lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111111 11111111 111 1111111111111111111 1111111111111 11111111111111111 1 3333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 22 1 11 1
lowQualScore : 3 6 8 2 22 2 0 2 777 2 8888888 444444 333 333 99999999 3 1 2 22 2 22 333 33 2 2 2 333333 22 1 44444 00000000 6666666666666 6 77777777 3333 2 22 4444444 666 5 2 8 5555 3 2 22 2 1 1 1 1 2 3 3333 22 8 22 1 4 1 3333333333333333333 55 4444444444444 0 1 6666 5555555 1 55555555555555555 22 44 1 5555555 333 1 2 333 44 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 44 3 3 3 33 3 6666 55 1 666 7777 1 4 1 0 999 4 00 5 5 3 4
lowQualScore : . . . . .. . . . ... . ....... ...... ... ... ........ . . . .. . .. ... .. . . . ...... .. . ..... ........ ............. . ........ .... . .. ....... ... . . . .... . . .. . . . . . . . .... .. . .. . . . ................... .. ............. . . .... ....... . ................. .. .. . ....... ... . . ... .. ............................................................................................................................................................................................................................ . .. . . . .. . .... .. . ... .... . . . . ... . .. . . . .
lowQualScore : 1 0 3 7 99 1 9 0 555 0 5555555 666666 333 333 33333333 8 9 0 88 0 88 777 11 2 2 2 888888 99 9 88888 22222222 4444444444444 2 22222222 2222 1 99 8888888 888 0 5 8 0000 2 3 55 9 4 4 4 4 9 0 0000 00 2 00 5 8 6 7777777777777777777 11 3333333333333 3 9 4444 9999999 8 22222222222222222 55 33 8 9999999 222 5 9 555 88 9999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 5 22 1 1 1 88 1 5555 00 9 444 7777 2 0 6 4 666 1 77 7 7 8 4
consensus : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A---T-T-------T---A--TATT---TTA---CTT----T---A-TGACA-T-TTT--AAA-T--TCCATG---TTACCTTGT--GTCAT-TT-CAA-TNTC-C-A--TTCTTA-AT-----TT----C---CTA----C---A----TGAC--------AT-C--CTTAA-TTCC--ATGTTA--CA--ATGT-TG-CA-TTTCAGT----TTTC-TAATTC-TATG-C-ATCCTC-C-T-TGTA-TTC-T----T--AATNCTA--AC-TTTT-A-TT--C------TA-----A--ATG-CTATTT-----T---GC--TTCA-TG----ACA-------T-TC---------------T-T--CA--TTT-C-------A---TGCATCCTCCTTGT---ATT--CT------T----AA------TTC------TAA-CCTT------------TG--------------AT-------CTT-TAAA--TT-CC-AT-----G-----------T--CAT-AN-----CA--T-TTCAA----TTTA-----CAT-----C-----TGT--AATCTTA-A--ATTC-TA-------------------T-T--------------ATCGATCTACTT--TC-G-T-TTTT-CATGTA-A----ATCC--TATTATG---C----TTCGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCGT-TTA-TCATTTAG-TGCCTCATTAT-TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
Reference ( gi|3 ) : TGG-AAGAGAATCACCAC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A---T-T-------T---A--TATT---TTA---CTT----T---A-TGACA-T-TTT--AAA-T--TCCATG---TTACCTTGT--GTCAT-TT-CAA-TATC-C-A--TTCTTA-AT-----TT----C---CTA----C---A----TGGC--------AT-C--CTTAA-TTCC--ATGTTA--CA--ATGC-TG-CA-TTTCGAT----TTTC-TAATTT-TATG-C-ATCCTC-C-T-TGTA-TTC-T----T--AATGCTA--AC-TTTT-A-TT--C------TA-----A--ATG-CTATTT-----T---GC--TTCA-TG----ACA-------T-TC---------------T-T--CA--TTT-C-------A---TGCATCCACCTTGT---ATT--CTGA--AAT----AA------TTC------TAA-CCTT------------TG--------------AT-------CTT-TAAA--TT-CC-AT-----G-----------T--CAT-AT-----CA--T-TTCAA----TATA-----CAT-----C-----TGT--AATCTTA-A--ATTC-TA-------------------T-T--------------ATCGATCTACTT--TC-G-T-TTT--CATGTA-A----ATCC--TAGTATG---C----TTCGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTATATCAGAAGGCGC-TTA-TCATTTAG-TGCCACATTAT-TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
gi|1 : TGG-AATGGAATCATCGC-CATAATTCTATGCATCCTGC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A---T-T-------T---A--TATT---TTA---CTT----T---A-TGACA-T-ATT--AAA-T--TCCATG---TTACCTTGT--GTCAT-TT-CAA-TCTC-C-A--TTCTTA-AT-----TT----C---CTA----C---A----TGAC--------AT-C--CTTAA-TTCC--ATGCTA--CA--ATAT-TG-CA-TTTCAGTTTAATTTC-TATTTT-TATG-C-ATCCTC-C-T-TGTA-TTCTT----T--AATGCTA--AC-TTTT-A-TT--C------TA-----A--------------------------TCA-TG----ACA-------T-TC---------------T-T--TA--TTC-C-------A---TGCATCCTCCTTAT---ATT--CT------T----AA------TTC------TAA-CCTTTTATTTACTATATGCC------------AT-------CTT-TAAA--TT-TC-AT-----GTTACATGTATAT--CAT-AA-----CA--T-TTCAA----TTTA-----CATTTCAAT-----TGT--AATCTTA-A--ATTC-TATTTTGCTTCGTCATTAATTT-T--------------ATCGTACTACTT--TC-GTT-TTT--CATGTA-A----ATCC--TATTATA---C----TTTGT-TGCACTCATTATTTAATGTCACATTATTACAACAGAGGGCGT-TTA-TCGTTTAG-TGCCTCATTAT-TACACCAGAGTGCGCACTATATGCTA
gi|7 : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTAAATTCTA-A---T-T-------T---A--TATT---TTA---CTT--------A-TGACA-T-TTT--AAA-T--TCCATG---TTACCTTGT--GTCAT-TT-CAA-TCTC-C-A--TTCTTA-AT-----TT----C---CTA----C---A----TAAC--------AT-ATACTTAA-TTCT--ATGTTA--CA--ATGT-TG-CA-TTTCAGT----TT-----ATT---ACG-C-ATCCTC-C-T-TGCA-TTC-T----T--AATGCTA--AC-TTTT-A-TT--T------TA-----A--ATG-TTATTT-----T---GC--TTCA-TG----ACA-------T-TC---------------T-T--CA--TTC-T-------A---TGCATCCTCCTTGT---ATT--AT------T----AA------TTT------TTA-AATT------------TC--------------AT--------TC-CATG--TT----AT-----G-----------T--CAT-AA-----CA--T-TTCAA----TTTG-----CAT-----caatgaatgctccctttcaaaaaacctggatcaatgttttcaggtgaaaaat
gi|9 : aTGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCCATTCATCCTT-----G-TATTCTTAAATCTA-A---T-T-------T---A--TATT---TTA---CTT----C---A-TAACA-T-TTT--AAA-T--TCCATG---TTACCTTGT--GTCAT-TT-CAA-TATC-C-A--TTCTTA-AT-----TT----C---CTA----C---A----TGGCATCCAATGAT-C--CTTAA-TTCC--ATGATA--CA--ATAT-TG-CC-TTTCCGT----TTTC-TATTTT-TATG-C-ATTCAC-C-T-TGTA-TTC-T----T--AATGCTA--AC-TTTT-A-TT--C------TA-----A--ACG-AAATTT-----T---GC--TTCA-TG----ACA-------T-TC---------------G-T--CA--TTC-C-------A---TGCA------TTAT---ATA--CT------T----AA------TTC------TAA-CCTT------------TG--------------AT-------CTT-TAAA--Ttgctta
gi|2 : aTGG-AAGGGAATCATCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A---T-T-------T---G--TATT---TTA---CTT----TTATA-TGACA-T-TTT--AAA-TATTCCAT----------TGT--GTCAT-TT-CAA-TCTC-C-A--TTCTT---------TT----C---CTA----A---A----TGAC--------AT-C--CTTGA-TTCC--ATGTTA--CA--ATGT-TG-CA-TTTCAGT----TTTC-TATTTT-TATG-C-ATCCTC-C-T-TGTA-TTCTT----T--AATGCTA--AC-TTTT-A-TT--C------TA-----A--ATG-TTATTT-----T---GC--TTCA-TG----ACA-------T-TC---------------T-T--CA--TTC-C-------A---TGCATCCTCCTTGTTACATT--C
gi|15 : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-AATTTTTAATT------------------T---A--TATT---TTA---CTT----T---A-TGACA-T-TTT--AAA-T--TCCATG---TTACCTTGT--GTCAT-TT-CAA-TCTC-CCA--TTCTTA-AT-----TT----C---CTATGTAC---A----TGAC--------AT-C--CTTAA-TTCT--GTGATA--CA--ATAT-TG-CA-TTTCAGT----TTCC-TATTTT-TATG-T-ATACTC-C-C-TGTA-TTC-T----T--AATGCTA--AC-TTTT-A-TT--C------TA-----A--ATG-gttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggattttgaatcctatattatgctttactgcattcgttatattacaccaaagggtgcactatatgctacaacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|8 : TGGTAAGGGAATCACCGCGCATAATTCTATCAATCCATT--CTG-TATTCTTAA-TCTA-A---T-TA------T---A--TA-T---ATA---CTT----T---ATTAAC---------AAA-T--TCCATT---TTACTTT-----TCAT-TTCCAA-TCTC-C-A--TTCTTAGAT-----TG----C---CTA----C---A----AGAC--------ATCC--CTTAA-TTCC--ATGTTA--CA--ATATGTG-CATTTTCAGT----TTTC-TATTTT-TATGCC-ATCCTC-C-T-TGTATTTC-T----T--AATGCTAAGAC--TTT-A-TTG-C------TA-----C--AGG-TTATTT-----T---G---TTC--TG----ACA-------T-TT---------------C-T--CAT-TTT-C-------A---TGCATCCTCCGTGT---ATTC-CT------T----CA------TTC------TAA-CCTT------------t
gi|11 : taTGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-AATTCTTAACTCTA-A---C-T-------T---G--CATT---TTA---TTT----T---A-TGTCA-T-TTT--AAA-T--TCCATG---TTACCTTGT--GTCATCCT-CCT-TGT----A--TTCTTA-A-------T----G---CTA----A---C----TTTT--------AT-T--CTAAA-TGCT--AT-TT--------TGC-TT-CA----CGAC----ATTCTTCATTC-CATG-C-ATCCTC-C-T-TGTA-TTC-T----T--AATTCTA--AC-CTTTGA-TTTAC------TA-----T--ATG-ACATCT-----TTAAAT--TCCA-TG----TTA-------TATC---------------A-TAACA--TTT-C-------AATTTACA---ATCTTAA---ATT--CTgtgtttcctatatgacatcttaaattcccattg
gi|18 : TGG-AAGGGAATGAATGC-GATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TAT--TTAA-TCTA-AC--T-T-------T---AATTATA---CTA---CTCGTG-T---A-AGATA-G-TTT--TTA-T--TTCATG---TTGCCTTAT--AAC-C-TT-CAA-TTGC-T-A--TTC-AA-AT-----TT----TTTGCTA----T---A----TGAC--------AT-C--CTTAA-TTCC--ATGTTG--CA--t
gi|28 : aTGG-AAGGGAATCGTCGC-TATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTttatattt
gi|21 : TGG-AAAGGAATTGCTGC-CATAATTGTGTGCATTCGTC--TTG-TAATTTTAATTCTA-A---C-T-------TTGAA--AATT---T-----CCA----T---A-TTACA---TGT--ATA-T--T---TG----TACCTTAT--AAGAT-TT-CAA-TGAC-T-T--TTCTTA-AT-----T
gi|13 : aG-AAGGGAATC--CGC-CATAA----ATGCATC--TC--TTG-T-TTCTTAATC--A-A---T-T-------A---A---ATT-----A---ATT----T---A-T-ACA-T-TT-----A-T--TCCAT----TTACC--GT---TCAT----CAT-CATCTC-A--TTCTTA-AT-----TT----G---CTA----T---A----TGAC--------AT-C--CTTAA-T-----ATG---------------A-CA-TTTC--------------AGTT-TA-------CCTC-CTT-TGTA-ATC-T----T--TAAACTA--AC-TTTT-A-T--------------------GTT-CTATAT-----T---G----TTA-TA----TCA-------T-TC--------------------CG----T-C-------A---TGCCT---CCTTGT---ATT--TC------T----AA-------TC------TAA--ATT------------TG--------------AT--------TT-TAGA--TG-CC-AT-----atgtattttatttacttgtgtgat
gi|27 : atG-AAGGGAATCACG---CATAATTCTATGCATCCTTCTGTTGATATCTTTAATTCGATA---T-T-------T---A--TATTTACTTA---CTT----A---A-TGACA-A-TTT--AAA-T--TTCct
gi|26 : G-AAGGGGCTTACCGC-CACAATTGTATGCATCTTTC--TTG-AATTCTTATTTCTA-AC--T-T-------T---A---AGT---TTA---CT
gi|19 : GAATTACTGA-CATAATTTTATGCATCTTCT--TTG-TAATCTTAATTCTA-A---A-T-------G---C--TATT---TTG---CTA----C---A-TGACA-T-TCT--TCA-T--TCCATG---TTACAATGT--G---T-TT-CAATTTTC-T-A--TT-TTA-ATGCACCCT----C---CTT----C-----------T--------AT-T--CTTAA-TTCT--Agaaacgatatctctatatgtctgacgtttta
gi|29 : GAATTACCGC-CATAACTCCATGCATTCTTC--TTG-TATTCTTAATTacgtttgatttactatatgacatct
gi|23 : TATTTCTATGTATCCTCC--TTG-TATTCTTGATTATA-ACGCT-TGATTTACT---A--TATT---TTA----TA----T---A-TG-C--T-TCTCAAAA-T--TCCATA---T
gi|22 : ATTCCATGCATCCACC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A---C-T-------T---T--TGAT---TTA---CTA----T---G-TGACA-attacatcaaaacatttgtaatctt
gi|20 : taagcatcctccttgtattcttactgacttttattctagatctctatatataacattcttcATTTCATGCATCATCC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A---C-C-------T---T--TGAT---TTA---CTA----T---A-TCACA-TCTTT--AAA-T--TCCATG---ATATGTTAT--ATAA-----AAA-CATG-T-A--ATCTTA-AA-----TT----
gi|22 : acgttctttTAAGCATCCTCC--TTG-TATTCTTA---CTG-A---C-T-------T---T--TATT---CTAGATCTCTATAT---A-TAACA-T-TCT--TCA-T--TCCATGCATCCACCTTGT--AT--T-CT-TAA-T-TC-TAA--CTTTTG-AT-----TT----A---CTA----T---G----TGAC--------Agtattttacttagtcatttatcgatctactttcgttttgcatgtaa
gi|4 : ATCCTTAAA-CTA-G---TCT-------T---G--TATT---T-A---CTT----TC--A-TTACAAT-TTT--AAA-T--TCCATG---TTACCTTGT--GTCAT-TT-CAA-T
gi|25 : cA-A---T-T-------T---A--TATT---TTA---CTT----T---A-TGACA-T-TTT--AAAAC--TCCATG---TTACCTTTT--GTCAT-TT-CAG-TCTC-C-A--TTCTT--AT-----TT----C---CTA----C---A----TGAC--------AT-C--CTTAA-TTTC--ATGTttctacatgccatccttacttccatgttacagtattgtatttcagttctaaatgttattttgctacatggcattcttcattccatgcatcctccttgtattcttaattcttttgattaattatcattaaattccatcatccatcataacatttcaatttacgtttgtaatcttaaattctattttgcttcgtcatttatcgatctactttcgttttttcatgtaaatcctattatgctttgttgcattcgttatttaatgccacattattacaccagagggcgtttatcatttaatatctcattattacaccagagggcgc
gi|5 : -A---T-T-------C---A--TATA-----A---CTT----T---A-GTAT--T-TTT--AAA-T--CC--TG---TAACCTTAT--AACAT-TT-----TAT---------------T-----TT----G---CTG----C---A----TGAC--------AT-C--CTTAA-TTCC--ATGTTATGCA--AT---CG-TA-TTTCAAT----TTTC-CA--TT-TG------------C-T-TGAA-TTG-T-----------CTT--AC---TT-A-TT--C------TA-----A-------CATCT-----T---A-----CA-TA------A-------T-TC--------------------CA--TCT-C-------A--------CCTTATTGT---ATT---TGGTTAATTTTAAA------TCC------TAA--CTT------------AG--------------AT-------TTTACAAA------C-AT-----A-----------T---AT-GT-----TC--T-TTAAC----TTT-------AT-----C-----GGT--A---TTC-A--A-TC-TA-------------------T-C--------------CTGCAGCT--TT--TCGG-C-CTT--CTTGCA-A----ATCC--TATTGTG---CTTAATTCAC-TGCAT--GT------GTGT--CGTTATTACACCAGAAAGC
gi|12 : T---TTC---CTA----C---A-TGACA-T-CAT--TAA-T--TCTATG---TTACTATAT--TGCAC-TT-CAG-T-T-------TTCT---AT-----TT----T---ATA----T---ACAGGTGCT--------AA-C--TTTTA-TTCCAAATGTTA--TT--TTGC-TT-CA-T---GAC----ATTCTTCATTC-CATG-C-AGCCTC-C-T-TGTATTTC-T----TTAAATTATA--TT-TTTT-C-TA--T------TA-----T--ATG-ATATCTTTAAAT---GT--TACA-TGAATAACA-------T------------------T-T--CA--TTTAC-------A---Tattgcgttcaacagaacttaaaacttgacaaagta
gi|19 : aaT----T---ACTGACA-T-------AA-T--TTTATG---C-ATCTTCTTTGTAAT-CT-TAA-T-TC-T-AAATGCT-A-TT-----TT----G---CTA----C---A----TGAC--------AT-T--CTTCA-TTCC--ATGTTA--CA--ATG--TG----TTTCAAT----TTTC-TATTTT-AATG-C-ACCCTC-C-T-TCTA-TTC-T----T--AATTCTA--ACGTTTG-A-TTTAC------TA-----T--ATG-ttctgttttgcccgtatttatcgatttactttcgttttacatataagtt
gi|15 : gaa-A--TTTTTA-AT-----TTATATT---TTA----CTTTA----TGAC--------AT-T--TTAAA-TTCC--ATGTTA--CC--TTG--TGTCA-TTTCAAT----CTCC-CATTCT-TA-----AT-TTC-C-TATGTA-C------------ATGACA--TC-CTTA-A-TT--C------TGT----G--ATA-CAATAT-----T---GCATTTCAGT---------------T-TC---------------C-T--AT--TTT-T-------A---TGTATACTCCCTGT---ATT--CT------T----AA------TGC------TAA-CTTT------------T---------------AT--------TC-TAAA--Tacatct
gi|11 : tggaagggaatcaccgccataattctatgcatccttcttga-A--TTCTTA-AC-----T---------CTA----A---C----TTGC--------AT-----TTTA-TTTT--ATGTCA-------TTT-TA-AA-TTCC-AT----GTT----ACCT-TGTGTC-ATCCTC-C-T-TGTA-TTC-T----T--AATGCTA--AC-TTTT-A-TT--C------TA-----A--ATG-CTATTT-----T---GC--TTCA-CG----ACA-------T-TC---------------T-T--CA--TTC-C-------A---TGCATCCTCCTTGT---ATT--CT------T----AA------TTC------TAA-CCTT------------TGATTTACTATATGACAT-------CTT-TAAA--TT-CC-AT-----G-----------T--TAT-ATCATAACA--T-TTCAA----TTTA-----C------------------AATCTTA-A--ATTC-Tgt
gi|4 : tggaagggaatcaccgccataattctatgcatccttcttgaTTA-CT-----TT----CA--TTA----C---A----------------AT-T--TTAAA-TTCC--ATGTTA--CC--TTG--TGTCA-TTTCAAT----TT-C-TA-----CATG-CCATCCTTAC-T-TCCA-TGT-TACAGT--ATTG-TA-----TTTC-AGTT--C------TA-----A--ATG-TTATTT-----T---GC--TACA-TG----GCA-------T-TC---------------T-T--CA--TTC-C-------A---TGCATCCTCCTTGT---ATT--CT------T----AA------TTC------T-----TT------------TG--------------ATTAATTATCAT-TAAA--TT-CC-ATCATCCA-----------T--CAT-AA-----CA--T-TTCAA----TTTA-----CGT-----T-----TGT--AATCTTA-A--ATTC-TA-------------------T-TTTGCTTCGTCATTTATCGATCTACTT--TC-G-T-TTTTTCATGTA-A----ATCC--TATTATG---C----TTTGT-TGCATTCGTTATTTAATGCCACATTATTACACCAGAGGGCGT-TTA-TCATTTAA-TATCTCATTAT-TACACCAGAGGGCGCt
gi|12 : catccttaaactagtcttgtatA-AT-----TT----C---CTA----C---A----TGAC--------AT-C--ATTAA-TTCT--ATGTTA--CT--ATAT-TG-CA-CTTCAGT----TTTC-TATTTTATATA-C-A---------------------------GGTGCTA--AC-TTTT-A-TT--C------CA-----A--ATG-TTATTT-----T---GC--TTCA-TG----ACA-------T-TC---------------T-T--CA--TTC-C-------A---TGCAGCCTCCTTGT---ATTTCTTTA--AAT----TATATTTTTTC------TAT-TATA------------TGAT------------AT-------CTT-TAAATGTT-AC-AT-----G--------------AAT-AA-----CA--T-TTC-A----TTTA-----CAT-----T-----TCT---GTTTT-----GCCCGTAT------------------T-T--------------ATCGATTTACTT--TC-G-T-TTTA-CATATA-A----GT
gi|10 : ---CTA----T---A----AGAC--------AT-C--TTTAAATTCC--ATGTTA--CATCATAA-CG-TG--TTAAAT----CTTT-TAATTC-TATT-T-TGCCTC-A-T-CAT--TTA-T----T--GAT-CT---AC-TTTC-G-TT--TTTCATGTA-----A--ATC-CTATTA-----T---GC--TTTG-TA----GCA-------T-TC---------------G-T--TA--TTT-A-------A---TGt
gi|22 : taT----CTTC---ATTC-CATG-C-ATCCAC-C-T-TGTA-TTC-T----T--AATTCTA--AC-TTTTGA-TT--tcacagtattgcaccagagggcgtttatcatttagtgtctcattattacaccagagggcgtttatcagttaatgtgatttgtcacaatattacaccagagggcgtttatcatttagtgcctcattattacaccagatgt
gi|7 : taagcatcctccttgtattcttactgacttttattctagatctctatatataacat-TAATTC-TATG-C-ATCCTT-C-T-TGTA-TTC-T----A--AATTCTA--AT-TTAT-A-TT--T------TA-----CTTATG-ACATTT-----TAA-AT--TCCA-TGTT--ACC-------T-TG---------------TGT--CA--TTT-C-------A------ATCT-CC-------ATT--CT------T----AA------TTTCCTACATAA-CAT-----------------------------ATA------CTT---AA--TT-CT-AT-----G-----------T--TACAATGTTG-CA--T-TTCAG----TTTATTACGCAT-----CCTCCTTGC--ATTCTT--A--ATGC-TA--------------------------------------------ACTT--TT-A-T-TT-------TA-A----ATGT--TATTTTG---C----TTCAT-GACATTCTTCATTCTATGtactatgtgaca
gi|2 : atggaagggaatcaccgcca-TAATTC-TATG-C-ATCCTT-C-T-TGTA-TTC-T----T--AATTCTA--AT-TTGT-A-TT--T------TACTTTTAT-ATG-ACATTT-----T---AA--AT-A-TT----CCA-------T-TG---------------TGT--CA--TTT-C-------A------ATCTCCATTCT---TTT--CCTA--AAT----GA------C----------A-TCCT------------TG--------------AT--------TC-CATG--TTACA-AT-----G-----------TTGCAT-TT-----CAGTT-TTCTATTTTTATG-----CAT-----CCTCCTTGT--ATTCTTT-A--ATGC-TA--------------------------------------------ACTT--TT-A-T-TC-------TA-A----ATGT--TATTTTG---C----TTCAT-GACATTCTTCATTCCATGcatcctccttgtattattaatttttaaatttcattccatgttatgtcataacatttcaatttgcattgctta
gi|15 : tggaagggaatcatcgcca-TAATTC-TATG-C-ATCCTT-C-T-TGAA-TTT-T----T--AA-----------TTT-A---------------------------TATTT-----T---AC--TTTA-TG----ACA-------T-TT---------------T-A--AA--TTC-C-------A---TG---TTACCTTGT---GTC----------------A------TTT------CAA-TCTC------------CC--------------AT-------TCT-TAAT--TT-CCTAT-----G-----------TA-CAT-GA-----CA--TCCTTAA----T----------T-----C-----TGT--GATACAA-T--ATTG-CA-------------------T-T---------------TCAGTTTCCT------A-T-TTT--TATGTATA----CTCC--CTGTATT---C----TTcatcctccttgttacattcgttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggattttgaatcctatattatgctttactgcattcgttatattacaccaaagggtgcactatatgctacaacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|18 : tggaagggaatcaccgcca-TAATTC-TATG-C-ATCCTT-C-T-TGTA-T---T----T--AAT-CTA--AC-TTTA-A-TT-------------------ATA-CTACTCG----T---G-----TA-AG----ATA-------G-TT---------------T-T--TA--TTT-C-------A---TG---TTGCCTTAT---AAC--CTTC--AATTGC-TA------TTC------AAATTTTT------------TGCTATATGAC-----AT-------CCT-T-AA--TT-CC-AT-----G-----------T--TGC-AT-----TA--T-aatgctaacttttattctaaatgt
gi|19 : atggaagggaatgaatgcga-TAATTT-TATG-C-ATCTTC-T-T-TGTA-ATC-T----T--AAT-----------------T--C------TA-----A--ATG-CTATTT-----T---GC--TACA-TG----ACATTCTTCAT-TCCATGTTACAATGTGTT-T--CAATTTT-CTATTTTAA---TGCACCCTCCTTCT---ATT--CT------T----AA------TTC------TAA-CGTT------------TG--------------AT-------TTattt
gi|28 : gaattactgaca-TAATTC-TATG-C-ATCCTT-C-T-TGTA-TTactatatgacatct
gi|29 : tggaagggaatcgtcgcta-TAACTC-CATG-C-ATTCTT-C-T-TGTA-TTC-T----T--AAT
gi|21 : gaattaccgcca-TAATTG-TGTG-C-ATTCGT-C-T-TGTA-ATT-T----T--AATTCTA--AC-TTTt
gi|26 : atggaaaggaattgctgccaAATTG-TATG-C-ATCTTT-C-T-TGAA-TTC-T----T--ATTTCTA--AC-TTTgaaaatttccatattacatgtatatttgtaccttataagatttcaatgacttttcttaattatgtattttatttacttgtgtgat
gi|20 : gaaggggcttaccgccacATTT-CATG-C-ATCATC-C-T-TGTA-TTC-T----T--AATTCTA--AC-CTTTGA-TT--aagtttactgaaacgatatctctatatgtctgacgtttta
gi|22 : acgttcttt-TAAG-C-ATCCTC-C-T-TGTA-TTC-T----T--A---CTG--AC-TTTT-A-TT--C------TA-----G--ATCTCTATAT----------------A-TA----ACA-------T-TC---------------T-T--CA--TTC-C-------A---TGCATCCACCTTGT---ATT--CT------T----AA------TTC------TAA-CTTT------------TG--------------AT-------TTtactatatcacatctttaaattccatgatatgttatataaaaacatgtaatcttaaattgtattttacttagtcatttatcgatctactttcgttttgcatgtaa
gi|6 : ----T--AATCTTA--AA-TTTT-A-TT--C-----------------TG-CTACGT-----G---GCA-TCCA-TA----ATT-------T-TT---------------T-T--TA--TTT-C-------------CGTTCGTCTTGC---ATT--actatgtgaca
gi|20 : ttg----ACG-------T-TC---------------T-T--TA--TTT-C-------A---TGCATCATCCTTGT---ATT--CT------T----AA------TTC------TAA-CCTT------------TGATTTACTATATCACAT-------CTT-TAAA--TT-CC-AT-----G-----------A--TAT-GT-----TA--T-----A----TAAA-----AAC-----A-----TGT--AATCTTA-A--ATTG-TATTTTACTTAGTCAT-----T-T--------------ATCGATCTACTT--TC-G-T-TTTG-CATGTA-A----gtttataatgtacatgtatattataacatccttaattctaagtagctaagtgcagttttgcattcgttaaatttctgaattctaacttagattccttaatttcatctgtcgatctactttcgtctttcatgtaaatgctattattctttgttgcattcgtcatttaatgtcttattattacactagagggcgttcgtaatttaatgtcaaagtattacaccagagggcgcactatatgctaccataaattctccctgtcaaaaatttgcagccaa
gi|10 : --------------AT-------CTT-TAAA--TT-CC-AT-----G-----------T--TAC-AT-----CA--T----AA----CGT---------------------GTTAAATCTTTTA--ATTC-TA-------------------T-TTTGCCTCATCATTTATTGATCTACTT--TC-G-T-TTTT-CATGTA-A----ATCC--TATTATG---C----TTTGT-AGCATTCGTTATTTAATGTCACAGTATTGCACCAGAGGGCGT-TTA-TCATTTAG-TGTCTCATTAT-TACACCAGAGGGCG
gi|14 : tactataagac-AT-----A-----------T--CAT-AA-----CA--T-TTCAA----GTTA-----CAT-----T-----TGT--AATCTTA-A--ATTC-TA-------------------T-TTTGCTTCGTCATTTATCGATCTACTT--TC-G-T-TTTT-CATGTA-A----ATCC--AATTATG---C----TTTGA-TGCGTTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCGT-TTA-TCATTTAA-TGCCTCATTAT-TACACCAGAGGGCGCACTATATGCtttatcagttaatgtgatttgtcacaatattacaccagagggcgtttatcatttagtgcctcattattacaccagatgt
gi|16 : TCTTA-ATTATTT-TACTTCTCAT-----------T-T--------------ATCGAACTGCCTGGTC-G-T-TTTTTCATGTT-ATGTTATCCACTAATATATGCC----TTTGCCTGCATAC-TTATTTA-T-TCACATCAG------AGAGGACGCATTAATCATTTAGCTGCCTCATTATCTAAACCAGAaacaacgaatgcttcctttctaaaaacccggatggattttttgctg
gi|6 : tcataacaattcaatttacattgtgcaatcttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattCTTA-A--TTTC--A-------------------TCT--------------GTCGATCTACTT--TC-G-TCTTT--CATGTA-A----ATGC--TATTATT---C----TTTGT-TGCATTCGTCATTTAATGTCTTATTATTACACTAGAGGGCGT-TCG-TAATTTAA-TGTCAAAGTAT-TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
gi|17 : ttgtaatcttaaattttattctgctacgtggcatccataattttttttatttccgttcgtcttgcattgtttataatgtacatgtatattataacatccttaattctaagtagctaagtgcagttttgcattcgttaaatttctgaattctaacttagattcATCTACTT--TA-A-T-TTTT-CATGTA-T----ATCG--TATTATG---C----TTTGT-TGTATTCGTTATTTAATGTTACATTATTACACCAGAGGGCCA-TTA-TCATTTAG-TGTTTCAATAT-TACATCAGA-GGTGCACTATATGTTAccataaattctccctgtcaaaaatttgcagccaa
gi|30 : aactttttcGCCTCATTCT-CCCACCAGAGGGCGCATTATATGcaatgaatgctccctttaaaaaaacggattattttttggctgtcaa
gi|2 : ttgagTAT-TACACCAAAGGGTGCACTATATGCTAtaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ATAACATTTTAAAATTCTATGTAACATCATAGTATTTGAATTTCAATTTTCATTTTGTCACGTCATTTATCTGTCTAGTTTTGTTTTTCCTGTAAATCCTATTAT
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 1111111111 1111111111111 111111111 111111 1111 22222222222 11 11111111111 3333333333333333333333333 6666666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 333333333333333333333333 111111 22222222222222 111111 000000000000000000000000000000000000 11111 1111 1111111
lowQualScore : 3 2 33 2 2 2 666 444 33 2 444 7777777 2 2 33 2 3333333333 3 3 4444444444 3 5 3333333333333 2 444 5555 99999999 2 33 9999999 2 44 222222222 0 3 3 111111 6 1111 0 22222222222 22 77777777777 3 3 3 3 6 6666 5 33 2 2 44 55 2 5 2 3333333333333333333333333 2 2 33 6666 44 1111111111111111111111111111111111111111111111111 1111111 2 2 33 77777 555555555555555555555555 8888888 3 111111 2 777 2 55555555555555 33 000000 33 3 666666666666666666666666666666666666 555 44 3 3 3 6666 22222 44 1111 3 3 0 44 5555555 3 77
lowQualScore : . . .. . . . ... ... .. . ... ....... . . .. . .......... . . .......... . . ............. . ... .... ........ . .. ....... . .. ......... . . . ...... . .... . ........... .. ........... . . . . . .... . .. . . .. .. . . . ......................... . . .. .... .. ................................................. ....... . . .. ..... ........................ ....... . ...... . ... . .............. .. ...... .. . .................................... ... .. . . . .... ..... .. .... . . . .. ....... . ..
lowQualScore : 1 7 44 5 7 5 666 444 44 5 444 3333333 7 7 77 1 5555555555 1 1 4444444444 1 3 8888888888888 7 777 7777 77777777 7 77 3333333 9 22 333333333 5 8 1 999999 7 7777 4 77777777777 88 77777777777 1 1 1 1 2 1111 8 99 9 9 88 88 9 7 9 6666666666666666666666666 9 9 99 5555 22 2222222222222222222222222222222222222222222222222 3333333 7 9 99 11111 111111111111111111111111 7777777 6 333333 7 333 7 00000000000000 99 111111 99 1 222222222222222222222222222222222222 444 22 1 1 1 1111 99999 66 4444 9 6 4 66 5555555 3 99
consensus : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTC-TTAATTCTA-A-T-TT---A--TAT-T---TTACTT---T---A-TGACATTTT-AAAT--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-T-CAATC---------TCC-ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGAC--------AT-C--CTTA-------A-TTCCATGTTA--C---------AATGT-TGCA------TTTCA-GT----TTTCTA----------NTTT-TATG-----------C-AT-CCTC-CTTGTA-TTC-TTA----ATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCC-ATGCATCCTCC-TTGT-------------------------A-TT-C--T----T--AATTCTAA-----------C--CT---T------------T-G--------------AT-------CT-T-TAAA--TTCC-----AT-----G-----------T-----CAT-------AACATTT------CA-AT---TTACA-T-----T--------TGTAATCTT-----AA--ATTC-TA-------------------T-T--------------ATCGATCTA---CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC----TTTGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
Reference ( family-1004 ) : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTC-TTAATTCTA-A-T-TT---A--TAT-T---TTACTT---T---A-TGACATTTT-AAAT--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-T-CAATN---------TCC-ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGAC--------AT-C--CTTA-------A-TTCCATGTTA--C---------AATGT-TGCA------TTTCA-GT----TTTCTA----------ATTC-TATG-----------C-AT-CCTC-CTTGTA-TTC-TTA----ATNCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTTC-ATGCATCCTCC-TTGT-------------------------A-TT-C--T----T--AATTCTAA-----------C--CT---T------------T-G--------------AT-------CT-T-TAAA--TTCC-----AT-----G-----------T-----CAT-------ANCATTT------CA-AT---TTACA-T-----C--------TGTAATCTT-----AA--ATTC-TA-------------------T-T--------------ATCGATCTA---CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC----TTCGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
gi|1 : TGG-AATGGAATCATCGC-CATAATTCTATGCATCCTGC--TTG-TATTC-TTAATTCTA-A-T-TT---A--TAT-T---TTACTT---T---A-TGACATATT-AAAT--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-T-CAATC---------TCC-ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGAC--------AT-C--CTTA-------A-TTCCATGCTA--C---------AATAT-TGCA------TTTCA-GTTTAATTTCTA----------TTTT-TATG-----------C-AT-CCTC-CTTGTA-TTCTTTA----ATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAA---------------TCATGACATTCTTTA-TTCC-ATGCATCCTCC-TTAT-------------------------A-TT-C--T----T--AATTCTAA-----------C--CT---TTTATTTACTATAT-GCC------------AT-------CT-T-TAAA--TTTC-----AT-----GTTACATGTATAT-----CAT-------AACATTT------CA-AT---TTACA-TTTCAAT--------TGTAATCTT-----AA--ATTC-TATTTTGCTTCGTCATTAATTT-T--------------ATCGTACTA---CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATAC----TTTGT-TGCACTCATTATTTAATGTCACATTATTACAACAGAGGGCG--TTTATCGTTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGTGCGCACTATATGCTA
gi|10 : --------------AT-------CT-T-TAAA--TTCC-----AT-----G-----------T-----TAC-------ATCAT---------A-ACGTGTTAAA-T-----C--------T------TT-----TA--ATTC-TA-------------------T-TTTGCCTCATCATTTATTGATCTA---CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC----TTTGT-AGCATTCGTTATTTAATGTCACAGTATTGCACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGT-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGcaatgaatgctccctttcaaaaaacctggatcaatgttttcaggtgaaaaat
gi|10 : tactataagac--------------AT-------CT-T-TTAA--TTCT-----ATTTT--G-----------C-----CTC-------ATCATTTAT----TG-AT---CTACT-T-----T--------CGT--TTTTCATGTAA--ATCC-TA-------------------T-T--------------AT-GCTTTGTAGCAT--TCGTTATT-T-AATGTCA-------CAG---TAT--TGCAC----CAGAG-GGCGTTTATCATTTAGTGTCTCATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCAGTTAATGTGATTTGT-CACAATAT--TACACCAGAGGGCGtttatcagttaatgtgatttgtcacaatattacaccagagggcgtttatcatttagtgcctcattattacaccagatgt
gi|10 : tactataagacatctttaaattccatgttacatcataacgtgttaaTGTCACAATATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAtttatcatttagtgcctcattattacaccagatgt
gi|11 : tactataagacatctttaaattccatgttacatcataacgtgttaaatcttttaattctattttgcctcatcatttattgatctactttcgtttttcatgtaaatcctattatgctttgtagcattcgttatttaatgtcacagtattgcaccagagggcgtttatcatttagtgtctcattattacaccagagggcgtttatcagttaatgtgatt-------------T-C---CTT----CTTGA---------AT-T--CTTA-------A-CTCTAACTTG--C---------A---T-TTTA------TTTTATGTCA--TTTTAA----------ATTC-CATGTTACCTTGTGTC-AT-CCTC-CTTGTA-TTC-TTA----ATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCACGACATTCTTCA-TTCC-ATGCATCCTCC-TTGT-------------------------A-TT-C--T----T--AATTCTAA-----------C--CT---T------------T-GATTTACTATATGACAT-------CT-T-TAAA--TTCC-----AT-----GTTATA------T-----CAT-------AACATTT------CA-AT---TTAC--------------------AATCTT-----AA--ATTC-Ttgt
gi|12 : tggaagggaatcaccgccataattctatgcaA-ATT-------------T-C---CTA----CATGAC--------AT-C--ATTA-------A-TTCTATGTTA--C---------TATAT-TGCA------CTTCA-GT----TTTCTA----------TTTTATATA-----------C-A--------------------G----GTGCTA--ACTTTTA-TT-CCAAATG-TTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCC-ATGCAGCCTCC-TTGT-------------------------ATTT-C--T----TTAAATTATAT-----------T--TT---TTCTATTATA---T-GAT------------AT-------CT-T-TAAATGTTAC-----AT-----G-----------------AAT-------AACATTT------C--AT---TTACA-T-----T--------TCT-GTTTT---------GCCCGTAT------------------T-T--------------ATCGATTTA---CTT--TCGTT-TT-A-CATATAA----GTt
gi|13 : G-AAGGGAATC--CGC-CATAA----ATGCATC--TC--TTG-T-TTC-TTAATC--A-A-T-TA---A---AT-T-----AATT---T---A-T-ACATTT----AT--TCCAT-TTACC--GT-TC----------ATCAT-CA-TC---------TC--ATTCTTA-ATT-------------T-G---CTA----TATGAC--------AT-C--CTTAATATGACA-TTTCAGTTTA--CCTCCTTTGTAATCT-TTAAACTAACTTTTATGT----TCTATATTGTTATATCATTC-CGT------------C-ATGCCTC-CTTGTA-TTT-CTA----AT-CTA--AATTTGA-TT-TTAGATG-CCATCTt
gi|14 : at-----AT-----A-----------T-----CAT-------AACATTT------CA-AG---TTACA-T-----T--------TGTAATCTT-----AA--ATTC-TA-------------------T-TTTGCTTCGTCATTTATCGATCTA---CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----AAT--TATGC----TTTGA-TGCGTTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAA-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGC
gi|15 : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-AATTT-TTAATT---------T---A--TAT-T---TTACTT---T---A-TGACATTTT-AAAT--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-T-CAATC---------TCCCATTCTTA-ATT-------------T-C---CTATGTACATGAC--------AT-C--CTTA-------A-TTCTGTGATA--C---------AATAT-TGCA------TTTCA-GT----TTCCTA----------TTTT-TATG-----------T-AT-ACTC-CCTGTA-TTC-TTA----ATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-aacaacgaatgcttcctttctaaaaacccggatggattttttgctg
gi|16 : -----------T-----CAT-------AACAATT------CA-AT---TTACA-T-----TG-------TGCAATCTT-----AA--At
gi|16 : TCTT-----AATTATTT-TACTTCTCAT-----------T-T--------------ATCGAACTG---CCTGGTCGTT-TT-TTCATGTTATGTTATCCACTAATAT---ATGCC---TTTGCCTGCATAC-TTATTTA-T-TCACATCAG------AGAGGACGCATTAATCATTTAGC------TGC-CTCATTATC-TAAACCAGAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatttcttaattattttacttctcatttatcgaactgcctggtcgttttttcatgttatgttatccactaatatatgcctttgcctgcatacttatttattcacatcagagaggacgcattaatcatttagctgcctcattatctaaaccaga
gi|17 : tcataacaattcaatttacattgtgcaatcttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattATCTA---CTT--TAATT-TT-T-CATGTAT----ATCG-----TAT--TATGC----TTTGT-TGTATTCGTTATTTAATGTTACATTATTACACCAGAGGGCC--ATTATCATTTAG-------TGT-TTCAATAT--TACATCAGA-GGTGCACTATATGTTA
gi|18 : aactttttcTGG-AAGGGAATGAATGC-GATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TAT---TTAA-TCTA-ACT-TT---AATTAT-A---CTACTCGTGT---A-AGATAGTTT-TTAT--TTCATGTTGCCTTATAAC-----------CT-T-CAATT---------GCT-ATTC-AA-ATT-------------T-TTTGCTA----TATGAC--------AT-C--CTTA-------A-TTCCATGTTG--C---------A---T-TATA------TTTcaatgaatgctccctttaaaaaaacggattattttttggctgtcaa
gi|19 : aGAATTACTGA-CATAATTTTATGCATCTTCT--TTG-TAATC-TTAATTCTA-A-A-TG---C--TAT-T---TTGCTA---C---A-TGACATTCT-TCAT--TCCATGTTACAATGTGTTTCAATTTTCTATT-T-TAATGCACCCTCCTTCT-ATTCTTA-ATTCTAACGTTTGATTT-A---CTA----TATGAC--------AT-C--
gi|2 : TGG-AAGGGAATCATCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTC-TTAATTCTA-A-T-TT---G--TAT-T---TTACTT---TTATA-TGACATTTT-AAATATTCCAT-------TGTGTC----------ATT-T-CAATC---------TCC-ATTCTT----T-------------T-C---CTA----AATGAC--------AT-C--CTTG-------A-TTCCATGTTA--C---------AATGT-TGCA------TTTCA-GT----TTTCTA----------TTTT-TATG-----------C-AT-CCTC-CTTGTA-TTCTTTA----ATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-TTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCC-ATGCATCCTCC-TTGTTAC----------------------A-TT-C--t
gi|2 : TGA----ATCC-----TATATTATGC----TTTAC-TGCATTCGTTA-------------TATTACACCAAAGGGTG--gttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggattttgaatcctatattatgctttactgcattcgttatattacaccaaagggtgcactatatgctacaacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|2 : tggaagggaatcatcgccataattctatgcatccttcttgtattcttaattctaatttgtattttacttttatatgacattttaaatattccattgtgtcatttcaatctccattcttttcctaaatgacatccttgattccatgttacaatgttgcatttcagttttctatttttatgcatcctccttgtattctttaatgctaacttttattctaaatgttattttgcttcatgacattcttcattccatgcatcctccttgttacattcgttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggatttTTATGCTTTAC-------TGCATTCGTTATATTACACCAAAGGGTGCACTATATGCTAcactatatgctacaacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|20 : tggaagggaatcatcgccataattctatgcatccttcttgtattcttaattctaatttgtattttacttttatatgacattttaaatattccattgtgtcatttcaatctccattcttttcctaaatgacatccttgattccatgttacaatgttgcatttcagttttctatttttatgcatcctccttgtattctttaatgctaacttttattctaaatgttattttgcttcatgacattcttcattccatgcatcctccttgttacattcgttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggattttgaatcctataACGTTCTTTA-TTTC-ATGCATCATCC-TTGT-------------------------A-TT-C--T----T--AATTCTAA-----------C--CT---T------------T-GATTTACTATATCACAT-------CT-T-TAAA--TTCC-----AT-----G-----------A-----TAT-------GTTATAT------AA-A-----AACA----------------TGTAATCTT-----AA--ATTG-TATTTTACTTAGTCAT-----T-T--------------ATCGATCTA---CTT--TCGTT-TT-G-CATGTAA----caacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|21 : TGG-AAAGGAATTGCTGC-CATAATTGTGTGCATTCGTC--TTG-TAATT-TTAATTCTA-A-C-TTTGAA--AAT-T---T--CCA---T---A-TTACA-TGT-ATAT--T---TG-TACCTTATAAG----------ATT-T-CAATG---------ACT-TTTCTTA-ATT-------------
gi|22 : a-TAAG-----------C-AT-CCTC-CTTGTA-TTC-TTA-------CTG--ACTTTTA-TT-CTAGATCTCTATAT-------ATAACATTCTTCA-TTCC-ATGCATCCACC-TTGT-------------------------A-TT-C--T----T--AATTCTAA-----------C--TT---T------------T-G--------------AT-------TT-atgtattttatttacttgtgtgat
gi|23 : A-TTTCTATGTATCCTCC-TTGT-------------------------A-TT-C--T----T--GATTATAA-----------C--GC---T------------T-G--------------AT-------TTAC-TATA--TTTT-----AT-----A-----------T------ATGCTTCTCAAAATTC------CATATA--TTACA-T-----CAAAACATTTGTAATCTT-----actatgtgaca
gi|24 : t--------------AT-------TT-T-AAAA--TTCT-----AT-----G-----------TAACATCAT-------AGTATTTGAATTTCA-AT---TTTCATT-----T--------TGTCACGTC---------AT------------------------T-T--------------ATCTGTCTA---GTT--TTGTT-TT-T-CCTGTAA----ATCC-----TAT--TAT
gi|25 : ataacA-A-T-TT---A--TAT-T---TTACTT---T---A-TGACATTTTAAAAC--TCCATGTTACCTTTTGTC----------ATT-T-CAGTC---------TCC-ATTCTT--ATT-------------T-C---CTA----CATGAC--------AT-C--CTTA-------A-TTTCATGT
gi|26 : G-AAGGGGCTTACCGC-CACAATTGTATGCATCTTTC--TTG-AATTC-TTATTTCTA-ACT-TT---A---AG-T---TTACT
gi|27 : G-AAGGGAATCAC-GC--ATAATTCTATGCATCCTTCTGTTGATATCT-TTAATTCGATA-T-TT---A--TAT-TTACTTACTT---A---A-TGACAATTT-AAAT--TTCgaaacgatatctctatatgtctgacgtttta
gi|28 : TGG-AAGGGAATCGTCGC-TATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATT
gi|29 : GAATTACCGC-CATAACTCCATGCATTCTTC--TTG-TATTC-TTAATT
gi|3 : TGG-AAGAGAATCACCAC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTC-TTAATTCTA-A-T-TT---A--TAT-T---TTACTT---T---A-TGACATTTT-AAAT--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-T-CAATA---------TCC-ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGGC--------AT-C--CTTA-------A-TTCCATGTTA--C---------AATGC-TGCA------TTTCG-AT----TTTCTA----------ATTT-TATG-----------C-AT-CCTC-CTTGTA-TTC-TTA----ATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTTC-ATGCATCCACC-TTGT-------------------------A-TT-C--TGAAAT--AATTCTAA-----------C--CT---T------------T-G--------------AT-------CT-T-TAAA--TTCC-----AT-----G-----------T-----CAT-------ATCATTT------CA-AT---ATACA-T-----C--------TGTAATCTT-----AA--ATTC-TA-------------------T-T--------------ATCGATCTA---CTT--TCG-T-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAG--TATGC----TTCGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTATATCAGAAGGCG--CTTATCATTTAG-------TGC-CACATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
gi|30 : GC-CTCATTCT--CCCACCAGAGGGCGCATTATATG
gi|4 : ttgagTCTTGTATT-------------TAC---TTT----CATTAC--------AA-T--TTTA-------AATTCCATGTTA--C---------CTTGT-GTCA------TTTCA-AT----TT-CTA---------------CATG-----------CCAT-CCTTACTTCCA-TG--TTACAGTATTGTA----TTTCAGTT-CTAAATG-TTATTTTGC-TACATGGCATTCTTCA-TTCC-ATGCATCCTCC-TTGT-------------------------A-TT-C--T----T--AATTCT-----------------T---T------------T-G--------------ATTAATTATCA-T-TAAA--TTCC-----ATCATCCA-----------T-----CAT-------AACATTT------CA-AT---TTACG-T-----T--------TGTAATCTT-----AA--ATTC-TA-------------------T-TTTGCTTCGTCATTTATCGATCTA---CTT--TCGTT-TTTT-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC----TTTGT-TGCATTCGTTATTTAATGCCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAA-------TAT-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCtaa
gi|5 : catccttaaactag-A-T-TC---A--TAT-A-----ACTT---T---A-GTAT-TTTT-AAAT--CC--TGTAACCTTAT--------------------AA-------------C-ATT-TTA-TTT-------------T-G---CTG----CATGAC--------AT-C--CTTA-------A-TTCCATGTTATGC---------AA--T-CGTA------TTTCA-AT----TTTCC-----------ATT----TG---------------------CTTGAA-TTG-T---------CTT--AC--TTA-TT-CTAA-----CATCTTA----CATA--ATTC--CA-TCTC-A-----CCTTA-TTGT-------------------------A-TT-TGGT----T--AATTTTAAAT---------C--CTAACT------------TAG--------------AT-------TT-TACAAA-----C-----AT-----A-----------T------AT-------GTTCTTT------AA-CT---TT--A-T-----C--------GGTA---TT-----CA--A-TC-TA-------------------T-C--------------CTGCAGCT-----TT--TCGGC-CT-T-CTTGCAA----ATCC-----TAT--TGTGCTTAATTCAC-TGCAT--GT------GTGT--CGTTATTACACCAGAAAGCA--TT
gi|6 : TA----ATCTTA--AATTTTA-TT-CT----G-CTACGTGGCATCCATAATTTTTTTTA-TTTCCGTTCGTCTTGCATTGTTTATAATGTACATGTATATTATAACA-TC-C--T----T--AATTCTAAGTAGCTAAGTGCAGTT---T------------T-GC-------------ATT------CG-T-TAAA--TTTC------T-----G---------------------------A--ATTC------TA-AC---TTAGA-T-------------------TCCT-----TA--ATTT-CA-------------------TCT--------------GTCGATCTA---CTT--TCGTC-TT-T-CATGTAA----ATGC-----TAT--TATTC----TTTGT-TGCATTCGTCATTTAATGTCTTATTATTACACTAGAGGGCG--TTCGTAATTTAA-------TGT-CAAAGTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTAgcgttcaacagaacttaaaacttgacaaagta
gi|7 : ttgTGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTC-TAAATTCTA-A-T-TT---A--TAT-T---TTACTT-------A-TGACATTTT-AAAT--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-T-CAATC---------TCC-ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATAAC--------AT-ATACTTA-------A-TTCTATGTTA--C---------AATGT-TGCA------TTTCA-GT----TT--------------ATT---ACG-----------C-AT-CCTC-CTTGCA-TTC-TTA----ATGCTA--ACTTTTA-TT-TTAAATG-TTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCT-ATGCATCCTCC-TTGT-------------------------A-TT-A--T----T--AATT-------------------T---T------------T-A--------------AA-------TT-T-C--A--TTCCATGTTAT-----G-----------T-----CAT-------AACATTT------CA-AT---TTGCA-T-----ccataaattctccctgtcaaaaatttgcagccaa
gi|8 : aTGGTAAGGGAATCACCGCGCATAATTCTATCAATCCATT--CTG-TATTC-TTAA-TCTA-A---TT---A--TATAT---ATACTT---T---ATTAAC------AAAT--TCCATTTTACTTT---TC----------ATT-TCCAATC---------TCC-ATTCTTAGATT-------------G-C---CTA----CAAGAC--------ATCC--CTTA-------A-TTCCATGTTA--C---------AATATGTGCAT-----TTTCA-GT----TTTCTA----------TTTT-TATGC----------C-AT-CCTC-CTTGTATTTC-TTA----ATGCTAAGAC-TTTA-TTGCTACAGG-TTATTTTG--TTC-TGACATTTCTCATTTTC-ATGCATCCTCC-GTGT-------------------------A-TTCC--T----T--CATTCTAA-----------C--CT---T------------tgctta
gi|8 : taTTTCATGCATCCTCC--GTG-TATTCCTTCATTCTA-A-CCTT---G--TGT-T---TC-CTA---T---A-TGACATCTT-AAAT--TCCgtgtttcctatatgacatcttaaattcccattg
gi|9 : tatggtaagggaatcaccgcgcataattctatcaatccattctgtattcttaatctaattatatatatactttattaacaaattccattttacttttcatttccaatctccattcttagattgcctacaagacatcccttaattccatgttacaatatgtgcattttcagttttctatttttatgccatcctccttgtatttcttaatgctaagactttattgctacaggttattttgttctgacatttctcatTGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCCATTCATCCTT-----G-TATTC-TTAAATCTA-A-T-TT---A--TAT-T---TTACTT---C---A-TAACATTTT-AAAT--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-T-CAATA---------TCC-ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGGCATCCAATGAT-C--CTTA-------A-TTCCATGATA--C---------AATAT-TGCC------TTTCC-GT----TTTCTA----------TTTT-TATG-----------C-AT-TCAC-CTTGTA-TTC-TTA----ATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAACG-AAATTTTGC-TTCATGACATTCGTCA-TTCC-ATGCA-------TTAT-------------------------A-TA-C--T----T--AATTCTAA-----------C--CT---T------------T-G--------------AT-------CT-T-TAAA--Tcattg
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 1111111111111111111 11111111 11111 11111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111 00000000000000000000000000000000000000 111111111 11111 1111111
lowQualScore : 3 2 33 2 2 5 2 444 33 444 0 8888888 2 1 2 33 2 3333333333 3 3 77777 8888 5 4444444444444444444 8888 33 33333333 2 44 0 3 3 3 3 7777 3 44444 666 3 3 3 6 6666 33 2 2 0 44 88 2 2 444 2 5 33 6666 33 66666666666666 0 4444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 55555 555 66666 2 1 3 00000000000 3 44444444444444444444444444444444444444 3 777777777 44 3 3 3 6666 22222 44 3 3 0 44 5555555 3 77
lowQualScore : . . .. . . . . ... .. ... . ....... . . . .. . .......... . . ..... .... . ................... .... .. ........ . .. . . . . . .... . ..... ... . . . . .... .. . . . .. .. . . ... . . .. .... .. .............. . .... ............................................................................................................. . ..... ... ..... . . . ........... . ...................................... . ......... .. . . . .... ..... .. . . . .. ....... . ..
lowQualScore : 1 7 77 7 7 3 7 777 77 777 7 5555555 9 6 9 99 1 5555555555 1 1 77777 9999 0 7777777777777777777 3333 77 22222222 9 22 5 8 1 1 3 1111 7 99999 222 1 1 1 2 1111 99 9 9 8 88 55 7 7 777 7 3 77 1111 99 88888888888888 1 6666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 11111 222 22222 5 9 2 00000000000 1 55555555555555555555555555555555555555 3 777777777 22 1 1 1 1111 99999 66 6 6 4 66 5555555 3 99
consensus : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTA--CAATGT-TGCATTT-CA-GT----TTTCTATTTT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TG--------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TACAT-----T-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---T--------------A-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC-TTTGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
Reference ( family-1004 ) : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTA--CAATGT-TGCATTT-CA-GT----TTTCTANTTT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TG--------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TACAT-----T-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---T--------------A-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC-TTTGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
gi|1 : TGG-AATGGAATCATCGC-CATAATTCTATGCATCCTGC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATATTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGCTA--CAATAT-TGCATTT-CA-GTTTAATTTCTATTTT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTCTT----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAA---------------TCATGACATTCTTTA-TTCCATGCAT-CCTCCTTAT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTTTTATTTACTATATGCC------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTT-------C-----AT-----GTTACATGTATAT-----CATAACAT-TT--C--AATT-TACATTTCAAT-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TATTTTGCTTCGTCATTAATTT---T--------------A-TCGTACTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATAC-TTTGT-TGCACTCATTATTTAATGTCACATTATTACAACAGAGGGCG--TTTATCGTTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGTGCGCACTATATGCTA
gi|10 : --------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------TTACATCATAACGT-GT--T--AA----ATCT-----T-T-TAATTCT-----A------TTT-TGCCTCATCAT----------T---T--------------A-TTGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC-TTTGT-AGCATTCGTTATTTAATGTCACAGTATTGCACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGT-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGcaatgaatgctccctttcaaaaaacctggatcaatgttttcaggtgaaaaat
gi|10 : tactataagac--------------AT-------------------CTT-------T---TAA--TTC-------T-----ATTTT--GCC---------T-----CAT--CAT-TTATT--GATC-TACTT-----T-CGT--TTTTCATGTA--A--ATCC-TA-------------------T---T--------------A-T-GCTTTGTAG------CAT--TCGTTATT-T-AATGTCA-------CAG---TAT--TGCAC-CAGAG-GGCGTTTATCATTTAGTGTCTCATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCAGTTAATGTGATTTGT-CACAATAT--TACACCAGAGGGCGtttatcagttaatgtgatttgtcacaatattacaccagagggcgtttatcatttagtgcctcattattacaccagatgt
gi|10 : tactataagacatctttaaattccatgttacatcataacgtgttaaTGTCACAATATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAtttatcatttagtgcctcattattacaccagatgt
gi|11 : tactataagacatctttaaattccatgttacatcataacgtgttaaatcttttaattctattttgcctcatcatttattgatctactttcgtttttcatgtaaatcctattatgctttgtagcattcgttatttaatgtcacagtattgcaccagagggcgtttatcatttagtgtctcattattacaccagagggcgtttatcagttaatgtgatt----ATTCTTA-ACT-------------------CTAA---CTTG-CAT------------TTTA-TTTTATGTCA-----TTT-TAAATTC-CATGT----TACCT------TGTGTC-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCACGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TGATTTACTATATGACAT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----GTTATA------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TAC------------AATCTT-----A--A--ATTC-Ttgt
gi|12 : tggaagggaatcaccgccataattctatgcatccttcttgaA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--A--------TTAA-TTCTATGTTA--CTATAT-TGCACTT-CA-GT----TTTCTATTTTATATA-C-A------------------------GGTGCTA--ACTTTTA-TT-CCAAATG-TTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAG-CCTCCTTGT---ATTT-C--T----TTAA--------------ATTATATT--TTTTCTATTATA---TGAT------------AT-------------------CTT-------T---AAATGTTA-------C-----AT-----G-----------------AATAACAT-TT--C---ATT-TACAT-----T-TCT-GTTTT-----------GCCCGTAT------------------T---T--------------A-TCGATTTA---------CTT--TCGTT-TT-A-CATATAA----GTt
gi|13 : G-AAGGGAATC--CGC-CATAA----ATGCATC--TC--TTG-T-TTCTTAATC--A-A-TT-A---A---ATT-----AATT---T---AT--ACATTT---A-T--TCCAT-TTACC--GT-TC----------ATCATC-A-T-----CTC-----ATTCTTA-ATT-------------T-G---CTA----TATGACATC--C--------TTAA-T---ATG-------------ACATTT-CA-GT----T---TA--------------CCTC-CTTTGTA-ATC-T----TTAAACTA--ACTTTTA-T------GTT-CTATATTG---TTATA-------TCA-TTCCGT-CATGCCTCCTTGT---A-TT-T--C----T--A--------------A-TCTAA---ATT------------TG--------------AT--------------------TT-------T---AGA--TGC-------C-----AT-----t
gi|14 : at-----AT-----A-----------T-----CATAACAT-TT--C--AAGT-TACAT-----T-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---TTTGCTTCGTCATTTA-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----AAT--TATGC-TTTGA-TGCGTTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAA-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCct
gi|15 : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-AATTTTTAATT---------T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCCC---ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTATGTACATGACATC--C--------TTAA-TTCTGTGATA--CAATAT-TGCATTT-CA-GT----TTCCTATTTT-TATG-T-ATACTC-C-CTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-aacaacgaatgcttcctttctaaaaacccggatggattttttgctg
gi|16 : -----------T-----CATAACAA-TT--C--AATT-TACAT-----TGTGCAATCTT-----A--A--At
gi|16 : TCTT-----A--ATTATTT-TACTTCTCAT-----------T---T--------------A-TCGAACTG---------CCTGGTCGTT-TT-TTCATGTTATGTTATCCACTAATAT---ATGCCTTTGCCTGCATAC-TTATTTA-T-TCACATCAG------AGAGGACGCATTAATCATTTAGC------TGC-CTCATTATC-TAAACCAGAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatttcttaattattttacttctcatttatcgaactgcctggtcgttttttcatgttatgttatccactaatatatgcctttgcctgcatacttatttattcacatcagagaggacgcattaatcatttagctgcctcattatctaaaccaga
gi|17 : tcataacaattcaatttacattgtgcaatcttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattATCTA---------CTT--TAATT-TT-T-CATGTAT----ATCG-----TAT--TATGC-TTTGT-TGTATTCGTTATTTAATGTTACATTATTACACCAGAGGGCC--ATTATCATTTAG-------TGT-TTCAATAT--TACATCAGA-GGTGCACTATATGTTA
gi|18 : aactttttcTGG-AAGGGAATGAATGC-GATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TAT--TTAA-TCTA-ACTT-T---AATTATA---CTACTCGTGT---AA-GATAGTTTTTA-T--TTCATGTTGCCTTATAAC-----------CT-TC-AAT-----TGCT----ATTC-AA-ATT-------------T-TTTGCTA----TATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTG--CA---T-TATATTT-caatgaatgctccctttaaaaaaacggattattttttggctgtcaa
gi|19 : aGAATTACTGA-CATAATTTTATGCATCTTCT--TTG-TAATCTTAATTCTA-A-AT-G---C--TATT---TTGCTA---C---AT-GACATTCTTCA-T--TCCATGTTACAATGTGTTTCAATTTTCTATT-TT-AATGCACCCTCCTTCTATTCTTA-ATTCTAACGTTTGATTT-A---CTA----TATGACATC--
gi|2 : TGG-AAGGGAATCATCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---G--TATT---TTACTT---TTATAT-GACATTTTAAA-TATTCCAT-------TGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTT----T-------------T-C---CTA----AATGACATC--C--------TTGA-TTCCATGTTA--CAATGT-TGCATTT-CA-GT----TTTCTATTTT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTCTT----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-TTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGTTACA-TT-C--t
gi|2 : TGA----ATCC-----TATATTATGC-TTTAC-TGCATTCGTTA-------------TATTACACCAAAGGGTG--gttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggattttgaatcctatattatgctttactgcattcgttatattacaccaaagggtgcactatatgctacaacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|2 : tggaagggaatcatcgccataattctatgcatccttcttgtattcttaattctaatttgtattttacttttatatgacattttaaatattccattgtgtcatttcaatctccattcttttcctaaatgacatccttgattccatgttacaatgttgcatttcagttttctatttttatgcatcctccttgtattctttaatgctaacttttattctaaatgttattttgcttcatgacattcttcattccatgcatcctccttgttacattcgttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggatttTTATGCTTTAC-------TGCATTCGTTATATTACACCAAAGGGTGCACTATATGCTAcactatatgctacaacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|20 : tggaagggaatcatcgccataattctatgcatccttcttgtattcttaattctaatttgtattttacttttatatgacattttaaatattccattgtgtcatttcaatctccattcttttcctaaatgacatccttgattccatgttacaatgttgcatttcagttttctatttttatgcatcctccttgtattctttaatgctaacttttattctaaatgttattttgcttcatgacattcttcattccatgcatcctccttgttacattcgttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggattttgaatcctataACGTTCTTTA-TTTCATGCAT-CATCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TGATTTACTATATCACAT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------A-----TATGTTAT-AT--A--AA---AACA--------TGTAATCTT-----A--A--ATTG-TATTTTACTTAGTCAT-----T---T--------------A-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-G-CATGTAA----caacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|21 : TGG-AAAGGAATTGCTGC-CATAATTGTGTGCATTCGTC--TTG-TAATTTTAATTCTA-A-CT-TTGAA--AATT---T--CCA---T---AT-TACA-TGTATA-T--T---TG-TACCTTATAAG----------ATT-TC-AAT-----GACT----TTTCTTA-ATT-------------
gi|22 : a-TAAG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TA---CTG--ACTTTTA-TT-CTAGATCTCTATAT-------ATAACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCACCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--TTT------------TG--------------AT-------------------TTatgtattttatttacttgtgtgat
gi|23 : -TTCTATGTAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--G--------------ATTATAAC--GCT------------TG--------------ATTTACTATATTTTATATATGCTT-------CTCAAAA--TTC-------C-----AT-----A-----------T------ATTACA---T--C--AA---AACAT-----T-TGTAATCTT-----actatgtgaca
gi|24 : tat--------------AT-------------------TTT-------A---AAA--TTC-------T-----AT-----G-----------TAACATCATAGTAT-TT--G--AATT-TCAAT-----T-T-TCATTTT-----GTCA--CGTC-AT-------------------T---T--------------A-TCTGTCTA---------GTT--TTGTT-TT-T-CCTGTAA----ATCC-----TAT--TAT
gi|25 : ataacA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAAAC--TCCATGTTACCTTTTGTC----------ATT-TC-AGT-----CTCC----ATTCTT--ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTTCATGT
gi|26 : G-AAGGGGCTTACCGC-CACAATTGTATGCATCTTTC--TTG-AATTCTTATTTCTA-ACTT-T---A---AGT---TTACT
gi|27 : G-AAGGGAATCAC-GC--ATAATTCTATGCATCCTTCTGTTGATATCTTTAATTCGATA-TT-T---A--TATTTACTTACTT---A---AT-GACAATTTAAA-T--TTCgaaacgatatctctatatgtctgacgtttta
gi|28 : TGG-AAGGGAATCGTCGC-TATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATT
gi|29 : GAATTACCGC-CATAACTCCATGCATTCTTC--TTG-TATTCTTAATT
gi|3 : TGG-AAGAGAATCACCAC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----ATCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGGCATC--C--------TTAA-TTCCATGTTA--CAATGC-TGCATTT-CG-AT----TTTCTAATTT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTTCATGCAT-CCACCTTGT---A-TT-C--TGAAAT--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TG--------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------T-----CATATCAT-TT--C--AATA-TACAT-----C-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---T--------------A-TCGATCTA---------CTT--TCG-T-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAG--TATGC-TTCGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTATATCAGAAGGCG--CTTATCATTTAG-------TGC-CACATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
gi|30 : GC-CTCATTCT--CCCACCAGAGGGCGCATTATATG
gi|4 : ttgagTCTTGTATT-------------TAC---TTT----CATTACAAT--T--------TTAAATTCCATGTTA--CCTTGT-GTCATTT-CA-AT----TT-CTAC-----ATG-CCATCCTTAC-TTCCA-TGT-TACAGTATTG-TA----TTTCAGTT-CTAAATG-TTATTTTGC-TACATGGCATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCT------TT------------TG--------------ATTAATTAT------------CAT-------T---AAA--TTC-------C-----ATCATCCA-----------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TACGT-----T-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---TTTGCTTCGTCATTTA-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TTTT-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC-TTTGT-TGCATTCGTTATTTAATGCCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAA-------TAT-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCtaa
gi|5 : catccttaaactag-A-TT-C---A--TATA-----ACTT---T---AG-TAT-TTTTAAA-T--CC--TGTAACCTTAT--------------------AA---------C----ATT-TTA-TTT-------------T-G---CTG----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTATGCAA--T-CGTATTT-CA-AT----TTTCCATT-----TG----------C-TTGAA-TTG-T---------CTT--AC--TTA-TT-CTAA-----CATCTTA----CATA--ATTC--CA-TCTCA------CCTTATTGT---A-TT-TGGT----T--A--------------ATTTTAAA--TCC------------TA--------------A---------------------CT-------T---AGA--TTT-------T-----A------------------------CA-AACAT----------------AT-----A-TGT--TCTT-----T--A--ACTT-TA-------------------TCGGT--------------ATTCAATCTATCCTGCAGCTTT--TCGGC-CT-T-CTTGCAA----ATCC-----TAT--TGTGC-TTAAT-T-CACT-G-CATGT-GTGT--CGTTATTACACCAGAAAGCA--TT
gi|6 : ----TAATCTTA--AATTTTA-TT-CT----G-CTACGTGGCATCCATAATTTTTTTTA-TTTC---CGT-TCGTCTTGC---A-TTGT--T----T--ATAATGTACATGTATATTATAACATCCT------------TA--------------AT-------------------TCTAAGTAGCT---AAG--TGCAGTTTTGC-----AT-----------------T-----CGTTAAAT-TT--CTGAATTCTA-AC-----T-TAGATTCCT-----T--A--ATTT-CA-------------------TC--T--------------G-TCGATCTA---------CTT--TCGTC-TT-T-CATGTAA----ATGC-----TAT--TATTC-TTTGT-TGCATTCGTCATTTAATGTCTTATTATTACACTAGAGGGCG--TTCGTAATTTAA-------TGT-CAAAGTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTAgcgttcaacagaacttaaaacttgacaaagta
gi|7 : ttgTGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTAAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT-------AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATAACATATAC--------TTAA-TTCTATGTTA--CAATGT-TGCATTT-CA-GT----TT---A---T-TACG-C-ATCCTC-C-TTGCA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-TTAAATG-TTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCTATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-A--T----T--A--------------ATT--------TT------------TA--------------AA-------------------TTT-------C-----A--TTC-------CATGTTAT-----G-----------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TGCAT-----T-ccataaattctccctgtcaaaaatttgcagccaa
gi|8 : aTGGTAAGGGAATCACCGCGCATAATTCTATCAATCCATT--CTG-TATTCTTAAT-CTA-A-TTAT---A--TATA---T-ACTT---T---ATTAACA-----AA-T--TCCATTTTACTTT---TC----------ATT-TCCAAT-----CTCC----ATTCTTAGATT-------------G-C---CTA----CAAGACATC--CC-------TTAA-TTCCATGTTA--CAATATGTGCATTTTCA-GT----TTTCTATTTT-TATGCC-ATCCTC-C-TTGTATTTC-T----TAATGCTAAGAC-TTTA-TTGCTACAGG-TTATTTTG--TTC-TGACATTTCTCATTTTCATGCAT-CCTCCGTGT---A-TTCC--T----T--C--------------ATTCTAAC--CTTG-----------TG------------------------------------TT----------------TCC-------T-----AT------------------------ATGACATCTT--A--AATT-CCCAT-----T-gctta
gi|9 : taTGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCCATTCATCCTT-----G-TATTCTTAAATCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---C---AT-AACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----ATCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGGCATC--CAATGATCCTTAA-TTCCATGATA--CAATAT-TGCCTTT-CC-GT----TTTCTATTTT-TATG-C-ATTCAC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAACG-AAATTTTGC-TTCATGACATTCGTCA-TTCCATGCA-------TTAT---A-TA-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TG--------------AT-------------------CTT-------T---AAA--Tg
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 1111111111111 11111111 111111111 11111 11111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111 00000000000000000000000000000000000000 111111111 11111 1111111
lowQualScore : 3 2 33 2 2 5 2 444 33 444 0 8888888 2 1 2 33 2 3333333333 3 3 77777 9999 5 3333333333333 2 444 5555 33 33333333 2 44 222222222 1 3 3 7777 3 3 11111 666 3 3 3 6 6666 33 2 2 0 44 88 2 2 444 2 5 33 6666 33 66666666666666 0 4444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 55555 555 66666 2 1 3 00000000000 3 44444444444444444444444444444444444444 3 777777777 44 3 3 3 6666 22222 44 3 3 0 44 5555555 3 77
lowQualScore : . . .. . . . . ... .. ... . ....... . . . .. . .......... . . ..... .... . ............. . ... .... .. ........ . .. ......... . . . .... . . ..... ... . . . . .... .. . . . .. .. . . ... . . .. .... .. .............. . .... ............................................................................................................. . ..... ... ..... . . . ........... . ...................................... . ......... .. . . . .... ..... .. . . . .. ....... . ..
lowQualScore : 1 7 77 7 7 3 7 777 77 777 7 5555555 9 6 9 99 1 5555555555 1 1 77777 6666 3 8888888888888 7 777 7777 77 22222222 9 22 333333333 9 1 1 1111 7 3 11111 222 1 1 1 2 1111 99 9 9 8 88 55 7 7 777 7 3 77 1111 99 88888888888888 1 6666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 11111 222 22222 5 9 2 00000000000 1 55555555555555555555555555555555555555 3 777777777 22 1 1 1 1111 99999 66 6 6 4 66 5555555 3 99
consensus : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTA--CA---------ATGT-TGCATTT-CAGT----TTTC-TATT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TG--------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TACAT-----T-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---T--------------A-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC-TTTGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
Reference ( family-1004 ) : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTA--CA---------ATGT-TGCATTT-CAGT----TTTC-TATT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TG--------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TACAT-----T-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---T--------------A-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC-TTTGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
gi|1 : TGG-AATGGAATCATCGC-CATAATTCTATGCATCCTGC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATATTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGCTA--CA---------ATAT-TGCATTT-CAGTTTAATTTC-TATT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTCTT----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAA---------------TCATGACATTCTTTA-TTCCATGCAT-CCTCCTTAT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTTTTATTTACTATATGCC------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTT-------C-----AT-----GTTACATGTATAT-----CATAACAT-TT--C--AATT-TACATTTCAAT-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TATTTTGCTTCGTCATTAATTT---T--------------A-TCGTACTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATAC-TTTGT-TGCACTCATTATTTAATGTCACATTATTACAACAGAGGGCG--TTTATCGTTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGTGCGCACTATATGCTA
gi|10 : --------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------TTACATCATAACGT-GT--T--AA----ATCT-----T-T-TAATTCT-----A------TTT-TGCCTCATCAT----------T---T--------------A-TTGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC-TTTGT-AGCATTCGTTATTTAATGTCACAGTATTGCACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGT-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGcaatgaatgctccctttcaaaaaacctggatcaatgttttcaggtgaaaaat
gi|10 : tactataagac--------------AT-------------------CTT-------T---TAA--TTC-------T-----ATTTT--GCC---------T-----CAT--CAT-TTATT--GATC-TACTT-----T-CGT--TTTTCATGTA--A--ATCC-TA-------------------T---T--------------A-T-GCTTTGTAG------CAT--TCGTTATT-T-AATGTCA-------CAG---TAT--TGCAC-CAGAG-GGCGTTTATCATTTAGTGTCTCATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCAGTTAATGTGATTTGT-CACAATAT--TACACCAGAGGGCGtttatcagttaatgtgatttgtcacaatattacaccagagggcgtttatcatttagtgcctcattattacaccagatgt
gi|10 : tactataagacatctttaaattccatgttacatcataacgtgttaaTGTCACAATATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAtttatcatttagtgcctcattattacaccagatgt
gi|11 : tactataagacatctttaaattccatgttacatcataacgtgttaaatcttttaattctattttgcctcatcatttattgatctactttcgtttttcatgtaaatcctattatgctttgtagcattcgttatttaatgtcacagtattgcaccagagggcgtttatcatttagtgtctcattattacaccagagggcgtttatcagttaatgtgatt-------------T-C---CTT----CTTGA-ATT--C--------TTAA-CTCTAACTTG--CATTTTATTTTATGT---CATTT-TAAA----TTCCATGTTACCT-TGTGTC-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCACGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TGATTTACTATATGACAT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----GTTATA------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TAC------------AATCTT-----A--A--ATTC-Ttgt
gi|12 : tggaagggaatcaccgccataattctatgcaA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--A--------TTAA-TTCTATGTTA--CT---------ATAT-TGCACTT-CAGT----TTTC-TATT--TTATATA-C-A------------------------GGTGCTA--ACTTTTA-TT-CCAAATG-TTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAG-CCTCCTTGT---ATTT-C--T----TTAA--------------ATTATATT--TTTTCTATTATA---TGAT------------AT-------------------CTT-------T---AAATGTTA-------C-----AT-----G-----------------AATAACAT-TT--C---ATT-TACAT-----T-TCT-GTTTT-----------GCCCGTAT------------------T---T--------------A-TCGATTTA---------CTT--TCGTT-TT-A-CATATAA----GTt
gi|13 : G-AAGGGAATC--CGC-CATAA----ATGCATC--TC--TTG-T-TTCTTAATC--A-A-TT-A---A---ATT-----AATT---T---AT--ACATTT---A-T--TCCAT-TTACC--GT-TC----------ATCATC-A-T-----CTC-----ATTCTTA-ATT-------------T-G---CTA----TATGACATC--C--------TTAA-T---ATG----------------------ACATTT-CAGT----T----TA----------------CCTC-CTTTGTA-ATC-T----TTAAACTA--ACTTTTA-T------GTT-CTATATTG---TTATA-------TCA-TTCCGT-CATGCCTCCTTGT---A-TT-T--C----T--A--------------A-TCTAA---ATT------------TG--------------AT--------------------TT-------T---AGA--TGC-------C-----AT-----t
gi|14 : at-----AT-----A-----------T-----CATAACAT-TT--C--AAGT-TACAT-----T-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---TTTGCTTCGTCATTTA-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----AAT--TATGC-TTTGA-TGCGTTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAA-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCct
gi|15 : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-AATTTTTAATT---------T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCCC---ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTATGTACATGACATC--C--------TTAA-TTCTGTGATA--CA---------ATAT-TGCATTT-CAGT----TTCC-TATT--TT-TATG-T-ATACTC-C-CTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-aacaacgaatgcttcctttctaaaaacccggatggattttttgctg
gi|16 : -----------T-----CATAACAA-TT--C--AATT-TACAT-----TGTGCAATCTT-----A--A--At
gi|16 : TCTT-----A--ATTATTT-TACTTCTCAT-----------T---T--------------A-TCGAACTG---------CCTGGTCGTT-TT-TTCATGTTATGTTATCCACTAATAT---ATGCCTTTGCCTGCATAC-TTATTTA-T-TCACATCAG------AGAGGACGCATTAATCATTTAGC------TGC-CTCATTATC-TAAACCAGAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatttcttaattattttacttctcatttatcgaactgcctggtcgttttttcatgttatgttatccactaatatatgcctttgcctgcatacttatttattcacatcagagaggacgcattaatcatttagctgcctcattatctaaaccaga
gi|17 : tcataacaattcaatttacattgtgcaatcttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattATCTA---------CTT--TAATT-TT-T-CATGTAT----ATCG-----TAT--TATGC-TTTGT-TGTATTCGTTATTTAATGTTACATTATTACACCAGAGGGCC--ATTATCATTTAG-------TGT-TTCAATAT--TACATCAGA-GGTGCACTATATGTTA
gi|18 : aactttttcTGG-AAGGGAATGAATGC-GATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TAT--TTAA-TCTA-ACTT-T---AATTATA---CTACTCGTGT---AA-GATAGTTTTTA-T--TTCATGTTGCCTTATAAC-----------CT-TC-AAT-----TGCT----ATTC-AA-ATT-------------T-TTTGCTA----TATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTG--CA------------T-TATATTT-caatgaatgctccctttaaaaaaacggattattttttggctgtcaa
gi|19 : aGAATTACTGA-CATAATTTTATGCATCTTCT--TTG-TAATCTTAATTCTA-A-AT-G---C--TATT---TTGCTA---C---AT-GACATTCTTCA-T--TCCATGTTACAATGTGTTTCAATTTTCTATT-TT-AATGCACCCTCCTTCTATTCTTA-ATTCTAACGTTTGATTT-A---CTA----TATGACATC--
gi|2 : TGG-AAGGGAATCATCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---G--TATT---TTACTT---TTATAT-GACATTTTAAA-TATTCCAT-------TGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTT----T-------------T-C---CTA----AATGACATC--C--------TTGA-TTCCATGTTA--CA---------ATGT-TGCATTT-CAGT----TTTC-TATT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTCTT----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-TTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGTTACA-TT-C--t
gi|2 : TGA----ATCC-----TATATTATGC-TTTAC-TGCATTCGTTA-------------TATTACACCAAAGGGTG--gttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggattttgaatcctatattatgctttactgcattcgttatattacaccaaagggtgcactatatgctacaacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|2 : tggaagggaatcatcgccataattctatgcatccttcttgtattcttaattctaatttgtattttacttttatatgacattttaaatattccattgtgtcatttcaatctccattcttttcctaaatgacatccttgattccatgttacaatgttgcatttcagttttctatttttatgcatcctccttgtattctttaatgctaacttttattctaaatgttattttgcttcatgacattcttcattccatgcatcctccttgttacattcgttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggatttTTATGCTTTAC-------TGCATTCGTTATATTACACCAAAGGGTGCACTATATGCTAcactatatgctacaacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|20 : tggaagggaatcatcgccataattctatgcatccttcttgtattcttaattctaatttgtattttacttttatatgacattttaaatattccattgtgtcatttcaatctccattcttttcctaaatgacatccttgattccatgttacaatgttgcatttcagttttctatttttatgcatcctccttgtattctttaatgctaacttttattctaaatgttattttgcttcatgacattcttcattccatgcatcctccttgttacattcgttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggattttgaatcctataACGTTCTTTA-TTTCATGCAT-CATCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TGATTTACTATATCACAT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------A-----TATGTTAT-AT--A--AA---AACA--------TGTAATCTT-----A--A--ATTG-TATTTTACTTAGTCAT-----T---T--------------A-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-G-CATGTAA----caacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|21 : TGG-AAAGGAATTGCTGC-CATAATTGTGTGCATTCGTC--TTG-TAATTTTAATTCTA-A-CT-TTGAA--AATT---T--CCA---T---AT-TACA-TGTATA-T--T---TG-TACCTTATAAG----------ATT-TC-AAT-----GACT----TTTCTTA-ATT-------------
gi|22 : a-TAAG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TA---CTG--ACTTTTA-TT-CTAGATCTCTATAT-------ATAACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCACCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--TTT------------TG--------------AT-------------------TTatgtattttatttacttgtgtgat
gi|23 : -TTCTATGTAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--G--------------ATTATAAC--GCT------------TG--------------ATTTACTATATTTTATATATGCTT-------CTCAAAA--TTC-------C-----AT-----A-----------T------ATTACA---T--C--AA---AACAT-----T-TGTAATCTT-----actatgtgaca
gi|24 : tat--------------AT-------------------TTT-------A---AAA--TTC-------T-----AT-----G-----------TAACATCATAGTAT-TT--G--AATT-TCAAT-----T-T-TCATTTT-----GTCA--CGTC-AT-------------------T---T--------------A-TCTGTCTA---------GTT--TTGTT-TT-T-CCTGTAA----ATCC-----TAT--TAT
gi|25 : ataacA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAAAC--TCCATGTTACCTTTTGTC----------ATT-TC-AGT-----CTCC----ATTCTT--ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTTCATGT
gi|26 : G-AAGGGGCTTACCGC-CACAATTGTATGCATCTTTC--TTG-AATTCTTATTTCTA-ACTT-T---A---AGT---TTACT
gi|27 : G-AAGGGAATCAC-GC--ATAATTCTATGCATCCTTCTGTTGATATCTTTAATTCGATA-TT-T---A--TATTTACTTACTT---A---AT-GACAATTTAAA-T--TTCgaaacgatatctctatatgtctgacgtttta
gi|28 : TGG-AAGGGAATCGTCGC-TATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATT
gi|29 : GAATTACCGC-CATAACTCCATGCATTCTTC--TTG-TATTCTTAATT
gi|3 : TGG-AAGAGAATCACCAC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----ATCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGGCATC--C--------TTAA-TTCCATGTTA--CA---------ATGC-TGCATTT-CGAT----TTTC-TAAT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTTCATGCAT-CCACCTTGT---A-TT-C--TGAAAT--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TG--------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------T-----CATATCAT-TT--C--AATA-TACAT-----C-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---T--------------A-TCGATCTA---------CTT--TCG-T-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAG--TATGC-TTCGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTATATCAGAAGGCG--CTTATCATTTAG-------TGC-CACATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
gi|30 : GC-CTCATTCT--CCCACCAGAGGGCGCATTATATG
gi|4 : ttgagTCTTGTATT-------------TAC---TTT----CATTACAAT--T--------TTAAATTCCATGTTA--CC---------TTGT-GTCATTT-CAAT----TT-C-TAC-------ATG-CCATCCTTAC-TTCCA-TGT-TACAGTATTG-TA----TTTCAGTT-CTAAATG-TTATTTTGC-TACATGGCATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCT------TT------------TG--------------ATTAATTAT------------CAT-------T---AAA--TTC-------C-----ATCATCCA-----------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TACGT-----T-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---TTTGCTTCGTCATTTA-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TTTT-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC-TTTGT-TGCATTCGTTATTTAATGCCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAA-------TAT-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCtaa
gi|5 : catccttaaactag-A-TT-C---A--TATA-----ACTT---T---AG-TAT-TTTTAAA-T--CC--TGTAACCTTAT--------------------AA---------C----ATT-TTA-TTT-------------T-G---CTG----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTATGCA---------A--T-CGTATTT-CAAT----TTTC-CATT-------TG----------C-TTGAA-TTG-T---------CTT--AC--TTA-TT-CTAA-----CATCTTA----CATA--ATTC--CA-TCTCA------CCTTATTGT---A-TT-TGGT----T--A--------------ATTTTAAA--TCC------------TA--------------A---------------------CT-------T---AGA--TTT-------T-----A------------------------CA-AACAT----------------AT-----A-TGT--TCTT-----T--A--ACTT-TA-------------------TCGGT--------------ATTCAATCTATCCTGCAGCTTT--TCGGC-CT-T-CTTGCAA----ATCC-----TAT--TGTGC-TTAAT-T-CACT-G-CATGT-GTGT--CGTTATTACACCAGAAAGCA--TT
gi|6 : ----TAATCTTA--AATTTTA-TT-CT----G-CTACGTGGCATCCATAATTTTTTTTA-TTTC---CGT-TCGTCTTGC---A-TTGT--T----T--ATAATGTACATGTATATTATAACATCCT------------TA--------------AT-------------------TCTAAGTAGCT---AAG--TGCAGTTTTGC-----AT-----------------T-----CGTTAAAT-TT--CTGAATTCTA-AC-----T-TAGATTCCT-----T--A--ATTT-CA-------------------TC--T--------------G-TCGATCTA---------CTT--TCGTC-TT-T-CATGTAA----ATGC-----TAT--TATTC-TTTGT-TGCATTCGTCATTTAATGTCTTATTATTACACTAGAGGGCG--TTCGTAATTTAA-------TGT-CAAAGTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTAgcgttcaacagaacttaaaacttgacaaagta
gi|7 : ttgTGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTAAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT-------AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATAACATATAC--------TTAA-TTCTATGTTA--CA---------ATGT-TGCATTT-CAGT----TT----ATT------ACG-C-ATCCTC-C-TTGCA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-TTAAATG-TTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCTATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-A--T----T--A--------------ATT--------TT------------TA--------------AA-------------------TTT-------C-----A--TTC-------CATGTTAT-----G-----------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TGCAT-----T-ccataaattctccctgtcaaaaatttgcagccaa
gi|8 : aTGGTAAGGGAATCACCGCGCATAATTCTATCAATCCATT--CTG-TATTCTTAAT-CTA-A-TTAT---A--TATA---T-ACTT---T---ATTAACA-----AA-T--TCCATTTTACTTT---TC----------ATT-TCCAAT-----CTCC----ATTCTTAGATT-------------G-C---CTA----CAAGACATC--CC-------TTAA-TTCCATGTTA--CA---------ATATGTGCATTTTCAGT----TTTC-TATT--TT-TATGCC-ATCCTC-C-TTGTATTTC-T----TAATGCTAAGAC-TTTA-TTGCTACAGG-TTATTTTG--TTC-TGACATTTCTCATTTTCATGCAT-CCTCCGTGT---A-TTCC--T----T--C--------------ATTCTAAC--CTTG-----------TG------------------------------------TT----------------TCC-------T-----AT------------------------ATGACATCTT--A--AATT-CCCAT-----T-gctta
gi|9 : taTGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCCATTCATCCTT-----G-TATTCTTAAATCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---C---AT-AACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----ATCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGGCATC--CAATGATCCTTAA-TTCCATGATA--CA---------ATAT-TGCCTTT-CCGT----TTTC-TATT--TT-TATG-C-ATTCAC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAACG-AAATTTTGC-TTCATGACATTCGTCA-TTCCATGCA-------TTAT---A-TA-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TG--------------AT-------------------CTT-------T---AAA--Tg
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 1111111111 1111111111111 11111111 111111111 11111 11111111111111 6666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 11111111111 00000000000000000000000000000000000000 111111111 11111 1111111
lowQualScore : 3 2 33 2 2 5 2 444 33 444 0 8888888 2 1 2 33 2 3333333333 3 3 77777 9999 5 3333333333333 2 444 5555 33 33333333 2 44 222222222 1 3 3 7777 3 3 11111 666 3 3 3 6 6666 33 2 2 0 44 88 2 2 444 2 5 33 6666 33 66666666666666 0 4444 8888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 2 55555 555 66666 2 1 3 00000000000 3 44444444444444444444444444444444444444 3 777777777 44 3 3 3 6666 22222 44 3 3 0 44 5555555 3 77
lowQualScore : . . .. . . . . ... .. ... . ....... . . . .. . .......... . . ..... .... . ............. . ... .... .. ........ . .. ......... . . . .... . . ..... ... . . . . .... .. . . . .. .. . . ... . . .. .... .. .............. . .... ............................................................................................................. . ..... ... ..... . . . ........... . ...................................... . ......... .. . . . .... ..... .. . . . .. ....... . ..
lowQualScore : 1 7 77 7 7 3 7 777 77 777 7 5555555 9 6 9 99 1 5555555555 1 1 77777 6666 3 8888888888888 7 777 7777 77 22222222 9 22 333333333 9 1 1 1111 7 3 11111 222 1 1 1 2 1111 99 9 9 8 88 55 7 7 777 7 3 77 1111 99 88888888888888 1 6666 2222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 5 11111 222 22222 5 9 2 00000000000 1 55555555555555555555555555555555555555 3 777777777 22 1 1 1 1111 99999 66 6 6 4 66 5555555 3 99
consensus : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTA--CA---------ATGT-TGCATTT-CAGT----TTTC-TATT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TG--------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TACAT-----T-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---T--------------A-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC-TTTGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
Reference ( family-1004 ) : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTA--CA---------ATGT-TGCATTT-CAGT----TTTC-TATT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TG--------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TACAT-----T-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---T--------------A-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC-TTTGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
gi|1 : TGG-AATGGAATCATCGC-CATAATTCTATGCATCCTGC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATATTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGCTA--CA---------ATAT-TGCATTT-CAGTTTAATTTC-TATT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTCTT----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAA---------------TCATGACATTCTTTA-TTCCATGCAT-CCTCCTTAT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTTTTATTTACTATATGCC------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTT-------C-----AT-----GTTACATGTATAT-----CATAACAT-TT--C--AATT-TACATTTCAAT-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TATTTTGCTTCGTCATTAATTT---T--------------A-TCGTACTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATAC-TTTGT-TGCACTCATTATTTAATGTCACATTATTACAACAGAGGGCG--TTTATCGTTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGTGCGCACTATATGCTA
gi|10 : --------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------TTACATCATAACGT-GT--T--AA----ATCT-----T-T-TAATTCT-----A------TTT-TGCCTCATCAT----------T---T--------------A-TTGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC-TTTGT-AGCATTCGTTATTTAATGTCACAGTATTGCACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGT-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGcaatgaatgctccctttcaaaaaacctggatcaatgttttcaggtgaaaaat
gi|10 : tactataagac--------------AT-------------------CTT-------T---TAA--TTC-------T-----ATTTT--GCC---------T-----CAT--CAT-TTATT--GATC-TACTT-----T-CGT--TTTTCATGTA--A--ATCC-TA-------------------T---T--------------A-T-GCTTTGTAG------CAT--TCGTTATT-T-AATGTCA-------CAG---TAT--TGCAC-CAGAG-GGCGTTTATCATTTAGTGTCTCATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCAGTTAATGTGATTTGT-CACAATAT--TACACCAGAGGGCGtttatcagttaatgtgatttgtcacaatattacaccagagggcgtttatcatttagtgcctcattattacaccagatgt
gi|10 : tactataagacatctttaaattccatgttacatcataacgtgttaaTGTCACAATATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAtttatcatttagtgcctcattattacaccagatgt
gi|11 : tactataagacatctttaaattccatgttacatcataacgtgttaaatcttttaattctattttgcctcatcatttattgatctactttcgtttttcatgtaaatcctattatgctttgtagcattcgttatttaatgtcacagtattgcaccagagggcgtttatcatttagtgtctcattattacaccagagggcgtttatcagttaatgtgatt-------------T-C---CTT----CTTGA-ATT--C--------TTAA-CTCTAACTTG--CATTTTATTTTATGT---CATTT-TAAA----TTCCATGTTACCT-TGTGTC-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCACGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TGATTTACTATATGACAT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----GTTATA------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TAC------------AATCTT-----A--A--ATTC-Ttgt
gi|12 : tggaagggaatcaccgccataattctatgcaA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--A--------TTAA-TTCTATGTTA--CT---------ATAT-TGCACTT-CAGT----TTTC-TATT--TTATATA-C-A------------------------GGTGCTA--ACTTTTA-TT-CCAAATG-TTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAG-CCTCCTTGT---ATTT-C--T----TTAA--------------ATTATATT--TTTTCTATTATA---TGAT------------AT-------------------CTT-------T---AAATGTTA-------C-----AT-----G-----------------AATAACAT-TT--C---ATT-TACAT-----T-TCT-GTTTT-----------GCCCGTAT------------------T---T--------------A-TCGATTTA---------CTT--TCGTT-TT-A-CATATAA----GTt
gi|13 : G-AAGGGAATC--CGC-CATAA----ATGCATC--TC--TTG-T-TTCTTAATC--A-A-TT-A---A---ATT-----AATT---T---AT--ACATTT---A-T--TCCAT-TTACC--GT-TC----------ATCATC-A-T-----CTC-----ATTCTTA-ATT-------------T-G---CTA----TATGACATC--C--------TTAA-T---ATG----------------------ACATTT-CAGT----T----TA----------------CCTC-CTTTGTA-ATC-T----TTAAACTA--ACTTTTA-T------GTT-CTATATTG---TTATA-------TCA-TTCCGT-CATGCCTCCTTGT---A-TT-T--C----T--A--------------A-TCTAA---ATT------------TG--------------AT--------------------TT-------T---AGA--TGC-------C-----AT-----t
gi|14 : at-----AT-----A-----------T-----CATAACAT-TT--C--AAGT-TACAT-----T-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---TTTGCTTCGTCATTTA-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----AAT--TATGC-TTTGA-TGCGTTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAA-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCct
gi|15 : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-AATTTTTAATT---------T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCCC---ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTATGTACATGACATC--C--------TTAA-TTCTGTGATA--CA---------ATAT-TGCATTT-CAGT----TTCC-TATT--TT-TATG-T-ATACTC-C-CTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-aacaacgaatgcttcctttctaaaaacccggatggattttttgctg
gi|16 : -----------T-----CATAACAA-TT--C--AATT-TACAT-----TGTGCAATCTT-----A--A--At
gi|16 : TCTT-----A--ATTATTT-TACTTCTCAT-----------T---T--------------A-TCGAACTG---------CCTGGTCGTT-TT-TTCATGTTATGTTATCCACTAATAT---ATGCCTTTGCCTGCATAC-TTATTTA-T-TCACATCAG------AGAGGACGCATTAATCATTTAGC------TGC-CTCATTATC-TAAACCAGAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatttcttaattattttacttctcatttatcgaactgcctggtcgttttttcatgttatgttatccactaatatatgcctttgcctgcatacttatttattcacatcagagaggacgcattaatcatttagctgcctcattatctaaaccaga
gi|17 : tcataacaattcaatttacattgtgcaatcttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaattATCTA---------CTT--TAATT-TT-T-CATGTAT----ATCG-----TAT--TATGC-TTTGT-TGTATTCGTTATTTAATGTTACATTATTACACCAGAGGGCC--ATTATCATTTAG-------TGT-TTCAATAT--TACATCAGA-GGTGCACTATATGTTA
gi|18 : aactttttcTGG-AAGGGAATGAATGC-GATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TAT--TTAA-TCTA-ACTT-T---AATTATA---CTACTCGTGT---AA-GATAGTTTTTA-T--TTCATGTTGCCTTATAAC-----------CT-TC-AAT-----TGCT----ATTC-AA-ATT-------------T-TTTGCTA----TATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTG--CA------------T-TATATTT-caatgaatgctccctttaaaaaaacggattattttttggctgtcaa
gi|19 : aGAATTACTGA-CATAATTTTATGCATCTTCT--TTG-TAATCTTAATTCTA-A-AT-G---C--TATT---TTGCTA---C---AT-GACATTCTTCA-T--TCCATGTTACAATGTGTTTCAATTTTCTATT-TT-AATGCACCCTCCTTCTATTCTTA-ATTCTAACGTTTGATTT-A---CTA----TATGACATC--
gi|2 : TGG-AAGGGAATCATCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---G--TATT---TTACTT---TTATAT-GACATTTTAAA-TATTCCAT-------TGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTT----T-------------T-C---CTA----AATGACATC--C--------TTGA-TTCCATGTTA--CA---------ATGT-TGCATTT-CAGT----TTTC-TATT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTCTT----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-TTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGTTACA-TT-C--t
gi|2 : TGA----ATCC-----TATATTATGC-TTTAC-TGCATTCGTTA-------------TATTACACCAAAGGGTG--gttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggattttgaatcctatattatgctttactgcattcgttatattacaccaaagggtgcactatatgctacaacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|2 : tggaagggaatcatcgccataattctatgcatccttcttgtattcttaattctaatttgtattttacttttatatgacattttaaatattccattgtgtcatttcaatctccattcttttcctaaatgacatccttgattccatgttacaatgttgcatttcagttttctatttttatgcatcctccttgtattctttaatgctaacttttattctaaatgttattttgcttcatgacattcttcattccatgcatcctccttgttacattcgttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggatttTTATGCTTTAC-------TGCATTCGTTATATTACACCAAAGGGTGCACTATATGCTAcactatatgctacaacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|20 : tggaagggaatcatcgccataattctatgcatccttcttgtattcttaattctaatttgtattttacttttatatgacattttaaatattccattgtgtcatttcaatctccattcttttcctaaatgacatccttgattccatgttacaatgttgcatttcagttttctatttttatgcatcctccttgtattctttaatgctaacttttattctaaatgttattttgcttcatgacattcttcattccatgcatcctccttgttacattcgttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggattttgaatcctataACGTTCTTTA-TTTCATGCAT-CATCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TGATTTACTATATCACAT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------A-----TATGTTAT-AT--A--AA---AACA--------TGTAATCTT-----A--A--ATTG-TATTTTACTTAGTCAT-----T---T--------------A-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-G-CATGTAA----caacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|21 : TGG-AAAGGAATTGCTGC-CATAATTGTGTGCATTCGTC--TTG-TAATTTTAATTCTA-A-CT-TTGAA--AATT---T--CCA---T---AT-TACA-TGTATA-T--T---TG-TACCTTATAAG----------ATT-TC-AAT-----GACT----TTTCTTA-ATT-------------
gi|22 : a-TAAG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TA---CTG--ACTTTTA-TT-CTAGATCTCTATAT-------ATAACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCACCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--TTT------------TG--------------AT-------------------TTatgtattttatttacttgtgtgat
gi|23 : -TTCTATGTAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--G--------------ATTATAAC--GCT------------TG--------------ATTTACTATATTTTATATATGCTT-------CTCAAAA--TTC-------C-----AT-----A-----------T------ATTACA---T--C--AA---AACAT-----T-TGTAATCTT-----actatgtgaca
gi|24 : tat--------------AT-------------------TTT-------A---AAA--TTC-------T-----AT-----G-----------TAACATCATAGTAT-TT--G--AATT-TCAAT-----T-T-TCATTTT-----GTCA--CGTC-AT-------------------T---T--------------A-TCTGTCTA---------GTT--TTGTT-TT-T-CCTGTAA----ATCC-----TAT--TAT
gi|25 : ataacA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAAAC--TCCATGTTACCTTTTGTC----------ATT-TC-AGT-----CTCC----ATTCTT--ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTTCATGT
gi|26 : G-AAGGGGCTTACCGC-CACAATTGTATGCATCTTTC--TTG-AATTCTTATTTCTA-ACTT-T---A---AGT---TTACT
gi|27 : G-AAGGGAATCAC-GC--ATAATTCTATGCATCCTTCTGTTGATATCTTTAATTCGATA-TT-T---A--TATTTACTTACTT---A---AT-GACAATTTAAA-T--TTCgaaacgatatctctatatgtctgacgtttta
gi|28 : TGG-AAGGGAATCGTCGC-TATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATT
gi|29 : GAATTACCGC-CATAACTCCATGCATTCTTC--TTG-TATTCTTAATT
gi|3 : TGG-AAGAGAATCACCAC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----ATCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGGCATC--C--------TTAA-TTCCATGTTA--CA---------ATGC-TGCATTT-CGAT----TTTC-TAAT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTTCATGCAT-CCACCTTGT---A-TT-C--TGAAAT--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TG--------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------T-----CATATCAT-TT--C--AATA-TACAT-----C-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---T--------------A-TCGATCTA---------CTT--TCG-T-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAG--TATGC-TTCGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTATATCAGAAGGCG--CTTATCATTTAG-------TGC-CACATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
gi|30 : GC-CTCATTCT--CCCACCAGAGGGCGCATTATATG
gi|4 : ttgagTCTTGTATT-------------TAC---TTT----CATTACAAT--T--------TTAAATTCCATGTTA--CC---------TTGT-GTCATTT-CAAT----TT-C-TAC-------ATG-CCATCCTTAC-TTCCA-TGT-TACAGTATTG-TA----TTTCAGTT-CTAAATG-TTATTTTGC-TACATGGCATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCT------TT------------TG--------------ATTAATTAT------------CAT-------T---AAA--TTC-------C-----ATCATCCA-----------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TACGT-----T-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---TTTGCTTCGTCATTTA-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TTTT-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC-TTTGT-TGCATTCGTTATTTAATGCCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAA-------TAT-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCtaa
gi|5 : catccttaaactag-A-TT-C---A--TATA-----ACTT---T---AG-TAT-TTTTAAA-T--CC--TGTAACCTTAT--------------------AA---------C----ATT-TTA-TTT-------------T-G---CTG----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTATGCA---------A--T-CGTATTT-CAAT----TTTC-CATT-------TG----------C-TTGAA-TTG-T---------CTT--AC--TTA-TT-CTAA-----CATCTTA----CATA--ATTC--CA-TCTCA------CCTTATTGT---A-TT-TGGT----T--A--------------ATTTTAAA--TCC------------TA--------------A---------------------CT-------T---AGA--TTT-------T-----A------------------------CA-AACAT----------------AT-----A-TGT--TCTT-----T--A--ACTT-TA-------------------TCGGT--------------ATTCAATCTATCCTGCAGCTTT--TCGGC-CT-T-CTTGCAA----ATCC-----TAT--TGTGC-TTAAT-T-CACT-G-CATGT-GTGT--CGTTATTACACCAGAAAGCA--TT
gi|6 : ----TAATCTTA--AATTTTA-TT-CT----G-CTACGTGGCATCCATAATTTTTTTTA-TTTC---CGT-TCGTCTTGC---A-TTGT--T----T--ATAATGTACATGTATATTATAACATCCT------------TA--------------AT-------------------TCTAAGTAGCT---AAG--TGCAGTTTTGC-----AT-----------------T-----CGTTAAAT-TT--CTGAATTCTA-AC-----T-TAGATTCCT-----T--A--ATTT-CA-------------------TC--T--------------G-TCGATCTA---------CTT--TCGTC-TT-T-CATGTAA----ATGC-----TAT--TATTC-TTTGT-TGCATTCGTCATTTAATGTCTTATTATTACACTAGAGGGCG--TTCGTAATTTAA-------TGT-CAAAGTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTAgcgttcaacagaacttaaaacttgacaaagta
gi|7 : ttgTGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTAAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT-------AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATAACATATAC--------TTAA-TTCTATGTTA--CA---------ATGT-TGCATTT-CAGT----TT----ATT------ACG-C-ATCCTC-C-TTGCA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-TTAAATG-TTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCTATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-A--T----T--A--------------ATT--------TT------------TA--------------AA-------------------TTT-------C-----A--TTC-------CATGTTAT-----G-----------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TGCAT-----T-ccataaattctccctgtcaaaaatttgcagccaa
gi|8 : aTGGTAAGGGAATCACCGCGCATAATTCTATCAATCCATT--CTG-TATTCTTAAT-CTA-A-TTAT---A--TATA---T-ACTT---T---ATTAACA-----AA-T--TCCATTTTACTTT---TC----------ATT-TCCAAT-----CTCC----ATTCTTAGATT-------------G-C---CTA----CAAGACATC--CC-------TTAA-TTCCATGTTA--CA---------ATATGTGCATTTTCAGT----TTTC-TATT--TT-TATGCC-ATCCTC-C-TTGTATTTC-T----TAATGCTAAGAC-TTTA-TTGCTACAGG-TTATTTTG--TTC-TGACATTTCTCATTTTCATGCAT-CCTCCGTGT---A-TTCC--T----T--C--------------ATTCTAAC--CTTG-----------TG------------------------------------TT----------------TCC-------T-----AT------------------------ATGACATCTT--A--AATT-CCCAT-----T-gctta
gi|9 : taTGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCCATTCATCCTT-----G-TATTCTTAAATCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---C---AT-AACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----ATCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGGCATC--CAATGATCCTTAA-TTCCATGATA--CA---------ATAT-TGCCTTT-CCGT----TTTC-TATT--TT-TATG-C-ATTCAC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAACG-AAATTTTGC-TTCATGACATTCGTCA-TTCCATGCA-------TTAT---A-TA-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TG--------------AT-------------------CTT-------T---AAA--Tg
blockSeqs : T G TG A T C A TGA AT TAC GTGT T T A AT G TCAATTTTCT A C GCACC TTCT T CTAACGTTTGATT A TTG TGTA TA AATGATCC A TG TTTTATTTT G G T . C A ACCT TC A T T T ACAG AG G G TC CA T G TAC T G GG GAAA TA TAATGTACATGTAT CATC TGATTTACTATATTTTATATATGCTTCTCAAAATTCCATAT C ATT TTC . G G A CATGTAA G TTTTGCTTCGTCATTT T TCCTGCAGC GG A T T TGTT ACTAA AT C C CA TGTGATT A AT
blockSeqs : . . . . . C . . . . TTAT . T . . A . . . . C G . . . . . C . . . A . . . T . TTA CC . . . . . . . . C C . . . . C . . . . CC TGATTTACTATATGACATCTTTAAATTCCATGTTATAT . CTG TC . . C A AATT . TTTTACTTAGTCATTT . TAG . . . . . AG . . . . C . C
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . G . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . C . TT CC . . . . . . . . T C . . . . . . . . . TT TGATTTACTATATCACATCTTTAAATTCCATGA . T TT . . G A GTCA . TTTTGCTTCGTCATTT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . . . T . TT C . . . . . . . . C C . . . . . . . . . CC TAATTCTAAGTAGCTAAGTGCAGTTTTGCATT . C TT . . G A AA . CCTCATCATTT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . T . . A . . . . . . . . . . . . . . . G . . . T . TT T . . . . . . . . T C . . . . . . . . . CT TCTATTATATGATATCTTTAAATGTTACATG . C GT . . G A AA . CTTCTCATTT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . . . T . TT C . . . . . . . . C C . . . . . . . . . CG TGATTAATTATCATTAAATTCCATCATCCAT . C TT . . G A AA . TCGGT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . A . . G . . . . . . . . . . . . . . . G . . . T . TT C . . . . . . . . T C . . . . . . . . . CC TAAATTTCATTCCATGTTATGT . C TT . . G C AA . TTT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . A . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . T . . C . . . . . . . . C C . . . . . . . . . AT TGATCTTTAAATTCCATGT . A TA . . G A AA . TCT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . T . . G . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . C . . . . . . . . T . . . . . . . . . . CC TAACTTAGATTTTA . C TT . . G A AA . TT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . T . . . . . . . . . . CC GTGTTTCCTAT . G TT . . A A TA . TT . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . T . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . A . C TT . . . . TA . TT . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . A . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . .
blockSeqCons : **** C* C* ***** TCTCTCATTT****************************
originalCons : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTA--CA---------ATGT-TGCATTT-CAGT----TTTC-TATT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TG--------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TACAT-----T-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TA-------------------T---T--------------A-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC-TTTGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
finalCons : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTA--CA---------ATGT-TGCATTT-CAGT----TTTC-TATT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATGC-TATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAAC--CTT------------TG--------------AT-------------------CTT-------T---AAA--TTC-------C-----AT-----G-----------T-----CATAACAT-TT--C--AATT-TACAT-----T-TGTAATCTT-----A--A--ATTC-TATCTCTCATTT----------------------------A-TCGATCTA---------CTT--TCGTT-TT-T-CATGTAA----ATCC-----TAT--TATGC-TTTGT-TGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGGGCG--TTTATCATTTAG-------TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
Alignments
lowQualScore : 1111111111 1111111111111 11111111 111111111 11111 11111111111111 7777777777777777777777777777777777777777777777777 333333333333333333333333 111111111111 77777777777777777777777
lowQualScore : 3 2 33 2 2 5 2 444 33 444 0 8888888 2 1 2 33 2 3333333333 3 3 77777 9999 5 3333333333333 2 444 5555 33 33333333 2 44 222222222 1 3 3 7777 3 3 11111 666 3 3 3 6 6666 33 2 2 0 44 88 2 2 444 2 5 33 6666 33 66666666666666 0 44 0000000000000000000000000000000000000000000000000 444 33 66666 888888888888888888888888 33 5 0 33 222222222222 2 1 44 44444444444444444444444 88888 3 3 7777 44 3 3 6666 99999 55 4 4 3 55 4 3 88
lowQualScore : . . .. . . . . ... .. ... . ....... . . . .. . .......... . . ..... .... . ............. . ... .... .. ........ . .. ......... . . . .... . . ..... ... . . . . .... .. . . . .. .. . . ... . . .. .... .. .............. . .. ................................................. ... .. ..... ........................ .. . . .. ............ . . .. ....................... ..... . . .... .. . . .... ..... .. . . . .. . . ..
lowQualScore : 1 7 77 7 7 3 7 777 77 777 7 5555555 9 6 9 99 1 5555555555 1 1 77777 6666 3 8888888888888 7 777 7777 77 22222222 9 22 333333333 9 1 1 1111 7 3 11111 222 1 1 1 2 1111 99 9 9 8 88 55 7 7 777 7 3 77 1111 99 88888888888888 1 22 7777777777777777777777777777777777777777777777777 777 77 77777 444444444444444444444444 77 3 2 77 999999999999 9 6 22 55555555555555555555555 33333 3 3 1111 66 3 3 5555 11111 00 0 0 2 00 0 6 66
consensus : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTA--CA---------ATGT-TGCATTT-CAGT----TTTC-TATT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAACCTT------------TG--------------AT-------------------CTTT---AAA--TTCC-----AT-----G-----------T-----CATAAC--AT-TTCAATTT-ACAT-----T-TGT--AATCT-TAA--ATTCTA--------TC-----TCGC---GTCA-----TTT-ATCGAT-CTAC----TT--TCG-TTTT-TCATGTAA----ATCC-----TAT--TATG-CTTTG-TTGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGG--GCGTTTATCATTTAG-TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
Reference ( family-1004 ) : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTA--CA---------ATGT-TGCATTT-CAGT----TTTC-TATT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAACCTT------------TG--------------AT-------------------CTTT---AAA--TTCC-----AT-----G-----------T-----CATAAC--AT-TTCAATTT-ACAT-----T-TGT--AATCT-TAA--ATTCTA--------TC-----TC------TCA-----TTT-ATCGAT-CTAC----TT--TCG-TTTT-TCATGTAA----ATCC-----TAT--TATG-CTTTG-TTGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGG--GCGTTTATCATTTAG-TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
gi|1 : TGG-AATGGAATCATCGC-CATAATTCTATGCATCCTGC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATATTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGCTA--CA---------ATAT-TGCATTT-CAGTTTAATTTC-TATT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTCTT----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAA---------------TCATGACATTCTTTA-TTCCATGCAT-CCTCCTTAT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAACCTTTTATTTACTATATGCC------------AT-------------------CTTT---AAA--TTTC-----AT-----GTTACATGTATAT-----CATAAC--AT-TTCAATTT-ACATTTCAAT-TGT--AATCT-TAA--ATTCTA--------TT-----TTGCTTCGTCATTAATTTT-ATCGTA-CTAC----TT--TCG-TTTT-TCATGTAA----ATCC-----TAT--TATA-CTTTG-TTGCACTCATTATTTAATGTCACATTATTACAACAGAGG--GCGTTTATCGTTTAG-TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGTGCGCACTATATGCTA
gi|10 : --------------AT-------------------CTTT---AAA--TTCC-----AT-----GTTACA------T-----CATAAC--GTGTTAAATCT----T-----T---T--AATTC-T----ATTTTG--------CC-----TCA-----TCA-----TTT-ATTGAT-CTAC----TT--TCG-TTTT-TCATGTAA----ATCC-----TAT--TATG-CTTTG-TAGCATTCGTTATTTAATGTCACAGTATTGCACCAGAGG--GCGTTTATCATTTAG-TGT-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGcaatgaatgctccctttcaaaaaacctggatcaatgttttcaggtgaaaaat
gi|10 : tactataagacTGTCACAATATTACACCAGAGG--GCGTTTATCATTTAG-TGC-CTCATTAT--TACACCAGAtttatcagttaatgtgatttgtcacaatattacaccagagggcgtttatcatttagtgcctcattattacaccagatgt
gi|11 : tactataagacatctttaaattccatgttacatcataacgtgttaaatcttttaattctattttgcctcatcatttattgatctactttcgtttttcatgtaaatcctattatgctttgtagcattcgttatttaatgtcacagtattgcaccagagggcgtttatcatttagtgtctcattattacaccagagggcgtttatcagttaatgtgatt-------------T-C---CTT----CTTGA-ATT--C--------TTAA-CTCTAACTTG--CATTTTATTTTATGT---CATTT-TAAA----TTCCATGTTACCT-TGTGTC-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCACGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAACCTT------------TGATTTACTATATGACAT-------------------CTTT---AAA--TTCC-----AT-----GTTATA------T-----CATAAC--AT-TTCAATTT-AC--------------AATCT-TAA--ATTCTtgt
gi|12 : tggaagggaatcaccgccataattctatgcaA-ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--A--------TTAA-TTCTATGTTA--CT---------ATAT-TGCACTT-CAGT----TTTC-TATT--TTATATA-C-A------------------------GGTGCTA--ACTTTTA-TT-CCAAATG-TTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAG-CCTCCTTGT---ATTT-C--T----TTAA--------------ATTATATTTTTTCTATTATA---TGAT------------AT-------------------CTTT---AAATGTTAC-----AT-----G-----------------AATAAC--AT-TTC-ATTT-ACAT-----T--------TCT------GTTTTG---------C-----CC------GTA-----TTT-ATCGAT-TTAC----TT--TCG-TTTT-ACATATAA----GTt
gi|13 : G-AAGGGAATC--CGC-CATAA----ATGCATC--TC--TTG-T-TTCTTAATC--A-A-TT-A---A---ATT-----AATT---T---AT--ACATTT---A-T--TCCAT-TTACC--GT-TC----------ATCATC-A-T-----CTC-----ATTCTTA-ATT-------------T-G---CTA----TATGACATC--C--------TTAA-T---ATG----------------------ACATTT-CAGT----T----TA----------------CCTC-CTTTGTA-ATC-T----TTAAACTA--ACTTTTA-T------GTT-CTATATTG---TTATA-------TCA-TTCCGT-CATGCCTCCTTGT---A-TT-T--C----T--A--------------A-TCTAA-ATT------------TG--------------AT--------------------TTT---AGA--TGCC-----AT-----t
gi|14 : at-----AT-----A-----------T-----CATAAC--AT-TTCAAGTT-ACAT-----T-TGT--AATCT-TAA--ATTCTA--------TT-----TTGCTTCGTCA-----TTT-ATCGAT-CTAC----TT--TCG-TTTT-TCATGTAA----ATCC-----AAT--TATG-CTTTG-ATGCGTTCGTTATTTAATGTCACATTATTACACCAGAGG--GCGTTTATCATTTAA-TGC-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCct
gi|15 : TGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-AATTTTTAATT---------T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCCC---ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTATGTACATGACATC--C--------TTAA-TTCTGTGATA--CA---------ATAT-TGCATTT-CAGT----TTCC-TATT--TT-TATG-T-ATACTC-C-CTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-aacaacgaatgcttcctttctaaaaacccggatggattttttgctg
gi|16 : -----------T-----CATAAC--AA-TTCAATTT-ACAT-----TGTGC--AATCT-TAA--At
gi|16 : TCT-TAATTATTTTA--------CT-----TC------TCA-----TTT-ATCGAA-CTGC----CTGGTCGTTTTT-TCATGTTATGTTATCCACTAATA---TATGCCTTTGCCTGCATAC-TTATTT-AT-TCACATCA------GAGAGGACGCATTAATCATTTAGCTGC-CTCATTATC-TAAACCAGAaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatttcttaattattttacttctcatttatcgaactgcctggtcgttttttcatgttatgttatccactaatatatgcctttgcctgcatacttatttattcacatcagagaggacgcattaatcatttagctgcctcattatctaaaccaga
gi|17 : tcataacaattcaatttacattgtgcaatcttaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaaatt-----TTT-TTC-AT-CTAC----TT--TAA-TTTT-TCATGTAT----ATCG-----TAT--TATG-CTTTG-TTGTATTCGTTATTTAATGTTACATTATTACACCAGAGG--GCCATTATCATTTAG-TGT-TTCAATAT--TACATCAGA-GGTGCACTATATGTTA
gi|18 : aacTGG-AAGGGAATGAATGC-GATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TAT--TTAA-TCTA-ACTT-T---AATTATA---CTACTCGTGT---AA-GATAGTTTTTA-T--TTCATGTTGCCTTATAAC-----------CT-TC-AAT-----TGCT----ATTC-AA-ATT-------------T-TTTGCTA----TATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTG--CA------------T-TATATTT-caatgaatgctccctttaaaaaaacggattattttttggctgtcaa
gi|19 : aGAATTACTGA-CATAATTTTATGCATCTTCT--TTG-TAATCTTAATTCTA-A-AT-G---C--TATT---TTGCTA---C---AT-GACATTCTTCA-T--TCCATGTTACAATGTGTTTCAATTTTCTATT-TT-AATGCACCCTCCTTCTATTCTTA-ATTCTAACGTTTGATTT-A---CTA----TATGACATC--
gi|2 : TGG-AAGGGAATCATCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---G--TATT---TTACTT---TTATAT-GACATTTTAAA-TATTCCAT-------TGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTT----T-------------T-C---CTA----AATGACATC--C--------TTGA-TTCCATGTTA--CA---------ATGT-TGCATTT-CAGT----TTTC-TATT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTCTT----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-TTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGTTACA-TT-C--t
gi|2 : TGA----ATCC-----TATATTATG-CTTTA-CTGCATTCGTTA-------------TATTACACCAAAGG--GTGgttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggattttgaatcctatattatgctttactgcattcgttatattacaccaaagggtgcactatatgctacaacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|2 : tggaagggaatcatcgccataattctatgcatccttcttgtattcttaattctaatttgtattttacttttatatgacattttaaatattccattgtgtcatttcaatctccattcttttcctaaatgacatccttgattccatgttacaatgttgcatttcagttttctatttttatgcatcctccttgtattctttaatgctaacttttattctaaatgttattttgcttcatgacattcttcattccatgcatcctccttgttacattcgttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggatttTTATGCTTTAC-TGCATTCGTTATATTACACCAAAGGGTGCACTATATGCTAcactatatgctacaacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|20 : tggaagggaatcatcgccataattctatgcatccttcttgtattcttaattctaatttgtattttacttttatatgacattttaaatattccattgtgtcatttcaatctccattcttttcctaaatgacatccttgattccatgttacaatgttgcatttcagttttctatttttatgcatcctccttgtattctttaatgctaacttttattctaaatgttattttgcttcatgacattcttcattccatgcatcctccttgttacattcgttttgcatgtaaatgactaaatcctattcaaacttntttgcaagcatgtannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnngggattttgaatcctataACGTTCTTTA-TTTCATGCAT-CATCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAACCTT------------TG--------------ATTTACTATATCACAT-----CTTT---AAA--TTCC-----AT-----G-----------A-----TATGTT--AT-ATAAAA---ACAT--------GT--AATCT-TAA--ATTGTA--------TT-----TTACTTAGTCA-----TTT-ATCGAT-CTAC----TT--TCG-TTTT-GCATGTAA----caacgaatgctccctttcaaaaaacccggatggacgttttgctgacaaat
gi|21 : TGG-AAAGGAATTGCTGC-CATAATTGTGTGCATTCGTC--TTG-TAATTTTAATTCTA-A-CT-TTGAA--AATT---T--CCA---T---AT-TACA-TGTATA-T--T---TG-TACCTTATAAG----------ATT-TC-AAT-----GACT----TTTCTTA-ATT-------------
gi|22 : a-TAAG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TA---CTG--ACTTTTA-TT-CTAGATCTCTATAT-------ATAACATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCACCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCTAACTTT------------TG--------------AT-------------------TTatgtattttatttacttgtgtgat
gi|23 : -TTCTATGTAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--G--------------ATTATAACGCT------------TG--------------ATTTACTATATTTTATATATGCTTCTCAAAA--TTCC-----AT-----A-----------T------ATTAC--A---TCAA--A-ACAT-----T-TGT--AATCT-Tactatgtgaca
gi|24 : tat--------------AT-------------------TTTA---AAA--TTCT-----AT-----G-----------TAACATCATAGT--AT-TTGAATTT-CAAT-----T-T------TC-------ATTTTG--------TC-----ACG-----TCA-----TTT-ATCTGT-CTAG----TT--TTG-TTTT-TCCTGTAA----ATCC-----TAT--TAT
gi|25 : ataacA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAAAC--TCCATGTTACCTTTTGTC----------ATT-TC-AGT-----CTCC----ATTCTT--ATT-------------T-C---CTA----CATGACATC--C--------TTAA-TTTCATGT
gi|26 : G-AAGGGGCTTACCGC-CACAATTGTATGCATCTTTC--TTG-AATTCTTATTTCTA-ACTT-T---A---AGT---TTACT
gi|27 : G-AAGGGAATCAC-GC--ATAATTCTATGCATCCTTCTGTTGATATCTTTAATTCGATA-TT-T---A--TATTTACTTACTT---A---AT-GACAATTTAAA-T--TTCgaaacgatatctctatatgtctgacgtttta
gi|28 : TGG-AAGGGAATCGTCGC-TATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATT
gi|29 : GAATTACCGC-CATAACTCCATGCATTCTTC--TTG-TATTCTTAATT
gi|3 : TGG-AAGAGAATCACCAC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTTAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---T---AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----ATCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGGCATC--C--------TTAA-TTCCATGTTA--CA---------ATGC-TGCATTT-CGAT----TTTC-TAAT--TT-TATG-C-ATCCTC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAATG-CTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTTCATGCAT-CCACCTTGT---A-TT-C--TGAAAT--A--------------ATTCTAACCTT------------TG--------------AT-------------------CTTT---AAA--TTCC-----AT-----G-----------T-----CATATC--AT-TTCAATAT-ACAT-----C-TGT--AATCT-TAA--ATTCTA--------------------------------TT-ATCGAT-CTAC----TT--TCG--TTT-TCATGTAA----ATCC-----TAG--TATG-CTTCG-TTGCATTCGTTATTTAATGTCACATTATTATATCAGAAG--GCGCTTATCATTTAG-TGC-CACATTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTA
gi|30 : GC-CTCATTCT--CCCACCAGAGGGCGCATTATATG
gi|4 : ttgagTCTTGTATT-------------TAC---TTT----CATTACAAT--T--------TTAAATTCCATGTTA--CC---------TTGT-GTCATTT-CAAT----TT-C-TAC-------ATG-CCATCCTTAC-TTCCA-TGT-TACAGTATTG-TA----TTTCAGTT-CTAAATG-TTATTTTGC-TACATGGCATTCTTCA-TTCCATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-C--T----T--A--------------ATTCT----TT------------TG--------------ATTAATTAT------------CATT---AAA--TTCC-----ATCATCCA-----------T-----CATAAC--AT-TTCAATTT-ACGT-----T-TGT--AATCT-TAA--ATTCTA--------TT-----TTGCTTCGTCA-----TTT-ATCGAT-CTAC----TT--TCG-TTTTTTCATGTAA----ATCC-----TAT--TATG-CTTTG-TTGCATTCGTTATTTAATGCCACATTATTACACCAGAGG--GCGTTTATCATTTAA-TAT-CTCATTAT--TACACCAGAGGGCGCtaa
gi|5 : catccttaaactag-A-TT-C---A--TATA-----ACTT---T---AG-TAT-TTTTAAA-T--CC--TGTAACCTTAT--------------------AA---------C----ATT-TTA-TTT-------------T-G---CTG----CATGACATC--C--------TTAA-TTCCATGTTATGCA---------A--T-CGTATTT-CAAT----TTTC-CATT-------TG----------C-TTGAA-TTG-T---------CTT--AC--TTA-TT-CTAA-----CATCTTA----CATA--ATTC--CA-TCTCA------CCTTATTGT---A-TT-TGGT----T--A--------------ATTTTAAATCC------------TA--------------A---------------------CTT---AGA--TTTT-----A------------------------CA-AAC--AT------------AT-----A-TGT----TCT-TTA--ACTTTA--------TC-----GG------T-A-----TTCAATCTATCCTGCAGCTTT--TCG-GCCT-TCTTGCAA----ATCC-----TAT--TGTG-CTTAA-TT-CACT-G-CATGT-GTGT--CGTTATTACACCAGAAA--GCATT
gi|6 : ----TAATCTTA--AATTTTA-TT-CT----G-CTACGTGGCATCCATAATTTTTTTTA-TTTC---CGT-TCGTCTTGC---A-TTGT--T----T--ATAATGTACATGTATATTATAAC-------------------------------AT-------------------CCTT---AA---TTCT-----AA-----G-----------T--------AGCTAAG-TGCAGTTTTGCAT-----T-CGTTAAATTTCTGA--ATTCTAACTTAGATTCCTTAATT------TCA-----TCT-GTCGAT-CTAC----TT--TCG-TCTT-TCATGTAA----ATGC-----TAT--TATT-CTTTG-TTGCATTCGTCATTTAATGTCTTATTATTACACTAGAGG--GCGTTCGTAATTTAA-TGT-CAAAGTAT--TACACCAGAGGGCGCACTATATGCTAgcgttcaacagaacttaaaacttgacaaagta
gi|7 : ttgTGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCTATGCATCCTTC--TTG-TATTCTAAATTCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT-------AT-GACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----CTCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATAACATATAC--------TTAA-TTCTATGTTA--CA---------ATGT-TGCATTT-CAGT----TT----ATT------ACG-C-ATCCTC-C-TTGCA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-TTAAATG-TTATTTTGC-TTCATGACATTCTTCA-TTCTATGCAT-CCTCCTTGT---A-TT-A--T----T--A--------------ATT------TT------------TA--------------AA-------------------TTTC-----A--TTCCATGTTAT-----G-----------T-----CATAAC--AT-TTCAATTT-GCAT-----T-ccataaattctccctgtcaaaaatttgcagccaa
gi|8 : aTGGTAAGGGAATCACCGCGCATAATTCTATCAATCCATT--CTG-TATTCTTAAT-CTA-A-TTAT---A--TATA---T-ACTT---T---ATTAACA-----AA-T--TCCATTTTACTTT---TC----------ATT-TCCAAT-----CTCC----ATTCTTAGATT-------------G-C---CTA----CAAGACATC--CC-------TTAA-TTCCATGTTA--CA---------ATATGTGCATTTTCAGT----TTTC-TATT--TT-TATGCC-ATCCTC-C-TTGTATTTC-T----TAATGCTAAGAC-TTTA-TTGCTACAGG-TTATTTTG--TTC-TGACATTTCTCATTTTCATGCAT-CCTCCGTGT---A-TTCC--T----T--C--------------ATTCTAACCTTG-----------TG------------------------------------TT---------TCCT-----AT------------------------ATGAC--ATCTTAAATTC-CCAT-----T-gctta
gi|9 : taTGG-AAGGGAATCACCGC-CATAATTCCATTCATCCTT-----G-TATTCTTAAATCTA-A-TT-T---A--TATT---TTACTT---C---AT-AACATTTTAAA-T--TCCATGTTACCTTGTGTC----------ATT-TC-AAT-----ATCC----ATTCTTA-ATT-------------T-C---CTA----CATGGCATC--CAATGATCCTTAA-TTCCATGATA--CA---------ATAT-TGCCTTT-CCGT----TTTC-TATT--TT-TATG-C-ATTCAC-C-TTGTA-TTC-T----TAATGCTA--ACTTTTA-TT-CTAAACG-AAATTTTGC-TTCATGACATTCGTCA-TTCCATGCA-------TTAT---A-TA-C--T----T--A--------------ATTCTAACCTT------------TG--------------AT-------------------CTTT---AAA--Tg