lowQualScore : 22222222222222222222222 111111111111111111111111111111111
lowQualScore : 77777777777 1111111111111 1 2222222 111 22222 1111111111 2222 1111 222222 111 1 1 1 1111111 1111111111 1 222222 1111 22222222 11111 8888888888888 22222222222222222222222 11 22222222 111111111 3333333 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 1111111 555555555555555 1 1 111 5555555555555 111 2 22 2222222222 1 1 1 1 3333 11111111111111111111 111 1 1111 444444444444444444444444444444 222222222222222222222 111 2222222222222 1111 44444444444444444444 1111 111 1111 11111 1111 111 11 11 1 333333333333333333333333333333333 11 222 3333333333 1111 1111 11
lowQualScore : 2 22222222222 5555 2222222222222 2 22 7 4 2 2 4 2 55 555555 1111111 333 999 22 1 2 2 2 00000 11 7 333 8 2 4444 4 666666 1111111111 2 2 2 8888 2 3333 33 444 2 7777 3 3 222222 666 3 6 6 3 5 3 7 7777 3 3 3 55 3 3 3333333 55 2 3 2 2 4 5 4444444444 2 4 5 4 5 333333 2222 99999999 1 44444 8888888888888 5 3 44444444444444444444444 888 00 5 77 8 5 1 8 00000000 5 5 222222222 5 2222222 66 999999999999999999999999999999999999999999999999999999999 9999999 0 1 777 5 5 555555555555555 3 888 5 66 5 0 66 5 6 6 88 444 1111111111111 444 1 0 33 8 0 5555555555 0 2 0 5 0 2222 5 77 88888888888888888888 555 5 0 5 0000 66 4 66 888888888888888888888888888888 5 5 999999999999999999999 000 5 5 5 5 1111111111111 1 8888 44444444444444444444 77 77 77 5 2222 5 5 5 000 5 2222 44444 2 4444 6 6 6 777 99 11 2 4 33 0 000000000000000000000000000000000 11 222 5555555555 7777 8 8 8 0 4444 0 11 1
lowQualScore : . ........... .... ............. . .. . . . . . . .. ...... ....... ... ... .. . . . . ..... .. . ... . . .... . ...... .......... . . . .... . .... .. ... . .... . . ...... ... . . . . . . . .... . . . .. . . ....... .. . . . . . . .......... . . . . . ...... .... ........ . ..... ............. . . ....................... ... .. . .. . . . . ........ . . ......... . ....... .. ......................................................... ....... . . ... . . ............... . ... . .. . . .. . . . .. ... ............. ... . . .. . . .......... . . . . . .... . .. .................... ... . . . .... .. . .. .............................. . . ..................... ... . . . . ............. . .... .................... .. .. .. . .... . . . ... . .... ..... . .... . . . ... .. .. . . .. . ................................. .. ... .......... .... . . . . .... . .. .
lowQualScore : 5 99999999999 1111 3333333333333 1 88 8 9 0 0 0 0 22 555555 9999999 333 000 66 9 2 4 4 66666 55 2 999 9 2 5555 2 555555 4444444444 5 5 5 8888 7 3333 77 777 7 9999 1 1 666666 000 3 7 8 6 0 3 1 1111 6 6 6 00 6 6 7777777 66 1 7 2 9 4 0 1111111111 2 4 7 3 7 444444 1111 44444444 7 33333 0000000000000 7 0 99999999999999999999999 666 44 7 99 4 0 4 9 66666666 0 0 222222222 0 5555555 99 222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 4444444 2 4 111 4 0 444444444444444 2 888 0 99 0 0 77 0 7 7 88 888 0000000000000 000 4 0 22 2 2 8888888888 0 5 0 0 0 3333 7 99 66666666666666666666 777 7 0 1 6666 11 4 11 999999999999999999999999999999 7 7 000000000000000000000 000 7 7 7 3 9999999999999 4 0000 44444444444444444444 99 99 99 7 1111 7 7 7 000 7 1111 33333 5 2222 7 7 7 555 22 00 0 0 88 0 555555555555555555555555555555555 00 000 0000000000 0000 0 0 0 8 4444 8 00 4
consensus : TTTATGAA-CAAAATTGTAAATAC-TATATTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACT--CCTCTG-TTG-CA-T-GATAT--A------TAGTTT-A--C--A---TGTCT--AGC--AT-AATCAA-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TT-G-TGGATTT----GA-AT-CATAT--CA---T-TAATAT--GGTTATTATA-TGA-A--NGN-TAAAGTGATTAATCATTCACAACA-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAGCC-TAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CCTAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTG-CGT-----AA---ATTTT-GTACAT-CTGGATAAAATGG-CATAAA-GGAT----GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC-----AT-AT-TCA------AA-GTTAAAGTGGTTATTATA-A--------------ATGCAC-GATAACATTTAG-GACAC-GTGAGTTT--ACATATAATGCTCACAT---GGT--TCTGT-A-TAT----A----TG-ATAA------CAGT--GGT----------GG------------TA--------G---CCA--A--TTTAGGCT-GCCAATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-CCTTNGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-GA--T-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GAT-ATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAG---GTAC-A----CCTAA---AAATTACTCAGCAGTCCTCTTTCGTAGATCGCTGGA----TGC---CTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACNTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCGGATGTC-ACTCCACAGTGACATCA--AG-------GAG-ATGGT----ATATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATAT--GCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATTT-ATA-AC-TG--TTGA---TGA------GCA---TTTTTA-ATAGCA-ATGA-ATCANAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CC------A--C--CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CG-TTA--AGCTAA--AACAAA--GTGTANTGTC--ATTGT-GCATGTGG-------GTAATCAGTAATT-C--TA-------AT--GC---TTGT----------GACATAAA--AATATAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
Reference ( gi|3 ) : TTTATGAA-CAAAATTGTAAATACATGTATTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACT--CATTTG-TTG-CA-T-GATAT--A------TAGTTT-C--T--A---TGTCT--CGC--AT-AATCAA-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCTAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TT-G-TGGATTT----GA-AT-CAGAT--CA---T-TAATAA--GGTTATTATA-TGA-A--TAA-TAAAGTGATTAATCATTCCCAACA-A-TACAAAAGAAGACCAAATAAGCC-TAAATAGTTTGT-TGTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CTTAC-CAAGTCACCAGGTCCTTTCACTTA-GAGAAAGTG-CGT-----AG---ATGTT-GTACAT-CTGGATAAAATGG-CATGAA-TGAT----GTTT-------CATCAAGACTAATTGCC-----AT------A------AA-GTTAAAGTGGTTAATATATACTAGTACGCTGATGATGCAT-GATAACATTTAG-TACAC-GTGAGTTT--ACATACAATGCTCACAT---GGG--TCTGT-A-TAT----A----TG-ATAC------CAGT--GGT----------GG------------TA--------G---TCA--A--TTAA-------CAATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTTGTGTATTCTTATCAAT----ATATTTTCACATTG---G-GA--T-A-AAGATT-GAAAGTTTGTT-GAT-ATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAG---ATAC------CCTAA---AAATTACGCAGCCGTCCTCTTTCGTAGATCGCTGGA----TGT---CTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTGGAGCCCTT-TTCATGTTTGAATGTC-ACTCCACAGTGACATCA--AG-------GAT-ATTAT----ATATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAGT----CTTGATAT--GCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATTT-ATA-AC-CG--TTCG---TGA------GCA---TTTTTA-ATAGCA-ATGA-ATCACAAT--------AA---TACATATC-A-CC------AC------A--C--CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CG-TTA--TGCTAA--AACAAA--GTGCATTGTC--ATTGT-GCATGTGG-------G----------------TA-------AT--GC---TTGT----------GACATAAA--ACTACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|12 : TTTATGAA-CAAAATTGTAAATA------TTACACATCA--AAGTT---------C-----CTCA-TTTACT--CCTTTG-TTG-CA-TTGATAT--A------TAGTTT-------------------AC--AT-GATCAA-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCTCCCC-----AAATT---T-G-AGA----AATTTGCGT-C----A-------A--TT-TT-G-TGGATTT----GA-AA-CATAT--CA---T-TAATAT--GGTTA-TATA-TGA-A--TAACTAAAGTGATTAATCATTCACAGCA-A-TACAAAAGTAGATCAAATAAGCC-TAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAG-GAA-TAGCACAC----CTTACACGACTCATTAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTG-CGT-----AA---ATTTT-GTACAT-CTGGATAAAATGG-CAC-AA-GGAT----GTTT-------TATCAAGACTAACTGCC-----AT------ACTTTC-AATGTTAAATTGGCTATTAT-----------------ATGCAC-GATAACATTTAG-TACAC-GTGAGTCT--ACATATAATGCTCACAT---GGT--TCTGT-A-TAT----A----TG-ATAA------CAGT--GGT----------GGTACGATTTAGGCTA--------G---TCA--A--TTTA-------CAATTT--TCAC
gi|11 : TTTATGAA-CAGAATTGTAAATAC------TACACATTA-----TTTT-------TTTTCTCTCA-TTTACT--TCTCTG-TCG-CA-T-TCTAT--A------TAGTTT-A--C--A---TGTCA--GGC--AT-AATCAA-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCC----TCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-------------------------TT-G-TGGATTT----GA-AT-CTTAT--CA---T-TAATGT--GGTTATTATA-TGA-A--AGC-TAAAGTGATTAATCATTCACAACA-A-TTCAAAAATAGACCAAATAAGCC-TAAGTATTTTTT-T-TTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TGGCACA-----CCTAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTG-CGT-----AA---ATTTT-GTACGT-CTGTATAAAATGG-CAGAAA-GGAT----GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC-----ATAATTTCA------AA-GTTAAAGTGGTTATTATAAA-----------------CAC-AATAACATTTAG-GACAC-GTGAGTTT--ACATACAATACTCAAAT---GGT--TCTGT-A-TAT----A----TG-AT---------GGT--GGTACGATTTA--GGC-----------TA--------G---CCA--A--TTTA-------CAATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTAGTGTATTTTCATCAA
gi|1 : TTTATGAAACAAA--TGTCAA---ATATTCTACACATCA--A--TTTT-------T-----CTTC-CTTACTTCCTTCTG-TTG-CA-T-GATATGAA------TAGTTT-A--T--AACATGTCTACTAC--A--AATCAACTGAGGCTG--AGTCATCGA-AAAT-TTACAGCCCCTCCCACCCCAAATC---T-T-GGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTTG-TGGAT------GA-AC----AT--TA---TGCAATAAATGGTTATTATAATGACAGCTAA-CGA--TGATTA-TCAATTCAAACA-AATACAAAAGTAGATCAACTAAGCCCTCAAT-GTTTGTATTCTA----ATG-TCTG-T-ACT--CA-AA-GAA-TAACACA-----T---C-TAA------AGGTCCTT-CACTTA-GAGAAAGTG-CGT-----AACCCATTTTTGT-CTTACTG-ATAAAAT---C-TAAA-GGAT----GTTT-------TATCA-GACGAGTTGGCTAATAATTTC---A------AA-GTTAAAGGTGTTATTATAT-----------------GCAT-GATAACATTTAGGTACACAGCGAGTCTCTAC-TATAA-GTCTATATACCGGGCTTCTAG-A-TAT----ACTACTG-AAAC------CAGTCGGGC----------GG------------TA--------GATTTTA--AGGCTAT-------CA---T--TTAC--ATTT--TTTTAAA-CCTTGATTTAG-CTTAT---------------------G---G-GAAAT-ATAAAATT-AAACGTTTGTT-GATTATGAAGAATCCTGTCATTATTATTAAGGCAATATAACGTACCTAA---AAATTACTCAG-CGT-GTTTTTCGTGATTTGCTCAAGGTTTGTATCCTCAAAGCAGCGAGAGGTTCAACCCTTATCTTGAATTTGAGCCCTTATTCATGT---GATATCAAGTCCACAGTGAC-TCAAGAG-------GATGGCTA-----ATATTTTG--TCTTTTTCAGACGTAATCAGACTTGATAT--GTT-AAA-GC--CT-ATCGCAGACAACCAA------------------------TC------ATTA-ATA-TCACT--TTTGAATTTA------GCA---TTTTTA-A-AATACATGG-ATCATCAT---------A---TACATAT--A-CC------TCTGATCTA--C--CCTAACCCCCAATA--TTCGTAATA----CTTTGAATTAT-GCACGACCTGA-AC----AATGAGCGATATTGAT-CAG----TTA-ATGTACGTGTTTAGCTTCTAAAGAACAAAGTGTGTATGGTCGAGTTGTGGCATCTGG-------G----------------TA-------ATCGGTAAATTGTTAATTCGTGAGACATGCA--AATCTAGTGGATA-AT-TCAT-T-ACACAAATGTCAT--GGTAAATTCAA
gi|21 : TTCATGAA-AGAAATTGGA------TGCACTACACATCC--AATTTTT-------T-----CTCA-TTTACT--CGTCTG-TCG-CA-T-GATAT--A------AAGTAT-A--C--A---TGTCT--AGC--GT-AATCTA-TGAGGCTGTGAAACAGC-A-AAATGTTA------TCCTATCCCCAAATT---T-G-AGA----AAAT-GTGT-T----A-------A--TT-TT-G-CGGATTT----GA-AT-AATAT--CA---G-TGATAT--GGTCATTATA-TCA-A--AGC-TAAAGTGGTTAAT--TTGACTATA-AGTACAAAAAAAattttctctaaagcacttttgtacac
gi|23 : TTTATGTA-CGAAATTGTATATAC------TACACATCA------TTT-------A-----C------TACC--C---TG-TTT-CA-T-GATAT--A------TAGTAT-A--C--A---TTTTT--AGCATAT-AATCAA-TGAGGCCGTGAGAGAGC-A-AAATGTTA-----TCCCTCTCCCCAAATT---T-G-CAA----AATT-GCGT-C----A-------ATTTT-TT-G-TGAATTT----GA-AT-AAAAT--CA---T-TTATAT--TGTTATTATA-TGA-A--
gi|35 : TTTATGAA-CAAAAGTGTAAATA------TTACACATCA--AAATTTT-------T-----CTCA-TTT-CT----TCTG-TTG-CA-T-GGTAT--ATACATGTAGTTT-A--T--A---TGTCT--AGC--AT-AATCa
gi|44 : TTGACGAA-CAAAATTGTAAATA------TTACACATTA--AATTTTT-------T-----CTCA-TT
gi|13 : TCATGAT-CAAAATTGTA------TATAATATACATCA--TAATTTG-------C-----TTCA-TTTACT--CCCCTT-TCG-CT-T-GATTT--A------TAGTAT-A--C--A---TGTCT--AGC--GT-AATCTA-TGAGACTGTGAGACAGC-A-AAATATTAA--CCCCCCCCCCCC---ATTCCCT------------TT-GCG-------A-------------TT-G-TGAATTT----GA-AT-ACGAT--CA---T-TGATAA--GGCCATTATA-T-C-A--CAG-CAAAGTGGTTCATCATTCACAACA-A-TACAAAAGTAGAACAAATAAGTC-TAAATATTTTGT-TTTTG----ATA-A-TG-TTCCA--CAGA--------------------TAC-TAAGTCACCAGGTGCCTCCACT
gi|33 : TATGAA-CAAAATTGTAA-TA-----ATTACATATCA--AAGTTTT-------T-----CTCA-CTTACT--CCGCTG-TTG-CA-T-GATAT--A------TCGTTT-A--C--A---TGTCT--TGT--AT-AATCAA-TGAGGCccacagtgacataaaatcatggagatgttatttgggtattttgtttcatttcaaaagtatttttaacatgctaaaagccgtatcgcagaaaactattaatgagtttaagacaaataacaaataaatttataactattgatttgtatattttttaatagcaatggatcagaataataaccccagtccttccccttatt
gi|10 : aATGAA-CAAAACTG------CATATACTATGCATCA--ACATTTT-------T-----CTCA-TTTAAT--CTTTTG-TTG-CA-T-GATAT--A------TAGTTT-A--C--A---TGTCT--AGC--AT-ATTCAA-TAAGGTCGTGAGACAGC-A-AAATGTTAT--CCCCC---TCCCCAAATT---T-G-AGA----AAAT-GCGT-C----A-------A--TT-TT-G-TGGATTT----GA-AT-CACAT--CA---T-TAATAT--CGTTATCATA-TGA-A--AAC-TAAAGTAATTAATCATTCAAAACA-A-TACAAAGGTACTTCAGATAAGCC-TAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-AAA-AAGCACA-----CCTAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCATTTA-GAGAAAGTG-CGT-----AA---ATTTT-GTACAT-TT--------TGG-CA-GAGCTGAT----GTTT-------TGTCATAACTAATTGCC-----AT------AATTTCGAA-GTTAAAGTGGTTATCATATA-----------------CAA-AATAACATATAG-GACAC-GTGAGTTT--ACATATAATACTCACAT---AGT--TATGT-A-CAA----A----CG-AAAA------CAGT--GGT----------GG------------T-------------TCG--A--TTTAGGCTAGCCAAT--------CGATTTGACTTTGTA-TATTTGTGTATTCTCATCA----------------ATTG---G-GA--T-A-AAGA
gi|7 : tgATGAA-AGGAATTG------CATATATCACACATCA--CTATTT--------C-----TTCA-TCTACT--TCTCCG-TTG-CG-T-GATAT--A------AAGTAT-A--A--A---CGTCT--AGC--TT-AATTGA-TGAGGCTGTGAGAAAGC---AAATGTT-----TTCCCACTCTCCAAATT---TCGTAGATTTGGATT-AAGT-G----AGAGAAAGA--TTATT------ATTT----GCTAC-TATAT--CAAAGT-CAAT----GGCTATTATA-TCA-A--TGG-TAAAATAGTTAA-CAT
gi|25 : aATGAA-AGGAATTGTA------TATATTACACATCA--CTATTA--------C-----CTCA-TTGTCT--TTCCTG-TCG-CA-T-GATAT--A------CAGTAT-A--T--A---CGTCT--AGC--AT-AATCGA-TGAAGCTGTGAGATAGC-A-AAATGTTA-----TCCCCCTCCCCAAATA---C-G-AGA----AACC-ACAT-A----A-------A--Taattatgtataacattttggacatgtgagatttggttttgtactatcaacatattaacagttgtgatacaatattagccacggttaaggctggccaatttactgatatgactttgcacatttgtgtattttaatcaanttcaacatgttaacagtgatgatacaatattagccacggttaaggctggctaattttctgacatgactttgcacatttgtgtattttaatcaatatatgttctcaataagacacagattcgaacatttattgatatgaagaagcctgtcatgatcaaggcaagaccaaagagaaatgactcagtggttctctttcatagatcgctagatgcctcaaaacaacgaaaagtcaacattatctagagttcgagcccttttcatggcatg
gi|6 : TGAA-CAAAATTGTATATAC------TAAACATCA--AAATTTT-------T-----CTCA-TTTACT--TTTCTG-TTG-CA-T-GATAT--A------TAGTTT-A--C--A---TACCG--AGC--AT-AATCAA-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGCCCC--CCCCCCCCTCCCCAGATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TT-A-AGGATTT----TA-AT-CATAT--CA---T-TAATAT--GGTTGTTATA-TGA-A--CGC-TAATGTGATTAATCA----AAACA-A-TACCAAAGTAGACCAAATAAGCC-TAAATATTTTGT-CTTTA----ATG-C-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CTTAT-CAAGTCACCAGACACCTCCACTCA----ACAGTGACATCAAGGAG---ATGGT-GTAaaagtgagtgaaagatattttttctattatata
gi|19 : ttTGAA-CAAAATTGTATATAC------TACACATCA--AAACTTT-------G-----CTCA-TTTACT--CTTCTG-TTG-CA-T-GATAT--A------TAGTTT-A--C--A---TGTCT--AGC--AT-AATCAC-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTA------CCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TT-G-TGGA---------------------A---T-TAATAT--GATTATTATA-TGA-A--AGC-TAAAGTGATTAATCATTCACAACA-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAGCC-TAAATATTTCGT-TTTTA----tttttccgttcaaagtagtcttgacatgctaaaagcctcatcgcagaaaaccatgcaaatttattactgttgacgagcattttaaatagcaatgaatcagaatgatacatattacccccaccaaccccaaatagtaatactttgaatttgccaacaacaatgagctgatgcagttacctgtacctttaagctaaaaagctcattctcattatgcatgtgggtaatcagtaattactataatgcttgtggcataataatataatcgacaattccttatagccactggtaaatttaaatt
gi|36 : gTGAA-CAAAATTGTAAATA-----AT-ACACATCA--ACATTGT-------T-----CTAA-TTTACT--CTTCTG-TTG-CA-T-TATAT--A------TAGTTT-A--C--A---TGTCT--TGC--AT-AATCA
gi|43 : TGAA-CAAAATTGTA------TATATTACACACCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACT--CCTCTG-TTG-C
gi|8 : TTACACAT-A--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACT--CCTCTG-TTGGCAAC-GATAT---------T-GTTC-CATT--A---TATCT--AGC--AT-AATCAA-TGAGGCTGTGAGACAGC-ATAAATGTTAC--CCCCTCC------AAATT---TTG-AGA----AATTTGCGT-C----A----------TT-TT-G-TGGATTTTG--GA-ATTCATAT--CA---T-TAATAAT-GGTTATAA-A-TGA-A--TC--TAAAGTGATCAATCATTCACAACAGA-TA-AAAAGTAGACCAA-TA-GCC-TAA-TATTTTGT-TTTTA-----TGAT-TG-TTACT--CTGAATGAA-TAGCTAA-----CT-AC---AGT-AC-AGGTCCTT-CACTTATGAGAAAGTA-TGT-----AA---ATTTT-GTACAA-CTGGATAAAATGGACAT-AA-GGAT----GTTT--------AT-AAGACTAATTGCC-----AT-------------AA-CTCAAA--GGTTA----ACAGTGGT---TTTAT-ATGCACAGATAACATTTCG-GACAC-GTGAGTTT--AC-TATAATGCTCA-AT---GGT--TCTGTAA-TAT----A----TGAATACATGTA-TGGT--GGTACGATTTATGGA------------TA--------G---TCA--T--TTAA-------CAGTTTAGTTACTGATT---CTT-------CTAGTGTATTATCATCAAT----AT-TGTTAACATTGGGTG-GA--TAA-AAGGTT--AACG-TTGTTGGAT-ATGAAGAATCCCGTC--T---ATTAAG----TG-------CCTAA---CTATTAT-CAG-AGTCGTCTTTC
gi|27 : gACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACT--CCTCTG-TTG-CA-T-GATAT--A------TGATTT-A--T--A---TGTCT--AGC--AT-AATCAA-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAA-GTTA-----TCACCCTTCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-CAATTA-------A--TT-TT-G-TGGATTT----
gi|17 : gaacaACATCACAGAATTTTTGGTAATC-----ATCAGTTTACT--C-TCTGTTTG-CATT-GATATAAA------TAATT-----T--A---TGTCTAGGGC--ATAAATCA
gi|39 : ctaTTACT--CCTCCG-TTG-CA-T-GATAT--A------AAGTAT-G--TACA---TGTTA--AGC--AT-AATCTG-TGAGGGTGTAAG--AGC-A-AAATGTTAtaggagatgaaacaagacgtgtgaacgcgagttatcagcaactcattctgtaaaccaaaaagtcagcccaaattttgagaattcgtcaaattttgatggattttggtaaatcaattatcaatttatatggtttatttatcattaatatacgagccaaactagctaaatatttgtttttatgctgcttacctgcataagaaatagccacctagaagcactgtccttcaacttagagaa
gi|31 : aTACT--CTTCTG-TTG-CA-T-GATAT--A------TAGTTTAC--T------TGTCT--AGT--AT-AATCAA-TGAGGCTGTTAGACATC-A-AAATGTTAT--CCCCCCCC-CCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-tg
gi|30 : A-T-GATAT--A------TA---------------TGTCT--GGT--TT-AATCAA-AGATACTGTGAGACAGC-A-AAATGTTA------CCCGGTCCCCAAATG---T-G-AGA----AATT-
gi|46 : atATAT--A------TAGTTC-A--T--A---TATCT--AGC--AT-AATCAA-TGAGGCTGTGAGAaatgtaattaatacattgaatattac
gi|37 : AGGTTGTAAGACAGC-A-AAATGTTAT--CTCCCTCAT---TAAATT---T-G-AGA----AGTT-CCGT-T----A-------A--TT-TT-G-TGGATTT----GA-AT-AATAT--CA---T-TAAT
gi|20 : TCCCTTCACT---TAG-AGA----AAGT-GCGT-A----A-------A--TT-TT-G-TACATCT----GG-AT-AAAATGACA---T-AAAGGA--TGTT-TTAT
gi|17 : tttgtatttaatgttgttactcagaagaataacacatctaccaaggCCCAAATT---TTG-AGA----A-TT--CGT-C----A-------AA-TT-TT-GATGGATTTTGGTAA-AT-CA-AT--TA---T-CAAT---------TTATA-TGG--------T----TTATTTATCATT------A-A-TATACGAG----CCAAACTAGC--TAAATA-TTTGT-TTTTA-----TG-C-TGCTTACCTGCATAA-GAAATAGC-CA-----CCTAG--AAG-CACT--GTCCTTCAACTTA-GAGAAcaagaccaattgctataatttcaaagttaaagtggttattatatgcatgataacatttagtacacgtgagtttacatataatgctcatatatcggttctgtatatatgataacagtggtgg
gi|22 : ctaacatcacagaatttttggtaatcatcagtttactctctgtttgcattgatataaataatttatgtctagggcataaatcataggagatgaaacaagacgtgtgaacgcgagttatcagcaactcattctgtaaaccaaaaagtcagA----AATT-GCGTTC----A-------A--TT-TT-G-TGA--TT----GA-AT----------------AATA---------------------TAA-TTAAATGGTTA-TTAT----ATGA-G-TTCAAGTGTAGAACAAATAAGCC-TAAATATTTTAT-ATTTAGACAAAG-T-TG-TCGCT--CAGAA-GAA-TAACACA-----CCTAA-CAAGTCACTAGGTTCCTTCACT
gi|15 : CAGCA-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAGCT-TAAATATTTAGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTAAT--CAGAA-GAT-TAGCACACCTGGCCTAC-CAAGTCACTAGGTCCCTTCACTccacagttacatcaaggatatgatatacttttcctttcaaagtaatctaaaagcctcatcgcagaaaaccatacaa
gi|20 : caTTTGT-ATTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAACACA-----TCTAC-CAAG-------GTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTG-CGT-----AA---ATTTT-GTACAT-CTGGATAAAATGA-CATAAA-GGAT----GTTT-------TATCAAGACCAATTGCT-----ATAATTTCA------AA-GTTAAAGTGGTTATTAT-----------------ATGCAT-GATAACATTTAG-TACAC-GTGAGTTT--ACATATAATGCTCATATATCGGT--TCTGT-A-TAT----A----TG-ATAA------CAGT--GGT----------GG------------ccacagtgacatcaaggagatggtatatttttcctttcaaagtaatcttgatatgctaaaagcctcatcgcagaaaaccatacaaatttataactgttgatgagcatttttaatagcaatgaatcataataatatatatcacccccacctaccccaaagtgtaatactttgaatttgccagcaaccatggatgggctgatgcagaactttacatgtaccgttaagcttaaacaaag
gi|47 : CACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTG-CTT-----AA---ATTTT-
gi|7 : -----AA---ATTTC-GTAGAT-TTGGATTAAGTGA-GA-GAA-AGATTATTATTTGCTACTATATCAAAGTCAATGGCT-----ATTATATCA------AT-GGTAAAATAGTTAACATA-------------ATTATGTAT----AACATTTTG-GACAT-GTGAGATT------------------T---GGT--TTTGT-ACTATCAACA----TA-TTAA------CAGT--TGT----------GA------------TACAATATTAG---CCACGG--TTAAGGCTGGCCAATTT----ACTGATATGACTTTGCA-CATTTGTGTATTTTAATCAANTTCAACATGTTAACAGTG---ATGA--T-ACAATATT-
gi|28 : aatgaaaggaattgcatatatcacacatcactatttcttcatctacttctccgttgcgtgatataaagtataaacgtctagcttaattgatgaggctgtgagaaagcaaatgttttcccactctcc--TCTGT-A-TAT----A----TG-ATACATGTAACAGT--GAT----------GG------------TA--------G-----G--A--TTTAGGCTAGCCAATTT--------ATTTGTCCTTGAA-TCTTCGTGTATTCTTATCAAC----------------TG---G-GA--T-A-AAGATT-GAACGTTTGCT-GAT-ATGAagccacggttaaggctggctaattttctgacatgactttgcacatttgtgtattttaatcaatatatgttctcaataagacacagattcgaacatttattgatatgaagaagcctgtcatgatcaaggcaagaccaaagagaaatgactcagtggttctctttcatagatcgctagatgcctcaaaacaacgaaaagtcaacattatctagagttcgagcccttttcatggcatg
gi|24 : gt------------TA--------G---CCT--A--TTTA-------CAATTT--TTAAAAATTTGACTTTTCAATCTTGGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-GA--T-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GAT-ATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAG---GTAC------CCTAA---AAATTACTCAGCAGTCCTATTTCGTAGATCGCTGGA----CGC---ACCAAAGC
gi|7 : ttaggcAATTT--T--CTGACATGACTTTGCA-CATTTGTGTATTTTAATCAAT----ATATGTTCTCAATA---A-GA--C-A-CAGATTCGAACATTTATT-GAT-ATGAAGAAGCCTGTCA-TG--ATCAAG---GCAAGA----CCAAAGAGAAATGACTCAGTGGTTCTCTTTCATAGATCGCTAGA----TGC---CTCAAAACAACGAAAAG-TCAACATTA-TCTAGAGTTCGAGCCCTT-TTCATG
gi|2 : aatgaaaggaattgcatatatcacacatcactatttcttcatctacttctccgttgcgtgatataaagtataaacgtctagcttaattgatgaggctgtgagaaagcaaatgttttcccactctccaaatttcgtagatttggattaagtgagagaaagattattatttgctactatatcaaagtcaatggctattatatcaatggtaaaatagttaacataattatgtataacattttggacatgtgagatttggttttgtactatcaacatattaacagttgtgatacaatattagccacggttaaggctggccaatttactgatatgactttgcacatttgtgtattttaatcaanttcaacatgttaacagtgatgatacaatattagccacggttaaggctggctTTCACATTG---G-GA--T-A-AAGATT-GAACATTTATT-GAT-ATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAG---ATAC------CCTAA---ATATTACTCAGCAGTGCTCTTTCGTAGATCGCTGGA----TGC---CTCAAAGCAGCAAGAGG-TCAACATTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCG-ATGTC-ACTCCACAATGACATCA--AG-------GAG-ATGGT----ATATTTT---TC-CTTTCAAA-ATAAT----CTTGATAT--GCTAAAA-GC--CTCATTGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATTT-ATA-AC-TG--TTGA---TGA------GCA---TTTTTA-ATAGCA-ATGA-ATCAAAAG--------AA---TACATATCTC-CC------CC------T--C--CC--ACTCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC--------TGCAG----TTACATGTAC-CG-TTA--AGCTAA--ACCAAA--TTGTAATGTC--ATTGT-GCATGTGGGAAATCAG----------------TAATTGCTCAT--GC---TTGT----------GACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAAgcatg
gi|41 : gG-TCAGCCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTNNNNNNNN-NNNNNNNNNNNNCGTCattcttaacacttgtcacactgtcaccaatgtggcgtatgaaataaccacacatcactataaaacagtgtatgcagctgtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttataacagtatgcagtgatcgttaacttcattgtacatttgccctgcactttacactttacatttaacacattgtttactttgtcaatgtatatccatattcatacaatgccataacgtgtctgttgtgcacggaaattagtaaaatatagacaatgatgaaaataattgtgtgacttgatgcaaagtcaaatatcagtcagacaccaaatttataacgacattatctctttacgtgatactcaaatgacgatgtagtggaaggcttactctaattggactataagtacagaatagcagagatacagtaaaacaataaaggttaatttctaaatgtaaatcagaggaatcaatttccaactcaattccatcatcgtcagagtcaaagattctcagtaaacattatcattatcactat
gi|15 : TC-ACTCCACAGTGACATCA--AG-------GAG-ATGGT----ATATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATAT--GCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATTT-ATA-AC-TG--TTGA---TGA------GCA---TTTTTA-ATAGCA-ATGA-ATCATAAT--------AA---TATATATC-ACCC------CC------A--C--CT--ACCCC--AAA--GT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAGC---A-ACCATGGATGGGC-----TGATGCAGAACTTTACATGTAC-CG-TTA--AGCTTA--AACAAA--G
gi|22 : cacagcaatacaaaagtagaccaaataagcttaaatatttagtttttaatgttgttaatcagaagattagcacacctggcctaccaagtcactaggtccctTC-ACTCCACAGTTACATCA--AG-------GAT-ATGAT----ATACTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT---------------CTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AA
gi|6 : aaattgcgttcaattttgtgattgaataatataattaaatggttattatatgagttcaagtgtagaacaaataagcctaaatattttatatttagacaaagttgtcgctcagaagaataacacacctaacaagtcactaggttcctC-ACTCAACAGTGACATCA--AG-------GAG-ATGGT----GTATTTT---TC-CGTTCAAA-GTAGT----CTTGACAT--GCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------GC----AAATTT-ATT-AC-TG--TTGA---CGA------GCA---TTTTAA-ATAGCA-ATGA-ATCAGAAT--------GA---TACATATT-ACCC------CC------A--C--CA--ACCCC--AAA--TA-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACCTGTAC-CT-TTA--AGCTAA-----AAA--GCTCATTCTC--ATTAT-GCATGTGG-------GTAATCAGTAATTACTATA-------AT--GC---TTGT----------GGCATAAT--AATATAATCGACA-AT-TCCT-TATAGCCA----C-T--GGTAAATTTAA
gi|13 : tttgaacaaaattgtatatactaaacatcaaaatttttctcatttacttttctgttgcatgatatatagtttacataccgagcataatcaatgaggctgtgagacagcaaaatgcccccccccccctccccagatttgagaaattgcgtcaattttaaggattttaatcatatcattaatatggttgttatatgaacgctaatgtgattaatcaaaacaataccaaagtagaccaaataagcctaaatattttgtctttaatgctgttactcagaagaatagcacacttatcaagtcaccagacacctcC-ACTCCACAGTGACATAA--AATCATGGAGAT-GTTATTTGGGTATTTTGTTTC-ATTTCAAAAGTATT----TTTAACAT--GCTAAAA-GC--CGTATCGCAGAAAACTATTAATGAGTTTAAGACAAATAACAAAT----AAATTT-ATA-AC-TA--TTGA---TTT------GTATATTTTTTA-ATAGCA-ATGG-ATCAGAAT--------AA---TA-------A-CC------CC------AGTC--CT--TCCCC--TTA--TT-att
gi|4 : tcatgatcaaaattgtatataatatacatcataatttgcttcatttactcccctttcgcttgatttatagtatacatgtctagcgtaatctatgagactgtgagacagcaaaatattaaccccccccccccattccctttgcgattgtgaatttgaatacgatcattgataaggccattatatcacagcaaagtggttcatcattcacaacaatacaaaagtagaacaaataagtctaaatattttgtttttgataatgttccacagatactaagtcaccaggtgcctcATCA--AG-------AAG-ATGGT----AT--TTT---TT-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATAT--GTTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATTA-ATA-AC-TT--TTGA---TTA------GCA---TTTTTA-ATAGCA-ATGA-ATCACAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CCC-----A--A--CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CG-TTA--AGCTAA--AACAAA--GTGTAATGTA--ATTGT-GCATGTGG-------GTAATCAGTAATTGC--TA-------AT--GC---TTGT----------GACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|45 : TTCAAA-GTAAT----CTTGATAT--GCAAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACattctaaacacttgtcacactgtcaccaatgcggcgtatgaaataaccacacatcactataatacagtatatgtaactgtttatctatctatctatctatctatccatccatccataatgttataacagtatgcagtgatcgttattaccgttaacttcatcgtacatttgccctgcattttacactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatattcatacaatgccataacgtatatgtgcacggaaattagtaaaacaaagacaatgatgaatatggatgatgcacagtcaaatatcagccagacaccaaatttataacggcattatctctttacgtgatactcaaatgaccatgtagtgaaaagcttaatcttattggactataagtacaaaatagcagttatacagtgaacaataaaagttagtttctaaatgtaaatcagaggaactaatttccaagttaattccatcatcgtcaaagtcaaagattctcagtaaagattatcattatcactagtctatcagattcaacaacaaccattattacattcaacaacagccactagaatgttctg
gi|5 : TTAATATTGACTGAAATGCGGCCCATCGCAGAAA-CCAT------------------------ATGCAGAAGTTTGATATAT-CGCATATG---TGATTGAGGGAG---TTTCTATGTATCA-A--ATATCACAATCAGATGGGAAGATTGCA-GTC-C-CCCCGCAGAC------A--CAGCC--ACCA---ATAAGGT-GCATTAACCGCTTTGAATT-TTGC-CAAC---ACAC----AATGAGC-----TGA
gi|42 : cagtgcacatcagagaggagatggAGTA----CTCTGAATT-T-AC-TAAC---A-AC----AATGATC-----TGGTTCAA----TTA-AT------G-TTA--TGCTAA--AACAatgaaatctatgagcagtaagccgcgagtacgcccgcatacaataagaaatcgcaaagacacgagttgtgctcctatcagaggtagagcgtgagggtatcagtaattgctataatgcgttgtgacgtaaaagagtatagtggatatataccctctagaaccaacatgaggtgaaagtctaaattcgcttaacactggtgtctctggtcgcaatctggttcccgaacgcactgcgcgtattggaatatactcacatacacatcagaacactaataataacaacgtgtcataactggagactgtttattcatatatctactcttcaattccatccatccatgatgatcataacattcgatgcgacggattatgacacacaataacattttgcgcctgcatttacaacacgaagttcctatgattcatagtaactatcgccggcgctatatgacgatataatgtgcaccggtacgaccatcggtacacggcattgacgaatagacgtaattatgaagatatgatttggtgtgactctatgatgcacaggtcaggagaatcaatcaacggctctgacagacaccaaa
gi|5 : ----------------TA-------AT--GCG--TTGT----------GACGTAAAAGAGTATAGTGGATATATACCCTCTAGAACCAA---CATGAGGTGAAAg
10 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GATATACCTTAAAACCACAGGTAATCTAAATCATTAACACTACCATACAGTTCCCATACAGCATTGAAATAACTACACTTCAATACATGTAACTGTTTTACGATATAAAATATATATTCCATATTGAATATGCAGAGATGGTTTAACCATATACATGTACACATCATCTTGTATGTATTTTAAATCTATATTCATGCAGTGCTATAAGTTATATGTGCAGGAAAGTAGTAGAGTATATTAATATAATTTATGTGACTTGGATAATACAAAGTCAAATATCAGTCGACATCAACTCTATAACAACATTATATTTCCCAACTTAGTATTCAAATTACTCATGTAGCTGAACAGCTTAATCTCATTGGAAATATATCATGTCAATGACACATGTAAATATAAAAGTATTTTCTCTTTGAATGTCAAGTCAGTAGAACTACACATTTTAAATTAACTTCCTCATTGTCAGTAGTCAGAAGATTGTCAAGTAAGATCAATCATCATATGCATCGGTCAAAGATTGTCAGTAAAGATCATCATCAATATAGTTATATCATAGACAATAGATTG
Unaligned ( gi|14 ): CTTAACACTTGTGACCAATAAATGTGGCGTATGAAATAACCACACATCACTATAATACAGTGTATGTAACAGTTCAACGATCTATCCATCCACCCATCCATAATGTTATAACAGCATGCAGTGATCGTTAACTTCATCGTACATTTGCCATGCACTTTACACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATATTCATACAATGCCATAACGTATATGAGCACGGAAATTAGTAAAACGAAGACAATGATGAAAATAATTTGTGTGACTTGATGCAAACTCATATATCAGTCAGACACCAAATTTATAACAATATTATCTCTTTACGTGATACTCAAATGACCATGTAGTGGAAAGCTTAATCTAATTGGACTATAAGTACAAAATAGAAAATAGCAGAGATACAGTGAA
Unaligned ( gi|16 ): TCTATCTATCCATCCATCCATCCATAATGTTATAACTATAACATTATGCAGTGATAGTTAACCACATACATTTGCCCTGCACTTTACATCCATATTCATACAATGCCATAACGTACATGTGCACGGAAATTAGTAAAATGAAGACAATGATGAAAATAATTGGTGTGATTTAATGCAAATTCAAATATCAGTCAGACACCAAATTTATAACATCATTATCTCTTTACGTGATACTCAAAGGACCATGTAGTGAAAGGCTTAATCTAACTGGACAATAAGTACAAAATAGCAGAGATACAATGAAGAATAAAAGTTAATTTCCAA
Unaligned ( gi|18 ): ATATCCATATCCATACAAGTACAATGCCATAACGTATATGTGCATGGTAATTAGTAAACCGAAGACAATGATAAAAATAAATTGTGTGACTTGATGCAAAGCCAGATATCAGTCAGATACCAAATTTATAACAACATTATCTCTTTACATGATAATCATATGATCATGTGGTGAAAGGCTTAATGTTATTGGACTATAAGTACAAAATAGCAGAGATACAGTGGACAATAAAAGTTAATTTCTGAATGTAAATCAAAGAAATTAACTTCCAAGTCAATTCCATCA
Unaligned ( gi|26 ): TCATCGTCAGAGTCATATTCTCAGTAAAGATTATCATTATCCCTATCAGATTCAACAACAGCCACTAGAATGTTCTGACCGTCTACATGGTAGTATGCACAAAACTCAATGCAGTTAAGGTGTTTCAGTAGACAGTGACACTTAAAAAGATATCGGCTGTCACAG
Unaligned ( gi|29 ): TTTAGTCATTCCCATCATTGGCAGATTCTCAGTAAAGATTATTATTATCACTGTCAGAGTCAACAACAGTCACTAGAATGTTCGGACCGTCTACGTGTGATGCACGAAACGCGTG
Unaligned ( gi|32 ): GATGCAAATTCAAATATCAGTCAGGCACCAATTTTTTTATAATAACATCATTATCCCTTTACGTGATACTCTAATGACCATGTAGTGAAAAGCTTAATCTAA
Unaligned ( gi|34 ): TCTGACCGTCTACATGGTATACACAAAACTCAATGCAGTTCCATGTAAGATGGTTCAACAGACTGTGACCCTTAAAAAATTATAAGCTGTCACAG
Unaligned ( gi|38 ): GCCAATGGCTATTATATGATTGGTAAAACGGTTACCATATGAACAATAACATTCATGGCATGTGAGATTTGGTTTAGTA
Unaligned ( gi|40 ): TGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTTAAGGTGGCTCAACAGACAGTGGCATTTTAAAATTATCAGCTGCCACAG
Alignments
lowQualScore : 444444444 1111111111111 11111 1111111111 1111111 4444 5555555555555555555 11 111 111111 666666666666666666666666666666666666666666666 1111111 2222222 111 111 44444444444 111 111 22222 1111 11111 111111 111 444444444444444444444444 11111111 1111 111111 1111111111111 1111 1111 11111 1111 11111 11 3333
lowQualScore : 2 2 666666666 0 22 0 1111111111111 2 222 1 1 2 4 22 777777 222 33333 55 22 1 2 2 2 77777 1 333 6 2 4444 4 2 5555 3333333333 2 2 8888 2 33 44 2 444 2 2 66 1 3 0 3 3 3 3 3 3 3 6666 3 3 3 44 3 3 1 88888 3 55 1 2 4 777 4 5 2 5 1 0 66 5 6666666 66 5 3333 5 4 8888888888888888888 88 4 4 00 6 0 6 777 66 8 8888 8888 3 111111 777 55 999999999999999999999999999999999999999999999 6666666 00 777 1 0 1 4444444 66666 4 333 8 4 5 5 5 6 000 3 88888888888 111 66 5 444 00000 8 1 8 8 4444 5 4 777 11111 66 222222 222 4 8 8888 1 4 55 222222222222222222222222 9999 999999 888 0 5 66 888 888 5 5 5 1 88888888 888 0 3333 444444 9999999999999 66 66 66 5 0000 5 5 5 888 5 0000 22222 0 2222 4 5 44444 99 1 11 6 3 3 6 9999 99 6 99 6 6 6 888 99
lowQualScore : . . ......... . .. . ............. . ... . . . . .. ...... ... ..... .. .. . . . . ..... . ... . . .... . . .... .......... . . .... . .. .. . ... . . .. . . . . . . . . . . .... . . . .. . . . ..... . .. . . . ... . . . . . . .. . ....... .. . .... . . ................... .. . . .. . . . ... .. . .... .... . ...... ... .. ............................................. ....... .. ... . . . ....... ..... . ... . . . . . . ... . ........... ... .. . ... ..... . . . . .... . . ... ..... .. ...... ... . . .... . . .. ........................ .... ...... ... . . .. ... ... . . . . ........ ... . .... ...... ............. .. .. .. . .... . . . ... . .... ..... . .... . . ..... .. . .. . . . . .... .. . .. . . . ... ..
lowQualScore : 4 4 222222222 7 88 8 2222222222222 0 777 9 9 0 0 55 777777 444 55555 00 55 8 1 2 2 66666 8 999 7 2 5555 2 2 0000 8888888888 5 5 8888 7 77 55 7 777 9 9 00 0 1 5 1 5 1 1 1 3 1 5555 3 3 3 66 3 3 2 33333 3 11 2 6 0 888 4 0 5 0 9 1 99 0 2222222 99 0 4444 0 4 2222222222222222222 11 4 4 66 2 1 5 555 11 9 5555 5555 7 555555 000 55 888888888888888888888888888888888888888888888 5555555 22 222 0 9 9 9999999 88888 4 999 9 4 0 7 7 7 888 7 33333333333 777 77 2 000 00000 0 0 0 0 5555 0 4 888 11111 11 888888 222 4 0 5555 3 0 55 888888888888888888888888 4444 999999 888 2 0 99 888 888 0 0 0 0 11111111 888 1 4444 444444 2222222222222 99 99 99 0 6666 0 0 0 888 0 6666 55555 7 1111 3 7 33333 22 0 00 7 5 2 7 3333 22 7 22 7 7 7 222 22
consensus : TTTATGAA-CAAAATTGT-AAATA--TATATTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GC--AT-AATCAA-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CANAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--AT-AATT-TCAAAG-TTAA-AGTGGTTATTATA------------------ATGCAC-GATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA--------GCCG--ATTT--A-GG--------CTAG-C-------CAATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTNGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTGG-G---ATA-AA-GATT-GAACGTTTGTTG-A-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGTA--------C-GCCTAA---AAATTACTCAGCAGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCGGATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCANAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTATTGTC--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TA--ATGC-TTGTGACATAAAAA--TACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
Reference ( family-966 ) : TTTATGAA-CAAAATTGT-AAATAC-TATATTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GC--AT-AATCAA-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTATTAT-ATGAA-NGNTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CATAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--AT-A--T-TCAAAG-TTAA-AGTGGTTATTATA---------------A--ATGCAC-GATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA--------GCCA--ATTT--A-GG--------CT-G-C-------CAATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-CCTTNGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTGG-G---ATA-AA-GATT-GAACGTTTGTTG-A-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGTA--------C-ACCTAA---AAATTACTCAGCAGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACNTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCGGATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCANAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTANTGTC--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATT-C--TA--ATGC-TTGTGACATAAAAA--TATAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|1 : TTTATGAAACAAA--TGTCAAATAT-T---CTACACATCA--A--TTTT-------T-----CTTC-CTTACTTCCTTCTGTT-G-CA-T-GATATGAA------TAGT-T-TATAAC-ATGTCTACTAC--A--AATCAACTGAGGCTG--AGTCATCGA-AAAT-TTACAGCCCCTCCCACCCCAAATC---T-T-GGA----AATT-GCGT-C----A-------AT-TT-TTG-TGGA--T----GA-A--CATTATGCA---ATAA-A-TGGTTATTATAATGAC-AGCTAACGATGATT-ATCAATTCA-AACAA-A-TACAAAAGTAGATCAACTAAGCCCTCAATG-TTTGTATTCTA----ATG-TCTG--TACT--CA-AA-GAA-TAACACA-----TC-TA---A-------AGGT-CCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAACCCATTTTTGT-CTTACT-GATAAAAT---C-TAAAGG--AT-GTTT-------TATC-AGACGAGTTGGCTAAT-AATT-TCAAAG-TTAA-AGGTGTTATTAT-------------------ATGCAT-GATAACATTTAGGTACACAGCGAGTCTCTAC-TATAA-GTCTATATACCGGGCTTCTAGA-TAT----ACTACTGAAA------CCA---GTCGGGCGGTA--------G-----ATTTTAA-GG--------CT-A-T-------CA---T--TTAC--ATTT--TTTTAAA-CCTTGATTTA-------------------GCTTA---TGG-GAA-ATATAA-AATT-AAACGTTTGTTG-ATTATGAAGAATCCTGTCATTATTATTAAGGCAATATAACGT-ACCTAA---AAATTACTCAGC-GT-GTTTTTCGTGATTTGCTCAAGGTTTGTAT-CCTCAAAGCAGCGAGAGGTTCAACCCTTATCTTGAATTTGAGCCCTTATTCATGT---GATATCAAGTCCACAGTG-AC-TCA---A-----GAGGATGGCTAAT------ATTTTG--TCTTTTTCAGACGTAATCAGACTTGATATGTT-AAA-GC--CT-ATCGCAGACAACCAA------------------------TC------ATTAAT---ATCAC---TTT-TGAATT---TAGCA---TTTTTA-A-AATACA-TGGATCATCAT---------A---TACATAT--A-CCTCTGATCT-A--C--------CCTAACCCCCAATA--TTCGTAATA----CTTTGAATTAT-GCACGACCTGA-AC----AATGAGCGATATTGAT-CAG----TTA-ATGTACGTGTTTAGCTTCTAAAGAACAAAGTGTGTATGGTCGAGTTGTGGCATCTGGGTAATCGGTAAATTGT--TA--ATTC-GTGAGACATGCAAA--TCTAGTGGATA-AT-TCAT-T-ACACAAATGTCAT--GGTAAATTCAA
gi|10 : ATGAA-CAAAACTGC-ATATAC-TATG-----CATCA--ACATTTT-------T-----CTCA-TTTAATCT--TTTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GC--AT-ATTCAA-TAAGGTCGTGAGACAGC-A-AAATGTTAT--CCCCC---TCCCCAAATT---T-G-AGA----AAAT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-CAT-CA---TTAATA-TCGTTATCAT-ATGAA-AACTAAAG-TAATTAATC-ATTCAAAAC-A-A-TACAAAGGTACTTCAGATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-AAA-AAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCATTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-TT--------TGG-CAGAGCTG--AT-GTTT-------TGTCATAACTAATTGCC--AT-AATT-TCGAAG-TTAA-AGTGGTTATCATA-------------------TACAA-AATAACATATAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATACTCACAT---AG--TTATGTA-CAA----A----CGAAA------ACA---GT--GGTGGT----------TCG--ATTT--A-GG--------CTAG-C-------CAATC--------GATTTGACTTTGTA-TATTTGTGTATTCTCATCAAT----------------TGG-G---ATA-AA-GAattttctctaaagcacttttgtacac
gi|11 : tgTTTATGAA-CAGAATTGT-AAATAC-TA-----CACATTA-----TTTT-------TTTTCTCTCA-TTTACTTC--TCTGTC-G-CA-T-TCTAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCAG--GC--AT-AATCAA-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCC----TCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-------------------------TTG-TGGATTT----GA-AT-CT-TAT-CA---TTAATG-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TTCAAAAATAGACCAAATAAG-CCTAAGTATTTT-T-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TGGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACGT-CTGTATAAAATGG-CAGAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--AT-AATT-TCAAAG-TTAA-AGTGGTTATTATA---------------A--A--CAC-AATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATACAATACTCAAAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGA---------------T--GGTGGTA----------CG--ATTT--A-GG--------CTAG-CCAATTTACAATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTAGTGTATTTTCATCAA
gi|12 : TTTATGAA-CAAAATTGT-AAATA------TTACACATCA--AAGTT---------C-----CTCA-TTTACTCC--TTTGTT-G-CA-TTGATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATG--------------ATCAA-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCC-----TCCCCAAATT---T-G-AGA----AATTTGCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AA-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTA-TAT-ATGAATAACTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAGC-A-A-TACAAAAGTAGATCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAG-GAA-TAGCACA-----CCTTACACGACTCATTAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CAC-AAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAACTGCC--AT-ACTT-TCAATG-TTAA-ATTGGCTATTAT-------------------ATGCAC-GATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TCTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA----------CG--ATTT--A-GG--------CTAG-T-------CAATTT--
gi|13 : TCATGAT-CAAAATTGT-A------TATAATATACATCA--TAATTTG-------C-----TTCA-TTTACTCC--CCTTTC-G-CT-T-GATTT--A------TAGT-A-TA---C-ATGTCTA--GC--GT-AATCTA-TGAGACTGTGAGACAGC-A-AAATATTAA--CCCCCCCCCCCC---ATTCCCT------------TT-GCG-------A-------------TTG-TGAATTT----GA-AT-AC-GAT-CA---TTGATA-AGGCCATTAT-ATCAC-AGC-AAAG-TGGTTCATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGAACAAATAAG-TCTAAATATTTTGT-TTTTG----ATA-A-TG-TTCCA--CAGA---------------------TAC-TAAGTCACCAGGTGCCTCCACTacaattttcac
gi|13 : C-ACTCCACAGTG-ACATAA---AATCATGGAGATGTT--ATTTGGGTATTTTGTTTC-ATTTCAAAAGTATT----TTTAACATGCTAAAA-GC--CGTATCGCAGAAAACTATTAATGAGTTTAAGACAAATAACAAAT----AAATT--T---ATAAC---TAT-TGA--T---TTGTATATTTTTTA-ATAGCA-A-TGGATCAGAAT--------AA---TA-------A-CC------CC-AGTC--------CT--TCCCC--TTA--TT-ccacagtgacataaaatcatggagatgttatttgggtattttgtttcatttcaaaagtatttttaacatgctaaaagccgtatcgcagaaaactattaatgagtttaagacaaataacaaataaatttataactattgatttgtatattttttaatagcaatggatcagaataataaccccagtccttccccttatt
gi|15 : tcatgatcaaaattgtatataatatacatcataatttgcttcatttactcccctttcgcttgatttatagtatacatgtctagcgtaatctatgagactgtgagacagcaaaatattaaccccccccccccattccctttgcgattgtgaatttgaatacgatcattgataaggccattatatcacagcaaagtggttcatcattcacaacaatacaaaagtagaacaaataagtctaaatattttgtttttgataatgttccacagatactaagtcaccaggtgcctcCACAGC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CTTAAATATTTAGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTAAT--CAGAA-GAT-TAGCACACCTGGCC-TAC-CAAGTCACTAGGTCCCTTCACT
gi|15 : TC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCATAAT--------AA---TATATATC-ACCC------CC-A--C--------CT--ACCCC--AAA--GT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAGC---A-ACCATGGATGGGC-----TGATGCAGAACTTTACATGTAC-CGTTAAGCT-----TAAACAAA--Gccacagtgacatcaaggagatggtatatttttcctttcaaagtaatcttgatatgctaaaagcctcatcgcagaaaaccatacaaatttataactgttgatgagcatttttaatagcaatgaatcataataatatatatcacccccacctaccccaaagtgtaatactttgaatttgccagcaaccatggatgggctgatgcagaactttacatgtaccgttaagcttaaacaaag
gi|17 : cacagcaatacaaaagtagaccaaataagcttaaatatttagtttttaatgttgttaatcagaagattagcacacctggcctaccaagtcactaggtccctACATCACAGAATTTTTGGTAATC-----ATCAGTTTACTC---TCTGTTTG-CA-TTGATAT--AAA----TAAT-T-TA------TGTCTAGGGC--ATAAATCA
gi|17 : ctaCCCAAATT---TTG-AGA----A-TT--CGT-C----A-------AA-TT-TTGATGGATTTTGGTAA-AT-CA--AT-TA---TCAAT--------TTAT-ATG----GTT-----T-ATTTATC-ATT-------A-A-TATACGAG----CCAAACTAG-C-TAAATATTT-GT-TTTTA-----TG-C-TGCTTACCTGCATAA-GAAATAGC-CA-----CC-TAG--AAG-CACT--GTCCTTCAACTTA-GAGAAtaggagatgaaacaagacgtgtgaacgcgagttatcagcaactcattctgtaaaccaaaaagtcagcccaaattttgagaattcgtcaaattttgatggattttggtaaatcaattatcaatttatatggtttatttatcattaatatacgagccaaactagctaaatatttgtttttatgctgcttacctgcataagaaatagccacctagaagcactgtccttcaacttagagaa
gi|19 : ctaacatcacagaatttttggtaatcatcagtttactctctgtttgcattgatataaataatttatgtctagggcataaatcataggagatgaaacaagacgtgtgaacgcgagttatcagcaactcattctgtaaaccaaaaagtcagTGAA-CAAAATTGT-A------TATACTACACATCA--AAACTTT-------G-----CTCA-TTTACTCT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GC--AT-AATCAC-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTA------CCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGA---------------------A---TTAATA-TGATTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTCGT-TTTTA----
gi|2 : gGTTCACATTGG-G---ATA-AA-GATT-GAACATTTATTG-A-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGATA--------C--CCTAA---ATATTACTCAGCAGTGCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCAAGAGG-TCAACATTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCG-ATGTC-ACTCCACAATG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-ATAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATTGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCAAAAG--------AA---TACATATCTC-CC------CC-T--C--------CC--ACTCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC--------TGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAACCAAA--TTGTAATGTC--ATTGT-GCATGTGGGAAATCAGT-AATTGC--TC--ATGC-TTGTGACATAAAAA--TACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|20 : TTTGT-ATTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAACACA-----TC-TAC-CAAG-------GTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGA-CATAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACCAATTGCT--AT-AATT-TCAAAG-TTAA-AGTGGTTATTAT-------------------ATGCAT-GATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCATATATCGG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGattcttaacacttgtcacactgtcaccaatgtggcgtatgaaataaccacacatcactataaaacagtgtatgcagctgtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttataacagtatgcagtgatcgttaacttcattgtacatttgccctgcactttacactttacatttaacacattgtttactttgtcaatgtatatccatattcatacaatgccataacgtgtctgttgtgcacggaaattagtaaaatatagacaatgatgaaaataattgtgtgacttgatgcaaagtcaaatatcagtcagacaccaaatttataacgacattatctctttacgtgatactcaaatgacgatgtagtggaaggcttactctaattggactataagtacagaatagcagagatacagtaaaacaataaaggttaatttctaaatgtaaatcagaggaatcaatttccaactcaattccatcatcgtcagagtcaaagattctcagtaaacattatcattatcactat
gi|21 : TTCATGAA-AGAAATTG---GATGC----ACTACACATCC--AATTTTT-------T-----CTCA-TTTACTCG--TCTGTC-G-CA-T-GATAT--A------AAGT-A-TA---C-ATGTCTA--GC--GT-AATCTA-TGAGGCTGTGAAACAGC-A-AAATGTTA------TCCTATCCCCAAATT---T-G-AGA----AAAT-GTGT-T----A-------A--TT-TTG-CGGATTT----GA-AT-AA-TAT-CA---GTGATA-TGGTCATTAT-ATCAA-AGCTAAAG-TGGTTAAT---TTGACTAT-A-AGTACAAAA
gi|22 : A----AATT-GCGTTC----A-------A--TT-TTG-TGA--TT----GA-AT-AA-TAT-AA---TTAA-A-TGGTTATTAT-ATGA---GTTCAAG-TG------------------------------TAGAACAAATAAG-CCTAAATATTTTAT-ATTTAGACAAAG-T-TG-TCGCT--CAGAA-GAA-TAACACA-----CC-TAA-CAAGTCACTAGGTTCCTTCACTaaa
gi|22 : TC-ACTCCACAGTT-ACATCA---A-----GGATATGAT--AT------ACTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT-------------CTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAccacagttacatcaaggatatgatatacttttcctttcaaagtaatctaaaagcctcatcgcagaaaaccatacaa
gi|23 : aaattgcgttcaattttgtgattgaataatataattaaatggttattatatgagttcaagtgtagaacaaataagcctaaatattttatatttagacaaagttgtcgctcagaagaataacacacctaacaagtcactaggttcctTTTATGTA-CGAAATTGT-A------TATACTACACA--------------------------TCA-TTTACTAC--CCTGTT-T-CA-T-GATAT--A------TAGT-A-TA---C-ATTTTTA--GCATAT-AATCAA-TGAGGCCGTGAGAGAGC-A-AAATGTTA-----TCCCTCTCCCCAAATT---T-G-CAA----AATT-GCGT-C----A-------ATTTT-TTG-TGAATTT----GA-AT-AA-AAT-CA---TTTATA-TTGTTATTAT-ATGAA-
gi|24 : TA--------GCCT--ATTT--A------------------------CAATTT--TTAAAAATTTGACTTTTCAATCTTGGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTGG-G---ATA-AA-GATT-GAACGTTTGTTG-A-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGTA--------C--CCTAA---AAATTACTCAGCAGTCCTATTTCGTAGATCGCT---GG-----ACGCACCAAAGCa
gi|25 : ttaggcATGAA-AGGAATTGT-A------TATATTACACATCA--CTATTA--------C-----CTCA-TTGTCTTT--CCTGTC-G-CA-T-GATAT--A------CAGT-A-TA---T-ACGTCTA--GC--AT-AATCGA-TGAAGCTGTGAGATAGC-A-AAATGTTA-----TCCCCCTCCCCAAATA---C-G-AGA----AACC-ACAT-A----A-------A--T
gi|27 : ACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TGAT-T-TA---T-ATGTCTA--GC--AT-AATCAA-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAA-GTTA-----TCACCCTTCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-CAATTA-------A--TT-TTG-TGGATTT----aaagtgagtgaaagatattttttctattatata
gi|28 : gaacaG--TTCTGTA-TAT----A----TGATACATGTAACA---GT--GATGGTA--------G--G--ATTT--A-GG--------CTAG-C-------CAATTT--------ATTTGTCCTTGAA-TCTTCGTGTATTCTTATCAAC----------------TGG-G---ATA-AA-GATT-GAACGTTTGCTG-A-TATGA
gi|3 : TTTATGAA-CAAAATTGT-AAATACATGTATTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCA--TTTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TC---T-ATGTCTC--GC--AT-AATCAA-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCTAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-GAT-CA---TTAATA-AGGTTATTAT-ATGAA-TAATAAAG-TGATTAATC-ATTCCCAAC-A-A-TACAAAAGAAGACCAAATAAG-CCTAAATAGTTTGT-TGTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CT-TAC-CAAGTCACCAGGTCCTTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAG---A-TGTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CATGAATG--AT-GTTT-------CATCAAGACTAATTGCC--AT-A-------AAG-TTAA-AGTGGTTAATATATACTAGTACGCTGATG--ATGCAT-GATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TTTACATACAATGCTCACAT---GG--GTCTGTA-TAT----A----TGATA------CCA---GT--GGTGGTA--------GTCA--ATTA--A------------------------CAATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTTGTGTATTCTTATCAAT----ATATTTTCACATTGG-G---ATA-AA-GATT-GAAAGTTTGTTG-A-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGATA--------C--CCTAA---AAATTACGCAGCCGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGTCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTGGAGCCCTT-TTCATGTTTGAATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGATATTAT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAGT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---CGT-TCG--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCACAAT--------AA---TACATATC-A-CC------AC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTATGCT-----AAAACAAA--GTGCATTGTC--ATTGT-GCATGTGGG-----------------TA--ATGC-TTGTGACATAAAAC--TACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|30 : AT--A------TGAT-A-TA---T-ATGTCTG--GT--TT-AATCAA-AGATACTGTGAGACAGC-A-AAATGTTA------CCCGGTCCCCAAATG---T-G-AGA----AATT-
gi|31 : TACTCT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-TTGTCTA--GT--AT-AATCAA-TGAGGCTGTTAGACATC-A-AAATGTTAT--CCCCCCCC-CCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-aatgtaattaatacattgaatattac
gi|33 : TATGAA-CAAAATTGT-AA-----TA-ATTACATATCA--AAGTTTT-------T-----CTCA-CTTACTCC--GCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TCGT-T-TA---C-ATGTCTT--GT--AT-AATCAA-TGAGGC
gi|35 : aTTTATGAA-CAAAAGTGT-AAATA------TTACACATCA--AAATTTT-------T-----CTCA-TT---TCT--TCTGTT-G-CA-T-GGTAT--ATACATGTAGT-T-TA---T-ATGTCTA--GC--AT-AATC
gi|36 : TGAA-CAAAATTGT-AAATA-----AT-ACACATCA--ACATTGT-------T-----CTAA-TTTACTCT--TCTGTT-G-CA-T-TATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTT--GC--AT-AATCA
gi|37 : AGGTTGTAAGACAGC-A-AAATGTTAT--CTCCCTCATT---AAATT---T-G-AGA----AGTT-CCGT-T----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-AA-TAT-CA---TTAAT
gi|38 : TAA-AACGGTTACCATA-------------------TGAAC-AATAACATTCATG-GCAT-GTGAGA-TTT
gi|39 : gccaatggctattatatgattggTTACTCC--TCCGTT-G-CA-T-GATAT--A------AAGTATGTA---C-ATGTTAA--GC--AT-AATCTG-TGAGGGTGTAAG--AGC-A-AAATGTTAggtttagta
gi|4 : aATCA---A-----GAAGATGGT--AT--------TTT---TT-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGTTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--A---ATAAC---TTT-TGA--T---TAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCACAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CCCA--A--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTAATGTA--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TA--ATGC-TTGTGACATAAAAA--TACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAAtg
gi|41 : G-TCAGCCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NCGTCattctaaacacttgtcacactgtcaccaatgcggcgtatgaaataaccacacatcactataatacagtatatgtaactgtttatctatctatctatctatctatccatccatccataatgttataacagtatgcagtgatcgttattaccgttaacttcatcgtacatttgccctgcattttacactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatattcatacaatgccataacgtatatgtgcacggaaattagtaaaacaaagacaatgatgaatatggatgatgcacagtcaaatatcagccagacaccaaatttataacggcattatctctttacgtgatactcaaatgaccatgtagtgaaaagcttaatcttattggactataagtacaaaatagcagttatacagtgaacaataaaagttagtttctaaatgtaaatcagaggaactaatttccaagttaattccatcatcgtcaaagtcaaagattctcagtaaagattatcattatcactagtctatcagattcaacaacaaccattattacattcaacaacagccactagaatgttctg
gi|42 : AGTA----CTCTGAATT-T-AC-TAAC---A-AC----AATGATC-----TGGTTCAA----TTA-AT------GTTATGCT-----AAAACA
gi|43 : TGAA-CAAAATTGT-A------TATATTACACACCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-Cg
gi|44 : TTGACGAA-CAAAATTGT-AAATA------TTACACATTA--AATTTTT-------T-----CTCA-TT
gi|45 : TTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCAAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAAC
gi|46 : ATAT--A------TAGT-T-CA---T-ATATCTA--GC--AT-AATCAA-TGAGGCTGTGAGA
gi|47 : CACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCTTAA---A-TTTT
gi|5 : CAGTGCACATCAGAGA-----GGAGATGGT-------------------------------TAAT----ATTGA----CTGAAATGCGGCCCATCGCAGAAA-CCAT------------------------ATGCAGAAGTT--TGATATATCGCATATGTGA--TTGAGGGAG---TTTCTATGTATCA-AAT--ATCACAATCAGATGGGAAGATTGCA-GTC-C-CC------CC-G--CAGACACAGCC--ACCA---ATAAGGT-GCATTAACCGCTTTGAATT-TTGC-CAAC---ACAC----AATGAGC-----TGA
gi|5 : -GCGTGAGGGTA-TCAGT-AATTGC--TATAATGCGTTGTGACGTAAAAGAGTATAGTGGATATATACCCTCTAGAACCAA---CATGAGGTGAAAatgaaatctatgagcagtaagccgcgagtacgcccgcatacaataagaaatcgcaaagacacgagttgtgctcctatcagaggtagagcgtgagggtatcagtaattgctataatgcgttgtgacgtaaaagagtatagtggatatataccctctagaaccaacatgaggtgaaagtctaaattcgcttaacactggtgtctctggtcgcaatctggttcccgaacgcactgcgcgtattggaatatactcacatacacatcagaacactaataataacaacgtgtcataactggagactgtttattcatatatctactcttcaattccatccatccatgatgatcataacattcgatgcgacggattatgacacacaataacattttgcgcctgcatttacaacacgaagttcctatgattcatagtaactatcgccggcgctatatgacgatataatgtgcaccggtacgaccatcggtacacggcattgacgaatagacgtaattatgaagatatgatttggtgtgactctatgatgcacaggtcaggagaatcaatcaacggctctgacagacaccaaa
gi|6 : cagtgcacatcagagaggagatggttaatattgactgaaatgcggcccatcgcagaaaccatatgcagaagtttgatatatcgcatatgtgattgagggagtttctatgtatcaaatatcacaatcagatgggaagattgcagtccccccgcagacacagccaccaataaggtgcattaaccgctttgaattttgccaacacacaatgagctgaatgaaatctatgagcagtaagccgcgagtacgcccgcatacaataagaaatcgcaaagacacgagttgtgctcctatcagaggtagaTGAA-CAAAATTGT-A------TATACTAAACATCA--AAATTTT-------T-----CTCA-TTTACTTT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATACCGA--GC--AT-AATCAA-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGCCCC--CCCCCCCCTCCCCAGATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTA-AGGATTT----TA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTGTTAT-ATGAA-CGCTAATG-TGATTAATC-A---A-AAC-A-A-TACCAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-CTTTA----ATG-C-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CT-TAT-CAAGTCACCAGACACCTCCACTCA-gtctaaattcgcttaacactggtgtctctggtcgcaatctggttcccgaacgcactgcgcgtattggaatatactcacatacacatcagaacactaataataacaacgtgtcataactggagactgtttattcatatatctactcttcaattccatccatccatgatgatcataacattcgatgcgacggattatgacacacaataacattttgcgcctgcatttacaacacgaagttcctatgattcatagtaactatcgccggcgctatatgacgatataatgtgcaccggtacgaccatcggtacacggcattgacgaatagacgtaattatgaagatatgatttggtgtgactctatgatgcacaggtcaggagaatcaatcaacggctctgacagacaccaaa
gi|6 : ttC-ACTCAACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--GT------ATTTT---TC-CGTTCAAA-GTAGT----CTTGACATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------GC----AAATT--T---ATTAC---TGT-TGA--C---GAGCA---TTTTAA-ATAGCA-A-TGAATCAGAAT--------GA---TACATATT-ACCC------CC-A--C--------CA--ACCCC--AAA--TA-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACCTGTAC-CTTTAAGCT-----AA---AAA--GCTCATTCTC--ATTAT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTACTATA--ATGC-TTGTGGCATAATAA--TATAATCGACA-AT-TCCT-TATAGCCA----C-T--GGTAAATTTAAacagtgacatcaaggagatggtgtatttttccgttcaaagtagtcttgacatgctaaaagcctcatcgcagaaaaccatgcaaatttattactgttgacgagcattttaaatagcaatgaatcagaatgatacatattacccccaccaaccccaaatagtaatactttgaatttgccaacaacaatgagctgatgcagttacctgtacctttaagctaaaaagctcattctcattatgcatgtgggtaatcagtaattactataatgcttgtggcataataatataatcgacaattccttatagccactggtaaatttaaatt
gi|7 : tttgaacaaaattgtatatactaaacatcaaaatttttctcatttacttttctgttgcatgatatatagtttacataccgagcataatcaatgaggctgtgagacagcaaaatgcccccccccccctccccagatttgagaaattgcgtcaattttaaggattttaatcatatcattaatatggttgttatatgaacgctaatgtgattaatcaaaacaataccaaagtagaccaaataagcctaaatattttgtctttaatgctgttactcagaagaatagcacacttatcaagtcaccagacacctcATGAA-AGGAATTGC-A------TATATCACACATCA--CTATTT--------C-----TTCA-TCTACTTC--TCCGTT-G-CG-T-GATAT--A------AAGT-A-TA---A-ACGTCTA--GC--TT-AATTGA-TGAGGCTGTGAGAAAGC---AAATGTT-----TTCCCACTCTCCAAATT---TCGTAGATTTGGATT-AAGT-G----AGAGAAAGA--TTATT-----ATTT----GCTAC-TA-TAT-CAAAGTCA--A-TGGCTATTAT-ATCAA-TGGTAAAA-TAGTTAA-C-ATatt
gi|7 : aAA---A-TTTCGTAGAT-TTGGATTAAGTGA-GAGAAAGATTATTATTTGCTACTATATCAAAGTCAATGGCT--ATTA--TATCAATG-GTAA-AATAGTTAACATA---------------ATTATGTA----TAACATTTTGG-ACAT-GTGAG--ATT----------------T---GG--TTTTGTACTATCAACA----TATTA------ACA---GT--TGTGATACAATATTAGCCACGGTTA--A-GG--------CT-GGC-------CAATTT----ACTGATATGACTTTGCA-CATTTGTGTATTTTAATCAANTTCAACATGTTAACAGTGATG---ATACAA-TATT-aattatgtataacattttggacatgtgagatttggttttgtactatcaacatattaacagttgtgatacaatattagccacggttaaggctggccaatttactgatatgactttgcacatttgtgtattttaatcaanttcaacatgttaacagtgatgatacaatattagccacggttaaggctggctaattttctgacatgactttgcacatttgtgtattttaatcaatatatgttctcaataagacacagattcgaacatttattgatatgaagaagcctgtcatgatcaaggcaagaccaaagagaaatgactcagtggttctctttcatagatcgctagatgcctcaaaacaacgaaaagtcaacattatctagagttcgagcccttttcatggcatg
gi|7 : aatgaaaggaattgcatatatcacacatcactatttcttcatctacttctccgttgcgtgatataaagtataaacgtctagcttaattgatgaggctgtgagaaagcaaatgttttcccactctccAC----A----TGTTA------ACA---GT--GATGATACAATATTAGCCACGGTTA--A-GG--------CT-GGC-------TAATTT--T--CTGACATGACTTTGCA-CATTTGTGTATTTTAATCAAT----ATATGTTCTCAATAA-G---ACA-CA-GATTCGAACATTTATTG-A-TATGAAGAAGCCTGTCA-TG--ATCAAGGCA--------AGACCAAAGAGAAATGACTCAGTGGTTCTCTTTCATAGATCGCT---AG-----ATGCCTCAAAACAACGAAAAG-TCAACATTA-TCTAGAGTTCGAGCCCTT-TTCATGagccacggttaaggctggctaattttctgacatgactttgcacatttgtgtattttaatcaatatatgttctcaataagacacagattcgaacatttattgatatgaagaagcctgtcatgatcaaggcaagaccaaagagaaatgactcagtggttctctttcatagatcgctagatgcctcaaaacaacgaaaagtcaacattatctagagttcgagcccttttcatggcatg
gi|8 : aatgaaaggaattgcatatatcacacatcactatttcttcatctacttctccgttgcgtgatataaagtataaacgtctagcttaattgatgaggctgtgagaaagcaaatgttttcccactctccaaatttcgtagatttggattaagtgagagaaagattattatttgctactatatcaaagtcaatggctattatatcaatggtaaaatagttaacataattatgtataacattttggacatgtgagatttggttttgtactatcaacatattaacagttgtgatacaatattagccacggttaaggctggccaatttactgatatgactttgcacatttgtgtattttaatcaanttcaTTACACAT-A--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-GGCAAC-GATAT---------TGTT-C-CA---TTATATCTA--GC--AT-AATCAA-TGAGGCTGTGAGACAGC-ATAAATGTTAC--CCCCTCC------AAATT---TTG-AGA----AATTTGCGT-C----A----------TT-TTG-TGGATTTTG--GA-ATTCA-TAT-CA---TTAATAATGGTTATAA--ATGAA-T-CTAAAG-TGATCAATC-ATTCACAAC-AGA-TA-AAAAGTAGACCAA-TA-G-CCTAA-TATTTTGT-TTTTA-----TGAT-TG-TTACT--CTGAATGAA-TAGC-TA-----AC-TAC---AGT-AC-AGGTCC-TTCACTTATGAGAAAGTATGTAA---A-TTTTGTACAA-CTGGATAAAATGGACATAA-GG--AT-GTTT--------AT-AAGACTAATTGCC--AT-AA-C-TCAAAGGTTAACAGTGGTT-TTATA-------------------TGCACAGATAACATTTCGG-ACAC-GTGAG--TTTAC-TATAATGCTCA-AT---GG--TTCTGTAATAT----A----TGAAT------ACATGTAT--GGTGGTA----------CG--ATTT--ATGGATAGTCATTT-A-A-------CAGTTTAGTTACTGATT---CTTC-------TAGTGTATTATCATCAAT----AT-TGTTAACATTGG-GTGGATA-AAAGGTT--AACGTT-GTTGGA-TATGAAGAATCCCGTC--T---ATTAAG-----------T-GCCTAA---CTATTA-TCAG-AGTCGTCTTTCgcatg
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GATATACCTTAAAACCACAGGTAATCTAAATCATTAACACTACCATACAGTTCCCATACAGCATTGAAATAACTACACTTCAATACATGTAACTGTTTTACGATATAAAATATATATTCCATATTGAATATGCAGAGATGGTTTAACCATATACATGTACACATCATCTTGTATGTATTTTAAATCTATATTCATGCAGTGCTATAAGTTATATGTGCAGGAAAGTAGTAGAGTATATTAATATAATTTATGTGACTTGGATAATACAAAGTCAAATATCAGTCGACATCAACTCTATAACAACATTATATTTCCCAACTTAGTATTCAAATTACTCATGTAGCTGAACAGCTTAATCTCATTGGAAATATATCATGTCAATGACACATGTAAATATAAAAGTATTTTCTCTTTGAATGTCAAGTCAGTAGAACTACACATTTTAAATTAACTTCCTCATTGTCAGTAGTCAGAAGATTGTCAAGTAAGATCAATCATCATATGCATCGGTCAAAGATTGTCAGTAAAGATCATCATCAATATAGTTATATCATAGACAATAGATTG
Unaligned ( gi|14 ): CTTAACACTTGTGACCAATAAATGTGGCGTATGAAATAACCACACATCACTATAATACAGTGTATGTAACAGTTCAACGATCTATCCATCCACCCATCCATAATGTTATAACAGCATGCAGTGATCGTTAACTTCATCGTACATTTGCCATGCACTTTACACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATATTCATACAATGCCATAACGTATATGAGCACGGAAATTAGTAAAACGAAGACAATGATGAAAATAATTTGTGTGACTTGATGCAAACTCATATATCAGTCAGACACCAAATTTATAACAATATTATCTCTTTACGTGATACTCAAATGACCATGTAGTGGAAAGCTTAATCTAATTGGACTATAAGTACAAAATAGAAAATAGCAGAGATACAGTGAA
Unaligned ( gi|16 ): TCTATCTATCCATCCATCCATCCATAATGTTATAACTATAACATTATGCAGTGATAGTTAACCACATACATTTGCCCTGCACTTTACATCCATATTCATACAATGCCATAACGTACATGTGCACGGAAATTAGTAAAATGAAGACAATGATGAAAATAATTGGTGTGATTTAATGCAAATTCAAATATCAGTCAGACACCAAATTTATAACATCATTATCTCTTTACGTGATACTCAAAGGACCATGTAGTGAAAGGCTTAATCTAACTGGACAATAAGTACAAAATAGCAGAGATACAATGAAGAATAAAAGTTAATTTCCAA
Unaligned ( gi|18 ): ATATCCATATCCATACAAGTACAATGCCATAACGTATATGTGCATGGTAATTAGTAAACCGAAGACAATGATAAAAATAAATTGTGTGACTTGATGCAAAGCCAGATATCAGTCAGATACCAAATTTATAACAACATTATCTCTTTACATGATAATCATATGATCATGTGGTGAAAGGCTTAATGTTATTGGACTATAAGTACAAAATAGCAGAGATACAGTGGACAATAAAAGTTAATTTCTGAATGTAAATCAAAGAAATTAACTTCCAAGTCAATTCCATCA
Unaligned ( gi|26 ): TCATCGTCAGAGTCATATTCTCAGTAAAGATTATCATTATCCCTATCAGATTCAACAACAGCCACTAGAATGTTCTGACCGTCTACATGGTAGTATGCACAAAACTCAATGCAGTTAAGGTGTTTCAGTAGACAGTGACACTTAAAAAGATATCGGCTGTCACAG
Unaligned ( gi|29 ): TTTAGTCATTCCCATCATTGGCAGATTCTCAGTAAAGATTATTATTATCACTGTCAGAGTCAACAACAGTCACTAGAATGTTCGGACCGTCTACGTGTGATGCACGAAACGCGTG
Unaligned ( gi|32 ): GATGCAAATTCAAATATCAGTCAGGCACCAATTTTTTTATAATAACATCATTATCCCTTTACGTGATACTCTAATGACCATGTAGTGAAAAGCTTAATCTAA
Unaligned ( gi|34 ): TCTGACCGTCTACATGGTATACACAAAACTCAATGCAGTTCCATGTAAGATGGTTCAACAGACTGTGACCCTTAAAAAATTATAAGCTGTCACAG
Unaligned ( gi|40 ): TGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTTAAGGTGGCTCAACAGACAGTGGCATTTTAAAATTATCAGCTGCCACAG
Alignments
lowQualScore : 44444444444 1111111111111 11111 1111111111 1111111 444444444444444444 11 111 111111 6666666666666 333333333333333 1111111 2222222 111 3333333333333 1111 111 22222 1111 11111 111111 111 444444444444444444444444 11111111 1111 111111 1111111111111 1111 1111 11111 1111 11111 11 11
lowQualScore : 2 33333333333 3333 1111111111111 2 222 1 1 2 4 22 777777 222 33333 55 1 22 1 2 2 2 77777 1 333 6 2 4444 4 2 5555 3333333333 2 2 8888 2 33 44 2 444 2 2 66 3 0 3 3 3 3 3 3 3 6666 3 3 3 44 3 3 1 88888 3 55 1 2 4 777 4 5 2 5 66 66 5 6666666 66 4 444444444444444444 4 4 4 4 00 6 0 6 777 66 4 4 8888 8888 3 111111 777 55 5555555555555 55 4 000000000000000 6666666 0 4 1 1 0 1 4444444 66666 777 4 66 4 8 5 5 5 6 000 8888888888888 4444 66 5 444 00000 8 8 8 4444 5 4 777 11111 66 222222 222 4 8 8888 1 4 55 222222222222222222222222 9999 999999 888 0 5 66 888 888 5 5 5 1 88888888 888 0 3333 444444 9999999999999 66 66 66 5 0000 5 5 5 888 5 0000 22222 0 2222 4 5 44444 99 1 11 6 3 3 6 88 6 99 6 6 6 888 99
lowQualScore : . ........... .... ............. . ... . . . . .. ...... ... ..... .. . .. . . . . ..... . ... . . .... . . .... .......... . . .... . .. .. . ... . . .. . . . . . . . . . .... . . . .. . . . ..... . .. . . . ... . . . . .. .. . ....... .. . .................. . . . . .. . . . ... .. . . .... .... . ...... ... .. ............. .. . ............... ....... . . . . . . ....... ..... ... . .. . . . . . . ... ............. .... .. . ... ..... . . . .... . . ... ..... .. ...... ... . . .... . . .. ........................ .... ...... ... . . .. ... ... . . . . ........ ... . .... ...... ............. .. .. .. . .... . . . ... . .... ..... . .... . . ..... .. . .. . . . . .. . .. . . . ... ..
lowQualScore : 4 11111111111 9999 2222222222222 0 777 9 9 0 0 55 777777 444 55555 00 8 55 9 0 2 2 66666 8 999 7 2 5555 2 2 0000 8888888888 5 5 8888 7 77 55 7 777 9 9 22 1 5 1 5 1 1 1 3 1 5555 3 3 3 66 3 3 2 33333 3 11 2 6 0 888 4 0 5 0 11 99 0 2222222 99 4 111111111111111111 4 4 4 4 66 2 1 5 555 11 4 4 5555 5555 7 555555 000 55 2222222222222 55 0 666666666666666 5555555 1 4 1 0 9 9 9999999 88888 888 4 11 4 9 0 7 7 7 888 8888888888888 2222 77 2 000 00000 0 0 0 5555 0 4 888 11111 11 888888 222 4 0 5555 3 0 55 888888888888888888888888 4444 999999 888 2 0 99 888 888 0 0 0 0 11111111 888 1 4444 444444 2222222222222 99 99 99 0 6666 0 0 0 888 0 6666 55555 7 1111 3 7 33333 22 4 00 7 5 2 7 33 7 22 7 7 7 222 22
consensus : TTTATGAA-CAAAATTGTAAA-ATAT--ACTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CANAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGT-A-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA--------G-C--GATTT--A-GGCTAGC-------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTNGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGT------ACG--CCTAAA----AATTACTCAGCAGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCGGATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCANAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTATTGTC--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
Reference ( family-966 ) : TTTATGAA-CAAAATTGTAAATATAT--ATTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CANAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGT-A-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA--------GCC--GATTT--A-GGCTAGC-------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTNGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGT------ACG--CCTAAA----AATTACTCAGCAGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCGGATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCANAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTATTGTC--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|1 : TTTATGAAACAAA--TGTCAA-ATAT--TCTACACATCA--A--TTTT-------T-----CTTC-CTTACTTCCTTCTGTT-G-CA-T-GATATGAA------TAGT-T-TATAAC-ATGTCTACTACA--A--ATCA-ACTGAGGCTG--AGTCATCGA-AAAT-TTACAGCCCCTCCCACCCCAAATC---T-T-GGA----AATT-GCGT-C----A-------AT-TT-TTG-TGGA--T----GA-A--CATTATGCA---ATAA-A-TGGTTATTATAATGAC-AGCTAACGATGATT-ATCAATTCA-AACAA-A-TACAAAAGTAGATCAACTAAGCCCTCAATG-TTTGTATTCTA----ATG-TCTG--TACT--CA-AA-GAA-TAACACA-----TC-TA---A-------AGGT-CCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAACCCATTTTTGT-CTTACT-GATAAAAT---C-TAAAGG--AT-GTTT-------TATC-AGACGAGTTGGCTAATAATTTCAAAGTTAA-AGGTGTTATTAT-----------------ATGCAT-G-ATAACATTTAGGTACACAGCGAGTCTCTAC-TATAA-GTCTATATACCGGGCTTCTAG-A-TAT----ACTACTGAAA------CCA---GTCGGGCGGTA-------------GATTTTAA-GGCTA-T-------C-------A---T--TTAC--ATTT--TTTTAAA-CCTTGATTTA-------------------GCTTA---TG---G-GAAAT-ATAAAATT-AAACGTTTGTT-GATTATGAAGAATCCTGTCATTATTATTAAGGCAATATAACGTACCTAAA----AATTACTCAGC-GT-GTTTTTCGTGATTTGCTCAAGGTTTGTAT-CCTCAAAGCAGCGAGAGGTTCAACCCTTATCTTGAATTTGAGCCCTTATTCATGT---GATATCAAGTCCACAGTG-AC-TCA---A-----GAGGATGGCTAAT------ATTTTG--TCTTTTTCAGACGTAATCAGACTTGATATGTT-AAA-GC--CT-ATCGCAGACAACCAA------------------------TC------ATTAAT---ATCAC---TTT-TGAATT---TAGCA---TTTTTA-A-AATACA-TGGATCATCAT---------A---TACATAT--A-CCTCTGATCT-A--C--------CCTAACCCCCAATA--TTCGTAATA----CTTTGAATTAT-GCACGACCTGA-AC----AATGAGCGATATTGAT-CAG----TTA-ATGTACGTGTTTAGCTTCTAAAGAACAAAGTGTGTATGGTCGAGTTGTGGCATCTGGGTAATCGGTAAATTGT--TAATTC-GTGAGACATGCA--AATCTAGTGGATA-AT-TCAT-T-ACACAAATGTCAT--GGTAAATTCAA
gi|10 : ATGAA-CAAAACTGCA----TAT--ACTATGCATCA--ACATTTT-------T-----CTCA-TTTAATCT--TTTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--TTCA-A-TAAGGTCGTGAGACAGC-A-AAATGTTAT--CCCCC---TCCCCAAATT---T-G-AGA----AAAT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-CAT-CA---TTAATA-TCGTTATCAT-ATGAA-AACTAAAG-TAATTAATC-ATTCAAAAC-A-A-TACAAAGGTACTTCAGATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-AAA-AAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCATTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-TT--------TGG-CAGAGCTG--AT-GTTT-------TGTCATAACTAATTGCC--ATAATTTCGAAGTTAA-AGTGGTTATCATA-----------------TACAA-A-ATAACATATAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATACTCACAT---AG--TTATGT-A-CAA----A----CGAAA------ACA---GT--GGTGGT----------TC--GATTT--A-GGCTAGC-------C-------AATC--------GATTTGACTTTGTA-TATTTGTGTATTCTCATCAAT----------------TG---G-G--AT-A-AAGAattttctctaaagcacttttgtacac
gi|11 : tgTTTATGAA-CAGAATTGTAAATAC------TACACATTA-----TTTT-------TTTTCTCTCA-TTTACTTC--TCTGTC-G-CA-T-TCTAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCAG--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCC----TCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-------------------------TTG-TGGATTT----GA-AT-CT-TAT-CA---TTAATG-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TTCAAAAATAGACCAAATAAG-CCTAAGTATTTT-T-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TGGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACGT-CTGTATAAAATGG-CAGAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------A-ACAC-A-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATACAATACTCAAAT---GG--TTCTGT-A-TAT----A----TGA---------------T--GGTGGTA----------C--GATTT--A-GGCTAGCCAATTTAC-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTAGTGTATTTTCATCAA
gi|12 : TTTATGAA-CAAAATTGTAAATAT------TACACATCA--AAGTT---------C-----CTCA-TTTACTCC--TTTGTT-G-CA-TTGATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATG--------------ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCC-----TCCCCAAATT---T-G-AGA----AATTTGCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AA-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTA-TAT-ATGAATAACTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAGC-A-A-TACAAAAGTAGATCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAG-GAA-TAGCACA-----CCTTACACGACTCATTAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CAC-AAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAACTGCC--ATACTTTCAATGTTAA-ATTGGCTATTAT-----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TCTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGT-A-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA----------C--GATTT--A-GGCTAGT-------C-------AATTT--
gi|13 : TCATGAT-CAAAATTGTA----TAT--AATATACATCA--TAATTTG-------C-----TTCA-TTTACTCC--CCTTTC-G-CT-T-GATTT--A------TAGT-A-TA---C-ATGTCTA--GCGT-A--ATCT-A-TGAGACTGTGAGACAGC-A-AAATATTAA--CCCCCCCCCCCC---ATTCCCT------------TT-GCG-------A-------------TTG-TGAATTT----GA-AT-AC-GAT-CA---TTGATA-AGGCCATTAT-ATCAC-AGC-AAAG-TGGTTCATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGAACAAATAAG-TCTAAATATTTTGT-TTTTG----ATA-A-TG-TTCCA--CAGA---------------------TAC-TAAGTCACCAGGTGCCTCCACTacaattttcac
gi|13 : C-ACTCCACAGTG-ACATAA---AATCATGGAGATGTT--ATTTGGGTATTTTGTTTC-ATTTCAAAAGTATT----TTTAACATGCTAAAA-GC--CGTATCGCAGAAAACTATTAATGAGTTTAAGACAAATAACAAAT----AAATT--T---ATAAC---TAT-TGA--T---TTGTATATTTTTTA-ATAGCA-A-TGGATCAGAAT--------AA---TA-------A-CC------CC-AGTC--------CT--TCCCC--TTA--TT-ccacagtgacataaaatcatggagatgttatttgggtattttgtttcatttcaaaagtatttttaacatgctaaaagccgtatcgcagaaaactattaatgagtttaagacaaataacaaataaatttataactattgatttgtatattttttaatagcaatggatcagaataataaccccagtccttccccttatt
gi|15 : tcatgatcaaaattgtatataatatacatcataatttgcttcatttactcccctttcgcttgatttatagtatacatgtctagcgtaatctatgagactgtgagacagcaaaatattaaccccccccccccattccctttgcgattgtgaatttgaatacgatcattgataaggccattatatcacagcaaagtggttcatcattcacaacaatacaaaagtagaacaaataagtctaaatattttgtttttgataatgttccacagatactaagtcaccaggtgcctcCACAGC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CTTAAATATTTAGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTAAT--CAGAA-GAT-TAGCACACCTGGCC-TAC-CAAGTCACTAGGTCCCTTCACT
gi|15 : TC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCATAAT--------AA---TATATATC-ACCC------CC-A--C--------CT--ACCCC--AAA--GT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAGC---A-ACCATGGATGGGC-----TGATGCAGAACTTTACATGTAC-CGTTAAGCT-----TAAACAAA--Gccacagtgacatcaaggagatggtatatttttcctttcaaagtaatcttgatatgctaaaagcctcatcgcagaaaaccatacaaatttataactgttgatgagcatttttaatagcaatgaatcataataatatatatcacccccacctaccccaaagtgtaatactttgaatttgccagcaaccatggatgggctgatgcagaactttacatgtaccgttaagcttaaacaaag
gi|17 : cacagcaatacaaaagtagaccaaataagcttaaatatttagtttttaatgttgttaatcagaagattagcacacctggcctaccaagtcactaggtccctACATCACAGAATTTTTGGTAATC-----ATCAGTTTACTC---TCTGTTTG-CA-TTGATAT--AAA----TAAT-T-TA------TGTCTAGGGCATAA--ATCATA-GGAG---ATGAAACA
gi|17 : ctaCCCAAATT---TTG-AGA----A-TT--CGT-C----A-------AA-TT-TTGATGGATTTTGGTAA-AT-CA--AT-TA---TCAAT--------TTAT-ATG----GTT-----T-ATTTATC-ATT-------A-A-TATACGAG----CCAAACTAG-C-TAAATATTT-GT-TTTTA-----TG-C-TGCTTACCTGCATAA-GAAATAGC-CA-----CC-TAG--AAG-CACT--GTCCTTCAACTTA-GAGAAagacgtgtgaacgcgagttatcagcaactcattctgtaaaccaaaaagtcagcccaaattttgagaattcgtcaaattttgatggattttggtaaatcaattatcaatttatatggtttatttatcattaatatacgagccaaactagctaaatatttgtttttatgctgcttacctgcataagaaatagccacctagaagcactgtccttcaacttagagaa
gi|19 : ctaacatcacagaatttttggtaatcatcagtttactctctgtttgcattgatataaataatttatgtctagggcataaatcataggagatgaaacaagacgtgtgaacgcgagttatcagcaactcattctgtaaaccaaaaagtcagTGAA-CAAAATTGTA----TAT--ACTACACATCA--AAACTTT-------G-----CTCA-TTTACTCT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-C-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTA------CCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGA---------------------A---TTAATA-TGATTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTCGT-TTTTA----
gi|2 : gGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACATTTATT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGAT------AC---CCTAAA----TATTACTCAGCAGTGCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCAAGAGG-TCAACATTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCG-ATGTC-ACTCCACAATG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-ATAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATTGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCAAAAG--------AA---TACATATCTC-CC------CC-T--C--------CC--ACTCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC--------TGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAACCAAA--TTGTAATGTC--ATTGT-GCATGTGGGAAATCAGT-AATTGC--TCATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|20 : TTTGT-ATTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAACACA-----TC-TAC-CAAG-------GTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGA-CATAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACCAATTGCT--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTAT-----------------ATGCAT-G-ATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCATATATCGG--TTCTGT-A-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGattcttaacacttgtcacactgtcaccaatgtggcgtatgaaataaccacacatcactataaaacagtgtatgcagctgtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttataacagtatgcagtgatcgttaacttcattgtacatttgccctgcactttacactttacatttaacacattgtttactttgtcaatgtatatccatattcatacaatgccataacgtgtctgttgtgcacggaaattagtaaaatatagacaatgatgaaaataattgtgtgacttgatgcaaagtcaaatatcagtcagacaccaaatttataacgacattatctctttacgtgatactcaaatgacgatgtagtggaaggcttactctaattggactataagtacagaatagcagagatacagtaaaacaataaaggttaatttctaaatgtaaatcagaggaatcaatttccaactcaattccatcatcgtcagagtcaaagattctcagtaaacattatcattatcactat
gi|21 : TTCATGAA-AGAAATTGGA----TGC--ACTACACATCC--AATTTTT-------T-----CTCA-TTTACTCG--TCTGTC-G-CA-T-GATAT--A------AAGT-A-TA---C-ATGTCTA--GCGT-A--ATCT-A-TGAGGCTGTGAAACAGC-A-AAATGTTA------TCCTATCCCCAAATT---T-G-AGA----AAAT-GTGT-T----A-------A--TT-TTG-CGGATTT----GA-AT-AA-TAT-CA---GTGATA-TGGTCATTAT-ATCAA-AGCTAAAG-TGGTTAAT---TTGACTAT-A-AGTACAAAA
gi|22 : A----AATT-GCGTTC----A-------A--TT-TTG-TGA--TT----GA-AT-AA-TAT-AA---TTAA-A-TGGTTATTAT-ATGA---GTTCAAG-TG------------------------------TAGAACAAATAAG-CCTAAATATTTTAT-ATTTAGACAAAG-T-TG-TCGCT--CAGAA-GAA-TAACACA-----CC-TAA-CAAGTCACTAGGTTCCTTCACTaaa
gi|22 : TC-ACTCCACAGTT-ACATCA---A-----GGATATGAT--AT------ACTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT-------------CTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAccacagttacatcaaggatatgatatacttttcctttcaaagtaatctaaaagcctcatcgcagaaaaccatacaa
gi|23 : aaattgcgttcaattttgtgattgaataatataattaaatggttattatatgagttcaagtgtagaacaaataagcctaaatattttatatttagacaaagttgtcgctcagaagaataacacacctaacaagtcactaggttcctTTTATGTA-CGAAATTGTA----TAT--ACTACACATCA---------------------------TTTACTAC--CCTGTT-T-CA-T-GATAT--A------TAGT-A-TA---C-ATTTTTA--GCAT-ATAATCA-A-TGAGGCCGTGAGAGAGC-A-AAATGTTA-----TCCCTCTCCCCAAATT---T-G-CAA----AATT-GCGT-C----A-------ATTTT-TTG-TGAATTT----GA-AT-AA-AAT-CA---TTTATA-TTGTTATTAT-ATGAA-A
gi|24 : TT--A-GGCTAGC-------CTATTTACAATTT--TTAAAAATTTGACTTTTCAATCTTGGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGT------AC---CCTAAA----AATTACTCAGCAGTCCTATTTCGTAGATCGCT---GG-----ACGCACCAAAGC
gi|25 : ATGAA-AGGAATTGTA----TAT--ATTACACATCA--CTATTA--------C-----CTCA-TTGTCTTT--CCTGTC-G-CA-T-GATAT--A------CAGT-A-TA---T-ACGTCTA--GCAT-A--ATCG-A-TGAAGCTGTGAGATAGC-A-AAATGTTA-----TCCCCCTCCCCAAATA---C-G-AGA----AACC-ACAT-A----A-------A--T
gi|27 : ACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TGAT-T-TA---T-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAA-GTTA-----TCACCCTTCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-CAATTA-------A--TT-TTG-TGGATTT----aaagtgagtgaaagatattttttctattatata
gi|28 : gaacaG--TTCTGT-A-TAT----A----TGATACATGTAACA---GT--GATGGTA--------G----GATTT--A-GGCTAGC-------C-------AATTT--------ATTTGTCCTTGAA-TCTTCGTGTATTCTTATCAAC----------------TG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGCT-GA-TATGA
gi|3 : TTTATGAA-CAAAATTGTAAATACATGTATTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCA--TTTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TC---T-ATGTCTC--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCTAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-GAT-CA---TTAATA-AGGTTATTAT-ATGAA-TAATAAAG-TGATTAATC-ATTCCCAAC-A-A-TACAAAAGAAGACCAAATAAG-CCTAAATAGTTTGT-TGTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CT-TAC-CAAGTCACCAGGTCCTTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAG---A-TGTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CATGAATG--AT-GTTT-------CATCAAGACTAATTGCC--ATAA------AGTTAA-AGTGGTTAATATATACTAGTACGCTGATGATGCAT-G-ATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TTTACATACAATGCTCACAT---GG--GTCTGT-A-TAT----A----TGATA------CCA---GT--GGTGGTA--------GTC--AATTA--A---------------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTTGTGTATTCTTATCAAT----ATATTTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAAAGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGAT------AC---CCTAAA----AATTACGCAGCCGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGTCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTGGAGCCCTT-TTCATGTTTGAATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGATATTAT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAGT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---CGT-TCG--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCACAAT--------AA---TACATATC-A-CC------AC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTATGCT-----AAAACAAA--GTGCATTGTC--ATTGT-GCATGTGGG-----------------TAATGC-TTGTGACATAAA--ACTACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|30 : AT--A------TGAT-A-TA---T-ATGTCTG--GTTT-A--ATCA-A-AGATACTGTGAGACAGC-A-AAATGTTA------CCCGGTCCCCAAATG---T-G-AGA----AATT-
gi|31 : TACTCT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-TTGTCTA--GTAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTTAGACATC-A-AAATGTTAT--CCCCCCCC-CCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-aatgtaattaatacattgaatattac
gi|33 : TATGAA-CAAAATTGTAA---TA---ATTACATATCA--AAGTTTT-------T-----CTCA-CTTACTCC--GCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TCGT-T-TA---C-ATGTCTT--GTAT-A--ATCA-A-TGAGGC
gi|35 : aTTTATGAA-CAAAAGTGTAAATAT------TACACATCA--AAATTTT-------T-----CTCA-TT---TCT--TCTGTT-G-CA-T-GGTAT--ATACATGTAGT-T-TA---T-ATGTCTA--GCAT-A--ATC
gi|36 : TGAA-CAAAATTGTAAATA-----AT-ACACATCA--ACATTGT-------T-----CTAA-TTTACTCT--TCTGTT-G-CA-T-TATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTT--GCAT-A--ATCA-
gi|37 : AGGTTGTAAGACAGC-A-AAATGTTAT--CTCCCTCATT---AAATT---T-G-AGA----AGTT-CCGT-T----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-AA-TAT-CA---TTAAT
gi|38 : TAA-AACGGTTACCATA-----------------TGAAC-A-ATAACATTCATG-GCAT-GTGAGA-TTT
gi|39 : gccaatggctattatatgattggTTACTCC--TCCGTT-G-CA-T-GATAT--A------AAGTATGTA---C-ATGTTAA--GCAT-A--ATCT-G-TGAGGGTGTAAG--AGC-A-AAATGTTAggtttagta
gi|4 : aATCA---A-----GAAGATGGT--AT--------TTT---TT-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGTTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--A---ATAAC---TTT-TGA--T---TAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCACAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CCCA--A--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTAATGTA--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAAtg
gi|41 : G-TCAGCCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NCGTCattctaaacacttgtcacactgtcaccaatgcggcgtatgaaataaccacacatcactataatacagtatatgtaactgtttatctatctatctatctatctatccatccatccataatgttataacagtatgcagtgatcgttattaccgttaacttcatcgtacatttgccctgcattttacactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatattcatacaatgccataacgtatatgtgcacggaaattagtaaaacaaagacaatgatgaatatggatgatgcacagtcaaatatcagccagacaccaaatttataacggcattatctctttacgtgatactcaaatgaccatgtagtgaaaagcttaatcttattggactataagtacaaaatagcagttatacagtgaacaataaaagttagtttctaaatgtaaatcagaggaactaatttccaagttaattccatcatcgtcaaagtcaaagattctcagtaaagattatcattatcactagtctatcagattcaacaacaaccattattacattcaacaacagccactagaatgttctg
gi|42 : AGTA----CTCTGAATT-T-AC-TAAC---A-AC----AATGATC-----TGGTTCAA----TTA-AT------GTTATGCT-----AAAACA
gi|43 : TGAA-CAAAATTGTA----TAT--ATTACACACCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-Cg
gi|44 : TTGACGAA-CAAAATTGTAAATAT------TACACATTA--AATTTTT-------T-----CTCA-TT
gi|45 : TTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCAAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAAC
gi|46 : ATAT--A------TAGT-T-CA---T-ATATCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGA
gi|47 : CACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCTTAA---A-TTTT
gi|5 : CAGTGCACATCAGAGA-----GGAGATGGT-------------------------------TAAT----ATTGA----CTGAAATGCGGCCCATCGCAGAAA-CCAT------------------------ATGCAGAAGTT--TGATATATCGCATATGTGA--TTGAGGGAG---TTTCTATGTATCA-AAT--ATCACAATCAGATGGGAAGATTGCA-GTC-C-CC------CC-G--CAGACACAGCC--ACCA---ATAAGGT-GCATTAACCGCTTTGAATT-TTGC-CAAC---ACAC----AATGAGC-----TGA
gi|5 : -GCGTGAGGGTA-TCAGT-AATTGCTATAATGCGTTGTGACGTAAAAGAGTATAGTGGATATATACCCTCTAGAACCAA---CATGAGGTGAAAatgaaatctatgagcagtaagccgcgagtacgcccgcatacaataagaaatcgcaaagacacgagttgtgctcctatcagaggtagagcgtgagggtatcagtaattgctataatgcgttgtgacgtaaaagagtatagtggatatataccctctagaaccaacatgaggtgaaagtctaaattcgcttaacactggtgtctctggtcgcaatctggttcccgaacgcactgcgcgtattggaatatactcacatacacatcagaacactaataataacaacgtgtcataactggagactgtttattcatatatctactcttcaattccatccatccatgatgatcataacattcgatgcgacggattatgacacacaataacattttgcgcctgcatttacaacacgaagttcctatgattcatagtaactatcgccggcgctatatgacgatataatgtgcaccggtacgaccatcggtacacggcattgacgaatagacgtaattatgaagatatgatttggtgtgactctatgatgcacaggtcaggagaatcaatcaacggctctgacagacaccaaa
gi|6 : cagtgcacatcagagaggagatggttaatattgactgaaatgcggcccatcgcagaaaccatatgcagaagtttgatatatcgcatatgtgattgagggagtttctatgtatcaaatatcacaatcagatgggaagattgcagtccccccgcagacacagccaccaataaggtgcattaaccgctttgaattttgccaacacacaatgagctgaatgaaatctatgagcagtaagccgcgagtacgcccgcatacaataagaaatcgcaaagacacgagttgtgctcctatcagaggtagaTGAA-CAAAATTGTA----TAT--ACTAAACATCA--AAATTTT-------T-----CTCA-TTTACTTT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATACCGA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGCCCC--CCCCCCCCTCCCCAGATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTA-AGGATTT----TA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTGTTAT-ATGAA-CGCTAATG-TGATTAATC-A---A-AAC-A-A-TACCAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-CTTTA----ATG-C-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CT-TAT-CAAGTCACCAGACACCTCCACTCA-gtctaaattcgcttaacactggtgtctctggtcgcaatctggttcccgaacgcactgcgcgtattggaatatactcacatacacatcagaacactaataataacaacgtgtcataactggagactgtttattcatatatctactcttcaattccatccatccatgatgatcataacattcgatgcgacggattatgacacacaataacattttgcgcctgcatttacaacacgaagttcctatgattcatagtaactatcgccggcgctatatgacgatataatgtgcaccggtacgaccatcggtacacggcattgacgaatagacgtaattatgaagatatgatttggtgtgactctatgatgcacaggtcaggagaatcaatcaacggctctgacagacaccaaa
gi|6 : ttC-ACTCAACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--GT------ATTTT---TC-CGTTCAAA-GTAGT----CTTGACATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------GC----AAATT--T---ATTAC---TGT-TGA--C---GAGCA---TTTTAA-ATAGCA-A-TGAATCAGAAT--------GA---TACATATT-ACCC------CC-A--C--------CA--ACCCC--AAA--TA-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACCTGTAC-CTTTAAGCT-----AA---AAA--GCTCATTCTC--ATTAT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTACTATAATGC-TTGTGGCATAAT--AATATAATCGACA-AT-TCCT-TATAGCCA----C-T--GGTAAATTTAAacagtgacatcaaggagatggtgtatttttccgttcaaagtagtcttgacatgctaaaagcctcatcgcagaaaaccatgcaaatttattactgttgacgagcattttaaatagcaatgaatcagaatgatacatattacccccaccaaccccaaatagtaatactttgaatttgccaacaacaatgagctgatgcagttacctgtacctttaagctaaaaagctcattctcattatgcatgtgggtaatcagtaattactataatgcttgtggcataataatataatcgacaattccttatagccactggtaaatttaaatt
gi|7 : tttgaacaaaattgtatatactaaacatcaaaatttttctcatttacttttctgttgcatgatatatagtttacataccgagcataatcaatgaggctgtgagacagcaaaatgcccccccccccctccccagatttgagaaattgcgtcaattttaaggattttaatcatatcattaatatggttgttatatgaacgctaatgtgattaatcaaaacaataccaaagtagaccaaataagcctaaatattttgtctttaatgctgttactcagaagaatagcacacttatcaagtcaccagacacctcATGAA-AGGAATTGCA----TAT--ATCACACATCA--CTATTT--------C-----TTCA-TCTACTTC--TCCGTT-G-CG-T-GATAT--A------AAGT-A-TA---A-ACGTCTA--GCTT-A--ATTG-A-TGAGGCTGTGAGAAAGC---AAATGTT-----TTCCCACTCTCCAAATT---TCGTAGATTTGGATT-AAGT-G----AGAGAAAGA--TTATT-----ATTT----GCTAC-TA-TAT-CAAAGTCA--A-TGGCTATTAT-ATCAA-TGGTAAAA-TAGTTAA-C-ATatt
gi|7 : aAA---A-TTTCGTAGAT-TTGGATTAAGTGA-GAGAAAGATTATTATTTGCTACTATATCAAAGTCAATGGCT--ATTATATCAATGGTAA-AATAGTTAACATA----------------AT-TAT-GTATAACATTTTGG-ACAT-GTGAG--ATT----------------T---GG--TTTTGT-ACTATCAACA----TATTA------ACA---GT--TGTGATACAATATTAGCCACGGTTA--A-GGCTGGC-------C-------AATTT----ACTGATATGACTTTGCA-CATTTGTGTATTTTAATCAANTTCAACATGTTAACAGTG---ATG--AT-ACAATATT-aattatgtataacattttggacatgtgagatttggttttgtactatcaacatattaacagttgtgatacaatattagccacggttaaggctggccaatttactgatatgactttgcacatttgtgtattttaatcaanttcaacatgttaacagtgatgatacaatattagccacggttaaggctggctaattttctgacatgactttgcacatttgtgtattttaatcaatatatgttctcaataagacacagattcgaacatttattgatatgaagaagcctgtcatgatcaaggcaagaccaaagagaaatgactcagtggttctctttcatagatcgctagatgcctcaaaacaacgaaaagtcaacattatctagagttcgagcccttttcatggcatg
gi|7 : aatgaaaggaattgcatatatcacacatcactatttcttcatctacttctccgttgcgtgatataaagtataaacgtctagcttaattgatgaggctgtgagaaagcaaatgttttcccactctccAC----A----TGTTA------ACA---GT--GATGATACAATATTAGCCACGGTTA--A-GGCTGGC-------T-------AATTT--T--CTGACATGACTTTGCA-CATTTGTGTATTTTAATCAAT----ATATGTTCTCAATA---A-G--AC-A-CAGATTCGAACATTTATT-GA-TATGAAGAAGCCTGTCA-TG--ATCAAGGC------AAG--ACCAAAGAGAAATGACTCAGTGGTTCTCTTTCATAGATCGCT---AG-----ATGCCTCAAAACAACGAAAAG-TCAACATTA-TCTAGAGTTCGAGCCCTT-TTCATGagccacggttaaggctggctaattttctgacatgactttgcacatttgtgtattttaatcaatatatgttctcaataagacacagattcgaacatttattgatatgaagaagcctgtcatgatcaaggcaagaccaaagagaaatgactcagtggttctctttcatagatcgctagatgcctcaaaacaacgaaaagtcaacattatctagagttcgagcccttttcatggcatg
gi|8 : aatgaaaggaattgcatatatcacacatcactatttcttcatctacttctccgttgcgtgatataaagtataaacgtctagcttaattgatgaggctgtgagaaagcaaatgttttcccactctccaaatttcgtagatttggattaagtgagagaaagattattatttgctactatatcaaagtcaatggctattatatcaatggtaaaatagttaacataattatgtataacattttggacatgtgagatttggttttgtactatcaacatattaacagttgtgatacaatattagccacggttaaggctggccaatttactgatatgactttgcacatttgtgtattttaatcaanttcaTTACACAT-A--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-GGCAAC-GATAT---------TGTT-C-CA---TTATATCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-ATAAATGTTAC--CCCCTCC------AAATT---TTG-AGA----AATTTGCGT-C----A----------TT-TTG-TGGATTTTG--GA-ATTCA-TAT-CA---TTAATAATGGTTATAA--ATGAA--TCTAAAG-TGATCAATC-ATTCACAAC-AGA-TA-AAAAGTAGACCAA-TA-G-CCTAA-TATTTTGT-TTTTA-----TGAT-TG-TTACT--CTGAATGAA-TAGC-TA-----AC-TAC---AGT-AC-AGGTCC-TTCACTTATGAGAAAGTATGTAA---A-TTTTGTACAA-CTGGATAAAATGGACAT-AAGG--AT-G-TT-------TAT-AAGACTAATTGCC--ATAACTCAAAGGTTAACAGTGGTT-TTAT-----------------ATGCACAG-ATAACATTTCGG-ACAC-GTGAG--TTTAC-TATAATGCTCA-AT---GG--TTCTGTAA-TAT----A----TGAAT------ACATGTAT--GGTGGTA----------C--GATTT--ATGGATAGTCATTTAAC-------AGTTTAGTTACTGATT---CTT-------CTAGTGTATTATCATCAAT----AT-TGTTAACATTGGGTG-G--ATAA-AAGGTT--AACG-TTGTTGGA-TATGAAGAATCCCGTC--T---ATTAAG---------TG--CCTAAC----TATTA-TCAG-AGTCGTCTTTCgcatg
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GATATACCTTAAAACCACAGGTAATCTAAATCATTAACACTACCATACAGTTCCCATACAGCATTGAAATAACTACACTTCAATACATGTAACTGTTTTACGATATAAAATATATATTCCATATTGAATATGCAGAGATGGTTTAACCATATACATGTACACATCATCTTGTATGTATTTTAAATCTATATTCATGCAGTGCTATAAGTTATATGTGCAGGAAAGTAGTAGAGTATATTAATATAATTTATGTGACTTGGATAATACAAAGTCAAATATCAGTCGACATCAACTCTATAACAACATTATATTTCCCAACTTAGTATTCAAATTACTCATGTAGCTGAACAGCTTAATCTCATTGGAAATATATCATGTCAATGACACATGTAAATATAAAAGTATTTTCTCTTTGAATGTCAAGTCAGTAGAACTACACATTTTAAATTAACTTCCTCATTGTCAGTAGTCAGAAGATTGTCAAGTAAGATCAATCATCATATGCATCGGTCAAAGATTGTCAGTAAAGATCATCATCAATATAGTTATATCATAGACAATAGATTG
Unaligned ( gi|14 ): CTTAACACTTGTGACCAATAAATGTGGCGTATGAAATAACCACACATCACTATAATACAGTGTATGTAACAGTTCAACGATCTATCCATCCACCCATCCATAATGTTATAACAGCATGCAGTGATCGTTAACTTCATCGTACATTTGCCATGCACTTTACACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATATTCATACAATGCCATAACGTATATGAGCACGGAAATTAGTAAAACGAAGACAATGATGAAAATAATTTGTGTGACTTGATGCAAACTCATATATCAGTCAGACACCAAATTTATAACAATATTATCTCTTTACGTGATACTCAAATGACCATGTAGTGGAAAGCTTAATCTAATTGGACTATAAGTACAAAATAGAAAATAGCAGAGATACAGTGAA
Unaligned ( gi|16 ): TCTATCTATCCATCCATCCATCCATAATGTTATAACTATAACATTATGCAGTGATAGTTAACCACATACATTTGCCCTGCACTTTACATCCATATTCATACAATGCCATAACGTACATGTGCACGGAAATTAGTAAAATGAAGACAATGATGAAAATAATTGGTGTGATTTAATGCAAATTCAAATATCAGTCAGACACCAAATTTATAACATCATTATCTCTTTACGTGATACTCAAAGGACCATGTAGTGAAAGGCTTAATCTAACTGGACAATAAGTACAAAATAGCAGAGATACAATGAAGAATAAAAGTTAATTTCCAA
Unaligned ( gi|18 ): ATATCCATATCCATACAAGTACAATGCCATAACGTATATGTGCATGGTAATTAGTAAACCGAAGACAATGATAAAAATAAATTGTGTGACTTGATGCAAAGCCAGATATCAGTCAGATACCAAATTTATAACAACATTATCTCTTTACATGATAATCATATGATCATGTGGTGAAAGGCTTAATGTTATTGGACTATAAGTACAAAATAGCAGAGATACAGTGGACAATAAAAGTTAATTTCTGAATGTAAATCAAAGAAATTAACTTCCAAGTCAATTCCATCA
Unaligned ( gi|26 ): TCATCGTCAGAGTCATATTCTCAGTAAAGATTATCATTATCCCTATCAGATTCAACAACAGCCACTAGAATGTTCTGACCGTCTACATGGTAGTATGCACAAAACTCAATGCAGTTAAGGTGTTTCAGTAGACAGTGACACTTAAAAAGATATCGGCTGTCACAG
Unaligned ( gi|29 ): TTTAGTCATTCCCATCATTGGCAGATTCTCAGTAAAGATTATTATTATCACTGTCAGAGTCAACAACAGTCACTAGAATGTTCGGACCGTCTACGTGTGATGCACGAAACGCGTG
Unaligned ( gi|32 ): GATGCAAATTCAAATATCAGTCAGGCACCAATTTTTTTATAATAACATCATTATCCCTTTACGTGATACTCTAATGACCATGTAGTGAAAAGCTTAATCTAA
Unaligned ( gi|34 ): TCTGACCGTCTACATGGTATACACAAAACTCAATGCAGTTCCATGTAAGATGGTTCAACAGACTGTGACCCTTAAAAAATTATAAGCTGTCACAG
Unaligned ( gi|40 ): TGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTTAAGGTGGCTCAACAGACAGTGGCATTTTAAAATTATCAGCTGCCACAG
Alignments
lowQualScore : 444444 1111111111111 11111 1111111111 1111111 444444444444444444 11 111 111111 6666666666666 333333333333333 1111111 2222222 111 3333333333333 1111 111 22222 1111 11111 111111 111 444444444444444444444444 11111111 1111 111111 1111111111111 1111 1111 11111 1111 11111 11 11
lowQualScore : 2 333333 3333 1111111111111 2 222 1 1 2 4 22 777777 222 33333 55 1 22 1 2 2 2 77777 1 333 6 2 4444 4 2 5555 3333333333 2 2 8888 2 33 44 2 444 2 2 66 3 0 3 3 3 3 3 3 3 6666 3 3 3 44 3 3 1 88888 3 55 1 2 4 777 4 5 2 5 66 66 5 6666666 66 4 444444444444444444 4 4 4 4 00 6 0 6 777 66 4 4 8888 8888 3 111111 777 55 5555555555555 55 4 000000000000000 6666666 0 4 1 1 0 1 4444444 66666 777 4 66 4 8 5 5 5 6 000 8888888888888 4444 66 5 444 00000 8 8 8 4444 5 4 777 11111 66 222222 222 4 8 8888 1 4 55 222222222222222222222222 9999 999999 888 0 5 66 888 888 5 5 5 1 88888888 888 0 3333 444444 9999999999999 66 66 66 5 0000 5 5 5 888 5 0000 22222 0 2222 4 5 44444 99 1 11 6 3 3 6 88 6 99 6 6 6 888 99
lowQualScore : . ...... .... ............. . ... . . . . .. ...... ... ..... .. . .. . . . . ..... . ... . . .... . . .... .......... . . .... . .. .. . ... . . .. . . . . . . . . . .... . . . .. . . . ..... . .. . . . ... . . . . .. .. . ....... .. . .................. . . . . .. . . . ... .. . . .... .... . ...... ... .. ............. .. . ............... ....... . . . . . . ....... ..... ... . .. . . . . . . ... ............. .... .. . ... ..... . . . .... . . ... ..... .. ...... ... . . .... . . .. ........................ .... ...... ... . . .. ... ... . . . . ........ ... . .... ...... ............. .. .. .. . .... . . . ... . .... ..... . .... . . ..... .. . .. . . . . .. . .. . . . ... ..
lowQualScore : 4 888888 9999 2222222222222 0 777 9 9 0 0 55 777777 444 55555 00 8 55 9 0 2 2 66666 8 999 7 2 5555 2 2 0000 8888888888 5 5 8888 7 77 55 7 777 9 9 22 1 5 1 5 1 1 1 3 1 5555 3 3 3 66 3 3 2 33333 3 11 2 6 0 888 4 0 5 0 11 99 0 2222222 99 4 111111111111111111 4 4 4 4 66 2 1 5 555 11 4 4 5555 5555 7 555555 000 55 2222222222222 55 0 666666666666666 5555555 1 4 1 0 9 9 9999999 88888 888 4 11 4 9 0 7 7 7 888 8888888888888 2222 77 2 000 00000 0 0 0 5555 0 4 888 11111 11 888888 222 4 0 5555 3 0 55 888888888888888888888888 4444 999999 888 2 0 99 888 888 0 0 0 0 11111111 888 1 4444 444444 2222222222222 99 99 99 0 6666 0 0 0 888 0 6666 55555 7 1111 3 7 33333 22 4 00 7 5 2 7 33 7 22 7 7 7 222 22
consensus : TTTATGAA-CAAAATTGTAAA----TATACTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CANAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGT-A-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA-------------CGATTT--A-GGCTAGC-------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTNGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGT------ACG--CCTAAA----AATTACTCAGCAGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCGGATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCANAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTATTGTC--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
Reference ( family-966 ) : TTTATGAA-CAAAATTGTAAA---ATATACTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CANAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGT-A-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA-----------G-CGATTT--A-GGCTAGC-------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTNGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGT------ACG--CCTAAA----AATTACTCAGCAGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCGGATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCANAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTATTGTC--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|1 : TTTATGAAACAAA--TGTCAA---ATATTCTACACATCA--A--TTTT-------T-----CTTC-CTTACTTCCTTCTGTT-G-CA-T-GATATGAA------TAGT-T-TATAAC-ATGTCTACTACA--A--ATCA-ACTGAGGCTG--AGTCATCGA-AAAT-TTACAGCCCCTCCCACCCCAAATC---T-T-GGA----AATT-GCGT-C----A-------AT-TT-TTG-TGGA--T----GA-A--CATTATGCA---ATAA-A-TGGTTATTATAATGAC-AGCTAACGATGATT-ATCAATTCA-AACAA-A-TACAAAAGTAGATCAACTAAGCCCTCAATG-TTTGTATTCTA----ATG-TCTG--TACT--CA-AA-GAA-TAACACA-----TC-TA---A-------AGGT-CCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAACCCATTTTTGT-CTTACT-GATAAAAT---C-TAAAGG--AT-GTTT-------TATC-AGACGAGTTGGCTAATAATTTCAAAGTTAA-AGGTGTTATTAT-----------------ATGCAT-G-ATAACATTTAGGTACACAGCGAGTCTCTAC-TATAA-GTCTATATACCGGGCTTCTAG-A-TAT----ACTACTGAAA------CCA---GTCGGGCGGTA--------------GATTTTAA-GGCTA-T-------C-------A---T--TTAC--ATTT--TTTTAAA-CCTTGATTTA-------------------GCTTA---TG---G-GAAAT-ATAAAATT-AAACGTTTGTT-GATTATGAAGAATCCTGTCATTATTATTAAGGCAATATAACGTACCTAAA----AATTACTCAGC-GT-GTTTTTCGTGATTTGCTCAAGGTTTGTAT-CCTCAAAGCAGCGAGAGGTTCAACCCTTATCTTGAATTTGAGCCCTTATTCATGT---GATATCAAGTCCACAGTG-AC-TCA---A-----GAGGATGGCTAAT------ATTTTG--TCTTTTTCAGACGTAATCAGACTTGATATGTT-AAA-GC--CT-ATCGCAGACAACCAA------------------------TC------ATTAAT---ATCAC---TTT-TGAATT---TAGCA---TTTTTA-A-AATACA-TGGATCATCAT---------A---TACATAT--A-CCTCTGATCT-A--C--------CCTAACCCCCAATA--TTCGTAATA----CTTTGAATTAT-GCACGACCTGA-AC----AATGAGCGATATTGAT-CAG----TTA-ATGTACGTGTTTAGCTTCTAAAGAACAAAGTGTGTATGGTCGAGTTGTGGCATCTGGGTAATCGGTAAATTGT--TAATTC-GTGAGACATGCA--AATCTAGTGGATA-AT-TCAT-T-ACACAAATGTCAT--GGTAAATTCAA
gi|10 : ATGAA-CAAAACTGCA------TATACTATGCATCA--ACATTTT-------T-----CTCA-TTTAATCT--TTTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--TTCA-A-TAAGGTCGTGAGACAGC-A-AAATGTTAT--CCCCC---TCCCCAAATT---T-G-AGA----AAAT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-CAT-CA---TTAATA-TCGTTATCAT-ATGAA-AACTAAAG-TAATTAATC-ATTCAAAAC-A-A-TACAAAGGTACTTCAGATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-AAA-AAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCATTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-TT--------TGG-CAGAGCTG--AT-GTTT-------TGTCATAACTAATTGCC--ATAATTTCGAAGTTAA-AGTGGTTATCATA-----------------TACAA-A-ATAACATATAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATACTCACAT---AG--TTATGT-A-CAA----A----CGAAA------ACA---GT--GGTGGT------------T-CGATTT--A-GGCTAGC-------C-------AATC--------GATTTGACTTTGTA-TATTTGTGTATTCTCATCAAT----------------TG---G-G--AT-A-AAGAattttctctaaagcacttttgtacac
gi|11 : tgTTTATGAA-CAGAATTGTAAA------TACTACACATTA-----TTTT-------TTTTCTCTCA-TTTACTTC--TCTGTC-G-CA-T-TCTAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCAG--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCC----TCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-------------------------TTG-TGGATTT----GA-AT-CT-TAT-CA---TTAATG-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TTCAAAAATAGACCAAATAAG-CCTAAGTATTTT-T-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TGGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACGT-CTGTATAAAATGG-CAGAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------A-ACAC-A-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATACAATACTCAAAT---GG--TTCTGT-A-TAT----A----TGA---------------T--GGTGGTA-------------CGATTT--A-GGCTAGCCAATTTAC-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTAGTGTATTTTCATCAA
gi|12 : TTTATGAA-CAAAATTGTAAA------TATTACACATCA--AAGTT---------C-----CTCA-TTTACTCC--TTTGTT-G-CA-TTGATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATG--------------ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCC-----TCCCCAAATT---T-G-AGA----AATTTGCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AA-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTA-TAT-ATGAATAACTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAGC-A-A-TACAAAAGTAGATCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAG-GAA-TAGCACA-----CCTTACACGACTCATTAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CAC-AAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAACTGCC--ATACTTTCAATGTTAA-ATTGGCTATTAT-----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TCTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGT-A-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA-------------CGATTT--A-GGCTAGT-------C-------AATTT--
gi|13 : TCATGAT-CAAAATTGTA------TATAATATACATCA--TAATTTG-------C-----TTCA-TTTACTCC--CCTTTC-G-CT-T-GATTT--A------TAGT-A-TA---C-ATGTCTA--GCGT-A--ATCT-A-TGAGACTGTGAGACAGC-A-AAATATTAA--CCCCCCCCCCCC---ATTCCCT------------TT-GCG-------A-------------TTG-TGAATTT----GA-AT-AC-GAT-CA---TTGATA-AGGCCATTAT-ATCAC-AGC-AAAG-TGGTTCATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGAACAAATAAG-TCTAAATATTTTGT-TTTTG----ATA-A-TG-TTCCA--CAGA---------------------TAC-TAAGTCACCAGGTGCCTCCACTacaattttcac
gi|13 : C-ACTCCACAGTG-ACATAA---AATCATGGAGATGTT--ATTTGGGTATTTTGTTTC-ATTTCAAAAGTATT----TTTAACATGCTAAAA-GC--CGTATCGCAGAAAACTATTAATGAGTTTAAGACAAATAACAAAT----AAATT--T---ATAAC---TAT-TGA--T---TTGTATATTTTTTA-ATAGCA-A-TGGATCAGAAT--------AA---TA-------A-CC------CC-AGTC--------CT--TCCCC--TTA--TT-ccacagtgacataaaatcatggagatgttatttgggtattttgtttcatttcaaaagtatttttaacatgctaaaagccgtatcgcagaaaactattaatgagtttaagacaaataacaaataaatttataactattgatttgtatattttttaatagcaatggatcagaataataaccccagtccttccccttatt
gi|15 : tcatgatcaaaattgtatataatatacatcataatttgcttcatttactcccctttcgcttgatttatagtatacatgtctagcgtaatctatgagactgtgagacagcaaaatattaaccccccccccccattccctttgcgattgtgaatttgaatacgatcattgataaggccattatatcacagcaaagtggttcatcattcacaacaatacaaaagtagaacaaataagtctaaatattttgtttttgataatgttccacagatactaagtcaccaggtgcctcCACAGC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CTTAAATATTTAGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTAAT--CAGAA-GAT-TAGCACACCTGGCC-TAC-CAAGTCACTAGGTCCCTTCACT
gi|15 : TC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCATAAT--------AA---TATATATC-ACCC------CC-A--C--------CT--ACCCC--AAA--GT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAGC---A-ACCATGGATGGGC-----TGATGCAGAACTTTACATGTAC-CGTTAAGCT-----TAAACAAA--Gccacagtgacatcaaggagatggtatatttttcctttcaaagtaatcttgatatgctaaaagcctcatcgcagaaaaccatacaaatttataactgttgatgagcatttttaatagcaatgaatcataataatatatatcacccccacctaccccaaagtgtaatactttgaatttgccagcaaccatggatgggctgatgcagaactttacatgtaccgttaagcttaaacaaag
gi|17 : cacagcaatacaaaagtagaccaaataagcttaaatatttagtttttaatgttgttaatcagaagattagcacacctggcctaccaagtcactaggtccctCTA-ACATCACAGAATTTTTGGTAATC-----ATCAGTTTACTC---TCTGTTTG-CA-TTGATAT--AAA----TAAT-T-TA------TGTCTAGGGCATAA--ATCATA-GGAG---ATGAAACA
gi|17 : CCCAAATT---TTG-AGA----A-TT--CGT-C----A-------AA-TT-TTGATGGATTTTGGTAA-AT-CA--AT-TA---TCAAT--------TTAT-ATG----GTT-----T-ATTTATC-ATT-------A-A-TATACGAG----CCAAACTAG-C-TAAATATTT-GT-TTTTA-----TG-C-TGCTTACCTGCATAA-GAAATAGC-CA-----CC-TAG--AAG-CACT--GTCCTTCAACTTA-GAGAAagacgtgtgaacgcgagttatcagcaactcattctgtaaaccaaaaagtcagcccaaattttgagaattcgtcaaattttgatggattttggtaaatcaattatcaatttatatggtttatttatcattaatatacgagccaaactagctaaatatttgtttttatgctgcttacctgcataagaaatagccacctagaagcactgtccttcaacttagagaa
gi|19 : ctaacatcacagaatttttggtaatcatcagtttactctctgtttgcattgatataaataatttatgtctagggcataaatcataggagatgaaacaagacgtgtgaacgcgagttatcagcaactcattctgtaaaccaaaaagtcagTGAA-CAAAATTGTA------TATACTACACATCA--AAACTTT-------G-----CTCA-TTTACTCT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-C-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTA------CCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGA---------------------A---TTAATA-TGATTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTCGT-TTTTA----
gi|2 : gGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACATTTATT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGAT------AC---CCTAAA----TATTACTCAGCAGTGCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCAAGAGG-TCAACATTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCG-ATGTC-ACTCCACAATG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-ATAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATTGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCAAAAG--------AA---TACATATCTC-CC------CC-T--C--------CC--ACTCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC--------TGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAACCAAA--TTGTAATGTC--ATTGT-GCATGTGGGAAATCAGT-AATTGC--TCATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|20 : TTTGT-ATTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAACACA-----TC-TAC-CAAG-------GTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGA-CATAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACCAATTGCT--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTAT-----------------ATGCAT-G-ATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCATATATCGG--TTCTGT-A-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGattcttaacacttgtcacactgtcaccaatgtggcgtatgaaataaccacacatcactataaaacagtgtatgcagctgtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttataacagtatgcagtgatcgttaacttcattgtacatttgccctgcactttacactttacatttaacacattgtttactttgtcaatgtatatccatattcatacaatgccataacgtgtctgttgtgcacggaaattagtaaaatatagacaatgatgaaaataattgtgtgacttgatgcaaagtcaaatatcagtcagacaccaaatttataacgacattatctctttacgtgatactcaaatgacgatgtagtggaaggcttactctaattggactataagtacagaatagcagagatacagtaaaacaataaaggttaatttctaaatgtaaatcagaggaatcaatttccaactcaattccatcatcgtcagagtcaaagattctcagtaaacattatcattatcactat
gi|21 : TTCATGAA-AGAAATTG---G---ATGCACTACACATCC--AATTTTT-------T-----CTCA-TTTACTCG--TCTGTC-G-CA-T-GATAT--A------AAGT-A-TA---C-ATGTCTA--GCGT-A--ATCT-A-TGAGGCTGTGAAACAGC-A-AAATGTTA------TCCTATCCCCAAATT---T-G-AGA----AAAT-GTGT-T----A-------A--TT-TTG-CGGATTT----GA-AT-AA-TAT-CA---GTGATA-TGGTCATTAT-ATCAA-AGCTAAAG-TGGTTAAT---TTGACTAT-A-AGTACAAAA
gi|22 : A----AATT-GCGTTC----A-------A--TT-TTG-TGA--TT----GA-AT-AA-TAT-AA---TTAA-A-TGGTTATTAT-ATGA---GTTCAAG-TG------------------------------TAGAACAAATAAG-CCTAAATATTTTAT-ATTTAGACAAAG-T-TG-TCGCT--CAGAA-GAA-TAACACA-----CC-TAA-CAAGTCACTAGGTTCCTTCACTaaa
gi|22 : TC-ACTCCACAGTT-ACATCA---A-----GGATATGAT--AT------ACTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT-------------CTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAccacagttacatcaaggatatgatatacttttcctttcaaagtaatctaaaagcctcatcgcagaaaaccatacaa
gi|23 : aaattgcgttcaattttgtgattgaataatataattaaatggttattatatgagttcaagtgtagaacaaataagcctaaatattttatatttagacaaagttgtcgctcagaagaataacacacctaacaagtcactaggttcctTTTATGTA-CGAAATTGTA------TATACTACACATCA---------------------------TTTACTAC--CCTGTT-T-CA-T-GATAT--A------TAGT-A-TA---C-ATTTTTA--GCAT-ATAATCA-A-TGAGGCCGTGAGAGAGC-A-AAATGTTA-----TCCCTCTCCCCAAATT---T-G-CAA----AATT-GCGT-C----A-------ATTTT-TTG-TGAATTT----GA-AT-AA-AAT-CA---TTTATA-TTGTTATTAT-ATGAA-A
gi|24 : TT--A-GGCTAGC-------CTATTTACAATTT--TTAAAAATTTGACTTTTCAATCTTGGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGT------AC---CCTAAA----AATTACTCAGCAGTCCTATTTCGTAGATCGCT---GG-----ACGCACCAAAGC
gi|25 : ATGAA-AGGAATTGTA------TATATTACACATCA--CTATTA--------C-----CTCA-TTGTCTTT--CCTGTC-G-CA-T-GATAT--A------CAGT-A-TA---T-ACGTCTA--GCAT-A--ATCG-A-TGAAGCTGTGAGATAGC-A-AAATGTTA-----TCCCCCTCCCCAAATA---C-G-AGA----AACC-ACAT-A----A-------A--T
gi|27 : ACAACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TGAT-T-TA---T-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAA-GTTA-----TCACCCTTCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-CAATTA-------A--TT-TTG-TGGATTT----aaagtgagtgaaagatattttttctattatata
gi|28 : gaG--TTCTGT-A-TAT----A----TGATACATGTAACA---GT--GATGGTA-----------G--GATTT--A-GGCTAGC-------C-------AATTT--------ATTTGTCCTTGAA-TCTTCGTGTATTCTTATCAAC----------------TG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGCT-GA-TATGA
gi|3 : TTTATGAA-CAAAATTGTAAATACATGTATTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCA--TTTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TC---T-ATGTCTC--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCTAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-GAT-CA---TTAATA-AGGTTATTAT-ATGAA-TAATAAAG-TGATTAATC-ATTCCCAAC-A-A-TACAAAAGAAGACCAAATAAG-CCTAAATAGTTTGT-TGTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CT-TAC-CAAGTCACCAGGTCCTTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAG---A-TGTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CATGAATG--AT-GTTT-------CATCAAGACTAATTGCC--ATAA------AGTTAA-AGTGGTTAATATATACTAGTACGCTGATGATGCAT-G-ATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TTTACATACAATGCTCACAT---GG--GTCTGT-A-TAT----A----TGATA------CCA---GT--GGTGGTA-----------GTCAATTA--A---------------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTTGTGTATTCTTATCAAT----ATATTTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAAAGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGAT------AC---CCTAAA----AATTACGCAGCCGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGTCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTGGAGCCCTT-TTCATGTTTGAATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGATATTAT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAGT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---CGT-TCG--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCACAAT--------AA---TACATATC-A-CC------AC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTATGCT-----AAAACAAA--GTGCATTGTC--ATTGT-GCATGTGGG-----------------TAATGC-TTGTGACATAAA--ACTACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|30 : AT--A------TGAT-A-TA---T-ATGTCTG--GTTT-A--ATCA-A-AGATACTGTGAGACAGC-A-AAATGTTA------CCCGGTCCCCAAATG---T-G-AGA----AATT-
gi|31 : TACTCT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-TTGTCTA--GTAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTTAGACATC-A-AAATGTTAT--CCCCCCCC-CCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-aatgtaattaatacattgaatattac
gi|33 : TATGAA-CAAAATTGTAA-----TA-ATTACATATCA--AAGTTTT-------T-----CTCA-CTTACTCC--GCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TCGT-T-TA---C-ATGTCTT--GTAT-A--ATCA-A-TGAGGC
gi|35 : aTTTATGAA-CAAAAGTGTAAA------TATTACACATCA--AAATTTT-------T-----CTCA-TT---TCT--TCTGTT-G-CA-T-GGTAT--ATACATGTAGT-T-TA---T-ATGTCTA--GCAT-A--ATC
gi|36 : TGAA-CAAAATTGTAAA------TAATACACATCA--ACATTGT-------T-----CTAA-TTTACTCT--TCTGTT-G-CA-T-TATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTT--GCAT-A--ATCA-
gi|37 : AGGTTGTAAGACAGC-A-AAATGTTAT--CTCCCTCATT---AAATT---T-G-AGA----AGTT-CCGT-T----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-AA-TAT-CA---TTAAT
gi|38 : TAA-AACGGTTACCATA-----------------TGAAC-A-ATAACATTCATG-GCAT-GTGAGA-TTT
gi|39 : gccaatggctattatatgattggTTACTCC--TCCGTT-G-CA-T-GATAT--A------AAGTATGTA---C-ATGTTAA--GCAT-A--ATCT-G-TGAGGGTGTAAG--AGC-A-AAATGTTAggtttagta
gi|4 : aATCA---A-----GAAGATGGT--AT--------TTT---TT-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGTTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--A---ATAAC---TTT-TGA--T---TAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCACAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CCCA--A--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTAATGTA--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAAtg
gi|41 : G-TCAGCCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NCGTCattctaaacacttgtcacactgtcaccaatgcggcgtatgaaataaccacacatcactataatacagtatatgtaactgtttatctatctatctatctatctatccatccatccataatgttataacagtatgcagtgatcgttattaccgttaacttcatcgtacatttgccctgcattttacactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatattcatacaatgccataacgtatatgtgcacggaaattagtaaaacaaagacaatgatgaatatggatgatgcacagtcaaatatcagccagacaccaaatttataacggcattatctctttacgtgatactcaaatgaccatgtagtgaaaagcttaatcttattggactataagtacaaaatagcagttatacagtgaacaataaaagttagtttctaaatgtaaatcagaggaactaatttccaagttaattccatcatcgtcaaagtcaaagattctcagtaaagattatcattatcactagtctatcagattcaacaacaaccattattacattcaacaacagccactagaatgttctg
gi|42 : AGTA----CTCTGAATT-T-AC-TAAC---A-AC----AATGATC-----TGGTTCAA----TTA-AT------GTTATGCT-----AAAACA
gi|43 : TGAA-CAAAATTGTA------TATATTACACACCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-Cg
gi|44 : TTGACGAA-CAAAATTGTAAA------TATTACACATTA--AATTTTT-------T-----CTCA-TT
gi|45 : TTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCAAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAAC
gi|46 : ATAT--A------TAGT-T-CA---T-ATATCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGA
gi|47 : CACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCTTAA---A-TTTT
gi|5 : CAGTGCACATCAGAGA-----GGAGATGGT-------------------------------TAAT----ATTGA----CTGAAATGCGGCCCATCGCAGAAA-CCAT------------------------ATGCAGAAGTT--TGATATATCGCATATGTGA--TTGAGGGAG---TTTCTATGTATCA-AAT--ATCACAATCAGATGGGAAGATTGCA-GTC-C-CC------CC-G--CAGACACAGCC--ACCA---ATAAGGT-GCATTAACCGCTTTGAATT-TTGC-CAAC---ACAC----AATGAGC-----TGA
gi|5 : -GCGTGAGGGTA-TCAGT-AATTGCTATAATGCGTTGTGACGTAAAAGAGTATAGTGGATATATACCCTCTAGAACCAA---CATGAGGTGAAAatgaaatctatgagcagtaagccgcgagtacgcccgcatacaataagaaatcgcaaagacacgagttgtgctcctatcagaggtagagcgtgagggtatcagtaattgctataatgcgttgtgacgtaaaagagtatagtggatatataccctctagaaccaacatgaggtgaaagtctaaattcgcttaacactggtgtctctggtcgcaatctggttcccgaacgcactgcgcgtattggaatatactcacatacacatcagaacactaataataacaacgtgtcataactggagactgtttattcatatatctactcttcaattccatccatccatgatgatcataacattcgatgcgacggattatgacacacaataacattttgcgcctgcatttacaacacgaagttcctatgattcatagtaactatcgccggcgctatatgacgatataatgtgcaccggtacgaccatcggtacacggcattgacgaatagacgtaattatgaagatatgatttggtgtgactctatgatgcacaggtcaggagaatcaatcaacggctctgacagacaccaaa
gi|6 : cagtgcacatcagagaggagatggttaatattgactgaaatgcggcccatcgcagaaaccatatgcagaagtttgatatatcgcatatgtgattgagggagtttctatgtatcaaatatcacaatcagatgggaagattgcagtccccccgcagacacagccaccaataaggtgcattaaccgctttgaattttgccaacacacaatgagctgaatgaaatctatgagcagtaagccgcgagtacgcccgcatacaataagaaatcgcaaagacacgagttgtgctcctatcagaggtagaTGAA-CAAAATTGTA------TATACTAAACATCA--AAATTTT-------T-----CTCA-TTTACTTT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATACCGA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGCCCC--CCCCCCCCTCCCCAGATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTA-AGGATTT----TA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTGTTAT-ATGAA-CGCTAATG-TGATTAATC-A---A-AAC-A-A-TACCAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-CTTTA----ATG-C-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CT-TAT-CAAGTCACCAGACACCTCCACTCA-gtctaaattcgcttaacactggtgtctctggtcgcaatctggttcccgaacgcactgcgcgtattggaatatactcacatacacatcagaacactaataataacaacgtgtcataactggagactgtttattcatatatctactcttcaattccatccatccatgatgatcataacattcgatgcgacggattatgacacacaataacattttgcgcctgcatttacaacacgaagttcctatgattcatagtaactatcgccggcgctatatgacgatataatgtgcaccggtacgaccatcggtacacggcattgacgaatagacgtaattatgaagatatgatttggtgtgactctatgatgcacaggtcaggagaatcaatcaacggctctgacagacaccaaa
gi|6 : ttC-ACTCAACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--GT------ATTTT---TC-CGTTCAAA-GTAGT----CTTGACATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------GC----AAATT--T---ATTAC---TGT-TGA--C---GAGCA---TTTTAA-ATAGCA-A-TGAATCAGAAT--------GA---TACATATT-ACCC------CC-A--C--------CA--ACCCC--AAA--TA-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACCTGTAC-CTTTAAGCT-----AA---AAA--GCTCATTCTC--ATTAT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTACTATAATGC-TTGTGGCATAAT--AATATAATCGACA-AT-TCCT-TATAGCCA----C-T--GGTAAATTTAAacagtgacatcaaggagatggtgtatttttccgttcaaagtagtcttgacatgctaaaagcctcatcgcagaaaaccatgcaaatttattactgttgacgagcattttaaatagcaatgaatcagaatgatacatattacccccaccaaccccaaatagtaatactttgaatttgccaacaacaatgagctgatgcagttacctgtacctttaagctaaaaagctcattctcattatgcatgtgggtaatcagtaattactataatgcttgtggcataataatataatcgacaattccttatagccactggtaaatttaaatt
gi|7 : tttgaacaaaattgtatatactaaacatcaaaatttttctcatttacttttctgttgcatgatatatagtttacataccgagcataatcaatgaggctgtgagacagcaaaatgcccccccccccctccccagatttgagaaattgcgtcaattttaaggattttaatcatatcattaatatggttgttatatgaacgctaatgtgattaatcaaaacaataccaaagtagaccaaataagcctaaatattttgtctttaatgctgttactcagaagaatagcacacttatcaagtcaccagacacctcATGAA-AGGAATTGCA------TATATCACACATCA--CTATTT--------C-----TTCA-TCTACTTC--TCCGTT-G-CG-T-GATAT--A------AAGT-A-TA---A-ACGTCTA--GCTT-A--ATTG-A-TGAGGCTGTGAGAAAGC---AAATGTT-----TTCCCACTCTCCAAATT---TCGTAGATTTGGATT-AAGT-G----AGAGAAAGA--TTATT-----ATTT----GCTAC-TA-TAT-CAAAGTCA--A-TGGCTATTAT-ATCAA-TGGTAAAA-TAGTTAA-C-ATatt
gi|7 : aAA---A-TTTCGTAGAT-TTGGATTAAGTGA-GAGAAAGATTATTATTTGCTACTATATCAAAGTCAATGGCT--ATTATATCAATGGTAA-AATAGTTAACATA----------------AT-TAT-GTATAACATTTTGG-ACAT-GTGAG--ATT----------------T---GG--TTTTGT-ACTATCAACA----TATTA------ACA---GT--TGTGATACAATATTAGCCA-CGGTTA--A-GGCTGGC-------C-------AATTT----ACTGATATGACTTTGCA-CATTTGTGTATTTTAATCAANTTCAACATGTTAACAGTG---ATG--AT-ACAATATT-aattatgtataacattttggacatgtgagatttggttttgtactatcaacatattaacagttgtgatacaatattagccacggttaaggctggccaatttactgatatgactttgcacatttgtgtattttaatcaanttcaacatgttaacagtgatgatacaatattagccacggttaaggctggctaattttctgacatgactttgcacatttgtgtattttaatcaatatatgttctcaataagacacagattcgaacatttattgatatgaagaagcctgtcatgatcaaggcaagaccaaagagaaatgactcagtggttctctttcatagatcgctagatgcctcaaaacaacgaaaagtcaacattatctagagttcgagcccttttcatggcatg
gi|7 : aatgaaaggaattgcatatatcacacatcactatttcttcatctacttctccgttgcgtgatataaagtataaacgtctagcttaattgatgaggctgtgagaaagcaaatgttttcccactctccAC----A----TGTTA------ACA---GT--GATGATACAATATTAGCCA-CGGTTA--A-GGCTGGC-------T-------AATTT--T--CTGACATGACTTTGCA-CATTTGTGTATTTTAATCAAT----ATATGTTCTCAATA---A-G--AC-A-CAGATTCGAACATTTATT-GA-TATGAAGAAGCCTGTCA-TG--ATCAAGGC------AAG--ACCAAAGAGAAATGACTCAGTGGTTCTCTTTCATAGATCGCT---AG-----ATGCCTCAAAACAACGAAAAG-TCAACATTA-TCTAGAGTTCGAGCCCTT-TTCATGagccacggttaaggctggctaattttctgacatgactttgcacatttgtgtattttaatcaatatatgttctcaataagacacagattcgaacatttattgatatgaagaagcctgtcatgatcaaggcaagaccaaagagaaatgactcagtggttctctttcatagatcgctagatgcctcaaaacaacgaaaagtcaacattatctagagttcgagcccttttcatggcatg
gi|8 : aatgaaaggaattgcatatatcacacatcactatttcttcatctacttctccgttgcgtgatataaagtataaacgtctagcttaattgatgaggctgtgagaaagcaaatgttttcccactctccaaatttcgtagatttggattaagtgagagaaagattattatttgctactatatcaaagtcaatggctattatatcaatggtaaaatagttaacataattatgtataacattttggacatgtgagatttggttttgtactatcaacatattaacagttgtgatacaatattagccacggttaaggctggccaatttactgatatgactttgcacatttgtgtattttaatcaanttcaTACACAT-A--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-GGCAAC-GATAT---------TGTT-C-CA---TTATATCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-ATAAATGTTAC--CCCCTCC------AAATT---TTG-AGA----AATTTGCGT-C----A----------TT-TTG-TGGATTTTG--GA-ATTCA-TAT-CA---TTAATAATGGTTATAA--ATGAA--TCTAAAG-TGATCAATC-ATTCACAAC-AGA-TA-AAAAGTAGACCAA-TA-G-CCTAA-TATTTTGT-TTTTA-----TGAT-TG-TTACT--CTGAATGAA-TAGC-TA-----AC-TAC---AGT-AC-AGGTCC-TTCACTTATGAGAAAGTATGTAA---A-TTTTGTACAA-CTGGATAAAATGGACAT-AAGG--AT-G-TT-------TAT-AAGACTAATTGCC--ATAACTCAAAGGTTAACAGTGGTT-TTAT-----------------ATGCACAG-ATAACATTTCGG-ACAC-GTGAG--TTTAC-TATAATGCTCA-AT---GG--TTCTGTAA-TAT----A----TGAAT------ACATGTAT--GGTGGTA-------------CGATTT--ATGGATAGTCATTTAAC-------AGTTTAGTTACTGATT---CTT-------CTAGTGTATTATCATCAAT----AT-TGTTAACATTGGGTG-G--ATAA-AAGGTT--AACG-TTGTTGGA-TATGAAGAATCCCGTC--T---ATTAAG---------TG--CCTAAC----TATTA-TCAG-AGTCGTCTTTCgcatg
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GATATACCTTAAAACCACAGGTAATCTAAATCATTAACACTACCATACAGTTCCCATACAGCATTGAAATAACTACACTTCAATACATGTAACTGTTTTACGATATAAAATATATATTCCATATTGAATATGCAGAGATGGTTTAACCATATACATGTACACATCATCTTGTATGTATTTTAAATCTATATTCATGCAGTGCTATAAGTTATATGTGCAGGAAAGTAGTAGAGTATATTAATATAATTTATGTGACTTGGATAATACAAAGTCAAATATCAGTCGACATCAACTCTATAACAACATTATATTTCCCAACTTAGTATTCAAATTACTCATGTAGCTGAACAGCTTAATCTCATTGGAAATATATCATGTCAATGACACATGTAAATATAAAAGTATTTTCTCTTTGAATGTCAAGTCAGTAGAACTACACATTTTAAATTAACTTCCTCATTGTCAGTAGTCAGAAGATTGTCAAGTAAGATCAATCATCATATGCATCGGTCAAAGATTGTCAGTAAAGATCATCATCAATATAGTTATATCATAGACAATAGATTG
Unaligned ( gi|14 ): CTTAACACTTGTGACCAATAAATGTGGCGTATGAAATAACCACACATCACTATAATACAGTGTATGTAACAGTTCAACGATCTATCCATCCACCCATCCATAATGTTATAACAGCATGCAGTGATCGTTAACTTCATCGTACATTTGCCATGCACTTTACACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATATTCATACAATGCCATAACGTATATGAGCACGGAAATTAGTAAAACGAAGACAATGATGAAAATAATTTGTGTGACTTGATGCAAACTCATATATCAGTCAGACACCAAATTTATAACAATATTATCTCTTTACGTGATACTCAAATGACCATGTAGTGGAAAGCTTAATCTAATTGGACTATAAGTACAAAATAGAAAATAGCAGAGATACAGTGAA
Unaligned ( gi|16 ): TCTATCTATCCATCCATCCATCCATAATGTTATAACTATAACATTATGCAGTGATAGTTAACCACATACATTTGCCCTGCACTTTACATCCATATTCATACAATGCCATAACGTACATGTGCACGGAAATTAGTAAAATGAAGACAATGATGAAAATAATTGGTGTGATTTAATGCAAATTCAAATATCAGTCAGACACCAAATTTATAACATCATTATCTCTTTACGTGATACTCAAAGGACCATGTAGTGAAAGGCTTAATCTAACTGGACAATAAGTACAAAATAGCAGAGATACAATGAAGAATAAAAGTTAATTTCCAA
Unaligned ( gi|18 ): ATATCCATATCCATACAAGTACAATGCCATAACGTATATGTGCATGGTAATTAGTAAACCGAAGACAATGATAAAAATAAATTGTGTGACTTGATGCAAAGCCAGATATCAGTCAGATACCAAATTTATAACAACATTATCTCTTTACATGATAATCATATGATCATGTGGTGAAAGGCTTAATGTTATTGGACTATAAGTACAAAATAGCAGAGATACAGTGGACAATAAAAGTTAATTTCTGAATGTAAATCAAAGAAATTAACTTCCAAGTCAATTCCATCA
Unaligned ( gi|26 ): TCATCGTCAGAGTCATATTCTCAGTAAAGATTATCATTATCCCTATCAGATTCAACAACAGCCACTAGAATGTTCTGACCGTCTACATGGTAGTATGCACAAAACTCAATGCAGTTAAGGTGTTTCAGTAGACAGTGACACTTAAAAAGATATCGGCTGTCACAG
Unaligned ( gi|29 ): TTTAGTCATTCCCATCATTGGCAGATTCTCAGTAAAGATTATTATTATCACTGTCAGAGTCAACAACAGTCACTAGAATGTTCGGACCGTCTACGTGTGATGCACGAAACGCGTG
Unaligned ( gi|32 ): GATGCAAATTCAAATATCAGTCAGGCACCAATTTTTTTATAATAACATCATTATCCCTTTACGTGATACTCTAATGACCATGTAGTGAAAAGCTTAATCTAA
Unaligned ( gi|34 ): TCTGACCGTCTACATGGTATACACAAAACTCAATGCAGTTCCATGTAAGATGGTTCAACAGACTGTGACCCTTAAAAAATTATAAGCTGTCACAG
Unaligned ( gi|40 ): TGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTTAAGGTGGCTCAACAGACAGTGGCATTTTAAAATTATCAGCTGCCACAG
Alignments
lowQualScore : 22 1111111111111 11111 1111111111 1111111 444444444444444444 11 111 111111 44444444444 333333333333333 2222222 111 3333333333333 1111 111 22222 1111 11111 111111 111 444444444444444444444444 11111111 1111 111111 1111111111111 1111 1111 11111 1111 11111 11 11
lowQualScore : 2 2 00 9999999 3333 1111111111111 2 222 1 1 2 4 22 777777 222 33333 55 1 22 1 2 2 2 77777 1 333 6 2 4444 4 2 5555 3333333333 2 2 8888 2 33 44 2 444 2 2 66 3 0 3 3 3 3 3 3 3 6666 3 3 3 44 3 3 1 88888 3 55 1 2 4 777 4 5 2 5 1 0 66 5 6666666 66 4 444444444444444444 4 4 4 4 00 6 0 6 777 66 8 8888 8888 3 111111 777 55 66 8 33333333333 4 000000000000000 8888888 0 4 1 1 0 1 4444444 66666 777 4 66 4 8 5 5 5 6 000 8888888888888 4444 66 5 444 00000 8 8 8 4444 5 4 777 11111 66 222222 222 4 8 8888 1 4 55 222222222222222222222222 9999 999999 888 0 5 66 888 888 5 5 5 1 88888888 888 0 3333 444444 9999999999999 66 66 66 5 0000 5 5 5 888 5 0000 22222 0 2222 4 5 44444 99 1 11 6 3 3 6 88 6 99 6 6 6 888 99
lowQualScore : . . .. ....... .... ............. . ... . . . . .. ...... ... ..... .. . .. . . . . ..... . ... . . .... . . .... .......... . . .... . .. .. . ... . . .. . . . . . . . . . .... . . . .. . . . ..... . .. . . . ... . . . . . . .. . ....... .. . .................. . . . . .. . . . ... .. . .... .... . ...... ... .. .. . ........... . ............... ....... . . . . . . ....... ..... ... . .. . . . . . . ... ............. .... .. . ... ..... . . . .... . . ... ..... .. ...... ... . . .... . . .. ........................ .... ...... ... . . .. ... ... . . . . ........ ... . .... ...... ............. .. .. .. . .... . . . ... . .... ..... . .... . . ..... .. . .. . . . . .. . .. . . . ... ..
lowQualScore : 4 4 11 6666666 9999 2222222222222 0 777 9 9 0 0 55 777777 444 55555 00 8 55 9 0 2 2 66666 8 999 7 2 5555 2 2 0000 8888888888 5 5 8888 7 77 55 7 777 9 9 22 1 5 1 5 1 1 1 3 1 5555 3 3 3 66 3 3 2 33333 3 11 2 6 0 888 4 0 5 0 0 1 99 0 2222222 99 4 111111111111111111 4 4 4 4 66 2 1 5 555 11 9 5555 5555 7 555555 000 55 11 0 55555555555 0 666666666666666 4444444 1 4 1 0 9 9 9999999 88888 888 4 11 4 9 0 7 7 7 888 8888888888888 2222 77 2 000 00000 0 0 0 5555 0 4 888 11111 11 888888 222 4 0 5555 3 0 55 888888888888888888888888 4444 999999 888 2 0 99 888 888 0 0 0 0 11111111 888 1 4444 444444 2222222222222 99 99 99 0 6666 0 0 0 888 0 6666 55555 7 1111 3 7 33333 22 4 00 7 5 2 7 33 7 22 7 7 7 222 22
consensus : TTTATGAA-CAAAATTGT-AAATA----TACTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CANAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA--CGAT-TT-----------A-GGCTAGC-------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTNGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGT------ACG--CCTAA----AAATTACTCAGCAGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCGGATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCANAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTATTGTC--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
Reference ( family-966 ) : TTTATGAA-CAAAATTGT-AAATA----TACTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CANAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA--CGAT-TT-----------A-GGCTAGC-------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTNGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGT------ACG--CCTAA----AAATTACTCAGCAGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCGGATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCANAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTATTGTC--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|1 : TTTATGAAACAAA--TGTCAAATA----TTCTACACATCA--A--TTTT-------T-----CTTC-CTTACTTCCTTCTGTT-G-CA-T-GATATGAA------TAGT-T-TATAAC-ATGTCTACTACA--A--ATCA-ACTGAGGCTG--AGTCATCGA-AAAT-TTACAGCCCCTCCCACCCCAAATC---T-T-GGA----AATT-GCGT-C----A-------AT-TT-TTG-TGGA--T----GA-A--CATTATGCA---ATAA-A-TGGTTATTATAATGAC-AGCTAACGATGATT-ATCAATTCA-AACAA-A-TACAAAAGTAGATCAACTAAGCCCTCAATG-TTTGTATTCTA----ATG-TCTG--TACT--CA-AA-GAA-TAACACA-----TC-TA---A-------AGGT-CCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAACCCATTTTTGT-CTTACT-GATAAAAT---C-TAAAGG--AT-GTTT-------TATC-AGACGAGTTGGCTAATAATTTCAAAGTTAA-AGGTGTTATTAT-----------------ATGCAT-G-ATAACATTTAGGTACACAGCGAGTCTCTAC-TATAA-GTCTATATACCGGGCTTCTAGA-TAT----ACTACTGAAA------CCA---GTCGGGCGGTA---GAT-TTTA---------A-GGCTA-T-------C-------A---T--TTAC--ATTT--TTTTAAA-CCTTGATTTA-------------------GCTTA---TG---G-GAAAT-ATAAAATT-AAACGTTTGTT-GATTATGAAGAATCCTGTCATTATTATTAAGGCAATATAACGTACCTAA----AAATTACTCAGC-GT-GTTTTTCGTGATTTGCTCAAGGTTTGTAT-CCTCAAAGCAGCGAGAGGTTCAACCCTTATCTTGAATTTGAGCCCTTATTCATGT---GATATCAAGTCCACAGTG-AC-TCA---A-----GAGGATGGCTAAT------ATTTTG--TCTTTTTCAGACGTAATCAGACTTGATATGTT-AAA-GC--CT-ATCGCAGACAACCAA------------------------TC------ATTAAT---ATCAC---TTT-TGAATT---TAGCA---TTTTTA-A-AATACA-TGGATCATCAT---------A---TACATAT--A-CCTCTGATCT-A--C--------CCTAACCCCCAATA--TTCGTAATA----CTTTGAATTAT-GCACGACCTGA-AC----AATGAGCGATATTGAT-CAG----TTA-ATGTACGTGTTTAGCTTCTAAAGAACAAAGTGTGTATGGTCGAGTTGTGGCATCTGGGTAATCGGTAAATTGT--TAATTC-GTGAGACATGCA--AATCTAGTGGATA-AT-TCAT-T-ACACAAATGTCAT--GGTAAATTCAA
gi|10 : ATGAA-CAAAACTGC-A--TA----TACTATGCATCA--ACATTTT-------T-----CTCA-TTTAATCT--TTTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--TTCA-A-TAAGGTCGTGAGACAGC-A-AAATGTTAT--CCCCC---TCCCCAAATT---T-G-AGA----AAAT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-CAT-CA---TTAATA-TCGTTATCAT-ATGAA-AACTAAAG-TAATTAATC-ATTCAAAAC-A-A-TACAAAGGTACTTCAGATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-AAA-AAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCATTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-TT--------TGG-CAGAGCTG--AT-GTTT-------TGTCATAACTAATTGCC--ATAATTTCGAAGTTAA-AGTGGTTATCATA-----------------TACAA-A-ATAACATATAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATACTCACAT---AG--TTATGTA-CAA----A----CGAAA------ACA---GT--GGTGGTT--CGAT-TT-----------A-GGCTAGC-------C-------AATC--------GATTTGACTTTGTA-TATTTGTGTATTCTCATCAAT----------------TG---G-G--AT-A-AAGAattttctctaaagcacttttgtacac
gi|11 : tgTTTATGAA-CAGAATTGT-AAATA------CTACACATTA-----TTTT-------TTTTCTCTCA-TTTACTTC--TCTGTC-G-CA-T-TCTAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCAG--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCC----TCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-------------------------TTG-TGGATTT----GA-AT-CT-TAT-CA---TTAATG-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TTCAAAAATAGACCAAATAAG-CCTAAGTATTTT-T-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TGGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACGT-CTGTATAAAATGG-CAGAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------A-ACAC-A-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATACAATACTCAAAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGA---------------T--GGTGGTA--CGAT-TT-----------A-GGCTAGCCAATTTAC-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTAGTGTATTTTCATCAA
gi|12 : TTTATGAA-CAAAATTGT-AAATA----T--TACACATCA--AAGTT---------C-----CTCA-TTTACTCC--TTTGTT-G-CA-TTGATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATG--------------ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCC-----TCCCCAAATT---T-G-AGA----AATTTGCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AA-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTA-TAT-ATGAATAACTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAGC-A-A-TACAAAAGTAGATCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAG-GAA-TAGCACA-----CCTTACACGACTCATTAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CAC-AAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAACTGCC--ATACTTTCAATGTTAA-ATTGGCTATTAT-----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TCTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA--CGAT-TT-----------A-GGCTAGT-------C-------AATTT--
gi|13 : TCATGAT-CAAAATTGT-A--TA----TAATATACATCA--TAATTTG-------C-----TTCA-TTTACTCC--CCTTTC-G-CT-T-GATTT--A------TAGT-A-TA---C-ATGTCTA--GCGT-A--ATCT-A-TGAGACTGTGAGACAGC-A-AAATATTAA--CCCCCCCCCCCC---ATTCCCT------------TT-GCG-------A-------------TTG-TGAATTT----GA-AT-AC-GAT-CA---TTGATA-AGGCCATTAT-ATCAC-AGC-AAAG-TGGTTCATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGAACAAATAAG-TCTAAATATTTTGT-TTTTG----ATA-A-TG-TTCCA--CAGA---------------------TAC-TAAGTCACCAGGTGCCTCCACTacaattttcac
gi|13 : C-ACTCCACAGTG-ACATAA---AATCATGGAGATGTT--ATTTGGGTATTTTGTTTC-ATTTCAAAAGTATT----TTTAACATGCTAAAA-GC--CGTATCGCAGAAAACTATTAATGAGTTTAAGACAAATAACAAAT----AAATT--T---ATAAC---TAT-TGA--T---TTGTATATTTTTTA-ATAGCA-A-TGGATCAGAAT--------AA---TA-------A-CC------CC-AGTC--------CT--TCCCC--TTA--TT-ccacagtgacataaaatcatggagatgttatttgggtattttgtttcatttcaaaagtatttttaacatgctaaaagccgtatcgcagaaaactattaatgagtttaagacaaataacaaataaatttataactattgatttgtatattttttaatagcaatggatcagaataataaccccagtccttccccttatt
gi|15 : tcatgatcaaaattgtatataatatacatcataatttgcttcatttactcccctttcgcttgatttatagtatacatgtctagcgtaatctatgagactgtgagacagcaaaatattaaccccccccccccattccctttgcgattgtgaatttgaatacgatcattgataaggccattatatcacagcaaagtggttcatcattcacaacaatacaaaagtagaacaaataagtctaaatattttgtttttgataatgttccacagatactaagtcaccaggtgcctcCACAGC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CTTAAATATTTAGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTAAT--CAGAA-GAT-TAGCACACCTGGCC-TAC-CAAGTCACTAGGTCCCTTCACT
gi|15 : TC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCATAAT--------AA---TATATATC-ACCC------CC-A--C--------CT--ACCCC--AAA--GT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAGC---A-ACCATGGATGGGC-----TGATGCAGAACTTTACATGTAC-CGTTAAGCT-----TAAACAAA--Gccacagtgacatcaaggagatggtatatttttcctttcaaagtaatcttgatatgctaaaagcctcatcgcagaaaaccatacaaatttataactgttgatgagcatttttaatagcaatgaatcataataatatatatcacccccacctaccccaaagtgtaatactttgaatttgccagcaaccatggatgggctgatgcagaactttacatgtaccgttaagcttaaacaaag
gi|17 : cacagcaatacaaaagtagaccaaataagcttaaatatttagtttttaatgttgttaatcagaagattagcacacctggcctaccaagtcactaggtccctCTA-ACATCACAGAATTTTTGGTAATC-----ATCAGTTTACTC---TCTGTTTG-CA-TTGATAT--AAA----TAAT-T-TA------TGTCTAGGGCATAA--ATCATA-GGAG---ATGAAACA
gi|17 : CCCAAATT---TTG-AGA----A-TT--CGT-C----A-------AA-TT-TTGATGGATTTTGGTAA-AT-CA--AT-TA---TCAAT--------TTAT-ATG----GTT-----T-ATTTATC-ATT-------A-A-TATACGAG----CCAAACTAG-C-TAAATATTT-GT-TTTTA-----TG-C-TGCTTACCTGCATAA-GAAATAGC-CA-----CC-TAG--AAG-CACT--GTCCTTCAACTTA-GAGAAagacgtgtgaacgcgagttatcagcaactcattctgtaaaccaaaaagtcagcccaaattttgagaattcgtcaaattttgatggattttggtaaatcaattatcaatttatatggtttatttatcattaatatacgagccaaactagctaaatatttgtttttatgctgcttacctgcataagaaatagccacctagaagcactgtccttcaacttagagaa
gi|19 : ctaacatcacagaatttttggtaatcatcagtttactctctgtttgcattgatataaataatttatgtctagggcataaatcataggagatgaaacaagacgtgtgaacgcgagttatcagcaactcattctgtaaaccaaaaagtcagTGAA-CAAAATTGT-A--TA----TACTACACATCA--AAACTTT-------G-----CTCA-TTTACTCT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-C-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTA------CCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGA---------------------A---TTAATA-TGATTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTCGT-TTTTA----
gi|2 : gGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACATTTATT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGAT------AC---CCTAA----ATATTACTCAGCAGTGCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCAAGAGG-TCAACATTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCG-ATGTC-ACTCCACAATG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-ATAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATTGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCAAAAG--------AA---TACATATCTC-CC------CC-T--C--------CC--ACTCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC--------TGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAACCAAA--TTGTAATGTC--ATTGT-GCATGTGGGAAATCAGT-AATTGC--TCATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|20 : TTTGT-ATTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAACACA-----TC-TAC-CAAG-------GTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGA-CATAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACCAATTGCT--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTAT-----------------ATGCAT-G-ATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCATATATCGG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGattcttaacacttgtcacactgtcaccaatgtggcgtatgaaataaccacacatcactataaaacagtgtatgcagctgtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttataacagtatgcagtgatcgttaacttcattgtacatttgccctgcactttacactttacatttaacacattgtttactttgtcaatgtatatccatattcatacaatgccataacgtgtctgttgtgcacggaaattagtaaaatatagacaatgatgaaaataattgtgtgacttgatgcaaagtcaaatatcagtcagacaccaaatttataacgacattatctctttacgtgatactcaaatgacgatgtagtggaaggcttactctaattggactataagtacagaatagcagagatacagtaaaacaataaaggttaatttctaaatgtaaatcagaggaatcaatttccaactcaattccatcatcgtcagagtcaaagattctcagtaaacattatcattatcactat
gi|21 : TTCATGAA-AGAAATTG---GATG----CACTACACATCC--AATTTTT-------T-----CTCA-TTTACTCG--TCTGTC-G-CA-T-GATAT--A------AAGT-A-TA---C-ATGTCTA--GCGT-A--ATCT-A-TGAGGCTGTGAAACAGC-A-AAATGTTA------TCCTATCCCCAAATT---T-G-AGA----AAAT-GTGT-T----A-------A--TT-TTG-CGGATTT----GA-AT-AA-TAT-CA---GTGATA-TGGTCATTAT-ATCAA-AGCTAAAG-TGGTTAAT---TTGACTAT-A-AGTACAAAA
gi|22 : A----AATT-GCGTTC----A-------A--TT-TTG-TGA--TT----GA-AT-AA-TAT-AA---TTAA-A-TGGTTATTAT-ATGA---GTTCAAG-TG------------------------------TAGAACAAATAAG-CCTAAATATTTTAT-ATTTAGACAAAG-T-TG-TCGCT--CAGAA-GAA-TAACACA-----CC-TAA-CAAGTCACTAGGTTCCTTCACTaaa
gi|22 : TC-ACTCCACAGTT-ACATCA---A-----GGATATGAT--AT------ACTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT-------------CTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAccacagttacatcaaggatatgatatacttttcctttcaaagtaatctaaaagcctcatcgcagaaaaccatacaa
gi|23 : aaattgcgttcaattttgtgattgaataatataattaaatggttattatatgagttcaagtgtagaacaaataagcctaaatattttatatttagacaaagttgtcgctcagaagaataacacacctaacaagtcactaggttcctTTTATGTA-CGAAATTGT-A--TA----TACTACACATCA---------------------------TTTACTAC--CCTGTT-T-CA-T-GATAT--A------TAGT-A-TA---C-ATTTTTA--GCAT-ATAATCA-A-TGAGGCCGTGAGAGAGC-A-AAATGTTA-----TCCCTCTCCCCAAATT---T-G-CAA----AATT-GCGT-C----A-------ATTTT-TTG-TGAATTT----GA-AT-AA-AAT-CA---TTTATA-TTGTTATTAT-ATGAA-A
gi|24 : -TT-----------A-GGCTAGC-------CTATTTACAATTT--TTAAAAATTTGACTTTTCAATCTTGGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGT------AC---CCTAA----AAATTACTCAGCAGTCCTATTTCGTAGATCGCT---GG-----ACGCACCAAAGC
gi|25 : ATGAA-AGGAATTGT-A--TA----TATTACACATCA--CTATTA--------C-----CTCA-TTGTCTTT--CCTGTC-G-CA-T-GATAT--A------CAGT-A-TA---T-ACGTCTA--GCAT-A--ATCG-A-TGAAGCTGTGAGATAGC-A-AAATGTTA-----TCCCCCTCCCCAAATA---C-G-AGA----AACC-ACAT-A----A-------A--T
gi|27 : ACAACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TGAT-T-TA---T-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAA-GTTA-----TCACCCTTCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-CAATTA-------A--TT-TTG-TGGATTT----aaagtgagtgaaagatattttttctattatata
gi|28 : gaG--TTCTGTA-TAT----A----TGATACATGTAACA---GT--GATGGTA--GGAT-TT-----------A-GGCTAGC-------C-------AATTT--------ATTTGTCCTTGAA-TCTTCGTGTATTCTTATCAAC----------------TG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGCT-GA-TATGA
gi|3 : TTTATGAA-CAAAATTGT-AAATACATGTATTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCA--TTTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TC---T-ATGTCTC--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCTAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-GAT-CA---TTAATA-AGGTTATTAT-ATGAA-TAATAAAG-TGATTAATC-ATTCCCAAC-A-A-TACAAAAGAAGACCAAATAAG-CCTAAATAGTTTGT-TGTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CT-TAC-CAAGTCACCAGGTCCTTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAG---A-TGTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CATGAATG--AT-GTTT-------CATCAAGACTAATTGCC--ATAA------AGTTAA-AGTGGTTAATATATACTAGTACGCTGATGATGCAT-G-ATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TTTACATACAATGCTCACAT---GG--GTCTGTA-TAT----A----TGATA------CCA---GT--GGTGGTAGTCAAT-TA-----------A---------------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTTGTGTATTCTTATCAAT----ATATTTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAAAGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGAT------AC---CCTAA----AAATTACGCAGCCGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGTCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTGGAGCCCTT-TTCATGTTTGAATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGATATTAT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAGT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---CGT-TCG--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCACAAT--------AA---TACATATC-A-CC------AC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTATGCT-----AAAACAAA--GTGCATTGTC--ATTGT-GCATGTGGG-----------------TAATGC-TTGTGACATAAA--ACTACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|30 : AT--A------TGAT-A-TA---T-ATGTCTG--GTTT-A--ATCA-A-AGATACTGTGAGACAGC-A-AAATGTTA------CCCGGTCCCCAAATG---T-G-AGA----AATT-
gi|31 : TACTCT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-TTGTCTA--GTAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTTAGACATC-A-AAATGTTAT--CCCCCCCC-CCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-aatgtaattaatacattgaatattac
gi|33 : TATGAA-CAAAATTGT-AA-TA-----ATTACATATCA--AAGTTTT-------T-----CTCA-CTTACTCC--GCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TCGT-T-TA---C-ATGTCTT--GTAT-A--ATCA-A-TGAGGC
gi|35 : aTTTATGAA-CAAAAGTGT-AAATA----T--TACACATCA--AAATTTT-------T-----CTCA-TT---TCT--TCTGTT-G-CA-T-GGTAT--ATACATGTAGT-T-TA---T-ATGTCTA--GCAT-A--ATC
gi|36 : TGAA-CAAAATTGT-AAATA-----A-TACACATCA--ACATTGT-------T-----CTAA-TTTACTCT--TCTGTT-G-CA-T-TATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTT--GCAT-A--ATCA-
gi|37 : AGGTTGTAAGACAGC-A-AAATGTTAT--CTCCCTCATT---AAATT---T-G-AGA----AGTT-CCGT-T----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-AA-TAT-CA---TTAAT
gi|38 : TAA-AACGGTTACCATA-----------------TGAAC-A-ATAACATTCATG-GCAT-GTGAGA-TTT
gi|39 : gccaatggctattatatgattggTTACTCC--TCCGTT-G-CA-T-GATAT--A------AAGTATGTA---C-ATGTTAA--GCAT-A--ATCT-G-TGAGGGTGTAAG--AGC-A-AAATGTTAggtttagta
gi|4 : aATCA---A-----GAAGATGGT--AT--------TTT---TT-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGTTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--A---ATAAC---TTT-TGA--T---TAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCACAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CCCA--A--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTAATGTA--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAAtg
gi|41 : G-TCAGCCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NCGTCattctaaacacttgtcacactgtcaccaatgcggcgtatgaaataaccacacatcactataatacagtatatgtaactgtttatctatctatctatctatctatccatccatccataatgttataacagtatgcagtgatcgttattaccgttaacttcatcgtacatttgccctgcattttacactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatattcatacaatgccataacgtatatgtgcacggaaattagtaaaacaaagacaatgatgaatatggatgatgcacagtcaaatatcagccagacaccaaatttataacggcattatctctttacgtgatactcaaatgaccatgtagtgaaaagcttaatcttattggactataagtacaaaatagcagttatacagtgaacaataaaagttagtttctaaatgtaaatcagaggaactaatttccaagttaattccatcatcgtcaaagtcaaagattctcagtaaagattatcattatcactagtctatcagattcaacaacaaccattattacattcaacaacagccactagaatgttctg
gi|42 : AGTA----CTCTGAATT-T-AC-TAAC---A-AC----AATGATC-----TGGTTCAA----TTA-AT------GTTATGCT-----AAAACA
gi|43 : TGAA-CAAAATTGT-A--TA----TATTACACACCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-Cg
gi|44 : TTGACGAA-CAAAATTGT-AAATA----T--TACACATTA--AATTTTT-------T-----CTCA-TT
gi|45 : TTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCAAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAAC
gi|46 : ATAT--A------TAGT-T-CA---T-ATATCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGA
gi|47 : CACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCTTAA---A-TTTT
gi|5 : CAGTGCACATCAGAGA-----GGAGATGGT-------------------------------TAAT----ATTGA----CTGAAATGCGGCCCATCGCAGAAA-CCAT------------------------ATGCAGAAGTT--TGATATATCGCATATGTGA--TTGAGGGAG---TTTCTATGTATCA-AAT--ATCACAATCAGATGGGAAGATTGCA-GTC-C-CC------CC-G--CAGACACAGCC--ACCA---ATAAGGT-GCATTAACCGCTTTGAATT-TTGC-CAAC---ACAC----AATGAGC-----TGA
gi|5 : -GCGTGAGGGTA-TCAGT-AATTGCTATAATGCGTTGTGACGTAAAAGAGTATAGTGGATATATACCCTCTAGAACCAA---CATGAGGTGAAAatgaaatctatgagcagtaagccgcgagtacgcccgcatacaataagaaatcgcaaagacacgagttgtgctcctatcagaggtagagcgtgagggtatcagtaattgctataatgcgttgtgacgtaaaagagtatagtggatatataccctctagaaccaacatgaggtgaaagtctaaattcgcttaacactggtgtctctggtcgcaatctggttcccgaacgcactgcgcgtattggaatatactcacatacacatcagaacactaataataacaacgtgtcataactggagactgtttattcatatatctactcttcaattccatccatccatgatgatcataacattcgatgcgacggattatgacacacaataacattttgcgcctgcatttacaacacgaagttcctatgattcatagtaactatcgccggcgctatatgacgatataatgtgcaccggtacgaccatcggtacacggcattgacgaatagacgtaattatgaagatatgatttggtgtgactctatgatgcacaggtcaggagaatcaatcaacggctctgacagacaccaaa
gi|6 : cagtgcacatcagagaggagatggttaatattgactgaaatgcggcccatcgcagaaaccatatgcagaagtttgatatatcgcatatgtgattgagggagtttctatgtatcaaatatcacaatcagatgggaagattgcagtccccccgcagacacagccaccaataaggtgcattaaccgctttgaattttgccaacacacaatgagctgaatgaaatctatgagcagtaagccgcgagtacgcccgcatacaataagaaatcgcaaagacacgagttgtgctcctatcagaggtagaTGAA-CAAAATTGT-A--TA----TACTAAACATCA--AAATTTT-------T-----CTCA-TTTACTTT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATACCGA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGCCCC--CCCCCCCCTCCCCAGATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTA-AGGATTT----TA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTGTTAT-ATGAA-CGCTAATG-TGATTAATC-A---A-AAC-A-A-TACCAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-CTTTA----ATG-C-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CT-TAT-CAAGTCACCAGACACCTCCACTCA-gtctaaattcgcttaacactggtgtctctggtcgcaatctggttcccgaacgcactgcgcgtattggaatatactcacatacacatcagaacactaataataacaacgtgtcataactggagactgtttattcatatatctactcttcaattccatccatccatgatgatcataacattcgatgcgacggattatgacacacaataacattttgcgcctgcatttacaacacgaagttcctatgattcatagtaactatcgccggcgctatatgacgatataatgtgcaccggtacgaccatcggtacacggcattgacgaatagacgtaattatgaagatatgatttggtgtgactctatgatgcacaggtcaggagaatcaatcaacggctctgacagacaccaaa
gi|6 : ttC-ACTCAACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--GT------ATTTT---TC-CGTTCAAA-GTAGT----CTTGACATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------GC----AAATT--T---ATTAC---TGT-TGA--C---GAGCA---TTTTAA-ATAGCA-A-TGAATCAGAAT--------GA---TACATATT-ACCC------CC-A--C--------CA--ACCCC--AAA--TA-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACCTGTAC-CTTTAAGCT-----AA---AAA--GCTCATTCTC--ATTAT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTACTATAATGC-TTGTGGCATAAT--AATATAATCGACA-AT-TCCT-TATAGCCA----C-T--GGTAAATTTAAacagtgacatcaaggagatggtgtatttttccgttcaaagtagtcttgacatgctaaaagcctcatcgcagaaaaccatgcaaatttattactgttgacgagcattttaaatagcaatgaatcagaatgatacatattacccccaccaaccccaaatagtaatactttgaatttgccaacaacaatgagctgatgcagttacctgtacctttaagctaaaaagctcattctcattatgcatgtgggtaatcagtaattactataatgcttgtggcataataatataatcgacaattccttatagccactggtaaatttaaatt
gi|7 : tttgaacaaaattgtatatactaaacatcaaaatttttctcatttacttttctgttgcatgatatatagtttacataccgagcataatcaatgaggctgtgagacagcaaaatgcccccccccccctccccagatttgagaaattgcgtcaattttaaggattttaatcatatcattaatatggttgttatatgaacgctaatgtgattaatcaaaacaataccaaagtagaccaaataagcctaaatattttgtctttaatgctgttactcagaagaatagcacacttatcaagtcaccagacacctcATGAA-AGGAATTGC-A--TA----TATCACACATCA--CTATTT--------C-----TTCA-TCTACTTC--TCCGTT-G-CG-T-GATAT--A------AAGT-A-TA---A-ACGTCTA--GCTT-A--ATTG-A-TGAGGCTGTGAGAAAGC---AAATGTT-----TTCCCACTCTCCAAATT---TCGTAGATTTGGATT-AAGT-G----AGAGAAAGA--TTATT-----ATTT----GCTAC-TA-TAT-CAAAGTCA--A-TGGCTATTAT-ATCAA-TGGTAAAA-TAGTTAA-C-ATatt
gi|7 : aAA---A-TTTCGTAGAT-TTGGATTAAGTGA-GAGAAAGATTATTATTTGCTACTATATCAAAGTCAATGGCT--ATTATATCAATGGTAA-AATAGTTAACATA----------------AT-TAT-GTATAACATTTTGG-ACAT-GTGAG--ATT----------------T---GG--TTTTGTACTATCAACA----TATTA------ACA---GT--TGTGATA--CAATATTAGCCACGGTTAA-GGCTGGC-------C-------AA--T--TTACTGATATGACTTTGCA-CATTTGTGTATTTTAATCAANTTCAACATGTTAACAGTG---ATG--AT-ACAATATT-aattatgtataacattttggacatgtgagatttggttttgtactatcaacatattaacagttgtgatacaatattagccacggttaaggctggccaatttactgatatgactttgcacatttgtgtattttaatcaanttcaacatgttaacagtgatgatacaatattagccacggttaaggctggctaattttctgacatgactttgcacatttgtgtattttaatcaatatatgttctcaataagacacagattcgaacatttattgatatgaagaagcctgtcatgatcaaggcaagaccaaagagaaatgactcagtggttctctttcatagatcgctagatgcctcaaaacaacgaaaagtcaacattatctagagttcgagcccttttcatggcatg
gi|7 : aatgaaaggaattgcatatatcacacatcactatttcttcatctacttctccgttgcgtgatataaagtataaacgtctagcttaattgatgaggctgtgagaaagcaaatgttttcccactctccAC----A----TGTTA------ACA---GT--GATGATA--CAATATTAGCCACGGTTAA-GGCTGGC-------T-------AATTT--T--CTGACATGACTTTGCA-CATTTGTGTATTTTAATCAAT----ATATGTTCTCAATA---A-G--AC-A-CAGATTCGAACATTTATT-GA-TATGAAGAAGCCTGTCA-TG--ATCAAGGC------AAG--ACCAAAGAGAAATGACTCAGTGGTTCTCTTTCATAGATCGCT---AG-----ATGCCTCAAAACAACGAAAAG-TCAACATTA-TCTAGAGTTCGAGCCCTT-TTCATGagccacggttaaggctggctaattttctgacatgactttgcacatttgtgtattttaatcaatatatgttctcaataagacacagattcgaacatttattgatatgaagaagcctgtcatgatcaaggcaagaccaaagagaaatgactcagtggttctctttcatagatcgctagatgcctcaaaacaacgaaaagtcaacattatctagagttcgagcccttttcatggcatg
gi|8 : aatgaaaggaattgcatatatcacacatcactatttcttcatctacttctccgttgcgtgatataaagtataaacgtctagcttaattgatgaggctgtgagaaagcaaatgttttcccactctccaaatttcgtagatttggattaagtgagagaaagattattatttgctactatatcaaagtcaatggctattatatcaatggtaaaatagttaacataattatgtataacattttggacatgtgagatttggttttgtactatcaacatattaacagttgtgatacaatattagccacggttaaggctggccaatttactgatatgactttgcacatttgtgtattttaatcaanttcaTACACAT-A--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-GGCAAC-GATAT---------TGTT-C-CA---TTATATCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-ATAAATGTTAC--CCCCTCC------AAATT---TTG-AGA----AATTTGCGT-C----A----------TT-TTG-TGGATTTTG--GA-ATTCA-TAT-CA---TTAATAATGGTTATAA--ATGAA--TCTAAAG-TGATCAATC-ATTCACAAC-AGA-TA-AAAAGTAGACCAA-TA-G-CCTAA-TATTTTGT-TTTTA-----TGAT-TG-TTACT--CTGAATGAA-TAGC-TA-----AC-TAC---AGT-AC-AGGTCC-TTCACTTATGAGAAAGTATGTAA---A-TTTTGTACAA-CTGGATAAAATGGACATAA-GG--AT-GTTT--------AT-AAGACTAATTGCC--ATAACTCAAAGGTTAACAGTGGTT-TTATA-----------------TGCACAG-ATAACATTTCGG-ACAC-GTGAG--TTTAC-TATAATGCTCA-AT---GG--TTCTGTAATAT----A----TGAAT------ACATGTAT--GGTGGTA--CGAT-TT-----------ATGGATAGTCATTTAAC-------AGTTTAGTTACTGATT---CTT-------CTAGTGTATTATCATCAAT----AT-TGTTAACATTGGGTG-G--ATAA-AAGGTT--AACG-TTGTTGGA-TATGAAGAATCCCGTC--T---ATTAAG---------TG--CCTAA----CTATTA-TCAG-AGTCGTCTTTCgcatg
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GATATACCTTAAAACCACAGGTAATCTAAATCATTAACACTACCATACAGTTCCCATACAGCATTGAAATAACTACACTTCAATACATGTAACTGTTTTACGATATAAAATATATATTCCATATTGAATATGCAGAGATGGTTTAACCATATACATGTACACATCATCTTGTATGTATTTTAAATCTATATTCATGCAGTGCTATAAGTTATATGTGCAGGAAAGTAGTAGAGTATATTAATATAATTTATGTGACTTGGATAATACAAAGTCAAATATCAGTCGACATCAACTCTATAACAACATTATATTTCCCAACTTAGTATTCAAATTACTCATGTAGCTGAACAGCTTAATCTCATTGGAAATATATCATGTCAATGACACATGTAAATATAAAAGTATTTTCTCTTTGAATGTCAAGTCAGTAGAACTACACATTTTAAATTAACTTCCTCATTGTCAGTAGTCAGAAGATTGTCAAGTAAGATCAATCATCATATGCATCGGTCAAAGATTGTCAGTAAAGATCATCATCAATATAGTTATATCATAGACAATAGATTG
Unaligned ( gi|14 ): CTTAACACTTGTGACCAATAAATGTGGCGTATGAAATAACCACACATCACTATAATACAGTGTATGTAACAGTTCAACGATCTATCCATCCACCCATCCATAATGTTATAACAGCATGCAGTGATCGTTAACTTCATCGTACATTTGCCATGCACTTTACACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATATTCATACAATGCCATAACGTATATGAGCACGGAAATTAGTAAAACGAAGACAATGATGAAAATAATTTGTGTGACTTGATGCAAACTCATATATCAGTCAGACACCAAATTTATAACAATATTATCTCTTTACGTGATACTCAAATGACCATGTAGTGGAAAGCTTAATCTAATTGGACTATAAGTACAAAATAGAAAATAGCAGAGATACAGTGAA
Unaligned ( gi|16 ): TCTATCTATCCATCCATCCATCCATAATGTTATAACTATAACATTATGCAGTGATAGTTAACCACATACATTTGCCCTGCACTTTACATCCATATTCATACAATGCCATAACGTACATGTGCACGGAAATTAGTAAAATGAAGACAATGATGAAAATAATTGGTGTGATTTAATGCAAATTCAAATATCAGTCAGACACCAAATTTATAACATCATTATCTCTTTACGTGATACTCAAAGGACCATGTAGTGAAAGGCTTAATCTAACTGGACAATAAGTACAAAATAGCAGAGATACAATGAAGAATAAAAGTTAATTTCCAA
Unaligned ( gi|18 ): ATATCCATATCCATACAAGTACAATGCCATAACGTATATGTGCATGGTAATTAGTAAACCGAAGACAATGATAAAAATAAATTGTGTGACTTGATGCAAAGCCAGATATCAGTCAGATACCAAATTTATAACAACATTATCTCTTTACATGATAATCATATGATCATGTGGTGAAAGGCTTAATGTTATTGGACTATAAGTACAAAATAGCAGAGATACAGTGGACAATAAAAGTTAATTTCTGAATGTAAATCAAAGAAATTAACTTCCAAGTCAATTCCATCA
Unaligned ( gi|26 ): TCATCGTCAGAGTCATATTCTCAGTAAAGATTATCATTATCCCTATCAGATTCAACAACAGCCACTAGAATGTTCTGACCGTCTACATGGTAGTATGCACAAAACTCAATGCAGTTAAGGTGTTTCAGTAGACAGTGACACTTAAAAAGATATCGGCTGTCACAG
Unaligned ( gi|29 ): TTTAGTCATTCCCATCATTGGCAGATTCTCAGTAAAGATTATTATTATCACTGTCAGAGTCAACAACAGTCACTAGAATGTTCGGACCGTCTACGTGTGATGCACGAAACGCGTG
Unaligned ( gi|32 ): GATGCAAATTCAAATATCAGTCAGGCACCAATTTTTTTATAATAACATCATTATCCCTTTACGTGATACTCTAATGACCATGTAGTGAAAAGCTTAATCTAA
Unaligned ( gi|34 ): TCTGACCGTCTACATGGTATACACAAAACTCAATGCAGTTCCATGTAAGATGGTTCAACAGACTGTGACCCTTAAAAAATTATAAGCTGTCACAG
Unaligned ( gi|40 ): TGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTTAAGGTGGCTCAACAGACAGTGGCATTTTAAAATTATCAGCTGCCACAG
Alignments
lowQualScore : 22 1111111111111 11111 1111111111 1111111 444444444444444444 11 111 111111 44444444444 333333333333333 2222222 111 3333333333333 1111 111 22222 1111 11111 111111 111 444444444444444444444444 11111111 1111 111111 1111111111111 1111 1111 11111 1111 11111 11 11
lowQualScore : 2 2 00 9999999 3333 1111111111111 2 222 1 1 2 4 22 777777 222 33333 55 1 22 1 2 2 2 77777 1 333 6 2 4444 4 2 5555 3333333333 2 2 8888 2 33 44 2 444 2 2 66 3 0 3 3 3 3 3 3 3 6666 3 3 3 44 3 3 1 88888 3 55 1 2 4 777 4 5 2 5 1 0 66 5 6666666 66 4 444444444444444444 4 4 4 4 00 6 0 6 777 66 8 8888 8888 3 111111 777 55 66 8 33333333333 4 000000000000000 8888888 0 4 1 1 0 1 4444444 66666 777 4 66 4 8 5 5 5 6 000 8888888888888 4444 66 5 444 00000 8 8 8 4444 5 4 777 11111 66 222222 222 4 8 8888 1 4 55 222222222222222222222222 9999 999999 888 0 5 66 888 888 5 5 5 1 88888888 888 0 3333 444444 9999999999999 66 66 66 5 0000 5 5 5 888 5 0000 22222 0 2222 4 5 44444 99 1 11 6 3 3 6 88 6 99 6 6 6 888 99
lowQualScore : . . .. ....... .... ............. . ... . . . . .. ...... ... ..... .. . .. . . . . ..... . ... . . .... . . .... .......... . . .... . .. .. . ... . . .. . . . . . . . . . .... . . . .. . . . ..... . .. . . . ... . . . . . . .. . ....... .. . .................. . . . . .. . . . ... .. . .... .... . ...... ... .. .. . ........... . ............... ....... . . . . . . ....... ..... ... . .. . . . . . . ... ............. .... .. . ... ..... . . . .... . . ... ..... .. ...... ... . . .... . . .. ........................ .... ...... ... . . .. ... ... . . . . ........ ... . .... ...... ............. .. .. .. . .... . . . ... . .... ..... . .... . . ..... .. . .. . . . . .. . .. . . . ... ..
lowQualScore : 4 4 11 6666666 9999 2222222222222 0 777 9 9 0 0 55 777777 444 55555 00 8 55 9 0 2 2 66666 8 999 7 2 5555 2 2 0000 8888888888 5 5 8888 7 77 55 7 777 9 9 22 1 5 1 5 1 1 1 3 1 5555 3 3 3 66 3 3 2 33333 3 11 2 6 0 888 4 0 5 0 0 1 99 0 2222222 99 4 111111111111111111 4 4 4 4 66 2 1 5 555 11 9 5555 5555 7 555555 000 55 11 0 55555555555 0 666666666666666 4444444 1 4 1 0 9 9 9999999 88888 888 4 11 4 9 0 7 7 7 888 8888888888888 2222 77 2 000 00000 0 0 0 5555 0 4 888 11111 11 888888 222 4 0 5555 3 0 55 888888888888888888888888 4444 999999 888 2 0 99 888 888 0 0 0 0 11111111 888 1 4444 444444 2222222222222 99 99 99 0 6666 0 0 0 888 0 6666 55555 7 1111 3 7 33333 22 4 00 7 5 2 7 33 7 22 7 7 7 222 22
consensus : TTTATGAA-CAAAATTGT-AAATA----TACTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CANAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA--CGAT-TT-----------A-GGCTAGC-------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTNGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGT------ACG--CCTAA----AAATTACTCAGCAGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCGGATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCANAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTATTGTC--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
Reference ( family-966 ) : TTTATGAA-CAAAATTGT-AAATA----TACTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CANAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA--CGAT-TT-----------A-GGCTAGC-------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTNGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGT------ACG--CCTAA----AAATTACTCAGCAGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCGGATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCANAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTATTGTC--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|1 : TTTATGAAACAAA--TGTCAAATA----TTCTACACATCA--A--TTTT-------T-----CTTC-CTTACTTCCTTCTGTT-G-CA-T-GATATGAA------TAGT-T-TATAAC-ATGTCTACTACA--A--ATCA-ACTGAGGCTG--AGTCATCGA-AAAT-TTACAGCCCCTCCCACCCCAAATC---T-T-GGA----AATT-GCGT-C----A-------AT-TT-TTG-TGGA--T----GA-A--CATTATGCA---ATAA-A-TGGTTATTATAATGAC-AGCTAACGATGATT-ATCAATTCA-AACAA-A-TACAAAAGTAGATCAACTAAGCCCTCAATG-TTTGTATTCTA----ATG-TCTG--TACT--CA-AA-GAA-TAACACA-----TC-TA---A-------AGGT-CCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAACCCATTTTTGT-CTTACT-GATAAAAT---C-TAAAGG--AT-GTTT-------TATC-AGACGAGTTGGCTAATAATTTCAAAGTTAA-AGGTGTTATTAT-----------------ATGCAT-G-ATAACATTTAGGTACACAGCGAGTCTCTAC-TATAA-GTCTATATACCGGGCTTCTAGA-TAT----ACTACTGAAA------CCA---GTCGGGCGGTA---GAT-TTTA---------A-GGCTA-T-------C-------A---T--TTAC--ATTT--TTTTAAA-CCTTGATTTA-------------------GCTTA---TG---G-GAAAT-ATAAAATT-AAACGTTTGTT-GATTATGAAGAATCCTGTCATTATTATTAAGGCAATATAACGTACCTAA----AAATTACTCAGC-GT-GTTTTTCGTGATTTGCTCAAGGTTTGTAT-CCTCAAAGCAGCGAGAGGTTCAACCCTTATCTTGAATTTGAGCCCTTATTCATGT---GATATCAAGTCCACAGTG-AC-TCA---A-----GAGGATGGCTAAT------ATTTTG--TCTTTTTCAGACGTAATCAGACTTGATATGTT-AAA-GC--CT-ATCGCAGACAACCAA------------------------TC------ATTAAT---ATCAC---TTT-TGAATT---TAGCA---TTTTTA-A-AATACA-TGGATCATCAT---------A---TACATAT--A-CCTCTGATCT-A--C--------CCTAACCCCCAATA--TTCGTAATA----CTTTGAATTAT-GCACGACCTGA-AC----AATGAGCGATATTGAT-CAG----TTA-ATGTACGTGTTTAGCTTCTAAAGAACAAAGTGTGTATGGTCGAGTTGTGGCATCTGGGTAATCGGTAAATTGT--TAATTC-GTGAGACATGCA--AATCTAGTGGATA-AT-TCAT-T-ACACAAATGTCAT--GGTAAATTCAA
gi|10 : ATGAA-CAAAACTGC-A--TA----TACTATGCATCA--ACATTTT-------T-----CTCA-TTTAATCT--TTTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--TTCA-A-TAAGGTCGTGAGACAGC-A-AAATGTTAT--CCCCC---TCCCCAAATT---T-G-AGA----AAAT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-CAT-CA---TTAATA-TCGTTATCAT-ATGAA-AACTAAAG-TAATTAATC-ATTCAAAAC-A-A-TACAAAGGTACTTCAGATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-AAA-AAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCATTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-TT--------TGG-CAGAGCTG--AT-GTTT-------TGTCATAACTAATTGCC--ATAATTTCGAAGTTAA-AGTGGTTATCATA-----------------TACAA-A-ATAACATATAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATACTCACAT---AG--TTATGTA-CAA----A----CGAAA------ACA---GT--GGTGGTT--CGAT-TT-----------A-GGCTAGC-------C-------AATC--------GATTTGACTTTGTA-TATTTGTGTATTCTCATCAAT----------------TG---G-G--AT-A-AAGAattttctctaaagcacttttgtacac
gi|11 : tgTTTATGAA-CAGAATTGT-AAATA------CTACACATTA-----TTTT-------TTTTCTCTCA-TTTACTTC--TCTGTC-G-CA-T-TCTAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCAG--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCC----TCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-------------------------TTG-TGGATTT----GA-AT-CT-TAT-CA---TTAATG-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TTCAAAAATAGACCAAATAAG-CCTAAGTATTTT-T-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TGGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACGT-CTGTATAAAATGG-CAGAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------A-ACAC-A-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATACAATACTCAAAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGA---------------T--GGTGGTA--CGAT-TT-----------A-GGCTAGCCAATTTAC-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTAGTGTATTTTCATCAA
gi|12 : TTTATGAA-CAAAATTGT-AAATA----T--TACACATCA--AAGTT---------C-----CTCA-TTTACTCC--TTTGTT-G-CA-TTGATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATG--------------ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCC-----TCCCCAAATT---T-G-AGA----AATTTGCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AA-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTA-TAT-ATGAATAACTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAGC-A-A-TACAAAAGTAGATCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAG-GAA-TAGCACA-----CCTTACACGACTCATTAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CAC-AAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAACTGCC--ATACTTTCAATGTTAA-ATTGGCTATTAT-----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TCTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA--CGAT-TT-----------A-GGCTAGT-------C-------AATTT--
gi|13 : TCATGAT-CAAAATTGT-A--TA----TAATATACATCA--TAATTTG-------C-----TTCA-TTTACTCC--CCTTTC-G-CT-T-GATTT--A------TAGT-A-TA---C-ATGTCTA--GCGT-A--ATCT-A-TGAGACTGTGAGACAGC-A-AAATATTAA--CCCCCCCCCCCC---ATTCCCT------------TT-GCG-------A-------------TTG-TGAATTT----GA-AT-AC-GAT-CA---TTGATA-AGGCCATTAT-ATCAC-AGC-AAAG-TGGTTCATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGAACAAATAAG-TCTAAATATTTTGT-TTTTG----ATA-A-TG-TTCCA--CAGA---------------------TAC-TAAGTCACCAGGTGCCTCCACTacaattttcac
gi|13 : C-ACTCCACAGTG-ACATAA---AATCATGGAGATGTT--ATTTGGGTATTTTGTTTC-ATTTCAAAAGTATT----TTTAACATGCTAAAA-GC--CGTATCGCAGAAAACTATTAATGAGTTTAAGACAAATAACAAAT----AAATT--T---ATAAC---TAT-TGA--T---TTGTATATTTTTTA-ATAGCA-A-TGGATCAGAAT--------AA---TA-------A-CC------CC-AGTC--------CT--TCCCC--TTA--TT-ccacagtgacataaaatcatggagatgttatttgggtattttgtttcatttcaaaagtatttttaacatgctaaaagccgtatcgcagaaaactattaatgagtttaagacaaataacaaataaatttataactattgatttgtatattttttaatagcaatggatcagaataataaccccagtccttccccttatt
gi|15 : tcatgatcaaaattgtatataatatacatcataatttgcttcatttactcccctttcgcttgatttatagtatacatgtctagcgtaatctatgagactgtgagacagcaaaatattaaccccccccccccattccctttgcgattgtgaatttgaatacgatcattgataaggccattatatcacagcaaagtggttcatcattcacaacaatacaaaagtagaacaaataagtctaaatattttgtttttgataatgttccacagatactaagtcaccaggtgcctcCACAGC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CTTAAATATTTAGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTAAT--CAGAA-GAT-TAGCACACCTGGCC-TAC-CAAGTCACTAGGTCCCTTCACT
gi|15 : TC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCATAAT--------AA---TATATATC-ACCC------CC-A--C--------CT--ACCCC--AAA--GT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAGC---A-ACCATGGATGGGC-----TGATGCAGAACTTTACATGTAC-CGTTAAGCT-----TAAACAAA--Gccacagtgacatcaaggagatggtatatttttcctttcaaagtaatcttgatatgctaaaagcctcatcgcagaaaaccatacaaatttataactgttgatgagcatttttaatagcaatgaatcataataatatatatcacccccacctaccccaaagtgtaatactttgaatttgccagcaaccatggatgggctgatgcagaactttacatgtaccgttaagcttaaacaaag
gi|17 : cacagcaatacaaaagtagaccaaataagcttaaatatttagtttttaatgttgttaatcagaagattagcacacctggcctaccaagtcactaggtccctCTA-ACATCACAGAATTTTTGGTAATC-----ATCAGTTTACTC---TCTGTTTG-CA-TTGATAT--AAA----TAAT-T-TA------TGTCTAGGGCATAA--ATCATA-GGAG---ATGAAACA
gi|17 : CCCAAATT---TTG-AGA----A-TT--CGT-C----A-------AA-TT-TTGATGGATTTTGGTAA-AT-CA--AT-TA---TCAAT--------TTAT-ATG----GTT-----T-ATTTATC-ATT-------A-A-TATACGAG----CCAAACTAG-C-TAAATATTT-GT-TTTTA-----TG-C-TGCTTACCTGCATAA-GAAATAGC-CA-----CC-TAG--AAG-CACT--GTCCTTCAACTTA-GAGAAagacgtgtgaacgcgagttatcagcaactcattctgtaaaccaaaaagtcagcccaaattttgagaattcgtcaaattttgatggattttggtaaatcaattatcaatttatatggtttatttatcattaatatacgagccaaactagctaaatatttgtttttatgctgcttacctgcataagaaatagccacctagaagcactgtccttcaacttagagaa
gi|19 : ctaacatcacagaatttttggtaatcatcagtttactctctgtttgcattgatataaataatttatgtctagggcataaatcataggagatgaaacaagacgtgtgaacgcgagttatcagcaactcattctgtaaaccaaaaagtcagTGAA-CAAAATTGT-A--TA----TACTACACATCA--AAACTTT-------G-----CTCA-TTTACTCT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-C-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTA------CCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGA---------------------A---TTAATA-TGATTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTCGT-TTTTA----
gi|2 : gGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACATTTATT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGAT------AC---CCTAA----ATATTACTCAGCAGTGCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCAAGAGG-TCAACATTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCG-ATGTC-ACTCCACAATG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-ATAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATTGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCAAAAG--------AA---TACATATCTC-CC------CC-T--C--------CC--ACTCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC--------TGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAACCAAA--TTGTAATGTC--ATTGT-GCATGTGGGAAATCAGT-AATTGC--TCATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|20 : TTTGT-ATTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAACACA-----TC-TAC-CAAG-------GTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGA-CATAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACCAATTGCT--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTAT-----------------ATGCAT-G-ATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCATATATCGG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGattcttaacacttgtcacactgtcaccaatgtggcgtatgaaataaccacacatcactataaaacagtgtatgcagctgtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttataacagtatgcagtgatcgttaacttcattgtacatttgccctgcactttacactttacatttaacacattgtttactttgtcaatgtatatccatattcatacaatgccataacgtgtctgttgtgcacggaaattagtaaaatatagacaatgatgaaaataattgtgtgacttgatgcaaagtcaaatatcagtcagacaccaaatttataacgacattatctctttacgtgatactcaaatgacgatgtagtggaaggcttactctaattggactataagtacagaatagcagagatacagtaaaacaataaaggttaatttctaaatgtaaatcagaggaatcaatttccaactcaattccatcatcgtcagagtcaaagattctcagtaaacattatcattatcactat
gi|21 : TTCATGAA-AGAAATTG---GATG----CACTACACATCC--AATTTTT-------T-----CTCA-TTTACTCG--TCTGTC-G-CA-T-GATAT--A------AAGT-A-TA---C-ATGTCTA--GCGT-A--ATCT-A-TGAGGCTGTGAAACAGC-A-AAATGTTA------TCCTATCCCCAAATT---T-G-AGA----AAAT-GTGT-T----A-------A--TT-TTG-CGGATTT----GA-AT-AA-TAT-CA---GTGATA-TGGTCATTAT-ATCAA-AGCTAAAG-TGGTTAAT---TTGACTAT-A-AGTACAAAA
gi|22 : A----AATT-GCGTTC----A-------A--TT-TTG-TGA--TT----GA-AT-AA-TAT-AA---TTAA-A-TGGTTATTAT-ATGA---GTTCAAG-TG------------------------------TAGAACAAATAAG-CCTAAATATTTTAT-ATTTAGACAAAG-T-TG-TCGCT--CAGAA-GAA-TAACACA-----CC-TAA-CAAGTCACTAGGTTCCTTCACTaaa
gi|22 : TC-ACTCCACAGTT-ACATCA---A-----GGATATGAT--AT------ACTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT-------------CTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAccacagttacatcaaggatatgatatacttttcctttcaaagtaatctaaaagcctcatcgcagaaaaccatacaa
gi|23 : aaattgcgttcaattttgtgattgaataatataattaaatggttattatatgagttcaagtgtagaacaaataagcctaaatattttatatttagacaaagttgtcgctcagaagaataacacacctaacaagtcactaggttcctTTTATGTA-CGAAATTGT-A--TA----TACTACACATCA---------------------------TTTACTAC--CCTGTT-T-CA-T-GATAT--A------TAGT-A-TA---C-ATTTTTA--GCAT-ATAATCA-A-TGAGGCCGTGAGAGAGC-A-AAATGTTA-----TCCCTCTCCCCAAATT---T-G-CAA----AATT-GCGT-C----A-------ATTTT-TTG-TGAATTT----GA-AT-AA-AAT-CA---TTTATA-TTGTTATTAT-ATGAA-A
gi|24 : -TT-----------A-GGCTAGC-------CTATTTACAATTT--TTAAAAATTTGACTTTTCAATCTTGGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGT------AC---CCTAA----AAATTACTCAGCAGTCCTATTTCGTAGATCGCT---GG-----ACGCACCAAAGC
gi|25 : ATGAA-AGGAATTGT-A--TA----TATTACACATCA--CTATTA--------C-----CTCA-TTGTCTTT--CCTGTC-G-CA-T-GATAT--A------CAGT-A-TA---T-ACGTCTA--GCAT-A--ATCG-A-TGAAGCTGTGAGATAGC-A-AAATGTTA-----TCCCCCTCCCCAAATA---C-G-AGA----AACC-ACAT-A----A-------A--T
gi|27 : ACAACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TGAT-T-TA---T-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAA-GTTA-----TCACCCTTCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-CAATTA-------A--TT-TTG-TGGATTT----aaagtgagtgaaagatattttttctattatata
gi|28 : gaG--TTCTGTA-TAT----A----TGATACATGTAACA---GT--GATGGTA--GGAT-TT-----------A-GGCTAGC-------C-------AATTT--------ATTTGTCCTTGAA-TCTTCGTGTATTCTTATCAAC----------------TG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGCT-GA-TATGA
gi|3 : TTTATGAA-CAAAATTGT-AAATACATGTATTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCA--TTTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TC---T-ATGTCTC--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCTAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-GAT-CA---TTAATA-AGGTTATTAT-ATGAA-TAATAAAG-TGATTAATC-ATTCCCAAC-A-A-TACAAAAGAAGACCAAATAAG-CCTAAATAGTTTGT-TGTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CT-TAC-CAAGTCACCAGGTCCTTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAG---A-TGTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CATGAATG--AT-GTTT-------CATCAAGACTAATTGCC--ATAA------AGTTAA-AGTGGTTAATATATACTAGTACGCTGATGATGCAT-G-ATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TTTACATACAATGCTCACAT---GG--GTCTGTA-TAT----A----TGATA------CCA---GT--GGTGGTAGTCAAT-TA-----------A---------------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTTGTGTATTCTTATCAAT----ATATTTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAAAGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGAT------AC---CCTAA----AAATTACGCAGCCGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGTCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTGGAGCCCTT-TTCATGTTTGAATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGATATTAT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAGT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---CGT-TCG--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCACAAT--------AA---TACATATC-A-CC------AC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTATGCT-----AAAACAAA--GTGCATTGTC--ATTGT-GCATGTGGG-----------------TAATGC-TTGTGACATAAA--ACTACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|30 : AT--A------TGAT-A-TA---T-ATGTCTG--GTTT-A--ATCA-A-AGATACTGTGAGACAGC-A-AAATGTTA------CCCGGTCCCCAAATG---T-G-AGA----AATT-
gi|31 : TACTCT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-TTGTCTA--GTAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTTAGACATC-A-AAATGTTAT--CCCCCCCC-CCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-aatgtaattaatacattgaatattac
gi|33 : TATGAA-CAAAATTGT-AA-TA-----ATTACATATCA--AAGTTTT-------T-----CTCA-CTTACTCC--GCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TCGT-T-TA---C-ATGTCTT--GTAT-A--ATCA-A-TGAGGC
gi|35 : aTTTATGAA-CAAAAGTGT-AAATA----T--TACACATCA--AAATTTT-------T-----CTCA-TT---TCT--TCTGTT-G-CA-T-GGTAT--ATACATGTAGT-T-TA---T-ATGTCTA--GCAT-A--ATC
gi|36 : TGAA-CAAAATTGT-AAATA-----A-TACACATCA--ACATTGT-------T-----CTAA-TTTACTCT--TCTGTT-G-CA-T-TATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTT--GCAT-A--ATCA-
gi|37 : AGGTTGTAAGACAGC-A-AAATGTTAT--CTCCCTCATT---AAATT---T-G-AGA----AGTT-CCGT-T----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-AA-TAT-CA---TTAAT
gi|38 : TAA-AACGGTTACCATA-----------------TGAAC-A-ATAACATTCATG-GCAT-GTGAGA-TTT
gi|39 : gccaatggctattatatgattggTTACTCC--TCCGTT-G-CA-T-GATAT--A------AAGTATGTA---C-ATGTTAA--GCAT-A--ATCT-G-TGAGGGTGTAAG--AGC-A-AAATGTTAggtttagta
gi|4 : aATCA---A-----GAAGATGGT--AT--------TTT---TT-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGTTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--A---ATAAC---TTT-TGA--T---TAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCACAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CCCA--A--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTAATGTA--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAAtg
gi|41 : G-TCAGCCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NCGTCattctaaacacttgtcacactgtcaccaatgcggcgtatgaaataaccacacatcactataatacagtatatgtaactgtttatctatctatctatctatctatccatccatccataatgttataacagtatgcagtgatcgttattaccgttaacttcatcgtacatttgccctgcattttacactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatattcatacaatgccataacgtatatgtgcacggaaattagtaaaacaaagacaatgatgaatatggatgatgcacagtcaaatatcagccagacaccaaatttataacggcattatctctttacgtgatactcaaatgaccatgtagtgaaaagcttaatcttattggactataagtacaaaatagcagttatacagtgaacaataaaagttagtttctaaatgtaaatcagaggaactaatttccaagttaattccatcatcgtcaaagtcaaagattctcagtaaagattatcattatcactagtctatcagattcaacaacaaccattattacattcaacaacagccactagaatgttctg
gi|42 : AGTA----CTCTGAATT-T-AC-TAAC---A-AC----AATGATC-----TGGTTCAA----TTA-AT------GTTATGCT-----AAAACA
gi|43 : TGAA-CAAAATTGT-A--TA----TATTACACACCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-Cg
gi|44 : TTGACGAA-CAAAATTGT-AAATA----T--TACACATTA--AATTTTT-------T-----CTCA-TT
gi|45 : TTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCAAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAAC
gi|46 : ATAT--A------TAGT-T-CA---T-ATATCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGA
gi|47 : CACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCTTAA---A-TTTT
gi|5 : CAGTGCACATCAGAGA-----GGAGATGGT-------------------------------TAAT----ATTGA----CTGAAATGCGGCCCATCGCAGAAA-CCAT------------------------ATGCAGAAGTT--TGATATATCGCATATGTGA--TTGAGGGAG---TTTCTATGTATCA-AAT--ATCACAATCAGATGGGAAGATTGCA-GTC-C-CC------CC-G--CAGACACAGCC--ACCA---ATAAGGT-GCATTAACCGCTTTGAATT-TTGC-CAAC---ACAC----AATGAGC-----TGA
gi|5 : -GCGTGAGGGTA-TCAGT-AATTGCTATAATGCGTTGTGACGTAAAAGAGTATAGTGGATATATACCCTCTAGAACCAA---CATGAGGTGAAAatgaaatctatgagcagtaagccgcgagtacgcccgcatacaataagaaatcgcaaagacacgagttgtgctcctatcagaggtagagcgtgagggtatcagtaattgctataatgcgttgtgacgtaaaagagtatagtggatatataccctctagaaccaacatgaggtgaaagtctaaattcgcttaacactggtgtctctggtcgcaatctggttcccgaacgcactgcgcgtattggaatatactcacatacacatcagaacactaataataacaacgtgtcataactggagactgtttattcatatatctactcttcaattccatccatccatgatgatcataacattcgatgcgacggattatgacacacaataacattttgcgcctgcatttacaacacgaagttcctatgattcatagtaactatcgccggcgctatatgacgatataatgtgcaccggtacgaccatcggtacacggcattgacgaatagacgtaattatgaagatatgatttggtgtgactctatgatgcacaggtcaggagaatcaatcaacggctctgacagacaccaaa
gi|6 : cagtgcacatcagagaggagatggttaatattgactgaaatgcggcccatcgcagaaaccatatgcagaagtttgatatatcgcatatgtgattgagggagtttctatgtatcaaatatcacaatcagatgggaagattgcagtccccccgcagacacagccaccaataaggtgcattaaccgctttgaattttgccaacacacaatgagctgaatgaaatctatgagcagtaagccgcgagtacgcccgcatacaataagaaatcgcaaagacacgagttgtgctcctatcagaggtagaTGAA-CAAAATTGT-A--TA----TACTAAACATCA--AAATTTT-------T-----CTCA-TTTACTTT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATACCGA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGCCCC--CCCCCCCCTCCCCAGATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTA-AGGATTT----TA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTGTTAT-ATGAA-CGCTAATG-TGATTAATC-A---A-AAC-A-A-TACCAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-CTTTA----ATG-C-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CT-TAT-CAAGTCACCAGACACCTCCACTCA-gtctaaattcgcttaacactggtgtctctggtcgcaatctggttcccgaacgcactgcgcgtattggaatatactcacatacacatcagaacactaataataacaacgtgtcataactggagactgtttattcatatatctactcttcaattccatccatccatgatgatcataacattcgatgcgacggattatgacacacaataacattttgcgcctgcatttacaacacgaagttcctatgattcatagtaactatcgccggcgctatatgacgatataatgtgcaccggtacgaccatcggtacacggcattgacgaatagacgtaattatgaagatatgatttggtgtgactctatgatgcacaggtcaggagaatcaatcaacggctctgacagacaccaaa
gi|6 : ttC-ACTCAACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--GT------ATTTT---TC-CGTTCAAA-GTAGT----CTTGACATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------GC----AAATT--T---ATTAC---TGT-TGA--C---GAGCA---TTTTAA-ATAGCA-A-TGAATCAGAAT--------GA---TACATATT-ACCC------CC-A--C--------CA--ACCCC--AAA--TA-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACCTGTAC-CTTTAAGCT-----AA---AAA--GCTCATTCTC--ATTAT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTACTATAATGC-TTGTGGCATAAT--AATATAATCGACA-AT-TCCT-TATAGCCA----C-T--GGTAAATTTAAacagtgacatcaaggagatggtgtatttttccgttcaaagtagtcttgacatgctaaaagcctcatcgcagaaaaccatgcaaatttattactgttgacgagcattttaaatagcaatgaatcagaatgatacatattacccccaccaaccccaaatagtaatactttgaatttgccaacaacaatgagctgatgcagttacctgtacctttaagctaaaaagctcattctcattatgcatgtgggtaatcagtaattactataatgcttgtggcataataatataatcgacaattccttatagccactggtaaatttaaatt
gi|7 : tttgaacaaaattgtatatactaaacatcaaaatttttctcatttacttttctgttgcatgatatatagtttacataccgagcataatcaatgaggctgtgagacagcaaaatgcccccccccccctccccagatttgagaaattgcgtcaattttaaggattttaatcatatcattaatatggttgttatatgaacgctaatgtgattaatcaaaacaataccaaagtagaccaaataagcctaaatattttgtctttaatgctgttactcagaagaatagcacacttatcaagtcaccagacacctcATGAA-AGGAATTGC-A--TA----TATCACACATCA--CTATTT--------C-----TTCA-TCTACTTC--TCCGTT-G-CG-T-GATAT--A------AAGT-A-TA---A-ACGTCTA--GCTT-A--ATTG-A-TGAGGCTGTGAGAAAGC---AAATGTT-----TTCCCACTCTCCAAATT---TCGTAGATTTGGATT-AAGT-G----AGAGAAAGA--TTATT-----ATTT----GCTAC-TA-TAT-CAAAGTCA--A-TGGCTATTAT-ATCAA-TGGTAAAA-TAGTTAA-C-ATatt
gi|7 : aAA---A-TTTCGTAGAT-TTGGATTAAGTGA-GAGAAAGATTATTATTTGCTACTATATCAAAGTCAATGGCT--ATTATATCAATGGTAA-AATAGTTAACATA----------------AT-TAT-GTATAACATTTTGG-ACAT-GTGAG--ATT----------------T---GG--TTTTGTACTATCAACA----TATTA------ACA---GT--TGTGATA--CAATATTAGCCACGGTTAA-GGCTGGC-------C-------AA--T--TTACTGATATGACTTTGCA-CATTTGTGTATTTTAATCAANTTCAACATGTTAACAGTG---ATG--AT-ACAATATT-aattatgtataacattttggacatgtgagatttggttttgtactatcaacatattaacagttgtgatacaatattagccacggttaaggctggccaatttactgatatgactttgcacatttgtgtattttaatcaanttcaacatgttaacagtgatgatacaatattagccacggttaaggctggctaattttctgacatgactttgcacatttgtgtattttaatcaatatatgttctcaataagacacagattcgaacatttattgatatgaagaagcctgtcatgatcaaggcaagaccaaagagaaatgactcagtggttctctttcatagatcgctagatgcctcaaaacaacgaaaagtcaacattatctagagttcgagcccttttcatggcatg
gi|7 : aatgaaaggaattgcatatatcacacatcactatttcttcatctacttctccgttgcgtgatataaagtataaacgtctagcttaattgatgaggctgtgagaaagcaaatgttttcccactctccAC----A----TGTTA------ACA---GT--GATGATA--CAATATTAGCCACGGTTAA-GGCTGGC-------T-------AATTT--T--CTGACATGACTTTGCA-CATTTGTGTATTTTAATCAAT----ATATGTTCTCAATA---A-G--AC-A-CAGATTCGAACATTTATT-GA-TATGAAGAAGCCTGTCA-TG--ATCAAGGC------AAG--ACCAAAGAGAAATGACTCAGTGGTTCTCTTTCATAGATCGCT---AG-----ATGCCTCAAAACAACGAAAAG-TCAACATTA-TCTAGAGTTCGAGCCCTT-TTCATGagccacggttaaggctggctaattttctgacatgactttgcacatttgtgtattttaatcaatatatgttctcaataagacacagattcgaacatttattgatatgaagaagcctgtcatgatcaaggcaagaccaaagagaaatgactcagtggttctctttcatagatcgctagatgcctcaaaacaacgaaaagtcaacattatctagagttcgagcccttttcatggcatg
gi|8 : aatgaaaggaattgcatatatcacacatcactatttcttcatctacttctccgttgcgtgatataaagtataaacgtctagcttaattgatgaggctgtgagaaagcaaatgttttcccactctccaaatttcgtagatttggattaagtgagagaaagattattatttgctactatatcaaagtcaatggctattatatcaatggtaaaatagttaacataattatgtataacattttggacatgtgagatttggttttgtactatcaacatattaacagttgtgatacaatattagccacggttaaggctggccaatttactgatatgactttgcacatttgtgtattttaatcaanttcaTACACAT-A--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-GGCAAC-GATAT---------TGTT-C-CA---TTATATCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-ATAAATGTTAC--CCCCTCC------AAATT---TTG-AGA----AATTTGCGT-C----A----------TT-TTG-TGGATTTTG--GA-ATTCA-TAT-CA---TTAATAATGGTTATAA--ATGAA--TCTAAAG-TGATCAATC-ATTCACAAC-AGA-TA-AAAAGTAGACCAA-TA-G-CCTAA-TATTTTGT-TTTTA-----TGAT-TG-TTACT--CTGAATGAA-TAGC-TA-----AC-TAC---AGT-AC-AGGTCC-TTCACTTATGAGAAAGTATGTAA---A-TTTTGTACAA-CTGGATAAAATGGACATAA-GG--AT-GTTT--------AT-AAGACTAATTGCC--ATAACTCAAAGGTTAACAGTGGTT-TTATA-----------------TGCACAG-ATAACATTTCGG-ACAC-GTGAG--TTTAC-TATAATGCTCA-AT---GG--TTCTGTAATAT----A----TGAAT------ACATGTAT--GGTGGTA--CGAT-TT-----------ATGGATAGTCATTTAAC-------AGTTTAGTTACTGATT---CTT-------CTAGTGTATTATCATCAAT----AT-TGTTAACATTGGGTG-G--ATAA-AAGGTT--AACG-TTGTTGGA-TATGAAGAATCCCGTC--T---ATTAAG---------TG--CCTAA----CTATTA-TCAG-AGTCGTCTTTCgcatg
blockSeqs : . . AA CATGTAT CAGA TGGTAATC G T T G A T . TACATG ATG TT GG A TA T . . T TCC C CCC T T TTTG T T AATT GAGAAAGA A A TGGT T TC C . AAG A . TA . . A . G G . . GACA A . C TG T A A CCTGG T AC T C T . . . G A G TT T GCTACTA . C ATACTAGTACGCTGATGA A T . . A A C ATC . C CAAC . A CATGTA TGT . GT A AGCCACGGTTA T CAATTTAC AGTTACT A A T C TTCAACA CACAT GGT T . A C C G . . A GCAAG AGAG CA G . . . . . TTGA . C GAG ATCAT . TTGGGT GTT . A . C T GG TAATGAGTTTAAGACAAATAACAA GCAG TGAT GCA G . TGA TAT T . A G CAGATGGG GAT CAC . GCAGACACAG . . AG . ACCG . T . . C CATG . AACT C . . . A . . A A . TA G AG T A C TG GA
blockSeqs : . . AA TAC AC TTTTCT . C . . . T . AA T C . . . . . . . CCC C . C . . T . . ATT . . TG . C T . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . A . . C T C . . . . G . G . . . . . AA . . . . . A A . . A . . T . . . . A AGCCACGGTTA . CTATTTAC TTACT . C A C ATA CACAT . . . . . . . . . A ATAC . CA C . . . . . TNNN . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . T . . CTC . AGTC . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . T A . TA . . . . . TG .
blockSeqs : . . GA TAA AA T . C . . . . . . T C . . . . . . . CCC A . T . . . . . AA . . . . C T . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . A . . C T T . . . . G . C . . . . . AA . . . . . A C . . . . . T . . . . . . . CATTTAAC TTAAA . C G C ATA CACAT . . . . . . . . . A GTAC . CC C . . . . . TCG . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . A . . TAC . CAA . . . . . . . . . . . . . C . . . A . . T A . . . . . . . TG .
blockSeqs : . . AA TAC TA C . C . . . . . . T C . . . . . . . ACC C . . . . . . . A . . . . C G . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . A . . T T C . . . . G . T . . . . . A . . . . . A T . . . . . T . . . . . . . C TTACT . C C T ATA AACAG . . . . . . . . . G ATAC . TG T . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . C . . CA . AC . . . . . . . . . . . . . C . . . T . . T . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AA CAC AA C . T . . . . . . A C . . . . . . . CCC C . . . . . . . A . . . . A T . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . A . . C T T . . . . G . T . . . . . A . . . . . A C . . . . . T . . . . . . . C TTACT . C T T AT CTCAA . . . . . . . . . . TG . A C . . . . . . . . . . T . . . . T . . . . . . . . C . . CA . TC . . . . . . . . . . . . . C . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AA TAC AA G . G . . . . . . T C . . . . . . . TCC C . . . . . . . A . . . . C T . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . A . . C T T . . . . G . G . . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . C TCT . A T A . AACAT . . . . . . . . . . . . . . . . . . T . . . . A . . . . . . . . C . . CC . AC . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . AA TAT CT T . C . . . . . . T C . . . . . . . TCT C . . . . . . . A . . . . A A . . . . A . . C . . . . . . . . . . . . A . . C T T . . . . . . T . . . . . A . . . . . . . . . . . . T . . . . . . . C . . A T A . . . . . . . . . . . . . . . . . . C . . . . T . . . . . . . . G . . A . AC . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . A TAT AA C . T . . . . . . A C . . . . . . . CCC G . . . . . . . A . . . . A G . . . . T . . C . . . . . . . . . . . . A . . C T C . . . . A . . . . . . . . . A . . . . . . . C . . . A C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . TAC AA C . C . . . . . . A T . . . . . . . CCC C . . . . . . . A . . . . A T . . . . C . . C . . . . . . . . . . . . . . . C T C . . . . . . . . . . T . . . . .
blockSeqs : . . . TAT AA C . A . . . . . . A T . . . . . . . T A . . . . . . . A . . . . C T . . . . T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . C
blockSeqs : . . . AT AA T . T . . . . . . T T . . . . . . . . C . . . . . . . A . . . . A T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . C AC T . C . . . . . . T T . . . . . . . . C . . . . . . . A . . . . C T . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T AA T . T . . . . . . A C . . . . . . . . . . . . . . . . A . . . . T . . . . . .
blockSeqs : . . . T AA C . T . . . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . A AA T . C . . . . . . T T . . . . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . T CT T . C . . . . . . T C . . . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : AA C . T . . . . . . T C . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . C . C . . . . . . T T . . . . . . .
blockSeqs : . . . C . . . . . . T C . . . . .
blockSeqs : . . . . . A A . . . .
blockSeqs : . . C . . . .
blockSeqCons : A* AA** C** ** C**** ** CCC** A********* T* C* *** ** ** *** ** **** ** *********** TTACT** ATA**** CACAT ** A** ATAC********* CG *** ***** ** *** **** T***** ** CAC* ****** ** ** *** ***** ***** ** ** TG*
originalCons : TTTATGAA-CAAAATTGT-AAATA----TACTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CANAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA--CGAT-TT-----------A-GGCTAGC-------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTNGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGGT------ACG--CCTAA----AAATTACTCAGCAGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCGGATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCANAAT--------AA---TACATATC-A-CC------CC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTATTGTC--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
finalCons : TTTATGAA-CAAAATTGT-AA-TA----TACTACACATCAAA--ATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TAC----ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTACCC--CCCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----AA---------TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CAT-AT-CA---TTAATA-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CC-TACC-AAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CANAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA--CGAT-TT-----------A-GGCTAGC-------C-------AATTTTTACT--GATTTGACTTTGCA-TCTTNGTGTATTCTCATCAATATA----TGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAGATAC---------CCTAA----AAATTACTCAGCGGTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCGGATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATTT-----ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCANAAT--------AA---TACATATCAC-CC------CC-A--C--------CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTATTGTC--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GATATACCTTAAAACCACAGGTAATCTAAATCATTAACACTACCATACAGTTCCCATACAGCATTGAAATAACTACACTTCAATACATGTAACTGTTTTACGATATAAAATATATATTCCATATTGAATATGCAGAGATGGTTTAACCATATACATGTACACATCATCTTGTATGTATTTTAAATCTATATTCATGCAGTGCTATAAGTTATATGTGCAGGAAAGTAGTAGAGTATATTAATATAATTTATGTGACTTGGATAATACAAAGTCAAATATCAGTCGACATCAACTCTATAACAACATTATATTTCCCAACTTAGTATTCAAATTACTCATGTAGCTGAACAGCTTAATCTCATTGGAAATATATCATGTCAATGACACATGTAAATATAAAAGTATTTTCTCTTTGAATGTCAAGTCAGTAGAACTACACATTTTAAATTAACTTCCTCATTGTCAGTAGTCAGAAGATTGTCAAGTAAGATCAATCATCATATGCATCGGTCAAAGATTGTCAGTAAAGATCATCATCAATATAGTTATATCATAGACAATAGATTG
Unaligned ( gi|14 ): CTTAACACTTGTGACCAATAAATGTGGCGTATGAAATAACCACACATCACTATAATACAGTGTATGTAACAGTTCAACGATCTATCCATCCACCCATCCATAATGTTATAACAGCATGCAGTGATCGTTAACTTCATCGTACATTTGCCATGCACTTTACACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATATTCATACAATGCCATAACGTATATGAGCACGGAAATTAGTAAAACGAAGACAATGATGAAAATAATTTGTGTGACTTGATGCAAACTCATATATCAGTCAGACACCAAATTTATAACAATATTATCTCTTTACGTGATACTCAAATGACCATGTAGTGGAAAGCTTAATCTAATTGGACTATAAGTACAAAATAGAAAATAGCAGAGATACAGTGAA
Unaligned ( gi|16 ): TCTATCTATCCATCCATCCATCCATAATGTTATAACTATAACATTATGCAGTGATAGTTAACCACATACATTTGCCCTGCACTTTACATCCATATTCATACAATGCCATAACGTACATGTGCACGGAAATTAGTAAAATGAAGACAATGATGAAAATAATTGGTGTGATTTAATGCAAATTCAAATATCAGTCAGACACCAAATTTATAACATCATTATCTCTTTACGTGATACTCAAAGGACCATGTAGTGAAAGGCTTAATCTAACTGGACAATAAGTACAAAATAGCAGAGATACAATGAAGAATAAAAGTTAATTTCCAA
Unaligned ( gi|18 ): ATATCCATATCCATACAAGTACAATGCCATAACGTATATGTGCATGGTAATTAGTAAACCGAAGACAATGATAAAAATAAATTGTGTGACTTGATGCAAAGCCAGATATCAGTCAGATACCAAATTTATAACAACATTATCTCTTTACATGATAATCATATGATCATGTGGTGAAAGGCTTAATGTTATTGGACTATAAGTACAAAATAGCAGAGATACAGTGGACAATAAAAGTTAATTTCTGAATGTAAATCAAAGAAATTAACTTCCAAGTCAATTCCATCA
Unaligned ( gi|26 ): TCATCGTCAGAGTCATATTCTCAGTAAAGATTATCATTATCCCTATCAGATTCAACAACAGCCACTAGAATGTTCTGACCGTCTACATGGTAGTATGCACAAAACTCAATGCAGTTAAGGTGTTTCAGTAGACAGTGACACTTAAAAAGATATCGGCTGTCACAG
Unaligned ( gi|29 ): TTTAGTCATTCCCATCATTGGCAGATTCTCAGTAAAGATTATTATTATCACTGTCAGAGTCAACAACAGTCACTAGAATGTTCGGACCGTCTACGTGTGATGCACGAAACGCGTG
Unaligned ( gi|32 ): GATGCAAATTCAAATATCAGTCAGGCACCAATTTTTTTATAATAACATCATTATCCCTTTACGTGATACTCTAATGACCATGTAGTGAAAAGCTTAATCTAA
Unaligned ( gi|34 ): TCTGACCGTCTACATGGTATACACAAAACTCAATGCAGTTCCATGTAAGATGGTTCAACAGACTGTGACCCTTAAAAAATTATAAGCTGTCACAG
Unaligned ( gi|40 ): TGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTTAAGGTGGCTCAACAGACAGTGGCATTTTAAAATTATCAGCTGCCACAG
Alignments
lowQualScore : 2222222 1111111111111 11111 1111111111 1111111 444444444444444444 11 111 111111 44444444444 333333333333333 2222222 111 333333333333333 111 111 22222 1111 11111 111111 111 444444444444444444444444 11111111 11111 11111 1111 1111 11111 1111 11111 11 11
lowQualScore : 2 33 5555555 3333 1111111111111 2 222 1 1 2 4 22 777777 222 33333 55 1 22 1 2 2 2 77777 1 333 6 2 4444 4 2 5555 3333333333 2 2 8888 2 33 44 2 444 2 2 66 3 0 3 3 3 3 3 3 3 6666 3 3 3 44 3 3 1 88888 3 55 1 2 4 777 4 5 2 5 1 0 66 5 6666666 66 4 444444444444444444 4 4 4 4 00 6 0 6 777 66 8 8888 8888 3 111111 777 55 66 8 33333333333 4 000000000000000 8888888 0 4 1 1 0 1 4444444 66666 777 4 66 4 8 5 5 5 6 000 666666666666666 111 999 1 444 00000 8 8 8 4444 5 4 777 11111 66 222222 222 4 8 8888 1 4 55 222222222222222222222222 9999 999999 888 0 5 66 888 888 5 5 5 1 88888888 888 3 11 22222 22222 66 66 66 66 66 5 0000 5 5 5 888 5 0000 22222 0 2222 4 5 44444 99 1 11 6 3 3 6 88 6 99 6 6 6 888 99
lowQualScore : . .. ....... .... ............. . ... . . . . .. ...... ... ..... .. . .. . . . . ..... . ... . . .... . . .... .......... . . .... . .. .. . ... . . .. . . . . . . . . . .... . . . .. . . . ..... . .. . . . ... . . . . . . .. . ....... .. . .................. . . . . .. . . . ... .. . .... .... . ...... ... .. .. . ........... . ............... ....... . . . . . . ....... ..... ... . .. . . . . . . ... ............... ... ... . ... ..... . . . .... . . ... ..... .. ...... ... . . .... . . .. ........................ .... ...... ... . . .. ... ... . . . . ........ ... . .. ..... ..... .. .. .. .. .. . .... . . . ... . .... ..... . .... . . ..... .. . .. . . . . .. . .. . . . ... ..
lowQualScore : 4 22 4444444 9999 2222222222222 0 777 9 9 0 0 55 777777 444 55555 00 8 55 9 0 2 2 66666 8 999 7 2 5555 2 2 0000 8888888888 5 5 8888 7 77 55 7 777 9 9 22 1 5 1 5 1 1 1 3 1 5555 3 3 3 66 3 3 2 33333 3 11 2 6 0 888 4 0 5 0 0 1 99 0 2222222 99 4 111111111111111111 4 4 4 4 66 2 1 5 555 11 9 5555 5555 7 555555 000 55 11 0 55555555555 0 666666666666666 4444444 1 4 1 0 9 9 9999999 88888 888 4 11 4 9 0 7 7 7 888 333333333333333 777 888 0 000 00000 0 0 0 5555 0 4 888 11111 11 888888 222 4 0 5555 3 0 55 888888888888888888888888 4444 999999 888 2 0 99 888 888 0 0 0 0 11111111 888 2 66 55555 55555 99 99 99 99 99 0 6666 0 0 0 888 0 6666 55555 7 1111 3 7 33333 22 4 00 7 5 2 7 33 7 22 7 7 7 222 22
consensus : TTTATGAA-CAAAATTGT--AA-----TATACTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CANAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA--CGAT-TT-----------A-GGCTAGC-------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTNGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAG---ATA--C------CCTAA---AAATTACTCAGCG-GTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCGGATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCANAAT--------AA---TACATATCACC-----CC-----CA--C--CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTATTGTC--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
Reference ( family-966 ) : TTTATGAA-CAAAATTGT--AA-----TATACTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CANAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA--CGAT-TT-----------A-GGCTAGC-------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTNGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAG---ATA--C------CCTAA---AAATTACTCAGCG-GTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCGGATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCANAAT--------AA---TACATATCACC-----CC-----CA--C--CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTATTGTC--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|1 : TTTATGAAACAAA--TGTCAAA-----TATTCTACACATCA--A--TTTT-------T-----CTTC-CTTACTTCCTTCTGTT-G-CA-T-GATATGAA------TAGT-T-TATAAC-ATGTCTACTACA--A--ATCA-ACTGAGGCTG--AGTCATCGA-AAAT-TTACAGCCCCTCCCACCCCAAATC---T-T-GGA----AATT-GCGT-C----A-------AT-TT-TTG-TGGA--T----GA-A--CATTATGCA---ATAA-A-TGGTTATTATAATGAC-AGCTAACGATGATT-ATCAATTCA-AACAA-A-TACAAAAGTAGATCAACTAAGCCCTCAATG-TTTGTATTCTA----ATG-TCTG--TACT--CA-AA-GAA-TAACACA-----TC-TA---A-------AGGT-CCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAACCCATTTTTGT-CTTACT-GATAAAAT---C-TAAAGG--AT-GTTT-------TATC-AGACGAGTTGGCTAATAATTTCAAAGTTAA-AGGTGTTATTAT-----------------ATGCAT-G-ATAACATTTAGGTACACAGCGAGTCTCTAC-TATAA-GTCTATATACCGGGCTTCTAGA-TAT----ACTACTGAAA------CCA---GTCGGGCGGTA---GAT-TTTA---------A-GGCTA-T-------C-------A---T--TTAC--ATTT--TTTTAAA-CCTTGATTTA-------------------GCTTA---TG---G-GAAAT-ATAAAATT-AAACGTTTGTT-GATTATGAAGAATCCTGTCATTATTATTAAGGCAATA--TAACGTACCTAA---AAATTACTCAGCGTG---TTTTTCGTGATTTGCTCAAGGTTTGTAT-CCTCAAAGCAGCGAGAGGTTCAACCCTTATCTTGAATTTGAGCCCTTATTCATGT---GATATCAAGTCCACAGTG-AC-TCA---A-----GAGGATGGCTAAT------ATTTTG--TCTTTTTCAGACGTAATCAGACTTGATATGTT-AAA-GC--CT-ATCGCAGACAACCAA------------------------TC------ATTAAT---ATCAC---TTT-TGAATT---TAGCA---TTTTTA-A-AATACA-TGGATCATCAT---------A---TACATAT-ACCTCTGATC-----TA--C--CCTAACCCCCAATA--TTCGTAATA----CTTTGAATTAT-GCACGACCTGA-AC----AATGAGCGATATTGAT-CAG----TTA-ATGTACGTGTTTAGCTTCTAAAGAACAAAGTGTGTATGGTCGAGTTGTGGCATCTGGGTAATCGGTAAATTGT--TAATTC-GTGAGACATGCA--AATCTAGTGGATA-AT-TCAT-T-ACACAAATGTCAT--GGTAAATTCAA
gi|10 : ATGAA-CAAAACTGC--A------TATACTATGCATCA--ACATTTT-------T-----CTCA-TTTAATCT--TTTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--TTCA-A-TAAGGTCGTGAGACAGC-A-AAATGTTAT--CCCCC---TCCCCAAATT---T-G-AGA----AAAT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-CAT-CA---TTAATA-TCGTTATCAT-ATGAA-AACTAAAG-TAATTAATC-ATTCAAAAC-A-A-TACAAAGGTACTTCAGATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-AAA-AAGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCATTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-TT--------TGG-CAGAGCTG--AT-GTTT-------TGTCATAACTAATTGCC--ATAATTTCGAAGTTAA-AGTGGTTATCATA-----------------TACAA-A-ATAACATATAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATACTCACAT---AG--TTATGTA-CAA----A----CGAAA------ACA---GT--GGTGGTT--CGAT-TT-----------A-GGCTAGC-------C-------AATC--------GATTTGACTTTGTA-TATTTGTGTATTCTCATCAAT----------------TG---G-G--AT-A-AAGAattttctctaaagcacttttgtacac
gi|11 : tgTTTATGAA-CAGAATTGT--AA------ATACTACACATTA-----TTTT-------TTTTCTCTCA-TTTACTTC--TCTGTC-G-CA-T-TCTAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCAG--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCC----TCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-------------------------TTG-TGGATTT----GA-AT-CT-TAT-CA---TTAATG-TGGTTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TTCAAAAATAGACCAAATAAG-CCTAAGTATTTT-T-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TGGCACA-----CC-TAC-CAAGTCACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACGT-CTGTATAAAATGG-CAGAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAATTGCC--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTATA----------------A-ACAC-A-ATAACATTTAGG-ACAC-GTGAG--TTTACATACAATACTCAAAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGA---------------T--GGTGGTA--CGAT-TT-----------A-GGCTAGCCAATTTAC-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTAGTGTATTTTCATCAA
gi|12 : TTTATGAA-CAAAATTGT--AA------ATATTACACATCA--AAGTT---------C-----CTCA-TTTACTCC--TTTGTT-G-CA-TTGATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATG--------------ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCC-----TCCCCAAATT---T-G-AGA----AATTTGCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AA-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTA-TAT-ATGAATAACTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAGC-A-A-TACAAAAGTAGATCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAG-GAA-TAGCACA-----CCTTACACGACTCATTAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CAC-AAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACTAACTGCC--ATACTTTCAATGTTAA-ATTGGCTATTAT-----------------ATGCAC-G-ATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TCTACATATAATGCTCACAT---GG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGTA--CGAT-TT-----------A-GGCTAGT-------C-------AATTT--
gi|13 : TCATGAT-CAAAATTGT--A------TATAATATACATCA--TAATTTG-------C-----TTCA-TTTACTCC--CCTTTC-G-CT-T-GATTT--A------TAGT-A-TA---C-ATGTCTA--GCGT-A--ATCT-A-TGAGACTGTGAGACAGC-A-AAATATTAA--CCCCCCCCCCCC---ATTCCCT------------TT-GCG-------A-------------TTG-TGAATTT----GA-AT-AC-GAT-CA---TTGATA-AGGCCATTAT-ATCAC-AGC-AAAG-TGGTTCATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGAACAAATAAG-TCTAAATATTTTGT-TTTTG----ATA-A-TG-TTCCA--CAGA---------------------TAC-TAAGTCACCAGGTGCCTCCACTacaattttcac
gi|13 : C-ACTCCACAGTG-ACATAA---AATCATGGAGATGTT--ATTTGGGTATTTTGTTTC-ATTTCAAAAGTATT----TTTAACATGCTAAAA-GC--CGTATCGCAGAAAACTATTAATGAGTTTAAGACAAATAACAAAT----AAATT--T---ATAAC---TAT-TGA--T---TTGTATATTTTTTA-ATAGCA-A-TGGATCAGAAT--------AA---TA-A------C-----CC-----CAGTC--CT--TCCCC--TTA--TT-ccacagtgacataaaatcatggagatgttatttgggtattttgtttcatttcaaaagtatttttaacatgctaaaagccgtatcgcagaaaactattaatgagtttaagacaaataacaaataaatttataactattgatttgtatattttttaatagcaatggatcagaataataaccccagtccttccccttatt
gi|15 : tcatgatcaaaattgtatataatatacatcataatttgcttcatttactcccctttcgcttgatttatagtatacatgtctagcgtaatctatgagactgtgagacagcaaaatattaaccccccccccccattccctttgcgattgtgaatttgaatacgatcattgataaggccattatatcacagcaaagtggttcatcattcacaacaatacaaaagtagaacaaataagtctaaatattttgtttttgataatgttccacagatactaagtcaccaggtgcctcCACAGC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CTTAAATATTTAGT-TTTTA----ATG-T-TG-TTAAT--CAGAA-GAT-TAGCACACCTGGCC-TAC-CAAGTCACTAGGTCCCTTCACT
gi|15 : TC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCATAAT--------AA---TATATATCACC-----CC-----CA--C--CT--ACCCC--AAA--GT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAGC---A-ACCATGGATGGGC-----TGATGCAGAACTTTACATGTAC-CGTTAAGCT-----TAAACAAA--Gccacagtgacatcaaggagatggtatatttttcctttcaaagtaatcttgatatgctaaaagcctcatcgcagaaaaccatacaaatttataactgttgatgagcatttttaatagcaatgaatcataataatatatatcacccccacctaccccaaagtgtaatactttgaatttgccagcaaccatggatgggctgatgcagaactttacatgtaccgttaagcttaaacaaag
gi|17 : cacagcaatacaaaagtagaccaaataagcttaaatatttagtttttaatgttgttaatcagaagattagcacacctggcctaccaagtcactaggtccctCTA-ACATCACAGAATTTTTGGTAATC-----ATCAGTTTACTC---TCTGTTTG-CA-TTGATAT--AAA----TAAT-T-TA------TGTCTAGGGCATAA--ATCATA-GGAG---ATGAAACA
gi|17 : CCCAAATT---TTG-AGA----A-TT--CGT-C----A-------AA-TT-TTGATGGATTTTGGTAA-AT-CA--AT-TA---TCAAT--------TTAT-ATG----GTT-----T-ATTTATC-ATT-------A-A-TATACGAG----CCAAACTAG-C-TAAATATTT-GT-TTTTA-----TG-C-TGCTTACCTGCATAA-GAAATAGC-CA-----CC-TAG--AAG-CACT--GTCCTTCAACTTA-GAGAAagacgtgtgaacgcgagttatcagcaactcattctgtaaaccaaaaagtcagcccaaattttgagaattcgtcaaattttgatggattttggtaaatcaattatcaatttatatggtttatttatcattaatatacgagccaaactagctaaatatttgtttttatgctgcttacctgcataagaaatagccacctagaagcactgtccttcaacttagagaa
gi|19 : ctaacatcacagaatttttggtaatcatcagtttactctctgtttgcattgatataaataatttatgtctagggcataaatcataggagatgaaacaagacgtgtgaacgcgagttatcagcaactcattctgtaaaccaaaaagtcagTGAA-CAAAATTGT--A------TATACTACACATCA--AAACTTT-------G-----CTCA-TTTACTCT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-C-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTA------CCCCCTCCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGA---------------------A---TTAATA-TGATTATTAT-ATGAA-AGCTAAAG-TGATTAATC-ATTCACAAC-A-A-TACAAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTCGT-TTTTA----
gi|2 : gGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACATTTATT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAG---ATA--C------CCTAA---ATATTACTCAGCA-GTGCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGCCTCAAAGCAGCAAGAGG-TCAACATTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTCG-ATGTC-ACTCCACAATG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-ATAAT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATTGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---TGT-TGA--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCAAAAG--------AA---TACATATCTCC-----CC-----CT--C--CC--ACTCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC--------TGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAACCAAA--TTGTAATGTC--ATTGT-GCATGTGGGAAATCAGT-AATTGC--TCATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|20 : TTTGT-ATTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAACACA-----TC-TAC-CAAG-------GTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAA---A-TTTTGTACAT-CTGGATAAAATGA-CATAAAGG--AT-GTTT-------TATCAAGACCAATTGCT--ATAATTTCAAAGTTAA-AGTGGTTATTAT-----------------ATGCAT-G-ATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TTTACATATAATGCTCATATATCGG--TTCTGTA-TAT----A----TGATA------ACA---GT--GGTGGattcttaacacttgtcacactgtcaccaatgtggcgtatgaaataaccacacatcactataaaacagtgtatgcagctgtttaannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnannnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnaatgttataacagtatgcagtgatcgttaacttcattgtacatttgccctgcactttacactttacatttaacacattgtttactttgtcaatgtatatccatattcatacaatgccataacgtgtctgttgtgcacggaaattagtaaaatatagacaatgatgaaaataattgtgtgacttgatgcaaagtcaaatatcagtcagacaccaaatttataacgacattatctctttacgtgatactcaaatgacgatgtagtggaaggcttactctaattggactataagtacagaatagcagagatacagtaaaacaataaaggttaatttctaaatgtaaatcagaggaatcaatttccaactcaattccatcatcgtcagagtcaaagattctcagtaaacattatcattatcactat
gi|21 : TTCATGAA-AGAAATTG---GA-----TGCACTACACATCC--AATTTTT-------T-----CTCA-TTTACTCG--TCTGTC-G-CA-T-GATAT--A------AAGT-A-TA---C-ATGTCTA--GCGT-A--ATCT-A-TGAGGCTGTGAAACAGC-A-AAATGTTA------TCCTATCCCCAAATT---T-G-AGA----AAAT-GTGT-T----A-------A--TT-TTG-CGGATTT----GA-AT-AA-TAT-CA---GTGATA-TGGTCATTAT-ATCAA-AGCTAAAG-TGGTTAAT---TTGACTAT-A-AGTACAAAA
gi|22 : A----AATT-GCGTTC----A-------A--TT-TTG-TGA--TT----GA-AT-AA-TAT-AA---TTAA-A-TGGTTATTAT-ATGA---GTTCAAG-TG------------------------------TAGAACAAATAAG-CCTAAATATTTTAT-ATTTAGACAAAG-T-TG-TCGCT--CAGAA-GAA-TAACACA-----CC-TAA-CAAGTCACTAGGTTCCTTCACTaaa
gi|22 : TC-ACTCCACAGTT-ACATCA---A-----GGATATGAT--AT------ACTTT---TC-CTTTCAAA-GTAAT-------------CTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAccacagttacatcaaggatatgatatacttttcctttcaaagtaatctaaaagcctcatcgcagaaaaccatacaa
gi|23 : aaattgcgttcaattttgtgattgaataatataattaaatggttattatatgagttcaagtgtagaacaaataagcctaaatattttatatttagacaaagttgtcgctcagaagaataacacacctaacaagtcactaggttcctTTTATGTA-CGAAATTGT--A------TATACTACACATCA---------------------------TTTACTAC--CCTGTT-T-CA-T-GATAT--A------TAGT-A-TA---C-ATTTTTA--GCAT-ATAATCA-A-TGAGGCCGTGAGAGAGC-A-AAATGTTA-----TCCCTCTCCCCAAATT---T-G-CAA----AATT-GCGT-C----A-------ATTTT-TTG-TGAATTT----GA-AT-AA-AAT-CA---TTTATA-TTGTTATTAT-ATGAA-A
gi|24 : -TT-----------A-GGCTAGC-------CTATTTACAATTT--TTAAAAATTTGACTTTTCAATCTTGGTGTATTCTCATCAAT----ATATGTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAG---GTA--C------CCTAA---AAATTACTCAGCA-GTCCTATTTCGTAGATCGCT---GG-----ACGCACCAAAGC
gi|25 : ATGAA-AGGAATTGT--A------TATATTACACATCA--CTATTA--------C-----CTCA-TTGTCTTT--CCTGTC-G-CA-T-GATAT--A------CAGT-A-TA---T-ACGTCTA--GCAT-A--ATCG-A-TGAAGCTGTGAGATAGC-A-AAATGTTA-----TCCCCCTCCCCAAATA---C-G-AGA----AACC-ACAT-A----A-------A--T
gi|27 : ACAACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TGAT-T-TA---T-ATGTCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAA-GTTA-----TCACCCTTCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-CAATTA-------A--TT-TTG-TGGATTT----aaagtgagtgaaagatattttttctattatata
gi|28 : gaG--TTCTGTA-TAT----A----TGATACATGTAACA---GT--GATGGTA--GGAT-TT-----------A-GGCTAGC-------C-------AATTT--------ATTTGTCCTTGAA-TCTTCGTGTATTCTTATCAAC----------------TG---G-G--AT-A-AAGATT-GAACGTTTGCT-GA-TATGA
gi|3 : TTTATGAA-CAAAATTGT--AAATACATGTATTACACATCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCA--TTTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TC---T-ATGTCTC--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGTTAC--CCCCCCCCTCCCTAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-CA-GAT-CA---TTAATA-AGGTTATTAT-ATGAA-TAATAAAG-TGATTAATC-ATTCCCAAC-A-A-TACAAAAGAAGACCAAATAAG-CCTAAATAGTTTGT-TGTTA----ATG-T-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CT-TAC-CAAGTCACCAGGTCCTTTCACTTA-GAGAAAGTGCGTAG---A-TGTTGTACAT-CTGGATAAAATGG-CATGAATG--AT-GTTT-------CATCAAGACTAATTGCC--ATAA------AGTTAA-AGTGGTTAATATATACTAGTACGCTGATGATGCAT-G-ATAACATTTAGT-ACAC-GTGAG--TTTACATACAATGCTCACAT---GG--GTCTGTA-TAT----A----TGATA------CCA---GT--GGTGGTAGTCAAT-TA-----------A---------------C-------AATTT--TTACTGATTTGACTTTGCA-TCTTTGTGTATTCTTATCAAT----ATATTTTCACATTG---G-G--AT-A-AAGATT-GAAAGTTTGTT-GA-TATGAAGAATCCTGTCA-TA--ATTAAG---ATA--C------CCTAA---AAATTACGCAGCC-GTCCTCTTTCGTAGATCGCT---GG-----ATGTCTCAAAGCAGCGAGAGG-TCAACCTTT-TCTTGAGTTGGAGCCCTT-TTCATGTTTGAATGTC-ACTCCACAGTG-ACATCA---A-----GGATATTAT--AT------ATTTT---TC-CTTTCAAA-GTAGT----CTTGATATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--T---ATAAC---CGT-TCG--T---GAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCACAAT--------AA---TACATATCA-C-----CA-----CA--C--CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTATGCT-----AAAACAAA--GTGCATTGTC--ATTGT-GCATGTGGG-----------------TAATGC-TTGTGACATAAA--ACTACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAA
gi|30 : AT--A------TGAT-A-TA---T-ATGTCTG--GTTT-A--ATCA-A-AGATACTGTGAGACAGC-A-AAATGTTA------CCCGGTCCCCAAATG---T-G-AGA----AATT-
gi|31 : TACTCT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-TTGTCTA--GTAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTTAGACATC-A-AAATGTTAT--CCCCCCCC-CCCCAAATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-aatgtaattaatacattgaatattac
gi|33 : TATGAA-CAAAATTGT--AA-----TA-ATTACATATCA--AAGTTTT-------T-----CTCA-CTTACTCC--GCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TCGT-T-TA---C-ATGTCTT--GTAT-A--ATCA-A-TGAGGC
gi|35 : aTTTATGAA-CAAAAGTGT--AA------ATATTACACATCA--AAATTTT-------T-----CTCA-TT---TCT--TCTGTT-G-CA-T-GGTAT--ATACATGTAGT-T-TA---T-ATGTCTA--GCAT-A--ATC
gi|36 : TGAA-CAAAATTGT--AA------ATAATACACATCA--ACATTGT-------T-----CTAA-TTTACTCT--TCTGTT-G-CA-T-TATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATGTCTT--GCAT-A--ATCA-
gi|37 : AGGTTGTAAGACAGC-A-AAATGTTAT--CTCCCTCATT---AAATT---T-G-AGA----AGTT-CCGT-T----A-------A--TT-TTG-TGGATTT----GA-AT-AA-TAT-CA---TTAAT
gi|38 : TAA-AACGGTTACCATA-----------------TGAAC-A-ATAACATTCATG-GCAT-GTGAGA-TTT
gi|39 : gccaatggctattatatgattggTTACTCC--TCCGTT-G-CA-T-GATAT--A------AAGTATGTA---C-ATGTTAA--GCAT-A--ATCT-G-TGAGGGTGTAAG--AGC-A-AAATGTTAggtttagta
gi|4 : aATCA---A-----GAAGATGGT--AT--------TTT---TT-CTTTCAAA-GTAAT----CTTGATATGTTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------AC----AAATT--A---ATAAC---TTT-TGA--T---TAGCA---TTTTTA-ATAGCA-A-TGAATCACAAT--------AA---TACATATCACC-----CC-----CA--A--CC--ACCCC--ATA--TT-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACATGTAC-CGTTAAGCT-----AAAACAAA--GTGTAATGTA--ATTGT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTGC--TAATGC-TTGTGACATAAA--AATACAGTGGATA-AT-TCCT-TAAAACCAATG-CAT--GGTAAAATCAAtg
gi|41 : G-TCAGCCTTT-TCTTGAGTTTGAGCCCTT-TTCATGTTNNNNNNNN-NNNNNNNNNNN-NCGTCattctaaacacttgtcacactgtcaccaatgcggcgtatgaaataaccacacatcactataatacagtatatgtaactgtttatctatctatctatctatctatccatccatccataatgttataacagtatgcagtgatcgttattaccgttaacttcatcgtacatttgccctgcattttacactnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnnccatattcatacaatgccataacgtatatgtgcacggaaattagtaaaacaaagacaatgatgaatatggatgatgcacagtcaaatatcagccagacaccaaatttataacggcattatctctttacgtgatactcaaatgaccatgtagtgaaaagcttaatcttattggactataagtacaaaatagcagttatacagtgaacaataaaagttagtttctaaatgtaaatcagaggaactaatttccaagttaattccatcatcgtcaaagtcaaagattctcagtaaagattatcattatcactagtctatcagattcaacaacaaccattattacattcaacaacagccactagaatgttctg
gi|42 : AGTA----CTCTGAATT-T-AC-TAAC---A-AC----AATGATC-----TGGTTCAA----TTA-AT------GTTATGCT-----AAAACA
gi|43 : TGAA-CAAAATTGT--A------TATATTACACACCA--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-G-Cg
gi|44 : TTGACGAA-CAAAATTGT--AA------ATATTACACATTA--AATTTTT-------T-----CTCA-TT
gi|45 : TTCAAA-GTAAT----CTTGATATGCAAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAAC
gi|46 : ATAT--A------TAGT-T-CA---T-ATATCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGA
gi|47 : CACCAGGTCCCTTCACTTA-GAGAAAGTGCTTAA---A-TTTT
gi|5 : CAGTGCACATCAGAGA-----GGAGATGGT-------------------------------TAAT----ATTGA----CTGAAATGCGGCCCATCGCAGAAA-CCAT------------------------ATGCAGAAGTT--TGATATATCGCATATGTGA--TTGAGGGAG---TTTCTATGTATCA-AAT--ATCACAATCAGATGGGAAGATTGCA-GTCCCC-----CCGCAGACA--CAGCC--ACCA---ATAAGGT-GCATTAACCGCTTTGAATT-TTGC-CAAC---ACAC----AATGAGC-----TGA
gi|5 : -GCGTGAGGGTA-TCAGT-AATTGCTATAATGCGTTGTGACGTAAAAGAGTATAGTGGATATATACCCTCTAGAACCAA---CATGAGGTGAAAatgaaatctatgagcagtaagccgcgagtacgcccgcatacaataagaaatcgcaaagacacgagttgtgctcctatcagaggtagagcgtgagggtatcagtaattgctataatgcgttgtgacgtaaaagagtatagtggatatataccctctagaaccaacatgaggtgaaagtctaaattcgcttaacactggtgtctctggtcgcaatctggttcccgaacgcactgcgcgtattggaatatactcacatacacatcagaacactaataataacaacgtgtcataactggagactgtttattcatatatctactcttcaattccatccatccatgatgatcataacattcgatgcgacggattatgacacacaataacattttgcgcctgcatttacaacacgaagttcctatgattcatagtaactatcgccggcgctatatgacgatataatgtgcaccggtacgaccatcggtacacggcattgacgaatagacgtaattatgaagatatgatttggtgtgactctatgatgcacaggtcaggagaatcaatcaacggctctgacagacaccaaa
gi|6 : cagtgcacatcagagaggagatggttaatattgactgaaatgcggcccatcgcagaaaccatatgcagaagtttgatatatcgcatatgtgattgagggagtttctatgtatcaaatatcacaatcagatgggaagattgcagtccccccgcagacacagccaccaataaggtgcattaaccgctttgaattttgccaacacacaatgagctgaatgaaatctatgagcagtaagccgcgagtacgcccgcatacaataagaaatcgcaaagacacgagttgtgctcctatcagaggtagaTGAA-CAAAATTGT--A------TATACTAAACATCA--AAATTTT-------T-----CTCA-TTTACTTT--TCTGTT-G-CA-T-GATAT--A------TAGT-T-TA---C-ATACCGA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-A-AAATGCCCC--CCCCCCCCTCCCCAGATT---T-G-AGA----AATT-GCGT-C----A-------A--TT-TTA-AGGATTT----TA-AT-CA-TAT-CA---TTAATA-TGGTTGTTAT-ATGAA-CGCTAATG-TGATTAATC-A---A-AAC-A-A-TACCAAAGTAGACCAAATAAG-CCTAAATATTTTGT-CTTTA----ATG-C-TG-TTACT--CAGAA-GAA-TAGCACA-----CT-TAT-CAAGTCACCAGACACCTCCACTCA-gtctaaattcgcttaacactggtgtctctggtcgcaatctggttcccgaacgcactgcgcgtattggaatatactcacatacacatcagaacactaataataacaacgtgtcataactggagactgtttattcatatatctactcttcaattccatccatccatgatgatcataacattcgatgcgacggattatgacacacaataacattttgcgcctgcatttacaacacgaagttcctatgattcatagtaactatcgccggcgctatatgacgatataatgtgcaccggtacgaccatcggtacacggcattgacgaatagacgtaattatgaagatatgatttggtgtgactctatgatgcacaggtcaggagaatcaatcaacggctctgacagacaccaaa
gi|6 : ttC-ACTCAACAGTG-ACATCA---A-----GGAGATGGT--GT------ATTTT---TC-CGTTCAAA-GTAGT----CTTGACATGCTAAAA-GC--CTCATCGCAGAAAACCAT------------------------GC----AAATT--T---ATTAC---TGT-TGA--C---GAGCA---TTTTAA-ATAGCA-A-TGAATCAGAAT--------GA---TACATATTACC-----CC-----CA--C--CA--ACCCC--AAA--TA-GTAATA----CTTTGAATT-T-GC-CAAC---A-AC----AATGAGC-----TGATGCAG----TTACCTGTAC-CTTTAAGCT-----AA---AAA--GCTCATTCTC--ATTAT-GCATGTGGGTAATCAGT-AATTACTATAATGC-TTGTGGCATAAT--AATATAATCGACA-AT-TCCT-TATAGCCA----C-T--GGTAAATTTAAacagtgacatcaaggagatggtgtatttttccgttcaaagtagtcttgacatgctaaaagcctcatcgcagaaaaccatgcaaatttattactgttgacgagcattttaaatagcaatgaatcagaatgatacatattacccccaccaaccccaaatagtaatactttgaatttgccaacaacaatgagctgatgcagttacctgtacctttaagctaaaaagctcattctcattatgcatgtgggtaatcagtaattactataatgcttgtggcataataatataatcgacaattccttatagccactggtaaatttaaatt
gi|7 : tttgaacaaaattgtatatactaaacatcaaaatttttctcatttacttttctgttgcatgatatatagtttacataccgagcataatcaatgaggctgtgagacagcaaaatgcccccccccccctccccagatttgagaaattgcgtcaattttaaggattttaatcatatcattaatatggttgttatatgaacgctaatgtgattaatcaaaacaataccaaagtagaccaaataagcctaaatattttgtctttaatgctgttactcagaagaatagcacacttatcaagtcaccagacacctcATGAA-AGGAATTGC--A------TATATCACACATCA--CTATTT--------C-----TTCA-TCTACTTC--TCCGTT-G-CG-T-GATAT--A------AAGT-A-TA---A-ACGTCTA--GCTT-A--ATTG-A-TGAGGCTGTGAGAAAGC---AAATGTT-----TTCCCACTCTCCAAATT---TCGTAGATTTGGATT-AAGT-G----AGAGAAAGA--TTATT-----ATTT----GCTAC-TA-TAT-CAAAGTCA--A-TGGCTATTAT-ATCAA-TGGTAAAA-TAGTTAA-C-ATatt
gi|7 : aAA---A-TTTCGTAGAT-TTGGATTAAGTGA-GAGAAAGATTATTATTTGCTACTATATCAAAGTCAATGGCT--ATTATATCAATGGTAA-AATAGTTAACATA----------------AT-TAT-GTATAACATTTTGG-ACAT-GTGAG--ATT----------------T---GG--TTTTGTACTATCAACA----TATTA------ACA---GT--TGTGATA--CAATATTAGCCACGGTTAA-GGCTGGC-------C-------AA--T--TTACTGATATGACTTTGCA-CATTTGTGTATTTTAATCAANTTCAACATGTTAACAGTG---ATG--AT-ACAATATT-aattatgtataacattttggacatgtgagatttggttttgtactatcaacatattaacagttgtgatacaatattagccacggttaaggctggccaatttactgatatgactttgcacatttgtgtattttaatcaanttcaacatgttaacagtgatgatacaatattagccacggttaaggctggctaattttctgacatgactttgcacatttgtgtattttaatcaatatatgttctcaataagacacagattcgaacatttattgatatgaagaagcctgtcatgatcaaggcaagaccaaagagaaatgactcagtggttctctttcatagatcgctagatgcctcaaaacaacgaaaagtcaacattatctagagttcgagcccttttcatggcatg
gi|7 : aatgaaaggaattgcatatatcacacatcactatttcttcatctacttctccgttgcgtgatataaagtataaacgtctagcttaattgatgaggctgtgagaaagcaaatgttttcccactctccAC----A----TGTTA------ACA---GT--GATGATA--CAATATTAGCCACGGTTAA-GGCTGGC-------T-------AATTT--T--CTGACATGACTTTGCA-CATTTGTGTATTTTAATCAAT----ATATGTTCTCAATA---A-G--AC-A-CAGATTCGAACATTTATT-GA-TATGAAGAAGCCTGTCA-TG--ATCAAG---GCAAGA------CCAAAGAGAAATGACTCAGTG-GTTCTCTTTCATAGATCGCT---AG-----ATGCCTCAAAACAACGAAAAG-TCAACATTA-TCTAGAGTTCGAGCCCTT-TTCATGagccacggttaaggctggctaattttctgacatgactttgcacatttgtgtattttaatcaatatatgttctcaataagacacagattcgaacatttattgatatgaagaagcctgtcatgatcaaggcaagaccaaagagaaatgactcagtggttctctttcatagatcgctagatgcctcaaaacaacgaaaagtcaacattatctagagttcgagcccttttcatggcatg
gi|8 : aatgaaaggaattgcatatatcacacatcactatttcttcatctacttctccgttgcgtgatataaagtataaacgtctagcttaattgatgaggctgtgagaaagcaaatgttttcccactctccaaatttcgtagatttggattaagtgagagaaagattattatttgctactatatcaaagtcaatggctattatatcaatggtaaaatagttaacataattatgtataacattttggacatgtgagatttggttttgtactatcaacatattaacagttgtgatacaatattagccacggttaaggctggccaatttactgatatgactttgcacatttgtgtattttaatcaanttcaTACACAT-A--AAATTTT-------C-----CTCA-TTTACTCC--TCTGTT-GGCAAC-GATAT---------TGTT-C-CA---TTATATCTA--GCAT-A--ATCA-A-TGAGGCTGTGAGACAGC-ATAAATGTTAC--CCCCTCC------AAATT---TTG-AGA----AATTTGCGT-C----A----------TT-TTG-TGGATTTTG--GA-ATTCA-TAT-CA---TTAATAATGGTTATAA--ATGAA--TCTAAAG-TGATCAATC-ATTCACAAC-AGA-TA-AAAAGTAGACCAA-TA-G-CCTAA-TATTTTGT-TTTTA-----TGAT-TG-TTACT--CTGAATGAA-TAGC-TA-----AC-TAC---AGT-AC-AGGTCC-TTCACTTATGAGAAAGTATGTAA---A-TTTTGTACAA-CTGGATAAAATGGACATAA-GG--AT-GTTT--------AT-AAGACTAATTGCC--ATAACTCAAAGGTTAACAGTGGTT-TTATA-----------------TGCACAG-ATAACATTTCGG-ACAC-GTGAG--TTTAC-TATAATGCTCA-AT---GG--TTCTGTAATAT----A----TGAAT------ACATGTAT--GGTGGTA--CGAT-TT-----------ATGGATAGTCATTTAAC-------AGTTTAGTTACTGATT---CTT-------CTAGTGTATTATCATCAAT----AT-TGTTAACATTGGGTG-G--ATAA-AAGGTT--AACG-TTGTTGGA-TATGAAGAATCCCGTC--T---ATTAAG----TG---------CCTAA---CTATTA-TCAG-A-GTCGTCTTTCgcatg
9 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|9 ): GATATACCTTAAAACCACAGGTAATCTAAATCATTAACACTACCATACAGTTCCCATACAGCATTGAAATAACTACACTTCAATACATGTAACTGTTTTACGATATAAAATATATATTCCATATTGAATATGCAGAGATGGTTTAACCATATACATGTACACATCATCTTGTATGTATTTTAAATCTATATTCATGCAGTGCTATAAGTTATATGTGCAGGAAAGTAGTAGAGTATATTAATATAATTTATGTGACTTGGATAATACAAAGTCAAATATCAGTCGACATCAACTCTATAACAACATTATATTTCCCAACTTAGTATTCAAATTACTCATGTAGCTGAACAGCTTAATCTCATTGGAAATATATCATGTCAATGACACATGTAAATATAAAAGTATTTTCTCTTTGAATGTCAAGTCAGTAGAACTACACATTTTAAATTAACTTCCTCATTGTCAGTAGTCAGAAGATTGTCAAGTAAGATCAATCATCATATGCATCGGTCAAAGATTGTCAGTAAAGATCATCATCAATATAGTTATATCATAGACAATAGATTG
Unaligned ( gi|14 ): CTTAACACTTGTGACCAATAAATGTGGCGTATGAAATAACCACACATCACTATAATACAGTGTATGTAACAGTTCAACGATCTATCCATCCACCCATCCATAATGTTATAACAGCATGCAGTGATCGTTAACTTCATCGTACATTTGCCATGCACTTTACACTNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNNCCATATTCATACAATGCCATAACGTATATGAGCACGGAAATTAGTAAAACGAAGACAATGATGAAAATAATTTGTGTGACTTGATGCAAACTCATATATCAGTCAGACACCAAATTTATAACAATATTATCTCTTTACGTGATACTCAAATGACCATGTAGTGGAAAGCTTAATCTAATTGGACTATAAGTACAAAATAGAAAATAGCAGAGATACAGTGAA
Unaligned ( gi|16 ): TCTATCTATCCATCCATCCATCCATAATGTTATAACTATAACATTATGCAGTGATAGTTAACCACATACATTTGCCCTGCACTTTACATCCATATTCATACAATGCCATAACGTACATGTGCACGGAAATTAGTAAAATGAAGACAATGATGAAAATAATTGGTGTGATTTAATGCAAATTCAAATATCAGTCAGACACCAAATTTATAACATCATTATCTCTTTACGTGATACTCAAAGGACCATGTAGTGAAAGGCTTAATCTAACTGGACAATAAGTACAAAATAGCAGAGATACAATGAAGAATAAAAGTTAATTTCCAA
Unaligned ( gi|18 ): ATATCCATATCCATACAAGTACAATGCCATAACGTATATGTGCATGGTAATTAGTAAACCGAAGACAATGATAAAAATAAATTGTGTGACTTGATGCAAAGCCAGATATCAGTCAGATACCAAATTTATAACAACATTATCTCTTTACATGATAATCATATGATCATGTGGTGAAAGGCTTAATGTTATTGGACTATAAGTACAAAATAGCAGAGATACAGTGGACAATAAAAGTTAATTTCTGAATGTAAATCAAAGAAATTAACTTCCAAGTCAATTCCATCA
Unaligned ( gi|26 ): TCATCGTCAGAGTCATATTCTCAGTAAAGATTATCATTATCCCTATCAGATTCAACAACAGCCACTAGAATGTTCTGACCGTCTACATGGTAGTATGCACAAAACTCAATGCAGTTAAGGTGTTTCAGTAGACAGTGACACTTAAAAAGATATCGGCTGTCACAG
Unaligned ( gi|29 ): TTTAGTCATTCCCATCATTGGCAGATTCTCAGTAAAGATTATTATTATCACTGTCAGAGTCAACAACAGTCACTAGAATGTTCGGACCGTCTACGTGTGATGCACGAAACGCGTG
Unaligned ( gi|32 ): GATGCAAATTCAAATATCAGTCAGGCACCAATTTTTTTATAATAACATCATTATCCCTTTACGTGATACTCTAATGACCATGTAGTGAAAAGCTTAATCTAA
Unaligned ( gi|34 ): TCTGACCGTCTACATGGTATACACAAAACTCAATGCAGTTCCATGTAAGATGGTTCAACAGACTGTGACCCTTAAAAAATTATAAGCTGTCACAG
Unaligned ( gi|40 ): TGGTATGCACAAAACTCGATGCAGTTAAGGTGGCTCAACAGACAGTGGCATTTTAAAATTATCAGCTGCCACAG