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lowQualScore                  :          2    7777777 2 2 7 77 2  55   2  2  2  55  2 2  2 4 2   55 4   2 666 4 2  2 444 2 2 66666   0000000000   55 2  55   2 00  33  88 2     2 888888       33 6  3  6 3 6  44  3    3  44 3     3  3 3   11111          44  3 3 3 3  55555555555  555    3   3    6      000000000      7777   3    77777777777777  555      3 7777 3 7777  3 3  5555555   0  999999 3 99   3         3  3  33333333   6666  4    4   99        
lowQualScore                  :          .    ....... . . . .. .  ..   .  .  .  ..  . .  . . .   .. .   . ... . .  . ... . . .....   ..........   .. .  ..   . ..  ..  .. .     . ......       .. .  .  . . .  ..  .    .  .. .     .  . .   .....          ..  . . . .  ...........  ...    .   .    .      .........      ....   .    ..............  ...      . .... . ....  . .  .......   .  ...... . ..   .         .  .  ........   ....  .    .   ..        
lowQualScore                  :          4    6666666 4 4 1 44 4  66   4  4  4  66  4 4  4 7 4   66 7   4 555 7 4  5 444 5 5 22222   9999999999   99 5  99   5 99  44  99 9     9 888888       99 5  1  7 3 7  66  3    3  66 3     8  3 3   44444          66  3 3 3 3  88888888888  888    3   3    7      111111111      1111   3    55555555555555  888      3 1111 3 1111  3 3  4444444   0  666666 3 22   3         6  6  22222222   5555  0    4   11        
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Reference ( gi|7 )            :  GGTTCAAA-ATTA-------A-G-T-G--A-AA--TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-C--GT--TA-CA-TGCTC-G----ATAATTTTT--AACG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCTGG-A-TTT---T-TGTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTA-TCTTCC---T--C--AAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----T-G----AA-T-GA-------TCG-GC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-AA--------TTT----AA-CAAA-GAT-CTAGTCACA
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gi|4                          :  GGTTCAAA-ATTA-------A-G-TGG--A-AA--TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------CGT--G-CA--TTG-C--GT--CA-TA-TGCTC------ACAATTTTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-AA--C-TATTCCGG-A-TTT---C-TGTTGTTAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTA-TTTTCC---T--A--AAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----T-G----AA-T-GA-------TCGCAC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-AAACGTTAATTTT----TA-CAAA-GAT-ATAGTCA
gi|8                          :  GGTTCAAAGATTA-------A-A-TAG--A-AA--CGA-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AG---G-CA--TTG-C--TA--TA-GA-TGCTC-G-----CAA-TTTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATCCGGT-A--TT---C-TGTTGTCAGT--CA-G-T-TACC-----------GG-TATGGA-ATC-ATTATTTTTCC---T--A--AAGATT----CTA-TCTC--------------AA---AAATGC-T----TAG----AA-T--A-------TCGCGC------A-A--TGA-CCTC-AACG-TT-AA--------TTT----AA-CAA---AT-ATAGTCAaat
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gi|18                         : gGGCTCAAA-ATTA-------A-G-T-GG-A-AA--TAC-TC-GT-TA--AA-T-GC-G-A-TCA--T-AAA-T---A-T-agttgaatatgac
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gi|15                         : gGGTTCGAA-ATTA-------GCG-A-G--A-AA--TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A---G--T-TGA-T--------T-T---T-T-AAAACCGCG----------AGTAAA-AA--TAG-A-------A-GA-CACTC-G----A-AATTTTT--AGCG-
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gi|3                          :   GTTCAAA-ATTAGTACAATA-G-T-G--ATAA--TAC-TC-G--TA--AA-T--C-G-A-CCA--T-AAG-T---AAT-AT-T---TGT-A-----GCG----------AGT--G-CAC-TTG-CC-GT--TA-CA-TGCTCAG----ACGTTGTTT--AACG-AC-T-TTCA--TC-TACC-GA--C-T-TTCTGG-ATTTT---T-TGCTGTCAGT--CA-GTT-T-CC-----------GGTT-TTGA-ATC-ATTA-TCTT-C---T--C---AATTC----TTA-TCGC--------------AA---ACGCAG-T----T-G----AA-T-GA-------TCG-GC------A-A--TGA-CTCCAAACG-TT-AA--------TTTA---AA-CAAA-GAT-CTAGTCAC
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gi|9                          :   GTTCAAA-ATTA-------A-A-T-G--G-AA--AAC-TC-GCCTA--AA-T-GC-C-ATCCA--T-AAAAT---A-T-AA-TGGGT-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTGTC--AT--TA-T----CTC-G----A-AATTTC---AGC--AC-T-T-CAAGTCGTACCCGA--C-TATTCTGG-A-TTT---C-TGT-GTCAGTTTCA-G-TGT-CC-----------GG-T-TTGATATC-AT-A-TCTTTC---T--A--AACATC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----G-T----AA-T-GA-------TCGCAC------ATA--TGA-CCTCAAACGATT-AA--------TTT----AA-aatt
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gi|14                         :   GTTCAAA-ATTA-------A-G-T-G--A-AA--TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-C-AT-T---T-T-A-----TCAAGACTTAATTAGT--G-CT--TTG-C--GT--TA-
gi|5                          :    TTCAAA-ATTA-------A-G-T-G--A-AAAATAC-TC-GC-CGT-AA-T-GC-GCA-CCA--TTAAA-TT--A-TCAT-T---T-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-C--GT--TAATA-TGCTC-G----A-AATTTTT--AGCGGACAT-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCCGG-A-TTT---C-TGTTGTCAGT--CAGG-T-T-CC-----------GG---TTGA-ATC-ATTA--CTTCC---TAAA--AAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGTG--T----T-G----AA-T-GA-------TCGCGC------A-A--TGA-CCTTCAACG-TT-AA--------GTTA---AA-CAAA-GAT-TTAGTCACAttagtgttaaatctaaagcaaac
gi|2                          :    TTCAAA-ATTA-------A-GGT-GGAA-AA--TAC-TC-GC-TA--AAAT-GC-G-A-CGAA-T-AAA-T---AAT-AT-T---T-TGA-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-CC-GT--CA-TAATGCTC-G----GCAATTTTTTAAGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GAATC-TATC--GG-A-TTT---CCTGTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTATTTTTCC---T--A--AAATTC----CTA-T-----------------AAGCTAAGCGCTT----T-G----AA-TGGA-------TTGCGC------A-ACCTGACCCTCAAACG-TTAAA--------TTTATAAAA-CAAA-GAT-ATAGTCA
gi|11                         :       aAA-ATTA-------A-G-T-GG-A-AA--TAC-TC-GC-TA--AA-T-AT-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GTG----------AGT--G-CA--TTG-C--AT--TA-TA-TGCTC-G----A-AAATTTT--ATCA-AC-TATATA--TC-TACC-AA--C-TATTCTGG-A-TTT---C-TGTTGTCAGT--CA---------------------G-T-TTGA-ATT-ATTA-TCTTCC---T--A--AAATTC----TTA-TCGCACGCTAAATGTTGAAA---AAACGT-G----T-GAATTAA-T-GA-------TCGTAC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-GA--------Taa





Alignments
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lowQualScore                  :           2    7777777  2  22   4   2  2  2  55  2 2  2 4 2   55 4   2 666 4 2  2 444 2 2 55555   0000000000   55 2  55   2 00  33 33 2 2 2     2 777  2     33    2  6 3 6  44  3    3  44 3        3 3    3 555         44  3 3 3 3  44444444444  444    3   3    6       11111       6666   3    55555555555555  555      3 6666 3 6666   77      77777  888888 3 88   3         3  3  33333333   6666  4    4   55        
lowQualScore                  :           .    .......  .  ..   .   .  .  .  ..  . .  . . .   .. .   . ... . .  . ... . . .....   ..........   .. .  ..   . ..  .. .. . . .     . ...  .     ..    .  . . .  ..  .    .  .. .        . .    . ...         ..  . . . .  ...........  ...    .   .    .       .....       ....   .    ..............  ...      . .... . ....   ..      .....  ...... . ..   .         .  .  ........   ....  .    .   ..        
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Reference ( family-1246 )     :   GGTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-C--GT--T--A-T-A-TGCTC-G-ACAA-TTTTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCCGG-A-TTTC-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTA-TCTTCCT-----AAAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----T-G----AAT--GATCGC-----GC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-AA--------TTT----AA-CAAA-GAT-NTAGTCACA
gi|1                          :    GCTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAT-TAC-TCTGC-TA--AA-TGGC-GCA-CCAATT-GAA-TGGAA-T-ATAT---T-T-A-----GCG-----------GT--GCCATTTTG-CGGGT--C--A-TCA-TGCTC-GCCCAATTTTTT--AGCG-AC-T-T--A--T--TACC-GA--C-TATTCCGGCG-CTTC-TCTCGTTG-CAGT--CA-G-T-T-CCCAATTACCGCTGG---TTGA-ATCGATTT-TTTTCCTAATCAAAAATTTAACACTATTCGCA-------------AA---AAGCGC-CCTTAT-G----AATTGAATCGCCCTCGGCTCACATA-ATTTGA-CCTCAAACG-T---A--------TTT----AA-CAAACGATATTAGT
gi|10                         :   GGTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-TC-TA--AA-T-GC-A-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GAG----------AGT--G-CA--TCG-A--GT--T--A-T-A-TGCTC-G-A-AA-TTTTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-CACC-GA--C-TATTCCGG-A-TATC-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTA-TCTTCCT-----AAAATTC----CAA-TCGC--------------AA---AAGTGC-T----T-G----AAT--GATCGC-----GC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-AA--------TTT----AA-CAAA-GAT-CTAGTC
gi|11                         :         AA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-AT-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GTG----------AGT--G-CA--TTG-C--AT--T--A-T-A-TGCTC-G-AAAA--TTTT--ATCA-AC-TATATA--TC-TACC-AA--C-TATTCTGG-A-TTTC-T---GTTGTCAGT--CA---------------------G-T-TTGA-ATT-ATTA-TCTTCCT-----AAAATTC----TTA-TCGCACGCTAAATGTTGAAA---AAACGT-G----T-GAATTAAT--GATCGT-----AC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-GA--------T
gi|12                         : tttGTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCA----------AGT--G-CA--TTT-C--GT--T--A-T-A-TGCTC-G-A-AA-TTTTT--GTTG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCCGG-A-TTTT-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-AATA-TCTTACC-----CAAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAATGC-T----T-G----AAT--GATCGC-----GC------A-A--TGA-CCTCAAAC
gi|13                         :    GTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TACAAA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T--T-T---T-T-A-----GCG----------AGTG-G-CA--TTG-C--GT--C--A-T-A-TGCTC-G--CAA-TTTTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCCGG-A-TTTC-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-A-CC-----------GG-T-TTGA-ATT-ATTA-TTTTCCT-----AAAATTC----CTA-TCGC--------------TA---AAGCGC-T----T-G----AAT--GATTGC-----GC------A-A--TGA-Caaaaatctagt
gi|14                         :    GTTCAAA-ATTA-------AG-TG--AAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-C-AT-T---T-T-A-----TCAAGACTTAATTAGT--G-CT--TTG-C--GT--T--A-T-
gi|15                         :   GGTTCGAA-ATTA--------G-CGAGAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A---G--T-TGA-T--------T-T---T-T-AAAACCGCG----------AGTAAA-AA--TAG-A---------A-G-A-CACTC-G-A-AA-TTTTT--AGCG-tagtgttaaatctaaagcaaac
gi|16                         : agGGTTCAAA-ATGA-------AA-TG-GAAA-TAC-TT-GA-TA--TA-T-GC-G-A-CC---T-AAA-----A-T-GA-C---T-T-C-----GTA----------ACT--G-TG--TAA-C--TG--T--A-C-A-TGCTC---AGAA-TCCTT--A
gi|17                         :  gGGTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T--------C-----------ATT--G-CA--CTA-A--GT--TGAA-T-A-TG
gi|18                         :  gGGCTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GT-TA--AA-T-GC-G-A-TCA--T-AAA-T---A-T-ac
gi|2                          :     TTCAAA-ATTA-------AGGTG-GAAAATAC-TC-GC-TA--AAAT-GC-G-A-CGAA-T-AAA-T---AAT-AT-T---T-TGA-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-CC-GT--C--A-T-AATGCTC-G-GCAA-TTTTTTAAGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GAATC-TAT--CGG-A-TTTCCT---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTATTTTTCCT-----AAAATTC----CTA-T-----------------AAGCTAAGCGCTT----T-G----AATG-GATTGC-----GC------A-ACCTGACCCTCAAACG-TTAAA--------TTTATAAAA-CAAA-GAT-ATAGTCAg
gi|3                          :   aGTTCAAA-ATTAGTACAATAG-TG-ATAA-TAC-TC-G--TA--AA-T--C-G-A-CCA--T-AAG-T---AAT-AT-T---TGT-A-----GCG----------AGT--G-CAC-TTG-CC-GT--T--A-C-A-TGCTCAG-ACGT-TGTTT--AACG-AC-T-TTCA--TC-TACC-GA--C-T-TTCTGG-ATTTTT-T---GCTGTCAGT--CA-GTT-T-CC-----------GGTT-TTGA-ATC-ATTA-TCTTCTC-------AATTC----TTA-TCGC--------------AA---ACGCAG-T----T-G----AAT--GATCG------GC------A-A--TGA-CTCCAAACG-TT-AA--------TTTA---AA-CAAA-GAT-CTAGTCACaa
gi|4                          :   GGTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------CGT--G-CA--TTG-C--GT--C--A-T-A-TGCTC---ACAA-TTTTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-AA--C-TATTCCGG-A-TTTC-T---GTTGTTAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTA-TTTTCCT-----AAAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----T-G----AAT--GATCGC-----AC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-AAACGTTAATTTT----TA-CAAA-GAT-ATAGTCA
gi|5                          :     TTCAAA-ATTA-------AG-TG-AAAAATAC-TC-GC-CGT-AA-T-GC-GCA-CCA--TTAAA-TT--A-TCAT-T---T-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-C--GT--T--AAT-A-TGCTC-G-A-AA-TTTTT--AGCGGACAT-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCCGG-A-TTTC-T---GTTGTCAGT--CAGG-T-T-CC-----------GG---TTGA-ATC-ATTA--CTTCCTAA---AAAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGTG--T----T-G----AAT--GATCGC-----GC------A-A--TGA-CCTTCAACG-TT-AA--------GTTA---AA-CAAA-GAT-TTAGTCACAaat
gi|6                          :    GTTCAAA-AGTA-------AG-TG--AAA-TACCTC-GC-TA--AA-T-GCCG-A-CCA--GGAAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-CT-GTCAT--A-T-A-TACTC-G--CAA-TTTTT--AGC--ACGT-T-CA--TC-TACC-GA--CCTATTCCGG-A-TTTC-T---GCTGTCAGT--CA-G-T-T-CG-----------GT-T-TTTA-ATC-ATTA-TTTTCC------AAAATTC----CTA-TCGCCA------------AA---AAACCC-T----T-G----AAT--GAATTC-----GC------A-A--TGA--CTCAAACG-TT-AA--------TTT----AATCAAA-GAT-ATA-TCA
gi|7                          :   GGTTCAAA-ATTA-------AG-TG--AAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-C--GT--T--A-C-A-TGCTC-G-ATAA-TTTTT--AACG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCTGG-A-TTTT-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTA-TCTTCCT-----CAAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----T-G----AAT--GATCG------GC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-AA--------TTT----AA-CAAA-GAT-CTAGTCACAaatt
gi|8                          :   GGTTCAAAGATTA-------AA-TA-GAAA-CGA-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AG---G-CA--TTG-C--TA--T--A-G-A-TGCTC-G--CAA--TTTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TA-TCCGG-T-ATTC-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-TACC-----------GG-TATGGA-ATC-ATTATTTTTCCT-----AAAGATT----CTA-TCTC--------------AA---AAATGC-T----TAG----AAT---ATCGC-----GC------A-A--TGA-CCTC-AACG-TT-AA--------TTT----AA-CAA---AT-ATAGTCA
gi|9                          :    GTTCAAA-ATTA-------AA-TG-GAAA--AC-TC-GCCTA--AA-T-GC-C-ATCCA--T-AAAAT---A-T-AA-TGGGT-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTGTC--AT--T--A-T-----CTC-G-A-AA-TTTC---AGC--AC-T-T-CAAGTCGTACCCGA--C-TATTCTGG-A-TTTC-T---GT-GTCAGTTTCA-G-TGT-CC-----------GG-T-TTGATATC-AT-A-TCTTTCT-----AAACATC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----G-T----AAT--GATCGC-----AC------ATA--TGA-CCTCAAACGATT-AA--------TTT----AA-aat





Alignments
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lowQualScore                  :           2    7777777  2  22   4   2  2  2  55  2 2  2 4 2   55 4   2 666 4 2  2 444 2 2 55555   0000000000   55 2  55   2 00  33 33 2 2 2     2 777  2     33    2  6 3 6  44  3    3  44 3        3 3    3 555         44  3 3 3 3  44444444444  444    3   3    6       11111       6666   3    55555555555555  555      3 6666 3 6666   77      77777  888888 3 88   3         3  3  33333333   6666  4    4   55        
lowQualScore                  :           .    .......  .  ..   .   .  .  .  ..  . .  . . .   .. .   . ... . .  . ... . . .....   ..........   .. .  ..   . ..  .. .. . . .     . ...  .     ..    .  . . .  ..  .    .  .. .        . .    . ...         ..  . . . .  ...........  ...    .   .    .       .....       ....   .    ..............  ...      . .... . ....   ..      .....  ...... . ..   .         .  .  ........   ....  .    .   ..        
lowQualScore                  :           2    2222222  2  33   4   2  2  2  33  2 2  2 4 2   33 4   2 111 4 2  4 111 4 4 99999   3333333333   66 4  66   4 33  22 22 4 4 5     7 111  7     77    9  2 1 2  22  1    1  22 1        1 1    1 444         22  1 1 1 1  66666666666  777    1   1    2       99999       5555   1    44444444444444  444      1 5555 1 5555   33      77777  888888 1 55   1         6  6  22222222   5555  0    4   44        
consensus                     :   GGTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-C--GT--T--A-T-A-TGCTC-G-ACAA-TTTTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCCGG-A-TTTC-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTA-TCTTCCT-----AAAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----T-G----AAT--GATCGC-----GC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-AA--------TTT----AA-CAAA-GAT-NTAGTCACA
Reference ( family-1246 )     :   GGTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-C--GT--T--A-T-A-TGCTC-G-ACAA-TTTTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCCGG-A-TTTC-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTA-TCTTCCT-----AAAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----T-G----AAT--GATCGC-----GC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-AA--------TTT----AA-CAAA-GAT-NTAGTCACA
gi|1                          :    GCTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAT-TAC-TCTGC-TA--AA-TGGC-GCA-CCAATT-GAA-TGGAA-T-ATAT---T-T-A-----GCG-----------GT--GCCATTTTG-CGGGT--C--A-TCA-TGCTC-GCCCAATTTTTT--AGCG-AC-T-T--A--T--TACC-GA--C-TATTCCGGCG-CTTC-TCTCGTTG-CAGT--CA-G-T-T-CCCAATTACCGCTGG---TTGA-ATCGATTT-TTTTCCTAATCAAAAATTTAACACTATTCGCA-------------AA---AAGCGC-CCTTAT-G----AATTGAATCGCCCTCGGCTCACATA-ATTTGA-CCTCAAACG-T---A--------TTT----AA-CAAACGATATTAGT
gi|10                         :   GGTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-TC-TA--AA-T-GC-A-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GAG----------AGT--G-CA--TCG-A--GT--T--A-T-A-TGCTC-G-A-AA-TTTTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-CACC-GA--C-TATTCCGG-A-TATC-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTA-TCTTCCT-----AAAATTC----CAA-TCGC--------------AA---AAGTGC-T----T-G----AAT--GATCGC-----GC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-AA--------TTT----AA-CAAA-GAT-CTAGTC
gi|11                         :         AA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-AT-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GTG----------AGT--G-CA--TTG-C--AT--T--A-T-A-TGCTC-G-AAAA--TTTT--ATCA-AC-TATATA--TC-TACC-AA--C-TATTCTGG-A-TTTC-T---GTTGTCAGT--CA---------------------G-T-TTGA-ATT-ATTA-TCTTCCT-----AAAATTC----TTA-TCGCACGCTAAATGTTGAAA---AAACGT-G----T-GAATTAAT--GATCGT-----AC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-GA--------T
gi|12                         : tttGTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCA----------AGT--G-CA--TTT-C--GT--T--A-T-A-TGCTC-G-A-AA-TTTTT--GTTG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCCGG-A-TTTT-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-AATA-TCTTACC-----CAAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAATGC-T----T-G----AAT--GATCGC-----GC------A-A--TGA-CCTCAAAC
gi|13                         :    GTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TACAAA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T--T-T---T-T-A-----GCG----------AGTG-G-CA--TTG-C--GT--C--A-T-A-TGCTC-G--CAA-TTTTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCCGG-A-TTTC-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-A-CC-----------GG-T-TTGA-ATT-ATTA-TTTTCCT-----AAAATTC----CTA-TCGC--------------TA---AAGCGC-T----T-G----AAT--GATTGC-----GC------A-A--TGA-Caaaaatctagt
gi|14                         :    GTTCAAA-ATTA-------AG-TG--AAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-C-AT-T---T-T-A-----TCAAGACTTAATTAGT--G-CT--TTG-C--GT--T--A-T-
gi|15                         :   GGTTCGAA-ATTA--------G-CGAGAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A---G--T-TGA-T--------T-T---T-T-AAAACCGCG----------AGTAAA-AA--TAG-A---------A-G-A-CACTC-G-A-AA-TTTTT--AGCG-tagtgttaaatctaaagcaaac
gi|16                         : agGGTTCAAA-ATGA-------AA-TG-GAAA-TAC-TT-GA-TA--TA-T-GC-G-A-CC---T-AAA-----A-T-GA-C---T-T-C-----GTA----------ACT--G-TG--TAA-C--TG--T--A-C-A-TGCTC---AGAA-TCCTT--A
gi|17                         :  gGGTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T--------C-----------ATT--G-CA--CTA-A--GT--TGAA-T-A-TG
gi|18                         :  gGGCTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GT-TA--AA-T-GC-G-A-TCA--T-AAA-T---A-T-ac
gi|2                          :     TTCAAA-ATTA-------AGGTG-GAAAATAC-TC-GC-TA--AAAT-GC-G-A-CGAA-T-AAA-T---AAT-AT-T---T-TGA-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-CC-GT--C--A-T-AATGCTC-G-GCAA-TTTTTTAAGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GAATC-TAT--CGG-A-TTTCCT---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTATTTTTCCT-----AAAATTC----CTA-T-----------------AAGCTAAGCGCTT----T-G----AATG-GATTGC-----GC------A-ACCTGACCCTCAAACG-TTAAA--------TTTATAAAA-CAAA-GAT-ATAGTCAg
gi|3                          :   aGTTCAAA-ATTAGTACAATAG-TG-ATAA-TAC-TC-G--TA--AA-T--C-G-A-CCA--T-AAG-T---AAT-AT-T---TGT-A-----GCG----------AGT--G-CAC-TTG-CC-GT--T--A-C-A-TGCTCAG-ACGT-TGTTT--AACG-AC-T-TTCA--TC-TACC-GA--C-T-TTCTGG-ATTTTT-T---GCTGTCAGT--CA-GTT-T-CC-----------GGTT-TTGA-ATC-ATTA-TCTTCTC-------AATTC----TTA-TCGC--------------AA---ACGCAG-T----T-G----AAT--GATCG------GC------A-A--TGA-CTCCAAACG-TT-AA--------TTTA---AA-CAAA-GAT-CTAGTCACaa
gi|4                          :   GGTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------CGT--G-CA--TTG-C--GT--C--A-T-A-TGCTC---ACAA-TTTTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-AA--C-TATTCCGG-A-TTTC-T---GTTGTTAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTA-TTTTCCT-----AAAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----T-G----AAT--GATCGC-----AC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-AAACGTTAATTTT----TA-CAAA-GAT-ATAGTCA
gi|5                          :     TTCAAA-ATTA-------AG-TG-AAAAATAC-TC-GC-CGT-AA-T-GC-GCA-CCA--TTAAA-TT--A-TCAT-T---T-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-C--GT--T--AAT-A-TGCTC-G-A-AA-TTTTT--AGCGGACAT-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCCGG-A-TTTC-T---GTTGTCAGT--CAGG-T-T-CC-----------GG---TTGA-ATC-ATTA--CTTCCTAA---AAAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGTG--T----T-G----AAT--GATCGC-----GC------A-A--TGA-CCTTCAACG-TT-AA--------GTTA---AA-CAAA-GAT-TTAGTCACAaat
gi|6                          :    GTTCAAA-AGTA-------AG-TG--AAA-TACCTC-GC-TA--AA-T-GCCG-A-CCA--GGAAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-CT-GTCAT--A-T-A-TACTC-G--CAA-TTTTT--AGC--ACGT-T-CA--TC-TACC-GA--CCTATTCCGG-A-TTTC-T---GCTGTCAGT--CA-G-T-T-CG-----------GT-T-TTTA-ATC-ATTA-TTTTCC------AAAATTC----CTA-TCGCCA------------AA---AAACCC-T----T-G----AAT--GAATTC-----GC------A-A--TGA--CTCAAACG-TT-AA--------TTT----AATCAAA-GAT-ATA-TCA
gi|7                          :   GGTTCAAA-ATTA-------AG-TG--AAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-C--GT--T--A-C-A-TGCTC-G-ATAA-TTTTT--AACG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCTGG-A-TTTT-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTA-TCTTCCT-----CAAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----T-G----AAT--GATCG------GC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-AA--------TTT----AA-CAAA-GAT-CTAGTCACAaatt
gi|8                          :   GGTTCAAAGATTA-------AA-TA-GAAA-CGA-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AG---G-CA--TTG-C--TA--T--A-G-A-TGCTC-G--CAA--TTTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TA-TCCGG-T-ATTC-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-TACC-----------GG-TATGGA-ATC-ATTATTTTTCCT-----AAAGATT----CTA-TCTC--------------AA---AAATGC-T----TAG----AAT---ATCGC-----GC------A-A--TGA-CCTC-AACG-TT-AA--------TTT----AA-CAA---AT-ATAGTCA
gi|9                          :    GTTCAAA-ATTA-------AA-TG-GAAA--AC-TC-GCCTA--AA-T-GC-C-ATCCA--T-AAAAT---A-T-AA-TGGGT-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTGTC--AT--T--A-T-----CTC-G-A-AA-TTTC---AGC--AC-T-T-CAAGTCGTACCCGA--C-TATTCTGG-A-TTTC-T---GT-GTCAGTTTCA-G-TGT-CC-----------GG-T-TTGATATC-AT-A-TCTTTCT-----AAACATC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----G-T----AAT--GATCGC-----AC------ATA--TGA-CCTCAAACGATT-AA--------TTT----AA-aat


blockSeqs                     :           G    GTACAAT  G  AG   A   C  .  C  CA  A .  C C T   A  T   A T   A C  . GGG G G AAACC   AGACTTAATT   AA .  C    T C   CA GA A . A     A AA   .     TA    G  A A A  AG  G    C  AT C        . T    C .           TT  G T G A  .            TT     T   .    T       AA          .      .    ACGCTAAATGTTGA  GCT      T .    A AATT   G       .      .      T CC   C         A  A  ACGTTAAT   ATAA  T    .   C 
blockSeqs                     :           .    .        .  G    A   .  .  .  T   . .  . . .   .  G   . .   A .  . .   . . .       .            G  .  .    . C   .  .  . . .     . AG   .     .     .  G . T  .   .    .  .  .        . .    . .           .   . . . .  .            TA     .   .    T       .           .      .    CA              .        . .    . .      .       .      .      . .    .         .  .  .          A     .    .   A 
blockSeqs                     :           .    .        .  G    .   .  .  .  .   . .  . . .   .  .   . .   . .  . .   . . .       .            .  .  .    . T   .  .  . . .     . GC   .     .     .  . . .  .   .    .  .  .        . .    . .           .   . . . .  .            T      .   .    .       .           .      .    .               .        . .    . .      .       .      .      . .    .         .  .  .          A     .    .   C 
blockSeqs                     :           .    .        .  G    .   .  .  .  .   . .  . . .   .  .   . .   . .  . .   . . .       .            .  .  .    . .   .  .  . . .     . AC   .     .     .  . . .  .   .    .  .  .        . .    . .           .   . . . .  .            T      .   .    .       .           .      .    .               .        . .    . .      .       .      .      . .    .         .  .  .          .     .    .   A 
blockSeqs                     :           .    .        .  G    .   .  .  .  .   . .  . . .   .  .   . .   . .  . .   . . .       .            .  .  .    . .   .  .  . . .     . AC   .     .     .  . . .  .   .    .  .  .        . .    . .           .   . . . .  .            T      .   .    .       .           .      .    .               .        . .    . .      .       .      .      . .    .         .  .  .          .     .    .   T 
blockSeqs                     :           .    .        .  G    .   .  .  .  .   . .  . . .   .  .   . .   . .  . .   . . .       .            .  .  .    . .   .  .  . . .     . AT   .     .     .  . . .  .   .    .  .  .        . .    . .           .   . . . .  .            T      .   .    .       .           .      .    .               .        . .    . .      .       .      .      . .    .         .  .  .          .     .    .   A 
blockSeqs                     :           .    .        .  G    .   .  .  .  .   . .  . . .   .  .   . .   . .  . .   . . .       .            .  .  .    . .   .  .  . . .     . A    .     .     .  . . .  .   .    .  .  .        . .    . .           .   . . . .  .            T      .   .    .       .           .      .    .               .        . .    . .      .       .      .      . .    .         .  .  .          .     .    .   C 
blockSeqs                     :           .    .        .  G    .   .  .  .  .   . .  . . .   .  .   . .   . .  . .   . . .       .            .  .  .    . .   .  .  . . .     . A    .     .     .  . . .  .   .    .  .  .        . .    . .           .   . . . .  .            T      .   .    .       .           .      .    .               .        . .    . .      .       .      .      . .    .         .  .  .          .     .    .   A 
blockSeqs                     :           .    .        .  G    .   .  .  .  .   . .  . . .   .  .   . .   . .  . .   . . .       .            .  .  .    . .   .  .  . . .     . C    .     .     .  . . .  .   .    .  .  .        . .    . .           .   . . . .  .            T      .   .    .       .           .      .    .               .        . .    . .      .       .      .      . .    .         .  .  .          .     .          
blockSeqs                     :           .    .        .  A    .   .  .  .  .   . .  . . .   .  .   . .   . .  . .   . . .       .            .  .  .    . .   .  .  . . .     . A    .     .     .  . . .  .   .    .  .  .        . .    . .           .   . . . .  .            T      .   .    .       .           .      .    .               .        . .    . .      .       .      .      . .    .         .  .  .                           
blockSeqs                     :           .    .        .  G    .   .  .  .  .   . .  . . .   .  .   . .   . .  . .   . . .       .            .  .  .    . .   .  .  . . .     . A    .     .     .  . . .  .   .    .  .  .        . .    . .           .   . . . .  .            T      .   .    .       .           .      .    .               .        . .    . .      .       .      .      . .    .                                           
blockSeqs                     :           .    .        .  A    .   .  .  .  .   . .  . . .   .  .   . .   . .  . .   . . .       .            .  .  .    . .   .  .  . . .     . C    .     .     .  . . .  .   .    .  .  .        . .    . .           .   . . . .  .            .      .   .    .       .           .      .    .               .        . .    . .      .       .      .      . .    .                                           
blockSeqs                     :           .    .        .  G    .   .  .  .  .   . .  . . .   .  .   . .   . .  . .   . . .       .            .  .  .    . .   .  .  . . .     . C    .     .     .                                                                                                                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :           .    .        .  G    .   .  .  .  .   . .  . . .   .  .   . .   . .  . .   . . .       .            .  .  .    . .   .  .  . . .     . A    .     .                                                                                                                                                                                                                                                        
blockSeqs                     :           .    .        .  .    .   .  .  .  .   . .  . . .   .  .   . .   . .  . .   . . .       .            .  .  .    . .   .  .  . . .                                                                                                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :           .    .        .  .    .   .  .  .  .   . .  . . .   .  .   . .   . .  . .   . . .       .            .  .  .    . .   .  .  . .                                                                                                                                                                                                                                                                             
blockSeqs                     :           .    .        .  .    .   .  .  .  .   . .  . . .   .  .   . .   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        


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originalCons                  :   GGTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-C--GT--T--A-T-A-TGCTC-G-ACAA-TTTTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCCGG-A-TTTC-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTA-TCTTCCT-----AAAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----T-G----AAT--GATCGC-----GC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-AA--------TTT----AA-CAAA-GAT-NTAGTCACA
finalCons                     :   GGTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-C--GT--T--A-T-A-TGCTC-GA--AA-TTTTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCCGG-A-TTTC-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GGT--TTGA-ATC-ATTA-TCTTCCT-----AAAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----T-G----AAT--GATCGC-----GC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-AA--------TTT----AA-CAAA-GATN-TAGTCACA





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Reference ( family-1246 )     :   GGTTCAAA-ATTA-------AG-TG-GAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-C--GT--T--A-T-A-TGCTC-G---A-AATT-TTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCCGG-A-TTTC-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTA-TCTTCCT-----AAAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----T-G----AAT--GATCGC-----GC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-AA--------TTT----AA-CAAA-GAT-NTAGTCACA
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gi|15                         :   GGTTCGAA-ATTA--------G-CGAGAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A---G--T-TGA-T--------T-T---T-T-AAAACCGCG----------AGTAAA-AA--TAG-A---------A-G-A-CACTC-G---A-AATT-TTT--AGCG-tagtgttaaatctaaagcaaac
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gi|2                          :     TTCAAA-ATTA-------AGGTG-GAAAATAC-TC-GC-TA--AAAT-GC-G-A-CGAA-T-AAA-T---AAT-AT-T---T-TGA-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-CC-GT--C--A-T-AATGCTC-G---GCAATT-TTTTAAGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GAATC-TAT--CGG-A-TTTCCT---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTATTTTTCCT-----AAAATTC----CTA-T-----------------AAGCTAAGCGCTT----T-G----AATG-GATTGC-----GC------A-ACCTGACCCTCAAACG-TTAAA--------TTTATAAAA-CAAA-GAT-ATAGTCAg
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gi|7                          :   GGTTCAAA-ATTA-------AG-T--GAAA-TAC-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTG-C--GT--T--A-C-A-TGCTC-G---ATAATT-TTT--AACG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TATTCTGG-A-TTTT-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-T-CC-----------GG-T-TTGA-ATC-ATTA-TCTTCCT-----CAAATTC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----T-G----AAT--GATCG------GC------A-A--TGA-CCTCAAACG-TT-AA--------TTT----AA-CAAA-GAT-CTAGTCACAaatt
gi|8                          :   GGTTCAAAGATTA-------AA-TA-GAAA-CGA-TC-GC-TA--AA-T-GC-G-A-CCA--T-AAA-T---A-T-AT-T---T-T-A-----GCG----------AG---G-CA--TTG-C--TA--T--A-G-A-TGCTC-G---C-AA-T-TTT--AGCG-AC-T-T-CA--TC-TACC-GA--C-TA-TCCGG-T-ATTC-T---GTTGTCAGT--CA-G-T-TACC-----------GG-TATGGA-ATC-ATTATTTTTCCT-----AAAGATT----CTA-TCTC--------------AA---AAATGC-T----TAG----AAT---ATCGC-----GC------A-A--TGA-CCTC-AACG-TT-AA--------TTT----AA-CAA---AT-ATAGTCA
gi|9                          :    GTTCAAA-ATTA-------AA-TG-GAAA--AC-TC-GCCTA--AA-T-GC-C-ATCCA--T-AAAAT---A-T-AA-TGGGT-T-A-----GCG----------AGT--G-CA--TTGTC--AT--T--A-T-----CTC-G---A-AATT-TC---AGC--AC-T-T-CAAGTCGTACCCGA--C-TATTCTGG-A-TTTC-T---GT-GTCAGTTTCA-G-TGT-CC-----------GG-T-TTGATATC-AT-A-TCTTTCT-----AAACATC----CTA-TCGC--------------AA---AAGCGC-T----G-T----AAT--GATCGC-----AC------ATA--TGA-CCTCAAACGATT-AA--------TTT----AA-aat