lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222 6666666666666 1 2 222222 77777777777777 4 333 33333 88888888888888 33 1 44444444444 77777777 1 2222 11 1 33333333 77777777777777777777777777777777777777777 1111111 1111 55555555555 22222222222222222222222222222222222222222222222222222 333 1 111 1 3333 1 44444444 888888888888888888888 11 1 11 33333 5555555555555555555555555555555555555555555555555 1 1 11111 1 111111 111 333333333333333 11111 2222 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 111 11 44444 33333333 111 1111 111 1 22222 222 3 2222 22 666666666666 11 1111 1 666666666666 11
lowQualScore : 111 3 1111111111111 0 3 2 7 888888 00000000000000 7 0 111 00000 22222222222222 99 6 6 0 00000000000 6 55555555 7 0 1111 33 5 0 00000000 66666666666666666666666666666666666666666 8 6666666 5555 00000000000 8 11111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 0 777 0 1111 0 11111111 3 222222222222222222222 9 4 33 0 77 88 11111 8 0 8 8 8 2222222222222222222222222222222222222222222222222 0 3 0 77777 3 4 0 9 999999 111 99 6 888888888888888 99999 6 6 5555 6 6 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 66666 6 1 000 88 1 11 11111 8 8 66666666 111 8 8 1111 3 222 0 1 88888 222 0 0000 55 5 777777777777 22 77 3333 0 3 000000000000 4 4 33 8 777 4 777 8 55 4 4 2 5 5 66
lowQualScore : ... . ............. . . . . ...... .............. . . ... ..... .............. .. . . . ........... . ........ . . .... .. . . ........ ......................................... . ....... .... ........... . ..................................................... ... . ... . .... . ........ . ..................... . . .. . .. .. ..... . . . . . ................................................. . . . ..... . . . . ...... ... .. . ............... ..... . . .... . . .................................................................. ..... . . ... .. . .. ..... . . ........ ... . . .... . ... . . ..... ... . .... .. . ............ .. .. .... . . ............ . . .. . ... . ... . .. . . . . . ..
lowQualScore : 000 2 8888888888888 0 2 5 5 888888 55555555555555 3 0 000 77777 77777777777777 00 0 7 7 33333333333 0 33333333 3 0 2222 55 0 8 00000000 88888888888888888888888888888888888888888 0 8888888 2222 00000000000 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333 222 0 555 0 2222 0 00000000 2 555555555555555555555 2 0 88 0 55 88 00000 0 8 0 0 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000 0 2 0 88888 2 5 0 2 222222 777 22 7 222222222222222 00000 7 7 3333 7 7 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 77777 7 0 888 66 0 44 88888 0 0 22222222 888 0 0 0000 2 222 8 4 00000 000 0 5555 00 7 111111111111 99 99 4444 0 2 444444444444 4 3 66 0 000 0 000 0 99 0 4 5 0 0 99
consensus : NNTCATTAAATTCAAAATATTT-AATGTGACATTAAGT---------T-CCGTTGT-GTCAACGA-TTCAT-TTA-TACAT-----ATTAA----TAACGCGACATTA-AAGTCCTC-AATTTT-A-T-GAAGGGTTGGTGGCTTACATTAA-GTCGGCATTAAA-TAT-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTGN-TTTTCACCTCAA--A--TN-AAGA-----------CCG-----GACT-AGGAAA-----------T-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------GTA--GAC-GACAGTA--A--TTAGGTTGA--AAC--GTTA----TGA---GC-ACG-AT-TA--G-GCCTATCGACAATC-GAA-AC---AG-ATAC---GGT-TCA-ACAA--TCCACATACCACC--ACG----TACCAC---T-AATGAGAAANT--AC-AATGGC-ATAA-TC-GT-CCAA-ACAA-A-AACAAC-AC--------CGAAGG-----------TTCC-CGA--GTTTT--GT-TTTA-CTCT-AGTA---GGCAAGCAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-T-----A-TA------CGT-AA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCT-A-A-CAATATA---TA-TCA-ACA--AAAG--GG-GCG-----TTT-AATAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATAA-AAAAATC-T-GGGC----TCTCAAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAACTNTG-----AAAA--TGGGGAAAAA--ATTCAACACT-AAAAG-GGA-GAT--ACA--TCTTTTT-AATA--TGAATAATT-TA-TGAGTAT-----GA----TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---G-A--T-AAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
Reference ( gi|1 ) : CATCATTAAATTCAAAATATTT-A-TGTGACATTAAGT---------C-CCGTTGT-GTCAACGAGTTCAT-TTA-TACAT-----ATTAAGAATTAACGTGACATTATAAGTCCTC-A-TTTT-A-T-GAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAAAGTCGGCATTAAAATATAGGCGGCTTAACCTA------ATGGCTGGACACGAATT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTGA-TTTTCACCTCAA--A--TA-AAGA-----------CCG-----GACT-AGG-AA-----------T-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------GT---GAC-GACAG----G--T--GGTTGA--AAC-GGCTA----TGA---GC-ACG-AT-TAG-G-GCCTATCGACAA---GAA-AC---AG-ATA----GGT-TCA-ACA---TCCACATACCACT--ACG----TACAAC---T-AATGAGAAAAT--AC-AATGGC-ATAA-TCCGT-CCAA-ACAA-A-AACAA--AC--------CGA--------------TTCT-CGA--GTTTT--GT-TTTA-CTCT-AGTA---GACAAACAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-T-----A-TA------CGT-AA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCTAAAAACAATATAAGCTA-TCAGACA--AAAG--GG-GCA-----TTT-ACTAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATAAGAAAAATC-T-GGGC----TCTCAAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAACTGTG-----AAA---TGGG-AAAAA--ATTCAACAC--AAAAG-GGA-GATTTACA--TCTTTTT-AATA--TGAATAATT-TA-TGAGTAT-----TAAT--TGTCA-CATGGTA-TGTA---AC-TCAT---G-A--T-AAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|2 : TCATTACATTCAAAATATTA-A-TGAGACAT-AAGT---------TTCCGTTGT-GTCAACGA-TTCAT-TTAGTACAT-----ATTAA-------CGTGAC-TTA-AAGTCCTC-AATTTT-A-AAGAAGGGTTGGTGGCTTACATTAA-GTCGGCATTAA--TATTGGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCTTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTGA-TTTTCA-CTCAA--AATTT-AAGA-----------CCG-------CT-AGGAAA-----------T-TCGG---AT--GTGTAA-T--TTGTTTCC------GTTTAGAC-GACAGT---GT-T--GGTTGA--AAC-CATT-----TAA---GC-ACGAAT-TA--G-GCCTATCGACAT---GAA-AC---AG-ATA----GGT-TC--ACA---TCCACATACCACC--ACG----TATCAC---TAAATGAG-AAAT--AC-AAT-GC-ATA---TCGT-CC-A-ACAA-ACAACCA--AC--------TTG--------------TTCTACGAAGG----------CTA-C-CG-AG-A---GACAACAAAG-GCGTGACGCCATTT------TGTGTGGT--TG-TAA---A-TA------CGT--A-AG-ACGA-T--GAC-GAG-GCGCAA---GCGG-ATCT---AACAATATA---TA-TCA-AC---AAAG--GG-GCA-----TTTAAATAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATA--GAAAATC-T-GGGC----TC-AAAACT---AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAACTCTGA----AAA---TGGGAAAAAA--ATTCAACACA-AAAAG-GGA-G
gi|11 : cTCATTAAATTCAAAATATTTAA-TGTGACATTAA---------------ATTGTAGTC-AC-AGTTCAGAACA-AACAT-----ATTAAAA
gi|7 : ttgtactgcaggaccctgttgtatgaatatgtaatgtgacagtaaagccATTAAATTCAAAATATTT-AATGTGACTTTAAAT---------T-CCGTTGT-ATCAACGA--TCGT-C----ACAT--------------TAACGTGACATTA-AAGTTCTC-AATTTT-AAT-GAAGGTTTGG-G-----------------CATTAAA-TATAG-CAGCTCA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGTCTGT-GATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTGT-TTTTCA-CTCAA--A--AATAAGA-----------CC------GACT-AGGAAA-----------T-TTGG---ATACATGTGATA--TTGTTTCC------GTA--GAC-GACAGAGTTA--T--AGTTGA--AAC-
gi|12 : tttcagtggtttaaccctcattggtaTTT-AATGTGACATTAAGTTCCGTTGTAT-CCGTTGT-ATCAACGA-TTCAT-TTA-TACATGTACAATTCAT-ATTAACGCGACACTA-AAGTCCTCAA-TTTTAA-T-GAAGGG
gi|9 : ATTAA-GTCGGCATTAAA-TAT-GGCAGCTTA-CCTACATGTAATGGCTGGACGC---TTCTAGAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCGCC----GGGAGTGATTTTTCACTCTAA--A--TT-AAGA-----------CTGTGACCGACT-AGGAAA-----------TGTCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------GTA--GAC-GACAG----AGTT--GGTT
gi|6 : aaAAACTATTTAGAGTCATCCATTGGGAATGC-TTTTCGCTGCAGTTA--TA-AAAAATAAGAGGGCTCCT-----GACTGAGG-AAGATTGTTTGTAT-TCGGTAAAT--GTGTGA-AATTTGCTTCCTGGTTTGTT--GACAGACAGTAGAA--TTAGGTTGA--GACCGGTTAACATTGA---G------ATATATCG-GCCTACCGATTATT-GAA-GC---TGCATATTATGGCGTCACGCAA--TCCACATACCACC--AC------AC--T---T-AATGAGAAATT--ACAAATGGCTATAAGTAAGTACCAATACAA-A-A
gi|5 : A-----------T-TCGG----T--GTGAAA-A--TTGTTCGC------GTA--GAC-GACAGCA--G--TTAGGTTGACAAAC-----A----TGATAGGCCACG-AT-TAG-GCGCCTATCGACAATCTGAA-ACCCGAG-ATAC---GGT-TCA-CCAACTTCCCC---CCACTTTACGCCCTTACCACACTC-AATGAGAAAACCAAA-AATG-C-ATAA-TT-GT-CCAA-ACAAGA-AACAAC-AA--------CAA--------------CTTC-AGT--GTTTTCTGTGTTTA-CTCTCAGTATGTGGCAAGCAGG-G--TGACGTCATTT------TGT---G---TG-TTGGTAA-TA------CGT-AAGAA-ACGA-T--GAC-GAG-GTGC--------GGATCT---AACAATATA---TATTCAGCCAACAAAG--GG-GCG-----TTT-AA-AAAGT-----GTAACA--Tcaggtacatcatagaaatacgc
gi|4 : c---GAACAC---AG-ATA----GGT-TCA-A-----TCCACATACCAC-----------AC--C---T-AATGAACAATT--AC-AATG-C--TAA-TC-GT-CCAA-ACAA-A-AACAACCACA-------CGAAAAGTAGGGCTACTTTGC-CGA--GTTTT--GT-TTAAACTCT-AGGA---GGCAAGCAAGTGAGTGACGTCATTT------T-T---GT---G-T-----G-TT------TGT-AA--G-ACGAGTTGA-C-GAG-GCG---------GAATCTAAC--CAATATTTG--A-TCA-ACA--AAGG--GGAGCG-----CTT---TAAAA------G-AA-G--CTGTAC---------AATTA-------C-T-TGGC----T---AAACTA--AAAATGTTCTT-CATA-GATCTA-T-TT-----ATA-----AAA---TGGGGAAAAAATATTCTACACT-AAAAG-GGA-GA-----A--ACTCTTT-AATAATTGAATATCT-TA-TAAGTAT-----TGGA--TGTCA-CGTGGTATTGGA---AC-TCAT---G-A--accaaagaaatatg
gi|3 : c-ATAA-TC-GT-CCAA-ACAA-A-AACAAC-ACTAGTTCTACGAAGGC----------TACT-CGG--GTTTT--G--TTTA-CTCT-AGTA---GAC-AACAAG-GAGTGACGTCATTTTATGTATGT---GT--TG-TA----A-TA------CGT--A-AG-ACGA-TTG-AC-GAG-GCG--A---GCGGATCCTAACA--AATATA---TA-TCA-ACA--AAAGTCGG-GCACTCGGTTT-AACAAAGTTACAAG-AATA---TACACT-TAGGAAAAAT---AGAAATCTT-GGG------CTCAAAATA--ACAAT-TTCTT-C-AT-GATTCATT-TTTAACTTTG-----AAAAAGTAGG-GAAAA----TCAACCCTAAAAAG-GGATGATAAAC------TCTC-AATA--TGAATAG-T-TA-TGAGTCA-----TAA---TGTCA-CGT-GTACTGTA---ACGTCATAGGG-A--T-AAAGTGGTACACGA-TTTCTC-C---TATat
gi|13 : CGTCATTT------TGT---GTGTTG-T-----AATA------CGT-AA--G-ACAA-TTGA-T-GAG-GCG----------GATCTTA---CAATATA---TA-TCA-ACA--AA-G--GT-GCG-----TTT-AA-AAAGT-----G-AACA--TTGCAC--TTGGA
gi|8 : ------TGT---GT--TGCT-----A-TAGATAACTGTTAA-AGTACGA-T-GAACAGAGTGCGC-ACGAGCGGA------------TATAA----------CG--TAAA--GG-CCG-----TTG-AA-AAAGT-----G-AACACATTACACTATTGACGAAATAATAAAAATC-TAGGGCGGAGCCTCAAACTACTAAAAT-TTCTTCCAATAGATT-A-TAATTAACTCTGTTTGAAAA---TG
gi|10 : gtgATC-T-TGGC----TC--AAACTA--AAAAT-GTCTT-CA-T-GATTCA-A-TTTAACTATG-----AAAA--TGGGGAAAAA--AATCAACACT-AAAAG-GGA-GAT----A--ACTCTTTGAATA--TGAATA-TT-TA-TGAGTGTGATGTCAGTCATGTCA-CGTAATA-TGTT---AC-TCAT---G-AA-T-AAAGT-GTACACCA-TTTCTC-C--ATATG
gi|15 : --AAAAG-GGA-GAT--AC---TCTTTT--AATA--TGAATAATTATAATGAG-AT-----GA----TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AG-TC-T---G-A--TTAAAGT-GTACACGATTTTCTC-C--ATATGc
gi|14 : --AAAAGCGGA-A---TAC---TCTTTT--AATA--TGAATAATTATAATGAG-AT-----GA----TGTCA-CGTG-TA-TGTA---AG-TCAT---G-AAAT-AAAGT-GTACACGA-TTTCTT-CCAATAT
gi|16 : t--AAAAG-GGA--ATATATAACTCTGTTT-AATA--TGAAT-ATT-TA-TG-GTA---------------CAGCAT--TA-TGTACTTAC-TCA----G-A--T-ACAAT-GTACAC-A-TTTTTCTC--ATATG
gi|18 : tTT-GATA--TGAATA-TT-TA-TGAGTAT-----GA----TGTCA-CGTGATA-TGTA---AC-TCAT---GAA--T-AAAGT-GCAC
gi|17 : A-TGAGTAT-----GA----TGTCA-CGTGGTA-TATA---AC-TCAT---G-AA-T-AAAGT-GTACACCA-TTTCTC-C--ATATG
gi|21 : gc--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---GAA--T-AAAGgc
gi|20 : tatagGTA-TGTA---AC-TCAT---G-AA-T-AAAGT-GTACATGA-TTTCTC-C--ATATG
gi|22 : --T-AAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGTac
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGTCATTTGGTGTGTCACAGTACATAAGACAAGGCAGATCTAACAATACAATCAAC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333 11111 4444444444444444 1 2 1 3333333 1 1 111 1 222222 111 111 1111 22222222 1111 2222222222222 2222222222 111 1111 111111 444444444 11 33333333333 11 1 1 11111 1 2222 222 2 22222222 333333333333333333333 1111 1 11111 00000000000000000000000000000000000 1111111111 111 111111 111 111 222222222222222 11 111 222222 111 111 11111 1 11111 1111 11111 11 333 22222222 1111 111 222222222 1 222222222222222 1111
lowQualScore : 0 0 0 3 8 8 2222222222 88 66666 3 1111111111111111 2 3 0 3 0 0 1111111 0 3 0 111 0 888888 777 777 3 8 7777 99 1 99999999 3333 8888888888888 8 9999999999 6 111 99 1111 999999 99 3 6 222222222 11 8 55555555555 22 0 0 77777 0 1111 8 888 8 3 8 99999999 0 999999999999999999999 3333 8 0 6 6 66666 6 6 11111111111111111111111111111111111 0 6666666666 8 0 444 8 0 8 666666 000 222 5 888888888888888 77 5 5 5 888 5 5 888888 44 000 5 5 000 5 44444 5 4 77 5 44444 5555 44444 5 888 44 222 6 6 33333333 99 6 6 3 6 1 888 4444 1 99 1 111 1 66 5 5 333333333 8 66 8 0 8 44 000000000000000 4 1 7 666 3 666 6666 4 1 4 4 66
lowQualScore : . . . . . . .......... .. ..... . ................ . . . . . . ....... . . . ... . ...... ... ... . . .... .. . ........ .... ............. . .......... . ... .. .... ...... .. . . ......... .. . ........... .. . . ..... . .... . ... . . . ........ . ..................... .... . . . . ..... . . ................................... . .......... . . ... . . . ...... ... ... . ............... .. . . . ... . . ...... .. ... . . ... . ..... . . .. . ..... .... ..... . ... .. ... . . ........ .. . . . . . ... .... . .. . ... . .. . . ......... . .. . . . .. ............... . . . ... . ... .... . . . . ..
lowQualScore : 8 8 8 2 0 0 8888888888 88 66666 8 9999999999999999 0 2 0 2 0 0 3333333 0 2 0 000 0 888888 555 555 2 0 0000 00 8 00000000 4444 2222222222222 0 2222222222 7 777 22 2222 222222 22 5 7 000000000 00 0 22222222222 55 0 0 55555 0 9999 0 000 0 2 0 88888888 8 888888888888888888888 8888 0 0 7 7 77777 7 7 00000000000000000000000000000000000 8 0000000000 0 6 000 2 8 0 444444 000 999 7 999999999999999 77 7 7 7 444 7 7 444444 00 000 7 7 000 7 33333 7 1 99 7 33333 7777 33333 7 000 00 222 7 7 88888888 22 7 7 5 7 0 777 2222 0 22 0 888 0 77 0 0 666666666 1 99 4 0 9 88 111111111111111 0 6 3 444 6 444 8888 0 1 4 4 11
consensus : NNTCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT-TTA-TACATAT--------TAA----TAACGTGACATTA-AAGTCCTCAATTTTAAT-GAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-NTTTTCACTCCA--------AA--TTAAGA-----CCG-----GACT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAGTA--GTTA-GGTTG--AAA-C--G-TTA----TGAG-CACG-AT-TA--G--G-CCTATCGACAATC-GAA-AC---AGAT-A-GGT-TCA-ACAA--TCCACATACCAC--CACG----TACCAC---T-AATGAGAAANT--AC-AATGGC-ATAATC-GT-----CCAA-ACAA-AAACAA-C--ACT-GTTCTACGA-----AGG------CT-NCCGAGTTT--TGT-TT-TACTCT-AGTA---GACAAGCAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-T-----A-TA------CGT-AA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCT---AA-C-AATATA---T-AT-----CA-ACAAAAG--GG-GC-----GTTT-AATAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATAA-AAAAATC-T-GGGC----TCTCAAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TNTGAAAA--TGGGGAAAAA--ATTCAACACT-AAAAGGGA-G-A--TACA--TCTTTTTAATA--TGAATAATT-TA-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---G-A--TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
Reference ( family-136 ) : NNTCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT-TTA-TACATAT--------TAA----TAACGCGACATTA-AAGTCCTCAATTTT-AT-GAAGGGTTGGTGGCTTACATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-NTTTTCACCTCA--------AA--TNAAGA-----CCG-----GACT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAGTA--ATTA-GGTTG--AAA-C--G-TTA----TGAG-CACG-AT-TA--G--G-CCTATCGACAATC-GAA-AC---AGAT-ACGGT-TCA-ACAA--TCCACATACCAC--CACG----TACCAC---T-AATGAGAAANT--AC-AATGGC-ATAATC-GT-----CCAA-ACAA-AAACAA-C--AC--------CGA-----AGG------TT-CCCGAGTTT--TGT-TT-TACTCT-AGTA---GGCAAGCAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-T-----A-TA------CGT-AA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCT---AA-C-AATATA---T-AT-----CA-ACAAAAG--GG-GC-----GTTT-AATAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATAA-AAAAATC-T-GGGC----TCTCAAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TNTGAAAA--TGGGGAAAAA--ATTCAACACT-AAAAGGGA-G-A--TACA--TCTTTTTAATA--TGAATAATT-TA-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---G-A--TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|1 : TCATTAAATTCAAAATATTTA-TGTGACATTAAGTC-CCGTTGT-GTC---------AACGAGTTCAT-TTA-TACATAT--------TAAGAATTAACGTGACATTATAAGTCCTCA-TTTT-AT-GAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAAAGTCGGCATTAAAATA-TAGGCGGCTTAACCTA------ATGGCTGGACACGAATT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-ATTTTCACCTCA--------AA--TAAAGA-----CCG-----GACT-AGGAA-----------T-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--T-GAC-GACAG----GT---GGTTG--AAA-C--GGCTA----TGAG-CACG-AT-TA--G--GGCCTATCGACAA---GAA-AC---AGAT-A-GGT-TCA-ACA---TCCACATACCAC--TACG----TACAAC---T-AATGAGAAAAT--AC-AATGGC-ATAATCCGT-----CCAA-ACAA-AAACAA----AC--------CGA--------------TT-CTCGAGTTT--TGT-TT-TACTCT-AGTA---GACAAACAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-T-----A-TA------CGT-AA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCTAAAAA-C-AATATAAGCT-AT-----CAGACAAAAG--GG-GC-----ATTT-ACTAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATAAGAAAAATC-T-GGGC----TCTCAAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TGTG-AAA--T-GGGAAAAA--ATTCAACAC--AAAAGGGA-G-ATTTACA--TCTTTTTAATA--TGAATAATT-TA-TGAGT-AT--T---------AATTGTCA-CATGGTA-TGTA---AC-TCAT---G-A--TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|10 : caATC-T-TGGC----TC--AAACTA--AAAAT-GTCTT-CA-T-GATTCA-A-TTTAAC----TATGAAAA--TGGGGAAAAA--AATCAACACT-AAAAGGGA-G-A--TA-A--CTCTTTGAATA--TGAAT-ATT-TA-TGAGT-GT--GATGTCAGTCA--TGTCA-CGTAATA-TGTT---AC-TCAT---GAA--TAAAGT-GTACACCA-TTTCTC-C--ATATG
gi|11 : TCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAA------ATTGTAGTC----------ACAG-TTCAGAACA-AACATAT--------TAA----c
gi|12 : ttgtactgcaggaccctgttgtatgaatatgtaatgtgacagtaaagccTTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-ATCCGTTGTATCAACGA-TTCAT-TTA-TACATGTACAATTCATAT----TAACGCGACACTA-AAGTCCTCAATTTTAAT-GAAGGGaa
gi|13 : CGTCATTT------TGT---GTGTTG-T-----AATA------CGT-AA--G-ACAA-TTGA-T-GAG-GCG----------GATCT---TA-C-AATATA---T-AT-----CA-AC-AAAG--GT-GC-----GTTT-AA-AAAGT-----G-AACA--TTGCAC--TTGGA
gi|14 : T-AAAAGCGG-A-A--TAC---TCTTTT-AATA--TGAATAATTATAATGAG--AT--G---------A--TGTCA-CGTG-TA-TGTA---AG-TCAT---G-AAATAAAGT-GTACACGA-TTTCTT-CCAATAT
gi|15 : -AAAAGGGA-G-A--TAC---TCTTTT-AATA--TGAATAATTATAATGAG--AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AG-TC-T---G-AT-TAAAGT-GTACACGATTTTCTC-C--ATATG
gi|16 : T-AAAAGGGA-ATA--TATAACTCTGTTTAATA--TGAATA-TT-TA-TG-GT-A-------------------CAGCAT--TA-TGTACTTAC-TCA----G-A--TACAAT-GTACAC-A-TTTTTCTC--ATATG
gi|17 : A-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TATA---AC-TCAT---GAA--TAAAGT-GTACACCA-TTTCTC-C--ATATG
gi|18 : gcTTGATA--TGAATA-TT-TA-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGATA-TGTA---AC-TCAT---GAA--TAAAGT-GCACgc
gi|2 : TCATTACATTCAAAATATT-AATGAGACAT-AAGTTTCCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT-TTAGTACATAT--------TAA-------CGTGAC-TTA-AAGTCCTCAATTTT-AAAGAAGGGTTGGTGGCTTACATTAA-GTCGGCATT-AA-TATT-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCTTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-ATTTTCA-CTCA--------AAATTTAAGA-----CCG-------CT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-T--TTGTTTCC------GTTTAGAC-GACAGT---GTT--GGTTG--AAACC--A-TT-----TAAG-CACGAAT-TA--G--G-CCTATCGACA--T-GAA-AC---AGAT-A-GGT-TC--AC-A--TCCACATACCAC--CACG----TATCAC---TAAATGAGAAA-T--AC-AAT-GC-AT-ATC-GT-----CC-A-AC---AAACAA-CCAACTTGTTCTACGA-----AGG------CT-ACCGAG----------------------A---GACAACAAAG-GCGTGACGCCATTT------TGTGTGGT--TG-TAA---A-TA------CGT--A-AG-ACGA-T--GAC-GAG-GCGCAA---GCGG-ATCT---AA-C-AATATA---T-AT-----CA-AC-AAAG--GG-GC-----ATTTAAATAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAAT-A-GAAAATC-T-GGGC----TC-AAAACT---AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TCTGAAAA--TGGGAAAAAA--ATTCAACACA-AAAAGGGA-G-
gi|20 : cGTA-TGTA---AC-TCAT---G-AA-TAAAGT-GTACATGA-TTTCTC-C--ATATG
gi|21 : T-AT--A---------G--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---GAA--TAAAGac
gi|22 : --TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|3 : -ATAATC-GT-----CCAA-ACAA-AAACAA-C--ACTAGTTCTACGA-----AGG------CTACTCGGGTTT--TG--TT-TACTCT-AGTA---GACAA-CAAG-GAGTGACGTCATTTTATGTATGT---GT--TG-TA----A-TA------CGT--A-AG-ACGA-TTG-AC-GAG-GCG--A---GCGGATCCT---AA-CAAATATA---T-AT-----CA-ACAAAAGTCGG-GCACTCGGTTT-AACAAAGTTACAAG-AATA---TACACT-TAGGAAAAAT---AGAAATCTT-GGG------CTCAAAATA--ACAAT-TTCTT-C-AT-GATTCATT-TTTAAC----TTTGAAAAAGTAGGGAAAA-----TCAACCCTAAAAAGGGATG-A--TAAA----CTCTCAATA--TGAATAG-T-TA-TGAGTCAT--A---------A--TGTCA-CGT-GTACTGTA---ACGTCATAGGG-A--TAAAGTGGTACACGA-TTTCTC-C---TAT
gi|4 : C-GAACAC---AGAT-A-GGT-TCA-A-----TCCACATACCAC-----------ACC-----T-AATGAACAATT--AC-AATG-C--TAATC-GT-----CCAA-ACAA-AAACAACC--ACA-------CGAAAAGTAGGGCTACTTT-GCCGAGTTT--TGT-TTAAACTCT-AGGA---GGCAAGCAAGTGAGTGACGTCATTT------T-T---G---TG-T-----G-TT------TGT--A-AG-ACGAGTTG-AC-GAG----------GCGGAATCT---AACC-AATATT---TGAT-----CA-ACAAAGG--GGAGC-----GCTT---TAAAA------G-AA-G--CTGTAC--------AATTA--------C-T-TGGC----T---AAACTA--AAAATGTTCTT-CATA-GATCTA-T-T---------TAT-AAAA--TGGGGAAAAAATATTCTACACT-AAAAGGGA-G-A-----A--ACTCTTTAATAATTGAATATCT-TA-TAAGT-ATTGG---------A--TGTCA-CGTGGTATTGGA---AC-TCAT---G-A--
gi|5 : ----------AT-TCGG----T--GTGAAA-A--TTGTTCGC------G--TAGAC-GACAGCA--GTTA-GGTTGACAAA-C--A-TGA----TAGGCCACG-AT-TA--GGCG-CCTATCGACAATCTGAA-ACCCGAGAT-ACGGT-TCA-CCAACTTCCCC---CCACTTTACGCCCTTACCACACTC-AATGAGAAAACCAAA-AAT-GC-ATAATT-GT-----CCAA-ACAAGAAACAA-C--AA--------CAA--------------CT-TCAGTGTTTTCTGTGTT-TACTCTCAGTATGTGGCAAGCA---GGGTGACGTCATTT------TGT---G---TG-TTGGTAA-TA------CGT-AAGAA-ACGA-T--GAC-GAG-GTGC--------GGATCT---AA-C-AATATA---T-ATTCAGCCA-AC-AAAG--GG-GC-----GTTT-AA-AAAGT-----GTAACA--Tat
gi|6 : cAAACTATTTAGAGTCATCCATTGGGAATG-CTTTTCGCTGCAGTTATAAAAA--ATAAGAGGGCTCCT-----GACTGAGGAAGATTGTTTGTAT-TCGGTAAAT--GTGTGA-AATTTGCTTCCTGGTTTG--TTGACAGACAGTAGAATTA-GGTTG--AGA-CCGG-TTAACATTGAG------ATATATCG--G-CCTACCGATTATT-GAA-GCTGCATATTATGGCGTCACGCAA--TCCACATACCAC--CAC------AC--T---T-AATGAGAAATT--ACAAATGGCTATAA---GTAAGTACCAATACAA-AAaccaaagaaatatg
gi|7 : ATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACTTTAAATT-CCGTTGT-ATC---------AACGA--TCGT-----CACAT-----------------TAACGTGACATTA-AAGTTCTCAATTTTAAT-GAAGGTTTG------------------GGCATTAAA-TA-T-AGCAGCTCA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGTC-TGTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-TTTTTCACTCAA--------AA--ATAAGA-----CC------GACT-AGGAA----------AT-TTGG---ATACATGTGATA--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAG-A--GTTATAGTTG--AAA-C--caggtacatcatagaaatacgc
gi|8 : tttcagtggtttaaccctcattggta------TGT---GT--TGCT-----A-TAGATAACTGTTAA-AGTACGA-T-GAACAGAGTGCGC-ACGAGCGGA---------------------T-AT------A-ACGTAAA--GG-CC-----GTTG-AA-AAAGT-----G-AACACATTACACTATTGACGAAATAATAAAAATC-TAGGGCGGAGCCTCAAACTACTAAAAT-TTCTTCCAATAGATT-A-TAATTAACTCTGTTTGAAAA--TG
gi|9 : gtgATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCAGCTTA-CCTACATGTAATGGCTGGACGC---TTCTAGAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCGCC----GGGAGTGATTTTTCACTCTA--------AA--TTAAGA-----CTGTGACCGACT-AGGAA----------ATGTCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAG-A--GTT--GGTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGTCATTTGGTGTGTCACAGTACATAAGACAAGGCAGATCTAACAATACAATCAAC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 11111 4444444444444444 1 2222222 1 1 111 1 222222 111 111 1111 22222222 2222222222222 2222222222 111 1111 111111 222222222 11 33333333333 11 1 1 11 1 11 2222 111 2222 22222222 333333333333333333333 1111 1 11111 77777777777777777777777777777777777 222222222 111 111111 111 111 222222222222222 11 111 222222 111 111 11111 1 11111 1111 11111 11 333 22222222 1111 111 222222222 1 222222222222222 1111
lowQualScore : 0 0 0 3 8 8 2222222222 88 66666 3 1111111111111111 3 0 3 3 7777777 0 3 0 111 0 888888 777 777 3 8 7777 99 3 99999999 99 8888888888888 8 9999999999 6 111 99 1111 999999 99 3 6 888888888 11 8 55555555555 22 0 0 33 0 33 1111 8 444 8 5555 8 99999999 0 999999999999999999999 3333 8 0 6 6 66666 6 6 6 8 44444444444444444444444444444444444 0 000000000 8 0 444 8 8 5 666666 000 222 5 888888888888888 77 5 5 5 888 5 5 888888 44 000 5 5 000 5 44444 5 4 77 5 44444 5555 44444 5 888 44 222 6 6 33333333 99 6 6 3 6 1 888 4444 1 99 1 111 1 66 5 5 333333333 8 66 8 0 8 44 000000000000000 4 1 7 666 3 666 6666 4 1 4 4 66
lowQualScore : . . . . . . .......... .. ..... . ................ . . . . ....... . . . ... . ...... ... ... . . .... .. . ........ .. ............. . .......... . ... .. .... ...... .. . . ......... .. . ........... .. . . .. . .. .... . ... . .... . ........ . ..................... .... . . . . ..... . . . . ................................... . ......... . . ... . . . ...... ... ... . ............... .. . . . ... . . ...... .. ... . . ... . ..... . . .. . ..... .... ..... . ... .. ... . . ........ .. . . . . . ... .... . .. . ... . .. . . ......... . .. . . . .. ............... . . . ... . ... .... . . . . ..
lowQualScore : 8 8 8 2 0 0 8888888888 88 66666 8 9999999999999999 2 0 2 2 3333333 0 2 0 000 0 888888 555 555 2 0 0000 00 2 00000000 44 2222222222222 0 2222222222 7 777 22 2222 222222 22 5 7 555555555 00 0 22222222222 55 0 0 88 0 88 9999 0 000 0 0000 0 88888888 8 888888888888888888888 8888 0 0 7 7 77777 7 7 7 0 44444444444444444444444444444444444 8 222222222 0 6 000 2 0 6 444444 000 999 7 999999999999999 77 7 7 7 444 7 7 444444 00 000 7 7 000 7 33333 7 1 99 7 33333 7777 33333 7 000 00 222 7 7 88888888 22 7 7 5 7 0 777 2222 0 22 0 888 0 77 0 0 666666666 1 99 4 0 9 88 111111111111111 0 6 3 444 6 444 8888 0 1 4 4 11
consensus : NNTCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT-TTA-TACATAT--------TAA----TAACGTGACATTA-AAGTCCTCAATTTTAATGAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-NTTTTCACTCNA--------AA-TTAAGA-----CCG-----GACT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAGTAG--TTA-GGTTGA--AA-C--G-TTA----TGAGC-ACG-AT-TA--GG-C--CTATCGACAATC-GAA-AC---AG-ATA----GGT-TCA-ACAA--TCCACATACCACC--ACG----TACCAC---T-AATGAGAAANT--AC-AATGGC-ATAATC-GT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA-CACC-G-TTCTACGAA------GGC-----TAC-CGAGTTTT--GT-TT-TACTCT-AGTA---GACAAGCAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-T-----A-TA------CGT-AA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCT---AA-C-AATATA---T-AT-----CA-ACAAAAG--GG-GC-----GTTT-AATAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATAA-AAAAATC-T-GGGC----TCTCAAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TNTGAAAA--TGGGGAAAAA--ATTCAACACT-AAAAGGGA-G-A--TACA--TCTTTTTAATA--TGAATAATT-TA-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---G-A--TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
Reference ( family-136 ) : NNTCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT-TTA-TACATAT--------TAA----TAACGTGACATTA-AAGTCCTCAATTTTAATGAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-NTTTTCACTCCA--------AA-TTAAGA-----CCG-----GACT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAGTAG--TTA-GGTTGA--AA-C--G-TTA----TGAGC-ACG-AT-TA--GG-C--CTATCGACAATC-GAA-AC---AG-ATA----GGT-TCA-ACAA--TCCACATACCACC--ACG----TACCAC---T-AATGAGAAANT--AC-AATGGC-ATAATC-GT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA-CACT-G-TTCTACGAA------GGC-----TNC-CGAGTTTT--GT-TT-TACTCT-AGTA---GACAAGCAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-T-----A-TA------CGT-AA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCT---AA-C-AATATA---T-AT-----CA-ACAAAAG--GG-GC-----GTTT-AATAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATAA-AAAAATC-T-GGGC----TCTCAAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TNTGAAAA--TGGGGAAAAA--ATTCAACACT-AAAAGGGA-G-A--TACA--TCTTTTTAATA--TGAATAATT-TA-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---G-A--TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|1 : TCATTAAATTCAAAATATTTA-TGTGACATTAAGTC-CCGTTGT-GTC---------AACGAGTTCAT-TTA-TACATAT--------TAAGAATTAACGTGACATTATAAGTCCTCA-TTTTA-TGAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAAAGTCGGCATTAAAATA-TAGGCGGCTTAACCTA------ATGGCTGGACACGAATT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-ATTTTCACCTCA--------AA-TAAAGA-----CCG-----GACT-AGGAA-----------T-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--T-GAC-GACAG--G--T---GGTTGA--AA-C--GGCTA----TGAGC-ACG-AT-TA--GGGC--CTATCGACAA---GAA-AC---AG-ATA----GGT-TCA-ACA---TCCACATACCACT--ACG----TACAAC---T-AATGAGAAAAT--AC-AATGGC-ATAATCCGT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA--ACC-GATTCT-----------------------CGAGTTTT--GT-TT-TACTCT-AGTA---GACAAACAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-T-----A-TA------CGT-AA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCTAAAAA-C-AATATAAGCT-AT-----CAGACAAAAG--GG-GC-----ATTT-ACTAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATAAGAAAAATC-T-GGGC----TCTCAAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TGTG-AAA--T-GGGAAAAA--ATTCAACAC--AAAAGGGA-G-ATTTACA--TCTTTTTAATA--TGAATAATT-TA-TGAGT-AT--T---------AATTGTCA-CATGGTA-TGTA---AC-TCAT---G-A--TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|10 : caATC-T-TGGC----TC--AAACTA--AAAAT-GTCTT-CA-T-GATTCA-A-TTTAAC----TATGAAAA--TGGGGAAAAA--AATCAACACT-AAAAGGGA-G-A--TA-A--CTCTTTGAATA--TGAAT-ATT-TA-TGAGT-GT--GATGTCAGTCA--TGTCA-CGTAATA-TGTT---AC-TCAT---GAA--TAAAGT-GTACACCA-TTTCTC-C--ATATG
gi|11 : TCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAA------ATTGTAGTC----------ACAG-TTCAGAACA-AACATAT--------TAA----c
gi|12 : ttgtactgcaggaccctgttgtatgaatatgtaatgtgacagtaaagccTTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-ATCCGTTGTATCAACGA-TTCAT-TTA-TACATGTACAATTCATAT----TAACGCGACACTA-AAGTCCTCAATTTTAATGAAGGGaa
gi|13 : CGTCATTT------TGT---GTGTTG-T-----AATA------CGT-AA--G-ACAA-TTGA-T-GAG-GCG----------GATCT---TA-C-AATATA---T-AT-----CA-AC-AAAG--GT-GC-----GTTT-AA-AAAGT-----G-AACA--TTGCAC--TTGGA
gi|14 : T-AAAAGCGG-A-A--TAC---TCTTTT-AATA--TGAATAATTATAATGAG--AT--G---------A--TGTCA-CGTG-TA-TGTA---AG-TCAT---G-AAATAAAGT-GTACACGA-TTTCTT-CCAATAT
gi|15 : -AAAAGGGA-G-A--TAC---TCTTTT-AATA--TGAATAATTATAATGAG--AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AG-TC-T---G-AT-TAAAGT-GTACACGATTTTCTC-C--ATATG
gi|16 : T-AAAAGGGA-ATA--TATAACTCTGTTTAATA--TGAATA-TT-TA-TG-GT-A-------------------CAGCAT--TA-TGTACTTAC-TCA----G-A--TACAAT-GTACAC-A-TTTTTCTC--ATATG
gi|17 : A-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TATA---AC-TCAT---GAA--TAAAGT-GTACACCA-TTTCTC-C--ATATG
gi|18 : gcTTGATA--TGAATA-TT-TA-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGATA-TGTA---AC-TCAT---GAA--TAAAGT-GCACgc
gi|2 : TCATTACATTCAAAATATT-AATGAGACAT-AAGTTTCCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT-TTAGTACATAT--------TAA-------CGTGAC-TTA-AAGTCCTCAATTTTAAAGAAGGGTTGGTGGCTTACATTAA-GTCGGCATT-AA-TATT-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCTTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-ATTTTCACTCAA--------AATTTAAGA-----CCG-------CT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-T--TTGTTTCC------GTTTAGAC-GACAGT-G--TT--GGTTGA--AACC--A-TT-----TAAGC-ACGAAT-TA--GG-C--CTATCGACA--T-GAA-AC---AG-ATA----GGT-TC--AC-A--TCCACATACCACC--ACG----TATCAC---TAAATGAGAAA-T--AC-AAT-GC-AT-ATC-GT-----CC-A-ACAA-ACAACCAA-C-TT-G-TTCTACGAA------GGC-----TAC-CGAG----------------------A---GACAACAAAG-GCGTGACGCCATTT------TGTGTGGT--TG-TAA---A-TA------CGT--A-AG-ACGA-T--GAC-GAG-GCGCAA---GCGG-ATCT---AA-C-AATATA---T-AT-----CA-AC-AAAG--GG-GC-----ATTTAAATAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAAT-A-GAAAATC-T-GGGC----TC-AAAACT---AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TCTGAAAA--TGGGAAAAAA--ATTCAACACA-AAAAGGGA-G-
gi|20 : cGTA-TGTA---AC-TCAT---G-AA-TAAAGT-GTACATGA-TTTCTC-C--ATATG
gi|21 : T-AT--A---------G--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---GAA--TAAAGac
gi|22 : --TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|3 : -ATAATC-GT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA-CACTAG-TTCTACGAA------GGC-----TACTCGGGTTTT--G--TT-TACTCT-AGTA---GACAA-CAAG-GAGTGACGTCATTTTATGTATGT---GT--TG-TA----A-TA------CGT--A-AG-ACGA-TTG-AC-GAG-GCG--A---GCGGATCCT---AA-CAAATATA---T-AT-----CA-ACAAAAGTCGG-GCACTCGGTTT-AACAAAGTTACAAG-AATA---TACACT-TAGGAAAAAT---AGAAATCTT-GGG------CTCAAAATA--ACAAT-TTCTT-C-AT-GATTCATT-TTTAAC----TTTGAAAAAGTAGGGAAAA-----TCAACCCTAAAAAGGGATG-A--TAAA----CTCTCAATA--TGAATAG-T-TA-TGAGTCAT--A---------A--TGTCA-CGT-GTACTGTA---ACGTCATAGGG-A--TAAAGTGGTACACGA-TTTCTC-C---TAT
gi|4 : C-GAACAC---AG-ATA----GGT-TCA-A-----TCCACATACCAC-----------ACC-----T-AATGAACAATT--AC-AATG-C--TAATC-GT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAACCAC--------ACGAAAAGTAGGGCTACTTTGC-CGAGTTTT--GT-TTAAACTCT-AGGA---GGCAAGCAAGTGAGTGACGTCATTT------T-T---G---TG-T-----G-TT------TGT--A-AG-ACGAGTTG-AC-GAG----------GCGGAATCT---AACC-AATATT---TGAT-----CA-ACAAAGG--GGAGC-----GCTT---TAAAA------G-AA-G--CTGTAC--------AATTA--------C-T-TGGC----T---AAACTA--AAAATGTTCTT-CATA-GATCTA-T-T---------TAT-AAAA--TGGGGAAAAAATATTCTACACT-AAAAGGGA-G-A-----A--ACTCTTTAATAATTGAATATCT-TA-TAAGT-ATTGG---------A--TGTCA-CGTGGTATTGGA---AC-TCAT---G-A--
gi|5 : ----------AT-TCGG----T--GTGAAA-A--TTGTTCGC------G--TAGAC-GACAGCAG--TTA-GGTTGACAAA-C--A-TGA----TAGGCCACG-AT-TA--GG-CGCCTATCGACAATCTGAA-ACCCGAG-ATAC---GGT-TCA-CCAACTTCCCC---CCACTTTACGCCCTTACCACACTC-AATGAGAAAACCAAA-AATG-C-ATAATT-GT-----CCAA-ACAAGA-AA-CAA-CA---------ACAA---------C-----TTC-AGTGTTTTCTGTGTT-TACTCTCAGTATGTGGCAAGCAGG-G--TGACGTCATTT------TGT---G---TG-TTGGTAA-TA------CGT-AAGAA-ACGA-T--GAC-GAG-GTGC--------GGATCT---AA-C-AATATA---T-ATTCAGCCA-AC-AAAG--GG-GC-----GTTT-AA-AAAGT-----GTAACA--Tat
gi|6 : cAAACTATTTAGAGTCATCCATTGGGAATG-CTTTTCGCTGCAGTTATAAAAA-ATAAGAGGGCTCCT-----GACTGAGGAAGATTGTTTGTAT-TCGGTAAAT--GTGTGA-AATTTGCTTCCTGGTTTG--TTGACAGACAGTAGAATTA-GGTTGA--GA-CCGG-TTAACATTGAG------ATATATCGG-C--CTACCGATTATT-GAA-GC---TGCATATTATGGCGTCACGCAA--TCCACATACCACC--AC------AC--T---T-AATGAGAAATT--ACAAATGGCTATAA---GTAAGTACCAATACAA-A-Aaccaaagaaatatg
gi|7 : ATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACTTTAAATT-CCGTTGT-ATC---------AACGA--TCGT-----CACAT-----------------TAACGTGACATTA-AAGTTCTCAATTTTAATGAAGGTTTG------------------GGCATTAAA-TA-T-AGCAGCTCA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGTC-TGTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-TTTTTCACTCAA--------AA-ATAAGA-----CC------GACT-AGGAA----------AT-TTGG---ATACATGTGATA--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAG-AG--TTATAGTTGA--AA-C--caggtacatcatagaaatacgc
gi|8 : tttcagtggtttaaccctcattggta------TGT---GT--TGCT-----A-TAGATAACTGTTAA-AGTACGA-T-GAACAGAGTGCGC-ACGAGCGGA---------------------T-AT------A-ACGTAAA--GG-CC-----GTTG-AA-AAAGT-----G-AACACATTACACTATTGACGAAATAATAAAAATC-TAGGGCGGAGCCTCAAACTACTAAAAT-TTCTTCCAATAGATT-A-TAATTAACTCTGTTTGAAAA--TG
gi|9 : gtgATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCAGCTTA-CCTACATGTAATGGCTGGACGC---TTCTAGAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCGCC----GGGAGTGATTTTTCACTCTA--------AA-TTAAGA-----CTGTGACCGACT-AGGAA----------ATGTCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAG-AG--TT--GGTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGTCATTTGGTGTGTCACAGTACATAAGACAAGGCAGATCTAACAATACAATCAAC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 11111 4444444444444444 1 2222222 1 1 111 1 222222 111 111 1111 2222222222 2222222222222 2222222222 111 1111 111111 222222222 11 33333333333 11 1 1 11 1 11 2222 111 2222 22222222 333333333333333333333 1111 1 11111 77777777777777777777777777777777777 222222222 111 111111 111 111 222222222222222 11 111 222222 111 111 11111 1 11111 1111 11111 11 333 22222222 1111 111 222222222 1 222222222222222 1111
lowQualScore : 0 0 0 3 8 8 2222222222 88 66666 3 1111111111111111 3 0 3 3 7777777 0 3 0 111 0 888888 777 777 3 8 7777 99 8888888888 99 8888888888888 8 9999999999 6 111 99 1111 999999 99 3 6 888888888 11 8 55555555555 22 0 0 33 0 33 1111 8 444 8 5555 8 99999999 0 999999999999999999999 3333 8 0 6 6 66666 6 6 6 8 44444444444444444444444444444444444 0 000000000 8 0 444 8 8 5 666666 000 222 5 888888888888888 77 5 5 5 888 5 5 888888 44 000 5 5 000 5 44444 5 4 77 5 44444 5555 44444 5 888 44 222 6 6 33333333 99 6 6 3 6 1 888 4444 1 99 1 111 1 66 5 5 333333333 8 66 8 0 8 44 000000000000000 4 1 7 666 3 666 6666 4 1 4 4 66
lowQualScore : . . . . . . .......... .. ..... . ................ . . . . ....... . . . ... . ...... ... ... . . .... .. .......... .. ............. . .......... . ... .. .... ...... .. . . ......... .. . ........... .. . . .. . .. .... . ... . .... . ........ . ..................... .... . . . . ..... . . . . ................................... . ......... . . ... . . . ...... ... ... . ............... .. . . . ... . . ...... .. ... . . ... . ..... . . .. . ..... .... ..... . ... .. ... . . ........ .. . . . . . ... .... . .. . ... . .. . . ......... . .. . . . .. ............... . . . ... . ... .... . . . . ..
lowQualScore : 8 8 8 2 0 0 8888888888 88 66666 8 9999999999999999 2 0 2 2 3333333 0 2 0 000 0 888888 555 555 2 0 0000 00 2222222222 44 2222222222222 0 2222222222 7 777 22 2222 222222 22 5 7 555555555 00 0 22222222222 55 0 0 88 0 88 9999 0 000 0 0000 0 88888888 8 888888888888888888888 8888 0 0 7 7 77777 7 7 7 0 44444444444444444444444444444444444 8 222222222 0 6 000 2 0 6 444444 000 999 7 999999999999999 77 7 7 7 444 7 7 444444 00 000 7 7 000 7 33333 7 1 99 7 33333 7777 33333 7 000 00 222 7 7 88888888 22 7 7 5 7 0 777 2222 0 22 0 888 0 77 0 0 666666666 1 99 4 0 9 88 111111111111111 0 6 3 444 6 444 8888 0 1 4 4 11
consensus : NNTCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT-TTA-TACATAT--------TAA----TAACGTGACATTA-AAGTCCTCAATTTTAATGAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-NTTTTCACT-CA-------AAA-TTAAGA-----CCG-----GACT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAGTAG--TTA-GGTTGA--AA-C--G-TTA----TGAGC-ACG-AT-TA--GG-C--CTATCGACAATC-GAA-AC---AG-ATA----GGT-TCA-ACAA--TCCACATACCACC--ACG----TACCAC---T-AATGAGAAANT--AC-AATGGC-ATAATC-GT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA-CACC-G-TTCTACGAA------GGCTA-----C-CGAGTTTT--GT-TT-TACTCT-AGTA---GACAAGCAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-T-----A-TA------CGT-AA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCT---AA-C-AATATA---T-AT-----CA-ACAAAAG--GG-GC-----GTTT-AATAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATAA-AAAAATC-T-GGGC----TCTCAAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TNTGAAAA--TGGGGAAAAA--ATTCAACACT-AAAAGGGA-G-A--TACA--TCTTTTTAATA--TGAATAATT-TA-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---G-A--TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
Reference ( family-136 ) : NNTCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT-TTA-TACATAT--------TAA----TAACGTGACATTA-AAGTCCTCAATTTTAATGAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-NTTTTCACT-CN-------AAA-TTAAGA-----CCG-----GACT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAGTAG--TTA-GGTTGA--AA-C--G-TTA----TGAGC-ACG-AT-TA--GG-C--CTATCGACAATC-GAA-AC---AG-ATA----GGT-TCA-ACAA--TCCACATACCACC--ACG----TACCAC---T-AATGAGAAANT--AC-AATGGC-ATAATC-GT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA-CACC-G-TTCTACGAA------GGCTA-----C-CGAGTTTT--GT-TT-TACTCT-AGTA---GACAAGCAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-T-----A-TA------CGT-AA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCT---AA-C-AATATA---T-AT-----CA-ACAAAAG--GG-GC-----GTTT-AATAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATAA-AAAAATC-T-GGGC----TCTCAAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TNTGAAAA--TGGGGAAAAA--ATTCAACACT-AAAAGGGA-G-A--TACA--TCTTTTTAATA--TGAATAATT-TA-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---G-A--TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|1 : TCATTAAATTCAAAATATTTA-TGTGACATTAAGTC-CCGTTGT-GTC---------AACGAGTTCAT-TTA-TACATAT--------TAAGAATTAACGTGACATTATAAGTCCTCA-TTTTA-TGAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAAAGTCGGCATTAAAATA-TAGGCGGCTTAACCTA------ATGGCTGGACACGAATT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-ATTTTCACC-TC-------AAA-TAAAGA-----CCG-----GACT-AGGAA-----------T-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--T-GAC-GACAG--G--T---GGTTGA--AA-C--GGCTA----TGAGC-ACG-AT-TA--GGGC--CTATCGACAA---GAA-AC---AG-ATA----GGT-TCA-ACA---TCCACATACCACT--ACG----TACAAC---T-AATGAGAAAAT--AC-AATGGC-ATAATCCGT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA--ACC-GATTCT-----------------------CGAGTTTT--GT-TT-TACTCT-AGTA---GACAAACAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-T-----A-TA------CGT-AA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCTAAAAA-C-AATATAAGCT-AT-----CAGACAAAAG--GG-GC-----ATTT-ACTAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATAAGAAAAATC-T-GGGC----TCTCAAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TGTG-AAA--T-GGGAAAAA--ATTCAACAC--AAAAGGGA-G-ATTTACA--TCTTTTTAATA--TGAATAATT-TA-TGAGT-AT--T---------AATTGTCA-CATGGTA-TGTA---AC-TCAT---G-A--TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|10 : caATC-T-TGGC----TC--AAACTA--AAAAT-GTCTT-CA-T-GATTCA-A-TTTAAC----TATGAAAA--TGGGGAAAAA--AATCAACACT-AAAAGGGA-G-A--TA-A--CTCTTTGAATA--TGAAT-ATT-TA-TGAGT-GT--GATGTCAGTCA--TGTCA-CGTAATA-TGTT---AC-TCAT---GAA--TAAAGT-GTACACCA-TTTCTC-C--ATATG
gi|11 : TCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAA------ATTGTAGTC----------ACAG-TTCAGAACA-AACATAT--------TAA----c
gi|12 : ttgtactgcaggaccctgttgtatgaatatgtaatgtgacagtaaagccTTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-ATCCGTTGTATCAACGA-TTCAT-TTA-TACATGTACAATTCATAT----TAACGCGACACTA-AAGTCCTCAATTTTAATGAAGGGaa
gi|13 : CGTCATTT------TGT---GTGTTG-T-----AATA------CGT-AA--G-ACAA-TTGA-T-GAG-GCG----------GATCT---TA-C-AATATA---T-AT-----CA-AC-AAAG--GT-GC-----GTTT-AA-AAAGT-----G-AACA--TTGCAC--TTGGA
gi|14 : T-AAAAGCGG-A-A--TAC---TCTTTT-AATA--TGAATAATTATAATGAG--AT--G---------A--TGTCA-CGTG-TA-TGTA---AG-TCAT---G-AAATAAAGT-GTACACGA-TTTCTT-CCAATAT
gi|15 : -AAAAGGGA-G-A--TAC---TCTTTT-AATA--TGAATAATTATAATGAG--AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AG-TC-T---G-AT-TAAAGT-GTACACGATTTTCTC-C--ATATG
gi|16 : T-AAAAGGGA-ATA--TATAACTCTGTTTAATA--TGAATA-TT-TA-TG-GT-A-------------------CAGCAT--TA-TGTACTTAC-TCA----G-A--TACAAT-GTACAC-A-TTTTTCTC--ATATG
gi|17 : A-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TATA---AC-TCAT---GAA--TAAAGT-GTACACCA-TTTCTC-C--ATATG
gi|18 : gcTTGATA--TGAATA-TT-TA-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGATA-TGTA---AC-TCAT---GAA--TAAAGT-GCACgc
gi|2 : TCATTACATTCAAAATATT-AATGAGACAT-AAGTTTCCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT-TTAGTACATAT--------TAA-------CGTGAC-TTA-AAGTCCTCAATTTTAAAGAAGGGTTGGTGGCTTACATTAA-GTCGGCATT-AA-TATT-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCTTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-ATTTTCACT-CA-------AAATTTAAGA-----CCG-------CT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-T--TTGTTTCC------GTTTAGAC-GACAGT-G--TT--GGTTGA--AACC--A-TT-----TAAGC-ACGAAT-TA--GG-C--CTATCGACA--T-GAA-AC---AG-ATA----GGT-TC--AC-A--TCCACATACCACC--ACG----TATCAC---TAAATGAGAAA-T--AC-AAT-GC-AT-ATC-GT-----CC-A-ACAA-ACAACCAA-C-TT-G-TTCTACGAA------GGCTA-----C-CGAG----------------------A---GACAACAAAG-GCGTGACGCCATTT------TGTGTGGT--TG-TAA---A-TA------CGT--A-AG-ACGA-T--GAC-GAG-GCGCAA---GCGG-ATCT---AA-C-AATATA---T-AT-----CA-AC-AAAG--GG-GC-----ATTTAAATAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAAT-A-GAAAATC-T-GGGC----TC-AAAACT---AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TCTGAAAA--TGGGAAAAAA--ATTCAACACA-AAAAGGGA-G-
gi|20 : cGTA-TGTA---AC-TCAT---G-AA-TAAAGT-GTACATGA-TTTCTC-C--ATATG
gi|21 : T-AT--A---------G--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---GAA--TAAAGac
gi|22 : --TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|3 : -ATAATC-GT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA-CACTAG-TTCTACGAA------GGCTA-----CTCGGGTTTT--G--TT-TACTCT-AGTA---GACAA-CAAG-GAGTGACGTCATTTTATGTATGT---GT--TG-TA----A-TA------CGT--A-AG-ACGA-TTG-AC-GAG-GCG--A---GCGGATCCT---AA-CAAATATA---T-AT-----CA-ACAAAAGTCGG-GCACTCGGTTT-AACAAAGTTACAAG-AATA---TACACT-TAGGAAAAAT---AGAAATCTT-GGG------CTCAAAATA--ACAAT-TTCTT-C-AT-GATTCATT-TTTAAC----TTTGAAAAAGTAGGGAAAA-----TCAACCCTAAAAAGGGATG-A--TAAA----CTCTCAATA--TGAATAG-T-TA-TGAGTCAT--A---------A--TGTCA-CGT-GTACTGTA---ACGTCATAGGG-A--TAAAGTGGTACACGA-TTTCTC-C---TAT
gi|4 : C-GAACAC---AG-ATA----GGT-TCA-A-----TCCACATACCAC-----------ACC-----T-AATGAACAATT--AC-AATG-C--TAATC-GT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAACCAC--------ACGAAAAGTAGGGCTACTTTGC-CGAGTTTT--GT-TTAAACTCT-AGGA---GGCAAGCAAGTGAGTGACGTCATTT------T-T---G---TG-T-----G-TT------TGT--A-AG-ACGAGTTG-AC-GAG----------GCGGAATCT---AACC-AATATT---TGAT-----CA-ACAAAGG--GGAGC-----GCTT---TAAAA------G-AA-G--CTGTAC--------AATTA--------C-T-TGGC----T---AAACTA--AAAATGTTCTT-CATA-GATCTA-T-T---------TAT-AAAA--TGGGGAAAAAATATTCTACACT-AAAAGGGA-G-A-----A--ACTCTTTAATAATTGAATATCT-TA-TAAGT-ATTGG---------A--TGTCA-CGTGGTATTGGA---AC-TCAT---G-A--
gi|5 : ----------AT-TCGG----T--GTGAAA-A--TTGTTCGC------G--TAGAC-GACAGCAG--TTA-GGTTGACAAA-C--A-TGA----TAGGCCACG-AT-TA--GG-CGCCTATCGACAATCTGAA-ACCCGAG-ATAC---GGT-TCA-CCAACTTCCCC---CCACTTTACGCCCTTACCACACTC-AATGAGAAAACCAAA-AATG-C-ATAATT-GT-----CCAA-ACAAGA-AA-CAA-CA---------ACAA---------CTT-----C-AGTGTTTTCTGTGTT-TACTCTCAGTATGTGGCAAGCAGG-G--TGACGTCATTT------TGT---G---TG-TTGGTAA-TA------CGT-AAGAA-ACGA-T--GAC-GAG-GTGC--------GGATCT---AA-C-AATATA---T-ATTCAGCCA-AC-AAAG--GG-GC-----GTTT-AA-AAAGT-----GTAACA--Tat
gi|6 : cAAACTATTTAGAGTCATCCATTGGGAATG-CTTTTCGCTGCAGTTATAAAAA-ATAAGAGGGCTCCT-----GACTGAGGAAGATTGTTTGTAT-TCGGTAAAT--GTGTGA-AATTTGCTTCCTGGTTTG--TTGACAGACAGTAGAATTA-GGTTGA--GA-CCGG-TTAACATTGAG------ATATATCGG-C--CTACCGATTATT-GAA-GC---TGCATATTATGGCGTCACGCAA--TCCACATACCACC--AC------AC--T---T-AATGAGAAATT--ACAAATGGCTATAA---GTAAGTACCAATACAA-A-Aaccaaagaaatatg
gi|7 : ATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACTTTAAATT-CCGTTGT-ATC---------AACGA--TCGT-----CACAT-----------------TAACGTGACATTA-AAGTTCTCAATTTTAATGAAGGTTTG------------------GGCATTAAA-TA-T-AGCAGCTCA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGTC-TGTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-TTTTTCACT-CA-------AAA-ATAAGA-----CC------GACT-AGGAA----------AT-TTGG---ATACATGTGATA--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAG-AG--TTATAGTTGA--AA-C--caggtacatcatagaaatacgc
gi|8 : tttcagtggtttaaccctcattggta------TGT---GT--TGCT-----A-TAGATAACTGTTAA-AGTACGA-T-GAACAGAGTGCGC-ACGAGCGGA---------------------T-AT------A-ACGTAAA--GG-CC-----GTTG-AA-AAAGT-----G-AACACATTACACTATTGACGAAATAATAAAAATC-TAGGGCGGAGCCTCAAACTACTAAAAT-TTCTTCCAATAGATT-A-TAATTAACTCTGTTTGAAAA--TG
gi|9 : gtgATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCAGCTTA-CCTACATGTAATGGCTGGACGC---TTCTAGAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCGCC----GGGAGTGATTTTTCACT-CT-------AAA-TTAAGA-----CTGTGACCGACT-AGGAA----------ATGTCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAG-AG--TT--GGTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGTCATTTGGTGTGTCACAGTACATAAGACAAGGCAGATCTAACAATACAATCAAC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 11111 4444444444444444 1 2222222 1 1 111 1 222222 111 111 1111 2222222222 2222222222222 2222222222 111 1111 111111 222222222 11 33333333333 11 1 1 11 1 11 2222 111 2222 22222222 333333333333333333333 1111 1 11111 77777777777777777777777777777777777 222222222 111 111111 111 111 222222222222222 11 111 222222 111 111 11111 1 11111 1111 11111 11 333 22222222 1111 111 222222222 1 222222222222222 1111
lowQualScore : 0 0 0 3 8 8 2222222222 88 66666 3 1111111111111111 3 0 3 3 7777777 0 3 0 111 0 888888 777 777 3 8 7777 99 8888888888 99 8888888888888 8 9999999999 6 111 99 1111 999999 99 3 6 888888888 11 8 55555555555 22 0 0 33 0 33 1111 8 444 8 5555 8 99999999 0 999999999999999999999 3333 8 0 6 6 66666 6 6 6 8 44444444444444444444444444444444444 0 000000000 8 0 444 8 8 5 666666 000 222 5 888888888888888 77 5 5 5 888 5 5 888888 44 000 5 5 000 5 44444 5 4 77 5 44444 5555 44444 5 888 44 222 6 6 33333333 99 6 6 3 6 1 888 4444 1 99 1 111 1 66 5 5 333333333 8 66 8 0 8 44 000000000000000 4 1 7 666 3 666 6666 4 1 4 4 66
lowQualScore : . . . . . . .......... .. ..... . ................ . . . . ....... . . . ... . ...... ... ... . . .... .. .......... .. ............. . .......... . ... .. .... ...... .. . . ......... .. . ........... .. . . .. . .. .... . ... . .... . ........ . ..................... .... . . . . ..... . . . . ................................... . ......... . . ... . . . ...... ... ... . ............... .. . . . ... . . ...... .. ... . . ... . ..... . . .. . ..... .... ..... . ... .. ... . . ........ .. . . . . . ... .... . .. . ... . .. . . ......... . .. . . . .. ............... . . . ... . ... .... . . . . ..
lowQualScore : 8 8 8 2 0 0 8888888888 88 66666 8 9999999999999999 2 0 2 2 3333333 0 2 0 000 0 888888 555 555 2 0 0000 00 2222222222 44 2222222222222 0 2222222222 7 777 22 2222 222222 22 5 7 555555555 00 0 22222222222 55 0 0 88 0 88 9999 0 000 0 0000 0 88888888 8 888888888888888888888 8888 0 0 7 7 77777 7 7 7 0 44444444444444444444444444444444444 8 222222222 0 6 000 2 0 6 444444 000 999 7 999999999999999 77 7 7 7 444 7 7 444444 00 000 7 7 000 7 33333 7 1 99 7 33333 7777 33333 7 000 00 222 7 7 88888888 22 7 7 5 7 0 777 2222 0 22 0 888 0 77 0 0 666666666 1 99 4 0 9 88 111111111111111 0 6 3 444 6 444 8888 0 1 4 4 11
consensus : NNTCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT-TTA-TACATAT--------TAA----TAACGTGACATTA-AAGTCCTCAATTTTAATGAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-NTTTTCACT-CA-------AAA-TTAAGA-----CCG-----GACT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAGTAG--TTA-GGTTGA--AA-C--G-TTA----TGAGC-ACG-AT-TA--GG-C--CTATCGACAATC-GAA-AC---AG-ATA----GGT-TCA-ACAA--TCCACATACCACC--ACG----TACCAC---T-AATGAGAAANT--AC-AATGGC-ATAATC-GT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA-CACC-G-TTCTACGAA------GGCTA-----C-CGAGTTTT--GT-TT-TACTCT-AGTA---GACAAGCAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-T-----A-TA------CGT-AA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCT---AA-C-AATATA---T-AT-----CA-ACAAAAG--GG-GC-----GTTT-AATAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATAA-AAAAATC-T-GGGC----TCTCAAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TNTGAAAA--TGGGGAAAAA--ATTCAACACT-AAAAGGGA-G-A--TACA--TCTTTTTAATA--TGAATAATT-TA-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---G-A--TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
Reference ( family-136 ) : NNTCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT-TTA-TACATAT--------TAA----TAACGTGACATTA-AAGTCCTCAATTTTAATGAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-NTTTTCACT-CA-------AAA-TTAAGA-----CCG-----GACT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAGTAG--TTA-GGTTGA--AA-C--G-TTA----TGAGC-ACG-AT-TA--GG-C--CTATCGACAATC-GAA-AC---AG-ATA----GGT-TCA-ACAA--TCCACATACCACC--ACG----TACCAC---T-AATGAGAAANT--AC-AATGGC-ATAATC-GT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA-CACC-G-TTCTACGAA------GGCTA-----C-CGAGTTTT--GT-TT-TACTCT-AGTA---GACAAGCAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-T-----A-TA------CGT-AA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCT---AA-C-AATATA---T-AT-----CA-ACAAAAG--GG-GC-----GTTT-AATAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATAA-AAAAATC-T-GGGC----TCTCAAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TNTGAAAA--TGGGGAAAAA--ATTCAACACT-AAAAGGGA-G-A--TACA--TCTTTTTAATA--TGAATAATT-TA-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---G-A--TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|1 : TCATTAAATTCAAAATATTTA-TGTGACATTAAGTC-CCGTTGT-GTC---------AACGAGTTCAT-TTA-TACATAT--------TAAGAATTAACGTGACATTATAAGTCCTCA-TTTTA-TGAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAAAGTCGGCATTAAAATA-TAGGCGGCTTAACCTA------ATGGCTGGACACGAATT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-ATTTTCACC-TC-------AAA-TAAAGA-----CCG-----GACT-AGGAA-----------T-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--T-GAC-GACAG--G--T---GGTTGA--AA-C--GGCTA----TGAGC-ACG-AT-TA--GGGC--CTATCGACAA---GAA-AC---AG-ATA----GGT-TCA-ACA---TCCACATACCACT--ACG----TACAAC---T-AATGAGAAAAT--AC-AATGGC-ATAATCCGT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA--ACC-GATTCT-----------------------CGAGTTTT--GT-TT-TACTCT-AGTA---GACAAACAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-T-----A-TA------CGT-AA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCTAAAAA-C-AATATAAGCT-AT-----CAGACAAAAG--GG-GC-----ATTT-ACTAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATAAGAAAAATC-T-GGGC----TCTCAAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TGTG-AAA--T-GGGAAAAA--ATTCAACAC--AAAAGGGA-G-ATTTACA--TCTTTTTAATA--TGAATAATT-TA-TGAGT-AT--T---------AATTGTCA-CATGGTA-TGTA---AC-TCAT---G-A--TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|10 : caATC-T-TGGC----TC--AAACTA--AAAAT-GTCTT-CA-T-GATTCA-A-TTTAAC----TATGAAAA--TGGGGAAAAA--AATCAACACT-AAAAGGGA-G-A--TA-A--CTCTTTGAATA--TGAAT-ATT-TA-TGAGT-GT--GATGTCAGTCA--TGTCA-CGTAATA-TGTT---AC-TCAT---GAA--TAAAGT-GTACACCA-TTTCTC-C--ATATG
gi|11 : TCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAA------ATTGTAGTC----------ACAG-TTCAGAACA-AACATAT--------TAA----c
gi|12 : ttgtactgcaggaccctgttgtatgaatatgtaatgtgacagtaaagccTTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-ATCCGTTGTATCAACGA-TTCAT-TTA-TACATGTACAATTCATAT----TAACGCGACACTA-AAGTCCTCAATTTTAATGAAGGGaa
gi|13 : CGTCATTT------TGT---GTGTTG-T-----AATA------CGT-AA--G-ACAA-TTGA-T-GAG-GCG----------GATCT---TA-C-AATATA---T-AT-----CA-AC-AAAG--GT-GC-----GTTT-AA-AAAGT-----G-AACA--TTGCAC--TTGGA
gi|14 : T-AAAAGCGG-A-A--TAC---TCTTTT-AATA--TGAATAATTATAATGAG--AT--G---------A--TGTCA-CGTG-TA-TGTA---AG-TCAT---G-AAATAAAGT-GTACACGA-TTTCTT-CCAATAT
gi|15 : -AAAAGGGA-G-A--TAC---TCTTTT-AATA--TGAATAATTATAATGAG--AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AG-TC-T---G-AT-TAAAGT-GTACACGATTTTCTC-C--ATATG
gi|16 : T-AAAAGGGA-ATA--TATAACTCTGTTTAATA--TGAATA-TT-TA-TG-GT-A-------------------CAGCAT--TA-TGTACTTAC-TCA----G-A--TACAAT-GTACAC-A-TTTTTCTC--ATATG
gi|17 : A-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TATA---AC-TCAT---GAA--TAAAGT-GTACACCA-TTTCTC-C--ATATG
gi|18 : gcTTGATA--TGAATA-TT-TA-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGATA-TGTA---AC-TCAT---GAA--TAAAGT-GCACgc
gi|2 : TCATTACATTCAAAATATT-AATGAGACAT-AAGTTTCCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT-TTAGTACATAT--------TAA-------CGTGAC-TTA-AAGTCCTCAATTTTAAAGAAGGGTTGGTGGCTTACATTAA-GTCGGCATT-AA-TATT-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCTTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-ATTTTCACT-CA-------AAATTTAAGA-----CCG-------CT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-T--TTGTTTCC------GTTTAGAC-GACAGT-G--TT--GGTTGA--AACC--A-TT-----TAAGC-ACGAAT-TA--GG-C--CTATCGACA--T-GAA-AC---AG-ATA----GGT-TC--AC-A--TCCACATACCACC--ACG----TATCAC---TAAATGAGAAA-T--AC-AAT-GC-AT-ATC-GT-----CC-A-ACAA-ACAACCAA-C-TT-G-TTCTACGAA------GGCTA-----C-CGAG----------------------A---GACAACAAAG-GCGTGACGCCATTT------TGTGTGGT--TG-TAA---A-TA------CGT--A-AG-ACGA-T--GAC-GAG-GCGCAA---GCGG-ATCT---AA-C-AATATA---T-AT-----CA-AC-AAAG--GG-GC-----ATTTAAATAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAAT-A-GAAAATC-T-GGGC----TC-AAAACT---AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TCTGAAAA--TGGGAAAAAA--ATTCAACACA-AAAAGGGA-G-
gi|20 : cGTA-TGTA---AC-TCAT---G-AA-TAAAGT-GTACATGA-TTTCTC-C--ATATG
gi|21 : T-AT--A---------G--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---GAA--TAAAGac
gi|22 : --TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|3 : -ATAATC-GT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA-CACTAG-TTCTACGAA------GGCTA-----CTCGGGTTTT--G--TT-TACTCT-AGTA---GACAA-CAAG-GAGTGACGTCATTTTATGTATGT---GT--TG-TA----A-TA------CGT--A-AG-ACGA-TTG-AC-GAG-GCG--A---GCGGATCCT---AA-CAAATATA---T-AT-----CA-ACAAAAGTCGG-GCACTCGGTTT-AACAAAGTTACAAG-AATA---TACACT-TAGGAAAAAT---AGAAATCTT-GGG------CTCAAAATA--ACAAT-TTCTT-C-AT-GATTCATT-TTTAAC----TTTGAAAAAGTAGGGAAAA-----TCAACCCTAAAAAGGGATG-A--TAAA----CTCTCAATA--TGAATAG-T-TA-TGAGTCAT--A---------A--TGTCA-CGT-GTACTGTA---ACGTCATAGGG-A--TAAAGTGGTACACGA-TTTCTC-C---TAT
gi|4 : C-GAACAC---AG-ATA----GGT-TCA-A-----TCCACATACCAC-----------ACC-----T-AATGAACAATT--AC-AATG-C--TAATC-GT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAACCAC--------ACGAAAAGTAGGGCTACTTTGC-CGAGTTTT--GT-TTAAACTCT-AGGA---GGCAAGCAAGTGAGTGACGTCATTT------T-T---G---TG-T-----G-TT------TGT--A-AG-ACGAGTTG-AC-GAG----------GCGGAATCT---AACC-AATATT---TGAT-----CA-ACAAAGG--GGAGC-----GCTT---TAAAA------G-AA-G--CTGTAC--------AATTA--------C-T-TGGC----T---AAACTA--AAAATGTTCTT-CATA-GATCTA-T-T---------TAT-AAAA--TGGGGAAAAAATATTCTACACT-AAAAGGGA-G-A-----A--ACTCTTTAATAATTGAATATCT-TA-TAAGT-ATTGG---------A--TGTCA-CGTGGTATTGGA---AC-TCAT---G-A--
gi|5 : ----------AT-TCGG----T--GTGAAA-A--TTGTTCGC------G--TAGAC-GACAGCAG--TTA-GGTTGACAAA-C--A-TGA----TAGGCCACG-AT-TA--GG-CGCCTATCGACAATCTGAA-ACCCGAG-ATAC---GGT-TCA-CCAACTTCCCC---CCACTTTACGCCCTTACCACACTC-AATGAGAAAACCAAA-AATG-C-ATAATT-GT-----CCAA-ACAAGA-AA-CAA-CA---------ACAA---------CTT-----C-AGTGTTTTCTGTGTT-TACTCTCAGTATGTGGCAAGCAGG-G--TGACGTCATTT------TGT---G---TG-TTGGTAA-TA------CGT-AAGAA-ACGA-T--GAC-GAG-GTGC--------GGATCT---AA-C-AATATA---T-ATTCAGCCA-AC-AAAG--GG-GC-----GTTT-AA-AAAGT-----GTAACA--Tat
gi|6 : cAAACTATTTAGAGTCATCCATTGGGAATG-CTTTTCGCTGCAGTTATAAAAA-ATAAGAGGGCTCCT-----GACTGAGGAAGATTGTTTGTAT-TCGGTAAAT--GTGTGA-AATTTGCTTCCTGGTTTG--TTGACAGACAGTAGAATTA-GGTTGA--GA-CCGG-TTAACATTGAG------ATATATCGG-C--CTACCGATTATT-GAA-GC---TGCATATTATGGCGTCACGCAA--TCCACATACCACC--AC------AC--T---T-AATGAGAAATT--ACAAATGGCTATAA---GTAAGTACCAATACAA-A-Aaccaaagaaatatg
gi|7 : ATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACTTTAAATT-CCGTTGT-ATC---------AACGA--TCGT-----CACAT-----------------TAACGTGACATTA-AAGTTCTCAATTTTAATGAAGGTTTG------------------GGCATTAAA-TA-T-AGCAGCTCA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGTC-TGTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-TTTTTCACT-CA-------AAA-ATAAGA-----CC------GACT-AGGAA----------AT-TTGG---ATACATGTGATA--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAG-AG--TTATAGTTGA--AA-C--caggtacatcatagaaatacgc
gi|8 : tttcagtggtttaaccctcattggta------TGT---GT--TGCT-----A-TAGATAACTGTTAA-AGTACGA-T-GAACAGAGTGCGC-ACGAGCGGA---------------------T-AT------A-ACGTAAA--GG-CC-----GTTG-AA-AAAGT-----G-AACACATTACACTATTGACGAAATAATAAAAATC-TAGGGCGGAGCCTCAAACTACTAAAAT-TTCTTCCAATAGATT-A-TAATTAACTCTGTTTGAAAA--TG
gi|9 : gtgATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCAGCTTA-CCTACATGTAATGGCTGGACGC---TTCTAGAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCGCC----GGGAGTGATTTTTCACT-CT-------AAA-TTAAGA-----CTGTGACCGACT-AGGAA----------ATGTCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAG-AG--TT--GGTT
blockSeqs : G T A CGTTGTATCA T AACA A ACAATTCATATT A . A A GTGGCTT . A . TT . CATGTA . CTA T T CATT AT GCAGTTATAA TT GGGCTCCT G GATTGTTTGT G TAA AC AAT TGGTTT TT A A TAGAATTA CA C CGGTTAACAT CC A A TC . GC ATCT C CCG C TTAT G ACCAACT TTTACGCCCTTACCACACTC ACCA A G T . AAGTA T G C C CCACACGAAAAGTAGGGCTACTTTGC CTGTGTTT C TGT C T C TATGTA GTG TGT C ATAGATAAC TA G T G TGA A T CACGA GA . C A . G TCAGC . A TC A ACTCG AAAT TACAA T CAT TA AAT T A GGAGCCTC CT G C A A C TT TCTG A AG G AAT A TA T T TATAACT G AT A A A TC GATGTCAGTCA G A C CTT G AGG AAA G C T T CA
blockSeqs : G . . A T TTAG G TAA A . A A . . A . T . . . . T . . A CA A CTGTGACC . . . . . TA . . A . CAGTTA . . ATGA C . . . . . ATT . . . C . ACGCAA CACGTATCACTA TT . G . . . . . . . CACTAGTTCTACGAAGGCTACT GTTTAA . . G . A . . T . TGGTAATA A . . . TG . . CAA AT . . . . . . . A . . . AAC . . T T A . . TCA . . . A . C TA . C . G A T T . . TAAC T . A A A T TGGA . G T . . . AA . G . . .
blockSeqs : A . . A T TTA A T . . A A . . . T . . . . . . . C CA A CCG . . . . . T . . T . AGTTAT . . ATT . . . . . . T . . . . . ACA CACACTT TT . . . . . . . . . CTTGTTCTACGAAGGCTAC GTTT . . G . A . . T . AAATA A . . . TG . . A AA . . . . . . . G . . . AA . . T T A . . CTC . . . T . C A . T . A A T T . . TACT T . A . . T GA . G . . . . AT . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . T CT T CC . . . . . A . . A . TGTT . . . . . . . AA ACCT T . . . . . . . . . CAACAACTTC . . . . . . . . T . AATA . . . . GA . . C GA . . . . . . . . . . . AA . . C . . . . TC . . . A . T T . A . G . . T . . TACT C . G . . T GA . G . . . . AA . C . . .
blockSeqs : . . . . A . . A . AGTT . . . . . . . . . . AATA . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . AA . . T . . . T . . . . . . T . T . G A . . TAAA T . T . . T GA . G . . . . AA . G . . .
blockSeqs : . . . . GTT . . . . G . . . A . . . . . . . . . . . T . . . T . . AA . . . . . T GA . G . . . . AA . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . T AG . G . . . . AA . G . . .
blockSeqs : . . AA . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . A
blockSeqCons : T* CA*** CC*********** CAGTTA*** ACA***** CACACTN************** CAACGAAGGCTAC********************** GTTT***** AATA*********** A* TG* CA**** *** *** AA** T* A** TC****** T* TANT***** GA************* AA**
originalCons : NNTCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT-TTA-TACATAT--------TAA----TAACGTGACATTA-AAGTCCTCAATTTTAATGAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-NTTTTCACT-CA-------AAA-TTAAGA-----CCG-----GACT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAGTAG--TTA-GGTTGA--AA-C--G-TTA----TGAGC-ACG-AT-TA--GG-C--CTATCGACAATC-GAA-AC---AG-ATA----GGT-TCA-ACAA--TCCACATACCACC--ACG----TACCAC---T-AATGAGAAANT--AC-AATGGC-ATAATC-GT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA-CACC-G-TTCTACGAA------GGCTA-----C-CGAGTTTT--GT-TT-TACTCT-AGTA---GACAAGCAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-T-----A-TA------CGT-AA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCT---AA-C-AATATA---T-AT-----CA-ACAAAAG--GG-GC-----GTTT-AATAAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATAA-AAAAATC-T-GGGC----TCTCAAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TNTGAAAA--TGGGGAAAAA--ATTCAACACT-AAAAGGGA-G-A--TACA--TCTTTTTAATA--TGAATAATT-TA-TGAGT-AT--G---------A--TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---G-A--TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
finalCons : NNTCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-GTC---------AACGAT-TCATCA---TACATAT--------TAA----TAACGTGACATTA-AAGTCCTCAATTTTAATGAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-NTTTTCACT-CA-------AAA-TTAAGACC-----------GACT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAGCAGTTA---GGTTGA--AA-C--G-TTA----TGAGC-ACG-AT-TA--GG-C--CTATCGACAATC-GAA-AC---AG-ATA----GGT-TCACA-----TCCACATACCACCACACTN--------------AATGAGAAANT--AC-AATGGC-ATAATC-GT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAACAACGAAGGCTAC----------------------CGAGTTTTGTTT-----ACTCT-AGTA---GACAAGCAAG-GAGTGACGTCATTT------TGT---GT--TG-TAATA-----------CGTA-A-AG-ACGA-TTG-AC-GAG-GCGCA----GCGGAATCT---AA-C-AATATA---T-AT-----CA-ACAAAAG--GG-GC-----GTTTAA--AAAGT-----G-AACA--TTACACT-TTGGAAAAATA--AAAAATC-T-GGGCTC------AAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TNTGAAAA--TGGGGAAAAA--ATTCAACACT-AAAAGGGA-G-ATANT-----CTTTTTAATA--TGAATAATT-TA-TGAGT-ATGA-------------TGTCA-CGTGGTA-TGTA---AC-TCAT---GAA--TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATGTCATTTGGTGTGTCACAGTACATAAGACAAGGCAGATCTAACAATACAATCAAC
Alignments
lowQualScore : 3333333333 44444444444444444444444444444 1 2222222 1 1 111 1 222222 111 111 1111 2222222222 22222222222222 2222222222 111 1111 111111 333333333 11 3333333333 11 1 1 22 11 2222 111 2222 33333333333 111 111 33333333333 1111 1 11111 777777777777777777777777777777777777777 222222 11 111 2222222222 111 11111111 1111 11 222222 11111 11111 11111 11 11111 222 3333333 1111 111 111111 1 222222222222222
lowQualScore : 0 0 0 3 8 8 2222222222 88 66666666666666666666666666666 3 0 3 3 7777777 0 3 0 111 0 888888 777 777 3 8 7777 99 8888888888 99 77777777777777 8 0 8 0 9999999999 6 111 99 1111 999999 99 3 6 000000000 11 8 3333333333 22 0 0 33 33 1111 8 444 8 5555 8 8 33333333333 444 444 3 55555555555 8 3333 8 0 6 6 66666 6 6 6 8 444444444444444444444444444444444444444 0 000000 11 8 0 444 8 8 5 5555555555 000 77777777 3 4444 11 5 5 5 555555 2 44 888 5 5 00000 22222 5 7 0 77 5 44444 99 44444 5 77 6 3 3 333 1 0000000 6 99 6 6 3 6 1 888 4444 1 99 1 111 1 66 5 888 77 555555 2 66 55 0 4 4 44 000000000000000 3 7 666 3 55 3 4 1 4 4 66
lowQualScore : . . . . . . .......... .. ............................. . . . . ....... . . . ... . ...... ... ... . . .... .. .......... .. .............. . . . . .......... . ... .. .... ...... .. . . ......... .. . .......... .. . . .. .. .... . ... . .... . . ........... ... ... . ........... . .... . . . . ..... . . . . ....................................... . ...... .. . . ... . . . .......... ... ........ . .... .. . . . ...... . .. ... . . ..... ..... . . . .. . ..... .. ..... . .. . . . ... . ....... . .. . . . . . ... .... . .. . ... . .. . ... .. ...... . .. .. . . . .. ............... . . ... . .. . . . . . ..
lowQualScore : 8 8 8 2 0 0 8888888888 88 99999999999999999999999999999 2 0 2 2 3333333 0 2 0 000 0 888888 555 555 2 0 0000 00 2222222222 44 00000000000000 0 8 0 8 2222222222 7 777 22 2222 222222 22 5 7 888888888 00 0 2222222222 55 0 0 88 88 9999 0 000 0 0000 0 0 00000000000 000 000 2 00000000000 8 8888 0 0 7 7 77777 7 7 7 0 222222222222222222222222222222222222222 8 000000 00 0 6 000 2 0 6 3333333333 000 77777777 2 5555 22 0 0 0 666666 5 22 888 0 0 99999 55555 0 1 1 99 7 33333 33 33333 7 99 7 5 8 888 0 8888888 7 22 7 7 5 7 0 777 2222 0 22 0 888 0 77 0 888 99 777777 0 99 55 0 4 4 88 111111111111111 2 3 444 6 00 6 0 1 4 4 11
consensus : NNTCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT--TT-ATACATAT--------TAA----TAACGTGACATTA-AAGTCCTCAATTTTAATGAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-NTTTTCACT-CA-------AAA-TTAA------GA------CC-GACT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAGTAG--TTA-GGTTGA--AA-C--GTTA----TGAGC-ACG-AT-TA--GGC--CTATCGACAATC-GAA-AC---AG-ATA----GGT-TC-AC---AT------CCAC---ATACC---ACCA-----C-----ACTTAATGAGAAANT--AC-AATGGC-ATAAT-CGT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAAC-----CAC-------ACGAA------GGCTA-----C-CGAGTTTT----G-TTT--ACTCT-AGTA---GACAAGCAAG-GAGTGACGTCATTT---T------GT---GT--TG-T-AATACGTAA-AG-ACGA-TTG-AC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCT---AA-CAA-TATA---T-AT-----CA-ACAAAAG--GG-GC-----GTTTAA--AAAGT-----G-A--ACATTACACT-TTGGAAAAATAA-GAAAATCTGGG-------CTC-AAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TNTGAAAA--TGGGGAAAAA--ATTCAACACT-AAAAGGGA-G---A--TA-A-TCTTTTTAATA--TGAATAATT-T-A-TGAGT-AT--G---------A--TGTCACGTGGTA-TGTA---AC-TCAT--G-AATAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
Reference ( family-136 ) : NNTCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT--C--ATACATAT--------TAA----TAACGTGACATTA-AAGTCCTCAATTTTAATGAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-NTTTTCACT-CA-------AAA-TTAA------GA------CC-GACT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAGCAG--TTA-GGTTGA--AA-C--GTTA----TGAGC-ACG-AT-TA--GGC--CTATCGACAATC-GAA-AC---AG-ATA----GGT-TC-AC---AT------CCAC---ATACC---ACCA-----C-----ACTNAATGAGAAANT--AC-AATGGC-ATAAT-CGT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA------CA--------ACGAA------GGCTA-----C-CGAGTTTT----G-TTT--ACTCT-AGTA---GACAAGCAAG-GAGTGACGTCATTT---T------GT---GT--TG-T-AATACGTAA-AG-ACGA-TTG-AC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCT---AA-CAA-TATA---T-AT-----CA-ACAAAAG--GG-GC-----GTTTAA--AAAGT-----G-A--ACATTACACT-TTGGAAAAATA--AAAAATCTGGG-------CTC-AAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TNTGAAAA--TGGGGAAAAA--ATTCAACACT-AAAAGGGA-G---A--TA-N-TCTTTTTAATA--TGAATAATT-T-A-TGAGT-AT--G---------A--TGTCACGTGGTA-TGTA---AC-TCAT--G-AATAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|1 : TCATTAAATTCAAAATATTTA-TGTGACATTAAGTC-CCGTTGT-GTC---------AACGAGTTCAT--TT-ATACATAT--------TAAGAATTAACGTGACATTATAAGTCCTCA-TTTTA-TGAAGGGTTGG-GGCT-ACATTAAAGTCGGCATTAAAATA-TAGGCGGCTTAACCTA------ATGGCTGGACACGAATT---GAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-ATTTTCACC-TC-------AAA-TAAA------GA------CCGGACT-AGG-A----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--T-GAC-GACAG--G--T---GGTTGA--AA-CG-GCTA----TGAGC-ACG-AT-TAG-GGC--CTATCGACAA---GAA-AC---AG-ATA----GGT-TCAAC---AT------CCAC---ATACC---ACTA-----CGTACAACT-AATGAGAAAAT--AC-AATGGC-ATAATCCGT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA-------A--------CCGA---------TTC-----T-CGAGTTTT----GTTTT--ACTCT-AGTA---GACAAACAAG-GAGTGACGTCATTT---T------GT---GT--TG-T--ATACGTAA-AG-ACGA-TTGAAC-GAG-GCGC-A---GCGGAATCTAAAAA-CAA-TATAAGCT-AT-----CAGACAAAAG--GG-GC-----ATTTACT-AAAGT-----G-A--ACATTACACT-TTGGAAAAATAAGAAAAATCTGGGCT-----CTC-AAACTA--AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TGTG-AAA--T-GGGAAAAA--ATTCAACAC--AAAAGGGA-G---ATTTACA-TCTTTTTAATA--TGAATAATT-T-A-TGAGT-AT--T---------AATTGTCACATGGTA-TGTA---AC-TCAT--G--ATAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|10 : caATCTTGG-------CTC-AAACTA--AAAAT-GTCTT-CA-T-GATTCA-A-TTTAAC----TATGAAAA--TGGGGAAAAA--AATCAACACT-AAAAGGGA-G---A--TA-A-CTCTTTGAATA--TGAAT-ATT-T-A-TGAGT-GT--GATGTCAGTCA--TGTCACGTAATA-TGTT---AC-TCAT--G-AATAAAGT-GTACACCA-TTTCTC-C--ATATG
gi|11 : TCATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACATTAA------ATTGTAGTC----------ACAG-TTCAGAAC--AAACATAT--------TAA----c
gi|12 : ttgtactgcaggaccctgttgtatgaatatgtaatgtgacagtaaagccTTTAATGTGACATTAAGTT-CCGTTGT-ATCCGTTGTATCAACGA-TTCAT--TT-ATACATGTACAATTCATAT----TAACGCGACACTA-AAGTCCTCAATTTTAATGAAGGGaa
gi|13 : CGTCATTT---T------GT---GTGTTG-T-AATACGTAA--G-ACAA-TTG-AT-GAG-GCG----------GATCT---TA-CAA-TATA---T-AT-----CA-ACAAA-G--GT-GC-----GTTTAA--AAAGT-----G-A--ACATTGCAC--TTGGA
gi|14 : T-AAAAGCGG-A---A--TA-C-TCTTTT-AATA--TGAATAATTAT-AATGAG--AT--G---------A--TGTCACGT-GTA-TGTA---AG-TCAT--GAAATAAAGT-GTACACGA-TTTCTT-CCAATAT
gi|15 : -AAAAGGGA-G---A--TA-C-TC-TTTTAATA--TGAATAATTATAA-TGAG--AT--G---------A--TGTCACGTGGTA-TGTA---AG-TC-T--G-ATTAAAGT-GTACACGATTTTCTC-C--ATATG
gi|16 : T-AAAAGGGA-ATATA--TA-ACTCTGTTTAATA--TGAAT-ATT-T-A-TG-GT-A-------------------CA-GCATTA-TGTACTTAC-TCA-----GATACAAT-GTACAC-A-TTTTTCTC--ATATG
gi|17 : -A-TGAGT-AT--G---------A--TGTCACGTGGTA-TATA---AC-TCAT--G-AATAAAGT-GTACACCA-TTTCTC-C--ATATG
gi|18 : gcTTGATA--TGAATA-TT-T-A-TGAGT-AT--G---------A--TGTCACGTGATA-TGTA---AC-TCAT--G-AATAAAGT-GCACgc
gi|19 : ATGTCATTTGG-T------GT---GT--CA-C-AGTACATAA-----------G-AC-AAG-GC---A---G----ATCT---AA-CAA-TACA-----AT-----CA-AC
gi|2 : TCATTACATTCAAAATATT-AATGAGACAT-AAGTTTCCGTTGT-GTC---------AACGA-TTCAT--TTAGTACATAT--------TAA-------CGTGAC-TTA-AAGTCCTCAATTTTAAAGAAGGGTTGGTGGCTTACATTAA-GTCGGCATT-AA-TATT-GGCGGCTTA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGCTTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-ATTTTCACT-CA-------AAATTTAA------GA------CC-G-CT-AGGAA----------AT-TCGG---AT--GTGTAA-T--TTGTTTCC------GTTTAGAC-GACAGT-G--TT--GGTTGA--AACC--ATT-----TAAGC-ACGAAT-TA--GGC--CTATCGACA--T-GAA-AC---AG-ATA----GGT-TC-AC---AT------CCAC---ATACC---ACCACGTATC-----ACTAAATGAGAAA-T--AC-AAT-GC-AT-AT-CGT-----CC-A-ACAA-ACAACCAACTTGTTCT--------ACGAA------GGCTA-----C-CGAG------------------------A---GACAACAAAG-GCGTGACGCCATTT---T------GTGTGGT--TG-TAAATACGT-A-AG-ACGA--TG-AC-GAG-GCGCAA---GCGG-ATCT---AA-CAA-TATA---T-AT-----CA-AC-AAAG--GG-GC-----ATTTAAATAAAGT-----G-A--ACATTACACT-TTGGAAAAATA--GAAAATCTGGG-------CTCAAAACT---AAAAT-TTCTT-CAAT-GATTCA-T-TTTAAC----TCTGAAAA--TGGGAAAAAA--ATTCAACACA-AAAAGGGA-G---
gi|20 : cGTA-TGTA---AC-TCAT--G-AATAAAGT-GTACATGA-TTTCTC-C--ATATG
gi|21 : T-AT--A---------G--TGTCACGTGGTA-TGTA---AC-TCAT--G-AATAAAGac
gi|22 : TAAAGT-GTACACGA-TTTCTC-C--ATATGT
gi|3 : -ATAAT-CGT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAA------CACTAGTTCTACGAA------GGCTA-----CTCGGGTTTT----G-TTT--ACTCT-AGTA---GACAA-CAAG-GAGTGACGTCATTT---TATGTATGT---GT--TG-T-AATACGTAA--G-ACGA-TTG-AC-GAG-GCG--A---GCGGATCCT---AA-CAAATATA---T-AT-----CA-ACAAAAGTCGG-GCACTCGGTTTAAC-AAAGTTACAAG-A--ATAT-ACACT-TAGGAAAAATA--GAAATCTTGGG-------CTC-AAAATA--ACAAT-TTCTT-C-AT-GATTCATT-TTTAAC----TTTGAAAAAGTAGGGAAAA-----TCAACCCTAAAAAGGGATG---A--TA-A-AC-TCTCAATA--TGAATAG-T-T-A-TGAGTCAT--A---------A--TGTCACGT-GTACTGTA---ACGTCATAGG-GATAAAGTGGTACACGA-TTTCTC-C---TAT
gi|4 : C-GAACAC---AG-ATA----GGT-TC-A----AT------CCAC---ATACC---AC-------------ACCTAATGAACAATT--AC-AATG-C--TAAT-CGT-----CCAA-ACAA-A-AA-CAAC-----CAC-------ACGAAAAGTAGGGCTACTTTGC-CGAGTTTT----G-TTTAAACTCT-AGGA---GGCAAGCAAGTGAGTGACGTCATTTTTGT------GT---GT--T--------TGT-A-AG-ACGAGTTG-AC-GAG----------GCGGAATCT---AACCAA-TATT---TGAT-----CA-ACAAAGG--GGAGC-----GCTTTA--AAAG------A-A--GCTGTACAAT-T---A--------------CTTGG-------CT--AAACTA--AAAATGTTCTT-CATA-GATCTA-T-T---------TAT-AAAA--TGGGGAAAAAATATTCTACACT-AAAAGGGA-G---A--AA-C-TC--TTTAATAATTGAATATCT-T-A-TAAGT-ATTGG---------A--TGTCACGTGGTATTGGA---AC-TCAT--G-AAT
gi|5 : ----------AT-TCGG----T--GTGAAA-A--TTGTTCGC------G--TAGAC-GACAGCAG--TTA-GGTTGACAAA-C--ATGA----TAGGCCACG-AT-TA--GGCGCCTATCGACAATCTGAA-ACCCGAG-ATAC---GGT-TC-ACCA-ACTTCCCCCCACTTTACGCCCTTACCA-----C-----ACTCAATGAGAAAACCAAA-AATG-C-ATAAT-TGT-----CCAA-ACAAGA-AA-CAA------CA--------ACAA---------CTT-----C-AGTGTTTTCTGTG-TTT--ACTCTCAGTATGTGGCAAGCAGG-G--TGACGTCATTT---T------GT---GTGTTGGT-AATACGTAAGAA-ACGA--TG-AC-GAG-GTGC--------GGATCT---AA-CAA-TATA---T-ATTCAGCCA-AC-AAAG--GG-GC-----GTTTAA--AAAGT-----GTA--ACAT
gi|6 : cAAACTATTTAGAGTCATCCATTGGGAATG-CTTTTCGCTGCAGTTATAAAAA-ATAA------GAGGGCTCCT-GACTGAGGAAGATTGTTTGTAT-TCGGTAAAT--GTGTGA-AATTTGCTTCCTGGTTTG--TTGACAGACAGTAGAATTA-GGTTGA--GA-CCGGTTAACATTGAG------ATATATCGGC--CTACCGATTATT-GAA-GC---TGCATATTATGGCGTC-ACGCAAT------CCAC---ATACC---ACCA-----C-----ACTTAATGAGAAATT--ACAAATGGCTATAA---GTAAGTACCAATACAA-A-Aaccaaagaaatatg
gi|7 : ATTAAATTCAAAATATTTAATGTGACTTTAAATT-CCGTTGT-ATC---------AACGA--TCGT--C----ACAT-----------------TAACGTGACATTA-AAGTTCTCAATTTTAATGAAGGTTTG------------------GGCATTAAA-TA-T-AGCAGCTCA-CCTA------ATGGCTGGACGC---TT---GAGTC-TGTGATGAAGCTATT-GGGGTCACC----GGGAGTG-TTTTTCACT-CA-------AAA-ATAA------GA------CC-GACT-AGGAA----------AT-TTGG---ATACATGTGATA--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAG-AG--TTATAGTTGA--AA-C--caggtacatcatagaaatacgc
gi|8 : tttcagtggtttaaccctcattggtaTAA-AGTACGA-TGA-ACAGAGTGCGC-ACGAGCGGA---------------------T-AT------A-ACGTAAA--GG-CC-----GTTGAA--AAAGT-----G-AACACATTACACTATTGACGAAATAATAAAAATCTAGGGCGGAGCCTC-AAACTACTAAAAT-TTCTTCCAATAGATT-A-TAATTAACTCTGTTTGAAAA--TG
gi|9 : gtgtgtgttgctatagataactgtATTAA-GTCGGCATTAAA-TA-T-GGCAGCTTA-CCTACATGTAATGGCTGGACGC---TTCTAGAGCCTTTTGATGAAGCTATT-GGGGTCGCC----GGGAGTGATTTTTCACT-CT-------AAA-TTAAGACTGTGA------CC-GACT-AGGAA----------ATGTCGG---AT--GTGTAA-A--TTGTTTCC------G--TAGAC-GACAG-AG--TT--GGTT