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Reference ( family-9961 ) : TCAA-AATT-CCTCAAG-----CCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TT----------C------------C-G------GA-----C---TC------G------G------CAC---TTA---G-A-T--T-CGC-CGA-A---AG--TCC-A-GGG--AC--TTGG--CATTA-A----T-----A-----T-TA-----AAG--TNTT------------GTGAA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAGAT-T--T-AA-----T-A-----ATG-AATA---TAT--A----TT-GT-----TT----T---T---AT--T-C-A----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------GATG--------TAT------T-ATA----AT----T--TAAT----TTT-AA--TGA----T-GT-T---A-----AA-A-TAGG---T-GTNAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-AAA--TCC----ACCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--ACCA-TT------AT-AAAAAAA----AA-TTTGAACCCC
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gi|10 : gggtccaaagatgatTCAA-AATT-CCTCAAG-----TCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TT----------C------------T-A------GA-----T---TC------G------G------CAC---TTA---A-A-T--T-CGT-CGA-A---AG--TCC-A-GGG--AC--TTGG--CATTA-A----T-----A-----T-TA-----AAG--TGTTA-----------GTGAA--A----T-AA---A------AA---TCAT--AAGAT-T--T-AA-----T-A-----ATG-AATA---T-T--A----TT-GT-----TT----T---T---AT--T-C-A----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------GATG--------TAT------C-ATA----AC----T--TAAT----TTT-AA--TGA----T-GT-T---A-----AA-A-TAGG---T-GTTAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-AG--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-AAA--TTC----ACCC---TTCAAG----CC--CC-GG--ACT---TG--ACTA-TT------AT-GAAAAAA----AA-TTTGAACCCCatt
gi|11 : CTCAAG-----TCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TT----------CTAGATT------C-G------GA-----C---TC------G------G------CAC---TTA---A-A-T--T-CGC-CGA-A---AG--TCC-A-GGG--AC--TTGG--CATTA-A----T-----A-----T-CA-----A-------C------------GTGAA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAAAT-C--T-AA-----T-A-----ATT-AAAA---T-T--A----TT-GT-----TT----T---T---AG--T-A-A----T-TCA-GA-A----C-A-AAAA----A----------GAAG--------TCT------A-ATA----AT----T--TAAT----TTT-AA--TGA----T-GA-T---A-----AA-A-TGGG---T-GTTAC-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG-TC------T-A-AAA--TTC----ATCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--ACTA-TT------AT-GAAAAAA----AA-ATTGAACCC
gi|12 : A-AATTACCTCAAG-----TACGAC---GT-C-CGG---G---T----A-A---CTA---A--------TT----------CTGATT-------C-G------GA-----C---TC------G------G------CA----TTA---A-A-T--T-CGCTCGA-ATAAAG--TC----GTG--AC--T-GG--CATTA-A----T-----ACCATAT-TA-----AAG--T-----------------GAA--A----T-AA---A------GA---T-AT--AACCT-TATT-AA-----TTAT----ATG-AATA---TATT-A----TT-GT-----TT----T---T---AT--T-C-A----T-TCA-CA-A----T-A-A-TA---------------GATG--------TAT------C-TGA----AT----C--TA------TTT-AA---GA----T-GT-T---A-----AA-AATGGG---T-ATAAT-----C------AAT-G-TGGACAT-TG--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG--C------T-A-AAATTTCG----ATCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--AC
gi|13 : ggggttaatA-AATT-CATCA-G-----CCCAAC---GT-C-CGG-------T----A-A---TTACAGA--------TT----------C--------------G------GA-----CC--TC------G------G------CAC---TTA---T-A-G--T--GC-CGA-A---AG--TCC-A-GGG---C--TTGG--CATTA-A----T-----A-----T-TA-----AAG--TA----------------AAA--A----T-AA---A------GA---T-AT--AAGAT-T--T-AA-----T-A-----ATG-AATA---TAT--A----TT-GT-----TT----T---TAAAATA-T-C-A----T-TC--AA-A----C-A-AATA----A----------GATG--------T-T------T-ATA----AT----T--CTAT----TTT-AA--TGA----T-GT-TAGAA-----AA-A-TAGA---T-GTTAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GA-CATTTTTTCCTT-G--ACTTG--C------T-A-AAA--TTC----ACCC---TTC-AG----TC--C
gi|14 : agggttTTAA-AATT-TATCAAA-----CT-GAC---GT-C-CAG---GAC-T----A-A---CAT---G--------TT----------C------------C-GTATTCAGA-----C---TC------G------G------CAT---TCAAGCA-A-T--G-TGT-GGA-G---TT--TCA-A-GGG--AC--TTG--------------T-----A-----TATA-----A------TT------------GTAAA--A----T-AA---A------AA-----AA--AAAAA-T--A-AA-----T-A-----AAT-AATA---gatt
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Reference ( family-9961 ) : TCAA-AATT-CCTCAAG-----CCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TT----------C------------C-G------GA-----C---TC------G------G------CAC---TT-A---G-A-T--T-CGC-CGA-A---AG--T-CCA-GGG--AC--TTG--G-CATT-----------AA----T-----A-----T-TA-----AAGT-TT-------------GTGAA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAGA-T-T--T-AA-----T-A-----ATG-AATA---TAT--A----TT-GT-----TT----T---T-A---T--T-CA----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------GATG--------TAT------T-ATA----A--T----T--TAAT----TTT-AA--TGA----TGT-TA-----AA-A-T-AGG-T---GTNAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-AAA--TCC----ACCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--ACCA-TT------AT-AAAAAAA----AA-TTTGAACCCC
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gi|13 : ggggttaatA-AATT-CATCA-G-----CCCAAC---GT-C-CGG-------T----A-A---TTACAGA--------TT----------C--------------G------GA-----CC--TC------G------G------CAC---TT-A---T-A-G--T--GC-CGA-A---AG--T-CCA-GGG---C--TTG--G-CATT-----------AA----T-----A-----T-TA-----AAGT-A----------------AAA--A----T-AA---A------GA---T-AT--AAGA-T-T--T-AA-----T-A-----ATG-AATA---TAT--A----TT-GT-----TT----T---T-AAAATA-T-CA----T-TCA-AA------C-A-AATA----A----------GATG--------T-T------T-ATA----A--T----T--CTAT----TTT-AA--TGA----TGT-TAGAA--AA-A-T-AGA-T---GTTAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GA-CATTTTTTCCTT-G--ACTTG--C------T-A-AAA--TTC----ACCC---TTC-AG----TC--C
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gi|7 : gggtTCAA-AATT-CCTAAAG-----CCTGGC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---TTA---A--------TT----------C------------C-A------GA-----T---TC------G------GACTTGTCAC---TT-A---A-A-T--T-TGC-TGA-A---AG--T-CCA-GGG--AC--TTT--G-CATT-----------AA----T-----A-----A-TA-----AAGT------------------GAA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAGA-T-T--T-AA-----T-A-----ATG-AATA---TAT--A----TT-GT-----TT----T---T-A---T--T-CA----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------AATG--------TAT------T-ATA----A--T----T--TAAT----TTT-AA--TGA----TGT-TA-----GA-A-T-AGG-T---GTTAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TC--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-AAA--TTC----ATCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--ACCA-CT------AT-AAAAAAATTTTTT-TTTGAGCCCCt
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Reference ( family-9961 ) : TCAA-AATT-CCTCAAG-----CCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TT----------C------------C-G------GA-----C---TC------G------G------CAC---TT-A---G-A-T--T-CGC-CGA-A---AG--T-CCA-GGG--AC--TTG--G-CATT-----------AA----T-----A-----T-TA-----AAGT-TT-------------GTGAA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAGA-T-T--T-AA-----T-A-----ATG-AATA---TAT--A----TT-GT-----TT----T---T-A---T--T-CA----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------GATG--------TAT------T-ATA----A--T----T--TAAT----TTT-AA--TGA----TGT-TA-----AA-A-T-AGG-T---GTNAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-AAA--TCC----ACCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--ACCA-TT------AT-AAAAAAA----AA-TTTGAACCCC
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gi|11 : CTCAAG-----TCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TT----------CTAGATT------C-G------GA-----C---TC------G------G------CAC---TT-A---A-A-T--T-CGC-CGA-A---AG--T-CCA-GGG--AC--TTG--G-CATT-----------AA----T-----A-----T-CA-----A-----C-------------GTGAA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAAA-T-C--T-AA-----T-A-----ATT-AAAA---T-T--A----TT-GT-----TT----T---T-A---G--T-AA----T-TCA-GA-A----C-A-AAAA----A----------GAAG--------TCT------A-ATA----A--T----T--TAAT----TTT-AA--TGA----TGA-TA-----AA-A-T-GGG-T---GTTAC-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG-TC------T-A-AAA--TTC----ATCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--ACTA-TT------AT-GAAAAAA----AA-ATTGAACCC
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gi|18 : TCAA-AATT-CCTCAAG-----CCCGAC---AT-G-CGG---AAC-T----A-A---CTT---A--------TT----------C------------C-A------GA-----T---TC------G-------------TAC---TC-G---GCA-T--T-T-----------AG--T-CCA-GGG--AT--TTG--A-CATT-----------GG----T-----A-----T-T
gi|19 : gggt-A---AG--T-CCA-GGG--AC--TTT--G-CATT-----------AA----T-----A-----T-CA-----AAGT-T-----------------AA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAGA-T-T--T-AT-----T-A-----ATG-AATA---TAT--A----TT-GT-----TT----TTTAT-A---T--T-CA----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------GATG--------gttaatatttttttttataaaagta
gi|2 : CAA-GAGT-CCTCAAG-----CCCGAC---GG-C-CTG---GAC-G----AGA---CTA---AGTTTTGGCTT----------C------------C--------GA-----C---TA------A------G------CAT---TTAA---G-A-T--T-C-C-TAA-AG--AG--TCCCA-GGG--AC--TTAGTG-CATTATGTGGTAAAAAA----C-----A-----T-TA-----A-------------------GTGAA--T----T-AA---AATATTTGA---ACAC---AGT-T-T--T----------------ATA-AATA--------G----TT-TT-----TT----T---T-A---T--TCCA----CATCA-AATA----C-GCAATA----A----------GA-----------AT------T-ATT----AGCG----T--TAAT----TTT-AACTTGAT---TGT-TA-----AA-A-TAAAA-TATAGTAAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-CG--GA-AATTTTTTCCTTCG--ACTTG-CCCG----T-A-GAA--TCCTT--ACCT---TTAAAG----TCT-CC-GG--ACT---TG--AACG-TTC-----AT-AAAAAAA----A
gi|20 : gttccaaGGAC-T-TG--GA-CATTTTTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-GAA--TCC----ACCC---TATAAG----TC--CT-GG--ACT---TG--ACCA-TC------AT-AAAAAAA----AATTTTGAACCCC
gi|21 : A-----C---TT------G------G------CAC---TT-A---A-A-T--T-CGC-TGA-A---AG--T-CCA-GTG--AC--TTG--G-CATT-----------AA----tg
gi|22 : TCAA-AATT-CCTCAAT-----CCCGAC---GC-C-CGG---GAC-G----A-A---CTA---A--------TT----------T------------T-G------G
gi|23 : tAAG----TC--CT-GG--ACT---TG--ACTT-TT------AT-GAAAAAA----AA-TTTGAACCCC
gi|24 : TCAA-AATC-CCTCAAG-----CCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---t
gi|25 : ggggtTCAA-AATT-CCTCAAA-----CTCGAC---AT-C-TGG---GAC-
gi|3 : gatgggtTCAA-AATT-CCTCAAG-----CCCGAC---GC-C-TGT---GAC-T----A-A---CAA---A--------TT----------C------------T-G------GA-----T---TCAGACTAG------G------CAT---TT-A---G-A-T--T-CTC-CAA-A---AG--T-CCA-GGA--AC--TTG--G-CATT-----------AA----TCAATGA-----T-TATTGTTAATT-TT-------------TTTAA--G----T-GA---A-----------TTA---AAAA-T-T--T-GA-----C-A-----GTTTAATA---CAC--A----TT-GT-----TT----T---T-A---T--T-CA----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------GATA--------TAT------T-ATA----C--T----T--TAAT----TTT-AA--TGA----TGT-TA-----AA-A-T-AAG-T---GTAAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GA-CATTTTTTCCTTGG--ACTTG-CC------C-A-GGA--ACCATGGACTCTTTTTTAAG----TC--CC-GT--ACT---TG--ACCA-TC------ATAAAAAAAA----AA-ATTGAATCCC
gi|4 : ggggtG-----CCCGAC---GTTC-CGGTAGGAT-TTCTTA-A---CTA---A--------TC----------T------------C-A------GA-----CGT-TC------GAACCT-G------CACAT-TT-A---G-T-C--T-TGC-AGA-A----G--T-C-A-TGG--GC----G--A-C-TT-----------AAG---T-----AC----T-TA-----TAG-----------------GTGGATAA----T-AA---A------GA---TCATT-AAGA-T-T--TTAAC----T-A-----ATG-ATTAGGCTATTAA----TTTGTCCTTTTT----T---T-A---CGCT-TA----T-CTA-AA-GATGTC-A-CATA----A----------AATGATCCTTGGTAT------T-AC--------T----TGATAATG---TTT-AC--TGA----TGT-TA-----AACA-T-AGG-----GTCGT-----TCATTCTAAT-G-TG-AC-T-TG--GA-CATT--TTTCTTGG--AACTG-TCCCTATTT-A-CAA--TTC----ACCCCT-TTCAAGCTACTCCGCC-GGCCACT---CG--ACTA-T
gi|5 : A-AATT-CC-CA-------TCCAAC---GG-CGCCA---AAC-T----A-AAAGCTA---A--------TT----------CTGTGCCGATTATC-G------GA-----C---TA------G------G------CAT---TT-A---G-A-T--T-CGC-CAA-A---AG--T-CCA-GGG--ACAATTG--G-CATT-----------AT----T-----G-----T-TC-----ATTT-TT-------------TTTAA--G----T-GA---A-----------TT-T--AAGAAT-T--T-GAC----T-G-----TTT-AATA---CAT--A----TT-GT-----TT----T---T-A---T--TTCA----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------GATA--------TAT------T-ATA----C--T----T--TAAT----TTT-AA--TGAATGATGT-TA-----AA-T-T-AAG-T---GTAAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TGA-GT-CATTTTTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-GAA--TCC----ACCC---TTTAAA----TC--CC-AG--ACT---TG--ACCA-TC------AT-AAAACAA----AT-TTTGAACCCC
gi|6 : TCAA-AATT-CCTCAAG-----TC-GAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TT----------T------------C-A------GATTCGGC---TC------G------G------CAC---TT-A---A-A-T--T-GGC-CGG-A---AG--T-CCA-GGG--AC--TTG--G-CTTT-----------AA----T-----ACCGTAT-TA-----AAGT-------------------GA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AA-A-T-T--T-AA-----T-A-----A---ATTA---TAT--GAATTTT-GT-----TT----T---TTA---T--T-CA----T-TCA-AA-A----C-A-A-TA----AC---------GATG--------TAC------C-ATA----A--T----T--CAAT----TTTTAA--TGA----TGT-TT-----AA-A-T-GGG-T---GTTAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GAGCATTTCTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-AAA--TTC----GTCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--ACAA-TT------AT-GAAAAAA----AA-TTTGAACCCCtg
gi|7 : gggtTCAA-AATT-CCTAAAG-----CCTGGC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---TTA---A--------TT----------C------------C-A------GA-----T---TC------G------GACTTGTCAC---TT-A---A-A-T--T-TGC-TGA-A---AG--T-CCA-GGG--AC--TTT--G-CATT-----------AA----T-----A-----A-TA-----AAGT------------------GAA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAGA-T-T--T-AA-----T-A-----ATG-AATA---TAT--A----TT-GT-----TT----T---T-A---T--T-CA----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------AATG--------TAT------T-ATA----A--T----T--TAAT----TTT-AA--TGA----TGT-TA-----GA-A-T-AGG-T---GTTAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TC--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-AAA--TTC----ATCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--ACCA-CT------AT-AAAAAAATTTTTT-TTTGAGCCCCt
gi|8 : tTCAA-AATT-CCTGAAG-----TCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TT----------C------------TAG------GA-----C---TT------G------G------CAC---TT-A---A-A----T-CGC-CAA-A---AG--T-CCAGGGG--AC--TT---G-CATT-----------AAACCGT-----A-----T-TA-----AAGT-------------------GA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAAA-T-T--T-AA-----T-AAATTTATG-AATA---T-T--A----TT-GT-----TT----T---T-A---T--T-CA----T-TC--AA-A----C-A-AATA----A----------GATG--------TAT------TCATA----A--T----T--TAAT----TTA-AA--TGGT---TGT-TA-----AA-A-T-GGG-TC--GTTAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-AG--GA-CATTTCTTCCTT-G--ACTGG-CC------T-A-AAT--TCC----ATTC----TCAAG----TC--CCGGG--ACT---TG--ACTA-TT------AT-GAAAAAA----AT-TTTGAACCCCtga
gi|9 : tTCAATAATT-CCTCAAG-----CC-GAC---GC-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA------------TT----------CGGAT--------C-G------GA-----C---TA------G------G------CAT---TT-A---G-A-T--TTCAC-CAA-A---GT--T-CCA-AGG--AC--TTG--GGCAT-------------A----T-----T-----T-TGT----AATT-TT-------------TT----------T-AA---A------AG---TGATTCAAAA-T-T--T-GACACTTT-A-----AT---ACA---TAC--A----TT-GA-----------------A---T--T-CA----T-TCA-AA-A----C-A-AATATTAAA----------GATA--------TAT------T-ATT----A--C----T--TA-------TT-AA--TTA----AGTATA-----AC-A-G-AAG-T---ATAAT-----C------AATTA-TGGAC-T-TG--GA-CATTTTTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-AGAAA--TCC----ACCC---TTTAAG----TC--CC-AG--A---------ACCT-TTGGGGGGAA-AAAAAAA----AA-t
blockSeqs : T A . . T G TAG . TCTT G AAG CAG GTTTTGGC CTGTGCCGATTATCG TTCGGC AGACTA GACAAAG AT A AGCA T . T T . TAA TT C G . AA AGT G ATGTGGTAAAA ACCG CAATG CCATA A TTATTTTTTTTCTAAAAAAGTG TA . G . ATATTTG . C TC G A . AT T TAAATTT TT GGC A TA AATT T CCTTT . TTA T AAA GC C . A . T ATGT A C TTAA C ATCCTTGG . C AGCG GA G T CT ATGA A GAA C A A . ATA T . CATTCT T . A . A G . . CCTATT . G TT ATGG TTT CTAC CG G CC . . . GGGGGG A TTTT T
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . CTAGATTCG CGT . GACTTGT . . GC . . . . . G . . . . . G . . G . CCGTA . TTGTTAATTTTTTT . . . . A . C T A . . . . CACTTTA G . A T . . . . . . . A T . . . . . . . . . . . . AC . . . . T . . . . . . C T . . . . . . . . . . CG . . . TT CT . T . . . . . C . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . CCGTATTCA CC . AACCTG . . A . . . . . . . . . . . G . . . . C . AAGTGTTAGTG . . . . G . C . C . . . . TTAT T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . T . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . CTGATTCG T . G . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . ATTTTTTTT . . . . G . C . G . . . . CTA G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . CGGATCG C . G . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . TAATTTTTT . . . . G . C . A . . . . CTG G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . CTAG C . G . . T . . . . . . . . . . . G . . . . . . AAGTAA . . . . A . T . G . . . . TA T . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . CTA C . G . . G . . . . . . . . . . . G . . . . . . ATTGTA . . . . A . C . G . . . . TA A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TTG T . G . . G . . . . . . . . . . . G . . . . . . TAGGTG . . . . G . T . G . . . . TA G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . CCA T . G . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . . ACGTG . . . . G . C . A . . . . TA A . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . CT . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TTG C . G . . G . . . . . . . . . . . G . . . . . . AAGTG . . . . G . C . G . . . . TA G . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . CTG C . G . . G . . . . . . . . . . . G . . . . . . AAGTT . . . . G . C . G . . . . CA T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TCA T . G . . G . . . . . . . . . . . G . . . . . . AAGTG . . . . G . G . G . . . . TA G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AT . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . TCA C . G . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . AGTG . . . . A . . . A . . . . TA G . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . AC . . . . . . . . . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . CCA T . G . . A . . . . . . . . . . . G . . . . . . AAGT . . . . . . . . A . . . . A . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CG C . G . . A . . . . . . . . . . . T . . . . . . AAGT . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . CC C . . . . G . . . . . . . . . . . G . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . .
blockSeqCons : ***** *** CCG***************************** C******** *** ** ** G** AAGTG*********************** **** *** *** ** TA*********** G* **** **** ********** ******** ****** AT********** **** ***** ***** ** ** *** **
originalCons : TCAA-AATT-CCTCAAG-----CCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TT----------C------------C-G------GA-----C---TC------G------G------CAC---TT-A---G-A-T--T-CGC-CGA-A---AG--T-CCA-GGG--AC--TTG--G-CATT-----------AA----T-----A-----T-TA-----AAGT-TT-------------GTGAA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAGA-T-T--T-AA-----T-A-----ATG-AATA---TAT--A----TT-GT-----TT----T---T-A---T--T-CA----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------GATG--------TAT------T-ATA----A--T----T--TAAT----TTT-AA--TGA----TGT-TA-----AA-A-T-AGG-T---GTNAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-AAA--TCC----ACCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--ACCA-TT------AT-AAAAAAA----AA-TTTGAACCCC
finalCons : TCAA-AATT-CCTCAAG-----CCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TTCCG-----------------------------GAC--------TC------G------G------CAC---TT-A---G-A-T--T-CGC-CGA-A---AG--T-CCA-GGG--AC--TTG--G-CATT-----------AA----T-----A-----T-TAAAGTG-----------------------AA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAGA-T-T--T-AATA-----------ATG-AATA---TAT--A----TT-GT-----TT----T---T-A---T--T-CA----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------GATG--------TAT------T-ATAAT----------T--TAAT----TTT-AA--TGA----TGT-TA-----AA-A-T-AGG-T---GTNAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-AAA--TCC----ACCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--ACCA-TT------AT-AAAAAAA----AA-TTTGAACCCC
Alignments
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consensus : TCAA-AATT-CCTCAAG-----CCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TT----------C------------C-G------GA-----C---TC------G------G------CAC---TTA---G-A-T--T-CGC-CGA-A---AG--TCC-A-GGG--AC--TTGG--CAT------TA-----------A----T-----A-----TT-----------------A--------------AAGT-G------AA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAGAT-T--T-AA-T-A-----ATG-AATA---TAT--A----TT-GT-----TT----T---T---A-T--TC-A----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------GATG--------TAT------T-ATA----AT----T--TAAT----TTT----AA--TGA-T-GT-T---A-----AA-A-TAGG---T-GTNAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-AAA--TCC----ACCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--ACCA-TT------AT-AAAAAAA----AA-TTTGAACCCC
Reference ( family-9961 ) : TCAA-AATT-CCTCAAG-----CCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TT----------C------------C-G------GA-----C---TC------G------G------CAC---TTA---G-A-T--T-CGC-CGA-A---AG--TCC-A-GGG--AC--TTGG--CAT------TA-----------A----T-----A-----TT-----------------A--------------AAGT-G------AA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAGAT-T--T-AA-T-A-----ATG-AATA---TAT--A----TT-GT-----TT----T---T---A-T--TC-A----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------GATG--------TAT------T-ATA----AT----T--TAAT----TTT----AA--TGA-T-GT-T---A-----AA-A-TAGG---T-GTNAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-AAA--TCC----ACCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--ACCA-TT------AT-AAAAAAA----AA-TTTGAACCCC
gi|1 : CTCAAGGCATCCCCAGCACTGT-C-CGG---GACAT----T-A---CTA---A--------TTATTCCAAGTTT------------C-G------GA-----CCTCTT------G------T------CACATATTA---A-G-TGTT-GGC-CGATA---AG--ATC-A-GAGGAAC--TC------T------AA-----------A----T-----A-----TC-----------------AG-------------AAGT-G------AA--AATCAC-AAGCCA------GAGGTTCACTCAATATAT--T-AA-T-ACA---ATGCAAT----TAT--A----TT-GT-----TCAATAT---T---A-C--TC-AACAGT-GCAGAA-A----A-A-AACA----ATGATTTAGCCGATGG-------TATCAATCTT-ATACTTTATCTCCT--TAATATCTTTT----AA--TGA-T-GA-T---ATATAAAA-A-TAGGG--T-GTAGTTATTTC------AAT-GGTGGAC-TATGAAGA-CATTTGTCTCTTGGACACTAGACC------TAA-AAA--TTA----ACCC---TTTAAG----T---CC-GG--ACCCTATGTTACTACTT------AT-ACAAAAT----AA-
gi|10 : gggtccaaagatgatTCAA-AATT-CCTCAAG-----TCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TT----------C------------T-A------GA-----T---TC------G------G------CAC---TTA---A-A-T--T-CGT-CGA-A---AG--TCC-A-GGG--AC--TTGG--CAT------TA-----------A----T-----A-----TT-----------------A--------------AAGT-GTTAGTGAA--A----T-AA---A------AA---TCAT--AAGAT-T--T-AA-T-A-----ATG-AATA---T-T--A----TT-GT-----TT----T---T---A-T--TC-A----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------GATG--------TAT------C-ATA----AC----T--TAAT----TTT----AA--TGA-T-GT-T---A-----AA-A-TAGG---T-GTTAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-AG--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-AAA--TTC----ACCC---TTCAAG----CC--CC-GG--ACT---TG--ACTA-TT------AT-GAAAAAA----AA-TTTGAACCCCatt
gi|11 : CTCAAG-----TCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TT----------CTAGATT------C-G------GA-----C---TC------G------G------CAC---TTA---A-A-T--T-CGC-CGA-A---AG--TCC-A-GGG--AC--TTGG--CAT------TA-----------A----T-----A-----TC-----------------A--------------ACGT-G------AA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAAAT-C--T-AA-T-A-----ATT-AAAA---T-T--A----TT-GT-----TT----T---T---A-G--TA-A----T-TCA-GA-A----C-A-AAAA----A----------GAAG--------TCT------A-ATA----AT----T--TAAT----TTT----AA--TGA-T-GA-T---A-----AA-A-TGGG---T-GTTAC-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG-TC------T-A-AAA--TTC----ATCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--ACTA-TT------AT-GAAAAAA----AA-ATTGAACCC
gi|12 : A-AATTACCTCAAG-----TACGAC---GT-C-CGG---G---T----A-A---CTA---A--------TT----------CTGATT-------C-G------GA-----C---TC------G------G------CA----TTA---A-A-T--T-CGCTCGA-ATAAAG--TC----GTG--AC--T-GG--CAT------TA-----------A----T-----ACCATATT-----------------A--------------AAGT-G------AA--A----T-AA---A------GA---T-AT--AACCT-TATT-AA-TTAT----ATG-AATA---TATT-A----TT-GT-----TT----T---T---A-T--TC-A----T-TCA-CA-A----T-A-A-TA---------------GATG--------TAT------C-TGA----AT----C--TA------TTT----AA---GA-T-GT-T---A-----AA-AATGGG---T-ATAAT-----C------AAT-G-TGGACAT-TG--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG--C------T-A-AAATTTCG----ATCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--AC
gi|13 : ggggttaatA-AATT-CATCA-G-----CCCAAC---GT-C-CGG-------T----A-A---TTACAGA--------TT----------C--------------G------GA-----CC--TC------G------G------CAC---TTA---T-A-G--T--GC-CGA-A---AG--TCC-A-GGG---C--TTGG--CAT------TA-----------A----T-----A-----TT-----------------A--------------AAGTAA------AA--A----T-AA---A------GA---T-AT--AAGAT-T--T-AA-T-A-----ATG-AATA---TAT--A----TT-GT-----TT----T---TAAAA-TA-TC-A----T-TC--AA-A----C-A-AATA----A----------GATG--------T-T------T-ATA----AT----T--CTAT----TTT----AA--TGA-T-GT-TAGAA-----AA-A-TAGA---T-GTTAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GA-CATTTTTTCCTT-G--ACTTG--C------T-A-AAA--TTC----ACCC---TTC-AG----TC--C
gi|14 : agggttTTAA-AATT-TATCAAA-----CT-GAC---GT-C-CAG---GAC-T----A-A---CAT---G--------TT----------C------------C-GTATTCAGA-----C---TC------G------G------CAT---TCAAGCA-A-T--G-TGT-GGA-G---TT--TCA-A-GGG--AC--TT-G--TATA-----TA-----------A----T-----T-----GT-----------------A--------------AAAT-A------AA--A------AA---A------AA---AAAT--AAA---T--A-AA-T-A-----ATA-GTCA---TAT--A----gatt
gi|15 : ggga----AC----T--TAAT----TCT----AA--TGA-T-GT-T---A-----A-------G---T-ATAAT-----C------AAT-G-CGGAT-G-TG--GA-AATTTTTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-GAA--TCC----ACCC---TATAAG----TC--CC-AG--ACT---TG--ACCA-TC------AT-AAACAAA----AA-TTTGAACCCCca
gi|16 : tac-A---CTA---A--------TT----------T------------T-G------GA-----T---TC------GGACAAAG------CAT---TTA---G-ATT--T-CGC-TTA-A---AGTTTCC-A-GAG--AC--TT-G--CAT------TG-----------A----T-----A-----
gi|17 : -A-GGG--AC--TTGG--CAT------TA-----------T----T-----A-----TTGTTATTTTTTTTCTAAAA--------------AAGT-G------AA--A----TGAA---A------AA---TCGA--AAGGT-T---------A-----ATA-CATG---TAT--A----TT-GT-----TT----T---T---A-T--TG-A----T-TCT-AA-A----CAA-AATA----A----------GATG--------TGT------T-ATA----AT----T--TAAT----Tatggtattttatctcactctgaggtaatgagaatttggttcagtctccatgatttttg
gi|18 : TCAA-AATT-CCTCAAG-----CCCGAC---AT-G-CGG---AAC-T----A-A---CTT---A--------TT----------C------------C-A------GA-----T---TC------G-------------TAC---TCG---GCA-T--T-T-----------AG--TCC-A-GGG--AT--TTGA--CAT------TG-----------G----T-----A-----TT-----------------
gi|19 : gggt-A---AG--TCC-A-GGG--AC--TTTG--CAT------TA-----------A----T-----A-----TC-----------------A--------------AAGT-T------AA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAGAT-T--T-AT-T-A-----ATG-AATA---TAT--A----TT-GT-----TT----TTTAT---A-T--TC-A----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------GATG--------gttaatatttttttttataaaagta
gi|2 : CAA-GAGT-CCTCAAG-----CCCGAC---GG-C-CTG---GAC-G----AGA---CTA---AGTTTTGGCTT----------C------------C-G-------A-----C---TA------A------G------CAT---TTAA--G-A-T--T-C-C-TAA-AG--AG--TCCCA-GGG--AC--TTAGTGCAT------TATGTGGTAAAAAA----C-----A-----TT-----------------A--------------A-GT-G------AA--T----T-AA---AATATTTGA---ACAC--A-GTT-T--T-A-----------TA-AATA--------G----TT-TT-----TT----T---T---A-T--TCCA----CATCA-AATA----C-GCAATA----A----------GA-----------AT------T-ATT----AGCG--T--TAAT----TTT----AACTTGA-TTGT-T---A-----AA-A-TAAAATATAGTAAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-CG--GA-AATTTTTTCCTTCG--ACTTG-CCCG----T-A-GAA--TCCTT--ACCT---TTAAAG----TCT-CC-GG--ACT---TG--AACG-TTC-----AT-AAAAAAA----A
gi|20 : gttccaaGGAC-T-TG--GA-CATTTTTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-GAA--TCC----ACCC---TATAAG----TC--CT-GG--ACT---TG--ACCA-TC------AT-AAAAAAA----AATTTTGAACCCC
gi|21 : A-----C---TT------G------G------CAC---TTA---A-A-T--T-CGC-TGA-A---AG--TCC-A-GTG--AC--TTGG--CAT------TA-----------A----tg
gi|22 : TCAA-AATT-CCTCAAT-----CCCGAC---GC-C-CGG---GAC-G----A-A---CTA---A--------TT----------T------------T-G------G
gi|23 : tAAG----TC--CT-GG--ACT---TG--ACTT-TT------AT-GAAAAAA----AA-TTTGAACCCC
gi|24 : TCAA-AATC-CCTCAAG-----CCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---t
gi|25 : ggggtTCAA-AATT-CCTCAAA-----CTCGAC---AT-C-TGG---GAC-
gi|3 : gatgggtTCAA-AATT-CCTCAAG-----CCCGAC---GC-C-TGT---GAC-T----A-A---CAA---A--------TT----------C------------T-G------GA-----T---TCAGACTAG------G------CAT---TTA---G-A-T--T-CTC-CAA-A---AG--TCC-A-GGA--AC--TTGG--CAT------TA-----------A----TCAATGA-----TT-----------------ATTGTTAATTTTTTTAAGT-G------AA--T----T-AA---A------AA---T-----------T--T-GA-C-A-----GTTTAATA---CAC--A----TT-GT-----TT----T---T---A-T--TC-A----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------GATA--------TAT------T-ATA----CT----T--TAAT----TTT----AA--TGA-T-GT-T---A-----AA-A-TAAG---T-GTAAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GA-CATTTTTTCCTTGG--ACTTG-CC------C-A-GGA--ACCATGGACTCTTTTTTAAG----TC--CC-GT--ACT---TG--ACCA-TC------ATAAAAAAAA----AA-ATTGAATCCC
gi|4 : ggggtG-----CCCGAC---GTTC-CGGTAGGAT-TTCTTA-A---CTA---A--------TC----------T------------C-A------GA-----CGT-TC------GAACCT-G------CACAT-TTA---G-T-C--T-TGC-AGA-A----G--TC--A-TGG--GC----GA--C-T------TA-----------AG---T-----AC----TT-----------------AT-------------AGGT-G------GATAA----T-AA---A------GA---TCATT-AAGAT-T--TTAACT-A-----ATG-ATTAGGCTATTAA----TTTGTCCTTTTT----T---T---A-CGCTT-A----T-CTA-AA-GATGTC-A-CATA----A----------AATGATCCTTGGTAT------T-AC------T----TGATAATG---TTT----AC--TGA-T-GT-T---A-----AACA-TAGG-----GTCGT-----TCATTCTAAT-G-TG-AC-T-TG--GA-CATT--TTTCTTGG--AACTG-TCCCTATTT-A-CAA--TTC----ACCCCT-TTCAAGCTACTCCGCC-GGCCACT---CG--ACTA-T
gi|5 : A-AATT-CC-CA-------TCCAAC---GG-CGCCA---AAC-T----A-AAAGCTA---A--------TT----------CTGTGCCGATTATC-G------GA-----C---TA------G------G------CAT---TTA---G-A-T--T-CGC-CAA-A---AG--TCC-A-GGG--ACAATTGG--CAT------TA-----------T----T-----G-----TTC----------------ATTTTTTTT------AAGT-G------AA--T----T-TA---A------GA------------AT-T--T-GACT-G-----TTT-AATA---CAT--A----TT-GT-----TT----T---T---ATT--TC-A----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------GATA--------TAT------T-ATA----CT----T--TAAT----TTTAATGAA--TGA-T-GT-T---A-----AA-T-TAAG---T-GTAAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TGA-GT-CATTTTTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-GAA--TCC----ACCC---TTTAAA----TC--CC-AG--ACT---TG--ACCA-TC------AT-AAAACAA----AT-TTTGAACCCC
gi|6 : TCAA-AATT-CCTCAAG-----TC-GAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TT----------T------------C-A------GATTCGGC---TC------G------G------CAC---TTA---A-A-T--T-GGC-CGG-A---AG--TCC-A-GGG--AC--TTGG--CTT------TA-----------A----T-----ACCGTATT-----------------A--------------AAGT-G------AA-------T-AA---A------GA---TCAT--AA-AT-T--T-AA-T-A-----A---ATTA---TAT--GAATTTT-GT-----TT----T---TT--A-T--TC-A----T-TCA-AA-A----C-A-A-TA----AC---------GATG--------TAC------C-ATA----AT----T--CAAT----TTTT---AA--TGA-T-GT-T---T-----AA-A-TGGG---T-GTTAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TG--GAGCATTTCTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-AAA--TTC----GTCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--ACAA-TT------AT-GAAAAAA----AA-TTTGAACCCCtg
gi|7 : gggtTCAA-AATT-CCTAAAG-----CCTGGC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---TTA---A--------TT----------C------------C-A------GA-----T---TC------G------GACTTGTCAC---TTA---A-A-T--T-TGC-TGA-A---AG--TCC-A-GGG--AC--TTTG--CAT------TA-----------A----T-----A-----AT-----------------A--------------AAGT-G------AA--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAGAT-T--T-AA-T-A-----ATG-AATA---TAT--A----TT-GT-----TT----T---T---A-T--TC-A----T-TCA-AA-A----C-A-AATA----A----------AATG--------TAT------T-ATA----AT----T--TAAT----TTT----AA--TGA-T-GT-T---A-----GA-A-TAGG---T-GTTAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-TC--GA-CATTTCTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-A-AAA--TTC----ATCC---TTCAAG----TC--CC-GG--ACT---TG--ACCA-CT------AT-AAAAAAATTTTTT-TTTGAGCCCCt
gi|8 : tTCAA-AATT-CCTGAAG-----TCCGAC---GT-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA---A--------TT----------C------------TAG------GA-----C---TT------G------G------CAC---TTA---A-A----T-CGC-CAA-A---AG--TCC-AGGGG--AC--TT-G--CAT------TA-----------AACCGT-----A-----TT-----------------A--------------AAGT-G-------A--A----T-AA---A------GA---TCAT--AAAAT-T--T-AA-T-AAATTTATG-AATA---T-T--A----TT-GT-----TT----T---T---A-T--TC-A----T-TC--AA-A----C-A-AATA----A----------GATG--------TAT------TCATA----AT----T--TAAT----TTA----AA--TGGTT-GT-T---A-----AA-A-TGGG---TCGTTAT-----C------AAT-G-TGGAC-T-AG--GA-CATTTCTTCCTT-G--ACTGG-CC------T-A-AAT--TCC----ATTC----TCAAG----TC--CCGGG--ACT---TG--ACTA-TT------AT-GAAAAAA----AT-TTTGAACCCCtga
gi|9 : tTCAATAATT-CCTCAAG-----CC-GAC---GC-C-CGG---GAC-T----A-A---CTA------------TT----------CGGAT--------C-G------GA-----C---TA------G------G------CAT---TTA---G-A-T--TTCAC-CAA-A---GT--TCC-A-AGG--AC--TTGGG-CATATTTTGTA-----------A----T-----T-----TTTTTA-------------A--------------AAGT-G------AT-------T-CA---A------AA---TT-T--GACAC-T--T----T-A-----AT---ACA---TAC--A----TT-GA-------------------A-T--TC-A----T-TCA-AA-A----C-A-AATATTAAA----------GATA--------TAT------T-ATT----AC----T--TA-------TT----AA--TTA-A-GTAT---A-----AC-A-GAAG---T-ATAAT-----C------AATTA-TGGAC-T-TG--GA-CATTTTTTCCTTGG--ACTTG-CC------T-AGAAA--TCC----ACCC---TTTAAG----TC--CC-AG--A---------ACCT-TTGGGGGGAA-AAAAAAA----AA-t