lowQualScore : 111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 333 333333 1 1 222 1111 2 1111 22 1 1 222 11 222 111 11 2222 1 2222 555555555555555555555555555555555555555 222222222 3 1 111 2 44444 5555555555555555555555555555 1111 4 3333 11 77777777777777777 1 111 11 11 222222222222 222 22222 11 66666666666666666666666666666666666666666666666666 222222 11111 111111111 1111 111111 3333333 111111 44444444444 222222222222222222222222 7777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 222222222222222222 22222 666666666666666666666666666666666666666666666666 3333333333333 2222222222222 000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000000 1 1111 4
lowQualScore : 555 000000 6 3 3 333 7 7 8888 6 6666 6 00 3 3 3 3 333 88 444 3 111 44 1111 0 1111 888888888888888888888888888888888888888 6 6 888888888 6 6 6 1 3 4 111 2 5 00000 3333333333333333333333333333 77 6 3333 6 1 0 6666 8 44 00000000000000000 3 3 3 4 777 11 11 66 222222222222 222 22 3 44444 0 66 88888888888888888888888888888888888888888888888888 111111 0 5 00000 4 999999999 888 3 8888 888 0 777777 3333333 4 777 777777 5 0 00000000000 8888888888 777 3 4 111111111111111111111111 777 4 5 5 5555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 5 66 5 444444444444444444 0 66666 0 0 3 111111111111111111111111111111111111111111111111 5 5 6666666666666 11 9999999999999 8 555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555555 0 5555 0
lowQualScore : ... ...... . . . ... . . .... . .... . .. . . . . ... .. ... . ... .. .... . .... ....................................... . . ......... . . . . . . ... . . ..... ............................ .. . .... . . . .... . .. ................. . . . . ... .. .. .. ............ ... .. . ..... . .. .................................................. ...... . . ..... . ......... ... . .... ... . ...... ....... . ... ...... . . ........... .......... ... . . ........................ ... . . . ........................................................................................... . .. . .................. . ..... . . . ................................................ . . ............. .. ............. . ............................................................................................................... . .... .
lowQualScore : 000 333333 7 3 3 333 3 3 0000 7 0000 7 77 3 7 7 3 333 33 333 2 222 00 2222 0 2222 999999999999999999999999999999999999999 7 7 888888888 7 7 7 8 3 0 777 9 7 11111 3333333333333333333333333333 99 7 5555 7 4 0 4444 0 22 88888888888888888 2 0 2 5 555 00 00 44 555555555555 888 00 2 88888 6 88 33333333333333333333333333333333333333333333333333 555555 2 0 55555 2 444444444 888 4 6666 888 1 111111 9999999 4 888 222222 7 5 33333333333 6666666666 000 4 0 777777777777777777777777 000 4 0 5 4444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444444 0 99 0 999999999999999999 5 66666 2 2 8 000000000000000000000000000000000000000000000000 0 7 7777777777777 66 6666666666666 0 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 0 0000 0
consensus : TAACGTTTGTCTGGCCGAA-C-C--TAAGGAATAT-AAAA-CGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAATGA-GT-ACGTTAA-ACAC-TCANTAANTTCCGT-GC---TAG--ACAT-A-TACGTA-CACCN-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT--ACC-GG-GT----AAT-A--CCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATT-C-CGATCTA-TNAAA---ACAAAGGGGAGCAAC-CCGA---C-CCCAAAA-----NA-TATAGA-CC-----------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACT-A-TTT-ACG-TCAAT-----ATTAAATACAAGATTAATNAATTTCT---CTGA--TGAATT--TTCTATAATTATGT-AAA--TCAGGCTGGT-TTCGGAAAAGGTTATTCCGTTN-NGGACAATATTTTTGT-C--T-GCA-GCTTTAGT-TAGAA-T-TACTAG-AG------------AAAAANATG--TAT-TGC--GTATCTAN-A-GA-C-TTCG---AAAAGGCNTTCGATAC---GGTATGG---AGAGAT-GGT-TCTGTGG-------A-T---AAA------TTGTTGATAAATAA------TAT-CAAAG----GG----AAA---ATGTTTAAT-GCGA-----TTT-T--AG----AAT-TT--T-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----T------AATC-AAG---AATTGTT-------TTTG-ATAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T----T-CCATGT--AA-CGAAG------GCC---------TACGGCAAGGGGAAAA-CC--TCTCGCCCTTNCTA-T----N-TT-----ATT---C-AT----TT---GA-----------ATGA-CT-T----A-AA-----TCATATTTGATCTCTAA----G----CTAA-TAGA-TGTA-----AA-GG-TCTATNA-G-------TATTAGTGA-TGACATA---GAA-----------ANGAT--ATTNGT-T----TNTATCT--AAA-TN---------TTTTATA-TTAT-TN-TATGCAGA-CGACAC
Reference ( gi|2 ) : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATAT-AAAA-CGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAA-GA-GT-ACAGTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAG--ACATGA-TACGTA-CACCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT--A---GG-GT----AATGA--CCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------AGGTAA-TA-TCATT-CACGATCTA-TAAAA---ACAAA-GGGAACAAC-CCGAAT-C-CCCAAAA-----AA-TACA-A-TC-----------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAGCGGAAAC--A-TTT-ACG-TCAA------ATTAAATAC-AGATTAATTAATTTTT---CTGA--TGAATT--TTCTATAATTATGT-AAA--TCAGGCTGTT-TTTAGAAAAGGTTATTCTGTTG-TGGACAATA-TTTTGT-C--T-GCA-GCTTTAGT-TAGAA-T-TACTAG-AGCT----------AAAAACATG--TAT-TGC--GTATCTAA-A-GA-T-TTCG---AAAAGGCCTTTGATAA---AGTATGG---AGAGA--GGT-TCTGTGG-------A-T---AAA------TTGTTGATAAATAA------TATCCAAAG----GG----AAA---ATGTTTAAT-GCAA-----TTT-T--AG----AAT-TT--T-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----C------AATC-AAG---AATTGTT-------TTTG-ATAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T----T-CCATGT--AA-TGAAG------GCC---------TACGGCAAGGGGAAAA-CC-GTCTCGCCCTTACTA-T----G-TT-----ATT---C-AT----TT---GA-----------ATGA-CT-T----A-AA-----TCATATTTGATCTCTAA----G----CTAA-TA-A-TGTA-----AA-GG-CCTATCA-G-------TATTAGTGA-TGACATA---GAA-----------AGGAT--ATTGGT-T----TTTATCT--AGA-TG---------TTTTATA-TTAT-TA-TATGCAGATTGACAC
gi|11 : TAACGTTTGTCTGGCCGAA-C-TCGTAAGGAATATAAAAA-CGAATATTTGATC-TTCAGGTGAGGAACGGGGATAATAAATGAGGT-ACATTAAGACACTTCATTAATCTTCATGGCTTATAGCAATACGATTACG-A-C-CCT-ATTCAAAGTCCTTAGATATCCTTTTGGAT--AACTGG-ATTTGAAAT-A--CATGGAGGTTGATGTAACATATGGTCTCTCATTTGTCGAGGTAATTATTCATTCCAGGTTCTA-TTAAATATACAAAGGGGAACAACACCGTATGCGCGCAAAATTTTGAA-GAGA-C-TCAGATTTTTTCGAATCACCTGATGTAATT-A-GCTGTGTAG-GGAAACCAA-TTT-
gi|1 : TTTGTCT---CGAAACGC--TAAGGAATAT-AAAAACGAACA---AATATTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAA-GA-GTGACAGTAA--CAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAG--ACAT-A-TACGTAACACCTTATTCAA----TTTT-AAA----TTTGAAT--ACT-GG-GTT---AATGA--CCTG-----------AACA-CTGG-CTCTC--------AGGTAA-TA-TCATT-C-CGATCTA-TAAAA---ACAAA-GGGAACAAC-CCGA-T-C-CCCAAAA-----AA-TACA-A-TC-----------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAAC--ATTTT-ACGTTCAA------ATT-AATACAAGATTAATTAA-TTTT---CTGA--TGAATT--TTCTA-AATTATGTAAAA--TCAGGCTG-T-TTTAGAAAAGGTTATTCTGTTGTTGGACAATATTTTTGT-C--TGGCA-GC-TTAG--TAGAA-T-TACTAG-AGCT----------AAAAAAATG--TAT-TGC--GTATCTAA-A-GATT-TTCG---AAAAAGCCTTTGATAA---ATTATGG---AGAGAT-GGG-TCTGTGG-------A-T----AA------TTGTTGATAAATAA------TAT-CAAAG----GG----AAA---ATGTTTAAT-GCAA------TT-T--AG----AAT-TT--T-ACCGAAGGATA---T-----CAA-----------AATC-AAG---AATTGTT-------TTTG-ATAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TACT----T-CCATGT--AA-TGAAG------GCC---------TACGGCAAGGGG-AAA-CC-GTCTCGCCCTTACTATT----GTTT-----ATT---C-TA----TT---GA-----------ATGA-CT-TA---A-AA-----TCATATTTGATCTCTAA----G----CTAATTA-A-TGTA-----AA-GGACCT-TCA-G-------TATTAGTGA-TGACATA---GAA-----------AGGAT--ATTTG--------TTATCT--AGA-TG---------TTTTATA-TTAT-TATTATGCAGA-TGACACtatcctgtcttctcaaatttaaatagcaa
gi|3 : gtGAA-C-C--TAA---------AAA-CGAACA---AATCTT-CAGGTGAAA-GT-GGACTGCTAAATGA-TT-ATGTCAA-ACAT-TCAATAAATTCCGT-GT---TAG--GCAT-A-TATGTA-TACCA-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGATTTCG---GG-GT----TAT-A--CCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------TGGTAA-TG-TCATT-T-CGATCTATTTAAA---ACAAAGGGGAGTAAT-CGGA---C-CCCAAAA-----TG-TATAGA-CC-----------AACCACC--AT-TA--TAA-GTTGGGTTG-GGAAACT-T-TTT-ACA-TCAAT-----CTTAAATACAAGATTAAACAATTTCT---CTGA--TAAATT--TTCTATAA-AATGT-AAAACTCAGGCTGGTATTAAAAAAAGGTTATTCTGTTG-GTAATAATATTTTTGTCC--T-GCACGTTTTA-T-TGGAA-T----TAG-AGCTAAAAAGGAAAAAAAAAATGTATAT-TGT--GTATTTAT-A-GG-T-TTTGATCAGAAAGCCTTTGATAA---ATTATGG---AGAGAT-GGT-T-TGCGGA------A-T---AAA------TTGCTGATAAATA------------AAAG----GA----AAA---ATCTTTATT-GTAA-----TTT-T--TA----TAT-TC--T-ACC-AAGG---------------------------------------TTGTT-------TTT--ATAGTAGA---T-GTT-CA-A-A--C-TA-TTC--T-CCATGT--AA-TGAAG------GTC---------TAAGACAATGAGAAAA-CC--TCTTGCAATTACTC-T----C-TTC----ATT---CTAT----TT---GA-----------ATGA-TT-TG---G-AA-----TCATATTTGATCT-------------CTAA-TA-A-AGTA-----AAGGG-TCTATCATT-------TATTAGTGA-TGACATtg
gi|18 : ttgtgaaacagcgaattaa-TATGTA-TACCA-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGA-T--ACC-GGTGT----CAT-A--CCAG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------TGGTAA-TG-TCATT-C-CGATCTACTTAAA---ACAAAGGGGAGTAAT-CGGA---C-CCCAATA-----TG-TATAGA-CC-----------AACCACC--AT-TA--T-A-
gi|24 : ---GG-TT----AAT-A--CCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATT-C-TGATCTA-TAAAA---CCAAAGGGGAACAAC-CCGA-----TCCAAAA-----AATTACAGA-CC-----------AATCACC--A
gi|5 : ccgG-GT----A-TGATTCCTT-----------CACA-GTGG-ACTTG--------GGGTAA-CA-TAATT-C-CACTGTA-CAAAA---ATAAA-GGTGATGAC-TCTGAC-C-CTCAAAA-----T--TATA-GGCC-----------TATTACT--TT-GA--T-AAGCTGTTTAG-GTAAACT-A-TTT-ACT-TCAATTCTGAATTAAAGAC----TTAATGAATATGTAAATCGAGTTGAATTGATTCT-------TGA-AAA--TCAAGCTGGA-TTTCGCAAGAATTTTTCAACAC-AAGACCATA-TTTTCT-CACT-ACATACTCT-GA-TAGAAAT-TTTTA----------------AAAAACA-----------------CCAA--------TTTG---AAAAGGCATTCG-TACCTCAGTTTGGCGTAGATA--GGT-CTTTTGG-------AAT---AAA------ATATCCATTATTAA------TA--CAAAGTATAGG----AAATAAATGTTT--T-TCAAAGGTGTCA-T--AGCAAAAATCTT--T-AGC-ATGGA-A---TG----TAA----TTA----AATC-AAG---AGT-GTCA------TGTA-ATGGTCAA---T-ATT-CA-G-AC-T-TG-T----TTCCATGT--AA-CGTCG------GAG---------TTAGACAAGGGGAAAA-CC--TGTCACCTTTTCT--T----T-TTGCAGCAT------AT----TT---GA-----------ATGA-
gi|23 : tgatccaagtttctt-GAGAGCAAT-CTGG---T-CCCAAAA-----AC-TATAGA-CT-----------AATCACC--AT-TA--TTA-GTTGTGTTG-AGAAGC--T-TTTTACA-CCAA-----------------GAT--AT--ATTCCT---CTGG--TGAATT--CTCTATAA-TATAT-AAtgttga
gi|6 : A--TTAATT--CTCAATAATTA-----------AGCCGGTT-TCCGGAAAAAAT-ATTCCTCAA-CGGACCATA-TTTT------T-AC-----TTAACATAAAA-T--ACTGT-AG------------AAAAAC-TT--TAT-TACATGTATTTAT-T-GA-T-TTTG---AAA-GGCTTTTGAT--------------------------TCTGTTT-------A-T---AAAAAATAATT-TTGAAAAGTAA------TATT--AAT----GG----GAG---ATGTTT--T-GTGA-----TCG-T--A-----AATATG--T-ACA-ATGGC-A---TAAAAGCAAGAATT------AATC-AAAT--AACTGTT-------TTT---T---------T-TTA-GA-A-A--G-TT-T----T-CCATGT--AA-AAGAG------GAG---------TTCGGCAGGGGAAAAA-TCGGTCT--CCTTTTTTA-TTTTCA-TT-----GTT---C-TT----TT----------------ATGA-TC-T----A-GAAGAGTTCA----TGATTTCAAATGGTG----CCAC-TAGA-TTGA-----AT-AG-TCT---------------TTCGTCA-AAATATG---AGA-----------ATGAT--ATTAAT-A----TGTATTT--GAACCT---------TTTTGTT-TTAC-TT-TATGCAGA
gi|4 : atagaccaattactatcctaagttgtctcgacaaattattctcttccattctcaatagtataatcaatgaatatgttgatgcagctcaTGTTT-T--ACAAT--TTTTGT-C--T-CAA-ACATT--T-TAAAA-T-TAGCAGTAGAA----------AGAAACTTT--TCTGTGC-----TCTTA-TTGA-C-TTTA---AACAAGCATTCCATAC---GGTATGG---AGAGA--TGG-TCTCTGGT------A-T---AAA------CTGTAAATAAAGAA------T-------G----G-----------ATGGCCAAT-GC-T-----TTT-T--AA----AAT-TA--T-Acg
gi|8 : atatact-GCTT--GT-TGAAA-TGCACTAG-A-------------AAAAA-ATA--TTT-TGC--GCTTTCGT-A-GA-C-TTCC---AAAAGACTTTCGATAG---GGTGTGG---TG-GATTGGTCTCTG-GA-------A-T---ATA------GTTTTGATGAGCAA------TCTT-----------------G---ATGGTAAAT-GC--------TT-T--AG----AAT-TTATT-AAC-A-TGA-A---T-----AAA----TGTATAAAACC-AAA---ACTTATA-------TTAG-AT---------T-GAA-CA-ATA--T-TT-T----T-TC---T--GA-CGAATTTACCTGCCAATTGGGAATCCGTCAAGGGGAAAA------TTTGTCCT--CTT-T----T-TT-----ATTTCCC-ATTTGCTT---GA-----------CTGA-TT-T----AGAA-----TTGT-TTTGATtacgaaatatgtataagggtataaaatcacttataaagatgaataataaaacctctgagttttttagttgcaatgtcggggtctgagtcaagggggaaatgtgttcccttttttattttcacttttattaatgttcttgaagatttttttataggggaaaaaatgtccttggtcttcctacaattgaacaatgtatcgaaggtgaactttttgtatttttgaaattatttaacctgctatatgctgatgatacagttaatatgtctgacaatgctactgatttataatgttaatgtcaatgtaaataaaataaagatacttgtgttttcaacgggtctggcacctaaaaatacattcaaacacaccgatgatgtaattgaaactgttaaagacttagtataatcttttcaaagtccgggtccttttgaaaagcaaag
gi|9 : agacgaatcactggctgtttattcctctcttatcacatcttaataaatcaaataatcaattagcaatgatagattaaacgaagtagtattaatttcaagttacgagggtggtagttgagagaatttttcaactaacggtcatattttttcgtttaatattttaaaat----------AAAAAT-TA--TAT-TGC--GCTTTTAT-A-GA-TGTTCA---AACAGGCGTTTGACACT--GGTATGG---AAAAT--GGT--CTATGGGACAAAAA-TCAAAAA------TT-TTGAACAGTGG------AAT--AGAT----GG----AAA---CTGTTTTA----GA-----TTTATGAAA----AATATG--T-ACA-AAGGT-A---T-----TAA------------ATC-AAG---GATA-----------CAA-ATAGGAGAACAT-GTATCACA-A--T-T--T----T-CCATGTGCAA-TGTCG------GTT---------TAAGACAAGGAGAAAA-TT--TATCACCGTTTCTA-TTTTCA-TT-----GTT---T-AT----T-----A-----------ATGA-CC-TTGA-A-GA-----T--TATTTAA----CAA----GAAATCAAA-TAGA-TG----------GA-TTTACGT-G-------TCCTACTAA---ACAAATGCAAA-----------ATGAT--AT--GTAT----GTTATGTTAAAA-TT---------TTGTATA-CTCT-TT-TATGCAGA-CGACACaacaaaggatgctgttg
gi|21 : cgtacaactgataatatattcgtattagatttccttattaatatgctttgaacaataagaAAAAAATG--TAT-TGC--GTAT-TAATA-TA-C-CTCG---AGAAAGCCTTTGATAA---AGTATGG---AGAGA--TGA-TCTGTGGA------A-T---AAA------TTGTTTATAAATAA------TAT-CAAAG----GG----AAA---ATGTTTAAT-Gtg
gi|10 : -TCTGTGGTA-----A-T---AAAA-----TTGTTGATAAATAA------TGATCAAAG----GG----AAA---ATGTTTAATAGCAA------TT-T--AG----A---TT--T-ACC-AGGAG-AGT-T-----CAA----T------CATC-AAGTTTAATTGATAGTATAGTTTGAATAGCAGGCT-T-GTA-CATG-A--T-TA-TTTTAT-CCATGT--AA-TGAAG------GCC---------TACGGCAAGGGAAAAACCC-TTCTCGCCCTTACTATT----G-TT-----ATA---T-GT----TT---GATATATTGATGGATGA-CTGT----A-AA-----TCATATTTGATCTCTAA----G----CTAA-TATATTGTAGTCAGAG-GA-CCTTTGA-GTCATGTTTATTAGTGATTGACA-A---GAAATCTGACGAGTAGGATTCATTGTT-TGGCGTATATCT--AAG-TATCGTGTGCTTTTTATATTTATCTA-TATGCA
gi|13 : taataagtgattgaatggTATTGATAGCTAAAACCTGTATCAACAG----GGTAATAAG---ATGTTTAAT-GAAA-----ATTAT--AG----ATT-TT--TTACC-AAGAA-AAAAT-----AAA-----------AATCGAAG---AATTGTT-------TTGG-GTAGCAGG---TCGTA-CA-A-AAATATACT----T-CCATGT--AAATGAAG------GCT---------TACGGCAAGGGGAAAA-AC-CTCTCGCCC-TACT--T----T-TT-----CTT---C-AT----TTTCGGA-----------ATGATCT-TTTAGA-AT-----TCACATcaccctagatgatcgacac
13 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|7 ): TTTTAATTTATAAACACACTATATGTTTTGAAAGGTATATAAATCACTTATAGATAGAATATATAGGAACTTCTGAGTTTTTCAATTGTAATATCGGAGTCCAACAGGGGGAAAATCTGTCCCCCTTTTTATTTTCACTTAAATTATCAACGATCTTGAAGATTTTTTGACAGAAAAAAATGTTATTGATCTTTCTATAATTGAGCAATGTATTGAAGACGAACTTTTTGTATTTTTTGAAATTATTTATCCTGTTATATGCTGATGATACAGTTATTATGTCTGAAAAATGTTACTGATTTAACAATATGCTCTGGGTAATTTTTCCATTTACTGTAATATCAGTGGAGACTTAAGGTTAATGTAAATAAAACATAAATTCTTGTGTTTTTAAAGGGCCCGACACCTAAAAATACATTCAAATACAACGATAANNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNTTTGCTTTGCAAAAGGACCGGACCTTGAAAAGATAATAC
Unaligned ( gi|12 ): CAAGAAAAAGAAACTGTAGTGTGCTTTTATTTATTTCAAAGCACCTTTTGACACAGTAAGGCGTATATAATTTTGGAAAATGTTGTTAAACAATGACATCAAAGGGAAATGCTTCAATATAATTCATATCATGTACAATGAGAGTAAATCTAGCTTTAAAAACAAACACAGCGAGGTTTTCCTTGCCAAATTGGGGTTCGTCAGGGGAAACATTTATCCCCCTTCTTATTTGTAATGTTTTTGAATGATTTGGATGGTTTTCTGTTTGAATGAAATATCATTGGATTAACGAGTATTACTAAAGAAATGGAATCAAAGCTTATTGTATTTCAAAAATCATTTCTTTAATGCAAGTGACACCGT
Unaligned ( gi|14 ): TTGTACAACTGATAAGTGTATTTGTGCTTGATTCTAAGTAAGTATGAATGAGCACAAAAACATTGTTGTGCTGACCTGTAGATTTTAAAGAGGCTTATGCCTTTTGAGAAATGCCCCCAGGGACCAAAATTTAAACTGTGGAATAAATGAAAATATTTAGATTATATTTTAAAAATTCATACAATGGTAAAAATCAAAGAAACGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ATCAGAATTTTTCATGTGCAGTATTGGTTTAAGTCAAAAGGAAAATTGCCTGTCGATGACCTTGAAGATTATTTAACAAGAAATCAAATATATTGATTTACGTGTCGTACCAAGTCAATGCAAGATGATATGTTTGTTATGTTAAAACTTTGTATTCCTTTCGATGCAGCTGATAATG
Unaligned ( gi|16 ): CTATAGCTAAACTATCTACTTCAATCTTGAATGAACGATCTAATGATTATGCAAACAGAGTCCAATGAATTATGGAAAATCAAGCTGGATTTTGCACACATTATTTTTCTTTCACATACTGATAAAAATGTTTGAAAATTATACTGCATGT
Unaligned ( gi|17 ): TGTTCAAACCTTTGGGCATGTCATGTTGGCATGAGACAGGGTGAACACCTTTCACCATTTCTTTTTGCACTATCCTTAAATAATTTTGAAGAATTCCTTTTTTACACATGCAACCAAACAGGTAAACTTATAAAACAAAGGCGA
Unaligned ( gi|19 ): CTAACACAATTTTCGAAACTGGTGTGCGTCCTTCCTAGTGGACCTGTGGTGATGTAATTTATGTGTAACCCCCCCCCCCCGGGCCAAAAATGACCCTGAACCCTACCCCTTATTATTATAGACCCATTGCTTGTA
Unaligned ( gi|20 ): TATGTAAGAGATGGTTCTATTTGTTCGGATTTTTGTTAACTTCAAATACCGGAGTCAGACAGGGTGAAAACCTATCACCACTTTTGTTTTCCATATCTCTCAATGATCTGGTTGATT
Unaligned ( gi|22 ): CTGAAAACGCTACTGATTTACAATATGCTTTAGATAATTTTTCCATCAGTGGAGCTTAAAAAAAAGTGTTTTCAAAGAGCTTGGTACCTAAAAATACATTCAAATACAAT
Unaligned ( gi|25 ): CATACTTATTTTACAATTCTTGTGTCAGACACTAATTACTAATAAAAAAAAACCCAAACTTTTTTGTGCTTTTATTGACTTCAAAC
Unaligned ( gi|26 ): ATATACTTATTTTACAATTCTTGTCTCAAACATTTTAAATTAGTTATAGGGAGAAACTTTTATGTGTTTTTATTGACTTCAAAC
Unaligned ( gi|27 ): ACTTCATATTGGAGTTAGATATGGTGAAAATTTATCACCACTTTTGTTTTCCATATTTCTTAACGATCTGGTTAATGT
Unaligned ( gi|28 ): CAAAGTCGATTTAAGACAAGGAGAAAATTTATCACCGTT
Alignments
lowQualScore : 333 1 1111 1 1 111 1 1 1 1 1 1111 1 1 1 111 11 11 11 1111 1111 2222222 1 22222222222 222222222 1 111 111111 11 222222222222 11 1 1111 111 333333333333 1 111111 111111 11 222222 11 11 1111 11 11111 222 111111 222222222 111111111 111111 111 3333333 111111111111 1111111111 1 55555555555555555555555555 111 1111111 1111 1111111 1111 111111 111111111 33333333333333 11111111111 2222222222222 3333333333 1111111111111 44444444444444444444444 111 33333333333 222222 1111 222222222222
lowQualScore : 666 0 7777 2 0 0 777 3 3 0 0 5 0 0 2222 0 0 1 1 2 0 777 7 33 11 8 11 99 7777 8 7777 3 8 3 5 9999999 1 77777777777 5 5 444444444 5 5 5 77 1 1 000 5 5 0 555555 5 5 11 777 1 222222222222 66 5 11 5 0 1 5 3333 000 1 222222222222 1 1 6 1 7 333333 99 999999 88 111111 99 33 8 99 11 4 1111 0 6 00 22222 111 5 000000 333333333 333333333 4 66 2 0 33 66 4 777 1 0 777777 4 44 333 4 0000000 777 44 4 444444444444 3 7777 7777 666 7777 3 999 1111111111 2 55 4 4 44444444444444444444444444 4 222 8888888 4 4 3 1 4444 4 4 8 4 7777777 55 8888 55 55 3333 111111 666666666 4 99 2 0 1 77 33333333333333 4 777 99999999999 44 4 8888888888888 0 22 66 2222222222 5 7777777777777 66666666666666666666666 5 77 1 111 88888888888 1 99 88 444444 3 4444 777777777777 6 6 77 6
lowQualScore : ... . .... . . . ... . . . . . . . .... . . . . . . ... . .. .. . .. .. .... . .... . . . . ....... . ........... . . ......... . . . .. . . ... . . . ...... . . .. ... . ............ .. . .. . . . . .... ... . ............ . . . . . ...... .. ...... .. ...... .. .. . .. .. . .... . . .. ..... ... . ...... ......... ......... . .. . . .. .. . ... . . ...... . .. ... . ....... ... .. . ............ . .... .... ... .... . ... .......... . .. . . .......................... . ... ....... . . . . .... . . . . ....... .. .... .. .. .... ...... ......... . .. . . . .. .............. . ... ........... .. . ............. . .. .. .......... . ............. ....................... . .. . ... ........... . .. .. ...... . .... ............ . . .. .
lowQualScore : 777 0 8888 5 0 0 555 2 2 0 0 5 0 0 0000 0 0 0 0 0 0 555 0 22 00 0 00 00 0000 0 0000 8 0 7 7 6666666 4 11111111111 7 7 777777777 7 7 7 99 4 0 000 4 0 2 444444 0 0 44 888 1 888888888888 11 0 99 0 0 9 7 9999 000 7 333333333333 4 4 7 7 5 000000 22 222222 33 888888 00 00 0 44 66 6 4444 6 7 22 44444 444 7 666666 999999999 222222222 4 11 3 7 22 11 4 888 0 7 888888 4 88 444 7 5555555 000 88 3 999999999999 6 7777 7777 444 7777 6 666 3333333333 0 55 0 4 11111111111111111111111111 4 222 9999999 7 4 6 9 8888 4 4 9 4 2222222 55 5555 55 55 1111 555555 000000000 0 55 5 7 0 22 88888888888888 0 000 00000000000 99 4 0000000000000 1 66 77 1111111111 3 6666666666666 33333333333333333333333 7 44 7 777 33333333333 0 22 88 333333 3 2222 888888888888 7 7 77 7
consensus : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATAT-AAAA-CGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAATGA-GT-AC-GTTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-ACCGG-GTT---A--AT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TNAAA---ACAAAGGGGAGCAAC-CCG---A--C-CC-CAAAANNT---ATAGACC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACTN--TTTA---CGT-C------AATNTTAAATA-CAAGA-TTAATNAATTTNT---CTGA--TG------AATT--TTCTATAATTATGTAAAA-TCAGGCTGG-T-TTC-GGAAAAGGTTATTCCGTTGC-GGACAATATTTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---G--AAAAAAA-----TGTAT-TGC--GTATTTATAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTCGATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T-AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCGATTT-T--AG----AAT-T--TT-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----T------AATC-AAG---AATTGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---CGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACC--TNTCGCCCTTNCTA-T----NT--T-----ATTC-GTTT---GA-----------ATGA-CT-T----A-AA-----TCATATTTGATCTCNAA----G-----CTAATAGA-TGTA-----AA-GGTCTATCA-G-------T---------ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----------ANGAT--ATTNGT-T----TGTATCT----AAA-T---------TTTTTATA-TTAT-T-NTATGCAGA-CGACAC
Reference ( family-985 ) : TAACGTTTGTCTGGCCGAA-C-C--TAAGGAATAT-AAAA-CGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAATGA-GT-AC-GTTAA-ACAC-TCANTAANTTCCGT-GC---TAGACAT-ATACG--TA-CA--CCN-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-ACCGG-GT----A--AT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TNAAA---ACAAAGGGGAGCAAC-CCG---A--C-CC-CAAAANAT---ATAGACC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACTA--TTTA---CGT-C------AATATTAAATA-CAAGA-TTAATNAATTTCT---CTGA--TG------AATT--TTCTATAATTATGTAAA--TCAGGCTGG-T-TTC-GGAAAAGGTTATTCCGTTNN-GGACAATATTTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---G--AAAAANA-----TGTAT-TGC--GTATCTANAGAC-TT-CG---AAAAGGCNTTCGATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T-AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCGATTT-T--AG----AAT-T--TT-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----T------AATC-AAG---AATTGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---CGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACC--TCTCGCCCTTNCTA-T----NT--T-----ATTC-ATTT---GA-----------ATGA-CT-T----A-AA-----TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATAGA-TGTA-----AA-GGTCTATNA-G-------T---------ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----------ANGAT--ATTNGT-T----TNTATCT----AAA-T---------NTTTTATA-TTAT-T-NTATGCAGA-CGACAC
gi|1 : TTTGTCT---CGAAACGC--TAAGGAATAT-AAAAACGAACA---AATATTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAA-GA-GTGACAGT--A-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TAACA--CCTTATTCAA----TTTT-AAA----TTTGAAT-ACTGG-GTT---A--ATGACCTG-----------AACA-CTGG-CTCTC--------AGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TAAAA---ACAAAGGGAA-CAAC-CCG---AT-C-CC-CAAAAAAT---ACA-ATC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACAT--TTTA---CGTTC------AA-ATTAA-TA-CAAGA-TTAATTAATTT-T---CTGA--TG------AATT--TTCTA-AATTATGTAAAA-TCAGGCTG--T-TTT-AGAAAAGGTTATTCTGTTGTTGGACAATATTTT-TGT-CTGGCA-GCTT-AGT-AG-AAT-TA---CTAG-A---GCTAAAAAAA-----TGTAT-TGC--GTATCTAAAGAT-TTTCG---AAAAAGCCTTTGATA---A-ATTATGGAG-AGAT-GGG-TCTGTGG-------AT---AA--TTGTTGATAAATAA------T-AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCAA-TT-T--AG----AAT-T--TT-ACCGAAGGATA---T-----CAA-----------AATC-AAG---AATTGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TACT--T----CCA--TGT--AA---TGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAACCG--TCTCGCCCTTACTA-TTG--TT--T-----ATTC-TATT---GA-----------ATGA-CT-TA---A-AA-----TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATTAA-TGTA-----AA-GGACCTTCA-G-------T---------ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----------AGGAT--ATTTGT--------TATCT----AGA-T---------GTTTTATA-TTAT-TATTATGCAGA-TGACAC
gi|10 : gtAT-GGT--CTGTGGTA-----AT---AAAATTGTTGATAAATAA------TGAT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AATAGCAATTT----AG----A---T--TT-ACC-AGGAG-AGT-T-----CAA----T------CATC-AAGTTTAATTGATAGTATAGTTTGAATAGCAGGCT-T-GTA-CATG-A--T-TA-T--TTTATCCA--TGT--AA---TGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGA-AAAACCCTTCTCGCCCTTACTATT----GT--T-----ATAT-GTTT---GATATATTGATGGATGA-CTGT----A-AA-----TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATATATTGTAGTCAGAG-GACCTTTGA-GTCATGTTT---------ATT-AGTGATTGACA-A---GAAATCTGACGAGTAGGATTCATTGTT-TGGCGTATATCT----AAG-TATCGTGTGCTTTTTATATTTATCT-ATATGCACA-tg
gi|11 : taataagtgattgaTAACGTTTGTCTGGCCGAA-C-TCGTAAGGAATATAAAAA-CGAATATTTGATC-TTCAGGTGAGGAACGGGGATAATAAATGAGGT-AC-ATTAAGACACTTCATTAATCTTCATGGCTTATAG-CA--ATACGATTA-CGACCCT-ATTCAAAGTCCTTAGATATCCTTTTGGATAACTGG-ATTTGAA--AT-ACATGGAGGTTGATGTAACATATGGTCTCTCATTTGTCGAGGTAATTATTCATTC-CAGGTTCTA-TTAAATATACAAAGGGGAACAACACCGTATG--CGCG-CAAAATTTTGAAGAGACTCAGATTTTTTCGAATCACCTGATGTAATT-A-GCTGTGTAG-GGAAACCAATTTTATCCTGT-CTTCTCAAAT-TTAAATAGCAAcctagatgatcgacac
gi|13 : TATTGATAGCTAAAACCTGT-AT-CAACAG----GGTAATA---AGATGTTT----AAT-GAAAATTAT--AG----ATT-T--TTTACC-AAGAA-AAAAT-----AAA-----------AATCGAAG---AATTGTT-------TTGGG-TAGCAGG---TCGTA-CA-A-AAATATACT--T----CCA--TGT--AAA--TGAA------GGCT---------TACGGCAAGGGGAAAAACC--TCTCGCCC-TACT--T----TT--T-----CTTC-ATTTTCGGA-----------ATGATCT-TTTAGA-AT-----TCACAT
gi|18 : TATG--TA-TA--CCA-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTG-AT-ACCGGTGT----C--AT-ACCAG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------TGGTAA-TG-TCATTC-C--GATCTACTTAAA---ACAAAGGGGAGTAAT-CGG---A--C-CC-CAATATGT---ATAGACC------------AACCACC--AT-TA--T-A-aa
gi|2 : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATAT-AAAA-CGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAA-GA-GT-AC-AGTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACATGATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-A--GG-GT----A--ATGACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------AGGTAA-TA-TCATTCAC--GATCTA-TAAAA---ACAAA-GGGAACAAC-CCG---AATC-CC-CAAAAAAT---ACA-ATC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAGCGGAAAC-A--TTTA---CGT-C------AA-ATTAAATA-C-AGA-TTAATTAATTTTT---CTGA--TG------AATT--TTCTATAATTATGTAAA--TCAGGCTGT-T-TTT-AGAAAAGGTTATTCTGTTGT-GGACAATA-TTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---GCTAAAAACA-----TGTAT-TGC--GTATCTAAAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTTGATA---A-AGTATGGAG-AGA--GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T-ATCCAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCAATTT-T--AG----AAT-T--TT-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----C------AATC-AAG---AATTGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---TGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACCG-TCTCGCCCTTACTA-T----GT--T-----ATTC-ATTT---GA-----------ATGA-CT-T----A-AA-----TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATA-A-TGTA-----AA-GGCCTATCA-G-------T---------ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----------AGGAT--ATTGGT-T----TTTATCT----AGA-T---------GTTTTATA-TTAT-T-ATATGCAGATTGACAC
gi|21 : AAAAAA-----TGTAT-TGC--GTATTAATATAC-CT-CG---AGAAAGCCTTTGATA---A-AGTATGGAG-AGAT-GA--TCTGTGGA------AT---AAA-TTGTTTATAAATAA------T-AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-G
gi|23 : GAGAGCAAT-CTG---G--T-CC-CAAAAACT---ATAGACT------------AATCACC--AT-TAT-T-A-GTTGTGTTG-AGAAGCTT--TTTA---CAC--------------------CAAGA-T--AT--ATTCCT---CTGG--TG------AATT--CTCTATAA-TATATAA
gi|24 : CCGG-GTT---A--AT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-T--GATCTA-TAAAA---CCAAAGGGGAACAAC-CCG---A--T-CC-AAAAAATT---ACAGACC------------AATCACC--A
gi|3 : GAA-C-C--TAA---------AAA-CGAACA---AATCTT-CAGGTGAAA-GT-GGACTGCTAAATGA-TT-AT-GTCAA-ACAT-TCAATAAATTCCGT-GT---TAGGCAT-ATATG--TA-TA--CCA-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGATT-TCGGG-GT----T--AT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------TGGTAA-TG-TCATTT-C--GATCTATTTAAA---ACAAAGGGGAGTAAT-CGG---A--C-CC-CAAAATGT---ATAGACC------------AACCACC--AT-TA--TAA-GTTGGGTTG-GGAAACTT--TTTA---CAT-C------AATCTTAAATA-CAAGA-TTAAACAATTTCT---CTGA--TA------AATT--TTCTATAA-AATGTAAAACTCAGGCTGG-TATTA-AAAAAAGGTTATTCTGTTGG-TAATAATATTTT-TGTCCTG-CACGTTTTA-TTGG-AAT-TAGAGCTAA-AAAGG--AAAAAAAAAATGTATAT-TGT--GTATTTATAGGT-TT-TGATCAGAAAGCCTTTGATA---A-ATTATGGAG-AGAT-GGT-T-TGCGGA------AT---AAA-TTGCTGATAAATA-------------AA-AG----GA----A---AAATCTTT----ATT-GTAATTT-T--TA----TAT-T--CT-ACC-AAGG---------------------------------------TTGTT-------TTT-A-TAGTAGA---T-GTT-CA-A-A--C-TA-TTCT----CCA--TGT--AA---TGAA------GGTC---------TAAGACAATGAG-AAAACC--TCTTGCAATTACTC-T----CT--TC----ATTCTATTT---GA-----------ATGA-TT-TG---G-AA-----TCATATTTGATCT--------------CTAATAAA--GTA-----AAGGGTCTATCATT-------T---------ATT-AGTGA-TGACAT
gi|4 : ttgtgaaacagcgaattaaATTTT-TGT-CTC-AA-ACATT--TTAA-AAT-TA---GCAGTA---G--AAAGAAA-----CTTTTCTGT--GCTCTTATTGAC-TT-TA---AACAAGCATTCCATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGTCTCTG-GT-------AT---AAA-CTGTAAATAAAGAA------T---------G----G-----------ATGGCC----AAT-GCT-TTT-T--AA----AAT-T--AT-A
gi|5 : atatacttgttttacaG-GT----ATGAT-TCCTT-----------CACA-GTGG-ACTTG--------GGGTAA-CA-TAATTC-C--ACTGTA-CAAAA---ATAAAGGTGATGACT-CTG---A--C-CCTCAAAAT-T---ATAGGCC------------TATTACT--TT-GA--T-AAGCTGTTTAG-GTAAACTA--TTTA---CTT-C------AATTCTGAATT-AAAGACTTAATGAATATGTAAATCGAGTTG------AATTGATTCT-------TGAAAA--TCAAGCTGGAT-TTC-GCAAGAATTT-TTCAACACA-AGACCATATTTTCTCA-CTA-CATACTCT-GATAGAAAT-TT---TTA---------AAAAACA--------------------CCAA-----TT-TG---AAAAGGCATTCG-TACCTC-AGTTTGGCGTAGATAGGT-CTTTTGGA------AT---AAA-ATATCCATTATTAA------T-A--CAA-AGTATAGG----AAATAAATGTTTTTCAAAG-GTG-TCA-T--AGCAAAAATCT--TT-AGC-ATGGA-A---TG----TAA----TTA----AATC-AAG---AG-TGTCA------TGTAA-TGGTCAA---T-ATT-CA-G-AC-T-TGTT--T----CCA--TGT--AA---CGTC------GGAG---------TTAGACAAGGGG-AAAACC--TGTCACCTTTTCT--T----TT--TGCAGCAT---ATTT---GA-----------ATGA-tacgaaatatgtataagggtataaaatcacttataaagatgaataataaaacctctgagttttttagttgcaatgtcggggtctgagtcaagggggaaatgtgttcccttttttattttcacttttattaatgttcttgaagatttttttataggggaaaaaatgtccttggtcttcctacaattgaacaatgtatcgaaggtgaactttttgtatttttgaaattatttaacctgctatatgctgatgatacagttaatatgtctgacaatgctactgatttataatgttaatgtcaatgtaaataaaataaagatacttgtgttttcaacgggtctggcacctaaaaatacattcaaacacaccgatgatgtaattgaaactgttaaagacttagtataatcttttcaaagtccgggtccttttgaaaagcaaag
gi|6 : tgatccaagtttctt---ATAGACC------------AATTACT--AT-CC--T-AAGTTGTCTCG-ACAAATTA--TTCT---CTT-C------CATTCTCAATAGTATAA-TCAATGAATATGT----TGA--TGCAGCTCAATTAATTCT-CAAT------AA--TTAAGCCGG-T-TTCCGGAAAAAAT-ATTCCTCAAC-GGACCATATTTT-TA----------CTTAACATAA-AAT--A---CTGT-A---G--AAAAAC------TTTAT-TACATGTATTTATTGAT-TT-TG---AAA-GGCTTTTGATT---C-TGTTTATAA-AAA--------------------AT---AA--TT-TTGAAAAGTAA------T-AT-TAA-TG----GG----A---GA-TGTTT------T-GTGATCG-T--A-----AATAT--GT-ACA-ATGGC-A---TAAAAGCAAGAATT------AATC-AAAT--AACTGTT-------TTT---T---------T-TTA-GA-A-A--G-TT-T--T----CCA--TGT--AA---AAGA------GGAG---------TTCGGCAGGGGA-AAAATC--GGTCTCCTTTTTTA-TTTTCAT--T-----GTTC-TTTT----------------ATGA-TC-T----A-GAAGAGTTCA----TGATTTCAAATGGTG-----CCACTAGA-TTGA-----AT-AGTCT------------------------TT-CGTCA-AAATATG---AGA-----------ATGAT--ATTAAT-A----TGTATTT----GAACC---------TTTTTGTT-TTAC-T-TTATGCAGA-CGtgttga
gi|7 : -T--T----TCAATTGT--AATATCGGA------GTCC---------AACAG---GGGG-AAAATC--TGTCCCCCTTTTTA-T----T----------TTC-ACTT---AA-----------ATTA--T-C----A-A-------------CGATCTTGAA----GATTTTTTGACAGA-AAAA-----AA-TGT-TATTG-A-------TCTTTCTATAATTGAGCAA-TG-TATT---GAAG----------ACGA---ACTT-T-T----TGTATTTTTTGAAA-T---------TATTTATC-CTGT-T-ATATGCTGA-TGATAC
gi|8 : ttttaatttataaacacactatatgttttgaaaggtatataaatcacttatagatagaatatataggaacttctgagtt-GCTT--GTTGA-AATGCA---CTAG-A-------AAAAAA-----TATTT-TGC--GCTTTCGTAGAC-TT-CC---AAAAGACTTTCGATA---G-GGTGTGGTG-GATT-GGTCTCTG-GA-------AT---ATA-GTTTTGATGAGCAA------T-CT-TGA-TG----GT----A---------------AAT-GC---TT-T--AG----AAT-TTATT-AAC--ATGA-A---T-----AAA----TGTATAAAACC-AAA---ACTTATA-------TTAGA-T---------T-GAA-CA-ATA--T-TT-T--T----TC-----T--GA---CGAATTTACCTGCCAATTGGGAATCCGTCAAGGGG-AAAATT--TGTCCTCTTTTTTA-T----TTCCC-----ATTT-GCTT---GA-----------CTGA-TT-T----AGAA-----TTGT-TTTGATagttattatgtctgaaaaatgttactgatttaacaatatgctctgggtaatttttccatttactgtaatatcagtggagacttaaggttaatgtaaataaaacataaattcttgtgtttttaaagggcccgacacctaaaaatacattcaaatacaacgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgctttgcaaaaggaccggaccttgaaaagataatac
gi|9 : agacgaatcactggctgtttattcctctcttatcacatcttaataaatcaaataatcaattagcaatgatagattaaacgaagtagtattaatttcaagttacgagggtggtagttgagagaatttttcaactaacggtcatattttttcgtttaatattttaaaat-A---G--AAAAAAT-----TATAT-TGC--GCTTTTATAGATGTT-CA---AACAGGCGTTTGACA---CTGGTATGGAA-A-AT-GGT--CTATGGGACAAAAATCAAAAA-TT-TTGAACAGTGG------A-AT--AG-AT----GG----A---AACTGTTT----TA----GATTTATGAAA----AATAT--GT-ACA-AAGGT-A---T-----TAA------------ATC-AAG---GATA-----------CAAA-TAGGAGAACAT-GTATCACA-A--T-T--T--T----CCA--TGTGCAA---TGTC------GGTT---------TAAGACAAGGAG-AAAATT--TATCACCGTTTCTA-TTTTCAT--T-----GTTT-ATT-----A-----------ATGA-CC-TTGA-A-GA-----T--TATTTAA----CAA----GAAAT-CAAATAGA-TG----------GATTTACGT-G-------T---------CCT-ACTAA---ACAAATGCAAA-----------ATGAT--ATGTATGT----TATGTTA----AAA-T---------TTTGTATA-CTCT-T-TTATGCAGA-CGACACaacaaaggatgctgttg
12 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|12 ): CAAGAAAAAGAAACTGTAGTGTGCTTTTATTTATTTCAAAGCACCTTTTGACACAGTAAGGCGTATATAATTTTGGAAAATGTTGTTAAACAATGACATCAAAGGGAAATGCTTCAATATAATTCATATCATGTACAATGAGAGTAAATCTAGCTTTAAAAACAAACACAGCGAGGTTTTCCTTGCCAAATTGGGGTTCGTCAGGGGAAACATTTATCCCCCTTCTTATTTGTAATGTTTTTGAATGATTTGGATGGTTTTCTGTTTGAATGAAATATCATTGGATTAACGAGTATTACTAAAGAAATGGAATCAAAGCTTATTGTATTTCAAAAATCATTTCTTTAATGCAAGTGACACCGT
Unaligned ( gi|14 ): TTGTACAACTGATAAGTGTATTTGTGCTTGATTCTAAGTAAGTATGAATGAGCACAAAAACATTGTTGTGCTGACCTGTAGATTTTAAAGAGGCTTATGCCTTTTGAGAAATGCCCCCAGGGACCAAAATTTAAACTGTGGAATAAATGAAAATATTTAGATTATATTTTAAAAATTCATACAATGGTAAAAATCAAAGAAACGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ATCAGAATTTTTCATGTGCAGTATTGGTTTAAGTCAAAAGGAAAATTGCCTGTCGATGACCTTGAAGATTATTTAACAAGAAATCAAATATATTGATTTACGTGTCGTACCAAGTCAATGCAAGATGATATGTTTGTTATGTTAAAACTTTGTATTCCTTTCGATGCAGCTGATAATG
Unaligned ( gi|16 ): CTATAGCTAAACTATCTACTTCAATCTTGAATGAACGATCTAATGATTATGCAAACAGAGTCCAATGAATTATGGAAAATCAAGCTGGATTTTGCACACATTATTTTTCTTTCACATACTGATAAAAATGTTTGAAAATTATACTGCATGT
Unaligned ( gi|17 ): TGTTCAAACCTTTGGGCATGTCATGTTGGCATGAGACAGGGTGAACACCTTTCACCATTTCTTTTTGCACTATCCTTAAATAATTTTGAAGAATTCCTTTTTTACACATGCAACCAAACAGGTAAACTTATAAAACAAAGGCGA
Unaligned ( gi|19 ): CTAACACAATTTTCGAAACTGGTGTGCGTCCTTCCTAGTGGACCTGTGGTGATGTAATTTATGTGTAACCCCCCCCCCCCGGGCCAAAAATGACCCTGAACCCTACCCCTTATTATTATAGACCCATTGCTTGTA
Unaligned ( gi|20 ): TATGTAAGAGATGGTTCTATTTGTTCGGATTTTTGTTAACTTCAAATACCGGAGTCAGACAGGGTGAAAACCTATCACCACTTTTGTTTTCCATATCTCTCAATGATCTGGTTGATT
Unaligned ( gi|22 ): CTGAAAACGCTACTGATTTACAATATGCTTTAGATAATTTTTCCATCAGTGGAGCTTAAAAAAAAGTGTTTTCAAAGAGCTTGGTACCTAAAAATACATTCAAATACAAT
Unaligned ( gi|25 ): CATACTTATTTTACAATTCTTGTGTCAGACACTAATTACTAATAAAAAAAAACCCAAACTTTTTTGTGCTTTTATTGACTTCAAAC
Unaligned ( gi|26 ): ATATACTTATTTTACAATTCTTGTCTCAAACATTTTAAATTAGTTATAGGGAGAAACTTTTATGTGTTTTTATTGACTTCAAAC
Unaligned ( gi|27 ): ACTTCATATTGGAGTTAGATATGGTGAAAATTTATCACCACTTTTGTTTTCCATATTTCTTAACGATCTGGTTAATGT
Unaligned ( gi|28 ): CAAAGTCGATTTAAGACAAGGAGAAAATTTATCACCGTT
Alignments
lowQualScore : 222 1 1111 2 111 1 1 1 1 1 1 1111 1 1 1 111 11 11 11 1111 1111 111111 1 22222222222 222222222 1 111 111111 222222222222 1111 1111111111 11 1111 111 11 11 11 111111111111 222 111111 222222 1111111 111111 11 2222222 11111111111111 11111111 1111111111111111111111111 111111 44444444444444444444444444 111 1111111 1111 1111111 1111 111111 111111111 4444444444444444444444444444444444444444444 2222 11111 1111111111 444444444444444444444444444444444444444 111 33333333333 222222222222 1111 22222222222
lowQualScore : 333 0 7777 2 0 777 5 0 0 5 0 0 2222 0 0 0 0 0 777 7 33 11 8 11 99 7777 8 7777 6 8 3 777777 1 77777777777 5 5 444444444 5 5 5 77 1 1 000 9 5 0 555555 5 22 777 1 222222222222 66 4 66 8 8 3 5 0000 6666666666 5 55 0 0 1111 5 55 6 6 555 77 5 9999 22 8 3 5 6 55 6 88 3 11 77 0 444444444444 111 5 000000 55 000000 5555555 2 4 55 3 1 4 888888 2 1 555555 8 0 3 00 7 7777777 666 3 3 66666666666666 3 7777 00000000 6666666666666666666666666 111111 3 4 0 99999999999999999999999999 4 666 4 7777777 4 4 2 0 3333 4 8 8 4 7777777 55 7777 55 55 1111 555555 444444444 0 3 88 1 2 1 55 0000000000000000000000000000000000000000000 3 4 3333 4 00000 1 44 9999999999 5 111111111111111111111111111111111111111 5 77 1 111 88888888888 1 99 555555555555 4444 66666666666 6 6 77 6
lowQualScore : ... . .... . . ... . . . . . . .... . . . . . ... . .. .. . .. .. .... . .... . . . ...... . ........... . . ......... . . . .. . . ... . . . ...... . .. ... . ............ .. . .. . . . . .... .......... . .. . . .... . .. . . ... .. . .... .. . . . . .. . .. . .. .. . ............ ... . ...... .. ...... ....... . . .. . . . ...... . . ...... . . . .. . ....... ... . . .............. . .... ........ ......................... ...... . . . .......................... . ... . ....... . . . . .... . . . . ....... .. .... .. .. .... ...... ......... . . .. . . . .. ........................................... . . .... . ..... . .. .......... . ....................................... . .. . ... ........... . .. ............ .... ........... . . .. .
lowQualScore : 333 0 8888 5 0 555 5 0 0 5 0 0 0000 0 0 2 2 0 555 0 22 00 0 00 44 0000 0 0000 0 0 7 333333 4 11111111111 7 7 777777777 7 7 7 99 4 0 000 6 0 2 444444 0 00 888 1 888888888888 11 4 11 9 9 5 0 1111 6666666666 0 44 8 1 8888 7 99 6 6 777 99 7 4444 99 4 6 7 7 88 7 88 2 66 44 6 444444444444 444 7 666666 88 111111 6666666 3 0 55 8 2 0 111111 3 2 666666 0 7 6 77 9 7777777 444 6 1 44444444444444 3 1111 00000000 8888888888888888888888888 000000 6 0 3 66666666666666666666666666 0 555 0 0000000 8 0 3 7 9999 0 0 0 0 9999999 00 7777 00 00 0000 555555 555555555 3 6 66 0 0 0 77 4444444444444444444444444444444444444444444 6 0 5555 0 00000 8 11 4444444444 3 999999999999999999999999999999999999999 7 44 7 777 33333333333 0 22 000000000000 2222 88888888888 7 7 77 7
consensus : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATCTTTCAGGTGAGGA-CGGG-ATAATAAATGA-GT-AC-GTTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-ACCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TNAAA---ACAAAGGGGAGCAAC-CCG---A--C-CCCAAAAANT---ATAGACC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACT--NTTTA---CG-----T-CAATNTTAAATA-CAAGA-T-TAATNAATTTNT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGTAA-AA-TCAGGCTGG-T-TTC-GGAAAAGGTTATTCCGTCGC-GGACAATATTTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---G--AAAAAAA-----TGTAT-TGC--GCNTTTATAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTCGATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCGATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----T------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---CGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACC--TNTCGCCCTTNCTA-T----TT----T-----ATTC-GTTT---G--A-----------ATGA-CT-T----A-AA-----TCATATTTGATCTCNAA----G-----CTAATAGA-TGTA-----AA-------GGTCTNTCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----------ANGAT--ATTTGT-TTG-----TATCT----AAA-T---------TTTTTATA-TTAT-T-NTATGCAGA-CGACAC
Reference ( family-985 ) : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAA-CGAACA---AATCTTTCAGGTGAGGA-CGGG-ATAATAAATGA-GT-AC-GTTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-ACCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TNAAA---ACAAAGGGGAGCAAC-CCG---A--C-CCCAAAANNT---ATAGACC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACT--NTTTA---CG-----T-CAATNTTAAATA-CAAGA-T-TAATNAATTTNT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGTAA-AA-TCAGGCTGG-T-TTC-GGAAAAGGTTATTCCGTTGC-GGACAATATTTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---G--AAAAAAA-----TGTAT-TGC--GTATTTATAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTCGATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCGATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----T------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---CGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACC--TNTCGCCCTTNCTA-T----NT----T-----ATTC-GTTT---G--A-----------ATGA-CT-T----A-AA-----TCATATTTGATCTCNAA----G-----CTAATAGA-TGTA-----AA-------GGTCTATCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----------ANGAT--ATTNGT-TTG-----TATCT----AAA-T---------TTTTTATA-TTAT-T-NTATGCAGA-CGACAC
gi|1 : TTTGTCT---CGAAACGC--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATATTTCAGGTGAGGA-CGGG-ATAATAAA-GA-GTGACAGT--A-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TAACA--CCTTATTCAA----TTTT-AAA----TTTGAAT-ACTGGGT-T---AATGACCTG-----------AACA-CTGG-CTCTC--------AGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TAAAA---ACAAAGGGAA-CAAC-CCG---AT-C-CCCAAAAAAT---ACA-ATC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACA--TTTTA---CG-----TTCAA-ATTAA-TA-CAAGA-T-TAATTAATTT-T---CTGA--T-GAATT--TTCTA--AATTATGTAA-AA-TCAGGCTG--T-TTT-AGAAAAGGTTATTCTGTTGTTGGACAATATTTT-TGT-CTGGCA-GCTT-AGT-AG-AAT-TA---CTAG-A---GCTAAAAAAA-----TGTAT-TGC--GTATCTAAAGAT-TTTCG---AAAAAGCCTTTGATA---A-ATTATGGAG-AGAT-GGG-TCTGTGG-------AT---AA--TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCAA-TT-T--AG----AAT-T--T-T-ACCGAAGGATA---T-----CAA-----------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TACT--T----CCA--TGT--AA---TGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAACCG--TCTCGCCCTTACTA-TTG--TT----T-----ATTC-TATT---G--A-----------ATGA-CT-TA---A-AA-----TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATTAA-TGTA-----AA-------GGACCTTCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----------AGGAT--ATTTGT---------TATCT----AGA-T---------GTTTTATA-TTAT-TATTATGCAGA-TGACAC
gi|10 : gtAT-GGT--CTGTGGTA-----AT---AAAATTGTTGATAAATAA------TG--AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AATAGCAATTT----AG----A---T--T-T-ACC-AGGAG-AGT-T-----CAA----T------CATC-AAGTTTAAT-TGATAGTATAGTTTGAATAGCAGGCT-T-GTA-CATG-A--T-TA-T--TTTATCCA--TGT--AA---TGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGA-AAAACCCTTCTCGCCCTTACTATT----GT----T-----ATAT-GTTT---G--ATATATTGATGGATGA-CTGT----A-AA-----TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATATATTGTAGTCAGAG-------GACCTTTGA-GTCATGTTT-ATT-AGTGATTGACA-A---GAAATCTGACGAGTAGGATTCATT-GT-TTGGCGTATATCT----AAG-TATCGTGTGCTTTTTATATTTATCT-ATATGCACA-tg
gi|11 : taataagtgattgaTAACGTTTGTCTGGCCGAA-C-TCGTAAGGAATATAAAAACGAATATTTGATCTT-CAGGTGAGGAACGGGGATAATAAATGAGGT-AC-ATTAAGACACTTCATTAATCTTCATGGCTTATAG-CA--ATACGATTA-CGACCCT-ATTCAAAGTCCTTAGATATCCTTTTGGATAACTGGAT-TTGAAAT-ACATGGAGGTTGATGTAACATATGGTCTCTCATTTGTCGAGGTAATTATTCATTC-CAGGTTCTA-TTAAATATACAAAGGGGAACAACACCGTATG--CGCGCAAAATTTTGAAGAGACTCAGATTTTTTCGAATCACCTGATGTAATT-A-GCTGTGTAG-GGAAACCAATTTTATCCTGTCTTCT-CAAATTTAAATAGCAAcctagatgatcgacac
gi|12 : AG-A---A--AAAGAAAC----TGTAG-TGT--GCTTTTATTTAT-TT-CA---AAGCACCTTTTGACA---C-AGTAAGGCGTATAT-AAT-TTTG--G-------A----AAA-T-GTTGTTAAACAA------TGACAT-CAA-AG----GG--------AAATGCTT---------CAA----T--AT----AAT-T--CAT-ATC-ATGTA-----------CAA----T------GA---GAGTA-AATCTAGC-------TTTAA-AAACAAA---C-ACAGCG-A-G--G-TT-T--T----CCT--TGC-------CAAATT----GGGG---------TTCGTCAGGGGA-AACATT--TATCCCCCTTCTTA-T----TTGTAAT-----GTT---TTT---G--A-----------ATGA-TT-T----G-GA-----T
gi|13 : caTATTGATAGCTAAAACCTGT---AT-CAACAG----GGTAATA---AGATGTTT----AAT-GAAAATTAT--AG----ATT-T--T-TTACC-AAGAA-AAAAT-----AAA-----------AATCGAAG---AAT-TGTT-------TTGGG-TAGCAGG---TCGTA-CA-A-AAATATACT--T----CCA--TGT--AAA--TGAA------GGCT---------TACGGCAAGGGGAAAAACC--TCTCGCCC-TACT--T----TT----T-----CTTC-ATTTTCGG--A-----------ATGATCT-TTTAGA-AT-----TCACATggttttctgtttgaatgaaatatcattggattaacgagtattactaaagaaatggaatcaaagcttattgtatttcaaaaatcatttctttaatgcaagtgacaccgt
gi|16 : -TA--T-A-GCT---------AAACT--ATCTA---CT-----T-CAATCTTGAATG-AACGA-TCTAATGA--TTATG--CAAA--CAGAGTC----CAATGAATTATGGAA-AA-TCAAGCTGGAT-TTT-Gaa
gi|18 : cTATG--TA-TA--CCA-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGA-T-ACCGGTG-T---CAT-ACCAG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------TGGTAA-TG-TCATTC-C--GATCTACTTAAA---ACAAAGGGGAGTAAT-CGG---A--C-CCCAATATGT---ATAGACC------------AACCACC--AT-TA--T-A-cacacattatttttctttcacatactgataaaaatgtttgaaaattatactgcatgt
gi|2 : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAA-CGAACA---AATCTTTCAGGTGAGGA-CGGG-ATAATAAA-GA-GT-AC-AGTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACATGATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-A--GGGT-----AATGACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------AGGTAA-TA-TCATTCAC--GATCTA-TAAAA---ACAAAGGGAA-CAAC-CCG---AATC-CCCAAAAAAT---ACA-ATC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAGCGGAAAC---ATTTA---CG-----T-CAA-ATTAAATA-CA-GA-T-TAATTAATTTTT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGTAA-A--TCAGGCTGT-T-TTT-AGAAAAGGTTATTCTGTTGT-GGACAATATTTT--GT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---GCTAAAAACA-----TGTAT-TGC--GTATCTAAAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTTGATA---A-AGTATGGAG-AGA--GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---ATCCAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCAATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----C------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---TGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACCG-TCTCGCCCTTACTA-T----GT----T-----ATTC-ATTT---G--A-----------ATGA-CT-T----A-AA-----TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATA-A-TGTA-----AA-------GGCCTATCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----------AGGAT--ATTGGT-TTT-----TATCT----AGA-T---------GTTTTATA-TTAT-T-ATATGCAGATTGACAC
gi|21 : AAAAAA-----TGTAT-TGC--GTATTAATATAC-CT-CG---AGAAAGCCTTTGATA---A-AGTATGGAG-AGAT-GA--TCTGTGGA------AT---AAA-TTGTTTATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-G
gi|23 : GAGAGCAAT-CTG---G--T-CCCAAAAACT---ATAGACT------------AATCACC--AT-TA--TTA-GTTGTGTTG-AGAAGCT--TTTTA---CA-----C-CAA-------------GA-T---AT--ATTCCT---CTGG--T-GAATT--CTCTAT-AA-TATATAA-
gi|24 : CCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-T--GATCTA-TAAAA---CCAAAGGGGAACAAC-CCG---A--T-CCAAAAAATT---ACAGACC------------AATCACC--A
gi|3 : GAA-C-C--TAA--------AAA-CGAACA---AATCTT-CAGGTGAAAG-TGGA-CTGCTAAATGA-TT-AT-GTCAA-ACAT-TCAATAAATTCCGT-GT---TAGGCAT-ATATG--TA-TA--CCA-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGATT-TCGGGGT-T----AT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------TGGTAA-TG-TCATTT-C--GATCTATTTAAA---ACAAAGGGGAGTAAT-CGG---A--C-CCCAAAATGT---ATAGACC------------AACCACC--AT-TA--TAA-GTTGGGTTG-GGAAACT--TTTTA---CA-----T-CAATCTTAAATA-CAAGA-T-TAAACAATTTCT---CTGA--T-AAATT--TTCTAT-AA-AATGTAA-AACTCAGGCTGG-TATTA-AAAAAAGGTTATTCTGTTGG-TAATAATATTTT-TGTCCTG-CACGTTTTA-TTGG-AAT-TAGAGCTAA-AAAGG--AAAAAAAAAATGTATAT-TGT--GTATTTATAGGT-TT-TGATCAGAAAGCCTTTGATA---A-ATTATGGAG-AGAT-GGT-T-TGCGGA------AT---AAA-TTGCTGATAAATA---------------AA-AG----GA----A---AAATCTTT----ATT-GTAATTT-T--TA----TAT-T--C-T-ACC-AAGG---------------------------------------T-TGTT-------TTT-A-TAGTAGA---T-GTT-CA-A-A--C-TA-TTCT----CCA--TGT--AA---TGAA------GGTC---------TAAGACAATGAG-AAAACC--TCTTGCAATTACTC-T----CT----TC----ATTCTATTT---G--A-----------ATGA-TT-TG---G-AA-----TCATATTTGATCT--------------CTAATAAA--GTA-----AAG------GGTCTATCATT-------T-ATT-AGTGA-TGACAT
gi|4 : ttgtgaaacagcgaattaaATTTT-TGT-CTC-AA-ACATT--TTAA-AAT-TA---GCAGTA---G--AAAGAAA-----CTTTTCTGT--GCTCTTATTGAC-TT-TA---AACAAGCATTCCATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGTCTCTG-GT-------AT---AAA-CTGTAAATAAAGAA------T-----------G----G-----------ATGGCC----AAT-GCT-TTT-T--AA----AAT-T--A-T-A
gi|5 : atatacttgttttacaGGTAT---GAT-TCCTT-----------CACA-GTGG-ACTTG--------GGGTAA-CA-TAATTC-C--ACTGTA-CAAAA---ATAAAGGTGATGACT-CTG---A--C-CCTCAAAATT---ATAGGCC------------TATTACT--TT-GA--T-AAGCTGTTTAG-GTAAACT--ATTTA---CT-----T-CAATTCTGAATT-AAAGACT-TAATGAATATGTAAATCGAGTT-GAATTGATTCT--------TG-AA-AA-TCAAGCTGGAT-TTC-GCAAGA-ATT-TTTCAACACAAGACCATATTTTCTCA-CTA-CATACTCT-GATAGAAAT-TT---TTA---------AAAAA-----------------------CACCAAT-TT--G---AAAAGGCATTCG-TACCTC-AGTTTGGCGTAGATAGGT-CTTTTGGA------AT---AAA-ATATCCATTATTAA------T---A--CAA-AGTATAGG----AAATAAATGTTTTTCAAAG-GTG-TCA-T--AGCAAAAATCT--T-T-AGC-ATGGA-A---TG----TAA----TTA----AATC-AAG---AG--TGTCA------TGTAA-TGGTCAA---T-ATT-CA-G-AC-T-TGTT--T----CCA--TGT--AA---CGTC------GGAG---------TTAGACAAGGGG-AAAACC--TGTCACCTTTTCT--T----TT----TGCAGCAT---ATTT---G--A-----------ATGA-tacgaaatatgtataagggtataaaatcacttataaagatgaataataaaacctctgagttttttagttgcaatgtcggggtctgagtcaagggggaaatgtgttcccttttttattttcacttttattaatgttcttgaagatttttttataggggaaaaaatgtccttggtcttcctacaattgaacaatgtatcgaaggtgaactttttgtatttttgaaattatttaacctgctatatgctgatgatacagttaatatgtctgacaatgctactgatttataatgttaatgtcaatgtaaataaaataaagatacttgtgttttcaacgggtctggcacctaaaaatacattcaaacacaccgatgatgtaattgaaactgttaaagacttagtataatcttttcaaagtccgggtccttttgaaaagcaaag
gi|6 : tgatccaagtttctt---ATAGACC------------AATTACT--AT-CC--T-AAGTTGTCTCG-ACAAATT--ATTCT---CT-----T-CCATTCTCAATAGTATAA-T-CAATGAATATGT----TGA--T-GCAGC--T-CAATTAATTCT-CAATAA-TTAAGCCGG-T-TTCCGGAAAAAAT-ATTCCTCAAC-GGACCATATTTT-TA----------CTTAACATAA-AAT--A---CTGT-A---G--AAAAAC------TTTAT-TACATGTATTTATTGAT-TT-TG---AAA-GGCTTTTGATT---C-TGTTTATAA-AAA--------------------AT---AA--TT-TTGAAAAGTAA------T---AT-TAA-TG----GG----A---GA-TGTTT------T-GTGATCG-T--A-----AATAT--G-T-ACA-ATGGC-A---TAAAAGCAAGAATT------AATC-AAAT--AAC-TGTT-------TTT---T---------T-TTA-GA-A-A--G-TT-T--T----CCA--TGT--AA---AAGA------GGAG---------TTCGGCAGGGGA-AAAATC--GGTCTCCTTTTTTA-TTTTCAT----T-----GTTC-TTTT------------------ATGA-TC-T----A-GAAGAGTTCA----TGATTTCAAATGGTG-----CCACTAGA-TTGA-----AT-------AGTCT----------------TT-CGTCA-AAATATG---AGA-----------ATGAT--ATTAAT-ATG-----TATTT----GAACC---------TTTTTGTT-TTAC-T-TTATGCAGA-CGtgttga
gi|7 : -T--T----TCAATTGT--AATATCGGA------GTCC---------AACAG---GGGG-AAAATC--TGTCCCCCTTTTTA-T----TT----T--------C--------------------------A-CT-T----A-AA-----TTATCAACGATCTTGAA----GATTTTTTGACAGA-AAAA-----AATGTTATTGATCTTTCT-A-------TAATTGAGCAA-TG-TATT---GAAG----------ACGA---ACTT-T-TTG-----TATTTTTTGAAA-T---------TATTTATC-CTGT-T-ATATGCTGA-TGATAC
gi|8 : ttttaatttataaacacactatatgttttgaaaggtatataaatcacttatagatagaatatataggaacttctgagtt-GCTT--GTTGA-AATGCA---CTAG-A-------AAAAAA-----TATTT-TGC--GCTTTCGTAGAC-TT-CC---AAAAGACTTTCGATA---G-GGTGTGGTG-GATT-GGTCTCTG-GA-------AT---ATA-GTTTTGATGAGCAA------T---CT-TGA-TG----GT----A---------------AAT-GC---TT-T--AG----AAT-TTAT-T-AAC--ATGA-A---T-----AAA----TGTATAAAACC-AAA---ACT-TATA-------TTAGA-T---------T-GAA-CA-ATA--T-TT-T--T----TC-----T--GA---CGAATTTACCTGCCAATTGGGAATCCGTCAAGGGG-AAAATT--TGTCCTCTTTTTTA-T----TTCC--C-----ATTT-GCTT---G--A-----------CTGA-TT-T----AGAA-----TTGT-TTTGATAACAAA----G-----agttattatgtctgaaaaatgttactgatttaacaatatgctctgggtaatttttccatttactgtaatatcagtggagacttaaggttaatgtaaataaaacataaattcttgtgtttttaaagggcccgacacctaaaaatacattcaaatacaacgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgctttgcaaaaggaccggaccttgaaaagataatac
gi|9 : agacgaatcactggctgtttattcctctcttatcacatcttaataaatcaaataatcaattagcaatgatagattaaacgaagtagtattaatttcaagttacgagggtggtagttgagagaatttttcaactaacggtcatattttttcgtttaatattttaaaat-A---G--AAAAAAT-----TATAT-TGC--GCTTTTATAGATGTT-CA---AACAGGCGTTTGACA---CTGGTATGGAA-A-AT-GGT--CTATGGGACAAAAATCAAAAA-TT-TTGAACAGTGG------A---AT--AG-AT----GG----A---AACTGTTT----TA----GATTTATGAAA----AATAT--G-T-ACA-AAGGT-A---T-----TAA------------ATC-AAG---GAT-A-----------CAAA-TAGGAGAACAT-GTATCACA-A--T-T--T--T----CCA--TGTGCAA---TGTC------GGTT---------TAAGACAAGGAG-AAAATT--TATCACCGTTTCTA-T----TT----TC----ATT--GTTT---ATTA-----------ATGA-CC-TTGA-A-GA-----T--TATTTAACAAGAAA----T-----CAAATAGA-TG----------------GATTTACGT-G-------T-CCT-ACTAA---ACAAATGCAAA-----------ATGAT--ATGTATGTTA-----TGTTA----AAA-T---------TTTGTATA-CTCT-T-TTATGCAGA-CGACACgatgctgttg
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTGTACAACTGATAAGTGTATTTGTGCTTGATTCTAAGTAAGTATGAATGAGCACAAAAACATTGTTGTGCTGACCTGTAGATTTTAAAGAGGCTTATGCCTTTTGAGAAATGCCCCCAGGGACCAAAATTTAAACTGTGGAATAAATGAAAATATTTAGATTATATTTTAAAAATTCATACAATGGTAAAAATCAAAGAAACGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ATCAGAATTTTTCATGTGCAGTATTGGTTTAAGTCAAAAGGAAAATTGCCTGTCGATGACCTTGAAGATTATTTAACAAGAAATCAAATATATTGATTTACGTGTCGTACCAAGTCAATGCAAGATGATATGTTTGTTATGTTAAAACTTTGTATTCCTTTCGATGCAGCTGATAATG
Unaligned ( gi|17 ): TGTTCAAACCTTTGGGCATGTCATGTTGGCATGAGACAGGGTGAACACCTTTCACCATTTCTTTTTGCACTATCCTTAAATAATTTTGAAGAATTCCTTTTTTACACATGCAACCAAACAGGTAAACTTATAAAACAAAGGCGA
Unaligned ( gi|19 ): CTAACACAATTTTCGAAACTGGTGTGCGTCCTTCCTAGTGGACCTGTGGTGATGTAATTTATGTGTAACCCCCCCCCCCCGGGCCAAAAATGACCCTGAACCCTACCCCTTATTATTATAGACCCATTGCTTGTA
Unaligned ( gi|20 ): TATGTAAGAGATGGTTCTATTTGTTCGGATTTTTGTTAACTTCAAATACCGGAGTCAGACAGGGTGAAAACCTATCACCACTTTTGTTTTCCATATCTCTCAATGATCTGGTTGATT
Unaligned ( gi|22 ): CTGAAAACGCTACTGATTTACAATATGCTTTAGATAATTTTTCCATCAGTGGAGCTTAAAAAAAAGTGTTTTCAAAGAGCTTGGTACCTAAAAATACATTCAAATACAAT
Unaligned ( gi|25 ): CATACTTATTTTACAATTCTTGTGTCAGACACTAATTACTAATAAAAAAAAACCCAAACTTTTTTGTGCTTTTATTGACTTCAAAC
Unaligned ( gi|26 ): ATATACTTATTTTACAATTCTTGTCTCAAACATTTTAAATTAGTTATAGGGAGAAACTTTTATGTGTTTTTATTGACTTCAAAC
Unaligned ( gi|27 ): ACTTCATATTGGAGTTAGATATGGTGAAAATTTATCACCACTTTTGTTTTCCATATTTCTTAACGATCTGGTTAATGT
Unaligned ( gi|28 ): CAAAGTCGATTTAAGACAAGGAGAAAATTTATCACCGTT
Alignments
lowQualScore : 111 333333 111 1 1 1 1 1 1111 1 1 1 111 11 11 11 1111 1111 111111 1 22222222222 222222222 1 111 111111 222222222222 11 1111 1111111111 11 1 111 11 11 222 11 11111 222 111111 222222 1111111 111111 11 2222222 11111111111111 11111111 1111111111111111111111111 111111 44444444444444444444444444 111 1111111 1111 1111111 1111 111111 111111111 333333333333333333333333333333333333333333333 33333333333333 2222222222 4444444444444444444444444444444444444 111 33333333333333333333333333 222222222222222222 11
lowQualScore : 777 444444 2 3 777 3 3 0 0 5 0 0 2222 0 0 0 0 0 777 7 33 11 8 11 99 7777 8 7777 6 8 3 777777 1 77777777777 5 5 444444444 5 5 5 77 1 1 000 9 5 0 555555 5 11 777 1 222222222222 66 4 00 4 8 3 5 0000 6666666666 5 22 0 0 0 3 5 55 6 6 555 77 5 9999 22 8 3 5 6 55 6 88 3 11 3 555 0 6 00 22222 111 5 000000 55 000000 5555555 2 4 55 1 1 4 888888 2 1 555555 8 0 3 00 7 7777777 666 3 3 66666666666666 3 7777 00000000 6666666666666666666666666 111111 3 4 0 99999999999999999999999999 4 666 4 7777777 4 4 2 0 3333 4 8 8 4 7777777 55 7777 55 55 1111 555555 444444444 0 3 88 1 2 1 2 777777777777777777777777777777777777777777777 3 4 22222222222222 2 0 55 2222222222 3 1111111111111111111111111111111111111 5 5 88 0 000 99999 11111111111111111111111111 555555555555555555 00 99999 5
lowQualScore : ... ...... . . ... . . . . . . . .... . . . . . ... . .. .. . .. .. .... . .... . . . ...... . ........... . . ......... . . . .. . . ... . . . ...... . .. ... . ............ .. . .. . . . . .... .......... . .. . . . . . .. . . ... .. . .... .. . . . . .. . .. . .. . ... . . .. ..... ... . ...... .. ...... ....... . . .. . . . ...... . . ...... . . . .. . ....... ... . . .............. . .... ........ ......................... ...... . . . .......................... . ... . ....... . . . . .... . . . . ....... .. .... .. .. .... ...... ......... . . .. . . . . ............................................. . . .............. . . .. .......... . ..................................... . . .. . ... ..... .......................... .................. .. ..... .
lowQualScore : 555 222222 5 2 555 2 2 0 0 5 0 0 0000 0 0 2 2 0 555 0 22 00 0 00 44 0000 0 0000 0 0 7 333333 4 11111111111 7 7 777777777 7 7 7 99 4 0 000 6 0 2 444444 0 88 888 1 888888888888 11 4 66 4 9 5 0 1111 6666666666 0 22 8 1 0 4 7 99 6 6 777 99 7 4444 99 4 6 7 7 88 7 88 2 66 2 444 6 7 22 44444 444 7 666666 88 111111 6666666 3 0 55 0 2 0 111111 3 2 666666 0 7 6 77 9 7777777 444 6 1 44444444444444 3 1111 00000000 8888888888888888888888888 000000 6 0 3 66666666666666666666666666 0 555 0 0000000 8 0 3 7 9999 0 0 0 0 9999999 00 7777 00 00 0000 555555 555555555 3 6 66 0 0 0 1 555555555555555555555555555555555555555555555 6 0 11111111111111 2 1 44 3333333333 4 4444444444444444444444444444444444444 0 0 66 4 000 33333 00000000000000000000000000 444444444444444444 99 00000 7
consensus : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAATGA-GT-AC-GTTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-ACCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TNAAA---ACAAAGGGGAGCAAC-CCG---A--C-CCCAAAAANT---ATAGACC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACT--NTTTA---CG-----T-CAATNTTAAATA-CAAGA-T-TAATNAATTTNT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGTAA-AA-TCAGGCTGG-T-TTC-GGAAAAGGTTATTCCGTCG-C-GGACAATATTTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---G--AAAAAAA-----TGTAT-TGC--GCNTTTATAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTCGATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCGATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----T------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---CGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACC--TNTCGCCCTTNCTAT--T----T----T-----ATTC-GTTT---G--A-----------ATGA-CT-T----A-AA------TCATATTTGATCTCNAA----G-----CTAATAGA-TGTA-----AA-------GGTCTNTCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-A--CGAT-------AT---TTGT-TTG-----TATCT----AAA-T---------TTTTTATA-TTAT-T-NTATGCAGA-CGACAC
Reference ( family-985 ) : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAATGA-GT-AC-GTTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-ACCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TNAAA---ACAAAGGGGAGCAAC-CCG---A--C-CCCAAAAANT---ATAGACC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACT--NTTTA---CG-----T-CAATNTTAAATA-CAAGA-T-TAATNAATTTNT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGTAA-AA-TCAGGCTGG-T-TTC-GGAAAAGGTTATTCCGTCG-C-GGACAATATTTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---G--AAAAAAA-----TGTAT-TGC--GCNTTTATAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTCGATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCGATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----T------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---CGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACC--TNTCGCCCTTNCTAT--T----T----T-----ATTC-GTTT---G--A-----------ATGA-CT-T----A-AA------TCATATTTGATCTCNAA----G-----CTAATAGA-TGTA-----AA-------GGTCTNTCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-A--NGAT-------AT---TTGT-TTG-----TATCT----AAA-T---------TTTTTATA-TTAT-T-NTATGCAGA-CGACAC
gi|1 : TTTGTCT---CGAAACGC--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATATTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAA-GA-GTGACAGT--A-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TAACA--CCTTATTCAA----TTTT-AAA----TTTGAAT-ACTGGGT-T---AATGACCTG-----------AACA-CTGG-CTCTC--------AGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TAAAA---ACAAAGGGAA-CAAC-CCG---AT-C-CCCAAAAAAT---ACA-ATC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACA--TTTTA---CG-----TTCAA-ATTAA-TA-CAAGA-T-TAATTAATTT-T---CTGA--T-GAATT--TTCTA--AATTATGTAA-AA-TCAGGCTG--T-TTT-AGAAAAGGTTATTCTGTTG-TTGGACAATATTTT-TGT-CTGGCA-GCTT-AGT-AG-AAT-TA---CTAG-A---GCTAAAAAAA-----TGTAT-TGC--GTATCTAAAGAT-TTTCG---AAAAAGCCTTTGATA---A-ATTATGGAG-AGAT-GGG-TCTGTGG-------AT---AA--TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCAA-TT-T--AG----AAT-T--T-T-ACCGAAGGATA---T-----CAA-----------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TACT--T----CCA--TGT--AA---TGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAACCG--TCTCGCCCTTACTATTGT----T----T-----ATTC-TATT---G--A-----------ATGA-CT-TA---A-AA------TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATTAA-TGTA-----AA-------GGACCTTCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-A--GGAT-------AT---TTGT---------TATCT----AGA-T---------GTTTTATA-TTAT-TATTATGCAGA-TGACAC
gi|10 : gtAT-GGT--CTGTGGTA-----AT---AAAATTGTTGATAAATAA------TG--AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AATAGCAATTT----AG----A---T--T-T-ACC-AGGAG-AGT-T-----CAA----T------CATC-AAGTTTAAT-TGATAGTATAGTTTGAATAGCAGGCT-T-GTA-CATG-A--T-TA-T--TTTATCCA--TGT--AA---TGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGA-AAAACCCTTCTCGCCCTTACTAT--TG---T----T-----ATAT-GTTT---G--ATATATTGATGGATGA-CTGT----A-AA------TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATATATTGTAGTCAGAG-------GACCTTTGA-GTCATGTTT-ATT-AGTGATTGACA-A---GAA-ATCTGACGAGTAGGATTCATTGT-TTGGCGTATATCT----AAG-TATCGTGTGCTTTTTATATTTATCT-ATATGCACA-tg
gi|11 : taataagtgattgaTAACGTTTGTCTGGCCGAA-C-TCGTAAGGAATATAAAAACGAATATTTGATC-TTCAGGTGAGGAACGGGGATAATAAATGAGGT-AC-ATTAAGACACTTCATTAATCTTCATGGCTTATAG-CA--ATACGATTA-CGACCCT-ATTCAAAGTCCTTAGATATCCTTTTGGATAACTGGAT-TTGAAAT-ACATGGAGGTTGATGTAACATATGGTCTCTCATTTGTCGAGGTAATTATTCATTC-CAGGTTCTA-TTAAATATACAAAGGGGAACAACACCGTATG--CGCGCAAAATTTTGAAGAGACTCAGATTTTTTCGAATCACCTGATGTAATT-A-GCTGTGTAG-GGAAACCAATTTTATCCTGTCTTCT-CAAATTTAAATAGCAAcctagatgatcgacac
gi|12 : AG-A---A--AAAGAAAC----TGTAG-TGT--GCTTTTATTTAT-TT-CA---AAGCACCTTTTGACA---C-AGTAAGGCGTATAT-AAT-TTTG--G-------A----AAA-T-GTTGTTAAACAA------TGACAT-CAA-AG----GG--------AAATGCTT---------CAA----T--AT----AAT-T--CAT-ATC-ATGTA-----------CAA----T------GA---GAGTA-AATCTAGC-------TTTAA-AAACAAA---C-ACAGCG-A-G--G-TT-T--T----CCT--TGC-------CAAATT----GGGG---------TTCGTCAGGGGA-AACATT--TATCCCCCTTCTTAT--T----TGTAAT-----GTT---TTT---G--A-----------ATGA-TT-T----G-GATGGTTTTC-TGTTTGA-ATGAAAT---A-----TCATTGGA-T-TA-----AC-------G-------A-G-------T-ATT-ACTAA-AGAAATG---GAA-T--CAAA-------GC---TTA--TTG-----TATTTCAA-AAA-T---------CATTTCT--TTA------ATGCAAG-TGACAC
gi|13 : caTATTGATAGCTAAAACCTGT---AT-CAACAG----GGTAATA---AGATGTTT----AAT-GAAAATTAT--AG----ATT-T--T-TTACC-AAGAA-AAAAT-----AAA-----------AATCGAAG---AAT-TGTT-------TTGGG-TAGCAGG---TCGTA-CA-A-AAATATACT--T----CCA--TGT--AAA--TGAA------GGCT---------TACGGCAAGGGGAAAAACC--TCTCGCCC-TACT-T--T----T----T-----CTTC-ATTTTCGG--A-----------ATGATCT-TTTAGA-AT------TCACATcgt
gi|16 : -TA--T-A-GCT---------AAACT--ATCTA---CT-----T-CAATCTTGAATG-AACGA-TCTAATGA--TTATG--CAAA--CAGAGTC----CAATGAATTATGGAA-AA-TCAAGCTGGAT-TTT-Gaa
gi|18 : cTATG--TA-TA--CCA-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGA-T-ACCGGTG-T---CAT-ACCAG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------TGGTAA-TG-TCATTC-C--GATCTACTTAAA---ACAAAGGGGAGTAAT-CGG---A--C-CCCAATATGT---ATAGACC------------AACCACC--AT-TA--T-A-cacacattatttttctttcacatactgataaaaatgtttgaaaattatactgcatgt
gi|2 : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAA-CGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAA-GA-GT-AC-AGTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACATGATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-A--GGGT-----AATGACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------AGGTAA-TA-TCATTCAC--GATCTA-TAAAA---ACAAAGGGAA-CAAC-CCG---AATC-CCCAAAAAAT---ACA-ATC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAGCGGAAAC---ATTTA---CG-----T-CAA-ATTAAATA-CA-GA-T-TAATTAATTTTT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGT-A-AA-TCAGGCTGT-T-TTT-AGAAAAGGTTATTCTGTTG-T-GGACAATA-TTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---GCTAAAAACA-----TGTAT-TGC--GTATCTAAAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTTGATA---A-AGTATGGAG-AGA--GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---ATCCAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCAATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----C------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---TGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACCG-TCTCGCCCTTACTAT--G----T----T-----ATTC-ATTT---G--A-----------ATGA-CT-T----A-AA------TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATA-A-TGTA-----AA-------GGCCTATCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-A--GGAT-------AT---TGGT-TTT-----TATCT----AGA-T---------GTTTTATA-TTAT-T-ATATGCAGATTGACAC
gi|21 : AAAAAA-----TGTAT-TGC--GTATTAATATAC-CT-CG---AGAAAGCCTTTGATA---A-AGTATGGAG-AGAT-GA--TCTGTGGA------AT---AAA-TTGTTTATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-G
gi|23 : GAGAGCAAT-CTG---G--T-CCCAAAAACT---ATAGACT------------AATCACC--AT-TAT-T-A-GTTGTGTTG-AGAAGCT--TTTTA---CA-----C--------------CAAGA-T---AT--ATTCCT---CTGG--T-GAATT--CTCTAT-AA-TATATAA-
gi|24 : CCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-T--GATCTA-TAAAA---CCAAAGGGGAACAAC-CCG---A--T-CCAAAAAATT---ACAGACC------------AATCACC--A
gi|3 : ---CGAA-T----TAAG-AACCTAAAAACGAACA---AATCTT-CAGGTGAAA-GT-GGACTGCTAAATGA-TT-AT-GTCAA-ACAT-TCAATAAATTCCGT-GT---TAGGCAT-ATATG--TA-TA--CCA-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGATT-TCGGGGT-T----AT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------TGGTAA-TG-TCATTT-C--GATCTATTTAAA---ACAAAGGGGAGTAAT-CGG---A--C-CCCAAAATGT---ATAGACC------------AACCACC--AT-TA--TAA-GTTGGGTTG-GGAAACT--TTTTA---CA-----T-CAATCTTAAATA-CAAGA-T-TAAACAATTTCT---CTGA--T-AAATT--TTCTAT-AA-AATGTAA-AACTCAGGCTGG-TATTA-AAAAAAGGTTATTCTGTTG-G-TAATAATATTTT-TGTCCTG-CACGTTTTA-TTGG-AAT-TAGAGCTAA-AAAGG--AAAAAAAAAATGTATAT-TGT--GTATTTATAGGT-TT-TGATCAGAAAGCCTTTGATA---A-ATTATGGAG-AGAT-GGT-T-TGCGGA------AT---AAA-TTGCTGATAAATA---------------AA-AG----GA----A---AAATCTTT----ATT-GTAATTT-T--TA----TAT-T--C-T-ACC-AAGG---------------------------------------T-TGTT-------TTT-A-TAGTAGA---T-GTT-CA-A-A--C-TA-TTCT----CCA--TGT--AA---TGAA------GGTC---------TAAGACAATGAG-AAAACC--TCTTGCAATTACTCTC-T----T----C-----ATTCTATTT---G--A-----------ATGA-TT-TG---G-AA------TCATATTTGATCT--------------CTAATAAA--GTA-----AAG------GGTCTATCATT-------T-ATT-AGTGA-TGACAT
gi|4 : ttgtgaaacagATTTT-TGT-CTC-AA-ACATT--TTAA-AAT-TA---GCAGTA---G--AAAGAAA-----CTTTTCTGT--GCTCTTATTGAC-TT-TA---AACAAGCATTCCATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGTCTCTG-GT-------AT---AAA-CTGTAAATAAAGAA------T-----------G----G-----------ATGGCC----AAT-GCT-TTT-T--AA----AAT-T--A-T-A
gi|5 : atatacttgttttacaGGTAT---GAT-TCCTT-----------CACA-GTGG-ACTTG--------GGGTAA-CA-TAATTC-C--ACTGTA-CAAAA---ATAAAGGTGATGACT-CTG---A--C-CCTCAAAATT---ATAGGCC------------TATTACT--TT-GA--T-AAGCTGTTTAG-GTAAACT--ATTTA---CT-----T-CAATTCTGAATT-AAAGACT-TAATGAATATGTAAATCGAGTT-GAATTGATTCT--------TG-AA-AA-TCAAGCTGGAT-TTC-GCAAGA-ATT-TTTCAACA-CAAGACCATATTTTCTCA-CTA-CATACTCT-GATAGAAAT-TT---TTA---------AAAAA---------------C--ACC------AAT-TT--G---AAAAGGCATTCG-TACCTC-AGTTTGGCGTAGATAGGT-CTTTTGGA------AT---AAA-ATATCCATTATTAA------T---A--CAA-AGTATAGG----AAATAAATGTTTTTCAAAG-GTG-TCA-T--AGCAAAAATCT--T-T-AGC-ATGGA-A---TG----TAA----TTA----AATC-AAG---AG--TGTCA------TGTAA-TGGTCAA---T-ATT-CA-G-AC-T-TGTT--T----CCA--TGT--AA---CGTC------GGAG---------TTAGACAAGGGG-AAAACC--TGTCACCTTTTCT-T--T----T----TGCAGCAT---ATTT---G--A-----------ATGA-tacgaaatatgtataagggtataaaatcacttataaagatgaataataaaacctctgagttttttagttgcaatgtcggggtctgagtcaagggggaaatgtgttcccttttttattttcacttttattaatgttcttgaagatttttttataggggaaaaaatgtccttggtcttcctacaattgaacaatgtatcgaaggtgaactttttgtatttttgaaattatttaacctgctatatgctgatgatacagttaatatgtctgacaatgctactgatttataatgttaatgtcaatgtaaataaaataaagatacttgtgttttcaacgggtctggcacctaaaaatacattcaaacacaccgatgatgtaattgaaactgttaaagacttagtataatcttttcaaagtccgggtccttttgaaaagcaaag
gi|6 : tgatccaagtttctt---ATAGACC------------AATTACT--AT-CC--T-AAGTTGTCTCG-ACAAATT--ATTCT---CT-----T-CCATTCTCAATAGTATAA-T-CAATGAATATGT----TGA--T-GCAGC--T-CAATTAATTCT-CAATAA-TTAAGCCGG-T-TTCCGGAAAAAAT-ATTCC-TCAAC-GGACCATATTTT-TA----------CTTAACATAA-AAT--A---CTGT-A---G--AAAAAC------TTTAT-TACATGTATTTATTGAT-TT-TG---AAA-GGCTTTTGATT---C-TGTTTATAA-AAA--------------------AT---AA--TT-TTGAAAAGTAA------T---AT-TAA-TG----GG----A---GA-TGTTT------T-GTGATCG-T--A-----AATAT--G-T-ACA-ATGGC-A---TAAAAGCAAGAATT------AATC-AAAT--AAC-TGTT-------TTT---T---------T-TTA-GA-A-A--G-TT-T--T----CCA--TGT--AA---AAGA------GGAG---------TTCGGCAGGGGA-AAAATC--GGTCTCCTTTTTTAT--TTTCAT----T-----GTTC-TTTT------------------ATGA-TC-T----A-GAAGAGT-TCA----TGATTTCAAATGGTG-----CCACTAGA-TTGA-----AT-------AGTCTTTC-----------------GTCA-AAATATG---AGA-A--TGAT-------AT---TAAT-ATG-----TATTT----GAACC---------TTTTTGTT-TTAC-T-TTATGCAGA-CGtgttga
gi|7 : -T--T----TCAATTGT--AATATCGGA------GTCC---------AACAG---GGGG-AAAATC--TGTCCCCCTTTTTAT--T----------------TTC--------------------------A-CT-T----A-AA------TTATCAACGATCTTGAA----GATTTTTTGACAGA-AAAA-----AATGTTATTGATCTTTCT-A-------TAATTGAGCAA-TG-TATT---GAAGA--CGA--------AC---TT-T-TTG-----TATTTTTTGAAA-T---------TATTTATC-CTGT-T-ATATGCTGA-TGATAC
gi|8 : ttttaatttataaacacactatatgttttgaaaggtatataaatcacttatagatagaatatataggaacttctgagtt-GCTT--GTTGA-AATGCA---CTAG-A-------AAAAAA-----TATTT-TGC--GCTTTCGTAGAC-TT-CC---AAAAGACTTTCGATA---G-GGTGTGGTG-GATT-GGTCTCTG-GA-------AT---ATA-GTTTTGATGAGCAA------T---CT-TGA-TG----GT----A---------------AAT-GC---TT-T--AG----AAT-TTAT-T-AAC--ATGA-A---T-----AAA----TGTATAAAACC-AAA---ACT-TATA-------TTAGA-T---------T-GAA-CA-ATA--T-TT-T--T----TC-----T--GA---CGAATTTACCTGCCAATTGGGAATCCGTCAAGGGG-AAAATT--TGTCCTCTTTTTTAT--T----TCC--C-----ATTT-GCTT---G--A-----------CTGA-TT-T----AGAA------TTGT-TTTGATAACAAA----G-----agttattatgtctgaaaaatgttactgatttaacaatatgctctgggtaatttttccatttactgtaatatcagtggagacttaaggttaatgtaaataaaacataaattcttgtgtttttaaagggcccgacacctaaaaatacattcaaatacaacgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgctttgcaaaaggaccggaccttgaaaagataatac
gi|9 : agacgaatcactggctgtttattcctctcttatcacatcttaataaatcaaataatcaattagcaatgatagattaaacgaagtagtattaatttcaagttacgagggtggtagttgagagaatttttcaactaacggtcatattttttcgtttaatattttaaaat-A---G--AAAAAAT-----TATAT-TGC--GCTTTTATAGATGTT-CA---AACAGGCGTTTGACA---CTGGTATGGAA-A-AT-GGT--CTATGGGACAAAAATCAAAAA-TT-TTGAACAGTGG------A---AT--AG-AT----GG----A---AACTGTTT----TA----GATTTATGAAA----AATAT--G-T-ACA-AAGGT-A---T-----TAA------------ATC-AAG---GAT-A-----------CAAA-TAGGAGAACAT-GTATCACA-A--T-T--T--T----CCA--TGTGCAA---TGTC------GGTT---------TAAGACAAGGAG-AAAATT--TATCACCGTTTCTAT--T----T----TC----ATT--GTTT---ATTA-----------ATGA-CC-TTGA-A-GA------T--TATTTAACAAGAAA----T-----CAAATAGA-TG----------------GATTTACGT-G-------T-CCT-ACTAA---ACAAATGCAAA-A--TGAT-------AT---GTATGTTA-----TGTTA----AAA-T---------TTTGTATA-CTCT-T-TTATGCAGA-CGACACgatgctgttg
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTGTACAACTGATAAGTGTATTTGTGCTTGATTCTAAGTAAGTATGAATGAGCACAAAAACATTGTTGTGCTGACCTGTAGATTTTAAAGAGGCTTATGCCTTTTGAGAAATGCCCCCAGGGACCAAAATTTAAACTGTGGAATAAATGAAAATATTTAGATTATATTTTAAAAATTCATACAATGGTAAAAATCAAAGAAACGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ATCAGAATTTTTCATGTGCAGTATTGGTTTAAGTCAAAAGGAAAATTGCCTGTCGATGACCTTGAAGATTATTTAACAAGAAATCAAATATATTGATTTACGTGTCGTACCAAGTCAATGCAAGATGATATGTTTGTTATGTTAAAACTTTGTATTCCTTTCGATGCAGCTGATAATG
Unaligned ( gi|17 ): TGTTCAAACCTTTGGGCATGTCATGTTGGCATGAGACAGGGTGAACACCTTTCACCATTTCTTTTTGCACTATCCTTAAATAATTTTGAAGAATTCCTTTTTTACACATGCAACCAAACAGGTAAACTTATAAAACAAAGGCGA
Unaligned ( gi|19 ): CTAACACAATTTTCGAAACTGGTGTGCGTCCTTCCTAGTGGACCTGTGGTGATGTAATTTATGTGTAACCCCCCCCCCCCGGGCCAAAAATGACCCTGAACCCTACCCCTTATTATTATAGACCCATTGCTTGTA
Unaligned ( gi|20 ): TATGTAAGAGATGGTTCTATTTGTTCGGATTTTTGTTAACTTCAAATACCGGAGTCAGACAGGGTGAAAACCTATCACCACTTTTGTTTTCCATATCTCTCAATGATCTGGTTGATT
Unaligned ( gi|22 ): CTGAAAACGCTACTGATTTACAATATGCTTTAGATAATTTTTCCATCAGTGGAGCTTAAAAAAAAGTGTTTTCAAAGAGCTTGGTACCTAAAAATACATTCAAATACAAT
Unaligned ( gi|25 ): CATACTTATTTTACAATTCTTGTGTCAGACACTAATTACTAATAAAAAAAAACCCAAACTTTTTTGTGCTTTTATTGACTTCAAAC
Unaligned ( gi|26 ): ATATACTTATTTTACAATTCTTGTCTCAAACATTTTAAATTAGTTATAGGGAGAAACTTTTATGTGTTTTTATTGACTTCAAAC
Unaligned ( gi|27 ): ACTTCATATTGGAGTTAGATATGGTGAAAATTTATCACCACTTTTGTTTTCCATATTTCTTAACGATCTGGTTAATGT
Unaligned ( gi|28 ): CAAAGTCGATTTAAGACAAGGAGAAAATTTATCACCGTT
Alignments
lowQualScore : 111 333333 111 1 1 1 1 1 1111 1 1 1 111 11 11 11 1111 1111 111111 1 22222222222 222222222 1 111 111111 222222222222 11 1111 1111111111 11 1 111 11 11 222 11 11111 222 111111 222222 1111111 111111 11 2222222 11111111111111 11111111 1111111111111111111111111 111111 44444444444444444444444444 111 1111111 1111 1111111 1111 111111 111111111 333333333333333333333333333333333333333333333 33333333333333 2222222222 4444444444444444444444444444444444444 111 22222 22222222222222222222222 222222222222222222 11
lowQualScore : 777 444444 2 3 777 3 3 0 0 5 0 0 2222 0 0 0 0 0 777 7 33 11 8 11 99 7777 8 7777 6 8 3 777777 1 77777777777 5 5 444444444 5 5 5 77 1 1 000 9 5 0 555555 5 11 777 1 222222222222 66 4 00 4 8 3 5 0000 6666666666 5 22 0 0 0 3 5 55 6 6 555 77 5 9999 22 8 3 5 6 55 6 88 3 11 3 555 0 6 00 22222 111 5 000000 55 000000 5555555 2 4 55 1 1 4 888888 2 1 555555 8 0 3 00 7 7777777 666 3 3 66666666666666 3 7777 00000000 6666666666666666666666666 111111 3 4 0 99999999999999999999999999 4 666 4 7777777 4 4 2 0 3333 4 8 8 4 7777777 55 7777 55 55 1111 555555 444444444 0 3 88 1 2 1 2 777777777777777777777777777777777777777777777 3 4 22222222222222 2 0 55 2222222222 3 1111111111111111111111111111111111111 5 5 88 0 000 00000 1 66666666666666666666666 555555555555555555 00 99999 5
lowQualScore : ... ...... . . ... . . . . . . . .... . . . . . ... . .. .. . .. .. .... . .... . . . ...... . ........... . . ......... . . . .. . . ... . . . ...... . .. ... . ............ .. . .. . . . . .... .......... . .. . . . . . .. . . ... .. . .... .. . . . . .. . .. . .. . ... . . .. ..... ... . ...... .. ...... ....... . . .. . . . ...... . . ...... . . . .. . ....... ... . . .............. . .... ........ ......................... ...... . . . .......................... . ... . ....... . . . . .... . . . . ....... .. .... .. .. .... ...... ......... . . .. . . . . ............................................. . . .............. . . .. .......... . ..................................... . . .. . ... ..... . ....................... .................. .. ..... .
lowQualScore : 555 222222 5 2 555 2 2 0 0 5 0 0 0000 0 0 2 2 0 555 0 22 00 0 00 44 0000 0 0000 0 0 7 333333 4 11111111111 7 7 777777777 7 7 7 99 4 0 000 6 0 2 444444 0 88 888 1 888888888888 11 4 66 4 9 5 0 1111 6666666666 0 22 8 1 0 4 7 99 6 6 777 99 7 4444 99 4 6 7 7 88 7 88 2 66 2 444 6 7 22 44444 444 7 666666 88 111111 6666666 3 0 55 0 2 0 111111 3 2 666666 0 7 6 77 9 7777777 444 6 1 44444444444444 3 1111 00000000 8888888888888888888888888 000000 6 0 3 66666666666666666666666666 0 555 0 0000000 8 0 3 7 9999 0 0 0 0 9999999 00 7777 00 00 0000 555555 555555555 3 6 66 0 0 0 1 555555555555555555555555555555555555555555555 6 0 11111111111111 2 1 44 3333333333 4 4444444444444444444444444444444444444 0 0 66 4 000 00000 7 00000000000000000000000 444444444444444444 99 00000 7
consensus : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAATGA-GT-AC-GTTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-ACCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TNAAA---ACAAAGGGGAGCAAC-CCG---A--C-CCCAAAAANT---ATAGACC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACT--NTTTA---CG-----T-CAATNTTAAATA-CAAGA-T-TAATNAATTTNT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGTAA-AA-TCAGGCTGG-T-TTC-GGAAAAGGTTATTCCGTCG-C-GGACAATATTTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---G--AAAAAAA-----TGTAT-TGC--GCNTTTATAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTCGATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCGATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----T------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---CGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACC--TNTCGCCCTTNCTAT--T----T----T-----ATTC-GTTT---G--A-----------ATGA-CT-T----A-AA------TCATATTTGATCTCNAA----G-----CTAATAGA-TGTA-----AA-------GGTCTNTCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----ACGA-T---AT---TTGT-TTG-----TATCT----AAA-T---------TTTTTATA-TTAT-T-NTATGCAGA-CGACAC
Reference ( family-985 ) : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAATGA-GT-AC-GTTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-ACCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TNAAA---ACAAAGGGGAGCAAC-CCG---A--C-CCCAAAAANT---ATAGACC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACT--NTTTA---CG-----T-CAATNTTAAATA-CAAGA-T-TAATNAATTTNT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGTAA-AA-TCAGGCTGG-T-TTC-GGAAAAGGTTATTCCGTCG-C-GGACAATATTTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---G--AAAAAAA-----TGTAT-TGC--GCNTTTATAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTCGATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCGATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----T------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---CGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACC--TNTCGCCCTTNCTAT--T----T----T-----ATTC-GTTT---G--A-----------ATGA-CT-T----A-AA------TCATATTTGATCTCNAA----G-----CTAATAGA-TGTA-----AA-------GGTCTNTCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----ACGA-T---AT---TTGT-TTG-----TATCT----AAA-T---------TTTTTATA-TTAT-T-NTATGCAGA-CGACAC
gi|1 : TTTGTCT---CGAAACGC--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATATTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAA-GA-GTGACAGT--A-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TAACA--CCTTATTCAA----TTTT-AAA----TTTGAAT-ACTGGGT-T---AATGACCTG-----------AACA-CTGG-CTCTC--------AGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TAAAA---ACAAAGGGAA-CAAC-CCG---AT-C-CCCAAAAAAT---ACA-ATC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACA--TTTTA---CG-----TTCAA-ATTAA-TA-CAAGA-T-TAATTAATTT-T---CTGA--T-GAATT--TTCTA--AATTATGTAA-AA-TCAGGCTG--T-TTT-AGAAAAGGTTATTCTGTTG-TTGGACAATATTTT-TGT-CTGGCA-GCTT-AGT-AG-AAT-TA---CTAG-A---GCTAAAAAAA-----TGTAT-TGC--GTATCTAAAGAT-TTTCG---AAAAAGCCTTTGATA---A-ATTATGGAG-AGAT-GGG-TCTGTGG-------AT---AA--TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCAA-TT-T--AG----AAT-T--T-T-ACCGAAGGATA---T-----CAA-----------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TACT--T----CCA--TGT--AA---TGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAACCG--TCTCGCCCTTACTATTGT----T----T-----ATTC-TATT---G--A-----------ATGA-CT-TA---A-AA------TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATTAA-TGTA-----AA-------GGACCTTCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----AGGA-T---AT---TTGT---------TATCT----AGA-T---------GTTTTATA-TTAT-TATTATGCAGA-TGACAC
gi|10 : gtAT-GGT--CTGTGGTA-----AT---AAAATTGTTGATAAATAA------TG--AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AATAGCAATTT----AG----A---T--T-T-ACC-AGGAG-AGT-T-----CAA----T------CATC-AAGTTTAAT-TGATAGTATAGTTTGAATAGCAGGCT-T-GTA-CATG-A--T-TA-T--TTTATCCA--TGT--AA---TGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGA-AAAACCCTTCTCGCCCTTACTAT--TG---T----T-----ATAT-GTTT---G--ATATATTGATGGATGA-CTGT----A-AA------TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATATATTGTAGTCAGAG-------GACCTTTGA-GTCATGTTT-ATT-AGTGATTGACA-A---GAAATCTGACGAGTAGGATTCATTGT-TTGGCGTATATCT----AAG-TATCGTGTGCTTTTTATATTTATCT-ATATGCACA-tg
gi|11 : taataagtgattgaTAACGTTTGTCTGGCCGAA-C-TCGTAAGGAATATAAAAACGAATATTTGATC-TTCAGGTGAGGAACGGGGATAATAAATGAGGT-AC-ATTAAGACACTTCATTAATCTTCATGGCTTATAG-CA--ATACGATTA-CGACCCT-ATTCAAAGTCCTTAGATATCCTTTTGGATAACTGGAT-TTGAAAT-ACATGGAGGTTGATGTAACATATGGTCTCTCATTTGTCGAGGTAATTATTCATTC-CAGGTTCTA-TTAAATATACAAAGGGGAACAACACCGTATG--CGCGCAAAATTTTGAAGAGACTCAGATTTTTTCGAATCACCTGATGTAATT-A-GCTGTGTAG-GGAAACCAATTTTATCCTGTCTTCT-CAAATTTAAATAGCAAcctagatgatcgacac
gi|12 : AG-A---A--AAAGAAAC----TGTAG-TGT--GCTTTTATTTAT-TT-CA---AAGCACCTTTTGACA---C-AGTAAGGCGTATAT-AAT-TTTG--G-------A----AAA-T-GTTGTTAAACAA------TGACAT-CAA-AG----GG--------AAATGCTT---------CAA----T--AT----AAT-T--CAT-ATC-ATGTA-----------CAA----T------GA---GAGTA-AATCTAGC-------TTTAA-AAACAAA---C-ACAGCG-A-G--G-TT-T--T----CCT--TGC-------CAAATT----GGGG---------TTCGTCAGGGGA-AACATT--TATCCCCCTTCTTAT--T----TGTAAT-----GTT---TTT---G--A-----------ATGA-TT-T----G-GATGGTTTTC-TGTTTGA-ATGAAAT---A-----TCATTGGA-T-TA-----AC-------G-------A-G-------T-ATT-ACTAA-AGAAATG---GAA-----TCAA-A---GC---TTA--TTG-----TATTTCAA-AAA-T---------CATTTCT--TTA------ATGCAAG-TGACAC
gi|13 : caTATTGATAGCTAAAACCTGT---AT-CAACAG----GGTAATA---AGATGTTT----AAT-GAAAATTAT--AG----ATT-T--T-TTACC-AAGAA-AAAAT-----AAA-----------AATCGAAG---AAT-TGTT-------TTGGG-TAGCAGG---TCGTA-CA-A-AAATATACT--T----CCA--TGT--AAA--TGAA------GGCT---------TACGGCAAGGGGAAAAACC--TCTCGCCC-TACT-T--T----T----T-----CTTC-ATTTTCGG--A-----------ATGATCT-TTTAGA-AT------TCACATcgt
gi|16 : -TA--T-A-GCT---------AAACT--ATCTA---CT-----T-CAATCTTGAATG-AACGA-TCTAATGA--TTATG--CAAA--CAGAGTC----CAATGAATTATGGAA-AA-TCAAGCTGGAT-TTT-Gaa
gi|18 : cTATG--TA-TA--CCA-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGA-T-ACCGGTG-T---CAT-ACCAG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------TGGTAA-TG-TCATTC-C--GATCTACTTAAA---ACAAAGGGGAGTAAT-CGG---A--C-CCCAATATGT---ATAGACC------------AACCACC--AT-TA--T-A-cacacattatttttctttcacatactgataaaaatgtttgaaaattatactgcatgt
gi|2 : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAA-CGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAA-GA-GT-AC-AGTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACATGATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-A--GGGT-----AATGACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------AGGTAA-TA-TCATTCAC--GATCTA-TAAAA---ACAAAGGGAA-CAAC-CCG---AATC-CCCAAAAAAT---ACA-ATC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAGCGGAAAC---ATTTA---CG-----T-CAA-ATTAAATA-CA-GA-T-TAATTAATTTTT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGT-A-AA-TCAGGCTGT-T-TTT-AGAAAAGGTTATTCTGTTG-T-GGACAATA-TTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---GCTAAAAACA-----TGTAT-TGC--GTATCTAAAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTTGATA---A-AGTATGGAG-AGA--GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---ATCCAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCAATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----C------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---TGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACCG-TCTCGCCCTTACTAT--G----T----T-----ATTC-ATTT---G--A-----------ATGA-CT-T----A-AA------TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATA-A-TGTA-----AA-------GGCCTATCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----AGGA-T---AT---TGGT-TTT-----TATCT----AGA-T---------GTTTTATA-TTAT-T-ATATGCAGATTGACAC
gi|21 : AAAAAA-----TGTAT-TGC--GTATTAATATAC-CT-CG---AGAAAGCCTTTGATA---A-AGTATGGAG-AGAT-GA--TCTGTGGA------AT---AAA-TTGTTTATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-G
gi|23 : GAGAGCAAT-CTG---G--T-CCCAAAAACT---ATAGACT------------AATCACC--AT-TAT-T-A-GTTGTGTTG-AGAAGCT--TTTTA---CA-----C--------------CAAGA-T---AT--ATTCCT---CTGG--T-GAATT--CTCTAT-AA-TATATAA-
gi|24 : CCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-T--GATCTA-TAAAA---CCAAAGGGGAACAAC-CCG---A--T-CCAAAAAATT---ACAGACC------------AATCACC--A
gi|3 : ---CGAA-T----TAAG-AACCTAAAAACGAACA---AATCTT-CAGGTGAAA-GT-GGACTGCTAAATGA-TT-AT-GTCAA-ACAT-TCAATAAATTCCGT-GT---TAGGCAT-ATATG--TA-TA--CCA-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGATT-TCGGGGT-T----AT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------TGGTAA-TG-TCATTT-C--GATCTATTTAAA---ACAAAGGGGAGTAAT-CGG---A--C-CCCAAAATGT---ATAGACC------------AACCACC--AT-TA--TAA-GTTGGGTTG-GGAAACT--TTTTA---CA-----T-CAATCTTAAATA-CAAGA-T-TAAACAATTTCT---CTGA--T-AAATT--TTCTAT-AA-AATGTAA-AACTCAGGCTGG-TATTA-AAAAAAGGTTATTCTGTTG-G-TAATAATATTTT-TGTCCTG-CACGTTTTA-TTGG-AAT-TAGAGCTAA-AAAGG--AAAAAAAAAATGTATAT-TGT--GTATTTATAGGT-TT-TGATCAGAAAGCCTTTGATA---A-ATTATGGAG-AGAT-GGT-T-TGCGGA------AT---AAA-TTGCTGATAAATA---------------AA-AG----GA----A---AAATCTTT----ATT-GTAATTT-T--TA----TAT-T--C-T-ACC-AAGG---------------------------------------T-TGTT-------TTT-A-TAGTAGA---T-GTT-CA-A-A--C-TA-TTCT----CCA--TGT--AA---TGAA------GGTC---------TAAGACAATGAG-AAAACC--TCTTGCAATTACTCTC-T----T----C-----ATTCTATTT---G--A-----------ATGA-TT-TG---G-AA------TCATATTTGATCT--------------CTAATAAA--GTA-----AAG------GGTCTATCATT-------T-ATT-AGTGA-TGACAT
gi|4 : ttgtgaaacagATTTT-TGT-CTC-AA-ACATT--TTAA-AAT-TA---GCAGTA---G--AAAGAAA-----CTTTTCTGT--GCTCTTATTGAC-TT-TA---AACAAGCATTCCATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGTCTCTG-GT-------AT---AAA-CTGTAAATAAAGAA------T-----------G----G-----------ATGGCC----AAT-GCT-TTT-T--AA----AAT-T--A-T-A
gi|5 : atatacttgttttacaGGTAT---GAT-TCCTT-----------CACA-GTGG-ACTTG--------GGGTAA-CA-TAATTC-C--ACTGTA-CAAAA---ATAAAGGTGATGACT-CTG---A--C-CCTCAAAATT---ATAGGCC------------TATTACT--TT-GA--T-AAGCTGTTTAG-GTAAACT--ATTTA---CT-----T-CAATTCTGAATT-AAAGACT-TAATGAATATGTAAATCGAGTT-GAATTGATTCT--------TG-AA-AA-TCAAGCTGGAT-TTC-GCAAGA-ATT-TTTCAACA-CAAGACCATATTTTCTCA-CTA-CATACTCT-GATAGAAAT-TT---TTA---------AAAAA---------------C--ACC------AAT-TT--G---AAAAGGCATTCG-TACCTC-AGTTTGGCGTAGATAGGT-CTTTTGGA------AT---AAA-ATATCCATTATTAA------T---A--CAA-AGTATAGG----AAATAAATGTTTTTCAAAG-GTG-TCA-T--AGCAAAAATCT--T-T-AGC-ATGGA-A---TG----TAA----TTA----AATC-AAG---AG--TGTCA------TGTAA-TGGTCAA---T-ATT-CA-G-AC-T-TGTT--T----CCA--TGT--AA---CGTC------GGAG---------TTAGACAAGGGG-AAAACC--TGTCACCTTTTCT-T--T----T----TGCAGCAT---ATTT---G--A-----------ATGA-tacgaaatatgtataagggtataaaatcacttataaagatgaataataaaacctctgagttttttagttgcaatgtcggggtctgagtcaagggggaaatgtgttcccttttttattttcacttttattaatgttcttgaagatttttttataggggaaaaaatgtccttggtcttcctacaattgaacaatgtatcgaaggtgaactttttgtatttttgaaattatttaacctgctatatgctgatgatacagttaatatgtctgacaatgctactgatttataatgttaatgtcaatgtaaataaaataaagatacttgtgttttcaacgggtctggcacctaaaaatacattcaaacacaccgatgatgtaattgaaactgttaaagacttagtataatcttttcaaagtccgggtccttttgaaaagcaaag
gi|6 : tgatccaagtttctt---ATAGACC------------AATTACT--AT-CC--T-AAGTTGTCTCG-ACAAATT--ATTCT---CT-----T-CCATTCTCAATAGTATAA-T-CAATGAATATGT----TGA--T-GCAGC--T-CAATTAATTCT-CAATAA-TTAAGCCGG-T-TTCCGGAAAAAAT-ATTCC-TCAAC-GGACCATATTTT-TA----------CTTAACATAA-AAT--A---CTGT-A---G--AAAAAC------TTTAT-TACATGTATTTATTGAT-TT-TG---AAA-GGCTTTTGATT---C-TGTTTATAA-AAA--------------------AT---AA--TT-TTGAAAAGTAA------T---AT-TAA-TG----GG----A---GA-TGTTT------T-GTGATCG-T--A-----AATAT--G-T-ACA-ATGGC-A---TAAAAGCAAGAATT------AATC-AAAT--AAC-TGTT-------TTT---T---------T-TTA-GA-A-A--G-TT-T--T----CCA--TGT--AA---AAGA------GGAG---------TTCGGCAGGGGA-AAAATC--GGTCTCCTTTTTTAT--TTTCAT----T-----GTTC-TTTT------------------ATGA-TC-T----A-GAAGAGT-TCA----TGATTTCAAATGGTG-----CCACTAGA-TTGA-----AT-------AGTCTTTC-----------------GTCA-AAATATG---AGA-----ATGA-T---AT---TAAT-ATG-----TATTT----GAACC---------TTTTTGTT-TTAC-T-TTATGCAGA-CGtgttga
gi|7 : -T--T----TCAATTGT--AATATCGGA------GTCC---------AACAG---GGGG-AAAATC--TGTCCCCCTTTTTAT--T----------------TTC--------------------------A-CT-T----A-AA------TTATCAACGATCTTGAA----GATTTTTTGACAGA-AAAA-----AATGTTATTGATCTTTCT-A-------TAATTGAGCAA-TG-TATT---GAAG----ACGA-----AC---TT-T-TTG-----TATTTTTTGAAA-T---------TATTTATC-CTGT-T-ATATGCTGA-TGATAC
gi|8 : ttttaatttataaacacactatatgttttgaaaggtatataaatcacttatagatagaatatataggaacttctgagtt-GCTT--GTTGA-AATGCA---CTAG-A-------AAAAAA-----TATTT-TGC--GCTTTCGTAGAC-TT-CC---AAAAGACTTTCGATA---G-GGTGTGGTG-GATT-GGTCTCTG-GA-------AT---ATA-GTTTTGATGAGCAA------T---CT-TGA-TG----GT----A---------------AAT-GC---TT-T--AG----AAT-TTAT-T-AAC--ATGA-A---T-----AAA----TGTATAAAACC-AAA---ACT-TATA-------TTAGA-T---------T-GAA-CA-ATA--T-TT-T--T----TC-----T--GA---CGAATTTACCTGCCAATTGGGAATCCGTCAAGGGG-AAAATT--TGTCCTCTTTTTTAT--T----TCC--C-----ATTT-GCTT---G--A-----------CTGA-TT-T----AGAA------TTGT-TTTGATAACAAA----G-----agttattatgtctgaaaaatgttactgatttaacaatatgctctgggtaatttttccatttactgtaatatcagtggagacttaaggttaatgtaaataaaacataaattcttgtgtttttaaagggcccgacacctaaaaatacattcaaatacaacgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgctttgcaaaaggaccggaccttgaaaagataatac
gi|9 : agacgaatcactggctgtttattcctctcttatcacatcttaataaatcaaataatcaattagcaatgatagattaaacgaagtagtattaatttcaagttacgagggtggtagttgagagaatttttcaactaacggtcatattttttcgtttaatattttaaaat-A---G--AAAAAAT-----TATAT-TGC--GCTTTTATAGATGTT-CA---AACAGGCGTTTGACA---CTGGTATGGAA-A-AT-GGT--CTATGGGACAAAAATCAAAAA-TT-TTGAACAGTGG------A---AT--AG-AT----GG----A---AACTGTTT----TA----GATTTATGAAA----AATAT--G-T-ACA-AAGGT-A---T-----TAA------------ATC-AAG---GAT-A-----------CAAA-TAGGAGAACAT-GTATCACA-A--T-T--T--T----CCA--TGTGCAA---TGTC------GGTT---------TAAGACAAGGAG-AAAATT--TATCACCGTTTCTAT--T----T----TC----ATT--GTTT---ATTA-----------ATGA-CC-TTGA-A-GA------T--TATTTAACAAGAAA----T-----CAAATAGA-TG----------------GATTTACGT-G-------T-CCT-ACTAA---ACAAATGCAAA-----ATGA-T---AT---GTATGTTA-----TGTTA----AAA-T---------TTTGTATA-CTCT-T-TTATGCAGA-CGACACgatgctgttg
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTGTACAACTGATAAGTGTATTTGTGCTTGATTCTAAGTAAGTATGAATGAGCACAAAAACATTGTTGTGCTGACCTGTAGATTTTAAAGAGGCTTATGCCTTTTGAGAAATGCCCCCAGGGACCAAAATTTAAACTGTGGAATAAATGAAAATATTTAGATTATATTTTAAAAATTCATACAATGGTAAAAATCAAAGAAACGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ATCAGAATTTTTCATGTGCAGTATTGGTTTAAGTCAAAAGGAAAATTGCCTGTCGATGACCTTGAAGATTATTTAACAAGAAATCAAATATATTGATTTACGTGTCGTACCAAGTCAATGCAAGATGATATGTTTGTTATGTTAAAACTTTGTATTCCTTTCGATGCAGCTGATAATG
Unaligned ( gi|17 ): TGTTCAAACCTTTGGGCATGTCATGTTGGCATGAGACAGGGTGAACACCTTTCACCATTTCTTTTTGCACTATCCTTAAATAATTTTGAAGAATTCCTTTTTTACACATGCAACCAAACAGGTAAACTTATAAAACAAAGGCGA
Unaligned ( gi|19 ): CTAACACAATTTTCGAAACTGGTGTGCGTCCTTCCTAGTGGACCTGTGGTGATGTAATTTATGTGTAACCCCCCCCCCCCGGGCCAAAAATGACCCTGAACCCTACCCCTTATTATTATAGACCCATTGCTTGTA
Unaligned ( gi|20 ): TATGTAAGAGATGGTTCTATTTGTTCGGATTTTTGTTAACTTCAAATACCGGAGTCAGACAGGGTGAAAACCTATCACCACTTTTGTTTTCCATATCTCTCAATGATCTGGTTGATT
Unaligned ( gi|22 ): CTGAAAACGCTACTGATTTACAATATGCTTTAGATAATTTTTCCATCAGTGGAGCTTAAAAAAAAGTGTTTTCAAAGAGCTTGGTACCTAAAAATACATTCAAATACAAT
Unaligned ( gi|25 ): CATACTTATTTTACAATTCTTGTGTCAGACACTAATTACTAATAAAAAAAAACCCAAACTTTTTTGTGCTTTTATTGACTTCAAAC
Unaligned ( gi|26 ): ATATACTTATTTTACAATTCTTGTCTCAAACATTTTAAATTAGTTATAGGGAGAAACTTTTATGTGTTTTTATTGACTTCAAAC
Unaligned ( gi|27 ): ACTTCATATTGGAGTTAGATATGGTGAAAATTTATCACCACTTTTGTTTTCCATATTTCTTAACGATCTGGTTAATGT
Unaligned ( gi|28 ): CAAAGTCGATTTAAGACAAGGAGAAAATTTATCACCGTT
Alignments
lowQualScore : 111 333333 111 1 1 1 1 1 1111 1 1 1 111 11 11 11 1111 1111 111111 1 22222222222 222222222 1 111 111111 222222222222 11 1111 1111111111 11 1 111 11 11 222 11 11111 222 111111 222222 1111111 111111 11 2222222 11111111111111 11111111 1111111111111111111111111 111111 44444444444444444444444444 111 1111111 1111 1111111 1111 111111 111111111 333333333333333333333333333333333333333333333 33333333333333 2222222222 4444444444444444444444444444444444444 111 22222 22222222222222222222222 222222222222222222 11
lowQualScore : 777 444444 2 3 777 3 3 0 0 5 0 0 2222 0 0 0 0 0 777 7 33 11 8 11 99 7777 8 7777 6 8 3 777777 1 77777777777 5 5 444444444 5 5 5 77 1 1 000 9 5 0 555555 5 11 777 1 222222222222 66 4 00 4 8 3 5 0000 6666666666 5 22 0 0 0 3 5 55 6 6 555 77 5 9999 22 8 3 5 6 55 6 88 3 11 3 555 0 6 00 22222 111 5 000000 55 000000 5555555 2 4 55 1 1 4 888888 2 1 555555 8 0 3 00 7 7777777 666 3 3 66666666666666 3 7777 00000000 6666666666666666666666666 111111 3 4 0 99999999999999999999999999 4 666 4 7777777 4 4 2 0 3333 4 8 8 4 7777777 55 7777 55 55 1111 555555 444444444 0 3 88 1 2 1 2 777777777777777777777777777777777777777777777 3 4 22222222222222 2 0 55 2222222222 3 1111111111111111111111111111111111111 5 5 88 0 000 00000 1 66666666666666666666666 555555555555555555 00 99999 5
lowQualScore : ... ...... . . ... . . . . . . . .... . . . . . ... . .. .. . .. .. .... . .... . . . ...... . ........... . . ......... . . . .. . . ... . . . ...... . .. ... . ............ .. . .. . . . . .... .......... . .. . . . . . .. . . ... .. . .... .. . . . . .. . .. . .. . ... . . .. ..... ... . ...... .. ...... ....... . . .. . . . ...... . . ...... . . . .. . ....... ... . . .............. . .... ........ ......................... ...... . . . .......................... . ... . ....... . . . . .... . . . . ....... .. .... .. .. .... ...... ......... . . .. . . . . ............................................. . . .............. . . .. .......... . ..................................... . . .. . ... ..... . ....................... .................. .. ..... .
lowQualScore : 555 222222 5 2 555 2 2 0 0 5 0 0 0000 0 0 2 2 0 555 0 22 00 0 00 44 0000 0 0000 0 0 7 333333 4 11111111111 7 7 777777777 7 7 7 99 4 0 000 6 0 2 444444 0 88 888 1 888888888888 11 4 66 4 9 5 0 1111 6666666666 0 22 8 1 0 4 7 99 6 6 777 99 7 4444 99 4 6 7 7 88 7 88 2 66 2 444 6 7 22 44444 444 7 666666 88 111111 6666666 3 0 55 0 2 0 111111 3 2 666666 0 7 6 77 9 7777777 444 6 1 44444444444444 3 1111 00000000 8888888888888888888888888 000000 6 0 3 66666666666666666666666666 0 555 0 0000000 8 0 3 7 9999 0 0 0 0 9999999 00 7777 00 00 0000 555555 555555555 3 6 66 0 0 0 1 555555555555555555555555555555555555555555555 6 0 11111111111111 2 1 44 3333333333 4 4444444444444444444444444444444444444 0 0 66 4 000 00000 7 00000000000000000000000 444444444444444444 99 00000 7
consensus : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAATGA-GT-AC-GTTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-ACCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TNAAA---ACAAAGGGGAGCAAC-CCG---A--C-CCCAAAAANT---ATAGACC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACT--NTTTA---CG-----T-CAATNTTAAATA-CAAGA-T-TAATNAATTTNT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGTAA-AA-TCAGGCTGG-T-TTC-GGAAAAGGTTATTCCGTCG-C-GGACAATATTTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---G--AAAAAAA-----TGTAT-TGC--GCNTTTATAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTCGATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCGATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----T------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---CGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACC--TNTCGCCCTTNCTAT--T----T----T-----ATTC-GTTT---G--A-----------ATGA-CT-T----A-AA------TCATATTTGATCTCNAA----G-----CTAATAGA-TGTA-----AA-------GGTCTNTCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----ACGA-T---AT---TTGT-TTG-----TATCT----AAA-T---------TTTTTATA-TTAT-T-NTATGCAGA-CGACAC
Reference ( family-985 ) : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAATGA-GT-AC-GTTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-ACCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TNAAA---ACAAAGGGGAGCAAC-CCG---A--C-CCCAAAAANT---ATAGACC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACT--NTTTA---CG-----T-CAATNTTAAATA-CAAGA-T-TAATNAATTTNT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGTAA-AA-TCAGGCTGG-T-TTC-GGAAAAGGTTATTCCGTCG-C-GGACAATATTTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---G--AAAAAAA-----TGTAT-TGC--GCNTTTATAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTCGATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCGATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----T------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---CGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACC--TNTCGCCCTTNCTAT--T----T----T-----ATTC-GTTT---G--A-----------ATGA-CT-T----A-AA------TCATATTTGATCTCNAA----G-----CTAATAGA-TGTA-----AA-------GGTCTNTCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----ACGA-T---AT---TTGT-TTG-----TATCT----AAA-T---------TTTTTATA-TTAT-T-NTATGCAGA-CGACAC
gi|1 : TTTGTCT---CGAAACGC--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATATTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAA-GA-GTGACAGT--A-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TAACA--CCTTATTCAA----TTTT-AAA----TTTGAAT-ACTGGGT-T---AATGACCTG-----------AACA-CTGG-CTCTC--------AGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TAAAA---ACAAAGGGAA-CAAC-CCG---AT-C-CCCAAAAAAT---ACA-ATC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACA--TTTTA---CG-----TTCAA-ATTAA-TA-CAAGA-T-TAATTAATTT-T---CTGA--T-GAATT--TTCTA--AATTATGTAA-AA-TCAGGCTG--T-TTT-AGAAAAGGTTATTCTGTTG-TTGGACAATATTTT-TGT-CTGGCA-GCTT-AGT-AG-AAT-TA---CTAG-A---GCTAAAAAAA-----TGTAT-TGC--GTATCTAAAGAT-TTTCG---AAAAAGCCTTTGATA---A-ATTATGGAG-AGAT-GGG-TCTGTGG-------AT---AA--TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCAA-TT-T--AG----AAT-T--T-T-ACCGAAGGATA---T-----CAA-----------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TACT--T----CCA--TGT--AA---TGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAACCG--TCTCGCCCTTACTATTGT----T----T-----ATTC-TATT---G--A-----------ATGA-CT-TA---A-AA------TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATTAA-TGTA-----AA-------GGACCTTCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----AGGA-T---AT---TTGT---------TATCT----AGA-T---------GTTTTATA-TTAT-TATTATGCAGA-TGACAC
gi|10 : gtAT-GGT--CTGTGGTA-----AT---AAAATTGTTGATAAATAA------TG--AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AATAGCAATTT----AG----A---T--T-T-ACC-AGGAG-AGT-T-----CAA----T------CATC-AAGTTTAAT-TGATAGTATAGTTTGAATAGCAGGCT-T-GTA-CATG-A--T-TA-T--TTTATCCA--TGT--AA---TGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGA-AAAACCCTTCTCGCCCTTACTAT--TG---T----T-----ATAT-GTTT---G--ATATATTGATGGATGA-CTGT----A-AA------TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATATATTGTAGTCAGAG-------GACCTTTGA-GTCATGTTT-ATT-AGTGATTGACA-A---GAAATCTGACGAGTAGGATTCATTGT-TTGGCGTATATCT----AAG-TATCGTGTGCTTTTTATATTTATCT-ATATGCACA-tg
gi|11 : taataagtgattgaTAACGTTTGTCTGGCCGAA-C-TCGTAAGGAATATAAAAACGAATATTTGATC-TTCAGGTGAGGAACGGGGATAATAAATGAGGT-AC-ATTAAGACACTTCATTAATCTTCATGGCTTATAG-CA--ATACGATTA-CGACCCT-ATTCAAAGTCCTTAGATATCCTTTTGGATAACTGGAT-TTGAAAT-ACATGGAGGTTGATGTAACATATGGTCTCTCATTTGTCGAGGTAATTATTCATTC-CAGGTTCTA-TTAAATATACAAAGGGGAACAACACCGTATG--CGCGCAAAATTTTGAAGAGACTCAGATTTTTTCGAATCACCTGATGTAATT-A-GCTGTGTAG-GGAAACCAATTTTATCCTGTCTTCT-CAAATTTAAATAGCAAcctagatgatcgacac
gi|12 : AG-A---A--AAAGAAAC----TGTAG-TGT--GCTTTTATTTAT-TT-CA---AAGCACCTTTTGACA---C-AGTAAGGCGTATAT-AAT-TTTG--G-------A----AAA-T-GTTGTTAAACAA------TGACAT-CAA-AG----GG--------AAATGCTT---------CAA----T--AT----AAT-T--CAT-ATC-ATGTA-----------CAA----T------GA---GAGTA-AATCTAGC-------TTTAA-AAACAAA---C-ACAGCG-A-G--G-TT-T--T----CCT--TGC-------CAAATT----GGGG---------TTCGTCAGGGGA-AACATT--TATCCCCCTTCTTAT--T----TGTAAT-----GTT---TTT---G--A-----------ATGA-TT-T----G-GATGGTTTTC-TGTTTGA-ATGAAAT---A-----TCATTGGA-T-TA-----AC-------G-------A-G-------T-ATT-ACTAA-AGAAATG---GAA-----TCAA-A---GC---TTA--TTG-----TATTTCAA-AAA-T---------CATTTCT--TTA------ATGCAAG-TGACAC
gi|13 : caTATTGATAGCTAAAACCTGT---AT-CAACAG----GGTAATA---AGATGTTT----AAT-GAAAATTAT--AG----ATT-T--T-TTACC-AAGAA-AAAAT-----AAA-----------AATCGAAG---AAT-TGTT-------TTGGG-TAGCAGG---TCGTA-CA-A-AAATATACT--T----CCA--TGT--AAA--TGAA------GGCT---------TACGGCAAGGGGAAAAACC--TCTCGCCC-TACT-T--T----T----T-----CTTC-ATTTTCGG--A-----------ATGATCT-TTTAGA-AT------TCACATcgt
gi|16 : -TA--T-A-GCT---------AAACT--ATCTA---CT-----T-CAATCTTGAATG-AACGA-TCTAATGA--TTATG--CAAA--CAGAGTC----CAATGAATTATGGAA-AA-TCAAGCTGGAT-TTT-Gaa
gi|18 : cTATG--TA-TA--CCA-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGA-T-ACCGGTG-T---CAT-ACCAG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------TGGTAA-TG-TCATTC-C--GATCTACTTAAA---ACAAAGGGGAGTAAT-CGG---A--C-CCCAATATGT---ATAGACC------------AACCACC--AT-TA--T-A-cacacattatttttctttcacatactgataaaaatgtttgaaaattatactgcatgt
gi|2 : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAA-CGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAA-GA-GT-AC-AGTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACATGATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-A--GGGT-----AATGACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------AGGTAA-TA-TCATTCAC--GATCTA-TAAAA---ACAAAGGGAA-CAAC-CCG---AATC-CCCAAAAAAT---ACA-ATC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAGCGGAAAC---ATTTA---CG-----T-CAA-ATTAAATA-CA-GA-T-TAATTAATTTTT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGT-A-AA-TCAGGCTGT-T-TTT-AGAAAAGGTTATTCTGTTG-T-GGACAATA-TTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---GCTAAAAACA-----TGTAT-TGC--GTATCTAAAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTTGATA---A-AGTATGGAG-AGA--GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---ATCCAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCAATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----C------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---TGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACCG-TCTCGCCCTTACTAT--G----T----T-----ATTC-ATTT---G--A-----------ATGA-CT-T----A-AA------TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATA-A-TGTA-----AA-------GGCCTATCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----AGGA-T---AT---TGGT-TTT-----TATCT----AGA-T---------GTTTTATA-TTAT-T-ATATGCAGATTGACAC
gi|21 : AAAAAA-----TGTAT-TGC--GTATTAATATAC-CT-CG---AGAAAGCCTTTGATA---A-AGTATGGAG-AGAT-GA--TCTGTGGA------AT---AAA-TTGTTTATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-G
gi|23 : GAGAGCAAT-CTG---G--T-CCCAAAAACT---ATAGACT------------AATCACC--AT-TAT-T-A-GTTGTGTTG-AGAAGCT--TTTTA---CA-----C--------------CAAGA-T---AT--ATTCCT---CTGG--T-GAATT--CTCTAT-AA-TATATAA-
gi|24 : CCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-T--GATCTA-TAAAA---CCAAAGGGGAACAAC-CCG---A--T-CCAAAAAATT---ACAGACC------------AATCACC--A
gi|3 : ---CGAA-T----TAAG-AACCTAAAAACGAACA---AATCTT-CAGGTGAAA-GT-GGACTGCTAAATGA-TT-AT-GTCAA-ACAT-TCAATAAATTCCGT-GT---TAGGCAT-ATATG--TA-TA--CCA-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGATT-TCGGGGT-T----AT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------TGGTAA-TG-TCATTT-C--GATCTATTTAAA---ACAAAGGGGAGTAAT-CGG---A--C-CCCAAAATGT---ATAGACC------------AACCACC--AT-TA--TAA-GTTGGGTTG-GGAAACT--TTTTA---CA-----T-CAATCTTAAATA-CAAGA-T-TAAACAATTTCT---CTGA--T-AAATT--TTCTAT-AA-AATGTAA-AACTCAGGCTGG-TATTA-AAAAAAGGTTATTCTGTTG-G-TAATAATATTTT-TGTCCTG-CACGTTTTA-TTGG-AAT-TAGAGCTAA-AAAGG--AAAAAAAAAATGTATAT-TGT--GTATTTATAGGT-TT-TGATCAGAAAGCCTTTGATA---A-ATTATGGAG-AGAT-GGT-T-TGCGGA------AT---AAA-TTGCTGATAAATA---------------AA-AG----GA----A---AAATCTTT----ATT-GTAATTT-T--TA----TAT-T--C-T-ACC-AAGG---------------------------------------T-TGTT-------TTT-A-TAGTAGA---T-GTT-CA-A-A--C-TA-TTCT----CCA--TGT--AA---TGAA------GGTC---------TAAGACAATGAG-AAAACC--TCTTGCAATTACTCTC-T----T----C-----ATTCTATTT---G--A-----------ATGA-TT-TG---G-AA------TCATATTTGATCT--------------CTAATAAA--GTA-----AAG------GGTCTATCATT-------T-ATT-AGTGA-TGACAT
gi|4 : ttgtgaaacagATTTT-TGT-CTC-AA-ACATT--TTAA-AAT-TA---GCAGTA---G--AAAGAAA-----CTTTTCTGT--GCTCTTATTGAC-TT-TA---AACAAGCATTCCATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGTCTCTG-GT-------AT---AAA-CTGTAAATAAAGAA------T-----------G----G-----------ATGGCC----AAT-GCT-TTT-T--AA----AAT-T--A-T-A
gi|5 : atatacttgttttacaGGTAT---GAT-TCCTT-----------CACA-GTGG-ACTTG--------GGGTAA-CA-TAATTC-C--ACTGTA-CAAAA---ATAAAGGTGATGACT-CTG---A--C-CCTCAAAATT---ATAGGCC------------TATTACT--TT-GA--T-AAGCTGTTTAG-GTAAACT--ATTTA---CT-----T-CAATTCTGAATT-AAAGACT-TAATGAATATGTAAATCGAGTT-GAATTGATTCT--------TG-AA-AA-TCAAGCTGGAT-TTC-GCAAGA-ATT-TTTCAACA-CAAGACCATATTTTCTCA-CTA-CATACTCT-GATAGAAAT-TT---TTA---------AAAAA---------------C--ACC------AAT-TT--G---AAAAGGCATTCG-TACCTC-AGTTTGGCGTAGATAGGT-CTTTTGGA------AT---AAA-ATATCCATTATTAA------T---A--CAA-AGTATAGG----AAATAAATGTTTTTCAAAG-GTG-TCA-T--AGCAAAAATCT--T-T-AGC-ATGGA-A---TG----TAA----TTA----AATC-AAG---AG--TGTCA------TGTAA-TGGTCAA---T-ATT-CA-G-AC-T-TGTT--T----CCA--TGT--AA---CGTC------GGAG---------TTAGACAAGGGG-AAAACC--TGTCACCTTTTCT-T--T----T----TGCAGCAT---ATTT---G--A-----------ATGA-tacgaaatatgtataagggtataaaatcacttataaagatgaataataaaacctctgagttttttagttgcaatgtcggggtctgagtcaagggggaaatgtgttcccttttttattttcacttttattaatgttcttgaagatttttttataggggaaaaaatgtccttggtcttcctacaattgaacaatgtatcgaaggtgaactttttgtatttttgaaattatttaacctgctatatgctgatgatacagttaatatgtctgacaatgctactgatttataatgttaatgtcaatgtaaataaaataaagatacttgtgttttcaacgggtctggcacctaaaaatacattcaaacacaccgatgatgtaattgaaactgttaaagacttagtataatcttttcaaagtccgggtccttttgaaaagcaaag
gi|6 : tgatccaagtttctt---ATAGACC------------AATTACT--AT-CC--T-AAGTTGTCTCG-ACAAATT--ATTCT---CT-----T-CCATTCTCAATAGTATAA-T-CAATGAATATGT----TGA--T-GCAGC--T-CAATTAATTCT-CAATAA-TTAAGCCGG-T-TTCCGGAAAAAAT-ATTCC-TCAAC-GGACCATATTTT-TA----------CTTAACATAA-AAT--A---CTGT-A---G--AAAAAC------TTTAT-TACATGTATTTATTGAT-TT-TG---AAA-GGCTTTTGATT---C-TGTTTATAA-AAA--------------------AT---AA--TT-TTGAAAAGTAA------T---AT-TAA-TG----GG----A---GA-TGTTT------T-GTGATCG-T--A-----AATAT--G-T-ACA-ATGGC-A---TAAAAGCAAGAATT------AATC-AAAT--AAC-TGTT-------TTT---T---------T-TTA-GA-A-A--G-TT-T--T----CCA--TGT--AA---AAGA------GGAG---------TTCGGCAGGGGA-AAAATC--GGTCTCCTTTTTTAT--TTTCAT----T-----GTTC-TTTT------------------ATGA-TC-T----A-GAAGAGT-TCA----TGATTTCAAATGGTG-----CCACTAGA-TTGA-----AT-------AGTCTTTC-----------------GTCA-AAATATG---AGA-----ATGA-T---AT---TAAT-ATG-----TATTT----GAACC---------TTTTTGTT-TTAC-T-TTATGCAGA-CGtgttga
gi|7 : -T--T----TCAATTGT--AATATCGGA------GTCC---------AACAG---GGGG-AAAATC--TGTCCCCCTTTTTAT--T----------------TTC--------------------------A-CT-T----A-AA------TTATCAACGATCTTGAA----GATTTTTTGACAGA-AAAA-----AATGTTATTGATCTTTCT-A-------TAATTGAGCAA-TG-TATT---GAAG----ACGA-----AC---TT-T-TTG-----TATTTTTTGAAA-T---------TATTTATC-CTGT-T-ATATGCTGA-TGATAC
gi|8 : ttttaatttataaacacactatatgttttgaaaggtatataaatcacttatagatagaatatataggaacttctgagtt-GCTT--GTTGA-AATGCA---CTAG-A-------AAAAAA-----TATTT-TGC--GCTTTCGTAGAC-TT-CC---AAAAGACTTTCGATA---G-GGTGTGGTG-GATT-GGTCTCTG-GA-------AT---ATA-GTTTTGATGAGCAA------T---CT-TGA-TG----GT----A---------------AAT-GC---TT-T--AG----AAT-TTAT-T-AAC--ATGA-A---T-----AAA----TGTATAAAACC-AAA---ACT-TATA-------TTAGA-T---------T-GAA-CA-ATA--T-TT-T--T----TC-----T--GA---CGAATTTACCTGCCAATTGGGAATCCGTCAAGGGG-AAAATT--TGTCCTCTTTTTTAT--T----TCC--C-----ATTT-GCTT---G--A-----------CTGA-TT-T----AGAA------TTGT-TTTGATAACAAA----G-----agttattatgtctgaaaaatgttactgatttaacaatatgctctgggtaatttttccatttactgtaatatcagtggagacttaaggttaatgtaaataaaacataaattcttgtgtttttaaagggcccgacacctaaaaatacattcaaatacaacgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgctttgcaaaaggaccggaccttgaaaagataatac
gi|9 : agacgaatcactggctgtttattcctctcttatcacatcttaataaatcaaataatcaattagcaatgatagattaaacgaagtagtattaatttcaagttacgagggtggtagttgagagaatttttcaactaacggtcatattttttcgtttaatattttaaaat-A---G--AAAAAAT-----TATAT-TGC--GCTTTTATAGATGTT-CA---AACAGGCGTTTGACA---CTGGTATGGAA-A-AT-GGT--CTATGGGACAAAAATCAAAAA-TT-TTGAACAGTGG------A---AT--AG-AT----GG----A---AACTGTTT----TA----GATTTATGAAA----AATAT--G-T-ACA-AAGGT-A---T-----TAA------------ATC-AAG---GAT-A-----------CAAA-TAGGAGAACAT-GTATCACA-A--T-T--T--T----CCA--TGTGCAA---TGTC------GGTT---------TAAGACAAGGAG-AAAATT--TATCACCGTTTCTAT--T----T----TC----ATT--GTTT---ATTA-----------ATGA-CC-TTGA-A-GA------T--TATTTAACAAGAAA----T-----CAAATAGA-TG----------------GATTTACGT-G-------T-CCT-ACTAA---ACAAATGCAAA-----ATGA-T---AT---GTATGTTA-----TGTTA----AAA-T---------TTTGTATA-CTCT-T-TTATGCAGA-CGACACgatgctgttg
blockSeqs : GGC CTCG G A TTT T T A G T G . ATT G T G TTA A TG AT . AC T AGTC G TCCT A A T TTGAA G GAGGTTGATGT T T ATTTGTCGA T T A AG C T TAT A A TATG G TT TGA G CAGATTTTTTCG TG G AT A A A C CAAT TCCTGTCTTC . AT G A C CT G A AAA GT A GATT TG T G T C GA A CC G TA G CA C TC GCAC TAG A TAGAG GT AAGG AAAAATG G C AT T T G TGATC T T CCTCA T A CT T GACAAAA CAA A G AACCTGTATC C TATA TAATA TTCAAAGGTGTCATAGCAAA TTAT T . CATAAAAGCAAGAATT G TTT C AGTATAG G A A AACA C G T T AATATAC TC TTAT AT GC TATC TTTACC AATTGGGAA A CT C G A A TGTTATATGTTTGATATATTGATGG T G GGATGGTTT A CT GATTTT T TTGTAGTCAGAGGACCTTTGAGTCATGTT A G TT TGC ATCTG C GTAGGATTCATTGTTTGGCGTA AAGTATCGTGTGC AT TCTA T
blockSeqs : . CC G A . T T . . T . . AGT . . . . G T . . . A . . . A . C ATG . . . . T . . . . T T . G . AAT . TG . G . . . T . A A . TA CT . TC G C . T T T G . . TT TT T T . . GA . T G TA G AC . T ACAT AAC . GCA G GCT AAC G . . A A . CA C T CTG T . CT T TA . . G TGACATC . . AAAT AATGAAAATTATAG TCA . . AATAAATGTATAA . TA . A A . A GCT . T C . CTTGT . . . . AT TT . . G A C C A TTTCTTCATTTTCGGA . . AGAAGAGT G GA TGGTG G AAAAAATGTTATTGATCTTTCTA . . A . G C TATGTATGTTA TTTGAAAT A TTA .
blockSeqs : . T . . . . . . . . . . GTC . . . . . . . . . T . . . T . C TC . . . . A . . . . . A . G . A . AA . G . . . . . . T . TT CG . TC . A . T C C . . . CT T T T . . T . T A T A T . T GCA TA . TA G A CA G . . A A . CG C T CA . . T T A . . A TGATC . . A AATAGCAATTTAG CTT . . AATGTAATTA . T . . G . A A . . . . TTA . . . . T . . . . C G A A TTTGCAGCATATTTGA . . TTAGAAT A CT TA A GTAAAGGGTCTATCATT . . T . . G TATTGGTTTT CAAAAAT T CTT .
blockSeqs : . . . A . . . . . G TA . . . . G . . . . . A . A . G . AC . G . . . . . . T . TT CA . TT . A . T G C . . . TT T . T . . G . A . A . G . A CAA TG . TA A G AA A . . A A . CG C T AA . . T C A . . G TATCC . . A AATGCAATTTTAG ATG . . GAGTTCAAT . . . . G . A G . . . . GTT . . . . C . . . . C G A C TTGTAATGTTTTTGA . . TGAAGA A CA G G TGTAAAGGCCTATCAG . . T . . T TATTAATATG GAACC C TTA .
blockSeqs : . A . . . . T . . . . . T . G . A . AT . G . . . . . . A . TA CA . TT . A . C G G . . . T T . C . . G . C . . . T . TT T G AA T . . T T . TA A C AA . . T T A . . G TATC . . A ATTGTAATTTTTA ATG . . AAAAATAAA . . . . A . A G . . . . TTA . . . . T . . . . C G A A CTTCATTCTATTTGA . . GGAA A TG G G TTGAATAGTCTTTC . . A . . C AGCTTATTG AGAT A TTT .
blockSeqs : T . . . . G . . . . . A . T . A . TG . G . . . . . . C . TA CT . A . T . . . G . . . . . . . . G . A G G AA T . . C T . TG A C AA . . T T . . . G TATT . . A TAGATTTATGAAA TT . . AATCAAC . . . . G . G A . . . . CTA . . . . T . . . . G A T A TTTCATTGTTCTTTT . . AGAA C CA G G TGGATTTACGTG . . T . . T ACTTTTTG AAAT . . .
blockSeqs : . . A . AT . G . . . . . . . . A CT . . . . . . AT A . . A A . CC T T CG . . C . . . . G TCTT . . A AATGCTTTTTAA TT . . TATTAA . . . . A . A A . . . . GTT . . . . C . . . . G T T A TTCCCATTTGCTTGA . . AAA A GA T . TTAACGAG . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . C A . . T A . CA T C CT . . . . . . . A TAC . . A TGTGATCGTA TT . . ACAAT . . . . . . . . . . . . TTT . . . . A . . . . G C T A TTTCATTGTTTATTA . . AAA . . .
blockSeqs : . . . . T . . G G T GG . . . . . . . T AAT . . A AATGCTTTAG TC . . . . . . . . . . . . . . . TT . . . . C . . . . G C T . GTTATTCATTTGA . . AAA .
blockSeqs : . . . . . . . T . . . CAATAT TA . . . . . T . . . . A A T . TTTC .
blockSeqs : . . . . .
blockSeqCons : N* A***** TT T* G* C** GCA** TAG G***** CG**** AATGCGATTTTAG************ AATCAAT******************* TTN**** AGAA********** NTAAAGGATCTNTCGTG******************** TATTGGTNTG************* TTN**
originalCons : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAATGA-GT-AC-GTTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-ACCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TNAAA---ACAAAGGGGAGCAAC-CCG---A--C-CCCAAAAANT---ATAGACC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACT--NTTTA---CG-----T-CAATNTTAAATA-CAAGA-T-TAATNAATTTNT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGTAA-AA-TCAGGCTGG-T-TTC-GGAAAAGGTTATTCCGTCG-C-GGACAATATTTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---G--AAAAAAA-----TGTAT-TGC--GCNTTTATAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTCGATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCGATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CAA----T------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-A--T-TA-T--T----CCA--TGT--AA---CGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACC--TNTCGCCCTTNCTAT--T----T----T-----ATTC-GTTT---G--A-----------ATGA-CT-T----A-AA------TCATATTTGATCTCNAA----G-----CTAATAGA-TGTA-----AA-------GGTCTNTCA-G-------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----ACGA-T---AT---TTGT-TTG-----TATCT----AAA-T---------TTTTTATA-TTAT-T-NTATGCAGA-CGACAC
finalCons : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAATGA-GT-AC-GTTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TA-CA--CCN-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-ACCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TNAAA---ACAAAGGGGAGCAAC-CCGA-----C-CCCAAAAANT---ATAGACC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACT--NTTTA---CG-----T-CAATTTTAAATA-CAAGA-T-TAATNAATTTNT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGTAA-AA-TCAGGCTGG-T-TTC-GGAAAAGGTTATTCCGTCGC--GGACAATATTTT-TGT-CTGCA--GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-AG-----AAAAAAA-----TGTAT-TGC--GCNTTTATAGAT-TTCG----AAAAGGCCTTCGATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTTAATGCGATTTTAG------------AAT-T--T-T-ACC-AAGGAATCAAT-------------------AATC-AAG---AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG---T-GTA-CA-A-ATTN----T--T----CCA--TGT--AA---CGAA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACC--TNTCGCCCTTNCTAT--T----T----T-----ATTC-GTTT---G--A-----------ATGA-CT-TAGAA----------TCATATTTGATCTCNAA----G-----CTAATAGANTAAAGGATCTNTCGTG--------------------T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----ACGATATTGGTNTG-------------TATCT----AAA-T---------TTTTTATA-TTATTN--TATGCAGA-CGACAC
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTGTACAACTGATAAGTGTATTTGTGCTTGATTCTAAGTAAGTATGAATGAGCACAAAAACATTGTTGTGCTGACCTGTAGATTTTAAAGAGGCTTATGCCTTTTGAGAAATGCCCCCAGGGACCAAAATTTAAACTGTGGAATAAATGAAAATATTTAGATTATATTTTAAAAATTCATACAATGGTAAAAATCAAAGAAACGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ATCAGAATTTTTCATGTGCAGTATTGGTTTAAGTCAAAAGGAAAATTGCCTGTCGATGACCTTGAAGATTATTTAACAAGAAATCAAATATATTGATTTACGTGTCGTACCAAGTCAATGCAAGATGATATGTTTGTTATGTTAAAACTTTGTATTCCTTTCGATGCAGCTGATAATG
Unaligned ( gi|17 ): TGTTCAAACCTTTGGGCATGTCATGTTGGCATGAGACAGGGTGAACACCTTTCACCATTTCTTTTTGCACTATCCTTAAATAATTTTGAAGAATTCCTTTTTTACACATGCAACCAAACAGGTAAACTTATAAAACAAAGGCGA
Unaligned ( gi|19 ): CTAACACAATTTTCGAAACTGGTGTGCGTCCTTCCTAGTGGACCTGTGGTGATGTAATTTATGTGTAACCCCCCCCCCCCGGGCCAAAAATGACCCTGAACCCTACCCCTTATTATTATAGACCCATTGCTTGTA
Unaligned ( gi|20 ): TATGTAAGAGATGGTTCTATTTGTTCGGATTTTTGTTAACTTCAAATACCGGAGTCAGACAGGGTGAAAACCTATCACCACTTTTGTTTTCCATATCTCTCAATGATCTGGTTGATT
Unaligned ( gi|22 ): CTGAAAACGCTACTGATTTACAATATGCTTTAGATAATTTTTCCATCAGTGGAGCTTAAAAAAAAGTGTTTTCAAAGAGCTTGGTACCTAAAAATACATTCAAATACAAT
Unaligned ( gi|25 ): CATACTTATTTTACAATTCTTGTGTCAGACACTAATTACTAATAAAAAAAAACCCAAACTTTTTTGTGCTTTTATTGACTTCAAAC
Unaligned ( gi|26 ): ATATACTTATTTTACAATTCTTGTCTCAAACATTTTAAATTAGTTATAGGGAGAAACTTTTATGTGTTTTTATTGACTTCAAAC
Unaligned ( gi|27 ): ACTTCATATTGGAGTTAGATATGGTGAAAATTTATCACCACTTTTGTTTTCCATATTTCTTAACGATCTGGTTAATGT
Unaligned ( gi|28 ): CAAAGTCGATTTAAGACAAGGAGAAAATTTATCACCGTT
Alignments
lowQualScore : 111 333333 111 1 1 1 1 1 1111 1 1 1 111 11 11 11 1111 1111 111111 1 22222222222 222222222 1 111 111111 222222222222 1111 1111111111 11111 1111 111 11 11 222 11 11111 222 111111 222222 1111111 111111 11 2222222 11111111111111 11111111 1111111111111111111111111 111111 6666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 222222222222222222222 111111111111111 111111111 222222222222222222 111 111111111111111111 1111 1111111111 111111 222222222 22222222222222 11111 22222 33333333333 333333333333333333
lowQualScore : 777 444444 2 3 777 3 3 0 0 5 0 0 2222 0 0 0 0 0 777 7 33 11 8 11 99 7777 8 7777 6 8 3 777777 1 77777777777 5 5 444444444 5 5 5 77 1 1 000 9 5 0 555555 5 11 777 1 222222222222 66 4 66 8 8 3 5 0000 6666666666 5 22222 1111 5 55 6 6 555 77 5 9999 22 8 3 5 6 55 6 88 3 11 3 555 0 6 00 22222 111 5 000000 55 000000 5555555 2 4 55 1 1 4 888888 2 1 555555 8 0 3 00 7 7777777 666 3 3 66666666666666 3 7777 00000000 6666666666666666666666666 111111 3 0 3 1 0000000000000000000000000000000000000000000000 3 1 5555555 4 3 222 555 3 3 3 3 777777777777777777777 44 7777 44 3 44 777777777777777 0 333333333 0 0 3 77 1 3 1 1 555555555555555555 222 999999999999999999 6666 4 4 3333 3 44 6666666666 0 5 2 1 666666 000000000 2 55555555555555 0 5 1 5 66666 33333 3 6 11111111111 9 7 1 6 333333333333333333 6 6 77 6
lowQualScore : ... ...... . . ... . . . . . . . .... . . . . . ... . .. .. . .. .. .... . .... . . . ...... . ........... . . ......... . . . .. . . ... . . . ...... . .. ... . ............ .. . .. . . . . .... .......... . ..... .... . .. . . ... .. . .... .. . . . . .. . .. . .. . ... . . .. ..... ... . ...... .. ...... ....... . . .. . . . ...... . . ...... . . . .. . ....... ... . . .............. . .... ........ ......................... ...... . . . . .............................................. . . ....... . . ... ... . . . . ..................... .. .... .. . .. ............... . ......... . . . .. . . . . .................. ... .................. .... . . .... . .. .......... . . . . ...... ......... . .............. . . . . ..... ..... . . ........... . . . . .................. . . .. .
lowQualScore : 555 222222 5 2 555 2 2 0 0 5 0 0 0000 0 0 2 2 0 555 0 22 00 0 00 00 0000 0 0000 0 0 7 333333 4 11111111111 7 7 777777777 7 7 7 99 4 0 000 6 0 2 444444 0 88 888 1 888888888888 11 4 11 9 9 5 0 1111 6666666666 0 44444 8888 7 99 6 6 777 99 7 4444 99 4 6 7 7 88 7 88 2 66 2 444 6 7 22 44444 444 7 666666 88 111111 6666666 3 0 55 0 2 0 111111 3 2 666666 0 7 6 77 9 7777777 444 6 1 44444444444444 3 1111 00000000 8888888888888888888888888 000000 6 5 6 6 3333333333333333333333333333333333333333333333 6 4 5555555 3 6 222 444 6 6 6 3 444444444444444444444 66 1111 66 3 66 333333333333333 2 333333333 8 2 3 99 0 1 0 2 333333333333333333 000 333333333333333333 9999 0 1 9999 6 11 2222222222 1 7 7 0 444444 111111111 3 77777777777777 1 7 7 7 11111 33333 7 7 77777777777 3 5 0 7 222222222222222222 7 7 77 7
consensus : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAATGA-GT-AC-GTTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-ACCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TNAAA---ACAAAGGGGAGCAAC-CCG---A--C-CCCAAAAANT---ATAGACC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACT--NTTTA---CG-----T-CAANTTTAAATA-CAAGA-T-TAATNAATTTNT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGTAA-AA-TCAGGCTGG-T-TTC-GGAAAAGGTTATTCCGTCG-C-GGACAATATTTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---G--AAAAAAA-----TGTAT-TGC--GCNTTTATAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTCGATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCGATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CA---A----T------AA---TC-AAG------AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG--T-GT-A-CA-A-----------A----TT--TT--T----CCA--T-GT--AA---CG--AA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACC--TNTCGCCCTTNCTAT--T----T----T-----ATTC-GTTT---G--A-----------ATGA---CT-TAGAA----TCATATTTGATCTCNAA----G-----CTAA-TAAAGT------AAA-G-------GACCT----NTCGTG--T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----ACGA-TA-----------TTGGTNTGT-ATCT----AAA-T---------TTTTTATA-TTAT-T-NTATGCAGA-CGACAC
Reference ( family-985 ) : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAATGA-GT-AC-GTTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TA-CA--CCN-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-ACCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TNAAA---ACAAAGGGGAGCAAC-CCG---A--C-CCCAAAAANT---ATAGACC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACT--NTTTA---CG-----T-CAATTTTAAATA-CAAGA-T-TAATNAATTTNT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGTAA-AA-TCAGGCTGG-T-TTC-GGAAAAGGTTATTCCGTCG-C-GGACAATATTTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---G--AAAAAAA-----TGTAT-TGC--GCNTTTATAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTCGATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCGATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CA---A----T------AA---TC-AAG------AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG--T-GT-A-CA-A-----------A----TT--NT--T----CCA--T-GT--AA---CG--AA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACC--TNTCGCCCTTNCTAT--T----T----T-----ATTC-GTTT---G--A-----------ATGA---CT-TAGAA----TCATATTTGATCTCNAA----G-----CTAA-TAGANT------AAA-G-------GATCT----NTCGTG--T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----ACGA-TA-----------TTGGTNTGT-ATCT----AAA-T---------TTTTTATA-TTAT-T-NTATGCAGA-CGACAC
gi|1 : TTTGTCT---CGAAACGC--TAAGGAATATAAAAACGAACA---AATATTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAA-GA-GTGACAGT--A-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACAT-ATACG--TAACA--CCTTATTCAA----TTTT-AAA----TTTGAAT-ACTGGGT-T---AATGACCTG-----------AACA-CTGG-CTCTC--------AGGTAA-TA-TCATTC-C--GATCTA-TAAAA---ACAAAGGGAA-CAAC-CCG---AT-C-CCCAAAAAAT---ACA-ATC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAG-GGAAACA--TTTTA---CG-----TTCAAATT--AATA-CAAGA-T-TAATTAATTT-T---CTGA--T-GAATT--TTCTA--AATTATGTAA-AA-TCAGGCTG--T-TTT-AGAAAAGGTTATTCTGTTG-TTGGACAATATTTT-TGT-CTGGCA-GCTT-AGT-AG-AAT-TA---CTAG-A---GCTAAAAAAA-----TGTAT-TGC--GTATCTAAAGAT-TTTCG---AAAAAGCCTTTGATA---A-ATTATGGAG-AGAT-GGG-TCTGTGG-------AT---AA--TTGTTGATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCAA-TT-T--AG----AAT-T--T-T-ACCGAAGGATA---T-----CA---A-----------AA---TC-AAG------AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG--T-GT-A-CA-A-----------A----TTA-CT--T----CCA--T-GT--AA---TG--AA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAACCG--TCTCGCCCTTACTATTGT----T----T-----ATTC-TATT---G--A-----------ATGA---CT-TAAAA----TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAATTAATGT------AAA-G-------GACCT-----TCA-G--T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----AGGA-TA-----------TTTGT---T-ATCT----AGA-T---------GTTTTATA-TTAT-TATTATGCAGA-TGACAC
gi|10 : gtAT-GGT--CTGTGGTA-----AT---AAAATTGTTGATAAATAA------TG--AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AATAGCAATTT----AG----A---T--T-T-ACC-AGGAG-AGT-T-----CA---A----T------CA---TC-AAGTTT---AAT-TGATAGTATAGTTTGAATAGCAGGCTT-GT-A-CATG-----------A----TT--AT--TTTATCCA--T-GT--AA---TG--AA------GGCC---------TACGGCAAGGGA-AAAACCCTTCTCGCCCTTACTAT--TG---T----T-----ATAT-GTTT---G--ATATATTGATGGATGA---CTGTA-AA----TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAA-TATATTGTAGTCAGA-G-------GACCTTTGAGTCATGTTT-ATT-AGTGATTGACA-A---GAAATCTGACGAGTAGGATTCATTGTTTGGCGTAT-ATCT----AAG-TATCGTGTGCTTTTTATATTTATCT-ATATGCACA-tg
gi|11 : taataagtgattgaTAACGTTTGTCTGGCCGAA-C-TCGTAAGGAATATAAAAACGAATATTTGATC-TTCAGGTGAGGAACGGGGATAATAAATGAGGT-AC-ATTAAGACACTTCATTAATCTTCATGGCTTATAG-CA--ATACGATTA-CGACCCT-ATTCAAAGTCCTTAGATATCCTTTTGGATAACTGGAT-TTGAAAT-ACATGGAGGTTGATGTAACATATGGTCTCTCATTTGTCGAGGTAATTATTCATTC-CAGGTTCTA-TTAAATATACAAAGGGGAACAACACCGTATG--CGCGCAAAATTTTGAAGAGACTCAGATTTTTTCGAATCACCTGATGTAATT-A-GCTGTGTAG-GGAAACCAATTTTATCCTGTCTTCT-CAAATTTAAATAGCAAcctagatgatcgacac
gi|12 : AG-A---A--AAAGAAAC----TGTAG-TGT--GCTTTTATTTAT-TT-CA---AAGCACCTTTTGACA---C-AGTAAGGCGTATAT-AAT-TTTG--G-------A----AAA-T-GTTGTTAAACAA------TGACAT-CAA-AG----GG--------AAATGCTT---------CAA----T--AT----AAT-T--CAT-ATC-ATGTA-----------CA---A----T------GA------GAGTA----AATCTAGC-------TTTAA-AAACAAA--C-AC-AGCG-A-----------G----GT--TT--T----CCT--T-GC-------CA--AATT----GGGG---------TTCGTCAGGGGA-AACATT--TATCCCCCTTCTTAT--T----TGTAAT-----GTT---TTT---G--A-----------ATGA---TT-TGGA
gi|13 : caTATTGATAGCTAAAACCTGT---AT-CAACAG----GGTAATA---AGATGTTT----AAT-GAAAATTAT--AG----ATT-T--T-TTACC-AAGAA-AAAAT-----AA---A-----------AA---TCGAAG------AAT-TGTT-------TTGGG-TAGCAGG--TCGT-A-CA-A-----------AAATATA--CT--T----CCA--T-GT--AAA--TG--AA------GGCT---------TACGGCAAGGGGAAAAACC--TCTCGCCC-TACT-T--T----T----T-----CTTC-ATTTTCGG--A-----------ATGATCTTT-TAGAAT---TCACATtggttttctgtttgaatgaaatatcattggattaacgagtattactaaagaaatggaatcaaagcttattgtatttcaaaaatcatttctttaatgcaagtgacaccgt
gi|16 : -TA--T-A-GCT---------AAACT--ATCTA---CT-----T-CAATCTTGAATG-AACGA-TCTAATGA--TTATG--CAAA--CAGAGTC----CAATGAATTATGGAA-AA-TCAAGCTGGAT-TTT-Gaa
gi|18 : cTATG--TA-TA--CCA-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGA-T-ACCGGTG-T---CAT-ACCAG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------TGGTAA-TG-TCATTC-C--GATCTACTTAAA---ACAAAGGGGAGTAAT-CGG---A--C-CCCAATATGT---ATAGACC------------AACCACC--AT-TA--T-A-cacacattatttttctttcacatactgataaaaatgtttgaaaattatactgcatgt
gi|2 : TAACGTTTGTCT---CGAA-C-C--TAAGGAATATAAAA-CGAACA---AATCTTTCAGGTGAGG-AC-GGGATAATAAA-GA-GT-AC-AGTAA-ACAC-TCAGTAACTTCCAT-GC---TAGACATGATACG--TA-CA--CCT-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGAAT-A--GGGT-----AATGACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------AGGTAA-TA-TCATTCAC--GATCTA-TAAAA---ACAAAGGGAA-CAAC-CCG---AATC-CCCAAAAAAT---ACA-ATC------------AATCACC--AT-TA--T-A-GCTGTGTAGCGGAAAC---ATTTA---CG-----T-CAAATT-AAATA-CA-GA-T-TAATTAATTTTT---CTGA--T-GAATT--TTCTAT-AATTATGT-A-AA-TCAGGCTGT-T-TTT-AGAAAAGGTTATTCTGTTG-T-GGACAATA-TTT-TGT-CTG-CA-GCTTTAGTTAG-AAT-TA---CTAG-A---GCTAAAAACA-----TGTAT-TGC--GTATCTAAAGAT-TT-CG---AAAAGGCCTTTGATA---A-AGTATGGAG-AGA--GGT-TCTGTGG-------AT---AAA-TTGTTGATAAATAA------T---ATCCAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-GCAATTT-T--AG----AAT-T--T-T-ACC-AAGGA-A---T-----CA---A----C------AA---TC-AAG------AAT-TGTT-------TTTGA-TAGCAGG--T-GT-A-CA-A-----------A----TT--AT--T----CCA--T-GT--AA---TG--AA------GGCC---------TACGGCAAGGGG-AAAACCG-TCTCGCCCTTACTAT--G----T----T-----ATTC-ATTT---G--A-----------ATGA---CT-TA-AA----TCATATTTGATCTCTAA----G-----CTAA-TAATGT------AAA-G-------G-CCT----ATCA-G--T-ATT-AGTGA-TGACATA---GAA-----AGGA-TA-----------TTGGTTTTT-ATCT----AGA-T---------GTTTTATA-TTAT-T-ATATGCAGATTGACAC
gi|21 : AAAAAA-----TGTAT-TGC--GTATTAATATAC-CT-CG---AGAAAGCCTTTGATA---A-AGTATGGAG-AGAT-GA--TCTGTGGA------AT---AAA-TTGTTTATAAATAA------T---AT-CAA-AG----GG----A---AAATGTTT----AAT-G
gi|23 : GAGAGCAAT-CTG---G--T-CCCAAAAACT---ATAGACT------------AATCACC--AT-TA--TTA-GTTGTGTTG-AGAAGCT--TTTTA---CA-----C-CAA-------------GA-T---AT--ATTCCT---CTGG--T-GAATT--CTCTAT-AA-TATATAA-
gi|24 : CCGGGT-T---AAT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------GGGTAA-TA-TCATTC-T--GATCTA-TAAAA---CCAAAGGGGAACAAC-CCG---A--T-CCAAAAAATT---ACAGACC------------AATCACC--A
gi|3 : ---CGAA-T----TAAG-AACCTAAAAACGAACA---AATCTT-CAGGTGAAA-GT-GGACTGCTAAATGA-TT-AT-GTCAA-ACAT-TCAATAAATTCCGT-GT---TAGGCAT-ATATG--TA-TA--CCA-ATTCAA----TTTA-ATA----TTTGATT-TCGGGGT-T----AT-ACCTG-----------AACA-ATGG-CTCTC--------TGGTAA-TG-TCATTT-C--GATCTATTTAAA---ACAAAGGGGAGTAAT-CGG---A--C-CCCAAAATGT---ATAGACC------------AACCACC--AT-TA--TAA-GTTGGGTTG-GGAAACT--TTTTA---CA-----T-CAATCTTAAATA-CAAGA-T-TAAACAATTTCT---CTGA--T-AAATT--TTCTAT-AA-AATGTAA-AACTCAGGCTGG-TATTA-AAAAAAGGTTATTCTGTTG-G-TAATAATATTTT-TGTCCTG-CACGTTTTA-TTGG-AAT-TAGAGCTAA-AAAGG--AAAAAAAAAATGTATAT-TGT--GTATTTATAGGT-TT-TGATCAGAAAGCCTTTGATA---A-ATTATGGAG-AGAT-GGT-T-TGCGGA------AT---AAA-TTGCTGATAAATA---------------AA-AG----GA----A---AAATCTTT----ATT-GTAATTT-T--TA----TAT-T--C-T-ACC-AAGG------------------------------------------------T-TGTT-------TTT-A-TAGTAGA--T-GT-T-CA-A-----------A----CT--ATTCT----CCA--T-GT--AA---TG--AA------GGTC---------TAAGACAATGAG-AAAACC--TCTTGCAATTACTCTC-T----T----C-----ATTCTATTT---G--A-----------ATGA---TT-TGGAA----TCATATTTGATCT--------------CTAA-TAAAGT------AAA-G-------GGTCT----ATCATT--T-ATT-AGTGA-TGACAT
gi|4 : ttgtgaaacagATTTT-TGT-CTC-AA-ACATT--TTAA-AAT-TA---GCAGTA---G--AAAGAAA-----CTTTTCTGT--GCTCTTATTGAC-TT-TA---AACAAGCATTCCATA---C-GGTATGGAG-AGAT-GGTCTCTG-GT-------AT---AAA-CTGTAAATAAAGAA------T-----------G----G-----------ATGGCC----AAT-GCT-TTT-T--AA----AAT-T--A-T-A-T-ACGAA-A---T------ATGTA----T------AAGGGTA-TAA------AAT-CACT-------T---A-TAA-AGA--T-GA-A-TA-ATAAAACCTCTGA----GT--TT--T----TTAGTT-GC--AA---TGTCGG------GGTC---------TGAGTCAAGGGG-GAAATG--TGTTCCCTTTTTTAT--T----T----T-----
gi|5 : atatacttgttttacaGGTAT---GAT-TCCTT-----------CACA-GTGG-ACTTG--------GGGTAA-CA-TAATTC-C--ACTGTA-CAAAA---ATAAAGGTGATGACT-CTG---A--C-CCTCAAAATT---ATAGGCC------------TATTACT--TT-GA--T-AAGCTGTTTAG-GTAAACT--ATTTA---CT-----T-CAATTCTGAATT-AAAGACT-TAATGAATATGTAAATCGAGTT-GAATTGATTCT--------TG-AA-AA-TCAAGCTGGAT-TTC-GCAAGA-ATT-TTTCAACA-CAAGACCATATTTTCTCA-CTA-CATACTCT-GATAGAAAT-TT---TTA---------AAAAA---------------C--ACC------AAT-TT--G---AAAAGGCATTCG-TACCTC-AGTTTGGCGTAGATAGGT-CTTTTGGA------AT---AAA-ATATCCATTATTAA------T---A--CAA-AGTATAGG----AAATAAATGTTTTTCAAAG-GTG-TCA-T--AGCAAAAATCT--T-T-AGC-ATGGA-A---TG----TA---A----TTA----AA---TC-AAG------AG--TGTCA------TGTAA-TGGTCAA--T-AT-T-CA-G-----------A----CTTGTT--T----CCA--T-GT--AA---CG--TC------GGAG---------TTAGACAAGGGG-AAAACC--TGTCACCTTTTCT-T--T----T----TGCAGCAT---ATTT---G--A-----------ATGA---cacttttattaatgttcttgaagatttttttataggggaaaaaatgtccttggtcttcctacaattgaacaatgtatcgaaggtgaactttttgtatttttgaaattatttaacctgctatatgctgatgatacagttaatatgtctgacaatgctactgatttataatgttaatgtcaatgtaaataaaataaagatacttgtgttttcaacgggtctggcacctaaaaatacattcaaacacaccgatgatgtaattgaaactgttaaagacttagtataatcttttcaaagtccgggtccttttgaaaagcaaag
gi|6 : tgatccaagtttctt---ATAGACC------------AATTACT--AT-CC--T-AAGTTGTCTCG-ACAAATT--ATTCT---CT-----T-CCATTCTCAATAGTATAA-T-CAATGAATATGT----TGA--T-GCAGC--T-CAATTAATTCT-CAATAA-TTAAGCCGG-T-TTCCGGAAAAAAT-ATTCC-TCAAC-GGACCATATTTT-TA----------CTTAACATAA-AAT--A---CTGT-A---G--AAAAAC------TTTAT-TACATGTATTTATTGAT-TT-TG---AAA-GGCTTTTGATT---C-TGTTTATAA-AAA--------------------AT---AA--TT-TTGAAAAGTAA------T---AT-TAA-TG----GG----A---GA-TGTTT------T-GTGATCG-T--A-----AATAT--G-T-ACA-ATGGC-A---TAAAAGCA---AGAATT------AA---TC-AAAT-----AAC-TGTT-------TTT---T--------T-TT-A-GA-A-----------A----GT--TT--T----CCA--T-GT--AA---AA--GA------GGAG---------TTCGGCAGGGGA-AAAATC--GGTCTCCTTTTTTAT--TTTCAT----T-----GTTC-TTTT------------------ATGA---TC-TAGAAGAGTTCA----TGATTTCAAATGGTG-----CCAC-TAGATT------GAA-T-------AGTCT----TTCGTC--A-A---AAT-A-TGA--------GA-----ATGA-TA-----------TTAATATGT-ATTT----GAACC---------TTTTTGTT-TTAC-T-TTATGCAGA-CGtgttga
gi|7 : -A-----------G----TT--TT--T----CAA--TTGT--AATATCG--GA------GTCC---------AACAG---GGGG-AAAATC--TGTCCCCCTTTTTAT--T----------------TTC-ACTT---A--A-----------AT------T-----A----TCA-A--CGATCTTGAA----GATTTTTTGA-CAGAAA------AAA-ATGTTATTGATCT----TTC-TA--TAATTGAGCAA-TG-TATT---GAAG----ACGA-AC-----------TT--TTTGT-ATTTTTTGAAA-T---------TATTTATC-CTGT-T-ATATGCTGA-TGATAC
gi|8 : ttttaatttataaacacactatatgttttgaaaggtatataaatcacttatagatagaatatataggaacttctg-GCTT--GTTGA-AATGCA---CTAG-A-------AAAAAA-----TATTT-TGC--GCTTTCGTAGAC-TT-CC---AAAAGACTTTCGATA---G-GGTGTGGTG-GATT-GGTCTCTG-GA-------AT---ATA-GTTTTGATGAGCAA------T---CT-TGA-TG----GT----A---------------AAT-GC---TT-T--AG----AAT-TTAT-T-AAC--ATGA-A---T-----AA---A----TGTATAAAA---CC-AAA------ACT-TATA-------TTAGA-T--------T-GA-A-CA-AT----------A----TT--TT--T----TC------T--GA---CG--AATTTACCTGCCAATTGGGAATCCGTCAAGGGG-AAAATT--TGTCCTCTTTTTTAT--T----TCC--C-----ATTT-GCTT---G--A-----------CTGA---TT-TAGAA----TTGT-TTTGATAACAAA----G-----agttattatgtctgaaaaatgttactgatttaacaatatgctctgggtaatttttccatttactgtaatatcagtggagacttaaggttaatgtaaataaaacataaattcttgtgtttttaaagggcccgacacctaaaaatacattcaaatacaacgataannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnntttgctttgcaaaaggaccggaccttgaaaagataatac
gi|9 : agacgaatcactggctgtttattcctctcttatcacatcttaataaatcaaataatcaattagcaatgatagattaaacgaagtagtattaatttcaagttacgagggtggtagttgagagaatttttcaactaacggtcatattttttcgtttaatattttaaaat-A---G--AAAAAAT-----TATAT-TGC--GCTTTTATAGATGTT-CA---AACAGGCGTTTGACA---CTGGTATGGAA-A-AT-GGT--CTATGGGACAAAAATCAAAAA-TT-TTGAACAGTGG------A---AT--AG-AT----GG----A---AACTGTTT----TA----GATTTATGAAA----AATAT--G-T-ACA-AAGGT-A---T-----TA---A------------A---TC-AAGGATACAAAT-AG------------GA-GAACATG--T-ATCA-CA-A-----------------T--TT--T----CCA--T-GTGCAA---TG--TC------GGTT---------TAAGACAAGGAG-AAAATT--TATCACCGTTTCTAT--T----T----TC----ATT--GTTT---ATTA-----------ATGA---CC-TTGAA----GATTATTTAA----CAA----G-----A-AA-TCAAAT------AGATG-------GATTT----A-CGTG--T-CCT-ACTAA---ACAAATGCAAA-----ATGA-TA-----------T--GTATGTTATGTTA--AAA-T---------TTTGTATA-CTCT-T-TTATGCAGA-CGACACgatgctgttg
10 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|14 ): TTGTACAACTGATAAGTGTATTTGTGCTTGATTCTAAGTAAGTATGAATGAGCACAAAAACATTGTTGTGCTGACCTGTAGATTTTAAAGAGGCTTATGCCTTTTGAGAAATGCCCCCAGGGACCAAAATTTAAACTGTGGAATAAATGAAAATATTTAGATTATATTTTAAAAATTCATACAATGGTAAAAATCAAAGAAACGATTA
Unaligned ( gi|15 ): ATCAGAATTTTTCATGTGCAGTATTGGTTTAAGTCAAAAGGAAAATTGCCTGTCGATGACCTTGAAGATTATTTAACAAGAAATCAAATATATTGATTTACGTGTCGTACCAAGTCAATGCAAGATGATATGTTTGTTATGTTAAAACTTTGTATTCCTTTCGATGCAGCTGATAATG
Unaligned ( gi|17 ): TGTTCAAACCTTTGGGCATGTCATGTTGGCATGAGACAGGGTGAACACCTTTCACCATTTCTTTTTGCACTATCCTTAAATAATTTTGAAGAATTCCTTTTTTACACATGCAACCAAACAGGTAAACTTATAAAACAAAGGCGA
Unaligned ( gi|19 ): CTAACACAATTTTCGAAACTGGTGTGCGTCCTTCCTAGTGGACCTGTGGTGATGTAATTTATGTGTAACCCCCCCCCCCCGGGCCAAAAATGACCCTGAACCCTACCCCTTATTATTATAGACCCATTGCTTGTA
Unaligned ( gi|20 ): TATGTAAGAGATGGTTCTATTTGTTCGGATTTTTGTTAACTTCAAATACCGGAGTCAGACAGGGTGAAAACCTATCACCACTTTTGTTTTCCATATCTCTCAATGATCTGGTTGATT
Unaligned ( gi|22 ): CTGAAAACGCTACTGATTTACAATATGCTTTAGATAATTTTTCCATCAGTGGAGCTTAAAAAAAAGTGTTTTCAAAGAGCTTGGTACCTAAAAATACATTCAAATACAAT
Unaligned ( gi|25 ): CATACTTATTTTACAATTCTTGTGTCAGACACTAATTACTAATAAAAAAAAACCCAAACTTTTTTGTGCTTTTATTGACTTCAAAC
Unaligned ( gi|26 ): ATATACTTATTTTACAATTCTTGTCTCAAACATTTTAAATTAGTTATAGGGAGAAACTTTTATGTGTTTTTATTGACTTCAAAC
Unaligned ( gi|27 ): ACTTCATATTGGAGTTAGATATGGTGAAAATTTATCACCACTTTTGTTTTCCATATTTCTTAACGATCTGGTTAATGT
Unaligned ( gi|28 ): CAAAGTCGATTTAAGACAAGGAGAAAATTTATCACCGTT