lowQualScore : 1111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111 55555555 11 0000000000000000000000000000 222222222222222222222222222222 111111111 111111111
lowQualScore : 1 6666 0 33333333 00 7777777777777777777777777777 4444 2 22 55555 222222222222222222222222222222 1 2 1 2 666666666 2 222222222 22 4444 2 3 55
lowQualScore : . .... . ........ .. ............................ .... . .. ..... .............................. . . . . ......... . ......... .. .... . . ..
lowQualScore : 0 2222 7 33333333 99 4444444444444444444444444444 2222 0 88 00000 111111111111111111111111111111 9 0 1 0 777777777 0 333333333 88 7777 4 0 00
consensus : TTAAAAGTAGGTCAAACTTTGAGTTCA--AGATCACAAAGTCAAAAGCT---ACATG--ACA---T---T-ATGGTATGAAATGAAAG----G-TTTTGCC--AT-----A-------------T--------GA-A--N-T-A-TGTATAC-A-------AAATA-TGAAAG------ATCTA--CCTT----GAATAGTTCAGGAAATATT--GTACA
Reference ( gi|5 ) : TTAAAAGTAGGTCAAACTCTGGGTTAA--ACGCCACAAAGTTGAAAGCT---ACATG-TACA---T--GT-ATGCCATGAAATGAAAG----G-TTTTGCC--AT-----A-------------T--------GA-A--T-T-A-TGCATAC-A-------ATATA-TGAAAG------ATGTA--CCTT----AAATAGTTTAGGAGATATT--GTACA
gi|7 : TTAAAAGTAGCCCAAACTTTGAGTTCA--AGATCACAAAGTCAAAAGC-----CATG----A---T----------ATGAAATGAAAT----G-TATTGCC--AT-----A-------------T--------GA------T-G-TACATAT-A-------AAACT-TAAGTG------ATACA--TCTTTTAAAAATAGTTCAGGAAATAT
gi|24 : ttaTTAAAAGTAGGTCAAA----GGG----------CACAAAAGTCAAA---------------A---T--TT-ATGACATAAAATGAAAG----G-TTTTGCC--GT-----A-------------T--------GA-A--C-T-
gi|14 : acgttgtcTTAAAAGTAGGTCAAA-----GGTCA-------CA-AAAGTCAAAATTT---ACG------A---T----------ATAAAATGAAAG----GTTTTTGCC--AT-----A-------------T--------GA-AC-T-T-A-TG
gi|27 : cgttgtcTAAAAGTAGTTCAAACTTTGAGTTCA--AGATCACAaaatatgtatacact
gi|17 : AAAGTAGGCCAAACTTCGAGTTCA------TGCGAAGTCAAA-------ACA----------------ATGATATGAAATGAAAG----G-TTTTACCCGAT-----A-------------T--------GA-A--G-T-A-TATATTC-A-------AAATA-TGAAtttttagtcaaagccaagacatgaaa
gi|19 : AAAGTAGATCAAACTTTGAGTTCATTGGGTCACAAAATCAAAAGCT---AT------CA---T--AT-AT-------AATATAAG----G-TTTTGCC--AT-----A-------------T--------
gi|10 : GTTCA--AGATCACAAAGTCCAAAGCT---CTA----AGA---T----------ATGAAAT-AAAG----G-TTTCGTC--AT-----A-------------T--------TA------T-A-TGTATAC-A-------AAATA-CGAAAG------ATCTA--CCTT----A--------AGGAAATATT--GTATAatgaagaatatgtac
gi|15 : aA--AGGTCACAAAGTCAAAAGC---------------------T-ATGATATAAGATAAAAG----A-TTTTGCC--AT-----ATATGAAGTATCATT--------AA-A--G-T-A-TGTATACAA-------AAAAA-TGAAAG------ATCTA--t
gi|4 : CAAAGTCAAAAGCTTTGATATG-AATA---T--GT-A------------AAAA----G-ATTTGAC--AT-----A-------------T--------GA-A--G-T-A-TGTCCAC-A-------AAATA-TGAAAG------ATCCA--CCTT----GAATGGTTGAGGAAATATT--GCACAagt
gi|1 : tAAGGTCAAAAGGT----CATG---CA---T---C-ATGGTATGAATGGAAAA----A-TCTTGCC--ATTTTAAA-------------G--------AA-A--TCT-A-AATATAC-A-------AAATA-TGAAAG------GTCTA--TTTT----GAATAGTTCAGGAAACATTAAATACAtattatgtattaccttaaaagatggtccatcatcaagttaaggtcata
gi|3 : AAAGTCAAAAGCT---A--TGATACAAAAT--GA-AAGGCCCGA--TGAAAG----G-TTTC-CC--GT-----A-------------T--------AA-AG-TAT-A-TACATAC-ATGTAAGCAAATA-TGAAAGATCTACATGTA--TCTG----TTATAGTATAGGAAATATT--TTATAcgaatgtcacttttagaaaatcaaaaaccccaaggtccttggcaaaagaaatctatatgtaaaatatgaaaaccctgcttgaaatagtttga
gi|22 : tccacggtcacgaatttAGTTAACAGTG---ACATA-T------T--CT-ATGGTGTGAAATAAAAT----G-TCTTGCC---------A-------------T--------GA-A--A-T-A-TCCATG--A-------A-ATA-TGATAG------ATCTA--CCTT----AGATtggtttttattttaattaaaaggtcccattcat
gi|12 : CATG-CACA---AAAGTCATGTCACGAAATGTAAG----G-TTTTGCT--AT-----T-------------A--------GA-AATT-T-A-TGTTTA--A-------A-AGA-TGAAAG------TCATA--TCTC----AGATAGTTTGAAAAATAT
gi|11 : -TACA---T---C-ATGGTCTAAAATGAAAG----T-TCTTGCC--TT-----A-------------A--------GA-A-----------AT------------CATA-TGAAAA------CCATA--CCTT----GAATAGTTTcatttacg
gi|9 : ggaaaaaggtcatcgggtca-ATGTTACAAAATGAAAAAAACA-TATTGCC--AT-----A-------------TTGGCATAAGA-A--A-T-C-TATATAC-A-------TGAAA-TAAAAA------CTGTA--TCTT----GAATAGTTCAAGAAATATtaaactacattatatac
gi|6 : tcacaagatcatatatcATAAAATGAAAG----G-TTTTGCC--AT-----A-------------TAAA-----GA-A--T-G-ACTGCATAC-A-------A---------------------A--TCTT----GAATAGTACAAGAAATATT--GTACA
gi|23 : tgatAAATCAAAA----G-TTTTGTT--AT-----A-------------T--------GT-A--G-C-A-TGTATAC-A-------AAATA-TGAAAG------GTCTA--CATT----GAATAGTTTAGGAAATATT--GTATAtatatatatgtataattctttcttattgaagatgggtcaaacttccaggtcaaggtc
gi|16 : aAAATGAAAG----G-TTTTG-C--AT-----A-------------T--------GA-A--G-TAA-TGTCTAC-A-------AAATATTGAAAA------GTGCA--t
gi|13 : aATAAAAA----G-TTTTGCC--AT-----A-------------T--------GA-A--G-T-A-TGTATAC-A-------AAATT-TGAAAG------AACTA--CCTT----GGCTAGTTTAGGAAATATT--GCAgaagtattgatacatgtatatgttttaattttgattattaa
gi|20 : taatGAGAG----A-TCTTGCC--AT-----A-------------A--------GATA--T-C---TACACAC-A-------AACTA-TGAAAA------GTTCATTTTTT----AATTAGTTCAAGAAATATT--GAACAtttgctaatttttccttaaaag
gi|26 : AAAG----G-GTTTGCC--AT-----G-------------T--------GA-A--G-T-A---------A-------GTATA-TGAAAG------ATCTA--TCTT----GAATAGTACAGAAAATATtgtcatattttaa
gi|29 : -A-TGCACAC-A-------ATATA-GGAAAT------ATATA--CTTT----GAATAATTTAGGAAATACT--GTACA
gi|30 : -A-TGCATAC-A-------AAATA-TGAAAG------CTCTA--CCTT----AAATAGTTAAAGAGAtt
gi|18 : gtaatatatac-A-------ATATG-TGA--G------CTCGA--TCTT----AAATAATTCAGGAGATATT--
gi|33 : TA--CCTT----AAATAATTCAGGAGATATT--aatatgtaaggtttccttaaaagctggctaatctccaatgtaaaagtcacaa
7 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAATAATCTTGTCGTAAAAACTCTACATAACAATAATATTATTTCTCTGATAGTTCAAGAAATATGGACTATGTAAGTAGGTCAAATTACAAGGTGTCAAGGTATTGTCACAAGGAATCTATATACAAAATAAGAAAACCCCGCTATACATAATTTGAGATATGTTTAAAAGGCTATGTTG
Unaligned ( gi|8 ): CATGATCTTGCTGTTTGAGATGGGACCAAAAGGTCATACATCATGATCTGATATGAAAAATATTGCCATAAGAAATTTATGTACAGACCATAAAAAGAATCATTTTTAAATATCTCAACAT
Unaligned ( gi|21 ): TATGGTTTTTTACTTGGTCGAACTTACTTGAATTCAAGATAAAAAAAATAAAAAGTCATGATACGAAATTGAAATGTTTTGCCATAAGA
Unaligned ( gi|25 ): CAAAACATTTCATATACAAAATAGGAAAATCTTGCTTTTAAAAATTCAAAAGAGTCTATTACATGTA
Unaligned ( gi|28 ): AAGGTCACAAAGTCAAAAGTTGTGATATAAATTACAAGGTTTGGCCGTAAGTAAAAT
Unaligned ( gi|31 ): AAAAAATCTTGCCATAAGAAATCCATATACATGTAATGAAAACTGTATCT
Unaligned ( gi|32 ): ATAGTTTAGGAAATATTGTATTTGTTAATTTTTCCTTAAAAGCAAG
Alignments
lowQualScore : 888888888888888888888 1111111111111111111111
lowQualScore : 777 0 44 4 5 6666 2 000000000000000000000 5 1 5555555 1 22 5555 1 44 5555555555555555555555 2 777777 22 22 1 8888888 3333 3 22 44444 3333 1 44 3
lowQualScore : ... . .. . . .... . ..................... . . ....... . .. .... . .. ...................... . ...... .. .. . ....... .... . .. ..... .... . .. .
lowQualScore : 888 7 66 6 7 1111 7 777777777777777777777 4 8 9999999 7 33 0000 6 44 9999999999999999999999 2 000000 33 33 7 0000000 0000 5 44 55555 9999 8 22 3
consensus : TTAAAAGTAGGTCAAACTT---CGAGTTCA--AGGTCAC-A----AAG-TCAAAAGCT-CA-TG-ACA----T----TATGATATGAA-A-------T-G--AAAGG----TT-TTGCC--ATA-------------T--------GAAGT-A----TG--TA--TAC-A-------AAATATGAAA--GATC-TA--CCT-----T----G-AATAGTTCAGGAAATATT--G-TACA
Reference ( family-1034 ) : TTAAAAGTAGGTCAAACTT---TGAGTTCA--AGATCAC-A----AAG-TCAAAAGCTACA-TG-ACA----T----TATGGTATGAA-A-------T-G--AAAGG----TT-TTGCC--ATA-------------T--------GAANT-A----TG--TA--TAC-A-------AAATATGAAA--GATC-TA--CCT-----T----G-AATAGTTCAGGAAATATT--G-TACA
gi|1 : -A----AGG-TCAAAAGGT-CA-TG--CA----T----CATGGTATGAA-T-------G-G--AAAAA----TC-TTGCC--ATT-------------TTAAA----GAAAT-C----TAAATA--TAC-A-------AAATATGAAA--GGTC-TA--TTT-----T----G-AATAGTTCAGGAAACATTAAA-TACA
gi|1 : AAGG----TCCTTGGC--AAA-------------A--------GAAAT-C----TA--TA--TGT-A-------AAATATGAAA--ACCC-TG--CTT-----G----A-AATAGTTcgaatgtcacttttagaaaatcaaaaaccccaaggtccttggcaaaagaaatctatatgtaaaatatgaaaaccctgcttgaaatagtttga
gi|10 : aaggtcaaaaggtcatgcatcatggtatgaatggaaaaatcttgccattttaaagaaatctaaatatacaaaatatgaaaggtctattttgaatagttcaggaaacattaaatacacgaatgtcacttttagaaaatcaaaaaccccAGTTCA--AGATCAC-A----AAG-TCCAAAGCT--------------C----TAAGATATGAA-A-------T----AAAGG----TT-TCGTC--ATA-------------T--------TA--T-A----TG--TA--TAC-A-------AAATACGAAA--GATC-TA--CCT-----T----A---------AGGAAATATT--G-TATAtga
gi|11 : CA-T--ACA----T----CATGGTCTAAA-A-------T-G--AAAGT----TC-TTGCC--TTA-------------A--------GAAAT----------------C-----------ATATGAAA---ACCATA--CCT-----T----G-AATAGTTt
gi|12 : ggaaaaaggtcatcgggtCA-TGCACAAAAGT----CATGTCACGAA-A-------T-G--TAAGG----TT-TTGCT--ATT-------------A--------GAAAT-T----TA--TG--TTT-A-------AAAGATGAAA--G-TCATA--TCT-----C----A-GATAGTTTGAAAAATATttaaactacattatatac
gi|13 : -A-------T-A--AAAAG----TT-TTGCC--ATA-------------T--------GAAGT-A----TG--TA--TAC-A-------AAATTTGAAA--GAAC-TA--CCT-----T----G-GCTAGTTTAGGAAATATT--G-CAcatttacg
gi|14 : taatTTAAAAGTAGGTCA---------------A--AGGTCACAA----AAG-TCAAAA--T--------------T----TACGATATAAA-A-------T-G--AAAGGT---TT-TTGCC--ATA-------------T--------GAACT--------------TAT-G-------AAATATGtttgctaatttttccttaaaag
gi|15 : cgttgtcA--AGGTCAC-A----AAG-TCAAAAGCTA--------------------TGATATAAG-A-------T-A--AAAGA----TT-TTGCC--ATATATGAAGTATCATT--------AAAGT-A----TG--TA--TACAA-------AAAAATGAAA--GATC-TA--tatacact
gi|16 : AA-A-------T-G--AAAGG----TT-TTG-C--ATA-------------T--------GAAGTAA----TG--TC--TAC-A-------AAATA------------------T-----T----G-AAAAGTGCA-GAAGTATT--GATACAagt
gi|17 : aAAAGTAGGCCAAACTT---CGAGTTCA--TG----C-G----AAG-TCAAAA-----------CA----------ATGATATGAA-A-------T-G--AAAGG----TT-TTACCCGATA-------------T--------GAAGT-A----TA--TA--TTC-A-------AAATATGAAtgtatatgttttaattttgattattaa
gi|18 : AATATGTGA--GCTC-GA--TCT-----T----A-AATAATTCAGGAGATATT--G-
gi|19 : AAAGTAGATCAAACTT---TGAGTTCATTGGGTCAC-A----AAA-TCAAAAGCTAT------CA----TA---TATAATAT------------------AAGG----TT-TTGCCATATA-------------T--------GAAGA-A----TA--TG--TAC-aatatgtaaggtttccttaaaagctggctaatctccaatgtaaaagtcacaa
gi|20 : -G--AGAGA----TC-TTGCC--ATA-------------A--------GATAT-C----TA--CA--CAC-A-------AACTATGAAA--AGTT-CATTTTT-----T----A-ATTAGTTCAAGAAATATT--G-AACA
gi|21 : GGTCGAACTTACTTGAATTCA--AGATAAA-A----AAAATAAAAAG----------------T----CATGATACGAA-A-------TTG--AAATG----TT-TTGCC--ATA-------------A--------GAtgtcatattttaa
gi|22 : tatggttttttacttACAGTG-ACA----TATTCTATGGTGTGAA-A-------T-A--AAATG----TC-TTGCC----A-------------T--------GAAAT-A----TC--CA--T---G-------AAATATGATA--GATC-TA--CCT-----T----A-GAT
gi|23 : agttaAA-A-------T-C--AAAAG----TT-TTGTT--ATA-------------T--------GTAGC-A----TG--TA--TAC-A-------AAATATGAAA--GGTC-TA--CAT-----T----G-AATAGTTTAGGAAATATT--G-TATA
gi|24 : aTTAAAAGTAGGTCAAA-------GGG----------CACAA----AAG-TCAAAA--T--------------T----TATGACATAAA-A-------T-G--AAAGG----TT-TTGCC--GTA-------------T--------GAACT-t
gi|26 : acgttgtc--AAAGG----GT-TTGCC--ATG-------------T--------GAAGT-A----AG--TA--TA---------------TGAAA--GATC-TA--TCT-----T----G-AATAGTACAGAAAATAT
gi|27 : TAAAAGTAGTTCAAACTT---TGAGTTCA--AGATCAC-ATTTTTAG-TC-AAAGC--CA-AG-ACA----T----
gi|28 : A--AGGTCAC-A----AAG-TCAAAAG----------------T----TGTGATATAAA-T-------T-A--CAAGG----TT-TGGCC--GTA-------------gaaa
gi|29 : -A----TG--CA--CAC-A-------ATATAGGAAA--TATA-TA--CTT-----T----G-AATAATTTAGGAAATACT--G-TACAagtaaaat
gi|3 : -A----AAG-TCAAAAGCTA---TG-A-----------TACAAAATGAA-AGGCCCGAT-G--AAAGG----TT-TC-CC--GTA-------------T--------AAAGT-A----TA--TACATAC-ATGTAAGCAAATATGAAA--GATC-TA--CATGTATCT----GTTATAGTATAGGAAATATT--T-TATAtt
gi|30 : tccacggtcacgaattt-A----TG--CA--TAC-A-------AAATATGAAA--GCTC-TA--CCT-----T----A-AATAGTTAAAGAGAtggtttttattttaattaaaaggtcccattcat
gi|33 : gtaatatatacAATATGGA---GCCC-TA--CCT-----T----A-AATAATTCAGGAGATATT--
gi|4 : C-A----AAG-TCAAAAGCT-------------------T-TGATATGAATA-------T-GTAAAAAG----AT-TTGAC--ATA-------------T--------GAAGT-A----TG--TC--CAC-A-------AAATATGAAA--GATC-CA--CCT-----T----G-AATGGTTGAGGAAATATT--G-CACA
gi|5 : tTTAAAAGTAGGTCAAACTC---TGGGTTAA--ACGCCAC-A----AAG-TTGAAAGCTACA-TGTACA----TG---TATGCCATGAA-A-------T-G--AAAGG----TT-TTGCC--ATA-------------T--------GAATT-A----TG--CA--TAC-A-------ATATATGAAA--GATG-TA--CCT-----T----A-AATAGTTTAGGAGATATT--G-TACAtattatgtattaccttaaaagatggtccatcatcaagttaaggtcata
gi|6 : TGATATAAA-A-------T-G--AAAGG----TT-TTGCC--ATA-------------T--------AAAGA-ATGACTG--CA--TAC-A-------A-----------------A--TCT-----T----G-AATAGTACAAGAAATATT--G-TACA
gi|6 : TTGAAGATGGGTCAAACTT---CCAGGTCA--AGGTCtatatatatgtataattctttcttattgaagatgggtcaaacttccaggtcaaggtc
gi|7 : tgatataaaatgaaaggttttgccatataaagaatgactgcatacaaatcttgaatagtacaagaaatattgtacatatatatatgtataattctttcttaTTAAAAGTAGCCCAAACTT---TGAGTTCA--AGATCAC-A----AAG-TCAAAAGC--CA-TG-A----------------TATGAA-A-------T-G--AAATG----TA-TTGCC--ATA-------------T--------GA--T-G----TA--CA--TAT-A-------AAACTTAAGT--GATA-CA--TCT-----TTTAAA-AATAGTTCAGGAAATAT
gi|8 : ttaCAAAAGGT-CA-T--ACA----T----CATGATCTGAT-A-------T-G--AAAAA----TA-TTGCC--ATA-------------A--------GAAAT-T----TA--TG--TAC-A-------GACCATAAAAAGAATC-AT--TTT-----T----A-AATATCTCA
gi|9 : catgatcttgctgtttgagatgggac-TCACAAGAT-CA-T--ATA----T----CATGTTACAAA-A-------T-G--AAAAAAACATA-TTGCC--ATA-------------TTGGCATAAGAAAT-C----TA--TA--TAC-ATG-----AAATA--AAA--ACTG-TA--TCT-----T----G-AATAGTTCAAGAAATATacat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAATAATCTTGTCGTAAAAACTCTACATAACAATAATATTATTTCTCTGATAGTTCAAGAAATATGGACTATGTAAGTAGGTCAAATTACAAGGTGTCAAGGTATTGTCACAAGGAATCTATATACAAAATAAGAAAACCCCGCTATACATAATTTGAGATATGTTTAAAAGGCTATGTTG
Unaligned ( gi|25 ): CAAAACATTTCATATACAAAATAGGAAAATCTTGCTTTTAAAAATTCAAAAGAGTCTATTACATGTA
Unaligned ( gi|31 ): AAAAAATCTTGCCATAAGAAATCCATATACATGTAATGAAAACTGTATCT
Unaligned ( gi|32 ): ATAGTTTAGGAAATATTGTATTTGTTAATTTTTCCTTAAAAGCAAG
Alignments
lowQualScore : 1111 77777777777777777 1111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 44 777777 5555 5 2 00000000000000000 2 5555555 1 5555 1 66666666666 6666666666666666666666 333333 22 22 1 8888888 3333 3 22 44444 3333 1 44 3
lowQualScore : . .... .. ...... .... . . ................. . ....... . .... . ........... ...................... ...... .. .. . ....... .... . .. ..... .... . .. .
lowQualScore : 1 2222 22 777777 7777 0 4 33333333333333333 1 9999999 7 0000 6 00000000000 2222222222222222222222 999999 33 33 7 0000000 0000 5 44 55555 9999 8 22 3
consensus : TTAAAAGTAGGTCAAACTT---CGAGTTCA--AGGTCAC------A----AA-G-TCAAAAGCT-CATG-ACAT----TATGA-TATGAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------GAAGT-A----TG--TA--TAC-A-------AAATATGAAA--GATC-TA--CCT-----T----G-AATAGTTCAGGAAATATT--G-TACA
Reference ( family-1034 ) : TTAAAAGTAGGTCAAACTT---CGAGTTCA--AGGTCAC------A----AA-G-TCAAAAGCT-CATG-ACAT----TATGA-TATGAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------GAAGT-A----TG--TA--TAC-A-------AAATATGAAA--GATC-TA--CCT-----T----G-AATAGTTCAGGAAATATT--G-TACA
gi|1 : ------A----AG-G-TCAAAAGGT-CATG--CAT----CATGG-TATGAAT-------G-GAAAAA----TC-TTGCC--A--------TT-------------TTAAA----GAAAT-C----TAAATA--TAC-A-------AAATATGAAA--GGTC-TA--TTT-----T----G-AATAGTTCAGGAAACATTAAA-TACA
gi|1 : AAGG----TCCTTGGC--A--------AA-------------A--------GAAAT-C----TA--TA--TGT-A-------AAATATGAAA--ACCC-TG--CTT-----G----A-AATAGTTcgaatgtcacttttagaaaatcaaaaaccccaaggtccttggcaaaagaaatctatatgtaaaatatgaaaaccctgcttgaaatagtttga
gi|10 : aaggtcaaaaggtcatgcatcatggtatgaatggaaaaatcttgccattttaaagaaatctaaatatacaaaatatgaaaggtctattttgaatagttcaggaaacattaaatacacgaatgtcacttttagaaaatcaaaaaccccAGTTCA--AGATCAC------A----AA-G-TCCAAAGCT-C------------TAAGA-TATGAAA-------T--AAAGG----TT-TCGTC--A--------TA-------------T--------TA--T-A----TG--TA--TAC-A-------AAATACGAAA--GATC-TA--CCT-----T----A---------AGGAAATATT--G-TATAtga
gi|11 : ------A----AG-G-TCATCGGGT-CAT--ACAT----CATGG-TCTAAAA-------T-GAAAGT----TC-TTGCC--T--------TA-------------A--------GAAAT----------------C-----------ATATGAAA---ACCATA--CCT-----T----G-AATAGTTt
gi|12 : ggaaaCAAAAG-T-CATG-TCAC-------------GAAA-------T-GTAAGG----TT-TTGCT--A--------TT-------------A--------GAAAT-T----TA--TG--TTT-A-------AAAGATGAAA--G-TCATA--TCT-----C----A-GATAGTTTGAAAAATATttaaactacattatatac
gi|13 : catgcaA-------T-AAAAAG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------GAAGT-A----TG--TA--TAC-A-------AAATTTGAAA--GAAC-TA--CCT-----T----G-GCTAGTTTAGGAAATATT--G-CAcatttacg
gi|14 : taatTTAAAAGTAGGTCAAA-----------------GGTCAC------A----AAAG-TCAAAA------T-----T----TACGA-TATAAAA-------T-GAAAGGT---TT-TTGCC--ATATGAACTTA-------------T--------GAAAT-A----TG--TA--TAC-A-------tttgctaatttttccttaaaag
gi|15 : cgttgtcA--AGGTCAC------A----AA-G-TCAAAAGCT---------------ATGA-TATAAGA-------T-AAAAGA----TT-TTGCC--A--------TATATGAAGTATCATT--------AAAGT-A----TG--TA--TACAA-------AAAAATGAAA--GATC-TA--ct
gi|16 : AAA-------T-GAAAGG----TT-TTG-C--A--------TA-------------T--------GAAGTAA----TG--TC--TAC-A-------AAATA------------------T-----T----G-AAAAGTGCA-GAAGTATT--GATACAagt
gi|17 : aAAAGTAGGCCAAACTT---CGAGTTCA--TG----C------G----AA-G-TCAAAA----------CA------ATGA-TATGAAA-------T-GAAAGG----TT-TTACCCGA--------TA-------------T--------GAAGT-A----TA--TA--TTC-A-------AAATATGAAtgtatatgttttaattttgattattaa
gi|18 : AATATGTGA--GCTC-GA--TCT-----T----A-AATAATTCAGGAGATATT--G-
gi|19 : AAAGTAGATCAAACTT---TGAGTTCATTGGGTCAC------A----AA-A-TCAAAAGCT--AT---CATA---TATAA-TAT---------------AAGG----TT-TTGCCATA--------TA-------------T--------GAAGA-A----TA--TG--TAC-aatatgtaaggtttccttaaaagctggctaatctccaatgtaaaagtcacaa
gi|20 : -GAGAGA----TC-TTGCC--A--------TA-------------A--------GATAT-C----TA--CA--CAC-A-------AACTATGAAA--AGTT-CATTTTT-----T----A-ATTAGTTCAAGAAATATT--G-AACA
gi|21 : GGTCGAACTTACTTGAATTCA--AGATAAA------A----AA-AATAAAAAG-----------T----CATGA-TACGAAA-------TTGAAATG----TT-TTGCC--A--------TA-------------A--------GAtgtcatattttaa
gi|22 : tatggttttttacttA-G-TTAACAG-----TG-ACATATTCTATGG-TGTGAAA-------T-AAAATG----TC-TTGCC------------A-------------T--------GAAAT-A----TC--CA--T---G-------AAATATGATA--GATC-TA--CCT-----T----A-GAT
gi|23 : AAA-------T-CAAAAG----TT-TTGTT--A--------TA-------------T--------GTAGC-A----TG--TA--TAC-A-------AAATATGAAA--GGTC-TA--CAT-----T----G-AATAGTTTAGGAAATATT--G-TATA
gi|24 : aTTAAAAGTAGGTCAAA-----------------GGGCAC------A----AAAG-TCAAAA------T-----T----TATGA-CATAAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--G--------TA-------------T--------GAAt
gi|26 : acgttgtcAAAGG----GT-TTGCC--A--------TG-------------T--------GAAGT-A----AG--TA--TA---------------TGAAA--GATC-TA--TCT-----T----G-AATAGTACAGAAAATATct
gi|27 : TAAAAGTAGTTCAAACTT---TGAGTTCA--AGATCAC------ATTTTTA-G-TC-AAAGC--CAAG-ACAT----
gi|28 : A--AGGTCAC------A----AA-G-TCAAAAG-----------T----TGTGA-TATAAAT-------T-ACAAGG----TT-TGGCC--G--------T------------------------AAGT-A----gaaa
gi|29 : -A----TG--CA--CAC-A-------ATATAGGAAA--TATA-TA--CTT-----T----G-AATAATTTAGGAAATACT--G-TACAaaat
gi|3 : TCCA--CGGTCACGAATTTA----AA-G-TCAAAAGCT--ATG-A-------TACAA-AATGAAAGGCCCGAT-GAAAGG----TT-TC-CC--G--------TA-------------T--------AAAGT-A----TA--TACATAC-ATGTAAGCAAATATGAAA--GATC-TA--CATGTATCT----GTTATAGTATAGGAAATATT--T-TATAtt
gi|30 : -A----TG--CA--TAC-A-------AAATATGAAA--GCTC-TA--CCT-----T----A-AATAGTTAAAGAGAtggtttttattttaattaaaaggtcccattcat
gi|33 : gtaatatatacAATATGGA---GCCC-TA--CCT-----T----A-AATAATTCAGGAGATATT--
gi|4 : C------A----AA-G-TCAAAAGCT-T-TG-A-------TATGAATATG----------T-AAAAAG----AT-TTGAC--A--------TA-------------T--------GAAGT-A----TG--TC--CAC-A-------AAATATGAAA--GATC-CA--CCT-----T----G-AATGGTTGAGGAAATATT--G-CACA
gi|5 : tTTAAAAGTAGGTCAAACTC---TGGGTTAA--ACGCCAC------A----AA-G-TTGAAAGCTACATGTACATG---TATGC-CATGAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------GAATT-A----TG--CA--TAC-A-------ATATATGAAA--GATG-TA--CCT-----T----A-AATAGTTTAGGAGATATT--G-TACAtattatgtattaccttaaaagatggtccatcatcaagttaaggtcata
gi|6 : TGA-TATAAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------AAAGA-ATGACTG--CA--TAC-A-------A-----------------A--TCT-----T----G-AATAGTACAAGAAATATT--G-TACA
gi|6 : TTGAAGATGGGTCAAACTT---CCAGGTCA--AGGTCtatatatatgtataattctttcttattgaagatgggtcaaacttccaggtcaaggtc
gi|7 : tgatataaaatgaaaggttttgccatataaagaatgactgcatacaaatcttgaatagtacaagaaatattgtacatatatatatgtataattctttcttaTTAAAAGTAGCCCAAACTT---TGAGTTCA--AGATCAC------A----AA-G-TCAAAAGC---------------CATGA-TATGAAA-------T-GAAATG----TA-TTGCC--A--------TA-------------T--------GATGT-A--------CA--TAT-A-------AAACTTAAGT--GATA-CA--TCT-----TTTAAA-AATAGTTCAGGAAATAT
gi|8 : ttaCAAAAGGT-CAT--ACAT----CATGA-TCTGATA-------T-GAAAAA----TA-TTGCC--A--------TA-------------A--------GAAAT-T----TA--TG--TAC-A-------GACCATAAAAAGAATC-AT--TTT-----T----A-AATATCTCA
gi|9 : catgatcttgctgtttgagatgggac-TCACAAGAT-CAT--ATAT----CATGT-TACAAAA-------T-GAAAAAAACATA-TTGCC--A--------TA-------------TTGGCATAAGAAAT-C----TA--TA--TAC-ATG-----AAATA--AAA--ACTG-TA--TCT-----T----G-AATAGTTCAAGAAATATacat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAATAATCTTGTCGTAAAAACTCTACATAACAATAATATTATTTCTCTGATAGTTCAAGAAATATGGACTATGTAAGTAGGTCAAATTACAAGGTGTCAAGGTATTGTCACAAGGAATCTATATACAAAATAAGAAAACCCCGCTATACATAATTTGAGATATGTTTAAAAGGCTATGTTG
Unaligned ( gi|25 ): CAAAACATTTCATATACAAAATAGGAAAATCTTGCTTTTAAAAATTCAAAAGAGTCTATTACATGTA
Unaligned ( gi|31 ): AAAAAATCTTGCCATAAGAAATCCATATACATGTAATGAAAACTGTATCT
Unaligned ( gi|32 ): ATAGTTTAGGAAATATTGTATTTGTTAATTTTTCCTTAAAAGCAAG
Alignments
lowQualScore : 1111 77777777777777777 1111111111111111111111
lowQualScore : 1 2222 44 777777 5555 5 2 00000000000000000 2 5555555 1 5555 1 66666666666 6666666666666666666666 333333 22 22 1 8888888 3333 3 22 44444 3333 1 44 3
lowQualScore : . .... .. ...... .... . . ................. . ....... . .... . ........... ...................... ...... .. .. . ....... .... . .. ..... .... . .. .
lowQualScore : 1 2222 22 777777 7777 0 4 33333333333333333 1 9999999 7 0000 6 00000000000 2222222222222222222222 999999 33 33 7 0000000 0000 5 44 55555 9999 8 22 3
consensus : TTAAAAGTAGGTCAAACTT---CGAGTTCA--AGGTCAC------A----AA-G-TCAAAAGCT-CATG-ACAT----TATGA-TATGAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------GAAGT-A----TG--TA--TAC-A-------AAATATGAAA--GATC-TA--CCT-----T----G-AATAGTTCAGGAAATATT--G-TACA
Reference ( family-1034 ) : TTAAAAGTAGGTCAAACTT---CGAGTTCA--AGGTCAC------A----AA-G-TCAAAAGCT-CATG-ACAT----TATGA-TATGAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------GAAGT-A----TG--TA--TAC-A-------AAATATGAAA--GATC-TA--CCT-----T----G-AATAGTTCAGGAAATATT--G-TACA
gi|1 : ------A----AG-G-TCAAAAGGT-CATG--CAT----CATGG-TATGAAT-------G-GAAAAA----TC-TTGCC--A--------TT-------------TTAAA----GAAAT-C----TAAATA--TAC-A-------AAATATGAAA--GGTC-TA--TTT-----T----G-AATAGTTCAGGAAACATTAAA-TACA
gi|1 : AAGG----TCCTTGGC--A--------AA-------------A--------GAAAT-C----TA--TA--TGT-A-------AAATATGAAA--ACCC-TG--CTT-----G----A-AATAGTTcgaatgtcacttttagaaaatcaaaaaccccaaggtccttggcaaaagaaatctatatgtaaaatatgaaaaccctgcttgaaatagtttga
gi|10 : aaggtcaaaaggtcatgcatcatggtatgaatggaaaaatcttgccattttaaagaaatctaaatatacaaaatatgaaaggtctattttgaatagttcaggaaacattaaatacacgaatgtcacttttagaaaatcaaaaaccccAGTTCA--AGATCAC------A----AA-G-TCCAAAGCT-C------------TAAGA-TATGAAA-------T--AAAGG----TT-TCGTC--A--------TA-------------T--------TA--T-A----TG--TA--TAC-A-------AAATACGAAA--GATC-TA--CCT-----T----A---------AGGAAATATT--G-TATAtga
gi|11 : ------A----AG-G-TCATCGGGT-CAT--ACAT----CATGG-TCTAAAA-------T-GAAAGT----TC-TTGCC--T--------TA-------------A--------GAAAT----------------C-----------ATATGAAA---ACCATA--CCT-----T----G-AATAGTTt
gi|12 : ggaaaCAAAAG-T-CATG-TCAC-------------GAAA-------T-GTAAGG----TT-TTGCT--A--------TT-------------A--------GAAAT-T----TA--TG--TTT-A-------AAAGATGAAA--G-TCATA--TCT-----C----A-GATAGTTTGAAAAATATttaaactacattatatac
gi|13 : catgcaA-------T-AAAAAG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------GAAGT-A----TG--TA--TAC-A-------AAATTTGAAA--GAAC-TA--CCT-----T----G-GCTAGTTTAGGAAATATT--G-CAcatttacg
gi|14 : taatTTAAAAGTAGGTCAAA-----------------GGTCAC------A----AAAG-TCAAAA------T-----T----TACGA-TATAAAA-------T-GAAAGGT---TT-TTGCC--ATATGAACTTA-------------T--------GAAAT-A----TG--TA--TAC-A-------tttgctaatttttccttaaaag
gi|15 : cgttgtcA--AGGTCAC------A----AA-G-TCAAAAGCT---------------ATGA-TATAAGA-------T-AAAAGA----TT-TTGCC--A--------TATATGAAGTATCATT--------AAAGT-A----TG--TA--TACAA-------AAAAATGAAA--GATC-TA--ct
gi|16 : AAA-------T-GAAAGG----TT-TTG-C--A--------TA-------------T--------GAAGTAA----TG--TC--TAC-A-------AAATA------------------T-----T----G-AAAAGTGCA-GAAGTATT--GATACAagt
gi|17 : aAAAGTAGGCCAAACTT---CGAGTTCA--TG----C------G----AA-G-TCAAAA----------CA------ATGA-TATGAAA-------T-GAAAGG----TT-TTACCCGA--------TA-------------T--------GAAGT-A----TA--TA--TTC-A-------AAATATGAAtgtatatgttttaattttgattattaa
gi|18 : AATATGTGA--GCTC-GA--TCT-----T----A-AATAATTCAGGAGATATT--G-
gi|19 : AAAGTAGATCAAACTT---TGAGTTCATTGGGTCAC------A----AA-A-TCAAAAGCT--AT---CATA---TATAA-TAT---------------AAGG----TT-TTGCCATA--------TA-------------T--------GAAGA-A----TA--TG--TAC-aatatgtaaggtttccttaaaagctggctaatctccaatgtaaaagtcacaa
gi|20 : -GAGAGA----TC-TTGCC--A--------TA-------------A--------GATAT-C----TA--CA--CAC-A-------AACTATGAAA--AGTT-CATTTTT-----T----A-ATTAGTTCAAGAAATATT--G-AACA
gi|21 : GGTCGAACTTACTTGAATTCA--AGATAAA------A----AA-AATAAAAAG-----------T----CATGA-TACGAAA-------TTGAAATG----TT-TTGCC--A--------TA-------------A--------GAtgtcatattttaa
gi|22 : tatggttttttacttA-G-TTAACAG-----TG-ACATATTCTATGG-TGTGAAA-------T-AAAATG----TC-TTGCC------------A-------------T--------GAAAT-A----TC--CA--T---G-------AAATATGATA--GATC-TA--CCT-----T----A-GAT
gi|23 : AAA-------T-CAAAAG----TT-TTGTT--A--------TA-------------T--------GTAGC-A----TG--TA--TAC-A-------AAATATGAAA--GGTC-TA--CAT-----T----G-AATAGTTTAGGAAATATT--G-TATA
gi|24 : aTTAAAAGTAGGTCAAA-----------------GGGCAC------A----AAAG-TCAAAA------T-----T----TATGA-CATAAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--G--------TA-------------T--------GAAt
gi|26 : acgttgtcAAAGG----GT-TTGCC--A--------TG-------------T--------GAAGT-A----AG--TA--TA---------------TGAAA--GATC-TA--TCT-----T----G-AATAGTACAGAAAATATct
gi|27 : TAAAAGTAGTTCAAACTT---TGAGTTCA--AGATCAC------ATTTTTA-G-TC-AAAGC--CAAG-ACAT----
gi|28 : A--AGGTCAC------A----AA-G-TCAAAAG-----------T----TGTGA-TATAAAT-------T-ACAAGG----TT-TGGCC--G--------T------------------------AAGT-A----gaaa
gi|29 : -A----TG--CA--CAC-A-------ATATAGGAAA--TATA-TA--CTT-----T----G-AATAATTTAGGAAATACT--G-TACAaaat
gi|3 : TCCA--CGGTCACGAATTTA----AA-G-TCAAAAGCT--ATG-A-------TACAA-AATGAAAGGCCCGAT-GAAAGG----TT-TC-CC--G--------TA-------------T--------AAAGT-A----TA--TACATAC-ATGTAAGCAAATATGAAA--GATC-TA--CATGTATCT----GTTATAGTATAGGAAATATT--T-TATAtt
gi|30 : -A----TG--CA--TAC-A-------AAATATGAAA--GCTC-TA--CCT-----T----A-AATAGTTAAAGAGAtggtttttattttaattaaaaggtcccattcat
gi|33 : gtaatatatacAATATGGA---GCCC-TA--CCT-----T----A-AATAATTCAGGAGATATT--
gi|4 : C------A----AA-G-TCAAAAGCT-T-TG-A-------TATGAATATG----------T-AAAAAG----AT-TTGAC--A--------TA-------------T--------GAAGT-A----TG--TC--CAC-A-------AAATATGAAA--GATC-CA--CCT-----T----G-AATGGTTGAGGAAATATT--G-CACA
gi|5 : tTTAAAAGTAGGTCAAACTC---TGGGTTAA--ACGCCAC------A----AA-G-TTGAAAGCTACATGTACATG---TATGC-CATGAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------GAATT-A----TG--CA--TAC-A-------ATATATGAAA--GATG-TA--CCT-----T----A-AATAGTTTAGGAGATATT--G-TACAtattatgtattaccttaaaagatggtccatcatcaagttaaggtcata
gi|6 : TGA-TATAAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------AAAGA-ATGACTG--CA--TAC-A-------A-----------------A--TCT-----T----G-AATAGTACAAGAAATATT--G-TACA
gi|6 : TTGAAGATGGGTCAAACTT---CCAGGTCA--AGGTCtatatatatgtataattctttcttattgaagatgggtcaaacttccaggtcaaggtc
gi|7 : tgatataaaatgaaaggttttgccatataaagaatgactgcatacaaatcttgaatagtacaagaaatattgtacatatatatatgtataattctttcttaTTAAAAGTAGCCCAAACTT---TGAGTTCA--AGATCAC------A----AA-G-TCAAAAGC---------------CATGA-TATGAAA-------T-GAAATG----TA-TTGCC--A--------TA-------------T--------GATGT-A--------CA--TAT-A-------AAACTTAAGT--GATA-CA--TCT-----TTTAAA-AATAGTTCAGGAAATAT
gi|8 : ttaCAAAAGGT-CAT--ACAT----CATGA-TCTGATA-------T-GAAAAA----TA-TTGCC--A--------TA-------------A--------GAAAT-T----TA--TG--TAC-A-------GACCATAAAAAGAATC-AT--TTT-----T----A-AATATCTCA
gi|9 : catgatcttgctgtttgagatgggac-TCACAAGAT-CAT--ATAT----CATGT-TACAAAA-------T-GAAAAAAACATA-TTGCC--A--------TA-------------TTGGCATAAGAAAT-C----TA--TA--TAC-ATG-----AAATA--AAA--ACTG-TA--TCT-----T----G-AATAGTTCAAGAAATATacat
blockSeqs : C ACTT TT GAATTT TTTT A A CTACATGTACATGT A GGCCCGA T AACA C ATATGAACT TATGAAGTATCATT ATGAC . CA A TGTAAGC AGAA A TT GTATC TTAA T . A
blockSeqs : C C . . . A . TGACATATTCT . . . T . CGA TTGGCATAA AA . . . TG AC A . . . . . .
blockSeqs : C T . . . . . GTCATACATC . . . . . ATA A C . . . . GA . . . . . . .
blockSeqs : C T . . . . . GTCATACATC . . . . . A T A . . . . GA . . . . . . .
blockSeqs : C T . . . . . ATCATATATC . . . . . A A T . . . . GA . . . . . . .
blockSeqs : C C . . . . . TCATGTCAC . . . . . T A A . . . . GC . . . . . . .
blockSeqs : C T . . . . . CTATCATAT . . . . . A T A . . . . AG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . CTATGAT . . . . . A T A . . . . GA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CTTTGAT . . . . . A T A . . . . GG . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . CTCT . . . . . A T A . . . . GA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TTT . . . . . A T C . . . . TA . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . TTT . . . . . A A A . . . . GA . . . . . .
blockSeqs : . . . . CT . . . . . A A A . . . . GC . . . . .
blockSeqs : . . . . CA . . . . . G T A . . . . GC . . . . .
blockSeqs : . . TC . . . . . A T A . . . . GA . . . . .
blockSeqs : . TT . . . . . G T A . . . . GA . . . . .
blockSeqs : CC . . . . . G T A . . . . GA . . . . .
blockSeqs : . . . . . A T A . . . . AC . . . . .
blockSeqs : . . . . A T A . . . . A . . . . .
blockSeqs : . . . . A T A . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . A T A . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A T T . . . . . . .
blockSeqs : . . A A C . . .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : T*** CTTCAAT********** T********************* ** **
originalCons : TTAAAAGTAGGTCAAACTT---CGAGTTCA--AGGTCAC------A----AA-G-TCAAAAGCT-CATG-ACAT----TATGA-TATGAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------GAAGT-A----TG--TA--TAC-A-------AAATATGAAA--GATC-TA--CCT-----T----G-AATAGTTCAGGAAATATT--G-TACA
finalCons : TTAAAAGTAGGTCAAACTTT---GAGTTCA--AGGTCAC------A----AA-G-TCAAAAGCTTCAAT----------ATGA-TATGAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--A--------TAT---------------------GAAGT-A----TG--TA--TAC-A-------AAATATGAAA--GATC-TA--CCT-----T----G-AATAGTTCAGGAAATATT--G-TACA
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAATAATCTTGTCGTAAAAACTCTACATAACAATAATATTATTTCTCTGATAGTTCAAGAAATATGGACTATGTAAGTAGGTCAAATTACAAGGTGTCAAGGTATTGTCACAAGGAATCTATATACAAAATAAGAAAACCCCGCTATACATAATTTGAGATATGTTTAAAAGGCTATGTTG
Unaligned ( gi|25 ): CAAAACATTTCATATACAAAATAGGAAAATCTTGCTTTTAAAAATTCAAAAGAGTCTATTACATGTA
Unaligned ( gi|31 ): AAAAAATCTTGCCATAAGAAATCCATATACATGTAATGAAAACTGTATCT
Unaligned ( gi|32 ): ATAGTTTAGGAAATATTGTATTTGTTAATTTTTCCTTAAAAGCAAG
Alignments
lowQualScore : 111111 5555555555555555 1111111111111111111111
lowQualScore : 777 33 000000 5555 2 2 1111111111111111 2 5555555 1 5555 1 66666666666 6666666666666666666666 1 3333 22 22 1 8888888 2 3 22 44444 4444 1 44 3
lowQualScore : ... .. ...... .... . . ................ . ....... . .... . ........... ...................... . .... .. .. . ....... . . .. ..... .... . .. .
lowQualScore : 888 77 333333 7777 7 7 0000000000000000 1 9999999 8 2222 7 66666666666 2222222222222222222222 7 5555 44 44 7 4444444 9 6 55 88888 0000 9 22 3
consensus : TTAAAAGTAGGTCAAACTT---CGAGTTCA--AGGTCAC------A----AA-G-TCAAAAGCT-TCA-------ATATGA-TATGAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------GAAGT-A----TG--TA--TAC-A-------AAATATGAAAGATC-TA--CCT-----T----G-AATAGTTCAGGAAATATT--G-TACA
Reference ( family-1034 ) : TTAAAAGTAGGTCAAACTT---TGAGTTCA--AGGTCAC------A----AA-G-TCAAAAGCT-TCA-------ATATGA-TATGAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------GAAGT-A----TG--TA--TAC-A-------AAATATGAAAGATC-TA--CCT-----T----G-AATAGTTCAGGAAATATT--G-TACA
gi|1 : A--AGGTCAA------A----AG-G-TCA-----T-GCA-------TCATGG-TATGAAT-------G-GAAAAA----TC-TTGCC--A--------TT-------------TTAAA----GAAAT-C----TAAATA--TAC-A-------AAATATGAAAGGTC-TA--TTT-----T----G-AATAGTTCAGGAAACATTAAA-TACA
gi|1 : AAGG----TCCTTGGC--A--------AA-------------A--------GAAAT-C----TA--TA--TGT-A-------AAATATGAAAACCC-TG--CTT-----G----A-AATAGTTcgaatgtcacttttagaaaatcaaaaaccccaaggtccttggcaaaagaaatctatatgtaaaatatgaaaaccctgcttgaaatagtttga
gi|10 : aaggtcaaaaggtcatgcatcatggtatgaatggaaaaatcttgccattttaaagaaatctaaatatacaaaatatgaaaggtctattttgaatagttcaggaaacattaaatacacgaatgtcacttttagaaaatcaaaaaccccAGTTCA--AGATCAC------A----AA-G-TCCAAAGCT-CTA-------A---GA-TATGAAA-------T--AAAGG----TT-TCGTC--A--------TA-------------T--------TA--T-A----TG--TA--TAC-A-------AAATACGAAAGATC-TA--CCT-----T----A---------AGGAAATATT--G-TATAtga
gi|11 : A--AGGTCAT------C----GG-G-TCATA------CA-------TCATGG-TCTAAAA-------T-GAAAGT----TC-TTGCC--T--------TA-------------A--------GAAAT----------------C-----------ATATGAAA-ACCATA--CCT-----T----G-AATAGTTt
gi|12 : ggaaaCAAAAG---TCA----------TGT-CACGAAA-------T-GTAAGG----TT-TTGCT--A--------TT-------------A--------GAAAT-T----TA--TG--TTT-A-------AAAGATGAAAG-TCATA--TCT-----C----A-GATAGTTTGAAAAATATttaaactacattatatac
gi|13 : catgcaA-------T-AAAAAG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------GAAGT-A----TG--TA--TAC-A-------AAATTTGAAAGAAC-TA--CCT-----T----G-GCTAGTTTAGGAAATATT--G-CAcatttacg
gi|14 : taatTTAAAAGTAGGTCA---------------A--AGGTCACA-----A----AA-G-TCAAAA--T-T----------TACGA-TATAAAA-------T-GAAAGGT---TT-TTGCC--ATATGAACTTA-------------T--------GAAAT-A----TG--TA--TAC-A-------tttgctaatttttccttaaaag
gi|15 : cgttgtcA--AGGTCAC------A----AA-G-TCAAAAGC-------------TATGA-TATAAGA-------T-AAAAGA----TT-TTGCC--A--------TATATGAAGTATCATT--------AAAGT-A----TG--TA--TACAA-------AAAAATGAAAGATC-TA--ct
gi|16 : AAA-------T-GAAAGG----TT-TTG-C--A--------TA-------------T--------GAAGTAA----TG--TC--TAC-A-------AAATA----------------T-----T----G-AAAAGTGCA-GAAGTATT--GATACAagt
gi|17 : aAAAGTAGGCCAAACTT---CGAGTTCA--TG----C------G----AA-G-TCAAAA-----CA-------AT--GA-TATGAAA-------T-GAAAGG----TT-TTACCCGA--------TA-------------T--------GAAGT-A----TA--TA--TTC-A-------AAATATGAAtgtatatgttttaattttgattattaa
gi|18 : AATATGTGAGCTC-GA--TCT-----T----A-AATAATTCAGGAGATATT--G-
gi|19 : AAAGTAGATCAAACTT---TGAGTTCATTGGGTCAC------A----AA-A-TCAAAAGCTATCAT------ATATAA-TAT---------------AAGG----TT-TTGCCATA--------TA-------------T--------GAAGA-A----TA--TG--TAC-aatatgtaaggtttccttaaaagctggctaatctccaatgtaaaagtcacaa
gi|20 : -GAGAGA----TC-TTGCC--A--------TA-------------A--------GATAT-C----TA--CA--CAC-A-------AACTATGAAAAGTT-CATTTTT-----T----A-ATTAGTTCAAGAAATATT--G-AACA
gi|21 : GGTCGAACTTACTTGAATTCA--AGATAAA------A----AA-AATAAAAAG---TCA----------TGA-TACGAAA-------TTGAAATG----TT-TTGCC--A--------TA-------------A--------GAtgtcatattttaa
gi|22 : tatggttttttacttTATGG-TGTGAAA-------T-AAAATG----TC-TTGCC------------A-------------T--------GAAAT-A----TC--CA--T---G-------AAATATGATAGATC-TA--CCT-----T----A-GAT
gi|23 : agttaacagtgacatattcAAA-------T-CAAAAG----TT-TTGTT--A--------TA-------------T--------GTAGC-A----TG--TA--TAC-A-------AAATATGAAAGGTC-TA--CAT-----T----G-AATAGTTTAGGAAATATT--G-TATA
gi|24 : aTTAAAAGTAGGTCAAA-----------------GGGCAC------A----AAAG-TCAAAA--T-T----------TATGA-CATAAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--G--------TA-------------T--------GAAt
gi|26 : acgttgtcAAAGG----GT-TTGCC--A--------TG-------------T--------GAAGT-A----AG--TA--TA---------------TGAAAGATC-TA--TCT-----T----G-AATAGTACAGAAAATATct
gi|27 : TAAAAGTAGTTCAAACTT---TGAGTTCA--AGATCAC------ATTTTTA-G-TC-AAAGC---CA-------A---GA-CATGAAA-------
gi|28 : A--AGGTCAC------A----AA-G-TCAAAAGT-------------TGTGA-TATAAAT-------T-ACAAGG----TT-TGGCC--G--------T------------------------AAGT-A----
gi|29 : -A----TG--CA--CAC-A-------ATATAGGAAATATA-TA--CTT-----T----G-AATAATTTAGGAAATACT--G-TACAaaat
gi|3 : TCCA--CGGTCACGAATTTA----AA-G-TCAAAAGCT-ATG-------ATACAA-AATGAAAGGCCCGAT-GAAAGG----TT-TC-CC--G--------TA-------------T--------AAAGT-A----TA--TACATAC-ATGTAAGCAAATATGAAAGATC-TA--CATGTATCT----GTTATAGTATAGGAAATATT--T-TATAtt
gi|30 : -A----TG--CA--TAC-A-------AAATATGAAAGCTC-TA--CCT-----T----A-AATAGTTAAAGAGAtggtttttattttaattaaaaggtcccattcat
gi|33 : gtaatatatacAATATGGA-GCCC-TA--CCT-----T----A-AATAATTCAGGAGATATT--
gi|4 : C------A----AA-G-TCAAAAGCT-TTG-------ATATGAATATG----------T-AAAAAG----AT-TTGAC--A--------TA-------------T--------GAAGT-A----TG--TC--CAC-A-------AAATATGAAAGATC-CA--CCT-----T----G-AATGGTTGAGGAAATATT--G-CACA
gi|5 : tTTAAAAGTAGGTCAAACTC---TGGGTTAA--ACGCCAC------A----AA-G-TTGAAAGCT-ACATGTACATGTATGC-CATGAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------GAATT-A----TG--CA--TAC-A-------ATATATGAAAGATG-TA--CCT-----T----A-AATAGTTTAGGAGATATT--G-TACAtattatgtattaccttaaaagatggtccatcatcaagttaaggtcata
gi|6 : TGA-TATAAAA-------T-GAAAGG----TT-TTGCC--A--------TA-------------T--------AAAGA-ATGACTG--CA--TAC-A-------A---------------A--TCT-----T----G-AATAGTACAAGAAATATT--G-TACA
gi|6 : TTGAAGATGGGTCAAACTT---CCAGGTCA--AGGTCtatatatatgtataattctttcttattgaagatgggtcaaacttccaggtcaaggtc
gi|7 : tgatataaaatgaaaggttttgccatataaagaatgactgcatacaaatcttgaatagtacaagaaatattgtacatatatatatgtataattctttcttaTTAAAAGTAGCCCAAACTT---TGAGTTCA--AGATCAC------A----AA-G-TCAAAAGC-------------CATGA-TATGAAA-------T-GAAATG----TA-TTGCC--A--------TA-------------T--------GATGT-A--------CA--TAT-A-------AAACTTAAGTGATA-CA--TCT-----TTTAAA-AATAGTTCAGGAAATAT
gi|9 : ttaATGT-TACAAAA-------T-GAAAAAAACATA-TTGCC--A--------TA-------------TTGGCATAAGAAAT-C----TA--TA--TAC-ATG-----AAATA--AAAACTG-TA--TCT-----T----G-AATAGTTCAAGAAATAT
5 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|2 ): AAATAATCTTGTCGTAAAAACTCTACATAACAATAATATTATTTCTCTGATAGTTCAAGAAATATGGACTATGTAAGTAGGTCAAATTACAAGGTGTCAAGGTATTGTCACAAGGAATCTATATACAAAATAAGAAAACCCCGCTATACATAATTTGAGATATGTTTAAAAGGCTATGTTG
Unaligned ( gi|8 ): CATGATCTTGCTGTTTGAGATGGGACCAAAAGGTCATACATCATGATCTGATATGAAAAATATTGCCATAAGAAATTTATGTACAGACCATAAAAAGAATCATTTTTAAATATCTCAACAT
Unaligned ( gi|25 ): CAAAACATTTCATATACAAAATAGGAAAATCTTGCTTTTAAAAATTCAAAAGAGTCTATTACATGTA
Unaligned ( gi|31 ): AAAAAATCTTGCCATAAGAAATCCATATACATGTAATGAAAACTGTATCT
Unaligned ( gi|32 ): ATAGTTTAGGAAATATTGTATTTGTTAATTTTTCCTTAAAAGCAAG