lowQualScore : 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777 111 11111 222
lowQualScore : 9 4 4 3 3 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888 44 1 33 22 1 111 0 22 0 888 0 22 0 1 1111 777777777777 666 11 1 2222 1 1 55555 1 11111 4 000 2 2 5
lowQualScore : . . . . . . ................................................. .. . .. .. . ... . .. . ... . .. . . .... ............ ... .. . .... . . ..... . ..... . ... . . .
lowQualScore : 6 0 8 1 5 9 4444444444444444444444444444444444444444444444444 44 1 99 33 9 666 9 22 9 777 9 11 9 7 9999 111111111111 666 33 0 3333 2 3 77777 9 00000 0 555 2 2 7
consensus : TCTT-TCAAAAATAT-GNA-TAT---CG---C----CTA---TTC-----C-AA--AT----AC--A----A--GAAGAA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--AA-GCAT--AA-A--A-AT-C----A------T-----TTCAA-C-ATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-GG--CCA-TG-AATTTCAAAATTTT-AGT
Reference ( gi|11 ) : TCAT-TCAAAAATAT-GCA-TAT---CG---C----CTA---TTC-----C-AA--AT----AC--A----A--GAAGAA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--AA-GCAT--CA-A--A-AT-C----A------T-----TTCAA-T-ATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-GA--CCA-TG-AATTTCAAAATTTT-AGTTA
gi|21 : TCTT-TCAAAA-TAT-GAA-TAT---CA---T----G-A---TTC-----C------T----G---A----A--GGAAAA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--AA-ACAT--TA-A--A-AT-C----A------T-----TTCAA-C-ATT--CCT-CA----T-C-
gi|15 : gttcacaagttaccaTCTT-TCAAAA-TAT-GAA-TAT---------------A---TTT-----T------T----AT--A----A--AAAGAA-A-----------TGG-AAGTTTG--AA-GCAT--AA-A--A-AT-T----A------T-----TTCAA-T-GTT--GCT-CA----T-A-T---A-C-AGCAAGG-GG--CAA-TG-AATT
gi|2 : tttgtctacatgttaTCTT-TCAAAA-TATTGAA-TAT--------------TA---TTC-----C-A---------------------GAAGAA-A--A--T-A---TGG-AAGTTTG--AAGGCATA-AA-A--A-AT-C----T------T-----TTGAA-C-ATT--GCT-AA----T-CTT---ACC-G-----G-GC--CCA-TG-AATT
gi|32 : tttttccacagtgttatcaTCTT-TCAAAA-TGT-ACA-TAT----G----------A---TTC-----CTAA--AT----AC--A----A--GAAGAC-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--AA-GCATA-TG-A--A-A--C----A------T-----TTTAagtaaagggtcaaaacatttcaaaatcaagcattttatttttctcaaatata
gi|9 : atttatctTCATATCTAAGATAT-GAA-TAT----G----------A---TTT-----C-AG--A--------------A--GGAAAA-A--A--A-A----GG-ATGTTTA--AA-GCAT--AA-A--A-AT-T----A------TAGAT-TTCAAAC-ATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G
gi|14 : tttgtatttaaatcttatggaatcttttgtccacatgctaTCTT-TCAAAC-TAT-GCAATATTAGCGACTC----CTA---TTT-----C-CA--ATTATTAC--C----A--AAAGAAGA--A--A-A---TGGGAAGTTTG--AA-GCATG-CA-A--ATGT-C----A------T-----TTTAg
gi|17 : gtcacacatagtcttatctcactaAT-TTCAAAATAT-GAA-AAT----G----------A---TTC-----C-AG--A--------------A--GAAAAA-A--AT-ATA---TGA-AAGTTTG--AA-GCAT--AA-A--A-AT-A----ATAATT-T-----TTCAA-T-ATT--CCT-CA----T-C-T---
gi|1 : atgttttgtccacatataatcatT-TTAAAAATAT-GC-------------C----TTAATTTTCTT---C-AA--AT----ACGCA----A--GA-GAA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--AA-GTA----A-A-------C----A------T-----TT-AA-C-ATT--C---TA----T-C-TACCA-C-A-----T-GT--CTA-CG-A--TTCAAGTTTTT-AAT
gi|33 : attttgccaagtatcatcT-TCAAAA-TAT-GAA-CA----CG----------A---TTC-----C-AG--A--------------A--GAAAAA-ACAA--A-A---TGG-AAATTTG--AA-GCAT--AG-A--A-AT-C----A------T-----Taaagggttaatgaacatatatgtcaagtatattgttgttctccaaatat
gi|20 : gtccgtgttatcatacT-TCAAAAG-AT-GCA-TG----CG---A----TTAAA-TTCATATTC-AATTAC----AC--A----A--GAAGTA-A--A--ATA---TGG-AAGTTTG--AA-GGA---CACA--A-AT-C----A------T-----TT
gi|6 : tcttttgtccacatgtttatcattAAATAT-GCA--A----CA---CAATTCTA---TTT-------AA--TT----AC--AGA--A--GAAGGA-A--A--A-A----GG-AAATTTG--AG-G-ATA-TA-A--T-AT-C----A------T-----TTTGA-C-ATT--t
gi|27 : aatgtgggtctttgtgccacatcttttttacccttcATAT-GCA-TAT----GATTC----CTA---GTC-------AA--ATGG--AC--C----A--GAAGAA-A--A--A-AAATTGA-AAATTTG--AA-GCAT--AA-A--T-AT-C----A------T-----TTCAA-C-ATT--CCT-CA----T-C-acaatcccctccccctcccaaaagcctga
gi|25 : ATAT-GAA-TAT----G----------A---TTC-----C-AG--A--------------A--GAAAAA-A--ATGG-A---TGG-AAGTTTG--AA-GCAT--TA-A--A-A
gi|22 : tatggaatcttttgtcatgttttatcatatttcatg-TAT---CA---G----CTA---TTA-----G-AAT-AC----AC--A----A--GAAGTA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--AA-TCAT--AA-A--A-AT-at
gi|23 : gtttgcattttaagcctcaagatggggtcttttgtccacatgt---C----CT----TTT-----C-AA--TT----GC--A----GATGAAGCA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--AC-GCAT---A-T--A-AT-C----A------T-----T
gi|5 : acatgtttacgatttttcaaaacttttcaaaataattTA---TTC-------AA--AT----AC--A----AAAGAAGAA-A--A--A-A---TGG-AAATTTG--GA-GCAT--AG-A--T-AT-T----A------T-----TTTAA-C-ATT--CGT-CACCCTC-C-C---C-C-A-----G-GAG-CCA-TG-AATTTCAAAgtgaca
gi|40 : ttt---TTT-----C-AA--AT----AC--ACAAAA--GAAGAA-A--A--C-A-----G-AAGTTTGATAA-GCAT--TA-A--A-AT-C----A------T-----TTTAG-C-ATT--CTT-gaggttttcgtggacataagagtaacatattttgtttccttaaatata
gi|39 : ctTT-----C-AATTAT----AA--A----A--GAAGAA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--AA-GCAT--GA-C--A-AT-T----A------A-----TTCAA-C-ATT--CAT-CA----C-C-
gi|26 : a-----C-AA--TT----ACTTA----A--GAAGAA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--AA-ACAT--AT-G--A-AT-C----A------T-----TTTAA-C-A
gi|4 : cgcatgttcatcatctttcaaaacaaaattccttgt--A----G--GAAAAG-A--A--A-A---TGG-ACGTTTG--AA-GCAT--AA-A--T-AT-C----ATAAATCT-----TTCAA-T-ATTCACCTCCA----T-C-T---AGC-AG----G-GG--CCA-TGAAAATTCTAAATTTT-AGT
gi|12 : --A----A--GAAGAA-AGAA--A-A---TGG-ACCTTTG--AA-GCAT--AA-A--T-AT-C----ATAGAT-T-----TTCAA-T-ATT--CTT-CA----T-C-aaggggcattcgtcgacattttaaatcaaagcctttttggttttctcacaatacaaatgg
gi|42 : gcatttaagcctttaatatggaatcatgttatcatatttcaagatatgagtataatccct--A----A--GAAAGA-A--A--A-A---TGG-ACGTTTG--AA-GCAT--AA-A--T-AT-CATAAA------T-----TTCCA-A-ATT--CCT-CA----T-T-T---
gi|45 : gg--A----A--GGGTAA-A--A--A-A----GG-AAGTTTG--AA-GCATAACA-AT-A-ATAC----A------T-----TTTCA-TCATC--ACT-CA----T-C-T---A-cc
gi|3 : ----A--AAAGAA-AG-A--A-A---CTG-ACGTTTG--AA-GCAT-----A--A-ATAC----A------TAAAT-TTCAAAT-ATT--CCT-CA----TTC-T---A-C-A-----G-GG--CCA-TG-AAATTCTAAATT
gi|10 : g----A--GAA-AA-G--A--A-A---TG--AAGTTTGC-AG-GCAT---A-A--A-AT-C----A------T-----TT-AA-C-ATT--CTC-C---------------C-A-----G-GGACCCA-TG-ACTTTCAgttttttaaaaaaagtaaaaaaaagggcatcgtggacattaaatcaagcttttggtttttctcaatacaaatggaagaag
gi|53 : AAAAA-A--A--A-A----GG-AAGTTTG--AA-GCAT--AA-A--A-AT-C----A------T-----TTCAA-G-ATT--CCT-CA----T-tatttaagaagagagcttccactggacatcaaaaatcaagcattttgttttttccgaaat
gi|58 : AGGAA-A--A--A-A---AGG-AAGTTTG--AA-GCAT--T----------------------T-----TTCAA-C-ATT--CCT-CA----T-C-T---
gi|55 : gaAAAAA-A--A--A-A---AGG-AAGTTTG--AA-GCAT--AT-G--A-AT-C----A------C-----TTAAA-T-ATT--CCT-C
gi|50 : AAAA-A--A--A-A---TAG-AAGTTTG--AA-GCAT--GT-A--A-AT-A----T------T-----TTCAA-C-ATT--CCT-TA----T-C-
gi|54 : GAA-A--A--A-A---TGG-AAGTCTG--AA-GCAA--AA-A--A-AT-C----A------T-----TTTGA-T-ATT--CCT-CA----T-
gi|18 : AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG------CGT--AA-A--G-AT-T----A------T-----TTCAA-C-ATT--CCT-CA----T-T-G---A-C-A-----GTGT--CAA-TG-AATTTCAAAATTTT-
gi|29 : agaAG-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--AA-GTAT--AA-A--G-AT-T----A------------TTCAA-C-ATT--CCT-AA----T-C-A---G-C-AG----G-GA--CCG-TG-GATCTCCAGATTTTGAGTcagggacatcaaaatcaagcattttgcttttctcaa
gi|60 : aAA-A--A--C-A---TGG-AAGTTTA--AA-GCAT--AA-A--A-AT-C----A------T-----TTCAA-C-ATT--CCT-CA----aaaagg
gi|57 : -A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--AA-GCAA--AA-A--A-AT-G----A------T-----TTCAA-C-ATT--CCT-CA----T-C-T---
gi|36 : -A--A--A-A---TGG-AAATTTG--AA---AT--GA-ATGA-GT-C----A------C-----TTGAA-C-ATT--CCT-CA----C-T-C---C-C-A-----GAGG--CCA-TG-AATTTCATAA-TTT-AGT
gi|24 : -A--A--A-A---TGG-AAGTGTG--AA-GCAT--AT-T--G-AT-C----A------T-----TTTAA-C-ATT--CTA-CT----T-C-C-----C-A-----G-GGC-CCA-TA-AATTTCAAAAT
gi|49 : -A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--AA-TCAT--AT-A--A-AT-C----A------T-----TTTGA-C-ATT--CCC-CA----caggcattttgcttttctcatat
gi|35 : --A--A-A---TGG-AAGTTTG--AA-ACAT--AA-A--A-AT-C----T------T-----ATTAA-C-ATT--CCT-CA----T-C-C---A-CAA-----A-GG--CCA-TA-AATGTCAAAATTAT-AATaccctc
gi|37 : g--A-A---TGG-AAGTATG--AA-GCAT--AA-A--A-AT-C----A------T-----TTTAA-C-ATT--CCT-TA----A-C-T---C-T-A-----G-GAG-TCA-TG-AATTTCAAAATCT
gi|48 : --A-A---TGG-AAGTTTG--AA-ACAT--AA-A--A-AT-C----A------TACTTCTTCAA-C-ATT--CCT-TA----T-C-T---A-C-aa
gi|62 : --A-A---TGG-AAGTTTG--AA-GCAT--AA-A--A-TT-A----A------T-----TTTAA-C-ATT--CCT-CA----T-
gi|63 : --A-A---TGG-AAGTTTG--AA-GCAT--AT-A--A-AT-C----A------A-----TTTAA-C-ATG--CCT-C
gi|59 : c-A---TGG-AAGTTTG--AA-GCAT--GT-A--A-AT-C----A------T-----GTTAA-T-GTT--CCT-CA----
gi|13 : --A-AT-C----A------T-----TTCAA-A-CTT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-GAG-GCA-TG-GATTTCAAActcct
gi|30 : attcagagagat--A-AT-C----A------T-----TTCAA-A-CTT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-GA--gaaggttcatgggccacaaaatcaagggttttgtttttttcaagtatatatgaatgagaaat
gi|51 : tcctttggaatttctgtctacttctcaaagtatgaatatgattcagagagat-AT-C----T------T-----TTCAA-C-ATT--CCT-CA----T-G-T---A-C-A-----G-GGG-CCA-TG-AATTTCAAAATTTT-ggc
gi|52 : T-C----A------C-----ATTAA-C-ATT--CCT-TA----C-C-C---C-C-A-----G-GGG-CCA-TG-AATTTCAAAATTT
gi|16 : -----TTCAA-C-ATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-AG----G-GG--CCATTG-AA-TTCAAaa
gi|28 : -ATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-GAG-GCA-TG-GATTTCAAAtctcgtggacatcaaaatcaagccctttgtttttctcaaatacatatagaagtagggaagaagattttctaagatt
17 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): ATCTAGAGCCTTAAATGAATCTTTTTGTATCACATGATTAATTCATATTCAACAAATATGAATATGATTTCAGAAAGGGTTATAAAAGGGAAGTTTGAAGAGCATAAAAATATGAAGATTTTCATCATTACTCATGCTA
Unaligned ( gi|8 ): TTATCATATTTCAAGATATGAATATAATTCCGCGGAAAAAAAAAAGAAAATGGACGTTGAAGAAACATTAAAACCCTATATTCAACATAAAAAAAAAAATAAACTTCAATATTCACTCATCTACAAAAGGGGCC
Unaligned ( gi|19 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTCTAAATATGTTTATCATCTTTCAAAATATTCATTCAATTTATATTCAATTACTCAAGAAGAAAGAAGGTGGTTTTGAAACA
Unaligned ( gi|31 ): ATTTAAAGCCTTAAATATGGAATCTTTTGTTCACAATTTATATGAATATGATCCCAGAGTAGAAAATGGAAGTTTGAAGCATA
Unaligned ( gi|34 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTTTAAATTTATTGTTGGAATTGTTGCAAAAATTATCTTGTTATTTTGTTCAA
Unaligned ( gi|38 ): CTTTTGTCCACATTTATCATAATTCAATATTTGAATGTGATTCCAAAAGAAAATATTAGAAATTTGAAGCA
Unaligned ( gi|41 ): ATAATCATGCTTTTAGTTTTTCTTAAACACATATGGGACTAGAGAAAATGATCTTTTAAGATTTG
Unaligned ( gi|43 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTATTTTAATATTTTATGCATTTTTACCACTCAAATTTA
Unaligned ( gi|44 ): TAATCATGCATTTAGTTTTTCTCGAATGTATAAGGGAGTAGAAAAGAATATTTTCTAAGAT
Unaligned ( gi|46 ): TTTGTCCACATGTTACCTTATCATCTTTCAAAATATGATAATGATTCCAAAAGA
Unaligned ( gi|47 ): TCCAACATTCCTTACCACCAGGACCCATTAATTCCACAATCATGAACATCAAA
Unaligned ( gi|56 ): GGACATGAATTTAAAAGGTTTCATGGACATCAAATTCAAGCATTTTG
Unaligned ( gi|61 ): GTCATTTAGTTTTTTCTCAAATATCTAAGGGAGTAGAGAAGAA
Unaligned ( gi|64 ): TCATGCTTTTAGCTTTTCTCAAACACATATGGGAGTAG
Unaligned ( gi|65 ): ATGGGACTAGAGAAAATGACCTTTTAAGATATAATACA
Unaligned ( gi|66 ): ACCGTTAAGGCCCGTGGGTCTCTTGTTTAATTATAT
Unaligned ( gi|67 ): GGGAAGAAAAAAAATGGACGTTTGAAGCATAAATA
Alignments
lowQualScore : 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 11
lowQualScore : 2 6666 1 2 777777777777777777777777777777777777777777777777 33 11 1 33 22 1 111 0 22 11 0 0 0 33333 0 11 1111 3333 0000000 22222 0 0 11 1 2222 2 1 22222 1 88888 1 7 22 2 2 2 5
lowQualScore : . .... . . ................................................ .. .. . .. .. . ... . .. .. . . . ..... . .. .... .... ....... ..... . . .. . .... . . ..... . ..... . . .. . . . .
lowQualScore : 4 8888 7 0 666666666666666666666666666666666666666666666666 88 55 0 66 11 7 555 9 00 22 9 9 9 22222 8 11 7777 6666 3333333 11111 9 9 33 0 2222 2 2 88888 8 66666 9 6 88 1 1 1 0
consensus : TCTTTCAA-AA---ATATGAA-TAT---CG---C----CTA---TTC-----C-AA--AT----AC--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-GCA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGT
Reference ( family-127 ) : TCTTTCAA-AA---ATATGNA-TAT---CG---C----CTA---TTC-----C-AA--AT----AC--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-GCA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGT
gi|1 : TCTTT-AA-AA---ATATGC-------------C----TTAATTTTCTT---C-AA--AT----ACGCA----A--GA-G--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---T-AAA---------------C----A-------T-----TT--AA-CATT--C---TA----T-C-TACCA-C-A-----T-G-T--CT-A-CG-A--TTCAAGTTTTT-AAT
gi|10 : attttgccaagtatca----A--GAA---AA-G--A--A-A---TG--AAGTTTGC-A--G-GCA-T-AAA-----A----T----C----A-------T-----TT--AA-CATT--CTC-C---------------C-A-----G-G-GACCC-A-TG-ACTTTCAaaagggttaatgaacatatatgtcaagtatattgttgttctccaaatat
gi|11 : TCATTCAA-AA---ATATGCA-TAT---CG---C----CTA---TTC-----C-AA--AT----AC--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-GCA-T-CAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-TATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-A--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGTtatttaagaagagagcttccactggacatcaaaaatcaagcattttgttttttccgaaat
gi|12 : TTTCAA-GA----TATGAG-TAT---A-----------A---TCC-----C------------T--A----A--GAAG--AA-AGAA--A-A---TGG-ACCTTTG--A--A-GCA-T-AAA-----T-A--T----C----ATAGAT--T-----TTC-AA-TATT--CTT-CA----T-C-ta
gi|13 : gcatttaagcctttaatatggaatcatgttatcata-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-ACTT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-GAG--GC-A-TG-GATTTCAAA
gi|14 : attcagagagatTCTTTCAA-AC----TATGCAATATTAGCGACTC----CTA---TTT-----C-CA--ATTATTAC--C----A--AAAG--AAGA--A--A-A---TGGGAAGTTTG--A--A-GCA-T-GCA-----A-ATGT----C----A-------T-----TTT-Agaaggttcatgggccacaaaatcaagggttttgtttttttcaagtatatatgaatgagaaat
gi|15 : gtcacacatagtcttatctcactaTCTTTCAA-AA----TATGAA-TAT---------------A---TTT-----T------T----AT--A----A--AAAG--AA-A-----------TGG-AAGTTTG--A--A-GCA-T-AAA-----A-A--T----T----A-------T-----TTC-AA-TGTT--GCT-CA----T-A-T---A-C-AGCAAGG-G-G--CA-A-TG-AATT
gi|16 : tttgtctacatgtta-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-AG----G-G-G--CC-ATTG-AA-TTCAA
gi|17 : TTTCAA-AA----TATGAA-AAT----G----------A---TTC-----C-AG--A--------------A--GAAA--AA-A--AT-ATA---TGA-AAGTTTG--A--A-GCA-T-AAA-----A-A--T----A----ATAATT--T-----TTC-AA-TATT--CCT-CA----T-C-T---tctcgtggacatcaaaatcaagccctttgtttttctcaaatacatatagaagtagggaagaagattttctaagatt
gi|18 : atgttttgtccacatataatcata--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--------CG-T-AAA-----G-A--T----T----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-T-G---A-C-A-----G-T-G--TCAA-TG-AATTTCAAAATTTT-
gi|2 : agaTCTTTCAA-AAT--AT-TGAA-TAT--------------TA---TTC-----C-A---------------------GAAG--AA-A--A--T-A---TGG-AAGTTTG--A--AGGCA-TAAAA-----A-A--T----C----T-------T-----TTG-AA-CATT--GCT-AA----T-CTT---A-C-C-----G-G-GC-CC-A-TG-AATTcagggacatcaaaatcaagcattttgcttttctcaa
gi|20 : tttttccacagtgttatcaTTTCAA-AA---G-ATGCA-TG----CG---A----TTAAA-TTCATATTC-AATTAC----AC--A----A--GAAG--TA-A--A--ATA---TGG-AAGTTTG--A--A-GGA-C-ACA-----A-A--T----C----A-------T-----TTagtaaagggtcaaaacatttcaaaatcaagcattttatttttctcaaatata
gi|21 : tcttttgtccacatgtttatcatTCTTTCAA-AA----TATGAA-TAT---CA---T----G-A---TTC-----C------T----G---A----A--GGAA--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-ACA-T-TAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-t
gi|22 : gttcacaagttacca---ACATGT--TAT---CA---G----CTA---TTA-----G-AAT-AC----AC--A----A--GAAG--TA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-TCA-T-AAA-----A-A--T----
gi|23 : gtttgcattttaagcctcaagatggggtcttttgtccCTTTTCA-AA---ATA------AT---T----C----CT----TTT-----C-AA--TT----GC--A----GATGAAG--CA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--C-GCA-T--AT-----A-A--T----C----A-------T-----TGT-GA-CA
gi|24 : acatgtttacgatttttcaaaa-A--A--A-A---TGG-AAGTGTG--A--A-GCA-T-ATT-----G-A--T----C----A-------T-----TTT-AA-CATT--CTA-CT----T-C-C-----C-A-----G-G-GC-CC-A-TA-AATTTCAAAAT
gi|25 : ---ATATGAA-TAT----G----------A---TTC-----C-AG--A--------------A--GAAA--AA-A--ATGG-A---TGG-AAGTTTG--A--A-GCATT-AAA-----A-A--T----caggcattttgcttttctcatat
gi|26 : tatggaatcttttgtcatgttttatcatatttcatgTCTTTCAA-AA---CAA--AA-T-T---C----C----TTG---T-------C-AA--TT----ACTTA----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-ACA-T-ATG-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-AA-CA
gi|27 : cgcatgttcatca---ATATGCA-TAT----GATTC----CTA---GTC-------AA--ATGG--AC--C----A--GAAG--AA-A--A--A-AAATTGA-AAATTTG--A--A-GCA-T-AAA-----T-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-
gi|28 : -CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-GAG--GC-A-TG-GATTTCAAA
gi|29 : --AG-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-GTA-T-AAA-----G-A--T----T----A-------------TTC-AA-CATT--CCT-AA----T-C-A---G-C-A-----G-G-GA-CC-G-TG-GATCTCCAGATTTTGAGTgaaggtttcatggccaccaaaatcaagggttttgttttttctcaagtatat
gi|3 : a----A--AAAG--AA-AG-A--A-A---CTG-ACGTTTG--A--A-GCA-T-AAATACATA-A------------A-------T-----TTC-AAATATT--CCT-CA----TTC-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AAATTCTAAATTaaaagg
gi|30 : g-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-ACTT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-gttttttaaaaaaagtaaaaaaaagggcatcgtggacattaaatcaagcttttggtttttctcaatacaaatggaagaag
gi|31 : tcctttggaatttctgtctacttctcaaagtatgaatatgattcagagagatTTCAC-AATTTATATGAA-TAT----G----------A---TCC-----C-A---------------------GAGT--AG-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-GCA-T-Aaggc
gi|32 : atttaaagccttaaatatggaatcttttgTCTTTCAA-AA----TGTACA-TAT----G----------A---TTC-----CTAA--AT----AC--A----A--GAAG--AC-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-GCA-T-ATG-----A-A--A----C----A-------T-----TTT-A
gi|33 : atttatctTTCAA-AA----TATGAA-CA----CG----------A---TTC-----C-AG--A--------------A--GAAA--AA-ACAA--A-A---TGG-AAATTTG--A--A-GCA-T-AGA-----A-A--T----C----A-------T-----T
gi|35 : gtccgtgttatcatac--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-ACA-T-AAA-----A-A--T----C----T-------T-----ATT-AA-CATT--CCT-CA----T-C-C---A-CAA-----A-G-G--CC-A-TA-AATGTCAAAATTAT-AAT
gi|36 : g-A--A--A-A---TGG-AAATTTG--A--A---A-T-GAATG---A-G--T----C----A-------C-----TTG-AA-CATT--CCT-CA----C-T-C---C-C-A-----GAG-G--CC-A-TG-AATTTCATAA-TTT-AGT
gi|37 : --A-A---TGG-AAGTATG--A--A-GCA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-AA-CATT--CCT-TA----A-C-T---C-T-A-----G-GAG--TC-A-TG-AATTTCAAAATCT
gi|39 : TT-----C-AATTAT----AA--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-GCA-T-GAC-----A-A--T----T----A-------A-----TTC-AA-CATT--CAT-CA----C-C-aa
gi|4 : a--A----G--GAAA--AG-A--A--A-A---TGG-ACGTTTG--A--A-GCA-T-AAA-----T-A--T----C----ATAAATC-T-----TTC-AA-TATTCACCTCCA----T-C-T---AGC-AG----G-G-G--CC-A-TGAAAATTCTAAATTTT-AGT
gi|40 : ---TTT-----C-AA--AT----AC--ACAAAA--GAAG--AA-A--A--C-A-----G-AAGTTTGATA--A-GCA-T-TAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-AG-CATT--CTT-aaggggcattcgtcgacattttaaatcaaagcctttttggttttctcacaatacaaatgg
gi|42 : ct--A----A--GAAA--GA-A--A--A-A---TGG-ACGTTTG--A--A-GCA-T-AAA-----T-A--T----CATAAA-------T-----TTC-CA-AATT--CCT-CA----T-T-T---
gi|45 : gg--A----A--GGGT--AA-A--A--A-A----GG-AAGTTTG--A--A-GCA-T-AAC-----A-A--TAATAC----AT------T-----TTC-AT-CATC--ACT-CA----T-C-T---A-cc
gi|48 : --A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-ACA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------TACTTCTTC-AA-CATT--CCT-TA----T-C-T---A-C-
gi|49 : -A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-TCA-T-ATA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-GA-CATT--CCC-CA----
gi|5 : TA---TTC-------AA--AT----AC--A----AAAGAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAATTTG--G--A-GCA-T-AGA-----T-A--T----T----A-------T-----TTT-AA-CATT--CGT-CACCCTC-C-C---C-C-A-----G-GAG--CC-A-TG-AATTTCAAAaccctc
gi|50 : tttAA--AA-A--A--A-A---TAG-AAGTTTG--A--A-GCA-T-GTA-----A-A--T----A----T-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-TA----T-C-gaggttttcgtggacataagagtaacatattttgtttccttaaatata
gi|51 : -A--T----C----T-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-G-T---A-C-A-----G-G-GG-CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-
gi|52 : --T----C----A-------C-----ATT-AA-CATT--CCT-TA----C-C-C---C-C-A-----G-G-GG-CC-A-TG-AATTTCAAAATTT
gi|53 : AAA--AA-A--A--A-A----GG-AAGTTTG--A--A-GCA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-GATT--CCT-CA----T-aa
gi|54 : G--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTCTG--A--A-GCA-A-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-GA-TATT--CCT-CA----T-
gi|55 : AAA--AA-A--A--A-A---AGG-AAGTTTG--A--A-GCA-T-ATG-----A-A--T----C----A-------C-----TTA-AA-TATT--CCT-C
gi|57 : -A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-GCA-A-AAA-----A-A--T----G----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---
gi|58 : AGG--AA-A--A--A-A---AGG-AAGTTTG--A--A-GCA-T--------------T-----------------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---
gi|59 : ga-A---TGG-AAGTTTG--A--A-GCA-T-GTA-----A-A--T----C----A-------T-----GTT-AA-TGTT--CCT-CA----
gi|6 : CCTTCAA-A-----TATGCA--A----CA---CAATTCTA---TTT-------AA--TT----AC--AGA--A--GAAG--GA-A--A--A-A----GG-AAATTTG--A--G-G-A-T-ATA-----ATA--T----C----A-------T-----TTT-GA-CATT--ctcct
gi|60 : aatgtgggtctttgtgccacatcttttttac--AA-A--A--C-A---TGG-AAGTTTA--A--A-GCA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----acaatcccctccccctcccaaaagcctga
gi|62 : --A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-GCA-T-AAA-----A-T--T----A----A-------T-----TTT-AA-CATT--CCT-CA----T-
gi|63 : --A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-GCA-T-ATA-----A-A--T----C----A-------A-----TTT-AA-CATG--CCT-C
gi|67 : c--A----A--GAA---AA-A--A--A-A---TGG-ACGTTTG--A--A-GCA-T-AAA-----
gi|7 : gggTTCAACAA---ATATGAA-TAT----G----------A---TTT-----C-AG--A---------A----A--GG-GTTAT-A--A--A-A---GGG-AAGTTTG--AAGA-GCA-T-AAA-----A-A--T---------ATGAAGATT-----TTC-AT-CATT--ACT-CA----TGC-T---A-ta
gi|9 : atctagagccttaaatgaatctttttgtatcacatgattaattcataTCTA-AG---ATATGAA-TAT----G----------A---TTT-----C-AG--A--------------A--GGAA--AA-A--A--A-A----GG-ATGTTTA--A--A-GCA-T-AAA-----A-A--T----TATAGA-------T-----TTCAAA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--
14 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|8 ): TTATCATATTTCAAGATATGAATATAATTCCGCGGAAAAAAAAAAGAAAATGGACGTTGAAGAAACATTAAAACCCTATATTCAACATAAAAAAAAAAATAAACTTCAATATTCACTCATCTACAAAAGGGGCC
Unaligned ( gi|19 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTCTAAATATGTTTATCATCTTTCAAAATATTCATTCAATTTATATTCAATTACTCAAGAAGAAAGAAGGTGGTTTTGAAACA
Unaligned ( gi|34 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTTTAAATTTATTGTTGGAATTGTTGCAAAAATTATCTTGTTATTTTGTTCAA
Unaligned ( gi|38 ): CTTTTGTCCACATTTATCATAATTCAATATTTGAATGTGATTCCAAAAGAAAATATTAGAAATTTGAAGCA
Unaligned ( gi|41 ): ATAATCATGCTTTTAGTTTTTCTTAAACACATATGGGACTAGAGAAAATGATCTTTTAAGATTTG
Unaligned ( gi|43 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTATTTTAATATTTTATGCATTTTTACCACTCAAATTTA
Unaligned ( gi|44 ): TAATCATGCATTTAGTTTTTCTCGAATGTATAAGGGAGTAGAAAAGAATATTTTCTAAGAT
Unaligned ( gi|46 ): TTTGTCCACATGTTACCTTATCATCTTTCAAAATATGATAATGATTCCAAAAGA
Unaligned ( gi|47 ): TCCAACATTCCTTACCACCAGGACCCATTAATTCCACAATCATGAACATCAAA
Unaligned ( gi|56 ): GGACATGAATTTAAAAGGTTTCATGGACATCAAATTCAAGCATTTTG
Unaligned ( gi|61 ): GTCATTTAGTTTTTTCTCAAATATCTAAGGGAGTAGAGAAGAA
Unaligned ( gi|64 ): TCATGCTTTTAGCTTTTCTCAAACACATATGGGAGTAG
Unaligned ( gi|65 ): ATGGGACTAGAGAAAATGACCTTTTAAGATATAATACA
Unaligned ( gi|66 ): ACCGTTAAGGCCCGTGGGTCTCTTGTTTAATTATAT
Alignments
lowQualScore : 222222 7777777777777777777777777777777777777777777 1111111 11
lowQualScore : 2 444444 333 8888 8888888888888888888888888888888888888888888 33 11 1 33 22 1 111 0 22 11 0 111 0 0 33333 0 11 1111 4444 0000000 22222 0 0 11 1 2222 2 1 22222 1 88888 1 7 22 2 2 2 5
lowQualScore : . ...... ... .... ........................................... .. .. . .. .. . ... . .. .. . ... . . ..... . .. .... .... ....... ..... . . .. . .... . . ..... . ..... . . .. . . . .
lowQualScore : 2 777777 555 2222 8888888888888888888888888888888888888888888 77 44 0 55 00 7 555 8 00 11 8 555 8 8 22222 8 11 7777 7777 1111111 99999 9 9 33 0 2222 2 2 88888 8 66666 9 6 88 1 1 1 0
consensus : TCTTTCAA-AA-----ATAT---G----AATA---T---CG-----TATTCC----AA--AT----AC--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGT
Reference ( family-127 ) : TCTTTCAA-AA-----ATAT---G----AATA---T---CG---CCTATTCC----AA--AT----AC--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGT
gi|1 : TCTTT-AA-AA-----ATAT---GCCTTAATT---T----------TCTTC-----AA--AT----ACGCA----A--GA-G--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G------T-AAA---------------C----A-------T-----TT--AA-CATT--C---TA----T-C-TACCA-C-A-----T-G-T--CT-A-CG-A--TTCAAGTTTTT-AAT
gi|10 : attttgccaagtatca----A--GAA---AA-G--A--A-A---TG--AAGTTTGC-A--G-G---CA-T-AAA-----A----T----C----A-------T-----TT--AA-CATT--CTC-C---------------C-A-----G-G-GACCC-A-TG-ACTTTCAaaagggttaatgaacatatatgtcaagtatattgttgttctccaaatat
gi|11 : TCATTCAA-AA-----ATAT---G----CATA---T---CG---CCTATTCC----AA--AT----AC--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-CAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-TATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-A--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGTtatttaagaagagagcttccactggacatcaaaaatcaagcattttgttttttccgaaat
gi|12 : TTTCAA-GA------TAT---G----AGTA---T---A-------ATCCC---------------T--A----A--GAAG--AA-AGAA--A-A---TGG-ACCTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----T-A--T----C----ATAGAT--T-----TTC-AA-TATT--CTT-CA----T-C-ta
gi|13 : gcatttaagcctttaatatggaatcatgttatcata-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-ACTT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-GAG--GC-A-TG-GATTTCAAA
gi|14 : attcagagagatTCTTTCAA-AC------TAT---GC---AATA---TTAGCGACTCCTATTTC----CA--ATTATTAC--C----A--AAAG--AAGA--A--A-A---TGGGAAGTTTG--A--A-G---CA-T-GCA-----A-ATGT----C----A-------T-----TTT-Agaaggttcatgggccacaaaatcaagggttttgtttttttcaagtatatatgaatgagaaat
gi|15 : gtcacacatagtcttatctcactaTCTTTCAA-AA------TAT---G----AATA---T-----------ATTTT---------T----AT--A----A--AAAG--AA-A-----------TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----T----A-------T-----TTC-AA-TGTT--GCT-CA----T-A-T---A-C-AGCAAGG-G-G--CA-A-TG-AATT
gi|16 : tttgtctacatgtta-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-AG----G-G-G--CC-ATTG-AA-TTCAA
gi|17 : TTTCAA-AA------TAT---G----AAAA---T----G------ATTCC----AG--A--------------A--GAAA--AA-A--AT-ATA---TGA-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----A----ATAATT--T-----TTC-AA-TATT--CCT-CA----T-C-T---tctcgtggacatcaaaatcaagccctttgtttttctcaaatacatatagaagtagggaagaagattttctaagatt
gi|18 : atgttttgtccacatataatcata--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG-----------CG-T-AAA-----G-A--T----T----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-T-G---A-C-A-----G-T-G--TCAA-TG-AATTTCAAAATTTT-
gi|2 : agaTCTTTCAA-AAT----AT-T---G----AATA---T----------TATTCC----A---------------------GAAG--AA-A--A--T-A---TGG-AAGTTTG--A--AGG---CA-TAAAA-----A-A--T----C----T-------T-----TTG-AA-CATT--GCT-AA----T-CTT---A-C-C-----G-G-GC-CC-A-TG-AATTcagggacatcaaaatcaagcattttgcttttctcaa
gi|20 : tttttccacagtgttatcaTTTCAA-AAGATGCATGC---G----ATTAAATT---CA-----TATTC-----AATTAC----AC--A----A--GAAG--TA-A--A--ATA---TGG-AAGTTTG--A--A-G---GA-C-ACA-----A-A--T----C----A-------T-----TTagtaaagggtcaaaacatttcaaaatcaagcattttatttttctcaaatata
gi|21 : tcttttgtccacatgtttatcatTCTTTCAA-AA------TAT---G----AATA---T---CA---TG-ATTCC---------T----G---A----A--GGAA--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-TAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-t
gi|22 : gttcacaagttaccaTA---T---CA---GCTATTAG----AAT-AC----AC--A----A--GAAG--TA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-T---CA-T-AAA-----A-A--T----
gi|23 : gtttgcattttaagcctcaagatggggtcttttgtccacatgtTTTTTCAA-AA-----CTTTTCAA----AATA---A---TT---CCT-TTTC----AA--TT----GC--A----GATGAAG--CA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--C-G---CA-T--AT-----A-A--T----C----A-------T-----TGT-GA-CA
gi|24 : acatgtttacga-A--A--A-A---TGG-AAGTGTG--A--A-G---CA-T-ATT-----G-A--T----C----A-------T-----TTT-AA-CATT--CTA-CT----T-C-C-----C-A-----G-G-GC-CC-A-TA-AATTTCAAAAT
gi|25 : -----ATAT---G----AATA---T----G------ATTCC----AG--A--------------A--GAAA--AA-A--ATGG-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CATT-AAA-----A-A--T----caggcattttgcttttctcatat
gi|26 : tatggaatcttttgtcatgttttatcatatttcatgTCTTTCAA-AA-----CAA---------AAT----T---C----CTTGT--C----AA--TT----ACTTA----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-ATG-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-AA-CA
gi|27 : cgcatgttcatca-----ATAT---G----CATA---T----GATTCCTAGTC-----AA--ATGG--AC--C----A--GAAG--AA-A--A--A-AAATTGA-AAATTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----T-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-
gi|28 : -CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-GAG--GC-A-TG-GATTTCAAA
gi|29 : --AG-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---TA-T-AAA-----G-A--T----T----A-------------TTC-AA-CATT--CCT-AA----T-C-A---G-C-A-----G-G-GA-CC-G-TG-GATCTCCAGATTTTGAGTgaaggtttcatggccaccaaaatcaagggttttgttttttctcaagtatat
gi|3 : a----A--AAAG--AA-AG-A--A-A---CTG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-AAATACATA-A------------A-------T-----TTC-AAATATT--CCT-CA----TTC-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AAATTCTAAATTaaaagg
gi|30 : g-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-ACTT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-gttttttaaaaaaagtaaaaaaaagggcatcgtggacattaaatcaagcttttggtttttctcaatacaaatggaagaag
gi|31 : tcctttggaatttctgtctacttctcaaagtatgaatatgattcagagagatTTCAC-AATTT--ATAT---G----AATA---T----G------ATCCC----A---------------------GAGT--AG-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-Aaggc
gi|32 : atttaaagccttaaatatggaatcttttgTCTTTCAA-AA------TGT---A----CATA---T----G------ATTCCT---AA--AT----AC--A----A--GAAG--AC-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-ATG-----A-A--A----C----A-------T-----TTT-A
gi|33 : atttatctTTCAA-AA------TAT---G----AACA-------CG------ATTCC----AG--A--------------A--GAAA--AA-ACAA--A-A---TGG-AAATTTG--A--A-G---CA-T-AGA-----A-A--T----C----A-------T-----T
gi|35 : gtccgtgttatcatac--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-AAA-----A-A--T----C----T-------T-----ATT-AA-CATT--CCT-CA----T-C-C---A-CAA-----A-G-G--CC-A-TA-AATGTCAAAATTAT-AAT
gi|36 : g-A--A--A-A---TGG-AAATTTG--A--A------A-T-GAATG---A-G--T----C----A-------C-----TTG-AA-CATT--CCT-CA----C-T-C---C-C-A-----GAG-G--CC-A-TG-AATTTCATAA-TTT-AGT
gi|37 : --A-A---TGG-AAGTATG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-AA-CATT--CCT-TA----A-C-T---C-T-A-----G-GAG--TC-A-TG-AATTTCAAAATCT
gi|39 : TTC----AATTAT----AA--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-GAC-----A-A--T----T----A-------A-----TTC-AA-CATT--CAT-CA----C-C-aa
gi|4 : a--A----G--GAAA--AG-A--A--A-A---TGG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----T-A--T----C----ATAAATC-T-----TTC-AA-TATTCACCTCCA----T-C-T---AGC-AG----G-G-G--CC-A-TGAAAATTCTAAATTTT-AGT
gi|40 : TTTC----AA--AT----AC--ACAAAA--GAAG--AA-A--A--C-A-----G-AAGTTTGATA--A-G---CA-T-TAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-AG-CATT--CTT-aaggggcattcgtcgacattttaaatcaaagcctttttggttttctcacaatacaaatgg
gi|42 : ct--A----A--GAAA--GA-A--A--A-A---TGG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----T-A--T----CATAAA-------T-----TTC-CA-AATT--CCT-CA----T-T-T---
gi|45 : gg--A----A--GGGT--AA-A--A--A-A----GG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAC-----A-A--TAATAC----AT------T-----TTC-AT-CATC--ACT-CA----T-C-T---A-cc
gi|48 : --A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------TACTTCTTC-AA-CATT--CCT-TA----T-C-T---A-C-
gi|49 : -A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-T---CA-T-ATA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-GA-CATT--CCC-CA----
gi|5 : TATTC-----AA--AT----AC--A----AAAGAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAATTTG--G--A-G---CA-T-AGA-----T-A--T----T----A-------T-----TTT-AA-CATT--CGT-CACCCTC-C-C---C-C-A-----G-GAG--CC-A-TG-AATTTCAAAaccctc
gi|50 : tttAA--AA-A--A--A-A---TAG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-GTA-----A-A--T----A----T-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-TA----T-C-gaggttttcgtggacataagagtaacatattttgtttccttaaatata
gi|51 : -A--T----C----T-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-G-T---A-C-A-----G-G-GG-CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-
gi|52 : --T----C----A-------C-----ATT-AA-CATT--CCT-TA----C-C-C---C-C-A-----G-G-GG-CC-A-TG-AATTTCAAAATTT
gi|53 : AAA--AA-A--A--A-A----GG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-GATT--CCT-CA----T-aa
gi|54 : G--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTCTG--A--A-G---CA-A-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-GA-TATT--CCT-CA----T-
gi|55 : AAA--AA-A--A--A-A---AGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-ATG-----A-A--T----C----A-------C-----TTA-AA-TATT--CCT-C
gi|57 : -A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-A-AAA-----A-A--T----G----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---
gi|58 : AGG--AA-A--A--A-A---AGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T--------------T-----------------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---
gi|59 : ga-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-GTA-----A-A--T----C----A-------T-----GTT-AA-TGTT--CCT-CA----
gi|6 : CCTTCAA-A-------TAT---GC---AACA-------CAAT-TCTATTT-----AA--TT----AC--AGA--A--GAAG--GA-A--A--A-A----GG-AAATTTG--A--G-G----A-T-ATA-----ATA--T----C----A-------T-----TTT-GA-CATT--ctcct
gi|60 : aatgtgggtctttgtgccacatcttttttac--AA-A--A--C-A---TGG-AAGTTTA--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----acaatcccctccccctcccaaaagcctga
gi|62 : --A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-T--T----A----A-------T-----TTT-AA-CATT--CCT-CA----T-
gi|63 : --A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-ATA-----A-A--T----C----A-------A-----TTT-AA-CATG--CCT-C
gi|67 : c--A----A--GAA---AA-A--A--A-A---TGG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----
gi|7 : gggTTCAACAA-----ATAT---G----AATA---T----G------ATTTC----AG--A---------A----A--GG-GTTAT-A--A--A-A---GGG-AAGTTTG--AAGA-G---CA-T-AAA-----A-A--T---------ATGAAGATT-----TTC-AT-CATT--ACT-CA----TGC-T---A-ta
gi|8 : atctagagccttaaatgaatctttttgtatcacatgattaattcataTTTCAA-GA------TAT---G----AATA---T---A-------ATTCCGCGGAA--A---------A----A--AAAA--AG-A--A--A-A---TGG-ACG-TTG--A--A-GAAACA-T-TAA-----A-A--C----CCT--A-------TA----TTC-AA-CAT
gi|9 : ttatcataTCTA-AG-----ATAT---G----AATA---T----G------ATTTC----AG--A--------------A--GGAA--AA-A--A--A-A----GG-ATGTTTA--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----TATAGA-------T-----TTCAAA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--aaaaaaaaaaataaacttcaatattcactcatctacaaaaggggcc
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTCTAAATATGTTTATCATCTTTCAAAATATTCATTCAATTTATATTCAATTACTCAAGAAGAAAGAAGGTGGTTTTGAAACA
Unaligned ( gi|34 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTTTAAATTTATTGTTGGAATTGTTGCAAAAATTATCTTGTTATTTTGTTCAA
Unaligned ( gi|38 ): CTTTTGTCCACATTTATCATAATTCAATATTTGAATGTGATTCCAAAAGAAAATATTAGAAATTTGAAGCA
Unaligned ( gi|41 ): ATAATCATGCTTTTAGTTTTTCTTAAACACATATGGGACTAGAGAAAATGATCTTTTAAGATTTG
Unaligned ( gi|43 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTATTTTAATATTTTATGCATTTTTACCACTCAAATTTA
Unaligned ( gi|44 ): TAATCATGCATTTAGTTTTTCTCGAATGTATAAGGGAGTAGAAAAGAATATTTTCTAAGAT
Unaligned ( gi|46 ): TTTGTCCACATGTTACCTTATCATCTTTCAAAATATGATAATGATTCCAAAAGA
Unaligned ( gi|47 ): TCCAACATTCCTTACCACCAGGACCCATTAATTCCACAATCATGAACATCAAA
Unaligned ( gi|56 ): GGACATGAATTTAAAAGGTTTCATGGACATCAAATTCAAGCATTTTG
Unaligned ( gi|61 ): GTCATTTAGTTTTTTCTCAAATATCTAAGGGAGTAGAGAAGAA
Unaligned ( gi|64 ): TCATGCTTTTAGCTTTTCTCAAACACATATGGGAGTAG
Unaligned ( gi|65 ): ATGGGACTAGAGAAAATGACCTTTTAAGATATAATACA
Unaligned ( gi|66 ): ACCGTTAAGGCCCGTGGGTCTCTTGTTTAATTATAT
Alignments
lowQualScore : 222222 6666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 11
lowQualScore : 2 333333 8888 4444444444444444444444444444444444444444444444 33 11 1 33 22 1 111 0 22 11 0 111 0 0 33333 0 11 1111 4444 0000000 22222 0 0 11 1 2222 2 1 22222 1 88888 1 7 22 2 2 2 5
lowQualScore : . ...... .... .............................................. .. .. . .. .. . ... . .. .. . ... . . ..... . .. .... .... ....... ..... . . .. . .... . . ..... . ..... . . .. . . . .
lowQualScore : 2 555555 2222 9999999999999999999999999999999999999999999999 77 44 0 55 00 7 555 8 00 11 8 555 8 8 22222 8 11 7777 7777 1111111 99999 9 9 33 0 2222 2 2 88888 8 66666 9 6 88 1 1 1 0
consensus : TCTTTCAA-AA-----ATATG----AATA----T---CG-----T-ATTCC-----AA--AT----AC--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGT
Reference ( family-127 ) : TCTTTCAA-AA-----ATATG----AATA----T---CG-----T-ATTCC-----AA--AT----AC--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGT
gi|1 : TCTTT-AA-AA-----ATATGCCTTAATT----T----------T-CTTC------AA--AT----ACGCA----A--GA-G--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G------T-AAA---------------C----A-------T-----TT--AA-CATT--C---TA----T-C-TACCA-C-A-----T-G-T--CT-A-CG-A--TTCAAGTTTTT-AAT
gi|10 : attttgccaagtatca----A--GAA---AA-G--A--A-A---TG--AAGTTTGC-A--G-G---CA-T-AAA-----A----T----C----A-------T-----TT--AA-CATT--CTC-C---------------C-A-----G-G-GACCC-A-TG-ACTTTCAaaagggttaatgaacatatatgtcaagtatattgttgttctccaaatat
gi|11 : TCATTCAA-AA-----ATATG----CATA----T---CGCC---T-ATTCC-----AA--AT----AC--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-CAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-TATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-A--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGTtatttaagaagagagcttccactggacatcaaaaatcaagcattttgttttttccgaaat
gi|12 : TTTCAA-GA------TATG----AGTA----T---A--------ATCCC----------------T--A----A--GAAG--AA-AGAA--A-A---TGG-ACCTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----T-A--T----C----ATAGAT--T-----TTC-AA-TATT--CTT-CA----T-C-ta
gi|13 : gcatttaagcctttaatatggaatcatgttatcata-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-ACTT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-GAG--GC-A-TG-GATTTCAAA
gi|14 : attcagagagatTCTTTCAA-AC------TATGC---AATA----TTAGCGACTCCT-ATTTC-----CA--ATTATTAC--C----A--AAAG--AAGA--A--A-A---TGGGAAGTTTG--A--A-G---CA-T-GCA-----A-ATGT----C----A-------T-----TTT-Agaaggttcatgggccacaaaatcaagggttttgtttttttcaagtatatatgaatgagaaat
gi|15 : gtcacacatagtcttatctcactaTCTTTCAA-AA------TATG----AATA----T------------ATTTT----------T----AT--A----A--AAAG--AA-A-----------TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----T----A-------T-----TTC-AA-TGTT--GCT-CA----T-A-T---A-C-AGCAAGG-G-G--CA-A-TG-AATT
gi|16 : tttgtctacatgtta-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-AG----G-G-G--CC-ATTG-AA-TTCAA
gi|17 : TTTCAA-AA------TATG----AAAA----T----G-------ATTCC-----AG--A--------------A--GAAA--AA-A--AT-ATA---TGA-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----A----ATAATT--T-----TTC-AA-TATT--CCT-CA----T-C-T---tctcgtggacatcaaaatcaagccctttgtttttctcaaatacatatagaagtagggaagaagattttctaagatt
gi|18 : atgttttgtccacatataatcata--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG-----------CG-T-AAA-----G-A--T----T----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-T-G---A-C-A-----G-T-G--TCAA-TG-AATTTCAAAATTTT-
gi|2 : agaTCTTTCAA-AAT----AT-TG----AATA----T----------T-ATTCC-----A---------------------GAAG--AA-A--A--T-A---TGG-AAGTTTG--A--AGG---CA-TAAAA-----A-A--T----C----T-------T-----TTG-AA-CATT--GCT-AA----T-CTT---A-C-C-----G-G-GC-CC-A-TG-AATTcagggacatcaaaatcaagcattttgcttttctcaa
gi|20 : tttttccacagtgttatcaTTTCAA-AAGATGCATGCG----ATTAAAT-T---CA-----T-ATTC------AATTAC----AC--A----A--GAAG--TA-A--A--ATA---TGG-AAGTTTG--A--A-G---GA-C-ACA-----A-A--T----C----A-------T-----TTagtaaagggtcaaaacatttcaaaatcaagcattttatttttctcaaatata
gi|21 : tcttttgtccacatgtttatcatTCTTTCAA-AA------TATG----AATA----T---CA-----TGATTCC----------T----G---A----A--GGAA--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-TAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-t
gi|22 : gttcacaagttacca--AC----AC--A----A--GAAG--TA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-T---CA-T-AAA-----A-A--T----
gi|23 : gtttgcattttaagcctcaagatggggtcttttgtccacatgttatcagctattagaatCTTTTCA-AA-----ATA-------AT-----T---CC-----T--TTTC-----AA--TT----GC--A----GATGAAG--CA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--C-G---CA-T--AT-----A-A--T----C----A-------T-----TGT-GA-CA
gi|24 : acatgtttacgatttttcaaaa-A--A--A-A---TGG-AAGTGTG--A--A-G---CA-T-ATT-----G-A--T----C----A-------T-----TTT-AA-CATT--CTA-CT----T-C-C-----C-A-----G-G-GC-CC-A-TA-AATTTCAAAAT
gi|25 : -----ATATG----AATA----T----G-------ATTCC-----AG--A--------------A--GAAA--AA-A--ATGG-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CATT-AAA-----A-A--T----caggcattttgcttttctcatat
gi|26 : tatggaatcttttgtcatgttttatcatatttcatgTCTTTCAA-AA-----CAA------AATT----C---CT-----T-GT--C-----AA--TT----ACTTA----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-ATG-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-AA-CA
gi|27 : cgcatgttcatca-----ATATG----CATA----T----G-------ATTCCTAGTCAA--ATGG--AC--C----A--GAAG--AA-A--A--A-AAATTGA-AAATTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----T-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-
gi|28 : -CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-GAG--GC-A-TG-GATTTCAAA
gi|29 : --AG-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---TA-T-AAA-----G-A--T----T----A-------------TTC-AA-CATT--CCT-AA----T-C-A---G-C-A-----G-G-GA-CC-G-TG-GATCTCCAGATTTTGAGTgaaggtttcatggccaccaaaatcaagggttttgttttttctcaagtatat
gi|3 : a----A--AAAG--AA-AG-A--A-A---CTG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-AAATACATA-A------------A-------T-----TTC-AAATATT--CCT-CA----TTC-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AAATTCTAAATTaaaagg
gi|30 : g-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-ACTT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-gttttttaaaaaaagtaaaaaaaagggcatcgtggacattaaatcaagcttttggtttttctcaatacaaatggaagaag
gi|31 : tcctttggaatttctgtctacttctcaaagtatgaatatgattcagagagatTTCAC-AATTT--ATATG----AATA----T----G-------ATCCC-----A---------------------GAGT--AG-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-Aaggc
gi|32 : atttaaagccttaaatatggaatcttttgTCTTTCAA-AA------TGTA----CATA----T----G-------ATTCCT----AA--AT----AC--A----A--GAAG--AC-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-ATG-----A-A--A----C----A-------T-----TTT-A
gi|33 : atttatctTTCAA-AA------TATG----AACA--------CG-------ATTCC-----AG--A--------------A--GAAA--AA-ACAA--A-A---TGG-AAATTTG--A--A-G---CA-T-AGA-----A-A--T----C----A-------T-----T
gi|35 : gtccgtgttatcatac--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-AAA-----A-A--T----C----T-------T-----ATT-AA-CATT--CCT-CA----T-C-C---A-CAA-----A-G-G--CC-A-TA-AATGTCAAAATTAT-AAT
gi|36 : g-A--A--A-A---TGG-AAATTTG--A--A------A-T-GAATG---A-G--T----C----A-------C-----TTG-AA-CATT--CCT-CA----C-T-C---C-C-A-----GAG-G--CC-A-TG-AATTTCATAA-TTT-AGT
gi|37 : --A-A---TGG-AAGTATG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-AA-CATT--CCT-TA----A-C-T---C-T-A-----G-GAG--TC-A-TG-AATTTCAAAATCT
gi|39 : TTC-----AATTAT----AA--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-GAC-----A-A--T----T----A-------A-----TTC-AA-CATT--CAT-CA----C-C-aa
gi|4 : a--A----G--GAAA--AG-A--A--A-A---TGG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----T-A--T----C----ATAAATC-T-----TTC-AA-TATTCACCTCCA----T-C-T---AGC-AG----G-G-G--CC-A-TGAAAATTCTAAATTTT-AGT
gi|40 : TTTC-----AA--AT----AC--ACAAAA--GAAG--AA-A--A--C-A-----G-AAGTTTGATA--A-G---CA-T-TAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-AG-CATT--CTT-aaggggcattcgtcgacattttaaatcaaagcctttttggttttctcacaatacaaatgg
gi|42 : ct--A----A--GAAA--GA-A--A--A-A---TGG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----T-A--T----CATAAA-------T-----TTC-CA-AATT--CCT-CA----T-T-T---
gi|45 : gg--A----A--GGGT--AA-A--A--A-A----GG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAC-----A-A--TAATAC----AT------T-----TTC-AT-CATC--ACT-CA----T-C-T---A-cc
gi|48 : --A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------TACTTCTTC-AA-CATT--CCT-TA----T-C-T---A-C-
gi|49 : -A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-T---CA-T-ATA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-GA-CATT--CCC-CA----
gi|5 : -----T-ATTC------AA--AT----AC--A----AAAGAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAATTTG--G--A-G---CA-T-AGA-----T-A--T----T----A-------T-----TTT-AA-CATT--CGT-CACCCTC-C-C---C-C-A-----G-GAG--CC-A-TG-AATTTCAAAaccctc
gi|50 : tttAA--AA-A--A--A-A---TAG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-GTA-----A-A--T----A----T-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-TA----T-C-gaggttttcgtggacataagagtaacatattttgtttccttaaatata
gi|51 : -A--T----C----T-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-G-T---A-C-A-----G-G-GG-CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-
gi|52 : --T----C----A-------C-----ATT-AA-CATT--CCT-TA----C-C-C---C-C-A-----G-G-GG-CC-A-TG-AATTTCAAAATTT
gi|53 : AAA--AA-A--A--A-A----GG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-GATT--CCT-CA----T-aa
gi|54 : G--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTCTG--A--A-G---CA-A-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-GA-TATT--CCT-CA----T-
gi|55 : AAA--AA-A--A--A-A---AGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-ATG-----A-A--T----C----A-------C-----TTA-AA-TATT--CCT-C
gi|57 : -A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-A-AAA-----A-A--T----G----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---
gi|58 : AGG--AA-A--A--A-A---AGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T--------------T-----------------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---
gi|59 : ga-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-GTA-----A-A--T----C----A-------T-----GTT-AA-TGTT--CCT-CA----
gi|6 : CCTTCAA-A-------TATGC---AACACAATT---C------T-ATTT------AA--TT----AC--AGA--A--GAAG--GA-A--A--A-A----GG-AAATTTG--A--G-G----A-T-ATA-----ATA--T----C----A-------T-----TTT-GA-CATT--ctcct
gi|60 : aatgtgggtctttgtgccacatcttttttac--AA-A--A--C-A---TGG-AAGTTTA--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----acaatcccctccccctcccaaaagcctga
gi|62 : --A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-T--T----A----A-------T-----TTT-AA-CATT--CCT-CA----T-
gi|63 : --A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-ATA-----A-A--T----C----A-------A-----TTT-AA-CATG--CCT-C
gi|67 : c--A----A--GAA---AA-A--A--A-A---TGG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----
gi|7 : gggTTCAACAA-----ATATG----AATA----T----G-------ATTTC-----AG--A---------A----A--GG-GTTAT-A--A--A-A---GGG-AAGTTTG--AAGA-G---CA-T-AAA-----A-A--T---------ATGAAGATT-----TTC-AT-CATT--ACT-CA----TGC-T---A-ta
gi|8 : atctagagccttaaatgaatctttttgtatcacatgattaattcataTTTCAA-GA------TATG----AATA----T---A--------ATTCCGCGG-AA--A---------A----A--AAAA--AG-A--A--A-A---TGG-ACG-TTG--A--A-GAAACA-T-TAA-----A-A--C----CCT--A-------TA----TTC-AA-CAT
gi|9 : ttatcataTCTA-AG-----ATATG----AATA----T----G-------ATTTC-----AG--A--------------A--GGAA--AA-A--A--A-A----GG-ATGTTTA--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----TATAGA-------T-----TTCAAA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--aaaaaaaaaaataaacttcaatattcactcatctacaaaaggggcc
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTCTAAATATGTTTATCATCTTTCAAAATATTCATTCAATTTATATTCAATTACTCAAGAAGAAAGAAGGTGGTTTTGAAACA
Unaligned ( gi|34 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTTTAAATTTATTGTTGGAATTGTTGCAAAAATTATCTTGTTATTTTGTTCAA
Unaligned ( gi|38 ): CTTTTGTCCACATTTATCATAATTCAATATTTGAATGTGATTCCAAAAGAAAATATTAGAAATTTGAAGCA
Unaligned ( gi|41 ): ATAATCATGCTTTTAGTTTTTCTTAAACACATATGGGACTAGAGAAAATGATCTTTTAAGATTTG
Unaligned ( gi|43 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTATTTTAATATTTTATGCATTTTTACCACTCAAATTTA
Unaligned ( gi|44 ): TAATCATGCATTTAGTTTTTCTCGAATGTATAAGGGAGTAGAAAAGAATATTTTCTAAGAT
Unaligned ( gi|46 ): TTTGTCCACATGTTACCTTATCATCTTTCAAAATATGATAATGATTCCAAAAGA
Unaligned ( gi|47 ): TCCAACATTCCTTACCACCAGGACCCATTAATTCCACAATCATGAACATCAAA
Unaligned ( gi|56 ): GGACATGAATTTAAAAGGTTTCATGGACATCAAATTCAAGCATTTTG
Unaligned ( gi|61 ): GTCATTTAGTTTTTTCTCAAATATCTAAGGGAGTAGAGAAGAA
Unaligned ( gi|64 ): TCATGCTTTTAGCTTTTCTCAAACACATATGGGAGTAG
Unaligned ( gi|65 ): ATGGGACTAGAGAAAATGACCTTTTAAGATATAATACA
Unaligned ( gi|66 ): ACCGTTAAGGCCCGTGGGTCTCTTGTTTAATTATAT
Alignments
lowQualScore : 222222 6666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 11
lowQualScore : 2 333333 8888 4444444444444444444444444444444444444444444444 33 11 1 33 22 1 111 0 22 11 0 111 0 0 33333 0 11 1111 4444 0000000 22222 0 0 11 1 2222 2 1 22222 1 88888 1 7 22 2 2 2 5
lowQualScore : . ...... .... .............................................. .. .. . .. .. . ... . .. .. . ... . . ..... . .. .... .... ....... ..... . . .. . .... . . ..... . ..... . . .. . . . .
lowQualScore : 2 555555 2222 9999999999999999999999999999999999999999999999 77 44 0 55 00 7 555 8 00 11 8 555 8 8 22222 8 11 7777 7777 1111111 99999 9 9 33 0 2222 2 2 88888 8 66666 9 6 88 1 1 1 0
consensus : TCTTTCAA-AA-----ATATG----AATA----T---CG-----T-ATTCC-----AA--AT----AC--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGT
Reference ( family-127 ) : TCTTTCAA-AA-----ATATG----AATA----T---CG-----T-ATTCC-----AA--AT----AC--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGT
gi|1 : TCTTT-AA-AA-----ATATGCCTTAATT----T----------T-CTTC------AA--AT----ACGCA----A--GA-G--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G------T-AAA---------------C----A-------T-----TT--AA-CATT--C---TA----T-C-TACCA-C-A-----T-G-T--CT-A-CG-A--TTCAAGTTTTT-AAT
gi|10 : attttgccaagtatca----A--GAA---AA-G--A--A-A---TG--AAGTTTGC-A--G-G---CA-T-AAA-----A----T----C----A-------T-----TT--AA-CATT--CTC-C---------------C-A-----G-G-GACCC-A-TG-ACTTTCAaaagggttaatgaacatatatgtcaagtatattgttgttctccaaatat
gi|11 : TCATTCAA-AA-----ATATG----CATA----T---CGCC---T-ATTCC-----AA--AT----AC--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-CAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-TATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-A--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGTtatttaagaagagagcttccactggacatcaaaaatcaagcattttgttttttccgaaat
gi|12 : TTTCAA-GA------TATG----AGTA----T---A--------ATCCC----------------T--A----A--GAAG--AA-AGAA--A-A---TGG-ACCTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----T-A--T----C----ATAGAT--T-----TTC-AA-TATT--CTT-CA----T-C-ta
gi|13 : gcatttaagcctttaatatggaatcatgttatcata-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-ACTT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-GAG--GC-A-TG-GATTTCAAA
gi|14 : attcagagagatTCTTTCAA-AC------TATGC---AATA----TTAGCGACTCCT-ATTTC-----CA--ATTATTAC--C----A--AAAG--AAGA--A--A-A---TGGGAAGTTTG--A--A-G---CA-T-GCA-----A-ATGT----C----A-------T-----TTT-Agaaggttcatgggccacaaaatcaagggttttgtttttttcaagtatatatgaatgagaaat
gi|15 : gtcacacatagtcttatctcactaTCTTTCAA-AA------TATG----AATA----T------------ATTTT----------T----AT--A----A--AAAG--AA-A-----------TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----T----A-------T-----TTC-AA-TGTT--GCT-CA----T-A-T---A-C-AGCAAGG-G-G--CA-A-TG-AATT
gi|16 : tttgtctacatgtta-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-AG----G-G-G--CC-ATTG-AA-TTCAA
gi|17 : TTTCAA-AA------TATG----AAAA----T----G-------ATTCC-----AG--A--------------A--GAAA--AA-A--AT-ATA---TGA-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----A----ATAATT--T-----TTC-AA-TATT--CCT-CA----T-C-T---tctcgtggacatcaaaatcaagccctttgtttttctcaaatacatatagaagtagggaagaagattttctaagatt
gi|18 : atgttttgtccacatataatcata--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG-----------CG-T-AAA-----G-A--T----T----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-T-G---A-C-A-----G-T-G--TCAA-TG-AATTTCAAAATTTT-
gi|2 : agaTCTTTCAA-AAT----AT-TG----AATA----T----------T-ATTCC-----A---------------------GAAG--AA-A--A--T-A---TGG-AAGTTTG--A--AGG---CA-TAAAA-----A-A--T----C----T-------T-----TTG-AA-CATT--GCT-AA----T-CTT---A-C-C-----G-G-GC-CC-A-TG-AATTcagggacatcaaaatcaagcattttgcttttctcaa
gi|20 : tttttccacagtgttatcaTTTCAA-AAGATGCATGCG----ATTAAAT-T---CA-----T-ATTC------AATTAC----AC--A----A--GAAG--TA-A--A--ATA---TGG-AAGTTTG--A--A-G---GA-C-ACA-----A-A--T----C----A-------T-----TTagtaaagggtcaaaacatttcaaaatcaagcattttatttttctcaaatata
gi|21 : tcttttgtccacatgtttatcatTCTTTCAA-AA------TATG----AATA----T---CA-----TGATTCC----------T----G---A----A--GGAA--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-TAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-t
gi|22 : gttcacaagttacca--AC----AC--A----A--GAAG--TA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-T---CA-T-AAA-----A-A--T----
gi|23 : gtttgcattttaagcctcaagatggggtcttttgtccacatgttatcagctattagaatCTTTTCA-AA-----ATA-------AT-----T---CC-----T--TTTC-----AA--TT----GC--A----GATGAAG--CA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--C-G---CA-T--AT-----A-A--T----C----A-------T-----TGT-GA-CA
gi|24 : acatgtttacgatttttcaaaa-A--A--A-A---TGG-AAGTGTG--A--A-G---CA-T-ATT-----G-A--T----C----A-------T-----TTT-AA-CATT--CTA-CT----T-C-C-----C-A-----G-G-GC-CC-A-TA-AATTTCAAAAT
gi|25 : -----ATATG----AATA----T----G-------ATTCC-----AG--A--------------A--GAAA--AA-A--ATGG-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CATT-AAA-----A-A--T----caggcattttgcttttctcatat
gi|26 : tatggaatcttttgtcatgttttatcatatttcatgTCTTTCAA-AA-----CAA------AATT----C---CT-----T-GT--C-----AA--TT----ACTTA----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-ATG-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-AA-CA
gi|27 : cgcatgttcatca-----ATATG----CATA----T----G-------ATTCCTAGTCAA--ATGG--AC--C----A--GAAG--AA-A--A--A-AAATTGA-AAATTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----T-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-
gi|28 : -CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-GAG--GC-A-TG-GATTTCAAA
gi|29 : --AG-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---TA-T-AAA-----G-A--T----T----A-------------TTC-AA-CATT--CCT-AA----T-C-A---G-C-A-----G-G-GA-CC-G-TG-GATCTCCAGATTTTGAGTgaaggtttcatggccaccaaaatcaagggttttgttttttctcaagtatat
gi|3 : a----A--AAAG--AA-AG-A--A-A---CTG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-AAATACATA-A------------A-------T-----TTC-AAATATT--CCT-CA----TTC-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AAATTCTAAATTaaaagg
gi|30 : g-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-ACTT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-gttttttaaaaaaagtaaaaaaaagggcatcgtggacattaaatcaagcttttggtttttctcaatacaaatggaagaag
gi|31 : tcctttggaatttctgtctacttctcaaagtatgaatatgattcagagagatTTCAC-AATTT--ATATG----AATA----T----G-------ATCCC-----A---------------------GAGT--AG-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-Aaggc
gi|32 : atttaaagccttaaatatggaatcttttgTCTTTCAA-AA------TGTA----CATA----T----G-------ATTCCT----AA--AT----AC--A----A--GAAG--AC-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-ATG-----A-A--A----C----A-------T-----TTT-A
gi|33 : atttatctTTCAA-AA------TATG----AACA--------CG-------ATTCC-----AG--A--------------A--GAAA--AA-ACAA--A-A---TGG-AAATTTG--A--A-G---CA-T-AGA-----A-A--T----C----A-------T-----T
gi|35 : gtccgtgttatcatac--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-AAA-----A-A--T----C----T-------T-----ATT-AA-CATT--CCT-CA----T-C-C---A-CAA-----A-G-G--CC-A-TA-AATGTCAAAATTAT-AAT
gi|36 : g-A--A--A-A---TGG-AAATTTG--A--A------A-T-GAATG---A-G--T----C----A-------C-----TTG-AA-CATT--CCT-CA----C-T-C---C-C-A-----GAG-G--CC-A-TG-AATTTCATAA-TTT-AGT
gi|37 : --A-A---TGG-AAGTATG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-AA-CATT--CCT-TA----A-C-T---C-T-A-----G-GAG--TC-A-TG-AATTTCAAAATCT
gi|39 : TTC-----AATTAT----AA--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-GAC-----A-A--T----T----A-------A-----TTC-AA-CATT--CAT-CA----C-C-aa
gi|4 : a--A----G--GAAA--AG-A--A--A-A---TGG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----T-A--T----C----ATAAATC-T-----TTC-AA-TATTCACCTCCA----T-C-T---AGC-AG----G-G-G--CC-A-TGAAAATTCTAAATTTT-AGT
gi|40 : TTTC-----AA--AT----AC--ACAAAA--GAAG--AA-A--A--C-A-----G-AAGTTTGATA--A-G---CA-T-TAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-AG-CATT--CTT-aaggggcattcgtcgacattttaaatcaaagcctttttggttttctcacaatacaaatgg
gi|42 : ct--A----A--GAAA--GA-A--A--A-A---TGG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----T-A--T----CATAAA-------T-----TTC-CA-AATT--CCT-CA----T-T-T---
gi|45 : gg--A----A--GGGT--AA-A--A--A-A----GG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAC-----A-A--TAATAC----AT------T-----TTC-AT-CATC--ACT-CA----T-C-T---A-cc
gi|48 : --A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------TACTTCTTC-AA-CATT--CCT-TA----T-C-T---A-C-
gi|49 : -A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-T---CA-T-ATA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-GA-CATT--CCC-CA----
gi|5 : -----T-ATTC------AA--AT----AC--A----AAAGAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAATTTG--G--A-G---CA-T-AGA-----T-A--T----T----A-------T-----TTT-AA-CATT--CGT-CACCCTC-C-C---C-C-A-----G-GAG--CC-A-TG-AATTTCAAAaccctc
gi|50 : tttAA--AA-A--A--A-A---TAG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-GTA-----A-A--T----A----T-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-TA----T-C-gaggttttcgtggacataagagtaacatattttgtttccttaaatata
gi|51 : -A--T----C----T-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-G-T---A-C-A-----G-G-GG-CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-
gi|52 : --T----C----A-------C-----ATT-AA-CATT--CCT-TA----C-C-C---C-C-A-----G-G-GG-CC-A-TG-AATTTCAAAATTT
gi|53 : AAA--AA-A--A--A-A----GG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-GATT--CCT-CA----T-aa
gi|54 : G--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTCTG--A--A-G---CA-A-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTT-GA-TATT--CCT-CA----T-
gi|55 : AAA--AA-A--A--A-A---AGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-ATG-----A-A--T----C----A-------C-----TTA-AA-TATT--CCT-C
gi|57 : -A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-A-AAA-----A-A--T----G----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---
gi|58 : AGG--AA-A--A--A-A---AGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T--------------T-----------------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---
gi|59 : ga-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-GTA-----A-A--T----C----A-------T-----GTT-AA-TGTT--CCT-CA----
gi|6 : CCTTCAA-A-------TATGC---AACACAATT---C------T-ATTT------AA--TT----AC--AGA--A--GAAG--GA-A--A--A-A----GG-AAATTTG--A--G-G----A-T-ATA-----ATA--T----C----A-------T-----TTT-GA-CATT--ctcct
gi|60 : aatgtgggtctttgtgccacatcttttttac--AA-A--A--C-A---TGG-AAGTTTA--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----acaatcccctccccctcccaaaagcctga
gi|62 : --A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-T--T----A----A-------T-----TTT-AA-CATT--CCT-CA----T-
gi|63 : --A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-ATA-----A-A--T----C----A-------A-----TTT-AA-CATG--CCT-C
gi|67 : c--A----A--GAA---AA-A--A--A-A---TGG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----
gi|7 : gggTTCAACAA-----ATATG----AATA----T----G-------ATTTC-----AG--A---------A----A--GG-GTTAT-A--A--A-A---GGG-AAGTTTG--AAGA-G---CA-T-AAA-----A-A--T---------ATGAAGATT-----TTC-AT-CATT--ACT-CA----TGC-T---A-ta
gi|8 : atctagagccttaaatgaatctttttgtatcacatgattaattcataTTTCAA-GA------TATG----AATA----T---A--------ATTCCGCGG-AA--A---------A----A--AAAA--AG-A--A--A-A---TGG-ACG-TTG--A--A-GAAACA-T-TAA-----A-A--C----CCT--A-------TA----TTC-AA-CAT
gi|9 : ttatcataTCTA-AG-----ATATG----AATA----T----G-------ATTTC-----AG--A--------------A--GGAA--AA-A--A--A-A----GG-ATGTTTA--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----TATAGA-------T-----TTCAAA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--aaaaaaaaaaataaacttcaatattcactcatctacaaaaggggcc
blockSeqs : C GATGCA C TTAGCGACTCCTATTTCCAATTATTACC AT TT GA TG T AAT AT AG AAA TACAT TG AATA ATAA TGAAGAT ACTTC CA CCCT T T AG A GCAAG A A AC A T A G
blockSeqs : . TTTA C TGATTCCTAGTCAAATGGACC AA . CA T T . C . . TG . . ATAG TAAATC A . . G . A . G . A C . . . .
blockSeqs : . TA . AATTCATATTCAATTACACA . . G . . . . . . . . . CT TAGAT . . . . . A . G . A C . . . .
blockSeqs : . A . CAATTCTATTTAATTACAGA . . . . . . . . . . . . . TAATT . . . . . A . . . A A . . . .
blockSeqs : . A . TCGCCTATTCCAAATACA . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . G . . . .
blockSeqs : . A . CCTTGTCAATTACTTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . G . . . .
blockSeqs : . C . TCCTTTTCAATTGCA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . .
blockSeqs : . A . TGATTCCTAAATACA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . A . TAATTCCGCGGAAAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . .
blockSeqs : . A . TCATGATTCCTGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TGATTTCAGAA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TATTTTTATA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TGATTCCAGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TGATTCCAGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . . CGATTCCAGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TGATTTCAGA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TAATCCCTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . .
blockSeqs : . . TTATTCCA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . TGATCCCA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : A***** **** TGATTCCAGA************************************ A****
originalCons : TCTTTCAA-AA-----ATATG----AATA----T---CG-----T-ATTCC-----AA--AT----AC--A----A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGT
finalCons : TCTTTCAA-AAA-----TATG----AATATGATTCCAGA------------------------------------A--GAAG--AA-A--A--A-A---TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-AAA-----A-A--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-TA----C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGT
13 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTCTAAATATGTTTATCATCTTTCAAAATATTCATTCAATTTATATTCAATTACTCAAGAAGAAAGAAGGTGGTTTTGAAACA
Unaligned ( gi|34 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTTTAAATTTATTGTTGGAATTGTTGCAAAAATTATCTTGTTATTTTGTTCAA
Unaligned ( gi|38 ): CTTTTGTCCACATTTATCATAATTCAATATTTGAATGTGATTCCAAAAGAAAATATTAGAAATTTGAAGCA
Unaligned ( gi|41 ): ATAATCATGCTTTTAGTTTTTCTTAAACACATATGGGACTAGAGAAAATGATCTTTTAAGATTTG
Unaligned ( gi|43 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTATTTTAATATTTTATGCATTTTTACCACTCAAATTTA
Unaligned ( gi|44 ): TAATCATGCATTTAGTTTTTCTCGAATGTATAAGGGAGTAGAAAAGAATATTTTCTAAGAT
Unaligned ( gi|46 ): TTTGTCCACATGTTACCTTATCATCTTTCAAAATATGATAATGATTCCAAAAGA
Unaligned ( gi|47 ): TCCAACATTCCTTACCACCAGGACCCATTAATTCCACAATCATGAACATCAAA
Unaligned ( gi|56 ): GGACATGAATTTAAAAGGTTTCATGGACATCAAATTCAAGCATTTTG
Unaligned ( gi|61 ): GTCATTTAGTTTTTTCTCAAATATCTAAGGGAGTAGAGAAGAA
Unaligned ( gi|64 ): TCATGCTTTTAGCTTTTCTCAAACACATATGGGAGTAG
Unaligned ( gi|65 ): ATGGGACTAGAGAAAATGACCTTTTAAGATATAATACA
Unaligned ( gi|66 ): ACCGTTAAGGCCCGTGGGTCTCTTGTTTAATTATAT
Alignments
lowQualScore : 1111 2222222222222222222222222 1111111 11
lowQualScore : 2 9999 22 6666 555 333 1 2222222222222222222222222 2222 222 22 11 1 0 11 11 0 111 0 0 0 33333 11 1111 4444 0000000 22222 0 0 11 1 2222 2 1 22222 1 88888 1 7 22 2 2 2 5
lowQualScore : . .... .. .... ... ... . ......................... .... ... .. .. . . .. .. . ... . . . ..... .. .... .... ....... ..... . . .. . .... . . ..... . ..... . . .. . . . .
lowQualScore : 5 5555 99 6666 555 000 7 6666666666666666666666666 5555 000 11 99 6 8 99 11 8 444 8 8 8 22222 11 7777 7777 1111111 99999 9 9 33 0 2222 2 2 88888 8 66666 9 6 88 1 1 1 0
consensus : TCTTTCAA-AA---ATAT--G----AATAT---G---ATT-C----------C--------------AGA----AGAAG--AAA--A--A-ATGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-A-AA-----AA--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGT
Reference ( family-127 ) : TCTTTCAA-AA---ATAT--G----AATAT---G---ATT-C----------C--------------AGA----AGAAG--AAA--A--A-ATGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-A-AA-----AA--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGT
gi|1 : TCTTT-AA-AA---ATAT--GCCTTAATTT---T---CTT-CAAATA-----C--------------GCA----AGA-G--AAA--A--A-ATGG-AAGTTTG--A--A-G------T-A-AA--------------C----A-------T-----TT--AA-CATT--C---TA----T-C-TACCA-C-A-----T-G-T--CT-A-CG-A--TTCAAGTTTTT-AAT
gi|10 : attttgccaagtatca----AGAA---AAG--A--A-ATG--AAGTTTGC-A--G-G---CA-T-A-AA-----A---T----C----A-------T-----TT--AA-CATT--CTC-C---------------C-A-----G-G-GACCC-A-TG-ACTTTCAaaagggttaatgaacatatatgtcaagtatattgttgttctccaaatat
gi|11 : TCATTCAA-AA---ATAT--G----CATATC--GCCTATT-C----------C--------------AAATACAAGAAG--AAA--A--A-ATGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-C-AA-----AA--T----C----A-------T-----TTC-AA-TATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-A--CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-AGTtatttaagaagagagcttccactggacatcaaaaatcaagcattttgttttttccgaaat
gi|12 : TTTCAA-GA----TAT--G----AGTAT---A---ATC-C----------CTA------------AGA----AGAA---AGA--A--A-ATGG-ACCTTTG--A--A-G---CA-T-A-AA-----TA--T----C----ATAGAT--T-----TTC-AA-TATT--CTT-CA----T-C-ta
gi|13 : gcatttaagcctttaatatggaatcatgttatcata-----AA--T----C----A-------T-----TTC-AA-ACTT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-GAG--GC-A-TG-GATTTCAAA
gi|14 : attcagagagatAT---T---ATTAC----------C--------------AAA----AGAAG--AAA--A-----TGGGAAGTTTG--A--A-G---CA-T-G-CA-----AATGT----C----A-------T-----TTT-Agaaggttcatgggccacaaaatcaagggttttgtttttttcaagtatatatgaatgagaaat
gi|15 : gtcacacatagtcttatctcactatctttcaaactatgcaatattagcgactcctatttccaTCTTTCAA-AA----TAT--G----AATAT---A---TTT-T----------T--------------ATA----AAAAG--AAA--------TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-A-AA-----AA--T----T----A-------T-----TTC-AA-TGTT--GCT-CA----T-A-T---A-C-AGCAAGG-G-G--CA-A-TG-AATT
gi|16 : tttgtctacatgtta-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-AG----G-G-G--CC-ATTG-AA-TTCAA
gi|17 : TTTCAA-AA----TAT--G----AAAAT---G---ATT-C----------C--------------AGA----AGAAA--AAA--AT-ATATGA-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-A-AA-----AA--T----A----ATAATT--T-----TTC-AA-TATT--CCT-CA----T-C-T---tctcgtggacatcaaaatcaagccctttgtttttctcaaatacatatagaagtagggaagaagattttctaagatt
gi|18 : atgttttgtccacatataatcata--AAA--A--A-ATGG-AAGTTTG-----------CG-T-A-AA-----GA--T----T----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-T-G---A-C-A-----G-T-G--TCAA-TG-AATTTCAAAATTTT-
gi|2 : agaTCTTTCAA-AAT--AT-T--G----AATAT---T---ATT-C----------C--------------AG-------AAG--AAA--A--T-ATGG-AAGTTTG--A--AGG---CA-TAA-AA-----AA--T----C----T-------T-----TTG-AA-CATT--GCT-AA----T-CTT---A-C-C-----G-G-GC-CC-A-TG-AATTcagggacatcaaaatcaagcattttgcttttctcaa
gi|20 : tttttccacagtgttatca---ATT-A----------C--------------ACA----AGAAG--TAA--A--ATATGG-AAGTTTG--A--A-G---GA-C-A-CA-----AA--T----C----A-------T-----TTagtaaagggtcaaaacatttcaaaatcaagcattttatttttctcaaatata
gi|21 : tcttttgtccacatgtttatcattttcaaaagatgcatgcgattaaattcatattcaTCTTTCAA-AA----TAT--G----AATATCATG---ATT-C----------C--------------TGA----AGGAA--AAA--A--A-ATGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-T-AA-----AA--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-t
gi|22 : gttcacaagttacca----------C--------------ACA----AGAAG--TAA--A--A-ATGG-AAGTTTG--A--A-T---CA-T-A-AA-----AA--T----
gi|23 : gtttgcattttaagcctcaagatggggtcttttgtccacatgttatcagctattagaata---ATT-G----------C--------------AGA----TGAAG--CAA--A--A-ATGG-AAGTTTG--A--C-G---CA-T---AT-----AA--T----C----A-------T-----TGT-GA-CA
gi|24 : acatgtttacgatttttcaaaacttttcaaaataattccttttcaA--A--A-ATGG-AAGTGTG--A--A-G---CA-T-A-TT-----GA--T----C----A-------T-----TTT-AA-CATT--CTA-CT----T-C-C-----C-A-----G-G-GC-CC-A-TA-AATTTCAAAAT
gi|25 : ---ATAT--G----AATAT---G---ATT-C----------C--------------AGA----AGAAA--AAA--ATGG-ATGG-AAGTTTG--A--A-G---CATT-A-AA-----AA--T----caggcattttgcttttctcatat
gi|26 : tatggaatcttttgtcatgttttatcatatttcatgA----AGAAG--AAA--A--A-ATGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-A-TG-----AA--T----C----A-------T-----TTT-AA-CA
gi|27 : cgcatgttcatcatctttcaaaacaaaattccttgtcaattactt---ATAT--G----CATAT---G---ATT-C----------CTAGTCAAATGGACCAGA----AGAAA--AAA--A--A-TTGA-AAATTTG--A--A-G---CA-T-A-AA-----TA--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-
gi|28 : -CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-GAG--GC-A-TG-GATTTCAAA
gi|29 : --AGA--A--A-ATGG-AAGTTTG--A--A-G---TA-T-A-AA-----GA--T----T----A-------------TTC-AA-CATT--CCT-AA----T-C-A---G-C-A-----G-G-GA-CC-G-TG-GATCTCCAGATTTTGAGTgaaggtttcatggccaccaaaatcaagggttttgttttttctcaagtatat
gi|3 : a----AAAAG--AAAG-A--A-ACTG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-A-AATACATAA------------A-------T-----TTC-AAATATT--CCT-CA----TTC-T---A-C-A-----G-G-G--CC-A-TG-AAATTCTAAATTaaaagg
gi|30 : gCTTCTCA-AA---GTAT--G----AATAT---G---ATT-C-----------------------------------AG--A------------G-AGAT----------------------------AA--T----C----A-------T-----TTC-AA-ACTT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-gttttttaaaaaaagtaaaaaaaagggcatcgtggacattaaatcaagcttttggtttttctcaatacaaatggaagaag
gi|31 : tcctttggaatttctgtctaTTCAC-AATTTATAT--G----AATAT---G---ATC-C----------C--------------AGA-----GTAG--AAA--A-----TGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-A-aggc
gi|32 : atttaaagccttaaatatggaatcttttgTCTTTCAA-AA----TGT--A----CATAT---G---ATT-C----------CTAAAT---------ACA----AGAAG--ACA--A--A-ATGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-A-TG-----AA--A----C----A-------T-----TTT-A
gi|33 : atttatctTTCAA-AA----TAT--G----AACAC---G---ATT-C----------C--------------AGA----AGAAA--AAACAA--A-ATGG-AAATTTG--A--A-G---CA-T-A-GA-----AA--T----C----A-------T-----T
gi|35 : gtccgtgttatcatac--A--A-ATGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-A-AA-----AA--T----C----T-------T-----ATT-AA-CATT--CCT-CA----T-C-C---A-CAA-----A-G-G--CC-A-TA-AATGTCAAAATTAT-AAT
gi|36 : gA--A--A-ATGG-AAATTTG--A--A------A-T-G-AATG---AG--T----C----A-------C-----TTG-AA-CATT--CCT-CA----C-T-C---C-C-A-----GAG-G--CC-A-TG-AATTTCATAA-TTT-AGT
gi|37 : --A-ATGG-AAGTATG--A--A-G---CA-T-A-AA-----AA--T----C----A-------T-----TTT-AA-CATT--CCT-TA----A-C-T---C-T-A-----G-GAG--TC-A-TG-AATTTCAAAATCT
gi|38 : A---ATATTTG----AATGT---G---ATT-C----------C--------------AAA----AGA----AAA--T--A-TTAG-AAATTTG--A--A-G---CA-aa
gi|39 : cttttgtccacatttatcataattc---ATT-A----------T--------------AAA----AGAAG--AAA--A--A-ATGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-G-AC-----AA--T----T----A-------A-----TTC-AA-CATT--CAT-CA----C-C-
gi|4 : attcaA----GGAAA--AGA--A--A-ATGG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-A-AA-----TA--T----C----ATAAATC-T-----TTC-AA-TATTCACCTCCA----T-C-T---AGC-AG----G-G-G--CC-A-TGAAAATTCTAAATTTT-AGT
gi|40 : ----------C--------------AAA----AGAAG--AAA--A--C-A--G-AAGTTTGATA--A-G---CA-T-T-AA-----AA--T----C----A-------T-----TTT-AG-CATT--CTT-aaggggcattcgtcgacattttaaatcaaagcctttttggttttctcacaatacaaatgg
gi|42 : cttttcaaatacaGA----AGAAA--GAA--A--A-ATGG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-A-AA-----TA--T----CATAAA-------T-----TTC-CA-AATT--CCT-CA----T-T-T---
gi|45 : gA----AGGGT--AAA--A--A-A-GG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-A-AC-----AA--TAATAC----AT------T-----TTC-AT-CATC--ACT-CA----T-C-T---A-cc
gi|46 : TCTTTCAA-AA----TAT--G----ATAAT---G---ATT-C----------C--------------AAA----AGA
gi|48 : tttgtccacatgttaccttatca--A-ATGG-AAGTTTG--A--A-A---CA-T-A-AA-----AA--T----C----A-------TACTTCTTC-AA-CATT--CCT-TA----T-C-T---A-C-
gi|49 : A--A--A-ATGG-AAGTTTG--A--A-T---CA-T-A-TA-----AA--T----C----A-------T-----TTT-GA-CATT--CCC-CA----
gi|5 : ----------C--------------AAA----AGAAG--AAA--A--A-ATGG-AAATTTG--G--A-G---CA-T-A-GA-----TA--T----T----A-------T-----TTT-AA-CATT--CGT-CACCCTC-C-C---C-C-A-----G-GAG--CC-A-TG-AATTTCAAAaccctc
gi|50 : ttttattcaaataAA--AAA--A--A-ATAG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-G-TA-----AA--T----A----T-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-TA----T-C-gaggttttcgtggacataagagtaacatattttgtttccttaaatata
gi|51 : A--T----C----T-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-G-T---A-C-A-----G-G-GG-CC-A-TG-AATTTCAAAATTTT-
gi|52 : --T----C----A-------C-----ATT-AA-CATT--CCT-TA----C-C-C---C-C-A-----G-G-GG-CC-A-TG-AATTTCAAAATTT
gi|53 : AAA--AAA--A--A-A-GG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-A-AA-----AA--T----C----A-------T-----TTC-AA-GATT--CCT-CA----T-aa
gi|54 : G--AAA--A--A-ATGG-AAGTCTG--A--A-G---CA-A-A-AA-----AA--T----C----A-------T-----TTT-GA-TATT--CCT-CA----T-
gi|55 : AAA--AAA--A--A-AAGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-A-TG-----AA--T----C----A-------C-----TTA-AA-TATT--CCT-C
gi|57 : A--A--A-ATGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-A-A-AA-----AA--T----G----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---
gi|58 : GA----AG--G--AAA--A--A-AAGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T--------------T-----------------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----T-C-T---
gi|59 : -ATGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-G-TA-----AA--T----C----A-------T-----GTT-AA-TGTT--CCT-CA----
gi|6 : CCTTCAA-A-----TAT--GC---AACAC---A---ATT-CTATTTAATTAC--------------AGA----AGAAG--GAA--A--A-A-GG-AAATTTG--A--G-G----A-T-ATAA-----TA--T----C----A-------T-----TTT-GA-CATT--ctcct
gi|60 : aatgtgggtctttgtgccacatcttttttac--AAA--A--C-ATGG-AAGTTTA--A--A-G---CA-T-A-AA-----AA--T----C----A-------T-----TTC-AA-CATT--CCT-CA----acaatcccctccccctcccaaaagcctga
gi|62 : --A-ATGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-A-AA-----AT--T----A----A-------T-----TTT-AA-CATT--CCT-CA----T-
gi|63 : --A-ATGG-AAGTTTG--A--A-G---CA-T-A-TA-----AA--T----C----A-------A-----TTT-AA-CATG--CCT-C
gi|67 : cGA----AGAA---AAA--A--A-ATGG-ACGTTTG--A--A-G---CA-T-A-AA-----
gi|7 : ggTTCAACAA---ATAT--G----AATAT---G---ATT-T----------C--------------AGA----AAGGGTTATA--A--A-AGGG-AAGTTTG--AAGA-G---CA-T-A-AA-----AA--T---------ATGAAGATT-----TTC-AT-CATT--ACT-CA----TGC-T---A-ta
gi|8 : atctagagccttaaatgaatctttttgtatcacatgattaattcataTTTCAA-GA----TAT--G----AATAT---A---ATT-C----------CGCGGA---------AAA----AAAAA--AGA--A--A-ATGG-ACG-TTG--A--A-GAAACA-T-T-AA-----AA--C----CCT--A-------TA----TTC-AA-CAT
gi|9 : ttatcataTCTA-AG---ATAT--G----AATAT---G---ATT-T----------C--------------AGA----AGGAA--AAA--A--A-A-GG-ATGTTTA--A--A-G---CA-T-A-AA-----AA--T----TATAGA-------T-----TTCAAA-CATT--CCT-CA----T-C-T---A-C-A-----G-G-G--aaaaaaaaaaataaacttcaatattcactcatctacaaaaggggcc
11 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTCTAAATATGTTTATCATCTTTCAAAATATTCATTCAATTTATATTCAATTACTCAAGAAGAAAGAAGGTGGTTTTGAAACA
Unaligned ( gi|34 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTTTAAATTTATTGTTGGAATTGTTGCAAAAATTATCTTGTTATTTTGTTCAA
Unaligned ( gi|41 ): ATAATCATGCTTTTAGTTTTTCTTAAACACATATGGGACTAGAGAAAATGATCTTTTAAGATTTG
Unaligned ( gi|43 ): CCGTCAAGGCCCGTGGGCCTCTTGTATTTTAATATTTTATGCATTTTTACCACTCAAATTTA
Unaligned ( gi|44 ): TAATCATGCATTTAGTTTTTCTCGAATGTATAAGGGAGTAGAAAAGAATATTTTCTAAGAT
Unaligned ( gi|47 ): TCCAACATTCCTTACCACCAGGACCCATTAATTCCACAATCATGAACATCAAA
Unaligned ( gi|56 ): GGACATGAATTTAAAAGGTTTCATGGACATCAAATTCAAGCATTTTG
Unaligned ( gi|61 ): GTCATTTAGTTTTTTCTCAAATATCTAAGGGAGTAGAGAAGAA
Unaligned ( gi|64 ): TCATGCTTTTAGCTTTTCTCAAACACATATGGGAGTAG
Unaligned ( gi|65 ): ATGGGACTAGAGAAAATGACCTTTTAAGATATAATACA
Unaligned ( gi|66 ): ACCGTTAAGGCCCGTGGGTCTCTTGTTTAATTATAT