lowQualScore                  :             222    33333333333       111111111111111                      2222222222                           1                       
lowQualScore                  :   6         333 0  77777777777   44  999999999999999    777    5 44     0 7777777777   2  2 5 2 2  4     7  4  2         0  2          
lowQualScore                  :   .         ... .  ...........   ..  ...............    ...    . ..     . ..........   .  . . . .  .     .  .  .         .  .          
lowQualScore                  :   0         333 7  22222222222   33  222222222222222    888    0 11     5 1111111111   0  5 0 5 4  7     1  2  3         1  4          
consensus                     : TCCCCACCAGGA---CGTCGCTC--AA-A-CTCAATG-------GGGCCNTAGGGC---GGCCCCTAGACCCCTG--TA-GT-NTGCCCG-T-C-A-GA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
Reference ( gi|5 )            : TCTCCACCAGGA---CGTC-CT---AA-A-CTCGATG-------GGACCATAGGGT---GGCCTCTAGACCCCTG--TA-AT-TTGCTCG-T-C-A-GA-GCATG-CATTTAAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
gi|12                         : TCCCCACCAGGA---CGCC-CT---AA-A-CTCGATG-------GGACAATAGGGT---GGCCTCTAGGCCCCTG--TA-TT-GTGC
gi|4                          :   gCCATCAGGA---CTTCGCTCGAAA-ATCTCAATG-------G--CCAT-GGGT---GGCCCCT-GAACTCTG--TA-GTGTTTCTCG-TTC-A-GAAGCATGACACTCAGGTT-CGGCTTA-GGTACGCC
gi|3                          :  tcCCATCAGGA---CTTCGCTCGAAA-ATCTCAATG-------G--CCAT-GGGT---GGCCCCT-GAACTCTG--TA-GTGTTTCTCG-TTC-A-GAAGCATGACACTCAGGTT-CGGCTTA-GGTACGCC
gi|7                          :  tcCCATCAG-A---CTTCGCTC--AA-ATCTCAATG-------TGAT----GGGT---GGCCCCTAGAACCCTG--TAGGT-GTGCTCG---C-ATTA-GCATGCCACTTCAG-TTCGGCTTA-GATACGC
gi|1                          :    CCACCAGGGTTTCGCC-CT----------TGATGAAGCCTCGGGCCTTAGGGC---GGCATCTAGACTCCT---TG-AC-C-G-TCGAT-C-A-GA-GCATG-TACTTCAATTTAGGCCTATGTTAC-CCACact
gi|8                          :   gccaCCAGGGTTTCGTC-CT---GG-A-CTCACTT-------GGGCTTTAGAGC---GGACCCAATACCC---------T-TTCCCCG-T-C-A-AA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
gi|6                          :                 GTC-CC---AGGA-TTCACTG-------GGAGC-TAGGGTCACGGT-----GACCCTCA--AA-CT-CTGCCGG-T-CGA-GT-GCATG-CATTTCAGTTTCTGCCTT-GGTATACCACt
gi|11                         :                gtttcacccttg-A-CTCATTG-------CAGCCATAGGGC---GGCCCC-AGACCC---------T-TTGCCCG-C-T-A-GA-GAATG-CACTTCAGTTTTGGCCTA-AGTACGCCACt
gi|10                         :                             g-CTCACTG-------GGGCCTTCGAGC---TGCCAATAGGCCCCTG-----------CCCG-T-C-A-GA-ACATG-CACTTCGTCTTCGG-ATA-GGTATGTCACtg
gi|13                         :                                                 gcttgacccagggCCCCTAGAACCCTG--TA-GT-GTGCTCG-T-C-A-TA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCTTA-GATACGCCACtag
gi|14                         :                                                                      CCCCTCCCTA-GT-GTGCTTA-T-C-A-GA-GCATG-CATTTCAGTTACGGCTTA-GGTACGCCAtg
gi|15                         :                                                                                  T-CTGC-CG-T-C-A-GA-GCATG-CACATCGGTTTTGGCCTA-GGTACGTCAC
gi|18                         :                                                                                 acctTGCCCA-T-C-A-GA-GCATA-CACTTCAGTTTAGGCTAA-GGTACGCCACt
gi|16                         :                                                                                     TGCCCA-T-C-A-GA-GCATG-CACTTTAGTTTCGGACTT-GGTACt
gi|17                         :                                                                                accccaGCCCA-T-C-A-CA-GCATG-CACTTCATTTTCGGTGAA-GGTACGCCACa
gi|19                         :                                                                                         CG-T-C-A-AA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCACtg
gi|2                          :                                                                                         CG-T-C-A-GA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCATA-GGTACGCCAtg
gi|21                         :                             ccaccagggcttcgctttaaaaaatcatccattacttcgtccgcgggcccccaccagggcttcgtccg-GA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTT-TGTACACCACt
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): TGGGCCTCCTCCAGGGCCCTAGAGCTGCACCCAACCCACACACCCTGCCCGTCAAAGCATGTATTTCAGATTCGACCCAAGTACGTCACTGCC
Unaligned ( gi|20 ): GGGCTCATTATGGCCTCGAGGCAAATTTTTCCTCAGAC






Alignments
lowQualScore                  :                                     22222222       1111111                               11111                                                        
lowQualScore                  :                               7  4  22222222    0  1111111 44  66 4   666        4     0 55555 3    4   4 6666 2  4     6                  2          
lowQualScore                  :                               .  .  ........    .  ....... ..  .. .   ...        .     . ..... .    .   . .... .  .     .                  .          
lowQualScore                  :                               9  3  77777777    8  8888888 22  44 3   444        2     8 55555 0    4   4 9999 1  2     3                  1          
consensus                     :                  TCCCCACCAGGACTTCGCTC-GAA---CTCGATG-------GG-GCCNTAGGG---CGGCCCCTAGACCCCTGTA-GTNTGCC-CGT-C----A-GA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
Reference ( family-12474 )    :                  TCCCCACCAGGACGTCGCTC-AAA---CTCAATG-------GG-GCCNTAGGG---CGGCCCCTAGACCCCTGTA-GTNTGCC-CGT-C----A-GA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
gi|1                          :                     CCACCAGGGTTTCGCCC--------TTGATGAAGCCTCGG-GCCTTAGGG---CGGCATCTAGACTCCT-------TGAC-CGT-CGATCA-GA-GCATG-TACTTCAATTTAGGCCTATGTTAC-CCAC
gi|10                         :                                      gcca---CTCACTG-------GG-GCCTTCGAG---CTGCCAATAGGCCCCTG--------CC-CGT-C----A-GA-ACATG-CACTTCGTCTTCGG-ATA-GGTATGTCAC
gi|11                         :                            gcttgacccagggA---CTCATTG-------CA-GCCATAGGG---CGGCCCC-AGACCC-------TTTGCC-CGC-T----A-GA-GAATG-CACTTCAGTTTTGGCCTA-AGTACGCCACtag
gi|12                         :                 gTCCCCACCAGGACGCC-CT--AAA---CTCGATG-------GG-ACAATAGGG---TGGCCTCTAGGCCCCTGTA-TTGTGCtg
gi|13                         :                                                                            gCCCCTAGAACCCTGTA-GTGTGCT-CGT-C----A-TA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCTTA-GATACGCCAC
gi|14                         :                                                                             CCCCT----CCCT--A-GTGTGCT-TAT-C----A-GA-GCATG-CATTTCAGTTACGGCTTA-GGTACGCCAtg
gi|15                         :                                                                                               TCTGCC--GT-C----A-GA-GCATG-CACATCGGTTTTGGCCTA-GGTACGTCAC
gi|16                         :                                                                                             acctTGCC-CAT-C----A-GA-GCATG-CACTTTAGTTTCGGACTT-GGTACt
gi|17                         :                                                                                            accccaGCC-CAT-C----A-CA-GCATG-CACTTCATTTTCGGTGAA-GGTACGCCACa
gi|18                         :                                                                                                 TGCC-CAT-C----A-GA-GCATA-CACTTCAGTTTAGGCTAA-GGTACGCCACtg
gi|19                         :                                                                                                     -CGT-C----A-AA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCACt
gi|2                          :                                                                                                     -CGT-C----A-GA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCATA-GGTACGCCAtg
gi|21                         :                                            ccaccagggcttcgctttaaaaaatcatccattacttcgtccgcgggcccccaccagggcttcgtccg-GA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTT-TGTACACCACt
gi|3                          :                   gCCCATCAGGACTTCGCTC-GAAAATCTCAATG-------G---CCAT-GGG---TGGCCCCT-GAACTCTGTA-GTGTTTCTCGTTC----A-GAAGCATGACACT-CAGGTTCGGCTTA-GGTACGCCtg
gi|4                          :                   tCCCATCAGGACTTCGCTC-GAAAATCTCAATG-------G---CCAT-GGG---TGGCCCCT-GAACTCTGTA-GTGTTTCTCGTTC----A-GAAGCATGACACT-CAGGTTCGGCTTA-GGTACGCC
gi|5                          :                 tTCTCCACCAGGACGTC-CT--AAA---CTCGATG-------GG-ACCATAGGG---TGGCCTCTAGACCCCTGTA-ATTTGCT-CGT-C----A-GA-GCATG-CATTTAAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
gi|6                          :                                         A---TTCACTG-------GGAGC--TAGGGTCACGGT-----GACCCTCAAA-CTCTGCC-GGT-CG---A-GT-GCATG-CATTTCAGTTTCTGCCTT-GGTATACCAC
gi|7                          : gtttcacccttggtcccaggCCATCAG-ACTTCGCTC-AAAT--CTCAATG-------TG-AT----GGG---TGGCCCCTAGAACCCTGTAGGTGTGCT-CG--C----ATTA-GCATGCCACTTCAG-TTCGGCTTA-GATACGCt
gi|8                          :                        CCAGGGTTTCGTCCTGGA---CTCACTT-------GG-GCTTTAGAG---CGGACCCAATACCC-------TTTCCC-CGT-C----A-AA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCACact
gi|9                          :                                                    -------GG-GCCCTAGAG---CTGCACCCA-ACCCACACA-CCCTGCC-CGT-C----A-AA-GCATG-TATTTCAGATTCGACCCA-AGTACGTCACt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GGGCTCATTATGGCCTCGAGGCAAATTTTTCCTCAGAC






Alignments
lowQualScore                  :                                 2222222      11111111                           22222222                                                     
lowQualScore                  :                         00      1111111    0 55555555     5 4           2     1 22222222      4  6666 2 4      6                  2          
lowQualScore                  :                         ..      .......    . ........     . .           .     . ........      .  .... . .      .                  .          
lowQualScore                  :                         44      7777777    8 99999999     8 3           3     5 11111111      4  9999 1 2      3                  1          
consensus                     :             TCCCCACCAGGACTTCGCTC-GAA---CTCGATG-------GGGCCNTAGGGCGGCCCCTAGACCCCTGTA-GT-NTGCCCG-TC----A-G-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
Reference ( family-12474 )    :             TCCCCACCAGGACTTCGCTC-GAA---CTCGATG-------GGGCCNTAGGGCGGCCCCTAGACCCCTGTA-GT-NTGCCCG-TC----A-G-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
gi|1                          :                CCACCAGGGTTTCGCCC--------TTGATGAAGCCTCGGGCCTTAGGGCGGCATCTAGACTCCT--------TGACCG-TCGATCA-G-AGCATG-TACTTCAATTTAGGCCTATGTTAC-CCAC
gi|10                         :                                 gcca---CTCACTG-------GGGCCTTCGAGCTGCCAATAGGCCCCTG---------CCCG-TC----A-G-AACATG-CACTTCGTCTTCGG-ATA-GGTATGTCAC
gi|11                         :                       gcttgacccagggA---CTCATTG-------CAGCCATAGGGCGGCCCC-AGACCC-------T-TTGCCCG-CT----A-G-AGAATG-CACTTCAGTTTTGGCCTA-AGTACGCCACtag
gi|12                         :            gTCCCCACCAGGAC---GCCCTAAA---CTCGATG-------GGACAATAGGGTGGCCTCTAGGCCCCTGTA-TT-GTGCtg
gi|13                         :                                                                   gCCCCTAGAACCCTGTA-GT-GTGCTCG-TC----A-T-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCTTA-GATACGCCAC
gi|14                         :                                                                    CCCCT----CCCT--A-GT-GTGCTTA-TC----A-G-AGCATG-CATTTCAGTTACGGCTTA-GGTACGCCAtg
gi|15                         :                                                                                      T-CTGCC-G-TC----A-G-AGCATG-CACATCGGTTTTGGCCTA-GGTACGTCAC
gi|16                         :                                                                                     acctTGCCCA-TC----A-G-AGCATG-CACTTTAGTTTCGGACTT-GGTACt
gi|17                         :                                                                                    accccaGCCCA-TC----A-C-AGCATG-CACTTCATTTTCGGTGAA-GGTACGCCACa
gi|18                         :                                                                                         TGCCCA-TC----A-G-AGCATA-CACTTCAGTTTAGGCTAA-GGTACGCCACtg
gi|19                         :                                                                                             CG-TC----A-A-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCACt
gi|2                          :                                                                                             CG-TC----A-G-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCATA-GGTACGCCAtg
gi|21                         :                                   ccaccagggcttcgctttaaaaaatcatccattacttcgtccgcgggcccccaccagggcttcgtccg-G-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTT-TGTACACCACt
gi|3                          :              gCCCATCAGGACTTCGCTC-GAAAATCTCAAT---------GGCCAT-GGGTGGCCCCT-GAACTCTGTA-GTGTTTCTCGTTC----A-GAAGCATGACAC-TCAGGTTCGGCTTA-GGTACGCCtg
gi|4                          :              tCCCATCAGGACTTCGCTC-GAAAATCTCAAT---------GGCCAT-GGGTGGCCCCT-GAACTCTGTA-GTGTTTCTCGTTC----A-GAAGCATGACAC-TCAGGTTCGGCTTA-GGTACGCC
gi|5                          :            tTCTCCACCAGGACGTC-CT--AAA---CTCGATG-------GGACCATAGGGTGGCCTCTAGACCCCTGTA-AT-TTGCTCG-TC----A-G-AGCATG-CATTTAAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
gi|6                          :                   CCAGGA-TTCACTG-GGA------GCTA-------GGGTC--ACGGTGACCCTCAAAC---------T-CTGCCGG-TCG---A-G-TGCATG-CATTTCAGTTTCTGCCTT-GGTATACCAC
gi|7                          : gtttcacccttggtcCCATCAG-ACTTCGCTC-AAAT--CTCAATG-------TGAT----GGGTGGCCCCTAGAACCCTGTAGGT-GTGCTCG--C----ATT-AGCATGCCACTTCAG-TTCGGCTTA-GATACGCt
gi|8                          :                   CCAGGGTTTCGTCCTGGA---CTCACTT-------GGGCTTTAGAGCGGACCCAATACCC-------T-TTCCCCG-TC----A-A-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCACact
gi|9                          :                                               -------GGGCCCTAGAGCTGCACCCA-ACCCACACA-CC-CTGCCCG-TC----A-A-AGCATG-TATTTCAGATTCGACCCA-AGTACGTCACt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GGGCTCATTATGGCCTCGAGGCAAATTTTTCCTCAGAC






Alignments
lowQualScore                  :                                 2222222      11111111                           22222222                                                     
lowQualScore                  :                         00      1111111    0 55555555     5 4           2     1 22222222      4  6666 2 4      6                  2          
lowQualScore                  :                         ..      .......    . ........     . .           .     . ........      .  .... . .      .                  .          
lowQualScore                  :                         44      7777777    8 99999999     8 3           3     5 11111111      4  9999 1 2      3                  1          
consensus                     :             TCCCCACCAGGACTTCGCTC-GAA---CTCGATG-------GGGCCNTAGGGCGGCCCCTAGACCCCTGTA-GT-NTGCCCG-TC----A-G-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
Reference ( family-12474 )    :             TCCCCACCAGGACTTCGCTC-GAA---CTCGATG-------GGGCCNTAGGGCGGCCCCTAGACCCCTGTA-GT-NTGCCCG-TC----A-G-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
gi|1                          :                CCACCAGGGTTTCGCCC--------TTGATGAAGCCTCGGGCCTTAGGGCGGCATCTAGACTCCT--------TGACCG-TCGATCA-G-AGCATG-TACTTCAATTTAGGCCTATGTTAC-CCAC
gi|10                         :                                 gcca---CTCACTG-------GGGCCTTCGAGCTGCCAATAGGCCCCTG---------CCCG-TC----A-G-AACATG-CACTTCGTCTTCGG-ATA-GGTATGTCAC
gi|11                         :                       gcttgacccagggA---CTCATTG-------CAGCCATAGGGCGGCCCC-AGACCC-------T-TTGCCCG-CT----A-G-AGAATG-CACTTCAGTTTTGGCCTA-AGTACGCCACtag
gi|12                         :            gTCCCCACCAGGAC---GCCCTAAA---CTCGATG-------GGACAATAGGGTGGCCTCTAGGCCCCTGTA-TT-GTGCtg
gi|13                         :                                                                   gCCCCTAGAACCCTGTA-GT-GTGCTCG-TC----A-T-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCTTA-GATACGCCAC
gi|14                         :                                                                    CCCCT----CCCT--A-GT-GTGCTTA-TC----A-G-AGCATG-CATTTCAGTTACGGCTTA-GGTACGCCAtg
gi|15                         :                                                                                      T-CTGCC-G-TC----A-G-AGCATG-CACATCGGTTTTGGCCTA-GGTACGTCAC
gi|16                         :                                                                                     acctTGCCCA-TC----A-G-AGCATG-CACTTTAGTTTCGGACTT-GGTACt
gi|17                         :                                                                                    accccaGCCCA-TC----A-C-AGCATG-CACTTCATTTTCGGTGAA-GGTACGCCACa
gi|18                         :                                                                                         TGCCCA-TC----A-G-AGCATA-CACTTCAGTTTAGGCTAA-GGTACGCCACtg
gi|19                         :                                                                                             CG-TC----A-A-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCACt
gi|2                          :                                                                                             CG-TC----A-G-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCATA-GGTACGCCAtg
gi|21                         :                                   ccaccagggcttcgctttaaaaaatcatccattacttcgtccgcgggcccccaccagggcttcgtccg-G-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTT-TGTACACCACt
gi|3                          :              gCCCATCAGGACTTCGCTC-GAAAATCTCAAT---------GGCCAT-GGGTGGCCCCT-GAACTCTGTA-GTGTTTCTCGTTC----A-GAAGCATGACAC-TCAGGTTCGGCTTA-GGTACGCCtg
gi|4                          :              tCCCATCAGGACTTCGCTC-GAAAATCTCAAT---------GGCCAT-GGGTGGCCCCT-GAACTCTGTA-GTGTTTCTCGTTC----A-GAAGCATGACAC-TCAGGTTCGGCTTA-GGTACGCC
gi|5                          :            tTCTCCACCAGGACGTC-CT--AAA---CTCGATG-------GGACCATAGGGTGGCCTCTAGACCCCTGTA-AT-TTGCTCG-TC----A-G-AGCATG-CATTTAAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
gi|6                          :                   CCAGGA-TTCACTG-GGA------GCTA-------GGGTC--ACGGTGACCCTCAAAC---------T-CTGCCGG-TCG---A-G-TGCATG-CATTTCAGTTTCTGCCTT-GGTATACCAC
gi|7                          : gtttcacccttggtcCCATCAG-ACTTCGCTC-AAAT--CTCAATG-------TGAT----GGGTGGCCCCTAGAACCCTGTAGGT-GTGCTCG--C----ATT-AGCATGCCACTTCAG-TTCGGCTTA-GATACGCt
gi|8                          :                   CCAGGGTTTCGTCCTGGA---CTCACTT-------GGGCTTTAGAGCGGACCCAATACCC-------T-TTCCCCG-TC----A-A-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCACact
gi|9                          :                                               -------GGGCCCTAGAGCTGCACCCA-ACCCACACA-CC-CTGCCCG-TC----A-A-AGCATG-TATTTCAGATTCGACCCA-AGTACGTCACt


blockSeqs                     :                                 GAAAAT       G            T C           A     C GTAGTGT       T  G    T A      A                  .
blockSeqs                     :                                 GAAAAT       G            A A           A     C GTAGTGT       T  .    . A      A                  .
blockSeqs                     :                                 TAAA         G            A A           A     C GTAGGTG       .  .    . .      C                  .
blockSeqs                     :                                 AAAT         G            A A           A     C GTATTG        .  .    . .      .                  .
blockSeqs                     :                                 TGGA         A            A A           A     C GTAGTG        .  .    . .      .                  .
blockSeqs                     :                                 AAA          G            A A           A     C GTAATT        .  .    . .      .                  .
blockSeqs                     :                                 GGA          T            T A           A     C ACACCC        .  .    . .      .                  .
blockSeqs                     :                                              .            C .           A     C AGTG          .  .    . .      .                  .
blockSeqs                     :                                              .            . .           A     A TT            .  .    . .      .                  .
blockSeqs                     :                                                           . .           .     . TC            .  .    . .      .                  .
blockSeqs                     :                                                                         .     . TT            .  .    . .      .                  .
blockSeqs                     :                                                                         .     . G             .  .    . .      .                  .
blockSeqs                     :                                                                                               .  .    . .      .                  .
blockSeqs                     :                                                                                               .  .    . .      .                  .
blockSeqs                     :                                                                                               .  .    . .      .                  .
blockSeqs                     :                                                                                               .  .    . .      .                  .
blockSeqs                     :                                                                                               .  .    . .      .                  .
blockSeqs                     :                                                                                                       . .      .                  .


blockSeqCons                  :                                 NAAA***      G*******                           GTAGTG**         ****
originalCons                  :             TCCCCACCAGGACTTCGCTC-GAA---CTCGATG-------GGGCCNTAGGGCGGCCCCTAGACCCCTGTA-GT-NTGCCCG-TC----A-G-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
finalCons                     :             TCCCCACCAGGACTTCGCTCNAAA---CTCGATG-------GGGCCNTAGGGCGGCCCCTAGACCCCTGTAGTG--TGCCCG-TC----A-G-AGCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GGGCTCATTATGGCCTCGAGGCAAATTTTTCCTCAGAC






Alignments
lowQualScore                  :                                     1111        1111111                               2222222                                                      
lowQualScore                  :                                 4   7777 3  3   0000000 22  555   0       77777       9999999    4   4 6666 2  4     6                  2          
lowQualScore                  :                                 .   .... .  .   ....... ..  ...   .       .....       .......    .   . .... .  .     .                  .          
lowQualScore                  :                                 9   7777 6  3   8888888 00  666   1       66666       3333333    4   4 9999 1  2     3                  1          
consensus                     :             TCCCCACCAGGACTTCGCCCNAAA----C-TCGATG-------GGGCCNTAGGGCGGCCCCTA----GACCCCTGTA-GTGTGCC-CGT-C----A-GA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
Reference ( family-12474 )    :             TCCCCACCAGGACTTCGCTCNAAA----C-TCGATG-------GGGCCNTAGGGCGGCCCCTA----GACCCCTGTA-GTGTGCC-CGT-C----A-GA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
gi|1                          :                CCACCAGGGTTTCGCCC----------TTGATGAAGCCTCGGGCCTTAGGGCGGCATCTA----GACTCCT-------TGAC-CGT-CGATCA-GA-GCATG-TACTTCAATTTAGGCCTATGTTAC-CCAC
gi|10                         :                     gccaCTTGACCCAGGG----C-TCACTG-------GGGCCTTCGAGCTGCCAATA----GGCCCCTG--------CC-CGT-C----A-GA-ACATG-CACTTCGTCTTCGG-ATA-GGTATGTCAC
gi|11                         :                                   gA----C-TCATTG-------CAGCCATAGGGCGGCCCC-A----GACCCTT-------TGCC-CGC-T----A-GA-GAATG-CACTTCAGTTTTGGCCTA-AGTACGCCACtag
gi|12                         :            gTCCCCACCAGGAC---GCCCTAAA----C-TCGATG-------GGACAATAGGGTGGCCTCTA----GGCCCCTGTA-TTGTGCtg
gi|13                         :                                                                     gCCCCTA----GAACCCTGTA-GTGTGCT-CGT-C----A-TA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCTTA-GATACGCCAC
gi|14                         :                                                                      CCCCT--------CCCT--A-GTGTGCT-TAT-C----A-GA-GCATG-CATTTCAGTTACGGCTTA-GGTACGCCAtg
gi|15                         :                                                                                                 C-CGT-C----A-GA-GCATG-CACATCGGTTTTGGCCTA-GGTACGTCAC
gi|16                         :                                                                                      accttctgTGCC-CAT-C----A-GA-GCATG-CACTTTAGTTTCGGACTT-GGTACt
gi|17                         :                                                                                         accccaGCC-CAT-C----A-CA-GCATG-CACTTCATTTTCGGTGAA-GGTACGCCACa
gi|18                         :                                                                                              TGCC-CAT-C----A-GA-GCATA-CACTTCAGTTTAGGCTAA-GGTACGCCACtg
gi|19                         :                                                                                                  -CGT-C----A-AA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCACt
gi|2                          :                CCACCAGGGCTTCGCTTTAAAAAATCATCCATT-------ACTTCGTCCGCGGGCCCCCACCAGGGCTTC-------GTCCG-CGT-C----A-GA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCATA-GGTACGCCAtg
gi|21                         :                                                                                                             -GA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTT-TGTACACCACt
gi|3                          :              gCCCATCAGGACTTCGCTCGAAAAT--C-TCAATG-------G--CCAT-GGGTGGCCCCT-----GAACTCTGTA-GTGTTTCTCGTTC----A-GAAGCATGACACT-CAGGTTCGGCTTA-GGTACGCCtg
gi|4                          :              tCCCATCAGGACTTCGCTCGAAAAT--C-TCAATG-------G--CCAT-GGGTGGCCCCT-----GAACTCTGTA-GTGTTTCTCGTTC----A-GAAGCATGACACT-CAGGTTCGGCTTA-GGTACGCC
gi|5                          :            tTCTCCACCAGGACGTC---CTAAA----C-TCGATG-------GGACCATAGGGTGGCCTCTA----GACCCCTGTA-ATTTGCT-CGT-C----A-GA-GCATG-CATTTAAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCAC
gi|6                          :                   CCAGGA-TTCACTGGGAG----C-T----A-------GGGTC--ACGGTGACCCTCA----AACTC---------TGCC-GGT-CG---A-GT-GCATG-CATTTCAGTTTCTGCCTT-GGTATACCAC
gi|7                          : gtttcacccttggtcCCATCAG-ACTTCGCTCAAAT----C-TCAATG-------TGAT----GGGTGGCCCCTA----GAACCCTGTAGGTGTGCT-CG--C----ATTA-GCATGCCACTTCAG-TTCGGCTTA-GATACGCt
gi|8                          :                   CCAGGGTTTCGTCCTGGA----C-TCACTT-------GGGCTTTAGAGCGGACCCAA----TACCCTT-------TCCC-CGT-C----A-AA-GCATG-CACTTCAGTTTCGGCCTA-GGTACGCCACact
gi|9                          :                                                 -------GGGCCCTAGAGCTGCACCCA-----ACCCACACA-CCCTGCC-CGT-C----A-AA-GCATG-TATTTCAGATTCGACCCA-AGTACGTCACt
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): GGGCTCATTATGGCCTCGAGGCAAATTTTTCCTCAGAC