lowQualScore : 11111111111111111111111
lowQualScore : 222 11 111111 1111 111 111 333333333333333 111 222222222222222222 2222222 11 33333333333 1 66666666666666666666666 333333 11111111 222 11111111 222222222222222222222 22222 2222222 222222222 1111111111111 111 111111111 33333333333333 11111 111 222222 1111 1 333333333 1 2222222222222 111 111 33333 7777777777777777777 111 111 9999999999999999999999999999999999999 1 111111 1111111111111 11111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1111111 1111111111 1111111111 22222222222222 1111 11111111 11 1 1111 3
lowQualScore : 6 5 4 4 4 4 3 999 111 1 7 3 3 666 00 3 000000 3 3 1111 88 3 444 3 222 3 6666 88 55 000 3 000000000000000 777 9999999 777 4 4 222 66 4 666666666666666666 9999 4 1 4 55 4 4 4 4444444 0 55 4 4 4 777 55 88 55 4 11111111111 2 1 4 0 8888 4 22222222222222222222222 3 3 000000 4 44 6 99 888888 2 00000000 33 333 66666666 2 66 777 77777 111111111111111111111 77 77777 2 99999 2 666666 5555555 2 77 2 555555555 77777 5555555555555 99 6666 555 5 33 999999999 3 3 6 0 11111111111111 44 3 0 55 3 9999999 3 00000 000 4 777 777777 4 55 5555 4 4 0 666666666 8 0 6666666666666 999 111 4 6 55555 8 3333333333333333333 333 5 5 000 7777777777777777777777777777777777777 6 99 5 77 5 1 888888 5 888 0 99999999 4 6666666666666 99 55 2 77777 7777 0 55 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 3 0 2222222222 55 3 7 3 8888888888 55 3 8 3 33 3 1 99999999999999 66666 44 8888 6 3 88888888 3 3 44 3 3 3 3 0 3 3 3 3 44 55 0000 3 5
lowQualScore : . . . . . . . ... ... . . . . ... .. . ...... . . .... .. . ... . ... . .... .. .. ... . ............... ... ....... ... . . ... .. . .................. .... . . . .. . . . ....... . .. . . . ... .. .. .. . ........... . . . . .... . ....................... . . ...... . .. . .. ...... . ........ .. ... ........ . .. ... ..... ..................... .. ..... . ..... . ...... ....... . .. . ......... ..... ............. .. .... ... . .. ......... . . . . .............. .. . . .. . ....... . ..... ... . ... ...... . .. .... . . . ......... . . ............. ... ... . . ..... . ................... ... . . ... ..................................... . .. . .. . . ...... . ... . ........ . ............. .. .. . ..... .... . .. ...................................................................... ....... . . .......... .. . . . .......... .. . . . .. . . .............. ..... .. .... . . ........ . . .. . . . . . . . . . .. .. .... . .
lowQualScore : 7 7 4 4 4 4 6 222 333 3 3 6 6 444 00 6 555555 6 6 5555 66 6 111 6 555 6 3333 66 00 000 6 555555555555555 000 9999999 000 0 0 222 11 4 666666666666666666 4444 4 1 4 55 0 0 0 0000000 8 77 0 0 0 000 55 44 55 0 44444444444 7 2 0 8 6666 0 44444444444444444444444 3 3 777777 2 66 2 66 111111 9 44444444 99 666 11111111 9 88 999 11111 111111111111111111111 33 77777 7 33333 7 444444 7777777 5 33 7 000000000 11111 7777777777777 66 1111 777 4 99 111111111 1 1 2 2 22222222222222 66 3 2 11 6 5555555 6 55555 111 0 000 555555 0 55 7777 0 4 0 333333333 8 0 2222222222222 000 777 2 7 00000 5 5555555555555555555 777 7 7 000 6666666666666666666666666666666666666 7 22 7 99 7 4 000000 7 888 1 55555555 0 8888888888888 55 55 7 00000 7777 5 00 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8888888 6 5 6666666666 00 6 3 6 5555555555 00 3 0 3 88 3 2 22222222222222 44444 99 2222 7 3 88888888 3 3 22 3 3 3 3 0 6 6 6 6 88 55 5555 3 0
consensus : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TAT-AGG-TCCA---TCA--TTTT-C------T-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TT-AT-------TATATCAG-T-A-TCA-AT---AAC--AT-TC--AA-AACAAT-------CT--TAACCAGCTTGAA-AATT--CAAT-TTTTAACAA----------CAAGT-----ATT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTAC--TT-AAAA--TT--G---TCATTTT-GT--------T--GCA--AAA--T--T--T-A--CAGA---A-----TTC-AA------C-A--T--T---TT--AGG---CCAA-AA-----TTTA-GG-G----CACATT-----GAA-TATT--T-AAC---------TTT-----TT-------------TC--AG----TC---ATAGA--T---A--A--A-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAAT-CAGAT-TTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT-A---TAG-----G-TCAGT--GTT--G-A-AT-AAGAAAG-AAAAACGAGT--G--TC-AAATATTGCCCTA-TTGC--TGT-A--T--GATTTTC-TGGAAA---AAGTACGGG-AAA----ACGTGATTACTTTT--AT---CGG--GTA--TTTACA--NC-AT-TGTAACAAA---TTT---------------C--T-----ATT------C---A-A--TT-TTG--AA-TGC-ATT-----T-AATTATA---CAAGTATGANA----AA-GG----ATAT----CA--CAGT--ATNC-----AA----AAATACC--AT----TA-NC------------CA--ATT-----------TT-T---T---------AA--T-G-C-----TAT-------T-TCA----G-----TTTG-C-AAAAA-TT-A--CN--TT--CA--TTTT-GTGA-TTTTAG-T-GCAAAAA---A---G----AACA--A--AATTCG-TCAT-AA-TC-A-GGCC-AAA--T-TTAGGG-CA-CA-TT-GAA-TATTT-A-AC-TT-TT-TTC-AAG-CATG-GAT--AA--C-AATATGCTCTTCA-TATCA
Reference ( gi|3 ) : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TAT-AGG-TCCA---TCA--TTTT-C------T-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TT-AT-------TATATCAA-T-A-TCA-AT---AAC--AT-CC--AA-AACAAT-------CA--TAACAAGCTTGAA-AATT--CAAT-TTTTAACAAGGTTTAAGACCAAGT-----ATT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTGC--TT-AAAA--TT--G---TCATTTT-GT--------T--GC---AAA--T--T--T-A--CAGA---A-----TTC-AA------C-A--T--T---TT--AGG---C-AA-AA-----TTTA-GG-G----CACA-T-----GAA-TATT--T-AAC---------TTT-----TT-------------TC--AG----TC---ATAGA--T---A--A--A-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAAT-CAGAT-TTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT-A---TA------G-TCAGT--GTT--G-A-AT-AAGAAAG-AAAAACGAG---G--TC-AAATATTGTCGTA-TTGC--TGT-A--T--GATTTTA-TGGAAA---AAGTACGGG-AA-----ACGTGATTATTTTT--AT---CAG--GT---TATACA--AC-AT-TGTAACAAA---TTT---------------C--T-----ATT------C---A-A--TT-TTG--AA-TGC-ATC-----T-AATTATA---CAAGTATGATA----AA-GG----ATAT----CA--CAGT--ATAC-----AA----AAATACC--AT----TA-AC------------CA--ATT-----------TT-T---T---------AA--T-G-C-----TAT-------T-TCA----G-----TTTG-C-AAAAA-TT-A--CA--TT--CA--TTTT-GTGA-TTTTAG-T-GCAAAAA---A---G----AACA--A--AATTCG-TCAT-AA-TC-A-GACC-CAA--T-TTAGGA-CA-CC-TT-GAA-TATTT-A-AC-TT-TT-TTC-AAG-CATG-GAT--AA--C-AATATGTTCTTCATTATCA
gi|22 : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGNN-NNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNN-NNCA-CA---AAGAGGAA--GAGGTA
gi|6 : AGGATGACTGCCAGACTTAATTTT--GAA--ATTTATCT-TTT-A-T--AATA-TGCATTA---AATGATA---GAGGTAA-ATT-AGGATCCA---TCACCTTTT-C------T-GGAAAAA-AA-AAATTAC-TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCCTGTGCGTGGAA-AAGC-----GCTTAA--TACC--TGAATA---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---AC-A--A----TT---TTCTAAT-C-AACGAAAAC--A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-TTA-ATTTGCCTGTT--A---TT-ATGA-----TATATCAAGT-A-TCA-AT---AAC--AT-TC--AATAAC-AT-------CT--TAACCAGTTGGAA-AATT--AAA--TTTCAACAA---TTA--------------GTT-TCAA-A-AGCTA---------------AACA--TT--A---CTATTTT-GT--------T--GCAAGAAA--T--T--TAA--CAGA---A-----TTC-AA------T----T--T---TT--AGGC--C-AA-AA-----ATTG-GG-A----CTCA-T-----TGA-TATT--T-AACT--------TTT-----TT-------------TC--AG----TCG--AT-GA--A---A--A--A-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGATA-CAGAT-TTTT-A--A--AACT--A-GTGAAAAAAT--AT-A---TAG-----G-TCAGT--GTT--A-A-AT-AAG-AAG-AAAAACGAG---GAATC-AAATATTG
gi|2 : ATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTATTGAAATATTGCACTAT--AATGATAAGTGAGGTAA-TAG-AGT-TCCA---TCAGTTTTT-C------T-GGAAAAA-AA-T--TCA--TAAG--CAGT-TT---AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAGAAAGC-AATTGCTAAA--TACCTGTGAAAT---TATTG-CTAAAAT---------------TAGC---ACAA--AGATTTT---TTCTGAT-CAAAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----ATAGATATTTGCATGTT--AGTATT-AT-------TATATCAG-T-A-TCA-AT---AAC--AT-TC--AA-AACAAT-------AATTTAACAAGCTTGAAGAATT--AAATATTTTAA-------------CAAGT-----ATT-TCAATATAGCTA-GCAA-TTGC--TT-AAAA--TTTGG---TCATTTT-GT--------TTGGCAGAAAA--T--T--T-AATCAGAG--A-----TTCAAA------C-A--T--TTTATT--AGGC--C-AACAA-----TTTA-GG-C----AATATT-----GAA-TATT--T-AACT--------TTT-----TT-------------TC--AG----TCAT-ATAGA--TC--AATA--A-A-TGATGCT--------------TAAAT-CGAAT-CAGAT-TTTT-AATA--AA-T--ATTTGAAAAAAAAGAT-A---TAG-----G-TCAGTTGGTTTGA-A-AT-AAGAAAACAAAAACGAGT--G--T--AAATATT-TCGTATTTGCTGTGT-A--T--GATTT---TGGAAAATGAAGTAC-GG-AA-----ACGT-ATTA-TTTT--AT---CGG--GTA--TTTACATTAC-ATCTGTAAAGAACATTTT---------------CAAT-----ATT------CG--A-A--TT-TTGGTAA-TGC-ATT-----T-AATTATA---CAAGTATTATA----AATGG----ATAT----CACGCAGT--ATATACCAGAA----AAATACC--AT----TA-TC------------C---ATT-----------TT-T---T----------A--T-GCC-----TAT-------T-TCA----GTTGTTTTTG-CAAAAAA-TT-A--CA--TT--CATTTTTT-GTGACTTTTAG-T-GCAAAAAC--A---G----AACA--AGTAGTTCG-TCAT-AA-TC-AGGACC-CGA--A-TTAGGA-CAGCCGTTGGAA-TATTT-ACGT-TT-TT-TTC-AAG-ATTGTGAT--AAATC-AATATGTTCTTC--TATCA
gi|10 : ATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATA---GAGGTAA-TAT-AGG-TCCA---TCA--TTTT-T------T-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAA-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAC--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TT-AT-------TATATCAG-T-A-TCA-AT---AAC--AT-TC--AA-AACAAT-------CT--TAACCAGCTTGAA-AATT--CAAT-TTTTAA-------------CAAGT-----ATT-TCAA-ATAGCTA-GC-A-TTGC--TT-AAAAT-TT--G---TGATTTT-GT--------T--GCA--AAA--T--T--T-A--CAGA---A-----TTC-AA------C-A--C--T---TT--TGGAC-C-AA-AA-----TTTA-GG-G----CACATT-----GAA-
gi|16 : ATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--G--GTAA-TAT-AGG-TCCA---TCA--TTTT-T------T-GG-AAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-GAAAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GCAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TGCC--TGAAATATGCATTC-CTAAAA
gi|4 : -TGCAGA-CTTAATTTTATGAAATAATTAACTCTTTTA-TGAA-TA-TGCATTA---AATGATA---GAGGTAAATAT-AGG-TCCAATCCCA--TTTTTC------T-GGAAAAA-AA-AAATTAGCTAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGT-ACTGCCCCTGTG-GTGGAA-AAG--A--CGCTAA---TACC--TGAA-T---TATT--CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--------T---TTCTAAT-C-ACAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-TTA--TTTGC-TGTT--A-T-TT-ATAG-----TATATCAG-T-A--CA-AT---AATCAAT-TC--AA-AACA-T-------CT--TAACCAGCTTGAA-AATT--AAAT-TT----CAA----------CAATT-----AGT-TCAA-ATAGCTA---------------AACA--TT--A---CTATTTT-GT--------T--GC---AAAAAT--T--T-A--CAGA---A-----TTC-AA------T----T--T---TT--AGG---CCAA-AA-----ATTG-GG-A----CTCA-TTT---GA--TATTGTT-ACT---------TTT-----TT-------------TC--AG----TC------GA--TGCGA--A--A-A-T-ATGCT--------------T--ATACG-AT-CAGAT-TTTT----A--AA-T--A--GGAAAAAAT--AT-A---TG------G-TCAGT--GTT--GAA-AT-AAGAGAA-GAAAACGAGTCAG--TC-AAATATTGgcg
gi|11 : ttataatactacatattaatatttaccattctaaaatatatatattaaaatcaaaatcatgactgaaaaaaagttaaatattcaatgagccctaaattttggcctaaaaatgtggaattctgtaaattttgcaacaaaatagtaatgttagctatttgaaataattgttgaaatc-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTATAAAATGATA---GAGGTAA-TAT-AGG-TCTA---TCA--TTTC-C------T-GAAGAAA-AA-A--ATA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTAATGCCCTTG---ATAGAA-AAGC-A--TGCTAAA--TGCC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAC--A----TT---TTCTGAT-C-CAAGAAAA---A--CTG-AGACAGTCTTA-------------ATA----A-ATA-ATTTGCATGTT--A-T-TT-AT-------TATATCAT-T-A-TCA-AT---AAC--AT-TC--AA-AACAAT-------CT--TAACCAGCGTGAA-ACTT--T-AT-TTTCAA--------------------------------ATAGCTA-G--AGTTAC--TTGAAAA--TC--G---TCATTTT-GT--------T--GCA--AAA--T--T--T-A--CAGA---A-----TTC-AA------C-ATTT--T---TT--AGGC--C-AA-AA-----TTTT-GG-G----CATATT-----GAA-TATT--T-AAC---------g
gi|9 : tTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-GTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAG--G-GGTAA-TAT-AGA-TCCA---TCA--TTTC-C------T-GGGAAAA-AA-A--T-A--TAGG-TCAATGTT-G-AAAATAAA-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TGTC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAT---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AGAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-ATA-ATTTGCATGTT--T-T-TT-AT-------TGTA--AAGT-A-TCA--------C--AT-TC--AA-AACAAT-------CT--GAACCAGCATGAA-ACTT--TATT-TTTTAACA-----T--------GT-----ATT-TGAA-ATAGCTATA--A-TTAC--TT-GAAA--TTT-G---TCATTTT-GT--------T--GC---AAAA-T--T--T-A--CAGA---A-----TTC-AA------C-A--T--T---TTTAAGG---CCAA-AA-----TTTA-GG-G----CACA-TT----GAA-TATT--C-AAC---------TTT-----TT-------------TC--AG----TC---ATAGA--T---
gi|19 : T-TGAA-TATTCAACT-TTTTT-TTAATCA-TAGATAA---AA--ATA----TGCT---TATCAAA-TCCG-----A--TTTT-TAAAATAT-AGAAAAA-CA-----TA--TAGG-TCAGTGTT-G--AAATAAG-AAgtaaaggcaaagataacgaaca
gi|1 : taggccaaaatttagggcataAATA-TGCATTA---AATGATA---GAAGTAA-TAT-AGG-TCCA---TCA--TTTC-C------T-GAAAAAC-AA-A--ATA--TAGG-TCAGTG--------------------------TTG---A---AG-AGGC-A--TGCTAAAG-TGTC--TGAAAT---TTTTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCGGAT-C-AAAGACAATTTA--ATG-AG---G----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATATT--A-T-TT-ATTACATTGTATATCAG-T-A-TCA-AT---AAC--AT-TC--AA-AACAAT-------CT--TAACCAGCATGAA-ACTT--C-AT-TTTTAACAA--TT-------AAGT-----ATT-ACAA-ATTGCTA-GA-A-TTAC--TT-GAAAT-TT--A---TCATTTT-GT--------T--GC---AAAT-T--T--T-A--C------A-----T----------------T--T---TT--AGG---CTAA-AA-----TTTA-GA-A----CACATT-----GAA-TATTTAT-AACTG-------TTT-----TT-------------TC--AA----TC---ATAGA--T---A--A--AGA-T-ATGAT--------------T--AT-CGAAT-CAGAT-TTTT-A--A--AA-T--A-ATGAAAACAA--AT-AAATTG------G-TAGGT--GTT--GAA-AT-AAGATAG-AAAAACGAG---A--TC-AAATATTGCCCTA-TATT--TGCAA--T--GATTTTC-TGGAAA---AGGTGCGGG-AAAAC--ATGTGATTATTTTTTAATG--GAA--AT---T-TACA--TC-AT-TGTAACAAA---TTTA--------------CA-T-----ATT------A---A-A--TT-TTG--AA-TAC-ATT-----T-ATTTATA---CAAGTACGAAA----AA-TG----ATATCCGGCA--CAAT--ATGC-----AA----AAATAGC--AG----TATAC------------AA--A------------------------------AA--T-A-C-----CATTCTCCAAT-TTA----G-----TTTT-C-AAAAATTT-A--CT--TT--CA--TTTT-GTGA-CTTTAG-T-GCAAAAA---GGCCG----GACA--A--AATTCG-TCACAAA-TC-A-CACCAAAA--T-TTAGGA-CA-CA-TT-GAA-TATTT-A-ACTTT-TT-TTC-AAA-CATG-GAT--AA--C-ATTATGCTCTTCA-TATCAagaaa
gi|18 : AATA-TGCATTA---AATGAT-A--GAGGTAA-TAT-AAG-TCCA---TCA--TTTT-C------T-GGGGGAA-AATA--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAG-TACTG-CCTTA---GTAGA--AGGC-A--TGCTAAA---ACT--CGAAAT---TA-GG-CTAAAAAAT-------------TAGC---ACAT--A----TT---AT-TGAT-C-AAgatttttaaaataatggaaaaaaaatcacacaggtcggtgttgaaataagatagaaaacctagatcaaatattgcaggtagctattgcaatgattttctgggaaaagtacgggaaaatttgtgattattttttattggaaatttacatcattgtaacaaatctacatattcaattttgaatgcatctatttatactgataagtatgaaaaaggacataacagtatatccaattttttaatatttcaatttgcaaaaatttgctttcattttgtgattttagtgcaaaaaggacaaaattcgtcatatttaggaaacattgttttcccaaacatggatagcaatatacttttcatat
gi|7 : A---AATGAATA--GAGGTAAATAT-AGG-TCCA---TCA--TTTT-C------TTGGAAAAACAA-A--TTA--TAGGGTCGGTGTTTG-AAAATAATTGAGTTGCTGCC-TTG---GTAAAG-AAGCTA--TGCTAA---TACC--TGAAATA--TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAAGCA----TT---TTA-GATAC-AAAGAAAA---A--ATG-AGAC-G----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTAAT-------TATATCAG-TAA-TCC-AT---AAC--AT-TCAAAA-AACAATGC-----TT--TAAC-AGATTGAA-AATT--CAAT-TTTTAAAAAGG-----------GT-----ATTCTCAA-ATAGCTATC--A-TAAC--TT-AAAATTTT--G---TCATTTGAGT--------T--GCAA-AAA--T--TTAT-A--CAGAGATG-----TTC--A------C-A--T--T---TT--AGGT--C-CA-AA-----TTTAGGG-G----CACATT-----GAA-TATT--TAAAC---------TTT-----TT-------------TCA-AG----TC---ATAGA--TA--A--A--A-A-T-ATGACGGA-----------T--AC-GGAAT-CAGAT-TTTTAA--A--AA-T--A-TTGAAAAAAACTAT-A---TA------T-GCAGT--GTT--G-ACATAAAGAAAGAAAAAACGAGTC-G--T--AACTATTGc
gi|8 : G-AAG------GCTAAAAGTA----TGAAAT---TATTGGCTAAAAACAGAGTCATGAATGCTAGCTATACAG--A----TCATGTTCTGAT-T-AAAGAAAA---AGGATCTAGACAG----GCACAGAAGTGTAGATATTCTG-AGA-ATGTGTATGTTTGA-T-TT-AG-------AATA--AAGT-AATCAGATTAGAAC--ATTCC--AC-AATAATAGTTAATCG--TGACAGACTTGAA-AATTTTCAAT-ATTTTTC---GTATATAACTAAGTTCTAAATT-T-AA-ATAGC-A-G--A-TTGC--TT-AAAC--TT--G---TCAATTT-TT--------T--GC---AAT--T--T--T-A--CAGA---AAATTGTTG-AATAGTATC-A--T--T---TT--GGGACTC-AT-AATTTTTTTTA-GG-GCTTCCACA-TATATGGAT-TATA--T-AATATACATCAGTTTGATTATT-------------TC--AGGCTTTCAT-ATAGA--TTAGA--A--A-A-TAATGCCTTAAATTCGTTACAT--AT-TGAGT--GGAT-TTTT-A--ATGAT-T--T-TTGAAATAAA--Ac
gi|5 : CATGTT--A-T-TT-AT-------TATATCAT-T-A-TCA-AT---AAC--GT-TC--AA-AACAAT-------CT--TAACCAGCATGAA-ATTT--TATT-TTTTAATAAG-------------T-----ATT-TCAA-ATAGCTA-G--AATTAC--TTGAAAA--TT--G---TCATATT-GT--------T--GC---AAAA-T--T--T-A--CAGA---A-----TTC-AA------CTA--T--T---TTTTAGG---CCAA-AA-----TTTA-GGCG----CATA-T-----TGA-TATC----AAC---------TTT-----TT-------------TT--AA----TCTTAATAGA--T---A--ACAA-A-T-AT-CT--------------T--AT-CAAAT-CCGAT-TTTT-A--A--AA-T--A-CTAGAAAAAC--AT-A---TAG-----G-TC-GT--GTT--G-A-AT-AAGAAAG-AAACACGAG---A--TCAAAATATTGCCCTA-TTG-------AATT--GATTTTCTTGGAAA---AAGTACGGA-AA-----AAA-GATTTATTTT--AT---TGGAAAT---T-TACA--TC-AT-TGTAACAAA---TTT---------------T--TCACACATT------CAAAA-A--TTATTG--AATTTT-ATT-----TGAATTATAACTCAAGTATCAAA----AA-GGATATATAT----TA--CAGT--ATTT-----TA----AAATACC--AT----TC-TC------------TA--ATT-----------TT-TAAAA---------AA--T-A-A-----TAA-------T-TCA----A-----TTTG-C-AAAAATTT-G--CT--TT--CA--TTTT-GTGA-TTTTAG-T-GC-AAAA---A---G----GACA--A--AATTCG-TCATAAA-TC-C-GACCAAAA--T-TTAGGG-CG-CG-TT-GAA-TATTT-A-AC-TT-TTCTCC-AAA-CATG-GAC--AA--C-AGTATGCTCTTCA-TATCA
gi|4 : CAATT-----ATT-TCAA-ATAGCTA-AC-A-TTAC--T------------------ATTTT-GT--------T--GC---AAAA-T--T--T-A--CAGA---A-----TTC-CA------C-AT-T--T---TT--AGGC--C-AA-AA-----TTTA-GG-G----CTCATT-----GAA-TATT--T-AACT--------TTT-----TT-------------TC--AG----TC---AT-GA--T-------------T-TTGAT--------------T--TT---AATATATATATTTT-A--G--AA-T--G-GTAAATATTA--AT-A---T-------G-T-AGT--ATT------AT-AA
gi|15 : AGT-----TTT-TCAA-A-AATTA-A--AATTTCATTT-------TT--G---TGATTTT-AT--------G--GC---AAA--A--A--G-AA-CAAA---A-----TTC-GTT-----C-A--T--AA--TC--AGA---C-CC-AA-----ATTA-GG-A----ACCT-T-----GAAGTATT--T-AACT--------TTT-----TT-------------TC--AA----GC---AT-GA--T---A--AC-A-A-T-ATGAT--------------T--TT-CATAT-CAttgaaatctgcagacttaattttatgaaataattaactcttttatgaatatgcattaaatgatagaggtaaatataggtccaatcccatttttctggaaaaaaaaaattagctaggtcagtgttgaaaataaggagtactgcccctgtggtggaaaagacgctaatacctgaattattctaaaaatagcacaatttctaatcacagaaaaaatgagacagaataattatttgctgttatttatagtatatcagtacaataatcaattcaaaacatcttaaccagcttgaaaattaaatttcaacaattagttcaaatagctaaacattactattttgttgcaaaaatttacagaattcaatttttaggccaaaaattgggactcatttgatattgttactttttttcagtcgatgcgaaaatatgcttatacgatcagatttttaaataggaaaaaatatatggtcagtgttgaaataagagaagaaaacgagtcagtcaaatattgg
gi|13 : tatcaaatacctaattatcaattttattaatagctattt-AAAA--TT--ACATTCATTTT-GTAATGTTAGT--GCAA-AAA--A--G--G-A--CAAA---A-----TTC-GT------C-A--TAAA---TC--AGA---C-CA-AAT----TTTA-GG-A----CACATT-----GAA-TATT--T-AAC---------TTT-----TT-------------TC--AA----GC---ATGGA--T---AACA--A-A-T-ATGTT--------------
gi|14 : attatacaagtatgaaaaaggatatcacaatatacaaatataccattatccatttttttaatgctatttcagtttgca--TT--G---TGATTTT-AG--------C--GC---AAA--AAAG--G-A--CAAA---A-----TTC-GT------C-A--T--AAA-TC--AGG---CCAA-AA-----TTTA-GG-A----CACA-TT----GAA-TATT--T-AAC---------TTT-----TT-------------TTAAAG-----C---ATGGA--T---A--A--A-A-C-A-ACTCTATA---------T--AT-TGAAT--AAAG-CTTG-A--G--AA-TCAA-CTAGATATGA--AT-A---TATGGTGTG-TTTGT--GTT--G-A-ctttatatc
gi|19 : taatatttcagtttgttT--AGG---CCAA-AA-----TTTA-GG-G----CATA-TT----GAA-TATT--C-AAC---------TTT-----TT-------------TTT-AA----TC---ATAGA--T---A--A--A-AAT-ATGCT--------------T--AT-CAAAT-CCGAT-TTTT-A--A--AA-T--A-TAG-AAAAAC--AT-A---TAG-----G-TCAGT--GTT--GAA-AT-AAGAAAG-AAA
gi|10 : -T-----GAA-TATT--T-AAC---------TTT-----TTATGAAATATGCATTA--AA----TG---ATAGAGGT---A--A--T-A-T-AGGTC--------------C--AT-C--------AT-TTTT---------------TGGAAAAAAA--ATTA---TA------GGTCAGT--GTT--G-A-A--AATAAAG-A
gi|17 : atgatgcaagctgaattttTCCTA-TTGC--TGT-A--TATGAATTTA-TGGAAA---A-GTACGGG-AAAATACATGTGATTATTTTTAAAT---CGG--GTA--TTTAGA--ACAAT-TGTCATATT---TTT---------------A--T-----ATT------C---A-AGTTT-TTG--AA-TGCAATT-----T-AATTATA---C-----TAATA----AA-G--------------A--C-GT--ATCC-----AG----AGTTATC--GTCG--CA-AT------------TA--TTT-----------TT-T---T---------gttactgcccttggtagagaagcatgctaaatacctgaaattattgctaaaaatagcacacattttctgatcaaagaaaaaatgagacagaataaagaatttgcatgttatttattatatcagtatcaataacattcaaaacaatcttaaccagcttgaaaattcaatttttaacaagtatttcaaatagctagcattgcttaaaatttgtgattttgttgcaaaatttacagaattcaacacttttggaccaaaatttagggcacattgaa
gi|21 : -A--T--GATTTTC-AAGAAA---AGGTACGGGAAA-----ACATGGTTACTTTT--GCTTGTAC--AT---T-TACA--TC-AT-TGTAACAAA---TTT---------------ggcg
gi|12 : AA---AAGTACGGG-AAG----ACATGATTACTCTT---C---CTT--GTACATTTACA--TC-AT-TGTAACAAA---TTTACATGTTTCTTTTTTT--T-----ATTTTAATAC---ATA--TT-TTA--AA-TGT-ATCCCTTTT-AAATATA---AAA-------A----AA-GG----AAAT----AA--CAGT--TAACGAA--AA----AAAAACA--AT----TG-TC------------CC--ATT-----------TT-T---TTTTTTTATAAG--T-A-CATGTACAT-------T-TCA----A-----TTTG-C-AAAAA-TTTA--CT--TT--CA--TTTT-GTCA-TTGTAGCT-G--AAAA---A---GTACTAATATTA--AATTCA-TCAT-AATTC-A-AACa
gi|20 : ---TGTACA--AC-AT-TGTAACAAA---TTT-------------------------------------A-A--TA-TTC--AA-TGC-ATT-----T-AATTATA---CAGGTATGAAA----AA-GG----ATA-----CA--CAG---ATAC-----AA----AAAT-CC--AT----TA-TC------------CA--
gi|7 : acttttgaatattcaacttttattgtatattacaT-TTG--CA-TGTTATT-----T-AATTATA---TCAGTA------------------AT-C----CA--TAAC--ATTC-----AA----AAA-ACA--ATGCTTTA-ACAGATTGAAAATTCA--ATT-----------TT-T---A---------AAAAG-G-G-----TAT-------TCTCAAATAG-----CTAT-C-ATAAC-TT-A--AA-------A--TTTT-GTCA-TTTGAG-TTGCAAAAATTTA---T----A-CA--G--AGATGT-TCAC-AT-TTTA-GGTC-CAAA-T-TTAGGGGCA-CA-TT-GAA-TATTTAA-AC-TT-TT-TTC-AAGTCATA-GAT--AA--A-AATATG
gi|13 : aaatgaatagaggtaaatataggtccatcattttcttggaaaaacaaattatagggtcggtgtttgaaaataattgagttgctgccttggtaaagaagctatgctaatacctgaaatatattgctaaaaatagcacaagcattttagatacaaagaaaaaatgagacgaataaagaaATTATA---CAAGTATGAAA----AA-GG----ATAT----CA--CAAT--ATAC-----AA----ATATACC--AT----TA-TC------------CA--TTT-----------TT-T---T---------AA--T-G-C-----TAT-------T-TCA----G-----TTTG-C-AAAAA-TT-A--CA--TT--CA--TTTT-GTAA-TGTTAG-T-GCAAAAA---A---G----GACA--A--AATTCG-TCATAAA-TC-A-GACC-AAAT-T-TTAGGA-CA-CA-TT-GAA-TATTT-A-AC-TT-TT-TTC-AAG-CATG-GAT--AA--CAAATATGTTCTTTA-TATCacggatacggaatcagatttttaaaaatattgaaaaaaactatatatgcagtgttgacataaagaaagaaaaaacgagtcgtaactattgc
gi|9 : TATTGTA----AA-G------TAT----CA--CATTCAAAAC-----AATCTGAACCAGC--AT----GA-AA------------CTTTATT-----------TT-T---T---------AACAT-G-------TAT-------T-TGA----A-----ATAG-C-TATAA-TT-A--CT--TG--AA--ATTT-GTCA-TTTTGT-T-GCAAAAT---T---T----A-CA--G--AATTCA-ACAT-TT-TT-A-AGGC-CAAAAT-TTAGGG-CA-CA-TT-GAA-TATTC-A-AC-TT-TT-TTC-AGT-CATA-GAT--
gi|6 : tgaatttttgaatatttaactgtttatgaaatatgcattaaatgataggggtaatatagatccatcatttcctgggaaaaaaatataggtcaatgttgaaaataaagagttactgcccttggtagagaagcatgctaaatgtctgaaattattgctaaaattagcacaaattttctgatcagagaaaaaatgagacagaataaataatttgcatgtttttTATGATATATCAA-G------TAT----CAA-TAAC--ATTC-----AA----TAACATC---T----TA-AC------------CA--GTTGGAAAATTAAATT-T---C---------AA------C-----AAT-------T---A----G-----TTT--C-AAAAG-CT-AAACA--TTACTA--TTTT-GT----------T-GCAAGAA---A---TTT--AACA--G--AATTCA---AT-TT-TT-A-GGCC-AAA--AATTGGGA-CT-CA-TT-GA--TATTT-A-AC-TT-TT-TTT-CAG---TC-GATGAAA--A-AATATGCTgtaaaggcaaagataacgaaca
gi|15 : aggatgactgccagacttaattttgaaatttatcttttataatatgcattaaatgatagaggtaaattaggatccatcaccttttctggaaaaaaaaaattactaggtcagtgttgaaaataaggagttactgcccctgtgcgtggaaaagcgcttaatacctgaatatattgctaaaaatagcacaattttctaatcaacgaaaacaatgagacagaataattaatttgcctgttat----AAATACCTAAT----TA--T------------CA--ATT-----------TTAT---T---------AA--TAG-C-----TAT-------T-T-A----G-----TTTTTC-AAAAA-TT-A--AAATTT--CA--TTTTTGTGA-TTTTAT-G-GC-AAAA---A---G----AACA--A--AATTCGTTCAT-AA-TC-A-GACC-CAA--A-TTAGGA--A-CC-TT-GAAGTATTT-A-ACTTT-TT-TTC-AAG-CAT--GAT--AA--C-AATATGATTTTCA-TATCAtatcgatacagatttttaaaactagtgaaaaaatatataggtcagtgttaaataagaagaaaaacgaggaatcaaatattg
gi|4 : tatc-----TAT-------T-TCA----A-----ATAG-C-TAACA-TT-A--C-------TA--TTTT-GT----------T-GCAAAAT---T---T----A-CA--G--AATTCC-ACAT-TT-TT-A-GGCC-AAAA-T-TTAGGG-CT-CA-TT-GAA-TATTT-A-AC-TTTTT-TTC-AGT-CATG-
gi|14 : ttataatactacatattaatatttaccattctaaaatatatatattaaaatcaaaat-----TAT-------T-TCA----G-----TTTG---------------------------TTTT-GTGA-TTTTAG-C-GCAAAAA---A---G----GACA--A--AATTCG-TCATAAA-TC-A-GGCCAAAA--T-TTAGGA-CA-CA-TT-GAA-TATTT-A-AC-TT-TT-TTTAAAG-CATG-GAT--AA--attgttgaaatctgcagacttaattttatgaaataattaactcttttatgaatatgcattaaatgatagaggtaaatataggtccaatcccatttttctggaaaaaaaaaattagctaggtcagtgttgaaaataaggagtactgcccctgtggtggaaaagacgctaatacctgaattattctaaaaatagcacaatttctaatcacagaaaaaatgagacagaataattatttgctgttatttatagtatatcagtacaataatcaattcaaaacatcttaaccagcttgaaaattaaatttcaacaattagttcaaatagctaaacattactattttgttgcaaaaatttacagaattcaatttttaggccaaaaattgggactcatttgatattgttactttttttcagtcgatgcgaaaatatgcttatacgatcagatttttaaataggaaaaaatatatggtcagtgttgaaataagagaagaaaacgagtcagtcaaatattgg
gi|11 : taaTC-GTCA-TTTTGT-T-GCAAAAT---T---T----A-CA--G--AATTCA-ACAT-TT-TTTA-GGCC-AAAA-T-TTTGGG-CA-TA-TT-GAA-TATTT-A-AC-aacaactctatatattgaataaagcttgagaatcaactagatatgaatatatggtgtgtttgtgttga
gi|19 : tctgaatttttgaatatttaactttttatgaaatatgcattataaaatgatagaggtaatataggtctatcatttcctgaagaaaaaaatataggtcagtgttgaaaataaggagttaatgcccttgatagaaaagcatgctaaatgcctgaaattattgctaaaaatagcacacattttctgatccaagaaaaactgagacagtcttaataaataatttgcatgttatttattatatcattatcaataacattcaaaacaatcttaaccagcgtgaaactttattttcaaatagctagagttacttgaaaaAA--T-TTAGGG-CA-TA-TT-GAA-TATTC-A-ACTTT-TT-TTT-AAT-CATA-GAT--AA--A-AATATGCTTATCA
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATTTTTCCCACATAAATGTAAAGGCAAAGATAACGAACA
Unaligned ( gi|24 ): TTTTTCCAGCATGATGTAAAGGCAAAGATAACGAAC
Alignments
lowQualScore : 111 11 11 111 222222222222222 111 222222222222222222 2222222 4444444444444444444444444444 2222 11 11111 1111111111111111 222222222 111 222222 33333333333333 11 111 1 333333 11111 1111111 11111111111 1111 11111 555555555555555555555555555 2222222 11111 2222222222222222222222222 1111111 11111 1 1 1 111 11 1
lowQualScore : 5 5 4 4 4 4 3 999 777 7 3 666 00 3 3 3 3 00 88 3 3 3 3 111 3 5555 77 44 999 3 777777777777777 666 8888888 666 3 3 111 55 4 333333333333333333 8888 4 4 44 3 3 3 3333333 3 3 3 3 555 3 44 44 6 77 3 88888 3 3 3 555 3 6 4444444444444444444444444444 88888 3 3 3 7777 3 6 22 33 2 33 11111 6666 2 33 2 33 777 77777 7777777777777777 888 66 33 2 66666 2 2 5555 444 2 33 33 2 999999999 77777 77 6666 666 2 111111 3 3 7 66666666666666 55 3 3 55 55 3 88 44 00 222 8 1 55 55 7 4 4 8 666666 77 44444 6 9999999 77 77 66 888 0 0 22222222222 99 6666 4 33 11111 777 4 4 777 444444444444444444444444444 66 5 66 5 5 888 5 777 3333333 1 8 9999 99999 66 2 88888 55 4 4 4 5555555555555555555555555 4444444 11111 4 4 3 4 888 66 4 4 4 0 4 777 9999 66 66 4 7 000 66 55 4 66 0 5 5 5 0 5 5 5 8888 5
lowQualScore : . . . . . . . ... ... . . ... .. . . . . .. .. . . . . ... . .... .. .. ... . ............... ... ....... ... . . ... .. . .................. .... . . .. . . . ....... . . . . ... . .. .. . .. . ..... . . . ... . . ............................ ..... . . . .... . . .. .. . .. ..... .... . .. . .. ... ..... ................ ... .. .. . ..... . . .... ... . .. .. . ......... ..... .. .... ... . ...... . . . .............. .. . . .. .. . .. .. .. ... . . .. .. . . . . ...... .. ..... . ....... .. .. .. ... . . ........... .. .... . .. ..... ... . . ... ........................... .. . .. . . ... . ... ....... . . .... ..... .. . ..... .. . . . ......................... ....... ..... . . . . ... .. . . . . . ... .... .. .. . . ... .. .. . .. . . . . . . . . .... .
lowQualScore : 7 0 4 4 4 4 6 222 222 3 6 444 00 6 6 6 6 00 66 6 6 6 6 444 3 0000 99 66 222 3 777777777777777 444 2222222 444 6 6 000 55 0 000000000000000000 5555 0 0 66 3 3 3 3333333 3 3 3 3 888 3 66 66 7 99 3 33333 3 3 3 888 1 7 6666666666666666666666666666 33333 3 3 3 7777 3 7 55 99 9 99 66666 1111 9 99 9 99 999 11111 0000000000000000 999 33 77 7 77777 7 7 7777 777 7 99 99 9 666666666 77777 33 5555 999 7 000000 6 6 3 88888888888888 00 6 6 00 00 6 66 11 00 555 0 3 55 55 8 4 4 9 444444 55 33333 7 2222222 99 99 44 888 9 1 88888888888 99 4444 4 77 11111 111 4 4 888 555555555555555555555555555 99 0 99 0 0 888 0 888 9999999 0 9 4444 66666 11 6 99999 55 9 4 4 9999999999999999999999999 4444444 11111 4 4 3 4 777 11 4 4 4 0 4 888 4444 11 11 4 8 000 99 44 0 99 8 0 0 0 0 0 0 0 1111 0
consensus : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TT-AT-------TATATC-AGT-A-TCA-AT---A-AC--ATTC--AA-AACAAT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-TTT----TA------CAA----------C-AAGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTACTT-AAAA--TT--GTCATTTT-GTT--GC--A--AAA----T-T--T-A--CAGA---A-----TTC-A--A------C-A--TT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTA-GG-G----CACAT---TGAA-TAT--T--T-AACT--------TTT-----TTTC--AG----TC---ATAGAT---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT---ATA-GGTCAGT--GTT--GAA-AT-AAGAAAG-AAAAACGAGT--G--TC-AAATATTGC-----CCTA-TTGC--TGT-A--T--GATTTTC-TGGAAA---AAGTACGGGAAA----A--C--GTGATTA-CTTTT--A-TCGGANATT-----TACA--NC-AT-TGTAACAAA---TTT-CA-T-----AT----------TC---AA--TT-TTG--AA-TGC-AT---TT-AATTATA---C-------AAGTATGAAAAA-GG----ATAT----CA--CAGTATAC-----AAAAATACC--ATTATCCAATT-TT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACN--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGCAAAAA-A---G----GACA--A--AATTCG-TCATAAATCAGA--CCAAAA-TTTAGGACA--CGTT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--C-AATATGCTCTTCA-TATCA
Reference ( family-1168 ) : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TT-AT-------TATATC-AGT-A-TCA-AT---A-AC--ATTC--AA-AACAAT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-TTT----TA-A----CAA----------C-AAGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTACTT-AAAA--TT--GTCATTTT-GTT--GC--A--AAA----T-T--T-A--CAGA---A-----TTC-A--A------C-A--TT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTA-GG-G----CACAT---TGAA-TAT--T--T-AAC---------TTT-----TTTC--AG----TC---ATAGAT---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT---ATA-GGTCAGT--GTT--G-A-AT-AAGAAAG-AAAAACGAGT--G--TC-AAATATTGC-----CCTA-TTGC--TGT-A--T--GATTTTC-TGGAAA---AAGTACGGGAAA----A--C--GTGATTA-CTTTT--A-TCGGGTATT-----TACA--NC-AT-TGTAACAAA---TTT-C--T-----AT----------TC---AA--TT-TTG--AA-TGC-AT---TT-AATTATA---C-------AAGTATGANAAA-GG----ATAT----CA--CAGTATNC-----AAAAATACC--ATTANCCAATT-TT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACN--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGCAAAAA-A---G----AACA--A--AATTCG-TCAT-AATCAGG--CC-AAA-TTTAGGGCA--CATT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--C-AATATGCTCTTCA-TATCA
gi|1 : AATA-TGCATTA---AATGATA---GAAGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTC-CT-GAAAAAC-AA-A--ATA--TAGG-TCAGTGTT-G-AA------------------------------G-AGGC-A--TGCTAAAG-TGTC--TGAAAT---TTTTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCGGAT-C-AAAGACAATTTA--ATG-AG---G----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATATT--A-T-TT-ATTACATTGTATATC-AGT-A-TCA-AT---A-AC--ATTC--AA-AACAAT--C-TTAACC-----AG-CATG-AA-AC--TTC-AT-TTT----TA-A----CAAT---------T-AAGT-----A-TT-ACAA-ATTGCTA-GA-A-TTACTT-GAAAT-TT--ATCATTTT-GTT--GC--A--AAT----T-T--T-A--C------A-----T------------------TT---TT--AGG--CTAA-AA-----TTTA-GA-A----CACAT---TGAA-TAT--TTAT-AACTG-------TTT-----TTTC--AA----TC---ATAGAT---A--AAGA-T-ATGAT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-ATGAAAACAA--ATAA-ATT-GGTAGGT--GTT--GAA-AT-AAGATAG-AAAAACGAG---A--TC-AAATATTGC-----CCTA-TATT--TGCAA--T--GATTTTC-TGGAAA---AGGTGCGGGAAA----A--CATGTGATTA-TTTTTTAA-T-GGAAATT-----TACA--TC-AT-TGTAACAAA---TTTACA-T-----AT----------TA---AA--TT-TTG--AA-TAC-AT---TT-ATTTATA---C-------AAGTACGAAAAA-TG----ATATCCGGCA--CAATATGC-----AAAAATAGC--AGTATACAA----------A---------AAT-A-C-----CATTCTCCAATTTAG-----TTTT-C-AAAAATTT-ACT--TTCA--TTTT-GTGA-CTTTAG-TGCAAAAA-GGCCG----GACA--A--AATTCG-TCACAAATCACA--CCAAAA-TTTAGGACA--CATT-GAA-TATTTA-ACTTTTT-TTC-AAACATG-GATAA--C-ATTATGCTCTTCA-TATCA
gi|1 : --TT--GTGACTTT-AGT--GC--A--AAAAGGCC-G--G-A--CAAA---A-----TTC-GTCA------C-A--AA---TC--ACA--CCAA-AA-----TTTA-GG-A----CACAT---TGAA-TAT--T--T-AACT--------TTT-----TTTC--AA----AC---ATGGAT---A--AC-ATT-ATGCT--------------C--TT-CATATCAGATTTTT-A--A--AA-TA-A-TGGAAAAAAA--ATCACACA-GGTCGGT--GTT--GAA-AT-AAGATAG-AAAACCTAG---A--TC-AAATATTGCAGGTAGCTA-TTGC----A-A--T--GATTTTC-TGGGAA---AAGTACGGGAAA----ATTT--GTGATTATTTTTT--A-TTGGAAATT-----TACA--TC-AT-TGTAACAAA---TCTACA-T-----AT----------TC---AA--TT-TTG--AA-TGC-AT---CT-ATTTATA---CTGAT---AAGTATGAAAAA-GG----ACAT----AA--CAGTA---------------------TATCCAATT-TT-T---T---------AA----------TAT-------TTCAA-----TTTG-C-AAAAATTT-GCT--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGC-AAAA-A---G----GACA--A--AATTCG-TCAT---------------A-TTTAGGAAA--CATT-G-------------TTTT-CCC-AAACATG-GATAG--C-AATATACTTTTCA-TATgatttttaaaataatggaaaaaaaatcacacaggtcggtgttgaaataagatagaaaacctagatcaaatattgcaggtagctattgcaatgattttctgggaaaagtacgggaaaatttgtgattattttttattggaaatttacatcattgtaacaaatctacatattcaattttgaatgcatctatttatactgataagtatgaaaaaggacataacagtatatccaattttttaatatttcaatttgcaaaaatttgctttcattttgtgattttagtgcaaaaaggacaaaattcgtcatatttaggaaacattgttttcccaaacatggatagcaatatacttttcatat
gi|10 : aatatgcattaaatgatagaagtaatataggtccatcatttcctgaaaaacaaaatataggtcagtgttgaagaggcatgctaaagtgtctgaaatttttgctaaaaatagcacaaattttcggatcaaagacaatttaatgaggaataaagaatttgcatattatttattacattgtatatcagtatcaataacattcaaaacaatcttaaccagcatgaaacttcatttttaacaattaagtattacaaattgctagaattacttgaaatttatcattttgttgcaaattttacatttttaggctaaaatttagaacacattgaatatttataactgttttttcaatcatagataaagatatgattatcgaatcagatttttaaaataatgaaaacaaataaattggtaggtgttgaaataagatagaaaaacgagatcaaatattgccctatatttgcaatgattttctggaaaaggtgcgggaaaacatgtgattattttttaatggaaatttacatcattgtaacaaatttacatattaaattttgaatacatttatttatacaagtacgaaaaatgatatccggcacaatatgcaaaaatagcagtatacaaaaataccattctccaatttagttttcaaaaatttactttcattATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATA---GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-TT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAA-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAC--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TT-AT-------TATATC-AGT-A-TCA-AT---A-AC--ATTC--AA-AACAAT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-TTT----T--------AA----------C-AAGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-GC-A-TTGCTT-AAAAT-TT--GTGATTTT-GTT--GC--A--AAA----T-T--T-A--CAGA---A-----TTC-A--A------C-AC-TT---TT--GGA--CCAA-AA-----TTTA-GG-G----CACAT---TGAA-
gi|11 : -CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTATAAAATGATA---GAGGTAA-TATAGG-TCTA---TCA--TTTC-CT-GAAGAAA-AA-A--ATA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTAATGCCCTTG---ATAGAA-AAGC-A--TGCTAAA--TGCC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAC--A----TT---TTCTGAT-C-CAAGAAAA---A--CTG-AGACAGTCTTA-------------ATA----A-ATA-ATTTGCATGTT--A-T-TT-AT-------TATATC-ATT-A-TCA-AT---A-AC--ATTC--AA-AACAAT--C-TTAACC-----AG-CGTG-AA-A----------CTT----TA------------------------T-------TT-TCAA-ATAGCTA-G--AGTTACTTGAAAA--TC--GTCATTTT-GTT--GC--A--AAA----T-T--T-A--CAGA---A-----TTC-A--A------C-ATTTT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTT-GG-G----CATAT---TGAA-TAT--T--T-AAC---------
gi|12 : tAA---AAGTACGGGAAG----A--C--ATGATTA-CTCTT--CCTTGTACATT-----TACA--TC-AT-TGTAACAAA---TTT-A--C-----ATGTTTCTTTTTTT---TA--TT-TT---AA-TAC-ATATTTT-AAATGTA---TCCCTTTTAAATATAAAAAAAGG----AAAT----AA--CAGTTAACGAA--AAAAAAACA--ATTGTCCCATT-TT-T---TTTTTTTATAAGT-A-CATGTACAT-------TTCAA-----TTTG-C-AAAAA-TTTACT--TTCA--TTTT-GTCA-TTGTAGCTG--AAAA-A---GTACTAATATTA--AATTCA-TCAT-AAT
gi|13 : ATTATA---C-------AAGTATGAAAAA-GG----ATAT----CA--CAATATAC-----AAATATACC--ATTATCCATTT-TT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACA--TTCA--TTTT-GTAA-TGTTAG-TGCAAAAA-A---G----GACA--A--AATTCG-TCATAAATCAGA--CC-AAATTTTAGGACA--CATT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--CAAATATGTTCTTTA-TATCtcaaac
gi|14 : -----TAT-------TTCAG-----TTTG-----------------------TTTT-GTGA-TTTTAG-CGCAAAAA-A---G----GACA--A--AATTCG-TCATAAATCAGG--CCAAAA-TTTAGGACA--CATT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTTAAAGCATG-GATAA----AACA-ACTCTATA-TAT
gi|14 : taa--TT--GTGATTTT-AGC--GC--A--AAA----AAG--G-A--CAAA---A-----TTC-G--T------C-A--TAAA-TC--AGG--CCAA-AA-----TTTA-GG-A----CACAT---TGAA-TAT--T--T-AAC---------TTT-----TTTTAAAG-----C---ATGGAT---A--AA-A-C-A-ACTCTATA---------T--AT-TGAAT-AAAGCTTG-A--G--AA-TCAA-CTAGATATGA--AT---ATATGGT--GT--GTT--tgaataaagcttgagaatcaactagatatgaatatatggtgtgtttgtgttga
gi|15 : taatatttcagtttgttAAATACCTAATTATC-AATT-TTAT---T---------AATAG-C-----TAT-------TT-AG-----TTTTTC-AAAAA-TT-AAAATTTCA--TTTTTGTGA-TTTTAT-GGC-AAAA-A---G----AACA--A--AATTCGTTCAT-AATCAGA--CC-CAA-ATTAGGA-A--CCTT-GAAGTATTTA-ACTTTTT-TTC-AAGCAT--GATAA--C-AATATGATTTTCA-TATCAtgtgttga
gi|16 : tatcATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--G--GTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-TT-GG-AAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-GAAAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GCAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TGCC--TGAAATATGCATTC-CTAAAA
gi|17 : -----CCTA-TTGC--TGT-A--TATGAATTTA-TGGAAA---A-GTACGGGAAAATACA--T--GTGATTA-TTTTTAAA-TCGGGTATT-----TAGA--ACAAT-TGTCATATT---TTT-A--T-----AT----------TC---AAGTTT-TTG--AA-TGCAAT---TT-AATTATA---C------------TAATAAA-G--------------A--C-GTATCC-----AGAGTTATC--GTCG--CAATTATT-T---T---------gcg
gi|18 : tAATA-TGCATTA---AATGAT-A--GAGGTAA-TATAAG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGGGGAA-AATA--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAG-TACTG-CCTTA---GTAGA--AGGC-A--TGCTAAA---ACT--CGAAAT---TA-GG-CTAAAAAAT-------------TAGC---ACAT--A----TT---AT-TGAT-C-AAtttggcg
gi|19 : T--AGG--CCAA-AA-----TTTA-GG-G----CATAT---TGAA-TAT--T--C-AACT--------TTT-----TTTT--AA----TC---ATAGATA--A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CAAATCCGATTTTT-A--A--AA-T--A-TAG-AAAAAC--AT---ATA-GGTCAGT--GTT--GAA-AT-AAGAAAG-AAAc
gi|2 : ATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTATTGAAATATTGCACTAT--AATGATAAGTGAGGTAA-TAGAGT-TCCA---TCAGTTTTT-CT-GGAAAAA-AA-T--TCA--TAAG--CAGT-TT---AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAGAAAGC-AATTGCTAAA--TACCTGTGAAAT---TATTG-CTAAAAT---------------TAGC---ACAA--AGATTTT---TTCTGAT-CAAAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----ATAGATATTTGCATGTT--AGTATT-AT-------TATATC-AGT-A-TCA-AT---A-AC--ATTC--AA-AACAATAAT-TTAACA-----AG-CTTG-AAGAA--TTAAATATTT----T--------AA----------C-AAGT-----A-TT-TCAATATAGCTA-GCAA-TTGCTT-AAAA--TTTGGTCATTTT-GTTTGGCAGA--AAA----T-T--T-AATCAGAG--A-----TTCAA--A------C-A--TTTTATT--AGG--CCAACAA-----TTTA-GG-C----AATAT---TGAA-TAT--T--T-AACT--------TTT-----TTTC--AG----TCAT-ATAGATC--AATAA-A-TGATGCT--------------TAAAT-CGAATCAGATTTTT-AATA--AA-T--ATTTGAAAAAAAAGAT---ATA-GGTCAGTTGGTTTGA-A-AT-AAGAAAACAAAAACGAGT--G--T--AAATATT-T-----CGTATTTGCTGTGT-A--T--GATTT---TGGAAAATGAAGTACGG--AA----A--C--GT-ATTA--TTTT--A-TCGGGTATT-----TACATTAC-ATCTGTAAAGAACATTTT-CAAT-----AT----------TCG--AA--TT-TTGGTAA-TGC-AT---TT-AATTATA---C-------AAGTATTATAAATGG----ATAT----CACGCAGTATATACCAGAAAAATACC--ATTATCC-ATT-TT-T---T----------AT-GCC-----TAT-------TTCAGTTGTTTTTG-CAAAAAA-TT-ACA--TTCATTTTTT-GTGACTTTTAG-TGCAAAAACA---G----AACA--AGTAGTTCG-TCAT-AATCAGGACCC-GAA--TTAGGACAGCCGTTGGAA-TATTTACGT-TTTT-TTC-AAGATTGTGATAAATC-AATATGTTCTTC--TATCA
gi|20 : A-CTTTT--A-TTGTATATTACATGTACA--AC-AT-TGTAACAAA---TTT---------------------------AA--TA-TTC--AA-TGC-AT---TT-AATTATA---C-------AGGTATGAAAAA-GG----ATA-----CA--CAG-ATAC-----AAAAAT-CC--ATTATCCA
gi|21 : acttttgaatattca-A--T--GATTTTC-AAGAAA---AGGTACGGGAAA----A--C--ATGGTTA-CTTTT--GCTTGTACATT-----TACA--TC-AT-TGTAACAAA---TTT-
gi|22 : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGNN-NNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNN-NNCA-CA---AAGAGGAA--GAGGTAa
gi|3 : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TT-AT-------TATATC-AAT-A-TCA-AT---A-AC--ATCC--AA-AACAAT--C-ATAACA-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-TTT----TA-A----CAAGGTTTAAGACC-AAGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTGCTT-AAAA--TT--GTCATTTT-GTT--GC-----AAA----T-T--T-A--CAGA---A-----TTC-A--A------C-A--TT---TT--AGG---CAA-AA-----TTTA-GG-G----CACA----TGAA-TAT--T--T-AAC---------TTT-----TTTC--AG----TC---ATAGAT---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT---ATA--GTCAGT--GTT--G-A-AT-AAGAAAG-AAAAACGAG---G--TC-AAATATTGT-----CGTA-TTGC--TGT-A--T--GATTTTA-TGGAAA---AAGTACGGG-AA----A--C--GTGATTA-TTTTT--A-TCAGGT-TA-----TACA--AC-AT-TGTAACAAA---TTT-C--T-----AT----------TC---AA--TT-TTG--AA-TGC-AT---CT-AATTATA---C-------AAGTATGATAAA-GG----ATAT----CA--CAGTATAC-----AAAAATACC--ATTAACCAATT-TT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACA--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGCAAAAA-A---G----AACA--A--AATTCG-TCAT-AATCAGA--CC-CAA-TTTAGGACA--CCTT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--C-AATATGTTCTTCATTATCA
gi|4 : T--A-T-TT-ACC------TCTATC-A-T---TTA-AT---GCAT--ATTC--AT-AAAAGA--G-TTAATT-----AT-TTCATAA-AA--TTAAGT-CTG----CA-GATTTCAA----------C-AATT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-AC-A-TTACT---------------ATTTT-GTT--GC--A--AAA----T-T--T-A--CAGA---A-----TTC-C--A------C-A--TT---TTT-AGG--CCAA-AA-----TTTA-GG-G----CTCAT---TGAA-TAT--T--T-AACT--------TTT-----TTTC--AG----TC---AT-GAT---
gi|4 : ttataatactacatattaatatttaccattctaaaatatatatattaaaatcaaa-TGCAGA-CTTAATTTTATGAAATAATTAACTCTTTTA-TGAA-TA-TGCATTA---AATGATA---GAGGTAAATATAGG-TCCAATCCCA--TTTTTCT-GGAAAAA-AA-AAATTAGCTAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGT-ACTGCCCCTGTG-GTGGAA-AAG--A--CGCTAA---TACC--TGAA-T---TATT--CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--------T---TTCTAAT-C-ACAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------AT-----A-ATT-ATTTGC-TGTT--A-T-TT-ATAG-----TATATC-AGT-A--CA-AT---A-ATCAATTC--AA-AAC-AT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTAAAT-TT-------------CAA----------C-AATT-----A-GT-TCAA-ATAGCTA-------------AACA--TT--ACTATTTT-GTT--GCA-A--AAA----T-T--T-A--CAGA---A-----TTC-A--A------T----TT---TT--AGG--CCAA-AA-----ATTG-GG-A----CTCAT---TTGA-TATTGT--T-ACT---------TTT-----TTTC--AG----TC------GATGCGA--AA-A-T-ATGCT--------------T--ATACG-ATCAGATTTTT-A--A--A--------TAGGAAAAA--AT---ATATGGTCAGT--GTT--GAA-AT-AAGAGAA-GAAAACGAGTCAG--TC-AAATATTGtaggtccaatcccatttttctggaaaaaaaaaattagctaggtcagtgttgaaaataaggagtactgcccctgtggtggaaaagacgctaatacctgaattattctaaaaatagcacaatttctaatcacagaaaaaatgagacagaataattatttgctgttatttatagtatatcagtacaataatcaattcaaaacatcttaaccagcttgaaaattaaatttcaacaattagttcaaatagctaaacattactattttgttgcaaaaatttacagaattcaatttttaggccaaaaattgggactcatttgatattgttactttttttcagtcgatgcgaaaatatgcttatacgatcagatttttaaataggaaaaaatatatggtcagtgttgaaataagagaagaaaacgagtcagtcaaatattgg
gi|5 : ttataatactacatattaatatttaccattctaaaatatatatattaaaatcaaaatcatgactgaaaaaaagttaaatattcaatgagccctaaattttggcctaaaaatgtggaattctgtaaattttgcaacaaaatagtaatgttagctatttgaaataattgttgaaatcCATGTT--A-T-TT-AT-------TATATC-ATT-A-TCA-AT---A-AC--GTTC--AA-AACAAT--C-TTAACC-----AG-CATG-AA-AT--TTTATT-TTT----T--------AA----------T-AAGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-GA-A-TTACTTGAAAA--TT--GTCATATT-GTT--GC--A--AAA----T-T--T-A--CAGA---A-----TTC-A--A------CTATTTT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTA-GGCG----CATAT---TG-A-TA---T--C-AAC---------TTT-----TTTT--AA----TCTTAATAGAT---AACAA-A-T-AT-CT--------------T--AT-CAAATCCGATTTTT-A--A--AA-T--A-CTAGAAAAAC--AT---ATA-GGTC-GT--GTT--G-A-AT-AAGAAAG-AAACACGAG---A--TCAAAATATTGC-----CCTA-TTG-------AATT--GATTTTCTTGGAAA---AAGTACGGAAAA----A--A----GATTT-ATTTT--A-TTGGAAATT-----TACA--TC-AT-TGTAACAAA---TTT-T--TCACACAT----------TCAAAAA--TTATTG--AATTTT-AT---TTGAATTATAACTC-------AAGTATCAAAAA-GGATATATAT----TA--CAGTATTT-----TAAAATACC--ATTCTCTAATT-TT-TAAAA---------AAT-A-A-----TAA-------TTCAA-----TTTG-C-AAAAATTT-GCT--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGC-AAAA-A---G----GACA--A--AATTCG-TCATAAATCCGA--CCAAAA-TTTAGGGCG--CGTT-GAA-TATTTA-AC-TTTTCTCC-AAACATG-GACAA--C-AGTATGCTCTTCA-TATCAg
gi|6 : AGGATGACTGCCAGACTTAATTTT--GAA--ATTTATCT-TTT-A-T--AATA-TGCATTA---AATGATA---GAGGTAA-ATTAGGATCCA---TCACCTTTT-CT-GGAAAAA-AA-AAATTAC-TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCCTGTGCGTGGAA-AAGC-----GCTTAA--TACC--TGAATA---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---AC-A--A----TT---TTCTAAT-C-AACGAAAAC--A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-TTA-ATTTGCCTGTT--A---TT-ATGA-----TATATCAAGT-A-TCA-AT---A-AC--ATTC--AATAAC-AT--C-TTAACC-----AG-TTGG-AA-AA--TTAAAT-TT-------------CAA----------C-AATT-----AGTT-TCAA-A-AGCTA-------------AACA--TT--ACTATTTT-GTT--GC--AAGAAA----T-T--TAA--CAGA---A-----TTC-A--A------T----TT---TT--AGG--CCAA-AA-----ATTG-GG-A----CTCAT---TG-A-TAT--T--T-AACT--------TTT-----TTTC--AG----TCG--AT-GAA---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGATACAGATTTTT-A--A--AACT--A-GTGAAAAAAT--AT---ATA-GGTCAGT--GTT--A-A-AT-AAG-AAG-AAAAACGAG---GAATC-AAATATTG
gi|7 : A---AATGAATA--GAGGTAAATATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CTTGGAAAAACAA-A--TTA--TAGGGTCGGTGTTTG-AAAATAATTGAGTTGCTGCC-TTG---GTAAAG-AAGCTA--TGCTAA---TACC--TGAAATA--TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAAGCA----TT---TTA-GATAC-AAAGAAAA---A--ATG-AGAC-G----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTAAT-------TATATC-AGTAA-TCC-AT---A-AC--ATTCAAAA-AACAATG-C-TTTAAC-----AG-ATTG-AA-AA--TTCAAT-TTT----TA-A-----AA----------A-GGGT-----A-TTCTCAA-ATAGCTATC--A-TAACTT-AAAATTTT--GTCATTTGAGTT--GCA-A--AAA----T-TTAT-A--CAGAGATG-----TTC----A------C-A--TT---TT--AGG--TCCA-AA-----TTTAGGG-G----CACAT---TGAA-TAT--T--TAAAC---------TTT-----TTTCA-AG----TC---ATAGATA--A--AA-A-T-ATGACGGA-----------T--AC-GGAATCAGATTTTTAA--A--AA-T--A-TTGAAAAAAACTAT---ATA-TG-CAGT--GTT--G-ACATAAAGAAAGAAAAAACGAGTC-G--T--AACTATTGC-----
gi|8 : G-AAG------GCTAAAAGTA----TGAAAT---TATTGGCTAAAAACAGAGTCATGAATGCTAGCTATACAG--A----TCATGTTCTGAT-T-AAAGAAAA---AGGATCTAGACAG----GCACAGAAGTGTAGATATTCTG-AGA-ATGTGTATGTTTGA-T-TT-AG-------AATA-A-AGT-AATCAGATTAGA-AC--ATTC--CACAATAAT--AGTTAATCGTGACAGACTTG-AA-AATTTTCAATATTTTTCGTATA----TAA----------CTAAGTTCTAAA-TT-T-AA-ATAGC-A-G--A-TTGCTT-AAAC--TT--GTCAATTT-TTT--GC-----AAT----T-T--T-A--CAGA---AAATTGTTG-A--ATAGTATC-A--TT---TT--GGGACTCAT-AATTTTTTTTA-GG-GCTTCCACATATATGGATTAT--A--T-AATATACATCAGTTTGATTATTTC--AGGCTTTCAT-ATAGATTAGA--AA-A-TAATGCCTTAAATTCGTTACAT--AT-TGAGT-GGATTTTT-A--ATGAT-T--T-TTGAAATAAA--A
gi|9 : TGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-GTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAG--G-GGTAA-TATAGA-TCCA---TCA--TTTC-CT-GGGAAAA-AA-A--T-A--TAGG-TCAATGTT-G-AAAATAAA-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TGTC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAT---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AGAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-ATA-ATTTGCATGTT--T-T-TT-AT-------TGTA-A-AGT-A-TC---------AC--ATTC--AA-AACAAT--C-TGAACC-----AG-CATG-AA-AC--TTTATT-TTT----T--------AA----------C-ATGT-----A-TT-TGAA-ATAGCTATA--A-TTACTT-GAAAT-TT--GTCATTTT-GTT--GC--A--AAA----T-T--T-A--CAGA---A-----TTC-A--A------C-A--TT---TTTAAGG--CCAA-AA-----TTTA-GG-G----CACAT---TGAA-TAT--T--C-AAC---------TTT-----TTTC--AG----TC---ATAGAT---
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATTTTTCCCACATAAATGTAAAGGCAAAGATAACGAACA
Unaligned ( gi|24 ): TTTTTCCAGCATGATGTAAAGGCAAAGATAACGAAC
Alignments
lowQualScore : 111 11 11 111 222222222222222 111 222222222222222222 2222222 333333333333333333333333333333 2222 11111111 1111 11111 11111111111111 111 222222 33333333333333 11 111 333333 11111 1111111 11111111111 1111 11111 222222 222222222222 2222222 1111 1111 22222 2222222222222222222222222 1111111 11111 1 11111 11111 1
lowQualScore : 5 5 4 4 4 4 3 999 777 7 3 666 00 3 3 3 3 00 88 3 3 3 3 111 3 5555 77 44 999 3 777777777777777 666 8888888 666 3 3 111 55 4 333333333333333333 8888 4 4 44 3 3 3 3333333 3 6 3 555 3 44 6 44 77 3 88888 3 3 3 444 2 6 888888888888888888888888888888 3 77777 3 3 3 6666 3 6 8 77 2 00000000 33 88888 0000 2 2 2 33 2 22222 2 77777777777777 888 66 33 2 66666 2 8888 444 99999999 555 66 2 3 44 3 6666 666 2 111111 3 3 7 66666666666666 55 3 3 55 55 3 88 44 00 222 8 1 4 55 1 4 8 666666 77 44444 6 9999999 77 77 66 888 0 0 22222222222 99 6666 4 1 1 55555 777 4 4 4 777 222222 555555555555 66 5 66 5 5 888 5 777 3333333 5 5 0000 0000 66 0 11111 66 5 9999999999999999999999999 4444444 11111 4 4 3 4 888 66 4 4 4 4 00000 4 11111 66 4 7 2 4 6 66 4 5 5 5 0 5 5 5 8888 5
lowQualScore : . . . . . . . ... ... . . ... .. . . . . .. .. . . . . ... . .... .. .. ... . ............... ... ....... ... . . ... .. . .................. .... . . .. . . . ....... . . . ... . .. . .. .. . ..... . . . ... . . .............................. . ..... . . . .... . . . .. . ........ .. ..... .... . . . .. . ..... . .............. ... .. .. . ..... . .... ... ........ ... .. . . .. . .... ... . ...... . . . .............. .. . . .. .. . .. .. .. ... . . . .. . . . ...... .. ..... . ....... .. .. .. ... . . ........... .. .... . . . ..... ... . . . ... ...... ............ .. . .. . . ... . ... ....... . . .... .... .. . ..... .. . ......................... ....... ..... . . . . ... .. . . . . ..... . ..... .. . . . . . .. . . . . . . . . .... .
lowQualScore : 7 0 4 4 4 4 6 222 222 3 6 444 00 6 6 6 6 00 66 6 6 6 6 444 3 0000 99 66 222 3 777777777777777 444 2222222 444 6 6 000 55 0 000000000000000000 5555 0 0 66 3 3 3 3333333 3 7 3 888 3 66 7 66 99 3 33333 3 1 1 777 1 2 444444444444444444444444444444 1 77777 1 1 1 0000 1 2 6 99 9 44444444 99 77777 0000 9 9 9 99 9 11111 9 66666666666666 999 33 77 7 77777 7 3333 777 77777777 000 88 9 1 22 1 5555 999 7 000000 6 6 3 88888888888888 00 6 6 00 00 6 66 11 00 555 0 3 0 55 9 4 9 444444 55 33333 7 2222222 99 99 44 888 9 1 88888888888 99 4444 4 1 0 66666 111 4 4 4 888 999999 999999999999 99 0 99 0 0 888 0 888 9999999 0 0 6666 6666 99 4 22222 11 0 9999999999999999999999999 4444444 11111 4 4 3 4 777 11 4 4 4 6 33333 4 11111 11 4 3 0 4 1 99 2 0 0 0 0 0 0 0 1111 0
consensus : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-TT-----T------T-ACAA----------C-A-AGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTACTT-AAAA-TT--GTCATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-A--TT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CACAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TC---ATAGAT---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT---ATA-GGTCAG-TG--TTGAAAT-AAGAAAG-AAAAACGAGT--G--TC-AAATATTGC-----CCTA-TTGC--TGT-A--T--GATTTTC-TGGAAA---AAGTACGGGAAA----A--C--GTGATTA-CTTTT--A-TCGGANATT-----TACA--NC-AT-TGTAACA-AA---TTT----C-ATATTC---A--------A--TT-TTG--AA-TGC-AT---TT-AATTATA---C-------AAGTATGA-AAAA-GG----ATAT----CA--CAGTATAC-----AAAAATACC--ATTATCCAATTTT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACN--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGCAAAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCA-GACCAAAATTTAGGACA--CGTT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--C-AATATGCTCTTCA-TATCA
Reference ( family-1168 ) : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-TT-----T------T-ACAA----------C-A-AGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTACTT-AAAA-TT--GTCATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-A--TT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CACAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TC---ATAGAT---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT---ATA-GGTCAG-TG--TTGAAAT-AAGAAAG-AAAAACGAGT--G--TC-AAATATTGC-----CCTA-TTGC--TGT-A--T--GATTTTC-TGGAAA---AAGTACGGGAAA----A--C--GTGATTA-CTTTT--A-TCGGANATT-----TACA--NC-AT-TGTAACA-AA---TTT----C-ATATTC---A--------A--TT-TTG--AA-TGC-AT---TT-AATTATA---C-------AAGTATGA-AAAA-GG----ATAT----CA--CAGTATAC-----AAAAATACC--ATTATCCAATTTT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACN--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGCAAAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCA-GACCAAAATTTAGGACA--CGTT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--C-AATATGCTCTTCA-TATCA
gi|1 : AATA-TGCATTA---AATGATA---GAAGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTC-CT-GAAAAAC-AA-A--ATA--TAGG-TCAGTGTT-G-AA------------------------------G-AGGC-A--TGCTAAAG-TGTC--TGAAAT---TTTTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCGGAT-C-AAAGACAATTTA--ATG-AG---G----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATATT--A-T-TTA-TTACATTGTATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CATG-AA-AC--TTCATT-TT-----T------A-ACAAT---------T-A-AGT-----A-TT-ACAA-ATTGCTA-GA-A-TTACTT-GAAATTT--ATCATTTT-GT--------T--GC--A--AAT----T-T-T-A--C----A-----T------------------TT---TT--AGG--CTAA-AA-----TTTAGA-A----CACAT---TG--------AATAT---TTAT-AACTGT--TT-TTTCAA----TC---ATAGAT---A--AAGA-T-ATGAT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-ATGAAAACAA--ATAA-ATT-GGTAGG-TG--TTGAAAT-AAGATAG-AAAAACGAG---A--TC-AAATATTGC-----CCTA-TATT--TGCAA--T--GATTTTC-TGGAAA---AGGTGCGGGAAA----A--CATGTGATTA-TTTTTTAA-T-GGAAATT-----TACA--TC-AT-TGTAACA-AA---TTTA---C-ATATTA---A--------A--TT-TTG--AA-TAC-AT---TT-ATTTATA---C-------AAGTACGA-AAAA-TG----ATATCCGGCA--CAATATGC-----AAAAATAGC--AGTATACAA---------A---------AAT-A-C-----CATTCTCCAATTTAG-----TTTT-C-AAAAATTT-ACT--TTCA--TTTT-GTGA-CTTTAG-TGCAAAAA-GGCCGGAC-A-----A--AATTCGT-CACAAATCA-CACCAAAATTTAGGACA--CATT-GAA-TATTTA-ACTTTTT-TTC-AAACATG-GATAA--C-ATTATGCTCTTCA-TATCA
gi|1 : -AA-AA--TACCAT-TC-----T------C--CAA----------T-TTAGT-------TT-TCAA-A-----A-A--T-TTACTT-----------TCATTTT-GTGACTTTAGT--GC--A--AAAAGGCC-G-G-A--CAAA-A-----TTC-GTCA------C-A--AA---TC--ACA--CCAA-AA-----TTTAGG-A----CACAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAA----AC---ATGGAT---A--AC-ATT-ATGCT--------------C--TT-CATATCAGATTTTT-A--A--AA-TA-A-TGGAAAAAAA--ATCACACA-GGTCGG-TG--TTGAAAT-AAGATAG-AAAACCTAG---A--TC-AAATATTGCAGGTAGCTA-TTGC----A-A--T--GATTTTC-TGGGAA---AAGTACGGGAAA----ATTT--GTGATTATTTTTT--A-TTGGAAATT-----TACA--TC-AT-TGTAACA-AA---TCTA---C-ATATTC---A--------A--TT-TTG--AA-TGC-AT---CT-ATTTATA---CTGAT---AAGTATGA-AAAA-GG----ACAT----AA--CAGTA---------------------TATCCAATTTT-T---T---------AA----------TAT-------TTCAA-----TTTG-C-AAAAATTT-GCT--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGC-AAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CAT--------------ATTTAGGAAA--CATT-G-------------TTTT-CCC-AAACATG-GATAG--C-AATATACTTTTCA-TATgatttttaaaataatggaaaaaaaatcacacaggtcggtgttgaaataagatagaaaacctagatcaaatattgcaggtagctattgcaatgattttctgggaaaagtacgggaaaatttgtgattattttttattggaaatttacatcattgtaacaaatctacatattcaattttgaatgcatctatttatactgataagtatgaaaaaggacataacagtatatccaattttttaatatttcaatttgcaaaaatttgctttcattttgtgattttagtgcaaaaaggacaaaattcgtcatatttaggaaacattgttttcccaaacatggatagcaatatacttttcatat
gi|10 : aatatgcattaaatgatagaagtaatataggtccatcatttcctgaaaaacaaaatataggtcagtgttgaagaggcatgctaaagtgtctgaaatttttgctaaaaatagcacaaattttcggatcaaagacaatttaatgaggaataaagaatttgcatattatttattacattgtatatcagtatcaataacattcaaaacaatcttaaccagcatgaaacttcatttttaacaattaagtattacaaattgctagaattacttgaaatttatcattttgttgcaaattttacatttttaggctaaaatttagaacacattgaatatttataactgttttttcaatcatagataaagatatgattatcgaatcagatttttaaaataatgaaaacaaataaattggtaggtgttgaaataagatagaaaaacgagatcaaatattgccctatatttgcaatgattttctggaaaaggtgcgggaaaacatgtgattattttttaatggaaatttacatcattgtaacaaatttacatattaaattttgaatacatttatttatacaagtacgaaaaatgatatccggcacaatatgcaaaaatagcagtatacaATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATA---GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-TT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAA-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAC--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-TT-----T------T---AA----------C-A-AGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-GC-A-TTGCTT-AAAATTT--GTGATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-AC-TT---TT--GGA--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CACAT---TG--------AA
gi|11 : -CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTATAAAATGATA---GAGGTAA-TATAGG-TCTA---TCA--TTTC-CT-GAAGAAA-AA-A--ATA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTAATGCCCTTG---ATAGAA-AAGC-A--TGCTAAA--TGCC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAC--A----TT---TTCTGAT-C-CAAGAAAA---A--CTG-AGACAGTCTTA-------------ATA----A-ATA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-ATTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CGTG-AA-A----------CT-----T------T-AT--------------------------TT-TCAA-ATAGCTA-G--AGTTACTTGAAAA-TC--GTCATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-ATTTT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTTGG-G----CATAT---TG--------AATAT---T--T-AAC
gi|12 : tAA---AAGTACGGGAAG----A--C--ATGATTA-CTCTT--CCTTGTACATT-----TACA--TC-AT-TGTAACA-AA---TTTA---C-ATGTTT---CTTTTTTTTA--TT-TT---AA-TAC-ATATTTT-AAATGTA---TCCCTTTTAAATATAA-AAAAAGG----AAAT----AA--CAGTTAACGAA--AAAAAAACA--ATTGTCCCATTTT-T---TTTTTTTATAAGT-A-CATGTACAT-------TTCAA-----TTTG-C-AAAAA-TTTACT--TTCA--TTTT-GTCA-TTGTAGCTG--AAAA-A---GTACTAATATTA--AATTCAT-CATAATTCA-AAC
gi|13 : ATTATA---C-------AAGTATGA-AAAA-GG----ATAT----CA--CAATATAC-----AAATATACC--ATTATCCATTTTT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACA--TTCA--TTTT-GTAA-TGTTAG-TGCAAAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCA-GACCAAATTTTAGGACA--CATT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--CAAATATGTTCTTTA-TATC
gi|14 : -----TAT-------TTCAG-----TTTG-----------------------TTTT-GTGA-TTTTAG-CGCAAAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCA-GGCCAAAATTTAGGACA--CATT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTTAAAGCATG-GATAA----AACA-ACTCTATA-TAT
gi|14 : taa-TT--GTGATTTT-AG--------C--GC--A--AAA----AAG-G-A--CAAA-A-----TTC-G--T------C-A--TAAA-TC--AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-A----CACAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTAAA----GC---ATGGAT---A--AA-A-C-A-ACTCTATA---------T--AT-TGAAT-AAAGCTTG-A--G--AA-TCAA-CTAGATATGA--AT---ATATGGT--G-TG--TTtgaataaagcttgagaatcaactagatatgaatatatggtgtgtttgtgttga
gi|15 : taatatttcagtttgttAAATACCTAATTATC-AATTTTAT---T---------AATAG-C-----TAT-------TT-AG-----TTTTTC-AAAAA-TT-AAAATTTCA--TTTTTGTGA-TTTTAT-GGCAAAAA-----GAAC-A-----A--AATTCGTTCATAA-TCA-GACCCAAATT-AGGA-A--CCTT-GAAGTATTTA-ACTTTTT-TTC-AAGCAT--GATAA--C-AATATGATTTTCA-TATCAtgtgttga
gi|16 : tatcATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--G--GTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-TT-GG-AAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-GAAAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GCAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TGCC--TGAAATATGCATTC-CTAAAA
gi|17 : -----CCTA-TTGC--TGT-A--TATGAATTTA-TGGAAA---A-GTACGGGAAAATACA--T--GTGATTA-TTTTTAAA-TCGGGTATT-----TAGA--ACAAT-TGT--CATAT---TTT----T-ATATTC---A--------AGTTT-TTG--AA-TGCAAT---TT-AATTATA---C-------TAATAgcg
gi|18 : tAATA-TGCATTA---AATGAT-A--GAGGTAA-TATAAG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGGGGAA-AATA--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAG-TACTG-CCTTA---GTAGA--AGGC-A--TGCTAAA---ACT--CGAAAT---TA-GG-CTAAAAAAT-------------TAGC---ACAT--A----TT---AT-TGAT-C-AAaagacgtatccagagttatcgtcgcaattatttttttggcg
gi|19 : T--AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CATAT---TG--------AATAT---T--C-AACT-T--TT-TTTTAA----TC---ATAGATA--A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CAAATCCGATTTTT-A--A--AA-T--A-TAG-AAAAAC--AT---ATA-GGTCAG-TG--TTGAAAT-AAGAAAG-AAAc
gi|2 : ATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTATTGAAATATTGCACTAT--AATGATAAGTGAGGTAA-TAGAGT-TCCA---TCAGTTTTT-CT-GGAAAAA-AA-T--TCA--TAAG--CAGT-TT---AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAGAAAGC-AATTGCTAAA--TACCTGTGAAAT---TATTG-CTAAAAT---------------TAGC---ACAA--AGATTTT---TTCTGAT-CAAAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----ATAGATATTTGCATGTT--AGTATTA-T-------TATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAATAAT-TTAACA-----AG-CTTG-AAGAA--TTAAATATT-----T------T---AA----------C-A-AGT-----A-TT-TCAATATAGCTA-GCAA-TTGCTT-AAAA-TTTGGTCATTTT-GT--------TTGGCAGA--AAA----T-T-T-AATCAGAGA-----TTCAA--A------C-A--TTTTATT--AGG--CCAACAA-----TTTAGG-C----AATAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TCAT-ATAGATC--AATAA-A-TGATGCT--------------TAAAT-CGAATCAGATTTTT-AATA--AA-T--ATTTGAAAAAAAAGAT---ATA-GGTCAGTTGGTTTGAAAT-AAGAAAACAAAAACGAGT--G--T--AAATATT-T-----CGTATTTGCTGTGT-A--T--GATTT---TGGAAAATGAAGTACGG--AA----A--C--GT-ATTA--TTTT--A-TCGGGTATT-----TACATTAC-ATCTGTAAAG-AACATTTT----CAATATTCG--A--------A--TT-TTGGTAA-TGC-AT---TT-AATTATA---C-------AAGTATTATAAAT-GG----ATAT----CACGCAGTATATACCAGAAAAATACC--ATTATCC-ATTTT-T---T----------AT-GCC-----TAT-------TTCAGTTGTTTTTG-CAAAAAA-TT-ACA--TTCATTTTTT-GTGACTTTTAG-TGCAAAAACA---GAAC-A-----AGTAGTTCGT-CAT-AATCAGGACCCGAA-TTAGGACAGCCGTTGGAA-TATTTACGT-TTTT-TTC-AAGATTGTGATAAATC-AATATGTTCTTC--TATCA
gi|20 : A-CTTTT--A-TTGTATATTACATGTACA--AC-AT-TGTAACA-AA---TTT----A-ATATTC---A--------A--T-----------GC-AT---TT-AATTATA---C-------AGGTATGA-AAAA-GG----ATA-----CA--CAG-ATAC-----AAAAAT-CC--ATTATCCA
gi|21 : acttttgaatattca-A--T--GATTTTC-AAGAAA---AGGTACGGGAAA----A--C--ATGGTTA-CTTTT--GCTTGTACATT-----TACA--TC-AT-TGTAACA-AA---TTT----
gi|22 : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGNN-NNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNN-NNCA-CA---AAGAGGAA--GAGGTAa
gi|3 : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-AATA-TCA-AT---A-AC--ATCCAA-AA--CAAT--C-ATAACA-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-TT-----T------TAACAAGGTTTAAGACC-A-AGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTGCTT-AAAA-TT--GTCATTTT-GT--------T--GC-----AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-A--TT---TT--AGG---CAA-AA-----TTTAGG-G----CACA----TG--------AATAT---T--T-AAC--T--TT-TTTCAG----TC---ATAGAT---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT---ATA--GTCAG-TG--TTG-AAT-AAGAAAG-AAAAACGAG---G--TC-AAATATTGT-----CGTA-TTGC--TGT-A--T--GATTTTA-TGGAAA---AAGTACGGG-AA----A--C--GTGATTA-TTTTT--A-TC--AGGTTA----TACA--AC-AT-TGTAACA-AA---TTT----C--TATTC---A--------A--TT-TTG--AA-TGC-AT---CT-AATTATA---C-------AAGTATGA-TAAA-GG----ATAT----CA--CAGTATAC-----AAAAATACC--ATTAACCAATTTT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACA--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGCAAAAA-A---GAAC-A-----A--AATTCGT-CAT-AATCA-GACC-CAATTTAGGACA--CCTT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--C-AATATGTTCTTCATTATCA
gi|4 : T--A-T-TTA-CC------TCTATC-A-T--TTA-AT---GCAT--ATTCAT-AA--AAGA--G-TTAATT-----AT-TTCATAA-AA--TTAAGT-CTGCAGAT------T-TCAA----------C-A-ATT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-AC-A-TTACT--------------ATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-C--A------C-A--TT---TTT-AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CTCAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TC---AT-GAT---
gi|4 : ttataatactacatattaatatttaccattctaaaatatatatattaaaatcaaa-TGCAGA-CTTAATTTTATGAAATAATTAACTCTTTTA-TGAA-TA-TGCATTA---AATGATA---GAGGTAAATATAGG-TCCAATCCCA--TTTTTCT-GGAAAAA-AA-AAATTAGCTAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGT-ACTGCCCCTGTG-GTGGAA-AAG--A--CGCTAA---TACC--TGAA-T---TATT--CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--------T---TTCTAAT-C-ACAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------AT-----A-ATT-ATTTGC-TGTT--A-T-TTA-TAG-----TATATC-AGTA--CA-AT---A-ATCAATTCAA-AA--C-AT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTAAAT-TT---------------CAA----------C-A-ATT-----A-GT-TCAA-ATAGCTA-------------AACA-TT--ACTATTTT-GT--------T--GCA-A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------T----TT---TT--AGG--CCAA-AA-----ATTGGG-A----CTCAT---TT--------GATAT---TG-T-TACT-T--TT-TTTCAG----TC------GATGCGA--AA-A-T-ATGCT--------------T--ATACG-ATCAGATTTTT-A--A--A--------TAGGAAAAA--AT---ATATGGTCAG-TG--TTGAAAT-AAGAGAA-GAAAACGAGTCAG--TC-AAATATTGtaggtccaatcccatttttctggaaaaaaaaaattagctaggtcagtgttgaaaataaggagtactgcccctgtggtggaaaagacgctaatacctgaattattctaaaaatagcacaatttctaatcacagaaaaaatgagacagaataattatttgctgttatttatagtatatcagtacaataatcaattcaaaacatcttaaccagcttgaaaattaaatttcaacaattagttcaaatagctaaacattactattttgttgcaaaaatttacagaattcaatttttaggccaaaaattgggactcatttgatattgttactttttttcagtcgatgcgaaaatatgcttatacgatcagatttttaaataggaaaaaatatatggtcagtgttgaaataagagaagaaaacgagtcagtcaaatattgg
gi|5 : ttataatactacatattaatatttaccattctaaaatatatatattaaaatcaaaatcatgactgaaaaaaagttaaatattcaatgagccctaaattttggcctaaaaatgtggaattctgtaaattttgcaacaaaatagtaatgttagctatttgaaataattgttgaaatcCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-ATTA-TCA-AT---A-AC--GTTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CATG-AA-AT--TTTATT-TT-----T------T---AA----------T-A-AGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-GA-A-TTACTTGAAAA-TT--GTCATATT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------CTATTTT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTAGGCG----CATAT---TG---------ATA----T--C-AACT-T--TT-TTT-AA----TCTTAATAGAT---AACAA-A-T-AT-CT--------------T--AT-CAAATCCGATTTTT-A--A--AA-T--A-CTAGAAAAAC--AT---ATA-GGTC-G-TG--TTG-AAT-AAGAAAG-AAACACGAG---A--TCAAAATATTGC-----CCTA-TTG-------AATT--GATTTTCTTGGAAA---AAGTACGGAAAA----A--A----GATTT-ATTTT--A-TTGGAAATT-----TACA--TC-AT-TGTAACA-AA---TTTTTCAC-ACATTCAAAA--------A--TTATTG--AATTTT-AT---TTGAATTATAACTC-------AAGTATCA-AAAA-GGATATATAT----TA--CAGTATTT-----TAAAATACC--ATTCTCTAATTTT-TAAAA---------AAT-A-A-----TAA-------TTCAA-----TTTG-C-AAAAATTT-GCT--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGC-AAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCC-GACCAAAATTTAGGGCG--CGTT-GAA-TATTTA-AC-TTTTCTCC-AAACATG-GACAA--C-AGTATGCTCTTCA-TATCAg
gi|6 : AGGATGACTGCCAGACTTAATTTT--GAA--ATTTATCT-TTT-A-T--AATA-TGCATTA---AATGATA---GAGGTAA-ATTAGGATCCA---TCACCTTTT-CT-GGAAAAA-AA-AAATTAC-TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCCTGTGCGTGGAA-AAGC-----GCTTAA--TACC--TGAATA---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---AC-A--A----TT---TTCTAAT-C-AACGAAAAC--A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-TTA-ATTTGCCTGTT--A---TTA-TGA-----TATATCAAGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAATAA--C-AT--C-TTAACC-----AG-TTGG-AA-AA--TTAAAT-TT---------------CAA----------C-A-ATT-----AGTT-TCAA-A-AGCTA-------------AACA-TT--ACTATTTT-GT--------T--GC--AAGAAA----T-T-TAA--CAGA-A-----TTC-A--A------T----TT---TT--AGG--CCAA-AA-----ATTGGG-A----CTCAT---TG---------ATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TCG--AT-GAA---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGATACAGATTTTT-A--A--AACT--A-GTGAAAAAAT--AT---ATA-GGTCAG-TG--TT-AAAT-AAG-AAG-AAAAACGAG---GAATC-AAATATTG
gi|7 : A---AATGAATA--GAGGTAAATATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CTTGGAAAAACAA-A--TTA--TAGGGTCGGTGTTTG-AAAATAATTGAGTTGCTGCC-TTG---GTAAAG-AAGCTA--TGCTAA---TACC--TGAAATA--TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAAGCA----TT---TTA-GATAC-AAAGAAAA---A--ATG-AGAC-G----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTAAT-------TATATC-AGTAATCC-AT---A-AC--ATTCAA-AAAACAATG-C-TTTAAC-----AG-ATTG-AA-AA--TTCAAT-TT-----T------T-AAAA----------A-G-GGT-----A-TTCTCAA-ATAGCTA-TC-A-TAACTT-AAAA-TTTTGTCATTTGAGT--------T--GC--A--AAAAT--T-TAT-A--CAGA-GATG--TTC-A---------C-A--TT---TT--AGG--TCCA-AA-----TTTAGG-GG---CACAT---TG--------AATAT---T--TAAACT-T--TT-TTCAAG----TC---ATAGATA--A--AA-A-T-ATGACGGA-----------T--AC-GGAATCAGATTTTTAA--A--AA-T--A-TTGAAAAAAACTAT---ATA-TG-CAG-TG--TTGACATAAAGAAAGAAAAAACGAGTC-G--T--AACTATTGC-----
gi|8 : G-AAG------GCTAAAAGTA----TGAAAT---TATTGGCTAAAAACAGAGTCATGAATGCTAGCTATACAG--A----TCATGTTCTGAT-T-AAAGAAAA---AGGATCTAGACAG----GCACAGAAGTGTAGATATTCTG-AGA-ATGTGTATGTTTGA-T-TTA-G-------AATA-A-AGTAATCAGATTAGA-AC--ATTCCACAA--TAAT--AGTTAATCGTGACAGACTTG-AA-AATTTTCAATATT-----TTTCGTAT-ATAA----------CTA-AGTTCTAAA-TT-T-AA-ATAGC-A-G--A-TTGCTT-AAAC-TT--GTCAATTT-TT--------T--GC-----AAT----T-T-T-A--CAGA-AAATTGTTG-A--ATAGTATC-A--TT---TT--GGGACTCAT-AATTTTTTTTAGG-GCTTCCACATATATGGATTATATAATATACAT--C-AGTT-TGATTATTTCAGGCTTTCAT-ATAGATTAGA--AA-A-TAATGCCTTAAATTCGTTACAT--AT-TGAGT-GGATTTTT-A--ATGAT-T--T-TTGAAATAAA--A
gi|9 : TGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-GTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAG--G-GGTAA-TATAGA-TCCA---TCA--TTTC-CT-GGGAAAA-AA-A--T-A--TAGG-TCAATGTT-G-AAAATAAA-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TGTC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAT---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AGAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-ATA-ATTTGCATGTT--T-T-TTA-T-------TGTA-A-AGTA-TC---------AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TGAACC-----AG-CATG-AA-AC--TTTATT-TT-----T------T---AA----------C-A-TGT-----A-TT-TGAA-ATAGCTATA--A-TTACTT-GAAATTT--GTCATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-A--TT---TTTAAGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CACAT---TG--------AATAT---T--C-AAC--T--TT-TTTCAG----TC---ATAGAT---
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATTTTTCCCACATAAATGTAAAGGCAAAGATAACGAACA
Unaligned ( gi|24 ): TTTTTCCAGCATGATGTAAAGGCAAAGATAACGAAC
Alignments
lowQualScore : 111 11 11 111 222222222222222 111 222222222222222222 2222222 333333333333333333333333333333 2222 11111111 1111 11111 11111111111111 111 222222 33333333333333 11 111 333333 11111 1111111 11111111111 1111 11111 222222 222222222222 2222222 1111 1111 22222 2222222222222222222222222 1111111 11111 1 11111 11111 1
lowQualScore : 5 5 4 4 4 4 3 999 777 7 3 666 00 3 3 3 3 00 88 3 3 3 3 111 3 5555 77 44 999 3 777777777777777 666 8888888 666 3 3 111 55 4 333333333333333333 8888 4 4 44 3 3 3 3333333 3 6 3 555 3 44 6 44 77 3 88888 3 3 3 444 2 6 888888888888888888888888888888 3 77777 3 3 3 6666 3 6 8 77 2 00000000 33 88888 0000 2 2 2 33 2 22222 2 77777777777777 888 66 33 2 66666 2 8888 444 99999999 555 66 2 3 44 3 6666 666 2 111111 3 3 7 66666666666666 55 3 3 55 55 3 88 44 00 222 8 1 4 55 1 4 8 666666 77 44444 6 9999999 77 77 66 888 0 0 22222222222 99 6666 4 1 1 55555 777 4 4 4 777 222222 555555555555 66 5 66 5 5 888 5 777 3333333 5 5 0000 0000 66 0 11111 66 5 9999999999999999999999999 4444444 11111 4 4 3 4 888 66 4 4 4 4 00000 4 11111 66 4 7 2 4 6 66 4 5 5 5 0 5 5 5 8888 5
lowQualScore : . . . . . . . ... ... . . ... .. . . . . .. .. . . . . ... . .... .. .. ... . ............... ... ....... ... . . ... .. . .................. .... . . .. . . . ....... . . . ... . .. . .. .. . ..... . . . ... . . .............................. . ..... . . . .... . . . .. . ........ .. ..... .... . . . .. . ..... . .............. ... .. .. . ..... . .... ... ........ ... .. . . .. . .... ... . ...... . . . .............. .. . . .. .. . .. .. .. ... . . . .. . . . ...... .. ..... . ....... .. .. .. ... . . ........... .. .... . . . ..... ... . . . ... ...... ............ .. . .. . . ... . ... ....... . . .... .... .. . ..... .. . ......................... ....... ..... . . . . ... .. . . . . ..... . ..... .. . . . . . .. . . . . . . . . .... .
lowQualScore : 7 0 4 4 4 4 6 222 222 3 6 444 00 6 6 6 6 00 66 6 6 6 6 444 3 0000 99 66 222 3 777777777777777 444 2222222 444 6 6 000 55 0 000000000000000000 5555 0 0 66 3 3 3 3333333 3 7 3 888 3 66 7 66 99 3 33333 3 1 1 777 1 2 444444444444444444444444444444 1 77777 1 1 1 0000 1 2 6 99 9 44444444 99 77777 0000 9 9 9 99 9 11111 9 66666666666666 999 33 77 7 77777 7 3333 777 77777777 000 88 9 1 22 1 5555 999 7 000000 6 6 3 88888888888888 00 6 6 00 00 6 66 11 00 555 0 3 0 55 9 4 9 444444 55 33333 7 2222222 99 99 44 888 9 1 88888888888 99 4444 4 1 0 66666 111 4 4 4 888 999999 999999999999 99 0 99 0 0 888 0 888 9999999 0 0 6666 6666 99 4 22222 11 0 9999999999999999999999999 4444444 11111 4 4 3 4 777 11 4 4 4 6 33333 4 11111 11 4 3 0 4 1 99 2 0 0 0 0 0 0 0 1111 0
consensus : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-TT-----T------T-ACAA----------C-A-AGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTACTT-AAAA-TT--GTCATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-A--TT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CACAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TC---ATAGAT---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT---ATA-GGTCAG-TG--TTGAAAT-AAGAAAG-AAAAACGAGT--G--TC-AAATATTGC-----CCTA-TTGC--TGT-A--T--GATTTTC-TGGAAA---AAGTACGGGAAA----A--C--GTGATTA-CTTTT--A-TCGGANATT-----TACA--NC-AT-TGTAACA-AA---TTT----C-ATATTC---A--------A--TT-TTG--AA-TGC-AT---TT-AATTATA---C-------AAGTATGA-AAAA-GG----ATAT----CA--CAGTATAC-----AAAAATACC--ATTATCCAATTTT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACN--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGCAAAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCA-GACCAAAATTTAGGACA--CGTT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--C-AATATGCTCTTCA-TATCA
Reference ( family-1168 ) : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-TT-----T------T-ACAA----------C-A-AGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTACTT-AAAA-TT--GTCATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-A--TT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CACAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TC---ATAGAT---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT---ATA-GGTCAG-TG--TTGAAAT-AAGAAAG-AAAAACGAGT--G--TC-AAATATTGC-----CCTA-TTGC--TGT-A--T--GATTTTC-TGGAAA---AAGTACGGGAAA----A--C--GTGATTA-CTTTT--A-TCGGANATT-----TACA--NC-AT-TGTAACA-AA---TTT----C-ATATTC---A--------A--TT-TTG--AA-TGC-AT---TT-AATTATA---C-------AAGTATGA-AAAA-GG----ATAT----CA--CAGTATAC-----AAAAATACC--ATTATCCAATTTT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACN--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGCAAAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCA-GACCAAAATTTAGGACA--CGTT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--C-AATATGCTCTTCA-TATCA
gi|1 : AATA-TGCATTA---AATGATA---GAAGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTC-CT-GAAAAAC-AA-A--ATA--TAGG-TCAGTGTT-G-AA------------------------------G-AGGC-A--TGCTAAAG-TGTC--TGAAAT---TTTTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCGGAT-C-AAAGACAATTTA--ATG-AG---G----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATATT--A-T-TTA-TTACATTGTATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CATG-AA-AC--TTCATT-TT-----T------A-ACAAT---------T-A-AGT-----A-TT-ACAA-ATTGCTA-GA-A-TTACTT-GAAATTT--ATCATTTT-GT--------T--GC--A--AAT----T-T-T-A--C----A-----T------------------TT---TT--AGG--CTAA-AA-----TTTAGA-A----CACAT---TG--------AATAT---TTAT-AACTGT--TT-TTTCAA----TC---ATAGAT---A--AAGA-T-ATGAT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-ATGAAAACAA--ATAA-ATT-GGTAGG-TG--TTGAAAT-AAGATAG-AAAAACGAG---A--TC-AAATATTGC-----CCTA-TATT--TGCAA--T--GATTTTC-TGGAAA---AGGTGCGGGAAA----A--CATGTGATTA-TTTTTTAA-T-GGAAATT-----TACA--TC-AT-TGTAACA-AA---TTTA---C-ATATTA---A--------A--TT-TTG--AA-TAC-AT---TT-ATTTATA---C-------AAGTACGA-AAAA-TG----ATATCCGGCA--CAATATGC-----AAAAATAGC--AGTATACAA---------A---------AAT-A-C-----CATTCTCCAATTTAG-----TTTT-C-AAAAATTT-ACT--TTCA--TTTT-GTGA-CTTTAG-TGCAAAAA-GGCCGGAC-A-----A--AATTCGT-CACAAATCA-CACCAAAATTTAGGACA--CATT-GAA-TATTTA-ACTTTTT-TTC-AAACATG-GATAA--C-ATTATGCTCTTCA-TATCA
gi|1 : -AA-AA--TACCAT-TC-----T------C--CAA----------T-TTAGT-------TT-TCAA-A-----A-A--T-TTACTT-----------TCATTTT-GTGACTTTAGT--GC--A--AAAAGGCC-G-G-A--CAAA-A-----TTC-GTCA------C-A--AA---TC--ACA--CCAA-AA-----TTTAGG-A----CACAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAA----AC---ATGGAT---A--AC-ATT-ATGCT--------------C--TT-CATATCAGATTTTT-A--A--AA-TA-A-TGGAAAAAAA--ATCACACA-GGTCGG-TG--TTGAAAT-AAGATAG-AAAACCTAG---A--TC-AAATATTGCAGGTAGCTA-TTGC----A-A--T--GATTTTC-TGGGAA---AAGTACGGGAAA----ATTT--GTGATTATTTTTT--A-TTGGAAATT-----TACA--TC-AT-TGTAACA-AA---TCTA---C-ATATTC---A--------A--TT-TTG--AA-TGC-AT---CT-ATTTATA---CTGAT---AAGTATGA-AAAA-GG----ACAT----AA--CAGTA---------------------TATCCAATTTT-T---T---------AA----------TAT-------TTCAA-----TTTG-C-AAAAATTT-GCT--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGC-AAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CAT--------------ATTTAGGAAA--CATT-G-------------TTTT-CCC-AAACATG-GATAG--C-AATATACTTTTCA-TATgatttttaaaataatggaaaaaaaatcacacaggtcggtgttgaaataagatagaaaacctagatcaaatattgcaggtagctattgcaatgattttctgggaaaagtacgggaaaatttgtgattattttttattggaaatttacatcattgtaacaaatctacatattcaattttgaatgcatctatttatactgataagtatgaaaaaggacataacagtatatccaattttttaatatttcaatttgcaaaaatttgctttcattttgtgattttagtgcaaaaaggacaaaattcgtcatatttaggaaacattgttttcccaaacatggatagcaatatacttttcatat
gi|10 : aatatgcattaaatgatagaagtaatataggtccatcatttcctgaaaaacaaaatataggtcagtgttgaagaggcatgctaaagtgtctgaaatttttgctaaaaatagcacaaattttcggatcaaagacaatttaatgaggaataaagaatttgcatattatttattacattgtatatcagtatcaataacattcaaaacaatcttaaccagcatgaaacttcatttttaacaattaagtattacaaattgctagaattacttgaaatttatcattttgttgcaaattttacatttttaggctaaaatttagaacacattgaatatttataactgttttttcaatcatagataaagatatgattatcgaatcagatttttaaaataatgaaaacaaataaattggtaggtgttgaaataagatagaaaaacgagatcaaatattgccctatatttgcaatgattttctggaaaaggtgcgggaaaacatgtgattattttttaatggaaatttacatcattgtaacaaatttacatattaaattttgaatacatttatttatacaagtacgaaaaatgatatccggcacaatatgcaaaaatagcagtatacaATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATA---GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-TT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAA-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAC--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-TT-----T------T---AA----------C-A-AGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-GC-A-TTGCTT-AAAATTT--GTGATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-AC-TT---TT--GGA--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CACAT---TG--------AA
gi|11 : -CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTATAAAATGATA---GAGGTAA-TATAGG-TCTA---TCA--TTTC-CT-GAAGAAA-AA-A--ATA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTAATGCCCTTG---ATAGAA-AAGC-A--TGCTAAA--TGCC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAC--A----TT---TTCTGAT-C-CAAGAAAA---A--CTG-AGACAGTCTTA-------------ATA----A-ATA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-ATTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CGTG-AA-A----------CT-----T------T-AT--------------------------TT-TCAA-ATAGCTA-G--AGTTACTTGAAAA-TC--GTCATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-ATTTT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTTGG-G----CATAT---TG--------AATAT---T--T-AAC
gi|12 : tAA---AAGTACGGGAAG----A--C--ATGATTA-CTCTT--CCTTGTACATT-----TACA--TC-AT-TGTAACA-AA---TTTA---C-ATGTTT---CTTTTTTTTA--TT-TT---AA-TAC-ATATTTT-AAATGTA---TCCCTTTTAAATATAA-AAAAAGG----AAAT----AA--CAGTTAACGAA--AAAAAAACA--ATTGTCCCATTTT-T---TTTTTTTATAAGT-A-CATGTACAT-------TTCAA-----TTTG-C-AAAAA-TTTACT--TTCA--TTTT-GTCA-TTGTAGCTG--AAAA-A---GTACTAATATTA--AATTCAT-CATAATTCA-AAC
gi|13 : ATTATA---C-------AAGTATGA-AAAA-GG----ATAT----CA--CAATATAC-----AAATATACC--ATTATCCATTTTT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACA--TTCA--TTTT-GTAA-TGTTAG-TGCAAAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCA-GACCAAATTTTAGGACA--CATT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--CAAATATGTTCTTTA-TATC
gi|14 : -----TAT-------TTCAG-----TTTG-----------------------TTTT-GTGA-TTTTAG-CGCAAAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCA-GGCCAAAATTTAGGACA--CATT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTTAAAGCATG-GATAA----AACA-ACTCTATA-TAT
gi|14 : taa-TT--GTGATTTT-AG--------C--GC--A--AAA----AAG-G-A--CAAA-A-----TTC-G--T------C-A--TAAA-TC--AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-A----CACAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTAAA----GC---ATGGAT---A--AA-A-C-A-ACTCTATA---------T--AT-TGAAT-AAAGCTTG-A--G--AA-TCAA-CTAGATATGA--AT---ATATGGT--G-TG--TTtgaataaagcttgagaatcaactagatatgaatatatggtgtgtttgtgttga
gi|15 : taatatttcagtttgttAAATACCTAATTATC-AATTTTAT---T---------AATAG-C-----TAT-------TT-AG-----TTTTTC-AAAAA-TT-AAAATTTCA--TTTTTGTGA-TTTTAT-GGCAAAAA-----GAAC-A-----A--AATTCGTTCATAA-TCA-GACCCAAATT-AGGA-A--CCTT-GAAGTATTTA-ACTTTTT-TTC-AAGCAT--GATAA--C-AATATGATTTTCA-TATCAtgtgttga
gi|16 : tatcATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--G--GTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-TT-GG-AAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-GAAAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GCAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TGCC--TGAAATATGCATTC-CTAAAA
gi|17 : -----CCTA-TTGC--TGT-A--TATGAATTTA-TGGAAA---A-GTACGGGAAAATACA--T--GTGATTA-TTTTTAAA-TCGGGTATT-----TAGA--ACAAT-TGT--CATAT---TTT----T-ATATTC---A--------AGTTT-TTG--AA-TGCAAT---TT-AATTATA---C-------TAATAgcg
gi|18 : tAATA-TGCATTA---AATGAT-A--GAGGTAA-TATAAG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGGGGAA-AATA--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAG-TACTG-CCTTA---GTAGA--AGGC-A--TGCTAAA---ACT--CGAAAT---TA-GG-CTAAAAAAT-------------TAGC---ACAT--A----TT---AT-TGAT-C-AAaagacgtatccagagttatcgtcgcaattatttttttggcg
gi|19 : T--AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CATAT---TG--------AATAT---T--C-AACT-T--TT-TTTTAA----TC---ATAGATA--A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CAAATCCGATTTTT-A--A--AA-T--A-TAG-AAAAAC--AT---ATA-GGTCAG-TG--TTGAAAT-AAGAAAG-AAAc
gi|2 : ATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTATTGAAATATTGCACTAT--AATGATAAGTGAGGTAA-TAGAGT-TCCA---TCAGTTTTT-CT-GGAAAAA-AA-T--TCA--TAAG--CAGT-TT---AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAGAAAGC-AATTGCTAAA--TACCTGTGAAAT---TATTG-CTAAAAT---------------TAGC---ACAA--AGATTTT---TTCTGAT-CAAAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----ATAGATATTTGCATGTT--AGTATTA-T-------TATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAATAAT-TTAACA-----AG-CTTG-AAGAA--TTAAATATT-----T------T---AA----------C-A-AGT-----A-TT-TCAATATAGCTA-GCAA-TTGCTT-AAAA-TTTGGTCATTTT-GT--------TTGGCAGA--AAA----T-T-T-AATCAGAGA-----TTCAA--A------C-A--TTTTATT--AGG--CCAACAA-----TTTAGG-C----AATAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TCAT-ATAGATC--AATAA-A-TGATGCT--------------TAAAT-CGAATCAGATTTTT-AATA--AA-T--ATTTGAAAAAAAAGAT---ATA-GGTCAGTTGGTTTGAAAT-AAGAAAACAAAAACGAGT--G--T--AAATATT-T-----CGTATTTGCTGTGT-A--T--GATTT---TGGAAAATGAAGTACGG--AA----A--C--GT-ATTA--TTTT--A-TCGGGTATT-----TACATTAC-ATCTGTAAAG-AACATTTT----CAATATTCG--A--------A--TT-TTGGTAA-TGC-AT---TT-AATTATA---C-------AAGTATTATAAAT-GG----ATAT----CACGCAGTATATACCAGAAAAATACC--ATTATCC-ATTTT-T---T----------AT-GCC-----TAT-------TTCAGTTGTTTTTG-CAAAAAA-TT-ACA--TTCATTTTTT-GTGACTTTTAG-TGCAAAAACA---GAAC-A-----AGTAGTTCGT-CAT-AATCAGGACCCGAA-TTAGGACAGCCGTTGGAA-TATTTACGT-TTTT-TTC-AAGATTGTGATAAATC-AATATGTTCTTC--TATCA
gi|20 : A-CTTTT--A-TTGTATATTACATGTACA--AC-AT-TGTAACA-AA---TTT----A-ATATTC---A--------A--T-----------GC-AT---TT-AATTATA---C-------AGGTATGA-AAAA-GG----ATA-----CA--CAG-ATAC-----AAAAAT-CC--ATTATCCA
gi|21 : acttttgaatattca-A--T--GATTTTC-AAGAAA---AGGTACGGGAAA----A--C--ATGGTTA-CTTTT--GCTTGTACATT-----TACA--TC-AT-TGTAACA-AA---TTT----
gi|22 : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGNN-NNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNN-NNCA-CA---AAGAGGAA--GAGGTAa
gi|3 : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-AATA-TCA-AT---A-AC--ATCCAA-AA--CAAT--C-ATAACA-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-TT-----T------TAACAAGGTTTAAGACC-A-AGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTGCTT-AAAA-TT--GTCATTTT-GT--------T--GC-----AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-A--TT---TT--AGG---CAA-AA-----TTTAGG-G----CACA----TG--------AATAT---T--T-AAC--T--TT-TTTCAG----TC---ATAGAT---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT---ATA--GTCAG-TG--TTG-AAT-AAGAAAG-AAAAACGAG---G--TC-AAATATTGT-----CGTA-TTGC--TGT-A--T--GATTTTA-TGGAAA---AAGTACGGG-AA----A--C--GTGATTA-TTTTT--A-TC--AGGTTA----TACA--AC-AT-TGTAACA-AA---TTT----C--TATTC---A--------A--TT-TTG--AA-TGC-AT---CT-AATTATA---C-------AAGTATGA-TAAA-GG----ATAT----CA--CAGTATAC-----AAAAATACC--ATTAACCAATTTT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACA--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGCAAAAA-A---GAAC-A-----A--AATTCGT-CAT-AATCA-GACC-CAATTTAGGACA--CCTT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--C-AATATGTTCTTCATTATCA
gi|4 : T--A-T-TTA-CC------TCTATC-A-T--TTA-AT---GCAT--ATTCAT-AA--AAGA--G-TTAATT-----AT-TTCATAA-AA--TTAAGT-CTGCAGAT------T-TCAA----------C-A-ATT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-AC-A-TTACT--------------ATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-C--A------C-A--TT---TTT-AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CTCAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TC---AT-GAT---
gi|4 : ttataatactacatattaatatttaccattctaaaatatatatattaaaatcaaa-TGCAGA-CTTAATTTTATGAAATAATTAACTCTTTTA-TGAA-TA-TGCATTA---AATGATA---GAGGTAAATATAGG-TCCAATCCCA--TTTTTCT-GGAAAAA-AA-AAATTAGCTAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGT-ACTGCCCCTGTG-GTGGAA-AAG--A--CGCTAA---TACC--TGAA-T---TATT--CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--------T---TTCTAAT-C-ACAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------AT-----A-ATT-ATTTGC-TGTT--A-T-TTA-TAG-----TATATC-AGTA--CA-AT---A-ATCAATTCAA-AA--C-AT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTAAAT-TT---------------CAA----------C-A-ATT-----A-GT-TCAA-ATAGCTA-------------AACA-TT--ACTATTTT-GT--------T--GCA-A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------T----TT---TT--AGG--CCAA-AA-----ATTGGG-A----CTCAT---TT--------GATAT---TG-T-TACT-T--TT-TTTCAG----TC------GATGCGA--AA-A-T-ATGCT--------------T--ATACG-ATCAGATTTTT-A--A--A--------TAGGAAAAA--AT---ATATGGTCAG-TG--TTGAAAT-AAGAGAA-GAAAACGAGTCAG--TC-AAATATTGtaggtccaatcccatttttctggaaaaaaaaaattagctaggtcagtgttgaaaataaggagtactgcccctgtggtggaaaagacgctaatacctgaattattctaaaaatagcacaatttctaatcacagaaaaaatgagacagaataattatttgctgttatttatagtatatcagtacaataatcaattcaaaacatcttaaccagcttgaaaattaaatttcaacaattagttcaaatagctaaacattactattttgttgcaaaaatttacagaattcaatttttaggccaaaaattgggactcatttgatattgttactttttttcagtcgatgcgaaaatatgcttatacgatcagatttttaaataggaaaaaatatatggtcagtgttgaaataagagaagaaaacgagtcagtcaaatattgg
gi|5 : ttataatactacatattaatatttaccattctaaaatatatatattaaaatcaaaatcatgactgaaaaaaagttaaatattcaatgagccctaaattttggcctaaaaatgtggaattctgtaaattttgcaacaaaatagtaatgttagctatttgaaataattgttgaaatcCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-ATTA-TCA-AT---A-AC--GTTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CATG-AA-AT--TTTATT-TT-----T------T---AA----------T-A-AGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-GA-A-TTACTTGAAAA-TT--GTCATATT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------CTATTTT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTAGGCG----CATAT---TG---------ATA----T--C-AACT-T--TT-TTT-AA----TCTTAATAGAT---AACAA-A-T-AT-CT--------------T--AT-CAAATCCGATTTTT-A--A--AA-T--A-CTAGAAAAAC--AT---ATA-GGTC-G-TG--TTG-AAT-AAGAAAG-AAACACGAG---A--TCAAAATATTGC-----CCTA-TTG-------AATT--GATTTTCTTGGAAA---AAGTACGGAAAA----A--A----GATTT-ATTTT--A-TTGGAAATT-----TACA--TC-AT-TGTAACA-AA---TTTTTCAC-ACATTCAAAA--------A--TTATTG--AATTTT-AT---TTGAATTATAACTC-------AAGTATCA-AAAA-GGATATATAT----TA--CAGTATTT-----TAAAATACC--ATTCTCTAATTTT-TAAAA---------AAT-A-A-----TAA-------TTCAA-----TTTG-C-AAAAATTT-GCT--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGC-AAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCC-GACCAAAATTTAGGGCG--CGTT-GAA-TATTTA-AC-TTTTCTCC-AAACATG-GACAA--C-AGTATGCTCTTCA-TATCAg
gi|6 : AGGATGACTGCCAGACTTAATTTT--GAA--ATTTATCT-TTT-A-T--AATA-TGCATTA---AATGATA---GAGGTAA-ATTAGGATCCA---TCACCTTTT-CT-GGAAAAA-AA-AAATTAC-TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCCTGTGCGTGGAA-AAGC-----GCTTAA--TACC--TGAATA---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---AC-A--A----TT---TTCTAAT-C-AACGAAAAC--A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-TTA-ATTTGCCTGTT--A---TTA-TGA-----TATATCAAGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAATAA--C-AT--C-TTAACC-----AG-TTGG-AA-AA--TTAAAT-TT---------------CAA----------C-A-ATT-----AGTT-TCAA-A-AGCTA-------------AACA-TT--ACTATTTT-GT--------T--GC--AAGAAA----T-T-TAA--CAGA-A-----TTC-A--A------T----TT---TT--AGG--CCAA-AA-----ATTGGG-A----CTCAT---TG---------ATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TCG--AT-GAA---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGATACAGATTTTT-A--A--AACT--A-GTGAAAAAAT--AT---ATA-GGTCAG-TG--TT-AAAT-AAG-AAG-AAAAACGAG---GAATC-AAATATTG
gi|7 : A---AATGAATA--GAGGTAAATATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CTTGGAAAAACAA-A--TTA--TAGGGTCGGTGTTTG-AAAATAATTGAGTTGCTGCC-TTG---GTAAAG-AAGCTA--TGCTAA---TACC--TGAAATA--TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAAGCA----TT---TTA-GATAC-AAAGAAAA---A--ATG-AGAC-G----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTAAT-------TATATC-AGTAATCC-AT---A-AC--ATTCAA-AAAACAATG-C-TTTAAC-----AG-ATTG-AA-AA--TTCAAT-TT-----T------T-AAAA----------A-G-GGT-----A-TTCTCAA-ATAGCTA-TC-A-TAACTT-AAAA-TTTTGTCATTTGAGT--------T--GC--A--AAAAT--T-TAT-A--CAGA-GATG--TTC-A---------C-A--TT---TT--AGG--TCCA-AA-----TTTAGG-GG---CACAT---TG--------AATAT---T--TAAACT-T--TT-TTCAAG----TC---ATAGATA--A--AA-A-T-ATGACGGA-----------T--AC-GGAATCAGATTTTTAA--A--AA-T--A-TTGAAAAAAACTAT---ATA-TG-CAG-TG--TTGACATAAAGAAAGAAAAAACGAGTC-G--T--AACTATTGC-----
gi|8 : G-AAG------GCTAAAAGTA----TGAAAT---TATTGGCTAAAAACAGAGTCATGAATGCTAGCTATACAG--A----TCATGTTCTGAT-T-AAAGAAAA---AGGATCTAGACAG----GCACAGAAGTGTAGATATTCTG-AGA-ATGTGTATGTTTGA-T-TTA-G-------AATA-A-AGTAATCAGATTAGA-AC--ATTCCACAA--TAAT--AGTTAATCGTGACAGACTTG-AA-AATTTTCAATATT-----TTTCGTAT-ATAA----------CTA-AGTTCTAAA-TT-T-AA-ATAGC-A-G--A-TTGCTT-AAAC-TT--GTCAATTT-TT--------T--GC-----AAT----T-T-T-A--CAGA-AAATTGTTG-A--ATAGTATC-A--TT---TT--GGGACTCAT-AATTTTTTTTAGG-GCTTCCACATATATGGATTATATAATATACAT--C-AGTT-TGATTATTTCAGGCTTTCAT-ATAGATTAGA--AA-A-TAATGCCTTAAATTCGTTACAT--AT-TGAGT-GGATTTTT-A--ATGAT-T--T-TTGAAATAAA--A
gi|9 : TGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-GTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAG--G-GGTAA-TATAGA-TCCA---TCA--TTTC-CT-GGGAAAA-AA-A--T-A--TAGG-TCAATGTT-G-AAAATAAA-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TGTC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAT---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AGAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-ATA-ATTTGCATGTT--T-T-TTA-T-------TGTA-A-AGTA-TC---------AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TGAACC-----AG-CATG-AA-AC--TTTATT-TT-----T------T---AA----------C-A-TGT-----A-TT-TGAA-ATAGCTATA--A-TTACTT-GAAATTT--GTCATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-A--TT---TTTAAGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CACAT---TG--------AATAT---T--C-AAC--T--TT-TTTCAG----TC---ATAGAT---
blockSeqs : C A A A C T T TAA AGT A A ATC GT T T C T AA GC G T A T TGC A AAT AG TG ATG G CAGAGTCATGAATGC TAT AGATT ATG A A C GG T GCACAGAAGTGTAG TTCT T T TG G A A AG A A G TAG C CA T AA AA G GTGAC A T G ATT C A TTAACAAGGTTTAAGACC T TCTAA G C T GCA G G T TG A GACTTTAG TG AGA AGGC A A A AT G AATTG A ATAGTATCA TTA TA AC C TTTTT C CTTC ATA GATTATAT ACA G A . GA A GCTT TTA G CAAT . T G TTAAATTCGTTACA AA A A AT TG C CA TT AG CAC T G T GT A A C TCAG CA AGGTA T CTGTGT AT AT CT ATG ATACATG TT AAA T G A ACATG TTA A C T CAT TTCAC CTTTTTTTT GT A GT T A ATT G ACT CCCTTTT T A ATAT . CG ACCAG TA A TTTTTTTATAAGTACATGTA . TTGTT T A T T AAT TT T C C A CA T ATATT GT T A T G A GC A G G C T C A T ATC T
blockSeqs : . . . . . . . T A A . . CC . . . . AA C . . . . TG . TA . . A . AT . GCA . . . . . . TCTTA . . . . . . . GA . A . . . . C . G . . . . . A C A TTTCGTATATAACT . . . . . GC . G T TT . . . AAG AT . . . . . ATG . ACTATT AA T . . . . G . . . . . . . . . AT G GCGA . . A CTATA . . . . . . A T CT . T A . . A . A GAA C . . CTGT . . C . ATTTG C CC T T C A T . . . . AC AAAA . . . . . . . . TGAT . . . . . GAA . . AAAAAATAA . . . . T . T . . . . A A . . . . A A . A . A . . . . . . . CA .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . A A . GCAGATTTCAAC . . . . . AC . . . . . . . AA . . . . . . . . TCACA . . . . . . . . . . . . . . . . AT A TAGA . . . GGA . . . . . . . C . . . A . . A . . TCG C . . CTGT . . A . ACA T GC C G T . T . . . . AC GA . . . . . . . . . . . . . . . . . TAATAGC . . . . . . T . . . . A A . . . . A A . C . A . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A C . TTAAAAA . . . . . GA . . . . . . . A . . . . . . . . ACATT . . . . . . . . . . . . . . . . G A AAC . . . . . . . . . . . T . . . A . . A . . TG C . . CA . . C . ACG C A C G T . A . . . . CA A . . . . . . . . . . . . . . . . . TAATGC . . . . . . A . . . . A A . . . . A A . C . C . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . TCCAAT . . . . . TC . . . . . . . A . . . . . . . . ACAC . . . . . . . . . . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . . T . . . A . . A . . A C . . . . . A . ACA C A T T T . A . . . . T A . . . . . . . . . . . . . . . . . TATGCC . . . . . . A . . . . A A . . . . A A . A . G . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . TTAAC . . . . . TA . . . . . . . A . . . . . . . . TCA . . . . . . . . . . . . . . . . . A AA . . . . . . . . . . . C . . . A . . A . . G . . . . . . ACG T A T T C . T . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . . . . TAATGC . . . . . . A . . . . . A . . . . . A . . . C . . . . . . . C .
blockSeqs : . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A T . TTAAC . . . . . A . . . . . . . A . . . . . . . . ACA . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . G . . . A . . . . . A . . AA A A C G G . A . . . . C A . . . . . . . . . . . . . . . . . TAA . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . G . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A . TTAAT . . . . . G . . . . . . . A . . . . . . . . ACA . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A T . A . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A C . TTAAC . . . . . G . . . . . . . A . . . . . . . . ACA . . . . . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A C . TTAT . . . . . G . . . . . . . A . . . . . . . . ACA . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C T . CAAC . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CAAC . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . CA . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . .
blockSeqCons : A** ** *** ******* TTAAC************************* ACA*********** ** *** CTGT*** ACG******** A*** **** ******* A****
originalCons : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-TT-----T------T-ACAA----------C-A-AGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTACTT-AAAA-TT--GTCATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-A--TT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CACAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TC---ATAGAT---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT---ATA-GGTCAG-TG--TTGAAAT-AAGAAAG-AAAAACGAGT--G--TC-AAATATTGC-----CCTA-TTGC--TGT-A--T--GATTTTC-TGGAAA---AAGTACGGGAAA----A--C--GTGATTA-CTTTT--A-TCGGANATT-----TACA--NC-AT-TGTAACA-AA---TTT----C-ATATTC---A--------A--TT-TTG--AA-TGC-AT---TT-AATTATA---C-------AAGTATGA-AAAA-GG----ATAT----CA--CAGTATAC-----AAAAATACC--ATTATCCAATTTT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACN--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGCAAAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCA-GACCAAAATTTAGGACA--CGTT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--C-AATATGCTCTTCA-TATCA
finalCons : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-TTTTAAC-------------------------A-AGT-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTACTT-AAAA-TT--GTCATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-AACA-----------TT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CACAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TC---ATAGAT---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT---ATA-GGTCAG-TG--TTGAAAT-AAGAAAG-AAAAACGAGT--G--TC-AAATATTGC-----CCTA-TTGCTGT---A--T--GATTTTC-TGGAAA---AAGTACGGGAAAACG--------TGATTA-CTTTTA---TCGGANATT-----TACA--NC-AT-TGTAACA-AA---TTT----C-ATATTC---A--------A--TT-TTG--AA-TGC-AT---TT-AATTATA---C-------AAGTATGA-AAAA-GG----ATAT----CA--CAGTATAC-----AAAAATACC--ATTATCCAATTTT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACN--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGCAAAAAA----GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCA-GACCAAAATTTAGGACA--CGTT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--C-AATATGCTCTTCA-TATCA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATTTTTCCCACATAAATGTAAAGGCAAAGATAACGAACA
Unaligned ( gi|24 ): TTTTTCCAGCATGATGTAAAGGCAAAGATAACGAAC
Alignments
lowQualScore : 111 11 11 111 222222222222222 111 222222222222222222 2222222 11111111 11111111 222222222222222222 2222 11111111 1111 11111 11111111111111 111 222222 33333333333333 11 111 333333 11111 1111111 11111111111 1111 11111 222222 222222222222 2222222 1111 1111 22222 2222222222222222222222222 1111111 11111 1 11111 11111 1
lowQualScore : 5 5 4 4 4 4 3 999 777 7 3 666 00 3 3 3 3 00 88 3 3 3 3 111 3 5555 77 44 999 3 777777777777777 666 8888888 666 3 3 111 55 4 333333333333333333 8888 4 4 44 3 3 3 3333333 3 6 3 555 3 44 6 44 77 3 88888 3 3 3 555 2 66666666 11111111 333333333333333333 44 9999999 3 3 6666 3 6 8 77 2 00000000 33 88888 0000 2 2 2 33 2 22222 2 77777777777777 888 66 33 2 66666 2 8888 444 99999999 555 66 2 3 44 3 6666 666 2 111111 3 3 7 66666666666666 55 3 3 55 55 3 88 44 00 222 8 1 4 55 1 4 8 666666 77 44444 6 9999999 77 77 66 888 0 0 22222222222 99 6666 4 1 1 55555 777 4 4 4 777 222222 555555555555 66 5 66 5 5 888 5 777 3333333 5 5 0000 0000 66 0 11111 66 5 9999999999999999999999999 4444444 11111 4 4 3 4 888 66 4 4 4 4 00000 4 11111 66 4 7 2 4 6 66 4 5 5 5 0 5 5 5 8888 5
lowQualScore : . . . . . . . ... ... . . ... .. . . . . .. .. . . . . ... . .... .. .. ... . ............... ... ....... ... . . ... .. . .................. .... . . .. . . . ....... . . . ... . .. . .. .. . ..... . . . ... . ........ ........ .................. .. ....... . . .... . . . .. . ........ .. ..... .... . . . .. . ..... . .............. ... .. .. . ..... . .... ... ........ ... .. . . .. . .... ... . ...... . . . .............. .. . . .. .. . .. .. .. ... . . . .. . . . ...... .. ..... . ....... .. .. .. ... . . ........... .. .... . . . ..... ... . . . ... ...... ............ .. . .. . . ... . ... ....... . . .... .... .. . ..... .. . ......................... ....... ..... . . . . ... .. . . . . ..... . ..... .. . . . . . .. . . . . . . . . .... .
lowQualScore : 7 0 4 4 4 4 6 222 222 3 6 444 00 6 6 6 6 00 66 6 6 6 6 444 3 0000 99 66 222 3 777777777777777 444 2222222 444 6 6 000 55 0 000000000000000000 5555 0 0 66 3 3 3 3333333 3 7 3 888 3 66 7 66 99 3 33333 3 3 3 555 1 55555555 22222222 555555555555555555 22 3333333 1 1 0000 1 2 6 99 9 44444444 99 77777 0000 9 9 9 99 9 11111 9 66666666666666 999 33 77 7 77777 7 3333 777 77777777 000 88 9 1 22 1 5555 999 7 000000 6 6 3 88888888888888 00 6 6 00 00 6 66 11 00 555 0 3 0 55 9 4 9 444444 55 33333 7 2222222 99 99 44 888 9 1 88888888888 99 4444 4 1 0 66666 111 4 4 4 888 999999 999999999999 99 0 99 0 0 888 0 888 9999999 0 0 6666 6666 99 4 22222 11 0 9999999999999999999999999 4444444 11111 4 4 3 4 777 11 4 4 4 6 33333 4 11111 11 4 3 0 4 1 99 2 0 0 0 0 0 0 0 1111 0
consensus : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-------TTT--------TAA-------------C----AAG--T-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTACTT-AAAA-TT--GTCATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-A--TT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CACAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TC---ATAGAT---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT---ATA-GGTCAG-TG--TTGAAAT-AAGAAAG-AAAAACGAGT--G--TC-AAATATTGC-----CCTA-TTGC--TGT-A--T--GATTTTC-TGGAAA---AAGTACGGGAAA----A--C--GTGATTA-CTTTT--A-TCGGANATT-----TACA--NC-AT-TGTAACA-AA---TTT----C-ATATTC---A--------A--TT-TTG--AA-TGC-AT---TT-AATTATA---C-------AAGTATGA-AAAA-GG----ATAT----CA--CAGTATAC-----AAAAATACC--ATTATCCAATTTT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACN--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGCAAAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCA-GACCAAAATTTAGGACA--CGTT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--C-AATATGCTCTTCA-TATCA
Reference ( family-1168 ) : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-------TTT--------TAA-------------C----AAG--T-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTACTT-AAAA-TT--GTCATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-A--TT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CACAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TC---ATAGAT---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT---ATA-GGTCAG-TG--TTGAAAT-AAGAAAG-AAAAACGAGT--G--TC-AAATATTGC-----CCTA-TTGC--TGT-A--T--GATTTTC-TGGAAA---AAGTACGGGAAA----A--C--GTGATTA-CTTTT--A-TCGGANATT-----TACA--NC-AT-TGTAACA-AA---TTT----C-ATATTC---A--------A--TT-TTG--AA-TGC-AT---TT-AATTATA---C-------AAGTATGA-AAAA-GG----ATAT----CA--CAGTATAC-----AAAAATACC--ATTATCCAATTTT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACN--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGCAAAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCA-GACCAAAATTTAGGACA--CGTT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--C-AATATGCTCTTCA-TATCA
gi|1 : AATA-TGCATTA---AATGATA---GAAGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTC-CT-GAAAAAC-AA-A--ATA--TAGG-TCAGTGTT-G-AA------------------------------G-AGGC-A--TGCTAAAG-TGTC--TGAAAT---TTTTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCGGAT-C-AAAGACAATTTA--ATG-AG---G----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATATT--A-T-TTA-TTACATTGTATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CATG-AA-AC--TTC-AT-------TTT--------TAA-------------CAATTAAG--T-----A-TT-ACAA-ATTGCTA-GA-A-TTACTT-GAAATTT--ATCATTTT-GT--------T--GC--A--AAT----T-T-T-A--C----A-----T------------------TT---TT--AGG--CTAA-AA-----TTTAGA-A----CACAT---TG--------AATAT---TTAT-AACTGT--TT-TTTCAA----TC---ATAGAT---A--AAGA-T-ATGAT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-ATGAAAACAA--ATAA-ATT-GGTAGG-TG--TTGAAAT-AAGATAG-AAAAACGAG---A--TC-AAATATTGC-----CCTA-TATT--TGCAA--T--GATTTTC-TGGAAA---AGGTGCGGGAAA----A--CATGTGATTA-TTTTTTAA-T-GGAAATT-----TACA--TC-AT-TGTAACA-AA---TTTA---C-ATATTA---A--------A--TT-TTG--AA-TAC-AT---TT-ATTTATA---C-------AAGTACGA-AAAA-TG----ATATCCGGCA--CAATATGC-----AAAAATAGC--AGTATACAA---------A---------AAT-A-C-----CATTCTCCAATTTAG-----TTTT-C-AAAAATTT-ACT--TTCA--TTTT-GTGA-CTTTAG-TGCAAAAA-GGCCGGAC-A-----A--AATTCGT-CACAAATCA-CACCAAAATTTAGGACA--CATT-GAA-TATTTA-ACTTTTT-TTC-AAACATG-GATAA--C-ATTATGCTCTTCA-TATCA
gi|1 : --TCCAAT-------TT-------------------------------AG--T-------TT-TCAA-A-----A-A--T-TTACTT-----------TCATTTT-GTGACTTTAGT--GC--A--AAAAGGCC-G-G-A--CAAA-A-----TTC-GTCA------C-A--AA---TC--ACA--CCAA-AA-----TTTAGG-A----CACAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAA----AC---ATGGAT---A--AC-ATT-ATGCT--------------C--TT-CATATCAGATTTTT-A--A--AA-TA-A-TGGAAAAAAA--ATCACACA-GGTCGG-TG--TTGAAAT-AAGATAG-AAAACCTAG---A--TC-AAATATTGCAGGTAGCTA-TTGC----A-A--T--GATTTTC-TGGGAA---AAGTACGGGAAA----ATTT--GTGATTATTTTTT--A-TTGGAAATT-----TACA--TC-AT-TGTAACA-AA---TCTA---C-ATATTC---A--------A--TT-TTG--AA-TGC-AT---CT-ATTTATA---CTGAT---AAGTATGA-AAAA-GG----ACAT----AA--CAGTA---------------------TATCCAATTTT-T---T---------AA----------TAT-------TTCAA-----TTTG-C-AAAAATTT-GCT--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGC-AAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CAT--------------ATTTAGGAAA--CATT-G-------------TTTT-CCC-AAACATG-GATAG--C-AATATACTTTTCA-TATgatttttaaaataatggaaaaaaaatcacacaggtcggtgttgaaataagatagaaaacctagatcaaatattgcaggtagctattgcaatgattttctgggaaaagtacgggaaaatttgtgattattttttattggaaatttacatcattgtaacaaatctacatattcaattttgaatgcatctatttatactgataagtatgaaaaaggacataacagtatatccaattttttaatatttcaatttgcaaaaatttgctttcattttgtgattttagtgcaaaaaggacaaaattcgtcatatttaggaaacattgttttcccaaacatggatagcaatatacttttcatat
gi|10 : aatatgcattaaatgatagaagtaatataggtccatcatttcctgaaaaacaaaatataggtcagtgttgaagaggcatgctaaagtgtctgaaatttttgctaaaaatagcacaaattttcggatcaaagacaatttaatgaggaataaagaatttgcatattatttattacattgtatatcagtatcaataacattcaaaacaatcttaaccagcatgaaacttcatttttaacaattaagtattacaaattgctagaattacttgaaatttatcattttgttgcaaattttacatttttaggctaaaatttagaacacattgaatatttataactgttttttcaatcatagataaagatatgattatcgaatcagatttttaaaataatgaaaacaaataaattggtaggtgttgaaataagatagaaaaacgagatcaaatattgccctatatttgcaatgattttctggaaaaggtgcgggaaaacatgtgattattttttaatggaaatttacatcattgtaacaaatttacatattaaattttgaatacatttatttatacaagtacgaaaaatgatatccggcacaatatgcaaaaatagcagtatacaaaaataccattcATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATA---GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-TT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAA-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAC--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-------TTT--------TAA-------------C----AAG--T-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-GC-A-TTGCTT-AAAATTT--GTGATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-AC-TT---TT--GGA--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CACAT---TG--------AA
gi|11 : -CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTATAAAATGATA---GAGGTAA-TATAGG-TCTA---TCA--TTTC-CT-GAAGAAA-AA-A--ATA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTAATGCCCTTG---ATAGAA-AAGC-A--TGCTAAA--TGCC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAC--A----TT---TTCTGAT-C-CAAGAAAA---A--CTG-AGACAGTCTTA-------------ATA----A-ATA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-ATTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CGTG-AA-A----------------CTT--------TA------------------------T-------TT-TCAA-ATAGCTA-G--AGTTACTTGAAAA-TC--GTCATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-ATTTT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTTGG-G----CATAT---TG--------AATAT---T--T-AAC
gi|12 : tAA---AAGTACGGGAAG----A--C--ATGATTA-CTCTT--CCTTGTACATT-----TACA--TC-AT-TGTAACA-AA---TTTA---C-ATGTTT---CTTTTTTTTA--TT-TT---AA-TAC-ATATTTT-AAATGTA---TCCCTTTTAAATATAA-AAAAAGG----AAAT----AA--CAGTTAACGAA--AAAAAAACA--ATTGTCCCATTTT-T---TTTTTTTATAAGT-A-CATGTACAT-------TTCAA-----TTTG-C-AAAAA-TTTACT--TTCA--TTTT-GTCA-TTGTAGCTG--AAAA-A---GTACTAATATTA--AATTCAT-CATAATTCA-AAC
gi|13 : ATTATA---C-------AAGTATGA-AAAA-GG----ATAT----CA--CAATATAC-----AAATATACC--ATTATCCATTTTT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACA--TTCA--TTTT-GTAA-TGTTAG-TGCAAAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCA-GACCAAATTTTAGGACA--CATT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--CAAATATGTTCTTTA-TATC
gi|14 : -----TAT-------TTCAG-----TTTG-----------------------TTTT-GTGA-TTTTAG-CGCAAAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCA-GGCCAAAATTTAGGACA--CATT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTTAAAGCATG-GATAA----AACA-ACTCTATA-TAT
gi|14 : taa-TT--GTGATTTT-AG--------C--GC--A--AAA----AAG-G-A--CAAA-A-----TTC-G--T------C-A--TAAA-TC--AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-A----CACAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTAAA----GC---ATGGAT---A--AA-A-C-A-ACTCTATA---------T--AT-TGAAT-AAAGCTTG-A--G--AA-TCAA-CTAGATATGA--AT---ATATGGT--G-TG--TTtgaataaagcttgagaatcaactagatatgaatatatggtgtgtttgtgttga
gi|15 : taatatttcagtttgttAAATACCTAATTATC-AATTTTAT---T---------AATAG-C-----TAT-------TT-AG-----TTTTTC-AAAAA-TT-AAAATTTCA--TTTTTGTGA-TTTTAT-GGCAAAAA-----GAAC-A-----A--AATTCGTTCATAA-TCA-GACCCAAATT-AGGA-A--CCTT-GAAGTATTTA-ACTTTTT-TTC-AAGCAT--GATAA--C-AATATGATTTTCA-TATCAtgtgttga
gi|16 : tatcATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--G--GTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-TT-GG-AAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-GAAAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GCAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TGCC--TGAAATATGCATTC-CTAAAA
gi|17 : -----CCTA-TTGC--TGT-A--TATGAATTTA-TGGAAA---A-GTACGGGAAAATACA--T--GTGATTA-TTTTTAAA-TCGGGTATT-----TAGA--ACAAT-TGT--CATAT---TTT----T-ATATTC---A--------AGTTT-TTG--AA-TGCAAT---TT-AATTATA---C-------TAATAgcg
gi|18 : tAATA-TGCATTA---AATGAT-A--GAGGTAA-TATAAG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGGGGAA-AATA--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAG-TACTG-CCTTA---GTAGA--AGGC-A--TGCTAAA---ACT--CGAAAT---TA-GG-CTAAAAAAT-------------TAGC---ACAT--A----TT---AT-TGAT-C-AAaagacgtatccagagttatcgtcgcaattatttttttggcg
gi|19 : T--AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CATAT---TG--------AATAT---T--C-AACT-T--TT-TTTTAA----TC---ATAGATA--A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CAAATCCGATTTTT-A--A--AA-T--A-TAG-AAAAAC--AT---ATA-GGTCAG-TG--TTGAAAT-AAGAAAG-AAAc
gi|2 : ATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTATTGAAATATTGCACTAT--AATGATAAGTGAGGTAA-TAGAGT-TCCA---TCAGTTTTT-CT-GGAAAAA-AA-T--TCA--TAAG--CAGT-TT---AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAGAAAGC-AATTGCTAAA--TACCTGTGAAAT---TATTG-CTAAAAT---------------TAGC---ACAA--AGATTTT---TTCTGAT-CAAAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----ATAGATATTTGCATGTT--AGTATTA-T-------TATATC-AGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAA-AA--CAATAAT-TTAACA-----AG-CTTG-AAGAA--TTAAATA------TTT--------TAA-------------C----AAG--T-----A-TT-TCAATATAGCTA-GCAA-TTGCTT-AAAA-TTTGGTCATTTT-GT--------TTGGCAGA--AAA----T-T-T-AATCAGAGA-----TTCAA--A------C-A--TTTTATT--AGG--CCAACAA-----TTTAGG-C----AATAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TCAT-ATAGATC--AATAA-A-TGATGCT--------------TAAAT-CGAATCAGATTTTT-AATA--AA-T--ATTTGAAAAAAAAGAT---ATA-GGTCAGTTGGTTTGAAAT-AAGAAAACAAAAACGAGT--G--T--AAATATT-T-----CGTATTTGCTGTGT-A--T--GATTT---TGGAAAATGAAGTACGG--AA----A--C--GT-ATTA--TTTT--A-TCGGGTATT-----TACATTAC-ATCTGTAAAG-AACATTTT----CAATATTCG--A--------A--TT-TTGGTAA-TGC-AT---TT-AATTATA---C-------AAGTATTATAAAT-GG----ATAT----CACGCAGTATATACCAGAAAAATACC--ATTATCC-ATTTT-T---T----------AT-GCC-----TAT-------TTCAGTTGTTTTTG-CAAAAAA-TT-ACA--TTCATTTTTT-GTGACTTTTAG-TGCAAAAACA---GAAC-A-----AGTAGTTCGT-CAT-AATCAGGACCCGAA-TTAGGACAGCCGTTGGAA-TATTTACGT-TTTT-TTC-AAGATTGTGATAAATC-AATATGTTCTTC--TATCA
gi|20 : A-CTTTT--A-TTGTATATTACATGTACA--AC-AT-TGTAACA-AA---TTT----A-ATATTC---A--------A--T-----------GC-AT---TT-AATTATA---C-------AGGTATGA-AAAA-GG----ATA-----CA--CAG-ATAC-----AAAAAT-CC--ATTATCCA
gi|21 : acttttgaatattca-A--T--GATTTTC-AAGAAA---AGGTACGGGAAA----A--C--ATGGTTA-CTTTT--GCTTGTACATT-----TACA--TC-AT-TGTAACA-AA---TTT----
gi|22 : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGNN-NNNNNNNNN-NNNNN-NNNNNNN-NNCA-CA---AAGAGGAA--GAGGTAa
gi|3 : TTAAGGATGA-TGCAAG-CTGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-TTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAA--GAGGTAA-TATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CT-GGAAAAA-AA-A--TTA--TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TACC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AAAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-AATA-TCA-AT---A-AC--ATCCAA-AA--CAAT--C-ATAACA-----AG-CTTG-AA-AA--TTCAAT-------TTT--------TAACAAGGTTTAAGACC----AAG--T-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-G--A-TTGCTT-AAAA-TT--GTCATTTT-GT--------T--GC-----AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-A--TT---TT--AGG---CAA-AA-----TTTAGG-G----CACA----TG--------AATAT---T--T-AAC--T--TT-TTTCAG----TC---ATAGAT---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGAATCAGATTTTT-A--A--AA-T--A-TTGAAAAAAA--AT---ATA--GTCAG-TG--TTG-AAT-AAGAAAG-AAAAACGAG---G--TC-AAATATTGT-----CGTA-TTGC--TGT-A--T--GATTTTA-TGGAAA---AAGTACGGG-AA----A--C--GTGATTA-TTTTT--A-TC--AGGTTA----TACA--AC-AT-TGTAACA-AA---TTT----C--TATTC---A--------A--TT-TTG--AA-TGC-AT---CT-AATTATA---C-------AAGTATGA-TAAA-GG----ATAT----CA--CAGTATAC-----AAAAATACC--ATTAACCAATTTT-T---T---------AAT-G-C-----TAT-------TTCAG-----TTTG-C-AAAAA-TT-ACA--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGCAAAAA-A---GAAC-A-----A--AATTCGT-CAT-AATCA-GACC-CAATTTAGGACA--CCTT-GAA-TATTTA-AC-TTTT-TTC-AAGCATG-GATAA--C-AATATGTTCTTCATTATCA
gi|4 : T--A-T-TTA-CC------TCTATC-A-T--TTA-AT---GCAT--ATTCAT-AA--AAGA--G-TTAATT-----AT-TTCATAA-AA--TTAAGTCTGCAGATTT--------CAA-------------C----AAT--T-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-AC-A-TTACT--------------ATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-C--A------C-A--TT---TTT-AGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CTCAT---TG--------AATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TC---AT-GAT---
gi|4 : ttataatactacatattaatatttaccattctaaaatatatatattaaaatcaaa-TGCAGA-CTTAATTTTATGAAATAATTAACTCTTTTA-TGAA-TA-TGCATTA---AATGATA---GAGGTAAATATAGG-TCCAATCCCA--TTTTTCT-GGAAAAA-AA-AAATTAGCTAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGT-ACTGCCCCTGTG-GTGGAA-AAG--A--CGCTAA---TACC--TGAA-T---TATT--CTAAAAA---------------TAGC---ACAA--------T---TTCTAAT-C-ACAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------AT-----A-ATT-ATTTGC-TGTT--A-T-TTA-TAG-----TATATC-AGTA--CA-AT---A-ATCAATTCAA-AA--C-AT--C-TTAACC-----AG-CTTG-AA-AA--TTAAA--------TTT--------CAA-------------C----AAT--T-----A-GT-TCAA-ATAGCTA-------------AACA-TT--ACTATTTT-GT--------T--GCA-A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------T----TT---TT--AGG--CCAA-AA-----ATTGGG-A----CTCAT---TT--------GATAT---TG-T-TACT-T--TT-TTTCAG----TC------GATGCGA--AA-A-T-ATGCT--------------T--ATACG-ATCAGATTTTT-A--A--A--------TAGGAAAAA--AT---ATATGGTCAG-TG--TTGAAAT-AAGAGAA-GAAAACGAGTCAG--TC-AAATATTGtaggtccaatcccatttttctggaaaaaaaaaattagctaggtcagtgttgaaaataaggagtactgcccctgtggtggaaaagacgctaatacctgaattattctaaaaatagcacaatttctaatcacagaaaaaatgagacagaataattatttgctgttatttatagtatatcagtacaataatcaattcaaaacatcttaaccagcttgaaaattaaatttcaacaattagttcaaatagctaaacattactattttgttgcaaaaatttacagaattcaatttttaggccaaaaattgggactcatttgatattgttactttttttcagtcgatgcgaaaatatgcttatacgatcagatttttaaataggaaaaaatatatggtcagtgttgaaataagagaagaaaacgagtcagtcaaatattgg
gi|5 : ttataatactacatattaatatttaccattctaaaatatatatattaaaatcaaaatcatgactgaaaaaaagttaaatattcaatgagccctaaattttggcctaaaaatgtggaattctgtaaattttgcaacaaaatagtaatgttagctatttgaaataattgttgaaatcCATGTT--A-T-TTA-T-------TATATC-ATTA-TCA-AT---A-AC--GTTCAA-AA--CAAT--C-TTAACC-----AG-CATG-AA-AT--TTTATT-------TTT--------TAA-------------T----AAG--T-----A-TT-TCAA-ATAGCTA-GA-A-TTACTTGAAAA-TT--GTCATATT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------CTATTTT---TT--AGG--CCAA-AA-----TTTAGGCG----CATAT---TG---------ATA----T--C-AACT-T--TT-TTT-AA----TCTTAATAGAT---AACAA-A-T-AT-CT--------------T--AT-CAAATCCGATTTTT-A--A--AA-T--A-CTAGAAAAAC--AT---ATA-GGTC-G-TG--TTG-AAT-AAGAAAG-AAACACGAG---A--TCAAAATATTGC-----CCTA-TTG-------AATT--GATTTTCTTGGAAA---AAGTACGGAAAA----A--A----GATTT-ATTTT--A-TTGGAAATT-----TACA--TC-AT-TGTAACA-AA---TTTTTCAC-ACATTCAAAA--------A--TTATTG--AATTTT-AT---TTGAATTATAACTC-------AAGTATCA-AAAA-GGATATATAT----TA--CAGTATTT-----TAAAATACC--ATTCTCTAATTTT-TAAAA---------AAT-A-A-----TAA-------TTCAA-----TTTG-C-AAAAATTT-GCT--TTCA--TTTT-GTGA-TTTTAG-TGC-AAAA-A---GGAC-A-----A--AATTCGT-CATAAATCC-GACCAAAATTTAGGGCG--CGTT-GAA-TATTTA-AC-TTTTCTCC-AAACATG-GACAA--C-AGTATGCTCTTCA-TATCAg
gi|6 : AGGATGACTGCCAGACTTAATTTT--GAA--ATTTATCT-TTT-A-T--AATA-TGCATTA---AATGATA---GAGGTAA-ATTAGGATCCA---TCACCTTTT-CT-GGAAAAA-AA-AAATTAC-TAGG-TCAGTGTT-G-AAAATAAG-GAGTTACTGCCCCTGTGCGTGGAA-AAGC-----GCTTAA--TACC--TGAATA---TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---AC-A--A----TT---TTCTAAT-C-AACGAAAAC--A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-TTA-ATTTGCCTGTT--A---TTA-TGA-----TATATCAAGTA-TCA-AT---A-AC--ATTCAATAA--C-AT--C-TTAACC-----AG-TTGG-AA-AA--TTAAA--------TTT--------CAA-------------C----AAT--T-----AGTT-TCAA-A-AGCTA-------------AACA-TT--ACTATTTT-GT--------T--GC--AAGAAA----T-T-TAA--CAGA-A-----TTC-A--A------T----TT---TT--AGG--CCAA-AA-----ATTGGG-A----CTCAT---TG---------ATAT---T--T-AACT-T--TT-TTTCAG----TCG--AT-GAA---A--AA-A-T-ATGCT--------------T--AT-CGATACAGATTTTT-A--A--AACT--A-GTGAAAAAAT--AT---ATA-GGTCAG-TG--TT-AAAT-AAG-AAG-AAAAACGAG---GAATC-AAATATTG
gi|7 : A---AATGAATA--GAGGTAAATATAGG-TCCA---TCA--TTTT-CTTGGAAAAACAA-A--TTA--TAGGGTCGGTGTTTG-AAAATAATTGAGTTGCTGCC-TTG---GTAAAG-AAGCTA--TGCTAA---TACC--TGAAATA--TATTG-CTAAAAA---------------TAGC---ACAAGCA----TT---TTA-GATAC-AAAGAAAA---A--ATG-AGAC-G----A-------------ATA----A-AGA-ATTTGCATGTT--A-T-TTAAT-------TATATC-AGTAATCC-AT---A-AC--ATTCAA-AAAACAATG-C-TTTAAC-----AG-ATTG-AA-AA--TTCAAT-------TTT--------TAA-------------A----AAGGGT-----A-TTCTCAA-ATAGCTA-TC-A-TAACTT-AAAA-TTTTGTCATTTGAGT--------T--GC--A--AAAAT--T-TAT-A--CAGA-GATG--TTC-A---------C-A--TT---TT--AGG--TCCA-AA-----TTTAGG-GG---CACAT---TG--------AATAT---T--TAAACT-T--TT-TTCAAG----TC---ATAGATA--A--AA-A-T-ATGACGGA-----------T--AC-GGAATCAGATTTTTAA--A--AA-T--A-TTGAAAAAAACTAT---ATA-TG-CAG-TG--TTGACATAAAGAAAGAAAAAACGAGTC-G--T--AACTATTGC-----
gi|8 : G-AAG------GCTAAAAGTA----TGAAAT---TATTGGCTAAAAACAGAGTCATGAATGCTAGCTATACAG--A----TCATGTTCTGAT-T-AAAGAAAA---AGGATCTAGACAG----GCACAGAAGTGTAGATATTCTG-AGA-ATGTGTATGTTTGA-T-TTA-G-------AATA-A-AGTAATCAGATTAGA-AC--ATTCCACAA--TAAT--AGTTAATCGTGACAGACTTG-AA-AATTTTCAATA------TTTTTCGTATATAA-------------CT---AAG--TTCTAAA-TT-T-AA-ATAGC-A-G--A-TTGCTT-AAAC-TT--GTCAATTT-TT--------T--GC-----AAT----T-T-T-A--CAGA-AAATTGTTG-A--ATAGTATC-A--TT---TT--GGGACTCAT-AATTTTTTTTAGG-GCTTCCACATATATGGATTATATAATATACAT--C-AGTT-TGATTATTTCAGGCTTTCAT-ATAGATTAGA--AA-A-TAATGCCTTAAATTCGTTACAT--AT-TGAGT-GGATTTTT-A--ATGAT-T--T-TTGAAATAAA--A
gi|9 : TGAATTTT-TGAA-TATTTAACT-GTTTA-TGAAATA-TGCATTA---AATGATAG--G-GGTAA-TATAGA-TCCA---TCA--TTTC-CT-GGGAAAA-AA-A--T-A--TAGG-TCAATGTT-G-AAAATAAA-GAGTTACTGCCCTTG---GTAGAG-AAGC-A--TGCTAAA--TGTC--TGAAAT---TATTG-CTAAAAT---------------TAGC---ACAA--A----TT---TTCTGAT-C-AGAGAAAA---A--ATG-AGACAG----A-------------ATA----A-ATA-ATTTGCATGTT--T-T-TTA-T-------TGTA-A-AGTA-TC---------AC--ATTCAA-AA--CAAT--C-TGAACC-----AG-CATG-AA-AC--TTTATT-------TTT--------TAA-------------C----ATG--T-----A-TT-TGAA-ATAGCTATA--A-TTACTT-GAAATTT--GTCATTTT-GT--------T--GC--A--AAA----T-T-T-A--CAGA-A-----TTC-A--A------C-A--TT---TTTAAGG--CCAA-AA-----TTTAGG-G----CACAT---TG--------AATAT---T--C-AAC--T--TT-TTTCAG----TC---ATAGAT---
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): ATTTTTCCCACATAAATGTAAAGGCAAAGATAACGAACA
Unaligned ( gi|24 ): TTTTTCCAGCATGATGTAAAGGCAAAGATAACGAAC