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Reference ( gi|4 )            :                                                                                                                       AAATCTTACAAGTGA-CAT-TAGCCCTT--ATTT-A--TACTGTTCT---GA---TAC-A--GGT-A----T-A----T-TG---AAT-TTGA--TA-AT-----G-T--T-A-C--A-T----G-A-T-GT-----A-T-GTAAT-GT--G--CA---A--A-TGT--TTA---T--G-A-CTG---T-TC-----CACTT-TCT--TA-CAAA-TGACAT-TGGCC--T-TA-ATTTA----TATGGTGT-CT---TAAA-----ATA----T-A-------------------TA--------G-----A--------T----A-----------------TA-----C---A-T--G-G------------T--G----T---AT---G--T------AAT--G-T---GCA---A--A-TG-----TT----T-----G--------T-G--G----C----TGTT--C----A-A-TT---C--T-T-A-CA-AGT-----GA-C---A-T--T-G---CCT-----TA------A--TTA------TATGGTT-C-T-GAAA------TAT---A--A-A--GA-T----A-----T----------------------A------C----A-TG-AT---GT-ATG----T-------TAAT----GT---GC-A--A----A-ATG-TT-T-GT----GTC----GTT-TCCT-T-TC----CA--ATC--ATG------C--AA-------C-TC---T---TCT-CTC--TTG----TG--AA-T----G----T---A-T-----AT-AT-T-------------GT-GCATTGTTT---TA-ATCGAT-A---TGT---ACA-AC-C--TTCTTG-TTG-CC--C-T-AT-----G-GG-GGC-CCTT-AA-TT-----GA-CAATAA
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gi|2                          :                                                                                                                             TACAAGTGAACAT-T-GCCCTTCAATTT-A--TAATGTTCT---GAAATTAC-A--GGT-A----T-T----T-TG---AAT-TTGA--TA-AT-----G-T--T-A-C--A-T----G-A-T-GT-----AAT-GTAAT-GT--G--CA---A--A--GT--TTA---T--G-A-CTG---T-CC-----CAACT-GCT--TA-CAAAATGA-AT-TTGCC--T-TA-AATTAAGAATATTGTTTTCT---GAAA-----ATAA---T-A-------------------TA--------G-----A--------T----AC----------------TAAGGATC---A-T--G-AATATGAATACACT--G----TG--AT---GGCC------AATT-G-T---GCA---A--AATG-----TT----TTAGT-G--------T-G--C----C----TGTT--CGC--A-A-TT---CC-T-T-A-CA-AGT-----GA-C---AAT--T-G---CCT-----TA------AATTTG------TATAGTT-C-T-GAAA------TAT---AATA-A--GA-TAATGA-----T----------------------A------CA---A-TG-AT---GTCATG------------TAAT----GT---GC-A--A----A------------------C----G----CCT-T-TT----CA--ATCGAATG------C--AA-------T-CT---T---TCC-CGT--CTG----TGGAAA-T----GTTATT---A-T-----A--AT-T-------------GT-GCATTG-TT---TA-AT--ATCA---TGT---ACA-GCGC--CTCTTG-TTGCCC--C-T-TT-----G-GG-GGA-ACTT-AA-TT-----GGTCAATAAc
gi|5                          :                                                       taaaacattttactaatttacatgataaacaaaattattctggatttaaactgtgaagatgtagagatttaaaactctcttgtaattccacT--ATTG-A--TATAATT-T---GA---TAA-A--TGT-A----A-A----T-TAGCCAAC---GA--TAGAT-----G-T--G-A-T--A--------A-TAGT-----A-TAGTAG------A--CA---AGTA-TGT--TTA---TTAGCA-CTGGTTTATC-----CACTT-TCT--AA-CAAA-TGA--------------A-A-----------GATAT-CT---TAAA-----ATA------A-------------------C---------G-----A--------T----A-----------------TA-----A---A-T--G-G------------TACG----C---AT---G--TCCATCGAAT--G------CA---A--A-TG-----TTATAGT-----A--------G-G--A----C----TGTT--C----A-A-TT---C----T-A-CA-ACA-----TA-C---A-T--T-G---CCA-----TATATGTTA--TTA------TG-GGTT-CTT-GAAA------TAT---G--T-ATCGATT----AT----T----------------------A------CCCAAA-TG-ATGAAGT-ATG----TATGAGGGTAAGA---GT---GCGA--G----A-ATG-TTCT-GTA---GTCCCTGGTTCTCCC-T-TT----CAACATCA-ATG------C--AAC------C-TC---TATGTCC-CTC--TTGGACTCG--AATT----G----TCCCA-TAGACAAT-AT-TAAGCGAAGGTAGGGT-GCATTGTTT---TA-agcgaattgaa
gi|1                          :                                                                                                                                                   --ATTT-AA-TACTGTTTCAAAGA---TAC-A--AGTGA----T-AACACT-TG---AAT-TTGA--TA-ATC----G-T--TTA-C--A-T----G-A-T-GTT----A-T-GTAATAGT--GGGCA---A--A-TGT--TTA---T--G-A-CTG---T-TC-----CAC-T-TCT--TACCAAA-TGACAT-TGCCA--T-TAGATTTA----TATGGTCT-CT---CAAA-----AT-----T-A-------------------TA--------GTAAGAA--------T----AACG--------------TA-----A---C-T--G-G------------TG-G----T---AT---GC-T------AATTGA-T---GCA---A--A-AGATAGATT----TCCTTAG--------T-G--G----CTAGATGTT--CGACAA-G-TT---C--T-TGA-CATAGT-----GA-CTAAA-CCAT-A---TAT-----TA------T--TTA------TCTTGTG-T-T-GAAC------TAT---AT-A-T--GA-T----A-----T----------------------ATTAC--C----A-TG-ATTTAGTGATGGTACT-------TATT----GT---GG-AACA----G-ATG-TT-TAGTGATGGCC----GTT-TCCTGTGTCAAGGCG--ATT--AGC------C--AA-------C-TCTGGT---TCCGCTCG-TTG----TG--AA-T----G----T---A-T-----AT-AT-T-------------GTGGCATTG--T---TA-AT-GAT-ATATTGT---ACA-ACGC--TTCTTG-GTT-CTA-C-T-ATTGGGCG-GG-GGCTCCCT-AA-ATAGGGGGA-CAATGA
gi|10                         : gtaaaacaattttgacactaatgttacatgacacaacaggacaaaggcaaattaattctactgagatctttaaagtgtggagataagtctagatgagatattataacttctgctgggatgaaagaattctttacacaaagttgaccatttcgcacgattaaTTCT---GAAA-TGC-A--GGT-A----T-A----T-TG---AAT-TTGA--TT-AT-----G-T--T-A-C--A-T----G-A-T-GT-----A-T-GTAAT-GT--G--CA---A--A-TGT--TTA---T--G-T-CTG---T-TC-----AAC---TCT--TA-CAAA-TGACAT-T-GCC--T-TA-ATTTG----TATAGT-T-C----CGAA-----ATA----T-A-------------------TA--------G-----A--------TAATGA-----------------TA-----C---A-A--G-A------------T--G----T---AT---G--T------AAT--G-T---GCA---A--A-TG-----TT----T-----G--------T-G--T----C----TGTT-----------TC---C--T-T-T-CA-Aaccattcagaatggtgaat
gi|7                          :                                                                                                                                                                  aTCT---GAAA-TAC-A--GGT------T-A----T-TG---AAT-TTGA--TA-AT-----G-T--T-A-C--A-T----G-A-T-GT-----A-T-GTAAT-GT--G--CA---A--A-TGT--TTA---T--G-A-CTGT--T-TC-----CACTT-CTT--TA-CAAA-TGACAT-T-GCC--T-TA-ATTTA----TATGGT-T-C----TAAA-----ATA----T-A-------------------TA--------G-----A--------T----A-----------------TA-----C---A-T--G-G------------T--GT---T---AT---G--T------AAT--G-T---GCA---A--A-TG------T----T-----G--------T-G--G----C----TGTT--C----T-A-TT---C--T-T-A-CATAGT-----GA-C---A-T--T-G---CCT-----TA------AT-TTA------TATGGTT-C-T-G-AA------TAT------T-A--GA-T----A-----T----------------------AT-----C----A-TG-AT---GT-ATG------------TAAT----GT---GC-A--A----A-ATGTTT-T-GT----GTC----CGT-TCCT-T-------CA--ATC--ATG------C--AA-------C-TCT--T---TCC-CTC--TTG----TG--AA-T----G----T---ATT-----AT--T-T-------------GT-GCATTGTTA---TATAT--AT-----TGT---ACA-AC-C--TTCTTG-TTG-CC--C-T-AT-----G-GG-G---CCTT-AATTT-----GA-CAATtcatgcaactttttccctcttgtgaatg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                  GA--TA-AT-----A-TGAT-A-C--A-T----G-A-T-GT-----A-T-GTAAT-GT--G--CA---A--A-TGT--TTG---T--G-A-CTG---T-TC-----AA--T-TCT--CA-C-AG-TGACAT-T-GCC--T-TA-ATTTG----TATAGT-T-C----TAAA-----ATA----T-A-------------------TA--------G-----A--------TAATGA-----------------TT-----C---G-T--G-A------------T--G----T---AT---G--T------AAT--G-T---GCA---A--A-TG-----TT----T-----G--------T-G--T----C----TTTT--C----taaacgaattg
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                     tggaatatatataGA--TA-AT-----GAG--T-A-C--A-T----G-A-T-GTC----A-T-GTAAT-AT-----CA---A--A-TG---TTG---T--G-T-CTG---T-TT-----C-CTT-TCctttcaatcatgcaactctttccctcttgtgaatgtgtatattgtgcattgtttatcattgtacaccttcttgttgtcctttggggggctcttaattggtcaataaacgaattga
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                              gcaaattctgaaatatata-T--T-A-C--AAT----G-A-T-GT-----A-T-TTAAT-GT--G--CA---A--ACTGT--TTG---T--G-A-CT----T-TT-----CAC-T-TCT--TA-CAAG-TGGCAT-TGGCCCTT-TA-ATTTG----TATAGC-T-C----TGAA-----ATA----T-A-------------------TAAT------G-----A--------T----------------------TA-----C---A-T--G-A------------T--G----T---AT---G--T------Aagtcatgcaaactctttcctcttgtaaatgtatagacatatgtgcattgtttatatcattggtacacacttttcttgttgccatttgtgggggcgcgcgttcgagtggtcaatgaaagcgagt
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                                                                   tgaactaagaatgtatcgatAT-GTAGG--TA---T--A-TTT--TTA---A--A-A-CTC---T-TG-----TAATT-TCTCTTA-CAAG-TGACAG-TTGCC--TATA-ACTTAA---TATAG-GT-CTCGATAAATCATAATA----T-AGGATAAGCTGATAATCAAATA--------G-----AACATACTGC----A-----------------TA-----C---A-T--G-A------------T--G----TTACGTTTAG--T------ATT--G-T---GCT---AT-A-TA-----TT----T-----GCTCTCTTGT-GA-G----C----TGTTTCC----A-A-TCTCAC--TGT-A-TA-AGTTTTACGATC---A-T--TTG---CCT-----TA------A--TTGATTAATTATAGCT-C-T-GAAATACTATTAT---G--A-T--GA-T----A-----T----------------------AAGAGGGC----A-TG-A----GT-ATG------------TAATTATGGT---GC-A--GCAATA-ATG-TT-T-GT----G
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                  taaaaccattaatattactaaacctttagtacccctgtgataaacaaaaatttttctggattttaattactcgtgcaaagA---A--A-TGT--TTA---T--G-AGCTG---T-TCATATTCACTTATCT-------GG-TTACAT-TG-CC--T-TA-GTT-G----TATAGTTT-CT----GAA-----ATA----T-AA------------------TA--------G-----A--------T----A------------------A-----CGATA-T--G-A------------T--A----T---GT---G---------ACT--G-TTTGGCA---AGCA-TG-----TT----T-----G--------T-GCTGTTTCC----TGTT--C----A-A-Tatcttgt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                       tttgactgtatacagtaaaatactttttctggtatatctaaagtaagaacaaatcatttaattttggtcagattgttcaaaaataGT--TTC---T--G-A-CTG---T-TC-----CACTT--CT--TA-CAAA-TGACAT-TGcacgccaaactctttccctcgtttgtgtaacgacagtattatatgtcgcattgattatatcaattgctcaacgaccttttgttgccctttgggtggcccttaatttggtcaataaacataataat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                T-TCT--TA-CAAG-TGACAT-TG--C--T-TA-ATT-A----TAC--TGT-TC---TGAA-----ATACAGGT-A-------------------TATTGAATTTG-----A--------T----AATTAAATGT--------TAA----C---A-T--G-AA-----------T--G----T---AT---G--T------AAT--G-T---GCA---A--A-TG-----TT----T-----A--------T-A--G----A----TGTC--C------A-TT---C--T-T-A-CA-A-T-----G--C---A-T--T-G---CCT-----TA------A--TTAT-----TATGGTT-C-TAAAAA------TAT---A--T-A--GA------A-----T----------------------A------
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaT-TCT--TA-CAAA-TGACAT-TG-CC--T-TA-TTTTA----TAT------CT---GAAAT----ATA----T-A-------------------TA--------TT----A--------T----G-----------------TA-----CGT-A-T--GTA------------T--G----T---AT---G--T------AAT--G-T---ACA---A--A-TA-----TT----T-----
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              aaT-TCT--TA-CAAA-TGATAT-T-GCC--T-TA-ATTttattttcc
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                        aaaattgtgaagatttagaaatattaaagtctcgtggtaaa-TCT--TA-CAAA-TGACAT-T-GCC--T-TA-A-TTA----TATAG----------ACA-----ATA----TGA-------------------TAT-------G-----A--------T----T-----------------TA-----T---A-A--T-G------------T--A----C---AT---G--T------AAT--G-TC--GCAATTA--A-TG-----TT----T-----attta
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                           ctgtgtagatttagagatattaaacT--TA-CAAA-TGACATATTGCC--T-TA-ATTTA----TA-----T-CT------G-----ATA----T-A-------------------TA--------G-----A--------TA---A-----------------TA---------A-T--A-C------------T--GAACATA--AC---A--T------AAT--G-T---GCAATTA--A-TG-----Taaatttaattgtgtcagatagctgtttcctt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                   -CT---AAGA-----ATG----T-A-------------------TC--------G-----A--------T----T-----------------TA-----C---AAT--G-A------------T--G----T---AT---T--T------AAT--G-T---GCA---A--ACTG-----TT----T-----G--------T-G--A----C----TTTT--C----A-C-TT---C--T-T-A-CA-AGT-----GG-C---A-T--T-GGCCCTT-----TA------AT-TTG------TATAGCT-C-T-GAAA------TAT---AT-A-AT-GA-T----------T----------------------A------C----A-TG-AT---GT-ATG----T-------aatttataaatttaattacagtgtctgtttcc
gi|11                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  tgaa---TGAA-----ATA----T-A-------------------TA--------G-----A--------T----AATGAG------------TA-----C---A-T--G-A------------T--G----TC--AT---G--T------AAT--A-T----CA---A--A-TG------T----T-----G--------T-G--T----C----TGTT--a
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  gcaaattcAAT-----ATA----T-A-------------------TA--------G-----A--------T----AATATGA-----------TA-----C---A-T--G-A------------T--G----T---AT---G--T------AAT--G-T---GCA---A--A-TG-----TT----T-----G--------T-G--A----C----TGTT--C----A-A-TT---C--T-C-A-C--AGT-----GA-C---A-T--T-G---CCT-----TA------AT-TTG------TATAGTT-C-T-AAAA------TAT---A--T-A--GA-TAATGA-----T----------------------T------C----G-TG-AT---GT-ATG------------TAAT----GT---GC----A----A-ATG-TT-T-GT----GTC----TTT-TCCT-T-T-----CA--ATC--ATG------C--AA-------C-TCT--T---TCC-CTC--TTG----TG--AA-T----G----T---G-T-----AT-AT-T-------------GT-GCATTGTTT------ATC-AT-----TGT---AC--AC-C--TTCTTG-TTG-TC--C-T-TTG----G-GG-GGC-TCTT-AA-TT-----GGTCAATAAtcctttcagtcatgcaaactctttcctcttgtaaatgtatagacatatgtgcattgtttatatcattggtacacacttttcttgttgccatttgtgggggcgcgcgttcgagtggtcaatgaaagcgagt
gi|10                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tgg-----------------TA-----C---A-T--G-A------------T--G----T---AT---G--T------AAT--G-T---GCA---A--A-TG-----TT----T-----A--------T-G--T----C----TGTT--C----A-A-CT---C--T-T-A-CA-AAT-----GA-C---A-T--T-G---CCT-----TA------AT-TTG------TATAGTT-C-C-GAAA------TAT---A--T-A--GA-TAATGA-----T----------------------A------C----A-AG-AT---GT-ATG------------TAAT----GT---GC----A----A-ATG-TT-T-GT----GTCT---GTT-TCCT-T-T-----CA--ATC--ATG------C--AA-------CTTT---T---TCC-CTC--TTG----TG--AA-T----G----acgaattga
gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        attctgaaatgcaggtatattgaatttgattatgtT--G-T---GTA---G--A-T-------T----T-----A--------G-A--G----A----TATT--A----A-A-CT---C--T-T-A-CA-AAT-----GA-C---A-T--T-G---CCT-----TA------A--TTA------TATAG-------ACAA------TAT-----------GA-T----A-----T----------------------GATT---T----A-TA-AT---GT-ACA----TG------TAAT----GTC--GC-A--ATT--A-ATG-TT-T-
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     cA---A--A-TG-----TT----T-----A--------T-GA-G----C----TGTT--C----ATA-TT---CACT-T-ATCT-GGT-----TA-C---A-T--T-G---CCT-----TA------G--TTG------TATAGTTTC-T-GAAA------TAT---A--ATA--GA-T----A----------------------------A------CGAT-A-TG-AT------ATG----T-------GACT----GTTTGGC-A--A----GCATG-TT-T-GT----GCT----GTT-TCCT-G-TT----CA--ATC--ACG------CCAAA-------C-TCT--T---TCC-CTCGTTTG----TGT-AA-CGACAG----T---ATT-----AT-A--T-------------GTCGCATTGATT---AT-ATCAAT-----TGCTCAACG-AC-C--TT-TTG-TTG-CC--C-T-TT-----G-GGTGGC-CCTT-AA-TTTG---GT-CAATAAaaatttaattgtgtcagatagctgtttcctt
gi|24                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                           tttgactgtatacagtaaaatactttttctggtatatctaaagtaagaacaaatcatttaattttggtcagattgttcaaaaataG-----TT----T-----C--------T-G--A----C----TGTT--C----C-ACTT---C--T-T-A-CA-AAT-----GA-C---A-T--T-G---acataataat
gi|12                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ----A-A-TT---C--T-T-A-CA-AGT-----GA-C---A-T--T-G----CT-----TA------A--TTA------TACTGTT-C-T-GAAA------TAC---A--G-G--TA-T----A-----TTGAATTTGATAATTAAATGTTAA------C----A-TGAAT---GT-ATG------------TAAT----GT---GC----A----A-ATG-TT-T-AT----
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                 ----A-A-TT---C--T-T-A-CA-AAT-----GA-C---A-T--T-G---CCT-----T-------A--TTT------TATA--T-C-T-GAAA------TAT---A--T-A--TATT----A-----T----------------------G------T----A-CGTAT---GT-ATG----TATG----TAAT----GT---AC----A----A-ATA-TT-T-TT----AT------TT-TCCagatgtccattcttacaatgcattgccttaattattatggttctaaaaatatatagaata
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                        aaaattgtgaagatttagaaatattaaagtctcgtggta--T-T-A-CA-AAT-----GA-C---A-TATT-G---CCT-----TA------A--TT-------TATA--T-C-T-G--A------TAT---A--T-A--GA-TA---A-----T----------------------A-----------A-TA-CT---GA-ACA----TAACA---TAAT----GT---GC-A--ATT--A-ATG-Ttta
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4 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
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Unaligned ( gi|21 ): AAACAATGCTATTTTATGTACTTTGATACTGTCAATACATAAAGAATGACTTAGCCTTAG
Unaligned ( gi|22 ): TTCATCACTGGTTTACTCTTTGTAAAGACTGTTGCTACATAATAAAGAAT
Unaligned ( gi|23 ): TTATTATTATTTAAGAAGTGTTGTGAACTATGGATT






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Reference ( family-9620 )     :                                                                       AATTCT--T---ACAAG--TGA-C-ATTG-GCCC--TT--A--TTTA--TATNGTTCTGAA-AT-AC-AGGT-ATA----TTG---AAT-TTGAT-----A-AT-GTT-ACAT----G-AT-GT-----A-T-GTAAT-GT--G--CAA--ATGT-TTAT--G-ACTG---T-TCCACTTTCT--TA-CAAA-TGA-CA-T--T-GCC-T-T--A-ATTTA----TATAGT-T--CTNAA--------A-ATA-T-A-------------------TA----------G-----------------A--------T----A------TA-----C--A--TG-A------------T--G-T---A-T---G--T------AAT--GT-GCA---A-A-TG-----TT----T-----G--------TG-GC----TGT-T--C----A-ATT---C--T-T-A-C-A-AGT-----GA-CA-TT-G---CCT-T-A---A--TT----G------TAT----A----G--TT-C-TG-AAAT-A----T-A--N-A--GA-T----A-----TA------C----ATGA------------T---GT-AT-G----T-------TAA-T----GT---GC-A--A----A-ATG-TT-T--GT----GTC----GTT-TCCT-T-TC----CA--ATC--A------TGC--AA-------CTC---T---TCC-CTC--TTG----TG--A--A-T----GT---AT-----A-T----A-T-T-------------G-T-GCATTGTTT---TA-AT----C-AT-T-GT---ACA-AC-C--TTCTTG-TTG-CC--C-T--NT-----GGG-GGC-CCTT-AA-TTGG-CAATAA
gi|1                          :                                                                       AATTCT--TTACACAAAGTTGA-CCATTTCGCACGATT--AAATTTAA-TACTGTTTCAAAGAT-AC-AAGTGATAACACTTG---AAT-TTGAT-----A-ATCGTTTACAT----G-AT-GTT----A-T-GTAATAGT--GGGCAA--ATGT-TTAT--G-ACTG---T-TCCAC-TTCT--TACCAAA-TGA-CA-T--T-GCCAT-T--AGATTTA----TATGGTCT--CTCAA--------A-AT--T-A-------------------TA----------GTAAGA------------A--------T----AACG---TA-----A--C--TG-G------------TG-G-T---A-T---GC-T------AATTGAT-GCA---A-A-AGATAGATT----TCCTTAG--------TG-GCTAGATGT-T--CGACAA-GTT---C--T-TGA-C-ATAGT-----GA-CT-AA-A---CCA-T-AT--A--TT----A------TTT----ATCTTG--TG-T-TG-AACT-A----T-A--T-AT-GA-T----A-----TATTAC--C----ATGA------------TTTAGTGAT-GGTACT-------TAT-T----GT---GG-AACA----G-ATG-TT-TA-GTGATGGCC----GTT-TCCTGTGTCAAGGCG--ATT--A------GCC--AA-------CTCTGGT---TCCGCTCG-TTG----TG--A--A-T----GT---AT-----A-T----A-T-T-------------G-TGGCATTG--T---TA-ATGATAT-AT-T-GT---ACA-ACGC--TTCTTG-GTT-CTA-C-T--ATTGGGCGGG-GGCTCCCT-AA-
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gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                                                         tgaaT--TA-CAAA-TGA-CA-TATT-GCC-T-T--A-ATTTA----TA-----T--CTG------------ATA-T-A-------------------TA----------G-----------------A--------TAATAA------TA-----C-----TGAA------------C--A-TA--A-C---A--T------AAT--GT-GCAATTA-A-TG-----Ta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                       ----CA--ATC--A------TGC--A--------CTC---T---TTC-CTC--TTG----TG--A--A-T----GT---AT-----A-T----A-T-T-------------G---GCAT--TTT---TATAT----C-AT-T-GT---ACA-A--C--TTCTTGTTTG-CC--CTT--TT-----GGG-GGC-CCTT-AA-TTGG-aatttataaatttaattacagtgtctgtttcc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                                                         tTTCT--TA-CAAA-TGA-CA-T--T-GCC-T-T--A-TTTTA----TA-----T--CTGAA--------ATATA-T-A-------------------TAT---------T-----------------A--------T----G------TA-----CGTA--TGTA------------T--G-T---A-T---G--T------AAT--GT-ACA---A-A-TA-----TT----T-----tcatgaacgaa
gi|2                          :                                                                                                      aaC--TA--A--TTTA--CATGAT----AA-AC-AA-AATT-ATT----CTG---GAT-TTAA------A-CT-GTG-A-A-----G-AT-GT-----A---GAGAT-TT--A--AAA--CTCTCTTGT--A-A------T-TCCACT-------A-CAAG-TGAACA-T--T-GCC-C-TTCA-ATTTA----TAATGT-T--CTGAA--------A-TTA-C-AGG-----------------TATTTTGAATTTG-----------------A--------T----AATGT--TA-----C--A--TG-A------------T--G-T---AAT---G--T------AAT--GT-GCA---A-A--G-----TT----T-----A--------TG-AC----TGTCC--C----A-ACTG--C--T-T-A-CAA-AAT-----GA-AT-TT-G---CCT-TAA---A--TTAAGAA------TAT----T----GTTTT-C-TGAAAATAA----T-A--T-A--GA-T----AC----TAAGGAT-C----ATGAATATGAATACACT---GTGATGG----C-------CAATT----GT---GC-A--A----A-ATG-TT-TTAGT----GTttattttcc
gi|2                          :                                                           taaaacattttaAATTCCACT---ACAAG--TGAAC-ATTG--CCC--TTCAA--TTTA--TAATGTTCTGAA-ATTAC-AGGT-ATT----TTG---AAT-TTGAT-----A-AT-GTT-ACAT----G-AT-GT-----AAT-GTAAT-GT--G--CAA--A-GT-TTAT--G-ACTG---T-CCCAACTGCT--TA-CAAAATGA-AT-T--T-GCC-T-T--A-AATTAAGAATATTGT-TTTCTGAA--------A-ATAAT-A-------------------TA----------G-----------------A--------T----AC-----TAAGGATC--A--TG-AATATGAATACACT--G-TG--A-T---GGCC------AATT-GT-GCA---A-AATG-----TT----TTAGT-G--------TG-CC----TGT-T--CGC--A-ATT---CC-T-T-A-C-A-AGT-----GA-CAATT-G---CCT-T-A---AATTT----G------TAT----A----G--TT-C-TG-AAAT-A----T-AATA-A--GA-TAATGA-----TA------CA---ATGA------------T---GTCAT-G------------TAA-T----GT---GC-A--A----A-------------------C----G----CCT-T-TT----CA--ATCGAA------TGC--AA-------TCT---T---TCC-CGT--CTG----TGGAA--A-T----GT----T-----A-TTATAA-T-T-------------G-T-GCATTGTTT---AATAT----C-A--T-GT---ACA-GCGC--CTCTTG-TTGCCC--C-T--TT-----GGG-GGA-ACTT-AA-TTGGTCAATAAgcctgttcgcaattccttacaagtgacaattgccttaaatttgtatagttctgaaatataataagataatgatacaatgatgtcatgtaatgtgcaaacgccttttcaatcgaatgcaatctttcccgtctgtggaaatgttattataattgtgcattgtttaatatcatgtacagcgcctcttgttgcccctttgggggaacttaattggtcaataaagcgaattgaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                taaaacattttactaatttacatgataaacaaaattattctggatttaaactgtgaagatgtagagatttaaaactctcttgt----A-ATT---C--T-T-A-C-A-AAT-----GA-TA-TT-G---CCT-T-A---A--TT----A------TTT----A----agcgaattgaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                   aaaattgtgaagatttagaaatattaaagtctcgtggtaTTCT--TA-CAAA-TGA-TA-T--T-GCC-T-T--A-ATT
gi|24                         :                                                                                                                                                                                       aaaattgtgaagatttagaaatattaaagtctcgtggtaaaGT-TTCT--G-ACTG---T-TCCACTT-CT--TA-CAAA-TGA-CA-T--T-Gattta
gi|3                          :                                                                       AATTCT--T---ACAAG--TGAGC-ATGT-GCCT--TT--A--ATTAATCATTGT-CTGAA-AT-ACCAGGTTATA----TTG---AATATTGAT-----A-AG-GAT-ACATTGATG-AT-ATTATAGA-T-GTAAT-GT--G--ACA--ATGT-TCTT--G-ACTA---T-TCAACTT-CT--AA-CAAA-TGA-CA-TA-T-GCC-T-T--A-ATTCA----TATTGT-T--CTGAA--------A-ATA-T-A-------------------TA----------GATAATGCAACAATGAATA--------T----A------TA-----C--ATTTG-A------------T--G-T---A-----G--T------AATG-GT-GC----A-A-TG-----TT----T-----GT-------TG-AC----TGT-T--C----A-ATT---CCGT-T-A-C---AGT-----G--CA-TT-G---CCTGT-ACATA--TT----GT-----TAT----A----AGCTT-C-TG-GAAT-A----TCA--T-A--AA-TG---A-----TA------CA---ATGA------------C---GT-AT-G------------TAA------GT---GC-A--A----A------T-T--CT----G------------CT-T-T-----CA--ATC--ATGGTTTTGC--AAAGTACATCTC---T---TCC-TCC--TTGC---TA--A--A-T----GT---AT-----ATT----A-T-T-------------GCC-GCATTGTTTA--TA-AT----C-AC-T-GT---ACA-AC-CCATTCTTG-TTG-CC--C-TTATC-----GGG-AAC-CCTT-AA-TTGG-CAATAA
gi|4                          :                                      tgtagagcaatgttttaacctgctcaaagtggtAAATCT--T---ACAAG--TGA-C-ATTA-GCCC--TT--A--TTTA--TACTGTTCTG---AT-AC-AGGT-ATA----TTG---AAT-TTGAT-----A-AT-GTT-ACAT----G-AT-GT-----A-T-GTAAT-GT--G--CAA--ATGT-TTAT--G-ACTG---T-TCCACTTTCT--TA-CAAA-TGA-CA-T--TGGCC-T-T--A-ATTTA----TATGGTGT--CTTAA--------A-ATA-T-A-------------------TA----------G-----------------A--------T----A------TA-----C--A--TG-G------------T--G-T---A-T---G--T------AAT--GT-GCA---A-A-TG-----TT----T-----G--------TG-GC----TGT-T--C----A-ATT---C--T-T-A-C-A-AGT-----GA-CA-TT-G---CCT-T-A---A--TT----A------TAT----G----G--TT-C-TG-AAAT-A----T-A--A-A--GA-T----A-----TA------C----ATGA------------T---GT-AT-G----T-------TAA-T----GT---GC-A--A----A-ATG-TT-T--GT----GTC----GTT-TCCT-T-TC----CA--ATC--A------TGC--AA-------CTC---T---TCT-CTC--TTG----TG--A--A-T----GT---AT-----A-T----A-T-T-------------G-T-GCATTGTTT---TA-AT----CGATAT-GT---ACA-AC-C--TTCTTG-TTG-CC--C-T--AT-----GGG-GGC-CCTT-AA-TTGA-CAATAAaacgaatg
gi|5                          :                                                                                                            T--A--TTGA--TATAATT-TGA---T-AA-ATGT-AAA----TTAGCCAAC---GAT-----AGAT-GTG-ATA-------ATAGT-----A-TAGTAG------A--CAAGTATGT-TTATTAGCACTGGTTTATCCACTTTCT--AA-CAAA-TGA-AA------G--------------------ATA---T--CTTAA--------A-ATA---A-------------------C-----------G-----------------A--------T----A------TA-----A--A--TG-G------------TACG-C---A-T---G--TCCATCGAAT--G---CA---A-A-TG-----TTATAGT-----A--------GG-AC----TGT-T--C----A-ATT---C----T-A-C-A-ACA-----TA-CA-TT-G---CCA-T-AT--A--TG----T------TATTATGG----G--TT-CTTG-AAAT-A----T-G--T-ATCGATT----AT----TA------CCCAAATGA------------TGAAGT-AT-G----TATGAGGGTAA-GA---GT---GCGA--G----A-ATG-TTCT--GTA---GTCCCTGGTTCTCCC-T-TT----CAACATCA-A------TGC--AAC------CTC---TATGTCC-CTC--TTGGACTCG--A--ATT----GTCCCATAGACAA-T----A-T-TAAGCGAAGGTAGGG-T-GCATTGTTT---TA-
gi|6                          :                                                                                                                                                                                                               AT-GTAGG--TAT--ATTT-TTAA--A-ACTC---T-TGTAATTTCTCTTA-CAAG-TGA-CAGT--T-GCC-TAT--A-ACTTAA---TATAGG-T--CTCGATAAATCATA-ATA-T-AGGATAAGCTGATAATCAAATA----------G-----------------AACATACTGC----A------TA-----C--A--TG-A------------T--G-TTACG-TTTAG--T------ATT--GT-GCT---ATA-TA-----TT----T-----GCTCTCTTGTGAGC----TGT-TTCC----A-ATCTCAC--TGT-A-T-A-AGTTTTACGATCA-TTTG---CCT-T-A---A--TT----GATTAATTAT----A----G--CT-C-TG-AAAT-ACTATT-A--T-GATGA-T----A-----TAAGAGGGC----ATGA----------------GT-AT-G------------TAA-TTATGGT---GC-A--GCAATA-ATG-TT-T--GT----G
gi|7                          :                                              taaaaccattaatattactaaacctttagtacccctgtgataaacaaaaatttttctggattttaattactcgtgcaaagTCTGAA-AT-AC-AGGT--TA----TTG---AAT-TTGAT-----A-AT-GTT-ACAT----G-AT-GT-----A-T-GTAAT-GT--G--CAA--ATGT-TTAT--G-ACTGT--T-TCCACTTCTT--TA-CAAA-TGA-CA-T--T-GCC-T-T--A-ATTTA----TATGGT-T--CT-AA--------A-ATA-T-A-------------------TA----------G-----------------A--------T----A------TA-----C--A--TG-G------------T--GTT---A-T---G--T------AAT--GT-GCA---A-A-TG------T----T-----G--------TG-GC----TGT-T--C----T-ATT---C--T-T-A-C-ATAGT-----GA-CA-TT-G---CCT-T-A---AT-TT----A------TAT----G----G--TT-C-TG--AAT-A----T----T-A--GA-T----A-----TAT-----C----ATGA------------T---GT-AT-G------------TAA-T----GT---GC-A--A----A-ATGTTT-T--GT----GTC----CGT-TCCT-T-------CA--ATC--A------TGC--AA-------CTCT--T---TCC-CTC--TTG----TG--A--A-T----GT---AT-------T----ATT-T-------------G-T-GCATTGTTA---TATAT------AT-T-GT---ACA-AC-C--TTCTTG-TTG-CC--C-T--AT-----GGG-G---CCTT-AATTTGA-CAATatcttgt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              A---A-A-TG-----TT----T-----A--------TGAGC----TGT-T--C----ATATT---CACT-T-ATC-T-GGT-----TA-CA-TT-G---CCT-T-A---G--TT----G------TAT----A----G--TTTC-TG-AAAT-A----T-A--ATA--GA-T----A------A------CGAT-ATGA------------T------AT-G----T-------GAC-T----GTTTGGC-A--A----GCATG-TT-T--GT----GCT----GTT-TCCT-G-TT----CA--ATC--A------CGCCAAA-------CTCT--T---TCC-CTCGTTTG----TGT-A--A-CGACAGT---AT-------T----A-TAT-------------G-TCGCATTGATT---AT-AT----CAAT-T-GCTCAACG-AC-C--TT-TTG-TTG-CC--C-T--TT-----GGGTGGC-CCTT-AATTTGGTCAATAAtaaacgaattg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                                                tttgactgtatacagtaaaatactttttctggtatatctaaagtaagaacaaatcatttaattttggtcagattgttcaaaaataAA--------T-ATA-T-A-------------------TA----------G-----------------A--------T----AATATGATA-----C--A--TG-A------------T--G-T---A-T---G--T------AAT--GT-GCA---A-A-TG-----TT----T-----G--------TG-AC----TGT-T--C----A-ATT---C--T-C-A-C---AGT-----GA-CA-TT-G---CCT-T-A---AT-TT----G------TAT----A----G--TT-C-TA-AAAT-A----T-A--T-A--GA-TAATGA-----TT------C----GTGA------------T---GT-AT-G------------TAA-T----GT---GC----A----A-ATG-TT-T--GT----GTC----TTT-TCCT-T-T-----CA--ATC--A------TGC--AA-------CTCT--T---TCC-CTC--TTG----TG--A--A-T----GT---GT-----A-T----A-T-T-------------G-T-GCATTGTTT------AT----C-AT-T-GT---AC--AC-C--TTCTTG-TTG-TC--C-T--TTG----GGG-GGC-TCTT-AA-TTGGTCAATAAacataataat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATCAGTTGTAACCGTCTTTGGTCCTTTACAGGACTTAATGGTTAATAAACAATTTAATTGAATATTTAACCAT
Unaligned ( gi|21 ): AAACAATGCTATTTTATGTACTTTGATACTGTCAATACATAAAGAATGACTTAGCCTTAG
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Unaligned ( gi|23 ): TTATTATTATTTAAGAAGTGTTGTGAACTATGGATT






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Reference ( family-9620 )     :                                  AATTCT--T---ACAAG--TGA-C-ATTN-GCCC--TT--A--TTTA--TACTGTTCTGAA-AT-AC-AGGT-ATA----TTGAAT-TTGAT-----AA-T-GT----T-A--CA-T----G-ATGT-----A-TGTAAT---------GT--G--CAA--ATGTTTAT--G-ACTG---T-TCCACTTTCT--TA-CAAA-TGACA-T--T-GCC-T-TA-ATTTA----TATGGT-T--CTNAA--------A-ATA-T-A-------------------TA-G-----------------A--------T----A------TA-----C--A--TG-A------------T--G-T---AT---G--T------AAT--GT-GCA---A-A-TG-----TT----T-----G--------TG-GC----TGTT--C----A-ATT---C--T-T-A-CA-AGT-----GA-CA-TT-G---CCT-TA---A--TTG------TAT----A----G--TTC-TGAAATA----T-A-TA--GA-T----A-----TA------C----A-TGAT---GT-ATG----T-------TAAT----GT---GC-A--A----A-ATG-TT-T-GT----GTC----GT--TTCCT-TT-------CA--ATC--A------TGC--AA-------C-TC---T---TCC-CTC--TTG----TG--AA-T----GT----AT-----A-TA-T-T-------------G-T-GCATTGTTT---TA-AT----C-AT-T-G-T---ACA-AC-C--TTCTTG-TTGCC-C-T--T--T----GGG-GGC-CC----TT-AA-TTGGTCAATAA
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gi|20                         :                                                                                                                                                                                       aaaattgtgaagatttagaaatattaaagtctcgtggtaTTCT--TA-CAAA-TGATA-T--T-GCC-T-TA-ATT
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gi|3                          :                                  AATTCT--T---ACAAG--TGAGC-ATGT-GCCT--TT--A--ATTAATCATTGT-CTGAA-AT-ACCAGGTTATA----TTGAATATTGAT-----AA-G-GA----T-A--CA-TTGATG-ATATTATAGA-TGTAAT---------GT--G--ACA--ATGTTCTT--G-ACTA---T-TCAACTT-CT--AA-CAAA-TGACA-TA-T-GCC-T-TA-ATTCA----TATTGT-T--CTGAA--------A-ATA-T-A-------------------TA-GATAATGCAACAATGAATA--------T----A------TA-----C--ATTTG-A------------T--G-T---A----G--T------AATG-GT-GC----A-A-TG-----TT----T-----GT-------TG-AC----TGTT--C----A-ATT---CCGT-T-A-C--AGT-----G--CA-TT-G---CCTGTACATA--TTGT-----TAT----A----AGCTTC-TGGAATA----TCA-TA--AA-TG---A-----TA------CA---A-TGAC---GT-ATG------------TAA-----GT---GC-A--A----A------T-T-CT----G-------------CT-TT-------CA--ATC--ATGGTTTTGC--AAAGTACATC-TC---T---TCC-TCC--TTGC---TA--AA-T----GT----AT-----ATTA-T-T-------------GCC-GCATTGTTTA--TA-AT----C-AC-T-G-T---ACA-AC-CCATTCTTG-TTGCC-C-TTAT--C----GGG-AAC-CC----TT-AA-TTGG-CAATAA
gi|4                          : tgtagagcaatgttttaacctgctcaaagtggtAAATCT--T---ACAAG--TGA-C-ATTA-GCCC--TT--A--TTTA--TACTGTTCTG---AT-AC-AGGT-ATA----TTGAAT-TTGAT-----AA-T-GT----T-A--CA-T----G-ATGT-----A-TGTAAT---------GT--G--CAA--ATGTTTAT--G-ACTG---T-TCCACTTTCT--TA-CAAA-TGACA-T--TGGCC-T-TA-ATTTA----TATGGTGT--CTTAA--------A-ATA-T-A-------------------TA-G-----------------A--------T----A------TA-----C--A--TG-G------------T--G-T---AT---G--T------AAT--GT-GCA---A-A-TG-----TT----T-----G--------TG-GC----TGTT--C----A-ATT---C--T-T-A-CA-AGT-----GA-CA-TT-G---CCT-TA---A--TTA------TAT----G----G--TTC-TGAAATA----T-A-AA--GA-T----A-----TA------C----A-TGAT---GT-ATG----T-------TAAT----GT---GC-A--A----A-ATG-TT-T-GT----GTC----GT--TTCCT-TTC------CA--ATC--A------TGC--AA-------C-TC---T---TCT-CTC--TTG----TG--AA-T----GT----AT-----A-TA-T-T-------------G-T-GCATTGTTT---TA-AT----CGATAT-G-T---ACA-AC-C--TTCTTG-TTGCC-C-T--A--T----GGG-GGC-CC----TT-AA-TTGA-CAATAAaacgaatg
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-9620 )     :                                  AATTCT--T---ACAAG--TGA-C-ATTN-GCCC--TT--A--TTTAAT-ACTGTTCTGAA-AT-AC-AGGT-ATA----TTGAAT-TTGAT-----AA-T-GT----T-A--CA-T----G-ATGT-----A-TGTAAT---------GT--G--CAA--ATGTTTAT--G-ACTG---T-TCCACTTTCT--TA-CAAA-TGACA-T--TG-CC-T-TA-ATTTA----TATGGT-T--CTNAA--------A-ATA-T-A-------------------TA-G-----------------A--------T----A------TA-----C--A--TG-A------------T--G-T---AT---G--T------AAT--GT-GCA---A-A-TG-----TT----T-----G--------TG-GC----TGTT--C----A-ATT---C--T-T-A-CA-AGT-----GA-CA-TT-G---CCT-TA---A--TTG------TAT----A----G--TTC-TGAAATA----T-A-TA--GA-T----A-----TA------C----A-TGAT---GT-ATG----T-------TAAT----GT---GC-A--A----A-ATG-TT-T-GT----GTC----GT--TTCCT-TT-------CA--ATC--A------TGC--AA-------C-TC---T---TCC-CTC--TTG----TG--AA-T----GT----AT-----A-TA-T-T-------------G-T-GCATTGTTT---TA-AT----C-AT-T-G-T---ACA-AC-C--TTCTTG-TTGCC-C-T--T--T----GGG-GGC-CC----TT-AA-TTGGTCAATAA
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gi|2                          :                                aaAATTCCACT---ACAAG--TGAAC-ATT--GCCC--TTCAA--TTTA-T-AATGTTCTGAA-ATTAC-AGGT-ATT----TTGAAT-TTGAT-----AA-T-GT----T-A--CA-T----G-ATGT-----AATGTAAT---------GT--G--CAA--A-GTTTAT--G-ACTG---T-CCCAACTGCT--TA-CAAAATGAAT-T--TG-CC-T-TA-AATTAAGAATATTGT-TTTCTGAA--------A-ATAAT-A-------------------TA-G-----------------A--------T----AC-----TAAGGATC--A--TG-AATATGAATACACT--G-TG--AT---GGCC------AATT-GT-GCA---A-AATG-----TT----TTAGT-G--------TG-CC----TGTT--CGC--A-ATT---CC-T-T-A-CA-AGT-----GA-CAATT-G---CCT-TA---AATTTG------TAT----A----G--TTC-TGAAATA----T-AATAA-GA-T----AATGA-TA------C----AATGAT---GTCATG----T--------AAT----GT---GC-A--A----A------------------C----GC----CTT-TT-------CA--ATCGAA------TGC--AA-------T-CT---T---TCC-CGT--CTG----TGGAAA-T----GTTATTAT-----A--A-T-T-------------G-T-GCATTGTTT---AATAT----C-AT---G-T---ACA-GCGC--CTCTTG-TTGCC-CCT--T--T----GGG-GGA-AC----TT-AA-TTGGTCAATAAttattttcc
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gi|20                         :                                                                                                                                                                                       aaaattgtgaagatttagaaatattaaagtctcgtggtaTTCT--TA-CAAA-TGATA-T--TG-CC-T-TA-ATT
gi|24                         :                                                                                                                                                            aaaattgtgaagatttagaaatattaaagtctcgtggtaaaGTTTCT--G-ACTG---T-TCCACTT-CT--TA-CAAA-TGACA-T--TG-attta
gi|3                          :                                  AATTCT--T---ACAAG--TGAGC-ATGT-GCCT--TT--A--ATTAATCATTGT-CTGAA-AT-ACCAGGTTATA----TTGAATATTGAT-----AA-G-GA----T-A--CA-TTGATG-ATATTATAGA-TGTAAT---------GT--G--ACA--ATGTTCTT--G-ACTA---T-TCAACTT-CT--AA-CAAA-TGACA-TA-TG-CC-T-TA-ATTCA----TATTGT-T--CTGAA--------A-ATA-T-A-------------------TA-GATAATGCAACAATGAATA--------T----A------TA-----C--ATTTG-A------------T--G-T---A----G--T------AATG-GT-GC----A-A-TG-----TT----T-----GT-------TG-AC----TGTT--C----A-ATT---CCGT-T-A-C--AGT-----G--CA-TT-G---CCTGTACATA--TTGT-----TAT----A----AGCTTC-TGGAATA----TCA-TA--AA-TG---A-----TA------CA---A-TGAC---GT-ATG------------TAA-----GT---GC-A--A----A------T-T-CT----G-------------CT-TT-------CA--ATC--ATGGTTTTGC--AAAGTACATC-TC---T---TCC-TCC--TTGC---TA--AA-T----GT----AT-----ATTA-T-T-------------GCC-GCATTGTTTA--TA-AT----C-AC-T-G-T---ACA-AC-CCATTCTTG-TTGCC-C-TTAT--C----GGG-AAC-CC----TT-AA-TTGG-CAATAA
gi|4                          : tgtagagcaatgttttaacctgctcaaagtggtAAATCT--T---ACAAG--TGA-C-ATTA-GCCC--TT--A--TTTA-T-ACTGTTCTGA---T-AC-AGGT-ATA----TTGAAT-TTGAT-----AA-T-GT----T-A--CA-T----G-ATGT-----A-TGTAAT---------GT--G--CAA--ATGTTTAT--G-ACTG---T-TCCACTTTCT--TA-CAAA-TGACA-T--TGGCC-T-TA-ATTTA----TATGGTGT--CTTAA--------A-ATA-T-A-------------------TA-G-----------------A--------T----A------TA-----C--A--TG-G------------T--G-T---AT---G--T------AAT--GT-GCA---A-A-TG-----TT----T-----G--------TG-GC----TGTT--C----A-ATT---C--T-T-A-CA-AGT-----GA-CA-TT-G---CCT-TA---A--TTA------TAT----G----G--TTC-TGAAATA----T-A-AA--GA-T----A-----TA------C----A-TGAT---GT-ATG----T-------TAAT----GT---GC-A--A----A-ATG-TT-T-GT----GTC----GT--TTCCT-TTC------CA--ATC--A------TGC--AA-------C-TC---T---TCT-CTC--TTG----TG--AA-T----GT----AT-----A-TA-T-T-------------G-T-GCATTGTTT---TA-AT----CGATAT-G-T---ACA-AC-C--TTCTTG-TTGCC-C-T--A--T----GGG-GGC-CC----TT-AA-TTGA-CAATAAaacgaatg
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-9620 )     :                                  AATTCT--T---ACAAG--TGA-C-ATTN-GCCC--TT--A--TTTAAT-ACTGTTCTGAA-AT-AC-AGGT-ATA----TTGAAT-TTGAT-----AA-T-GT----T-A--CA-T----G-ATGT-----A-TGTAAT---------GT--G--CAA--ATGTTTAT--G-ACTG---T-TCCACTTTCT--TA-CAAA-TGACA-T--TG-CC-T-TA-ATTTA----TATGGT-T--CTNAA--------A-ATA-T-A-------------------TA-G-----------------A--------T----A------TA-----C--A--TG-A------------T--G-T---AT---G--T------AAT--GT-GCA---A-A-TG-----TT----T-----G--------TG-GC----TGTT--C----A-ATT---C--T-T-A-CA-AGT-----GA-CA-TT-G---CCT-TA---A--TTG------TAT----A----G--TTC-TGAAATA----T-A-TA--GA-T----A-----TA------C----A-TGAT---GT-ATG----T-------TAAT----GT---GC-A--A----A-ATG-TT-T-GT----GTC----GT--TTCCT-TT-------CA--ATC--A------TGC--AA-------C-TC---T---TCC-CTC--TTG----TG--AA-T----GT----AT-----A-TA-T-T-------------G-T-GCATTGTTT---TA-AT----C-AT-T-G-T---ACA-AC-C--TTCTTG-TTGCC-C-T--T--T----GGG-GGC-CC----TT-AA-TTGGTCAATAA
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gi|14                         :                                                                                                                                                                                                                              cTCT--TA-CAAA-TGACA-T--TG-CC-T-TA-A-TTA----TATAG--------AC--------A-ATA-TGA-------------------TATG-----------------A--------T----T------T---------A--TA-A------------T--G-TAC-AT---G--T------AAT--GTCGCAATTA-A-TG-----TT----T-----aaatttaattgtgtcagatagctgtttcctt
gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                        ctgtgtagatttagagatattaaac--CTAAG--------A-ATG-T-A-------------------TC-G-----------------A--------T----T------TA-----C--AA-TG-A------------T--G-T---AT---T--T------AAT--GT-GCA---A-ACTG-----TT----T-----G--------TG-AC----TTTT--C----A-CTT---C--T-T-A-CA-AGT-----GG-CA-TT-GGCCCTT-TA---AT-TTG------TAT----A----G--CTC-TGAAATA----T-A-TAATGA-T----------TA------C----A-TGAT---GT-ATG----T-------aaatttaattgtgtcagatagctgtttcctt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                             tgaaT--TA-CAAA-TGACA-TATTG-CC-T-TA-ATTTA----TA-----T--CTG------------ATA-T-A-------------------TA-G-----------------A--------TAATAA------TA-----C-----TGAA------------C--A-TA--AC---A--T------AAT--GT-GCAATTA-A-TG-----Ta
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                  T-------CA--ATC--A------TGC--A--------C-TC---T---TTC-CTC--TTG----TG--AA-T----GT----AT-----A-TA-T-T-------------G---GCAT--TTT---TATAT----C-AT-T-G-T---ACA-A--C--TTCTTGTTTGCC-CTT--T--T----GGG-GGC-CC----TT-AA-TTGGTCAaatttataaatttaattacagtgtctgtttcc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                              TTCT--TA-CAAA-TGACA-T--TG-CC-T-TA-TTTTA----TA-----T--CTGAA--------ATATA-T-A-------------------TATT-----------------A--------T----G------TA-----CGTA--TGTA------------T--G-T---AT---G--T------AAT--GT-ACA---A-A-TA-----TT----T-----tgaacgaa
gi|2                          :                                aaAATTCCACT---ACAAG--TGAAC-ATT--GCCC--TTCAA--TTTA-T-AATGTTCTGAA-ATTAC-AGGT-ATT----TTGAAT-TTGAT-----AA-T-GT----T-A--CA-T----G-ATGT-----AATGTAAT---------GT--G--CAA--A-GTTTAT--G-ACTG---T-CCCAACTGCT--TA-CAAAATGAAT-T--TG-CC-T-TA-AATTAAGAATATTGT-TTTCTGAA--------A-ATAAT-A-------------------TA-G-----------------A--------T----AC-----TAAGGATC--A--TG-AATATGAATACACT--G-TG--AT---GGCC------AATT-GT-GCA---A-AATG-----TT----TTAGT-G--------TG-CC----TGTT--CGC--A-ATT---CC-T-T-A-CA-AGT-----GA-CAATT-G---CCT-TA---AATTTG------TAT----A----G--TTC-TGAAATA----T-AATAA-GA-T----AATGA-TA------C----AATGAT---GTCATG----T--------AAT----GT---GC-A--A----A------------------C----GC----CTT-TT-------CA--ATCGAA------TGC--AA-------T-CT---T---TCC-CGT--CTG----TGGAAA-T----GTTATTAT-----A--A-T-T-------------G-T-GCATTGTTT---AATAT----C-AT---G-T---ACA-GCGC--CTCTTG-TTGCC-CCT--T--T----GGG-GGA-AC----TT-AA-TTGGTCAATAAttattttcc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taaaacattttactaatttacatgataaacaaaattattctggatttaaactgtgaagatgtagagatttaaaactctcttgt----A-ATT---C--T-T-A-CA-AAT-----GA-TA-TT-G---CCT-TA---A--TTA------TTT----A----agcgaattgaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                       aaaattgtgaagatttagaaatattaaagtctcgtggtaTTCT--TA-CAAA-TGATA-T--TG-CC-T-TA-ATT
gi|24                         :                                                                                                                                                            aaaattgtgaagatttagaaatattaaagtctcgtggtaaaGTTTCT--G-ACTG---T-TCCACTT-CT--TA-CAAA-TGACA-T--TG-attta
gi|3                          :                                  AATTCT--T---ACAAG--TGAGC-ATGT-GCCT--TT--A--ATTAATCATTGT-CTGAA-AT-ACCAGGTTATA----TTGAATATTGAT-----AA-G-GA----T-A--CA-TTGATG-ATATTATAGA-TGTAAT---------GT--G--ACA--ATGTTCTT--G-ACTA---T-TCAACTT-CT--AA-CAAA-TGACA-TA-TG-CC-T-TA-ATTCA----TATTGT-T--CTGAA--------A-ATA-T-A-------------------TA-GATAATGCAACAATGAATA--------T----A------TA-----C--ATTTG-A------------T--G-T---A----G--T------AATG-GT-GC----A-A-TG-----TT----T-----GT-------TG-AC----TGTT--C----A-ATT---CCGT-T-A-C--AGT-----G--CA-TT-G---CCTGTACATA--TTGT-----TAT----A----AGCTTC-TGGAATA----TCA-TA--AA-TG---A-----TA------CA---A-TGAC---GT-ATG------------TAA-----GT---GC-A--A----A------T-T-CT----G-------------CT-TT-------CA--ATC--ATGGTTTTGC--AAAGTACATC-TC---T---TCC-TCC--TTGC---TA--AA-T----GT----AT-----ATTA-T-T-------------GCC-GCATTGTTTA--TA-AT----C-AC-T-G-T---ACA-AC-CCATTCTTG-TTGCC-C-TTAT--C----GGG-AAC-CC----TT-AA-TTGG-CAATAA
gi|4                          : tgtagagcaatgttttaacctgctcaaagtggtAAATCT--T---ACAAG--TGA-C-ATTA-GCCC--TT--A--TTTA-T-ACTGTTCTGA---T-AC-AGGT-ATA----TTGAAT-TTGAT-----AA-T-GT----T-A--CA-T----G-ATGT-----A-TGTAAT---------GT--G--CAA--ATGTTTAT--G-ACTG---T-TCCACTTTCT--TA-CAAA-TGACA-T--TGGCC-T-TA-ATTTA----TATGGTGT--CTTAA--------A-ATA-T-A-------------------TA-G-----------------A--------T----A------TA-----C--A--TG-G------------T--G-T---AT---G--T------AAT--GT-GCA---A-A-TG-----TT----T-----G--------TG-GC----TGTT--C----A-ATT---C--T-T-A-CA-AGT-----GA-CA-TT-G---CCT-TA---A--TTA------TAT----G----G--TTC-TGAAATA----T-A-AA--GA-T----A-----TA------C----A-TGAT---GT-ATG----T-------TAAT----GT---GC-A--A----A-ATG-TT-T-GT----GTC----GT--TTCCT-TTC------CA--ATC--A------TGC--AA-------C-TC---T---TCT-CTC--TTG----TG--AA-T----GT----AT-----A-TA-T-T-------------G-T-GCATTGTTT---TA-AT----CGATAT-G-T---ACA-AC-C--TTCTTG-TTGCC-C-T--A--T----GGG-GGC-CC----TT-AA-TTGA-CAATAAaacgaatg
gi|5                          :                                                                                                          -ATA----T--AAT-TTGAT-----AAAT-GTAAATT-AGCCAAC----G-ATAG-----A-TGTGATAATAGTATAGT--AGACAAGTATGTTTATTAGCACTGGTTTATCCACTTTCT--AA-CAAA-TGAAA-----G-------------A----TAT-------CTTAA--------A-ATA---A-------------------C--G-----------------A--------T----A------TA-----A--A--TG-G------------TACG-C---AT---G--TCCATCGAAT--G---CA---A-A-TG-----TTATAGT-----A--------GG-AC----TGTT--C----A-ATT---C----T-A-CA-ACA-----TA-CA-TT-G---CCA-TAT--A--TGT------TATTATGG----G--TTCTTGAAATA----T-G-TATCGATT----AT----TA------CCCAAA-TGATGAAGT-ATG----TATGAGGGTAAGA---GT---GCGA--G----A-ATG-TTCT-GTA---GTCCCTGGTTCTCCCT-TT-------CAACATCA-A------TGC--AAC------C-TC---TATGTCC-CTC--TTGGACTCG--AATT----GTCCC-ATAGACAA-TA-T-TAAGCGAAGGTAGGG-T-GCATTGTTT---TA-
gi|6                          :                                                                                                                                                                       tattgAT---------GTAGG--TAT--ATTTTTAA--A-ACTC---T-TGTAATTTCTCTTA-CAAG-TGACAGT--TG-CC-TATA-ACTTAA---TATAGG-T--CTCGATAAATCATA-ATA-T-AGGATAAGCTGATAATCAAATA-G-----------------AACATACTGC----A------TA-----C--A--TG-A------------T--G-TTACGTTTAG--T------ATT--GT-GCT---ATA-TA-----TT----T-----GCTCTCTTGTGAGC----TGTTTCC----A-ATCTCAC--TGT-A-TA-AGTTTTACGATCA-TTTG---CCT-TA---A--TTGATTAATTAT----A----G--CTC-TGAAATACTATT-A-TGATGA-T----A-----TAAGAGGGC----A-TGA----GT-ATG------------TAATTATGGT---GC-A--GCAATA-ATG-TT-T-GT----G
gi|7                          :         taaaaccattaatattactaaacctttagtacccctgtgataaacaaaaatttttctggattttaattactcgtgcaaagTCTGAA-AT-AC-AGGT--TA----TTGAAT-TTGAT-----AA-T-GT----T-A--CA-T----G-ATGT-----A-TGTAAT---------GT--G--CAA--ATGTTTAT--G-ACTGT--T-TCCACTTCTT--TA-CAAA-TGACA-T--TG-CC-T-TA-ATTTA----TATGGT-T--CT-AA--------A-ATA-T-A-------------------TA-G-----------------A--------T----A------TA-----C--A--TG-G------------T--GTT---AT---G--T------AAT--GT-GCA---A-A-TG------T----T-----G--------TG-GC----TGTT--C----T-ATT---C--T-T-A-CATAGT-----GA-CA-TT-G---CCT-TA---AT-TTA------TAT----G----G--TTC-TG-AATA----T---TA--GA-T----A-----TAT-----C----A-TGAT---GT-ATG------------TAAT----GT---GC-A--A----A-ATGTTT-T-GT----GTC----CG--TTCC--TT-------CA--ATC--A------TGC--AA-------C-TCT--T---TCC-CTC--TTG----TG--AA-T----GT----AT-------TATT-T-------------G-T-GCATTGTTA---TATAT------AT-T-G-T---ACA-AC-C--TTCTTG-TTGCC-C-T--A--T----GGG-G---CC----TT-AA-TTTGACAATatcttgt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A---A-A-TG-----TT----T-----A--------TGAGC----TGTT--C----ATATT---CACT-T-ATCT-GGT-----TA-CA-TT-G---CCT-TA---G--TTG------TAT----A----GT-TTC-TGAAATA----TAA-TA--GA-T----A------A------CGAT-A-TGA-----T-ATG----T-------GACT----GTTTGGC-A--A----GCATG-TT-T-GT----GCT----GT--TTCCTGTT-------CA--ATC--A------CGCCAAA-------C-TCT--T---TCC-CTCGTTTG----TGT-AA-CGACAGT----AT-------TA-TAT-------------G-TCGCATTGATT---AT-AT----CAAT-T-G-CTCAACG-AC-C--TT-TTG-TTGCC-C-T--T--T----GGGTGGC-CC----TT-AATTTGGTCAATAAtaaacgaattg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                 tttgactgtatacagtaaaatactttttctggtatatctaaagtaagaacaaatcatttaattttggtcagattgttcaaaaataAA--------T-ATA-T-A-------------------TA-G-----------------A--------T----AATATGATA-----C--A--TG-A------------T--G-T---AT---G--T------AAT--GT-GCA---A-A-TG-----TT----T-----G--------TG-AC----TGTT--C----A-ATT---C--T-C-A-C--AGT-----GA-CA-TT-G---CCT-TA---AT-TTG------TAT----A----G--TTC-TAAAATA----T-A-TA--GA-TAATGA-----TT------C----G-TGAT---GT-ATG------------TAAT----GT---GC----A----A-ATG-TT-T-GT----GTC----TT--TTCCT-TT-------CA--ATC--A------TGC--AA-------C-TCT--T---TCC-CTC--TTG----TG--AA-T----GT----GT-----A-TA-T-T-------------G-T-GCATTGTTT------AT----C-AT-T-G-T---AC--AC-C--TTCTTG-TTGTC-C-T--T--TG---GGG-GGC-TC----TT-AA-TTGGTCAATAAacataataat


blockSeqs                     :                                        ACT        .    A .   G     .   CAAT     A C           .  T  C    T   .         A     AATTA  AT   AAATT  GC  A TGAT A    TATAG A      AATAGTATA  AG GA   GT        TA C    GTTTA    AC T  CT  .    A     G AT  G  . A  .     AGAA   GGTG TT  A  TAAATCAT T   A G GGATAAGCTGATAATCAAATAGAACATACTGCA                              AGGATCA      AATATGAATACACTGTG        TTA GC CCATCG   T   C   ATT T C  .      ATAG GCTCTCTTG       A  .       TC GC   T   TCA CG G . T AT   TTTAC  T  A  T GCC   G  CATA     ATTAAT   TATGG     GC   T       CTAT G A  AT  T ATAAGAGGGC              A    GAA  C   TATGAGGGT       TATG  TTG  AGCAATAA      T  CT   A    T CCTG  TC     G  C        AC   GA TGGTTT   CA  AGTACAT T  TATG      .   GT   GACT  AT  T GACA  TATT  AGACAATATTAAGCGAAGGTAGG    CC          ACATA   CG      A G T TCA   C  T CA      T     . T TTGT         T   .  GCGT  A  T    T
blockSeqs                     :                                        T          .    G .   T     .   AA       . .           .  .  .    .   .         .     .      T    TA     .   . .    .    .     .      .          .  .    .         .  .    TT       CT T  .   .    .     . A   .  . .  .     A      GGT  .   A  .        .   . . TAGATAATGCAACAATGAATATA                                        CGTA         ATGTTAC                  .   .  .        G   .   ATT . A  .      .    TAGTG           A  .       .  .    .   .   AC . . . A    .      .  .  . .     .  AAT      T        A         T    .       .    C .  TC  . AATGAGTAC               .    .    C   TGT             A     C    AATTAA        .  T    .    T T     .      .  .        .    A  .        .   A       .  TG        .   .    C     GA  . .     CCC   AGACATAT                   TC          TAT     CA      . . . .     .  G .       .     . C TATC         .   .  .     .  .    T
blockSeqs                     :                                        T          .    . .   A     .   AA       . .           .  .  .    .   .         .     .      T    T      .   . .    .    .     .      .          .  .    .         .  .    T        CT T  .   .    .     . .   .  . .  .     .      TGT  .   G  .        .   . . TAGATAATATGA                                                   CATT         ATGTAC                   .   .  .        .   .   .   . .  .      .    GT              .  .       .  .    .   .   C  . . . A    .      .  .  . .     .  AT       .        A         .    .       .    A .  AT  . ATTACCCAA               .    .    .   TT              .     .    GAGAA         .  T    .    T T     .      .  .        .    .  .        .   C       .  TT        .   .    .     T   . .     .     TAAAATTG                   T           AAT     C       . . . .     .  . .       .     . . TTG          .   .  .     .  .    T
blockSeqs                     :                                        T          .    . .   .     .   AT       . .           .  .  .    .   .         .     .      G    T      .   . .    .    .     .      .          .  .    .         .  .    T        CT G  .   .    .     . .   .  . .  .     .      TGT  .   G  .        .   . . TAGATAATAA                                                     CAA          AACATA                   .   .  .        .   .   .   . .  .      .    A               .  .       .  .    .   .   .  . . . A    .      .  .  . .     .  AT       .        A         .    .       .    . .  T   . AATGATAC                .    .    .   TG              .     .    AAGCA         .  T    .    T .     .      .  .        .    .  .        .   .       .  TT        .   .    .     .   . .     .     ATTATT                     T           ATA     C       . . . .     .  . .       .     . . TG           .   .  .     .  .    A
blockSeqs                     :                                                                                               .  .  .    .   .         .     .      T    T      .   . .    .    .     .      .          .  .    .         .  .    T        CT T  .   .    .     . .   .  . .  .     .      AGG  .   G  .        .   . . TATGATT                                                        CA           GTACGC                   .   .  .        .   .   .   . .  .      .    A               .  .       .  .    .   .   .  . . . A    .      .  .  . .     .  TA       .        A         .    .       .    . .  A   . AATGATAC                .    .    .   T               .     .    AAAA          .  T    .    T .     .      .  .        .    .  .        .   .       .  TT        .   .    .     .   . .     .     ATATT                      T           TAT     C       . . . .     .  . .       .     . . TT           .   .  .     .  .    T
blockSeqs                     :                                                                                                          .   .         .     .      T    T      .   . .    .    .     .      .          .  .    .         .  .    T        AT T  .   .    .     . .   .  . .  .     .      GGT  .   G  .        .   . . TATTATG                                                        CA           TATGT                    .   .  .        .   .   .   . .  .      .    G               .  .       .  .    .   .   .  . . . A    .      .  .  . .     .  AT       .        A         .    .       .    . .  .   . AATGATTC                .    .    .   T               .     .    AAAA          .  T    .    C .     .      .  .        .    .  .        .   .       .  T         .   .    .     .   . .     .     ATATT                      T           AT      C       . . . .     .  . .       .     . . TT           .   .  .     .  .    T
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                              .          .  .    .         .  .    T        CT T  .   .    .     . .   .  . .  .     .      AG   .   T  .        .   . . TAGATAC                                                        AA           GTGTT                    .   .  .        .   .   .   . .  .      .    G               .  .       .  .    .   .   .  . . . A    .      .  .  . .     .  AT       .        A         .    .       .    . .  .   . GATACA                  .    .    .   T               .     .    AAA           .  T    .    T .     .      .  .        .    .  .        .   .       .  T         .   .    .     .   . .     .     TATTT                      T           TA      C       . . . .     .  . .       .     . . AT           .   .  .     .  .    .
blockSeqs                     :                                                                                                                                                                                                           .  .    .        .  T  .   .    .     . .   .  . .  .     .      .    .   T  .        .   . . TCGATT                                                         CA           ATGT                     .   .  .        .   .   .   . .  .      .    A               .  .       .  .    .   .   .  . . . A    .      .  .  . .     .  A        .        A         .    .       .    . .  .   . AACGAT                  .    .    .   T               .     .    AAA           .  T    .    . .     .      .  .        .    .  .        .   .       .  T         .   .    .     .   . .     .     TATAT                      T           TA      C       . . . .     .  . .       .     . . AT           .   .  .     .  .    .
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4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
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Reference ( family-9620 )     :                                  AATTCT--T---ACAAG--TGA-C-ATTN-GCCC--TT-AA--TTAAT-ACTGTTCTGAA-AT-AC-AGGT-ATA----TTGAAT-TTGAT-----AA-T-GT----T-A--CA-T----G-ATGT-----A-TGTAAT---------GT--G--CAA--ATGTTTAT--G-ACTG---T-TCCACTTTCT--TA-CAAA-TGACA-T--TG-CC-T-TA-ATTTA-------TAT-G--T-TCTNAA--------A-ATA-TA-------------------TA-G-----------------A--------T----A------TA-----C--A--TG-A------------T--G-T---AT---G--T------AAT--GTGCA---A-A-TG-----TT----T-----G--------TG-GC----TGTT--C----A-ATT---C--T-T-A-CA-AGT-----GA-CA-TT-G---CCT-TA---A--TTG------TAT----A----G--TTCT-GAAATA----T-A-TA--GAT----A-----T-A------C----A-TGAT---------G---T--ATG-TA-----------AT----GT---G---C-A-----A--ATG-TT-T-GT----GTC----GTTT--CCT-TT-------CAA--TC--A------TGC--AA-------C-TC---T---TCC-CTC--TTG----TG--AA-T----GT----AT-----A-TA-T-T-------------G-T-GCATTGTT--T-TAT-ATC-AT-T-G-T---ACA-AC-C--TTCTTG-TTGCC-C-T--T--T----GGG-GGC-CC----TT-AA-TTGGTCAATAA
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gi|15                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                    cCTAAG--------A-ATG-TA-------------------TC-G-----------------A--------T----T------TA-----C--AA-TG-A------------T--G-T---AT---T--T------AAT--GTGCA---A-ACTG-----TT----T-----G--------TG-AC----TTTT--C----A-CTT---C--T-T-A-CA-AGT-----GG-CA-TT-GGCCCTT-TA---AT-TTG------TAT----A----G--CTCT-GAAATA----T-A-TAATGAT----------T-A------C----A-TGAT---------G---T--ATG-TA-----------aaatttaattgtgtcagatagctgtttcctt
gi|16                         :                                                                                                                                                                                                                            tgaaT--TA-CAAA-TGACA-TATTG-CC-T-TA-ATTTA-------TA-------TCTG------------ATA-TA-------------------TA-G-----------------A--------TAATAA------TA-----C-----TGAA------------C--A-TA--AC---A--T------AAT--GTGCAATTA-A-TG-----T
gi|17                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                              T-------CAA--TC--A------TGC--A--------C-TC---T---TTC-CTC--TTG----TG--AA-T----GT----AT-----A-TA-T-T-------------G---GCATT--T--T-TAT-ATC-AT-T-G-T---ACA-A--C--TTCTTGTTTGCC-CTT--T--T----GGG-GGC-CC----TT-AA-TTGGTCAaatttataaatttaattacagtgtctgtttcc
gi|18                         :                                                                                                                                                                                                                             TTCT--TA-CAAA-TGACA-T--TG-CC-T-TA-TTTTA-------TA-------TCTGAA--------ATATA-TA-------------------TATT-----------------A--------T----G------TA-----CGTA--TGTA------------T--G-T---AT---G--T------AAT--GTACA---A-A-TA-----TT----T-----tgaacgaa
gi|2                          :                                aaAATTCCACT---ACAAG--TGAAC-ATT--GCCC--TTCAA--TTTAT-AATGTTCTGAA-ATTAC-AGGT-ATT----TTGAAT-TTGAT-----AA-T-GT----T-A--CA-T----G-ATGT-----AATGTAAT---------GT--G--CAA--A-GTTTAT--G-ACTG---T-CCCAACTGCT--TA-CAAAATGAAT-T--TG-CC-T-TA-AATTAAGAATATTGT-T--T-TCTGAA--------A-ATAATA-------------------TA-G-----------------A--------T----AC-----TAAGGATC--A--TG-AATATGAATACACT--G-TG--AT---GGCC------AATT-GTGCA---A-AATG-----TT----TTAGT-G--------TG-CC----TGTT--CGC--A-ATT---CC-T-T-A-CA-AGT-----GA-CAATT-G---CCT-TA---AATTTG------TAT----A----G--TTCT-GAAATA----T-AATAA-GAT----AATGA-T-A------C----AATGAT---------G---TC-ATG-TA-----------AT----GT---G---C-A-----A--ACG-C-----------------------CTT-TT-------CAA--TCGAA------TGC--AA-------T-CT---T---TCC-CGT--CTG----TGGAAA-T----GTTATTAT-----A--A-T-T-------------G-T-GCATTGTT--T-AAT-ATC-AT---G-T---ACA-GCGC--CTCTTG-TTGCC-CCT--T--T----GGG-GGA-AC----TT-AA-TTGGTCAATAAttattttcc
gi|20                         :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                      taaaacattttactaatttacatgataaacaaaattattctggatttaaactgtgaagatgtagagatttaaaactctcttgt----A-ATT---C--T-T-A-CA-AAT-----GA-TA-TT-G---CCT-TA---A--TTA------TTT----A----agcgaattgaa
gi|20                         :                                                                                                                                                                                      aaaattgtgaagatttagaaatattaaagtctcgtggtaTTCT--TA-CAAA-TGATA-T--TG-CC-T-TA-ATT
gi|24                         :                                                                                                                                                           aaaattgtgaagatttagaaatattaaagtctcgtggtaaaGTTTCT--G-ACTG---T-TCCACTT-CT--TA-CAAA-TGACA-T--TG-attta
gi|3                          :                                  AATTCT--T---ACAAG--TGAGC-ATGT-GCCT--TT-AA--TTAATCATTGT-CTGAA-AT-ACCAGGTTATA----TTGAATATTGAT-----AA-G-GA----T-A--CA-TTGATG-ATATTATAGA-TGTAAT---------GT--G--ACA--ATGTTCTT--G-ACTA---T-TCAACTT-CT--AA-CAAA-TGACA-TA-TG-CC-T-TA-ATTCA-------TATTG--T-TCTGAA--------A-ATA-TA-------------------TA-GATAATGCAACAATGAATA--------T----A------TA-----C--ATTTG-A------------T--G-T---A----G--T------AATG-GTGC----A-A-TG-----TT----T-----GT-------TG-AC----TGTT--C----A-ATT---CCGT-T-A-C--AGT-----G--CA-TT-G---CCTGTACATA--TTGT-----TAT----A----AGCTTCT-GGAATA----TCA-TA--AATG---A-----T-A------CA---A-TGAC---------G---T--ATG-TA-----------A-----GT---G---C-A-----A--AT--TC-T-G-------------------CT-TT-------CAA--TC--ATGGTTTTGC--AAAGTACATC-TC---T---TCC-TCC--TTGC---TA--AA-T----GT----AT-----ATTA-T-T-------------GCC-GCATTG-T--T-TATAATC-AC-T-G-T---ACA-AC-CCATTCTTG-TTGCC-C-TTAT--C----GGG-AAC-CC----TT-AA-TTGG-CAATAA
gi|4                          : tgtagagcaatgttttaacctgctcaaagtggtAAATCT--T---ACAAG--TGA-C-ATTA-GCCC--TT-AT--TTA-T-ACTGTTCTGA---T-AC-AGGT-ATA----TTGAAT-TTGAT-----AA-T-GT----T-A--CA-T----G-ATGT-----A-TGTAAT---------GT--G--CAA--ATGTTTAT--G-ACTG---T-TCCACTTTCT--TA-CAAA-TGACA-T--TGGCC-T-TA-ATTTA-------TAT-GG-TGTCTTAA--------A-ATA-TA-------------------TA-G-----------------A--------T----A------TA-----C--A--TG-G------------T--G-T---AT---G--T------AAT--GTGCA---A-A-TG-----TT----T-----G--------TG-GC----TGTT--C----A-ATT---C--T-T-A-CA-AGT-----GA-CA-TT-G---CCT-TA---A--TTA------TAT----G----G--TTCT-GAAATA----T-A-AA--GAT----A-----T-A------C----A-TGAT---------G---T--ATGTTA-----------AT----GT---G---CAA-----A--ATG-TT-T-GT----GTC----GTTT--CCT-TTC------CAA--TC--A------TGC--AA-------C-TC---T---TCT-CTC--TTG----TG--AA-T----GT----AT-----A-TA-T-T-------------G-T-GCATTGTT--T-TA--ATCGATAT-G-T---ACA-AC-C--TTCTTG-TTGCC-C-T--A--T----GGG-GGC-CC----TT-AA-TTGA-CAATAAaacgaatg
gi|5                          :                                                                                                         -ATA----T--AAT-TTGAT-----AAAT-GTAAATT-AGCCAAC----G-ATAG-----A-TGTGATAATAGTATAGT--AGACAAGTATGTTTATTAGCACTGGTTTATCCACTTTCT--AA-CAAA-TGAAA-----G-------------A-------TAT-------CTTAA--------A-ATA--A-------------------C--G-----------------A--------T----A------TA-----A--A--TG-G------------TACG-C---AT---G--TCCATCGAAT--G--CA---A-A-TG-----TTATAGT-----A--------GG-AC----TGTT--C----A-ATT---C--T---A-CA-ACA-----TA-CA-TT-G---CCA-TAT--A--TGT------TATTATGG----G--TTCTTGAAATA----T-G-TATCGATT---A-----TTA------CCCAAA-TGAT---------GAAGT--ATG-TATGAGGGTAAGAGT----GC---G---A-G-----A--ATG-TTCT-GTA---GTCCCTGGTTCTCCCT-TT-------CAACATC--AA-----TGC--AA-------CCTC---TATGTCC-CTC--TTGGACTCG--AATT----GTCCC-ATAGACAA-TA-T-TAAGCGAAGGTAGGG-T-GCATTGTT--T-TA
gi|6                          :                                                                                                                                                                      tattgAT---------GTAGG--TAT--ATTTTTAA--A-ACTC---T-TGTAATTTCTCTTA-CAAG-TGACAGT--TG-CC-TATA-ACTTAA------TATAG--G-TCTCGATAAATCATA-ATA-TAGGATAAGCTGATAATCAAATA-G-----------------AACATACTGC----A------TA-----C--A--TG-A------------T--G-TTACGTTTAG--T------ATT--GTGCT---ATA-TA-----TT----T-----GCTCTCTTGTGAGC----TGTTTCC----A-ATCTCAC--TGT-A-TA-AGTTTTACGATCA-TTTG---CCT-TA---A--TTGATTAATTAT----A----G--CTCT-GAAATACTATT-A-TGATGAT----A-----T-AAGAGGGC----A-TGA----------G---T--ATG-TA-----------ATTATGGT---G---C-AGCAATA--ATG-TT-T-GT----G
gi|7                          :        taaaaccattaatattactaaacctttagtacccctgtgataaacaaaaatttttctggattttaattactcgtgcaaagTCTGAA-AT-AC-AGGT--TA----TTGAAT-TTGAT-----AA-T-GT----T-A--CA-T----G-ATGT-----A-TGTAAT---------GT--G--CAA--ATGTTTAT--G-ACTGT--T-TCCACTTCTT--TA-CAAA-TGACA-T--TG-CC-T-TA-ATTTA-------TATGG--T-TCT-AA--------A-ATA-TA-------------------TA-G-----------------A--------T----A------TA-----C--A--TG-G------------T--GTT---AT---G--T------AAT--GTGCA---A-A-TG------T----T-----G--------TG-GC----TGTT--C----T-ATT---C--T-T-A-CATAGT-----GA-CA-TT-G---CCT-TA---AT-TTA------TAT----G----G--TTCT-G-AATA----T---TA--GAT----A-----T-AT-----C----A-TGAT---------G---T--ATG-TA-----------AT----GT---G---CAA-----A--ATGTTT-T-GT----GTC----CGTT--CC--TT-------CAA--TC--A------TGC--AA-------C-TCT--T---TCC-CTC--TTG----TG--AA-T----GT----AT-------TATT-T-------------G-T-GCATTGTT--A-TAT-AT--AT-T-G-T---ACA-AC-C--TTCTTG-TTGCC-C-T--A--T----GGG-G---CC----TT-AA-TTTGACAATatcttgt
gi|8                          :                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                                     A---A-A-TG-----TT----T-----A--------TGAGC----TGTT--C----ATATT---CACT-T-ATCT-GGT-----TA-CA-TT-G---CCT-TA---G--TTG------TAT----A----GT-TTCT-GAAATA----TAA-TA--GAT----A-------A------CGAT-A-TGAT---------A---T--GTG--A-----------CT----GTTTGG---C-A-----AGCATG-TT-T-GT----GCT----GTTT--CCTGTT-------CAA--TC--A------CGCCAAA-------C-TCT--T---TCC-CTCGTTTG----TGT-AA-CGACAGT----AT-------TA-TAT-------------G-TCGCATTG-A--T-TAT-ATCAAT-T-G-CTCAACG-AC-C--TT-TTG-TTGCC-C-T--T--T----GGGTGGC-CC----TT-AATTTGGTCAATAAtaaacgaattg
gi|9                          :                                                                                                                                                                                                   tttgactgtatacagtaaaatactttttctggtatatctaaagtaagaacaaatcatttaattttggtcagattgttcaaaaataAA--------T-ATA-TA-------------------TA-G-----------------A--------T----AATATGATA-----C--A--TG-A------------T--G-T---AT---G--T------AAT--GTGCA---A-A-TG-----TT----T-----G--------TG-AC----TGTT--C----A-ATT---C--T-C-A-C--AGT-----GA-CA-TT-G---CCT-TA---AT-TTG------TAT----A----G--TTCT-AAAATA----T-A-TA--GATAATGA-----T-T------C----G-TGAT---------G---T--ATG-TA-----------AT----GT---G---C-A-----A--ATG-TT-T-GT----GTC----TTTT--CCT-TT-------CAA--TC--A------TGC--AA-------C-TCT--T---TCC-CTC--TTG----TG--AA-T----GT----GT-----A-TA-T-T-------------G-T-GCATTGTT------T-ATC-AT-T-G-T---AC--AC-C--TTCTTG-TTGTC-C-T--T--TG---GGG-GGC-TC----TT-AA-TTGGTCAATAAacataataat
4 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|19 ): ATCAGTTGTAACCGTCTTTGGTCCTTTACAGGACTTAATGGTTAATAAACAATTTAATTGAATATTTAACCAT
Unaligned ( gi|21 ): AAACAATGCTATTTTATGTACTTTGATACTGTCAATACATAAAGAATGACTTAGCCTTAG
Unaligned ( gi|22 ): TTCATCACTGGTTTACTCTTTGTAAAGACTGTTGCTACATAATAAAGAAT
Unaligned ( gi|23 ): TTATTATTATTTAAGAAGTGTTGTGAACTATGGATT