lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 222222222222222222222 3333333333 11111111111111111111111111111111111111111111 1111 11 66666666 11 11 2222222 9999999999999999999999999999999 2222222222 222 11 11 3333 11 55555555555 222
lowQualScore : 11 444444444444444444444 4444444444 8 8 11111111111111111111111111111111111111111111 5 5 2222 1 44 55555555 1 22 6 6 1 6 66 77 5 3 4444444 3 4 6666666666666666666666666666666 2 1 6666666666 111 22 0 66 2222 8 22 2 77777777777 6 333
lowQualScore : .. ..................... .......... . . ............................................ . . .... . .. ........ . .. . . . . .. .. . . ....... . . ............................... . . .......... ... .. . .. .... . .. . ........... . ...
lowQualScore : 33 888888888888888888888 2222222222 0 0 00000000000000000000000000000000000000000000 7 7 1111 7 00 44444444 0 66 0 0 0 7 00 22 0 6 0000000 8 2 8888888888888888888888888888888 5 2 8888888888 555 55 2 55 8888 0 55 0 55555555555 0 777
consensus : GAAATGTTTCAGAAACA----T-GTATG------CCCCCCCA---TG--GTG-CAA-ATTT------------AAA-GGG---TA--------CAC---G---TGTA-TC-AT----TTAATTGATAG---A-GCAGTGCCAAAACAAT-TCAAGATATTGAGCGG-ACGATATCTTNCTATGTC-C-AGAGTGGGTTGA--CTTTTGACCTTGCG----ANCTCA-------------NG--TCGCCTACTCCTTAAGAAGT---ACCAGTGTA-CNAAGTTTNATGTCTGTCAA-GCGAATGA-TTCTCAAAATATATAAGAG-----------GCGATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTT
Reference ( gi|2 ) : GAATTGTTTCAGAAATA----T-GTATG------CTCTCCT----TG--ATG-CAA-ATCT------------A---------TA--------CAC---A---TGTA-TC-AT----TTAATCAATAGAATA-GTAGTGCCAAAACAAT-CCAAGGTATTAAATGG-ACAATATCTTACTATGTT-C-AGAGTGGACTGA--CTTTTGACCTTGCG----ACCTCA-------------TG--TCAGCTACTCCTTATAAAGT---ACCAGTGTA-TCAAGTTTAGTGTTAGTCAA-TC-AATGA-TTCTCAAAATATATAGGAG-----------GCAATATATTACTACGTCCATTATGACCCTT
gi|3 : GAAATGTTTCGGAAACAGTACTAGTATG------C-CTCCT----TG--GTG-CAG-ATTT------------G---------TAAACGTTTACACCGTA---TGTAATC-ATGAATTTGAT--ATAGTACATGTAATGTCAAAACAGTTCCAAGATATTGAGTGG-ACGGTATCTTTATATGTC-C-AGAGTGGGC-----CTTTTTACCTTAGGATTTACCTT--------------TG--TCGTCTA-TCCATGAAAAG
gi|9 : aatataaacaaGAAATGTTTTAGAAACA----T-GTATCATCCACCTCCCCC----TGTAGTG-CAA-ATTTGAAAAGGATTTTA---------TA--------CAC---A---TGTA-TC-AT----TTAATTGATAGggttctcaagataat
gi|1 : tgaacaaGAAT-GTTTCAGAAACA----T-GCATG------CCCCCCttaagatgtacc
gi|13 : caaGAAATGTTTCAGACACA----C-GCATG------C-CCCCTAAGGTG---TG-AAA-ATTG------------AAACGGGT--TA--------CAC---G---TGTA-TC-AT----TTcccccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaataatgacacaatatattattatgtccagtttgaccctttaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|6 : aacaaTGTTTCAGTAACAA---T-CTGTG------CCCTCCA----TG--GTGACAA-AAAT------------AAAAGGGGGTTA--------CACT--AC--TG-A-TC-AT----T-AACTGCTAGA-------GTTCCAAAAACAT-TCAAGATATTGAGCGG-TCAATATCTTCCTATGTCGC-AGGGTGG
gi|4 : CAAAAA-A----T-GGTTG------CCCTCCCA---TG--TTG-CAAGATTG------------AAAAGGGT--TA--------TAC---A---CGTA-TC-AT----TTAATTGATAA------CAGTGCCAGAACAAG-TTAAGACATTGAACAG-AAGATATCTTCTTATGTC-CAAGAGTGGATTGAAGC-TTTGACC
gi|5 : tattgctaaagcaaT------------A---------TA--------CAC---GAATTGTA-TC-AT----TTGATCGATAG------TAGTGTCAAAACAAT-GCAAGATGCTGAGCTG-ACATTATCTT-CTATATC-C-atctaagatgtaccagtgtaccaaat
gi|12 : aacaagaaatgttaaagaaatatgtaagcccccccccccctcccgccccgcgggggaattgaaaaagcgtaa---A---TGTA-TCGAT----TAAATTAATA---TA-GCAGTGCCAAAACTAT-TTAAGATAATGAACAG-ACAATACCTT-TTATCTC-C-AGAG
gi|1 : AATGACACAATATATTATTATGTC-C-AG-TTTGAC-----CCTTTAACCTTGCG----AACCAA-------------AA--TT--CCACTCCTTATGAcaa
gi|8 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaatTATCTTACTGAGGT-C------GGTTTGA--CTGTTGACCTTGTA----AACTCAAAATTTTAATAGGTG--TCGCCTACTTCCTAAGAAAA---ATCAATGTACTAAAGTTTCATGCCTGTCAA-GCAAATGG-TTC
gi|10 : TGTT-T-AAAGCAAGTTGA--CTTTTGACCTTGTG----ATCTCA-------------AGATTC--TTACTCTTT---AGGTCGAACCAATGTA-AAAAGTTTGATCTCTGTCAA-GC-AATGAGTTCTCA
gi|16 : T---ACCAGTGTG-CTAAGTTTGGTGTCAAACAA-GCGAATGA-TTCTCACAATATAtta
gi|14 : AGTGTA-CCAAGTTTCATATCTGTCAAACC-AAAAG-TTCT-AAAATAT-TAAGAGA----------GCAATGTATTACTATACCC
gi|1 : ATGA-TTCTCAATATATATGAGAGCCAATAATGACACAATATATTATTATGTCCAGTTTGACCCTT
gi|11 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagCAAAATA---AAGAG-----------GTGATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTTtaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|17 : AGGAA-----------ACAATAAATTACTATGTCCAATTTGACCCTTggaccatgtgaagccaaaaccaatagggttcatctactccttatgat
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): GAACAGGGTTTTCAAAATATTGCGTAAACAGTATCGTCTTATGTCCAGTGTCAAAAGAGGTAATCTTTTCATATCTTGGTGTTTACCACGTTTGATGTCTGTCAATCAAAAGATTCTAAAGAAAT
Unaligned ( gi|15 ): ATGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAATACTTCGATCTGAGGGGGGGGGATTAAAAATAGTATAAATG
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2222222 3333333333333 11111 11 1111 777777777777777777777777777777777 1 44444444444
lowQualScore : 0 5555 5 22222 666666666666666666666666666666666666666666666666666666 8888888 5 5 3 2222222222222 4 00000 99999 55 3 3 66 888 33 2 5 1 4 2222 1 333333333333333333333333333333333 0 0 4 1 1 66 1 1 6 5 0 5 66666666666 2 0
lowQualScore : . .... . ..... ...................................................... ....... . . . ............. . ..... ..... .. . . .. ... .. . . . . .... . ................................. . . . . . .. . . . . . . ........... . .
lowQualScore : 2 6666 0 55555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111 3333333 0 0 6 2222222222222 4 44444 77777 77 6 6 88 000 66 3 7 7 0 1111 0 333333333333333333333333333333333 7 3 3 0 4 77 0 0 2 7 7 6 00000000000 8 2
consensus : GAAATGTTTCAGAAACA----T-GTAT-----GCCCCCCC--------------ATG--GTG-CAA-ATTT--AAA-AGG-------T-----ACAC---G---TGTA-TC-ATTTAATCGATAGA---GCA------GTGCCAAAACAATTC-AAGATAT----TGAGCGGAC----GATATCTTNCT-ATGTC-C-AGAGTGGGTTGA--CTTTT-GACCTTGCG----ANCTCAA-------------G-----------TCGTCTACTCCTTANGAAGTACCAGTGTAC-CAAGTTTGATGTCTGTCAAGCGAATGA-TTCTCAAAATATATAAGAG-----------GCAATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTT
Reference ( family-1322 ) : GAAATGTTTCAGAAACA----T-GTAT-----GCCCCCCC--------------ATG--GTG-CAA-ATTT--AAA-GGG-------T-----ACAC---G---TGTA-TC-ATTTAATTGATAGA---GCA------GTGCCAAAACAATTC-AAGATAT----TGAGCGGAC----GATATCTTNCT-ATGTC-C-AGAGTGGGTTGA--CTTTT-GACCTTGCG----ANCTCAN-------------G-----------TCGCCTACTCCTTAAGAAGTACCAGTGTAC-NAAGTTTNATGTCTGTCAAGCGAATGA-TTCTCAAAATATATAAGAG-----------GCGATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTT
gi|1 : AATGTTTCAGAAACA----T-GCAT-----GCCCCCCC--------------
gi|1 : caagCA------ATCCCAATACAATTC-AAGACATTGACTGAGTGGACAAATAATATCTTTCT-Accccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaataatgacacaatatattattatgtccagtttgaccctttaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|1 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatATGA-TTCTCAATATATATGAGAGCCAATAATGACACAATATATTATTATGTCCAGTTTGACCCTTctcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaataatgacacaatatattattatgtccagtttgaccctttaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|1 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagAC----AATATATTATT-ATGTC-C---AGT---TTGAC-CCTTT-AACCTTGCG----AACCAAA-------------A-----------T--TCCACTCCTTATGAtaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|10 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaataatgacTGTT-T-AAAGCAAGTTGA--CTTTT-GACCTTGTG----ATCTCAA-------------G-----------ATTCTTACTCTTTAGGTCGAACCAATGTAA-AAAGTTTGATCTCTGTCAAGC-AATGAGTTCTCA
gi|11 : CAAAATA---AAGAG-----------GTGATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTTtta
gi|11 : C-AAAATA------AAGAGG-T----GATATATTACT-ATGTC-C---AGT---TTGA--CCCTTGGACCATGTG----AAGCCAA-------------AACCAATAGGGTTCATCTACTCCTTATGAggaccatgtgaagccaaaaccaatagggttcatctactccttatgat
gi|12 : ---TGTA-TCGATTAAATTAATATA---GCA------GTGCCAAAACTATTT-AAGATAA----TGAACAGAC----AATACCTTT-T-ATCTC-C-AGAGt
gi|13 : aGAAATGTTTCAGACACA----C-GCAT-----GCCCCCTA--------------AGGT-GTG-AAA-ATTG--AAACGGGT------T-----ACAC---G---TGTA-TC-ATTTcaa
gi|14 : aacaaAGTGTAC-CAAGTTTCATATCTGTCAAACCAAAAG-TTCT-AAAATAT-TAAGAGA----------GCAATGTATTACTATACCC
gi|16 : TACCAGTGTGC-TAAGTTTGGTGTCAAACAAGCGAATGA-TTCTCACAATATA
gi|17 : AGGAA-----------ACAATAAATTACTATGTCCAATTTGACCCTT
gi|2 : taGAATTGTTTCAGAAATA----T-GTAT-----GCTCTCCT---------------TG--ATG-CAA-ATCT--A-------------T-----ACAC---A---TGTA-TC-ATTTAATCAATAGAATAGTA------GTGCCAAAACAATCC-AAGGTAT----TAAATGGAC----AATATCTTACT-ATGTT-C-AGAGTGGACTGA--CTTTT-GACCTTGCG----ACCTCAT-------------G-----------TCAGCTACTCCTTATAAAGTACCAGTGTAT-CAAGTTTAGTGTTAGTCAATC-AATGA-TTCTCAAAATATATAGGAG-----------GCAATATATTACTACGTCCATTATGACCCTTgacctat
gi|3 : GAAATGTTTCGGAAACAGTACTAGTAT-----GCCTCCT----------------TG--GTG-CAG-ATTTGTAAA-CGT-------TT----ACACCGTA---TGTAATC-ATGAATTTGATATA---GTACATGTAATGTCAAAACAGTTCCAAGATAT----TGAGTGGAC----GGTATCTTTAT-ATGTC-C-AGAGTGGGC-----CTTTT-TACCTTAGGATTTACCTT-T-------------G-----------TCGTCTA-TCCATGAAAAG
gi|4 : aatataaacaaCAAAAA-A----T-GGTT-----GCCCTCCC--------------ATG--TTG-CAAGATTG--AAA-AGGGT-----T-----ATAC---A---CGTA-TC-ATTTAATTGATAA-----CA------GTGCCAGAACAAGTT-AAGACAT----TGAACAGAA----GATATCTTCTT-ATGTC-CAAGAGTGGATTGAAGC-TTT-GACC---------ATC-----------------------------------------TAAGATGTACCAGTGTAC-CAAATggttctcaagataat
gi|5 : tattgctaaagcaaGAAATGTTAAAGAAATA----T-GTAA-----GCCCCCCCCCCCCTCCCGCCCCGCG--GGG--GA-ATTG--AAA-AAGCGTAATAT-----ACAC---GAATTGTA-TC-ATTTGATCGATAG-----TA------GTGTCAAAACAATGC-AAGATGC----TGAGCTGAC----ATTATCTT-CT-ATATC-C-
gi|6 : aacaaTGTTTCAGTAACAA---T-CTGT-----GCCCTCC---------------ATG--GTGACAA-AAAT--AAA-AGGGGGT---T-----ACAC---TAC-TG-A-TC-ATT-AACTGCTAGA---G---------TTCCAAAAACATTC-AAGATAT----TGAGCGGTC----AATATCTTCCT-ATGTCGC-AGGGTGG
gi|7 : TTC-AAAATAT----TGCGTAAAC----AGTATCGTCTT-ATGTC-C-AGTGT
gi|7 : gaacagggttGTTTAC-CACGTTTGATGTCTGTCAATCAAAAGA-TTCTAAAGAAATcaaaagaggtaatcttttcatatcttggtgtttaccacgtttgatgtctgtcaatcaaaagattctaaagaaat
gi|8 : gaacagggttttcaaaatattgcgtaaacagtatcgtcttatgtccagtgtcaaaagaggtaatcttttcatatcttggtTATCTTACTGAGGTC--------GGTTTGA--CTGTT-GACCTTGTA----AACTCAAAATTTTAATAGGTG-----------TCGCCTACTTCCTAAGAAAAATCAATGTACTAAAGTTTCATGCCTGTCAAGCAAATGG-TTC
gi|9 : GAAATGTTTTAGAAACA----T-GTATCATCCACCTCCCC--------------CTGTAGTG-CAA-ATTTGAAAA-GGA-------TTTTATACAC---A---TGTA-TC-ATTTAATTGATAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAATACTTCGATCTGAGGGGGGGGGATTAAAAATAGTATAAATG
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 44444444444444444444 6666666 2222222 1111 333333333 11111 11 888888888888888888888888888888888 1 44444444444
lowQualScore : 0 5555 5 22222 44444444444444444444 66 5 77 5 2222222 77 8888888 5 5 0000 0 6 888888888 4 00000 99999 55 3 3 66 888 33 2 5 1 4 1 888888888888888888888888888888888 0 0 1 1 1 5 1 1 6 5 0 5 66666666666 0
lowQualScore : . .... . ..... .................... .. . .. . ....... .. ....... . . .... . . ......... . ..... ..... .. . . .. ... .. . . . . . ................................. . . . . . . . . . . . . ........... .
lowQualScore : 2 6666 0 55555 11111111111111111111 44 7 00 7 9999999 99 3333333 0 0 6666 4 3 000000000 4 44444 77777 77 6 6 88 000 66 3 7 7 0 0 999999999999999999999999999999999 7 3 0 0 4 7 0 0 2 7 7 6 00000000000 2
consensus : GAAATGTTTCAGAAACA----T-GTAT-----GCCCCCCC--------------ATG--GTG-CAA-ATTT-A-AAAGGGT-----T--ACAC---G---TGTA-TC-AT----TTAATCGATAG---A---GCAGTGCCAAAACAATTC-AAGATAT----TGAGCGGAC----GATATCTTNCT-ATGTC-C-AGAGTGGGTTGA--CTTTT-GACCTTGCGANCTCAA-------------G-----------TCGTCTACTCCTTANGAAGTACCAGTGTACCAA-GTTTGATGTCTGTCAAGCGAATGA-TTCTCAAAATATATAAGAG-----------GCAATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTT
Reference ( family-1322 ) : GAAATGTTTCAGAAACA----T-GTAT-----GCCCCCCC--------------ATG--GTG-CAA-ATTT-A-AAAGG-------T--ACAC---G---TGTA-TC-AT----TTAATCGATAG---A---GCAGTGCCAAAACAATTC-AAGATAT----TGAGCGGAC----GATATCTTNCT-ATGTC-C-AGAGTGGGTTGA--CTTTT-GACCTTGCGANCTCAA-------------G-----------TCGTCTACTCCTTANGAAGTACCAGTGTACCAA-GTTTGATGTCTGTCAAGCGAATGA-TTCTCAAAATATATAAGAG-----------GCAATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTT
gi|1 : AATGTTTCAGAAACA----T-GCAT-----GCCCCCCC--------------
gi|1 : caagCAATCCCAATACAATTC-AAGACATTGACTGAGTGGACAAATAATATCTTTCT-Accccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaataatgacacaatatattattatgtccagtttgaccctttaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|1 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatATGA-TTCTCAATATATATGAGAGCCAATAATGACACAATATATTATTATGTCCAGTTTGACCCTTctcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaataatgacacaatatattattatgtccagtttgaccctttaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|1 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagAC----AATATATTATT-ATGTC-C---AGT---TTGAC-CCTTT-AACCTTGCGAACCAAA-------------A-----------T--TCCACTCCTTATGAtaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|10 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaataatgacTGTT-T-AAAGCAAGTTGA--CTTTT-GACCTTGTGATCTCAA-------------GAT---------TC--TTACTCTTTAGGTCGAACCAATGTAAAAA-GTTTGATCTCTGTCAAGC-AATGAGTTCTCA
gi|11 : CAAAATA---AAGAG-----------GTGATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTTtta
gi|11 : C-AAAATA------AAGAGG-T----GATATATTACT-ATGTC-C---AGT---TTGA--CCCTTGGACCATGTGAAGCCAA-------------AACCAATAGGGTTCATCTACTCCTTATGAggaccatgtgaagccaaaaccaatagggttcatctactccttatgat
gi|12 : ---TGTA-TCGAT----TAAATTAATAT---A---GCAGTGCCAAAACTATTT-AAGATAA----TGAACAGAC----AATACCTTT-T-ATCTC-C-AGAGt
gi|13 : aGAAATGTTTCAGACACA----C-GCAT-----GCCCCCTA--------------AGGT-GTG-AAA-ATTG-A-AACGGGT-----T--ACAC---G---TGTA-TC-AT----TTcaa
gi|14 : aacaaAGTGTACCAA-GTTTCATATCTGTCAAACCAAAAG-TTCT-AAAATAT-TAAGAGA----------GCAATGTATTACTATACCC
gi|16 : TACCAGTGTGCTAA-GTTTGGTGTCAAACAAGCGAATGA-TTCTCACAATATA
gi|17 : AGGAA-----------ACAATAAATTACTATGTCCAATTTGACCCTT
gi|2 : taGAATTGTTTCAGAAATA----T-GTAT-----GCTCTCCT---------------TG--ATG-CAA-ATCT-A-------------T--ACAC---A---TGTA-TC-AT----TTAATCAATAG---AATAGTAGTGCCAAAACAATCC-AAGGTAT----TAAATGGAC----AATATCTTACT-ATGTT-C-AGAGTGGACTGA--CTTTT-GACCTTGCGACCTCAT-------------G-----------TCAGCTACTCCTTATAAAGTACCAGTGTATCAA-GTTTAGTGTTAGTCAATC-AATGA-TTCTCAAAATATATAGGAG-----------GCAATATATTACTACGTCCATTATGACCCTTgacctat
gi|3 : GAAATGTTTCGGAAACAGTACTAGTAT-----GCCTCCT----------------TG--GTG-CAG-ATTT-GTAAACG-------TTTACACCGTA---TGTAATC-ATGAATTTGAT--ATAGTACAT--GTAATGTCAAAACAGTTCCAAGATAT----TGAGTGGAC----GGTATCTTTAT-ATGTC-C-AGAGTGGGC-----CTTTT-TACCTTAGGATTT--ACCTTT--------G-----------TCGTCTA-TCCATGAAAAG
gi|4 : aatataaacaaCAAAAA-A----T-GGTT-----GCCCTCCC--------------ATG--TTG-CAAGATTG-A-AAAGGGT-----T--ATAC---A---CGTA-TC-AT----TTAATTGATAA--------CAGTGCCAGAACAAGTT-AAGACAT----TGAACAGAA----GATATCTTCTT-ATGTC-CAAGAGTGGATTGAAGC-TTT-GACC-----ATC-----------------------------------------TAAGATGTACCAGTGTACCAA-ATggttctcaagataat
gi|5 : tattgctaaagcaaGAAATGTTAAAGAAATA----T-GTAA-----GCCCCCCCCCCCCTCCCGCCCCGCG--GGG--GA-ATTG-A-AAAAGCGTAATAT--ACAC---GAATTGTA-TC-AT----TTGATCGATAG--------TAGTGTCAAAACAATGC-AAGATGC----TGAGCTGAC----ATTATCTT-CT-ATATC-C-
gi|6 : aacaaTGTTTCAGTAACAA---T-CTGT-----GCCCTCC---------------ATG--GTGACAA-AAAT-A-AAAGGGGGT---T--ACAC---TAC-TG-A-TC-AT----T-AACTGCTAG---A---G---TTCCAAAAACATTC-AAGATAT----TGAGCGGTC----AATATCTTCCT-ATGTCGC-AGGGTGG
gi|7 : TTC-AAAATAT----TGCGTAAAC----AGTATCGTCTT-ATGTC-C-AGTGT
gi|7 : gaacagggttGTTTACCAC-GTTTGATGTCTGTCAATCAAAAGA-TTCTAAAGAAATcaaaagaggtaatcttttcatatcttggtgtttaccacgtttgatgtctgtcaatcaaaagattctaaagaaat
gi|8 : gaacagggttttcaaaatattgcgtaaacagtatcgtcttatgtccagtgtcaaaagaggtaatcttttcatatcttggtTATCTTACTGAGGTC--------GGTTTGA--CTGTT-GACCTTGTAAACTCAAAATTTTAATAGGTG-----------TCGCCTACTTCCTAAGAAAAATCAATGTACTAAAGTTTCATGCCTGTCAAGCAAATGG-TTC
gi|9 : GAAATGTTTTAGAAACA----T-GTATCATCCACCTCCCC--------------CTGTAGTG-CAA-ATTTGA-AAAGGATTTTA-T--ACAC---A---TGTA-TC-AT----TTAATTGATAG---
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAATACTTCGATCTGAGGGGGGGGGATTAAAAATAGTATAAATG
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 44444444444444444444 22222222222222 2222222 1111 333333333 11111 11 888888888888888888888888888888888 1 44444444444
lowQualScore : 0 5555 5 22222 44444444444444444444 66 5 77 5 22222222222222 8888888 5 5 0000 0 6 888888888 4 00000 99999 55 3 3 66 888 33 2 5 1 4 1 888888888888888888888888888888888 0 0 1 1 1 5 1 1 6 5 0 5 66666666666 0
lowQualScore : . .... . ..... .................... .. . .. . .............. ....... . . .... . . ......... . ..... ..... .. . . .. ... .. . . . . . ................................. . . . . . . . . . . . . ........... .
lowQualScore : 2 6666 0 55555 11111111111111111111 44 7 00 7 77777777777777 3333333 0 0 6666 4 3 000000000 4 44444 77777 77 6 6 88 000 66 3 7 7 0 0 999999999999999999999999999999999 7 3 0 0 4 7 0 0 2 7 7 6 00000000000 2
consensus : GAAATGTTTCAGAAACA----T-GTAT-----GCCCCCCC--------------ATG--GTG-CAA-ATTT-A-AAAGG-G--T----T----ACAC---G---TGTA-TC-AT----TTAATCGATAG---A---GCAGTGCCAAAACAATTC-AAGATAT----TGAGCGGAC----GATATCTTNCT-ATGTC-C-AGAGTGGGTTGA--CTTTT-GACCTTGCGANCTCAA-------------G-----------TCGTCTACTCCTTANGAAGTACCAGTGTACCAA-GTTTGATGTCTGTCAAGCGAATGA-TTCTCAAAATATATAAGAG-----------GCAATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTT
Reference ( family-1322 ) : GAAATGTTTCAGAAACA----T-GTAT-----GCCCCCCC--------------ATG--GTG-CAA-ATTT-A-AAAGG-G--T----T----ACAC---G---TGTA-TC-AT----TTAATCGATAG---A---GCAGTGCCAAAACAATTC-AAGATAT----TGAGCGGAC----GATATCTTNCT-ATGTC-C-AGAGTGGGTTGA--CTTTT-GACCTTGCGANCTCAA-------------G-----------TCGTCTACTCCTTANGAAGTACCAGTGTACCAA-GTTTGATGTCTGTCAAGCGAATGA-TTCTCAAAATATATAAGAG-----------GCAATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTT
gi|1 : AATGTTTCAGAAACA----T-GCAT-----GCCCCCCC--------------
gi|1 : caagCAATCCCAATACAATTC-AAGACATTGACTGAGTGGACAAATAATATCTTTCT-Accccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaataatgacacaatatattattatgtccagtttgaccctttaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|1 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatATGA-TTCTCAATATATATGAGAGCCAATAATGACACAATATATTATTATGTCCAGTTTGACCCTTctcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaataatgacacaatatattattatgtccagtttgaccctttaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|1 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagAC----AATATATTATT-ATGTC-C---AGT---TTGAC-CCTTT-AACCTTGCGAACCAAA-------------A-----------T--TCCACTCCTTATGAtaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|10 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaataatgacTGTT-T-AAAGCAAGTTGA--CTTTT-GACCTTGTGATCTCAA-------------GAT---------TC--TTACTCTTTAGGTCGAACCAATGTAAAAA-GTTTGATCTCTGTCAAGC-AATGAGTTCTCA
gi|11 : CAAAATA---AAGAG-----------GTGATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTTtta
gi|11 : C-AAAATA------AAGAGG-T----GATATATTACT-ATGTC-C---AGT---TTGA--CCCTTGGACCATGTGAAGCCAA-------------AACCAATAGGGTTCATCTACTCCTTATGAggaccatgtgaagccaaaaccaatagggttcatctactccttatgat
gi|12 : ---TGTA-TCGAT----TAAATTAATAT---A---GCAGTGCCAAAACTATTT-AAGATAA----TGAACAGAC----AATACCTTT-T-ATCTC-C-AGAGt
gi|13 : aGAAATGTTTCAGACACA----C-GCAT-----GCCCCCTA--------------AGGT-GTG-AAA-ATTG-A-AACGG-G--T----T----ACAC---G---TGTA-TC-AT----TTcaa
gi|14 : aacaaAGTGTACCAA-GTTTCATATCTGTCAAACCAAAAG-TTCT-AAAATAT-TAAGAGA----------GCAATGTATTACTATACCC
gi|16 : TACCAGTGTGCTAA-GTTTGGTGTCAAACAAGCGAATGA-TTCTCACAATATA
gi|17 : AGGAA-----------ACAATAAATTACTATGTCCAATTTGACCCTT
gi|2 : taGAATTGTTTCAGAAATA----T-GTAT-----GCTCTCCT---------------TG--ATG-CAA-ATCT-A---------------T----ACAC---A---TGTA-TC-AT----TTAATCAATAG---AATAGTAGTGCCAAAACAATCC-AAGGTAT----TAAATGGAC----AATATCTTACT-ATGTT-C-AGAGTGGACTGA--CTTTT-GACCTTGCGACCTCAT-------------G-----------TCAGCTACTCCTTATAAAGTACCAGTGTATCAA-GTTTAGTGTTAGTCAATC-AATGA-TTCTCAAAATATATAGGAG-----------GCAATATATTACTACGTCCATTATGACCCTTgacctat
gi|3 : GAAATGTTTCGGAAACAGTACTAGTAT-----GCCTCCT----------------TG--GTG-CAG-ATTT-GTAAACG-T--T----T----ACACCGTA---TGTAATC-ATGAATTTGAT--ATAGTACAT--GTAATGTCAAAACAGTTCCAAGATAT----TGAGTGGAC----GGTATCTTTAT-ATGTC-C-AGAGTGGGC-----CTTTT-TACCTTAGGATTT--ACCTTT--------G-----------TCGTCTA-TCCATGAAAAG
gi|4 : aatataaacaaCAAAAA-A----T-GGTT-----GCCCTCCC--------------ATG--TTG-CAAGATTG-A-AAAGG-G--T----T----ATAC---A---CGTA-TC-AT----TTAATTGATAA--------CAGTGCCAGAACAAGTT-AAGACAT----TGAACAGAA----GATATCTTCTT-ATGTC-CAAGAGTGGATTGAAGC-TTT-GACC-----ATC-----------------------------------------TAAGATGTACCAGTGTACCAA-ATggttctcaagataat
gi|5 : tattgctaaagcaaGAAATGTTAAAGAAATA----T-GTAA-----GCCCCCCCCCCCCTCCCGCCCCGCG--GGG--GA-ATTG-A-AAAAGCG--TAATAT----ACAC---GAATTGTA-TC-AT----TTGATCGATAG--------TAGTGTCAAAACAATGC-AAGATGC----TGAGCTGAC----ATTATCTT-CT-ATATC-C-
gi|6 : aacaaTGTTTCAGTAACAA---T-CTGT-----GCCCTCC---------------ATG--GTGACAA-AAAT-A-AAAGG-GGGT----T----ACAC---TAC-TG-A-TC-AT----T-AACTGCTAG---A---G---TTCCAAAAACATTC-AAGATAT----TGAGCGGTC----AATATCTTCCT-ATGTCGC-AGGGTGG
gi|7 : TTC-AAAATAT----TGCGTAAAC----AGTATCGTCTT-ATGTC-C-AGTGT
gi|7 : gaacagggttGTTTACCAC-GTTTGATGTCTGTCAATCAAAAGA-TTCTAAAGAAATcaaaagaggtaatcttttcatatcttggtgtttaccacgtttgatgtctgtcaatcaaaagattctaaagaaat
gi|8 : gaacagggttttcaaaatattgcgtaaacagtatcgtcttatgtccagtgtcaaaagaggtaatcttttcatatcttggtTATCTTACTGAGGTC--------GGTTTGA--CTGTT-GACCTTGTAAACTCAAAATTTTAATAGGTG-----------TCGCCTACTTCCTAAGAAAAATCAATGTACTAAAGTTTCATGCCTGTCAAGCAAATGG-TTC
gi|9 : GAAATGTTTTAGAAACA----T-GTATCATCCACCTCCCC--------------CTGTAGTG-CAA-ATTTGA-AAAGG-A--T----TTTATACAC---A---TGTA-TC-AT----TTAATTGATAG---
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAATACTTCGATCTGAGGGGGGGGGATTAAAAATAGTATAAATG
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 44444444444444444444 22222222222222 2222222 1111 333333333 11111 11 888888888888888888888888888888888 1 44444444444
lowQualScore : 0 5555 5 22222 44444444444444444444 66 5 77 5 22222222222222 8888888 5 5 0000 0 6 888888888 4 00000 99999 55 3 3 66 888 33 2 5 1 4 1 888888888888888888888888888888888 0 0 1 1 1 5 1 1 6 5 0 5 66666666666 0
lowQualScore : . .... . ..... .................... .. . .. . .............. ....... . . .... . . ......... . ..... ..... .. . . .. ... .. . . . . . ................................. . . . . . . . . . . . . ........... .
lowQualScore : 2 6666 0 55555 11111111111111111111 44 7 00 7 77777777777777 3333333 0 0 6666 4 3 000000000 4 44444 77777 77 6 6 88 000 66 3 7 7 0 0 999999999999999999999999999999999 7 3 0 0 4 7 0 0 2 7 7 6 00000000000 2
consensus : GAAATGTTTCAGAAACA----T-GTAT-----GCCCCCCC--------------ATG--GTG-CAA-ATTT-A-AAAGG-G--T----T----ACAC---G---TGTA-TC-AT----TTAATCGATAG---A---GCAGTGCCAAAACAATTC-AAGATAT----TGAGCGGAC----GATATCTTNCT-ATGTC-C-AGAGTGGGTTGA--CTTTT-GACCTTGCGANCTCAA-------------G-----------TCGTCTACTCCTTANGAAGTACCAGTGTACCAA-GTTTGATGTCTGTCAAGCGAATGA-TTCTCAAAATATATAAGAG-----------GCAATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTT
Reference ( family-1322 ) : GAAATGTTTCAGAAACA----T-GTAT-----GCCCCCCC--------------ATG--GTG-CAA-ATTT-A-AAAGG-G--T----T----ACAC---G---TGTA-TC-AT----TTAATCGATAG---A---GCAGTGCCAAAACAATTC-AAGATAT----TGAGCGGAC----GATATCTTNCT-ATGTC-C-AGAGTGGGTTGA--CTTTT-GACCTTGCGANCTCAA-------------G-----------TCGTCTACTCCTTANGAAGTACCAGTGTACCAA-GTTTGATGTCTGTCAAGCGAATGA-TTCTCAAAATATATAAGAG-----------GCAATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTT
gi|1 : AATGTTTCAGAAACA----T-GCAT-----GCCCCCCC--------------
gi|1 : caagCAATCCCAATACAATTC-AAGACATTGACTGAGTGGACAAATAATATCTTTCT-Accccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaataatgacacaatatattattatgtccagtttgaccctttaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|1 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatATGA-TTCTCAATATATATGAGAGCCAATAATGACACAATATATTATTATGTCCAGTTTGACCCTTctcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaataatgacacaatatattattatgtccagtttgaccctttaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|1 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagAC----AATATATTATT-ATGTC-C---AGT---TTGAC-CCTTT-AACCTTGCGAACCAAA-------------A-----------T--TCCACTCCTTATGAtaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|10 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaataatgacTGTT-T-AAAGCAAGTTGA--CTTTT-GACCTTGTGATCTCAA-------------GAT---------TC--TTACTCTTTAGGTCGAACCAATGTAAAAA-GTTTGATCTCTGTCAAGC-AATGAGTTCTCA
gi|11 : CAAAATA---AAGAG-----------GTGATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTTtta
gi|11 : C-AAAATA------AAGAGG-T----GATATATTACT-ATGTC-C---AGT---TTGA--CCCTTGGACCATGTGAAGCCAA-------------AACCAATAGGGTTCATCTACTCCTTATGAggaccatgtgaagccaaaaccaatagggttcatctactccttatgat
gi|12 : ---TGTA-TCGAT----TAAATTAATAT---A---GCAGTGCCAAAACTATTT-AAGATAA----TGAACAGAC----AATACCTTT-T-ATCTC-C-AGAGt
gi|13 : aGAAATGTTTCAGACACA----C-GCAT-----GCCCCCTA--------------AGGT-GTG-AAA-ATTG-A-AACGG-G--T----T----ACAC---G---TGTA-TC-AT----TTcaa
gi|14 : aacaaAGTGTACCAA-GTTTCATATCTGTCAAACCAAAAG-TTCT-AAAATAT-TAAGAGA----------GCAATGTATTACTATACCC
gi|16 : TACCAGTGTGCTAA-GTTTGGTGTCAAACAAGCGAATGA-TTCTCACAATATA
gi|17 : AGGAA-----------ACAATAAATTACTATGTCCAATTTGACCCTT
gi|2 : taGAATTGTTTCAGAAATA----T-GTAT-----GCTCTCCT---------------TG--ATG-CAA-ATCT-A---------------T----ACAC---A---TGTA-TC-AT----TTAATCAATAG---AATAGTAGTGCCAAAACAATCC-AAGGTAT----TAAATGGAC----AATATCTTACT-ATGTT-C-AGAGTGGACTGA--CTTTT-GACCTTGCGACCTCAT-------------G-----------TCAGCTACTCCTTATAAAGTACCAGTGTATCAA-GTTTAGTGTTAGTCAATC-AATGA-TTCTCAAAATATATAGGAG-----------GCAATATATTACTACGTCCATTATGACCCTTgacctat
gi|3 : GAAATGTTTCGGAAACAGTACTAGTAT-----GCCTCCT----------------TG--GTG-CAG-ATTT-GTAAACG-T--T----T----ACACCGTA---TGTAATC-ATGAATTTGAT--ATAGTACAT--GTAATGTCAAAACAGTTCCAAGATAT----TGAGTGGAC----GGTATCTTTAT-ATGTC-C-AGAGTGGGC-----CTTTT-TACCTTAGGATTT--ACCTTT--------G-----------TCGTCTA-TCCATGAAAAG
gi|4 : aatataaacaaCAAAAA-A----T-GGTT-----GCCCTCCC--------------ATG--TTG-CAAGATTG-A-AAAGG-G--T----T----ATAC---A---CGTA-TC-AT----TTAATTGATAA--------CAGTGCCAGAACAAGTT-AAGACAT----TGAACAGAA----GATATCTTCTT-ATGTC-CAAGAGTGGATTGAAGC-TTT-GACC-----ATC-----------------------------------------TAAGATGTACCAGTGTACCAA-ATggttctcaagataat
gi|5 : tattgctaaagcaaGAAATGTTAAAGAAATA----T-GTAA-----GCCCCCCCCCCCCTCCCGCCCCGCG--GGG--GA-ATTG-A-AAAAGCG--TAATAT----ACAC---GAATTGTA-TC-AT----TTGATCGATAG--------TAGTGTCAAAACAATGC-AAGATGC----TGAGCTGAC----ATTATCTT-CT-ATATC-C-
gi|6 : aacaaTGTTTCAGTAACAA---T-CTGT-----GCCCTCC---------------ATG--GTGACAA-AAAT-A-AAAGG-GGGT----T----ACAC---TAC-TG-A-TC-AT----T-AACTGCTAG---A---G---TTCCAAAAACATTC-AAGATAT----TGAGCGGTC----AATATCTTCCT-ATGTCGC-AGGGTGG
gi|7 : TTC-AAAATAT----TGCGTAAAC----AGTATCGTCTT-ATGTC-C-AGTGT
gi|7 : gaacagggttGTTTACCAC-GTTTGATGTCTGTCAATCAAAAGA-TTCTAAAGAAATcaaaagaggtaatcttttcatatcttggtgtttaccacgtttgatgtctgtcaatcaaaagattctaaagaaat
gi|8 : gaacagggttttcaaaatattgcgtaaacagtatcgtcttatgtccagtgtcaaaagaggtaatcttttcatatcttggtTATCTTACTGAGGTC--------GGTTTGA--CTGTT-GACCTTGTAAACTCAAAATTTTAATAGGTG-----------TCGCCTACTTCCTAAGAAAAATCAATGTACTAAAGTTTCATGCCTGTCAAGCAAATGG-TTC
gi|9 : GAAATGTTTTAGAAACA----T-GTATCATCCACCTCCCC--------------CTGTAGTG-CAA-ATTTGA-AAAGG-A--T----TTTATACAC---A---TGTA-TC-AT----TTAATTGATAG---
blockSeqs : GTAC A CATCC CCCCCCTCCCGCCCCGCG AC G TG T CGTAATAT CGTA A . GAAT C TACATGT C A A AT G G AA AAG AG T G T T T TCAAAATTTTAATAGGTGTCGC G A T A C A C G A A
blockSeqs : A . . CCTGTA C . T . ATTTTAT GAAT . . . T AATAGT . T G AC . . A GGA . C . A T A CCAAAACCAATAGGGTTCAT T A T . G G G . A .
blockSeqs : . . . CATG C . T . GGGTT TAC . . . C AG . T A AC . . A GGG . T . T C C TACCTTTGTCGT T T T . A T A . . .
blockSeqs : . . . TTG C . G . TTT A . . . T C . T A TA . . A GGA . T . T G T TCAAGATTC A A A . G T A . . .
blockSeqs : . . . ATG C . G . GTT A . . . T T . C G CT . . A GGT . T . T T T TCATGTCAG A . C G . .
blockSeqs : . . . TG . . T . T A . . . . . T G CC . . A . . . . . . A . A . .
blockSeqs : . . . . . . . T A CT . . A
blockSeqs : . . A AC . . .
blockSeqs : A T . . .
blockSeqs : C . .
blockSeqCons : CTG***************** AACAT**** T**** A**** A* GGG ** TCAAACCTGTCGT******************** ***********
originalCons : GAAATGTTTCAGAAACA----T-GTAT-----GCCCCCCC--------------ATG--GTG-CAA-ATTT-A-AAAGG-G--T----T----ACAC---G---TGTA-TC-AT----TTAATCGATAG---A---GCAGTGCCAAAACAATTC-AAGATAT----TGAGCGGAC----GATATCTTNCT-ATGTC-C-AGAGTGGGTTGA--CTTTT-GACCTTGCGANCTCAA-------------G-----------TCGTCTACTCCTTANGAAGTACCAGTGTACCAA-GTTTGATGTCTGTCAAGCGAATGA-TTCTCAAAATATATAAGAG-----------GCAATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTT
finalCons : GAAATGTTTCAGAAACA----T-GTAT-----GCCCCCCCTG-----------------GTG-CAA-ATTT-A-AAAGG-G--T----T----ACAC---G---TGTA-TC-AT----TTAATCGATAGAACAT----AGTGCCAAAACAATTC-AAGATAT----TGAGCGGACA----ATATCTTNCT-ATGTC-CA-GAGTGGGTTGA--CTTTT-GACCTTGCGANCTCAAACCTGTCGT--------------------CTACTCCTTANGAAGTACCAGTGTACCAA-GTTTGATGTCTGTCAAGCGAATGA-TTCTCAAAATATATAAGAG-----------GCAATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAATACTTCGATCTGAGGGGGGGGGATTAAAAATAGTATAAATG
Alignments
lowQualScore : 1111 11111 444444444444444444 1111 22222222222222 2222222 1111 444444444 1111 11 888888888888888888888888888888 1 44444444444
lowQualScore : 0 5555 5 22222 5 222222222222222222 77 3333 5 77 5 22222222222222 8888888 5 5 0000 0 6 333333333 5 0000 7777 55 3 7777 3 3 2 777 11 2 5 1 3 1 222222222222222222222222222222 0 0 1 1 1 5 1 5 4 5 0 5 66666666666 0
lowQualScore : . .... . ..... . .................. .. .... . .. . .............. ....... . . .... . . ......... . .... .... .. . .... . . . ... .. . . . . . .............................. . . . . . . . . . . . . ........... .
lowQualScore : 2 6666 0 55555 0 111111111111111111 99 0000 7 00 7 77777777777777 3333333 0 0 6666 4 3 555555555 0 6666 7777 77 6 1111 3 3 3 444 99 1 0 6 6 0 666666666666666666666666666666 8 4 0 0 3 0 0 7 7 7 7 6 00000000000 2
consensus : GAAATGTTTCAGAAACA----T-GTAT-----GCC-CCCCC-T---------------G--GTG-C--AA-ATTT-A-AAAGG-G--T----T----ACAC---G---TGTA-TC-AT----TTAATCGATAGAACA-T--AGTGCCAAAACAATTC-AAGATATTGA----GCGGACAA----TATCTTNCT-A----TGTC-C-AGAGTGGGTTGA--CTTTTG-ACCTTGCGANCTCAAAAC--T---------G-------TCGTCTACTCCTTANGAAGTACCAGTGTACCAA-GTTTGATGTCTGTCAA-GCAAATGA-TTCTCAAAATATATAAGAG-----------GCAATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTT
Reference ( family-1322 ) : GAAATGTTTCAGAAACA----T-GTAT-----GCC-CCCCC-T---------------G--GTG-C--AA-ATTT-A-AAAGG-G--T----T----ACAC---G---TGTA-TC-AT----TTAATCGATAGAACA-T--AGTGCCAAAACAATTC-AAGATATTGA----GCGGACAA----TATCTTNCT-A----TGTC-C-AGAGTGGGTTGA--CTTTTG-ACCTTGCGANCTCAAACC--T---------G-------TCGTCTACTCCTTANGAAGTACCAGTGTACCAA-GTTTGATGTCTGTCAA-GCGAATGA-TTCTCAAAATATATAAGAG-----------GCAATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTT
gi|1 : AATGTTTCAGAAACA----T-GCAT-----GCC-CCCCC-
gi|1 : caagCCAATACAATTC-AAGACATTGACTGAGTGGACAAATAATATCTTTCT-ACTCCTGNN-N-NNNNNNNNNNNN--NNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNN--N---------N-------NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNGTAGATGA-TTCTCAATATATATGAGAGCCAATAATGACACAATATATTATTATGTCCAGTTTGACCCTTccccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaataatgacacaatatattattatgtccagtttgaccctttaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|1 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatcaatcACAA----TATATTATT-A----TGTC-C---AGT---TTGAC-CCTTTA-ACCTTGCGAACCAAAAT------------------------TCCACTCCTTATGAtaaccttgcgaaccaaaattccactccttatga
gi|10 : caagaatgtttcagaaacatgcatgcccccccccccccccctgtatcaatcccaatacaattcaagacattgactgagtggacaaataatatctttctactcctgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngtagatgattctcaatatatatgagagccaataatgac----TGTT-T-AAAGCAAGTTGA--CTTTTG-ACCTTGTGATCTCAAGAT--T---------C-------T----TACTCTTTAGGTCGAACCAATGTAAAAA-GTTTGATCTCTGTCAA-GC-AATGAGTTCTCA
gi|11 : CAAAATA---AAGAG-----------GTGATATATTACTATGTCCAGTTTGACCCTTtta
gi|11 : A----TATATTACT-A----TGTC-C-AG--T---TTGA--CCCTTGGACCATGTGAAGCCAAAAC--C---------AATAGGGTTCATCTACTCCTTATGAggaccatgtgaagccaaaaccaatagggttcatctactccttatgat
gi|12 : caaaataaagaggtg---TGTA-TCGAT----TAAATTAATATAGCA-----GTGCCAAAACTATTT-AAGATAATGA----ACAGACAA----TACCTTT-T-A----TCTC-C-AGAGt
gi|13 : aGAAATGTTTCAGACACA----C-GCAT-----GCC-CCCTA-A---------------G--GTG-TGAAA-ATTG-A-AACGG-G--T----T----ACAC---G---TGTA-TC-AT----TTcaa
gi|14 : aacaaAGTGTACCAA-GTTTCATATCTGTCAA-ACCAAAAG-TTCT-AAAATAT-TAAGAGA----------GCAATGTATTACTATACCC
gi|16 : TACCAGTGTGCTAA-GTTTGGTGTCAAACAA-GCGAATGA-TTCTCACAATATA
gi|17 : AGGAA-----------ACAATAAATTACTATGTCCAATTTGACCCTT
gi|2 : taGAATTGTTTCAGAAATA----T-GTAT-----GCT-CTCCT-T---------------G--ATG-C--AA-ATCT-A---------------T----ACAC---A---TGTA-TC-AT----TTAATCAATAGAATAGT--AGTGCCAAAACAATCC-AAGGTATTAA----ATGGACAA----TATCTTACT-A----TGTT-C-AGAGTGGACTGA--CTTTTG-ACCTTGCGACCTCA------T---------G-------TCAGCTACTCCTTATAAAGTACCAGTGTATCAA-GTTTAGTGTTAGTCAA-TC-AATGA-TTCTCAAAATATATAGGAG-----------GCAATATATTACTACGTCCATTATGACCCTTgacctat
gi|3 : GAAATGTTTCGGAAACAGTACTAGTAT-----GCC-TCCT--T---------------G--GTG-C--AG-ATTT-GTAAACG-T--T----T----ACACCGTA---TGTAATC-ATGAATTTGAT--ATAGTACA-TGTAATGTCAAAACAGTTCCAAGATATTGA----GTGGACGG----TATCTTTAT-A----TGTC-C-AGAGTGGGC-----CTTTTT-ACCTTAGGATTT---ACCTTT---------G-------TCGTCTA-TCCATGAAAAG
gi|4 : aatataaacaaCAAAAA-A----T-GGTT-----GCC-CTCCCAT---------------G--TTG-C--AAGATTG-A-AAAGG-G--T----T----ATAC---A---CGTA-TC-AT----TTAATTGATA----A-C--AGTGCCAGAACAAGTT-AAGACATTGA----ACAGAAGA----TATCTTCTT-A----TGTC-CAAGAGTGGATTGAAGC-TTTG-ACC-----ATCT---------------------------------------AAGATGTACCAGTGTACCAA-ATggttctcaagataat
gi|5 : tattgctaaagcaaGAAATGTTAAAGAAATA----T-GTAA-----GCC-CCCCC-CCCCCTCCCGCCCCGCG--GGG----GA-ATTG-A-AAAAGCG--TAATAT----ACAC---GAATTGTA-TC-AT----TTGATCGATAG-----T--AGTGTCAAAACAATGC-AAGATGCTGA----GCTGACAT----TATCTT-CT-A----TATC-C-
gi|6 : aacaaTGTTTCAGTAACAA---T-CTGT-----GCC-CTCCA-T---------------G--GTGAC--AA-AAAT-A-AAAGG-GGGT----T----ACAC---TAC-TG-A-TC-AT----T-AACTGCTAGA--------GTTCCAAAAACATTC-AAGATATTGA----GCGGTCAA----TATCTTCCT-A----TGTCGC-AGGGTGG
gi|7 : TTC-AAAATATTGC----GTAAACAG----TATCGTCTT-A----TGTC-C-AGTGT
gi|7 : gaacagggttGTTTACCAC-GTTTGATGTCTGTCAA-TCAAAAGA-TTCTAAAGAAATcaaaagaggtaatcttttcatatcttggtgtttaccacgtttgatgtctgtcaatcaaaagattctaaagaaat
gi|8 : gaacagggttttcaaaatattgcgtaaacagtatcgtcttatgtccagtgtcaaaagaggtaatcttttcatatcttggt----TATCTTACTGA----GGTC--------GGTTTGA--CTGTTG-ACCTTGTAAACTCAAAAT--TTTAATAGGTG-------TCGCCTACTTCCTAAGAAAAATCAATGTACTAAAGTTTCATGCCTGTCAA-GCAAATGG-TTC
gi|9 : GAAATGTTTTAGAAACA----T-GTATCATCCACCTCCCCC-T---------------GTAGTG-C--AA-ATTTGA-AAAGG-A--T----TTTATACAC---A---TGTA-TC-AT----TTAATTGATAG
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): ATGCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAATACTTCGATCTGAGGGGGGGGGATTAAAAATAGTATAAATG