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Reference ( gi|10 )           :          AAATAC-ACTT-CC--A-A-AAAAATTGACAT-TT---G-T---CCAAAT---CTCAGGTGCAAACCTCTTT
gi|5                          :          AAATAC-ACTC-CC--T-A-AAAAATTGACATATTATAG-T---CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTT
gi|16                         :       taaAAATAC-ACTT-CC--T-A-AAAA-CTGACAT-TA---G-T---CCAAAC---CTCAGGTGCAAAC
gi|9                          :         aAAATAC-ACTT-CC--T-A-AAAATTTGACA-------G-TC--CCAAATTAACTCAGGTGCGAACCTCTTT
gi|12                         :          AAATAC-ACTT-CCCGA-A-AAAAAT--ACAT-TA---G-T---CCATAT---CTCGGGTGCGAACCTa
gi|4                          :         aAAATAT-ACTT-TC--A-A-AAGAATTGACAA-TA---G-T---ACAAAA---CTCATGTGTGAGCCTCTTTat
gi|19                         :  gaacttagAAATAT-ACTT-CC--T-T-AAAAATTGACAT-TA---G-T---CCCAA----CTCAGGTGCA
gi|13                         :        aaAAATAC-ACTT-CC--T-A-AAAAGTTGACAT-TG---C-T---CTAAAC---CTCAGGAGGAAATCCC
gi|20                         :         aAAATATTACTT-CC--TTA-AAAAATTGACAT-TA---G-T---CCCAA----CTCAGGTGC
gi|1                          :         aAAATAT-ACTT-TCT-A-A-GAGAACTGACAA-TT---ACT---ATAAAA---CTCAGGTTCAAATCTCTT
gi|15                         : tagaattcaaAATAC-ACTT-CC--T-C-GAAAACGGACGT-TA---G-T---CCAAAT---GTCAGGTGCAAACCTCc
gi|17                         :           AATAC-ACTT-CCC-A-A-AGAAACTGATAT-AA---G-T---CCAAAC---CGCAGGTTCGAAC
gi|3                          :            ATAC-ACTT-CCC-A-A-AGAAACTGATAT-TA---G-T---CCAAAC---CGCAGGTTGAA--CTCTTT
gi|2                          :            ATTC-ACTTTCC--T-A-AAAAAT-GGCAT-T----G-C---TAAAAT---CCTAGGTGCGAACCTCTTTaggagtttgaga
gi|11                         :  ggaataacaaacAC-ACTT-GA--A-ATAAAAATTGACAT-TT---A-TGTTCCAAAA---CTCAGGTGCGAACCTCTT
gi|18                         :                  CTT-CC--C-A-AAATAT-GACAT-TG---C-T---CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
gi|8                          :                  CCT-CC--A-A-AA--ATTGACAT-TG---C-T---CCTAAT---CTAAGGTGTGAACTTCTTTt
gi|7                          :                      taaattt-AAAAATTGACTT-TA---G-T---TCAAAT---CCCAGGTACGAACCTCTTaagt
gi|14                         :               aaagaaggctccct-AAAAATCAACAT-TA---C-T---CCCAAT---CTAAGGTGCAAACCTGTTTaaag
gi|22                         :                           aaatttgctTGACAT-CA---C-T---CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTaaa
gi|21                         :                                                 -T---CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTGTAGAAGTCAGAAACATACTCCCAGGATTGACAAAACTACAAAACTCGGGTTCCAACC






Alignments
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lowQualScore                  :                   7    2  4444 2  4 2        1 5555 777   0     3333                   
consensus                     :             AAATAC-ACTT-CC--T-A-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
Reference ( family-10994 )    :             AAATAC-ACTT-CC--N-A-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
gi|1                          :             AAATAT-ACTT-TC--T-A-AG-AGAACTGACAAT----T---ACT-ATAAAA---CTCAGGTTCAAATCTCTT
gi|10                         :   tagaattcaaAAATAC-ACTT-CC--A-A-AA-A-AATTGACA-T----T---TGT-CCAAAT---CTCAGGTGCAAACCTCTTTc
gi|11                         :                 AC-ACTT-GA--A-ATAA-A-AATTGACA-T----TTATGTT-CCAAAA---CTCAGGTGCGAACCTCTT
gi|12                         :             AAATAC-ACTT-CCCGA-A-AA-A-AAT--ACA-T----T---AGT-CCATAT---CTCGGGTGCGAACCT
gi|13                         :            aAAATAC-ACTT-CC--T-A-AA-A-AGTTGACA-T----T---GCT-CTAAAC---CTCAGGat
gi|15                         :             aAATAC-ACTT-CC--T-C-GA-A-AACGGACG-T----T---AGT-CCAAAT---GTCAGGTGCAAACCTCaggaaatccc
gi|16                         :             AAATAC-ACTT-CC--T-A-AA-A-A-CTGACA-T----T---AGT-CCAAAC---CTCAGGTGCAAAC
gi|17                         :             aAATAC-ACTT-CC--C-A-AAGA-AACTGATA-T----A---AGT-CCAAAC---CGCAGGTTCGAAC
gi|18                         :                     CTT-CC--C-A-AA-A-TAT-GACA-T----T---GCT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
gi|19                         :             AAATAT-ACTT-CC--T-T-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCCAA----CTCAGGTGCt
gi|2                          :             aaATTC-ACTTTCC--T-A-AA-A-AAT-GGCA-T----T----GC-TAAAAT---CCTAGGTGCGAACCTCTTTa
gi|20                         : ggaataacaaacAAATATTACTT-CC--TTA-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCCAA----CTCAGGTGC
gi|21                         :                                                         aT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
gi|22                         :                                        cTGACA-T----C---ACT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTaaaatgat
gi|3                          :               ATAC-ACTT-CC--C-A-AAGA-AACTGATA-T----T---AGT-CCAAAC---CGCAGGT-TGAA-CTCTTT
gi|4                          :             AAATAT-ACTT-TC--A-A-AA-G-AATTGACA-A----T---AGT-ACAAAA---CTCATGTGTGAGCCTCTTTaggagtttgaga
gi|5                          :     gaacttagAAATAC-ACTC-CC--T-A-AA-A-AATTGACA-TATTAT---AGT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTT
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gi|8                          :            aaagaaggcCCT-CC------AA-A-AATTGACA-T----T---GCT-CCTAAT---CTAAGGTGTGAACTTCTTTaaag
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTGTAGAAGTCAGAAACATACTCCCAGGATTGACAAAACTACAAAACTCGGGTTCCAACC
Unaligned ( gi|14 ): AAATTTGCTAAAAATCAACATTACTCCCAATCTAAGGTGCAAACCTGTTTAAA






Alignments
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lowQualScore                  :                   .    .   .. .  . .        . .... ...   .     ....                   
lowQualScore                  :                   7    4   66 2  4 2        1 5555 777   0     3333                   
consensus                     :             AAATAC-ACTT-CCT--A-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
Reference ( family-10994 )    :             AAATAC-ACTT-CCT--A-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
gi|1                          :             AAATAT-ACTT-TCT--A-AG-AGAACTGACAAT----T---ACT-ATAAAA---CTCAGGTTCAAATCTCTT
gi|10                         :   tagaattcaaAAATAC-ACTT-CCA--A-AA-A-AATTGACA-T----T---TGT-CCAAAT---CTCAGGTGCAAACCTCTTTc
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gi|12                         :  acacttgaaatAAATAC-ACTT-CCCGAA-AA-A-AAT--ACA-T----T---AGT-CCATAT---CTCGGGTGCGAACCT
gi|13                         :            aAAATAC-ACTT-CCT--A-AA-A-AGTTGACA-T----T---GCT-CTAAAC---CTCAGGat
gi|15                         :             aAATAC-ACTT-CCT--C-GA-A-AACGGACG-T----T---AGT-CCAAAT---GTCAGGTGCAAACCTCaggaaatccc
gi|16                         :             AAATAC-ACTT-CCT--A-AA-A-A-CTGACA-T----T---AGT-CCAAAC---CTCAGGTGCAAAC
gi|17                         :             aAATAC-ACTT-CCC--A-AAGA-AACTGATA-T----A---AGT-CCAAAC---CGCAGGTTCGAAC
gi|18                         :                     CTT-CCC--A-AA-A-TAT-GACA-T----T---GCT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
gi|19                         :             AAATAT-ACTT-CCT--T-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCCAA----CTCAGGTGCt
gi|2                          :             aaATTC-ACTTTCCT--A-AA-A-AAT-GGCA-T----T----GC-TAAAAT---CCTAGGTGCGAACCTCTTTa
gi|20                         : ggaataacaaacAAATATTACTT-CCTT-A-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCCAA----CTCAGGTGC
gi|21                         :                                                        aT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
gi|22                         :                                       cTGACA-T----C---ACT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTaaaatgat
gi|3                          :               ATAC-ACTT-CCC--A-AAGA-AACTGATA-T----T---AGT-CCAAAC---CGCAGGT-TGAA-CTCTTT
gi|4                          :             AAATAT-ACTT-TCA--A-AA-G-AATTGACA-A----T---AGT-ACAAAA---CTCATGTGTGAGCCTCTTTaggagtttgaga
gi|5                          :     gaacttagAAATAC-ACTC-CCT--A-AA-A-AATTGACA-TATTAT---AGT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTT
gi|7                          :                  taaCTC-CCT--A-AA-A-A-TTGACT-T----T---AGT-TCAAAT---CCCAGGTACGAACCTCTT
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTGTAGAAGTCAGAAACATACTCCCAGGATTGACAAAACTACAAAACTCGGGTTCCAACC
Unaligned ( gi|14 ): AAATTTGCTAAAAATCAACATTACTCCCAATCTAAGGTGCAAACCTGTTTAAA






Alignments
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lowQualScore                  :                   .    .   .. .  . .        . .... ...   .     ....                   
lowQualScore                  :                   7    4   66 2  4 2        1 5555 777   0     3333                   
consensus                     :             AAATAC-ACTT-CCT--A-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
Reference ( family-10994 )    :             AAATAC-ACTT-CCT--A-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
gi|1                          :             AAATAT-ACTT-TCT--A-AG-AGAACTGACAAT----T---ACT-ATAAAA---CTCAGGTTCAAATCTCTT
gi|10                         :   tagaattcaaAAATAC-ACTT-CCA--A-AA-A-AATTGACA-T----T---TGT-CCAAAT---CTCAGGTGCAAACCTCTTTc
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gi|12                         :  acacttgaaatAAATAC-ACTT-CCCGAA-AA-A-AAT--ACA-T----T---AGT-CCATAT---CTCGGGTGCGAACCT
gi|13                         :            aAAATAC-ACTT-CCT--A-AA-A-AGTTGACA-T----T---GCT-CTAAAC---CTCAGGat
gi|15                         :             aAATAC-ACTT-CCT--C-GA-A-AACGGACG-T----T---AGT-CCAAAT---GTCAGGTGCAAACCTCaggaaatccc
gi|16                         :             AAATAC-ACTT-CCT--A-AA-A-A-CTGACA-T----T---AGT-CCAAAC---CTCAGGTGCAAAC
gi|17                         :             aAATAC-ACTT-CCC--A-AAGA-AACTGATA-T----A---AGT-CCAAAC---CGCAGGTTCGAAC
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gi|19                         :             AAATAT-ACTT-CCT--T-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCCAA----CTCAGGTGCt
gi|2                          :             aaATTC-ACTTTCCT--A-AA-A-AAT-GGCA-T----T----GC-TAAAAT---CCTAGGTGCGAACCTCTTTa
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gi|21                         :                                                        aT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
gi|22                         :                                       cTGACA-T----C---ACT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTaaaatgat
gi|3                          :               ATAC-ACTT-CCC--A-AAGA-AACTGATA-T----T---AGT-CCAAAC---CGCAGGT-TGAA-CTCTTT
gi|4                          :             AAATAT-ACTT-TCA--A-AA-G-AATTGACA-A----T---AGT-ACAAAA---CTCATGTGTGAGCCTCTTTaggagtttgaga
gi|5                          :     gaacttagAAATAC-ACTC-CCT--A-AA-A-AATTGACA-TATTAT---AGT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTT
gi|7                          :                  taaCTC-CCT--A-AA-A-A-TTGACT-T----T---AGT-TCAAAT---CCCAGGTACGAACCTCTT
gi|8                          :        aaagaaggTAA-ATTT-CCT--CCAA-A-AATTGACA-T----T---GCT-CCTAAT---CTAAGGTGTGAACTTCTTTaaag
gi|9                          :             AAATAC-ACTT-CCT--A-AA-A-ATTTGAC-----------AGTCCCAAATTAACTCAGGTGCGAACCTCTTTaagt


blockSeqs                     :                   T    T   GA C  G .        . ATTA TAT   C     TTAA
blockSeqs                     :                   .    .   T  .  G .        . .    .     .     T   
blockSeqs                     :                   .    .   .  .  . .        . .    .     .     A   
blockSeqs                     :                   .    .   .  .  . .        . .    .     .     T   
blockSeqs                     :                   .    .   .  .  . .        . .    .     .     C   
blockSeqs                     :                   .    .   .  .  . .        . .    .     .     T   
blockSeqs                     :                   .    .   .  .  . .        . .    .     .     C   
blockSeqs                     :                   .    .   .  .  . .        . .    .     .     C   
blockSeqs                     :                   .    .   .  .  . .        . .    .     .     T   
blockSeqs                     :                   .    .   .  .  . .        . .    .     .     T   
blockSeqs                     :                   .    .   .  .  . .        . .    .     .     T   
blockSeqs                     :                   .    .   .  .  . .        . .    .     .     T   
blockSeqs                     :                   .    .   .  .  . .        . .    .     .     C   
blockSeqs                     :                   .    .   .  .  . .        . .    .     .     A   
blockSeqs                     :                        .   .  .  . .        . .    .     .     T   
blockSeqs                     :                        .   .  .  . .        . .    .     .     T   
blockSeqs                     :                               .  . .        . .    .     .     T   
blockSeqs                     :                                             . .    .     .     .   
blockSeqs                     :                                                          .     .   


blockSeqCons                  :             
originalCons                  :             AAATAC-ACTT-CCT--A-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
finalCons                     :             AAATAC-ACTT-CCT--A-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTGTAGAAGTCAGAAACATACTCCCAGGATTGACAAAACTACAAAACTCGGGTTCCAACC
Unaligned ( gi|14 ): AAATTTGCTAAAAATCAACATTACTCCCAATCTAAGGTGCAAACCTGTTTAAA






Alignments
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lowQualScore                  :                   .    .   .. .  . .        . .... ...   .     ....                   
lowQualScore                  :                   7    4   66 2  4 2        1 5555 777   0     3333                   
consensus                     :             AAATAC-ACTT-CCT--A-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
Reference ( family-10994 )    :             AAATAC-ACTT-CCT--A-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
gi|1                          :             AAATAT-ACTT-TCT--A-AG-AGAACTGACAAT----T---ACT-ATAAAA---CTCAGGTTCAAATCTCTT
gi|10                         :   tagaattcaaAAATAC-ACTT-CCA--A-AA-A-AATTGACA-T----T---TGT-CCAAAT---CTCAGGTGCAAACCTCTTTc
gi|11                         :                               -AA-A-AATTGACA-T----TTATGTT-CCAAAA---CTCAGGTGCGAACCTCTT
gi|12                         :  acacttgaaatAAATAC-ACTT-CCCGAA-AA-A-AAT--ACA-T----T---AGT-CCATAT---CTCGGGTGCGAACCT
gi|13                         :            aAAATAC-ACTT-CCT--A-AA-A-AGTTGACA-T----T---GCT-CTAAAC---CTCAGGat
gi|15                         :             aAATAC-ACTT-CCT--C-GA-A-AACGGACG-T----T---AGT-CCAAAT---GTCAGGTGCAAACCTCaggaaatccc
gi|16                         :             AAATAC-ACTT-CCT--A-AA-A-A-CTGACA-T----T---AGT-CCAAAC---CTCAGGTGCAAAC
gi|17                         :             aAATAC-ACTT-CCC--A-AAGA-AACTGATA-T----A---AGT-CCAAAC---CGCAGGTTCGAAC
gi|18                         :                     CTT-CCC--A-AA-A-TAT-GACA-T----T---GCT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
gi|19                         :             AAATAT-ACTT-CCT--T-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCCAA----CTCAGGTGCt
gi|2                          :             aaATTC-ACTTTCCT--A-AA-A-AAT-GGCA-T----T----GC-TAAAAT---CCTAGGTGCGAACCTCTTTa
gi|20                         : ggaataacaaacAAATATTACTT-CCTT-A-AA-A-AATTGACA-T----T---AGT-CCCAA----CTCAGGTGC
gi|21                         :                                                        aT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTTT
gi|22                         :                                       cTGACA-T----C---ACT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTaaaatgat
gi|3                          :               ATAC-ACTT-CCC--A-AAGA-AACTGATA-T----T---AGT-CCAAAC---CGCAGGT-TGAA-CTCTTT
gi|4                          :             AAATAT-ACTT-TCA--A-AA-G-AATTGACA-A----T---AGT-ACAAAA---CTCATGTGTGAGCCTCTTTaggagtttgaga
gi|5                          :     gaacttagAAATAC-ACTC-CCT--A-AA-A-AATTGACA-TATTAT---AGT-CCAAAT---CTCAGGTGCGAACCTCTT
gi|7                          :                  taaCTC-CCT--A-AA-A-A-TTGACT-T----T---AGT-TCAAAT---CCCAGGTACGAACCTCTT
gi|8                          :        aaagaaggTAA-ATTT-CCT--CCAA-A-AATTGACA-T----T---GCT-CCTAAT---CTAAGGTGTGAACTTCTTTaaag
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2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|6 ): TTGTAGAAGTCAGAAACATACTCCCAGGATTGACAAAACTACAAAACTCGGGTTCCAACC
Unaligned ( gi|14 ): AAATTTGCTAAAAATCAACATTACTCCCAATCTAAGGTGCAAACCTGTTTAAA