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lowQualScore                  :          5    666  6 5             00      6     6 6  1111111   1     1 8      0                                                    
lowQualScore                  :          .    ...  . .             ..      .     . .  .......   .     . .      .                                                    
lowQualScore                  :          0    000  0 0             00      0     0 0  0000000   0     8 0      4                                                    
consensus                     :    ATTGATATATAGT-TATGAATGTATGTATACAGTTGTATGAATGTAGGTGG-GGTT--GTGCGTGTGCG-TGCGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
Reference ( gi|2 )            :    ATTGATCTATATTATACGCATGTATGTATACATGTGTATGGATGTAAGCGGAGGGTAAGTGTATGTGTG-TGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAAGTTCCAGTTGCAT
gi|6                          :    ATTGATATATAGT-TATGAATGTATGTATACAGTTGTATGAATGTAGGTGG-GGTT--GTGCATGTGTGTTGT-TGTGTGTGTGC
gi|9                          :                                                               TGTGTGTGGG-TGCGTGTGTGTAGGTGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGTGTGTATATGTGTtgtgtggtgtgtgtgatgagggtgaagaacca
gi|12                         :                                    aaaaaagattgtaaaatgttagggtttTGCATACGCG-CACGTGTGTGTGTGCGCGCTCGTGCGTACGTGCGTGTGTATGTGTGgcg
gi|4                          :                                              tagtcaaggaagacaccggaATGTGCG-TGCGTGAGTGCGTGCGCGCGCGCGCGTGCGTGTGTGTGTGTG
gi|15                         : tagaaataaaattataacaatgatagcagcgaaaacgatttctatgtactgtcatatgtatacagacctgTG-TGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCGCGCGCGTGCGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCGT
gi|13                         :                                                                           cTGTG-GTGTGTGTGCGTGCGTGTGCGTGCGTGCGTGTGTGTGTGCGtttcaattca
gi|10                         :                                              tagttgcatgaaaaacataaaaatactgggaGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCGTGTCCGCTTGCGTGTGTGTGTGTGT
gi|8                          :                                             tgtatgctagttcacatgctttctgaatttagaaGTGTGTGTGCGTGTGCGCGTGCACGCGCGCTTGTGTGTGTTTGTGTccaaaaatatatatcttg
gi|3                          :                                          ctaacccaaatgcagagtttgcgattgaaattacaattgcaGTGTGCGTGCG-GCGTGCGCGCGTGCGTGTGTGTGTGTGcttaaataaatcttgaaatt
gi|18                         : aaagaaatgaaataaaaaaattaaagtttcacggtttcttctaattttcagatacgtgtacacagttttataaactatagcgcgGTGCGCGCGCGCCCGCGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG
gi|19                         :                                                                                        gttcCGCGCGCGCGCGCGCGCGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGT
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CGAGCCTGCGCGCGGACCTACGTGTCCGCGTGTGTGCCAAATGTCGATGCACATGGTTAGATCGCTGACTTGCGTAGACCTCTCATATCTCCAATTATAACCAAGTAAACTCTATCTATAATGTATATATCCACAAAATATCTATCTACTCTCACTCTGATATATACATTTATTTTTTGTAAATATTTTCCTCC
Unaligned ( gi|5 ): ATATGTGTGTGCATGCATGCGTGCGTGCTTGAGTGCGTGTGTGTTTCATGCAGTAAAATAAGAGTGTTATTAATTCCAATAATCTCAAGGTGTTAATTTTTTCATATGACTAT
Unaligned ( gi|7 ): TGTGTATGTGTGTGCATGCGTGTGTGCGTGCATGTGTGTTTGTGTGTATTACTGTCAACAAAATCATTGAGACTGTTTAGTCAATAATTGTTCATTTAGTCTGACATGCTAT
Unaligned ( gi|11 ): TGTGCGTGTGTATGCATGTGTGCGTGCGTGGGCGCGTGCACTTATAAATTAAGATATATCAATCCCATGTTTCATAATCCCTAATTTT
Unaligned ( gi|14 ): TGTATGATGTAGTGGGAGGTTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACCAGTG
Unaligned ( gi|16 ): ACAAACTTGTCAAACACGTGCGTGTGGGTGGGTGGGTGCGTGCATGCGTGCGTGTG
Unaligned ( gi|17 ): AAACATTTATATATATATGTGTGTGAGCGTGCATGCGTGCTTGTGTGCATGTG






Alignments
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lowQualScore                  :                                         .    . .    .       .  ....   .   .   .  ... .  .....................    ............ .         ...   .     ..             ............                                   
lowQualScore                  :                                         0    5 0    0       0  8888   7   2   2  888 1  000000000000000000000    555555555555 0         888   7     44             666666666666                                   
consensus                     :                                   ATTGATNTATANTATACGNATGTATG-TA---CACA-GTTGTATGAA---TGTAG-G-----TGG-G--GT-T--GTGC------------G-TGTGCGTGC---GTG-CGTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
Reference ( family-1367 )     :                                   ATTGATATATAGT-TATGAATGTATG-TA---TACA-GTTGTATGAA---TGTAG-G-----TGG-G--GT-T--GTGC------------G-TGTGCGTGC---GTG-TGTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|10                         :                                                       TGTATGCTAGTTCACATGCTTTCTGAA---TTTAG-A-----AG--------T--GTGT------------G-TGTGCGTGC---GTG-CGTGT-----C-------------------------CGCTTGCGTGTGTGTGTGTGT
gi|11                         :                                                                                                          -T--GTGC------------G-TGTGTATGC---ATG-TGTGC--GTGCGTGGGCGCG------------TGCACccaaaaatatatatcttg
gi|12                         :                                                                                                               TGC------------A-TACGCGCAC---GTG-TGTGT--GTGCGCGCTCGTG------------CGTACGTGCGTGTGTATGTGTGttataaattaagatatatcaatcccatgtttcataatccctaatttt
gi|13                         :                                                  tagtcaaggaagacaccggaA-GTTGCATGAAAAACATAA-AAATACTGG-GATGT-G--GTGT------------G-TGTGCGTGC---GTG-TGCGT--GCGTGCGTGTGTG------------TGTGCG
gi|15                         :                                                                                                                                    tGTGT---GTG-TGTGT--GTGTGCGCGCGCG------------CGCGCGCGTGCGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCGT
gi|17                         :                                                                  ctACA-TTTATAT--A---TATAT-G-----TG--------T--GTGA------------G-CGTGCATGC---GTG-CTTGT--GTGCATGTGtttcaattca
gi|18                         :                                                                                                                                                 aaGT--GCGCGCGCGCCCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG
gi|19                         :                                                                                                                                                          gttcCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|2                          :                                   ATTGATCTATATTATACGCATGTATG-TA---TACA-TGTGTATGGA---TGTAA-G-----CGGAG--GG-TAAGTGT------------A-TGTGTGTGT---GTG-TGTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|3                          :                                                           TG-TA---CACA-GTTTTATAAAC--TATAGCG-----CGG-T--GTGC--GTGC------------GGCGTGCGCGC---GTG-CGTGT--GTGTGTGTGaagttccagttgcat
gi|4                          : aaagaaatgaaataaaaaaattaaagtttcacggtttcttctaattttcagatacgTATG-TA-----CT-GTCATATGTA---TACAG-ACC---TGA-------T--GTGC------------G-TG--CGTGA---GTG-CGTGC--GCGCGCGC----------------------GCGTGCGTGTGTGTGTGTG
gi|4                          :                                                                                           tagaaataaaattataacaatgatagcagcgaaaacgatttcGTGC---GTG-CGTGA--GTGCGTGCGCGCG------------CGCGCGTGCGTGTGTGTGTGTG
gi|5                          :                                                                     tagaaataaaattataacaatgatagcagcgaaaacgatttctatgtactgtcatatgtatacagacctgatTA-TGTGT--GTGCATGCATGCG------------TGCGTGCTTGAGTGCGTGTGTGT
gi|6                          :                                  aATTGATATATAGT-TATGAATGTATG-TA---TACA-GTTGTATGAA---TGTAG-G-----TGG-G--GT-T--GTGCATGTGTGTTGTTG-TGTGTGTGCTGTGTGGTGTGT--GTGttcatgcagtaaaataagagtgttattaattccaataatctcaaggtgttaattttttcatatgactat
gi|7                          :                                                                                                                                             TG-TGTAT--GTGTGTGCATGCG------------TGTGTGCGTGCATGTGTGTTTGTGTGTATatgagggtgaagaacca
gi|8                          :                                                                                                                                              G-TGTGT--GTGCGTGTGCGCG------------TGCACGCGCGCTTGTGTGTGTTTGTGTtactgtcaacaaaatcattgagactgtttagtcaataattgttcatttagtctgacatgctat
gi|9                          :                                ctaacccaaatgcagagtttgcgattgaaattacaattgcaTTGTA-AAA---TGT---------TAG-G--GT-T--TTGT------------G-TGTGGGTGC---GTG-TGTGTAGGTGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGTGTGTATATGTGTGCGcttaaataaatcttgaaatt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CGAGCCTGCGCGCGGACCTACGTGTCCGCGTGTGTGCCAAATGTCGATGCACATGGTTAGATCGCTGACTTGCGTAGACCTCTCATATCTCCAATTATAACCAAGTAAACTCTATCTATAATGTATATATCCACAAAATATCTATCTACTCTCACTCTGATATATACATTTATTTTTTGTAAATATTTTCCTCC
Unaligned ( gi|14 ): TGTATGATGTAGTGGGAGGTTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACCAGTG
Unaligned ( gi|16 ): ACAAACTTGTCAAACACGTGCGTGTGGGTGGGTGGGTGCGTGCATGCGTGCGTGTG






Alignments
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lowQualScore                  :                          1    1 6    1       8  444    6   1   11 5   555555555555555555     4   44444444          99999999    33     0       555555555555                                   
lowQualScore                  :                          .    . .    .       .  ...    .   .   .. .   ..................     .   ........          ........    ..     .       ............                                   
lowQualScore                  :                          0    0 0    0       0  000    7   7   22 0   555555555555555555     0   55555555          77777777    44     2       888888888888                                   
consensus                     :                    ATTGATNTATANT-TACGNATGTATG-TA---CACA-GTTGTATGAA-TGTAG-G--TGG-G-GT-T--GTGCG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
Reference ( family-1367 )     :                    ATTGATNTATANTATACGNATGTATG-TA---CACA-GTTGTATGAA-TGTAG-G--TGG-G-GT-T--GTGCG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|10                         :                                        TGTATGCTAGTTCACATGCTTTCTGAA-TTTAG-A--AG-------T--GTGTG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT-----C-------------------------CGCTTGCGTGTGTGTGTGTGT
gi|11                         :                                                                                     -T--GTGCG-TGT--------GTATGCATGT--------GTGC--GTGCGTGGGCGCG------------TGCACccaaaaatatatatcttg
gi|12                         :                                                                                          TGCA-TAC--------GCGCACGTGT--------GTGT--GTGCGCGCTCGTG------------CGTACGTGCGTGTGTATGTGTGttataaattaagatatatcaatcccatgtttcataatccctaatttt
gi|13                         :                                            tagtcaaggaagacaccggaGGA-TGT-G-G--TGT-GTGTGC--GTGCG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT--GTGTGTGCG
gi|15                         :                                                                                tagttgcatgaaaaacataaaaatactgGTGTGTGT--------GTGT--GTGTGCGCGCGCG------------CGCGCGCGTGCGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCGT
gi|17                         :                                                   ctACA-TTTATAT--A-TATAT-G--TG-------T--GTGAG-CGT--------GCATGCGTGC--------TTGT--GTGCATGTGtttcaattca
gi|18                         :                                                                                                                            aaGT--GCGCGCGCGCCCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG
gi|19                         :                                                                                                                                     gttcCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|2                          :                    ATTGATCTATATTATACGCATGTATG-TA---TACA-TGTGTATGGA-TGTAA-G--CGGAG-GG-TAAGTGTA-TGT--------GTGTGTGTGT--------GTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|3                          :                             TAATTTTCAGATACGTG-TA---CACA-GTTTTATAAACTATAGCG--CGG-T-GTGC--GTGCGGCGT--------GCGCGCGTGC--------GTGT--GTGTGTGTGaagttccagttgcat
gi|4                          : aaagaaatgaaataaaaaaattaaagtttcacggtttcttcTATG-TA---CT---GTCATATGTA-TACAG-ACCTGA------T--GTGCG-TG----------CGTGAGTGC--------GTGC--GCGCGCGC----------------------GCGTGCGTGTGTGTGTGTG
gi|4                          :                                                                  tagaaataaaattataacaatgatagcagcgaaaacgatttcGTGCGTGC--------GTGA--GTGCGTGCGCGCG------------CGCGCGTGCGTGTGTGTGTGTG
gi|5                          :                                            tagaaataaaattataacaatgatagcagcgaaaacgatttctatgtactgtcatatgtatacagacctgat--------GTGT--GTGCATGCATGCG------------TGCGTGCTTGAGTGCGTGTGTGT
gi|6                          :                atatATTGATATATAGT-TATGAATGTATG-TA---TACA-GTTGTATGAA-TGTAG-G--TGG-G-GT-T--GTGCA-TGTGTGTTGTTGTGTGTGTGCTGTGTGGTGTGT--GTGttcatgcagtaaaataagagtgttattaattccaataatctcaaggtgttaattttttcatatgactat
gi|7                          :                                                                                                                 TGT--------GTAT--GTGTGTGCATGCG------------TGTGTGCGTGCATGTGTGTTTGTGTGTATatgagggtgaagaacca
gi|8                          :                                                                                                                  GT--------GTGT--GTGCGTGTGCGCG------------TGCACGCGCGCTTGTGTGTGTTTGTGTtactgtcaacaaaatcattgagactgtttagtcaataattgttcatttagtctgacatgctat
gi|9                          :                 ctaacccaaatgcagagtttgcgattgaaattacaattgcaTTGTA-AAA-TGT------TAG-G-GT-T--TTGTG-TGT--------GGGTGCGTGT--------GTGTAGGTGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGTGTGTATATGTGTGCGcttaaataaatcttgaaatt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CGAGCCTGCGCGCGGACCTACGTGTCCGCGTGTGTGCCAAATGTCGATGCACATGGTTAGATCGCTGACTTGCGTAGACCTCTCATATCTCCAATTATAACCAAGTAAACTCTATCTATAATGTATATATCCACAAAATATCTATCTACTCTCACTCTGATATATACATTTATTTTTTGTAAATATTTTCCTCC
Unaligned ( gi|14 ): TGTATGATGTAGTGGGAGGTTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACCAGTG
Unaligned ( gi|16 ): ACAAACTTGTCAAACACGTGCGTGTGGGTGGGTGGGTGCGTGCATGCGTGCGTGTG






Alignments
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lowQualScore                  :                        1  7 1 3    1       8  444    6   1   11 5   555555555555555555     4   44444444          99999999    33     0       555555555555                                   
lowQualScore                  :                        .  . . .    .       .  ...    .   .   .. .   ..................     .   ........          ........    ..     .       ............                                   
lowQualScore                  :                        0  3 0 3    0       0  000    7   7   22 0   555555555555555555     0   55555555          77777777    44     2       888888888888                                   
consensus                     :                  ATTGATCTATATT-TACGNATGTATG-TA---CACA-GTTGTATGAA-TGTAG-G--TGG-G-GT-T--GTGCG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
Reference ( family-1367 )     :                  ATTGATNTATANT-TACGNATGTATG-TA---CACA-GTTGTATGAA-TGTAG-G--TGG-G-GT-T--GTGCG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|10                         :                                      TGTATGCTAGTTCACATGCTTTCTGAA-TTTAG-A--AG-------T--GTGTG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT-----C-------------------------CGCTTGCGTGTGTGTGTGTGT
gi|11                         :                                                                                   -T--GTGCG-TGT--------GTATGCATGT--------GTGC--GTGCGTGGGCGCG------------TGCACccaaaaatatatatcttg
gi|12                         :                                                                                        TGCA-TAC--------GCGCACGTGT--------GTGT--GTGCGCGCTCGTG------------CGTACGTGCGTGTGTATGTGTGttataaattaagatatatcaatcccatgtttcataatccctaatttt
gi|13                         :                                          tagtcaaggaagacaccggaGGA-TGT-G-G--TGT-GTGTGC--GTGCG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT--GTGTGTGCG
gi|15                         :                                                                              tagttgcatgaaaaacataaaaatactgGTGTGTGT--------GTGT--GTGTGCGCGCGCG------------CGCGCGCGTGCGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCGT
gi|17                         :                                                 ctACA-TTTATAT--A-TATAT-G--TG-------T--GTGAG-CGT--------GCATGCGTGC--------TTGT--GTGCATGTGtttcaattca
gi|18                         :                                                                                                                          aaGT--GCGCGCGCGCCCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG
gi|19                         :                                                                                                                                   gttcCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|2                          :                  ATTGATCTATATTATACGCATGTATG-TA---TACA-TGTGTATGGA-TGTAA-G--CGGAG-GG-TAAGTGTA-TGT--------GTGTGTGTGT--------GTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|3                          :                       TCTA-ATT-TTCAGATACGTG-TA---CACA-GTTTTATAAACTATAGCG--CGG-T-GTGC--GTGCGGCGT--------GCGCGCGTGC--------GTGT--GTGTGTGTGaagttccagttgcat
gi|4                          : aaagaaatgaaataaaaaaattaaagtttcacggtttctTATG-TA---CT---GTCATATGTA-TACAG-ACCTGA------T--GTGCG-TG----------CGTGAGTGC--------GTGC--GCGCGCGC----------------------GCGTGCGTGTGTGTGTGTG
gi|4                          :                                                                tagaaataaaattataacaatgatagcagcgaaaacgatttcGTGCGTGC--------GTGA--GTGCGTGCGCGCG------------CGCGCGTGCGTGTGTGTGTGTG
gi|5                          :                                          tagaaataaaattataacaatgatagcagcgaaaacgatttctatgtactgtcatatgtatacagacctgat--------GTGT--GTGCATGCATGCG------------TGCGTGCTTGAGTGCGTGTGTGT
gi|6                          :              atatATTGATATATAGT-TATGAATGTATG-TA---TACA-GTTGTATGAA-TGTAG-G--TGG-G-GT-T--GTGCA-TGTGTGTTGTTGTGTGTGTGCTGTGTGGTGTGT--GTGttcatgcagtaaaataagagtgttattaattccaataatctcaaggtgttaattttttcatatgactat
gi|7                          :                                                                                                               TGT--------GTAT--GTGTGTGCATGCG------------TGTGTGCGTGCATGTGTGTTTGTGTGTATatgagggtgaagaacca
gi|8                          :                                                                                                                GT--------GTGT--GTGCGTGTGCGCG------------TGCACGCGCGCTTGTGTGTGTTTGTGTtactgtcaacaaaatcattgagactgtttagtcaataattgttcatttagtctgacatgctat
gi|9                          :               ctaacccaaatgcagagtttgcgattgaaattacaattgcaTTGTA-AAA-TGT------TAG-G-GT-T--TTGTG-TGT--------GGGTGCGTGT--------GTGTAGGTGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGTGTGTATATGTGTGCGcttaaataaatcttgaaatt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CGAGCCTGCGCGCGGACCTACGTGTCCGCGTGTGTGCCAAATGTCGATGCACATGGTTAGATCGCTGACTTGCGTAGACCTCTCATATCTCCAATTATAACCAAGTAAACTCTATCTATAATGTATATATCCACAAAATATCTATCTACTCTCACTCTGATATATACATTTATTTTTTGTAAATATTTTCCTCC
Unaligned ( gi|14 ): TGTATGATGTAGTGGGAGGTTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACCAGTG
Unaligned ( gi|16 ): ACAAACTTGTCAAACACGTGCGTGTGGGTGGGTGGGTGCGTGCATGCGTGCGTGTG






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lowQualScore                  :                           7   3    1       8  444    6   1   11 5   555555555555555555     4   44444444          99999999    33     0       555555555555                                   
lowQualScore                  :                           .   .    .       .  ...    .   .   .. .   ..................     .   ........          ........    ..     .       ............                                   
lowQualScore                  :                           3   3    0       0  000    7   7   22 0   555555555555555555     0   55555555          77777777    44     2       888888888888                                   
consensus                     :                  ATTGATCTATATT-TACGNATGTATG-TA---CACA-GTTGTATGAA-TGTAG-G--TGG-G-GT-T--GTGCG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
Reference ( family-1367 )     :                  ATTGATCTATATT-TACGNATGTATG-TA---CACA-GTTGTATGAA-TGTAG-G--TGG-G-GT-T--GTGCG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|10                         :                                      TGTATGCTAGTTCACATGCTTTCTGAA-TTTAG-A--AG-------T--GTGTG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT-----C-------------------------CGCTTGCGTGTGTGTGTGTGT
gi|11                         :                                                                                   -T--GTGCG-TGT--------GTATGCATGT--------GTGC--GTGCGTGGGCGCG------------TGCACccaaaaatatatatcttg
gi|12                         :                                                                                        TGCA-TAC--------GCGCACGTGT--------GTGT--GTGCGCGCTCGTG------------CGTACGTGCGTGTGTATGTGTGttataaattaagatatatcaatcccatgtttcataatccctaatttt
gi|13                         :                                          tagtcaaggaagacaccggaGGA-TGT-G-G--TGT-GTGTGC--GTGCG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT--GTGTGTGCG
gi|15                         :                                                                              tagttgcatgaaaaacataaaaatactgGTGTGTGT--------GTGT--GTGTGCGCGCGCG------------CGCGCGCGTGCGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCGT
gi|17                         :                                                 ctACA-TTTATAT--A-TATAT-G--TG-------T--GTGAG-CGT--------GCATGCGTGC--------TTGT--GTGCATGTGtttcaattca
gi|18                         :                                                                                                                          aaGT--GCGCGCGCGCCCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG
gi|19                         :                                                                                                                                   gttcCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|2                          :                  ATTGATCTATATTATACGCATGTATG-TA---TACA-TGTGTATGGA-TGTAA-G--CGGAG-GG-TAAGTGTA-TGT--------GTGTGTGTGT--------GTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|3                          :                       TCTA-ATT-TTCAGATACGTG-TA---CACA-GTTTTATAAACTATAGCG--CGG-T-GTGC--GTGCGGCGT--------GCGCGCGTGC--------GTGT--GTGTGTGTGaagttccagttgcat
gi|4                          : aaagaaatgaaataaaaaaattaaagtttcacggtttctTATG-TA---CT---GTCATATGTA-TACAG-ACCTGA------T--GTGCG-TG----------CGTGAGTGC--------GTGC--GCGCGCGC----------------------GCGTGCGTGTGTGTGTGTG
gi|4                          :                                                                tagaaataaaattataacaatgatagcagcgaaaacgatttcGTGCGTGC--------GTGA--GTGCGTGCGCGCG------------CGCGCGTGCGTGTGTGTGTGTG
gi|5                          :                                          tagaaataaaattataacaatgatagcagcgaaaacgatttctatgtactgtcatatgtatacagacctgat--------GTGT--GTGCATGCATGCG------------TGCGTGCTTGAGTGCGTGTGTGT
gi|6                          :              atatATTGATATATAGT-TATGAATGTATG-TA---TACA-GTTGTATGAA-TGTAG-G--TGG-G-GT-T--GTGCA-TGTGTGTTGTTGTGTGTGTGCTGTGTGGTGTGT--GTGttcatgcagtaaaataagagtgttattaattccaataatctcaaggtgttaattttttcatatgactat
gi|7                          :                                                                                                               TGT--------GTAT--GTGTGTGCATGCG------------TGTGTGCGTGCATGTGTGTTTGTGTGTATatgagggtgaagaacca
gi|8                          :                                                                                                                GT--------GTGT--GTGCGTGTGCGCG------------TGCACGCGCGCTTGTGTGTGTTTGTGTtactgtcaacaaaatcattgagactgtttagtcaataattgttcatttagtctgacatgctat
gi|9                          :               ctaacccaaatgcagagtttgcgattgaaattacaattgcaTTGTA-AAA-TGT------TAG-G-GT-T--TTGTG-TGT--------GGGTGCGTGT--------GTGTAGGTGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGTGTGTATATGTGTGCGcttaaataaatcttgaaatt


blockSeqs                     :                           T   .    G       .  .      .   A   GG C   AAGCGGAGGGTAA          G   GTGTTGTT          TGTGTGGT    AG             TGTGTGTGTGTG
blockSeqs                     :                           .   .    A       .  .      .   G   GG .   AGCGCGGTGTGC           .   .                 .           .              .           
blockSeqs                     :                                            .  .      .   T   AA .   GGTGTGTGTGC            .   .                 .           .              .           
blockSeqs                     :                                            .  .      .   A   GT .   AGGTGGGGTT             .   .                 .           .              .           
blockSeqs                     :                                                      .   G   GA .   AGACCTGAT              .   .                 .           .              .           
blockSeqs                     :                                                          G   AA .   TAGGGTT                .   .                 .           .              .           
blockSeqs                     :                                                              .  .   ATGTGT                 .   .                 .           .              .           
blockSeqs                     :                                                                                            .   .                 .           .              .           
blockSeqs                     :                                                                                            .   .                 .           .              .           
blockSeqs                     :                                                                                                                  .           .              .           
blockSeqs                     :                                                                                                                  .           .              .           
blockSeqs                     :                                                                                                                  .           .              .           
blockSeqs                     :                                                                                                                  .           .                          
blockSeqs                     :                                                                                                                  .           .                          
blockSeqs                     :                                                                                                                              .                          


blockSeqCons                  :                                               ***
originalCons                  :                  ATTGATCTATATT-TACGNATGTATG-TA---CACA-GTTGTATGAA-TGTAG-G--TGG-G-GT-T--GTGCG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
finalCons                     :                  ATTGATCTATATT-TACGNATGTATG-TA---CACA-GTTGTATGAA-TGTAG-G--TGG-G-GT-T--GTGCG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CGAGCCTGCGCGCGGACCTACGTGTCCGCGTGTGTGCCAAATGTCGATGCACATGGTTAGATCGCTGACTTGCGTAGACCTCTCATATCTCCAATTATAACCAAGTAAACTCTATCTATAATGTATATATCCACAAAATATCTATCTACTCTCACTCTGATATATACATTTATTTTTTGTAAATATTTTCCTCC
Unaligned ( gi|14 ): TGTATGATGTAGTGGGAGGTTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACCAGTG
Unaligned ( gi|16 ): ACAAACTTGTCAAACACGTGCGTGTGGGTGGGTGGGTGCGTGCATGCGTGCGTGTG






Alignments
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lowQualScore                  :                           7   3    1       8  444    6   1   11 5   555555555555555555     4   44444444          99999999    33     0       555555555555                                   
lowQualScore                  :                           .   .    .       .  ...    .   .   .. .   ..................     .   ........          ........    ..     .       ............                                   
lowQualScore                  :                           3   3    0       0  000    7   7   22 0   555555555555555555     0   55555555          77777777    44     2       888888888888                                   
consensus                     :                  ATTGATCTATATT-TACGNATGTATG-TA---CACA-GTTGTATGAA-TGTAG-G--TGG-G-GT-T--GTGCG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
Reference ( family-1367 )     :                  ATTGATCTATATT-TACGNATGTATG-TA---CACA-GTTGTATGAA-TGTAG-G--TGG-G-GT-T--GTGCG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|10                         :                                      TGTATGCTAGTTCACATGCTTTCTGAA-TTTAG-A--AG-------T--GTGTG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT-----C-------------------------CGCTTGCGTGTGTGTGTGTGT
gi|11                         :                                                                                   -T--GTGCG-TGT--------GTATGCATGT--------GTGC--GTGCGTGGGCGCG------------TGCACccaaaaatatatatcttg
gi|12                         :                                                                                        TGCA-TAC--------GCGCACGTGT--------GTGT--GTGCGCGCTCGTG------------CGTACGTGCGTGTGTATGTGTGttataaattaagatatatcaatcccatgtttcataatccctaatttt
gi|13                         :                                          tagtcaaggaagacaccggaGGA-TGT-G-G--TGT-GTGTGC--GTGCG-TGT--------GCGTGCGTGC--------GTGT--GTGTGTGCG
gi|15                         :                                                                              tagttgcatgaaaaacataaaaatactgGTGTGTGT--------GTGT--GTGTGCGCGCGCG------------CGCGCGCGTGCGTGTGTGTGTGCGTGCGTGCGT
gi|17                         :                                                 ctACA-TTTATAT--A-TATAT-G--TG-------T--GTGAG-CGT--------GCATGCGTGC--------TTGT--GTGCATGTGtttcaattca
gi|18                         :                                                                                                                          aaGT--GCGCGCGCGCCCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTG
gi|19                         :                                                                                                                                   gttcCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|2                          :                  ATTGATCTATATTATACGCATGTATG-TA---TACA-TGTGTATGGA-TGTAA-G--CGGAG-GG-TAAGTGTA-TGT--------GTGTGTGTGT--------GTGT--GTGCGCGCGCGCG------------CGCGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGT
gi|3                          :                       TCTA-ATT-TTCAGATACGTG-TA---CACA-GTTTTATAAACTATAGCG--CGG-T-GTGC--GTGCGGCGT--------GCGCGCGTGC--------GTGT--GTGTGTGTGaagttccagttgcat
gi|4                          : aaagaaatgaaataaaaaaattaaagtttcacggtttctTATG-TA---CT---GTCATATGTA-TACAG-ACCTGA------T--GTGCG-TG----------CGTGAGTGC--------GTGC--GCGCGCGC----------------------GCGTGCGTGTGTGTGTGTG
gi|4                          :                                                                tagaaataaaattataacaatgatagcagcgaaaacgatttcGTGCGTGC--------GTGA--GTGCGTGCGCGCG------------CGCGCGTGCGTGTGTGTGTGTG
gi|5                          :                                          tagaaataaaattataacaatgatagcagcgaaaacgatttctatgtactgtcatatgtatacagacctgat--------GTGT--GTGCATGCATGCG------------TGCGTGCTTGAGTGCGTGTGTGT
gi|6                          :              atatATTGATATATAGT-TATGAATGTATG-TA---TACA-GTTGTATGAA-TGTAG-G--TGG-G-GT-T--GTGCA-TGTGTGTTGTTGTGTGTGTGCTGTGTGGTGTGT--GTGttcatgcagtaaaataagagtgttattaattccaataatctcaaggtgttaattttttcatatgactat
gi|7                          :                                                                                                               TGT--------GTAT--GTGTGTGCATGCG------------TGTGTGCGTGCATGTGTGTTTGTGTGTATatgagggtgaagaacca
gi|8                          :                                                                                                                GT--------GTGT--GTGCGTGTGCGCG------------TGCACGCGCGCTTGTGTGTGTTTGTGTtactgtcaacaaaatcattgagactgtttagtcaataattgttcatttagtctgacatgctat
gi|9                          :               ctaacccaaatgcagagtttgcgattgaaattacaattgcaTTGTA-AAA-TGT------TAG-G-GT-T--TTGTG-TGT--------GGGTGCGTGT--------GTGTAGGTGCGCGCGCGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGTGTGTATATGTGTGCGcttaaataaatcttgaaatt
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|1 ): CGAGCCTGCGCGCGGACCTACGTGTCCGCGTGTGTGCCAAATGTCGATGCACATGGTTAGATCGCTGACTTGCGTAGACCTCTCATATCTCCAATTATAACCAAGTAAACTCTATCTATAATGTATATATCCACAAAATATCTATCTACTCTCACTCTGATATATACATTTATTTTTTGTAAATATTTTCCTCC
Unaligned ( gi|14 ): TGTATGATGTAGTGGGAGGTTGTTCANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNAACCAGTG
Unaligned ( gi|16 ): ACAAACTTGTCAAACACGTGCGTGTGGGTGGGTGGGTGCGTGCATGCGTGCGTGTG