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Reference ( gi|12 ) : CCGGC---AGAACC-G--C--A-CA---TAAGG-GG--TG---G--GC-GGAC-TTTCG--CCA--CA-T------G-----GG---T---GG--C-G--GA-T-T-T-------AAG-C-G----AT----A-A-A-AGA---C-CAAAA-CA-AG-----T--G--A--G--TAGA-C-----T-TAAGATTTT
gi|6 : CCGGCT--AGGACG-G--C--A-CA---TAA-G-GG--TG---G--CG-GGAC-AATGG--CCA--CA-T------GGA---GG---T---GG----G--GA-T-T-TG------AAG-C-GTCGAAT----A-A-A-AGA-----CAAAA-CA-TG--------G--A--G--TA-A-CTCGTGT-TAAGAT
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gi|19 : ---AGAACG-G--C--A-CA---CAAGG-GG--TG---A---C-AGAC-TTGCG--CCA--CA-T------G-----GGG--T---GG--C-G--GA-T-T-
gi|2 : cgct-G--C--A--A---TAAGG-GGGGTG---G--GC-GGACATGGCG---CA--CA-TA-----G-----GG---T---GG--TGG--GA-T-T-TGG-----ATG-CAG----GT----A-A-A-ATG---C----AA-CA-AG-----T--T--G--T--TTAA-C-----T-TAAGATTT
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gi|18 : caccggcttagaacg------G-----AG---T---GG--C-G--GA-T-T-T-------GAG-C-G----AT----A-A-A-ACA---C----------AG-----T--G--G--G--TAAA-C-----T---AGATTTTtt
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Reference ( family-104 ) : CCGGCT--A--GAACG-G---C--A-CA-T-AAGG-GG--TG---GGC-GGAC-ATGCG--C-CA--C-AT------G-----GG---T---GG--C-G--GA-T-T-TG------AA-G-C-G----A-T----A--A-A-AGA---C-CAAAA-CA-AG-----T--G--A--G--TAAA-C-----T-TAAGATTTT
gi|1 : AACG-GT--C--A-CA-T-AGGG-TG--TGCTTGGC-CGAC-ATGCG--C-CA--C-ATTG----G-----GG---TATGGG--T-GTCAA-T-TATG------AA-GAC-G----A-TAAC-A--A-A-AGA---CACATAA-CA-AG-----T--G--GACG--CAAA-CG----T-TA
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gi|11 : cgCCGGCTT-A--GAACG-----C--A-CA-C-AAGG-G----------T-GCAC-ATGCG--C-CA--C-ATC-----G-----GG---T----G--C-G--GA---T-TG------AA---C------A-TTTTAA--A-A-AGA---C---AAA-CA-AG-----TG-G--A--G--TAAA-C-----T-TGAGATT
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Reference ( family-104 ) : CCGGCT--A--GAACG-G---C--A-CA-T-AAGG-GG--TG---GGC-GGAC-ATGCG--C-CA--C-AT------G-----GG---T---GG--C-G--GA-T-T-TG------AA-G-C-G----A-T----A--A-A-AGA---C-CAAAA-CA-AG-----T--G--A--G--TAAA-C-----T-TAAGATTTT
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gi|8 : gC-ATGCG--C-CA--C-ATTGAGCAG-----GG---T---GG--CAG--GA-T-T-TG-------A-G-C-G----ATT----AACA-A-AGATATC-C-AAA-CA-AGTTGGAT--G--A--G--TAAACC-----T-TGAGTTTTT
gi|9 : gggtttcagcggccatCAGCT--A--GAAGG-G---C--T-AA-TGAAGG-GG--T----GGC-GGAC-TTGCG--C-CAAGCAATG-----G-----GG---T---GG--G-G--AG-T-T-TG------AA-G-C-G----A-T----A--A-A----------AAGA-CACAG-----TG-G--A--G--TAGA-C-----T-TAAGATTTTtta
blockSeqs : TT TA GGGG CA G C T C GG GGG T AA GG G AG A TGGTTTCT GTTC GC G . TG . TTCTGA T . A TCGA T TTTA AC C G TATCC C C TTGGA GGAT TT C TCGTG G
blockSeqs : T . CA . . A G . . TGG . A . . . . TGAGCAG AAT . A . AT . G . . C . . A . . . CCA . . . GGGA . . . .
blockSeqs : T . AG . . . . . . AGG . A . . . . GTGTG TG . . . CT . . . . . . . A . . . CCA . . . TGGA . . . .
blockSeqs : G . G . . . . . . GGG . T . . . . CGG T . . . T . . . . . . . A . . . ACA . . . GGA . . . .
blockSeqs : G . G . . . . . . TGG . A . . . . GGA T . . . T . . . . . . . . . . . CAA . . . GGA . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . TGG . A . . . . CG T . . . T . . . . . . . . . . . ACA . . . GTA . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . GGC . A . . . . GG T . . . T . . . . . . . . . . . CA . . . GGA . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . GG . T . . . . GG T . . . T . . . . . . . . . . . CA . . . GGA . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . GG . A . . . . AG T . . . T . . . . . . . . . . . C . . . GGA . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . GG . A . . . . GG T . . . T . . . . . . . . . . . A . . . GGA . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . GA . A . . . . G T . . . T . . . . . . . . . . . C . . . GA . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . GG . A . . . . G T . . . T . . . . . . . . . . . C . . . GA . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . GG . A . . . . G T . . . T . . . . . . . . . . . C . . . GG . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . GG . A . . . . G T . . . T . . . . . . . . . . . C . . . TG . . . .
blockSeqs : . . G . . . . . . GG . A . . . . G T . . . T . . . . . . . . . . . C . . . GA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . T . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . GA . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . .
blockSeqCons : G**** GG**** G*********** T****** ** **** CA***** GGA***** *****
originalCons : CCGGCT--A--GAACG-G---C--A-CA-T-AAGG-GG--TG---GGC-GGAC-ATGCG--C-CA--C-AT------G-----GG---T---GG--C-G--GA-T-T-TG------AA-G-C-G----A-T----A--A-A-AGA---C-CAAAA-CA-AG-----T--G--A--G--TAAA-C-----T-TAAGATTTT
finalCons : CCGGCT--A--GAACGG----C--A-CA-T-AAGG-GG--TGG----C-GGAC-ATGCG--C-CA--C-ATG-----------GGT------GG--C-G--GA-T-T-TG------AA-G-C-G----A-T----A--A-A-AGACA-----AAA-CA-AG-----TGGA-----G--TAAA-C-----T-TAAGATTTT
Alignments
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lowQualScore : 11 33 88888 22 2 4 4 22 22 4444 4 2 0 22 22 2 22 4 4444444444444 1111111 22 4 22 4 2 2 888888 2 4 2 4444 2 3333 33 2 2 6 2 0000 2 2 2 2 66666 4 33 2 88888 2
lowQualScore : .. .. ..... .. . . . .. .. .... . . . .. .. . .. . ............. ....... .. . .. . . . ...... . . . .... . .... .. . . . . .... . . . . ..... . .. . ..... .
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consensus : CCGGCT--A--GAACG-G---C--A-CA-T-AAG--GGG--TG----G-C-GGAC-ATGCG--C-CA--CA-T------G------GG---T---GG--C-G--GA-T-T-TG------AA-G-C-G----A-T----A--A-A-A-GA-CA---A-A-ACA-AG-T-G---GA-G--TAAA-C-----T-TAAGATTTT
Reference ( family-104 ) : CCGGCT--A--GAACG-G---C--A-CA-T-AAG--GGG--TG----G-C-GGAC-ATGCG--C-CA--CA-T------G------GG---T---GG--C-G--GA-T-T-TG------AA-G-C-G----A-T----A--A-A-A-GA-CA---A-A-ACA-AG-T-G---GA-G--TAAA-C-----T-TAAGATTTT
gi|1 : AACG-GT--C--A-CA-T-AGG--GTG--TGCTTGG-C-CGAC-ATGCG--C-CA--CA-TTG----G------GG---TATGGG--T-GTCAA-T-TATG------AA-GAC-G----A-TAAC-A--A-A-A-GA-CAC--ATA-ACA-AG-T-G---GACG--CAAA-CG----T-TA
gi|10 : cattggacagaGGCT--A--AAACGCA---C--A-CA-TTAAG--GGG--TG----G-C-TGAC-ATGCG--C-CA--CA-T------G------GG-------GG--C-G--GA-TGT-TG------AA-G-C-G----A-T----A--A-A-A-GG-CA---T-T-ACA-AG-T-G---GATG--TAAA-C-----T-TAAGATTT
gi|11 : cgCCGGCTT-A--GAACG-----C--A-CA-C-AAG--GG-----------T-GCAC-ATGCG--C-CA--CA-TC-----G------GG---T----G--C-G--GA---T-TG------AA---C------A-TTTTAA--A-A-A-GA-C----A-A-ACA-AG-T-G---GA-G--TAAA-C-----T-TGAGATT
gi|12 : aCCGGC---A--GAACC-G---C--A-CA-T-AAG--GGG--TG----GGC-GGAC-TTTCG--C-CA--CA-T------G------GG---T---GG--C-G--GA-T-T-T-------AA-G-C-G----A-T----A--A-A-A-GACCA---A-A-ACA-AG-T-----GA-G--TAGA-C-----T-TAAGATTTTgtta
gi|13 : --A--AAACG-G---C--A-C--T-ACG--GGG--TG----G-C-GAA--ATGCG--C-CA--CG-T------G------GGGTTC---GG--C-G--GA-G-T--G------AA-G-C-G----A-T----A--A-A-A-GA-AA---A-A-CCA-AG-T-G---GA-G--TAAA-T-----T---AGATTT
gi|14 : G--GGT--TG----G-C-GGCC-ATGCG--C-CA--CA-T------G------GGAA-T---GG--C-G-------T-CC------AA-G-C-T----A-T----G--G-A-A-AA-CC---A-A-CAA-AG-T-----GA-G--AAAA-C-----T-TGAGATTCT
gi|15 : cattcCCGGCT--ATAGAACG-G---C--A-TA-T-AAG--GGG--CG----G-C-G----------------------------------------------------GA-T-T-TG------AA-G-C-G----A-TA---A--A-A-A-GA-C----A-A-ACA-AG-T-G---TA-G--TAGA-C-----T-TAAGATT
gi|16 : CCGGCTT-A--GAACG-----C--A-CA-T-AAG--GGG--T------------------------------------------------------G--C-G--A----T-TG------AA-G-C-G----A-G----A--A-A-AAGA-CA---A-A-ACA-AG-T-G---GA-G--TAGA-C-------TAAGATTTTgttt
gi|17 : caCCGGCTTTA--GAACGAG---C--A-CA-T-AAG--GGG--AG----G-C-AGGC-ATGCG--T-CA--CA-TG-----G------GG---TG--GG--C-G--GA-T-T-Ttt
gi|18 : a------G------AG---T---GG--C-G--GA-T-T-TG-------A-G-C-G----A-T----A--A-A-A-CA-C------------AG-T-G---G--G--TAAA-C-----T---AGATTTT
gi|19 : cacgtacggGCT--A--GAACG-G---C--A-CA-C-AAG--GGG--TG----A-C-AGAC-TTGCG--C-CA--CA-TG-----G------GG---T---GG--C-G--GA-T-T-tga
gi|2 : cGGCTG-A--GAACG-GGGGC--A--A-T-AAG--GGGGGTG----GGC-GGAC-ATG-G--CGCA--CA-TA-----G------GG---T---GG--TGG--GA-T-T-TG------GATG-CAG----G-T----A--A-A-A-TG-C------A-ACA-AG-T-T---G--T--TTAA-C-----T-TAAGATTT
gi|20 : cgCCGGCT--A--GAACG-G---C--A--A-T-AAG--GGG--T------------------------------------------------------G--C-G--GA-T-T-T-------AA-G-C-G----A-TA---A--A-A-A-GA-CA---A-atttt
gi|21 : caCCGGCT--A--GAACT-G---C--A-CA-C-AAG--GGG--TG----G-C-GGGC-ATGCG--C-CA--CA-T------G------GG---c
gi|22 : aCCGGCT--A--GGACG-G---C--A-CA-T-AAG--GGG--TG----G-C-GGAC-Ag
gi|3 : caCGGCT--A--GAA-G-G------A-CA-T-TAC--GGG--TG----C-T-GGAC-ATGCG--C-CA--CATT------GGTTTCTGG---T---GG--C----GA-T-T-TG------AA-GCC-G----A-T----A--A-AGA-GA-CA---A-ACATA-AG-TGG---GA-G--TAAA-C-----T-TAAGATTTT
gi|4 : caGCTG-A--GAACG-G---CCAA-CA-T-ATG--GGT--TG----G-C-GAAC-ATGCA--C-CA--CA-CCG----G------GG---T---GG--C-G--GAAT-T-TGG-----AA-G-C-G----A-T----A--A-A-AAGA-CA---A-A-ACA-AG-TTG---GA-G--TAAA-C-----T-TAAAATTTT
gi|5 : CGGCT--A--GAACG-----C--A-CACT-ACGACGGT--TG----G-C-CGAC--TGCGGGC-CA--CA-T------GTGTG--GG---T---GG--C-G--GACT-T-TG------A----C-G----A-T----A--ACA-A-GA-CA---A----CA-AG-T-G---GA-G--TAAA-C-----T-TAAGATTTTtt
gi|6 : aCCGGCT--A--GGACG-G---C--A-CA-T-AA---GGG--TG----G-CGGGACAATG-G--C-CA--CA-T------GGA----GG---T---GG----G--GA-T-T-TG------AA-G-C-GTCGAA-T----A--A-A-A-GA-CA---A-A-ACA----T-G---GA-G--T-AA-CTCGTGT-TAAGATtg
gi|7 : caT--A--GAACG-G---C--AGCAAT-AAG--GG---TG----G-C-G-AC-A-GCG--C-CA--CA-T------G------GG---T---GGGCC-G--GA-T-T-TGTTCTGAAG-G-C-G----A-T----A--A-A-AAGA-CA---A-A--CA-AG-T-G---GA-GTTTAAA-C-----TGGAAGATTT
gi|8 : gC-ATGCG--C-CA--CA-TTGAGCAG------GG---T---GG--CAG--GA-T-T-TG-------A-G-C-G----ATT----AACA-A-A-GA-TATCCA-A-ACA-AGTT-GGATGA-G--TAAACC-----T-TGAGTTTTT
gi|9 : gggtttcagcggccatCAGCT--A--GAAGG-G---C--T-AA-TGAAG--GGG--TG----G-C-GGAC-TTGCG--C-CAAGCAAT------G------GGG--T---GG--G-G--AG-T-T-TG------AA-G-C-G----A-T----A--A-A-A---------A-G-ACACAG-T-G---GA-G--TAGA-C-----T-TAAGATTTTtta