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lowQualScore                  :                       ..  .. .     ..  .   .  ..  ..  .   . ..... . .  .     ...............  .  . .     .. .   .  . ... . . ..  .  .....     .  ...  .. .  . .  ....... ....   ..... . . .. .   ...  . .. .   .. ..... . . .  .    ..  . ..  .           
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Reference ( gi|9 )            :                 GGTGGGA-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCCAAA-AA--TTG-T-CC-ATTTCTTCCT--C-CTGA-CCG-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--CA-A-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TACA--CC-A--GA-TTATCTGTTTA
gi|2                          :                 GGTGGGG-AC--G-AAGG----T-CCC-GT--TT--GCAAAAGAA--TGG-T-CC-ATTTCTTCCT--C-CTGAACCG-AG-T-CCTTT--G-AGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-AA--CTCTT-CC---AA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GTC--G-----C-A-C-AG-TACA--CCAA--GA-TTATCTGTTT
gi|14                         :   aaacgatgattttgGGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCT-GT--T---GCCAAA-A---TGG-T-CC-ATTTTCTTCT--C-CTGA-CCG-AG-T-CCTTT--GCGGA-AT-G--TA-A-A--AA-A------CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T---C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-CACA--CC-A--GA-TTATCTGTTtat
gi|11                         :                 GGTGGGA--C--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCAAAA-AA--TGG-T-CC-ATTTC----------------G-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA------CCTT-CC---CA--T-GC-A-CA-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TACA--CC-A--GA-TTATCTGTTTA
gi|7                          :    aaacgatgatttgGGTGGGA--C----AAGGC--CC-TCC-GT--TT--GCAAAA-AA--TGG-T-CC-ATTTC----------------G-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TAGA-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T--CC--G-----C-A-C-AA-TACG--CC-A--GA-TTATCTGTTTA
gi|5                          : aaaagaatgatttttgGGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCAAAA-AAAATGG-T-CC-ATTTC----------------G-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-G-A--AA-AA-AC--CTCTT--C---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-ACC--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TACG--CC-A--GA-TTAGCAGTTTAt
gi|3                          :   aaaagatgattttgGGTGGGG-ACACG-AAGGC--CT-CCCTGT--TC--GCCAAA-AA--GTGGTACC-ATTTCTTCCT--C--TGA-CCG-AT-TGCCTTT--G-GGATAT-G--TA-A-A--AA-AACACAACTCTT-CC---CAGAT-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AACA--T-GTC--G-----C-A-C-AA-TGCA--CC-AGCGA-TTATCTGTTTAt
gi|8                          :                 GGTGGGGGAC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TTT-GCAAAA-AA--TGG-T-CC-ATT-----------------CG-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-G-A--AA-AA-AA--CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------G----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-CAAA-AACG--CC-A--GA-TTATCTGTTTAt
gi|13                         :    aaaagatgatcttGGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CC--GT--TT--GCAAAA-AA--TTGGT-CC-ATTTC----------------G-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-T-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC----A--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CTC---AA-A--T-GCC--G-----C---C-AA-TACG--CC-A-------ATCTGTTTA
gi|17                         :   aaaagatgattttgGGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--T---GC-AAA-AA--TTGGT-CC-ATTTC----------------G-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-T-A--AA-AA-AC--CTCTT-CCATGCA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CTC---AA-A--T-GCC--G-----C-C-C-AA-TACG--C
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gi|12                         :   aaacgatgattttgGGTGGGG-AC--G-AAG-C--CT-CCC-GTAATA--CCCAAA-AA--TAG-TTCC-ATTTCTTCCT--CGCT-A-CCG-AG-T-CTTTT----GGA-AT-G--TA-A-A--AA-CA-----CTTTT-CC---CC--T-GC-A-GG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC----A-A--T-GCC--G-----CAA-C-AA-T--A--CC-A--GAGTTATCTGTTT
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gi|28                         :    aaacgatgatttgGGTGGGG-AC--G-AATAC--TT-CCC-GT--TT--GC
gi|18                         :   caaacgatgatttttGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCCAAA-A---TGG-T-CC-ATTTCTTCCT--C-CT---------------TT--G-GGA-AT-G--TA-ATA--AA-AA-A----TCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---GA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TACA--CC-A--GA-TTATCTGTTTA
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gi|4                          :                    GGGG-AC--GCAATGC--C--CCC-GT--TT--GCAAAA-AG--GCG-T-C--ATT-----------------CG-AGGT-CCTTT--G---A-ATAG--TT-A-A--AA-AA-AC--CTCTTTCC---CA--TTGC-A-C--------T----CTG-----T-A-C--A-CCA---AA-T--T-GCCT-G-----C-A-C-AA-TACC--CA-A--GA--TATCTGTTTAttaa
gi|16                         :   aaaagatgatttgttacgtaA-AC--G-A--GC--CTTCCC-GT--TTTTGCCAAA-A---TGG-T-CC-ATTT--TCCT--C-CTGA-CTG-AG-TTCCTTT--G-AGA-AT-G--TA-A-A--AA-CA-AA--TTCTT-TC---CA--T-GC-A-CG-------C----CTG-----T-A-C--A--CC---AA-A--TGGCC--G-----C-A-CGAA-T-CA--CC----GA-TTATCT-TTTAt
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1 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTCTTGCCTTC






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Reference ( family-970 )      :                     GGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCNAAA-AA--T-GGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CTG-ACCG-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--G--CC-A--GA-TTATCTGTTTA
gi|1                          :                         GGG-AC--G-AAGGC---T-CCT-GC--TTC-GCCAAA-----T-GG--CC-ATTTCTTCTT--C-CTG-ACCGCAG-T-CCTTTC-G-GGA-AT-GGTCA-A-A--AA-AA-AA--CTCTT-CC---CAT-T-GCAA-CGTTTTTTTT----CTGGGTTCC-A-CAAA-CCCCAAAA-A--C-GCC--GGCAGCC-A-C--A-TAC--A--CC-G--AA-TT-TCTGTTTA
gi|10                         :                      gtGGGG-AC--G-AAG-C--CT-CCT-GT--T---GCCAAA-AA--T-GAT-CC-ATCTCTTCCTATC-CTG-ACCG-AG-T-CCCTT--T-GAA-AT-G--TA-A-A--AT-AA-----CTCTT-CC---CA--T-GC-ACCG-------T----CTA-----TGG-C--AGCCC---AA-A--T-GCC--G-----CAA-C-AAGCAC--A--CC-A--GA-TTATCT
gi|11                         :                     GGTGGG--AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCAAAA-AA--T-GGT-CC-ATTTC----------------G-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA------CCTT-CC---CA--T-GC-A-CA-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--A--CC-A--GA-TTATCTGTTTAttaa
gi|12                         :        aaacgatgatttgGGTGGGG-AC--G-AAG-C--CT-CCC-GTAATA--CCCAAA-AA--T-AGTTCC-ATTTCTTCCT--CGCT--ACCG-AG-T-CTTTT----GGA-AT-G--TA-A-A--AA-CA-----CTTTT-CC---CC--T-GC-A-GG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC----A-A--T-GCC--G-----CAA-C-AA-TA------CC-A--GAGTTATCTGTTT
gi|13                         :                     GGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CC--GT--TT--GCAAAA-AA--TTGGT-CC-ATTTC----------------G-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-T-A--AA-AA-AC--CTCTT--C---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CTC---AA-A--T-GCC--G-----C---C-AA-TAC--G--CC-A-------ATCTGTTTA
gi|14                         :       aaaagatgattttgGGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCT-GT--T---GCCAAA-A---T-GGT-CC-ATTTTCTTCT--C-CTG-ACCG-AG-T-CCTTT--GCGGA-AT-G--TA-A-A--AA-A------CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T---C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-CAC--A--CC-A--GA-TTATCTGTT
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gi|17                         :                    aGGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--T---GCAAAA-AT--T-GGT-CC-ATTTC----------------G-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-T-A--AA-AA-AC--CTCTT-CCATGCA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CTC---AA-A--T-GCC--G-----C-C-C-AA-TAC--G--Ct
gi|18                         :        aaaagatgattttgGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCCAAA-A---T-GGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CT---------------TT--G-GGA-AT-G--TA-ATA--AA-AA-A----TCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---GA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--A--CC-A--GA-TTATCTGTTTA
gi|19                         :                                  -AAGGC--CT-CC--GT--TT--GCCAAA-AA--TTGGT-CC-ATTTCTT-CT--C-CTT-ACCGAAA-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TT-A-A--AA-AA-A----TCTT-TC---CA--T-GCGA-CG-------T----CTG-----T-A-C--C-CCC---AA-C--C-GCCGAG-----C-A-C-GA-CA
gi|2                          :                  agaGGTGGGG-AC--G-AAGG----T-CCC-GT--TT--GCAAAAGAA--T-GGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CTGAACCG-AG-T-CCTTT--G-AGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-AA--CTCTT-CC---AA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GTC--G-----C-A-C-AG-TAC--A--CCAA--GA-TTATCTGTTTataacggagg
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gi|21                         :                     GGTGGGG-AC--G-AAGAC--CT-CCC-GT--TT--GCAAAA-AA--T-GGT-TC-ATTTCTTCCT--C-CTG-ACCG-AG-T-CCATT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-Gtat
gi|22                         :       aaacgatgattttgGGTGGAG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCAAAA-AAATT-GGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CTG-ACCG-AG-T-CCTTT--A-AGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-
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gi|29                         :                                                                       caaacgatgatttttT--C-CTG-ACCG-AG-T-CTTTT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-CA-----CTTTT-CC---C
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gi|6                          :       aaaagatgattttgGGTGGGA-GC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCAAAA-AA--T-GGT-CCCATTTC----------------G-AG-T-CCTTG--G-GAA-AT-G--TA-G-AGAAA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-AC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CGC---AATA--A-GCC--------C-A-C-AA--AC--G--CC-A--AG-ATA-CTGTTTt
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Unaligned ( gi|24 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTCTTGCCTTC






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lowQualScore                  :                            .  .. .     ..  .   .  ..  ..  .   . ... .   .  .     ..............   .  . .     .. .   .  . ..  . . ..  .  .....     .  ...  .. .  . .  ....... ....   ..... . . .. .   ...  . .. .   .. ..... . . .  .   .....  . ..  .           
lowQualScore                  :                            9  66 8     55  8   8  55  11  0   9 777 6   6  8     66666666666666   5  7 8     88 6   6  6 22  6 6 11  5  55555     5  777  44 6  0 7  3333333 2222   22222 3 7 33 7   999  3 33 7   00 22222 0 7 3  7   00000  8 55  8           
consensus                     :                     GGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCNAAA-AA--T-GGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CTG-ACCG-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--G--CC-A--GA-TTATCTGTTTA
Reference ( family-970 )      :                     GGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCNAAA-AA--T-GGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CTG-ACCG-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--G--CC-A--GA-TTATCTGTTTA
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gi|18                         :        aaaagatgattttgGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCCAAA-A---T-GGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CT---------------TT--G-GGA-AT-G--TA-ATA--AA-AA-A----TCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---GA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--A--CC-A--GA-TTATCTGTTTA
gi|19                         :                                  -AAGGC--CT-CC--GT--TT--GCCAAA-AA--TTGGT-CC-ATTTCTT-CT--C-CTT-ACCGAAA-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TT-A-A--AA-AA-A----TCTT-TC---CA--T-GCGA-CG-------T----CTG-----T-A-C--C-CCC---AA-C--C-GCCGAG-----C-A-C-GA-CA
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gi|20                         :                                                   aaacgatgattttgA--T-GGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CTG-ACCG-AG-TTCCTTT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-AC--CTCTC-C--------T-GC----G-------T----CTG-----T-A-C--A-CC----AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--A--CC-A--GA-TTATCTGTTTtat
gi|21                         :                     GGTGGGG-AC--G-AAGAC--CT-CCC-GT--TT--GCAAAA-AA--T-GGT-TC-ATTTCTTCCT--C-CTG-ACCG-AG-T-CCATT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-Gtat
gi|22                         :       aaacgatgattttgGGTGGAG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCAAAA-AAATT-GGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CTG-ACCG-AG-T-CCTTT--A-AGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-
gi|23                         :                                                                                        aaacgatgatttgG-T-CCTTTTCG-GCA-AT-G--TA-G-A--AATAA-AA--AT-TT-CC---CAG-T-GCCA-CG-------CTACACTG-----T-A-C--A-CCC---AC-ACTT-GCC--A-----CAA-C-AA-TAC--GATTC-A--GA--TATC
gi|25                         :                                                                                                        -CCTTT--C-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA------TCTT--C---CA--T-GC---CGAGT----C----CTG-----TAA-C--A-CCC---AA-A----GCC--A-----C-ACC-AA-TACAAG--TC-A--GA-TTATCTGTTT
gi|26                         :                                                                                                                                  --AA-AA-AC--CTCTT-TC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-TCC---AA-A--T-GCC--A-----C-T-C-AA-TAC--A--CC-A--AA-TTATCTGTTTAt
gi|27                         :                                                                                                                                               TCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--A--AC-A--GA-TTATCTGTTTAt
gi|28                         :                     GGTGGGG-AC--G-AATAC--TT-CCC-GT--TT--GCt
gi|29                         :                                                                       caaacgatgatttttT--C-CTG-ACCG-AG-T-CTTTT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-CA-----CTTTT-CC---C
gi|3                          :                     GGTGGGG-ACACG-AAGGC--CT-CCCTGT--TC--GCCAAA-AAG-T-GGTACC-ATTTCTTCCT--C--TG-ACCG-AT-TGCCTTT--G-GGATAT-G--TA-A-A--AA-AACACAACTCTT-CC---CAGAT-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AACA--T-GTC--G-----C-A-C-AA-TGC--A--CC-AGCGA-TTATCTGTTTA
gi|4                          :                        GGGG-AC--GCAATGC--C--CCC-GT--TT--GCAAAA-AG--G-CGT-C--ATT-----------------CG-AGGT-CCTTT--G---A-ATAG--TT-A-A--AA-AA-AC--CTCTTTCC---CA--TTGC-A-C--------T----CTG-----T-A-C--A-CCA---AA-T--T-GCCT-G-----C-A-C-AA-TAC--C--CA-A--GA--TATCTGTTTAt
gi|5                          : aaaagatgatttgttacgtaGGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCAAAA-AAAAT-GGT-CC-ATTTC----------------G-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-G-A--AA-AA-AC--CTCTT--C---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-ACC--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--G--CC-A--GA-TTAGCAGTTTAt
gi|6                          :       aaaagatgattttgGGTGGGA-GC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCAAAA-AA--T-GGT-CCCATTTC----------------G-AG-T-CCTTG--G-GAA-AT-G--TA-G-AGAAA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-AC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CGC---AATA--A-GCC--------C-A-C-AA--AC--G--CC-A--AG-ATA-CTGTTTt
gi|7                          :         aagatgatattgGGTGGG--AC----AAGGC--CC-TCC-GT--TT--GCAAAA-AA--T-GGT-CC-ATTTC----------------G-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TAGA-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T--CC--G-----C-A-C-AA-TAC--G--CC-A--GA-TTATCTGTTTAtatt
gi|8                          :     aaaagaatgatttttgGGTGGGGGAC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TTT-GCAAAA-AA--T-GGT-CC-ATT-----------------CG-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-G-A--AA-AA-AA--CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------G----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-CAAA-AAC--G--CC-A--GA-TTATCTGTTTAt
gi|9                          :        aaaagatgatcttGGTGGGA-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCCAAA-AA--T-TGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CTG-ACCG-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--CA-A-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--A--CC-A--GA-TTATCTGTTTA


blockSeqs                     :                            G  AC C     GA  T   T  AA  TT  C   G AAT T   T  C     TTCCTATCCTGA     A  G T     TC C   T  A .   G T GA  T  CACAA     T  ATG  GA T  G C  AGT     TACA   .     G C .  G   .    C CT G   GA .     A C G  G   GAT    A GC  G
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   T   A   . AAA T   A  .     TTCCTCCTGAA      .  . T     .  .   .  . .   . . .   .  AC        .  .    G  .  C .  .       C      .     A . .  .   .    T .  .   T  .     A . A  .   AAG    . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   C   . AG  .   .  .     TTCCTCGCTA       .  . G     .  .   .  . .   . . .   .  AC        .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     A . .  .   A      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   A   . A   .   .  .     CTTCTCCTGA       .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  AA        .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   A      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   C   . A   .   .  .     TTCCTCCTGA       .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  AC        .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   G      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   C   . A   .   .  .     TTCCTCCTGA       .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  AA        .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   A      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   C   . A   .   .  .     TTCCTCCTGA       .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  AC        .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   A      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   A   . T   .   .  .     TTCCTCCTGA       .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  AC        .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   A      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   C   . A   .   .  .     TTCCTCCTGA       .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  AA        .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   G      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   C   . A   .   .  .     TCCTCCTGA        .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  AC        .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   A      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   A   . A   .   .  .     TTCTCCTTA        .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  AC        .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   A      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   A   . A   .   .  .     TTCCTCTGA        .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  AC        .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   A      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   A   . G   .   .  .     TTCCTCCT         .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  AC        .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   A      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   C   . A   .   .  .     .                .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  AC        .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   A      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   A   . A   .   .  .     .                .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  AA        .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   A      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   A   . A   .   .  .     .                .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  AC        .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   C      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   A   . A   .   .  .     .                .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  A         .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   G      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   A   . .   .   .  .     .                .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  A         .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   G      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   A   . .   .   .  .     .                .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  .         .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   G      . .   .
blockSeqs                     :                            .  .  .     .   .   .  .   .   C   . .   .   .  .     .                .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  .         .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   G      . .   .
blockSeqs                     :                                  .     .   .   .  .   .         .   .   .  .     .                .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  .         .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   A      . .   .
blockSeqs                     :                                                                                                   .  . .     .  .   .  . .   . . .   .  .         .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .   .             
blockSeqs                     :                                                                                                      . .     .  .   .  . .   . . .   .  .         .  .    .  .  . .  .       .      .     . . .  .   .    . .  .   .  .     . . .  .                 
blockSeqs                     :                                                                                                        .     .  .   .  . .   . . .   .  .         .  .    .  .                                                                                       
blockSeqs                     :                                                                                                                                  .   .            .  .                                                                                               


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originalCons                  :                     GGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCNAAA-AA--T-GGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CTG-ACCG-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--G--CC-A--GA-TTATCTGTTTA
finalCons                     :                     GGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCNAAA-AA--T-GGT-CC-ATTTCTTCCTCCTGA----CCG-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--G--CC-A--GA-TTATCTGTTTA
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Unaligned ( gi|24 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTCTTGCCTTC






Alignments
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lowQualScore                  :                            9  66 8     55  8   8  55  11  0   9 777 6   6  8     66666666666666   5  7 8     88 6   6  6 22  6 6 11  5  55555     5  777  44 6  0 7  3333333 2222   22222 3 7 33 7   999  3 33 7   00 22222 0 7 3  7   00000  8 55  8           
consensus                     :                     GGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCNAAA-AA--T-GGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CTG-ACCG-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--G--CC-A--GA-TTATCTGTTTA
Reference ( family-970 )      :                     GGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCNAAA-AA--T-GGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CTG-ACCG-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--G--CC-A--GA-TTATCTGTTTA
gi|1                          :                         GGG-AC--G-AAGGC---T-CCT-GC--TTC-GCCAAA-----T-GG--CC-ATTTCTTCTT--C-CTG-ACCGCAG-T-CCTTTC-G-GGA-AT-GGTCA-A-A--AA-AA-AA--CTCTT-CC---CAT-T-GCAA-CGTTTTTTTT----CTGGGTTCC-A-CAAA-CCCCAAAA-A--C-GCC--GGCAGCC-A-C--A-TAC--A--CC-G--AA-TT-TCTGTTTA
gi|10                         :                      gtGGGG-AC--G-AAG-C--CT-CCT-GT--T---GCCAAA-AA--T-GAT-CC-ATCTCTTCCTATC-CTG-ACCG-AG-T-CCCTT--T-GAA-AT-G--TA-A-A--AT-AA-----CTCTT-CC---CA--T-GC-ACCG-------T----CTA-----TGG-C--AGCCC---AA-A--T-GCC--G-----CAA-C-AAGCAC--A--CC-A--GA-TTATCT
gi|11                         :                     GGTGGG--AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCAAAA-AA--T-GGT-CC-ATTTC----------------G-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA------CCTT-CC---CA--T-GC-A-CA-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--A--CC-A--GA-TTATCTGTTTAttaa
gi|12                         :        aaacgatgatttgGGTGGGG-AC--G-AAG-C--CT-CCC-GTAATA--CCCAAA-AA--T-AGTTCC-ATTTCTTCCT--CGCT--ACCG-AG-T-CTTTT----GGA-AT-G--TA-A-A--AA-CA-----CTTTT-CC---CC--T-GC-A-GG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC----A-A--T-GCC--G-----CAA-C-AA-TA------CC-A--GAGTTATCTGTTT
gi|13                         :                     GGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CC--GT--TT--GCAAAA-AA--TTGGT-CC-ATTTC----------------G-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-T-A--AA-AA-AC--CTCTT--C---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CTC---AA-A--T-GCC--G-----C---C-AA-TAC--G--CC-A-------ATCTGTTTA
gi|14                         :       aaaagatgattttgGGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCT-GT--T---GCCAAA-A---T-GGT-CC-ATTTTCTTCT--C-CTG-ACCG-AG-T-CCTTT--GCGGA-AT-G--TA-A-A--AA-A------CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T---C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-CAC--A--CC-A--GA-TTATCTGTT
gi|15                         :                           G-AC--G-AAGGCGACT-CCC-GT--AT--ACCAAA-A---T-AGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CTG-ACCG-AG-T-CTTTT--G-GGA-AT-G--T--A-A--AA-AC-AC--TTCTT-CC---C---T-GC-A-GG-------TC---CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--A--CC-A--GA-GTATCTGTT
gi|16                         :                            -AC--G-A--GC--CTTCCC-GT--TTTTGCCAAA-A---T-GGT-CC-ATTT--TCCT--C-CTG-ACTG-AG-TTCCTTT--G-AGA-AT-G--TA-A-A--AA-CA-AA--TTCTT-TC---CA--T-GC-A-CG-------C----CTG-----T-A-C--A--CC---AA-A--TGGCC--G-----C-A-CGAA-T-C--A--CC----GA-TTATCT-TTTA
gi|17                         :                    aGGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--T---GCAAAA-AT--T-GGT-CC-ATTTC----------------G-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-T-A--AA-AA-AC--CTCTT-CCATGCA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CTC---AA-A--T-GCC--G-----C-C-C-AA-TAC--G--Ct
gi|18                         :        aaaagatgattttgGTGGGG-AC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCCAAA-A---T-GGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CT---------------TT--G-GGA-AT-G--TA-ATA--AA-AA-A----TCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---GA-A--T-GCC--G-----C-A-C-AA-TAC--A--CC-A--GA-TTATCTGTTTA
gi|19                         :                                  -AAGGC--CT-CC--GT--TT--GCCAAA-AA--TTGGT-CC-ATTTCTT-CT--C-CTT-ACCGAAA-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TT-A-A--AA-AA-A----TCTT-TC---CA--T-GCGA-CG-------T----CTG-----T-A-C--C-CCC---AA-C--C-GCCGAG-----C-A-C-GA-CA
gi|2                          :                  agaGGTGGGG-AC--G-AAGG----T-CCC-GT--TT--GCAAAAGAA--T-GGT-CC-ATTTCTTCCT--C-CTGAACCG-AG-T-CCTTT--G-AGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-AA--CTCTT-CC---AA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GTC--G-----C-A-C-AG-TAC--A--CCAA--GA-TTATCTGTTTataacggagg
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gi|21                         :                     GGTGGGG-AC--G-AAGAC--CT-CCC-GT--TT--GCAAAA-AA--T-GGT-TC-ATTTCTTCCT--C-CTG-ACCG-AG-T-CCATT--G-GGA-AT-G--TA-A-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-Gtat
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gi|3                          :                     GGTGGGG-ACACG-AAGGC--CT-CCCTGT--TC--GCCAAA-AAG-T-GGTACC-ATTTCTTCCT--C--TG-ACCG-AT-TGCCTTT--G-GGATAT-G--TA-A-A--AA-AACACAACTCTT-CC---CAGAT-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AACA--T-GTC--G-----C-A-C-AA-TGC--A--CC-AGCGA-TTATCTGTTTA
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gi|6                          :       aaaagatgattttgGGTGGGA-GC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TT--GCAAAA-AA--T-GGT-CCCATTTC----------------G-AG-T-CCTTG--G-GAA-AT-G--TA-G-AGAAA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-AC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CGC---AATA--A-GCC--------C-A-C-AA--AC--G--CC-A--AG-ATA-CTGTTTt
gi|7                          :         aagatgatattgGGTGGG--AC----AAGGC--CC-TCC-GT--TT--GCAAAA-AA--T-GGT-CC-ATTTC----------------G-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TAGA-A--AA-AA-AC--CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------T----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T--CC--G-----C-A-C-AA-TAC--G--CC-A--GA-TTATCTGTTTAtatt
gi|8                          :     aaaagaatgatttttgGGTGGGGGAC--G-AAGGC--CT-CCC-GT--TTT-GCAAAA-AA--T-GGT-CC-ATT-----------------CG-AG-T-CCTTT--G-GGA-AT-G--TA-G-A--AA-AA-AA--CTCTT-CC---CA--T-GC-A-CG-------G----CTG-----T-A-C--A-CCC---AA-A--T-GCC--G-----C-A-CAAA-AAC--G--CC-A--GA-TTATCTGTTTAt
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1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCTTTCTTGCCTTC