lowQualScore : 111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2222222 111111111 1111 11111111 111 11111111 1111 222222 55555555555555555555555555555 2222222 222 11111111111 11111 99999999999999999999999999999 11 1111 2222222 444444444444 111 111111111111 77777777777777777777777 1 888888888888888888888888888888 11111 111111 111111 1 22 111111111 11111111 11111 2222 3333333333333333333333333333 111111111 111 33333333 11111 11111 99999999999999999999999999999 11111111 666666666666666666666 3333 11111111 11 1111
lowQualScore : 4 1111111 3 444444444 3 3 44 555 3 44 3 0000 22222222 44 999 6 6 555 77 3 22222222 7777 3 77 7 5555 4 111111 4 99999999999999999999999999999 4 66 3333333 5 888 000 66 77777777777 9999 4 8 44444 4 1 33333333333333333333333333333 4 22 3333 66 4 4 4444444 99 777 2 666666666666 66 9999 66 55 222 999999999999 4 66 33333333333333333333333 66 8 4 000000000000000000000000000000 11111 4 4 4 333333 000000 4 4 77 888 7 44 777777777 4 4 4 444 66 11111111 55 00000 8888 88888 4 1111 5 3 0 4 4 1111111111111111111111111111 111111111 66 5 888 888 000 555 33333333 777 11111 66 66 4 00000 11111111111111111111111111111 4 55 4444 4 4 4 8888 0 8888 4 99 66 8 55 4 777 66 4 4 4 66666666 555555555555555555555 9999 4 66 66 4 3333 1 22222222 4 55 4 4 999 4 8888 4 3 777 3 88 77 4 55 8888 4 55 777 4 3 55 4 555 2222
lowQualScore : . ....... . ......... . . .. ... . .. . .... ........ .. ... . . ... .. . ........ .... . .. . .... . ...... . ............................. . .. ....... . ... ... .. ........... .... . . ..... . . ............................. . .. .... .. . . ....... .. ... . ............ .. .... .. .. ... ............ . .. ....................... .. . . .............................. ..... . . . ...... ...... . . .. ... . .. ......... . . . ... .. ........ .. ..... .... ..... . .... . . . . . ............................ ......... .. . ... ... ... ... ........ ... ..... .. .. . ..... ............................. . .. .... . . . .... . .... . .. .. . .. . ... .. . . . ........ ..................... .... . .. .. . .... . ........ . .. . . ... . .... . . ... . .. .. . .. .... . .. ... . . .. . ... ....
lowQualScore : 4 9999999 6 555555555 6 3 66 888 3 66 3 4444 11111111 66 222 7 7 888 99 3 11111111 1111 3 22 4 5555 0 444444 4 00000000000000000000000000000 4 11 3333333 0 888 888 11 77777777777 4444 4 9 44444 4 0 99999999999999999999999999999 4 00 9999 11 4 4 3333333 66 888 9 111111111111 11 4444 11 44 222 333333333333 4 11 77777777777777777777777 11 2 4 888888888888888888888888888888 33333 4 4 4 000000 111111 4 4 33 333 8 44 888888888 4 4 4 999 11 99999999 55 00000 5555 11111 0 2222 0 2 9 4 6 6666666666666666666666666666 999999999 99 0 222 888 666 222 33333333 888 11111 11 11 4 00000 55555555555555555555555555555 0 55 4444 0 0 0 5555 8 5555 0 55 11 9 44 4 888 11 4 4 4 11111111 777777777777777777777 4444 4 11 11 4 0000 1 00000000 0 55 0 0 999 0 5555 0 6 000 6 66 55 0 55 5555 0 55 000 0 8 55 0 666 1111
consensus : GGTTG-AA-A---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------T--TCTAG--TTTT-T-AA---TCC--T-A--------AGC----CCGA-AAAC-TATTTTGCCAAG----TCC-AAGT---TTGT-AAAGTA------T---T-ACAAAA------CC---AAAA-TGCT--G-------TAT-A---GGCCTATTTCCAGGAG--T-------A---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GCAGTA-------CAT----CAT-ATTG-A-AT--A-GCN-TT----CTCGCC--ATAT-TC-TAC-C-AA--GGAAATTCATC---AACCCAAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GTG-T---CC----A-------C-TTTTC--CCTTTC----ATN-T---------TTC--AAATCTT-TTCTTCAAAGGGG-GG-G-------------------GTGGGAGTAG----TTT-CTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-AC-TTGT-C-GTCATCTT--GATGGGG-CCG---------CTTTCCGT-TT-T-CG-C-G--T----AA-TTGTAA--AA-----TTA----TGG-T--TAAGTA-TA----ACC-CAAATAATCCA-GTCGTT-A--TATT-C-G-CTCAC-T------ANCGA---TNG-C-TC--ATAA-GTCGT--AG---AGAACA-CG-A-GATGA-TCCATCGAGGGC---TT-----GAATT--A--T-TCGA-----GTTAG----------A---G-------------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-AT--T--ATCA-TTCTGACG-CTTGACTT-CC---GTTC--TGTT-AAAACG-ATT-CTC--------AA--CCA------A--G-----CGC----A-GC--TTCGACT--AAG-ACTC-ATCAATCT---ATC-AAGGA-T--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTNAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
Reference ( gi|5 ) : GGTTG-AA-A---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------T--TCTA---TTTT-T-AA---TCC--T-A--------AGC----CCGA-AAAC-TTTTTTGCCAAG----TCC-AAGT---TTGT-AAAGTA------T---TTACAAAA------CC---AAAA-TGCT--G-------TAT-A---GGCCTATTTCCAGGAG--T-------A---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GCAATA-------CAT----CATTATTGAA-ATA-A-GCA-TT----CTCGCC--ATAT-TC-TAC-C-AA--GGAAATTTATC---AACCCAAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GTA-T---CC----A-------C-TTTTC--C---TC----ATC-T---------TTC--AAATCTT-TTCTTCAAAGGGG-GGGGG---GGGGAGG-GGGG--GGGGGGAGTAG----TTT-CTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-AC-TTGT-C-GTCATCTT--GAT-GG--CCG---------CTTTCCGT-TT-T-CA-T-G--T----AA-TTGTAA--AA-----TTA----TGG-T--CAAGTA-TA----ACC-CGAATAATCCA-GTCGTT-C--TAGT-C-G-CTCAC-T------AACGA---TGG-C-TC--ATAA-GTCAT--AG---AGAACA-CG-A-GATGA-TCCATTGAGGGC---TT-----GAATT--A--T-TCGA-----GTTA-----------A---G-------------GACATTTT-GC--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-AT--T--ATCA-TTCTGACA-CTTGACTT-CT---GTTC--TGTT-AAAACG-ATT-CTC--------AA--C--------A--G-----CGC----A-GC--TTCGACT--AAG-ACTCGATCAATCT---ATC-AAGGA-T--G-TG-TATTTCAG--CT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTAAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
gi|2 : GGTTG-AA-AA--T-TTT-T---------TG-AAAGCAGA--CC---TAA-GCCCCCT-G----GGCTTT--------T--TCTA---TTTT-TTAA---TCC--T-A--------AGC----CCGA-AAAC-TTTTT-GCCAAG----TCC-AAGT---T-GT-AAAGTA------T---TTACAAAA------CC---AAAA--GCT--G-------TATAA---GGCCTATTTCCAGGAG--T-------A---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GCAATA-------CAT----CA-TATTG-A-ATAGA-GCA-TT----CT-GCC--ATAT-TC-TAC-C-CA--AGGAATTTATC---AACC--AGA------------GAT--AAAAA-G--TTCC--GTA-T---CC----A-------C-TTTTC--CCTTTC----ATCAT---------TTC--AAATC-T-TTCTTCAAAAGGG-GGGG---------GG-GGGG--GGGGGAAGTAGTGTATTT-CTTGC-TC-AAAC-TT---TTCTTGTCTCA----GAAC-TTGT-C-GTCATCTTGAGAT-GG--CCG---------CTTTCCGT-TT-T-CA-T-G--T----AAGTTGTAA--AA-----TTA----TGG-T--CAAGTA-TANNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNN-N--NNNN-N-N-NNNNN-N------NNNNN---NNN-N-TC--ATAA-GTCATTAAG---AGAACA-CG-A-GATGATTCCATCGAGGGC---TT-----GAATT--A--T-TCGA-----GTTA-----------A-----------------GACATTTT-GC--TTGACTTTGTCAA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TCAATTAT--ATCA-TTCTGACA-CTTGACTC-TC---GTTC--TGTTAAAAACG-ATT-CTC--------AAATCA-------A--G-----CGC----A-GC--TTCGACT--AAG-AC-CGATCAATCT---ATCAAAGGA-T--G-TGATATTTCAG--CT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TTA-AAA-A--G----TA-ATTAT--AG---ATA--TTTTAAAAGCCAAAGAAAAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
gi|6 : aggGGTTG-AA-A---AATTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------T--TCTA---TTTT-TTAA---TCC--T-A--------AGC----CCGA-AAAC-CTTTTTGCCAAG----TCC-AAGT---T-GT-AAAGTA------T-----AAACAA------CC---AAAAATGCT--G-------TAT-A-------TA-------GAG--T-------A---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GCAATA-------CAT----CAT-ATTGAA-ATA-A-GCA-TT----CTTGCC--A-ATATC-TAC-CCAA--GGAAATTCATC---AACCCAAAA----G-------GAT--AAAAT-G--TTCC--GTA-T---TC----A-------C-TTTTC--CCTTTC----ATA-T---------TTC--AAATCTT-T-CTTCAAAGGGG-G----------------------GTTGGAGTAG----TTT-CTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-AC-TTGT-C----ATCTA--GATAGG--CCG---------CTTTCCGT-TT-T-CA-T-G--T----AA-TTGTAA--AA-----TTA----TGG-T--CAAGTA-TN----NNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNN-N--NNNN-N-N-NNNNN-N------NNNNN---NNGAC-TC--ATAA-GTCAT--AG---AGAACA-CG-A-GATGA-TCCATCGAGGGC---TT-----GAATT--A--T-TCGA-----GTTAGGTTAATAGTAA---G-------------GACATTTT-GC--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-AT--T--ATCA-TTCTAACG-CTTGACTT-CT---GTTC--TGTT-AAAACG-ATT-CTC--------AA--TCA------A--G-----CGC----A-GC--TTCGACA--AAG-AT----TCAATCT---ATC-AAGGA-T--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TTA-AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTAAAAG-CAAAG--AAAGA-G-A----TTGGAAGAGaaacatcattttaacattttatggaaatattatttcagaaagagctaaaacccgtcagacttttttctttgaaaaacggcaagttcgaggtaacaattaaaagttttccgggaacccctggtaaaatt
gi|3 : ggGGTTG-AA-AA--TATTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TA--GCCC--T-G----GGCTTT--------T---CTA---TTTTAT-AA---TCC--TCA--------AGC----CCGA-AAAC-TTTTTCGCCAAG----TCCCAAGT---T-GT-AAAGTA------A---A-ACAAAA------CC---AAA--TGCTACG-------TAT-ATTAGGCCTATT-CCAGGAA--T-------A---AC----CT-CTACATCG-A--AATATTT-GCAATA-------ACT----CATATTTGAA-ATA-AAGCA-TT----TCTGC---ATAT--C-ACC-C-AA--GGAAATTCATC---AACC-AAGA----GA------GAT--AAAGATG--TTCC--GTAAT---CC----A-------C-TTTTC--C---TCTTTCATA-TG--------TTC--AAATCTTCTTCATCAA-----------------------GGG--GGTGGGAGTAG----TTTTCTTGC-TCTAAAC-TT------CTGTC-CA----G-ACCTTGT-C---CATCTA--GAT-AGGACCGGGGCGGGGGCTTTCCGT-TTGT-CAAT-GGGT----AA-TTGTAA--AA-----TTAGTGATGG-G--CAA-TA-AA----ACCACGAATAATC-A-GTCGTT-CATTATC-C-G-CTCAC-T------AACGA---TGG-C-TC--ATAA-GTTAT--AG---AGAACA-CGCA-GATGA-TCCATCGAGGGC---TT-----GAATT--A--T-TCGA-----GTTAGTAAT------A---GTA-----------GACATTTTGGC--TTGACTTT-T--A-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-ATA-T--ATCATTTCTGACGCCTTGACTT-CT---GTT-----TT-TAAACG-ATTCCTC--------AAT-C--------A--AGT---CGC----A-GCGTTCCGACA--AAGAACT---TCAAT-T---ATCAAAGGA-T--G-TG-TATTTCAAGTTT-CT-----AAAC-TA-A-GCC-AG--TT--AAA-AAGA----TA-TTAATTGAGCATATG-TGTTTAAAAG-CAAAG--AAA-A-
gi|7 : aggGGTTG-AACG---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--TC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------T--TCTA---GTTT-T-AA---TCC--T-A--------AGC----CCGA-AAAC-TATTTTGCAAAG----TCA-AAG----TTGT-AAAGTA------TA--TT---AAA------C---------------A-------TAT-A---GGCCTATTTCCAGGAG--T-------A---AC----CT-CT-CATCA------------GCAGTA-------CAT----CA-CATT--------A-GCA-TT----CTCGCCTAATAT-TC-TAC-CTAA--GGAAATTCATC---AACTCAAGA----G-------GAT--AAAAT-G--TTCT--GTG-T---CCATATA-------C-TTTTC--CCTTTC----GTA-T---------TTC--AAATC-T-TTCTTCAAAGGGA-AGT--------------------------ATAG----TTT-TTTGC-TCTACAT-TTAAAT--CTGTCTCAGATCG-AC-TTGT-T-GTCATCTT--GATGGG--CCG---------CGTTCCGT-TT-T-TA-T-G--T----AA-TTGTAA--AA-----TTA----TGG-T--TAAGTA-Ttt
gi|19 : aggGGTTG-AACA---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--TC---TAA-GCCC--T-GCATGGGCTTT--------T--TCTA---GT----------------------------C----CCGA-AAAC-TATTTTGCCAAG----TCC-AAGT---Tnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagtgagtaaggacatgttgcttgacttcgtaaacaatgaaaaatgatcattttatcattctgacgtttgacttccgttctgttaaagccattctcaatcaagtgcggctttgactgactcaatctatcaaggatgtgtatttcagttctaaaactatacagtccc
gi|23 : aggGGTTGGAA-A---T-TTT-T---------T-----------------TAA--CCC--T-G----GGCTTT--------T--TCTA---TTTT-T-AA---TCC--T-A--------AGC----CCGA-AAAC-TTTTTT
gi|10 : aggGTTG-AA-A---T-TTTTT---------TG-AA-GCAAA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------T--TCTAG--TTTT-T-AA---TCC--T-A--------AGC----CCGA-AAAA-TATTTTGTCAAG----TCC-AAG----TTGT-AAAGTA------T-------AAAATATAG-TC---AAAA-TGCT--GT------TAT-G---GCTCTATTT-GAGGAG--T-------ATATAC----CT-CT-CATCA-AGCAGTATTT-TCAGTAG------TATGTAACATCAC-----ATT-A-GCCTTT----CTCGTC--ATAT-TC-TACAC-AG--GGGAATTCGTC---AATCCAAGAC---GAAGTAACGATAAAAAAA-A--TTCT--GTG-T---CC----AG------G-TTTTT--C---GC----CTT-TCCATAAGAATTC--AAATCTT-TTCTTCAAAGGGG-GGTGG---GG-------------------GTAG----TTT-CTTGC-TCTATAC-TT---T--CTGTTTTA----G-AC-TTGTCC-GCCATA-T--AAT-GGGCCCA---------CTTTCCGT-TT-T-TG-C-A--T----AG--TATAA--AA-----TTA----TGG-T--TAAGTA-
gi|1 : gatGTTG-AA-AACGT-TTT-TATTTAAAAATG-AA-GCAGA--CTCTATAA-GCCC--T-TT---GGCTTT--------TCTTCAG---TTTT-T-A----TCC--T-A--------AGC----CCGA-AAA--TATTTTGCCAAGGGGTTCC-AAGTCTTTTGT-TAAGTC------A---TAACATAA------C----AAAA-TGCT--GG------TAT-A---GCCTTATTTG-AGGAA--TTAGTATTA---AC----CT-CTGCATCA-G-C-GTATTT-GCAGT--------TAG----TAGTACAGCACATT-A-GCT-TTTCCACTCACT--ACTC-TC-TACAC-AGCGGGAAATTTTTCCTTAGCATCAGA-----------------AAAAA-A--TTACTAGTG-TTTCCC----ATATTATCC-CTTTCATC---CC----ACC-T---------TTCTAAAAAC-T-TTCTTCAAAGGGGTGGTGGCAAGGGGAGGTGGGGTTGTGGGGGTTAG-----TT-CTTGC-TCTAAACTTT---T--CTGTTTTA----GAAC-TTG--C-GTCATCTT--GAT-GGGACCG---------CTTTCTGT-TT-T-CG-T-G--T----AG-TTATAA--GAAATGGTTA----TGGTT--TACGTATTAACTCACC-CTA--AATCCAGGTTGTTGT--TATTCC-G-CTCACTT------ATCGA---TCG-CTTC--ATAA-GTCG---AG---AGAACT-GG-A-GAGG---CGGT---GGGC---TTCCCTCTAATTAAA--TATCGA-----GTTAGATTTT-----A---GTAAAGGTT-----GACAATTT-GCCTTTGGATTCGC-AAGA-CAAGCGAAATTCAAATTAATCTTT-AA--T--AGCA--TGTGAGA-TGCAATTT-CTCCGGTTTCGTGTT-GATATG-ATT-CTCCAATCATAAA--C--------A--GGTTCTTGCTCTAA-GT--CGCGACT--AAA-A----ACCAACCTTGCCTC-AAGGA-T--GCTG-TATTTCAA--TTGCT----AAAAA-TA-A-C-CAAG--TT--GAA-A--T----TATTTTTT--AG---ATA-TTTTTTAAAGCCAAAG--AAA-T-A-AGATTTTGTGAGAG
gi|11 : gtaTTG-AACA---T-TTT-T---------GT-AA-GCAAA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------T--TCTAG--TTTT-T-AA---TCTTAT-A--------AGC----CCGA-GAAA-TATCTTGCCAAG----TCC-AAG----TTGT-AAAGTA-----------AACATAA------CC---AAAA-TGCT--GTATAGAATAT-A---GGCCTATTTGAAGGAGTAT-------A---ACATCTCT-CT-CATCA-G-CAGTATTT-GCAGTA---------------------------G-A-GCT-TT----CTCGTC--ATAT-TC-T------------------TC---AATCCAAGA----G-------GAT--AAAAA-A--TTCT--GTG-T---CC----A-------C-TTTTC--CCTTTC----ATA-T---------TTC--AAAAC-T-TTCTTCAAAGGGG-TGAAA---GGG------------------TTAG----TTT-CTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTTTTA----G-AC-TCGT-C-ATCATTTT--GTTGGG--CCG---------CTTTCCGT-TT-T-CG-C-G--T----A----GTAA--AA-----TTA----TGG-TTATAAGTA-TA----ACC-CAAATAATCCA-GTTGTgatatataatactcattttaacgttattctgtatggaaataattatttatttcagaaaaaactaagccgcgctacggggaacttttttctttgaacaaaacgttgcccatagtccgatgagcttccacagagtttctgtagtccgcggg
gi|22 : ---T-TTT-T---------TT-AA-GCAAA--CC---TAA-GTCC--T-G----ACCTTT--------T--TCTAG--TGTT-T-AA---TCC--T-A--------AGC----CCAA-GAAA-TATTTTGC
gi|16 : gtgatt-TTT-T---------TGTAA-GCAAAATCC---TAAAGCCC--T-G----GGCTGTATACCTACT--TCTAGGGTTTTAT-AAACATCT--T-ATATTGAAAAGCTGCGCGGAGAAATATCTTTTGCCAAG----TCC-AAG----TTGTAAAAGTAAACACCTTCATCATAACA------CCTGAAAAA-TGCT--G-------
gi|4 : -GCAAA--CC---TAA-GCCC--TTG----GGCTTT--------T--TCTAG--TTTT-T-AA---TCCG-T-A--------AGC----CCGA-AAAA-TATTTTGTCAAGATC-CCC-AAGT---T-GT-AAAGTA------G---T---AAAATATAGTCC---AAAA-TGCT--G-------TAT-A---TGGCTATTT--GAAAG--T-------AT--AC----CT-CT-CATCATA-GCGTATTT-TCAGTAGTTGTAACAT----CAC-ATT--------A-GCC-TTT---CTCGTC--ATAT-TC-TACAC-AG--GGGAATC-ATC---AATCCAAGACGAAGAAC----GAT--AAAAA-AAATTCT--GTG-T---CC----A-------GGTTTTT--C---GC----CTT-TCCATAAGAATTC--AAATCTT-TTCTTCAAAGGGG-G----------------------GTGGGGGTAG----TTT-CTTGC-TCTATAC-TT---T--CTGTTTTA----G-AC-TTGT-CCGCCATAT---AAT-GGGCCCA---------CTTTCCGTTTT-TGCA-TAG--TATAAAA-TTATGGTTAA-----GTA----TNN-N--NNNNNN-NN----NNN-NNNNNNNNNNN-NNNNNN-N--NNNN-N-N-NNNNN-N------NNNNN---NNN-N-NN--NNNN-NNNNN--NN---NNNNNN-NN-N-NNNNN-NNNNNNNNNNNN---NN-----NNNNN--NGGT-TTAA-----GT-A-----------A---G-------------GACATATT-GC--TTGACTTCAC-AA-A-CAA-TGAA----AAATAT----TC-AT--T--ATCACTTCTGATG-CTTCAATT-CA---GTTC--AGTT-AAAATGAATT-CTC--------AAT-C--------AAGG-----TGC----A-GC--TTCGACT--AAA-ACTCA---AATCG---CTC-ATGGA-TGAG-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAATATA-ATA-C-AG--TTGAAAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATATTTTTTTATAGCCAAAG--AAA-A-A-
gi|13 : ttg--T-------A---AC----CTTCT-CAT-A-T-CAGTATTTAGCAGTATTGGTA-CAT----CAC-ATT--------A-GC--TT----CTCGTC--ATAT-TCATAC----A--GGAAATTGTTC---AATCCAAAAA---G-------GAT--AAAAA-A---TCT--GTG-TC--CC----A-------C-TTTTC--CCT-TC----A---T---------TTC--AAAAC---TTCTTCAAAGG--------------------------GTGGGAGTAG-----TT-CTTGCTTCTAAAC-T--------TGTTTAG----A-AC-TCGT-C-GTCATCTT---ATGGG--CCG---------GTTTCCG--TT-T-CG-C-G--T----A----GTAA--AA-----TTA----Tcg
gi|8 : atttaacaagaaaaataagatttttaccgtaatGTAA--AA-----ATA----TGG-G--TAAATA-TA----TCC-CATATAATCCA-GTTGTT-A--TATT-CCG-CTCCC-T------ACCGA---TGG-C-TC--ATAA-GTCAT--AAGAAAGAACT-GG-A-GACG--------GAGGGCAGCTT-----GAATT--A--T-TCGA-----GTTA-----------G---GTTAAGTAACCTTGGACATTTT-GC--TTGACTT-------------CGAA----AAAAGA----TC-AT--T--ATCA-TTGAGATG-CTTGACTT-CC---GTTC--TGTG-AAAATG-TTT-CTC--------AA--TTA------A--G-----TGC----A-GC--TTCGACT--AAA-ACTCAAT----------------GA-T--G-TG-TATTTCAG--TT-TT----AAAGA-TA-A-C-C-AGA-TG--AAA-A--G----TG-TTTTT--AG---ATA-TTTTTTAAAGCCAACA--AAA-ATG-A----TTGGAAGAGA
gi|9 : -TA----ACC-CAAATAATCCA-GT--TT-A--TATT-CCG-CCC-C-TTTTTTTATCGAATCTCG-C-TCTCATAATGTCGG--AG---AGAAC---------TGA-AC------GGAC---T------GAATT--A--T-TCGATTTAGGTTA-----------ATAAG-------------GAC-TTTT-GC--TTGACTTCGC-AA-AACAA-CGAA----AAAATA----TC-AT--T--ATCA-TTTGAATG-CTTGACTTCCT---ATTC--TCTT-AAAAT--ATT-CTC--------AA--TCA------A--G-----TGC----ACGC--TTTGACTAAAAA-ACTCAATCGCTC---------AGGATT--G-TG-TACTTCAT--TT-TTTAAAAAAAC-CAGA-G-G-A-------AAA-A--GAATATA-TTTTT--AA---AT--TTTT--AAAGCC-AAG--AAA-A-A-A----TT-GAAGAAAaaaatcattttaacattttgtggaaaatatttatttcagaaaaagctaagcctgtcggacttttttctttgaaaaacgccaagtccggcgtacaatttttgaagccccgggcgtaaggaattt
gi|21 : TCCA-GTCGTT-A--TATT-C-CTCCCAC-T------C-CGA---T------C--AC-------T--GG---AGAAAATCG-AAGTTGA----AT--AGGGC---TT-----GAATT--A--T-TCGA-----GTTaaatcattttacattttatgaaaatatttatttcagaaaaaagtaagtcccgtcacttttttctttgaaaaacggccaatccgagggtacaattttaagtcctgggcatcgggttaagaattttaacccct
gi|20 : ATCGAGGGC---TT-----GAATT--A--T-TCGA-----GTTAGGTTGGTA---A---G-------------GACATTTT-GG--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATGA----TC-AT--
gi|7 : GA-----GT-A-----------A---G-------------GACATGTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-TGAA----AAATGA----TC-AT--TTTATCA-TTCTGACG-TTTGACTT-CC---GTTC--TGTT-AAAGCC-ATT-CTC--------AA--TCA------A--G-----TGC----G-GC--TTTGACT----G-ACTC----AATCT---ATC-AAGGA-T--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-T-A-C-AG--T
gi|12 : aggggttgaacgttttttgaagcagatctaagccctgggctttttctagttttaatcctaagcccgaaaactattttgcaaagtcaaagttgtaaagtatattaaacatataggcctatttccaggagtaacctctcatcagcagtacatcacattagcattctcgcctaatattctacctaaggaaattcatcaactcaagaggataaaatgttctgtgtccatatacttttccctttcgtatttcaaatctttcttcaaagggaagtatagttttttgctctacatttaaatctgtctcagatcgacttgttgtcatcttgatgggccgcgttccgtttttatgtaattgtaaaattatggttaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngaagtTA-----------A---G-------------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AA-TTA----TC-AT--T--ATCA-TTCTGACA-TTTGACTT-CT---GTTC--TGTT-AAAGCG-ATT-CTC--------AA--TCTGAGTGAA--G-----TGC----A-GC--TTTGACT--AAG-AC----TCAATCT---ATC-AAGGA-T--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAATA--G----TA-TTCAT--AG---ATA-TTTTTAAAAGCTAAAG--AAA-A-AGA----TTGGAAGAGAccc
gi|18 : gttagGGA-T--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAA-TA-A-T-C-AG--TTG-AAA-A--G----TA-GTTAT--AG---ATA-TTTTTTATAGCCAAAG--AAA-A-aaaataatttttaacattttatcatttttatggaaaatattcatttcagaaaaagccctccaaaaataaatcccacttcgttgaaatttgaaa
gi|14 : atA-A-G-C-AGAGTT--AAA-A--G----AA-TTTAT--AG---ATA-TTTCTAAAAGCCCAAG---AG-A-G-A----TTGGAGAAGAcgatcgccgcagagttggcgaaagagctaaaaaatc
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|15 ): GTATCCCGAATAAGCAGTTGTTGTATATTCGCCTCTATTAGATTGCACATTAACATTTCGCCTCACAGGTTGGAGGAAATCGGGAGACGGAGAGAGGCTTGAATTATTTTGAATTGAGTTATGGTACTTTAAGCATTTTTGTGCGACTCTGA
Unaligned ( gi|17 ): GAGGAAAATATCATTTTACATTTAAATGGAAAATATTTAGTTTCAGAAAAAGCCTAAGCCTGTCGGACTTTTTCTTTGAAAAACGGCAAGTCTGAGGGTACAATTTTTAGGACCCTGGCCGTCGGGTCTTATGGATCTTCACGC
Unaligned ( gi|24 ): GCACAACATCAGAATAAATGTTCATTCAGGAAGAACAGATTCGT
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111111 11111111 11111111 1111 1111 333333333333333 11111 1111111 11 1111111 111 11111 1111111 3333333333333333 555555555555 1111 222222 333333333333 111 11 3333333333 1 5555555555555555555555555555555555555555 11111 1 111111111 111 111111 3333333333333333 22222222 111111 77777777777777777777777777777777 11111111 11111111111 33333 11 1111
lowQualScore : 4 8888888 3 333333333 3 3 44 555 3 44 3 9999 11111111 3 777 3 555 3 3 55555555 6666 3 2 44 4444 3 9999 5 4 666666666666666 0 88888 777 4 99 4 777 4 4444444 1 66 3333333 666 8888 4 8 00000 4 3333333 0000000000000000 44 222222222222 4 4 2222 1 55 4 4 111111 777 1 4 666666666666 55 7777 55 4 111 8888 11 4 8 4 4 4 0000000000 55 5 4 7777777777777777777777777777777777777777 2 4 33333 4 4 777 55 8888 8 4 8 1 0 2 3 666666666 4 777 0 444 99999 7777 4 55 3 8888 4 8888 7777 3 9999 8 4 1 3 4 111111 1 4 777 1 0000000000000000 4 55 4 999 777 4 99 4 4 88888888 3 3 666 99999 55 3 3 000000 88888888888888888888888888888888 3 55 0 3 3 3 3 7777 7777 3 55 88 8 4 4 55 4 55 4 4 4 4 4 4 22222222 4 44 4 777 55 99999999999 4 11111 777 8 55 3 3 55 3 7777 3 3 555 3 77 55 3 55 7777 3 55 666 3 1 55 3 3 4 0000
lowQualScore : . ....... . ......... . . .. ... . .. . .... ........ . ... . ... . . ........ .... . . .. .... . .... . . ............... . ..... ... . .. . ... . ....... . .. ....... ... .... . . ..... . ....... ................ .. ............ . . .... . .. . . ...... ... . . ............ .. .... .. . ... .... .. . . . . . .......... .. . . ........................................ . . ..... . . ... .. .... . . . . . . . ......... . ... . ... ..... .... . .. . .... . .... .... . .... . . . . . ...... . . ... . ................ . .. . ... ... . .. . . ........ . . ... ..... .. . . ...... ................................ . .. . . . . . .... .... . .. .. . . . .. . .. . . . . . . ........ . .. . ... .. ........... . ..... ... . .. . . .. . .... . . ... . .. .. . .. .... . .. ... . . .. . . . ....
lowQualScore : 0 2222222 3 333333333 3 1 22 444 1 22 1 6666 22222222 1 777 1 444 1 1 44444444 5555 5 8 22 1111 6 6666 7 0 444444444444444 7 55555 000 0 55 0 888 4 4444444 9 11 0000000 555 5555 0 0 22222 0 0000000 0000000000000000 99 222222222222 0 9 5555 4 55 0 0 222222 000 4 0 555555555555 55 5555 55 0 000 5555 00 0 0 0 0 0 6666666666 55 5 0 8888888888888888888888888888888888888888 8 0 33333 0 0 000 55 5555 0 0 0 6 8 3 2 000000000 0 000 5 999 11111 7777 0 55 3 5555 0 5555 7777 4 9999 0 0 9 9 0 555555 0 0 000 0 5555555555555555 0 55 0 666 000 0 66 0 0 99999999 6 6 444 11111 00 6 6 555555 22222222222222222222222222222222 6 00 4 6 6 6 6 7777 7777 6 00 66 0 0 0 55 0 55 0 0 0 0 0 0 55555555 0 55 0 000 55 00000000000 0 55555 000 0 00 6 6 00 6 7777 6 3 666 3 99 99 6 00 7777 6 00 444 6 0 00 6 6 4 6666
consensus : GGTTG-AA-A---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTTGT-AAAGT----------A-TT-ACAAAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AGT--------A-------CATCAC-ATT--GAA-T--A-G-CNTT----CTCGCC--A-TATTC-TAC-C-A--AGGAAA---TTCATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-GT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT-----AT---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGG--------------GGG-----------GTGGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGATGGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TA----ACC-CG----AATAATCCA----GTCGTT--A-TATTC-G-CTCAC-T------ANC-GA---TCG----------------C-TC--ATAA-GTCGT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAG----------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACTC-ATCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTNAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
Reference ( family-1100 ) : GGTTG-AA-A---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTTGT-AAAGT----------A-TT-ACAAAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AGT--------A-------CATCAT-ATT--GAA-T--A-G-CNTT----CTCGCC--A-TATTC-TAC-C-A--AGGAAA---TTCATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-GT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT-----NT---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGG--------------GGG-----------GTGGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGATGGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TA----ACC-CA----AATAATCCA----GTCGTT--A-TATTC-G-CTCAC-T------ANC-GA---TNG----------------C-TC--ATAA-GTCGT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAG----------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AACC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACTC-ATCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTNAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
gi|1 : GTTG-AA-AACGT-TTT-TATTTAAAAATG-AA-GCAGA--CTCTATAA-GCCC--T-TT---GGCTTT--------TCTTCAG--TTTT-TA----TCC-T-A--------AGC----CCGAAAA-TAT--TTTGCCAAGGGGTT-CCAAGTCTTTTGT-TAAGTC---------A-TA-ACATAA------C---AAAA-TGCTG-G-TA---T-AG-------CCTTATTT-GAGGAATTAGTATTA---AC----CT-CTGCATCA-G-C-GTATTT-GCAGTTAGTAGT--------A-------CAGCAC-AT-------T--A-G-CTTTTCCACTCACT--A-CTCTC-TACAC-AGCGGGAAATTTTTCCTTAGCAT-CAGA-----------------AAAAA-A--TTACTAGT-GTTTCCC----A--TATTATC-C-CTTT-C-ATCCCACCT---TTCTAAAAAC-T-TTCTTCAAA--------GGGGTGGTGGCAA-----GGGGAGGTGGGGTTGTGGGGGTTAG-----TTCTTGC-TCTAAACTTT---T--CTGTTTTA----GAA-CTTG--CGTCATCTTGATGGGACC---------GCTTTCTGTTT-TC---GTGTAG-TTATAAGAAATGGTT----ATGGTT--TACGTATTA----ACT-CACCCTA--AATCCAGGTTGTTGTT--A-T-TCC-G-CTCACTT------ATC-GA---TCG----------------CTTC--ATAA-GTCG---AG---AGAA-CTGG-A-GAGG-------CGGTG-GGC---TTCCCTCTAATTAAA-TATCG------AGTTAGATTTT-----A------------GTAAAGGTTGACAATTT-GCCTTTGGATTCGC-AAGA-CAAGCGAAATTCAAATTAATCTTT-A--A--TAGCA-TGTGAGATG-CAATT--TCTCC-GGTTTCGTGTT-GATATG-ATT-CTCC-AATC------AT-A-AACA-GGTTC--TTGCTCTAAGTCGCGACTAAA-A----ACCAACCTTGCCTC-AAGGAT--GCTG-TATTTCAA--TTGCT----AAAAA-TA-A-C-CAAG--TT--GAA-A--T----TATTTTTT--AG---ATA-TTTTTTAAAGCCAAAG--AAA-T-A-AGATTTTGTGAGAG
gi|10 : gtaGTTG-AA-A---T-TTTTT---------TG-AA-GCAAA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAAATAT--TTTGTCAAG----T-CCAAG----TTGT-AAAGT----------A-T----AAAATATAGTC---AAAA-TGCT--GTTA---T-GG-------CTCTATTT-GAGGAG-------TATATAC----CT-CT-CATCA-AGCAGTATTT-TC-------AGTAGTATGTAA-------CATCAC-AT-------T--A-GCCTTT----CTCGTC--A-TATTC-TACAC-A--GGGGAA---TTCGTCAATCC-AAGAC---GAAGTAACGATAAAAAAA-A--TTCT--GT-GT---CC----AGGT-TTTTCGC-CTTTCC-ATAAG--AA---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA----------GG--------------GGG-----------GTGGGGG-TAG----TTTCTTGC-TCTATAC-TT---T--CTGTTTTA----G-A-CTTGTCCGCCATA-TAATGGGCCC---------ACTTTCCGTTT-TT---GCATAG--TATAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-gatatataatactcattttaacgttattctgtatggaaataattatttatttcagaaaaaactaagccgcgctacggggaacttttttctttgaacaaaacgttgcccatagtccgatgagcttccacagagtttctgtagtccgcggg
gi|11 : gatTTG-AACA---T-TTT-T---------GT-AA-GCAAA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCT-T-ATA------AGC----CCGAGAAATAT--CTTGCCAAG----T-CCAAG---TT-GT-AAAGT----------A-A--ACATAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AGAATATAGGCCTATTTGAAGGAG-------TATA-ACATCTCT-CT-CATCA-G-CAGTATTT-GC-------AGT--------A-------------------GA-------G-CTTT----CTCGTC--A-TATTC-T---------------------TCAATCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-A--TTCT--GT-GT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT-----AT---TTC--AAAAC-T-TTCTTCAAA--------GGGG--------------TGA-----------AAGGG-T-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTTTTA----G-A-CTCGT-CATCATTTTG-TTGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTA----GTAAAA-----TT----ATGG-TTATAAGTA-TA----ACC-CA----AATAATCCA----GTTGT
gi|12 : GTTAGTA--------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AA-TTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACA-T--TTGACTTCT-G--TTC-TGTT-AAAGCG-ATT-CT-C-AATCTGAGTGAA-G-TGCA-G---C--TT-----------TGACTAAG-AC----TCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAATA--G----TA-TTCAT--AG---ATA-TTTTTAAAAGCTAAAG--AAA-A-AGA----TTGGAAGAGA
gi|13 : -------TA---AC----CTTCT-CAT-A-T-CAGTATTTAGC-------AGT--------ATTGGTA-CATCAC-ATT---------A-G-C-TT----CTCGTC--A-TATTCATAC------AGGAAA---TTGTTCAATCCAAAAA----G-------GAT--AAAAA-A---TCT--GT-GTC--CC----A--C-TTTTC-C-C-TT-C-A-------T---TTC--AAAAC---TTCTTCAAA---------------------------GG-----------GTGGGAG-TAG-----TTCTTGCTTCTAAAC-T--------TGTTTAG----A-A-CTCGT-CGTCATCTT-AT-GGGCC---------GGTTTCCG-TT-TC---GCGTA----GTAAAA-----TT----ATaaaataatttttaacattttatcatttttatggaaaatattcatttcagaaaaagccctccaaaaataaatcccacttcgttgaaatttgaaa
gi|14 : atttaacaagaaaaataagatttttaccgtaatA-A-G-C-AGAGTT--AAA-A--G----AA-TTTAT--AG---ATA-TTTCTAAAAGCCCAAG---AG-A-G-A----TTGGAGAAGA
gi|15 : GTA-T------CC-CG----AATAAGC-A----GTTGTTGTA-TATTC-G-C-CTC-T------ATTAGA---TTGCACATTAACATTTCGCC-TC--ACAG-GTTGG--AG---GAAATCGGG-A-GACGG----A--GA-GAGGC---TT-----GAATT--ATT-TTG------AATT-G----------A------------G--------aaaatcattttttacaactttatgcaaatttacattcatgaaaaagctaagccatcggactttttctttaaaaaacggcccagtccgatggtataattttttaagtccctcggggcgtca
gi|16 : -TTT-T---------TGTAA-GCAAAATCC---TAAAGCCC--T-G----GGCTGTATACCTACTTCT-AGGGTTTTATAAACATCT-T-ATATTGAAAAGCTGCGCGGAGAAATATCTTTTGCCAAG----T-CCAAG----TTGTAAAAGTAAACACCTTCA-TC-ATAACA-----CCTGAAAAA-TGCT--G-ttatggtactttaagcatttttgtgcgactctga
gi|18 : GGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAA-TA-A-T-C-AG--TTG-AAA-A--G----TA-GTTAT--AG---ATA-TTTTTTATAGCCAAAG--AAA-A-
gi|19 : atGGTTG-AACA---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--TC---TAA-GCCC--T-GCATGGGCTTT--------TTCT-AG--T---------------------------C----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTcgatcgccgcagagttggcgaaagagctaaaaaatc
gi|2 : aggGGTTG-AA-AA--T-TTT-T---------TG-AAAGCAGA--CC---TAA-GCCCCCT-G----GGCTTT--------TTCT-AT--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACT-T--TTTGCCAAG----T-CCAAG----TTGT-AAAGT----------ATTT-ACAAAA-----CC---AAAA--GCT--G-TA---TAAG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AAT--------A-------CATCAT-ATT--GAA-TAGA-G-CATT----CT-GCC--A-TATTC-TAC-C-C--AAGGAA---TTTATCAACC---AGA------------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-AT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-ATC----AT---TTC--AAATC-T-TTCTTCAAAAGGGGGGGGGGG--------------GGG-----------GGGGAAG-TAGTGTATTTCTTGC-TC-AAAC-TT---TTCTTGTCTCA----GAA-CTTGT-CGTCATCTTGAGATGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---ATGTAAGTTGTAAAA-----TT----ATGG-T--CAAGTA-TANNNNNNN-NN----NNNNNNNNN----NNNNNN--N-NNNNN-N-NNNNN-N------NNN-NN---NNN----------------N-TC--ATAA-GTCATTAAG---AGAA-CACG-A-GATGATTCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTT------------A------------A--------GACATTTT-GC--TTGACTTTGTCAA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TCAA--TTATATCA-T-TCTGACA-C--TTGACTCTC-G--TTC-TGTTAAAAACG-ATT-CT-CAAATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACCG-ATCAATCT---ATCAAAGGAT--G-TGATATTTCAG--CT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TTA-AAA-A--G----TA-ATTAT--AG---ATA--TTTTAAAAGCCAAAGAAAAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
gi|20 : aggATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAGGTTGGTA---A------------G--------GACATTTT-GG--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATGA----TC-A--T--aaacatcattttaacattttatggaaatattatttcagaaagagctaaaacccgtcagacttttttctttgaaaaacggcaagttcgaggtaacaattaaaagttttccgggaacccctggtaaaatt
gi|21 : TCCA----GTCGTT--A-TATTC-CTCCCAC-T-------CC-GA---TCA----------------C-T-----------GG--AG---AAAA-T-CG-AAGTTGA----AT--A-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTT
gi|22 : ---T-TTT-T---------TT-AA-GCAAA--CC---TAA-GTCC--T-G----ACCTTT--------TTCT-AG--TGTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCAAGAAATAT--TTTGC
gi|23 : gtgattGGTTGGAA-A---T-TTT-T---------T-----------------TAA--CCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-A---TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTTT--TTT
gi|3 : aggGGTTG-AA-AA--TATTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TA--GCCC--T-G----GGC-TT--------TTCT-AT--TTTA-TAA---TCC-TCA--------AGC----CCGAAAACTTT--TTCGCCAAG----TCCCAAG----TTGT-AAAGT----------A-AA-ACAAAA-----CC----AAA-TGCTACG-TATATT-AG-------GCCTA-TTCCAGGAA-------TA---AC----CT-CTACATCG-A--AATATTT-GC-------AAT--------A-------ACTCAT-ATTTGAAA-TAAA-G-CATT----TCTG-C--A-TA-TC-ACC-C-A--AGGAAA---TTCATCAA-CC-AAGA----GA------GAT--AAAGATG--TTCC--GTAAT---CC----A--C-TTTTC-CTCTTT-C-AT-----ATG--TTC--AAATCTTCTTCATCAA------------G--------------GGG-----------GTGGGAG-TAGT---TTTCTTGC-TCTAAAC--T---T--CTGTC-CA----G-ACCTTGT-C--CATCTAGATAGGACCGGGGCGGGGGCTTTCCGTTTGTCAATGGGTAA-TTGTAAAA-----TTAGTGATGG-G--CAA-TA-AA----ACCACG----AATAAT-CA----GTCGTTC-ATTATCC-G-CTCAC-T------AAC-GA---TGG----------------C-TC--ATAA-GTTAT--AG---AGAA-CACGCA-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAGTAAT------A------------GTA------GACATTTTGGC--TTGACTT--T-TA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--TA-TATCATT-TCTGACGCC--TTGACTTCT-G--TT----TT-TAAACG-ATTCCT-C-AATC------AA-GTCGCA-G---CGTTC-----------CGACAAAGAACT---TCAAT-T---ATCAAAGGAT--G-TG-TATTTCAAGTTT-CT-----AAAC-TA-A-GCC-AG--TT--AAA-AAGA----TA-TTAATTGAGCATATG-TGTTTAAAAG-CAAAG--AAA-A-
gi|4 : agg-GCAAA--CC---TAA-GCCC--TTG----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCCGT-A--------AGC----CCGAAAAATAT--TTTGTCAAGATC-C-CCAAG---TT-GT-AAAGT----------A-GT-AAAATATAGT-CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AT-------GGCTATTT--GAAAG-------TAT--AC----CT-CT-CATCATA-GCGTATTT-TC-------AGT--------AGTTGTAACATCAC-ATT---------A-G-CCTTT---CTCGTC--A-TATTC-TACAC-A--GGGGAA---T-CATCAATCC-AAGACGAAGAAC----GAT--AAAAA-AAATTCT--GT-GT---CC----AGGT-TTTTCGC-CTTT-CCAT-----AAGAATTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGG--------------GG-------------TGGGGG-TAG----TTTCTTGC-TCTATAC-TT---T--CTGTTTTA----G-A-CTTGTCCGCCATA-TAATGGGCCC---------ACTTTCCGTTT-TT---GCATAG--TATAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-Ttt
gi|4 : ttg----------A------------G--------GACATATT-GC--TTGACTTCAC-AA-A-CAA-TGAA----AAATAT----TC-A--T--TATCACT-TCTGATG-C--TTCAATTCA-G--TTC-AGTT-AAAATGAATT-CT-C-AATC------AAGG-TGCA-G---C--TT-----------CGACTAAA-ACTC-A--AATCG---CTC-ATGGATGAG-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAATATA-ATA-C-AG--TTGAAAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATATTTTTTTATAGCCAAAG--AAA-A-A-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttaagtaaggacatattgcttgacttcacaaacaatgaaaaatattcattatcacttctgatgcttcaattcagttcagttaaaatgaattctcaatcaaggtgcagcttcgactaaaactcaaatcgctcatggatgagtgtatttcagttctaaaatataatacagttgaaaaagtatttatagatatttttttatagccaaagaaaaacg
gi|5 : ttggcaaacctaagcccttgggctttttctagtttttaatccgtaagcccgaaaaatattttgtcaagatccccaagttgtaaagtagtaaaatatagtccaaaatgctgtatatggctatttgaaagtatacctctcatcatagcgtattttcagtagttgtaacatcacattagcctttctcgtcatattctacacaggggaatcatcaatccaagacgaagaacgataaaaaaaattctgtgtccaggtttttcgcctttccataagaattcaaatcttttcttcaaaggggggtgggggtagtttcttgctctatactttctgttttagacttgtccgccatataatgggcccactttccgtttttgcatagtataaaattatggttaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttaagtaGGTTG-AA-A---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-A---TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTTT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTTGT-AAAGT----------A-TTTACAAAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AAT--------A-------CATCATTATT--GAAAT--AAG-CATT----CTCGCC--A-TATTC-TAC-C-A--AGGAAA---TTTATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-AT---CC----A--C-TTTTC-C----T-C-AT-----CT---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGGGGGGGGGGGAGGGGGGG-----------GGGGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGAT--GGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---ATGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--CAAGTA-TA----ACC-CG----AATAATCCA----GTCGTT--C-TAGTC-G-CTCAC-T------AAC-GA---TGG----------------C-TC--ATAA-GTCAT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATTGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTA-----------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACA-C--TTGACTTCT-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AAC--------A-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACTCGATCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--CT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTAAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGAcg
gi|6 : GGTTG-AA-A---AATTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AT--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACCTT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TT-GT-AAAGT----------A-T--AAACAA-----CC---AAAAATGCT--G-TA---T-A-----------TA-------GAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AAT--------A-------CATCAT-ATT--GAAAT--AAG-CATT----CTTGCC--AATAT-C-TAC-CCA--AGGAAA---TTCATCAACCC-AAAA----G-------GAT--AAAAT-G--TTCC--GT-AT---TC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT-----AT---TTC--AAATCTT-T-CTTCAAA--------GGGG--------------GG-------------TTGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-C---ATCTAGATAGG-CC---------GCTTTCCGTTT-TC---ATGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--CAAGTA-TN----NNN-NN----NNNNNNNNN----NNNNNN--N-NNNNN-N-NNNNN-N------NNN-NN---NNGA---------------C-TC--ATAA-GTCAT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAGGTTAATAGTAA------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTAACG-C--TTGACTTCT-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACAAAG-AT----TCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TTA-AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTAAAAG-CAAAG--AAAGA-G-A----TTGGAAGAG
gi|7 : ggGGTTG-AACG---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--TC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG---TTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCAAAG----T-CAAAG----TTGT-AAAGT----------A--T-ATTAAA-----C---------------A-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA------------GC-------AGT--------A-------CATCAC-AT-------T--A-G-CATT----CTCGCCTAA-TATTC-TAC-CTA--AGGAAA---TTCATCAACTC-AAGA----G-------GAT--AAAAT-G--TTCT--GT-GT---CCATATA--C-TTTTC-C-CTTT-C-GT-----AT---TTC--AAATC-T-TTCTTCAAA----------GG--------------GAA-----------GT----A-TAG----TTTTTTGC-TCTACAT-TTAAAT--CTGTCTCAGATCG-A-CTTGT-TGTCATCTTGAT-GGGCC---------GCGTTCCGTTT-TT---ATGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TN----NNN-NN----NNNNNNNNN----NNNNNN--N-NNNNN-N-NNNNN-N------NNN-NN---NNN----------------N-NN--NNNN-NNNNN--NN---NNNN-NNNN-N-NNNNN-NNNNNNNN-N-NNN---NN-----NNNNN--N-N-NNNNNNNGAAGTGAGTA--------A------------G--------GACATGTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-TGAA----AAATGA----TC-ATTT--TATCA-T-TCTGACG-T--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAGCC-ATT-CT-C-AATC------AA-G-TGCG-G---C--TT-----------TGACT--G-AC----TCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-T-A-C-AG--T
gi|8 : aggGTAAAA-----AT----ATGG-G--TAAATA-TA----TCC-CA----TATAATCCA----GTTGTT--A-TATTCCG-CTCCC-T------ACC-GA---TGG----------------C-TC--ATAA-GTCAT--AAGAAAGAA-CTGG-A-GACG--------GA-G-GGCAGCTT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAG----------GTTAAGTAACCTTG--------GACATTTT-GC--TTGACTTCG-------------AA----AAAAGA----TC-A--T--TATCA-T-TGAGATG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTG-AAAATG-TTT-CT-C-AATT------AA-G-TGCA-G---C--TT-----------CGACTAAA-ACTC-A----------AT-----GAT--G-TG-TATTTCAG--TT-TT----AAAGA-TA-A-C-C-AGA-TG--AAA-A--G----TG-TTTTT--AG---ATA-TTTTTTAAAGCCAACA--AAA-ATG-A----TTGGAAGAGAccc
gi|9 : -TA----ACC-CA----AATAATCCA----GT--TT--A-TATTCCG-CCC-C-TTTTTTTATC-GAATCTCG----------------C-TCTCATAATGTCGG--AG---AGAA-C--------TGA-AC-------G-GAC---T------GAATT--A-T-TCG------ATTTAGGTTAATA---A------------G--------GAC-TTTT-GC--TTGACTTCGC-AA-AACAA-CGAA----AAAATA----TC-A--T--TATCA-T-TTGAATG-C--TTGACTTCCTA--TTC-TCTT-AAAAT--ATT-CT-C-AATC------AA-G-TGCACG---C--TT-----------TGACTAAA-AAAC--TCAATCG---CTC-AGGATT--G-TG-TACTTCAT--TT-TTTAAAAAAAC-CAGA-G-G-A-------AAA-A--GAATATA-TTTTT--AA---A----TTTTTAAAGCC-AAG--AAA-A-A-A----TT-GAAGAAAaaaatcattttaacattttgtggaaaatatttatttcagaaaaagctaagcctgtcggacttttttctttgaaaaacgccaagtccggcgtacaatttttgaagccccgggcgtaaggaattt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GAGGAAAATATCATTTTACATTTAAATGGAAAATATTTAGTTTCAGAAAAAGCCTAAGCCTGTCGGACTTTTTCTTTGAAAAACGGCAAGTCTGAGGGTACAATTTTTAGGACCCTGGCCGTCGGGTCTTATGGATCTTCACGC
Unaligned ( gi|24 ): GCACAACATCAGAATAAATGTTCATTCAGGAAGAACAGATTCGT
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111111 11111111 11111111 1111 1111 333333333333333 11111 1111111 11 1111111 111 11111 1111111 3333333333333333 555555555555 1111 222222 333333333333 111 11 2222222222 1 5555555555555555555555555555555555555555 11111 1 111111111 111 1111 22222222222222 111111 111 22222222 111111 77777777777777777777777777777777 111111 11111111111 33333 11 1111
lowQualScore : 4 8888888 3 333333333 3 3 44 555 3 44 3 9999 11111111 3 777 3 555 3 3 55555555 6666 3 2 44 4444 3 9999 5 4 666666666666666 0 88888 777 4 99 4 777 4 4444444 1 66 3333333 666 8888 4 8 00000 4 3333333 0000000000000000 4 222222222222 4 4 2222 1 55 4 4 111111 777 1 4 666666666666 55 7777 55 4 111 8888 11 4 8 4 4 4 4444444444 55 5 4 7777777777777777777777777777777777777777 2 4 33333 4 4 777 55 8888 8 4 8 1 0 2 3 666666666 4 777 0 444 99999 7777 4 55 3 7777 4 0 7777 3 55 444 8 4 33333333333333 1 4 111111 1 222 0 8 4 55 4 999 777 4 99 4 4 88888888 3 3 666 99999 55 3 3 000000 88888888888888888888888888888888 3 55 0 3 3 3 3 7777 7777 3 55 88 8 4 4 55 4 55 4 4 4 4 4 4 111111 4 44 4 777 55 99999999999 4 11111 777 8 55 3 3 55 3 7777 3 3 555 3 77 55 3 55 7777 3 55 666 3 1 55 3 3 4 0000
lowQualScore : . ....... . ......... . . .. ... . .. . .... ........ . ... . ... . . ........ .... . . .. .... . .... . . ............... . ..... ... . .. . ... . ....... . .. ....... ... .... . . ..... . ....... ................ . ............ . . .... . .. . . ...... ... . . ............ .. .... .. . ... .... .. . . . . . .......... .. . . ........................................ . . ..... . . ... .. .... . . . . . . . ......... . ... . ... ..... .... . .. . .... . . .... . .. ... . . .............. . . ...... . ... . . . .. . ... ... . .. . . ........ . . ... ..... .. . . ...... ................................ . .. . . . . . .... .... . .. .. . . . .. . .. . . . . . . ...... . .. . ... .. ........... . ..... ... . .. . . .. . .... . . ... . .. .. . .. .... . .. ... . . .. . . . ....
lowQualScore : 0 2222222 3 333333333 3 1 22 444 1 22 1 6666 22222222 1 777 1 444 1 1 44444444 5555 5 8 22 1111 6 6666 7 0 444444444444444 7 55555 000 0 55 0 888 4 4444444 9 11 0000000 555 5555 0 0 22222 0 0000000 0000000000000000 0 222222222222 0 9 5555 4 55 0 0 222222 000 4 0 555555555555 55 5555 55 0 000 5555 00 0 0 0 0 0 1111111111 55 5 0 8888888888888888888888888888888888888888 8 0 33333 0 0 000 55 5555 0 0 0 6 8 3 2 000000000 0 000 5 999 11111 7777 0 55 3 0000 0 6 7777 4 00 444 0 0 55555555555555 3 0 555555 0 555 8 0 0 55 0 666 000 0 66 0 0 99999999 6 6 444 11111 00 6 6 555555 22222222222222222222222222222222 6 00 4 6 6 6 6 7777 7777 6 00 66 0 0 0 55 0 55 0 0 0 0 0 0 555555 0 55 0 000 55 00000000000 0 55555 000 0 00 6 6 00 6 7777 6 3 666 3 99 99 6 00 7777 6 00 444 6 0 00 6 6 4 6666
consensus : GGTTG-AA-A---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTTGT-AAAGT----------A-TT-ACAAAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AGT--------A-------CATCAC-ATT--GAA-T--A-G-CNTT----CTCGCC--A-TATTC-TAC-C-A--AGGAAA---TTCATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-GT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGG--------------GGG-----------GTGGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGATGGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TA----ACC-CGAATAATCCA----GTCGT--T-A-TATTC-G-CC--------------CAC-T------ANCGA---TCG-C-TC--ATAA-GTCGT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAG----------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACTC-ATCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTNAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
Reference ( family-1100 ) : GGTTG-AA-A---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTTGT-AAAGT----------A-TT-ACAAAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AGT--------A-------CATCAC-ATT--GAA-T--A-G-CNTT----CTCGCC--A-TATTC-TAC-C-A--AGGAAA---TTCATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-GT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGG--------------GGG-----------GTGGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGATGGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TA----ACC-CGAATAATCCA----GTCGT--T-A-TATTC-G-CT--------------CAC-T------ANCGA---TCG-C-TC--ATAA-GTCGT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAG----------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACTC-ATCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTNAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
gi|1 : GTTG-AA-AACGT-TTT-TATTTAAAAATG-AA-GCAGA--CTCTATAA-GCCC--T-TT---GGCTTT--------TCTTCAG--TTTT-TA----TCC-T-A--------AGC----CCGAAAA-TAT--TTTGCCAAGGGGTT-CCAAGTCTTTTGT-TAAGTC---------A-TA-ACATAA------C---AAAA-TGCTG-G-TA---T-AG-------CCTTATTT-GAGGAATTAGTATTA---AC----CT-CTGCATCA-G-C-GTATTT-GCAGTTAGTAGT--------A-------CAGCAC-AT-------T--A-G-CTTTTCCACTCACT--A-CTCTC-TACAC-AGCGGGAAATTTTTCCTTAGCAT-CAGA-----------------AAAAA-A--TTACTAGT-GTTTCCC----A--TATTATC-C-CTTT-C-ATCCCACCT---TTCTAAAAAC-T-TTCTTCAAA--------GGGGTGGTGGCAA-----GGGGAGGTGGGGTTGTGGGGGTTAG-----TTCTTGC-TCTAAACTTT---T--CTGTTTTA----GAA-CTTG--CGTCATCTTGATGGGACC---------GCTTTCTGTTT-TC---GTGTAG-TTATAAGAAATGGTT----ATGGTT--TACGTATTAACTCACC-CTA--AATCCAGGTTGTTGT--T-A-T-TCC-G-CT--------------CACTT------ATCGA---TCG-CTTC--ATAA-GTCG---AG---AGAA-CTGG-A-GAGG-------CGGTG-GGC---TTCCCTCTAATTAAA-TATCG------AGTTAGATTTT-----A------------GTAAAGGTTGACAATTT-GCCTTTGGATTCGC-AAGA-CAAGCGAAATTCAAATTAATCTTT-A--A--TAGCA-TGTGAGATG-CAATT--TCTCC-GGTTTCGTGTT-GATATG-ATT-CTCC-AATC------AT-A-AACA-GGTTC--TTGCTCTAAGTCGCGACTAAA-A----ACCAACCTTGCCTC-AAGGAT--GCTG-TATTTCAA--TTGCT----AAAAA-TA-A-C-CAAG--TT--GAA-A--T----TATTTTTT--AG---ATA-TTTTTTAAAGCCAAAG--AAA-T-A-AGATTTTGTGAGAG
gi|10 : gtaGTTG-AA-A---T-TTTTT---------TG-AA-GCAAA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAAATAT--TTTGTCAAG----T-CCAAG----TTGT-AAAGT----------A-T----AAAATATAGTC---AAAA-TGCT--GTTA---T-GG-------CTCTATTT-GAGGAG-------TATATAC----CT-CT-CATCA-AGCAGTATTT-TC-------AGTAGTATGTAA-------CATCAC-AT-------T--A-GCCTTT----CTCGTC--A-TATTC-TACAC-A--GGGGAA---TTCGTCAATCC-AAGAC---GAAGTAACGATAAAAAAA-A--TTCT--GT-GT---CC----AGGT-TTTTCGC-CTTTCC-ATAAGA--A---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA----------GG--------------GGG-----------GTGGGGG-TAG----TTTCTTGC-TCTATAC-TT---T--CTGTTTTA----G-A-CTTGTCCGCCATA-TAATGGGCCC---------ACTTTCCGTTT-TT---GCATAG--TATAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-gatatataatactcattttaacgttattctgtatggaaataattatttatttcagaaaaaactaagccgcgctacggggaacttttttctttgaacaaaacgttgcccatagtccgatgagcttccacagagtttctgtagtccgcggg
gi|11 : gatTTG-AACA---T-TTT-T---------GT-AA-GCAAA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCT-T-ATA------AGC----CCGAGAAATAT--CTTGCCAAG----T-CCAAG---TT-GT-AAAGT----------A-A--ACATAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AGAATATAGGCCTATTTGAAGGAG-------TATA-ACATCTCT-CT-CATCA-G-CAGTATTT-GC-------AGT--------A-------------------GA-------G-CTTT----CTCGTC--A-TATTC-T---------------------TCAATCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-A--TTCT--GT-GT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAAAC-T-TTCTTCAAA--------GGGG--------------TGA-----------AAGGG-T-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTTTTA----G-A-CTCGT-CATCATTTTG-TTGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTA----GTAAAA-----TT----ATGG-TTATAAGTA-TA----ACC-CAAATAATCCA----GTTGT--
gi|12 : GTTAGTA--------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AA-TTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACA-T--TTGACTTCT-G--TTC-TGTT-AAAGCG-ATT-CT-C-AATCTGAGTGAA-G-TGCA-G---C--TT-----------TGACTAAG-AC----TCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAATA--G----TA-TTCAT--AG---ATA-TTTTTAAAAGCTAAAG--AAA-A-AGA----TTGGAAGAGA
gi|13 : -------TA---AC----CTTCT-CAT-A-T-CAGTATTTAGC-------AGT--------ATTGGTA-CATCAC-ATT---------A-G-C-TT----CTCGTC--A-TATTCATAC------AGGAAA---TTGTTCAATCCAAAAA----G-------GAT--AAAAA-A---TCT--GT-GTC--CC----A--C-TTTTC-C-CTT-----C---A--T---TTC--AAAAC---TTCTTCAAA---------------------------GG-----------GTGGGAG-TAG-----TTCTTGCTTCTAAAC-T--------TGTTTAG----A-A-CTCGT-CGTCATCTT-AT-GGGCC---------GGTTTCCG-TT-TC---GCGTA----GTAAAA-----TT----ATaaaataatttttaacattttatcatttttatggaaaatattcatttcagaaaaagccctccaaaaataaatcccacttcgttgaaatttgaaa
gi|14 : atttaacaagaaaaataagatttttaccgtaatA-A-G-C-AGAGTT--AAA-A--G----AA-TTTAT--AG---ATA-TTTCTAAAAGCCCAAG---AG-A-G-A----TTGGAGAAGA
gi|15 : GTA-T------CC-CGAATAA-GCA----GTTGTTGT-A-TATTC-G-CCTCTATTAGATTGCACAT-T------AAC-ATT-TCGCC-TC--ACAG-GTTGG--AG---GAAATCGGG-A-GACGG----A--GA-GAGGC---TT-----GAATT--ATT-TTG------AATT-G----------A------------G--------aaaatcattttttacaactttatgcaaatttacattcatgaaaaagctaagccatcggactttttctttaaaaaacggcccagtccgatggtataattttttaagtccctcggggcgtca
gi|16 : -TTT-T---------TGTAA-GCAAAATCC---TAAAGCCC--T-G----GGCTGTATACCTACTTCT-AGGGTTTTATAAACATCT-T-ATATTGAAAAGCTGCGCGGAGAAATATCTTTTGCCAAG----T-CCAAG----TTGTAAAAGTAAACACCTTCA-TC-ATAACA-----CCTGAAAAA-TGCT--G-ttatggtactttaagcatttttgtgcgactctga
gi|18 : GGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAA-TA-A-T-C-AG--TTG-AAA-A--G----TA-GTTAT--AG---ATA-TTTTTTATAGCCAAAG--AAA-A-
gi|19 : atGGTTG-AACA---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--TC---TAA-GCCC--T-GCATGGGCTTT--------TTCT-AG--T---------------------------C----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTcgatcgccgcagagttggcgaaagagctaaaaaatc
gi|2 : aggGGTTG-AA-AA--T-TTT-T---------TG-AAAGCAGA--CC---TAA-GCCCCCT-G----GGCTTT--------TTCT-AT--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACT-T--TTTGCCAAG----T-CCAAG----TTGT-AAAGT----------ATTT-ACAAAA-----CC---AAAA--GCT--G-TA---TAAG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AAT--------A-------CATCAT-ATT--GAA-TAGA-G-CATT----CT-GCC--A-TATTC-TAC-C-C--AAGGAA---TTTATCAACC---AGA------------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-AT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-ATC--A--T---TTC--AAATC-T-TTCTTCAAAAGGGGGGGGGGG--------------GGG-----------GGGGAAG-TAGTGTATTTCTTGC-TC-AAAC-TT---TTCTTGTCTCA----GAA-CTTGT-CGTCATCTTGAGATGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---ATGTAAGTTGTAAAA-----TT----ATGG-T--CAAGTA-TANNNNNNN-NNNNNNNNNNN----NNNNN--N-N-NNNNN-N-NN--------------NNN-N------NNNNN---NNN-N-TC--ATAA-GTCATTAAG---AGAA-CACG-A-GATGATTCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTT------------A------------A--------GACATTTT-GC--TTGACTTTGTCAA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TCAA--TTATATCA-T-TCTGACA-C--TTGACTCTC-G--TTC-TGTTAAAAACG-ATT-CT-CAAATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACCG-ATCAATCT---ATCAAAGGAT--G-TGATATTTCAG--CT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TTA-AAA-A--G----TA-ATTAT--AG---ATA--TTTTAAAAGCCAAAGAAAAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
gi|20 : aggATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAGGTTGGTA---A------------G--------GACATTTT-GG--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATGA----TC-A--T--aaacatcattttaacattttatggaaatattatttcagaaagagctaaaacccgtcagacttttttctttgaaaaacggcaagttcgaggtaacaattaaaagttttccgggaacccctggtaaaatt
gi|21 : TCCA----GTCGT--T-A-TATTC-CTCC--------------CAC-T-------CCGA---TCA-C-T-----------GG--AG---AAAA-T-CG-AAGTTGA----AT--A-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTT
gi|22 : ---T-TTT-T---------TT-AA-GCAAA--CC---TAA-GTCC--T-G----ACCTTT--------TTCT-AG--TGTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCAAGAAATAT--TTTGC
gi|23 : gtgattGGTTGGAA-A---T-TTT-T---------T-----------------TAA--CCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-A---TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTTT--TTT
gi|3 : aggGGTTG-AA-AA--TATTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TA--GCCC--T-G----GGC-TT--------TTCT-AT--TTTA-TAA---TCC-TCA--------AGC----CCGAAAACTTT--TTCGCCAAG----TCCCAAG----TTGT-AAAGT----------A-AA-ACAAAA-----CC----AAA-TGCTACG-TATATT-AG-------GCCTA-TTCCAGGAA-------TA---AC----CT-CTACATCG-A--AATATTT-GC-------AAT--------A-------ACTCAT-ATTTGAAA-TAAA-G-CATT----TCTG-C--A-TA-TC-ACC-C-A--AGGAAA---TTCATCAA-CC-AAGA----GA------GAT--AAAGATG--TTCC--GTAAT---CC----A--C-TTTTC-CTCTTT-C-AT---A--TG--TTC--AAATCTTCTTCATCAA------------G--------------GGG-----------GTGGGAG-TAGT---TTTCTTGC-TCTAAAC--T---T--CTGTC-CA----G-ACCTTGT-C--CATCTAGATAGGACCGGGGCGGGGGCTTTCCGTTTGTCAATGGGTAA-TTGTAAAA-----TTAGTGATGG-G--CAA-TA-AA----ACCACGAATAAT-CA----GTCGT--TCATTATCC-G-CT--------------CAC-T------AACGA---TGG-C-TC--ATAA-GTTAT--AG---AGAA-CACGCA-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAGTAAT------A------------GTA------GACATTTTGGC--TTGACTT--T-TA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--TA-TATCATT-TCTGACGCC--TTGACTTCT-G--TT----TT-TAAACG-ATTCCT-C-AATC------AA-GTCGCA-G---CGTTC-----------CGACAAAGAACT---TCAAT-T---ATCAAAGGAT--G-TG-TATTTCAAGTTT-CT-----AAAC-TA-A-GCC-AG--TT--AAA-AAGA----TA-TTAATTGAGCATATG-TGTTTAAAAG-CAAAG--AAA-A-
gi|4 : agg-GCAAA--CC---TAA-GCCC--TTG----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCCGT-A--------AGC----CCGAAAAATAT--TTTGTCAAGATC-C-CCAAG---TT-GT-AAAGT----------A-GT-AAAATATAGT-CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AT-------GGCTATTT--GAAAG-------TAT--AC----CT-CT-CATCATA-GCGTATTT-TC-------AGT--------AGTTGTAACATCAC-ATT---------A-G-CCTTT---CTCGTC--A-TATTC-TACAC-A--GGGGAA---T-CATCAATCC-AAGACGAAGAAC----GAT--AAAAA-AAATTCT--GT-GT---CC----AGGT-TTTTCGC-CTTT-CCAT---A--AGAATTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGG--------------GG-------------TGGGGG-TAG----TTTCTTGC-TCTATAC-TT---T--CTGTTTTA----G-A-CTTGTCCGCCATA-TAATGGGCCC---------ACTTTCCGTTT-TT---GCATAG--TATAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-Ttt
gi|4 : ttg----------A------------G--------GACATATT-GC--TTGACTTCAC-AA-A-CAA-TGAA----AAATAT----TC-A--T--TATCACT-TCTGATG-C--TTCAATTCA-G--TTC-AGTT-AAAATGAATT-CT-C-AATC------AAGG-TGCA-G---C--TT-----------CGACTAAA-ACTC-A--AATCG---CTC-ATGGATGAG-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAATATA-ATA-C-AG--TTGAAAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATATTTTTTTATAGCCAAAG--AAA-A-A-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttaagtaaggacatattgcttgacttcacaaacaatgaaaaatattcattatcacttctgatgcttcaattcagttcagttaaaatgaattctcaatcaaggtgcagcttcgactaaaactcaaatcgctcatggatgagtgtatttcagttctaaaatataatacagttgaaaaagtatttatagatatttttttatagccaaagaaaaacg
gi|5 : ttggcaaacctaagcccttgggctttttctagtttttaatccgtaagcccgaaaaatattttgtcaagatccccaagttgtaaagtagtaaaatatagtccaaaatgctgtatatggctatttgaaagtatacctctcatcatagcgtattttcagtagttgtaacatcacattagcctttctcgtcatattctacacaggggaatcatcaatccaagacgaagaacgataaaaaaaattctgtgtccaggtttttcgcctttccataagaattcaaatcttttcttcaaaggggggtgggggtagtttcttgctctatactttctgttttagacttgtccgccatataatgggcccactttccgtttttgcatagtataaaattatggttaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttaagtaGGTTG-AA-A---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-A---TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTTT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTTGT-AAAGT----------A-TTTACAAAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AAT--------A-------CATCATTATT--GAAAT--AAG-CATT----CTCGCC--A-TATTC-TAC-C-A--AGGAAA---TTTATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-AT---CC----A--C-TTTTC-C----T-C-AT---C--T---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGGGGGGGGGGGAGGGGGGG-----------GGGGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGAT--GGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---ATGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--CAAGTA-TA----ACC-CGAATAATCCA----GTCGT--T-C-TAGTC-G-CT--------------CAC-T------AACGA---TGG-C-TC--ATAA-GTCAT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATTGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTA-----------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACA-C--TTGACTTCT-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AAC--------A-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACTCGATCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--CT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTAAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGAcg
gi|6 : GGTTG-AA-A---AATTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AT--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACCTT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TT-GT-AAAGT----------A-T--AAACAA-----CC---AAAAATGCT--G-TA---T-A-----------TA-------GAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AAT--------A-------CATCAT-ATT--GAAAT--AAG-CATT----CTTGCC--AATAT-C-TAC-CCA--AGGAAA---TTCATCAACCC-AAAA----G-------GAT--AAAAT-G--TTCC--GT-AT---TC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAATCTT-T-CTTCAAA--------GGGG--------------GG-------------TTGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-C---ATCTAGATAGG-CC---------GCTTTCCGTTT-TC---ATGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--CAAGTA-TN----NNN-NNNNNNNNNNN----NNNNN--N-N-NNNNN-N-NN--------------NNN-N------NNNNN---NNGAC-TC--ATAA-GTCAT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAGGTTAATAGTAA------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTAACG-C--TTGACTTCT-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACAAAG-AT----TCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TTA-AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTAAAAG-CAAAG--AAAGA-G-A----TTGGAAGAG
gi|7 : ggGGTTG-AACG---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--TC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG---TTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCAAAG----T-CAAAG----TTGT-AAAGT----------A--T-ATTAAA-----C---------------A-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA------------GC-------AGT--------A-------CATCAC-AT-------T--A-G-CATT----CTCGCCTAA-TATTC-TAC-CTA--AGGAAA---TTCATCAACTC-AAGA----G-------GAT--AAAAT-G--TTCT--GT-GT---CCATATA--C-TTTTC-C-CTTT-C-GT---A--T---TTC--AAATC-T-TTCTTCAAA----------GG--------------GAA-----------GT----A-TAG----TTTTTTGC-TCTACAT-TTAAAT--CTGTCTCAGATCG-A-CTTGT-TGTCATCTTGAT-GGGCC---------GCGTTCCGTTT-TT---ATGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TN----NNN-NNNNNNNNNNN----NNNNN--N-N-NNNNN-N-NN--------------NNN-N------NNNNN---NNN-N-NN--NNNN-NNNNN--NN---NNNN-NNNN-N-NNNNN-NNNNNNNN-N-NNN---NN-----NNNNN--N-N-NNNNNNNGAAGTGAGTA--------A------------G--------GACATGTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-TGAA----AAATGA----TC-ATTT--TATCA-T-TCTGACG-T--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAGCC-ATT-CT-C-AATC------AA-G-TGCG-G---C--TT-----------TGACT--G-AC----TCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-T-A-C-AG--T
gi|8 : aggGTAAAA-----AT----ATGG-G--TAAATA-TA----TCC-CATATAATCCA----GTTGT--T-A-TATTCCG-CT--------------CCC-T------ACCGA---TGG-C-TC--ATAA-GTCAT--AAGAAAGAA-CTGG-A-GACG--------GA-G-GGCAGCTT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAG----------GTTAAGTAACCTTG--------GACATTTT-GC--TTGACTTCG-------------AA----AAAAGA----TC-A--T--TATCA-T-TGAGATG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTG-AAAATG-TTT-CT-C-AATT------AA-G-TGCA-G---C--TT-----------CGACTAAA-ACTC-A----------AT-----GAT--G-TG-TATTTCAG--TT-TT----AAAGA-TA-A-C-C-AGA-TG--AAA-A--G----TG-TTTTT--AG---ATA-TTTTTTAAAGCCAACA--AAA-ATG-A----TTGGAAGAGAccc
gi|9 : -TA----ACC-CAAATAATCCA----GT--T--T-A-TATTCCG-CC--------------C-C-TTTTTTTATCGAATCTCG-C-TCTCATAATGTCGG--AG---AGAA-C--------TGA-AC-------G-GAC---T------GAATT--A-T-TCG------ATTTAGGTTAATA---A------------G--------GAC-TTTT-GC--TTGACTTCGC-AA-AACAA-CGAA----AAAATA----TC-A--T--TATCA-T-TTGAATG-C--TTGACTTCCTA--TTC-TCTT-AAAAT--ATT-CT-C-AATC------AA-G-TGCACG---C--TT-----------TGACTAAA-AAAC--TCAATCG---CTC-AGGATT--G-TG-TACTTCAT--TT-TTTAAAAAAAC-CAGA-G-G-A-------AAA-A--GAATATA-TTTTT--AA---A----TTTTTAAAGCC-AAG--AAA-A-A-A----TT-GAAGAAAaaaatcattttaacattttgtggaaaatatttatttcagaaaaagctaagcctgtcggacttttttctttgaaaaacgccaagtccggcgtacaatttttgaagccccgggcgtaaggaattt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GAGGAAAATATCATTTTACATTTAAATGGAAAATATTTAGTTTCAGAAAAAGCCTAAGCCTGTCGGACTTTTTCTTTGAAAAACGGCAAGTCTGAGGGTACAATTTTTAGGACCCTGGCCGTCGGGTCTTATGGATCTTCACGC
Unaligned ( gi|24 ): GCACAACATCAGAATAAATGTTCATTCAGGAAGAACAGATTCGT
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111111 11111111 11111111 1111 1111 333333333333333 11111 1111111 11 1111111 111 11111 1111111 3333333333333333 555555555555 1111 222222 333333333333 111 11 2222222222 1 5555555555555555555555555555555555555555 11111 1 111111111 111 1111 2222222222222222222 111111 111 22222222 111111 77777777777777777777777777777777 111111 11111111111 33333 11 1111
lowQualScore : 4 8888888 3 333333333 3 3 44 555 3 44 3 9999 11111111 3 777 3 555 3 3 55555555 6666 3 2 44 4444 3 9999 5 4 666666666666666 0 88888 777 4 99 4 777 4 4444444 1 66 3333333 666 8888 4 8 00000 4 3333333 0000000000000000 4 222222222222 4 4 2222 1 55 4 4 111111 777 1 4 666666666666 55 7777 55 4 111 8888 11 4 8 4 4 4 4444444444 55 5 4 7777777777777777777777777777777777777777 2 4 33333 4 4 777 55 8888 8 4 8 1 0 2 3 666666666 4 777 0 444 99999 7777 4 55 3 7777 4 0 7777 3 9999 4444444444444444444 1 4 111111 1 222 0 8 4 55 4 999 777 4 99 4 4 88888888 3 3 666 99999 55 3 3 000000 88888888888888888888888888888888 3 55 0 3 3 3 3 7777 7777 3 55 88 8 4 4 55 4 55 4 4 4 4 4 4 111111 4 44 4 777 55 99999999999 4 11111 777 8 55 3 3 55 3 7777 3 3 555 3 77 55 3 55 7777 3 55 666 3 1 55 3 3 4 0000
lowQualScore : . ....... . ......... . . .. ... . .. . .... ........ . ... . ... . . ........ .... . . .. .... . .... . . ............... . ..... ... . .. . ... . ....... . .. ....... ... .... . . ..... . ....... ................ . ............ . . .... . .. . . ...... ... . . ............ .. .... .. . ... .... .. . . . . . .......... .. . . ........................................ . . ..... . . ... .. .... . . . . . . . ......... . ... . ... ..... .... . .. . .... . . .... . .... ................... . . ...... . ... . . . .. . ... ... . .. . . ........ . . ... ..... .. . . ...... ................................ . .. . . . . . .... .... . .. .. . . . .. . .. . . . . . . ...... . .. . ... .. ........... . ..... ... . .. . . .. . .... . . ... . .. .. . .. .... . .. ... . . .. . . . ....
lowQualScore : 0 2222222 3 333333333 3 1 22 444 1 22 1 6666 22222222 1 777 1 444 1 1 44444444 5555 5 8 22 1111 6 6666 7 0 444444444444444 7 55555 000 0 55 0 888 4 4444444 9 11 0000000 555 5555 0 0 22222 0 0000000 0000000000000000 0 222222222222 0 9 5555 4 55 0 0 222222 000 4 0 555555555555 55 5555 55 0 000 5555 00 0 0 0 0 0 1111111111 55 5 0 8888888888888888888888888888888888888888 8 0 33333 0 0 000 55 5555 0 0 0 6 8 3 2 000000000 0 000 5 999 11111 7777 0 55 3 0000 0 6 7777 4 9999 3333333333333333333 3 0 555555 0 555 8 0 0 55 0 666 000 0 66 0 0 99999999 6 6 444 11111 00 6 6 555555 22222222222222222222222222222222 6 00 4 6 6 6 6 7777 7777 6 00 66 0 0 0 55 0 55 0 0 0 0 0 0 555555 0 55 0 000 55 00000000000 0 55555 000 0 00 6 6 00 6 7777 6 3 666 3 99 99 6 00 7777 6 00 444 6 0 00 6 6 4 6666
consensus : GGTTG-AA-A---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTTGT-AAAGT----------A-TT-ACAAAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AGT--------A-------CATCAC-ATT--GAA-T--A-G-CNTT----CTCGCC--A-TATTC-TAC-C-A--AGGAAA---TTCATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-GT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGG--------------GGG-----------GTGGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGATGGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TA----ACC-CGAATAATCCA----GTCGTT--A-TATTC-G-CC--------------CAC-T------ANCGA---TCG-C-TC--ATAA-GTCGT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAG----------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACTC-ATCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTNAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
Reference ( family-1100 ) : GGTTG-AA-A---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTTGT-AAAGT----------A-TT-ACAAAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AGT--------A-------CATCAC-ATT--GAA-T--A-G-CNTT----CTCGCC--A-TATTC-TAC-C-A--AGGAAA---TTCATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-GT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGG--------------GGG-----------GTGGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGATGGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TA----ACC-CGAATAATCCA----GTCGTT--A-TATTC-G-CC--------------CAC-T------ANCGA---TCG-C-TC--ATAA-GTCGT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAG----------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACTC-ATCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTNAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
gi|1 : GTTG-AA-AACGT-TTT-TATTTAAAAATG-AA-GCAGA--CTCTATAA-GCCC--T-TT---GGCTTT--------TCTTCAG--TTTT-TA----TCC-T-A--------AGC----CCGAAAA-TAT--TTTGCCAAGGGGTT-CCAAGTCTTTTGT-TAAGTC---------A-TA-ACATAA------C---AAAA-TGCTG-G-TA---T-AG-------CCTTATTT-GAGGAATTAGTATTA---AC----CT-CTGCATCA-G-C-GTATTT-GCAGTTAGTAGT--------A-------CAGCAC-AT-------T--A-G-CTTTTCCACTCACT--A-CTCTC-TACAC-AGCGGGAAATTTTTCCTTAGCAT-CAGA-----------------AAAAA-A--TTACTAGT-GTTTCCC----A--TATTATC-C-CTTT-C-ATCCCACCT---TTCTAAAAAC-T-TTCTTCAAA--------GGGGTGGTGGCAA-----GGGGAGGTGGGGTTGTGGGGGTTAG-----TTCTTGC-TCTAAACTTT---T--CTGTTTTA----GAA-CTTG--CGTCATCTTGATGGGACC---------GCTTTCTGTTT-TC---GTGTAG-TTATAAGAAATGGTT----ATGGTT--TACGTATTAACTCACC-CTA--AATCCAGGTTGTTGTT--A-T-TCC-G-CT--------------CACTT------ATCGA---TCG-CTTC--ATAA-GTCG---AG---AGAA-CTGG-A-GAGG-------CGGTG-GGC---TTCCCTCTAATTAAA-TATCG------AGTTAGATTTT-----A------------GTAAAGGTTGACAATTT-GCCTTTGGATTCGC-AAGA-CAAGCGAAATTCAAATTAATCTTT-A--A--TAGCA-TGTGAGATG-CAATT--TCTCC-GGTTTCGTGTT-GATATG-ATT-CTCC-AATC------AT-A-AACA-GGTTC--TTGCTCTAAGTCGCGACTAAA-A----ACCAACCTTGCCTC-AAGGAT--GCTG-TATTTCAA--TTGCT----AAAAA-TA-A-C-CAAG--TT--GAA-A--T----TATTTTTT--AG---ATA-TTTTTTAAAGCCAAAG--AAA-T-A-AGATTTTGTGAGAG
gi|10 : gtaGTTG-AA-A---T-TTTTT---------TG-AA-GCAAA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAAATAT--TTTGTCAAG----T-CCAAG----TTGT-AAAGT----------A-T----AAAATATAGTC---AAAA-TGCT--GTTA---T-GG-------CTCTATTT-GAGGAG-------TATATAC----CT-CT-CATCA-AGCAGTATTT-TC-------AGTAGTATGTAA-------CATCAC-AT-------T--A-GCCTTT----CTCGTC--A-TATTC-TACAC-A--GGGGAA---TTCGTCAATCC-AAGAC---GAAGTAACGATAAAAAAA-A--TTCT--GT-GT---CC----AGGT-TTTTCGC-CTTTCC-ATAAGA--A---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA----------GG--------------GGG-----------GTGGGGG-TAG----TTTCTTGC-TCTATAC-TT---T--CTGTTTTA----G-A-CTTGTCCGCCATA-TAATGGGCCC---------ACTTTCCGTTT-TT---GCATAG--TATAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-gatatataatactcattttaacgttattctgtatggaaataattatttatttcagaaaaaactaagccgcgctacggggaacttttttctttgaacaaaacgttgcccatagtccgatgagcttccacagagtttctgtagtccgcggg
gi|11 : gatTTG-AACA---T-TTT-T---------GT-AA-GCAAA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCT-T-ATA------AGC----CCGAGAAATAT--CTTGCCAAG----T-CCAAG---TT-GT-AAAGT----------A-A--ACATAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AGAATATAGGCCTATTTGAAGGAG-------TATA-ACATCTCT-CT-CATCA-G-CAGTATTT-GC-------AGT--------A-------------------GA-------G-CTTT----CTCGTC--A-TATTC-T---------------------TCAATCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-A--TTCT--GT-GT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAAAC-T-TTCTTCAAA--------GGGG--------------TGA-----------AAGGG-T-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTTTTA----G-A-CTCGT-CATCATTTTG-TTGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTA----GTAAAA-----TT----ATGG-TTATAAGTA-TA----ACC-CAAATAATCCA----GTTGT
gi|12 : GTTAGTA--------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AA-TTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACA-T--TTGACTTCT-G--TTC-TGTT-AAAGCG-ATT-CT-C-AATCTGAGTGAA-G-TGCA-G---C--TT-----------TGACTAAG-AC----TCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAATA--G----TA-TTCAT--AG---ATA-TTTTTAAAAGCTAAAG--AAA-A-AGA----TTGGAAGAGA
gi|13 : -------TA---AC----CTTCT-CAT-A-T-CAGTATTTAGC-------AGT--------ATTGGTA-CATCAC-ATT---------A-G-C-TT----CTCGTC--A-TATTCATAC------AGGAAA---TTGTTCAATCCAAAAA----G-------GAT--AAAAA-A---TCT--GT-GTC--CC----A--C-TTTTC-C-CTT-----C---A--T---TTC--AAAAC---TTCTTCAAA---------------------------GG-----------GTGGGAG-TAG-----TTCTTGCTTCTAAAC-T--------TGTTTAG----A-A-CTCGT-CGTCATCTT-AT-GGGCC---------GGTTTCCG-TT-TC---GCGTA----GTAAAA-----TT----ATaaaataatttttaacattttatcatttttatggaaaatattcatttcagaaaaagccctccaaaaataaatcccacttcgttgaaatttgaaa
gi|14 : atttaacaagaaaaataagatttttaccgtaatA-A-G-C-AGAGTT--AAA-A--G----AA-TTTAT--AG---ATA-TTTCTAAAAGCCCAAG---AG-A-G-A----TTGGAGAAGA
gi|15 : GTA-T------CC-CGAATAAGC-A----GTTGTTGTA-TATTC-G-CCTCTATTAGATTGCACAT-T------AAC-ATT-TCGCC-TC--ACAG-GTTGG--AG---GAAATCGGG-A-GACGG----A--GA-GAGGC---TT-----GAATT--ATT-TTG------AATT-G----------A------------G--------aaaatcattttttacaactttatgcaaatttacattcatgaaaaagctaagccatcggactttttctttaaaaaacggcccagtccgatggtataattttttaagtccctcggggcgtca
gi|16 : -TTT-T---------TGTAA-GCAAAATCC---TAAAGCCC--T-G----GGCTGTATACCTACTTCT-AGGGTTTTATAAACATCT-T-ATATTGAAAAGCTGCGCGGAGAAATATCTTTTGCCAAG----T-CCAAG----TTGTAAAAGTAAACACCTTCA-TC-ATAACA-----CCTGAAAAA-TGCT--G-ttatggtactttaagcatttttgtgcgactctga
gi|18 : GGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAA-TA-A-T-C-AG--TTG-AAA-A--G----TA-GTTAT--AG---ATA-TTTTTTATAGCCAAAG--AAA-A-
gi|19 : atGGTTG-AACA---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--TC---TAA-GCCC--T-GCATGGGCTTT--------TTCT-AG--T---------------------------C----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTcgatcgccgcagagttggcgaaagagctaaaaaatc
gi|2 : aggGGTTG-AA-AA--T-TTT-T---------TG-AAAGCAGA--CC---TAA-GCCCCCT-G----GGCTTT--------TTCT-AT--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACT-T--TTTGCCAAG----T-CCAAG----TTGT-AAAGT----------ATTT-ACAAAA-----CC---AAAA--GCT--G-TA---TAAG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AAT--------A-------CATCAT-ATT--GAA-TAGA-G-CATT----CT-GCC--A-TATTC-TAC-C-C--AAGGAA---TTTATCAACC---AGA------------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-AT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-ATC--A--T---TTC--AAATC-T-TTCTTCAAAAGGGGGGGGGGG--------------GGG-----------GGGGAAG-TAGTGTATTTCTTGC-TC-AAAC-TT---TTCTTGTCTCA----GAA-CTTGT-CGTCATCTTGAGATGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---ATGTAAGTTGTAAAA-----TT----ATGG-T--CAAGTA-TANNNNNNN-NNNNNNNNNNN----NNNNNN--N-NNNNN-N-NN--------------NNN-N------NNNNN---NNN-N-TC--ATAA-GTCATTAAG---AGAA-CACG-A-GATGATTCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTT------------A------------A--------GACATTTT-GC--TTGACTTTGTCAA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TCAA--TTATATCA-T-TCTGACA-C--TTGACTCTC-G--TTC-TGTTAAAAACG-ATT-CT-CAAATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACCG-ATCAATCT---ATCAAAGGAT--G-TGATATTTCAG--CT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TTA-AAA-A--G----TA-ATTAT--AG---ATA--TTTTAAAAGCCAAAGAAAAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
gi|20 : aggATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAGGTTGGTA---A------------G--------GACATTTT-GG--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATGA----TC-A--T--aaacatcattttaacattttatggaaatattatttcagaaagagctaaaacccgtcagacttttttctttgaaaaacggcaagttcgaggtaacaattaaaagttttccgggaacccctggtaaaatt
gi|21 : TCCA----GTCGTT--A-TATTC-CTCC--------------CAC-T-------CCGA---TCA-C-T-----------GG--AG---AAAA-T-CG-AAGTTGA----AT--A-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTT
gi|22 : ---T-TTT-T---------TT-AA-GCAAA--CC---TAA-GTCC--T-G----ACCTTT--------TTCT-AG--TGTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCAAGAAATAT--TTTGC
gi|23 : gtgattGGTTGGAA-A---T-TTT-T---------T-----------------TAA--CCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-A---TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTTT--TTT
gi|3 : aggGGTTG-AA-AA--TATTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TA--GCCC--T-G----GGC-TT--------TTCT-AT--TTTA-TAA---TCC-TCA--------AGC----CCGAAAACTTT--TTCGCCAAG----TCCCAAG----TTGT-AAAGT----------A-AA-ACAAAA-----CC----AAA-TGCTACG-TATATT-AG-------GCCTA-TTCCAGGAA-------TA---AC----CT-CTACATCG-A--AATATTT-GC-------AAT--------A-------ACTCAT-ATTTGAAA-TAAA-G-CATT----TCTG-C--A-TA-TC-ACC-C-A--AGGAAA---TTCATCAA-CC-AAGA----GA------GAT--AAAGATG--TTCC--GTAAT---CC----A--C-TTTTC-CTCTTT-C-AT---A--TG--TTC--AAATCTTCTTCATCAA------------G--------------GGG-----------GTGGGAG-TAGT---TTTCTTGC-TCTAAAC--T---T--CTGTC-CA----G-ACCTTGT-C--CATCTAGATAGGACCGGGGCGGGGGCTTTCCGTTTGTCAATGGGTAA-TTGTAAAA-----TTAGTGATGG-G--CAA-TA-AA----ACCACGAATAAT-CA----GTCGTTC-ATTATCC-G-CT--------------CAC-T------AACGA---TGG-C-TC--ATAA-GTTAT--AG---AGAA-CACGCA-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAGTAAT------A------------GTA------GACATTTTGGC--TTGACTT--T-TA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--TA-TATCATT-TCTGACGCC--TTGACTTCT-G--TT----TT-TAAACG-ATTCCT-C-AATC------AA-GTCGCA-G---CGTTC-----------CGACAAAGAACT---TCAAT-T---ATCAAAGGAT--G-TG-TATTTCAAGTTT-CT-----AAAC-TA-A-GCC-AG--TT--AAA-AAGA----TA-TTAATTGAGCATATG-TGTTTAAAAG-CAAAG--AAA-A-
gi|4 : agg-GCAAA--CC---TAA-GCCC--TTG----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCCGT-A--------AGC----CCGAAAAATAT--TTTGTCAAGATC-C-CCAAG---TT-GT-AAAGT----------A-GT-AAAATATAGT-CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AT-------GGCTATTT--GAAAG-------TAT--AC----CT-CT-CATCATA-GCGTATTT-TC-------AGT--------AGTTGTAACATCAC-ATT---------A-G-CCTTT---CTCGTC--A-TATTC-TACAC-A--GGGGAA---T-CATCAATCC-AAGACGAAGAAC----GAT--AAAAA-AAATTCT--GT-GT---CC----AGGT-TTTTCGC-CTTT-CCAT---A--AGAATTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGG--------------GG-------------TGGGGG-TAG----TTTCTTGC-TCTATAC-TT---T--CTGTTTTA----G-A-CTTGTCCGCCATA-TAATGGGCCC---------ACTTTCCGTTT-TT---GCATAG--TATAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-Ttt
gi|4 : ttg----------A------------G--------GACATATT-GC--TTGACTTCAC-AA-A-CAA-TGAA----AAATAT----TC-A--T--TATCACT-TCTGATG-C--TTCAATTCA-G--TTC-AGTT-AAAATGAATT-CT-C-AATC------AAGG-TGCA-G---C--TT-----------CGACTAAA-ACTC-A--AATCG---CTC-ATGGATGAG-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAATATA-ATA-C-AG--TTGAAAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATATTTTTTTATAGCCAAAG--AAA-A-A-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttaagtaaggacatattgcttgacttcacaaacaatgaaaaatattcattatcacttctgatgcttcaattcagttcagttaaaatgaattctcaatcaaggtgcagcttcgactaaaactcaaatcgctcatggatgagtgtatttcagttctaaaatataatacagttgaaaaagtatttatagatatttttttatagccaaagaaaaacg
gi|5 : ttggcaaacctaagcccttgggctttttctagtttttaatccgtaagcccgaaaaatattttgtcaagatccccaagttgtaaagtagtaaaatatagtccaaaatgctgtatatggctatttgaaagtatacctctcatcatagcgtattttcagtagttgtaacatcacattagcctttctcgtcatattctacacaggggaatcatcaatccaagacgaagaacgataaaaaaaattctgtgtccaggtttttcgcctttccataagaattcaaatcttttcttcaaaggggggtgggggtagtttcttgctctatactttctgttttagacttgtccgccatataatgggcccactttccgtttttgcatagtataaaattatggttaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttaagtaGGTTG-AA-A---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-A---TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTTT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTTGT-AAAGT----------A-TTTACAAAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AAT--------A-------CATCATTATT--GAAAT--AAG-CATT----CTCGCC--A-TATTC-TAC-C-A--AGGAAA---TTTATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-AT---CC----A--C-TTTTC-C----T-C-AT---C--T---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGGGGGGGGGGGAGGGGGGG-----------GGGGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGAT--GGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---ATGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--CAAGTA-TA----ACC-CGAATAATCCA----GTCGTT--C-TAGTC-G-CT--------------CAC-T------AACGA---TGG-C-TC--ATAA-GTCAT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATTGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTA-----------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACA-C--TTGACTTCT-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AAC--------A-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACTCGATCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--CT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTAAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGAcg
gi|6 : GGTTG-AA-A---AATTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AT--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACCTT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TT-GT-AAAGT----------A-T--AAACAA-----CC---AAAAATGCT--G-TA---T-A-----------TA-------GAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AAT--------A-------CATCAT-ATT--GAAAT--AAG-CATT----CTTGCC--AATAT-C-TAC-CCA--AGGAAA---TTCATCAACCC-AAAA----G-------GAT--AAAAT-G--TTCC--GT-AT---TC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAATCTT-T-CTTCAAA--------GGGG--------------GG-------------TTGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-C---ATCTAGATAGG-CC---------GCTTTCCGTTT-TC---ATGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--CAAGTA-TN----NNN-NNNNNNNNNNN----NNNNNN--N-NNNNN-N-NN--------------NNN-N------NNNNN---NNGAC-TC--ATAA-GTCAT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAGGTTAATAGTAA------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTAACG-C--TTGACTTCT-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACAAAG-AT----TCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TTA-AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTAAAAG-CAAAG--AAAGA-G-A----TTGGAAGAG
gi|7 : ggGGTTG-AACG---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--TC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG---TTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCAAAG----T-CAAAG----TTGT-AAAGT----------A--T-ATTAAA-----C---------------A-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA------------GC-------AGT--------A-------CATCAC-AT-------T--A-G-CATT----CTCGCCTAA-TATTC-TAC-CTA--AGGAAA---TTCATCAACTC-AAGA----G-------GAT--AAAAT-G--TTCT--GT-GT---CCATATA--C-TTTTC-C-CTTT-C-GT---A--T---TTC--AAATC-T-TTCTTCAAA----------GG--------------GAA-----------GT----A-TAG----TTTTTTGC-TCTACAT-TTAAAT--CTGTCTCAGATCG-A-CTTGT-TGTCATCTTGAT-GGGCC---------GCGTTCCGTTT-TT---ATGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TN----NNN-NNNNNNNNNNN----NNNNNN--N-NNNNN-N-NN--------------NNN-N------NNNNN---NNN-N-NN--NNNN-NNNNN--NN---NNNN-NNNN-N-NNNNN-NNNNNNNN-N-NNN---NN-----NNNNN--N-N-NNNNNNNGAAGTGAGTA--------A------------G--------GACATGTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-TGAA----AAATGA----TC-ATTT--TATCA-T-TCTGACG-T--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAGCC-ATT-CT-C-AATC------AA-G-TGCG-G---C--TT-----------TGACT--G-AC----TCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-T-A-C-AG--T
gi|8 : aggGTAAAA-----AT----ATGG-G--TAAATA-TA----TCC-CATATAATCCA----GTTGTT--A-TATTCCG-CT--------------CCC-T------ACCGA---TGG-C-TC--ATAA-GTCAT--AAGAAAGAA-CTGG-A-GACG--------GA-G-GGCAGCTT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAG----------GTTAAGTAACCTTG--------GACATTTT-GC--TTGACTTCG-------------AA----AAAAGA----TC-A--T--TATCA-T-TGAGATG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTG-AAAATG-TTT-CT-C-AATT------AA-G-TGCA-G---C--TT-----------CGACTAAA-ACTC-A----------AT-----GAT--G-TG-TATTTCAG--TT-TT----AAAGA-TA-A-C-C-AGA-TG--AAA-A--G----TG-TTTTT--AG---ATA-TTTTTTAAAGCCAACA--AAA-ATG-A----TTGGAAGAGAccc
gi|9 : -TA----ACC-CAAATAATCCA----GT--TT--A-TATTCCG-CC--------------C-C-TTTTTTTATCGAATCTCG-C-TCTCATAATGTCGG--AG---AGAA-C--------TGA-AC-------G-GAC---T------GAATT--A-T-TCG------ATTTAGGTTAATA---A------------G--------GAC-TTTT-GC--TTGACTTCGC-AA-AACAA-CGAA----AAAATA----TC-A--T--TATCA-T-TTGAATG-C--TTGACTTCCTA--TTC-TCTT-AAAAT--ATT-CT-C-AATC------AA-G-TGCACG---C--TT-----------TGACTAAA-AAAC--TCAATCG---CTC-AGGATT--G-TG-TACTTCAT--TT-TTTAAAAAAAC-CAGA-G-G-A-------AAA-A--GAATATA-TTTTT--AA---A----TTTTTAAAGCC-AAG--AAA-A-A-A----TT-GAAGAAAaaaatcattttaacattttgtggaaaatatttatttcagaaaaagctaagcctgtcggacttttttctttgaaaaacgccaagtccggcgtacaatttttgaagccccgggcgtaaggaattt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GAGGAAAATATCATTTTACATTTAAATGGAAAATATTTAGTTTCAGAAAAAGCCTAAGCCTGTCGGACTTTTTCTTTGAAAAACGGCAAGTCTGAGGGTACAATTTTTAGGACCCTGGCCGTCGGGTCTTATGGATCTTCACGC
Unaligned ( gi|24 ): GCACAACATCAGAATAAATGTTCATTCAGGAAGAACAGATTCGT
Alignments
lowQualScore : 1111111 111111111 11111111 11111111 1111 1111 333333333333333 11111 1111111 11 1111111 111 11111 1111111 3333333333333333 555555555555 1111 222222 333333333333 111 11 2222222222 1 5555555555555555555555555555555555555555 11111 1 111111111 111 1111 2222222222222222222 111111 111 22222222 111111 77777777777777777777777777777777 111111 11111111111 33333 11 1111
lowQualScore : 4 8888888 3 333333333 3 3 44 555 3 44 3 9999 11111111 3 777 3 555 3 3 55555555 6666 3 2 44 4444 3 9999 5 4 666666666666666 0 88888 777 4 99 4 777 4 4444444 1 66 3333333 666 8888 4 8 00000 4 3333333 0000000000000000 4 222222222222 4 4 2222 1 55 4 4 111111 777 1 4 666666666666 55 7777 55 4 111 8888 11 4 8 4 4 4 4444444444 55 5 4 7777777777777777777777777777777777777777 2 4 33333 4 4 777 55 8888 8 4 8 1 0 2 3 666666666 4 777 0 444 99999 7777 4 55 3 7777 4 0 7777 3 9999 4444444444444444444 1 4 111111 1 222 0 8 4 55 4 999 777 4 99 4 4 88888888 3 3 666 99999 55 3 3 000000 88888888888888888888888888888888 3 55 0 3 3 3 3 7777 7777 3 55 88 8 4 4 55 4 55 4 4 4 4 4 4 111111 4 44 4 777 55 99999999999 4 11111 777 8 55 3 3 55 3 7777 3 3 555 3 77 55 3 55 7777 3 55 666 3 1 55 3 3 4 0000
lowQualScore : . ....... . ......... . . .. ... . .. . .... ........ . ... . ... . . ........ .... . . .. .... . .... . . ............... . ..... ... . .. . ... . ....... . .. ....... ... .... . . ..... . ....... ................ . ............ . . .... . .. . . ...... ... . . ............ .. .... .. . ... .... .. . . . . . .......... .. . . ........................................ . . ..... . . ... .. .... . . . . . . . ......... . ... . ... ..... .... . .. . .... . . .... . .... ................... . . ...... . ... . . . .. . ... ... . .. . . ........ . . ... ..... .. . . ...... ................................ . .. . . . . . .... .... . .. .. . . . .. . .. . . . . . . ...... . .. . ... .. ........... . ..... ... . .. . . .. . .... . . ... . .. .. . .. .... . .. ... . . .. . . . ....
lowQualScore : 0 2222222 3 333333333 3 1 22 444 1 22 1 6666 22222222 1 777 1 444 1 1 44444444 5555 5 8 22 1111 6 6666 7 0 444444444444444 7 55555 000 0 55 0 888 4 4444444 9 11 0000000 555 5555 0 0 22222 0 0000000 0000000000000000 0 222222222222 0 9 5555 4 55 0 0 222222 000 4 0 555555555555 55 5555 55 0 000 5555 00 0 0 0 0 0 1111111111 55 5 0 8888888888888888888888888888888888888888 8 0 33333 0 0 000 55 5555 0 0 0 6 8 3 2 000000000 0 000 5 999 11111 7777 0 55 3 0000 0 6 7777 4 9999 3333333333333333333 3 0 555555 0 555 8 0 0 55 0 666 000 0 66 0 0 99999999 6 6 444 11111 00 6 6 555555 22222222222222222222222222222222 6 00 4 6 6 6 6 7777 7777 6 00 66 0 0 0 55 0 55 0 0 0 0 0 0 555555 0 55 0 000 55 00000000000 0 55555 000 0 00 6 6 00 6 7777 6 3 666 3 99 99 6 00 7777 6 00 444 6 0 00 6 6 4 6666
consensus : GGTTG-AA-A---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTTGT-AAAGT----------A-TT-ACAAAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AGT--------A-------CATCAC-ATT--GAA-T--A-G-CNTT----CTCGCC--A-TATTC-TAC-C-A--AGGAAA---TTCATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-GT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGG--------------GGG-----------GTGGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGATGGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TA----ACC-CGAATAATCCA----GTCGTT--A-TATTC-G-CC--------------CAC-T------ANCGA---TCG-C-TC--ATAA-GTCGT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAG----------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACTC-ATCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTNAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
Reference ( family-1100 ) : GGTTG-AA-A---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTTGT-AAAGT----------A-TT-ACAAAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AGT--------A-------CATCAC-ATT--GAA-T--A-G-CNTT----CTCGCC--A-TATTC-TAC-C-A--AGGAAA---TTCATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-GT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGG--------------GGG-----------GTGGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGATGGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TA----ACC-CGAATAATCCA----GTCGTT--A-TATTC-G-CC--------------CAC-T------ANCGA---TCG-C-TC--ATAA-GTCGT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAG----------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACTC-ATCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTNAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
gi|1 : GTTG-AA-AACGT-TTT-TATTTAAAAATG-AA-GCAGA--CTCTATAA-GCCC--T-TT---GGCTTT--------TCTTCAG--TTTT-TA----TCC-T-A--------AGC----CCGAAAA-TAT--TTTGCCAAGGGGTT-CCAAGTCTTTTGT-TAAGTC---------A-TA-ACATAA------C---AAAA-TGCTG-G-TA---T-AG-------CCTTATTT-GAGGAATTAGTATTA---AC----CT-CTGCATCA-G-C-GTATTT-GCAGTTAGTAGT--------A-------CAGCAC-AT-------T--A-G-CTTTTCCACTCACT--A-CTCTC-TACAC-AGCGGGAAATTTTTCCTTAGCAT-CAGA-----------------AAAAA-A--TTACTAGT-GTTTCCC----A--TATTATC-C-CTTT-C-ATCCCACCT---TTCTAAAAAC-T-TTCTTCAAA--------GGGGTGGTGGCAA-----GGGGAGGTGGGGTTGTGGGGGTTAG-----TTCTTGC-TCTAAACTTT---T--CTGTTTTA----GAA-CTTG--CGTCATCTTGATGGGACC---------GCTTTCTGTTT-TC---GTGTAG-TTATAAGAAATGGTT----ATGGTT--TACGTATTAACTCACC-CTA--AATCCAGGTTGTTGTT--A-T-TCC-G-CT--------------CACTT------ATCGA---TCG-CTTC--ATAA-GTCG---AG---AGAA-CTGG-A-GAGG-------CGGTG-GGC---TTCCCTCTAATTAAA-TATCG------AGTTAGATTTT-----A------------GTAAAGGTTGACAATTT-GCCTTTGGATTCGC-AAGA-CAAGCGAAATTCAAATTAATCTTT-A--A--TAGCA-TGTGAGATG-CAATT--TCTCC-GGTTTCGTGTT-GATATG-ATT-CTCC-AATC------AT-A-AACA-GGTTC--TTGCTCTAAGTCGCGACTAAA-A----ACCAACCTTGCCTC-AAGGAT--GCTG-TATTTCAA--TTGCT----AAAAA-TA-A-C-CAAG--TT--GAA-A--T----TATTTTTT--AG---ATA-TTTTTTAAAGCCAAAG--AAA-T-A-AGATTTTGTGAGAG
gi|10 : gtaGTTG-AA-A---T-TTTTT---------TG-AA-GCAAA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAAATAT--TTTGTCAAG----T-CCAAG----TTGT-AAAGT----------A-T----AAAATATAGTC---AAAA-TGCT--GTTA---T-GG-------CTCTATTT-GAGGAG-------TATATAC----CT-CT-CATCA-AGCAGTATTT-TC-------AGTAGTATGTAA-------CATCAC-AT-------T--A-GCCTTT----CTCGTC--A-TATTC-TACAC-A--GGGGAA---TTCGTCAATCC-AAGAC---GAAGTAACGATAAAAAAA-A--TTCT--GT-GT---CC----AGGT-TTTTCGC-CTTTCC-ATAAGA--A---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA----------GG--------------GGG-----------GTGGGGG-TAG----TTTCTTGC-TCTATAC-TT---T--CTGTTTTA----G-A-CTTGTCCGCCATA-TAATGGGCCC---------ACTTTCCGTTT-TT---GCATAG--TATAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-gatatataatactcattttaacgttattctgtatggaaataattatttatttcagaaaaaactaagccgcgctacggggaacttttttctttgaacaaaacgttgcccatagtccgatgagcttccacagagtttctgtagtccgcggg
gi|11 : gatTTG-AACA---T-TTT-T---------GT-AA-GCAAA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCT-T-ATA------AGC----CCGAGAAATAT--CTTGCCAAG----T-CCAAG---TT-GT-AAAGT----------A-A--ACATAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AGAATATAGGCCTATTTGAAGGAG-------TATA-ACATCTCT-CT-CATCA-G-CAGTATTT-GC-------AGT--------A-------------------GA-------G-CTTT----CTCGTC--A-TATTC-T---------------------TCAATCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-A--TTCT--GT-GT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAAAC-T-TTCTTCAAA--------GGGG--------------TGA-----------AAGGG-T-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTTTTA----G-A-CTCGT-CATCATTTTG-TTGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTA----GTAAAA-----TT----ATGG-TTATAAGTA-TA----ACC-CAAATAATCCA----GTTGT
gi|12 : GTTAGTA--------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AA-TTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACA-T--TTGACTTCT-G--TTC-TGTT-AAAGCG-ATT-CT-C-AATCTGAGTGAA-G-TGCA-G---C--TT-----------TGACTAAG-AC----TCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAATA--G----TA-TTCAT--AG---ATA-TTTTTAAAAGCTAAAG--AAA-A-AGA----TTGGAAGAGA
gi|13 : -------TA---AC----CTTCT-CAT-A-T-CAGTATTTAGC-------AGT--------ATTGGTA-CATCAC-ATT---------A-G-C-TT----CTCGTC--A-TATTCATAC------AGGAAA---TTGTTCAATCCAAAAA----G-------GAT--AAAAA-A---TCT--GT-GTC--CC----A--C-TTTTC-C-CTT-----C---A--T---TTC--AAAAC---TTCTTCAAA---------------------------GG-----------GTGGGAG-TAG-----TTCTTGCTTCTAAAC-T--------TGTTTAG----A-A-CTCGT-CGTCATCTT-AT-GGGCC---------GGTTTCCG-TT-TC---GCGTA----GTAAAA-----TT----ATaaaataatttttaacattttatcatttttatggaaaatattcatttcagaaaaagccctccaaaaataaatcccacttcgttgaaatttgaaa
gi|14 : atttaacaagaaaaataagatttttaccgtaatA-A-G-C-AGAGTT--AAA-A--G----AA-TTTAT--AG---ATA-TTTCTAAAAGCCCAAG---AG-A-G-A----TTGGAGAAGA
gi|15 : GTA-T------CC-CGAATAAGC-A----GTTGTTGTA-TATTC-G-CCTCTATTAGATTGCACAT-T------AAC-ATT-TCGCC-TC--ACAG-GTTGG--AG---GAAATCGGG-A-GACGG----A--GA-GAGGC---TT-----GAATT--ATT-TTG------AATT-G----------A------------G--------aaaatcattttttacaactttatgcaaatttacattcatgaaaaagctaagccatcggactttttctttaaaaaacggcccagtccgatggtataattttttaagtccctcggggcgtca
gi|16 : -TTT-T---------TGTAA-GCAAAATCC---TAAAGCCC--T-G----GGCTGTATACCTACTTCT-AGGGTTTTATAAACATCT-T-ATATTGAAAAGCTGCGCGGAGAAATATCTTTTGCCAAG----T-CCAAG----TTGTAAAAGTAAACACCTTCA-TC-ATAACA-----CCTGAAAAA-TGCT--G-ttatggtactttaagcatttttgtgcgactctga
gi|18 : GGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAA-TA-A-T-C-AG--TTG-AAA-A--G----TA-GTTAT--AG---ATA-TTTTTTATAGCCAAAG--AAA-A-
gi|19 : atGGTTG-AACA---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--TC---TAA-GCCC--T-GCATGGGCTTT--------TTCT-AG--T---------------------------C----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTcgatcgccgcagagttggcgaaagagctaaaaaatc
gi|2 : aggGGTTG-AA-AA--T-TTT-T---------TG-AAAGCAGA--CC---TAA-GCCCCCT-G----GGCTTT--------TTCT-AT--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACT-T--TTTGCCAAG----T-CCAAG----TTGT-AAAGT----------ATTT-ACAAAA-----CC---AAAA--GCT--G-TA---TAAG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AAT--------A-------CATCAT-ATT--GAA-TAGA-G-CATT----CT-GCC--A-TATTC-TAC-C-C--AAGGAA---TTTATCAACC---AGA------------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-AT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-ATC--A--T---TTC--AAATC-T-TTCTTCAAAAGGGGGGGGGGG--------------GGG-----------GGGGAAG-TAGTGTATTTCTTGC-TC-AAAC-TT---TTCTTGTCTCA----GAA-CTTGT-CGTCATCTTGAGATGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---ATGTAAGTTGTAAAA-----TT----ATGG-T--CAAGTA-TANNNNNNN-NNNNNNNNNNN----NNNNNN--N-NNNNN-N-NN--------------NNN-N------NNNNN---NNN-N-TC--ATAA-GTCATTAAG---AGAA-CACG-A-GATGATTCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTT------------A------------A--------GACATTTT-GC--TTGACTTTGTCAA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TCAA--TTATATCA-T-TCTGACA-C--TTGACTCTC-G--TTC-TGTTAAAAACG-ATT-CT-CAAATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACCG-ATCAATCT---ATCAAAGGAT--G-TGATATTTCAG--CT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TTA-AAA-A--G----TA-ATTAT--AG---ATA--TTTTAAAAGCCAAAGAAAAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
gi|20 : aggATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAGGTTGGTA---A------------G--------GACATTTT-GG--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATGA----TC-A--T--aaacatcattttaacattttatggaaatattatttcagaaagagctaaaacccgtcagacttttttctttgaaaaacggcaagttcgaggtaacaattaaaagttttccgggaacccctggtaaaatt
gi|21 : TCCA----GTCGTT--A-TATTC-CTCC--------------CAC-T-------CCGA---TCA-C-T-----------GG--AG---AAAA-T-CG-AAGTTGA----AT--A-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTT
gi|22 : ---T-TTT-T---------TT-AA-GCAAA--CC---TAA-GTCC--T-G----ACCTTT--------TTCT-AG--TGTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCAAGAAATAT--TTTGC
gi|23 : gtgattGGTTGGAA-A---T-TTT-T---------T-----------------TAA--CCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-A---TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTTT--TTT
gi|3 : aggGGTTG-AA-AA--TATTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TA--GCCC--T-G----GGC-TT--------TTCT-AT--TTTA-TAA---TCC-TCA--------AGC----CCGAAAACTTT--TTCGCCAAG----TCCCAAG----TTGT-AAAGT----------A-AA-ACAAAA-----CC----AAA-TGCTACG-TATATT-AG-------GCCTA-TTCCAGGAA-------TA---AC----CT-CTACATCG-A--AATATTT-GC-------AAT--------A-------ACTCAT-ATTTGAAA-TAAA-G-CATT----TCTG-C--A-TA-TC-ACC-C-A--AGGAAA---TTCATCAA-CC-AAGA----GA------GAT--AAAGATG--TTCC--GTAAT---CC----A--C-TTTTC-CTCTTT-C-AT---A--TG--TTC--AAATCTTCTTCATCAA------------G--------------GGG-----------GTGGGAG-TAGT---TTTCTTGC-TCTAAAC--T---T--CTGTC-CA----G-ACCTTGT-C--CATCTAGATAGGACCGGGGCGGGGGCTTTCCGTTTGTCAATGGGTAA-TTGTAAAA-----TTAGTGATGG-G--CAA-TA-AA----ACCACGAATAAT-CA----GTCGTTC-ATTATCC-G-CT--------------CAC-T------AACGA---TGG-C-TC--ATAA-GTTAT--AG---AGAA-CACGCA-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAGTAAT------A------------GTA------GACATTTTGGC--TTGACTT--T-TA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--TA-TATCATT-TCTGACGCC--TTGACTTCT-G--TT----TT-TAAACG-ATTCCT-C-AATC------AA-GTCGCA-G---CGTTC-----------CGACAAAGAACT---TCAAT-T---ATCAAAGGAT--G-TG-TATTTCAAGTTT-CT-----AAAC-TA-A-GCC-AG--TT--AAA-AAGA----TA-TTAATTGAGCATATG-TGTTTAAAAG-CAAAG--AAA-A-
gi|4 : agg-GCAAA--CC---TAA-GCCC--TTG----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCCGT-A--------AGC----CCGAAAAATAT--TTTGTCAAGATC-C-CCAAG---TT-GT-AAAGT----------A-GT-AAAATATAGT-CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AT-------GGCTATTT--GAAAG-------TAT--AC----CT-CT-CATCATA-GCGTATTT-TC-------AGT--------AGTTGTAACATCAC-ATT---------A-G-CCTTT---CTCGTC--A-TATTC-TACAC-A--GGGGAA---T-CATCAATCC-AAGACGAAGAAC----GAT--AAAAA-AAATTCT--GT-GT---CC----AGGT-TTTTCGC-CTTT-CCAT---A--AGAATTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGG--------------GG-------------TGGGGG-TAG----TTTCTTGC-TCTATAC-TT---T--CTGTTTTA----G-A-CTTGTCCGCCATA-TAATGGGCCC---------ACTTTCCGTTT-TT---GCATAG--TATAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-Ttt
gi|4 : ttg----------A------------G--------GACATATT-GC--TTGACTTCAC-AA-A-CAA-TGAA----AAATAT----TC-A--T--TATCACT-TCTGATG-C--TTCAATTCA-G--TTC-AGTT-AAAATGAATT-CT-C-AATC------AAGG-TGCA-G---C--TT-----------CGACTAAA-ACTC-A--AATCG---CTC-ATGGATGAG-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAATATA-ATA-C-AG--TTGAAAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATATTTTTTTATAGCCAAAG--AAA-A-A-nnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttaagtaaggacatattgcttgacttcacaaacaatgaaaaatattcattatcacttctgatgcttcaattcagttcagttaaaatgaattctcaatcaaggtgcagcttcgactaaaactcaaatcgctcatggatgagtgtatttcagttctaaaatataatacagttgaaaaagtatttatagatatttttttatagccaaagaaaaacg
gi|5 : ttggcaaacctaagcccttgggctttttctagtttttaatccgtaagcccgaaaaatattttgtcaagatccccaagttgtaaagtagtaaaatatagtccaaaatgctgtatatggctatttgaaagtatacctctcatcatagcgtattttcagtagttgtaacatcacattagcctttctcgtcatattctacacaggggaatcatcaatccaagacgaagaacgataaaaaaaattctgtgtccaggtttttcgcctttccataagaattcaaatcttttcttcaaaggggggtgggggtagtttcttgctctatactttctgttttagacttgtccgccatataatgggcccactttccgtttttgcatagtataaaattatggttaagtatnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnggtttaagtaGGTTG-AA-A---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-A---TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTTT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTTGT-AAAGT----------A-TTTACAAAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AAT--------A-------CATCATTATT--GAAAT--AAG-CATT----CTCGCC--A-TATTC-TAC-C-A--AGGAAA---TTTATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-AT---CC----A--C-TTTTC-C----T-C-AT---C--T---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGGGGGGGGGGGAGGGGGGG-----------GGGGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGAT--GGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---ATGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--CAAGTA-TA----ACC-CGAATAATCCA----GTCGTT--C-TAGTC-G-CT--------------CAC-T------AACGA---TGG-C-TC--ATAA-GTCAT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATTGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTA-----------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACA-C--TTGACTTCT-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AAC--------A-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACTCGATCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--CT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTAAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGAcg
gi|6 : GGTTG-AA-A---AATTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AT--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACCTT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TT-GT-AAAGT----------A-T--AAACAA-----CC---AAAAATGCT--G-TA---T-A-----------TA-------GAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AAT--------A-------CATCAT-ATT--GAAAT--AAG-CATT----CTTGCC--AATAT-C-TAC-CCA--AGGAAA---TTCATCAACCC-AAAA----G-------GAT--AAAAT-G--TTCC--GT-AT---TC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAATCTT-T-CTTCAAA--------GGGG--------------GG-------------TTGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-C---ATCTAGATAGG-CC---------GCTTTCCGTTT-TC---ATGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--CAAGTA-TN----NNN-NNNNNNNNNNN----NNNNNN--N-NNNNN-N-NN--------------NNN-N------NNNNN---NNGAC-TC--ATAA-GTCAT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAGGTTAATAGTAA------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTAACG-C--TTGACTTCT-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACAAAG-AT----TCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TTA-AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTAAAAG-CAAAG--AAAGA-G-A----TTGGAAGAG
gi|7 : ggGGTTG-AACG---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--TC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG---TTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCAAAG----T-CAAAG----TTGT-AAAGT----------A--T-ATTAAA-----C---------------A-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA------------GC-------AGT--------A-------CATCAC-AT-------T--A-G-CATT----CTCGCCTAA-TATTC-TAC-CTA--AGGAAA---TTCATCAACTC-AAGA----G-------GAT--AAAAT-G--TTCT--GT-GT---CCATATA--C-TTTTC-C-CTTT-C-GT---A--T---TTC--AAATC-T-TTCTTCAAA----------GG--------------GAA-----------GT----A-TAG----TTTTTTGC-TCTACAT-TTAAAT--CTGTCTCAGATCG-A-CTTGT-TGTCATCTTGAT-GGGCC---------GCGTTCCGTTT-TT---ATGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TN----NNN-NNNNNNNNNNN----NNNNNN--N-NNNNN-N-NN--------------NNN-N------NNNNN---NNN-N-NN--NNNN-NNNNN--NN---NNNN-NNNN-N-NNNNN-NNNNNNNN-N-NNN---NN-----NNNNN--N-N-NNNNNNNGAAGTGAGTA--------A------------G--------GACATGTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-TGAA----AAATGA----TC-ATTT--TATCA-T-TCTGACG-T--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAGCC-ATT-CT-C-AATC------AA-G-TGCG-G---C--TT-----------TGACT--G-AC----TCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-T-A-C-AG--T
gi|8 : aggGTAAAA-----AT----ATGG-G--TAAATA-TA----TCC-CATATAATCCA----GTTGTT--A-TATTCCG-CT--------------CCC-T------ACCGA---TGG-C-TC--ATAA-GTCAT--AAGAAAGAA-CTGG-A-GACG--------GA-G-GGCAGCTT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAG----------GTTAAGTAACCTTG--------GACATTTT-GC--TTGACTTCG-------------AA----AAAAGA----TC-A--T--TATCA-T-TGAGATG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTG-AAAATG-TTT-CT-C-AATT------AA-G-TGCA-G---C--TT-----------CGACTAAA-ACTC-A----------AT-----GAT--G-TG-TATTTCAG--TT-TT----AAAGA-TA-A-C-C-AGA-TG--AAA-A--G----TG-TTTTT--AG---ATA-TTTTTTAAAGCCAACA--AAA-ATG-A----TTGGAAGAGAccc
gi|9 : -TA----ACC-CAAATAATCCA----GT--TT--A-TATTCCG-CC--------------C-C-TTTTTTTATCGAATCTCG-C-TCTCATAATGTCGG--AG---AGAA-C--------TGA-AC-------G-GAC---T------GAATT--A-T-TCG------ATTTAGGTTAATA---A------------G--------GAC-TTTT-GC--TTGACTTCGC-AA-AACAA-CGAA----AAAATA----TC-A--T--TATCA-T-TTGAATG-C--TTGACTTCCTA--TTC-TCTT-AAAAT--ATT-CT-C-AATC------AA-G-TGCACG---C--TT-----------TGACTAAA-AAAC--TCAATCG---CTC-AGGATT--G-TG-TACTTCAT--TT-TTTAAAAAAAC-CAGA-G-G-A-------AAA-A--GAATATA-TTTTT--AA---A----TTTTTAAAGCC-AAG--AAA-A-A-A----TT-GAAGAAAaaaatcattttaacattttgtggaaaatatttatttcagaaaaagctaagcctgtcggacttttttctttgaaaaacgccaagtccggcgtacaatttttgaagccccgggcgtaaggaattt
blockSeqs : G AATA T . T A AT . A CC T CATG ATACCTAC . GGG A ACA G C TATTGAAA TGCG A A CT ATC C T T A AAACACCTTCATC TATAG TGA A AC T TAT A AATATAG T GA . TAT ATCT T A AGCA A . AGTATGTAA T TTGAAATAAA C T T T TA A A ACA . T A CGAAGTAAC AA AAA . A C ATAT GG . G T C C AAGAA . T C GGGGGGGGGGGGGAGGGGGGG G . TGTAT T . AAA TC GATC A C C G G C GGGGCGGGG G AAT AGT . AGTG . TA . NNNN A . T GTA GCCTCTATTAGATTGCA A . TTTTTT A ATC C . TC T TTA GAA T GG C A ATTCCATC . A AGC . . T . NNNNGA GTTAAGTAACCTTG G . C . A . . . A TT TA T . C . T . . A A C . A TGAGTG G TC C . GT . A TCGAT . A GA . A GT . TAAA A G GC . AG GA T AG AATA . TG CAT T A AA G T G .
blockSeqs : . CAT . . . . . . . . . . . . G . . . . TA . A A . . . T T . ATTT TAGT . . . . . . . T CC . TA . . . TAGC . . AGTTGTAA . TGAATAGA . T . T . . . ACA . T . CGAAGAAC . TG . . . . GG . G . . . AAGAA . T . AGGGGGGGGGGGGGG A . TT . . . . . . . C A T G . . . AT . . . . . . . . T CAT CTCC N . . N TT A . . . G . . AC . . ATCCATC . . . . . . . . GTTAATAGTAAG . . . . . . . . . . A C . . . . . . . . . . . . . T . . . . . CGAT . A . . . . . . . . TA . A G . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . CAT . . . . . . . . . . . . G . . . . . . A A . . . T T . ATTT . . . . . . . . T CC . T . . . GCA . . ATTGGTA . TGAAATAA . A . T . . . CCA . T . GA . A . . . . . . . . . . CAT . T . GGGGTGA A . T . . . . . . . . G A G . . . AT . . . . . . . . N N CGCT A . . C . . . . . G . . AC . . ATCCATT . . . . . . . . GTTGGTAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . TCA . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . AAT . . . . . . . . . . . . G . . . . . . C A . . . T T . AAA . . . . . . . . T CC . . . . . TCA . . A . TGAAATAA . A . C . . . CTA . C . G . A . . . . . . . . . . ATG . T . GGGGGG A . T . . . . . . . . G A G . . . AT . . . . . . . . C A CGCC A . . A . . . . . T . . AC . . ATCCATC . . . . . . . . GTTAATAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . TCA . . . . . . . . . . G . . A . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . AAA . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C A . . . T T . AGT . . . . . . . . T CC . . . . . ACA . . A . TA . C . T . . . CC . T . G . A . . . . . . . . . . AT . T . GGGGGG G . T . . . . . . . . G G A . . . AT . . . . . . . . C C NNN A . . A . . . . . T . . AC . . NNNNNNN . . . . . . . . TAATAGTA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . ACT . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . CGT . . . . . . . . . . . . G . . . . . . A T . . . . T . AT . . . . . . . . T G . . . . . ACA . . A . GA . A . C . . . CA . C . G . G . . . . . . . . . . AT . . . GGGGG A . T . . . . . . . . G A C . . . G . . . . . . . . C N GCT N . . N . . . . . T . . NN . . AAT . . . . . . . . TAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . TT . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . AT . . . . . . . . . . . . T . . . . . . C T . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . ACA . . A . TA . A . C . . . CA . C . G . G . . . . . . . . . . CT . . . GGGAA A . T . . . . . . . . G . G . . . G . . . . . . . . N N GCT N . . N . . . . . N . . TG . . AAC . . . . . . . . TAAG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . A . . . . .
blockSeqs : . AT . . . . . . . . . . . . G . . . . . . C A . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . . . AA . . A . TA . A . C . . . . . C . G . G . . . . . . . . . . AT . . . GGGG . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . . . N A NNN C . . C . . . . . T . . C . . GA . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . AT . . . . . . . . . . . . T . . . . . . A T . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . . A . TA . . . . . . . . . . . . . G . . . . . . . . . . AT . . . GG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T A NNN . . . T . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . AA . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . G . . . . . . C T . . . . . . . . . . . . . . . . . AG . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C A . . AG . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C . .
blockSeqCons : CAT**** ********* *** **** **** T*** AT************* ** CC ******* ACA** ******* **** CCA*** *** G*********** ** *** AT******** ** GGGGGG********************************** T**** ***** **** **** T** ATCCATC* ***** ** TTAAG*************************** ** **** **** ** ** *** *********** T**** *** ****
originalCons : GGTTG-AA-A---T-TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAG---TTTGT-AAAGT----------A-TT-ACAAAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GC-------AGT--------A-------CATCAC-ATT--GAA-T--A-G-CNTT----CTCGCC--A-TATTC-TAC-C-A--AGGAAA---TTCATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-GT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA--------GGGG--------------GGG-----------GTGGGAG-TAG----TTTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGATGGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TA----ACC-CGAATAATCCA----GTCGTT--A-TATTC-G-CC--------------CAC-T------ANCGA---TCG-C-TC--ATAA-GTCGT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAG----------A------------G--------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACTC-ATCAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTNAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
finalCons : GGTTG-AACAT----TTT-T---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAGT---TTGT-AAAGTAT-------------ACAAAA-----CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAG-------TA---AC----CT-CT-CATCAACA--GTATTT-GC-------AGT--------A-------CATCAC-ATT--GAA-T--A-G-CNTT----CTCGCC--A-TATTC-TACCCA---AGGAAA---TTCATCAACCC-AAGAG-----------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-GT---CC----A--C-TTTTC-C-CTTT-C-ATAT--------TTC--AAATCTT-TTCTTCAAAGGGGGG----------------------------------GTGGGAG-TAGT----TTCTTGC-TCTAAAC-TT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGATGGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TA----ACC-CGAATAATCCA----GTCGTT--A-TATTC-G-CC--------------CAC-T------ANCGA---TCG-C-TC--ATAA-GTCGT--AG---AGAA-CACG-A-GATGATCCATC-GA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------AGTTAGTTAAG---------------------------GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACTAAG-ACT----CAATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTNAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GAGGAAAATATCATTTTACATTTAAATGGAAAATATTTAGTTTCAGAAAAAGCCTAAGCCTGTCGGACTTTTTCTTTGAAAAACGGCAAGTCTGAGGGTACAATTTTTAGGACCCTGGCCGTCGGGTCTTATGGATCTTCACGC
Unaligned ( gi|24 ): GCACAACATCAGAATAAATGTTCATTCAGGAAGAACAGATTCGT
Alignments
lowQualScore : 111 111111111 11111111 11111111 1111 1111 22222222222222222222222 111111 1111111 11 22222222222 11111 111111 3333333333333333 555555555555 1111 333333333333 111 11 2222222222 1 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 1111 1 111111111 111 1111 2222222222222222222 11111111 111 22222222 555555555555555555555555555555555555 111111 11111111111 1111111 11 1111
lowQualScore : 333 3 333333333 3 3 44 555 3 44 3 9999 11111111 3 777 3 555 3 3 55555555 6666 3 2 44 4444 3 9999 5 4 8 66666666666666666666666 4 111111 777 4 55 8 777 4 4444444 1 66 00000000000 8888 4 8 00000 4 111111 1111111111111111 4 222222222222 4 4 2222 1 55 4 0 4 66 55 1 777 1 4 666666666666 55 7777 55 4 111 8888 11 4 8 4 4 4 4444444444 55 0 4 0 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 2222 4 999999 8888 4 8 8 1 0 2 3 666666666 4 777 0 444 99999 7777 4 55 3 5555 3 0 7777 3 9999 2222222222222222222 1 3 00000000 111 0 7 3 55 3 888 666 3 88 3 3 66666666 3 3 555 88888 44 3 3 888888 111111111111111111111111111111111111 3 55 4 3 3 3 3 7777 7777 3 55 88 8 4 4 55 4 55 4 4 4 4 4 4 111111 4 44 4 777 55 99999999999 55 6666666 4 7777 8 55 3 3 55 3 7777 3 3 555 3 77 55 3 55 7777 3 55 666 3 1 55 3 3 4 0000
lowQualScore : ... . ......... . . .. ... . .. . .... ........ . ... . ... . . ........ .... . . .. .... . .... . . . ....................... . ...... ... . .. . ... . ....... . .. ........... .... . . ..... . ...... ................ . ............ . . .... . .. . . . .. .. . ... . . ............ .. .... .. . ... .... .. . . . . . .......... .. . . . ........................................................... .... . ...... .... . . . . . . . ......... . ... . ... ..... .... . .. . .... . . .... . .... ................... . . ........ ... . . . .. . ... ... . .. . . ........ . . ... ..... .. . . ...... .................................... . .. . . . . . .... .... . .. .. . . . .. . .. . . . . . . ...... . .. . ... .. ........... .. ....... . .... . .. . . .. . .... . . ... . .. .. . .. .... . .. ... . . .. . . . ....
lowQualScore : 000 3 333333333 3 1 22 444 1 22 1 6666 22222222 1 777 1 444 1 1 44444444 5555 5 8 22 1111 6 6666 7 0 0 11111111111111111111111 0 555555 000 0 55 0 888 4 4444444 9 11 55555555555 5555 0 0 22222 0 555555 5555555555555555 0 222222222222 0 9 5555 4 55 0 8 0 66 55 3 000 4 0 555555555555 55 5555 55 0 000 5555 00 0 0 0 0 0 1111111111 55 6 0 8 44444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 5555 0 999999 5555 0 0 0 6 8 3 2 000000000 0 000 5 999 11111 7777 0 55 3 5555 6 6 1111 2 1111 4444444444444444444 3 6 55555555 444 8 3 6 00 6 888 444 6 99 6 6 99999999 3 3 888 33333 66 3 3 888888 777777777777777777777777777777777777 6 00 9 6 6 6 6 7777 7777 6 00 66 0 0 0 55 0 55 0 0 0 0 0 0 555555 0 55 0 000 55 00000000000 55 7777777 0 6666 0 00 6 6 00 6 7777 6 3 666 3 99 99 6 00 7777 6 00 444 6 0 00 6 6 4 6666
consensus : GGTTGAA--AAT-TTTT---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAGT---TTGT-AAAGT-A--T--A-CA----------A---A-A------CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAGT-------A---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GCA------GT--------A-------CATCAC-ATT--GAA-T--A-G-CNTT----CTCGCC--A-TATTC-TACCCAA--GGAAATT---CATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-GT---CC----A--CTTT-TC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA---------GGGGG---------------GGT------GGGAG----------------TAG----TTTCTTGC-TCTAAACTT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGATGGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TA----ACC-CGAATAATCCA----GTCGTT--A-TATTC-G-CC--------------CAC-T------ANCGA---TCG-C-TC--ATAA-GTCGT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCGA------GTT--A-G-----T---T------A-A--------G---GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACT--AAGA--C----TC-AATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTNAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
Reference ( family-1100 ) : GGTTGAA--CAT-TTTT---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAGT---TTGT-AAAGT-A--T--A-CA----------A---A-A------CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAGT-------A---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GCA------GT--------A-------CATCAC-ATT--GAA-T--A-G-CNTT----CTCGCC--A-TATTC-TACCCAA--GGAAATT---CATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-GT---CC----A--CTTT-TC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA---------GGGGG---------------GGT------GGGAG----------------TAG----TTTCTTGC-TCTAAACTT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGATGGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TA----ACC-CGAATAATCCA----GTCGTT--A-TATTC-G-CC--------------CAC-T------ANCGA---TCG-C-TC--ATAA-GTCGT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCGA------GTT--A-G-----T---T------A-A--------G---GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACT--AAGA--C----TC-AATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTNAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
gi|1 : GTTGAAAACGT-TTTTATTTAAAAATG-AA-GCAGA--CTCTATAA-GCCC--T-TT---GGCTTT--------TCTTCAG--TTTT-TA----TCC-T-A--------AGC----CCGAAAA-TAT--TTTGCCAAGGGGTT-CCAAGTCTTTTGT-TAAGTCA--T--AACA----------T---A-A------C----AAAA-TGCT--GGTA---T-AG-------CCTTATTTG-AGGAATTAGTATTA---AC----CT-CTGCATCA-G-C-GTATTT-GCA------GTTAGTAGT-A-------CAGCAC-ATT---------A-G-CTTTTCCACTCACT--A-CTCTC-TACACAGCGGGAAATTTTTCCTTAGCAT-CAGA-----------------AAAAA-A--TTACTAGT-GTTTCCC----A--TATTATC-C-CTTT-C-ATCCCACCT---TTCTAAAAACTT-T-CTTCAAA---------GGGGT---------------GGTGGCAAGGGGAGGTGGGGTTGTGGGGGTTAG----TT-CTTGC-TCTAAACTT---TT-CTGTTTTA----G-AACTTG--CGTCATCTTGATGGGACC---------GCTTTCTGTTT-TC---GTGTAG-TTATAAGAAATGGTT----ATGGTT--TACGTATTAACTCACC-CTA--AATCCAGGTTGTTGTT--A-T-TCC-G-CT--------------CACTT------ATCGA---TCG-CTTC--ATAA-GTCG---AG---AGAA-CTGG-A-GAGG-------CGGTG-GGC---TTCCCTCTAATTAAA-TATCGA------GTT--A-GA----T---TTTAGTAA-A--------GGTTGACAATTT-GCCTTTGGATTCGC-AAGA-CAAGCGAAATTCAAATTAATCTTT-A--A--TAGCA-TGTGAGATG-CAATT--TCTCC-GGTTTCGTGTT-GATATG-ATT-CTCC-AATC------AT-A-AACA-GGTTC--TTGCTCTAAGTCGCGACT--AAAA--A----CC-AACCTTGCCTC-AAGGAT--GCTG-TATTTCAA--TTGCT----AAAAA-TA-A-C-CAAG--TT--GAA-A--T----TATTTTTT--AG---ATA-TTTTTTAAAGCCAAAG--AAA-T-A-AGATTTTGTGAGAG
gi|10 : gtaGTTGAA--ATT-TTTT---------TG-AA-GCAAA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAAATAT--TTTGTCAAG----T-CCAAG----TTGT-AAAGT-A--T--A-AA----------ATATA-G------TC---AAAA-TGCT--GTTA---T-GG-------CTCTATTT-GAGGAGT-------ATATAC----CT-CT-CATCA-AGCAGTATTT-TCA------GTAGTATGTAA-------CATCAC-AT-------T--A-GCCTTT----CTCGTC--A-TATTC-TACACAG--GGGAATT---CGTCAATCC-AAGAC---GAAGTAACGATAAAAAAA-A--TTCT--GT-GT---CC----AGGTTTT-TCGC-CTTTCC-ATAAGA--A---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA----------GGGG---------------GGT------GGGGG----------------TAG----TTTCTTGC-TCTATACTT---T--CTGTTTTA----G-A-CTTGTCCGCCATA-TAATGGGCCC---------ACTTTCCGTTT-TT---GCATAG--TATAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-gatatataatactcattttaacgttattctgtatggaaataattatttatttcagaaaaaactaagccgcgctacggggaacttttttctttgaacaaaacgttgcccatagtccgatgagcttccacagagtttctgtagtccgcggg
gi|11 : gatTTGAA--CAT-TTTT---------GT-AA-GCAAA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCT-T-ATA------AGC----CCGAGAAATAT--CTTGCCAAG----T-CCAAGT---T-GT-AAAGT-A--A--A-CA----------T---A-A------CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AGAATATAGGCCTATTTGAAGGAGT-------ATA-ACATCTCT-CT-CATCA-G-CAGTATTT-GCA------GT--------A-------------------GA-------G-CTTT----CTCGTC--A-TATTC-T--------------------TCAATCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-A--TTCT--GT-GT---CC----A--CTTT-TC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAAAC-T-TTCTTCAAA---------GGGGT---------------GAA------AGGGT----------------TAG----TTTCTTGC-TCTAAACTT---T--CTGTTTTA----G-A-CTCGT-CATCATTTTG-TTGGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---GCGTA----GTAAAA-----TT----ATGG-TTATAAGTA-TA----ACC-CAAATAATCCA----GTTGT
gi|12 : ------GTT--A-G-----T----------A-A--------G---GACATTTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-CGAA----AA-TTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACA-T--TTGACTTCT-G--TTC-TGTT-AAAGCG-ATT-CT-C-AATCTGAGTGAA-G-TGCA-G---C--TT-----------TGACT--AAGA--C----TC-AATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAATA--G----TA-TTCAT--AG---ATA-TTTTTAAAAGCTAAAG--AAA-A-AGA----TTGGAAGAGA
gi|13 : T-------A---AC----CTTCT-CAT-A-T-CAGTATTTAGCAGTATTGGT--------A-------CATCAC-AT-------T--A-G-C-TT----CTCGTC--A-TATTCATAC---A--GGAAATT---GTTCAATCCAAAAA----G-------GAT--AAAAA-A---TCT--GT-GTC--CC----A--CTTT-TC-C-CTT-----C---A--T---TTC--AAAAC---TTCTTCAAA-------------G---------------GGT------GGGAG----------------TAG-----TTCTTGCTTCTAAACT--------TGTTTAG----A-A-CTCGT-CGTCATCTT-AT-GGGCC---------GGTTTCCG-TT-TC---GCGTA----GTAAAA-----TT----ATaaaataatttttaacattttatcatttttatggaaaatattcatttcagaaaaagccctccaaaaataaatcccacttcgttgaaatttgaaa
gi|14 : atttaacaagaaaaataagatttttaccgtaatA-A-G-C-AGAGTT--AAA-A--G----AA-TTTAT--AG---ATA-TTTCTAAAAGCCCAAG---AG-A-G-A----TTGGAGAAGA
gi|15 : GTA-T------CC-CGAATAAGC-A----GTTGTTGTA-TATTC-G-CCTCTATTAGATTGCACAT-T------AAC-ATT-TCGCC-TC--ACAG-GTTGG--AG---GAAATCGGG-A-GACGG----A--GA-GAGGC---TT-----GAATT--ATT-TTGA------ATTG-A-G-----T---T------A-T--------G---Gaaaatcattttttacaactttatgcaaatttacattcatgaaaaagctaagccatcggactttttctttaaaaaacggcccagtccgatggtataattttttaagtccctcggggcgtca
gi|16 : -TTTT---------TGTAA-GCAAAATCC---TAAAGCCC--T-G----GGCTGTATACCTACTTCT-AGGGTTTTATAAACATCT-T-ATATTGAAAAGCTGCGCGGAGAAATATCTTTTGCCAAG----T-CCAAG----TTGTAAAAGT-A--A--A-CACCTTCATCATA---ACA------CCTGAAAAA-TGCT--G-tactttaagcatttttgtgcgactctga
gi|18 : GGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAA-TA-A-T-C-AG--TTG-AAA-A--G----TA-GTTAT--AG---ATA-TTTTTTATAGCCAAAG--AAA-A-
gi|19 : atGGTTGAA--CAT-TTTT---------TG-AA-GCAGA--TC---TAA-GCCC--T-GCATGGGCTTT--------TTCT-AG--T---------------------------C----CCGAAAACTAT--TTTGCCAAG----T-CCAAGT---Tcgatcgccgcagagttggcgaaagagctaaaaaatc
gi|2 : aggGGTTGAA--AAT-TTTT---------TG-AAAGCAGA--CC---TAA-GCCCCCT-G----GGCTTT--------TTCT-AT--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACT-T--TTTGCCAAG----T-CCAAG----TTGT-AAAGT-ATTT--A-CA----------A---A-A------CC---AAAA--GCT--G-TA---TAAG-------GCCTATTTCCAGGAGT-------A---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GCA------AT--------A-------CATCAT-ATT--GAA-TAGA-G-CATT----CT-GCC--A-TATTC-TACCCAA--GG-AATT---TATCAACC---AGA------------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-AT---CC----A--CTTT-TC-C-CTTT-C-ATC--A--T---TTC--AAATC-T-TTCTTCAAAAGGGGGGGGGGGGG---------------GGG------GGAAG----------------TAGTGTATTTCTTGC-TC-AAACTT---TTCTTGTCTCA----GAA-CTTGT-CGTCATCTTGAGATGGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---ATGTAAGTTGTAAAA-----TT----ATGG-T--CAAGTA-TANNNNNNN-NNNNNNNNNNN----NNNNNN--N-NNNNN-N-NN--------------NNN-N------NNNNN---NNN-N-TC--ATAA-GTCATTAAG---AGAA-CACG-A-GATGATTCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCGA------GTT-----------------------A--------A---GACATTTT-GC--TTGACTTTGTCAA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TCAA--TTATATCA-T-TCTGACA-C--TTGACTCTC-G--TTC-TGTTAAAAACG-ATT-CT-CAAATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACT--AAGA--CCGA-TC-AATCT---ATCAAAGGAT--G-TGATATTTCAG--CT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TTA-AAA-A--G----TA-ATTAT--AG---ATA--TTTTAAAAGCCAAAGAAAAA-A-A-A----TTGGAAGAGA
gi|20 : aggATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCGA------GTT--A-GGT---TGG-T------A-A--------G---GACATTTT-GG--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATGA----TC-A--T--aaacatcattttaacattttatggaaatattatttcagaaagagctaaaacccgtcagacttttttctttgaaaaacggcaagttcgaggtaacaattaaaagttttccgggaacccctggtaaaatt
gi|21 : TCCA----GTCGTT--A-TATTC-CTCC--------------CAC-T-------CCGA---TCA-C-T-----------GG--AG---AAAA-T-CG-AAGTTGA----AT--A-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCGA------GTT--
gi|22 : T-TTTT---------TT-AA-GCAAA--CC---TAA-GTCC--T-G----ACCTTT--------TTCT-AG--TGTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCAAGAAATAT--TTTGC
gi|23 : gtgattGGTTGGA--AAT-TTTT---------T-----------------TAA--CCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-A---TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTTT--TTT
gi|3 : aggGGTTGAA--AATATTTT---------TG-AA-GCAGA--CC---TA--GCCC--T-G----GGC-TT--------TTCT-AT--TTTA-TAA---TCC-TCA--------AGC----CCGAAAACTTT--TTCGCCAAG----TCCCAAG----TTGT-AAAGTAA--A--A-CA----------A---A-A------CC----AAA-TGCTACG-TATATT-AG-------GCCTA-TTCCAGGAAT-------A---AC----CT-CTACATCG-A--AATATTT-GCA------AT--------A-------ACTCAT-ATTTGAAA-TAAA-G-CATT----TCTG-C--A-TAT---CACCCAA--GGAAATT---CATCAA-CC-AAGA----GA------GAT--AAAGATG--TTCC--GTAAT---CC----A--CTTT-TC-CTCTTT-C-AT---A--TG--TTC--AAATCTTCTTCATCAA------------GGG---------------GGT------GGGAG----------------TAGT---TTTCTTGC-TCTAAAC-T---T--CTGTC-CA----G-ACCTTGT-C--CATCTAGATAGGACCGGGGCGGGGGCTTTCCGTTTGTCAATGGGTAA-TTGTAAAA-----TTAGTGATGG-G--CAA-TA-AA----ACCACGAATAAT-CA----GTCGTTC-ATTATCC-G-CT--------------CAC-T------AACGA---TGG-C-TC--ATAA-GTTAT--AG---AGAA-CACGCA-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCGA------GTT--A-G-----T---A------ATA--------GTA-GACATTTTGGC--TTGACTT--T-TA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--TA-TATCATT-TCTGACGCC--TTGACTTCT-G--TT----TT-TAAACG-ATTCCT-C-AATC------AA-GTCGCA-G---CGTTC-----------CGACA--AAGAACT----TC-AAT-T---ATCAAAGGAT--G-TG-TATTTCAAGTTT-CT-----AAAC-TA-A-GCC-AG--TT--AAA-AAGA----TA-TTAATTGAGCATATG-TGTTTAAAAG-CAAAG--AAA-A-
gi|4 : agg-GCAAA--CC---TAA-GCCC--TTG----GGCTTT--------TTCT-AG--TTTT-TAA---TCCGT-A--------AGC----CCGAAAAATAT--TTTGTCAAGATC-C-CCAAGT---T-GT-AAAGT-A-----G-TA----------A---A-ATATAGTCC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AT-------GGCTATTT--GAAAGT-------AT--AC----CT-CT-CATCATA-GCGTATTT-TCA------GT--------AGTTGTAACATCAC-ATT---------A-G-CCTTT---CTCGTC--A-TATTC-TACACAG--GGGAAT----CATCAATCC-AAGACGAAGAAC----GAT--AAAAA-AAATTCT--GT-GT---CC----AGGTTTT-TCGC-CTTT-CCAT---A--AGAATTC--AAATCTT-TTCTTCAAA---------GGGGG---------------G-T------GGGGG----------------TAG----TTTCTTGC-TCTATACTT---T--CTGTTTTA----G-A-CTTGTCCGCCATA-TAATGGGCCC---------ACTTTCCGTTT-TT---GCATAG--TATAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TN----NNN-NNNNNNNNNNN----NNNNNN--N-NNNNN-N-NN--------------NNN-N------NNNNN---NNN-N-NN--NNNN-NNNNN--NN---NNNN-NNNN-N-NNNNN-NNNNNNNN-N-NNN---NN-----NNNNN--N-N-NNNNNNNNNGGTTTAA-G-----T----------A-A--------G---GACATATT-GC--TTGACTTCAC-AA-A-CAA-TGAA----AAATAT----TC-A--T--TATCACT-TCTGATG-C--TTCAATTCA-G--TTC-AGTT-AAAATGAATT-CT-C-AATC------AAGG-TGCA-G---C--TT-----------CGACT--AAAA--C----TCAAATCG---CTC-ATGGATGAG-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAATATA-ATA-C-AG--TTGAAAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATATTTTTTTATAGCCAAAG--AAA-A-A-tt
gi|5 : ttgGGTTGAA---AT-TTTT---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-A---TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTTT--TTTGCCAAG----T-CCAAGT---TTGT-AAAGT-A--TTTA-CA----------A---A-A------CC---AAAA-TGCT--G-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAGT-------A---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GCA------AT--------A-------CATCATTATT--GAAAT--AAG-CATT----CTCGCC--A-TATTC-TACC-AA--GGAAATT---TATCAACCC-AAGA----G-------GAT--AAAAA-G--TTCC--GT-AT---CC----A--CTTT-TC-C----T-C-AT---C--T---TTC--AAATCTT-TTCTTCAAA---------GGGGGGGGGGGGGAGGGGGGGGG------GGGAG----------------TAG----TTTCTTGC-TCTAAACTT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-CGTCATCTTGAT--GGCC---------GCTTTCCGTTT-TC---ATGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--CAAGTA-TA----ACC-CGAATAATCCA----GTCGTT--C-TAGTC-G-CT--------------CAC-T------AACGA---TGG-C-TC--ATAA-GTCAT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATTGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCG------------A-G-----T---T------A-A--------G---GACATTTT-GC--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTGACA-C--TTGACTTCT-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AAC--------A-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACT--AAGA--CTCGATC-AATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--CT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TT--AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTAAAAGCCAAAG--AAA-A-A-A----TTGGAAGAGAcg
gi|6 : GGTTGAA--AAA-TTTT---------TG-AA-GCAGA--CC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AT--TTTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACCTT--TTTGCCAAG----T-CCAAGT---T-GT-AAAGT-A--T--A-AA----------C---A-A------CC---AAAAATGCT--G-TA---T-A-----------TA-------GAGT-------A---AC----CT-CT-CATCA-A-CAGTATTT-GCA------AT--------A-------CATCAT-ATT--GAAAT--AAG-CATT----CTTGCC--AATAT-C-TACCCAA--GGAAATT---CATCAACCC-AAAA----G-------GAT--AAAAT-G--TTCC--GT-AT---TC----A--CTTT-TC-C-CTTT-C-AT---A--T---TTC--AAATCTT-T-CTTCAAA---------GGGGG---------------GTT------GG-AG----------------TAG----TTTCTTGC-TCTAAACTT---T--CTGTCTCA----G-A-CTTGT-C---ATCTAGATAGG-CC---------GCTTTCCGTTT-TC---ATGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--CAAGTA-TN----NNN-NNNNNNNNNNN----NNNNNN--N-NNNNN-N-NN--------------NNN-N------NNNNN---NNGAC-TC--ATAA-GTCAT--AG---AGAA-CACG-A-GATGA-TCCATCGA-G-GGC---TT-----GAATT--A-T-TCGA------GTT--A-GGTTAATAG-T------A-A--------G---GACATTTT-GC--TTGACTTTGT-AA-A-CAA-CGAA----AAATTA----TC-A--T--TATCA-T-TCTAACG-C--TTGACTTCT-G--TTC-TGTT-AAAACG-ATT-CT-C-AATC------AA-G-CGCA-G---C--TT-----------CGACA--AAGA--T----TC-AATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-A-G-C-AG--TTA-AAA-A--G----TA-TTTAT--AG---ATA-TTTTTAAAAG-CAAAG--AAAGA-G-A----TTGGAAGAG
gi|7 : ggGGTTGAA--CGT-TTTT---------TG-AA-GCAGA--TC---TAA-GCCC--T-G----GGCTTT--------TTCT-AG---TTT-TAA---TCC-T-A--------AGC----CCGAAAACTAT--TTTGCAAAG----T-CAAAG----TTGT-AAAGT-A--T--A-TT----------A---A-A------C---------------A-TA---T-AG-------GCCTATTTCCAGGAGT-------A---AC----CT-CT-CATCA------------GCA------GT--------A-------CATCAC-AT-------T--A-G-CATT----CTCGCCTAA-TATTC-TACCTAA--GGAAATT---CATCAACTC-AAGA----G-------GAT--AAAAT-G--TTCT--GT-GT---CCATATA--CTTT-TC-C-CTTT-C-GT---A--T---TTC--AAATC-T-TTCTTCAAA----------GGGA---------------AGT----------A----------------TAG----TTTTTTGC-TCTACATTTAAAT--CTGTCTCAGATCG-A-CTTGT-TGTCATCTTGAT-GGGCC---------GCGTTCCGTTT-TT---ATGTAA-TTGTAAAA-----TT----ATGG-T--TAAGTA-TN----NNN-NNNNNNNNNNN----NNNNNN--N-NNNNN-N-NN--------------NNN-N------NNNNN---NNN-N-NN--NNNN-NNNNN--NN---NNNN-NNNN-N-NNNNN-NNNNNNNN-N-NNN---NN-----NNNNN--N-N-NNNN------NNNGAA-G-----TGAGT------A-A--------G---GACATGTT-GC--TTGACTTCGT-AA-A-CAA-TGAA----AAATGA----TC-ATTT--TATCA-T-TCTGACG-T--TTGACTTCC-G--TTC-TGTT-AAAGCC-ATT-CT-C-AATC------AA-G-TGCG-G---C--TT-----------TGACT----GA--C----TC-AATCT---ATC-AAGGAT--G-TG-TATTTCAG--TT-CT----AAAAC-TA-T-A-C-AG--T
gi|8 : aggGTAAAA-----AT----ATGG-G--TAAATA-TA----TCC-CATATAATCCA----GTTGTT--A-TATTCCG-CT--------------CCC-T------ACCGA---TGG-C-TC--ATAA-GTCAT--AAGAAAGAA-CTGG-A-GACG--------GA-G-GGCAGCTT-----GAATT--A-T-TCGA------GTT--AGG-----T---T------A-AGTAACCTTG---GACATTTT-GC--TTGACTT-------------CGAA----AAAAGA----TC-A--T--TATCA-T-TGAGATG-C--TTGACTTCC-G--TTC-TGTG-AAAATG-TTT-CT-C-AATT------AA-G-TGCA-G---C--TT-----------CGACT--AAAA--C----TC-AAT------------GAT--G-TG-TATTTCAG--TT-TT----AAAGA-TA-A-C-C-AGA-TG--AAA-A--G----TG-TTTTT--AG---ATA-TTTTTTAAAGCCAACA--AAA-ATG-A----TTGGAAGAGAccc
gi|9 : -TA----ACC-CAAATAATCCA----GT--TT--A-TATTCCG-CC--------------C-C-TTTTTTTATCGAATCTCG-C-TCTCATAATGTCGG--AG---AGAA-C--------TGA-AC-------G-GAC---T------GAATT--A-T-TCGA------TTT--A-GGT---TAA-T------A-A--------G---GAC-TTTT-GC--TTGACTTCGC-AA-AACAA-CGAA----AAAATA----TC-A--T--TATCA-T-TTGAATG-C--TTGACTTCCTA--TTC-TCTT-AAAAT--ATT-CT-C-AATC------AA-G-TGCACG---C--TT-----------TGACTAAAAAA--C----TC-AATCG---CTC-AGGATT--G-TG-TACTTCAT--TT-TTTAAAAAAAC-CAGA-G-G-A-------AAA-A--GAATATA-TTTTT--AA---A----TTTTTAAAGCC-AAG--AAA-A-A-A----TT-GAAGAAAaaaatcattttaacattttgtggaaaatatttatttcagaaaaagctaagcctgtcggacttttttctttgaaaaacgccaagtccggcgtacaatttttgaagccccgggcgtaaggaattt
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): GAGGAAAATATCATTTTACATTTAAATGGAAAATATTTAGTTTCAGAAAAAGCCTAAGCCTGTCGGACTTTTTCTTTGAAAAACGGCAAGTCTGAGGGTACAATTTTTAGGACCCTGGCCGTCGGGTCTTATGGATCTTCACGC
Unaligned ( gi|24 ): GCACAACATCAGAATAAATGTTCATTCAGGAAGAACAGATTCGT