lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111
lowQualScore : 333333333333333333333 33333333333 11111111111 11 1 555555555555555555 1111 1111 22222222222222222222222222222222222222222222222222 22 1 000000000000000000
lowQualScore : 4 44 3 44 6 111111111111111111111 3 6 3 3 44 55555 666 7777 0 4 0 33333333333 777 4 55 88888 1 5 666 7777 0 66666666666 2 33 66 555 888888 3 6 6 44 6 6666 3 7 4 1 1 3 000000000000000000 0 3333 33 0000 99999 77 1 22222222222222222222222222222222222222222222222222 22 5 000000000000000000
lowQualScore : . .. . .. . ..................... . . . . .. ..... ... .... . . . ........... ... . .. ..... . . ... .... . ........... . .. .. ... ...... . . . .. . .... . . . . . . .................. . .... .. .... ..... .. . .................................................. .. . ..................
lowQualScore : 0 88 6 66 7 444444444444444444444 3 7 8 1 00 11111 444 7777 8 1 8 66666666666 000 0 55 22222 4 8 444 7777 5 00000000000 9 99 66 444 888888 1 2 2 22 2 5555 1 3 0 9 9 4 222222222222222222 5 5555 66 6666 99999 99 4 66666666666666666666666666666666666666666666666666 33 5 000000000000000000
consensus : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA---------G-GT--------T-AA-CGCAGTG-TTAAA-TC--CT-A---ATCAA----GTGATTAGCTA--------A-AC---AATG-GTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---AA----AGCA-----AT--TNA-ACAC--AGTGGTTA---GCT------A-A-C-ACC-G-TGT----T-AACTG-A-GTTAACCACTCGCTAACCA---T-----TTGATTACCCATAAT---GCACGT----TTACTTCC---TATGTAAACA--ATAAG----ACTG-------------A--------AG--------NATCC-----AAGAT-TAATGAAACGATTANCCCCTCCACCTTCAAANGATATTATTCT
Reference ( gi|2 ) : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA---------G-AT--------T-AA-CGCAGTG-TTAAA-TC--CT-A---ATCAA----GTGATTAGCTA--------A-AC---AATG-GTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---AA----AGCA-----GT--TGA-ACAC--AGTTGTTA---GCT------A-A-C-ACC-G-TGT----T-AACTG-A-GTTACCCACTCGCGAATCA---T-----TTGATTACCCATAAT---ACACGT----TTACTTCC---TGTGTAAACA--ATAAA----ACTT-------------A--------AG--------TAT-------AAGAT-CAATGAAATGATTAT--------TCTT----GGATATTATTCT
gi|7 : AAATTTAT-C-ACAG-CTCGG-TTA---------G-GT--------TTAA-CGCAGTG-TTAAA-TC--CT-A---ATCAA----GTGATTAGCTA--------A--C--------GC-----ATT-C---TGTTTTTCA---AA----AGCA-----AT--TTA-ACGCGAAG---------GCT------ACG-C-AGT-GCTGT----T-AACTG-A-GTTAACCACTTGCTAACCA---C-----ATGATTAACCATAAT---GCACTT----TCACTTCC---TATGTAAATA--ATAA
gi|11 : aagctggttAACTTTAA-C-ACAG-T--GG-TTAC--------G-GT--------T-AA-CGCAGTG-TTAAA-TC--CT-A---ACTAA----GTGATTAGTTA--------ACAC---AATA-GTTA--A-TT-CCTGTGTTTTTCG---AA----AGCA-----AT--TTA-ACAC--AGTGGTGA---GCT------A-A-C-ACC-G-TGT----T-AACTG-A-GTTA
gi|6 : ggcccgggttttcgaaaagtagttAAAT---A-C-ACGGCT--GGATTA---------G-GT--------T-AAGCGCAGTG-T-AAA-TC--CTGA---ATCAA----GTG-TTAGCTA--------T-ACATAAATG-GTTAAGAATTCC---TG-ATTTCGCACAA----GACA-----ATCCTGACCCAC--AATGGTCA---GCCGTAACAA-A-C-ATC-GCTGTATAAC-AACTT-A-GTTAACCACTac
gi|3 : gggcccggtttctttcgaacagtggtggttaacttatctAAATTTAA-C--CAG-T--GG-TTA---------G-CC--------T-AA-C-CACTG-GTCAA-CT--TG-A---ACCAA----Ggtc
gi|12 : ccgaactaggttgctcaaaacAACTTAAAC-ACAG-T--GA-TTAA--------G-AT--------T-AA-CGCAGTG-TTAAA-TC--TT-A---ATCGA----GTGATCATCTA--------ATAC---AATG-GTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---AA----AGCA-----AA--TCA-ACAC--AGTGGTgctatccactaggtaactagccactggttaaattcctgttgctcaaactgaatttagcccaagggataactaaccgctggttaagtacatttaaccagtggttagtaccccataattcaacaattgacgttcgtatatgtaaacaataa
gi|8 : gggtccagtgtatcgaaatgcggttAATTGAA-C-ACAC-T--GG-TTA---------G--C--------T-AA-CACTGTG-TTAAa
gi|3 : ggtttagcgggttaacattaacgcagaaagttctaatcgtttgataagctacatgtataatacaatggtttaattctgtttgaaagcAAGTTGA-C--CAG-T--GG-TTA---------G-GC--------T-AA-C-CACTGGTTAAA-TTTGCT-ATCCACTAG----GTAACTAGC-------------C---ACTG-GTTA--AATTCC---TGTTGCTCA---AA----CTGA-----AT--TTA-GCCC--AAGGGATA---ACT------A-ACC-GCT-G--GT----T-AAGTACA-TTTAACCAGTGG----------------TTAGTACCCCATAATTCAACA-AT----TGACGTTCGTATATGTAAACA--ATAActtcagtaccactttacccataatacatatgtacttcctttgtaaatgatcagactgtttcaaaaaacc
gi|1 : ccgaactaggttgctcaaaaccttggttcTTTAA-CTACAG-T--GGATTAA--------G-GT--------T-AA-CGCAGTG-TTAA--TC--CT-A-----CAA----GTGAT-AGC-A--------C-AC---AATG-GTTA--AATT-C---TGTTT--CG---AA----AGCA-----AT--TTA-ACAC--AGTGGTTA---GC-------A-A-C-ACCTG-TGT----T-AACTG-AAGTTAACCAC-CGCTAACCA---TAAAATTTGATTACC-ATAAT---GCACGT----TTACTTCC---TATGTAAACA--AT-AA----GCTTTTGTTTTAGATTGA--------AC--------CATCCCATCCAAGATGTAATGAAATGA-TATCCCCTCCACCTT----GGATATTATTCT
gi|5 : ggcccagttttttggagaaggtggttaacttTTTAA-C-ACAG-A--GG-TTATCATAATAGG-ATAATAAGTGT-AA-CGCAGTG-TTAAG-TA--TT-A---AACAA----GTGATCAGCTA--------ACAC---AATG-ATTA--AATT-C---TTTTTATCG---AAATATAGCACAATGGT--TGA-A-------TTGCTACATG-T------A-A-C-ACT-G-TGT----T-AACTG-A-GTTGACTACTGGCTAACTA---T-----ttctactgatatatag
gi|4 : ggggcccagttatattcgaagggtggtcagcTTTAA-C-AGAA-T--GG-TTG---------G-GT--------T-AAGCGCAGTG-TTAGG-TC--CG-A---ATCAA----CTAATAAGCTA--------ATAG---AATG-GTTA--AATT-C---TAAAGGTCA---AT----ATCA-----AT--TTC-ACAC--AATGATTA---CTT------A-A-C-ATT-G-GGT----T-AATTG-A-GT--------------TCG---T-----TTGA----------------ACTT----TTAAGTCC---TATGTAAATATTATAAAAAATAATG-------------A--------AG--------AATTCA----AAGAT-AAATTAAAagt
gi|13 : tggtctatgtattctgggttCAG-T--GG-TTA---------G-CT--------T-AA-C-CAGTG-TT
gi|8 : agttaaccagtggtcaaattgtcttaccaatggttaaatattgaccaaagttaactagtctgcacattgcac--GG-TTA---------ACAT--------T-AA-CGCAG-----AAAGTT--CT-A---ATCGT----TTGATAAGCTACATGTATAATAC---AATG-GTTT--AATT-C---TGTTT---G---AA----AGCA-----AT--TGA-ACAC--ACTGGTTA---GCT------A-A-C-ACT-G-TGT----T-AACTTCA-GT-ACC-ACT----------------------TTACCCATAAT---ACATAT----GTACTTCC---TTTGTAAATG--ATCAG----ACTca
gi|11 : ggtttagcgG-TTAAC-TC-----A---GTTAACACGGTG-TTAGCTC--------A-CC---ACTGTGTTA--AATT------GCTTT-CG---AA----A--------------A-ACAC--AGGAATTA---ACT------A------TT-G-TGT----T-AACTA-A-gtttcaaaaaacc
gi|9 : ggcccgggttttcgaaaagtagttaactttaacacagtggttacggttaacgcagtgttaaatcctaactaagtgaTT-C---TTGTTTTCG---AA----AG-----------TG------------GTTA---ACT------A-A-C-ATC-A-TGT----T-GACTG-A-GTTCACTACTTGCTAATCA---A-----TTGATAACCCATAAT---TCACGT----TTACTTCC---CATGTAAACA--ATAAG----ACTG-------------ATTGATTTTAGATTGAAATTAA-------AAGAT-TAATGAAACGATTAA--------TTTTCAAATAATATTATTCT
gi|1 : CA-----GT--T-A-ACAC--AGGTGTT----GCT------A-A-CCACT-G-TGT----T-AAttctgatatgatatatag
gi|11 : ggcccagttttttggagaaggtggttaactttttaactacagtggattaaggttaacgcagtgttaatcctacaagtgatagcacacaatggttaaattctgtttcgaaagcaatCA-----GT--T-A-ACAC--GGT-GTTA---GCT------C-A-CCACT-G-TGT----T-AAaagttaaccaccgctaaccataaaatttgattaccataatgcacgtttacttcctatgtaaacaataagcttttgttttagattgaaccatcccatccaagatgtaatgaaatgatatcccctccaccttggatattattctttctactgatatatag
gi|8 : ggcccgggttttcgaaaagtagttaactttaacacagtggttacggttaacgcagtgttaaatcctaactaagtgattagttaacacaatagttaattcctgtgtttttcgaaagcaatA-----GT--T-A-ACAC--AGT-GTTA---GCT------A-ACC-AGT-G-TGT----TCAATTG-agttaac
gi|15 : ggtttagcgggttaacattaacgcagaaagttctaatcgtttgataagctacatgtataatacaatggtttaattctgtttgaaagACTCCCGGACCAAGAT-----TTGATTACCCATAAT---GCACGTAAACTTACTTCC---TATGTtcagtaccactttacccataatacatatgtacttcctttgtaaatgatcagactgtttcaaaaaacc
gi|19 : accactgcttaattatggaaatgaGATTACCCATGAT---GCATTT----TAACTTCC---TTTGTAAACA--ATAA
5 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGACTGGGTTGCTTAAAACCTGACAATTAAGCTTTTCTAATCCACTGGTTAACTTTTAGCAATTGGTTAAAATGGGTTAATCAGGCATTGGTTAAATTAACTCATCAATGGCTAAATACTGACCAAAGATAACCAATATACAGAGGTAAGTTAAGGCCTTTAACCAGTGGTTAA
Unaligned ( gi|14 ): ATTAACTTTTAGCCACTGATCAAATTCTGTTGCTCAAAAGTTAACCACTGGATAAAATGCCTAACCAATGGTTAAATATTGACCAAA
Unaligned ( gi|16 ): CAGGACTTGGTTGCTCAAAACCTTGCTTAATTTTTACCACTGGTTAGGCTA
Unaligned ( gi|17 ): TTTTGACTGGGTTTCTCAAAAACCTTGGTTCAGCTCAACCAGTGGTTA
Unaligned ( gi|18 ): CGCATTTTCGAAAGGTGGTTAACTTTAACATAGTAGTTAGGTT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333 11 3333333333 11111 2222222222222222222 11111111111 333333333333333333 888888888888888888888888888 11 999999999999999999
lowQualScore : 4 4 4 55 7 1111111111111111 3 3 3 3 6 2 3 3 3 00 3 666 2 9999999999 666 55 2 7 666 3 8 555 6 6666 3 3 44 1 00000 7777777777777777777 3 77 3 6666 4 8 2 8888888 77777777777 3 1 0 9999 66 66 000000000000000000 999999999999999999999999999 11 0 7 111111111111111111
lowQualScore : . . . .. . ................ . . . . . . . . . .. . ... . .......... ... .. . . ... . . ... . .... . . .. . ..... ................... . .. . .... . . . ....... ........... . . . .... .. .. .................. ........................... .. . . ..................
lowQualScore : 4 4 0 00 3 4444444444444444 3 3 3 3 7 5 3 3 6 00 6 444 9 1111111111 444 00 1 3 444 6 7 444 2 5555 1 1 22 0 88888 8888888888888888888 1 66 1 5555 0 0 2 9999999 33333333333 9 9 1 4444 11 99 000000000000000000 555555555555555555555555555 22 7 3 777777777777777777
consensus : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA----------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-G-TTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------ACAC---AATGGTTA--AATT-C---T-GTTTTTCG---AAA-GC----A-A-T--TNA-----ACACAGTGGTTA----GC------T------AA-CGCC-G-TGT----TAAC-TG-AGTTAACCACTCGCTA--ACC-----A---TTTGATTACCCATAATGCACGT----T--TACTTCCTATGTAAACA--ATA------------AG----ACTGA--------A-----G-----NATT-C-AAGAT-TAATGAAACGATTAT-------ATCTT----GGATATTATTCT
Reference ( family-1070 ) : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA----------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-G-TTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------A-AC---AATGGTTA--AATT-C---T-GTTTTTCG---AAA-GC----A-A-T--TNA-----ACACAGTGGTTA----GC------T------AA-CACC-G-TGT----TAAC-TG-AGTTAACCACTCGCTA--ACC-----A---TTTGATTACCCATAATGCACGT----T--TACTTCCTATGTAAACA--ATA------------AG----ACTGA--------A-----G-----NATC-C-AAGAT-TAATGAAACGATTANCCCCTCCACCTTCAAANGATATTATTCT
gi|1 : TTTAA-CTACAG-T--GGATTAA---------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-G-TTAA--TC--CT-A-----CAAGTGAT-AGC-A--------C-AC---AATGGTTA--AATT-C---T-GTTT--CG---AAA-GC----A-A-T--TTA-----ACACAGTGGTTA----GC-------------AA-CACCTG-TGT----TAAC-TGAAGTTAACCAC-CGCTA--ACCATAAAA---TTTGATTA-CCATAATGCACGT----T--TACTTCCTATGTAAACA--ATAAGCTTTTGTTTTAG----ATTGA--------ACCATCC-----CATC-C-AAGATGTAATGAAATGA-TATCCCCTCCACCTT----GGATATTATTCT
gi|11 : ggcccagttttttggagaaggtggttaacttTTTTCG---AAAAGT----A-G-T--TAACTTTAACACAGTGGTTACG--GT------T------AA-CGCA-G-TGT----TAAttctactgatatatag
gi|11 : ggcccgggAACTTTAA-C-ACAG-T--GG-TTAC---------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-G-TTAAA-TC--CT-A---ACTAAGTGATTAGTTA--------ACAC---AATAGTTA--A-TT-CCTGT-GTTTTTCG---AAA-GC----A-A-T--TTA-----ACACAGTGGTGA----GC------T------AA-CACC-G-TGT----TAAC-TG-AGTTAACatcctaactaagtgattagttaacacaatagttaattcctgtgtttttcgaaagcaatttaacacagtggtgagctaacaccgtgttaactgagttaac
gi|12 : ggcccgggttttcgaaaagtagttTCG---AAATGCGGTTA-ACT--TAA-----ACACAGTGATTAAG--AT------T------AA-CGCA-G-TGT----TAA
gi|12 : gggtccagtgtaAACTTAAAC-ACAG-T--GA-TTA----------------A-GAT-T-AA-CGCAGT-G-TTAAA-TC--TT-A---ATCGAGTGATCATCTA--------ATAC---AATGGTTA--AATT-C---T-GTTTTTCG---AAA-GC----A-A-A--TCA-----ACACAGTGGTatcttaatcgagtgatcatctaatacaatggttaaattctgtttttcgaaagcaaatcaacacagtggta
gi|13 : gggtccagtgtatcgaaatgcggtt-G-T-T-AA-C-CAGT-GGTCAAA-TTGTCT-T---ACCAA-TGGTTAAATATTG-----A-CC---AA-AGTTA--A----C---TAGTCT-----------GC----ACA-T--TGC-----AC-CAGTGGTTA----GCT-----T------AA-C-CA-G-TGT----Ta
gi|13 : aCAG-T--GG-TTA----------------G-C-T-T-AA-C-CAGT-G-TTca
gi|15 : agttaaccagtggtcaaattgtcttaccaatggttaaatattgaccaaagttaactagtctgcacattgcacACTCCCGG--ACC-----AAGATTTGATTACCCATAATGCACGTAAACT--TACTTCCTATGTca
gi|19 : accactgcttaattatggaaatgaGATTACCCATGATGCATTT----T--AACTTCCTTTGTAAACA--ATA------------A
gi|2 : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA----------------G-A-T-T-AA-CGCAGT-G-TTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------A-AC---AATGGTTA--AATT-C---T-GTTTTTCG---AAA-GC----A-G-T--TGA-----ACACAGTTGTTA----GC------T------AA-CACC-G-TGT----TAAC-TG-AGTTACCCACTCGCGA--ATC-----A---TTTGATTACCCATAATACACGT----T--TACTTCCTGTGTAAACA--ATA------------AA----ACTTA--------A-----G-----TAT----AAGAT-CAATGAAATGATTAT--------TCTT----GGATATTATTCT
gi|3 : AAGTTGA-C--CAG-T--GG-TTA----------------G-G-C-T-AA-C-CACTGG-TTAAA-TTTGCT-ATCCACTAGGTAACTAGC-------------C---ACTGGTTA--AATTCC---T-GTTGCTCA---AAC-TG----A-A-T--TTA-----GCCCAAGGGATA----AC------T------AACCGCT-G--GT----TAAG-TACATTTAACCAGTGGTTAGTACC-----C---CATAATT--CAACAATTGACGT----TCGTA-----TATGTAAACA--ATA------------A
gi|4 : ccgaactaggttgctcaaaaccttggttcTTTAA-C-AGAA-T--GG-TTG----------------G-G-T-T-AAGCGCAGT-G-TTAGG-TC--CG-A---ATCAACTAATAAGCTA--------ATAG---AATGGTTA--AATT-C---T-AAAGGTCA---ATA-TC----A-A-T--TTC-----ACACAATGATTA----CT------T------AA-CATT-G-GGT----TAAT-TG-AGTT----------------C-----G---TTTGA-------------ACTT----T--TAAGTCCTATGTAAATATTATA------------AAAAATAATGA--------A-----G-----AATT-CAAAGAT-AAATTAAA
gi|5 : tggtctatgtattctgggttTTTAA-C-ACAG-A--GG-TTATCATAATAGGATAATAA-G-TGT-AA-CGCAGT-G-TTAAG-TA--TT-A---AACAAGTGATCAGCTA--------ACAC---AATGATTA--AATT-C---T-TTTTATCG---A---------A-A-T--ATA-----GCACAATGGTTGAATTGCTACATGT------AA-CACT-G-TGT----TAAC-TG-AGTTGACTACTGGCTA--ACT-----A---T
gi|6 : ggggcccagttatattcgaagggtggtcagcAAAT---A-C-ACGGCT--GGATTA----------------G-G-T-T-AAGCGCAGT-G-T-AAA-TC--CTGA---ATCAAGTG-TTAGCTA--------T-ACATAAATGGTTAAGAATTCC---T-G-ATTTCGCACAAG-AC----A-A-TCCTGAC----CCACAATGGTCA----GC------CGTAACAAA-CATC-GCTGTATAACAAC-TT-AGTTAACCACTagt
gi|7 : gggcccggtttctttcgaacagtggtggttaacttatctAAATTTAT-C-ACAG-CTCGG-TTA----------------G-G-T-TTAA-CGCAGT-G-TTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------ACGC---A-----------TT-C---T-GTTTTTCA---AAA-GC----A-A-T--TTA-----ACGCGAAGGCTAC---GC-------------AG-TGC----TGT----TAAC-TG-AGTTAACCACTTGCTA--ACC-----A---CATGATTAACCATAATGCACTT----T--CACTTCCTATGTAAATA--ATA------------Agtc
gi|8 : aagctggtt--GG-TTA----------------ACA-T-T-AA-CGCAG------AAAGTT--CT-A---ATCGTTTGATAAGCTACATGTATAATAC---AATGGTTT--AATT-C---T-GTTT---G---AAA-GC----A-A-T--TGA-----ACACACTGGTTA----GC------T------AA-CACT-G-TGT----TAACTTC-AGT--ACCACT------------------------TTACCCATAATACATAT----G--TACTTCCTTTGTAAATG--ATC------------AG----ACTG
gi|9 : ggtttagcgAGTGGTTA----AC------T------AA-CATC-A-TGT----TGAC-TG-AGTTCACTACTTGCTA--ATC-----A---ATTGATAACCCATAATTCACGT----T--TACTTCCCATGTAAACA--ATA------------AG----ACTGATTGATTTTA-----GATTGAAATTAA-AAGAT-TAATGAAACGATTA--------ATTTTCAAATAATATTATTCTtttcaaaaaacc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGACTGGGTTGCTTAAAACCTGACAATTAAGCTTTTCTAATCCACTGGTTAACTTTTAGCAATTGGTTAAAATGGGTTAATCAGGCATTGGTTAAATTAACTCATCAATGGCTAAATACTGACCAAAGATAACCAATATACAGAGGTAAGTTAAGGCCTTTAACCAGTGGTTAA
Unaligned ( gi|14 ): ATTAACTTTTAGCCACTGATCAAATTCTGTTGCTCAAAAGTTAACCACTGGATAAAATGCCTAACCAATGGTTAAATATTGACCAAA
Unaligned ( gi|16 ): CAGGACTTGGTTGCTCAAAACCTTGCTTAATTTTTACCACTGGTTAGGCTA
Unaligned ( gi|17 ): TTTTGACTGGGTTTCTCAAAAACCTTGGTTCAGCTCAACCAGTGGTTA
Unaligned ( gi|18 ): CGCATTTTCGAAAGGTGGTTAACTTTAACATAGTAGTTAGGTT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333 11111111 11111 222222222222 1111111 11111111111 333333333333333333 888888888888888888888888888 11 444444444444444444
lowQualScore : 4 4 4 55 7 1111111111111111 3 3 3 3 7 3 4 55 4 777 4 0 88888888 4 55 8 777 5 555 6 7777 3 44 1 11111 333333333333 4444444 88 44 4 8 2 8888888 77777777777 3 1 0 9999 66 66 000000000000000000 666666666666666666666666666 11 0 999999999999999999
lowQualScore : . . . .. . ................ . . . . . . . .. . ... . . ........ . .. . ... . ... . .... . .. . ..... ............ ....... .. .. . . . ....... ........... . . . .... .. .. .................. ........................... .. . ..................
lowQualScore : 4 4 0 00 3 4444444444444444 6 6 6 6 3 6 0 55 0 000 1 8 55555555 0 55 0 000 8 888 7 1111 3 66 0 77777 888888888888 2222222 33 66 0 0 2 9999999 33333333333 9 9 1 4444 11 99 000000000000000000 000000000000000000000000000 22 7 777777777777777777
consensus : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA----------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------ACAC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---AAA-GC----AA-T--TNA-----ACACAGTGGTTA----GC------TAA-------CGCC-GTGT--TAAC-TG-AGTTAACCACTCGCTA--ACC-----A---TTTGATTACCCATAATGCACGT----T--TACTTCCTATGTAAACA--ATA------------AG----ACTGA--------A-----G-----NATT-C-AAGAT-TAATGAAACGAT------TACATCTT----GGATATTATTCT
Reference ( family-1070 ) : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA----------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------ACAC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---AAA-GC----AA-T--TNA-----ACACAGTGGTTA----GC------TAA-------CGCC-GTGT--TAAC-TG-AGTTAACCACTCGCTA--ACC-----A---TTTGATTACCCATAATGCACGT----T--TACTTCCTATGTAAACA--ATA------------AG----ACTGA--------A-----G-----NATT-C-AAGAT-TAATGAAACGAT------TATATCTT----GGATATTATTCT
gi|1 : TTTAA-CTACAG-T--GGATTAA---------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-GTTAA--TC--CT-A-----CAAGTGAT-AGC----------ACAC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTT--CG---AAA-GC----AA-T--TTA-----ACACAGTGGTTA----GC-------AA-------CACCTGTGT--TAAC-TGAAGTTAACCAC-CGCTA--ACCATAAAA---TTTGATTA-CCATAATGCACGT----T--TACTTCCTATGTAAACA--ATAAGCTTTTGTTTTAG----ATTGA--------ACCATCC-----CATC-C-AAGATGTAATGAAATGATATCCCCTCCACCTT----GGATATTATTCT
gi|11 : ggcccagttttttggagaaggtggttaacttTTTTCG---AAAAGT----AG-T--TAACTTTAACACAGTGGTTACG--GT------TAA-------CGCA-GTGT--TAAttctactgatatatag
gi|11 : ggcccgggAACTTTAA-C-ACAG-T--GG-TTAC---------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ACTAAGTGATTAGTTA--------ACAC-AATAGTTA--A-TT-CCTGTGTTTTTCG---AAA-GC----AA-T--TTA-----ACACAGTGGTGA----GC------TAA-------CACC-GTGT--TAAC-TG-AGTTAACatcctaactaagtgattagttaacacaatagttaattcctgtgtttttcgaaagcaatttaacacagtggtgagctaacaccgtgttaactgagttaac
gi|12 : ggcccgggttttcgaaaagtagttTCG---AAATGCGGTTAACT--TAA-----ACACAGTGATTAAG--AT------TAA-------CGCA-GTGT--TAA
gi|12 : gggtccagtgtaAACTTAAAC-ACAG-T--GA-TTA----------------A-GAT-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--TT-A---ATCGAGTGATCATCTA--------ATAC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---AAA-GC----AA-A--TCA-----ACACAGTGGTatcttaatcgagtgatcatctaatacaatggttaaattctgtttttcgaaagcaaatcaacacagtggta
gi|13 : gggtccagtgtatcgaaatgcggttCAG-T--GG-TTA----------------G-C-T-T-AA-C-CAGT-GTTa
gi|15 : agttaaccagtggtcaaattgtcttaccaatggttaaatattgaccaaagttaactagtctgcacattgcacACTCCCGG--ACC-----AAGATTTGATTACCCATAATGCACGTAAACT--TACTTCCTATGTca
gi|19 : accactgcttaattatggaaatgaGATTACCCATGATGCATTT----T--AACTTCCTTTGTAAACA--ATA------------A
gi|2 : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA----------------G-A-T-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------A-AC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---AAA-GC----AG-T--TGA-----ACACAGTTGTTA----GC------TAA-------CACC-GTGT--TAAC-TG-AGTTACCCACTCGCGA--ATC-----A---TTTGATTACCCATAATACACGT----T--TACTTCCTGTGTAAACA--ATA------------AA----ACTTA--------A-----G-----TAT----AAGAT-CAATGAAATGAT------TAT-TCTT----GGATATTATTCT
gi|3 : AAGTTGA-C--CAG-T--GG-TTA----------------G-G-C-T-AA-C-CACTGGTTAAA-TTTGCT-ATCCACTAGGTAACTAGC-----------CAC---TGGTTA--AATTCC---TGTTGCTCA---AAC-TG----AA-T--TTA-----GCCCAAGGGATA----AC------TAAC------CGCT-G-GT--TAAG-TACATTTAACCAGTGGTTAGTACC-----C---CATAATT--CAACAATTGACGT----TCGTA-----TATGTAAACA--ATA------------A
gi|4 : ccgaactaggttgctcaaaaccttggttcTTTAA-C-AGAA-T--GG-TTG----------------G-G-T-T-AAGCGCAGT-GTTAGG-TC--CG-A---ATCAACTAATAAGCTA--------ATAG-AATGGTTA--AATT-C---TAAAGGTCA---ATA-TC----AA-T--TTC-----ACACAATGATTA----CT------TAA-------CATT-GGGT--TAAT-TG-AGTT----------------C-----G---TTTGA-------------ACTT----T--TAAGTCCTATGTAAATATTATA------------AAAAATAATGA--------A-----G-----AATT-CAAAGAT-AAATTAAA
gi|5 : tggtctatgtattctgggttTTTAA-C-ACAG-A--GG-TTATCATAATAGGATAATAA-G-TGT-AA-CGCAGT-GTTAAG-TA--TT-A---AACAAGTGATCAGCTA--------ACAC-AATGATTA--AATT-C---TTTTTATCG---A---------AA-T--ATA-----GCACAATGGTTGAATTGCTACATGTAA-------CACT-GTGT--TAAC-TG-AGTTGACTACTGGCTA--ACT-----A---T
gi|6 : ggggcccagttatattcgaagggtggtcagcAAAT---A-C-ACGGCT--GGATTA----------------G-G-T-T-AAGCGCAGT-GT-AAA-TC--CTGA---ATCAAGTG-TTAGCTAT-------ACATAAATGGTTAAGAATTCC---TG-ATTTCGCACAAG-AC----AA-TCCTGAC----CCACAATGGTCA----GCCG----TAACAAACATCGCT-GTATAACAAC-TT-AGTTAACCACTagt
gi|7 : gggcccggtttctttcgaacagtggtggttaacttatctAAATTTAT-C-ACAG-CTCGG-TTA----------------G-G-T-TTAA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------ACGC-A-----------TT-C---TGTTTTTCA---AAA-GC----AA-T--TTA-----ACGCGAAGGCTAC---GC-------AG-------TGC---TGT--TAAC-TG-AGTTAACCACTTGCTA--ACC-----A---CATGATTAACCATAATGCACTT----T--CACTTCCTATGTAAATA--ATA------------Agtc
gi|8 : aagctggtt--GG-TTA----------------ACA-T-T-AA-CGCAG-----AAAGTT--CT-A---ATCGTTTGATAAGCTACATGTATAATAC-AATGGTTT--AATT-C---TGTTT---G---AAA-GC----AA-T--TGA-----ACACACTGGTTA----GC------TAA-------CACT-GTGT--TAACTTC-AGT--ACCACT------------------------TTACCCATAATACATAT----G--TACTTCCTTTGTAAATG--ATC------------AG----ACTG
gi|9 : ggtttagcgAGTGGTTA----AC------TAA-------CATC-ATGT--TGAC-TG-AGTTCACTACTTGCTA--ATC-----A---ATTGATAACCCATAATTCACGT----T--TACTTCCCATGTAAACA--ATA------------AG----ACTGATTGATTTTA-----GATTGAAATTAA-AAGAT-TAATGAAACGAT------TA-ATTTTCAAATAATATTATTCTtttcaaaaaacc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGACTGGGTTGCTTAAAACCTGACAATTAAGCTTTTCTAATCCACTGGTTAACTTTTAGCAATTGGTTAAAATGGGTTAATCAGGCATTGGTTAAATTAACTCATCAATGGCTAAATACTGACCAAAGATAACCAATATACAGAGGTAAGTTAAGGCCTTTAACCAGTGGTTAA
Unaligned ( gi|14 ): ATTAACTTTTAGCCACTGATCAAATTCTGTTGCTCAAAAGTTAACCACTGGATAAAATGCCTAACCAATGGTTAAATATTGACCAAA
Unaligned ( gi|16 ): CAGGACTTGGTTGCTCAAAACCTTGCTTAATTTTTACCACTGGTTAGGCTA
Unaligned ( gi|17 ): TTTTGACTGGGTTTCTCAAAAACCTTGGTTCAGCTCAACCAGTGGTTA
Unaligned ( gi|18 ): CGCATTTTCGAAAGGTGGTTAACTTTAACATAGTAGTTAGGTT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333 11111111 11111 222222222222 1111111 11111111111 333333333333333333 888888888888888888888888888 11 444444444444444444
lowQualScore : 4 4 4 55 7 1111111111111111 3 3 3 3 7 3 4 55 4 777 4 0 88888888 4 55 8 777 5 555 6 7777 3 44 1 11111 333333333333 4444444 88 44 4 8 2 8888888 77777777777 3 1 0 9999 66 66 000000000000000000 666666666666666666666666666 11 0 999999999999999999
lowQualScore : . . . .. . ................ . . . . . . . .. . ... . . ........ . .. . ... . ... . .... . .. . ..... ............ ....... .. .. . . . ....... ........... . . . .... .. .. .................. ........................... .. . ..................
lowQualScore : 4 4 0 00 3 4444444444444444 6 6 6 6 3 6 0 55 0 000 1 8 55555555 0 55 0 000 8 888 7 1111 3 66 0 77777 888888888888 2222222 33 66 0 0 2 9999999 33333333333 9 9 1 4444 11 99 000000000000000000 000000000000000000000000000 22 7 333333333333333333
consensus : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA----------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------ACAC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---AAA-GC----AA-T--TNA-----ACACAGTGGTTA----GC------TAA-------CGCC-GTGT--TAAC-TG-AGTTAACCACTCGCTA--ACC-----A---TTTGATTACCCATAATGCACGT----T--TACTTCCTATGTAAACA--ATA------------AG----ACTGA--------A-----G-----NATT-C-AAGAT-TAATGAAACGAT------TACATCTT----GGATATTATTCT
Reference ( family-1070 ) : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA----------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------ACAC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---AAA-GC----AA-T--TNA-----ACACAGTGGTTA----GC------TAA-------CGCC-GTGT--TAAC-TG-AGTTAACCACTCGCTA--ACC-----A---TTTGATTACCCATAATGCACGT----T--TACTTCCTATGTAAACA--ATA------------AG----ACTGA--------A-----G-----NATT-C-AAGAT-TAATGAAACGAT------TACATCTT----GGATATTATTCT
gi|1 : TTTAA-CTACAG-T--GGATTAA---------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-GTTAA--TC--CT-A-----CAAGTGAT-AGC----------ACAC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTT--CG---AAA-GC----AA-T--TTA-----ACACAGTGGTTA----GC-------AA-------CACCTGTGT--TAAC-TGAAGTTAACCAC-CGCTA--ACCATAAAA---TTTGATTA-CCATAATGCACGT----T--TACTTCCTATGTAAACA--ATAAGCTTTTGTTTTAG----ATTGA--------ACCATCC-----CATC-C-AAGATGTAATGAAATGATATCCCCTCCACCTT----GGATATTATTCT
gi|11 : ggcccagttttttggagaaggtggttaacttTTTTCG---AAAAGT----AG-T--TAACTTTAACACAGTGGTTACG--GT------TAA-------CGCA-GTGT--TAAttctactgatatatag
gi|11 : ggcccgggAACTTTAA-C-ACAG-T--GG-TTAC---------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ACTAAGTGATTAGTTA--------ACAC-AATAGTTA--A-TT-CCTGTGTTTTTCG---AAA-GC----AA-T--TTA-----ACACAGTGGTGA----GC------TAA-------CACC-GTGT--TAAC-TG-AGTTAACatcctaactaagtgattagttaacacaatagttaattcctgtgtttttcgaaagcaatttaacacagtggtgagctaacaccgtgttaactgagttaac
gi|12 : ggcccgggttttcgaaaagtagttTCG---AAATGCGGTTAACT--TAA-----ACACAGTGATTAAG--AT------TAA-------CGCA-GTGT--TAA
gi|12 : gggtccagtgtaAACTTAAAC-ACAG-T--GA-TTA----------------A-GAT-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--TT-A---ATCGAGTGATCATCTA--------ATAC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---AAA-GC----AA-A--TCA-----ACACAGTGGTatcttaatcgagtgatcatctaatacaatggttaaattctgtttttcgaaagcaaatcaacacagtggta
gi|13 : gggtccagtgtatcgaaatgcggttCAG-T--GG-TTA----------------G-C-T-T-AA-C-CAGT-GTTa
gi|15 : agttaaccagtggtcaaattgtcttaccaatggttaaatattgaccaaagttaactagtctgcacattgcacACTCCCGG--ACC-----AAGATTTGATTACCCATAATGCACGTAAACT--TACTTCCTATGTca
gi|19 : accactgcttaattatggaaatgaGATTACCCATGATGCATTT----T--AACTTCCTTTGTAAACA--ATA------------A
gi|2 : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA----------------G-A-T-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------A-AC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---AAA-GC----AG-T--TGA-----ACACAGTTGTTA----GC------TAA-------CACC-GTGT--TAAC-TG-AGTTACCCACTCGCGA--ATC-----A---TTTGATTACCCATAATACACGT----T--TACTTCCTGTGTAAACA--ATA------------AA----ACTTA--------A-----G-----TAT----AAGAT-CAATGAAATGAT------TAT-TCTT----GGATATTATTCT
gi|3 : AAGTTGA-C--CAG-T--GG-TTA----------------G-G-C-T-AA-C-CACTGGTTAAA-TTTGCT-ATCCACTAGGTAACTAGC-----------CAC---TGGTTA--AATTCC---TGTTGCTCA---AAC-TG----AA-T--TTA-----GCCCAAGGGATA----AC------TAAC------CGCT-G-GT--TAAG-TACATTTAACCAGTGGTTAGTACC-----C---CATAATT--CAACAATTGACGT----TCGTA-----TATGTAAACA--ATA------------A
gi|4 : ccgaactaggttgctcaaaaccttggttcTTTAA-C-AGAA-T--GG-TTG----------------G-G-T-T-AAGCGCAGT-GTTAGG-TC--CG-A---ATCAACTAATAAGCTA--------ATAG-AATGGTTA--AATT-C---TAAAGGTCA---ATA-TC----AA-T--TTC-----ACACAATGATTA----CT------TAA-------CATT-GGGT--TAAT-TG-AGTT----------------C-----G---TTTGA-------------ACTT----T--TAAGTCCTATGTAAATATTATA------------AAAAATAATGA--------A-----G-----AATT-CAAAGAT-AAATTAAA
gi|5 : tggtctatgtattctgggttTTTAA-C-ACAG-A--GG-TTATCATAATAGGATAATAA-G-TGT-AA-CGCAGT-GTTAAG-TA--TT-A---AACAAGTGATCAGCTA--------ACAC-AATGATTA--AATT-C---TTTTTATCG---A---------AA-T--ATA-----GCACAATGGTTGAATTGCTACATGTAA-------CACT-GTGT--TAAC-TG-AGTTGACTACTGGCTA--ACT-----A---T
gi|6 : ggggcccagttatattcgaagggtggtcagcAAAT---A-C-ACGGCT--GGATTA----------------G-G-T-T-AAGCGCAGT-GT-AAA-TC--CTGA---ATCAAGTG-TTAGCTAT-------ACATAAATGGTTAAGAATTCC---TG-ATTTCGCACAAG-AC----AA-TCCTGAC----CCACAATGGTCA----GCCG----TAACAAACATCGCT-GTATAACAAC-TT-AGTTAACCACTagt
gi|7 : gggcccggtttctttcgaacagtggtggttaacttatctAAATTTAT-C-ACAG-CTCGG-TTA----------------G-G-T-TTAA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------ACGC-A-----------TT-C---TGTTTTTCA---AAA-GC----AA-T--TTA-----ACGCGAAGGCTAC---GC-------AG-------TGC---TGT--TAAC-TG-AGTTAACCACTTGCTA--ACC-----A---CATGATTAACCATAATGCACTT----T--CACTTCCTATGTAAATA--ATA------------Agtc
gi|8 : aagctggtt--GG-TTA----------------ACA-T-T-AA-CGCAG-----AAAGTT--CT-A---ATCGTTTGATAAGCTACATGTATAATAC-AATGGTTT--AATT-C---TGTTT---G---AAA-GC----AA-T--TGA-----ACACACTGGTTA----GC------TAA-------CACT-GTGT--TAACTTC-AGT--ACCACT------------------------TTACCCATAATACATAT----G--TACTTCCTTTGTAAATG--ATC------------AG----ACTG
gi|9 : ggtttagcgAGTGGTTA----AC------TAA-------CATC-ATGT--TGAC-TG-AGTTCACTACTTGCTA--ATC-----A---ATTGATAACCCATAATTCACGT----T--TACTTCCCATGTAAACA--ATA------------AG----ACTGATTGATTTTA-----GATTGAAATTAA-AAGAT-TAATGAAACGAT------TA-ATTTTCAAATAATATTATTCTtttcaaaaaacc
blockSeqs : A . C TC A TCATAATAGGATAATA C A G T G G G TG G TCC T CATGTATA A AG C CTG T CAC A GGTT C CC A CTTTA AATTGCTACATG CAAACAT A AA T C A GGTTAGT AAGATT C G AAAC CG TT AAAAAT TTGATTTTAGATTGAAATTAA C TAATTTTCAAA
blockSeqs : . . . . . C . . . . G . . . . . C T . . C . T . T . . . T C CGGT C C . . . A CCCGG ATT C G . . . AA AGAATTCA A TATTCTT
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . A . AGAT . A . . . A CGCGA CCA C A . . . AG AGTAT T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . C . GCCG . C . . . G GGCTA GTT A T . . . AG
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . C . . . . . G . CGC . T . . . A TGCTA ACA C G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . G . . . . . T . GC . T . . . A TGCTA AAT C A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . A . . . . . T . GC . T . . . C . . . T . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . T . . . . . T . AC . T . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . T . . . . . G . CT . T . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . T . GC . C .
blockSeqs : . . . . . G . AC . . .
blockSeqCons : **************** T* ACT******** AG****************
originalCons : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA----------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------ACAC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---AAA-GC----AA-T--TNA-----ACACAGTGGTTA----GC------TAA-------CGCC-GTGT--TAAC-TG-AGTTAACCACTCGCTA--ACC-----A---TTTGATTACCCATAATGCACGT----T--TACTTCCTATGTAAACA--ATA------------AG----ACTGA--------A-----G-----NATT-C-AAGAT-TAATGAAACGAT------TACATCTT----GGATATTATTCT
finalCons : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA----------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------ACAC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---AAA-GC----AA-T--TNA-----ACACAGTGGTTA----GC------TAA-------CGCT-GTGT--TAAC-TG-AGTTAACCACTCGCTA--ACCACT--------TGATTACCCATAATGCACGT----T--TACTTCCTATGTAAACA--ATAAG----------------ACTGA--------A-----G-----NATT-C-AAGAT-TAATGAAACGAT------TACATCTT----GGATATTATTCT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGACTGGGTTGCTTAAAACCTGACAATTAAGCTTTTCTAATCCACTGGTTAACTTTTAGCAATTGGTTAAAATGGGTTAATCAGGCATTGGTTAAATTAACTCATCAATGGCTAAATACTGACCAAAGATAACCAATATACAGAGGTAAGTTAAGGCCTTTAACCAGTGGTTAA
Unaligned ( gi|14 ): ATTAACTTTTAGCCACTGATCAAATTCTGTTGCTCAAAAGTTAACCACTGGATAAAATGCCTAACCAATGGTTAAATATTGACCAAA
Unaligned ( gi|16 ): CAGGACTTGGTTGCTCAAAACCTTGCTTAATTTTTACCACTGGTTAGGCTA
Unaligned ( gi|17 ): TTTTGACTGGGTTTCTCAAAAACCTTGGTTCAGCTCAACCAGTGGTTA
Unaligned ( gi|18 ): CGCATTTTCGAAAGGTGGTTAACTTTAACATAGTAGTTAGGTT
Alignments
lowQualScore : 3333333333333333 11111111 11111 22222222222222 1111111 111111111 333333333333333333 888888888888888888888888888 11 444444444444444444
lowQualScore : 4 4 4 55 7 1111111111111111 3 3 3 3 7 3 4 55 4 777 4 0 88888888 4 55 8 777 5 555 44 8888888 3 44 1 00000 2 77777777777777 6666666 3 44 7 1 99999 0 55 111111111 3 1 0 9999 66 66 000000000000000000 666666666666666666666666666 11 0 999999999999999999
lowQualScore : . . . .. . ................ . . . . . . . .. . ... . . ........ . .. . ... . ... .. ....... . .. . ..... . .............. ....... . .. . . ..... . .. ......... . . . .... .. .. .................. ........................... .. . ..................
lowQualScore : 4 4 0 00 3 4444444444444444 6 6 6 6 3 6 0 55 0 000 1 8 55555555 0 55 0 000 8 444 22 6666666 1 22 0 88888 9 22222222222222 2222222 1 22 3 2 77777 6 55 999999999 9 9 1 4444 11 99 000000000000000000 000000000000000000000000000 22 7 333333333333333333
consensus : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA----------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------ACAC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---A--AA-GC----AA-T--TTA-----ACACAGTG-GTTA----G--C------TAA-------CG-CCGTGT--TAACTG-AGTTAACCAC---TCGCTA--ACC-----A---CTTGATTACCCATAATGCACGT----T--TACTTCCTATGTAAACA--ATA------------AG----ACTGA--------A-----G-----NATT-C-AAGAT-TAATGAAACGAT------TACATCTT----GGATATTATTCT
Reference ( family-1070 ) : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA----------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------ACAC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---A--AA-GC----AA-T--TNA-----ACACAGTG-GTTA----G--C------TAA-------CG-CTGTGT--TAACTG-AGTTAACCAC---TCGCTA--ACC-----A---CTTGATTACCCATAATGCACGT----T--TACTTCCTATGTAAACA--ATA------------AG----ACTGA--------A-----G-----NATT-C-AAGAT-TAATGAAACGAT------TACATCTT----GGATATTATTCT
gi|1 : TTTAA-CTACAG-T--GGATTAA---------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-GTTAA--TC--CT-A-----CAAGTGAT-AGC----------ACAC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTT--CG---A--AA-GC----AA-T--TTA-----ACACAGTG-GTTA----G--C-------AA-------CACCTGTGT--TAACTGAAGTTAACCAC----CGCTA--ACCATAAAA---TTTGATTA-CCATAATGCACGT----T--TACTTCCTATGTAAACA--ATAAGCTTTTGTTTTAG----ATTGA--------ACCATCC-----CATC-C-AAGATGTAATGAAATGATATCCCCTCCACCTT----GGATATTATTCT
gi|11 : ggcccagttttttggagaaggtggttaacttTTTTCG---A--AAAGT----AG-T--TAACTTTAACACAGTG-GTTACG--G--T------TAA-------CG-CAGTGT--TAAttctactgatatatag
gi|11 : ggcccgggAACTTTAA-C-ACAG-T--GG-TTAC---------------G-G-T-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ACTAAGTGATTAGTTA--------ACAC-AATAGTTA--A-TT-CCTGTGTTTTTCG---A--AA-GC----AA-T--TTA-----ACACAGTG-GTGA----G--C------TAA-------CA-CCGTGT--TAACTG-AGTTAACatcctaactaagtgattagttaacacaatagttaattcctgtgtttttcgaaagcaatttaacacagtggtgagctaacaccgtgttaactgagttaac
gi|12 : ggcccgggttttcgaaaagtagttTCG---ATTAA-G------A-T--TTA-----ACAC--TGCGTTA----ATCT------TAAT------CA-CTGTGT--T---TA-AGTTAACCGCATTTCGATA----C-----A---CTGGA
gi|12 : gggTCG---A--AATGCGGTTAACT--TAA-----ACACAGTG-ATTAAG--A--T------TAA-------CG-CAGTGT--TAAgtgatcatctaatacaatggttaaattctgtttttcgaaagcaaatcaacacagtggta
gi|12 : gggtccagtgtaAACTTAAAC-ACAG-T--GA-TTA----------------A-GAT-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--TT-A---ATCGAGTGATCATCTA--------ATAC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---A--AA-GC----AA-A--TCA-----ACACAGTG-GTatcttaatcgagtgatcatctaatacaatggttaaattctgtttttcgaaagcaaatcaacacagtggta
gi|13 : gggtccagtgtatcgaaatgcggttCAG-T--GG-TTA----------------G-C-T-T-AA-C-CAGT-GTTa
gi|15 : agttaaccagtggtcaaattgtcttaccaatggttaaatattgaccaaagttaactagtctgcacattgcacAC---TCCCGG--ACC-----AAGATTTGATTACCCATAATGCACGTAAACT--TACTTCCTATGTca
gi|19 : accactgcttaattatggaaatgaGATTACCCATGATGCATTT----T--AACTTCCTTTGTAAACA--ATA------------A
gi|2 : AAATTTAA-C-ACAG-T--GG-TTA----------------G-A-T-T-AA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------A-AC-AATGGTTA--AATT-C---TGTTTTTCG---A--AA-GC----AG-T--TGA-----ACACAGTT-GTTA----G--C------TAA-------CA-CCGTGT--TAACTG-AGTTACCCAC---TCGCGA--ATC-----A---TTTGATTACCCATAATACACGT----T--TACTTCCTGTGTAAACA--ATA------------AA----ACTTA--------A-----G-----TAT----AAGAT-CAATGAAATGAT------TAT-TCTT----GGATATTATTCT
gi|3 : AAGTTGA-C--CAG-T--GG-TTA----------------G-G-C-T-AA-C-CACTGGTTAAA-TTTGCT-ATCCACTAGGTAACTAGC-----------CAC---TGGTTA--AATTCC---TGTTGCTCA---A--AC-TG----AA-T--TTA-----GCCCAAGG-GATA----A--C------TAAC------CG-CTG-GT--TAAGTACATTTAACCAG---TGGTTAGTACC-----C---CATAATT--CAACAATTGACGT----TCGTA-----TATGTAAACA--ATA------------A
gi|4 : ccgaactaggttgctcaaaaccttggttcTTTAA-C-AGAA-T--GG-TTG----------------G-G-T-T-AAGCGCAGT-GTTAGG-TC--CG-A---ATCAACTAATAAGCTA--------ATAG-AATGGTTA--AATT-C---TAAAGGTCA---A--TA-TC----AA-T--TTC-----ACACAATG-ATTA----C--T------TAA-------CA-TTGGGT--TAATTG-AGTT-------------------C-----G---TTTGA-------------ACTT----T--TAAGTCCTATGTAAATATTATA------------AAAAATAATGA--------A-----G-----AATT-CAAAGAT-AAATTAAA
gi|5 : tggtctatgtattctgggttTTTAA-C-ACAG-A--GG-TTATCATAATAGGATAATAA-G-TGT-AA-CGCAGT-GTTAAG-TA--TT-A---AACAAGTGATCAGCTA--------ACAC-AATGATTA--AATT-C---TTTTTATCG---A-----------AA-T--ATA-----GCACAATG-GTTGAATTG--CTACATGTAA-------CA-CTGTGT--TAACTG-AGTTGACTAC---TGGCTA--ACT-----A---
gi|6 : ggggcccagttatattcgaagggtggtcagcAAAT---A-C-ACGGCT--GGATTA----------------G-G-T-T-AAGCGCAGT-GT-AAA-TC--CTGA---ATCAAGTG-TTAGCTAT-------ACATAAATGGTTAAGAATTCC---TG-ATTTCGCACA--AG-AC----AA-TCCTGAC----CCACAATG-GTCA----G--CCG----TAACAAACATCG-CTGTATAACAACTT-AGTTAACCAC---Ttagt
gi|7 : gggcccggtttctttcgaacagtggtggttaacttatctAAATTTAT-C-ACAG-CTCGG-TTA----------------G-G-T-TTAA-CGCAGT-GTTAAA-TC--CT-A---ATCAAGTGATTAGCTA--------ACGC-A-----------TT-C---TGTTTTTCA---A--AA-GC----AA-T--TTA-----ACGCGAAG-GCTAC---G--C-------AG-------TG-CTGT----TAACTG-AGTTAACCAC---TTGCTA--ACC-----A---CATGATTAACCATAATGCACTT----T--CACTTCCTATGTAAATA--ATA------------Agtc
gi|8 : aagctggtt--GG-TTA----------------ACA-T-T-AA-CGCAG-----AAAGTT--CT-A---ATCGTTTGATAAGCTACATGTATAATAC-AATGGTTT--AATT-C---TGTTT---G---A--AA-GC----AA-T--TGA-----ACACACTG-GTTA----G--C------TAA-------CA-CTGTGT--TAACT--------TCAG---T-------ACC-----A---CT---TTACCCATAATACATAT----G--TACTTCCTTTGTAAATG--ATC------------AG----ACTG
gi|9 : ggtttagcgAGTG-GTTA----A--C------TAA-------CA-TCATGT--TGACTG-AGTTCACTAC---TTGCTA--ATC-----A---ATTGATAACCCATAATTCACGT----T--TACTTCCCATGTAAACA--ATA------------AG----ACTGATTGATTTTA-----GATTGAAATTAA-AAGAT-TAATGAAACGAT------TA-ATTTTCAAATAATATTATTCTtttcaaaaaacc
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): GGACTGGGTTGCTTAAAACCTGACAATTAAGCTTTTCTAATCCACTGGTTAACTTTTAGCAATTGGTTAAAATGGGTTAATCAGGCATTGGTTAAATTAACTCATCAATGGCTAAATACTGACCAAAGATAACCAATATACAGAGGTAAGTTAAGGCCTTTAACCAGTGGTTAA
Unaligned ( gi|14 ): ATTAACTTTTAGCCACTGATCAAATTCTGTTGCTCAAAAGTTAACCACTGGATAAAATGCCTAACCAATGGTTAAATATTGACCAAA
Unaligned ( gi|16 ): CAGGACTTGGTTGCTCAAAACCTTGCTTAATTTTTACCACTGGTTAGGCTA
Unaligned ( gi|17 ): TTTTGACTGGGTTTCTCAAAAACCTTGGTTCAGCTCAACCAGTGGTTA
Unaligned ( gi|18 ): CGCATTTTCGAAAGGTGGTTAACTTTAACATAGTAGTTAGGTT