lowQualScore : 11111111111111111111 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 11111111111111111
lowQualScore : 222 2222 11 1 555555555555555 11 6666666 11111111111 22222222222222222222 1 2 22 1 111 444444 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 111 11 1 1 777777777777777777 11 11 111 11 111 4444444444444 111 333333333 111 1 333333333 1 22222222 111 1111111 2222222222222 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 11 1111 777777777777777777777777777777777 111 22 11 444444444444 11 444444 1 3333333333 22222 1 22 88888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888888 44444444444444 1 2222 333333333333333333 11 1111 999999999999999999 2222 1 11 4 11 333333 333333333333333 2222 1 5555555555 88888888888888888 11 1 777 1
lowQualScore : 333 0 4444 11 6 6 888888888888888 3 88 6 4444444 6 88888888888 66666666666666666666 0 6 00 6 888 1 666666 0 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 222 3 5 3 888 11 0 2 0 5 1 0 333333333333333333 11 11 444 11 444 0000000000000 8 3 000 8 8 000000000 8 444 6 6 3 99 6 111111111 6 5 6 6 44444444 111 1111111 8888 2222222222222 44 8 55555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 99 5 4444 222222222222222222222222222222222 3 33 0 222 3 0 00 33 3 2 777777777777 33 888888 6 2222222222 4 22222 0 3 33 33333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333333 7 11111111111111 9 0 6 7777 8 222222222222222222 3 44 9999 777777777777777777 1 0 3333 6 8 8 0 1 55 6 11 3 0 3 0 88 7 888888 66 3 4 555555555555555 3 9 0 4 4444 6 2 3333333333 6 00000000000000000 88 6 4 3 7 6 000 7 6
lowQualScore : ... . .... .. . . ............... . .. . ....... . ........... .................... . . .. . ... . ...... . ............................................................................................................. ... . . . ... .. . . . . . . .................. .. .. ... .. ... ............. . . ... . . ......... . ... . . . .. . ......... . . . . ........ ... ....... .... ............. .. . ....................................................................................................................... .. . .... ................................. . .. . ... . . .. .. . . ............ .. ...... . .......... . ..... . . .. ....................................................................................................................................................................................................................... . .............. . . . .... . .................. . .. .... .................. . . .... . . . . . .. . .. . . . . .. . ...... .. . . ............... . . . . .... . . .......... . ................. .. . . . . . ... . .
lowQualScore : 333 7 8888 00 0 4 222222222222222 2 88 7 4444444 0 22222222222 88888888888888888888 0 2 22 7 333 0 000000 3 1111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 888 2 0 2 888 55 2 0 0 0 4 8 666666666666666666 00 00 000 00 888 4444444444444 0 8 666 0 0 888888888 0 000 0 7 3 22 7 777777777 7 0 7 7 22222222 777 0000000 0000 0000000000000 77 6 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 33 7 7777 222222222222222222222222222222222 3 88 8 000 5 2 55 88 2 5 555555555555 00 888888 2 0000000000 0 55555 0 2 88 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 33333333333333 0 7 0 2222 0 888888888888888888 0 22 2222 444444444444444444 8 8 4444 0 0 0 8 4 22 0 22 0 2 2 0 33 3 333333 00 5 7 333333333333333 7 0 7 7 7777 7 0 3333333333 0 33333333333333333 00 0 0 0 0 0 000 0 0
consensus : TGTTGT---TAAC-TT-GT--TCGAAGGAATGA-C---AACTAGGG-CTTCTCGGGG-TTCTTACA--TTTAATAATGACACCGGTTN-GGA--ATTAT-AATANAAAAT------AACAAACCCTGT-AACACAGACAATAATAAAAT-AAATC-AAAATG---AAGCAT--GT-TTAAACATAGAT--AT-GAAA-T-CA---------G-ATG---------------TATAAT--A---TTA---ACCATTTTACAGGA-AGGATAACTC---TGT-ACGAAA------CAT-CTAAATATTC-TAT---AATG-TACAAGTTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACATTT-CTAC--TCA--TAAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---TATGGN-AT-GTA-CAAA-AAGT-ATAA-AC--TGA---TA-AAATA---ATAAA-TATC-AAT--A-TCCTA-------G-TA-AAG-TTA-TT--------GC---ATT---A---CNT--CTTGTGACAT----T-A------TGGTAAAAA-ATAA-A-TAC---G--AGTTAATCAC---C-TGTTTG-NG-GAAC-AAGGTTCCTCTCT-A------C--TTAAG---A---GTCG-A-------TAGCT-----TGTACAGT-----TCCTTTCAAACC-AAACTACN---AACAGTA-TTT------AAGAT--AT-ATAGAA-------CCGTACTAATTA--AATNTCA-NAT--GTGCATGNTACG-TG---CTT-AAACCAATATAA-AC-CAGATTTTAATA-----A-AA-ANAAAAG-T-ACTATA-ATTCG--CCCA---------T-TT-A--T---AAAT-G--------------GGGAATTA-TT-TTT-------AACTTCAATTT---GATAGGAAANAATGCTAATNTTATGAAAC-TTAC-A---------ATA-----A-GT-AT---T--AT-AAGATGT--AAAG--AGAANGAANTAAATA-GTGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTCA--AATTCTTCC-AATGTCTTTATAA---ATTT-ACAAGTA------ATT---CAAGTGAAGGTTTCAGTGTT---CACTCTCTGAGG--CTGT-TGAAGTCCAAATCAAATTGTN--TACAA-A-GACTAGGGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAGGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGNAGTT--AAAAA-----CAAGAGAGTAATAGGNCATTGTGTATAGCACAATACNCGAAACGTTGTATTGCATATGT-TA-------ATGAATAATGAATGCTGTTGATAAC-GTAAATGATGCTGATGAATATGTACATGATGATCAAGTGAGGNANTAAGTTAATATATGAAAATACATGCATCAAATGCATATAGTGAAATACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
Reference ( gi|1 ) : TGTTGT---TAGC-T--GT--TC-AAGGAATGA-AG--AACTAGGGCCTTCTCAAGG-TTCTTACAAATTT--TAATGGCACCGGTTT-GGA--ATTAT-AACAAAAAATAGGGACAACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAATTAAATG-AATATG---AAGCATA-GTATTAAACATAGAT--ATAGAAA-T-CA---------G-ATG---------------TATAAT--A---TTA---ACCATTTTACAGAA-A--ATAACTC---TGT-ATTAAA-----TCAT-TTAAATATTC-TAT---AATG-TACAGGTTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACAACT-CTAC--TCA--TAAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---TGTGGT-AT-GTA-CAAA-AAGT-ATAA-A---TGA---TA-AAATA---ATAAA-TATC-AAT--A-TCCTA-------G-TA-ACG-TTA-TT--------GC---ATT---A---CTT--CTTATGACAT----T-A------TAATAAGAATATAA-A-TAC--AGAGAGTTAATCAC---C-TGTTTG-TG-GAAC-AAGGTTCCTCTTT-A------C--TTAAG---A---GTTG-A-------TAGCT-----TA-ACAGC-----TCTTTATAAACC-AAACTACA---AACAGTA-GTT------AAGAT--AT-ATAGAA-------CTGTACTAATTA--AATATCA-AAT--GTACATGCTACA-TG---CTTCAAACCAATATA-----CAGAATTTAATA-----A-AA-ATAAAAG-T-ACTATA-ATTCG--CTCA---------T-CT-A--T---AAAT----------------GGGAATTA-TT-TTT-------AACTTC-ATTT---AATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAACTTTAC-----------ATA---CCG-GT-AT---T--ATTAAGATGT--AAAG-TACAATGAAATAAATA-ATGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTCT--AGTCCTTCCAAATGTCTTTATAC---ATTT-ACAAGTA------ATT---CAGGTAAAGGCTTCAGTGTT---TACTCGCTGAGGT-TTGT-TGAAGTCTAAATCAAATTGTT--AACGA-A-GACTAGGGACTTGGGAGCGGG-AAACGAAAAGGTAAAACTATTCGGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTT--AAAAA-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTATGTACAGCACAATACACTACCCAGTGTATTGCATATGT-CA-------ATGAGTAAT--------------AT-GTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGGAAATAAGTAAATATATGAAAATACATGCATCAAATACATATAGTGAAATACATATTAATGCATATAATTAAAAATTACACCCTACT
gi|3 : TGTTATGTGTAGC-TTCGT--TC-AAG-AATGA-C---AACT--GGCCTT-TCAAGGGTTCTTACA---TT--AAAAGACACCGGTTTTGGACAATTAT-AA-----AAT-GGGAAAACAAACCTTGTTAACGTAGACAATAATAAAATTAAATC-AAAATGA--AAGCA----TGTTAAACATAG----ATAGAAATT-CC---------G-ATGATATATAGGCATGTATATAAT--A---TAA---ACCACTTTACAAGA-A--AGA-------------TAA-------CAT-TTAAATATTCTTAC---AATGTTAC-GCTTATTCCCCTTGA-TA-T-G-AACTTTAA-AACATTT-CTACATTCA--TAAT--GAA---TAATTTAC--TCAC----ATGGT-ATCGTAGCAAA-AAGTAATAA-A---TGAT--TA-AAATA---ATAAA-TATC-AAT--A-TCCTAGG-----G-TA-AAG-TTA-TT--------GC---ATT---A---CTT--CTTATGAAATA---T-A------TAGTAAAAA-ATAATATTAC--TGA-AGTTAATCAC---C-TGTTTGCTG-GAAC--CCGTTCCTCTCTGA------C--T
gi|16 : agccTGTTGT---TAACTT--GT--TCGAAGAAATG--AC--AAC--GCGGCTTCTTTGGG-TTCTTa
gi|11 : tgtgatagcctgtcTTGT---TAAC-TT-GTGATA-GAAGAGTGA-C---AACTAGA--CTTCTTG-GG-TTCT-ACA---TT--TAATGACAGCT-TTT-GGA--AATCT-AATAAA---T-----TAA-AAACCCTTT-AGCACAGACAATAATAAAAT-AAATC-AAAATG---AAGCAT--GT-TTAAACAT-GAC--ATAG------CA------------TG---------------TGTAATT-A---TTA---ATCATTT-ACAAGA-AGGATAACTC---TGTCATGAAA------CAT-CTAAATATTT-TAT---GATG-TACAAGTTATTCCCCTTGA-TA-T-tatttgataacaaacaccttatggatat
gi|7 : tgtgatggccagtc-T--GT--TC-AAGGAATGA-C---AACTAGA--CTTTCCAGGG-TTTTTACA--TTTAATGATGACACAGGTTG-GAA--ATTATCAATTGAAAACA--------AAACCCTGT-AACACAGACAATAATAAAAT-AAATC-AAAATG---AAGCAT--GC-TTAAGCATAGAT--A--GAAA-T-CATGATATATAGCATG---------------TATAAT--A---TAA---ACCATTT-ACAAGA-AGGATAACTC---TGT-AATGAA-----ACAT-CTAAATATTC-TAT---AATG-TACAAGTTATTCCCCTTGATTA-T-GAAACTTT-A-ACCATCT-CTAC--TCA--TAAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---TAT-----T-TTA-AGAA-CAGT-ATAACACACTTA---TA-CAAGAAAGATTAA-TGTTAAAT--A-TTCTATTCAAATG-TACAGG-TTA-TTCCCCTTGAGT---ATTGAAA---CT----TTATAACATTTCCT-ACTCATTTAATAAGAAAATTA-T-TAC--
gi|20 : ttgtgtggtagcctggtctT--TCGAAGAAATGACAATTAACTAGG--CTTCTTG-GG-TTCGTACA--TTTAATGATGACACCGGTTG-GAA--ATTAg
gi|13 : G-TTCTTACA---TT--TAATGACACC------------TTATGAATATGAAAT--------TAAATCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAACC-AAAATG---AAG-GTATGT-TTAAGCACAGAT--A--GAAA-T------------G-AAG-------------------AT--A---T-----ACCATGT-ATAGAA-ATAATAACCA---TTT-ACAAGA-----ACAT-CTAAATATTC-TAT---GATA-TACAAGTTATTCCACTTGA-TA-T-
gi|8 : ACTATTATAAAAT-AAATC-AAAATG---AAGTAT--GT-TTAAACACAGATTAATCATGA-TACA---------GCATG---------------TATAAT--AGTATTA---ATCATTT-ACAAGA-AGGATTACTC---TGT-------------CAT-G-AAACAT-C-T-T---AAT----CAAGTTATTCCCCTTGA-TA-TTGAAACTTG-G---------------TCA--TAAT--GAA---TA--TTAC--CCAT---TATGAG-AT-GTA-CAAA-G-GT-GTAA-A---TGA---TA-AAGTA---ATAAA-TATC-AAT--A-TCCTT-------G-TA-AAG-GTG-TT--------GC---ATT---A---CAT--CTTGTGACAT----T-A------TGGTAAAAA---AA-C-TA---------TTA--------T-TGTTTA-AG-GAAC-TAAGTTCCTCTGT-A------A--TT-AG---ATCCATTA-A--------ATCT-----TGTACAGCCTAAGTCCTTTCAAATC-AAACTACC---AACAATN-NNN------NNNNN--NN-NNNNNN-------NNNNNNNNATTA--TATt
gi|5 : gaAATAAA-TCAAACATAAGATGTTTAAACACA-GAATTAATCAT---------GAA----CA---------C-ATG---------------TATAATGTA---TTA---TACATACCA-AGAA-G--G-AAC-C---TGT-------------CAT-G-AAACAT-C-T-T---AAT----CAAGTT-TTCCCCTT-A-TA-TTGAAACTTG-G---------------TCA--TAAT--GAA---TA--TTAC---CACCCATATGAG-AT-GTA-C-AA-AGGT-GTAA-A---TG----TA-AAGTA---ATAAATTATCAAAT--ATTCCTT-------G-TA-A-G-GTG-TT--------GC---ATT---A---CAT--CTTGTGACAT----T-A------TGGTAAAAA---AA-C-TA---------TTA--------T-TGTTTA-AG-GAAT-AA-GTTCCTCTGT-AATAGATCCATTAAA---T---CTTGTA-------CAGCC-----TA---AGT-----CCTTTTCAAATCAAAACTACC---AACAATA-A--------AA----------AAAA-------CCACACGA---A--AACAGAG-CAT--GTGCGTGCAA------------AAACCAAT-TA------AAATTTTAATA-----A-TG-AAAAAAA-C-A----A-A--CG--CCAA--------------A--T---TAGTTG--------------GGGAATTA-TT-CTT-------AAA-TC-ATTT---GA
gi|2 : aaAAT--A---TTACTCACTATTTTA-AGAACAGTATAACACACTTAT-ACAAGAAAGATTAATGTTAAATATTC-TATTCAAATG-TACAGGTTATTCCCCTTGAGTATT-GAAACTTT-ATAACATTTCCTAC--TCATTTAATAAGAAAATTA--TTACGGTCACTT-TATGGTAATAGTA-CAAACAAGT-ATGA-AC--TGAAATTATAAATA---AT-AA-TATC-AATGGA-TCCTA-------G-TA-AAGTTTATTT--------GCAGAATT---AGGGCTTAAATAATGAAAT----TAA------TAGTAAAAATAT-A-A-TACGTAGGAGGTTAGCCA-------GTC--------ACTAATGTAACTGACT-A------C--T--AG---A---GTTG-ATAACACGTAGCT-----TGTACAGT-----TTCTTAGTAATA-AAACCACATACAACAGTG-ATTG-----AAGAT--ATGATAAAAGAATATTTTGTA-TAATTAATAATCTTA-GATTGGTACATGCTACA-TAATCTTTCAAACCATTATAATACGCAGAATTTAATAATATTA-AA-ATAAAAGATAACTATAGATTCGA-CCCAATTATCGATT-CTAA--TAGGAAATGGGGTAACCGTGTAAAGGGAATTAGTT-TTTCAGTTTAAGCTTCAATTTAGGAATAGGAAATAA--CTAATATTATGAAACACTATTAAACCAGAAAATAAATCCACGTAATGAAT--ATCACGATGTACAAAGAAAGAATGAAATAAATATGTGTACGT-TACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATTAGTA-----TGTCTCTAAAATCCTTCCAAATGTCTTTATAA---ATTT-ACAAGTA------AGT---CAAGTGAAGGTATCAGTGTT---CACTCTC------------TGAAGTCCAAATCAAATTGTT--TACAA-A-GACTAGGGATTTGGGAACGGGAAAACGACAAGGTAAAAGTATT-GGTTTAGAAA--ACCACCTGCCCTTAATCACATGTCTAGATCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGTCTCAGGTTCCAAAAGACCTTTCAAACAATGa
gi|19 : TACAGGA-AGGATAACTG---T-T-ATGAAA-----T-AT-CTAGATATTC-TAA---GAAA-TTCAAGTTGTTCCCCTTGA-TA-
gi|15 : taatgAA-CATC-TAT--A--CTTA-------TCNA-ACG-TTA-TT--------GC---ATT---A---CTT--CTTATGACAT----T-A------TCGTAA-AATAT-A-A-CAC--TGTGATTCAATAACCTAC-TGTTTG-TA-GAAC-AAGGTTCCTCTCC-A------A--CTAAGGTAA---ATCG-A-------T-TTT-----TA---AGT-----ACTTTCCAAACC-AAACTACA---ACAAGTA-TTT-------AGAA--AT-AAAGCA-------CTGTATT
gi|10 : gT---A---CAT--CTTGTGACAT----T-A------TGGTAAAAAAACTA-A-TAC---------------------TGTTTA-AG-GAAC-TAAGTTCCTCTCT-A------A--TTA-G---ATCCATTA-A--------ATCT-----TGTACAGTCTAAGTCCTTTCAAATC-AAACTACC---AACAATA-TTTTTTTTTGAAAT------TAGCA-------CTGTACTGATTA--AATTTCA-GAT--GTGCATGGTGCG-TG---CATAAAACCAATTTA-----CAAATTTTAATA-----ATAA-AAAAAAA-T-GCTATA-ATTCG--CTCA---------T-TC-AATT---AGTT----------------GGGAATTA-TTCTTT-------AACTTC-ATTT---GA
gi|6 : -A-TAC---GAGAGT-AATCAC---CCTGTTT--TGTGAAT-AAGGT--CTCTTT-----------CTAAG---A---GTTG-A-------TAGCT-----TTTACAGG-----TCTT-A-AAACC-AAACTACA---AACAGTATTTT------AAGATCCA--ATAGAA-------CCG-ACAAATTA--CATATCATCAT--GCACA-GATACATTG---CTC---ACCAA-ATAAGAT-CAGA--TTAATA-----G-AACATAAAAG-T-TTTATA-ATTCGCTCTCA---------TATT-AC-T---AAAT----------------GGAA--TA-TC-TTA-------CACTTCAATTT---AATAG----AAATGCT-A-TTTA-GAAAC-TGACGA---------ATA-------AT-AT---TGAATAAAGA-GT--AAAG--AGAAGGAACTAAATA-GTGTAC-TGTAC--------------------------TA-TAGTA-----T-TCTTA--AAGTCTTCATAATGTATTGATATAAAATCTGACAA-TA------GTT---CA-GTGACGG-TTCAGTGTTCACTACTCCCTGCGGC---------------AATAAAATTGTG--TACAAGA-GACT---GGCTTG---AC-GG-AAAC-AAAAGGTAAAa
gi|17 : GTTTG-TG-GAAC-AAGGTTCCTCTCT-A------C--TT-AG---A---GTCA-ATACATG-TAGCTTTTTCTA---AGC-----TCTTTTTAGACC-AAA
gi|14 : ACTTTAC-----------AAA-----A-GT-AA---T--AC--AGATAC--AAGA-TGTAAAGAAG--AATA-GTGTAC-T-TTC--------------------------TGTTGGTAATCAGTGTC-CA--ATTTCTTTC-AATGTCTTTCTCA---AATT-A----TG------ATT---TA--TAAAAATTTTAGTGCT---AACTCATTGAGCG-CTGTCTGAAGTCTAACTT---TGGTTTAAACAA-ATGA-TAGATACTTCGAAGTGGG-AAtat
gi|4 : GTCTGTATAA---ATTT-ACAAGTACATGTAATTTGTCAAGAGAAGGTTTCAGTGTT---CACTCTCTAA------------AGTCCAAATCAAATTGTG--AACAA-A-GACTAAAGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAAGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCATATG------TCTGGAATTGACCAAACAGGTATAGATGCTTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGCAGTTAAAAAAA-----CAAGAGGGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATATACCAGCCATTGTATTGCATATGT-TG-------ATGAATAATAAATGCTGTTGATAAT-GTAAATGATGCTGATGAATATGTACATGATAATCAAGTGAGGAACTAAGTTAATATATGAAAATACATGCATCAAATGCATATAGTGAAATACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
gi|21 : cagaTAA---ATTT-ACAA----------TT---CAGGTGAAGGTATCAGTGTT---CACTCa
gi|9 : CTCTCTG-GGTACTGTATGCTGTCTAAATCAAAGTATA--TACAA-A-TACTAGGGACTTTGACGCGAG-AAA-----ATG---AACTATT-GGTTTAGAGAGAAACACCTGACAT-AATCACATT------TCTGAAAGTGATCACGCAGATATAGATGTCTTAGGCTCTAAAAGATCATTCTAACAATGAAGTT--AAAAAAAAACCAAGAGAGTAATAGGACATACTGTATGGTACAATACTCGAAACATTGTATTACATATGT-TA-------ATGAATAGTGAA-----------ACAGTACATAATGCtc
gi|12 : ATTCCTTAAGCTTCAAGATGC------AACAGTGTA--------AA-----CAAGAGAACGCTAGGCCACTGTGTGTAGCACAATGCGCGAAACGGTGTATT--ATATGTACACATGATGATGAATAATGAATGCTGTTAATAAT-GTAATTGATGTTGA--AATATGTACATGATGATCAAATGAGGTAAatttaattaaaac
2 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|18 ): TGTGATAGCCTGTTCTGTTGTTAACTTGTTCGAAGAAATGACAACGCGGCTTCTTTGGGTCTTTATTTGATAACA
Unaligned ( gi|22 ): GCTTCTTTGGGTTCTTTATTTGATAACACCTTATGGATA
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222222 1111 11 1 11 333333333 1 8888888888888888888888888888888888888888888888888888 111 3333333333333 22222 111 1 1 222222222222222222 11 111 222222 1 111 22222222222 111 2222222 111 11111 777777777777777777777777777777777777 11111111111 4444444444444444444 333333333333 11111 2222222222222222 1111111 111 222222222 44444 22222 11111 11111 99999999999999999999999999999999999999 2222222 111 44444 222 2 000000000000000000000000000000000000000000 1 1 11 22222 1 1 111 00000000000000000000000000 22222 11 1 2 11 222222222 111 111 666666666666 1 11 222222 22222222 222222 222 222
lowQualScore : 444 6 77 6 4 5 777777 4 5 99 2 3 66 0 6666 55 00 99 6 00 222222222 8 1 5 5 77 5 5 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 66 777 2 555 3 3 55 8 1111111111111 4 4 00000 0 4 444 3 4 4 2 4 3 444444444444444444 77 77 55 000 77 888 000000 3 6 3 6 444 6 88888888888 6 111 5 5 5 77 5 6666666 5 5 5 5 111 1 44444 5 5 0 777777777777777777777777777777777777 777 66 4 88888888888 1 7777777777777777777 1 66 999999999999 4 22222 0 5 6 5 2 9999999999999999 8888888 0 1 1 99 3 99 111 0 8 111111111 0 8 66 88888 1 0 88888 8 1 22222 8 0 8 11111 00000000000000000000000000000000000000 0 8 8 6666666 66 444 55555 7 333 3 999999999999999999999999999999999999999999 0 0 33 33333 1 0 0 111 33333333333333333333333333 3 55555 2 3 33 1 0 0 11 6 6 222222222 111 4 1 111 0 777777777777 2 9999 6 6 0 0 0 33 3 888888 1 1 1 2 99999999 1 0 1 2 33 55 888888 6 3 6 7 1 1 4 7 6 7 333 333
lowQualScore : ... . .. . . . ...... . . .. . . .. . .... .. .. .. . .. ......... . . . . .. . . .................................................... . .. ... . ... . . .. . ............. . . ..... . . ... . . . . . . .................. .. .. .. ... .. ... ...... . . . . ... . ........... . ... . . . .. . ....... . . . . ... . ..... . . . .................................... ... .. . ........... . ................... . .. ............ . ..... . . . . . ................ ....... . . . .. . .. ... . . ......... . . .. ..... . . ..... . . ..... . . . ..... ...................................... . . . ....... .. ... ..... . ... . .......................................... . . .. ..... . . . ... .......................... . ..... . . .. . . . .. . . ......... ... . . ... . ............ . .... . . . . . .. . ...... . . . . ........ . . . . .. .. ...... . . . . . . . . . . ... ...
lowQualScore : 000 7 99 6 0 7 111111 3 7 77 5 2 99 9 7777 00 00 22 0 66 888888888 0 4 7 7 44 7 7 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 4 11 888 2 666 6 2 66 0 5555555555555 0 0 00000 8 0 000 2 0 0 0 0 3 666666666666666666 99 99 77 000 99 000 000000 3 7 3 7 000 7 77777777777 7 777 7 7 7 99 7 4444444 7 7 7 7 777 0 33333 7 7 4 444444444444444444444444444444444444 999 77 4 11111111111 4 5555555555555555555 4 99 000000000000 2 55555 2 0 6 7 9 7777777777777777 6666666 7 6 0 22 8 00 888 8 8 888888888 8 0 88 44444 4 8 00000 0 0 44444 0 8 0 44444 66666666666666666666666666666666666666 8 0 0 0000000 44 000 33333 3 777 7 000000000000000000000000000000000000000000 0 0 88 55555 0 8 0 000 88888888888888888888888888 2 00000 5 2 88 2 0 0 00 7 7 555555555 777 2 7 777 3 222222222222 2 8888 7 7 8 8 0 88 2 888888 0 0 0 5 88888888 0 2 0 5 88 00 888888 5 7 0 3 0 0 0 3 7 3 333 333
consensus : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGGAATGAC-AACTAGC--GGC-TTCTCG-GGGTTCTTACA--TTTAATAAC-GACACCGGTTT-GGA--ATTAT-AATANGAAATA------ACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACACAGA------T-----AT-GAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGGA-AGGATAACTC---TGT-AC--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACATTT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--ATGGTA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA---A-TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACNTCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-ATAA-A-TAC---G-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-NGGAAC-AAGGTTCCTCTCT-ANTTAAG---AGTCGA------TTAAA-------GCTTGTAC--AG------C-----TCCTT-----TCAAACCAAA-CTACNAACAGT-ATTT------AAGATAT-A-TAGAA-------CCGTACTAATTAA--ATNTCAG-AT--GTACATGNTACGT-G--CTT--AAA-CCAATATAA-A--CAGATTTTAATAAT----AA-ATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG-CTC--AT-TTA-T-------------AAATGGGG---------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCAATTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TT-A---C-A----ATAAGT-------A-TG-A--T--AT-AA-GATGTA--AAG-A--GAANGAAATAAATA-GTGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--AAATCCTTC-CAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------ATT---CAAGTGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTGAG-GCT-GT-TG-AGTCTAAATCAAATTGTNT--ACAA-A-GACTAGGGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAGGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATACGCNAANCANTGTAT------TGCATATGTTGATGAATAATGAATGCTGTTGATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGGAANTAAGTNAATATATGAAAATACATGCGTCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
Reference ( family-10000 ) : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGGAATGAC-AACTAG---GGC-TTCTCG-GGGTTCTTACA--TTTAATAAT-GACACCGGTTN-GGA--ATTAT-AATANAAAATA------ACAAACCCTGT-AACACAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACATAGA------T-----AT-GAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGGA-AGGATAACTC---TGT-AC--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACATTT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--ATGGNA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA---ACTGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACNTCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-ATAA-A-TAC---G-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-NGGAAC-AAGGTTCCTCTCT-ACTTAAG---AGTCGA------T---A-------GCTTGTAC--AG------T-----TCCTT-----TCAAACCAAA-CTACNAACAGT-ATTT------AAGATAT-A-TAGAA-------CCGTACTAATTAA--ATNTCAN-AT--GTGCATGNTACGT-G--CTT--AAA-CCAATATAA-AC-CAGATTTTAATAA-----AA-ANAAAAG-TA-CTATA-ATTCG-CCC--AT-TTA-T-------------AAATGGGG---------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCAATTTG---ATAGGAAANAATGCTAATNTTATGAAAC----TT-A---C-A----ATAAGT-------A-T-----T--AT-AA-GATGTA--AAG-A--GAANGAANTAAATA-GTGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--AAATTCTTC-CAA-TGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------ATT---CAAGTGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTGAG-GCT-GT-TGAAGTCCAAATCAAATTGTNT--ACAA-A-GACTAGGGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAGGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGNAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGNCATTGTGTATAGCACAATACNCGAAACGTTGTAT------TGCATATGTTAATGAATAATGAATGCTGTTGATAACGTAAATGATGCTGATGAATATGTACATGATGATCAAGTGAGGNANTAAGTTAATATATGAAAATACATGCATCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
gi|1 : TGTTGT---TAGCT--GT--TC-AAGGAATGAAGAACTAG---GGCCTTCTCA-AGGTTCTTACAAATTT--TAAT-GGCACCGGTTT-GGA--ATTAT-AACAAAAAATAGGGACAACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAATTAAATGAAT-ATGAA-G-CATAGTATTAAACATAGA------T-----ATAGAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGAA-A--ATAACTC---TGT-AT--TA-AATCATT-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAGG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACAACT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--GTGGTA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA---A-TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AC-GTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGACAT-TA-TAATAAGAATATAA-A-TACAGAG-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-TGGAAC-AAGGTTCCTCTTT-ACTTAAG---AGTTGA------T---A-------GCTTA-AC--AG------C-----TCTTT-----ATAAACCAAA-CTACAAACAGT-AGTT------AAGATAT-A-TAGAA-------CTGTACTAATTAA--ATATCAA-AT--GTACATGCTACAT-G--CTTC-AAA-CCAATATA-----CAGAATTTAATAA-----AA-ATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG-CTC--AT-CTA-T-------------AAATGGG----------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCA-TTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TTTA---C-AT---ACCGGT-------A-T-----T--ATTAA-GATGTA--AAGTA--CAATGAAATAAATA-ATGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--TAGTCCTTC-CAAATGTCTT--TAT-ACATTT-ACAAGTA------ATT---CAGGTAAAGGCTTCAGTGTTT---ACTCGCTGAG-GTTTGT-TGAAGTCTAAATCAAATTGTTA--ACGA-A-GACTAGGGACTTGGGAGCGGGAAA-CGAAAAGGTAAAACTATTCGGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTATGTACAGCACAATACACTACCCAGTGTAT------TGCATATGTCAATGAGTAAT--------------ATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGGAAATAAGTAAATATATGAAAATACATGCATCAAATACATATAGTGAAA---TACATATTAATGCATATAATTAAAAATTACACCCTACT
gi|10 : TACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC-------------TAAT-AC-----TGTTTA-AGGAAC-TAAGTTCCTCTCT-AATTA-G---A-TCCA------TTAAA-------TCTTGTAC--AG------TCTAAGTCCTT-----TCAAATCAAA-CTACCAACAAT-ATTTTTTTTTGAAAT-----TAGCA-------CTGTACTGATTAA--ATTTCAG-AT--GTGCATGGTGCGT-G--CAT--AAAACCAATTTA-----CAAATTTTAATAAT----AA-AAAAAAA-TG-CTATA-ATTCG-CTC--AT-TCAAT-------------TAGTTGGG---------------AATTA-TTCTTT-------AACTTC-ATTTG---A
gi|11 : TTGT---TAACTT-GTGATAGAAG-AGTGAC-AACTAG---A-C-TTCTTG-GG-TTCT-ACA--TTTAAT----GACAGCT-TTT-GGA--AATCT-AATA--AATTA------A-AAACCCTTT-AGCACAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACAT-GA------C-----AT--------A-GC--------ATG---------------TGTAATT--A---TTA---ATCA-TTTAC-AAGA-AGGATAACTC---TGTCAT--GA-AA-CATC-----TAAATATTTT-AT---GATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-a
gi|12 : tgtgatggccagtcATTCCTTAAGCTTCAAGATGC------AACAGTGTA------A--A-----CAAGAGAACGCTAGGCCACTGTGTGTAGCACAATGCGCGAAACGGTGTATTATATGTACACATGATGATGAATAATGAATGCTGTTAATAATGTAATTGATGTTGA--AATATGTACATGATGATCAAATGAGGTA
gi|13 : GTTCTTACA--TTTAAT----GACACC------------TTATGAATATGAAAT--------TAAATCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAACCAAA-ATGAA-GGTAT-GT-TTAAGCACAGA------T-----A--GAAAT----G---------AAG-------------------A-T--A---T-----ACCATGT-AT-AGAA-ATAATAACCA---TTT-AC--AAGAA-CATC-----TAAATATTCT-AT---GATAT-ACAAG-TTATTCCACTTGA-TA-T-actgatgatcaaatgagtttactgatgatcaaa
gi|14 : ----TT-A---C-A----A-AAGT-------AATACAGAT--AC-AA-GATGTA--AAG-A-----AGAA-----TA-GTGTAC-T-TTC--------------------------TGTTGGTAATCAGTGTC-C--AATTTCTTT-CAA-TGTCTT--TCT-CAAATT-A----TG------ATT---TA--TAAAAATTTTAGTGCTA---ACTCATTGAGCGCT-GTCTGAAGTCTAACTT---TGGTTTAAACAA-ATGA-TAGATACTTCGAAGTGGGAAt
gi|15 : actAAC-ATC-TA-T--A--CTTA-------TCN-AACGTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGACAT-TA-TCGTAAAAT-ATAACACTGT---G-----AT-TCAATAACCTAC-TGTTTG-TAGAAC-AAGGTTCCTCTCC-AACTAAGGTAAATCGA------T-------------TTTTA---AG------T-----ACTTT-----CCAAACCAAA-CTACAACAAGT-ATTT-------AGAAAT-A-AAGCA-------CTGTATT
gi|16 : gTGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGAAATGAC-AAC--GC--GGC-TTCTTT-GGGTTCTT-TA--TTTGATAACAAACACC
gi|17 : tgtgatagcctgtcGTTTG-TGGAAC-AAGGTTCCTCTCT-ACTT-AG---AGTCAATACATGT---A-------GCTTTTTCTAAG------C-----TCTTT-----TTAGACCAAA-ttatggatat
gi|18 : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGAAATGAC-AAC--GC--GGC-TTCTTT-GGGTCTTT--A--TTTGATAAtat
gi|19 : tgtgatagcctgttcTAC-AGGA-AGGATAACTG---T-T-AT--GA-AA-TATC-----TAGATATTCT-AA---GAAAT-TCAAG-TTGTTCCCCTTGA-TA-ca
gi|2 : taatgAA-T--A---TTACTCACTATTTTA--AGAACAGTATAACACACTTAT-ACAAGA-AA-GATTAATGTTAAATATTCT-ATTCAAATGT-ACAGG-TTATTCCCCTTGAGTA-TTGAAACTTT-ATAACATTT-CCTAC--TCA--TTTAATAAGAAAATTA--TTACGGTCAC---TTTATGGTAATAGTA-CAAACAAGT-ATGA---ACTGAAATTATAAATA---ATAA-T-ATC-AA-TGGAT-CCTA-------GTA-AA-GTTTATTTGCAGAATTAGGGCTTAAATAATGAAAT-TAATAGTAAAAATATAA---TAC---GTAGGAGG-TTAGCCA-------GTC-------ACTAATGTAACTGACT-ACT--AG---AGTTGA------T---AACACGTAGCTTGTAC--AG------T-----TTCTTAGTAATAAAACCACA--TAC-AACAGTGATTG------AAGATATGA-TAAAAGAATATTTTGTA-TAATTAATAATCTTAG-ATTGGTACATGCTACAT-AATCTTTCAAA-CCATTATAATACGCAGAATTTAATAATATTAAA-ATAAAAGATAACTATAGATTCGACCC--AA-TTA-TCGATTCTAATAGGAAATGGGGTAACCGTGTAAAGGGAATTAGTT-TTTCAGTTTAAGCTTCAATTTAGGAATAGGAAATAA--CTAATATTATGAAACACTATT-AAACC-AGAAAATAAATCCACGTAA-TGAA--T--AT-CACGATGTACAAAG-AAAGAATGAAATAAATATGTGTACGT-TACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATTAGTA-----TGTCTCTAAAATCCTTC-CAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------AGT---CAAGTGAAGGTATCAGTGTTC---ACTCTCTGA------------AGTCCAAATCAAATTGTTT--ACAA-A-GACTAGGGATTTGGGAACGGGAAAACGACAAGGTAAAAGTATT-GGTTTAGAAA--ACCACCTGCCCTTAATCACATGTCTAGATCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGTCTCAGGTTCCAAAAGACCTTTCAAACAATG
gi|20 : T--TCGAAGAAATGAC-AATTAACTAGGC-TTCTTG-GG-TTCGTACA--TTTAATGAT-GACACCGGTTG-GAA--ATTA
gi|21 : T-AAATTT-ACAA----------TT---CAGGTGAAGGTATCAGTGTTC---ACTCTC
gi|3 : TGTTATGTGTAGCTTCGT--TCAA--GAATGAC-AACT-----GGC-CTTTCAAGGGTTCTTACA--TT-AA-AA--GACACCGGTTTTGGACAATTAT-AAAATGGGAAA------ACAAACCTTGTTAACGTAGACAATAATAAAATTAAATCAAA-ATGAAAG-CAT-GT-T-AAACATAGA------T-----A--GAAATTCC-G---------ATGATATATAGGCATGTATATAA-T--A---TAA---ACCACTTTAC-AAGA-AAGATAAC--------------------ATT-----TAAATATTCTTAC---AATGTTAC--GCTTATTCCCCTTGA-TA-T-G-AACTTTAA-AACATTT-C-TACATTCA--T--AAT--GAA---TAATTTAC--TCAC------ATGGTA-TCGTAGCAAA-AAGTAATAA---A-TGAT--TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTAGG-----GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGAAATATA-TAGTAAAAA-ATAATATTACTG-A-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTGCTGGAAC--CCGTTCCTCTCTGACT
gi|4 : agccGTCTG--TAT-AAATTT-ACAAGTACATGTAATTTGTCAAGAGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTAA------------AGTCCAAATCAAATTGTGA--ACAA-A-GACTAAAGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAAGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCATATG------TCTGGAATTGACCAAACAGGTATAGATGCTTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGCAGTTAAAAAAA-----CAAGAGGGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATATACCAGCCATTGTAT------TGCATATGTTGATGAATAATAAATGCTGTTGATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACATGATAATCAAGTGAGGAACTAAGTTAATATATGAAAATACATGCATCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACTa
gi|5 : cagaAAAAT-AAATCAAACAT-AA-G--AT-GT-TTAAACACAGAATTAATC-----AT-GAA---CA-C---------ATG---------------TATAA-TGTA---TTA---TACAT---ACCAAGA-AGGA--AC-C---TGTCAT--GA-AA-CATC-----T-----------T---AAT----CAAG-TT-TTCCCCTT-A-TA-TTGAAACTTG-G----------------TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC---CACCCAT--ATGAGA-T-GTA-CAAA-G-GT-GTAA---A-TG----TA-AAGTA---ATAAATTATC-AAAT--ATTCCTT-------GTA-AG-GT--GTT-GCA---TTACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC---T-----A--TTA--------T-TGTTTA-AGGAAT-AAG-TTCCTCTGT-AAT--AG---A-TCCA------TTAAA-------TCTTGTAC--AGCCTAAGT-----CCTTT-----TCAAATCAAAACTACCAACAAT-A----------AAA-------AAAA-------CCACACGAA---A--A---CAG-A-----GCATG-TGCGT-G--CAA--AAA-CCAAT-TAA-A-----ATTTTAATAA-----TG-AAAAAAA-CA-----A-A--CG-CCA--AA-TTAGT----------------TGGGG---------------AATTA-TT-CTT-------AAATC--ATTTG---Aa
gi|6 : -A-TAC---G-----AGAGTAATCAC---CCTGTTTT-GTGAAT-AAGGTCTCTTTCT-A----AG---AGTTGA------T---A-------GCTTTTAC--AG------G-----TC--T-----TAAAACCAAA-CTACAAACAGT-ATTTT-----AAGATCC-AATAGAA-------CCG-ACAAATTAC--ATATCATCAT--GCACA-GATACATTG--CTC--A---CCAA-ATAAGAT-CAGATT--AATAG-----AACATAAAAG-TT-TTATA-ATTCG-CTCTCATATTACT-------------AAATGG-----------------AAT-A-TC-TTA-------CACTTCAATTTA---ATAG----AAATGCTA--TTTA-GAAAC----TG-A---CGA----ATAA-T-------A-T-----TGAAT-AA-AGAGTA--AAG-A--GAAGGAACTAAATA-GTGTAC-TGTAC--------------------------TA-TAGTA-----T-TCTT--AAAGTCTTCATAA-TGTATTGATATAAAATCTGACAA-TA------GTT---C-AGTGACGG-TTCAGTGTTCACTACTCCCTGCG-GC--------------AATAAAATTGTGT--ACAAGA-GACT---GGCTTG---ACGG--AAAC-AAAAGGTAAAa
gi|7 : CTT-GT--TC-AAGGAATGAC-AACTAG---A-C-TTTCCA-GGGTTTTTACA--TTTAATGAT-GACACAGGTTG-GAA--ATTATCAATTGAAAACA------A--AACCCTGT-AACACAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GC-TTAAGCATAGA------T-----A--GAAAT-CATGATATATAGCATG---------------TATAA-T--A---TAA---ACCA-TTTAC-AAGA-AGGATAACTC---TGTAAT--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGATTA-T-GAAACTTT-A-ACCATCT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--AT-----T-TTA-AGAA-CAGT-ATAACACACTTA---TA-CAAGAAAGATTAAT-GTTAAA-T--AT-TCTATTCAAATGTACAG-GTT-ATT-
gi|7 : ttgtgtggtagcctggtAA-T--A---TTACTCACTATTTTA--AGAACAGTATAACACACTTAT-ACAAGA-AA-GATTAATGTTAAATATTCT-ATTCAAATGT-ACAGG-TTATTCCCCTTGAGTATT-GAAACTTT-ATAACATTTCC-TAC--TCATTT--AATAAGAA---AA--TTAT--Tccccttgagtattgaaactttataacatttcctactcatttaataagaaaattattacg
gi|8 : ttgtgtggtagcctggtcttgttcaaggaatgacaactagactttccagggtttttacatttaatgatgacacaggttggaaattatcaattgaaaacaaaaccctgtaacacagacaataataaaataaatcaaaatgaagcatgcttaagcatagatagaaatcatgatatatagcatgtataatataaaccatttacaagaaggataactctgtaatgaaacatctaaatattctataatgtacaagttattccccttgattatgaaactttaaccatctctactcataatgACTATTATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-TAT-GT-TTAAACACAGA------TTAATCAT-GATA--CA-GC--------ATG---------------TATAA-T--AGTATTA---ATCATTT-AC-AAGA-AGGATTACTC---TGTCAT--GA-AA-CATC-----T-----------T---AAT----CAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-TTGAAACTTG-G----------------TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--CCAT---T--ATGAGA-T-GTA-CAAA-G-GT-GTAA---A-TGA---TA-AAGTA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTT-------GTA-AA-GGT-GTT-GCA---TTACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC---T-----A--TTA--------T-TGTTTA-AGGAAC-TAAGTTCCTCTGT-AATTA-G---A-TCCA------TTAAA-------TCTTGTAC--AG------CCTAAGTCCTT-----TCAAATCAAA-CTACCAACAAT-NNNN------NNNNNNN-N-NNNNN-------NNNNNNNNATTAT--ATacg
gi|9 : gaCTCTCTGGGTACT-GTATGCTGTCTAAATCAAAGTATAT--ACAA-A-TACTAGGGACTTTGACGCGAGAAAATGAA---------CTATT-GGTTTAGAGAGAAACACCTGACAT-AATCACATT------TCTGAAAGTGATCACGCAGATATAGATGTCTTAGGCTCTAAAAGATCATTCTAACAATGAAGTTAAAA--AAAAACCAAGAGAGTAATAGGACATACTGTATGGTACAATACTCGAAACATTGTAT------TACATATGTTAATGAATAGTGAA
gi|9 : TACATATGTTAA-TG-A-ATAGTGAAACAGTACA---TAATGCATTTAATTAAAAacagtacataatgcatttaattaaaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GCTTCTTTGGGTTCTTTATTTGATAACACCTTATGGATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222222 1111 1111111 1 11 333333333 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 3333333333333 22222 111 1 1 222222222222222222 11 111 222222 1 111 222222222 111 2222222 111 11111 777777777777777777777777777777777777 11111111111 33333333333 33333 11111111 222222222222222222 1111111 111 22222222 4444444 1 1111 11111 11 88888888888888888888888888888888888888 2222222 111 2222 1 1 9999999999999999999999999999999999999999999 1 11 22222 1 111 00000000000000000000000000 22222 11 11 222222222 111 111 77777777777777 1 11 222222 22222222 222222 11111111111 1 222 222
lowQualScore : 444 6 77 6 4 5 555555 99 2 3 66 0 7777 3333333 77 6 00 222222222 8 1 5 5 77 5 5 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 66 777 2 555 3 3 55 8 1111111111111 4 4 00000 0 4 444 3 4 4 2 4 3 444444444444444444 77 77 55 000 77 888 000000 3 6 3 6 444 6 6 111111111 6 111 5 5 5 77 5 6666666 5 5 5 5 111 1 44444 5 5 0 777777777777777777777777777777777777 777 66 55555555555 1 88888888888 2 4 66 77777 2 33333333 5 6 5 888888888888888888 8888888 0 1 1 99 3 8 111 0 8 8 11111111 8 66 2222222 1 6 7777 6 22222 8 0 99 99 8 22222222222222222222222222222222222222 0 8 8 6666666 66 777 8888 7 7 3 3 5555555555555555555555555555555555555555555 0 3 33 99999 1 3 3 0 111 33333333333333333333333333 3 55555 2 3 33 1 9 11 6 6 222222222 111 4 1 111 0 99999999999999 9999 6 6 0 0 0 33 3 888888 1 1 1 2 99999999 0 0 4 1 11 1 888888 33333333333 7 0 3 1 1 0 7 6 7 333 333
lowQualScore : ... . .. . . . ...... .. . . .. . .... ....... .. . .. ......... . . . . .. . . . .................................................... . .. ... . ... . . .. . ............. . . ..... . . ... . . . . . . .................. .. .. .. ... .. ... ...... . . . . ... . . ......... . ... . . . .. . ....... . . . . ... . ..... . . . .................................... ... .. ........... . ........... . . .. ..... . ........ . . . .................. ....... . . . .. . . ... . . . ........ . .. ....... . . .... . ..... . . .. .. . ...................................... . . . ....... .. ... .... . . . . ........................................... . . .. ..... . . . . ... .......................... . ..... . . .. . . .. . . ......... ... . . ... . .............. .... . . . . . .. . ...... . . . . ........ . . . . .. . ...... ........... . . . . . . . . . ... ...
lowQualScore : 000 7 99 6 0 7 000000 77 5 2 99 9 5555 7777777 99 0 22 888888888 0 4 7 7 44 7 7 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 11 888 2 666 6 2 66 0 5555555555555 0 0 00000 8 0 000 2 0 0 0 0 3 666666666666666666 99 99 77 000 99 000 000000 0 7 3 7 000 7 7 000000000 7 777 7 7 7 99 7 4444444 7 7 7 7 777 0 33333 7 7 4 444444444444444444444444444444444444 999 77 11111111111 4 99999999999 5 5 99 55555 2 99999999 0 6 7 444444444444444444 6666666 7 6 0 22 8 0 888 8 8 0 44444444 0 88 2222222 2 0 0000 0 44444 0 8 00 44 0 66666666666666666666666666666666666666 8 0 0 0000000 55 555 3333 3 3 3 3 5555555555555555555555555555555555555555555 0 2 88 55555 0 2 0 0 000 88888888888888888888888888 2 00000 5 2 88 2 8 00 7 7 555555555 777 2 7 777 3 22222222222222 8888 7 7 8 8 0 88 2 888888 0 0 2 5 88888888 2 2 2 0 88 0 888888 00000000000 3 7 3 0 0 7 3 7 3 333 333
consensus : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGGAATGAC-AACTAGC--GGCTTCTCG-GGGTTCTTACA--TTTAATAAC-GACACCGGTT-T-GGA--ATTAT-AATANGAAATA------ACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACACAGA------T-----AT-GAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGGA-AGGATAACTC---TGT-AC--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACATTT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--ATGGTA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA-A---TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACNTCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-ATAA-A-TAC---G-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-NGGAAC-AAGGTTCCTCTCTAATTAAG---AGTCGAT---TAA-----AGCTTGTAC--AGCCTAAGTCCTT-----T-CAAACCAAA-CTACNAACAGT-A-TTT------AAGATAT-ATAGAA-------CCGTACTAATTAA--ATNTCA-GAT--GTACATGNTACG-TG--CTT--AAA-CCAATATAA---G--CAGANTTTAATAATA----AATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG--CTCAT-TT-A-T-------------AAATGGGG---------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCAATTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TT-A---C-A----ATAAGT-------A-T---GA-TATAA-GATGTA--AAG-A--GAANGAAATAAATA-GTGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--AAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------ATT---CAAGTGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTGAG-GCT-GT-TG-A-GTCTAAATCAAATTGTNT--ACAA-A-GACTAGGGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAGGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATACGCNAANCANTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATGAATGCTGTTNATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AACTAAGTNAATATATGAAAATACATGCGTCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
Reference ( family-10000 ) : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGGAATGAC-AACTAGC--GGCTTCTCG-GGGTTCTTACA--TTTAATAAC-GACACCGGTT-T-GGA--ATTAT-AATANGAAATA------ACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACACAGA------T-----AT-GAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGGA-AGGATAACTC---TGT-AC--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACATTT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--ATGGTA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA-A---TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACNTCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-ATAA-A-TAC---G-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-NGGAAC-AAGGTTCCTCTCTANTTAAG---AGTCGAT---TAA-----AGCTTGTAC--AGC-----TCCTT-----T-CAAACCAAA-CTACNAACAGT-A-TTT------AAGATAT-ATAGAA-------CCGTACTAATTAA--ATNTCA-GAT--GTACATGNTACG-TG--CTT--AAA-CCAATATAA---A--CAGATTTTAATAATA----AATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG--CTCAT-TT-A-T-------------AAATGGGG---------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCAATTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TT-A---C-A----ATAAGT-------A-T---GA-TATAA-GATGTA--AAG-A--GAANGAAATAAATA-GTGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--AAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------ATT---CAAGTGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTGAG-GCT-GT-TG-A-GTCTAAATCAAATTGTNT--ACAA-A-GACTAGGGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAGGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATACGCNAANCANTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATGAATGCTGTTGATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AANTAAGTNAATATATGAAAATACATGCGTCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
gi|1 : TGTTGT---TAGCT--GT--TC-AAGGAATGAAGAACTAGG--GCCTTCTCA-AGGTTCTTACAAATTT--TAAT-GGCACCGGTT-T-GGA--ATTAT-AACAAAAAATAGGGACAACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAATTAAATGAAT-ATGAA-G-CATAGTATTAAACATAGA------T-----ATAGAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGAA-A--ATAACTC---TGT-AT--TA-AATCATT-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAGG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACAACT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--GTGGTA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA-A---TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AC-GTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGACAT-TA-TAATAAGAATATAA-A-TACAGAG-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-TGGAAC-AAGGTTCCTCTTTACTTAAG---AGTTGAT-----------AGCTTA-AC--AGC-----TCTTT-----A-TAAACCAAA-CTACAAACAGT-A-GTT------AAGATAT-ATAGAA-------CTGTACTAATTAA--ATATCA-AAT--GTACATGCTACA-TG--CTTC-AAA-CCAATATA-------CAGAATTTAATAA-A----AATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG--CTCAT-CT-A-T-------------AAATGGG----------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCA-TTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TTTA---C-AT---ACCGGT-------A-T---TA-T-TAA-GATGTA--AAGTA--CAATGAAATAAATA-ATGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--TAGTCCTTCCAAATGTCTT--TAT-ACATTT-ACAAGTA------ATT---CAGGTAAAGGCTTCAGTGTTT---ACTCGCTGAG-GTTTGT-TG-AAGTCTAAATCAAATTGTTA--ACGA-A-GACTAGGGACTTGGGAGCGGGAAA-CGAAAAGGTAAAACTATTCGGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTATGTACAGCACAATACACTACCCAGTGTATTG------CATATGTCAATGAGTAAT--------------ATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AAATAAGTAAATATATGAAAATACATGCATCAAATACATATAGTGAAA---TACATATTAATGCATATAATTAAAAATTACACCCTACT
gi|10 : TACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC-------------TAAT-AC-----TGTTTA-AGGAAC-TAAGTTCCTCTCTAATTA-G---A-TCCAT---TAA-----ATCTTGTAC--AGTCTAAGTCCTT-----T-CAAATCAAA-CTACCAACAAT-A-TTTTTTTTTGAAAT----TAGCA-------CTGTACTGATTAA--ATTTCA-GAT--GTGCATGGTGCG-TG--CAT--AAAACCAATTTA-------CAAATTTTAATAATA----AAAAAAAA-TG-CTATA-ATTCG--CTCAT-TCAA-T-------------TAGTTGGG---------------AATTA-TTCTTT-------AACTTC-ATTTG---A
gi|11 : TTGT---TAACTT-GTGATAGAAG-AGTGAC-AACTAG----ACTTCTTG-GG-TTCT-ACA--TTTAAT----GACAGCT-TT-T-GGA--AATCT-AATA--AATTA------A-AAACCCTTT-AGCACAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAAC-----------------AT-GACAT--A-GC--------ATG---------------TGTAATT--A---TTA---ATCA-TTTAC-AAGA-AGGATAACTC---TGTCAT--GA-AA-CATC-----TAAATATTTT-AT---GATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-a
gi|12 : tgtgatggccagtcATTCCTTAAGCTTCAAGATGC------AACAGTGTA------A--A-----CAAGAGAACGCTAGGCCACTGTGTGTAGCACAATGCGCGAAACGGTGTATTATATGTACACATGATGATGAATAATGAATGCTGTTAATAATGTAATTGATGTTGA--AATATGTACATGATGATCAAATGAGGTAACTGA
gi|13 : GTTCTTACA--TTTAAT----GACACC-------------TTATGAATATGAAAT--------TAAATCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAACCAAA-ATGAA-GGTAT-GT-TTAAGCACAGA------T-----A--GAAAT----G---------AAG-------------------A-T--A---T-----ACCATGT-AT-AGAA-ATAATAACCA---TTT-AC--AAGAA-CATC-----TAAATATTCT-AT---GATAT-ACAAG-TTATTCCACTTGA-TA-T-tgatcaaatgagtttactgatgatcaaa
gi|14 : ----TT-A---C-A----A-AAGT-------AATACAGA-TACAA-GATGTA--AAG------AAG-----AATA-GTGTAC-T-TTC--------------------------TGTTGGTAATCAGTGTC-C--AATTTCTTTC-AATGTCTT--TCT-CAAATT-A----TG------ATT---TA--TAAAAATTTTAGTGCTA---ACTCATTGAGCGCT-GTCTGAA-GTCTAACTT---TGGTTTAAACAA-ATGA-TAGATACTTCGAAGTGGGAAt
gi|15 : actAAC-ATC-TA-T--A--CTTA-------TCN-AACGTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGACAT-TA-TCGTAAAAT-ATAACACTGT---G-----AT-TCAATAACCTAC-TGTTTG-TAGAAC-AAGGTTCCTCTCCAACTAAGGTAAATCGAT---T----------TT-TA---AGT-----ACTTT-----C-CAAACCAAA-CTACAACAAGT-A-TTT-------AGAAAT-AAAGCA-------CTGTATT
gi|16 : gTGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGAAATGAC-AAC--GC--GGCTTCTTT-GGGTTCTT-TA--TTTGATAACAAACACC--TTAT-GGA--
gi|17 : tgtgatagcctgtcGTTTG-TGGAAC-AAGGTTCCTCTCTACTT-AG---AGTCAATACATGT-----AGCTTTTTCTAAGC-----TCTTT-----T-TAGACCAAA-tat
gi|18 : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGAAATGAC-AAC--GC--GGCTTCTTT-GGGTCTTT--A--TTTGATAAC-tat
gi|19 : tgtgatagcctgttcTAC-AGGA-AGGATAACTG---T-T-AT--GA-AA-TATC-----TAGATATTCT-AA---GAAAT-TCAAG-TTGTTCCCCTTGA-TA-a
gi|2 : taatgAA-T--A---TTACTCACTATTTTA--AGAACAGTATAACACACTTAT-ACAAGA-AA-GATTAATGTTAAATATTCT-ATTCAAATGT-ACAGG-TTATTCCCCTTGAGTA-TTGAAACTTT-ATAACATTT-CCTAC--TCA--TTTAATAAGAAAATTA--TTACGGTCAC---TTTATGGTAATAGTA-CAAACAAGT-ATGA-AC--TGAAATTATAAATA---ATAA-T-ATC-AA-TGGAT-CCTA-------GTA-AA-GTTTATTTGCAGAATTAGGGCTTAAATAATGAAAT-TAATAGTAAAAATATAA---TAC---GTAGGAGG-TTAGCCA-------GTC-------ACTAATGTAACTGACTACT--AG---AGTTGAT----AACACGTAGCTTGTAC--AGT-----TTCTTAGTAAT-AAAACCACA--TAC-AACAGTGA-TTG------AAGATATGATAAAAGAATATTTTGTA-TAATTAATAATCTTA-GATTGGTACATGCTACA-TAATCTTTCAAA-CCATTATAATACG--CAGAATTTAATAATATTAAAATAAAAGATAACTATAGATTCGA-CCCAA-TT-A-TCGATTCTAATAGGAAATGGGGTAACCGTGTAAAGGGAATTAGTT-TTTCAGTTTAAGCTTCAATTTAGGAATAGGAAATAA--CTAATATTATGAAACACTATT-AAACC-AGAAAATAAATCCACGTAA-T---GAATATCACGATGTACAAAG-AAAGAATGAAATAAATATGTGTACGT-TACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATTAGTA-----TGTCTCTAAAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------AGT---CAAGTGAAGGTATCAGTGTTC---ACTCTCTGA------------A-GTCCAAATCAAATTGTTT--ACAA-A-GACTAGGGATTTGGGAACGGGAAAACGACAAGGTAAAAGTATT-GGTTTAGAAA--ACCACCTGCCCTTAATCACATGTCTAGATCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGTCTCAGGTTCCAAAAGACCTTTCAAACAATG
gi|20 : T--TCGAAGAAATGAC-AATTAACTAGGCTTCTTG-GG-TTCGTACA--TTTAATGAT-GACACCGGTT-G-GAA--ATTA
gi|21 : T-AAATTT-ACAA----------TT---CAGGTGAAGGTATCAGTGTTC---ACTCTC
gi|3 : TGTTATGTGTAGCTTCGT--TCAA--GAATGAC-AACT-----GGCCTTTCAAGGGTTCTTACA--TT-AA-AA--GACACCGGTT-TTGGACAATTAT-AAAATGGGAAA------ACAAACCTTGTTAACGTAGACAATAATAAAATTAAATCAAA-ATGAAAG-CAT-GT-T-AAACATAGA------T-----A--GAAATTCC-G---------ATGATATATAGGCATGTATATAA-T--A---TAA---ACCACTTTAC-AAGA-AAGATAAC--------------------ATT-----TAAATATTCTTAC---AATGTTAC--GCTTATTCCCCTTGA-TA-T-G-AACTTTAA-AACATTT-C-TACATTCA--T--AAT--GAA---TAATTTAC--TCAC------ATGGTA-TCGTAGCAAA-AAGTAATAA-A---TGAT--TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTAGG-----GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGAAATATA-TAGTAAAAA-ATAATATTACTG-A-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTGCTGGAAC--CCGTTCCTCTCTGACTA
gi|4 : agccGTCTG--TAT-AAATTT-ACAAGTACATGTAATTTGTCAAGAGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTAA------------A-GTCCAAATCAAATTGTGA--ACAA-A-GACTAAAGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAAGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCATATG------TCTGGAATTGACCAAACAGGTATAGATGCTTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGCAGTTAAAAAAA-----CAAGAGGGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATATACCAGCCATTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATAAATGCTGTTGATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACATGATAATCAAGTGAGG-AACTAAGTTAATATATGAAAATACATGCATCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
gi|5 : cagaAAAAT-AAATCAAACAT-AA-G--AT-GT-TTAAACACAGAATTAATC-----AT-GAA---CA-C---------ATG---------------TATAA-TGTA---TTA---TACAT---ACCAAGA-AGGA--AC-C---TGTCAT--GA-AA-CATC-----T-----------T---AAT----CAAG-TT-TTCCCCTT-A-TA-TTGAAACTTG-G----------------TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC---CACCCAT--ATGAGA-T-GTA-CAAA-G-GT-GTAA-A---TG----TA-AAGTA---ATAAATTATC-AAAT--ATTCCTT-------GTA-AG-GT--GTT-GCA---TTACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC---T-----A--TTA--------T-TGTTTA-AGGAAT-AAG-TTCCTCTGTAAT--AG---A-TCCAT---TAA-----ATCTTGTAC--AGCCTAAGTCCTT-----TTCAAATCAAAACTACCAACAAT-A-----------AAA------AAAA-------CCACACGAA---A--A---CA-GA-----GCATG-TGCG-TG--CAA--AAA-CCAAT-TAA---A-----ATTTTAATAATG----AA-AAAAA-CA-----A-A--CG--CCAAA-TT-AGT----------------TGGGG---------------AATTA-TT-CTT-------AAa
gi|6 : -A-TAC---G-----AGAGTAATCAC---CCTGTTTT-GTGAAT-AAGGTCTCTTTCTA----AG---AGTTGAT-----------AGCTTTTAC--AGG-----TC--T-----T-AAAACCAAA-CTACAAACAGT-ATTTT------AAGATCCAATAGAA-------CCG-ACAAATTAC--ATATCATCAT--GCACA-GATACATTG--CTC----A-CCAA-ATAA---GATCAGA--TTAATAGAA----CATAAAAG-TT-TTATA-ATTCGCTCTCATATT-ACT-------------AAAT--GG---------------AA-TA-TC-TTA-------CACTTCAATTTA---ATAG----AAATGCT-A-TTTA-GAAAC----TG-A---CGA----ATAA-T-------A-TTG-AA-TA-AA-GA-GTA--AAG-A--GAAGGAACTAAATA-GTGTAC-TGTAC--------------------------TA-TAGTA-----T-TCTT--AAAGTCTTCATAATGTATTGATATAAAATCTGACAA-TA------GTT---C-AGTGACGG-TTCAGTGTTCACTACTCCCTGCG-GC---------------AATAAAATTGTGT--ACAAGA-GACT---GGCTTG---ACGG--AAAC-AAAAGGTAAAatcatttgaa
gi|7 : CTT-GT--TC-AAGGAATGAC-AACTAG----ACTTTCCA-GGGTTTTTACA--TTTAATGAT-GACACAGGTT-G-GAA--ATTATCAATTGAAAACA------A--AACCCTGT-AACACAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GC-TTAAGCATAGA------T-----A--GAAAT-CATGATATATAGCATG---------------TATAA-T--A---TAA---ACCA-TTTAC-AAGA-AGGATAACTC---TGTAAT--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGATTA-T-GAAACTTT-A-ACCATCT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--AT-----T-TTA-AGAA-CAGT-ATAACACACTTA---TA-CAAGAAAGATTAAT-GTTAAA-T--AT-TCTATTCAAATGTACAG-GTT-ATT-
gi|7 : ttgtgtggtagcctggtAA-T--A---TTACTCACTATTTTA--AGAACAGTATAACACACTTAT-ACAAGA-AA-GATTAATGTTAAATATTCT-ATTCAAATGT-ACAGG-TTATTCCCCTTGAGTATT-GAAACTTT-ATAACATTTCC-TAC--TCATTT--AATAAGAA---AA--TTAT--Tccccttgagtattgaaactttataacatttcctactcatttaataagaaaattattacg
gi|8 : ttgtgtggtagcctggtcttgttcaaggaatgacaactagactttccagggtttttacatttaatgatgacacaggttggaaattatcaattgaaaacaaaaccctgtaacacagacaataataaaataaatcaaaatgaagcatgcttaagcatagatagaaatcatgatatatagcatgtataatataaaccatttacaagaaggataactctgtaatgaaacatctaaatattctataatgtacaagttattccccttgattatgaaactttaaccatctctactcataatgACTATTATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-TAT-GT-TTAAACACAGA------TTAATCAT-GATA--CA-GC--------ATG---------------TATAA-T--AGTATTA---ATCATTT-AC-AAGA-AGGATTACTC---TGTCAT--GA-AA-CATC-----T-----------T---AAT----CAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-TTGAAACTTG-G----------------TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--CCAT---T--ATGAGA-T-GTA-CAAA-G-GT-GTAA-A---TGA---TA-AAGTA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTT-------GTA-AA-GGT-GTT-GCA---TTACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC---T-----A--TTA--------T-TGTTTA-AGGAAC-TAAGTTCCTCTGTAATTA-G---A-TCCAT---TAA-----ATCTTGTAC--AGCCTAAGTCCTT-----T-CAAATCAAA-CTACCAACAAT-N-NNN------NNNNNNN-NNNNNN-------NNNNNNNNATTAT--ATacg
gi|9 : gaCTCTCTGGGTACT-GTATG-CTGTCTAAATCAAAGTATAT--ACAA-A-TACTAGGGACTTTGACGCGAGAAAATGAA---------CTATT-GGTTTAGAGAGAAACACCTGACAT-AATCACATT------TCTGAAAGTGATCACGCAGATATAGATGTCTTAGGCTCTAAAAGATCATTCTAACAATGAAGTTAAAA--AAAAACCAAGAGAGTAATAGGACATACTGTATGGTACAATACTCGAAACATTGTATTA------CATATGTTAATGAATAGTGAA-ACAGTACATAATGCA
gi|9 : TACATATGTTAA-TG-A-ATAGTGAAACAGTACA---TAATGCATTTAATTAAAAtttaattaaaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GCTTCTTTGGGTTCTTTATTTGATAACACCTTATGGATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222222 1111 1111111 1 11 333333333 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 3333333333333 22222 111 1 1 222222222222222222 11 111 222222 1 111 222222222 111 2222222 111 11111 777777777777777777777777777777777777 111111111 33333333333 1111111 11111111 22222222222222222222 1111111 111 2222222222 3333333 1111 11111 11111 88888888888888888888888888888888888888 2222222 111 2222 1 1 9999999999999999999999999999999999999999999 1 11 22222 1 111 00000000000000000000000000 22222 11 11 222222222 111 111 77777777777777 1 11 222222 22222222 222222 11111111111 1 222 222
lowQualScore : 444 6 77 6 4 5 555555 99 2 3 66 0 7777 3333333 77 6 00 222222222 8 1 5 5 77 5 5 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 66 777 2 555 3 3 55 8 1111111111111 4 4 00000 0 4 444 3 4 4 2 4 3 444444444444444444 77 77 55 000 77 888 000000 3 6 3 6 444 6 6 111111111 6 111 5 5 5 77 5 6666666 5 5 5 5 111 1 44444 5 5 0 777777777777777777777777777777777777 777 66 555555555 1 88888888888 2 444 1111111 0 77777777 5 6 5 77777777777777777777 8888888 0 1 1 99 3 8 111 0 8 9999999999 0 66 8888888 8 6 7777 6 22222 8 0 8 11111 8 22222222222222222222222222222222222222 0 8 8 6666666 66 777 8888 7 7 3 3 5555555555555555555555555555555555555555555 0 3 33 99999 1 3 3 0 111 33333333333333333333333333 3 55555 2 3 33 1 9 11 6 6 222222222 111 4 1 111 0 99999999999999 9999 6 6 3 0 0 33 3 888888 1 1 1 2 99999999 0 0 4 1 11 1 888888 11111111111 7 0 3 1 0 7 6 7 333 333
lowQualScore : ... . .. . . . ...... .. . . .. . .... ....... .. . .. ......... . . . . .. . . . .................................................... . .. ... . ... . . .. . ............. . . ..... . . ... . . . . . . .................. .. .. .. ... .. ... ...... . . . . ... . . ......... . ... . . . .. . ....... . . . . ... . ..... . . . .................................... ... .. ......... . ........... . ... ....... . ........ . . . .................... ....... . . . .. . . ... . . .......... . .. ....... . . .... . ..... . . . ..... . ...................................... . . . ....... .. ... .... . . . . ........................................... . . .. ..... . . . . ... .......................... . ..... . . .. . . .. . . ......... ... . . ... . .............. .... . . . . . .. . ...... . . . . ........ . . . . .. . ...... ........... . . . . . . . . ... ...
lowQualScore : 000 7 99 6 0 7 000000 77 5 2 99 9 5555 7777777 99 0 22 888888888 0 4 7 7 44 7 7 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 11 888 2 666 6 2 66 0 5555555555555 0 0 00000 8 0 000 2 0 0 0 0 3 666666666666666666 99 99 77 000 99 000 000000 0 7 3 7 000 7 7 000000000 7 777 7 7 7 99 7 4444444 7 7 7 7 777 0 33333 7 7 4 444444444444444444444444444444444444 999 77 888888888 4 99999999999 5 888 2222222 2 00000000 0 6 7 77777777777777777777 6666666 7 6 0 22 8 0 888 8 8 8888888888 8 88 8888888 8 0 0000 0 44444 0 8 0 44444 0 66666666666666666666666666666666666666 8 0 0 0000000 55 555 3333 3 3 3 3 5555555555555555555555555555555555555555555 0 2 88 55555 0 2 0 0 000 88888888888888888888888888 2 00000 5 2 88 2 8 00 7 7 555555555 777 2 7 777 3 22222222222222 8888 7 7 2 8 0 88 2 888888 0 0 2 5 88888888 2 2 2 0 88 0 888888 00000000000 3 7 3 0 7 3 7 3 333 333
consensus : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGGAATGAC-AACTAGC--GGCTTCTCG-GGGTTCTTACA--TTTAATAAC-GACACCGGTT-T-GGA--ATTAT-AATANGAAATA------ACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACACAGA------T-----AT-GAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGGA-AGGATAACTC---TGT-AC--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACATTT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--ATGGTA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA-A---TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACNTCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-ATAA-A-TAC---G-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-NGGAAC-AAGGTTCCTCTCTAATTAAG---AGTCGAT---TAA-----AGCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----T-CAAACCAAA-CTACNAACAGT-A------TTT-AAGATAT-A-TAGAA-------CCGTACTAATTAA--ATNTCAG-AT--GTACATGNTACGT-G--C-TN--AAACCAATATAA---G--CAGANTTTAATAATA----AATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG-CTC--AT-TT-A-T-------------AAATGGGG---------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCAATTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TT-A---C-A----ATAAGT-------A-T---GA-TATAA-GATGTA--AAG-A--GAANGAAATAAATA-GTGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--AAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------ATT---CAAGTGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTGAG-GCT-GT-TG-A-GTCTAAATCAAATTGTNT--ACAA-A-GACTAGGGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAGGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATACGCNAANCANTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATGAATGCTGTTNATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AACTAAGTNAATATATGAAAATACATGCGTCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
Reference ( family-10000 ) : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGGAATGAC-AACTAGC--GGCTTCTCG-GGGTTCTTACA--TTTAATAAC-GACACCGGTT-T-GGA--ATTAT-AATANGAAATA------ACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACACAGA------T-----AT-GAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGGA-AGGATAACTC---TGT-AC--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACATTT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--ATGGTA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA-A---TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACNTCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-ATAA-A-TAC---G-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-NGGAAC-AAGGTTCCTCTCTAATTAAG---AGTCGAT---TAA-----AGCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----T-CAAACCAAA-CTACNAACAGT-A------TTT-AAGATAT-A-TAGAA-------CCGTACTAATTAA--ATNTCAG-AT--GTACATGNTACGT-G--C-TT--AAACCAATATAA---G--CAGANTTTAATAATA----AATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG-CTC--AT-TT-A-T-------------AAATGGGG---------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCAATTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TT-A---C-A----ATAAGT-------A-T---GA-TATAA-GATGTA--AAG-A--GAANGAAATAAATA-GTGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--AAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------ATT---CAAGTGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTGAG-GCT-GT-TG-A-GTCTAAATCAAATTGTNT--ACAA-A-GACTAGGGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAGGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATACGCNAANCANTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATGAATGCTGTTNATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AACTAAGTNAATATATGAAAATACATGCGTCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
gi|1 : TGTTGT---TAGCT--GT--TC-AAGGAATGAAGAACTAGG--GCCTTCTCA-AGGTTCTTACAAATTT--TAAT-GGCACCGGTT-T-GGA--ATTAT-AACAAAAAATAGGGACAACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAATTAAATGAAT-ATGAA-G-CATAGTATTAAACATAGA------T-----ATAGAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGAA-A--ATAACTC---TGT-AT--TA-AATCATT-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAGG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACAACT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--GTGGTA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA-A---TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AC-GTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGACAT-TA-TAATAAGAATATAA-A-TACAGAG-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-TGGAAC-AAGGTTCCTCTTTACTTAAG---AGTTGAT-----------AGCTTA-ACAGC------TCTTT-----A-TAAACCAAA-CTACAAACAGT-A------GTT-AAGATAT-A-TAGAA-------CTGTACTAATTAA--ATATCAA-AT--GTACATGCTACAT-G--C-TTC-AAACCAATATA-------CAGAATTTAATAA-A----AATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG-CTC--AT-CT-A-T-------------AAATGGG----------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCA-TTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TTTA---C-AT---ACCGGT-------A-T---TA-T-TAA-GATGTA--AAGTA--CAATGAAATAAATA-ATGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--TAGTCCTTCCAAATGTCTT--TAT-ACATTT-ACAAGTA------ATT---CAGGTAAAGGCTTCAGTGTTT---ACTCGCTGAG-GTTTGT-TG-AAGTCTAAATCAAATTGTTA--ACGA-A-GACTAGGGACTTGGGAGCGGG-AAACGAAAAGGTAAAACTATTCGGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTATGTACAGCACAATACACTACCCAGTGTATTG------CATATGTCAATGAGTAAT--------------ATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AAATAAGTAAATATATGAAAATACATGCATCAAATACATATAGTGAAA---TACATATTAATGCATATAATTAAAAATTACACCCTACT
gi|10 : TACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC-------------TAAT-AC-----TGTTTA-AGGAAC-TAAGTTCCTCTCTAATTA-G---A-TCCAT---TAA-----ATCTTGTACAGTCTAAG-TCCTT-----T-CAAATCAAA-CTACCAACAAT-ATTTTTTTTT-GAAAT-----TAGCA-------CTGTACTGATTAA--ATTTCAG-AT--GTGCATGGTGCGT-G--CATA--AAACCAATTTA-------CAAATTTTAATAATA----AAAAAAAA-TG-CTATA-ATTCG-CTC--AT-TCAA-T-------------TAGTTGGG---------------AATTA-TTCTTT-------AACTTC-ATTTG---A
gi|11 : TTGT---TAACTT-GTGATAGAAG-AGTGAC-AACTAG----ACTTCTTG-GG-TTCT-ACA--TTTAAT----GACAGCT-TT-T-GGA--AATCT-AATA--AATTA------A-AAACCCTTT-AGCACAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAAC-----------------AT-GACAT--A-GC--------ATG---------------TGTAATT--A---TTA---ATCA-TTTAC-AAGA-AGGATAACTC---TGTCAT--GA-AA-CATC-----TAAATATTTT-AT---GATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-a
gi|12 : tgtgatggccagtcATTCCTTAAGCTTCAAGATGC------AACAGTGTA------A--A-----CAAGAGAACGCTAGGCCACTGTGTGTAGCACAATGCGCGAAACGGTGTATTATATGTACACATGATGATGAATAATGAATGCTGTTAATAATGTAATTGATGTTGA--AATATGTACATGATGATCAAATGAGGTAACTGA
gi|13 : GTTCTTACA--TTTAAT----GACACC-------------TTATGAATATGAAAT--------TAAATCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAACCAAA-ATGAA-GGTAT-GT-TTAAGCACAGA------T-----A--GAAAT----G---------AAG-------------------A-T--A---T-----ACCATGT-AT-AGAA-ATAATAACCA---TTT-AC--AAGAA-CATC-----TAAATATTCT-AT---GATAT-ACAAG-TTATTCCACTTGA-TA-T-tgatcaaatgagtttactgatgatcaaa
gi|14 : ----TT-A---C-A----A-AAGT-------AATACAGA-TACAA-GATGTA--AAG------AAG-----AATA-GTGTAC-T-TTC--------------------------TGTTGGTAATCAGTGTC-C--AATTTCTTTC-AATGTCTT--TCT-CAAATT-A----TG------ATT---TA--TAAAAATTTTAGTGCTA---ACTCATTGAGCGCT-GTCTGAA-GTCTAACTT---TGGTTTAAACAA-ATGA-TAGATACTTCGAAGTGGGAAt
gi|15 : actAAC-ATC-TA-T--A--CTTA-------TCN-AACGTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGACAT-TA-TCGTAAAAT-ATAACACTGT---G-----AT-TCAATAACCTAC-TGTTTG-TAGAAC-AAGGTTCCTCTCCAACTAAGGTAAATCGAT---T----------TT--------TAAG-TACTT-----TCCAAACCAAA-CTACAACAAGT-A------TTT--AGAAAT-A-AAGCA-------CTGTATT
gi|16 : gTGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGAAATGAC-AAC--GC--GGCTTCTTT-GGGTTCTT-TA--TTTGATAACAAACACC--TTAT-GGA--
gi|17 : tgtgatagcctgtcGTTTG-TGGAAC-AAGGTTCCTCTCTACTT-AG---AGTCAATACATGT-----AGCTTTT----TCTAAGCTCTTT-----T-TAGACCAAA-tat
gi|18 : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGAAATGAC-AAC--GC--GGCTTCTTT-GGGTCTTT--A--TTTGATAAC-tat
gi|19 : tgtgatagcctgttcTAC-AGGA-AGGATAACTG---T-T-AT--GA-AA-TATC-----TAGATATTCT-AA---GAAAT-TCAAG-TTGTTCCCCTTGA-TA-a
gi|2 : taatgAA-T--A---TTACTCACTATTTTA--AGAACAGTATAACACACTTAT-ACAAGA-AA-GATTAATGTTAAATATTCT-ATTCAAATGT-ACAGG-TTATTCCCCTTGAGTA-TTGAAACTTT-ATAACATTT-CCTAC--TCA--TTTAATAAGAAAATTA--TTACGGTCAC---TTTATGGTAATAGTA-CAAACAAGT-ATGA-AC--TGAAATTATAAATA---ATAA-T-ATC-AA-TGGAT-CCTA-------GTA-AA-GTTTATTTGCAGAATTAGGGCTTAAATAATGAAAT-TAATAGTAAAAATATAA---TAC---GTAGGAGG-TTAGCCA-------GTC-------ACTAATGTAACTGACTACT--AG---AGTTGAT----AACACGTAGCTTGTACAGTTT------CTTAGTAAT-AAAACCACA--TAC-AACAGTGA------TTG-AAGATATGA-TAAAAGAATATTTTGTA-TAATTAATAATCTTAG-ATTGGTACATGCTACAT-AATC-TTTCAAACCATTATAATACG--CAGAATTTAATAATATTAAAATAAAAGATAACTATAGATTCGACCC--AA-TT-A-TCGATTCTAATAGGAAATGGGGTAACCGTGTAAAGGGAATTAGTT-TTTCAGTTTAAGCTTCAATTTAGGAATAGGAAATAA--CTAATATTATGAAACACTATT-AAACC-AGAAAATAAATCCACGTAA-T---GAATATCACGATGTACAAAG-AAAGAATGAAATAAATATGTGTACGT-TACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATTAGTA-----TGTCTCTAAAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------AGT---CAAGTGAAGGTATCAGTGTTC---ACTCTCTGA------------A-GTCCAAATCAAATTGTTT--ACAA-A-GACTAGGGATTTGGGAACGGGAAAACGACAAGGTAAAAGTATT-GGTTTAGAAA--ACCACCTGCCCTTAATCACATGTCTAGATCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGTCTCAGGTTCCAAAAGACCTTTCAAACAATG
gi|20 : T--TCGAAGAAATGAC-AATTAACTAGGCTTCTTG-GG-TTCGTACA--TTTAATGAT-GACACCGGTT-G-GAA--ATTA
gi|21 : T-AAATTT-ACAA----------TT---CAGGTGAAGGTATCAGTGTTC---ACTCTC
gi|3 : TGTTATGTGTAGCTTCGT--TCAA--GAATGAC-AACT-----GGCCTTTCAAGGGTTCTTACA--TT-AA-AA--GACACCGGTT-TTGGACAATTAT-AAAATGGGAAA------ACAAACCTTGTTAACGTAGACAATAATAAAATTAAATCAAA-ATGAAAG-CAT-GT-T-AAACATAGA------T-----A--GAAATTCC-G---------ATGATATATAGGCATGTATATAA-T--A---TAA---ACCACTTTAC-AAGA-AAGATAAC--------------------ATT-----TAAATATTCTTAC---AATGTTAC--GCTTATTCCCCTTGA-TA-T-G-AACTTTAA-AACATTT-C-TACATTCA--T--AAT--GAA---TAATTTAC--TCAC------ATGGTA-TCGTAGCAAA-AAGTAATAA-A---TGAT--TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTAGG-----GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGAAATATA-TAGTAAAAA-ATAATATTACTG-A-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTGCTGGAAC--CCGTTCCTCTCTGACTA
gi|4 : agccGTCTG--TAT-AAATTT-ACAAGTACATGTAATTTGTCAAGAGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTAA------------A-GTCCAAATCAAATTGTGA--ACAA-A-GACTAAAGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAAGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCATATG------TCTGGAATTGACCAAACAGGTATAGATGCTTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGCAGTTAAAAAAA-----CAAGAGGGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATATACCAGCCATTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATAAATGCTGTTGATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACATGATAATCAAGTGAGG-AACTAAGTTAATATATGAAAATACATGCATCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
gi|5 : cagaAAAAT-AAATCAAACAT-AA-G--AT-GT-TTAAACACAGAATTAATC-----AT-GAA---CA-C---------ATG---------------TATAA-TGTA---TTA---TACAT---ACCAAGA-AGGA--AC-C---TGTCAT--GA-AA-CATC-----T-----------T---AAT----CAAG-TT-TTCCCCTT-A-TA-TTGAAACTTG-G----------------TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC---CACCCAT--ATGAGA-T-GTA-CAAA-G-GT-GTAA-A---TG----TA-AAGTA---ATAAATTATC-AAAT--ATTCCTT-------GTA-AG-GT--GTT-GCA---TTACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC---T-----A--TTA--------T-TGTTTA-AGGAAT-AAG-TTCCTCTGTAAT--AG---A-TCCAT---TAA-----ATCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----TTCAAATCAAAACTACCAACAAT-A-----------AAA-------AAAA-------CCACACGAA---A--A---CAG-A-----GCATG-TGCGT-G--C-AA--AAACCAAT-TAA---A-----ATTTTAATAATG----AA-AAAAA-CA-----A-A--CG-CCA--AA-TT-AGT----------------TGGGG---------------AATTA-TT-CTT-------AAa
gi|6 : -A-TAC---G-----AGAGTAATCAC---CCTGTTTT-GTGAAT-AAGGTCTCTTTCTAA----G---AGTTGAT-----------AGCTTTTACAG-----G-TC--T-----T-AAAACCAAA-CTACAAACAGT-A------TTTTAAGATCC-AATAGAA-------CCG-ACAAATTAC--ATATCATCAT--GCACA-GATACATTG--C-TC--A--CCAA-ATAA---GATCAGA--TTAATAGAA----CATAAAAG-TT-TTATA-ATTCG-CTCTCATATT-ACT-------------AAATGG-----------------AAT-A-TC-TTA-------CACTTCAATTTA---ATAG----AAATGCT-A-TTTA-GAAAC----TG-A---CGA----ATAA-T-------A-TTG-AA-TA-AA-GA-GTA--AAG-A--GAAGGAACTAAATA-GTGTAC-TGTAC--------------------------TA-TAGTA-----T-TCTT--AAAGTCTTCATAATGTATTGATATAAAATCTGACAA-TA------GTT---C-AGTGACGG-TTCAGTGTTCACTACTCCCTGCG-GC---------------AATAAAATTGTGT--ACAAGA-GACT---GGCTTG---ACGG--AAAC-AAAAGGTAAAatcatttgaa
gi|7 : CTT-GT--TC-AAGGAATGAC-AACTAG----ACTTTCCA-GGGTTTTTACA--TTTAATGAT-GACACAGGTT-G-GAA--ATTATCAATTGAAAACA------A--AACCCTGT-AACACAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GC-TTAAGCATAGA------T-----A--GAAAT-CATGATATATAGCATG---------------TATAA-T--A---TAA---ACCA-TTTAC-AAGA-AGGATAACTC---TGTAAT--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGATTA-T-GAAACTTT-A-ACCATCT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--AT-----T-TTA-AGAA-CAGT-ATAACACACTTA---TA-CAAGAAAGATTAAT-GTTAAA-T--AT-TCTATTCAAATGTACAG-GTT-ATT-
gi|7 : ttgtgtggtagcctggtAA-T--A---TTACTCACTATTTTA--AGAACAGTATAACACACTTAT-ACAAGA-AA-GATTAATGTTAAATATTCT-ATTCAAATGT-ACAGG-TTATTCCCCTTGAGTATT-GAAACTTT-ATAACATTTCC-TAC--TCATTT--AATAAGAA---AA--TTAT--Tccccttgagtattgaaactttataacatttcctactcatttaataagaaaattattacg
gi|8 : ttgtgtggtagcctggtcttgttcaaggaatgacaactagactttccagggtttttacatttaatgatgacacaggttggaaattatcaattgaaaacaaaaccctgtaacacagacaataataaaataaatcaaaatgaagcatgcttaagcatagatagaaatcatgatatatagcatgtataatataaaccatttacaagaaggataactctgtaatgaaacatctaaatattctataatgtacaagttattccccttgattatgaaactttaaccatctctactcataatgACTATTATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-TAT-GT-TTAAACACAGA------TTAATCAT-GATA--CA-GC--------ATG---------------TATAA-T--AGTATTA---ATCATTT-AC-AAGA-AGGATTACTC---TGTCAT--GA-AA-CATC-----T-----------T---AAT----CAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-TTGAAACTTG-G----------------TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--CCAT---T--ATGAGA-T-GTA-CAAA-G-GT-GTAA-A---TGA---TA-AAGTA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTT-------GTA-AA-GGT-GTT-GCA---TTACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC---T-----A--TTA--------T-TGTTTA-AGGAAC-TAAGTTCCTCTGTAATTA-G---A-TCCAT---TAA-----ATCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----T-CAAATCAAA-CTACCAACAAT-N------NNN-NNNNNNN-N-NNNNN-------NNNNNNNNATTAT--ATacg
gi|9 : gaCTCTCTGGGTACT-GTATG-CTGTCTAAATCAAAGTATAT--ACAA-A-TACTAGGGACTTTGACGCGAGAAAATGAA---------CTATT-GGTTTAGAGAGAAACACCTGACAT-AATCACATT------TCTGAAAGTGATCACGCAGATATAGATGTCTTAGGCTCTAAAAGATCATTCTAACAATGAAGTTAAAA--AAAAACCAAGAGAGTAATAGGACATACTGTATGGTACAATACTCGAAACATTGTATTA------CATATGTTAATGAATAGTGAA-ACAGTACATAATGCA
gi|9 : TACATATGTTAA-TG-A-ATAGTGAAACAGTACA---TAATGCATTTAATTAAAAtttaattaaaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GCTTCTTTGGGTTCTTTATTTGATAACACCTTATGGATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222222 1111 1111111 1 11 333333333 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 3333333333333 22222 111 1 1 222222222222222222 11 111 222222 1 111 222222222 111 2222222 111 11111 777777777777777777777777777777777777 111111111 33333333333 1111111 11111111 22222222222222222222 1111111 111 22222222222 5555555 1111 11111 11111 88888888888888888888888888888888888888 2222222 111 2222 1 1 9999999999999999999999999999999999999999999 1 11 22222 1 111 00000000000000000000000000 22222 11 11 222222222 111 111 77777777777777 1 11 222222 22222222 222222 11111111111 1 222 222
lowQualScore : 444 6 77 6 4 5 555555 99 2 3 66 0 7777 3333333 77 6 00 222222222 8 1 5 5 77 5 5 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 66 777 2 555 3 3 55 8 1111111111111 4 4 00000 0 4 444 3 4 4 2 4 3 444444444444444444 77 77 55 000 77 888 000000 3 6 3 6 444 6 6 111111111 6 111 5 5 5 77 5 6666666 5 5 5 5 111 1 44444 5 5 0 777777777777777777777777777777777777 777 66 555555555 1 88888888888 2 444 1111111 0 77777777 5 6 5 77777777777777777777 8888888 0 1 1 99 3 8 111 0 8 44444444444 0 66 0000000 8 6 7777 6 22222 8 0 8 11111 8 22222222222222222222222222222222222222 0 8 8 6666666 66 777 8888 7 7 3 3 5555555555555555555555555555555555555555555 0 3 33 99999 1 3 3 0 111 33333333333333333333333333 3 55555 2 3 33 1 9 11 6 6 222222222 111 4 1 111 0 99999999999999 9999 6 6 0 0 0 33 3 888888 1 1 1 2 99999999 0 0 4 1 11 1 888888 11111111111 7 0 3 1 0 7 6 7 333 333
lowQualScore : ... . .. . . . ...... .. . . .. . .... ....... .. . .. ......... . . . . .. . . . .................................................... . .. ... . ... . . .. . ............. . . ..... . . ... . . . . . . .................. .. .. .. ... .. ... ...... . . . . ... . . ......... . ... . . . .. . ....... . . . . ... . ..... . . . .................................... ... .. ......... . ........... . ... ....... . ........ . . . .................... ....... . . . .. . . ... . . ........... . .. ....... . . .... . ..... . . . ..... . ...................................... . . . ....... .. ... .... . . . . ........................................... . . .. ..... . . . . ... .......................... . ..... . . .. . . .. . . ......... ... . . ... . .............. .... . . . . . .. . ...... . . . . ........ . . . . .. . ...... ........... . . . . . . . . ... ...
lowQualScore : 000 7 99 6 0 7 000000 77 5 2 99 9 5555 7777777 99 0 22 888888888 0 4 7 7 44 7 7 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 11 888 2 666 6 2 66 0 5555555555555 0 0 00000 8 0 000 2 0 0 0 0 3 666666666666666666 99 99 77 000 99 000 000000 0 7 3 7 000 7 7 000000000 7 777 7 7 7 99 7 4444444 7 7 7 7 777 0 33333 7 7 4 444444444444444444444444444444444444 999 77 888888888 4 99999999999 5 888 2222222 2 00000000 0 6 7 77777777777777777777 6666666 7 6 0 22 8 0 888 8 8 66666666666 8 88 4444444 8 0 0000 0 44444 0 8 0 44444 0 66666666666666666666666666666666666666 8 0 0 0000000 55 555 3333 3 3 3 3 5555555555555555555555555555555555555555555 0 2 88 55555 0 2 0 0 000 88888888888888888888888888 2 00000 5 2 88 2 8 00 7 7 555555555 777 2 7 777 3 22222222222222 8888 7 7 8 8 0 88 2 888888 0 0 2 5 88888888 2 2 2 0 88 0 888888 00000000000 3 7 3 0 7 3 7 3 333 333
consensus : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGGAATGAC-AACTAGC--GGCTTCTCG-GGGTTCTTACA--TTTAATAAC-GACACCGGTT-T-GGA--ATTAT-AATANGAAATA------ACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACACAGA------T-----AT-GAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGGA-AGGATAACTC---TGT-AC--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACATTT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--ATGGTA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA-A---TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACNTCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-ATAA-A-TAC---G-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-NGGAAC-AAGGTTCCTCTCTAATTAAG---AGTCGAT---TAA-----AGCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----T-CAAACCAAA-CTACNAACAGT-A------TTT-AAGATAT-A-TAGAA-------CCGTACTAATTAA--ATNTCAG-AT--GTACATGNTACGT-G----C-TN-AAACCAATATAA---G--CAGANTTTAATAATA----AATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG-CTC--AT-TT-A-T-------------AAATGGGG---------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCAATTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TT-A---C-A----ATAAGT-------A-T---GA-TATAA-GATGTA--AAG-A--GAANGAAATAAATA-GTGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--AAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------ATT---CAAGTGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTGAG-GCT-GT-TG-A-GTCTAAATCAAATTGTNT--ACAA-A-GACTAGGGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAGGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATACGCNAANCANTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATGAATGCTGTTNATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AACTAAGTNAATATATGAAAATACATGCGTCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
Reference ( family-10000 ) : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGGAATGAC-AACTAGC--GGCTTCTCG-GGGTTCTTACA--TTTAATAAC-GACACCGGTT-T-GGA--ATTAT-AATANGAAATA------ACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACACAGA------T-----AT-GAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGGA-AGGATAACTC---TGT-AC--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACATTT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--ATGGTA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA-A---TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACNTCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-ATAA-A-TAC---G-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-NGGAAC-AAGGTTCCTCTCTAATTAAG---AGTCGAT---TAA-----AGCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----T-CAAACCAAA-CTACNAACAGT-A------TTT-AAGATAT-A-TAGAA-------CCGTACTAATTAA--ATNTCAG-AT--GTACATGNTACGT-G----C-TN-AAACCAATATAA---G--CAGANTTTAATAATA----AATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG-CTC--AT-TT-A-T-------------AAATGGGG---------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCAATTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TT-A---C-A----ATAAGT-------A-T---GA-TATAA-GATGTA--AAG-A--GAANGAAATAAATA-GTGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--AAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------ATT---CAAGTGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTGAG-GCT-GT-TG-A-GTCTAAATCAAATTGTNT--ACAA-A-GACTAGGGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAGGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATACGCNAANCANTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATGAATGCTGTTNATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AACTAAGTNAATATATGAAAATACATGCGTCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
gi|1 : TGTTGT---TAGCT--GT--TC-AAGGAATGAAGAACTAGG--GCCTTCTCA-AGGTTCTTACAAATTT--TAAT-GGCACCGGTT-T-GGA--ATTAT-AACAAAAAATAGGGACAACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAATTAAATGAAT-ATGAA-G-CATAGTATTAAACATAGA------T-----ATAGAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGAA-A--ATAACTC---TGT-AT--TA-AATCATT-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAGG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACAACT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--GTGGTA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA-A---TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AC-GTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGACAT-TA-TAATAAGAATATAA-A-TACAGAG-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-TGGAAC-AAGGTTCCTCTTTACTTAAG---AGTTGAT-----------AGCTTA-ACAGC------TCTTT-----A-TAAACCAAA-CTACAAACAGT-A------GTT-AAGATAT-A-TAGAA-------CTGTACTAATTAA--ATATCAA-AT--GTACATGCTACAT-G----C-TTCAAACCAATATA-------CAGAATTTAATAA-A----AATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG-CTC--AT-CT-A-T-------------AAATGGG----------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCA-TTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TTTA---C-AT---ACCGGT-------A-T---TA-T-TAA-GATGTA--AAGTA--CAATGAAATAAATA-ATGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--TAGTCCTTCCAAATGTCTT--TAT-ACATTT-ACAAGTA------ATT---CAGGTAAAGGCTTCAGTGTTT---ACTCGCTGAG-GTTTGT-TG-AAGTCTAAATCAAATTGTTA--ACGA-A-GACTAGGGACTTGGGAGCGGGAAA-CGAAAAGGTAAAACTATTCGGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTATGTACAGCACAATACACTACCCAGTGTATTG------CATATGTCAATGAGTAAT--------------ATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AAATAAGTAAATATATGAAAATACATGCATCAAATACATATAGTGAAA---TACATATTAATGCATATAATTAAAAATTACACCCTACT
gi|10 : TACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC-------------TAAT-AC-----TGTTTA-AGGAAC-TAAGTTCCTCTCTAATTA-G---A-TCCAT---TAA-----ATCTTGTACAGTCTAAG-TCCTT-----T-CAAATCAAA-CTACCAACAAT-ATTTTTTTTT-GAAAT-----TAGCA-------CTGTACTGATTAA--ATTTCAG-AT--GTGCATGGTGCGT-G----CATA-AAACCAATTTA-------CAAATTTTAATAATA----AAAAAAAA-TG-CTATA-ATTCG-CTC--AT-TCAA-T-------------TAGTTGGG---------------AATTA-TTCTTT-------AACTTC-ATTTG---A
gi|11 : TTGT---TAACTT-GTGATAGAAG-AGTGAC-AACTAG----ACTTCTTG-GG-TTCT-ACA--TTTAAT----GACAGCT-TT-T-GGA--AATCT-AATA--AATTA------A-AAACCCTTT-AGCACAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAAC-----------------AT-GACAT--A-GC--------ATG---------------TGTAATT--A---TTA---ATCA-TTTAC-AAGA-AGGATAACTC---TGTCAT--GA-AA-CATC-----TAAATATTTT-AT---GATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-a
gi|12 : tgtgatggccagtcATTCCTTAAGCTTCAAGATGC------AACAGTGTA------A--A-----CAAGAGAACGCTAGGCCACTGTGTGTAGCACAATGCGCGAAACGGTGTATTATATGTACACATGATGATGAATAATGAATGCTGTTAATAATGTAATTGATGTTGA--AATATGTACATGATGATCAAATGAGGTAACTGA
gi|13 : GTTCTTACA--TTTAAT----GACACC-------------TTATGAATATGAAAT--------TAAATCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAACCAAA-ATGAA-GGTAT-GT-TTAAGCACAGA------T-----A--GAAAT----G---------AAG-------------------A-T--A---T-----ACCATGT-AT-AGAA-ATAATAACCA---TTT-AC--AAGAA-CATC-----TAAATATTCT-AT---GATAT-ACAAG-TTATTCCACTTGA-TA-T-tgatcaaatgagtttactgatgatcaaa
gi|14 : ----TT-A---C-A----A-AAGT-------AATACAGA-TACAA-GATGTA--AAG------AAG-----AATA-GTGTAC-T-TTC--------------------------TGTTGGTAATCAGTGTC-C--AATTTCTTTC-AATGTCTT--TCT-CAAATT-A----TG------ATT---TA--TAAAAATTTTAGTGCTA---ACTCATTGAGCGCT-GTCTGAA-GTCTAACTT---TGGTTTAAACAA-ATGA-TAGATACTTCGAAGTGGGAAt
gi|15 : actAAC-ATC-TA-T--A--CTTA-------TCN-AACGTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGACAT-TA-TCGTAAAAT-ATAACACTGT---G-----AT-TCAATAACCTAC-TGTTTG-TAGAAC-AAGGTTCCTCTCCAACTAAGGTAAATCGAT---T----------TT--------TAAG-TACTT-----TCCAAACCAAA-CTACAACAAGT-A------TTT--AGAAAT-A-AAGCA-------CTGTATT
gi|16 : gTGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGAAATGAC-AAC--GC--GGCTTCTTT-GGGTTCTT-TA--TTTGATAACAAACACC--TTAT-GGA--
gi|17 : tgtgatagcctgtcGTTTG-TGGAAC-AAGGTTCCTCTCTACTT-AG---AGTCAATACATGT-----AGCTTTT----TCTAAGCTCTTT-----T-TAGACCAAA-tat
gi|18 : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGAAATGAC-AAC--GC--GGCTTCTTT-GGGTCTTT--A--TTTGATAAC-tat
gi|19 : tgtgatagcctgttcTAC-AGGA-AGGATAACTG---T-T-AT--GA-AA-TATC-----TAGATATTCT-AA---GAAAT-TCAAG-TTGTTCCCCTTGA-TA-a
gi|2 : taatgAA-T--A---TTACTCACTATTTTA--AGAACAGTATAACACACTTAT-ACAAGA-AA-GATTAATGTTAAATATTCT-ATTCAAATGT-ACAGG-TTATTCCCCTTGAGTA-TTGAAACTTT-ATAACATTT-CCTAC--TCA--TTTAATAAGAAAATTA--TTACGGTCAC---TTTATGGTAATAGTA-CAAACAAGT-ATGA-AC--TGAAATTATAAATA---ATAA-T-ATC-AA-TGGAT-CCTA-------GTA-AA-GTTTATTTGCAGAATTAGGGCTTAAATAATGAAAT-TAATAGTAAAAATATAA---TAC---GTAGGAGG-TTAGCCA-------GTC-------ACTAATGTAACTGACTACT--AG---AGTTGAT----AACACGTAGCTTGTACAGTTT------CTTAGTAAT-AAAACCACA--TAC-AACAGTGA------TTG-AAGATATGA-TAAAAGAATATTTTGTA-TAATTAATAATCTTAG-ATTGGTACATGCTACAT-AATCTT-TC-AAACCATTATAATACG--CAGAATTTAATAATATTAAAATAAAAGATAACTATAGATTCGACCC--AA-TT-A-TCGATTCTAATAGGAAATGGGGTAACCGTGTAAAGGGAATTAGTT-TTTCAGTTTAAGCTTCAATTTAGGAATAGGAAATAA--CTAATATTATGAAACACTATT-AAACC-AGAAAATAAATCCACGTAA-T---GAATATCACGATGTACAAAG-AAAGAATGAAATAAATATGTGTACGT-TACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATTAGTA-----TGTCTCTAAAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------AGT---CAAGTGAAGGTATCAGTGTTC---ACTCTCTGA------------A-GTCCAAATCAAATTGTTT--ACAA-A-GACTAGGGATTTGGGAACGGGAAAACGACAAGGTAAAAGTATT-GGTTTAGAAA--ACCACCTGCCCTTAATCACATGTCTAGATCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGTCTCAGGTTCCAAAAGACCTTTCAAACAATG
gi|20 : T--TCGAAGAAATGAC-AATTAACTAGGCTTCTTG-GG-TTCGTACA--TTTAATGAT-GACACCGGTT-G-GAA--ATTA
gi|21 : T-AAATTT-ACAA----------TT---CAGGTGAAGGTATCAGTGTTC---ACTCTC
gi|3 : TGTTATGTGTAGCTTCGT--TCAA--GAATGAC-AACT-----GGCCTTTCAAGGGTTCTTACA--TT-AA-AA--GACACCGGTT-TTGGACAATTAT-AAAATGGGAAA------ACAAACCTTGTTAACGTAGACAATAATAAAATTAAATCAAA-ATGAAAG-CAT-GT-T-AAACATAGA------T-----A--GAAATTCC-G---------ATGATATATAGGCATGTATATAA-T--A---TAA---ACCACTTTAC-AAGA-AAGATAAC--------------------ATT-----TAAATATTCTTAC---AATGTTAC--GCTTATTCCCCTTGA-TA-T-G-AACTTTAA-AACATTT-C-TACATTCA--T--AAT--GAA---TAATTTAC--TCAC------ATGGTA-TCGTAGCAAA-AAGTAATAA-A---TGAT--TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTAGG-----GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGAAATATA-TAGTAAAAA-ATAATATTACTG-A-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTGCTGGAAC--CCGTTCCTCTCTGACTA
gi|4 : agccGTCTG--TAT-AAATTT-ACAAGTACATGTAATTTGTCAAGAGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTAA------------A-GTCCAAATCAAATTGTGA--ACAA-A-GACTAAAGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAAGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCATATG------TCTGGAATTGACCAAACAGGTATAGATGCTTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGCAGTTAAAAAAA-----CAAGAGGGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATATACCAGCCATTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATAAATGCTGTTGATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACATGATAATCAAGTGAGG-AACTAAGTTAATATATGAAAATACATGCATCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
gi|5 : cagaAAAAT-AAATCAAACAT-AA-G--AT-GT-TTAAACACAGAATTAATC-----AT-GAA---CA-C---------ATG---------------TATAA-TGTA---TTA---TACAT---ACCAAGA-AGGA--AC-C---TGTCAT--GA-AA-CATC-----T-----------T---AAT----CAAG-TT-TTCCCCTT-A-TA-TTGAAACTTG-G----------------TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC---CACCCAT--ATGAGA-T-GTA-CAAA-G-GT-GTAA-A---TG----TA-AAGTA---ATAAATTATC-AAAT--ATTCCTT-------GTA-AG-GT--GTT-GCA---TTACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC---T-----A--TTA--------T-TGTTTA-AGGAAT-AAG-TTCCTCTGTAAT--AG---A-TCCAT---TAA-----ATCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----TTCAAATCAAAACTACCAACAAT-A-----------AAA-------AAAA-------CCACACGAA---A--A---CAG-A-----GCATG-TGCGT-G----C-AA-AAACCAAT-TA--------AAATTTTAATAATG----AA-AAAAA-CA-----A-A--CG-CCA--AA-TT-AGT----------------TGGGG---------------AATTA-TT-CTT-------AAa
gi|6 : -A-TAC---G-----AGAGTAATCAC---CCTGTTTT-GTGAAT-AAGGTCTCTTTCTAA----G---AGTTGAT-----------AGCTTTTACAG-----G-TC--T-----T-AAAACCAAA-CTACAAACAGT-A------TTTTAAGATCC-AATAGAA-------CCG-ACAAATTAC--ATATCATCAT--GCACA-GATACATTG----C-TC-A--CCAA-ATAA---GATCAGA--TTAATAGAA----CATAAAAG-TT-TTATA-ATTCG-CTCTCATATT-ACT-------------AAATGG-----------------AAT-A-TC-TTA-------CACTTCAATTTA---ATAG----AAATGCT-A-TTTA-GAAAC----TG-A---CGA----ATAA-T-------A-TTG-AA-TA-AA-GA-GTA--AAG-A--GAAGGAACTAAATA-GTGTAC-TGTAC--------------------------TA-TAGTA-----T-TCTT--AAAGTCTTCATAATGTATTGATATAAAATCTGACAA-TA------GTT---C-AGTGACGG-TTCAGTGTTCACTACTCCCTGCG-GC---------------AATAAAATTGTGT--ACAAGA-GACT---GGCTTG---ACGG--AAAC-AAAAGGTAAAatcatttgaa
gi|7 : CTT-GT--TC-AAGGAATGAC-AACTAG----ACTTTCCA-GGGTTTTTACA--TTTAATGAT-GACACAGGTT-G-GAA--ATTATCAATTGAAAACA------A--AACCCTGT-AACACAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GC-TTAAGCATAGA------T-----A--GAAAT-CATGATATATAGCATG---------------TATAA-T--A---TAA---ACCA-TTTAC-AAGA-AGGATAACTC---TGTAAT--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGATTA-T-GAAACTTT-A-ACCATCT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--AT-----T-TTA-AGAA-CAGT-ATAACACACTTA---TA-CAAGAAAGATTAAT-GTTAAA-T--AT-TCTATTCAAATGTACAG-GTT-ATT-
gi|7 : ttgtgtggtagcctggtAA-T--A---TTACTCACTATTTTA--AGAACAGTATAACACACTTAT-ACAAGA-AA-GATTAATGTTAAATATTCT-ATTCAAATGT-ACAGG-TTATTCCCCTTGAGTATT-GAAACTTT-ATAACATTTCC-TAC--TCATTT--AATAAGAA---AA--TTAT--Tccccttgagtattgaaactttataacatttcctactcatttaataagaaaattattacg
gi|8 : ttgtgtggtagcctggtcttgttcaaggaatgacaactagactttccagggtttttacatttaatgatgacacaggttggaaattatcaattgaaaacaaaaccctgtaacacagacaataataaaataaatcaaaatgaagcatgcttaagcatagatagaaatcatgatatatagcatgtataatataaaccatttacaagaaggataactctgtaatgaaacatctaaatattctataatgtacaagttattccccttgattatgaaactttaaccatctctactcataatgACTATTATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-TAT-GT-TTAAACACAGA------TTAATCAT-GATA--CA-GC--------ATG---------------TATAA-T--AGTATTA---ATCATTT-AC-AAGA-AGGATTACTC---TGTCAT--GA-AA-CATC-----T-----------T---AAT----CAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-TTGAAACTTG-G----------------TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--CCAT---T--ATGAGA-T-GTA-CAAA-G-GT-GTAA-A---TGA---TA-AAGTA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTT-------GTA-AA-GGT-GTT-GCA---TTACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC---T-----A--TTA--------T-TGTTTA-AGGAAC-TAAGTTCCTCTGTAATTA-G---A-TCCAT---TAA-----ATCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----T-CAAATCAAA-CTACCAACAAT-N------NNN-NNNNNNN-N-NNNNN-------NNNNNNNNATTAT--ATacg
gi|9 : gaCTCTCTGGGTACT-GTATG-CTGTCTAAATCAAAGTATAT--ACAA-A-TACTAGGGACTTTGACGCGAGAAAATGAA---------CTATT-GGTTTAGAGAGAAACACCTGACAT-AATCACATT------TCTGAAAGTGATCACGCAGATATAGATGTCTTAGGCTCTAAAAGATCATTCTAACAATGAAGTTAAAA--AAAAACCAAGAGAGTAATAGGACATACTGTATGGTACAATACTCGAAACATTGTATTA------CATATGTTAATGAATAGTGAA-ACAGTACATAATGCA
gi|9 : TACATATGTTAA-TG-A-ATAGTGAAACAGTACA---TAATGCATTTAATTAAAAtttaattaaaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GCTTCTTTGGGTTCTTTATTTGATAACACCTTATGGATA
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111
lowQualScore : 111 222222 1111 1111111 1 11 333333333 1 6666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 3333333333333 22222 111 1 1 222222222222222222 11 111 222222 1 111 222222222 111 2222222 111 11111 777777777777777777777777777777777777 111111111 33333333333 1111111 11111111 22222222222222222222 1111111 111 22222222222 5555555 1111 11111 11111 88888888888888888888888888888888888888 2222222 111 2222 1 1 9999999999999999999999999999999999999999999 1 11 22222 1 111 00000000000000000000000000 22222 11 11 222222222 111 111 77777777777777 1 11 222222 22222222 222222 11111111111 1 222 222
lowQualScore : 444 6 77 6 4 5 555555 99 2 3 66 0 7777 3333333 77 6 00 222222222 8 1 5 5 77 5 5 0 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 4 66 777 2 555 3 3 55 8 1111111111111 4 4 00000 0 4 444 3 4 4 2 4 3 444444444444444444 77 77 55 000 77 888 000000 3 6 3 6 444 6 6 111111111 6 111 5 5 5 77 5 6666666 5 5 5 5 111 1 44444 5 5 0 777777777777777777777777777777777777 777 66 555555555 1 88888888888 2 444 1111111 0 77777777 5 6 5 77777777777777777777 8888888 0 1 1 99 3 8 111 0 8 44444444444 0 66 0000000 8 6 7777 6 22222 8 0 8 11111 8 22222222222222222222222222222222222222 0 8 8 6666666 66 777 8888 7 7 3 3 5555555555555555555555555555555555555555555 0 3 33 99999 1 3 3 0 111 33333333333333333333333333 3 55555 2 3 33 1 9 11 6 6 222222222 111 4 1 111 0 99999999999999 9999 6 6 0 0 0 33 3 888888 1 1 1 2 99999999 0 0 4 1 11 1 888888 11111111111 7 0 3 1 0 7 6 7 333 333
lowQualScore : ... . .. . . . ...... .. . . .. . .... ....... .. . .. ......... . . . . .. . . . .................................................... . .. ... . ... . . .. . ............. . . ..... . . ... . . . . . . .................. .. .. .. ... .. ... ...... . . . . ... . . ......... . ... . . . .. . ....... . . . . ... . ..... . . . .................................... ... .. ......... . ........... . ... ....... . ........ . . . .................... ....... . . . .. . . ... . . ........... . .. ....... . . .... . ..... . . . ..... . ...................................... . . . ....... .. ... .... . . . . ........................................... . . .. ..... . . . . ... .......................... . ..... . . .. . . .. . . ......... ... . . ... . .............. .... . . . . . .. . ...... . . . . ........ . . . . .. . ...... ........... . . . . . . . . ... ...
lowQualScore : 000 7 99 6 0 7 000000 77 5 2 99 9 5555 7777777 99 0 22 888888888 0 4 7 7 44 7 7 4 4444444444444444444444444444444444444444444444444444 4 11 888 2 666 6 2 66 0 5555555555555 0 0 00000 8 0 000 2 0 0 0 0 3 666666666666666666 99 99 77 000 99 000 000000 0 7 3 7 000 7 7 000000000 7 777 7 7 7 99 7 4444444 7 7 7 7 777 0 33333 7 7 4 444444444444444444444444444444444444 999 77 888888888 4 99999999999 5 888 2222222 2 00000000 0 6 7 77777777777777777777 6666666 7 6 0 22 8 0 888 8 8 66666666666 8 88 4444444 8 0 0000 0 44444 0 8 0 44444 0 66666666666666666666666666666666666666 8 0 0 0000000 55 555 3333 3 3 3 3 5555555555555555555555555555555555555555555 0 2 88 55555 0 2 0 0 000 88888888888888888888888888 2 00000 5 2 88 2 8 00 7 7 555555555 777 2 7 777 3 22222222222222 8888 7 7 8 8 0 88 2 888888 0 0 2 5 88888888 2 2 2 0 88 0 888888 00000000000 3 7 3 0 7 3 7 3 333 333
consensus : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGGAATGAC-AACTAGC--GGCTTCTCG-GGGTTCTTACA--TTTAATAAC-GACACCGGTT-T-GGA--ATTAT-AATANGAAATA------ACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACACAGA------T-----AT-GAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGGA-AGGATAACTC---TGT-AC--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACATTT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--ATGGTA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA-A---TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACNTCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-ATAA-A-TAC---G-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-NGGAAC-AAGGTTCCTCTCTAATTAAG---AGTCGAT---TAA-----AGCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----T-CAAACCAAA-CTACNAACAGT-A------TTT-AAGATAT-A-TAGAA-------CCGTACTAATTAA--ATNTCAG-AT--GTACATGNTACGT-G----C-TN-AAACCAATATAA---G--CAGANTTTAATAATA----AATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG-CTC--AT-TT-A-T-------------AAATGGGG---------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCAATTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TT-A---C-A----ATAAGT-------A-T---GA-TATAA-GATGTA--AAG-A--GAANGAAATAAATA-GTGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--AAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------ATT---CAAGTGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTGAG-GCT-GT-TG-A-GTCTAAATCAAATTGTNT--ACAA-A-GACTAGGGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAGGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATACGCNAANCANTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATGAATGCTGTTNATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AACTAAGTNAATATATGAAAATACATGCGTCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
Reference ( family-10000 ) : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGGAATGAC-AACTAGC--GGCTTCTCG-GGGTTCTTACA--TTTAATAAC-GACACCGGTT-T-GGA--ATTAT-AATANGAAATA------ACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACACAGA------T-----AT-GAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGGA-AGGATAACTC---TGT-AC--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACATTT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--ATGGTA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA-A---TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACNTCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-ATAA-A-TAC---G-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-NGGAAC-AAGGTTCCTCTCTAATTAAG---AGTCGAT---TAA-----AGCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----T-CAAACCAAA-CTACNAACAGT-A------TTT-AAGATAT-A-TAGAA-------CCGTACTAATTAA--ATNTCAG-AT--GTACATGNTACGT-G----C-TN-AAACCAATATAA---G--CAGANTTTAATAATA----AATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG-CTC--AT-TT-A-T-------------AAATGGGG---------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCAATTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TT-A---C-A----ATAAGT-------A-T---GA-TATAA-GATGTA--AAG-A--GAANGAAATAAATA-GTGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--AAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------ATT---CAAGTGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTGAG-GCT-GT-TG-A-GTCTAAATCAAATTGTNT--ACAA-A-GACTAGGGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAGGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATACGCNAANCANTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATGAATGCTGTTNATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AACTAAGTNAATATATGAAAATACATGCGTCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
gi|1 : TGTTGT---TAGCT--GT--TC-AAGGAATGAAGAACTAGG--GCCTTCTCA-AGGTTCTTACAAATTT--TAAT-GGCACCGGTT-T-GGA--ATTAT-AACAAAAAATAGGGACAACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAATTAAATGAAT-ATGAA-G-CATAGTATTAAACATAGA------T-----ATAGAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGAA-A--ATAACTC---TGT-AT--TA-AATCATT-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAGG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACAACT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--GTGGTA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA-A---TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AC-GTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGACAT-TA-TAATAAGAATATAA-A-TACAGAG-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-TGGAAC-AAGGTTCCTCTTTACTTAAG---AGTTGAT-----------AGCTTA-ACAGC------TCTTT-----A-TAAACCAAA-CTACAAACAGT-A------GTT-AAGATAT-A-TAGAA-------CTGTACTAATTAA--ATATCAA-AT--GTACATGCTACAT-G----C-TTCAAACCAATATA-------CAGAATTTAATAA-A----AATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG-CTC--AT-CT-A-T-------------AAATGGG----------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCA-TTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TTTA---C-AT---ACCGGT-------A-T---TA-T-TAA-GATGTA--AAGTA--CAATGAAATAAATA-ATGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--TAGTCCTTCCAAATGTCTT--TAT-ACATTT-ACAAGTA------ATT---CAGGTAAAGGCTTCAGTGTTT---ACTCGCTGAG-GTTTGT-TG-AAGTCTAAATCAAATTGTTA--ACGA-A-GACTAGGGACTTGGGAGCGGGAAA-CGAAAAGGTAAAACTATTCGGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTATGTACAGCACAATACACTACCCAGTGTATTG------CATATGTCAATGAGTAAT--------------ATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AAATAAGTAAATATATGAAAATACATGCATCAAATACATATAGTGAAA---TACATATTAATGCATATAATTAAAAATTACACCCTACT
gi|10 : TACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC-------------TAAT-AC-----TGTTTA-AGGAAC-TAAGTTCCTCTCTAATTA-G---A-TCCAT---TAA-----ATCTTGTACAGTCTAAG-TCCTT-----T-CAAATCAAA-CTACCAACAAT-ATTTTTTTTT-GAAAT-----TAGCA-------CTGTACTGATTAA--ATTTCAG-AT--GTGCATGGTGCGT-G----CATA-AAACCAATTTA-------CAAATTTTAATAATA----AAAAAAAA-TG-CTATA-ATTCG-CTC--AT-TCAA-T-------------TAGTTGGG---------------AATTA-TTCTTT-------AACTTC-ATTTG---A
gi|11 : TTGT---TAACTT-GTGATAGAAG-AGTGAC-AACTAG----ACTTCTTG-GG-TTCT-ACA--TTTAAT----GACAGCT-TT-T-GGA--AATCT-AATA--AATTA------A-AAACCCTTT-AGCACAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAAC-----------------AT-GACAT--A-GC--------ATG---------------TGTAATT--A---TTA---ATCA-TTTAC-AAGA-AGGATAACTC---TGTCAT--GA-AA-CATC-----TAAATATTTT-AT---GATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-a
gi|12 : tgtgatggccagtcATTCCTTAAGCTTCAAGATGC------AACAGTGTA------A--A-----CAAGAGAACGCTAGGCCACTGTGTGTAGCACAATGCGCGAAACGGTGTATTATATGTACACATGATGATGAATAATGAATGCTGTTAATAATGTAATTGATGTTGA--AATATGTACATGATGATCAAATGAGGTAACTGA
gi|13 : GTTCTTACA--TTTAAT----GACACC-------------TTATGAATATGAAAT--------TAAATCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAACCAAA-ATGAA-GGTAT-GT-TTAAGCACAGA------T-----A--GAAAT----G---------AAG-------------------A-T--A---T-----ACCATGT-AT-AGAA-ATAATAACCA---TTT-AC--AAGAA-CATC-----TAAATATTCT-AT---GATAT-ACAAG-TTATTCCACTTGA-TA-T-tgatcaaatgagtttactgatgatcaaa
gi|14 : ----TT-A---C-A----A-AAGT-------AATACAGA-TACAA-GATGTA--AAG------AAG-----AATA-GTGTAC-T-TTC--------------------------TGTTGGTAATCAGTGTC-C--AATTTCTTTC-AATGTCTT--TCT-CAAATT-A----TG------ATT---TA--TAAAAATTTTAGTGCTA---ACTCATTGAGCGCT-GTCTGAA-GTCTAACTT---TGGTTTAAACAA-ATGA-TAGATACTTCGAAGTGGGAAt
gi|15 : actAAC-ATC-TA-T--A--CTTA-------TCN-AACGTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGACAT-TA-TCGTAAAAT-ATAACACTGT---G-----AT-TCAATAACCTAC-TGTTTG-TAGAAC-AAGGTTCCTCTCCAACTAAGGTAAATCGAT---T----------TT--------TAAG-TACTT-----TCCAAACCAAA-CTACAACAAGT-A------TTT--AGAAAT-A-AAGCA-------CTGTATT
gi|16 : gTGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGAAATGAC-AAC--GC--GGCTTCTTT-GGGTTCTT-TA--TTTGATAACAAACACC--TTAT-GGA--
gi|17 : tgtgatagcctgtcGTTTG-TGGAAC-AAGGTTCCTCTCTACTT-AG---AGTCAATACATGT-----AGCTTTT----TCTAAGCTCTTT-----T-TAGACCAAA-tat
gi|18 : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGAAATGAC-AAC--GC--GGCTTCTTT-GGGTCTTT--A--TTTGATAAC-tat
gi|19 : tgtgatagcctgttcTAC-AGGA-AGGATAACTG---T-T-AT--GA-AA-TATC-----TAGATATTCT-AA---GAAAT-TCAAG-TTGTTCCCCTTGA-TA-a
gi|2 : taatgAA-T--A---TTACTCACTATTTTA--AGAACAGTATAACACACTTAT-ACAAGA-AA-GATTAATGTTAAATATTCT-ATTCAAATGT-ACAGG-TTATTCCCCTTGAGTA-TTGAAACTTT-ATAACATTT-CCTAC--TCA--TTTAATAAGAAAATTA--TTACGGTCAC---TTTATGGTAATAGTA-CAAACAAGT-ATGA-AC--TGAAATTATAAATA---ATAA-T-ATC-AA-TGGAT-CCTA-------GTA-AA-GTTTATTTGCAGAATTAGGGCTTAAATAATGAAAT-TAATAGTAAAAATATAA---TAC---GTAGGAGG-TTAGCCA-------GTC-------ACTAATGTAACTGACTACT--AG---AGTTGAT----AACACGTAGCTTGTACAGTTT------CTTAGTAAT-AAAACCACA--TAC-AACAGTGA------TTG-AAGATATGA-TAAAAGAATATTTTGTA-TAATTAATAATCTTAG-ATTGGTACATGCTACAT-AATCTT-TC-AAACCATTATAATACG--CAGAATTTAATAATATTAAAATAAAAGATAACTATAGATTCGACCC--AA-TT-A-TCGATTCTAATAGGAAATGGGGTAACCGTGTAAAGGGAATTAGTT-TTTCAGTTTAAGCTTCAATTTAGGAATAGGAAATAA--CTAATATTATGAAACACTATT-AAACC-AGAAAATAAATCCACGTAA-T---GAATATCACGATGTACAAAG-AAAGAATGAAATAAATATGTGTACGT-TACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATTAGTA-----TGTCTCTAAAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------AGT---CAAGTGAAGGTATCAGTGTTC---ACTCTCTGA------------A-GTCCAAATCAAATTGTTT--ACAA-A-GACTAGGGATTTGGGAACGGGAAAACGACAAGGTAAAAGTATT-GGTTTAGAAA--ACCACCTGCCCTTAATCACATGTCTAGATCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGTCTCAGGTTCCAAAAGACCTTTCAAACAATG
gi|20 : T--TCGAAGAAATGAC-AATTAACTAGGCTTCTTG-GG-TTCGTACA--TTTAATGAT-GACACCGGTT-G-GAA--ATTA
gi|21 : T-AAATTT-ACAA----------TT---CAGGTGAAGGTATCAGTGTTC---ACTCTC
gi|3 : TGTTATGTGTAGCTTCGT--TCAA--GAATGAC-AACT-----GGCCTTTCAAGGGTTCTTACA--TT-AA-AA--GACACCGGTT-TTGGACAATTAT-AAAATGGGAAA------ACAAACCTTGTTAACGTAGACAATAATAAAATTAAATCAAA-ATGAAAG-CAT-GT-T-AAACATAGA------T-----A--GAAATTCC-G---------ATGATATATAGGCATGTATATAA-T--A---TAA---ACCACTTTAC-AAGA-AAGATAAC--------------------ATT-----TAAATATTCTTAC---AATGTTAC--GCTTATTCCCCTTGA-TA-T-G-AACTTTAA-AACATTT-C-TACATTCA--T--AAT--GAA---TAATTTAC--TCAC------ATGGTA-TCGTAGCAAA-AAGTAATAA-A---TGAT--TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTAGG-----GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGAAATATA-TAGTAAAAA-ATAATATTACTG-A-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTGCTGGAAC--CCGTTCCTCTCTGACTA
gi|4 : agccGTCTG--TAT-AAATTT-ACAAGTACATGTAATTTGTCAAGAGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTAA------------A-GTCCAAATCAAATTGTGA--ACAA-A-GACTAAAGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAAGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCATATG------TCTGGAATTGACCAAACAGGTATAGATGCTTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGCAGTTAAAAAAA-----CAAGAGGGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATATACCAGCCATTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATAAATGCTGTTGATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACATGATAATCAAGTGAGG-AACTAAGTTAATATATGAAAATACATGCATCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
gi|5 : cagaAAAAT-AAATCAAACAT-AA-G--AT-GT-TTAAACACAGAATTAATC-----AT-GAA---CA-C---------ATG---------------TATAA-TGTA---TTA---TACAT---ACCAAGA-AGGA--AC-C---TGTCAT--GA-AA-CATC-----T-----------T---AAT----CAAG-TT-TTCCCCTT-A-TA-TTGAAACTTG-G----------------TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC---CACCCAT--ATGAGA-T-GTA-CAAA-G-GT-GTAA-A---TG----TA-AAGTA---ATAAATTATC-AAAT--ATTCCTT-------GTA-AG-GT--GTT-GCA---TTACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC---T-----A--TTA--------T-TGTTTA-AGGAAT-AAG-TTCCTCTGTAAT--AG---A-TCCAT---TAA-----ATCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----TTCAAATCAAAACTACCAACAAT-A-----------AAA-------AAAA-------CCACACGAA---A--A---CAG-A-----GCATG-TGCGT-G----C-AA-AAACCAAT-TA--------AAATTTTAATAATG----AA-AAAAA-CA-----A-A--CG-CCA--AA-TT-AGT----------------TGGGG---------------AATTA-TT-CTT-------AAa
gi|6 : -A-TAC---G-----AGAGTAATCAC---CCTGTTTT-GTGAAT-AAGGTCTCTTTCTAA----G---AGTTGAT-----------AGCTTTTACAG-----G-TC--T-----T-AAAACCAAA-CTACAAACAGT-A------TTTTAAGATCC-AATAGAA-------CCG-ACAAATTAC--ATATCATCAT--GCACA-GATACATTG----C-TC-A--CCAA-ATAA---GATCAGA--TTAATAGAA----CATAAAAG-TT-TTATA-ATTCG-CTCTCATATT-ACT-------------AAATGG-----------------AAT-A-TC-TTA-------CACTTCAATTTA---ATAG----AAATGCT-A-TTTA-GAAAC----TG-A---CGA----ATAA-T-------A-TTG-AA-TA-AA-GA-GTA--AAG-A--GAAGGAACTAAATA-GTGTAC-TGTAC--------------------------TA-TAGTA-----T-TCTT--AAAGTCTTCATAATGTATTGATATAAAATCTGACAA-TA------GTT---C-AGTGACGG-TTCAGTGTTCACTACTCCCTGCG-GC---------------AATAAAATTGTGT--ACAAGA-GACT---GGCTTG---ACGG--AAAC-AAAAGGTAAAatcatttgaa
gi|7 : CTT-GT--TC-AAGGAATGAC-AACTAG----ACTTTCCA-GGGTTTTTACA--TTTAATGAT-GACACAGGTT-G-GAA--ATTATCAATTGAAAACA------A--AACCCTGT-AACACAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GC-TTAAGCATAGA------T-----A--GAAAT-CATGATATATAGCATG---------------TATAA-T--A---TAA---ACCA-TTTAC-AAGA-AGGATAACTC---TGTAAT--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGATTA-T-GAAACTTT-A-ACCATCT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--AT-----T-TTA-AGAA-CAGT-ATAACACACTTA---TA-CAAGAAAGATTAAT-GTTAAA-T--AT-TCTATTCAAATGTACAG-GTT-ATT-
gi|7 : ttgtgtggtagcctggtAA-T--A---TTACTCACTATTTTA--AGAACAGTATAACACACTTAT-ACAAGA-AA-GATTAATGTTAAATATTCT-ATTCAAATGT-ACAGG-TTATTCCCCTTGAGTATT-GAAACTTT-ATAACATTTCC-TAC--TCATTT--AATAAGAA---AA--TTAT--Tccccttgagtattgaaactttataacatttcctactcatttaataagaaaattattacg
gi|8 : ttgtgtggtagcctggtcttgttcaaggaatgacaactagactttccagggtttttacatttaatgatgacacaggttggaaattatcaattgaaaacaaaaccctgtaacacagacaataataaaataaatcaaaatgaagcatgcttaagcatagatagaaatcatgatatatagcatgtataatataaaccatttacaagaaggataactctgtaatgaaacatctaaatattctataatgtacaagttattccccttgattatgaaactttaaccatctctactcataatgACTATTATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-TAT-GT-TTAAACACAGA------TTAATCAT-GATA--CA-GC--------ATG---------------TATAA-T--AGTATTA---ATCATTT-AC-AAGA-AGGATTACTC---TGTCAT--GA-AA-CATC-----T-----------T---AAT----CAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-TTGAAACTTG-G----------------TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--CCAT---T--ATGAGA-T-GTA-CAAA-G-GT-GTAA-A---TGA---TA-AAGTA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTT-------GTA-AA-GGT-GTT-GCA---TTACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC---T-----A--TTA--------T-TGTTTA-AGGAAC-TAAGTTCCTCTGTAATTA-G---A-TCCAT---TAA-----ATCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----T-CAAATCAAA-CTACCAACAAT-N------NNN-NNNNNNN-N-NNNNN-------NNNNNNNNATTAT--ATacg
gi|9 : gaCTCTCTGGGTACT-GTATG-CTGTCTAAATCAAAGTATAT--ACAA-A-TACTAGGGACTTTGACGCGAGAAAATGAA---------CTATT-GGTTTAGAGAGAAACACCTGACAT-AATCACATT------TCTGAAAGTGATCACGCAGATATAGATGTCTTAGGCTCTAAAAGATCATTCTAACAATGAAGTTAAAA--AAAAACCAAGAGAGTAATAGGACATACTGTATGGTACAATACTCGAAACATTGTATTA------CATATGTTAATGAATAGTGAA-ACAGTACATAATGCA
gi|9 : TACATATGTTAA-TG-A-ATAGTGAAACAGTACA---TAATGCATTTAATTAAAAtttaattaaaac
blockSeqs : GTG C GA G A . TAACTA AA G A . AACA GGTTTT CA G TG AAC T T C A GT . . TAGAAATTCCGATGATATATAGGCATGTA T GT GTA T CTC T T CC C ACACTTATACAA G . AATGT T TCA G T C G T T AAAACATTTCTACAT TT TT AA AAT AT GGT CCAT T A A G CAA A C CTGAAAT T AAG T A A GG T TTCAAAT C C T T GAA A AATAA A A ATAACACTGTGATTCAATAACCTAC GCT TA TAAGGTAAA C AACACGT T GTA TCTAAGC AGTAATA A C G TTTTTTTTTGAAAT GAATATT T C TA T C TTG G AATCTTTC TT ATACG T T TTAA A ATAAC G A TCATA A TCGATTCTAATAGGAAATGGGGTAACCGTGTAAAGGG G C CAGTTTA AA GGA GAAA T A T T ACTATTAAACCAGAAAATAAATCCACGTAATGAATAT C T CA AAAG A A A T GT NNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNG T ATCAG G T TA T A GA A G GTACATGTA TGT A T ACT GCGCTGTCTGAA TTAA G T . GA T TCTAGA T A T G AAAAAC G G AA G TATGTA GAATGCTGTTA T T T A C T CAG .
blockSeqs : . . . G A . TAG G G A . AAC GGTTG . C TG AA . . . . C . . TAGAAATCATGATATATAGCATG . . . T CTC T T C C ACACTTATACAA . . AATGT . TCA A . . T . T ATAACATTTCCTAC . . AA . . T TTT T . C . AA . . CACTTA . . . . . . . GG . . . . . T . . . ATAATATTACTGAAGTTAATCACC AA T TAGAG G ACATGT G GTA TCTAAG TCC . A . TTTTAAGATCCAA . T T . C . T C GCATA TA AGAT A T . T TGC . . AT . TTAGTTGGG . . . AA . . . . . . TTACAAAAGTAATACAGATAC . T . AG T A C . TG . T . G T . A T . . . GTA . G T . GTACTGTATGCT TT . . . . T . T T C G AAA A C GC T . AAATGCTGTTG . . . . . . .
blockSeqs : . . . G A . TAG T G A . GAT GGTTG . . GA AA . . . . C . . TTAATCATGATACAGCATG . . . A . C T T . TCTGTCAT . . . . . A . . G . T ATAACATTTCCTAC . . . . . T T G . . . CA . . TGAT . . . . . . . . . . . . . G . . . TATAATACGTAGGAGGTTAGCCA GT A TAGA A TAA G GTA CCTAAG TTC . C . TTGAAGATATGA . T C . A . T A TGCTC T . T T . T TTT . . AA . CTAAATGG . . . A . TGACGAATAATATTGAATA . . . . G . . . T . . . . . . A . . . . TG . A T . GGC GA . . . . . . A T A . A T G AA T . GAAACAGTAC
blockSeqs : . . . G G . GC T G A . GAT TTTT . . . T . . . . C . . ATTAATCATGAACACATG . . . T . T T C . TCTGTAAT . . . . . G . . . . . AACCATCTCTAC . . . . . T T G . . . G . . TGA . . . . . . . . . . . . . T . . . AACTAATAC GT A AGAG G TAA T TTA CCTAAG TC . A . NNNNNNNNNNN . C C . . . . . GCAA A . . A . . CA . . AA . GTTGGGG . . . . . . TA . A T . A GT . . . .
blockSeqs : . . A G . GC G G A . AA TTAT . . . . T . . ATGACATAGCATG . . . A . T T C . TCTGTCAT . . . . . G . . . . . G . . . . . C . . . . . G . . TG . . . . . . . . . . . . . A . . . AACTATTAT AA A TAGA C TAA G GTA TAAG TT . C . TTTAGAAATA . N N . . . . . . . . A AT . .
blockSeqs : . . . . T A . . . . . . . . . . . . TAGAAATGAAG . . . T . T T C . CATTTAC . . . . . G . . . . . G . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . AACTATTAT TG A AGA G T T TT TTT TA . . . AAA . . .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . C . CTGTCAT . . . . . G . . . . . AA T GAG C . . . G TC .
blockSeqs : . . . . . . . . . TGTTAT . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqCons : TGN*** ** GGTTN** AA******* NCTGTCAT***** AAACATTTCTAC****** G** CTGA***** ATAAACTAATAACC********************** TAGAG**** TAA******** GTA TCTAAG* TTTTGANATA********** T* CCGATTGGG***************************** GTA****** G*************
originalCons : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGGAATGAC-AACTAGC--GGCTTCTCG-GGGTTCTTACA--TTTAATAAC-GACACCGGTT-T-GGA--ATTAT-AATANGAAATA------ACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACACAGA------T-----AT-GAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGGA-AGGATAACTC---TGT-AC--GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACATTT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--ATGGTA-T-GTA-CAAA-AAGT-ATAA-A---TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACNTCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-ATAA-A-TAC---G-----AG-TTAATCAC---C-TGTTTG-NGGAAC-AAGGTTCCTCTCTAATTAAG---AGTCGAT---TAA-----AGCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----T-CAAACCAAA-CTACNAACAGT-A------TTT-AAGATAT-A-TAGAA-------CCGTACTAATTAA--ATNTCAG-AT--GTACATGNTACGT-G----C-TN-AAACCAATATAA---G--CAGANTTTAATAATA----AATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG-CTC--AT-TT-A-T-------------AAATGGGG---------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCAATTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TT-A---C-A----ATAAGT-------A-T---GA-TATAA-GATGTA--AAG-A--GAANGAAATAAATA-GTGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--AAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------ATT---CAAGTGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTGAG-GCT-GT-TG-A-GTCTAAATCAAATTGTNT--ACAA-A-GACTAGGGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAGGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATACGCNAANCANTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATGAATGCTGTTNATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AACTAAGTNAATATATGAAAATACATGCGTCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
finalCons : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGGAATGAC-AACTGN---GGCTTCTCG-GGGTTCTTACA--TTTAATAAC-GACACCGGTTN--GGA--ATTAT-AATANGAAATAA-------AAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACACAGA------T-----AT-GAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAA-T--A---TTA---ACCATTTTAC-AGGA-AGGATAACNCTGTCAT-----GA-AA-CATC-----TAAATATTCT-AT---AATGT-ACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTTAAACATTTCTAC------TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--ATGGTA-T-GTA-CAAAG--GT-ATAA-ACTGA-----TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACNTCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAAATAAACTAATAACC----------------------TGTTTG-NGGAAC-AAGGTTCCTCTCTAATTAGAG----TCGATTAA--------AGCTTGTACAGTCTAAG-TCCTT-----T-CAAACCAAA-CTACNAACAGT-ATTTTGANATA----------TAGAA-------CCGTACTAATTAA--ATNTCAG-AT--GTACATGNTACGT-G----C-TN-AAACCAAT-TAA---G--CAGANTTTAATAATA----AATAAAAG-TA-CTATA-ATTCG-CTC--AT-TT-ACCGATTGGG-----------------------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCAATTTA---ATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TT-A---C-A----ATAAGT-------A-T---GA-TATAA-GATGTA--AAG-A--GAANGAAATAAATA-GTGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--AAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------ATT---CAAGTGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTGAG-------------GTCTAAATCAAATTGTNT--ACAA-A-GACTAGGGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAGGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATACGCNAANCANTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATGAATGCTGTTNATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AACTAAGTNAATATATGAAAATACATGCGTCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GCTTCTTTGGGTTCTTTATTTGATAACACCTTATGGATA
Alignments
lowQualScore : 1111111111111111111111111111111111111111111 11111111111111111111111111
lowQualScore : 111 333333 1111 11 1 11111 3333333333 1 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 11 111 22222 11 22222 111 1 1 222222222222222222 11 111 222222 111 1111 22222222222 111 2222222 111 11111 7777777777777777777777777777777777777777 222222222222 22222222222 1111111 11111111 4444444444444444444444 1111 11 111 22222222222 11 33333333 22222 11111 11111 8888888888888888888888888888888888888 2222222 111 2222 22 1 0000000000000000000000000000000000000000000 11 22 1 111 00000000000000000000000000 22222 11 11 222222222 111 111 1111 3333333333333 111 1 11 222222 22222222 222222 11111111111 1 222 222
lowQualScore : 444 6 77 6 4 5 000000 5 99 2 3 66 0 7777 55 00 99 6 77777 1111111111 0 8 1 5 5 77 5 5 4 0000000000000000000000000000000000000000000000000000 00 777 2 555 8 55 8 0 11111 0 11 0 4 4 00000 0 4 444 77 4 2 4 3 444444444444444444 77 77 55 000 77 888 000000 555 6 6 8888 6 88888888888 6 111 5 5 5 77 5 6666666 5 5 5 5 111 1 44444 5 5 0 1111111111111111111111111111111111111111 666 4 66 66 222222222222 4 8 3 77777777777 2 444 1111111 0 77777777 5 6 7 6666666666666666666666 4444 0 1 1 0 11 44 8 111 0 8 44444444444 0 11 11111111 8 33333 6 22222 8 0 8 11111 8 3333333333333333333333333333333333333 0 8 8 6666666 66 777 8888 7 00 3 5555555555555555555555555555555555555555555 3 33 33 8 1 9 0 111 33333333333333333333333333 3 55555 2 3 33 1 9 11 6 6 222222222 111 4 1 111 1 4444 4444444444444 111 9999 6 6 0 0 0 33 3 888888 1 1 1 2 99999999 0 0 4 1 11 1 888888 11111111111 7 0 3 1 0 7 6 7 333 333
lowQualScore : ... . .. . . . ...... . .. . . .. . .... .. .. .. . ..... .......... . . . . . .. . . . .................................................... .. ... . ... . .. . . ..... . .. . . . ..... . . ... .. . . . . .................. .. .. .. ... .. ... ...... ... . . .... . ........... . ... . . . .. . ....... . . . . ... . ..... . . . ........................................ ... . .. .. ............ . . . ........... . ... ....... . ........ . . . ...................... .... . . . . .. .. . ... . . ........... . .. ........ . ..... . ..... . . . ..... . ..................................... . . . ....... .. ... .... . .. . ........................................... . .. .. . . . . ... .......................... . ..... . . .. . . .. . . ......... ... . . ... . .... ............. ... .... . . . . . .. . ...... . . . . ........ . . . . .. . ...... ........... . . . . . . . . ... ...
lowQualScore : 000 7 99 6 0 7 444444 7 77 5 2 99 9 5555 00 00 22 0 66666 8888888888 8 0 4 7 7 44 7 7 0 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 66 888 2 666 1 66 0 9 77777 7 22 1 0 0 00000 8 0 000 22 0 0 0 3 666666666666666666 99 99 77 000 99 000 000000 333 7 7 0000 7 77777777777 7 777 7 7 7 99 7 4444444 7 7 7 7 777 0 33333 7 7 4 1111111111111111111111111111111111111111 333 9 11 11 888888888888 4 8 4 44444444444 5 888 6666666 2 00000000 0 6 5 0000000000000000000000 2222 7 7 0 8 00 66 0 888 8 8 66666666666 8 00 00000000 8 00000 0 44444 0 8 0 44444 0 8888888888888888888888888888888888888 8 0 0 0000000 55 555 3333 3 77 3 5555555555555555555555555555555555555555555 2 88 88 8 0 2 0 000 88888888888888888888888888 2 00000 5 2 88 2 8 00 7 7 555555555 777 2 7 777 8 2222 2222222222222 777 8888 7 7 8 8 0 88 2 888888 0 0 2 5 88888888 2 2 2 0 88 0 888888 00000000000 3 7 3 0 7 3 7 3 333 333
consensus : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGGAATGAC-AACTGA---GGC-TTCTCG-GGGTTCTTACA--TTTAATAAC-GACACCGGTTT-GGA--ATTAT-AA--TANGAAATAA-------AAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACACAGA------T-----AT-GAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAAT--A---TTA---ACCATTTTAC-AGGA-AGGATAACTC---TGT-CATGA-AA-CATC-----TAAATATTC-TAT---AATG-TACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACATTT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--ATGGTA-T-GTA-C-AAA--A-GT-ATAA---A-TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACNTCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-ATAA----AC---------T-------AATAAC---C-TGTTTG-NGGAACAAGGTT--CC--TCTCTAAT------------TA-GAGTCGAT---TAA-----AGCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----T-CAAACCAAA-CTACNAACAGTATTTN-----GAAAT---AT------AGAA----CCGTACTAATTA--AATNTCAG-AT--GTACATGNTACGT-G----C-TN-AAACCA--ATA-TAAG--CAGANTTTAATAAT----AAATAAAAG-T-ACTATA-ATTCG-CTC--AT-TT-ATCGAT------------TGGG----------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCAATTT---AATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TT--AC-----A-ATAAGT-------A-T---G-ATAT-AAGATGT--AAAG--AGAANGAAATAAATA-GTGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--AAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------ATT---CAAGTGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCNCTGAG----GT----------CT-AAATCAAATT---GTNT--ACAA-A-GACTAGGGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAGGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATACGCNAANCANTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATGAATGCTGTTNATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AACTAAGTNAATATATGAAAATACATGCGTCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
Reference ( family-10000 ) : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGGAATGAC-AACTGN---GGC-TTCTCG-GGGTTCTTACA--TTTAATAAC-GACACCGGTTN-GGA--ATTAT-AA--TANGAAATAA-------AAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACACAGA------T-----AT-GAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAAT--A---TTA---ACCATTTTAC-AGGA-AGGATAACNC---TGT-CATGA-AA-CATC-----TAAATATTC-TAT---AATG-TACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACATTT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--ATGGTA-T-GTA-C-AAA--G-GT-ATAA---ACTGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACNTCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-ATAA----AC---------T-------AATAAC---C-TGTTTG-NGGAACAAGGTT--CC--TCTCTAAT------------TA-GAGTCGAT---TAA-----AGCTTGTACAGTCTAAG-TCCTT-----T-CAAACCAAA-CTACNAACAGTATTTT-----GANAT---AT------AGAA----CCGTACTAATTA--AATNTCAG-AT--GTACATGNTACGT-G----C-TN-AAACCA--AT--TAAG--CAGANTTTAATAAT----AAATAAAAG-T-ACTATA-ATTCG-CTC--AT-TT-ACCGAT------------TGGG----------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCAATTT---AATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TT--AC-----A-ATAAGT-------A-T---G-ATAT-AAGATGT--AAAG--AGAANGAAATAAATA-GTGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--AAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------ATT---CAAGTGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTGAG----GT----------CT-AAATCAAATT---GTNT--ACAA-A-GACTAGGGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAGGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATACGCNAANCANTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATGAATGCTGTTNATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AACTAAGTNAATATATGAAAATACATGCGTCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
gi|1 : TGTTGT---TAGCT--GT--TC-AAGGAATGAAGAACTAG---GGCCTTCTCA-AGGTTCTTACAAATTT--TAAT-GGCACCGGTTT-GGA--ATTAT-AA--CAAAAAATAGGGACAACAAACCCTGT-AACATAGACAATAATAAAATTAAATGAAT-ATGAA-G-CATAGTATTAAACATAGA------T-----ATAGAAAT-CA-G---------ATG---------------TATAAT--A---TTA---ACCATTTTAC-AGAA-A--ATAACTC---TGT--ATTA-AATCATT-----TAAATATTC-TAT---AATG-TACAGG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-GAAACTTT-A-AACAACT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--GTGGTA-T-GTA-C-AAA--AAGT-ATAA---A-TGA---TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTA-------GTA-AC-GTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGACAT-TA-TAATAAGAATATAA----ATACAGAGAGTT-------AATCAC---C-TGTTTG-TGGAACAAGGTT--CC--TCTTTACT------------TAAGAGTTGAT-----------AGCTTA-ACAGC------TCTTT-----A-TAAACCAAA-CTACAAACAGTAGTTAA----GATAT---AT------AGAA----CTGTACTAATTA--AATATCAA-AT--GTACATGCTACAT-G----C-TTCAAACCA--ATA-TA----CAGAATTTAATAA-----AAATAAAAG-T-ACTATA-ATTCG-CTC--AT-CT-ATAAAT-------------GGG----------------AATTA-TT-TTT-------AACTTCA-TTT---AATAG----TAATGCTAA-ATTA-GAAAC----TTT-AC-----ATACCGGT-------A-T---T-AT-T-AAGATGT--AAAGT-ACAATGAAATAAATA-ATGTAC-T-TAC--------------------------TATTAGTA-----TGTCTC--TAGTCCTTCCAAATGTCTT--TAT-ACATTT-ACAAGTA------ATT---CAGGTAAAGGCTTCAGTGTTT---ACTCGCTGAG----GTTTGTTGAAGTCT-AAATCAAATT---GTTA--ACGA-A-GACTAGGGACTTGGGAGCGGGAAA-CGAAAAGGTAAAACTATTCGGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCACATG------TCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGCCTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGTAGTTAAAA--A-----CAAGAGAGTAATAGGGCATTATGTACAGCACAATACACTACCCAGTGTATTG------CATATGTCAATGAGTAAT--------------ATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACACGATGATCAAGTGAGG-AAATAAGTAAATATATGAAAATACATGCATCAAATACATATAGTGAAA---TACATATTAATGCATATAATTAAAAATTACACCCTACT
gi|10 : TACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC---------T-------AATA-----C-TGTTTA-AGGAACTAAGTT--CC--TCTCTAAT------------TA-GA-TCCAT---TAA-----ATCTTGTACAGTCTAAG-TCCTT-----T-CAAATCAAA-CTACCAACAATATTTTTTTTTGAAAT----T------AGCA----CTGTACTGATTA--AATTTCAG-AT--GTGCATGGTGCGT-G----CATA-AAACCA--AT--TTA---CAAATTTTAATAAT----AAAAAAAAA-T-GCTATA-ATTCG-CTC--AT-TCAATTAGT------------TGGG----------------AATTA-TTCTTT-------AACTTC-ATTT---GA
gi|11 : TTGT---TAACTT-GTGATAGAAG-AGTGAC-AACT-A---GAC-TTCTTG-GG-TTCT-ACA--TTTAAT----GACAGCT-TTT-GGA--AATCT-AA--TA--AATTAA-------AAACCCTTT-AGCACAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GT-TTAAACA-----------------T-GACAT--A-GC--------ATG---------------TGTAATT-A---TTA---ATCATTT-AC-AAGA-AGGATAACTC---TGT-CATGA-AA-CATC-----TAAATATTT-TAT---GATG-TACAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-T-a
gi|12 : tgtgatggccagtcATTCCTTAAGCTTCAAGATGC------AACAGTGTA------A--A-----CAAGAGAACGCTAGGCCACTGTGTGTAGCACAATGCGCGAAACGGTGTATTATATGTACACATGATGATGAATAATGAATGCTGTTAATAATGTAATTGATGTTGA--AATATGTACATGATGATCAAATGAGGTAACTGA
gi|13 : GTTCTTACA--TTTAAT----GACACC------------TTATGAA--TATGAAATTA-------AA-TCCTGT-AACATAGACAATAATAAAAT-AAACCAAA-ATGAA-GGTAT-GT-TTAAGCACAGA------T-----A--GAAAT----G---------AAG-------------------AT--A---T-----ACCATGT-AT-AGAA-ATAATAACCA---T-T-TACAAGAA-CATC-----TAAATATTC-TAT---GATA-TACAAG-TTATTCCACTTGA-TA-T-tgatcaaatgagtttactgatgatcaaa
gi|14 : ----TT--AC-----A-A-AAGT-------AATACAG-ATAC-AAGATGT--AAAG--A---AGAA-----TA-GTGTAC-T-TTC--------------------------TGTTGGTAATCAGTGTC-C--AATTTCTTTC-AATGTCTT--TCT-CAAATT-A----TG------ATT---TA--TAAAAATTTTAGTGCTA---ACTCATTGAGCGCTGT----------CTGAAGTCTAACTTTGGTTTAAACAA-ATGA-TAGATACTTCGAAGTGGGAAt
gi|15 : actAAC-ATC-TA-T--A--CTTA-------TCN-AACGTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGACAT-TA-TCGTAAAAT-ATAAC---AC---------TGTGATTCAATAACCTAC-TGTTTG-TAGAACAAGGTT--CC--TCTCCAAC------------TA-AGGTAAAT---CGA--------TT------TTTAAG-TACTT-----TCCAAACCAAA-CTACAACAAGTATTTA-----GAAAT---AA------AGCA----CTGTATT
gi|16 : gTGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGAAATGAC-AAC-GC---GGC-TTCTTT-GGGTTCTT-TA--TTTGATAACAAACACC
gi|17 : tgtgatagcctgtcGTTTG-TGGAACAAGGTT--CC--TCTCTACT------------TA-GAGTCAATACATGT-----AGCTTTT----TCTAAGCTCTTT-----T-TAGACCAAA-ttatggatat
gi|18 : TGTTGT---TAACTT-GT--TCGAAGAAATGAC-AAC-GC---GGC-TTCTTT-GGGTCTTT--A--TTTGATAAC-tat
gi|19 : tgtgatagcctgttcTAC-AGGA-AGGATAAC-----TGT-TATGA-AA-TATC-----TAGATATTC-TAA---GAAA-TTCAAG-TTGTTCCCCTTGA-TA-a
gi|2 : taatgAAT--A---TTACTCACTATTTTA--AGAACAGTATAACACACTTATACAAGA-AA-GATTAATGTTAAATATTC-TATTCAAATG-TACAGG-TTATTCCCCTTGAGTA-TTGAAACTTT-ATAACATTT-CCTAC--TCA--TTTAATAAGAAAATTA--TTACGGTCAC---TTTATGGTAATAGTA-C-AAACAA-GT-ATGA---ACTGAAATTATAAATA---ATAA-T-ATC-AA-TGGAT-CCTA-------GTA-AA-GTTTATTTGCAGAATTAGGGCTTAAATAATGAAAT-TAATAGTAAA-A-ATA----------------T-------AATA-------CGT----AGG----AGGTTAGCCAGTCACTAATGTAACTGACTACTA-GAGTTGA----TAACACGTAGCTTGTACAGT------TTCTTAGTAAT-AAAACCACA--TAC-AACAGTGATTG-----AAGAT---ATGATAAAAGAATATTTTGTA-TAATTAATAATCTTAG-ATTGGTACATGCTACAT-AATCTT-TC-AAACCATTATAATACG--CAGAATTTAATAATATTAAAATAAAAGATAACTATAGATTCGACCC--AA-TT-ATCGATTCTAATAGGAAATGGGGTAACCGTGTAAAGGGAATTAGTT-TTTCAGTTTAAGCTTCAATTTAGGAATAGGAAATAA--CTAATATTATGAAACACTATTAAACCAGAAA-ATAAATCCACGTAA-T---GAATATCACGATGTACAAAGAAAGAATGAAATAAATATGTGTACGT-TACNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNGTATTAGTA-----TGTCTCTAAAATCCTTCCAAATGTCTT--TAT-AAATTT-ACAAGTA------AGT---CAAGTGAAGGTATCAGTGTTC---ACTCTCTGAA----GT----------CC-AAATCAAATT---GTTT--ACAA-A-GACTAGGGATTTGGGAACGGGAAAACGACAAGGTAAAAGTATT-GGTTTAGAAA--ACCACCTGCCCTTAATCACATGTCTAGATCTGGAAGTGACCAAACAGGTATAGATGTCTCAGGTTCCAAAAGACCTTTCAAACAATG
gi|20 : T--TCGAAGAAATGAC-AATTAACTAGGC-TTCTTG-GG-TTCGTACA--TTTAATGAT-GACACCGGTTG-GAA--ATTA
gi|21 : T-AAATTT-ACAA----------TT---CAGGTGAAGGTATCAGTGTTC---ACTCTC
gi|3 : TGTTATGTGTAGCTTCGT--TCAA--GAATGAC-AACTG-----GC-CTTTCAAGGGTTCTTACA--TT-AA-AA--GACACCGGTTTTGGACAATTAT-AAAATGGGAAA-AC-------AAACCTTGTTAACGTAGACAATAATAAAATTAAATCAAA-ATGAAAG-CAT-GT-T-AAACATAGA------T-----A--GAAATTCC-G---------ATGATATATAGGCATGTATATAAT--A---TAA---ACCACTTTAC-AAGA-AAGAT------------------AA-CATT-----TAAATATTCTTAC---AATGTTAC--GCTTATTCCCCTTGA-TA-T-G-AACTTTAA-AACATTT-C-TACATTCA--T--AAT--GAA---TAATTTAC--TCAC------ATGGTA-TCGTAGCAAAA--A-GTAATAA---A-TGAT--TA-AAATA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTAGG-----GTA-AA-GTT-ATT-GCA---TTACTTCTTA-----TGAAATATA-TAGTAAAAA-ATAATATTACTGAAGT---T-------AATCAC---C-TGTTTGCTGGAAC-CCGTT--CC--TCTCTGAC------------TA-
gi|4 : agccGTCTG--TAT-AAATTT-ACAAGTACATGTAATTTGTCAAGAGAAGGTTTCAGTGTTC---ACTCTCTAAA----GT----------CC-AAATCAAATT---GTGA--ACAA-A-GACTAAAGACTTGGAAGCGGGAAAACGAAAAAGTAAAACTATT-GGTTTAGAGA--ACCACCTGACCTTAATCATATG------TCTGGAATTGACCAAACAGGTATAGATGCTTCAGGCTCCAAAAGACCTTTCTAACAATGCAGTTAAAAAAA-----CAAGAGGGTAATAGGGCATTGTGTACAGCACAATATACCAGCCATTGTATTG------CATATGTTGATGAATAATAAATGCTGTTGATAATGTAAATGATGCTGATGAATATGTACATGATAATCAAGTGAGG-AACTAAGTTAATATATGAAAATACATGCATCAAATGCATATAGTGAAA---TACA---TAATGCATTTAATTAAAAACTACACCCTACT
gi|5 : cagaAAAAT-AAATCAAACAT-AA-G--AT-GT-TTAAACACAGAATTAATC-----AT-GAA---CA-C---------ATG---------------TATAATGTA---TTA---TACAT---ACCAAGA-AGGA--AC-C---TGT-CATGA-AA-CATC-----T-----------T---AAT----CAAG-TT-TTCCCCTT-A-TA-TTGAAACTTG-G----------------TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC---CACCCAT--ATGAGA-T-GTA-C-AAA--G-GT-GTAA---A-TG----TA-AAGTA---ATAAATTATC-AAAT--ATTCCTT-------GTA-AG-GT--GTT-GCA---TTACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAAA-A-------AC---------T-------ATTA-----T-TGTTTA-AGGAATAAG-TT--CC--TCTGTAAT-------------A-GA-TCCAT---TAA-----ATCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----TTCAAATCAAAACTACCAACAATA----------AAA------------AAAA----CCACACGAA-----AA---CAG-A-----GCATG-TGCGT-G----C-AA-AAACCA--AT--TAAA-----ATTTTAATAAT----GAA-AAAAA-C-A----A-A--CG-CCA--AA-TT-A--GTT------------GGGG----------------AATTA-TT-CTT-------AAa
gi|6 : ---------T-------AATCAC---CCTGTTTT-GTGAATAAGGTC--TC--TTTCTAA----------------GAGTTGAT-----------AGCTTTTACAG-----G-TC--T-----T-AAAACCAAA-CTACAAACAGTATTTT-----AAGATCCAAT------AGAA----CCG-ACAAATTA--CATATCATCAT--GCACA-GATACATTG----C-TC-A--CCA--AA--TAAGATCAGA--TTAATAGA----ACATAAAAG-T-TTTATA-ATTCG-CTCTCATATT-ACTAAA------------TGGA----------------A--TA-TC-TTA-------CACTTCAATTT---AATAG----AAATGCTAT--TTA-GAAAC----TG--ACG----A-ATAA-T-------A-TTG-A-ATA--AAGA-GT--AAAG--AGAAGGAACTAAATA-GTGTAC-TGTAC--------------------------TA-TAGTA-----T-TCTT--AAAGTCTTCATAATGTATTGATATAAAATCTGACAA-TA------GTT---C-AGTGACGG-TTCAGTGTTCACTACTCCCTGCG----GC--------------AATAAAATT---GTGT--ACAAGA-GACT---GGCTTG---ACGG--AAAC-AAAAGGTAAAatcatttgaa
gi|7 : atacgagagCTT-GT--TC-AAGGAATGAC-AACT-A---GAC-TTTCCA-GGGTTTTTACA--TTTAATGAT-GACACAGGTTG-GAA--ATTATCAA--T-TGAAAACA-------AAACCCTGT-AACACAGACAATAATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-CAT-GC-TTAAGCATAGA------T-----A--GAAAT-CATGATATATAGCATG---------------TATAAT--A---TAA---ACCA-TTTAC-AAGA-AGGATAACTC---TGT-AATGA-AA-CATC-----TAAATATTC-TAT---AATG-TACAAG-TTATTCCCCTTGATTA-T-GAAACTTT-A-ACCATCT-C-TAC--TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--TCAC---T--ATTTTA-A-GAA-C-A------GT-ATAACACACTTA---TA-CAAGAAAGATTAAT-GTTAAA-T--AT-TCTATTCAAATGTACAG-GTT-ATT-
gi|7 : ttgtgtggtagcctggtAAT--A---TTACTCACTATTTTA--AGAACAGTATAACACACTTATACAAGA-AA-GATTAATGTTAAATATTC-TATTCAAATG-TACAGG-TTATTCCCCTTGAGTATT-GAAACTTT-ATAACATTTCC-TAC--TCATTT--AATAAGAA---AA--TTAT--Tccccttgagtattgaaactttataacatttcctactcatttaataagaaaattattacg
gi|8 : ttgtgtggtagcctggtcttgttcaaggaatgacaactagactttccagggtttttacatttaatgatgacacaggttggaaattatcaattgaaaacaaaaccctgtaacacagacaataataaaataaatcaaaatgaagcatgcttaagcatagatagaaatcatgatatatagcatgtataatataaaccatttacaagaaggataactctgtaatgaaacatctaaatattctataatgtacaagttattccccttgattatgaaactttaaccatctctactcataatgACTATTATAAAAT-AAATCAAA-ATGAA-G-TAT-GT-TTAAACACAGA------TTAATCAT-GATA--CA-GC--------ATG---------------TATAAT--AGTATTA---ATCATTT-AC-AAGA-AGGATTACTC---TGT-CATGA-AA-CATC-----T-----------T---AAT----CAAG-TTATTCCCCTTGA-TA-TTGAAACTTG-G----------------TCA--T--AAT--GAA---TA--TTAC--CCAT---T--ATGAGA-T-GTA-C-AAA--G-GT-GTAA---A-TGA---TA-AAGTA---ATAAAT-ATC-AA-T--AT-CCTT-------GTA-AA-GGT-GTT-GCA---TTACATCTTG-----TGACAT-TA-TGGTAAAA----AA----AC---------T-------ATTA-----T-TGTTTA-AGGAACTAAGTT--CC--TCTGTAAT------------TA-GA-TCCAT---TAA-----ATCTTGTACAGCCTAAG-TCCTT-----T-CAAATCAAA-CTACCAACAATacg
gi|9 : ga----GT----------CT-AAATCAAAGT---ATAT--ACAA-A-TACTAGGGACTTTGACGCGAGAAAATGAA---------CTATT-GGTTTAGAGAGAAACACCTGACAT-AATCACATT------TCTGAAAGTGATCACGCAGATATAGATGTCTTAGGCTCTAAAAGATCATTCTAACAATGAAGTTAAAA--AAAAACCAAGAGAGTAATAGGACATACTGTATGGTACAATACTCGAAACATTGTATTA------CATATGTTAATGAATAGTGAA-ACAGTACATAATGCAnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnattatat
gi|9 : ctctctgggtactgtatgctTACATATGTTAA-TG-A-ATAGTGAAACAGTACA---TAATGCATTTAATTAAAAtttaattaaaac
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|22 ): GCTTCTTTGGGTTCTTTATTTGATAACACCTTATGGATA