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Reference ( gi|1 )            : ACAATGCACGTTTAAAGTCAGCATTTCGTAGGTTCTATGGTCGATATAACGATCTAGTTTGCCA-ATACAACCTGCCTTTTTTGTCAAGTTCTGTCG-ACGTGTTTCATACCGATTGT-CAGACCGTTCTT---TAT-ACA-------------CAAATT-ACTCCG-TAT-ACCTGGTCA--AGA--CAAT--GGCT-T---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCGATAT-----GGG-A-T--G---CTTA-CTC-CTCC--TA----G-GCACC-TG------AT-CCCA--TCTC----TG--GT-ATA-T-CCAG-GGGT-CC--T-TG-------TT-TG-C----CC--A-AC-T-C-T--TTAA---A----ATTT--GTA-----ATCTG-TATGA------G-----------A-----------GA-T----TG--A--T------C-ACTG-TT-CA--TT-ATATTCACCT
gi|19                         :                                                 ACGATCTAGTTTCCCCCATACAACCTGCC-ATTGCGTCAAATACTGTCGCACTTTTTTCACAGCAATTTC-TATATCGTTCGT---TAT-GCA-------------CATATT-
gi|9                          :                                                                                    GTCAA---CTG--G-ATATGTTTTATATCGATCGTTCCGGTCGTTCT-----AT-ACAATTAATTTGCCTGCAGATT-ACTCCT-GAT-----GG--A--AGAAGCAG---GACT-T---CAT-GGCG--TATGTG--ACCGTTTCCACAT-----TGC-ATT--G---CTTA-
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gi|2                          :                                                                                                                    TGT-AAGACCGTTCTTGACTATGATA-------------TAA------CCCG-CTT-ACGTAATCA--AGA--CAAT--GG-T-C---CAT-TTCG--GGTG-----CTG-GTCGAAA----------A-TAAG---CGTA-CT--TTTC--GA----A-ACACA-CG------A--CTCA--CCTC----AG--TTAATA-TCCCAC-GGG---A--T-TG-------CT----C----CT--ATACAT-T-T--TTAATTCC----ATTT--GCA--------TG--ATGG------A-----------G-----------GA-TCA--TG--AGTT------CGACT--TT-CA--TCAATATTaaagg
gi|4                          :                                                                                                                               TTCTT---TCT-ACA-------------TGAATTGACTACA--ATGACCTGATCA---GA--CA---------T--------------GTGTG--AC---GTCAACA------GGG-A-T--G---CTTAACTC-CTCC--TA----G-CCACCTTG------AT-CTCA---CAC----TG--G--GGA---CCA----GT-CC----TG-------TT-TGAC----CC--A-AC-T-CGG--CTA------------T--GT------ATCCATTAGGA------G-----------T-----------GA-CGACATG--A--T------C-ACTG-TT-TA--TT-ATATTCGCTTgcattcatcgtag
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gi|5                          :                                                                                                                                                                 ttgaCCG-TTT-ACCTGATCA--ACA--CTAT--GGGT-T---CAA-GGCT--GGTATG--ACCG-ATCAACAT-----TTG-A-T--G---GTTG-TTT-CTCC--TA----G-GCACC-TG------AT-CCCA--CCTC----TG--GT-GTG-T-CCAG-GGGG-CC--TGTG-------TT-TT-A----CC--A-AC-A-C-TTGTT-----------TTT--GTA-----TTCTA-TTTGG------G-----------A-----------------------C--T------T-ACTG-TT-CG--TT-ATCTTTGCCTtaaccattt
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gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                  G-A-T--G---CTTT-CTC-CTCC--TA----G-ACACC-TG------AT-GCCA--ttatt
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                 gc-A-T--G---CTTA-CTC-TTCG--TA----G-ACACT-TG------AT-CCCA--TCTT----TG--GT--TT-T-CCA
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                   -A-T--G---TTTA-CTC-CTGC--TA----G-GCACC-TG------AT-AATA---CAC----TG--GT-ATA-T-CCAG-
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                    a-T--G---CTTA-CTT-CT-----A----G-GCACC-GA------AT-TCCA--TGAA----CG--G--ATT-T-CCAG-AGGT-CC--G-TA-------CT-TG-T----------AC-TAC-T--TTCA---A----TTTT--GTA-----
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                            agTTA-CTT-CTCT--TA----C-GCACC-TG------AT-CTCA----CC----TG--AT-ATA-T-CCAG-GGtccttta
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                              TTC-CTC-CTCC--AA----G-ACAA--TG------AT-CACA--CCTC----TG--G--GTG-T-CCAG-GGAT-CC--
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                    acaagtgacagTA-CTT-CACT--TA----G-ACACC-CG------AT-TCCA--TATG----GG--GT-TTT-T-CCAG-GGGT-CC--A-CA-------TT-GA-C----TC-----C-T-C-T--C--A---A----TTTT--GTA-----TTTTT-CATGGT-----GTTTTGTTTTTTA-----------AA-T----TG--A--T------C-ACTGTTT-CA--TT-ATTGTCACCattta
gi|49                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    g-CTCC--TA----G-GCA----------------------TC----CG--GT-ATA-T-CCAG-GGGT-CC--T-TG-------TT-TG-C----CC--ct
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                                       TCC--TA----G-GCACT-TG------AT-CGCA--CCTC----TG--GT-TTG-T-ACAG-G
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                       ccgataaatcgatttgcat--TA----T-GCACC-TC------AT-CCCA--TCTC----CG--AT-ATG-T-CTTG-AGGT-CC-----GC------TT-TA-C----CC--T-A--T-C-T--TT-A---A----ATTT--GTA-----
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   -GCACC-TG------AT-CCCA--CCTC----TG--GT-GTtt
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CACC-TG------AT-CCCC--TCCCTAGGTG--GT-ATA----CAG-GGCT-CC--G-TG-------TTGTG-C----TC--G-AT-T-C-C--CC-----A----ATTT--ATATTTC-AT-TG-TAGGA------G-----------AGTG--------GACT----TG--A--T------C-ACTG-TGACA--AA-ATCTTCACCTnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtatgctattttgggacttacaagattgatcttgcctttatat
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CACT-TG------AT-CCCA--TCTA----TA--GT-ACA-T-CCAG-GGGT-CC--A-TA-------TT-Tt
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      ATC-TG------AT-CCCA--CCTC----TG--GT-GTG-T-CCAG-
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                 taagactgattacattcatcgctgttcctttatattatCC-CA------AT-CTCA--CCTC----AG--TT-ATA-T-CCTG-GGTT-CA-----G-------TT-TG-C----TT--A-GC-T---T--ATAA---A----TTTT--AT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TG------AT-CCCA--TCTA----TGTAGT-AT-----CAG-TGGT-TC--T-TG-------TT-TA-G----TT--A-AC-T-C-T--T------A----CTTT--GTA-----GTTCA--ATAG------G-----------A-----------GG-T----TT--A--TGTC---C-ACTG-TT-AG--TT-ATATtccatttg
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         -TG------ATTCCCA--TCAC----TG--GT-GTT-T-CCAG-AGAT-CT--T-TG-------TT-TG-C----CA--T-AC-T-C-T--C--A---A----TTTT--GTA-----AT
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           G------AT-CCCA--TCTT----TA--AT-ATA-C-CCAG-TGGT-CC--A-TG-------TT-TG-C----CC--A-AC-T-
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            ------AT-CCCA---CTC----CT--GT-GTAGT-CCAGGGGGTACC--G-TG-------TT-TT-CACAACC--A-GC-T-C-T--T--A---T----GTTTTGGTA-----TTATG-TTTGG------G-----------G-----------GA-C----T
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                    cttcA--TCTC----TG--GT-ATA-T-TCAG-GGGT-CC--G-TG-------TA-TA-CG---AC--A-AT-T-C-T-----G---A----ATTT--GTA-----TTCTG-TATcgtacgatgtt
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    G--GT-GTA-T-CTAG-GGTG-CC--G-TA-------TTCTG-G----T-----AT-T-C-T--TTA------------T--GAG-----AT--G-TA--A------G-----------A-----------TA-T----TG--A--T------C-GCTG-TT-CG--TA-ATATTTACCTa
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     --GT-ATA-T-CCGA-GGGT-CC--G-TG-------TT-TG-C----CA--A-GC-T-C-T--T------A----ATTT--GTA-----TTCCG-TATtt
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -ATT-T-CCAG-TGGT-AC--A-T--------TT-TG-C----TT--T-AC-T-C-T--C--A---A----TTTT--GTA-----ATCTG-CATAA------G-----------A-----------TA-TA---TG--A--TATCCACC-ATTG-TT-----TT-ATATTCA
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            c-T-CCGA-GGGT-CC--T-TG-------TT-TG-T----CC--T-AT-T---T--TCAA---A----A--------------------ATGA------G-----------G--------------T----TG--A--G------C-ACTG-TT-AG--TT-ATATTCACatttt
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             tt-CCAG-GGGT-CT--T-TG-------TT-TC-A----CCTGA-GC-T-C-T--T------A----ATTT--GTA-----TTCTT-TATAA------G-----------A-----------------------A--T------C-ACTG-TT-Ctct
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  AA-GGGT-CC--G-TG-------TT-TG-C----TC--A-AC-C-C-T--T------A----ATTT--GTA-----ATCCG-TATAG------G-----------A-----------
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -C-T--TTAATT-A----ATTTT-GTATTTTTATGTG-AATGAT-----G-----------A-----------AA-T----TG--A--T------C-GCTG-TT-CG--TT-ATATTCAC
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              atgtgttttgccgttttatgtacgattttccatg-T--TTAA---A----ACTT---TA-----AAC-G-TA--A------G-----------A-----------GA-T----TG--A--T------C-ACTG-TT-AG--TT-GTATTCACCTtgtttcca
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TGCTCAGCTCTTAATTTTGTACTTCTTATAGGATTTATAAGACTCTTTGATGTTCATTGTCTGTCTTTACCTTTCCATTCCT
Unaligned ( gi|39 ): ACCCTTGTTTTGTATTCTATTTTGGACTACTGTGTTCGCTACCTTTGCCTTTATA






Alignments
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consensus                     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGATCTAGTTTCNCCNATACAACCTGCCTNTTNCGTCAAGT-CTGTCG-ACGTGTTTCACACCGATTGTTA-GACCGTTCTT---TATACA-------------CAGAT-T-ACTCCGTAT-A-CCTGATC-A--AGA--CAATGGNT-T---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCGACAN-----GGGA-T--G---CTTA-CTC-CTCC--TA----G-GCACC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-ATAT-CCA-GGGG-T-CC--GTG-----TT-TG-C----CC--A-AC-TCTT-T-AANTTTGTATTCC---G-T--ATGG------G-----------A-----------G-----A------T--TGA--T------C-ACTG-TTCGTT-ATATTCACCT
Reference ( family-1147 )     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGATCTAGTTTCCCCCATACAACCTGCC-ATTGCGTCAAATACTGTCG-ACNTGTTTCACANCGATTGTTA-GACCGTTCTT---TATACA-------------CAGAT-T-ACTCCGTAT-A-CCTGATC-A--AGA--CAATGGNT-T---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCGACAC-----GGGA-T--G---CTTA-CTC-CTCC--TA----G-GCACC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-ATAT-CCA-GGGG-T-CC--GTG-----TT-TG-C----CC--A-AC-TCTT-T-AANTTTGTANTCC---G-T--ATGG------G-----------A-----------G-----A------T--TGA--T------C-ACTG-TTCGTT-ATATTCACCT
gi|1                          :                                                 ACGATCTAGTTT-GCCAATACAACCTGCCTTTTTTGTCAAGTTCTGTCG-ACGTGTTTCATACCGATTGTCA-GACCGTTCTT---TATACA-------------CAAAT-T-ACTCCGTAT-A-CCTGGTC-A--AGA--CAATGGCT-T---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCGATAT-----GGGA-T--G---CTTA-CTC-CTCC--TA----G-GCACC-T-G------AT-CCCA--TCTCT----G---GT-ATAT-CCA-GGGG-T-CC--TTG-----TT-TG-C----CC--A-AC-TCTT-TAAAATTTGTAATCT---G-T--ATGA------G-----------A-----------G-----A------T--TGA--T------C-ACTG-TTCATT-ATATTCACCT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                             acaatgcacgtttaaagtcagcatttcgtaggttctatggtcgatataTA-CTT-CACT--TA----G-ACACC-C-G------AT-TCCA--TATGG----G---GT-TTTT-CCA-GGGG-T-CC--ACA-----TT-GA-C----TC-----C-TC-T-C-AATTTTGTATTTT---T-C--ATGGT-----GTTTTGTTTTTTA-----------A-----A------T--TGA--T------C-ACTGTTTCATT-ATTGTCACC
gi|11                         :                                                                                                                                                                       gTAT-A---TGTTC-A--TGA--CAATGAGC-T---CAT-GATT--GGTGTG--ACCG-GTCGACAG-----GATA-T--G---CTTA-CTC-CACC--TA----C-GTACC-T-A------AG-CATC--CCTCT----G---GT-GTAT-CTA--GGG-T-CCTTTTG-----TT-TG-C----CC--A-AG-TCTT-ct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                 -GCACC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-GTct
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   CACC-T-G------AT-CCCC--TCCCTAGGTG---GT-ATA---CA-GGGC-T-CC--GTG-----TTGTG-C----TC--G-AT-TCCC-C-AA-TTTATATTTC---ATT--GTAG------G-----------A-----------G-----AGTGGACT--TGA--T------C-ACTG-Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtatgctattttgggacttacaagattgatcttgcctttatat
gi|14                         :                                                                                                                                    ---TATGTA-------------CATAT-T-ACTCCGT-T-ATCTTGGTC-A--TGG--AAATGGGT-C---CAC-GGCG--GGGATG--ACCA-ATCGTCAG-----GAAG-T--G---TTTA-GAC-CATA--AA----A-ACACT-T-G------AC-CCCgacaaaatcttcacctt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             T-T-AATTTTGTATTTTTATG-TGAATGAT-----G-----------A-----------A-----A------T--TGA--T------C-GCTG-TTCGTT-ATATTCACtctt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                          atgtgttttgccgttttatgtacgattttccatgctttaaA-T--A---TTTA-C---CTCC--AA----G-ACGTC-C-G------AT-CCCA--C--CT----G---GT-GTTG-CCA-GGTG-T-CC--AT----------------------------------AGTTTGGAT------G-T--AC--------G-----------A-----------G-----A------T--GGA--T------C-GCTG-CTCGTT-ATATTCAtgtttcca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                             atggat--GGTACT--ACCA-GTTG-CAT-----GGAA-T--G---TTCA-CTT-CACT--TACGAGG-GTACC-T-G------GA-TACG--CCTTT----G---GT-ATAT-CCA-AGGG-T-CC--AAG-----TA-TG-C----CT--A----TATC-T-CAATTTGttatt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                           ------AT-CCCA--CTCCT----GT--GT-A-GT-CCA-GGGGGTACC--GTG-----TT-TT-CACAACC--A-GC-TCTTAT-GTTTTGGTATTAT---G-T--TTGG------G-----------G-----------G-----A------C--T
gi|19                         :                                             cttcACGATCTAGTTTCCCCCATACAACCTGCC-ATTGCGTCAAATACTGTCGCACTTTTTTCACAGCAATTTCTA-TATCGTTCGT---TATGCA-------------CATAT-T-cgtacgatgtt
gi|2                          :                                                                                                                    TGTAA-GACCGTTCTTGACTAT------------------GATAT-AACCCGCTT-A-CGTAATC-A--AGA--CAATGG-T-C---CAT-TTCG--GGTG-----CTG-GTCGAAA---------A-TAAG---CGTA-CT--TTTC--GA----A-ACACA-C-G------A--CTCA--CCTCA----G---TTAATATCCCACGGGA-T------TG-----CT----C----CT--ATACATTTT-T-AATTCCAT-TTGC---A-TG-ATGG------A-----------G-----------G-----A------TCATGAGTT------CGACT--TTCATCAATATT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                       -T-G------AT-CCCA--TCTAT----GTA-GT-AT----CA-GTGG-T-TC--TTG-----TT-TA-G----TT--A-AC-TCTT----ACTTTGTAGTTC---A----ATAG------G-----------A-----------G-----G------T--TTA--TGTC---C-ACTG-TTAGTT-ATATgcattcatcgtag
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         -ATTT-CCA-GTGG-T-AC--AT------TT-TG-C----TT--T-AC-TCTC---AATTTTGTAATCT---G-C--ATAA------G-----------A-----------T-----A------TA-TGA--TATCCACC-ATTG-TT--TT-ATATTCA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                  c-T--G---CTTA-CTT-CT-----A----G-GCACC-G-A------AT-TCCA------T----GAACGG-ATTT-CCA-GAGG-T-CC--GTA-----CT-TG-T----AC--T-AC-T-TT-C-AATTTTGTA-TCC---atttt
gi|24                         :                                                                                                                                 agT---TATACA-------------TA------ACCCCATAT-A-CCTAATC-AGAAAA--CA-TGTTT-TGAACAT-GG----ATTGTG--ACCG-ATCGACAC-----GAGC-T--G---CTTA-CTT-Cttta
gi|25                         :                                                                                                                                    ---TATACA-------------TA------ACCCCATAT-A-CCTAATC-AGAAAA--CA-TGTTT-TGAACAT-GG----ATTGTG--ACCG-ATCGACAC-----GAGC-T--G---CTTA-CTT-CCCc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                               ----G---GT-GTAT-CTA-GGGT-G-CC--GTA-----TTCTG-G----T-----AT-TCTT-T-A----TGAGAT-----G-T--A--A------G-----------A-----------T-----A------T--TGA--T------C-GCTG-TTCGTA-ATATTTACCT
gi|27                         :                                                                                                                   TTGATA-GAGCTTTCCT---TATGCA-------------CTGAC-T-TCTCCGTAT-A-CCTGATC-A--AGA--TGA-AGAT-T-----------------TG--ACCG-GTCGAtt
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             T-CCG-AGGG-T-CC--TTG-----TT-TG-T----CC--T-AT-T-TT-C-AAA-----AAT--------------------G-----------A-----------G-----G------T--TGA--G------C-ACTG-TTAGTT-ATATTCACaaagg
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  ttATC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-GTGT-CCA-Gtct
gi|3                          :                                                                                                                                                 taagactgattacattcatcgctgttcctttatattat--AGA--CAATGACCCT---CATAGGCGCAGATGTTTTACAAAGTCGAAACCAGGGGGGA-T--GGCTTTTA-CTTTCTCCCTTA----ACGCACCCT-T------AT-CCCAAACCCTT----G---GT-ATAT-CCA-GGGC-C-CT--GCGGGTTTTT-TT-C----CC--A-AC-TTTT-T-
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                        --TA----T-GCACC-T-C------AT-CCCA--TCTCC----G---AT-ATGT-CTT-GAGG-T-CC--GC------TT-TA-C----CC--T-A--TCTT-T-AAATTTGTATTttgttttttttgtattctgattaaccagattgaaatcgcttcaacttatttttggtttt
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                     CC-C-A------AT-CTCA--CCTCA----G---TT-ATAT-CCT-GGGT-T-CA----G-----TT-TG-C----TT--A-GC-T-TA-T-AAATTT-TATTCC---A-T--TTG
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                  A-T--A---CTTA-CTC-CT-----A----G-ACACG-C-G------GT-CTTA--CCTCT----G---GC-ATGT-CCA--GCG-T-CC--ATG-----TG-TG-C----
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                                     atatgcaTTC-CTC-CTCC--AA----G-ACAA--T-G------AT-CACA--CCTCT----G---G--GTGT-CCA-GGGA-T-CC--AT
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                            acaagtgacag-T-G------ATTCCCA--TCACT----G---GT-GTTT-CCA-GAGA-T-CT--TTG-----TT-TG-C----CA--T-AC-TC-T-C-AATTTTGTAATtta
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -CCA-GGGG-T-CT--TTG-----TT-TC-A----CCTGA-GC-TCTT----AATTTGTATTCT---T-T--ATAA------G-----------A-----------------------------A--T------C-ACTG-TTC
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       A--TCTCT----G---GT-ATAT-TCA-GGGG-T-CC--GTG-----TA-TA-CG---AC--A-AT-TC---T-GAATTTGTATTCT---G-T--AT
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                      -T---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCAACGA-----GAGA-T--G---CTTA-GTT-CTCa
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                     ctgatgaaattagaacTCC--TA----G-GCACT-T-G------AT-CGCA--CCTCT----G---GT-TTGT-ACA-GG
gi|4                          :                                                                                                            ccgataaatcgatttgcatTTCTT---TCTACA-------------TGAAT-TGACTACA-ATGA-CCTGATC-A---GA--CA-------T--------------GTGTG--AC---GTCAACA------GGGA-T--G---CTTAACTC-CTCC--TA----G-CCACC-TTG------AT-CTCA--CACTG----G---GG-A----CCA-G----T-CC---TG-----TT-TGAC----CC--A-AC-TC-----GGCTATGTA-TCC---A-T---TAG------G-----------A-----------GTGACGA------CA-TGA--T------C-ACTG-TTTATT-ATATTCGCTT
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             C---G-T--A--A------G-----------A-----------G-----A------T--TGA--T------C-ACTG-TTAGTT-GTATTCACCT
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                      tttaaaactttaaa---GT-ATAT-CCG-AGGG-T-CC--GTG-----TT-TG-C----CA--A-GC-TCTT----AATTTGTATTCC---G-T--ATt
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                  A-T--G---TTTA-CTC-CTGC--TA----G-GCACC-T-G------AT-AATA--CA-CT----G---GT-ATAT-CCA-G
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gi|45                         :                                                                                                 G-ACGTGCTCCACACCAATTGTTA-GACCGTTATT---TATAC
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                         -G------AT-CCCA--TCTTT----A---AT-ATAC-CCA-GTGG-T-CC--ATG-----TT-TG-C----CC--A-AC-Tgtacat
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                            TTA-CTT-CTCT--TA----C-GCACC-T-G------AT-CTCA--C--CT----G---AT-ATAT-CCA-GGG
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   CACT-T-G------AT-CCCA--TCTAT----A---GT-ACAT-CCA-GGGG-T-CC--ATA-----TT-T
gi|49                         :                                                                                                                                                                                                                                                                   -CTCC--TA----G-GCA-----------------------TCC----G---GT-ATAT-CCA-GGGG-T-CC--TTG-----TT-TG-C----CC--
gi|5                          :                                                                                                                                                                     CCGTTT-A-CCTGATC-A--ACA--CTATGGGT-T---CAA-GGCT--GGTATG--ACCG-ATCAACAT-----TTGA-T--G---GTTG-TTT-CTCC--TA----G-GCACC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-GTGT-CCA-GGGG-G-CCT-GTG-----TT-TT-A----CC--A-AC-ACTTGT---TTTTGTATTCT---A-T--TTGG------G-----------A-----------------------------C--T------T-ACTG-TTCGTT-ATCTTTGCCT
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gi|6                          :                                                                                                                                                                         gc-A-TCTGATC-A--AGA--CTATGAGC-G---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCAACAG-----GTGA-T--G---CTTT-CTC-CTCC--TA----G-ACACC-T-G------AT-CCCA--CCTC-----G---GT-GAGT-CCA-GGGG-T-CC--GTG-----CT-TA-T----CC--A-AC-TCTTGT---TTTTGTATTTT---G-C--TTGGTTTTACA-----------A-----------G-----A------T--TCA--T------C-AGTG-TTCGTT-ATCTTTA
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gi|9                          :                                                                                    GTCAA---CTG--G-ATATGTTTTATATCGATCGTTCCGGTCGTTCT-----ATACAATTAATTTGCCTGCAGAT-T-ACTCC---------TGATGGA--AGAAGCAG-GACT-T---CAT-GGCG--TATGTG--ACCGTTTCCACAT-----TGCATT--G---CTTA-ttc
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TGCTCAGCTCTTAATTTTGTACTTCTTATAGGATTTATAAGACTCTTTGATGTTCATTGTCTGTCTTTACCTTTCCATTCCT
Unaligned ( gi|39 ): ACCCTTGTTTTGTATTCTATTTTGGACTACTGTGTTCGCTACCTTTGCCTTTATA






Alignments
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Reference ( family-1147 )     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGATCTAGTTTCNCCNATACAACCTGCCTNTTNCGTCAAG-T-CTGTCG-ACGTGTTTCACACCGATTGTTA-GACCGTTCTT---TATACA-------------CAGAT-T-ACTCCGTAT-A-CCTGATC-A--AGA--CAATGGNT-T---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCGA---CANGGG--A-T--G---CTTA-CTC-CTCC--TA----G-GCACC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-ATAT-CCA-GGGG-T-CC--GTG-----TT-TG-C----CC--A-AC-TCT-----T-T-AANTTTG-TATTCC---G-T--ATGG------G------A-----------G-----A------T--TG--A--T------C-ACTG-TTCGTT-ATATTCACCT
gi|1                          :                                                 ACGATCTAGTTT-GCCAATACAACCTGCCTTTTTTGTCAAGTT-CTGTCG-ACGTGTTTCATACCGATTGTCA-GACCGTTCTT---TATACA-------------CAAAT-T-ACTCCGTAT-A-CCTGGTC-A--AGA--CAATGGCT-T---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCGA---TATGGG--A-T--G---CTTA-CTC-CTCC--TA----G-GCACC-T-G------AT-CCCA--TCTCT----G---GT-ATAT-CCA-GGGG-T-CC--TTG-----TT-TG-C----CC--A-AC-TCT-----T-TAAAATTTG-TAATCT---G-T--ATGA------G------A-----------G-----A------T--TG--A--T------C-ACTG-TTCATT-ATATTCACCT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                              acaatgcacgtttaaagtcagcatttcgtaggttctatggtcgatataTA-CTT-CACT--TA----G-ACACC-C-G------AT-TCCA--TATGG----G---GT-TTTT-CCA-GGGG-T-CC--ACA-----TT-GA-C----TC-----C-TCT-----C---AATTTTG-TATTTT---T-C--ATGGTGTTTTGTTTTTTA-----------A-----A------T--TG--A--T------C-ACTGTTTCATT-ATTGTCACC
gi|11                         :                                                                                                                                                                        gTAT-A---TGTTC-A--TGA--CAATGAGC-T---CAT-GATT--GGTGTG--ACCG-GTCGA---CAGGAT--A-T--G---CTTA-CTC-CACC--TA----C-GTACC-T-A------AG-CATC--CCTCT----G---GT-GTAT-CTA--GGG-T-CCTTTTG-----TT-TG-C----CC--A-AG-TCT-----T-ct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  -GCACC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-GTct
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                    CACC-T-G------AT-CCCC--TCCCTAGGTG---GT-ATA---CA-GGGC-T-CC--GTG-----TTGTG-C----TC--G-AT-TCC-----C-C-AA-TTTA-TATTTC---ATT--GTAG------G------A-----------G-----AGTGGACT--TG--A--T------C-ACTG-Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntcgtatgctattttgggacttacaagattgatcttgcctttatat
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -----T-T-AATTTTG-TATTTTTATG-TGAATGAT-----G------A-----------A-----A------T--TG--A--T------C-GCTG-TTCGTT-ATATTCACtctt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                         atgtgttttgccgttttatgtacgattttccatgctttaa--A-T--A---TTTA-C---CTCC--AA----G-ACGTC-C-G------AT-CCCA--C--CT----G---GT-GTTG-CCA-GGTG-T-CC--AT---------------------------------------AGTTTG-GAT------G-T--AC--------G------A-----------G-----A------T--GG--A--T------C-GCTG-CTCGTT-ATATTCAtgtttcca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                              atggat--GGTACT--ACCA-GTTG----CATGGA--A-T--G---TTCA-CTT-CACT--TACGAGG-GTACC-T-G------GA-TACG--CCTTT----G---GT-ATAT-CCA-AGGG-T-CC--AAG-----TA-TG-C----CT--A----TAT-----C-T-CAATTTG-ttatt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            ------AT-CCCA--CTCCT----GT--GT-A-GT-CCA-GGGGGTACC--GTG-----TT-TT-CACAACC--A-GC-TCT-----TAT-GTTTTGG-TATTAT---G-T--TTGG------G------G-----------G-----A------C--T
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gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        -T-G------AT-CCCA--TCTAT----GTA-GT-AT----CA-GTGG-T-TC--TTG-----TT-TA-G----TT--A-AC-TCT-----T----ACTTTG-TAGTTC---A----ATAG------G------A-----------G-----G------T--TT--A--TGTC---C-ACTG-TTAGTT-ATATgcattcatcgtag
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -ATTT-CCA-GTGG-T-AC--AT------TT-TG-C----TT--T-AC-TCT-----C---AATTTTG-TAATCT---G-C--ATAA------G------A-----------T-----A------TA-TG--A--TATCCACC-ATTG-TT--TT-ATATTCA
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gi|24                         :                                                                                                                                  agT---TATACA-------------TA------ACCCCATAT-A-CCTAATC-AGAAAA--CA-TGTTT-TGAACAT-GG----ATTGTG--ACCG-ATCGA---CACGAG--C-T--G---CTTA-CTT-Cttta
gi|25                         :                                                                                                                                     ---TATACA-------------TA------ACCCCATAT-A-CCTAATC-AGAAAA--CA-TGTTT-TGAACAT-GG----ATTGTG--ACCG-ATCGA---CACGAG--C-T--G---CTTA-CTT-CCCc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ----G---GT-GTAT-CTA-GGGT-G-CC--GTA-----TTCTG-G----T-----AT-TCT-----T-T-A----TGAGAT------G-T--A--A------G------A-----------T-----A------T--TG--A--T------C-GCTG-TTCGTA-ATATTTACCT
gi|27                         :                                                                                                                    TTGATA-GAGCTTTCCT---TATGCA-------------CTGAC-T-TCTCCGTAT-A-CCTGATC-A--AGA--TGA-AGAT-T-----------------TG--ACCG-GTCGA---AAAGGtt
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              T-CCG-AGGG-T-CC--TTG-----TT-TG-T----CC--T-AT-T-T-----T-C-AAA------A------------ATG--------------A-----------G-----G------T--TG--A--G------C-ACTG-TTAGTT-ATATTCAC
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttATC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-GTGT-CCA-Gtct
gi|3                          :                                                                                                                                                  taagactgattacattcatcgctgttcctttatattat--AGA--CAATGACCCT---CATAGGCGCAGATGTTTTACAAAGTCGAAACCAGGGGGGA-T--GGCTTTTA-CTTTCTCCCTTA----ACGCACCCT-T------AT-CCCAAACCCTT----G---GT-ATAT-CCA-GGGC-C-CT--GCGGGTTTTT-TT-C----CC--A-AC-TTTTTTTGT-T-TTTTTTG-TATTCT---G----ATTA------ACC----A-----------G-----A------T--TGAAA--T------C-GCT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         --TA----T-GCACC-T-C------AT-CCCA--TCTCC----G---AT-ATGT-CTT-GAGG-T-CC--GC------TT-TA-C----CC--T-A--TCT-----T-T-AAATTTG-TATTtcaacttatttttggtttt
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      CC-C-A------AT-CTCA--CCTCA----G---TT-ATAT-CCT-GGGT-T-CA----G-----TT-TG-C----TT--A-GC-T-T-----A-T-AAATTT--TATTCC---A-T--TTG
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                 --A-T--A---CTTA-CTC-CT-----A----G-ACACG-C-G------GT-CTTA--CCTCT----G---GC-ATGT-CCA--GCG-T-CC--ATG-----TG-TG-C----
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                atatgcaA---CAAGTG--A-C--A---GTTC-CTC-CTCC--AA----G-ACAA--T-G------AT-CACA--CCTCT----G---G--GTGT-CCA-GGGA-T-CC--AT
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        -T-G------ATTCCCA--TCACT----G---GT-GTTT-CCA-GAGA-T-CT--TTG-----TT-TG-C----CA--T-AC-TC------T-C-AATTTTG-TAtta
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -CCA-GGGG-T-CT--TTG-----TT-TC-A----CCTGA-GC-TCT-----T----AATTTG-TATTCT---T-T--ATAA------G------A-------------------------------A--T------C-ACTG-TTCat
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A--TCTCT----G---GT-ATAT-TCA-GGGG-T-CC--GTG-----TA-TA-CG---AC--A-AT-TC--------T-GAATTTG-TATTCT---G-T--AT
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                       -T---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCAA---CGAGAG--A-T--G---CTTA-GTT-CTCa
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                      ctgatgaaattagaacTCC--TA----G-GCACT-T-G------AT-CGCA--CCTCT----G---GT-TTGT-ACA-GG
gi|4                          :                                                                                                             ccgataaatcgatttgcatTTCTT---TCTACA-------------TGAAT-TGACTACA-ATGA-CCTGATC-A---GA--CA-------T--------------GTGTG--AC---GTCAA---CA-GGG--A-T--G---CTTAACTC-CTCC--TA----G-CCACC-TTG------AT-CTCA--CACTG----G---GG-A----CCA-G----T-CC---TG-----TT-TGAC----CC--A-AC-TC----------GGCTATG-TAT-CC---A-T---TAG------G------A-----------GTGACGA------CA-TG--A--T------C-ACTG-TTTATT-ATATTCGCTT
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    C---G-T--A--A------G------A-----------G-----A------T--TG--A--T------C-ACTG-TTAGTT-GTATTCACCT
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tttaaaactttaaa---GT-ATAT-CCG-AGGG-T-CC--GTG-----TT-TG-C----CA--A-GC-TCT-----T----AATTTG-TATTCC---G-T--ATt
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                 --A-T--G---TTTA-CTC-CTGC--TA----G-GCACC-T-G------AT-AATA--CA-CT----G---GT-ATAT-CCA-G
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aA-AGGG-T-CC--GTG-----TT-TG-C----TC--A-AC-CCT-----T----AATTTG-TAATCC---G-T--ATAG------G------A-----------
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                 --A-T--G---CTTA-CTC-TTCG--TA----G-ACACT-T-G------AT-CCCA--TCTTT----G---GT--TTT-CCA-
gi|45                         :                                                                                                  G-ACGTGCTCCACACCAATTGTTA-GACCGTTATT---TATAC
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          -G------AT-CCCA--TCTTT----A---AT-ATAC-CCA-GTGG-T-CC--ATG-----TT-TG-C----CC--A-AC-Tgtacat
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                             TTA-CTT-CTCT--TA----C-GCACC-T-G------AT-CTCA--C--CT----G---AT-ATAT-CCA-GGG
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                    CACT-T-G------AT-CCCA--TCTAT----A---GT-ACAT-CCA-GGGG-T-CC--ATA-----TT-T
gi|49                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    -CTCC--TA----G-GCA-----------------------TCC----G---GT-ATAT-CCA-GGGG-T-CC--TTG-----TT-TG-C----CC--
gi|5                          :                                                                                                                                                                      CCGTTT-A-CCTGATC-A--ACA--CTATGGGT-T---CAA-GGCT--GGTATG--ACCG-ATCAA---CATTTG--A-T--G---GTTG-TTT-CTCC--TA----G-GCACC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-GTGT-CCA-GGGG-G-CCT-GTG-----TT-TT-A----CC--A-AC-ACT-----TGT---TTTTG-TATTCT---A-T--TTGG------G------A-------------------------------C--T------T-ACTG-TTCGTT-ATCTTTGCCT
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|23 ): TGCTCAGCTCTTAATTTTGTACTTCTTATAGGATTTATAAGACTCTTTGATGTTCATTGTCTGTCTTTACCTTTCCATTCCT
Unaligned ( gi|39 ): ACCCTTGTTTTGTATTCTATTTTGGACTACTGTGTTCGCTACCTTTGCCTTTATA






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Reference ( family-1147 )     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGATCTAGTTTCNCCNATACAACCTGCCTNTTNCGTCAAG-T-CTGTCG-ACGTGTTTCACACCGATTGTTA-GACCGTTCTT---TATACA-------------CAGAT-T-ACTCCGTAT-A-CCTGATC-A--AGA--CAATGGNT-T---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCGA---CANGGG--A-T--G---CTTA-CTC-CTCC--TA----G-GCACC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-ATAT-CCA-GGGG-T-CC--GTG-----TT-TG-C----CC--A-AC-TCT-----T-T-AANTTTG-TATTCC---G-T--ATGG------G------A-----------G-----A------T--TG--A--T------C-ACTG-TTCGTT-ATATTCACCT
gi|1                          :                                                 ACGATCTAGTTT-GCCAATACAACCTGCCTTTTTTGTCAAGTT-CTGTCG-ACGTGTTTCATACCGATTGTCA-GACCGTTCTT---TATACA-------------CAAAT-T-ACTCCGTAT-A-CCTGGTC-A--AGA--CAATGGCT-T---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCGA---TATGGG--A-T--G---CTTA-CTC-CTCC--TA----G-GCACC-T-G------AT-CCCA--TCTCT----G---GT-ATAT-CCA-GGGG-T-CC--TTG-----TT-TG-C----CC--A-AC-TCT-----T-TAAAATTTG-TAATCT---G-T--ATGA------G------A-----------G-----A------T--TG--A--T------C-ACTG-TTCATT-ATATTCACCT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                              acaatgcacgtttaaagtcagcatttcgtaggttctatggtcgatataTA-CTT-CACT--TA----G-ACACC-C-G------AT-TCCA--TATGG----G---GT-TTTT-CCA-GGGG-T-CC--ACA-----TT-GA-C----TC-----C-TCT-----C---AATTTTG-TATTTT---T-C--ATGGTGTTTTGTTTTTTA-----------A-----A------T--TG--A--T------C-ACTGTTTCATT-ATTGTCACC
gi|11                         :                                                                                                                                                                        gTAT-A---TGTTC-A--TGA--CAATGAGC-T---CAT-GATT--GGTGTG--ACCG-GTCGA---CAGGAT--A-T--G---CTTA-CTC-CACC--TA----C-GTACC-T-A------AG-CATC--CCTCT----G---GT-GTAT-CTA--GGG-T-CCTTTTG-----TT-TG-C----CC--A-AG-TCT-----T-ct
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                  -GCACC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-GTct
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              -----T-T-AATTTTG-TATTTTTATG-TGAATGAT-----G------A-----------A-----A------T--TG--A--T------C-GCTG-TTCGTT-ATATTCACtctt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                         atgtgttttgccgttttatgtacgattttccatgctttaa--A-T--A---TTTA-C---CTCC--AA----G-ACGTC-C-G------AT-CCCA--C--CT----G---GT-GTTG-CCA-GGTG-T-CC--AT---------------------------------------AGTTTG-GAT------G-T--AC--------G------A-----------G-----A------T--GG--A--T------C-GCTG-CTCGTT-ATATTCAtgtttcca
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                              atggat--GGTACT--ACCA-GTTG----CATGGA--A-T--G---TTCA-CTT-CACT--TACGAGG-GTACC-T-G------GA-TACG--CCTTT----G---GT-ATAT-CCA-AGGG-T-CC--AAG-----TA-TG-C----CT--A----TAT-----C-T-CAATTTG-ttatt
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                            ------AT-CCCA--CTCCT----GT--GT-A-GT-CCA-GGGGGTACC--GTG-----TT-TT-CACAACC--A-GC-TCT-----TAT-GTTTTGG-TATTAT---G-T--TTGG------G------G-----------G-----A------C--T
gi|19                         :                                             cttcACGATCTAGTTTCCCCCATACAACCTGCC-ATTGCGTCAAA-TACTGTCGCACTTTTTTCACAGCAATTTCTA-TATCGTTCGT---TATGCA-------------CATAT-T-cgtacgatgtt
gi|2                          :                                                                                                                     TGTAA-GACCGTTCTTGACTAT------------------GATAT-AACCCGCTT-A-CGTAATC-A--AGA--CAATGG-T-C---CAT-TTCG--GGTG-----CTG-GTCGA---AA------A-TAAG---CGTA-CT--TTTC--GA----A-ACACA-C-G------A--CTCA--CCTCA----G---TTAATATCCCACGGGA-T------TG-----CT----C----CT--ATACATTT-----T-T-AATTCCA-T-TTGC---A-TG-ATGG------A------G-----------G-----A------TCATG--AGTT------CGACT--TTCATCAATATT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        -T-G------AT-CCCA--TCTAT----GTA-GT-AT----CA-GTGG-T-TC--TTG-----TT-TA-G----TT--A-AC-TCT-----T----ACTTTG-TAGTTC---A----ATAG------G------A-----------G-----G------T--TT--A--TGTC---C-ACTG-TTAGTT-ATATgcattcatcgtag
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -ATTT-CCA-GTGG-T-AC--AT------TT-TG-C----TT--T-AC-TCT-----C---AATTTTG-TAATCT---G-C--ATAA------G------A-----------T-----A------TA-TG--A--TATCCACC-ATTG-TT--TT-ATATTCA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                   c-T--G---CTTA-CTT-CT-----A----G-GCACC-G-A------AT-TCCA------T----GAACGG-ATTT-CCA-GAGG-T-CC--GTA-----CT-TG-T----AC--T-AC-T-T-----T-C-AATTTTG-TATCCatttt
gi|24                         :                                                                                                                                  agT---TATACA-------------TA------ACCCCATAT-A-CCTAATC-AGAAAA--CA-TGTTT-TGAACAT-GG----ATTGTG--ACCG-ATCGA---CACGAG--C-T--G---CTTA-CTT-Cttta
gi|25                         :                                                                                                                                     ---TATACA-------------TA------ACCCCATAT-A-CCTAATC-AGAAAA--CA-TGTTT-TGAACAT-GG----ATTGTG--ACCG-ATCGA---CACGAG--C-T--G---CTTA-CTT-CCCc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ----G---GT-GTAT-CTA-GGGT-G-CC--GTA-----TTCTG-G----T-----AT-TCT-----T-T-A----TGAGAT------G-T--A--A------G------A-----------T-----A------T--TG--A--T------C-GCTG-TTCGTA-ATATTTACCT
gi|27                         :                                                                                                                    TTGATA-GAGCTTTCCT---TATGCA-------------CTGAC-T-TCTCCGTAT-A-CCTGATC-A--AGA--TGA-AGAT-T-----------------TG--ACCG-GTCGA---AAAGGtt
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              T-CCG-AGGG-T-CC--TTG-----TT-TG-T----CC--T-AT-T-T-----T-C-AAA------A------------ATG--------------A-----------G-----G------T--TG--A--G------C-ACTG-TTAGTT-ATATTCAC
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttATC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-GTGT-CCA-Gtct
gi|3                          :                                                                                                                                                  taagactgattacattcatcgctgttcctttatattat--AGA--CAATGACCCT---CATAGGCGCAGATGTTTTACAAAGTCGAAACCAGGGGGGA-T--GGCTTTTA-CTTTCTCCCTTA----ACGCACCCT-T------AT-CCCAAACCCTT----G---GT-ATAT-CCA-GGGC-C-CT--GCGGGTTTTT-TT-C----CC--A-AC-TTTTTTTGT-T-TTTTTTG-TATTCT---G----ATTA------ACC----A-----------G-----A------T--TGAAA--T------C-GCT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         --TA----T-GCACC-T-C------AT-CCCA--TCTCC----G---AT-ATGT-CTT-GAGG-T-CC--GC------TT-TA-C----CC--T-A--TCT-----T-T-AAATTTG-TATTtcaacttatttttggtttt
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      CC-C-A------AT-CTCA--CCTCA----G---TT-ATAT-CCT-GGGT-T-CA----G-----TT-TG-C----TT--A-GC-T-T-----A-T-AAATTT--TATTCC---A-T--TTG
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                 --A-T--A---CTTA-CTC-CT-----A----G-ACACG-C-G------GT-CTTA--CCTCT----G---GC-ATGT-CCA--GCG-T-CC--ATG-----TG-TG-C----
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                atatgcaA---CAAGTG--A-C--A---GTTC-CTC-CTCC--AA----G-ACAA--T-G------AT-CACA--CCTCT----G---G--GTGT-CCA-GGGA-T-CC--AT
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        -T-G------ATTCCCA--TCACT----G---GT-GTTT-CCA-GAGA-T-CT--TTG-----TT-TG-C----CA--T-AC-TC------T-C-AATTTTG-TAtta
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -CCA-GGGG-T-CT--TTG-----TT-TC-A----CCTGA-GC-TCT-----T----AATTTG-TATTCT---T-T--ATAA------G------A-------------------------------A--T------C-ACTG-TTCat
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A--TCTCT----G---GT-ATAT-TCA-GGGG-T-CC--GTG-----TA-TA-CG---AC--A-AT-TC--------T-GAATTTG-TATTCT---G-T--AT
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                       -T---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCAA---CGAGAG--A-T--G---CTTA-GTT-CTCa
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                      ctgatgaaattagaacTCC--TA----G-GCACT-T-G------AT-CGCA--CCTCT----G---GT-TTGT-ACA-GG
gi|4                          :                                                                                                             ccgataaatcgatttgcatTTCTT---TCTACA-------------TGAAT-TGACTACA-ATGA-CCTGATC-A---GA--CA-------T--------------GTGTG--AC---GTCAA---CA-GGG--A-T--G---CTTAACTC-CTCC--TA----G-CCACC-TTG------AT-CTCA--CACTG----G---GG-A----CCA-G----T-CC---TG-----TT-TGAC----CC--A-AC-TC----------GGCTATG-TAT-CC---A-T---TAG------G------A-----------GTGACGA------CA-TG--A--T------C-ACTG-TTTATT-ATATTCGCTT
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    C---G-T--A--A------G------A-----------G-----A------T--TG--A--T------C-ACTG-TTAGTT-GTATTCACCT
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tttaaaactttaaa---GT-ATAT-CCG-AGGG-T-CC--GTG-----TT-TG-C----CA--A-GC-TCT-----T----AATTTG-TATTCC---G-T--ATt
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                 --A-T--G---TTTA-CTC-CTGC--TA----G-GCACC-T-G------AT-AATA--CA-CT----G---GT-ATAT-CCA-G
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aA-AGGG-T-CC--GTG-----TT-TG-C----TC--A-AC-CCT-----T----AATTTG-TAATCC---G-T--ATAG------G------A-----------
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                 --A-T--G---CTTA-CTC-TTCG--TA----G-ACACT-T-G------AT-CCCA--TCTTT----G---GT--TTT-CCA-
gi|45                         :                                                                                                  G-ACGTGCTCCACACCAATTGTTA-GACCGTTATT---TATAC
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          -G------AT-CCCA--TCTTT----A---AT-ATAC-CCA-GTGG-T-CC--ATG-----TT-TG-C----CC--A-AC-Tgtacat
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                             TTA-CTT-CTCT--TA----C-GCACC-T-G------AT-CTCA--C--CT----G---AT-ATAT-CCA-GGG
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                    CACT-T-G------AT-CCCA--TCTAT----A---GT-ACAT-CCA-GGGG-T-CC--ATA-----TT-T
gi|49                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    -CTCC--TA----G-GCA-----------------------TCC----G---GT-ATAT-CCA-GGGG-T-CC--TTG-----TT-TG-C----CC--
gi|5                          :                                                                                                                                                                      CCGTTT-A-CCTGATC-A--ACA--CTATGGGT-T---CAA-GGCT--GGTATG--ACCG-ATCAA---CATTTG--A-T--G---GTTG-TTT-CTCC--TA----G-GCACC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-GTGT-CCA-GGGG-G-CCT-GTG-----TT-TT-A----CC--A-AC-ACT-----TGT---TTTTG-TATTCT---A-T--TTGG------G------A-------------------------------C--T------T-ACTG-TTCGTT-ATCTTTGCCT
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                G--A-T--G---CTTT-CTC-CTCC--TA----G-ACACC-T-G------AT-GCCA--ttac
gi|6                          :                                                                                                                                                                          gc-A-TCTGATC-A--AGA--CTATGAGC-G---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCAA---CAGGTG--A-T--G---CTTT-CTC-CTCC--TA----G-ACACC-T-G------AT-CCCA--CCTC-----G---GT-GAGT-CCA-GGGG-T-CC--GTG-----CT-TA-T----CC--A-AC-TCT-----TGT---TTTTG-TATTTT---G-C--TTGGTTTTACA------A-----------G-----A------T--TC--A--T------C-AGTG-TTCGTT-ATCTTTA
gi|7                          :                                                                                                                                           ACT-------------CAGAT-T-ACTCTGTTT-A-TCTGATG-G--AGA---ATTGGGTCT---CAT-GTAG--GGT--------G-GTCGA---CAA-GG--A-T--G---TGTA-TTC-CTCC--CA----G-ATA---T-T------AT-CCAA--ACTTT----G---GT-A-----CA-A------------G-----TA-TA-T----CT--A-A---TT-----T-T-AAA---G-AATT-------T--AT--------G------A-----------A-----A------T--TG--G--T------T-ACTG-TTCATT-t
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                     ttgaGTG--ACCG-GTCAA---CAGAGG--C-T--G---CTTA-CTC-CTTT--TA----G-GTACC-G-GTACCTTAT-CCCA--CCTCT----A---AT-GTGT-CCT-GTGG-T-CC--GTC-----TT-TA-T----TC--A-GC-T-T-----T-T-AATTTTG-CGGTTC---T-T--ATGG------G------AGTTATGAAATTG-----A------T--TG--G--T------C-ACTG-TTTATT-ATATTTACCTtaaccattt
gi|9                          :                                                                                    GTCAA----CTG--G-ATATGTTTTATATCGATCGTTCCGGTCGTTCT-----ATACAATTAATTTGCCTGCAGAT-T-ACTCC---------TGATGGA--AGAAGCAG-GACT-T---CAT-GGCG--TATGTG--ACCGTTTCCA---CATTGC--ATT--G---CTTA-ttc


blockSeqs                     :                                                             CC  C            A   G      ATA    T  C                      C          GAC      ATTAATTTGCCTGCAG  A G       A G T       G GA   AG  AT TTTTGAA   TA  CGCA      TT    A     AAC  G   GG T AA GCT    A   T    CT  CGAG C     C T TACCTT  T    AA     AGGT AAC  A  T C   C    G A  TTT  GGTTT  G  A ACAA  TGA   A C TTTTGTTTTT      A    TTTCATGGTGTTTTGTTTTTTAAAT                                AA GT ATCCAC G    T      A
blockSeqs                     :                                                                                         .      .  .                      .          .        CAT               . .       T . .       . GA   .   AT TTTTGAA   T   TT        .     T     .    G   .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    TA   .  A .   .    . .  TG   .      C  . G     AT    . C TATGTT          .    TCTTATGGGAGTTATGAAATTGAT                                 .  .  GTC    .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                   .                      .          .        CAT               . .       A . .       . .    .   AT ACCCT     C   CG        .     .     .    T   .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    T    .  A .   .    . .  A    .      .  . .     A     . C TTAAT           .    TCATTGTAGGAGAGTGGACT                                     .  .  .      .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                          .          .        CTG               . .       A . .       . .    .   AT GGTCT     T   CG        .     .     .    C   .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  T .   .    . .  G    .      .  . .     G     . A CTCAA           .    TTTATGTGAATGATGAAAT                                      .  .  .      .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                          .          .        TGA               . .       A . .       . .    .   AT AGCT      T   CG        .     .     .    C   .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  A .   .    . .  A    .      .  . .     A     . C TTAAT           .    TTGCTTGGTTTTACAAGAT                                      .  .  .      .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                     .        CAG               . .       A . .       . .    .   AT GGTC      T   CT        .     .     .    A   .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  G .   .    . .  A    .      .  . .     A     . T TCAAT           .    CCATTAGGAGTGACGACA                                       .  .  .      .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                     .        TA                . .       T . .       . .    .   TT GATT      C   CG        .     .     .    G   .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  A .   .    . .  G    .      .  . .     A     . C TCAAA           .    GCATGATGGAGGATCA                                         .  .  .      .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                     .        TA                . .       T . .       . .    .   T  GGTT      A   AG        .     .     .    A   .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  T .   .    . .  T    .      .  . .     T     . C TTAAA           .    CTGCATAAGATATA                                           .  .  .      .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                     .        G                 . .       . . .       . .    .   T  AGCG      C   CG        .     .     .    A   .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  T .   .    . .  A    .      .  . .     T     . C ATAAA           .    CTGATTAACCAGAT                                           .  .  .      .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                          . . .       . .    .   A  ACTT      T   .         .     .     .    T   .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  A .   .    . .  G    .      .  . .     T     . T TCAAT           .    ATGTTTGGGGGAC                                            .  .  .      .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                            . .       . .    .   G  GTC       T   .         .     .     .    G   .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  G .   .    . .  G    .      .  . .     A     . C TTAAA           .    TCAATAGGAGGT                                             .  .  .      .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                        .    .   .  T         .   .         .     .     .    A   .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  A .   .    . .  T    .      .  . .     T     . C TTAAT           .    CTTTATAAGA                                               .  .  .      .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                              .   .         .     .     .    G   .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  G .   .    . .  G    .      .  . .     A     . C CAAT            .    CTATTTGGGA                                               .  .  .      .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .     .     .    T   .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  A .   .    . .  G    .      .  . .     T     . C CCAA            .    GTACGAGAT                                                .  .  .      .    .      .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                            .     .     .    .   .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  G .   .    . .  A    .      .  . .     A     . C CAAT            .    GTAAGATAT                                                .  .  .      .    .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                        .    .   .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  G .   .    . .  A    .      .  . .     A     . C TGAA            .    TATGAAAT                                                 .  .  .      .    .       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  T .   .    . .  T    .      .  . .     A     . C TGTT            .    ATGAGGT                                                  .  .  .      .            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  A .   .    . .  T    .      .  . .     A     . C TGTT            .                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  G .   .    . .  G    .      .  . .     A     . C TAC             .                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                 .  . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  A .   .    . .  G    .      .  . .     A     . T TTA             .                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                    . .  .      .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  A .   .    . .  G    .      .  . .     A     . . TAA             .                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                .   .    .   .    .     . . .       .    .      .    .    .  T .   .    . .  A    .      .  . .     A     . . GGC             .                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                .   .             .     . . .       .    .      .    .    .  A .   .    . .  A    .      .  . .     A     . . TAA             .                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                        . . .       .    .      .    .    .  A .   .    . .  T    .      .  . .     .     . . TAA             .                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                        . . .       .    .      .    .    .  A .   .    . .  G    .      .  . .     .     . . AG              .                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                        . . .       .    .      .    .    .  A .   .    . .  G    .      .  . .     .     .                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                        . . .       .    .      .    .    .  G .   .    . .  .    .      .  . .                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                        . . .       .    .      .    .    .  G .   .    . .  .    .      .  . .                                                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                        . . .       .    .      .    .    .  G .   .    . .  .    .      .                                                                                                                            
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                          . .       .    .      .    .    .  . .   .    . .  .                                                                                                                                        
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                            .       .    .      .    .    .  . .   .                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     .    .  . .   .                                                                                                                                                  
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          .    .   .                                                                                                                                                  
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blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   .                                                                                                                                                  


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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-1147 )     : NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNACGATCTAGTTTCNCCNATACAACCTGCCTNTTNCGTCAAG-T-CTGTCG-ACGTGTTTCACACCGATTGTTA-GACCGTTCTT---TATACA-------------CAGAT-T-ACTCCGTAT-A-CCTGATC-A--AGA--CAATGGNT-T---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCGA---CANGGG--A-T--G---CTTA-CTC-CTCC--TA----G-GCACC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-ATAT-CCA-GGGG-T-CC--GTG-----TT-TG-C----CC--A-AC-TCT-----T-T-AATTTTG-TATTCC---G-T--ATGG------G------A-----------G-----A------T--TG--A--T------C-ACTG-TTCGTT-ATATTCACCT
gi|1                          :                                                 ACGATCTAGTTT-GCCAATACAACCTGCCTTTTTTGTCAAGTT-CTGTCG-ACGTGTTTCATACCGATTGTCA-GACCGTTCTT---TATACA-------------CAAAT-T-ACTCCGTAT-A-CCTGGTC-A--AGA--CAATGGCT-T---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCGA---TATGGG--A-T--G---CTTA-CTC-CTCC--TA----G-GCACC-T-G------AT-CCCA--TCTCT----G---GT-ATAT-CCA-GGGG-T-CC--TTG-----TT-TG-C----CC--A-AC-TCT-----T-TAAAATTTG-TAATCT---G-T--ATGA------G------A-----------G-----A------T--TG--A--T------C-ACTG-TTCATT-ATATTCACCT
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                              acaatgcacgtttaaagtcagcatttcgtaggttctatggtcgatataTA-CTT-CACT--TA----G-ACACC-C-G------AT-TCCA--TATGG----G---GT-TTTT-CCA-GGGG-T-CC--ACA-----TT-GA-C----TC-----C-TCT-----C---AATTTTG-TATTTT---T-C--ATGGTGTTTTGTTTTTTA-----------A-----A------T--TG--A--T------C-ACTGTTTCATT-ATTGTCACC
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gi|19                         :                                             cttcACGATCTAGTTTCCCCCATACAACCTGCC-ATTGCGTCAAA-TACTGTCGCACTTTTTTCACAGCAATTTCTA-TATCGTTCGT---TATGCA-------------CATAT-T-cgtacgatgtt
gi|2                          :                                                                                                                     TGTAA-GACCGTTCTTGACTAT------------------GATAT-AACCCGCTT-A-CGTAATC-A--AGA--CAATGG-T-C---CAT-TTCG--GGTG-----CTG-GTCGA---AA------A-TAAG---CGTA-CT--TTTC--GA----A-ACACA-C-G------A--CTCA--CCTCA----G---TTAATATCCCACGGGA-T------TG-----CT----C----CT--ATACATTT-----T-T-AATTCCA-T-TTGC---A-TG-ATGG------A------G-----------G-----A------TCATG--AGTT------CGACT--TTCATCAATATT
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        -T-G------AT-CCCA--TCTAT----GTA-GT-AT----CA-GTGG-T-TC--TTG-----TT-TA-G----TT--A-AC-TCT-----T----ACTTTG-TAGTTC---A----ATAG------G------A-----------G-----G------T--TT--A--TGTC---C-ACTG-TTAGTT-ATATgcattcatcgtag
gi|21                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          -ATTT-CCA-GTGG-T-AC--AT------TT-TG-C----TT--T-AC-TCT-----C---AATTTTG-TAATCT---G-C--ATAA------G------A-----------T-----A------TA-TG--A--TATCCACC-ATTG-TT--TT-ATATTCA
gi|22                         :                                                                                                                                                                                                                                                   c-T--G---CTTA-CTT-CT-----A----G-GCACC-G-A------AT-TCCA------T----GAACGG-ATTT-CCA-GAGG-T-CC--GTA-----CT-TG-T----AC--T-AC-T-T-----T-C-AATTTTG-TATCCatttt
gi|23                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ag-TG-C----TC--A-GC-TCT-----T---AATTTTG-TACTTC---T-T--ATAG------G------A-----------ttta
gi|24                         :                                                                                                                                    T---TATACA-------------TA------ACCCCATAT-A-CCTAATC-AGAAAA--CA-TGTTT-TGAACAT-GG----ATTGTG--ACCG-ATCGA---CACGAG--C-T--G---CTTA-CTT-Ctttataagactctttgatgttcattgtctgtctttacctttccattcct
gi|25                         :                                                                                                                                     ---TATACA-------------TA------ACCCCATAT-A-CCTAATC-AGAAAA--CA-TGTTT-TGAACAT-GG----ATTGTG--ACCG-ATCGA---CACGAG--C-T--G---CTTA-CTT-CCCc
gi|26                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                ----G---GT-GTAT-CTA-GGGT-G-CC--GTA-----TTCTG-G----T-----AT-TCT-----T-T-A----TGAGAT------G-T--A--A------G------A-----------T-----A------T--TG--A--T------C-GCTG-TTCGTA-ATATTTACCT
gi|27                         :                                                                                                                    TTGATA-GAGCTTTCCT---TATGCA-------------CTGAC-T-TCTCCGTAT-A-CCTGATC-A--AGA--TGA-AGAT-T-----------------TG--ACCG-GTCGA---AAAGGtt
gi|28                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              T-CCG-AGGG-T-CC--TTG-----TT-TG-T----CC--T-AT-TTT-----C-A-AA-------A------------ATG--------------A-----------G-----G------T--TG--A--G------C-ACTG-TTAGTT-ATATTCAC
gi|29                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                   ttATC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-GTGT-CCA-Gtct
gi|3                          :                                                                                                                                                  taagactgattacattcatcgctgttcctttatattat--AGA--CAATGACCCT---CATAGGCGCAGATGTTTTACAAAGTCGAAACCAGGGGGGA-T--GGCTTTTA-CTTTCTCCCTTA----ACGCACCCT-T------AT-CCCAAACCCTT----G---GT-ATAT-CCA-GGGC-C-CT--GCGGGTTTTT-TT-C----CC--A-AC-TTTTTTTGT-T-TTTTTTG-TATTCT---G----ATTA------ACC----A-----------G-----A------T--TGAAA--T------C-GCT
gi|30                         :                                                                                                                                                                                                                                                                         --TA----T-GCACC-T-C------AT-CCCA--TCTCC----G---AT-ATGT-CTT-GAGG-T-CC--GC------TT-TA-C----CC--T-A--TCT-----T-T-AAATTTG-TATTtcaacttatttttggtttt
gi|31                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                      CC-C-A------AT-CTCA--CCTCA----G---TT-ATAT-CCT-GGGT-T-CA----G-----TT-TG-C----TT--A-GC-TTA-----T-A-AATTT---TATTCC---A-T--TTG
gi|32                         :                                                                                                                                                                                                                                                 --A-T--A---CTTA-CTC-CT-----A----G-ACACG-C-G------GT-CTTA--CCTCT----G---GC-ATGT-CCA--GCG-T-CC--ATG-----TG-TG-C----
gi|33                         :                                                                                                                                                                                                                                atatgcaA---CAAGTG--A-C--A---GTTC-CTC-CTCC--AA----G-ACAA--T-G------AT-CACA--CCTCT----G---G--GTGT-CCA-GGGA-T-CC--AT
gi|34                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        -T-G------ATTCCCA--TCACT----G---GT-GTTT-CCA-GAGA-T-CT--TTG-----TT-TG-C----CA--T-AC-TC------T-C-AATTTTG-TAtta
gi|35                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               -CCA-GGGG-T-CT--TTG-----TT-TC-A----CCTGA-GC-TC------T-T-AA-TTTG-TATTCT---T-T--ATAA------G------A-------------------------------A--T------C-ACTG-TTCat
gi|36                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                        A--TCTCT----G---GT-ATAT-TCA-GGGG-T-CC--GTG-----TA-TA-CG---AC--A-AT-TC--------T-GAATTTG-TATTCT---G-T--AT
gi|37                         :                                                                                                                                                                                                       -T---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCAA---CGAGAG--A-T--G---CTTA-GTT-CTCa
gi|38                         :                                                                                                                                                                                                                                                      ctgatgaaattagaacTCC--TA----G-GCACT-T-G------AT-CGCA--CCTCT----G---GT-TTGT-ACA-GG
gi|4                          :                                                                                                             ccgataaatcgatttgcatTTCTT---TCTACA-------------TGAAT-TGACTACA-ATGA-CCTGATC-A---GA--CA-------T--------------GTGTG--AC---GTCAA---CA-GGG--A-T--G---CTTAACTC-CTCC--TA----G-CCACC-TTG------AT-CTCA--CACTG----G---GG-A----CCA-G----T-CC---TG-----TT-TGAC----CC--A-AC-TC----------GGCTATG-TAT-CC---A-T---TAG------G------A-----------GTGACGA------CA-TG--A--T------C-ACTG-TTTATT-ATATTCGCTT
gi|40                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    C---G-T--A--A------G------A-----------G-----A------T--TG--A--T------C-ACTG-TTAGTT-GTATTCACCT
gi|41                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                       tttaaaactttaaa---GT-ATAT-CCG-AGGG-T-CC--GTG-----TT-TG-C----CA--A-GC-TC------T-T-AA-TTTG-TATTCC---G-T--ATt
gi|42                         :                                                                                                                                                                                                                                                 --A-T--G---TTTA-CTC-CTGC--TA----G-GCACC-T-G------AT-AATA--CA-CT----G---GT-ATAT-CCA-G
gi|43                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 aA-AGGG-T-CC--GTG-----TT-TG-C----TC--A-AC--CC-----T-T-AA-TTTG-TAATCC---G-T--ATAG------G------A-----------
gi|44                         :                                                                                                                                                                                                                                                 --A-T--G---CTTA-CTC-TTCG--TA----G-ACACT-T-G------AT-CCCA--TCTTT----G---GT--TTT-CCA-
gi|45                         :                                                                                                  G-ACGTGCTCCACACCAATTGTTA-GACCGTTATT---TATAC
gi|46                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                          -G------AT-CCCA--TCTTT----A---AT-ATAC-CCA-GTGG-T-CC--ATG-----TT-TG-C----CC--A-AC-Tgtacat
gi|47                         :                                                                                                                                                                                                                                                             TTA-CTT-CTCT--TA----C-GCACC-T-G------AT-CTCA--C--CT----G---AT-ATAT-CCA-GGG
gi|48                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                    CACT-T-G------AT-CCCA--TCTAT----A---GT-ACAT-CCA-GGGG-T-CC--ATA-----TT-T
gi|49                         :                                                                                                                                                                                                                                                                    -CTCC--TA----G-GCA-----------------------TCC----G---GT-ATAT-CCA-GGGG-T-CC--TTG-----TT-TG-C----CC--
gi|5                          :                                                                                                                                                                      CCGTTT-A-CCTGATC-A--ACA--CTATGGGT-T---CAA-GGCT--GGTATG--ACCG-ATCAA---CATTTG--A-T--G---GTTG-TTT-CTCC--TA----G-GCACC-T-G------AT-CCCA--CCTCT----G---GT-GTGT-CCA-GGGG-G-CCT-GTG-----TT-TT-A----CC--A-AC-ACT-----TGT---TTTTG-TATTCT---A-T--TTGG------G------A-------------------------------C--T------T-ACTG-TTCGTT-ATCTTTGCCT
gi|50                         :                                                                                                                                                                                                                                                G--A-T--G---CTTT-CTC-CTCC--TA----G-ACACC-T-G------AT-GCCA--ttac
gi|6                          :                                                                                                                                                                          gc-A-TCTGATC-A--AGA--CTATGAGC-G---CAC-GGCG--GGTGTG--ACCG-GTCAA---CAGGTG--A-T--G---CTTT-CTC-CTCC--TA----G-ACACC-T-G------AT-CCCA--CCTC-----G---GT-GAGT-CCA-GGGG-T-CC--GTG-----CT-TA-T----CC--A-AC-TCT-----TGT---TTTTG-TATTTT---G-C--TTGGTTTTACA------A-----------G-----A------T--TC--A--T------C-AGTG-TTCGTT-ATCTTTA
gi|7                          :                                                                                                                                           ACT-------------CAGAT-T-ACTCTGTTT-A-TCTGATG-G--AGA---ATTGGGTCT---CAT-GTAG--GGT--------G-GTCGA---CAA-GG--A-T--G---TGTA-TTC-CTCC--CA----G-ATA---T-T------AT-CCAA--ACTTT----G---GT-ACAt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                     ttgaGTG--ACCG-GTCAA---CAGAGG--C-T--G---CTTA-CTC-CTTT--TA----G-GTACC-G-GTACCTTAT-CCCA--CCTCT----A---AT-GTGT-CCT-GTGG-T-CC--GTC-----TT-TA-T----TC--A-GC-T-T-----T-T-AATTTTG-CGGTTC---T-T--ATGG------G------AGTTATGAAATTG-----A------T--TG--G--T------C-ACTG-TTTATT-ATATTTACCTagtatatctaattttaaagaatttatgaaattggttactgttcatttaaccattt
gi|9                          :                                                                                    GTCAA----CTG--G-ATATGTTTTATATCGATCGTTCCGGTCGTTCT-----ATACAATTAATTTGCCTGCAGAT-T-ACTCC---------TGATGGA--AGAAGCAG-GACT-T---CAT-GGCG--TATGTG--ACCGTTTCCA---CATTGC--ATT--G---CTTA-ttc
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|39 ): ACCCTTGTTTTGTATTCTATTTTGGACTACTGTGTTCGCTACCTTTGCCTTTATA