lowQualScore : 1111111111111111111111 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222 2 1 1111 11 2222 11 33333333 11 11 3333333333333333 1 111 222 444444444444444 11 1 4 555555 444 2 11 333 2 22 555555 2 333 2 333 2 2 2 22 22 2 33333333333 0000000000000000000000 22 33333333 333333 1 1 22 111 1 11 1 22 111 44444444444444444444444444444444444444 1 22222 11 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 2222 222 4444444 2222 2222 333333333 2222 1 1 444 1 1 2222 111 1 11 11 11 11 22222 2 1 5555555 2 00000 222 44 1 11 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 1 6666666666666666 11111 111 11 222 1 222222 11 33333333 11 11 1 44444444444 3333333333 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 2222 111 111 1 2222222 1 1111111 1111111 3333333333333333 111111111111111 1 333 11
lowQualScore : 2 66666 4 0 5 4444 33 1111 44 66666666 33 33 8888888888888888 0 777 333 888888888888888 1 88 3 77 0 333333 4 222 0 88 000 0 77 3 3 555555 4 0 555 0 111 0 0 0 22 77 4 0 44444444444 4444444444444444444444 4 77 3 55555555 666666 5 5 77 55 666 7 6 6 22 5 66 666 33333333333333333333333333333333333333 7 4 3 55555 6 88 2 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 1111 333 5555555 5555 8888 777777777 1111 7 2 3 111 7 3 3 2222 777 1 3 88 88 88 7 88 33333 0 6 5 2222222 0 00000 333 55 5 0 88 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 4 0 2 0 5555555555555555 88888 777 33 111 0 888888 33 22222222 00 33 0 2 66666666666 7 2222222222 55 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 8888 6 777 777 0 3 0000000 5 5 7 2222222 6666666 5 3333333333333333 5 5 5 777777777777777 5 555 66 77
lowQualScore : . ..... . . . .... .. .... .. ........ .. .. ................ . ... ... ............... . .. . .. . ...... . ... . .. ... . .. . . ...... . . ... . ... . . . .. .. . . ........... ...................... . .. . ........ ...... . . .. .. ... . . . .. . .. ... ...................................... . . . ..... . .. . ........................................................................................... .... ... ....... .... .... ......... .... . . . ... . . . .... ... . . .. .. .. . .. ..... . . . ....... . ..... ... .. . . .. ............................................................................................ . . . . ................ ..... ... .. ... . ...... .. ........ .. .. . . ........... . .......... .. ....................................................................................................................................................... .... . ... ... . . ....... . . . ....... ....... . ................ . . . ............... . ... .. ..
lowQualScore : 5 00000 0 0 5 8888 88 2222 22 22222222 88 88 0000000000000000 0 555 333 777777777777777 0 33 3 00 0 555555 0 555 0 55 000 0 55 0 0 555555 0 0 000 0 000 0 0 0 55 55 0 0 55555555555 5555555555555555555555 0 55 0 00000000 000000 0 0 55 00 555 0 0 0 00 0 00 777 33333333333333333333333333333333333333 3 7 3 33333 7 33 0 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0000 333 0000000 0000 3333 777777777 7777 3 0 3 777 7 3 3 7777 777 0 3 33 33 33 3 33 00000 0 0 5 0000000 0 00000 333 00 0 7 33 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 0 0 5 2 8888888888888888 55555 888 88 000 0 555555 88 88888888 88 88 0 5 55555555555 0 0000000000 55 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 3333 5 555 555 0 8 2222222 7 7 1 2222222 2222222 0 1111111111111111 0 0 0 555555555555555 0 000 33 99
consensus : ATGGTGTGACATGNTNTGGTATATNATACAAGTATATGTGTATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATATA-AACTGACTG--------TGTTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACGTAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGNNGTGGCCTGGGGG-TGTATTAACTTATTATNTTCTGCCCCAAAATGTCCGTTGTAGTCTTTTNATTTTCCATTGAGTGCTTTTCAGNTNGGAANCGTTGTNCTTGTTGCGCGATATGGTCATGTGGTAGTTTTTTCCCTCACAAGTGTTCNTCTGCAATNAGACGGTCACCGCCATTTACGTTGTGTTGACAGCCCATTCACATGAGAGCNAGGAAGTTGTAGANTTGAGGTAATNATCTGAGAGCATTTTTGACAAGCAGACTTTGAGAAANNGACATTNTCCTCTAGATTGATAAGTTAATAATTTGTTGCTAATGCTAATGTATTCTTTAATTCTTCTACCAGATTG-TGAAATCTAA--TAAT-TTT------GCGTA-AATTTCC-TT-T---TATANG-CACC---TTCCTA--GAGTAAATCGA---TC-A-GTGA---GAGTG-AGACC-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATT-----T-------ATG-A-TAACTGTGATAGTCATATA---ATTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAGCGTA-TA-TATATTTTA-TAC-G-TAGTCNAGAGA-TTAT-AGATAT--T-GTAA-T-CGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGNTAATTCGTCTGGGAATTGTTCCAATAGAGATGCGTACAGCTCGTTACCCACCGGATAGAATGGTAT---GCTT-CGC-ATGATTTTAT--TTAATTC----------AATAA-TTGATATATGGTTTTAAGT-AC-ATAC-ATT-CNTATATTATT-CTGATAAT-TATT-GT----AA--------A-GTTTTNA-TGAAGTTAA-A--------------GTCC-A---TACG-ACTTGGG--AGGA-AT-TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAAGAGTTATC--TC-CCTTGATNC-A-GATTCGCTC-----GT---GTAATACNATAATCAGAATAATACTNNGGTCGTGACANCANTCATGTAATTGATACGTGAAATTTT-TAGTATTCATGTTTT-ATT----A-CA----TA-TTA-TTAATATT-------------TT--AACCATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGTAAGGGGA--AAATC-TGTT--ACACGCACA
Reference ( gi|2 ) : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATATG-AATTGACTG--------TGTTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CATTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCTGGGGGGTGTAT--A---ATTATATTCTGCCC--AAATGTCTGTTGT-GTCTTTTAATTT-C-ATTG-GTGTTTT--AGTTTG---TC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AGTTTTT-CCCTC-CAAGTGTT-CTCTGC--TTAG-TGGTCA--GTC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GT-ATT-TCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTGTACTCTAGTTTGGTAAGTTAATAATTTATCACTAATGCTAATCTATTCTTTAATTCTTTTACTAAG-TG-TAAAATCTA---TAAT-TTT------GGATAAAATTTCC-CT-T---TATAAG-CACC---TTCCTA--GAGTAAAT-GA---TC-A-GTGA---GAGTG-AGAC--TTATA-------T---AAT--GTA------AATATC-----T-------ATG-A-TA---GTAAT-GT-ATATA---ATTTG------TCTC--ACTGT----GATATA-TCTTAAAGCGTA-TA-TATATTGTA-TAC---TAGTCAAGAGA-TTAT-AGATAT--T-GTAA-T-TAATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGCTAATTCATCTGGAAATTGTT-CAGTAGAGATACGTACAGCTCGTT-CCC-----ATAGAATGGTAT---GCT--CACCATGGTTTTAT--TTAATTC----------AATAA-TTGAT-CATG---TTAA-T-AC-ATATTATTATACATATTATT-CTGATAAT-TATT-GT----AA--------A-GTTTTTA-TGAAGTTAA-A--------------GTCT-A---TATG-ACTTGGG--AG-A-AT-TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAATAGTTATC--TC-CCTTGATTC-A-GA-TCGCTC-----AT---GTAATACTATAATT-GTATA-----TTGGTTGT-ACAGCAGT------ATT--TATGTGAA--TTCATAGTATTCATGTTTT-ATTT---AGCA----TA-TTACTTAATATT------------GTT--AACCATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGTACGGGG---AAATA-TGTT--ACATATACA
gi|4 : ATGGTATAATATGATATGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATATG-AACTGACTG--------TGTTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CC
gi|11 : gtaattacaggaatttgcatttcattattctttggtataaatacatagcatagataatttttttgctgaatcttttgaaataaaaaagttatacttcttttttcttgaaaatgtccacaatttgcgcatgcttataagaggtttttcaacccatatgtcaacaatgcaattttataaagtatggtttactactgcatattttcactcaactattttaaaagaaaagtgtattaattacaattttagcaattgataattataatgcaacaaaggaaaattagcctttgaaaacgtataacgaacgtacggccgtcttcaaacgattggctagatttaaaacgtcgaaaatgatgtttgacagactcattttatacatgtatTGTGACATACTC----ATATTATACAAGTATATG-GTATAACAAGATATGGTA--TATGAAATAGACACGTATT-AACTGACTG--------TGTTTAA--TAAAA--CCA------TTATACAATGTACAAGGC-AATGCAATT---CAAAC
gi|1 : ttaaaaagaaacattAGCATCAT-T--TAACTTT----CAGACACACATATAATGAACTAGAGCGTGATGTTTAAACTAAAAAATCGATAAAGTCA-------CAAAAGGTTAACATAATTACTTAAACCTGCCACACTCTAAATAAGAGGGCGCCGTTAATTTTGGCTTCCGTTTTCCCAGTGGTATGGCCTGGGGG-TGTATTAACTTATTATTTTCTGCCCCAAAATGTCTGTTGTAGTCTTTTCATTTTC-ATTGAGTGCTTTTCAGGTGGGAACCGTTGTTCTTGTTACGCGATATGGTCATGTGGTAGTTTTTTCCCTCACAAGTGTTCCTCTGTAATAAGATGGTCACCGCCATTTACGTTGTGTTGACAGTCCATTCACATGAGAGCTAAGAAGTTGTAGAGTTGAGGTAATTATCTGAGAGCATTTTTGACAA-CA-ACTTTGAGAAAACGACATTAT
gi|3 : T-T--TA--TTT----TAGACACATATA-AATTGACTG--------TGTTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CATTACATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAGTGGCCTGGGGG-TGTAT--A---ATTATATTCTGCC---AAATGTCCGTTGT-GTCTTT-AATTT-CCATTG-ATGTTTT--AGTTTG---GC-TTGTACTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AGTTTTT-CCCTC-CAAGTGTT-ATCTGC--TTAG-CGGTCA--ATC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-AT-ATA-TCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACGGACATTTTCCTCTAGATTGATAAGTTAATAATTTGTTGCTAATGCTAATGTATTCTTTAATTCTTTTACTAAATTG-T-AAATCTA---TATT-TTT------GCAT--AATTTCC-TTAT---TATAGG-CACC---TT-CTA--GAGTAAATCGATATTCAA-GTGAGACGAGTG-AGACT-TTATG-------TATGAATTAGTA------AATATTATCCAT-------ATG-A-Tttcgagatagatttggataaagatataaacttaaatcttatttcaggcaagtattgatgcttaaactatgtattatatatatctcaatgtgttcacctttaaaccaccctggttaaaatctaataatgcttattatagggcatattgtccgcttaaataaagcaccaatttcctaccgataaattgatcaagtgagagtggagactataataatattaatgtattaattaatatttcacacacatgcactaactgtaatagtcatataatatgatggattcttcggctgtccccgatatactttttaagcgtaatatatactttaatacaatagtccagagaattatagatatttgtaaattaatttgctgaagattccatgaaccatttttgtatccctaggtttcatctgggaattgttccaataggatgcgagctcgttatccaccggatagaatggtatgcggctaacgcgatagagatatccttaattcaaaatttcaaaataatttgataatttaataacataattatatagctgataattagtaagcagaccgaatttttataaattaaaagttattcaaacatgtctaatatgaacttgggagaaattattgtgtggattattttttctaatgtaatgagttaatgatcgccttgatactatgattcgccctcgcgattggggaatactataatcagaataatactctggttgtgacaaagtcatgtaatttatgtgaaattttttagtttcagtttaatttataaccacctttattataacattaaatgattgtgggttaaccatttaggggtaactagtatttagagagaagatgagttttgtgtttcttgatatttcttctatggatcaattgaattataatcttcgacgttccttttgccgaatgggggacggcggcagaaatcaggggtggtcctggtcatttcttacaagccgactgtccgtaaggggggaaaatgctgttaca
gi|6 : atttTTCTATCAGA-TGATGAAATTCAATGTAAT-TTT------GCATAAAA-TTCC-TT-T---TGTATGACA-T---TTCCTG--AAATAAA--GG---T----ATG------GTG-TAACCATTATA-------T---A------------------------T-------ATG-A-AA---GTGAT-GT-ATATATTGATTT-------TCTT--GCTGT----GATATA-T--------ATA-CATTAT-TTATA-TACCGGTAATCAAGAGA-TTATAAGATACCAT-ATAA-TCCGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAG-TTGGTA--CTTAAtagatttagaatatattatcctcaattctttgtttctctgaactgttcacaccaactggttttctgataacaaggttcttaggcgataatcatattttatacatcaggtcaatgagatttacgtagat
gi|1 : -TAAAATCTAA--TAATGCTTATTATAGGGCATATTGTCCGCT-TAAATA-AAG-CACCAATTTCCTACCGA-TAAATTGA---TC-AAGTGA---GAGTGGAGAC--T-ATAATAATATT---AAT--GTATTAATTAATATT-----TCACACACATGCACTAACTGTAATAGTCATATA---ATATGATGGATTCTTCGGCTGTCCCCGATATACTTTTTAAGCGTAATA-TATACTTTAATACAA-TAGTCCAGAGAATTAT-AGATAT--TTGTAAAT-TAATTTGCTGAAGATTCCATGAACCATTTTTGTATCCCTAGGTT---TCATCTGGGAATTGTTCCAATAG-GATGCG---AGCTCGTTATCCACCGGATAGAATGGTATGCGGCTAACGCGATAGAGATATCCTTAATTCAAAATTTCAAAATAATTTGAT-AAT----TTAA-TAAC-ATA--ATTATATA------G-CTGATAAT-TA---GT----AAGCAGACCGA-ATTTTTA-T-AAATTAA-AAGTTATTCAAACATGTCTAA---TATGAACTTGGG--AGAA-AT-TAT--TG--TGTGGATTATTTT---TTCTAATGTAATGAGTTAATGATCGCCTTGATACTATGATTCGCCCTCGCGATTGGGGAATACTATAATCAGAATAATACTCTGGTTGTGACAA-AGTCATGTAATT--TATGTGAAATTTTTTAGT-TTCA-GTTTA-ATTTATAACCACCTTTA-TTA--TAACATTAAATGATTGTGGGTT--AACCATTTAGGGGTAACTAGTATTTAGAGAGAAGATGAGTTTTGTGTTTCTTGATATTTCTTCT---ATGGATCAATT------GAATTATAA-TCTTCGACGTTCCTT-------TTGC-CGAATGGGGGACGGCGGCAGAAAT-CAG--GGG-TGGTCCTGGTCATTTCTTACAAGCCGACTGTCCGTAAGGGGGGAAAATGCTGTT--ACA
gi|10 : agcatcatttaactttcagacacacatataatgaactagagcgtgatgtttaaactaaaaaatcgataaagtcacaaaaggttaacataattacttaaacctgccacactctaaataagagggcgccgttaattttggcttccgttttcccagtggtatggcctgggggtgtattaacttattattttctgccccaaaatgtctgttgtagtcttttcattttcattgagtgcttttcaggtgggaaccgttgttcttgttacgcgatatggtcatgtggtagttttttccctcacaagtgttcctctgtaataagatggtcaccgccatttacgttgtgttgacagtccattcacatgagagctaagaagttgtagagttgaggtaattatctgagagcatttttgacaacaactttgagaaaacgacattatttcgagatagatttggataaagatataaacttaaatcttatttcaggcaagtattgatgcttaaactatgtattatatatatctcaatgtgttcacctttaaaccaccctggtTA---ATTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAACGTA-TC-TATATTTTA-TAC---CAGTCTCGAGA-TTAT-AGATAT--T-GTAA-T-TGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGATAATTCGTCTAGAAATTGTT-CAATAGAGA----TACAGCTCGTT-C
gi|8 : T---GCTT-CAC-ATGATTTTAT--TTAATTC----------A-TAA-TTGATATATGGTTTTAAGT-AC-A-----------ATATTATTTCTGATAATCTATTTGTTATTAATAT-----A-GGTTTTAGTGAAGTTAA-A--------------GTCC-A---TAAA-ACTTGGG--AG-A-AT-TATATTG--TGTGG--TATTTT---C----ATATAAAGAGTTATC--TC-CCTT---------A-TCGCTC-----GT---GTAATAC
gi|7 : ttT---GCTT-CACCATGATTTTAT--TTAATTC----------AATAA-TTGATATATGGTTTTAA-T-ACAATATTATTTCTGATA--ATT-CT-AT--T-TGTT-AT----AA--------ATGTTTTAA-TGAAGTTAA-A--------------GTCC-AAATTAT--ACTTGGGGTAG-ATATATATTGTG--TGTGG--TATTTTCACC----ATATAAGAGGTTATC--TC-C----ACTT-C-GA-TCGCTC-----GT---GTAATACgta
gi|5 : ttATAA-TTG-T-TAT----TTAAGT-AC-ATAC------GTGTATTATT--TGATAAT-T--T-GT----AC--------A-GTTTTAA-TGAATTTACTC--------------GTCT-A---TACG-ACTTGGA--AGGA-AT-TAT--TTATTGTGG--TATTTT---C----ATGTATATAGTTATC--TC-CCTTGATGC-A-GATTTGC-C-----AT---GTAATA-GATAATC-G-ATA-----GAGGTCGT-ATATCATT------ATTGATACATG--------TAGTATTCATGTTTTAATTA---AGCA----TATTTGGTTAATATT-------------TTAAAAACATT-----GT--------TT----------ATAGG----GTTGTTGTT--TTT---TTTCTAAATGGA-CAACTTATCTGGAA-TA-AA-TCTTCAACG----CCCTGGGTGTTGT-C----------------CAGAATC-CAAACAGG-TGTTCTT-GTTATTTCTTATATG
gi|9 : ATAGTATTCATGTTTT-AT-------CA----TA-TTACTTAATATT------------TTT--AACCATT-----GG------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACA----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-GAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTATACGC--ACTGT-CGTAAGGGGA--AAATC-TGTT--ACg
gi|13 : gcaatacatgtTTTCTTAATAT---CTCC---ATGGA-CAA-T------AAA-TA-AACTCTTCAACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-ATCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGTAAGGGGA--AAATA-TGTT--ACA
gi|12 : gaAATT-------AA-TA-AA-TCTTCAACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGTAAGGGGA--AAATC-TGTT--
gi|14 : gatcccattcacatatttatttgtgaataacatattgttta------GAA-TA-AAATCTTCG-------TC-------TTGT-T----------------CACCACC-CAAACAGG-TGTTTCT-GTCGTTTAT-------------T-CATAAGGGA---AAATC-TGTT--ACACACATAaaaa
gi|15 : AA-TA-AAATCTTCG-------TC-------TTGTTC----------------CACACCCTCAAACAGGTTGTT-CT-GTCG-TTATTAC-CG----------ATAAAGGGAA-AAATC-TGTT--ACAtaatatataaaat
gi|16 : ----TC-------TTGT-C----------------CAGAGCC-CAAACAGG-TGTTCCT-GGCATTTCT-------------T-CATAAAGGA---ATATT-TGTTAAACATGTACAccaca
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGCCCGATCCCATTCACATATTTCTTTATGAATAAAGTATTGTTTAAACATGATACAATAAC
Unaligned ( gi|18 ): CGATCCCATTCACATATTTCTTTATTTGTAAATGAAATATTGTTTAAATTAAATCTTC
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 2 11 11 1111 222222 111 11 11 222222 2222222 111 111 22222 3333333 11 1 1 5555555 222 2 11 111 11 1 11 444444 3333333 2 333 2 2 22 33 22 0000000000000000000000000000000000000 33 2222222 444444 33 1 222 111111111 1 11 1 333333333333 1 1 11 11 1 2222 11 222222222222 2222 1 111 0000000000000000000000000000000000000000000000000000000 2222 111 3333333 11 2222 1 1 1 1 4444 1 1 1111 1111 1 11 11 11 11 2 11111 1 22222 2222222222 111 1111 22222 1 99999999999 66666666666666666666666666666666666 222222 3333333333 222 11 22 11 11 22222222 11 444444444444 111 1111111 222 5555555 2 6666666666666666666666666 1 77777777777777777777777777777777777777777777777 11 555555555555555555555555555555 22222 111 111 111111 1 1111111 2222222222222222 1
lowQualScore : 0 0 0 1 88 1 0 3 88 8 11 11 7777 222222 8 444 11 11 333333 6666666 8 2 444 777 55555 2222222 33 0 222 3 0000000 1 888 0 3 33 222 44 2 11 1 1 888888 1 7777777 3 888 3 7 7 3 00 00 1 44 9999999999999999999999999999999999999 1 00 1 9999999 111111 6 6 00 22 1 5 333 7 4 666666666 5 33 0 111111111111 0 0 0 33 11 0 0000 2 33 6 888888888888 0000 0 999 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 8888 777 1111111 33 1111 0 7 3 0 0 3 0 0 2222 1 0 0 4444 3333 0 33 33 33 3 33 1 7 0 0 3 7 55555 5 55555 7777777777 777 3 11 7777 88 6 00000 5 00000000000 0 8 8 00000000000000000000000000000000000 1 333333 0000000000 222 77 8 11 6 8 22 11 11 44444444 3 11 8 8 111111111111 111 9999999 1 666 3333333 0 3 77 1 5555555555555555555555555 3 3 0 44444444444444444444444444444444444444444444444 33 555555555555555555555555555555 00000 3 444 444 8 1 666666 5 5 5 3 9999 4444444 4 9999999999999999 4 4 4 1 11 999 5 5 999 5 66 0
lowQualScore : . . . . .. . . . .. . .. .. .... ...... . ... .. .. ...... ....... . . ... ... ..... ....... .. . ... . ....... . ... . . .. ... .. . .. . . ...... . ....... . ... . . . . .. .. . .. ..................................... . .. . ....... ...... . . .. .. . . ... . . ......... . .. . ............ . . . .. .. . .... . .. . ............ .... . ... ....................................................... . .... ... ....... .. .... . . . . . . . . .... . . . .... .... . .. .. .. . .. . . . . . . ..... . ..... .......... ... . .. .... .. . ..... . ........... . . . ................................... . ...... .......... ... .. . .. . . .. .. .. ........ . .. . . ............ ... ....... . ... ....... . . .. . ......................... . . . ............................................... .. .............................. ..... . ... ... . . ...... . . . . .... ....... . ................ . . . . .. ... . . ... . .. .
lowQualScore : 7 7 7 0 33 0 7 7 00 0 00 00 0000 222222 0 000 00 00 000000 0000000 0 8 000 555 00000 5555555 88 0 777 3 0000000 0 777 7 7 00 333 00 0 00 0 0 000000 0 3333333 7 000 7 3 3 7 77 77 0 33 0000000000000000000000000000000000000 0 33 0 7777777 777777 7 7 77 00 0 0 333 3 2 888888888 5 88 0 222222222222 0 8 0 88 00 0 0000 5 88 5 888888888888 8888 0 000 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888 7 0000 555 2222222 88 2222 0 0 5 2 0 2 0 0 8888 0 0 0 8888 0000 0 88 88 88 2 88 0 3 7 7 3 3 00000 5 55555 5555555555 555 2 66 0000 88 0 44444 0 00000000000 8 0 0 44444444444444444444444444444444444 0 000000 6666666666 000 88 0 00 4 0 00 00 00 22222222 2 00 0 0 888888888888 888 0000000 0 777 3333333 7 3 77 0 0000000000000000000000000 2 2 0 22222222222222222222222222222222222222222222222 88 222222222222222222222222222222 00000 2 000 000 0 7 444444 0 0 0 2 4444 4444444 4 4444444444444444 4 4 4 9 99 444 0 0 444 0 99 5
consensus : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATATG-----AACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCTGGGGG-TGTATTAA---ATTATATTCTGCCC--AAATGTCCGTTGT-GTCTTTT-ATTTTCCATTGAGTGCTTTTCAGTTTGG--CC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AGTTTTTTCCCTC-CAAGTGTTC-TCTGC--TTAG-CGGTCA--GCCATTT--GTTGTGTTG--AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GTA-TTATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTNT-CTCTAGATTGATAAGTTAATAATTTGTCGCTAATGCTAATGTATTC---TTTAATTCTTTTACCANATTG--TAAAATCTAAT--AAT-TTT------GNAT-AAATT-TCCTT-TTA--TAA-G-CACC---TTCCTA--GAGTAAATCGA---TC-A-GTGA---GAGTG-AGACC-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATT-----T-------ATG-A-TAA--GTAAT-GT-ATATA---ATTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAGCGTA-TATATATTT-TA-TAC--G-TAGTCNAGAGA-TTATA-GATAT--T-GTAA-TT-GATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGNTAATTCGTCTGGAAATTGTT-CAATAGAGATGCGTACAGCTCGTTACCCACCGGATAGAATGGTATGC--TT--CGC-AT---GATTTTATTTAATTCAATAATT----GATA-TATGGT--TTTAAGTACATA--ATT--ATATATTA-TT-CTGATAA------T--------TATTG-TA-A--------A-GTTTTAATGAA------GTTA----A-A---GTCTAA--TATGA-CTTGGG--AGGAAT-TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAANAGTTATC--TC-C-CTT-GAT-C-A-GATTCGC--TCGTG--T----AATACTATAATC-GNATA-----NTGGTCGT-ACANCAGT------ATT--TACGTG-AA-TTC-TAGTATTCATGTTTT-ATT--G--CATA-------TT--ACT--TAATA-TTG------------TT--AACCATT-----GT------TGTTATA----------GGGTTT-----TTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACACGCACA
Reference ( family-1039 ) : ATGGTGTGACATGNTNTGGTATATNATACAAGTATATGTGTATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATATA-----AACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACGTAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGNNGTGGCCTGGGGG-TGTATTAACTTATTATNTTCTGCCCCAAAATGTCCGTTGTAGTCTTTTNATTTTCCATTGAGTGCTTTTCAGNTNGGAANCGTTGTNCTTGTTGCGCGATATGGTCATGTGGTAGTTTTTTCCCTCACAAGTGTTCNTCTGCAATNAGACGGTCACCGCCATTTACGTTGTGTTGACAGCCCATTCACATGAGAGCNAGGAAGTTGTAGANTTGAGGTAATNATCTGAGAGCATTTTTGACAAGCAGACTTTGAGAAANNGACATTNTCCTCTAGATTGATAAGTTAATAATTTGTTGCTAATGCTAATGTATTC---TTTAATTCTTCTACCAGATTG--TGAAATCTAAT--AAT-TTT------GCGT-AAATT-TCCTT-TTA--TAN-G-CACC---TTCCTA--GAGTAAATCGA---TC-A-GTGA---GAGTG-AGACC-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATT-----T-------ATG-A-TAACTGTGATAGTCATATA---ATTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAGCGTA-TATATATTT-TA-TAC--G-TAGTCNAGAGA-TTATA-GATAT--T-GTAA-TC-GATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGNTAATTCGTCTGGGAATTGTTCCAATAGAGATGCGTACAGCTCGTTACCCACCGGATAGAATGGTATGC--TT--CGC-AT---GATTTTATTTAATTCAATAATT----GATA-TATGGT--TTTAAGTACATA-CATT-CNTATATTA-TT-CTGATAA------T--------TATTG-TA-A--------A-GTTTTNATGAA------GTTA----A-A---GTCCA---TACGA-CTTGGG--AGGAAT-TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAAGAGTTATC--TC-C-CTT-GATNC-A-GATTCGC--TCGTG--T----AATACNATAATCAGAATAATACTNNGGTCGTGACANCANTCATGTAATTGATACGTGAAA-TTTTTAGTATTCATGTTTT-ATT--A--CATA-------TT--A-T--TAATA-TT-------------TT--AACCATT-----GT------TGTTATA----------GGGTTT-----TTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACACGCACA
gi|1 : AGCATCAT-T--TAACTTT----CAGACACACATATAATGAACTAGAGCGTGATGTTTAAACTAAAAAATCGATAAAGTCA-------CAAAAGGTTAACATAATTACTTAAACCTGCCACACTCTAAATAAGAGGGCGCCGTTAATTTTGGCTTCCGTTTTCCCAGTGGTATGGCCTGGGGG-TGTATTAACTTATTATTTTCTGCCCCAAAATGTCTGTTGTAGTCTTTTCATTTTC-ATTGAGTGCTTTTCAGGTGGGAACCGTTGTTCTTGTTACGCGATATGGTCATGTGGTAGTTTTTTCCCTCACAAGTGTTCCTCTGTAATAAGATGGTCACCGCCATTTACGTTGTGTTGACAGTCCATTCACATGAGAGCTAAGAAGTTGTAGAGTTGAGGTAATTATCTGAGAGCATTTTTGACAA-CA-ACTTTGAGAAAACGACATTAT-TTCGAGATAGAT
gi|1 : AATGTGTTCACCTTTAA-------ACCACCCTGGTTAAAATCTAAT--AATGCTTATTATAGGGC-ATATTGTCCGC-TTAAATAAAG-CACCAATTTCCTACCGA-TAAATTGA---TC-AAGTGA---GAGTGGAGAC---TATAATAATATT---AAT--GTATTAATTAATATT-----TCACACACATGCACTAACTGTAATAGTCATATA---ATATGATGGATTCTTCGGCTGTCCCCGATATACTTTTTAAGCGTAATATATACTT-TAATAC--AATAGTCCAGAGAATTATA-GATAT--TTGTAAATT-AATTTGCTGAAGATTCCATGAACCATTTTTGTATCCCTAGGTT---TCATCTGGGAATTGTTCCAATAG-GATGCG---AGCTCGTTATCCACCGGATAGAATGGTATGCGGCTAACGCGATAGAGATATC-CTTAATTCAA-AATTTCAAAATAATTTGATAATTTAATAACATA--ATT--ATATAG------CTGATAA------T--------TA--G-TA-AGCAGACCGA-ATTTTTATAAATTAAAAGTTATTCAA-ACATGTCTAA--TATGAACTTGGG--AGAAAT-TAT--TG--TGTGGATTATTTT---TTCTAATGTAATGAGTTAATGATCGC-CTT-GATACTATGATTCGCCCTCGCGATTGGGGAATACTATAATCAGAATAATACTCTGGTTGTGACAA-AGTCATGTAATT--TATGTGAAATTTTTTAGT-TTCA-GTTTA-ATT-----TATAACCACCTTT--A-TTATAACA-TTAAATGATTGTGGGTT--AACCATTTAGGGGTAACTAGTATT-TAGAGAGAAGATGAGTTTTGTGTTTCTTGATATTTCTTCT---ATGGATCAATT------GAATTATAA-TCTTCGACGTTCCTT-------TTGC-CGAATGGGGGACGGCGGCAGAAAT-CAG--GGG-TGGTCCTGGTCATTTCTTACAAGCCGACTGTCCGT-AAGGGGGGAAAATGCTGTT--ACAttggataaagatataaacttaaatcttatttcaggcaagtattgatgcttaaactatgtattatatatatctcaatgtgttcacctttaaaccaccctggttaaaatctaataatgcttattatagggcatattgtccgcttaaataaagcaccaatttcctaccgataaattgatcaagtgagagtggagactataataatattaatgtattaattaatatttcacacacatgcactaactgtaatagtcatataatatgatggattcttcggctgtccccgatatactttttaagcgtaatatatactttaatacaatagtccagagaattatagatatttgtaaattaatttgctgaagattccatgaaccatttttgtatccctaggtttcatctgggaattgttccaataggatgcgagctcgttatccaccggatagaatggtatgcggctaacgcgatagagatatccttaattcaaaatttcaaaataatttgataatttaataacataattatatagctgataattagtaagcagaccgaatttttataaattaaaagttattcaaacatgtctaatatgaacttgggagaaattattgtgtggattattttttctaatgtaatgagttaatgatcgccttgatactatgattcgccctcgcgattggggaatactataatcagaataatactctggttgtgacaaagtcatgtaatttatgtgaaattttttagtttcagtttaatttataaccacctttattataacattaaatgattgtgggttaaccatttaggggtaactagtatttagagagaagatgagttttgtgtttcttgatatttcttctatggatcaattgaattataatcttcgacgttccttttgccgaatgggggacggcggcagaaatcaggggtggtcctggtcatttcttacaagccgactgtccgtaaggggggaaaatgctgttaca
gi|10 : agcatcatttaactttcagacacacatataatgaactagagcgtgatgtttaaactaaaaaatcgataaagtcacaaaaggttaacataattacttaaacctgccacactctaaataagagggcgccgttaattttggcttccgttttcccagtggtatggcctgggggtgtattaacttattattttctgccccaaaatgtctgttgtagtcttttcattttcattgagtgcttttcaggtgggaaccgttgttcttgttacgcgatatggtcatgtggtagttttttccctcacaagtgttcctctgtaataagatggtcaccgccatttacgttgtgttgacagtccattcacatgagagctaagaagttgtagagttgaggtaattatctgagagcatttttgacaacaactttgagaaaacgacattatttcgagatagatttggataaagatataaacttaaatcttatttcaggcaagtattgatgcttaaactatgtattatatatatctcTA---ATTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAACGTA-TCTATATTT-TA-TAC----CAGTCTCGAGA-TTATA-GATAT--T-GTAA-TT-GATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGATAATTCGTCTAGAAATTGTT-CAATAGAGA----TACAGCTCGTT
gi|11 : TGTGACATACTC----ATATTATACAAGTATATG-GTATAACAAGATATGGTA--TATGAAATAGACACGTATT-----AACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--CCA------TTATACAATGTACAAGGC-AATGCAATT---CAAACc
gi|12 : ttaaaaagaaacattAATT-------AA-TA-AA-TCTTCAACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--A
gi|13 : gatcccattcacatatttatttgtgaataacatattgtttaT-----TTCTTAATAT---CTCC---ATGGA-CAA-T------AAA-TA-AACTCTTCAACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-ATCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-ATGTT--ACAaaaa
gi|14 : ga------GAA-TA-AAATCTTCG-------TC-------TTGT-T----------------CACCACC-CAAACAGG-TGTTTCT-GTCGTTTAT-------------T-CAT-AA---GGGAAAAT-CTGTT--ACACACATA
gi|15 : AA-TA-AAATCTTCG-------TC-------TTGTTC----------------CACACCCTCAAACAGGTTGTT-CT-GTCG-TTATTAC-CG----------ATAAA--GGGAAAAAT-CTGTT--ACAC-CACAtaatatataaaat
gi|16 : ----TC-------TTGT-C----------------CAGAGCC-CAAACAGG-TGTTCCT-GGCATTTCT-------------T-CAT-AA---AGGAATAT-TTGTTAAACATGTACA
gi|2 : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATATG-----AATT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CATTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCTGGGGGGTGTAT--A---ATTATATTCTGCCC--AAATGTCTGTTGT-GTCTTTTAATTT--CATTG-GTGTTTT--AGTTTG---TC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AGTTTTT-CCCTC-CAAGTGTTC-TCTGC--TTAG-TGGTCA--GTC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GTATT--TCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTGTACTCTAGTTTGGTAAGTTAATAATTTATCACTAATGCTAATCTATTC---TTTAATTCTTTTACTA-AGTG--TAAAATCT-AT--AAT-TTT------GGATAAAATT-TCCCT-TTA--TAA-G-CACC---TTCCTA--GAGTAAAT-GA---TC-A-GTGA---GAGTG-AGA-C-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATC-----T-------ATG-A-TA---GTAAT-GT-ATATA---ATTTG------TCTC--ACTGT----GATATA-TCTTAAAGCGTA-TATATATTG-TA-TAC----TAGTCAAGAGA-TTATA-GATAT--T-GTAA-TT-AATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGCTAATTCATCTGGAAATTGTT-CAGTAGAGATACGTACAGCTCGTT-CCC-----ATAGAATGGTATGC--TC--ACC-AT---GGTTTTATTTAATTCAATAATT----GAT--CATG-----TTAA-TACATATTATTATACATATTA-TT-CTGATAA------T--------TATTG-TA-A--------A-GTTTTTATGAA------GTTA----A-A---GTCTA---TATGA-CTTGGG--A-GAAT-TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAATAGTTATC--TC-C-CTT-GATTC-A-GA-TCGC--TCATG--T----AATACTATAATT-GTATA-----TTGGTTGT-ACAGCAGT------ATT--TATGTG-AA-TTCATAGTATTCATGTTTT-ATTTAG--CATA-------TT--ACT--TAATA-TTG------------TT--AACCATT-----GT------TGTTATA----------GGGTTT-----TTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AC--GGGG-AAAT-ATGTT--ACATATACAtgtaaaa
gi|3 : T-T--TA--TTT----TAGACACATATA-----AATT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CATTACATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAGTGGCCTGGGGG-TGTA-TA----ATTATATTCTGCC---AAATGTCCGTTGT-GTCTTT--AATTTCCATTGA-TG--TTTTAGTTTGG---C-TTGTACTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-ATCTGC--TTAG-CGGTCA-----ATCT---T--TGTTG--AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-ATA--TATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACGGACATTTTCCTCTAGATTGATAAGTTAATAATTTGTTGCTAATGCTAATGTATTC---TTTAATTCTTTTACTAAATTG--T-AAATCT-AT--ATT-TTT------GCAT--AATT-TCCTTATTA--TAG-G-CACC---TT-CTA--GAGTAAATCGATATTCAA-GTGAGACGAGTG-AGACT-TTATG-------TATGAATTAGTA------AATATTATCCAT-------ATG-A-T
gi|4 : atttATGGTATAATATGATATGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATATG-----AACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCtagatttagaatatattatcctcaattctttgtttctctgaactgttcacaccaactggttttctgataacaaggttcttaggcgataatcatattttatacatcaggtcaatgagatttacgtagat
gi|5 : gtaattacaggaatttgcatttcattattctttggtataaatacatagcatagataatttttttgctgaatcttttgaaataaaaaagttatacttcttttttcttgaaaatgtccacaatttgcgcatgcttataagaggtttttcaacccatatgtcaacaatgcaattttataaagtatggtttactactgcatattttcactcaactattttaaaagaaaagtgtattaattacaattttagcaattgataattataatgcaacaaaggaaaattagcctttgaaaacgtataacgaacgtacggccgtcttcaaacgattggctagatttaaaacgtcgaaaatgatgtttgacagactcattttatacatgtatATAATT----GTTA-T--------TTAAGTACATA-C-----GTGTATTA-TT--TGATAA------T--------T--TG-TA-C--------A-GTTTTAATGAA------TTTA----CTC---GTCTA---TACGA-CTTGGA--AGGAAT-TAT--TTATTGTGG--TATTTT---C----ATGTATATAGTTATC--TC-C-CTT-GATGC-A-GATTTGC---CATG--T----AATA-GATAATC--GATA-----GAGGTCGT-ATATCATT------ATTGATACATG--------TAGTATTCATGTTTTAATT--AAGCATA-------TTTGG-T--TAATA-TT-------------TTAAAAACATT-----GT--------TTATA----------GGGTTG-----TTGTT--TTT---TTTCTAAATGGA-CAACTTATCTGGAA-TA-AA-TCTTCAACG----CCCTGGGTGTTGT-C----------------CAGAATC-CAAACAGG-TGTTCTT-GTTATTTCTTATATG
gi|6 : TTCTATCAGATGA--TGAAATTCAATGTAAT-TTT------GCAT-AAAAT-TCCTT-TTG--TAT-GACAT----TTCCTG--AAATAAA--GG---T----ATG------GTG-TAACCATTATA-------T---A------------------------T-------ATG-A--AA--GTGAT-GT-ATATATTGATTT-------TCTT--GCTGT----GATATA-T--------ATA-CAT-TATTTATA-TACCGG-TAATCAAGAGA-TTATAAGATACCAT-ATAA-TCCGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAG-TTGGTA--CTTAAg
gi|7 : TGC--TT--CACCAT---GATTTTATTTAATTCAATAATT----GATA-TATGGT--TTTAA-TACA-----------ATATTATTT-CTGATAATTCTATT--------TGTTA-TA-A--------ATGTTTTAATGAA------GTTA----A-A---GTCCAAATTAT-A-CTTGGGGTAGATATATATTGTG--TGTGG--TATTTTCACC----ATATAAGAGGTTATC--TC-CACTTCGA---------TCGC--TCGTG--T----AATAC
gi|8 : ttTGC--TT--CAC-AT---GATTTTATTTAATTCA-TAATT----GATA-TATGGT--TTTAAGTACA-----------ATATTA-TTTCTGATAA------TCTATTTGTTATTAATATA--------G-GTTTTAGTGAA------GTTA----A-A---GTCCA---TAAAA-CTTGGG--AG-AAT-TATATTG--TGTGG--TATTTT---C----ATATAAAGAGTTATC--TC-C-CTT-A----------TCGC--TCGTG--T----AATAC
gi|9 : ttTAGTATTCATGTTTT-AT------CATA-------TT--ACT--TAATATTT-------------TT--AACCATT-----GG------TGTTATA----------GGGTTT-----TTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACA----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-GAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTATACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACgta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGCCCGATCCCATTCACATATTTCTTTATGAATAAAGTATTGTTTAAACATGATACAATAAC
Unaligned ( gi|18 ): CGATCCCATTCACATATTTCTTTATTTGTAAATGAAATATTGTTTAAATTAAATCTTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 11 1111 22222 111 11 11 222222 2222222 111 111 22222 3333333 11 1 1 444444 11 1 1 2 11 33 33333 1 222 1 111 1 2 1 1 11 11 777777777777777 11 222 333333 11 1 1 222 1 11 33333333 11 555555555 222 4444444 11 1 2222 4444444 2222 11 11 1 11 1 11 11 33333333 1 1 11 1 22222 11 3333333333 2222 1 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 111 2222222222222222222222 11 2222 1 1 111 444 1 1 1111 1 1 1 11 11 11 11 1 11111 1 22222 2222222222 111 1111 22222 1 55555555555 66666666666666666666666666666666666 1111 11 3333333333 2222 11 1111 11 11 11 11 22222222 11 5555555555555 11 22222 111 333333 1 333333 11 444444444 444444 3333333 1 1 6666666666666 11 777777777777777777777777777 2222 111 111 111111 1 1111111 2222222222222222 1
lowQualScore : 7 3 7 8 11 11 7777 00000 8 444 11 11 333333 6666666 8 444 777 55555 2222222 33 0 3 555555 6 88 0 3 7 3 8 3 44 00 0 6 33333 3 333 3 777 3 3 3 3 88 44 999999999999999 88 333 222222 88 3 3 7 7 333 3 6 6 88 1 11111111 88 333333333 333 3333333 22 3 8888 3333333 8888 33 33 0 0 33 7 5 33 33 1 33333333 0 0 0 33 0 1 2 11111 2 33 6 1111111111 0000 0 999 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 111 8888888888888888888888 11 1111 0 7 3 0 0 3 111 222 1 0 0 8888 0 0 0 33 33 33 3 33 88 0 3 7 55555 5 55555 7777777777 777 3 11 7777 88 6 00000 5 66666666666 0 8 8 00000000000000000000000000000000000 7777 11 0000000000 2222 11 2222 99 11 11 11 44444444 1 11 8 8 7777777777777 11 0 8 00000 7 777 444444 0 3 77 888888 88 0 111111111 3 3 000000 2222222 0 0 0 0000000000000 33 000000000000000000000000000 1111 3 444 444 8 1 666666 5 5 5 3 9999 4444444 4 9999999999999999 4 4 4 1 11 999 5 5 999 5 66 0
lowQualScore : . . . . .. .. .... ..... . ... .. .. ...... ....... . ... ... ..... ....... .. . . ...... . .. . . . . . . .. .. . . ..... . ... . ... . . . . .. .. ............... .. ... ...... .. . . . . ... . . . .. . ........ .. ......... ... ....... .. . .... ....... .... .. .. . . .. . . .. .. . ........ . . . .. . . . ..... . .. . .......... .... . ... .............................................................. . ... ...................... .. .... . . . . . . ... ... . . . .... . . . .. .. .. . .. .. . . . ..... . ..... .......... ... . .. .... .. . ..... . ........... . . . ................................... .... .. .......... .... .. .... .. .. .. .. ........ . .. . . ............. .. . . ..... . ... ...... . . .. ...... .. . ......... . . ...... ....... . . . ............. .. ........................... .... . ... ... . . ...... . . . . .... ....... . ................ . . . . .. ... . . ... . .. .
lowQualScore : 3 3 3 0 00 00 0000 00000 0 000 00 00 000000 0000000 0 000 555 00000 5555555 88 0 3 000000 7 33 7 3 3 3 3 3 00 33 7 7 77777 3 333 3 777 3 7 3 3 33 00 333333333333333 33 333 777777 33 3 3 3 3 333 3 7 7 33 0 33333333 33 333333333 333 3333333 77 3 3333 3333333 3333 88 88 8 8 88 0 5 88 88 0 00000000 0 8 0 88 0 2 5 55555 5 88 5 8888888888 8888 0 000 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 000 2222222222222222222222 00 2222 0 0 5 2 0 2 000 888 0 0 0 5555 0 0 0 88 88 88 2 88 33 7 3 3 00000 5 55555 5555555555 555 2 66 0000 88 0 44444 0 88888888888 8 0 0 44444444444444444444444444444444444 0000 00 6666666666 4444 22 0000 00 00 00 00 22222222 0 00 0 0 4444444444444 00 8 0 00000 3 333 333333 7 3 77 333333 33 7 333333333 2 2 555555 5555555 0 2 0 0000000000000 88 000000000000000000000000000 2222 2 000 000 0 7 444444 0 0 0 2 4444 4444444 4 4444444444444444 4 4 4 9 99 444 0 0 444 0 99 5
consensus : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCT-GGGGGTGTAT--A---ATTATATTCTGCCC--AAATGTCCGTTGT-GTCTTTT-AATTT-CATTGAGTG--TTTTAGTTTGG--CC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-CTCTGC--TTAG-CGGTCA--GTC-TT-------TGTTG--AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GT-ATTATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTNT-CTC----TAGATT--GATAAG---------TTAA---TAATTT-------GTCGCTAATGC-TA----ATGTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACCANATTG--TAAAATCTAAT--AAT--TTTGCAT-AA-----ATT-TCCTT-TT--AT-AAGCAC-C---TTCCTA--GAGTAAATCGA---TCAAGTGA---GAGT-GAGACC-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATT-----T-------ATG-A-TAA--G-T----AAT-GT-A-TAT----A---A---TTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAGCGT-ATATATATTT-T-ATAC--GTAGTCNAGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGNTAATTCGTCTGGAAATTGTT-CAATAGAGATGCGTACAGCTCGTTACCCACCGGATAGAATGGTATGC--TT--CGC-AT---GATTTTATTTAATTCAATAATT----GAT-ATATGGT--TTTAAGTACATA--ATTAT--ATATTA-TT-CTGATAA------T--------TATTG-TA-A--------A-GTTTT----AAT--GAAGTTA---A-A----GTCTAA--TATG-ACTTGGG--AGGAAT--TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAANAGTTATC--TC-C-CTT-GA-T--CA-GATTCG--CTCGTG-T-----AATACTATAATC-G-ATA-----NTGGTCGT-ACANCAGT------ATT--TACGTGAA---TTC-TAGTATTCATGTTTTA-TT-AGCATA-------TT-ACT-TAATATT------------GTTAAC--CATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACACGCACA
Reference ( family-1039 ) : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCT-GGGGGTGTATTAA---ATTATATTCTGCCC--AAATGTCCGTTGT-GTCTTTT-ATTTTCCATTGAGTGCTTTTCAGTTTGG--CC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AGTTTTTTCCCTC-CAAGTGTT-CTCTGC--TTAG-CGGTCA--GCCATTT--GTTGTGTTG--AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GT-ATTATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTNT-CTC----TAGATT--GATAAG---------TTAA---TAATTT-------GTCGCTAATGC-TA----ATGTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACCANATTG--TAAAATCTAAT--AAT--TTTGNAT-AA-----ATT-TCCTT-TT--AT-AAGCAC-C---TTCCTA--GAGTAAATCGA---TC-AGTGA---GAGT-GAGACC-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATT-----T-------ATG-A-TAA--G-T----AAT-GT-A-TAT----A---A---TTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAGCGT-ATATATATTT-T-ATAC--GTAGTCNAGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGNTAATTCGTCTGGAAATTGTT-CAATAGAGATGCGTACAGCTCGTTACCCACCGGATAGAATGGTATGC--TT--CGC-AT---GATTTTATTTAATTCAATAATT----GAT-ATATGGT--TTTAAGTACATA--ATTAT--ATATTA-TT-CTGATAA------T--------TATTG-TA-A--------A-GTTTT----AAT--GAAGTTA---A-A----GTCTAA--TATG-ACTTGGG--AGGAAT--TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAANAGTTATC--TC-C-CTT-GA-T--CA-GATTCG--CTCGTG-T-----AATACTATAATC-GNATA-----NTGGTCGT-ACANCAGT------ATT--TACGTGAA---TTC-TAGTATTCATGTTTTA-TT--GCATA-------TT-ACT-TAATATT------------GTTAAC--CATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACACGCACA
gi|1 : AGCATCAT-T--TAACTTT----CAGACACACATATAATGAACTAGAGCGTGATGTTTAAACTAAAAAATCGATAAAGTCA-------CAAAAGGTTAACATAATTACTTAAACCTGCCACACTCTAAATAAGAGGGCGCCGTTAATTTTGGCTTCCGTTTTCCCAGTGGTATGGCCT-GGGGGTGTATTAACTTATTATTTTCTGCCCCAAAATGTCTGTTGTAGTCTTTTCATTTT-CATTGAGTGCTTTTCAGGTGGGAACCGTTGTTCTTGTTACGCGATATGGTCATGTGGTAGTTTTTTCCCTCACAAGTGTTCCTCTGTAATAAGATGGTCACCGCCATTTACGTTGTGTTGACAGTCCATTCACATGAGAGCTAAGAAGTTGTAGAGTTGAGGTAATTATCTGAGAGCATTTTTGACAA-CA-ACTTTGAGAAAACGACATTAT-TTCGAGATAGATTTGGATAAAGATATAAACTTAAATCTTATTTCAGGCAAGT-ATTGATGCTTAAACTATGTATTATATATATCTCAATGTGTTCACCTTTAAACCACCCTGGTTAAAATCTAAT--AATGCTTATTAT-AGGGCATATTGTCCGC-TTAAATAAAGCAC-CAATTTCCTACCGA-TAAATTGA---TCAAGTGA---GAGTGGAGAC---TATAATAATATT---AAT--GTATTAATTAATATT-----TCACACACATGCACTAACTG-T----AATAGTCA-TAT----A---A---TATGATGGATTCTTCGGCTGTCCCCGATATACTTTTTAAGCGTAATATATACTT-TAATACA-ATAGTCCAGAGAATTAT-AGATATT--TGTAAAT-TAATTTGCTGAAGATTCCATGAACCATTTTTGTATCCCTAGGT---TTCATCTGGGAATTGTTCCAATAG-GATGCG---AGCTCGTTATCCACCGGATAGAATGGTATGCGGCTAACGCGATAGAGATATC-CTTAATTCAA-AATTTCAAAATAATTTGATAATTTAATAACATA--ATTAT--ATA-----G-CTGATAA------T--------TA--G-TA-AGCAGACCGA-ATTTTTATAAATTAAAAGTTATTCA-AACATGTCTAA--TATGAACTTGGG--AGAAAT--TAT--TG--TGTGGATTATTTT---TTCTAATGTAATGAGTTAATGATCGC-CTT-GA-TACTATGATTCGCCCTCGCGATTGGGGAATACTATAATCAGAATAATACTCTGGTTGTGACAA-AGTCATGTAATT--TATGTGAAATTTTT-TAGT-TTCA-GTTTAA-TT---TATAACCACCTTT-ATTATAACATTAAATGATTGTGGGTTAAC--CATTTAGGGGTAACTAGTATTTAGAGAGAAGATGAGTTTTGTGTTTCTTGATATTTCTTCT---ATGGATCAATT------GAATTATAA-TCTTCGACGTTCCTT-------TTGC-CGAATGGGGGACGGCGGCAGAAAT-CAG--GGG-TGGTCCTGGTCATTTCTTACAAGCCGACTGTCCGT-AAGGGGGGAAAATGCTGTT--ACA
gi|10 : T----A---A---TTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAACGT-ATCTATATTT-T-ATAC---CAGTCTCGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGATAATTCGTCTAGAAATTGTT-CAATAGAGA----TACAGCTCGTT
gi|11 : TGTGACATACTC----ATATTATACAAGTATATG-GTATAACAAGATATGGTA--TATGAAATAGACACGTAT-----TAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--CCA------TTATACAATGTACAAGGC-AATGCAATT---CAAACc
gi|12 : ttaaaaagaaacattAATT-------AA-TA-AA-TCTTCAACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--A
gi|13 : gatcccattcacatatttatttgtgaataacatattgtttaTTTCTTAATAT---CTCC---ATGGA-CAA-T------AAA-TA-AACTCTTCAACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-ATCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-ATGTT--ACAaaaa
gi|14 : ga------GAA-TA-AAATCTTCG-------TC-------TTGT-T----------------CACCACC-CAAACAGG-TGTTTCT-GTCGTTTAT-------------T-CAT-AA---GGGAAAAT-CTGTT--ACACACATA
gi|15 : AA-TA-AAATCTTCG-------TC-------TTGTTC----------------CACACCCTCAAACAGGTTGTT-CT-GTCG-TTATTAC-CG----------ATAAA--GGGAAAAAT-CTGTT--ACAC-CACAtaatatataaaat
gi|16 : ----TC-------TTGT-C----------------CAGAGCC-CAAACAGG-TGTTCCT-GGCATTTCT-------------T-CAT-AA---AGGAATAT-TTGTTAAACATGTACA
gi|2 : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAATT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CATTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCTGGGGGGTGTAT--A---ATTATATTCTGCCC--AAATGTCTGTTGT-GTCTTTT-AATTT-CATTG-GTG--TTTTAGTTT-G--TC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-CTCTGC--TTAG-TGGTCA--GTC-TT-------TGTTG--AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GT-ATT-TCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTGTACTC----TAGTTT--GGTAAG---------TTAA---TAATTT-------ATCACTAATGC-TA----ATCTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACTA-AGTG--TAAAATCT-AT--AAT--TTTGGATAAA-----ATT-TCCCT-TT--AT-AAGCAC-C---TTCCTA--GAGTAAAT-GA---TC-AGTGA---GAGT-GAGA-C-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATC-----T-------ATG-A-T-A--G-T----AAT-GT-A-TAT----A---A---TTTG------TCTC--ACTGT----GATATA-TCTTAAAGCGT-ATATATATTG-T-ATAC---TAGTCAAGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TAATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGCTAATTCATCTGGAAATTGTT-CAGTAGAGATACGTACAGCTCGTT-CCC-----ATAGAATGGTATGC--TC--ACC-AT---GGTTTTATTTAATTCAATAATT----GAT--CATG-----TTAA-TACATATTATTATACATATTA-TT-CTGATAA------T--------TATTG-TA-A--------A-GTTTT----TAT--GAAGTTA---A-A----GTCT-A--TATG-ACTTGGG--A-GAAT--TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAATAGTTATC--TC-C-CTT-GATT--CA-GA-TCG--CTCATG-T-----AATACTATAATT-GTATA-----TTGGTTGT-ACAGCAGT------ATT--TATGTGAA---TTCATAGTATTCATGTTTTA-TTTAGCATA-------TT-ACT-TAATATT------------GTTAAC--CATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AC--GGGG-AAAT-ATGTT--ACATATACAtgtaaaa
gi|3 : T-T--TA--TTT----TAGACACATAT-----AAATT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CATTACATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAGTGGCCT-GGGGGTGTAT--A---ATTATATTCTG-CC--AAATGTCCGTTGT-GTC-TTT-AATTTCCATTGA-TG--TTTTAGTTTGG---C-TTGTACTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-ATCTGC--TTAG-CGGTCA--ATC-TT-------TGTTG--AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-AT-A-TATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACGGACATTTTCCTC----TAGATT--GATAAG---------TTAA---TAATTT-------GTTGCTAATGC-TA----ATGTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACTAAATTG--T-AAATCT-AT--ATT--TTTGCAT--A-----ATT-TCCTTATT--AT-AGGCAC-C---TT-CTA--GAGTAAATCGATATTCAAGTGAGACGAGT-GAGACT-TTATG-------TATGAATTAGTA------AATATTATCCAT-------ATG-A-TTA--GATTTAGAAT-AT-ATTATCCTCA---ATTCTTTG------TTTC--TCTG
gi|4 : atttATGGTATAATATGATATGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCaactgttcacaccaactggttttctgataacaaggttcttaggcgataatcatattttatacatcaggtcaatgagatttacgtagat
gi|5 : gtaattacaggaatttgcatttcattattctttggtataaatacatagcatagataatttttttgctgaatcttttgaaataaaaaagttatacttcttttttcttgaaaatgtccacaatttgcgcatgcttataagaggtttttcaacccatatgtcaacaatgcaattttataaagtatggtttactactgcatattttcactcaactattttaaaagaaaagtgtattaattacaattttagcaattgataattataatgcaacaaaggaaaattagcctttgaaaacgtataacgaacgtacggccgtcttcaaacgattggctagatttaaaacgtcgaaaatgatgtttgacagactcattttatacatgtatATAATT----GTT-AT--------TTAAGTACATA----CGT--GTATTA-TT--TGATAA------T--------T--TG-TA-C--------A-GTTTT----AAT--GAATTTA---CTC----GTCTA---TACG-ACTTGGA--AGGAAT--TAT--TTATTGTGG--TATTTT---C----ATGTATATAGTTATC--TC-C-CTT-GA-TG-CA-GATTTG--C-CATG-T-----AATAG-ATAATC-G-ATA-----GAGGTCGT-ATATCATT------ATTGATACATG---------TAGTATTCATGTTTTAATTAAGCATA-------TTTGGT-TAATATT-------------TTAAAAACATT-----GT------T--T----------ATAGG----GTTGTTGTT--TTT---TTTCTAAATGGA-CAACTTATCTGGAA-TA-AA-TCTTCAACG----CCCTGGGTGTTGT-C----------------CAGAATC-CAAACAGG-TGTTCTT-GTTATTTCTTATATG
gi|6 : --TTCT--ATCAGATGA--TGAAATTCAATGTAAT--TTTGCAT-AA-----AAT-TCCTT-TT--GT-ATG-ACAT---TTCCTG--AAATAAA--GG---T---ATG------GT-GTAACCATTATA-------T---A------------------------T-------ATG-A--AA--G-T----GAT-GT-A-TAT----ATTGA---TTT-------TCTT--GCTGT----GATATA-T--------AT-ACAT-TATTTAT-ATACCGGTAATCAAGAG-ATTATAAGATA-CCATAT-AATCCGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAG-TTGGTA--CTTAAg
gi|7 : TGC--TT--CACCAT---GATTTTATTTAATTCAATAATT----GAT-ATATGGT--TTTAA-TACA-----------ATATTATTT-CTGATAATTCTATT--------TGTTA-TA-A--------ATGTTTT----AAT--GAAGTTA---A-A----GTCCAAATTAT--ACTTGGGGTAGATATA-TATTGTG--TGTGG--TATTTTCACC----ATATAAGAGGTTATC--TC-CACTTCGA----------TCG--CTCGTG-T-----AATAC
gi|8 : ttTGC--TT--CAC-AT---GATTTTATTTAATTCA-TAATT----GAT-ATATGGT--TTTAAGTACA-----------ATATTA-TTTCTGATAA------TCTATTTGTTATTAATATA--------G-GTTTT----AGT--GAAGTTA---A-A----GTCC-A--TAAA-ACTTGGG--A-GAATTATAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATATAAAGAGTTATC--TC-C-CTT-A-----------TCG--CTCGTG-T-----AATAC
gi|9 : tt-TAGTATTCATGTTTTA-T----CATA-------TT-ACT-TAATATT------------TTTAAC--CATT-----GG------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACA----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-GAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTATACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACgta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGCCCGATCCCATTCACATATTTCTTTATGAATAAAGTATTGTTTAAACATGATACAATAAC
Unaligned ( gi|18 ): CGATCCCATTCACATATTTCTTTATTTGTAAATGAAATATTGTTTAAATTAAATCTTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 11 1111 22222 111 11 11 222222 2222222 111 111 22222 3333333 11 1 1 1 2222 11 1 1 1 11 11 33333 1 222 1 111 1 1 1 1 11 11 11 1 11 4444444444444444444444 11 1 1 222 1 11 33333333 11 555555555 222 4444444 11 1 2222 4444444 2222 11 11 1 11 1 11 1 33333333 22 1 1 11 1 22222 11 2222222222 2222 1 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 111 2222222222222222222222 11 2222 1 1 111 444 1 1 1111 1 1 1 11 11 11 11 1 11111 1 22222 2222222222 111 1111 22222 1 55555555555 66666666666666666666666666666666666 1111 11 3333333333 2222 11 1111 11 11 11 11 22222222 11 5555555555555 11 22222 3333333333333 1 333333 11 444444444 2222 333333333333 111 6666666666666 11 777777777777777777777777777 2222 111 111 111111 1 1111111 2222222222222222 1
lowQualScore : 7 3 7 8 11 11 7777 00000 8 444 11 11 333333 6666666 8 444 777 55555 2222222 33 0 3 3 8888 6 88 0 3 7 3 3 44 88 6 33333 3 333 3 777 3 3 3 3 88 44 88 3 88 7777777777777777777777 88 3 3 7 7 333 3 6 6 88 1 11111111 88 333333333 333 3333333 22 3 8888 3333333 8888 33 33 0 0 33 7 5 33 0 66666666 55 0 0 0 33 0 1 2 11111 2 33 6 1111111111 0000 0 999 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 111 8888888888888888888888 11 1111 0 7 3 0 0 3 111 222 1 0 0 8888 0 0 0 33 33 33 3 33 88 0 3 7 55555 5 55555 7777777777 777 3 11 7777 88 6 00000 5 66666666666 0 8 8 00000000000000000000000000000000000 7777 11 0000000000 2222 11 2222 99 11 11 11 44444444 1 11 8 8 7777777777777 11 0 8 00000 7 4444444444444 0 3 77 888888 88 0 111111111 3 3 1111 222222222222 333 0000000000000 33 000000000000000000000000000 1111 3 444 444 8 1 666666 5 5 5 3 9999 4444444 4 9999999999999999 4 4 4 1 11 999 5 5 999 5 66 0
lowQualScore : . . . . .. .. .... ..... . ... .. .. ...... ....... . ... ... ..... ....... .. . . . .... . .. . . . . . .. .. . ..... . ... . ... . . . . .. .. .. . .. ...................... .. . . . . ... . . . .. . ........ .. ......... ... ....... .. . .... ....... .... .. .. . . .. . . .. . ........ .. . . . .. . . . ..... . .. . .......... .... . ... .............................................................. . ... ...................... .. .... . . . . . . ... ... . . . .... . . . .. .. .. . .. .. . . . ..... . ..... .......... ... . .. .... .. . ..... . ........... . . . ................................... .... .. .......... .... .. .... .. .. .. .. ........ . .. . . ............. .. . . ..... . ............. . . .. ...... .. . ......... . . .... ............ ... ............. .. ........................... .... . ... ... . . ...... . . . . .... ....... . ................ . . . . .. ... . . ... . .. .
lowQualScore : 3 3 3 0 00 00 0000 00000 0 000 00 00 000000 0000000 0 000 555 00000 5555555 88 0 3 3 3333 7 33 7 3 3 3 3 00 33 7 77777 3 333 3 777 3 3 3 3 33 00 33 3 33 7777777777777777777777 33 3 3 3 3 333 3 7 7 33 0 33333333 33 333333333 333 3333333 77 3 3333 3333333 3333 88 88 8 8 88 0 5 88 0 22222222 55 0 8 0 88 0 2 5 55555 5 88 5 0000000000 8888 0 000 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 000 2222222222222222222222 00 2222 0 0 5 2 0 2 000 888 0 0 0 5555 0 0 0 88 88 88 2 88 33 7 3 3 00000 5 55555 5555555555 555 2 66 0000 88 0 44444 0 88888888888 8 0 0 44444444444444444444444444444444444 0000 00 6666666666 4444 22 0000 00 00 00 00 22222222 0 00 0 0 4444444444444 00 8 0 00000 3 3333333333333 7 3 77 333333 33 7 333333333 2 2 2222 555555555555 555 0000000000000 88 000000000000000000000000000 2222 2 000 000 0 7 444444 0 0 0 2 4444 4444444 4 4444444444444444 4 4 4 9 99 444 0 0 444 0 99 5
consensus : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCT-GGGGGTGTA-TA----ATTATATTCTGCCC--AAATGTCCGTTGT-GTCTTTTAA-TTT-CATTGAGTG--TTTTAGTTTGG--CC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-CTCTGC--TTAG-CGGTCA--GTC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GT-ATTATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTNT-CTC----TAGATT--GATAAG---------TTAA---TAATTT-------GTCGCTAATGC-TA----ATGTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACCANATTG--TAAAATCTAAT--AAT-TTT--------GCAT-AAATT-TCCTT-TT--AT-AAGCAC-C---TTCCTA--GAGTAAATCGA---TCAAGTGA---GAGT-GAGACC-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATT-----T-------ATG-A-TAA--G-T----AAT-GT-A-TAT----A---A---TTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAGCGT-ATATATATTT-T-ATAC--GTAGTCNAGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGNTAATTCGTCTGGAAATTGTT-CAATAGAGATGCGTACAGCTCGTTACCCACCGGATAGAATGGTATGC--TT--CGC-AT---GATTTTATTTAATTCAATAATT----GAT-ATATGGT--TTTAAGTACATA--ATTAT--ATATTA-TT-CTGATAA------T--------TATTG-TA-A--------A-GTTTT----AAT--GAAGTTA---A-A----GTCTAA--TATG-ACTTGGG--AGGAAT--TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAANAGTTATC--TC-C-CTT-GA-T--CA-GATTCG--CTCGTG-T-----AATACTATAATC--G-ATA-----NTGGTCGT-ACANCAGT------ATT--TACGTGAA---TTC-TAGTATTCATGT----TTTA-TTA-GCA----TATT-ACTTAATATT------------GTTAAC--CATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACACGCACA
Reference ( family-1039 ) : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCT-GGGGGTGTA-TA----ATTATATTCTGCCC--AAATGTCCGTTGT-GTCTTTTAA-TTT-CATTGAGTG--TTTTAGTTTGG--CC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-CTCTGC--TTAG-CGGTCA--GTC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GT-ATTATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTNT-CTC----TAGATT--GATAAG---------TTAA---TAATTT-------GTCGCTAATGC-TA----ATGTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACCANATTG--TAAAATCTAAT--AAT-TTT--------GCAT-AAATT-TCCTT-TT--AT-AAGCAC-C---TTCCTA--GAGTAAATCGA---TCAAGTGA---GAGT-GAGACC-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATT-----T-------ATG-A-TAA--G-T----AAT-GT-A-TAT----A---A---TTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAGCGT-ATATATATTT-T-ATAC--GTAGTCNAGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGNTAATTCGTCTGGAAATTGTT-CAATAGAGATGCGTACAGCTCGTTACCCACCGGATAGAATGGTATGC--TT--CGC-AT---GATTTTATTTAATTCAATAATT----GAT-ATATGGT--TTTAAGTACATA--ATTAT--ATATTA-TT-CTGATAA------T--------TATTG-TA-A--------A-GTTTT----AAT--GAAGTTA---A-A----GTCTAA--TATG-ACTTGGG--AGGAAT--TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAANAGTTATC--TC-C-CTT-GA-T--CA-GATTCG--CTCGTG-T-----AATACTATAATC--G-ATA-----NTGGTCGT-ACANCAGT------ATT--TACGTGAA---TTC-TAGTATTCATGT----TTTA-TTA-GCA----TATT-ACTTAATATT------------GTTAAC--CATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACACGCACA
gi|1 : AGCATCAT-T--TAACTTT----CAGACACACATATAATGAACTAGAGCGTGATGTTTAAACTAAAAAATCGATAAAGTCA-------CAAAAGGTTAACATAATTACTTAAACCTGCCACACTCTAAATAAGAGGGCGCCGTTAATTTTGGCTTCCGTTTTCCCAGTGGTATGGCCT-GGGGGTGTATTAACTTATTATTTTCTGCCCCAAAATGTCTGTTGTAGTCTTTTCATTTT-CATTGAGTGCTTTTCAGGTGGGAACCGTTGTTCTTGTTACGCGATATGGTCATGTGGTAGTTTTTTCCCTCACAAGTGTTCCTCTGTAATAAGATGGTCACCGCCATTTACGTTGTGTTGACAGTCCATTCACATGAGAGCTAAGAAGTTGTAGAGTTGAGGTAATTATCTGAGAGCATTTTTGACAA-CA-ACTTTGAGAAAACGACATTAT-TTCGAGATAGATTTGGATAAAGATATAAACTTAAATCTTATTTCAGGCAAGT-ATTGATGCTTAAACTATGTATTATATATATCTCAATGTGTTCACCTTTAAACCACCCTGGTTAAAATCTAAT--AATGCTTATTATAGGGCAT---ATTGTCCGC-TTAAATAAAGCAC-CAATTTCCTACCGA-TAAATTGA---TCAAGTGA---GAGTGGAGAC---TATAATAATATT---AAT--GTATTAATTAATATT-----TCACACACATGCACTAACTG-T----AATAGTCA-TAT----A---A---TATGATGGATTCTTCGGCTGTCCCCGATATACTTTTTAAGCGTAATATATACTT-TAATACA-ATAGTCCAGAGAATTAT-AGATATT--TGTAAAT-TAATTTGCTGAAGATTCCATGAACCATTTTTGTATCCCTAGGT---TTCATCTGGGAATTGTTCCAATAG-GATGCG---AGCTCGTTATCCACCGGATAGAATGGTATGCGGCTAACGCGATAGAGATATC-CTTAATTCAA-AATTTCAAAATAATTTGATAATTTAATAACATA--ATTAT--ATA-----G-CTGATAA------T--------TA--G-TA-AGCAGACCGA-ATTTTTATAAATTAAAAGTTATTCA-AACATGTCTAA--TATGAACTTGGG--AGAAAT--TAT--TG--TGTGGATTATTTT---TTCTAATGTAATGAGTTAATGATCGC-CTT-GA-TACTATGATTCGCCCTCGCGATTGGGGAATACTATAATCAGA-ATAATACTCTGGTTGTGACAA-AGTCATGTAATT--TATGTGAAATTTTT-TAGT-TTCA-GTTTAATTTA-TAA-CCACCTTTATT-A--TAACATTAAATGATTGTGGGTTAAC--CATTTAGGGGTAACTAGTATTTAGAGAGAAGATGAGTTTTGTGTTTCTTGATATTTCTTCT---ATGGATCAATT------GAATTATAA-TCTTCGACGTTCCTT-------TTGC-CGAATGGGGGACGGCGGCAGAAAT-CAG--GGG-TGGTCCTGGTCATTTCTTACAAGCCGACTGTCCGT-AAGGGGGGAAAATGCTGTT--ACA
gi|10 : T----A---A---TTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAACGT-ATCTATATTT-T-ATAC---CAGTCTCGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGATAATTCGTCTAGAAATTGTT-CAATAGAGA----TACAGCTCGTT
gi|11 : TGTGACATACTC----ATATTATACAAGTATATG-GTATAACAAGATATGGTA--TATGAAATAGACACGTAT-----TAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--CCA------TTATACAATGTACAAGGC-AATGCAATT---CAAACc
gi|12 : ttaaaaagaaacattAATT-------AA-TA-AA-TCTTCAACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--A
gi|13 : gatcccattcacatatttatttgtgaataacatattgtttaTTTCTTAATAT---CTCC---ATGGA-CAA-T------AAA-TA-AACTCTTCAACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-ATCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-ATGTT--ACAaaaa
gi|14 : ga------GAA-TA-AAATCTTCG-------TC-------TTGT-T----------------CACCACC-CAAACAGG-TGTTTCT-GTCGTTTAT-------------T-CAT-AA---GGGAAAAT-CTGTT--ACACACATA
gi|15 : AA-TA-AAATCTTCG-------TC-------TTGTTC----------------CACACCCTCAAACAGGTTGTT-CT-GTCG-TTATTAC-CG----------ATAAA--GGGAAAAAT-CTGTT--ACAC-CACAtaatatataaaat
gi|16 : ----TC-------TTGT-C----------------CAGAGCC-CAAACAGG-TGTTCCT-GGCATTTCT-------------T-CAT-AA---AGGAATAT-TTGTTAAACATGTACA
gi|2 : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAATT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CATTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCTGGGGGGTGTA-TA----ATTATATTCTGCCC--AAATGTCTGTTGT-GTCTTTTAA-TTT-CATTG-GTG--TTTTAGTTT-G--TC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-CTCTGC--TTAG-TGGTCA--GTC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GT-ATT-TCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTGTACTC----TAGTTT--GGTAAG---------TTAA---TAATTT-------ATCACTAATGC-TA----ATCTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACTA-AGTG--TAAAATCT-AT--AAT-TTT--------GGATAAAATT-TCCCT-TT--AT-AAGCAC-C---TTCCTA--GAGTAAAT-GA---TC-AGTGA---GAGT-GAGA-C-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATC-----T-------ATG-A-T-A--G-T----AAT-GT-A-TAT----A---A---TTTG------TCTC--ACTGT----GATATA-TCTTAAAGCGT-ATATATATTG-T-ATAC---TAGTCAAGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TAATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGCTAATTCATCTGGAAATTGTT-CAGTAGAGATACGTACAGCTCGTT-CCC-----ATAGAATGGTATGC--TC--ACC-AT---GGTTTTATTTAATTCAATAATT----GAT--CATG-----TTAA-TACATATTATTATACATATTA-TT-CTGATAA------T--------TATTG-TA-A--------A-GTTTT----TAT--GAAGTTA---A-A----GTCT-A--TATG-ACTTGGG--A-GAAT--TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAATAGTTATC--TC-C-CTT-GATT--CA-GA-TCG--CTCATG-T-----AATACTATAATT--GTATA-----TTGGTTGT-ACAGCAGT------ATT--TATGTGAA---TTCATAGTATTCATGT----TTTATTTA-GCA----TATT-ACTTAATATT------------GTTAAC--CATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AC--GGGG-AAAT-ATGTT--ACATATACAtgtaaaa
gi|3 : T-T--TA--TTT----TAGACACATAT-----AAATT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CATTACATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAGTGGCCT-GGGGGTGTA-TA----ATTATATTCTG-CC--AAATGTCCGTTGT-GTC-TTTAA-TTTCCATTGA-TG--TTTTAGTTTGG---C-TTGTACTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-ATCTGC--TTAG-CGGTCA--ATC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-AT-A-TATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACGGACATTTTCCTC----TAGATT--GATAAG---------TTAA---TAATTT-------GTTGCTAATGC-TA----ATGTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACTAAATTG--T-AAATCT-AT--ATT-TTT--------GCAT--AATT-TCCTTATT--AT-AGGCAC-C---TT-CTA--GAGTAAATCGATATTCAAGTGAGACGAGT-GAGACT-TTATG-------TATGAATTAGTA------AATATTATCCAT-------ATG-A-TTA--GATTTAGAAT-AT-ATTATCCTCA---ATTCTTTG------TTTC--TCTG
gi|4 : atttATGGTATAATATGATATGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCaactgttcacaccaactggttttctgataacaaggttcttaggcgataatcatattttatacatcaggtcaatgagatttacgtagat
gi|5 : gtaattacaggaatttgcatttcattattctttggtataaatacatagcatagataatttttttgctgaatcttttgaaataaaaaagttatacttcttttttcttgaaaatgtccacaatttgcgcatgcttataagaggtttttcaacccatatgtcaacaatgcaattttataaagtatggtttactactgcatattttcactcaactattttaaaagaaaagtgtattaattacaattttagcaattgataattataatgcaacaaaggaaaattagcctttgaaaacgtataacgaacgtacggccgtcttcaaacgattggctagatttaaaacgtcgaaaatgatgtttgacagactcattttatacatgtatATAATT----GTT-AT--------TTAAGTACATA----CGT--GTATTA-TT--TGATAA------T--------T--TG-TA-C--------A-GTTTT----AAT--GAATTTA---CTC----GTCTA---TACG-ACTTGGA--AGGAAT--TAT--TTATTGTGG--TATTTT---C----ATGTATATAGTTATC--TC-C-CTT-GA-TG-CA-GATTTG--C-CATG-T-----AATAG-ATAATC--G-ATA-----GAGGTCGT-ATATCATT------ATTGATACATG---------TAGTATTCATGT----TTTAATTAAGCA----TATTTGGTTAATATT-------------TTAAAAACATT-----GT------T--T----------ATAGG----GTTGTTGTT--TTT---TTTCTAAATGGA-CAACTTATCTGGAA-TA-AA-TCTTCAACG----CCCTGGGTGTTGT-C----------------CAGAATC-CAAACAGG-TGTTCTT-GTTATTTCTTATATG
gi|6 : --TTCT--ATCAGATGA--TGAAATTCAATGTAAT-TTT--------GCAT-AAAAT-TCCTT-TT--GT-ATG-ACAT---TTCCTG--AAATAAA--GG---T---ATG------GT-GTAACCATTATA-------T---A------------------------T-------ATG-A--AA--G-T----GAT-GT-A-TAT----ATTGA---TTT-------TCTT--GCTGT----GATATA-T--------AT-ACAT-TATTTAT-ATACCGGTAATCAAGAG-ATTATAAGATA-CCATAT-AATCCGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAG-TTGGTA--CTTAAg
gi|7 : TGC--TT--CACCAT---GATTTTATTTAATTCAATAATT----GAT-ATATGGT--TTTAA-TACA-----------ATATTATTT-CTGATAATTCTATT--------TGTTA-TA-A--------ATGTTTT----AAT--GAAGTTA---A-A----GTCCAAATTAT--ACTTGGGGTAGATATA-TATTGTG--TGTGG--TATTTTCACC----ATATAAGAGGTTATC--TC-CACTTCGA----------TCG--CTCGTG-T-----AATAC
gi|8 : ttTGC--TT--CAC-AT---GATTTTATTTAATTCA-TAATT----GAT-ATATGGT--TTTAAGTACA-----------ATATTA-TTTCTGATAA------TCTATTTGTTATTAATATA--------G-GTTTT----AGT--GAAGTTA---A-A----GTCC-A--TAAA-ACTTGGG--A-GAATTATAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATATAAAGAGTTATC--TC-C-CTT-A-----------TCG--CTCGTG-T-----AATAC
gi|9 : tt-TAGTATTCATGT----TTTA-T----CA----TATT-ACTTAATATT------------TTTAAC--CATT-----GG------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACA----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-GAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTATACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACgta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGCCCGATCCCATTCACATATTTCTTTATGAATAAAGTATTGTTTAAACATGATACAATAAC
Unaligned ( gi|18 ): CGATCCCATTCACATATTTCTTTATTTGTAAATGAAATATTGTTTAAATTAAATCTTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 11 1111 22222 111 11 11 222222 2222222 111 111 22222 3333333 11 1 1 1 2222 11 1 1 1 11 11 33333 1 222 1 111 1 1 1 1 11 11 11 1 11 4444444444444444444444 11 1 1 222 1 11 33333333 11 555555555 222 4444444 11 1 2222 4444444 2222 11 11 1 11 1 11 1 33333333 22 1 1 11 1 22222 11 2222222222 2222 1 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 111 2222222222222222222222 11 2222 1 1 111 444 1 1 1111 1 1 1 11 11 11 11 1 11111 1 22222 2222222222 111 1111 22222 1 55555555555 66666666666666666666666666666666666 1111 11 3333333333 2222 11 1111 11 11 11 11 22222222 11 5555555555555 11 22222 3333333333333 1 333333 11 444444444 2222 333333333333 111 6666666666666 11 777777777777777777777777777 2222 111 111 111111 1 1111111 2222222222222222 1
lowQualScore : 7 3 7 8 11 11 7777 00000 8 444 11 11 333333 6666666 8 444 777 55555 2222222 33 0 3 3 8888 6 88 0 3 7 3 3 44 88 6 33333 3 333 3 777 3 3 3 3 88 44 88 3 88 7777777777777777777777 88 3 3 7 7 333 3 6 6 88 1 11111111 88 333333333 333 3333333 22 3 8888 3333333 8888 33 33 0 0 33 7 5 33 0 66666666 55 0 0 0 33 0 1 2 11111 2 33 6 1111111111 0000 0 999 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 111 8888888888888888888888 11 1111 0 7 3 0 0 3 111 222 1 0 0 8888 0 0 0 33 33 33 3 33 88 0 3 7 55555 5 55555 7777777777 777 3 11 7777 88 6 00000 5 66666666666 0 8 8 00000000000000000000000000000000000 7777 11 0000000000 2222 11 2222 99 11 11 11 44444444 1 11 8 8 7777777777777 11 0 8 00000 7 4444444444444 0 3 77 888888 88 0 111111111 3 3 1111 222222222222 333 0000000000000 33 000000000000000000000000000 1111 3 444 444 8 1 666666 5 5 5 3 9999 4444444 4 9999999999999999 4 4 4 1 11 999 5 5 999 5 66 0
lowQualScore : . . . . .. .. .... ..... . ... .. .. ...... ....... . ... ... ..... ....... .. . . . .... . .. . . . . . .. .. . ..... . ... . ... . . . . .. .. .. . .. ...................... .. . . . . ... . . . .. . ........ .. ......... ... ....... .. . .... ....... .... .. .. . . .. . . .. . ........ .. . . . .. . . . ..... . .. . .......... .... . ... .............................................................. . ... ...................... .. .... . . . . . . ... ... . . . .... . . . .. .. .. . .. .. . . . ..... . ..... .......... ... . .. .... .. . ..... . ........... . . . ................................... .... .. .......... .... .. .... .. .. .. .. ........ . .. . . ............. .. . . ..... . ............. . . .. ...... .. . ......... . . .... ............ ... ............. .. ........................... .... . ... ... . . ...... . . . . .... ....... . ................ . . . . .. ... . . ... . .. .
lowQualScore : 3 3 3 0 00 00 0000 00000 0 000 00 00 000000 0000000 0 000 555 00000 5555555 88 0 3 3 3333 7 33 7 3 3 3 3 00 33 7 77777 3 333 3 777 3 3 3 3 33 00 33 3 33 7777777777777777777777 33 3 3 3 3 333 3 7 7 33 0 33333333 33 333333333 333 3333333 77 3 3333 3333333 3333 88 88 8 8 88 0 5 88 0 22222222 55 0 8 0 88 0 2 5 55555 5 88 5 0000000000 8888 0 000 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 000 2222222222222222222222 00 2222 0 0 5 2 0 2 000 888 0 0 0 5555 0 0 0 88 88 88 2 88 33 7 3 3 00000 5 55555 5555555555 555 2 66 0000 88 0 44444 0 88888888888 8 0 0 44444444444444444444444444444444444 0000 00 6666666666 4444 22 0000 00 00 00 00 22222222 0 00 0 0 4444444444444 00 8 0 00000 3 3333333333333 7 3 77 333333 33 7 333333333 2 2 2222 555555555555 555 0000000000000 88 000000000000000000000000000 2222 2 000 000 0 7 444444 0 0 0 2 4444 4444444 4 4444444444444444 4 4 4 9 99 444 0 0 444 0 99 5
consensus : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCT-GGGGGTGTA-TA----ATTATATTCTGCCC--AAATGTCCGTTGT-GTCTTTTAA-TTT-CATTGAGTG--TTTTAGTTTGG--CC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-CTCTGC--TTAG-CGGTCA--GTC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GT-ATTATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTNT-CTC----TAGATT--GATAAG---------TTAA---TAATTT-------GTCGCTAATGC-TA----ATGTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACCANATTG--TAAAATCTAAT--AAT-TTT--------GCAT-AAATT-TCCTT-TT--AT-AAGCAC-C---TTCCTA--GAGTAAATCGA---TCAAGTGA---GAGT-GAGACC-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATT-----T-------ATG-A-TAA--G-T----AAT-GT-A-TAT----A---A---TTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAGCGT-ATATATATTT-T-ATAC--GTAGTCNAGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGNTAATTCGTCTGGAAATTGTT-CAATAGAGATGCGTACAGCTCGTTACCCACCGGATAGAATGGTATGC--TT--CGC-AT---GATTTTATTTAATTCAATAATT----GAT-ATATGGT--TTTAAGTACATA--ATTAT--ATATTA-TT-CTGATAA------T--------TATTG-TA-A--------A-GTTTT----AAT--GAAGTTA---A-A----GTCTAA--TATG-ACTTGGG--AGGAAT--TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAANAGTTATC--TC-C-CTT-GA-T--CA-GATTCG--CTCGTG-T-----AATACTATAATC--G-ATA-----NTGGTCGT-ACANCAGT------ATT--TACGTGAA---TTC-TAGTATTCATGT----TTTA-TTA-GCA----TATT-ACTTAATATT------------GTTAAC--CATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACACGCACA
Reference ( family-1039 ) : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCT-GGGGGTGTA-TA----ATTATATTCTGCCC--AAATGTCCGTTGT-GTCTTTTAA-TTT-CATTGAGTG--TTTTAGTTTGG--CC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-CTCTGC--TTAG-CGGTCA--GTC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GT-ATTATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTNT-CTC----TAGATT--GATAAG---------TTAA---TAATTT-------GTCGCTAATGC-TA----ATGTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACCANATTG--TAAAATCTAAT--AAT-TTT--------GCAT-AAATT-TCCTT-TT--AT-AAGCAC-C---TTCCTA--GAGTAAATCGA---TCAAGTGA---GAGT-GAGACC-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATT-----T-------ATG-A-TAA--G-T----AAT-GT-A-TAT----A---A---TTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAGCGT-ATATATATTT-T-ATAC--GTAGTCNAGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGNTAATTCGTCTGGAAATTGTT-CAATAGAGATGCGTACAGCTCGTTACCCACCGGATAGAATGGTATGC--TT--CGC-AT---GATTTTATTTAATTCAATAATT----GAT-ATATGGT--TTTAAGTACATA--ATTAT--ATATTA-TT-CTGATAA------T--------TATTG-TA-A--------A-GTTTT----AAT--GAAGTTA---A-A----GTCTAA--TATG-ACTTGGG--AGGAAT--TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAANAGTTATC--TC-C-CTT-GA-T--CA-GATTCG--CTCGTG-T-----AATACTATAATC--G-ATA-----NTGGTCGT-ACANCAGT------ATT--TACGTGAA---TTC-TAGTATTCATGT----TTTA-TTA-GCA----TATT-ACTTAATATT------------GTTAAC--CATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACACGCACA
gi|1 : AGCATCAT-T--TAACTTT----CAGACACACATATAATGAACTAGAGCGTGATGTTTAAACTAAAAAATCGATAAAGTCA-------CAAAAGGTTAACATAATTACTTAAACCTGCCACACTCTAAATAAGAGGGCGCCGTTAATTTTGGCTTCCGTTTTCCCAGTGGTATGGCCT-GGGGGTGTATTAACTTATTATTTTCTGCCCCAAAATGTCTGTTGTAGTCTTTTCATTTT-CATTGAGTGCTTTTCAGGTGGGAACCGTTGTTCTTGTTACGCGATATGGTCATGTGGTAGTTTTTTCCCTCACAAGTGTTCCTCTGTAATAAGATGGTCACCGCCATTTACGTTGTGTTGACAGTCCATTCACATGAGAGCTAAGAAGTTGTAGAGTTGAGGTAATTATCTGAGAGCATTTTTGACAA-CA-ACTTTGAGAAAACGACATTAT-TTCGAGATAGATTTGGATAAAGATATAAACTTAAATCTTATTTCAGGCAAGT-ATTGATGCTTAAACTATGTATTATATATATCTCAATGTGTTCACCTTTAAACCACCCTGGTTAAAATCTAAT--AATGCTTATTATAGGGCAT---ATTGTCCGC-TTAAATAAAGCAC-CAATTTCCTACCGA-TAAATTGA---TCAAGTGA---GAGTGGAGAC---TATAATAATATT---AAT--GTATTAATTAATATT-----TCACACACATGCACTAACTG-T----AATAGTCA-TAT----A---A---TATGATGGATTCTTCGGCTGTCCCCGATATACTTTTTAAGCGTAATATATACTT-TAATACA-ATAGTCCAGAGAATTAT-AGATATT--TGTAAAT-TAATTTGCTGAAGATTCCATGAACCATTTTTGTATCCCTAGGT---TTCATCTGGGAATTGTTCCAATAG-GATGCG---AGCTCGTTATCCACCGGATAGAATGGTATGCGGCTAACGCGATAGAGATATC-CTTAATTCAA-AATTTCAAAATAATTTGATAATTTAATAACATA--ATTAT--ATA-----G-CTGATAA------T--------TA--G-TA-AGCAGACCGA-ATTTTTATAAATTAAAAGTTATTCA-AACATGTCTAA--TATGAACTTGGG--AGAAAT--TAT--TG--TGTGGATTATTTT---TTCTAATGTAATGAGTTAATGATCGC-CTT-GA-TACTATGATTCGCCCTCGCGATTGGGGAATACTATAATCAGA-ATAATACTCTGGTTGTGACAA-AGTCATGTAATT--TATGTGAAATTTTT-TAGT-TTCA-GTTTAATTTA-TAA-CCACCTTTATT-A--TAACATTAAATGATTGTGGGTTAAC--CATTTAGGGGTAACTAGTATTTAGAGAGAAGATGAGTTTTGTGTTTCTTGATATTTCTTCT---ATGGATCAATT------GAATTATAA-TCTTCGACGTTCCTT-------TTGC-CGAATGGGGGACGGCGGCAGAAAT-CAG--GGG-TGGTCCTGGTCATTTCTTACAAGCCGACTGTCCGT-AAGGGGGGAAAATGCTGTT--ACA
gi|10 : T----A---A---TTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAACGT-ATCTATATTT-T-ATAC---CAGTCTCGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGATAATTCGTCTAGAAATTGTT-CAATAGAGA----TACAGCTCGTT
gi|11 : TGTGACATACTC----ATATTATACAAGTATATG-GTATAACAAGATATGGTA--TATGAAATAGACACGTAT-----TAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--CCA------TTATACAATGTACAAGGC-AATGCAATT---CAAACc
gi|12 : ttaaaaagaaacattAATT-------AA-TA-AA-TCTTCAACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--A
gi|13 : gatcccattcacatatttatttgtgaataacatattgtttaTTTCTTAATAT---CTCC---ATGGA-CAA-T------AAA-TA-AACTCTTCAACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-ATCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-ATGTT--ACAaaaa
gi|14 : ga------GAA-TA-AAATCTTCG-------TC-------TTGT-T----------------CACCACC-CAAACAGG-TGTTTCT-GTCGTTTAT-------------T-CAT-AA---GGGAAAAT-CTGTT--ACACACATA
gi|15 : AA-TA-AAATCTTCG-------TC-------TTGTTC----------------CACACCCTCAAACAGGTTGTT-CT-GTCG-TTATTAC-CG----------ATAAA--GGGAAAAAT-CTGTT--ACAC-CACAtaatatataaaat
gi|16 : ----TC-------TTGT-C----------------CAGAGCC-CAAACAGG-TGTTCCT-GGCATTTCT-------------T-CAT-AA---AGGAATAT-TTGTTAAACATGTACA
gi|2 : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAATT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CATTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCTGGGGGGTGTA-TA----ATTATATTCTGCCC--AAATGTCTGTTGT-GTCTTTTAA-TTT-CATTG-GTG--TTTTAGTTT-G--TC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-CTCTGC--TTAG-TGGTCA--GTC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GT-ATT-TCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTGTACTC----TAGTTT--GGTAAG---------TTAA---TAATTT-------ATCACTAATGC-TA----ATCTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACTA-AGTG--TAAAATCT-AT--AAT-TTT--------GGATAAAATT-TCCCT-TT--AT-AAGCAC-C---TTCCTA--GAGTAAAT-GA---TC-AGTGA---GAGT-GAGA-C-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATC-----T-------ATG-A-T-A--G-T----AAT-GT-A-TAT----A---A---TTTG------TCTC--ACTGT----GATATA-TCTTAAAGCGT-ATATATATTG-T-ATAC---TAGTCAAGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TAATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGCTAATTCATCTGGAAATTGTT-CAGTAGAGATACGTACAGCTCGTT-CCC-----ATAGAATGGTATGC--TC--ACC-AT---GGTTTTATTTAATTCAATAATT----GAT--CATG-----TTAA-TACATATTATTATACATATTA-TT-CTGATAA------T--------TATTG-TA-A--------A-GTTTT----TAT--GAAGTTA---A-A----GTCT-A--TATG-ACTTGGG--A-GAAT--TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAATAGTTATC--TC-C-CTT-GATT--CA-GA-TCG--CTCATG-T-----AATACTATAATT--GTATA-----TTGGTTGT-ACAGCAGT------ATT--TATGTGAA---TTCATAGTATTCATGT----TTTATTTA-GCA----TATT-ACTTAATATT------------GTTAAC--CATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AC--GGGG-AAAT-ATGTT--ACATATACAtgtaaaa
gi|3 : T-T--TA--TTT----TAGACACATAT-----AAATT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CATTACATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAGTGGCCT-GGGGGTGTA-TA----ATTATATTCTG-CC--AAATGTCCGTTGT-GTC-TTTAA-TTTCCATTGA-TG--TTTTAGTTTGG---C-TTGTACTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-ATCTGC--TTAG-CGGTCA--ATC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-AT-A-TATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACGGACATTTTCCTC----TAGATT--GATAAG---------TTAA---TAATTT-------GTTGCTAATGC-TA----ATGTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACTAAATTG--T-AAATCT-AT--ATT-TTT--------GCAT--AATT-TCCTTATT--AT-AGGCAC-C---TT-CTA--GAGTAAATCGATATTCAAGTGAGACGAGT-GAGACT-TTATG-------TATGAATTAGTA------AATATTATCCAT-------ATG-A-TTA--GATTTAGAAT-AT-ATTATCCTCA---ATTCTTTG------TTTC--TCTG
gi|4 : atttATGGTATAATATGATATGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCaactgttcacaccaactggttttctgataacaaggttcttaggcgataatcatattttatacatcaggtcaatgagatttacgtagat
gi|5 : gtaattacaggaatttgcatttcattattctttggtataaatacatagcatagataatttttttgctgaatcttttgaaataaaaaagttatacttcttttttcttgaaaatgtccacaatttgcgcatgcttataagaggtttttcaacccatatgtcaacaatgcaattttataaagtatggtttactactgcatattttcactcaactattttaaaagaaaagtgtattaattacaattttagcaattgataattataatgcaacaaaggaaaattagcctttgaaaacgtataacgaacgtacggccgtcttcaaacgattggctagatttaaaacgtcgaaaatgatgtttgacagactcattttatacatgtatATAATT----GTT-AT--------TTAAGTACATA----CGT--GTATTA-TT--TGATAA------T--------T--TG-TA-C--------A-GTTTT----AAT--GAATTTA---CTC----GTCTA---TACG-ACTTGGA--AGGAAT--TAT--TTATTGTGG--TATTTT---C----ATGTATATAGTTATC--TC-C-CTT-GA-TG-CA-GATTTG--C-CATG-T-----AATAG-ATAATC--G-ATA-----GAGGTCGT-ATATCATT------ATTGATACATG---------TAGTATTCATGT----TTTAATTAAGCA----TATTTGGTTAATATT-------------TTAAAAACATT-----GT------T--T----------ATAGG----GTTGTTGTT--TTT---TTTCTAAATGGA-CAACTTATCTGGAA-TA-AA-TCTTCAACG----CCCTGGGTGTTGT-C----------------CAGAATC-CAAACAGG-TGTTCTT-GTTATTTCTTATATG
gi|6 : --TTCT--ATCAGATGA--TGAAATTCAATGTAAT-TTT--------GCAT-AAAAT-TCCTT-TT--GT-ATG-ACAT---TTCCTG--AAATAAA--GG---T---ATG------GT-GTAACCATTATA-------T---A------------------------T-------ATG-A--AA--G-T----GAT-GT-A-TAT----ATTGA---TTT-------TCTT--GCTGT----GATATA-T--------AT-ACAT-TATTTAT-ATACCGGTAATCAAGAG-ATTATAAGATA-CCATAT-AATCCGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAG-TTGGTA--CTTAAg
gi|7 : TGC--TT--CACCAT---GATTTTATTTAATTCAATAATT----GAT-ATATGGT--TTTAA-TACA-----------ATATTATTT-CTGATAATTCTATT--------TGTTA-TA-A--------ATGTTTT----AAT--GAAGTTA---A-A----GTCCAAATTAT--ACTTGGGGTAGATATA-TATTGTG--TGTGG--TATTTTCACC----ATATAAGAGGTTATC--TC-CACTTCGA----------TCG--CTCGTG-T-----AATAC
gi|8 : ttTGC--TT--CAC-AT---GATTTTATTTAATTCA-TAATT----GAT-ATATGGT--TTTAAGTACA-----------ATATTA-TTTCTGATAA------TCTATTTGTTATTAATATA--------G-GTTTT----AGT--GAAGTTA---A-A----GTCC-A--TAAA-ACTTGGG--A-GAATTATAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATATAAAGAGTTATC--TC-C-CTT-A-----------TCG--CTCGTG-T-----AATAC
gi|9 : tt-TAGTATTCATGT----TTTA-T----CA----TATT-ACTTAATATT------------TTTAAC--CATT-----GG------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACA----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-GAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTATACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACgta
blockSeqs : T . T A GG . GAAA . . . . . . TACAATG . . . . . . . G . . C . . T . C G . G TC . . . T . . . . . T . . . AGCTTCT . . . T A . . G G . G ACTC . . . . CA . . . . . . A . A A GT . . AA . A . . A C AT C . G TCGATATTCA AGAC . CCA TATGAATTAGTAAATATTATCCATATGATTAGATTTAG . AT CCTCAATTCTTTG . . . T T . A AT CGG T . A CCA . C . . . . T . AT . A TACGT . . TTCACC . A AT . A A GTT G TATTATTATAC T T TCTATTTGTTATTAATATAG . . CTC AAAT G GTAG TA TG AT . CACC T . . A GATGCAGAT . . . T GTATAT . GC . GA AATTCA A T . ATTAAGCA TGG G AA GTTGTT . A . TAA . T TATCTG . . C A . CTGGGTG T . T T . T AC C . A G . AA G
blockSeqs : T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . C . . . T . . . . . C . . . AGCTTCT . . . . . . . G G . T CCTC . . . . TG . . . . . . G . G . . . . A . . . . G C C C . G TGATC A . CT TAATGTAAATATCTATGATAGT . A ATTGATTT . . . C A . A T . A . . T . . . . . . T . CT . A T TCACC . A AT . A A GTT G TACGT . . TTCTATTTGTTATAAAT . . AA A G AG A . . . C T . . . GATTCAGA . . . . GATAG . TC . . . A T . TTTAGCA AC T . GGTGTT . G . . . T . . . A A . . . . . . . T AC C . . G . . A
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . C . . A GGT . . C TATATGAAAGT . A AATTTG . . . . . . . T . A . . T . . . . . . . . TTCAC . A AT . A A . . . . . TTATTGTAAA . . AA A A A . . . . C A . . . CGA . . . A T . TCA AC . . GTTT . G . . . C . . . A A . . . . . . . T AC C . . G . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . AATTTG . T . . . . . . . . TTTGTACA . . AA A . A . . . . C G . . . A . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . T AT C . . G . .
blockSeqs : . . . . . A . . . . . . . T AC . . . G . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . T C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : ** ***** *** ** ** ****** *** AATTTG**************** ** AT **** A* ***** TAC******** TTTGTTATAAA************************ **** ** AA******** A*** G* A*** ** C******* ** CGA********** ** ***** *** **** **************** C** G**
originalCons : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCT-GGGGGTGTA-TA----ATTATATTCTGCCC--AAATGTCCGTTGT-GTCTTTTAA-TTT-CATTGAGTG--TTTTAGTTTGG--CC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-CTCTGC--TTAG-CGGTCA--GTC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GT-ATTATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTNT-CTC----TAGATT--GATAAG---------TTAA---TAATTT-------GTCGCTAATGC-TA----ATGTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACCANATTG--TAAAATCTAAT--AAT-TTT--------GCAT-AAATT-TCCTT-TT--AT-AAGCAC-C---TTCCTA--GAGTAAATCGA---TCAAGTGA---GAGT-GAGACC-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATT-----T-------ATG-A-TAA--G-T----AAT-GT-A-TAT----A---A---TTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAGCGT-ATATATATTT-T-ATAC--GTAGTCNAGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGNTAATTCGTCTGGAAATTGTT-CAATAGAGATGCGTACAGCTCGTTACCCACCGGATAGAATGGTATGC--TT--CGC-AT---GATTTTATTTAATTCAATAATT----GAT-ATATGGT--TTTAAGTACATA--ATTAT--ATATTA-TT-CTGATAA------T--------TATTG-TA-A--------A-GTTTT----AAT--GAAGTTA---A-A----GTCTAA--TATG-ACTTGGG--AGGAAT--TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAANAGTTATC--TC-C-CTT-GA-T--CA-GATTCG--CTCGTG-T-----AATACTATAATC--G-ATA-----NTGGTCGT-ACANCAGT------ATT--TACGTGAA---TTC-TAGTATTCATGT----TTTA-TTA-GCA----TATT-ACTTAATATT------------GTTAAC--CATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACACGCACA
finalCons : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCT-GGGGGTGTA-TA----ATTATATTCTGCCC--AAATGTCCGTTGT-GTCTTTTAA-TTT-CATTGAGTG--TTTTAGTTTGG--CC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-CTCTGC--TTAG-CGGTCA--GTC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GT-ATTATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTNT-CTC----TAGATT--GATAAG---------TTAA---TAATTT-------GTCGCTAATGC-TA----ATGTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACCANATTG--TAAAATCTAAT--AAT-TTT--------GCAT-AAATT-TCCTT-TT--AT-AAGCAC-C---TTCCTA--GAGTAAATCGA---TCAAGTGA---GAGT-GAGACC-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATT-----T-------ATG-A-TAA--G-T----AAT-GT-A-TATAATTTG----------------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAGCGT-ATATATATTT-T-ATAC--GTAGTCNAGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGNTAATTCGTCTGGAAATTGTT-CAATAGAGATGCGTACAGCTCGTTACCCACCGGATAGAATGGTATGC--TT--CGC-AT---GATTTTATTTAATTCAATAATT----GATA-TATG-----TTAAGTACATAC--------ATATTA-TT-CTGATAATTTGTTATAAA------------------------GTTTT----AAT--GAAGTTAAA--------GTCTA---TATG-ACTTGGGA---GAAT--TAT--TG--TGTGG--TATTTTC-------ATGTAAANAGTTATC--TC-C-CTTCGA----------TCG--CTCGTG-T-----AATACTATAATC--G-ATA-----NTGGTCGT-ACANCAGT------ATT--TACGTGAA---TTC-TAGTATTCATGT----TTTA-TTA-GCA----TATT-ACTTAATATT------------GTTAAC--CATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AAG--GGGAAAAT-CTGTT--ACACGCACA
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGCCCGATCCCATTCACATATTTCTTTATGAATAAAGTATTGTTTAAACATGATACAATAAC
Unaligned ( gi|18 ): CGATCCCATTCACATATTTCTTTATTTGTAAATGAAATATTGTTTAAATTAAATCTTC
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1 11 11 1111 22222 111 11 11 222222 2222222 111 111 22222 3333333 11 1 1 1 2222 11 1 1 1 11 11 33333 1 222 1 111 1 1 1 1 11 11 11 1 11 4444444444444444444444 11 1 1 222 1 11 33333333 11 555555555 222 4444444 11 1 2222 4444444 2222 11 11 1 11 1 11 1 33333333 22 1 1 11 1 22222 11 2222222222 2222 1 111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 1 111 2222222222222222222222 11 2222 1 1 111 444 1 1 1111 1 1 1 11 11 11 11 1 11111 1 22222 2222222222 111 2222 111 11 33333333 1 4444444444444444 11 88888888888888888888888 22222 3333333333 111 11 11 1 11 11 11 11 22222222 1111 6666666666666666666 11 22222 3333333333333 1 333333 11 444444444 2222 333333333333 111 6666666666666 11 777777777777777777777777777 2222 111 111 111111 1 1111111 2222222222222222 1
lowQualScore : 7 3 7 8 11 11 7777 00000 8 444 11 11 333333 6666666 8 444 777 55555 2222222 33 0 3 3 8888 6 88 0 3 7 3 3 44 88 6 33333 3 333 3 777 3 3 3 3 88 44 88 3 88 7777777777777777777777 88 3 3 7 7 333 3 6 6 88 1 11111111 88 333333333 333 3333333 22 3 8888 3333333 8888 33 33 0 0 33 7 5 33 0 66666666 55 0 0 0 33 0 1 2 11111 2 33 6 1111111111 0000 0 999 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 111 8888888888888888888888 11 1111 0 7 3 0 0 3 111 222 1 0 0 8888 0 0 0 33 33 33 3 33 88 0 3 7 55555 5 55555 7777777777 777 1111 777 33 0 8 44444444 5 6666666666666666 8 8 99 11111111111111111111111 0 88888 0 0000000000 8 444 11 11 6 8 99 11 11 11 44444444 1 7777 1111111111111111111 8 8 11 0 8 00000 7 4444444444444 0 3 77 888888 88 0 111111111 3 3 1111 222222222222 333 0000000000000 33 000000000000000000000000000 1111 3 444 444 8 1 666666 5 5 5 3 9999 4444444 4 9999999999999999 4 4 4 1 11 999 5 5 999 5 66 0
lowQualScore : . . . . .. .. .... ..... . ... .. .. ...... ....... . ... ... ..... ....... .. . . . .... . .. . . . . . .. .. . ..... . ... . ... . . . . .. .. .. . .. ...................... .. . . . . ... . . . .. . ........ .. ......... ... ....... .. . .... ....... .... .. .. . . .. . . .. . ........ .. . . . .. . . . ..... . .. . .......... .... . ... .............................................................. . ... ...................... .. .... . . . . . . ... ... . . . .... . . . .. .. .. . .. .. . . . ..... . ..... .......... ... .... ... .. . . ........ . ................ . . .. ....................... . ..... . .......... . ... .. .. . . .. .. .. .. ........ . .... ................... . . .. . . ..... . ............. . . .. ...... .. . ......... . . .... ............ ... ............. .. ........................... .... . ... ... . . ...... . . . . .... ....... . ................ . . . . .. ... . . ... . .. .
lowQualScore : 3 3 3 0 00 00 0000 00000 0 000 00 00 000000 0000000 0 000 555 00000 5555555 88 0 3 3 3333 7 33 7 3 3 3 3 00 33 7 77777 3 333 3 777 3 3 3 3 33 00 33 3 33 7777777777777777777777 33 3 3 3 3 333 3 7 7 33 0 33333333 33 333333333 333 3333333 77 3 3333 3333333 3333 88 88 8 8 88 0 5 88 0 22222222 55 0 8 0 88 0 2 5 55555 5 88 5 0000000000 8888 0 000 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 000 2222222222222222222222 00 2222 0 0 5 2 0 2 000 888 0 0 0 5555 0 0 0 88 88 88 2 88 33 7 3 3 00000 5 55555 5555555555 555 2222 555 88 8 0 22222222 0 8888888888888888 0 0 00 88888888888888888888888 8 00000 8 6666666666 0 000 22 00 0 0 00 00 00 00 22222222 0 0000 4444444444444444444 0 0 00 8 0 00000 3 3333333333333 7 3 77 333333 33 7 333333333 2 2 2222 555555555555 555 0000000000000 88 000000000000000000000000000 2222 2 000 000 0 7 444444 0 0 0 2 4444 4444444 4 4444444444444444 4 4 4 9 99 444 0 0 444 0 99 5
consensus : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCT-GGGGGTGTA-TA----ATTATATTCTGCCC--AAATGTCCGTTGT-GTCTTTTAA-TTT-CATTGAGTG--TTTTAGTTTGG--CC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-CTCTGC--TTAG-CGGTCA--GTC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GT-ATTATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTNT-CTC----TAGATT--GATAAG---------TTAA---TAATTT-------GTCGCTAATGC-TA----ATGTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACCANATTG--TAAAATCTAAT--AAT-TTT--------GCAT-AAATT-TCCTT-TT--AT-AAGCAC-C---TTCCTA--GAGTAAATCGA---TCAAGTGA---GAGT-GAGACC-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATT-----T-------ATG-A-TAA--G-T----AAT-GT-A-TAT----A---A---TTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAGCGT-ATATATATTT-T-ATAC--GTAGTCNAGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGNTAATTCGTCTGGAAATTGTT-CAATAGAGATGCGTACAGCTCGTTACCCACCGGATAGAATGGTATGC--TT--CGC-AT---GAT----TTTATTTAA---TTC--AATAA-TTGATATATGGTTTTAAGTAC--------ATACAT--ATTA-T-T--CTGATA-----AT---T------------TTGTTATAAAT----GTTTTAATGAAGTTA---A-A----GTCT-A---TATG-ACTTGGG--AG-A-AT--TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAANAGTT----ATCTCC------C----TT----CAGA-TC-G--CTCGTG-T-----AATACTATAATC--G-ATA-----NTGGTCGT-ACANCAGT------ATT--TACGTGAA---TTC-TAGTATTCATGT----TTTA-TTA-GCA----TATT-ACTTAATATT------------GTTAAC--CATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACACGCACA
Reference ( family-1039 ) : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCT-GGGGGTGTA-TA----ATTATATTCTGCCC--AAATGTCCGTTGT-GTCTTTTAA-TTT-CATTGAGTG--TTTTAGTTTGG--CC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-CTCTGC--TTAG-CGGTCA--GTC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GT-ATTATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTNT-CTC----TAGATT--GATAAG---------TTAA---TAATTT-------GTCGCTAATGC-TA----ATGTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACCANATTG--TAAAATCTAAT--AAT-TTT--------GCAT-AAATT-TCCTT-TT--AT-AAGCAC-C---TTCCTA--GAGTAAATCGA---TCAAGTGA---GAGT-GAGACC-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATT-----T-------ATG-A-TAA--G-T----AAT-GT-A-TAT----A---A---TTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAGCGT-ATATATATTT-T-ATAC--GTAGTCNAGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGNTAATTCGTCTGGAAATTGTT-CAATAGAGATGCGTACAGCTCGTTACCCACCGGATAGAATGGTATGC--TT--CGC-AT---GAT----TTTATTTAA---TTC--AATAA-TTGATATATG---TTAAGTAC--------ATACAT--ATTA-T-T--CTGATA-----AT----------------TTGTTATAAA-----GTTTTAATGAAGTTA---A-A----GTCT-A---TATG-ACTTGGG--AG-A-AT--TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAANAGTT----ATCTCC------C----TT----C-GA-TC-G--CTCGTG-T-----AATACTATAATC--G-ATA-----NTGGTCGT-ACANCAGT------ATT--TACGTGAA---TTC-TAGTATTCATGT----TTTA-TTA-GCA----TATT-ACTTAATATT------------GTTAAC--CATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACACGCACA
gi|1 : AGCATCAT-T--TAACTTT----CAGACACACATATAATGAACTAGAGCGTGATGTTTAAACTAAAAAATCGATAAAGTCA-------CAAAAGGTTAACATAATTACTTAAACCTGCCACACTCTAAATAAGAGGGCGCCGTTAATTTTGGCTTCCGTTTTCCCAGTGGTATGGCCT-GGGGGTGTATTAACTTATTATTTTCTGCCCCAAAATGTCTGTTGTAGTCTTTTCATTTT-CATTGAGTGCTTTTCAGGTGGGAACCGTTGTTCTTGTTACGCGATATGGTCATGTGGTAGTTTTTTCCCTCACAAGTGTTCCTCTGTAATAAGATGGTCACCGCCATTTACGTTGTGTTGACAGTCCATTCACATGAGAGCTAAGAAGTTGTAGAGTTGAGGTAATTATCTGAGAGCATTTTTGACAA-CA-ACTTTGAGAAAACGACATTAT-TTCGAGATAGATTTGGATAAAGATATAAACTTAAATCTTATTTCAGGCAAGT-ATTGATGCTTAAACTATGTATTATATATATCTCAATGTGTTCACCTTTAAACCACCCTGGTTAAAATCTAAT--AATGCTTATTATAGGGCAT---ATTGTCCGC-TTAAATAAAGCAC-CAATTTCCTACCGA-TAAATTGA---TCAAGTGA---GAGTGGAGAC---TATAATAATATT---AAT--GTATTAATTAATATT-----TCACACACATGCACTAACTG-T----AATAGTCA-TAT----A---A---TATGATGGATTCTTCGGCTGTCCCCGATATACTTTTTAAGCGTAATATATACTT-TAATACA-ATAGTCCAGAGAATTAT-AGATATT--TGTAAAT-TAATTTGCTGAAGATTCCATGAACCATTTTTGTATCCCTAGGT---TTCATCTGGGAATTGTTCCAATAG-GATGCG---AGCTCGTTATCCACCGGATAGAATGGTATGCGGCTAACGCGATAGAGATATCCTTAATTCAAAATTTCAAAATAATTTGATA-AT----TTAATAAC--------ATA-----ATTA-TATAGCTGATA-----ATTAGTAAGCAGACCGAATTTTTATAAA--------TTAA--AAGTTATTCA-AACATGTCTAA---TATGAACTTGGG--AGAA-AT--TAT--TG--TGTGGATTATTTT---TTCTAATGTAATGAGTTAATGATCGCCTTGATAC----TA----T-GATTC-GCCCTCGCGATTGGGGAATACTATAATCAGA-ATAATACTCTGGTTGTGACAA-AGTCATGTAATT--TATGTGAAATTTTT-TAGT-TTCA-GTTTAATTTA-TAA-CCACCTTTATT-A--TAACATTAAATGATTGTGGGTTAAC--CATTTAGGGGTAACTAGTATTTAGAGAGAAGATGAGTTTTGTGTTTCTTGATATTTCTTCT---ATGGATCAATT------GAATTATAA-TCTTCGACGTTCCTT-------TTGC-CGAATGGGGGACGGCGGCAGAAAT-CAG--GGG-TGGTCCTGGTCATTTCTTACAAGCCGACTGTCCGT-AAGGGGGGAAAATGCTGTT--ACA
gi|10 : T----A---A---TTTG------TCTC--GCTGT----GATATA-TTTTTAAACGT-ATCTATATTT-T-ATAC---CAGTCTCGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGATAATTCGTCTAGAAATTGTT-CAATAGAGA----TACAGCTCGTT
gi|11 : TGTGACATACTC----ATATTATACAAGTATATG-GTATAACAAGATATGGTA--TATGAAATAGACACGTAT-----TAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--CCA------TTATACAATGTACAAGGC-AATGCAATT---CAAACc
gi|12 : ttaaaaagaaacattAATT-------AA-TA-AA-TCTTCAACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--A
gi|13 : gatcccattcacatatttatttgtgaataacatattgtttaTTTCTTAATAT---CTCC---ATGGA-CAA-T------AAA-TA-AACTCTTCAACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-ATCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-ATGTT--ACAaaaa
gi|14 : ga------GAA-TA-AAATCTTCG-------TC-------TTGT-T----------------CACCACC-CAAACAGG-TGTTTCT-GTCGTTTAT-------------T-CAT-AA---GGGAAAAT-CTGTT--ACACACATA
gi|15 : AA-TA-AAATCTTCG-------TC-------TTGTTC----------------CACACCCTCAAACAGGTTGTT-CT-GTCG-TTATTAC-CG----------ATAAA--GGGAAAAAT-CTGTT--ACAC-CACAtaatatataaaat
gi|16 : ----TC-------TTGT-C----------------CAGAGCC-CAAACAGG-TGTTCCT-GGCATTTCT-------------T-CAT-AA---AGGAATAT-TTGTTAAACATGTACA
gi|2 : ATGGTATAATATGCTCTGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAATT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CATTAAATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAATGGCCTGGGGGGTGTA-TA----ATTATATTCTGCCC--AAATGTCTGTTGT-GTCTTTTAA-TTT-CATTG-GTG--TTTTAGTTT-G--TC-TTGTTCTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-CTCTGC--TTAG-TGGTCA--GTC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-GT-ATT-TCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACCGACATTGTACTC----TAGTTT--GGTAAG---------TTAA---TAATTT-------ATCACTAATGC-TA----ATCTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACTA-AGTG--TAAAATCT-AT--AAT-TTT--------GGATAAAATT-TCCCT-TT--AT-AAGCAC-C---TTCCTA--GAGTAAAT-GA---TC-AGTGA---GAGT-GAGA-C-TTATA-------T---AAT--GTA------AATATC-----T-------ATG-A-T-A--G-T----AAT-GT-A-TAT----A---A---TTTG------TCTC--ACTGT----GATATA-TCTTAAAGCGT-ATATATATTG-T-ATAC---TAGTCAAGAG-ATTAT-AGATA-T--TGT-AAT-TAATTT-CT--AGAT--CA--GACCAGTTTGGTA--CTTAAGCTAATTCATCTGGAAATTGTT-CAGTAGAGATACGTACAGCTCGTT-CCC-----ATAGAATGGTATGC--TC--ACC-AT---GGT----TTTATTTAA---TTC--AATAA-TTGAT-CATG---TTAA-TACATATTATTATACAT--ATTA-T-T--CTGATA-----A-----------------TTATTGTAAA-----GTTTTTATGAAGTTA---A-A----GTCT-A---TATG-ACTTGGG--AG-A-AT--TAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATGTAAATAGTT----ATCTCC------CTTGATT----CAGA-TC-G--CTCATG-T-----AATACTATAATT--GTATA-----TTGGTTGT-ACAGCAGT------ATT--TATGTGAA---TTCATAGTATTCATGT----TTTATTTA-GCA----TATT-ACTTAATATT------------GTTAAC--CATT-----GT------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACG----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-CAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTACACGC--ACTGT-CGT-AC--GGGG-AAAT-ATGTT--ACATATACAtgtaaaa
gi|3 : T-T--TA--TTT----TAGACACATAT-----AAATT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CATTACATTTGG--TCAGTTT-CCCAGTGTAGTGGCCT-GGGGGTGTA-TA----ATTATATTCTG-CC--AAATGTCCGTTGT-GTC-TTTAA-TTTCCATTGA-TG--TTTTAGTTTGG---C-TTGTACTT-TTG---GAT-TGGTC-T-TGG-AG-TTTTTCCCTC-CAAGTGTT-ATCTGC--TTAG-CGGTCA--ATC-TTT--GTTG-------AGC---TTC---T--GAGCAAGGAAGTTGT--ATTTGA-AT-A-TATCTGA---CA-TTTTGACAAGCAGACTTTGAG--ACGGACATTTTCCTC----TAGATT--GATAAG---------TTAA---TAATTT-------GTTGCTAATGC-TA----ATGTATTCT-------TTAA----TTC--TTTT--ACTAAATTG--T-AAATCT-AT--ATT-TTT--------GCAT--AATT-TCCTTATT--AT-AGGCAC-C---TT-CTA--GAGTAAATCGATATTCAAGTGAGACGAGT-GAGACT-TTATG-------TATGAATTAGTA------AATATTATCCAT-------ATG-A-TTA--GATTTAGAAT-AT-ATTATCCTCA---ATTCTTTG------TTTC--TCTG
gi|4 : atttATGGTATAATATGATATGGTATATAATATA-GTATATGTATATAGCATCAT-T--TA--TTT----CAGACACATAT-----GAACT-GACTGTG---TTTAA--TAAAA--TCA------TTA-------CACAAGGT-AACATAATT---TAAACCTGC---AGTC-----AAG-------CGTTAAATTTGG--TCAGTTT-CCaactgttcacaccaactggttttctgataacaaggttcttaggcgataatcatattttatacatcaggtcaatgagatttacgtagat
gi|5 : gtaattacaggaatttgcatttcattattctttggtataaatacatagcatagataatttttttgctgaatcttttgaaataaaaaagttatacttcttttttcttgaaaatgtccacaatttgcgcatgcttataagaggtttttcaacccatatgtcaacaatgcaattttataaagtatggtttactactgcatattttcactcaactattttaaaagaaaagtgtattaattacaattttagcaattgataattataatgcaacaaaggaaaattagcctttgaaaacgtataacgaacgtacggccgtcttcaaacgattggctagatttaaaacgtcgaaaatgatgtttgacagactcattttatacatgtatATAA-TTGTTAT------TTAAGTAC--------ATACGTGTATTA-T-T---TGATA-----AT----------------TTGT---ACA-----GTTTTAATGAATTTA---CTC----GTCT-A---TACG-ACTTGGA--AGGA-AT--TAT--TTATTGTGG--TATTTT---C----ATGTATATAGTT----ATCTCC------C----TTGATGCAGA-TTTG--C-CATG-T-----AATAG-ATAATC--G-ATA-----GAGGTCGT-ATATCATT------ATTGATACATG---------TAGTATTCATGT----TTTAATTAAGCA----TATTTGGTTAATATT-------------TTAAAAACATT-----GT------T--T----------ATAGG----GTTGTTGTT--TTT---TTTCTAAATGGA-CAACTTATCTGGAA-TA-AA-TCTTCAACG----CCCTGGGTGTTGT-C----------------CAGAATC-CAAACAGG-TGTTCTT-GTTATTTCTTATATG
gi|6 : --TTCT--ATCAGATGA--TGAAATTCAATGTAAT-TTT--------GCAT-AAAAT-TCCTT-TT--GT-ATG-ACAT---TTCCTG--AAATAAA--GG---T---ATG------GT-GTAACCATTATA-------T---A------------------------T-------ATG-A--AA--G-T----GAT-GT-A-TAT----ATTGA---TTT-------TCTT--GCTGT----GATATA-T--------AT-ACAT-TATTTAT-ATACCGGTAATCAAGAG-ATTATAAGATA-CCATAT-AATCCGATTT-CT--AGAT--CA--GACCAG-TTGGTA--CTTAAg
gi|7 : TGC--TT--CACCAT---GAT----TTTATTTAA---TTC--AATAA-TTGATATATGGTTTTAA-TAC--------A---AT--ATTATT-T--CTGATAATTCTAT----------------TTGTTATAAAT----GTTTTAATGAAGTTA---A-A----GTCC-AAATTAT--ACTTGGGGTAG-ATATA-TATTGTG--TGTGG--TATTTTCACC----ATATAAGAGGTT----ATCTCCA-----C----TT----C-GA-TC-G--CTCGTG-T-----AATAC
gi|8 : ttTGC--TT--CAC-AT---GAT----TTTATTTAA---TTC--A-TAA-TTGATATATGGTTTTAAGTAC--------A---AT--ATTA-T-TT-CTGATA-----ATCTAT------------TTGTTATTAATATAGGTTTTAGTGAAGTTA---A-A----GTCC-A---TAAA-ACTTGGG--AG-A-ATTATAT--TG--TGTGG--TATTTT---C----ATATAAAGAGTT----ATCTCC------C----TT-------A-TC-G--CTCGTG-T-----AATAC
gi|9 : tt-TAGTATTCATGT----TTTA-T----CA----TATT-ACTTAATATT------------TTTAAC--CATT-----GG------TGTT----------ATAGG----GTTTTTCTTGATAT---TTCC---ATGGA-CAATT------GAA-TA-AA-TCTTCGACA----TC-------TTGT-C----------------CAGAACC-GAAACAGG-TGTTCCT-GTCATTTCTTATACGC--ACTGT-CGT-AA--GGGGAAAAT-CTGTT--ACgta
2 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|17 ): TGCCCGATCCCATTCACATATTTCTTTATGAATAAAGTATTGTTTAAACATGATACAATAAC
Unaligned ( gi|18 ): CGATCCCATTCACATATTTCTTTATTTGTAAATGAAATATTGTTTAAATTAAATCTTC