lowQualScore : 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 11111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 3333 1 22222222 1 11 1111 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 1 1 111111111 00000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 33333 11
lowQualScore : 4 6666 5 2 2 66666666 66 0 22 7 6666 00 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 3 3 0 222222222 0 66666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 4 88888 00 3
lowQualScore : . .... . . . ........ .. . .. . .... .. ............................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................. . . . ......... . ....................................................................... . ..... .. .
lowQualScore : 0 0000 0 5 5 88888888 22 0 55 0 5555 55 444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 3 4 3 555555555 4 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 6 77777 00 6
consensus : NNNNNNNTAANCTCTCCCCGTACGAGGTCATCTCAGCAT-GACNT-TTGTTCGAA-ATATATCAGCCAATGAAAATTA-GC-CGATGACGCCANGGA---TC----GACCA-GTGAGA---ATG-T-ATGT------GACGCTG-GTCGGCT-TTG--AAAATNGCTG-C---CGCC--TAT--TGCGAAGGTT---AT--AAATTCGC-----TAAACTCAA---CA-TCTAA-A-ATG-GA--TTTTGCA---A--TCA-TCAGCGATC-G--TAAGGA---TAGCA--TG-NT---ANTGTTATCG-----AATGNT---TTTGGTAAACCATT--AC-----CCTA--TCAACTGC---ACT--AAATGTANATACCCGGT-GCGG---TGCGGACGG----T-AAGGC---GGGAATGGCCGAAGG-CATTTTACTTGTGTTTGTAT-ACGTTCGGAAG---TAGT---CGGGA----CGTTTNT-ATAATGTT-AAA--TCGTTCCGA----G-AAT------ATTATCA-----CACTGAAGATT--TT-CTA-----A---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTCAATN----T----GAGA----TT-----ACCTCTAAT--G--------------G--TGTAGCGATAG-TACAGTATGTGAGCGGATCAAAGGATCTA--ATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
Reference ( gi|2 ) : AGACTTGTAAATTCGCT-TGTAAGAGGTCATCTCAGCAT-GACCT-TTGTTCGAA-ATATGACAACCAATGAAAATTA-AC-CAATGACGCCATGGA---TC----GACCA-GTGAGA--CATG-------------GATACCG-GTCGGCAGTTA--AAAATGGCTG-----CACC--TAT--TGCAAAGGTT---AC--AAATTCGC-----TAAACTCAA---CA-CCTAACAGATGGGAA-TTTTGCA---A--TC--TTCGTGATC-G--TAAGGA---TAGCA--TG-GT---ATTGTTACCA-----AATGTT---TTTGGTAAATCAGT--AC-----GCTA--CCAACTGCTTAACT--AAATGTACATATCCGGT-GTGA---TATGAACGG----T-AAGGC---GGTAATGGCCGAAGC-CATTTTACTTGTGTTTGTAT-ACATTCGGTA----TAGT---CGGAA----CATTTGT-ATAATGTT-AAA--TCATTTCGG----G-ACT------ATCATCA-----CACCGAAGATT-GTTACCA-----AATTGCCGAT-CGCTGATTGGGTAATGCGAAA--------GTTCAATA----T----GAGA----TT-----TCCTCTAAC--G--------------G--TGTGGCGATAG-TACAGTATGTGAGCGGATCATAGGATTGC--ATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
gi|11 : TAATTTCTCTCTGCACGAGGTCATAT-AGCAT-GACGT-ATGGTCGAA-ATATGTCAGTCAATGGAAATTG-GC-CAATAAAGCCACG
gi|4 : ctatgatatgcttaagtacaagatcAACTC-CC-CGTACGAG-TTATCTCAGCAT-GACCTCTTGTTCAAA-TTATATCAACCAATGAAAATTA-GCGCGATGACCTCA-GAG---TC----TATCATATGAGA---ATGTTAATGTTATTATGACTCTC-GTCGGCTTTTGGTAAATTAGCT------CGCCAATAT--TG-GAAGATT---AT--AAA-TCGT-----TAAGTTC-----C----------ATG---------------A--TC--GTAGGGACC-G--C----A---CAACA--TG----------TTGCCG-----ACTGAT---TTT-GT-AACCAAT--AC-----CCTA--TCAACTGC----CT--AAATATGCA---CC--T--TGAATTTACTGACGG----C-AAGGA------AATGGCCGAACCGCATTTTTCT----TTCGGA--ACA------------AGT---CGGAA----CG------ATCAT-TT-AAA----ATTCTAG-------TT------TTGATC-----------AATATTAATTACTATCCTTAATCG--GAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTCAATC----T----TAGA----T
gi|3 : gaacaaattttatattctgatctgagattttagtgcgggaattcacgattatgctcaaacaggatctacGTACGAGGTCATCTCAGCAT-----------TCGAA-ATATATCAGCCAATGAAAATTAGAT-TAATGATGTCAGGGAAAAT-----GAC-----GAAA---ATA-------------GAGAATGTGTAGGTTGT-------ATGGCTATCAGTCGCC---AT--TGCGAAG------------ATTCGC-----TAAACTCTA---CAGCTTGACA---------TTTTGCA---AAGTT--TCCCTAATC-G--TAAAGA---TTGCT--TA-TC---AGTTTTATC--------TGCTGGATTTGGTAAACCATC--AC-----TTTA--TCAAC------ACTGGAAATG-------------GTG------CGGGCGG----T-AAGAC---GGAAATGATCGCAGG-TATTTTACTT----TTGGA--AC------------TAGT---CAAAATGATCATTTG--ATAAT--T-AAA----AGTTTGG----ATAAT------GTTATTA-----CACAGAAGATT--TT-CTA-----A---GCCAAT-CGCTGATTGGTTAATGCATAT--------TTTCAATG---------GAGAGTTATTAGA--TCCTTT--------------------G--TGTATCGA-----A-AGTATGTGAGCAGATTGAAGGATCTA--ATT--TTAA-CTAGGTTGTTAgaccttgagcaggggagttgttagatcctttgtgtagcgaaaaattgtaaaccattc
gi|1 : gtataaatagtatatctgatttcgagtttctattgggggattttacgatatgcttcaatacaacatctaaaaggtccccGAGGTCATCTCAGCATTAACTT-TTGT-CAAATATATAACAACCAATG-AAATTA-AT-CGTTGACACGAACGA---TCTCAAGCCCA-GTGAGGTTCATGGTTATAT------GATGCTG-GTTGGCA-TTAT-AAAATTACTGACT--CGCC--TATACTGTTGAGGTC---ATGGAAGGTCGTTGGCATAAATTCAA---CA-TCTAGAATGTGTGAAGTCTT------A--TCA-TT--TGATCGG--TGAGAAATCT-GCAC-TGAGTTCAGCTGTT--CGTCTTCGATGGT---ATTAGTAAATCATTCCACCTTAAGCTAGGTCAACTG-----CT--AAATATAAATACCGGATGGCAG---TGTGGATGG----TGAAGGCCGAGG-AATGGCCGTAG--CATT----TTGTGTTTTTATCACATTCGAGAGAAGTAGTACACTAAA----CGTTTATAATAATGTT-AAC--T-A-TTCGGTCATG-AATTACATGATAATTAGAGAGCATAGAA-ACT-TTT-----------TTAGCAAT-AGCTGATTGGTCAATGC--AA--------GTTCAATC----T----GAAA----TGA----CCCTCTcct
gi|4 : tgtgctatacacaatcataactactccctttCAAAGGATCTAAC--AACTCCCC-----TG--CTCAAGGTCA-TCTAA--GATTGAAC-TTTTGCATTAA--CCAATCAGCGATCCGATTAAGGA---TAGTAATTA-AT---ATTG--ATCA-----AAtaatctggggaagttgttaagggaagttgtttagatcctttgtgtg
gi|10 : gaacaaattttatattctgatctgagattttagtgcgggaattcacgattatgctcaaacaggatctacaactccccgtacgagttatctcagcatgacctcttgttcaaattatatcaaccaatgaaaattagcgcgatgacctcagagtctatcatatgagaatgttaatgttattatgactctcgtcggcttttggtaaattagctcgccaatattggaagattataaatcgttaagttccatgatcgtagggaccgcacaacatgttgccgactgattttgtaaccaataccctatcaactgcctaaatatgcaccttgaatttactgacggcaaggaaatggccgaaccgcatttttctttcggaacaagtcggaacgatcatttaaaattctagt--AC-----CCTA--TCAACT-CCTAA-----AACG-ATATATCCGGT-GTGG---TGTGGACTGTACCT-AAAGC---GGGAATGGTCGAAGG-CATTTT-CTTGTGGTT-CAT-ACGTTCGGAAG---TACT---CAGGA----CGTTtgtagcgaaaaattgtaaaccattc
gi|5 : C---GGGAATGACCGAAGA-CATTATACTTGTGTT-GTAT-A--------G----TAGT---CGGGA----CGTTCAT-GTAATGAT-AAA--TAGTTCTGA----G-AAT------GTTATTA-----CCCCGAAGATA-GT--CTA-----A---GCTGAT-CGCTGATTGGTTAATGC--AA--------GTTCAATA----T----AAGA----TT-----ACCCCTGATCAG--------------G--AGTTGT--TAGATTC--TTTGTGAACGGATCAAAGAATCTA--ATG--TTAC-TTAGATTGTTA
gi|6 : cTTACTTGTGTTTTTGT-ATGTTCGGAAG---TTGT---CGGGA----CTTTTAT-ATAGCGCT-AAT--TCGTTCCAA----A-AGT------AT-ATCA-----CACTAATGATT--TTGT-------AG--GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTCAATC----T----GAGA----TT-----ACCTCTAAT--GGTGTTT--------G--TGTAGCAATAG-TAC---ATGTGAGCAGATTAAAGGATCTA--ATT--TTAA-TTAGATTGca
gi|9 : gTTTTT-ATAATGTT-AAA--TTGCTCAGA----G-AAT------ATTATCC-----TACTGAAGA--------------------CCGAC-CACTGATTGCAAAATGCAATA--------CCTC--TA----CTGGGGAGT----TTTTAGATCCTTTGA------------------A--TGC-----TA---ATAGTATTTGAGCAGATCAAAGGACCTA--ATTAATTAA-TTAGATTGa
gi|7 : aagtcatcaagacTTTTT-ATAATGTT-AAA--TTGCTCAGA----G-ATA------ATTATC------TACTGAAGA--------------------CCGAC-CACTGATTGCA-AATGCAATA--------CCTC-TTA----CTGGGGAGT----TTAGA--TCCTTTGA---A--------------A--TGT---AATAG-TATG--ATG-GAGCAGATCAAAGGACCTA--ATTAATTAA-TTAGATTGattt
gi|15 : tgttcggaagtcatcaaagacTAATATTTAAA--TCGTTCC--------AAT------ATTATC------CACTGAA-ATT-AT--CTA-----GA---CCTAT-CGCTGATTGGatttt
gi|8 : tatatatacagTGTT-AAAAATCGTTCCGA----G-AAT------ATCATCA-----CACTGAAGATT--TT-CTA-----GA---CCGAT-CGATGATTGGTTAATGCAAAAGACTTAAGGTTCATTC----T----GAAA----CG-----ATCTCTAAT--GGGTTGTTGTCCTTTG--TGTAGCGAT------AGTATGCAAACGGATCAAAATATCTA--ATT--TGAA-GTAGATT
gi|13 : gCGATGCGCTGATTGGCTAAT-TGAAA--------GGTCACTGACGCT----GACG----TG-----ACCTCCAAT--G--------------GAATGTTGTGA
gi|14 : ccaacgatttcgtaatAT-TGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTCAATT----T----GAGA----TG-----ACCTCCAA
gi|12 : aatattgtagactaAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA-----------TGAT-----T----GAAA----TT-----ACCTCTAAttgggagttgttagat
gi|17 : GCAAAA--------GTTCAATC----T----TAGA----TG-----ACCTTTAGC--G--------------G--tagggagttgttatatccggtgtatcgaggcctaaaccattc
gi|20 : AATACGTGAGCTGATCAAAGGATC-CTAATT--TTAA-TTAGATTGggagttaattgttagatcct
gi|19 : aTATGTGAGCAGACCTTAGGATCTA--ATT--TTAA-CTAGATTGgt
gi|18 : aacTGAGTGGATCAAAGGATCTC--ATT--TTAA-TTAAATTGTCctagttt
gi|22 : TGAGCGGATCAAAGGATCTA--ACT--CTAA-TTAGATTGtagtactatgac
gi|21 : GAGCGGATCAAAGGATCTA--ATT--TTAATTTAGATTGGCATTgaa
1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|16 ): TAGCAATAGTATGGGAGCAGATCAAACGATCTAATTTTGATAACATTGCAAG
Alignments
lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 11 11 111 333333333333 11 666666666666666666666 555555555555555555555 111 11 3333333 1 444444444444444444444444444444444444444 1 444444444444444444444444 111 11 2222222 444444444444444444444444444444444 1111 222222222 111111 111111 111111 1111111111111 111111111 111111111 11111 11111111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 111 0 11 3 99 0 11 0 222 1 666666666666 0 00 666666666666666666666 44 222222222222222222222 777 33 66 6 0 222 2222222 0 9 333333333333333333333333333333333333333 0 444444444444444444444444 1 000 1 6 3 3 11 6666666 111111111111111111111111111111111 8 7777 3 99 99 1 5 0 1 777777777 888 1 777 4 5 2 5 4 4 555555 7777 4 111111 1 777777 6666666666666 3 0 222222222 222222222 33333 0 3 44444444 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 88 3
lowQualScore : ... . .. . .. . .. . ... . ............ . .. ..................... .. ..................... ... .. .. . . ... ....... . . ....................................... . ........................ . ... . . . . .. ....... ................................. . .... . .. .. . . . . ......... ... . ... . . . . . . ...... .... . ...... . ...... ............. . . ......... ......... ..... . . ........ . .................................................... . .. .
lowQualScore : 000 8 22 8 00 6 00 8 444 0 888888888888 2 22 555555555555555555555 55 888888888888888888888 000 88 88 5 8 222 0000000 0 8 000000000000000000000000000000000000000 0 222222222222222222222222 2 222 0 5 2 5 00 0000000 888888888888888888888888888888888 0 0000 2 22 22 7 1 7 3 777777777 888 1 888 4 7 8 0 0 0 666666 7777 0 555555 5 222222 8888888888888 1 8 777777777 333333333 55555 8 1 55555555 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 55 1
consensus : NNNNNNNTAACTNCTCCCCGTACGAGGTCATCTCAGCAT-GACCT-TTGTTCGAAATATAT--CAACCAATGAAAATTAG-C-CGATGACGCCANGGA---T--C----GACCA-GTGAGA---ATG--T--ATG------TGACGCTGGTCGGC-NTTA--AAAATNGCTG--TCGCC--TAT--TGCGAAGGTTATAAA------TTCGC-TAAACTCAACATCTAG--GATGG--ATTTTGCAA----TC--NTCA--TGATC-GTAAGGATN---GCAC--------GNCATT-GTTACCGANTGGTTTTGGTAAACCANT--ACCCTA-------TCAACTGC---ACTAAA-CGTANATACCCGG---T-GCGGTGCGGACGGT-A----AGGC--GGGAATGGCCGAA-GGCATTTTACTTGTGTTT-TAT-ACGTTCG---GAAGTAGT---CGG-GACGTTTAT-ATAATG-TT-AAA--TC--GTTC---CGA-GAAT------ATTATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-TGA------CCTC-TAAT--G--------------G--TGTAGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
Reference ( family-9965 ) : NNNNNNNTAANCTCTCCCCGTACGAGGTCATCTCAGCAT-GACNT-TTGTTCGAAATATAT--CAGCCAATGAAAATTAG-C-CGATGACGCCANGGA---T--C----GACCA-GTGAGA---ATG--T--ATG------TGACGCTGGTCGGC-TTTG--AAAATNGCTG--CCGCC--TAT--TGCGAAGGTTATAAA------TTCGC-TAAACTCAACATCTAA--AATGG--ATTTTGCAA----TC--ATCA-GCGATC-GTAAGGATA---GCAT--------GNTANT-GTTATCGAATGNTTTTGGTAAACCATT--ACCCTA-------TCAACTGC---ACTAAA-TGTANATACCCGG---T-GCGGTGCGGACGGT-A----AGGC--GGGAATGGCCGAA-GGCATTTTACTTGTGTTTGTAT-ACGTTCG---GAAGTAGT---CGG-GACGTTTNT-ATAATG-TT-AAA--TC--GTTC---CGA-GAAT------ATTATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAA---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----NTGAGA-TTA------CCTC-TAAT--G--------------G--TGTAGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
gi|1 : TAACTACTCCCTTT--GAGGTCATCTCAGCATTAACTT-TTGTC--AAATATATAACAACCAATGAAA-TTAA-T-CGTTGACACGAACGA---T--CTCAAGCCCA-GTGAGGTTCATGGTT--ATA------TGATGCTGGTTGGC-ATTAT-AAAATTACTGACTCGCC--TATACTGTTGAGGTCATGGAAGGTCGTTGGCATAAATTCAACATCTAG--AATG-----TGTGAAG----TCTTATCATTTGATCGGTGAGAA-ATCTGCACTGAGTTCAGCTGTTCGTCTTCG-ATGGTATTAGTAAATCATTCCACCTTAAGCTAGGTCAACTG-----CTAAA-TATAAATACCGGA---TGGCAGTGTGGATGGTGA----AGGCCGAGGAATGGCCGTA--GCATT----TTGTGTTTTTATCACATTCGAGAGAAGTAGTACACTA-AACGTTTATAATAATG-TT-AAC--T---ATTCGGTCAT-GAATTACATGATAATTAGAGAGCATAGAAACTT-TT-TTAG-----CAAT-AGCTGATTGGTCAATGC--AA--------GTTC---------AAT----CTGAAA-TGAC-----CCTCTTAAT--
gi|10 : tgtgctatacacaatca--ACCCTA-------TCAACT-C----CTAAAACG-ATATATCCGG---T-GTGGTGTGGACTGT-ACCTAAAGC--GGGAATGGTCGAA-GGCATTTT-CTTGTGGTT-CAT-ACGTTCG---GAAGTACT---CAG-GACGTTctggggaagttgttaagggaagttgtttagatcctttgtgtg
gi|11 : TAATTTCTCTCTGCACGAGGTCATAT-AGCAT-GACGT-ATGGTCGAAATATGT--CAGTCAATGGAAATTGG-C-CAATAAAGCCACG
gi|12 : ctatgatatgcttaagtacaagatcAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA-----------T---------GAT-----TGAAA-TTA------CCTC-TAAT--A--------------G--
gi|13 : GATT-TC-GTAA----TCGATGCGCTGATTGGCTAAT-TGAAA--------GGTC---------ACTGACGCTGACG-TGA------CCTC-CAAT--G--------------GAATGTTGT-----GAggagttgttatatccggtgtatcgaggcctaaaccattc
gi|14 : ccaacATA-TT-GTAG---ACTAAT-TGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----TTGAGA-TGA------CCTC-CAAT--
gi|15 : aTAATA-TTTAAA--TC--GTTC---C----AAT------ATTATC------CACTGAA-ATT-AT-CTAG---ACCTAT-CGCTGATTGGtgggagttgttagat
gi|16 : tatatatacagTAGC-----AAT------AG-TA---------TGGGAGCAGATCAAACGAT-CTAATT--TTGA-TAACATTG
gi|17 : GCAAAA--------GTTC---------AAT----CTTAGA-TGA------CCTT-TAGC--G--------------G--caag
gi|18 : TGAGTGGATCAAAGGAT-CTCATT--TTAA-TTAAATTGTCggagttaattgttagatcct
gi|19 : TATGTGAGCAGACCTTAGGAT-CTAATT--TTAA-CTAGATTGtagtactatgac
gi|2 : aacGTAAGAGGTCATCTCAGCAT-GACCT-TTGTTCGAAATATGA--CAACCAATGAAAATTAA-C-CAATGACGCCATGGA---T--C----GACCA-GTGAGA--------C--ATG-------GATACCGGTCGGCAGTTA--AAAATGGCTG--C-ACC--TAT--TGCAAAGGTTACAAA------TTCGC-TAAACTCAACACCTAACAGATGGGAATTTTGCAA----TC--TTC--GTGATC-GTAAGGATA---GCAT--------GGTATT-GTTACCAAATGTTTTTGGTAAATCAGT--ACGCTA-------CCAACTGCTTAACTAAA-TGTACATATCCGG---T-GTGATATGAACGGT-A----AGGC--GGTAATGGCCGAA-GCCATTTTACTTGTGTTTGTAT-ACATTCG---GTA-TAGT---CGG-AACATTTGT-ATAATG-TT-AAA--TC--ATTT---CGG-GACT------ATCATCA-----CACCGAAGATTGTTACCAAATTGCCGAT-CGCTGATTGGGTAATGCGAAA--------GTTC---------AAT----ATGAGA-TTT------CCTC-TAAC--G--------------G--TGTGGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCATAGGAT-TGCATT--TTAA-TTAGATTGTCATTctagttt
gi|20 : agacttgtaaattcgctt----AATACGTGAGCTGATCAAAGGATCCTAATT--TTAA-TTAGATTG
gi|21 : aGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAATTTAGATTGGCATTgt
gi|22 : ggTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAACT--CTAA-TTAGATTGa
gi|3 : TCCCCGTACGAGGTCATCTCAGCAT-----------TCGAAATATAT--CAGCCAATGAAAATTAGAT-TAATGATGTCAGGGAAAATGAC----GAAAA-TAGAGA---ATG--T--GT---------AGGTTGTATGGC-T--------ATCA--G--TCGCC---AT--TGCGAAG-------A------TTCGC-TAAACTCTACAGCT------TGAC-ATTTTGCAAAGTTTC--CCTA----ATC-GTAAAGATT---GCTT--------ATCAGT-TTTATCTGCTGGATTTGGTAAACCATC--ACTTTA-------TCAAC------ACT-----GGAAAT-------------GGTGCGGGCGGT-A----AGAC--GGAAATGATCGCA-GGTATTTTACTT---------------TTG---GAACTAGT---CAA-AATGATCAT-TTGATAATT-AAA---A--GTTT---GGA-TAAT------GTTATTA-----CACAGAAGATT-TT-CTAA---GCCAAT-CGCTGATTGGTTAATGCATAT--------TTTC---------AAT----G-GAGAGTTATTAGATCCTT-T--------------------G--TGTATC-----GA-------A---------AGTATGTGAGCAGATTGAAGGAT-CTAATT--TTAA-CTAGGTTGTTAgaa
gi|4 : gtataaatagtatatctgatttcgagtttctattgggggattttacgatatgcttcaatacaacatctaaaaggCTCCCCGTACGA-GTTATCTCAGCAT-GACCTCTTGTTCAAATTATAT--CAACCAATGAAAATTAG-CGCGATGACCTCAGAG----T--C----TATCATATGAGA---ATG--TTAATGTTATTATGACTCTCGTCGGCTTTTGGTAAATTAGCT----CGCCAATAT--TG-GAAGATTATAAA-------TCGT-TAAGTTC--CAT----------G--AT-------------------------C-GTAGGGACC---GCAC--------AACA-T-GTTGCCGACTGATTTT-GT-AACCAAT--ACCCTA-------TCAACTGC----CTAAA---TATGCACCTTGAATT-----TACTGACGGC-A----A-----GGAAATGGCCGAACCGCATTTTTCT---------------TTCG---GAACAAGT---CGG-AACG------ATCAT--TT-AAAATTCTAGTTT---TGATCAAT------ATTA--AT----TACT----ATC-CT--TAA---TCGGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTTAGA-TGA------CCTcct
gi|5 : gaacaaattttatattctgatctgagattttagtgcgggaattcacgattatgctcaaacaggatctacaaC--GGGAATGACCGAA-GACATTATACTTGTGTT-GTAT-A------------GTAGT---CGG-GACGTTCAT-GTAATG-AT-AAA--TA--GTTC---TGA-GAAT------GTTATTA-----CCCCGAAGATA-GT-CTAA---GCTGAT-CGCTGATTGGTTAATGC--AA--------GTTC---------AAT----ATAAGA-TTA------CCCC-TGATCAG--------------G--AGT--T-----GTT------AGATTC------TTTGTGAACGGATCAAAGAAT-CTAATG--TTAC-TTAGATTGTTAtgagcaggggagttgttagatcctttgtgtagcgaaaaattgtaaaccattc
gi|6 : cTTACTTGTGTTTTTGT-ATGTTCG---GAAGTTGT---CGG-GACTTTTAT-ATAGCG-CT-AAT--TC--GTTC---CAA-AAGT------AT-ATCA-----CACTAATGATT-TT-GTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-TTA------CCTC-TAAT--GGTGTTT--------G--TGTAGC-----AAT------AG-TAC-------ATGTGAGCAGATTAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGca
gi|7 : gGTTCG---GAAGTCAT---CAAAGAC-TTTTT-ATAATG-TT-AAA--TT--GCTC---AGA-GATA------ATTATC------TACTGAAGA--------------CCGAC-CACTGATT-GCAAATGCAATA--------CCTCTTACTGGGGAGT----TT-AGA-T--------CCTT-TGA---A--------------A--TGTA--------AT------AG-TAT----G--ATG-GAGCAGATCAAAGGAC-CTAATTAATTAA-TTAGATTGa
gi|8 : tTG-TT-AAAAATC--GTTC---CGA-GAAT------ATCATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---ACCGAT-CGATGATTGGTTAATGCAAAAGACTTAAGGTTC---------ATT----CTGAAA-CGA------TCTC-TAAT--GGGTTGTTGTCCTTTG--TGTAGC-----GAT----------------AGTATGCAAACGGATCAAAATAT-CTAATT--TGAA-GTAGATTatttt
gi|9 : gAAGTCAT---CAA-GAC-TTTTT-ATAATG-TT-AAA--TT--GCTC---AGA-GAAT------ATTATCC-----TACTGAAGA--------------CCGAC-CACTGATTG-------CAAAA---------TGC---------AAT-------------A------CCTC-TACT--G--------------G---GGAGTTTTTAGATCCTTTGAA-TGCTAATAGTATTTGAGCAGATCAAAGGAC-CTAATTAATTAA-TTAGATTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 111 333333333333 11 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 111 11 1111111 22222 11111111111111111111111111111111111 1 11 333333333333333 1 11 2222222 444444444444444444444444444444444 1111 2222222222222 11111 111111 111111 111111 1111111111111 111111111 111111111 11111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 55 1 66 77 1 77777777 99 6 111 1 666666666666 0 00 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111 777 33 66 5555555 9 55555 9 55555555555555555555555555555555555 0 33 1 888888888888888 1 0 0 0 6 3 1 11 6666666 444444444444444444444444444444444 8 7777 3 99 99 3 0 7777777777777 888 1 777 4 0 3 00000 4 4 000000 7777 4 111111 1 777777 6666666666666 3 0 222222222 222222222 22222 0 9999999999 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 88 3
lowQualScore : .. . .. .. . ........ .. . ... . ............ . .. ............................................................ ... .. .. ....... . ..... . ................................... . .. . ............... . . . . . . . .. ....... ................................. . .... . .. .. . . ............. ... . ... . . . ..... . . ...... .... . ...... . ...... ............. . . ......... ......... ..... . .......... . .................................................... . .. .
lowQualScore : 00 4 00 77 0 55555555 22 7 333 0 888888888888 2 22 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 000 88 88 8888888 2 00000 8 22222222222222222222222222222222222 0 88 0 222222222222222 2 2 8 2 5 2 0 00 0000000 666666666666666666666666666666666 0 0000 2 22 22 9 7 5555555555555 888 1 888 4 1 6 77777 0 0 111111 7777 0 555555 5 222222 3333333333333 1 8 777777777 333333333 55555 8 2222222222 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 55 1
consensus : NNNNNNNTAACNACTCCCCGTACGAGGTCATCTCAGCAT-GACCT-TTGTTCGAAATATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-C-CGATGACGCCANGGA---T--C----GACCA-GTGAGA---ATG--T--ATG------TGATNCCGGTCGGCA-TT---A-AAAATGGCT----G--TCGCC--TAT--TGCGAAGGTTAT--AAATTCGC-----TAAACTCAACATCTAG--GATGG--ATTTTGCAA--TC--TTCG--TGATC-GTAAGGA--CCGCAC--------GNCATT-GTTACCGACTGGTTTTGGTAAACCANT--ACCCTA-------TCAACTGC---ACTAAA-CGTANATACCCGG---T-GCGGTGCGGACGGT-A----AGGC--GGGAATGGCCGAA-GGCATTTTACTTGTGTTT-T-AT-ACGTTCG---GAAGTAGT---CGG-GACGTTTAT-A---TAATG-TT-AAA--TC--GTTC---CGA-GAAT------ATTATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-GA-CCTC-TAAT--G--------------G--TGTAGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
Reference ( family-9965 ) : NNNNNNNTAACTNCTCCCCGTACGAGGTCATCTCAGCAT-GACCT-TTGTTCGAAATATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-C-CGATGACGCCANGGA---T--C----GACCA-GTGAGA---ATG--T--ATG------TGACGCTGGTCGGCN-TT---A-AAAATNGCT----G--TCGCC--TAT--TGCGAAGGTTAT--AAATTCGC-----TAAACTCAACATCTAG--GATGG--ATTTTGCAA--TC--NTCA--TGATC-GTAAGGA--TNGCAC--------GNCATT-GTTACCGANTGGTTTTGGTAAACCANT--ACCCTA-------TCAACTGC---ACTAAA-CGTANATACCCGG---T-GCGGTGCGGACGGT-A----AGGC--GGGAATGGCCGAA-GGCATTTTACTTGTGTTT-T-AT-ACGTTCG---GAAGTAGT---CGG-GACGTTTAT-A---TAATG-TT-AAA--TC--GTTC---CGA-GAAT------ATTATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-GA-CCTC-TAAT--G--------------G--TGTAGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
gi|1 : TAACTACTCCCTTT--GAGGTCATCTCAGCATTAACTT-TTGTC--AAATATATAACAACCAATGAA-A-TTAA-T-CGTTGACACGAACGA---T--CTCAAGCCCA-GTGAGGTTCATGGTT--ATA------TGATGCTGGTTGGCA-TT---ATAAAATTACT----GACTCGCC--TATACTGTTGAGGTCATGGAAGGTCGTTGGCATAAATTCAACATCTAG--AATG-----TGTGAAG--TCTTATCATTTGATCGGTGAGAAATCTGCACTGAGTTCAGCTGTTCGTCTTCGA-TGGTATTAGTAAATCATTCCACCTTAAGCTAGGTCAACTG-----CTAAA-TATAAATACCGGA---TGGCAGTGTGGATGGTGA----AGGCCGAGGAATGGCCGTA--GCATTTTG--TGT-TTT-T-ATCACATTCGAGAGAAGTAGTACACTA-AACGTTTATAA---TAATG-TT-AAC--T---ATTCGGTCAT-GAATTACATGATAATTAGAGAGCATAGAAACTT-TT-TTAG-----CAAT-AGCTGATTGGTCAATGC--AA--------GTTC---------AAT----CTGAAA-----T-GACCCTCTTAAT--
gi|10 : tgtgctatacacaatca--ACCCTA-------TCAACT-C----CTAAAACG-ATATATCCGG---T-GTGGTGTGGACTGT-ACCTAAAGC--GGGAATGGTCGAA-GGCATTTT-CTTGTGGTT-C-AT-ACGTTCG---GAAGTACT---CAG-GACGTTctggggaagttgttaagggaagttgtttagatcctttgtgtg
gi|11 : TAATTTCTCTCTGCACGAGGTCATAT-AGCAT-GACGT-ATGGTCGAAATATGT--CAGTCAATGGA-AATTGG-C-CAATAAAGCCACG
gi|12 : ctatgatatgcttaagtacaagatcAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA-----------T---------GAT-----TGAAA-----T-TA-CCTC-TAAT--A--------------G--
gi|13 : GATT-TC-GTAA----TCGATGCGCTGATTGGCTAAT-TGAAA--------GGTC---------ACTGACGCTGACG-----T-GA-CCTC-CAAT--G--------------GAATGTTGT-----GAggagttgttatatccggtgtatcgaggcctaaaccattc
gi|14 : ccaacATA-TT-GTAG---ACTAAT-TGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----TTGAGA-----T-GA-CCTC-CAAT--
gi|14 : aTAACAACTCCCAATTGGAGGTCATCTCAAATT-GAACT-TT--------TGCAT--TAACCAATCAGCAATTAG-T-Ctgggagttgttagat
gi|15 : aatattgtaTAT-ACAGTAATA-TTTAAA--TC--GTTC---C----AAT------ATTATC------CACTGAA-ATT-AT-CTAG---ACCTAT-CGCTGATTGGgat
gi|16 : tataTAGC-----AAT------AG-TA---------TGGGAGCAGATCAAACGAT-CTAATT--TTGA-TAACATTG
gi|17 : GCAAAA--------GTTC---------AAT----CTTAGA-----T-GA-CCTT-TAGC--G--------------G--caag
gi|18 : TGAGTGGATCAAAGGAT-CTCATT--TTAA-TTAAATTGTCggagttaattgttagatcct
gi|19 : TATGTGAGCAGACCTTAGGAT-CTAATT--TTAA-CTAGATTGtagtactatgac
gi|2 : aacGTAAGAGGTCATCTCAGCAT-GACCT-TTGTTCGAAATATGA--CAACCAATGAA-AATTAA-C-CAATGACGCCATGGA---T--C----GACCA-GTGAGA--------C--ATG-------GATACCGGTCGGCAGTT---A-AAAATGGCT----G---CACC--TAT--TGCAAAGGTTAC--AAATTCGC-----TAAACTCAACACCTAACAGATGGGAATTTTGCAA--TC--TTCG--TGATC-GTAAGGA--TAGCAT--------GGTATT-GTTACCAAATGTTTTTGGTAAATCAGT--ACGCTA-------CCAACTGCTTAACTAAA-TGTACATATCCGG---T-GTGATATGAACGGT-A----AGGC--GGTAATGGCCGAA-GCCATTTTACTTGTGTTTGT-AT-ACATTCG---GTA-TAGT---CGG-AACATTTGT-A---TAATG-TT-AAA--TC--ATTT---CGG-GACT------ATCATCA-----CACCGAAGATTGTTACCAAATTGCCGAT-CGCTGATTGGGTAATGCGAAA--------GTTC---------AAT----ATGAGA-----T-TT-CCTC-TAAC--G--------------G--TGTGGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCATAGGAT-TGCATT--TTAA-TTAGATTGTCATTctagttt
gi|20 : agacttgtaaattcgctt----AATACGTGAGCTGATCAAAGGATCCTAATT--TTAA-TTAGATTG
gi|21 : aGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAATTTAGATTGGCATTgt
gi|22 : ggTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAACT--CTAA-TTAGATTGa
gi|3 : TCCCCGTACGAGGTCATCTCAGCAT-----------TCGAAATATAT--CAGCCAATGAA-AATTAGAT-TAATGATGTCAGGGAAAATGAC----GAAAA-TAGAGA---ATG--T--GTA-------------GGTTG-----T---A-----TGGCTATCAG--TCGCC---AT--TGCGAAG---------ATTCGC-----TAAACTCTACAGCT------TGAC-ATTTTGCAAAGTT--TCCC--TAATC-GTAAAGA--TTGCTT--------ATCAGT-TTTATCTGCTGGATTTGGTAAACCATC--ACTTTA-------TCAAC------ACT-----GGAAAT-------------GGTGCGGGCGGT-A----AGAC--GGAAATGATCGCA-GGTATTTTACTT----------------TTG---GAACTAGT---CAA-AATGATCAT-T---TGATAATT-AAA---A--GTTT---GGA-TAAT------GTTATTA-----CACAGAAGATT-TT-CTAA---GCCAAT-CGCTGATTGGTTAATGCATAT--------TTTC---------AAT----G-GAGAGTTATTAGATCCTT-T--------------------G--TGTATC-----GA-----------A-----AGTATGTGAGCAGATTGAAGGAT-CTAATT--TTAA-CTAGGTTGTTAgaa
gi|4 : gtataaatagtatatctgatttcgagtttctattgggggattttacgatatgcttcaatacaacatctaaaaggACAACTCCCCGTACGA-GTTATCTCAGCAT-GACCTCTTGTTCAAATTATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-CGCGATGACCTCAGAG----T--C----TATCATATGAGA---ATG--TTAATGTTATTATGACTCTCGTCGGCT-TTTGGT-AAATTAGC--------TCGCCAATAT--TG-GAAGATTAT--AAA-TCGT-----TAAGTTC--CAT-----------------------------------GATC-GTAGGGA--CCGCAC--------AACA-T-GTTGCCGACTGATTTT-GT-AACCAAT--ACCCTA-------TCAACTGC----CTAAA---TATGCACCTTGAATT-----TACTGACGGC-A----A-----GGAAATGGCCGAACCGCATTTTTCT----------------TTCG---GAACAAGT---CGG-AACGATCAT-T---TAA------AAT--TCTAGTTT---TGATCAAT------ATTA--AT----TACT----ATC-CT--TAA---TCGGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTTAGA-----T-GA-CCTcct
gi|5 : gaacaaattttatattctgatctgagattttagtgcgggaattcacgattatgctcaaacaggatctC--GGGAATGACCGAA-GACATTATACTTGTGTTG-T-AT-A------------GTAGT---CGG-GACGTTCAT-G---TAATG-AT-AAA--TA--GTTC---TGA-GAAT------GTTATTA-----CCCCGAAGATA-GT-CTAA---GCTGAT-CGCTGATTGGTTAATGC--AA--------GTTC---------AAT----ATAAGA-----T-TA-CCCC-TGATCAG--------------G--AGT--T-----GTT------AGATTC------TTTGTGAACGGATCAAAGAAT-CTAATG--TTAC-TTAGATTGTTAtgagcaggggagttgttagatcctttgtgtagcgaaaaattgtaaaccattc
gi|6 : cTTACTTGTGTTT-TTGT-ATGTTCG---GAAGTTGT---CGG-GACTTTTAT-A---TAGCG-CT-AAT--TC--GTTC---CAA-AAGT------AT-ATCA-----CACTAATGATT-TT-GTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-TA-CCTC-TAAT--GGTGTTT--------G--TGTAGC-----AAT------AG-TAC-------ATGTGAGCAGATTAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGca
gi|7 : gGTTCG---GAAGTCAT---CAAAGACTTTT-T-A---TAATG-TT-AAA--TT--GCTC---AGA-GATA------ATTATC------TACTGAAGA--------------CCGAC-CACTGATT-GCAAATGCAATA--------CCTCTTACTGGGGAGT----TT-AGA-----T----CCTT-TGA---A--------------A--TGTA--------AT------AG-TAT----G--ATG-GAGCAGATCAAAGGAC-CTAATTAATTAA-TTAGATTGa
gi|8 : tTG-TT-AAAAATC--GTTC---CGA-GAAT------ATCATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---ACCGAT-CGATGATTGGTTAATGCAAAAGACTTAAGGTTC---------ATT----CTGAAA-----C-GA-TCTC-TAAT--GGGTTGTTGTCCTTTG--TGTAGC-----GAT----------------AGTATGCAAACGGATCAAAATAT-CTAATT--TGAA-GTAGATTatttt
gi|9 : gAAGTCAT---CAA-GACTTTT-T-A---TAATG-TT-AAA--TT--GCTC---AGA-GAAT------ATTATCC-----TACTGAAGA--------------CCGAC-CACTGAT-------TGCAAAA---------TGC---------AAT------------------A-CCTC-TACT--G--------------G---GGAGTTTTTAGATCCTTTGAA-TGCTAATAGTATTTGAGCAGATCAAAGGAC-CTAATTAATTAA-TTAGATTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111 333333333333 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 11 1111111 22222 00000000000000000000000000000000000 1 1111 333333333333333 11 2222222 444444444444444444444444444444444 1111 2222222222222 11111 111111 111111 111111 1111111111111 111111111 111111111 11111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 1 5 66 0 5 0 5 99999 1 77 1 6 111 1 666666666666 0 00 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 33 66 5555555 9 55555 9 77777777777777777777777777777777777 0 6666 888888888888888 1 0 8 0 6 3 1 11 6666666 444444444444444444444444444444444 8 7777 3 99 99 3 0 7777777777777 888 1 777 4 0 3 00000 4 4 000000 7777 4 111111 1 777777 6666666666666 3 0 222222222 222222222 22222 0 9999999999 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 88 3
lowQualScore : . . .. . . . . ..... . .. . . ... . ............ . .. ............................................................ ... .. .. ....... . ..... . ................................... . .... ............... . . . . . . . .. ....... ................................. . .... . .. .. . . ............. ... . ... . . . ..... . . ...... .... . ...... . ...... ............. . . ......... ......... ..... . .......... . .................................................... . .. .
lowQualScore : 0 7 11 7 7 7 7 99999 6 99 7 7 333 0 888888888888 2 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 000 88 88 8888888 2 00000 8 55555555555555555555555555555555555 0 0000 222222222222222 2 2 8 2 5 2 0 00 0000000 666666666666666666666666666666666 0 0000 2 22 22 9 7 5555555555555 888 1 888 4 1 6 77777 0 0 111111 7777 0 555555 5 222222 3333333333333 1 8 777777777 333333333 55555 8 2222222222 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 55 1
consensus : NNNNNNNTAACAACTCCCC-GTACGAGGTCATCTCAGCA-TGACCT-TTGTTCGAAATATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-C-CGATGACGCCANGGA---T--C----GACCA-GTGAGA---ATG--T--ATG------TGATNCCGGTCGGCA-TT---A-AAAATGGCT----G--TCGCC--TAT--TGCGAAGGTTAT--AAATTCGC-----TAAACTCAACATCTAG--GATGG--ATTTTGCAA--TCT--TCG--TGATC-GTAAGGA--CCGCAC--------GNCATT-GTTACCGACTGGTTTTGGTAAACCANT--ACCCTA-------TCAACTGC---ACTAAA-CGTANATACCCGG---T-GCGGTGCGGACGGT-A----AGGC--GGGAATGGCCGAA-GGCATTTTACTTGTGTTT-T-AT-ACGTTCG---GAAGTAGT---CGG-GACGTTTAT-A---TAATG-TT-AAA--TC--GTTC---CGA-GAAT------ATTATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-GA-CCTC-TAAT--G--------------G--TGTAGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
Reference ( family-9965 ) : NNNNNNNTAACNACTCCCC-GTACGAGGTCATCTCAGCA-TGACCT-TTGTTCGAAATATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-C-CGATGACGCCANGGA---T--C----GACCA-GTGAGA---ATG--T--ATG------TGATNCCGGTCGGCA-TT---A-AAAATGGCT----G--TCGCC--TAT--TGCGAAGGTTAT--AAATTCGC-----TAAACTCAACATCTAG--GATGG--ATTTTGCAA--TCT--TCG--TGATC-GTAAGGA--CCGCAC--------GNCATT-GTTACCGACTGGTTTTGGTAAACCANT--ACCCTA-------TCAACTGC---ACTAAA-CGTANATACCCGG---T-GCGGTGCGGACGGT-A----AGGC--GGGAATGGCCGAA-GGCATTTTACTTGTGTTT-T-AT-ACGTTCG---GAAGTAGT---CGG-GACGTTTAT-A---TAATG-TT-AAA--TC--GTTC---CGA-GAAT------ATTATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-GA-CCTC-TAAT--G--------------G--TGTAGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
gi|1 : TAACTACTCCCT-TT--GAGGTCATCTCAGCATTAACTT-TTGTC--AAATATATAACAACCAATG-A-AATTAA-T-CGTTGACACGAACGA---T--CTCAAGCCCA-GTGAGGTTCATGGTT--ATA------TGATGCTGGTTGGCA-TT---ATAAAATTACT----GACTCGCC--TATACTGTTGAGGTCATGGAAGGTCGTTGGCATAAATTCAACATCTAG--AATG-----TGTGAAG--TCTTATCATTTGATCGGTGAGAAATCTGCACTGAGTTCAGCTGTTCGTCTTCGA-TGGTATTAGTAAATCATTCCACCTTAAGCTAGGTCAACTG-----CTAAA-TATAAATACCGGA---TGGCAGTGTGGATGGTGA----AGGCCGAGGAATGGCCGTA--GCATTTTG--TGT-TTT-T-ATCACATTCGAGAGAAGTAGTACACTA-AACGTTTATAA---TAATG-TT-AAC--T---ATTCGGTCAT-GAATTACATGATAATTAGAGAGCATAGAAACTT-TT-TTAG-----CAAT-AGCTGATTGGTCAATGC--AA--------GTTC---------AAT----CTGAAA-----T-GACCCTCTTAAT--
gi|10 : tgtgctatacacaatca--ACCCTA-------TCAACT-C----CTAAAACG-ATATATCCGG---T-GTGGTGTGGACTGT-ACCTAAAGC--GGGAATGGTCGAA-GGCATTTT-CTTGTGGTT-C-AT-ACGTTCG---GAAGTACT---CAG-GACGTTctggggaagttgttaagggaagttgtttagatcctttgtgtg
gi|11 : TAATTTCTCTCT-GCACGAGGTCATAT-AGCA-TGACGT-ATGGTCGAAATATGT--CAGTCAATGGA-AATTGG-C-CAATAAAGCCACG
gi|12 : ctatgatatgcttaagtacaagatcAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA-----------T---------GAT-----TGAAA-----T-TA-CCTC-TAAT--A--------------G--
gi|13 : GATT-TC-GTAA----TCGATGCGCTGATTGGCTAAT-TGAAA--------GGTC---------ACTGACGCTGACG-----T-GA-CCTC-CAAT--G--------------GAATGTTGT-----GAggagttgttatatccggtgtatcgaggcctaaaccattc
gi|14 : ccaacATA-TT-GTAG---ACTAAT-TGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----TTGAGA-----T-GA-CCTC-CAAT--
gi|14 : aTAACAACTCCCA-ATTGGAGGTCATCTCAAAT-TGAACT-TT--------TGCAT--TAACCAATCAGCAATTAG-T-Ctgggagttgttagat
gi|15 : aatattgtaTAT-ACAGTAATA-TTTAAA--TC--GTTC---C----AAT------ATTATC------CACTGAA-ATT-AT-CTAG---ACCTAT-CGCTGATTGGgat
gi|16 : tataTAGC-----AAT------AG-TA---------TGGGAGCAGATCAAACGAT-CTAATT--TTGA-TAACATTG
gi|17 : GCAAAA--------GTTC---------AAT----CTTAGA-----T-GA-CCTT-TAGC--G--------------G--caag
gi|18 : TGAGTGGATCAAAGGAT-CTCATT--TTAA-TTAAATTGTCggagttaattgttagatcct
gi|19 : TATGTGAGCAGACCTTAGGAT-CTAATT--TTAA-CTAGATTGtagtactatgac
gi|2 : aac-GTAAGAGGTCATCTCAGCA-TGACCT-TTGTTCGAAATATGA--CAACCAATGAA-AATTAA-C-CAATGACGCCATGGA---T--C----GACCA-GTGAGA--------C--ATG-------GATACCGGTCGGCAGTT---A-AAAATGGCT----G---CACC--TAT--TGCAAAGGTTAC--AAATTCGC-----TAAACTCAACACCTAACAGATGGGAATTTTGCAA--TCT--TCG--TGATC-GTAAGGA--TAGCAT--------GGTATT-GTTACCAAATGTTTTTGGTAAATCAGT--ACGCTA-------CCAACTGCTTAACTAAA-TGTACATATCCGG---T-GTGATATGAACGGT-A----AGGC--GGTAATGGCCGAA-GCCATTTTACTTGTGTTTGT-AT-ACATTCG---GTA-TAGT---CGG-AACATTTGT-A---TAATG-TT-AAA--TC--ATTT---CGG-GACT------ATCATCA-----CACCGAAGATTGTTACCAAATTGCCGAT-CGCTGATTGGGTAATGCGAAA--------GTTC---------AAT----ATGAGA-----T-TT-CCTC-TAAC--G--------------G--TGTGGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCATAGGAT-TGCATT--TTAA-TTAGATTGTCATTctagttt
gi|20 : agacttgtaaattcgctt----AATACGTGAGCTGATCAAAGGATCCTAATT--TTAA-TTAGATTG
gi|21 : aGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAATTTAGATTGGCATTgt
gi|22 : ggTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAACT--CTAA-TTAGATTGa
gi|3 : TCCCC-GTACGAGGTCATCTCAGCA-T----------TCGAAATATAT--CAGCCAATGAA-AATTAGAT-TAATGATGTCAGGGAAAATGAC----GAAAA-TAGAGA---ATG--T--GTA-------------GGTTG-----T---A-----TGGCTATCAG--TCGCC---AT--TGCGAAG---------ATTCGC-----TAAACTCTACAGCT------TGAC-ATTTTGCAAAGTTT--CCC--TAATC-GTAAAGA--TTGCTT--------ATCAGT-TTTATCTGCTGGATTTGGTAAACCATC--ACTTTA-------TCAAC------ACT-----GGAAAT-------------GGTGCGGGCGGT-A----AGAC--GGAAATGATCGCA-GGTATTTTACTT----------------TTG---GAACTAGT---CAA-AATGATCAT-T---TGATAATT-AAA---A--GTTT---GGA-TAAT------GTTATTA-----CACAGAAGATT-TT-CTAA---GCCAAT-CGCTGATTGGTTAATGCATAT--------TTTC---------AAT----G-GAGAGTTATTAGATCCTT-T--------------------G--TGTATC-----GA-----------A-----AGTATGTGAGCAGATTGAAGGAT-CTAATT--TTAA-CTAGGTTGTTAgaa
gi|4 : gtataaatagtatatctgatttcgagtttctattgggggattttacgatatgcttcaatacaacatctaaaaggACAACTCCCC-GTACGA-GTTATCTCAGCA-TGACCTCTTGTTCAAATTATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-CGCGATGACCTCAGAG----T--C----TATCATATGAGA---ATG--TTAATGTTATTATGACTCTCGTCGGCT-TTTGGT-AAATTAGC--------TCGCCAATAT--TG-GAAGATTAT--AAA-TCGT-----TAAGTTC--CAT-----------------------------------GATC-GTAGGGA--CCGCAC--------AACA-T-GTTGCCGACTGATTTT-GT-AACCAAT--ACCCTA-------TCAACTGC----CTAAA---TATGCACCTTGAATT-----TACTGACGGC-A----A-----GGAAATGGCCGAACCGCATTTTTCT----------------TTCG---GAACAAGT---CGG-AACGATCAT-T---TAA------AAT--TCTAGTTT---TGATCAAT------ATTA--AT----TACT----ATC-CT--TAA---TCGGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTTAGA-----T-GA-CCTcct
gi|4 : gaacaaattttatattctgatctgagattttagtgcgggaattcacgattatgctcaaacaggatctTAACAACTCCCCTGCTCAAGGTCATCTAAGAT-TGAACT-TT--------TGCAT--TAACCAATtgagcaggggagttgttagatcctttgtgtagcgaaaaattgtaaaccattc
gi|5 : gaacaaattttatattctgatctgagattttagtgcgggaattcacgattatgctcaaacaggatctacaactccccgtacgagttatctcagcatgacctcttgttcaaattatatcaaccaatgaaaattagcgcgatgacctcagagtctatcatatgagaatgttaatgttattatgactctcgtcggcttttggtaaattagctcgccaatattggaagattataaatcgttaagttccatgatcgtagggaccgcacaacatgttgccgactgattttgtaaccaataccctatcaactgcctaaatatgcaccttgaatttactgacggcaaggaaatggccgaaccgcatttttctttcggaacaagtcggaacgatcatttaaaattctagttttgatcaatattaattactatccttaatcggatcgctgC--GGGAATGACCGAA-GACATTATACTTGTGTTG-T-AT-A------------GTAGT---CGG-GACGTTCAT-G---TAATG-AT-AAA--TA--GTTC---TGA-GAAT------GTTATTA-----CCCCGAAGATA-GT-CTAA---GCTGAT-CGCTGATTGGTTAATGC--AA--------GTTC---------AAT----ATAAGA-----T-TA-CCCC-TGATCAG--------------G--AGT--T-----GTT------AGATTC------TTTGTGAACGGATCAAAGAAT-CTAATG--TTAC-TTAGATTGTTAgatcctttgtgtagcgaaaaattgtaaaccattc
gi|6 : cTTACTTGTGTTT-TTGT-ATGTTCG---GAAGTTGT---CGG-GACTTTTAT-A---TAGCG-CT-AAT--TC--GTTC---CAA-AAGT------AT-ATCA-----CACTAATGATT-TT-GTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-TA-CCTC-TAAT--GGTGTTT--------G--TGTAGC-----AAT------AG-TAC-------ATGTGAGCAGATTAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGca
gi|7 : gGTTCG---GAAGTCAT---CAAAGACTTTT-T-A---TAATG-TT-AAA--TT--GCTC---AGA-GATA------ATTATC------TACTGAAGA--------------CCGAC-CACTGATT-GCAAATGCAATA--------CCTCTTACTGGGGAGT----TT-AGA-----T----CCTT-TGA---A--------------A--TGTA--------AT------AG-TAT----G--ATG-GAGCAGATCAAAGGAC-CTAATTAATTAA-TTAGATTGa
gi|8 : tTG-TT-AAAAATC--GTTC---CGA-GAAT------ATCATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---ACCGAT-CGATGATTGGTTAATGCAAAAGACTTAAGGTTC---------ATT----CTGAAA-----C-GA-TCTC-TAAT--GGGTTGTTGTCCTTTG--TGTAGC-----GAT----------------AGTATGCAAACGGATCAAAATAT-CTAATT--TGAA-GTAGATTatttt
gi|9 : gAAGTCAT---CAA-GACTTTT-T-A---TAATG-TT-AAA--TT--GCTC---AGA-GAAT------ATTATCC-----TACTGAAGA--------------CCGAC-CACTGAT-------TGCAAAA---------TGC---------AAT------------------A-CCTC-TACT--G--------------G---GGAGTTTTTAGATCCTTTGAA-TGCTAATAGTATTTGAGCAGATCAAAGGAC-CTAATTAATTAA-TTAGATTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111 333333333333 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 11 1111111 22222 00000000000000000000000000000000000 1 1111 333333333333333 11 2222222 444444444444444444444444444444444 1111 2222222222222 11111 111111 111111 111111 1111111111111 111111111 111111111 11111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 5 66 66 0 5 0 5 99999 1 77 1 6 111 1 666666666666 0 00 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 33 66 5555555 9 55555 9 77777777777777777777777777777777777 0 6666 888888888888888 1 0 8 0 6 3 1 11 6666666 444444444444444444444444444444444 8 7777 3 99 99 3 0 7777777777777 888 1 777 4 0 3 00000 4 4 000000 7777 4 111111 1 777777 6666666666666 3 0 222222222 222222222 22222 0 9999999999 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 88 3
lowQualScore : . .. .. . . . . ..... . .. . . ... . ............ . .. ............................................................ ... .. .. ....... . ..... . ................................... . .... ............... . . . . . . . .. ....... ................................. . .... . .. .. . . ............. ... . ... . . . ..... . . ...... .... . ...... . ...... ............. . . ......... ......... ..... . .......... . .................................................... . .. .
lowQualScore : 7 11 11 7 7 7 7 99999 6 99 7 7 333 0 888888888888 2 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 000 88 88 8888888 2 00000 8 55555555555555555555555555555555555 0 0000 222222222222222 2 2 8 2 5 2 0 00 0000000 666666666666666666666666666666666 0 0000 2 22 22 9 7 5555555555555 888 1 888 4 1 6 77777 0 0 111111 7777 0 555555 5 222222 3333333333333 1 8 777777777 333333333 55555 8 2222222222 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 55 1
consensus : NNNNNNNTAACAACTC-CCC-GTACGAGGTCATCTCAGCA-TGACCT-TTGTTCGAAATATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-C-CGATGACGCCANGGA---T--C----GACCA-GTGAGA---ATG--T--ATG------TGATNCCGGTCGGCA-TT---A-AAAATGGCT----G--TCGCC--TAT--TGCGAAGGTTAT--AAATTCGC-----TAAACTCAACATCTAG--GATGG--ATTTTGCAA--TCT--TCG--TGATC-GTAAGGA--CCGCAC--------GNCATT-GTTACCGACTGGTTTTGGTAAACCANT--ACCCTA-------TCAACTGC---ACTAAA-CGTANATACCCGG---T-GCGGTGCGGACGGT-A----AGGC--GGGAATGGCCGAA-GGCATTTTACTTGTGTTT-T-AT-ACGTTCG---GAAGTAGT---CGG-GACGTTTAT-A---TAATG-TT-AAA--TC--GTTC---CGA-GAAT------ATTATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-GA-CCTC-TAAT--G--------------G--TGTAGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
Reference ( family-9965 ) : NNNNNNNTAACAACTC-CCC-GTACGAGGTCATCTCAGCA-TGACCT-TTGTTCGAAATATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-C-CGATGACGCCANGGA---T--C----GACCA-GTGAGA---ATG--T--ATG------TGATNCCGGTCGGCA-TT---A-AAAATGGCT----G--TCGCC--TAT--TGCGAAGGTTAT--AAATTCGC-----TAAACTCAACATCTAG--GATGG--ATTTTGCAA--TCT--TCG--TGATC-GTAAGGA--CCGCAC--------GNCATT-GTTACCGACTGGTTTTGGTAAACCANT--ACCCTA-------TCAACTGC---ACTAAA-CGTANATACCCGG---T-GCGGTGCGGACGGT-A----AGGC--GGGAATGGCCGAA-GGCATTTTACTTGTGTTT-T-AT-ACGTTCG---GAAGTAGT---CGG-GACGTTTAT-A---TAATG-TT-AAA--TC--GTTC---CGA-GAAT------ATTATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-GA-CCTC-TAAT--G--------------G--TGTAGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
gi|1 : TAACTACTC-CCT-TT--GAGGTCATCTCAGCATTAACTT-TTGTC--AAATATATAACAACCAATG-A-AATTAA-T-CGTTGACACGAACGA---T--CTCAAGCCCA-GTGAGGTTCATGGTT--ATA------TGATGCTGGTTGGCA-TT---ATAAAATTACT----GACTCGCC--TATACTGTTGAGGTCATGGAAGGTCGTTGGCATAAATTCAACATCTAG--AATG-----TGTGAAG--TCTTATCATTTGATCGGTGAGAAATCTGCACTGAGTTCAGCTGTTCGTCTTCGA-TGGTATTAGTAAATCATTCCACCTTAAGCTAGGTCAACTG-----CTAAA-TATAAATACCGGA---TGGCAGTGTGGATGGTGA----AGGCCGAGGAATGGCCGTA--GCATTTTG--TGT-TTT-T-ATCACATTCGAGAGAAGTAGTACACTA-AACGTTTATAA---TAATG-TT-AAC--T---ATTCGGTCAT-GAATTACATGATAATTAGAGAGCATAGAAACTT-TT-TTAG-----CAAT-AGCTGATTGGTCAATGC--AA--------GTTC---------AAT----CTGAAA-----T-GACCCTCTTAAT--
gi|10 : tgtgctatacacaatca--ACCCTA-------TCAACT-C----CTAAAACG-ATATATCCGG---T-GTGGTGTGGACTGT-ACCTAAAGC--GGGAATGGTCGAA-GGCATTTT-CTTGTGGTT-C-AT-ACGTTCG---GAAGTACT---CAG-GACGTTctggggaagttgttaagggaagttgtttagatcctttgtgtg
gi|11 : CTC-TCT-GCACGAGGTCATAT-AGCA-TGACGT-ATGGTCGAAATATGT--CAGTCAATGGA-AATTGG-C-CAATAAAGCCACG
gi|12 : ctatgatatgcttaagtacaagatctaatttAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA-----------T---------GAT-----TGAAA-----T-TA-CCTC-TAAT--A--------------G--
gi|13 : GATT-TC-GTAA----TCGATGCGCTGATTGGCTAAT-TGAAA--------GGTC---------ACTGACGCTGACG-----T-GA-CCTC-CAAT--G--------------GAATGTTGT-----GAggagttgttatatccggtgtatcgaggcctaaaccattc
gi|14 : ccaacATA-TT-GTAG---ACTAAT-TGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----TTGAGA-----T-GA-CCTC-CAAT--
gi|14 : aTAACAACTC-CCA-ATTGGAGGTCATCTCAAAT-TGAACT-TT--------TGCAT--TAACCAATCAGCAATTAG-T-Ctgggagttgttagat
gi|15 : aatattgtaTAT-ACAGTAATA-TTTAAA--TC--GTTC---C----AAT------ATTATC------CACTGAA-ATT-AT-CTAG---ACCTAT-CGCTGATTGGgat
gi|16 : tataTAGC-----AAT------AG-TA---------TGGGAGCAGATCAAACGAT-CTAATT--TTGA-TAACATTG
gi|17 : GCAAAA--------GTTC---------AAT----CTTAGA-----T-GA-CCTT-TAGC--G--------------G--caag
gi|18 : TGAGTGGATCAAAGGAT-CTCATT--TTAA-TTAAATTGTCggagttaattgttagatcct
gi|19 : TATGTGAGCAGACCTTAGGAT-CTAATT--TTAA-CTAGATTGtagtactatgac
gi|2 : aacAATTCGCTT-GTAAGAGGTCATCTCAGCA-TGACCT-TTGTTCGAAATATGA--CAACCAATGAA-AATTAA-C-CAATGACGCCATGGA---T--C----GACCA-GTGAGA--------C--ATG-------GATACCGGTCGGCAGTT---A-AAAATGGCT----G---CACC--TAT--TGCAAAGGTTAC--AAATTCGC-----TAAACTCAACACCTAACAGATGGGAATTTTGCAA--TCT--TCG--TGATC-GTAAGGA--TAGCAT--------GGTATT-GTTACCAAATGTTTTTGGTAAATCAGT--ACGCTA-------CCAACTGCTTAACTAAA-TGTACATATCCGG---T-GTGATATGAACGGT-A----AGGC--GGTAATGGCCGAA-GCCATTTTACTTGTGTTTGT-AT-ACATTCG---GTA-TAGT---CGG-AACATTTGT-A---TAATG-TT-AAA--TC--ATTT---CGG-GACT------ATCATCA-----CACCGAAGATTGTTACCAAATTGCCGAT-CGCTGATTGGGTAATGCGAAA--------GTTC---------AAT----ATGAGA-----T-TT-CCTC-TAAC--G--------------G--TGTGGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCATAGGAT-TGCATT--TTAA-TTAGATTGTCATTctagttt
gi|20 : agacttgta----AATACGTGAGCTGATCAAAGGATCCTAATT--TTAA-TTAGATTG
gi|21 : aGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAATTTAGATTGGCATTgt
gi|22 : ggTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAACT--CTAA-TTAGATTGa
gi|3 : TC-CCC-GTACGAGGTCATCTCAGCA-T----------TCGAAATATAT--CAGCCAATGAA-AATTAGAT-TAATGATGTCAGGGAAAATGAC----GAAAA-TAGAGA---ATG--T--GTA-------------GGTTG-----T---A-----TGGCTATCAG--TCGCC---AT--TGCGAAG---------ATTCGC-----TAAACTCTACAGCT------TGAC-ATTTTGCAAAGTTT--CCC--TAATC-GTAAAGA--TTGCTT--------ATCAGT-TTTATCTGCTGGATTTGGTAAACCATC--ACTTTA-------TCAAC------ACT-----GGAAAT-------------GGTGCGGGCGGT-A----AGAC--GGAAATGATCGCA-GGTATTTTACTT----------------TTG---GAACTAGT---CAA-AATGATCAT-T---TGATAATT-AAA---A--GTTT---GGA-TAAT------GTTATTA-----CACAGAAGATT-TT-CTAA---GCCAAT-CGCTGATTGGTTAATGCATAT--------TTTC---------AAT----G-GAGAGTTATTAGATCCTT-T--------------------G--TGTATC-----GA-----------A-----AGTATGTGAGCAGATTGAAGGAT-CTAATT--TTAA-CTAGGTTGTTAgaa
gi|4 : gtataaatagtatatctgatttcgagtttctattgggggattttacgatatgcttcaatacaacatctaaaaggACAACTC-CCC-GTACGA-GTTATCTCAGCA-TGACCTCTTGTTCAAATTATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-CGCGATGACCTCAGAG----T--C----TATCATATGAGA---ATG--TTAATGTTATTATGACTCTCGTCGGCT-TTTGGT-AAATTAGC--------TCGCCAATAT--TG-GAAGATTAT--AAA-TCGT-----TAAGTTC--CAT-----------------------------------GATC-GTAGGGA--CCGCAC--------AACA-T-GTTGCCGACTGATTTT-GT-AACCAAT--ACCCTA-------TCAACTGC----CTAAA---TATGCACCTTGAATT-----TACTGACGGC-A----A-----GGAAATGGCCGAACCGCATTTTTCT----------------TTCG---GAACAAGT---CGG-AACGATCAT-T---TAA------AAT--TCTAGTTT---TGATCAAT------ATTA--AT----TACT----ATC-CT--TAA---TCGGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTTAGA-----T-GA-CCTcct
gi|4 : gaacaaattttatattctgatctgagattttagtgcgggaattcacgattatgctcaaacaggatctTAACAACTC-CCCTGCTCAAGGTCATCTAAGAT-TGAACT-TT--------TGCAT--TAACCAATtgagcaggggagttgttagatcctttgtgtagcgaaaaattgtaaaccattc
gi|5 : gaacaaattttatattctgatctgagattttagtgcgggaattcacgattatgctcaaacaggatctacaactccccgtacgagttatctcagcatgacctcttgttcaaattatatcaaccaatgaaaattagcgcgatgacctcagagtctatcatatgagaatgttaatgttattatgactctcgtcggcttttggtaaattagctcgccaatattggaagattataaatcgttaagttccatgatcgtagggaccgcacaacatgttgccgactgattttgtaaccaataccctatcaactgcctaaatatgcaccttgaatttactgacggcaaggaaatggccgaaccgcatttttctttcggaacaagtcggaacgatcatttaaaattctagttttgatcaatattaattactatccttaatcggatcgctgC--GGGAATGACCGAA-GACATTATACTTGTGTTG-T-AT-A------------GTAGT---CGG-GACGTTCAT-G---TAATG-AT-AAA--TA--GTTC---TGA-GAAT------GTTATTA-----CCCCGAAGATA-GT-CTAA---GCTGAT-CGCTGATTGGTTAATGC--AA--------GTTC---------AAT----ATAAGA-----T-TA-CCCC-TGATCAG--------------G--AGT--T-----GTT------AGATTC------TTTGTGAACGGATCAAAGAAT-CTAATG--TTAC-TTAGATTGTTAgatcctttgtgtagcgaaaaattgtaaaccattc
gi|6 : cTTACTTGTGTTT-TTGT-ATGTTCG---GAAGTTGT---CGG-GACTTTTAT-A---TAGCG-CT-AAT--TC--GTTC---CAA-AAGT------AT-ATCA-----CACTAATGATT-TT-GTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-TA-CCTC-TAAT--GGTGTTT--------G--TGTAGC-----AAT------AG-TAC-------ATGTGAGCAGATTAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGca
gi|7 : gGTTCG---GAAGTCAT---CAAAGACTTTT-T-A---TAATG-TT-AAA--TT--GCTC---AGA-GATA------ATTATC------TACTGAAGA--------------CCGAC-CACTGATT-GCAAATGCAATA--------CCTCTTACTGGGGAGT----TT-AGA-----T----CCTT-TGA---A--------------A--TGTA--------AT------AG-TAT----G--ATG-GAGCAGATCAAAGGAC-CTAATTAATTAA-TTAGATTGa
gi|8 : tTG-TT-AAAAATC--GTTC---CGA-GAAT------ATCATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---ACCGAT-CGATGATTGGTTAATGCAAAAGACTTAAGGTTC---------ATT----CTGAAA-----C-GA-TCTC-TAAT--GGGTTGTTGTCCTTTG--TGTAGC-----GAT----------------AGTATGCAAACGGATCAAAATAT-CTAATT--TGAA-GTAGATTatttt
gi|9 : gAAGTCAT---CAA-GACTTTT-T-A---TAATG-TT-AAA--TT--GCTC---AGA-GAAT------ATTATCC-----TACTGAAGA--------------CCGAC-CACTGAT-------TGCAAAA---------TGC---------AAT------------------A-CCTC-TACT--G--------------G---GGAGTTTTTAGATCCTTTGAA-TGCTAATAGTATTTGAGCAGATCAAAGGAC-CTAATTAATTAA-TTAGATTG
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 11111 111 333333333333 11 666666666666666666666666666666666666666666666666666666666666 111 11 1111111 22222 00000000000000000000000000000000000 1 1111 333333333333333 11 2222222 444444444444444444444444444444444 1111 2222222222222 11111 111111 111111 111111 1111111111111 111111111 111111111 11111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 5 66 66 0 5 0 5 99999 1 77 1 6 111 1 666666666666 0 00 777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 777 33 66 5555555 9 55555 9 77777777777777777777777777777777777 0 6666 888888888888888 1 0 8 0 6 3 1 11 6666666 444444444444444444444444444444444 8 7777 3 99 99 3 0 7777777777777 888 1 777 4 0 3 00000 4 4 000000 7777 4 111111 1 777777 6666666666666 3 0 222222222 222222222 22222 0 9999999999 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 88 3
lowQualScore : . .. .. . . . . ..... . .. . . ... . ............ . .. ............................................................ ... .. .. ....... . ..... . ................................... . .... ............... . . . . . . . .. ....... ................................. . .... . .. .. . . ............. ... . ... . . . ..... . . ...... .... . ...... . ...... ............. . . ......... ......... ..... . .......... . .................................................... . .. .
lowQualScore : 7 11 11 7 7 7 7 99999 6 99 7 7 333 0 888888888888 2 22 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 000 88 88 8888888 2 00000 8 55555555555555555555555555555555555 0 0000 222222222222222 2 2 8 2 5 2 0 00 0000000 666666666666666666666666666666666 0 0000 2 22 22 9 7 5555555555555 888 1 888 4 1 6 77777 0 0 111111 7777 0 555555 5 222222 3333333333333 1 8 777777777 333333333 55555 8 2222222222 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 55 1
consensus : NNNNNNNTAACAACTC-CCC-GTACGAGGTCATCTCAGCA-TGACCT-TTGTTCGAAATATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-C-CGATGACGCCANGGA---T--C----GACCA-GTGAGA---ATG--T--ATG------TGATNCCGGTCGGCA-TT---A-AAAATGGCT----G--TCGCC--TAT--TGCGAAGGTTAT--AAATTCGC-----TAAACTCAACATCTAG--GATGG--ATTTTGCAA--TCT--TCG--TGATC-GTAAGGA--CCGCAC--------GNCATT-GTTACCGACTGGTTTTGGTAAACCANT--ACCCTA-------TCAACTGC---ACTAAA-CGTANATACCCGG---T-GCGGTGCGGACGGT-A----AGGC--GGGAATGGCCGAA-GGCATTTTACTTGTGTTT-T-AT-ACGTTCG---GAAGTAGT---CGG-GACGTTTAT-A---TAATG-TT-AAA--TC--GTTC---CGA-GAAT------ATTATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-GA-CCTC-TAAT--G--------------G--TGTAGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
Reference ( family-9965 ) : NNNNNNNTAACAACTC-CCC-GTACGAGGTCATCTCAGCA-TGACCT-TTGTTCGAAATATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-C-CGATGACGCCANGGA---T--C----GACCA-GTGAGA---ATG--T--ATG------TGATNCCGGTCGGCA-TT---A-AAAATGGCT----G--TCGCC--TAT--TGCGAAGGTTAT--AAATTCGC-----TAAACTCAACATCTAG--GATGG--ATTTTGCAA--TCT--TCG--TGATC-GTAAGGA--CCGCAC--------GNCATT-GTTACCGACTGGTTTTGGTAAACCANT--ACCCTA-------TCAACTGC---ACTAAA-CGTANATACCCGG---T-GCGGTGCGGACGGT-A----AGGC--GGGAATGGCCGAA-GGCATTTTACTTGTGTTT-T-AT-ACGTTCG---GAAGTAGT---CGG-GACGTTTAT-A---TAATG-TT-AAA--TC--GTTC---CGA-GAAT------ATTATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-GA-CCTC-TAAT--G--------------G--TGTAGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
gi|1 : TAACTACTC-CCT-TT--GAGGTCATCTCAGCATTAACTT-TTGTC--AAATATATAACAACCAATG-A-AATTAA-T-CGTTGACACGAACGA---T--CTCAAGCCCA-GTGAGGTTCATGGTT--ATA------TGATGCTGGTTGGCA-TT---ATAAAATTACT----GACTCGCC--TATACTGTTGAGGTCATGGAAGGTCGTTGGCATAAATTCAACATCTAG--AATG-----TGTGAAG--TCTTATCATTTGATCGGTGAGAAATCTGCACTGAGTTCAGCTGTTCGTCTTCGA-TGGTATTAGTAAATCATTCCACCTTAAGCTAGGTCAACTG-----CTAAA-TATAAATACCGGA---TGGCAGTGTGGATGGTGA----AGGCCGAGGAATGGCCGTA--GCATTTTG--TGT-TTT-T-ATCACATTCGAGAGAAGTAGTACACTA-AACGTTTATAA---TAATG-TT-AAC--T---ATTCGGTCAT-GAATTACATGATAATTAGAGAGCATAGAAACTT-TT-TTAG-----CAAT-AGCTGATTGGTCAATGC--AA--------GTTC---------AAT----CTGAAA-----T-GACCCTCTTAAT--
gi|10 : tgtgctatacacaatca--ACCCTA-------TCAACT-C----CTAAAACG-ATATATCCGG---T-GTGGTGTGGACTGT-ACCTAAAGC--GGGAATGGTCGAA-GGCATTTT-CTTGTGGTT-C-AT-ACGTTCG---GAAGTACT---CAG-GACGTTctggggaagttgttaagggaagttgtttagatcctttgtgtg
gi|11 : CTC-TCT-GCACGAGGTCATAT-AGCA-TGACGT-ATGGTCGAAATATGT--CAGTCAATGGA-AATTGG-C-CAATAAAGCCACG
gi|12 : ctatgatatgcttaagtacaagatctaatttAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA-----------T---------GAT-----TGAAA-----T-TA-CCTC-TAAT--A--------------G--
gi|13 : GATT-TC-GTAA----TCGATGCGCTGATTGGCTAAT-TGAAA--------GGTC---------ACTGACGCTGACG-----T-GA-CCTC-CAAT--G--------------GAATGTTGT-----GAggagttgttatatccggtgtatcgaggcctaaaccattc
gi|14 : ccaacATA-TT-GTAG---ACTAAT-TGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----TTGAGA-----T-GA-CCTC-CAAT--
gi|14 : aTAACAACTC-CCA-ATTGGAGGTCATCTCAAAT-TGAACT-TT--------TGCAT--TAACCAATCAGCAATTAG-T-Ctgggagttgttagat
gi|15 : aatattgtaTAT-ACAGTAATA-TTTAAA--TC--GTTC---C----AAT------ATTATC------CACTGAA-ATT-AT-CTAG---ACCTAT-CGCTGATTGGgat
gi|16 : tataTAGC-----AAT------AG-TA---------TGGGAGCAGATCAAACGAT-CTAATT--TTGA-TAACATTG
gi|17 : GCAAAA--------GTTC---------AAT----CTTAGA-----T-GA-CCTT-TAGC--G--------------G--caag
gi|18 : TGAGTGGATCAAAGGAT-CTCATT--TTAA-TTAAATTGTCggagttaattgttagatcct
gi|19 : TATGTGAGCAGACCTTAGGAT-CTAATT--TTAA-CTAGATTGtagtactatgac
gi|2 : aacAATTCGCTT-GTAAGAGGTCATCTCAGCA-TGACCT-TTGTTCGAAATATGA--CAACCAATGAA-AATTAA-C-CAATGACGCCATGGA---T--C----GACCA-GTGAGA--------C--ATG-------GATACCGGTCGGCAGTT---A-AAAATGGCT----G---CACC--TAT--TGCAAAGGTTAC--AAATTCGC-----TAAACTCAACACCTAACAGATGGGAATTTTGCAA--TCT--TCG--TGATC-GTAAGGA--TAGCAT--------GGTATT-GTTACCAAATGTTTTTGGTAAATCAGT--ACGCTA-------CCAACTGCTTAACTAAA-TGTACATATCCGG---T-GTGATATGAACGGT-A----AGGC--GGTAATGGCCGAA-GCCATTTTACTTGTGTTTGT-AT-ACATTCG---GTA-TAGT---CGG-AACATTTGT-A---TAATG-TT-AAA--TC--ATTT---CGG-GACT------ATCATCA-----CACCGAAGATTGTTACCAAATTGCCGAT-CGCTGATTGGGTAATGCGAAA--------GTTC---------AAT----ATGAGA-----T-TT-CCTC-TAAC--G--------------G--TGTGGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCATAGGAT-TGCATT--TTAA-TTAGATTGTCATTctagttt
gi|20 : agacttgta----AATACGTGAGCTGATCAAAGGATCCTAATT--TTAA-TTAGATTG
gi|21 : aGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAATTTAGATTGGCATTgt
gi|22 : ggTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAACT--CTAA-TTAGATTGa
gi|3 : TC-CCC-GTACGAGGTCATCTCAGCA-T----------TCGAAATATAT--CAGCCAATGAA-AATTAGAT-TAATGATGTCAGGGAAAATGAC----GAAAA-TAGAGA---ATG--T--GTA-------------GGTTG-----T---A-----TGGCTATCAG--TCGCC---AT--TGCGAAG---------ATTCGC-----TAAACTCTACAGCT------TGAC-ATTTTGCAAAGTTT--CCC--TAATC-GTAAAGA--TTGCTT--------ATCAGT-TTTATCTGCTGGATTTGGTAAACCATC--ACTTTA-------TCAAC------ACT-----GGAAAT-------------GGTGCGGGCGGT-A----AGAC--GGAAATGATCGCA-GGTATTTTACTT----------------TTG---GAACTAGT---CAA-AATGATCAT-T---TGATAATT-AAA---A--GTTT---GGA-TAAT------GTTATTA-----CACAGAAGATT-TT-CTAA---GCCAAT-CGCTGATTGGTTAATGCATAT--------TTTC---------AAT----G-GAGAGTTATTAGATCCTT-T--------------------G--TGTATC-----GA-----------A-----AGTATGTGAGCAGATTGAAGGAT-CTAATT--TTAA-CTAGGTTGTTAgaa
gi|4 : gtataaatagtatatctgatttcgagtttctattgggggattttacgatatgcttcaatacaacatctaaaaggACAACTC-CCC-GTACGA-GTTATCTCAGCA-TGACCTCTTGTTCAAATTATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-CGCGATGACCTCAGAG----T--C----TATCATATGAGA---ATG--TTAATGTTATTATGACTCTCGTCGGCT-TTTGGT-AAATTAGC--------TCGCCAATAT--TG-GAAGATTAT--AAA-TCGT-----TAAGTTC--CAT-----------------------------------GATC-GTAGGGA--CCGCAC--------AACA-T-GTTGCCGACTGATTTT-GT-AACCAAT--ACCCTA-------TCAACTGC----CTAAA---TATGCACCTTGAATT-----TACTGACGGC-A----A-----GGAAATGGCCGAACCGCATTTTTCT----------------TTCG---GAACAAGT---CGG-AACGATCAT-T---TAA------AAT--TCTAGTTT---TGATCAAT------ATTA--AT----TACT----ATC-CT--TAA---TCGGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTTAGA-----T-GA-CCTcct
gi|4 : gaacaaattttatattctgatctgagattttagtgcgggaattcacgattatgctcaaacaggatctTAACAACTC-CCCTGCTCAAGGTCATCTAAGAT-TGAACT-TT--------TGCAT--TAACCAATtgagcaggggagttgttagatcctttgtgtagcgaaaaattgtaaaccattc
gi|5 : gaacaaattttatattctgatctgagattttagtgcgggaattcacgattatgctcaaacaggatctacaactccccgtacgagttatctcagcatgacctcttgttcaaattatatcaaccaatgaaaattagcgcgatgacctcagagtctatcatatgagaatgttaatgttattatgactctcgtcggcttttggtaaattagctcgccaatattggaagattataaatcgttaagttccatgatcgtagggaccgcacaacatgttgccgactgattttgtaaccaataccctatcaactgcctaaatatgcaccttgaatttactgacggcaaggaaatggccgaaccgcatttttctttcggaacaagtcggaacgatcatttaaaattctagttttgatcaatattaattactatccttaatcggatcgctgC--GGGAATGACCGAA-GACATTATACTTGTGTTG-T-AT-A------------GTAGT---CGG-GACGTTCAT-G---TAATG-AT-AAA--TA--GTTC---TGA-GAAT------GTTATTA-----CCCCGAAGATA-GT-CTAA---GCTGAT-CGCTGATTGGTTAATGC--AA--------GTTC---------AAT----ATAAGA-----T-TA-CCCC-TGATCAG--------------G--AGT--T-----GTT------AGATTC------TTTGTGAACGGATCAAAGAAT-CTAATG--TTAC-TTAGATTGTTAgatcctttgtgtagcgaaaaattgtaaaccattc
gi|6 : cTTACTTGTGTTT-TTGT-ATGTTCG---GAAGTTGT---CGG-GACTTTTAT-A---TAGCG-CT-AAT--TC--GTTC---CAA-AAGT------AT-ATCA-----CACTAATGATT-TT-GTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-TA-CCTC-TAAT--GGTGTTT--------G--TGTAGC-----AAT------AG-TAC-------ATGTGAGCAGATTAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGca
gi|7 : gGTTCG---GAAGTCAT---CAAAGACTTTT-T-A---TAATG-TT-AAA--TT--GCTC---AGA-GATA------ATTATC------TACTGAAGA--------------CCGAC-CACTGATT-GCAAATGCAATA--------CCTCTTACTGGGGAGT----TT-AGA-----T----CCTT-TGA---A--------------A--TGTA--------AT------AG-TAT----G--ATG-GAGCAGATCAAAGGAC-CTAATTAATTAA-TTAGATTGa
gi|8 : tTG-TT-AAAAATC--GTTC---CGA-GAAT------ATCATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---ACCGAT-CGATGATTGGTTAATGCAAAAGACTTAAGGTTC---------ATT----CTGAAA-----C-GA-TCTC-TAAT--GGGTTGTTGTCCTTTG--TGTAGC-----GAT----------------AGTATGCAAACGGATCAAAATAT-CTAATT--TGAA-GTAGATTatttt
gi|9 : gAAGTCAT---CAA-GACTTTT-T-A---TAATG-TT-AAA--TT--GCTC---AGA-GAAT------ATTATCC-----TACTGAAGA--------------CCGAC-CACTGAT-------TGCAAAA---------TGC---------AAT------------------A-CCTC-TACT--G--------------G---GGAGTTTTTAGATCCTTTGAA-TGCTAATAGTATTTGAGCAGATCAAAGGAC-CTAATTAATTAA-TTAGATTG
blockSeqs : G CT AC . C GGTCG A . G C AT C AAAATGAC TA ATGTTAATGTTATTATGACTCTCGTCGGCTTTTGGTAAATTAGCT AAT . CA GTTAC T . A CCTAACAGATGGGAATTTTGCAATCTTCG . TA GGTATT A A G A G . . TGCTTAACTAAATGTACATATCCGGTGT . CCTA A . CC A GTTTGTATACA . G . A A ACAG A T TCTA C T . T AT TGTTACCAAATTG G GACTTAAGG TTACTGGGG GACGC GTTATTAGAT . GGGGAGTTTTTAGATCCTTTGAATGCTAATAG C AA T
blockSeqs : . T TG . . GTTCG A . A . CG T ATC G CATGGATACCGGTCGGCAGTTAAAAATGGCTG T . CG ATTAT T . T GCTTGACATTTTGCAAAGTTTCCC . TT ATCAGT A C G A T . . TCCTAAAACGATATATCCGGTGT . . G . G A GTTTTTGTATG . C . . G A . . AATC C . . C A ATTGTAGA . G . T TTA . GGGTTGTTGTCCTTTGTGTAGCGATAG . AA .
blockSeqs : . A AA . . GTTCA A . A . C G TC T ATGTGTAGGTTGTATGGCTATCAGT . . G . . . . T . CC AACAT G C . . A . . TGCCTAAATATGCACCTTGAATT . . G . G T GGTTCATACG . C . . A T . . TC G . . T A TATCTAGA . G . C TGA . GGTGTTTGTGTAGCAATAGTAC . . .
blockSeqs : . T AC . . TCG T . A . T G . . ACTGGAAAT . . . . G A GTTGTATA . G . . A T . . TC T . . T A TTTCTAAG . G . A TGA . CAGGAGTTGTTAGATTC . . .
blockSeqs : . C AC . . . . . A . C . G A . . G . . A G . . TA T . . T A AGTCTAAG . G . G TGA . AATGTAATAGTATG . . .
blockSeqs : . C TC . . . . . . . . G . . A A . . TC C . . T A TTTGTAGG . T . C TTT . GTGTATCGAAAG . . .
blockSeqs : . G . . . A . . TT A . . C C TTTCTAGA . G . A TGA . . . .
blockSeqs : . . . . A . . TT C . . T . TTCGTAA . G . C TTA . . . .
blockSeqs : . . A A . . . . CCTTAAT . G . T TTA . . . .
blockSeqs : . . C . C CGA . . . .
blockSeqs : . . . . . T . . . .
blockSeqs : . . . . A . . .
blockSeqCons : AC GTCG* ** ** ******* TCACTAAACGGCACTCGGTT************* ** G* GTTTTATAG**** *** *** A**** TC**** C*** ****** A***** TTTCTAGG***** TGA*******
originalCons : NNNNNNNTAACAACTC-CCC-GTACGAGGTCATCTCAGCA-TGACCT-TTGTTCGAAATATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-C-CGATGACGCCANGGA---T--C----GACCA-GTGAGA---ATG--T--ATG------TGATNCCGGTCGGCA-TT---A-AAAATGGCT----G--TCGCC--TAT--TGCGAAGGTTAT--AAATTCGC-----TAAACTCAACATCTAG--GATGG--ATTTTGCAA--TCT--TCG--TGATC-GTAAGGA--CCGCAC--------GNCATT-GTTACCGACTGGTTTTGGTAAACCANT--ACCCTA-------TCAACTGC---ACTAAA-CGTANATACCCGG---T-GCGGTGCGGACGGT-A----AGGC--GGGAATGGCCGAA-GGCATTTTACTTGTGTTT-T-AT-ACGTTCG---GAAGTAGT---CGG-GACGTTTAT-A---TAATG-TT-AAA--TC--GTTC---CGA-GAAT------ATTATCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-GA-CCTC-TAAT--G--------------G--TGTAGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
finalCons : NNNNNNNTAACAACTC-CCC-GTACGAGGTCATCTCAGCA-TGACCT-TTGTCG-AAATATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-C-CGATGACGCCANGGA---T--C----GACCA-GTGAGA---ATG--T--ATG------TGATNCCGGTCGGCA-TT---A-AAAATGGCT----G--TCGCC--TAT--TGCGAAGGTTAT--AAATTCGC-----TAAACTCAACATCTAG--GATGG--ATTTTGCAA--TCT--TCG--TGATC-GTAAGGA--CCGCAC--------GNCATT-GTTACCGACTGGTTTTGGTAAACCANT--ACCCTA-------TCAACTCACTAAACGGCACTCGGTT-------------GGTGCGGACGGT-A----AGGC--GGGAATGGCCGAAG-GCATTTTACTTGTGTTTTATAG----TTCG---GAAGTAGT---CGG-GACGTTTATA----TAATG-TT-AAATC----GTTCC---GA-GAAT------ATTATCA-----CACTGAAGATTTTCTAGG-----CCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGATGA-------CCTC-TAAT--G--------------G--TGTAGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
Alignments
lowQualScore : 11111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 22222222 111 333333333333 11 8888888888888888888888888888888888888888888888888 11 444444444444 22222 1 6666666666666666666666666666666666666666 1 1111 333333333333333 11 2222222 22222222222222222222222222222222222222222222 1111 444444444444444 11111 111111 111111 111111 1111111111111 111111111 111111111 11111 5555555555555555555555555555555555555555555555555555
lowQualScore : 5 66 66 0 5 0 22222222 5 77 1 6 111 1 666666666666 0 00 9999999999999999999999999999999999999999999999999 3 33 000000000000 55555 3 0 0 1111111111111111111111111111111111111111 0 6666 888888888888888 1 0 8 0 2 3 1 11 6666666 00000000000000000000000000000000000000000000 8 7777 99 99 3 000000000000000 888 3 777 4 0 3 00000 4 4 000000 7777 4 111111 1 4 333333 6666666666666 3 0 222222222 222222222 22222 0 9999999999 3 7777777777777777777777777777777777777777777777777777 3 88 3
lowQualScore : . .. .. . . . ........ . .. . . ... . ............ . .. ................................................. . .. ............ ..... . . . ........................................ . .... ............... . . . . . . . .. ....... ............................................ . .... .. .. . ............... ... . ... . . . ..... . . ...... .... . ...... . . ...... ............. . . ......... ......... ..... . .......... . .................................................... . .. .
lowQualScore : 7 11 11 7 7 7 44444444 7 99 7 7 333 0 888888888888 2 22 2222222222222222222222222222222222222222222222222 2 88 888888888888 00000 2 0 8 8888888888888888888888888888888888888888 0 0000 222222222222222 2 2 8 2 5 2 0 00 0000000 88888888888888888888888888888888888888888888 0 0000 22 22 9 000000000000000 888 9 888 4 1 6 77777 0 0 111111 7777 0 555555 5 0 222222 3333333333333 1 8 777777777 333333333 55555 8 2222222222 3 9999999999999999999999999999999999999999999999999999 1 55 1
consensus : NNNNNNNTAACAACTC-CCC-GTACGAGGTCATCTCAGCA-TGACCT-TTGT-CGAAAT-ATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-C-CGATGACGCCANGGA---T--C----GACCA-GTGAGA---ATG--TATATGATGCCGGTTGGCA-TTA-AAAATGGCT-TC-G--TCGCCTAT--TGCGAAGGTCGT--AAATTCGC-----TAAAC-TCAACATCTAG--GATGG--ATTNTGCAA--TC-------T--CCG--TGATC-GTAAGGA--CCGCAC--------GNCATT-GTTACCGACTGGTTTTGGTAAACCANT--ACCCTA-------TCAACT-C---ACT--AAA-T---GT--ATAC--CCGGTGTG---G---TGCGGACGGT-A----AGGC--GGGAATGGCCGAAG-GCATTTTACTTGTGTTT-T-AT-ACGTTCG---GAAGTAGT---CGG-GACGTTTAT-A---TAATG-TT-AAA--TC--GTTC---CGAG-AAT------ATTA-TCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-GA-CCTC-TAAT--G--------------G--TGTAGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
Reference ( family-9965 ) : NNNNNNNTAACAACTC-CCC-GTACGAGGTCATCTCAGCA-TGACCT-TTGT-CGAAAT-ATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-C-CGATGACGCCANGGA---T--C----GACCA-GTGAGA---ATG--TATGTGATNCCGGTCGGCA-TTA-AAAATGGCT----G--TCGCCTAT--TGCGAAGGTTAT--AAATTCGC-----TAAAC-TCAACATCTAG--GATGG--ATTTTGCAA--TC-------T--TCG--TGATC-GTAAGGA--CCGCAC--------GNCATT-GTTACCGACTGGTTTTGGTAAACCANT--ACCCTA-------TCAACT-C---ACT--AAA-C---G---GCAC--TCGGT-TG---G---TGCGGACGGT-A----AGGC--GGGAATGGCCGAAG-GCATTTTACTTGTGTTT-T-AT-A-GTTCG---GAAGTAGT---CGG-GACGTTTAT-A---TAATG-TT-AAA--TC--GTTC---CGAG-AAT------ATTA-TCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-GA-CCTC-TAAT--G--------------G--TGTAGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGTCATT
gi|1 : TAACTACTC-CCT-TT--GAGGTCATCTCAGCATTAACTT-TTGT-C-AAAT-ATATAACAACCAATG-A-AATTAA-T-CGTTGACACGAACGA---T--CTCAAGCCCA-GTGAGGTTCATGGTTATATGATGCTGGTTGGCA-TTATAAAATTACT----GACTCGCCTATACTGTTGAGGTCATGGAAGGTCGTTGGCATAAAT-TCAACATCTAG--AATG-----TGTGAAG--TC-------TTATCATTTGATCGGTGAGAAATCTGCACTGAGTTCAGCTGTTCGTCTTCGA-TGGTATTAGTAAATCATTCCACCTTAAGCTAGGTCAACT-----GCT--AAA-TATAA---ATAC---CGGA-TGGCAG---TGTGGATGGTGA----AGGCCGAGGAATGGCCGTA--GCATTTTG--TGT-TTT-T-ATCACATTCGAGAGAAGTAGTACACTA-AACGTTTATAA---TAATG-TT-AAC--T---ATTCGGTCATG-AATTACATGATAA-TTAGAGAGCATAGAAACTT-TT-TTAG-----CAAT-AGCTGATTGGTCAATGC--AA--------GTTC---------AAT----CTGAAA-----T-GACCCTCTTAAT--
gi|10 : tgtgctatacacaatca--ACCCTA-------TCAACT-C----CT--AAAAC---G---ATATATCCGGTGTG---G---TGTGGACTGT-ACCTAAAGC--GGGAATGGTCGAAG-GCATTTT-CTTGTGGTT-C-AT-ACGTTCG---GAAGTACT---CAG-GACGTTctggggaagttgttaagggaagttgtttagatcctttgtgtg
gi|11 : CTC-TCT-GCACGAGGTCATAT-AGCA-TGACGTATGGT-CGAAAT-ATGT--CAGTCAATGGA-AATTGG-C-CAATAAAGCCACG
gi|12 : ctatgatatgcttaagtacaagatctaatttAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA-----------T---------GAT-----TGAAA-----T-TA-CCTC-TAAT--A--------------G--
gi|13 : GATT-TC-GTAA----TCGATGCGCTGATTGGCTAAT-TGAAA--------GGTC---------ACTGACGCTGACG-----T-GA-CCTC-CAAT--G--------------GAATGTTGT-----GAggagttgttatatccggtgtatcgaggcctaaaccattc
gi|14 : ccaacATA-TT-GTAG---ACTAAT-TGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----TTGAGA-----T-GA-CCTC-CAAT--
gi|14 : aTAACAACTC-CCA-ATTGGAGGTCATCTCAAAT-TGAACT-TT--------T-GCAT--TAACCAATCAGCAATTAG-T-Ctgggagttgttagat
gi|15 : aatattgtaTAT-ACAGTAATA-TTTAAA--TC--GTTC---C----AAT------ATTA-TC------CACTGAA-ATT-AT-CTAG---ACCTAT-CGCTGATTGGgat
gi|16 : tataTAGC-----AAT------AG-TA---------TGGGAGCAGATCAAACGAT-CTAATT--TTGA-TAACATTG
gi|17 : GCAAAA--------GTTC---------AAT----CTTAGA-----T-GA-CCTT-TAGC--G--------------G--caag
gi|18 : TGAGTGGATCAAAGGAT-CTCATT--TTAA-TTAAATTGTCggagttaattgttagatcct
gi|19 : TATGTGAGCAGACCTTAGGAT-CTAATT--TTAA-CTAGATTGtagtactatgac
gi|2 : aacAATTCGCTT-GTAAGAGGTCATCTCAGCA-TGACCT-TTGTTCGAAAT-ATGA--CAACCAATGAA-AATTAA-C-CAATGACGCCATGGA---T--C----GACCA-GTGAGA--------CATG-GATACCGGTCGGCAGTTA-AAAATGGCT----G---CACCTAT--TGCAAAGGTTAC--AAATTCGC-----TAAAC-TCAACACCTAACAGATGGGAATTTTGCAA--TC-------T--TCG--TGATC-GTAAGGA--TAGCAT--------GGTATT-GTTACCAAATGTTTTTGGTAAATCAGT--ACGCTA-------CCAACTGCTTAACT--AAA-T---GTACATAT--CCGGTGTG---A---TATGAACGGT-A----AGGC--GGTAATGGCCGAAG-CCATTTTACTTGTGTTTGT-AT-ACATTCG---GTA-TAGT---CGG-AACATTTGT-A---TAATG-TT-AAA--TC--ATTT---CGGG-ACT------ATCA-TCA-----CACCGAAGATTGTTACCAAATTGCCGAT-CGCTGATTGGGTAATGCGAAA--------GTTC---------AAT----ATGAGA-----T-TT-CCTC-TAAC--G--------------G--TGTGGC-----GAT------AG-TAC----AGTATGTGAGCGGATCATAGGAT-TGCATT--TTAA-TTAGATTGTCATTctagttt
gi|20 : agacttgta----AATACGTGAGCTGATCAAAGGATCCTAATT--TTAA-TTAGATTG
gi|21 : aGAGCGGATCAAAGGAT-CTAATT--TTAATTTAGATTGGCATTgt
gi|22 : ggTGAGCGGATCAAAGGAT-CTAACT--CTAA-TTAGATTGa
gi|3 : TC-CCC-GTACGAGGTCATCTCAGCA-T---------T-CGAAAT-ATAT--CAGCCAATGAA-AATTAGAT-TAATGATGTCAGGGAAAATGAC----GAAAA-TAGAGA---ATG--TGTA-------GGTTG-----TA-----TGGCTATCAG--TCGCC-AT--TGCGAAG---------ATTCGC-----TAAAC-TCTACAGCT------TGAC-ATTTTGCAAAGTT-------T--CCC--TAATC-GTAAAGA--TTGCTT--------ATCAGT-TTTATCTGCTGGATTTGGTAAACCATC--ACTTTA-------TCAAC------ACTGGAAA---------------------TG---G---TGCGGGCGGT-A----AGAC--GGAAATGATCGCAG-GTATTTTACTT----------------TTG---GAACTAGT---CAA-AATGATCAT-T---TGATAATT-AAA---A--GTTT---GGAT-AAT------GTTA-TTA-----CACAGAAGATT-TT-CTAA---GCCAAT-CGCTGATTGGTTAATGCATAT--------TTTC---------AAT----G-GAGAGTTATTAGATCCTT-T--------------------G--TGTATC-----GA-----------A-----AGTATGTGAGCAGATTGAAGGAT-CTAATT--TTAA-CTAGGTTGTTAgaa
gi|4 : gtataaatagtatatctgatttcgagtttctattgggggattttacgatatgcttcaatacaacatctaaaaggACAACTC-CCC-GTACGAG-TTATCTCAGCA-TGACCTCTTGT-TCAAATTATAT--CAACCAATGAA-AATTAG-CGCGATGACCTCAGAG----T--C----TATCATATGAGA---ATG--T---TAAT----GTT---A-TTA-----TGACTCTC-G--TCGGCTTT--TG--------GT--AAATTAGC-----T---CGCCAATATT--G--GA-AG--ATTATA-AA--TCGTTAAGTT--CCA--TGATC-GTAGGGA--CCGCAC--------AACAT--GTTGCCGACTGATTTTG-TAA-CCAAT--ACCCTA-------TCAACT-G---CCT--AAA-T---AT--GCAC--C---T-TG---AATTTACTGACGGC-A----AGG-----AAATGGCCGAACCGCATTTTTCTT----------------TCG---GAACAAGT---CGG-AACGATCAT-T---TAA------AAT--TCTAGTTT---TGATCAAT------ATTAATTA-----C--T----ATC-CT--TAA---TCGGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTTAGA-----T-GA-CCTcct
gi|4 : gaacaaattttatattctgatctgagattttagtgcgggaattcacgattatgctcaaacaggatctTAACAACTC-CCCTGCTCAAGGTCATCTAAGAT-TGAACT-TT--------T-GCAT--TAACCAATtgagcaggggagttgttagatcctttgtgtagcgaaaaattgtaaaccattc
gi|5 : gaacaaattttatattctgatctgagattttagtgcgggaattcacgattatgctcaaacaggatctacaactccccgtacgagttatctcagcatgacctcttgttcaaattatatcaaccaatgaaaattagcgcgatgacctcagagtctatcatatgagaatgttaatgttattatgactctcgtcggcttttggtaaattagctcgccaatattggaagattataaatcgttaagttccatgatcgtagggaccgcacaacatgttgccgactgattttgtaaccaataccctatcaactgcctaaatatgcaccttgaatttactgacggcaaggaaatggccgaaccgcatttttctttcggaacaagtcggaacgatcatttaaaattctagttttgatcaatattaattactatccttaatcggatcgctgC--GGGAATGACCGAAG-ACATTATACTTGTGTTG-T-AT-A-GT-----------AGT---CGG-GACGTTCAT-G---TAATG-AT-AAA--TA--GTTC---TGAG-AAT------GTTA-TTA-----CCCCGAAGATA-GT-CTAA---GCTGAT-CGCTGATTGGTTAATGC--AA--------GTTC---------AAT----ATAAGA-----T-TA-CCCC-TGATCAG--------------G--AGT--T-----GTT------AGATTC------TTTGTGAACGGATCAAAGAAT-CTAATG--TTAC-TTAGATTGTTAgatcctttgtgtagcgaaaaattgtaaaccattc
gi|6 : cTTACTTGTGTTT-TTGT-ATGTTCG---GAAGTTGT---CGG-GACTTTTAT-A---TAGCG-CT-AAT--TC--GTTC---CAAA-AGT------AT-A-TCA-----CACTAATGATT-TT-GTAG---GCCGAT-CGCTGATTGGTTAATGCAAAA--------GTTC---------AAT----CTGAGA-----T-TA-CCTC-TAAT--GGTGTTT--------G--TGTAGC-----AAT------AG-TAC-------ATGTGAGCAGATTAAAGGAT-CTAATT--TTAA-TTAGATTGca
gi|7 : g-GTTCG---GAAGTCAT---CAAAGACTTTT-T-A---TAATG-TT-AAA--TT--GCTC---AGAG-ATA------ATTA-TC------TACTGAAGA--------------CCGAC-CACTGATT-GCAAATGCAATA--------CCTCTTACTGGGGAGT----TT-AGA-----T----CCTT-TGA---A--------------A--TGTA--------AT------AG-TAT----G--ATG-GAGCAGATCAAAGGAC-CTAATTAATTAA-TTAGATTGa
gi|8 : tTG-TT-AAAAATC--GTTC---CGAG-AAT------ATCA-TCA-----CACTGAAGATT-TT-CTAG---ACCGAT-CGATGATTGGTTAATGCAAAAGACTTAAGGTTC---------ATT----CTGAAA-----C-GA-TCTC-TAAT--GGGTTGTTGTCCTTTG--TGTAGC-----GAT----------------AGTATGCAAACGGATCAAAATAT-CTAATT--TGAA-GTAGATTatttt
gi|9 : gAAGTCAT---CAA-GACTTTT-T-A---TAATG-TT-AAA--TT--GCTC---AGAG-AAT------ATTA-TCC-----TACTGAAGA--------------CCGAC-CACTGAT-------TGCAAAA---------TGC---------AAT------------------A-CCTC-TACT--G--------------G---GGAGTTTTTAGATCCTTTGAA-TGCTAATAGTATTTGAGCAGATCAAAGGAC-CTAATTAATTAA-TTAGATTG