lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333333333333333 11111 1 33 11 222222222 11111111 44444 2 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 22222222 111 22222 1 44444444 111 111 3 1 4 111 11 7777777 2 11 1 1111 1 222222 2222 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 11 11 1 1 11 1 777 555 11 1 33333 111 1 1 1 2222 1 555555555555 1 222 2222 000000000000000000000000 1 111 1 1 22 11 11 2222222 22222222222222222222222222222222222222222222222222 3333 1 1 1 22222 4444444
lowQualScore : 5 8888888888888888 4 1 666 777 11111 88 4 5 55 3 66 44 999999 3 33 6 44 6 9 3 3 4 44 22 5 5 999999999 5 5 6 99 6 66666666 88 44444 88 8 5 0 8 1 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 5 8 8 22222222 444 55555 0 88888888 0 777 777 3 0 0 777 33 2222222 8 3 88 3 4444 0 666666 2 2 8888 3 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 33 66 0 0 33 3 000 3 000 33 0 77777 777 3 3 3 6666 7 3 777777777777 3 333 1111 555555555555555555555555 3 999 3 3 00 88 88 4444444 99999999999999999999999999999999999999999999999999 6666 3 3 3 99999 3333333 6 7 7
lowQualScore : . ................ . . ... ... ..... .. . . .. . .. .. ...... . .. . .. . . . . . .. .. . . ......... . . . .. . ........ .. ..... .. . . . . . ......................................................................................................................................................................................................................................... . . . ........ ... ..... . ........ . ... ... . . . ... .. ....... . . .. . .... . ...... . . .... . ......................................................................... .. .. . . .. . ... . ... .. . ..... ... . . . .... . . ............ . ... .... ........................ . ... . . .. .. .. ....... .................................................. .... . . . ..... ....... . . .
lowQualScore : 0 0000000000000000 4 9 000 888 11111 11 4 2 00 6 33 66 666666 3 88 7 66 7 9 6 6 0 99 33 0 0 666666666 7 7 7 22 7 88888888 33 22222 88 0 6 8 0 4 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 0 8 0 88888888 000 88888 0 00000000 2 555 555 8 0 0 555 22 3333333 7 7 33 3 3333 0 888888 0 5 8888 2 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 88 00 0 0 88 3 000 2 555 88 0 22222 555 3 3 3 3333 3 3 333333333333 3 333 7777 777777777777777777777777 3 000 3 3 00 33 33 7777777 55555555555555555555555555555555555555555555555555 0000 3 3 3 00000 3333333 7 3 3
consensus : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAATTACGT--TATTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAANGAA--TT-T-NAAAGATT--GAGAAA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATT-AAT-CTC-GCTCT-CTATGTACTANCA-A-GATA-G---AGG-TAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTAC-----A--ATA-AGT--C--ATAT-AC-CAA-TTAATAC-AAAAATAAAAA--T-G--GGGGA------------AAA---AA----ATGGT---AAA-GC----CTGG------A---------AATTG----AGAGC-T--AAACAATG-A----T-AG-TT-CAC--------A---TACTTA-CTATT--G-A-G-GT---A--AAT-G----------TGT-ATCAAA-TACATGTAAA---------------------T-GCAGTT--TA--GAA--ATAATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCT--TA-TC-ACAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAAT-ACAGATCAC---ATAGA-TATG---A-T-AAACA-ATANA--CAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAANN----AAATATAGGTTTTCGT-TTCTTATT--ANAC-CCGG-TG----------CTATACGCAAT-ATATC--AGT-TATTA-ACGT-A-TT-G-AGCATT--ACAAG--GAGGCT-CAG-AAC-CTTTT--ACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATA--AAAA-AT---A-TGCTGT---TTT-CG-TTC-TCAGAT-AAAATT-ATCCTTA--C----ATAT-AAC-AATAAT---TCTACATC--G-AGTTG--AT-GT-------NGA-A-----GT-GTCAG-ATTG-TA-TTGCTC-CTAACTC--TAGA--GTATATG-A-T-ACAATACANNGTAATGGTGATGGTGAGGAAAGNGCTCAGGT----T--AC-----TCTCAAC-TT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA--AGAG-------GCGAATTACATTAAT
Reference ( gi|2 ) : TTTAAACAATA-TTTATTCAAGAAATTACATG-TATTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAATGAA--TT-T-AAAAGATT--GAGAAA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTAAAT-CTC-GCTCT-CTG-GTACTAACA-A-GATA-G---AGGCTAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTAC-----A--ATA-AGTTCC--ATAT-AC-CAATTTAATAC-AAAAATAAAAA--T----GGAAA------------AAA---AA----ATGGT---AAA-GC----TTGG------A---------AATTG----AGTGC-T--AAAC-A---A----T-AG-TT-CAC--------A---TACTTA-CTATT--G-A-G-GTA--A--AAT-G----------TAT-ATCAAACTACATCTGAA---------------------T-GCAGTT--TT--CAA--ATCATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGA----CCCT-GCT--T--TC-ACAT---GTATACAT---AGTACGAAAAAT-ACAG-TCAC---ATAGA-TATG---A---AAACAGATAGA--CAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAACA----AAATACAGGTTTTTGT-TTCTTATT-CAAAC-CCGG-TG----------CTATAAACAAT-A-ATC--AGT-TATTA-ACGT-A-TT-G-AGCATT-CACAAG--GAGGCC-CAG-AAC-CTTTT--ACT-TTCGCCCACAAGAAATTTCTGGAC--GATA--AAAA-AT---A-TGCTGT---TTT-CG-TTC-TCAGAT-AAAATT-ATCCTTA--C----ATACGAAC-AATAAT---TCTACATT--G-AGTTG-CAT-GT-------TGA-A-----GT-GTCAG-ATTG-TA-TTGCTC-CTAACTC--TAGA--GTATATG-A-T-ACAAT---GGGTAA-----------AAGAAA-TGCTCAGGC----T--AC-----TCTCAAC-T--CTC-CA-CAAAT-ACAAA--AGAG-------GTGCATTACATTAATATGAAATTAAGGTATCTACATTCTAATCTTA
gi|1 : TTTAAACAAAAATTTATTCA-GAAAGTACCAG-T--TCAATTTCAT-A-T---T-----ACAT-ATCAAAGAAAGTT-T-AAAAGATT--GAGAAAGAGAAACAA-GCCAAAAAGGT-T--T-ATATTAAATTCTC-GCTTT-CTGTGTACTAGCA-AAGATA-T---AGG-TAGAAT-GAA-CA--TT-AAAGTG-AC-----A--ATACAATCACTAATCG-ACGCAGATTAAAGC-AAAAAAAAAAAGATAGAGGGAAACAAGCAAAGAACAAA---AACAACATGGTCGAAAA-GC----CTGG------ATTCGAAGGAAGCTGTAGAAACGC-C--AAAC-ATGAAGGCCT-AC-CT-CAC--------ACATTACTGAACTATT--GCACG-GTACAAGCAAT-GACACGTGACTTA--ATCAAA-TACATGTAAAA--------------------TAGCAGTTGTTTGACAATAATAATACACAACTAGCTA-TTAGTTGCTATAGAAAACTCCTAGCT--TACTCGACATTGTGTATACATCAGAATAGAAAAAAT-ACAGATCACCCAATAGA--ATG---AGTGACACAAATACATACAAT-GTTTGGAAGTA-TAGATAACAAAACAAATATAG--TATTGTGTTCATATTACGGACGCCGG-GGAGAAGTCGACCTATACGAAATAA-ATCGAAGT-AATTA-ACGCAA-TT-G-AGCATTAAACAAGCAGAGGCTGCAGAAACGCTTTT--ACTCTTCG--GACAGAAAATTTCTGGAC---ATACTAAAA-ATGAGA-TATTGCCTGTTT-CG-TTC-TCAGA--ATAATT-ATCCTTA--CCAGTAGATAGAC-AATTATATATCTGCATCTGG-AGGTG--ATAGTAGGAACACGA-ATAGCTGTCGTC---ATTG-TACTTGCTCGCTAACTCTATAGA--GTATATGCA-TAACAAT---TAGTAATGGTGATGGTGAGGAAAGGGCTCAGGTGGGGTTGACGGGGGTCTCAAC-TTACTCGCAGCAAATGACGAACGAGAGGAGAGACGTGCA-TACATTAAT
gi|7 : agttaaTTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAAT-ACAT-----TCA-TTTCAT-A-T---T-----ACAT-A-CAAAGAA--TT-T-TAAAGATT--GAGAAA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATC-AAT-CTC-GCTCT-CTATGTACT-ACA-A-GATA-T---AGG-TAGA-T-GGA-CA--TT-AAAGTGTAC-----A--ATA-AGT--C--TTAT-AC-CAA-TTAATAC-AAAAATAAAAA--TGG--GGGGA------------AAA---AA----ATGGT---AAA-GTAAAGCTGG----------------AATTG----AGAGC-TA-AAAC-A---A----tttgttattcgaagaatgatgaagattaagatactagacatctaactcta
gi|5 : agTTTAAACAATA-TT-ATTCA-GAA--TACATT-CATTCA-T---AT-G-TACTT-----ATAC-A-AAAGAAA--TT-T-ATAAGATT--GAGAAA------CAATGCCAAAG-GGCTT--T-ATAATACAT-CTCGGCTC--CTATGTACTTACATA-GATA-T---AGG-TAGA-T-GAATCA--TTAAAAGTGTAC-----ATTATA-AGT--C--ATAT--C-CAATT--ATACAAAAAATAAAAA--T----GG---------------GGA---AA----ATGGT---AAA-GC----CTGG------A---------A--TG----AGACCTT--AAACAA---A----TGAG-TT-CAC--------A---TACTTA--TATT--G-A-GCGT---A--AAT-G----------TGT-ATCAAA-TACA--TAAA---------------------T-GCCTTT--TA--GAA--ATAATATA-AA-TA--GA-A--ATTC---TGGA----C
gi|15 : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAA--TACGTC-AA---A-TTCGAT-G-T---TGTACAACA--A-CAATGAT--TT-T-TAAAGATT--GCGAAA------CAA-GCAAACA-GGC-T--T-ATAtaaataaaaat
gi|4 : tTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAAT-ACAT-----TCA-TTTCATCA-T---T-----ACATCA-CAAAGAA--TT-TTAAAGGATT--GGAAAA------CAA-GC-AAAA-GGC-T--TTATATCAA-T-C-C-GCTCT-CTATGTACTACGA-A-GATATG---AGG-TAGA-TTGAA-CA--TT-AAAGTGTATAAACGA--ATA-AGT--C--ATATAAC-CAA-TTAATAC-AAAAAAAAAAA--T----GGGGA------------AAAACGAA----AT-GT---AAATGC-----TGG------C---------AATTG----AGAGC-TGAAAACAA---A----T-AGTTT-CACT-------A---TACTTA--TATTGGG-A-G-GTT--A--AATGG----------TGTAATCAAGATACATGTAAATAGCAGTAAATACATGTAAATT-GCAGTT--TA--GAA--ATAATATAAAA-TA--TAGT--ATTG---TAGA----CCCT-GCTGAT------CAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAAT-ACAGATCAC---ATAGATTATG--------AACA-ATGAA--CAATCGTTGA-AAGTATTATATAAAC----AAATACAGGTTTTTG--TTCTTATT-
gi|9 : tagAACAAAA-TTTATTC-AGAAATTAAGTT-TAT----TTTCAT-G-T---T---------------TG-------C-AAAAGATT--AAGAAA------CAA-TCC-AAA-GGC-TAGTAATATT-AAT-CTG-GCTGT-C-----ACTATGT-A-G-TA-GTTAAGGCTATA-T-GAa
gi|11 : agtttaaattATA-TTTATTCA-GAAAT-ACAT-----TCA-TTTCAT-A-T---T-----ACAT-A-CAAAGAA--TT-T-TAAAGATTGAGAGAAA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATC-AAT-CTC-GCTCT-CTATGTACT-ACA-A-GAtccatgtacat
gi|10 : -TTTATTCA-GAAATAAGTTGGTATTCA-T------GCT---T-----ACAA-A-CTATGCA--TAAT-AAAAGATT--GAGAAA------CAA-GCCAAAA-GGT-T--T-ATAGTAA----TC-GCTCT-Cata
gi|6 : taatacatatgtatTTATTCA-GAAAT-ACATG-TATTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAATGAA--TT-T-AAAAGATT--GAGAAA------CAA-GCTAAAA-GGC-T--T-ATATT-AAT-CTC-GCTCT-CTGTGTACT-ACA-A-GATA-G---AGG-TAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTAC-----A--GT-------C--ATAT-AC-CAA-TTAATAC-AAAAATAAAAA--T-----AAAA------------AAA---AA----ATGGTA--AAA-AC----TTAGTCAGCTA---------A--TG----AATAC-T--AGAT-ATGTA----T-TG-TTACATGTAAACTGA---TACTTA-CTATaaatctcacaaagaaacactggat
gi|14 : aatgcattgcgatatgttttctctgcatactttaaagactgtttgtcctaatacaga--TT-T-TAAAGATT--GAGAAA------CAA-GCCAAA---GCGT--T-ATATT-AAT-CAC-GCTCTGTTC-GTGCTACCA-G-AATA-G---G---TAAA-T-GAA-AATGTT-A---TGTAA-----A--ATG-A
gi|18 : --TT-T-CAAAGACT--GAGAAA------CAA-GCCAAA------T--T-AT----AAT-CTC-GCTCT-GT--GTGCTA
gi|19 : TT--GGAAAA------CAA-GCCAGAA-GGC-A--T-ATATC-AAT-CTT-GCTC
gi|3 : TATACAA-TA--T--T--ACAG---TAA--------T-GTA--T--GT-ATAT---GTATACAC---AGTA-GAAAAATTACAAATCAC---ATAGA-TATACTCATT-AAACA-ATAGA--CAAT-GT--G-AAGTA-TGTATAACA----AATAATTGGTTTT-GT-T-CTTATT--ACAC-CCGGGTG-----------TATACA-AAT-ATACC--ACT-TATTT-ACGT-AATT-GGAGCATG--ACAAG--GAGGCT-CAG-AAC-CTTTTTTACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGAC----TA--AATA-TT-----TGCTGT---TTT-CGCTTCATCA--T-AAA-TT-ATCCTTAC-C----ATAT-AAC-AATAAC---TCTACATT--G-AGTTGATGT-GT-------T---A-----GT-GTCAG-GATGTTA-TTGCTT-CTAACTC--TAGA--GTATA-A-A-T-ATAATACAGCGTAA-----------AA-AAA-TACTCA-GT----T--AC-----TCTCAACTT--CTC-CA-CAAAT-AC-AA--AGAG-------CTGAATTACA-TAATc
gi|16 : aaacaattcacattgttgcaattatgtaagcaaatacagatttttgctacattacaactggttcAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCT--TA-TC-AAAT---GTACACAT---AGTA-GAAAAAT-ACAGATCAC---ATAGA-Tttttctttgaaacatatgaagattaatagcactacat
gi|13 : taTG-AAGTA-TATATAAAC----AAATATAGGTTTTC---TTCTTATT-AAATC-GGGG-TG----------CTATA--CAAT-ATAGC--AGT-------A----A-TT-G-AGCATT-CAGAAG--GAGGTT-CAG-AAC-CTTTT--
gi|12 : TATACAAT-ATATC--AGTATTTTACACTT-A-ATAG-A-------ACAAT--TAGGCT-CAG-AGG-CTTTT--ATA-TTCG---ACAAGAGATTTCTGGACTAAATA--AAAA-AT---ATTGCTGT---T
gi|8 : AGAAATT-CTGGACTAAATA--AAAATAT---T-TGCTGT---TTTTCG-TTC-TCAGATAAAAATTAATCTTCAACC----ATATTAACAAATAAT---TCTACATT--GAAGTTG-AAT-GT-------GGACA-----GT-GTCAGTATGG-TA-TTGCTC----ACCC--TAGAGCGTATATG-ATT-ACAA
gi|17 : ----T--AC-----CTTCAAC-TT-CTA-CA-CAAAT-AC-AA--AGAG-------GCGAATTGCATgta
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AATGCACTTAATATGTTTTGCAAATTTCCTGTT
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111 1 11 11111111 1111 1 1 11111111 3333333333333 111 3333333333333333 111111 22 44444444444444 111 1 33333333333333333333333333333333333 111 1 2 88888888888888888888888 2222 11111111 111 22222 111 111 111 111 33333333 222 1111 1111 111 3333333333 222 11111111 222 11 11 1 1 111 22222222 1 1 1 11 1 3333333 11111 1 111 111 1 2 1 11 4444444444 22 111 11 11 11 11111 9999999999999999999999 11 3333333333333333 1 1 1 1 1 111 1 22222
lowQualScore : 4 4 33333333333 4 4 444 777 00000 4 4 2 44 3 2 3 44 888888 3 3 3 44 9 3 77 3 55 5 5 5 00 5 5 5 5 77 5 66666666 5 99 99 5555 6 6 6 6 99 3 2 66666666 6666666666666 111 3333333333333333 3 1 6 666666 22 44444444444444 8 444 8 3 99999999999999999999999999999999999 111 55 0 0 66666666666666666666666 4 1111 5 6 44444444 111 66666 8 88 999 444 444 8 8 8 0 444 44 66666666 8 222 1 8 7777 6 4444 88 6 1 9999 3 3 6 000 8 8 8 5555555555 222 3 1 99 66666666 6 6 8 8 777 11 8 8 8 11 0 0 777 0 77 0 99999999 8 0 0 0 0 2 33 3 0 5555555 55555 0 777 555 0 0 0 1 11 3333333333 3 33 111 22 33 33 3 22222 6666666666666666666666 33 4444444444444444 3 0 0 0 0 0 777 4 0 55555 3
lowQualScore : . . ........... . . ... ... ..... . . . .. . . . .. ...... . . . .. . . .. . .. . . . .. . . . . .. . ........ . .. .. .... . . . . .. . . ........ ............. ... ................ . . . ...... .. .............. . ... . . ................................... ... .. . . ....................... . .... . . ........ ... ..... . .. ... ... ... . . . . ... .. ........ . ... . . .... . .... .. . . .... . . . ... . . . .......... ... . . .. ........ . . . . ... .. . . . .. . . ... . .. . ........ . . . . . . .. . . ....... ..... . ... ... . . . . .. .......... . .. ... .. .. .. . ..... ...................... .. ................ . . . . . . ... . . ..... .
lowQualScore : 4 0 11111111111 0 0 444 000 00000 0 0 4 66 3 2 3 22 888888 1 1 1 22 2 3 99 3 00 6 0 0 00 7 7 7 7 99 7 66666666 7 22 22 0000 7 7 7 7 22 3 0 88888888 7777777777777 777 7777777777777777 2 7 7 222222 55 55555555555555 0 000 0 2 22222222222222222222222222222222222 000 88 0 0 00000000000000000000000 0 2222 0 7 55555555 777 99999 0 88 222 000 000 0 0 0 8 000 00 22222222 0 000 0 0 3333 7 2222 55 7 0 7777 5 5 7 222 0 0 0 0000000000 333 5 8 22 88888888 7 7 0 0 666 00 0 0 0 00 0 0 555 8 00 8 22222222 0 8 0 0 0 5 22 2 0 0000000 88888 0 555 888 0 0 0 0 22 8888888888 2 88 000 55 88 88 2 00000 7777777777777777777777 00 7777777777777777 2 0 0 0 0 0 555 2 0 00000 2
consensus : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAATTACG-T-T-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAANGAA--TT-TNAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTCG-CTCT--CTGTGTACTA-C-A-AGATA-NAGG-TAG-AT-GAA-CA--TTAAA-GTGTACA--A-----TA-AGT--CAT--AT--A-C-CA-ATT-AATACAAAAA-TAAAA--AT-GGGGGAAA-----A--AA-------------ATGGT---AAAGC----CT---------GGAAATTG-AG--A---GCT--AAACAA-TGA-----TAG-TTCAC-A---TACTT-ACTATT--GCA-G-G-TA-----AA-T-G---TGTG-----ATCAA-A-TACATGT-AAATAGCAG--------------------T--TTNGA----AATAATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCTTA-T-C-ACA---TGTATACAT---AGTA-G-AAAAAT-ACAGATCAC---ATAGATATG---A-T-AA-ACA---ATANACAAT-GTTT-GAAGTA-TATAT----AAACAAATA-CAGGTTTTTGT-TTCTTATT-A--NAC-C-CGG-TG----------CTATACACAATATANC--AGT-TATTA-ACGT-A-TT-G-AGCATTC-ACAAG--GAGGCT-CAG-AAC-CTTTT--ACT-TTC-G---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATAAAAAT---ATATTG-CTGTTTT-CG-TTC-TCAGAT-AAAATT-ATCCTTA--CC---ATA-T-A-AC-AATAAT---TCTACATT--G-AGTTG-AT-GTGGA-AG----------TGTCAGT-ATTGT-A-TTGCTC-CTAACTC--TAGA--GTATATG-A-T-ACAAT---GNGTAA-----------AGGAAAGTGCTCAGGT----T--AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TACATTAAT
Reference ( family-122 ) : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAATTACG-T-T-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAANGAA--TT-TNAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTCG-CTCT--CTATGTACTANC-A-AGATA-GAGG-TAG-AT-GAA-CA--TTAAA-GTGTACA--A-----TA-AGT--CAT--AT--A-C-CA-ATT-AATACAAAAA-TAAAA--AT-GGGGGAAA-----A--AA-------------ATGGT---AAAGC----CT---------GGAAATTG-AG--A---GCT--AAACAA-TGA-----TAG-TTCAC-A---TACTT-ACTATT--G-A-G-G-TA-----AA-T-G---TGT------ATCAA-A-TACATGT-AAAT-GCAG--------------------T--TTAGA----AATAATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCTTA-T-C-ACA---TGTATACAT---AGTA-G-AAAAAT-ACAGATCAC---ATAGATATG---A-T-AA-ACA---ATANACAAT-GTTT-GAAGTA-TATAT----AANNAAATA-TAGGTTTTCGT-TTCTTATT-A--NAC-C-CGG-TG----------CTATACGCAATATATC--AGT-TATTA-ACGT-A-TT-G-AGCATT--ACAAG--GAGGCT-CAG-AAC-CTTTT--ACT-TTC-G---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATAAAAA----ATA-TG-CTGTTTT-CG-TTC-TCAGAT-AAAATT-ATCCTTA--C----ATA-T-A-AC-AATAAT---TCTACATC--G-AGTTG-AT-GTNGA-AG----------TGTCAG--ATTGT-A-TTGCTC-CTAACTC--TAGA--GTATATG-A-T-ACAATACANNGTAATGGTGATGGTGAGGAAAGNGCTCAGGT----T--AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TACATTAAT
gi|1 : TTTAAACAAAAATTTATTCA-GAAAGTAC----C-AGTTCAATTTCAT-A-T---T-----ACAT-ATCAAAGAAAGTT-TAAAAG-ATTGAGA--AAGAGAAACAA-GCCAAAAAGGT-T--T-ATATTA-AATTCTCG-CTTT--CTGTGTACTAGCAA-AGATA-TAGG-TAGAAT-GAA-CA--TTAAA-GTG-ACA--A-----TACAAT--CACTAATCGA-CGCAGATT-AAAGCAAAAA-AAAAAAGATAGAGGGAAACAAGCA--AAGAACAAAAACAACATGGTCGAAAAGC----CTGGATTCGAAGGAAGCTGTAG--AAACGCC--AAAC-A-TGAAGGCCTAC-CTCAC-ACATTACTGAACTATT--GCACG-G-TACAAGCAA-T-GACACGTGACTTAATCAA-A-TACATGTAAAATAGCAG--------------------TTGTTTGACAATAATAATACACAACTAGCTA-TTAGTTGCTATAGAAAACTCCTAGCTTACT-CGACATTGTGTATACATCAGAATA-GAAAAAAT-ACAGATCACCCAATAGA-ATG---AGT-GACACAAATACATACAAT-GTTTGGAAGTA-TAGATAACAAAACAAATA-TAG--TATTGTGTTCATATT-ACGGACGC-CGG-GGAGAAGTCGACCTATACGAAATAAATCGAAGT-AATTA-ACGCAA-TT-G-AGCATTAAACAAGCAGAGGCTGCAGAAACGCTTTT--ACTCTTCGG---ACAGAAAATTTCTGGACATACTAAAAATGAGATATTGCCTG-TTT-CG-TTC-TCAGA--ATAATT-ATCCTTA--CCAGTAGA-T-AGAC-AATTATATATCTGCATCTGG-AGGTG-ATAGTAGG-AACACGAATAGCTGTC-GTCATTGT-ACTTGCTCGCTAACTCTATAGA--GTATATGCA-TAACAAT---TAGTAATGGTGATGGTGAGGAAAGGGCTCAGGTGGGGTTGACGGGGGTCTCAACTTACTCGCAGCAAATGAC-GAACGAGAGGAGAGACGTGCATACATTAAT
gi|10 : agttaa-TTTATTCA-GAAAT-AAG-T-T-G-GT-A-TT-CAT-GCT---T-----ACAA-A-CTATGCA--TAATAAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGT-T--T-ATAGTA-A----TCG-CTCT--Ctttgttattcgaagaatgatgaagattaagatactagacatctaactcta
gi|11 : taatacatatgtatATA-TTTATTCA-GAAAT-AC------A-TTCA-TTTCAT-A-T---T-----ACAT-A-CAAAGAA--TT-TTAAAG-ATTGAGAGAAA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATCA-A--TCTCG-CTCT--CTATGTACTA-C-A-AGAaaatctcacaaagaaacactggat
gi|12 : TATACAATATATC--AGTATTTTACACTT-A-ATAG-A-------ACAAT--TAGGCT-CAG-AGG-CTTTT--ATA-TTC-G---ACAAGAGATTTCTGGACTAAATAAAAA----ATATTG-CTGTTata
gi|13 : T-GAAGTA-TATAT----AAACAAATA-TAGGTTTTC---TTCTTATT-A--AAT-CGGGG-TG----------CTATA--CAATATAGC--AG--TA---------A-TT-G-AGCATTC-AGAAG--GAGGTT-CAG-AAC-CTTTT--
gi|14 : --TT-TTAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAA---GCGT--T-ATATTA-A--TCACG-CTCT--GTTCGTGCTACC-A-GAAT---AGG-TAA-AT-GAA-AATGTTA----TGTAAA--A-----TG-A
gi|15 : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAA--TACG-T-C-A---AA-TTCGAT-G-T---TGTACAACA--A-CAATGAT--TT-TTAAAG-ATTGCGA--AA------CAA-GCAAACA-GGC-T--T-ATA
gi|16 : tAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCTTA-T-C-AAA---TGTACACAT---AGTA-G-AAAAAT-ACAGATCAC---ATAGAT
gi|17 : ta----T--AC-----CTTCAACTT-CTA-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TGCAT
gi|18 : --TT-TCAAAG-ACTGAGA--AA------CAA-GCCAAA------T--T-A---TA-A--TCTCG---CT--CTGTGTGCTAatttttctatgaatcatttatg
gi|19 : TTGGAA--AA------CAA-GCCAGAA-GGC-A--T-ATATCA-A--TCTTG-CTC
gi|2 : TTTAAACAATA-TTTATTCAAGAAATTACA-TGT-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAATGAA--TT-TAAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-AA-TCTCG-CTCT--CTG-GTACTAAC-A-AGATA-GAGGCTAG-AT-GAA-CA--TTAAA-GTGTACA--A-----TA-AGTTCCAT--AT--A-C-CA-ATTTAATACAAAAA-TAAAA--AT-GGAA-AAA-----A--AA-------------ATGGT---AAAGC----TT---------GGAAATTG-AG--T---GCT--AAACAA-T--------AG-TTCAC-A---TACTT-ACTATT--G-A-G-G-TA-----AAAT-G---TAT------ATCAA-ACTACATCT-GAAT-GCAG--------------------T--TTTCA----AATCATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGA----CCCT-GCTT--T-C-ACA---TGTATACAT---AGTACG-AAAAAT-ACAG-TCAC---ATAGATATG---A---AA-ACAG--ATAGACAAT-GTTT-GAAGTA-TATAT----AACAAAATA-CAGGTTTTTGT-TTCTTATTCA--AAC-C-CGG-TG----------CTATAAACAATA-ATC--AGT-TATTA-ACGT-A-TT-G-AGCATTC-ACAAG--GAGGCC-CAG-AAC-CTTTT--ACT-TTC-GCCCACAAGAAATTTCTGGAC--GATAAAAA----ATA-TG-CTGTTTT-CG-TTC-TCAGAT-AAAATT-ATCCTTA--C----ATA-CGA-AC-AATAAT---TCTACATT--G-AGTTGCAT-GTTGA-AG----------TGTCAG--ATTGT-A-TTGCTC-CTAACTC--TAGA--GTATATG-A-T-ACAAT---GGGTAA-----------AAGAAA-TGCTCAGGC----T--AC-----TCTCAAC-T-CTC-CA-CAAAT-ACAAA---AGAGGTGC-AT-----TACATTAATc
gi|3 : -AA-ACA---ATTCACATT-G-TT-GCAAT--TATGT----AAGCAAATA-CAGATTTTTGC-TAC--ATT-A--CAA-C-TGG-TT----------CTATA--CAATATTAC--AG-----TA-ATGT-A-Tatgaaattaaggtatctacattctaatctta
gi|3 : TATACAA-TA--T--T--ACAG---TAA--------T-G--TA-TGT-ATA---TGTATACAC---AGTA-G-AAAAATTACAAATCAC---ATAGATATACTCA-TTAA-ACA---ATAGACAAT-GT---GAAGTA-TGTAT----AAC-AAATAATTGGTTTT-GT-T-CTTATT-A--CAC-C-CGGGTG-----------TATACA-AATATACC--ACT-TATTT-ACGT-AATT-GGAGCATG--ACAAG--GAGGCT-CAG-AAC-CTTTTTTACT-TTC-G---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATA---------TT-TG-CTGTTTT-CGCTTCATCA--T-AAA-TT-ATCCTTA--CC---ATA-T-A-AC-AATAAC---TCTACATT--G-AGTTG-AT-GTGTT-AG----------TGTCAG--GATGTTA-TTGCTT-CTAACTC--TAGA--GTATA-A-A-T-ATAATACAGCGTAA-------------AAAAATACTCAG-T----T--AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGCTGA-AT-----TACA-TAATgtatatgtatacacagtagaaaaattacaaatcacatagatatactcattaaacaatagacaatgtgaagtatgtataacaaataattggttttgttcttattacacccgggtgtatacaaatataccacttatttacgtaattggagcatgacaaggaggctcagaaccttttttactttcgacaagaaatttctggactaaatatttgctgttttcgcttcatcataaattatccttaccatataacaataactctacattgagttgatgtgttagtgtcaggatgttattgcttctaactctagagtataaatataatacagcgtaaaaaaatactcagttactctcaacttctccacaaatacaaagagctgaattacataatttttctttgaaacatatgaagattaatagcactacat
gi|4 : aaacaattcacattgttgcaattatgtaagcaaatacagatttttgctacattacaactggttcTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAAT-AC------A-TTCA-TTTCATCA-T---T-----ACATCA-CAAAGAA--TT-TTAAAGGATTGGAA--AA------CAA-GC-AAAA-GGC-T--TTATATCA-A--TC-CG-CTCT--CTATGTACTACG-A-AGATATGAGG-TAG-ATTGAA-CA--TTAAA-GTGTATA--AACGAATA-AGT--CAT--AT--AAC-CA-ATT-AATACAAAAA-AAAAA--AT-GGGGAAAA-----ACGAA-------------AT-GT---AAATG----CT---------GGCAATTG-AG--A---GCTGAAAACAA---A-----TAGTTTCACTA---TACTT-A-TATTGGG-A-G-GTTA-----AA-TGG---TGTA-----ATCAAGA-TACATGT-AAATAGCAGTAAATACATGTAAATTGCAGT--TTAGA----AATAATATAAAA-TA--TAGT--ATTG---TAG-A---CCCT-GCTGA-T----CA---TGTATACAT---AGTA-G-AAAAAT-ACAGATCAC---ATAGAT-T----A-T-GA-ACA---ATGAACAATCGTTG-AAAGTATTATAT----AAACAAATA-CAGGTTTTTG--TTCTTATT-A--ttttctttgaaacatatgaagattaatagcactacat
gi|5 : tagTTTAAACAATA-TT-ATTCA-GAA--TACA-T-TCA-TTCA-T---AT-G-TACTT-----ATAC-A-AAAGAAA--TT-TATAAG-ATTGAGA--AA------CAATGCCAAAG-GGC-T--TTATAATACA--TCTCGGCTC---CTATGTACTTAC-ATAGATA-TAGG-TAG-AT-GAATCA--TTAAAAGTGTACATTA-----TA-AGT--CAT--AT----C-CA-ATT-A-TACAAAAAATAAAA--AT-GGGG---------A--AA-------------ATGGT---AAAGC----CT---------GGAA--TG-AG--A---CCTT-AAACAAATGA-------G-TTCAC-A---TACTT-A-TATT--G-A-GCG-TA-----AA-T-G---TGT------ATCAA-A-TACA--T-AAAT-GCCT--------------------T--TTAGA----AATAATATA-AA-TA--GA-A--ATTC---TGGA
gi|6 : TTATTCA-GAAA-TACA-TGT-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAATGAA--TT-TAAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCTAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTCG-CTCT--CTGTGTACTA-C-A-AGATA-GAGG-TAG-AT-GAA-CA--TTAAA-GTGTAC------------AGT--CAT--AT--A-C-CA-ATT-AATACAAAAA-TAAAA--AT---AAAAAA-----A--AA-------------ATGGT---AA--------------------AAACTT-AGTCA---GCT--AATGAA-TAC-----TAG-------A---TATGT-ATTGTT--ACA-T-G-TA-----AA-ctaaataaaaat
gi|7 : aatgcattgcgatatgttttctctgcatactttaaagactgtttgtcctaatacagaTTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAAT-AC------A-TTCA-TTTCAT-A-T---T-----ACAT-A-CAAAGAA--TT-TTAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATCA-A--TCTCG-CTCT--CTATGTACTA-C-A-AGATA-TAGG-TAG-AT-GGA-CA--TTAAA-GTGTACA--A-----TA-AGT--CTT--AT--A-C-CA-ATT-AATACAAAAA-TAAAA--ATGGGGGGAAA-----A--AA-------------ATGGT---AAAGTAAAGCT---------GG-AATTG-AG--A---GCTA-AAACAA-ctgatacttactat
gi|8 : agAGAAATT-CTGGACTAAATAAAAAT---ATT-TG-CTGTTTTTCG-TTC-TCAGATAAAAATTAATCTTCAACC----ATATT-A-ACAAATAAT---TCTACATT--GAAGTTGAAT-GTGGACAG----------TGTCAGT-ATGGT-A-TTGCTC----ACCC--TAGAGCGTATATG-ATT-ACAA
gi|9 : AACAAAA-TTTATTCA-GAAATTAAGTT-T-A-T----TTTCAT-G-T---T--------T-G-CA------------AAAG-ATTAAGA--AA------CAA-TCC-AAA-GGC-TAGTAATATTA-A--TCTGG-CTGTCACTATGTAGTAgta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AATGCACTTAATATGTTTTGCAAATTTCCTGTT
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111 11111111 1111 1 33333333333333333 1111 111 11111 2222222222 111111111111 333333333 111 22 1111111 333333333333333333333333 333333333 1 77777777777777777777777777777777 11111111 111 22222 111 111 111 111 33333333 1 11111 1 22222 11 1111 111 1 55555555555555 1 11 1111111 1 11 11 111 11 1 222 2222 11 1 1 11 11 1 222222 1 111 11 1 2 1 1 3333333333 1 1 1 11 11 11 111 1 222 6666666666666 1 33333333333333 1 1 1 1 1 111 1 22222
lowQualScore : 4 4 33333333333 4 4 444 777 00000 4 4 2 44 3 2 3 44 888888 3 3 6 44 6 3 77 3 55 0 4 8 555 4 66 5 5 5 5 77 5 66666666 5 99 99 5555 6 6 6 6 99 8888 2 99999999999999999 4444 111 55555 9999999999 1 6 666666666666 6 444444444 88 6 111 00 6 2222222 555555555555555555555555 8 8 111111111 8 5 55555555555555555555555555555555 1 5 6 44444444 111 66666 8 88 999 444 444 8 8 8 0 444 44 88888888 0 88888 1 0 33 8 8 22222 6 11 7777 0 8 444 0 33333333333333 5 6 1 11 5555555 6 8 8 00 8 11 8 111 11 0 777 7 3 3333 11 8 8 3 0 0 2 33 3 33 2 0 999999 0 777 33 0 0 0 0 7777777777 0 3 3 0 22 33 33 3 111 0 333 1 6666666666666 2 6 22222222222222 3 0 0 0 0 0 777 4 0 55555 3
lowQualScore : . . ........... . . ... ... ..... . . . .. . . . .. ...... . . . .. . . .. . .. . . . ... . .. . . . . .. . ........ . .. .. .... . . . . .. .... . ................. .... ... ..... .......... . . ............ . ......... .. . ... .. . ....... ........................ . . ......... . . ................................ . . . ........ ... ..... . .. ... ... ... . . . . ... .. ........ . ..... . . .. . . ..... . .. .... . . ... . .............. . . . .. ....... . . . .. . .. . ... .. . ... . . .... .. . . . . . . .. . .. . . ...... . ... .. . . . . .......... . . . . .. .. .. . ... . ... . ............. . . .............. . . . . . . ... . . ..... .
lowQualScore : 4 0 11111111111 0 0 444 000 00000 0 0 4 66 3 2 3 22 888888 1 1 2 22 2 3 99 3 00 5 0 0 222 4 00 0 0 0 7 99 7 66666666 7 22 22 0000 7 7 7 7 22 5555 0 33333333333333333 2222 777 22222 8888888888 7 7 333333333333 7 333333333 33 7 777 22 7 8888888 999999999999999999999999 0 0 888888888 0 8 66666666666666666666666666666666 0 0 7 55555555 777 99999 0 88 222 000 000 0 0 0 8 000 00 22222222 0 55555 0 0 88 0 0 66666 4 00 4444 8 0 888 0 22222222222222 0 0 0 00 6666666 0 0 0 66 0 00 0 000 00 0 555 3 5 0000 44 0 0 2 0 0 5 22 2 88 5 0 555555 0 555 88 0 0 0 0 2222222222 0 0 0 0 55 88 88 2 000 0 333 0 3333333333333 0 7 00000000000000 2 0 0 0 0 0 555 2 0 00000 2
consensus : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAATTACG-T-T-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAANGAA--TT-TNAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTC-GCTCT--CTGTGTAC-TA-C-A-A-GATAT-AGG-TAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTACA--A-----TA-AGT--CAT--AT--A-C-CA-ATT-AATAC-AAAAATAAAAA--T-GG-GGGAAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGC----CTGGA---------AATTG-AG--A---GC-T--AAAC-AATGA-----TAG-TTCAC-A---TACTTA-CTATT-GCA-G-G-TA-----AA-T-G---TGTAA-----TCAA-A-TACA------TG-TAAA-TAGCAG--------------------TT--TNGA----AATAATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCTTA-T-C-ACAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGATATG---A-T-GA-ACA-A---TAGACAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAA----ACAAATACA--GGTTTTTGT-TTCTTATT-AN--AC-CCGGGTG----------CTATACACAATATATC--AGT-TATTA-ACGTAATT-G-AGCATTCA-CAAG--GAGGCT-CAGAA-C-CTTTT--ACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATAAAAAT---ATATTGC-TG-TTTTCG-TTC-TCAGAT-AAAATTATCCTT--ACCA-TA--T-A-AC-AATAAT---TCTACATT--G-AGTTG-AT-GT-GGA-A--------G-TGTCAGNATNGTA-TTGCTC-CTAACTCTA--GA--GTATATG-A-TA-CAAT---GNGTAA-----------AGGAAAGTGCTCAGGT-----T-AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TACATTAAT
Reference ( family-122 ) : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAATTACG-T-T-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAANGAA--TT-TNAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTC-GCTCT--CTGTGTAC-TA-C-A-A-GATAN-AGG-TAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTACA--A-----TA-AGT--CAT--AT--A-C-CA-ATT-AATAC-AAAAATAAAAA--T-GG-GGGAAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGC----CTGGA---------AATTG-AG--A---GC-T--AAAC-AATGA-----TAG-TTCAC-A---TACTTA-CTATT-GCA-G-G-TA-----AA-T-G---TGTGA-----TCAA-A-TACA------TG-TAAA-TAGCAG--------------------TT--TNGA----AATAATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCTTA-T-C-ACAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGATATG---A-T-AA-ACA-A---TANACAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAA----ACAAATACA--GGTTTTTGT-TTCTTATT-AN--AC-CCGG-TG----------CTATACACAATATANC--AGT-TATTA-ACGTA-TT-G-AGCATTCA-CAAG--GAGGCT-CAGAA-C-CTTTT--ACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATAAAAAT---ATATTGC-TG-TTTTCG-TTC-TCAGAT-AAAATTATCCTT--ACCA-TA--T-A-AC-AATAAT---TCTACATT--G-AGTTG-AT-GT-GGA-A--------G-TGTCAGTATTGTA-TTGCTC-CTAACTCTA--GA--GTATATG-A-TA-CAAT---GNGTAA-----------AGGAAAGTGCTCAGGT-----T-AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TACATTAAT
gi|1 : TTTAAACAAAAATTTATTCA-GAAAGTAC----C-AGTTCAATTTCAT-A-T---T-----ACAT-ATCAAAGAAAGTT-TAAAAG-ATTGAGA--AAGAGAAACAA-GCCAAAAAGGT-T--T-ATATTA-AATTCTC-GCTTT--CTGTGTAC-TAGC-A-AAGATAT-AGG-TAGAAT-GAA-CA--TT-AAAGTG-ACA--A-----TACAAT--CACTAATCGA-CGCAGATT-AAAGC-AAAAAAAAAAAGAT-AGAGGGAAACAAGCAAAGAACAAA--AACAACATGGTCGAAAAGC----CTGGATTCGAAGGAAGCTGTAG--AAACGC-C--AAAC-A-TGAAGGCCTAC-CTCAC-ACATTACTGAACTATT-GCACG-G-TACAAGCAA-T-GACACGTGACTTAATCAA-A-TACA------TG-TAAAATAGCAG--------------------TTGTTTGACAATAATAATACACAACTAGCTA-TTAGTTGCTATAGAAAACTCCTAGCTTACT-CGACATTGTGTATACATCAGAATA-GAAAAAAT-ACAGATCACCCAATAGA-ATG---AGT-GACACA-AATACATACAAT-GTTTGGAAGTA-TAGATAACAAAACAAATATA--G--TATTGTGTTCATATT-ACGGACGCCGG-GGAGAAGTCGACCTATACGAAATAAATCGAAGT-AATTA-ACGCAATT-G-AGCATTAAACAAGCAGAGGCTGCAGAAACGCTTTT--ACTCTTCGG--ACAGAAAATTTCTGGACATACTAAAAATGAGATATTGCCTG-TTT-CG-TTC-TCAGA--ATAATTATCCTT--ACCAGTAGAT-AGAC-AATTATATATCTGCATCTGG-AGGTG-ATAGTAGGA-ACACGAATAGCTGTCGTCATTGTACTTGCTCGCTAACTCTATAGA--GTATATGCA-TAACAAT---TAGTAATGGTGATGGTGAGGAAAGGGCTCAGGTGGGGTTGACGGGGGTCTCAACTTACTCGCAGCAAATGAC-GAACGAGAGGAGAGACGTGCATACATTAAT
gi|10 : agttaa-TTTATTCA-GAAAT-AAG-T-T-G-GT-A-TT-CAT-GCT---T-----ACAA-A-CTATGCA--TAATAAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGT-T--T-ATAGTA-A----TC-GCTCT--Ctttgttattcgaagaatgatgaagattaagatactagacatctaactcta
gi|11 : taatacatatgtatATA-TTTATTCA-GAAAT-AC------A-TTCA-TTTCAT-A-T---T-----ACAT-A-CAAAGAA--TT-TTAAAG-ATTGAGAGAAA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATCA-A--TCTC-GCTCT--CTATGTAC-TA-C-A-A-GAaaatctcacaaagaaacactggat
gi|12 : TATACAATATATC--AGTATTTTACACTTA-ATAG-A------A-CAAT--TAGGCT-CAGAG-G-CTTTT--ATA-TTCG---ACAAGAGATTTCTGGACTAAATAAAAA----ATATTGC-TG-TTata
gi|13 : TG-AAGTA-TATATAA----ACAAATATA--GGTTTTC---TTCTTATT-AA--AT-CGGGGTG----------CTATACA--ATATAGC--AGT-------A---A-TT-G-AGCATTCA-GAAG--GAGGTT-CAGAA-C-CTTTT--
gi|14 : --TT-TTAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAA---GCGT--T-ATATTA-A--TCAC-GCTCT--GTTCGTGC-TA-C-C-A-GA-AT-AGG-TAAA-T-GAA-AATGTT-A---TGTAAA--A-----TG-A
gi|15 : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAA--TACG-T-C-A---AA-TTCGAT-G-T---TGTACAACA--A-CAATGAT--TT-TTAAAG-ATTGCGA--AA------CAA-GCAAACA-GGC-T--T-ATA
gi|16 : tAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCTTA-T-C-AAAT---GTACACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGAT
gi|17 : ta-----T-AC-----CTTCAACTT-CTA-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TGCAT
gi|18 : --TT-TCAAAG-ACTGAGA--AA------CAA-GCCAAA------T--T-A---TA-A--TCTC-G--CT--CTGTGTGC-TA-atttttctatgaatcatttatg
gi|19 : TTGGAA--AA------CAA-GCCAGAA-GGC-A--T-ATATCA-A--TCTT-GCTC
gi|2 : TTTAAACAATA-TTTATTCAAGAAATTACA-TGT-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAATGAA--TT-TAAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-AA-TCTC-GCTCT--CTG-GTAC-TAAC-A-A-GATAG-AGGCTAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTACA--A-----TA-AGTTCCAT--AT--A-C-CA-ATTTAATAC-AAAAATAAAAA--T-GG-AA-AAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGC----TTGGA---------AATTG-AG--T---GC-T--AAAC-AAT--------AG-TTCAC-A---TACTTA-CTATT-G-A-G-G-TA-----AAAT-G---TAT-A-----TCAA-ACTACA------TC-TGAA-T-GCAG--------------------TT--TTCA----AATCATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGA----CCCT-GCTT--T-C-ACAT---GTATACAT---AGTACGAAAAA-T-ACAG-TCAC---ATAGATATG---A---AA-ACAGA---TAGACAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAA----CAAAATACA--GGTTTTTGT-TTCTTATTCAA--AC-CCGG-TG----------CTATAAACAATA-ATC--AGT-TATTA-ACGTA-TT-G-AGCATTCA-CAAG--GAGGCC-CAGAA-C-CTTTT--ACT-TTCGCCCACAAGAAATTTCTGGAC--GATAAAAA----ATA-TGC-TG-TTTTCG-TTC-TCAGAT-AAAATTATCCTT--A-CA-TA--CGA-AC-AATAAT---TCTACATT--G-AGTTGCAT-GT-TGA-A--------G-TGTCAG-ATTGTA-TTGCTC-CTAACTCTA--GA--GTATATG-A-TA-CAAT---GGGTAA-----------AAGAAA-TGCTCAGGC-----T-AC-----TCTCAAC-T-CTC-CA-CAAAT-ACAAA---AGAGGTGC-AT-----TACATTAATc
gi|3 : A-----CAA-TTCAC-A---T-------TGTT-GCA-A-T-TA--------------TGTAA-----GCAA-A-TACAGATTTTTGCTACA-TTACAA--------------------CT---GG-------TTCTATACAA-TA--T--T--ACAG---TAA--------T-G--TA-TGT-ATAT---GTATACAC---AGTA-GAAAAA-TTACAAATCAC---ATAGATATACTCA-TTAA-ACA-A---TAGACAAT-GT--G-AAGTA-TGTATAA-----CAAATA-ATTGGTTTT-GT-T-CTTATT-AC--AC-CCGGGTG-----------TATACA-AATATACC--ACT-TATTT-ACGTAATT-GGAGCATG-A-CAAG--GAGGCT-CAGAA-C-CTTTTTTACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATA---------T-TTGC-TG-TTTTCGCTTCATCA--T-AAA-TTATCCTT--ACCA-TA--T-A-AC-AATAAC---TCTACATT--G-AGTTG-AT-GT-GTT-A--------G-TGTCAGGATGTTA-TTGCTT-CTAACTCTA--GA--GTATA-A-A-TA-TAATACAGCGTAA-----------A--AAAATACTCA-GT-----T-AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGCTGA-AT-----TACA-TAATatgaaattaaggtatctacattctaatctta
gi|4 : aaTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAAT-AC------A-TTCA-TTTCATCA-T---T-----ACATCA-CAAAGAA--TT-TTAAAGGATTGGAA--AA------CAA-GC-AAAA-GGC-T--TTATATCA-A--TC-C-GCTCT--CTATGTAC-TA-CGA-A-GATATGAGG-TAGA-TTGAA-CA--TT-AAAGTGTATA--AACGAATA-AGT--CAT--AT--AAC-CA-ATT-AATAC-AAAAAAAAAAA--T-GG-GGAAAA--------------ACGAA----AT-GT---AAATG----CTGGC---------AATTG-AG--A---GC-TGAAAAC-AA--A-----TAGTTTCACTA---TACTTA--TATTGGGA-G-GTTA-----AA-TGG---TGTAA-----TCAAGA-TACA------TG-TAAA-TAGCAGTAAATACATGTAAATTGCAGTT--TAGA----AATAATATAAAA-TA--TAGT--ATTG---TAG-A---CCCT-GCTGA-T----CAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGAT-T----A-T-GA-ACA-A---TGAACAATCGTTGA-AAGTATTATATAA----ACAAATACA--GGTTTTTG--TTCTTATT-Attttctttgaaacatatgaagattaatagcactacat
gi|5 : tagTTTAAACAATA-TT-ATTCA-GAA--TACA-T-TCA-TTCA-T---AT-G-TACTT-----ATAC-A-AAAGAAA--TT-TATAAG-ATTGAGA--AA------CAATGCCAAAG-GGCTT--T-ATAATACA--TCTCGGCTC---CTATGTACTTA-C-ATA-GATAT-AGG-TAGA-T-GAATCA--TTAAAAGTGTACATTA-----TA-AGT--CAT--AT----C-CA-ATT--ATACAAAAAATAAAAA--T-GG-GG------------------A--AA----ATGGT---AAAGC----CTGGA---------A--TG-AG--A---CCTT--AAACAAATG-------AG-TTCAC-A---TACTTA--TATT-G-A-GCG-TA-----AA-T-G---TGT-A-----TCAA-A-TACA---------TAAA-T-GCCT--------------------TT--TAGA----AATAATATA-AA-TA--GA-A--ATTC---TGGA
gi|5 : AGAAATT-CTGGACTAAATAAAAAT---ctaaataaaaat
gi|6 : tttaaacaatattattcagaatacattcattcatatgtacttatacaaaagaaatttataagattgagaaacaatgccaaagggctttataatacatctcggctcctatgtacttacatagatataggtagatgaatcattaaaagtgtacattataagtcatatccaattatacaaaaaataaaaatggggaaaatggtaaagcctggaatgagaccttaaacaaatgagttcacatacttatattgagcgtaaatgtgtatcaaatacataaatgccttttagaaataatataaatTTATTCA-GAAA-TACA-TGT-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAATGAA--TT-TAAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCTAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTC-GCTCT--CTGTGTAC-TA-C-A-A-GATAG-AGG-TAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTAC------------AGT--CAT--AT--A-C-CA-ATT-AATAC-AAAAATAAAAA--T----AAAAAA--------------A--AA----ATGGT---AA-----------A---------AACTT-AGTCA---GC-T--AATG-AATAC-----TAG-------A---TATGTA-TTGTT-ACA-T-G-TA-----AA-
gi|7 : aatgcattgcgatatgttttctctgcatactttaaagactgtttgtcctaatacagaTTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAAT-AC------A-TTCA-TTTCAT-A-T---T-----ACAT-A-CAAAGAA--TT-TTAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATCA-A--TCTC-GCTCT--CTATGTAC-TA-C-A-A-GATAT-AGG-TAGA-T-GGA-CA--TT-AAAGTGTACA--A-----TA-AGT--CTT--AT--A-C-CA-ATT-AATAC-AAAAATAAAAA--TGGG-GGGAAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGTAAAGCTGG----------AATTG-AG--A---GC-TA-AAAC-AActgatacttactat
gi|8 : agAGAAATT-CTGGACTAAATAAAAAT---AT-TTGC-TGTTTTTCG-TTC-TCAGATAAAAATTAATCTTCAACCA-TAT-T-A-ACAAATAAT---TCTACATT--GAAGTTGAAT-GT-GGACA--------G-TGTCAGTATGGTA-TTGCTC----ACCCTA--GAGCGTATATG-ATTA-CAA
gi|9 : AACAAAA-TTTATTCA-GAAATTAAGTT-T-A-T----TTTCAT-G-T---T--------T-G-CA------------AAAG-ATTAAGA--AA------CAA-TCC-AAA-GGC-TAGTAATATTA-A--TCTG-GCTGTCACTATGTAG-T------A-GTTAA-GGC-TATA-T-GAgta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AATGCACTTAATATGTTTTGCAAATTTCCTGTT
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111 11 11111111 1111 1 33333333333333333 1111 111 11111 2222222222 111111111111 333333333 111 22 1111111 3333333333333333 111 333333333 1 77777777777777777777777777777777 11111111 111 22222 111 111 111 111 33333333 1 11111 1 22222 11 1111 111 1 333333333333 1 11 1111111 11 11 111 11 1 222 2222 11 1 1 11 11 1 222222 1 111 11 1 2 1 1 3333333333 1 1 1 11 11 11 111 1 222 6666666666666 1 33333333333333 1 1 1 1 1 111 1 22222
lowQualScore : 4 4 33333333333 4 4 444 777 00000 4 4 2 44 3 2 3 44 888888 3 3 6 44 6 3 77 3 55 0 4 33 4 4 4 66 4 4 5 5 5 5 66 5 66666666 5 99 99 5555 6 6 6 6 99 8888 2 99999999999999999 4444 111 55555 9999999999 1 6 666666666666 6 444444444 88 6 111 00 6 2222222 6666666666666666 444 11 8 8 111111111 8 5 55555555555555555555555555555555 1 5 6 44444444 111 66666 8 88 999 444 444 8 8 8 0 444 44 88888888 0 88888 0 0 33 8 8 22222 6 11 7777 0 8 444 0 2 333333333333 5 6 11 5555555 0 8 00 8 11 8 111 11 0 777 7 3 3333 11 8 8 3 0 0 2 33 3 33 2 0 999999 0 777 33 0 0 0 0 7777777777 0 0 1 0 22 33 33 3 111 0 333 1 6666666666666 2 6 22222222222222 3 0 0 0 0 0 777 4 0 55555 3
lowQualScore : . . ........... . . ... ... ..... . . . .. . . . .. ...... . . . .. . . .. . .. . . .. . . . .. . . . . . . .. . ........ . .. .. .... . . . . .. .... . ................. .... ... ..... .......... . . ............ . ......... .. . ... .. . ....... ................ ... .. . . ......... . . ................................ . . . ........ ... ..... . .. ... ... ... . . . . ... .. ........ . ..... . . .. . . ..... . .. .... . . ... . . ............ . . .. ....... . . .. . .. . ... .. . ... . . .... .. . . . . . . .. . .. . . ...... . ... .. . . . . .......... . . . . .. .. .. . ... . ... . ............. . . .............. . . . . . . ... . . ..... .
lowQualScore : 4 0 11111111111 0 0 444 000 00000 0 0 4 66 3 2 3 22 888888 1 1 2 22 2 3 99 3 00 5 0 55 4 4 4 33 4 4 0 0 0 0 99 7 66666666 7 22 22 0000 7 7 7 7 22 5555 0 33333333333333333 2222 777 22222 8888888888 7 7 333333333333 7 333333333 33 7 777 22 7 8888888 3333333333333333 000 66 0 0 888888888 0 8 66666666666666666666666666666666 0 0 7 55555555 777 99999 0 88 222 000 000 0 0 0 8 000 00 22222222 0 55555 2 0 88 0 0 66666 4 00 4444 8 0 888 0 5 555555555555 0 0 00 6666666 8 0 66 0 00 0 000 00 0 555 3 5 0000 44 0 0 2 0 0 5 22 2 88 5 0 555555 0 555 88 0 0 0 0 2222222222 0 8 0 0 55 88 88 2 000 0 333 0 3333333333333 0 7 00000000000000 2 0 0 0 0 0 555 2 0 00000 2
consensus : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAATTACG-T-T-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAANGAA--TT-TNAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTC-GCTCT--CTGTGTAC-TA--C-A-A-GA-TAT-A-GG-TAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTACA--A-----TA-AGT--CAT--AT--A-C-CA-ATT-AATAC-AAAAATAAAAA--T-GG-GGGAAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGC----CTGGA---------AATTG-AG--A---GC-T--AAAC-AATGA-----TAG-TTCAC-A---TACTTA-CTATT-GCA-G-G-TA-----AA-T-G-----TG---TAATCAA-A-TACA------TG-TAAA-TAGCAG--------------------TT--TNGA----AATAATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCTTA-T-C-ACAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGATATG---A-T-GA-ACA-A---TAGACAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAA----ACAAATACA--GGTTTTTGT-TTCTTATT-AN--AC-CCGGG-------TG--CTATACACAATATATC--AGT-TATTA-ACGTAATTG-AGCATTCA-CAAG--GAGGCT-CAGAA-C-CTTTT--ACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATAAAAAT---ATATTGC-TG-TTTTCG-TTC-TCAGAT-AAAATTATCCTT--ACCA-TA--T-A-AC-AATAAT---TCTACATT--G-AGTTG-AT-GT-GGA-A--------G-TGTCAGNATNGTA-TTGCTC-CTAACTCTA--GA--GTATATG-A-TA-CAAT---GNGTAA-----------AGGAAAGTGCTCAGGT-----T-AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TACATTAAT
Reference ( family-122 ) : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAATTACG-T-T-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAANGAA--TT-TNAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTC-GCTCT--CTGTGTAC-TA--C-A-A-GA-TAT-A-GG-TAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTACA--A-----TA-AGT--CAT--AT--A-C-CA-ATT-AATAC-AAAAATAAAAA--T-GG-GGGAAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGC----CTGGA---------AATTG-AG--A---GC-T--AAAC-AATGA-----TAG-TTCAC-A---TACTTA-CTATT-GCA-G-G-TA-----AA-T-G-----TG---TAATCAA-A-TACA------TG-TAAA-TAGCAG--------------------TT--TNGA----AATAATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCTTA-T-C-ACAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGATATG---A-T-GA-ACA-A---TAGACAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAA----ACAAATACA--GGTTTTTGT-TTCTTATT-AN--AC-CCGGG-------TG--CTATACACAATATATC--AGT-TATTA-ACGTAATTG-AGCATTCA-CAAG--GAGGCT-CAGAA-C-CTTTT--ACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATAAAAAT---ATATTGC-TG-TTTTCG-TTC-TCAGAT-AAAATTATCCTT--ACCA-TA--T-A-AC-AATAAT---TCTACATT--G-AGTTG-AT-GT-GGA-A--------G-TGTCAGNATNGTA-TTGCTC-CTAACTCTA--GA--GTATATG-A-TA-CAAT---GNGTAA-----------AGGAAAGTGCTCAGGT-----T-AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TACATTAAT
gi|1 : TTTAAACAAAAATTTATTCA-GAAAGTAC----C-AGTTCAATTTCAT-A-T---T-----ACAT-ATCAAAGAAAGTT-TAAAAG-ATTGAGA--AAGAGAAACAA-GCCAAAAAGGT-T--T-ATATTA-AATTCTC-GCTTT--CTGTGTAC-TAG-C-A-AAGA-TAT-A-GG-TAGAAT-GAA-CA--TT-AAAGTG-ACA--A-----TACAAT--CACTAATCGA-CGCAGATT-AAAGC-AAAAAAAAAAAGAT-AGAGGGAAACAAGCAAAGAACAAA--AACAACATGGTCGAAAAGC----CTGGATTCGAAGGAAGCTGTAG--AAACGC-C--AAAC-A-TGAAGGCCTAC-CTCAC-ACATTACTGAACTATT-GCACG-G-TACAAGCAA-T-GACACGTGACTTAATCAA-A-TACA------TG-TAAAATAGCAG--------------------TTGTTTGACAATAATAATACACAACTAGCTA-TTAGTTGCTATAGAAAACTCCTAGCTTACT-CGACATTGTGTATACATCAGAATA-GAAAAAAT-ACAGATCACCCAATAGA-ATG---AGT-GACACA-AATACATACAAT-GTTTGGAAGTA-TAGATAACAAAACAAATATA--G--TATTGTGTTCATATT-ACGGACGCCGGGGAGAAGTCGACCTATACGAAATAAATCGAAGT-AATTA-ACGCAATTG-AGCATTAAACAAGCAGAGGCTGCAGAAACGCTTTT--ACTCTTCGG--ACAGAAAATTTCTGGACATACTAAAAATGAGATATTGCCTG-TTT-CG-TTC-TCAGA--ATAATTATCCTT--ACCAGTAGAT-AGAC-AATTATATATCTGCATCTGG-AGGTG-ATAGTAGGA-ACACGAATAGCTGTCGTCATTGTACTTGCTCGCTAACTCTATAGA--GTATATGCA-TAACAAT---TAGTAATGGTGATGGTGAGGAAAGGGCTCAGGTGGGGTTGACGGGGGTCTCAACTTACTCGCAGCAAATGAC-GAACGAGAGGAGAGACGTGCATACATTAAT
gi|10 : agttaa-TTTATTCA-GAAAT-AAG-T-T-G-GT-A-TT-CAT-GCT---T-----ACAA-A-CTATGCA--TAATAAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGT-T--T-ATAGTA-A----TC-GCTCT--Ctttgttattcgaagaatgatgaagattaagatactagacatctaactcta
gi|11 : taatacatatgtatATA-TTTATTCA-GAAAT-AC------A-TTCA-TTTCAT-A-T---T-----ACAT-A-CAAAGAA--TT-TTAAAG-ATTGAGAGAAA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATCA-A--TCTC-GCTCT--CTATGTAC-TA--C-A-A-GA--AT-A-aaatctcacaaagaaacactggat
gi|12 : TATACAATATATC--AGTATTTTACACTTAATAG-A------A-CAAT--TAGGCT-CAGAG-G-CTTTT--ATA-TTCG---ACAAGAGATTTCTGGACTAAATAAAAA----ATATTGC-TG-TT
gi|13 : TG-AAGTA-TATATAA----ACAAATATA--GGTTTTC---TTCTTATT-AA--AT-CGGGG-------TG--CTATACA--ATATAGC--AGT-----------AATTG-AGCATTCA-GAAG--GAGGTT-CAGAA-C-CTTTT--
gi|14 : --TT-TTAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAA---GCGT--T-ATATTA-A--TCAC-GCTCT--GTTCGTGC-TA--C-C-A-GA--AT-A-GG-TAAA-T-GAA-AATGTT-A---TGTAAA--A-----TG-A
gi|15 : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAA--TACG-T-C-A---AA-TTCGAT-G-T---TGTACAACA--A-CAATGAT--TT-TTAAAG-ATTGCGA--AA------CAA-GCAAACA-GGC-T--T-ATA
gi|16 : tAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCTTA-T-C-AAAT---GTACACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGAT
gi|17 : ta-----T-AC-----CTTCAACTT-CTA-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TGCAT
gi|18 : --TT-TCAAAG-ACTGAGA--AA------CAA-GCCAAA------T--T-A---TA-A--TCTC-G--CT--CTGTGTGC-TA--atttttctatgaatcatttatg
gi|19 : TTGGAA--AA------CAA-GCCAGAA-GGC-A--T-ATATCA-A--TCTT-GCTC
gi|2 : TTTAAACAATA-TTTATTCAAGAAATTACA-TGT-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAATGAA--TT-TAAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-AA-TCTC-GCTCT--CTG-GTAC-TAA-C-A-A-GA-TAG-A-GGCTAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTACA--A-----TA-AGTTCCAT--AT--A-C-CA-ATTTAATAC-AAAAATAAAAA--T-GG-AA-AAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGC----TTGGA---------AATTG-AG--T---GC-T--AAAC-AAT--------AG-TTCAC-A---TACTTA-CTATT-G-A-G-G-TA-----AAAT-G-----TA---TA-TCAA-ACTACA------TC-TGAA-T-GCAG--------------------TT--TTCA----AATCATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGA----CCCT-GCTT--T-C-ACAT---GTATACAT---AGTACGAAAAA-T-ACAG-TCAC---ATAGATATG---A---AA-ACAGA---TAGACAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAA----CAAAATACA--GGTTTTTGT-TTCTTATTCAA--AC-CC-GG-------TG--CTATAAACAATA-ATC--AGT-TATTA-ACGT-ATTG-AGCATTCA-CAAG--GAGGCC-CAGAA-C-CTTTT--ACT-TTCGCCCACAAGAAATTTCTGGAC--GATAAAAA----ATA-TGC-TG-TTTTCG-TTC-TCAGAT-AAAATTATCCTT--A-CA-TA--CGA-AC-AATAAT---TCTACATT--G-AGTTGCAT-GT-TGA-A--------G-TGTCAG-ATTGTA-TTGCTC-CTAACTCTA--GA--GTATATG-A-TA-CAAT---GGGTAA-----------AAGAAA-TGCTCAGGC-----T-AC-----TCTCAAC-T-CTC-CA-CAAAT-ACAAA---AGAGGTGC-AT-----TACATTAATc
gi|3 : A-----CAA-TTCAC-A---T-------TGTT-GCA-A-T-TA----------------TG---TAAGCAA-A-TACAGATTTTTGCTACA-TTACAA--------------------CT---GG-------TTCTATACAA-TA--T--T--ACAG---TAA--------T-G--TA-TGT-ATAT---GTATACAC---AGTA-GAAAAA-TTACAAATCAC---ATAGATATACTCA-TTAA-ACA-A---TAGACAAT-GT--G-AAGTA-TGTATAA-----CAAATA-ATTGGTTTT-GT-T-CTTATT-AC--AC-CCGGG-------TG---TATACA-AATATACC--ACT-TATTT-ACGTAATTGGAGCATG-A-CAAG--GAGGCT-CAGAA-C-CTTTTTTACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATA---------T-TTGC-TG-TTTTCGCTTCATCA--T-AAA-TTATCCTT--ACCA-TA--T-A-AC-AATAAC---TCTACATT--G-AGTTG-AT-GT-GTT-A--------G-TGTCAGGATGTTA-TTGCTT-CTAACTCTA--GA--GTATA-A-A-TA-TAATACAGCGTAA-----------A--AAAATACTCA-GT-----T-AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGCTGA-AT-----TACA-TAATatgaaattaaggtatctacattctaatctta
gi|4 : aaTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAAT-AC------A-TTCA-TTTCATCA-T---T-----ACATCA-CAAAGAA--TT-TTAAAGGATTGGAA--AA------CAA-GC-AAAA-GGC-T--TTATATCA-A--TC-C-GCTCT--CTATGTAC-TA--CGA-A-GA-TATGA-GG-TAGA-TTGAA-CA--TT-AAAGTGTATA--AACGAATA-AGT--CAT--AT--AAC-CA-ATT-AATAC-AAAAAAAAAAA--T-GG-GGAAAA--------------ACGAA----AT-GT---AAATG----CTGGC---------AATTG-AG--A---GC-TGAAAAC-AA--A-----TAGTTTCACTA---TACTTA--TATTGGGA-G-GTTA-----AA-TGG-----TG---TAATCAAGA-TACA------TG-TAAA-TAGCAGTAAATACATGTAAATTGCAGTT--TAGA----AATAATATAAAA-TA--TAGT--ATTG---TAG-A---CCCT-GCTGA-T----CAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGAT-T----A-T-GA-ACA-A---TGAACAATCGTTGA-AAGTATTATATAA----ACAAATACA--GGTTTTTG--TTCTTATT-Attttctttgaaacatatgaagattaatagcactacat
gi|5 : tagTTTAAACAATA-TT-ATTCA-GAA--TACA-T-TCA-TTCA-T---AT-G-TACTT-----ATAC-A-AAAGAAA--TT-TATAAG-ATTGAGA--AA------CAATGCCAAAG-GGCTT--T-ATAATACA--TCTCGGCTC---CTATGTACTTA--C-ATA-GA-TAT-A-GG-TAGA-T-GAATCA--TTAAAAGTGTACATTA-----TA-AGT--CAT--AT----C-CA-ATT--ATACAAAAAATAAAAA--T-GG-GG------------------A--AA----ATGGT---AAAGC----CTGGA---------A--TG-AG--A---CCTT--AAACAAATG-------AG-TTCAC-A---TACTTA--TATT-G-A-GCG-TA-----AA-T-G-----TG---T-ATCAA-A-TACA---------TAAA-T-GCCT--------------------TT--TAGA----AATAATATA-AA-TA--GA-A--ATTC---TGGA
gi|5 : AGAAATT-CTGGACTAAATAAAAAT---ctaaataaaaat
gi|6 : tttaaacaatattattcagaatacattcattcatatgtacttatacaaaagaaatttataagattgagaaacaatgccaaagggctttataatacatctcggctcctatgtacttacatagatataggtagatgaatcattaaaagtgtacattataagtcatatccaattatacaaaaaataaaaatggggaaaatggtaaagcctggaatgagaccttaaacaaatgagttcacatacttatattgagcgtaaatgtgtatcaaatacataaatgccttttagaaataatataaatTTATTCA-GAAA-TACA-TGT-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAATGAA--TT-TAAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCTAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTC-GCTCT--CTGTGTAC-TA--C-A-A-GA-TAG-A-GG-TAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTAC------------AGT--CAT--AT--A-C-CA-ATT-AATAC-AAAAATAAAAA--T----AAAAAA--------------A--AA----ATGGT---AA-----------A---------AACTT-AGTCA---GC-T--AATG-AATAC-----TAG-------A---TATGTA-TTGTT-ACA-T-G-TA-----AA-
gi|7 : aatgcattgcgatatgttttctctgcatactttaaagactgtttgtcctaatacagaTTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAAT-AC------A-TTCA-TTTCAT-A-T---T-----ACAT-A-CAAAGAA--TT-TTAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATCA-A--TCTC-GCTCT--CTATGTAC-TA--C-A-A-GA-TAT-A-GG-TAGA-T-GGA-CA--TT-AAAGTGTACA--A-----TA-AGT--CTT--AT--A-C-CA-ATT-AATAC-AAAAATAAAAA--TGGG-GGGAAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGTAAAGCTGG----------AATTG-AG--A---GC-TA-AAAC-AActgatacttactat
gi|8 : agAGAAATT-CTGGACTAAATAAAAAT---AT-TTGC-TGTTTTTCG-TTC-TCAGATAAAAATTAATCTTCAACCA-TAT-T-A-ACAAATAAT---TCTACATT--GAAGTTGAAT-GT-GGACA--------G-TGTCAGTATGGTA-TTGCTC----ACCCTA--GAGCGTATATG-ATTA-CAA
gi|9 : AACAAAA-TTTATTCA-GAAATTAAGTT-T-A-T----TTTCAT-G-T---T--------T-G-CA------------AAAG-ATTAAGA--AA------CAA-TCC-AAA-GGC-TAGTAATATTA-A--TCTG-GCTGTCACTATGTAG-TAGTT-A-A-GGCTAT-ATGA-TCCA-T-GTA-CA--Tgta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AATGCACTTAATATGTTTTGCAAATTTCCTGTT
Alignments
lowQualScore : 33333333333 11111 11 11111111 1111 1 33333333333333333 1111 111 11111 2222222222 111111111111 333333333 111 22 1111111 3333333333333333 111 333333333 1 77777777777777777777777777777777 11111111 111 22222 111 111 111 111 33333333 1 11111 1 22222 11 1111 111 1 333333333333 1 11 1111111 11 11 111 11 1 222 2222 11 1 1 11 11 1 222222 1 111 11 1 2 1 1 3333333333 1 1 1 11 11 11 111 1 222 6666666666666 1 33333333333333 1 1 1 1 1 111 1 22222
lowQualScore : 4 4 33333333333 4 4 444 777 00000 4 4 2 44 3 2 3 44 888888 3 3 6 44 6 3 77 3 55 0 4 33 4 4 4 66 4 4 5 5 5 5 66 5 66666666 5 99 99 5555 6 6 6 6 99 8888 2 99999999999999999 4444 111 55555 9999999999 1 6 666666666666 6 444444444 88 6 111 00 6 2222222 6666666666666666 444 11 8 8 111111111 8 5 55555555555555555555555555555555 1 5 6 44444444 111 66666 8 88 999 444 444 8 8 8 0 444 44 88888888 0 88888 0 0 33 8 8 22222 6 11 7777 0 8 444 0 2 333333333333 5 6 11 5555555 0 8 00 8 11 8 111 11 0 777 7 3 3333 11 8 8 3 0 0 2 33 3 33 2 0 999999 0 777 33 0 0 0 0 7777777777 0 0 1 0 22 33 33 3 111 0 333 1 6666666666666 2 6 22222222222222 3 0 0 0 0 0 777 4 0 55555 3
lowQualScore : . . ........... . . ... ... ..... . . . .. . . . .. ...... . . . .. . . .. . .. . . .. . . . .. . . . . . . .. . ........ . .. .. .... . . . . .. .... . ................. .... ... ..... .......... . . ............ . ......... .. . ... .. . ....... ................ ... .. . . ......... . . ................................ . . . ........ ... ..... . .. ... ... ... . . . . ... .. ........ . ..... . . .. . . ..... . .. .... . . ... . . ............ . . .. ....... . . .. . .. . ... .. . ... . . .... .. . . . . . . .. . .. . . ...... . ... .. . . . . .......... . . . . .. .. .. . ... . ... . ............. . . .............. . . . . . . ... . . ..... .
lowQualScore : 4 0 11111111111 0 0 444 000 00000 0 0 4 66 3 2 3 22 888888 1 1 2 22 2 3 99 3 00 5 0 55 4 4 4 33 4 4 0 0 0 0 99 7 66666666 7 22 22 0000 7 7 7 7 22 5555 0 33333333333333333 2222 777 22222 8888888888 7 7 333333333333 7 333333333 33 7 777 22 7 8888888 3333333333333333 000 66 0 0 888888888 0 8 66666666666666666666666666666666 0 0 7 55555555 777 99999 0 88 222 000 000 0 0 0 8 000 00 22222222 0 55555 2 0 88 0 0 66666 4 00 4444 8 0 888 0 5 555555555555 0 0 00 6666666 8 0 66 0 00 0 000 00 0 555 3 5 0000 44 0 0 2 0 0 5 22 2 88 5 0 555555 0 555 88 0 0 0 0 2222222222 0 8 0 0 55 88 88 2 000 0 333 0 3333333333333 0 7 00000000000000 2 0 0 0 0 0 555 2 0 00000 2
consensus : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAATTACG-T-T-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAANGAA--TT-TNAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTC-GCTCT--CTGTGTAC-TA--C-A-A-GA-TAT-A-GG-TAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTACA--A-----TA-AGT--CAT--AT--A-C-CA-ATT-AATAC-AAAAATAAAAA--T-GG-GGGAAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGC----CTGGA---------AATTG-AG--A---GC-T--AAAC-AATGA-----TAG-TTCAC-A---TACTTA-CTATT-GCA-G-G-TA-----AA-T-G-----TG---TAATCAA-A-TACA------TG-TAAA-TAGCAG--------------------TT--TNGA----AATAATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCTTA-T-C-ACAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGATATG---A-T-GA-ACA-A---TAGACAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAA----ACAAATACA--GGTTTTTGT-TTCTTATT-AN--AC-CCGGG-------TG--CTATACACAATATATC--AGT-TATTA-ACGTAATTG-AGCATTCA-CAAG--GAGGCT-CAGAA-C-CTTTT--ACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATAAAAAT---ATATTGC-TG-TTTTCG-TTC-TCAGAT-AAAATTATCCTT--ACCA-TA--T-A-AC-AATAAT---TCTACATT--G-AGTTG-AT-GT-GGA-A--------G-TGTCAGNATNGTA-TTGCTC-CTAACTCTA--GA--GTATATG-A-TA-CAAT---GNGTAA-----------AGGAAAGTGCTCAGGT-----T-AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TACATTAAT
Reference ( family-122 ) : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAATTACG-T-T-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAANGAA--TT-TNAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTC-GCTCT--CTGTGTAC-TA--C-A-A-GA-TAT-A-GG-TAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTACA--A-----TA-AGT--CAT--AT--A-C-CA-ATT-AATAC-AAAAATAAAAA--T-GG-GGGAAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGC----CTGGA---------AATTG-AG--A---GC-T--AAAC-AATGA-----TAG-TTCAC-A---TACTTA-CTATT-GCA-G-G-TA-----AA-T-G-----TG---TAATCAA-A-TACA------TG-TAAA-TAGCAG--------------------TT--TNGA----AATAATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCTTA-T-C-ACAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGATATG---A-T-GA-ACA-A---TAGACAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAA----ACAAATACA--GGTTTTTGT-TTCTTATT-AN--AC-CCGGG-------TG--CTATACACAATATATC--AGT-TATTA-ACGTAATTG-AGCATTCA-CAAG--GAGGCT-CAGAA-C-CTTTT--ACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATAAAAAT---ATATTGC-TG-TTTTCG-TTC-TCAGAT-AAAATTATCCTT--ACCA-TA--T-A-AC-AATAAT---TCTACATT--G-AGTTG-AT-GT-GGA-A--------G-TGTCAGNATNGTA-TTGCTC-CTAACTCTA--GA--GTATATG-A-TA-CAAT---GNGTAA-----------AGGAAAGTGCTCAGGT-----T-AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TACATTAAT
gi|1 : TTTAAACAAAAATTTATTCA-GAAAGTAC----C-AGTTCAATTTCAT-A-T---T-----ACAT-ATCAAAGAAAGTT-TAAAAG-ATTGAGA--AAGAGAAACAA-GCCAAAAAGGT-T--T-ATATTA-AATTCTC-GCTTT--CTGTGTAC-TAG-C-A-AAGA-TAT-A-GG-TAGAAT-GAA-CA--TT-AAAGTG-ACA--A-----TACAAT--CACTAATCGA-CGCAGATT-AAAGC-AAAAAAAAAAAGAT-AGAGGGAAACAAGCAAAGAACAAA--AACAACATGGTCGAAAAGC----CTGGATTCGAAGGAAGCTGTAG--AAACGC-C--AAAC-A-TGAAGGCCTAC-CTCAC-ACATTACTGAACTATT-GCACG-G-TACAAGCAA-T-GACACGTGACTTAATCAA-A-TACA------TG-TAAAATAGCAG--------------------TTGTTTGACAATAATAATACACAACTAGCTA-TTAGTTGCTATAGAAAACTCCTAGCTTACT-CGACATTGTGTATACATCAGAATA-GAAAAAAT-ACAGATCACCCAATAGA-ATG---AGT-GACACA-AATACATACAAT-GTTTGGAAGTA-TAGATAACAAAACAAATATA--G--TATTGTGTTCATATT-ACGGACGCCGGGGAGAAGTCGACCTATACGAAATAAATCGAAGT-AATTA-ACGCAATTG-AGCATTAAACAAGCAGAGGCTGCAGAAACGCTTTT--ACTCTTCGG--ACAGAAAATTTCTGGACATACTAAAAATGAGATATTGCCTG-TTT-CG-TTC-TCAGA--ATAATTATCCTT--ACCAGTAGAT-AGAC-AATTATATATCTGCATCTGG-AGGTG-ATAGTAGGA-ACACGAATAGCTGTCGTCATTGTACTTGCTCGCTAACTCTATAGA--GTATATGCA-TAACAAT---TAGTAATGGTGATGGTGAGGAAAGGGCTCAGGTGGGGTTGACGGGGGTCTCAACTTACTCGCAGCAAATGAC-GAACGAGAGGAGAGACGTGCATACATTAAT
gi|10 : agttaa-TTTATTCA-GAAAT-AAG-T-T-G-GT-A-TT-CAT-GCT---T-----ACAA-A-CTATGCA--TAATAAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGT-T--T-ATAGTA-A----TC-GCTCT--Ctttgttattcgaagaatgatgaagattaagatactagacatctaactcta
gi|11 : taatacatatgtatATA-TTTATTCA-GAAAT-AC------A-TTCA-TTTCAT-A-T---T-----ACAT-A-CAAAGAA--TT-TTAAAG-ATTGAGAGAAA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATCA-A--TCTC-GCTCT--CTATGTAC-TA--C-A-A-GA--AT-A-aaatctcacaaagaaacactggat
gi|12 : TATACAATATATC--AGTATTTTACACTTAATAG-A------A-CAAT--TAGGCT-CAGAG-G-CTTTT--ATA-TTCG---ACAAGAGATTTCTGGACTAAATAAAAA----ATATTGC-TG-TT
gi|13 : TG-AAGTA-TATATAA----ACAAATATA--GGTTTTC---TTCTTATT-AA--AT-CGGGG-------TG--CTATACA--ATATAGC--AGT-----------AATTG-AGCATTCA-GAAG--GAGGTT-CAGAA-C-CTTTT--
gi|14 : --TT-TTAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAA---GCGT--T-ATATTA-A--TCAC-GCTCT--GTTCGTGC-TA--C-C-A-GA--AT-A-GG-TAAA-T-GAA-AATGTT-A---TGTAAA--A-----TG-A
gi|15 : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAA--TACG-T-C-A---AA-TTCGAT-G-T---TGTACAACA--A-CAATGAT--TT-TTAAAG-ATTGCGA--AA------CAA-GCAAACA-GGC-T--T-ATA
gi|16 : tAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCTTA-T-C-AAAT---GTACACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGAT
gi|17 : ta-----T-AC-----CTTCAACTT-CTA-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TGCAT
gi|18 : --TT-TCAAAG-ACTGAGA--AA------CAA-GCCAAA------T--T-A---TA-A--TCTC-G--CT--CTGTGTGC-TA--atttttctatgaatcatttatg
gi|19 : TTGGAA--AA------CAA-GCCAGAA-GGC-A--T-ATATCA-A--TCTT-GCTC
gi|2 : TTTAAACAATA-TTTATTCAAGAAATTACA-TGT-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAATGAA--TT-TAAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-AA-TCTC-GCTCT--CTG-GTAC-TAA-C-A-A-GA-TAG-A-GGCTAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTACA--A-----TA-AGTTCCAT--AT--A-C-CA-ATTTAATAC-AAAAATAAAAA--T-GG-AA-AAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGC----TTGGA---------AATTG-AG--T---GC-T--AAAC-AAT--------AG-TTCAC-A---TACTTA-CTATT-G-A-G-G-TA-----AAAT-G-----TA---TA-TCAA-ACTACA------TC-TGAA-T-GCAG--------------------TT--TTCA----AATCATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGA----CCCT-GCTT--T-C-ACAT---GTATACAT---AGTACGAAAAA-T-ACAG-TCAC---ATAGATATG---A---AA-ACAGA---TAGACAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAA----CAAAATACA--GGTTTTTGT-TTCTTATTCAA--AC-CC-GG-------TG--CTATAAACAATA-ATC--AGT-TATTA-ACGT-ATTG-AGCATTCA-CAAG--GAGGCC-CAGAA-C-CTTTT--ACT-TTCGCCCACAAGAAATTTCTGGAC--GATAAAAA----ATA-TGC-TG-TTTTCG-TTC-TCAGAT-AAAATTATCCTT--A-CA-TA--CGA-AC-AATAAT---TCTACATT--G-AGTTGCAT-GT-TGA-A--------G-TGTCAG-ATTGTA-TTGCTC-CTAACTCTA--GA--GTATATG-A-TA-CAAT---GGGTAA-----------AAGAAA-TGCTCAGGC-----T-AC-----TCTCAAC-T-CTC-CA-CAAAT-ACAAA---AGAGGTGC-AT-----TACATTAATc
gi|3 : A-----CAA-TTCAC-A---T-------TGTT-GCA-A-T-TA----------------TG---TAAGCAA-A-TACAGATTTTTGCTACA-TTACAA--------------------CT---GG-------TTCTATACAA-TA--T--T--ACAG---TAA--------T-G--TA-TGT-ATAT---GTATACAC---AGTA-GAAAAA-TTACAAATCAC---ATAGATATACTCA-TTAA-ACA-A---TAGACAAT-GT--G-AAGTA-TGTATAA-----CAAATA-ATTGGTTTT-GT-T-CTTATT-AC--AC-CCGGG-------TG---TATACA-AATATACC--ACT-TATTT-ACGTAATTGGAGCATG-A-CAAG--GAGGCT-CAGAA-C-CTTTTTTACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATA---------T-TTGC-TG-TTTTCGCTTCATCA--T-AAA-TTATCCTT--ACCA-TA--T-A-AC-AATAAC---TCTACATT--G-AGTTG-AT-GT-GTT-A--------G-TGTCAGGATGTTA-TTGCTT-CTAACTCTA--GA--GTATA-A-A-TA-TAATACAGCGTAA-----------A--AAAATACTCA-GT-----T-AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGCTGA-AT-----TACA-TAATatgaaattaaggtatctacattctaatctta
gi|4 : aaTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAAT-AC------A-TTCA-TTTCATCA-T---T-----ACATCA-CAAAGAA--TT-TTAAAGGATTGGAA--AA------CAA-GC-AAAA-GGC-T--TTATATCA-A--TC-C-GCTCT--CTATGTAC-TA--CGA-A-GA-TATGA-GG-TAGA-TTGAA-CA--TT-AAAGTGTATA--AACGAATA-AGT--CAT--AT--AAC-CA-ATT-AATAC-AAAAAAAAAAA--T-GG-GGAAAA--------------ACGAA----AT-GT---AAATG----CTGGC---------AATTG-AG--A---GC-TGAAAAC-AA--A-----TAGTTTCACTA---TACTTA--TATTGGGA-G-GTTA-----AA-TGG-----TG---TAATCAAGA-TACA------TG-TAAA-TAGCAGTAAATACATGTAAATTGCAGTT--TAGA----AATAATATAAAA-TA--TAGT--ATTG---TAG-A---CCCT-GCTGA-T----CAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGAT-T----A-T-GA-ACA-A---TGAACAATCGTTGA-AAGTATTATATAA----ACAAATACA--GGTTTTTG--TTCTTATT-Attttctttgaaacatatgaagattaatagcactacat
gi|5 : tagTTTAAACAATA-TT-ATTCA-GAA--TACA-T-TCA-TTCA-T---AT-G-TACTT-----ATAC-A-AAAGAAA--TT-TATAAG-ATTGAGA--AA------CAATGCCAAAG-GGCTT--T-ATAATACA--TCTCGGCTC---CTATGTACTTA--C-ATA-GA-TAT-A-GG-TAGA-T-GAATCA--TTAAAAGTGTACATTA-----TA-AGT--CAT--AT----C-CA-ATT--ATACAAAAAATAAAAA--T-GG-GG------------------A--AA----ATGGT---AAAGC----CTGGA---------A--TG-AG--A---CCTT--AAACAAATG-------AG-TTCAC-A---TACTTA--TATT-G-A-GCG-TA-----AA-T-G-----TG---T-ATCAA-A-TACA---------TAAA-T-GCCT--------------------TT--TAGA----AATAATATA-AA-TA--GA-A--ATTC---TGGA
gi|5 : AGAAATT-CTGGACTAAATAAAAAT---ctaaataaaaat
gi|6 : tttaaacaatattattcagaatacattcattcatatgtacttatacaaaagaaatttataagattgagaaacaatgccaaagggctttataatacatctcggctcctatgtacttacatagatataggtagatgaatcattaaaagtgtacattataagtcatatccaattatacaaaaaataaaaatggggaaaatggtaaagcctggaatgagaccttaaacaaatgagttcacatacttatattgagcgtaaatgtgtatcaaatacataaatgccttttagaaataatataaatTTATTCA-GAAA-TACA-TGT-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAATGAA--TT-TAAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCTAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTC-GCTCT--CTGTGTAC-TA--C-A-A-GA-TAG-A-GG-TAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTAC------------AGT--CAT--AT--A-C-CA-ATT-AATAC-AAAAATAAAAA--T----AAAAAA--------------A--AA----ATGGT---AA-----------A---------AACTT-AGTCA---GC-T--AATG-AATAC-----TAG-------A---TATGTA-TTGTT-ACA-T-G-TA-----AA-
gi|7 : aatgcattgcgatatgttttctctgcatactttaaagactgtttgtcctaatacagaTTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAAT-AC------A-TTCA-TTTCAT-A-T---T-----ACAT-A-CAAAGAA--TT-TTAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATCA-A--TCTC-GCTCT--CTATGTAC-TA--C-A-A-GA-TAT-A-GG-TAGA-T-GGA-CA--TT-AAAGTGTACA--A-----TA-AGT--CTT--AT--A-C-CA-ATT-AATAC-AAAAATAAAAA--TGGG-GGGAAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGTAAAGCTGG----------AATTG-AG--A---GC-TA-AAAC-AActgatacttactat
gi|8 : agAGAAATT-CTGGACTAAATAAAAAT---AT-TTGC-TGTTTTTCG-TTC-TCAGATAAAAATTAATCTTCAACCA-TAT-T-A-ACAAATAAT---TCTACATT--GAAGTTGAAT-GT-GGACA--------G-TGTCAGTATGGTA-TTGCTC----ACCCTA--GAGCGTATATG-ATTA-CAA
gi|9 : AACAAAA-TTTATTCA-GAAATTAAGTT-T-A-T----TTTCAT-G-T---T--------T-G-CA------------AAAG-ATTAAGA--AA------CAA-TCC-AAA-GGC-TAGTAATATTA-A--TCTG-GCTGTCACTATGTAG-TAGTT-A-A-GGCTAT-ATGA-TCCA-T-GTA-CA--Tgta
blockSeqs : . A ATTACATGT . . GC ACT GTACA C . T . A A G GA . T . G AG T C A G CA T GT G T . CT G T C . T T TG A AACGAA . TC . AA . . T A . GGG A ACG . . TAAAG A A . AGCTGA A TACT TT T . C G GAGGT AAATG . AA G C GATTTTTGC . T TAAATACATGTAAATTGCAGTTTAGA C C . TAGT . AA . A GT . . C . T . TA ACTCATT . GA C TT . T A T TT TGT C A . G TGC C T . ATTTTAC G TC . . . G TT . CCC T T T AT . T T C A G TA A CA C . CGA A . . A C . . CA . G T . C . GC T AT . ACA G AA A G TAC T . . . . A . C . . T
blockSeqs : . . ATTAAGTTT . . CA . . . . A . . T . . . . . T . A . . . . . A . . . T . . . . . . . . TTA . . . A . . . . . GG A A . . C C A . TCAGCT . AT T . . T . CAAT AATGG . AA . . TC . A TTTTCA T C . TAT . A . A C . . . . . . TA GA . A . TG . . C C . GT . A . G TGC C T . TATTA . TC . . . C . . . T T T A . . T . . G T A . C . TTA . . . . A . . A . T G . C . . T A . . C A . . TAC T . . . . . . T . . T
blockSeqs : . . ATACATGT . . A . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . A . . . . . GG G A . . G A A . ACCTT . TG T . . . . AGCG AATG . A . . TG . . TTTAGA A A . TAT . A . A C . . . . . . T AT . A . . . . A C . TG . C . . TG . T . TATTT . G . . . C . . . T T . T . . T . . . T . . . . TA . . . . . . . A . . G . . . . . A . TAC . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . ATAAGTT . . G . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . A . . . . . GG . A . . C A A . AGCTA . T T . . . . CATG . . A . . . . . CTGG A . . GAA . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . C . . T . T . .
blockSeqs : . . TACATTC . . G . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . A . . . . . . TGCT . . . . . . AGG . TT . . . .
blockSeqs : . . TACGTC . . G . . . . G . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . ATAC . . G . . . . T . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . ATAC . . A . . . . A . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . ATAC . . G . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . T . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ATACGTT**** ** ****** ** ** ** A*** ** GG** A**************** **** *** A********* AGCT******** T******** *** ** CGCG*** AATG************ *** A* TTTGA*************************** TAT***** *** A**** A* C** *** *** *** A**** GC** ** ** C** **** T*
originalCons : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAATTACG-T-T-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAANGAA--TT-TNAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTC-GCTCT--CTGTGTAC-TA--C-A-A-GA-TAT-A-GG-TAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTACA--A-----TA-AGT--CAT--AT--A-C-CA-ATT-AATAC-AAAAATAAAAA--T-GG-GGGAAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGC----CTGGA---------AATTG-AG--A---GC-T--AAAC-AATGA-----TAG-TTCAC-A---TACTTA-CTATT-GCA-G-G-TA-----AA-T-G-----TG---TAATCAA-A-TACA------TG-TAAA-TAGCAG--------------------TT--TNGA----AATAATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCTTA-T-C-ACAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGATATG---A-T-GA-ACA-A---TAGACAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAA----ACAAATACA--GGTTTTTGT-TTCTTATT-AN--AC-CCGGG-------TG--CTATACACAATATATC--AGT-TATTA-ACGTAATTG-AGCATTCA-CAAG--GAGGCT-CAGAA-C-CTTTT--ACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATAAAAAT---ATATTGC-TG-TTTTCG-TTC-TCAGAT-AAAATTATCCTT--ACCA-TA--T-A-AC-AATAAT---TCTACATT--G-AGTTG-AT-GT-GGA-A--------G-TGTCAGNATNGTA-TTGCTC-CTAACTCTA--GA--GTATATG-A-TA-CAAT---GNGTAA-----------AGGAAAGTGCTCAGGT-----T-AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TACATTAAT
finalCons : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAATACGTT----A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAANGAA--TT-TNAAAG-ATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTC-GCTCT--CTGTGTAC-TA--C-A-A-GA-TAT-A-GG-TAGA-T-GAA-CA--TT-AAAGTGTACA--A-----TA-AGT--CAT--ATA---C-CA-ATT-AATAC-AAAAATAAAAA--TGG--GGGAAAA----------------AA----ATGGT---AAAGC----CTGGA---------AATTG-AGAGCT--------AAAC-AAT--------AG-TTCAC-A---TACTTA--TATT-GCGCG---TAAATG------------TG---TA-TCAA-A-TACA------TG-TAAA-TAGCAGTTTGA---------------------------AATAATATACAA-TATAT-----ATTG---TAGA----CCCT-GCTTA-TC--ACAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGATATG---A-T-GA-ACA-A---TAGACAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAAA----CAAATACA--GGTTTTGC--TTCTTATT-AN--AC-CCGGG-------TG--CTATACACAATATATC--AGT-TATTA-ACGTAATTG-AGCATTCA-CAAG--GAGGCT-CAGAAC--CTTTT--ACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATAAAAA----ATT-TGC-TG-TTTTCG-TTC-TCAGAT-AAAATTATCCTT--ACCA-TA--T-A-AC-AATAAT---TCTACATT--G-AGTTG-AT-GT-GGA-A--------G-TGTCAGNATNGTA-TTGCTC-CTAACTCTA--GA--GTATATG-A-TA-CAAT---GNGTAA-----------AGGAAAGTGCTCAGGT-----T-AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TACATTAAT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AATGCACTTAATATGTTTTGCAAATTTCCTGTT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333333 11111 11 1 22222222 11 1 33333333333333333 1111 111 11111 2222222222 111111 11 2222222222222 111 22 3333333333333333333333333333333 333333333 1 000000000000000000000000000000000 11111111 111 2222 111 111 111 111 33333333 1 11111 1 22222 11 333 111 1 3333333333333 1 11 1111111 11 11 111 11 1 222 2222222 11 1 1 11 11 1 222222 1 111 11 1 11111 1 3333333333 1 1 1 11 11 11 111 1 222 6666666666666 1 33333333333333 1 1 1 1 1 111 1 22222
lowQualScore : 4 4 88 4 222222 4 4 444 777 00000 4 4 2 44 3 2 3 44 888888 3 3 6 44 6 3 77 3 55 0 4 33 4 4 4 66 4 4 5 0 5 66 5 00000000 5 99 99 55 6 6 6 6 99 8888 2 99999999999999999 4444 111 55555 9999999999 1 6 666666 99 5 4444444444444 6 111 22 6666666666666666666666666666666 8 8 8 111111111 8 5 222222222222222222222222222222222 1 5 6 44444444 111 0000 8 88 999 444 444 8 8 8 0 444 44 88888888 0 88888 0 0 33 8 8 22222 6 11 8 111 8 444 0 6666666666666 5 6 11 5555555 0 8 00 8 11 8 111 11 0 777 0 77 0 7777777 8 33 0 0 2 3 33 33 2 0 999999 0 777 33 0 22222 0 7777777777 0 0 1 0 22 33 33 3 111 0 333 1 6666666666666 2 6 22222222222222 3 0 0 0 0 0 777 4 0 55555 3
lowQualScore : . . .. . ...... . . ... ... ..... . . . .. . . . .. ...... . . . .. . . .. . .. . . .. . . . .. . . . . . .. . ........ . .. .. .. . . . . .. .... . ................. .... ... ..... .......... . . ...... .. . ............. . ... .. ............................... . . . ......... . . ................................. . . . ........ ... .... . .. ... ... ... . . . . ... .. ........ . ..... . . .. . . ..... . .. . ... . ... . ............. . . .. ....... . . .. . .. . ... .. . ... . .. . ....... . .. . . . . .. .. . . ...... . ... .. . ..... . .......... . . . . .. .. .. . ... . ... . ............. . . .............. . . . . . . ... . . ..... .
lowQualScore : 4 0 88 0 666666 0 0 444 000 00000 0 0 4 66 3 2 3 22 888888 1 1 2 22 2 3 99 3 00 5 0 55 4 4 4 33 4 4 0 0 0 99 7 11111111 7 22 22 88 7 7 7 7 22 5555 0 33333333333333333 2222 777 22222 8888888888 7 7 222222 33 7 9999999999999 7 777 55 6666666666666666666666666666666 0 0 0 888888888 0 8 666666666666666666666666666666666 0 0 7 55555555 777 8888 0 88 222 000 000 0 0 0 8 000 00 22222222 0 55555 2 0 88 0 0 66666 4 00 0 222 0 888 0 0000000000000 0 0 00 6666666 8 0 66 0 00 0 000 00 0 555 8 00 8 8888888 0 22 0 0 5 2 22 88 5 0 555555 0 555 88 0 00000 0 2222222222 0 8 0 0 55 88 88 2 000 0 333 0 3333333333333 0 7 00000000000000 2 0 0 0 0 0 555 2 0 00000 2
consensus : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAA-T-ACG-T-T-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAANGAA--T-TTNAAA-GATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTCG-CTCT--CTGTGTACT-A--C-A-A-GA-TAT-A-GG-TAGA-TGAA-CA--TTAAA-GTGTAC-----A--ATA-AGT--CAT--AT--AC-CA-ATT-AATACAAAAA-TAAAAA--T-GG-GGGAAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGC----CTGGA---------AATTG-AG--A---GCT--AAAC-A---A----T-AG-TTCAC-A---TACTTA--TATTGCGCG--TA-----AA-T-G---TGT------A-TCAA-A-TACA------TG-TAAA-TAGCAGT-------------T---T--------G-A----AATAATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGA----CCCT-GCTTA-T-C-ACAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGATATG---A-T-GA-ACA-A---TAGACAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAA----ACAAATACA--G-GTTTT-G-TTCTTATT-AN--AC-CCGGG-------TG--CTATACACAATATATC--AGT-TATTA-ACGTAATTG-AGCATTCA-CAAG--GAGGCT-CAGAA-C-CTTTT--ACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATAAAAAT---ATATTGC-TGTTTT-CG-TTC-TCAGATAAAA-TTATCCTT--ACCA-TA--T-A-ACAA-TAAT---TCTACATT--GA-GTTG-A-T-GT-GGA-A--------G-TGTCAGNATNGTA-TTGCTC-CTAACTCTA--GA--GTATATG-A-TA-CAAT---GNGTAA-----------AGGAAAGTGCTCAGGT-----T-AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TACATTAAT
Reference ( family-122 ) : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAA-T-ACG-T-T-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAANGAA--T-TTNAAA-GATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTCG-CTCT--CTGTGTACT-A--C-A-A-GA-TAT-A-GG-TAGA-TGAA-CA--TTAAA-GTGTAC-----A--ATA-AGT--CAT--AT--AC-CA-ATT-AATACAAAAA-TAAAAA--T-GG-GGGAAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGC----CTGGA---------AATTG-AG--A---GCT--AAAC-A---A----T-AG-TTCAC-A---TACTTA--TATTGCGCG--TA-----AA-T-G---TGT------A-TCAA-A-TACA------TG-TAAA-TAGCAGT-------------T---T--------G-A----AATAATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGA----CCCT-GCTTA-T-C-ACAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGATATG---A-T-GA-ACA-A---TAGACAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAA----ACAAATACA--G-GTTTT-GCTTCTTATT-AN--AC-CCGGG-------TG--CTATACACAATATATC--AGT-TATTA-ACGTAATTG-AGCATTCA-CAAG--GAGGCT-CAGAA-C-CTTTT--ACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATAAAAA----AT-TTGC-TGTTTT-CG-TTC-TCAGATAAAA-TTATCCTT--ACCA-TA--T-A-ACAA-TAAT---TCTACATT--GA-GTTG-A-T-GT-GGA-A--------G-TGTCAGNATNGTA-TTGCTC-CTAACTCTA--GA--GTATATG-A-TA-CAAT---GNGTAA-----------AGGAAAGTGCTCAGGT-----T-AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TACATTAAT
gi|1 : TTTAAACAAAAATTTATTCA-GAAAGT-AC----C-AGTTCAATTTCAT-A-T---T-----ACAT-ATCAAAGAAAGT-TTAAAA-GATTGAGA--AAGAGAAACAA-GCCAAAAAGGT-T--T-ATATTA-AATTCTCG-CTTT--CTGTGTACT-AG-C-A-AAGA-TAT-A-GG-TAGAATGAA-CA--TTAAA-GTG-AC-----A--ATACAAT--CACTAATCGACGCAGATT-AAAGCAAAAA-AAAAAAGAT-AGAGGGAAACAAGCAAAGAACAAA--AACAACATGGTCGAAAAGC----CTGGATTCGAAGGAAGCTGTAG--AAACGCC--AAAC-ATGAAGGCCT-AC-CTCAC-ACATTACTGAACTATTGCACGG-TACAAGCAA-T-GACACGTGACTTAA-TCAA-A-TACA------TG-TAAAATAGCAGT-------------TGTTT--------G-ACAATAATAATACACAACTAGCTA-TTAGTTGCTATAGAAAACTCCTAGCTTACT-CGACATTGTGTATACATCAGAATA-GAAAAAAT-ACAGATCACCCAATAGA-ATG---AGT-GACACA-AATACATACAAT-GTTTGGAAGTA-TAGATAACAAAACAAATATA--GTATTGT-G-TTCATATT-ACGGACGCCGGGGAGAAGTCGACCTATACGAAATAAATCGAAGT-AATTA-ACGCAATTG-AGCATTAAACAAGCAGAGGCTGCAGAAACGCTTTT--ACTCTTCGG--ACAGAAAATTTCTGGACATACTAAAAATGAGATATTGCCTGTTT--CG-TTC-TCAGA-ATAA-TTATCCTT--ACCAGTAGAT-AGACAA-TTATATATCTGCATCTGGA-GGTG-A-TAGTAGGA-ACACGAATAGCTGTCGTCATTGTACTTGCTCGCTAACTCTATAGA--GTATATGCA-TAACAAT---TAGTAATGGTGATGGTGAGGAAAGGGCTCAGGTGGGGTTGACGGGGGTCTCAACTTACTCGCAGCAAATGAC-GAACGAGAGGAGAGACGTGCATACATTAAT
gi|10 : agttaa-TTTATTCA-GAAA-T-AAG-T-T-G-GT-A--TTCAT-GCT---T-----ACAA-A-CTATGCA--TAATAAAA-GATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGT-T--T-ATAGTA-A----TCG-CTCT--Ctttgttattcgaagaatgatgaagattaagatactagacatctaactcta
gi|11 : taatacatatgtatATA-TTTATTCA-GAAA-T-AC------A-TTCA-TTTCAT-A-T---T-----ACAT-A-CAAAGAA--T-TTTAAA-GATTGAGAGAAA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATCA-A--TCTCG-CTCT--CTATGTACT-A--C-A-A-GA--AT-A-aaatctcacaaagaaacactggat
gi|12 : TATACAATATATC--AGTATTTTACACTTAATAG-A------A-CAAT--TAGGCT-CAGAG-G-CTTTT--ATA-TTCG---ACAAGAGATTTCTGGACTAAATAAAAA----ATATTGC-TGTT
gi|13 : TG-AAGTA-TATATAA----ACAAATATA--G-GTTTT--CTTCTTATT-AA--AT-CGGGG-------TG--CTATACA--ATATAGC--AGT-----------AATTG-AGCATTCA-GAAG--GAGGTT-CAGAA-C-CTTTT--
gi|14 : --T-TTTAAA-GATTGAGA--AA------CAA-GCCAAA---GCGT--T-ATATTA-A--TCACG-CTCT--GTTCGTGCT-A--C-C-A-GA--AT-A-GG-TAAA-TGAA-AATGTTA----TGTAA-----A--ATG-A
gi|15 : TTTAAACAATA-TTTATTCA-GAA--T-ACG-T-C-A---AA-TTCGAT-G-T---TGTACAACA--A-CAATGAT--T-TTTAAA-GATTGCGA--AA------CAA-GCAAACA-GGC-T--T-ATA
gi|16 : tAA-TA--TA-T--ATTG---TAGAA---CCCT-GCTTA-T-C-AAAT---GTACACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGAT
gi|17 : ta-----T-AC-----CTTCAACTT-CTA-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGGCGA-AT-----TGCAT
gi|18 : --T-TTCAAA-GACTGAGA--AA------CAA-GCCAAA------T--T-A---TA-A--TCTCG---CT--CTGTGTGCT-A--atttttctatgaatcatttatg
gi|19 : TTGGAA--AA------CAA-GCCAGAA-GGC-A--T-ATATCA-A--TCTTG-CTC
gi|2 : TTTAAACAATA-TTTATTCAAGAAA-TTACA-TGT-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAATGAA--T-TTAAAA-GATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATTA-AA-TCTCG-CTCT--CTG-GTACT-AA-C-A-A-GA-TAG-A-GGCTAGA-TGAA-CA--TTAAA-GTGTAC-----A--ATA-AGTTCCAT--AT--AC-CA-ATTTAATACAAAAA-TAAAAA--T-GG-AA-AAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGC----TTGGA---------AATTG-AG--T---GCT--AAAC-A---A----T-AG-TTCAC-A---TACTTAC-TATTGAG-G--TA-----AAAT-G---TAT------A-TCAA-ACTACA------TC-TGAA-T-GCAGT-------------T---T--------TCA----AATCATATACAA-TA--TA-T--ATTG---TAGA----CCCT-GCTT--T-C-ACAT---GTATACAT---AGTACGAAAAA-T-ACAG-TCAC---ATAGATATG---A---AA-ACAGA---TAGACAAT-GTTTG-AAGTA-TATATAA----CAAAATACA--G-GTTTTTGTTTCTTATTCAA--AC-CCGG--------TG--CTATAAACAATA-ATC--AGT-TATTA-ACGT-ATTG-AGCATTCA-CAAG--GAGGCC-CAGAA-C-CTTTT--ACT-TTCGCCCACAAGAAATTTCTGGAC--GATAAAAA----AT-ATGC-TGTTTT-CG-TTC-TCAGATAAAA-TTATCCTT--A-CA-TA--CGA-ACAA-TAAT---TCTACATT--GA-GTTGCA-T-GT-TGA-A--------G-TGTCAG-ATTGTA-TTGCTC-CTAACTCTA--GA--GTATATG-A-TA-CAAT---GGGTAA-----------AAGAAA-TGCTCAGGC-----T-AC-----TCTCAAC-T-CTC-CA-CAAAT-ACAAA---AGAGGTGC-AT-----TACATTAATc
gi|3 : --AAAC-A---A----T-----TCAC-A---T-------TGTTGC------A-----AT-T-A---TGT------AAGCAA-A-TACAGATTTTTGCTACA-TTACAAC-------------T---G--------G--------TTCTATACAA-TA--T--T--ACAG---TAA--------T-G--TA-TGT-ATAT---GTATACAC---AGTA-GAAAAA-TTACAAATCAC---ATAGATATACTCA-TTAA-ACA-A---TAGACAAT-GT--G-AAGTA-TGTATAA-----CAAATA-ATTG-GTTTT-G-TTCTTATT-AC--AC-CCGGG-------TG---TATACA-AATATACC--ACT-TATTT-ACGTAATTGGAGCATG-A-CAAG--GAGGCT-CAGAA-C-CTTTTTTACT-TTCG---ACAAGAAATTTCTGGACTAAATA---------T-TTGC-TGTTTT-CGCTTCATCA--TAAA--TTATCCTT--ACCA-TA--T-A-ACAA-TAAC---TCTACATT--GA-GTTG-A-T-GT-GTT-A--------G-TGTCAGGATGTTA-TTGCTT-CTAACTCTA--GA--GTATA-A-A-TA-TAATACAGCGTAA-----------A--AAAATACTCA-GT-----T-AC-----TCTCAACTT-CTC-CA-CAAAT-AC-AA---AGAGCTGA-AT-----TACA-TAATatgaaattaaggtatctacattctaatctta
gi|4 : TTAAACAATA-TTTATTCA-GAAA-T-AC------A-TTCA-TTTCATCA-T---T-----ACATCA-CAAAGAA--T-TTTAAAGGATTGGAA--AA------CAA-G-CAAAA-GGCTT--T-ATATCA-A--TC-CG-CTCT--CTATGTACT-A--CGA-A-GA-TATGA-GG-TAGATTGAA-CA--TTAAA-GTGTATAAACGA--ATA-AGT--CAT--ATA-AC-CA-ATT-AATACAAAAA-AAAAAA--T-GG-GGAAAA--------------ACGAA----AT-GT---AAATG----CTGGC---------AATTG-AG--A---GCTGAAAACAA---A----T-AGTTTCACTA---TACTTA--TATTGGGAGGTTA-----AA-TGG---TGTA-----A-TCAAGA-TACA------TG-TAAA-TAGCAGTAAATACATGTAAAT---TGCAGTTTAG-A----AATAATATAAAA-TA--TAGT--ATTG---TAGA----CCCT-GCTGA-T----CAT---GTATACAT---AGTA-GAAAAA-T-ACAGATCAC---ATAGAT-T----A-T-GA-ACA-A---TGAACAATCGTTGA-AAGTATTATATAA----ACAAATACA--G-GTTTT-TGTTCTTATT-Attttctttgaaacatatgaagattaatagcactacat
gi|5 : tagTTTAAACAATA-TT-ATTCA-GAA--T-ACA-T-TCA-TTCA-T---AT-G-TACTT-----ATAC-A-AAAGAAA--T-TTATAA-GATTGAGA--AA------CAATGCCAAAG-GGC-T--TTATAATACA--TCTCGGCTC---CTATGTACTTA--C-ATA-GA-TAT-A-GG-TAGA-TGAATCA--TTAAAAGTGTAC-----ATTATA-AGT--CAT--AT---C-CA-ATT-A-TACAAAAAATAAAAA--T-GG-GG------------------A--AA----ATGGT---AAAGC----CTGGA---------A--TG-AG--A---CCTT-AAAC-A---AA---TGAG-TTCAC-A---TACTTA--TATTGAGCG--TA-----AA-T-G---TGT------A-TCAA-A-TACA---------TAAA-T-GCCTT-------------T---TA-------G-A----AATAATATA-AA-TA--GA-A--ATTC---TGGA----C
gi|6 : TTATTCA-GAAA-T-ACA-TGT-A-TTCA-TTTCAT-G-T---T-----ACAT-A-CAATGAA--T-TTAAAA-GATTGAGA--AA------CAA-GCTAAAA-GGC-T--T-ATATTA-A--TCTCG-CTCT--CTGTGTACT-A--C-A-A-GA-TAG-A-GG-TAGA-TGAA-CA--TTAAA-GTGTAC------------AGT--CAT--AT--AC-CA-ATT-AATACAAAAA-TAAAAA--T----AAAAAA--------------A--AA----ATGGT---AA-----------A---------AACTT-AGTCA---GCT--AATG-A---A----T-AC-T--AG-A---TATGTAT-TGTTACATG--TA-----AA-taaataaaaat
gi|7 : aatgcattgcgatatgttttctctgcatactttaaagactgtttgtcctaatacagaTTTAAACAATA-TTTATTCA-GAAA-T-AC------A-TTCA-TTTCAT-A-T---T-----ACAT-A-CAAAGAA--T-TTTAAA-GATTGAGA--AA------CAA-GCCAAAA-GGC-T--T-ATATCA-A--TCTCG-CTCT--CTATGTACT-A--C-A-A-GA-TAT-A-GG-TAGA-TGGA-CA--TTAAA-GTGTAC-----A--ATA-AGT--CTT--AT--AC-CA-ATT-AATACAAAAA-TAAAAA--TGGG-GGGAAA--------------A--AA----ATGGT---AAAGTAAAGCTGG----------AATTG-AG--A---GCTA-AAAC-A---A----ctgatacttactat
gi|8 : agAGAAATT-CTGGACTAAATAAAAAT---AT-TTGC-TGTTTTTCG-TTC-TCAGATAAAAATTAATCTTCAACCA-TA--TTA-ACAAATAAT---TCTACATT--GAAGTTG-AAT-GT-GGACA--------G-TGTCAGTATGGTA-TTGCTC----ACCCTA--GAGCGTATATG-ATTA-CAA
gi|9 : AACAAAA-TTTATTCA-GAAATT-AAGTT-T-A-T----TTTCAT-G-T---T--------T-G-CA------------AAA-GATTAAGA--AA------CAA-TCC-AAA-GGC-TAGTAATATTA-A--TCTGG-CTGTCACTATGTAGT-AGTT-A-A-GGCTAT-ATGA-TCCA-TGTA-CA--Tgta
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|20 ): AATGCACTTAATATGTTTTGCAAATTTCCTGTT