lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111 333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333
lowQualScore : 2222222222222222222222222222222222222222222 44444444444444444444 1 11 33333333333 1 1111 333333 222222 1111111111111 1 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444
lowQualScore : 4 4 44 0000000000000000000000000000000000000000000 8 2 44 55555555555555555555 888888 0 44 555 5 66 33 2 2 444 0 2 00 2 666 00000000000 6 33 1 55555 777 22 1 7777 4 2 333 333 4 888888888 33 99999999 777777 2 777777 2 777777 5555555555555 2 2 5 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 8 7 5
lowQualScore : . . .. ........................................... . . .. .................... ...... . .. ... . .. .. . . ... . . .. . ... ........... . .. . ..... ... .. . .... . . ... ... . ......... .. ........ ...... . ...... . ...... ............. . . . ........................................................................................................................................................................................................................................................................... . . .
lowQualScore : 4 0 66 3333333333333333333333333333333333333333333 5 6 66 66666666666666666666 888888 7 22 444 0 33 77 4 4 111 1 4 99 4 555 77777777777 0 22 5 00000 555 66 3 3333 0 0 555 777 2 999999999 22 77777777 777777 7 999999 9 888888 7777777777777 9 2 3 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 5 6 0
consensus : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACT-C--GC-ATTATAC-T-C--CTCTGTCAAC---TCCT-GAA--TTACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAACATGCACCATTTATG--TT---------NTAGA------CTA------AATATT--TAGTTA---TAT--TA--T-G-AAA---TACTTTT-GGTGCAATT-AAATTGA---TGCT--T-A-CC-GTAAA--TTGTTTAA-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCCGAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAA--------T------A-CGCG-TN---TGAATGT-AG--GA-CATTCACG--TG--GTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-ATTC---------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTGTAACAAATATGATA-----AANCA--TG---A--TG---AA---TGAGAGACAAACGGCTAAATTGTGGANATGT--ATACATGTCA-----GAAAGTGCCAGTGGGCTATAAAA------A-------TNG-------------CCTG----------T----TGC-CAGAACGTTT-AA-AAGGAAA-GGAA-A-CGGGAATAACTATT---ATGTATATCATGTGATNAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
Reference ( gi|2 ) : GTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACT-A--GC-ATTATACCT-CAGCTCCGTCAAC---TCCA-AAA--TTACAGAAATCTCGTAAAAGTTTCTAACATGCACCATTTATG--TT---------GTAAT------CTA------AATATT--TAGTTA---TTT--TA--T-G-AAA---TACTTTT-GGTGTGATT-AAATTGA---TGAT--C-A-GC-GTGAA--TTCTTTAA-----AATCG-C--TGTTCTCTGAACTCGAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAA--------T------A-CGCG-GT---TGAATGT-AC--AC-CATTCACG--TG--GTAAA-CACGTGGTGGAGATTTTATGTAAACATG-ATCCCCCCCCCCCCAAA--AAAAGAGAGAGAGAGAGAAGAGCTACAACAAATATGGTA-----AATCA--TG---A--TG---AA---TAAGAAACAAATTGCTAAATTGTGGATATAT--ATACATGTCAGG---GAAAATGCCAGTGGGCTATAGAA------A-------TAG-------------CCTG----------T----TGC-TAAAATGTTT-GA-AAGGAAA-GGAACA-CGGGAATAACTATTTACATGTATGTCATGTAATGAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
gi|3 : TTCTCTAC-CCAGAG-GTT--CGTGAGCTACT-----C-ACTCTAC-----ACTCTGTCAAG---TTCT-AAA--T--CAGAAGTCTTGTTAAAGTTTCTAACATGCACC---------------------TAGA------CTA------AATGTT--TAGCTT---TAT--TA--C-G-ATA---TACCTTT-GGTACGATT-AAATTGT---TGCT--T-A-CT-GTAAA--TTGTTTAA-----AATCG-T--TGTTTTGTGACCCCAAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--TGTAA--------T------G-CGCG-TA---TGAATGT-AC--GA-TATTCACG--TG--GTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATGAATTC---------------AAAAGTAAGATAG-GA-------TGTAATAGATATGATA-----AAACA--TG---C--TG---AA---TAAGAGATTAACAGCTAAATTGTGG----------ACATGT---------AAGTGACAGTGGGCTATA-AA------A-------TGGGCCCGATGTATCACCTA----------T----TGC-CAGAATGTTTAAA-AAGGAAA-GGAA-A-CAGAAATAACT------GTGTATATCAGGTTATCAAA-TTGTCACATGATTCCAAGA
gi|6 : aTTCTCTAC-CC-GAG-TTCTCCATGAGCTACT-C--GCCACCATACTT-C-----TGTCAAT---TC-----------------------AAAACTT----ACAGGCACCATTTATG--TTTAAATGATTATAATAGTAGACTA------AATAGT---AGCTA---TAC--TA--T-G-AAA---TACTTTTTAGTGCAATT-CAGT-GA---CGCT--T-A-CT-GTAAA--TTGTTTAA-----A-TCT-C--TCTTTTCGGATCCCGAA-ATTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGCAA--------T------A-CGTGTGT---TAAATGT-
gi|25 : TTTTCTAC-CCAAAG-TTC--CGTGCGGTACT-C--GC-ACTA------CAGCTCTGTCAAC---TCCCTAAA--TTACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCgggactggcagtcacttgatgtaaagtaagaaacgctaaatagtgaaagtattcatacggccaaattgccaatataaagagcgtattattgcctgctgcaagaattttcaaaaggaatgacaacgggaataactgttgtatcatatgattaaatttgtctcggattccaagag
gi|17 : aTTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TGAGCACTACT-G--GC-TTT---------------------------------TTACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAATATGCGTAATTTATATTTT---------GGGA-------CTA------ATTATT--TCATAA---TAC--TA--T-G-GAA---TGCTTTT-GGTACAATG-AAAGTGA---TTGT----A-CT-GTAAA--TTGTATAA-----------T--TATT-TCGGTCCCTGAA-TTTGA-A---ACT---A-
gi|23 : caTTCTCTAC-CCTGAT-TTC--CGTGCGCTACT-C--GC-A------CT-CA-----GTCAAC---T----GAA--TTACAGAAA--AAGTAAAAGTTTCTGACATGCACCATTct
gi|1 : caTTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TATGCGTTACT-C--GC-ATTATAC
gi|29 : atttttcaatatacggctcatccgattcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtatgtaccggtacatatcataatataaggaaattggtaaattcaaatgatccacggctcattaaacgacaaatttttgcttgaatacaagtatagtacttagcaagcacacaaccagaggcattcaaatatattaatcacaaacactgaaatttttgttttgttttgcaggttacttgaactcaaatttgaactgctgcgagaggagagctagaaacagactgaattctaactgtcttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttcagatacattgtacatcagtgccatataaggaggtggatttgagtgaaaggtaatgagaaaaagagtcggggatcaggatTTCTCTAA-CCAGAG-TTC--CGTGCACTAC-------------AC------CTCTGTCATC---TCCT-AAA--GTACAGgtaag
gi|15 : aCTCTAC-CCAGAG-TGC--CACGCGCTACT-T--GC-ATTATACATGTACCTCTGTCAAC---GCCT-GTT--TTACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAATATGCATGATTTGTT--TT---------ACA--------CTT------AATTTT--TAGTTA---CAT--TA--T-G-AAA---TACGTTT-GGTTCAATT-AAATTGA---TT-T--T-A-ACTGTAAA--TTCTTTAA-----AATCG-C--TGTT---TGAA
gi|12 : CTCTACTCCAGAG-TTC--CGCGCGCTA------------AT--------CTCTGTCAGCGGCTTC-------TCACAGAAATCTTGTAAAAGGTTCTATGATGTACTATTTATG--TT---------TTAGA------ATA------AATAAG--TAGTCA---TAT--TA--T-G-AAA---TATCTTT-GGTGAAGTT-AAATTGA---TGCT--T-A-CA-GTAAA--TTGTTTAT-----AATTG-G--TGTTCTCTGATCCTGAA-TTTGG-A---ACT---ACATGTACCGGCTT--AGTAA--------T------A-CGC--GT-----AGTGT-AG--GA-CATTCACG--Tt
gi|14 : CAGAGGTCC--CATGCGCTACTTA--GC-ATTATACCT-C-----TGTCAAC---GCCT-G----TT-TAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAATATGCATCATTTATG--TT---------TTAGA------CTA------AATATTTATAGTTA---TAT--TA--T-G-AAA---TA-TTTT-GGTACAAAT-AAATTGA---TGTT--C-A-CT-GTAAA--TTGTTTAG-----AATCT-C--TGTTCTCTGTTCCTGAA-TTTTT-A---ACT---A-A---------TT--C
gi|8 : TC--CATGCGCTACT-C--GC-A--------------CTGTC-------CCA-AA---TTACAGAAATTAGGTAAAAGTTTCTAAAATGCACCAATTATG---T---------G---------------------------TAGCTA---TAT--TA--TGG-AAA---T-CGTCC-GGTGCAATG-AAATTGA---TGCTTAT-A-CC-GTAAA--T---------------------TGTTTTCTGATTCCGAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAA--------T------G-CGCGTGTA--TGAATGT-
gi|4 : C--CATGCGTTACT-CTCGC-ATTATACCT-CTGT----TCAACG--GCCT-GTATTTTACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAATATGCTTCGATTATG--TT---------TTACA------CAA------AATATT--CAGTTA---TAT--TG--T-GAAAA---TACTTTT-TGTACAATT-AATTTGA---TGTT--A-A-CC-GTAAA--TTGTTTAA-----AATTG-C--TGTTCTTTGATTCCAAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAA--------T------A-TGCATGCATATGAATAA-AG--GT-CATT----------------CGCGTGGTGGAGATTGAATGTAAACATG--------------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTGCAACCAATAGGATA-----AACCT--TG---T--TG---AA---TGAGGGACACACGGCTAAATAGTGAAAATAT--GT-CA-GT-AGGTTAAAAAAAG--AGTCTGATGT----------A-------TCA-------------CCTG----------T----TGC-CAGAGCTTTT-AA-A------------------------TGTTT------ATATCACGTGATT-AA-TTATCATGTGATTCCAAGAgggaatttaatgtaaaaatacgatgaaacgacaaccgtgactgctatatggcaaaaatgtaaatatcaatgtgccagctagtgggattttgaatagagcgtgacatgacgtattacccattgcctgaaatttaaaaggataactgttggtatcatgtgattcaattgtaatgtgatttcaag
gi|7 : AA--TTACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTGACATGCACTGTTTATG--TT---------GTAGA------CTA------GATAAT--TAGTTA---TAT--TA--T-G-AAA---TACTTTT-GGTGT-ATTGAAATTGA---TGCT--T-G-CC-CTATATTTTTTTTTA-----AATTG-C--TATTCTCTGATCCCAAA-TTTGA-A---ACT---A-A---------TT--CGT-A--------T------A-CA--------TGTATGT-AC--GA-TATTCACG--TG--GTGGA-CCCGAGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A
gi|16 : AGTTTCTAAAATGCATAATTTGTG--TT---------TTAGA------TTA------AATATG--TAGCTACATTTTGATA--C-A-AAAATGTATATTT-GGTGCAATT-AAATCGA---TATT--A-A-AT-GTAAA--TTGTTTAA-----AATTA-C--TGTTCTCTGATTTTGTG-TTTGG-A---ACattcaaaagtaagaaagatatggctaaattgtggatttgtacttatgaaaaagccggtgggctataaaaagagcctgatgtatcacctgttgccagataggaaacgggaatgactatttatattgtgtggtgaaattgtcacgtgattccaag
gi|13 : acATGCACCATTTTTG--TT---------TTACT------CTACAAGTAAATAAT--GTGCTA---TAT--TA--T-G-AAA---TACTTTT-GGTGCAGTT-CAATTGA---TAAC--T-T-GCTGTAAT--TTGTTTCA-----AATTC-C--CGTTTGCTGATCCCGAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAATATACTAGT------A-CGCG-TA---TGAAAGA-AG--GG-CATTCACG--TGGTGTAAA-CATGgcatatgaatatagaaaattcttatgtaaacatagatttaaagt
gi|18 : G--TT---------TTAGA------CTA------AATATT--TAGTCA---TAT--TACAT-A-AAA---TACTTTT-GGTACAAAT-ATAGTAA---TGTT--A-A-AT-ATAAA--TTGTTTAG-----AATAG-C--GCTTCTCTGATCCAGAATTTTGG-A---ATT---A-A---------TC--CATAA--------T------A-CGCG-TA---TGAATAT-AA--AA-CATACATG--TA--Gaatacaaaaacaagacaggctgtaacaaatactataaaacttgtt
gi|5 : TA------AAAATT--TAGTCG---TATA-TA--T-G-AAA---TGCTTTT-GGTGCG-CT-AATTTTAG--TGCT----A-TT-GTAAA--TTCTTCAATTCCAAATTG-CAGTTTTCTCTTGTCCTGAG-TTTGG-ATCTACT---G-A-------------CATAC--------T------A-CACG-TA---TGATTGT-AA--GGACATTCAC-----------------CGACGGAGATTTGACGTAAACGTG-A--------------AATTAAAAGTCAG-------GAAG-GCTGTAA--ATTAT--TA-----AAACG--TGGAAA--TG---AA----GAGACACAA---GCTATATCGTGAATATAT--A--CTTATCAAT---G----TGTGAGTGGGCTATGAAA------A-------GAG-------------CCTGATTTATCGCCT----TGC-CAGAACTTTT-AACCGGGAAA-GGAA-A-TGGAAGTGACCA-----GTGTATATCATG--ATTAAT-TTGTCACATG
gi|10 : ctacaccgtcgttctaatgctcgtaccagtttcttgtttctagcacg--TA--T-G-AAA---TACTTTT-GGAGCGATT-AAATTGA---TGCT--A-AAGT-GTAAA--TTGTTTAA-----AATCG-C--TGTTC-----------A-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAT--------T------A-CGCG-TA---TGAATGT-ACGTAA-CATTCACGCACG--GTAAC-CAAGTG------------TGTTACCATT-ATTTC--------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTGTAATAAAACTG--A-----AA--A--TG---A-------GA---T---AAACA----GCTAATTTGTGGACATGT--A-------CAAA---GA----GCC--TGA--TGT----------A-------TCA-------------CCCG----------T----TGC-CAGAACGTTT-TA-AAAGAAATGGAA-A-CGGGAAGAACTATT--CATATA----ATGTGATGGAA-TTGTCACATGATTCCAAGA
gi|19 : --TA--T-G-AAA---TACGTTT-GGTGCAATT-AAATTGATGCTGAT--CGA-GC-TTAAA--ATGTTTAA-----AACTC-C--TGTTCTTTGATCCCAGA-TTTGG-A---ACT---A-A---------T
gi|9 : -G-AAT---TACTTTT-GGTGCAAT--AATTTGA---TGCT--T-A-TT-TTAGA--TTGTTGAA-----AATC-----TGTTTCCTGATC-CAAA-TTTAT-A---ACT---A-A---------TT--CGTAA--------C------A-CGCATATA--TGAATGCGAG--AC-AAT------------CAAT-CACGTGGT---GATTTGATGTAAACAaaatgctatggattaggaaa
gi|24 : -G-AAA---TACATTT-TGTACAATT-AAATTGA---T--T--C-A-CT-GTAAA--TTGTTTAG-----AATAG-C--TGTTCTCTGTTCCTGAA-TTTGG-A---ACC---A-A---------TT--gaaggaaattctgaacaaatacgataaatcttgttgaatgataggtaaacagctaaattgtgaaaatgtacacatcaaagtgacagtgggcttaaaaaaaaaaagcagcgtgaaatatcatgccagaactttacaaagaaaagaagacgggaataacaatttgtatcgtgtgataacactgtcacatgatcccaa
gi|11 : TTTAA-----AATTTTC--TATTTTCTCAACT-GAACTTTGGCA---ACTGCTA-G---------T----GTAA--------T------A-TGCG-TA---TGAATGT-AG--GA-CGTTTACA--TG--GTGGA-CAATTGATGGAGGT
gi|20 : aattgacgTTTAA-----AATTT-C--TATTTTCTCAACT-GAC-TTTGG-A---ACT---G-C---------CTAGTGTAA--------T------ATTGCG-TA---TG-ATGT-AG--GA-CGTTTACA--TG--GTGGACCAATTGATGGAGGTaagaagcgctgctaacaagagcaaaaatcattctgggattgtattagatgatgaagatgtgcgtgtaaatgtgcctgtgggctgacggagccttctatatcactgtgtttccaagaacatatattaatgacagacgaaaaaaggaagagttaactctggaatagcatattaagattaaattgtcacc
gi|26 : A-----AATCG-T--TTTTCTTTGATCCAGAA-TTTGA-A---ATT---ACA---------T----GTAA--------TTCGCCGA-CGCG-TG---TGAATGT-AC--AA-TATTCACG--AG--GT
gi|28 : --TGTTATCTGATCCAGAA-TTTAG-A---ACT---T-A---------TT--CGTAA--------T------A-CGCg
gi|9 : aAACAAATACGATA-----AATCT--TG---T--TG---AA---TGATAGGTAAACAGCTAAATTGTGAAAATGT--ACACA--TC-------AAAGTGACAGTGGGCT-TAAAA------AAAAAAAGCAG-------------CGTGAAA-------TATCATGC-CAGAAC-TTT-AC-AAAGAAA-AGAAGA-CGGGAATAACAATT----TGTA--TCGTGTGATAACA-CTGTCACATGATCCCAAatatataagacatacac
gi|6 : gaattacttttggtgcaataatttgatgcttattttagattgttgaaaatctgtttcctgatccaaatttataactaattcgtaacacgcatatatgaatgcgagacaatcaatcacgtggtgatttgatgtaaacagaaggaaattctgAAATGTGGGACTGGCAGTCACTTG---A--TGTAAAG---TAAGAAAC-----GCTAAATAGTGAAAGTATTCATACG-GCCA-------AATTGCCAATA---TAAAGAGCGTATTA-------TTG-------------CCTG----------C----TGC-AAGAATTTTC-AA-AAGGAAT-G--ACAACGGGAATAACTGT-----TGTA--TCATATGATTAAATTTGTCTCG-GATTCCAAGA
gi|7 : ttctctacccgagttctccatgagctactcgccaccatacttctgtcaattcaaaacttacaggcaccatttatgtttaaatgattataatagtagactaaatagtagctatactatgaaatactttttagtgcaattcagtgacgcttactgtaaattgtttaaatctctcttttcggatcccgaaattggaactaattcgcaatacgtgtgttGTA-----AA-CA--TG---AATTC---AAAAGTAAGAAAGATATGGCTAAATTGTGGAT-T-T--GTACTTAT-------GAAAAAGCCGGTGGGCTATAAAA------A-------GAG-------------CCTG----------A----TGTATCACCTG-TT-GC-CA-GATA-GGAA-A-CGGGAATGACTATTTATAT---TG---TGTGGTGAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGg
gi|27 : aattacagaaatcttgtaaaagtttctgacatgcactgtttatgttgtagactagataattagttatattatgaaatacttttggtgtattgaaattgatgcttgccctatatttttttttaaattgctattctctgatcccaaatttgaaactaattcgtatacatgtatgtacgatattcacgtggtggacccgaggtggagatttgatAGAGATAAACGGCTAAATTGTGGATATGT--ACACATG
gi|22 : CAGTGGGCTATAG--------------------------------TCTG----------A----TGTATCACTTGTT---A-CCAGAAC-TGGACA-CGGGAATAACTGTTTATAT---TGTCAaactataaaaatggactgatgta
gi|30 : AACTATT-----GTAT--CATGTGATTAAA-TTATCACGTGATTCTAAGActgatataaagagttg
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|21 ): AGACTGTACAGTTAATGAAGATGATTGTGCTTATGAATGAGTGACTAGGCTATGAGTCTAGTTTATCACCTGTTGCCAGAATGAAAGGAATGA
Unaligned ( gi|31 ): TTAAAAAAATAGTATGATGTATCTCCTGTTTCCAGAACGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 555555555555555 222222222222 2222222222222222 111111111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 3333333333333333333 111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111 222222222222222222222 4444444
lowQualScore : 4 3 44 777 3 000000000000000 3 000000000000 44 444 33 1 3333333333333333 2 888888 2 2 33 2 33 2 666666 2 33 2 333 2 2 4 55555 4444 333 22 44444 666 22 44 3 1 333 333 3 8888888888888 111111111111111 2 33 99 33 2 33 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2 44444444 44 99 66666 1 5555555555555555555 2 0 0 000000 1 1 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 3 999999999999999 3 222222222222222222222 3 7777 5555555 666 1 3
lowQualScore : . . .. ... . ............... . ............ .. ... .. . ................ . ...... . . .. . .. . ...... . .. . ... . . . ..... .... ... .. ..... ... .. .. . . ... ... . ............. ............... . .. .. .. . .. ............................................................ . ........ .. .. ..... . ................... . . . ...... . . ............................................................................ . . ............... . ..................... . .... ....... ... . .
lowQualScore : 0 6 22 555 1 555555555555555 3 555555555555 22 999 99 8 7777777777777777 9 222222 9 9 99 5 44 2 444444 2 11 2 999 2 2 8 66666 7777 555 66 88888 222 55 44 8 9 333 333 8 9999999999999 888888888888888 2 11 77 11 2 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 55555555 00 55 11111 0 5555555555555555555 0 4 1 333333 8 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 1 555555555555555 3 111111111111111111111 6 7777 2222222 444 0 6
consensus : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC--------CTCTGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--ACTTTT-GGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GT-AT--GAATGTA-GG--ACATTCACG--TGGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG--A-TTC-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATA-CGATAAANCAT-----G---A-TGAATGAGAGACAAACG-----GCTAAATTGTGGANATGTAC--GCATGTC----AAA-GTGCCAG----TGGGCT-----ATAG---AA-------------A------------TCGCC-TG----------T----TGCC-AGAACG-T---TT-A-A-AAGGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTATT---G--TATATCATGT---GATTAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
Reference ( family-1105 ) : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC---T-C--CTCTGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTN---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--ACTTTT-GGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTTA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GT-NT--GAATGTA-GG--ACATTCACG--TGGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG--A-TTC-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATA-TGATAAANCAT-----G---A-TGAATGAGAGACAAACG-----GCTAAATTGTGGANATGTAT--ACATGTCA--GAAA-GTGCCAG----TGGGCT-----ATAA---AA-------------A------------TNGCC-TG----------T----TGCC-AGAACG-T---TT-A-A-AAGGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTATT---ATGTATATCATGT---GATNAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
gi|1 : TTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TATGCGTTACTC--GC-ATTATAC---
gi|10 : atttttcaatatacggctcatccgattcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtatgtaccggtacatatcataatataaggaaattggtaaattcaaatgatccacggctcattaaacgacaaatttttgcttgaatacaagtatagtacttagcaagcacacaaccagaggcattcaaatatattaatcacaaacactgaaatttttgttttgttttgcaggttacttgaactcaaatttgaactgctgcgagaggagagctagaaacagactgaattctaactgtcttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttcagatacattgtacatcagtgccatataaggaggtggatttgagtgaaaggtaatgagaaaaagagtcggggatcaggat-TA--TG-A------AA-T--ACTTTT-GGAGC---GATTAAATTGA-TG-CTAA--AGTG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTC------------A-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTATT------A--------C-GC--GT-AT--GAATGTA-CGTAACATTCACGCACGGTAAC-CAAGTG------------TGTTACCATT--ATTTC-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TA----------ATAAAAC-T-----G---A--AAAT--GAGATAAACA-----GCTAATTTGTGGACATGTAC-------------AAA-GAGCC------TGA--T-----GT--------------------A------------TCACC-CG----------T----TGCC-AGAACGTT---TT-A-A-AAGAAATGGAA-ACGGGAA----GAACTATT------CATATAATGT---GATGGAA-TTGTCACATGATTCCAAGAgtaag
gi|11 : AATTGACGTTTA--A-----AATTTTC--TATTTTCTCA-ACT-GAACTTTGGCA---ACTGCTA-G---------T----GTAAT------A--------T-GC--GT-AT--GAATGTA-GG--ACGTTTACA--TGGTGGA-CAATTGATGGAG----------------------------------------GTAAGAAGC--------GCTGCTAACAAGAG-CAA-AAATCATTCTGGG---ATTGTATTAGA---------------TGA----TGAAGATG--T--GCGTGT-----AAATGTGCCTG----TGGGCTG----ACGG---AGCCTTCTAT-----A------------TCACTGTG----------T----TTCCAAGAACA-TATATT-A-ATGACAGACGAAA-AAAGGAAGAGTTAACTCT-----GGAATAGCATATTAAGATTAAA-TTGTCAC
gi|12 : CTCTACTCCAGAG-TTC--CGCGCGCTA-----------AT----------CTCTGT-CAGCGGCT-TCT----C--ACAGAAATCTTGTAAAAGGTTCTAT--GATGTACTA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AA-TAAATAAGTA--GTCATAT-TA--TG-A------AA-T--ATCTTT-GGTGA---AGTTAAATTGA-TG-CTTA--C-AG----TAAATTG---TTTA--T-----AATTG-G--TGTTCTCTGATCCT-GAA-TTTGG-A---ACT---ACATGTACCGGCTT--AGTAAT------A--------C-GC--GT------AGTGTA-GG--ACATTCACG--Tc
gi|13 : ATGCACCA--TTTTTGTTT---------------T-ACTCTACA-AG-TAAATAATGT--GCTATAT-TA--TG-A------AA-T--ACTTTT-GGTGC---AGTTCAATTGA-TAACTTG--C-TG----TAATTTG---TTTC--A-----AATTC-C--CGTTTGCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------ATACTAGTAC-GC--GT-AT--GAAAGAA-GG--GCATTCACG--TG------------G-----------TGTAAACATGA-A-TAC-------------AAAAACAAGACAG--------GCTG-TAACAAATA-CTATAAAACTT-----G---
gi|14 : CAGAGGTCC--CATGCGCTACTTA-GC-ATTATAC--------CTCTGT-CAAC---G-CCTG--TT---TAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTATAGTTATAT-TA--TG-A------AA-T--A-TTTT-GGTAC---AAATAAATTGA-TG-TTCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATCT-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTTT-A---ACT---A-A---------TT--Ctt
gi|15 : CTCTAC-CCAGAG-TGC--CACGCGCTACTT--GC-ATTATACATGTAC--CTCTGT-CAAC---G-CCTGTTTT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATGA--TTT--GTTT---------------T-A------C-AC-TTAATTTTTA--GTTACAT-TA--TG-A------AA-T--ACGTTT-GGTTC---AATTAAATTGA-TT-TTAA--C-TG----TAAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTT
gi|16 : AGTTTCTAA--AATGCATAA--TTTGTGTTT---------------T-A------G-AT-TAAATATGTA--GCTACAT-TT--TG-ATACAAAAA-TGTATATTT-GGTGC---AATTAAATCGA-TA-TTAA--A-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTA-C--TGTTCTCTGATTTT-GTG-TTTGG-A-------------------------------------A--------C-GC--AT-AT--GAATATA-GA--AAATTCtgaat
gi|17 : acTTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TGAGCACTACTG--GC-TTT----------------------------------TT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCGTAA--TTTATATTT---------------TGG------G-AC-TAATTATTTC--ATAATAC-TA--TG-G------AA-T--GCTTTT-GGTAC---AATGAAAGTGATTG---TA--C-TG----TAAATTG---TATA--A-----------T--TATT-TC-GGTCCCTGAA-TTTGA-A---ACT---A-ttatgtaaacatagatttaaagt
gi|18 : caGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTCATAT-TACATA-A------AA-T--ACTTTT-GGTAC---AAATATAGTAA-TG-TTAA--A-TA----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--GCTTCTCTGATCCA-GAATTTTGG-A---ATT---A-A---------TC--CATAAT------A--------C-GC--GT-AT--GAATATA-AA--ACATACATG--TAGct
gi|19 : -TA--TG-A------AA-T--ACGTTT-GGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTGA--T-CGAGCTTAAAATG---TTTA--A-----AACTC-C--TGTTCTTTGATCCC-AGA-TTTGG-A---ACT---A-A---------------TAA-------A--------T-GC---T-AT--GGAT-TA-GG--A
gi|2 : TTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTA--GC-ATTATACC--T-CAGCTCCGT-CAAC---T-CCAAAATT--ACAGAAATCTCGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTG---------------T-A------A-TC-TAAATATTTA--GTTATTT-TA--TG-A------AA-T--ACTTTT-GGTGT---GATTAAATTGA-TG-ATCA--G-CG----TGAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGAACTC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GG-TT--GAATGTA-CA--CCATTCACG--TGGTAAA-CACGTGGTGGAGATTTTATGTAAACATG--A-TCCCCCCCCCCCCAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAAGAGCTA-CAACAAATA-TGGTAAATCAT-----G---A-TGAATAAGAAACAAATT-----GCTAAATTGTGGATATATAT--ACATGTCAGGGAAA-ATGCCAG----TGGGCT-----ATAG---AA-------------A------------TAGCC-TG----------T----TGCT-AAAATG-T---TT-G-A-AAGGAAAGGAACACGGGAA----TAACTATTTACATGTATGTCATGT---AATGAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGAaa
gi|20 : g---TTTA--A-----AATTT-C--TATTTTCTCA-ACT-GAC-TTTGG-A---ACT---G-C---------CTAGTGTAAT------A--------TTGC--GT-AT--GA-TGTA-GG--ACGTTTACA--TGGTGGACCAATTGATGGAGGT
gi|21 : -------------A------------TCACC-TG----------T----TGCC-AGAATG----------A-AAGGAA
gi|22 : agactgtacagttaatgaagatgattgtgcttatgaatgagtgactaggctatgagtctagtttCAG----TGGGCT-----ATAGTCTGATGT----------A------------TCACT-TG----------T----TACC-AGAAC-------T------------GGAC-ACGGGAA----TAACTGTT------TATATtga
gi|23 : TTCTCTAC-CCTGAT-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-A--------------CTCAGT-CAA-------CTGAATT--ACAGAAAAA--GTAAAAGTTTCTGA--CATGCACCA--TTtgtcactgatataaagagttg
gi|24 : caG-A------AA-T--ACATTT-TGTAC---AATTAAATTGA-T---TCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTGG-A---ACC---A-A---------TT--
gi|25 : TTTTCTAC-CCAAAG-TTC--CGTGCGGTACTC--GC-ACTACA------G--CTCTGT-CAAC---TCCCTAAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTC
gi|26 : a--A-----AATCG-T--TTTTCTTTGATCCA-GAA-TTTGA-A---ATT---ACA---------T----GTAATTCGCCGA--------C-GC--GT-GT--GAATGTA-CA--ATATTCACG--AGGTG
gi|27 : AGAGATAAACG-----GCTAAATTGTGGATATGTAC--ACAT------GAA-----------------CT-----ATAA---AA-------------A------------TGGAC-TG----------A----TG
gi|28 : --TGTTATCTGATCCA-GAA-TTTAG-A---ACT---T-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--AT-------ATATA-AG--ACATACACta
gi|29 : aTTCTCTAA-CCAGAG-TTC--CGTGCACTA------C-A-----------C--CTCTGT-CATC---T-CCTAAAGT--ACAG
gi|3 : aTTCTCTAC-CCAGAG-GTT--CGTGAGCTACTC--AC-TCTACAC---T-C-----TGT-CAAG---T-TCTAAAT----CAGAAGTCTTGTTAAAGTTTCTAA--CATGCACC---------------------------T-A------G-AC-TAAATGTTTA--GCTTTAT-TA--CG-A------TA-T--ACCTTT-GGTAC---GATTAAATTGT-TG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-T--TGTTTTGTGACCCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--TGTAAT------G--------C-GC--GT-AT--GAATGTA-CG--ATATTCACG--TGGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATGA-A-TTC-------------AAAAGTAAGATAG--------GATG-TAATAGATA-TGATAAAACAT-----G---C-TGAATAAGAGATTAACA-----GCTAAATTGTGGACATGT----------------AA-GTGACAG----TGGGCT-----ATAA---AATGGGCCCGATGT-A------------TCACC-TA----------T----TGCC-AGAATG-T---TTAA-A-AAGGAAAGGAA-ACAGAAA----TAAC---T---GTGTATATCAGGT---TATCAAA-TTGTCACATGATTCCAAGA
gi|30 : aAACTATT---GT----ATCATGT---GATTAAA-TTATCACGTGATTCTAAGA
gi|4 : C--CATGCGTTACTCTCGC-ATTATAC--------CTCTGTTCAAC---GGCCTGTATTTTACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCTTCG--ATTATGTTT---------------T-A------C-AC-AAAATATTCA--GTTATAT-TG--TG-A------AAAT--ACTTTT-TGTAC---AATTAATTTGA-TG-TTAA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTG-C--TGTTCTTTGATTCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAATATGC--A--------T-GC--AT-AT--GAATAAA-GG--TCATT--------------CGCGTGGTGGAGATTGAATGTAAACATG--------------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-CAACCAATA-GGATAAACCTT-----G---T-TGAATGAGGGACACACG-----GCTAAATAGTGAAAATATGTCAGTAGGTTA--AAAA-AAG--AG----TCTGAT-----GT--------------------A------------TCACC-TG----------T----TGCC-AGAGCT-T---TT-A-A-A--------------------------TGTT------TATATCACGT---GATT-AA-TTATCATGTGATTCCAAGAattagcaa
gi|5 : TTCTAATGCTCGTACCAGTTTCTTGTTTC--------------T-A------GCACGTAAAAATTTA--GTCGTATATA--TG-A------AA-T--GCTTTT-GGTGCGCTAATT---TTAG-TG-CT-A--T-TG----TAAATTC---TTCA--ATTCCAAATTG-CAGTTTTCTCTTGTCCT-GAG-TTTGG-ATCTACT---G-A-------------CATACT------A--------C-AC--GT-AT--GATTGTAAGG--ACATTCACC-------GA-C-------GGAGATTTGACGTAAACGTGAAA-TT--------------AAAAGTCAGGAAG--------GCTG-TA--AATTA-T--TAAAACGT-----GGAAA-TGAA-GAGACACAA--------GCTATATCGTG--AATATAT--ACTTATC----AAT-GTGTGAG----TGGGCT-----ATGA---AA-------------A------------GAGCC-TGATTTATCGCCT----TGCC-AGAACT-T---TT-A-ACCGGGAAAGGAA-ATGGAAG----TGACCA-----GTGTATATCA--T---GATTAAT-TTGTCACATG
gi|6 : ctacaccgtcgTTCTCTAC-CC-GAG-TTCTCCATGAGCTACTC--GCCACCATAC---T-----TCTGT-CAAT---T-C----------------------AAAACTT----A--CAGGCACCA--TTTATGTTTAAATGATTATAATAGT-A------G-AC-TAAATAGT-A--GCTATAC-TA--TG-A------AA-T--ACTTTTTAGTGC---AATTCAGT-GA-CG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTTA--A-----A-TCT-C--TCTTTTCGGATCCC-GAA-ATTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGCAAT------A--------C-GT--GTGTT--AAATGTG-GG--AC---------TGGCAGT-CAC-----------TTGATGT----------------------------AAAGTAAGAAAC--------GCT------AAATAGTG--AAAGTAT-----------T----------CATACG-----GCCAAATTGCCAATAT-----------------AAA-G----AG----CG---T-----AT------T-------------A------------TTGCC-TG----------C----TGCA-AGAATT-T---TC-A-A-AAGGAATGACA-ACGGGAA----TAACTGT-------TGTATCATAT---GATTAAATTTGTCTCG-GATTCCAAGA
gi|7 : AATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTGA--CATGCACTG--TTTATGTTG---------------T-A------G-AC-TAGATAATTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--ACTTTT-GGTGT---ATTGAAATTGA-TG-CTTG--C-CC----TATATTT---TTTTTTA-----AATTG-C--TATTCTCTGATCCC-AAA-TTTGA-A---ACT---A-A---------TT--CGTA-T------A--------C-AT--GT-------ATGTA-CG--ATATTCA--------------CGTGGTGG--ACCCGAGGTGGA---G--A-TTT-------------GA---------------------TG-TAA---ACA-TGA--ATTCA----------A--AAGTAAGAAAGATATG-----GCTAAATTGTGGATTTGTAC--TTATG--A--AAAA-G--CCGG----TGGGCT-----ATAA---AA-------------AGAGCCTGATGTATCACC-TG----------T----TGCC-AGA----T----------------AGGAA-ACGGGAA----TGACTATT------TATATTGTGT---GGTGAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGg
gi|8 : TC--CATGCGCTACTC--GC-A----------------CTGT-C---------CCAAATT--ACAGAAATTAGGTAAAAGTTTCTAA--AATGCACCA--ATTATGT--------------------------G------------TA--GCTATAT-TA--TGGA------AA-T---CGTCC-GGTGC---AATGAAATTGA-TG-CTTATAC-CG----TAAATTG---TTT-----------------------TCTGATTCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------G--------C-GCGTGT-AT--GAATGTG-GG--A-ATTTA
gi|8 : TG-TAA-AAATA-CGATGAAAC----------------------GACAACCGTGACTGCTATATGGCAAAAATGTA---A-ATATCA----AT-GTGCCAGCTAGTGGGATTTTGAATAG---AGCGTGACATGACGTA------------TTACC-CA----------T----TGCC-TGAA-A-T---TT-A-A-AAGGA------------------TAACTGTT---G---GTATCATGT---GATTCAA-TTGTAATGTGATTTCAAGatgtaaaaatacgatgaaacgacaaccgtgactgctatatggcaaaaatgtaaatatcaatgtgccagctagtgggattttgaatagagcgtgacatgacgtattacccattgcctgaaatttaaaaggataactgttggtatcatgtgattcaattgtaatgtgatttcaag
gi|9 : tccatgcgctactcgcactgtcccaaattacagaaattaggtaaaagtttctaaaatgcaccaattatgtgtagctatattatggaaatcgtccggtgcaatgaaattgatgcttataccgtaaattgttttctgattccgaatttggaactaattcgtaatgcgcgtgtatgaatgtgggaatttaaG-A------AT-T--ACTTTT-GGTGC---AAT-AATTTGA-TG-CTTA--T-TT----TAGATTG---TTGA--A-----AATC-----TGTTTCCTGATCC--AAA-TTTAT-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAC------A--------C-GC--AT-ATATGAATGCG-AG--ACAATCA------AT----CACGTGGTG---ATTTGATGTAAACA-----------------------GAAG---GAAAT--------TCTG--AACAAATA-CGATAAATCTT-----G---T-TGAATGATAGGTAAACA-----GCTAAATTGTGAAAATGTAC--ACA--TC----AAA-GTGACAG----TGGGCT------TAA---AA-------------AAAAAAAG-----CAGCG-TGAAA-------TATCATGCC-AGAAC--T---TT-ACA-AAGAAAAGAAG-ACGGGAA----TAACAATT------TGTATCGTGT---GATAACA-CTGTCACATGATCCCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTAAAAAAATAGTATGATGTATCTCCTGTTTCCAGAACGTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 222222222222 222222222222222 111111111111111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 1 33333333333333333333333333333333333 5555555555555 9999999999999999999999999999999999999999 2222222222 2222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 4 3 44 777 66666666666666 88888 3 000000000000 44 444 33 1 000000000000000 2 888888 2 2 1 33 2 33 2 666666 2 33 2 333 2 2 3 55555 4444 333 22 44444 666 22 44 3 1 333 333 3 8888888888888 111111111111111 2 33 2 33 2 33 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2 44444444 44 1 88 1 00000000000000000000000000000000000 1 2 3333333333333 1 3 1 7777 5555555555555555555555555555555555555555 44 3 0000000000 7777 3 2222222222222222222222 3 7777 44444444 555 555 33 3
lowQualScore : . . .. ... .............. ..... . ............ .. ... .. . ............... . ...... . . . .. . .. . ...... . .. . ... . . . ..... .... ... .. ..... ... .. .. . . ... ... . ............. ............... . .. . .. . .. ............................................................ . ........ .. . .. . ................................... . . ............. . . . .... ........................................ .. . .......... .... . ...................... . .... ........ ... ... .. .
lowQualScore : 0 6 22 555 00000000000000 33333 3 555555555555 22 999 99 8 777777777777777 9 222222 9 9 8 99 5 44 2 444444 2 11 2 999 2 2 2 66666 7777 555 66 88888 222 55 44 8 9 333 333 8 9999999999999 888888888888888 2 11 2 11 2 11 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 55555555 00 9 55 0 77777777777777777777777777777777777 0 0 7777777777777 2 5 6 7777 4444444444444444444444444444444444444444 00 3 4444444444 1111 3 1111111111111111111111 6 7777 77777777 888 888 88 3
consensus : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TT-C-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAANCNT-----G---A-TGAATGAGAGACAAACG-----GCTAAATTGTGGANATGTAC-CATGTC----AAAGTGCCAG----TGGGCT-----ATAG---AA-------------A------------TC-GCC-TG----------T----TGCC-AGAACG-T---TT-A-A-A-AGGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTGT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
Reference ( family-1105 ) : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TT-C-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAANCAT-----G---A-TGAATGAGAGACAAACG-----GCTAAATTGTGGANATGTACGCATGTC----AAAGTGCCAG----TGGGCT-----ATAG---AA-------------A------------TC-GCC-TG----------T----TGCC-AGAACG-T---TT-A-A-A-AGGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTAT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
gi|1 : TTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TATGCGTTACTC--GC-ATTATAC------
gi|10 : atttttcaatatacggctcatccgattcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtatgtaccggtacatatcataatataaggaaattggtaaattcaaatgatccacggctcattaaacgacaaatttttgcttgaatacaagtatagtacttagcaagcacacaaccagaggcattcaaatatattaatcacaaacactgaaatttttgttttgttttgcaggttacttgaactcaaatttgaactgctgcgagaggagagctagaaacagactgaattctaactgtcttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttcagatacattgtacatcagtgccatataaggaggtggatttgagtgaaaggtaatgagaaaaagagtcggggatcaggat-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGAGC---GATTAAATTGA-TG-CTAA--AGTG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTC------------A-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTATT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-CGTAACATTCACGCACGGTAAC-CAAGTG------------TGTTACCATT-A--TTTC-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAA---------TAAAAC-T-----G---A--AAATGAGA--TAAACA-----GCTAATTTGTGGACATGTAC-----------AAAGAGCC------TGA--T-----GTA--------------------------------TC-ACC-CG----------T----TGCC-AGAACGTT---TT-A-A-A-AGAAATGGAA-ACGGGAA----GAACTAT-----T-CATA---TAATGT---GAT-GGAA-TTGTCACATGATTCCAAGAgtaag
gi|11 : AATTGACGTTTA--A-----AATTTTC--TATTTTCTCA-ACT-GAACTTTGGCA---ACTGCTA-G---------T----GTAAT------A--------T-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACGTTTACAT--GGTGGA-CAATTGATGGAG-----------------------------------------GTAAGAAGC--------GCTGCTAACAAGAGCAA-AAATCATTCTGGG---ATTGTAT-------------------TAGATGATGAAGATGT--GCGTGTA----AATGTGCCTG----TGGGCTG----ACGG---AGCCTTCTAT-----A------------TC-ACTGTG----------T----TTCCAAGAACA-TATATT-A-ATG-ACAGACGAAA-AAAGGAAGAGTTAACTCT-----GGAATA---GCATATTAAGAT-TAAA-TTGTCAC
gi|12 : CTCTACTCCAGAG-TTC--CGCGCGCTA-------------AT------CTC-----TGT-CAGCGGCT-TCT----C--ACAGAAATCTTGTAAAAGGTTCTAT--GATGTACTA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AA-TAAATAAGTA--GTCATAT-TA--TG-A------AA-T--AT-CTTTGGTGA---AGTTAAATTGA-TG-CTTA--C-AG----TAAATTG---TTTA--T-----AATTG-G--TGTTCTCTGATCCT-GAA-TTTGG-A---ACT---ACATGTACCGGCTT--AGTAAT------A--------C-GC--GT------AGTGTA-GG--ACATTCACGT--c
gi|13 : ATGCACCA--TTTTTGTTT---------------T-ACTCTACA-AG-TAAATAATGT--GCTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AGTTCAATTGA-TAACTTG--C-TG----TAATTTG---TTTC--A-----AATTC-C--CGTTTGCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------ATACTAGTAC-GC--GTA-T--GAAAGAA-GG--GCATTCACGT--G------------G-----------TGTAAACATGAA--TA-C-------------AAAAACAAGACAG--------GCTG-TAACAAATACTATAAAACTT-----G---
gi|14 : CAGAGGTCC--CATGCGCTACTTA-GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---G-CCTG--TT---TAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTATAGTTATAT-TA--TG-A------AA-T--A--TTTTGGTAC---AAATAAATTGA-TG-TTCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATCT-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTTT-A---ACT---A-A---------TT--Ctt
gi|15 : CTCTAC-CCAGAG-TGC--CACGCGCTACTT--GC-ATTATACATGTACCTC-----TGT-CAAC---G-CCTGTTTT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATGA--TTT--GTTT---------------T-A------C-AC-TTAATTTTTA--GTTACAT-TA--TG-A------AA-T--AC-GTTTGGTTC---AATTAAATTGA-TT-TTAA--C-TG----TAAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTT
gi|16 : AGTTTCTAA--AATGCATAA--TTTGTGTTT---------------T-A------G-AT-TAAATATGTA--GCTACAT-TT--TG-ATACAAAAA-TGTAT-ATTTGGTGC---AATTAAATCGA-TA-TTAA--A-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTA-C--TGTTCTCTGATTTT-GTG-TTTGG-A-------------------------------------A--------C-GC--ATA-T--GAATATA-GA--AAATTCtgaat
gi|17 : acTTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TGAGCACTACTG--GC-TTT-------------------------------------TT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCGTAA--TTTATATTT---------------TGG------G-AC-TAATTATTTC--ATAATAC-TA--TG-G------AA-T--GC-TTTTGGTAC---AATGAAAGTGATTG---TA--C-TG----TAAATTG---TATA--A-----------T--TATT-TC-GGTCCCTGAA-TTTGA-A---ACT---A-ttatgtaaacatagatttaaagt
gi|18 : caGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTCATAT-TACATA-A------AA-T--AC-TTTTGGTAC---AAATATAGTAA-TG-TTAA--A-TA----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--GCTTCTCTGATCCA-GAATTTTGG-A---ATT---A-A---------TC--CATAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATATA-AA--ACATACATGT--AGct
gi|19 : -TA--TG-A------AA-T--AC-GTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTGA--T-CGAGCTTAAAATG---TTTA--A-----AACTC-C--TGTTCTTTGATCCC-AGA-TTTGG-A---ACT---A-A---------------TAA-------A--------T-GC---TA-T--GGAT-TA-GG--A
gi|2 : TTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTA--GC-ATTATAC------CTCAGCTCCGT-CAAC---T-CCAAAATT--ACAGAAATCTCGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTG---------------T-A------A-TC-TAAATATTTA--GTTATTT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGT---GATTAAATTGA-TG-ATCA--G-CG----TGAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGAACTC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GGT-T--GAATGTA-CA--CCATTCACGT--GGTAAA-CACGTGGTGGAGATTTTATGTAAACATG-A--TC-CCCCCCCCCCCAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAAGAGCTA-CAACAAATATGGTAAATCAT-----G---A-TGAATAAGAAACAAATT-----GCTAAATTGTGGATATATATACATGTCAGGGAAAATGCCAG----TGGGCT-----ATAG---AA-------------A------------TA-GCC-TG----------T----TGCT-AAAATG-T---TT-G-A-A-AGGAAAGGAACACGGGAA----TAACTATTTACATGTATG---TCATGT---AAT-GAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGAaa
gi|20 : g---TTTA--A-----AATTT-C--TATTTTCTCA-ACT-GAC-TTTGG-A---ACT---G-C---------CTAGTGTAAT------A--------TTGC--GTA-T--GA-TGTA-GG--ACGTTTACAT--GGTGGACCAATTGATGGAGGT
gi|21 : -------------A------------TC-ACC-TG----------T----TGCC-AGAATG----------A-A-AGGAA
gi|22 : agactgtacagttaatgaagatgattgtgcttatgaatgagtgactaggctatgagtctagtttCAG----TGGGCT-----ATAGTCTGATGT----------A------------TC-ACT-TG----------T----TACC-AGAAC--T------------------GGAC-ACGGGAA----TAACTGT-----T-TATATTGTCAC-T---GATATAAA-tga
gi|23 : TTCTCTAC-CCTGAT-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-A------------CTC-----AGT-CAA-------CTGAATT--ACAGAAAAA--GTAAAAGTTTCTGA--CATGCACCA--TTgagttg
gi|24 : caG-A------AA-T--AC-ATTTTGTAC---AATTAAATTGA-T---TCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTGG-A---ACC---A-A---------TT--
gi|25 : TTTTCTAC-CCAAAG-TTC--CGTGCGGTACTC--GC-ACTACAG------CTC-----TGT-CAAC---TCCCTAAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTC
gi|26 : a--A-----AATCG-T--TTTTCTTTGATCCA-GAA-TTTGA-A---ATT---ACA---------T----GTAATTCGCCGA--------C-GC--GTG-T--GAATGTA-CA--ATATTCACGA--GGTG
gi|27 : AGAGATAAACG-----GCTAAATTGTGGATATGTACACATG
gi|28 : --TGTTATCTGATCCA-GAA-TTTAG-A---ACT---T-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--AT-------ATATA-AG--ACATACACaactataaaaatggactgatgta
gi|29 : aTTCTCTAA-CCAGAG-TTC--CGTGCACTAC------------AC------CTC-----TGT-CATC---T-CCTAAAGT--ACAG
gi|3 : aTTCTCTAC-CCAGAG-GTT--CGTGAGCTACTC--AC-TCTACAC-------TC-----TGT-CAAG---T-TCTAAAT----CAGAAGTCTTGTTAAAGTTTCTAA--CATGCACC---------------------------T-A------G-AC-TAAATGTTTA--GCTTTAT-TA--CG-A------TA-T--AC-CTTTGGTAC---GATTAAATTGT-TG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-T--TGTTTTGTGACCCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--TGTAAT------G--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-CG--ATATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATGAA--TT-C-------------AAAAGTAAGATAG--------GATG-TAATAGATATGATAAAACAT-----G---C-TGAATAAGAGATTAACA-----GCTAAATTGTGGACATGT--------------AAGTGACAG----TGGGCT-----ATAA---AATGGGCCCGATGT-A------------TC-ACC-TA----------T----TGCC-AGAATG-T---TTAA-A-A-AGGAAAGGAA-ACAGAAA----TAACTG------TGTATA---TCAGGT---TAT-CAAA-TTGTCACATGATTCCAAGA
gi|30 : aAACTAT-----TGTAT-----CATGT---GAT-TAAA-TTATCACGTGATTCTAAGA
gi|4 : C--CATGCGTTACTCTCGC-ATTATAC------CTC-----TGTTCAAC---GGCCTGTATTTTACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCTTCG--ATTATGTTT---------------T-A------C-AC-AAAATATTCA--GTTATAT-TG--TG-A------AAAT--AC-TTTTTGTAC---AATTAATTTGA-TG-TTAA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTG-C--TGTTCTTTGATTCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAATATGC--A--------T-GC--ATA-T--GAATAAA-GG--TCATT--------------CGCGTGGTGGAGATTGAATGTAAACATG---------------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-CAACCAATAGGATAAACCTT-----G---T-TGAATGAGGGACACACG-----GCTAAATAGTGAAAAT------ATGT------------CAG----TAGGTT-----AAAA---AAAGAGTCTGATGT-A------------TC-ACC-TG----------T----TGCC-AGAGCT-T---TT-A-A-A---------------------------TGT-----T-TATA---TCACGT---GAT-T-AA-TTATCATGTGATTCCAAGAattagcaa
gi|5 : TTCTAATGCTCGTACCAGTTTCTTGTTTC--------------T-A------GCACGTAAAAATTTA--GTCGTATATA--TG-A------AA-T--GC-TTTTGGTGCGCTAATT---TTAG-TG-CT-A--T-TG----TAAATTC---TTCA--ATTCCAAATTG-CAGTTTTCTCTTGTCCT-GAG-TTTGG-ATCTACT---G-A-------------CATACT------A--------C-AC--GTA-T--GATTGTAAGG--ACATTCACC-------GA-C-------GGAGATTTGACGTAAACGTG-AAATT---------------AAAAGTCAGGAAG--------GCTG-TAA--ATTAT--TAAAACGT-----GGAAA-TGAA-GAGACACAA--------GCTATATCGTGAATATATACTTAT--C----AATGTGTGAG----TGGGCT-----ATGA---AA-------------A------------GA-GCC-TGATTTATCGCCT----TGCC-AGAACT-T---TT-A-A-CCGGGAAAGGAA-ATGGAAG----TGACCAG-----TGTATA---TCA--T---GAT-TAAT-TTGTCACATG
gi|6 : ctacaccgtcgTTCTCTAC-CC-GAG-TTCTCCATGAGCTACTC--GCCACCATAC------TTC-----TGT-CAAT---T-C----------------------AAAACTT----A--CAGGCACCA--TTTATGTTTAAATGATTATAATAGT-A------G-AC-TAAATA-GTA--GCTATAC-TA--TG-A------AA-T--ACTTTTTAGTGC---AATTCAG-TGA-CG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTT---A-----AATCT-C--TCTTTTCGGATCCC-GAA-ATTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGCAAT------A--------C-GT--GTGTT--AAATGTG-GG--AC-------T--GGCAGT-CAC-----------TTGATGT-----------------------------AAAGTAAGAAAC--------GCT------AAATA-GTGAAAGTAT-----------T----------CATACG-----GCCAAATTGCCAATAT---------------AAAG----AG----CG---T-----AT------T-------------A------------TT-GCC-TG----------C----TGCA-AGAATT-T---TC-A-A-A-AGGAATGACA-ACGGGAA----TAACTGT-----TG--TA---TCATAT---GAT-TAAATTTGTCTCG-GATTCCAAGA
gi|7 : AATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTGA--CATGCACTG--TTTATGTTG---------------T-A------G-AC-TAGATAATTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGT---ATTGAAATTGA-TG-CTTG--C-CC----TATATTT---TTTTTTA-----AATTG-C--TATTCTCTGATCCC-AAA-TTTGA-A---ACT---A-A---------TT--CGTA-T------A--------C-------A-T--GTATGTA-CG--ATATTCAC--------------GTGGTGGA--CCCGAGGTGGA---G-A--TT-T-------------GA---------------------TG-TAA-----AC-ATGAAT--T-----C---A-AAAGTAAGAAAGATATG-----GCTAAATTGTGGATTTGTACTTATG------AAAAAGCCGG----TGGGCT-----ATAA---AA-------------AGAGCCTGATGTATC-ACC-TG----------T----TGCC-AGA----T-----------------AGGAA-ACGGGAA----TGACTAT-----T-TATA---TTGTGT---GGT-GAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGg
gi|8 : TC--CATGCGCTACTC--GC-A--------------C-----TGT-C---------CCAAATT--ACAGAAATTAGGTAAAAGTTTCTAA--AATGCACCA--ATTATGT--------------------------G------------TA--GCTATAT-TA--TGGA------AA-T---C-GTCCGGTGC---AATGAAATTGA-TG-CTTATAC-CG----TAAATTG---TTT-----------------------TCTGATTCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------G--------C-GCGTGTA-T--GAATGTG-GG--A-ATTTA
gi|8 : TG-TAA-AAATACGATGAAAC----------------------GACAACCGTGACTGCTATATGGCAAAAATGTAA--ATATC----AATGTGCCAGCTAGTGGGATTTTGAATAG---AGCGTGACATGACGTA------------TT-ACC-CA----------T----TGCC-TGAA-A-T---TT-A-A-A-AGGA------------------TAACTGT-----TG-GTA---TCATGT---GAT-TCAA-TTGTAATGTGATTTCAAGatgtaaaaatacgatgaaacgacaaccgtgactgctatatggcaaaaatgtaaatatcaatgtgccagctagtgggattttgaatagagcgtgacatgacgtattacccattgcctgaaatttaaaaggataactgttggtatcatgtgattcaattgtaatgtgatttcaag
gi|9 : tccatgcgctactcgcactgtcccaaattacagaaattaggtaaaagtttctaaaatgcaccaattatgtgtagctatattatggaaatcgtccggtgcaatgaaattgatgcttataccgtaaattgttttctgattccgaatttggaactaattcgtaatgcgcgtgtatgaatgtgggaatttaaG-A------AT-T--AC-TTTTGGTGC---AAT-AATTTGA-TG-CTTA--T-TT----TAGATTG---TTGA--A-----AATC-----TGTTTCCTGATCC--AAA-TTTAT-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAC------A--------C-GC--ATA-TATGAATGCG-AG--ACAATCA------AT----CACGTGGTG---ATTTGATGTAAACA------------------------GAAG---GAAAT--------TCTG--AACAAATACGATAAATCTT-----G---T-TGAATGATAGGTAAACA-----GCTAAATTGTGAAAATGTACACA--TC----AAAGTGACAG----TGGGCTTAAAAAAAA---AA-------------A------------GCAGCG-TGAAA-------TATCATGCC-AGAAC--T---TT-ACA-A-AGAAAAGAAG-ACGGGAA----TAACAAT-----T-TGTA---TCGTGT---GAT-AACA-CTGTCACATGATCCCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTAAAAAAATAGTATGATGTATCTCCTGTTTCCAGAACGTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 222222222222 222222222222222 111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 1 11 22222222222222 111111 55555555555555 9999999999999999999999999999999999999999 2222222222 2222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 4 3 44 777 66666666666666 88888 3 000000000000 44 444 33 1 000000000000000 2 888888 2 2 1 33 2 33 2 666666 2 33 2 333 2 2 3 55555 4444 333 22 44444 666 22 44 3 1 333 333 3 8888888888888 111111111111111 2 33 2 33 2 33 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 44444444 44 1 00 2 55555555555555 88 444 0 0 000000 1 2 33333333333333 1 3 1 7777 5555555555555555555555555555555555555555 44 3 0000000000 7777 3 2222222222222222222222 3 7777 0 44444444 555 555 33 3
lowQualScore : . . .. ... .............. ..... . ............ .. ... .. . ............... . ...... . . . .. . .. . ...... . .. . ... . . . ..... .... ... .. ..... ... .. .. . . ... ... . ............. ............... . .. . .. . .. ........................................................... . ........ .. . .. . .............. .. ... . . ...... . . .............. . . . .... ........................................ .. . .......... .... . ...................... . .... . ........ ... ... .. .
lowQualScore : 0 6 22 555 00000000000000 33333 3 555555555555 22 999 99 8 777777777777777 9 222222 9 9 8 99 5 44 2 444444 2 11 2 999 2 2 2 66666 7777 555 66 88888 222 55 44 8 9 333 333 8 9999999999999 888888888888888 2 11 2 11 2 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 55555555 00 9 88 3 77777777777777 00 666 4 1 333333 0 0 11111111111111 2 5 6 7777 4444444444444444444444444444444444444444 00 3 4444444444 1111 3 1111111111111111111111 6 7777 1 77777777 888 888 88 3
consensus : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TT-C-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAANC-T-----G---A-TGAATGAG-AGACAAACG-----GCTAAATTGTGGANATGTAC-C-ATGTC----AAAGTGCCAG----TGGGCT-----ATAG---AA-------------A------------TC-GCC-TG----------T----TGCC-AGAACG-T---TT-A-A-A-AGGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTGT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
Reference ( family-1105 ) : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TT-C-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAANCNT-----G---A-TGAATGAG-AGACAAACG-----GCTAAATTGTGGANATGTAC-C-ATGTC----AAAGTGCCAG----TGGGCT-----ATAG---AA-------------A------------TC-GCC-TG----------T----TGCC-AGAACG-T---TT-A-A-A-AGGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTGT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
gi|1 : TTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TATGCGTTACTC--GC-ATTATAC------
gi|10 : atttttcaatatacggctcatccgattcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtatgtaccggtacatatcataatataaggaaattggtaaattcaaatgatccacggctcattaaacgacaaatttttgcttgaatacaagtatagtacttagcaagcacacaaccagaggcattcaaatatattaatcacaaacactgaaatttttgttttgttttgcaggttacttgaactcaaatttgaactgctgcgagaggagagctagaaacagactgaattctaactgtcttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttcagatacattgtacatcagtgccatataaggaggtggatttgagtgaaaggtaatgagaaaaagagtcggggatcaggat-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGAGC---GATTAAATTGA-TG-CTAA--AGTG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTC------------A-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTATT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-CGTAACATTCACGCACGGTAAC-CAAGTG------------TGTTACCATT-A--TTTC-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAA---------TAAAAC-T-----G---A--AAATGAG-A--TAAACA-----GCTAATTTGTGGACATGTAC------------AAAGAGCC------TGA--T-----GTA--------------------------------TC-ACC-CG----------T----TGCC-AGAACGTT---TT-A-A-A-AGAAATGGAA-ACGGGAA----GAACTAT-----T-CATA---TAATGT---GAT-GGAA-TTGTCACATGATTCCAAGAgtaag
gi|11 : AATTGACGTTTA--A-----AATTTTC--TATTTTCTCA-ACT-GAACTTTGGCA---ACTGCTA-G---------T----GTAAT------A--------T-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACGTTTACAT--GGTGGA-CAATTGATGGAG-----------------------------------------GTAAGAAGC--------GCTGCTAACAAGAGCAA-AAATCATTCTGGG---ATTGTAT--------------------TAGATGATGAAGATGTG--C-GTGTA----AATGTGCCTG----TGGGCTG----ACGG---AGCCTTCTAT-----A------------TC-ACTGTG----------T----TTCCAAGAACA-TATATT-A-ATG-ACAGACGAAA-AAAGGAAGAGTTAACTCT-----GGAATA---GCATATTAAGAT-TAAA-TTGTCAC
gi|12 : CTCTACTCCAGAG-TTC--CGCGCGCTA-------------AT------CTC-----TGT-CAGCGGCT-TCT----C--ACAGAAATCTTGTAAAAGGTTCTAT--GATGTACTA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AA-TAAATAAGTA--GTCATAT-TA--TG-A------AA-T--AT-CTTTGGTGA---AGTTAAATTGA-TG-CTTA--C-AG----TAAATTG---TTTA--T-----AATTG-G--TGTTCTCTGATCCT-GAA-TTTGG-A---ACT---ACATGTACCGGCTT--AGTAAT------A--------C-GC--GT------AGTGTA-GG--ACATTCACGT--c
gi|13 : ATGCACCA--TTTTTGTTT---------------T-ACTCTACA-AG-TAAATAATGT--GCTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AGTTCAATTGA-TAACTTG--C-TG----TAATTTG---TTTC--A-----AATTC-C--CGTTTGCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------ATACTAGTAC-GC--GTA-T--GAAAGAA-GG--GCATTCACGT--G------------G-----------TGTAAACATGAA--TA-C-------------AAAAACAAGACAG--------GCTG-TAACAAATACTATAAAACTT-----G---
gi|14 : CAGAGGTCC--CATGCGCTACTTA-GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---G-CCTG--TT---TAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTATAGTTATAT-TA--TG-A------AA-T--A--TTTTGGTAC---AAATAAATTGA-TG-TTCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATCT-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTTT-A---ACT---A-A---------TT--Ctt
gi|15 : CTCTAC-CCAGAG-TGC--CACGCGCTACTT--GC-ATTATACATGTACCTC-----TGT-CAAC---G-CCTGTTTT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATGA--TTT--GTTT---------------T-A------C-AC-TTAATTTTTA--GTTACAT-TA--TG-A------AA-T--AC-GTTTGGTTC---AATTAAATTGA-TT-TTAA--C-TG----TAAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTT
gi|16 : AGTTTCTAA--AATGCATAA--TTTGTGTTT---------------T-A------G-AT-TAAATATGTA--GCTACAT-TT--TG-ATACAAAAA-TGTAT-ATTTGGTGC---AATTAAATCGA-TA-TTAA--A-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTA-C--TGTTCTCTGATTTT-GTG-TTTGG-A-------------------------------------A--------C-GC--ATA-T--GAATATA-GA--AAATTCtgaat
gi|17 : acTTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TGAGCACTACTG--GC-TTT-------------------------------------TT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCGTAA--TTTATATTT---------------TGG------G-AC-TAATTATTTC--ATAATAC-TA--TG-G------AA-T--GC-TTTTGGTAC---AATGAAAGTGATTG---TA--C-TG----TAAATTG---TATA--A-----------T--TATT-TC-GGTCCCTGAA-TTTGA-A---ACT---A-ttatgtaaacatagatttaaagt
gi|18 : caGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTCATAT-TACATA-A------AA-T--AC-TTTTGGTAC---AAATATAGTAA-TG-TTAA--A-TA----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--GCTTCTCTGATCCA-GAATTTTGG-A---ATT---A-A---------TC--CATAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATATA-AA--ACATACATGT--AGct
gi|19 : -TA--TG-A------AA-T--AC-GTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTGA--T-CGAGCTTAAAATG---TTTA--A-----AACTC-C--TGTTCTTTGATCCC-AGA-TTTGG-A---ACT---A-A---------------TAA-------A--------T-GC---TA-T--GGAT-TA-GG--A
gi|2 : TTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTA--GC-ATTATAC------CTCAGCTCCGT-CAAC---T-CCAAAATT--ACAGAAATCTCGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTG---------------T-A------A-TC-TAAATATTTA--GTTATTT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGT---GATTAAATTGA-TG-ATCA--G-CG----TGAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGAACTC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GGT-T--GAATGTA-CA--CCATTCACGT--GGTAAA-CACGTGGTGGAGATTTTATGTAAACATG-A--TC-CCCCCCCCCCCAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAAGAGCTA-CAACAAATATGGTAAATCAT-----G---A-TGAATAAG-AAACAAATT-----GCTAAATTGTGGATATATATAC-ATGTCAGGGAAAATGCCAG----TGGGCT-----ATAG---AA-------------A------------TA-GCC-TG----------T----TGCT-AAAATG-T---TT-G-A-A-AGGAAAGGAACACGGGAA----TAACTATTTACATGTATG---TCATGT---AAT-GAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGAaa
gi|20 : g---TTTA--A-----AATTT-C--TATTTTCTCA-ACT-GAC-TTTGG-A---ACT---G-C---------CTAGTGTAAT------A--------TTGC--GTA-T--GA-TGTA-GG--ACGTTTACAT--GGTGGACCAATTGATGGAGGT
gi|21 : -------------A------------TC-ACC-TG----------T----TGCC-AGAATG----------A-A-AGGAA
gi|22 : agactgtacagttaatgaagatgattgtgcttatgaatgagtgactaggctatgagtctagtttCAG----TGGGCT-----ATAGTCTGATGT----------A------------TC-ACT-TG----------T----TACC-AGAAC--T------------------GGAC-ACGGGAA----TAACTGT-----T-TATATTGTCAC-T---GATATAAA-tga
gi|23 : TTCTCTAC-CCTGAT-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-A------------CTC-----AGT-CAA-------CTGAATT--ACAGAAAAA--GTAAAAGTTTCTGA--CATGCACCA--TTgagttg
gi|24 : caG-A------AA-T--AC-ATTTTGTAC---AATTAAATTGA-T---TCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTGG-A---ACC---A-A---------TT--
gi|25 : TTTTCTAC-CCAAAG-TTC--CGTGCGGTACTC--GC-ACTACAG------CTC-----TGT-CAAC---TCCCTAAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTC
gi|26 : a--A-----AATCG-T--TTTTCTTTGATCCA-GAA-TTTGA-A---ATT---ACA---------T----GTAATTCGCCGA--------C-GC--GTG-T--GAATGTA-CA--ATATTCACGA--GGTG
gi|27 : AG-AGATAAACG-----GCTAAATTGTGGATATGTACAC-ATG
gi|28 : --TGTTATCTGATCCA-GAA-TTTAG-A---ACT---T-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--AT-------ATATA-AG--ACATACACaactataaaaatggactgatgta
gi|29 : aTTCTCTAA-CCAGAG-TTC--CGTGCACTAC------------AC------CTC-----TGT-CATC---T-CCTAAAGT--ACAG
gi|3 : aTTCTCTAC-CCAGAG-GTT--CGTGAGCTACTC--AC-TCTACAC-------TC-----TGT-CAAG---T-TCTAAAT----CAGAAGTCTTGTTAAAGTTTCTAA--CATGCACC---------------------------T-A------G-AC-TAAATGTTTA--GCTTTAT-TA--CG-A------TA-T--AC-CTTTGGTAC---GATTAAATTGT-TG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-T--TGTTTTGTGACCCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--TGTAAT------G--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-CG--ATATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATGAA--TT-C-------------AAAAGTAAGATAG--------GATG-TAATAGATATGATAAAACAT-----G---C-TGAATAAG-AGATTAACA-----GCTAAATTGTGGACATGT---------------AAGTGACAG----TGGGCT-----ATAA---AATGGGCCCGATGT-A------------TC-ACC-TA----------T----TGCC-AGAATG-T---TTAA-A-A-AGGAAAGGAA-ACAGAAA----TAACTG------TGTATA---TCAGGT---TAT-CAAA-TTGTCACATGATTCCAAGA
gi|30 : aAACTAT-----TGTAT-----CATGT---GAT-TAAA-TTATCACGTGATTCTAAGA
gi|4 : C--CATGCGTTACTCTCGC-ATTATAC------CTC-----TGTTCAAC---GGCCTGTATTTTACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCTTCG--ATTATGTTT---------------T-A------C-AC-AAAATATTCA--GTTATAT-TG--TG-A------AAAT--AC-TTTTTGTAC---AATTAATTTGA-TG-TTAA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTG-C--TGTTCTTTGATTCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAATATGC--A--------T-GC--ATA-T--GAATAAA-GG--TCATT--------------CGCGTGGTGGAGATTGAATGTAAACATG---------------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-CAACCAATAGGATAAACCTT-----G---T-TGAATGAG-GGACACACG-----GCTAAATAGTGAAAAT-------ATGT------------CAG----TAGGTT-----AAAA---AAAGAGTCTGATGT-A------------TC-ACC-TG----------T----TGCC-AGAGCT-T---TT-A-A-A---------------------------TGT-----T-TATA---TCACGT---GAT-T-AA-TTATCATGTGATTCCAAGAattagcaa
gi|5 : TTCTAATGCTCGTACCAGTTTCTTGTTTC--------------T-A------GCACGTAAAAATTTA--GTCGTATATA--TG-A------AA-T--GC-TTTTGGTGCGCTAATT---TTAG-TG-CT-A--T-TG----TAAATTC---TTCA--ATTCCAAATTG-CAGTTTTCTCTTGTCCT-GAG-TTTGG-ATCTACT---G-A-------------CATACT------A--------C-AC--GTA-T--GATTGTAAGG--ACATTCACC-------GA-C-------GGAGATTTGACGTAAACGTG-AAATT---------------AAAAGTCAGGAAG--------GCTG-TAA--ATTAT--TAAAACGT-----GGAAA-TGAA-GAG-ACACAA--------GCTATATCGTGAATATATAC-T--TATC----AATGTGTGAG----TGGGCT-----ATGA---AA-------------A------------GA-GCC-TGATTTATCGCCT----TGCC-AGAACT-T---TT-A-A-CCGGGAAAGGAA-ATGGAAG----TGACCAG-----TGTATA---TCA--T---GAT-TAAT-TTGTCACATG
gi|6 : ctacaccgtcgTTCTCTAC-CC-GAG-TTCTCCATGAGCTACTC--GCCACCATAC------TTC-----TGT-CAAT---T-C----------------------AAAACTT----A--CAGGCACCA--TTTATGTTTAAATGATTATAATAGT-A------G-AC-TAAATA-GTA--GCTATAC-TA--TG-A------AA-T--ACTTTTTAGTGC---AATTCAG-TGA-CG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTT---A-----AATCT-C--TCTTTTCGGATCCC-GAA-ATTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGCAAT------A--------C-GT--GTGTT--AAATGTG-GG--AC-------T--GGCAGT-CAC-----------TTGATGT-----------------------------AAAGTAAGAAAC--------GCT------AAATA--------------------G-TGAA--AGTATTCATACG-----GCCAAATTGCCAATAT----------------AAAG----AG----CG---T-----AT------T-------------A------------TT-GCC-TG----------C----TGCA-AGAATT-T---TC-A-A-A-AGGAATGACA-ACGGGAA----TAACTGT-----TG--TA---TCATAT---GAT-TAAATTTGTCTCG-GATTCCAAGA
gi|7 : AATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTGA--CATGCACTG--TTTATGTTG---------------T-A------G-AC-TAGATAATTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGT---ATTGAAATTGA-TG-CTTG--C-CC----TATATTT---TTTTTTA-----AATTG-C--TATTCTCTGATCCC-AAA-TTTGA-A---ACT---A-A---------TT--CGTA-T------A--------C-------A-T--GTATGTA-CG--ATATTCACG--------------TGGTGGA--CCCGAGGTGGA---G-A--TT-T-------------GA---------------------TG-TAA-----AC-ATGAAT--T-----C---A-AAAGTAAG-AAAGATATG-----GCTAAATTGTGGATTTGTAC-TTATG------AAAAAGCCGG----TGGGCT-----ATAA---AA-------------AGAGCCTGATGTATC-ACC-TG----------T----TGCC-AGA----T-----------------AGGAA-ACGGGAA----TGACTAT-----T-TATA---TTGTGT---GGT-GAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGg
gi|8 : TC--CATGCGCTACTC--GC-A--------------C-----TGT-C---------CCAAATT--ACAGAAATTAGGTAAAAGTTTCTAA--AATGCACCA--ATTATGT--------------------------G------------TA--GCTATAT-TA--TGGA------AA-T---C-GTCCGGTGC---AATGAAATTGA-TG-CTTATAC-CG----TAAATTG---TTT-----------------------TCTGATTCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------G--------C-GCGTGTA-T--GAATGTG-GG--A-ATTTA
gi|8 : TG-TAA-AAATACGATGAAAC-----------------------GACAACCGTGACTGCTATATGGCAAAAATGTAA---ATATC----AATGTGCCAGCTAGTGGGATTTTGAATAG---AGCGTGACATGACGTA------------TT-ACC-CA----------T----TGCC-TGAA-A-T---TT-A-A-A-AGGA------------------TAACTGT-----TG-GTA---TCATGT---GAT-TCAA-TTGTAATGTGATTTCAAGatgtaaaaatacgatgaaacgacaaccgtgactgctatatggcaaaaatgtaaatatcaatgtgccagctagtgggattttgaatagagcgtgacatgacgtattacccattgcctgaaatttaaaaggataactgttggtatcatgtgattcaattgtaatgtgatttcaag
gi|9 : tccatgcgctactcgcactgtcccaaattacagaaattaggtaaaagtttctaaaatgcaccaattatgtgtagctatattatggaaatcgtccggtgcaatgaaattgatgcttataccgtaaattgttttctgattccgaatttggaactaattcgtaatgcgcgtgtatgaatgtgggaatttaaG-A------AT-T--AC-TTTTGGTGC---AAT-AATTTGA-TG-CTTA--T-TT----TAGATTG---TTGA--A-----AATC-----TGTTTCCTGATCC--AAA-TTTAT-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAC------A--------C-GC--ATA-TATGAATGCG-AG--ACAATCA------AT----CACGTGGTG---ATTTGATGTAAACA------------------------GAAG---GAAAT--------TCTG--AACAAATACGATAAATCTT-----G---T-TGAATGAT-AGGTAAACA-----GCTAAATTGTGAAAATGTA--C-ACATC----AAAGTGACAG----TGGGCTTAAAAAAAA---AA-------------A------------GCAGCG-TGAAA-------TATCATGCC-AGAAC--T---TT-ACA-A-AGAAAAGAAG-ACGGGAA----TAACAAT-----T-TGTA---TCGTGT---GAT-AACA-CTGTCACATGATCCCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTAAAAAAATAGTATGATGTATCTCCTGTTTCCAGAACGTTT
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111111111111 222222222222 222222222222222 111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 1 11 333333333333333333 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222222222 2222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 4 3 44 777 66666666666666 88888 3 000000000000 44 444 33 1 000000000000000 2 888888 2 2 1 33 2 33 2 666666 2 33 2 333 2 2 3 55555 4444 333 22 44444 666 22 44 3 1 333 333 3 8888888888888 111111111111111 2 33 2 33 2 33 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 2 44444444 44 1 00 888888888888888888 55 3 55 99999 1 1 2 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 44 3 0000000000 7777 3 2222222222222222222222 3 7777 0 44444444 555 555 33 3
lowQualScore : . . .. ... .............. ..... . ............ .. ... .. . ............... . ...... . . . .. . .. . ...... . .. . ... . . . ..... .... ... .. ..... ... .. .. . . ... ... . ............. ............... . .. . .. . .. ........................................................... . ........ .. . .. .................. .. . .. ..... . . . ......................................................................... .. . .......... .... . ...................... . .... . ........ ... ... .. .
lowQualScore : 0 6 22 555 00000000000000 33333 3 555555555555 22 999 99 8 777777777777777 9 222222 9 9 8 99 5 44 2 444444 2 11 2 999 2 2 2 66666 7777 555 66 88888 222 55 44 8 9 333 333 8 9999999999999 888888888888888 2 11 2 11 2 11 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 55555555 00 9 88 777777777777777777 55 6 66 11111 8 0 0 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 00 3 4444444444 1111 3 1111111111111111111111 6 7777 1 77777777 888 888 88 3
consensus : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TT-C-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAA----NC-T-G---N---TGAATGAG-A-GACAAACG-----GCTAAATTGTGGANATGTAC---ATGTC----AAAGTGCCAG----TGGGCT-----ATAG---AA-------------A------------TC-GCC-TG----------T----TGCC-AGAACG-T---TT-A-A-A-AGGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTGT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
Reference ( family-1105 ) : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TT-C-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAA----NC-T-G---A---TGAATGAG-A-GACAAACG-----GCTAAATTGTGGANATGTAC-C-ATGTC----AAAGTGCCAG----TGGGCT-----ATAG---AA-------------A------------TC-GCC-TG----------T----TGCC-AGAACG-T---TT-A-A-A-AGGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTGT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
gi|1 : TTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TATGCGTTACTC--GC-ATTATAC------
gi|10 : atttttcaatatacggctcatccgattcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtatgtaccggtacatatcataatataaggaaattggtaaattcaaatgatccacggctcattaaacgacaaatttttgcttgaatacaagtatagtacttagcaagcacacaaccagaggcattcaaatatattaatcacaaacactgaaatttttgttttgttttgcaggttacttgaactcaaatttgaactgctgcgagaggagagctagaaacagactgaattctaactgtcttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttcagatacattgtacatcagtgccatataaggaggtggatttgagtgaaaggtaatgagaaaaagagtcggggatcaggat-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGAGC---GATTAAATTGA-TG-CTAA--AGTG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTC------------A-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTATT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-CGTAACATTCACGCACGGTAAC-CAAGTG------------TGTTACCATT-A--TTTC-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAA---------TAAA----AC-T-G---A----AAATGAG-A---TAAACA-----GCTAATTTGTGGACATGTAC------------AAAGAGCC------TGA--T-----GTA--------------------------------TC-ACC-CG----------T----TGCC-AGAACGTT---TT-A-A-A-AGAAATGGAA-ACGGGAA----GAACTAT-----T-CATA---TAATGT---GAT-GGAA-TTGTCACATGATTCCAAGAgtaag
gi|11 : AATTGACGTTTA--A-----AATTTTC--TATTTTCTCA-ACT-GAACTTTGGCA---ACTGCTA-G---------T----GTAAT------A--------T-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACGTTTACAT--GGTGGA-CAATTGATGGAG-----------------------------------------GTAAGAAGC--------GCTGCTAACAAGAGCAA-AAATCATTC-T-G---GGATTGTATTAG-ATGATGAA-G-----A------TGTG--CGTGTA--A-ATGT----------GCCTG----TGGGCTG----ACGG---AGCCTTCTAT-----A------------TC-ACTGTG----------T----TTCCAAGAACA-TATATT-A-ATG-ACAGACGAAA-AAAGGAAGAGTTAACTCT-----GGAATA---GCATATTAAGAT-TAAA-TTGTCAC
gi|12 : CTCTACTCCAGAG-TTC--CGCGCGCTA-------------AT------CTC-----TGT-CAGCGGCT-TCT----C--ACAGAAATCTTGTAAAAGGTTCTAT--GATGTACTA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AA-TAAATAAGTA--GTCATAT-TA--TG-A------AA-T--AT-CTTTGGTGA---AGTTAAATTGA-TG-CTTA--C-AG----TAAATTG---TTTA--T-----AATTG-G--TGTTCTCTGATCCT-GAA-TTTGG-A---ACT---ACATGTACCGGCTT--AGTAAT------A--------C-GC--GT------AGTGTA-GG--ACATTCACGT--c
gi|13 : ATGCACCA--TTTTTGTTT---------------T-ACTCTACA-AG-TAAATAATGT--GCTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AGTTCAATTGA-TAACTTG--C-TG----TAATTTG---TTTC--A-----AATTC-C--CGTTTGCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------ATACTAGTAC-GC--GTA-T--GAAAGAA-GG--GCATTCACGT--G------------G-----------TGTAAACATGAA--TA-C-------------AAAAACAAGACAG--------GCTG-TAACAAATACTATAAA----AC-T-
gi|14 : CAGAGGTCC--CATGCGCTACTTA-GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---G-CCTG--TT---TAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTATAGTTATAT-TA--TG-A------AA-T--A--TTTTGGTAC---AAATAAATTGA-TG-TTCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATCT-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTTT-A---ACT---A-A---------TT--Ctgtt
gi|15 : CTCTAC-CCAGAG-TGC--CACGCGCTACTT--GC-ATTATACATGTACCTC-----TGT-CAAC---G-CCTGTTTT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATGA--TTT--GTTT---------------T-A------C-AC-TTAATTTTTA--GTTACAT-TA--TG-A------AA-T--AC-GTTTGGTTC---AATTAAATTGA-TT-TTAA--C-TG----TAAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTT
gi|16 : AGTTTCTAA--AATGCATAA--TTTGTGTTT---------------T-A------G-AT-TAAATATGTA--GCTACAT-TT--TG-ATACAAAAA-TGTAT-ATTTGGTGC---AATTAAATCGA-TA-TTAA--A-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTA-C--TGTTCTCTGATTTT-GTG-TTTGG-A-------------------------------------A--------C-GC--ATA-T--GAATATA-GA--AAATTCtgaat
gi|17 : acTTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TGAGCACTACTG--GC-TTT-------------------------------------TT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCGTAA--TTTATATTT---------------TGG------G-AC-TAATTATTTC--ATAATAC-TA--TG-G------AA-T--GC-TTTTGGTAC---AATGAAAGTGATTG---TA--C-TG----TAAATTG---TATA--A-----------T--TATT-TC-GGTCCCTGAA-TTTGA-A---ACT---A-ttatgtaaacatagatttaaagt
gi|18 : caGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTCATAT-TACATA-A------AA-T--AC-TTTTGGTAC---AAATATAGTAA-TG-TTAA--A-TA----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--GCTTCTCTGATCCA-GAATTTTGG-A---ATT---A-A---------TC--CATAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATATA-AA--ACATACATGT--AGct
gi|19 : -TA--TG-A------AA-T--AC-GTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTGA--T-CGAGCTTAAAATG---TTTA--A-----AACTC-C--TGTTCTTTGATCCC-AGA-TTTGG-A---ACT---A-A---------------TAA-------A--------T-GC---TA-T--GGAT-TA-GG--A
gi|2 : TTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTA--GC-ATTATAC------CTCAGCTCCGT-CAAC---T-CCAAAATT--ACAGAAATCTCGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTG---------------T-A------A-TC-TAAATATTTA--GTTATTT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGT---GATTAAATTGA-TG-ATCA--G-CG----TGAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGAACTC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GGT-T--GAATGTA-CA--CCATTCACGT--GGTAAA-CACGTGGTGGAGATTTTATGTAAACATG-A--TC-CCCCCCCCCCCAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAAGAGCTA-CAACAAATATGGTAAA----TCAT-G---A---TGAATAAG-A-AACAAATT-----GCTAAATTGTGGATATATATAC-ATGTCAGGGAAAATGCCAG----TGGGCT-----ATAG---AA-------------A------------TA-GCC-TG----------T----TGCT-AAAATG-T---TT-G-A-A-AGGAAAGGAACACGGGAA----TAACTATTTACATGTATG---TCATGT---AAT-GAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGAaa
gi|20 : g---TTTA--A-----AATTT-C--TATTTTCTCA-ACT-GAC-TTTGG-A---ACT---G-C---------CTAGTGTAAT------A--------TTGC--GTA-T--GA-TGTA-GG--ACGTTTACAT--GGTGGACCAATTGATGGAGGT
gi|21 : -------------A------------TC-ACC-TG----------T----TGCC-AGAATG----------A-A-AGGAA
gi|22 : agactgtacagttaatgaagatgattgtgcttatgaatgagtgactaggctatgagtctagtttCAG----TGGGCT-----ATAGTCTGATGT----------A------------TC-ACT-TG----------T----TACC-AGAAC--T------------------GGAC-ACGGGAA----TAACTGT-----T-TATATTGTCAC-T---GATATAAA-tga
gi|23 : TTCTCTAC-CCTGAT-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-A------------CTC-----AGT-CAA-------CTGAATT--ACAGAAAAA--GTAAAAGTTTCTGA--CATGCACCA--TTgagttg
gi|24 : caG-A------AA-T--AC-ATTTTGTAC---AATTAAATTGA-T---TCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTGG-A---ACC---A-A---------TT--
gi|25 : TTTTCTAC-CCAAAG-TTC--CGTGCGGTACTC--GC-ACTACAG------CTC-----TGT-CAAC---TCCCTAAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTC
gi|26 : a--A-----AATCG-T--TTTTCTTTGATCCA-GAA-TTTGA-A---ATT---ACA---------T----GTAATTCGCCGA--------C-GC--GTG-T--GAATGTA-CA--ATATTCACGA--GGTG
gi|27 : AG-A-GATAAACG-----GCTAAATTGTGGATATGTACAC-ATG
gi|28 : --TGTTATCTGATCCA-GAA-TTTAG-A---ACT---T-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--AT-------ATATA-AG--ACATACACaactataaaaatggactgatgta
gi|29 : aTTCTCTAA-CCAGAG-TTC--CGTGCACTAC------------AC------CTC-----TGT-CATC---T-CCTAAAGT--ACAG
gi|3 : aTTCTCTAC-CCAGAG-GTT--CGTGAGCTACTC--AC-TCTACAC-------TC-----TGT-CAAG---T-TCTAAAT----CAGAAGTCTTGTTAAAGTTTCTAA--CATGCACC---------------------------T-A------G-AC-TAAATGTTTA--GCTTTAT-TA--CG-A------TA-T--AC-CTTTGGTAC---GATTAAATTGT-TG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-T--TGTTTTGTGACCCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--TGTAAT------G--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-CG--ATATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATGAA--TT-C-------------AAAAGTAAGATAG--------GATG-TAATAGATATGATAAA----ACAT-G---C---TGAATAAG-A-GATTAACA-----GCTAAATTGTGGACATGT---------------AAGTGACAG----TGGGCT-----ATAA---AATGGGCCCGATGT-A------------TC-ACC-TA----------T----TGCC-AGAATG-T---TTAA-A-A-AGGAAAGGAA-ACAGAAA----TAACTG------TGTATA---TCAGGT---TAT-CAAA-TTGTCACATGATTCCAAGA
gi|30 : aAACTAT-----TGTAT-----CATGT---GAT-TAAA-TTATCACGTGATTCTAAGA
gi|4 : C--CATGCGTTACTCTCGC-ATTATAC------CTC-----TGTTCAAC---GGCCTGTATTTTACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCTTCG--ATTATGTTT---------------T-A------C-AC-AAAATATTCA--GTTATAT-TG--TG-A------AAAT--AC-TTTTTGTAC---AATTAATTTGA-TG-TTAA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTG-C--TGTTCTTTGATTCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAATATGC--A--------T-GC--ATA-T--GAATAAA-GG--TCATT--------------CGCGTGGTGGAGATTGAATGTAAACATG---------------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-CAACCAATAGGATAAA----CCTT-G---T---TGAATGAG-G-GACACACG-----GCTAAATAGTGAAAAT-------ATGT------------CAG----TAGGTT-----AAAA---AAAGAGTCTGATGT-A------------TC-ACC-TG----------T----TGCC-AGAGCT-T---TT-A-A-A---------------------------TGT-----T-TATA---TCACGT---GAT-T-AA-TTATCATGTGATTCCAAGAattagcaa
gi|5 : TTCTAATGCTCGTACCAGTTTCTTGTTTC--------------T-A------GCACGTAAAAATTTA--GTCGTATATA--TG-A------AA-T--GC-TTTTGGTGCGCTAATT---TTAG-TG-CT-A--T-TG----TAAATTC---TTCA--ATTCCAAATTG-CAGTTTTCTCTTGTCCT-GAG-TTTGG-ATCTACT---G-A-------------CATACT------A--------C-AC--GTA-T--GATTGTAAGG--ACATTCACC-------GA-C-------GGAGATTTGACGTAAACGTG-AAATT---------------AAAAGTCAGGAAG--------GCTG-TAA--ATTAT--TAAA----ACGT-GGAAA---TGAA-GAG-A-CACAA--------GCTATATCGTGAATATATAC-T--TATC----AATGTGTGAG----TGGGCT-----ATGA---AA-------------A------------GA-GCC-TGATTTATCGCCT----TGCC-AGAACT-T---TT-A-A-CCGGGAAAGGAA-ATGGAAG----TGACCAG-----TGTATA---TCA--T---GAT-TAAT-TTGTCACATG
gi|6 : ctacaccgtcgTTCTCTAC-CC-GAG-TTCTCCATGAGCTACTC--GCCACCATAC------TTC-----TGT-CAAT---T-C----------------------AAAACTT----A--CAGGCACCA--TTTATGTTTAAATGATTATAATAGT-A------G-AC-TAAATA-GTA--GCTATAC-TA--TG-A------AA-T--ACTTTTTAGTGC---AATTCAG-TGA-CG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTT---A-----AATCT-C--TCTTTTCGGATCCC-GAA-ATTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGCAAT------A--------C-GT--GTGTT--AAATGTG-GG--AC-------T--GGCAGT-CAC-----------TTGATGT-----------------------------AAAGTAAGAAAC--------GCT------AAATA--------------------G---TGAA--AGTA-TTCATACG-----GCCAAATTGCCAATAT----------------AAAG----AG----CG---T-----AT------T-------------A------------TT-GCC-TG----------C----TGCA-AGAATT-T---TC-A-A-A-AGGAATGACA-ACGGGAA----TAACTGT-----TG--TA---TCATAT---GAT-TAAATTTGTCTCG-GATTCCAAGA
gi|7 : AATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTGA--CATGCACTG--TTTATGTTG---------------T-A------G-AC-TAGATAATTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGT---ATTGAAATTGA-TG-CTTG--C-CC----TATATTT---TTTTTTA-----AATTG-C--TATTCTCTGATCCC-AAA-TTTGA-A---ACT---A-A---------TT--CGTA-T------A--------C-------A-T--GTATGTA-CG--ATATTCACGT--------------GGTGGA--CCCGAGGTGGA---G-A--TT-T-------------GA---------------------TG-TAA-----AC-ATGAA----TT-C-A---A----AAGTAAG-A-AAGATATG-----GCTAAATTGTGGATTTGTAC-TTATG------AAAAAGCCGG----TGGGCT-----ATAA---AA-------------AGAGCCTGATGTATC-ACC-TG----------T----TGCC-AGA----T-----------------AGGAA-ACGGGAA----TGACTAT-----T-TATA---TTGTGT---GGT-GAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGg
gi|8 : TC--CATGCGCTACTC--GC-A--------------C-----TGT-C---------CCAAATT--ACAGAAATTAGGTAAAAGTTTCTAA--AATGCACCA--ATTATGT--------------------------G------------TA--GCTATAT-TA--TGGA------AA-T---C-GTCCGGTGC---AATGAAATTGA-TG-CTTATAC-CG----TAAATTG---TTT-----------------------TCTGATTCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------G--------C-GCGTGTA-T--GAATGTG-GG--A-ATTTA
gi|8 : TG-TAA-AAATACGATGAA----AC----------------------GACAACCGTGACTGCTATATGGCAAAAATGTAA---ATATC----AATGTGCCAGCTAGTGGGATTTTGAATAG---AGCGTGACATGACGTA------------TT-ACC-CA----------T----TGCC-TGAA-A-T---TT-A-A-A-AGGA------------------TAACTGT-----TG-GTA---TCATGT---GAT-TCAA-TTGTAATGTGATTTCAAGatgtaaaaatacgatgaaacgacaaccgtgactgctatatggcaaaaatgtaaatatcaatgtgccagctagtgggattttgaatagagcgtgacatgacgtattacccattgcctgaaatttaaaaggataactgttggtatcatgtgattcaattgtaatgtgatttcaag
gi|9 : tccatgcgctactcgcactgtcccaaattacagaaattaggtaaaagtttctaaaatgcaccaattatgtgtagctatattatggaaatcgtccggtgcaatgaaattgatgcttataccgtaaattgttttctgattccgaatttggaactaattcgtaatgcgcgtgtatgaatgtgggaatttaaG-A------AT-T--AC-TTTTGGTGC---AAT-AATTTGA-TG-CTTA--T-TT----TAGATTG---TTGA--A-----AATC-----TGTTTCCTGATCC--AAA-TTTAT-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAC------A--------C-GC--ATA-TATGAATGCG-AG--ACAATCA------AT----CACGTGGTG---ATTTGATGTAAACA------------------------GAAG---GAAAT--------TCTG--AACAAATACGATAAA----TC-TTG---T---TGAATGAT-A-GGTAAACA-----GCTAAATTGTGAAAATGTA--C-ACATC----AAAGTGACAG----TGGGCTTAAAAAAAA---AA-------------A------------GCAGCG-TGAAA-------TATCATGCC-AGAAC--T---TT-ACA-A-AGAAAAGAAG-ACGGGAA----TAACAAT-----T-TGTA---TCGTGT---GAT-AACA-CTGTCACATGATCCCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTAAAAAAATAGTATGATGTATCTCCTGTTTCCAGAACGTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 222222222222 222222222222222 111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 1 11 3333333333333333 1111111 222222222222222 8888888888888888888888888888888888888888 111111111111111 222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 4 3 44 777 66666666666666 88888 3 000000000000 44 444 33 1 000000000000000 2 888888 2 2 1 33 2 33 2 666666 2 33 2 333 2 2 3 55555 4444 333 22 44444 666 22 44 3 1 333 333 3 8888888888888 111111111111111 2 33 2 33 2 33 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 44444444 44 1 00 3333333333333333 2 3 3 0 1111111 55 1 2 888888888888888 2 0 7777 4444444444444444444444444444444444444444 3 3 999999999999999 3 222222222222222222222 3 7777 0 88888888 555 555 33 3
lowQualScore : . . .. ... .............. ..... . ............ .. ... .. . ............... . ...... . . . .. . .. . ...... . .. . ... . . . ..... .... ... .. ..... ... .. .. . . ... ... . ............. ............... . .. . .. . .. ........................................................... . ........ .. . .. ................ . . . . ....... .. . . ............... . . .... ........................................ . . ............... . ..................... . .... . ........ ... ... .. .
lowQualScore : 0 6 22 555 00000000000000 33333 3 555555555555 22 999 99 8 777777777777777 9 222222 9 9 8 99 5 44 2 444444 2 11 2 999 2 2 2 66666 7777 555 66 88888 222 55 44 8 9 333 333 8 9999999999999 888888888888888 2 11 2 11 2 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 55555555 00 9 88 0000000000000000 3 6 6 1 5555555 00 0 0 555555555555555 8 5 1111 0000000000000000000000000000000000000000 1 1 555555555555555 3 111111111111111111111 6 7777 1 88888888 888 888 88 3
consensus : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TT-C-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAA----NC-T-G---NTGAATGA-GA-GACAAACG-----GCTAAATTGTGG--ATATGTACATGTC----AAAGTGCCAG----TGGGCT-----ATAA---AA-------------A------------TC-GCC-TG----------T----TGCC-AGAACG-T---TTA-A-AA-GGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTGT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
Reference ( family-1105 ) : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TT-C-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAA----NC-T-G---NTGAATGA-GA-GACAAACG-----GCTAAATTGTGG--ANATGTACATGTC----AAAGTGCCAG----TGGGCT-----ATAG---AA-------------A------------TC-GCC-TG----------T----TGCC-AGAACG-T---TTA-A-AA-GGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTGT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
gi|1 : TTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TATGCGTTACTC--GC-ATTATAC------
gi|10 : atttttcaatatacggctcatccgattcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtatgtaccggtacatatcataatataaggaaattggtaaattcaaatgatccacggctcattaaacgacaaatttttgcttgaatacaagtatagtacttagcaagcacacaaccagaggcattcaaatatattaatcacaaacactgaaatttttgttttgttttgcaggttacttgaactcaaatttgaactgctgcgagaggagagctagaaacagactgaattctaactgtcttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttcagatacattgtacatcagtgccatataaggaggtggatttgagtgaaaggtaatgagaaaaagagtcggggatcaggat-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGAGC---GATTAAATTGA-TG-CTAA--AGTG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTC------------A-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTATT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-CGTAACATTCACGCACGGTAAC-CAAGTG------------TGTTACCATT-A--TTTC-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAA---------TAAA----AC-T-G---A-AAATGA-GA---TAAACA-----GCTAATTTGTGG--ACATGTACA---------AAGAGCC------TGA--T-----GTA--------------------------------TC-ACC-CG----------T----TGCC-AGAACGTT---TTA-A-AA-GAAATGGAA-ACGGGAA----GAACTAT-----T-CATA---TAATGT---GAT-GGAA-TTGTCACATGATTCCAAGAgtaag
gi|11 : AATTGACGTTTA--A-----AATTTTC--TATTTTCTCA-ACT-GAACTTTGGCA---ACTGCTA-G---------T----GTAAT------A--------T-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACGTTTACAT--GGTGGA-CAATTGATGGAG-----------------------------------------GTAAGAAGC--------GCTGCTAACAAGAGCAA-AAATCATTC-T-GGGATTGTATTA-GATGATGAA------------------G--ATGTG--CGTGTA----AATGTGCCTG----TGGGCTG----ACGG---AGCCTTCTAT-----A------------TC-ACTGTG----------T----TTCCAAGAACA-TATATTA-ATGA-CAGACGAAA-AAAGGAAGAGTTAACTCT-----GGAATA---GCATATTAAGAT-TAAA-TTGTCAC
gi|12 : CTCTACTCCAGAG-TTC--CGCGCGCTA-------------AT------CTC-----TGT-CAGCGGCT-TCT----C--ACAGAAATCTTGTAAAAGGTTCTAT--GATGTACTA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AA-TAAATAAGTA--GTCATAT-TA--TG-A------AA-T--AT-CTTTGGTGA---AGTTAAATTGA-TG-CTTA--C-AG----TAAATTG---TTTA--T-----AATTG-G--TGTTCTCTGATCCT-GAA-TTTGG-A---ACT---ACATGTACCGGCTT--AGTAAT------A--------C-GC--GT------AGTGTA-GG--ACATTCACGT--c
gi|13 : ATGCACCA--TTTTTGTTT---------------T-ACTCTACA-AG-TAAATAATGT--GCTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AGTTCAATTGA-TAACTTG--C-TG----TAATTTG---TTTC--A-----AATTC-C--CGTTTGCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------ATACTAGTAC-GC--GTA-T--GAAAGAA-GG--GCATTCACGT--G------------G-----------TGTAAACATGAA--TA-C-------------AAAAACAAGACAG--------GCTG-TAACAAATACTATAAA----AC-T-
gi|14 : CAGAGGTCC--CATGCGCTACTTA-GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---G-CCTG--TT---TAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTATAGTTATAT-TA--TG-A------AA-T--A--TTTTGGTAC---AAATAAATTGA-TG-TTCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATCT-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTTT-A---ACT---A-A---------TT--Ctgtt
gi|15 : CTCTAC-CCAGAG-TGC--CACGCGCTACTT--GC-ATTATACATGTACCTC-----TGT-CAAC---G-CCTGTTTT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATGA--TTT--GTTT---------------T-A------C-AC-TTAATTTTTA--GTTACAT-TA--TG-A------AA-T--AC-GTTTGGTTC---AATTAAATTGA-TT-TTAA--C-TG----TAAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTT
gi|16 : AGTTTCTAA--AATGCATAA--TTTGTGTTT---------------T-A------G-AT-TAAATATGTA--GCTACAT-TT--TG-ATACAAAAA-TGTAT-ATTTGGTGC---AATTAAATCGA-TA-TTAA--A-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTA-C--TGTTCTCTGATTTT-GTG-TTTGG-A-------------------------------------A--------C-GC--ATA-T--GAATATA-GA--AAATTCtgaat
gi|17 : acTTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TGAGCACTACTG--GC-TTT-------------------------------------TT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCGTAA--TTTATATTT---------------TGG------G-AC-TAATTATTTC--ATAATAC-TA--TG-G------AA-T--GC-TTTTGGTAC---AATGAAAGTGATTG---TA--C-TG----TAAATTG---TATA--A-----------T--TATT-TC-GGTCCCTGAA-TTTGA-A---ACT---A-ttatgtaaacatagatttaaagt
gi|18 : caGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTCATAT-TACATA-A------AA-T--AC-TTTTGGTAC---AAATATAGTAA-TG-TTAA--A-TA----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--GCTTCTCTGATCCA-GAATTTTGG-A---ATT---A-A---------TC--CATAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATATA-AA--ACATACATGT--AGct
gi|19 : -TA--TG-A------AA-T--AC-GTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTGA--T-CGAGCTTAAAATG---TTTA--A-----AACTC-C--TGTTCTTTGATCCC-AGA-TTTGG-A---ACT---A-A---------------TAA-------A--------T-GC---TA-T--GGAT-TA-GG--A
gi|2 : TTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTA--GC-ATTATAC------CTCAGCTCCGT-CAAC---T-CCAAAATT--ACAGAAATCTCGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTG---------------T-A------A-TC-TAAATATTTA--GTTATTT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGT---GATTAAATTGA-TG-ATCA--G-CG----TGAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGAACTC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GGT-T--GAATGTA-CA--CCATTCACGT--GGTAAA-CACGTGGTGGAGATTTTATGTAAACATG-A--TC-CCCCCCCCCCCAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAAGAGCTA-CAACAAATATGGTAAA----TCAT-G---ATGAATAA-GA-AACAAATT-----GCTAAATTGTGGATATATATACATGTCAGGGAAAATGCCAG----TGGGCT-----ATAG---AA-------------A------------TA-GCC-TG----------T----TGCT-AAAATG-T---TTG-A-AA-GGAAAGGAACACGGGAA----TAACTATTTACATGTATG---TCATGT---AAT-GAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGAaa
gi|20 : g---TTTA--A-----AATTT-C--TATTTTCTCA-ACT-GAC-TTTGG-A---ACT---G-C---------CTAGTGTAAT------A--------TTGC--GTA-T--GA-TGTA-GG--ACGTTTACAT--GGTGGACCAATTGATGGAGGT
gi|21 : -------------A------------TC-ACC-TG----------T----TGCC-AGAATG---------A-AA-GGAA
gi|22 : agactgtacagttaatgaagatgattgtgcttatgaatgagtgactaggctatgagtctagtttCAG----TGGGCT-----ATAGTCTGATGT----------A------------TC-ACT-TG----------T----TACC-AGAAC--T-----------------GGAC-ACGGGAA----TAACTGT-----T-TATATTGTCAC-T---GATATAAA-tga
gi|23 : TTCTCTAC-CCTGAT-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-A------------CTC-----AGT-CAA-------CTGAATT--ACAGAAAAA--GTAAAAGTTTCTGA--CATGCACCA--TTgagttg
gi|24 : caG-A------AA-T--AC-ATTTTGTAC---AATTAAATTGA-T---TCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTGG-A---ACC---A-A---------TT--
gi|25 : TTTTCTAC-CCAAAG-TTC--CGTGCGGTACTC--GC-ACTACAG------CTC-----TGT-CAAC---TCCCTAAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTC
gi|26 : a--A-----AATCG-T--TTTTCTTTGATCCA-GAA-TTTGA-A---ATT---ACA---------T----GTAATTCGCCGA--------C-GC--GTG-T--GAATGTA-CA--ATATTCACGA--GGTG
gi|27 : A-GA-GATAAACG-----GCTAAATTGTGG--ATATGTACA---C----A-------------TGAACT-----ATAA---AA-------------A------------TG-GAC-TG----------A----TG
gi|28 : --TGTTATCTGATCCA-GAA-TTTAG-A---ACT---T-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--AT-------ATATA-AG--ACATACACta
gi|29 : aTTCTCTAA-CCAGAG-TTC--CGTGCACTAC------------AC------CTC-----TGT-CATC---T-CCTAAAGT--ACAG
gi|3 : aTTCTCTAC-CCAGAG-GTT--CGTGAGCTACTC--AC-TCTACAC-------TC-----TGT-CAAG---T-TCTAAAT----CAGAAGTCTTGTTAAAGTTTCTAA--CATGCACC---------------------------T-A------G-AC-TAAATGTTTA--GCTTTAT-TA--CG-A------TA-T--AC-CTTTGGTAC---GATTAAATTGT-TG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-T--TGTTTTGTGACCCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--TGTAAT------G--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-CG--ATATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-AA-TT-C-------------AAAAGTAAGATAG--------GATG-TAATAGATATGATAAA----ACAT-G---CTGAATAA-GA-GATTAACA-----GCTAAATTGTGG--ACATGTA------------AGTGACAG----TGGGCT-----ATAA---AATGGGCCCGATGT-A------------TC-ACC-TA----------T----TGCC-AGAATG-T---TTA-A-AAAGGAAAGGAA-ACAGAAA----TAACTGT------GTATA---TCAGGT---TAT-CAAA-TTGTCACATGATTCCAAGA
gi|30 : aAACTAT-----TGTAT-----CATGT---GAT-TAAA-TTATCACGTGATTCTAAGA
gi|4 : C--CATGCGTTACTCTCGC-ATTATAC------CTC-----TGTTCAAC---GGCCTGTATTTTACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCTTCG--ATTATGTTT---------------T-A------C-AC-AAAATATTCA--GTTATAT-TG--TG-A------AAAT--AC-TTTTTGTAC---AATTAATTTGA-TG-TTAA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTG-C--TGTTCTTTGATTCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAATATGC--A--------T-GC--ATA-T--GAATAAA-GG--TCATT--------------CGCGTGGTGGAGATTGAATGTAAACATG---------------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-CAACCAATAGGATAAA----CCTT-G---TTGAATGA-GG-GACACACG-----GCTAAATAGTGA--AAAT----ATGT------------CAG----TAGGTT-----AAAA---AAAGAGTCTGATGT-A------------TC-ACC-TG----------T----TGCC-AGAGCT-T---TTA-A-A---------------------------TGT-----T-TATA---TCACGT---GAT-T-AA-TTATCATGTGATTCCAAGAattagcaa
gi|5 : TTCTAATGCTCGTACCAGTTTCTTGTTTC--------------T-A------GCACGTAAAAATTTA--GTCGTATATA--TG-A------AA-T--GC-TTTTGGTGCGCTAATT---TTAG-TG-CT-A--T-TG----TAAATTC---TTCA--ATTCCAAATTG-CAGTTTTCTCTTGTCCT-GAG-TTTGG-ATCTACT---G-A-------------CATACT------A--------C-AC--GTA-T--GATTGTAAGG--ACATTCACC-------GA-C-------GGAGATTTGACGTAAACGTG-AAATT---------------AAAAGTCAGGAAG--------GCTG-TAA--ATTAT--TAAA----ACGT-G---G-AAATGAAGA-GACACA-A-----GCTATATCGTGA--ATATATACTTATC----AATGTGTGAG----TGGGCT-----ATGA---AA-------------A------------GA-GCC-TGATTTATCGCCT----TGCC-AGAACT-T---TTA-ACCG-GGAAAGGAA-ATGGAAG----TGACCAG-----TGTATA---TCA--T---GAT-TAAT-TTGTCACATG
gi|6 : ctacaccgtcgTTCTCTAC-CC-GAG-TTCTCCATGAGCTACTC--GCCACCATAC------TTC-----TGT-CAAT---T-C----------------------AAAACTT----A--CAGGCACCA--TTTATGTTTAAATGATTATAATAGT-A------G-AC-TAAATA-GTA--GCTATAC-TA--TG-A------AA-T--ACTTTTTAGTGC---AATTCAG-TGA-CG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTT---A-----AATCT-C--TCTTTTCGGATCCC-GAA-ATTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGCAAT------A--------C-GT--GTGTT--AAATGTG-GG--AC-------T--GGCAGT-CAC-----------TTGATGT-----------------------------AAAGTAAGAAAC--------GCT------AAATA--GTGAA----AG-T-A---TT------------CATACG-----GCCAAATTGCCA--ATAT-------------AAAG----AG----CG---T-----AT------T-------------A------------TT-GCC-TG----------C----TGCA-AGAATT-T---TCA-A-AA-GGAATGACA-ACGGGAA----TAACTGT-----TG--TA---TCATAT---GAT-TAAATTTGTCTCG-GATTCCAAGA
gi|7 : AATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTGA--CATGCACTG--TTTATGTTG---------------T-A------G-AC-TAGATAATTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGT---ATTGAAATTGA-TG-CTTG--C-CC----TATATTT---TTTTTTA-----AATTG-C--TATTCTCTGATCCC-AAA-TTTGA-A---ACT---A-A---------TT--CGTA-T------A--------C-------A-T--GTATGTA-CG--ATATTCACG--------------TGGTGGA--CCCGAGGTGGA---G-A--TT-T-------------GA---------------------TG-TAA-----AC-ATGAA----TT-C-A---A-AAGTAA-GA-AAGATATG-----GCTAAATTGTGG--ATTTGTACTTATG----AAAAAGCCGG----TGGGCT-----ATAA---AA-------------AGAGCCTGATGTATC-ACC-TG----------T----TGCC-AGA----T----------------AGGAA-ACGGGAA----TGACTAT-----T-TATA---TTGTGT---GGT-GAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGg
gi|8 : TC--CATGCGCTACTC--GC-A--------------C-----TGT-C---------CCAAATT--ACAGAAATTAGGTAAAAGTTTCTAA--AATGCACCA--ATTATGT--------------------------G------------TA--GCTATAT-TA--TGGA------AA-T---C-GTCCGGTGC---AATGAAATTGA-TG-CTTATAC-CG----TAAATTG---TTT-----------------------TCTGATTCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------G--------C-GCGTGTA-T--GAATGTG-GG--A-ATTTA
gi|8 : TG-TAA-AAATACGATGAA----AC-------------------GACAACCGTGACTGCTATATGGCAA--AAATGTAAATATC----AATGTGCCAGCTAGTGGGATTTTGAATAG---AGCGTGACATGACGTA------------TT-ACC-CA----------T----TGCC-TGAA-A-T---TTA-A-AA-GGA------------------TAACTGT-----TG-GTA---TCATGT---GAT-TCAA-TTGTAATGTGATTTCAAGatgtaaaaatacgatgaaacgacaaccgtgactgctatatggcaaaaatgtaaatatcaatgtgccagctagtgggattttgaatagagcgtgacatgacgtattacccattgcctgaaatttaaaaggataactgttggtatcatgtgattcaattgtaatgtgatttcaag
gi|9 : tccatgcgctactcgcactgtcccaaattacagaaattaggtaaaagtttctaaaatgcaccaattatgtgtagctatattatggaaatcgtccggtgcaatgaaattgatgcttataccgtaaattgttttctgattccgaatttggaactaattcgtaatgcgcgtgtatgaatgtgggaatttaaG-A------AT-T--AC-TTTTGGTGC---AAT-AATTTGA-TG-CTTA--T-TT----TAGATTG---TTGA--A-----AATC-----TGTTTCCTGATCC--AAA-TTTAT-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAC------A--------C-GC--ATA-TATGAATGCG-AG--ACAATCA------AT----CACGTGGTG---ATTTGATGTAAACA------------------------GAAG---GAAAT--------TCTG--AACAAATACGATAAA----TC-TTG---TTGAATGA-TA-GGTAAACA-----GCTAAATTGTGA--AAATGTACACATC----AAAGTGACAG----TGGGCTTAAAAAAAA---AA-------------A------------GCAGCG-TGAAA-------TATCATGCC-AGAAC--T---TTACA-AA-GAAAAGAAG-ACGGGAA----TAACAAT-----T-TGTA---TCGTGT---GAT-AACA-CTGTCACATGATCCCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTAAAAAAATAGTATGATGTATCTCCTGTTTCCAGAACGTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 222222222222 222222222222222 111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 1 11 3333333333333333 1111111 333333333333333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999 111111111111111 222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 4 3 44 777 66666666666666 88888 3 000000000000 44 444 33 1 000000000000000 2 888888 2 2 1 33 2 33 2 666666 2 33 2 333 2 2 3 55555 4444 333 22 44444 666 22 44 3 1 333 333 3 8888888888888 111111111111111 2 33 2 33 2 33 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 44444444 44 1 00 3333333333333333 2 3 3 0 1111111 44 1 333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111 3 3 999999999999999 3 222222222222222222222 3 7777 0 88888888 555 555 33 3
lowQualScore : . . .. ... .............. ..... . ............ .. ... .. . ............... . ...... . . . .. . .. . ...... . .. . ... . . . ..... .... ... .. ..... ... .. .. . . ... ... . ............. ............... . .. . .. . .. ........................................................... . ........ .. . .. ................ . . . . ....... .. . ........................ ........................................... . . ............... . ..................... . .... . ........ ... ... .. .
lowQualScore : 0 6 22 555 00000000000000 33333 3 555555555555 22 999 99 8 777777777777777 9 222222 9 9 8 99 5 44 2 444444 2 11 2 999 2 2 2 66666 7777 555 66 88888 222 55 44 8 9 333 333 8 9999999999999 888888888888888 2 11 2 11 2 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 55555555 00 9 88 0000000000000000 3 6 6 1 5555555 66 0 666666666666666666666666 3333333333333333333333333333333333333333333 1 1 555555555555555 3 111111111111111111111 6 7777 1 88888888 888 888 88 3
consensus : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TT-C-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAA----NC-T-G---NTGAATGA-GA-GACAAACG-----GCTAAATTGTGG--ATATGTACATGTC----AAAGTGCCAG----TGGGCT-----ATAA---A---A-------------A------------TC-GCC-TG----------T----TGCC-AGAACG-T---TTA-A-AA-GGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTGT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
Reference ( family-1105 ) : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TT-C-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAA----NC-T-G---NTGAATGA-GA-GACAAACG-----GCTAAATTGTGG--ATATGTACATGTC----AAAGTGCCAG----TGGGCT-----ATAA---A---A-------------A------------TC-GCC-TG----------T----TGCC-AGAACG-T---TTA-A-AA-GGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTGT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
gi|1 : TTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TATGCGTTACTC--GC-ATTATAC------
gi|10 : atttttcaatatacggctcatccgattcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtatgtaccggtacatatcataatataaggaaattggtaaattcaaatgatccacggctcattaaacgacaaatttttgcttgaatacaagtatagtacttagcaagcacacaaccagaggcattcaaatatattaatcacaaacactgaaatttttgttttgttttgcaggttacttgaactcaaatttgaactgctgcgagaggagagctagaaacagactgaattctaactgtcttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttcagatacattgtacatcagtgccatataaggaggtggatttgagtgaaaggtaatgagaaaaagagtcggggatcaggat-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGAGC---GATTAAATTGA-TG-CTAA--AGTG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTC------------A-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTATT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-CGTAACATTCACGCACGGTAAC-CAAGTG------------TGTTACCATT-A--TTTC-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAA---------TAAA----AC-T-G---A-AAATGA-GA---TAAACA-----GCTAATTTGTGG--ACATGTACA---------AAGAGCC------TGA--T-----GTA-----------------------------------TC-ACC-CG----------T----TGCC-AGAACGTT---TTA-A-AA-GAAATGGAA-ACGGGAA----GAACTAT-----T-CATA---TAATGT---GAT-GGAA-TTGTCACATGATTCCAAGAgtaag
gi|11 : AATTGACGTTTA--A-----AATTTTC--TATTTTCTCA-ACT-GAACTTTGGCA---ACTGCTA-G---------T----GTAAT------A--------T-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACGTTTACAT--GGTGGA-CAATTGATGGAG-----------------------------------------GTAAGAAGC--------GCTGCTAACAAGAGCAA-AAATCATTC-T-GGGATTGTATTA-GATGATGAA------------------G--AT--GTGCGTGTA----AATGTGCCTG----TGGGCTG----ACGG---A---GCCTTCTAT-----A------------TC-ACTGTG----------T----TTCCAAGAACA-TATATTA-ATGA-CAGACGAAA-AAAGGAAGAGTTAACTCT-----GGAATA---GCATATTAAGAT-TAAA-TTGTCAC
gi|12 : CTCTACTCCAGAG-TTC--CGCGCGCTA-------------AT------CTC-----TGT-CAGCGGCT-TCT----C--ACAGAAATCTTGTAAAAGGTTCTAT--GATGTACTA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AA-TAAATAAGTA--GTCATAT-TA--TG-A------AA-T--AT-CTTTGGTGA---AGTTAAATTGA-TG-CTTA--C-AG----TAAATTG---TTTA--T-----AATTG-G--TGTTCTCTGATCCT-GAA-TTTGG-A---ACT---ACATGTACCGGCTT--AGTAAT------A--------C-GC--GT------AGTGTA-GG--ACATTCACGT--c
gi|13 : ATGCACCA--TTTTTGTTT---------------T-ACTCTACA-AG-TAAATAATGT--GCTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AGTTCAATTGA-TAACTTG--C-TG----TAATTTG---TTTC--A-----AATTC-C--CGTTTGCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------ATACTAGTAC-GC--GTA-T--GAAAGAA-GG--GCATTCACGT--G------------G-----------TGTAAACATGAA--TA-C-------------AAAAACAAGACAG--------GCTG-TAACAAATACTATAAA----AC-T-
gi|14 : CAGAGGTCC--CATGCGCTACTTA-GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---G-CCTG--TT---TAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTATAGTTATAT-TA--TG-A------AA-T--A--TTTTGGTAC---AAATAAATTGA-TG-TTCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATCT-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTTT-A---ACT---A-A---------TT--Ctgtt
gi|15 : CTCTAC-CCAGAG-TGC--CACGCGCTACTT--GC-ATTATACATGTACCTC-----TGT-CAAC---G-CCTGTTTT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATGA--TTT--GTTT---------------T-A------C-AC-TTAATTTTTA--GTTACAT-TA--TG-A------AA-T--AC-GTTTGGTTC---AATTAAATTGA-TT-TTAA--C-TG----TAAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTT
gi|16 : AGTTTCTAA--AATGCATAA--TTTGTGTTT---------------T-A------G-AT-TAAATATGTA--GCTACAT-TT--TG-ATACAAAAA-TGTAT-ATTTGGTGC---AATTAAATCGA-TA-TTAA--A-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTA-C--TGTTCTCTGATTTT-GTG-TTTGG-A-------------------------------------A--------C-GC--ATA-T--GAATATA-GA--AAATTCtgaat
gi|17 : acTTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TGAGCACTACTG--GC-TTT-------------------------------------TT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCGTAA--TTTATATTT---------------TGG------G-AC-TAATTATTTC--ATAATAC-TA--TG-G------AA-T--GC-TTTTGGTAC---AATGAAAGTGATTG---TA--C-TG----TAAATTG---TATA--A-----------T--TATT-TC-GGTCCCTGAA-TTTGA-A---ACT---A-ttatgtaaacatagatttaaagt
gi|18 : caGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTCATAT-TACATA-A------AA-T--AC-TTTTGGTAC---AAATATAGTAA-TG-TTAA--A-TA----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--GCTTCTCTGATCCA-GAATTTTGG-A---ATT---A-A---------TC--CATAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATATA-AA--ACATACATGT--AGct
gi|19 : -TA--TG-A------AA-T--AC-GTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTGA--T-CGAGCTTAAAATG---TTTA--A-----AACTC-C--TGTTCTTTGATCCC-AGA-TTTGG-A---ACT---A-A---------------TAA-------A--------T-GC---TA-T--GGAT-TA-GG--A
gi|2 : TTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTA--GC-ATTATAC------CTCAGCTCCGT-CAAC---T-CCAAAATT--ACAGAAATCTCGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTG---------------T-A------A-TC-TAAATATTTA--GTTATTT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGT---GATTAAATTGA-TG-ATCA--G-CG----TGAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGAACTC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GGT-T--GAATGTA-CA--CCATTCACGT--GGTAAA-CACGTGGTGGAGATTTTATGTAAACATG-A--TC-CCCCCCCCCCCAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAAGAGCTA-CAACAAATATGGTAAA----TCAT-G---ATGAATAA-GA-AACAAATT-----GCTAAATTGTGGATATATATACATGTCAGGGAAAATGCCAG----TGGGCT-----ATAG---A---A-------------A------------TA-GCC-TG----------T----TGCT-AAAATG-T---TTG-A-AA-GGAAAGGAACACGGGAA----TAACTATTTACATGTATG---TCATGT---AAT-GAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGAaa
gi|20 : g---TTTA--A-----AATTT-C--TATTTTCTCA-ACT-GAC-TTTGG-A---ACT---G-C---------CTAGTGTAAT------A--------TTGC--GTA-T--GA-TGTA-GG--ACGTTTACAT--GGTGGACCAATTGATGGAGGT
gi|21 : ATTGTGC--TTATG-A-ATG--------AGTGAC------TAGGCT-----ATGA---GTCTAGTTT---------A------------TC-ACC-TG----------T----TGCC-AGAATG---------A-AA-GGAA
gi|22 : agactgtacagttaatgaagatgCAG----TGGGCT-----ATAGTCTG---ATGT----------A------------TC-ACT-TG----------T----TACC-AGAAC-------T------------GGAC-ACGGGAA----TAACTGT-----T-TATATTGTCAC-T---GATATAAA-tga
gi|23 : TTCTCTAC-CCTGAT-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-A------------CTC-----AGT-CAA-------CTGAATT--ACAGAAAAA--GTAAAAGTTTCTGA--CATGCACCA--TTgagttg
gi|24 : caG-A------AA-T--AC-ATTTTGTAC---AATTAAATTGA-T---TCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTGG-A---ACC---A-A---------TT--
gi|25 : TTTTCTAC-CCAAAG-TTC--CGTGCGGTACTC--GC-ACTACAG------CTC-----TGT-CAAC---TCCCTAAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTC
gi|26 : a--A-----AATCG-T--TTTTCTTTGATCCA-GAA-TTTGA-A---ATT---ACA---------T----GTAATTCGCCGA--------C-GC--GTG-T--GAATGTA-CA--ATATTCACGA--GGTG
gi|27 : A-GA-GATAAACG-----GCTAAATTGTGG--ATATGTACA---C----A-------------TGAACT-----ATAA---A---A-------------A------------TG-GAC-TG----------A----TG
gi|28 : --TGTTATCTGATCCA-GAA-TTTAG-A---ACT---T-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--AT-------ATATA-AG--ACATACACta
gi|29 : aTTCTCTAA-CCAGAG-TTC--CGTGCACTAC------------AC------CTC-----TGT-CATC---T-CCTAAAGT--ACAG
gi|3 : aTTCTCTAC-CCAGAG-GTT--CGTGAGCTACTC--AC-TCTACAC-------TC-----TGT-CAAG---T-TCTAAAT----CAGAAGTCTTGTTAAAGTTTCTAA--CATGCACC---------------------------T-A------G-AC-TAAATGTTTA--GCTTTAT-TA--CG-A------TA-T--AC-CTTTGGTAC---GATTAAATTGT-TG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-T--TGTTTTGTGACCCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--TGTAAT------G--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-CG--ATATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-AA-TT-C-------------AAAAGTAAGATAG--------GATG-TAATAGATATGATAAA----ACAT-G---CTGAATAA-GA-GATTAACA-----GCTAAATTGTGG--ACATGTA------------AGTGACAG----TGGGCT-----ATAA---A---ATGGGCCCGATGT-A------------TC-ACC-TA----------T----TGCC-AGAATG-T---TTA-A-AAAGGAAAGGAA-ACAGAAA----TAACTGT------GTATA---TCAGGT---TAT-CAAA-TTGTCACATGATTCCAAGA
gi|30 : aAACTAT-----TGTAT-----CATGT---GAT-TAAA-TTATCACGTGATTCTAAGA
gi|4 : C--CATGCGTTACTCTCGC-ATTATAC------CTC-----TGTTCAAC---GGCCTGTATTTTACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCTTCG--ATTATGTTT---------------T-A------C-AC-AAAATATTCA--GTTATAT-TG--TG-A------AAAT--AC-TTTTTGTAC---AATTAATTTGA-TG-TTAA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTG-C--TGTTCTTTGATTCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAATATGC--A--------T-GC--ATA-T--GAATAAA-GG--TCATT--------------CGCGTGGTGGAGATTGAATGTAAACATG---------------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-CAACCAATAGGATAAA----CCTT-G---TTGAATGA-GG-GACACACG-----GCTAAATAGTGA--AAAT----ATGT------------CAG----TAGGTT-----AAAA---A---AAGAGTCTGATGT-A------------TC-ACC-TG----------T----TGCC-AGAGCT-T---TTA-A-A---------------------------TGT-----T-TATA---TCACGT---GAT-T-AA-TTATCATGTGATTCCAAGAattagcaa
gi|5 : TTCTAATGCTCGTACCAGTTTCTTGTTTC--------------T-A------GCACGTAAAAATTTA--GTCGTATATA--TG-A------AA-T--GC-TTTTGGTGCGCTAATT---TTAG-TG-CT-A--T-TG----TAAATTC---TTCA--ATTCCAAATTG-CAGTTTTCTCTTGTCCT-GAG-TTTGG-ATCTACT---G-A-------------CATACT------A--------C-AC--GTA-T--GATTGTAAGG--ACATTCACC-------GA-C-------GGAGATTTGACGTAAACGTG-AAATT---------------AAAAGTCAGGAAG--------GCTG-TAA--ATTAT--TAAA----ACGT-G---G-AAATGAAGA-GACACA-A-----GCTATATCGTGA--ATATATACTTATC----AATGTGTGAG----TGGGCT-----ATGA---A---A-------------A------------GA-GCC-TGATTTATCGCCT----TGCC-AGAACT-T---TTA-ACCG-GGAAAGGAA-ATGGAAG----TGACCAG-----TGTATA---TCA--T---GAT-TAAT-TTGTCACATG
gi|6 : ctacaccgtcgTTCTCTAC-CC-GAG-TTCTCCATGAGCTACTC--GCCACCATAC------TTC-----TGT-CAAT---T-C----------------------AAAACTT----A--CAGGCACCA--TTTATGTTTAAATGATTATAATAGT-A------G-AC-TAAATA-GTA--GCTATAC-TA--TG-A------AA-T--ACTTTTTAGTGC---AATTCAG-TGA-CG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTT---A-----AATCT-C--TCTTTTCGGATCCC-GAA-ATTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGCAAT------A--------C-GT--GTGTT--AAATGTG-GG--AC-------T--GGCAGT-CAC-----------TTGATGT-----------------------------AAAGTAAGAAAC--------GCT------AAATA--GTGAA----AG-T-A---TT------------CATACG-----GCCAAATTGCCA--ATAT-------------AAAG----AG----CG---T-----AT---------T-------------A------------TT-GCC-TG----------C----TGCA-AGAATT-T---TCA-A-AA-GGAATGACA-ACGGGAA----TAACTGT-----TG--TA---TCATAT---GAT-TAAATTTGTCTCG-GATTCCAAGA
gi|7 : AATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTGA--CATGCACTG--TTTATGTTG---------------T-A------G-AC-TAGATAATTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGT---ATTGAAATTGA-TG-CTTG--C-CC----TATATTT---TTTTTTA-----AATTG-C--TATTCTCTGATCCC-AAA-TTTGA-A---ACT---A-A---------TT--CGTA-T------A--------C-------A-T--GTATGTA-CG--ATATTCACG--------------TGGTGGA--CCCGAGGTGGA---G-A--TT-T-------------GA---------------------TG-TAA-----AC-ATGAA----TT-C-A---A-AAGTAA-GA-AAGATATG-----GCTAAATTGTGG--ATTTGTACTTATG----AAAAAGCCGG----TGGGCT-----ATAA---A---A-------------AGAGCCTGATGTATC-ACC-TG----------T----TGCC-AGA----T----------------AGGAA-ACGGGAA----TGACTAT-----T-TATA---TTGTGT---GGT-GAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGg
gi|8 : TC--CATGCGCTACTC--GC-A--------------C-----TGT-C---------CCAAATT--ACAGAAATTAGGTAAAAGTTTCTAA--AATGCACCA--ATTATGT--------------------------G------------TA--GCTATAT-TA--TGGA------AA-T---C-GTCCGGTGC---AATGAAATTGA-TG-CTTATAC-CG----TAAATTG---TTT-----------------------TCTGATTCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------G--------C-GCGTGTA-T--GAATGTG-GG--A-ATTTA
gi|8 : TG-TAA-AAATACGATGAA----AC-------------------GACAACCGTGACTGCTATATGGCAA--AAATGTAAATATC----AATGTGCCAGCTAGTGGGATTTTGAATAG---A---GCGTGACATGACGTA------------TT-ACC-CA----------T----TGCC-TGAA-A-T---TTA-A-AA-GGA------------------TAACTGT-----TG-GTA---TCATGT---GAT-TCAA-TTGTAATGTGATTTCAAGatgtaaaaatacgatgaaacgacaaccgtgactgctatatggcaaaaatgtaaatatcaatgtgccagctagtgggattttgaatagagcgtgacatgacgtattacccattgcctgaaatttaaaaggataactgttggtatcatgtgattcaattgtaatgtgatttcaag
gi|9 : tccatgcgctactcgcactgtcccaaattacagaaattaggtaaaagtttctaaaatgcaccaattatgtgtagctatattatggaaatcgtccggtgcaatgaaattgatgcttataccgtaaattgttttctgattccgaatttggaactaattcgtaatgcgcgtgtatgaatgtgggaatttaaG-A------AT-T--AC-TTTTGGTGC---AAT-AATTTGA-TG-CTTA--T-TT----TAGATTG---TTGA--A-----AATC-----TGTTTCCTGATCC--AAA-TTTAT-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAC------A--------C-GC--ATA-TATGAATGCG-AG--ACAATCA------AT----CACGTGGTG---ATTTGATGTAAACA------------------------GAAG---GAAAT--------TCTG--AACAAATACGATAAA----TC-TTG---TTGAATGA-TA-GGTAAACA-----GCTAAATTGTGA--AAATGTACACATC----AAAGTGACAG----TGGGCTTAAAAAAAA---A---A-------------A------------GCAGCG-TGAAA-------TATCATGCC-AGAAC--T---TTACA-AA-GAAAAGAAG-ACGGGAA----TAACAAT-----T-TGTA---TCGTGT---GAT-AACA-CTGTCACATGATCCCAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTAAAAAAATAGTATGATGTATCTCCTGTTTCCAGAACGTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 222222222222 222222222222222 111111111111111 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 11111111 1 11 3333333333333333 1111111 333333333333333333333333 9999999999999999999999999999999999999999999 111111111111111 222222222222222222222 11111111
lowQualScore : 4 3 44 777 66666666666666 88888 3 000000000000 44 444 33 1 000000000000000 2 888888 2 2 1 33 2 33 2 666666 2 33 2 333 2 2 3 55555 4444 333 22 44444 666 22 44 3 1 333 333 3 8888888888888 111111111111111 2 33 2 33 2 33 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 2 44444444 44 1 00 3333333333333333 2 3 3 0 1111111 44 1 333333333333333333333333 1111111111111111111111111111111111111111111 3 3 999999999999999 3 222222222222222222222 3 7777 0 88888888 555 555 33 3
lowQualScore : . . .. ... .............. ..... . ............ .. ... .. . ............... . ...... . . . .. . .. . ...... . .. . ... . . . ..... .... ... .. ..... ... .. .. . . ... ... . ............. ............... . .. . .. . .. ........................................................... . ........ .. . .. ................ . . . . ....... .. . ........................ ........................................... . . ............... . ..................... . .... . ........ ... ... .. .
lowQualScore : 0 6 22 555 00000000000000 33333 3 555555555555 22 999 99 8 777777777777777 9 222222 9 9 8 99 5 44 2 444444 2 11 2 999 2 2 2 66666 7777 555 66 88888 222 55 44 8 9 333 333 8 9999999999999 888888888888888 2 11 2 11 2 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 4 55555555 00 9 88 0000000000000000 3 6 6 1 5555555 66 0 666666666666666666666666 3333333333333333333333333333333333333333333 1 1 555555555555555 3 111111111111111111111 6 7777 1 88888888 888 888 88 3
consensus : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TT-C-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAA----NC-T-G---NTGAATGA-GA-GACAAACG-----GCTAAATTGTGG--ATATGTACATGTC----AAAGTGCCAG----TGGGCT-----ATAA---A---A-------------A------------TC-GCC-TG----------T----TGCC-AGAACG-T---TTA-A-AA-GGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTGT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
Reference ( family-1105 ) : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TT-C-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAA----NC-T-G---NTGAATGA-GA-GACAAACG-----GCTAAATTGTGG--ATATGTACATGTC----AAAGTGCCAG----TGGGCT-----ATAA---A---A-------------A------------TC-GCC-TG----------T----TGCC-AGAACG-T---TTA-A-AA-GGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTGT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
gi|1 : TTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TATGCGTTACTC--GC-ATTATAC------
gi|10 : atttttcaatatacggctcatccgattcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtatgtaccggtacatatcataatataaggaaattggtaaattcaaatgatccacggctcattaaacgacaaatttttgcttgaatacaagtatagtacttagcaagcacacaaccagaggcattcaaatatattaatcacaaacactgaaatttttgttttgttttgcaggttacttgaactcaaatttgaactgctgcgagaggagagctagaaacagactgaattctaactgtcttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttcagatacattgtacatcagtgccatataaggaggtggatttgagtgaaaggtaatgagaaaaagagtcggggatcaggat-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGAGC---GATTAAATTGA-TG-CTAA--AGTG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTC------------A-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTATT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-CGTAACATTCACGCACGGTAAC-CAAGTG------------TGTTACCATT-A--TTTC-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAA---------TAAA----AC-T-G---A-AAATGA-GA---TAAACA-----GCTAATTTGTGG--ACATGTACA---------AAGAGCC------TGA--T-----GTA-----------------------------------TC-ACC-CG----------T----TGCC-AGAACGTT---TTA-A-AA-GAAATGGAA-ACGGGAA----GAACTAT-----T-CATA---TAATGT---GAT-GGAA-TTGTCACATGATTCCAAGAgtaag
gi|11 : AATTGACGTTTA--A-----AATTTTC--TATTTTCTCA-ACT-GAACTTTGGCA---ACTGCTA-G---------T----GTAAT------A--------T-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACGTTTACAT--GGTGGA-CAATTGATGGAG-----------------------------------------GTAAGAAGC--------GCTGCTAACAAGAGCAA-AAATCATTC-T-GGGATTGTATTA-GATGATGAA------------------G--AT--GTGCGTGTA----AATGTGCCTG----TGGGCTG----ACGG---A---GCCTTCTAT-----A------------TC-ACTGTG----------T----TTCCAAGAACA-TATATTA-ATGA-CAGACGAAA-AAAGGAAGAGTTAACTCT-----GGAATA---GCATATTAAGAT-TAAA-TTGTCAC
gi|12 : CTCTACTCCAGAG-TTC--CGCGCGCTA-------------AT------CTC-----TGT-CAGCGGCT-TCT----C--ACAGAAATCTTGTAAAAGGTTCTAT--GATGTACTA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AA-TAAATAAGTA--GTCATAT-TA--TG-A------AA-T--AT-CTTTGGTGA---AGTTAAATTGA-TG-CTTA--C-AG----TAAATTG---TTTA--T-----AATTG-G--TGTTCTCTGATCCT-GAA-TTTGG-A---ACT---ACATGTACCGGCTT--AGTAAT------A--------C-GC--GT------AGTGTA-GG--ACATTCACGT--c
gi|13 : ATGCACCA--TTTTTGTTT---------------T-ACTCTACA-AG-TAAATAATGT--GCTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AGTTCAATTGA-TAACTTG--C-TG----TAATTTG---TTTC--A-----AATTC-C--CGTTTGCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------ATACTAGTAC-GC--GTA-T--GAAAGAA-GG--GCATTCACGT--G------------G-----------TGTAAACATGAA--TA-C-------------AAAAACAAGACAG--------GCTG-TAACAAATACTATAAA----AC-T-
gi|14 : CAGAGGTCC--CATGCGCTACTTA-GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---G-CCTG--TT---TAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTATAGTTATAT-TA--TG-A------AA-T--A--TTTTGGTAC---AAATAAATTGA-TG-TTCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATCT-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTTT-A---ACT---A-A---------TT--Ctgtt
gi|15 : CTCTAC-CCAGAG-TGC--CACGCGCTACTT--GC-ATTATACATGTACCTC-----TGT-CAAC---G-CCTGTTTT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATGA--TTT--GTTT---------------T-A------C-AC-TTAATTTTTA--GTTACAT-TA--TG-A------AA-T--AC-GTTTGGTTC---AATTAAATTGA-TT-TTAA--C-TG----TAAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTT
gi|16 : AGTTTCTAA--AATGCATAA--TTTGTGTTT---------------T-A------G-AT-TAAATATGTA--GCTACAT-TT--TG-ATACAAAAA-TGTAT-ATTTGGTGC---AATTAAATCGA-TA-TTAA--A-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTA-C--TGTTCTCTGATTTT-GTG-TTTGG-A-------------------------------------A--------C-GC--ATA-T--GAATATA-GA--AAATTCtgaat
gi|17 : acTTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TGAGCACTACTG--GC-TTT-------------------------------------TT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCGTAA--TTTATATTT---------------TGG------G-AC-TAATTATTTC--ATAATAC-TA--TG-G------AA-T--GC-TTTTGGTAC---AATGAAAGTGATTG---TA--C-TG----TAAATTG---TATA--A-----------T--TATT-TC-GGTCCCTGAA-TTTGA-A---ACT---A-ttatgtaaacatagatttaaagt
gi|18 : caGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTCATAT-TACATA-A------AA-T--AC-TTTTGGTAC---AAATATAGTAA-TG-TTAA--A-TA----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--GCTTCTCTGATCCA-GAATTTTGG-A---ATT---A-A---------TC--CATAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATATA-AA--ACATACATGT--AGct
gi|19 : -TA--TG-A------AA-T--AC-GTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTGA--T-CGAGCTTAAAATG---TTTA--A-----AACTC-C--TGTTCTTTGATCCC-AGA-TTTGG-A---ACT---A-A---------------TAA-------A--------T-GC---TA-T--GGAT-TA-GG--A
gi|2 : TTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTA--GC-ATTATAC------CTCAGCTCCGT-CAAC---T-CCAAAATT--ACAGAAATCTCGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTG---------------T-A------A-TC-TAAATATTTA--GTTATTT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGT---GATTAAATTGA-TG-ATCA--G-CG----TGAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGAACTC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GGT-T--GAATGTA-CA--CCATTCACGT--GGTAAA-CACGTGGTGGAGATTTTATGTAAACATG-A--TC-CCCCCCCCCCCAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAAGAGCTA-CAACAAATATGGTAAA----TCAT-G---ATGAATAA-GA-AACAAATT-----GCTAAATTGTGGATATATATACATGTCAGGGAAAATGCCAG----TGGGCT-----ATAG---A---A-------------A------------TA-GCC-TG----------T----TGCT-AAAATG-T---TTG-A-AA-GGAAAGGAACACGGGAA----TAACTATTTACATGTATG---TCATGT---AAT-GAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGAaa
gi|20 : g---TTTA--A-----AATTT-C--TATTTTCTCA-ACT-GAC-TTTGG-A---ACT---G-C---------CTAGTGTAAT------A--------TTGC--GTA-T--GA-TGTA-GG--ACGTTTACAT--GGTGGACCAATTGATGGAGGT
gi|21 : ATTGTGC--TTATG-A-ATG--------AGTGAC------TAGGCT-----ATGA---GTCTAGTTT---------A------------TC-ACC-TG----------T----TGCC-AGAATG---------A-AA-GGAA
gi|22 : agactgtacagttaatgaagatgCAG----TGGGCT-----ATAGTCTG---ATGT----------A------------TC-ACT-TG----------T----TACC-AGAAC-------T------------GGAC-ACGGGAA----TAACTGT-----T-TATATTGTCAC-T---GATATAAA-tga
gi|23 : TTCTCTAC-CCTGAT-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-A------------CTC-----AGT-CAA-------CTGAATT--ACAGAAAAA--GTAAAAGTTTCTGA--CATGCACCA--TTgagttg
gi|24 : caG-A------AA-T--AC-ATTTTGTAC---AATTAAATTGA-T---TCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTGG-A---ACC---A-A---------TT--
gi|25 : TTTTCTAC-CCAAAG-TTC--CGTGCGGTACTC--GC-ACTACAG------CTC-----TGT-CAAC---TCCCTAAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTC
gi|26 : a--A-----AATCG-T--TTTTCTTTGATCCA-GAA-TTTGA-A---ATT---ACA---------T----GTAATTCGCCGA--------C-GC--GTG-T--GAATGTA-CA--ATATTCACGA--GGTG
gi|27 : A-GA-GATAAACG-----GCTAAATTGTGG--ATATGTACA---C----A-------------TGAACT-----ATAA---A---A-------------A------------TG-GAC-TG----------A----TG
gi|28 : --TGTTATCTGATCCA-GAA-TTTAG-A---ACT---T-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--AT-------ATATA-AG--ACATACACta
gi|29 : aTTCTCTAA-CCAGAG-TTC--CGTGCACTAC------------AC------CTC-----TGT-CATC---T-CCTAAAGT--ACAG
gi|3 : aTTCTCTAC-CCAGAG-GTT--CGTGAGCTACTC--AC-TCTACAC-------TC-----TGT-CAAG---T-TCTAAAT----CAGAAGTCTTGTTAAAGTTTCTAA--CATGCACC---------------------------T-A------G-AC-TAAATGTTTA--GCTTTAT-TA--CG-A------TA-T--AC-CTTTGGTAC---GATTAAATTGT-TG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-T--TGTTTTGTGACCCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--TGTAAT------G--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-CG--ATATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-AA-TT-C-------------AAAAGTAAGATAG--------GATG-TAATAGATATGATAAA----ACAT-G---CTGAATAA-GA-GATTAACA-----GCTAAATTGTGG--ACATGTA------------AGTGACAG----TGGGCT-----ATAA---A---ATGGGCCCGATGT-A------------TC-ACC-TA----------T----TGCC-AGAATG-T---TTA-A-AAAGGAAAGGAA-ACAGAAA----TAACTGT------GTATA---TCAGGT---TAT-CAAA-TTGTCACATGATTCCAAGA
gi|30 : aAACTAT-----TGTAT-----CATGT---GAT-TAAA-TTATCACGTGATTCTAAGA
gi|4 : C--CATGCGTTACTCTCGC-ATTATAC------CTC-----TGTTCAAC---GGCCTGTATTTTACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCTTCG--ATTATGTTT---------------T-A------C-AC-AAAATATTCA--GTTATAT-TG--TG-A------AAAT--AC-TTTTTGTAC---AATTAATTTGA-TG-TTAA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTG-C--TGTTCTTTGATTCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAATATGC--A--------T-GC--ATA-T--GAATAAA-GG--TCATT--------------CGCGTGGTGGAGATTGAATGTAAACATG---------------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-CAACCAATAGGATAAA----CCTT-G---TTGAATGA-GG-GACACACG-----GCTAAATAGTGA--AAAT----ATGT------------CAG----TAGGTT-----AAAA---A---AAGAGTCTGATGT-A------------TC-ACC-TG----------T----TGCC-AGAGCT-T---TTA-A-A---------------------------TGT-----T-TATA---TCACGT---GAT-T-AA-TTATCATGTGATTCCAAGAattagcaa
gi|5 : TTCTAATGCTCGTACCAGTTTCTTGTTTC--------------T-A------GCACGTAAAAATTTA--GTCGTATATA--TG-A------AA-T--GC-TTTTGGTGCGCTAATT---TTAG-TG-CT-A--T-TG----TAAATTC---TTCA--ATTCCAAATTG-CAGTTTTCTCTTGTCCT-GAG-TTTGG-ATCTACT---G-A-------------CATACT------A--------C-AC--GTA-T--GATTGTAAGG--ACATTCACC-------GA-C-------GGAGATTTGACGTAAACGTG-AAATT---------------AAAAGTCAGGAAG--------GCTG-TAA--ATTAT--TAAA----ACGT-G---G-AAATGAAGA-GACACA-A-----GCTATATCGTGA--ATATATACTTATC----AATGTGTGAG----TGGGCT-----ATGA---A---A-------------A------------GA-GCC-TGATTTATCGCCT----TGCC-AGAACT-T---TTA-ACCG-GGAAAGGAA-ATGGAAG----TGACCAG-----TGTATA---TCA--T---GAT-TAAT-TTGTCACATG
gi|6 : ctacaccgtcgTTCTCTAC-CC-GAG-TTCTCCATGAGCTACTC--GCCACCATAC------TTC-----TGT-CAAT---T-C----------------------AAAACTT----A--CAGGCACCA--TTTATGTTTAAATGATTATAATAGT-A------G-AC-TAAATA-GTA--GCTATAC-TA--TG-A------AA-T--ACTTTTTAGTGC---AATTCAG-TGA-CG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTT---A-----AATCT-C--TCTTTTCGGATCCC-GAA-ATTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGCAAT------A--------C-GT--GTGTT--AAATGTG-GG--AC-------T--GGCAGT-CAC-----------TTGATGT-----------------------------AAAGTAAGAAAC--------GCT------AAATA--GTGAA----AG-T-A---TT------------CATACG-----GCCAAATTGCCA--ATAT-------------AAAG----AG----CG---T-----AT---------T-------------A------------TT-GCC-TG----------C----TGCA-AGAATT-T---TCA-A-AA-GGAATGACA-ACGGGAA----TAACTGT-----TG--TA---TCATAT---GAT-TAAATTTGTCTCG-GATTCCAAGA
gi|7 : AATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTGA--CATGCACTG--TTTATGTTG---------------T-A------G-AC-TAGATAATTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGT---ATTGAAATTGA-TG-CTTG--C-CC----TATATTT---TTTTTTA-----AATTG-C--TATTCTCTGATCCC-AAA-TTTGA-A---ACT---A-A---------TT--CGTA-T------A--------C-------A-T--GTATGTA-CG--ATATTCACG--------------TGGTGGA--CCCGAGGTGGA---G-A--TT-T-------------GA---------------------TG-TAA-----AC-ATGAA----TT-C-A---A-AAGTAA-GA-AAGATATG-----GCTAAATTGTGG--ATTTGTACTTATG----AAAAAGCCGG----TGGGCT-----ATAA---A---A-------------AGAGCCTGATGTATC-ACC-TG----------T----TGCC-AGA----T----------------AGGAA-ACGGGAA----TGACTAT-----T-TATA---TTGTGT---GGT-GAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGg
gi|8 : TC--CATGCGCTACTC--GC-A--------------C-----TGT-C---------CCAAATT--ACAGAAATTAGGTAAAAGTTTCTAA--AATGCACCA--ATTATGT--------------------------G------------TA--GCTATAT-TA--TGGA------AA-T---C-GTCCGGTGC---AATGAAATTGA-TG-CTTATAC-CG----TAAATTG---TTT-----------------------TCTGATTCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------G--------C-GCGTGTA-T--GAATGTG-GG--A-ATTTA
gi|8 : TG-TAA-AAATACGATGAA----AC-------------------GACAACCGTGACTGCTATATGGCAA--AAATGTAAATATC----AATGTGCCAGCTAGTGGGATTTTGAATAG---A---GCGTGACATGACGTA------------TT-ACC-CA----------T----TGCC-TGAA-A-T---TTA-A-AA-GGA------------------TAACTGT-----TG-GTA---TCATGT---GAT-TCAA-TTGTAATGTGATTTCAAGatgtaaaaatacgatgaaacgacaaccgtgactgctatatggcaaaaatgtaaatatcaatgtgccagctagtgggattttgaatagagcgtgacatgacgtattacccattgcctgaaatttaaaaggataactgttggtatcatgtgattcaattgtaatgtgatttcaag
gi|9 : tccatgcgctactcgcactgtcccaaattacagaaattaggtaaaagtttctaaaatgcaccaattatgtgtagctatattatggaaatcgtccggtgcaatgaaattgatgcttataccgtaaattgttttctgattccgaatttggaactaattcgtaatgcgcgtgtatgaatgtgggaatttaaG-A------AT-T--AC-TTTTGGTGC---AAT-AATTTGA-TG-CTTA--T-TT----TAGATTG---TTGA--A-----AATC-----TGTTTCCTGATCC--AAA-TTTAT-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAC------A--------C-GC--ATA-TATGAATGCG-AG--ACAATCA------AT----CACGTGGTG---ATTTGATGTAAACA------------------------GAAG---GAAAT--------TCTG--AACAAATACGATAAA----TC-TTG---TTGAATGA-TA-GGTAAACA-----GCTAAATTGTGA--AAATGTACACATC----AAAGTGACAG----TGGGCTTAAAAAAAA---A---A-------------A------------GCAGCG-TGAAA-------TATCATGCC-AGAAC--T---TTACA-AA-GAAAAGAAG-ACGGGAA----TAACAAT-----T-TGTA---TCGTGT---GAT-AACA-CTGTCACATGATCCCAA
blockSeqs : T G TC CTC ATTATACATGTAC AGCTC T CTCCCTAAA TT TGC GT T AAATGATTATAATAG G CTCTAC C G A TA A CA G TACAAA A GT T GCT T A T TACC AGCT ACG TT TTCCA TTT AG CT C C TCT GCT C TGTACCGGCTT ATACTAGTA T GT T AT A . TGGTAAACACGTGGTGGAGATTTTATGTAAACATGATCCCCCCCCCCCCAAA T AGAGAAGA CT C CA TCATTCTGGGATTG T A T CGTGACT AT G CATGTCAGGGAAAATGCCAG TTTGAATAGAGCGTGACATGACGTA A G ATTTATCGCCT A CATATATTAATGACAGAC C GAGT TTACATGT TTG TAA AT T
blockSeqs : . . . TA CACCATAC . . CGGCCTGTA . T . A C . . . . T . . . . . . . . . . . T CA . . . . TG . T T . . . C CTAG TCGCCGA . . . . . . TGGTGGACACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATGAATTC C . T C CT TCATGATG A . . TT . A AATATCAATGTGCCAGCTAG ATAAAATGGGCCCGATGTA . . AAATATCA . TGTTTAAAAAGGAAA . . GGA . . T .
blockSeqs : . . . T ATTATAC . . CGCCTGTT . T . G . . . . . T . . . . . . . . . . . C CT . . . . TC . T . . . . . TT ATGCA . . . . . . CGCGTGGTGGAGATTGAATGTAAACATG A . C C TG ACATGCTG A . . CG . G CGTGTAAATGTGCCTG AAAAAAAGAGTCTGATGTA . . T . CTTTTAACCGGGAAA . . TGT . . G .
blockSeqs : . . . G ATTATAC . . CTCCAAAA . A . A . . . . . T . . . . . . . . . . . A CT . . . . CT . C . . . . . TT A . . . . . . GACGGAGATTTGACGTAAACGTGAAATT T . T T TG CCTTGTTG G . . CA . G CTTATCAATGTGTGAG ATAAAAAGAGCCTGATGTA . . T . TGTTTGAAAGGAAA . . TGT . . C .
blockSeqs : . . . A ACTACAG . . CTCCTAAA . T . A . . . . . T . . . . . . . . . . . A CT . . . . CG . T . . . . . TC A . . . . . . ATCACGTGGTGATTTGATGTAAACA T . C C GG TCTTGTTG G . . CG . G CTTATGAAAAAGCCGG GACGGAGCCTTCTATA . . T . TTTTCAAAAGGAAT . . TT . . T .
blockSeqs : . . . C TCTACAC . . GTTCTAAA . C . A . . . . . T . . . . . . . . . . . T AT . . . . TA . T . . . . . TT A . . . . . . TGGTGGACCCGAGGTGGAGATTT T . T C CG ACGTGGA A . . CG . A CACATCAAAGTGACAG ATGAGTCTAGTTTA . . T . CTTTACAAAGAAAA . . GT . . T .
blockSeqs : . . . C ATTATAC . . CGCCTG . C . T . . . . . T . . . . . . . . . . . A CT . . . . AG . A . . . . . TT A . . . . . . TGGTGGACAATTGATGGAG T . T . CG AGTATT G . . TG . G ATGAGTGAC ATAGTCTGATGTA . . A . ATTTAAAAGGA . . TT . . T .
blockSeqs : . . . C TTT . . CTGAA . C . A . . . . . T . . . . . . . . . . . G AT . . . . TC . C . . . . . TT A . . . . . . TGGTGTAAACATGAATAC . . T . T TTCAAA . . . CA . G AGTGACAG TAAAAAAAAAAA . . T . CTTTTAAA . . TG . . T .
blockSeqs : . . . C AT . . CCAAA . T . A . . . . . T . . . . . . . . . . . C TC . . . . CG . C . . . . . TT A . . . . . . TGGCAGTCACTTGATGT . . . . C AC . . . A . G ATGTCAG ATAGAAA . . T . CT . . TT . . G .
blockSeqs : . . C AC . . TTC . C . A . . . . . T . . . . . . . . . . . C GC . . . . TT . T . . . . . TT A . . . . . . . . . . . . . . AAAGAG ATAAAAA . . C . TA . . TG . . T .
blockSeqs : . . A . . . . C . . . . . . . A . . . . . . . . . . . T CT . . . . AG . T . . . . . TT A . . . . . . . . CACA ATGAAAA . . T . TT . . A .
blockSeqs : . . A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A CT . . . . CG . A . . . . . TT G . . . . . . ATTA . . T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . T CC . . . . CG . A . . . . . TT A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T TT . . . . TG . C . . . . . TT A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T CT . . . . TG . C . . . . . T A . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . T CC . . . . CT . T . . . . . T G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . TT . . . . TG . C . . . . . . A . . . . . .
blockSeqs : . . . C . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . .
blockSeqs : .
blockSeqCons : CT*** C* ** CG NCNTGNTG******** CTATAAAGTGCCAG********** ATAAAAGAGCCTGATGTA************************* CTTTAAAAAGGAAA*******
originalCons : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TT-C-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAA----NC-T-G---NTGAATGA-GA-GACAAACG-----GCTAAATTGTGG--ATATGTACATGTC----AAAGTGCCAG----TGGGCT-----ATAA---A---A-------------A------------TC-GCC-TG----------T----TGCC-AGAACG-T---TTA-A-AA-GGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTGT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
finalCons : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNACT---G----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GTA-T--GAATGTA-GG--ACATTCACGT--GGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TT-C-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAANCNTGNTG--------AATGA-GA-GACAAACG-----GCTAAATTGTGG--ATATGTACTATAAAGTGCCAG----------TGGGCTATAAAAGAGCCTGATGTA-------------------------TC-GCC-TG----------T----TGCC-AGAACTTTAAAAAGGAAA-------GGAA-ACGGGAA----TAACTGT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|31 ): TTAAAAAAATAGTATGATGTATCTCCTGTTTCCAGAACGTTT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111 222222222222 222222222222222 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 11111111 11 22222222222222 11111 66666666666666666666 11111111111111111 22222222222222222 11111111
lowQualScore : 4 3 44 777 66666666666666 88888 3 000000000000 44 444 33 1 000000000000000 2 888888 2 2 1 33 2 33 2 666666 2 33 2 333 2 2 3 3333 4444 333 22 44444 666 22 44 3 1 333 333 3 8888888888888 666666 88888888 2 33 666666 33 2 33 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 2 44444444 44 8 00 99999999999999 2 22222 3 77 88888888888888888888 3 1 6666 33333333333333333 6666 2 1 3 3 3 99999999999999999 3 7777 0 44444444 555 555 33 3
lowQualScore : . . .. ... .............. ..... . ............ .. ... .. . ............... . ...... . . . .. . .. . ...... . .. . ... . . . .... .... ... .. ..... ... .. .. . . ... ... . ............. ...... ........ . .. ...... .. . .. ............................................................ . ........ .. . .. .............. . ..... . .. .................... . . .... ................. .... . . . . . ................. . .... . ........ ... ... .. .
lowQualScore : 0 6 22 555 00000000000000 33333 3 555555555555 22 999 99 8 777777777777777 9 222222 9 9 8 99 5 44 2 444444 2 11 2 999 2 2 2 5555 7777 555 66 88888 222 55 44 8 9 333 333 8 9999999999999 444444 11111111 2 11 555555 11 2 11 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 4 55555555 00 8 88 66666666666666 3 77777 5 22 00000000000000000000 1 6 5555 33333333333333333 1111 9 2 0 1 1 44444444444444444 6 7777 1 77777777 888 888 88 3
consensus : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GT----A-T--GAATGTA-GG--ACATTCACG--TGGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TTC-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAANCNTGNTGAATGA-GAGACAAACG-----GCTAAATTGTGGANATGTAC-T-AT-------AAA---GTGCCAG----TGGGCT------AT--AAAA-G-AGC----C-TGATGTATCACC-TGTTGCC-AGAAC-T---TTAAAAAGGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTGT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
Reference ( family-1105 ) : NTTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---T-CCTGAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTNA--C-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GT----A-T--GAATGTA-GG--ACATTCACG--TGGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATG-A--TTC-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAACAAATACGATAAANCNTGNTGAATGA-GAGACAAACG-----GCTAAATTGTGGATATGTAC-T-AT-------AAA---GTGCCAG----TGGGCT------AT--AAAA-G-AGC----C-TGATGTATCGCC-TGTTGCC-AGAAC-T---TTAAAAAGGAAAGGAA-ACGGGAA----TAACTGT-----TGTATA---TCATGT---GAT-TAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGA
gi|1 : TTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TATGCGTTACTC--GC-ATTATAC------
gi|10 : atttttcaatatacggctcatccgattcatgnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngcgtatgtaccggtacatatcataatataaggaaattggtaaattcaaatgatccacggctcattaaacgacaaatttttgcttgaatacaagtatagtacttagcaagcacacaaccagaggcattcaaatatattaatcacaaacactgaaatttttgttttgttttgcaggttacttgaactcaaatttgaactgctgcgagaggagagctagaaacagactgaattctaactgtcttccnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnctatttcagatacattgtacatcagtgccatataaggaggtggatttgagtgaaaggtaatgagaaaaagagtcggggatcaggat-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGAGC---GATTAAATTGA-TG-CTAA--AGTG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTC------------A-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTATT------A--------C-GC--GT----A-T--GAATGTA-CGTAACATTCACGCACGGTAAC-CAAGTG------------TGTTACCATT-AT-TTC-------------AAAAGTAAGAAAG--------GCTG-TAATAAA-AC--TGAA--------AAT---GAGATAAACA-----GCTAATTTGTGGACATGTAC----------------------------------------------AAA-G-AGC----C-TGATGTATCACC-CGTTGCC-AGAACGT---TTTAAAAGAAATGGAA-ACGGGAA----GAACTAT-----T-CATA---TAATGT---GAT-GGAA-TTGTCACATGATTCCAAGAgtaag
gi|11 : AATTGACGTTTA--A-----AATTTTC--TATTTTCTCA-ACT-GAACTTTGGCA---ACTGCTA-G---------T----GTAAT------A--------T-GC--GT----A-T--GAATGTA-GG--ACGTTTACA--TGGTGGA-CAATTGATGGAG----------------------------------------GTAAGAAGC--------GCTGCTAACAAGAGCAA-AAATCATTCT-------GGGAT---TGT----ATTAGATGATGAAGATGTGCGT-GT-------AAAT--GTGCCTG----TGGGC--------T--GACG-G-AGC----C-TTCTATATCACTGTGTTTCCAAGAACATATATTAATGACAGACGAAA-AAAGGAAGAGTTAACTCT-----GGAATA---GCATATTAAGAT-TAAA-TTGTCAC
gi|12 : CTCTACTCCAGAG-TTC--CGCGCGCTA-------------AT------CTC-----TGT-CAGCGGCT-TCT----C--ACAGAAATCTTGTAAAAGGTTCTAT--GATGTACTA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AA-TAAATAAGTA--GTCATAT-TA--TG-A------AA-T--AT-CTTTGGTGA---AGTTAAATTGA-TG-CTTA--C-AG----TAAATTG---TTTA--T-----AATTG-G--TGTTCTCTGATCCT-GAA-TTTGG-A---ACT---ACATGTACCGGCTT--AGTAAT------A--------C-GC--GT----------AGTGTA-GG--ACATTCACG--Tc
gi|13 : ATGCACCA--TTTTTGTTT---------------T-ACTCTACA-AG-TAAATAATGT--GCTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGC---AGTTCAATTGA-TAACTTG--C-TG----TAATTTG---TTTC--A-----AATTC-C--CGTTTGCTGATCCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------ATACTAGTAC-GC--GT----A-T--GAAAGAA-GG--GCATTCACG--TG------------G-----------TGTAAACATGAA--TAC-------------AAAAACAAGACAG--------GCTG-TAACAAATACTATAAAACTTGTT
gi|14 : CAGAGGTCC--CATGCGCTACTTA-GC-ATTATAC------CTC-----TGT-CAAC---G-CCTG--TT---TAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATCA--TTTATGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTATAGTTATAT-TA--TG-A------AA-T--A--TTTTGGTAC---AAATAAATTGA-TG-TTCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATCT-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTTT-A---ACT---A-A---------TT--C
gi|15 : CTCTAC-CCAGAG-TGC--CACGCGCTACTT--GC-ATTATACATGTACCTC-----TGT-CAAC---G-CCTGTTTT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCATGA--TTT--GTTT---------------T-A------C-AC-TTAATTTTTA--GTTACAT-TA--TG-A------AA-T--AC-GTTTGGTTC---AATTAAATTGA-TT-TTAA--C-TG----TAAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTT
gi|16 : AGTTTCTAA--AATGCATAA--TTTGTGTTT---------------T-A------G-AT-TAAATATGTA--GCTACAT-TT--TG-ATACAAAAA-TGTAT-ATTTGGTGC---AATTAAATCGA-TA-TTAA--A-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTA-C--TGTTCTCTGATTTT-GTG-TTTGG-A-------------------------------------A--------C-GC--AT----A-T--GAATATA-GA--AAATTCtgaat
gi|17 : acTTCTCTAC-CCAGAA-TTC--TGAGCACTACTG--GC-TTT-------------------------------------TT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCGTAA--TTTATATTT---------------TGG------G-AC-TAATTATTTC--ATAATAC-TA--TG-G------AA-T--GC-TTTTGGTAC---AATGAAAGTGATTG---TA--C-TG----TAAATTG---TATA--A-----------T--TATT-TC-GGTCCCTGAA-TTTGA-A---ACT---A-ttatgtaaacatagatttaaagt
gi|18 : caGTTT---------------T-A------G-AC-TAAATATTTA--GTCATAT-TACATA-A------AA-T--AC-TTTTGGTAC---AAATATAGTAA-TG-TTAA--A-TA----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--GCTTCTCTGATCCA-GAATTTTGG-A---ATT---A-A---------TC--CATAAT------A--------C-GC--GT----A-T--GAATATA-AA--ACATACATG--TAGct
gi|19 : -TA--TG-A------AA-T--AC-GTTTGGTGC---AATTAAATTGA-TG-CTGA--T-CGAGCTTAAAATG---TTTA--A-----AACTC-C--TGTTCTTTGATCCC-AGA-TTTGG-A---ACT---A-A---------------TAA-------A--------T-GC---T----A-T--GGAT-TA-GG--A
gi|2 : TTCTCTAC-CCAGAG-TTC--CGTGCGCTACTA--GC-ATTATAC------CTCAGCTCCGT-CAAC---T-CCAAAATT--ACAGAAATCTCGTAAAAGTTTCTAA--CATGCACCA--TTTATGTTG---------------T-A------A-TC-TAAATATTTA--GTTATTT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGT---GATTAAATTGA-TG-ATCA--G-CG----TGAATTC---TTTA--A-----AATCG-C--TGTTCTCTGAACTC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--GG----T-T--GAATGTA-CA--CCATTCACG--TGGTAAA-CACGTGGTGGAGATTTTATGTAAACATG-A--TCCCCCCCCCCCCAAAAAAAGAGAGAGAGAGAGAAGAGCTA-CAACAAATATGGTAAATCATGATGAATAA-GAAACAAATT-----GCTAAATTGTGGATATATATAC-ATGTCAGGGAAA---ATGCCAG----TGGGCT------AT--AGAA------------------ATAGCC-TGTTGCT-AAAAT-G---TTTGAAAGGAAAGGAACACGGGAA----TAACTATTTACATGTATG---TCATGT---AAT-GAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGAaa
gi|20 : g---TTTA--A-----AATTT-C--TATTTTCTCA-ACT-GAC-TTTGG-A---ACT---G-C---------CTAGTGTAAT------A--------TTGC--GT----A-T--GA-TGTA-GG--ACGTTTACA--TGGTGGACCAATTGATGGAGGT
gi|21 : GAT-TGTGC-TTAT-------GAATGAGTGAC------TAGGCT------AT-------G-AGT----C-TAGTTTATCACC-TGTTGCC-AGAAT--------GAAAGGAA
gi|22 : agactgtacagttaatgaagatCAG----TGGGCT------AT--A-------GT----C-TGATGTATCACT-TGTTACC-AGAAC-T---------------GGAC-ACGGGAA----TAACTGT-----T-TATATTGTCAC-T---GATATAAA-tga
gi|23 : TTCTCTAC-CCTGAT-TTC--CGTGCGCTACTC--GC-A------------CTC-----AGT-CAA-------CTGAATT--ACAGAAAAA--GTAAAAGTTTCTGA--CATGCACCA--TTgagttg
gi|24 : caG-A------AA-T--AC-ATTTTGTAC---AATTAAATTGA-T---TCA--C-TG----TAAATTG---TTTA--G-----AATAG-C--TGTTCTCTGTTCCT-GAA-TTTGG-A---ACC---A-A---------TT--
gi|25 : TTTTCTAC-CCAAAG-TTC--CGTGCGGTACTC--GC-ACTACAG------CTC-----TGT-CAAC---TCCCTAAATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTC
gi|26 : a--A-----AATCG-T--TTTTCTTTGATCCA-GAA-TTTGA-A---ATT---ACA---------T----GTAATTCGCCGA--------C-GC--GT----G-T--GAATGTA-CA--ATATTCACG--AGGTG
gi|27 : A-GAGATAAACG-----GCTAAATTGTGGATATGTAC---AC-------A----------------TGAACT------AT--AAAA-ATGGA----C-TGATGTA
gi|28 : --TGTTATCTGATCCA-GAA-TTTAG-A---ACT---T-A---------TT--CGTAAT------A--------C-GC--AT-----------ATATA-AG--ACATACAC
gi|29 : aTTCTCTAA-CCAGAG-TTC--CGTGCACTAC------------AC------CTC-----TGT-CATC---T-CCTAAAGT--ACAG
gi|3 : aTTCTCTAC-CCAGAG-GTT--CGTGAGCTACTC--AC-TCTACAC-------TC-----TGT-CAAG---T-TCTAAAT----CAGAAGTCTTGTTAAAGTTTCTAA--CATGCACC---------------------------T-A------G-AC-TAAATGTTTA--GCTTTAT-TA--CG-A------TA-T--AC-CTTTGGTAC---GATTAAATTGT-TG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTTA--A-----AATCG-T--TGTTTTGTGACCCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--TGTAAT------G--------C-GC--GT----A-T--GAATGTA-CG--ATATTCACG--TGGTGGA-CACGTGGTGGAGATTTGATGTAAACATGAA--TTC-------------AAAAGTAAGATAG--------GATG-TAATAGATATGATAAAACATGCTGAATAA-GAGATTAACA-----GCTAAATTGTGGACATGT---------------AA---GTGACAG----TGGGCT------AT--AAAATG-GGC----C-CGATGTATCACC-TATTGCC-AGAATGT---TTAAAAAGGAAAGGAA-ACAGAAA----TAACTG------TGTATA---TCAGGT---TAT-CAAA-TTGTCACATGATTCCAAGA
gi|30 : aAACTAT-----TGTAT-----CATGT---GAT-TAAA-TTATCACGTGATTCTAAGA
gi|31 : --AAAA-T-AGT----A-TGATGTATCTCC-TGTTTCC-AGAAC-G---TTattagcaa
gi|4 : ttaaaC--CATGCGTTACTCTCGC-ATTATAC------CTC-----TGTTCAAC---GGCCTGTATTTTACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTAA--TATGCTTCG--ATTATGTTT---------------T-A------C-AC-AAAATATTCA--GTTATAT-TG--TG-A------AAAT--AC-TTTTTGTAC---AATTAATTTGA-TG-TTAA--C-CG----TAAATTG---TTTA--A-----AATTG-C--TGTTCTTTGATTCC-AAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------A--------T-GC--ATGCATA-T--GAATAAA-GG--TCATTCGCG--TGGTGGA------------GATTGAATGTAAACATG-A-------------------AAAGTAAGAAAG--------GCTG-CAACCAATAGGATAAACCTTGTTGAATGA-GGGACACACG-----GCTAAATAGTGAA-----A----AT-------A------TGTCAG----TAGGTT------AA--AAAAAG-AGT----C-TGATGTATCACC-TGTTGCC-AGAGC-T---TT--------------------------TAAATGT-----T-TATA---TCACGT---GAT-T-AA-TTATCATGTGATTCCAAGAt
gi|5 : TTCTAATGCTCGTACCAGTTTCTTGTTTC--------------T-A------GCACGTAAAAATTTA--GTCGTATATA--TG-A------AA-T--GC-TTTTGGTGCGCTAATT---TTAG-TG-CT-A--T-TG----TAAATTC---TTCA--ATTCCAAATTG-CAGTTTTCTCTTGTCCT-GAG-TTTGG-ATCTACT---G-A-------------CATACT------A--------C-AC--GT----A-T--GATTGTAAGG--ACATTCACC-------GA-C-------GGAGATTTGACGTAAACGTG-AAATT--------------AAAAGTCAGGAAG--------GCTG-TAA--ATTAT--TAAAACGTGG-AAATGAAGAGACACA-A-----GCTATATCGTGAATATATAC-TTAT-------CAAT--GTGTGAG----TGGGCT------ATG-AAAA-G-AGC----C-TGATTTATCGCC---TTGCC-AGAACTT---TTAACCGGGAAAGGAA-ATGGAAG----TGACCAG-----TGTATA---TCA--T---GAT-TAAT-TTGTCACATG
gi|6 : ctacaccgtcgTTCTCTAC-CC-GAG-TTCTCCATGAGCTACTC--GCCACCATAC------TTC-----TGT-CAAT---T-C----------------------AAAACTT----A--CAGGCACCA--TTTATGTTTAAATGATTATAATAGT-A------G-AC-TAAATA-GTA--GCTATAC-TA--TG-A------AA-T--ACTTTTTAGTGC---AATTCAG-TGA-CG-CTTA--C-TG----TAAATTG---TTT---A-----AATCT-C--TCTTTTCGGATCCC-GAA-ATTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGCAAT------A--------C-GT--GT----GTT--AAATGTG-GG--AC---------TGGCAGT-CAC-----------TTGATGT----------------------------AAAGTAAGAAAC--------GCT------AAATA--GTGAAA-GTATT-----------CATACG-----GCCAAAT--------------------------------TGCCAA---------T------AT---AAA-G-AGC----G-T-AT-TATTGCC-TGCTGCA-AGAAT-T---TTCAAAAGGAATGACA-ACGGGAA----TAACTGT-----TG--TA---TCATAT---GAT-TAAATTTGTCTCG-GATTCCAAGA
gi|7 : AATT--ACAGAAATCTTGTAAAAGTTTCTGA--CATGCACTG--TTTATGTTG---------------T-A------G-AC-TAGATAATTA--GTTATAT-TA--TG-A------AA-T--AC-TTTTGGTGT---ATTGAAATTGA-TG-CTTG--C-CC----TATATTT---TTTTTTA-----AATTG-C--TATTCTCTGATCCC-AAA-TTTGA-A---ACT---A-A---------TT--CGTA-T------A--------C-----------A-T--GTATGTA-CG--ATATTCAC--------------GTGGTGGA--CCCGAGGTGGA---G-A--TTT-------------GA---------------------TG-TAA-----AC-ATGAAT--TCAAAAGTAA-GAAAGATATG-----GCTAAATTGTGGATTTGTAC-TTATG------AAA---AAGCCGG----TGGGCT------AT--AAAAAG-AGC----C-TGATGTATCACC-TGTTGCC-AGA---T--------------AGGAA-ACGGGAA----TGACTAT-----T-TATA---TTGTGT---GGT-GAAA-TTGTCACGTGATTCCAAGg
gi|8 : TC--CATGCGCTACTC--GC-A--------------C-----TGT-C---------CCAAATT--ACAGAAATTAGGTAAAAGTTTCTAA--AATGCACCA--ATTATGT--------------------------G------------TA--GCTATAT-TA--TGGA------AA-T---C-GTCCGGTGC---AATGAAATTGA-TG-CTTATAC-CG----TAAATTG---TTT-----------------------TCTGATTCC-GAA-TTTGG-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAT------G--------C-GCGTGT----A-T--GAATGTG-GG--A-ATTTA
gi|8 : TG-TAA-AAATACGATGAAAC--------------GACAACCGTGACTGCTATATGGCAAAAATGTAAAT-AT-------CAAT--GTGCCAGCTAGTGGGAT------TTTGAATA-G-AGCGTGACATGACGTATTACC-CATTGCC-TGAAA-T---TTAAAAGG---------------A----TAACTGT-----TG-GTA---TCATGT---GAT-TCAA-TTGTAATGTGATTTCAAGatgtaaaaatacgatgaaacgacaaccgtgactgctatatggcaaaaatgtaaatatcaatgtgccagctagtgggattttgaatagagcgtgacatgacgtattacccattgcctgaaatttaaaaggataactgttggtatcatgtgattcaattgtaatgtgatttcaag
gi|9 : tccatgcgctactcgcactgtcccaaattacagaaattaggtaaaagtttctaaaatgcaccaattatgtgtagctatattatggaaatcgtccggtgcaatgaaattgatgcttataccgtaaattgttttctgattccgaatttggaactaattcgtaatgcgcgtgtatgaatgtgggaatttaaG-A------AT-T--AC-TTTTGGTGC---AAT-AATTTGA-TG-CTTA--T-TT----TAGATTG---TTGA--A-----AATC-----TGTTTCCTGATCC--AAA-TTTAT-A---ACT---A-A---------TT--CGTAAC------A--------C-GC--AT----A-TATGAATGCG-AG--ACAATCA------AT----CACGTGGTG---ATTTGATGTAAACA-----------------------GAAG---GAAAT--------TCTG--AACAAATACGATAAATCTTGTTGAATGA-TAGGTAAACA-----GCTAAATTGTGAAAATGTACAC-ATC------AAA---GTGACAG----TGGGCTTAAAAAAA--AAAA-GCAGC----G-TGAAATATCA------TGCC-AGAAC-T---TTACAAAGAAAAGAAG-ACGGGAA----TAACAAT-----T-TGTA---TCGTGT---GAT-AACA-CTGTCACATGATCCCAA