lowQualScore                  :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   11111111111111111111111111111111111111111111111                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111                               
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              11     2   11111      1     11          444444444444444          111                     55555555555555555555555      11           11     444     33333333       11111       11     77777777777777777777777777777                     11                 11111111           666666666    11111               22222                                            222                  22222222                              11             222222222222              1111     111   3333333333333333333       1111               11     11111111111111111111111111111111111111111111111      11      1      33333     22    77777777777      1   1    11           4444              2     1       2    22      11    6666666666666               222  1             11              2  111   2        11      222222      1  888888888888888     1             22222              111   22         11     1      1                              111    22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222        333         1          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              22   2 1   33333      0     33   3 2    111111111111111 3        999 8     88  2 44   88 00000000000000000000000  1 1 66 5   5     33  4  666     00000000     0 22222   77  33     22222222222222222222222222222 2 5       77777  5  11 888  77  88     88888888       66  777777777    44444 1 5     888   00000     5  3  00      8          5    66  5 5  333 1      5 1   66  33333333  77    5  5        3   5   5 66  5     77   555555555555          5   4444 5   111   6666666666666666666  6  1 5555     9999      33 8   88888888888888888888888888888888888888888888888  0   88  0   3      33333     44    33333333333      3   6    44      6    0000         6    8  4  0       0    00   4  33    4444444444444       8   3   000  0   3         33   7    8     3  666   0  3     55      888888   6  3  000000000000000     3       7     77777         7    000   88   8     11     3      7    0  2          4  2    4   222  2 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000   7    999      6  5          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              ..   . .   .....      .     ..   . .    ............... .        ... .     ..  . ..   .. .......................  . . .. .   .     ..  .  ...     ........     . .....   ..  ..     ............................. . .       .....  .  .. ...  ..  ..     ........       ..  .........    ..... . .     ...   .....     .  .  ..      .          .    ..  . .  ... .      . .   ..  ........  ..    .  .        .   .   . ..  .     ..   ............          .   .... .   ...   ...................  .  . ....     ....      .. .   ...............................................  .   ..  .   .      .....     ..    ...........      .   .    ..      .    ....         .    .  .  .       .    ..   .  ..    .............       .   .   ...  .   .         ..   .    .     .  ...   .  .     ..      ......   .  .  ...............     .       .     .....         .    ...   ..   .     ..     .      .    .  .          .  .    .   ...  . .................................................................   .    ...      .  .          
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              00   5 2   22222      0     88   2 5    222222222222222 0        222 0     88  8 88   88 66666666666666666666666  0 4 11 7   4     00  7  000     99999999     7 33333   99  66     22222222222222222222222222222 8 0       00000  1  99 888  66  66     11111111       99  999999999    99999 4 0     888   22222     5  2  99      5          0    99  0 0  666 7      7 7   33  66666666  99    7  7        9   7   7 11  7     11   666666666666          7   2222 7   777   3333333333333333333  7  0 2222     6666      66 0   00000000000000000000000000000000000000000000000  8   33  7   3      33333     00    55555555555      3   0    00      0    3333         0    0  2  8       0    55   0  88    8888888888888       2   2   888  0   2         88   3    3     7  777   0  0     00      333333   0  3  777777777777777     3       3     77777         3    000   33   3     33     3      3    7  5          0  5    0   000  5 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000   3    333      0  0          
consensus                     :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTCTATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTNT-----CC-----TNGATTGTCA--CA-CGCATAAGTAGTAATCA-T---TACC---------------AGAGCATCGC-ATTTAGTAGG-CAGTAA-GGCTTTTTGA----GACATGTCA---CAG--CT--TACATTA--TACA-CNTAC-AAC-T-A-----CGTGG-CCTCCGCC-C--ATTCC--C---ATAGTAC-ACGCT--------TTATCGC--TTGC----T-TATATCTCT-AGC-AGGCT---ACA---NATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCGCATAT-TGTC--GC-A-ATCA-GATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTAC-GGA-CCACT-CTATCA-TTAN-A-A-------AGCTCTTACA-GAC----TAAGG---ACACNC---AGTCG-TAA-G--AC-TCGCG---GCTCTCTACTACTTTA-C-ACTTC-C-T-CAACGG-GATTATTC-------------------------CAACAT--TATAAA-CCAAAT-----TATTTCNCAGCTGGCCTAAGCCTACATT-GCA-TTCAA-GCATTCTTGCG--G-TAGGCGAATTCGCACCTATCCAAGGGCAACTCTA-CTCNAA--GCATA---TA--NG---AGTTCAATGACATTTGG-TT-GCTTCAGGCCAAA--TTCAACTGTCGATT-ACAC-GCTCCCNAGATCGTCGAATTTNC-G-TCGGAA-CA-C--CCG---TATT-CCGGC-ATCCAACATGCCC-CNT-CCCTCTTGCAAGCAATGCGC-NATCATCTACAGATACA-CCCATTGAAAATAANCCCTTCGTTTNTCNATTTNGGGNGNCANCCA--------------------CCCC-CA-CTCGCTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAGG--TTTGAAAGCATTGGGCATTG
Reference ( gi|3 )            :                                                                                                                                                         GGTATCTCCAGTGTATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTCT-----CC-----TAGATTGTCA--GA-CGCATCAGTGGTAATCA-T---TACC---------------AGAACATAAC-ATTTAGTAGA-CATTAAAGGCTTTTTGT----GACATGTTA---CAG--CT--TACATTACCTACA-TGTAC-AACCT-A-----TCTAG-CCTCCGCC-C--ATCCC--C---ATAGTAT-ACGCT--------TTATCGC--TTAC-TAGTATATATTTCT-AGC-AGGCT---ACA---AATATTCTACTGCTTAGTGCTTAATCGCATAT-TGTC--GC-A-ATTT-GATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCTTAC-GGA-CGGCT-CTATCA-TTAG-A-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG---ACAGGC---AGTTG-TAA-G--AC-TCACA---GCTCTCTACTACTTTA-C-ACTCC-C---CAACGT-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAACT--CCTAAAACTACATT-GCATTTCAG-GCATTCCTGCA--G-TAGGCGAATCCGCAACTGTCTAAGGGCA-CTCTT-CTCAAA--GTAT----TA--AA---AGTTCAACGATATTTTG-TT-GCTTCAGGCCAAA--TTCAACTGACGATTAACAT-GCT-CTAAGATTGACGAATTGGC-G-TCGAAA-CA----CTG---TA-T-CCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCACTTATCTTCTACAAATACA-CCCATTAAAAACAAGCCCTTTGTTTATCCATTTTGGGTGACAGCCA--------------------CCCC-CA-CTCGTTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAGGTGTTTGAAGGTCTTGGGCATTG
gi|1                          :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTCTACTC-CGCAGTCC-ATTTC--CTG-CGACGCTGA-----CC-----TCGATTGTCA--CA-CGCATAAGTAGTTATC--T---T-CC----------------GAGCATTGC-ATTTAGTAGG-CAGTA--TGCTTTT-GA----GACATGTCA---CAG--CTATTACATTACTTGCAACCTAC-TAC---A-----TGTAGGCCTCCGCT-C--ATACC--C---ATAGTAC-ACGCT--------TTATCAC--TCGC-------ATATCTCT-AGC-AGGCT---ACA---T-TATTCATCTGCTTAGTGCTCAATCGCATAT-TGTT--GC-A-ATCA-GATTTCAT-GCCTAA-AC--------TT--TCACAAA-CGTAGACCCTAC-GGA-CCACT-CTACCA-TTA--C-A-------AGCTCTTATA-CAA----TAAGG---ACACCC---AGTCG-TAAGG--AC-TCGCG---GCTCTGT--TAACTTA-C-ACCTC-CAA-CAATGG-AACAATTC-------------------------TAACAT--TACAAA-CCAATTACTTGTATTT-TCAACTGGCCTAAA--TACATTAGCA-ATCAA-GCATTCTTGCAG-G-TACGCTAATTCGCACCTATC-AAGGGCA-CTCTA-CTCTAA--GCATA---TC--AG---AGTTCAATGATATTTGGCTT-GCCTCAGGCCAAA--TTC--CTGTCGATT-ACATGGCT-CTAAGATTGTCGAATTTCC-G-TCGGAA-CAACG-CTT---TATT-CCGGC-ATCCAACATGCCC-CC--CCCTCTTGCAAGCAATACAC-TATCATCTACAGATACACCCCATTGAAAATAACCCCTTTGTTTTTCCATTTAGGGCGTCATCCAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-CC-CCCG--ATCCGCAGT-TCGTTATCAATTCGTTCATCATACTAGG---TTGAAAGTATTGGGCATTG
gi|6                          :                                                                                                                                                        gGGTATATCCAGTCTATCC-C--AGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTGT-----CC-----TCGATTGTCA--CA-CGCATAAGTAGTAATCA-T----ACC---------------AGAGCATCGC-ATTTAGTAGG-CAGTAT-GGCTTTTTGA----GACCTGTCT---CAG--CT--TACATTA-----A-T-TGC-AACCT-ACTACATGTAG-CCTCCGCG-T--ATTCC--C---ATAGTAC-ACACT--------TTATCAC--CTA-------TATATCTCT-AGC-AGGCT---ACA---TATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCGCATAT-TGTC--GC-A-ATCA-GATTTTAT-GCCAAT-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTAC-AAA-CCACT-CTATCA-TTAC-A-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG---ACACAC---AGTCG-TAAGG--AC-TCGCG---G
gi|4                          :                                                                                                                                             taagggttgcagGGTACC-CCAGT-CATAT-CCCATTCC-AATTC--TTGAC-ATGCTTT-----CCGAATTTAGATCGTTATGAA-TGCATCAGTAGCAACCA-T---TACC---------------AGAGCATCAC-ATGTATTAGG-CATTAA--GCTCTTTCTTGAGGACATGTCA---CAG--CTG-TACATT---TAC--CGTAC-AACCTCA-----CATGG-CCTCCGTC-C--ATTCC--C---ATA-TAT-ATGCT--------TTATCGC--CTAC-C--T---TATCTCT-AACTAGCTT---ACAAT-AATATTCCACTGCTCTGTGCTCAATCGTATATATGTC--GCAA-ATTA-GATTTCAT-GTCATA-AC-ATTAATTTT--CCAC-AA-CGTAGACTTTAC-GGACCCACT-CTATCATTTAG-A-A-------AGCTCTTACA-GAC----T-AGG---ACAGTC---A--TA-AAG-G--TCTTCACG---GTTGCCTATTACTTTACC-ACTTC-CTT-CAACGGAGGTT-TTC-------------------------CAAC
gi|5                          : taaacaaacatcagcaacttcaccaggttacgaagctttttggtgttattctacaactgtcagtataaagcaaaaaacatctacaaggcaatcaagcacattgctgatgcattttctttacaaaatggcgggacgttactaagcggtagcagGGTATATTCA---TATCAGTCCAGTCCCATTTCAGCTGACGATGC-CTGGTTACT-----CATGTTGTCA--CAGCGAATAGAGGGTAGTCAATCCATACCGCGAGGGAGTAGCGCAGGATCTCACGATT--GTAGGGCAGTA---GCTTTTTGA----GACAAGTAAAACCAG--CT--TACATAA--TACA--GTACTAACAT-G-----TGT---CATCCGTC-C--ATTCC--CCGAATAGTCA-ACGCAAGGCCGCATGATCGCGTTTAA-ACGTTTAGATTC---ACC-AGGTTTTCGCATGCAGTAT-CTAG-GC--AGCGCTACA----ATAT-TCTCAGGC-ATATGTAGATTTCATCGTCAAAGAA-A------TTACTAAC-CG-CGTAGACCCTAC-GGA-CCACTGCTGTCC-ATAT-A-ACAGTACCAGCTCTTATACGAC----TGAGG---ACCTTCACAAATCG-TAA-GA-AC-TCAGAGGGGCTCT----TACGTC--C-ACT---T---CAA-G--GA-TATTC-------------------------CACTAT--TATACA-CATAAT-----TA
gi|2                          :                                                                                                                        tcatgttcataagccaagaaacacgatgccagactaatacaaatgcattattgctgattgtaatttctcacaacgacaaggcatataatcgtagcaaggGTTA--GA-TGCATC-GTAG-----A-T----ACC---------------TAAAC-TCCC-ATGAAGTAGG-CATTAA-GGCCTT--G-----GACAT--TA---CAGAGCT--TGCAT-----AAA-TTTAC-AAC-T-A-----CATGG-CCCCCACTAC--ATTCCACC---AT--TATCACTCT--------TTATTGC--TT------TATCTATCCCT-AGC-AGGCT---ATA---AGCACTCCACTGCTCAAT-C---ATCACAT---TGCT--GC-T-ATAA-G-CTTCAG-GCTAAG--C-A------TT--TTAC-AAACGTGGATCCTAC-AGA-CGACT-TTATT--TTAATATA-------AGTTGTTGCA-GGCATGCTCAGGTCCACA--C---AAC----AA-GGGAC-TCGCG---AATGCCTACTACTTTA-C-ACCTC-CGTTCAAAG--GATTATTCCAACTCTTAGATTCTACTTTTTTTGCAGCATAATATGAAGCCAAAT-----TATTTCACAGC-------AGCCTTTATT-ACAATTCAACGCATTCTTGCGCCA-TAGGTGAATTCACCTTTCTCTAAGGGCAACTCCA-CACAAACTATAT----TA--CA---GTTTTAAAGAC--TTCG-TTTGCT-CAGTCTAAAAATTCAACTCACCATCAAC-C-GTTCCCCAGACC-ACCCATTGGG-GCTCGGAACCACTCTCTG---TATT-CCAGCAATCCAAT-TGTCCACATGCCCTTTTGT-GGCA----GCTCAAGTTCTGC--ATCCA-CCCATT-AAAACAGGCCCTTCATTTATTAATTTTGGGGGGCAGC----------------------CTCT-AA-CTCGCTAT---CAGTCTTGTG-GTAA---------CAT--TAAATTTTTAAA
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                        aactgC---------------AGAGCATCGC-ATTTAGTAGC-CAGTAT-GGCTTTTTGA----GACATGTCA---CAG--CT-----ATTACTTACAACCTAC-TAC---A-----CGTAG-CCTCCGCT-C--ATTCC--C---ATAGTAC-ACGCT--------TTATCAC--TTGC-------ATATCTCTTAGC-AGGCT---ACA---TATATTCCACTGCTTAGCGCTCAATCGCATAT-TGTC--TC-A-aatactctcaaaagtattgggaattgacagcaccaaatataactcccactctttcaagtacgggcag
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                 CATCAC-ATCAAGTAGG-TATCAA-GGCATTC-GA----GGCATTTCG---TAA--TT--TACATGATCTCCA-T---C-AG----A-----CATGG-CCTCCACC-TGAATCGCA-C---AT--TAC-ACGGT--------TCATTGC--ATAC-CTGTCGATAAT--------GGGCT---ACA---AACACTCCAC-----A--GCCCAATCATACAT-TGCT--GC-A-ATTA-GTTTTTAT-G-CAAA-ACTC------TC--TCAC-AA-TGTTGACCCTACTGGT-CAA-T-TTATCA-TCAG-A-A-------AACTTTTGCA-Gc
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     t-A-----TGTAG-CCTCTGCT-C--ATTCC--C---ATGGTAC-ACGCT--------TTATCAC--TTGCATATCATACATGT----------------------ATATTTCACTGCTTAGTGCTCAATCGCATAT-TGTC--GC-A-ATCA-GATTTCAT-GCCAAT-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTAC-GGA-CCACT-CTATCA-TTAC-A-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG---ACACGC---AGTCGTTAG-G--AC-TCGCG---GCTCTCTACTACTTTC-CAACTCCTC---CAACGggcatacaaagagctagctccaatagtaaagaagctcacgac
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             actacTACTTA-GCATTTCAG-GCATTCTTGTA--GGTAGGCGAATTCACA-TTGTCCAAAGGCAACACTA-CTCAAA--GTATATTATA--TATGTAGTTCCATGACATTTGA-TT-GCTTCAGGCCAAA--g
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       cttaaCGCA-CTATCCAAGGGCA-CTCTTACTCTAA--ACAT-----AGCAG---AGTTCAATGATATTCGA-CT-GTTTCAGGCCAAA--TTCAACTGTCGATT-ACAT-G
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            tAGATTGTCGAATTTTCCG-TCGGAA-CA----ACGCCTTA-TTCCGAC-ATCCAACATGCCC-CTT-CCCTCTAGCAAGCTATGCAC-AATCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAATAA
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   CA--------------------CCCCGCAGTTCGTTAT---CAAT-TTGT--TCAT---------CATACTAG--ATTTGAAAGCATTGGGCATTG
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACACACCTCATAGCCGTACCAATACATGGCATTGGCTAGCAATTATTTTTATGCTAAACTCTCTCAACAATTGTGTTGAACCTTTTCTGACTAGTTCAATTTATCATCAGAATATGACTCCTTATACCAGGGCAAACTGCCAAAGAGC
Unaligned ( gi|11 ): TAAACAGTTAGCAATCACCAGGTATACGAAGTTGTTCTCGTGGCTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG
Unaligned ( gi|16 ): ATAAGCACTCCGTTGCTCAATCATACATTGCTGCTATAAGCT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                            111            11           1111   22222            11         111                111111          1111    11111           11                                11     333333333333       222                                                             2222222              111111           11111                                                                       11111111        1                                      1111111            1111              111         11       111                           2222                   222222   7777777777777777777777777        22222     22    3333333333       1  111  1   1          2222               11           2                   333333333                               11                 1       1                   1 11      1 5555555            1             1 111                    1111               1                                              777777777777777777    1111        111    1    444444444444444        1111  55555555555555                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              5       8     666      8     11   0       5555   00000 1 8        11 8     0 444     8    5     888888          0000    22222     5  2  11 5     5 0  5         888    66 11     000000000000   55  777    4 66         4 4     66 777   1 9999 4  9999           2 8888888   66   0 4   222222 4      4  33333         1      3         4 9999    4    66  4 4  66  0      5   0  5  99999999  66    0                 5     5      5   1 5 6666666          5 0000   3   5    3 000     5   99 5  5  000        2 44      99   6   7777   9  6  3 0       333333   5555555555555555555555555        55555     44  0 0000000000       0  111  0   0          7777               44 1         0    8     1      0 333333333  8         0    99    3       11      3    4     0   2 3 2 11    2 1   3   1 0 33      0 1111111 44  3      0       3     0 444         3    3   8 2222 66     77     0      6       1     0    1  1    1   1 1  1 2 333333333333333333    3333        777    0    333333333333333   3    5555  88888888888888     2           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              .       .     ...      .     ..   .       ....   ..... . .        .. .     . ...     .    .     ......          ....    .....     .  .  .. .     . .  .         ...    .. ..     ............   ..  ...    . ..         . .     .. ...   . .... .  ....           . .......   ..   . .   ...... .      .  .....         .      .         . ....    .    ..  . .  ..  .      .   .  .  ........  ..    .                 .     .      .   . . .......          . ....   .   .    . ...     .   .. .  .  ...        . ..      ..   .   ....   .  .  . .       ......   .........................        .....     ..  . ..........       .  ...  .   .          ....               .. .         .    .     .      . .........  .         .    ..    .       ..      .    .     .   . . . ..    . .   .   . . ..      . ....... ..  .      .       .     . ...         .    .   . .... ..     ..     .      .       .     .    .  .    .   . .  . . ..................    ....        ...    .    ...............   .    ....  ..............     .           
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              6       0     222      0     00   8       0000   00000 0 0        00 0     6 000     0    6     111111          6666    55555     0  5  99 0     0 1  0         888    99 99     555555555555   88  777    4 11         4 4     11 888   1 4444 4  4444           7 2222222   11   8 4   888888 4      4  22222         9      6         4 4444    4    11  4 4  11  4      0   4  0  55555555  99    0                 0     0      0   0 0 2222222          0 6666   6   7    0 000     7   33 7  7  000        5 22      88   7   0000   3  7  8 8       000000   5555555555555555555555555        00000     33  7 3333333333       0  000  0   0          8888               66 8         4    0     0      8 000000000  0         8    44    8       00      2    0     0   0 7 0 77    0 2   2   0 0 88      0 0000000 55  2      0       2     0 222         2    2   2 0000 00     55     0      5       0     7    0  0    0   0 0  0 5 888888888888888888    2222        555    0    222222222222222   2    0000  88888888888888     0           
consensus                     :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTN---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCATTACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CANTAN-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--T--TACATTA--TAC-A-CGTAC-AAC---ACGT-G--GCCTCCGCC-C-ATTCC--C---ATAGT----A-CA----CGCTTTATCGCTTGC-----TAT--ATCTC-TAG------C-AGGCTA-CA--N--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AACGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTANA-A-------AGCTCTTATA-G----ACTAAGG-ACACGC---AGTCG-TAA--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTA-CACCTCC--T-CAACGG-GATTATTCCAAC------ATT----------------ACA------AACCAAAT-----TATTT-ACAACT--CCTAAA-CTACATT-GC-A-TT-CAG-GCATTCTTGCAG--GTAGGCGAATTCGCACCTGTCCAAGGGCAACTC-TACTCAAAGTATAT-----NAG-AG-TTCAATGATATTCGG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGNCGATT-ACATGNTCCTAAGATCGTCGAATTTNC-G--TCGGAA-C-A-CG--CTNTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCAC-NA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAACAAGCCCTTCGTTTATCCATTTTGGGCGNCAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGCTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAG--GTTT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
Reference ( family-1060 )     :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTN---TCC-----TNG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCATTACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CAGTAA-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--T--TACATTA--TAC-A-CNTAC-AAC--TACGT-G--GCCTCCGCC-C-ATTCC--C---ATAGT----A-CA----CGCTTTATCGCTTGCT----TAT--ATCTC-TAG------C-AGGCTA-CA--N--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AACGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTANA-A-------AGCTCTTACA-G----ACTAAGG-ACACNC---AGTCG-TAA--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTA-CACTTCC--T-CAACGG-GATTATTCCAAC------ATT----------------ATA------AACCAAAT-----TATTTCNCAGCTGGCCTAAGCCTACATT-GC-A-TT-CAA-GCATTCTTGC-G--GTAGGCGAATTCGCACCTATCCAAGGGCAACTC-TACTCNAAGCATAT-----ANG-AG-TTCAATGACATTTGG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGTCGATT-ACACGCTCCCNAGATCGTCGAATTTNC-G--TCGGAA-C-A-C---CCGTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CNT-CCCTCTTGCAAGCAATGCGC-NA-TCATCTACAGATACA-CCCATTGAAAATAANCCCTTCGTTTNTCNATTTNGGGNGNCANCCA------------------CCCC-CA-CTCGCTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAG--GTTT--------------GAAAGCATTGGGCATTG
gi|1                          :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TACTC-CGCAGTCC-ATTTC--CTG-CGACGCTG---ACC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-TATC-TT-CC------GAGCATTGCA----TTTA-----GTAGG-CAGTAT-G---CTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--TATTACATTACTTGC-AACCTAC-TAC---ATGTAG--GCCTCCGCT-C-ATACC--C---ATAGT----A-CA----CGCTTTATCACTCGC------AT--ATCTC-TAG------C-AGGCTA-CA--T---TATTCATCTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTT--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCTAA-AC--------TT--TCACAAACGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTACCA-TTAC--A-------AGCTCTTATA-C----AATAAGG-ACACCC---AGTCG-TAAG-G-AC-TC---GCGGCTCTGT--TAACTTA-CACCTCCA-A-CAATGG-AACAATTCTAAC------ATT----------------ACA------AACCAATTACTTGTATTT-TCAACTGGCCTAAA--TACATTAGC-A-AT-CAA-GCATTCTTGCAG--GTACGCTAATTCGCACCTAT-CAAGGGC-ACTC-TACTCTAAGCATAT-----CAG-AG-TTCAATGATATTTGGCTTGCCTCAGGCC--AAATTC--CTGTCGATT-ACATGGCTCTAAGATTGTCGAATTTCC-G--TCGGAA-CAA-CG--CTTTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CC--CCCTCTTGCAAGCAATACAC-TA-TCATCTACAGATACACCCCATTGAAAATAACCCCTTTGTTTTTCCATTTAGGGCGTCATCCAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-CC-CCCCCGATCCGCAGT-TCGTTATCAATTCGTTCATCATACTAG--G-TT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              gTACTTA-GC-A-TTTCAG-GCATTCTTGTAG--GTAGGCGAATTCACAT-TGTCCAAAGGCAACAC-TACTCAAAGTATATTATATATGTAG-TTCCATGACATTTGA-TTGCTTCAGGCC--AAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  cttaaAGATTGTCGAATTTTCCG--TCGGAA-C-AACG--CCTTATTCCGAC-ATCCAACATGCCC-CTT-CCCTCTAGCAAGCTATGCAC-AA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAATAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          TCGCAC-TATCCAAGGGC-ACTCTTACTCTAAACATAG-----CAG-AG-TTCAATGATATTCGA-CTGTTTCAGGCC--AAATTCAACTGTCGATT-ACATG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             CA------------------CCCCGCAGTTCGTTAT---CAAT-TTGT--TCAT---------CATACTAG--ATTT--------------GAAAGCATTGGGCATTG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                ccccccccctTACCT-----AAAC-TCCCA----TGAA-----GTAGG-CATTAA-G-GCCTT----G-GACATTACA---GAGC--T--TGCAT-----AA-A-TTTAC-AAC--TACAT-G--GCCCCCACTAC-ATTCCACC---AT--T----ATCA----CTCTTTATTGCTT-------TATCTATCCC-TAG------C-AGGCTA-TA--A--GCACTCCAC-------TGCTCAATCATC----ACAT-TGCT--GC-T-AT-AAG-CTTCAG-GCT-AA-GC-A------TT--TTACAAACGTGGATCCTACAGA-CGACT-TTATTT-TAATATA-------AGTTGTTGCA-GGCATGCTCAGGTCCACAC---AA-CA-AGG--G-AC-TC---GCGAATGCCTACTACTTTA-CACCTCCGTT-CAA-AG-GATTATTCCAACTCTTAGATTCTACTTTTTTTGCAGCATAATATGAAGCCAAAT-----TATTTCACAGC-------AGCCTTTATT-ACAA-TT-CAACGCATTCTTGC-GCCATAGGTGAATTCACCTTTCTCTAAGGGCAACTC-CACACAAACTATAT-----TAC-AGTTTTAAAGAC-TTCGT-TTGC-TCAGTCTAAAAATTCAACTCACCATC-AACCGTTCCCCAGACCACCCA--TTGG-GGCTCGGAACC-A-CTCTCTGTATTCCAGCAATCCAAT-TGTCCACATGCCCTTTTGT-GGCA--GCTC-AAGT--TCTGC--ATCCA-CCCATT-AAAACAGGCCCTTCATTTATTAATTTTGGGGGGCAGC--------------------CTCT-AA-CTCGCTAT---CAGTCTTGTG-GTAA---------CAT--TAA--ATTTTTAAAAATACTCTCAAAAGTATTGGGAATTGa
gi|3                          :                                                                                                                                   aactggttagatgcatcgtagaGGTATCTCCAGTG-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTC---TCC-----TAG-ATTGTCAG--A-CGCATCA---GTGGT-AATCATTACCA-----GAACATAACA----TTTA-----GTAGA-CATTAAAG-GCTTT-TTGT-GACATGTTA---CAGC--T--TACATTACCTAC-A-TGTAC-AACC-TATCT-A--GCCTCCGCC-C-ATCCC--C---ATAGT----A-TA----CGCTTTATCGCTTACTAGTATAT--ATTTC-TAG------C-AGGCTA-CA--A--ATATTCTACTGCTTAGTGCTTAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-TTGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AACGTAGACCTTACGGA-CGGCT-CTATCA-TTAGA-A-------AGCTCTTATA-G----ACTAAGG-ACAGGC---AGTTG-TAA--G-AC-TC---ACAGCTCTCTACTACTTTA-CAC-TCC--C-CAACGT-GATTATTCCAAC------ATT----------------ACA------AACCAAAT-----TATTT-ACAACT--CCTAAAACTACATT-GC-ATTT-CAG-GCATTCCTGC-A--GTAGGCGAATCCGCAACTGTCTAAGGGC-ACTC-TTCTCAAAGTAT-T-----AAA-AG-TTCAACGATATTTTG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGACGATTAACATGCT-CTAAGATTGACGAATTGGC-G--TCGAAA-C-A-----CTGTA-TCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCACTTA-TCTTCTACAAATACA-CCCATTAAAAACAAGCCCTTTGTTTATCCATTTTGGGTGACAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGTTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAGGTGTTT--------------GAAGGTCTTGGGCATTGacagcaccaaatataactcccactctttcaagtacgggcag
gi|4                          :                                                                                                                                                         GGTAC-CCCAGTCATATCC-C--ATTCC-AATTC--TTGAC-ATGCTT---TCCGAATTTAG-ATCGTTATGAA-TGCATCA---GTAGC-AACCATTACCA-----GAGCATCACA----TGTA-----TTAGG-CATTAA-GCTCTTTCTTGAGGACATGTCA---CAGC--TG-TACATT---TAC---CGTAC-AACCTCACAT-G--GCCTCCGTC-C-ATTCC--C---ATA-T----A-TA----TGCTTTATCGCCTACC----T-T--ATCTC-TAA------CTAGCTTA-CAATA--ATATTCCACTGCTCTGTGCTCAATCG-T----ATATATGTC--GCAA-AT-TAGATTTCAT-GTCATA-AC-ATTAATTTT--CCAC-AACGTAGACTTTACGGACCCACT-CTATCATTTAGA-A-------AGCTCTTACA-G----ACT-AGG-A----C---AGTCA-TAAAGG-TCTTC---ACGGTTGCCTATTACTTTACCACTTCCT-T-CAACGGAGGTT-TTCCAAC------
gi|5                          : taaacaaacatcagcaacttcaccaggttacgaagctttttggtgttattctacaactgtcagtataaagcaaaaaacatctacaaggcaatcaagcacattgctgatgcattttctttacaaaatggcgggacgttactaagcggtagcagGGTATATTCA----TATCAGTCCAGTCCCATTTCAGCTGACGATGCCTGGTTAC-----TCATGTTGTCAC--AGCGAATAGAGGGTAGTCAATCCATACCGCGAGGGAGTAGCGCAGGATCTCACGATTGTAGGGCAGTA----GCTTT-TTGA-GACAAGTAAAACCAGC--T--TACATAA--TAC-A--GTACTAAC---ATGT-G--TCATCCGTC-C-ATTCC--CCGAATAGTCAACG-CAAGGCCGCATGATCGC--GTT----TAA--ACGTT-TAGATTCACC-AGGTTTTCG--C--ATG---CAGTATCTAG-GC---AGCG-CTACAATAT-TCTCAGGC-ATATGTAGATTTCATCGTCAAAGAA-A------TTACTAAC-CGCGTAGACCCTACGGA-CCACTGCTGTCC-ATATA-ACAGTACCAGCTCTTATACG----ACTGAGG-ACCTTCACAAATCG-TAA--GAAC-TCAGAGGGGCTCT----TACGTC--CACT-----T-CAA--G-GA-TATTCCACT------ATT----------------ATA------CACATAAT-----TA
gi|6                          :                                                      tcatgttcataagccaagaaacacgatgccagactaatacaaatgcattattgctgattgtaatttctcacaacgacaaggcatataatcgtagcaaggGGTATATCCAGTC-TATCC-C--AGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTG---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCAT-ACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CAGTAT-G-GCTTT-TTGA-GACCTGTCT---CAGC--T--TACATTAATTGCAA-CCTAC-TAC---ATGT-A--GCCTCCGCG-T-ATTCC--C---ATAGT----A-CA----CACTTTATCACCTA------TAT--ATCTC-TAG------C-AGGCTA-CA--T--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTTAT-GCCAAT-AC-A------TT--TCAC-AACGTAGACCCTACAAA-CCACT-CTATCA-TTACA-A-------AGCTCTTATA-G----ACTAAGG-ACACAC---AGTCG-TAAG-G-AC-TC---GCGG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                           taagggttgcagCATCACA----TCAA-----GTAGG-TATCAA-G-GCATT-C-GA-GGCATTTCG---TAAT--T--TACATGA--TCT-C-CAT-C-AG----ACAT-G--GCCTCCACC-TGAATCG--C---ACATT----A-CA----CGGTTCATTGCATACC----TGT----CGA-TAA------T-GGGCTA-CA--A--ACACTCCAC-----AG--CCCAATCA-T----ACAT-TGCT--GC-A-AT-TAGTTTTTAT-GC-AAA-ACTC------TC--TCAC-AATGTTGACCCTACTGG-TCAAT-TTATCA-TCAGA-A-------AACTTTTGCA-G----
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               tAC--TACAT-GTAGCCTCTGCT-C-ATTCC--C---ATGGT----A-CA----CGCTTTATCACTTGC------AT--ATC--------------A---TA-CA--TGTATATTTCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAT-AC-A------TT--TCAC-AACGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTACA-A-------AGCTCTTATA-G----ACTAAGG-ACACGC---AGTCGTTAG--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTC-CAACTCC--TCCAACGG-ggcatacaaagagctagctccaatagtaaagaagctcacgac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                             CA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGC-CAGTAT-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGCTAT--TAC-TTA--CA--A-CCTAC-TAC---ACGT-A--GCCTCCGCT-C-ATTCC--C---ATAGT----A-CA----CGCTTTATCACTTGC------AT--ATCTCTTAG------C-AGGCTA-CA--T--ATATTCCACTGCTTAGCGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--TC-A-
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACACACCTCATAGCCGTACCAATACATGGCATTGGCTAGCAATTATTTTTATGCTAAACTCTCTCAACAATTGTGTTGAACCTTTTCTGACTAGTTCAATTTATCATCAGAATATGACTCCTTATACCAGGGCAAACTGCCAAAGAGC
Unaligned ( gi|11 ): TAAACAGTTAGCAATCACCAGGTATACGAAGTTGTTCTCGTGGCTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG
Unaligned ( gi|16 ): ATAAGCACTCCGTTGCTCAATCATACATTGCTGCTATAAGCT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                            111            11           1111   22222            11         111                111111          1111    11111           11                                11     33333333333      111111                                        111111             222222222          111111           11111                                                                       11111111                                                1111111              1111     111111              11       111                           2222               8888888888888888888888888      11      1      22222     1     2222   22222    111   1  1   1          1111               11           11                    2222222                               11                 1       1                   1 11      1 222222            1             1 111                    1111               1                                              777777777777777777    1111        111    1    444444444444444        1111  55555555555555                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              5       8     666      8     11   0       5555   00000   8        11 8     0 444     8    5     888888          0000    22222     5  1  00 5     5 0  5         888    66 11     44444444444   77 333333    4          4 4     66 777   1 66 4  222222             999999999    0 4   222222 4   4     33333             0  6  0      4 9999    4    66  4 4  66  0      5      5  99999999  66    5  5               5     5      5   1 5 6666666          5   2222 3   222222   4      5   99 5  5  000        2 44       6  2    7777   9  6  3 0   0000000000000000000000000      33      0      55555     3     6666   11111    666   0  0   0          9999               44 1         11    8    1      0 1 6666666  8         0    99    3       11      3    1     0     1 2       2 1   3   1 0 33      0 999999  1  3      0       3     0 333         3    3     2222 66     44     0      6             0                3 1    2 333333333333333333    3333        777    0    333333333333333   3    5555  88888888888888                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              .       .     ...      .     ..   .       ....   .....   .        .. .     . ...     .    .     ......          ....    .....     .  .  .. .     . .  .         ...    .. ..     ...........   .. ......    .          . .     .. ...   . .. .  ......             .........    . .   ...... .   .     .....             .  .  .      . ....    .    ..  . .  ..  .      .      .  ........  ..    .  .               .     .      .   . . .......          .   .... .   ......   .      .   .. .  .  ...        . ..       .  .    ....   .  .  . .   .........................      ..      .      .....     .     ....   .....    ...   .  .   .          ....               .. .         ..    .    .      . . .......  .         .    ..    .       ..      .    .     .     . .       . .   .   . . ..      . ......  .  .      .       .     . ...         .    .     .... ..     ..     .      .             .                . .    . ..................    ....        ...    .    ...............   .    ....  ..............                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              6       0     222      0     00   8       0000   00000   0        00 0     6 000     0    6     111111          6666    55555     0  0  99 0     0 1  0         888    99 99     00000000000   00 999999    4          4 4     11 888   1 11 4  888888             333333333    8 4   888888 4   4     22222             8  2  8      4 4444    4    11  4 4  11  4      0      0  55555555  99    0  0               0     0      0   0 0 2222222          0   1111 6   333333   0      7   33 7  7  000        5 22       7  5    0000   3  7  8 8   0000000000000000000000000      88      0      00000     3     1111   00000    888   0  0   0          5555               66 4         44    0    4      8 0 2222222  0         8    44    8       00      2    0     0     0 0       0 2   2   0 0 88      0 888888  0  2      0       2     0 555         2    2     0000 00     00     0      5             7                7 0    5 888888888888888888    2222        555    0    222222222222222   2    0000  88888888888888                 
consensus                     :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTN---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCATTACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CANTAN-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--T--TACATTA--TACA-CGTAC-NA---C--ACGT-GGCCTCCGCC-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCGCTTGCTA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--N--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTANA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCG-TAA--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTA-CACCTCC--T-CAACGG-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCT-AAACTACATT-GCA-TT-CAG-GCATTCTTGCAG--GTAGGCGAATTCGCACCTGTCCAAGGGCAACTCT-ACTCAAAGTATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGNCGATT-ACATGNTCCTAAGATCGTCGAATTTNC-G--TCGGAA-C-A--CGCTNTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCAC-NA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAACAAGCCCTTCGTTTATCCATTTTGGGCGNCAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGCTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAG--GTTT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
Reference ( family-1060 )     :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTN---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCATTACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CANTAN-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--T--TACATTA--TACA-CGTAC-AA---C--ACGT-GGCCTCCGCC-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCGCTTGCTA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--N--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTANA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCG-TAA--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTA-CACCTCC--T-CAACGG-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCT-AAACTACATT-GCA-TT-CAG-GCATTCTTGCAG--GTAGGCGAATTCGCACCTGTCCAAGGGCAACTCT-ACTCAAAGTATATNA-----G-AG-TTCAATGATATTCGG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGNCGATT-ACATGNTCCTAAGATCGTCGAATTTNC-G--TCGGAA-C-A--CGCTNTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCAC-NA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAACAAGCCCTTCGTTTATCCATTTTGGGCGNCAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGCTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAG--GTTT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
gi|1                          :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TACTC-CGCAGTCC-ATTTC--CTG-CGACGCTG---ACC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-TATC-TT-CC------GAGCATTGCA----TTTA-----GTAGG-CAGTAT-G---CTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--TATTACATTACTTGCAACCTAC-TA---C--ATGTAGGCCTCCGCT-C-ATACC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCACTCGC-A-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--T---TATTCATCTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTT--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCTAA-AC--------TT--TCACAAA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTACCA-TTAC--A-------AGCTCTTATA-CAA----TAAGG-A----CACCCAGTCG-TAAG-G-AC-TC---GCGGCTCTGT--TAACTTA-CACCTCCA-A-CAATGG-AACAATTC-------------------------TAACAT--TACAAA-CCAATTACTTGTATTT-TCAAC-TGGCCT-AAA-TACATTAGCA-AT-CAA-GCATTCTTGCAG--GTACGCTAATTCGCACCTAT-CAAGGGC-ACTCT-ACTCTAAGCATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTTGGCTTGCCTCAGGCC--AAATTC--CTGTCGATT-ACATGGCTCTAAGATTGTCGAATTTCC-G--TCGGAA-CAA--CGCTTTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CC--CCCTCTTGCAAGCAATACAC-TA-TCATCTACAGATACACCCCATTGAAAATAACCCCTTTGTTTTTCCATTTAGGGCGTCATCCAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-CC-CCCCCGATCCGCAGT-TCGTTATCAATTCGTTCATCATACTAG--G-TT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    g--CTT-AA--TACTTA-GCA-TTTCAG-GCATTCTTGTAG--GTAGGCGAATTCACA-TTGTCCAAAGGCAACACT-ACTCAAAGTATATTATATATGTAG-TTCCATGACATTTGA-TTGCTTCAGGCC--AAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGATTGTCGAATTTTCCG--TCGGAA-C-AA-CGCCTTATTCCGAC-ATCCAACATGCCC-CTT-CCCTCTAGCAAGCTATGCAC-AA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAATAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TCGCAC-TATCCAAGGGCA-CTCTTACTCTAAACATAGCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGA-CTGTTTCAGGCC--AAATTCAACTGTCGATT-ACATG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CA------------------CCCCGCAGTTCGTTAT---CAAT-TTGT--TCAT---------CATACTAG--ATTT--------------GAAAGCATTGGGCATTG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                ccccccccctTACCT-----AAAC-TCCCA----TGAA-----GTAGG-CATTAA-G-GCCTT----G-GACATTACA---GAGC--T--TGCAT-----AAA-TTTAC-AA---CT-ACAT-GGCCCCCACTAC-ATTCCACC---AT--T--ATCA------CTCTTTATTGCTTTATC-----TATCCC-TAG------C-AGG-CTATA--A--GCACTCCACTGCT-------CAATCATC----ACAT-TGCT--GC-T-AT-AAG-CTTCAG-GCTAAG--C-A------TT--TTAC-AAACGTGGATCCTACAGA-CGACT-TTATTT-TAATATA-------AGTTGTTGCA-GGCATGCTCAGGTC----CACACAA-CA-AGG--G-AC-TC---GCGAATGCCTACTACTTTA-CACCTCCGTT-CAA-AG-GATTATTCCAACTCTTAGATTCTACTTTTTTTGCAGCATAATATGAAGCCAAAT-----TATTTCACAGCAG--CCT-TTATTACA-----A-TT-CAACGCATTCTTGC-GCCATAGGTGAATTCACCTTTCTCTAAGGGCAACTCC-ACACAAACTATATTA-----C-AGTTTTAAAGAC-TTCGT-TTGC-TCAGTCTAAAAATTCAACTCACCATC-AACCGTTCCCCAGACCACCCA--TTGG-GGCTCGGAACC-ACTCTCTGTATTCCAGCAATCCAAT-TGTCCACATGCCCTTTTGT-GGCA--GCTC-AAGT--TCTGC--ATCCA-CCCATT-AAAACAGGCCCTTCATTTATTAATTTTGGGGGGCAGC--------------------CTCT-AA-CTCGCTAT---CAGTCTTGTG-GTAA---------CAT--TAA--ATTTTTAAAAATACTCTCAAAAGTATTGGGAATTGa
gi|3                          :                                                                                                                                   aactggttagatgcatcgtagaGGTATCTCCAGTG-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTC---TCC-----TAG-ATTGTCAG--A-CGCATCA---GTGGT-AATCATTACCA-----GAACATAACA----TTTA-----GTAGA-CATTAAAG-GCTTT-TTGT-GACATGTTA---CAGC--T--TACATTACCTACA-TGTAC-AA---CCTATCT-AGCCTCCGCC-C-ATCCC--C---ATAGT--A-TA------CGCTTTATCGCTTACTAGTATATATTTC-TAG------C-AGG-CTACA--A--ATATTCTACTGCTTAGTGCTTAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-TTGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCTTACGGA-CGGCT-CTATCA-TTAGA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CAGGCAGTTG-TAA--G-AC-TC---ACAGCTCTCTACTACTTTA-CA-CTCC--C-CAACGT-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCTAAAACTACATT-GCATTT-CAG-GCATTCCTGCA---GTAGGCGAATCCGCAACTGTCTAAGGGC-ACTCT-TCTCAAAGTAT-TAA-----A-AG-TTCAACGATATTTTG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGACGATTAACATGCT-CTAAGATTGACGAATTGGC-G--TCGAAA-C-A----CTGTA-TCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCACTTA-TCTTCTACAAATACA-CCCATTAAAAACAAGCCCTTTGTTTATCCATTTTGGGTGACAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGTTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAGGTGTTT--------------GAAGGTCTTGGGCATTGacagcaccaaatataactcccactctttcaagtacgggcag
gi|4                          :                                                                                                                                                         GGTAC-CCCAGTCATATCC-C--ATTCC-AATTC--TTGAC-ATGCTT---TCCGAATTTAG-ATCGTTATGAA-TGCATCA---GTAGC-AACCATTACCA-----GAGCATCACA----TGTA-----TTAGG-CATTAA-GCTCTTTCTTGAGGACATGTCA---CAGC--TG-TACATT---TAC--CGTAC-AACCTC--ACAT-GGCCTCCGTC-C-ATTCC--C---ATA-T--A-TA------TGCTTTATCGCCTACCT-----TATCTC-TAA------CTAGC-TTACAATA--ATATTCCACTGCTCTGTGCTCAATCG-T----ATATATGTC--GCAA-AT-TAGATTTCAT-GTCATA-AC-ATTAATTTT--CCAC-AA-CGTAGACTTTACGGACCCACT-CTATCATTTAGA-A-------AGCTCTTACA-GAC----T-AGG-A--------CAGTCA-TAAAGG-TCTTC---ACGGTTGCCTATTACTTTACCACTTCCT-T-CAACGGAGGTT-TTC-------------------------CAAC
gi|5                          : taaacaaacatcagcaacttcaccaggttacgaagctttttggtgttattctacaactgtcagtataaagcaaaaaacatctacaaggcaatcaagcacattgctgatgcattttctttacaaaatggcgggacgttactaagcggtagcagGGTATATTCA----TATCAGTCCAGTCCCATTTCAGCTGACGATGCCTGGTTAC-----TCATGTTGTCAC--AGCGAATAGAGGGTAGTCAATCCATACCGCGAGGGAGTAGCGCAGGATCTCACGATTGTAGGGCAGTA----GCTTT-TTGA-GACAAGTAAAACCAGC--T--TACATAA--TACA--GTACTAA---C--ATGT-GTCATCCGTC-C-ATTCC--CCGAATAGTCAA-CGCAAGGCCGCATGATCGCGT-TTA-----AACGTT-TAGATTCACC-AGGTTTTCG--C--ATG---CAGTATCTAG-GC---AGCG-CTACAATAT-TCTCAGGC-ATATGTAGATTTCATCGTCAAAGAA-A------TTACTAAC-CG-CGTAGACCCTACGGA-CCACTGCTGTCC-ATATA-ACAGTACCAGCTCTTATACGAC----TGAGG-ACCTTCACA-AATCG-TAA--GAAC-TCAGAGGGGCTCT----TACGT-----CCACT--T-CAA--G-GA-TATTC-------------------------CACTAT--TATACA-CATAAT-----TA
gi|6                          :                                                      tcatgttcataagccaagaaacacgatgccagactaatacaaatgcattattgctgattgtaatttctcacaacgacaaggcatataatcgtagcaaggGGTATATCCAGTC-TATCC-C--AGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTG---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCAT-ACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CAGTAT-G-GCTTT-TTGA-GACCTGTCT---CAGC--T--TACATTAATTGCAACCTAC-TA---C--ATGT-AGCCTCCGCG-T-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CACTTTATCACCTA-TA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--T--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTTAT-GCCAAT-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACAAA-CCACT-CTATCA-TTACA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACACAGTCG-TAAG-G-AC-TC---GCGG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                           taagggttgcagCATCACA----TCAA-----GTAGG-TATCAA-G-GCATT-C-GA-GGCATTTCG---TAAT--T--TACATGA--TCTC-CAT-C-AG------ACAT-GGCCTCCACC-TGAATCG--C---ACATT--A-CA------CGGTTCATTGCATACC------TGTCGA-TAA------T-GGG-CTACA--A--ACACTCCAC-----AG--CCCAATCA-T----ACAT-TGCT--GC-A-AT-TAGTTTTTAT-GC-AAA-ACTC------TC--TCAC-AA-TGTTGACCCTACTGG-TCAAT-TTATCA-TCAGA-A-------AACTTTTGCA-G
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tAC-TA---C--ATGT-AGCCTCTGCT-C-ATTCC--C---ATGGT--A-CA------CGCTTTATCACTTGC-A-----TATC--------------A----TACA--TGTATATTTCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAT-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTACA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCGTTAG--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTC-CAACTCC--TCCAACGG-ggcatacaaagagctagctccaatagtaaagaagctcacgac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                             CA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGC-CAGTAT-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGCTAT--TAC-TTA--CA-A-CCTAC-TA---C--ACGT-AGCCTCCGCT-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCACTTGC-A-----TATCTCTTAG------C-AGG-CTACA--T--ATATTCCACTGCTTAGCGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--TC-A-
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACACACCTCATAGCCGTACCAATACATGGCATTGGCTAGCAATTATTTTTATGCTAAACTCTCTCAACAATTGTGTTGAACCTTTTCTGACTAGTTCAATTTATCATCAGAATATGACTCCTTATACCAGGGCAAACTGCCAAAGAGC
Unaligned ( gi|11 ): TAAACAGTTAGCAATCACCAGGTATACGAAGTTGTTCTCGTGGCTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG
Unaligned ( gi|16 ): ATAAGCACTCCGTTGCTCAATCATACATTGCTGCTATAAGCT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                            111            11           1111   22222            11         111                111111          1111    11111           11                                11     33333333333      111111                                        111111             222222222          111111           11111                                                                       11111111                                                1111111              1111     111111              11       111                           2222               8888888888888888888888888      11      1      22222     1     2222   22222    111   1  1   1          1111               11           11                    2222222                               11                 1       1                   1 11      1 222222            1             1 111                    1111               1                                              777777777777777777    1111        111    1    444444444444444        1111  55555555555555                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              5       8     666      8     11   0       5555   00000   8        11 8     0 444     8    5     888888          0000    22222     5  1  00 5     5 0  5         888    66 11     99999999999   55 111111    4          4 4     66 777   1 66 4  222222             999999999    0 4   222222 4   4     33333             0  6  0      4 9999    4    66  4 4  66  0      5      5  99999999  66    5  5               5     5      5   1 5 6666666          5   2222 3   222222   4      5   99 5  5  000        2 44       6  2    7777   9  6  3 0   0000000000000000000000000      33      0      55555     3     6666   11111    666   0  0   0          9999               44 1         11    8    1      0 1 6666666  8         0    99    3       11      3    1     0     1 2       2 1   3   1 0 33      0 999999  1  3      0       3     0 333         3    3     2222 66     44     0      6             0                3 1    2 333333333333333333    3333        777    0    333333333333333   3    5555  88888888888888                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              .       .     ...      .     ..   .       ....   .....   .        .. .     . ...     .    .     ......          ....    .....     .  .  .. .     . .  .         ...    .. ..     ...........   .. ......    .          . .     .. ...   . .. .  ......             .........    . .   ...... .   .     .....             .  .  .      . ....    .    ..  . .  ..  .      .      .  ........  ..    .  .               .     .      .   . . .......          .   .... .   ......   .      .   .. .  .  ...        . ..       .  .    ....   .  .  . .   .........................      ..      .      .....     .     ....   .....    ...   .  .   .          ....               .. .         ..    .    .      . . .......  .         .    ..    .       ..      .    .     .     . .       . .   .   . . ..      . ......  .  .      .       .     . ...         .    .     .... ..     ..     .      .             .                . .    . ..................    ....        ...    .    ...............   .    ....  ..............                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              6       0     222      0     00   8       0000   00000   0        00 0     6 000     0    6     111111          6666    55555     0  0  99 0     0 1  0         888    99 99     66666666666   44 111111    4          4 4     11 888   1 11 4  888888             333333333    8 4   888888 4   4     22222             8  2  8      4 4444    4    11  4 4  11  4      0      0  55555555  99    0  0               0     0      0   0 0 2222222          0   1111 6   333333   0      7   33 7  7  000        5 22       7  5    0000   3  7  8 8   0000000000000000000000000      88      0      00000     3     1111   00000    888   0  0   0          5555               66 4         44    0    4      8 4 2222222  0         8    44    8       00      2    0     0     0 0       0 2   2   0 0 88      0 888888  0  2      0       2     0 555         2    2     0000 00     00     0      5             7                7 0    5 888888888888888888    2222        555    0    222222222222222   2    0000  88888888888888                 
consensus                     :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTN---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCATTACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CANTAN-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--T--TACATTA--TACA-CNTAC-NA---C--ACGT-GGCCTCCGCC-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCGCTTGCTA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--N--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTANA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCG-TAA--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTA-CACCTCC--T-CAACGG-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCT-AAACTACATT-GCA-TT-CAG-GCATTCTTGCAG--GTAGGCGAATTCGCACCTGTCCAAGGGCAACTCT-ACTCAAAGTATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGNCGATT-ACATGNTCCTAAGATCGTCGAATTTNC-G--TCGGAA-C-A--CGCTNTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCAC-NA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAACAAGCCCTTCGTTTATCCATTTTGGGCGNCAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGCTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAG--GTTT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
Reference ( family-1060 )     :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTN---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCATTACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CANTAN-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--T--TACATTA--TACA-CGTAC-NA---C--ACGT-GGCCTCCGCC-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCGCTTGCTA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--N--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTANA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCG-TAA--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTA-CACCTCC--T-CAACGG-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCT-AAACTACATT-GCA-TT-CAG-GCATTCTTGCAG--GTAGGCGAATTCGCACCTGTCCAAGGGCAACTCT-ACTCAAAGTATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGNCGATT-ACATGNTCCTAAGATCGTCGAATTTNC-G--TCGGAA-C-A--CGCTNTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCAC-NA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAACAAGCCCTTCGTTTATCCATTTTGGGCGNCAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGCTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAG--GTTT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
gi|1                          :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TACTC-CGCAGTCC-ATTTC--CTG-CGACGCTG---ACC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-TATC-TT-CC------GAGCATTGCA----TTTA-----GTAGG-CAGTAT-G---CTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--TATTACATTACTTGCAACCTAC-TA---C--ATGTAGGCCTCCGCT-C-ATACC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCACTCGC-A-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--T---TATTCATCTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTT--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCTAA-AC--------TT--TCACAAA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTACCA-TTAC--A-------AGCTCTTATA-CAA----TAAGG-A----CACCCAGTCG-TAAG-G-AC-TC---GCGGCTCTGT--TAACTTA-CACCTCCA-A-CAATGG-AACAATTC-------------------------TAACAT--TACAAA-CCAATTACTTGTATTT-TCAAC-TGGCCT-AAA-TACATTAGCA-AT-CAA-GCATTCTTGCAG--GTACGCTAATTCGCACCTAT-CAAGGGC-ACTCT-ACTCTAAGCATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTTGGCTTGCCTCAGGCC--AAATTC--CTGTCGATT-ACATGGCTCTAAGATTGTCGAATTTCC-G--TCGGAA-CAA--CGCTTTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CC--CCCTCTTGCAAGCAATACAC-TA-TCATCTACAGATACACCCCATTGAAAATAACCCCTTTGTTTTTCCATTTAGGGCGTCATCCAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-CC-CCCCCGATCCGCAGT-TCGTTATCAATTCGTTCATCATACTAG--G-TT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    g--CTT-AA--TACTTA-GCA-TTTCAG-GCATTCTTGTAG--GTAGGCGAATTCACA-TTGTCCAAAGGCAACACT-ACTCAAAGTATATTATATATGTAG-TTCCATGACATTTGA-TTGCTTCAGGCC--AAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGATTGTCGAATTTTCCG--TCGGAA-C-AA-CGCCTTATTCCGAC-ATCCAACATGCCC-CTT-CCCTCTAGCAAGCTATGCAC-AA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAATAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TCGCAC-TATCCAAGGGCA-CTCTTACTCTAAACATAGCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGA-CTGTTTCAGGCC--AAATTCAACTGTCGATT-ACATG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CA------------------CCCCGCAGTTCGTTAT---CAAT-TTGT--TCAT---------CATACTAG--ATTT--------------GAAAGCATTGGGCATTG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                ccccccccctTACCT-----AAAC-TCCCA----TGAA-----GTAGG-CATTAA-G-GCCTT----G-GACATTACA---GAGC--T--TGCAT-----AAA-TTTAC-AA---CT-ACAT-GGCCCCCACTAC-ATTCCACC---AT--T--ATCA------CTCTTTATTGCTTTATC-----TATCCC-TAG------C-AGG-CTATA--A--GCACTCCACTGCT-------CAATCATC----ACAT-TGCT--GC-T-AT-AAG-CTTCAG-GCTAAG--C-A------TT--TTAC-AAACGTGGATCCTACAGA-CGACT-TTATTT-TAATATA-------AGTTGTTGCA-GGCATGCTCAGGTC----CACACAA-CA-AGG--G-AC-TC---GCGAATGCCTACTACTTTA-CACCTCCGTT-CAA-AG-GATTATTCCAACTCTTAGATTCTACTTTTTTTGCAGCATAATATGAAGCCAAAT-----TATTTCACAGCAG--CCT-TTATTACA-----A-TT-CAACGCATTCTTGC-GCCATAGGTGAATTCACCTTTCTCTAAGGGCAACTCC-ACACAAACTATATTA-----C-AGTTTTAAAGAC-TTCGT-TTGC-TCAGTCTAAAAATTCAACTCACCATC-AACCGTTCCCCAGACCACCCA--TTGG-GGCTCGGAACC-ACTCTCTGTATTCCAGCAATCCAAT-TGTCCACATGCCCTTTTGT-GGCA--GCTC-AAGT--TCTGC--ATCCA-CCCATT-AAAACAGGCCCTTCATTTATTAATTTTGGGGGGCAGC--------------------CTCT-AA-CTCGCTAT---CAGTCTTGTG-GTAA---------CAT--TAA--ATTTTTAAAAATACTCTCAAAAGTATTGGGAATTGa
gi|3                          :                                                                                                                                   aactggttagatgcatcgtagaGGTATCTCCAGTG-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTC---TCC-----TAG-ATTGTCAG--A-CGCATCA---GTGGT-AATCATTACCA-----GAACATAACA----TTTA-----GTAGA-CATTAAAG-GCTTT-TTGT-GACATGTTA---CAGC--T--TACATTACCTACA-TGTAC-AA---CCTATCT-AGCCTCCGCC-C-ATCCC--C---ATAGT--A-TA------CGCTTTATCGCTTACTAGTATATATTTC-TAG------C-AGG-CTACA--A--ATATTCTACTGCTTAGTGCTTAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-TTGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCTTACGGA-CGGCT-CTATCA-TTAGA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CAGGCAGTTG-TAA--G-AC-TC---ACAGCTCTCTACTACTTTA-CA-CTCC--C-CAACGT-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCTAAAACTACATT-GCATTT-CAG-GCATTCCTGCA---GTAGGCGAATCCGCAACTGTCTAAGGGC-ACTCT-TCTCAAAGTAT-TAA-----A-AG-TTCAACGATATTTTG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGACGATTAACATGCT-CTAAGATTGACGAATTGGC-G--TCGAAA-C-A----CTGTA-TCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCACTTA-TCTTCTACAAATACA-CCCATTAAAAACAAGCCCTTTGTTTATCCATTTTGGGTGACAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGTTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAGGTGTTT--------------GAAGGTCTTGGGCATTGacagcaccaaatataactcccactctttcaagtacgggcag
gi|4                          :                                                                                                                                                         GGTAC-CCCAGTCATATCC-C--ATTCC-AATTC--TTGAC-ATGCTT---TCCGAATTTAG-ATCGTTATGAA-TGCATCA---GTAGC-AACCATTACCA-----GAGCATCACA----TGTA-----TTAGG-CATTAA-GCTCTTTCTTGAGGACATGTCA---CAGC--TG-TACATT---TAC--CGTAC-AACCTC--ACAT-GGCCTCCGTC-C-ATTCC--C---ATA-T--A-TA------TGCTTTATCGCCTACCT-----TATCTC-TAA------CTAGC-TTACAATA--ATATTCCACTGCTCTGTGCTCAATCG-T----ATATATGTC--GCAA-AT-TAGATTTCAT-GTCATA-AC-ATTAATTTT--CCAC-AA-CGTAGACTTTACGGACCCACT-CTATCATTTAGA-A-------AGCTCTTACA-GAC----T-AGG-A--------CAGTCA-TAAAGG-TCTTC---ACGGTTGCCTATTACTTTACCACTTCCT-T-CAACGGAGGTT-TTC-------------------------CAAC
gi|5                          : taaacaaacatcagcaacttcaccaggttacgaagctttttggtgttattctacaactgtcagtataaagcaaaaaacatctacaaggcaatcaagcacattgctgatgcattttctttacaaaatggcgggacgttactaagcggtagcagGGTATATTCA----TATCAGTCCAGTCCCATTTCAGCTGACGATGCCTGGTTAC-----TCATGTTGTCAC--AGCGAATAGAGGGTAGTCAATCCATACCGCGAGGGAGTAGCGCAGGATCTCACGATTGTAGGGCAGTA----GCTTT-TTGA-GACAAGTAAAACCAGC--T--TACATAA--TACA--GTACTAA---C--ATGT-GTCATCCGTC-C-ATTCC--CCGAATAGTCAA-CGCAAGGCCGCATGATCGCGT-TTA-----AACGTT-TAGATTCACC-AGGTTTTCG--C--ATG---CAGTATCTAG-GC---AGCG-CTACAATAT-TCTCAGGC-ATATGTAGATTTCATCGTCAAAGAA-A------TTACTAAC-CG-CGTAGACCCTACGGA-CCACTGCTGTCC-ATATA-ACAGTACCAGCTCTTATACGAC----TGAGG-ACCTTCACA-AATCG-TAA--GAAC-TCAGAGGGGCTCT----TACGT-----CCACT--T-CAA--G-GA-TATTC-------------------------CACTAT--TATACA-CATAAT-----TA
gi|6                          :                                                      tcatgttcataagccaagaaacacgatgccagactaatacaaatgcattattgctgattgtaatttctcacaacgacaaggcatataatcgtagcaaggGGTATATCCAGTC-TATCC-C--AGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTG---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCAT-ACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CAGTAT-G-GCTTT-TTGA-GACCTGTCT---CAGC--T--TACATTAATTGCAACCTAC-TA---C--ATGT-AGCCTCCGCG-T-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CACTTTATCACCTA-TA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--T--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTTAT-GCCAAT-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACAAA-CCACT-CTATCA-TTACA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACACAGTCG-TAAG-G-AC-TC---GCGG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                           taagggttgcagCATCACA----TCAA-----GTAGG-TATCAA-G-GCATT-C-GA-GGCATTTCG---TAAT--T--TACATGA--T-CT-C-CAT-CA---G--ACAT-GGCCTCCACC-TGAATCG--C---ACATT--A-CA------CGGTTCATTGCATACC------TGTCGA-TAA------T-GGG-CTACA--A--ACACTCCAC-----AG--CCCAATCA-T----ACAT-TGCT--GC-A-AT-TAGTTTTTAT-GC-AAA-ACTC------TC--TCAC-AA-TGTTGACCCTACTGG-TCAAT-TTATCA-TCAGA-A-------AACTTTTGCA-G
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tAC-TA---C--ATGT-AGCCTCTGCT-C-ATTCC--C---ATGGT--A-CA------CGCTTTATCACTTGC-A-----TATC--------------A----TACA--TGTATATTTCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAT-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTACA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCGTTAG--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTC-CAACTCC--TCCAACGG-ggcatacaaagagctagctccaatagtaaagaagctcacgac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                             CA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGC-CAGTAT-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGCTAT--TAC-TTA--CA-A-CCTAC-TA---C--ACGT-AGCCTCCGCT-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCACTTGC-A-----TATCTCTTAG------C-AGG-CTACA--T--ATATTCCACTGCTTAGCGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--TC-A-
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACACACCTCATAGCCGTACCAATACATGGCATTGGCTAGCAATTATTTTTATGCTAAACTCTCTCAACAATTGTGTTGAACCTTTTCTGACTAGTTCAATTTATCATCAGAATATGACTCCTTATACCAGGGCAAACTGCCAAAGAGC
Unaligned ( gi|11 ): TAAACAGTTAGCAATCACCAGGTATACGAAGTTGTTCTCGTGGCTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG
Unaligned ( gi|16 ): ATAAGCACTCCGTTGCTCAATCATACATTGCTGCTATAAGCT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                            111            11           1111   22222            11         111                111111          1111    11111           11                                11     33333333333      111111                                        111111             222222222          111111           11111                                                                       11111111                                                1111111              1111     111111              11       111                           2222               8888888888888888888888888      11      1      22222     1     2222   22222    111   1  1   1          1111               11           11                    2222222                               11                 1       1                   1 11      1 222222            1             1 111                    1111               1                                              777777777777777777    1111        111    1    444444444444444        1111  55555555555555                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              5       8     666      8     11   0       5555   00000   8        11 8     0 444     8    5     888888          0000    22222     5  1  00 5     5 0  5         888    66 11     11111111111   55 111111    4          4 4     66 777   1 66 4  222222             999999999    0 4   222222 4   4     33333             0  6  0      4 9999    4    66  4 4  66  0      5      5  99999999  66    5  5               5     5      5   1 5 6666666          5   2222 3   222222   4      5   99 5  5  000        2 44       6  2    7777   9  6  3 0   0000000000000000000000000      33      0      55555     3     6666   11111    666   0  0   0          9999               44 1         11    8    1      0 1 6666666  8         0    99    3       11      3    1     0     1 2       2 1   3   1 0 33      0 999999  1  3      0       3     0 333         3    3     2222 66     44     0      6             0                3 1    2 333333333333333333    3333        777    0    333333333333333   3    5555  88888888888888                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              .       .     ...      .     ..   .       ....   .....   .        .. .     . ...     .    .     ......          ....    .....     .  .  .. .     . .  .         ...    .. ..     ...........   .. ......    .          . .     .. ...   . .. .  ......             .........    . .   ...... .   .     .....             .  .  .      . ....    .    ..  . .  ..  .      .      .  ........  ..    .  .               .     .      .   . . .......          .   .... .   ......   .      .   .. .  .  ...        . ..       .  .    ....   .  .  . .   .........................      ..      .      .....     .     ....   .....    ...   .  .   .          ....               .. .         ..    .    .      . . .......  .         .    ..    .       ..      .    .     .     . .       . .   .   . . ..      . ......  .  .      .       .     . ...         .    .     .... ..     ..     .      .             .                . .    . ..................    ....        ...    .    ...............   .    ....  ..............                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              6       0     222      0     00   8       0000   00000   0        00 0     6 000     0    6     111111          6666    55555     0  0  99 0     0 1  0         888    99 99     99999999999   44 111111    4          4 4     11 888   1 11 4  888888             333333333    8 4   888888 4   4     22222             8  2  8      4 4444    4    11  4 4  11  4      0      0  55555555  99    0  0               0     0      0   0 0 2222222          0   1111 6   333333   0      7   33 7  7  000        5 22       7  5    0000   3  7  8 8   0000000000000000000000000      88      0      00000     3     1111   00000    888   0  0   0          5555               66 4         44    0    4      8 4 2222222  0         8    44    8       00      2    0     0     0 0       0 2   2   0 0 88      0 888888  0  2      0       2     0 555         2    2     0000 00     00     0      5             7                7 0    5 888888888888888888    2222        555    0    222222222222222   2    0000  88888888888888                 
consensus                     :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTN---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCATTACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CANTAN-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--T--TACATTA--TACA-CCTAC-NA---C--ACGT-GGCCTCCGCC-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCGCTTGCTA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--N--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTANA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCG-TAA--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTA-CACCTCC--T-CAACGG-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCT-AAACTACATT-GCA-TT-CAG-GCATTCTTGCAG--GTAGGCGAATTCGCACCTGTCCAAGGGCAACTCT-ACTCAAAGTATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGNCGATT-ACATGNTCCTAAGATCGTCGAATTTNC-G--TCGGAA-C-A--CGCTNTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCAC-NA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAACAAGCCCTTCGTTTATCCATTTTGGGCGNCAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGCTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAG--GTTT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
Reference ( family-1060 )     :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTN---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCATTACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CANTAN-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--T--TACATTA--TACA-CNTAC-NA---C--ACGT-GGCCTCCGCC-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCGCTTGCTA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--N--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTANA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCG-TAA--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTA-CACCTCC--T-CAACGG-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCT-AAACTACATT-GCA-TT-CAG-GCATTCTTGCAG--GTAGGCGAATTCGCACCTGTCCAAGGGCAACTCT-ACTCAAAGTATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGNCGATT-ACATGNTCCTAAGATCGTCGAATTTNC-G--TCGGAA-C-A--CGCTNTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCAC-NA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAACAAGCCCTTCGTTTATCCATTTTGGGCGNCAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGCTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAG--GTTT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
gi|1                          :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TACTC-CGCAGTCC-ATTTC--CTG-CGACGCTG---ACC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-TATC-TT-CC------GAGCATTGCA----TTTA-----GTAGG-CAGTAT-G---CTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--TATTACATTACTTGCAACCTAC-TA---C--ATGTAGGCCTCCGCT-C-ATACC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCACTCGC-A-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--T---TATTCATCTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTT--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCTAA-AC--------TT--TCACAAA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTACCA-TTAC--A-------AGCTCTTATA-CAA----TAAGG-A----CACCCAGTCG-TAAG-G-AC-TC---GCGGCTCTGT--TAACTTA-CACCTCCA-A-CAATGG-AACAATTC-------------------------TAACAT--TACAAA-CCAATTACTTGTATTT-TCAAC-TGGCCT-AAA-TACATTAGCA-AT-CAA-GCATTCTTGCAG--GTACGCTAATTCGCACCTAT-CAAGGGC-ACTCT-ACTCTAAGCATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTTGGCTTGCCTCAGGCC--AAATTC--CTGTCGATT-ACATGGCTCTAAGATTGTCGAATTTCC-G--TCGGAA-CAA--CGCTTTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CC--CCCTCTTGCAAGCAATACAC-TA-TCATCTACAGATACACCCCATTGAAAATAACCCCTTTGTTTTTCCATTTAGGGCGTCATCCAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-CC-CCCCCGATCCGCAGT-TCGTTATCAATTCGTTCATCATACTAG--G-TT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    g--CTT-AA--TACTTA-GCA-TTTCAG-GCATTCTTGTAG--GTAGGCGAATTCACA-TTGTCCAAAGGCAACACT-ACTCAAAGTATATTATATATGTAG-TTCCATGACATTTGA-TTGCTTCAGGCC--AAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGATTGTCGAATTTTCCG--TCGGAA-C-AA-CGCCTTATTCCGAC-ATCCAACATGCCC-CTT-CCCTCTAGCAAGCTATGCAC-AA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAATAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TCGCAC-TATCCAAGGGCA-CTCTTACTCTAAACATAGCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGA-CTGTTTCAGGCC--AAATTCAACTGTCGATT-ACATG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CA------------------CCCCGCAGTTCGTTAT---CAAT-TTGT--TCAT---------CATACTAG--ATTT--------------GAAAGCATTGGGCATTG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                ccccccccctTACCT-----AAAC-TCCCA----TGAA-----GTAGG-CATTAA-G-GCCTT----G-GACATTACA---GAGC--T--TGCAT-----AAA-TTTAC-AA---CT-ACAT-GGCCCCCACTAC-ATTCCACC---AT--T--ATCA------CTCTTTATTGCTTTATC-----TATCCC-TAG------C-AGG-CTATA--A--GCACTCCACTGCT-------CAATCATC----ACAT-TGCT--GC-T-AT-AAG-CTTCAG-GCTAAG--C-A------TT--TTAC-AAACGTGGATCCTACAGA-CGACT-TTATTT-TAATATA-------AGTTGTTGCA-GGCATGCTCAGGTC----CACACAA-CA-AGG--G-AC-TC---GCGAATGCCTACTACTTTA-CACCTCCGTT-CAA-AG-GATTATTCCAACTCTTAGATTCTACTTTTTTTGCAGCATAATATGAAGCCAAAT-----TATTTCACAGCAG--CCT-TTATTACA-----A-TT-CAACGCATTCTTGC-GCCATAGGTGAATTCACCTTTCTCTAAGGGCAACTCC-ACACAAACTATATTA-----C-AGTTTTAAAGAC-TTCGT-TTGC-TCAGTCTAAAAATTCAACTCACCATC-AACCGTTCCCCAGACCACCCA--TTGG-GGCTCGGAACC-ACTCTCTGTATTCCAGCAATCCAAT-TGTCCACATGCCCTTTTGT-GGCA--GCTC-AAGT--TCTGC--ATCCA-CCCATT-AAAACAGGCCCTTCATTTATTAATTTTGGGGGGCAGC--------------------CTCT-AA-CTCGCTAT---CAGTCTTGTG-GTAA---------CAT--TAA--ATTTTTAAAAATACTCTCAAAAGTATTGGGAATTGa
gi|3                          :                                                                                                                                   aactggttagatgcatcgtagaGGTATCTCCAGTG-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTC---TCC-----TAG-ATTGTCAG--A-CGCATCA---GTGGT-AATCATTACCA-----GAACATAACA----TTTA-----GTAGA-CATTAAAG-GCTTT-TTGT-GACATGTTA---CAGC--T--TACATTACCTACA-TGTAC-AA---CCTATCT-AGCCTCCGCC-C-ATCCC--C---ATAGT--A-TA------CGCTTTATCGCTTACTAGTATATATTTC-TAG------C-AGG-CTACA--A--ATATTCTACTGCTTAGTGCTTAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-TTGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCTTACGGA-CGGCT-CTATCA-TTAGA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CAGGCAGTTG-TAA--G-AC-TC---ACAGCTCTCTACTACTTTA-CA-CTCC--C-CAACGT-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCTAAAACTACATT-GCATTT-CAG-GCATTCCTGCA---GTAGGCGAATCCGCAACTGTCTAAGGGC-ACTCT-TCTCAAAGTAT-TAA-----A-AG-TTCAACGATATTTTG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGACGATTAACATGCT-CTAAGATTGACGAATTGGC-G--TCGAAA-C-A----CTGTA-TCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCACTTA-TCTTCTACAAATACA-CCCATTAAAAACAAGCCCTTTGTTTATCCATTTTGGGTGACAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGTTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAGGTGTTT--------------GAAGGTCTTGGGCATTGacagcaccaaatataactcccactctttcaagtacgggcag
gi|4                          :                                                                                                                                                         GGTAC-CCCAGTCATATCC-C--ATTCC-AATTC--TTGAC-ATGCTT---TCCGAATTTAG-ATCGTTATGAA-TGCATCA---GTAGC-AACCATTACCA-----GAGCATCACA----TGTA-----TTAGG-CATTAA-GCTCTTTCTTGAGGACATGTCA---CAGC--TG-TACATT---TAC--CGTAC-AACCTC--ACAT-GGCCTCCGTC-C-ATTCC--C---ATA-T--A-TA------TGCTTTATCGCCTACCT-----TATCTC-TAA------CTAGC-TTACAATA--ATATTCCACTGCTCTGTGCTCAATCG-T----ATATATGTC--GCAA-AT-TAGATTTCAT-GTCATA-AC-ATTAATTTT--CCAC-AA-CGTAGACTTTACGGACCCACT-CTATCATTTAGA-A-------AGCTCTTACA-GAC----T-AGG-A--------CAGTCA-TAAAGG-TCTTC---ACGGTTGCCTATTACTTTACCACTTCCT-T-CAACGGAGGTT-TTC-------------------------CAAC
gi|5                          : taaacaaacatcagcaacttcaccaggttacgaagctttttggtgttattctacaactgtcagtataaagcaaaaaacatctacaaggcaatcaagcacattgctgatgcattttctttacaaaatggcgggacgttactaagcggtagcagGGTATATTCA----TATCAGTCCAGTCCCATTTCAGCTGACGATGCCTGGTTAC-----TCATGTTGTCAC--AGCGAATAGAGGGTAGTCAATCCATACCGCGAGGGAGTAGCGCAGGATCTCACGATTGTAGGGCAGTA----GCTTT-TTGA-GACAAGTAAAACCAGC--T--TACATAA--TACA--GTACTAA---C--ATGT-GTCATCCGTC-C-ATTCC--CCGAATAGTCAA-CGCAAGGCCGCATGATCGCGT-TTA-----AACGTT-TAGATTCACC-AGGTTTTCG--C--ATG---CAGTATCTAG-GC---AGCG-CTACAATAT-TCTCAGGC-ATATGTAGATTTCATCGTCAAAGAA-A------TTACTAAC-CG-CGTAGACCCTACGGA-CCACTGCTGTCC-ATATA-ACAGTACCAGCTCTTATACGAC----TGAGG-ACCTTCACA-AATCG-TAA--GAAC-TCAGAGGGGCTCT----TACGT-----CCACT--T-CAA--G-GA-TATTC-------------------------CACTAT--TATACA-CATAAT-----TA
gi|6                          :                                                      tcatgttcataagccaagaaacacgatgccagactaatacaaatgcattattgctgattgtaatttctcacaacgacaaggcatataatcgtagcaaggGGTATATCCAGTC-TATCC-C--AGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTG---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCAT-ACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CAGTAT-G-GCTTT-TTGA-GACCTGTCT---CAGC--T--TACATTAATTGCAACCTAC-TA---C--ATGT-AGCCTCCGCG-T-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CACTTTATCACCTA-TA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--T--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTTAT-GCCAAT-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACAAA-CCACT-CTATCA-TTACA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACACAGTCG-TAAG-G-AC-TC---GCGG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                           taagggttgcagCATCACA----TCAA-----GTAGG-TATCAA-G-GCATT-C-GA-GGCATTTCG---TAAT--T--TACATGA--T-CT-CC-AT-CA---G--ACAT-GGCCTCCACC-TGAATCG--C---ACATT--A-CA------CGGTTCATTGCATACC------TGTCGA-TAA------T-GGG-CTACA--A--ACACTCCAC-----AG--CCCAATCA-T----ACAT-TGCT--GC-A-AT-TAGTTTTTAT-GC-AAA-ACTC------TC--TCAC-AA-TGTTGACCCTACTGG-TCAAT-TTATCA-TCAGA-A-------AACTTTTGCA-G
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tAC-TA---C--ATGT-AGCCTCTGCT-C-ATTCC--C---ATGGT--A-CA------CGCTTTATCACTTGC-A-----TATC--------------A----TACA--TGTATATTTCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAT-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTACA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCGTTAG--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTC-CAACTCC--TCCAACGG-ggcatacaaagagctagctccaatagtaaagaagctcacgac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                             CA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGC-CAGTAT-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGCTAT--TAC-TTA--CA-A-CCTAC-TA---C--ACGT-AGCCTCCGCT-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCACTTGC-A-----TATCTCTTAG------C-AGG-CTACA--T--ATATTCCACTGCTTAGCGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--TC-A-
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACACACCTCATAGCCGTACCAATACATGGCATTGGCTAGCAATTATTTTTATGCTAAACTCTCTCAACAATTGTGTTGAACCTTTTCTGACTAGTTCAATTTATCATCAGAATATGACTCCTTATACCAGGGCAAACTGCCAAAGAGC
Unaligned ( gi|11 ): TAAACAGTTAGCAATCACCAGGTATACGAAGTTGTTCTCGTGGCTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG
Unaligned ( gi|16 ): ATAAGCACTCCGTTGCTCAATCATACATTGCTGCTATAAGCT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                            111            11           1111   22222            11         111                111111          1111    11111           11                                11     33333333333      111111                                        111111             222222222          111111           11111                                                                       11111111                                                1111111              1111     111111              11       111                           2222               8888888888888888888888888      11      1      22222     1     2222   22222    111   1  1   1          1111               11           11                    2222222                               11                 1       1                   1 11      1 222222            1             1 111                    1111               1                                              777777777777777777    1111        111    1    444444444444444        1111  55555555555555                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              5       8     666      8     11   0       5555   00000   8        11 8     0 444     8    5     888888          0000    22222     5  1  00 5     5 0  5         888    66 11     22222222222   55 111111    4          4 4     66 777   1 66 4  222222             999999999    0 4   222222 4   4     33333             0  6  0      4 9999    4    66  4 4  66  0      5      5  99999999  66    5  5               5     5      5   1 5 6666666          5   2222 3   222222   4      5   99 5  5  000        2 44       6  2    7777   9  6  3 0   0000000000000000000000000      33      0      55555     3     6666   11111    666   0  0   0          9999               44 1         11    8    1      0 1 6666666  8         0    99    3       11      3    1     0     1 2       2 1   3   1 0 33      0 999999  1  3      0       3     0 333         3    3     2222 66     44     0      6             0                3 1    2 333333333333333333    3333        777    0    333333333333333   3    5555  88888888888888                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              .       .     ...      .     ..   .       ....   .....   .        .. .     . ...     .    .     ......          ....    .....     .  .  .. .     . .  .         ...    .. ..     ...........   .. ......    .          . .     .. ...   . .. .  ......             .........    . .   ...... .   .     .....             .  .  .      . ....    .    ..  . .  ..  .      .      .  ........  ..    .  .               .     .      .   . . .......          .   .... .   ......   .      .   .. .  .  ...        . ..       .  .    ....   .  .  . .   .........................      ..      .      .....     .     ....   .....    ...   .  .   .          ....               .. .         ..    .    .      . . .......  .         .    ..    .       ..      .    .     .     . .       . .   .   . . ..      . ......  .  .      .       .     . ...         .    .     .... ..     ..     .      .             .                . .    . ..................    ....        ...    .    ...............   .    ....  ..............                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              6       0     222      0     00   8       0000   00000   0        00 0     6 000     0    6     111111          6666    55555     0  0  99 0     0 1  0         888    99 99     22222222222   44 111111    4          4 4     11 888   1 11 4  888888             333333333    8 4   888888 4   4     22222             8  2  8      4 4444    4    11  4 4  11  4      0      0  55555555  99    0  0               0     0      0   0 0 2222222          0   1111 6   333333   0      7   33 7  7  000        5 22       7  5    0000   3  7  8 8   0000000000000000000000000      88      0      00000     3     1111   00000    888   0  0   0          5555               66 4         44    0    4      8 4 2222222  0         8    44    8       00      2    0     0     0 0       0 2   2   0 0 88      0 888888  0  2      0       2     0 555         2    2     0000 00     00     0      5             7                7 0    5 888888888888888888    2222        555    0    222222222222222   2    0000  88888888888888                 
consensus                     :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTN---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCATTACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CANTAN-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--T--TACATTA--TACA-CCTAC-NA---C--ACGT-GGCCTCCGCC-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCGCTTGCTA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--N--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTANA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCG-TAA--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTA-CACCTCC--T-CAACGG-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCT-AAACTACATT-GCA-TT-CAG-GCATTCTTGCAG--GTAGGCGAATTCGCACCTGTCCAAGGGCAACTCT-ACTCAAAGTATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGNCGATT-ACATGNTCCTAAGATCGTCGAATTTNC-G--TCGGAA-C-A--CGCTNTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCAC-NA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAACAAGCCCTTCGTTTATCCATTTTGGGCGNCAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGCTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAG--GTTT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
Reference ( family-1060 )     :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTN---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCATTACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CANTAN-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--T--TACATTA--TACA-CCTAC-NA---C--ACGT-GGCCTCCGCC-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCGCTTGCTA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--N--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTANA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCG-TAA--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTA-CACCTCC--T-CAACGG-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCT-AAACTACATT-GCA-TT-CAG-GCATTCTTGCAG--GTAGGCGAATTCGCACCTGTCCAAGGGCAACTCT-ACTCAAAGTATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGNCGATT-ACATGNTCCTAAGATCGTCGAATTTNC-G--TCGGAA-C-A--CGCTNTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCAC-NA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAACAAGCCCTTCGTTTATCCATTTTGGGCGNCAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGCTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAG--GTTT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
gi|1                          :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TACTC-CGCAGTCC-ATTTC--CTG-CGACGCTG---ACC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-TATC-TT-CC------GAGCATTGCA----TTTA-----GTAGG-CAGTAT-G---CTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--TATTACATTACTTGCAACCTAC-TA---C--ATGTAGGCCTCCGCT-C-ATACC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCACTCGC-A-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--T---TATTCATCTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTT--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCTAA-AC--------TT--TCACAAA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTACCA-TTAC--A-------AGCTCTTATA-CAA----TAAGG-A----CACCCAGTCG-TAAG-G-AC-TC---GCGGCTCTGT--TAACTTA-CACCTCCA-A-CAATGG-AACAATTC-------------------------TAACAT--TACAAA-CCAATTACTTGTATTT-TCAAC-TGGCCT-AAA-TACATTAGCA-AT-CAA-GCATTCTTGCAG--GTACGCTAATTCGCACCTAT-CAAGGGC-ACTCT-ACTCTAAGCATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTTGGCTTGCCTCAGGCC--AAATTC--CTGTCGATT-ACATGGCTCTAAGATTGTCGAATTTCC-G--TCGGAA-CAA--CGCTTTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CC--CCCTCTTGCAAGCAATACAC-TA-TCATCTACAGATACACCCCATTGAAAATAACCCCTTTGTTTTTCCATTTAGGGCGTCATCCAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-CC-CCCCCGATCCGCAGT-TCGTTATCAATTCGTTCATCATACTAG--G-TT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                    g--CTT-AA--TACTTA-GCA-TTTCAG-GCATTCTTGTAG--GTAGGCGAATTCACA-TTGTCCAAAGGCAACACT-ACTCAAAGTATATTATATATGTAG-TTCCATGACATTTGA-TTGCTTCAGGCC--AAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      AGATTGTCGAATTTTCCG--TCGGAA-C-AA-CGCCTTATTCCGAC-ATCCAACATGCCC-CTT-CCCTCTAGCAAGCTATGCAC-AA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAATAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         TCGCAC-TATCCAAGGGCA-CTCTTACTCTAAACATAGCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGA-CTGTTTCAGGCC--AAATTCAACTGTCGATT-ACATG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           CA------------------CCCCGCAGTTCGTTAT---CAAT-TTGT--TCAT---------CATACTAG--ATTT--------------GAAAGCATTGGGCATTG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                ccccccccctTACCT-----AAAC-TCCCA----TGAA-----GTAGG-CATTAA-G-GCCTT----G-GACATTACA---GAGC--T--TGCAT-----AAA-TTTAC-AA---CT-ACAT-GGCCCCCACTAC-ATTCCACC---AT--T--ATCA------CTCTTTATTGCTTTATC-----TATCCC-TAG------C-AGG-CTATA--A--GCACTCCACTGCT-------CAATCATC----ACAT-TGCT--GC-T-AT-AAG-CTTCAG-GCTAAG--C-A------TT--TTAC-AAACGTGGATCCTACAGA-CGACT-TTATTT-TAATATA-------AGTTGTTGCA-GGCATGCTCAGGTC----CACACAA-CA-AGG--G-AC-TC---GCGAATGCCTACTACTTTA-CACCTCCGTT-CAA-AG-GATTATTCCAACTCTTAGATTCTACTTTTTTTGCAGCATAATATGAAGCCAAAT-----TATTTCACAGCAG--CCT-TTATTACA-----A-TT-CAACGCATTCTTGC-GCCATAGGTGAATTCACCTTTCTCTAAGGGCAACTCC-ACACAAACTATATTA-----C-AGTTTTAAAGAC-TTCGT-TTGC-TCAGTCTAAAAATTCAACTCACCATC-AACCGTTCCCCAGACCACCCA--TTGG-GGCTCGGAACC-ACTCTCTGTATTCCAGCAATCCAAT-TGTCCACATGCCCTTTTGT-GGCA--GCTC-AAGT--TCTGC--ATCCA-CCCATT-AAAACAGGCCCTTCATTTATTAATTTTGGGGGGCAGC--------------------CTCT-AA-CTCGCTAT---CAGTCTTGTG-GTAA---------CAT--TAA--ATTTTTAAAAATACTCTCAAAAGTATTGGGAATTGa
gi|3                          :                                                                                                                                   aactggttagatgcatcgtagaGGTATCTCCAGTG-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTC---TCC-----TAG-ATTGTCAG--A-CGCATCA---GTGGT-AATCATTACCA-----GAACATAACA----TTTA-----GTAGA-CATTAAAG-GCTTT-TTGT-GACATGTTA---CAGC--T--TACATTACCTACA-TGTAC-AA---CCTATCT-AGCCTCCGCC-C-ATCCC--C---ATAGT--A-TA------CGCTTTATCGCTTACTAGTATATATTTC-TAG------C-AGG-CTACA--A--ATATTCTACTGCTTAGTGCTTAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-TTGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCTTACGGA-CGGCT-CTATCA-TTAGA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CAGGCAGTTG-TAA--G-AC-TC---ACAGCTCTCTACTACTTTA-CA-CTCC--C-CAACGT-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCTAAAACTACATT-GCATTT-CAG-GCATTCCTGCA---GTAGGCGAATCCGCAACTGTCTAAGGGC-ACTCT-TCTCAAAGTAT-TAA-----A-AG-TTCAACGATATTTTG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGACGATTAACATGCT-CTAAGATTGACGAATTGGC-G--TCGAAA-C-A----CTGTA-TCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCACTTA-TCTTCTACAAATACA-CCCATTAAAAACAAGCCCTTTGTTTATCCATTTTGGGTGACAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGTTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAGGTGTTT--------------GAAGGTCTTGGGCATTGacagcaccaaatataactcccactctttcaagtacgggcag
gi|4                          :                                                                                                                                                         GGTAC-CCCAGTCATATCC-C--ATTCC-AATTC--TTGAC-ATGCTT---TCCGAATTTAG-ATCGTTATGAA-TGCATCA---GTAGC-AACCATTACCA-----GAGCATCACA----TGTA-----TTAGG-CATTAA-GCTCTTTCTTGAGGACATGTCA---CAGC--TG-TACATT---TAC--CGTAC-AACCTC--ACAT-GGCCTCCGTC-C-ATTCC--C---ATA-T--A-TA------TGCTTTATCGCCTACCT-----TATCTC-TAA------CTAGC-TTACAATA--ATATTCCACTGCTCTGTGCTCAATCG-T----ATATATGTC--GCAA-AT-TAGATTTCAT-GTCATA-AC-ATTAATTTT--CCAC-AA-CGTAGACTTTACGGACCCACT-CTATCATTTAGA-A-------AGCTCTTACA-GAC----T-AGG-A--------CAGTCA-TAAAGG-TCTTC---ACGGTTGCCTATTACTTTACCACTTCCT-T-CAACGGAGGTT-TTC-------------------------CAAC
gi|5                          : taaacaaacatcagcaacttcaccaggttacgaagctttttggtgttattctacaactgtcagtataaagcaaaaaacatctacaaggcaatcaagcacattgctgatgcattttctttacaaaatggcgggacgttactaagcggtagcagGGTATATTCA----TATCAGTCCAGTCCCATTTCAGCTGACGATGCCTGGTTAC-----TCATGTTGTCAC--AGCGAATAGAGGGTAGTCAATCCATACCGCGAGGGAGTAGCGCAGGATCTCACGATTGTAGGGCAGTA----GCTTT-TTGA-GACAAGTAAAACCAGC--T--TACATAA--TACA--GTACTAA---C--ATGT-GTCATCCGTC-C-ATTCC--CCGAATAGTCAA-CGCAAGGCCGCATGATCGCGT-TTA-----AACGTT-TAGATTCACC-AGGTTTTCG--C--ATG---CAGTATCTAG-GC---AGCG-CTACAATAT-TCTCAGGC-ATATGTAGATTTCATCGTCAAAGAA-A------TTACTAAC-CG-CGTAGACCCTACGGA-CCACTGCTGTCC-ATATA-ACAGTACCAGCTCTTATACGAC----TGAGG-ACCTTCACA-AATCG-TAA--GAAC-TCAGAGGGGCTCT----TACGT-----CCACT--T-CAA--G-GA-TATTC-------------------------CACTAT--TATACA-CATAAT-----TA
gi|6                          :                                                      tcatgttcataagccaagaaacacgatgccagactaatacaaatgcattattgctgattgtaatttctcacaacgacaaggcatataatcgtagcaaggGGTATATCCAGTC-TATCC-C--AGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTG---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCAT-ACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CAGTAT-G-GCTTT-TTGA-GACCTGTCT---CAGC--T--TACATTAATTGCAACCTAC-TA---C--ATGT-AGCCTCCGCG-T-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CACTTTATCACCTA-TA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--T--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTTAT-GCCAAT-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACAAA-CCACT-CTATCA-TTACA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACACAGTCG-TAAG-G-AC-TC---GCGG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                           taagggttgcagCATCACA----TCAA-----GTAGG-TATCAA-G-GCATT-C-GA-GGCATTTCG---TAAT--T--TACATGA--T-CT-CC-AT-CA---G--ACAT-GGCCTCCACC-TGAATCG--C---ACATT--A-CA------CGGTTCATTGCATACC------TGTCGA-TAA------T-GGG-CTACA--A--ACACTCCAC-----AG--CCCAATCA-T----ACAT-TGCT--GC-A-AT-TAGTTTTTAT-GC-AAA-ACTC------TC--TCAC-AA-TGTTGACCCTACTGG-TCAAT-TTATCA-TCAGA-A-------AACTTTTGCA-G
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          tAC-TA---C--ATGT-AGCCTCTGCT-C-ATTCC--C---ATGGT--A-CA------CGCTTTATCACTTGC-A-----TATC--------------A----TACA--TGTATATTTCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAT-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTACA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCGTTAG--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTC-CAACTCC--TCCAACGG-ggcatacaaagagctagctccaatagtaaagaagctcacgac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                             CA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGC-CAGTAT-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGCTAT--TAC-TTA--CA-A-CCTAC-TA---C--ACGT-AGCCTCCGCT-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCACTTGC-A-----TATCTCTTAG------C-AGG-CTACA--T--ATATTCCACTGCTTAGCGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--TC-A-


blockSeqs                     :                                                                                                                                                              C       A     GTC      C     AG           TGGT   GAATT   T        GA G       AGG     C    A     GCGAGG          GGAT    CGATT     G  T  AA C     C    G         AAC    TA G      TAATTGCAACC   TA CCTC      .          A G     AC CGA   G CA T  CAAGGC             ACTAGTATA      T   ATTCAC T   T     ATA                  T         T TACA    A    AG  A T  GT         C      G  ATTAATT   AC    .  A               C     G      T   T T CAGTACC          C   ATGC C   ACCTT    A      T   AG A  T  AGA        C AC       C  C    GTT    C  A  T     CAACTCTTAGATTCTACTTTTTTTG      AA      G      .         C     AG     AAAAC    TA    T  T   C          GCC                TT G         AA    T    A        T TATATGT  T              A     T       AA      A    T     A     T C       T T   A   T C GC      C ACTCT   T  T      A       A     A ATG         A    A     AAG  CA     AA     .      G                              G G    C .                     GCAG        .      C    GGTAA             A    GTGT  TTAAAAATACTCTC
blockSeqs                     :                                                                                                                                                              A       .     CC       .     .            C      .       .        .  .       .       .    A     T               .       .         .  T  A  .     .    .         .      .  .      TACCTACATG    A  CCT       .          . .     .  .     G .  .  .                  TATC           .   .      .   .     TGT                  T         . .       .    .   . .  A          .      .  TC        .     .  .               .     .      .   G . .                .   .    A   TC       G      .   G  .  .  .          C AC       .  C    TT     C  .  T     .                              .       .      .         .     T      TTAT     TT    .  .   .          AG                 AC A         AA    .    T        C G        .              A     T       .       A    A     .     C .       C C   A   G . .       . AACG    G  T      .       A     . TT          A    A     TTA  CT     AA     .      A                              T A    C .                     AA          .      .    TCAT              A    AT    .             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                              A       .     C        .     .            T      .       .        .  .       .       .    C     A               .       .         .  T  A  .     .    .         .      .  .      AATACAG       A  CT        .          . .     .  .     G .  .  .                  ACCT           .   .      .   .     A                    T         . .       .    .   . .  T          .      .  A         .     .  .               .     .      .   G . .                .   .    G   A        A      .   .  .  .  .          C AT       .  C    TC     C  .  T     .                              .       .      .                      AA       .     .  .   .          A                  T  C         A     .    A        T C        .              T     T       .       A    A     .               T A   .   G . .       . A       G  .      .       .     . CT          .    .     AA   .      .      .      .                                     . .                     CA          .      .    TCAA              .    AT    .             
blockSeqs                     :                                                                                                                                                              .       .     C        .     .            G      .       .        .  .       .       .    A     A               .       .         .  G  T  .     .    .         .      .  .      GATCTCC       A  C         .          . .     .  .     T .  .  .                  TTA            .   .      .   .     A                    T         . .       .    .   . .  T          .      .  A         .     .  .               .     .      .   T . .                .   .    A   A        A      .   .  .  .  .          C AC       .  A    C      .  .  .     .                                                                                                                        C  G         A     .    A        A A        .              G     .       .                                                                                                                                                                                                                                                                              
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                              A               .       .         .  G  A  .     .    .         .      .  .      TACAACC       T  C         .          . .     .  .     G .  .  .                  ATA            .   .      .   .     C                    C         . .       .    .   . .  C          .      .  A         .     .  .               .     .      .   C . .                .   .    A   A        G      .   .  .  .  .          . .        .  .    T      .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                         
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                              A               .       .         .  T  T  .     .    .         .      .  .      TTACCG        C  G         .          . .     .  .     G .  .  .                  ACC            .   .      .   .     T                    .         . .       .    .   . .  T          .      .  A         .     .  .               .     .      .   G . .                .   .    .   A        .      .   .  .  .  .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                              .       .         .  G  .  .     .    .         .      .  .      AAATT         T  C         .          . .     .  .     . .  .  .                  GCA            .   .      .   .     A                    .         . .       .    .   . .  C          .      .  A         .     .  .               .     .      .   C . .                .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                             T  C         .          . .     .  .     . .  .  .                  GCA            .   .      .   .     T                    .         . .       .    .   . .                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            


blockSeqCons                  :                                                                                                                                                                            C**                                                                               A*****                                                                    **     TACAACN****                                                                                                                                                                                       A*******                                                                                                  **                    AC               TC**                                                                                                                                                                                                   A*
originalCons                  :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TATCC-CCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTN---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCATTACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CANTAN-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--T--TACATTA--TACA-CCTAC-NA---C--ACGT-GGCCTCCGCC-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCGCTTGCTA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--N--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTANA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCG-TAA--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTA-CACCTCC--T-CAACGG-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCT-AAACTACATT-GCA-TT-CAG-GCATTCTTGCAG--GTAGGCGAATTCGCACCTGTCCAAGGGCAACTCT-ACTCAAAGTATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGNCGATT-ACATGNTCCTAAGATCGTCGAATTTNC-G--TCGGAA-C-A--CGCTNTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCAC-NA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAACAAGCCCTTCGTTTATCCATTTTGGGCGNCAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGCTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAG--GTTT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
finalCons                     :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TATCCC--CAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTN---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCATTACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CANTAN-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGC--T--TACATTACAACN----TAC-NA---C--ACGT-GGCCTCCGCC-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCGCTTGCTA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--N--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAA-ACA-------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTANA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCG-TAA--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTA-CACCTCCTC--CAACGG-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCT-AAACTACATT-GCA-TT-CAG-GCATTCTTGCAG--GTAGGCGAATTCGCACCTGTCCAAGGGCAACTCT-ACTCAAAGTATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGA-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGNCGATT-ACATGNTCCTAAGATCGTCGAATTTNC-G--TCGGAA-C-A--CGCTNTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCAC-NA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAACAAGCCCTTCGTTTATCCATTTTGGGCGNCAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGCTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAG--GTTT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACACACCTCATAGCCGTACCAATACATGGCATTGGCTAGCAATTATTTTTATGCTAAACTCTCTCAACAATTGTGTTGAACCTTTTCTGACTAGTTCAATTTATCATCAGAATATGACTCCTTATACCAGGGCAAACTGCCAAAGAGC
Unaligned ( gi|11 ): TAAACAGTTAGCAATCACCAGGTATACGAAGTTGTTCTCGTGGCTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG
Unaligned ( gi|16 ): ATAAGCACTCCGTTGCTCAATCATACATTGCTGCTATAAGCT






Alignments
lowQualScore                  :                                                                                                                                                                            11  11           11           1111   22222            11         111                111111          1111    11111           11                              11          333333333333       111111                                        111111             222222222          111111           11111                                                                       11111111                                                1111111              1111     111111              11       111                           111               8888888888888888888888888      11      1      22222     1     2222   22222    111   1  1   1          1111               11           11                    2222222                 11            11                 1       1                   1 11      1 222222            1             1 111                    1111               1                                              777777777777777777    1111        111    1    444444444444444        1111  55555555555555                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              5       8  8  11  88     8     11   0       5555   00000   8        11 8     0 444     8    5     888888          0000    22222     5  1  00 5     5 0  5         888     88    5 777 444444444444 1   1 555555    4          4 4     66 777   1 66 4  222222             999999999    0 4   222222 4   4     33333             0  6  0      4 9999    4    66  4 4  66  0      5      5  99999999  66    5  5               5     5      5   1 5 6666666          5   2222 3   222222   4      5   99 5  5  000       4  44       6  5    222   9  6  3 0   0000000000000000000000000      33      0      55555     3     6666   11111    666   0  0   0          9999               44 1         11    8    1      0 1 6666666  8         0    00    3       11      3    1     0     1 2       2 1   3   1 0 33      0 999999  1  3      0       3     0 333         3    3     2222 66     44     0      6             0                3 1    2 333333333333333333    3333        777    0    333333333333333   3    5555  88888888888888                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              .       .  .  ..  ..     .     ..   .       ....   .....   .        .. .     . ...     .    .     ......          ....    .....     .  .  .. .     . .  .         ...     ..    . ... ............ .   . ......    .          . .     .. ...   . .. .  ......             .........    . .   ...... .   .     .....             .  .  .      . ....    .    ..  . .  ..  .      .      .  ........  ..    .  .               .     .      .   . . .......          .   .... .   ......   .      .   .. .  .  ...       .  ..       .  .    ...   .  .  . .   .........................      ..      .      .....     .     ....   .....    ...   .  .   .          ....               .. .         ..    .    .      . . .......  .         .    ..    .       ..      .    .     .     . .       . .   .   . . ..      . ......  .  .      .       .     . ...         .    .     .... ..     ..     .      .             .                . .    . ..................    ....        ...    .    ...............   .    ....  ..............                 
lowQualScore                  :                                                                                                                                                              6       0  0  00  00     0     00   8       0000   00000   0        00 0     6 000     0    6     111111          6666    55555     0  0  99 0     0 1  0         888     88    0 000 999999999999 0   0 666666    4          4 4     11 888   1 11 4  888888             333333333    8 4   888888 4   4     22222             8  2  8      4 4444    4    11  4 4  11  4      0      0  55555555  99    0  0               0     0      0   0 0 2222222          0   1111 6   333333   0      7   33 7  7  000       2  22       7  2    333   3  7  8 8   0000000000000000000000000      88      0      00000     3     1111   00000    888   0  0   0          5555               66 4         44    0    4      8 4 2222222  0         8    22    8       00      2    0     0     0 0       0 2   2   0 0 88      0 888888  0  2      0       2     0 555         2    2     0000 00     00     0      5             7                7 0    5 888888888888888888    2222        555    0    222222222222222   2    0000  88888888888888                 
consensus                     :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TA-TC--CCC-AGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTN---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCATTACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CANTAN-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGCT--TACA-T--TA----C----A-ACCTACTA---C--ACGT-GGCCTCCGCC-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCGCTTGCTA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--N--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTANA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCG-TAA--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTA-CACCTCC-TTCAACGG-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCT-AAACTACATT-GCA-TT-CAG-GCATTCTTGCAG--GTAGGCGAATTCGCACCTGTCCAAGGGCAACTCT-ACTCAAAGTATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGNCGATT-ACATGNTCCTAAGATCGTCGAATTTNC-G--TCGGAA-C-A--CGCTNTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCAC-NA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAACAAGCCCTTCGTTTATCCATTTTGGGCGNCAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGCTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAG--GTTT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
Reference ( family-1060 )     :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TA-TC--CCC-AGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTN---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCATTACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CANTAN-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGCT--TACA-T--TA----C----A-ACNTACNA---C--ACGT-GGCCTCCGCC-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCGCTTGCTA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--N--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTANA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCG-TAA--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTA-CACCTCC-TCCAACGG-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCT-AAACTACATT-GCA-TT-CAG-GCATTCTTGCAG--GTAGGCGAATTCGCACCTGTCCAAGGGCAACTCT-ACTCAAAGTATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGA-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGNCGATT-ACATGNTCCTAAGATCGTCGAATTTNC-G--TCGGAA-C-A--CGCTNTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCAC-NA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAACAAGCCCTTCGTTTATCCATTTTGGGCGNCAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGCTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAG--GTTT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
gi|1                          :                                                                                                                                                         GGTATATCCAGTC-TACTC--CGC-AGTCC-ATTTC--CTG-CGACGCTG---ACC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-TATC-TT-CC------GAGCATTGCA----TTTA-----GTAGG-CAGTAT-G---CTT-TTGA-GACATGTCA---CAGCTATTACA-T--TA----CTTGCA-ACCTACTA---C--ATGTAGGCCTCCGCT-C-ATACC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCACTCGC-A-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--T---TATTCATCTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTT--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCTAA-AC--------TT--TCACAAA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTACCA-TTAC--A-------AGCTCTTATA-CAA----TAAGG-A----CACCCAGTCG-TAAG-G-AC-TC---GCGGCTCTGT--TAACTTA-CACCTCC-AACAATGG-AACAATTC-------------------------TAACAT--TACAAA-CCAATTACTTGTATTT-TCAAC-TGGCCT-AAA-TACATTAGCA-AT-CAA-GCATTCTTGCAG--GTACGCTAATTCGCACCTAT-CAAGGGC-ACTCT-ACTCTAAGCATATCA-----G-AG-TTCAATGATATTTGGCTTGCCTCAGGCC--AAATTC--CTGTCGATT-ACATGGCTCTAAGATTGTCGAATTTCC-G--TCGGAA-CAA--CGCTTTATTCCGGC-ATCCAACATGCCC-CC--CCCTCTTGCAAGCAATACAC-TA-TCATCTACAGATACACCCCATTGAAAATAACCCCTTTGTTTTTCCATTTAGGGCGTCATCCAACCCCCCCCCCCCCCCCCCCCC-CC-CCCCCGATCCGCAGT-TCGTTATCAATTCGTTCATCATACTAG--G-TT--------------GAAAGTATTGGGCATTG
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                          g--CTT-AA--TACTTA-GCA-TTTCAG-GCATTCTTGTAG--GTAGGCGAATTCACA-TTGTCCAAAGGCAACACT-ACTCAAAGTATATTATATATGTAG-TTCCATGACATTTGA-TTGCTTCAGGCC--AAA
gi|13                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                            AGATTGTCGAATTTTCCG--TCGGAA-C-AA-CGCCTTATTCCGAC-ATCCAACATGCCC-CTT-CCCTCTAGCAAGCTATGCAC-AA-TCATCTACAAATACA-CCCATTGAAAATAA
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                               TCGCAC-TATCCAAGGGCA-CTCTTACTCTAAACATAGCA-----G-AG-TTCAATGATATTCGA-CTGTTTCAGGCC--AAATTCAACTGTCGATT-ACATG
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 CA------------------CCCCGCAGTTCGTTAT---CAAT-TTGT--TCAT---------CATACTAG--ATTT--------------GAAAGCATTGGGCATTG
gi|2                          :                                                                                                                                                                                                                                                  ccccccccctTACCT-----AAAC-TCCCA----TGAA-----GTAGG-CATTAA-G-GCCTT----G-GACATTACA---GAGCT--TGCA-T---A---------A-ATTTACAA---CT-ACAT-GGCCCCCACTAC-ATTCCACC---AT--T--ATCA------CTCTTTATTGCTTTATC-----TATCCC-TAG------C-AGG-CTATA--A--GCACTCCACTGCT-------CAATCATC----ACAT-TGCT--GC-T-AT-AAG-CTTCAG-GCTAAG--C-A------TT--TTAC-AAACGTGGATCCTACAGA-CGACT-TTATTT-TAATATA-------AGTTGTTGCA-GGCATGCTCAGGTC----CACACAA-CA-AGG--G-AC-TC---GCGAATGCCTACTACTTTA-CACCTCCGTTCAA-AG-GATTATTCCAACTCTTAGATTCTACTTTTTTTGCAGCATAATATGAAGCCAAAT-----TATTTCACAGCAG--CCT-TTATTACA-----A-TT-CAACGCATTCTTGC-GCCATAGGTGAATTCACCTTTCTCTAAGGGCAACTCC-ACACAAACTATATTA-----C-AGTTTTAAAGAC-TTCGT-TTGC-TCAGTCTAAAAATTCAACTCACCATC-AACCGTTCCCCAGACCACCCA--TTGG-GGCTCGGAACC-ACTCTCTGTATTCCAGCAATCCAAT-TGTCCACATGCCCTTTTGT-GGCA--GCTC-AAGT--TCTGC--ATCCA-CCCATT-AAAACAGGCCCTTCATTTATTAATTTTGGGGGGCAGC--------------------CTCT-AA-CTCGCTAT---CAGTCTTGTG-GTAA---------CAT--TAA--ATTTTTAAAAATACTCTCAAAAGTATTGGGAATTGa
gi|3                          :                                                                                                                                   aactggttagatgcatcgtagaGGTATCTCCAGTG-TA-TC--CCCCAGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTC---TCC-----TAG-ATTGTCAG--A-CGCATCA---GTGGT-AATCATTACCA-----GAACATAACA----TTTA-----GTAGA-CATTAAAG-GCTTT-TTGT-GACATGTTA---CAGCT--TACA-T--TA----CCT--ACATGTACAA---CCTATCT-AGCCTCCGCC-C-ATCCC--C---ATAGT--A-TA------CGCTTTATCGCTTACTAGTATATATTTC-TAG------C-AGG-CTACA--A--ATATTCTACTGCTTAGTGCTTAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-TTGATTTCAT-GCCAAA-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCTTACGGA-CGGCT-CTATCA-TTAGA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CAGGCAGTTG-TAA--G-AC-TC---ACAGCTCTCTACTACTTTA-CA-CTCC--CCAACGT-GATTATTC-------------------------CAACAT--TACAAA-CCAAAT-----TATTT-ACAAC-T--CCTAAAACTACATT-GCATTT-CAG-GCATTCCTGCA---GTAGGCGAATCCGCAACTGTCTAAGGGC-ACTCT-TCTCAAAGTAT-TAA-----A-AG-TTCAACGATATTTTG-TTGCTTCAGGCC--AAATTCAACTGACGATTAACATGCT-CTAAGATTGACGAATTGGC-G--TCGAAA-C-A----CTGTA-TCCGGC-ATCCAACATGCCC-CCT-CCCTCTTGCAAGCAATGCACTTA-TCTTCTACAAATACA-CCCATTAAAAACAAGCCCTTTGTTTATCCATTTTGGGTGACAGCCA------------------CCCC-CA-CTCGTTAT---CAGT-TCGT--TCAA---------CATACTAGGTGTTT--------------GAAGGTCTTGGGCATTGacagcaccaaatataactcccactctttcaagtacgggcag
gi|4                          :                                                                                                                                                         GGTAC-CCCAGTCATA-TC--CC--ATTCC-AATTC--TTGAC-ATGCTT---TCCGAATTTAG-ATCGTTATGAA-TGCATCA---GTAGC-AACCATTACCA-----GAGCATCACA----TGTA-----TTAGG-CATTAA-GCTCTTTCTTGAGGACATGTCA---CAGCTG-TACATT--TA----C-------CGTACAACCTC--ACAT-GGCCTCCGTC-C-ATTCC--C---ATA-T--A-TA------TGCTTTATCGCCTACCT-----TATCTC-TAA------CTAGC-TTACAATA--ATATTCCACTGCTCTGTGCTCAATCG-T----ATATATGTC--GCAA-AT-TAGATTTCAT-GTCATA-AC-ATTAATTTT--CCAC-AA-CGTAGACTTTACGGACCCACT-CTATCATTTAGA-A-------AGCTCTTACA-GAC----T-AGG-A--------CAGTCA-TAAAGG-TCTTC---ACGGTTGCCTATTACTTTACCACTTCC-TTCAACGGAGGTT-TTC-------------------------CAAC
gi|5                          : taaacaaacatcagcaacttcaccaggttacgaagctttttggtgttattctacaactgtcagtataaagcaaaaaacatctacaaggcaatcaagcacattgctgatgcattttctttacaaaatggcgggacgttactaagcggtagcagGGTATATTCA----TA-TCAGTCC-AGTCCCATTTCAGCTGACGATGCCTGGTTAC-----TCATGTTGTCAC--AGCGAATAGAGGGTAGTCAATCCATACCGCGAGGGAGTAGCGCAGGATCTCACGATTGTAGGGCAGTA----GCTTT-TTGA-GACAAGTAAAACCAGCT--TACA-TAATA----C----A---GTACTAA--C--ATGT-GTCATCCGTC-C-ATTCC--CCGAATAGTCAA-CGCAAGGCCGCATGATCGCGT-TTA-----AACGTT-TAGATTCACC-AGGTTTTCG--C--ATG---CAGTATCTAG-GC---AGCG-CTACAATAT-TCTCAGGC-ATATGTAGATTTCATCGTCAAAGAA-A------TTACTAAC-CG-CGTAGACCCTACGGA-CCACTGCTGTCC-ATATA-ACAGTACCAGCTCTTATACGAC----TGAGG-ACCTTCACA-AATCG-TAA--GAAC-TCAGAGGGGCTC---------TTA-CGTCCAC-TTCAA--G-GA-TATTC-------------------------CACTAT--TATACA-CATAAT-----TA
gi|6                          :                                                      tcatgttcataagccaagaaacacgatgccagactaatacaaatgcattattgctgattgtaatttctcacaacgacaaggcatataatcgtagcaaggGGTATATCCAGTC-TA-TC--CC--AGTCC-ATTTC--CTGACGATGCTG---TCC-----TCG-ATTGTCAC--A-CGCATAA---GTAGT-AATCAT-ACCA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGG-CAGTAT-G-GCTTT-TTGA-GACCTGTCT---CAGCT--TACA-T--TAATTGC----A-ACCTACTA---C--ATGT-AGCCTCCGCG-T-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CACTTTATCACCTA-TA-----TATCTC-TAG------C-AGG-CTACA--T--ATATTCCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTTAT-GCCAAT-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACAAA-CCACT-CTATCA-TTACA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACACAGTCG-TAAG-G-AC-TC---GCGG
gi|7                          :                                                                                                                                                                                                                                                             taagggttgcagCATCACA----TCAA-----GTAGG-TATCAA-G-GCATT-C-GA-GGCATTTCG---TAATT--TACA-T--GA----T----C-TCC-ATCA---G--ACAT-GGCCTCCACC-TGAATCG--C---ACATT--A-CA------CGGTTCATTGCATACC------TGTCGA-TAA------T-GGG-CTACA--A--ACACTCCAC-----AG--CCCAATCA-T----ACAT-TGCT--GC-A-AT-TAGTTTTTAT-GC-AAA-ACTC------TC--TCAC-AA-TGTTGACCCTACTGG-TCAAT-TTATCA-TCAGA-A-------AACTTTTGCA-G
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tACTA---C--ATGT-AGCCTCTGCT-C-ATTCC--C---ATGGT--A-CA------CGCTTTATCACTTGC-A-----TATC--------------A----TACA--TGTATATTTCACTGCTTAGTGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--GC-A-AT-CAGATTTCAT-GCCAAT-AC-A------TT--TCAC-AA-CGTAGACCCTACGGA-CCACT-CTATCA-TTACA-A-------AGCTCTTATA-GAC----TAAGG-A----CACGCAGTCGTTAG--G-AC-TC---GCGGCTCTCTACTACTTTC-CAACTCC-TCCAACGG-ggcatacaaagagctagctccaatagtaaagaagctcacgac
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                               CA-----GAGCATCGCA----TTTA-----GTAGC-CAGTAT-G-GCTTT-TTGA-GACATGTCA---CAGCTATTAC--T--TA----C----A-ACCTACTA---C--ACGT-AGCCTCCGCT-C-ATTCC--C---ATAGT--A-CA------CGCTTTATCACTTGC-A-----TATCTCTTAG------C-AGG-CTACA--T--ATATTCCACTGCTTAGCGCTCAATCG-C----ATAT-TGTC--TC-A-
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|10 ): ACACACCTCATAGCCGTACCAATACATGGCATTGGCTAGCAATTATTTTTATGCTAAACTCTCTCAACAATTGTGTTGAACCTTTTCTGACTAGTTCAATTTATCATCAGAATATGACTCCTTATACCAGGGCAAACTGCCAAAGAGC
Unaligned ( gi|11 ): TAAACAGTTAGCAATCACCAGGTATACGAAGTTGTTCTCGTGGCTATAAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG
Unaligned ( gi|16 ): ATAAGCACTCCGTTGCTCAATCATACATTGCTGCTATAAGCT