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consensus : TCTATGGTGACAACG--CGTATTGGT-ACC--A-TGATTACG-ATA-T-TTGTTTATTAAT-AAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGACAA-TAGCA------ATAA---------C-A---------C--A--T-----------CAG-T---T--TT-A-----C-CGA------TAGC-AC--A------AGC--C--G--C-CTA---GCC----TTA--A-AA-TAGGTT------C--AAAA----CC-GA-------GG-GC---G--ATTC-----A-TGG-AT--------GG-TTG-T-------GAAAT-----T-CAT-CC--AGA----A-----------A-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-CAA---TT--G-TGGATC-A-------------------GATG-A-TAT-TCG-A---T-GAAT-CTC---A--GT--CT--------------A--G----AT--AGTGTT-TAT----CTTGC-C---A-G--AAA-C-----AG---TC--AGG---A------G----A-ACA------T---TCTTT-C--ATA-TG-----------GAC-----A-T--C-G--T-CA-G-T-AACC-GA-G-ACATT--GTC-TT-TTT-AAC-T------A-T--------TG---T-AC-----GC--TTG-AA-T--AAAAATTA-G---T-GAAA--TCG-TTT----------AT-A-TG-AAT-A-T-----T--G-A----AA-TT-C-TT-T-T--ATA--T--C---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-A----AAC------AG-CTAG-TGA--TTT--T-TCAA-TTTTG----CTA-GTAA-AA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAAC
Reference ( gi|3 ) : TCTATGGAGACAATT--CGTATTGGT-ACC--A-TGATTACG-ATA-T-TTGTTTATTAAT-AAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGACAA-TAGCA------ATAA---------C-A---------C--A--T-----------CAG-T---T--TT-A-----C-CGA------TAAC-AC--A------AGC--C--G--C-CTA---GCC----TTA--A-AA-TAGGTT------C--AAAA----CC-GA-------GG-GC---G--ATTC-----A-TGG-AT--------GG-TTG-T-------GAAAA-----T-CAT-CC--AGA----A-----------A-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-CAA---TT--G-TGGATC-A-------------------GATG-A-TAT-TTG-A---T-GAAT-TTC---A--GT--CT--------------A--G----AT--AGTGTT-TAT----CTTAC-C---A-G--AAA-C-----AG---TC--AGG---A------G----A-ACA------T---TCTTT-C--ATA-TG-----------AAC-----A-T--C-A--T-CA-G-T-AACC-GA-G-ACATT--GTC-TT-TTT-AAC-T------A-T--------TG---T-AC---CGGC--TTG-AA-T--AAAAATGA-A---T-GAAA--TCG-TTT----------AT-A-TG-AAT-A-T-----T--G-A----AA-TT-C-TT-T-T--ATA--T--C---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-A----AAT------AG-CTAG-TGA--TTT--T-TCAA-TTTTG----CTA-CTAA-AA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAAC
gi|4 : TCTATGGTGACAACG--CGTATTGGT-ACC--A-TGATTACG-ATA-T-TTGTTTA-------AA-TAGAA-AGCTTA--A-TGACAA-TAGCA------ATAAGGATATATTT-AAGAAG----C--A--T-----------CAG-T---T--TT-A-----C-CGA------TAGC-AC--A------AGC--C--G--C-CTA---GCC----TTA--A-AA-TAGGTT------C---AAA----CC-GA-------GG-GC---G--ATTC-----A-TGA-AT--------GG-TTG-T-------G--AT-----T-TAT-CC--AGA----A-----------A-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-AAAT--TT--G-TGGATC-A-------------------GATG-A-TA--TCG-A---T-GAAT-CT-------GT--CT----------------------AT-----------T----CTTGC-C---A-G--AAA-CAG---AG---TC--GGG---A------G----A-ACA------T---TCTTT-C--ATA-TG-----------GAC-----A-T--C-A--TCCA-G-T-TACC-GA-G-ACATT--GTC-TT-TTT-AAC-TAAAATAA-T--------TG---T-A-------C--TTG-AA-T--AAAAATTT-A---T-GAAA--TCG-TGT----------AT-A-TG-AAT-A-T-----T--G-A----AATTT-T-TT-T-T--ATA--T--C---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-A----AAT------AG-CTAG-TGA--TTT--T-TCAA-TTTTG----CTA-GTAA-AA-GTT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AA---TTAAAC
gi|10 : cTCTATGGTGACAACG--CGTATTGGT-GCC--AATGATTACG-ATA-T-TTGTT--------AAA-TAGAA-AGCTTACTA-TGACAA-TAGCA------ATGA---------GGA---------T--A--T------------A------T--TT-A-----A-AGA------AAGC-AT--ACATATCAGC--C--A--C-CTA---G--------------------TT------C--AAA-----CC-GA-------GG-GC---G--ATTC-----A-TGA-AT--------GG-TTG-T-------G-AAA-----T-CTTACC--AAA----A--------------TT-AT-C-A-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-TAAAT-TT--G-TGGATC-A-------------------GATA-A-TA--TCG-A---T-GAAT-CTCCGGC--GTA-CT--------------A--T----GT--AGT------T----GTTAC-T---A----AGA-C-----GG---TA--AGG---A------GAACAA-ACA------T---TCTTT-CATATA-TG-----------GAC-----A-T--C-T--T-C--G-T-ACCC-GA-G-ACATT--GTC-TT-TTT-AAC-TATA---A-T--------TG---T-A-------C--TTG-AA-T--AAAAAT-A-G---T-GAAA--TCG-TTT----------AT-A-TG-AAT-ATT-----T--G-T----AA-TT-TGCG-T-T--ATA--T--c
gi|2 : acTCTATGGTGACAACG--CGTATTGGT-GCCCAA-TGATT-CGCATA-T-TC---TGTTAA---AT-TAGAA-AGCTTA--T-AGACAA-TA-CA------ATGA---------GGA---------T--A--T------------A------T--TT-AAGAAGCATAA------TAAT-AT--C------AGC--C--A--C-CTA---GTC------------------------------AAA----CC-GA-------GG-GC---AGTATTC-----A-TGA-AT--------GGATTG-T-------GAAA------T-CTT-TC--CAA----A-----------A-TTA-AT-C-AAC-AAA------TTTGC--AAGT-TGACGTTA-AAAAT-TT--G-TGGATC-A-------------------GATA-A-TAG-TCG-A---TAGAAT-CTCCGGAC-GTTACT--------------A--G----TG--ATTGTT--AT----CTAAT-C---A-G--TA--C-----AG-------GGA---A------G----A-ACA------TACATTCTT-C--ATA-TAT----------GAC-----A-T--CTC--T-CC-G-T-ACCC-GA-G--CATT--GTC-TT-TTT-AAC-CTGATTAA-T--------TG---T-------TAC--TTG-AA-TTAAAAAAT---A---G-GAAA--TCG-TTT-----------T-A-TG-AAT-A-T-----T--T-A----AA-GT-T-TT-T-T--ATA--T--C---T-------------T-TT--------GAAT-AAT-TC-T-T-------A----AAC------AG-CTAG-TGA--TTT--T-TCAA-TTAGA----TCA-GTAA-AA-ACT--TT--------TGG----C-ACT--A--CTAAAATTTAGC--T--TG-T--GTAA-TTAAAG--GT-T-AAT-TTTAAAC
gi|12 : cTCTATGTA--CAACG--CTTATT--T-AC-------ATTAT--ACA-A-TTGTTTATTAA--AAA-TAGAA-AAGTTA----TGACAA-TAGCA------ATTA---------A-A---------C--A--T-----------CAG-T---T--TTTA-----C-CGA------TAGCTAC--A------AGA--C--G--CTCTA---TCC----TTA--A-AA-TAGGT-------C--AAAA----TC-GA-------GG-GC------ATTC-----A-TGG-AT--------GG-T-G-T-------TGAAT-----T-TAT-CC--ATA----A-----------A-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA--TTA-CAA---TT--G-T-GATC-A-------------------GATG-T-TA--TTG-A---T-GAAT-CTC---A--GT--CT--------------G--G----AT--AGT-TT-TAT----C-TGC-C---A-G--AAA-CCTTTTAG---TC--A-G---A------G----A-ACA------T---T-TTA-C--ATA-T------------AAC-----A-T--C-ATTT-CG-T-T-AA-C-GA-G-ACATT---TC-TTATTT-AAC-T------c
gi|5 : acCTATGATGACAAACGACG-ATTGGTTACC--A-CGAATACG--TA-T-T-GATTATTAAT-AAATTAGAACAGCT----A-TG--AA-TAGCA------G-AA---------C-A---------CAAA--T-----------CAGCT---T--TT-AGAT--T-CAAGATTTTTAGC-AC--A------A----C--A--C-CTA---GCC----TTAAGA-AA-TAGGTT------C--AAAA----CCTGA-------GGAGC---G--ATTC-----A-TGG--T--------GG-TTGTT-------GAAAT-----T-CAT-TA--AAA----T-----------T-TTT-AT-C-G-C--AA------TTT-C--A-GT-TGA-GT---CAA---TTTGA-TGGATC-A-------------------GATG-A--A--TTG-A---T-GACA-TCC---A--GT--CT--------------A--G----AT---GTGTT-TAT----C-TGC-C---A-A--CAG-A-----AG---TC--AGGA--A------G----A-ACA------T---TCTTT-A--ATA-TA-----------GAC-----A-T----A--T-CA-G-TAAACC----G-GCA-T--GTC-TT-TTT-AAC-T------A-T----------------C---C-GC--TTG-AA-T--AAAAATGACA---T-GAAT--CCGATTT----------ATCA-T--AAT-A-T-----T--G-A----AA-TT-C-TT-T-T--ATA--T--C---TA------------T-T---------G-AT-AAT-TT-CAT--GA-A-A----AAT------AG--TAGTTGA----T--T-TCAATTTTTG----CTA-GTAA-AA-ATT--TT----------G----CAACT--A-GCTGAAATTT-GT--G--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTta
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gi|8 : ATG-ATA-TAGTGTTTATTAAT-GAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGACAatttgcacatcagatgtgttctct
gi|7 : -ATA-T-ATGTTTACTAATGAAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGAgccttaaaaataggttcaaaaccgagggtgattcagtggatggttgttgaaattcattccaagaaatttatcgccaaatttgctgttgagttacaatttgtggatcagatgatattgatgaatctccagtctagatagtgtttattcttgcgcagaaaccagagcaggaggacatgcttttcatagtgaacaatcatcagtaaccgagacattgtcttttaactttgttaccggcttgaataaaaattattatgaatattgatattcctttataatcctttgaataattctgaaaatgagtagtgatttttcaatttgctagtaaaaatttttggcactacaactaatttgcttgtggtaattaaagttaattttaaa
gi|6 : AGAA-AGCTTA--ATTGACAATTAGCAATGAGGATAA---------T-ATTTAGAAAGC--A--TAATGTAAAAAATAG-T---TTTTT-A-----C-CAA------TAGC-ACAAA------AAC--C--GCCC-CTAACCGCC----CTA--ACCA-TTGCTC------CTTAAAA----T---A-------G-------------------A-TGG-AT-----------TCG-T-------GAAAAT----T-TAT-C----GC----A-----------A-TTT-TT-T-G-C-AAG-------TTGT-----T-TAA-GTTT-AAAGT-TT--G-TTGACC-A-------------------GATG-A-TA--TCG-A---T-GAAT-CTC---A--GT--CT--------------A--G----GTGCGATG-T-TAT----TTAAG-CAAGA-A--AAA-C-----AGAA-T---AAG---A------GC---A-ACAAACTTGT---TCTTTGC--ATA-TG-----------GAC-----A-T--C-G--T-CA-G-TAAACC-GA-GAACATT--GCC-TA-TTT-AAC-T------A-T--------TG------------------G-A-----AAAATTTA-G---C-GAAA--T-G-TTT----------AT-A-T--AAT-A-T-----T--GCC----AG-TT-C-TT-T-T--ACA--T------T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-G----AAC------AG--TAG-TGA--TTT--T-TCGA-ATTTG----TTA-GTAA-AATGTT--TT--------TGG----C-ACT--aagccttaaaaataggttcaaaaccgagggtggattcagtggatggttgtgaaaattcattccaagaaatttatcgcaaatttgctgttgagttacaatttgtggatcagatgatattgatgaatctccaatctagatagtgtttatcttcgcagaaagcagagcaggaggacatgcttttcataggaacatcatcagtaaccgagacattgtcttttaactattgatttaccgcttgaactaaaaattatattgaatattgatattctttataatcgctttgaataatttctgaaaatgagtagtgatttttcaatttctagtaaaaatttttggcactacacctaaatttgcttgtggtaattaaagtataattttaaaccc
gi|9 : aactctatagaaaggtataataatattattatttttattttattttcttgCAA-TAGCA------A-AA---------C-A---------T--A--T-----------CAG---------------------------------------------GC--C--A--C-CTA---G--------------------TT------C--AAAA----C--GA-------GG-GC---A--ATTC-----A-TGA-ATTATGAAATGG-TTG-T-------GAAAT-----T-TATTCC--AGA----A-----------AATTT-ATTC-G-C-AAA------TTTGC--AAGT-TGA-GTTA-AAAAATTT--G-TGGATC-A-------------------GATA-A-TCA-TCG-A---T-GAAT-CTC---A--GC--GT--------------ACTG----GC--AGT-TG-TAT----CTAGA-C---A-G--GA--T-----AA---TTTAAGG---A------G----A-ACAAAACA-T---TCTTT-C--GTA-TG-----------GGC-----A-T--C-G--TTCA-G-T-AGCCAGA-G-A-ATT--GTC-TT-TT--AACAT------AAT--------TG---T-AC---A-----TTG-AA-TTAAAAAATTA-G---T-GAAA--TCG-TTT----------AT-A-TG-AATGA-T-----T--G-A----AA-GT-T-CT-T-T--ATT--T--C---T-------------T-TT--------GATT-AAT-TT-C-T--G---------AAC------AG-CTAG-TGACTTTT--T-TCAA-TTTAG----CTAGTTAA-AG-A-T--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATT
gi|1 : tgTAA---------C-G------------A--T-----------CAG-T---------A-----C-CGA------TAGC-AC--A------AGC--CCGG--C-CTA---GCC----TTA--A-AA-TAGGTT------C--AAAAA---CC-AAAACAGAAGG-GCCAGG--AGTCGGTGGA-TGGGAT--------GG-TTG-TTGCCAGCGAAAAATAATT-CAT-CC--AGA----AGAGTTGGGTTAA-TTTCAG-A-G-C-AAAGTT---TTTGC--ATGTGTGA-GTTA-CAACT-TT--G-TGTACCTAGCTTGTCTTACTTCGTGGTGATG-AGTATGTTG-----T-GAAG-CTC---A--AT--CTCAGGGTCGCTCATAG--G----AT--AGTGCT-TATGTCCTTTGC-C---A-G--AGA-C-----AG---
gi|15 : AA---------C-A---------C--GATT-----------CAG-CCTAT--TT-A-----C-CGAGTA---TACC-AA--C------AGCAAC--GATC-CTA---ACCCCTATTA--GTAA-GAGGTTATCAAAC--AAAAAACCCC-GA-------GG-GC---G--ATTC-----A-TGGAAT--------GG-ATG-G-------GAAAT-----T-CAT-CC--AGATAACA-----------A-TTT-AT-CAG-C-CAACACACTTTTGCTAA-GT-----GCTACCCA---TT--A-TTACTC-ATG-----------------GAT----TAT-TAGAA---T-GAAT-CTC---ACGATA-CT--------------A--ATTATAT--GATGTTGTGTC---CTTGC-C---A-GACAGA-C-----AGCCATC--AGG---A------GC---ATACA------TG--TCTT-----GT--TA-----------AAC-----A-T--T-A--T----A-C-AACC-Ggagtcatggcacagccgagagaatacatatactgtggttcatcccatgatggaacatcagagtcagctacgttcttgtatgattggctaaccgagacatttgatcttttttaactatatcgaagctgtactcgcggtgattgaaattaaaaaatgaaaattgaaatgttgttttatattagtcatatgcaatatattagtaatacgacttacttttcagtatctttctgtgttcgaaatgaatattcttagaaagataatagcctagtgattttattcaattttgccccctagaagaaattaatttattagcatggcaccaactaaa
gi|8 : A---GCC----TTA--A-AAATAGGTT------C--AAAA----CC-GA-------GG-GT---G--ATTC-----AGTGG-AT--------GG-TTG-TT------GAAAT-----T-CAT-TCCAAGA----A-----------A-TTT-AT-C-G-CCAAA------TTTGC--T-GT-TGA-GTTA-CAA---TTT-G-TGGATC-A-------------------GATG-A-TAT-T-G-A---T-GAAT-CTCC--A--GT--CT--------------A--G----AT--AGTGTT-TATT---CTTGCGC---A-G--AAA-CCAG--AG----C--AGG---A------G----G-ACA------T---GCTTTTC--ATAGTG-----------AAC-----AAT--C-A--T-CA-G-T-AACC-GA-G-ACATT--GTC-TT-TT--AAC-T--------T--------TG---TTAC---CGGC--TTG-AA-T--AAAAAT---------------------T----------ATTA-TG-AAT-A-T-----T--G-A----TA-TT-C-CT-T-T--ATAATC--C---T-------------T-T---------GAAT-AA--TT-C-T--G--A-A----AAT------GA-GTAG-TGA--TTT--T-TCAA--TTTG----CTA-GTAA-AA-ATT--TT--------TGG----C-ACTACA-ACT--AATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAA
gi|7 : atgatatagtgtttattaatgaatagaaagcttaatgacA---GCC----TTA--A-AAATAGGTT------C--AAAA----CC-GA-------GG-GT---GG-ATTC-----AGTGG-AT--------GG-TTG-T-------GAAAA-----TTCAT-TCCAAGA----A-----------A-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--T-GT-TGA-GTTA-CAA---TTT-G-TGGATC-A-------------------GATG-A-TAT-T-G-A---T-GAAT-CTCC--A--AT--CT--------------A--G----AT--AGTGTT-TAT----CTTCG-C---A-G--AAAGC-----AGA--GC--AGG---A------G----G-ACA------T---GCTTTTC--ATA-GG-----------AAC-----A-T--C-A--T-CA-G-T-AACC-GA-G-ACATT--GTC--T-TTT-AAC-T------A-T--------TGATTT-AC---C-GC--TTG-AACT--AAAAA---------------------TT----------AT-ATTG-AAT-A-T-----T--G-A----TA-TT-C-TT-TAT--A-A--TCGC---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-A----AAT------GA-GTAG-TGA--TTT--T-TCAA-TTT------CTA-GTAA-AA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--ACACCTAAATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GTAT-AAT-TTTAAAC
gi|18 : atatatgtttactaatgaaatagaaagcttaatgaaGA----A-----------A-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-AAAT--TT--G-TTGACC-A-------------------AATG-A-TA--TCG-A---T-GGAT-CTC---A--GT--CC--------------A--G----GTG-AATG-T-TAT----TTAGC-C---A-A--ATA-CTG---AG---AC--AGG---GGGGGATG----A-ACA------T---TCT-------TA-CG-----------GAC-----A-T--T-G--T-CA-G-T-AACC-GA-G-ACATT--GTC--T-TTT-AAC-T------A-T--------TG---T-A-------C--TTG-AA-cc
gi|13 : t-A-------------------GATG-A-TA------A-----GAATCTTC---A--GT--CT--------------A--G----ATG-AGTGTT-TAT----CTTGC-C---A-G--AAATC-----AGG--TC--GGG---A------G----A-ACA------T---TCTTT-C--ATA-TGTC---------AGCCTATTA-TGAC-A--C-CACG-T-AACC-GAAG-GCATT--GTC-TT-TTTTAAC--------A-T--------TG---TTAC---T---------AC-T--AAAAATTA-G---TCGAAA--TCG-TTT----------AT-A-T--AAT-A-T-----T--G-A----AA-TTTC-TT-T-T--ACA--T--C---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--GGA----AAC------AG-CTAG-TGA--TTT--T-TCAA-TTTCG----CTA-GTAA-AA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TA-T--GTAA-TTAAAAGTGT-T-AATCTTTAAAC
gi|14 : tATA-A-TAT-C-A-A---T-GAAT-CTC---A--GT--CT--------------A--G----AT--AGTGTT-TAT----CTTGC-C---A-G--AAA-C-----AGAG-TC--GGG---A------G----A-ACA------T---TCTTT-C--ATA-TGTAGCCTATATGGAC-----A-C--C-A--T-CA-G-T-AACC-GA-G-GCATT--GTC-TT-TTT-AAC-T------A-T--------TG---T-AC---------TTT-AC-T--AAAAATTA-G---T-GAAA--TCG-TTT----------AT-A-TA-AAT-A-T-----T--G-A----AA-TT-C-TT-T-T--ACA--T--C---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-A----A-C------AG-CTAG-TGA--TTT--T-TCAA-TTTCG----CTA-GTAA-AA-AAT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TA-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAA
gi|1 : GTT-CAT----CCCAT-G---ATG--GAA-C-----A----TC--AGAGTCA------G----CTACG------T---TCTT-----GTA-TG-----------A-----------------T-TG-GCT-AACC-GA-G-ACATTTGATCTTT-TTT-AAC-T------A-TATCGAAGCTG---T-ACTCGCGGTGATTGAAA-TTAAAAAATGA-AAATT-GAAATGTTG-TTTTATATTAGTCAT-A-TGCAAT-A-TATTAGT--A-ATACGAC-TTAC-TT-T-TCAGTA--T--C---T-------------T-TCTGTGTTCGAAATGAATATT-C-TTAG--A-AAGATAAT------AGCCTAG-TGA--TTTTAT-TCAA-TTTTGCCCCCTA-GAAG-AA-ATTAATTTATTAGCATGG----C-ACC--A-ACTAAA
gi|17 : taacgatcagtaccgatagcacaagcccggcctagccttaaaataggttcaaaaaccaaaacagaagggccaggagtcggtggatgggatggttgttgccagcgaaaaataattcatccagaagagttgggttaatttcagagcaaagtttttgcatgtgtgagttacaactttgtgtacctagcttgtcttacttcgtggtgatgagtatgttgtgaagctcaatctcagggtcgctcataggatagtgcttatgtcctttgccagagacaggagtcatggcacagccgagagaatacatatactgtgC-C---A-G--AGA-C-----AGAA-CA--AGG---A------G----A-ACAACTG--T---TCTTT-C--ATA-TG-----------GAC-----A-T--C-G--G-CA-G-T-AACC-GA-G-ACATT--GCC-TA-TTT-AAC-T------A-T--------TG-----------GAC--TTG-AA-T--AAAAATTA-G---C-AAAC--TCG-TTT----------AC-A-TA-AAT-A-T-----T--G-A----AG-TT-T-TTAT-T--ACA--T--C---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--T-A----AAC------AG-CTAT-TGA--TTT--T-TCGA-TTTTG----CTA-GTAA-AA-TTT--TT--------TGG----T-ACT--A-TCTAAAATAT-GC--T--TG-TG-GTAA-TCAAA---GT-T-AAT-TTTGAA
gi|22 : tag---T-GAAA--TCGGTTT----------AT-A-TGGAAT-A-T-----TTGA-A----AA-TT-C-TT-T-T--ATA--T--CCCTT-------------TGT---------GAAT-AAT-T--C-T--G--A-A----AAA------AG-CTAG-TGA--TTT--T-TCAA-TTTTG----CTA-GTAA-AA-ATT--T-------------------------GCTG-----T-GC-----------GTAA-ATAAA---GT-T-AAT-TTT
gi|25 : -GAAA--TCG-TTT----------AT-A-TG-AAT-A-T-----T--G-A----AA-TT-C--T-T-T--ATA--T--C---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-A----AA-------AG-CTAG-TGA--TTT--T-TC-A-TTTTG----CTA-GTA----------------------------------------AAATTT-GC--T--TGTTG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-t
gi|19 : A--TCG-TTT----------AT-A-TA-AAT-A-T-----T--G-A----AG-TT-C-TT-T-T--ATA--T--C---TAATTTCAAAGACTT-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-A----AAC------AG-CTAG-TTA--TTT--T-TGAA-TTTTG----CTC-GTAA-AA-TTT--TT--------CGG----C-ACT--T-GCTAAAATTT-GC--T--TA-TA-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAAC
gi|20 : TT----------AT---TA-AAT-A-G-----T--G-A----AG-TT-C-TT-T-C--ACA--T--C---A-------------A-T---------AAAT-A-T-TT-C-T--G--A-A----A-C------AA-CTAG-TGA--ATT--T-TCAA-TTTTG----CGA-GTAA-AA-ATG--TT--------TGG----C-ACA--A-ACTAAAATTT-GC--TTATA-TG-GTAA-TTTAA---GT-T-AAT-TTTGAA
gi|24 : --T--C---T-------------T-T---------GAAT-GGT-TTTC-T--G--A-A----AAC------AG-CTAG-TGA--AAT--T-TCAA-TTTTG----GTA-GTAA-AA-ATT--TT--------TGGCACTC-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TA-TG-GTAATTTTAA---GT-T-AAT-TTTGAAC
gi|23 : T-AAT-TT-T-T--G--A-A----AATTT----GC-CTAC-TGA--ATT--T-T-AA-TT---------A-CTAAGAA-ATT--TTGT------TGC----C-ACT--A-GCTAAATTTT-GC--T--TA-TG-GTAA-TAAAA---A----AAC-TTTc
gi|26 : atttgtttctaaatcact-AGT-TT-C-T--GCGA-A----AATTGGTTTGG-CTAG-TTG--GTT--T-CAAA-TTTGG----CCA-GTTG-AA-ATT--TT--------AGG----C-ACT--G-GCCAAAA-TT-GC--C--AG-TGCACAA--AAAA---GT-TAAAT-TCTAgcaccctggg
gi|27 : ------AG-CTAG-TGA--TTT--TTTCAA-TTTTG----CTA-GTAA-AA-ATT--T--------------------------------CTT-G---T--TG--G-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTgccc
gi|11 : -TGA--TTT--T-TCAA-TTT-G----CTA-GTAA-AA-GTT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GCCTT--TG-TGCGTAA-TTAAA---TT-T-AA---TTAAAC
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATGAGGAAAATAAAATAGAATTTCAATATCTTACAAATGTCAACAAAATCATACACATTTACCATAGAAAATAATAACAACCTAAATAAAAAGTTTCATAAATCTGTTGAGTTTTAAATTTCAATTTGT
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Alignments
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lowQualScore : . . . .. . . . . . .. . . .... . . .................... .. . ..... ....... ...... . .................. .. ..... . ... .... ....... ...... ... .... ....... . ...... ..... . . . ........ . . ....... . ..... . . . .. ........... . . . . . . ...... .... . . .. ... .. . . ................... . . .... . ... . . . ...... .. .............. .. .... .. . .. .... .. . .. . ............... .. ...... . ...... ... . .. . ............ . ..... . . . . . .. . . . .................................... .. .. .... .... .. . .......... . .. . . ..... .. . .... . . . . .. . .. .. ... ......................... . . . . .. .. . ............ . .. .. .. . . .... . .. ........ .... . .. . . .. .. . . . ... . . .
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consensus : TCTATGGTGACAA-CG-CGTATTGGT-ACC--ATGATTACG-ATA-T-TTGTTTATTAAT-AAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGACAA-TAGCAAT-AA---------C-A-----C--A--TCAG-T---TTT--A---CCGA------TAGC-AC--A------A--------GC--C--G--C-CTA---GCC----TTA--A-AA-TAGGTT------C--AAAA----CC-------GAGG-GC---G--ATTC-----A-T-GG-AT--------GG-TTG-T-------G-A-----AA-T-TCAT-CC--AGA-----------AA-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-CAA---TT--G-TGGATC-A-------------------GATG-A-TAT-TCG-A---T-GA-ATCT-C---A--GT--CT--------------A--G----AT--AGTGTT-TAT----CTT--GC-CAG--AAA-C-----AG---T-C--AGG--AG------A-ACA------T---TCTTT-C--ATA-TG------------GACA-TCG--T-CAGT-AACC-GA-G-ACATT--GTCTT-TTT-AAC-T------A-T--------TG---T-A-C--GC-----TTGAA--T--AAAAATT----A-GT-GAAAT--CG-TTT----------AT-ATG-AAT-A-T-----T--G-A----AA-TT-C-TT-TT--AT-A--T--C---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-AA----AC------AGC-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTTTG----CTAGTAAAA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAAC
Reference ( family-1247 ) : TCTATGGTGACAA-CG-CGTATTGGT-ACC--ATGATTACG-ATA-T-TTGTTTATTAAT-AAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGACAA-TAGCAAT-AA---------C-A-----C--A--TCAG-T---TTT--A---CCGA------TAGC-AC--A------A--------GC--C--G--C-CTA---GCC----TTA--A-AA-TAGGTT------C--AAAA----CC-------GAGG-GC---G--ATTC-----A-T-GG-AT--------GG-TTG-T-------G-A-----AA-T-TCAT-CC--AGA-----------AA-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-CAA---TT--G-TGGATC-A-------------------GATG-A-TAT-TCG-A---T-GA-ATCT-C---A--GT--CT--------------A--G----AT--AGTGTT-TAT----CTT--GC-CAG--AAA-C-----AG---T-C--AGG--AG------A-ACA------T---TCTTT-C--ATA-TG------------GACA-TCG--T-CAGT-AACC-GA-G-ACATT--GTCTT-TTT-AAC-T------A-T--------TG---T-A-C--GC-----TTGAA--T--AAAAATT----A-GT-GAAAT--CG-TTT----------AT-ATG-AAT-A-T-----T--G-A----AA-TT-C-TT-TT--AT-A--T--C---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-AA----AC------AGC-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTTTG----CTAGTAAAA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAAC
gi|1 : T-AA---------C-G--------A--TCAG-T--------A---CCGA------TAGC-AC--A------A--------GC--CCGG--C-CTA---GCC----TTA--A-AA-TAGGTT------CA-AAAA----CCAAAACAGAAGG-GCCAGG--AGTCGGTGGA-TGGG-AT--------GG-TTG-TTGCCAGCG-AAAAATAA-T-TCAT-CC--AGAAGAGTTGGGTTAA-TTTCAG-A-G-C-AAAGTT---TTTGC--ATGTGTGA-GTTA-CAACT-TT--G-TGTACCTAGCTTGTCTTACTTCGTGGTGATG-AGTATGTTG-----T-GA-AGCT-C---A--AT--CTCAGGGTCGCTCATAG--G----AT--AGTGCT-TATGTCCTTT--GC-CAG--AGA-C-----AG---
gi|1 : -ACG------T---TCTT-----GTA-TG---------------A-TTG--G-C--T-AACC-GA-G-ACATTTGATCTT-TTTTAAC-T------A-TATCGAAGCTG---T-A-CTCGCGGTGATTGAAATT--AAAAAATGAAAA-TT-GAAATGTTG-TTTTATATTAGTCAT-ATGCAAT-A-TATTAGT--A-ATACGAC-TTAC-TT-TTCAGT-A--T--C---T-------------T-TCTGTGTTCGAAATGAATATT-C-TTAG--A-AAGATAAT------AGCCTAGTGA--TT--TTATTCAA-TTTTGCCCCCTAGAAGAA-ATTAATTTATTAGCATGG----C-ACC--A-ACTAAAgagtcatggcacagccgagagaatacatatactgtggttcatcccatgatggaacatcagagtcagctacgttcttgtatgattggctaaccgagacatttgatcttttttaactatatcgaagctgtactcgcggtgattgaaattaaaaaatgaaaattgaaatgttgttttatattagtcatatgcaatatattagtaatacgacttacttttcagtatctttctgtgttcgaaatgaatattcttagaaagataatagcctagtgattttattcaattttgccccctagaagaaattaatttattagcatggcaccaactaaa
gi|10 : taacgatcagtaccgatagcacaagcccggcctagccttaaaataggttcaaaaaccaaaacagaagggccaggagtcggtggatgggatggttgttgccagcgaaaaataattcatccagaagagttgggttaatttcagagcaaagtttttgcatgtgtgagttacaactttgtgtacctagcttgtcttacttcgtggtgatgagtatgttgtgaagctcaatctcagggtcgctcataggatagtgcttatgtcctttgccagagacaggagtcatggcacagccgagagaatacatatactgtggttcatcccatgatggaacatcagagtcagctTCTATGGTGACAA-CG-CGTATTGGT-GCCA-ATGATTACG-ATA-T-TTGT-------T-AAA-TAGAA-AGCTTACTA-TGACAA-TAGCAATGAG---------G-A-----T--A--T-A------TTT--A---AAGA------AAGC-AT--ACATATCA--------GC--C--A--C-CTA-----------------------GTT------C---AAA----CC-------GAGG-GC---G--ATTC-----A-T-GA-AT--------GG-TTG-T-------G-A-----AA-TCTTA--CC--AAA-----------A---TT-AT-C-A-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-TAAAT-TT--G-TGGATC-A-------------------GATA-A-TA--TCG-A---T-GA-ATCT-CCGGC--GTA-CT--------------A--T----GT--AGT------T----GTT--AC-TA---AGA-C-----GG---T-A--AGG--AGAACA--A-ACA------T---TCTTT-CATATA-TG------------GACA-TCT--T-C-GT-ACCC-GA-G-ACATT--GTCTT-TTT-AAC-TATA---A-T--------TG---T-A-----C-----TTGAA--T--AAAAA-T----A-GT-GAAAT--CG-TTT----------AT-ATG-AAT-ATT-----T--G-T----AA-TT-TGCG-TT--AT-A--T--
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gi|13 : ac-A-------------------GATG-A-TA------A-----GA-ATCTTC---A--GT--CT--------------A--G----ATG-AGTGTT-TAT----CTT--GC-CAG--AAATC-----AGG--T-C--GGG--AG------A-ACA------T---TCTTT-C--ATA-TGTCAGCCTATTATGACA-CCA--C---GT-AACC-GAAG-GCATT--GTCTT-TTTTAAC--------A-T--------TG---T---T--AC-----T--AC--T--AAAAATT----A-GTCGAAAT--CG-TTT----------AT-AT--AAT-A-T-----T--G-A----AA-TTTC-TT-TT--AC-A--T--C---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--GGAA----AC------AGC-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTTCG----CTAGTAAAA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TA-T--GTAA-TTAAAAGTGT-T-AATCTTTAAACta
gi|14 : tATA-A-TAT--CA-A---T-GA-ATCT-C---A--GT--CT--------------A--G----AT--AGTGTT-TAT----CTT--GC-CAG--AAA-C-----AGAG-T-C--GGG--AG------A-ACA------T---TCTTT-C--ATA-TGTAGCCTATATG-GACA-CCA--T-CAGT-AACC-GA-G-GCATT--GTCTT-TTT-AAC-T------A-T--------TG---T-A-C---------TTTAC--T--AAAAATT----A-GT-GAAAT--CG-TTT----------AT-ATA-AAT-A-T-----T--G-A----AA-TT-C-TT-TT--AC-A--T--C---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-AA-----C------AGC-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTTCG----CTAGTAAAA-AAT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TA-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAA
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3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1247 ) : TCTATGGTGACAA-CG-CGTATTGGT-ACC--ATGATTACG-ATA-T-TTGTTTATTAAT-AAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGACAA-TAGCAAT-AA---------C-A-----C--A--TCAG-T---TTT--A---CCGA------TAGC-AC--A------A--------GC--C--G--C-CTA---GCC----TTA--A-AA-TAGGTT------C--AAAA----CC-------GAGG-GC---G--ATTC-----A-T-GG-AT--------GG-TTG-T-------G-A-----AA-T-TCAT-CC--AGA-----------AA-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-CAA---TT--G-TGGATC-A-------------------GATG-A-TAT-TCG-A---T-GA-ATCT-C---A--GT--CT--------------A--G----AT--AGTGTT-TAT----CTT--GC-CAG--AAA-C-----AG---T-C--AGG--AG------A-ACA------T---TCTTT-C--ATA-TG------------GACA-TCG--T-CAGT-AACC-GA-G-ACATT--GTCTT-TTT-AAC-T------A-T--------TG---T-A-C--GC-----TTGAA--T--AAAAATT----A-GT-GAAAT--CG-TTT----------AT-ATG-AAT-A-T-----T--G-A----AA-TT-C-TT-TT--AT-A--T--C---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-AA----AC------AGC-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTTTG----CTAGTAAAA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAAC
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gi|10 : taacgatcagtaccgatagcacaagcccggcctagccttaaaataggttcaaaaaccaaaacagaagggccaggagtcggtggatgggatggttgttgccagcgaaaaataattcatccagaagagttgggttaatttcagagcaaagtttttgcatgtgtgagttacaactttgtgtacctagcttgtcttacttcgtggtgatgagtatgttgtgaagctcaatctcagggtcgctcataggatagtgcttatgtcctttgccagagacaggagtcatggcacagccgagagaatacatatactgtggttcatcccatgatggaacatcagagtcagctTCTATGGTGACAA-CG-CGTATTGGT-GCCA-ATGATTACG-ATA-T-TTGT-------T-AAA-TAGAA-AGCTTACTA-TGACAA-TAGCAATGAG---------G-A-----T--A--T-A------TTT--A---AAGA------AAGC-AT--ACATATCA--------GC--C--A--C-CTA-----------------------GTT------C---AAA----CC-------GAGG-GC---G--ATTC-----A-T-GA-AT--------GG-TTG-T-------G-A-----AA-TCTTA--CC--AAA-----------A---TT-AT-C-A-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-TAAAT-TT--G-TGGATC-A-------------------GATA-A-TA--TCG-A---T-GA-ATCT-CCGGC--GTA-CT--------------A--T----GT--AGT------T----GTT--AC-TA---AGA-C-----GG---T-A--AGG--AGAACA--A-ACA------T---TCTTT-CATATA-TG------------GACA-TCT--T-C-GT-ACCC-GA-G-ACATT--GTCTT-TTT-AAC-TATA---A-T--------TG---T-A-----C-----TTGAA--T--AAAAA-T----A-GT-GAAAT--CG-TTT----------AT-ATG-AAT-ATT-----T--G-T----AA-TT-TGCG-TT--AT-A--T--
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gi|15 : -AA---------C-A-----C--GATTCAG-CCTATTT--A---CCGAGTA---TACC-AA--C------A--------GCAAC--GATC-CTA---ACCCCTATTA--GTAA-GAGGTTATCAAAC--AAAAAACCCC-------GAGG-GC---G--ATTC-----A-T-GGAAT--------GG-ATG-G-------G-A-----AA-T-TCAT-CC--AGATAAC-------AA-TTT-AT-CAG-C-CAACACACTTTTGCTAA-GT-----GCTACCCA---TT--A-TTACTC-ATG-----------------GAT----TAT-TAGAA---T-GA-ATCT-C---ACGATA-CT--------------A--ATTATAT--GATGTTGTGTC---CTT--GC-CAGACAGA-C-----AGCCAT-C--AGG--AGC-----ATACA------TG--TCTT
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gi|18 : taGA-----------AA-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-AAA---TTT-G-TTGACC-A-------------------AATG-A-TAT--CG-A---T-GG-ATCT-C---A--GT--CC--------------A--G----GTG-AATGTT--AT----TTA--GC-CAA--ATA-CTG---AG---A-C--AGG--GGGGGATGA-ACA------T---TCTT-------A-CG------------GACA-TTG--T-CAGT-AACC-GA-G-ACATT--GTC-T-TTT-AAC-T------A-T--------TG---T-A-----C-----TTGAA--
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gi|25 : -GAAAT--CG-TTT----------AT-ATG-AAT-A-T-----T--G-A----AA-TT-C--T-TT--AT-A--T--C---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-AA----A-------AGC-TAGTGA--TT--TT--TC-A-TTTTG----CTAG---------------------------------------TAAAATTT-GC--T--TGTTG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-c
gi|26 : -AGT-TT-C-T--GCGA-AA----ATTGGTTTGGC-TAGTTG--GT--TT--CAAA-TTTGG----CCAGTTGAA-ATT--TT--------AGG----C-ACT--G-GCCAAAA-TT-GC--C--AG-TGCACAA--AAAA---GT-TAAAT-TCTA
gi|27 : ------AGC-TAGTGA--TT--TTT-TCAA-TTTTG----CTAGTAAAA-ATT--T--------------------------------CTT-G---T--TG--G-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTgccc
gi|3 : TCTATGGAGACAA-TT-CGTATTGGT-ACC--ATGATTACG-ATA-T-TTGTTTATTAAT-AAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGACAA-TAGCAAT-AA---------C-A-----C--A--TCAG-T---TTT--A---CCGA------TAAC-AC--A------A--------GC--C--G--C-CTA---GCC----TTA--A-AA-TAGGTT------C--AAAA----CC-------GAGG-GC---G--ATTC-----A-T-GG-AT--------GG-TTG-T-------G-A-----AA-A-TCAT-CC--AGA-----------AA-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-CAA---TT--G-TGGATC-A-------------------GATG-A-TAT-TTG-A---T-GA-ATTT-C---A--GT--CT--------------A--G----AT--AGTGTT-TAT----CTT--AC-CAG--AAA-C-----AG---T-C--AGG--AG------A-ACA------T---TCTTT-C--ATA-TG------------AACA-TCA--T-CAGT-AACC-GA-G-ACATT--GTCTT-TTT-AAC-T------A-T--------TG---T-A-CCGGC-----TTGAA--T--AAAAATG----A-AT-GAAAT--CG-TTT----------AT-ATG-AAT-A-T-----T--G-A----AA-TT-C-TT-TT--AT-A--T--C---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-AA----AT------AGC-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTTTG----CTACTAAAA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAAC
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gi|6 : cAGAA-AGCTTA--ATTGACAATTAGCAAT-
gi|6 : aactctatagaaaggtataataatattattatttttattttattttcttgTAAT-ATT-TAGAA-AGCATA--A-TG-----------T-AA---------A-A-----A--A--T-AG-T---TTTTTA---CCAA------TAGC-ACAAA------A--------AC--C--GCCC-CTAACCGCC----CTA--ACCA-TTGCTC------CTTAAAA----T---------AG-------------------A-T-GG-AT-----------TCG-T-------GAA-----AA-T-TTAT-C----GC-----------AA-TTT-TT-T-G-C-AAG-------TTGT-----T-TAA-GTTT-AAAGT-TT--G-TTGACC-A-------------------GATG-A-TA--TCG-A---T-GA-ATCT-C---A--GT--CT--------------A--G----GTGCGATG-T-TAT-----TTAAGC-AAGAAAAA-C-----AGAA-T----AAG--AGC-----A-ACAAACTTGT---TCTTTGC--ATA-TG------------GACA-TCG--T-CAGTAAACC-GA-GAACATT--GCCTA-TTT-AAC-T------A-T--------TG-------------------GA------AAAATTT----A-GC-GAAAT---G-TTT----------AT-AT--AAT-A-T-----T--GCC----AG-TT-C-TT-TT--AC-A--T------T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-GA----AC------AG--TAGTGA--TT--TT--TCGA-ATTTG----TTAGTAAAATGTT--TT--------TGG----C-ACT--gaggataatatttagaaagcataatgtaaaaaatagttttttaccaatagcacaaaaaccgcccctaaccgccctaaccattgctccttaaaatagatggattcgtgaaaatttatcgcaattttttgcaagttgtttaagtttaaagtttgttgaccagatgatatcgatgaatctcagtctaggtgcgatgttatttaagcaagaaaaacagaataagagcaacaaacttgttctttgcatatggacatcgtcagtaaaccgagaacattgcctatttaactattggaaaaatttagcgaaatgtttatataatattgccagttcttttacattttgaataatttctgagaacagtagtgatttttcgaatttgttagtaaaatgtttttggcact
gi|7 : aactctatagaaaggtataataatattattatttttattttattttcttgagaaagcttaattgacaattagcaatgagga-ATA-T-ATGTTTACTAATGAAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGA
gi|7 : A---GCC----TTA--A-AAATAGGTT------C--AAAA----CC-------GAGG-GT---GG-ATTC-----AGT-GG-AT--------GG-TTG-T-------G-A-----AAAT-TCAT-TCCAAGA-----------AA-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--T-GT-TGA-GTTA-CAA---TTT-G-TGGATC-A-------------------GATG-A-TAT-T-G-A---T-GA-ATCT-CC--A--AT--CT--------------A--G----AT--AGTGTT-TAT----CTT--CG-CAG--AAAGC-----AGA--G-C--AGG--AG------G-ACA------T---GCTTTTC--ATA-GG------------AACA-TCA--T-CAGT-AACC-GA-G-ACATT--GTC-T-TTT-AAC-T------A-T--------TGATTT-ACC--GC-----TTGAAC-T--AAAAATT----A----------------T----------AT--TG-AAT-A-T-----T--G-A----TA-TT-C--T-TT--ATAA--TCGC---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-AA----AT------GAG-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTT------CTAGTAAAA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--ACACCTAAATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GTAT-AAT-TTTAAACaagccttaaaaataggttcaaaaccgagggtggattcagtggatggttgtgaaaattcattccaagaaatttatcgcaaatttgctgttgagttacaatttgtggatcagatgatattgatgaatctccaatctagatagtgtttatcttcgcagaaagcagagcaggaggacatgcttttcataggaacatcatcagtaaccgagacattgtcttttaactattgatttaccgcttgaactaaaaattatattgaatattgatattctttataatcgctttgaataatttctgaaaatgagtagtgatttttcaatttctagtaaaaatttttggcactacacctaaatttgcttgtggtaattaaagtataattttaaaccc
gi|8 : atatatgtttactaatgaaatagaaagcttaatgaaATG-ATA-TAGTGTTTATTAAT-GAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGACAcc
gi|8 : A---GCC----TTA--A-AAATAGGTT------C--AAAA----CC-------GAGG-GT---G--ATTC-----AGT-GG-AT--------GG-TTG-TT------G-A-----AA-T-TCAT-TCCAAGA-----------AA-TTT-AT-C-G-CCAAA------TTTGC--T-GT-TGA-GTTA-CAA---TTT-G-TGGATC-A-------------------GATG-A-TAT-T-G-A---T-GA-ATCT-CC--A--GT--CT--------------A--G----AT--AGTGTT-TATT---CTT--GCGCAG--AAA-CCAG--AG-----C--AGG--AG------G-ACA------T---GCTTTTC--ATAGTG------------AACAATCA--T-CAGT-AACC-GA-G-ACATT--GTCTT-TT--AAC-T--------T--------TG---TTA-CCGGC-----TTGAA--T--AAAAATT----A----------------T-----------T-ATG-AAT-A-T-----T--G-A----TA-TT-C-CT-TT--AT-AATC--C---T-------------T-T---------GAAT-AA--TT-C-T--G--A-AA----AT------GAG-TAGTGA--TT--TT--TCAA--TTTG----CTAGTAAAA-ATT--TT--------TGG----C-ACTACA-ACT--AATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAAgccttaaaaataggttcaaaaccgagggtgattcagtggatggttgttgaaattcattccaagaaatttatcgccaaatttgctgttgagttacaatttgtggatcagatgatattgatgaatctccagtctagatagtgtttattcttgcgcagaaaccagagcaggaggacatgcttttcatagtgaacaatcatcagtaaccgagacattgtcttttaactttgttaccggcttgaataaaaattattatgaatattgatattcctttataatcctttgaataattctgaaaatgagtagtgatttttcaatttgctagtaaaaatttttggcactacaactaatttgcttgtggtaattaaagttaattttaaa
gi|9 : atgatatagtgtttattaatgaatagaaagcttaatgacCAA-TAGCAA--AA---------C-A-----T--A--TCAG-------------------------------------------------GC--C--A--C-CTA---G--------------------TT------C--AAAA----C--------GAGG-GC---A--ATTC-----A-T-GA-ATTATGAAATGG-TTG-T-------G-A-----AA-T-TTATTCC--AGA-----------AAATTT-ATTC-G-C-AAA------TTTGC--AAGT-TGA-GTTA-AAAAATTT--G-TGGATC-A-------------------GATA-A-TCA-TCG-A---T-GA-ATCT-C---A--GC--GT--------------ACTG----GC--AGT-TG-TAT----CTA--GA-CAG--GA--T-----AA---T-TTAAGG--AG------A-ACAAAACA-T---TCTTT-C--GTA-TG------------GGCA-TCG--TTCAGT-AGCCAGA-G-A-ATT--GTCTT-TT--AACAT------AAT--------TG---T-A-C--A------TTGAA--TTAAAAAATT----A-GT-GAAAT--CG-TTT----------AT-ATG-AATGA-T-----T--G-A----AA-GT-T-CT-TT--AT-T--T--C---T-------------T-TT--------GATT-AAT-TT-C-T--G-----A----AC------AGC-TAGTGACTTT--TT--TCAA-TTTAG----CTAGTTAAA-GAT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATT
blockSeqs : A A T CA C T A TG T C AT T G GGATATATTTAAGAAGC AT C CCTA AGATT GATTTT T AATAATATCA AA GAT T ACC CCTA AGAAA ATCAAA TTA AACC T A AGT . G . A TATGAAAT A T T A . A C T CA TAAC A . T A A C CACACT TAA . C CC AAT TG T . TG C . TTA A AAT A C T CGGAC TA . CT TTAT GC G GT C AA G AC T CTTTTAGTC GA GGGATG T AACTTG ACA G AT G TCAGCCTATTAT A ATTT G A A A A . A T A TGATTAATTGTTAC C TA . GTC . G . C GG G T . TG C . T T G A . A AT CG CCT AATTTCAAAGACTTT . . T A . CG G ATTGGTTT . CT GA T T C . T . GT CACT A AC C A . TA T C T AGT A A C
blockSeqs : . . . . . . . T . . A . . CACAA . C CT TTAC GTA . ACATATCA . GCC . . . GTAA . A . . . GG . G . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . AA . . T AT T . . . . . TTC . . . . . CGGC A . . . G G T T . . AA G AGCCATC A C . AAACA G T . . TAGCCTATATG . TCT A A . . . . . . . AAAATAATTGTAC . T . CAT . A . . G . . . . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . . ATTT . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . T . . GGAT . C T TAC . . AAAA . A . . . ACCA . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AA . . C AT T . . . . . GTC . . . . . ACG A . . . G G T . . . . . AGAGTC . C . ACTG . T . . T . ATC A . . . . . . . . ATTGATTTACCGC . . . GT . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . TGT . . . . . . . AC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . A . . GAT . C T AA . . AA . G . . . AAAA . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C GT T . . . . . TTT . . . . . CA . . . . . G T . . . . . AGAACA . . . . . . . . . . GTT A . . . . . . . . ATTGTACCGGC . . . GT . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . ATT . . . . . . . AC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . A . . AAC . C T AC . . CA . G . . . AAAA . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A T . . . . . . ATC . . . . . CA . . . . . G T . . . . . TGAGAC . . . . . . . . . . TT C . . . . . . . . TTGTTACCGGC . . . GC . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . TTT . . . . . . . AC . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . A . . CAC . C T AC . . AA . A . . . AAA . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A T . . . . . . TC . . . . . A . . . . . G T . . . . . AGAGTC . . . . . . . . . . AC A . . . . . . . . ATAATTGTAC . . . AT . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . AC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . CAC . C T AC . . AA . G . . . AAA . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . TT . . . . . A . . . . . G T . . . . . CAGAGC . . . . . . . . . . AT A . . . . . . . . AATTGTACA . . . AT . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . AA . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . A . . CAC . . T AC . . AA . G . . . AAA . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . TC . . . . . A . . . . . G T . . . . . AATTTA . . . . . . . . . . GG A . . . . . . . . ATTGTTAC . . . GC . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . AC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A . . AAA . . . A . . AA . A . . . AAA . A . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . . . . . TC . . . . . A . . . . . G T . . . . . AGGTC . . . . . . . . . . GT A . . . . . . . . ATTGTAC . . . GT . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . AT . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . CAT . . . . . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . A . . . . . . . TC . . . . . A . . . . . G T . . . . . AGTAC . . . . . . . . . . AT A . . . . . . . . ATTGGAC . . . G . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . AT . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . TT . . . . . A . . . . . . . . . . . . AGAAT . . . . . . . . . . AT A . . . . . . . . ATTGTAC . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . AC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . C . . . . . . . TC . . . . . A . . . . . . . . . . . . AGAGC . . . . . . . . . . GT A . . . . . . . . ATCCGC . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . AT . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . A . . . . . . . TT . . . . . A . . . . . . . . . . . . AGTC . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . ATTG . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . AT . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . TT . . . . . . . . . . . . . . . . . . AGTC . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . AC . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . C . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . . . . C . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . A . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** A*** CAC***************** G**** AAA**** A** ******* G***** ***** ******* ***** *********** ****** A*** *** ******************* TC** ************** **** AGAGTC********* ****** ** ATTGTAC***************************** ** **** ** ********** G* ***** **** ** TT*********************** ** AC********** ** **** ** ******** **
originalCons : TCTATGGTGACAA-CG-CGTATTGGT-ACC--ATGATTACG-ATA-T-TTGTTTATTAAT-AAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGACAA-TAGCAAT-AA---------C-A-----C--A--TCAG-T---TTT--A---CCGA------TAGC-AC--A------A--------GC--C--G--C-CTA---GCC----TTA--A-AA-TAGGTT------C--AAAA----CC-------GAGG-GC---G--ATTC-----A-T-GG-AT--------GG-TTG-T-------G-A-----AA-T-TCAT-CC--AGA-----------AA-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-CAA---TT--G-TGGATC-A-------------------GATG-A-TAT-TCG-A---T-GA-ATCT-C---A--GT--CT--------------A--G----AT--AGTGTT-TAT----CTT--GC-CAG--AAA-C-----AG---T-C--AGG--AG------A-ACA------T---TCTTT-C--ATA-TG------------GACA-TCG--T-CAGT-AACC-GA-G-ACATT--GTCTT-TTT-AAC-T------A-T--------TG---T-A-C--GC-----TTGAA--T--AAAAATT----A-GT-GAAAT--CG-TTT----------AT-ATG-AAT-A-T-----T--G-A----AA-TT-C-TT-TT--AT-A--T--C---T-------------T-T---------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-AA----AC------AGC-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTTTG----CTAGTAAAA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAAC
finalCons : TCTATGGTGACAA-CG-CGTATTGGT-ACC--ATGATTACG-ATA-T-TTGTTTATTAAT-AAA-TAGAA-AGCTTAA---TGACAA-TAGCAAT-AACAC-----------------A--TCAG-T---TTT--A---CCGA------TAGC-AC--A------A--------GC--CG----C-CTA---GCC----TTAAAA----TAGGTT------CA--AAA----CC-------GAGG-GCG-----ATTC-----A-T-GG-AT--------GG-TTG-T-------G-A-----AA-T-TCAT-CC--AGA-----------AA-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGCA---GT-TGA-GTTA-CAA---TT--G-TGGATC-A-------------------GATG-A-TATC--G-A---T-GA-ATCT-C---A--GT--CT--------------A--G----AT--AGTGTT-TAT----CTT--GC-CAG--AAA-CAGAGTC---------AGG--AG------A-ACA------T---TCTTT-C--ATA-TG------------GACA-TCG--T-CAGT-AACC-GA-G-ACATT--GTCTT-TTT-AAC-TATTGTAC-----------------------------TTGAA--T--AAAAATT----A-GT-GAAAT--CG-TTT----------AT-ATG-AAT-A-T-----T--G-A----AA-TT-C-TT-TT--AT-A--T--C---TTT-----------------------GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-AAAC----------AGC-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTTTG----CTAGTAAAA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAAC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): ATGAGGAAAATAAAATAGAATTTCAATATCTTACAAATGTCAACAAAATCATACACATTTACCATAGAAAATAATAACAACCTAAATAAAAAGTTTCATAAATCTGTTGAGTTTTAAATTTCAATTTGT
Unaligned ( gi|28 ): CGTGCAGTGAGGTAAACTAAATGACAATGATACACATGAATAAAGCTCATTC
Unaligned ( gi|29 ): CCTGATTGTACGACAAAGCTGGTATGAACTCTCTAAATTTACTTACAGTA
Alignments
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Reference ( family-1247 ) : TCTATGGTGACAA-CG-CGTATTGGT-ACC--ATGATTACG-ATA-T-TTGTTTATTAAT-AAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGACAA-TAGCAAT-AA---------C-A-----C--A--TCAG-T---TTT--A---CCGA------TAGC-ACA------A--------G--C--C--G--C-C--TA---GCC----TTA--A-A-A-TAGGTT------C--AAAA----CC-------GAGG-GC---G--ATTC-----A-T-GG-AT--------GG-TTG-T-------GA-----AA-T-TCAT-CC--AGA-----------AA-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-CAA---TT--G-TGGATC-A-------------------GATG---AT-A-TCG-A---T-GA-ATCT-C---A--GT--CT--------------A--G----AT-A--GTGTT-TAT----CTT--GC-CAGAAA--C-A---G-A-----GTCAGG-AG------A-ACA------T-TCTTT-C--ATA-TG------------GACA-TCG--T-CAGT-AA-CC-GA-GA-CATT--GTC-TT-TTT-AAC-T------A-T--------TG---T-----A----C-TTG----AA-T--AAAAATTA-GT-GAAATCG-TTTAT-ATG-AAT-A-TT--GA-AA--TT-C-TT-TTAT-A--T--C---T-------------T-T-GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-AA----AC------AGC-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTTTG----CTAGTAAAA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAAC
gi|1 : T-AA---------C-G--------A--TCAG-T--------A---CCGA------TAGC-ACA------A--------G--C--CCGG--C-C--TA---GCC----TTA--A-A-A-TAGGTT------CA-AAAA----CCAAAACAGAAGG-GCCAGG--AGTCGGTGGA-TGGG-AT--------GG-TTG-TTGCCAGCGAAAAATAA-T-TCAT-CC--AGAAGAGTTGGGTTAA-TTTCAG-A-G-C-AAAGTT---TTTGC--ATGTGTGA-GTTA-CAACT-TT--G-TGTACCTAGCTTGTCTTACTTCGTGGTGATGAGTAT-G-TTG-----T-GA-AGCT-C---A--AT--CTCAGGGTCGCTCATAG--G----AT-A--GTGCT-TATGTCCTTT--GC-CAGAGA--C-AG--G-A-----GTCA
gi|1 : --C-A---G-A-----GTCAGC-T---------ACG------T-TCTT-----GTA-TG---------------A-TTG--G-C--T-AA-CC-GA-GA-CATTTGATCTTT-TTT-AAC-T------A-TATCGAAGCTG---T-----A----C-TCGCGGTGA-T--TGAAATTA----AAAA----------ATG-AAA-A-TT--GA-AATGTT-G-TT-TTAT-A--T--tggcacagccgagagaatacatatactgtggttcatcccatgatggaacatcagagtcagctacgttcttgtatgattggctaaccgagacatttgatcttttttaactatatcgaagctgtactcgcggtgattgaaattaaaaaatgaaaattgaaatgttgttttatattagtcatatgcaatatattagtaatacgacttacttttcagtatctttctgtgttcgaaatgaatattcttagaaagataatagcctagtgattttattcaattttgccccctagaagaaattaatttattagcatggcaccaactaaa
gi|1 : taacgatcagtaccgatagcacaagcccggcctagccttaaaataggttcaaaaaccaaaacagaagggccaggagtcggtggatgggatggttgttgccagcgaaaaataattcatccagaagagttgggttaatttcagagcaaagtttttgcatgtgtgagttacaactttgtgtacctagcttgtcttacttcgtggtgatgagtatgttgtgaagctcaatctcagggtcgctcataggatagtgcttatgtcctttgccagagacaggagtcatggcacagccgagagaatacatatactgtggttcatcccatgatggaacatAATGAATATT-C-TTAG--A-AAGATAAT------AGCCTAGTGA--TT--TTATTCAA-TTTTGCCCCCTAGAAGAA-ATTAATTTATTAGCATGG----C-ACC--A-ACTAAAtagtcatatgcaatatattagtaatacgacttacttttcagtatctttctgtgttcgaaatgaatattcttagaaagataatagcctagtgattttattcaattttgccccctagaagaaattaatttattagcatggcaccaactaaa
gi|10 : taacgatcagtaccgatagcacaagcccggcctagccttaaaataggttcaaaaaccaaaacagaagggccaggagtcggtggatgggatggttgttgccagcgaaaaataattcatccagaagagttgggttaatttcagagcaaagtttttgcatgtgtgagttacaactttgtgtacctagcttgtcttacttcgtggtgatgagtatgttgtgaagctcaatctcagggtcgctcataggatagtgcttatgtcctttgccagagacaggagtcatggcacagccgagagaatacatatactgtggttcatcccatgatggaacatcagagtcagctacgttcttgtatgattggctaaccgagacatttgatcttttttaactatatcgaagctgtactcgcggtgattgaaattaaaaaatgaaaattgaaatgttgttttatattagtcatatgcaatatattagtaatacgacttacttttcagtatctttctgtgttcgaTCTATGGTGACAA-CG-CGTATTGGT-GCCA-ATGATTACG-ATA-T-TTGT-------T-AAA-TAGAA-AGCTTACTA-TGACAA-TAGCAATGAG---------G-A-----T--A--T-A------TTT--A---AAGA------AAGC-ATACATATCA--------G--C--C--A--C-C--TA------------------------GTT------C---AAA----CC-------GAGG-GC---G--ATTC-----A-T-GA-AT--------GG-TTG-T-------GA-----AA-TCTTA--CC--AAA-----------A---TT-AT-C-A-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-TAAAT-TT--G-TGGATC-A-------------------GATA---AT-A-TCG-A---T-GA-ATCT-CCGGC--GTA-CT--------------A--T----GT-A--GT------T----GTT--AC-TA-AGA--C-------G-----GTAAGG-AGAACA--A-ACA------T-TCTTT-CATATA-TG------------GACA-TCT--T-C-GT-AC-CC-GA-GA-CATT--GTC-TT-TTT-AAC-TATA---A-T--------TG---T-----A----C-TTG----AA-T--AAAAA-TA-GT-GAAATCG-TTTAT-ATG-AAT-ATTT--GT-AA--TT-TGCG-TTAT-A--T--
gi|11 : acTGA--TT--TT--TCAA-TTT-G----CTAGTAAAA-GTT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GCCTT--TG-TGCGTAA-TTAAA---TT-T-AA---TTAAAC
gi|12 : attgtacttgaaatataaccaaaatttatgatcagaatgtaatatagtggtatggtctatagaaatggtttctggttgtttttacaataattatcttttgtttaataaatttgcctccctcgctcgcTCTATG-T-ACAA-CG-CTTATT--T-AC------ATTAT--ACA-A-TTGTTTATTAA--AAA-TAGAA-AAGTTA----TGACAA-TAGCAAT-TA---------A-A-----C--A--TCAG-T---TTTT-A---CCGA------TAGCTACA------A--------G--A--C--G--CTC--TA---TCC----TTA--A-A-A-TAGGT-------C--AAAA----TC-------GAGG-GC------ATTC-----A-T-GG-AT--------GG-T-G-T-------TG-----AA-T-TTAT-CC--ATA-----------AA-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA--TTA-CAA---TT--G-T-GATC-A-------------------GATG---TT-A-TTG-A---T-GA-ATCT-C---A--GT--CT--------------G--G----AT-A--GT-TT-TAT----C-T--GC-CAGAAA--C-CTTTT-A-----GTCA-G-AG------A-ACA------T-T-TTA-C--ATA-T-------------AACA-TCATTT-CGTT-AA--C-GA-GA-CATT---TC-TTATTT-AAC-T------cctgaatgaaggaaaactaaacaatagatacttttcttaactatacttacaacatgtcaacaaaagtcatatcacattatacatacgaaataataaaacaaaccttaaataatataaaagttttcaataatctgtttgagttttaaatgttcaattttgt
gi|13 : ac-A-------------------GATG---AT-A-----A-----GA-ATCTTC---A--GT--CT--------------A--G----ATGA--GTGTT-TAT----CTT--GC-CAGAAAT-C-A---G-------GTCGGG-AG------A-ACA------T-TCTTT-C--ATA-TGTCAGCCTATTATGACA-CCA--C---GT-AA-CC-GAAGG-CATT--GTC-TT-TTTTAAC--------A-T--------TG---TT----A----C-T------AC-T--AAAAATTA-GTCGAAATCG-TTTAT-AT--AAT-A-TT--GA-AA--TTTC-TT-TTAC-A--T--C---T-------------T-T-GAAT-AAT-TT-C-T--G--GGAA----AC------AGC-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTTCG----CTAGTAAAA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TA-T--GTAA-TTAAAAGTGT-T-AATCTTTAAACta
gi|14 : tATA---AT-A-TCA-A---T-GA-ATCT-C---A--GT--CT--------------A--G----AT-A--GTGTT-TAT----CTT--GC-CAGAAA--C-A---G-A-----GTCGGG-AG------A-ACA------T-TCTTT-C--ATA-TGTAGCCTATATG-GACA-CCA--T-CAGT-AA-CC-GA-GG-CATT--GTC-TT-TTT-AAC-T------A-T--------TG---T-----A----C-TTT----AC-T--AAAAATTA-GT-GAAATCG-TTTAT-ATA-AAT-A-TT--GA-AA--TT-C-TT-TTAC-A--T--C---T-------------T-T-GAAT-AAT-TT-C-T--G----AA----AC------AGC-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTTCG----CTAGTAAAA-AAT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TA-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAA
gi|15 : -AA---------C-A-----C--GATTCAG-CCTATTT--A---CCGAGTA---TACC-AAC------A--------G--CAAC--GATC-C--TA---ACCCCTATTA--GTA-A-GAGGTTATCAAAC--AAAAAACCCC-------GAGG-GC---G--ATTC-----A-T-GGAAT--------GG-ATG-G-------GA-----AA-T-TCAT-CC--AGATAAC-------AA-TTT-AT-CAG-C-CAACACACTTTTGCTAA-GT-----GCTACCCA---TT--A-TTACTC-ATG-----------------GATT---AT---TAGAA---T-GA-ATCT-C---ACGATA-CT--------------A--ATTATAT-G--ATGTTGTGTC---CTT--GC-CAG--A--C-A---G-ACAGCCATCAGG-AGC-----ATACA------TGTCTT
gi|16 : GGTGACAA-CG-CGTATTGGT-ACC--ATGATTACG-ATATT-TTGTTTATT-AT-AAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGACAA-TAGCAAT-AA---------C-A-----C--A--TCAG-T---TTT--A---CCGA------TAGC-ACA------A--------G--C--C--G--C-C--TA---GCC----TTA--A-A-A-TAGGTT------C--AAAA----CC-------GAGG-GC---G--ATTC-----A-T-GG-AT--------GG-TTG-T-------GA-----AA-T-TCAT-CC--AGA-----------AA-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-CAAT--TT--GTTGGACC-A-------------------GATGC--AT-ATTCG-AAATT-GA-ATCT-gttaaacattatacaaccg
gi|17 : --GC-CAGAGA--C-A---G-A-----ACAAGG-AG------A-ACAACTG--T-TCTTT-C--ATA-TG------------GACA-TCG--G-CAGT-AA-CC-GA-GA-CATT--GCC-TA-TTT-AAC-T------A-T--------TG---G-----A----C-TTG----AA-T--AAAAATTA-GC-AAACTCG-TTTAC-ATA-AAT-A-TT--GA-AG--TT-T-TTATTAC-A--T--C---T-------------T-T-GAAT-AAT-TT-C-T--G--T-AA----AC------AGC-TATTGA--TT--TT--TCGA-TTTTG----CTAGTAAAA-TTT--TT--------TGG----T-ACT--A-TCTAAAATAT-GC--T--TG-TG-GTAA-TCAAA---GT-T-AAT-TTTGAAatttgcacatcagatgtgttctct
gi|18 : taGA-----------AA-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-AAA---TTT-G-TTGACC-A-------------------AATG---AT-A-TCG-A---T-GG-ATCT-C---A--GT--CC--------------A--G----GTGA--ATGTT--AT----TTA--GC-CAAATA--C-T---G-A-----GACAGG-GGGGGATGA-ACA------T-TCTT-------A-CG------------GACA-TTG--T-CAGT-AA-CC-GA-GA-CATT--GTC--T-TTT-AAC-T------A-T--------TG---T-----A----C-TTG----AA-
gi|19 : tATCG-TTTAT-ATA-AAT-A-TT--GA-AG--TT-C-TT-TTAT-A--T--C---TAATTTCAAAGACTT-T-GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-AA----AC------AGC-TAGTTA--TT--TT--TGAA-TTTTG----CTCGTAAAA-TTT--TT--------CGG----C-ACT--T-GCTAAAATTT-GC--T--TA-TA-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAAC
gi|2 : TCTATGGTGACAA-CG-CGTATTGGT-GCCCAATGATT-CGCATA-T-TC---TGTTAA---AT-TAGAA-AGCTTA--T-AGACAA-TA-CAAT-GA---------GGA-----T--A--T--A-T---TTA--A-----GA-------AGC-ATA------ATAATATCAG--C--C--A--C-C--TA---GTC-------------------------------AAA----CC-------GAGG-GC---AGTATTC-----A-T-GA-AT--------GGATTG-T-------GA-----AA-T-CTTT-CC--A-A-----------AA-TTA-AT-C-AAC-AAA------TTTGC--AAGT-TGACGTTA-AAAAT-TT--G-TGGATC-A-------------------GATA---AT-AGTCG-A---TAGA-ATCT-CCGGAC-GTTACT--------------A--G----TG-A--TTGTT--AT----CTA--AT-CAGTA---C-A---G-G-----G-AAGA-AC------ATACA------T-TCTT--C--ATA-TAT-----------GACA-TCTC-T-CCGT-AC-CC-GA-G--CATT--GTC-TT-TTT-AAC-CTGATTAA-T--------TG---TT----A----C-TTG----AA-TT-AAAAAATA-G--GAAATCG-TTT-T-ATG-AAT-A-TT--TA-AA--GT-T-TT-TTAT-A--T--C---T-------------T-TTGAAT-AAT-TC-T-T-------AA----AC------AGC-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTAGA----TCAGTAAAA-ACT--TT--------TGG----C-ACT--A--CTAAAATTTAGC--T--TG-T--GTAA-TTAAAG--GT-T-AAT-TTTAAAC
gi|20 : cTTAT--TA-AAT-A-GT--GA-AG--TT-C-TT-TCAC-A--T--C---A-------------A-T-AAAT-A-T-TT-C-T--G--A-AA-----C------AAC-TAGTGA--AT--TT--TCAA-TTTTG----CGAGTAAAA-ATG--TT--------TGG----C-ACA--A-ACTAAAATTT-GC--TTATA-TG-GTAA-TTTAA---GT-T-AAT-TTTGAAc
gi|22 : T-GAAATCGGTTTAT-ATGGAAT-A-TTTGAA-AA--TT-C-TT-TTAT-A--T--CCCTT-------------TGT-GAAT-AAT-T--C-T--G--A-AA----AA------AGC-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTTTG----CTAGTAAAA-ATT--T-------------------------GCTG-----T-GC-----------GTAA-ATAAA---GT-T-AAT-TTT
gi|23 : T-AAT-TT-T-T--G--A-AA----ATTT----GCC-TACTGA--AT--TT--T-AA-TT--A----CTA--AGAA-ATT--TTGT------TGC----C-ACT--A-GCTAAATTTT-GC--T--TA-TG-GTAA-TAAAA---A----AAC-TTTt
gi|24 : atttgtttctaaatcact--T--C---T-------------T-T-GAAT-GGT-TTTC-T--G--A-AA----AC------AGC-TAGTGA--AA--TT--TCAA-TTTTG----GTAGTAAAA-ATT--TT--------TGGCACTC-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TA-TG-GTAATTTTAA---GT-T-AAT-TTTGAACgcaccctggg
gi|25 : -GAAATCG-TTTAT-ATG-AAT-A-TT--GA-AA--TT-C--T-TTAT-A--T--C---T-------------T-T-GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-AA----A-------AGC-TAGTGA--TT--TT--TC-A-TTTTG----CTAG---------------------------------------TAAAATTT-GC--T--TGTTG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-c
gi|26 : -AGT-TT-C-T--GCGA-AA----ATTGGTTTGGC-TAGTTG--GT--TT--CAAA-TTTGG----CCAGTTGAA-ATT--TT--------AGG----C-ACT--G-GCCAAAA-TT-GC--C--AG-TGCACAA--AAAA---GT-TAAAT-TCTA
gi|27 : ------AGC-TAGTGA--TT--TTT-TCAA-TTTTG----CTAGTAAAA-ATT--T--------------------------------CTT-G---T--TG--G-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTgccc
gi|3 : TCTATGGAGACAA-TT-CGTATTGGT-ACC--ATGATTACG-ATA-T-TTGTTTATTAAT-AAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGACAA-TAGCAAT-AA---------C-A-----C--A--TCAG-T---TTT--A---CCGA------TAAC-ACA------A--------G--C--C--G--C-C--TA---GCC----TTA--A-A-A-TAGGTT------C--AAAA----CC-------GAGG-GC---G--ATTC-----A-T-GG-AT--------GG-TTG-T-------GA-----AA-A-TCAT-CC--AGA-----------AA-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-CAA---TT--G-TGGATC-A-------------------GATG---AT-ATTTG-A---T-GA-ATTT-C---A--GT--CT--------------A--G----AT-A--GTGTT-TAT----CTT--AC-CAGAAA--C-------A-----GTCAGG-AG------A-ACA------T-TCTTT-C--ATA-TG------------AACA-TCA--T-CAGT-AA-CC-GA-GA-CATT--GTC-TT-TTT-AAC-T------A-T--------TG---T-----ACCGGC-TTG----AA-T--AAAAATGA-AT-GAAATCG-TTTAT-ATG-AAT-A-TT--GA-AA--TT-C-TT-TTAT-A--T--C---T-------------T-T-GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-AA----AT------AGC-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTTTG----CTACTAAAA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAAC
gi|4 : TCTATGGTGACAA-CG-CGTATTGGT-ACC--ATGATTACG-ATA-T-TTGTTTA-------AA-TAGAA-AGCTTA--A-TGACAA-TAGCAAT-AAGGATATATTT-AAGAAGC--A--TCAG-T---TTT--A---CCGA------TAGC-ACA------A--------G--C--C--G--C-C--TA---GCC----TTA--A-A-A-TAGGTT------C---AAA----CC-------GAGG-GC---G--ATTC-----A-T-GA-AT--------GG-TTG-T-------G-------A-T-TTAT-CC--AGA-----------AA-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--A-GT-TGA-GTTA-AAAT--TT--G-TGGATC-A-------------------GATG---AT-A-TCG-A---T-GA-ATCT--------GT--CT----------------------AT------------T----CTT--GC-CAGAAA--C-A---G-A-----GTCGGG-AG------A-ACA------T-TCTTT-C--ATA-TG------------GACA-TCA--TCCAGT-TA-CC-GA-GA-CATT--GTC-TT-TTT-AAC-TAAAATAA-T--------TG---T-----A----C-TTG----AA-T--AAAAATTT-AT-GAAATCG-TGTAT-ATG-AAT-A-TT--GA-AAT-TT-T-TT-TTAT-A--T--C---T-------------T-T-GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-AA----AT------AGC-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTTTG----CTAGTAAAA-GTT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AA---TTAAAC
gi|5 : cCTATGATGACAAACGACG-ATTGGTTACC--ACGAATACG--TA-T-T-GATTATTAAT-AAATTAGAACAGCT----A-TG--AA-TAGCAG--AA---------C-A-----CAAA--TCAGCT---TTT--AGATTCAAGATTTTTAGC-ACA------A--------------C--A--C-C--TA---GCC----TTAAGA-A-A-TAGGTT------C--AAAA----CCT------GAGGAGC---G--ATTC-----A-T-GG--T--------GG-TTGTT-------GA-----AA-T-TCAT-TA--AAA-----------TT-TTT-AT-C-G-C--AA------TTT-C--A-GT-TGA-GT---CAA---TTTGA-TGGATC-A-------------------GATG---A--A-TTG-A---T-GACATC--C---A--GT--CT--------------A--G----AT----GTGTT-TAT----C-T--GC-C---AA--C-A---GAA-----GTCAGGAAG------A-ACA------T-TCTTT-A--ATA-TA------------GACA-T-A--T-CAGTAAA-CC----GG-CA-T--GTC-TT-TTT-AAC-T------A-T--------C----C-----G----C-TTG----AA-T--AAAAATGACAT-GAATCCGATTTATCAT--AAT-A-TT--GA-AA--TT-C-TT-TTAT-A--T--C---TA------------T-T-G-AT-AAT-TT-CAT--G--A-AA----A-------A---TAGTAG--TTGATT--TCAATTTTTG----CTAGTAAAA-ATT--TT----------G----CAACT--A-GCTGAAATTT-GT--G--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTc
gi|6 : cAGAA-AGCTTA--ATTGACAATTAGCAAT-
gi|6 : aactctatagaaaggtataataatattattatttttattttattttcttgTAAT-ATT-TAGAA-AGCATA--A-TG-----------T-AA---------A-A-----A--A--T-AG-T---TTTTTA---CCAA------TAGC-ACA------A--------AAAC--C--G--C-CCCTAACCGCC----CTA--A-CCA-TTGCTC------CTTAAAA----T---------AG-------------------A-T-GG-AT-----------TCG-T-------GA-----AAAT-TTAT-C----GC-----------AA-TTT-TT-T-G-C-AAG------TT-GT-----T-TAA-GTTT-AAAGT-TT--G-TTGACC-A-------------------GATG---AT-A-TCG-A---T-GA-ATCT-C---A--GT--CT--------------A--G----GT-GCGATGTT--AT-----TTAAGC-AAGAAAAAC-A---G-A-----AT-AAG-AGC-----A-ACAAACTTGT-TCTTTGC--ATA-TG------------GACA-TCG--T-CAGT-AAACC-GA-GAACATT--GCC-TA-TTT-AAC-T------A-T--------TG------------------G----AA-----AAATTTA-GC-GAAAT-G-TTTAT-AT--AAT-A-TT--GCCAG--TT-C-TT-TTAC-A--T------T-------------T-T-GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-GA----AC------AG--TAGTGA--TT--TT--TCGA-ATTTG----TTAGTAAAATGTT--TT--------TGG----C-ACT--gaggataatatttagaaagcataatgtaaaaaatagttttttaccaatagcacaaaaaccgcccctaaccgccctaaccattgctccttaaaatagatggattcgtgaaaatttatcgcaattttttgcaagttgtttaagtttaaagtttgttgaccagatgatatcgatgaatctcagtctaggtgcgatgttatttaagcaagaaaaacagaataagagcaacaaacttgttctttgcatatggacatcgtcagtaaaccgagaacattgcctatttaactattggaaaaatttagcgaaatgtttatataatattgccagttcttttacattttgaataatttctgagaacagtagtgatttttcgaatttgttagtaaaatgtttttggcact
gi|7 : aactctatagaaaggtataataatattattatttttattttattttcttgagaaagcttaattgacaattagcaatgagga-ATA-T-ATGTTTACTAATGAAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGA
gi|7 : A---GCC----TTA--A-A-AATAGGTT------C--AAAA----CC-------GAGG-GT---GG-ATTC-----AGT-GG-AT--------GG-TTG-T-------GA-----AAAT-TCAT-TCCAAGA-----------AA-TTT-AT-C-G-C-AAA------TTTGC--T-GT-TGA-GTTA-CAA---TTT-G-TGGATC-A-------------------GATG---AT-A-TTG-A---T-GA-ATCT-CC--A--AT--CT--------------A--G----AT-A--GTGTT-TAT----CTT--CG-CAGAAAG-C-A---G-A-----G-CAGG-AG------G-ACA------T-GCTTTTC--ATA-GG------------AACA-TCA--T-CAGT-AA-CC-GA-GA-CATT--GTC--T-TTT-AAC-T------A-T--------TGATTT-----ACCG-C-TTG----AACT--AAAAATTA--------------TAT--TG-AAT-A-TT--GA-TA--TT-C--T-TTATAA--TCGC---T-------------T-T-GAAT-AAT-TT-C-T--G--A-AA----AT------GAG-TAGTGA--TT--TT--TCAA-TTT------CTAGTAAAA-ATT--TT--------TGG----C-ACT--ACACCTAAATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GTAT-AAT-TTTAAACaagccttaaaaataggttcaaaaccgagggtggattcagtggatggttgtgaaaattcattccaagaaatttatcgcaaatttgctgttgagttacaatttgtggatcagatgatattgatgaatctccaatctagatagtgtttatcttcgcagaaagcagagcaggaggacatgcttttcataggaacatcatcagtaaccgagacattgtcttttaactattgatttaccgcttgaactaaaaattatattgaatattgatattctttataatcgctttgaataatttctgaaaatgagtagtgatttttcaatttctagtaaaaatttttggcactacacctaaatttgcttgtggtaattaaagtataattttaaaccc
gi|8 : atatatgtttactaatgaaatagaaagcttaatgaaATG-ATA-TAGTGTTTATTAAT-GAA-TAGAA-AGCTTA--A-TGACAcc
gi|8 : A---GCC----TTA--A-A-AATAGGTT------C--AAAA----CC-------GAGG-GT---G--ATTC-----AGT-GG-AT--------GG-TTG-TT------GA-----AA-T-TCAT-TCCAAGA-----------AA-TTT-AT-C-G-CCAAA------TTTGC--T-GT-TGA-GTTA-CAA---TTT-G-TGGATC-A-------------------GATG---AT-A-TTG-A---T-GA-ATCT-CC--A--GT--CT--------------A--G----AT-A--GTGTT-TATT---CTT--GCGCAGAAA--CCA---G-A-----G-CAGG-AG------G-ACA------T-GCTTTTC--ATAGTG------------AACAATCA--T-CAGT-AA-CC-GA-GA-CATT--GTC-TT-TT--AAC-T--------T--------TG---TTACCGG----C-TTG----AA-T--AAAAATTA--------------T-T-ATG-AAT-A-TT--GA-TA--TT-C-CT-TTAT-AATC--C---T-------------T-T-GAAT-AA--TT-C-T--G--A-AA----AT------GAG-TAGTGA--TT--TT--TCAA--TTTG----CTAGTAAAA-ATT--TT--------TGG----C-ACTACA-ACT--AATTT-GC--T--TG-TG-GTAA-TTAAA---GT-T-AAT-TTTAAAgccttaaaaataggttcaaaaccgagggtgattcagtggatggttgttgaaattcattccaagaaatttatcgccaaatttgctgttgagttacaatttgtggatcagatgatattgatgaatctccagtctagatagtgtttattcttgcgcagaaaccagagcaggaggacatgcttttcatagtgaacaatcatcagtaaccgagacattgtcttttaactttgttaccggcttgaataaaaattattatgaatattgatattcctttataatcctttgaataattctgaaaatgagtagtgatttttcaatttgctagtaaaaatttttggcactacaactaatttgcttgtggtaattaaagttaattttaaa
gi|9 : atgatatagtgtttattaatgaatagaaagcttaatgacCAA-TAGCAA--AA---------C-A-----T--A--TCAG-----------------------------------------------G--C--C--A--C-C--TA---G---------------------TT------C--AAAA----C--------GAGG-GC---A--ATTC-----A-T-GA-ATTATGAAATGG-TTG-T-------GA-----AA-T-TTATTCC--AGA-----------AAATTT-ATTC-G-C-AAA------TTTGC--AAGT-TGA-GTTA-AAAAATTT--G-TGGATC-A-------------------GATA---ATCA-TCG-A---T-GA-ATCT-C---A--GC--GT--------------ACTG----GC-A--GT-TG-TAT----CTA--GA-CAGGA---T-A---A-T-----TTAAGG-AG------A-ACAAAACA-T-TCTTT-C--GTA-TG------------GGCA-TCG--TTCAGT-AG-CCAGA-GA--ATT--GTC-TT-TT--AACAT------AAT--------TG---T-----A----CATTG----AA-TTAAAAAATTA-GT-GAAATCG-TTTAT-ATG-AATGA-TT--GA-AA--GT-T-CT-TTAT-T--T--C---T-------------T-TTGATT-AAT-TT-C-T--G-----A----AC------AGC-TAGTGACTTT--TT--TCAA-TTTAG----CTAGTTAAA-GAT--TT--------TGG----C-ACT--A-GCTAAAATT
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