lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11 22222 555555555555555555555555555555555 2222222 2222 11 11 2 1 11111111 11111 666666666666666666666666666666 333 222222222 1 666666666666666666666666 1 66666666 1 1 44 1 1 2222222222 1 4 1 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 1 1111
lowQualScore : 77 2 33333 000000000000000000000000000000000 2 3333333 2 7777 2 5 2 3 88 55 0 1 77 5 6 77 66666666 99 0 99 7 9 6 44444 5 77 222222222222222222222222222222 666 999999999 8 6 0 444444444444444444444444 5 55555555 3 1 3 55 3 3 9999999999 3 2 0 6 5 888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 0 4444 3
lowQualScore : .. . ..... ................................. . ....... . .... . . . . .. .. . . .. . . .. ........ .. . .. . . . ..... . .. .............................. ... ......... . . . ........................ . ........ . . . .. . . .......... . . . . . ........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................ . .... .
lowQualScore : 55 5 55555 111111111111111111111111111111111 7 7777777 5 8888 5 0 7 6 11 11 1 4 99 7 4 99 66666666 22 8 22 3 2 7 33333 7 44 666666666666666666666666666666 444 888888888 0 0 0 444444444444444444444444 0 00000000 3 0 3 00 3 3 0000000000 3 5 0 0 0 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 0 8888 0
consensus : NNTACCTNGTGCGGGTATTCCATNGAGCTTTTCTCCTAC-CGT-AT-T---CG-TCCTT-AGA-C--GAC-GAT-AGGAGAA-----G-GGG-GCTGGT---T-TT-AATC-AG-ACCTGAGTGAAAAA-TTCTCAAGTGGGACTGT-AAA--CAA-TATA--CAAT----CA--ATTA--TTAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTT-AAAATATG------A-ATA----GTT-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--A-A----AA-ATACATCAGC--ATA------CA----------TTGTGC-GGTATATT--CCTCGAC-TTTCT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TNTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG--TCATGC---------T-A-CTT----AGTT-AT-ATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-A-C-A----------TGAANT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGACT-ACTAATGG----AT--TTT----T-------TTAAACAA--------ACTCTG-ATGT-A------TA---TAAT-ACA-CATCGTATGGA-----A------TA------------CAT------ATG-CATATGC--TAGTT--TTCAGTGTAAATAGG-TA-GC-ACAT--ACATAAGAA-TTTATAAGGATAGAA-GGTAAAGTTA-TANAATTTAA
Reference ( gi|2 ) : ATTACTTGGTGCGGGTATTCC-TCG-GCTTTTCTCCTAC-TGT-ATCT---CG-TCCTTTAGA-C--GACCGAT-AGGAGAA-----A-GGG-GCTGG----T-TT-AATC-AG-ACCTGAGTGAAAAT-TTCTCAAGTGGGACTGT-AAA--CAA-TATA--CAAT----CA--ATTA--TTAT--ATTTGTATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTT-AAAATTTG------A-ATC----GTT-TG-----TATAATTCAAAGGCACACTAACGGG--G-A----AA-ATGCATCAGCCAATA------CA----------TTGTGCGGGTATAAT--C--CGAC-TTTTT-GGCT--AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TGTGAACTTTTATAACGAGGGATTTGG-ATCTTGC---------T-A-CTT----AGTTAATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-A-C-A----------TGAATT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGACTAACTAATGG----AT--TTT----T-------TCAAACAA--------ACTCTGAATGT-A------TA---TCAT-ACA-CATCGGATGGA-----A------TA------------CAT------ATG-CATATGC--TAGTT--TTCAGTGTAAATAGGGTA-GC-ACATGTACATAAGAAATTTATAAGGAT-GAA-GGTAAAACTA-TATAATTTAA
gi|3 : TACCTTGTGCAGGTATTCCATCG-ACTTTTCTCCTACATGT-ATAT---C------TTAGAGT--GAC-GAT-AGGAGAA-------GGG-GCTGG----T-TA-AATC-AG-ACNNNNNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNN-NNN--NNN-NNNN--NNNN----NN--NNNN--NNNN--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGCC-----GTTAAAAATTTG------A-ATA----GTT-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACAC---CGGG--A-A----AACATACAT--GC--ATA------CA-----------TGTGCGGGTATATT--CCTCGAC-TTGTT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----CAGTGTTTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG---CATGC---------TCA-CTT----AGTT-AT-ATTTAGAT--TAA--GATCA-TAT-A-A-CAA----------TGAA-T-----TAACTGGATAAAAGTAAGATTTGACTAACTAATGGTTTTAT--TTTAAAAT-------TCAAAC-A--------ACTCTG-ATGT-A-------A---TAAT-ACACCATTGGATGTA-----ATACATGTA------------CAT------ATG-CATATGC--CAG----TTCAGTG----TAGAATA-GCTAC-----CATAAAGAA-TTAT-AGGAT-
gi|1 : tctgattacagCTTG-TGAGGATATTCC-TAGAGCTTTTCTCCTAC-CAT-GTTTAATCGGTCCTT--GA-C--GA--GAA-TGGAGA--------GGG-GCTGG----T-TT-AGTCCAG-AC-TGAGTGAAAAT-T-CTCATGTGGAA-TGT-AAA--AAA-T-TA--CAAT----CA--ATTA--TT-T--AT--GCATTCA-ACCTTGAGCGTC-----GTT-AAAATATG------A-ATA----GTTGGG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT--CGGG--GAA----AA-ATACAT-AG-CAATA------TA----------TTGTGGCGGTATATTTCT--CGACATTTCTGGGCTTAAT-TAT-GAGTGCTTT----TAGT-Tag
gi|4 : CTTTTTTCCCCA-TGTTATAT---CG-TCATTTAGA-TTTG-CCGGTTAGGAGAA-----A-GGG-GCTGG----TGTT-TATC-AG-AC--GAGTGAGAAA-TTCTCATGTGGGA-TGTCAAA--CA--TATA--CAA-----CA--ATCA--ATAC--AT--GTATGTA---CTTGAGTGTC-----GTT-AAAA-TTG------ATGTCTAGTGTT-GA-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--A-AAAACAA-ATACATCGGCATATAGTTGGTCAGTCTCAGAATTTGTGC-GGTAT--T--CCTCGAC-TTTCT-GGCTC-ATCTGTCGAG---CTTTCTCTAGT-TGTGAAC-TTTGTAAAGAGGGTTTTGGTATC-TACTTTTAAAAGT-A-TTTTTTAAGTT-ATAATTTGGATGAC-A--GATCAGTATAA-A-C-AATGCAATAACTGAACT-----TAACT-----AAGGT-AGATTTGACCTACGTGTAC----AT--TTC----T-------TTAAtcataattacgtttaaatacattgtttatcgccatttttatatttgatttgtaaagagggatttggtcatgctagcttgttttatttagattattactcatatacaccatgagattaattgtataaagtagatttactaccaatggatagttttaaaccaattgaacaaactttgatgtaatcggttacagtcttaacacatggtatggagtactgtacatataccatatgtagttgtgtatagtaccaagaattataggatagaagggtaaagcaaataattttaa
gi|12 : tctttCCTTTCTCCTAT-CGT--------TA-TCCT---GA-C--GAC-GAT-AGGAGAA-----G-GGG-GCTGAT---T-TT-AATC-AG-A
gi|15 : tgattaaaacccccaacccCCTTTCTCCTA---------T---CG-T-------A-C--GAC-GAT-AGGAGAAG----G-GGG-GCTGGT---T-TT-AATC-A
gi|10 : CTCTCTTCTTAC-C-T-AT-T---CG-TCCGTCAG-----GGTCGAT-AGGAGAA-----G-GGGCGCTGG----T-TT-gggctggttttaatcag
gi|7 : tggtttaaaccagcccccaccccccccccccccTTTTCTCCTACATGT-ATAT---CG-TCCTT-AGA-C--AAC-GAT-GGGAGAA-----G-GGG-GCTGGT---T-TT-AATC-AG-ACC-GAGTGAAAAA-TTCTCAAGTGAGA-TGTAAAA--CAATTATA--CAAT----TAG-ATCAGCTTATTGATTTGCACTCATATCTTGA-TGTC-----ATT-gttaattca
gi|8 : ctgatcacccccccctttttTTTTCACCT---TGT-ATTT---CG-TCATT-AGA-C--AACC-AT-AGGAGAAGG---A-GTG-GCTGG----T-TTTAATC-AGGACTTGAGTGAAAAAATTCTCAAGGAGGA-TGT-AAAGACAA-TATA--CAATTAATCA--ATTA--TTAT--ATTTG-ATTCC-ATTCTGAGTGTCGATTTGTT-AAAA
gi|12 : cctttTTCTCCTA---------T---CG-TCGTCAGGA-T--AAC-GAT-AGGAGAA-----AGGGG-GTTGGGGGTT-TT-AATC-A
gi|20 : GA-C--GAC-GAT-AGGAGAAGGGG-A-GGG-GCTGGT---T-TT-AATC-AG-ACgggggctgattttaatcaga
gi|17 : GA-C--AAC-AAT-AGGAGAA-----G-GGG-GCTGGT---T-TT-AATC-AG-ACag
gi|21 : GA-C--GAC-GAT-AGGAGAAGGGGGA-GGG-GCTGGT---T-TT-AATC-Actgataggagaagg
gi|15 : tgCGAT-AGGAGAA-----AGGGG-GCTGGT---T-TT-AATC-AG-a
gi|13 : tgattaaaaccagccccccttctcctatcgtcgtaAT-AGGAGAA-----A-TGG-GCTGGT---T-TT-AATC-A
gi|6 : tctgattaaaacccccctccaccccccacccccttctcctatcgaaa-AGGAGAA-----G-GGG-GCTGG----T-TTTAATC-AG-AC-TGAGTGAAAAA-TTCTCAAGTAAAACAGT-ATA--CAA-T-TAATCAAT----TATAATTA--TAAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----ATT-AAAATATGCGGCCAA-AT-----GTT-TGCTTTCCAT-ATTCAAA-GCACACT-ACGGG--A-A----AA-ATACATCAGC----A------TA----------TTATGa
gi|16 : gattacccccccccctttttttcccccccccaatgtatatcctatttaaaaaaaaagA-----A-GGG-GCTGGT---T-TT-AATC-AG-A-CTGGG-GAAA---TTGTCAAGTAGGAtcatctcagaattcatacg
gi|19 : GAGTGAAAAC-TTCTCCAGTGTGACGTT-AAA--CAA-TATA--CAAT----TA--ATaaactcgatgaagttaattaa
gi|5 : GAGTGTC-----GTT-AAAATATG------G-AGA----GCT-TG-----CAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGGATA-A----AA-ATACATCAGC--ATA------CA----------TTG
gi|1 : taTTTGTAAAGAGGGATTTGG--TCATGC---------T-AGCTT-----GTT--TTATTTAGAT--T-ATTACTCA-TAT-ACACC-A----------TGAGAT-----TAATTGTAT-AAAGT-AGATTT-ACT-ACCAATGG----ATAGTTT----TAAACCAATTGAACAA--------ACTTTG-ATGT-AATCGGTTACAGTCTTAACA-CATGGTATGGAGTACTG------TA------------CAT------ATACCATATG---TAGTT------GTGTA-------TA-GT-AC-------CAAGAA--TTAT-AGGATAGAAGGGTAAAGC-A-AATAATTTgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatataaaatgaattactagtaactagataaaaactaattgcttttttaacaattcaattaactctaatgtgataaatacgcatcatatagaataaatgtacaaacgcatatgcatatgctaattcagtgtaaataggtacatacattttataggttagaaggtaaagttatattatttaa
gi|5 : cttgtgaggatattcctagagcttttctcctaccatgtttaatcggtccttgacgagaatggagaggggctggtttagtccagactgagtgaaaattctcatgtggaatgtaaaaaattacaatcaattatttatgcattcaaccttgagcgtcgttaaaatatgaatagttgggtatattcaaaggcacactcggggaaaaatacatagcaatatattgtggcggtatatttctcgacatttctgggcttaattatgagtgcttttagtttcataattacgtttaaatacattgtttatcgccatttttatatttgaCA-TAT-A-A-A-A----------TGAATTACTAGTAACTAGATAAAA--------------ACTAATTG----CT--TTT----T-------T--AACAATTCAATTAACTCT-AATGTGA------TA----AAT-ACG-CATCATATAGA-----A------TAAATGTACAAACGCAT------ATG-CATATGC--TAATT----CAGTGTAAATAGG-----T-ACAT--ACAT------TTTATA-GGTTAGAA-GGTAAAGTTA-TATTATTTAAtaa
gi|9 : tagagtgtcgttaaaatatggagagcttgcatattcaaaggcacactacgggataaaaatacatcagcatacattggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnAT-ACA-CATCATTTGGA-----A------TA------------AATGTACAAACG-CATAAGCCATATTTAATTTAGTGTAAATA-GGTA--C-ACA-----AT------TTTAATAGAATAGAA-GGTAAAA-TATTAGAATTTAA
gi|11 : gataaA-----A------CG------------CAT------AAG-CATATGT--TAATT--T--AGTGTAAATAGG-TACAC-ACATTTA-ATA-GAA-----TA------GAA-GGTAAAATTA-TAGAATTTAAt
4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): CTGATTAAAACTAGCCCTCCCCCCTCCCCTCTCCTATCGAGGAGAAGGGGGGCTGGTTTTAATCAG
Unaligned ( gi|18 ): AACCCTCCCCCTATCCTGATGACGATAGAAGGGGAGTGTTTAATCAGAC
Unaligned ( gi|22 ): ATAATGAGAACATGTTTAATTCACTATATTTTTATAATTCA
Unaligned ( gi|23 ): CTGATTAAAACCAAACATCCCCTTCTTCTATCGTCGTCAGG
Alignments
lowQualScore : 2 11 444444444444444444444444444444 111111111 11 1 1 1111 11 11111 111111 22222 1111 11 444444444444444444 1 11 1 1 11 1 1 111 1111 111 11111 111 66666666666666666 1 1111111 33333333333333 22222 1 11 44444444444444444444444444444 1 222222222 1111 222222222222 333333 22222222222222 6666666666666666666 1
lowQualScore : 1 3 1 44 0 6 555555555555555555555555555555 4444 2 2 2 3 88888 000000000 3 333 333 22 2 2 33 4 3 6 0 66 5 66 0000 11 77 77 5 1 5 22222 5 99 999999 3 6 6 33333 6 6 99 4444 6 6 55 999999999999999999 8 0 33 2 0 0 66 0 0 777 7777 8 222 44444 3 1 222 8 8 8 33333333333333333 8 6 3 7777777 8 8 8 77777777777777 8 00000 3 5 8 888 6 1 11 8 44444444444444444444444444444 0 8 888888888 7777 8 0 999999999999 888888 6 33333333333333 6 6 8888888888888888888 9 8 3 1
lowQualScore : . . . .. . . .............................. .... . . . . ..... ......... . ... ... .. . . .. . . . . .. . .. .... .. .. .. . . . ..... . .. ...... . . . ..... . . .. .... . . .. .................. . . .. . . . .. . . ... .... . ... ..... . . ... . . . ................. . . . ....... . . . .............. . ..... . . . ... . . .. . ............................. . . ......... .... . . ............ ...... . .............. . . ................... . . . .
lowQualScore : 0 7 0 00 8 2 444444444444444444444444444444 4444 1 0 0 8 88888 222222222 8 333 333 66 0 0 55 4 1 4 0 99 0 99 6666 99 99 99 0 7 7 55555 7 22 222222 2 7 7 33333 7 7 22 2222 7 7 88 222222222222222222 0 0 22 5 0 0 55 0 0 555 0000 0 000 88888 2 0 000 0 0 0 66666666666666666 0 0 8 8888888 0 0 0 00000000000000 8 00000 2 6 0 888 0 0 00 0 88888888888888888888888888888 0 0 444444444 0000 0 6 333333333333 333333 7 22222222222222 7 7 8888888888888888888 8 0 8 0
consensus : NNTACCTTGTGCGGGTATTCC-TCGAGCTTTTCTCCTAC-C----GTAT-T----C-----GTC-C-T-TAGA-C--GA-CGAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACCTGAGTG-AAAAATTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTGT-GC-GG-TATATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-T--NTGA--AC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCAT-GCT-A-CTT----------------AGTT-ATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-A-C-A----------TGAATT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGA-CTAACTAATGGAT--TT-TT-------TTAAA---CA---A--------ACTCTG-ATGT-A------TATAAT----ACA-CATCGTATGGA-----A------TACATAT------G-CATATGC--TA-GTT--TTCAGTGTA-AATA-GGTA-CACA--TACATAAG-AATTTAT-AGGATAGAA-GGTAAAATTATATAATTTAA
Reference ( family-10227 ) : NNTACCTNGTGCGGGTATTCCATNGAGCTTTTCTCCTAC-C----GTAT-T----C-----GTC-C-T-TAGA-C--GA-CGAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACCTGAGTG-AAAAATTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTGT-GC-GG-TATATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-T--NTGA--AC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCAT-GCT-A-CTT----------------AGTT-AT-ATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-A-C-A----------TGAANT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGA-CT-ACTAATGGAT--TT-TT-------TTAAA---CA---A--------ACTCTG-ATGT-A------TATAAT----ACA-CATCGTATGGA-----A------TACATAT------G-CATATGC--TA-GTT--TTCAGTGTA-AATA-GGTAGCACA--TACATAAG-AATTTATAAGGATAGAA-GGTAAAGTTATANAATTTAA
gi|1 : CTTGTGAGGATATTCC-TAGAGCTTTTCTCCTAC-C----ATGT-T----TAATCGGTC-C-T-T-GA-C--GA-GAAT--GGAG-A--------GG---------G-G---CT---GGTT--T-AGTCCA-GAC-TGAGTG-AAAA-TTCTCATGTGGAA-TGT-AA--AAAA-T---TAC----AATCA--ATTA--TT-T--AT--GCATTCA-ACCTTGAGCGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-TGGG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-CGGGG--AA----AA-ATACAT-AGCA-ATATA------------------TTGTGGC-GG-TATATTTCTCGACATTTCTGGGCTTAAT-TAT-GAGTGCTTT----TAGT-TTCATAATTAC-GTT-TAAATACA---TTGT-TTATCGCC-A-TTT------------------TT-AT-ATTT-GAT--T-
gi|1 : TT----TATA-T--TTGA-----TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCAT-GCT-AGCTT-----------------GTT-TT-ATTTAGAT--T-ATTACTCA-TAT-ACACC-A----------TGAGAT-----TAATTGTAT-AAAGT-AGATTT-A-CT-ACCAATGGATAGTT-TTAAACCAATTGAA---CA---A--------ACTTTG-ATGT-AATCGGTTACAGTCTTAACA-CATGGTATGGAGTACTG------TACATAT------ACCATATG---TA-GTT------GTGTA--------TAGTAC-------CAAG-AA-TTAT-AGGATAGAAGGGTAAAG-CAAATAATTTtgtaaagagggatttggtcatgctagcttgttttatttagattattactcatatacaccatgagattaattgtataaagtagatttactaccaatggatagttttaaaccaattgaacaaactttgatgtaatcggttacagtcttaacacatggtatggagtactgtacatataccatatgtagttgtgtatagtaccaagaattataggatagaagggtaaagcaaataattttaa
gi|10 : cttgtgaggatattcctagagcttttctcctaccatgtttaatcggtccttgacgagaatggagaggggctggtttagtccagactgagtgaaaattctcatgtggaatgtaaaaaattacaatcaattatttatgcattcaaccttgagcgtcgttaaaatatgaatagttgggtatattcaaaggcacactcggggaaaaatacatagcaatatattgtggcggtatatttctcgacatttctgggcttaattatgagtgcttttagtttcataattacgtttaaatacattgtttatcgccattCTCTCTTCTTAC-C-----TAT-T----C-----GTC-CGT-CAGG----GT-CGAT-AGGAG-AA-G-----GG---------GCG---CT---GGTTTGTTAATtaa
gi|11 : tggtttaaaccagcccccaccccccccccccccA-----A------CGCATAA------G-CATATGT--TA-ATT--T--AGTGTA-AATA-GGTA---CA--CACAT------TTAATA-GAATAGAA-GGTAAAATTATAGAATTTAAtca
gi|12 : ggaataaatgtacaTTCTCCTAT-C----GT--------C-----GTC-A----GGA-T--AA-CGAT-AGGAGAAA-G-----GG---------G-G---TTGGGGGTT--TTAATC-A-t
gi|12 : CCTTTCTCCTAT-C----GT--------T-----ATC-C-T---GA-C--GA-CGAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GATT--TTAATC-A-GAgggggctgattttaatcaga
gi|13 : tgattaaaacccccaacccCCCCCAC-C----CCCT-T----C------TC-C-TAT----C--GA-AAAT-AGGAG-AA-A-----TG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-
gi|14 : tctgattaaaacccccctccac-CGAT-AGGAG-AG-G-----GGAGGGGGGAGG-G---CT---AGTT--TTAATC-A-Ga
gi|14 : -AGGAG-AA-G-----GG---------GGG---CT---GGTT--TTAATC-A-Gaggagaaggggggctggttttaatcag
gi|15 : ctgattaaaactagccctcccccctcccctctcctatcgCCTTTCTCCTAT-C----GTA--------------------------C--GA-CGAT-AGGAG-AAGG-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-
gi|15 : TTCTCCTAT-C----GT--------C-----GT---------------A-CGAT-AGGAG-AAAG-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-Ggggctggttttaatcag
gi|16 : tgattaaaaccagccccccA-A-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GA-CTG---G-GGAAATTGTCAAGTAGGA
gi|17 : GA-C--AA-CAAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACaaactcgatgaagttaattaa
gi|18 : TC-C-T---GA-T--GA-CGAT----AG-AA-G-----GG---------G-A---GT---G--T--TTAATC-A-GACctgataggagaagg
gi|19 : aaccctccccctaGAGTG-AAAACTTCTCCAGTGTGACGTT-AA--ACAA-T--ATAC----AATTA--AT
gi|2 : TACTTGGTGCGGGTATTCC-TCG-GCTTTTCTCCTAC-T----GTATCT----C-----GTC-CTT-TAGA-C--GACCGAT-AGGAG-AA-A-----GG---------G-G---CT---GG-T--TTAATC-A-GACCTGAGTG-AAAATTTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGTATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--TTG------AATCGT-T-TG-----TATAATTCAAAGGCACACTAACGGG--GA----AA-ATGCATCAGCCAATACA------------------TTGT-GCGGG-TATAATC--CGAC-TTTTT-GGCT--AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-T--GTGA--ACTTTTATAACGAGGGATTTGGATCTT-GCT-A-CTT----------------AGTTAATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-A-C-A----------TGAATT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGA-CTAACTAATGGAT--TT-TT-------TCAAA---CA---A--------ACTCTGAATGT-A------TATCAT----ACA-CATCGGATGGA-----A------TACATAT------G-CATATGC--TA-GTT--TTCAGTGTA-AATAGGGTAGCACATGTACATAAGAAATTTATAAGGAT-GAA-GGTAAAACTATATAATTTAA
gi|20 : atGA-C--GA-CGAT-AGGAG-AA-GGGGA-GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GAC
gi|21 : GA-C--GA-CGAT-AGGAG-AA-GGGGGAGG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-ag
gi|23 : tgGA-C--GA-CGAT-AGAAG-AA-G-----GG---------G-ATGTTT---GGTT--TTAATC-A-Ga
gi|3 : TACCTTGTGCAGGTATTCCATCGA-CTTTTCTCCTACAT----GTAT------------ATC---T-TAGAGT--GA-CGAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-----CT---GGTT--A-AATC-A-GACNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN--NNNN-N--NNNN----NNNNN--NNNN--NNNN--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGCC-----GTTAAAAAT--TTG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACAC---CGGG--AA----AACATACAT--GC--ATACA------------------T-GT-GC-GGGTATATTCCTCGAC-TTGTT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----CAGTGT--TTGA--AC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG--CAT-GCTCA-CTT----------------AGTT-AT-ATTTAGAT--TAA--GATCA-TAT-A-A-CAA----------TGAA-T-----TAACTGGATAAAAGTAAGATTTGA-CTAACTAATGGTT--TTATT-------TTAAAATTCAAACA--------ACTCTG-ATGT-A-------ATAAT----ACACCATTGGATGTA-----ATACATGTACATAT------G-CATATGC--CA-G----TTCAGTGTAGAATA-GCTACCATA-------AAG-AA-TTAT-AGGATAGagg
gi|4 : tctgattacagCTTTTTTCC--C-C----ATGT-TATATC-----GTCAT-T-TAGA-TTTGC-CGGTTAGGAG-AA-A-----GG---------G-G---CT---GGTG--TTTATC-A-GAC--GAGTG-AGAAATTCTCATGTGGGA-TGTCAA--ACA--T--ATAC----AA-CA--ATCA--ATAC--AT--GTATGTA---CTTGAGTGTC-----GTTAAAA-TTGATG------TCTAGTGT-TGA----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AAAAACAA-ATACATCGGC--ATATAGTTGGTCAGTCTCAGAATTTGT-GC-GG---TATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-ATCTGTCGAG---CTTTCTCTAGT-T--GTGA--AC-TTTGTAAAGAGGGTTTTGG-T-AT--CT-A-CTTTTAAAAGTATTTTTTAAGTT-ATAATTTGGATGAC-A--GATCAGTATAA-A-C-AATGCAATAACTGAACT-----TAACT-----AAGGT-AGATTTGACCT-ACGTGTACAT--TT-CT-------TTAA
gi|5 : tctttGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------GAGAGC-T-TG-----CAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGGATAA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTG
gi|5 : taCA-TAT-A-A-A-A----------TGAATTACTAGTAACTAGATAAAA---------------ACTAATTGCT--TT-TT-------T--AA---CA---ATTCAATTAACTCTA-ATGTGA------TA-AAT----ACG-CATCATATAGA-----A------TAAATGTACAAACG-CATATGCA-TATGCTAATTCAGTGTA-AATA-GGT---ACA--TACAT------TTTAT-AGGTTAGAA-GGTAAAGTTATATTATTTAAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatataaaatgaattactagtaactagataaaaactaattgcttttttaacaattcaattaactctaatgtgataaatacgcatcatatagaataaatgtacaaacgcatatgcatatgctaattcagtgtaaataggtacatacattttataggttagaaggtaaagttatattatttaa
gi|6 : tagagtgtcgttaaaatatggagagcttgcatattcaaaggcacactacgggataaaaatacatcagcatacattggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTCCCCCCC-CCAATGTATAT----C-----CTA-T-T-TAAA-A--AA-AAAG-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GAC-TGAGTG-AAAAATTCTCAAGTAAAACAGT-AT--ACAA-TTAAT-C----AATTATAATTA--TAAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----ATTAAAA-T--ATGCGGCCAAAT-GT-T-TGCTTTCCAT-ATTCAAA-GCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--AT--A------------------TTAT-G
gi|7 : gattacccccccccctttTTTTCTCCTACAT----GTATAT----C-----GTC-C-T-TAGA-C--AA-CGAT-GGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACC-GAGTG-AAAAATTCTCAAGTGAGA-TGTAAA--ACAATT--ATAC----AATTAG-ATCAGCTTATTGATTTGCACTCATATCTTGA-TGTC-----ATTtcatctcagaattcatacg
gi|8 : ctgatcacccccccctttttCTTTTTTTC-AC-CTT--GTAT-TT---C-----GTC-A-T-TAGA-C--AA-CCAT-AGGAG-AA-G-----GAGT-------G-G---CT---GGTT--TTAATC-AGGACTTGAGTGAAAAAATTCTCAAGGAGGA-TGT-AAAGACAA-T--ATACAATTAATCA--ATTA--TTAT--ATTTG-ATTCC-ATTCTGAGTGTCGATTTGTTAAAA-
gi|9 : c-A------TA-AAT----ACA-CATCATTTGGA-----A------TAAATGTACAAACG-CATAAGCCATA-TTTAATTTAGTGTA-AATA-GGTA-CACA-----AT------TTTAATAGAATAGAA-GGTAAAATATTAGAATTTAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATAATGAGAACATGTTTAATTCACTATATTTTTATAATTCA
Alignments
lowQualScore : 1 11 4444444444444444444444444444444 111111111 11 1 1 1111 11 11111 111111 22222 1111 11 444444444444444444 1 11 1 1 11 1 1 111 1111 1 111 111 66666666666666666 1111 2222222 33333333333333 22222 11 5555555555555555555555555 1 222222222 1111 55555555555555555555555555 111111 111 1111111 66666666666666
lowQualScore : 3 44 0 6 5555555555555555555555555555555 4444 2 2 2 3 88888 000000000 3 333 333 22 2 2 33 4 3 6 0 66 5 66 0000 11 77 77 5 1 5 22222 5 99 999999 3 6 6 33333 6 6 99 4444 6 6 55 999999999999999999 8 0 33 2 0 0 66 0 0 777 7777 8 1 3 0 555 2 111 99999999999999999 4444 3333333 8 8 8 77777777777777 9 00000 3 5 3 8 5 6 1 11 8 3333333333333333333333333 0 8 888888888 7777 8 0 00000000000000000000000000 999999 6 000 8888888 6 6 888 77777777777777 99 6 0
lowQualScore : . .. . . ............................... .... . . . . ..... ......... . ... ... .. . . .. . . . . .. . .. .... .. .. .. . . . ..... . .. ...... . . . ..... . . .. .... . . .. .................. . . .. . . . .. . . ... .... . . . . ... . ... ................. .... ....... . . . .............. . ..... . . . . . . . .. . ......................... . . ......... .... . . .......................... ...... . ... ....... . . ... .............. .. . .
lowQualScore : 3 00 8 2 4444444444444444444444444444444 4444 1 0 0 8 88888 222222222 8 333 333 66 0 0 55 4 1 4 0 99 0 99 6666 99 99 99 0 7 7 55555 7 22 222222 2 7 7 33333 7 7 22 2222 7 7 88 222222222222222222 0 0 22 5 0 0 55 0 0 555 0000 0 0 2 0 888 5 000 55555555555555555 0000 2222222 0 0 0 00000000000000 0 00000 2 6 8 0 0 0 0 00 0 8888888888888888888888888 0 0 444444444 0000 0 6 55555555555555555555555555 222222 7 222 8888888 7 7 222 55555555555555 22 7 6
consensus : NNTACCTTGTGCGGGTATTCC-TCGAGCTTTTCTCCTAC-C----GTAT-T----C-----GTC-C-T-T-AGA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACCTGAGTG-AAAAATTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTGT-GC-GG-TATATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TNTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCATGCT-A-CTT----------------AGTT-ATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-A-C-A----------TGAATT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGACTAACTAATGGAT--TT-TT-------TTAAA---CAA-C-----AACTCTG-ATGT-A------TATAAT----ACA-CATCGTATGGA-----A------TA------------CATAT------G-CATATGC--TAGTT--TTCAGTGTA-AATA-GGTA-CACA--TACATAAG-AATTT--AT-AGGATAGAAGGTAAAATTATATAATTTAA
Reference ( family-10227 ) : NNTACCTTGTGCGGGTATTCC-TCGAGCTTTTCTCCTAC-C----GTAT-T----C-----GTC-C-T-T-AGA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACCTGAGTG-AAAAATTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTGT-GC-GG-TATATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TNTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCATGCT-A-CTT----------------AGTT-ATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-A-C-A----------TGAATT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGACTAACTAATGGAT--TT-TT-------TTAAA---CA--------AACTCTG-ATGT-A------TATAAT----ACA-CATCGTATGGA-----A------TA------------CATAT------G-CATATGC--TAGTT--TTCAGTGTA-AATA-GGTA-CACA--TACATAAG-AATTT--AT-AGGATAGAAGGTAAAATTATATAATTTAA
gi|1 : CTTGTGAGGATATTCC-TAGAGCTTTTCTCCTAC-C----ATGT-T----TAATCGGTC-C-T-T--GA-C--GAG-AAT--GGAG-A--------GG---------G-G---CT---GGTT--T-AGTCCA-GAC-TGAGTG-AAAA-TTCTCATGTGGAA-TGT-AA--AAAA-T---TAC----AATCA--ATTA--TT-T--AT--GCATTCA-ACCTTGAGCGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-TGGG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-CGGGG--AA----AA-ATACAT-AGCA-ATATA------------------TTGTGGC-GG-TATATTTCTCGACATTTCTGGGCTTAAT-TAT-GAGTGCTTT----TAGT-T
gi|1 : TT----TATA-TTTGA---TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCATGCT-AGCTT-----------------GTT--TTATTTAGAT--T-ATTACTCA-TAT-ACACC-A----------TGAGAT-----TAATTGTAT-AAAGT-AGATTT-ACT-ACCAATGGATAGTT-TTAAACCAATTGAA---CA--------AACTTTG-ATGT-AATCGGTTACAGTCTTAACA-CATGGTATGGAGTACTG------TA------------CATAT------ACCATATG---TAGTT------GTGT---ATA--GTA-C---------CAAG-AA-TT--AT-AGGATAGAAGGGTAAAGCAAATAATTTtcataattacgtttaaatacattgtttatcgccatttttatatttgatttgtaaagagggatttggtcatgctagcttgttttatttagattattactcatatacaccatgagattaattgtataaagtagatttactaccaatggatagttttaaaccaattgaacaaactttgatgtaatcggttacagtcttaacacatggtatggagtactgtacatataccatatgtagttgtgtatagtaccaagaattataggatagaagggtaaagcaaataattttaa
gi|10 : cttgtgaggatattcctagagcttttctcctaccatgtttaatcggtccttgacgagaatggagaggggctggtttagtccagactgagtgaaaattctcatgtggaatgtaaaaaattacaatcaattatttatgcattcaaccttgagcgtcgttaaaatatgaatagttgggtatattcaaaggcacactcggggaaaaatacatagcaatatattgtggcggtatatttctcgacatttctgggcttaattatgagtgcttttagtttcataattacgtttaaatacattgtttatcgccattCTCTCTTCTTAC-C-----TAT-T----C-----GTC-CGT-C-AGG----GTC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------GCG---CT---GGTTTGTTAATtaa
gi|11 : tggtttaaaccagcccccaccccccccccccccA-----A------CG------------CATAA------G-CATATGT--TAATT--T--AGTGTA-AATA-GGTA-CACA----CAT------TTA--AT-AGAATAGAAGGTAAAATTATAGAATTTAAtca
gi|12 : ggaataaatgtacaTTCTCCTAT-C----GT--------C-----GTC-A-----GGA-T--AAC-GAT-AGGAGAAA-G-----GG---------G-G---TTGGGGGTT--TTAATC-A-t
gi|12 : CCTTTCTCCTAT-C----GT--------T-----ATC-C-T----GA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GATT--TTAATC-A-GAgggggctgattttaatcaga
gi|13 : tgattaaaacccccaacccCCCCCAC-C----CCCT-T----C------TC-C-TAT-----C--GAA-AAT-AGGAG-AA-A-----TG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-
gi|14 : tctgattaaaacccccctccacC-GAT-AGGAG-AG-G-----GGAGGGGGGAGG-G---CT---AGTT--TTAATC-A-Ga
gi|14 : -AGGAG-AA-G-----GG---------GGG---CT---GGTT--TTAATC-A-Gaggagaaggggggctggttttaatcag
gi|15 : ctgattaaaactagccctcccccctcccctctcctatcgCCTTTCTCCTAT-C----GTA---------------------------C--GAC-GAT-AGGAG-AAGG-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-
gi|15 : TTCTCCTAT-C----GT--------C-----GT----------------AC-GAT-AGGAG-AAAG-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-Ggggctggttttaatcag
gi|16 : tgattaaaaccagccccccA-A-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GA-CTG---G-GGAAATTGTCAAGTAGGA
gi|17 : GA-C--AAC-AAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACaaactcgatgaagttaattaa
gi|18 : TC-C-T----GA-T--GAC-GAT----AG-AA-G-----GG---------G-A---GT---G--T--TTAATC-A-GACctgataggagaagg
gi|19 : aaccctccccctaGAGTG-AAAACTTCTCCAGTGTGACGTT-AA--ACAA-T--ATAC----AATTA--AT
gi|2 : TACTTGGTGCGGGTATTCC-TCG-GCTTTTCTCCTAC-T----GTATCT----C-----GTC-C-T-TTAGA-C--GACCGAT-AGGAG-AA-A-----GG---------G-G---CT---GGTT--T-AATC-A-GACCTGAGTG-AAAATTTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGTATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--TTG------AATCGT-T-TG-----TATAATTCAAAGGCACACTAACGGG--GA----AA-ATGCATCAGCCAATACA------------------TTGT-GCGGG-TATAATC--CGAC-TTTTT-GGCT--AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TGTGAACTTTTATAACGAGGGATTTGGATCTTGCT-A-CTT----------------AGTTAATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-A-C-A----------TGAATT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGACTAACTAATGGAT--TT-TT-------TCAAA---CA--------AACTCTGAATGT-A------TATCAT----ACA-CATCGGATGGA-----A------TA------------CATAT------G-CATATGC--TAGTT--TTCAGTGTA-AATAGGGTAGCACATGTACATAAGAAATTT--ATAAGGAT-GAAGGTAAAACTATATAATTTAA
gi|20 : atGA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-GGGGA-GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GAC
gi|21 : GA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-GGGGGAGG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-ag
gi|23 : tgGA-C--GAC-GAT-AGAAG-AA-G-----GG---------G-ATGTTT---GGTT--TTAATC-A-Ga
gi|3 : TACCTTGTGCAGGTATTCCATCGA-CTTTTCTCCTACAT----GTAT------------ATC---T-T-AGAGT--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-----CT---GGTT--A-AATC-A-GACNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN--NNNN-N--NNNN----NNNNN--NNNN--NNNN--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGCC-----GTTAAAAAT--TTG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACAC---CGGG--AA----AACATACAT--GC--ATACA------------------T-GT-GC-GGGTATATTCCTCGAC-TTGTT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----CAGTGTTTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG--CATGCTCA-CTT----------------AGTT-AT-ATTTAGAT--TAA--GATCA-TAT-A-A-CAA----------TGAA-T-----TAACTGGATAAAAGTAAGATTTGACTAACTAATGGTT--TTATT-------TTAAAATTCAAAC-----AACTCTG-ATGT-A-------ATAAT----ACACCATTGGATGTA-----ATACATGTA------------CATAT------G-CATATGC--CAG----TTCAGTGTAGAATA-GCTA-C-CA--TA---AAG-AA-TT--AT-AGGATAGagg
gi|4 : tctgattacagCTTTTTTCC--C-C----ATGT-TATATC-----GTCAT-T-T-AGA-TTTGCC-GGTTAGGAG-AA-A-----GG---------G-G---CT---GGTG--TTTATC-A-GAC--GAGTG-AGAAATTCTCATGTGGGA-TGTCAA--ACA--T--ATAC----AA-CA--ATCA--ATAC--AT--GTATGTA---CTTGAGTGTC-----GTTAAAA-TTGATG------TCTAGTGT-TGA----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AAAAACAA-ATACATCGGC--ATATAGTTGGTCAGTCTCAGAATTTGT-GC-GG---TATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-ATCTGTCGAG---CTTTCTCTAGT-TGTGAAC-TTTGTAAAGAGGGTTTTGG-T-AT-CT-A-CTTTTAAAAGTATTTTTTAAGTT-ATAATTTGGATGAC-A--GATCAGTATAA-A-C-AATGCAATAACTGAACT-----TAACT-----AAGGT-AGATTTGACCTACGTGTACAT--TT-CT-------TTAA
gi|5 : tctttGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------GAGAGC-T-TG-----CAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGGATAA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTG
gi|5 : taCA-TAT-A-A-A-A----------TGAATTACTAGTAACTAGATAAA--------------AACTAATTGCT--TT-TT-------T--AA---CAATTCAATTAACTCTA-ATGTGA------TA-AAT----ACG-CATCATATAGA-----A------TAAATGTACAAACGCATAT------G-CATATGC--TAA----TTCAGTGTA-AATA-GGT---ACA--TACAT------TTT--AT-AGGTTAGAAGGTAAAGTTATATTATTTAAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatataaaatgaattactagtaactagataaaaactaattgcttttttaacaattcaattaactctaatgtgataaatacgcatcatatagaataaatgtacaaacgcatatgcatatgctaattcagtgtaaataggtacatacattttataggttagaaggtaaagttatattatttaa
gi|6 : tagagtgtcgttaaaatatggagagcttgcatattcaaaggcacactacgggataaaaatacatcagcatacattggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTCCCCCCC-CCAATGTATAT----C-----CTA-T-T-T-AAA-A--AAA-AAG-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GAC-TGAGTG-AAAAATTCTCAAGTAAAACAGT-AT--ACAA-TTAAT-C----AATTATAATTA--TAAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----ATTAAAA-T--ATGCGGCCAAAT-GT-T-TGCTTTCCAT-ATTCAAA-GCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--AT--A------------------TTAT-G
gi|7 : gattacccccccccctttTTTTCTCCTACAT----GTATAT----C-----GTC-C-T-T-AGA-C--AAC-GAT-GGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACC-GAGTG-AAAAATTCTCAAGTGAGA-TGTAAA--ACAATT--ATAC----AATTAG-ATCAGCTTATTGATTTGCACTCATATCTTGA-TGTC-----ATTtcatctcagaattcatacg
gi|8 : ctgatcacccccccctttttCTTTTTTTC-AC-CTT--GTAT-TT---C-----GTC-A-T-T-AGA-C--AAC-CAT-AGGAG-AA-G-----GAGT-------G-G---CT---GGTT--TTAATC-AGGACTTGAGTGAAAAAATTCTCAAGGAGGA-TGT-AAAGACAA-T--ATACAATTAATCA--ATTA--TTAT--ATTTG-ATTCC-ATTCTGAGTGTCGATTTGTTAAAA-
gi|9 : c-A------TA-AAT----ACA-CATCATTTGGA-----A------TA------------AATGTACAAACG-CATAAGCCATATTTAATTTAGTGTA-AATA-GGTA-CACA------------ATTTTAAT-AGAATAGAAGGTAAAATATTAGAATTTAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATAATGAGAACATGTTTAATTCACTATATTTTTATAATTCA
Alignments
lowQualScore : 1 11 4444444444444444444444444444444 111111111 11 1 1 1111 11 11111 111111 22222 1111 11 444444444444444444 1 11 1 1 11 1 1 111 1111 1 111 111 66666666666666666 1111 2222222 33333333333333 22222 77777777777777777777 1 222222222 1111 55555555555555555555555555 111111 111 1111111 66666666666666
lowQualScore : 3 44 0 6 5555555555555555555555555555555 4444 2 2 2 3 88888 000000000 3 333 333 22 2 2 33 4 3 6 0 66 5 66 0000 11 77 77 5 1 5 22222 5 99 999999 3 6 6 33333 6 6 99 4444 6 6 55 999999999999999999 8 0 33 2 0 0 66 0 0 777 7777 8 1 3 0 555 2 111 99999999999999999 4444 3333333 8 8 8 77777777777777 9 00000 3 5 3 8 5 6 1 8 3 99999999999999999999 0 8 888888888 7777 8 0 00000000000000000000000000 999999 6 000 8888888 6 6 888 77777777777777 99 6 0
lowQualScore : . .. . . ............................... .... . . . . ..... ......... . ... ... .. . . .. . . . . .. . .. .... .. .. .. . . . ..... . .. ...... . . . ..... . . .. .... . . .. .................. . . .. . . . .. . . ... .... . . . . ... . ... ................. .... ....... . . . .............. . ..... . . . . . . . . . .................... . . ......... .... . . .......................... ...... . ... ....... . . ... .............. .. . .
lowQualScore : 3 00 8 2 4444444444444444444444444444444 4444 1 0 0 8 88888 222222222 8 333 333 66 0 0 55 4 1 4 0 99 0 99 6666 99 99 99 0 7 7 55555 7 22 222222 2 7 7 33333 7 7 22 2222 7 7 88 222222222222222222 0 0 22 5 0 0 55 0 0 555 0000 0 0 2 0 888 5 000 55555555555555555 0000 2222222 0 0 0 00000000000000 0 00000 2 6 8 0 0 0 0 0 8 55555555555555555555 0 0 444444444 0000 0 6 55555555555555555555555555 222222 7 222 8888888 7 7 222 55555555555555 22 7 6
consensus : NNTACCTTGTGCGGGTATTCC-TCGAGCTTTTCTCCTAC-C----GTAT-T----C-----GTC-C-T-T-AGA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACCTGAGTG-AAAAATTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTGT-GC-GG-TATATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TNTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCATGCT-A-CTT----------------AGTT-ATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-A-C-A----------TGAATT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGACTAACTAATGGATTT-TTTTAAA---C------AA------C-AACTCTG-ATGT-A------TATAAT----ACA-CATCGTATGGA-----A------TA------------CATAT------G-CATATGC--TAGTT--TTCAGTGTA-AATA-GGTA-CACA--TACATAAG-AATTT--AT-AGGATAGAAGGTAAAATTATATAATTTAA
Reference ( family-10227 ) : NNTACCTTGTGCGGGTATTCC-TCGAGCTTTTCTCCTAC-C----GTAT-T----C-----GTC-C-T-T-AGA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACCTGAGTG-AAAAATTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTGT-GC-GG-TATATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TNTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCATGCT-A-CTT----------------AGTT-ATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-A-C-A----------TGAATT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGACTAACTAATGGATTT-TTTTAAA---C------AA------C-AACTCTG-ATGT-A------TATAAT----ACA-CATCGTATGGA-----A------TA------------CATAT------G-CATATGC--TAGTT--TTCAGTGTA-AATA-GGTA-CACA--TACATAAG-AATTT--AT-AGGATAGAAGGTAAAATTATATAATTTAA
gi|1 : CTTGTGAGGATATTCC-TAGAGCTTTTCTCCTAC-C----ATGT-T----TAATCGGTC-C-T-T--GA-C--GAG-AAT--GGAG-A--------GG---------G-G---CT---GGTT--T-AGTCCA-GAC-TGAGTG-AAAA-TTCTCATGTGGAA-TGT-AA--AAAA-T---TAC----AATCA--ATTA--TT-T--AT--GCATTCA-ACCTTGAGCGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-TGGG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-CGGGG--AA----AA-ATACAT-AGCA-ATATA------------------TTGTGGC-GG-TATATTTCTCGACATTTCTGGGCTTAAT-TAT-GAGTGCTTT----TAGT-T
gi|1 : TT----TATA-TTTGA---TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCATGCT-AGCTT-----------------GTT--TTATTTAGAT--T-ATTACTCA-TAT-ACACC-A----------TGAGAT-----TAATTGTAT-AAAGT-AGATTT-ACT-ACCAATGGATAG-TTTTAAA---CCAATTGAA------CAAACTTTG-ATGT-AATCGGTTACAGTCTTAACA-CATGGTATGGAGTACTG------TA------------CATAT------ACCATATG---TAGTT------GTGT---ATA--GTA-C---------CAAG-AA-TT--AT-AGGATAGAAGGGTAAAGCAAATAATTTtcataattacgtttaaatacattgtttatcgccatttttatatttgatttgtaaagagggatttggtcatgctagcttgttttatttagattattactcatatacaccatgagattaattgtataaagtagatttactaccaatggatagttttaaaccaattgaacaaactttgatgtaatcggttacagtcttaacacatggtatggagtactgtacatataccatatgtagttgtgtatagtaccaagaattataggatagaagggtaaagcaaataattttaa
gi|10 : cttgtgaggatattcctagagcttttctcctaccatgtttaatcggtccttgacgagaatggagaggggctggtttagtccagactgagtgaaaattctcatgtggaatgtaaaaaattacaatcaattatttatgcattcaaccttgagcgtcgttaaaatatgaatagttgggtatattcaaaggcacactcggggaaaaatacatagcaatatattgtggcggtatatttctcgacatttctgggcttaattatgagtgcttttagtttcataattacgtttaaatacattgtttatcgccattCTCTCTTCTTAC-C-----TAT-T----C-----GTC-CGT-C-AGG----GTC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------GCG---CT---GGTTTGTTAATtaa
gi|11 : tggtttaaaccagcccccaccccccccccccccA-----A------CG------------CATAA------G-CATATGT--TAATT--T--AGTGTA-AATA-GGTA-CACA----CAT------TTA--AT-AGAATAGAAGGTAAAATTATAGAATTTAAtca
gi|12 : ggaataaatgtacaTTCTCCTAT-C----GT--------C-----GTC-A-----GGA-T--AAC-GAT-AGGAGAAA-G-----GG---------G-G---TTGGGGGTT--TTAATC-A-t
gi|12 : CCTTTCTCCTAT-C----GT--------T-----ATC-C-T----GA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GATT--TTAATC-A-GAgggggctgattttaatcaga
gi|13 : tgattaaaacccccaacccCCCCCAC-C----CCCT-T----C------TC-C-TAT-----C--GAA-AAT-AGGAG-AA-A-----TG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-
gi|14 : tctgattaaaacccccctccacC-GAT-AGGAG-AG-G-----GGAGGGGGGAGG-G---CT---AGTT--TTAATC-A-Ga
gi|14 : -AGGAG-AA-G-----GG---------GGG---CT---GGTT--TTAATC-A-Gaggagaaggggggctggttttaatcag
gi|15 : ctgattaaaactagccctcccccctcccctctcctatcgCCTTTCTCCTAT-C----GTA---------------------------C--GAC-GAT-AGGAG-AAGG-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-
gi|15 : TTCTCCTAT-C----GT--------C-----GT----------------AC-GAT-AGGAG-AAAG-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-Ggggctggttttaatcag
gi|16 : tgattaaaaccagccccccA-A-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GA-CTG---G-GGAAATTGTCAAGTAGGA
gi|17 : GA-C--AAC-AAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACaaactcgatgaagttaattaa
gi|18 : TC-C-T----GA-T--GAC-GAT----AG-AA-G-----GG---------G-A---GT---G--T--TTAATC-A-GACctgataggagaagg
gi|19 : aaccctccccctaGAGTG-AAAACTTCTCCAGTGTGACGTT-AA--ACAA-T--ATAC----AATTA--AT
gi|2 : TACTTGGTGCGGGTATTCC-TCG-GCTTTTCTCCTAC-T----GTATCT----C-----GTC-C-T-TTAGA-C--GACCGAT-AGGAG-AA-A-----GG---------G-G---CT---GGTT--T-AATC-A-GACCTGAGTG-AAAATTTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGTATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--TTG------AATCGT-T-TG-----TATAATTCAAAGGCACACTAACGGG--GA----AA-ATGCATCAGCCAATACA------------------TTGT-GCGGG-TATAATC--CGAC-TTTTT-GGCT--AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TGTGAACTTTTATAACGAGGGATTTGGATCTTGCT-A-CTT----------------AGTTAATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-A-C-A----------TGAATT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGACTAACTAATGGATTT-TTTCAAA---C------A---------AACTCTGAATGT-A------TATCAT----ACA-CATCGGATGGA-----A------TA------------CATAT------G-CATATGC--TAGTT--TTCAGTGTA-AATAGGGTAGCACATGTACATAAGAAATTT--ATAAGGAT-GAAGGTAAAACTATATAATTTAA
gi|20 : atGA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-GGGGA-GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GAC
gi|21 : GA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-GGGGGAGG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-ag
gi|23 : tgGA-C--GAC-GAT-AGAAG-AA-G-----GG---------G-ATGTTT---GGTT--TTAATC-A-Ga
gi|3 : TACCTTGTGCAGGTATTCCATCGA-CTTTTCTCCTACAT----GTAT------------ATC---T-T-AGAGT--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-----CT---GGTT--A-AATC-A-GACNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN--NNNN-N--NNNN----NNNNN--NNNN--NNNN--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGCC-----GTTAAAAAT--TTG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACAC---CGGG--AA----AACATACAT--GC--ATACA------------------T-GT-GC-GGGTATATTCCTCGAC-TTGTT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----CAGTGTTTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG--CATGCTCA-CTT----------------AGTT-AT-ATTTAGAT--TAA--GATCA-TAT-A-A-CAA----------TGAA-T-----TAACTGGATAAAAGTAAGATTTGACTAACTAATGGTTTTATTTTAAAATTCA-----AA------C-AACTCTG-ATGT-A-------ATAAT----ACACCATTGGATGTA-----ATACATGTA------------CATAT------G-CATATGC--CAG----TTCAGTGTAGAATA-GCTA-C-CA--TA---AAG-AA-TT--AT-AGGATAGagg
gi|4 : tctgattacagCTTTTTTCC--C-C----ATGT-TATATC-----GTCAT-T-T-AGA-TTTGCC-GGTTAGGAG-AA-A-----GG---------G-G---CT---GGTG--TTTATC-A-GAC--GAGTG-AGAAATTCTCATGTGGGA-TGTCAA--ACA--T--ATAC----AA-CA--ATCA--ATAC--AT--GTATGTA---CTTGAGTGTC-----GTTAAAA-TTGATG------TCTAGTGT-TGA----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AAAAACAA-ATACATCGGC--ATATAGTTGGTCAGTCTCAGAATTTGT-GC-GG---TATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-ATCTGTCGAG---CTTTCTCTAGT-TGTGAAC-TTTGTAAAGAGGGTTTTGG-T-AT-CT-A-CTTTTAAAAGTATTTTTTAAGTT-ATAATTTGGATGAC-A--GATCAGTATAA-A-C-AATGCAATAACTGAACT-----TAACT-----AAGGT-AGATTTGACCTACGTGTACATTT-CTTTAA
gi|5 : tctttGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------GAGAGC-T-TG-----CAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGGATAA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTG
gi|5 : taCA-TAT-A-A-A-A----------TGAATTACTAGTAACTAGATAAA--------------AACTAATTGCTTT-TTT--AA---C------AATTCAATT-AACTCTA-ATGTGA------TA-AAT----ACG-CATCATATAGA-----A------TAAATGTACAAACGCATAT------G-CATATGC--TAA----TTCAGTGTA-AATA-GGT---ACA--TACAT------TTT--AT-AGGTTAGAAGGTAAAGTTATATTATTTAAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatataaaatgaattactagtaactagataaaaactaattgcttttttaacaattcaattaactctaatgtgataaatacgcatcatatagaataaatgtacaaacgcatatgcatatgctaattcagtgtaaataggtacatacattttataggttagaaggtaaagttatattatttaa
gi|6 : tagagtgtcgttaaaatatggagagcttgcatattcaaaggcacactacgggataaaaatacatcagcatacattggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTCCCCCCC-CCAATGTATAT----C-----CTA-T-T-T-AAA-A--AAA-AAG-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GAC-TGAGTG-AAAAATTCTCAAGTAAAACAGT-AT--ACAA-TTAAT-C----AATTATAATTA--TAAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----ATTAAAA-T--ATGCGGCCAAAT-GT-T-TGCTTTCCAT-ATTCAAA-GCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--AT--A------------------TTAT-G
gi|7 : gattacccccccccctttTTTTCTCCTACAT----GTATAT----C-----GTC-C-T-T-AGA-C--AAC-GAT-GGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACC-GAGTG-AAAAATTCTCAAGTGAGA-TGTAAA--ACAATT--ATAC----AATTAG-ATCAGCTTATTGATTTGCACTCATATCTTGA-TGTC-----ATTtcatctcagaattcatacg
gi|8 : ctgatcacccccccctttttCTTTTTTTC-AC-CTT--GTAT-TT---C-----GTC-A-T-T-AGA-C--AAC-CAT-AGGAG-AA-G-----GAGT-------G-G---CT---GGTT--TTAATC-AGGACTTGAGTGAAAAAATTCTCAAGGAGGA-TGT-AAAGACAA-T--ATACAATTAATCA--ATTA--TTAT--ATTTG-ATTCC-ATTCTGAGTGTCGATTTGTTAAAA-
gi|9 : c-A------TA-AAT----ACA-CATCATTTGGA-----A------TA------------AATGTACAAACG-CATAAGCCATATTTAATTTAGTGTA-AATA-GGTA-CACA------------ATTTTAAT-AGAATAGAAGGTAAAATATTAGAATTTAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATAATGAGAACATGTTTAATTCACTATATTTTTATAATTCA
Alignments
lowQualScore : 1 11 4444444444444444444444444444444 111111111 11 1 1 1111 11 11111 111111 22222 1111 11 444444444444444444 1 11 1 1 11 1 1 111 1111 1 111 111 66666666666666666 1111 2222222 33333333333333 22222 77777777777777777777 1 222222222 1111 55555555555555555555555555 111111 111 1111111 66666666666666
lowQualScore : 3 44 0 6 5555555555555555555555555555555 4444 2 2 2 3 88888 000000000 3 333 333 22 2 2 33 4 3 6 0 66 5 66 0000 11 77 77 5 1 5 22222 5 99 999999 3 6 6 33333 6 6 99 4444 6 6 55 999999999999999999 8 0 33 2 0 0 66 0 0 777 7777 8 1 3 0 555 2 111 99999999999999999 4444 3333333 8 8 8 77777777777777 9 00000 3 5 3 8 5 6 1 8 3 99999999999999999999 0 8 888888888 7777 8 0 00000000000000000000000000 999999 6 000 8888888 6 6 888 77777777777777 99 6 0
lowQualScore : . .. . . ............................... .... . . . . ..... ......... . ... ... .. . . .. . . . . .. . .. .... .. .. .. . . . ..... . .. ...... . . . ..... . . .. .... . . .. .................. . . .. . . . .. . . ... .... . . . . ... . ... ................. .... ....... . . . .............. . ..... . . . . . . . . . .................... . . ......... .... . . .......................... ...... . ... ....... . . ... .............. .. . .
lowQualScore : 3 00 8 2 4444444444444444444444444444444 4444 1 0 0 8 88888 222222222 8 333 333 66 0 0 55 4 1 4 0 99 0 99 6666 99 99 99 0 7 7 55555 7 22 222222 2 7 7 33333 7 7 22 2222 7 7 88 222222222222222222 0 0 22 5 0 0 55 0 0 555 0000 0 0 2 0 888 5 000 55555555555555555 0000 2222222 0 0 0 00000000000000 0 00000 2 6 8 0 0 0 0 0 8 55555555555555555555 0 0 444444444 0000 0 6 55555555555555555555555555 222222 7 222 8888888 7 7 222 55555555555555 22 7 6
consensus : NNTACCTTGTGCGGGTATTCC-TCGAGCTTTTCTCCTAC-C----GTAT-T----C-----GTC-C-T-T-AGA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACCTGAGTG-AAAAATTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTGT-GC-GG-TATATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TNTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCATGCT-A-CTT----------------AGTT-ATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-A-C-A----------TGAATT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGACTAACTAATGGATTT-TTTTAAA---C------AA------C-AACTCTG-ATGT-A------TATAAT----ACA-CATCGTATGGA-----A------TA------------CATAT------G-CATATGC--TAGTT--TTCAGTGTA-AATA-GGTA-CACA--TACATAAG-AATTT--AT-AGGATAGAAGGTAAAATTATATAATTTAA
Reference ( family-10227 ) : NNTACCTTGTGCGGGTATTCC-TCGAGCTTTTCTCCTAC-C----GTAT-T----C-----GTC-C-T-T-AGA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACCTGAGTG-AAAAATTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTGT-GC-GG-TATATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TNTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCATGCT-A-CTT----------------AGTT-ATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-A-C-A----------TGAATT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGACTAACTAATGGATTT-TTTTAAA---C------AA------C-AACTCTG-ATGT-A------TATAAT----ACA-CATCGTATGGA-----A------TA------------CATAT------G-CATATGC--TAGTT--TTCAGTGTA-AATA-GGTA-CACA--TACATAAG-AATTT--AT-AGGATAGAAGGTAAAATTATATAATTTAA
gi|1 : CTTGTGAGGATATTCC-TAGAGCTTTTCTCCTAC-C----ATGT-T----TAATCGGTC-C-T-T--GA-C--GAG-AAT--GGAG-A--------GG---------G-G---CT---GGTT--T-AGTCCA-GAC-TGAGTG-AAAA-TTCTCATGTGGAA-TGT-AA--AAAA-T---TAC----AATCA--ATTA--TT-T--AT--GCATTCA-ACCTTGAGCGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-TGGG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-CGGGG--AA----AA-ATACAT-AGCA-ATATA------------------TTGTGGC-GG-TATATTTCTCGACATTTCTGGGCTTAAT-TAT-GAGTGCTTT----TAGT-T
gi|1 : TT----TATA-TTTGA---TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCATGCT-AGCTT-----------------GTT--TTATTTAGAT--T-ATTACTCA-TAT-ACACC-A----------TGAGAT-----TAATTGTAT-AAAGT-AGATTT-ACT-ACCAATGGATAG-TTTTAAA---CCAATTGAA------CAAACTTTG-ATGT-AATCGGTTACAGTCTTAACA-CATGGTATGGAGTACTG------TA------------CATAT------ACCATATG---TAGTT------GTGT---ATA--GTA-C---------CAAG-AA-TT--AT-AGGATAGAAGGGTAAAGCAAATAATTTtcataattacgtttaaatacattgtttatcgccatttttatatttgatttgtaaagagggatttggtcatgctagcttgttttatttagattattactcatatacaccatgagattaattgtataaagtagatttactaccaatggatagttttaaaccaattgaacaaactttgatgtaatcggttacagtcttaacacatggtatggagtactgtacatataccatatgtagttgtgtatagtaccaagaattataggatagaagggtaaagcaaataattttaa
gi|10 : cttgtgaggatattcctagagcttttctcctaccatgtttaatcggtccttgacgagaatggagaggggctggtttagtccagactgagtgaaaattctcatgtggaatgtaaaaaattacaatcaattatttatgcattcaaccttgagcgtcgttaaaatatgaatagttgggtatattcaaaggcacactcggggaaaaatacatagcaatatattgtggcggtatatttctcgacatttctgggcttaattatgagtgcttttagtttcataattacgtttaaatacattgtttatcgccattCTCTCTTCTTAC-C-----TAT-T----C-----GTC-CGT-C-AGG----GTC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------GCG---CT---GGTTTGTTAATtaa
gi|11 : tggtttaaaccagcccccaccccccccccccccA-----A------CG------------CATAA------G-CATATGT--TAATT--T--AGTGTA-AATA-GGTA-CACA----CAT------TTA--AT-AGAATAGAAGGTAAAATTATAGAATTTAAtca
gi|12 : ggaataaatgtacaTTCTCCTAT-C----GT--------C-----GTC-A-----GGA-T--AAC-GAT-AGGAGAAA-G-----GG---------G-G---TTGGGGGTT--TTAATC-A-t
gi|12 : CCTTTCTCCTAT-C----GT--------T-----ATC-C-T----GA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GATT--TTAATC-A-GAgggggctgattttaatcaga
gi|13 : tgattaaaacccccaacccCCCCCAC-C----CCCT-T----C------TC-C-TAT-----C--GAA-AAT-AGGAG-AA-A-----TG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-
gi|14 : tctgattaaaacccccctccacC-GAT-AGGAG-AG-G-----GGAGGGGGGAGG-G---CT---AGTT--TTAATC-A-Ga
gi|14 : -AGGAG-AA-G-----GG---------GGG---CT---GGTT--TTAATC-A-Gaggagaaggggggctggttttaatcag
gi|15 : ctgattaaaactagccctcccccctcccctctcctatcgCCTTTCTCCTAT-C----GTA---------------------------C--GAC-GAT-AGGAG-AAGG-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-
gi|15 : TTCTCCTAT-C----GT--------C-----GT----------------AC-GAT-AGGAG-AAAG-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-Ggggctggttttaatcag
gi|16 : tgattaaaaccagccccccA-A-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GA-CTG---G-GGAAATTGTCAAGTAGGA
gi|17 : GA-C--AAC-AAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACaaactcgatgaagttaattaa
gi|18 : TC-C-T----GA-T--GAC-GAT----AG-AA-G-----GG---------G-A---GT---G--T--TTAATC-A-GACctgataggagaagg
gi|19 : aaccctccccctaGAGTG-AAAACTTCTCCAGTGTGACGTT-AA--ACAA-T--ATAC----AATTA--AT
gi|2 : TACTTGGTGCGGGTATTCC-TCG-GCTTTTCTCCTAC-T----GTATCT----C-----GTC-C-T-TTAGA-C--GACCGAT-AGGAG-AA-A-----GG---------G-G---CT---GGTT--T-AATC-A-GACCTGAGTG-AAAATTTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGTATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--TTG------AATCGT-T-TG-----TATAATTCAAAGGCACACTAACGGG--GA----AA-ATGCATCAGCCAATACA------------------TTGT-GCGGG-TATAATC--CGAC-TTTTT-GGCT--AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TGTGAACTTTTATAACGAGGGATTTGGATCTTGCT-A-CTT----------------AGTTAATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-A-C-A----------TGAATT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGACTAACTAATGGATTT-TTTCAAA---C------A---------AACTCTGAATGT-A------TATCAT----ACA-CATCGGATGGA-----A------TA------------CATAT------G-CATATGC--TAGTT--TTCAGTGTA-AATAGGGTAGCACATGTACATAAGAAATTT--ATAAGGAT-GAAGGTAAAACTATATAATTTAA
gi|20 : atGA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-GGGGA-GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GAC
gi|21 : GA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-GGGGGAGG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-ag
gi|23 : tgGA-C--GAC-GAT-AGAAG-AA-G-----GG---------G-ATGTTT---GGTT--TTAATC-A-Ga
gi|3 : TACCTTGTGCAGGTATTCCATCGA-CTTTTCTCCTACAT----GTAT------------ATC---T-T-AGAGT--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-----CT---GGTT--A-AATC-A-GACNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN--NNNN-N--NNNN----NNNNN--NNNN--NNNN--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGCC-----GTTAAAAAT--TTG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACAC---CGGG--AA----AACATACAT--GC--ATACA------------------T-GT-GC-GGGTATATTCCTCGAC-TTGTT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----CAGTGTTTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG--CATGCTCA-CTT----------------AGTT-AT-ATTTAGAT--TAA--GATCA-TAT-A-A-CAA----------TGAA-T-----TAACTGGATAAAAGTAAGATTTGACTAACTAATGGTTTTATTTTAAAATTCA-----AA------C-AACTCTG-ATGT-A-------ATAAT----ACACCATTGGATGTA-----ATACATGTA------------CATAT------G-CATATGC--CAG----TTCAGTGTAGAATA-GCTA-C-CA--TA---AAG-AA-TT--AT-AGGATAGagg
gi|4 : tctgattacagCTTTTTTCC--C-C----ATGT-TATATC-----GTCAT-T-T-AGA-TTTGCC-GGTTAGGAG-AA-A-----GG---------G-G---CT---GGTG--TTTATC-A-GAC--GAGTG-AGAAATTCTCATGTGGGA-TGTCAA--ACA--T--ATAC----AA-CA--ATCA--ATAC--AT--GTATGTA---CTTGAGTGTC-----GTTAAAA-TTGATG------TCTAGTGT-TGA----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AAAAACAA-ATACATCGGC--ATATAGTTGGTCAGTCTCAGAATTTGT-GC-GG---TATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-ATCTGTCGAG---CTTTCTCTAGT-TGTGAAC-TTTGTAAAGAGGGTTTTGG-T-AT-CT-A-CTTTTAAAAGTATTTTTTAAGTT-ATAATTTGGATGAC-A--GATCAGTATAA-A-C-AATGCAATAACTGAACT-----TAACT-----AAGGT-AGATTTGACCTACGTGTACATTT-CTTTAA
gi|5 : tctttGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------GAGAGC-T-TG-----CAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGGATAA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTG
gi|5 : taCA-TAT-A-A-A-A----------TGAATTACTAGTAACTAGATAAA--------------AACTAATTGCTTT-TTT--AA---C------AATTCAATT-AACTCTA-ATGTGA------TA-AAT----ACG-CATCATATAGA-----A------TAAATGTACAAACGCATAT------G-CATATGC--TAA----TTCAGTGTA-AATA-GGT---ACA--TACAT------TTT--AT-AGGTTAGAAGGTAAAGTTATATTATTTAAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatataaaatgaattactagtaactagataaaaactaattgcttttttaacaattcaattaactctaatgtgataaatacgcatcatatagaataaatgtacaaacgcatatgcatatgctaattcagtgtaaataggtacatacattttataggttagaaggtaaagttatattatttaa
gi|6 : tagagtgtcgttaaaatatggagagcttgcatattcaaaggcacactacgggataaaaatacatcagcatacattggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTCCCCCCC-CCAATGTATAT----C-----CTA-T-T-T-AAA-A--AAA-AAG-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GAC-TGAGTG-AAAAATTCTCAAGTAAAACAGT-AT--ACAA-TTAAT-C----AATTATAATTA--TAAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----ATTAAAA-T--ATGCGGCCAAAT-GT-T-TGCTTTCCAT-ATTCAAA-GCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--AT--A------------------TTAT-G
gi|7 : gattacccccccccctttTTTTCTCCTACAT----GTATAT----C-----GTC-C-T-T-AGA-C--AAC-GAT-GGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACC-GAGTG-AAAAATTCTCAAGTGAGA-TGTAAA--ACAATT--ATAC----AATTAG-ATCAGCTTATTGATTTGCACTCATATCTTGA-TGTC-----ATTtcatctcagaattcatacg
gi|8 : ctgatcacccccccctttttCTTTTTTTC-AC-CTT--GTAT-TT---C-----GTC-A-T-T-AGA-C--AAC-CAT-AGGAG-AA-G-----GAGT-------G-G---CT---GGTT--TTAATC-AGGACTTGAGTGAAAAAATTCTCAAGGAGGA-TGT-AAAGACAA-T--ATACAATTAATCA--ATTA--TTAT--ATTTG-ATTCC-ATTCTGAGTGTCGATTTGTTAAAA-
gi|9 : c-A------TA-AAT----ACA-CATCATTTGGA-----A------TA------------AATGTACAAACG-CATAAGCCATATTTAATTTAGTGTA-AATA-GGTA-CACA------------ATTTTAAT-AGAATAGAAGGTAAAATATTAGAATTTAA
blockSeqs : A G A ATGTTATATCGTCATTTA TTT C T A G GGGGA AGGGGGGAG C TGT GGG TG . G CT A A C C AG T TA AATT TA GC TG T T T GATTT A TG CGGCCA C G . CTTTC A A AT AAAC C C CA GTTGGTCAGTCTCAGAAT . G GT C . . C C C . TCTC G G A T ATC G CA TTAAAAGTATTTTTTAA AATA GACA G A . CAATGCAATAAC T ACTAG G A A A G A A A C CAATTCAATT A G TAT . C ATAAATGTACAAACG ACAAAC . CCA TTAATTT G G GCA TGTACATAAGAAAT TA A
blockSeqs : . A A CAATGTATATCCTATTTA GT . . . A GGGA GT G . . . . . CT . C C A . . . . G . . T C . . . . . A . . A . . . . . C . . . . T C . . C . . . . . T A . C G A A ATA TAA . . . CAA C . G A A . G A T . T ATTCAAAC . . AT . . ATACATGTA . . T TTTTC . . CA TAAAGAA . .
blockSeqs : . TTGTATTTCGTCATTA T . . . . . . . . . . . . NN . T N . . . . . . . . T T . . . . . A . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . G A . T . A A AT TA . . . CA T . A A G . G T A . T CA . . TA . . ACG . . C TTT . . CA TACATT . .
blockSeqs : . GTATCTCGTCCTTTA C . . . . . . . . . . . . TT . N C . . . . . . . . T C . . . . . A . . . . . . . . C . . . . . . . . AA . . . . . . . A C . . . TA . . ATA . . C TTC . . C CATT . .
blockSeqs : . GTATATCGTCCTTA C . . . . . . . . . . . . T . A . . . . . . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . . . . ATA . . C TTC . . A AT . .
blockSeqs : . TATTCGTCCGTCA C . . . . . . . . . . . . C . A . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . CCCTTCTCCTAT C . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . GTATATCTTA T . . . . . . . . . . . . . A
blockSeqs : . GTCGTCAG C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . GTTATCCT C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . GTCGT C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . GTA C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : A . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : C . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : GTATTCGTCCTTA****************** CT ** CAA*********** TA******* **** ATA*********************** C** TTC**** CA* TACATAT*******
originalCons : NNTACCTTGTGCGGGTATTCC-TCGAGCTTTTCTCCTAC-C----GTAT-T----C-----GTC-C-T-T-AGA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACCTGAGTG-AAAAATTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTGT-GC-GG-TATATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TNTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCATGCT-A-CTT----------------AGTT-ATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-A-C-A----------TGAATT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGACTAACTAATGGATTT-TTTTAAA---C------AA------C-AACTCTG-ATGT-A------TATAAT----ACA-CATCGTATGGA-----A------TA------------CATAT------G-CATATGC--TAGTT--TTCAGTGTA-AATA-GGTA-CACA--TACATAAG-AATTT--AT-AGGATAGAAGGTAAAATTATATAATTTAA
finalCons : NNTACCTTGTGCGGGTATTCC-TCGAGCTTTTCTCCTAC-CGTATTCGTCCTTA------------------GA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACCTGAGTG-AAAAATTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTGT-GC-GG-TATATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TNTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCATGCT-A-CTT----------------AGTT-ATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-ACAA-----------TGAATT-----TAACTGGATAAAAGT-AGATTTGACTAACTAATGGATTT-TTTTAAA---C------AA------C-AACTCTG-ATGT-ATA-------AAT----ACA-CATCGTATGGAATA-----------------------CATAT------G-CATATGC--TAGTTC----AGTGTA-AATA-GGTACA-CATACATAT-------TT--AT-AGGATAGAAGGTAAAATTATATAATTTAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATAATGAGAACATGTTTAATTCACTATATTTTTATAATTCA
Alignments
lowQualScore : 1 11 4444444444444444444444444444444 111111111 11 1 1 1111 11 11111 111111 22222 1111 11 444444444444444444 1 11 1 1 11 1 1 111 1111 1 111 111 66666666666666666 1111 2222222 3333333 1111111 1 7777777777777777777 1 222222222 1111 55555555555555555555555555 111111 2222222 4444444444444
lowQualScore : 3 44 0 6 5555555555555555555555555555555 4444 2 2 2 3 88888 000000000 3 333 333 22 2 2 33 4 3 6 0 66 5 66 0000 11 77 77 5 1 5 22222 5 99 999999 3 6 6 33333 6 6 99 4444 6 6 55 999999999999999999 8 0 33 2 0 0 66 0 0 777 7777 8 1 3 0 555 2 111 99999999999999999 4444 3333333 8 8 8 5 8 1111111 6666666 8 5 0 1 8 3 9999999999999999999 0 6 333333333 4444 6 333 00000000000000000000000000 999999 6 0000000 99 3 6 6 888 0000000000000 6 0
lowQualScore : . .. . . ............................... .... . . . . ..... ......... . ... ... .. . . .. . . . . .. . .. .... .. .. .. . . . ..... . .. ...... . . . ..... . . .. .... . . .. .................. . . .. . . . .. . . ... .... . . . . ... . ... ................. .... ....... . . . . . ....... ....... . . . . . . ................... . . ......... .... . ... .......................... ...... . ....... .. . . . ... ............. . .
lowQualScore : 3 00 8 2 4444444444444444444444444444444 4444 1 0 0 8 88888 222222222 8 333 333 66 0 0 55 4 1 4 0 99 0 99 6666 99 99 99 0 7 7 55555 7 22 222222 2 7 7 33333 7 7 22 2222 7 7 88 222222222222222222 0 0 22 5 0 0 55 0 0 555 0000 0 0 2 0 888 5 000 55555555555555555 0000 2222222 0 0 0 6 0 6666666 8888888 0 0 8 0 0 8 5555555555555555555 0 7 222222222 2222 7 555 55555555555555555555555555 222222 7 2222222 22 7 7 7 222 3333333333333 7 6
consensus : NNTACCTTGTGCGGGTATTCC-TCGAGCTTTTCTCCTAC-C----GTAT-T----C-----GTC-C-T-T-AGA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACCTGAGTG-AAAAATTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTGT-GC-GG-TATATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TNTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCATGCT-A-CTT----------------AGTT-ATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-ACAATG-AATT-----TAACTGGA--TA---AAAGT-AGATTTGACTAACTAATGGATTT-TTTTAAA---C------AAC------AACTCTG-ATGT-A------TA-AAT----ACA-CATCGTATGGA-----A------TA------------CAT------ATG-CATATGC------TAG--TTCAGTGTA-AATA-GGTA-CACA--TACAT-----ATTTAT-AGGATAGAAGGTAAAATTATATAATTTAA
Reference ( family-10227 ) : NNTACCTTGTGCGGGTATTCC-TCGAGCTTTTCTCCTAC-C----GTAT-T----C-----GTC-C-T-T-AGA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACCTGAGTG-AAAAATTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTGT-GC-GG-TATATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TNTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCATGCT-A-CTT----------------AGTT-ATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-ACAATG-AATT-----TAACTGGA--TA---AAAGT-AGATTTGACTAACTAATGGATTT-TTTTAAA---C------AAC------AACTCTG-ATGT-A------TA-AAT----ACA-CATCGTATGGA-----A------TA------------CAT------ATG-CATATGC------TAG--TTCAGTGTA-AATA-GGTA-CACA--TACAT-----ATTTAT-AGGATAGAAGGTAAAATTATATAATTTAA
gi|1 : CTTGTGAGGATATTCC-TAGAGCTTTTCTCCTAC-C----ATGT-T----TAATCGGTC-C-T-T--GA-C--GAG-AAT--GGAG-A--------GG---------G-G---CT---GGTT--T-AGTCCA-GAC-TGAGTG-AAAA-TTCTCATGTGGAA-TGT-AA--AAAA-T---TAC----AATCA--ATTA--TT-T--AT--GCATTCA-ACCTTGAGCGTC-----GTTAAAA-T--ATG------AATAGT-TGGG-----TAT-ATTCAAAGGCACACT-CGGGG--AA----AA-ATACAT-AGCA-ATATA------------------TTGTGGC-GG-TATATTTCTCGACATTTCTGGGCTTAAT-TAT-GAGTGCTTT----TAGT-T
gi|1 : TT----TATA-TTTGA---TTTGTAAAGAGGGATTTGG-TCATGCT-AGCTT-----------------GTT--TTATTTAGAT--T-ATTACTCA-TAT-ACACCATG-AGAT-----TAATTGTA--T----AAAGT-AGATTT-ACT-ACCAATGGATAG-TTTTAAA---CCAATTGAACA-----AACTTTG-ATGT-AATCGGTTACAGTCTTAACA-CATGGTATGGAGTACTG------TA------------CAT------ATACCATATG-------TAG--TT--GTGT---ATA--GTA-C-CA-----AG-----AATTAT-AGGATAGAAGGGTAAAGCAAATAATTTtcataattacgtttaaatacattgtttatcgccatttttatatttgatttgtaaagagggatttggtcatgctagcttgttttatttagattattactcatatacaccatgagattaattgtataaagtagatttactaccaatggatagttttaaaccaattgaacaaactttgatgtaatcggttacagtcttaacacatggtatggagtactgtacatataccatatgtagttgtgtatagtaccaagaattataggatagaagggtaaagcaaataattttaa
gi|10 : cttgtgaggatattcctagagcttttctcctaccatgtttaatcggtccttgacgagaatggagaggggctggtttagtccagactgagtgaaaattctcatgtggaatgtaaaaaattacaatcaattatttatgcattcaaccttgagcgtcgttaaaatatgaatagttgggtatattcaaaggcacactcggggaaaaatacatagcaatatattgtggcggtatatttctcgacatttctgggcttaattatgagtgcttttagtttcataattacgtttaaatacattgtttatcgccattCTCTCTTCTTAC-C-----TAT-T----C-----GTC-CGT-C-AGG----GTC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------GCG---CT---GGTTTGTTAATtaa
gi|11 : tggtttaaaccagcccccacccccccccccccc-A------TA-AAT----GTA-CA--------A-----A------CG------------CAT------AAG-CATATGT------TAA--TTTAGTGTA-AATA-GGTA-CAC----ACAT------TTAAT-AGAATAGAAGGTAAAATTATAGAATTTAAtca
gi|12 : ggaTTCTCCTAT-C----GT--------C-----GTC-A-----GGA-T--AAC-GAT-AGGAGAAA-G-----GG---------G-G---TTGGGGGTT--TTAATC-A-t
gi|12 : CCTTTCTCCTAT-C----GT--------T-----ATC-C-T----GA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GATT--TTAATC-A-GAgggggctgattttaatcaga
gi|13 : tgattaaaacccccaacccCCCCCAC-C----CCCT-T----C------TC-C-TAT-----C--GAA-AAT-AGGAG-AA-A-----TG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-
gi|14 : tctgattaaaacccccctccacC-GAT-AGGAG-AG-G-----GGAGGGGGGAGG-G---CT---AGTT--TTAATC-A-Ga
gi|14 : -AGGAG-AA-G-----GG---------GGG---CT---GGTT--TTAATC-A-Gaggagaaggggggctggttttaatcag
gi|15 : ctgattaaaactagccctcccccctcccctctcctatcgCCTTTCTCCTAT-C----GTA---------------------------C--GAC-GAT-AGGAG-AAGG-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-
gi|15 : TTCTCCTAT-C----GT--------C-----GT----------------AC-GAT-AGGAG-AAAG-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-Ggggctggttttaatcag
gi|16 : tgattaaaaccagccccccA-A-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GA-CTG---G-GGAAATTGTCAAGTAGGA
gi|17 : GA-C--AAC-AAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACaaactcgatgaagttaattaa
gi|18 : TC-C-T----GA-T--GAC-GAT----AG-AA-G-----GG---------G-A---GT---G--T--TTAATC-A-GACctgataggagaagg
gi|19 : aaccctccccctaGAGTG-AAAACTTCTCCAGTGTGACGTT-AA--ACAA-T--ATAC----AATTA--AT
gi|2 : TACTTGGTGCGGGTATTCC-TCG-GCTTTTCTCCTAC-T----GTATCT----C-----GTC-C-T-TTAGA-C--GACCGAT-AGGAG-AA-A-----GG---------G-G---CT---GGTT--T-AATC-A-GACCTGAGTG-AAAATTTCTCAAGTGGGACTGT-AA--ACAA-T--ATAC----AATCA--ATTA--TTAT--ATTTGTATTCA-ATCTTGAGTGTC-----GTTAAAA-T--TTG------AATCGT-T-TG-----TATAATTCAAAGGCACACTAACGGG--GA----AA-ATGCATCAGCCAATACA------------------TTGT-GCGGG-TATAATC--CGAC-TTTTT-GGCT--AT-TAT-GAG---CTT----TAGT-TGTGAACTTTTATAACGAGGGATTTGGATCTTGCT-A-CTT----------------AGTTAATAATTTAGAT--T-A--GATCA-TAT-A-AC-ATG-AATT-----TAACTGGA--TA---AAAGT-AGATTTGACTAACTAATGGATTT-TTTCAAA---C------A--------AACTCTGAATGT-A------TATCAT----ACA-CATCGGATGGA-----A------TA------------CAT------ATG-CATATGC------TAGTTTTCAGTGTA-AATAGGGTAGCACATGTACATAAGAAATTTATAAGGAT-GAAGGTAAAACTATATAATTTAA
gi|20 : atGA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-GGGGA-GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GAC
gi|21 : GA-C--GAC-GAT-AGGAG-AA-GGGGGAGG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-ag
gi|23 : tgGA-C--GAC-GAT-AGAAG-AA-G-----GG---------G-ATGTTT---GGTT--TTAATC-A-Ga
gi|3 : TACCTTGTGCAGGTATTCCATCGA-CTTTTCTCCTACAT----GTAT------------ATC---T-T-AGAGT--GAC-GAT-AGGAG-AA-G-----GG---------G-----CT---GGTT--A-AATC-A-GACNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNN-NN--NNNN-N--NNNN----NNNNN--NNNN--NNNN--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGCC-----GTTAAAAAT--TTG------AATAGT-T-TG-----TAT-ATTCAAAGGCACAC---CGGG--AA----AACATACAT--GC--ATACA------------------T-GT-GC-GGGTATATTCCTCGAC-TTGTT-GGCTC-AT-TAT-GAG---CTT----CAGTGTTTGAAC-TTTGTAAAGAGGGATTTGG--CATGCTCA-CTT----------------AGTT-AT-ATTTAGAT--TAA--GATCA-TAT-A-ACAATG-AA-T-----TAACTGGA--TA---AAAGTAAGATTTGACTAACTAATGGTTTTATTTTAAAATTCA-----AAC------AACTCTG-ATGT-A------AT-AAT----ACACCATTGGATGTA-----ATACATGTA------------CAT------ATG-CATATGC------CAG--TTCAGTGTAGAATA-GCTA-C-CA--TAAAG-----AATTAT-AGGATAGagg
gi|4 : tctgattacagCTTTTTTCC--C-C----ATGT-TATATC-----GTCAT-T-T-AGA-TTTGCC-GGTTAGGAG-AA-A-----GG---------G-G---CT---GGTG--TTTATC-A-GAC--GAGTG-AGAAATTCTCATGTGGGA-TGTCAA--ACA--T--ATAC----AA-CA--ATCA--ATAC--AT--GTATGTA---CTTGAGTGTC-----GTTAAAA-TTGATG------TCTAGTGT-TGA----TAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGG--AAAAACAA-ATACATCGGC--ATATAGTTGGTCAGTCTCAGAATTTGT-GC-GG---TATTCCTCGAC-TTTCT-GGCTC-ATCTGTCGAG---CTTTCTCTAGT-TGTGAAC-TTTGTAAAGAGGGTTTTGG-T-AT-CT-A-CTTTTAAAAGTATTTTTTAAGTT-ATAATTTGGATGAC-A--GATCAGTATAA-ACAATGCAA-------TAACTGAACTTAACTAAGGT-AGATTTGACCTACGTGTACATTT-CTTTAA
gi|5 : tctttGAGTGTC-----GTTAAAA-T--ATG------GAGAGC-T-TG-----CAT-ATTCAAAGGCACACT-ACGGGATAA----AA-ATACATCAGC--ATACA------------------TTG
gi|5 : taCA-TAT-A-A-AATG-AATTACTAGTAACTAGA--TA---AAA--------------ACTAATTGCTTT-TTT--AA---C------AATTCAATTAACTCTA-ATGTGA------TA-AAT----ACG-CATCATATAGA-----A------TAAATGTACAAACGCAT------ATG-CATATGC------TAA--TTCAGTGTA-AATA-GGT---ACA--TACAT------TTTAT-AGGTTAGAAGGTAAAGTTATATTATTTAAgtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnncatataaaatgaattactagtaactagataaaaactaattgcttttttaacaattcaattaactctaatgtgataaatacgcatcatatagaataaatgtacaaacgcatatgcatatgctaattcagtgtaaataggtacatacattttataggttagaaggtaaagttatattatttaa
gi|6 : tagagtgtcgttaaaatatggagagcttgcatattcaaaggcacactacgggataaaaatacatcagcatacattggtnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnTTTTCCCCCCC-CCAATGTATAT----C-----CTA-T-T-T-AAA-A--AAA-AAG-AGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GAC-TGAGTG-AAAAATTCTCAAGTAAAACAGT-AT--ACAA-TTAAT-C----AATTATAATTA--TAAT--ATTTGCATTCA-ATCTTGAGTGTC-----ATTAAAA-T--ATGCGGCCAAAT-GT-T-TGCTTTCCAT-ATTCAAA-GCACACT-ACGGG--AA----AA-ATACATCAGC--AT--A------------------TTAT-G
gi|7 : gattacccccccccctttTTTTCTCCTACAT----GTATAT----C-----GTC-C-T-T-AGA-C--AAC-GAT-GGGAG-AA-G-----GG---------G-G---CT---GGTT--TTAATC-A-GACC-GAGTG-AAAAATTCTCAAGTGAGA-TGTAAA--ACAATT--ATAC----AATTAG-ATCAGCTTATTGATTTGCACTCATATCTTGA-TGTC-----ATTtcatctcagaattcatacg
gi|8 : ctgatcacccccccctttttCTTTTTTTC-AC-CTT--GTAT-TT---C-----GTC-A-T-T-AGA-C--AAC-CAT-AGGAG-AA-G-----GAGT-------G-G---CT---GGTT--TTAATC-AGGACTTGAGTGAAAAAATTCTCAAGGAGGA-TGT-AAAGACAA-T--ATACAATTAATCA--ATTA--TTAT--ATTTG-ATTCC-ATTCTGAGTGTCGATTTGTTAAAA-
gi|9 : c-A------TA-AAT----ACA-CATCATTTGGA-----A------TA------------AATGTACAAACG-CATAAGCCATATTTAA--TTTAGTGTA-AATA-GGTA-CACA-----AT-----TTTAAT-AGAATAGAAGGTAAAATATTAGAATTTAA
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): ATAATGAGAACATGTTTAATTCACTATATTTTTATAATTCA