lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 9999999 33 1 1 22 4 2 111 1111 3333333333333333333333 11111111 22222 1 222 1 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 11111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 1 1 1
lowQualScore : 8888888 6 22 5 6 5 11 6 6 6 0 3 9 000 0 4 55 0000 55 55 66666 8888888888888888888888 3 555 99999999 00000 3 3333 5 1 111 3 0 3333 44444 5 1 6666 88 22 0 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 444444 4444 2 2 1 333 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 11 1 444444 6666 11 11 1 2222 4 1 888888888 5555555 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 22 1 8888888 1 55555555 1 11111 444444 5555 44 22 333 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 5 7 6 1 5 6
lowQualScore : ....... . .. . . . .. . . . . . . ... . . .. .... .. .. ..... ...................... . ... ........ ..... . .... . . ... . . .... ..... . . .... .. .. . ...................................................................................... ...... .... . . . ... . ......................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................... .. . ...... .... .. .. . .... . . ......... ....... .............................................................................. .. . ....... . ........ . ..... ...... .... .. .. ... .......................................................................................................... . . . . . .
lowQualScore : 0000000 0 00 0 0 0 00 0 0 0 0 7 0 000 2 0 66 4444 22 00 99999 1111111111111111111111 1 444 00000000 99999 7 9999 7 7 999 3 3 7777 33333 5 9 0000 22 55 2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 111111 4444 8 8 6 000 7 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 99 4 000000 5555 88 88 3 9999 6 5 777777777 0000000 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 00 5 8888888 5 00000000 5 22222 888888 2222 00 55 222 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 7 0 0 7 0 3
consensus : ATCACAGAAAC--ATCGGTGTACTCATGGCGCAACGGGTAAGCATTTCTTATTTATGGGTGACTATTAGAAGGGATAATCAAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC-CCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTG-CAAAAGCGTGA-AAGC--GCGTTAC---TTT----------------------C-TAA---CAC-A-----ACTTTACG---CAACGCGCCT----TCGCGCTAAC-ACAACT-TTACGCAACGCGCCT----TC-----GCG-CT----A-AC--ACAACTT--------TA------------CGC------AA----------C--GC--GCGT-T-----A-A-TTTTT----A-T-------CGTGT------TAGCGC---GAAGGC-GCGTT-GCGTAA-AG---T-TGTTAC-----T----T------T----TAA--------CGCGC--------CA----ACA-AGCAAC--------GCGCC-----------------------TT--CGC-G--CAA---------ACACA----------A-CT----------C-GC------CT----T-CGC---G----------CTGACA--------AGC----AAC-GCG-----CG------T--TC----G--------C---GC------N--AA--C---A-C---T---T--------TAC-GCA---------AC-------G---C-GCC--T------TC-GCG----CT-----A--------A--------AAAT-CA-A---TT--------T-T----A------T----CGTG--T-TA------GCGCGAAGG-CGC--G--T-TG----CGT-AAA-GT-T----G-------TGTT--G-G---C----------GC--------------G------------------T-TGC------------------GT--TA-GCGCGA-A-----GGC-GC-------GTT-GCGTAAAG-----T------T----G--TGTTA--G---C--------G--------C---------GTT--G--C--------GTA-A---AGTTGTG---TTA-G---AAAGTAA---------CACGC-------T---A---TTT-GCAAATGGCCCTATCCGGACACCGTA
Reference ( gi|1 ) : ATCACAGAAACAAATT--TGCACTCCAGGGGCGACTGGTAAAAATTTCTTATTTATGAGCGGCTATTAGAAGGGA-AATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCCATGGTG---TCCGGATAGGGCCGTTTG-CAAAAGCATGA-AAGC--GCGTTAC---TTT----------------------C-TAA---CAA-A-----ACTTTATC---CAACGCGCAT----TTGCGCTAAC-ACGAAT-TTACACAACGCGCAT----TC-----GTG-CT----A-GC--ACAACTC--------CA------------CGC------AA----------C--GC--ACAT-T-----A-A-TTTTT----A-T-------CGTGT------TAGCGT---GAAGGC-GCGTT-GCGTAA-AG---T-TGTTAC-----T----T------T----TAA--------CACGC--------CA----ACA-ATCTAT--------GCGCC-----------------------TT--CGC-C--CAA---------ACACA----------A-TT----------C-GC------AT----T-CGC---G----------TTGACA--------AGC----AAC-ACG-----TG------T--TC----G--------T---GC------G--AA--C---A-C---T---T--------TAC-GTA---------AC-------G---C-GCT--T------TC-GCG----CT-----A--------A--------AAATTCA-A---TT-------AT-T----A------T----CGTG--T-TA------GCGCGAAGA-AGC--G--T-TG----CAT-AAA-GC-T----G-------TGTT--G-G---C----------GC--------------G------------------T-TGC------------------GT--TA-GCGCGA-T-----GGC-GC-------GTT-GCGTAAAG-----T------T----G--TGTTA--G---C--------G--------C---------GTT--G--T--------GTA-A---AGTTTTG---TTA-G---AAAGTAA---------CACGC-------T-------TTT-GCTAATGGTCCTATCCCGACACCTTAATTCCTTTAAGGCATATTCAATGTTTTTGGTGCAGTACTTTAAATGATGTAAAAAACGGGTAACAAGTTCAATTAAGGATATCATAAGTGACTTGTTTACA
gi|10 : ATCACAGAAAC--ATCGGTGTACTCATGGCGCAACGGGTAAGCATTTCTTATTTATGGGTGACTATTAGAAGGGATAATCAAAGT
gi|10 : TTC-CCTATGGTG---TCCGGACAGGGCCATTTG--AAAAACATGA-AATT--GCATTAC---TTT----------------------C-CAA---CAA-A-----ATTTTACC---TAACGCACAT----TCGCGCTAAC-ACAACA-TTACGCAACGCGCAT----TC-----Gtccctatggtgtccggacagggccatttgaaaaacatgaaattgcattactttccaacaaaattttacctaacgcacattcgcgctaacacaacattacgcaacgcgcattcg
gi|10 : atcacagaaacatcggtgtactcatggcgcaacgggtaagcatttcttatttatgggtgactattagaagggataatcaaagTTC-CCTATGGTG---TCCGGACAGGGCCATTTG--AAAAACATGA-AATT--GCATT------------------------------------------------ACTTT--C---CAAC-----------------AAA-AT---T-TTACCTAACGCACAT----TC-----GCG-CT----A-AC--ACAACAT--------TA------------CGC------AA----------C--GC--GCAT-T-----
gi|3 : atcacagaaacatcggtgtactcatggcgcaacgggtaagcatttcttatttatgggtgactattagaagggataatcaaagTCTTTAATGATGAAATCTGAATAGGGCCATTTG-CAAA----TTA-AAGC--GCGTTAC---ATT----------------------C-TAG---CAC-A-----ACTTTATG---CAATGCGCCT----TTGCGCTAAC-ACAACT-TTACGCAACGTGCCT----TC-----GCG-CT----ACGT--GTAACAC--------CA------------TAA------AA-------------------AT-T-----GCA-TTTTT----A-T-------CGTGC------TAGCGC---AAAGGT-GCGTT-GCGTAA-AG---T-TG-TACATAAAT----T------T----TAA--------CACGC--------CA----ACA-AGCAATTGGATTTCGCGCCAACAAAATTTTACGCAACTCATCTT--CGC-G--TAA---------ACACA----------A-CT----------C-GC------AT----T-TGC---G----------CTGACA--------AGC----AAC-GCG-----CC------T--TC----G--------C---GC------T--AA--CACAA-C---T---T--------TAC-GGA---------AT-------G---C-GCC--T------TC-ACG----CT-----A--------A--------AA-------------------AT-T----A------C----C--------A------GAACGAAGG-GGC--G--T-TG----TGT-AAA-CT-T----G-------TTTT--cg
gi|11 : ctttataaATGATG---TTCGGATAGGGCCATTTG-CAAA-GCGTTA-AAGT--GTGTTGC---TTT----------------------C-CAA---AAC-A-----ACTTTACG---TAACGCACCT----AAGTGCTAAT-ACAATT-TTCCAAAACa
gi|18 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatggtACGGTG---TCCGGATAGGGACATTTA-CAAAAG--TGG-CAGT--GTGTTAT---TTT----------------------C-TGA---aactttatgaaacacgccttcacactaacacgatgagaattcatttt
gi|17 : tatactacgaagtacactatatgtactcgcatgtTGGTG---TCCGAATAAAGGCATTTG-CAAAA-CGCGA-GAGC--GCG-------TTC----------------------C-TAA---CAC-A-----ACTTT-TCG--CAACGTGC-T----TCGCGCTAAC-ACAACT-TTAC
gi|4 : tTGGTG---TCCG-ATAGGGCCGTTTGCCAAAAACCTGACAAAC--GCATTAC---TTT----------------------CGTAAGGCCAACA-----A------G---CAACGCGCCT----TCACGCTAACTACT-CT-TTACACAACg
gi|2 : ttcgcgccggcaagcaatgcgccttcgtgctaacacagcttttcacaactaaagttacattatcgcgaaggcgaagtgtgcaacagtgtgtgtagagcgatgaagcgttgctttgtggcgcgaaggctgttgcttgtcgccgcaaataaaaaggcaggGGATAGGGTCATTTG-CAAAAGTGTGA-CAGA--ACGTTAC---ACT----------------------C--AA---CA------------TG-C---CAACAAGCAA----T-------AC-AC--CT-TCGCATAACTCGCGT----TC-----GCGACA----A-GC--A-----C--------CA------------CGCCTT---AA----------C--GC-------T-----A-A-TACAT----C-T-------CGCCT------TTGCTC---TAATGCAACTTT-AC--AG-AA---C-T-TTCC-----T----T----------------------CGAGC--------CG----ACA-ATCAAC--------GCGAC-----------------------T----GT----------------ATACA----------A-CC----------C-AT------CT----T-CGC---A----------CTAATG--------A------AAC-----------------T--T--------------T---AC------A--AA------A-C-------T--------CAC-GT-----------------------T-GCT--TA-----TCGGTG----CG-----A--------A--------GAA--GA-G---TT-------GTGTAGA-A------T----GGCG--T-TA------GCGCGAAGG-TTG--G--T-TG----TGT-AAT-GT-T----G-------TGTT--G-G---C----------ACAAAGACAAA-----G------------------T-TGT------------------AT--TA-GCGCGA-C-----GGC-AA-------AT----GTAAAGAAC--G------T----G--CGTT-------C--------C--------T---------CTA--G--T--------GTA-A---AGTTGTG---CTA-G---
gi|2 : tttgcaaaagcgtgacagcgcgtcactttcaacaagcaatgtgtcttaccgctaacacaactttacacaaatcgccttcgcgccgacaagcaacgcgccttcgagTTTG-CAAAAGCGTGA-CAGC--GCGTCAC---TTTCAACAAGCAATGTGTCTTACCGC-TAA---CAC-A-----ACTTTACA---CAAATCGCCT----TCGCGCCGAC-AAG---------CAACGCGCCT----TC-----GAG-CT----A-GC--ACAACTT--------TA------------CACTAGAGGAA----------C--GC--ACGT-----------TCTTT----A---------CAT-T------TGCCGT--------C-GCGCTAATACAA-CT---T-TGT--C-----T----T------TGTGCCAA--------CACAA--------CATTACACA-ACCAA------------CC-----------------------TT--CGCGC--TAACGCCATTCTACACA----------A-CT----------C-TT------CT----T-CGC---A----------CCGATA--------AGC----AAC-GTGAGTTTTGTAAAGTT--TCATTAG--------T---GC------G--AA--G---A-TGGGT---TGTA-----TACAGT-----------C-------G---C-GTTGATTG----TC-G-G----CTCGAAGG--------A--------AAGTTC-------T-------GT-A----AAG----T----TGCA--T-TA------GAGCAAAGG-CGA--G--A-TG----TAT-TA----------G-------CGTTAAG-G---C----------GT--------------G------------------G-TGC-------------------T--TG-TCGCGA-A-----CGC-GA-------GTT-ATGCGAAGGTGTAT------T----GCTTGTTG--G---C--------A--------T---------GTTGAG--T--------GTA-A---CGTTCTG---T-----------------------CACAC-------T-------TTT-GCAAATGACCCTATCC
gi|8 : G-TAAAAGAGTGA-GAGCTAGCGTG-----TTA----------------------C-TAA---TAC-ACCGTCACGCTAACAAGCAACGCATTT----TTGCGC-------GAA-----CACAACGCGCCTGAAGTC-----GCG-CC----A-AC--ACAACTT--------TA------------CAC------AA----------C--
gi|7 : aacaacgtgtcttcgcgctaatgcaactctactcaacttgcaaagacaagttttatgtacagttgtattagcgcgaaggggaC--GCGATACGCCTTTGCG-------------------C-TAA---CAC-A-----ACTTTAAA---CAACGTGCCA----TCACGCTAAT-ACAACT-TTACGCAACGTGCAT----TC-----GCG-CC----A-AC--ACAA-TC--------AAAAAAAATTATTGCGT------AG----------T--GT--GCGT-T-----G-----TGT----A---------AATGT------TGGCGT---GAAGGC-GCGTT-GCtcttttacaa
gi|15 : aaactttacgtaacgcacattcgcgctaacacaactacatgtacatgcatcgcgccaacacaactttaC---TTTGCG-------------------C-TAA---CAC-A-----ACTTTAAG---CAACGTGCAT----TCACGCTAAC-ACAACT-TAACGCAACGCGCCT----TC-----GCG-CT----A-TC--ACAACTttgtcagc
gi|14 : t----------------------C-TGA---CAA--------CTTTACG---CAACTTACCT----CTGCGCTAAC-AC-AATATTACACAAC-C---T----TT-----GCG-TT----A-AG--ACAACTT--------TA------------TGC------AA----------G--GC--GCacgaagttgtgttt
gi|3 : tctcgcgacaaca-A-----ACTTTACG---CAACGCACCT----TTGCGCTAGC-ACGA----TAAA-AATGCA-AT----TTTTATGGTG-TT----A--C--ACG------------TAG-----------CGCG-----AA----------G--GC--ACGT-TGCGTAA-A-GTT-----------------GTGT------TAGCGC---AAAGGC-GCATT-GCATAA-AG---T-TG-TGC-----TAGAAT------G----TAA--------CGCGC--------ctcc
gi|6 : ctttataatctttaatgatgaaatctgaatagggccatttgcaaattaaa-A-----ACTTTACA---CAACATGCCT----TCGCGCTAAC-ACAACT-TTTTGCAACGTGCCT----TC-----gtacataaattttaacacgccaacaagcaattggatttcgcgccaacaaaattttacgcaactcatcttcgcgtaaacacaactcgcatttgcgctgacaagcaacgcgccttcgcgctaacacaactttacggaatgcgccttcacgctaaaaattaccagaacgaaggggcgttgtgtaaacttgtttta
gi|13 : caactttacacaacatgccttcgcgctaaaaacaactttacgcaacgtaccttcgctctaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacTTTACG---CATCGCGCCT----TCGCGCTAAC-ATACATGTGACTTTACGCAC-T----TC-----GCG-CT----A-------AA----------------------------------AA-------------------AT-T-----G-A-TTTCT----A-T-------CATGT------TA
gi|16 : TTTATA---CAACGTGTCT----TCGCGCTAAC-ACGAatacggaaacgtacggaaacgttttcg
gi|7 : ttta---CAACGCGCCT----TCACGCCAAC-A----T-TTACACAACGCACA----------------------------------C--------TA------------CGC------AA----------------------T-----A-A-TTTTTTTTGA-T-------TGTGT------TGGCGC---GAATGC-ACGTT-GCGTAA-AG---T-TGTaaccccgtcaccccagcaggcaactcatgaattcgcactaacacaactttacaaaactc
gi|9 : aaactttacgtaacgcacattcgcgctaacacaactacatgtacatgcatcgcgccaacacaactttacgcgatacgcctttgcgctaacacaactttaaacaacgtgccatcacgctaat---CAACGCGC-C----TCACGCAGAC-ACAACT-TTACATCACTCACAT----TC-----GCG-TTGTGAA-GCAAACGCCTT--------CA------------AGC------TA-------------GC--ACCT-T-----A-cttgtcagc
gi|12 : ttcgcgctaacacagctttcgcaacgctaacacgataaaaagtttgaagcgttgtgttaagttgttactcactccatcaacacaccgtgaagacaacaag---CAACGTGCCC----TCCCGCTGGC-A--ACT-TTACACAACTCGCCT----TC-----GCG-CT----A-AC--ACAACTCGCATTCGACA------------AGC------AA----------C--GC--GCcacaacgcaccttcgcgttaa
gi|4 : tgcgttgcgtacggttgttactttcaacacgccgtcacgccaaaaaa---CAATGCGCCT----TCGTGCTAAC-ACAGCT-TTTCACAACcaacacgatttcacgaaatttgtcttcgccattaaaattgaatt
gi|8 : ttcgcgccggcaag---CAACGCGCCTGAAGTCGCGCCAAC-ACAACT-TTACACAACTCCCCT----TC-----GCG-CT----A-AT--ACAACTG--------TA------------CAT------AAAACTTGTCTTT--GC--AAGT-T-----G-A-GTAGA----G-T-------TGCAT------TAGCGC---GAAGAC-ACGTT-Gtaaagttacattatcgcgaaggcgaagtgtgcaacagtgtgtgtagagcgatgaagcgttgctttgtggcgcgaaggctgttgcttgtcgccgcaaataaaaaggcagggttgtgtaaagagtagttagcgtgaaggcgcgttgcttgttggccttacgaaagtaatgcgtttgtcaggtttttggcaaacggccctatcggacacca
gi|17 : aaGCGCGT----TC---CTAAC-ACAACT-TTTCGCAACGTGC-T----TC-----GCG-CT----A-AC--ACAACTT--------TA------------CGtgttcgcgcaaaaatgcgttgcttgttagcgtgacggtgtattagtaacacgctagctctcactcttttactcttttacaa
gi|3 : ttggtgtccgaataaaggcatttgcaaaacgcgaga-ACAACT-TTACGCAACGCACCT----TT-----GCG-CT----A-GC--ACGA-TA--------AA---------------------AA----------T--GC-------------A-A-TTTTT----A-T-------GGTGTTACACGTAGCGC---GAAGGC-ACGTT-GCGTAA-AG---T-TGT
gi|5 : ctttataatctttaatgatgaaatctgaatagggccatttgcaaattaaagcgcgttacattctagcacaactttatgcaatgcgcctttgcgctaacT-TTACACAACATGCCT----TC-----GCG-CT----A-AC--ACAACTT--------TT------------TGC------AA----------C--GT--GCCT-TC----G-G-NNNNN----N-N-------NNNNN------NNNNNN---NNNNNN-NNNNN-NNNNNN-NN---N-NNNNNN-----N----N------N----NNN--------NNNNN--------NN----NNN-NNNNNN--------NNNCC-----------------------TT--CGC-G--CTA---------ACACA----------A-CT---------------------------------------------TT-ACA----------C----AAC-ATG-----TC------T--TC----G--------C---TC------T--AA--C---A-CAACT---T--------TAC-GCA---------AC-------G---T-GCC--T------TC-GCG----CT-----A--------A--------acataaattttaacacgccaacaagcaattggatttcgcgccaacaaaattttacgcaactcatcttcgcgtaaacacaactcgcatttgcgctgacaagcaacgcgccttcgcgctaacacaactttacggaatgcgccttcacgctaaaaattaccagaacgaaggggcgttgtgtaaacttgtttta
gi|6 : acT-TTACACAACATGCCT----TC-----GCG-CTA---A-AA--ACAACTT--------TA------------CGC------AA----------C--GT--ACCT-T-----cacatttttacgaaacgcgacttcgcgctaacacggtataaaaaattattttt
gi|8 : caacACAACGTGTCT----TC-----GCG-CT----A-AT--GCAACTC--------TA------------CTC------AA----------CTTGC--AAAGAC-----A-A-GTTTT----A-TGTACAGTTGTAT------TAGCGC---GAAGGG-GAGTT-GTGTAA-AG---T-TGTcgctctaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaactttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttc
gi|4 : aCAATGCGCCT----TC-----GTG-CT----A-AC--ACAGCTT--------TT------------CAC------AA----------C---------T-A-----A-A-GTTAC----A-------------T------TATCGC---GAAGGC-GAAGT-GTGCAACAG---TGTGTgttggcgcgacttcaggcgcgttgtgttcgcgcaaaaatgcgttgcttgttagcgtgacggtgtattagtaacacgctagctctcactcttttactcttttacaa
gi|9 : ttcgcgccggcaagT----TC-----GCG-CT----A-AC--ACAGCTT--------T-------------CGC------AA----------C--GCTAACAC-G-----A-------T----A-A-------AAAGT------T----T---GAAG----CGTT-GTGTTA-AG---T-TGTTAC-----T----CACTCCAT----CAA--------CACACCGTGAAGACA----ACA-AGCAAC--------GCGCC------------------------T--CAC-G--CAG---------ACACAACTTTACATCA-CT----------C-AC------AT----T-CGC---G----------TTGTGA--------AGC----AA--ACG-----CC------T--TC----A--------A---GC------T--AG--C---A-C---C---T--------TAC-ACA---------AC-------G---C-ACC--T------TC-GCG----TT-----A--------A--------gtagagcgatgaagcgttgctttgtggcgcgaaggctgttgcttgtcgccgcaaataaaaaggcagggttgtgtaaagagtagttagcgtgaaggcgcgttgcttgttggccttacgaaagtaatgcgtttgtcaggtttttggcaaacggccctatcggacacca
gi|9 : --ACAACTT--------AA------------CAC------AA----------C--GC-----T-TCA---A-ACTTTTT----A-T-------CGTGT------TAGCGTTGCGAAAGCTGTGTTAGCGCGA-A
gi|11 : AT-G-----A-A-TTCTC----A-T-------CGTGT------TAGTGT---GAAGGC-GTGTT-TCATAA-AG---T-TGTTtactcactccatcaacacaccgtgaagacaacaagcaacgcgcctcacgcagacacaactttacatcactcacattcgcgttgtgaagcaaacgccttcaagctagcaccttacacaacgcaccttcgcgttaa
gi|5 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatggtatgatgttcggatagggccatttgcaaagcgttaaagtgtgttgctttccaaaacaactttacgtaacgcacctaagtgctaatacaattttccaa-T-----A-A-TTTTTTAT-A-C-------CGTGT------TAGCGC---GAAGTC-GCGTT-TCGTAA-AA---A-TGTttt
gi|16 : actttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcgcgctaacacaactttacacaacatgtcttcgctctaacacaactttacgcaacgtgccttcgcgctaacTTT----A-T-------CGTGT------TAGCGC---GAAGAC-ACGTT-GTATAA-AAACCC-CGTCAC----------C------C----CAG--------CA-GG--------CA----AC---TC-AT--------GAA-------------------------TT--CGC-A--CTA---------ACACA----------A-CT----------ttttt
gi|19 : TTT----AGT-------TGTGT------TAGCGT---GACGAA-GCGTT-GCttacaaaactc
gi|10 : cgccttcgtgccgacaaT----G-T-------TGTGT------TAGCGC---GAATGT-GCGTT-AGGTAA-AA---T-Tttttacgga
gi|14 : atcacagaaacatcggtgtactcatggcgcaacgggtaagcatttcttatttatgggtgactattagaagggataatcaaagttccctatggtgtccggacagggccatttgaaaaacatgaaattgcattactttccaacaaT----A-T-------TGTGT------TAGCGC---AGAGGT-AAGTT-GCGTAA-AG---T-TGTCAttacgcaacgcgcattcg
gi|17 : tctcgcgacaacac-T-------TGTGT------TAGCGC---GAAG-C-ACGTT-GCGAAA-AG---T-TGTttacacaacctttgcgttaagacaactttatgcaaggcgcctcc
gi|12 : ttggtgtccgaataaaggcatttgcaaaacgcgagagcgcgttcctaac-T-------TGTGT------TAGCGC---GAAGGC-GAGTT-GTGTAA-AG---T-TGctttacg
gi|15 : tgcgttgcgtacggttgttactttcaacacgccgtcacgccaaaaaacaacgtgccctcccgctgg-T-------TGTGT------TAGCGT---GAATGC-ACGTT-GCTTAA-AG---T-TGTctcgcattcgacaagcaacgcgccaacacgatttcacgaaatttgtcttcgccattaaaattgaatt
gi|6 : tagttgtgatagcgcgaaggcgcgttgcgttaag-T-------TGTGT------TAGCGC---GAAGGC-ATGTT-GTGTAA-AG---T-TGTgttagcgcaaagacgaagttgtgttt
gi|5 : caactttacacaacatgccttcgcgctaaaaacaactttacgcaacgtaccttcgctctaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnGTGT------TAGCGC---GAAGGC-ACGTT-GCGTAA-AG---T-TGTctttttgcaacgtgccttc
gi|4 : actttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcgcgctaacacaactttacacaacatgtcttcgctctaacGTGT------TAGCAC---GAAGGC-GCATT-GCatttttacgaaacgcgacttcgcgctaacacggtataaaaaattattttt
gi|13 : ttcgcgccggcaaTGT------TAGCGC---GAAGGC-GCGAT-GCGTAA-Aagcttttcacaactaaagttacattatcgcgaaggcgaagtgtgcaacagtgtgtgtagagcgatgaagcgttgctttgtggcgcgaaggctgttgcttgtcgccgcaaataaaaaggcagggttgtgtaaagagtagttagcgtgaaggcgcgttgcttgttggccttacgaaagtaatgcgtttgtcaggtttttggcaaacggccctatcggacacca
gi|6 : T------TAGAGC---GAAGGT-ACGTT-GCGTAA-AG---T-TGT--------T----T------T----TAG--------CGCGtacatgtgactttacgcacttcgcgctaaaaaattgatttctatcatgttaatacggaaacgtacggaaacgttttcg
gi|14 : caactttacacaacatgcctt---GGAGGC-GCCTT-GCATAA-AG---T-TG---------T----C------T----TAA--------CGCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaactttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttc
gi|12 : tctcgcgacaacactgacaactttacgcaacttacctctgcgctaacacaatattacacaaccttt-GCGTT-GCGTAC-GG---T-TGTTAC-----T----T------T----CAACACGCCGTCACGC--------CA----AAA-AACAAC--------GTGCC-----------------------CTCCCGC-TGGCAACTTT-----ACACA----------A-CT----------C-GC------CT----T-CGC---G----------CTAACA----------C----AAC-TCG-----CA------T--TC----GACAAGCAAC---GC------GCCAA--C---A-CGATT---T--------CAC-GAA---------AT-------T---T-GTC--T------TC-GCC----AT-----T--------A--------AAATTGA-A---TT-------
gi|4 : tTTAC-----T----T------TCG--TAA--------G--GC--------CA----ACA-AGCAAC--------GCGCC-----------------------TT--CACGC--TAACTACTCTTTACACA----------A-CC----------CTGCCTTTTTAT----T-TGC---G----------GCGACA--------AGC----AAC-A-G-----CC------T--TC----G--------C---GCCACAAAGC-AA--C---G-C---T---TCATCGCTCTAC-ACACACTGTTGCAC-------ACTTC-GCC--T------TC-GCG----AT-----A--------ATGT-----AACTTTA-G---TT-------GT-G----AAAAG--C----TGTG--T-TA------GCACGAAGG-CGC--A--T-TG----C
gi|7 : ttcgcgccggcaa----TAA--------CACAA--------CT----ACATGTACAT--------GCA--------------------------T--CGC-G--CCA---------ACACA----------A-CTTTACGCGATAC-GC------CT----T-TGC---G----------CTAACAC-------AACTTTAAACAACG-----TG------CCATC----A--------C---GC------T--AA--TACAA-C---T---T--------TAC-GCA---------AC-------G---T-GCA--T------TC-GCG----CC-----A--------A--------CA---CA-A---TCAAAAAAAAT-T----A------T----TGCG----TA------GTGT-------GC--G--T-TG----TGT-AAATGT-TGGC-G-------TGAA--G-G---C----------GC--------------G------------------T-TGCTT----------------GT--CA-GCtgcgtttgtcaggtttttggcaaacggccctatcggacacca
gi|8 : aaactttacgtaacgcacattcgcgc--------CACGC--------TA----ACA-AGCAAC--------GCATT-----------------------TT--TGC-G--CGA---------ACACA----------A-CG----------C-GC------CTGAAGT-CGC---G----------C---------------C----AAC-ACA------------------------------------------------------A-C---T---T--------TAC-ACA---------AC-------T---C-CCC--T------TC-GCG----CT------------------------AATACA-A---CT-------GTAC----A------TAAAACTTG--T---------------------C--T--T-TG----C----AA-GT-T----G-------AGTA--G-A------------------------------G------------------T-TGC------------------AT--TA-GCGCGA-A-----GAC-AC-------GTT-G
gi|7 : aaGC--------TG----ACA-AGCAAC--------GCGCC-----------------------TT--CACGC--CAACATTT----ACACA----------A-CG----------C-AC------AC----TACGC---AATAATTTTTTTTGAT---------------------TG-----TG------T--TG----G--------C---GC------G--AATGC---A-C---G---T--------TGC-GTA---------AA-------G---TTGTA--T------TA-GCG-----T-----G--------A--------TGG--CACG---TT-------GT-TTAAAG------T----TGTG--T-TA------GCGCAAAGG-CGT--A--T-CG----CGT-AAA-GT-T----G-------TGTT--G-G---C----------GC--------------G------------------A-TGC------------------------------A-T-----G--------------T-ACATGTAG-----T------T----G--TGTTA--G---CGCGAATGTG--------C---------GTT--A--C--------GTA-A---AGTTTacggtgtattagtaacacgctagctctcactcttttactcttttacaa
gi|4 : --CAA---------ACGCA-------------T----------T-AC------TT----T-CGTAAGG----------CCAACA--------AGC----AAC-GCG-----CC------T--TC----A--------C---GC------T--AA--CT--A-C---TCT-T--------TAC-ACA---------AC-------C---CTGCC--TTTTTATTT-GCGG---CG-----A--------C--------AAG--CA-A---CA-------GC-C----T------T----CGCG--C----------CACAAAGC-AAC--G--C-TT----CAT-CGC-TC-T----ACACACACTGTT--GCA---C----------AC--------------T------------------T-CGC------------------CT--T---CGCGA-T-----AAT-GTAACTTTAGTT-GTGAAAAG-----C------T----G--TGTTA--G---C--------A--------C---------G
gi|15 : ttcgcgccggcaagcaatgcgccttAA---------ACACA----------ACTT----------C-GT------CT----T-TGC---G----------CTAACACAACTTTAAGC----AAC-GTG-----CA------T--TC----A--------C---GC------T--AA--C---A-CAACT---T--------AAC-GCA---------AC-------G---C-GCC--T------TC-GCG----CT-----A--------tcaggtttttggcaaacggccctatcggacacca
gi|13 : tagttgtga----------C-GC------CT----T-CGC---G----------CTAACA--------T-------AC-ATG-----TG-----------------------------------------------A-C---T---T--------TAC-GCA--------------------------C--T------TC-GCG----CT-----A--------A--------AAAATTG-A---TT-------TC-T----A------T----CATG--T-TA------ATACG--GA-AAC--G--T-
gi|19 : tttacgcatcg----------C-GC------CT----T-CGT---G----------CCGACA--------AGC----AAC-GC--------------T--TC----G--------TCACGC------T--AA--C---A-C---acggaaacgttttcg
gi|4 : T----T-CGC---G----------CCGGCA--------AGC----AAT-GCG-----CC------T--TC----G--------T---GC------T--AA--C---A-CAGCT---T--------TTC-ACA---------ACTAAAGTTA---C-ATT--A------TC-GCGAAGGCG-----A--------A--------GTGTGCA-A---C----------------A------G----TGTG--TGTA------GAGCGATGA-AGC--G--T-TG----C----------T----T-------TGT---G-G---C----------GC--------------GAAGGCTG-----------T-TGCTT----------------GT--CG-CCGCAAATAAAAAGGCAGG-------GTT-GTGTAAAGAGTAGT------TA---G--CGTGAAGG---C--------G--------C---------GTT--G--C--------TTG---------TTGGCCTTACG---AAAGTAATGCGTTTGTCAGGT-------T-------TTTGGCAAACGGCCCTAT-CGGACACCaactaaattttacgga
gi|8 : ----T-CAC---G----------CTAACA--------AGC----AAC-GCA-----TT------T--TT----G--------C---GC------G--AA--C---A-C----------------------A---------AC-------G---C-GCC--TGAAG--TC-GCG----CC-----A--------A--------CA---CA-A---CT--------T-T----ACACAACT----CCCC--T-TC------GCGCTAATACAAC--T--G-TA----CAT-AAA-ACTT----G-------TCTT--T-G---CAAGTTGAGTAGA--------------G------------------T-TGC------------------AT--TA-GCGCGA-A-----GAC-AC-------GTT-Ga
gi|7 : aa---G----------CTGACA--------AGC----AAC-GCG-----CC------T--TC----A--------C---GC------C--AA--C---A-----T---T--------TAC-ACA---------AC-------G---C-ACA--C------T--ACG----C------A--------A--------TAATTT------TT-------TT-TG---A------T----TGTG--T-TG------GCGCGAATG-CAC--G--T-TG----CGT-AAA-GT-T----G-------TATT--A-G---C----------GT--------------GATGGCACGTTGTTTAAAGT-TGT------------------GT--TA-GCGCAA-A-----GGC-GT-------ATC-GCGTAAAG-----T------T----G--TGTTG--G---C--------G--------C---------GAT--GCAT--------GTACATGTAGTTGTG---TTA-G---cggtgtattagtaacacgctagctctcactcttttactcttttacaa
gi|6 : aaactttacgtaacgcacattcgcg----------TTTACA----------C----AAC-ATG-----CC------T--TC----G--------C---GCTAA---A--AA--C---AAC---T---T--------TAC-GCA---------AC-------G---T-ACC--T------TC-GCT----CT-----A--------A--------
gi|8 : caac--------AAC----AAC-GTG-----TC------T--TC----G--------C---GC------T--AA--TGCAA-C---T---C--------TAC-TCA---------AC-------------------------TT-GC------------A--------A--------AGA--CA-AGTTTT-------ATGT----ACAG---T----TGTA--T-TA------GCGCGAAGG-GGA--G--T-TG----TGT-AAA-GT-T----G-------TGTT--G-G---C----------GC--------------G---------------------AC------------------TT--CAGGCGCGT-T---------GT-------GTTCGCGCAAAA-----A------T----G--CGTT---G---C--------T--------T---------GTTA-G--C--------GTG-A---CGGTGTA---TT--------AGTAA---------CACGC-------T-------nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaactttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttc
gi|10 : ----AAC-GCA-----CA------T--TC----G--------C---GC------T--AA--C---A-C---AACAT--------TAC-GCA---------AC-------G---C-GCA--T------TC-Gagctctcactcttttactcttttacaa
gi|5 : atcacagaaacatcggtgtactcatggcgcaacgggtaagcatttcttatttatgggtgactattagaagggataatcaaagttccctatggtgtccggacagggccatttgaaaaacatgaaattgcattactttccaacaaaattttacctCG-----TG------T--TA----G--------C---GC------G--AA-----------------------------GT-----------C-------G---C-G-T--T------TC-G-------T-----A--------A--------AAAT--------------------------------------GTG--T-TA------GCGCGAAGG-CAC--G--T-TG----CGT-AAA-GT-T----G-------TGTT--A-G---A----------GC--------------GAAGACATGTTGTGTAAAGT-TGT------------------GT--TA-GCGCGA-A-----GG
gi|17 : actttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnCG-----CG------T--TC------------------C------T--AA--C---A-CAACT---T--------TTC-GCA---------AC-------G---T-GCT--T-------C-GCG----CT-----A--------A--------gtataaaaaattattttt
gi|13 : ttggtgtccgaataaaggcatttgcaaaacgcgagagC------G--AA--A---A-CG--T---T--------TCC-GTA----------------------C-GTT--T------CC-GTA----TT-----A--------ACATGATAGAAAT-CA-A---TT--------T-T----------------------T-TA------GCGCGAAG------------TG----CGT-AAA-GT--------------------------C----------AC--------------A------------------TGTAT------------------GT--TA-GCGCGA-A-----GGC-GC-------GAT-GCGTAAAcacaactttacg
gi|10 : --AA--A---A-T---T---T--------TAC-CTA---------AC-------G---C-ACA--T------TC-GCG----CT-----A--------A--------
gi|11 : atcacagaaacatcggtgtactcatggcgcaacgggtaagcatttcttatttatgggtgactattagaagggataatcaaagttccctatggtgtccggacagggccatttgaaaaacatgaaattgcattactttccaac--AA--C---AAC---T---T--------TAC-GTA---------AC-------G---C-ACC--T------AA-GTG----CT------------------------AATACA-A---TT-------cacaacattacgcaacgcgcattcg
gi|3 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatggtatgatgttcggatagggccatttgcaaagcgttaaagtgtgttgctttccaa---A-C---T---T--------TAC-GCA---------AC-------G---C-ACC--T------TT-GCG----CT-----AGCACGATAA--------AAATGCA-A---TT-------TT-T----A------T----GGTG--T-TACACGTAGCGCGAAGG-CAC--G--T-TG----CGT-AAA-GT-T----G-------TGTT----------------------------------------------------------------------------------A-GCGCAA-A-----GGC-GC-------ATT-GCATAAAG-----T------T----G--TGCTA-------------------------------------------------------------------------G---AATGTAA---------CGCGC-------TTTAA---TTT-GCAAATGGCCCTATTCAGAttccaaaacaactttatgaaacacgccttcacactaacacgatgagaattcatttt
gi|3 : ctttataatctttaatgatgaaa---A-C---T---T--------TAT-GCA---------AT-------G---C-GCC--T------TT-GCG----CT-----A--------A--------CA---CA-A---CT--------T-T----A------CGCAACGTGCCT-TC------GCGCTA------C--G--TGTAACACCATAAAA-AT-T----G-------CATT--------T----------TT--------------A------------------T-CGT------------------GC--TA-GCGCAA-A-----GGT-GC-------GTT-GCGTAAAG-----T------T----G--Ttgtacataaattttaacacgccaacaagcaattggatttcgcgccaacaaaattttacgcaactcatcttcgcgtaaacacaactcgcatttgcgctgacaagcaacgcgccttcgcgctaacacaactttacggaatgcgccttcacgctaaaaattaccagaacgaaggggcgttgtgtaaacttgtttta
gi|6 : ctttataatctttaatgatgaaatctgaatagggccatttgcaaattaaagcgcgttacattctagcaca---A-C---T---T--------TAC-ACA---------AC-------A---T-GCC--T------TC-GCG----CT-----A--------A--------AAA--CA-A---CT--------T-T----A------acataaattttaacacgccaacaagcaattggatttcgcgccaacaaaattttacgcaactcatcttcgcgtaaacacaactcgcatttgcgctgacaagcaacgcgccttcgcgctaacacaactttacggaatgcgccttcacgctaaaaattaccagaacgaaggggcgttgtgtaaacttgtttta
gi|5 : ca-----A--------A--------AAAT--A-A---TT-------TT-TTAT-A------C----CGTG--T-TA------GCGCGAAGT-CGC--G--T-TT----CGT-AAA-AA-T----G-------TG--------------------------------------------------------------------------------T--TA-GCGCGA-A-----GGC-AC-------GTT-GCGTAAAG-----T------T----G--TGTTA--G---A--------G--------CGAAGACAT-GTT--G--T--------GTA-A---AGTTGTG---TTA-G---cgcaacgtaccttcgctctaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaactttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttc
gi|11 : actttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcgcg--------A--------AAATG-A-A---TT-------CT-C----A------T----CGTG--T-TA------GTGTGAAGG-CGT--G--T-TT----CAT-AAA-GT-T----G-------TTTT--G-G---A----------AA--------------A------------------T-TGT------------------AT--TA-GCACTT-A-----GGT-GC-------GTT-ACGTAAAG-----T------T------------------------------------------------------------------------GTTTTG-------G---AAAGCAA---------CACAC-------TTTAACGCTTT-GCAAATGGCCCTATCCGAACATCATA
gi|19 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatgg--------A--------AAATTTA-G---TT----------------------------GTG--T-TA------GCGTGACGA-AGC--G--T-TG----C
gi|12 : cgccttcgtgccgacaaAATTCA-A---TT--------T-T----A------------ATG--------------GCGAAGA-CAA--A--T-TT----CGT-GAA-AT-C----G-------TGTT--G-G---C----------GC--------------G------------------T-TGCTTGTCGAATGCGAGTTGTGT--TA-GCGCGA-A-----GGC-GA-------GTT-GTGTAAAG-----T--------------TGCCA--G---C--------GGGAGGGCAC---------GTT--G--TTTTTTGGCGTG-A---CGGCGTG---TT--G---AAAGTAA---------CAacgga
gi|9 : tgcgttgcgtacggtTTCA-AAC-TT-------TT-T----A------T----CGTG--T-TA------GCG---------------T-TG----CG--AAA-GC-T----G-------TGTT--A-G---C----------GC--------------G------------------
gi|10 : ttT-------AA-T----G------T----TGTG--T-TA------GCGCGAATG-TGC--G--T-TA----GGT-AAA-AT-T----T-------TGTT--G-G---gcgttgtgttaagttgttactcactccatcaacacaccgtgaagacaacaagcaacgcgcctcacgcagacacaactttacatcactcacattcgcgttgtgaagcaaacgccttcaagctagcaccttacacaacgcaccttcgcgttaa
gi|14 : atcacagaaacatcggtgtactcatggcgcaacgggtaagcatttcttatttatgggtgactattagaagggataatcaaagttccctatggtgtccggacagggccatttgaaaaacatgaaattgcattactttT-------AA-T----A------T----TGTG--T-TA------GCGC--AGA-GGTAAG--T-TG----CGT-AAA-GT-TGTCAG-------TGTT--G-T---C----------GC--------------G------------------cgcaacgcgcattcg
gi|16 : tctT-T----A------T----CGTG--T-TA------GCGCGAAGA-CAC--G--T-TG----TAT-AAA-cacaacctttgcgttaagacaactttatgcaaggcgcctcc
gi|17 : t------T----TGTG--T-TA------GCGCGAAGC-A-C--G--T-TG----CGA-AAA-GT-T----G-------TGTT--A-GGAAC----------GC--------------GCTC---------------T-CGC------------------GT--Taaccccgtcaccccagcaggcaactcatgaattcgcactaacacaactttacaaaactc
gi|15 : ttggtgtccgaataaaggcatttgcaa------T----TGTG--A-TA------GCGCGAAGG-CGC--G--T-TG----CGT-TAA-GT-T----G-------T--------------------------------------------------------------------------------GT--TA-GCGTGA-A-----TGC-AC-------GTT-GCTTAAAG-----T------T----G--TGTTA--G---C--------G--------CAAAGACGAAGTT--G--T--------GTctttacg
gi|9 : tag--T-TA------ACGCGAAGG-TGC--G--T-TG----TGT-AAG---------G-------TGCT--A-G---CTTGAAG----GC--------------GT-----------------T-TGC------------------TTCACA-ACGCGA-A-----TGT-GA-------GTG-ATGTAAAG-----T------T----G--TGTCT--G---C--------G--------T---------Gtt
gi|6 : ttcgcgctaacacagctttcgcaacgctaacacgataaaaagtttgaagcgttgtgttaagttgttactcactccatcaacacaccgtgaagacaacaagcaacgcgcct--T-TA------GAGCGAAGG-TAC--G--T-TG----CGT-AAA-GT-T----G-------T---------------------------------------------------------T-T---------------------T--TA-GCGCGA-A-----GGC-AT-------GTT-GTGTAAAG-----T------T----G--
gi|14 : GA-GGC--GCCT-TG----CAT-AAA-GT-T----G-------TCTT--A-A---C----------GCAAAGGTTGTGTAATA------------------T-TGT------------------GT--TA-GCGCAG-A-----GGT-AA-------GTT-GCGTAAAG-----T------TGTCAG--TGTTG--T---C--------G--------C---------Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaactttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttc
gi|17 : tct--------------G------------------T-TGT------------------GT--TA-GCGCGA-------AGC-AC-------GTT-GCGAAAAG-----T------T----G--TGTTA--GGAAC--------G--------C---------GCT--c
gi|15 : ttggtgtccgaataaaggcatttgcaaaacgcgag--------------G------------------T-TGT------------------GA--TA-GCGCGA-A-----GGC-GC-------GTT-GCGTTAAG-----T------T----G--TGTTA--G---C--------GTGAATGCAC---------GTT--G--C--------TTA-A---AGTTGTG---TTA-GCGCAAAGtttacg
gi|16 : ta------------------T-CGT------------------GT--TA-GCGCGA-A-----GAC-AC-------GTT-GTATAAAacgaagttgtgttt
gi|6 : tttaT--TA-GAGCGA-A-----GGT-AC-------GTT-GCGTAAAG-----T------T----GT-TTTTA--G---C--------G--------CGAAGGCAT-GTT--G--T--------GTA-A---AGTTaaccccgtcaccccagcaggcaactcatgaattcgcactaacacaactttacaaaactc
gi|13 : cT--TA-GCGCGA-A-----G--------------T-GCGTAAAG-----TCACATGT----A--TGTTA--G---C--------G--------C---------Gnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaactttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttc
gi|14 : tttacgcatcgcgcctt-----GGC-GC-------CTT-GCATAAAG-----T------T----G--TCTTA--A---C--------G--------CAAAG-----GTT--G--T--------GTA-A---TATTGTG---TTA-G---aaaattgatttctatcatgttaatacggaaacgtacggaaacgttttcg
gi|10 : tctcgcgacaacactgacaactttacgcaacttacctctgcgGC-GC-------GTT-GCGTAATG-----T------T----G--TGTTA--G---CGCGAATGTG--------C---------GTT--A--G--------GTA-A---AATTTTG---TTG-G---AAAGTAATGCAATTT-CATGT-------T-------TTT--CAAATGGCCCTGTCCGGACACCATAtcc
gi|16 : atcacagaaacatcggtgtactcatggcgcaacgggtaagcatttcttatttatgggtgactattagaagggataatcaaagttccc-------GTT-TTGTAAAG-----T------T----G--TGTTA--G---T--------G--------C---------Gattcg
gi|17 : tttatcgtgttagcgcgaagacacgttgtataaaaaccccgtcaccccagcaggcaactcatgaattCGTAAAG-----T------T----G--TGTTA--G---C--------GCGAAGCA-C---------GTT--G--C--------GAA-A---AGTTGTG---TTA-G---G----AA---------CGCGCTCTCGCGT-------TTT-GCAAATGCCTTTATTCGGACACCtc
gi|18 : tt---TCA-G---AAAATAA---------CACAC-------TGCCACT-TTT-GTAAATGTCCCTATCCGGACACCGTA
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CATGTTAATGATGGAAACGTACGGAAACGTTTACGGAGC
Alignments
lowQualScore : 333333 1 33333333333333333333333333333333333333 2 111 11 4444444444444444444444 1111111111111 111111 11111 111111 2222222222 4444444444444444444444444444 11111111 11111 555555555555 2222222222 1111111111 111111 111111111 1111111111 2222222 11111 666666666666666666666666666666666666 1111 5555555555555555555555555555555555555555555555555 1111 1111 33333333333333333 11111 1 11 4444444444444444444444444444444 33333333 4444444 222 1
lowQualScore : 444444 77 2 2 2 5 88888888888888888888888888888888888888 0 000 1 5 22 0 5 777 3333333333333333333333 66 8888888888888 2 3 3 111111 11111 666666 77 3 9999999999 777 0 8888 4 3 3 666 22 3333333333333333333333333333 0 88888888 5 0 66 11 99999 66 66 666666666666 1111111111 9999999999 5 222222 555555555 3 6 5555555555 1 666 5555555 22222 4 6 0 111111111111111111111111111111111111 3 999 5 5 5555 5 5555555555555555555555555555555555555555555555555 8888 5 3 2222 77 5 5 77 4444 99999999999999999 66666 8 6 11 7777777777777777777777777777777 0 66666666 8888888 333 6 2 5
lowQualScore : ...... .. . . . . ...................................... . ... . . .. . . ... ...................... .. ............. . . . ...... ..... ...... .. . .......... ... . .... . . . ... .. ............................ . ........ . . .. .. ..... .. .. ............ .......... .......... . ...... ......... . . .......... . ... ....... ..... . . . .................................... . ... . . .... . ................................................. .... . . .... .. . . .. .... ................. ..... . . .. ............................... . ........ ....... ... . . .
lowQualScore : 000000 00 5 5 5 5 00000000000000000000000000000000000000 0 000 7 0 99 2 0 888 9999999999999999999999 11 6666666666666 9 1 6 555555 11111 444444 99 3 7777777777 888 8 5555 3 6 6 444 66 6666666666666666666666666666 1 11111111 0 2 99 66 44444 99 99 888888888888 9999999999 4444444444 0 888888 444444444 6 5 9999999999 0 444 0000000 00000 0 6 7 333333333333333333333333333333333333 9 222 0 0 6666 0 4444444444444444444444444444444444444444444444444 9999 7 0 1111 99 7 7 99 2222 33333333333333333 88888 0 0 00 8888888888888888888888888888888 8 22222222 0000000 333 7 5 0
consensus : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCGTTTGC-AAAAGCGTGA-AAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAA--CACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCAACGC-GCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGC------GTTAATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------T--TAA--------CGCGCC--------AACA-AGCA--ACGC-----GCCTT--CGC--GC-AAC--------ACA----------CAACT----------C-GCC------TTCGCGCCGACA-A-------GCAACGC-GCCTT----------CGCGCTAAC---A---C---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAAAGA-TNANTT-TT-A------T-------CGC-----GTTAGCGCGAAGGCGAGTT-GCG-TAA----AGT-T----GTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGC----GC--GTC-G-C--GT----AA----A------------GTTGTGT-TA--GCGC-GTTAGC--GTG-A---A-----GTTG---TGTTA-------GAAAGTAA--------CGCGCT------GTTT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
Reference ( family-1233 ) : ATCACAGAAACA--TCGGTGTACTCATGGCGCAACGGGTAAGCATTTCTTATTTATGGGTGACTATTAGAAGGGATAATCAAAGTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTC-CCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGC-AAAAGCGTGA-AAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAA--CACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCAACGC-GCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGC------GTTAATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------T--TAA--------CGCGCC--------AACA-AGCA--ACGC-----GCCTT--CGC--GC-AA---------ACA----------CAACT----------C-GCC------TTCGCGCTGACA-A-------GCAACGC-GCGTT----------CGCGCNAAC---A---C---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAAAAA-TCAATT-TT-A------T-------CGT-----GTTAGCGCGAAGGCGCGTT-GCG-TAA----AGT-T----GTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGC----GC--GTT-G-C--GT----AA----A------------GTTGTGT-TA--GCGC-GTT-GC--GTA-A---A-----GTTG---TGTTA-------GAAAGTAA--------CACGCT------ATTT---GCAAATGGCCCTATCCGGACACCGTA
gi|1 : ATCACAGAAACAAATT--TGCACTCCAGGGGCGACTGGTAAAAATTTCTTATTTATGAGCGGCTATTAGAAGGGA-AATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCCATGGTG---TCCGGATAGGGCCGTTTGC-AAAAGCATGA-AAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAA--CAAAACTTTATCCAACGCGCATTTGCGCTAAC-------------A-CGAATTTACACAACGC-GCATTCGTGCTA-GCACA------AC-----TCCACGC------AA--CGCAC------ATTAATTTTT---ATCGTGTTA----GCGTGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------T--TAA--------CACGCC--------AACA-ATCT--ATGC-----GCCTT--CGC--CC-AA---------ACA----------CAATT----------C-GCA------TTCGCGTTGACA-A-------GCAACAC-GTGTT----------CGTGCGAAC---A---C---TTTACGTAACGCGC-TTTCG-CGCTAAAAATTCAATTATT-A------T-------CGT-----GTTAGCGCGAAGAAGCGTT-GCA-TAA----AGC-T----GTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGATGGC----GC--GTT-G-C--GT----AA----A------------GTTGTGT-TA--GCGC-GTT-GT--GTA-A---A-----GTTT---TGTTA-------GAAAGTAA--------CACGCT-------TTT---GCTAATGGTCCTATCCCGACACCTTA
gi|10 : ATCACAGAAACA--TCGGTGTACTCATGGCGCAACGGGTAAGCATTTCTTATTTATGGGTGACTATTAGAAGGGATAATCAAAGTattcctttaaggcatattcaatgtttttggtgcagtactttaaatgatgtaaaaaacgggtaacaagttcaattaaggatatcataagtgacttgtttaca
gi|10 : TTC-CCTATGGTG---TCCGGACAGGGCCATTTG--AAAAACATGA-AATTGCATTACTTT---C----------------------CAA--CAAAATTTTACCTAACGCACATTCGCGCTAAC-------------A-CAACATTACGCAACGC-GCATTCGtccctatggtgtccggacagggccatttgaaaaacatgaaattgcattactttccaacaaaattttacctaacgcacattcgcgctaacacaacattacgcaacgcgcattcg
gi|11 : atcacagaaacatcggtgtactcatggcgcaacgggtaagcatttcttatttatgggtgactattagaagggataatcaaagTATGATG---TTCGGATAGGGCCATTTGC-AAA-GCGTTA-AAGTGTGTTGCTTT---C----------------------CAA--AACAACTTTACGTAACGCACCTAAGTGCTAATACAATTTTCCAAAA-CAACTTTATGAAACAC-GCCTTCACACTA-ACACG------A
gi|11 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatggAATTCTC---ATCGTGTTA----GTGTGAAGGCGTGTT-TCATAAA-G---TTGTTtgagaattcatttt
gi|12 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatggtatgatgttcggatagggccatttgcaaagcgttaaagtgtgttgctttccaaaacaactttacgtaacgcacctaagtgctaatacaattttccaaGCGTT-GCGTACG-G---TTGTTAC-----TT------T--CAACACGCCGTCACGCC--------AAAA-AACA--ACGT-----GCCCTCCCGCTGGC-AACTTT-----ACA----------CAACT----------C-GCC------TTCGCGCTAACA----------CAACTC-GCATTCGACAAGCAACGCGCCAAC---A---CGATTTCACGAAATTTGT-CTTCGCCATTAAAAT-TGAATT-catttt
gi|13 : tTTTACGCATCGC-GCCTTCGCGCTA-ACATACATGTGAC-----TTTACGC------ACTTCGCGCTAAAAAATTGATTTCT---ATCATGTTA----ATACGGAAACG---T-ACGGAAACG---TT
gi|14 : T-A------T-------TGT-----GTTAGCGCAGAGGTAAGTT-GCG-TAA----AGT-TGTCAGTGT-------T--------GTCGCG------------------ttcg
gi|14 : tctACAACTTTACGCAACTTACCTCTGCGCTAAC-------------A-CAATATTACACAA-----CCTTTGCGTTA-AGACA------AC-----TTTATGC------AA--GGCGC------ttacacaacctttgcgttaagacaactttatgcaaggcgcctcc
gi|15 : tctcgcgacaacactgCTTTGCGC----------------------TAA--CACAACTTTAAGCAACGTGCATTCACGCTAAC-------------A-CAACTTAACGCAACGC-GCCTTCGCGCTA-TCACA------AC-----Tctcc
gi|16 : tTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGACACGTT-GTATAAA-AACCCCGTCAC-----C-------------------------CC--------AGCA-GGCA--ACTCAT---GAATT--CGC--AC-TA---------ACA----------CAACT----------acgaagttgtgttt
gi|16 : TTCGCACTAAC-------------A-CAACTTTACAAAACttacaaaactc
gi|17 : tttatcgtgttagcgcgaagacacgttgtataaaaaccccgtcaccccagcaggcaactcatgaaTGGTG---TCCGAATAAAGGCATTTGC-AAAA-CGCGA-GAGCGCGTT----C---C----------------------TAA--CACAACTTTTCGCAACGTGC-TTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGtc
gi|18 : tTACGGTG---TCCGGATAGGGACATTTAC-AAAA--GTGG-CAGTGTGTTATTTT---C----------------------TGA--
gi|19 : tatactacgaagtacactatatgtactcgcatg----------C-GCC------TTCGTGCCGACA-A-------GCAACGCTTCG-T----------CACGCTAAC---A---C---
gi|19 : CGCCTTCGTGCCGAC-------------A--------A-GCAACGC-TTCGTCACGCTA-ACACA------ACTAAATTTTACGaactaaattttacgga
gi|2 : TTTGC-AAAAGCGTGA-CAGCGCGTCACTTT---CAACAAGCAATGTGTCTTACCGCTAA--CACAACTTTACACAAATCGCCTTCGCGCCGAC-------------A--------A-GCAACGC-GCCTTCGAGCTA-GCACA------AC-----TTTACACTAGAGGAA--CGCAC------GT---TCTTT---A-CAT-TTG----CCGT-----CGCGCTAATACAAC-T---TTGT--C-----TT------T--------------GTGCC--------AACACAACATTACACAACCAACCTT--CGC--GCTAACGCCATTCTACA----------CAACT----------C-TTC------TTCGCACCGATA-A-------GCAACGT-GAGTT----------T-TGTAA-----A---G---TTT---CA--------TTAG-TGC-GAAGA-TGGGTT-GT-A------TACAGTCGCGTTGATTGTCGGCTCGAAGGAAAGTT-CTG-TAA----AGT-T----GCAT-------TAGAGCAAAGGCGAG------------------ATGTAT--TA-GCGTTAAGGC----GT--GGT-G-CTTGTCGCGAACGCGA------------GTTATGC-GAAGGTGT-ATT-GC--TT------------GTTGGCATGTT--------GAGTGTAACGTTCTGTCACACT-------TTT---GCAAATGACCCTATCCga
gi|3 : ATGATGAAATCTGAATAGGGCCATTTGC-AAA----TTA-AAGCGCGTTACATT---C----------------------TAG--CACAACTTTATGCAATGCGCCTTTGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCAACGT-GCCTTCGCGCTACGTGTA------AC-----ACCATAA------AA--ATTGC----------ATTTTT---ATCGTGCTA----GCGCAAAGGTGCGTT-GCGTAAA-G---TTG-TACATAAATT------T--TAA--------CACGCC--------AACA-AGCA--ATTG-----GATTT--CGC--GC-CA---------ACAAAATTTTACGCAACT----------C-ATC------TTCGCGTAAACA----------CAACTC-GCATT----------TGCGCTGAC---A----------A-GCAACGCGC-CTTCG-CGCTAACA---CAACT-TT-A--------------CG--------------GAATGCGCCTTCACGCTAA----AA--------------------------------A------------------TTAC----CA-GAACGAAGGG----GC--GTT-G-T--GT----AA----A------------CTTGTTT-TA--
gi|4 : ctttataatcttta------TTCGCGCCGGCA-A-------GCAATGC-GCCTT----------CGTGCTAAC---ACAGC---TTTTCACAA--------------CTAAAG---------TT-A----------------C-----ATTATCGCGAAGGCGAAGT-GTG-CAAC---AGTGT----GTGTAGAGCGAT--------GAAGCG------------------TTGCTTTGTG-GCGCGAAGGCTGTTGCTTGTC-GCC--GC----AA----ATAAAAAGGCAGGGTTGTGTAAA--GAGTAGTTAGC--GTG-A---AGGCGCGTTGCT-TGTTGGCCTTACGAAAGTAA--------TGCGTTTGTCAGGTTTTTGGCAAACGGCCCTAT-CGGACACC
gi|4 : TTAC-----TT------TCGTAA---------G-GCC--------AACA-AGCA--ACGC-----GCCTT--CAC--GCTAACTACTCTTTACA----------CAACC----------CTGCCTTTTTATTTGCGGCGACA-A-------GCAACA--GCCTT----------CGCGCC-AC---A----------AAGCAACGCTT-CATCG-CTCTACACA--CACTG-TT-GCACACTT-------CGC-----CTT--CGCGA-------TA-ATG-TAACTTTAGT-T----G----------T--------GAAAAG------------------CTGTGT--TA-GCACGAAGGC----GC--ATT-G-C--a
gi|4 : ttcgcgccggcaaTGGTG---TCCG-ATAGGGCCGTTTGCCAAAAACCTGACAAACGCATTACTTT---CG---------------------TAAGGC-CAAC---AAGCAACGCGCCTTCACGCTAACT------------A-C-TCTTTACACAACCCTGCCTTtgcgtttgtcaggtttttggcaaacggccctatcggacacca
gi|5 : ttcgcgccggcaagcaatgcgccttcgtgctaacacagcttttcacaactaaagttacattatcgcgaaggcgaagtgtgcaacagtgtgtgtagagcgatgaagcgttgctttgtggcgcgaaggctgttgcttgtcgccgcaaataaaACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTTTGCAACGT-GCCTTCG----G-NNNNN------NN-----NNNNNNN------NN--NNNNN------NNNNNNNNNN---NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-N---NNNNNNC-----CT------T-------------CGCGCT--------AACA---CA--A---------CTTT---------------------ACA----------CAACA----------T-GTC------TTCGCTCTAACACAACTTTACGCAACGT-GCCTT----------CGCGCTAAC---A---CATTTTTACGAAACGCGA-CTTCG-CGCTAA
gi|5 : TAATTTTTTATACCGTGTTA----GCGCGAAGTCGCGTT-TCGTAAA-A---ATG---------TG------T--TAG--------CGCGcacggtataaaaaattattttt
gi|6 : actttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcgcgctaacacaactttacacaacatgtcttcgctctaacacaactttacgcaacgtgccttCAACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTAAA-------------AACAACTTTACGCAACGT-ACCTTCGCTCTA-Attttt
gi|6 : ACAACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTTTGCAACGT-GCCTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaactttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttc
gi|7 : caactttacacaacatgccttcgcgctaaaaacaactttacgcaacgtaccttcgctctaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTGTGTTA----GCGCGAATGTGCGTT-ACGTAAA-G---TT
gi|7 : aGCTGACA-A-------GCAACGC-GCCTT----------CACGCCAAC---A-------TTTACACAACGCACACTACG-C---AATAA-TTTTTT-TTGA------T-------TGT-----GTTGGCGCGAATGCACGTT-GCG-TAA----AGT-T----GTAT-------T--------AGCGTGATGGCACGTTGTTTAAAGTTGTGT--TA-GCGCAAAGGC----GT--ATC-G-C--GT----AA----A------------GTTGTGT-TG--GCGC-GAT-GCATGTACATGTA-----GTTG---TGTTA-------Gctacatgtacatgcatcgcgccaacacaactttacgcgatacgcctttgcgctaacacaactttaaacaacgtgccatcacgctaatacaactttacgcaacgtgcattcgcgccaacacaatcaaaaaaaattattgcgtagtgtgcgttgtgtaaatgttggcgtgaaggcgcgttgcttgtcagc
gi|8 : aaactttacgtaacgcacattcgcg-A-------ACAACGT-GTCTT----------CGCGCTAATGCAA---C---TCTACTCAAC-------TTG-C---AAAGA-CAAGTT-TT-A------TGTACAGTTGT-----ATTAGCGCGAAGGGGAGTT-GTG-TAA----AGT-T----GTGT-------T--------GGCGCG--------------------ACTT--CAGGCGC---GTT----GT--GTTCG-C--GC----AA----A------------AATGCGT-T---GCTT-GTTAGC--GTG-A---C-----GGTG---TATT-----------AGTAA--------CACGCT------A
gi|9 : TTCGCGCTA-ACACA------GC-----TTT-CGC------AA--CGC----------TAA----------CACGATAAAAAGTTTGAAG---CGTT-GTGTTAA-G---TTGTTAC-----TCACTCCAT--CAA--------CACACCGTGAAGACAACA-AGCA--ACGC-----GCCT---CAC--GC-AG---------ACA----------CAACTTTACATCACTC-ACA------TTCGCGTTGTGA-A-------GCAA-AC-GCCTT----------CAAGCTAGC---A---C---CTTACACAACGCAC-CTTCG-CGTTAAgctctcactcttttactcttttacaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CATGTTAATGATGGAAACGTACGGAAACGTTTACGGAGC
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 1 1 111 11 44444444444444444444444444 1111111111111 111111 22222222222 333333333333333333333333333 11111111 2222222222 6666666666666 111111 333333333 1111111111 2222 111111 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333333333333333 6666666666666666666 11 44444444444444444 44444444444444444 111 222222222222222222 222 33333333 77777777777777 222
lowQualScore : 555555 22 1 1 1 5 5 111 3 55 0 00000000000000000000000000 1 5555555555555 2 2 3 999999 99999 222222 66 0 44444444444 1 777 1 8888 5 3 77777 44 777777777777777777777777777 88888888 666 66 1111111111 66 9999 5555555555555 444444 66 2 000000000 3 5555555555 0 777 3333 0 666666 4 33 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 6 3 0 6 6 6666666666666666 5555555555555555555 3 11 8 8 1 44444444444444444 8 6 99999999999999999 222 8 8 999999999999999999 555 99999999 0 88888888888888 333 0 6 1
lowQualScore : ...... .. . . . . . ... . .. . .......................... . ............. . . . ...... ..... ...... .. . ........... . ... . .... . . ..... .. ........................... ........ ... .. .......... .. .... ............. ...... .. . ......... . .......... . ... .... . ...... . .. ............................................................ . . . . . ................ ................... . .. . . . ................. . . ................. ... . . .................. ... ........ . .............. ... . . .
lowQualScore : 000000 00 0 0 0 5 5 777 3 11 1 00000000000000000000000000 5 7777777777777 9 7 1 666666 11111 888888 11 3 44444444444 3 000 8 5555 4 6 22222 66 666666666666666666666666666 11111111 999 99 4444444444 99 0000 9999999999999 444444 99 1 888888888 6 9999999999 7 000 5555 9 111111 4 88 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 0 7 7 7 8888888888888888 0000000000000000000 2 00 0 2 0 88888888888888888 0 8 00000000000000000 888 0 0 444444444444444444 000 66666666 8 88888888888888 333 7 7 0
consensus : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGCAAAAGCGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGC------NTT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTTG-CGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAA--------CGCGCC--------AACA-AGCA--ACGC--G-----CCTT--CGC--G-C-A-AC---A-T-TACA------CA--ACTCGCCTTCGCGCCGACA-A-------GCAACGCGC-CTT----------CGCGCTAAC---AC---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAA-AGA-TNAATT-TT-A------------T-------CGCGTT----------A-------GCGCGAAGGNGCGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGC----G-------C--G-TCG-CGCAA----A------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-TA-----GCGTGAA-----GTTG---TGTTA-------GAAAGTAACGCGCT------G-------TTT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
Reference ( family-1233 ) : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCGTTTGCAAAAGCGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGC------GTT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTTG-CGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAA--------CGCGCC--------AACA-AGCA--ACGC--G-----CCTT--CGC--G-C-A-AC--------ACA------CA--ACTCGCCTTCGCGCCGACA-A-------GCAACGCGC-CTT----------CGCGCTAAC---AC---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAA-AGA-TNANTT-TT-A------------T-------CGCGTT----------A-------GCGCGAAGGCGAGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGC----G-------C--G-TCG-CGTAA----A------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-TA-----GCGTGAA-----GTTG---TGTTA-------GAAAGTAACGCGCT------G-------TTT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
gi|1 : ATCACAGAAACAAATT--TGCACTCCAGGGGCGACTGGTAAAAATTTCTTATTTATGAGCGGCTATTAGAAGGGA-AATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCCATGGTG---TCCGGATAGGGCCGTTTGCAAAAGCATGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACAAAACTTTATCCAACGCGCATTTGCGCTAAC-------------A-CGAATTTACACA-ACGCGCATTCGTGCTA-GCACA------AC-----TCCACGC------AA--CGCAC------ATT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGTGAAGGCGCGTTG-CGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAA--------CACGCC--------AACA-ATCT--ATGC--G-----CCTT--CGC--C-C-A-A---------ACA------CA--ATTCGCATTCGCGTTGACA-A-------GCAACACGT-GTT----------CGTGCGAAC---AC---TTTACGTAACGCGC-TTTCG-CGCTAA-AAATTCAATTATT-A------------T-------CGTGTT----------A-------GCGCGAAGAAGCGTTGCATAA-AGC-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGATGGC----G-------C--G-TTG-CGTAA----A------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-T------GTGTAAA-----GTTT---TGTTA-------GAAAGTAACACGCT--------------TTT---GCTAATGGTCCTATCCCGACACCTTA
gi|10 : ATCACAGAAACA--TCGGTGTACTCATGGCGCAACGGGTAAGCATTTCTTATTTATGGGTGACTATTAGAAGGGATAATCAAAGTattcctttaaggcatattcaatgtttttggtgcagtactttaaatgatgtaaaaaacgggtaacaagttcaattaaggatatcataagtgacttgtttaca
gi|10 : TTC-CCTATGGTG---TCCGGACAGGGCCATTTG-AAAAACATGAAATTGCATTACTTT---C----------------------CAACAAAATTTTACCTAACGCACATTCGCGCTAAC-------------A-CAACATTACGCA-ACGCGCATTCGtccctatggtgtccggacagggccatttgaaaaacatgaaattgcattactttccaacaaaattttacctaacgcacattcgcgctaacacaacattacgcaacgcgcattcg
gi|11 : atcacagaaacatcggtgtactcatggcgcaacgggtaagcatttcttatttatgggtgactattagaagggataatcaaagTATGATG---TTCGGATAGGGCCATTTGCAAA-GCGTTAAAGTGTGTTGCTTT---C----------------------CAAAACAACTTTACGTAACGCACCTAAGTGCTAATACAATTTTCCAAAA-CAACTTTATGAA-ACACGCCTTCACACTA-ACACG------A
gi|11 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatgg-AATTCTC---ATCGTGTTA----GTGTGAAGGCGTGTTT-CATAAA-G---TTGTTtgagaattcatttt
gi|12 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatggtatgatgttcggatagggccatttgcaaagcgttaaagtgtgttgctttccaaaacaactttacgtaacgcacctaagtgctaatacaattttccaaGCGTTG-CGTACG-G---TTGTTAC-----TT------TCAACACGCCGTCACGCC--------AAAA-AACA--ACGT--G-----CCCTCCCGCTGG-C-A-ACTTT-----ACA------CA--ACTCGCCTTCGCGCTAACA----------CAACTCGC-ATTCGACAAGCAACGCGCCAAC---ACGATTTCACGAAATTTGT-CTTCGCCATTAA-AAT-TGAATT-catttt
gi|13 : tTTTACGCA-TCGCGCCTTCGCGCTA-ACATACATGTGAC-----TTTACGC------ACTTCGCGCTAAAAAATT-GATTTCT---ATCATGTTA----ATACGGAAACG---TA-CGGAAACG---TT
gi|14 : ACAACTTTACGCAACTTACCTCTGCGCTAAC-------------A-CAATATTACACA-A----CCTTTGCGTTA-AGACA------AC-----TTTATGC------AA--GGCGC------ttcg
gi|15 : tctcgcgacaacactgCTTTGCGC----------------------TAACACAACTTTAAGCAACGTGCATTCACGCTAAC-------------A-CAACTTAACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-TCACA------AC-----Tctcc
gi|16 : tTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGACACGTTG-TATAAA-AACCCCGTCAC-----C-----------------------CC--------AGCA-GGCA--ACTCATG-----AATT--CGC--A-C-T-A---------ACA------CA--ACTacgaagttgtgttt
gi|16 : TTCGCACTAAC-------------A-CAACTTTACAAA-ACttacaaaactc
gi|17 : tttatcgtgttagcgcgaagacacgttgtataaaaaccccgtcaccccagcaggcaactcatgaaTGGTG---TCCGAATAAAGGCATTTGCAAAA-CGCGAGAGCGCGTT----C---C----------------------TAACACAACTTTTCGCAACGTGC-TTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGtc
gi|18 : tTACGGTG---TCCGGATAGGGACATTTACAAAA--GTGGCAGTGTGTTATTTT---C----------------------TGA
gi|19 : tatactacgaagtacactatatgtactcgcatgCGCCTTCGTGCCGACA-A-------GCAACGCTT-CGT----------CACGCTAAC---AC---
gi|19 : CGCCTTCGTGCCGAC-------------A--------A-GCA-ACGCTTCGTCACGCTA-ACACA------ACTAAATTTTACGaactaaattttacgga
gi|2 : TTTGCAAAAGCGTGACAGCGCGTCACTTT---CAACAAGCAATGTGTCTTACCGCTAACACAACTTTACACAAATCGCCTTCGCGCCGAC-------------A--------A-GCA-ACGCGCCTTCGAGCTA-GCACA------AC-----TTTACACTAGAGGAA--CGCAC------GTT----CTTT---A-CAT-TTG----CCGT-----CGCGCTAATACAAC-T---TTGT--C-----TT------T------------GTGCC--------AACACAACATTACAC--AACCAACCTT--CGC--G-CTA-ACGCCATTCTACA------CA--ACTCTTCTTCGCACCGATA-A-------GCAACGTGAGTTT----------TG---TAA----AG---TTT---CA--------TTAG-TGC-GA-AGA-TGGGTT-GT-A------------TACAGT--CGCGTT----------GATTGTCGGCTCGAAGGAAAGTTCTGTAA-AGT-TGCAT-------TAGAGCAAAGGCGAG------------------ATGTAT--TA-GCGTTAAGGC----GTGGTGCTT--G-TCG-CG-AACGCGA------------GTTATGC-GAAGGT-GTATT-----GCTT--------GTTGGCATGTT--------GAGTGTAACGTTCT------GTCACACTTTT---GCAAATGACCCTATCCga
gi|3 : ATGATGAAATCTGAATAGGGCCATTTGCAAA----TTAAAGCGCGTTACATT---C----------------------TAGCACAACTTTATGCAATGCGCCTTTGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGTGCCTTCGCGCTACGTGTA------AC-----ACCATAA------AA--ATTGC-----------ATTTTT---ATCGTGCTA----GCGCAAAGGTGCGTTG-CGTAAA-G---TTG-TACATAAATT------TTAA--------CACGCC--------AACA-AGCA--ATTG--G-----ATTT--CGC--GCC-A-ACAAAATTTTACG------CA--ACTCATCTTCGCGTAAACA----------CAACTCGC-ATT----------TGCGCTGAC---A-------A-GCAACGCGC-CTTCG-CGCTAACA----CAACT-TT-ACGGAATGCGCCTT-------CACGCTAAAAATTACCA-------GAACGAAGGGGCGTTGTGTAA-ACT-TGTTT-------T--------
gi|4 : ctttataatctttaTTCGCGCCGGCA-A-------GCAATGCGC-CTT----------CGTGCTAAC---ACAGCTTTTCACAAC--------------TAA-AG---------TT-A----------------------CATT----------A-------TCGCGAAGGCGAAGTGTGCAACAGTGTGTGTAGAGCGAT--------GAAGCG------------------TTGCTTTGTG-GCGCGAAGGCTGTTG-------CTTG-TCGCCGCAA----ATAAAAAGGCAGGGTTGTGTAAAGAGTAGT-TA-----GCGTGAAGGCGCGTTGCT-TGTTGGCCTTACGAAAGTAATGCGTTTGTCAGG-------TTTTTGGCAAACGGCCCTAT-CGGACACCa
gi|5 : ACTTTACACA-ACATGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTTTGC------AA--CGTGC------CTTCGGNNNNN---NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-N---NNNNNNN-----NN------NNNN--------NNNNNN--------NNNN-NNNN--NNNN--N-----CCTT--CGC--G-CTA-ACACAACTTTACA------CA--ACATGTCTTCGCTCTAACACAACTTTACGCAACGTGC-CTT----------CGCGCTAAC---ACATTTTTACGAAACGCGA-CTTCG-CGCTAA-a
gi|5 : T-AATTTTTTATACCGTGTTA----GCGCGAAGTCGCGTTT-CGTAAA-A---ATG---------TG------TTAG--------CGCGcacggtataaaaaattattttt
gi|6 : actttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcgcgctaacacaactttacacaacatgtcttcgctctaacacaactttacgcaacgtgccttCAACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTAAA-------------AACAACTTTACGCA-ACGTACCTTCGCTCTA-Attttt
gi|6 : CGCGCTA-------------------------------AAAACAACTTTACGCAACGTACCTTCGCTCTAAN-------------N-NNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNN------NN-----NNNNNNN------NN--NNNNN------NNN-NNNNNNN---NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNN-N---NNNNNNN-----NN------NNNN--------NNNNNN--------NNNA---CA--AC------------TT--TAC--A-C-A-AC--------A---------------TGCCTTCGCGCTAACACAACTTTTTGCAACGTGC-CTT----------Cnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaactttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttc
gi|6 : caactttacacaacatgccttACAACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTTTGCA-ACGTGCCTTC
gi|7 : caactttacacaacatgccttcgcgctaaaaacaactttacgcaacgtaccttcgctctaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACTTTACGTAACGCACATTCGCGCTAAC-------------A-CAACTACATGTACATGCA---TCGCGCCA-ACACA------AC-----TTTACGC------GA--TACGC------CTT-
gi|7 : aGCTGACA-A-------GCAACGCGC-CTT----------CACGCCAAC---A----TTTACACAACGCACACTACG-CAATAA-----TTTTTT-TTGA------------T-------TGTGTT----------G-------GCGCGAATGCACGTTGCGTAA-AGT-TGTAT-------T--------AGCGTGATGGCACGTTGTTTAAAGTTGTGT--TA-GCGCAAAGGC----G-------T--A-TCG-CGTAA----A------------GTTGTGT-TGGCGC-GA-TGCATGTACATGTA-----GTTG---TGTTA-------Gtgcgctaacacaactttaaacaacgtgccatcacgctaatacaactttacgcaacgtgcattcgcgccaacacaatcaaaaaaaattattgcgtagtgtgcgttgtgtaaatgttggcgtgaaggcgcgttgcttgtcagc
gi|8 : aaactttacgtaacgcacattcgcg-A-------ACAACGTGT-CTT----------CGCGCTAATGCAAC---TCTACTCAAC-------TTG-C---AA-AGA-CAAGTT-TT-A------------TGTACAGTTGTATT----------A-------GCGCGAAGGGGAGTTGTGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG--------------------ACTT--CAGGCGC---GTT----G-------T--GTTCG-CGCAA----A------------AATGCGT-T-GCTT-GT-TA-----GCGTGAC-----GGTG---TATT-----------AGTAACACGCT------
gi|9 : TTCGCGCTA-ACACA------GC-----TTT-CGC------AA--CGC----------T-AA----------CACGATAAAAAGTTTGAAG---CGTTG-TGTTAA-G---TTGTTAC-----TCACTCCATCAA--------CACACCGTGAAGACAACA-AGCA--ACGC--G-----CCT---CAC--G-C-AGAC--------ACAACTTTACATCACTCACATTCGCGTTGTGA-A-------GCAA-ACGC-CTT----------CAAGCTAGC---AC---CTTACACAACGCAC-CTTCG-CGTTAA-agctctcactcttttactcttttacaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CATGTTAATGATGGAAACGTACGGAAACGTTTACGGAGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 1 1 111 11 4444444444444444444444 1111111111111 111111 11111 111111 22222222222 2222222222222 44444444 22222 6666666666666666666 111111111 1111111111 2222 111111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333333333333333 6666666666666666666 11 44444444444444444 111 444444444444 111 222222222222222222 222 33333333 77777777777777 222
lowQualScore : 555555 22 1 1 1 5 5 111 55 0 888 4444444444444444444444 2 8888888888888 3 0 3 3 000000 00000 444444 66 0 44444444444 777 0 8888 4 3 3 666 44 2222222222222 444 1 11111111 5 77 1 22222 77 9999 9999999999999999999 1 777777777 4 7777777777 0 777 3333 0 666666 4 33 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 2 0 6 6 6666666666666666 5555555555555555555 3 11 8 8 1 44444444444444444 8 1 444 111111111111 222 8 8 999999999999999999 555 99999999 0 88888888888888 333 0 6 1
lowQualScore : ...... .. . . . . . ... .. . ... ...................... . ............. . . . . ...... ..... ...... .. . ........... ... . .... . . . ... .. ............. ... . ........ . .. . ..... .. .... ................... . ......... . .......... . ... .... . ...... . .. .................................................... . . . . . ................ ................... . .. . . . ................. . . ... ............ ... . . .................. ... ........ . .............. ... . . .
lowQualScore : 000000 00 0 0 0 5 5 777 11 1 888 4444444444444444444444 5 3333333333333 3 6 1 3 555555 00000 444444 99 2 33333333333 000 8 5555 3 6 6 444 11 2222222222222 777 1 44444444 7 99 0 11111 99 4444 6666666666666666666 7 888888888 0 5555555555 7 000 5555 9 111111 4 88 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 5 7 7 7 8888888888888888 0000000000000000000 2 00 0 2 0 88888888888888888 0 4 000 000000000000 888 0 0 444444444444444444 000 66666666 8 88888888888888 333 7 7 0
consensus : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGCAAAAGCGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGC------NTT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACGCGCC--------AACA-AGCA--ACGC-----GCCTTC--GC--G-CTA---A---CA-AA-TT--TACACAACTCGCCTTCGCGCCGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CGCGCTAAC---AC---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAA-AGA-TNAATT-TT-A------------T-------CGCGTT----------AGCGCGAAGGNGCGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGC----G-------C--G-TCG-CGCA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-TA-----GCGTGAA-----GTTG---TGTTA-------GAAAGTAACGCGCT------G-------TTT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
Reference ( family-1233 ) : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGCAAAAGCGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGC------NTT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACGCGCC--------AACA-AGCA--ACGC-----GCCTTC--GC--G-C-A---A---CA-----T--TACACAACTCGCCTTCGCGCCGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CGCGCTAAC---AC---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAA-AGA-TNAATT-TT-A------------T-------CGCGTT----------AGCGCGAAGGNGCGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGC----G-------C--G-TCG-CGCA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-TA-----GCGTGAA-----GTTG---TGTTA-------GAAAGTAACGCGCT------G-------TTT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
gi|1 : ATCACAGAAACAAATT--TGCACTCCAGGGGCGACTGGTAAAAATTTCTTATTTATGAGCGGCTATTAGAAGGGA-AATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCCATGGTG---TCCGGATAGGGCCGTTTGCAAAAGCATGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACAAAACTTTATCCAACGCGCATTTGCGCTAAC-------------A-CGAATTTACACA-ACGCGCATTCGTGCTA-GCACA------AC-----TCCACGC------AA--CGCAC------ATT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGTGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACACGCC--------AACA-ATCT--ATGC-----GCCTTC--GC--C-C-A---A--------------ACACAATTCGCATTCGCGTTGACA-A-------GCAACACG-TGTT----------CGTGCGAAC---AC---TTTACGTAACGCGC-TTTCG-CGCTAA-AAATTCAATTATT-A------------T-------CGTGTT----------AGCGCGAAGAAGCGTTGCATAA-AGC-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGATGGC----G-------C--G-TTG-CGTA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-T------GTGTAAA-----GTTT---TGTTA-------GAAAGTAACACGCT--------------TTT---GCTAATGGTCCTATCCCGACACCTTA
gi|10 : ATCACAGAAACA--TCGGTGTACTCATGGCGCAACGGGTAAGCATTTCTTATTTATGGGTGACTATTAGAAGGGATAATCAAAGTattcctttaaggcatattcaatgtttttggtgcagtactttaaatgatgtaaaaaacgggtaacaagttcaattaaggatatcataagtgacttgtttaca
gi|10 : TTC-CCTATGGTG---TCCGGACAGGGCCATTTG-AAAAACATGAAATTGCATTACTTT---C----------------------CAACAAAATTTTACCTAACGCACATTCGCGCTAAC-------------A-CAACATTACGCA-ACGCGCATTCGtccctatggtgtccggacagggccatttgaaaaacatgaaattgcattactttccaacaaaattttacctaacgcacattcgcgctaacacaacattacgcaacgcgcattcg
gi|11 : atcacagaaacatcggtgtactcatggcgcaacgggtaagcatttcttatttatgggtgactattagaagggataatcaaagTATGATG---TTCGGATAGGGCCATTTGCAAA-GCGTTAAAGTGTGTTGCTTT---C----------------------CAAAACAACTTTACGTAACGCACCTAAGTGCTAATACAATTTTCCAAAA-CAACTTTATGAA-ACACGCCTTCACACTA-ACACG------A
gi|11 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatgg-AATTCTC---ATCGTGTTA----GTGTGAAGGCGTGTT-TCATAAA-G---TTGTTtgagaattcatttt
gi|12 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatggtatgatgttcggatagggccatttgcaaagcgttaaagtgtgttgctttccaaaacaactttacgtaacgcacctaagtgctaatacaattttccaaGCGTT-GCGTACG-G---TTGTTAC-----TT------TCAACACGCCGTCACGCCAAAA-AACA--ACGT-----GCCCTCCCGCTGG-C-A---A---CT-----T--TACACAACTCGCCTTCGCGCTAACA----------CAACTCG-CATTCGACAAGCAACGCGCCAAC---ACGATTTCACGAAATTTGT-CTTCGCCATTAA-AAT-TGAATT-catttt
gi|13 : tTTTACGCA-TCGCGCCTTCGCGCTA-ACATACATGTGAC-----TTTACGC------ACTTCGCGCTAAAAAATT-GATTTCT---ATCATGTTA----ATACGGAAACG---T-ACGGAAACG---TT
gi|14 : T---ATTGTGTTA----GCGCAGAGGTAAGTT-GCGTAAA-G---TTGTCAG-----TG------TTGTCGCGttcg
gi|14 : tctACAACTTTACGCAACTTACCTCTGCGCTAAC-------------A-CAATATTACACA-A----CCTTTGCGTTA-AGACA------AC-----TTTATGC------AA--GGCGC------CTttacacaacctttgcgttaagacaactttatgcaaggcgcctcc
gi|15 : tctcgcgacaacactgCTTTGCGC----------------------TAACACAACTTTAAGCAACGTGCATTCACGCTAAC-------------A-CAACTTAACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-TCACA------AC-----Tcc
gi|16 : tTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGACACGTT-GTATAAA-AACCCCGTCAC-----C---------------CC--------AGCA-GGCA--ACTCAT---GAATTC--GC--A-CTA---A---CACAACTT--TACAAAACTCacgaagttgtgttt
gi|17 : TGGTG---TCCGAATAAAGGCATTTGCAAAA-CGCGAGAGCGCGTT----C---C----------------------TAACACAACTTTTCGCAACGTGC-TTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACG
gi|18 : tTACGGTG---TCCGGATAGGGACATTTACAAAA--GTGGCAGTGTGTTATTTT---C----------------------TGA
gi|19 : tatactacgaagtacactatatgtactcgcatgCGCCTTCGTGCCGACA-A-------GCAACGCT-TCGT----------CACGCTAAC---AC---
gi|19 : CGCCTTCGTGCCGAC-------------A--------A-GCA-ACGCTTCGTCACGCTA-ACACA------ACTAAATTTTACGaactaaattttacgga
gi|2 : TTTGCAAAAGCGTGACAGCGCGTCACTTT---CAACAAGCAATGTGTCTTACCGCTAACACAACTTTACACAAATCGCCTTCGCGCCGAC-------------A--------A-GCA-ACGCGCCTTCGAGCTA-GCACA------AC-----TTTACACTAGAGGAA--CGCAC------GT----TCTTT---A-CAT-TTG----CCGT-----CGCGCTAATACAAC-T---TTGT--C-----TT------T----GTGCC--------AACACAACATTACACAACCAACCTTC--GC--G-CTA---ACGCCA-----TTCTACACAACTCTTCTTCGCACCGATA-A-------GCAACGTGAGTTT----------TG---TAA----AG---TTT---CA--------TTAG-TGC-GA-AGA-TGGGTT-GT-ATACAG-------T-------CGCGTTGATTGTC---GGCTCGAAGGAAAGTTCTGTAA-AGT-TGCAT-------TAGAGCAAAGGCGAG------------------ATGTAT--TA-GCGTTAAGGC----GTGGTGCTT--G-TCG-CGAACGCGA------------GTTATGC-GAAGGT-GTATT-----GCTT--------GTTGGCATGTT--------GAGTGTAACGTTCT------GTCACACTTTT---GCAAATGACCCTATCCga
gi|3 : ATGATGAAATCTGAATAGGGCCATTTGCAAA----TTAAAGCGCGTTACATT---C----------------------TAGCACAACTTTATGCAATGCGCCTTTGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGTGCCTTCGCGCTACGTGTA------AC-----ACCATAA------AA--ATTGC-----------ATTTTT---ATCGTGCTA----GCGCAAAGGTGCGTT-GCGTAAA-G---TTG-TACATAAATT------TTAACACGCC--------AACA-AGCA--ATTG-----GATTTC--GC--GCC-A---A---CAAAATTT--TACGCAACTCATCTTCGCGTAAACA----------CAACTCG-CATT----------TGCGCTGAC---A-------A-GCAACGCGC-CTTCG-CGCTAACA----CAACT-TT-ACGGAATGCGCCTT-------CACGCTAAAAATTACCAGAACGAAGGGGCGTTGTGTAA-ACT-TGTTT-------T--------
gi|4 : ctttataatctttaTTCGCGCCGGCA-A-------GCAATGCG-CCTT----------CGTGCTAAC---ACAGCTTTTCACAAC--------------TAA-AG---------TT-A----------------------CATT----------ATCGCGAAGGCGAAGTGTGCAACAGTGTGTGTAGAGCGAT--------GAAGCG------------------TTGCTTTGTG-GCGCGAAGGCTGTTG-------CTTG-TCGCCGCA---AATAAAAAGGCAGGGTTGTGTAAAGAGTAGT-TA-----GCGTGAAGGCGCGTTGCT-TGTTGGCCTTACGAAAGTAATGCGTTTGTCAGG-------TTTTTGGCAAACGGCCCTAT-CGGACACCa
gi|5 : ACTTTACACA-ACATGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTTTGC------AA--CGTGC------CTTCGGNNNNN---NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-N---NNNNNNN-----NN------NNNNNNNNNN--------NNNN-NNNN--NNNN-----NCCTTC--GC--G-CTA---A---CACAACTT--TACACAACATGTCTTCGCTCTAACACAACTTTACGCAACGTG-CCTT----------CGCGCTAAC---ACATTTTTACGAAACGCGA-CTTCG-CGCTAA-a
gi|5 : T-AATTTTTTATACCGTGTTA----GCGCGAAGTCGCGTT-TCGTAAA-A---ATG---------TG------TTAGCGCGcacggtataaaaaattattttt
gi|6 : actttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcgcgctaacacaactttacacaacatgtcttcgctctaacacaactttacgcaacgtgccttCAACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTAAA-------------AACAACTTTACGCA-ACGTACCTTCGCTCTA-Attttt
gi|6 : ACAACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTTTGCA-ACGTGCCTTCnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnacaactttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttc
gi|7 : caactttacacaacatgccttcgcgctaaaaacaactttacgcaacgtaccttcgctctaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAACTTTACGTAACGCACATTCGCGCTAAC-------------A-CAACTACATGTACATGCA---TCGCGCCA-ACACA------AC-----TTTACGC------GA--TACGC------CTT-
gi|7 : aGCTGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CACGCCAAC---A----TTTACACAACGCACACTACG-CAATAA-----TTTTTT-TTGA------------T-------TGTGTT----------GGCGCGAATGCACGTTGCGTAA-AGT-TGTAT-------T--------AGCGTGATGGCACGTTGTTTAAAGTTGTGT--TA-GCGCAAAGGC----G-------T--A-TCG-CGTA---AA------------GTTGTGT-TGGCGC-GA-TGCATGTACATGTA-----GTTG---TGTTA-------Gtgcgctaacacaactttaaacaacgtgccatcacgctaatacaactttacgcaacgtgcattcgcgccaacacaatcaaaaaaaattattgcgtagtgtgcgttgtgtaaatgttggcgtgaaggcgcgttgcttgtcagc
gi|8 : aaactttacgtaacgcacattcgcg-A-------ACAACGTG-TCTT----------CGCGCTAATGCAAC---TCTACTCAAC-------TTG-C---AA-AGA-CAAGTT-TT-A------------TGTACAGTTGTATT----------AGCGCGAAGGGGAGTTGTGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG--------------------ACTT--CAGGCGC---GTT----G-------T--GTTCG-CGCA---AA------------AATGCGT-T-GCTT-GT-TA-----GCGTGAC-----GGTG---TATT-----------AGTAACACGCT------
gi|9 : TTCGCGCTA-ACACA------GC-----TTT-CGC------AA--CGC----------T-AA----------CACGATAAAAAGTTTGAAG---CGTT-GTGTTAA-G---TTGTTAC-----TCACTCCATCAACACACCGTGAAGACAACA-AGCA--ACGC-----GCCT-C--AC--G-C-AGACA---CAACT--T--TACATCACTCACATTCGCGTTGTGA-A-------GCAA-ACG-CCTT----------CAAGCTAGC---AC---CTTACACAACGCAC-CTTCG-CGTTAA-agctctcactcttttactcttttacaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CATGTTAATGATGGAAACGTACGGAAACGTTTACGGAGC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 222222 1 1 111 11 4444444444444444444444 2222222222222 111111 22222222222 2222222222222 33333333 11111 444444 111111111 1111111111 22222222 11111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 3333333333333333 6666666666666666666 11 44444444444444444 111 444444444444 111 222222222222222222 222 33333333 77777777777777 222
lowQualScore : 555555 22 1 1 1 5 5 111 55 0 888 4444444444444444444444 3 0000000000000 3 0 3 3 999999 99999 222222 66 0 22222222222 666 0 7777 4 3 3 555 33 0000000000000 444 1 66666666 5 66 1 99999 0 000000 0 3 999999999 3 5555555555 44444444 1 22222 4 33 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 1 2 0 6 6 6666666666666666 5555555555555555555 3 11 8 8 1 44444444444444444 8 1 444 111111111111 222 8 8 999999999999999999 555 99999999 0 88888888888888 333 0 6 1
lowQualScore : ...... .. . . . . . ... .. . ... ...................... . ............. . . . . ...... ..... ...... .. . ........... ... . .... . . . ... .. ............. ... . ........ . .. . ..... . ...... . . ......... . .......... ........ . ..... . .. .................................................... . . . . . ................ ................... . .. . . . ................. . . ... ............ ... . . .................. ... ........ . .............. ... . . .
lowQualScore : 000000 00 0 0 0 5 5 777 11 1 888 4444444444444444444444 6 0000000000000 6 2 3 3 666666 11111 888888 11 3 11111111111 444 8 7777 0 3 3 888 99 2222222222222 555 1 22222222 0 99 0 44444 2 555555 2 0 888888888 6 9999999999 22222222 1 00000 4 88 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 5 7 7 7 8888888888888888 0000000000000000000 2 00 0 2 0 88888888888888888 0 4 000 000000000000 888 0 0 444444444444444444 000 66666666 8 88888888888888 333 7 7 0
consensus : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGCAAAAGCGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGC------NTT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACGCGCC--------AACA-AGCA--ACGC-----GCCTTCGCGCTAACAC-AAC-TTTACACAACTCGCCTTCGCGCCGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CGCGCTAAC---AC---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAA-AGA-TNAATT-TT-A------------T-------CGCGTT----------AGCGCGAAGGNGCGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGC----G-------C--G-TCG-CGCA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-TA-----GCGTGAA-----GTTG---TGTTA-------GAAAGTAACGCGCT------G-------TTT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
Reference ( family-1233 ) : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGCAAAAGCGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGC------NTT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACGCGCC--------AACA-AGCA--ACGC-----GCCTTCGCGCTAACA--AA--TTTACACAACTCGCCTTCGCGCCGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CGCGCTAAC---AC---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAA-AGA-TNAATT-TT-A------------T-------CGCGTT----------AGCGCGAAGGNGCGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGC----G-------C--G-TCG-CGCA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-TA-----GCGTGAA-----GTTG---TGTTA-------GAAAGTAACGCGCT------G-------TTT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
gi|1 : ATCACAGAAACAAATT--TGCACTCCAGGGGCGACTGGTAAAAATTTCTTATTTATGAGCGGCTATTAGAAGGGA-AATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCCATGGTG---TCCGGATAGGGCCGTTTGCAAAAGCATGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACAAAACTTTATCCAACGCGCATTTGCGCTAAC-------------A-CGAATTTACACA-ACGCGCATTCGTGCTA-GCACA------AC-----TCCACGC------AA--CGCAC------ATT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGTGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACACGCC--------AACA-ATCT--ATGC-----GCCTTCGC-CCAA-----------ACACAATTCGCATTCGCGTTGACA-A-------GCAACACG-TGTT----------CGTGCGAAC---AC---TTTACGTAACGCGC-TTTCG-CGCTAA-AAATTCAATTATT-A------------T-------CGTGTT----------AGCGCGAAGAAGCGTTGCATAA-AGC-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGATGGC----G-------C--G-TTG-CGTA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-T------GTGTAAA-----GTTT---TGTTA-------GAAAGTAACACGCT--------------TTT---GCTAATGGTCCTATCCCGACACCTTA
gi|10 : ATCACAGAAACA--TCGGTGTACTCATGGCGCAACGGGTAAGCATTTCTTATTTATGGGTGACTATTAGAAGGGATAATCAAAGTattcctttaaggcatattcaatgtttttggtgcagtactttaaatgatgtaaaaaacgggtaacaagttcaattaaggatatcataagtgacttgtttaca
gi|10 : TTC-CCTATGGTG---TCCGGACAGGGCCATTTG-AAAAACATGAAATTGCATTACTTT---C----------------------CAACAAAATTTTACCTAACGCACATTCGCGCTAAC-------------A-CAACATTACGCA-ACGCGCATTCGtccctatggtgtccggacagggccatttgaaaaacatgaaattgcattactttccaacaaaattttacctaacgcacattcgcgctaacacaacattacgcaacgcgcattcg
gi|11 : atcacagaaacatcggtgtactcatggcgcaacgggtaagcatttcttatttatgggtgactattagaagggataatcaaagTATGATG---TTCGGATAGGGCCATTTGCAAA-GCGTTAAAGTGTGTTGCTTT---C----------------------CAAAACAACTTTACGTAACGCACCTAAGTGCTAATACAATTTTCCAAAA-CAACTTTATGAA-ACACGCCTTCACACTA-ACACG------A
gi|11 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatgg-AATTCTC---ATCGTGTTA----GTGTGAAGGCGTGTT-TCATAAA-G---TTGTTtgagaattcatttt
gi|12 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatggtatgatgttcggatagggccatttgcaaagcgttaaagtgtgttgctttccaaaacaactttacgtaacgcacctaagtgctaatacaattttccaaGCGTT-GCGTACG-G---TTGTTAC-----TT------TCAACACGCCGTCACGCCAAAA-AACA--ACGT-----GCCCTCCCGCTGGCA--AC--TTTACACAACTCGCCTTCGCGCTAACA----------CAACTCG-CATTCGACAAGCAACGCGCCAAC---ACGATTTCACGAAATTTGT-CTTCGCCATTAA-AAT-TGAATT-catttt
gi|13 : tTTTACGCA-TCGCGCCTTCGCGCTA-ACATACATGTGAC-----TTTACGC------ACTTCGCGCTAAAAAATT-GATTTCT---ATCATGTTA----ATACGGAAACG---T-ACGGAAACG---TT
gi|14 : T---ATTGTGTTA----GCGCAGAGGTAAGTT-GCGTAAA-G---TTGTCAG-----TG------TTGTCGCGttcg
gi|14 : tctACAACTTTACGCAACTTACCTCTGCGCTAAC-------------A-CAATATTACACA-A----CCTTTGCGTTA-AGACA------AC-----TTTATGC------AA--GGCGC------CTttacacaacctttgcgttaagacaactttatgcaaggcgcctcc
gi|15 : tctcgcgacaacactgCTTTGCGC----------------------TAACACAACTTTAAGCAACGTGCATTCACGCTAAC-------------A-CAACTTAACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-TCACA------AC-----Tcc
gi|16 : tTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGACACGTT-GTATAAA-AACCCCGTCAC-----C---------------CC--------AGCA-GGCA--ACTCAT---GAATTCGCACTAACAC-AAC-TTTACAAAACTCacgaagttgtgttt
gi|17 : TGGTG---TCCGAATAAAGGCATTTGCAAAA-CGCGAGAGCGCGTT----C---C----------------------TAACACAACTTTTCGCAACGTGC-TTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACG
gi|18 : tTACGGTG---TCCGGATAGGGACATTTACAAAA--GTGGCAGTGTGTTATTTT---C----------------------TGA
gi|19 : tatactacgaagtacactatatgtactcgcatgCGCCTTCGTGCCGACA-A-------GCAACGCT-TCGT----------CACGCTAAC---AC---
gi|19 : CGCCTTCGTGCCGAC-------------A--------A-GCA-ACGCTTCGTCACGCTA-ACACA------ACTAAATTTTACGaactaaattttacgga
gi|2 : TTTGCAAAAGCGTGACAGCGCGTCACTTT---CAACAAGCAATGTGTCTTACCGCTAACACAACTTTACACAAATCGCCTTCGCGCCGAC-------------A--------A-GCA-ACGCGCCTTCGAGCTA-GCACA------AC-----TTTACACTAGAGGAA--CGCAC------GT----TCTTT---A-CAT-TTG----CCGT-----CGCGCTAATACAAC-T---TTGT--C-----TT------T----GTGCC--------AACACAACATTACACAACCAACCTTCGCGCTAACGCCAT--TCTACACAACTCTTCTTCGCACCGATA-A-------GCAACGTGAGTTT----------TG---TAA----AG---TTT---CA--------TTAG-TGC-GA-AGA-TGGGTT-GT-ATACAG-------T-------CGCGTTGATTGTC---GGCTCGAAGGAAAGTTCTGTAA-AGT-TGCAT-------TAGAGCAAAGGCGAG------------------ATGTAT--TA-GCGTTAAGGC----GTGGTGCTT--G-TCG-CGAACGCGA------------GTTATGC-GAAGGT-GTATT-----GCTT--------GTTGGCATGTT--------GAGTGTAACGTTCT------GTCACACTTTT---GCAAATGACCCTATCCga
gi|3 : ATGATGAAATCTGAATAGGGCCATTTGCAAA----TTAAAGCGCGTTACATT---C----------------------TAGCACAACTTTATGCAATGCGCCTTTGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGTGCCTTCGCGCTACGTGTA------AC-----ACCATAA------AA--ATTGC-----------ATTTTT---ATCGTGCTA----GCGCAAAGGTGCGTT-GCGTAAA-G---TTG-TACATAAATT------TTAACACGCC--------AACA-AGCA--ATTG-----GATTTCGCGCCAACA--AAATTTTACGCAACTCATCTTCGCGTAAACA----------CAACTCG-CATT----------TGCGCTGAC---A-------A-GCAACGCGC-CTTCG-CGCTAACA----CAACT-TT-ACGGAATGCGCCTT-------CACGCTAAAAATTACCAGAACGAAGGGGCGTTGTGTAA-ACT-TGTTT-------T--------
gi|4 : ctttataatctttaTTCGCGCCGGCA-A-------GCAATGCG-CCTT----------CGTGCTAAC---ACAGCTTTTCACAAC--------------TAA-AG---------TT-A----------------------CATT----------ATCGCGAAGGCGAAGTGTGCAACAGTGTGTGTAGAGCGAT--------GAAGCG------------------TTGCTTTGTG-GCGCGAAGGCTGTTG-------CTTG-TCGCCGCA---AATAAAAAGGCAGGGTTGTGTAAAGAGTAGT-TA-----GCGTGAAGGCGCGTTGCT-TGTTGGCCTTACGAAAGTAATGCGTTTGTCAGG-------TTTTTGGCAAACGGCCCTAT-CGGACACCa
gi|5 : ACTTTACACA-ACATGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTTTGC------AA--CGTGC------CTTCGGNNNNN---NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-N---NNNNNNN-----NN------NNNNNNNNNN--------NNNN-NNNN--NNNN-----NCCTTCGCGCTAACAC-AAC-TTTACACAACATGTCTTCGCTCTAACACAACTTTACGCAACGTG-CCTT----------CGCGCTAAC---ACATTTTTACGAAACGCGA-CTTCG-CGCTAA-a
gi|5 : T-AATTTTTTATACCGTGTTA----GCGCGAAGTCGCGTT-TCGTAAA-A---ATG---------TG------TTAGCGCGcacggtataaaaaattattttt
gi|6 : actttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcgcgctaacacaactttacacaacatgtcttcgctctaacacaactttacgcaacgtgccttCAACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTAAA-------------AACAACTTTACGCA-ACGTACCTTCGCTCTA-ANNNN------NN-----NNNNNNN------NN--NNNNN------NNN-NNNNNNN---NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-N---NNNNNNN-----NN------NNNNNNNNNN--------NNNN-NNNN--NNNN-----NNNNNNNNNNNNNNN--NN--NNNNNACAACT----TT-------ACA----------CAACATG-CCTT----------CGCGCTAACACAAC---TTTTTGCAACGTGC-CTTCttttt
gi|7 : AACTTTACGTAACGCACATTCGCGCTAAC-------------A-CAACTACATGTACATGCA---TCGCGCCA-ACACA------AC-----TTTACGC------GA--TACGC------CTT-
gi|7 : aGCTGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CACGCCAAC---A----TTTACACAACGCACACTACG-CAATAA-----TTTTTT-TTGA------------T-------TGTGTT----------GGCGCGAATGCACGTTGCGTAA-AGT-TGTAT-------T--------AGCGTGATGGCACGTTGTTTAAAGTTGTGT--TA-GCGCAAAGGC----G-------T--A-TCG-CGTA---AA------------GTTGTGT-TGGCGC-GA-TGCATGTACATGTA-----GTTG---TGTTA-------Gtgcgctaacacaactttaaacaacgtgccatcacgctaatacaactttacgcaacgtgcattcgcgccaacacaatcaaaaaaaattattgcgtagtgtgcgttgtgtaaatgttggcgtgaaggcgcgttgcttgtcagc
gi|8 : aaactttacgtaacgcacattcgcg-A-------ACAACGTG-TCTT----------CGCGCTAATGCAAC---TCTACTCAAC-------TTG-C---AA-AGA-CAAGTT-TT-A------------TGTACAGTTGTATT----------AGCGCGAAGGGGAGTTGTGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG--------------------ACTT--CAGGCGC---GTT----G-------T--GTTCG-CGCA---AA------------AATGCGT-T-GCTT-GT-TA-----GCGTGAC-----GGTG---TATT-----------AGTAACACGCT------
gi|9 : TTCGCGCTA-ACACA------GC-----TTT-CGC------AA--CGC----------T-AA----------CACGATAAAAAGTTTGAAG---CGTT-GTGTTAA-G---TTGTTAC-----TCACTCCATCAACACACCGTGAAGACAACA-AGCA--ACGC-----GCC-TCACGCAGACAC-AAC-TTTACATCACTCACATTCGCGTTGTGA-A-------GCAA-ACG-CCTT----------CAAGCTAGC---AC---CTTACACAACGCAC-CTTCG-CGTTAA-agctctcactcttttactcttttacaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CATGTTAATGATGGAAACGTACGGAAACGTTTACGGAGC
Alignments
lowQualScore : 222222 1 1 111 11 4444444444444444444444 2222222222222 111111 22222222222 2222222222222222 33333333 22222222 1111111111111111111111111111 11111111 222222222 1111111111 22222222 111111 6666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333 6666666666666666666 11 44444444444444444 111 444444444444 111 222222222222222222 222 33333333 77777777777777 222
lowQualScore : 555555 22 1 1 1 5 5 111 55 0 888 4444444444444444444444 3 0000000000000 3 0 3 3 999999 99999 222222 66 0 22222222222 666 0 7777 4 3 3 555 1111111111111111 444 1 22222222 666 66 11111111 9999999999999999999999999999 88888888 1 666666666 3 5555555555 0 33333333 11 666666 4 33 9999999999999999999999999999999999999999 1 2 0 6 6 6666666666666666 5555555555555555555 3 11 8 8 1 44444444444444444 8 1 444 111111111111 222 8 8 999999999999999999 555 99999999 0 88888888888888 333 0 6 1
lowQualScore : ...... .. . . . . . ... .. . ... ...................... . ............. . . . . ...... ..... ...... .. . ........... ... . .... . . . ... ................ ... . ........ ... .. ........ ............................ ........ . ......... . .......... . ........ .. ...... . .. ........................................ . . . . . ................ ................... . .. . . . ................. . . ... ............ ... . . .................. ... ........ . .............. ... . . .
lowQualScore : 000000 00 0 0 0 5 5 777 11 1 888 4444444444444444444444 6 0000000000000 6 2 3 3 666666 11111 888888 11 3 11111111111 444 8 7777 0 3 3 888 8888888888888888 555 1 22222222 333 11 22222222 6666666666666666666666666666 11111111 2 444444444 6 9999999999 7 55555555 00 111111 4 88 9999999999999999999999999999999999999999 0 5 7 7 7 8888888888888888 0000000000000000000 2 00 0 2 0 88888888888888888 0 4 000 000000000000 888 0 0 444444444444444444 000 66666666 8 88888888888888 333 7 7 0
consensus : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGCAAAAGCGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGC------NTT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACGCGCC--------AACA-AGCA--ACG-C-----GCCTTCGCGCTAACA----------CAACT----TT-------ACA--------CAACTCGCCTTCGCGCTGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CGCGCTAAC---AC---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAAAGA-TNAGTT-TT-A-----T-------CGCGTT-------AGCGCGAAGGNGCGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGC----G-------C--G-TCG-CGCA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-TA-----GCGTGAA-----GTTG---TGTTA-------GAAAGTAACGCGCT------G-------TTT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
Reference ( family-1233 ) : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGCAAAAGCGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGC------NTT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACGCGCC--------AACA-AGCA--ACG-C-----GCCTTCGCGCTAACA----------CAACT----TT-------ACA--------CAACTCGCCTTCGCGCCGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CGCGCTAAC---AC---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAAAGA-TNAATT-TT-A-----T-------CGCGTT-------AGCGCGAAGGNGCGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGC----G-------C--G-TCG-CGCA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-TA-----GCGTGAA-----GTTG---TGTTA-------GAAAGTAACGCGCT------G-------TTT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
gi|1 : ATCACAGAAACAAATT--TGCACTCCAGGGGCGACTGGTAAAAATTTCTTATTTATGAGCGGCTATTAGAAGGGA-AATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCCATGGTG---TCCGGATAGGGCCGTTTGCAAAAGCATGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACAAAACTTTATCCAACGCGCATTTGCGCTAAC-------------A-CGAATTTACACA-ACGCGCATTCGTGCTA-GCACA------AC-----TCCACGC------AA--CGCAC------ATT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGTGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACACGCC--------AACA-ATCT--ATG-C-----GCCTTCGC-CCAA------------------------------ACA--------CAATTCGCATTCGCGTTGACA-A-------GCAACACG-TGTT----------CGTGCGAAC---AC---TTTACGTAACGCGC-TTTCG-CGCTAAAAATTCAATTATT-A-----T-------CGTGTT-------AGCGCGAAGAAGCGTTGCATAA-AGC-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGATGGC----G-------C--G-TTG-CGTA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-T------GTGTAAA-----GTTT---TGTTA-------GAAAGTAACACGCT--------------TTT---GCTAATGGTCCTATCCCGACACCTTA
gi|10 : ATCACAGAAACA--TCGGTGTACTCATGGCGCAACGGGTAAGCATTTCTTATTTATGGGTGACTATTAGAAGGGATAATCAAAGTattcctttaaggcatattcaatgtttttggtgcagtactttaaatgatgtaaaaaacgggtaacaagttcaattaaggatatcataagtgacttgtttaca
gi|10 : TTC-CCTATGGTG---TCCGGACAGGGCCATTTG-AAAAACATGAAATTGCATTACTTT---C----------------------CAACAAAATTTTACCTAACGCACATTCGCGCTAAC-------------A-CAACATTACGCA-ACGCGCATTCGtccctatggtgtccggacagggccatttgaaaaacatgaaattgcattactttccaacaaaattttacctaacgcacattcgcgctaacacaacattacgcaacgcgcattcg
gi|11 : atcacagaaacatcggtgtactcatggcgcaacgggtaagcatttcttatttatgggtgactattagaagggataatcaaagTATGATG---TTCGGATAGGGCCATTTGCAAA-GCGTTAAAGTGTGTTGCTTT---C----------------------CAAAACAACTTTACGTAACGCACCTAAGTGCTAATACAATTTTCCAAAA-CAACTTTATGAA-ACACGCCTTCACACTA-ACACG------A
gi|11 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatgg-AATTCTC---ATCGTGTTA----GTGTGAAGGCGTGTT-TCATAAA-G---TTGTTtgagaattcatttt
gi|12 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatggtatgatgttcggatagggccatttgcaaagcgttaaagtgtgttgctttccaaaacaactttacgtaacgcacctaagtgctaatacaattttccaaGCGTT-GCGTACG-G---TTGTTAC-----TT------TCAACACGCCGTCACGCCAAAA-AACA--ACG-T-----GCCCTCCCGCTGGCA------------ACT----TT-------ACA--------CAACTCGCCTTCGCGCTAACA----------CAACTCG-CATTCGACAAGCAACGCGCCAAC---ACGATTTCACGAAATTTGT-CTTCGCCATTAAAAT-TGAATT-catttt
gi|13 : tTTTACGCA-TCGCGCCTTCGCGCTA-ACATACATGTGAC-----TTTACGC------ACTTCGCGCTAAAAAATT-GATTTCT---ATCATGTTA----ATACGGAAACG---T-ACGGAAACG---TT
gi|14 : T---ATTGTGTTA----GCGCAGAGGTAAGTT-GCGTAAA-G---TTGTCAG-----TG------TTGTCGCGttcg
gi|14 : tctACAACTTTACGCAACTTACCTCTGCGCTAAC-------------A-CAATATTACACA-A----CCTTTGCGTTA-AGACA------AC-----TTTATGC------AA--GGCGC------CTttacacaacctttgcgttaagacaactttatgcaaggcgcctcc
gi|15 : tctcgcgacaacactgCTTTGCGC----------------------TAACACAACTTTAAGCAACGTGCATTCACGCTAAC-------------A-CAACTTAACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-TCACA------AC-----Tcc
gi|15 : t--------AACA---CA--ACTTC-----GTCTTTGCGCTAACA----------CAACT----TT-------Aacgaagttgtgttt
gi|16 : tagttgtgatagcgcgaaggcgcgttgcgttaagttgtgttagcgtgaatgcacgttgctTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGACACGTT-GTATAAA-AACCCCGTCAC-----C---------------CC--------AGCA-GGCA--ACT-CAT---GAATTCGCACTAACA----------CAACT----TT-------ACA--------AAACTCt
gi|17 : TGGTG---TCCGAATAAAGGCATTTGCAAAA-CGCGAGAGCGCGTT----C---C----------------------TAACACAACTTTTCGCAACGTGC-TTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACG
gi|18 : tTACGGTG---TCCGGATAGGGACATTTACAAAA--GTGGCAGTGTGTTATTTT---C----------------------TGA
gi|19 : tatactacgaagtacactatatgtactcgcatgCGCCTTCGTGCCGACA-A-------GCAACGCT-TCGT----------CACGCTAAC---AC---
gi|19 : CGCCTTCGTGCCGAC-------------A--------A-GCA-ACGCTTCGTCACGCTA-ACACA------ACTAAATTTTACGaactaaattttacgga
gi|2 : TTTGCAAAAGCGTGACAGCGCGTCACTTT---CAACAAGCAATGTGTCTTACCGCTAACACAACTTTACACAAATCGCCTTCGCGCCGAC-------------A--------A-GCA-ACGCGCCTTCGAGCTA-GCACA------AC-----TTTACACTAGAGGAA--CGCAC------GT----TCTTT---A-CAT-TTG----CCGT-----CGCGCTAATACAAC-T---TTGT--C-----TT------T----GTGCC--------AACACAACATTACA-CAACCAACCTTCGCGCTAACG----------CCATT----CT-------ACA--------CAACTCTTCTTCGCACCGATA-A-------GCAACGTGAGTTT----------TG---TAA----AG---TTT---CA--------TTAG-TGC-GAAGA-TGGGTT-GT-ATACAGT-------CGCGTTGATTGTCGGCTCGAAGGAAAGTTCTGTAA-AGT-TGCAT-------TAGAGCAAAGGCGAG------------------ATGTAT--TA-GCGTTAAGGC----GTGGTGCTT--G-TCG-CGAACGCGA------------GTTATGC-GAAGGT-GTATT-----GCTT--------GTTGGCATGTT--------GAGTGTAACGTTCT------GTCACACTTTT---GCAAATGACCCTATCCga
gi|3 : ATGATGAAATCTGAATAGGGCCATTTGCAAA----TTAAAGCGCGTTACATT---C----------------------TAGCACAACTTTATGCAATGCGCCTTTGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGTGCCTTCGCGCTACGTGTA------AC-----ACCATAA------AA--ATTGC-----------ATTTTT---ATCGTGCTA----GCGCAAAGGTGCGTT-GCGTAAA-G---TTGT-ACATAAATT------TTAACACGCC--------AACA-AGCA--ATT-G-----GATTTCGCGCCAACAAAATTTTACGCAACTCATCTTCGCGTAAACA--------CAACTCGCATTTGCGCTGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CGCGCTAACACAAC---TTTACGGAATGCGC-CTTCA-CGCTAAAAA--------TT-A-----C-------C------------AGAACGAAGGGGCGTTGTGTAA-ACT-TGTTT-------T--------
gi|4 : ctttataatctttaTTCGCGCCGGCA-A-------GCAATGCG-CCTT----------CGTGCTAAC---ACAGCTTTTCACAAC--------------TAAAG---------TT-A---------------CATT-------ATCGCGAAGGCGAAGTGTGCAACAGTGTGTGTAGAGCGAT--------GAAGCG------------------TTGCTTTGTG-GCGCGAAGGCTGTTG-------CTTG-TCGCCGCA---AATAAAAAGGCAGGGTTGTGTAAAGAGTAGT-TA-----GCGTGAAGGCGCGTTGCT-TGTTGGCCTTACGAAAGTAATGCGTTTGTCAGG-------TTTTTGGCAAACGGCCCTAT-CGGACACCa
gi|5 : ACTTTACACA-ACATGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTTTGC------AA--CGTGC------CTTCGGNNNNN---NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-N---NNNNNNN-----NN------NNNNNNNNNN--------NNNN-NNNN--NNN-N-----NCCTTCGCGCTAACA----------CAACT----TT-------ACA--------CAACATGTCTTCGCTCTAACACAACTTTACGCAACGTG-CCTT----------CGCGCTAAC---ACATTTTTACGAAACGCGA-CTTCG-CGCTAAa
gi|5 : T-AATTTTTTATACCGTGTTA----GCGCGAAGTCGCGTT-TCGTAAA-A---ATG---------TG------TTAGCGCGcacggtataaaaaattattttt
gi|6 : actttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcgcgctaacacaactttacacaacatgtcttcgctctaacacaactttacgcaacgtgccttCAACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTAAA-------------AACAACTTTACGCA-ACGTACCTTCGCTCTA-ANNNN------NN-----NNNNNNN------NN--NNNNN------NNN-NNNNNNN---NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-N---NNNNNNN-----NN------NNNNNNNNNN--------NNNN-NNNN--NNN-N-----NNNNNNNNNNNNNNN----------NNNNN----NN-------ACAACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTAACACAACTTTTTGCAACGTG-CCTT----------Cttttt
gi|7 : AACTTTACGTAACGCACATTCGCGCTAAC-------------A-CAACTACATGTACATGCA---TCGCGCCA-ACACA------AC-----TTTACGC------GA--TACGC------CTT-
gi|7 : aGCTGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CACGCCAAC---A----TTTACACAACGCACACTACG-CAATAA----TTTTTT-TTGA-----T-------TGTGTT-------GGCGCGAATGCACGTTGCGTAA-AGT-TGTAT-------T--------AGCGTGATGGCACGTTGTTTAAAGTTGTGT--TA-GCGCAAAGGC----G-------T--A-TCG-CGTA---AA------------GTTGTGT-TGGCGC-GA-TGCATGTACATGTA-----GTTG---TGTTA-------Gtgcgctaacacaactttaaacaacgtgccatcacgctaatacaactttacgcaacgtgcattcgcgccaacacaatcaaaaaaaattattgcgtagtgtgcgttgtgtaaatgttggcgtgaaggcgcgttgcttgtcagc
gi|8 : aaactttacgtaacgcacattcgcg-A-------ACAACGTG-TCTT----------CGCGCTAATGCAAC---TCTACTCAAC-------TTG-C---AAAGA-CAAGTT-TT-A-----TGTACAGTTGTATT-------AGCGCGAAGGGGAGTTGTGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG--------------------ACTT--CAGGCGC---GTT----G-------T--GTTCG-CGCA---AA------------AATGCGT-T-GCTT-GT-TA-----GCGTGAC-----GGTG---TATT-----------AGTAACACGCT------
gi|9 : TTCGCGCTA-ACACA------GC-----TTT-CGC------AA--CGC----------T-AA----------CACGATAAAAAGTTTGAAG---CGTT-GTGTTAA-G---TTGTTAC-----TCACTCCATCAACACACCGTGAAGACAACA-AGCA--ACG-C-----GCCT-CACGCAGACA----------CAACT----TT-------ACA--------TCACTCACATTCGCGTTGTGA-A-------GCAA-ACG-CCTT----------CAAGCTAGC---AC---CTTACACAACGCAC-CTTCG-CGTTAAagctctcactcttttactcttttacaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CATGTTAATGATGGAAACGTACGGAAACGTTTACGGAGC
Alignments
lowQualScore : 222222 1 1 111 11 4444444444444444444444 2222222222222 111111 22222222222 2222222222222222 33333333 11111 3333333333333333333333333333 11111111 222222222 1111111111 22222222 111111 6666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333 6666666666666666666 11 44444444444444444 111 444444444444 111 222222222222222222 222 33333333 77777777777777 222
lowQualScore : 555555 22 1 1 1 5 5 111 55 0 888 4444444444444444444444 3 0000000000000 3 0 3 3 999999 99999 222222 66 0 22222222222 666 0 7777 4 3 3 555 1111111111111111 444 1 66666666 5 66 1 99999 0000000000000000000000000000 88888888 666666666 3 5555555555 0 33333333 11 666666 4 33 9999999999999999999999999999999999999999 1 2 0 6 6 6666666666666666 5555555555555555555 3 11 8 8 1 44444444444444444 8 1 444 111111111111 222 8 8 999999999999999999 555 99999999 0 88888888888888 333 0 6 1
lowQualScore : ...... .. . . . . . ... .. . ... ...................... . ............. . . . . ...... ..... ...... .. . ........... ... . .... . . . ... ................ ... . ........ . .. . ..... ............................ ........ ......... . .......... . ........ .. ...... . .. ........................................ . . . . . ................ ................... . .. . . . ................. . . ... ............ ... . . .................. ... ........ . .............. ... . . .
lowQualScore : 000000 00 0 0 0 5 5 777 11 1 888 4444444444444444444444 6 0000000000000 6 2 3 3 666666 11111 888888 11 3 11111111111 444 8 7777 0 3 3 888 8888888888888888 555 1 22222222 0 99 0 44444 1111111111111111111111111111 11111111 444444444 6 9999999999 7 55555555 00 111111 4 88 3333333333333333333333333333333333333333 0 5 7 7 7 8888888888888888 0000000000000000000 2 00 0 2 0 88888888888888888 0 4 000 000000000000 888 0 0 444444444444444444 000 66666666 8 88888888888888 333 7 7 0
consensus : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGCAAAAGCGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGC------NTT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACGCGCC--------AACA-AGCA--ACGC-----GCCTTCGCGCTAACA----------CAACT----TT-------ACA--------CAACTCGCCTTCGCGCTGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CGCGCTAAC---AC---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAAAGA-TNAGTT-TT-A-----T-------CGCGTT-------AGCGCGAAGGNGCGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGC----G-------C--G-TCG-CGCA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-TA-----GCGTGAA-----GTTG---TGTTA-------GAAAGTAACGCGCT------G-------TTT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
Reference ( family-1233 ) : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGCAAAAGCGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGC------NTT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACGCGCC--------AACA-AGCA--ACGC-----GCCTTCGCGCTAACA----------CAACT----TT-------ACA--------CAACTCGCCTTCGCGCTGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CGCGCTAAC---AC---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAAAGA-TNAGTT-TT-A-----T-------CGCGTT-------AGCGCGAAGGNGCGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGC----G-------C--G-TCG-CGCA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-TA-----GCGTGAA-----GTTG---TGTTA-------GAAAGTAACGCGCT------G-------TTT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
gi|1 : ATCACAGAAACAAATT--TGCACTCCAGGGGCGACTGGTAAAAATTTCTTATTTATGAGCGGCTATTAGAAGGGA-AATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCCATGGTG---TCCGGATAGGGCCGTTTGCAAAAGCATGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACAAAACTTTATCCAACGCGCATTTGCGCTAAC-------------A-CGAATTTACACA-ACGCGCATTCGTGCTA-GCACA------AC-----TCCACGC------AA--CGCAC------ATT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGTGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACACGCC--------AACA-ATCT--ATGC-----GCCTTCGC-CCAA------------------------------ACA--------CAATTCGCATTCGCGTTGACA-A-------GCAACACG-TGTT----------CGTGCGAAC---AC---TTTACGTAACGCGC-TTTCG-CGCTAAAAATTCAATTATT-A-----T-------CGTGTT-------AGCGCGAAGAAGCGTTGCATAA-AGC-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGATGGC----G-------C--G-TTG-CGTA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-T------GTGTAAA-----GTTT---TGTTA-------GAAAGTAACACGCT--------------TTT---GCTAATGGTCCTATCCCGACACCTTA
gi|10 : ATCACAGAAACA--TCGGTGTACTCATGGCGCAACGGGTAAGCATTTCTTATTTATGGGTGACTATTAGAAGGGATAATCAAAGTattcctttaaggcatattcaatgtttttggtgcagtactttaaatgatgtaaaaaacgggtaacaagttcaattaaggatatcataagtgacttgtttaca
gi|10 : TTC-CCTATGGTG---TCCGGACAGGGCCATTTG-AAAAACATGAAATTGCATTACTTT---C----------------------CAACAAAATTTTACCTAACGCACATTCGCGCTAAC-------------A-CAACATTACGCA-ACGCGCATTCGtccctatggtgtccggacagggccatttgaaaaacatgaaattgcattactttccaacaaaattttacctaacgcacattcgcgctaacacaacattacgcaacgcgcattcg
gi|11 : atcacagaaacatcggtgtactcatggcgcaacgggtaagcatttcttatttatgggtgactattagaagggataatcaaagTATGATG---TTCGGATAGGGCCATTTGCAAA-GCGTTAAAGTGTGTTGCTTT---C----------------------CAAAACAACTTTACGTAACGCACCTAAGTGCTAATACAATTTTCCAAAA-CAACTTTATGAA-ACACGCCTTCACACTA-ACACG------A
gi|11 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatgg-AATTCTC---ATCGTGTTA----GTGTGAAGGCGTGTT-TCATAAA-G---TTGTTtgagaattcatttt
gi|12 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatggtatgatgttcggatagggccatttgcaaagcgttaaagtgtgttgctttccaaaacaactttacgtaacgcacctaagtgctaatacaattttccaaGCGTT-GCGTACG-G---TTGTTAC-----TT------TCAACACGCCGTCACGCCAAAA-AACA--ACGT-----GCCCTCCCGCTGGCA------------ACT----TT-------ACA--------CAACTCGCCTTCGCGCTAACA----------CAACTCG-CATTCGACAAGCAACGCGCCAAC---ACGATTTCACGAAATTTGT-CTTCGCCATTAAAAT-TGAATT-catttt
gi|13 : tTTTACGCA-TCGCGCCTTCGCGCTA-ACATACATGTGAC-----TTTACGC------ACTTCGCGCTAAAAAATT-GATTTCT---ATCATGTTA----ATACGGAAACG---T-ACGGAAACG---TT
gi|14 : T---ATTGTGTTA----GCGCAGAGGTAAGTT-GCGTAAA-G---TTGTCAG-----TG------TTGTCGCGttcg
gi|14 : tctACAACTTTACGCAACTTACCTCTGCGCTAAC-------------A-CAATATTACACA-A----CCTTTGCGTTA-AGACA------AC-----TTTATGC------AA--GGCGC------CTttacacaacctttgcgttaagacaactttatgcaaggcgcctcc
gi|15 : tctcgcgacaacactgCTTTGCGC----------------------TAACACAACTTTAAGCAACGTGCATTCACGCTAAC-------------A-CAACTTAACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-TCACA------AC-----Tcc
gi|16 : tTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGACACGTT-GTATAAA-AACCCCGTCAC-----C---------------CC--------AGCA-GGCA--ACTCAT---GAATTCGCACTAACA----------CAACT----TT-------ACA--------AAACTCacgaagttgtgttt
gi|17 : TGGTG---TCCGAATAAAGGCATTTGCAAAA-CGCGAGAGCGCGTT----C---C----------------------TAACACAACTTTTCGCAACGTGC-TTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACG
gi|18 : tTACGGTG---TCCGGATAGGGACATTTACAAAA--GTGGCAGTGTGTTATTTT---C----------------------TGA
gi|19 : tatactacgaagtacactatatgtactcgcatgCGCCTTCGTGCCGACA-A-------GCAACGCT-TCGT----------CACGCTAAC---AC---
gi|19 : CGCCTTCGTGCCGAC-------------A--------A-GCA-ACGCTTCGTCACGCTA-ACACA------ACTAAATTTTACGaactaaattttacgga
gi|2 : TTTGCAAAAGCGTGACAGCGCGTCACTTT---CAACAAGCAATGTGTCTTACCGCTAACACAACTTTACACAAATCGCCTTCGCGCCGAC-------------A--------A-GCA-ACGCGCCTTCGAGCTA-GCACA------AC-----TTTACACTAGAGGAA--CGCAC------GT----TCTTT---A-CAT-TTG----CCGT-----CGCGCTAATACAAC-T---TTGT--C-----TT------T----GTGCC--------AACACAACATTACACAACCAACCTTCGCGCTAACG----------CCATT----CT-------ACA--------CAACTCTTCTTCGCACCGATA-A-------GCAACGTGAGTTT----------TG---TAA----AG---TTT---CA--------TTAG-TGC-GAAGA-TGGGTT-GT-ATACAGT-------CGCGTTGATTGTCGGCTCGAAGGAAAGTTCTGTAA-AGT-TGCAT-------TAGAGCAAAGGCGAG------------------ATGTAT--TA-GCGTTAAGGC----GTGGTGCTT--G-TCG-CGAACGCGA------------GTTATGC-GAAGGT-GTATT-----GCTT--------GTTGGCATGTT--------GAGTGTAACGTTCT------GTCACACTTTT---GCAAATGACCCTATCCga
gi|3 : ATGATGAAATCTGAATAGGGCCATTTGCAAA----TTAAAGCGCGTTACATT---C----------------------TAGCACAACTTTATGCAATGCGCCTTTGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGTGCCTTCGCGCTACGTGTA------AC-----ACCATAA------AA--ATTGC-----------ATTTTT---ATCGTGCTA----GCGCAAAGGTGCGTT-GCGTAAA-G---TTGT-ACATAAATT------TTAACACGCC--------AACA-AGCA--ATTG-----GATTTCGCGCCAACAAAATTTTACGCAACTCATCTTCGCGTAAACA--------CAACTCGCATTTGCGCTGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CGCGCTAACACAAC---TTTACGGAATGCGC-CTTCA-CGCTAAAAA--------TT-A-----C-------C------------AGAACGAAGGGGCGTTGTGTAA-ACT-TGTTT-------T--------
gi|4 : ctttataatctttaTTCGCGCCGGCA-A-------GCAATGCG-CCTT----------CGTGCTAAC---ACAGCTTTTCACAAC--------------TAAAG---------TT-A---------------CATT-------ATCGCGAAGGCGAAGTGTGCAACAGTGTGTGTAGAGCGAT--------GAAGCG------------------TTGCTTTGTG-GCGCGAAGGCTGTTG-------CTTG-TCGCCGCA---AATAAAAAGGCAGGGTTGTGTAAAGAGTAGT-TA-----GCGTGAAGGCGCGTTGCT-TGTTGGCCTTACGAAAGTAATGCGTTTGTCAGG-------TTTTTGGCAAACGGCCCTAT-CGGACACCa
gi|5 : ACTTTACACA-ACATGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTTTGC------AA--CGTGC------CTTCGGNNNNN---NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-N---NNNNNNN-----NN------NNNNNNNNNN--------NNNN-NNNN--NNNN-----NCCTTCGCGCTAACA----------CAACT----TT-------ACA--------CAACATGTCTTCGCTCTAACACAACTTTACGCAACGTG-CCTT----------CGCGCTAAC---ACATTTTTACGAAACGCGA-CTTCG-CGCTAAa
gi|5 : T-AATTTTTTATACCGTGTTA----GCGCGAAGTCGCGTT-TCGTAAA-A---ATG---------TG------TTAGCGCGcacggtataaaaaattattttt
gi|6 : actttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcgcgctaacacaactttacacaacatgtcttcgctctaacacaactttacgcaacgtgccttCAACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTAAA-------------AACAACTTTACGCA-ACGTACCTTCGCTCTA-ANNNN------NN-----NNNNNNN------NN--NNNNN------NNN-NNNNNNN---NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-N---NNNNNNN-----NN------NNNNNNNNNN--------NNNN-NNNN--NNNN-----NNNNNNNNNNNNNNN----------NNNNN----NN-------ACAACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTAACACAACTTTTTGCAACGTG-CCTT----------Cttttt
gi|7 : AACTTTACGTAACGCACATTCGCGCTAAC-------------A-CAACTACATGTACATGCA---TCGCGCCA-ACACA------AC-----TTTACGC------GA--TACGC------CTT-
gi|7 : aGCTGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CACGCCAAC---A----TTTACACAACGCACACTACG-CAATAA----TTTTTT-TTGA-----T-------TGTGTT-------GGCGCGAATGCACGTTGCGTAA-AGT-TGTAT-------T--------AGCGTGATGGCACGTTGTTTAAAGTTGTGT--TA-GCGCAAAGGC----G-------T--A-TCG-CGTA---AA------------GTTGTGT-TGGCGC-GA-TGCATGTACATGTA-----GTTG---TGTTA-------Gtgcgctaacacaactttaaacaacgtgccatcacgctaatacaactttacgcaacgtgcattcgcgccaacacaatcaaaaaaaattattgcgtagtgtgcgttgtgtaaatgttggcgtgaaggcgcgttgcttgtcagc
gi|8 : aaactttacgtaacgcacattcgcg-A-------ACAACGTG-TCTT----------CGCGCTAATGCAAC---TCTACTCAAC-------TTG-C---AAAGA-CAAGTT-TT-A-----TGTACAGTTGTATT-------AGCGCGAAGGGGAGTTGTGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG--------------------ACTT--CAGGCGC---GTT----G-------T--GTTCG-CGCA---AA------------AATGCGT-T-GCTT-GT-TA-----GCGTGAC-----GGTG---TATT-----------AGTAACACGCT------
gi|9 : TTCGCGCTA-ACACA------GC-----TTT-CGC------AA--CGC----------T-AA----------CACGATAAAAAGTTTGAAG---CGTT-GTGTTAA-G---TTGTTAC-----TCACTCCATCAACACACCGTGAAGACAACA-AGCA--ACGC-----GCCT-CACGCAGACA----------CAACT----TT-------ACA--------TCACTCACATTCGCGTTGTGA-A-------GCAA-ACG-CCTT----------CAAGCTAGC---AC---CTTACACAACGCAC-CTTCG-CGTTAAagctctcactcttttactcttttacaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CATGTTAATGATGGAAACGTACGGAAACGTTTACGGAGC
Alignments
lowQualScore : 222222 1 1 111 11 4444444444444444444444 2222222222222 111111 22222222222 2222222222222222 33333333 11111 3333333333333333333333333333 11111111 222222222 1111111111 22222222 111111 6666666666666666666666666666666666666666 3333333333333333 6666666666666666666 11 44444444444444444 111 444444444444 111 222222222222222222 222 33333333 77777777777777 222
lowQualScore : 555555 22 1 1 1 5 5 111 55 0 888 4444444444444444444444 3 0000000000000 3 0 3 3 999999 99999 222222 66 0 22222222222 666 0 7777 4 3 3 555 1111111111111111 444 1 66666666 5 66 1 99999 0000000000000000000000000000 88888888 666666666 3 5555555555 0 33333333 11 666666 4 33 9999999999999999999999999999999999999999 1 2 0 6 6 6666666666666666 5555555555555555555 3 11 8 8 1 44444444444444444 8 1 444 111111111111 222 8 8 999999999999999999 555 99999999 0 88888888888888 333 0 6 1
lowQualScore : ...... .. . . . . . ... .. . ... ...................... . ............. . . . . ...... ..... ...... .. . ........... ... . .... . . . ... ................ ... . ........ . .. . ..... ............................ ........ ......... . .......... . ........ .. ...... . .. ........................................ . . . . . ................ ................... . .. . . . ................. . . ... ............ ... . . .................. ... ........ . .............. ... . . .
lowQualScore : 000000 00 0 0 0 5 5 777 11 1 888 4444444444444444444444 6 0000000000000 6 2 3 3 666666 11111 888888 11 3 11111111111 444 8 7777 0 3 3 888 8888888888888888 555 1 22222222 0 99 0 44444 1111111111111111111111111111 11111111 444444444 6 9999999999 7 55555555 00 111111 4 88 3333333333333333333333333333333333333333 0 5 7 7 7 8888888888888888 0000000000000000000 2 00 0 2 0 88888888888888888 0 4 000 000000000000 888 0 0 444444444444444444 000 66666666 8 88888888888888 333 7 7 0
consensus : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGCAAAAGCGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGC------NTT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACGCGCC--------AACA-AGCA--ACGC-----GCCTTCGCGCTAACA----------CAACT----TT-------ACA--------CAACTCGCCTTCGCGCTGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CGCGCTAAC---AC---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAAAGA-TNAGTT-TT-A-----T-------CGCGTT-------AGCGCGAAGGNGCGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGC----G-------C--G-TCG-CGCA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-TA-----GCGTGAA-----GTTG---TGTTA-------GAAAGTAACGCGCT------G-------TTT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
Reference ( family-1233 ) : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGCAAAAGCGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGC------NTT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACGCGCC--------AACA-AGCA--ACGC-----GCCTTCGCGCTAACA----------CAACT----TT-------ACA--------CAACTCGCCTTCGCGCTGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CGCGCTAAC---AC---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAAAGA-TNAGTT-TT-A-----T-------CGCGTT-------AGCGCGAAGGNGCGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGC----G-------C--G-TCG-CGCA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-TA-----GCGTGAA-----GTTG---TGTTA-------GAAAGTAACGCGCT------G-------TTT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
gi|1 : ATCACAGAAACAAATT--TGCACTCCAGGGGCGACTGGTAAAAATTTCTTATTTATGAGCGGCTATTAGAAGGGA-AATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCCATGGTG---TCCGGATAGGGCCGTTTGCAAAAGCATGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACAAAACTTTATCCAACGCGCATTTGCGCTAAC-------------A-CGAATTTACACA-ACGCGCATTCGTGCTA-GCACA------AC-----TCCACGC------AA--CGCAC------ATT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGTGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACACGCC--------AACA-ATCT--ATGC-----GCCTTCGC-CCAA------------------------------ACA--------CAATTCGCATTCGCGTTGACA-A-------GCAACACG-TGTT----------CGTGCGAAC---AC---TTTACGTAACGCGC-TTTCG-CGCTAAAAATTCAATTATT-A-----T-------CGTGTT-------AGCGCGAAGAAGCGTTGCATAA-AGC-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGATGGC----G-------C--G-TTG-CGTA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-T------GTGTAAA-----GTTT---TGTTA-------GAAAGTAACACGCT--------------TTT---GCTAATGGTCCTATCCCGACACCTTA
gi|10 : ATCACAGAAACA--TCGGTGTACTCATGGCGCAACGGGTAAGCATTTCTTATTTATGGGTGACTATTAGAAGGGATAATCAAAGTattcctttaaggcatattcaatgtttttggtgcagtactttaaatgatgtaaaaaacgggtaacaagttcaattaaggatatcataagtgacttgtttaca
gi|10 : TTC-CCTATGGTG---TCCGGACAGGGCCATTTG-AAAAACATGAAATTGCATTACTTT---C----------------------CAACAAAATTTTACCTAACGCACATTCGCGCTAAC-------------A-CAACATTACGCA-ACGCGCATTCGtccctatggtgtccggacagggccatttgaaaaacatgaaattgcattactttccaacaaaattttacctaacgcacattcgcgctaacacaacattacgcaacgcgcattcg
gi|11 : atcacagaaacatcggtgtactcatggcgcaacgggtaagcatttcttatttatgggtgactattagaagggataatcaaagTATGATG---TTCGGATAGGGCCATTTGCAAA-GCGTTAAAGTGTGTTGCTTT---C----------------------CAAAACAACTTTACGTAACGCACCTAAGTGCTAATACAATTTTCCAAAA-CAACTTTATGAA-ACACGCCTTCACACTA-ACACG------A
gi|11 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatgg-AATTCTC---ATCGTGTTA----GTGTGAAGGCGTGTT-TCATAAA-G---TTGTTtgagaattcatttt
gi|12 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatggtatgatgttcggatagggccatttgcaaagcgttaaagtgtgttgctttccaaaacaactttacgtaacgcacctaagtgctaatacaattttccaaGCGTT-GCGTACG-G---TTGTTAC-----TT------TCAACACGCCGTCACGCCAAAA-AACA--ACGT-----GCCCTCCCGCTGGCA------------ACT----TT-------ACA--------CAACTCGCCTTCGCGCTAACA----------CAACTCG-CATTCGACAAGCAACGCGCCAAC---ACGATTTCACGAAATTTGT-CTTCGCCATTAAAAT-TGAATT-catttt
gi|13 : tTTTACGCA-TCGCGCCTTCGCGCTA-ACATACATGTGAC-----TTTACGC------ACTTCGCGCTAAAAAATT-GATTTCT---ATCATGTTA----ATACGGAAACG---T-ACGGAAACG---TT
gi|14 : T---ATTGTGTTA----GCGCAGAGGTAAGTT-GCGTAAA-G---TTGTCAG-----TG------TTGTCGCGttcg
gi|14 : tctACAACTTTACGCAACTTACCTCTGCGCTAAC-------------A-CAATATTACACA-A----CCTTTGCGTTA-AGACA------AC-----TTTATGC------AA--GGCGC------CTttacacaacctttgcgttaagacaactttatgcaaggcgcctcc
gi|15 : tctcgcgacaacactgCTTTGCGC----------------------TAACACAACTTTAAGCAACGTGCATTCACGCTAAC-------------A-CAACTTAACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-TCACA------AC-----Tcc
gi|16 : tTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGACACGTT-GTATAAA-AACCCCGTCAC-----C---------------CC--------AGCA-GGCA--ACTCAT---GAATTCGCACTAACA----------CAACT----TT-------ACA--------AAACTCacgaagttgtgttt
gi|17 : TGGTG---TCCGAATAAAGGCATTTGCAAAA-CGCGAGAGCGCGTT----C---C----------------------TAACACAACTTTTCGCAACGTGC-TTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACG
gi|18 : tTACGGTG---TCCGGATAGGGACATTTACAAAA--GTGGCAGTGTGTTATTTT---C----------------------TGA
gi|19 : tatactacgaagtacactatatgtactcgcatgCGCCTTCGTGCCGACA-A-------GCAACGCT-TCGT----------CACGCTAAC---AC---
gi|19 : CGCCTTCGTGCCGAC-------------A--------A-GCA-ACGCTTCGTCACGCTA-ACACA------ACTAAATTTTACGaactaaattttacgga
gi|2 : TTTGCAAAAGCGTGACAGCGCGTCACTTT---CAACAAGCAATGTGTCTTACCGCTAACACAACTTTACACAAATCGCCTTCGCGCCGAC-------------A--------A-GCA-ACGCGCCTTCGAGCTA-GCACA------AC-----TTTACACTAGAGGAA--CGCAC------GT----TCTTT---A-CAT-TTG----CCGT-----CGCGCTAATACAAC-T---TTGT--C-----TT------T----GTGCC--------AACACAACATTACACAACCAACCTTCGCGCTAACG----------CCATT----CT-------ACA--------CAACTCTTCTTCGCACCGATA-A-------GCAACGTGAGTTT----------TG---TAA----AG---TTT---CA--------TTAG-TGC-GAAGA-TGGGTT-GT-ATACAGT-------CGCGTTGATTGTCGGCTCGAAGGAAAGTTCTGTAA-AGT-TGCAT-------TAGAGCAAAGGCGAG------------------ATGTAT--TA-GCGTTAAGGC----GTGGTGCTT--G-TCG-CGAACGCGA------------GTTATGC-GAAGGT-GTATT-----GCTT--------GTTGGCATGTT--------GAGTGTAACGTTCT------GTCACACTTTT---GCAAATGACCCTATCCga
gi|3 : ATGATGAAATCTGAATAGGGCCATTTGCAAA----TTAAAGCGCGTTACATT---C----------------------TAGCACAACTTTATGCAATGCGCCTTTGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGTGCCTTCGCGCTACGTGTA------AC-----ACCATAA------AA--ATTGC-----------ATTTTT---ATCGTGCTA----GCGCAAAGGTGCGTT-GCGTAAA-G---TTGT-ACATAAATT------TTAACACGCC--------AACA-AGCA--ATTG-----GATTTCGCGCCAACAAAATTTTACGCAACTCATCTTCGCGTAAACA--------CAACTCGCATTTGCGCTGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CGCGCTAACACAAC---TTTACGGAATGCGC-CTTCA-CGCTAAAAA--------TT-A-----C-------C------------AGAACGAAGGGGCGTTGTGTAA-ACT-TGTTT-------T--------
gi|4 : ctttataatctttaTTCGCGCCGGCA-A-------GCAATGCG-CCTT----------CGTGCTAAC---ACAGCTTTTCACAAC--------------TAAAG---------TT-A---------------CATT-------ATCGCGAAGGCGAAGTGTGCAACAGTGTGTGTAGAGCGAT--------GAAGCG------------------TTGCTTTGTG-GCGCGAAGGCTGTTG-------CTTG-TCGCCGCA---AATAAAAAGGCAGGGTTGTGTAAAGAGTAGT-TA-----GCGTGAAGGCGCGTTGCT-TGTTGGCCTTACGAAAGTAATGCGTTTGTCAGG-------TTTTTGGCAAACGGCCCTAT-CGGACACCa
gi|5 : ACTTTACACA-ACATGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTTTGC------AA--CGTGC------CTTCGGNNNNN---NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-N---NNNNNNN-----NN------NNNNNNNNNN--------NNNN-NNNN--NNNN-----NCCTTCGCGCTAACA----------CAACT----TT-------ACA--------CAACATGTCTTCGCTCTAACACAACTTTACGCAACGTG-CCTT----------CGCGCTAAC---ACATTTTTACGAAACGCGA-CTTCG-CGCTAAa
gi|5 : T-AATTTTTTATACCGTGTTA----GCGCGAAGTCGCGTT-TCGTAAA-A---ATG---------TG------TTAGCGCGcacggtataaaaaattattttt
gi|6 : actttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcgcgctaacacaactttacacaacatgtcttcgctctaacacaactttacgcaacgtgccttCAACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTAAA-------------AACAACTTTACGCA-ACGTACCTTCGCTCTA-ANNNN------NN-----NNNNNNN------NN--NNNNN------NNN-NNNNNNN---NNNNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNN-NNNNNNN-N---NNNNNNN-----NN------NNNNNNNNNN--------NNNN-NNNN--NNNN-----NNNNNNNNNNNNNNN----------NNNNN----NN-------ACAACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTAACACAACTTTTTGCAACGTG-CCTT----------Cttttt
gi|7 : AACTTTACGTAACGCACATTCGCGCTAAC-------------A-CAACTACATGTACATGCA---TCGCGCCA-ACACA------AC-----TTTACGC------GA--TACGC------CTT-
gi|7 : aGCTGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CACGCCAAC---A----TTTACACAACGCACACTACG-CAATAA----TTTTTT-TTGA-----T-------TGTGTT-------GGCGCGAATGCACGTTGCGTAA-AGT-TGTAT-------T--------AGCGTGATGGCACGTTGTTTAAAGTTGTGT--TA-GCGCAAAGGC----G-------T--A-TCG-CGTA---AA------------GTTGTGT-TGGCGC-GA-TGCATGTACATGTA-----GTTG---TGTTA-------Gtgcgctaacacaactttaaacaacgtgccatcacgctaatacaactttacgcaacgtgcattcgcgccaacacaatcaaaaaaaattattgcgtagtgtgcgttgtgtaaatgttggcgtgaaggcgcgttgcttgtcagc
gi|8 : aaactttacgtaacgcacattcgcg-A-------ACAACGTG-TCTT----------CGCGCTAATGCAAC---TCTACTCAAC-------TTG-C---AAAGA-CAAGTT-TT-A-----TGTACAGTTGTATT-------AGCGCGAAGGGGAGTTGTGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG--------------------ACTT--CAGGCGC---GTT----G-------T--GTTCG-CGCA---AA------------AATGCGT-T-GCTT-GT-TA-----GCGTGAC-----GGTG---TATT-----------AGTAACACGCT------
gi|9 : TTCGCGCTA-ACACA------GC-----TTT-CGC------AA--CGC----------T-AA----------CACGATAAAAAGTTTGAAG---CGTT-GTGTTAA-G---TTGTTAC-----TCACTCCATCAACACACCGTGAAGACAACA-AGCA--ACGC-----GCCT-CACGCAGACA----------CAACT----TT-------ACA--------TCACTCACATTCGCGTTGTGA-A-------GCAA-ACG-CCTT----------CAAGCTAGC---AC---CTTACACAACGCAC-CTTCG-CGTTAAagctctcactcttttactcttttacaa
blockSeqs : TCGG AT C G C T . AAA AA GCG AACAAGCAATGTGTCTTACCGC A ACAATTTTCCAAA A C C CATGTG TAAAT TAGAGG TT TAAAAAATTG TAT AAAA G A C ACC TACTCACTCCA CAA A GTCACGCC C TT G AACCA AAATTTTACGCAACTCATCTTCGCGTAA ACTTTACA CAACTTTAC A CGACAAGCAA ACGAT GA GCACAC C AT GATGGGTTGTATACAGTCGCGTTGATTGTC A A C G TAGAGCAAA ATGGCACGTTGTTTAAAGT A TG G T A GTGGTGCTTG C A CGC TAAAAAGGCAGG AAA A A AGCGTGAAGGCGC GCA GGCCTTAC GTCACACT TTG C G
blockSeqs : . AG . . C . . . . . . . . CTTCG . . A . . . ACATAAATT TGT G GTGAAGAC . . T AT CAACTTT . CAACTTTTT . . ACAAC GG TTGTC . GC GACAAGTTTTATGTACAGTTGTATT G C . . AGAGCGAT A T . . G A TGTTGCTTG . C . . GA . . GCATGTACATGTA CT A TGTCAGG . .
blockSeqs : . G . . C . . . . . . . . NNNN . . G . . . TACTT TAA G . . . A . CCATTCT . A . . ACAGC AC GCGCC . GC TTTTTTTTGATTGTGTT C A . . T T G . . A A GTGT . T . . TG . . AGCGTGAC . .
blockSeqs : . A . . A . . . . . . . . GT . . A . . . CAGTG NNN A . . . T . CAACTTT . A . . ACATT GA GCGAC . GC GTTACATT C C . . T . T . . . . GTA . C . . T . . TGCTT . .
blockSeqs : . A . . C . . . . . . . . TA . . G . . . NNNNN TAG N . . . N . NNNNNNN . A . . GCAAC AC GCACC . AA AATTACC G A . . T
blockSeqs : . . . C . . . . . . . . . . . N . . . NNNNN NNN G . . . N . CAACTTT . A . . AC TC . . GT
blockSeqs : . . C . . . . . . . . . . T . . . CACC CAA N . . . G . ACTTT . A . . AG AC . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . N . . . CTT . A A . . AC C . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . . TG . . A . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : A* NN********* CAACTTT********************* ACAAC*** GATTTTTGGTCGTGTC************************ GTGTG************ GCGTGAC*********** G*******
originalCons : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGCAAAAGCGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGC------NTT-AATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACGCGCC--------AACA-AGCA--ACGC-----GCCTTCGCGCTAACA----------CAACT----TT-------ACA--------CAACTCGCCTTCGCGCTGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CGCGCTAAC---AC---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAAAGA-TNAGTT-TT-A-----T-------CGCGTT-------AGCGCGAAGGNGCGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGC----G-------C--G-TCG-CGCA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-TA-----GCGTGAA-----GTTG---TGTTA-------GAAAGTAACGCGCT------G-------TTT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
finalCons : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGCAAAA-CGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CAACTTTACGCA-ACGCGCCTTCGCGCTA-ACACA------AC-----TTTACGC------AA--CGCGCNN---------ATTTTT---ATCGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTT-GCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACGCGCC--------AACA-AGCA--ACGC-----GCCTTCGCGCTAACACAACTTT---------------------ACA--------CAACTCGCCTTCGCGCTGACA-A-------GCAACGCG-CCTT----------CGCGCTAACACAAC---TTTACGCAACGCGC-CTTCG-CGCTAAAGATTTTTGGTCGTGTC------------------------AGCGCGAAGGNGCGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TA-GCGCGAAGGCGTGTG------------TCG-CGCA---AA------------GTTGTGT-TAGCGC-GT-TGCGTGAC-----------GTTG---TGTTG-------GAAAGTAACGCGCT------G-------TTT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CATGTTAATGATGGAAACGTACGGAAACGTTTACGGAGC
Alignments
lowQualScore : 222222 1 1 111 111 4444444444444444444444 2222222222222 111111 555555555555555555555 3333333333333333333333333333333333 11111 1111111111 1111111 222222222222222222 1111111111 11111 9999999999999999999999999999999999 3333333333333333 6666666666666666666 11 4444444444444444 111 444444444444 22222 1 4444444444444 11 333333333 77777777777777777777
lowQualScore : 555555 22 1 1 1 5 5 111 222 888 4444444444444444444444 2222222222222 4 000000 4 0 222222222222222222222 0 55 8888 0 2 77777 4444444444444444444444444444444444 88 77777 0 9999999999 8888 3333333 3 222222222222222222 88888 4444444444 555 66666 333333 3 1 6666666666666666666666666666666666 0 1 2 0 6 6 6666666666666666 5555555555555555555 3 11 8 1 4444444444444444 8 1 444 111111111111 33333 8 6 2222222222222 0 11 777777777 0 55555555555555555555 0 6 1
lowQualScore : ...... .. . . . . . ... ... ... ...................... ............. . ...... . . ..................... . .. .... . . ..... .................................. .. ..... . .......... .... ....... . .................. ..... .......... ... ..... ...... . . .................................. . . . . . . ................ ................... . .. . . ................ . . ... ............ ..... . . ............. . .. ......... . .................... . . .
lowQualScore : 000000 00 0 0 0 5 5 777 333 888 4444444444444444444444 0000000000000 0 555555 0 2 888888888888888888888 2 55 5555 4 9 22222 6666666666666666666666666666666666 33 33333 3 4444444444 5555 0000000 9 888888888888888888 33333 6666666666 000 77777 777777 6 6 7777777777777777777777777777777777 7 0 5 7 7 7 8888888888888888 0000000000000000000 2 00 2 0 0000000000000000 0 4 000 000000000000 88888 0 0 4444444444444 6 00 444444444 8 11111111111111111111 7 7 0
consensus : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGCAAAA-CGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CA------ACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTA-ACACAACTTTACGCAACGCGC-------ATTTTTAT--CGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTTGCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACGCGCC--------AACAAGCAACT-C--GCCTTCGCGCCAACA----------CAACT----TT-------ACACAACTCGCNTTCGCGCTGAC--------A-------A-GCAACGCGC-----CTT----------CGCGCTAACA--CAAC-----TTTACGCAACGCGC-C-TTCGCGCTAAAAA----T---T---TT-TG----GTCG-------TGTTAGCGCGAAGGNGCGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TAGCGCGAAGGC----G-TG-----TG-TCG-CGCA---AA------------GTTGTGT-TA--GCGC-GTTAGCGTG-A-----C-----GTTG--TGTTG-------GAAAGTAACGCGCT------GT-------TT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
Reference ( family-1233 ) : ATCACAGAAACAAATCGGTGCACTCNNGGNGCGACNGGTAAGNATTTCTTATTTATGGGCGGCTATTAGAAGGGATAATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCTATGGTG---TCCGGATAGGGCCATTTGCAAAA-CGTGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACACAACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-CA------ACTTTACGCAACGCGCCTTCGCGCTA-ACACAACTTTACGCAACGCGC--NN---ATTTTTAT--CGTGTTA----GCGCGAAGGCGCGTTGCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACGCGCC--------AACAAGCAACG-C--GCCTTCGCGCTAACA----------CAACT----TT-------ACACAACTCGCCTTCGCGCTGAC--------A-------A-GCAACGCGC-----CTT----------CGCGCTAACA--CAAC-----TTTACGCAACGCGC-C-TTCGCGCTAAAGA----T---T---TT-TG----GTCG-------TGTCAGCGCGAAGGNGCGTTGCGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TAGCGCGAAGGC----G-TG-----TG-TCG-CGCA---AA------------GTTGTGT-TA--GCGC-GTT-GCGTG-A-----C-----GTTG--TGTTG-------GAAAGTAACGCGCT------GT-------TT---GCAAACGGCCCTATCCNGACACCTTA
gi|1 : ATCACAGAAACAAATT--TGCACTCCAGGGGCGACTGGTAAAAATTTCTTATTTATGAGCGGCTATTAGAAGGGA-AATCAAAGTCTAGAGGTTTCAATGTGTATGTGCTTGTCAACCACTGCTTCTCCCATGGTG---TCCGGATAGGGCCGTTTGCAAAAGCATGAAAGCGCGTTACTTT---C----------------------TAACAAAACTTTATCCAACGCGCATTTGCGCTAAC-------------A-CG------AATTTACACAACGCGCATTCGTGCTA-GCACAACTCCACGCAACGCACATTA---ATTTTTAT--CGTGTTA----GCGTGAAGGCGCGTTGCGTAAA-G---TTGTTAC-----TT------TTAACACGCC--------AACAATCTATG-C--GCCTTCGC-CCAA------------------------------ACACAATTCGCATTCGCGTTGAC--------A-------A-GCAACACGT-----GTT----------CGTGCGAAC-----AC-----TTTACGTAACGCGC-T-TTCGCGCTAAAAA----T---TCAATTATT----ATCG-------TGTTAGCGCGAAGAAGCGTTGCATAA-AGC-TGTGT-------T--------GGCGCG------------------TTGCGT--TAGCGCGATGGC-------G-----CG-TTG-CGTA---AA------------GTTGTGT-TA--GCGC-GTT-GTGTA-A-----A-----GTTT--TGTTA-------GAAAGTAACACGCT-------T-------TT---GCTAATGGTCCTATCCCGACACCTTA
gi|10 : ATCACAGAAACA--TCGGTGTACTCATGGCGCAACGGGTAAGCATTTCTTATTTATGGGTGACTATTAGAAGGGATAATCAAAGTattcctttaaggcatattcaatgtttttggtgcagtactttaaatgatgtaaaaaacgggtaacaagttcaattaaggatatcataagtgacttgtttaca
gi|10 : TTC-CCTATGGTG---TCCGGACAGGGCCATTTGAAAAA-CATGAAATTGCATTACTTT---C----------------------CAACAAAATTTTACCTAACGCACATTCGCGCTAAC-------------A-CA------ACATTACGCAACGCGCATTCGtccctatggtgtccggacagggccatttgaaaaacatgaaattgcattactttccaacaaaattttacctaacgcacattcgcgctaacacaacattacgcaacgcgcattcg
gi|11 : atcacagaaacatcggtgtactcatggcgcaacgggtaagcatttcttatttatgggtgactattagaagggataatcaaagTATGATG---TTCGGATAGGGCCATTTGCAAAG-CGTTAAAGTGTGTTGCTTT---C----------------------CAAAACAACTTTACGTAACGCACCTAAGTGCTAATACAATTTTCCAAAA-CA------ACTTTATGAAACACGCCTTCACACTA-ACACGA
gi|12 : tgtatacattagaaagcgcgatacatgtatttttcgatggGCGTTGCGTACG-G---TTGTTAC-----TT------TCAACACGCCGTCACGCCAAAAAACAACG-T--GCCCTCCCGCTGGCA------------ACT----TT-------ACACAACTCGCCTTCGCGCTAAC--------A----------CAACTCGC-----ATTCGACAAGCAACGCGCCAACA--CGAT-----TTCACGAAATTTGT-C-TTCGCCATTAAAA----T---T---tgagaattcatttt
gi|13 : tTTTACGCATCGCGCCTTCGCGCTAAC-------------A-TACATGTGACTTTACGCA------CTTCGCGCTA-A-AAAATT----------------G---ATTTCTAT--CATGTTA----ATACGGAAACG---TACGGAAACG---TTgaatt
gi|14 : TAT--TGTGTTA----GCGCAGAGGTAAGTTGCGTAAA-G---TTGTCAG-----TG------TTGTCGCGttcg
gi|14 : tctACAACTTTACGCAACTTACCTCTGCGCTAAC-------------A-CA------ATATTACACAA----CCTTTGCGTTA-AGACAACTTTATGCAAGGCGC--ttacacaacctttgcgttaagacaactttatgcaaggcgcctcc
gi|15 : tctcgcgacaacactgCTTTGCGC----------------------TAACACAACTTTAAGCAACGTGCATTCACGCTAAC-------------A-CA------ACTTAACGCAACGCGCCTTCGCGCTA-TCACAACTctcc
gi|15 : t--------AACA--CAACTTC--GTCTTTGCGCTAACA----------CAACT----TT-------Aacgaagttgtgttt
gi|16 : tagttgtgatagcgcgaaggcgcgttgcgttaagttgtgttagcgtgaatgcacgttgctTTTAT--CGTGTTA----GCGCGAAGACACGTTGTATAAA-AACCCCGTCAC-----C---------------CC--------AGCAGGCAACT-CATGAATTCGCACTAACA----------CAACT----TT-------ACAAAACTCt
gi|17 : TGGTG---TCCGAATAAAGGCATTTGCAAAA-CGCGAGAGCGCG----TTC---C----------------------TAACACAACTTTTCGCAACGTG-CTTCGCGCTAAC-------------A-CA------ACTTTACG
gi|18 : tTACGGTG---TCCGGATAGGGACATTTACAAAA--GTGGCAGTGTGTTATTTT---C----------------------TGA
gi|19 : tatactacgaagtacactatatgtactcgcatgCGCCTTCGTGCCGAC--------A-------A-GCAACGCTT-----CGT----------CACGCTAACA--CAACTAAATTTTACG
gi|2 : TTTGCAAAAGCGTGACAGCGCGTCACTTT---CAACAAGCAATGTGTCTTACCGCTAACACAACTTTACACAAATCGCCTTCGCGCCGAC-------------A--------------A-GCAACGCGCCTTCGAGCTA-GCACAACTTTACAC-----------------------------TA----GAG-GAACGCACGTTCTTTACA-T---TTGC--C-----GT----------CGCGCT--------AATA--CAACT-TT-GTCTTTGTGCCAACA----------CAACA----TT-------ACACAACCAACCTTCGCGCTAACGCCATTCTA-------C-ACAACTCTT-----CTT----------CGCACCGATAAGCAACGTGAGTTT-TGTAAAGTTT-CATTAGTGC-GAAGA----TGGGT---TG-TATACAGTCGCGTTGATTGTCGGCTCGAAGGAAAGTTCTGTAA-AGT-TGCAT-------TAGAGCAAAGGCGAG------------------ATGTAT--TAGCGTTAAGGC----G-TGGTGCTTG-TCG-CGAACGCGA------------GTTATGC-GAAGGTGT-ATT-GCTTG-T-----T-----GGCA--TGTTG--------AGTGTAACGTTCT------GTCACACTTTT---GCAAATGACCCTATCCga
gi|3 : ATGATGAAATCTGAATAGGGCCATTTGCAAA----TTAAAGCGCGTTACATT---C----------------------TAGCACAACTTTATGCAATGCGCCTTTGCGCTAAC-------------A-CA------ACTTTACGCAACGTGCCTTCGCGCTACGTGTAACACCATAAAAATTGC-------ATTTTTAT--CGTGCTA----GCGCAAAGGTGCGTTGCGTAAA-G---TTGT-ACATAAATT------TTAACACGCC--------AACAAGCAATT-G--GATTTCGCGCCAACAAAATTTTACGCAACTCATCTTCGCGTAAACACAACTCGCATTTGCGCTGAC--------A-------A-GCAACGCGC-----CTT----------CGCGCTAACA--CAAC-----TTTACGGAATGCGC-C-TTCACGCTAAAAA----T---------------------------TACCAGAACGAAGGGGCGTTGTGTAA-ACT-TGTTT-------T--------
gi|4 : ctttataatctttaTTCGCGCCGGC--------A-------A-GCAATGCGC-----CTT----------CGTGCTAACA--CAGC-----TTTTCACAA--------------CTAAA-----------------------GTTA-------CATTATCGCGAAGGCGAAGTGTGCAACAGTGTGTGTAGAGCGAT--------GAAGCG------------------TTGCTTTGTGGCGCGAAGGCTGTTG-CT-----TG-TCGCCGCA---AATAAAAAGGCAGGGTTGTGTAAA--GAGTAGTTAGCGTG-AAGGCGC-----GTTGCTTGTTGGCCTTACGAAAGTAATGCGTTTGTCAGGT-------TTTTGGCAAACGGCCCTAT-CGGACACCa
gi|5 : ------ACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTA-ACACAACTTTTTGCAACGTGC--CTTCGGNNNNNNN--NNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N---NNNNNNN-----NN------NNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNN-N--NCCTTCGCGCTAACA----------CAACT----TT-------ACACAACATGTCTTCGCTCTAAC--------ACAACTTTACGCAACGTGC-----CTT----------CGCGCTAACA--CATT-----TTTACGAAACGCGA-C-TTCGCGCTAAa
gi|5 : TTTTTATACCGTGTTA----GCGCGAAGTCGCGTTTCGTAAA-A---ATG---------TG------TTAGCGCGcacggtataaaaaattattttt
gi|6 : actttacacaacatgccttcgcgctaacacaactttttgcaacgtgccttcggnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccttcgcgctaacacaactttacacaacatgtcttcgctctaacacaactttacgcaacgtgccttCAACTTTACACAACATGCCTTCGCGCTAAA-------------AACA------ACTTTACGCAACGTACCTTCGCTCTA-ANNNNNNNNNNNNNNNNNNNN--NN---NNNNNNNN--NNNNNNN----NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-N---NNNNNNN-----NN------NNNNNNNNNN--------NNNNNNNNNNN-N--NNNNNNNNNNNNNNN----------NNNNN----NN-------NNACAACT----TT-------AC--------A----------CAACATGC-----CTT----------CGCGCTAACA--CAAC-----TTTTTGCAACGTGC-C-TTCattattttt
gi|7 : AACT----TT-------ACGTAACGCACATTCGCGCTAAC--------AC------A-ACTACATGTACATGCAT----------CGCGCCAACA--CAAC-----TTTACGCGATACGC-C-TTTGCGCTAA
gi|7 : aGCTGAC--------A-------A-GCAACGCGC-----CTT----------CACGCCAACA-----------TTTACACAACGCACAC-TACGCAATAATTT----T---T---TT-TG----ATTG-------TGTTGGCGCGAATGCACGTTGCGTAA-AGT-TGTAT-------T--------AGCGTGATGGCACGTTGTTTAAAGTTGTGT--TAGCGCAAAGGC----G-TA-----T---CG-CGTA---AA------------GTTGTGT-TG--GCGC-GAT-GCATGTA-----CATGTAGTTG--TGTTA-------Gcacaactttaaacaacgtgccatcacgctaatacaactttacgcaacgtgcattcgcgccaacacaatcaaaaaaaattattgcgtagtgtgcgttgtgtaaatgttggcgtgaaggcgcgttgcttgtcagc
gi|8 : aaactttacgtaacgcacattcgcg-------A-ACAACGTGT-----CTT----------CGCGCTAATG--CAAC-----TCTACTCAAC--------TTGC---AAAGACAAGT---T---TTATGTACAGTTG-------TATTAGCGCGAAGGGGAGTTGTGTAA-AGT-TGTGT-------T--------GGCGCG--------------------ACTT--CAG-GC----GC----GTTG-----TGTTCG-CGCA---AA------------AATGCGT-T---GCTT-GTTAGCGTG-A-----C-----GGTG--TATT-----------AGTAACACGCT------
gi|9 : TTCGCGCTA-ACACAGCTTT-CGCAACGC--------------TAA--CACGATAAAAAGTTTGAAG---CGTTGTGTTAA-G---TTGTTAC-----TCACTCCATCAACACACCGTGAAGACAACAAGCAACG-C--GCCT-CACGCAGACA----------CAACT----TT-------ACATCACTCACATTCGCGTTGTG--------A-------A-GCAA-ACGC-----CTT----------CAAGCTAGC-----AC-----CTTACACAACGCAC-C-TTCGCGTTAAagctctcactcttttactcttttacaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): CATGTTAATGATGGAAACGTACGGAAACGTTTACGGAGC