lowQualScore                  :                                                                            88888888888888888888888   2222222              1       3333333333        11111111   1111111111             3333333333333333      111                                        33333333333333333333      11          111111                          11        
lowQualScore                  :                                                                     6      77777777777777777777777   0000000 0 0 66 77 5  1       1111111111   666  11111111   1111111111  33  555    0000000000000000   2  555        666666    666666 777          2 55555555555555555555   3  44    22 5  666666           5       3   77 55 1 0    
lowQualScore                  :                                                                     .      .......................   ....... . . .. .. .  .       ..........   ...  ........   ..........  ..  ...    ................   .  ...        ......    ...... ...          . ....................   .  ..    .. .  ......           .       .   .. .. . .    
lowQualScore                  :                                                                     0      88888888888888888888888   5555555 2 7 77 99 7  9       9999999999   444  22222222   7777777777  77  000    6666666666666666   7  777        111111    111111 444          1 55555555555555555555   2  88    99 3  777777           1       3   99 33 4 2    
consensus                     :                                                                TTATGGCAAGACCTCGTNATTCGGTAAGT------GTGAANT---TGGAAC-T--T-GTGACCTTGACCT--TGGA-GTT---TG--------ACC----------TA--TT---CAAT------A----T-TN-CCT-GAA--CTATTTAA------GGTA------GAG-CTTTCATATT-T------TGTAT-ATAN----ATTTCTTATGGC--AAGACC-TTTCATTTCACACTNTGGCCTT-TGA--CCTTATGACTA
Reference ( gi|7 )            :                                                                TTATGACAAGACTTCATAATT--ATGAGT------GTGGATT---TGGGAT-T--T-GTTACCTTGACCT--TTGG-GTT---TG--------ACC----------TA--TT---CAAT------A----T-TA-CCT-GAC--CTATTTAA------GGTA------GGG-CTTTCATATT-T------TGTCT-ATTT----ATTTCTGATGGC--AGGATA-TGCCATTTCACACTATGACCTT-TGA--CTGTATGACTAT
gi|4                          :                                                                TTATGGCAAGATCTTGTTATTCGGTAAGTAAACTTGTGAATTGCATAGGAC-TACT-GTTA----AA-------AA-ATT---TG--------ACA----------TA--CT---CAATTGTCAAA----T-TT-CCT-AAA--CTAATTAA------GGTA------GATTCTTTCATATT-TAGAA--TGTCT----T----ATT-------GT--AACATA-TTTCATTTCGCACTTCGGCCTT-TGACCCTGT-TAACT
gi|12                         :           aacaacaggaaggaaagaacttttggtattttttcatatctagtgtgtagattctATGGCAAGAC--CATG-TT--AT---T------ATAG--T---TGGAAC-T--T-GTGTCCTTGAACA--TGGA-GTT---TG--------ACCCACTTTTACGCA--TT---CAAT------A----T-TT-CCT-GAA--CTGTATAA------AACT------GAG-ATTTC--ATT-T------TGTTT-ATAA----ATTTCTttta
gi|1                          :                                                                                            T------GTGAAGT---TGAAAC-T--T-GTGACCTTGACCT--TGGA-GTTCTATA--------AAT----------TT--TT---TAAC------A-------A-TCT-GAC--CTATTT--------GATATCTCATAAT-CTTTTATATT-T------TGTAT-ATAG----TTTTCT---------------TTTCATTTCACACTTTGGCCTA-TGA--CTTTAT-ACTAta
gi|9                          : aaaatgatagcctattaaacatacagggaactatattaggtagggttttcatattttgtgtatagattgtgtatggtatgaccttgctattc------GTGAACT---TTGAAC-T--TCGTGACCTTTGTCT--TGGA-AGA---TG--------ACC----------TA--TT---CAAA------A----T-TC-CCT-GAA--TTATTTAA------AGTA------GAT-CTTTCATATG-T------TGTAT-GTATATAGATTTCTTATGAC--AAGAggttatactcattagaa
gi|27                         :                                                             aactatatataaggtagggctttccatgttttgcatggccttgttattccGAAT-T--T-GTGACCTTGACCA--TGGA-GTA---TG--------ACC----------TA--cctttc
gi|13                         :                                                                                        agaccttgtcattacttatagcttGATCT--T-GTGACCTTGACCTAGTT----TT---TAAAAACCATACC----------TA--CT---CAAC------A----T-TT-CCT-GAA--GTATTTAA------GATA------GAG-TTTACAT-TT-T------TTTCT-ATATAG--ATTTCTAATGGC--AAGATcctttt
gi|3                          :                                                                                                            catgtct-T--T-ATAATCTTGA-----TTGGAGTT---TG--------AGG----------TACTTT---TAGT------C----T----CCT-TAA--CTATTTAT------GGCA------GAT-TGTTCATATGAA------TGTAGAATTT----AT-----ATGGC--AAGACA-TTTCATTTCACACCATGGCGTT-TCA--Ccat
gi|14                         :                                                                                         tttcatatcttgtgtatatagtctttaaggcaaaacctcccaactctatta-GTC---TG--------ACC----------TA--GT---CAAT------A----T-CA-CTT-AACT-CTTTTTAT------GGAA------GAG-CTTTCGTATT-T------TGTAT-ATAG----ATTTTTTATGGG--AAGActacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|18                         :                                                                                                                                  tgtcagaaaa-GTC---TT--------ACC----------AA--TT---CA-T------G----T-TT-TCT-TAA--C-ATTCAA------GGTA------GGA-CTT-CATATT-T------TGTAT-ATAG----ATTTCTTA-GGC--AAGAcctttaattgtgtcgcctgcctgaaatt
gi|5                          :                                                                                                                                  cctactttttaaaT---TG--------ACA----------TA--CT---CAATTGTCAAA----T-TCTCCT-AAA--CTAATTAA------GGTA------GATTCTTTCATATT-TAGAA--TGTCT----T----ATT-------GT--AACATA-TTTCATTTCGCACTTCGGCCTT-TGA--Cccat
gi|10                         :                                                                           tttatggcaagatcttgttattcggtaagtaaacttgtgaattgcataggacctactgtttaaaaaatc---TG--------ACC----------TA--TTTTACAAT------AGAAATATA-TTTTGAA--TTATTCTA------TGTA------GGA-CTCTCATATT-T------TGTGT-Acctgttaac
gi|6                          :                                                                          tttcttgtggctagccctgtcatttcacactttgaccttgtgaccttataaattaacctgtttgttagaaactgG--------ACC----------TA--TT---CATT------A----T----CTT-CACAACTATTTCA------GATA------G-----CTCATATT-T------T--------C----ATT-------GC--AAGACC-TTTCATTTCATATTGTGACATT-TGA--CCTTGTGACccatgtatag
gi|22                         :                                                                 gtctcccaatccatatattgaagtagggctttcatttctgtagaaaaagttcttaagttatttggaagtccagttattgaggcg--------ATC----------TA--TT---CAGA------A----T-CT-CCT-GAT--TTATACAA------GGTA------GAG------ATATT-TTATACATGTAT-ATAG----ATTTCTTTTGGT--AGctta
gi|17                         :                                                                                                                                                              CC----------TA--TT---CAAT------A----T-CA-CTT-GAA--CTAATGAAAGTACCGGTA------GGG-CTTTCATATT-T------TGTAT-AT---------------------AAATA-ACCTATTTTACACTATGACCCC-TGA--Ctactttt
gi|20                         :                                                                                                                                                              CC----------TG--TT---AAAT------A----C-CT-CCG-GAA--TTATGTAA------GGGA------GGG-CTTACATATT-T------TGTAT-ATAA----ATTTCTTATGGC--AAGAcctttttgcccttat
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                agaaatgcat-GAA--CTATTTTA------GGTA------GGG-ATTT-ATAT-----------TCT-AT-------------ATGGC--AGGATCTTGTTATTCCAC----CAAGTTT-TAA--CT-TATGACcc
gi|24                         :                                                                                                                                                                                        aaacacatcctagtaaatccatttgTATTTGA------AGCA------GAA-CTTTCATATT-TCAGATCTGCAT-ATGG----ATTTCTGATGGC--AAGAcgcaacgttggaattggacctaccttttaaaaatctgactt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                          cttggatTATTCAA------GGTA------GGA-CTTTCATACT-T------TA--T-ATTT----cctt
gi|32                         :                                                                                                                        tttcttataacaatacctttcatttcatattatggcctttgaccatgaaattttaagaaaatgtaacctatacgctatcaaatatttttagtatAA------AGTA------GAG-CTTTCATGTT-T------TGTAT-ATAA----ATTGCTTATGGC--ATGAtgtactattattgaatatagatctttgtgacaagttgaccttgtgatt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                        ------GGTC------GGG-CTCTCAAATT-T------TG--T-GTTG----ATTTCTCATGGCATAAGGCC-TGTCCTTTCATACTATGAACTT-TCA--CCTTGTGACTgca
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        ----ATTTCTTGTGGC--GAGACT-TTTCATTTCACACTTTGACTTA-TGAC-CTGTA
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                           agTTTCTTGTGGC--TAGCCC-TGTCATTTCACACTTTGACCTTGTGA--CCTTATAAaccttatagt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                             TTTCTTATAAC--AATACC-TTTCATTTCATATTATGGCCTT-TGA--C--CATGAattaacctgtttgttagaaactgtgacctattttacaatagaaatatattttgaattattctatgtaggactctcatattttgtgtaccatgtatag
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    CATTTCTCACTATGGCCTT-TGA--TCTTGTGACaattttaagaaaatgtaacctatacgctatcaaatatttttagtattattcaaggtaggactttcatactttatattttgtactattattgaatatagatctttgtgacaagttgaccttgtgatt
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): TAGTTTCCTAATCCATTTAAGTGGGGCTTTCTTTTTTGTACATAAGTTCTCAATGGCAAAACCTTAAGGTAGTTTGAACTTGCGACCTTGGGCATGGAGGTGATTCTCATTTTTACAAATCTGACCTTTTTAGTATTTTCTGAACTATTTCATATTTTCATATACACTTGTCATTGGAAGACCTTTCGTTTTACATCATGACCTATGCATGGTCCTACGACCTTACAGTTTAGCCTACTGATTAGAAA
Unaligned ( gi|15 ): ACCTATAAAATATATCTGAGGTAGCGCTATCATATTTTGTGTTTAAATCATTTATAATACCAAATATTGTTATTCTATGGGGTTGGAAGTTATGGCATTAACATTCGAG
Unaligned ( gi|16 ): AAAAGTCACCTCAATCCATTTAAAGTAAGGGTTTCATTTCTGTACTAAGTACCATCAAGTTAGTTTGAACTTGCAACCTTGACCAAGAGGGTGAACCCCTCATTT
Unaligned ( gi|19 ): ATTATGTTTGATCTTACTGCCTAGACAAACTTTTTATACAGCCGATCTGACCAATGTCTCCTGAAATATTTAAGATAGAGTTT
Unaligned ( gi|23 ): TCTTAAGTTAGTTTGAATTTCCAATTCCTGTCACGGAGGTGACCCATTCATTATCTTCAGAACTATTTCAGATTG
Unaligned ( gi|25 ): CTTTCACATTTTGTGTATAGATTCCTTATGGGAAGAAATTTAATTTTGTGTCATGGTGTTTGAAAT
Unaligned ( gi|26 ): TGGAACTATTGTAGGAAGGGCTTTCATGCCTTGTTATTTCATGGAGTTGGAACTTGTAACCTT
Unaligned ( gi|28 ): GGCAAGACCTTGTTATTACTTGTAGTTTGAACTTGCGACCTAGACCGTAGAAGTTGACCTACT
Unaligned ( gi|29 ): TATGGCAAGACAGACACTGTTACTACTTACAGTTGGAACTTGTGACCTTGAAGATTGACCT
Unaligned ( gi|33 ): TTCACATTTATGACTTAGACATTGTGGCTTAAATATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                        1      8888888888888888888                                33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                                        111111                                                         111111                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                                 99999  0  2   2222222222222222222 1 555 66      2  5555     33 2 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666    7777777777  22 555555  888888888  2 222222  555          3 1 333 444444    444444 1 2    1  1   1  000000   0    1      0     22        3  2   888888888    33   55       2              
lowQualScore                  :                                                                                                 .....  .  .   ................... . ... ..      .  ....     .. . ...........................................................    ..........  .. ......  .........  . ......  ...          . . ... ......    ...... . .    .  .   .  ......   .    .      .     ..        .  .   .........    ..   ..       .              
lowQualScore                  :                                                                                                 11111  7  3   5555555555555555555 0 888 99      7  7777     77 7 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888    6666666666  55 888888  444444444  1 111111  444          1 5 111 111111    111111 4 8    3  3   3  000000   2    5      2     11        5  0   999999999    44   99       5              
consensus                     :                                                                                     TTATGGCAAGAC-----CTTGTTATT-C--TAAGT------GTGAANT---TG-GAACTT-GT----GACCT--T-G-------ACCT------TGGAG--------------------TT---T-----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATTT-CCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TAT-TT------TGTATATAGATTTCTTATGGC--AAGACCTT-TC-ATT---------TCAC--ACTN-TGGCCTT-TGACCTTGTGACTA
Reference ( family-1344 )     :                                                                                     TTATGGCAAGAC-----CTCGTNATT-CGGTAAGT------GTGAANT---TG-GAACTT-GT----GACCT--T-G-------ACCT------TGGAG--------------------TT---T-----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATTN-CCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GAG-CTTT-CA-TAT-TT------TGTATATANATTTCTTATGGC--AAGACCTT-TC-ATT---------TCAC--ACTN-TGGCCTT-TGACCTTATGACTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                               CC----------TA--T------TA---------AA-C------ATAC-AGGGAACTAT-A-T--TA------GGTA------GGG-TTTT-CA-TAT-TT------TGTGTATAGATTGTGTATGGT--ATGACCTT-GCTATTCTGTGAAGTTGAA--ACTTGTGACCTT--GACCTT
gi|1                          :                                                                            aaaatgatagTATGGTATGAC-----CTTGCTATT-C------T------GTGAAGT---TG-AAACTT-GT----GACCT--T-G-------ACCT------TGGAG--------------------TTCTAT-----------AAAT----------TT--T------TT---------AA-C------A--A-TCTGACCTAT-T-T----------GATATCTCATAAT-CTTT-TA-TAT-TT------TGTATATAGTTTTCT--------------TT-TC-ATT---------TCAC--ACTT-TGGCCTA-TGACTTTAT-ACTAggagttctataaattttttaacaatctgacctatttgatatctcataatcttttatattttgtatatagttttcttttcatttcacactttggcctatgactttatactaggttatactcattagaa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             aaaatgatagcctattaaacatacagggaactatattaggtagggttttcatattttgtgtatagattgtgTTTCTTGTGGC--TAGCCCTG-TC-ATT---------TCAC--ACTT-TGACCTTGTGACCTTATAAggttatactcattagaa
gi|10                         :                                                                                                                                  ACT---TT-GACCTT-GT----GACCT--T-ATAAATTAACCTGTTTGTTAGAAAC------------------TG---T-----------GACC----------TA--T------TTTACAATAGAAA-T------ATAT-TTTGAATTAT-T-C--TA------TGTA------GGA-CTCT-CA-TAT-TT------TGTGTAattaacctgtttgttagaaactgtgacctattttacaatagaaatatattttgaattattctatgtaggactctcatattttgtgtaccatgtatag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                       tttcttgtggctagccctgtcatttcacGAACTAT-T-T--TA------GGTA------GGG-ATTT--A-TAT-TC------TATAT-------------GGC--AGGATCTTGTT-ATT---------CCACCAAGT-------TT-TAA-CTTATGACccatgtatag
gi|11                         :                                                             aaacacatcctagtaaatccatttgTATGGCAGGAT-----CTTGTTATTCCACCAAGT-----------TT---T---AACTT-AT----GACCG--C-A-------ACGT------TGGAA--------------------TT---G-----------GACC----------TA--cgcaacgttggaattggacctaccttttaaaaatctgactt
gi|12                         :                                aaacacatcctagtaaatccatttggaactattttaggtagggatttatattctaATGGCAAGAC-----CATGTTATT---AT--------------AGT---TG-GAACTT-GT----GTCCT--T-G-------AACA------TGGAG--------------------TT---T-----------GACCCACTTTTACGCA--T------TC---------AA-T------ATTT-CCTGAACTGT-A-T--AA------AACT------GAG-ATTT-C---AT-TT------TGTTTATAAATTTCTTAccttttaaaaatctgactt
gi|13                         :                                                                                                                                          -GATCTT-GT----GACCT--T-G-------ACCT---------AG--------------------TT---TTTAAAAACCA-TACC----------TA--C------TC---------AA-C------ATTT-CCTGAAGTAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTA-CATTTT-TT------TCTATATAGATTTCTAATGGC--AAGATC
gi|14                         :                                                                                                                                                                               catgtctAG--------------------TC---T-----------GACC----------TA--G------TC---------AA-T------ATCA-CTT-AACTCT-T-TTTAT------GGAA------GAG-CTTT-CG-TAT-TT------TGTATATAGATTTTTTATGGG--AAGACCTT-TA-ATT---------at
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                              tgtcagaaaTAT-C-T--GA------GGTA------GCG-CTAT-CA-TAT-TT------TGTGTTTAAATCATTTATgtgtcgcctgcctgaaatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                   acctataaaataCC----------TA--T------TC---------AA-T------ATCA-CTTGAACTAA-T-G--AAAGTACCGGTA------GGG-CTTT-CA-TAT-TT------TGTATATAAAT--------------AACCT-----ATT---------TTAC--ACTA-TGACCCC-TGACCCTaataccaaatattgttattctatggggttggaagttatggcattaacattcgag
gi|18                         :                                                                                                                                                                            T------TAAAG--------------------TC---T-----------TACC----------AA--T------TC---------A--T------GTTT-TCTTAAC-AT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTT--CA-TAT-TT------TGTATATAGATTTCTTA-GGC--AAGACCttttgcccttat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                          cctacttt-----------GATC----------TG--A------CC---------AA-T------GTCT-CCTGAAATAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                 attatgtttgatcttactgcctagacaaactttttatacagccTTT-CCTAATCCAT-T-T--AA------G-TG------GGG-CTTT-CT-T-T-TT------TGTACATAAGTTCTCAATGGC--AAAACCTT-
gi|2                          :                                                                                    tagATGGCAAAAC-----CT-----------TAAG-------GT--AGT---TT-GAACTT-GC----GACCT--T-G-------GGCA------TGGAGGTGATTCTCATTTTTACAAATC---T-----------GACC----------TT--T------TT---------AG-T------ATTT-TCTGAACTAT-T-T-----------------------------CA-TAT-TT------T-CATATACACTTGTCATTGG--AAGACCTT-TC-GTT---------TTAC--ATCA-TGACCTA-TGaaggtagtttgaacttgcgaccttgggcatggaggtgattctcatttttacaaatctgacctttttagtattttctgaactatttcatattttcatatacacttgtcattggaagacctttcgttttacatcatgacctatgcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                           tagtttcctaatccatttaagtggggctttcttttttgtacataagttctcaCC----------TG--T------TA---------AA-T------ACCT-CCGGAATTAT-G-T--AA------GGGA------GGG-CTTA-CA-TAT-TT------TGTATATAAATTTCTTATGGC--AAGACCcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        agaaatgcat------GGTC------GGG-CTCT-CA-AAT-TT------TGTGT-T-GATTTCTCATGGCATAAGGCCTG-TC-CTT---------TCAT--ACTA-TGAACTT-TCACCTTGTGACT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                              ATC----------TA--T------TC---------AG-A------ATCT-CCTGATTTAT-A-C--AA------GGTA------GAG-------A-TAT-TTTATACATGTATATAGATTTCTTTTGGT--AGTACTTT-T
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               -CTTGGATTAT-T-T--GA------AGCA------GAA-CTTT-CA-TAT-TTCAGATCTGCATATGGATTTCTGATGGC--AAGACCTT-
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     -CTTT-CA-CAT-TT------TGTGTATAGATTCCTTATGGG--AAGAAATT-TA-ATT---------TTGT--GTCA-TGGTGTT-TGA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   GAACTAT-T-G--TA------GGAA------GGG-CTTT-CA-TGC-CT------TGT-----TATTTC--ATGGaat
gi|27                         :                                                                                           tgAGAC-----CTTGTCATT-----ACTT------AT-AGCT---TG--AATTT-GT----GACCT--T-G-------ACCA------TGGAG--------------------TA---T-----------GACC----------TA--agttggaacttgtaacctt
gi|28                         :                                                                                         GGCAAGAC-----CTTGTTATT-----ACTT------GT--AGT---TT-GAACTT-GC----GACCT--A-G-------ACCG------TAGAA--------------------GT---T-----------GACC----------TA--C------Tcctttt
gi|29                         :                                                                                      TATGGCAAGACAGACACT-GTTACT------ACT-------TACAGT---TG-GAACTT-GT----GACCT--T-G-------A------------AG--------------------AT---T-----------GACC----------T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTT-CA-TAT-CT------TGTGTATATAGTCTTTAAGGC--AAAACCTC-CC-A
gi|3                          :                                                                                                                                               TT-AT----AATCT--T-G-------A--T------TGGAG--------------------TT---T-----------GAGG----------TACTT------TT---------AG-T------CT---CCTTAACTAT-T-T--AT------GGCA------GAT-TGTT-CA-TAT----------GAATGTAGAATTTATATGGC--AAGACATT-TC-ATT---------TCAC--ACCA-TGGCGTT-TCACCTactctattattataatcttgattggagtttgaggtacttttagtctccttaactatttatggcagattgttcatatgaatgtagaatttatatggcaagacatttcatttcacaccatggcgtttcacctacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              tttcatatcttgtgtatatagtctttaaggcaaaacctcccaactctattaAGATTTCTTGTGGC--GAGACTTT-TC-ATT---------TCAC--ACTT-TGACTTA-TGACCTacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TT-TC-ATT---------TCTC--ACTA-TGGCCTT-TGATCTTGTGACgtaaccttatagt
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                              --AA------AGTA------GAG-CTTT-CA-TGT-TT------TGTATATAAATTGCTTATGGC--ATGActtacaaggtgatctacttg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TTT-CA-TAT-CT------AGTGTGTAGATTCTTTATGGC--AAGATCTTGTT-ATT---------gca
gi|4                          :                                                      aacaacaggaaggaaagaacttttggtatttTTATGGCAAGAT-----CTTGTTATT-CGGTAAGTAAACTTGTGAATTGCATA-GGACTA-CT----G---T--T-A-------A----------AAAA--------------------TT---T-----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATTT-CCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TAT-TT------AG------AATGTCTTATTGT--AACATATT-TC-ATT---------TCGC--ACTT-CGGCCTT-TGACCCTGTcggtaagtaaacttgtgaattgcataggactactgttaaaaaatttgacatactcaattgtcaaatttcctaaactaattaaggtagattctttcatatttagaatgtcttattgtaacatatttcatttcgcacttcggcctttgaccctgttaactttta
gi|5                          :                              aacaacaggaaggaaagaacttttggtattttttcatatctagtgtgtagattctTTATGGCAAGAT-----CTTGTTATT-CGGTAAGT------A--AACT---TGTGAA-TT-GCATAGGACCTACT-G---------TT------TAAAAAAT-----------------CT---T-----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATTCTCCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TAT-TT------AG------AATGTCTTATTGT--AACATATT-TC-ATT---------TCGC--ACTT-CGGCCTT-TGACCCTGTtaactttta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                      tTATAT-T--GA------AGTA------GGG-CTTT-CA-T-T-TC------TGTAGAAAAAGTTCTTAtaac
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                     gtctcccaatcca-----------GACC----------TA--T------TC---------AT-T------ATCT-TCACAACTAT-T-T--CA------GATA------G-----CT-CA-TAT-TT------T-------CATT-------GC--AAGACCTT-TC-ATT---------TCAT--ATTG-TGACATT-TGACCTTGTGACagttatttggaagtccagttattgaggcggacctattcattatcttcacaactatttcagatagctcatattttcattgcaagacctttcatttcatattgtgacatttgaccttgtgacctta
gi|7                          : gtctcccaatccatatattgaagtagggctttcatttctgtagaaaaagttcttaagttatttggaagtccagttattgaggcgTTATGACAAGAC-----TTCATAATT---ATGAGT------GTGGATT---TG-GGATTT-GT----TACCT--T-G-------ACCT------TTGGG--------------------TT---T-----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATTA-CCTGACCTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TAT-TT------TGTCTATTTATTTCTGATGGC--AGGATATG-CC-ATT---------TCAC--ACTA-TGACCTT-TGACTGTATGACTActta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    TTTCTTATAAC--AATACCTT-TC-ATT---------TCAT--ATTA-TGGCCTT-TGACC--ATGAt
gi|8                          :                                                                                                                                               TT-AT----GGCCT--TTG-------ACCA------TGAAA--------------------TT---TTAAGAAAATGTAACC----------TA--TACGCTATC---------AAAT------ATTT-TTAGTATTAT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTTT-CA-TAC-TT------TATATaattttaagaaaatgtaacctatacgctatcaaatatttttagtattattcaaggtaggactttcatactttatattttgtactattattgaatatagatctttgtgacaagttgaccttgtgatt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                       tttcttataacaatacctttcatttcataAACTATATAT--AA------GGTA------GGG-CTTTCCA-TGT-TT------TGCATtttgtactattattgaatatagatctttgtgacaagttgaccttgtgatt
gi|9                          :                                                                                          GCATGGC-----CTTGTTATT-C------C------GTGAACT---TT-GAACTTCGT----GACCT--T-T-------GTCT------TGGAA--------------------GA---T-----------GACC----------TA--T------TC---------AA-A------ATTC-CCTGAATTAT-T-T--AA------AGTA------GAT-CTTT-CA-TATGTTGTA---TGTATATAGATTTCTTATGAC--AAGACCTT-TC-ggccttgttattccgtgaactttgaacttcgtgacctttgtcttggaagatgacctattcaaaattccctgaattatttaaagtagatctttcatatgttgtatgtatatagatttcttatgacaagacctttc
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAAAGTCACCTCAATCCATTTAAAGTAAGGGTTTCATTTCTGTACTAAGTACCATCAAGTTAGTTTGAACTTGCAACCTTGACCAAGAGGGTGAACCCCTCATTT
Unaligned ( gi|23 ): TCTTAAGTTAGTTTGAATTTCCAATTCCTGTCACGGAGGTGACCCATTCATTATCTTCAGAACTATTTCAGATTG
Unaligned ( gi|33 ): TTCACATTTATGACTTAGACATTGTGGCTTAAATATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              7777777777777777777                                33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                                        111111                                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :                                                                                                 555 3        8888888888888888888 1 555 33      2  5555     33 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555    7777777777  22 555555  777777777  1 333333   1           3 1 222 444444    444444 0 2    1  1  4444444 1  999999999999999999999999999      2      1      22 222      3 1 1       444   1       2     1   0    
lowQualScore                  :                                                                                                 ... .        ................... . ... ..      .  ....     .. . ...........................................................    ..........  .. ......  .........  . ......   .           . . ... ......    ...... . .    .  .  ....... .  ...........................      .      .      .. ...      . . .       ...   .       .     .   .    
lowQualScore                  :                                                                                                 444 1        2222222222222222222 0 444 77      5  3333     44 5 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666    0000000000  33 222222  666666666  9 666666   8           0 5 666 000000    111111 4 8    3  3  3333333 3  000000000000000000000000000      6      3      00 555      2 8 9       111   0       4     3   2    
consensus                     :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATT-C--TA--T------GTGAAGT---TG-GAACTT-GT----GACCT--T-G-------ACCT------TGGAG--------------------TT---T-----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATTTCAC---ACTNTGACCTT-TGACCTTGTGACTA
Reference ( family-1344 )     :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATT-C--TAAGT------GTGAANT---TG-GAACTT-GT----GACCT--T-G-------ACCT------TGGAG--------------------TT---T-----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATTTCAC---ACTNTGGCCTT-TGACCTTGTGACTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                              CC----------TA--T------TA---------AA-C------ATA-CAGGGAACTAT-A-T--TA------GGTA------GGG-TTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTATAGA-TTGTGT-ATGGTA--T---GACCTT-G-CTATT--------CTGTGAAGTT-GAAACTTGTGAC
gi|1                          :                                                                            aaaatgatagTATGGTATGAC---C-TTGCTATT-C--T----------GTGAAGT---TG-AAACTT-GT----GACCT--T-G-------ACCT------TGGAG--------------------TTCTAT-----------AAAT----------TT--T------TT---------AA-C------AAT---CTGACCTAT-T-T----------GATATCTCATAAT-CTTT-TA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGT-TTTCT------------------TT-T-C-ATTTCAC---ACTTTGGCCTA-TGACTTTAT-ACTActtgaccttggagttctataaattttttaacaatctgacctatttgatatctcataatcttttatattttgtatatagttttcttttcatttcacactttggcctatgactttatactaggttatactcattagaa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    aaaatgatagcctattaaacatacagggaactatattaggtagggttttcatattttgtgtatagattgtg-TTTCTT-GTGGCT--A---GCCCTG-T-C-ATTTCAC---ACTTTGACCTTGTGACCTTATAAggttatactcattagaa
gi|10                         :                                                                                     TTGTGGCTAG-C---C-CTGTCATT-T--CAC------------ACT---TT-GACCTT-GT----GACCT--T-ATAAATTAACCTGTTTGTTAGAAAC------------------TG---T-----------GACC----------TA--T------TTTACAATAGAAA-T------ATA-TTTTGAATTAT-T-C--TA------TGTA------GGA-CTCT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTAattaacctgtttgttagaaactgtgacctattttacaatagaaatatattttgaattattctatgtaggactctcatattttgtgtaccatgtatag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                          tttcCC----------TA--G------TA---------AA-TCC----ATT-TG--GAACTAT-T-T--TA------GGTA------GGG-ATTT--A-TA-------T-TC------T------A-------------------------T-ATGGCA--G---GATCTTGT-T-ATTCCACCAAGTTTTAACTTA-TGACCccatgtatag
gi|11                         :                                                                              aaacacatTATGGCAGGAT---C-TTGTTATT-C--CA----------CCAAGT---TT-TAACTT-AT----GACCG--C-A-------ACGT------TGGAA--------------------TT---G-----------GACC----------TA--gcaacgttggaattggacctaccttttaaaaatctgactt
gi|12                         :                                aaacacatcctagtaaatccatttggaactattttaggtagggatttatattctaATGGCAAGAC---C-ATGTTATT-A--TA--------------GT---TG-GAACTT-GT----GTCCT--T-G-------AACA------TGGAG--------------------TT---T-----------GACCCACTTTTACGCA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTGT-A-T--AA------AACT------GAG-ATTT-C---A-------T-TT------T------GT-----------TTATAAA-TTTCTT-Accttttaaaaatctgactt
gi|13                         :                                                                                                                                         -GATCTT-GT----GACCT--T-G-------ACCT---------AG--------------------TT---TTTAAAAACCA-TACC----------TA--C------TC---------AA-C------ATT-TCCTGAAGTAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTA-CATTT-------T-TT------T------CT-----------ATATAGA-TTTCTA-ATGGCA--A---GATC
gi|14                         :                                                                                                                                                                              catgtctAG--------------------TC---T-----------GACC----------TA--G------TC---------AA-T------ATC-ACTT-AACTCT-T-TTTAT------GGAA------GAG-CTTT-CG-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTTTT-ATGGGA--A---GACCTT-T-A-ATTat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             tgtcagaaaTAT-C-T--GA------GGTA------GCG-CTAT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTTTAAA-TCATTT-ATgtgtcgcctgcctgaaatt
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                  acctataaaataCC----------TA--T------TC---------AA-T------ATC-ACTTGAACTAA-T-G--AAAGTACCGGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-T------------------AACCT------ATTTTAC---ACTATGACCCC-TGACCCaataccaaatattgttattctatggggttggaagttatggcattaacattcgag
gi|18                         :                                                                                                                                                                           T------TAAAG--------------------TC---T-----------TACC----------AA--T------TC---------A--T------GTT-TTCTTAAC-AT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTT--CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-A-GGCA--A---GACCttttgcccttat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                         cctacttt-----------GATC----------TG--A------CC---------AA-T------GTC-TCCTGAAATAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                attatgtttgatcttactgcctagacaaactttttatacagccTT-TCCTAATCCAT-T-T--AA------G-TG------GGG-CTTT-CT-T--------T-TT------T------GT-----------ACATA-A-GTTCTCAATGGCA--A---AACCTT-
gi|2                          :                                                                                    tagATGGCAAAAC---C-TT-----------AAG-------GT--AGT---TT-GAACTT-GC----GACCT--T-G-------GGCA------TGGAGGTGATTCTCATTTTTACAAATC---T-----------GACC----------TT--T------TT---------AG-T------ATT-TTCTGAACTA------------------------------TTT-CA-TA-------T-TT------T-------C-----------ATATACA-CTTGTC-ATTGGA--A---GACCTT-T-C-GTTTTAC---ATCATGACCTA-TGaaggtagtttgaacttgcgaccttgggcatggaggtgattctcatttttacaaatctgacctttttagtattttctgaactatttcatattttcatatacacttgtcattggaagacctttcgttttacatcatgacctatgcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                          tagtttcctaatccatttaagtggggctttcttttttgtacataagttctcaCC----------TG--T------TA---------AA-T------ACC-TCCGGAATTAT-G-T--AA------GGGA------GGG-CTTA-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       agaaatgcat------GGTC------GGG-CTCT-CA-AA-------T-TT------T------GT-----------GT-T-GA-TTTCTC-ATGGCATAA---GGCCTG-T-C-CTTTCAT---ACTATGAACTT-TCACCTTGTGACT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                             ATC----------TA--T------TC---------AG-A------ATC-TCCTGATTTAT-A-C--AA------GGTA------GAG-------A-TA-------T-TT------TATACATGT-----------ATATAGA-TTTCTT-TTGGTA--G---TACTTT-T-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                             ---T-----------GACC----------CA--T------TC---------AT-T------ATC-TTCAGAACTAT-T-T--CA------GAT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                        tcttaagttagtttgaatttccaattcctgtcacggaggCTTGGATTAT-T-T--GA------AGCA------GAA-CTTT-CA-TA-------T-TTCAGATCT------GC-----------ATATGGA-TTTCTG-ATGGCA--A---GACCTT-tg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    -CTTT-CA-CA-------T-TT------T------GT-----------GTATAGA-TTCCTT-ATGGGA--A---GAAATT-T-A-ATTTTGT---GTCATGGTGTT-TGA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  GAACTAT-T-G--TA------GGAA------GGG-CTTT-CA-TG-------C-CT------T------GT------------TATaat
gi|26                         :                                                                                              tgC---C-TTGTTATT-T--CA----------TGGAGT---TG-GAACTT-GT----AACCT--T-ttcatggagttggaacttgtaacctt
gi|27                         :                                                                 tggaactattgtaggaagggctttcatgAGAC---C-TTGTCATTAC--T---T------AT-AGCT---TG--AATTT-GT----GACCT--T-G-------ACCA------TGGAG--------------------TA---T-----------GACC----------TA--
gi|28                         :                                                                                         GGCAAGAC---C-TTGTTATTAC--T---T------GT--AGT---TT-GAACTT-GC----GACCT--A-G-------ACCG------TAGAA--------------------GT---T-----------GACC----------TA--C------Tcctttt
gi|29                         :                                                                                      TATGGCAAGACAGACACTGTTACTAC--T-----------TACAGT---TG-GAACTT-GT----GACCT--T-G-------A------------AG--------------------AT---T-----------GACC----------T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTT-CA-TA-------T-CT------T------GT-----------GTATATA-GTCTTT-AAGGCA--A---AACCTC-C-C-A
gi|3                          :                                                                                                                                              TT-AT----AATCT--T-G-------A--T------TGGAG--------------------TT---T-----------GAGG----------TACTT------TT---------AG-T--------C-TCCTTAACTAT-T-T--AT------GGCA------GAT-TGTT-CA-TA-------T----------------GA-----------ATGTAGA-ATTTAT-ATGGCA--A---GACATT-T-C-ATTTCAC---ACCATGGCGTT-TCACCTactctattattataatcttgattggagtttgaggtacttttagtctccttaactatttatggcagattgttcatatgaatgtagaatttatatggcaagacatttcatttcacaccatggcgtttcacctacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     tttcatatcttgtgtatatagtctttaaggcaaaacctcccaactctattaAGA-TTTCTT-GTGGCG--A---GACTTT-T-C-ATTTCAC---ACTTTGACTTA-TGACC-TGTAACacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   TT-T-C-ATTTCTC---ACTATGGCCTT-TGATCTTGTGACcttatagt
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                             --AA------AGTA------GAG-CTTT-CA-TG-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-TTGCTT-ATGGCA--T---GActtacaaggtgatctacttg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TTT-CA-TA-------T-CT------A------GT-----------GTGTAGA-TTCTTT-ATGGCA--A---GATCTTGT-T-ATTgca
gi|4                          :                                                      aacaacaggaaggaaagaacttttggtatttTTATGGCAAGAT---C-TTGTTATT-CGGTAAGTAAACTTGTGAATTGCATA-GGACTA-CT----G---T--T-A-------A----------AAAA--------------------TT---T-----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATT-TCCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TA-------T-TT------------------------------AGAATGTCTT-ATTGTA--A---CATATT-T-C-ATTTCGC---ACTTCGGCCTT-TGACCCTGTcggtaagtaaacttgtgaattgcataggactactgttaaaaaatttgacatactcaattgtcaaatttcctaaactaattaaggtagattctttcatatttagaatgtcttattgtaacatatttcatttcgcacttcggcctttgaccctgttaactttta
gi|5                          :                              aacaacaggaaggaaagaacttttggtattttttcatatctagtgtgtagattctTTATGGCAAGAT---C-TTGTTATT-CGGTAAGT------A--AACT---TGTGAA-TT-GCATAGGACCTACT-G---------TT------TAAAAAAT-----------------CT---T-----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATTCTCCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TA-------T-TT------------------------------AGAATGTCTT-ATTGTA--A---CATATT-T-C-ATTTCGC---ACTTCGGCCTT-TGACCCTGTtaactttta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                     tTATAT-T--GA------AGTA------GGG-CTTT-CA-T--------T-TC------T------GT-----------AGAAAAA-GTTCTT-Ataac
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                    gtctcccaatcca-----------GACC----------TA--T------TC---------AT-T------ATC-TTCACAACTAT-T-T--CA------GATA------G-----CT-CA-TA-------T-TT------T--------------------------------C-ATTGCA--A---GACCTT-T-C-ATTTCAT---ATTGTGACATT-TGACCTTGTGACagttatttggaagtccagttattgaggcggacctattcattatcttcacaactatttcagatagctcatattttcattgcaagacctttcatttcatattgtgacatttgaccttgtgacctta
gi|7                          : gtctcccaatccatatattgaagtagggctttcatttctgtagaaaaagttcttaagttatttggaagtccagttattgaggcgTTATGACAAGAC---T-TCATAATT-A--TGAGT------GTGGATT---TG-GGATTT-GT----TACCT--T-G-------ACCT------TTGGG--------------------TT---T-----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-ACCTGACCTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------CTATTTA-TTTCTG-ATGGCA--G---GATATG-C-C-ATTTCAC---ACTATGACCTT-TGACTGTATGACTActta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           -TTTCTT-ATAACA--A---TACCTT-T-C-ATTTCAT---ATTATGGCCTT-TGACCATGt
gi|8                          :                                                                                                                                              TT-AT----GGCCT--TTG-------ACCA------TGAAA--------------------TT---TTAAGAAAATGTAACC----------TA--TACGCTATC---------AAAT------ATT-TTTAGTATTAT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTTT-CA-TACTTTATAT-TT------T------GTACTATTATTGAATATAGA-TCT-TT-GTGACA--AGTTGACCTT-aaattttaagaaaatgtaacctatacgctatcaaatatttttagtattattcaaggtaggactttcatactttatattttgtactattattgaatatagatctttgtgacaagttgaccttgtgatt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                      tttcttataacaatacctttcatttcataAACTATATAT--AA------GGTA------GGG-CTTTCCA-TG-------T-TT------T------G-------------CATGGC-CTTGTT-ATTCCG--T---GAACTT-TGA-ACTTC--------GTGACCTT-TG-TCTTGgtgatt
gi|9                          :                                                                                          GCATGGC---C-TTGTTATT-C--C----------GTGAACT---TT-GAACTTCGT----GACCT--T-T-------GTCT------TGGAA--------------------GA---T-----------GACC----------TA--T------TC---------AA-A------ATT-CCCTGAATTAT-T-T--AA------AGTA------GAT-CTTT-CA-TA-------TGTTGTA---T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGACA--A---GACCTT-T-C-gaagatgacctattcaaaattccctgaattatttaaagtagatctttcatatgttgtatgtatatagatttcttatgacaagacctttc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): AAAAGTCACCTCAATCCATTTAAAGTAAGGGTTTCATTTCTGTACTAAGTACCATCAAGTTAGTTTGAACTTGCAACCTTGACCAAGAGGGTGAACCCCTCATTT
Unaligned ( gi|33 ): TTCACATTTATGACTTAGACATTGTGGCTTAAATATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              44444444444444                                33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                                        111111                                                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                 444 2        88888888888888    44      2  4444  4444   33  33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333    7777777777  22 555555  777777777  1 333333   1           3 1 222 444444    444444 0 2    1  1  4444444 1  999999999999999999999999999      2      1      22 222      3 1 1   888888888    444   33       2     1   1    
lowQualScore                  :                                                                                                 ... .        ..............    ..      .  ....  ....   ..  ....................................................................    ..........  .. ......  .........  . ......   .           . . ... ......    ...... . .    .  .  ....... .  ...........................      .      .      .. ...      . . .   .........    ...   ..       .     .   .    
lowQualScore                  :                                                                                                 777 5        33333333333333    99      2  7777  7777   11  22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222    0000000000  33 222222  666666666  9 666666   8           0 5 666 000000    111111 4 8    3  3  3333333 3  000000000000000000000000000      6      3      00 555      2 8 9   444444444    111   44       4     3   7    
consensus                     :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATT--C--TA--TGT-AAGTTG-GAACTT-GT----GA----CCT--TG-------ACCT------T-----G-----GAG--------------------TT---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATT---------TCAC---ACTN-TGACCTT-TGACCTTGTGACTA
Reference ( family-1344 )     :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATT--C--TA--TGTGAAGTTG-GAACTT-GT----GA----CCT--TG-------ACCT------T-----G-----GAG--------------------TT---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATT---------TCAC---ACTN-TGACCTT-TGACCTTGTGACTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                  CC----------TA--T------TA---------AA-C------ATA-CAGGGAACTAT-A-T--TA------GGTA------GGG-TTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTATAGA-TTGTGT-ATGGTA--T---GACCTT-G-CTATTCTGTGAAGTTGAA---ACTTGTGACCTT--GACCTTG
gi|1                          :                                                                            aaaatgatagTATGGTATGAC---C-TTGCTATT--C--T----GTGAAGTTG-AAACTT-GT----GA----CCT--TG-------ACCT------T-----G-----GAG--------------------TTCTAT----------AAAT----------TT--T------TT---------AA-C------AAT---CTGACCTAT-T-T----------GATATCTCATAAT-CTTT-TA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGT-TTTCT------------------TT-T-C-ATT---------TCAC---ACTT-TGGCCTA-TGACTTTAT-ACTAgagttctataaattttttaacaatctgacctatttgatatctcataatcttttatattttgtatatagttttcttttcatttcacactttggcctatgactttatactaggttatactcattagaa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aaaatgatagcctattaaacatacagggaactatattaggtagggttttcatattttgtgtatagattgtg-TTTCTT-GTGGCT--A---GCCCTG-T-C-ATT---------TCAC---ACTT-TGACCTTGTGACCTTATAggttatactcattagaa
gi|10                         :                                                                                     TTGTGGCTAG-C---C-CTGTCATT--T--CA--C----ACTTT-GACCTT-GT----GA----CCT--TATAAATTAACCTGTTTGTT-----A-----GAAAC------------------TG---T----------GACC----------TA--T------TTTACAATAGAAA-T------ATA-TTTTGAATTAT-T-C--TA------TGTA------GGA-CTCT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTAattaacctgtttgttagaaactgtgacctattttacaatagaaatatattttgaattattctatgtaggactctcatattttgtgtaccatgtatag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                              tttcCC----------TA--G------TA---------AA-TCC----ATT-TG--GAACTAT-T-T--TA------GGTA------GGG-ATTT--A-TA-------T-TC------T------A-------------------------T-ATGGCA--G---GATCTTGT-T-ATT---------CCACCAAGTTT-TAACTTA-TGACCccatgtatag
gi|11                         :                                                                              aaacacatTATGGCAGGAT---C-TTGTTATT--C--CA----CCAAGTTT-TAACTT-AT----GA----CCG--CA-------ACGT------T-----G-----GAA--------------------TT---G----------GACC----------TA--gcaacgttggaattggacctaccttttaaaaatctgactt
gi|12                         :                                aaacacatcctagtaaatccatttggaactattttaggtagggatttatattctaATGGCAAGAC---C-ATGTTATT------A--T----AGTTG-GAACTT-GT----GT----CCT--TG-------AACA------T-----G-----GAG--------------------TT---T----------GACCCACTTTTACGCA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTGT-A-T--AA------AACT------GAG-ATTT-C---A-------T-TT------T------GT-----------TTATAAA-TTTCTT-Accttttaaaaatctgactt
gi|13                         :                                                                                                                                 -GATCTT-GT----GA----CCT--TG-------ACCT-------------------AG--------------------TT---TTTAAAAACCATACC----------TA--C------TC---------AA-C------ATT-TCCTGAAGTAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTA-CATTT-------T-TT------T------CT-----------ATATAGA-TTTCTA-ATGGCA--A---GATC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                   catgtctAG--------------------TC---T----------GACC----------TA--G------TC---------AA-T------ATC-ACTT-AACTCT-T-TTTAT------GGAA------GAG-CTTT-CG-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTTTT-ATGGGA--A---GACCTT-T-A-ATT---------at
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgtcagaaaTAT-C-T--GA------GGTA------GCG-CTAT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTTTAAA-TCATTT-ATgtgtcgcctgcctgaaatt
gi|15                         :                                                                                         acctataaaata-TTGTTATT--C--TA--TGGG--GTTG-GAAGTT-AT----GG----CAT--TA-------ACAT------T-----C-----GAG--------------------aataccaaatattgttattctatggggttggaagttatggcattaacattcgag
gi|16                         :                                                          acctataaaatatatctgaggtagcgctatcatattttgtgtttaaatcatttataataccaaataAGTTT-GAACTT-GC----AA----CCT--TG-------ACC
gi|17                         :                                                                                                                                                                     aaaagtcacctcaatccatttaaagtaagggtttcatttctgtactaagtaccatcaagttCC----------TA--T------TC---------AA-T------ATC-ACTTGAACTAA-T-G--AAAGTACCGGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-T------------------AACCT------ATT---------TTAC---ACTA-TGACCCC-TGACCCTaagagggtgaacccctcattt
gi|18                         :                                                                                                                                                                      T------T-----A-----AAG--------------------TC---T----------TACC----------AA--T------TC---------A--T------GTT-TTCTTAAC-AT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTT--CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-A-GGCA--A---GACCttttgcccttat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                              cctacttt----------GATC----------TG--A------CC---------AA-T------GTC-TCCTGAAATAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                    attatgtttgatcttactgcctagacaaactttttatacagccTT-TCCTAATCCAT-T-T--AA------G-TG------GGG-CTTT-CT-T--------T-TT------T------GT-----------ACATA-A-GTTCTCAATGGCA--A---AACCTT-
gi|2                          :                                                                                    tagATGGCAAAAC---C-TTA-----------A--GGT--AGTTT-GAACTT-GC----GA----CCT--TG-------GGCA------T-----G-----GAGGTGATTCTCATTTTTACAAATC---T----------GACC----------TT--T------TT---------AG-T------ATT-TTCTGAACTA------------------------------TTT-CA-TA-------T-TT------T-------C-----------ATATACA-CTTGTC-ATTGGA--A---GACCTT-T-C-GTT---------TTAC---ATCA-TGACCTA-TGaaggtagtttgaacttgcgaccttgggcatggaggtgattctcatttttacaaatctgacctttttagtattttctgaactatttcatattttcatatacacttgtcattggaagacctttcgttttacatcatgacctatgcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                              tagtttcctaatccatttaagtggggctttcttttttgtacataagttctcaCC----------TG--T------TA---------AA-T------ACC-TCCGGAATTAT-G-T--AA------GGGA------GGG-CTTA-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           agaaatgcat------GGTC------GGG-CTCT-CA-AA-------T-TT------T------GT-----------GT-T-GA-TTTCTC-ATGGCATAA---GGCCTG-T-C-CTT---------TCAT---ACTA-TGAACTT-TCACCTTGTGACT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                 ATC----------TA--T------TC---------AG-A------ATC-TCCTGATTTAT-A-C--AA------GGTA------GAG-------A-TA-------T-TT------TATACATGT-----------ATATAGA-TTTCTT-TTGGTA--G---TACTTT-T-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                  ---T----------GACC----------CA--T------TC---------AT-T------ATC-TTCAGAACTAT-T-T--CA------GAT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                            tcttaagttagtttgaatttccaattcctgtcacggaggCTTGGATTAT-T-T--GA------AGCA------GAA-CTTT-CA-TA-------T-TTCAGATCT------GC-----------ATATGGA-TTTCTG-ATGGCA--A---GACCTT-tg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -CTTT-CA-CA-------T-TT------T------GT-----------GTATAGA-TTCCTT-ATGGGA--A---GAAATT-T-A-ATT---------TTGT---GTCA-TGGTGTT-TGA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      GAACTAT-T-G--TA------GGAA------GGG-CTTT-CA-TG-------C-CT------T------GT------------TATaat
gi|26                         :                                                                                              tgC---C-TTGTTATT--T--CA--TG--GAGTTG-GAACTT-GT----AA----CCT--Tttcatggagttggaacttgtaacctt
gi|27                         :                                                                 tggaactattgtaggaagggctttcatgAGAC---C-TTGTCATTACT--TA--T----AGCTT-GAATTT-GT----GA----CCT--TG-------ACCA------T-----G-----GAG--------------------TA---T----------GACC----------TA--
gi|28                         :                                                                                         GGCAAGAC---C-TTGTTATTA-C--T---TGT--AGTTT-GAACTT-GC----GA----CCT--AG-------ACCG------T-----A-----GAA--------------------GT---T----------GACC----------TA--C------Tcctttt
gi|29                         :                                                                                      TATGGCAAGACAGACACTGTTA----C--TA--CTTACAGTTG-GAACTT-GT----GA----CCT--TG-------A----------------------AG--------------------AT---T----------GACC----------T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTT-CA-TA-------T-CT------T------GT-----------GTATATA-GTCTTT-AAGGCA--A---AACCTC-C-C-A
gi|3                          :                                                                                     TTAAGGCAAAAC---C-TCCCAACT--C--TA--T-------TA-----TT-AT----AA----TCT--TG-------A--T------T-----G-----GAG--------------------TT---T----------GAGG----------TACTT------TT---------AG-T--------C-TCCTTAACTAT-T-T--AT------GGCA------GAT-TGTT-CA-TA-------T----------------GA-----------ATGTAGA-ATTTAT-ATGGCA--A---GACATT-T-C-ATT---------TCAC---ACCA-TGGCGTT-TCACCTactctattattataatcttgattggagtttgaggtacttttagtctccttaactatttatggcagattgttcatatgaatgtagaatttatatggcaagacatttcatttcacaccatggcgtttcacctacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttcatatcttgtgtatatagtctAGA-TTTCTT-GTGGCG--A---GACTTT-T-C-ATT---------TCAC---ACTT-TGACTTA-TGACC-TGTAACacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TT-T-C-ATT---------TCTC---ACTA-TGGCCTT-TGATCTTGTGACcttatagt
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 --AA------AGTA------GAG-CTTT-CA-TG-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-TTGCTT-ATGGCA--T---GActtacaaggtgatctacttg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTT-CA-TA-------T-CT------A------GT-----------GTGTAGA-TTCTTT-ATGGCA--A---GATCTTGT-T-ATT---------gca
gi|4                          :                                                      aacaacaggaaggaaagaacttttggtatttTTATGGCAAGAT---C-TTGTTATT--C--GG--T---AAGT---AAACTT-GT----GAATTGCAT--AG-------GACTAC----T-----GTTAAAAAA--------------------TT---T----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATT-TCCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TA-------T-TT------------------------------AGAATGTCTT-ATTGTA--A---CATATT-T-C-ATT---------TCGC---ACTT-CGGCCTT-TGACCCTGTcggtaagtaaacttgtgaattgcataggactactgttaaaaaatttgacatactcaattgtcaaatttcctaaactaattaaggtagattctttcatatttagaatgtcttattgtaacatatttcatttcgcacttcggcctttgaccctgttaactttta
gi|5                          :                              aacaacaggaaggaaagaacttttggtattttttcatatctagtgtgtagattctTTATGGCAAGAT---C-TTGTTATT--CGGTA--AGTAAACTTGTGAA-TT-GCATAGGA----CCTACTG---------TT------T-----A-----AAAAAT-----------------CT---T----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATTCTCCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TA-------T-TT------------------------------AGAATGTCTT-ATTGTA--A---CATATT-T-C-ATT---------TCGC---ACTT-CGGCCTT-TGACCCTGTtaactttta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                         tTATAT-T--GA------AGTA------GGG-CTTT-CA-T--------T-TC------T------GT-----------AGAAAAA-GTTCTT-Ataac
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                         gtctcccaatcca----------GACC----------TA--T------TC---------AT-T------ATC-TTCACAACTAT-T-T--CA------GATA------G-----CT-CA-TA-------T-TT------T--------------------------------C-ATTGCA--A---GACCTT-T-C-ATT---------TCAT---ATTG-TGACATT-TGACCTTGTGACagttatttggaagtccagttattgaggcggacctattcattatcttcacaactatttcagatagctcatattttcattgcaagacctttcatttcatattgtgacatttgaccttgtgacctta
gi|7                          : gtctcccaatccatatattgaagtagggctttcatttctgtagaaaaagttcttaagttatttggaagtccagttattgaggcgTTATGACAAGAC---T-TCATAATT--A--TGAGTGTGGATTTG-GGATTT-GT----TA----CCT--TG-------ACCT------T-----T-----GGG--------------------TT---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-ACCTGACCTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------CTATTTA-TTTCTG-ATGGCA--G---GATATG-C-C-ATT---------TCAC---ACTA-TGACCTT-TGACTGTATGACTActta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -TTTCTT-ATAACA--A---TACCTT-T-C-ATT---------TCAT---ATTA-TGGCCTT-TGACCATGt
gi|8                          :                                                                                     TTATAACAATAC---C-TT-TCATT--T--CA--TATTA---TG-G--CCT-TT----GA----CCA--TG-------AAAT------TTTAAGA-----AAA--------------------TG---T----------AACC----------TA--TACGCTATC---------AAAT------ATT-TTTAGTATTAT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTTT-CA-TACTTTATAT-TT------T------GTACTATTATTGAATATAGA-TCT-TT-GTGACA--AGTTGACCTT-aaattttaagaaaatgtaacctatacgctatcaaatatttttagtattattcaaggtaggactttcatactttatattttgtactattattgaatatagatctttgtgacaagttgaccttgtgatt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                   tttcAACTATATAT--AA------GGTA------GGG-CTTTCCA-TG-------T-TT------T------G-------------CATGGC-CTTGTT-ATTCCG--T---GAACTT-TGA-ACT---------TC--------G-TGACCTT-TG-TCTTGgtgatt
gi|9                          :                                                                                          GCATGGC---C-TTGTTATT--C--C----GTGAACTTT-GAACTTCGT----GA----CCT--TT-------GTCT------T-----G-----GAA--------------------GA---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-A------ATT-CCCTGAATTAT-T-T--AA------AGTA------GAT-CTTT-CA-TA-------TGTTGTA---T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGACA--A---GACCTT-T-C-gaagatgacctattcaaaattccctgaattatttaaagtagatctttcatatgttgtatgtatatagatttcttatgacaagacctttc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TTCACATTTATGACTTAGACATTGTGGCTTAAATATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              3333333333333                                        33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333                                        111111                                                                                                                                                                              
lowQualScore                  :                                                                                                 444 2        3333333333333   4      2    4444   333 33 7777777 2  44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444    7777777777  22 555555  777777777  1 333333   1           3 1 222 444444    444444 0 2    1  1  4444444 1  999999999999999999999999999      2      1      22 222      3 1 1   888888888    444   33       2     1   1    
lowQualScore                  :                                                                                                 ... .        .............   .      .    ....   ... .. ....... .  ...........................................................    ..........  .. ......  .........  . ......   .           . . ... ......    ...... . .    .  .  ....... .  ...........................      .      .      .. ...      . . .   .........    ...   ..       .     .   .    
lowQualScore                  :                                                                                                 777 5        6666666666666   7      2    7777   999 11 6666666 7  88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888    0000000000  33 222222  666666666  9 666666   8           0 5 666 000000    111111 4 8    3  3  3333333 3  000000000000000000000000000      6      3      00 555      2 8 9   444444444    111   44       4     3   7    
consensus                     :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATT--CCA--TGTA-AGTTNGAACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATT---------TCAC---ACTN-TGACCTT-TGACCTTGTGACTA
Reference ( family-1344 )     :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATT--CTA--TGTA-AGTTGGAACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATT---------TCAC---ACTN-TGACCTT-TGACCTTGTGACTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                CC----------TA--T------TA---------AA-C------ATA-CAGGGAACTAT-A-T--TA------GGTA------GGG-TTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTATAGA-TTGTGT-ATGGTA--T---GACCTT-G-CTATTCTGTGAAGTTGAA---ACTTGTGACCTT--GACCTTG
gi|1                          :                                                                            aaaatgatagTATGGTATGAC---C-TTGCTATT--CTG--TG-A-AGTTGAAACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-TCTAT----------AAAT----------TT--T------TT---------AA-C------AAT---CTGACCTAT-T-T----------GATATCTCATAAT-CTTT-TA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGT-TTTCT------------------TT-T-C-ATT---------TCAC---ACTT-TGGCCTA-TGACTTTAT-ACTAgagttctataaattttttaacaatctgacctatttgatatctcataatcttttatattttgtatatagttttcttttcatttcacactttggcctatgactttatactaggttatactcattagaa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      aaaatgatagcctattaaacatacagggaactatattaggtagggttttcatattttgtgtatagattgtg-TTTCTT-GTGGCT--A---GCCCTG-T-C-ATT---------TCAC---ACTT-TGACCTTGTGACCTTATAggttatactcattagaa
gi|10                         :                                                                                     TTGTGGCTAG-C---C-CTGTCATT--TCA--C----ACTTTGACCTT-GTGA----CCT---T--ATAAATTAACCTGTTTGTT-----A------GAAAC------------------T-G---T----------GACC----------TA--T------TTTACAATAGAAA-T------ATA-TTTTGAATTAT-T-C--TA------TGTA------GGA-CTCT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTAattaacctgtttgttagaaactgtgacctattttacaatagaaatatattttgaattattctatgtaggactctcatattttgtgtaccatgtatag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                            tttcCC----------TA--G------TA---------AA-TCC----ATT-TG--GAACTAT-T-T--TA------GGTA------GGG-ATTT--A-TA-------T-TC------T------A-------------------------T-ATGGCA--G---GATCTTGT-T-ATT---------CCACCAAGTTT-TAACTTA-TGACCccatgtatag
gi|11                         :                                                                              aaacacatTATGGCAGGAT---C-TTGTTATT--CCA--C-CA-AGTTTTAACTT-ATGA----CCG---C--A-------ACGT------T-----G------GAA--------------------T-T---G----------GACC----------TA--gcaacgttggaattggacctaccttttaaaaatctgactt
gi|12                         :                                aaacacatcctagtaaatccatttggaactattttaggtagggatttatattctaATGGCAAGAC---C-ATGTTATT----A--T----AGTTGGAACTT-GTGT----CCT---T--G-------AACA------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACCCACTTTTACGCA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTGT-A-T--AA------AACT------GAG-ATTT-C---A-------T-TT------T------GT-----------TTATAAA-TTTCTT-Accttttaaaaatctgactt
gi|13                         :                                                                                                                               GATCTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT--------------------AG--------------------T-T---TTTAAAAACCATACC----------TA--C------TC---------AA-C------ATT-TCCTGAAGTAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTA-CATTT-------T-TT------T------CT-----------ATATAGA-TTTCTA-ATGGCA--A---GATC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                catgtctAG--------------------T-C---T----------GACC----------TA--G------TC---------AA-T------ATC-ACTT-AACTCT-T-TTTAT------GGAA------GAG-CTTT-CG-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTTTT-ATGGGA--A---GACCTT-T-A-ATT---------at
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                               tgtcagaaaTAT-C-T--GA------GGTA------GCG-CTAT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTTTAAA-TCATTT-ATgtgtcgcctgcctgaaatt
gi|15                         :                                                                                         acctataaaata-TTGTTATT--CTA--TG-G-GGTTGGAAGTT-ATGG----CAT---T--A-------ACAT------T-----C------GAG--------------------aataccaaatattgttattctatggggttggaagttatggcattaacattcgag
gi|16                         :                                                    acctataaaatatatctgaggtagcgctatcatattttgtgtttaaatcatttataataccaaataGTT-AGTTTGAACTT-GCAA----CCT---T--G-------ACC
gi|17                         :                                                                                                                                                                      aaaagtcacctcaatccatttaaagtaagggtttcatttctgtactaagtaccatcaaCC----------TA--T------TC---------AA-T------ATC-ACTTGAACTAA-T-G--AAAGTACCGGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-T------------------AACCT------ATT---------TTAC---ACTA-TGACCCC-TGACCCTaagagggtgaacccctcattt
gi|18                         :                                                                                                                                                                  T------T-----A------AAG--------------------T-C---T----------TACC----------AA--T------TC---------A--T------GTT-TTCTTAAC-AT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTT--CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-A-GGCA--A---GACCttttgcccttat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                            cctacttt----------GATC----------TG--A------CC---------AA-T------GTC-TCCTGAAATAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                  attatgtttgatcttactgcctagacaaactttttatacagccTT-TCCTAATCCAT-T-T--AA------G-TG------GGG-CTTT-CT-T--------T-TT------T------GT-----------ACATA-A-GTTCTCAATGGCA--A---AACCTT-
gi|2                          :                                                                                    tagATGGCAAAAC---C-TTA---------A--GGTA--GTTTGAACTT-GCGA----CCT---T--G-------GGCA------T-----G------GAGGTGATTCTCATTTTTACAAAT-C---T----------GACC----------TT--T------TT---------AG-T------ATT-TTCTGAACTA------------------------------TTT-CA-TA-------T-TT------T-------C-----------ATATACA-CTTGTC-ATTGGA--A---GACCTT-T-C-GTT---------TTAC---ATCA-TGACCTA-TGaaggtagtttgaacttgcgaccttgggcatggaggtgattctcatttttacaaatctgacctttttagtattttctgaactatttcatattttcatatacacttgtcattggaagacctttcgttttacatcatgacctatgcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                            tagtttcctaatccatttaagtggggctttcttttttgtacataagttctcaCC----------TG--T------TA---------AA-T------ACC-TCCGGAATTAT-G-T--AA------GGGA------GGG-CTTA-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         agaaatgcat------GGTC------GGG-CTCT-CA-AA-------T-TT------T------GT-----------GT-T-GA-TTTCTC-ATGGCATAA---GGCCTG-T-C-CTT---------TCAT---ACTA-TGAACTT-TCACCTTGTGACT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                               ATC----------TA--T------TC---------AG-A------ATC-TCCTGATTTAT-A-C--AA------GGTA------GAG-------A-TA-------T-TT------TATACATGT-----------ATATAGA-TTTCTT-TTGGTA--G---TACTTT-T-
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                ---T----------GACC----------CA--T------TC---------AT-T------ATC-TTCAGAACTAT-T-T--CA------GAT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                          tcttaagttagtttgaatttccaattcctgtcacggaggCTTGGATTAT-T-T--GA------AGCA------GAA-CTTT-CA-TA-------T-TTCAGATCT------GC-----------ATATGGA-TTTCTG-ATGGCA--A---GACCTT-tg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      -CTTT-CA-CA-------T-TT------T------GT-----------GTATAGA-TTCCTT-ATGGGA--A---GAAATT-T-A-ATT---------TTGT---GTCA-TGGTGTT-TGA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                    GAACTAT-T-G--TA------GGAA------GGG-CTTT-CA-TG-------C-CT------T------GT------------TATaat
gi|26                         :                                                                                              tgC---C-TTGTTATT--TCA--TG-G-AGTTGGAACTT-GTAA----CCT---T--ttcatggagttggaacttgtaacctt
gi|27                         :                                                                 tggaactattgtaggaagggctttcatgAGAC---C-TTGTCATTACTTA--T----AGCTTGAATTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCA------T-----G------GAG--------------------T-A---T----------GACC----------TA--
gi|28                         :                                                                                         GGCAAGAC---C-TTGTTATTA-CT---TGTA--GTTTGAACTT-GCGA----CCT---A--G-------ACCG------T-----A------GAA--------------------G-T---T----------GACC----------TA--C------Tcctttt
gi|29                         :                                                                                      TATGGCAAGACAGACACTGTTA----CTA--CTTACAGTTGGAACTT-GTGA----CCT---T--G-------A-----------------------AG--------------------A-T---T----------GACC----------T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTT-CA-TA-------T-CT------T------GT-----------GTATATA-GTCTTT-AAGGCA--A---AACCTC-C-C-A
gi|3                          :                                                                                     TTAAGGCAAAAC---C-TCCCAACT--CTA--T-TA----------TT-ATAA----TCT---T--G-------A--T------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GAGG----------TACTT------TT---------AG-T--------C-TCCTTAACTAT-T-T--AT------GGCA------GAT-TGTT-CA-TA-------T----------------GA-----------ATGTAGA-ATTTAT-ATGGCA--A---GACATT-T-C-ATT---------TCAC---ACCA-TGGCGTT-TCACCTactctattattataatcttgattggagtttgaggtacttttagtctccttaactatttatggcagattgttcatatgaatgtagaatttatatggcaagacatttcatttcacaccatggcgtttcacctacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tttcatatcttgtgtatatagtctAGA-TTTCTT-GTGGCG--A---GACTTT-T-C-ATT---------TCAC---ACTT-TGACTTA-TGACC-TGTAACacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     TT-T-C-ATT---------TCTC---ACTA-TGGCCTT-TGATCTTGTGACcttatagt
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                               --AA------AGTA------GAG-CTTT-CA-TG-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-TTGCTT-ATGGCA--T---GActtacaaggtgatctacttg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        TTT-CA-TA-------T-CT------A------GT-----------GTGTAGA-TTCTTT-ATGGCA--A---GATCTTGT-T-ATT---------gca
gi|4                          :                                                      aacaacaggaaggaaagaacttttggtatttTTATGGCAAGAT---C-TTGTTATT--CG----GTA-AGT--AAACTT-GTGAATTGCAT---A--G-------GACTAC----T-----GTTAAA-AAA--------------------T-T---T----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATT-TCCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TA-------T-TT------------------------------AGAATGTCTT-ATTGTA--A---CATATT-T-C-ATT---------TCGC---ACTT-CGGCCTT-TGACCCTGTcggtaagtaaacttgtgaattgcataggactactgttaaaaaatttgacatactcaattgtcaaatttcctaaactaattaaggtagattctttcatatttagaatgtcttattgtaacatatttcatttcgcacttcggcctttgaccctgttaactttta
gi|5                          :                              aacaacaggaaggaaagaacttttggtattttttcatatctagtgtgtagattctTTATGGCAAGAT---C-TTGTTATT--CG----GTA-AGT--AAACTT-GTGA----ATTGCATAGG-------ACCTAC----T-----GTTTAAAAAA--------------------TCT---T----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATTCTCCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TA-------T-TT------------------------------AGAATGTCTT-ATTGTA--A---CATATT-T-C-ATT---------TCGC---ACTT-CGGCCTT-TGACCCTGTtaactttta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                       tTATAT-T--GA------AGTA------GGG-CTTT-CA-T--------T-TC------T------GT-----------AGAAAAA-GTTCTT-Ataac
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                       gtctcccaatcca----------GACC----------TA--T------TC---------AT-T------ATC-TTCACAACTAT-T-T--CA------GATA------G-----CT-CA-TA-------T-TT------T--------------------------------C-ATTGCA--A---GACCTT-T-C-ATT---------TCAT---ATTG-TGACATT-TGACCTTGTGACagttatttggaagtccagttattgaggcggacctattcattatcttcacaactatttcagatagctcatattttcattgcaagacctttcatttcatattgtgacatttgaccttgtgacctta
gi|7                          : gtctcccaatccatatattgaagtagggctttcatttctgtagaaaaagttcttaagttatttggaagtccagttattgaggcgTTATGACAAGAC---T-TCATAATT--ATGAGTGTGGATTTGGGATTT-GTTA----CCT---T--G-------ACCT------T-----T------GGG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-ACCTGACCTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------CTATTTA-TTTCTG-ATGGCA--G---GATATG-C-C-ATT---------TCAC---ACTA-TGACCTT-TGACTGTATGACTActta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             -TTTCTT-ATAACA--A---TACCTT-T-C-ATT---------TCAT---ATTA-TGGCCTT-TGACCATGt
gi|8                          :                                                                                     TTATAACAATAC---C-TT-TCATT--TCA--TATT-A--TGG--CCT-TTGA----CCA---T--G-------AAAT------TTTAAGA------AAA--------------------T-G---T----------AACC----------TA--TACGCTATC---------AAAT------ATT-TTTAGTATTAT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTTT-CA-TACTTTATAT-TT------T------GTACTATTATTGAATATAGA-TCT-TT-GTGACA--AGTTGACCTT-aaattttaagaaaatgtaacctatacgctatcaaatatttttagtattattcaaggtaggactttcatactttatattttgtactattattgaatatagatctttgtgacaagttgaccttgtgatt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                 tttcAACTATATAT--AA------GGTA------GGG-CTTTCCA-TG-------T-TT------T------G-------------CATGGC-CTTGTT-ATTCCG--T---GAACTT-TGA-ACT---------TC--------G-TGACCTT-TG-TCTTGgtgatt
gi|9                          :                                                                                          GCATGGC---C-TTGTTATT--CCG--TG-A-ACTTTGAACTTCGTGA----CCT---T--T-------GTCT------T-----G------GAA--------------------G-A---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-A------ATT-CCCTGAATTAT-T-T--AA------AGTA------GAT-CTTT-CA-TA-------TGTTGTA---T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGACA--A---GACCTT-T-C-gaagatgacctattcaaaattccctgaattatttaaagtagatctttcatatgttgtatgtatatagatttcttatgacaagacctttc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TTCACATTTATGACTTAGACATTGTGGCTTAAATATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              22222222222222                             4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                        111111                                                                                                                                                                    
lowQualScore                  :                                                                                                 444 2        77777777777777   3      2    7777   666 33 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    7777777777  22 555555  777777777  1 333333   1           3 1 222 444444    444444 0 2    1  1  4444444 1  999999999999999999999999999      2      1      22 222      3 1 1       444   1       2     1   0    
lowQualScore                  :                                                                                                 ... .        ..............   .      .    ....   ... .. ......................................................................    ..........  .. ......  .........  . ......   .           . . ... ......    ...... . .    .  .  ....... .  ...........................      .      .      .. ...      . . .       ...   .       .     .   .    
lowQualScore                  :                                                                                                 777 7        66666666666666   3      2    8888   111 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666    0000000000  33 222222  666666666  9 666666   8           0 5 666 000000    111111 4 8    3  3  3333333 3  000000000000000000000000000      6      3      00 555      2 8 9       111   0       4     3   2    
consensus                     :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATTCCA--T---GTA-AGTTTGAACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATTTCAC---ACTNTGACCTT-TGACCTTGTGACTA
Reference ( family-1344 )     :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATTCCA--T---GTA-AGTTNGAACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATTTCAC---ACTNTGACCTT-TGACCTTGTGACTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                 CC----------TA--T------TA---------AA-C------ATA-CAGGGAACTAT-A-T--TA------GGTA------GGG-TTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTATAGA-TTGTGT-ATGGTA--T---GACCTT-G-CTATT--------CTGTGAAGTT-GAAACTTGTGAC
gi|1                          :                                                                            aaaatgatagTATGGTATGAC---C-TTGCTATTCTG--T---G-A-AGTTGAAACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-TCTAT----------AAAT----------TT--T------TT---------AA-C------AAT---CTGACCTAT-T-T----------GATATCTCATAAT-CTTT-TA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGT-TTTCT------------------TT-T-C-ATTTCAC---ACTTTGGCCTA-TGACTTTAT-ACTActtgaccttggagttctataaattttttaacaatctgacctatttgatatctcataatcttttatattttgtatatagttttcttttcatttcacactttggcctatgactttatactaggttatactcattagaa
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       aaaatgatagcctattaaacatacagggaactatattaggtagggttttcatattttgtgtatagattgtg-TTTCTT-GTGGCT--A---GCCCTG-T-C-ATTTCAC---ACTTTGACCTTGTGACCTTATAAggttatactcattagaa
gi|10                         :                                                                                     TTGTGGCTAG-C---C-CTGTCATTTCA--C-------ACTTTGACCTT-GTGA----CCT---T--ATAAATTAACCTGTTTGTT-----A------GAAAC------------------T-G---T----------GACC----------TA--T------TTTACAATAGAAA-T------ATA-TTTTGAATTAT-T-C--TA------TGTA------GGA-CTCT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTAattaacctgtttgttagaaactgtgacctattttacaatagaaatatattttgaattattctatgtaggactctcatattttgtgtaccatgtatag
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                             tttcCC----------TA--G------TA---------AA-TCC----ATT-TG--GAACTAT-T-T--TA------GGTA------GGG-ATTT--A-TA-------T-TC------T------A-------------------------T-ATGGCA--G---GATCTTGT-T-ATTCCACCAAGTTTTAACTTA-TGACCccatgtatag
gi|11                         :                                                                              aaacacatTATGGCAGGAT---C-TTGTTATTCCA--C----CA-AGTTTTAACTT-ATGA----CCG---C--A-------ACGT------T-----G------GAA--------------------T-T---G----------GACC----------TA--gcaacgttggaattggacctaccttttaaaaatctgactt
gi|12                         :                                aaacacatcctagtaaatccatttggaactattttaggtagggatttatattctaATGGCAAGAC---C-ATGTTATT--A--T-------AGTTGGAACTT-GTGT----CCT---T--G-------AACA------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACCCACTTTTACGCA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTGT-A-T--AA------AACT------GAG-ATTT-C---A-------T-TT------T------GT-----------TTATAAA-TTTCTT-Accttttaaaaatctgactt
gi|13                         :                                                                                                                            GTCTGATCTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT--------------------AG--------------------T-T---TTTAAAAACCATACC----------TA--C------TC---------AA-C------ATT-TCCTGAAGTAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTA-CATTT-------T-TT------T------CT-----------ATATAGA-TTTCTA-ATGGCA--A---GATC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                     catAG--------------------T-C---T----------GACC----------TA--G------TC---------AA-T------ATC-ACTT-AACTCT-T-TTTAT------GGAA------GAG-CTTT-CG-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTTTT-ATGGGA--A---GACCTT-T-A-ATTat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                tgtcagaaaTAT-C-T--GA------GGTA------GCG-CTAT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTTTAAA-TCATTT-ATgtgtcgcctgcctgaaatt
gi|16                         :                                                                                                  acctataaaataCCA--TCAAGTT-AGTTTGAACTT-GCAA----CCT---T--G-------ACCaataccaaatattgttattctatggggttggaagttatggcattaacattcgag
gi|17                         :                                                                                                                                                                              aaaagtcacctcaatccatttaaagtaagggtttcatttctgtactaagtaCC----------TA--T------TC---------AA-T------ATC-ACTTGAACTAA-T-G--AAAGTACCGGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-T------------------AACCT------ATTTTAC---ACTATGACCCC-TGACCCaagagggtgaacccctcattt
gi|18                         :                                                                                                                                                                   T------T-----A------AAG--------------------T-C---T----------TACC----------AA--T------TC---------A--T------GTT-TTCTTAAC-AT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTT--CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-A-GGCA--A---GACCttttgcccttat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                             cctacttt----------GATC----------TG--A------CC---------AA-T------GTC-TCCTGAAATAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                   attatgtttgatcttactgcctagacaaactttttatacagccTT-TCCTAATCCAT-T-T--AA------G-TG------GGG-CTTT-CT-T--------T-TT------T------GT-----------ACATA-A-GTTCTCAATGGCA--A---AACCTT-
gi|2                          :                                                                                    tagATGGCAAAAC---C-TTA-------A--G---GTA--GTTTGAACTT-GCGA----CCT---T--G-------GGCA------T-----G------GAGGTGATTCTCATTTTTACAAAT-C---T----------GACC----------TT--T------TT---------AG-T------ATT-TTCTGAACTA------------------------------TTT-CA-TA-------T-TT------T-------C-----------ATATACA-CTTGTC-ATTGGA--A---GACCTT-T-C-GTTTTAC---ATCATGACCTA-TGaaggtagtttgaacttgcgaccttgggcatggaggtgattctcatttttacaaatctgacctttttagtattttctgaactatttcatattttcatatacacttgtcattggaagacctttcgttttacatcatgacctatgcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                             tagtttcctaatccatttaagtggggctttcttttttgtacataagttctcaCC----------TG--T------TA---------AA-T------ACC-TCCGGAATTAT-G-T--AA------GGGA------GGG-CTTA-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          agaaatgcat------GGTC------GGG-CTCT-CA-AA-------T-TT------T------GT-----------GT-T-GA-TTTCTC-ATGGCATAA---GGCCTG-T-C-CTTTCAT---ACTATGAACTT-TCACCTTGTGACT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                ATC----------TA--T------TC---------AG-A------ATC-TCCTGATTTAT-A-C--AA------GGTA------GAG-------A-TA-------T-TT------TATACATGT-----------ATATAGA-TTTCTT-TTGGTA--G---TACTTT-T-
gi|23                         :                                                                                                                    ---GTT-AGTTTGAATTT-CCAATT--CCTG--T--C-------AC--------------G------GAG--------------------G-T--------------GACC----------CA--T------TC---------AT-T------ATC-TTCAGAACTAT-T-T--CA------GAT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            tcttaaCTTGGATTAT-T-T--GA------AGCA------GAA-CTTT-CA-TA-------T-TTCAGATCT------GC-----------ATATGGA-TTTCTG-ATGGCA--A---GACCTT-tg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       -CTTT-CA-CA-------T-TT------T------GT-----------GTATAGA-TTCCTT-ATGGGA--A---GAAATT-T-A-ATTTTGT---GTCATGGTGTT-TGA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                     GAACTAT-T-G--TA------GGAA------GGG-CTTT-CA-TG-------C-CT------T------GT------------TATaat
gi|26                         :                                                                                              tgC---C-TTGTTATTTCA--T---G-G-AGTTGGAACTT-GTAA----CCT---T--ttcatggagttggaacttgtaacctt
gi|27                         :                                                                 tggaactattgtaggaagggctttcatgAGAC---C-TTGTCATTACT--T---ATA--GCTTGAATTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCA------T-----G------GAG--------------------T-A---T----------GACC----------TA--
gi|28                         :                                                                                         GGCAAGAC---C-TTGTTATTACT--T---GTA--GTTTGAACTT-GCGA----CCT---A--G-------ACCG------T-----A------GAA--------------------G-T---T----------GACC----------TA--C------Tcctttt
gi|29                         :                                                                                      TATGGCAAGACAGACACTGTTA--CTA--C---TTACAGTTGGAACTT-GTGA----CCT---T--G-------A-----------------------AG--------------------A-T---T----------GACC----------T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTT-CA-TA-------T-CT------T------GT-----------GTATATA-GTCTTT-AAGGCA--A---AACCTC-C-C-A
gi|3                          :                                                                                     TTAAGGCAAAAC---C-TCCCAACTCTA--T----TA----------TT-ATAA----TCT---T--G-------A--T------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GAGG----------TACTT------TT---------AG-T--------C-TCCTTAACTAT-T-T--AT------GGCA------GAT-TGTT-CA-TA-------T----------------GA-----------ATGTAGA-ATTTAT-ATGGCA--A---GACATT-T-C-ATTTCAC---ACCATGGCGTT-TCACCTactctattattataatcttgattggagtttgaggtacttttagtctccttaactatttatggcagattgttcatatgaatgtagaatttatatggcaagacatttcatttcacaccatggcgtttcacctacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   tttcatatcttgtgtatatagtctAGA-TTTCTT-GTGGCG--A---GACTTT-T-C-ATTTCAC---ACTTTGACTTA-TGACC-TGTAACacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      TT-T-C-ATTTCTC---ACTATGGCCTT-TGATCTTGTGACcttatagt
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                --AA------AGTA------GAG-CTTT-CA-TG-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-TTGCTT-ATGGCA--T---GActtacaaggtgatctacttg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TTT-CA-TA-------T-CT------A------GT-----------GTGTAGA-TTCTTT-ATGGCA--A---GATCTTGT-T-ATTgca
gi|4                          :                                                      aacaacaggaaggaaagaacttttggtatttTTATGGCAAGAT---C-TTGTTATTCG-------GTA-AGT--AAACTT-GTGAATTGCAT---A--G-------GACTAC----T-----GTTAAA-AAA--------------------T-T---T----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATT-TCCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TA-------T-TT------------------------------AGAATGTCTT-ATTGTA--A---CATATT-T-C-ATTTCGC---ACTTCGGCCTT-TGACCCTGTcggtaagtaaacttgtgaattgcataggactactgttaaaaaatttgacatactcaattgtcaaatttcctaaactaattaaggtagattctttcatatttagaatgtcttattgtaacatatttcatttcgcacttcggcctttgaccctgttaactttta
gi|5                          :                              aacaacaggaaggaaagaacttttggtattttttcatatctagtgtgtagattctTTATGGCAAGAT---C-TTGTTATTCG-------GTA-AGT--AAACTT-GTGA----ATTGCATAGG-------ACCTAC----T-----GTTTAAAAAA--------------------TCT---T----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATTCTCCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TA-------T-TT------------------------------AGAATGTCTT-ATTGTA--A---CATATT-T-C-ATTTCGC---ACTTCGGCCTT-TGACCCTGTtaactttta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                        tTATAT-T--GA------AGTA------GGG-CTTT-CA-T--------T-TC------T------GT-----------AGAAAAA-GTTCTT-Ataac
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                        gtctcccaatcca----------GACC----------TA--T------TC---------AT-T------ATC-TTCACAACTAT-T-T--CA------GATA------G-----CT-CA-TA-------T-TT------T--------------------------------C-ATTGCA--A---GACCTT-T-C-ATTTCAT---ATTGTGACATT-TGACCTTGTGACagttatttggaagtccagttattgaggcggacctattcattatcttcacaactatttcagatagctcatattttcattgcaagacctttcatttcatattgtgacatttgaccttgtgacctta
gi|7                          : gtctcccaatccatatattgaagtagggctttcatttctgtagaaaaagttcttaagttatttggaagtccagttattgaggcgTTATGACAAGAC---T-TCATAATTATGAGT---GTGGATTTGGGATTT-GTTA----CCT---T--G-------ACCT------T-----T------GGG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-ACCTGACCTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------CTATTTA-TTTCTG-ATGGCA--G---GATATG-C-C-ATTTCAC---ACTATGACCTT-TGACTGTATGACTActta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -TTTCTT-ATAACA--A---TACCTT-T-C-ATTTCAT---ATTATGGCCTT-TGACCATGt
gi|8                          :                                                                                     TTATAACAATAC---C-TT-TCATTTCA--T---ATT-A---TGGCCTT--TGA----CCA---T--G-------AAAT------TTTAAGA------AAA--------------------T-G---T----------AACC----------TA--TACGCTATC---------AAAT------ATT-TTTAGTATTAT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTTT-CA-TACTTTATAT-TT------T------GTACTATTATTGAATATAGA-TCT-TT-GTGACA--AGTTGACCTT-aaattttaagaaaatgtaacctatacgctatcaaatatttttagtattattcaaggtaggactttcatactttatattttgtactattattgaatatagatctttgtgacaagttgaccttgtgatt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                  tttcAACTATATAT--AA------GGTA------GGG-CTTTCCA-TG-------T-TT------T------G-------------CATGGC-CTTGTT-ATTCCG--T---GAACTT-TGA-ACTTC--------GTGACCTT-TG-TCTTGgtgatt
gi|9                          :                                                                                          GCATGGC---C-TTGTTATTCCG--T---G-A-ACTTTGAACTTCGTGA----CCT---T--T-------GTCT------T-----G------GAA--------------------G-A---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-A------ATT-CCCTGAATTAT-T-T--AA------AGTA------GAT-CTTT-CA-TA-------TGTTGTA---T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGACA--A---GACCTT-T-C-gaagatgacctattcaaaattccctgaattatttaaagtagatctttcatatgttgtatgtatatagatttcttatgacaagacctttc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TTCACATTTATGACTTAGACATTGTGGCTTAAATATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              22222222222222                              4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                        111111                                                                                                                                                                             
lowQualScore                  :                                                                                                 444 2        66666666666666   0  2    2    7777   666 33 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    7777777777  22 555555  777777777  1 333333   1           3 1 222 444444    444444 0 2    1  1  4444444 1  999999999999999999999999999      2      1      22 222      3 1 2   888888888    444   33            2   1    
lowQualScore                  :                                                                                                 ... .        ..............   .  .    .    ....   ... .. ......................................................................    ..........  .. ......  .........  . ......   .           . . ... ......    ...... . .    .  .  ....... .  ...........................      .      .      .. ...      . . .   .........    ...   ..            .   .    
lowQualScore                  :                                                                                                 777 7        11111111111111   3  2    2    8888   111 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666    0000000000  33 222222  666666666  9 666666   8           0 5 666 000000    111111 4 8    3  3  3333333 3  000000000000000000000000000      7      3      00 666      3 9 0   999999999    444   55            1   0    
consensus                     :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATTCCA--T---GTA-AGTTTGA-ACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATT---------TCAC---ACTN-TGGCCTTTGACCTTGTGACTA
Reference ( family-1344 )     :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATTCCA--T---GTA-AGTTTGA-ACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATT---------TCAC---ACTN-TGACCTTTGACCTTGTGACTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                  CC----------TA--T------TA---------AA-C------ATA-CAGGGAACTAT-A-T--TA------GGTA------GGG-TTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTATAGA-TTGTGT-ATGGTA--T---GACCTT-G-CTATTCTGTGAAGTTGAA---ACTTGTGACCTT-GACCTTG
gi|1                          :                                                                            aaaatgatagTATGGTATGAC---C-TTGCTATTCTG--T---G-A-AGTTGAA-ACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-TCTAT----------AAAT----------TT--T------TT---------AA-C------AAT---CTGACCTAT-T-T----------GATATCTCATAAT-CTTT-TA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGT-TTTCT------------------TT-T-C-ATT---------TCAC---ACTT-TGGCCTATGACTTTAT-ACTAgagttctataaattttttaacaatctgacctatttgatatctcataatcttttatattttgtatatagttttcttttcatttcacactttggcctatgactttatactaggttatactcattagaa
gi|10                         :              aaaatgatagcctattaaacatacagggaactatattaggtagggttttcatattttgtgtatagattgtgTTGTGGCTAG-C---C-CTGTCATTTCA--C-------ACTTTGA-CCTT-GTGA----CCT---T--ATAAATTAACCTGTTTGTT-----A------GAAAC------------------T-G---T----------GACC----------TA--T------TTTACAATAGAAA-T------ATA-TTTTGAATTAT-T-C--TA------TGTA------GGA-CTCT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTAggttatactcattagaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                              tttcCC----------TA--G------TA---------AA-TCC----ATT-TG--GAACTAT-T-T--TA------GGTA------GGG-ATTT--A-TA-------T-TC------T------A-------------------------T-ATGGCA--G---GATCTTGT-T-ATT---------CCACCAAGTTT-TAACTTATGACCccatgtatag
gi|11                         :                                                                              aaacacatTATGGCAGGAT---C-TTGTTATTCCA--C----CA-AGTTTTA-ACTT-ATGA----CCG---C--A-------ACGT------T-----G------GAA--------------------T-T---G----------GACC----------TA--gcaacgttggaattggacctaccttttaaaaatctgactt
gi|12                         :                                aaacacatcctagtaaatccatttggaactattttaggtagggatttatattctaATGGCAAGAC---C-ATGTTATT--A--T-------AGTTGGA-ACTT-GTGT----CCT---T--G-------AACA------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACCCACTTTTACGCA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTGT-A-T--AA------AACT------GAG-ATTT-C---A-------T-TT------T------GT-----------TTATAAA-TTTCTT-Accttttaaaaatctgactt
gi|13                         :                                                                                                                            GTCTGA-TCTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT--------------------AG--------------------T-T---TTTAAAAACCATACC----------TA--C------TC---------AA-C------ATT-TCCTGAAGTAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTA-CATTT-------T-TT------T------CT-----------ATATAGA-TTTCTA-ATGGCA--A---GATC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                      catAG--------------------T-C---T----------GACC----------TA--G------TC---------AA-T------ATC-ACTT-AACTCT-T-TTTAT------GGAA------GAG-CTTT-CG-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTTTT-ATGGGA--A---GACCTT-T-A-ATT---------at
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgtcagaaaTAT-C-T--GA------GGTA------GCG-CTAT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTTTAAA-TCATTT-ATgtgtcgcctgcctgaaatt
gi|16                         :                                                                                                  acctataaaataCCA--TCAAGTT-AGTTTGA-ACTT-GCAA----CCT---T--G-------ACCaataccaaatattgttattctatggggttggaagttatggcattaacattcgag
gi|17                         :                                                                                                                                                                               aaaagtcacctcaatccatttaaagtaagggtttcatttctgtactaagtaCC----------TA--T------TC---------AA-T------ATC-ACTTGAACTAA-T-G--AAAGTACCGGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-T------------------AACCT------ATT---------TTAC---ACTA-TGACCCCTGACCCTaagagggtgaacccctcattt
gi|18                         :                                                                                                                                                                    T------T-----A------AAG--------------------T-C---T----------TACC----------AA--T------TC---------A--T------GTT-TTCTTAAC-AT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTT--CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-A-GGCA--A---GACCttttgcccttat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                              cctacttt----------GATC----------TG--A------CC---------AA-T------GTC-TCCTGAAATAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                    attatgtttgatcttactgcctagacaaactttttatacagccTT-TCCTAATCCAT-T-T--AA------G-TG------GGG-CTTT-CT-T--------T-TT------T------GT-----------ACATA-A-GTTCTCAATGGCA--A---AACCTT-
gi|2                          :                                                                                    tagATGGCAAAAC---C-TTA-------A--G---GTA--GTTTGA-ACTT-GCGA----CCT---T--G-------GGCA------T-----G------GAGGTGATTCTCATTTTTACAAAT-C---T----------GACC----------TT--T------TT---------AG-T------ATT-TTCTGAACTA------------------------------TTT-CA-TA-------T-TT------T-------C-----------ATATACA-CTTGTC-ATTGGA--A---GACCTT-T-C-GTT---------TTAC---ATCA-TGACCTATGaaggtagtttgaacttgcgaccttgggcatggaggtgattctcatttttacaaatctgacctttttagtattttctgaactatttcatattttcatatacacttgtcattggaagacctttcgttttacatcatgacctatgcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                              tagtttcctaatccatttaagtggggctttcttttttgtacataagttctcaCC----------TG--T------TA---------AA-T------ACC-TCCGGAATTAT-G-T--AA------GGGA------GGG-CTTA-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           agaaatgcat------GGTC------GGG-CTCT-CA-AA-------T-TT------T------GT-----------GT-T-GA-TTTCTC-ATGGCATAA---GGCCTG-T-C-CTT---------TCAT---ACTA-TGAACTTTCACCTTGTGACT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                 ATC----------TA--T------TC---------AG-A------ATC-TCCTGATTTAT-A-C--AA------GGTA------GAG-------A-TA-------T-TT------TATACATGT-----------ATATAGA-TTTCTT-TTGGTA--G---TACTTT-T-
gi|23                         :                                                                                                                    ---GTT-AGTTTGA-ATTT-CCAATT--CCTG--T--C-------AC--------------G------GAG--------------------G-T--------------GACC----------CA--T------TC---------AT-T------ATC-TTCAGAACTAT-T-T--CA------GAT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             tcttaaCTTGGATTAT-T-T--GA------AGCA------GAA-CTTT-CA-TA-------T-TTCAGATCT------GC-----------ATATGGA-TTTCTG-ATGGCA--A---GACCTT-tg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -CTTT-CA-CA-------T-TT------T------GT-----------GTATAGA-TTCCTT-ATGGGA--A---GAAATT-T-A-ATT---------TTGT---GTCA-TGGTGTTTGA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      GAACTAT-T-G--TA------GGAA------GGG-CTTT-CA-TG-------C-CT------T------GT------------TATaat
gi|26                         :                                                                                              tgC---C-TTGTTATTTCA--T---G-G-AGTTGGA-ACTT-GTAA----CCT---T--ttcatggagttggaacttgtaacctt
gi|27                         :                                                                 tggaactattgtaggaagggctttcatgAGAC---C-TTGTCATTACT--T---ATA--GCTTGA-ATTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCA------T-----G------GAG--------------------T-A---T----------GACC----------TA--
gi|28                         :                                                                                         GGCAAGAC---C-TTGTTATTACT--T---GTA--GTTTGA-ACTT-GCGA----CCT---A--G-------ACCG------T-----A------GAA--------------------G-T---T----------GACC----------TA--C------Tcctttt
gi|29                         :                                                                                      TATGGCAAGACAGACACTGTTA--CTA--C---TTACAGTTGGA-ACTT-GTGA----CCT---T--G-------A-----------------------AG--------------------A-T---T----------GACC----------T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTT-CA-TA-------T-CT------T------GT-----------GTATATA-GTCTTT-AAGGCA--A---AACCTC-C-C-A
gi|3                          :                                                                                     TTAAGGCAAAAC---C-TCCCAACTCTA--T----TA-----------TT-ATAA----TCT---T--G-------A--T------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GAGG----------TACTT------TT---------AG-T--------C-TCCTTAACTAT-T-T--AT------GGCA------GAT-TGTT-CA-TA-------T----------------GA-----------ATGTAGA-ATTTAT-ATGGCA--A---GACATT-T-C-ATT---------TCAC---ACCA-TGGCGTTTCACCTactctattattataatcttgattggagtttgaggtacttttagtctccttaactatttatggcagattgttcatatgaatgtagaatttatatggcaagacatttcatttcacaccatggcgtttcacctacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttcatatcttgtgtatatagtctAGA-TTTCTT-GTGGCG--A---GACTTT-T-C-ATT---------TCAC---ACTT-TGACTTATGACC-TGTAACacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TT-T-C-ATT---------TCTC---ACTA-TGGCCTTTGATCTTGTGACcttatagt
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 --AA------AGTA------GAG-CTTT-CA-TG-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-TTGCTT-ATGGCA--T---GActtacaaggtgatctacttg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTT-CA-TA-------T-CT------A------GT-----------GTGTAGA-TTCTTT-ATGGCA--A---GATCTTGT-T-ATT---------gca
gi|4                          :                                                      aacaacaggaaggaaagaacttttggtatttTTATGGCAAGAT---C-TTGTTATTCG-------GTA-AGT--AA-ACTT-GTGAATTGCAT---A--G-------GACTAC----T-----GTTAAA-AAA--------------------T-T---T----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATT-TCCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TA-------T-TT------------------------------AGAATGTCTT-ATTGTA--A---CATATT-T-C-ATT---------TCGC---ACTT-CGGCCTTTGACCCTGTcggtaagtaaacttgtgaattgcataggactactgttaaaaaatttgacatactcaattgtcaaatttcctaaactaattaaggtagattctttcatatttagaatgtcttattgtaacatatttcatttcgcacttcggcctttgaccctgttaactttta
gi|5                          :                              aacaacaggaaggaaagaacttttggtattttttcatatctagtgtgtagattctTTATGGCAAGAT---C-TTGTTATTCG-------GTA-AGT--AA-ACTT-GTGA----ATTGCATAGG-------ACCTAC----T-----GTTTAAAAAA--------------------TCT---T----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATTCTCCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TA-------T-TT------------------------------AGAATGTCTT-ATTGTA--A---CATATT-T-C-ATT---------TCGC---ACTT-CGGCCTTTGACCCTGTtaactttta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                         tTATAT-T--GA------AGTA------GGG-CTTT-CA-T--------T-TC------T------GT-----------AGAAAAA-GTTCTT-Ataac
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                         gtctcccaatcca----------GACC----------TA--T------TC---------AT-T------ATC-TTCACAACTAT-T-T--CA------GATA------G-----CT-CA-TA-------T-TT------T--------------------------------C-ATTGCA--A---GACCTT-T-C-ATT---------TCAT---ATTG-TGACATTTGACCTTGTGACagttatttggaagtccagttattgaggcggacctattcattatcttcacaactatttcagatagctcatattttcattgcaagacctttcatttcatattgtgacatttgaccttgtgacctta
gi|7                          : gtctcccaatccatatattgaagtagggctttcatttctgtagaaaaagttcttaagttatttggaagtccagttattgaggcgTTATGACAAGAC---T-TCATAATTATGAGT---GTG-GATTTGGGATTT-GTTA----CCT---T--G-------ACCT------T-----T------GGG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-ACCTGACCTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------CTATTTA-TTTCTG-ATGGCA--G---GATATG-C-C-ATT---------TCAC---ACTA-TGACCTTTGACTGTATGACTActta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -TTTCTT-ATAACA--A---TACCTT-T-C-ATT---------TCAT---ATTA-TGGCCTTTGACCATGt
gi|8                          :                                                                                     TTATAACAATAC---C-TT-TCATTTCA--T---ATT-A---TGG-CCTT--TGA----CCA---T--G-------AAAT------TTTAAGA------AAA--------------------T-G---T----------AACC----------TA--TACGCTATC---------AAAT------ATT-TTTAGTATTAT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTTT-CA-TACTTTATAT-TT------T------GTACTATTATTGAATATAGA-TCT-TT-GTGACA--AGTTGACCTT-aaattttaagaaaatgtaacctatacgctatcaaatatttttagtattattcaaggtaggactttcatactttatattttgtactattattgaatatagatctttgtgacaagttgaccttgtgatt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                   tttcAACTATATAT--AA------GGTA------GGG-CTTTCCA-TG-------T-TT------T------G-------------CATGGC-CTTGTT-ATTCCG--T---GAACTT-TGA-ACT---------TC--------G-TGACCTTTG-TCTTGgtgatt
gi|9                          :                                                                                          GCATGGC---C-TTGTTATTCCG--T---G-A-ACTTTGA-ACTTCGTGA----CCT---T--T-------GTCT------T-----G------GAA--------------------G-A---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-A------ATT-CCCTGAATTAT-T-T--AA------AGTA------GAT-CTTT-CA-TA-------TGTTGTA---T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGACA--A---GACCTT-T-C-gaagatgacctattcaaaattccctgaattatttaaagtagatctttcatatgttgtatgtatatagatttcttatgacaagacctttc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TTCACATTTATGACTTAGACATTGTGGCTTAAATATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              22222222222222                              4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                        111111                                                                                                                                                                             
lowQualScore                  :                                                                                                 444 2        66666666666666   0  2    2    7777   666 33 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    7777777777  22 555555  777777777  1 333333   1           3 1 222 444444    444444 0 2    1  1  4444444 1  999999999999999999999999999      2      1      22 222      3 1 2   888888888    444   33            2   1    
lowQualScore                  :                                                                                                 ... .        ..............   .  .    .    ....   ... .. ......................................................................    ..........  .. ......  .........  . ......   .           . . ... ......    ...... . .    .  .  ....... .  ...........................      .      .      .. ...      . . .   .........    ...   ..            .   .    
lowQualScore                  :                                                                                                 777 7        11111111111111   3  2    2    8888   111 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666    0000000000  33 222222  666666666  9 666666   8           0 5 666 000000    111111 4 8    3  3  3333333 3  000000000000000000000000000      7      3      00 666      3 9 0   999999999    444   55            1   0    
consensus                     :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATTCCA--T---GTA-AGTTTGA-ACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATT---------TCAC---ACTN-TGGCCTTTGACCTTGTGACTA
Reference ( family-1344 )     :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATTCCA--T---GTA-AGTTTGA-ACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATT---------TCAC---ACTN-TGGCCTTTGACCTTGTGACTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                  CC----------TA--T------TA---------AA-C------ATA-CAGGGAACTAT-A-T--TA------GGTA------GGG-TTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTATAGA-TTGTGT-ATGGTA--T---GACCTT-G-CTATTCTGTGAAGTTGAA---ACTTGTGACCTT-GACCTTG
gi|1                          :                                                                            aaaatgatagTATGGTATGAC---C-TTGCTATTCTG--T---G-A-AGTTGAA-ACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-TCTAT----------AAAT----------TT--T------TT---------AA-C------AAT---CTGACCTAT-T-T----------GATATCTCATAAT-CTTT-TA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGT-TTTCT------------------TT-T-C-ATT---------TCAC---ACTT-TGGCCTATGACTTTAT-ACTAgagttctataaattttttaacaatctgacctatttgatatctcataatcttttatattttgtatatagttttcttttcatttcacactttggcctatgactttatactaggttatactcattagaa
gi|10                         :              aaaatgatagcctattaaacatacagggaactatattaggtagggttttcatattttgtgtatagattgtgTTGTGGCTAG-C---C-CTGTCATTTCA--C-------ACTTTGA-CCTT-GTGA----CCT---T--ATAAATTAACCTGTTTGTT-----A------GAAAC------------------T-G---T----------GACC----------TA--T------TTTACAATAGAAA-T------ATA-TTTTGAATTAT-T-C--TA------TGTA------GGA-CTCT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTAggttatactcattagaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                              tttcCC----------TA--G------TA---------AA-TCC----ATT-TG--GAACTAT-T-T--TA------GGTA------GGG-ATTT--A-TA-------T-TC------T------A-------------------------T-ATGGCA--G---GATCTTGT-T-ATT---------CCACCAAGTTT-TAACTTATGACCccatgtatag
gi|11                         :                                                                              aaacacatTATGGCAGGAT---C-TTGTTATTCCA--C----CA-AGTTTTA-ACTT-ATGA----CCG---C--A-------ACGT------T-----G------GAA--------------------T-T---G----------GACC----------TA--gcaacgttggaattggacctaccttttaaaaatctgactt
gi|12                         :                                aaacacatcctagtaaatccatttggaactattttaggtagggatttatattctaATGGCAAGAC---C-ATGTTATT--A--T-------AGTTGGA-ACTT-GTGT----CCT---T--G-------AACA------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACCCACTTTTACGCA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTGT-A-T--AA------AACT------GAG-ATTT-C---A-------T-TT------T------GT-----------TTATAAA-TTTCTT-Accttttaaaaatctgactt
gi|13                         :                                                                                                                            GTCTGA-TCTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT--------------------AG--------------------T-T---TTTAAAAACCATACC----------TA--C------TC---------AA-C------ATT-TCCTGAAGTAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTA-CATTT-------T-TT------T------CT-----------ATATAGA-TTTCTA-ATGGCA--A---GATC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                      catAG--------------------T-C---T----------GACC----------TA--G------TC---------AA-T------ATC-ACTT-AACTCT-T-TTTAT------GGAA------GAG-CTTT-CG-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTTTT-ATGGGA--A---GACCTT-T-A-ATT---------at
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgtcagaaaTAT-C-T--GA------GGTA------GCG-CTAT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTTTAAA-TCATTT-ATgtgtcgcctgcctgaaatt
gi|16                         :                                                                                                  acctataaaataCCA--TCAAGTT-AGTTTGA-ACTT-GCAA----CCT---T--G-------ACCaataccaaatattgttattctatggggttggaagttatggcattaacattcgag
gi|17                         :                                                                                                                                                                               aaaagtcacctcaatccatttaaagtaagggtttcatttctgtactaagtaCC----------TA--T------TC---------AA-T------ATC-ACTTGAACTAA-T-G--AAAGTACCGGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-T------------------AACCT------ATT---------TTAC---ACTA-TGACCCCTGACCCTaagagggtgaacccctcattt
gi|18                         :                                                                                                                                                                    T------T-----A------AAG--------------------T-C---T----------TACC----------AA--T------TC---------A--T------GTT-TTCTTAAC-AT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTT--CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-A-GGCA--A---GACCttttgcccttat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                              cctacttt----------GATC----------TG--A------CC---------AA-T------GTC-TCCTGAAATAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                    attatgtttgatcttactgcctagacaaactttttatacagccTT-TCCTAATCCAT-T-T--AA------G-TG------GGG-CTTT-CT-T--------T-TT------T------GT-----------ACATA-A-GTTCTCAATGGCA--A---AACCTT-
gi|2                          :                                                                                    tagATGGCAAAAC---C-TTA-------A--G---GTA--GTTTGA-ACTT-GCGA----CCT---T--G-------GGCA------T-----G------GAGGTGATTCTCATTTTTACAAAT-C---T----------GACC----------TT--T------TT---------AG-T------ATT-TTCTGAACTA------------------------------TTT-CA-TA-------T-TT------T-------C-----------ATATACA-CTTGTC-ATTGGA--A---GACCTT-T-C-GTT---------TTAC---ATCA-TGACCTATGaaggtagtttgaacttgcgaccttgggcatggaggtgattctcatttttacaaatctgacctttttagtattttctgaactatttcatattttcatatacacttgtcattggaagacctttcgttttacatcatgacctatgcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                              tagtttcctaatccatttaagtggggctttcttttttgtacataagttctcaCC----------TG--T------TA---------AA-T------ACC-TCCGGAATTAT-G-T--AA------GGGA------GGG-CTTA-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           agaaatgcat------GGTC------GGG-CTCT-CA-AA-------T-TT------T------GT-----------GT-T-GA-TTTCTC-ATGGCATAA---GGCCTG-T-C-CTT---------TCAT---ACTA-TGAACTTTCACCTTGTGACT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                 ATC----------TA--T------TC---------AG-A------ATC-TCCTGATTTAT-A-C--AA------GGTA------GAG-------A-TA-------T-TT------TATACATGT-----------ATATAGA-TTTCTT-TTGGTA--G---TACTTT-T-
gi|23                         :                                                                                                                    ---GTT-AGTTTGA-ATTT-CCAATT--CCTG--T--C-------AC--------------G------GAG--------------------G-T--------------GACC----------CA--T------TC---------AT-T------ATC-TTCAGAACTAT-T-T--CA------GAT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             tcttaaCTTGGATTAT-T-T--GA------AGCA------GAA-CTTT-CA-TA-------T-TTCAGATCT------GC-----------ATATGGA-TTTCTG-ATGGCA--A---GACCTT-tg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -CTTT-CA-CA-------T-TT------T------GT-----------GTATAGA-TTCCTT-ATGGGA--A---GAAATT-T-A-ATT---------TTGT---GTCA-TGGTGTTTGA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      GAACTAT-T-G--TA------GGAA------GGG-CTTT-CA-TG-------C-CT------T------GT------------TATaat
gi|26                         :                                                                                              tgC---C-TTGTTATTTCA--T---G-G-AGTTGGA-ACTT-GTAA----CCT---T--ttcatggagttggaacttgtaacctt
gi|27                         :                                                                 tggaactattgtaggaagggctttcatgAGAC---C-TTGTCATTACT--T---ATA--GCTTGA-ATTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCA------T-----G------GAG--------------------T-A---T----------GACC----------TA--
gi|28                         :                                                                                         GGCAAGAC---C-TTGTTATTACT--T---GTA--GTTTGA-ACTT-GCGA----CCT---A--G-------ACCG------T-----A------GAA--------------------G-T---T----------GACC----------TA--C------Tcctttt
gi|29                         :                                                                                      TATGGCAAGACAGACACTGTTA--CTA--C---TTACAGTTGGA-ACTT-GTGA----CCT---T--G-------A-----------------------AG--------------------A-T---T----------GACC----------T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTT-CA-TA-------T-CT------T------GT-----------GTATATA-GTCTTT-AAGGCA--A---AACCTC-C-C-A
gi|3                          :                                                                                     TTAAGGCAAAAC---C-TCCCAACTCTA--T----TA-----------TT-ATAA----TCT---T--G-------A--T------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GAGG----------TACTT------TT---------AG-T--------C-TCCTTAACTAT-T-T--AT------GGCA------GAT-TGTT-CA-TA-------T----------------GA-----------ATGTAGA-ATTTAT-ATGGCA--A---GACATT-T-C-ATT---------TCAC---ACCA-TGGCGTTTCACCTactctattattataatcttgattggagtttgaggtacttttagtctccttaactatttatggcagattgttcatatgaatgtagaatttatatggcaagacatttcatttcacaccatggcgtttcacctacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttcatatcttgtgtatatagtctAGA-TTTCTT-GTGGCG--A---GACTTT-T-C-ATT---------TCAC---ACTT-TGACTTATGACC-TGTAACacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TT-T-C-ATT---------TCTC---ACTA-TGGCCTTTGATCTTGTGACcttatagt
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 --AA------AGTA------GAG-CTTT-CA-TG-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-TTGCTT-ATGGCA--T---GActtacaaggtgatctacttg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTT-CA-TA-------T-CT------A------GT-----------GTGTAGA-TTCTTT-ATGGCA--A---GATCTTGT-T-ATT---------gca
gi|4                          :                                                      aacaacaggaaggaaagaacttttggtatttTTATGGCAAGAT---C-TTGTTATTCG-------GTA-AGT--AA-ACTT-GTGAATTGCAT---A--G-------GACTAC----T-----GTTAAA-AAA--------------------T-T---T----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATT-TCCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TA-------T-TT------------------------------AGAATGTCTT-ATTGTA--A---CATATT-T-C-ATT---------TCGC---ACTT-CGGCCTTTGACCCTGTcggtaagtaaacttgtgaattgcataggactactgttaaaaaatttgacatactcaattgtcaaatttcctaaactaattaaggtagattctttcatatttagaatgtcttattgtaacatatttcatttcgcacttcggcctttgaccctgttaactttta
gi|5                          :                              aacaacaggaaggaaagaacttttggtattttttcatatctagtgtgtagattctTTATGGCAAGAT---C-TTGTTATTCG-------GTA-AGT--AA-ACTT-GTGA----ATTGCATAGG-------ACCTAC----T-----GTTTAAAAAA--------------------TCT---T----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATTCTCCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TA-------T-TT------------------------------AGAATGTCTT-ATTGTA--A---CATATT-T-C-ATT---------TCGC---ACTT-CGGCCTTTGACCCTGTtaactttta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                         tTATAT-T--GA------AGTA------GGG-CTTT-CA-T--------T-TC------T------GT-----------AGAAAAA-GTTCTT-Ataac
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                         gtctcccaatcca----------GACC----------TA--T------TC---------AT-T------ATC-TTCACAACTAT-T-T--CA------GATA------G-----CT-CA-TA-------T-TT------T--------------------------------C-ATTGCA--A---GACCTT-T-C-ATT---------TCAT---ATTG-TGACATTTGACCTTGTGACagttatttggaagtccagttattgaggcggacctattcattatcttcacaactatttcagatagctcatattttcattgcaagacctttcatttcatattgtgacatttgaccttgtgacctta
gi|7                          : gtctcccaatccatatattgaagtagggctttcatttctgtagaaaaagttcttaagttatttggaagtccagttattgaggcgTTATGACAAGAC---T-TCATAATTATGAGT---GTG-GATTTGGGATTT-GTTA----CCT---T--G-------ACCT------T-----T------GGG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-ACCTGACCTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------CTATTTA-TTTCTG-ATGGCA--G---GATATG-C-C-ATT---------TCAC---ACTA-TGACCTTTGACTGTATGACTActta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -TTTCTT-ATAACA--A---TACCTT-T-C-ATT---------TCAT---ATTA-TGGCCTTTGACCATGt
gi|8                          :                                                                                     TTATAACAATAC---C-TT-TCATTTCA--T---ATT-A---TGG-CCTT--TGA----CCA---T--G-------AAAT------TTTAAGA------AAA--------------------T-G---T----------AACC----------TA--TACGCTATC---------AAAT------ATT-TTTAGTATTAT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTTT-CA-TACTTTATAT-TT------T------GTACTATTATTGAATATAGA-TCT-TT-GTGACA--AGTTGACCTT-aaattttaagaaaatgtaacctatacgctatcaaatatttttagtattattcaaggtaggactttcatactttatattttgtactattattgaatatagatctttgtgacaagttgaccttgtgatt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                   tttcAACTATATAT--AA------GGTA------GGG-CTTTCCA-TG-------T-TT------T------G-------------CATGGC-CTTGTT-ATTCCG--T---GAACTT-TGA-ACT---------TC--------G-TGACCTTTG-TCTTGgtgatt
gi|9                          :                                                                                          GCATGGC---C-TTGTTATTCCG--T---G-A-ACTTTGA-ACTTCGTGA----CCT---T--T-------GTCT------T-----G------GAA--------------------G-A---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-A------ATT-CCCTGAATTAT-T-T--AA------AGTA------GAT-CTTT-CA-TA-------TGTTGTA---T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGACA--A---GACCTT-T-C-gaagatgacctattcaaaattccctgaattatttaaagtagatctttcatatgttgtatgtatatagatttcttatgacaagacctttc


blockSeqs                     :                                                                                                 AGA A        CCATCAAGTTA         G    C    ATTG   GCA AG GGCATGGAGGTGATTCTCATTTTTACAAATCT                                          CACTTTTACG  CT ACGCTA  TACAATAGA  A TGTCAA   C           A A TTA AGTACC    TCTCAT   T    C  T  CTTTATA G  TGTACTATTATTGAA                  A      A      TA GTT      G G .   .            CAA   T             T   G
blockSeqs                     :                                                                                                 .   .        ATGAGTGTGG          .    .    TT     G   .  TAAATTAACCTGTTTGTTAGAAACTGT                                               .           .  .       .          . TGTCAA   .           A . T   .         .        T    .  .  .       .  TATACATGTA                       A      .      .  .        G . .   .            .     T             C   A
blockSeqs                     :                                                                                                 .   .        CTACTTACA           .    .    .      .   .  ACCTACTGTTTAAAAAATCTT                                                     .           .  .       .          . CC       .           . . T   .         .        .    .  .  .       .  CAGATCTGCA                       .      .      .  .        . . .   .            .     A             T   G
blockSeqs                     :                                                                                                 .   .        TCATATTA            .    .    .      .   .  ACCTAGTTTTTAAAAACCA                                                       .           .  .       .          . .        .           . . A   .         .        .    .  .  .       .  GTATGTA                          .      .      .  .        . . .   .            .     A             T   G
blockSeqs                     :                                                                                                 .   .        CCACCAA             .    .    .      .   .  GACTACTGTTAAAAAATTT                                                       .           .  .       .          . .        .           . . A   .         .        .    .  .  .       .  TGTA                             .      .      .  .        . . .   .            .     A             T   G
blockSeqs                     :                                                                                                 .   .        TCATGGA             .    .    .      .   .  AAATTTTAAGAAAATGT                                                         .           .  .       .          . .        .           . . G   .         .        .    .  .  .       .  TGTG                             .      .      .  .        . . .   .            .     A             C    
blockSeqs                     :                                                                                                 .   .        ACTTATA             .    .    .      .   .  ACGTTGGAATTG                                                              .           .  .       .          . .        .           . . A   .         .        .    .  .  .       .  TGTT                             .      .      .  .        . . .   .            .     A             C    
blockSeqs                     :                                                                                                 .   .        ACTTGTA             .    .    .      .   .  AACATGGAGTTT                                                              .           .  .       .          . .        .           . . A   .         .        .    .  .  .       .  TCTA                             .      .      .  .        . . .   .            .     T             T    
blockSeqs                     :                                                                                                 .   .        CCGTGAA             .    .    .      .   .  ACCATGGAGTAT                                                              .           .  .       .          . .        .           . . A   .         .        .    .  .  .       .  TGTA                             .      .      .  .        . . .   .            .     A             G    
blockSeqs                     :                                                                                                 .   .        CTATTA              .    .    .      .   .  ACCGTAGAAGTT                                                              .           .  .       .          . .        .           . . A   .         .        .    .  .  .       .  TGTG                             .      .      .  .        . . .   .            .     T             A    
blockSeqs                     :                                                                                                 .   .        CGGTAA              .    .    .      .   .  ACCTTTGGGTTT                                                              .           .  .       .          . .        .           . . A   .         .        .    .  .  .       .  TGTA                             .      .      .  .        . . .   .            .     T             T    
blockSeqs                     :                                                                                                 .   .        CGGTAA              .    .    .      .   .  GTCTTGGAAGAT                                                              .           .  .       .          . .        .           . . A   .         .        .    .  .  .       .  TGTA                             .      .      .  .        . . .   .            .     G             .    
blockSeqs                     :                                                                                                 .   .        TCACA               .    .    .      .   .  ATTGGAGTTT                                                                .           .  .       .          . .        .           . . C   .         .        .    .  .  .       .  TGTA                             .      .      .  .        . . .   .            .     A                  
blockSeqs                     :                                                                                                 .   .        AGGTA               .    .    .      .   .  ACGGAGGT                                                                  .           .  .       .          . .        .           . . G   .         .        .    .  .  .       .  TGTA                             .      .      .  .        . . .   .            .     A                  
blockSeqs                     :                                                                                                              ATA                 .    .    .      .   .  AAGATT                                                                    .           .  .       .          . .        .           . . T   .         .        .    .  .  .       .  TGTG                             .      .      .  .        . . .   .            .     G                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .    .    .      .   .                                                                            .           .  .       .          . .        .           . . A   .         .        .    .  .  .       .  TGTG                             .      .      .  .        . . .   .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .    .    .      .   .                                                                            .           .  .       .          . .        .           . . A   .         .        .    .  .  .       .  TGTG                             .      .      .  .        . . .   .                                     
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .           .  .       .          . .        .           . . A   .         .        .    .  .  .       .  TGTA                             .      .      .  .        . . .                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .           .  .       .          . .        .           . . A   .         .        .    .  .  .       .  AGTG                             .      .      .  .        . . .                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .           .  .       .          . .        .           . . G   .         .        .    .  .  .       .  TGTA                             .      .      .  .        . .                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .           .  .                             .           . . C   .         .        .    .  .  .       .  TGTC                             .      .      .  .        .                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .           .                                            . . A   .         .        .    .  .  .       .  TCA                              .      .      .  .        .                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .           .                                            . . A   .         .        .    .  .  .       .  TGT                              .      .      .  .        .                                             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                    .                                                        . . A   .         .        .    .  .  .       .  GAA                              .      .      .  .                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                             . . A   .         .        .    .  .  .       .  TA                               .      .      .  .                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                             . . .   .         .        .    .  .  .       .  TG                               .      .      .  .                                                      
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 .   .         .        .    .  .  .       .  T                                .      .                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .                  .    .  .  .       .  .                                .      .                                                                
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             .  .  .       .  .                                .      .                                                                


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 *********          A*
originalCons                  :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATTCCA--T---GTA-AGTTTGA-ACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATT---------TCAC---ACTN-TGGCCTTTGACCTTGTGACTA
finalCons                     :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATTCCA--T---GTA-AGTTTGA-ACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATT---------TCAC---ACTA-TGGCCTTTGACCTTGTGACTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TTCACATTTATGACTTAGACATTGTGGCTTAAATATG






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                              22222222222222                              4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444                                        111111                                                                                                                                                                
lowQualScore                  :                                                                                                 444 2        66666666666666   0  2    2    7777   666 33 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000    7777777777  22 555555  777777777  1 333333   1           3 1 222 444444    444444 0 2    1  1  4444444 1  999999999999999999999999999      2      1      22 222      3 1 2          0            2        
lowQualScore                  :                                                                                                 ... .        ..............   .  .    .    ....   ... .. ......................................................................    ..........  .. ......  .........  . ......   .           . . ... ......    ...... . .    .  .  ....... .  ...........................      .      .      .. ...      . . .          .            .        
lowQualScore                  :                                                                                                 777 7        11111111111111   3  2    2    8888   111 11 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666    0000000000  33 222222  666666666  9 666666   8           0 5 666 000000    111111 4 8    3  3  3333333 3  000000000000000000000000000      7      3      00 666      3 9 0          9            1        
consensus                     :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATTCCA--T---GTA-AGTTTGA-ACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATTTCACACTATGGCCTTTGACCTTGTGACTA
Reference ( family-1344 )     :                                                                                     TTATGGCAAGAC---C-TTGTTATTCCA--T---GTA-AGTTTGA-ACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCTT-T-C-ATTTCACACTATGGCCTTTGACCTTGTGACTA
gi|1                          :                                                                                                                                                                                                                                  CC----------TA--T------TA---------AA-C------ATA-CAGGGAACTAT-A-T--TA------GGTA------GGG-TTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTATAGA-TTGTGT-ATGGTA--T---GACCTT-G-CTATT-----CTGTGAAGTTGAAACTTGTGAC
gi|1                          :                                                                            aaaatgatagTATGGTATGAC---C-TTGCTATTCTG--T---G-A-AGTTGAA-ACTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT------T-----G------GAG--------------------T-TCTAT----------AAAT----------TT--T------TT---------AA-C------AAT---CTGACCTAT-T-T----------GATATCTCATAAT-CTTT-TA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGT-TTTCT------------------TT-T-C-ATTTCACACTTTGGCCTATGACTTTAT-ACTActtgaccttggagttctataaattttttaacaatctgacctatttgatatctcataatcttttatattttgtatatagttttcttttcatttcacactttggcctatgactttatactaggttatactcattagaa
gi|10                         :              aaaatgatagcctattaaacatacagggaactatattaggtagggttttcatattttgtgtatagattgtgTTGTGGCTAG-C---C-CTGTCATTTCA--C-------ACTTTGA-CCTT-GTGA----CCT---T--ATAAATTAACCTGTTTGTT-----A------GAAAC------------------T-G---T----------GACC----------TA--T------TTTACAATAGAAA-T------ATA-TTTTGAATTAT-T-C--TA------TGTA------GGA-CTCT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTAggttatactcattagaa
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                              tttcCC----------TA--G------TA---------AA-TCC----ATT-TG--GAACTAT-T-T--TA------GGTA------GGG-ATTT--A-TA-------T-TC------T------A-------------------------T-ATGGCA--G---GATCTTGT-T-ATTCCACccatgtatag
gi|11                         :                                                                              aaacacatTATGGCAGGAT---C-TTGTTATTCCA--C----CA-AGTTTTA-ACTT-ATGA----CCG---C--A-------ACGT------T-----G------GAA--------------------T-T---G----------GACC----------TA--caagttttaacttatgaccgcaacgttggaattggacctaccttttaaaaatctgactt
gi|12                         :                                aaacacatcctagtaaatccatttggaactattttaggtagggatttatattctaATGGCAAGAC---C-ATGTTATT--A--T-------AGTTGGA-ACTT-GTGT----CCT---T--G-------AACA------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GACCCACTTTTACGCA--T------TC---------AA-T------ATT-TCCTGAACTGT-A-T--AA------AACT------GAG-ATTT-C---A-------T-TT------T------GT-----------TTATAAA-TTTCTT-Accttttaaaaatctgactt
gi|13                         :                                                                                                                            GTCTGA-TCTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCT--------------------AG--------------------T-T---TTTAAAAACCATACC----------TA--C------TC---------AA-C------ATT-TCCTGAAGTAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTA-CATTT-------T-TT------T------CT-----------ATATAGA-TTTCTA-ATGGCA--A---GATC
gi|14                         :                                                                                                                                                                                      catAG--------------------T-C---T----------GACC----------TA--G------TC---------AA-T------ATC-ACTT-AACTCT-T-TTTAT------GGAA------GAG-CTTT-CG-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTTTT-ATGGGA--A---GACCTT-T-A-ATTat
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 tgtcagaaaTAT-C-T--GA------GGTA------GCG-CTAT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------GTTTAAA-TCATTT-ATgtgtcgcctgcctgaaatt
gi|16                         :                                                                                                  acctataaaataCCA--TCAAGTT-AGTTTGA-ACTT-GCAA----CCT---T--G-------ACCaataccaaatattgttattctatggggttggaagttatggcattaacattcgag
gi|17                         :                                                                                                                                                                               aaaagtcacctcaatccatttaaagtaagggtttcatttctgtactaagtaCC----------TA--T------TC---------AA-T------ATC-ACTTGAACTAA-T-G--AAAGTACCGGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-T------------------AACCT------ATTTTACACTATGACCCCTGACCCaagagggtgaacccctcattt
gi|18                         :                                                                                                                                                                    T------T-----A------AAG--------------------T-C---T----------TACC----------AA--T------TC---------A--T------GTT-TTCTTAAC-AT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTT--CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-A-GGCA--A---GACCttttgcccttat
gi|19                         :                                                                                                                                                                                                              cctacttt----------GATC----------TG--A------CC---------AA-T------GTC-TCCTGAAATAT-T-T--AA------GATA------GAG-TTTat
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                    attatgtttgatcttactgcctagacaaactttttatacagccTT-TCCTAATCCAT-T-T--AA------G-TG------GGG-CTTT-CT-T--------T-TT------T------GT-----------ACATA-A-GTTCTCAATGGCA--A---AACCTT-
gi|2                          :                                                                                    tagATGGCAAAAC---C-TTA-------A--G---GTA--GTTTGA-ACTT-GCGA----CCT---T--G-------GGCA------T-----G------GAGGTGATTCTCATTTTTACAAAT-C---T----------GACC----------TT--T------TT---------AG-T------ATT-TTCTGAACTA------------------------------TTT-CA-TA-------T-TT------T-------C-----------ATATACA-CTTGTC-ATTGGA--A---GACCTT-T-C-GTTTTACATCATGACCTATGaaggtagtttgaacttgcgaccttgggcatggaggtgattctcatttttacaaatctgacctttttagtattttctgaactatttcatattttcatatacacttgtcattggaagacctttcgttttacatcatgacctatgcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                              tagtttcctaatccatttaagtggggctttcttttttgtacataagttctcaCC----------TG--T------TA---------AA-T------ACC-TCCGGAATTAT-G-T--AA------GGGA------GGG-CTTA-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-TTTCTT-ATGGCA--A---GACCcatggtcctacgaccttacagtttagcctactgattagaaa
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           agaaatgcat------GGTC------GGG-CTCT-CA-AA-------T-TT------T------GT-----------GT-T-GA-TTTCTC-ATGGCATAA---GGCCTG-T-C-CTTTCATACTATGAACTTTCACCTTGTGACT
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                 ATC----------TA--T------TC---------AG-A------ATC-TCCTGATTTAT-A-C--AA------GGTA------GAG-------A-TA-------T-TT------TATACATGT-----------ATATAGA-TTTCTT-TTGGTA--G---TACTTT-T-
gi|23                         :                                                                                                                    ---GTT-AGTTTGA-ATTT-CCAATT--CCTG--T--C-------AC--------------G------GAG--------------------G-T--------------GACC----------CA--T------TC---------AT-T------ATC-TTCAGAACTAT-T-T--CA------GAT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                             tcttaaCTTGGATTAT-T-T--GA------AGCA------GAA-CTTT-CA-TA-------T-TTCAGATCT------GC-----------ATATGGA-TTTCTG-ATGGCA--A---GACCTT-tg
gi|25                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        -CTTT-CA-CA-------T-TT------T------GT-----------GTATAGA-TTCCTT-ATGGGA--A---GAAATT-T-A-ATTTTGTGTCATGGTGTTTGA
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      GAACTAT-T-G--TA------GGAA------GGG-CTTT-CA-TG-------C-CT------T------GT------------TATaat
gi|26                         :                                                                                              tgC---C-TTGTTATTTCA--T---G-G-AGTTGGA-ACTT-GTAA----CCT---T--ttcatggagttggaacttgtaacctt
gi|27                         :                                                                 tggaactattgtaggaagggctttcatgAGAC---C-TTGTCATTACT--T---ATA--GCTTGA-ATTT-GTGA----CCT---T--G-------ACCA------T-----G------GAG--------------------T-A---T----------GACC----------TA--
gi|28                         :                                                                                         GGCAAGAC---C-TTGTTATTACT--T---GTA--GTTTGA-ACTT-GCGA----CCT---A--G-------ACCG------T-----A------GAA--------------------G-T---T----------GACC----------TA--C------Tcctttt
gi|29                         :                                                                                      TATGGCAAGACAGACACTGTTA--CTA--C---TTACAGTTGGA-ACTT-GTGA----CCT---T--G-------A-----------------------AG--------------------A-T---T----------GACC----------T
gi|3                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTT-CA-TA-------T-CT------T------GT-----------GTATATA-GTCTTT-AAGGCA--A---AACCTC-C-C-A
gi|3                          :                                                                                     TTAAGGCAAAAC---C-TCCCAACTCTA--T----TA-----------TT-ATAA----TCT---T--G-------A--T------T-----G------GAG--------------------T-T---T----------GAGG----------TACTT------TT---------AG-T--------C-TCCTTAACTAT-T-T--AT------GGCA------GAT-TGTT-CA-TA-------T----------------GA-----------ATGTAGA-ATTTAT-ATGGCA--A---GACATT-T-C-ATTTCACACCATGGCGTTTCACCTactctattattataatcttgattggagtttgaggtacttttagtctccttaactatttatggcagattgttcatatgaatgtagaatttatatggcaagacatttcatttcacaccatggcgtttcacctacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    tttcatatcttgtgtatatagtctAGA-TTTCTT-GTGGCG--A---GACTTT-T-C-ATTTCACACTTTGACTTATGACC-TGTAACacatgtagtttaacttatttgttagaagttgtaacctatgaaatagctccggagttattcaaggttggggtttc
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       TT-T-C-ATTTCTCACTATGGCCTTTGATCTTGTGACcttatagt
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                 --AA------AGTA------GAG-CTTT-CA-TG-------T-TT------T------GT-----------ATATAAA-TTGCTT-ATGGCA--T---GActtacaaggtgatctacttg
gi|4                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TTT-CA-TA-------T-CT------A------GT-----------GTGTAGA-TTCTTT-ATGGCA--A---GATCTTGT-T-ATTgca
gi|4                          :                                                      aacaacaggaaggaaagaacttttggtatttTTATGGCAAGAT---C-TTGTTATTCG-------GTA-AGT--AA-ACTT-GTGAATTGCAT---A--G-------GACTAC----T-----GTTAAA-AAA--------------------T-T---T----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATT-TCCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TA-------T-TT------------------------------AGAATGTCTT-ATTGTA--A---CATATT-T-C-ATTTCGCACTTCGGCCTTTGACCCTGTcggtaagtaaacttgtgaattgcataggactactgttaaaaaatttgacatactcaattgtcaaatttcctaaactaattaaggtagattctttcatatttagaatgtcttattgtaacatatttcatttcgcacttcggcctttgaccctgttaactttta
gi|5                          :                              aacaacaggaaggaaagaacttttggtattttttcatatctagtgtgtagattctTTATGGCAAGAT---C-TTGTTATTCG-------GTA-AGT--AA-ACTT-GTGA----ATTGCATAGG-------ACCTAC----T-----GTTTAAAAAA--------------------TCT---T----------GACA----------TA--C------TC---------AA-TTGTCAAATTCTCCTAAACTAA-T-T--AA------GGTA------GATTCTTT-CA-TA-------T-TT------------------------------AGAATGTCTT-ATTGTA--A---CATATT-T-C-ATTTCGCACTTCGGCCTTTGACCCTGTtaactttta
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                         tTATAT-T--GA------AGTA------GGG-CTTT-CA-T--------T-TC------T------GT-----------AGAAAAA-GTTCTT-Ataac
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                         gtctcccaatcca----------GACC----------TA--T------TC---------AT-T------ATC-TTCACAACTAT-T-T--CA------GATA------G-----CT-CA-TA-------T-TT------T--------------------------------C-ATTGCA--A---GACCTT-T-C-ATTTCATATTGTGACATTTGACCTTGTGACagttatttggaagtccagttattgaggcggacctattcattatcttcacaactatttcagatagctcatattttcattgcaagacctttcatttcatattgtgacatttgaccttgtgacctta
gi|7                          : gtctcccaatccatatattgaagtagggctttcatttctgtagaaaaagttcttaagttatttggaagtccagttattgaggcgTTATGACAAGAC---T-TCATAATTATGAGT---GTG-GATTTGGGATTT-GTTA----CCT---T--G-------ACCT------T-----T------GGG--------------------T-T---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-T------ATT-ACCTGACCTAT-T-T--AA------GGTA------GGG-CTTT-CA-TA-------T-TT------T------GT-----------CTATTTA-TTTCTG-ATGGCA--G---GATATG-C-C-ATTTCACACTATGACCTTTGACTGTATGACTActta
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -TTTCTT-ATAACA--A---TACCTT-T-C-ATTTCATATTATGGCCTTTGACCATGt
gi|8                          :                                                                                     TTATAACAATAC---C-TT-TCATTTCA--T---ATT-A---TGG-CCTT--TGA----CCA---T--G-------AAAT------TTTAAGA------AAA--------------------T-G---T----------AACC----------TA--TACGCTATC---------AAAT------ATT-TTTAGTATTAT-T-C--AA------GGTA------GGA-CTTT-CA-TACTTTATAT-TT------T------GTACTATTATTGAATATAGA-TCT-TT-GTGACA--AGTTGACCTT-aaattttaagaaaatgtaacctatacgctatcaaatatttttagtattattcaaggtaggactttcatactttatattttgtactattattgaatatagatctttgtgacaagttgaccttgtgatt
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                   tttcAACTATATAT--AA------GGTA------GGG-CTTTCCA-TG-------T-TT------T------G-------------CATGGC-CTTGTT-ATTCCG--T---GAACTT-TGA-ACTTC-----GTGACCTTTG-TCTTGgtgatt
gi|9                          :                                                                                          GCATGGC---C-TTGTTATTCCG--T---G-A-ACTTTGA-ACTTCGTGA----CCT---T--T-------GTCT------T-----G------GAA--------------------G-A---T----------GACC----------TA--T------TC---------AA-A------ATT-CCCTGAATTAT-T-T--AA------AGTA------GAT-CTTT-CA-TA-------TGTTGTA---T------GT-----------ATATAGA-TTTCTT-ATGACA--A---GACCTT-T-C-gaagatgacctattcaaaattccctgaattatttaaagtagatctttcatatgttgtatgtatatagatttcttatgacaagacctttc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|33 ): TTCACATTTATGACTTAGACATTGTGGCTTAAATATG