lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 7777777777777 1111 11111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222 2222 22 11 1
lowQualScore : 6 1111111111111 6 1 22 2 8888 1 3 22222222 3 3 1 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 0 5555 2 1 11 11 1 1 5
lowQualScore : . ............. . . .. . .... . . ........ . . . ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... ... . .... . . .. .. . . .
lowQualScore : 0 0000000000000 0 4 22 2 7777 8 3 99999999 3 3 4 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 777 8 8888 8 4 44 00 0 0 0
consensus : TTCAAACTGTGTGGTA--TATTTAACCCTTTCTCCTAGTGACCTTGACCCNTGGCCAAAT------GACCTTGG-T-TCAGN-G---TN-A--N--G-AC-----A-----T--TT-G------------------ACTT-TG-A-GCA-A---TCT----T--T----GTG---CCA-A-GTA-----TGAA-CT-TC-TAATGTNTT-------TCTATTA------CATA---G--TTA-TGGC------C--CAG-A---N--AAATATTT--C-AAAC----T----TTTTA----T----ACCG--GTG--ACCTTG--N-CT-TG-G-C-A--AAT-GACC-TTGGNTC-----AA----GGTCA----CGAC---AC---ACCATCTGA--TCAT-----AAGCAAC-T-T-T-GTGTCAAG-TATGAATT-TCT-A---AT--C----TT----G-AACGTT--TTGGA---------C-TGGNCAANAATTTNAAG---TTTTAT-TCACCAGTGATC---TTGACCATGGCCAAATGACCTTGGGTCA--AGTTCATAAA
Reference ( gi|2 ) : TTTAAA--ATGTGGCAGTCATTCAACCCTTTCTCCTAGTGATCTTGACCCCTAGCCAAAT------GTCCTTGG-T-TCAGT-G---TA-A--A--G-AC-----A-----T--TT-G------------------ATTT-TG-A-GCA-A---TCA----T--T----GTG---CCA-A-GTA-----TCAA-CT-TC-TGATGTGTT-------TCTATTA------CATA---A--TTA-TGGC------C--CAG-A---G--AAATATTT--C-AAAC----T---ATTTTA----T----ACAG--AAA--ATCTTG--T-CT-TG-G-T-A-TAAT-GACC-TTGGCTC-----AA----GGTCA----CAGT---AA---ATCATCTGA--CCAT-----AAGCAAC-C-T-T-GTGTCAAG-TATATATT-TCT-A---AT--C----TT----G-AATGTT--TTGAA---------T-TGAACAAGAATTTGAAA---CTTTAT-TGACCAGTGATC---ATGGCCATGGCCAAATGACCTAGGGTCA--AGTTTATCAA
gi|1 : TTCAAACTGTGTGGTA--TATTTAATCCTTTCTCCCAGTCACATTGA-CCATAGCCAAATCACACAAACCTTGG-T-CAAAT-GAGTTG-A--AATG-ACACTG-A-----T--TT-GGGATAACACACACTACCTATTT-TT-ATGCA-A---TTT----T--T----GTA---ACATATGTA-----AGAA-AT-TC-CAGTGTCTT-------TCTGTTG-------ATT---G--TTG-AAGCTAAAATC--CAA-G---C--ACAAATTT--CAAAAC----T---TTTCTGT---T----ACCA--GTG--ATCTTGAAT--T-TG-G-C-A-AACT-AGCA-TTGACTCGGGCTAA----AGAGA----CAG----------CCAT-TGA--TCAT-----AAGCAAC-C-TCT-GTGTTATG-GATGAGCT-TCTCACGTAT--CATCATTCAAAGTAATATT--CTGGA---------C-TAAACAAATACTTCAAG---CCT
gi|19 : ggcttaCCCCTTTTACTTGTGCCCTTGA-CCCTGGCCAGAT------GACCTTGcttacccttaagtgcatcttatagc
gi|12 : tttccagcCTTTCATTTGGTGACCTTGACCTTTGCCTAAAC------GTCCTTGG-T-TCATT-G---TT-G--T--G-ACACACTA-----C--CT-A------------------GCTT-TG-A-GCA-A---TCT----T--C----ATGA--TTA-ATATA-----TTAACCT-TC-TACTGTCTT-------ACAATTA------AATA---A--CAA-TGGG------C--CAaattaaggctacaatacacca
gi|13 : taactttatTTTCTCC-AGTGATCTTGA-CCTTGGTCAAAT------GACCATGACT-CCAGG-T---TATA--A--T-AC-----A-----T--T
gi|4 : agtatgagcttctaaagcttttcaagtacaacttagtggcctaggataggtattttctaaccttttttTTCTTGTGACCTTGACCAGTAGT-GAAT------GACCTTG--T-T---------------G--G-A----------------T-G------------------ATTT-AC-A-AAATA---TCA----TCTT----ATGAAACCT-A-GTA-----TAAA-CT-TCTTGATGTATTAAAATTCTCCATTA------CA-A---AGTTTA-TGGC------CTGTAA-A---A--AGATATCTAAC-AACC----T----TTTCACCACT----GCAGCTAAATGACCTTG--------------A-AGAT-GTCC-TTGGTTC------A----GATCT----TGAC---AT---ACCATCTGG--CCATATAAAAAG-AACAT-T-T-GTGT
gi|10 : tatgattcaaaCTAGTAATCTTGA-CCATGGCTAATT------GAACTTGG-T-TCAtgactgttagcctcttatgtttctttcttacagttattgcccaggcaaatgtgtgggacagat
gi|11 : tttgatatagcatggttctaaagtgatggtcctcatctagtcataaataaacttcatgtcaaatacgagtatctaaatttttgggcatggtcaataagaaagggttttattaAGTGACCTTGACCA-TGGCCAAAT------GACCTTGG-T-aggtcatagaatatt
gi|6 : ctttgggtcagggtatacatatatcatccagaacgatggccctggccaaagtttatgttttatttagcTGACCTTGAACTTCAGC-AAAT------GACCT--G-TGTCAAG-G---TC-ATTA--G-AT-----A-----TCCTTAG------------------AATA-TT-A-GTG-G---CCT----T--T----GTG---CTG-A-GT------TAGA-GTATC-CAATGTGTT-------TTTGTTA------TAAA---A--TTA-TGGT------T--CAG-ATATG--AAATTCTT-----------------TTTTA----A----CCCG--GTA--GCCTTGA-T-CT-TGAG-C-A--AAT-TACC-TTCAGTC-----AA----AGTCA-----------AA---ATACTTTAAAGTCAT-----CAGCAGG-T-C-T-GTGTTAAA-TATcaaataggatcatgatacaacatctggcaataacaaagcattc
gi|7 : tttttaaatttacaCTTGACCT-TCGCAACAT------GACCTTGG-G-TCAGG-G---TG-A--T--G-GC-----ACCG--T--CT-G--------------------TT-TG-A-GCT-A---G-A----T--T--------------------------------------TGTGCT-------TCTA--A------CATC------TTA-TGGT------A--CAA-A---C--ACA-AGTT--T-AAAT----TTTTATTTTT----TTTTTACAA--GAG--ACCTTG--AACT-TG-G-TCA-AAAT-GACC-TTAGATT-----AG----GGTCA----TGCC---AG---ACCA-CTTA--CCAT-----AGTCACC-T-T-T-GTGATAA---ATATCTT-TC
gi|3 : CCTTGTCCAAAT------GGCCTTGG-T--CA-T-G---------A--C-AC-----A-----TCATC-A------------------GTTTATA-A-ACA-AACTTTT----T--T----TTG---TCA-A-GAA-----TGAG-CT-TC-TAATGTCTC-------TGCATTA------CGTA---T--TTA-TGGC------c
gi|9 : gaaaacatattggcttcaatttttgtgatcaagtgtgtagttcattttttctaagttgtggccaaaacaattcttttaaccttgttgatgctaacgaccttgaccaaaaaagatcagaaccaataactatcgtctgctcattagcaacatttgtgtcaagaataaacttctatcttttcattaaacagagatgtctgaaaaacaattttaaaaattatgtcaTGGCTAAAT------GACCTTGC-G-TCAG--G---TT-A--C--G-AC-----ACACTAT--CT-G------------------ACCA-TA-A-ACA-A---CCT----T--T----GTG---TCA-A-GGAATGGTTCAT-TTGTA-TAATATCTT-------TCCATAA------CACAGTTA--TTA-TGGC------C--CGG-A---GCAAAATA
gi|14 : gaccctctcatTAGCCAAAT------GATCTTGG-T-T-ATTGG---TA-A--A--G-AC-----A-----C--AT-G-----------------------TG-G-TCC-A---T-A----T--TTCTGGTG---CCA-A-ATA-----TGGG-CT-CC-T--TATGTC-------TCTGTTT------CAAA---G--TTA-AGGC------C--gtggaatagatagatgaaccaatgattcatatttactcccccccccctctccccca
gi|5 : CAAAT------GTCTTTAA-T-TCAGG-G---CA-T--C--GCAC-----A-----T--C---------------------ATCT-GGCA-ACA-A---TGAAGCTT--T----GTA----CA-A-GTT-----TGGG-CT-TC-TAATGTCTT-------CCCATCA------CAGA-------TA-TGGC------C--CAG-A---C--AAAtgg
gi|8 : tatggatcaaactatgatttgacctggactaataggtcagagtcatgaaacatcatctggcaatcagtaataaattgtattctttcttcattatacagttatgacctgggcaaaaattcctactcctctacttcatA-A--G--G-GC-----A-----C--TT-A------------------TTTC-TA-ATACA-A---TCT----T--T----GTA---TCA-A-ACA-----TAAA-CT-TC-TGA--AGTC-------TCTATTATACATGTATA---G--CTA-TGAC------C--TGT-A---C--AAAAATTT--C-AAACT---T---ATTTTG---------ACTG--GTG--ACCCTG--G-CT----------------ACCTTTGTTTC-----AA----GGTCA----CAAT---AC---AGCACCTGA--TCAT-----ATGCA-------T-A-GTCAAG-TATG-ATTGTCT-A---ATACC----TT----T-AACATT--aaaaaaatgggacag
gi|3 : a-A--A--A-AC-----A-----TA-TT-G------------------GCTT-------CA-A---TTT----T--T----GTGA--TCA-A-GTG-----TGTA-GT-TC---ATTT-TT-------TCTA------------A---G--TTG-TGGC------C----------A--AAACAATT--C--------------TTTTA--------------------ACCTTG--T----TG-A-T-GCTAAC-GACC-TTGAC-C-----AAAAAAGATCAGAACCAAT---AACT-ATCGTCTGC--TCAT-----TAGCAACAT-T-T-GTGTCAAG-AATAAACT-TCT-----AT--C----TT----------TTCATTAAACAGAGATGTC-TGAAAAACAATTTTAAA---AATTATGTCACC--TTGTCCAAATGGCCTTGGTC--ATGACACA---TCATCAGTTTATAAA
gi|24 : g-----T--TT-G------------------ACCC-TG-A-GCA-AAGGTCA----T--T----ATG---CCA-A-Gcaaacttttttttgtcaagaatgagcttctaatgtctctgcattacgtatttatggc
gi|13 : gtgac-A-GTA-----TGAG-CT-TC-TAAAGCTTT-------TCAAGTA------CA-A---C--TTAGTGGC------C--TAGGA---T--AGGTATTTT-C-TAACCTTTT---TTTTTC----T----CCAG--TGA---TCTTGA-C-CT-TG-G-T-C-AAAT-GACC-ATGACTC-----CA----GGTTA----TAAT---AC---ATatacacca
gi|10 : TTTTA----TT---ACTA--GTA--ATCTTG--A-CCATG-G-C---TAATTGAAC-TTGGTTC-----AA----GGTCA----TAGt
gi|18 : tttgatatagcatggttctaaagtgatggtcctcatctagtcataaataaacttcatgtcaaatacgagtatctaaatttttgggcatggtcaataagaaaggg--T-CT-TG-GCT-A--AAT-GACC-TT---TT-----A------GTAA----CAGCCAAAACACACCATGTAG--CCAC-----AAGCAAC-TAT-T-GTGaatatt
gi|24 : tgaccttca-CT-TG-G-C-A-TAAT-GACC-TTTGCTC-----AG----GGTCA----AAAT---AC---ACCA
gi|9 : gtgacT-TG-GCT-A--AAT-GACC-TTGCGTC-----A-----GGTTA----CGAC---AC---ACTATCTGA--CCAT-----AAACAAC-CTT-T-GTGTCAAG-
gi|16 : gaccctctcaAAT-GACC-TTAGGTC-----AG----GATCA----CAAC---GC---ACCAGCAGT--TTGT-----AGGAAAC-CTT-T-GTGgaatggttcatttgtataatatctttccataacacagttattatggcccggagcaaaatagtggaatagatagatgaaccaatgattcatatttactcccccccccctctccccca
gi|10 : aactgaccttggcaatccctaTCATCTAG--TCAT-----AAATAAA-C-T-TCATGTCAAA-TACGAGTA-TCT-A---A-----------------AT-TT--TTGGG---------CATGGTCAATAA---GAAAGGGTTTTAT-T-ACTAGTAATC---TTGACCATGGCTAATTGAACTTGGTTCA--AGGTCAT
gi|11 : tttgatatagcatggttctaaagtgatggtccC-T-T-T-GGGTCAGGGTATACATA-TAT-C---AT--C----CA----G-AACGAT--G-GCC---------C-TGGCCAA-AGTTT-ATG---TTTTAT-TTAGCAGTGACC---TTGACCATGGCCAAATGACCT-TGGTCA--AATagaatatt
gi|13 : CCAGTGATC---TTGACCTTGGTCAAATGACCaggatcatgatacaacatctggcaataacaaagcattc
gi|21 : agtatgagcttctaaagcttttcaagtacaacttagtggcctaggataggtattttctaacctttttttttctCCAGTGACC---TTGAC-ATTTCCAAATGACCATGGGCTA--AGATCATatgactccaggttataatacatt
gi|9 : tttttccTGGCTAAATGACCTTGCGTCA--GGTTaacaca
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): TTTTTAACATTTCCTCCAAGTGGCTTTGAACTCCAGCAATTTATCTTGTGTCAAGGTCATGAAATACCCTCATAATATT
Unaligned ( gi|17 ): TCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCAAATGTGGCATTTTCAATTTCCATTCCATCCAATGATTTAGCTGTTGAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTCTTTTTCACTAGTAAATTTGATTTTGGTCAAATGACTGTCATTTAGGATTATAAACATT
Unaligned ( gi|22 ): TTCTTATATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAACAAAAAGAAACTTAGTATG
Unaligned ( gi|23 ): TACAAAGTTGTTTTCTTTGCAGTGACCCTGACCTTTCTAAATGACCTTGG
Alignments
lowQualScore : 11 11 11 222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111 111111111111 444444444444444444444444444444444444444 44444444444444444 111111 5555555555555555555555555555555555555555 111111 1
lowQualScore : 88 88 33 999999 5 777 888888888888 2 888888 3 2 222 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 88888888 444 11111 5 0 4444 8888888 2 1 8888888 1 33 0 777777777777 2 2 666666 33 2 88888 33 8888 111111111111111111111111111111111111111 2 00000000000000000 2 2 666 2 2 99999 55 2 555 77777 2 666666 2 44 1 1 4444444444444444444444444444444444444444 1 99 8 1 999999 77 5 5 0 5 0 1 2 77 3 6 5
lowQualScore : .. .. .. ...... . ... ............ . ...... . . ... ................................................................................. ........ ... ..... . . .... ....... . . ....... . .. . ............ . . ...... .. . ..... .. .... ....................................... . ................. . . ... . . ..... .. . ... ..... . ...... . .. . . ........................................ . .. . . ...... .. . . . . . . . .. . . .
lowQualScore : 00 33 88 000000 0 000 666666666666 9 222222 0 9 555 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 55555555 777 33333 0 8 2222 1111111 5 0 1111111 4 44 8 555555555555 4 4 888888 77 7 99999 99 6666 777777777777777777777777777777777777777 4 11111111111111111 4 4 333 2 2 77777 88 2 777 11111 9 888888 9 88 1 1 3333333333333333333333333333333333333333 0 88 6 0 666666 99 7 3 1 7 9 7 5 77 5 7 8
consensus : TTCAAACTGTGTGGCA--TATTTAAC--CCTTTC--TNC-CAGTG-ACCT---TGACCCT-----TGGCCAA-AT------GACCT-TGGTTCA---GG----G--TN----AC--GA-----C-----A----T--CT-G------------------GCTT-T-------GA-GCAA---T----CTTT---GTG-CCA-A-GTATGAA-C--TTC-------T-AATGTCTT-------TCCAT--TACA------NAG---TT-A-TGGC------CC--A-GA--C--A--AAT-A-TTT--CAAA-C-----T-T-TT-T-NT--A--CCG-------GTGACCTT-G-N-C--T-T-G-G-C--A-AA-TGACCTTGGNT-C-AA----GGTCA-CGACACA-CCATCTGG--CCAT-----AA-GCAA----C-T-TTGTGTCAAG-TATGAGCTTCT-A---AT--C------TTNAAC---G-----TTTTGGAC-TGAACAANAATTTNAA---G--TTTTA--T-TCACCAGTG-ACCTTGACCATGGCCAAATGACCTTGGGTCAAGNTCATAAA
Reference ( family-1263 ) : TTCAAACTGTGTGGTA--TATTTAAC--CCTTTC--TCC-TAGTG-ACCT---TGACCCN-----TGGCCAA-AT------GACCT-TGGTTCA---GN----G--TN----AN--GA-----C-----A----T--TT-G------------------ACTT-T-------GA-GCAA---T----CTTT---GTG-CCA-A-GTATGAA-C--TTC-------T-AATGTNTT-------TCTAT--TACA------TAG---TT-A-TGGC------CC--A-GA--N--A--AAT-A-TTT--CAAA-C-----T-T-TT-T-AT--A--CCG-------GTGACCTT-G-N-C--T-T-G-G-C--A-AA-TGACCTTGGNT-C-AA----GGTCA-CGACACA-CCATCTGA--TCAT-----AA-GCAA----C-T-TTGTGTCAAG-TATGAATTTCT-A---AT--C------TTGAAC---G-----TTTTGGAC-TGGNCAANAATTTNAA---G--TTTTA--T-TCACCAGTG-ATCTTGACCATGGCCAAATGACCTTGGGTCAAGTTCATAAA
gi|1 : TTCAAACTGTGTGGTA--TATTTAAT--CCTTTC--TCC-CAGTC-ACAT---TGACC-A-----TAGCCAA-ATCACACAAACCT-TGGT-CAAATGA----G--TTGAA-AT--GA-----C-----ACTGAT--TT-GGGATAACACACACTACCTATTT-T-------TATGCAA---T----TTTT---GTA-ACATATGTAAGAA-A--TTC-------C-AGTGTCTT-------TCTGT--TG-A------TTG---TT-G-AAGCTAAAATCC--A-AG--C--A--CAA-A-TTT--CAAAAC-----T-T-TTCT-GTT-A--CCA-------GTGATCTT-G-AAT--T-T-G-G-C--A-AACTAGCATTGACT-C-GG----GCTAA-AGAGACAGCCAT-TGA--TCAT-----AA-GCAAC---C-T-CTGTGTTATG-GATGAGCTTCTCACGTAT--CATCA--TTCAAA---GTAATATTCTGGAC-TAAACAAATACTTCAA---GCCTCTTA--C-CCTTAAGTGCATCTT
gi|10 : ggcttaTGGTT-CTAA----AGTGA-TGGTCC--TCATCTAG--TCAT-----AA-ATAAA---C-T-TCATGTCAAA-TACGAGTATCT-A---A--------------AT---------TTTTGGGCATGGTCAATAA---GAAAGGG--TTTTA--T-T-ACTAGTA-ATCTTGACCATGGCTAATTGAACTTGGTTCAAGGTCATAGAatagc
gi|11 : tttgatatagca----C-T-TTGGGTCAGGGTATACATATAT-C---AT--C------CAGAAC---G-----AT--GGCCCTGGCCAA--AGTTTAT---G--TTTTA--T-TTAGCAGTG-ACCTTGACCATGGCCAAATGACCTT-GGTCAAATatatt
gi|11 : -A-TGGC------CC--T-GG--C--C--AAA-G-TTT-----A-T-----G-T-TT-T-ATTTA--GCA-------GTGACCTT-G-A-C--CAT-G-G-CC-A-AA-TGACCTTGG-T-C-AAATAGGATCA-TGATACA-ACATCTGG--CAAT-----AA--CAA----aggatcatgatacaacatctggcaataacaaagcattc
gi|12 : ctttgggtcagggtatacatatatcatccagaacgCTTTC--ATT-TGGTG-ACCT---TGACCTT-----TGCCTAA-AC------GTCCT-TGGTTCA---TT----G--TT----GT--GA-----CACACTA----C--CT-A------------------GCTT-T-------GA-GCAA---T----CTTC---ATGATTA-ATATATTAACC--TTC-------T-ACTGTCTT-------ACAAT--TAAA------TAA---CA-A-TGGG------CC--A-agcattc
gi|13 : taactttat-A-GTATGAG-C--TTC-------T-AAAGCTTT-------TCAAG--TACA-------AC---TT-AGTGGC------CT--AGGA--T--A--GGT-ATTTT--CTAA-CCTTTTT-T-TT-T-CT-----CCA-------GTGATCTT-GAC-C--T-T-G-GTC--A-AA-TGACCATGACT-C-CA----GGTTA-TAATACA-
gi|14 : -----TAGCCAA-AT------GATCT-TGGTTAT---TG----G--TA----AA--GA-----C-----A----C--AT-G-----------------------T-------GG-TCCA---T----ATTTCTGGTG-CCA-A-ATATGGG-C--TCC-------T-TATGTC---------TCTGT--TTCA------AAG---TT-A-AGGC------Ctt
gi|15 : -TTT--TTAA-C-----A-T-TT-C-CT--C--CAA-------GTGGCTTT-G-AAC--T-CCA-G-C--A-AT-TTATCTTGTGT-C-AA----GGTCA-TGAAATA-CCCTCtgg
gi|16 : TGACCTT-G-G-CAAT-C-C-C-T--A-AA-TGACCTTAGGT-C-AG----GATCA-CAACGCA-CCAGCAGT--TTGT-----AG-GAAAC---C-T-TTGTGataatatt
gi|18 : aacTGACCTTCA-T-C--T-T-G-G-CT-A-AA-TGACCTTTTAG-T-AAC---AGCCA-AAACACA-CCATGTAG--CCAC-----AA-GCAA----C-TATTGTG
gi|19 : -TTC--CAGC-C-----C-C-CT-T-TT--A--CTT-------GTGCCCTT-G-A-C--CCT-G-G-CC-A-GA-TGACCTTGAAT-T-AA----GGCTA-CAATACA-CCA
gi|2 : tTTTAAA--ATGTGGCAGTCATTCAAC--CCTTTC--TCC-TAGTG-ATCT---TGACCCC-----TAGCCAA-AT------GTCCT-TGGTTCA---GT----G--TA----AA--GA-----C-----A----T--TT-G------------------ATTT-T-------GA-GCAA---T----CATT---GTG-CCA-A-GTATCAA-C--TTC-------T-GATGTGTT-------TCTAT--TACA------TAA---TT-A-TGGC------CC--A-GA--G--A--AAT-A-TTT--CAAA-C-----TAT-TT-T-AT--A--CAG-------AAAATCTT-G-T-C--T-T-G-G-T--ATAA-TGACCTTGGCT-C-AA----GGTCA-CAGTAAA-TCATCTGA--CCAT-----AA-GCAA----C-C-TTGTGTCAAG-TATATATTTCT-A---AT--C------TTGAAT---G-----TTTTGAAT-TGAACAAGAATTTGAA---A--CTTTA--T-TGACCAGTG-ATCATGGCCATGGCCAAATGACCTAGGGTCAAGTTTATCAA
gi|21 : TTT---T-TCCCCAGTG-ACCTTGAC-ATTTCCAAATGACCATGGGCTAAGATCATAA
gi|23 : TTTC--TTTGCAGTG-ACCC---TGACCTT-----T--CTAA-AT------GACCT-TGGcaca
gi|24 : tacaaagttgt-------GTGACCTT-G-G-C--A-T----------AA-TGACCTTTGCT-C-AG----GGTCA-AAATACA-CCA
gi|3 : ----AA--AA-----C-----A----TA-TT-G------------------GCTT-------------CAA---T----TTTT---GTGATCA-A-GTGTGTA-G--TTC----------AT-TTTT-------TCTA--------------AG---TT-G-TGGC------CA--A-AA--C--A--ATT-C-TTT--TAAC-C-----T-T-GT-TGAT--G--CTA-------ACGACCTT-G-A-C----------C--A-AA-AAA-----GAT-C-AG----AACCAATAAC-TA-TCGTCTGC--TCAT-----TA-GCAA----CAT-TTGTGTCAAG-AATAAACTTCT-----AT--CTTTTCATTAAACAGAG-----ATGT---C-TGAAAAACAATTTTAA---A--AATTA--TGTCAC--------CTTG----T--CCAAATGGCCTT-GGTCA
gi|3 : gTTTAAC--CTTGTTGATGC-TAACG-ACCT---TGACCAA----------AA-AA------GA--------TCA---GA----A--CC----AA--TAACTATC-----G----T--CT-G-------------------CTCAT-------TA-GCAA---C----ATTT---GTG-TCA-A-GAATAAA-C--TTC-------T-A---TCTT-------TTCAT--TAAA------CAG---AG-A-TGTC------T-----GA--A--A--AACAA-TTT--TAAA-A---------AT-T-AT---------------GTCACCTT-G-T-C----------C--A-AA-TGGCCTT-------------GGTCA-TGACACA-TCATCAGT--TTAT-----AA-ACAAACTTT-T-TTTTGTCAAG-AATGAGCTTCT-A---AT--tgacacatcatcagtttataaacaaacttttttttgtcaagaatgagcttctaatgtctctgcattacgtatttatggc
gi|3 : gaaaacatattggcttcaatttttgtgatcaagtgtgtagttcattttttctaagttgtggccaaaacaattctCCT-----TGTCCAA-AT------GGCCT-TGGT-CA------------TG----AC---A-----C-----A----TCATC-A------------------GTTTAT-------AA-ACAAACTT----TTTT---TTG-TCA-A-GAATGAG-C--TTC-------T-AATGTCTC-------TGCAT--TACG------TAT---TT-A-TGGC------gtctctgcattacgtatttatggc
gi|4 : gaaaacatattggcttcaatttttgtgatcaagtgtgtagttcattttttctaagttgtggccaaaacaattcttttaaccttgttgatgctaacgaccttgaccaaaaaagatcagaaccaataactatcgtctgctcattagcaacatttgtgtcaagaataaacttctatcttttcattaaacagagatgtctgaaaaacaattttaaaaattatgtca--TTC-TTGTG-ACCT---TGACCAG-----TAGT-GA-AT------GACCT-TG-TTGG---AT----GATTT----AC--AA-----A-----A----T--AT-C------------------ATCT-T-------AT-GAAA---C----CT-------------A-GTATAAA-C--TTC-------TTGATGTATTAAAATTCTCCAT--TACA------AAG---TTTA-TGGC------CTGTA-AA--A--A--GAT-A-TCTAACAAC-C-----T-T-TT-C-ACC-A--CTGCAGCTAAATGACCTT-G-A---------------A-GA-TGTCCTTGGTT-C-A-----GATCT-TGACATA-CCATCTGG--CCATATAAAAA-G-AA----CAT-TTGTGTTGAC-TGTTAGCCTCT-T---AT--G------TT
gi|4 : tatgattcaaaA--TATCTAACAACCTTTT--CAC-CACTGCAGCTAAATGACC-T-----TGA--AG-AT------GTCCT-TGGTTCA---GATCTTG--AC----AT--AC-----C-----A----T--CT-G------------------GCCA-TATAAAAAGA-ACA----------TTT---GTG-TTG-A-CTGTTAG-C--CTC-------T-TATGTTTC-------TTTCT--TACA--------G---TT-A-TTGC------CC--A-GG--C--A--AAT-G-Ttctttcttacagttattgcccaggcaaatgtgtgggacagat
gi|5 : tatgattcaaattcttgtgaccttgaccagtagtgaatgaccttgttggatgatttacaaaatatcatcttatgaaacctagtataaacttcttgatgtattaaaattctccattacaaagtttatggcctgtaaaaagT---TGACC-------TGGACTA-AT------A------GGT-CA---GA----G--TC----AT--GA-----A-----A----C--AT-C------------------A-TC-T-------G--GCAA---T----C--------------A-GTAATAA-A--TTG-------T-ATTCTTTC-------TTCAT--TATA------CAG---TT-A-TGAC------CT--G-GG--C--A--AAA-A-TTC--C--------------------T--A--CT------------CCTC-T-A-C--T-T-C-ATC--A-AA-TGTCTTTAATT-C-AG----GG-CA-TCGCACA-TCATCTGG--CAAC-----AATGAAG----C-T-TTGTA-CAAG-TTTGGGCTTCT-A---AT--gtgggacagat
gi|5 : tatggatcaaactatgatCAA-AT------GTCTT-TAATTCA---GG----G--CATCGCAC--AT-----C-----A----T--CT-G------------------GC------------A-ACAA---TGAAGCTTT---GTA-C-A-A-GTTTGGG-C--TTC-------T-AATGTCTT-------CCCAT--CACA------GA-----T-A-TGGC------CC--A-GA--C--A--AAgtcttcccatcacagatatggcccagacaaaaaaaaaatgggacag
gi|6 : tatggatcaaactatgatttgacctggactaataggtcagagtcatgaaacatcatctggcaatcagtaataaattgtattctttcttcattatacagttatgacctgggcaaaaattcctactcctctacttcat--TTTTAAAT-TTAC--ATG-ACCTTGAACTTCAGCAAATGACC-TGTGTCAAGGTCATaaaaaaatgggacag
gi|6 : tTG-ACCT---TGAACTT-----CAGC-AA-AT------GACCTGTG--TCA---AG----G--TC----ATTAGA-----T-----A----TCCTTAG------------------AATA-T-------TA-GTGG---C----CTTT---GTG-CTG-A-GTTAGAG-T--ATC-------C-AATGTGTT-------TTTGT--TATA------AAA---TT-A-TGGT------TC--A-GA--T--ATGAA--A-TT--------C-----T-T-TT-T--T--AACCCG-------GTAGCCTT-GAT-C--T-T-GAG-C--A-AA-TTACCTTCAGT-C-AA----AGTCA-AAATAC-----TTTAAAGTCAT-----CA-GCAG----G-T-CTGTGTTAAA-TATtagatatccttagaatattagtggcctttgtgctgagttagagtatccaatgtgtttttgttataaaattatggttcagatatgaaattcttttttaacccggtagccttgatcttgagcaaattaccttcagtcaaagtcaaaatactttaaagtcatcagcaggtctgtgttaaatat
gi|7 : tttttaaatttacaCT---TGACCTT-----CG--CAACAT------GACCT-TGGGTCA---GG----G--TG----AT--GG-----C-----ACCG-T--CT-G--------------------TT-T-------GA-GCTA---G----ATTT---GTG-C----------------TTC-------T-AACATCTT----------ATGGTACA------AA------------C------AC--A-AG--TTTA--AAT---TTT--TATT-T-----T-T-TT-T-TT--A--CAA-------GAGACCTT-G-AAC--T-T-G-G-TCAA-AA-TGACCTTAGAT-T-AG----GGTCA-TGCCAGA-CCA-CTTA--CCAT-----AG-TCAC----C-T-TTGTGATAAA-TAT
gi|8 : CAA---T----CTTT---GTA-TCA-A-ACATAAA-C--TTC-------T-GAAGTCT---------CTAT--TATACATGTATAG---CT-A-TGAC------CT--G-TA--C--A--AAA-A-TTT--CAAA-C-----T-TATT-T-TG--A--CTG-------GTGACCCT-G-G-C--T-----------------ACCTTTGTTTC-AA----GGTCA-CAATACA-GCACCTGA--TCAT-----AT-GCA----------TA-GTCAAG-TATGATTGTCT-A---ATACC------TTTAAC---A-----TTctttcc
gi|9 : aaagggcacttatttctaataGACCCT-C-T-CA-T-T-G-G-CT-A-AA-TGACCTTGCGT-C-A-----GGTTA-CGACACA-CTATCTGA--CCAT-----AA-ACAAC---C-T-TTGTGTCAAG----GAAT
gi|9 : GACCCTCTCATTGGCTAA-AT------GACCT-TGCGTCA---G-----G--TT----AC--GA-----CACACTA----T--CT-G------------------ACCA-T-------AA-ACAA---C----CTTT---GTG-TCA-A-G---GAA-TGGTTCATTTGTAT-AATATCTT-------TCCAT--AACA------CAGTTATT-A-TGGC------CC--G-GAGCA--A--AAT-A-ggttcatttgtataatatctttccataacacagttattatggcccggagcaaaatagtggaatagatagatgaaccaatgattcatatttactcccccccccctctccccca
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCAAATGTGGCATTTTCAATTTCCATTCCATCCAATGATTTAGCTGTTGAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTCTTTTTCACTAGTAAATTTGATTTTGGTCAAATGACTGTCATTTAGGATTATAAACATT
Unaligned ( gi|22 ): TTCTTATATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAACAAAAAGAAACTTAGTATG
Alignments
lowQualScore : 11 11 111111111 3333333333333333333333333333333 11111111111 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111111 11111 111111111 1111 111111111 1111111111 33333333333333333 111111 666666666666666666666666666666666 1 111111 11111111 1111
lowQualScore : 88 88 99 66 333333333 4 666 8888888888888888888888888888888 2 33333333333 2 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5555555555 444 11111 5 0 4444 8888888 2 33 8888888 3 33 444444444 6666 2 2 33 2 5555 1111 333 555555555 3 9999999999 2 444 2 44444444444444444 2 2 2 666 2 99999 77 0 22 44 0 77777 3 444444 3 3 5 444444444444444444444444444444444 0 333 0 1 8 1 999999 77777777 5 1 2 77 3 6 7777 1 0
lowQualScore : .. .. .. .. ......... . ... ............................... . ........... . . .............................................................. .......... ... ..... . . .... ....... . .. ....... . .. ......... .... . . .. . .... .... ... ......... . .......... . ... . ................. . . . ... . ..... .. . .. .. . ..... . ...... . . . ................................. . ... . . . . ...... ........ . . . .. . . .... . .
lowQualScore : 00 33 22 99 222222222 4 444 8888888888888888888888888888888 7 99999999999 7 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222 777 33333 0 8 2222 1111111 5 44 1111111 8 44 888888888 8888 4 4 77 7 6666 6666 666 111111111 3 4444444444 7 777 7 11111111111111111 7 7 7 999 5 00000 88 1 88 22 7 77777 1 999999 3 3 0 666666666666666666666666666666666 8 555 0 0 6 0 666666 66666666 7 7 5 77 5 7 0000 0 8
consensus : TTCAAACTGTGTGGCA--TATTTAAC--CCTTTC--TNC-CA----GTG-ACCT---TGACC-------------------CT-----TGGCCAA-ATGA----------CCT-TGGTTCAGG--G----TN----AC--G---A-----C-----A-----T-C--TGGCTT-T-------GAGCAA---T------CTTT---GTG-CCA-A-GTATGAA-C--TTC-------T-AATG--TCTT-------TCCAT--TA------CANAG---TT-A-TGGCCC--A-GA-C--AAAT-A-TTTCA-AA-C-----T-T-TTTT--TA--CCGGTG-ACCT---T-G-N-C--T-T-G-G-C--A-AA-TGACC-TTGGNTC-AG----GGTCA-CGACACA-CCATCT--GGCCAT-----AA-GCAA----C-T-T-TGTGTCAAGTATGAGCTTCT-A---AT--C----TTT------AAC---G-----TTTTGGAC-TGAACAANAATTTNAA---G--TTTTA--TTCACCAGTG-ACCTTGACCATGGCCAAATGACCTTGGGTCAA----GGTCATAAA
Reference ( family-1263 ) : TTCAAACTGTGTGGCA--TATTTAAC--CCTTTC--TNC-CA----GTG-ACCT---TGACC-------------------CT-----TGGCCAA-ATGA----------CCT-TGGTTCAGG--G----TN----AC--G---A-----C-----A-----T-C--TGGCTT-T-------GAGCAA---T------CTTT---GTG-CCA-A-GTATGAA-C--TTC-------T-AATG--TCTT-------TCCAT--TA------CANAG---TT-A-TGGCCC--A-GA-C--AAAT-A-TTTCA-AA-C-----T-T-TTTN--TA--CCGGTG-ACCT---T-G-N-C--T-T-G-G-C--A-AA-TGACC-TTGGNTC-AA----GGTCA-CGACACA-CCATCT--GGCCAT-----AA-GCAA----C-T-T-TGTGTCAAGTATGAGCTTCT-A---AT--C----TTN------AAC---G-----TTTTGGAC-TGAACAANAATTTNAA---G--TTTTA--TTCACCAGTG-ACCTTGACCATGGCCAAATGACCTTGGGTCAA----GNTCATAAA
gi|1 : TTCAAACTGTGTGGTA--TATTTAAT--CCTTTC--TCC-CA----GTC-ACAT---TGACCATAGCCAAATCACACAAACCT-----TGGTCAA-ATGAGTTGAAATGACAC-TGATTTGGG--A----TA----AC--ACACA-----CT----A-----C-C--TATTTT-T-------ATGCAA---T------TTTT---GTA-ACATATGTAAGAA-A--TTC-------C-AGTG--TCTT-------TCTGT--TGATTGT-TGAAG---CT-A-AAATCC--A-AG-C--ACAA-A-TTTCA-AAAC-----T-T-TTCTGTTA--CCAGTG-ATCT---T-G-AAT--T-T-G-G-C--A-AACTAGCA-TTGACTC-GG----GCTAA-AGAGACAGCCAT-T--GATCAT-----AA-GCAA----C-C-TCTGTGTTATGGATGAGCTTCTCACGTAT--CATCATTC------AAA---GTAATATTCTGGAC-TAAACAAATACTTCAA---GCCTCTTA--CCCTTAAGTGCATCTT
gi|10 : ggcttaTGGTTCTAA----AGTGA-TGGTCC--TCATCT--AGTCAT-----AA-ATAAA---C-T-T-CATGTCAAATACGAGTATCT-A---A------------------AT---------TTTTGGGCATGGTCAATAA---GAAAGGG--TTTTA--TT-ACTAGTA-ATCTTGACCATGGCTAATTGAACTTGGTTCAA----GGTCATAGAatagc
gi|11 : tttgatatagca-A-TGGCCC--T-GG-C--CAA--A-GTTTA-TG-T-----T-T-TATT--TA--GCAGTG-ACCT---T-G-A-C--CAT-G-G-CC-A-AA-TGACC-TTGG-TC-AAATAGGATCA-TGATACA-ACATCT--GGCAAT-----AA--CAA----atatt
gi|11 : ctttgggtcagggtatacatatatcatccagaacgAAGTTTAT---G--TTTTA--TTTAGCAGTG-ACCTTGACCATGGCCAAATGACCTT-GGTCAAATAGGATCATGAagcattc
gi|12 : ctttgggtcagggtatacatatatcatccagaacgatggccctggccaTAAC--TTTATC--TTT-CATTTGGTG-ACCT---TGACC-------------------TT-----TGCCTAA-ACGT----------CCT-TGGTTCATT--G----TT----GT--G---A-----CACACTA-----C-C--TAGCTT-T-------GAGCAA---T------CTTC---ATGATTA-ATATATTAACC--TTC-------T-ACTG--TCTT-------ACAAT--TA------AATAA---CA-A-TGGGCC--A-tacaacatctggcaataacaaagcattc
gi|13 : -A-GTATGAG-C--TTC-------T-AAAG--CTTT-------TCAAG--TA------CA-AC---TT-AGTGGCCT--AGGA-T--AGGT-ATTTTCT-AA-CCTTTTT-T-TTTC--T---CCAGTG-ATCT---T-GAC-C--T-T-G-GTC--A-AA-TGACC-ATGACTC-CA----GGTTA-TAATACA-
gi|14 : -----TAGCCAA-ATGA----------TCT-TGGTTATTG--G----TA----AA--G---A-----C-----A-----C-A--TG-----T-------GGTCCA---T------ATTTCTGGTG-CCA-A-ATATGGG-C--TCC-------T-TATG--TC---------TCTGT--TT------CAAAG---TT-A-AGGCCtt
gi|15 : -TTTTT-AA-C-----A-T-TTCC--TC--CAAGTG-GCTT---T-G-AAC--T-CCA-G-C--A-AT-TTATC-TTGTGTC-AA----GGTCA-TGAAATA-CCCTCtgg
gi|16 : TG-ACCT---T-G-G-CAAT-C-C-C-T--A-AA-TGACC-TTAGGTC-AG----GATCA-CAACGCA-CCAGCA--GTTTGT-----AG-GAAAC---C-T-T-TGTGataatatt
gi|18 : aacTG-ACCT---TCA-T-C--T-T-G-G-CT-A-AA-TGACC-TTTTAGT-AAC---AGCCA-AAACACA-CCATGT--AGCCAC-----AA-GCAA----C-TAT-TGTG
gi|19 : C--CCCTTT--TAC-TT----GTG-CCCT---TGACC-------------------CT------GGCCAG-ATGA----------CCT-TGAATTAAG--G----CT----AC--A---A-----T-----A-----
gi|2 : tttccagcTTTAAA--ATGTGGCAGTCATTCAAC--CCTTTC--TCC-TA----GTG-ATCT---TGACC-------------------CC-----TAGCCAA-ATGT----------CCT-TGGTTCAGT--G----TA----AA--G---A-----C-----A-----T-T--TGATTT-T-------GAGCAA---T------CATT---GTG-CCA-A-GTATCAA-C--TTC-------T-GATG--TGTT-------TCTAT--TA------CATAA---TT-A-TGGCCC--A-GA-G--AAAT-A-TTTCA-AA-C-----TAT-TTTA--TA--CAGAAA-ATCT---T-G-T-C--T-T-G-G-T--ATAA-TGACC-TTGGCTC-AA----GGTCA-CAGTAAA-TCATCT--GACCAT-----AA-GCAA----C-C-T-TGTGTCAAGTATATATTTCT-A---AT--C----TTG------AAT---G-----TTTTGAAT-TGAACAAGAATTTGAA---A--CTTTA--TTGACCAGTG-ATCATGGCCATGGCCAAATGACCTAGGGTCAA----GTTTATCAAcacca
gi|21 : TTT---TTCCCCAGTG-ACCTTGAC-ATTTCCAAATGACCATGGGCTAA----GATCATAA
gi|23 : TTTC--TTTGCA----GTG-ACCC---TGACC-------------------TT-----T--CTAA-ATGA----------CCT-TGGcaca
gi|24 : tacaaagttgtGTG-ACCT---T-G-G-C--A-T----------AA-TGACC-TTTGCTC-AG----GGTCA-AAATACA-CCA
gi|3 : ---A-----C-----A-----TAT--TGGCTT------------CAA---T------TTTT---GTGATCA-A-GTGTGTA-G--TTC----------AT---TTTT-------TCTA--------------AG---TT-G-TGGCCA--A-AA-C--AATT-C-TTTTA-AC-C-----T-T-GTTGA-TG--CTAACG-ACCT---T-G-A-C----------C--A-AA-AAA------GATC-AG----AACCAATAAC-TA-TCGTCT--GCTCAT-----TA-GCAA----CAT-T-TGTGTCAAGAATAAACTTCT-A----T--C----TTTTCATTAAACAGAG-----ATGT---C-TGAAAAACAATTTTAA---A--AATTA--T------GTC-ACCTTG----T--CCAAATGGCCTT-GGTCA
gi|3 : gaaaTTTAAC--CTTGTTGATGC-TA----ACG-ACCT---TGACC-------------------------------AA-AAAA----------------GATCAGA--ACCAATA----AC--T---AT----C-----G-----T-C--TG-CTCAT-------TAGCAA---C------ATTT---GTG-TCA-A-GAATAAA-C--TTC-------T-A-----TCTT-------TTCAT--TA------AACAG---AG-A-TGTCT-----GA-A--AAACAA-TTTTA-AA-A-----A-T-TAT----------GTC-ACCT---T-G-T-C----------C--A-AA-TGGCC-TT------------GGTCA-TGACACA-TCATCA--GTTTAT-----AA-ACAAACTTT-T-T-TTTGTCAAGAATGAGCTTCT-A---AT--tgacacatcatcagtttataaacaaacttttttttgtcaagaatgagcttctaatgtctctgcattacgtatttatggc
gi|3 : gaaaacatattggcttcaatttttgtgatcaagtgtgtagttcattttttctaagttgtggccaaaacaattctC-------------------CT-----TGTCCAA-ATGG----------CCT-TGGT-CA---------TG----AC------A-----C-----A-----T-CATCAGTTTAT-------AAACAAACTT------TTTT---TTG-TCA-A-GAATGAG-C--TTC-------T-AATG--TCTC-------TGCAT--TA------CGTAT---TT-A-TGGCgtctctgcattacgtatttatggc
gi|4 : gaaaacatattggcttcaatttttgtgatcaagtgtgtagttcattttttctaagttgtggccaaaacaattcttttaaccttgttgatgctaacgaccttgaccaaaaaagatcagaaccaataactatcgtctgctcattagcaacatttgtgtcaagaataaacttctatcttttcattaaacagagatgtctgaaaaacaattttaaaaattatgtcaTTC--TT--------GTG-ACCT---TGACC-------------------AG-----TAGT-GA-ATGA----------CCT-TGTTGGATG--A----TTT---AC--A---AAATATC-----A-----T-C--T---TA-T-------GA--AA---C------CT-------------A-GTATAAA-C--TTC-------TTGATG--TATTAAAATTCTCCAT--TA------CAAAG---TTTA-TGGCCTGTA-AA-A--AGAT-A-TCTAACAA-C-----C-T-TTTC---A--CCACTGCAGCTAAAT-G-A-C--C-T-T-G-A--A-GA-TGTCC-TTGGTTC-A-----GATCT-TGACATA-CCATCT--GGCCATATAAAAA-G-AA----CAT-T-TGTGTTGACTGTTAGCCTCT-T---AT--G----TT
gi|4 : tatgattcaaaA--TATCTAACAACCTTTT--CAC-CA----CTGCAGCTAAATGACC--------------------T-----TGA--AG-ATGT----------CCT-TGGTTCAGATCT----TG----AC--AT--AC----C-----A-----T-C--TGGCCA-TATAAAAAGAACA------------TTT---GTG-TTG-A-CTGTTAG-C--CTC-------T-TATGTTTCTT-------TC--T--TA------C--AG---TT-A-TTGCCC--A-GG-C--AAAT-G-Ttctttcttacagttattgcccaggcaaatgtgtgggacagat
gi|5 : tatgattcaaattcttgtgaccttgaccagtagtgaatgaccttgttggatgatttacaaaatatcatcttatgaaacctagtataaacttcttgatgtattaaaattctccattacaaagtttatggcctgtaaaaagT---TGACC--------------------------TGGACTA-ATA----------------GGT-CAGA--G----TC----AT--G---AAACATC-----A-----T-C--TGGC---------------AA---T------C--------------A-GTAATAA-A--TTG-------T-ATTC--TTTC-------TTCAT--TA------TACAG---TT-A-TGACCT--G-GG-C--AAAA-A-TTCC---------------------TA--CT------CCT---C-T-A-C--T-T-C-ATC--A-AA-TGTCT-TTAATTC-AG----GG-CA-TCGCACA-TCATCT--GGCAAC-----AATGAAG----C-T-T-TGTA-CAAGTTTGGGCTTCT-A---AT--gtgggacagat
gi|5 : tatggatcaaactatgat-------------------CT-----TCATCAA-ATGT----------CTT-TAATTCAGG--G----CATCGCAC--A---T-----C-----A-----T-C--TGGC------------AACAA---TGAAG--CTTT---GTA-C-A-A-GTTTGGG-C--TTC-------T-AATG--TCTT-------CCCAT--CA------CAGA-----T-A-TGGCCC--A-GA-C--AAAgtcttcccatcacagatatggcccagacaaaaaaaaaatgggacag
gi|6 : tatggatcaaactatgatttgacctggactaataggtcagagtcatgaaacatcatctggcaatcagtaataaattgtattctttcttcattatacagttatgacctgggcaaaaattcctactcctcta--TTTTAAATTTAC--ATG-ACCTTGAACTTCAGCAAATGACC-TGTGTCAA----GGTCATaaaaaaatgggacag
gi|6 : tTG-ACCT---TGAAC-------------------TT-----CAGC-AA-ATGA----------CCTGTG--TCAAG--G----TC----ATTAG---A-----T-----A-----T-C-----CTT-A-------GAATAT---TAGTGGCCTTT---GTG-CTG-A-GTTAGAG-T--ATC-------C-AATG--TGTT-------TTTGT--TA------TAAAA---TT-A-TGGTTC--A-GA-T--A--------TGA-AA-T-----TCT-TTTT--TAACCCGGTA-GCCT---T-GAT-C--T-T-GAG-C--A-AA-TTACC-TTCAGTC-AA----AGTCA-AAATAC-----TTTAAAGTCAT-----CA-GCAG----G-T-C-TGTGTTAAATATtagatatccttagaatattagtggcctttgtgctgagttagagtatccaatgtgtttttgttataaaattatggttcagatatgaaattcttttttaacccggtagccttgatcttgagcaaattaccttcagtcaaagtcaaaatactttaaagtcatcagcaggtctgtgttaaatat
gi|7 : tttttaaatttacaCT---TGACC-------------------TT-----CG--CAACATGA----------CCT-TGGGTCAGG--G----TG----AT--G---G-----C-----ACCG--T-C--TG--TT-T-------GAGCTA---G------ATTT---GTG-C----------------TTC-------T-AACA--TCTT----------ATGGTA------CAAA------------CAC--A-AG-TTTAAAT---TTTTA-TT-T-----T-T-TTTT--TA--CAAGAG-ACCT---T-G-AAC--T-T-G-G-TCAA-AA-TGACC-TTAGATT-AG----GGTCA-TGCCAGA-CCA-CT--TACCAT-----AG-TCAC----C-T-T-TGTGATAAATAT
gi|8 : CAA---T------CTTT---GTA-TCA-A-ACATAAA-C--TTC-------T-GAAG--TC---------TCTAT--TATACATGTATAG---CT-A-TGACCT--G-TA-C--AAAA-A-TTTCA-AA-C-----T-TATTTT--GA--CTGGTG-ACCC---T-G-G-C--T-----------------ACCTTTGTTTC-AA----GGTCA-CAATACA-GCACCT--GATCAT-----AT-GCA-----------TA-GTCAAGTATGATTGTCT-A---ATACC----TTT------AAC---A-----TTctttcc
gi|9 : aaagggcacttatttctaataGACC-------------------CTCTCATTGGCTAA-ATGA----------CCT-TGCGTCAGG-------TT----AC--G---A-----C-----ACACTAT-C--TGACCA-T-------AAACAA---C------CTTT---GTG-TCA-A-G---GAA-TGGTTCATTTGTAT-AATA--TCTT-------TCCAT--AA------CACAGTTATT-A-TGGCCC--G-GAGC--AAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCAAATGTGGCATTTTCAATTTCCATTCCATCCAATGATTTAGCTGTTGAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTCTTTTTCACTAGTAAATTTGATTTTGGTCAAATGACTGTCATTTAGGATTATAAACATT
Unaligned ( gi|22 ): TTCTTATATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAACAAAAAGAAACTTAGTATG
Alignments
lowQualScore : 11 22 111111111 3333333333333333333333333333333 11111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 111 111111 11111111111 2222222222222 3333333333333333 111 111111 55555555555555555555555555555555555 1 111111 11111 111111111 1111
lowQualScore : 88 77 77 999999999 6666666666666666666666666666666 2 33333333333 2 111 2 6666 33333333333333333333333333333333333333333333333 5555555555 555 000 2 5 0 5555 8888888 2 8888888 1 33 444444 4 7777 2 2 4444 6666 99 11111111111 3 1111111111111 2 555 2 2222222222222222 2 2 2 111 888888888 888 33 44 0 77777 3 444444 3 3 33333333333333333333333333333333333 0 333 0 1 5 1 777777 777 99999 5 222222222 1 4 4444 1
lowQualScore : .. .. .. ......... ............................... . ........... . ... . .... ............................................... .......... ... ... . . . .... ....... . ....... . .. ...... . .... . . .... .... .. ........... . ............. . ... . ................ . . . ... ......... ... .. .. . ..... . ...... . . ................................... . ... . . . . ...... ... ..... . ......... . . .... .
lowQualScore : 00 55 99 111111111 3333333333333333333333333333333 9 66666666666 9 555 1 5555 44444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222 000 999 7 3 3 1111 7777777 7 7777777 4 77 333333 5 9999 5 5 6666 8888 77 88888888888 6 5555555555555 9 000 9 7777777777777777 9 9 9 666 555555555 999 55 22 7 77777 1 999999 3 3 33333333333333333333333333333333333 8 555 0 0 7 0 555555 000 88888 0 000000000 7 3 2222 8
consensus : TTCAAACTGTGTGGCAGTCATTTAACCCTTTC--TNC-CA----GTGACCTTGACC-------------------CT-----TGGCCAA-ATGA----------CCT-TGGTTCAGGG----TN----AC--G---A-----C-----A-----T-C--TGGCTT-TGAGCAA---T------CTTT---GTG-CCA-A-GTATGAA-C--TTC-------T-AATGTCTT-------TCCAT--TA------CANAG---TT-A-TGGCCC--A-GA-C--AAAT-ATTT--CA-AA-CT-T-TTTT--T---A--CCGGTG-ACCT---T-G-N-C--T-TG-G-C--A-AA-TGACC-TTGGNTCA----G----GGTCA-CGACACA-CCATCT--GGCCAT-----AA-GCAA----C-T-T-TGTGTCAAGTATGAGCTTCT-A---AT--C----TT-----T------AAC---GTTTTGGAC-TGAACAANAATTTNAA---G--TTTTA--TTCACCAGTG-ACCTTGA---CCATGGCCAAATGACCTTGGGTCAA----GGTCATGAA
Reference ( family-1263 ) : TTCAAACTGTGTGGCA--TATTTAACCCTTTC--TNC-CA----GTGACCTTGACC-------------------CT-----TGGCCAA-ATGA----------CCT-TGGTTCAGGG----TN----AC--G---A-----C-----A-----T-C--TGGCTT-TGAGCAA---T------CTTT---GTG-CCA-A-GTATGAA-C--TTC-------T-AATGTCTT-------TCCAT--TA------CANAG---TT-A-TGGCCC--A-GA-C--AAAT-ATTT--CA-AA-CT-T-TTTT--T---A--CCGGTG-ACCT---T-G-N-C--T-TG-G-C--A-AA-TGACC-TTGGNTCA----G----GGTCA-CGACACA-CCATCT--GGCCAT-----AA-GCAA----C-T-T-TGTGTCAAGTATGAGCTTCT-A---AT--C----TT-----T------AAC---GTTTTGGAC-TGAACAANAATTTNAA---G--TTTTA--TTCACCAGTG-ACCTTGA---CCATGGCCAAATGACCTTGGGTCAA----GGTCATAAA
gi|1 : TTCAAACTGTGTGGTA--TATTTAATCCTTTC--TCC-CA----GTCACATTGACCATAGCCAAATCACACAAACCT-----TGGTCAA-ATGAGTTGAAATGACAC-TGATTTGGGA----TA----AC--ACACA-----CT----A-----C-C--TATTTT-TATGCAA---T------TTTT---GTA-ACATATGTAAGAA-A--TTC-------C-AGTGTCTT-------TCTGT--TGATTGT-TGAAG---CT-A-AAATCC--A-AG-C--ACAA-ATTT--CA-AAACT-T-TTCTGTT---A--CCAGTG-ATCT---T-G-AAT--T-TG-G-C--A-AACTAGCA-TTGACTCG----G----GCTAA-AGAGACAGCCAT-T--GATCAT-----AA-GCAA----C-C-TCTGTGTTATGGATGAGCTTCTCACGTAT--CATCATTCAAAGT------AAT---ATTCTGGAC-TAAACAAATACTTCAA---GCCTCTTA--CCCTTAAGTGCATCTT
gi|10 : ggcttaCATCT--AGTCAT-----AA-ATAAA---C-T-T-CATGTCAAATACGAGTATCT-A---A-----------------------AT----TTTTGGGCATGGTCAATAA---GAAAGGG--TTTTA--TT-ACTAGTA-ATCTTGA---CCATGGCTAATTGAACTTGGTTCAA----GGTCATAGAatagc
gi|11 : tttgatatagcatggttctaaagtgatggtcct-A-TGGCCC--T-GG-C--CAA--AGTT--TA-TG-TT-T-TATT--T---A--GCAGTG-ACCT---T-G-A-C--CATG-G-CC-A-AA-TGACC-TTGG-TCAAATAG----GATCA-TGATACA-ACATCT--GGCAAT-----AA--CAA----atatt
gi|11 : ctttgggtcagggtatacatatatcatccagaacgAAGTTTAT---G--TTTTA--TTTAGCAGTG-ACCTTGA---CCATGGCCAAATGACCTT-GGTCAAATAGGATCATGagcattc
gi|12 : ctttgggtcagggtatacatatatcatccagaacgatggccctggccaTAACTTTATC--TTT-CATTTGGTGACCTTGACC-------------------TT-----TGCCTAA-ACGT----------CCT-TGGTTCATTG----TT----GT--G---A-----CACACTA-----C-C--TAGCTT-TGAGCAA---T------CTTC---ATGATTA-ATATATTAACC--TTC-------T-ACTGTCTT-------ACAAT--TA------AATAA---CA-A-TGGGCC--A-tacaacatctggcaataacaaagcattc
gi|13 : -A-GTATGAG-C--TTC-------T-AAAGCTTT-------TCAAG--TA------CA-AC---TT-AGTGGCCT--AGGA-T--AGGT-ATTTTCTA-AC-CT-T-TTTT--TTTCT--CCAGTG-ATCT---T-GAC-C--T-TG-GTC--A-AA-TGACC-ATGACTCC----A----GGTTA-TAATACA-
gi|14 : -----TAGCCAA-ATGA----------TCT-TGGTTATTGG----TA----AA--G---A-----C-----A-----C-A--TG-----TGGTCCA---T------ATTTCTGGTG-CCA-A-ATATGGG-C--TCC-------T-TATGTC---------TCTGT--TT------CAAAG---TT-A-AGGCCtt
gi|15 : TTTAAC---A--TTTCC--TCCA--AGTG-GCTTTGAACTCCA--GC-AATTTATCTTGTGTCAA----GGTCATGAAtgg
gi|16 : ttTG-ACCT---T-G-G-CAAT-CC-C-T--A-AA-TGACC-TTAGGTCA----G----GATCA-CAACGCA-CCAGCA--GTTTGT-----AG-GAAAC---C-T-T-TGTGataccctcataatatt
gi|18 : aacTG-ACCT---TCA-T-C--T-TG-G-CT-A-AA-TGACC-TT---TTA----GTAACAGCCA-AAACACA-CCATGT--AGCCAC-----AA-GCAA----C-TAT-TGTG
gi|19 : CCCCTTT--TAC-TT----GTGCCCTTGACC-------------------CT------GGCCAG-ATGA----------CCT-TGAATTAAGG----CT----AC--A---A-----T-----A-----
gi|2 : tttccagcTTTAAA--ATGTGGCAGTCATTCAACCCTTTC--TCC-TA----GTGATCTTGACC-------------------CC-----TAGCCAA-ATGT----------CCT-TGGTTCAGTG----TA----AA--G---A-----C-----A-----T-T--TGATTT-TGAGCAA---T------CATT---GTG-CCA-A-GTATCAA-C--TTC-------T-GATGTGTT-------TCTAT--TA------CATAA---TT-A-TGGCCC--A-GA-G--AAAT-ATTT--CA-AA-CTAT-TTTA--T---A--CAGAAA-ATCT---T-G-T-C--T-TG-G-T--ATAA-TGACC-TTGGCTCA----A----GGTCA-CAGTAAA-TCATCT--GACCAT-----AA-GCAA----C-C-T-TGTGTCAAGTATATATTTCT-A---AT--C----TT-----G------AAT---GTTTTGAAT-TGAACAAGAATTTGAA---A--CTTTA--TTGACCAGTG-ATCATGG---CCATGGCCAAATGACCTAGGGTCAA----GTTTATCAAcacca
gi|21 : TTT---TTCCCCAGTG-ACCTTGA---C-ATTTCCAAATGACCATGGGCTAA----GATCATA
gi|23 : TTTC--TTTGCA----GTGACCCTGACC-------------------TT-----T--CTAA-ATGA----------CCT-TGGcaca
gi|24 : tacaaagttgtGTG-ACCT---T-G-G-C--A-T---------AA-TGACC-TTTGCTCA----G----GGTCA-AAATACA-CCA
gi|3 : ---A-----C-----A-----TAT--TGGCTT-----CAA---T------TTTT---GTGATCA-A-GTGTGTA-G--TTC----------AT-TTTT-------TCTA--------------AG---TT-G-TGGCCA--A-AA-C--AATT-CTTT--TA-AC-CT-T-GTTGA-T---G--CTAACG-ACCT---T-G-A-C---------C--A-AA-AAA------GATCA----G----AACCAATAAC-TA-TCGTCT--GCTCAT-----TA-GCAA----CAT-T-TGTGTCAAGAATAAACTTCT-----AT--C----TT-----TTCATTAAACAGAGATGT---C-TGAAAAACAATTTTAA---A--AATTA--T------GTC-ACCTTG-------T--CCAAATGGCCTT-GGTCA
gi|3 : gaaaTTTAACCTTGTTGATGC-TA----ACGACCTTGACC-------------------------------AA-AAAA----------------GATCAGAACCAATA----AC--T---AT----C-----G-----T-C--TG-CTCATTAGCAA---C------ATTT---GTG-TCA-A-GAATAAA-C--TTC-------T-A---TCTT-------TTCAT--TA------AACAG---AG-A-TGTCT-----GA-A--AAACAATTT--TA-AA-AA-T-TAT-------------GTC-ACCT---T-G-T-C---------C--A-AA-TGGCC-TT---------------GGTCA-TGACACA-TCATCA--GTTTAT-----AA-ACAAACTTT-T-T-TTTGTCAAGAATGAGCTTCT-A---AT--tgacacatcatcagtttataaacaaacttttttttgtcaagaatgagcttctaatgtctctgcattacgtatttatggc
gi|3 : gaaaacatattggcttcaatttttgtgatcaagtgtgtagttcattttttctaagttgtggccaaaacaattctC-------------------CT-----TGTCCAA-ATGG----------CCT-TGGT-CA-------TG----AC------A-----C-----A-----T-CATCAGTTTATAAACAAACTT------TTTT---TTG-TCA-A-GAATGAG-C--TTC-------T-AATGTCTC-------TGCAT--TA------CGTAT---TT-A-TGGCgtctctgcattacgtatttatggc
gi|4 : gaaaacatattggcttcaatttttgtgatcaagtgtgtagttcattttttctaagttgtggccaaaacaattcttttaaccttgttgatgctaacgaccttgaccaaaaaagatcagaaccaataactatcgtctgctcattagcaacatttgtgtcaagaataaacttctatcttttcattaaacagagatgtctgaaaaacaattttaaaaattatgtcaTTC--TT--------GTGACCTTGACC-------------------AG-----TAGT-GA-ATGA----------CCT-TGTTGGATGA----TTT---AC--A---AAATATC-----A-----T-C--T---TA-TGA--AA---C------CT-------------A-GTATAAA-C--TTC-------TTGATGTATTAAAATTCTCCAT--TA------CAAAG---TTTA-TGGCCTGTA-AA-A--AGAT-ATCT--AACAA-CC-T-TTTC------A--CCACTGCAGCTAAAT-G-A-C--C-TT-G-A--A-GA-TGTCC-TTGGTTCA----G----A-TCT-TGACATA-CCATCT--GGCCATATAAAAA-G-AA----CAT-T-TGTGTTGACTGTTAGCCTCT-T---AT--G----TT-----T------
gi|5 : tatgattcaaaTTGACC--------------------------TGGACTA-ATA----------------GGT-CAGAG----TC----AT--G---AAACATC-----A-----T-C--TGGC--------AA---T------C--------------A-GTAATAA-A--TTG-------T-ATTCTTTC-------TTCAT--TA------TACAG---TT-A-TGACCT--G-GG-C--AAAA-ATTC--C----------------T---A--CT------CCT---C-T-A-C--T-TC-ATC--A-AA-TGTCT-TTAATTCA----G----GG-CA-TCGCACA-TCATCT--GGCAAC-----AATGAAG----C-T-T-TGTA-CAAGTTTGGGCTTCT-A---AT--ctttcttacagttattgcccaggcaaatgtgtgggacagat
gi|5 : tatggatcaaactatgat-------------------CT-----TCATCAA-ATGT----------CTT-TAATTCAGGG----CATCGCAC--A---T-----C-----A-----T-C--TGGC-----AACAA---TGAAG--CTTT---GTA-C-A-A-GTTTGGG-C--TTC-------T-AATGTCTT-------CCCAT--CA------CAGA-----T-A-TGGCCC--A-GA-C--AAAgtcttcccatcacagatatggcccagacaaaaaaaaaatgggacag
gi|6 : tatggatcaaactatgatttgacctggactaataggtcagagtcatgaaacatcatctggcaatcagtaataaattgtattctttcttcattatacagttatgacctgggcaaaaattcctactcctcta--TTTTAAATTTAC--ATG-ACCTTGA---ACTTCAGCAAATGACC-TGTGTCAA----GGTCATaaaaaaatgggacag
gi|6 : tTGACCTTGAAC-------------------TT-----CAGC-AA-ATGA----------CCTGTG--TCAAGG----TC----ATTAG---A-----T-----A-----T-C-----CTT-AGAATAT---TAGTGGCCTTT---GTG-CTG-A-GTTAGAG-T--ATC-------C-AATGTGTT-------TTTGT--TA------TAAAA---TT-A-TGGTTC--A-GA-T--A-------T--GA-AA-TTCT-TTTT--T---AACCCGGTA-GCCT---T-GAT-C--T-TGAG-C--A-AA-TTACC-TTCAGTCA----A----AGTCA-AAATAC-----TTTAAAGTCAT-----CA-GCAG----G-T-C-TGTGTTAAATATtagatatccttagaatattagtggcctttgtgctgagttagagtatccaatgtgtttttgttataaaattatggttcagatatgaaattcttttttaacccggtagccttgatcttgagcaaattaccttcagtcaaagtcaaaatactttaaagtcatcagcaggtctgtgttaaatat
gi|7 : tttttaaatttacaCTTGACC-------------------TT-----CG--CAACATGA----------CCT-TGGGTCAGGG----TG----AT--G---G-----C-----ACCG--T-C--TG--TT-TGAGCTA---G------ATTT---GTG-C----------------TTC-------T-AACATCTT----------ATGGTA------CAAA------------CAC--A-AG-TTTAAAT--TTT--TA-TT-TT-T-TTTT--T---A--CAAGAG-ACCT---T-G-AAC--T-TG-G-TCAA-AA-TGACC-TTAGATTA----G----GGTCA-TGCCAGA-CCA-CT--TACCAT-----AG-TCAC----C-T-T-TGTGATAAATAT
gi|8 : CAA---T------CTTT---GTA-TCA-A-ACATAAA-C--TTC-------T-GAAGTC---------TCTAT--TATACATGTATAG---CT-A-TGACCT--G-TA-C--AAAA-ATTT--CA-AA-CT-TATTTT--G---A--CTGGTG-ACCC---T-G-G-C--T----------------ACCTTTGTTTCA----A----GGTCA-CAATACA-GCACCT--GATCAT-----AT-GCA-----------TA-GTCAAGTATGATTGTCT-A---ATACC----TT-----T------AAC---ATTctttcc
gi|9 : aaagggcacttatttctaataGACC-------------------CTCTCATTGGCTAA-ATGA----------CCT-TGCGTCAGG-----TT----AC--G---A-----C-----ACACTAT-C--TGACCA-TAAACAA---C------CTTT---GTG-TCA-A-G---GAA-TGGTTCATTTGTAT-AATATCTT-------TCCAT--AA------CACAGTTATT-A-TGGCCC--G-GAGC--AAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCAAATGTGGCATTTTCAATTTCCATTCCATCCAATGATTTAGCTGTTGAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTCTTTTTCACTAGTAAATTTGATTTTGGTCAAATGACTGTCATTTAGGATTATAAACATT
Unaligned ( gi|22 ): TTCTTATATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAACAAAAAGAAACTTAGTATG
Alignments
lowQualScore : 11 1 111111111 3333333333333333333333333333333 11111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 111 1111111111 11111111111 2222222222222 3333333333333333 111 111111 55555555555555555555555555555555555 1 111111 11111 111111111 1111
lowQualScore : 88 5 77 999999999 6666666666666666666666666666666 2 33333333333 2 111 2 6666 33333333333333333333333333333333333333333333333 5555555555 555 000 2 5 0 5555 8888888 2 8888888 1 33 66666 4 5555555555 2 2 4444 6666 99 11111111111 3 1111111111111 2 555 2 2222222222222222 2 2 2 111 888888888 888 33 44 0 77777 3 444444 3 3 33333333333333333333333333333333333 0 333 0 1 5 1 777777 777 99999 5 222222222 1 4 4444 6
lowQualScore : .. . .. ......... ............................... . ........... . ... . .... ............................................... .......... ... ... . . . .... ....... . ....... . .. ..... . .......... . . .... .... .. ........... . ............. . ... . ................ . . . ... ......... ... .. .. . ..... . ...... . . ................................... . ... . . . . ...... ... ..... . ......... . . .... .
lowQualScore : 00 0 99 111111111 3333333333333333333333333333333 9 66666666666 9 555 1 5555 44444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222 000 999 7 3 3 1111 7777777 7 7777777 4 77 77777 5 5555555555 5 5 6666 8888 77 88888888888 6 5555555555555 9 000 9 7777777777777777 9 9 9 666 555555555 999 55 22 7 77777 1 999999 3 3 33333333333333333333333333333333333 8 555 0 0 7 0 555555 000 88888 0 000000000 7 3 2222 7
consensus : TTCAAACTGTGTGGCAGTCATTTAACCCTTTC--TNC-CA----GTGACCTTGACC-------------------CT-----TGGCCAA-ATGA----------CCT-TGGTTCAGGG----TN----AC--G---A-----C-----A-----T-C--TGGCTT-TGAGCAA---T------CTTT---GTG-CCA-A-GTATGAA-C--TTC-------T-AATGTCTT-------TCCAT--TA-----CANA------G---TT-A-TGGCCC--A-GA-C--AAAT-ATTT--CA-AA-CT-T-TTTT--T---A--CCGGTG-ACCT---T-G-N-C--T-TG-G-C--A-AA-TGACC-TTGGNTCA----G----GGTCA-CGACACA-CCATCT--GGCCAT-----AA-GCAA----C-T-T-TGTGTCAAGTATGAGCTTCT-A---AT--C----TT-----T------AAC---GTTTTGGAC-TGAACAANAATTTNAA---G--TTTTA--TTCACCAGTG-ACCTTGA---CCATGGCCAAATGACCTTGGGTCAA----GGTCAT-GAA
Reference ( family-1263 ) : TTCAAACTGTGTGGCAGTCATTTAACCCTTTC--TNC-CA----GTGACCTTGACC-------------------CT-----TGGCCAA-ATGA----------CCT-TGGTTCAGGG----TN----AC--G---A-----C-----A-----T-C--TGGCTT-TGAGCAA---T------CTTT---GTG-CCA-A-GTATGAA-C--TTC-------T-AATGTCTT-------TCCAT--TA-----CANA------G---TT-A-TGGCCC--A-GA-C--AAAT-ATTT--CA-AA-CT-T-TTTT--T---A--CCGGTG-ACCT---T-G-N-C--T-TG-G-C--A-AA-TGACC-TTGGNTCA----G----GGTCA-CGACACA-CCATCT--GGCCAT-----AA-GCAA----C-T-T-TGTGTCAAGTATGAGCTTCT-A---AT--C----TT-----T------AAC---GTTTTGGAC-TGAACAANAATTTNAA---G--TTTTA--TTCACCAGTG-ACCTTGA---CCATGGCCAAATGACCTTGGGTCAA----GGTCAT-GAA
gi|1 : TTCAAACTGTGTGGTA--TATTTAATCCTTTC--TCC-CA----GTCACATTGACCATAGCCAAATCACACAAACCT-----TGGTCAA-ATGAGTTGAAATGACAC-TGATTTGGGA----TA----AC--ACACA-----CT----A-----C-C--TATTTT-TATGCAA---T------TTTT---GTA-ACATATGTAAGAA-A--TTC-------C-AGTGTCTT-------TCTGT--TGATTGTTGAA------G---CT-A-AAATCC--A-AG-C--ACAA-ATTT--CA-AAACT-T-TTCTGTT---A--CCAGTG-ATCT---T-G-AAT--T-TG-G-C--A-AACTAGCA-TTGACTCG----G----GCTAA-AGAGACAGCCAT-T--GATCAT-----AA-GCAA----C-C-TCTGTGTTATGGATGAGCTTCTCACGTAT--CATCATTCAAAGT------AAT---ATTCTGGAC-TAAACAAATACTTCAA---GCCTCTTA--CCCTTAAGTGCATCTT
gi|10 : ggcttaCATCT--AGTCAT-----AA-ATAAA---C-T-T-CATGTCAAATACGAGTATCT-A---A-----------------------AT----TTTTGGGCATGGTCAATAA---GAAAGGG--TTTTA--TT-ACTAGTA-ATCTTGA---CCATGGCTAATTGAACTTGGTTCAA----GGTCATAGAAatagc
gi|11 : tttgatatagcatggttctaaagtgatggtcct-A-TGGCCC--T-GG-C--CAA--AGTT--TA-TG-TT-T-TATT--T---A--GCAGTG-ACCT---T-G-A-C--CATG-G-CC-A-AA-TGACC-TTGG-TCAAATAG----GATCA-TGATACA-ACATCT--GGCAAT-----AA--CAA----tatt
gi|11 : ctttgggtcagggtatacatatatcatccagaacgAAGTTTAT---G--TTTTA--TTTAGCAGTG-ACCTTGA---CCATGGCCAAATGACCTT-GGTCAAATAGGATCAT-GAagcattc
gi|12 : ctttgggtcagggtatacatatatcatccagaacgatggccctggccaTAACTTTATC--TTT-CATTTGGTGACCTTGACC-------------------TT-----TGCCTAA-ACGT----------CCT-TGGTTCATTG----TT----GT--G---A-----CACACTA-----C-C--TAGCTT-TGAGCAA---T------CTTC---ATGATTA-ATATATTAACC--TTC-------T-ACTGTCTT-------ACAAT--TA-----AATA------A---CA-A-TGGGCC--A-tacaacatctggcaataacaaagcattc
gi|13 : -A-GTATGAG-C--TTC-------T-AAAGCTTT-------TCAAG--TA-----CA-A------C---TT-AGTGGCCT--AGGA-T--AGGT-ATTTTCTA-AC-CT-T-TTTT--TTTCT--CCAGTG-ATCT---T-GAC-C--T-TG-GTC--A-AA-TGACC-ATGACTCC----A----GGTTA-TAATACA-
gi|14 : -----TAGCCAA-ATGA----------TCT-TGGTTATTGG----TA----AA--G---A-----C-----A-----C-A--TG-----TGGTCCA---T------ATTTCTGGTG-CCA-A-ATATGGG-C--TCC-------T-TATGTC---------TCTGT--TT-----CAAA------G---TT-A-AGGCCtt
gi|15 : TTTAAC---A--TTTCC--TCCA--AGTG-GCTTTGAACTCCA--GC-AATTTATCTTGTGTCAA----GGTCAT-GAAtgg
gi|16 : ttTG-ACCT---T-G-G-CAAT-CC-C-T--A-AA-TGACC-TTAGGTCA----G----GATCA-CAACGCA-CCAGCA--GTTTGT-----AG-GAAAC---C-T-T-TGTGataccctcataatatt
gi|18 : aacTG-ACCT---TCA-T-C--T-TG-G-CT-A-AA-TGACC-TT---TTA----GTAACAGCCA-AAACACA-CCATGT--AGCCAC-----AA-GCAA----C-TAT-TGTG
gi|19 : CCCCTTT--TAC-TT----GTGCCCTTGACC-------------------CT------GGCCAG-ATGA----------CCT-TGAATTAAGG----CT----AC--A---A-----T-----A-----
gi|2 : tttccagcTTTAAA--ATGTGGCAGTCATTCAACCCTTTC--TCC-TA----GTGATCTTGACC-------------------CC-----TAGCCAA-ATGT----------CCT-TGGTTCAGTG----TA----AA--G---A-----C-----A-----T-T--TGATTT-TGAGCAA---T------CATT---GTG-CCA-A-GTATCAA-C--TTC-------T-GATGTGTT-------TCTAT--TA-----CATA------A---TT-A-TGGCCC--A-GA-G--AAAT-ATTT--CA-AA-CTAT-TTTA--T---A--CAGAAA-ATCT---T-G-T-C--T-TG-G-T--ATAA-TGACC-TTGGCTCA----A----GGTCA-CAGTAAA-TCATCT--GACCAT-----AA-GCAA----C-C-T-TGTGTCAAGTATATATTTCT-A---AT--C----TT-----G------AAT---GTTTTGAAT-TGAACAAGAATTTGAA---A--CTTTA--TTGACCAGTG-ATCATGG---CCATGGCCAAATGACCTAGGGTCAA----GTTTAT-CAAcacca
gi|21 : TTT---TTCCCCAGTG-ACCTTGA---C-ATTTCCAAATGACCATGGGCTAA----GATCAT-AA
gi|23 : TTTC--TTTGCA----GTGACCCTGACC-------------------TT-----T--CTAA-ATGA----------CCT-TGGcaca
gi|24 : tacaaagttgtGTG-ACCT---T-G-G-C--A-T---------AA-TGACC-TTTGCTCA----G----GGTCA-AAATACA-CCA
gi|3 : ---A-----C-----A-----TAT--TGGCTT-----CAA---T------TTTT---GTGATCA-A-GTGTGTA-G--TTC----------AT-TTTT-------TCTA-------------A------G---TT-G-TGGCCA--A-AA-C--AATT-CTTT--TA-AC-CT-T-GTTGA-T---G--CTAACG-ACCT---T-G-A-C---------C--A-AA-AAA------GATCA----G----AACCAATAAC-TA-TCGTCT--GCTCAT-----TA-GCAA----CAT-T-TGTGTCAAGAATAAACTTCT-----AT--C----TT-----TTCATTAAACAGAGATGT---C-TGAAAAACAATTTTAA---A--AATTA--T------GTC-ACCTTG-------T--CCAAATGGCCTT-GGTCA
gi|3 : gaaaTCTTTTAACCTTGTTGATGC-TA----ACGACCTTGACC-------------------------------AA-AAAA----------------GATCAGAACCAATA----AC--T---AT----C-----G-----T-C--TG-CTCATTAGCAA---C------ATTT---GTG-TCA-A-GAATAAA-C--TTC-------T-A---TCTT-------TTCAT--TA-----AACA------G---AG-A-TGTCT-----GA-A--AAACAATTT--TA-AA-AA-T-TAT-------------GTC-ACCT---T-G-T-C---------C--A-AA-TGGCC-TT---------------GGTCA-TGACACA-TCATCA--GTTTAT-----AA-ACAAACTTT-T-T-TTTGTCAAGAATGAGCTTCT-A---AT--tgacacatcatcagtttataaacaaacttttttttgtcaagaatgagcttctaatgtctctgcattacgtatttatggc
gi|3 : gaaaacatattggcttcaatttttgtgatcaagtgtgtagttcattttttctaagttgtggccaaaacaatC-------------------CT-----TGTCCAA-ATGG----------CCT-TGGT-CA-------TG----AC------A-----C-----A-----T-CATCAGTTTATAAACAAACTT------TTTT---TTG-TCA-A-GAATGAG-C--TTC-------T-AATGTCTC-------TGCAT--TA-----CGTA------T---TT-A-TGGCgtctctgcattacgtatttatggc
gi|4 : gaaaacatattggcttcaatttttgtgatcaagtgtgtagttcattttttctaagttgtggccaaaacaattcttttaaccttgttgatgctaacgaccttgaccaaaaaagatcagaaccaataactatcgtctgctcattagcaacatttgtgtcaagaataaacttctatcttttcattaaacagagatgtctgaaaaacaattttaaaaattatgtcaTTC--TT--------GTGACCTTGACC-------------------AG-----TAGT-GA-ATGA----------CCT-TGTTGGATGA----TTT---AC--A---AAATATC-----A-----T-C--T---TA-TGA--AA---C------CT-------------A-GTATAAA-C--TTC-------TTGATGTATTAAAATTCTCCAT--TA-----CAAA------G---TTTA-TGGCCTGTA-AA-A--AGAT-ATCT--AACAA-CC-T-TTTC------A--CCACTGCAGCTAAAT-G-A-C--C-TT-G-A--A-GA-TGTCC-TTGGTTCA----G----A-TCT-TGACATA-CCATCT--GGCCATATAAAAA-G-AA----CAT-T-TGTGTTGACTGTTAGCCTCT-T---AT--G----TT-----T------
gi|5 : tatgattcaaaTTGACC--------------------------TGGACTA-ATA----------------GGT-CAGAG----TC----AT--G---AAACATC-----A-----T-C--TGGC--------AA---T------C--------------A-GTAATAA-A--TTG-------T-ATTCTTTC-------TTCAT--TA-----TACA------G---TT-A-TGACCT--G-GG-C--AAAA-ATTC--C----------------T---A--CT------CCT---C-T-A-C--T-TC-ATC--A-AA-TGTCT-TTAATTCA----G----GG-CA-TCGCACA-TCATCT--GGCAAC-----AATGAAG----C-T-T-TGTA-CAAGTTTGGGCTTCT-A---AT--ctttcttacagttattgcccaggcaaatgtgtgggacagat
gi|5 : tatggatcaaactatgat-------------------CT-----TCATCAA-ATGT----------CTT-TAATTCAGGG----CATCGCAC--A---T-----C-----A-----T-C--TGGC-----AACAA---TGAAG--CTTT---GTA-C-A-A-GTTTGGG-C--TTC-------T-AATGTCTT-------CCCAT--CA-----CAGA-----------T-A-TGGCCC--A-GA-C--AAAgtcttcccatcacagatatggcccagacaaaaaaaaaatgggacag
gi|6 : tatggatcaaactatgatttgacctggactaataggtcagagtcatgaaacatcatctggcaatcagtaataaattgtattctttcttcattatacagttatgacctgggcaaaaattcctactcctcta--TTTTAAATTTAC--ATG-ACCTTGA---ACTTCAGCAAATGACC-TGTGTCAA----GGTCAT-aaaaaaatgggacag
gi|6 : tTGACCTTGAAC-------------------TT-----CAGC-AA-ATGA----------CCTGTG--TCAAGG----TC----ATTAG---A-----T-----A-----T-C-----CTT-AGAATAT---TAGTGGCCTTT---GTG-CTG-A-GTTAGAG-T--ATC-------C-AATGTGTT-------TTTGT--TA-----TAAA------A---TT-A-TGGTTC--A-GA-T--A-------T--GA-AA-TTCT-TTTT--T---AACCCGGTA-GCCT---T-GAT-C--T-TGAG-C--A-AA-TTACC-TTCAGTCA----A----AGTCA-AAATAC-----TTTAAAGTCAT-----CA-GCAG----G-T-C-TGTGTTAAATATtagatatccttagaatattagtggcctttgtgctgagttagagtatccaatgtgtttttgttataaaattatggttcagatatgaaattcttttttaacccggtagccttgatcttgagcaaattaccttcagtcaaagtcaaaatactttaaagtcatcagcaggtctgtgttaaatat
gi|7 : tttttaaatttacaCTTGACC-------------------TT-----CG--CAACATGA----------CCT-TGGGTCAGGG----TG----AT--G---G-----C-----ACCG--T-C--TG--TT-TGAGCTA---G------ATTT---GTG-C----------------TTC-------T-AACATCTT----------ATGGTA-----CAAA------------------CAC--A-AG-TTTAAAT--TTT--TA-TT-TT-T-TTTT--T---A--CAAGAG-ACCT---T-G-AAC--T-TG-G-TCAA-AA-TGACC-TTAGATTA----G----GGTCA-TGCCAGA-CCA-CT--TACCAT-----AG-TCAC----C-T-T-TGTGATAAATAT
gi|8 : CAA---T------CTTT---GTA-TCA-A-ACATAAA-C--TTC-------T-GAAGTCT---------CTAT--TA-----TACATGTATAG---CT-A-TGACCT--G-TA-C--AAAA-ATTT--CA-AA-CT-TATTTT--G---A--CTGGTG-ACCC---T-G-G-C--T----------------ACCTTTGTTTCA----A----GGTCA-CAATACA-GCACCT--GATCAT-----AT-GCA-----------TA-GTCAAGTATGATTGTCT-A---ATACC----TT-----T------AAC---ATTctttcc
gi|9 : aaagggcacttatttctaataGACC-------------------CTCTCATTGGCTAA-ATGA----------CCT-TGCGTCAGG-----TT----AC--G---A-----C-----ACACTAT-C--TGACCA-TAAACAA---C------CTTT---GTG-TCA-A-G---GAA-TGGTTCATTTGTAT-AATATCTT-------TCCAT--AA-----CACA------GTTATT-A-TGGCCC--G-GAGC--AAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCAAATGTGGCATTTTCAATTTCCATTCCATCCAATGATTTAGCTGTTGAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTCTTTTTCACTAGTAAATTTGATTTTGGTCAAATGACTGTCATTTAGGATTATAAACATT
Unaligned ( gi|22 ): TTCTTATATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAACAAAAAGAAACTTAGTATG
Alignments
lowQualScore : 11 1 111111111 3333333333333333333333333333333 11111111111 44444444444444444444444444444444444444444444444 1111111111 111 1111111111 11111111111 2222222222222 3333333333333333 111 111111 55555555555555555555555555555555555 1 111111 11111 111111111 1111
lowQualScore : 88 5 77 999999999 6666666666666666666666666666666 2 33333333333 2 111 2 6666 33333333333333333333333333333333333333333333333 5555555555 555 000 2 5 0 5555 8888888 2 8888888 1 33 66666 4 5555555555 2 2 4444 6666 99 11111111111 3 1111111111111 2 555 2 2222222222222222 2 2 2 111 888888888 888 33 44 0 77777 3 444444 3 3 33333333333333333333333333333333333 0 333 0 1 5 1 777777 777 99999 5 222222222 1 4 4444 6
lowQualScore : .. . .. ......... ............................... . ........... . ... . .... ............................................... .......... ... ... . . . .... ....... . ....... . .. ..... . .......... . . .... .... .. ........... . ............. . ... . ................ . . . ... ......... ... .. .. . ..... . ...... . . ................................... . ... . . . . ...... ... ..... . ......... . . .... .
lowQualScore : 00 0 99 111111111 3333333333333333333333333333333 9 66666666666 9 555 1 5555 44444444444444444444444444444444444444444444444 2222222222 000 999 7 3 3 1111 7777777 7 7777777 4 77 77777 5 5555555555 5 5 6666 8888 77 88888888888 6 5555555555555 9 000 9 7777777777777777 9 9 9 666 555555555 999 55 22 7 77777 1 999999 3 3 33333333333333333333333333333333333 8 555 0 0 7 0 555555 000 88888 0 000000000 7 3 2222 7
consensus : TTCAAACTGTGTGGCAGTCATTTAACCCTTTC--TNC-CA----GTGACCTTGACC-------------------CT-----TGGCCAA-ATGA----------CCT-TGGTTCAGGG----TN----AC--G---A-----C-----A-----T-C--TGGCTT-TGAGCAA---T------CTTT---GTG-CCA-A-GTATGAA-C--TTC-------T-AATGTCTT-------TCCAT--TA-----CANA------G---TT-A-TGGCCC--A-GA-C--AAAT-ATTT--CA-AA-CT-T-TTTT--T---A--CCGGTG-ACCT---T-G-N-C--T-TG-G-C--A-AA-TGACC-TTGGNTCA----G----GGTCA-CGACACA-CCATCT--GGCCAT-----AA-GCAA----C-T-T-TGTGTCAAGTATGAGCTTCT-A---AT--C----TT-----T------AAC---GTTTTGGAC-TGAACAANAATTTNAA---G--TTTTA--TTCACCAGTG-ACCTTGA---CCATGGCCAAATGACCTTGGGTCAA----GGTCAT-GAA
Reference ( family-1263 ) : TTCAAACTGTGTGGCAGTCATTTAACCCTTTC--TNC-CA----GTGACCTTGACC-------------------CT-----TGGCCAA-ATGA----------CCT-TGGTTCAGGG----TN----AC--G---A-----C-----A-----T-C--TGGCTT-TGAGCAA---T------CTTT---GTG-CCA-A-GTATGAA-C--TTC-------T-AATGTCTT-------TCCAT--TA-----CANA------G---TT-A-TGGCCC--A-GA-C--AAAT-ATTT--CA-AA-CT-T-TTTT--T---A--CCGGTG-ACCT---T-G-N-C--T-TG-G-C--A-AA-TGACC-TTGGNTCA----G----GGTCA-CGACACA-CCATCT--GGCCAT-----AA-GCAA----C-T-T-TGTGTCAAGTATGAGCTTCT-A---AT--C----TT-----T------AAC---GTTTTGGAC-TGAACAANAATTTNAA---G--TTTTA--TTCACCAGTG-ACCTTGA---CCATGGCCAAATGACCTTGGGTCAA----GGTCAT-GAA
gi|1 : TTCAAACTGTGTGGTA--TATTTAATCCTTTC--TCC-CA----GTCACATTGACCATAGCCAAATCACACAAACCT-----TGGTCAA-ATGAGTTGAAATGACAC-TGATTTGGGA----TA----AC--ACACA-----CT----A-----C-C--TATTTT-TATGCAA---T------TTTT---GTA-ACATATGTAAGAA-A--TTC-------C-AGTGTCTT-------TCTGT--TGATTGTTGAA------G---CT-A-AAATCC--A-AG-C--ACAA-ATTT--CA-AAACT-T-TTCTGTT---A--CCAGTG-ATCT---T-G-AAT--T-TG-G-C--A-AACTAGCA-TTGACTCG----G----GCTAA-AGAGACAGCCAT-T--GATCAT-----AA-GCAA----C-C-TCTGTGTTATGGATGAGCTTCTCACGTAT--CATCATTCAAAGT------AAT---ATTCTGGAC-TAAACAAATACTTCAA---GCCTCTTA--CCCTTAAGTGCATCTT
gi|10 : ggcttaCATCT--AGTCAT-----AA-ATAAA---C-T-T-CATGTCAAATACGAGTATCT-A---A-----------------------AT----TTTTGGGCATGGTCAATAA---GAAAGGG--TTTTA--TT-ACTAGTA-ATCTTGA---CCATGGCTAATTGAACTTGGTTCAA----GGTCATAGAAatagc
gi|11 : tttgatatagcatggttctaaagtgatggtcct-A-TGGCCC--T-GG-C--CAA--AGTT--TA-TG-TT-T-TATT--T---A--GCAGTG-ACCT---T-G-A-C--CATG-G-CC-A-AA-TGACC-TTGG-TCAAATAG----GATCA-TGATACA-ACATCT--GGCAAT-----AA--CAA----tatt
gi|11 : ctttgggtcagggtatacatatatcatccagaacgAAGTTTAT---G--TTTTA--TTTAGCAGTG-ACCTTGA---CCATGGCCAAATGACCTT-GGTCAAATAGGATCAT-GAagcattc
gi|12 : ctttgggtcagggtatacatatatcatccagaacgatggccctggccaTAACTTTATC--TTT-CATTTGGTGACCTTGACC-------------------TT-----TGCCTAA-ACGT----------CCT-TGGTTCATTG----TT----GT--G---A-----CACACTA-----C-C--TAGCTT-TGAGCAA---T------CTTC---ATGATTA-ATATATTAACC--TTC-------T-ACTGTCTT-------ACAAT--TA-----AATA------A---CA-A-TGGGCC--A-tacaacatctggcaataacaaagcattc
gi|13 : -A-GTATGAG-C--TTC-------T-AAAGCTTT-------TCAAG--TA-----CA-A------C---TT-AGTGGCCT--AGGA-T--AGGT-ATTTTCTA-AC-CT-T-TTTT--TTTCT--CCAGTG-ATCT---T-GAC-C--T-TG-GTC--A-AA-TGACC-ATGACTCC----A----GGTTA-TAATACA-
gi|14 : -----TAGCCAA-ATGA----------TCT-TGGTTATTGG----TA----AA--G---A-----C-----A-----C-A--TG-----TGGTCCA---T------ATTTCTGGTG-CCA-A-ATATGGG-C--TCC-------T-TATGTC---------TCTGT--TT-----CAAA------G---TT-A-AGGCCtt
gi|15 : TTTAAC---A--TTTCC--TCCA--AGTG-GCTTTGAACTCCA--GC-AATTTATCTTGTGTCAA----GGTCAT-GAAtgg
gi|16 : ttTG-ACCT---T-G-G-CAAT-CC-C-T--A-AA-TGACC-TTAGGTCA----G----GATCA-CAACGCA-CCAGCA--GTTTGT-----AG-GAAAC---C-T-T-TGTGataccctcataatatt
gi|18 : aacTG-ACCT---TCA-T-C--T-TG-G-CT-A-AA-TGACC-TT---TTA----GTAACAGCCA-AAACACA-CCATGT--AGCCAC-----AA-GCAA----C-TAT-TGTG
gi|19 : CCCCTTT--TAC-TT----GTGCCCTTGACC-------------------CT------GGCCAG-ATGA----------CCT-TGAATTAAGG----CT----AC--A---A-----T-----A-----
gi|2 : tttccagcTTTAAA--ATGTGGCAGTCATTCAACCCTTTC--TCC-TA----GTGATCTTGACC-------------------CC-----TAGCCAA-ATGT----------CCT-TGGTTCAGTG----TA----AA--G---A-----C-----A-----T-T--TGATTT-TGAGCAA---T------CATT---GTG-CCA-A-GTATCAA-C--TTC-------T-GATGTGTT-------TCTAT--TA-----CATA------A---TT-A-TGGCCC--A-GA-G--AAAT-ATTT--CA-AA-CTAT-TTTA--T---A--CAGAAA-ATCT---T-G-T-C--T-TG-G-T--ATAA-TGACC-TTGGCTCA----A----GGTCA-CAGTAAA-TCATCT--GACCAT-----AA-GCAA----C-C-T-TGTGTCAAGTATATATTTCT-A---AT--C----TT-----G------AAT---GTTTTGAAT-TGAACAAGAATTTGAA---A--CTTTA--TTGACCAGTG-ATCATGG---CCATGGCCAAATGACCTAGGGTCAA----GTTTAT-CAAcacca
gi|21 : TTT---TTCCCCAGTG-ACCTTGA---C-ATTTCCAAATGACCATGGGCTAA----GATCAT-AA
gi|23 : TTTC--TTTGCA----GTGACCCTGACC-------------------TT-----T--CTAA-ATGA----------CCT-TGGcaca
gi|24 : tacaaagttgtGTG-ACCT---T-G-G-C--A-T---------AA-TGACC-TTTGCTCA----G----GGTCA-AAATACA-CCA
gi|3 : ---A-----C-----A-----TAT--TGGCTT-----CAA---T------TTTT---GTGATCA-A-GTGTGTA-G--TTC----------AT-TTTT-------TCTA-------------A------G---TT-G-TGGCCA--A-AA-C--AATT-CTTT--TA-AC-CT-T-GTTGA-T---G--CTAACG-ACCT---T-G-A-C---------C--A-AA-AAA------GATCA----G----AACCAATAAC-TA-TCGTCT--GCTCAT-----TA-GCAA----CAT-T-TGTGTCAAGAATAAACTTCT-----AT--C----TT-----TTCATTAAACAGAGATGT---C-TGAAAAACAATTTTAA---A--AATTA--T------GTC-ACCTTG-------T--CCAAATGGCCTT-GGTCA
gi|3 : gaaaTCTTTTAACCTTGTTGATGC-TA----ACGACCTTGACC-------------------------------AA-AAAA----------------GATCAGAACCAATA----AC--T---AT----C-----G-----T-C--TG-CTCATTAGCAA---C------ATTT---GTG-TCA-A-GAATAAA-C--TTC-------T-A---TCTT-------TTCAT--TA-----AACA------G---AG-A-TGTCT-----GA-A--AAACAATTT--TA-AA-AA-T-TAT-------------GTC-ACCT---T-G-T-C---------C--A-AA-TGGCC-TT---------------GGTCA-TGACACA-TCATCA--GTTTAT-----AA-ACAAACTTT-T-T-TTTGTCAAGAATGAGCTTCT-A---AT--tgacacatcatcagtttataaacaaacttttttttgtcaagaatgagcttctaatgtctctgcattacgtatttatggc
gi|3 : gaaaacatattggcttcaatttttgtgatcaagtgtgtagttcattttttctaagttgtggccaaaacaatC-------------------CT-----TGTCCAA-ATGG----------CCT-TGGT-CA-------TG----AC------A-----C-----A-----T-CATCAGTTTATAAACAAACTT------TTTT---TTG-TCA-A-GAATGAG-C--TTC-------T-AATGTCTC-------TGCAT--TA-----CGTA------T---TT-A-TGGCgtctctgcattacgtatttatggc
gi|4 : gaaaacatattggcttcaatttttgtgatcaagtgtgtagttcattttttctaagttgtggccaaaacaattcttttaaccttgttgatgctaacgaccttgaccaaaaaagatcagaaccaataactatcgtctgctcattagcaacatttgtgtcaagaataaacttctatcttttcattaaacagagatgtctgaaaaacaattttaaaaattatgtcaTTC--TT--------GTGACCTTGACC-------------------AG-----TAGT-GA-ATGA----------CCT-TGTTGGATGA----TTT---AC--A---AAATATC-----A-----T-C--T---TA-TGA--AA---C------CT-------------A-GTATAAA-C--TTC-------TTGATGTATTAAAATTCTCCAT--TA-----CAAA------G---TTTA-TGGCCTGTA-AA-A--AGAT-ATCT--AACAA-CC-T-TTTC------A--CCACTGCAGCTAAAT-G-A-C--C-TT-G-A--A-GA-TGTCC-TTGGTTCA----G----A-TCT-TGACATA-CCATCT--GGCCATATAAAAA-G-AA----CAT-T-TGTGTTGACTGTTAGCCTCT-T---AT--G----TT-----T------
gi|5 : tatgattcaaaTTGACC--------------------------TGGACTA-ATA----------------GGT-CAGAG----TC----AT--G---AAACATC-----A-----T-C--TGGC--------AA---T------C--------------A-GTAATAA-A--TTG-------T-ATTCTTTC-------TTCAT--TA-----TACA------G---TT-A-TGACCT--G-GG-C--AAAA-ATTC--C----------------T---A--CT------CCT---C-T-A-C--T-TC-ATC--A-AA-TGTCT-TTAATTCA----G----GG-CA-TCGCACA-TCATCT--GGCAAC-----AATGAAG----C-T-T-TGTA-CAAGTTTGGGCTTCT-A---AT--ctttcttacagttattgcccaggcaaatgtgtgggacagat
gi|5 : tatggatcaaactatgat-------------------CT-----TCATCAA-ATGT----------CTT-TAATTCAGGG----CATCGCAC--A---T-----C-----A-----T-C--TGGC-----AACAA---TGAAG--CTTT---GTA-C-A-A-GTTTGGG-C--TTC-------T-AATGTCTT-------CCCAT--CA-----CAGA-----------T-A-TGGCCC--A-GA-C--AAAgtcttcccatcacagatatggcccagacaaaaaaaaaatgggacag
gi|6 : tatggatcaaactatgatttgacctggactaataggtcagagtcatgaaacatcatctggcaatcagtaataaattgtattctttcttcattatacagttatgacctgggcaaaaattcctactcctcta--TTTTAAATTTAC--ATG-ACCTTGA---ACTTCAGCAAATGACC-TGTGTCAA----GGTCAT-aaaaaaatgggacag
gi|6 : tTGACCTTGAAC-------------------TT-----CAGC-AA-ATGA----------CCTGTG--TCAAGG----TC----ATTAG---A-----T-----A-----T-C-----CTT-AGAATAT---TAGTGGCCTTT---GTG-CTG-A-GTTAGAG-T--ATC-------C-AATGTGTT-------TTTGT--TA-----TAAA------A---TT-A-TGGTTC--A-GA-T--A-------T--GA-AA-TTCT-TTTT--T---AACCCGGTA-GCCT---T-GAT-C--T-TGAG-C--A-AA-TTACC-TTCAGTCA----A----AGTCA-AAATAC-----TTTAAAGTCAT-----CA-GCAG----G-T-C-TGTGTTAAATATtagatatccttagaatattagtggcctttgtgctgagttagagtatccaatgtgtttttgttataaaattatggttcagatatgaaattcttttttaacccggtagccttgatcttgagcaaattaccttcagtcaaagtcaaaatactttaaagtcatcagcaggtctgtgttaaatat
gi|7 : tttttaaatttacaCTTGACC-------------------TT-----CG--CAACATGA----------CCT-TGGGTCAGGG----TG----AT--G---G-----C-----ACCG--T-C--TG--TT-TGAGCTA---G------ATTT---GTG-C----------------TTC-------T-AACATCTT----------ATGGTA-----CAAA------------------CAC--A-AG-TTTAAAT--TTT--TA-TT-TT-T-TTTT--T---A--CAAGAG-ACCT---T-G-AAC--T-TG-G-TCAA-AA-TGACC-TTAGATTA----G----GGTCA-TGCCAGA-CCA-CT--TACCAT-----AG-TCAC----C-T-T-TGTGATAAATAT
gi|8 : CAA---T------CTTT---GTA-TCA-A-ACATAAA-C--TTC-------T-GAAGTCT---------CTAT--TA-----TACATGTATAG---CT-A-TGACCT--G-TA-C--AAAA-ATTT--CA-AA-CT-TATTTT--G---A--CTGGTG-ACCC---T-G-G-C--T----------------ACCTTTGTTTCA----A----GGTCA-CAATACA-GCACCT--GATCAT-----AT-GCA-----------TA-GTCAAGTATGATTGTCT-A---ATACC----TT-----T------AAC---ATTctttcc
gi|9 : aaagggcacttatttctaataGACC-------------------CTCTCATTGGCTAA-ATGA----------CCT-TGCGTCAGG-----TT----AC--G---A-----C-----ACACTAT-C--TGACCA-TAAACAA---C------CTTT---GTG-TCA-A-G---GAA-TGGTTCATTTGTAT-AATATCTT-------TCCAT--AA-----CACA------GTTATT-A-TGGCCC--G-GAGC--AAA
blockSeqs : . G GA TTCATTTG CTCTCATTGGCT C T G GTT T CCAA TGTGACACACTACCTAGCTTTGAG TAGTGGC CTG ATT . T TGG ATTTGTA T AAAATTC A GG . T TGTATAG T G GTA TTT CA TCTAACCT A TTTTCTCCA C AAA C AACTTGGTCA T . T GAC AATAG ATA A AA ATAAA T ACTTT A . ATCTTTTCATTAAACAGAG GGG A T G G AGGG AAA TTAGC . AACTCCA T G ATAG .
blockSeqs : . TTGCA TTTGCCT . A . GTT T . TACGACACACTATCTGACCATAAA TGAAG . ATC . . CC . . . A . . A GTTA . . AG GC T CAAACTA . TTAACCCG . . . ACCATGGCC . . . AGG GTAAC TG C . . . AC . . AATACCTTTAACA GAA . G T T G A TGACC . ACCATG T G . .
blockSeqs : . ACTT CCTAGCC . A . AAT A . GACACATCATCAGTTTATAAA ACTT . CC . . C . . . T . . T A . . T C T AACAACC . GATGCTA . . . ACCTTGGTC . . . GGC A TA C . . . CC . . AATCTTGAATG . . C T A A A TCCCC . GCCATG T G . .
blockSeqs : . CCTA CTTGTCC . T . GTT G . TTACAAAATATCATCTTATGA T . CC . . C . . . T . . C C . . A T T GAAATTC . TTAGCA . . . GCAATCCCT . . . TGC G CA T . . . CA . . AAAT T G A C TACT . AACTTC A G . .
blockSeqs : . GCTA CTTCATC . A . GAT G . AACTATCGTCTGCTCATTAG T . TC . . C . . . T . . T G . . A G T TATGTT . ATACAG . . . ATCTTGAGC . . . GGT A AA C . . . CA . . . T A A TTAC . ACATT T . . .
blockSeqs : . T CTGGCC . A . TTG T . GATGGCACCGTCTGTTTGAG T . TC . . G . . . C . . A A . . A C A TAACCT . TTACAA . . . TCTTGGCT . . . AAT G CA T . . . C . . A CCA . T . .
blockSeqs : AGTAGT . G . ATT G . AAAGACATTTGATTTTGAG T . CT . . C . . . C . . C G . . G A T TAAAAA . TGACTG . . . ACTTCATC . . . CAG G AA T . . . C . . . . .
blockSeqs : TTCAGC . A . GGT G . ATCGCACATCATCTGGCAA C . TC . . C . . . C . . G G . . A A A TATTTT . CACCA . . . TCTTGGT . . . AGA G TG C . . . C . .
blockSeqs : TTTCT . T . CGT A . CATGAAACATCATCTGGC C . TC . . C . . . C . . A T . . A C . CAAACT . TACT . . . ACCTTGA . . . GTT G TG T . . . G . .
blockSeqs : TGGAC . A . GT G . CATTAGATATCCTTAGAA T . C . . A . . . C . . A G . . A C . C . . . . . GCAT . . . GG A TC C . . . C . .
blockSeqs : TTCGC . A . GT G . AAAGACACATGTGGT G . C . . C . . . T . . C G . . G T . . . ACC . . . GA G AA G . . . . . .
blockSeqs : . . A . T . . T . . . . T . . . T . . C A . . G C . . . TCC . . . . A TG . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . C . . . C . . . . . . . . . . GCT . . . . . CA
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : CTTGCC************************* A********** NACGACACATCATCTGNCTTGAG************************ ***** TAANCT***** TTACCG******* ACCTTGGCC******* C* AATCTTAACG************************* A*****
originalCons : TTCAAACTGTGTGGCAGTCATTTAACCCTTTC--TNC-CA----GTGACCTTGACC-------------------CT-----TGGCCAA-ATGA----------CCT-TGGTTCAGGG----TN----AC--G---A-----C-----A-----T-C--TGGCTT-TGAGCAA---T------CTTT---GTG-CCA-A-GTATGAA-C--TTC-------T-AATGTCTT-------TCCAT--TA-----CANA------G---TT-A-TGGCCC--A-GA-C--AAAT-ATTT--CA-AA-CT-T-TTTT--T---A--CCGGTG-ACCT---T-G-N-C--T-TG-G-C--A-AA-TGACC-TTGGNTCA----G----GGTCA-CGACACA-CCATCT--GGCCAT-----AA-GCAA----C-T-T-TGTGTCAAGTATGAGCTTCT-A---AT--C----TT-----T------AAC---GTTTTGGAC-TGAACAANAATTTNAA---G--TTTTA--TTCACCAGTG-ACCTTGA---CCATGGCCAAATGACCTTGGGTCAA----GGTCAT-GAA
finalCons : TTCAAACTGTGTGGCAGTCATTTAACCCTTTC--TNC-CA----GTGACCTTGACCCTTGCC-------------------------AA-ATGA----------CCT-TGGTTCAGGG----TNACGACACATCATCTGNCTTGAG------------------------CAA---T------CTTT---GTG-CCA-A-GTATGAA-C--TTC-------T-AATGTCTT-------TCCAT--TA-----CANA------G---TT-A-TGGCCC--A-GA-C--AAAT-ATTTTAANCT-----T-TTTTTACCG-------GTG-ACCT---T-GACCTTGGCC-------A-AA-TGACC-TTGGNTCA----G----GGTCA-CGACACAC-CATCT--GGCCAT-----AA-GCAA----C-T-T-TGTGTCAAGTATGAGCTTCTAATCTTAACG-------------------------TTTTGGAC-TGAACAANAATTTNAAA-----TTTTA--TTCACCAGTG-ACCTTGA---CCATGGCCAAATGACCTTGGGTCAA----GGTCAT-GAA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCAAATGTGGCATTTTCAATTTCCATTCCATCCAATGATTTAGCTGTTGAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTCTTTTTCACTAGTAAATTTGATTTTGGTCAAATGACTGTCATTTAGGATTATAAACATT
Unaligned ( gi|22 ): TTCTTATATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAACAAAAAGAAACTTAGTATG
Alignments
lowQualScore : 11 1 11 11111111111111111111 444444444444444444444444444 11111111111 44444444444444444 11111 1111111111 111 111111111 22222222222 111111111 111111 44444444444444444444444444444444444444444444 111 33333333 2222222222
lowQualScore : 88 5 11 77777777777777777777 5 777 333333333333333333333333333 33333333333 3 0 2 0 55555 2 2 33333333333333333 88888888 444 11111 5 0 4444 8888888 2 33 8888888 3 33 77777777 3333333333 2 2 33 2 5555 33 222 111111111 3 3 00000000000 66 777 000000000 3 6 2 5555 5555 2 44 0 22 33 77777 2 666666 3 99999999999999999999999999999999999999999999 1 1 1 444 11111111 4444444444 1 3 88
lowQualScore : .. . .. .................... . ... ........................... ........... . . . . ..... . . ................. ........ ... ..... . . .... ....... . .. ....... . .. ........ .......... . . .. . .... .. ... ......... . . ........... .. ... ......... . . . .... .... . .. . .. .. ..... . ...... . ............................................ . . . ... ........ .......... . . ..
lowQualScore : 00 0 00 22222222222222222222 0 888 888888888888888888888888888 66666666666 1 2 8 7 88888 4 9 00000000000000000 55555555 777 33333 0 8 2222 1111111 5 44 1111111 8 44 66666666 9999999999 4 4 77 9 6666 99 555 444444444 6 6 22222222222 55 888 888888888 4 8 5 3333 3333 5 88 1 88 99 11111 9 888888 3 11111111111111111111111111111111111111111111 0 7 0 000 22222222 5555555555 0 5 22
consensus : TTCAAACTGTGTGGCAGTCATTTAAC--CCTTTC--TNC-CA----GT------G-ACCT---TGACC-------------CTC------G-CC-AAATGA----------CCT-TGGTTCAGGGTN-A-CGACACATCATCT-GN-CT-T-------GA-GCAA---T----CTTT---GTG-TCA-A-GTATGAA-C--TTC-------T-AATG--TCTT-------TCCAT--TA-----CANA------G---TT-A-TGGCCC--AG-A-C--A--AATA-TTT--C--AAN-CT-T-TTTT--TA---CCGGTG-ACCT---TGACCTTGGC------C-AAATGACCTTGGNT-C----AG----GGTC-ACGACACA-CCATCT--GGCCAT-----AA-GCAA----C-T-TTGTGTCAAGTATGAGCTTCT-A---AT---C-T---------T-AATATT--TCGGA-----C-TGAACAANAATTTNAAA---TTTTATT-ACCAGTGACCTTGA---CCAT-GCCAAATGACCTTGGGTCAAGGTCAT-GAA
Reference ( family-1263 ) : TTCAAACTGTGTGGCAGTCATTTAAC--CCTTTC--TNC-CA----GT------G-ACCT---TGACC-------------CTT------G-CC-AAATGA----------CCT-TGGTTCAGGGTN-A-CGACACATCATCT-GN-CT-T-------GA-GCAA---T----CTTT---GTG-CCA-A-GTATGAA-C--TTC-------T-AATG--TCTT-------TCCAT--TA-----CANA------G---TT-A-TGGCCC--AG-A-C--A--AATA-TTT--T--AAN-CT-T-TTTT--TA---CCGGTG-ACCT---TGACCTTGGC------C-AAATGACCTTGGNT-C----AG----GGTC-ACGACACA-CCATCT--GGCCAT-----AA-GCAA----C-T-TTGTGTCAAGTATGAGCTTCT-A---AT---C-T---------T-AACGTT--TTGGA-----C-TGAACAANAATTTNAAA---TTTTATTCACCAGTGACCTTGA---CCATGGCCAAATGACCTTGGGTCAAGGTCAT-GAA
gi|1 : TTCAAACTGTGTGGTA--TATTTAAT--CCTTTC--TCC-CA----GTCACATTG-ACCA---TAGCCAAATCACACAAACCTT------GGTC-AAATGAGTTGAAATGACAC-TGATTTGGGATA-A-C-ACACACTACCT-AT-TT-T-------TATGCAA---T----TTTT---GTA-ACATATGTAAGAA-A--TTC-------C-AGTG--TCTT-------TCTGT--TGATTGTTGAA------G---CT-A-AAATCC--AA-G-C--A--CAAA-TTT--C--AAAACT-T-TTCTGTTA---CCAGTG-ATCT---TGAATTTGGC------A-AACTAGCATTGACT-C----GG----GCTA-AAGAGACAGCCAT-T--GATCAT-----AA-GCAAC---C-T-CTGTGTTATGGATGAGCTTCTCACGTAT---CATCATTCAAAGT-AATATT--CTGGA-----C-TAAACAAATACTTCAA
gi|10 : ggcttaCATCT--AGTCAT-----AA-ATAAA---C-T-TCATGTCAAATACGAGTATCT-A---A-------------------AT-TT--TTGGG-----CATGGTCAATAA---GAAAGGGTTTTATT-ACTAGTAATCTTGA---CCATGGCTAATTGAACTTGGTTCAAGGTCATAGAAgcctcttacccttaagtgcatcttatagc
gi|11 : tttgatatagcatggttctaaagtgatggtcct-A-TGGCCC--TG-G-C--C--AA-A-GTT--T--ATG-TT-T-TATT--TA---GCAGTG-ACCT---TGACCATGGC------C-AAATGACCTTGG-T-CAAATAG----GATC-ATGATACA-ACATCT--GGCAAT-----AA--CAA----tatt
gi|12 : ctttgggtcagggtatacatatatcatccagaacgTAAC--TTTATC--TTT-CATTTGGT------G-ACCT---TGACC-------------TTT------G-CCTAAACGT----------CCT-TGGTTCATTGTT-G-TGACACACTACCTAGC-TT-T-------GA-GCAA---T----CTTC---ATGATTA-ATATATTAACC--TTC-------T-ACTG--TCTT-------ACAAT--TA-----AATA------A---CA-A-TGGGCC--Aagcattc
gi|13 : -A-GTATGAG-C--TTC-------T-AAAG--CTTT-------TCAAG--TA-----CA-A------C---TT-AGTGGCCT--AGGA-T--A--GGTA-TTT--TCTAAC-CT-T-TTTT--TTTCTCCAGTG-ATCT---TGACCTTGGT------C-AAATGACCATGACT-C----CA----GGTT-ATAATACA-
gi|14 : ------G-CC-AAATGA----------TCT-TGGTTATTGGTA-A-AGACACAT------G-----T-------GG-TCCA---T----ATTTCTGGTG-CCA-A-ATATGGG-C--TCC-------T-TATG--TC---------TCTGT--TT-----CAAA------G---TT-A-AGGCCtt
gi|15 : taTTTAACA---TTTCCTCCA--AGTGGCTTTGAACTCCA--GC-AATTTATCTTGTGTCAAGGTCAT-GAAtgg
gi|16 : tt---TGACCTTGGCAATCCCT-AAATGACCTTAGGT-C----AG----GATC-ACAACGCA-CCAGCA--GTTTGT-----AG-GAAAC---C-T-TTGTGataccctcataatatt
gi|18 : aacTG-ACCT---TCATCTTGGC------T-AAATGACCTT---T-T----AGTAACAGCC-AAAACACA-CCATGT--AGCCAC-----AA-GCAA----C-TATTGTG
gi|19 : TTT--TA---CTTGTG-CCCT---TGACCCTGGC------C-AGATGACCTTGAAT-T----AA----GGCT-ACAATACA-CCA
gi|2 : tttccagcccccTTTAAA--ATGTGGCAGTCATTCAAC--CCTTTC--TCC-TA----GT------G-ATCT---TGACC-------------CCTA-----G-CC-AAATGT----------CCT-TGGTTCAGTGTA-A-AGACA-----TTT-GA-TT-TT------GA-GCAA---T----CATT---GTG-CCA-A-GTATCAA-C--TTC-------T-GATG--TGTT-------TCTAT--TA-----CATA------A---TT-A-TGGCCC--AG-A-G--A--AATA-TTT--C--AAA-CTAT-TTTA--TA---CAGAAA-ATCT---TG-TCTTGGT------A-TAATGACCTTGGCT-C----AA----GGTC-ACAGTAAA-TCATCT--GACCAT-----AA-GCAA----C-C-TTGTGTCAAGTATATATTTCT-A---AT---C-T---------TGAATGTT--TTGAA-----T-TGAACAAGAATTTGAAA---CTTTATTGACCAGTGATCATGG---CCATGGCCAAATGACCTAGGGTCAAGTTTAT-CAA
gi|21 : TTT-TTCCCCAGTGACCTTGA---C-ATTTCCAAATGACCATGGGCTAAGATCAT-A
gi|23 : TTTC--TTTGCA----GT------G-ACCC---TGACC-------------TTT--------CT-AAATGA----------CCT-TGGcaca
gi|24 : tacaaagttgt---TGACCTTGGC------A-TAATGACCTTTGCT-C----AG----GGTC-AAAATACA-CCA
gi|3 : gACAT-AT-T-GG-CT-T-----------CAA---T----TTTT---GTGATCA-A-GTGTGTA-G--TTC----------AT---TTTT-------TCTA-------------A------G---TT-G-TGGCCA--AA-A-C--A--ATTC-TTT--T--AAC-CT-T-GTT----------GATG---CTAA-CGACCTTGAC------C-AAAAAA-----GAT-C----AG----AACCAATAAC-TA-TCGTCT--GCTCAT-----TA-GCAA----CAT-TTGTGTCAAGAATAAACTTCT-----AT---C-T---------T-TTCATTAAACAGAGATGTC-TGAAAAACAATTTTAAA---AATTAT------GTCACCTTG-------T--CCAAATGGCCTT-GGTCA
gi|3 : gaaaTCTTTTAAC--CTTGTTGATGC-TA----AC------G-ACCT---TGACC---------------------------AAAAAA----------------GATCAGAACC-AATAAC-TATCGTCT-GCTCA-T-------TA-GCAA---C----ATTT---GTG-TCA-A-GAATAAA-C--TTC-------T-A-----TCTT-------TTCAT--TA-----AACA------G---AG-A-TGTCT----G-A-A--A--AACAATTT--T--AAA-AA-T-T-------------ATG--------TCACCTTGTC------C-AAATGGCCTTGG----------------TC-ATGACACA-TCATCA--GTTTAT-----AA-ACAAACTTT-T-TTTTGTCAAGAATGAGCTTCT-A---AT---tgacacatcatcagtttataaacaaacttttttttgtcaagaatgagcttctaatgtctctgcattacgtatttatggc
gi|3 : gaaaacatattggcttcaatttttgtgatcaagtgtgtagttcattttttctaagttgtggccaaaacaatC-------------CTT------GTCC-AAATGG----------CCT-TGGT-------C-A-TGACACATCATCA-GT-TTAT-------AA-ACAAACTT----TTTT---TTG-TCA-A-GAATGAG-C--TTC-------T-AATG--TCTC-------TGCAT--TA-----CGTA------T---TT-A-TGGCgtctctgcattacgtatttatggc
gi|4 : gaaaacatattggcttcaatttttgtgatcaagtgtgtagttcattttttctaagttgtggccaaaacaattcttttaaccttgttgatgctaacgaccttgaccaaaaaagatcagaaccaataactatcgtctgctcattagcaacatttgtgtcaagaataaacttctatcttttcattaaacagagatgtctgaaaaacaattttaaaaattatgtcaTTC--TT--------GT------G-ACCT---TGACC-------------AGT------A-GT-GAATGA----------CCT-TGTTGGATGATTTA-CAAAATATCATCT-TA----T-------GA---AA---C----CT-------------A-GTATAAA-C--TTC-------TTGATG--TATTAAAATTCTCCAT--TA-----CAAA------G---TTTA-TGGCCTGTAA-A-A--A--GATA-TCTAAC--AAC-CT-T-TTC----A---CCACTGCAGCTAAATGACCTTGA---------AGATGTCCTTGGTT-C----AG----A-TC-TTGACATA-CCATCT--GGCCATATAAAAA-G-AA----CAT-TTGTGTTGACTGTTAGCCTCT-T---AT---G-T---------T-
gi|4 : tatgattcaaaATCTAACAACCTTTT--CAC-CA----CT------GCAGCTAAATGACC--------------TT------G-A--AGATGT----------CCT-TGGTTCA-GATC-T-TGACATACCATCT-GG-CCATATAAAAAGA-ACA----------TTT---GTG-TTG-A-CTGTTAG-C--CTC-------T-TATGTTTCTT-------TC--T--TA-----C--A------G---TT-A-TTGCCC--AG-G-C--A--AATG-Ttctttcttacagttattgcccaggcaaatgtgtgggacagat
gi|5 : tatgattcaaattcttgtgaccttgaccagtagtgaatgaccttgttggatgatttacaaaatatcatcttatgaaacctagtataaacttcttgatgtattaaaattctccattacaaagtttatggcctgtaaaaagatT---TGACCTGGAC------T-AA-------TAGGT-C----AG----AGTC-ATGAAACA-TCATCT--GGCAAT-----CA-GTAA----gtgggacagat
gi|5 : tatggatcaaactatgatTCAGAGTC-A-TGAAACATCATCT-G----------------GCAA---T----C--------------A-GTAATAA-A--TTG-------T-ATTC--TTTC-------TTCAT--TA-----TACA------G---TT-A-TGACCT--GG-G-C--A--AA-----------AA-------TTCC--TA---CT------CCT---CTAC-TTCAT------C-AAATGTCTTTAATT-C----AG----GG-C-ATCGCACA-TCATCT--GGCAAC-----AATGAAG----C-T-TTGTA-CAAGTTTGGGCTTCT-A---AT---taaattgtattctttcttcattatacagttatgacctgggcaaaaattcctactcctctacttcatcaaatgtctttaattcagggcatcgcacatcatctggcaacaatgaagctttgtacaagtttgggcttctaatgtcttcccatcacagatatggcccagacaaaaaaaaaatgggacag
gi|5 : tatggatcaaactatgatttgacctggactaataggC-AAATGT----------CTT-TAATTCAGGGCA-T-CG-CACATCATCT-GG-C-----------A-ACAA---TGAAGCTTT---GTA--CA-A-GTTTGGG-C--TTC-------T-AATG--TCTT-------CCCAT--CA-----CAGA-----------T-A-TGGCCC--AG-A-C--A--AAgtcttcccatcacagatatggcccagacaaaaaaaaaatgggacag
gi|6 : tatggatcaaactatgatttgacctggactaataggtcagagtcatgaaacatcatctggcaatcagtaataaattgtattctttcttcattatacagttatgacctgggcaaaaattcctactcctctacttcatTTTTAAA---TTT-----AC--ATGACCTTGA---ACTTCAGCAAATGACC-TGTGTCAAGGTCAT-aaaaaaatgggacag
gi|6 : tT------G-ACCT---TGAAC-------------TTC------A-GC-AAATGA----------CCTGTG--TCAAGGTC-A-TTAGATATCCTTA-GA-ATAT-------TA-GTGG---C----CTTT---GTG-CTG-A-GTTAGAG-T--ATC-------C-AATG--TGTT-------TTTGT--TA-----TAAA------A---TT-A-TGGTTC--AG-A-T--ATGAA-A-TT----------CT-T-TTTT--AAC--CCGGTA-GCCT---TGATCTTGAG------C-AAATTACCTTCAGT-C----AA----AGTC-AAAATAC-----TTTAAAGTCAT-----CA-GCAG----G-T-CTGTGTTAAATATtagatatccttagaatattagtggcctttgtgctgagttagagtatccaatgtgtttttgttataaaattatggttcagatatgaaattcttttttaacccggtagccttgatcttgagcaaattaccttcagtcaaagtcaaaatactttaaagtcatcagcaggtctgtgttaaatat
gi|7 : tttttaaatttacaCT---TGACC-------------TTC------G-CA-ACATGA----------CCT-TGGGTCAGGGTG-A-TGGCAC--CGTCT-GT--T-T-------GA-GCTA---G----ATTT---GTG-C----------------TTC-------T-AACA--TCTT----------ATGGTA-----CAAA------------------CAC--AA-G-TTTA--AAT--TTT--T--ATT-TT-T-TTTT--TA---CAAGAG-ACCT---TGAACTTGGT------CAAAATGACCTTAGAT-T----AG----GGTC-ATGCCAGA-CCA-CT--TACCAT-----AG-TCAC----C-T-TTGTGATAAATAT
gi|8 : CAA---T----CTTT---GTA-TCA-A-ACATAAA-C--TTC-------T-GAAG--TCT---------CTAT--TA-----TACATGTATAG---CT-A-TGACCT--GT-A-C--A--AAAA-TTT--C--AAA-CT-TATTTT--GA---CTGGTG-ACCC---TGGCT------------------ACCTTTGTTTC----AA----GGTC-ACAATACA-GCACCT--GATCAT-----AT-GCA----------TA-GTCAAGTATGATTGTCT-A---ATACCT-T---------T-AACATT--ctttcc
gi|9 : aaagggcacttatttctaataGACC-------------CTCTCATTGG-CT-AAATGA----------CCT-TGCGTCAGG-TT-A-CGACACACTATCT-GA-CCAT-------AA-ACAA---C----CTTT---GTG-TCA-A-G---GAA-TGGTTCATTTGTAT-AATA--TCTT-------TCCAT--AA-----CACA------GTTATT-A-TGGCCC--GG-AGC--A--AA
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TCCCCCCCCCACCCCCCCCCCCCCAAATGTGGCATTTTCAATTTCCATTCCATCCAATGATTTAGCTGTTGAA
Unaligned ( gi|20 ): TTTCTTTTTCACTAGTAAATTTGATTTTGGTCAAATGACTGTCATTTAGGATTATAAACATT
Unaligned ( gi|22 ): TTCTTATATATCCCCCCCCCCCCCCCCCCCAACAAAAAGAAACTTAGTATG