTA-TTGTGTGTG--C--TT------T---ACA-TA-CTCTA-T-G-T-AC--TTT-CC-TC-C-TA-----C-AC-ATTT-ACCA-GAGCA
gi|14                         :        T-GG-TGC-ATC-ACATGTTT---AA-TT--TG--C-ACGCC-AATC--CCTTA---------CC-A------------C-A-T---G--TGTTG-T----TGTG--CGGTTTA----------A-TG--TCTT-T-A-T-AC--TTT-CC-TC-C-TA-----C-A--A-
gi|15                         :      gtt-GG-T-C-AAC-ACATGTTG---AA-TTCTTGAAC-GCGCC-AA-C--GCTTA----------C-A------------T-A-T--------TTG-T----TGTG--C--T-------T---ACA-GC-CTCTA-TGG-T-AC--TTTCCC-TC-C-TA-----C-A--A-a
gi|10                         :           G-T-C-ATC-ACATGTTT---AA-TT--TG--C-TCGCC-AATC--GCTAA--A------CC-A------------T-A-T---T--TGTTG-T-------G--C--TT-----A----ACA-TG-CTCTA-T-G-T-AC--TTT-CC-TC-C-TC-----C-A--A-AT-ACCG-GAGCACACat
gi|11                         :                          TTT---TA-TT--TG--C-GC-CG-AATC--GCTTC--A-------C-A------------T-A-T---TA-TGTTG-T----TTGG--C--TTTG---------CA-TG-CCTTA-T-G-T-AC--TTT-CC-TC-CATA-----T-A--T-TTCACCG-GAGgt
gi|20                         :                 tatgtgtataaT---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GCTTA---------CC-A------------C-A-T----------------------------------T---ACA-TG-CTCTA-T-G-T-AC--TTT-CC-acg
gi|16                         :                                     --TG--C-GCGCC-AATC--ACTTA---------CC-A------------T-A-T---T--TGTTG-T----TGTG--T--CGTA------------TG-CTCTA-T-G-T-AC--TTT-CC-TC-C-TA-----C-A--A-AT-ACTG-GAGCACAC
gi|18                         :                                              CACC-AACC--GCTTA---------CC-A------------T----------CG--G-T----TCTG-----TTTAATGAT---GTAGTG-CTTTA-C-A-T---------CC-TC-C-TA-----C-T--A-TT-ACCG-GAGCACACgt
gi|17                         :                                                  -AATC--GCTTA---------CC-A------------T-A-TAAAT--T--TG-T----TGTG--C--TTTA---------CA-TG-CTGTG-T-G-T-AC--TTT-CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACgt
gi|19                         :                                                                                                       -T----TGTG--C--TTTA---------CA-TG-CTCTA-T-G-T-AC--TCT-CC-TC-C-TA-----C-GATA-TT-ACCG-GAGCACACgt





Alignments
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lowQualScore                  :                3   2  2 2 2    2       444   33 33 2 33 2     4  2  44    2 555  2  99999999999999999999999999999     2     33333333333333  2   2 2     4 2 2 2  22   6666  2  2 2  55555 5555 2  2    2         
lowQualScore                  :                .   .  . . .    .       ...   .. .. . .. .     .  .  ..    . ...  .  .............................     .     ..............  .   . .     . . . .  ..   ....  .  . .  ..... .... .  .    .         
lowQualScore                  :                3   9  7 7 7    7       111   22 11 2 11 2     0  0  88    0 555  0  44444444444444444444444444444     0     77777777777777  0   0 0     0 0 0 0  88   2222  0  1 1  33333 4444 2  5    5         
consensus                     :            CGTT-TGT-GG-T-C-ATCA-CATGTTT---AAT--T--T-G--C-GCGCC-AA-TC--GCTT-A---CC-AT---------A------------T---T--TGTTG-TTGTG--C----TT-----TA-CAT-G-CTCTA-T-G-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACA
Reference ( family-1373 )     :            CGTT-TGT-GG-T-C-ATCA-CATGTTT---AAT--T--T-G--C-GCGCC-AA-TC--GCTT-A---CC-AT---------A------------T---T--TGTTG-TTGTG--C---TTT-----TA-CAT-G-CTCTA-T-G-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACA
gi|1                          :            CGTC-TGT-GG-T-C-ATCA-CATGTTT---AAT--T--T-G--C-GTGCC-AA-TC--GCTC-A---CC-ATGATCACCATATTTCAAATATTAT---T--TTTTG-TTGTT--C----TT-----TA-CAT-G---CTA-------A----TT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-TCCG-GAGCACACA
gi|10                         :                      G-T-C-ATCA-CATGTTT---AAT--T--T-G--C-TCGCC-AA-TC--GCTA-AA--CC-AT---------A------------T---T--TGTTG-T---G--C---TTA------A-CAT-G-CTCTA-T-G-T-AC--TTT----CC-TC-C-TC-----C-A--A-AT-ACCG-GAGCACACt
gi|11                         :                                     TTT---TAT--T--T-G--C-GC-CG-AA-TC--GCTT-C---AC-AT---------A------------T---TA-TGTTG-TT-TG--G---CTT-----TG-CAT-G-CCTTA-T-G-T-AC--TTT----CC-TC-CATA-----T-A--T-TTCACCG-GAGgt
gi|12                         : tatgtgtataaCGTT-TGT-GG-C-C-A----CA-ATTT---AAT--T----G--C-GCGCC-AA-TG--GCTT-A---CC-AT---------A------------T---T----TTG-TTGTG--C----TT-----TA-CAT---CTGTACT-G-T-AC---TT----CC-TC-C-TA-----A-A--A-T---CCC-GAGCACacg
gi|13                         :            CGTT-TGT-GG-A-A-ATCA-CATGTTT---AAT--T--T-G--C-GCGCA-AA-TC--GCTT-A---CC-AT---------T------------T---T--TTTTA-TTGTG--C----TT-----TA-CAT-G-CTCTA-T-G-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--cac
gi|14                         :                   T-GG-TGC-ATCA-CATGTTT---AAT--T--T-G--C-ACGCC-AA-TC--CCTT-A---CC-AC---------A------------T---G--TGTTG-TTGTG--CG--GTT-----TA--AT-G--TCTT-T-A-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-
gi|15                         :                 gtt-GG-T-C-AACA-CATGTTG---AATTCT--T-GAAC-GCGCC-AA--C--GCTT-A----C-AT---------A------------T--------TTG-TTGTG--C-----T-----TA-CAG-C-CTCTA-TGG-T-AC--TTTC---CC-TC-C-TA-----C-A--A-a
gi|16                         :                                                 --T-G--C-GCGCC-AA-TC--ACTT-A---CC-AT---------A------------T---T--TGTTG-TTGTG--------T-----CG-TAT-G-CTCTA-T-G-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-AT-ACTG-GAGCACACat
gi|17                         :                                                               -AA-TC--GCTT-A---CC-AT---------A------------TAAAT----TTG-TTGTG--C----TT-----TA-CAT-G-CTGTG-T-G-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACgt
gi|18                         :                                                           CACC-AA-CC--GCTT-A---CC-AT-----------------------------CG--G-TTCTG-------TT-----TA--AT-G-ATGTA---G-T-GC--TTTACATCC-TC-C-TA-----C-T--A-TT-ACCG-GAGCACACgt
gi|19                         :                                                                                                                       -TTGTG--C---TTT------A-CAT-G-CTCTA-T-G-T-AC--TCT----CC-TC-C-TA-----C-GATA-TT-ACCG-GAGCACACgt
gi|2                          :             GTT-TGT-GGGT-CGATCA-CATGTTT---AAT--T--TTG--C-GCGCC-AAATCAGGCTTTA---CC-ATC--------A------------T---T--TGT----TGTG--C---TTT-----AT-CAT-G-CTCTA-T-G-TAAC--TTT----TC-TCAC-TAGATCTC-A--A-TT-ACCGCGAGCACACgt
gi|20                         :                                       T---AAT--T--T-G--C-GCGCC-AA-TC--GCTT-A---CC-AC---------A--------------------------------------T-----TA-CAT-G-CTCTA-T-G-T-AC--TTT----CC-gt
gi|21                         :             GTT-TGT-GG-T-C-AACA-CATGTTC---AAT--T--T-G--C-ACACC-AA-TC--GCTT-A---CC-AT---------A------------T---T--
gi|3                          :             GTTATGTAGG-T-C--TCA--ACGTTT---AAT--TGTT-G--CCGCGCCCAA-TCC-GCT--A---C--AT---------AA-----------T---T--TGT-G-TTGTGAGC---TTTACATGTAACAT-G-CTCTA-T-G-T-AC--TTT----CC--C-C-TA-----CAA--A-TT-ACCG-GGGCACAC
gi|4                          :            CGTT-TGT-GG-T-C-ATCG-CATGTTT---AAT--T--T-G--C-GCGCC-AA-TC--GCTT-AATGCC-AT---------A------------T---T--TGTTG-TTGTG--C---TTTAAA--TA-CAT-G-CTCTA-T-G-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACAgt
gi|5                          :            CGTT-TAT-GG-T-A-TTCA-CATGTTT---AAT--T--T-G----GCGCCAAA-TC--GCTT-A---CCAAT---------A------------T---TTATGTTG--TGTG--C----TT-----TA-CAT-GTCTCTA-T-G-T-ACATTCT----CC-TG-C-TA-----C----A-TT-ACCG-GAGCACAC
gi|6                          :             GTT-TGT-GG-T-C-ACCAGCATGTTTTATAAT--T--T-G--C-ACGCC-AA-TC--ACTT-A---CC-AT---------A----------------T--TGTTGTTTGTG--C----TT-----TA-CAT-G-CTCTATT-GTT-AC--TTT----CC-T--C-TA-----C-A--A-TT-G-TG-GAGCACACgt
gi|7                          :              TT-TGT-GG-T-C-ATCG-CATGTAT---AAT--T--T-G--C-GCGCC-AT-TC--GCTT-A---CC-AT---------A------------T---T--TGTTA-TTGTG--TGTGCTT-----TA-CAT-A-CTCTA-T-G-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-AC-ATTT-ACCA-GAGCAgt
gi|8                          :             GTT-T-T-GG-T-C-ATCA-CATGTT----AAT--T--T-G--C-GCGCC-AA-TC--GCTT-A---CC-AT---------A------------T---T--TGTTG-TTGTG--C-----T-----TA-CAGAG-CTCTA-T---T-AC--TTT----CCGTC-T-TA-----C-A--A-AT-ACCG-GGACACAC
gi|9                          :            CGTT-TGT-GG-T-T-ATCA-CAAGTTT---AAT--T--T-A--C-GTGCC-AA-TT--GCTT-A---CC-AT---------A------------T---T--TTTTG-CTGTG--C---T-----------------TCTA-T-G-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----T----A-TT-ACCG-GGACACACgtg





Alignments
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lowQualScore                  :                3   2  2 2 2    2       444  2  66  33 2     6    44  2   555  2  7777777777777777777777 555555 0    4444 2   22 22    6666   8888888 2     4  4 2  22   4444  4  2 2  55555 5555 2  2    2         
lowQualScore                  :                .   .  . . .    .       ...  .  ..  .. .     .    ..  .   ...  .  ...................... ...... .    .... .   .. ..    ....   ....... .     .  . .  ..   ....  .  . .  ..... .... .  .    .         
lowQualScore                  :                3   9  7 7 7    7       111  4  11  11 2     0    88  0   555  0  0000000000000000000000 333333 5    2222 0   88 88    2222   5555555 0     0  0 0  88   2222  0  1 1  33333 4444 2  5    5         
consensus                     :            CGTT-TGT-GG-T-C-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACA
Reference ( family-1373 )     :            CGTT-TGT-GG-T-C-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACA
gi|1                          :            CGTC-TGT-GG-T-C-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GTGCC-AATC--GC-TCA---CC-ATGATCACCATATTTCAAATATTAT---T--TTTTGT----T-GTT--C--TTTA----CAT-------G---CTA------A----TT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-TCCG-GAGCACACA
gi|10                         :                      G-T-C-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-TCGCC-AATC--GC-TAAA--CC-AT---------A------------T---T--TGT-------T-GTG--C--TTAA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TC-----C-A--A-AT-ACCG-GAGCACACt
gi|11                         :                                     TTT---TA-TT--TG--C-GC-CG-AATC--GC-TTC---AC-AT---------A------------T---TA-TGTTGT----T-TGG--C--TTTG----CAT-------G-CCTTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-CATA-----T-A--T-TTCACCG-GAGgt
gi|12                         : tatgtgtataaCGTT-TGT-GG-C-C-A----CA-ATTT---AA-TT---G--C-GCGCC-AATG--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T----TTGT----T-GTG--C--TTTA----CAT---------CTGTACTG-T-AC---TT----CC-TC-C-TA-----A-A--A-T---CCC-GAGCACacg
gi|13                         :            CGTT-TGT-GG-A-A-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCA-AATC--GC-TTA---CC-AT---------T------------T---T--TTTTAT----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--cac
gi|14                         :                   T-GG-TGC-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-ACGCC-AATC--CC-TTA---CC-AC---------A------------T---G--TGTTGT----T-GTG--CGGTTTA-----AT-------G--TCTT-TA-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-
gi|15                         :                 gtt-GG-T-C-AACA-CATGTTG---AA-TTCTTGAAC-GCGCC-AA-C--GC-TTA---C--AT---------A------------T---T--TGTTGT--------G--C--TT-A----CAG-------C-CTCTA-TGGT-AC--TTT----CCCTC-C-TA-----C-A--A-a
gi|16                         :                                                --TG--C-GCGCC-AATC--AC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG------TCG----TAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-AT-ACTG-GAGCACACat
gi|17                         :                                                             -AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------TAAAT--T--TGT----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTGTG-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACgt
gi|18                         :                                                         CACC-AACC--GC-TTA---CC-AT-----------------------------CG--GT----T-CTG-----TTTA-----AT-------G-ATGTA--G-T-GC--TTTACATCC-TC-C-TA-----C-T--A-TT-ACCG-GAGCACACgt
gi|19                         :                                                                                                                    T----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TCT----CC-TC-C-TA-----C-GATA-TT-ACCG-GAGCACACgt
gi|2                          :             GTT-TGT-GGGT-CGATCA-CATGTTT---AATTT--TG--C-GCGCCAAATCAGGCTTTA---CC-ATC--------A------------T--------TTGT----T-GTG--C--TTTAT---CAT-------G-CTCTA-TG-TAAC--TTT----TC-TCAC-TAGATCTC-A--A-TT-ACCGCGAGCACACgt
gi|20                         :                                       T---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTA---CC-AC---------A----------------------------------------TTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-gt
gi|21                         :             GTT-TGT-GG-T-C-AACA-CATGTTC---AA-TT--TG--C-ACACC-AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--
gi|3                          :             GTTATGTAGG-T-C--TCA--ACGTTT---AA-TTGTTG--CCGCGCCCAATCC-GC-T-A---C--AT---------AA-----------T---T--TGT-GT----T-GTGAGC--TTTA----CATGTAACATG-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC--C-C-TA-----CAA--A-TT-ACCG-GGGCACAC
gi|4                          :            CGTT-TGT-GG-T-C-ATCG-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTAATGCC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG--C--TTTAAATACAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACAgt
gi|5                          :            CGTT-TAT-GG-T-A-TTCA-CATGTTT---AA-TT--TG----GCGCCAAATC--GC-TTA---CCAAT---------A------------T---TTATGTTG-----T-GTG--C--TTTA----CAT-------GTCTCTA-TG-T-ACATTCT----CC-TG-C-TA-----C----A-TT-ACCG-GAGCACAC
gi|6                          :             GTT-TGT-GG-T-C-ACCAGCATGTTTTATAA-TT--TG--C-ACGCC-AATC--AC-TTA---CC-AT---------A------------T---T---GTTGT----TTGTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTATTGTT-AC--TTT----CC-T--C-TA-----C-A--A-TT-G-TG-GAGCACACgt
gi|7                          :              TT-TGT-GG-T-C-ATCG-CATGTAT---AA-TT--TG--C-GCGCC-ATTC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTATTGTGT-GTG--C--TTTA----CAT-------A-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-AC-ATTT-ACCA-GAGCAgt
gi|8                          :             GTT-T-T-GG-T-C-ATCA-CATGTT----AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG--C---TTA----CAGA------G-CTCTA-T--T-AC--TTT----CCGTC-T-TA-----C-A--A-AT-ACCG-GGACACAC
gi|9                          :            CGTT-TGT-GG-T-T-ATCA-CAAGTTT---AA-TT--TA--C-GTGCC-AATT--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TTTTGC----T-GTG--C--T--------------------TCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----T----A-TT-ACCG-GGACACACgtg





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lowQualScore                  :                3   2  2 2 2    2       444  2  66  33 2     6    44  2   555  2  7777777777777777777777 555555 0    4444 2   22 22    6666   8888888 2     4  4 2  22   4444  4  2 2  55555 5555 2  2    2         
lowQualScore                  :                .   .  . . .    .       ...  .  ..  .. .     .    ..  .   ...  .  ...................... ...... .    .... .   .. ..    ....   ....... .     .  . .  ..   ....  .  . .  ..... .... .  .    .         
lowQualScore                  :                3   9  7 7 7    7       111  4  11  11 2     0    88  0   555  0  0000000000000000000000 333333 5    2222 0   88 88    2222   5555555 0     0  0 0  88   2222  0  1 1  33333 4444 2  5    5         
consensus                     :            CGTT-TGT-GG-T-C-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACA
Reference ( family-1373 )     :            CGTT-TGT-GG-T-C-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACA
gi|1                          :            CGTC-TGT-GG-T-C-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GTGCC-AATC--GC-TCA---CC-ATGATCACCATATTTCAAATATTAT---T--TTTTGT----T-GTT--C--TTTA----CAT-------G---CTA------A----TT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-TCCG-GAGCACACA
gi|10                         :                      G-T-C-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-TCGCC-AATC--GC-TAAA--CC-AT---------A------------T---T--TGT-------T-GTG--C--TTAA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TC-----C-A--A-AT-ACCG-GAGCACACt
gi|11                         :                                     TTT---TA-TT--TG--C-GC-CG-AATC--GC-TTC---AC-AT---------A------------T---TA-TGTTGT----T-TGG--C--TTTG----CAT-------G-CCTTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-CATA-----T-A--T-TTCACCG-GAGgt
gi|12                         : tatgtgtataaCGTT-TGT-GG-C-C-A----CA-ATTT---AA-TT---G--C-GCGCC-AATG--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T----TTGT----T-GTG--C--TTTA----CAT---------CTGTACTG-T-AC---TT----CC-TC-C-TA-----A-A--A-T---CCC-GAGCACacg
gi|13                         :            CGTT-TGT-GG-A-A-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCA-AATC--GC-TTA---CC-AT---------T------------T---T--TTTTAT----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--cac
gi|14                         :                   T-GG-TGC-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-ACGCC-AATC--CC-TTA---CC-AC---------A------------T---G--TGTTGT----T-GTG--CGGTTTA-----AT-------G--TCTT-TA-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-
gi|15                         :                 gtt-GG-T-C-AACA-CATGTTG---AA-TTCTTGAAC-GCGCC-AA-C--GC-TTA---C--AT---------A------------T---T--TGTTGT--------G--C--TT-A----CAG-------C-CTCTA-TGGT-AC--TTT----CCCTC-C-TA-----C-A--A-a
gi|16                         :                                                --TG--C-GCGCC-AATC--AC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG------TCG----TAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-AT-ACTG-GAGCACACat
gi|17                         :                                                             -AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------TAAAT--T--TGT----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTGTG-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACgt
gi|18                         :                                                         CACC-AACC--GC-TTA---CC-AT-----------------------------CG--GT----T-CTG-----TTTA-----AT-------G-ATGTA--G-T-GC--TTTACATCC-TC-C-TA-----C-T--A-TT-ACCG-GAGCACACgt
gi|19                         :                                                                                                                    T----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TCT----CC-TC-C-TA-----C-GATA-TT-ACCG-GAGCACACgt
gi|2                          :             GTT-TGT-GGGT-CGATCA-CATGTTT---AATTT--TG--C-GCGCCAAATCAGGCTTTA---CC-ATC--------A------------T--------TTGT----T-GTG--C--TTTAT---CAT-------G-CTCTA-TG-TAAC--TTT----TC-TCAC-TAGATCTC-A--A-TT-ACCGCGAGCACACgt
gi|20                         :                                       T---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTA---CC-AC---------A----------------------------------------TTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-gt
gi|21                         :             GTT-TGT-GG-T-C-AACA-CATGTTC---AA-TT--TG--C-ACACC-AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--
gi|3                          :             GTTATGTAGG-T-C--TCA--ACGTTT---AA-TTGTTG--CCGCGCCCAATCC-GC-T-A---C--AT---------AA-----------T---T--TGT-GT----T-GTGAGC--TTTA----CATGTAACATG-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC--C-C-TA-----CAA--A-TT-ACCG-GGGCACAC
gi|4                          :            CGTT-TGT-GG-T-C-ATCG-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTAATGCC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG--C--TTTAAATACAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACAgt
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gi|6                          :             GTT-TGT-GG-T-C-ACCAGCATGTTTTATAA-TT--TG--C-ACGCC-AATC--AC-TTA---CC-AT---------A------------T---T---GTTGT----TTGTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTATTGTT-AC--TTT----CC-T--C-TA-----C-A--A-TT-G-TG-GAGCACACgt
gi|7                          :              TT-TGT-GG-T-C-ATCG-CATGTAT---AA-TT--TG--C-GCGCC-ATTC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTATTGTGT-GTG--C--TTTA----CAT-------A-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-AC-ATTT-ACCA-GAGCAgt
gi|8                          :             GTT-T-T-GG-T-C-ATCA-CATGTT----AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG--C---TTA----CAGA------G-CTCTA-T--T-AC--TTT----CCGTC-T-TA-----C-A--A-AT-ACCG-GGACACAC
gi|9                          :            CGTT-TGT-GG-T-T-ATCA-CAAGTTT---AA-TT--TA--C-GTGCC-AATT--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TTTTGC----T-GTG--C--T--------------------TCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----T----A-TT-ACCG-GGACACACgtg


blockSeqs                     :                A   A  G G G    G       TAT  T  CT  AA C     A    AG  T   ATG  A  CA                     AAAT        TGTG T   AG GG    AATA   GTAACAT T     C  G A  AT   ACAT  C  A A  GATCT GAT  T  C    C
blockSeqs                     :                .   .  . . .    .       .    .  GT  .  .     C    C   .   A    .  AA                     TTA         .    .   .  .     T      A       .     T  T .  .    .     G  . .  .     AA   .  .    .
blockSeqs                     :                .   .  . . .    .       .    .  .   .  .     A    .   .   .    .  A                      TA          .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     AC   .  .    .
blockSeqs                     :                .   .  . . .    .       .    .  .   .  .     .    .   .   .    .  A                      T           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     A    .  .    .
blockSeqs                     :                .   .  . . .    .       .    .  .   .  .     .    .   .   .    .  A                      T           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     A    .  .    .
blockSeqs                     :                .   .  . . .    .       .    .  .   .  .     .    .   .   .    .  T                      T           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     A    .  .    .
blockSeqs                     :                .   .  . . .    .       .    .  .   .  .     .    .   .   .    .  A                      G           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     A    .  .    .
blockSeqs                     :                .   .  . . .    .       .    .  .   .  .     .    .   .   .    .  A                      T           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     A    .  .    .
blockSeqs                     :                .   .  . . .    .       .    .  .   .  .     .    .   .   .    .  A                      T           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     A    .  .    .
blockSeqs                     :                .   .  . . .    .       .    .  .   .  .     .    .   .   .    .  A                      T           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     A    .  .    .
blockSeqs                     :                .   .  . . .    .       .    .  .   .  .     .    .   .   .    .  A                      T           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     A    .  .    .
blockSeqs                     :                    .  . . .    .       .    .  .   .  .     .    .   .   .    .  A                      T           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     T    .  .    .
blockSeqs                     :                    .  . . .    .       .    .  .   .  .     .    .   .   .    .  A                      T           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     A    .  .    .
blockSeqs                     :                       . . .    .       .    .  .   .  .     .    .   .   .    .  A                      T           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     A    .  .    .
blockSeqs                     :                                        .    .  .   .  .     .    .   .   .    .  A                      T           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     A    .  .    .
blockSeqs                     :                                        .    .  .   .  .     .    .   .   .    .  A                      T           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     A    .        
blockSeqs                     :                                                .   .  .     .    .   .   .    .  A                      .           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     .    .        
blockSeqs                     :                                                             .    .   .   .    .  A                      .           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .  . .  .     .             
blockSeqs                     :                                                             .    .   .   .    .  .                      .           .    .   .  .     .      .       .     .  . .  .    .     .                           


blockSeqCons                  :                                                                                  A*********************
originalCons                  :            CGTT-TGT-GG-T-C-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACA
finalCons                     :            CGTT-TGT-GG-T-C-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTA---CC-ATA---------------------T---T--TGTTGT----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACA





Alignments
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lowQualScore                  :                3   2  2 2 2    2       444  2  66  33 2     6    44  2   555  2  7777777777777777777777 555555 0    4444 2   22 22    6666   8888888 2     4  4 2  22   4444  4  2 2  55555 5555 2  2    2         
lowQualScore                  :                .   .  . . .    .       ...  .  ..  .. .     .    ..  .   ...  .  ...................... ...... .    .... .   .. ..    ....   ....... .     .  . .  ..   ....  .  . .  ..... .... .  .    .         
lowQualScore                  :                3   9  7 7 7    7       111  4  11  11 2     0    88  0   555  0  0000000000000000000000 333333 5    2222 0   88 88    2222   5555555 0     0  0 0  88   2222  0  1 1  33333 4444 2  5    5         
consensus                     :            CGTT-TGT-GG-T-C-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACA
Reference ( family-1373 )     :            CGTT-TGT-GG-T-C-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACA
gi|1                          :            CGTC-TGT-GG-T-C-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GTGCC-AATC--GC-TCA---CC-ATGATCACCATATTTCAAATATTAT---T--TTTTGT----T-GTT--C--TTTA----CAT-------G---CTA------A----TT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-TCCG-GAGCACACA
gi|10                         :                      G-T-C-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-TCGCC-AATC--GC-TAAA--CC-AT---------A------------T---T--TGT-------T-GTG--C--TTAA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TC-----C-A--A-AT-ACCG-GAGCACACt
gi|11                         :                                     TTT---TA-TT--TG--C-GC-CG-AATC--GC-TTC---AC-AT---------A------------T---TA-TGTTGT----T-TGG--C--TTTG----CAT-------G-CCTTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-CATA-----T-A--T-TTCACCG-GAGgt
gi|12                         : tatgtgtataaCGTT-TGT-GG-C-C-A----CA-ATTT---AA-TT---G--C-GCGCC-AATG--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T----TTGT----T-GTG--C--TTTA----CAT---------CTGTACTG-T-AC---TT----CC-TC-C-TA-----A-A--A-T---CCC-GAGCACacg
gi|13                         :            CGTT-TGT-GG-A-A-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCA-AATC--GC-TTA---CC-AT---------T------------T---T--TTTTAT----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--cac
gi|14                         :                   T-GG-TGC-ATCA-CATGTTT---AA-TT--TG--C-ACGCC-AATC--CC-TTA---CC-AC---------A------------T---G--TGTTGT----T-GTG--CGGTTTA-----AT-------G--TCTT-TA-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-
gi|15                         :                 gtt-GG-T-C-AACA-CATGTTG---AA-TTCTTGAAC-GCGCC-AA-C--GC-TTA---C--AT---------A------------T---T--TGTTGT--------G--C--TT-A----CAG-------C-CTCTA-TGGT-AC--TTT----CCCTC-C-TA-----C-A--A-a
gi|16                         :                                                --TG--C-GCGCC-AATC--AC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG------TCG----TAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-AT-ACTG-GAGCACACat
gi|17                         :                                                             -AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------TAAAT--T--TGT----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTGTG-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACgt
gi|18                         :                                                         CACC-AACC--GC-TTA---CC-AT-----------------------------CG--GT----T-CTG-----TTTA-----AT-------G-ATGTA--G-T-GC--TTTACATCC-TC-C-TA-----C-T--A-TT-ACCG-GAGCACACgt
gi|19                         :                                                                                                                    T----T-GTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TCT----CC-TC-C-TA-----C-GATA-TT-ACCG-GAGCACACgt
gi|2                          :             GTT-TGT-GGGT-CGATCA-CATGTTT---AATTT--TG--C-GCGCCAAATCAGGCTTTA---CC-ATC--------A------------T--------TTGT----T-GTG--C--TTTAT---CAT-------G-CTCTA-TG-TAAC--TTT----TC-TCAC-TAGATCTC-A--A-TT-ACCGCGAGCACACgt
gi|20                         :                                       T---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTA---CC-AC---------A----------------------------------------TTA----CAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-gt
gi|21                         :             GTT-TGT-GG-T-C-AACA-CATGTTC---AA-TT--TG--C-ACACC-AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--
gi|3                          :             GTTATGTAGG-T-C--TCA--ACGTTT---AA-TTGTTG--CCGCGCCCAATCC-GC-T-A---C--AT---------AA-----------T---T--TGT-GT----T-GTGAGC--TTTA----CATGTAACATG-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC--C-C-TA-----CAA--A-TT-ACCG-GGGCACAC
gi|4                          :            CGTT-TGT-GG-T-C-ATCG-CATGTTT---AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTAATGCC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG--C--TTTAAATACAT-------G-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-A--A-TT-ACCG-GAGCACACAgt
gi|5                          :            CGTT-TAT-GG-T-A-TTCA-CATGTTT---AA-TT--TG----GCGCCAAATC--GC-TTA---CCAAT---------A------------T---TTATGTTG-----T-GTG--C--TTTA----CAT-------GTCTCTA-TG-T-ACATTCT----CC-TG-C-TA-----C----A-TT-ACCG-GAGCACAC
gi|6                          :             GTT-TGT-GG-T-C-ACCAGCATGTTTTATAA-TT--TG--C-ACGCC-AATC--AC-TTA---CC-AT---------A------------T---T---GTTGT----TTGTG--C--TTTA----CAT-------G-CTCTATTGTT-AC--TTT----CC-T--C-TA-----C-A--A-TT-G-TG-GAGCACACgt
gi|7                          :              TT-TGT-GG-T-C-ATCG-CATGTAT---AA-TT--TG--C-GCGCC-ATTC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTATTGTGT-GTG--C--TTTA----CAT-------A-CTCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----C-AC-ATTT-ACCA-GAGCAgt
gi|8                          :             GTT-T-T-GG-T-C-ATCA-CATGTT----AA-TT--TG--C-GCGCC-AATC--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TGTTGT----T-GTG--C---TTA----CAGA------G-CTCTA-T--T-AC--TTT----CCGTC-T-TA-----C-A--A-AT-ACCG-GGACACAC
gi|9                          :            CGTT-TGT-GG-T-T-ATCA-CAAGTTT---AA-TT--TA--C-GTGCC-AATT--GC-TTA---CC-AT---------A------------T---T--TTTTGC----T-GTG--C--T--------------------TCTA-TG-T-AC--TTT----CC-TC-C-TA-----T----A-TT-ACCG-GGACACACgtg