lowQualScore : 111111111111111
lowQualScore : 55 11 8888 777777777777777 111 1 11111111111111 222222222 2222222222222
lowQualScore : 6 55 6 22 6 6 6 5555 000000000000000 4 3 0 1 1 444 1 22 33 3 22 3 22 222 3 444444 1 1 22 2 2 11111111111111 77 4 22 2 2 2 22 333333333 33 555 2 5 8888888888888 4
lowQualScore : . .. . .. . . . .... ............... . . . . . ... . .. .. . .. . .. ... . ...... . . .. . . .............. .. . .. . . . .. ......... .. ... . . ............. .
lowQualScore : 0 00 0 00 0 0 0 0000 000000000000000 0 6 5 6 6 777 6 22 88 2 22 3 22 999 3 888888 7 7 55 0 1 22222222222222 33 2 99 1 1 1 99 555555555 44 777 7 7 0000000000000 0
consensus : NNNNNNNNNNNCAACATG-AATGTCCTCGCCTATAGGTAA----GTCCAATGATGGAAA---G-----CAGNAAATT-TTCAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTCT--A--T-ATA--AGAAAT--CAGTTC---AAT-A------TCTTG-AA-A--AG-CAT-T------T-------AGTGA-NACA-T--CAAG-AATA-C-T--GA-----A---A--TA--GGC-AATC-TGCAT------TCT-C--AAAGTCAGNTTTTC
Reference ( gi|6 ) : ACTAGATTTGTCGACATTTAATGCCTCCACCTGTAGATAATTAAGTCCAATGAAAGACATTTGATACCCAGAAAATT-TTCAAATCCAAGGGT-C-AACTA--A-ATTTCT--A--T-ATA--ACAAAT--CAGTTC---AAT-A------TCTTG-AA-A--AG-CAT-T------T-------AGTGA-AACA-T--CAAG-AATA-C-T--GA-----A---A--TA--AGC-AATC-TGCAT------TCT-C--AAAGTCAGATTTTC
gi|4 : CAACATG-AATGTCCTCGCCTATAGGTAA----GTCCAATGATGGAAA---G-----CAGAAATTT-TTCAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTCCT--A--T-ATATAAAAAAT--CAGTTC---AAT-ACATGTATCTTG-AA-A--AG-CAA-T------T-------AGTGA-AACA-T--CAAG-ACTA-C-T--GA-----A---A--TA--GAT-AATC-TATAT------AC--CAAAAAGTCAGTTTTTC
gi|14 : acttgaaattaagtgtgtcagcgCAGTAATTT-TTCAAATCCAAGGGG---AATTC--A-ATTTCT--A--T-ATA--ACAAAT--CAGTTA---AAG-A------TCATG-AA-A--AG-GAT-TTTATAAT-------AGTGA-AACA-T--CAAG-AATA-C-G--GA-----A---A--CA--GGC-AATC-TGCAT------aaaaataaaggggcacaactccattgaaaatcaatgagctggaac
gi|8 : gagAATT-TTCAA-T-----GGT-C-AACTC--A-ATTTCT--A--T-ATA--AGAAAT--CAGTTC---AAT--------TCTTGAAA-A--AG-CAC-T------TTGAATAAAGTAA-CACA-T--CATG-AATA-C-T--GA-----A---ATTTA--GGA-CATCTTGCAT------a
gi|19 : gctacagtaaagtcgataaaaaattaatagatgttcaataaagcagtAATTATTCAAATTCAATGGT-C-AACTC--A-ATTTCT--A--T-AGA--AGAAAT--Cacaaaaag
gi|7 : gtaccaagtgcaagttaaccctcaagattaaaattggaagtagtATA-TTCAAATCCAAACGT-C-AACTC--A-ATTTCT--G--T-ACA--AGAAAT--CAGTTC---TAT-A------CCTCA-AA-A--AG-CAT-T------T-------AGTGA-TACA-T--CATG-AATA-C-T--GA-----A---A--TA--GGC-AAT
gi|1 : tagctcagaacgtgtccatatgcccctttaacgcatgtaccaagttagccaacaaggttaaagttggaagtagcaattATT-TTCAAATC-AAGGGT-C-AACTC--A-ATTTCC--A--TCATG--A--AAT--TATTTC---AAT-A------TCTTG-AA-A--GG-CATGT------T-------AGTG--AACAGT--CGAG-AATA-CGT--GAAAGTTA---A--TA--GGC-ATTCATGCAT------T
gi|16 : aaaactaaatgtagtcggtgcgagcgaattgagcccccgcctacaataatagttccaattgaaaaaaaatatcgtaaggttacaaattgaagagatatTT-TTCAAATTCAAGGGT-C-AACTA--A-ATTTGTGTA--T-ATA--AGAAAT--CAGTTC---AAT-G------TCTTA-AA-A--AG-CAT-T------A-------AGCGA-TGCA-T--CAAG-AATA-C-T--aaactaaaacttgaaggaccattttttcaaggggggcacatctccaaatcacatgtacccgaaacgaacatcgagaatggtctgtaaactcagttgaatactgtaccacctgcatataacagccagttcaaaatatcaaagatctatagaaaaaaggttcgggaaaactggtcgataacagtaaattatttaaatcagaggccaccacacgtcaaaaatcaacgacttttaaagttacactgatacaaacaaaatc
gi|15 : aaaattgaaagcaatatttTC-TTTAAATCAAAATGT-G-AACTC--A-ATGTGT--A--T-GTA--ATAAGT--CAGTTC---AAT-A------TCTTT-AA-G--AG-CAC-T------T-------AGTGA-AACA-T--CAAT-GATA-C-T--GA-----A---
gi|11 : ttTT-TTCAAATACAAGGGTCC-AACTCCTA-TTTTGT--ATTT-GTA--AGAAAT--CAACTTGTAAAT-A------TCTTG-AA-A--AG-Ctgtggcaatatgaaaat
gi|22 : aacttgattcaatgtgtcagtgacgacacaaatgctcccgccgtacagtaggaatcccttagttaaattgaaatcagtatatTT-TTCAAATGCATGGGT-C-AACTC--A-ATTTCT--A--C-ATA--AGAA
gi|3 : ccaatgtaggaaattcgtaaggttagatttt-TTCAACTCCA-GCGT-C-AACTCC-A-ATTTCT--A--C-CTT--ACAAATATCGTTTC---AATTA------TTTTG-AA-ACAAG-CAC-TC-----T-------ACTGA-CACAGC--CATGCAATAAC-T--GA-----AT--A--TACTAGC-GCTC-TGCCA------TCA-A--GAAGTCTGATTTTC
gi|13 : aaactagatgtggttggtggcgacatgaatagcccccacctaaagtgaggcgaaatccctaaggttacattacCAAATCCAAGGGT-A-AACTC--A-ATTTCA--A--C-ATA--ACAAAT--CAGTTC---AAT-A------TCTTG-AA-A--AG-CAT-T------T-------AGGGA-AACA-T--GAAG-AATA-C-T--GA-----aagttaaatgggggacagaccccactcaaaatcaatgaaccacaccaaaacaa
gi|26 : ATGCAGGGGT-T-AACTC--A-ATTTCC--A--T-ATA--AGAAAT--CAGTTC---AAA-A------TCTTG-Atttttttcatattaaaggagaacaactccatcaaaaa
gi|17 : TCCATGGGT-C-AACTC--A-ATTTCT--A--T-GTA--AGAAAT--CAGTTC---AAT-A------TTTTG-AA-A--AG-CAT-G------T-------AGTGA-CACA-G--CATG-AATA-C-T--GAT----AT--A--TA--GGC-CATC-TGCAT------
gi|20 : TCCAAAGGT-C-AACTA--A-ATTTCT--A--T-AT----------------C---AAT-A------TCTTG-AA-A--AG-CAT-T------T-------AGTAA-CACA-C--CAAG-AATA-C-C--GA-----AATTA--TA--GGC-AATC-Ta
gi|18 : CAAGGGT-C-AAATG--A-ATTTCT--G--T-ATA--AGAAAC--TAGTTC---AAC-A------TCTTG-AA-C--AG-GAA-T------T-------AGAGA-CACA-T--CAAG-AAGA-T-T--GA-----AATTA--TA--GGC-AATC-TGCAc
gi|12 : CAAGGTT-C-A-CTT--A-CTTCCT--G--TTATC--ATAAAT--CAGTTC---AAT-A------TCTTT-AA-A---G-CAT-T------T-------AGTGA-CGCA-T--CAAG-AATA-C-T--GATGT--C---A--TA--AGC-AATC-TGCAT------
gi|21 : CAAGGGT-C-AACTC--A-ATCTTT--A--T-ATA--A---------GTCC---ATT-A------TCTTG-AA-A--AG-CAT-T------T-------GGTAA-CACA-T--AAAG-AATA-C-T--GA-----A---A--aaaaatgaccgttttacaaagttagaggggcacaactcc
gi|5 : CAAGGG--C-AACTC--A-ATTTCT--A--T-ACA--A--AAC--C--------------------TTTG-AAGA--AGACAT-T--------------AGTGA-AACA-TTGCAAG-AATA-C-A--AG-----A---A--TA--GGC-AATC-TGCAT------ACTAT--AAAGTa
gi|23 : aCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTCG--A--T----------AT--AAG------AAC-A------TCTT------------------------------AGTGA-AACA-T--CAAA-AATA-C-T--GA-----A---A--AG--AAC-AATC-agtgtttcaaagtttcaagggcacaaactcgcaaacaaaaaatcaatctgaactaaaagtctaaacaaacctcacactcgattccgtaacctcattgattataaaacctgcctatacaaaagatcatcaatatctcaaag
gi|2 : AGGGGT-CTAAATA--A-ATTTCT--GC-T-ACA--AAGAAT--CATCTC---AAT-A------TCTTG-AA-A--AG-CA--T------T-------AGTGATTGCA-T--GAAG-AATA-C-T--TA-----AT--A--TA--GGCAAATC-CGAA---------T-C--AAA
gi|10 : AGGGG-C-AACTA--A-ATTTCT--A--T-ATA--ACAAAT--CAGTTC---------------------A-A--AG-CAT-T------T-------AGTGA-A--G-T--C----AGTT-C-T--AT-----ATCTC--TA--AGC-AA------AT------TTT-C--AAAGTaaagcattttttagagtgtaaagaggcacaccactccatcaaaatctctacaaattattaagaacaaaatgtgatttgctaatcattaataccactgctatacaagaaaaacagtcatgatctcaaagtagtttagaaaaaaatccagaaaatagtcataacagtaatccttttaaagttcaaggcccacaact
gi|29 : GGT-C-AACTC--ACATTTCT--A--T-ATA--AGAAAT--CAGTTC---AAT-A------TCTTG-AA-tgaaggggcttaacgccatcaaaaatcaacaaactagaacaaaatgtaactcgttagcataaacctgc
gi|28 : GGT-G-AACTC--A-ATTTCT--A--T-GTA--AGAAAG--CAGTTC---AAT-A------TCTTG-AA-A--A
gi|25 : GGC-C-AACTC--A-ATATCT--A--T-ATA--AGATAT--TAG-TC---AATCA------TCTTG-AA-A--
gi|9 : attcatAAAT--CAGTTC---AAT-A------TCTTC-AG-A--AG-CAT-T------T-------AGTGA-CACA-T--CAAA-AATA-C-TTCAA-----A---A--CA--GGC-AATC-TGTGTACAATGTTT-C--AAAGTTA
3 sequences could not be aligned to this particular reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ACAAGATGTGTCGGTGCGACACGAATGCCAAACGTGCAAAGGCGACCAAACTTGCCGTCACAATGCC
Unaligned ( gi|27 ): TCAAAAAGCACCGGGGATGCTATAGCCAAGTTGCAGGTAATTTTCAAA
Unaligned ( gi|30 ): CCAAACGTGCAGAGAAGACCAAAGTTGCCGTCACAATTGC
Alignments
lowQualScore : 11 1 1 444444444444444444444444 11111111111111 1111 1111111 111111111 2222222222222
lowQualScore : 2 00 0 2 2 0 3 6 222222222222222222222222 33333333333333 666 3333 44 5 1 1 33 1 22 22 666 3 2 222 666666 1 1 44 1 222 2222222 55 4 22 2 2 2 22 999999999 33 55 2 5 5555555555555 3 1
lowQualScore : . .. . . . . . . ........................ .............. ... .... .. . . . .. . .. .. ... . . ... ...... . . .. . ... ....... .. . .. . . . .. ......... .. .. . . ............. . .
lowQualScore : 2 22 0 2 2 0 8 4 888888888888888888888888 77777777777777 555 5555 22 7 5 5 55 5 00 00 111 0 3 888 222222 6 6 00 9 888 2222222 11 2 99 1 1 1 99 444444444 22 99 5 3 3333333333333 2 0
consensus : NNNNNNNNNNNCGACACG-AAT-GCCCCCGCC-TATAGGTAA----G--TCC---AAT--GATTGAAA---G-----C----AGT--AA--NTT--TT-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-NACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AATC-TGCAT------TCT-C--AAAGTCAGNTTTTC
Reference ( family-9555 ) : NNNNNNNNNNNCAACATG-AAT-GTCCTCGCC-TATAGGTAA----G--TCC---AAT--GATGGAAA---G-----C----AGN--AA--ATT--TT-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-NACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AATC-TGCAT------TCT-C--AAAGTCAGNTTTTC
gi|1 : --ATT--TT-CAAATC-AAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--C--A---TCAT--GAAATTATTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AGG-CA-TGTT-------AGTGA--ACAGT--CGAG-AAT-ACGT--GAAAGTTA---A--TA--GGC-ATTCATGCAT------T
gi|10 : aaaactaaatgtagtcggtgcgagcgaattgagcccccgcctacaataatagttccaattgaaaaaaaatatcgtaaggttacaaattgaagagatatAGGGG-C-AACTA--A-ATTTC--T--A---T-ATAACAAATCAGTTC---------------------A--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-aaactaaaacttgaaggaccattttttcaaggggggcacatctccaaatcacatgtacccgaaacgaacatcgagaatggtctgtaaactcagttgaatactgtaccacctgcatataacagccagttcaaaatatcaaagatctatagaaaaaaggttcgggaaaactggtcgataacagtaaattatttaaatcagaggccaccacacgtcaaaaatcaacgacttttaaagttacactgatacaaacaaaatc
gi|11 : CGACACA-AAT-GCTCCCGCCGTACAG-TAG----GAATCCCTTAGTTAAATTGAAA---T-----C----AGT--AT--ATT--TTTCAAATACAAGGGTCC-AACTCCTA-TTTTG--T--ATT-T-GTAAGAAATCAACTTGTAAA------T-ATCTTG-AA--AAG-Cagtcagttctatatctctaagcaaattttcaaagttgaaggggcttaacgccatcaaaaatcaacaaactagaacaaaatgtaactcgttagcataaacctgc
gi|12 : aacttgattcaatgtgtcagtgaCAAGGTT-C-A-CTT--A-CTTCC--T--G---TTATCATAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTT-AA--A-G-CA-T-TT-------AGTGA-CGCA-T--CAAG-AAT-AC-T--GATGT--C---A--TA--AGC-AATC-TGCAT------
gi|13 : -CAAATCCAAGGGT-A-AACTC--A-ATTTC--A--A---C-ATAACAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGGGA-AACA-T--GAAG-AAT-AC-T--GA-----aaaaatgaccgttttacaaagttagaggggcacaactcc
gi|14 : A---G-----C----AGT--AA--TTT--TT-CAAATCCAAGGGG---AATTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAACAAATCAGTTA---AA------G-ATCATG-AA--AAG-GA-T-TTTATAAT-AGTGA-AACA-T--CAAG-AAT-AC-G--GA-----A---A--CA--GGC-AATC-TGCAT------tttttttcatattaaaggagaacaactccatcaaaaa
gi|15 : gTC--TT-TAAATCAAAATGT-G-AACTC--A-ATGTG--T--A---T-GTAATAAGTCAGTTC---AA------T-ATCTTT-AA--GAG-CA-C-TT-------AGTGA-AACA-T--CAAT-GAT-AC-T--G------A---A--TGT-GGC-AATA-TGa
gi|16 : ttATTGAAA---G-----C----AAT--AT--TTT--TTTCAAATTCAAGGGT-C-AACTA--A-ATTTG--TGTA---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-GTCTTA-AA--AAG-CA-T-TA-------AGCGA-TGCA-T--CAAG-AAT-AC-T--aaaat
gi|17 : aaaTCCATGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-GTAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATTTTG-AA--AAG-CA-T-GT-------AGTGA-CACA-G--CATG-AAT-AC-T--GAT----AT--A--TA--GGC-CATC-TGCAT------
gi|18 : CAAGGGT-C-AAATG--A-ATTTC--T--G---T-ATAAGAAACTAGTTC---AA------C-ATCTTG-AA--CAG-GA-A-TT-------AGAGA-CACA-T--CAAG-AAG-AT-T--GA-----AATTA--TA--GGC-AATC-TGCAa
gi|19 : ATTGGAA---G-----T----AGT--AA--TTA--TT-CAAATTCAATGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-AGAAGAAATC
gi|2 : gtaccaagtgcaagttaaccctcaagattaaaAGGGGT-CTAAATA--A-ATTTC--T--GC--T-ACAAAGAATCATCTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA---TT-------AGTGATTGCA-T--GAAG-AAT-AC-T--TA-----AT--A--TA--GGCAAATC-CGAA---------T-C--AAA
gi|20 : TCCAAAGGT-C-AACTA--A-ATTTC--T--A---T-AT------------C---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTAA-CACA-C--CAAG-AAT-AC-C--GA-----AATTA--TA--GGC-AATC-Taaagcattttttagagtgtaaagaggcacaccactccatcaaaatctctacaaattattaagaacaaaatgtgatttgctaatcattaataccactgctatacaagaaaaacagtcatgatctcaaagtagtttagaaaaaaatccagaaaatagtcataacagtaatccttttaaagttcaaggcccacaact
gi|21 : CAAGGGT-C-AACTC--A-ATCTT--T--A---T-ATAAG-------TCC---AT------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------GGTAA-CACA-T--AAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--c
gi|22 : TT--TT-CAAATGCATGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---C-ATAAGAAa
gi|23 : ccaatgtaggaaattcgtaaggttagattttCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--G--A---T-ATAAGAA-------------------C-ATCTT------------------------AGTGA-AACA-T--CAAA-AAT-AC-T--GA-----A---A--AG--AAC-AATC-
gi|25 : GGC-C-AACTC--A-ATATC--T--A---T-ATAAGATATTAG-TC---AA------TCATCTTG-AA--A
gi|26 : attcatATGCAGGGGT-T-AACTC--A-ATTTC--C--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------A-ATCTTG-A
gi|28 : GGT-G-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-GTAAGAAAGCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AA
gi|29 : GGT-C-AACTC--ACATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--
gi|3 : CGACATG-AATAGCCCCCACC-TA-AAGTGA----G--GC-------------GAAA---T-----CCCTAAGGTTAC--ATTACTT-CAACTCCA-GCGT-C-AACTCC-A-ATTTC--T--ACCTT-ACAA-ATATCGTTTC---AAT-----T-ATTTTG-AAACAAG-CACT-CT-------ACTGA-CACAGC--CATGCAATAAC-T--GA-----AT--A--TACTAGC-GCTC-TGCCA------TCA-A--GAAGTCTGATTTTC
gi|4 : aaactagatgtggttggtggCAACATG-AAT-GTCCTCGCC-TATAGGTAA----G--TCC---AAT--GATGGAAA---G-----C----AGA--AA--TTT--TT-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTCCTAT--A---T-ATAAAAAATCAGTTC---AATACATGT-ATCTTG-AA--AAG-CA-A-TT-------AGTGA-AACA-T--CAAG-ACT-AC-T--GA-----A---A--TA--GAT-AATC-TATAT------AC--CAAAAAGTCAGTTTTTCaagttaaatgggggacagaccccactcaaaatcaatgaaccacaccaaaacaa
gi|5 : acttgaaattaagtgtgtcagcgCAAGGG--C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ACAA--AACC--------------------TTTG-AAG-AAGACA-T-T--------AGTGA-AACA-TTGCAAG-AAT-AC-A--AG-----A---A--TA--GGC-AATC-TGCAT------ACTAT--AAAGT-AGTGTTTCaaaaataaaggggcacaactccattgaaaatcaatgagctggaac
gi|6 : aCGACATTTAAT-GCCTCCACC-TGTAGATAATTAAG--TCC---AAT--GAAAGACATTTGATACCC----AGA--AA--ATT--TT-CAAATCCAAGGGT-C-AACTA--A-ATTTC--T--A---T-ATAACAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-AACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--AGC-AATC-TGCAT------TCT-C--AAAGTCAGATTTTCaaagtttcaagggcacaaactcgcaaacaaaaaatcaatctgaactaaaagtctaaacaaacctcacactcgattccgtaacctcattgattataaaacctgcctatacaaaagatcatcaatatctcaaag
gi|7 : actagatttgtGGAA---G-----T----AGC--AATTATA--TT-CAAATCCAAACGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--G---T-ACAAGAAATCAGTTC---TA------T-ACCTCA-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-TACA-T--CATG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AAT
gi|8 : tagctcagaacgtgtccatatgcccctttaacgcatgtaccaagttagccaacaaggttaaagttATAGAT------G--TTC---AAT-------AAA---G-----C----AGT--AA---TT--TT-CAA-T-----GGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T--TCTTGAAA--AAG-CA-C-TTTGAATAAAGTAA-CACA-T--CATG-AAT-AC-T--GA-----A---ATTTA--GGA-CATCTTGCAT------
gi|9 : gctacagtaaagtcgataaaaaattaGAAA---G-----C----ATT--AT--TTT--TT-CAAATCCA--------------------------------------AAATCAGTTC---AA------T-ATCTTC-AG--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-CACA-T--CAAA-AAT-AC-TTCAA-----A---A--CA--GGC-AATC-TGTGTACAATGTTT-C--AAAGTTAacaaaaag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ACAAGATGTGTCGGTGCGACACGAATGCCAAACGTGCAAAGGCGACCAAACTTGCCGTCACAATGCC
Unaligned ( gi|27 ): TCAAAAAGCACCGGGGATGCTATAGCCAAGTTGCAGGTAATTTTCAAA
Unaligned ( gi|30 ): CCAAACGTGCAGAGAAGACCAAAGTTGCCGTCACAATTGC
Alignments
lowQualScore : 111 1 1 333333333333333333333333333 1111111 111111111 2222222222222
lowQualScore : 222 0 0 3 3 0 666666666666666666666666666 55 4 3 444 3 77 2 1 1 33 1 22 22 666 3 2 222 666666 1 1 44 1 222 2222222 55 4 22 2 2 2 22 999999999 33 55 2 5 5555555555555 3 1
lowQualScore : ... . . . . . ........................... .. . . ... . .. . . . .. . .. .. ... . . ... ...... . . .. . ... ....... .. . .. . . . .. ......... .. .. . . ............. . .
lowQualScore : 222 0 0 8 2 1 000000000000000000000000000 55 0 6 999 1 33 9 5 5 55 5 00 00 111 0 3 888 222222 6 6 00 9 888 2222222 11 2 99 1 1 1 99 444444444 22 99 5 3 3333333333333 2 0
consensus : NNNNNNNNNNNCGACACG-AAT-GCCCCCGCC-TATAGGTAA----G--TCC---AAT--GA-------TTG--A-AAGCAG-TA-ATT-T--TT-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-NACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AATC-TGCAT------TCT-C--AAAGTCAGNTTTTC
Reference ( family-9555 ) : NNNNNNNNNNNCGACACG-AAT-GCCCCCGCC-TATAGGTAA----G--TCC---AAT--GA-------TTG--A-AAGCAG-TA-ANT-T--TT-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-NACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AATC-TGCAT------TCT-C--AAAGTCAGNTTTTC
gi|1 : GTAA----GGTTAC---AA----A-------TTG--A-AG--AGATA-TAT-T--TT-CAAATC-AAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--C--A---TCAT--GAAATTATTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AGG-CA-TGTT-------AGTGA--ACAGT--CGAG-AAT-ACGT--GAAAGTTA---A--TA--GGC-ATTCATGCAT------T
gi|10 : aaaactaaatgtagtcggtgcgagcgaattgagcccccgcctacaataatagttccaattgaaaaaaaatatcAGGGG-C-AACTA--A-ATTTC--T--A---T-ATAACAAATCAGTTC---------------------A--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-aaactaaaacttgaaggaccattttttcaaggggggcacatctccaaatcacatgtacccgaaacgaacatcgagaatggtctgtaaactcagttgaatactgtaccacctgcatataacagccagttcaaaatatcaaagatctatagaaaaaaggttcgggaaaactggtcgataacagtaaattatttaaatcagaggccaccacacgtcaaaaatcaacgacttttaaagttacactgatacaaacaaaatc
gi|11 : CGACACA-AAT-GCTCCCGCCGTACA-GTAG----GAATCCCTTAGTTAAA-------TTG--A-AATCAG-TATATT-T--TT-CAAATACAAGGGTCC-AACTCCTA-TTTTG--T--ATT-T-GTAAGAAATCAACTTGTAAA------T-ATCTTG-AA--AAG-Cagtcagttctatatctctaagcaaattttcaaagttgaaggggcttaacgccatcaaaaatcaacaaactagaacaaaatgtaactcgttagcataaacctgc
gi|12 : aacttgattcaatgtgtcagtgaCAAGGTT-C-A-CTT--A-CTTCC--T--G---TTATCATAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTT-AA--A-G-CA-T-TT-------AGTGA-CGCA-T--CAAG-AAT-AC-T--GATGT--C---A--TA--AGC-AATC-TGCAT------
gi|13 : -CAAATCCAAGGGT-A-AACTC--A-ATTTC--A--A---C-ATAACAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGGGA-AACA-T--GAAG-AAT-AC-T--GA-----aaaaatgaccgttttacaaagttagaggggcacaactcc
gi|14 : AGCAG-TA-ATT-T--TT-CAAATCCAAGGGG---AATTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAACAAATCAGTTA---AA------G-ATCATG-AA--AAG-GA-T-TTTATAAT-AGTGA-AACA-T--CAAG-AAT-AC-G--GA-----A---A--CA--GGC-AATC-TGCAT------tttttttcatattaaaggagaacaactccatcaaaaa
gi|15 : gT-C--TT-TAAATCAAAATGT-G-AACTC--A-ATGTG--T--A---T-GTAATAAGTCAGTTC---AA------T-ATCTTT-AA--GAG-CA-C-TT-------AGTGA-AACA-T--CAAT-GAT-AC-T--G------A---A--TGT-GGC-AATA-TGa
gi|16 : ttA-------TTG--A-AAGCAA-TA-TTT-T--TTTCAAATTCAAGGGT-C-AACTA--A-ATTTG--TGTA---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-GTCTTA-AA--AAG-CA-T-TA-------AGCGA-TGCA-T--CAAG-AAT-AC-T--aaaat
gi|17 : aaaTCCATGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-GTAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATTTTG-AA--AAG-CA-T-GT-------AGTGA-CACA-G--CATG-AAT-AC-T--GAT----AT--A--TA--GGC-CATC-TGCAT------
gi|18 : CAAGGGT-C-AAATG--A-ATTTC--T--G---T-ATAAGAAACTAGTTC---AA------C-ATCTTG-AA--CAG-GA-A-TT-------AGAGA-CACA-T--CAAG-AAG-AT-T--GA-----AATTA--TA--GGC-AATC-TGCAa
gi|19 : A-------TTG--G-AAGTAG-TA-ATT-A--TT-CAAATTCAATGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-AGAAGAAATC
gi|2 : gtaccaagtgcaagttaaccctcaagattaaaAGGGGT-CTAAATA--A-ATTTC--T--GC--T-ACAAAGAATCATCTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA---TT-------AGTGATTGCA-T--GAAG-AAT-AC-T--TA-----AT--A--TA--GGCAAATC-CGAA---------T-C--AAA
gi|20 : TCCAAAGGT-C-AACTA--A-ATTTC--T--A---T-AT------------C---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTAA-CACA-C--CAAG-AAT-AC-C--GA-----AATTA--TA--GGC-AATC-Taaagcattttttagagtgtaaagaggcacaccactccatcaaaatctctacaaattattaagaacaaaatgtgatttgctaatcattaataccactgctatacaagaaaaacagtcatgatctcaaagtagtttagaaaaaaatccagaaaatagtcataacagtaatccttttaaagttcaaggcccacaact
gi|21 : CAAGGGT-C-AACTC--A-ATCTT--T--A---T-ATAAG-------TCC---AT------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------GGTAA-CACA-T--AAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--c
gi|22 : T-T--TT-CAAATGCATGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---C-ATAAGAAa
gi|23 : ccaatgtaggaaattcgtaaggttagattttCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--G--A---T-ATAAGAA-------------------C-ATCTT------------------------AGTGA-AACA-T--CAAA-AAT-AC-T--GA-----A---A--AG--AAC-AATC-
gi|25 : GGC-C-AACTC--A-ATATC--T--A---T-ATAAGATATTAG-TC---AA------TCATCTTG-AA--A
gi|26 : attcatATGCAGGGGT-T-AACTC--A-ATTTC--C--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------A-ATCTTG-A
gi|28 : GGT-G-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-GTAAGAAAGCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AA
gi|29 : GGT-C-AACTC--ACATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--
gi|3 : CGACATG-AATAGCCCCCACC-TA-AAGTGA----G--GCG---AA----A-------TCCCTA-AGGT---TA-CAT-TACTT-CAACTCCA-GCGT-C-AACTCC-A-ATTTC--T--ACCTT-ACAA-ATATCGTTTC---AAT-----T-ATTTTG-AAACAAG-CACT-CT-------ACTGA-CACAGC--CATGCAATAAC-T--GA-----AT--A--TACTAGC-GCTC-TGCCA------TCA-A--GAAGTCTGATTTTC
gi|4 : aaactagatgtggttggtggCAACATG-AAT-GTCCTCGCC-TATAGGTAA----G--TCC---AAT--GA-------TGG--A-AAGCAG-AA-ATT-T--TT-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTCCTAT--A---T-ATAAAAAATCAGTTC---AATACATGT-ATCTTG-AA--AAG-CA-A-TT-------AGTGA-AACA-T--CAAG-ACT-AC-T--GA-----A---A--TA--GAT-AATC-TATAT------AC--CAAAAAGTCAGTTTTTCaagttaaatgggggacagaccccactcaaaatcaatgaaccacaccaaaacaa
gi|5 : acttgaaattaagtgtgtcagcgCAAGGG--C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ACAA--AACC--------------------TTTG-AAG-AAGACA-T-T--------AGTGA-AACA-TTGCAAG-AAT-AC-A--AG-----A---A--TA--GGC-AATC-TGCAT------ACTAT--AAAGT-AGTGTTTCaaaaataaaggggcacaactccattgaaaatcaatgagctggaac
gi|6 : aCGACATTTAAT-GCCTCCACC-TGTAGATAATTAAG--TCC---AAT--GAAAGACATTTG--ATACCCAG-AA-AAT-T--TT-CAAATCCAAGGGT-C-AACTA--A-ATTTC--T--A---T-ATAACAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-AACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--AGC-AATC-TGCAT------TCT-C--AAAGTCAGATTTTCaaagtttcaagggcacaaactcgcaaacaaaaaatcaatctgaactaaaagtctaaacaaacctcacactcgattccgtaacctcattgattataaaacctgcctatacaaaagatcatcaatatctcaaag
gi|7 : actagatttgt-------TTG--G-AAGTAG-CA-ATTATA-TT-CAAATCCAAACGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--G---T-ACAAGAAATCAGTTC---TA------T-ACCTCA-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-TACA-T--CATG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AAT
gi|8 : tagctcagaacgtgtccatatgcccctttaacgcatgtaccaagttagccaacaaggttaaagATAGAT------G--TTC---AAT----------------A-AAGCAG-TA-ATT-T--T--------CAATGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T--TCTTGAAA--AAG-CA-C-TTTGAATAAAGTAA-CACA-T--CATG-AAT-AC-T--GA-----A---ATTTA--GGA-CATCTTGCAT------
gi|9 : gctacagtaaagtcgataaaaaattaTAA----G--GTT---AAA--AA-------CTG--A-AAGCAT-TA-TTT-T--TT-CAAATCCAA--------------------------------------AATCAGTTC---AA------T-ATCTTC-AG--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-CACA-T--CAAA-AAT-AC-TTCAA-----A---A--CA--GGC-AATC-TGTGTACAATGTTT-C--AAAGTTAacaaaaag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ACAAGATGTGTCGGTGCGACACGAATGCCAAACGTGCAAAGGCGACCAAACTTGCCGTCACAATGCC
Unaligned ( gi|27 ): TCAAAAAGCACCGGGGATGCTATAGCCAAGTTGCAGGTAATTTTCAAA
Unaligned ( gi|30 ): CCAAACGTGCAGAGAAGACCAAAGTTGCCGTCACAATTGC
Alignments
lowQualScore : 222 3333333333333333333333333333333333 1111111111111 2222222222222222 1111111 111111111 2222222222222
lowQualScore : 8 222 8 4 2222222222222222222222222222222222 55 4 5555555555555 55 7777 3 2222222222222222 888888 2 0 1 1 22 1 22 22 666 3 2 222 666666 1 1 44 1 222 2222222 55 4 22 2 2 2 22 999999999 33 55 2 5 5555555555555 3 1
lowQualScore : . ... . . .................................. .. . ............. .. .... . ................ ...... . . . . .. . .. .. ... . . ... ...... . . .. . ... ....... .. . .. . . . .. ......... .. .. . . ............. . .
lowQualScore : 0 000 0 2 2222222222222222222222222222222222 55 0 5555555555555 00 7777 6 6666666666666666 888888 9 7 5 5 00 5 00 00 111 0 3 888 222222 6 6 00 9 888 2222222 11 2 99 1 1 1 99 444444444 22 99 5 3 3333333333333 2 0
consensus : NNNNNNNNNNNCGACACG-AAT---GCCCCCGCC-TATA--GGTAA----G--TCC---AAT--GA-------TTG--A-AA---------G---CA--GT----A-ATT------------T---T------T-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-NACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AATC-TGCAT------TCT-C--AAAGTCAGNTTTTC
Reference ( family-9555 ) : NNNNNNNNNNNCGACACG-AAT---GCCCCCGCC-TATA--GGTAA----G--TCC---AAT--GA-------TTG--A-AA---------G---CA--GT----A-ATT------------T---T------T-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-NACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AATC-TGCAT------TCT-C--AAAGTCAGNTTTTC
gi|1 : CG-AATTGAGCCCCCGCC-TACAATAATAG----T--TCC---A-----A-------TTG--A-AAAAAAATATCG---TAAGGTTACAA-ATTGAAGAGATATATT---T------T-CAAAT-CAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--C--A---TCAT--GAAATTATTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AGG-CA-TGTT-------AGTGA--ACAGT--CGAG-AAT-ACGT--GAAAGTTA---A--TA--GGC-ATTCATGCAT------T
gi|10 : aaaactaaatgtagtcggtgcgagAGGGG-C-AACTA--A-ATTTC--T--A---T-ATAACAAATCAGTTC---------------------A--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-aaactaaaacttgaaggaccattttttcaaggggggcacatctccaaatcacatgtacccgaaacgaacatcgagaatggtctgtaaactcagttgaatactgtaccacctgcatataacagccagttcaaaatatcaaagatctatagaaaaaaggttcgggaaaactggtcgataacagtaaattatttaaatcagaggccaccacacgtcaaaaatcaacgacttttaaagttacactgatacaaacaaaatc
gi|11 : CGACACA-AAT---GCTCCCGCCGTACA---GTAG----GAATCCCTTAGTTAAA-------TTG--A-AA---------T---CA--GT----ATATT------------T---T------T-CAAATACAAGGGTCC-AACTCCTA-TTTTG--T--ATT-T-GTAAGAAATCAACTTGTAAA------T-ATCTTG-AA--AAG-Cagtcagttctatatctctaagcaaattttcaaagttgaaggggcttaacgccatcaaaaatcaacaaactagaacaaaatgtaactcgttagcataaacctgc
gi|12 : aacttgattcaatgtgtcagtgaCAAGGTT-C-A-CTT--A-CTTCC--T--G---TTATCATAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTT-AA--A-G-CA-T-TT-------AGTGA-CGCA-T--CAAG-AAT-AC-T--GATGT--C---A--TA--AGC-AATC-TGCAT------
gi|13 : -CAAATCCAAGGGT-A-AACTC--A-ATTTC--A--A---C-ATAACAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGGGA-AACA-T--GAAG-AAT-AC-T--GA-----aaaaatgaccgttttacaaagttagaggggcacaactcc
gi|14 : A---------G---CA--GT----A-ATT------------T---T------T-CAAATCCAAGGGG---AATTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAACAAATCAGTTA---AA------G-ATCATG-AA--AAG-GA-T-TTTATAAT-AGTGA-AACA-T--CAAG-AAT-AC-G--GA-----A---A--CA--GGC-AATC-TGCAT------tttttttcatattaaaggagaacaactccatcaaaaa
gi|15 : gTT------------C---T------T-TAAATCAAAATGT-G-AACTC--A-ATGTG--T--A---T-GTAATAAGTCAGTTC---AA------T-ATCTTT-AA--GAG-CA-C-TT-------AGTGA-AACA-T--CAAT-GAT-AC-T--G------A---A--TGT-GGC-AATA-TGa
gi|16 : tA-------TTG--A-AA---------G---CA--AT----A-TTT------------T---T------TTCAAATTCAAGGGT-C-AACTA--A-ATTTG--TGTA---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-GTCTTA-AA--AAG-CA-T-TA-------AGCGA-TGCA-T--CAAG-AAT-AC-T--aaaat
gi|17 : aaaTCCATGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-GTAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATTTTG-AA--AAG-CA-T-GT-------AGTGA-CACA-G--CATG-AAT-AC-T--GAT----AT--A--TA--GGC-CATC-TGCAT------
gi|18 : CAAGGGT-C-AAATG--A-ATTTC--T--G---T-ATAAGAAACTAGTTC---AA------C-ATCTTG-AA--CAG-GA-A-TT-------AGAGA-CACA-T--CAAG-AAG-AT-T--GA-----AATTA--TA--GGC-AATC-TGCAa
gi|19 : A-------TTG--G-AA---------G---TA--GT----A-ATT------------A---T------T-CAAATTCAATGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-AGAAGAAATC
gi|2 : gtaccaagtgcaagttaaccctcaagattaaaAGGGGT-CTAAATA--A-ATTTC--T--GC--T-ACAAAGAATCATCTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA---TT-------AGTGATTGCA-T--GAAG-AAT-AC-T--TA-----AT--A--TA--GGCAAATC-CGAA---------T-C--AAA
gi|20 : TCCAAAGGT-C-AACTA--A-ATTTC--T--A---T-AT------------C---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTAA-CACA-C--CAAG-AAT-AC-C--GA-----AATTA--TA--GGC-AATC-Taaagcattttttagagtgtaaagaggcacaccactccatcaaaatctctacaaattattaagaacaaaatgtgatttgctaatcattaataccactgctatacaagaaaaacagtcatgatctcaaagtagtttagaaaaaaatccagaaaatagtcataacagtaatccttttaaagttcaaggcccacaact
gi|21 : CAAGGGT-C-AACTC--A-ATCTT--T--A---T-ATAAG-------TCC---AT------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------GGTAA-CACA-T--AAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--c
gi|22 : TT------------T---T------T-CAAATGCATGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---C-ATAAGAAa
gi|23 : ccaatgtaggaaattcgtaaggttagatttCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--G--A---T-ATAAGAA-------------------C-ATCTT------------------------AGTGA-AACA-T--CAAA-AAT-AC-T--GA-----A---A--AG--AAC-AATC-
gi|25 : GGC-C-AACTC--A-ATATC--T--A---T-ATAAGATATTAG-TC---AA------TCATCTTG-AA--A
gi|26 : attcatATGCAGGGGT-T-AACTC--A-ATTTC--C--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------A-ATCTTG-A
gi|28 : GGT-G-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-GTAAGAAAGCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AA
gi|29 : GGT-C-AACTC--ACATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--
gi|3 : CGACATG-AATA--GCCCCCACC-TA-A--AGTGA----G--GCG---AA----A-------TCCCTA-AG---------GTTACA--TT----A-CTT------------CAACTCCAGCGT-CAACTCCA-----------------ATTTC--T--ACCTT-ACAA-ATATCGTTTC---AAT-----T-ATTTTG-AAACAAG-CACT-CT-------ACTGA-CACAGC--CATGCAATAAC-T--GA-----AT--A--TACTAGC-GCTC-TGCCA------TCA-A--GAAGTCTGATTTTC
gi|4 : aaactagatgtggttggtggCAACATG-AAT---GTCCTCGCC-TATA--GGTAA----G--TCC---AAT--GA-------TGG--A-AA---------G---CA--GA----A-ATT------------T---T------T-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTCCTAT--A---T-ATAAAAAATCAGTTC---AATACATGT-ATCTTG-AA--AAG-CA-A-TT-------AGTGA-AACA-T--CAAG-ACT-AC-T--GA-----A---A--TA--GAT-AATC-TATAT------AC--CAAAAAGTCAGTTTTTCaagttaaatgggggacagaccccactcaaaatcaatgaaccacaccaaaacaa
gi|5 : acttgaaattaagtgtgtcagcgCAAGGG--C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ACAA--AACC--------------------TTTG-AAG-AAGACA-T-T--------AGTGA-AACA-TTGCAAG-AAT-AC-A--AG-----A---A--TA--GGC-AATC-TGCAT------ACTAT--AAAGT-AGTGTTTCaaaaataaaggggcacaactccattgaaaatcaatgagctggaac
gi|6 : aCGACATTTAAT---GCCTCCACC-TGTA--GATAATTAAG--TCC---AAT--GAAAGACATTTG--ATAC---------C---CA--GA----A-AAT------------T---T------T-CAAATCCAAGGGT-C-AACTA--A-ATTTC--T--A---T-ATAACAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-AACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--AGC-AATC-TGCAT------TCT-C--AAAGTCAGATTTTCaaagtttcaagggcacaaactcgcaaacaaaaaatcaatctgaactaaaagtctaaacaaacctcacactcgattccgtaacctcattgattataaaacctgcctatacaaaagatcatcaatatctcaaag
gi|7 : actagatttgt-------TTG--G-AA---------G---TA--GC----A-ATTA-----------TA--T------T-CAAATCCAAACGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--G---T-ACAAGAAATCAGTTC---TA------T-ACCTCA-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-TACA-T--CATG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AAT
gi|8 : tagctcagaacgtgtccatatgcccctttaacgcatgtaccaagttagccaacaaggttaaagATA--GAT------G--TTC---AAT----------------A-AA---------G---CA--GT----A-ATT------------T---T--------------CAATGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T--TCTTGAAA--AAG-CA-C-TTTGAATAAAGTAA-CACA-T--CATG-AAT-AC-T--GA-----A---ATTTA--GGA-CATCTTGCAT------
gi|9 : gctacagtaaagtcgataaaaaattaTAA----G--GTT---AAA--AA-------CTG--A-AA---------G---CA--TT----A-TTT------------T---T------T-CAAATCCAA--------------------------------------AATCAGTTC---AA------T-ATCTTC-AG--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-CACA-T--CAAA-AAT-AC-TTCAA-----A---A--CA--GGC-AATC-TGTGTACAATGTTT-C--AAAGTTAacaaaaag
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ACAAGATGTGTCGGTGCGACACGAATGCCAAACGTGCAAAGGCGACCAAACTTGCCGTCACAATGCC
Unaligned ( gi|27 ): TCAAAAAGCACCGGGGATGCTATAGCCAAGTTGCAGGTAATTTTCAAA
Unaligned ( gi|30 ): CCAAACGTGCAGAGAAGACCAAAGTTGCCGTCACAATTGC
Alignments
lowQualScore : 222 3333333333333333333333333333333333 1111111111111 2222222222222222 1111111 111111111 2222222222222
lowQualScore : 8 222 8 4 2222222222222222222222222222222222 55 4 5555555555555 55 7777 3 2222222222222222 888888 2 0 1 1 22 1 22 22 666 3 2 222 666666 1 1 44 1 222 2222222 55 4 22 2 2 2 22 999999999 33 55 2 5 5555555555555 3 1
lowQualScore : . ... . . .................................. .. . ............. .. .... . ................ ...... . . . . .. . .. .. ... . . ... ...... . . .. . ... ....... .. . .. . . . .. ......... .. .. . . ............. . .
lowQualScore : 0 000 0 2 2222222222222222222222222222222222 55 0 5555555555555 00 7777 6 6666666666666666 888888 9 7 5 5 00 5 00 00 111 0 3 888 222222 6 6 00 9 888 2222222 11 2 99 1 1 1 99 444444444 22 99 5 3 3333333333333 2 0
consensus : NNNNNNNNNNNCGACACG-AAT---GCCCCCGCC-TATA--GGTAA----G--TCC---AAT--GA-------TTG--A-AA---------G---CA--GT----A-ATT------------T---T------T-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-NACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AATC-TGCAT------TCT-C--AAAGTCAGNTTTTC
Reference ( family-9555 ) : NNNNNNNNNNNCGACACG-AAT---GCCCCCGCC-TATA--GGTAA----G--TCC---AAT--GA-------TTG--A-AA---------G---CA--GT----A-ATT------------T---T------T-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-NACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AATC-TGCAT------TCT-C--AAAGTCAGNTTTTC
gi|1 : CG-AATTGAGCCCCCGCC-TACAATAATAG----T--TCC---A-----A-------TTG--A-AAAAAAATATCG---TAAGGTTACAA-ATTGAAGAGATATATT---T------T-CAAAT-CAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--C--A---TCAT--GAAATTATTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AGG-CA-TGTT-------AGTGA--ACAGT--CGAG-AAT-ACGT--GAAAGTTA---A--TA--GGC-ATTCATGCAT------T
gi|10 : aaaactaaatgtagtcggtgcgagAGGGG-C-AACTA--A-ATTTC--T--A---T-ATAACAAATCAGTTC---------------------A--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-aaactaaaacttgaaggaccattttttcaaggggggcacatctccaaatcacatgtacccgaaacgaacatcgagaatggtctgtaaactcagttgaatactgtaccacctgcatataacagccagttcaaaatatcaaagatctatagaaaaaaggttcgggaaaactggtcgataacagtaaattatttaaatcagaggccaccacacgtcaaaaatcaacgacttttaaagttacactgatacaaacaaaatc
gi|11 : CGACACA-AAT---GCTCCCGCCGTACA---GTAG----GAATCCCTTAGTTAAA-------TTG--A-AA---------T---CA--GT----ATATT------------T---T------T-CAAATACAAGGGTCC-AACTCCTA-TTTTG--T--ATT-T-GTAAGAAATCAACTTGTAAA------T-ATCTTG-AA--AAG-Cagtcagttctatatctctaagcaaattttcaaagttgaaggggcttaacgccatcaaaaatcaacaaactagaacaaaatgtaactcgttagcataaacctgc
gi|12 : aacttgattcaatgtgtcagtgaCAAGGTT-C-A-CTT--A-CTTCC--T--G---TTATCATAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTT-AA--A-G-CA-T-TT-------AGTGA-CGCA-T--CAAG-AAT-AC-T--GATGT--C---A--TA--AGC-AATC-TGCAT------
gi|13 : -CAAATCCAAGGGT-A-AACTC--A-ATTTC--A--A---C-ATAACAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGGGA-AACA-T--GAAG-AAT-AC-T--GA-----aaaaatgaccgttttacaaagttagaggggcacaactcc
gi|14 : A---------G---CA--GT----A-ATT------------T---T------T-CAAATCCAAGGGG---AATTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAACAAATCAGTTA---AA------G-ATCATG-AA--AAG-GA-T-TTTATAAT-AGTGA-AACA-T--CAAG-AAT-AC-G--GA-----A---A--CA--GGC-AATC-TGCAT------tttttttcatattaaaggagaacaactccatcaaaaa
gi|15 : gTT------------C---T------T-TAAATCAAAATGT-G-AACTC--A-ATGTG--T--A---T-GTAATAAGTCAGTTC---AA------T-ATCTTT-AA--GAG-CA-C-TT-------AGTGA-AACA-T--CAAT-GAT-AC-T--G------A---A--TGT-GGC-AATA-TGa
gi|16 : tA-------TTG--A-AA---------G---CA--AT----A-TTT------------T---T------TTCAAATTCAAGGGT-C-AACTA--A-ATTTG--TGTA---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-GTCTTA-AA--AAG-CA-T-TA-------AGCGA-TGCA-T--CAAG-AAT-AC-T--aaaat
gi|17 : aaaTCCATGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-GTAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATTTTG-AA--AAG-CA-T-GT-------AGTGA-CACA-G--CATG-AAT-AC-T--GAT----AT--A--TA--GGC-CATC-TGCAT------
gi|18 : CAAGGGT-C-AAATG--A-ATTTC--T--G---T-ATAAGAAACTAGTTC---AA------C-ATCTTG-AA--CAG-GA-A-TT-------AGAGA-CACA-T--CAAG-AAG-AT-T--GA-----AATTA--TA--GGC-AATC-TGCAa
gi|19 : A-------TTG--G-AA---------G---TA--GT----A-ATT------------A---T------T-CAAATTCAATGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-AGAAGAAATC
gi|2 : gtaccaagtgcaagttaaccctcaagattaaaAGGGGT-CTAAATA--A-ATTTC--T--GC--T-ACAAAGAATCATCTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA---TT-------AGTGATTGCA-T--GAAG-AAT-AC-T--TA-----AT--A--TA--GGCAAATC-CGAA---------T-C--AAA
gi|20 : TCCAAAGGT-C-AACTA--A-ATTTC--T--A---T-AT------------C---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTAA-CACA-C--CAAG-AAT-AC-C--GA-----AATTA--TA--GGC-AATC-Taaagcattttttagagtgtaaagaggcacaccactccatcaaaatctctacaaattattaagaacaaaatgtgatttgctaatcattaataccactgctatacaagaaaaacagtcatgatctcaaagtagtttagaaaaaaatccagaaaatagtcataacagtaatccttttaaagttcaaggcccacaact
gi|21 : CAAGGGT-C-AACTC--A-ATCTT--T--A---T-ATAAG-------TCC---AT------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------GGTAA-CACA-T--AAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--c
gi|22 : TT------------T---T------T-CAAATGCATGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---C-ATAAGAAa
gi|23 : ccaatgtaggaaattcgtaaggttagatttCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--G--A---T-ATAAGAA-------------------C-ATCTT------------------------AGTGA-AACA-T--CAAA-AAT-AC-T--GA-----A---A--AG--AAC-AATC-
gi|25 : GGC-C-AACTC--A-ATATC--T--A---T-ATAAGATATTAG-TC---AA------TCATCTTG-AA--A
gi|26 : attcatATGCAGGGGT-T-AACTC--A-ATTTC--C--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------A-ATCTTG-A
gi|28 : GGT-G-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-GTAAGAAAGCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AA
gi|29 : GGT-C-AACTC--ACATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--
gi|3 : CGACATG-AATA--GCCCCCACC-TA-A--AGTGA----G--GCG---AA----A-------TCCCTA-AG---------GTTACA--TT----A-CTT------------CAACTCCAGCGT-CAACTCCA-----------------ATTTC--T--ACCTT-ACAA-ATATCGTTTC---AAT-----T-ATTTTG-AAACAAG-CACT-CT-------ACTGA-CACAGC--CATGCAATAAC-T--GA-----AT--A--TACTAGC-GCTC-TGCCA------TCA-A--GAAGTCTGATTTTC
gi|4 : aaactagatgtggttggtggCAACATG-AAT---GTCCTCGCC-TATA--GGTAA----G--TCC---AAT--GA-------TGG--A-AA---------G---CA--GA----A-ATT------------T---T------T-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTCCTAT--A---T-ATAAAAAATCAGTTC---AATACATGT-ATCTTG-AA--AAG-CA-A-TT-------AGTGA-AACA-T--CAAG-ACT-AC-T--GA-----A---A--TA--GAT-AATC-TATAT------AC--CAAAAAGTCAGTTTTTCaagttaaatgggggacagaccccactcaaaatcaatgaaccacaccaaaacaa
gi|5 : acttgaaattaagtgtgtcagcgCAAGGG--C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ACAA--AACC--------------------TTTG-AAG-AAGACA-T-T--------AGTGA-AACA-TTGCAAG-AAT-AC-A--AG-----A---A--TA--GGC-AATC-TGCAT------ACTAT--AAAGT-AGTGTTTCaaaaataaaggggcacaactccattgaaaatcaatgagctggaac
gi|6 : aCGACATTTAAT---GCCTCCACC-TGTA--GATAATTAAG--TCC---AAT--GAAAGACATTTG--ATAC---------C---CA--GA----A-AAT------------T---T------T-CAAATCCAAGGGT-C-AACTA--A-ATTTC--T--A---T-ATAACAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-AACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--AGC-AATC-TGCAT------TCT-C--AAAGTCAGATTTTCaaagtttcaagggcacaaactcgcaaacaaaaaatcaatctgaactaaaagtctaaacaaacctcacactcgattccgtaacctcattgattataaaacctgcctatacaaaagatcatcaatatctcaaag
gi|7 : actagatttgt-------TTG--G-AA---------G---TA--GC----A-ATTA-----------TA--T------T-CAAATCCAAACGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--G---T-ACAAGAAATCAGTTC---TA------T-ACCTCA-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-TACA-T--CATG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AAT
gi|8 : tagctcagaacgtgtccatatgcccctttaacgcatgtaccaagttagccaacaaggttaaagATA--GAT------G--TTC---AAT----------------A-AA---------G---CA--GT----A-ATT------------T---T--------------CAATGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T--TCTTGAAA--AAG-CA-C-TTTGAATAAAGTAA-CACA-T--CATG-AAT-AC-T--GA-----A---ATTTA--GGA-CATCTTGCAT------
gi|9 : gctacagtaaagtcgataaaaaattaTAA----G--GTT---AAA--AA-------CTG--A-AA---------G---CA--TT----A-TTT------------T---T------T-CAAATCCAA--------------------------------------AATCAGTTC---AA------T-ATCTTC-AG--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-CACA-T--CAAA-AAT-AC-TTCAA-----A---A--CA--GGC-AATC-TGTGTACAATGTTT-C--AAAGTTAacaaaaag
blockSeqs : T A G C GATAATTAAGTCCAATGAAAGACAT CT T GTTA . . T CAAC CCAGCG T C T CT C TA GT CCT T C GTA TACATG C A AC A CT TGAATAA TT G TG C A . TC TGTC TT CT A T ACAATGTTTC C T
blockSeqs : . . . T GTAGGAATCCCTTAGTTAAA . . T . . . ATA . . . . . . . . TT . G . T . . G . T TATAAT C . . . . . . AATT . T . . ACCAA C T
blockSeqs : . . . T GGTAAGTCCAATGA . . G . . . T . . . . . . . . C . T . . . . . . T . A . . . . . . AATT . . . . ACTAT T A
blockSeqs : . . . T AGTGAGGCGAAA . . G . . . T . . . . . . . . . . C . . . . . . T . A . . . . . . TAT . . . . TCAA .
blockSeqs : . GATGTTCAAT . . G . . . C . . . . . . . . . . C . . . . . . T . A . . . . . . AT . . . . TCTC
blockSeqs : . . G . . . T . . . . . . . . . . T . . . . . . C . T . . . . . . AT . . . .
blockSeqs : . . C . . . A . . . . . . . . . . G . . . . . . T . C . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . G . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . T . C . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . G . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . A . C . . . . . . A . . . .
blockSeqs : G . . . T . . . . . . . . . . G . . . . . . T . C . . . . . . A . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . A . . . . . . T . A . . . . . . A . . . .
blockSeqs : T . . . . . . . . . . G . . . . . . A . C . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . G . . . . . . T . A . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . T . A . . . . . . A . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . T . A . . . . . . A . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . C . T . . . . . . A .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . T . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . A . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . C . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . G . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . . . . . . .
blockSeqCons : *** GATAAGTCCAATGA******************** G************ ** **** T*************** T** C* A******** NCNAN********
originalCons : NNNNNNNNNNNCGACACG-AAT---GCCCCCGCC-TATA--GGTAA----G--TCC---AAT--GA-------TTG--A-AA---------G---CA--GT----A-ATT------------T---T------T-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-NACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AATC-TGCAT------TCT-C--AAAGTCAGNTTTTC
finalCons : NNNNNNNNNNNCGACACG-AAT---GCCCCCGCC-TATAGATAAGTCCAATGA--------------------TTG--A-AAG------------CA--GT----A-ATTT---------------T------T-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CAT--TT-------AGTGAC-ACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GAA--------A--TA--GGC-AATC-TGCATNCNAN--------AAAGTCAGNTTTTC
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ACAAGATGTGTCGGTGCGACACGAATGCCAAACGTGCAAAGGCGACCAAACTTGCCGTCACAATGCC
Unaligned ( gi|27 ): TCAAAAAGCACCGGGGATGCTATAGCCAAGTTGCAGGTAATTTTCAAA
Unaligned ( gi|30 ): CCAAACGTGCAGAGAAGACCAAAGTTGCCGTCACAATTGC
Alignments
lowQualScore : 222 7777777777777777777777777777777777777777777777777 1111111 111111111 2222222222
lowQualScore : 8 222 8 0 0000000000000000000000000000000000000000000000000 99 4 55 7 555 6 3 2 1 1 33 1 22 22 666 3 2 222 666666 1 1 44 1 222 2222222 66 4 22 2 2 2 22 999999999 33 55 2 5 3 3333333333 1 1
lowQualScore : . ... . . ................................................. .. . .. . ... . . . . . .. . .. .. ... . . ... ...... . . .. . ... ....... .. . .. . . . .. ......... .. .. . . . .......... . .
lowQualScore : 0 000 0 3 2222222222222222222222222222222222222222222222222 55 0 00 3 444 2 1 9 5 5 55 5 00 00 111 0 3 888 222222 6 6 00 9 888 2222222 44 2 99 1 1 1 99 444444444 22 99 5 3 1 5555555555 7 0
consensus : NNNNNNNNNNNCGACACG-AAT---GCCCCCGCC-TATAG--ATAA----G--TCC---AAT------------------GA-------TTG--A-AA--GCAGTA-AT---T-T-TT-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-NACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AATC-TG-CATACNA-----AAAAGTCAGTTTTTC
Reference ( family-9555 ) : NNNNNNNNNNNCGACACG-AAT---GCCCCCGCC-TATAG--ATAA----G--TCC---AAT------------------GA-------TTG--A-AA--GCAGTA-AT---T-T-TT-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-CACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AATC-TG-CATNCNA-----NAAAGTCAGNTTTTC
gi|1 : CG-AATTGAGCCCCCGCC-TACAATAATAG----T--TCC---AATTGAAAAAAAATATCGTAAGG-------TTAC-A-AATTGAAGAG-ATATAT-T-TT-CAAATC-AAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--C--A---TCAT--GAAATTATTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AGG-CA-TGTT-------AGTGA--ACAGT--CGAG-AAT-ACGT--GAAAGTTA---A--TA--GGC-ATTCATG-CAT
gi|10 : aaaactaaatgtagtcggtgcgagAGGGG-C-AACTA--A-ATTTC--T--A---T-ATAACAAATCAGTTC---------------------A--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-taaactaaaacttgaaggaccattttttcaaggggggcacatctccaaatcacatgtacccgaaacgaacatcgagaatggtctgtaaactcagttgaatactgtaccacctgcatataacagccagttcaaaatatcaaagatctatagaaaaaaggttcgggaaaactggtcgataacagtaaattatttaaatcagaggccaccacacgtcaaaaatcaacgacttttaaagttacactgatacaaacaaaatc
gi|11 : CGACACA-AAT---GCTCCCGCCGTACAG---TAG----GAATCCCTTAGTTA----------------AA-------TTG--A-AA--TCAGTATAT---T-T-TT-CAAATACAAGGGTCC-AACTCCTA-TTTTG--T--ATT-T-GTAAGAAATCAACTTGTAAA------T-ATCTTG-AA--AAG-Cagtcagttctatatctctaagcaaattttcaaagttgaaggggcttaacgccatcaaaaatcaacaaactagaacaaaatgtaactcgttagcataaacctgc
gi|12 : aacttgattcaatgtgtcagtgaCAAGGTT-C-A-CTT--A-CTTCC--T--G---TTATCATAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTT-AA--A-G-CA-T-TT-------AGTGA-CGCA-T--CAAG-AAT-AC-T--GATGT--C---A--TA--AGC-AATC-TG-CAT--AA-----AAATGACCGTTTT
gi|13 : -CAAATCCAAGGGT-A-AACTC--A-ATTTC--A--A---C-ATAACAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGGGA-AACA-T--GAAG-AAT-AC-T--GA-----acaaagttagaggggcacaactcc
gi|14 : A--GCAGTA-AT---T-T-TT-CAAATCCAAGGGG---AATTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAACAAATCAGTTA---AA------G-ATCATG-AA--AAG-GA-T-TTTATAAT-AGTGA-AACA-T--CAAG-AAT-AC-G--GA-----A---A--CA--GGC-AATC-TG-CATtttttttcatattaaaggagaacaactccatcaaaaa
gi|15 : gT---T-C-TT-TAAATCAAAATGT-G-AACTC--A-ATGTG--T--A---T-GTAATAAGTCAGTTC---AA------T-ATCTTT-AA--GAG-CA-C-TT-------AGTGA-AACA-T--CAAT-GAT-AC-T--G------A---A--TGT-GGC-AATA-TG-a
gi|16 : tA-------TTG--A-AA--GCAATA-TT---T-T-TTTCAAATTCAAGGGT-C-AACTA--A-ATTTG--TGTA---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-GTCTTA-AA--AAG-CA-T-TA-------AGCGA-TGCA-T--CAAG-AAT-AC-T--aaaat
gi|17 : aaaTCCATGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-GTAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATTTTG-AA--AAG-CA-T-GT-------AGTGA-CACA-G--CATG-AAT-AC-T--GAT----AT--A--TA--GGC-CATC-TG-CAT
gi|18 : CAAGGGT-C-AAATG--A-ATTTC--T--G---T-ATAAGAAACTAGTTC---AA------C-ATCTTG-AA--CAG-GA-A-TT-------AGAGA-CACA-T--CAAG-AAG-AT-T--GA-----AATTA--TA--GGC-AATC-TG-CAa
gi|19 : A-------TTG--G-AA--GTAGTA-AT---T-A-TT-CAAATTCAATGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-AGAAGAAATC
gi|2 : gtaccaagtgcaagttaaccctcaagattaaaAGGGGT-CTAAATA--A-ATTTC--T--GC--T-ACAAAGAATCATCTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA---TT-------AGTGATTGCA-T--GAAG-AAT-AC-T--TA-----AT--A--TA--GGCAAATC-CG-AAT-CAA-----AAAAG-CATTTTTT
gi|20 : TCCAAAGGT-C-AACTA--A-ATTTC--T--A---T-AT------------C---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTAA-CACA-C--CAAG-AAT-AC-C--GA-----AATTA--TA--GGC-AATC-Tagagtgtaaagaggcacaccactccatcaaaatctctacaaattattaagaacaaaatgtgatttgctaatcattaataccactgctatacaagaaaaacagtcatgatctcaaagtagtttagaaaaaaatccagaaaatagtcataacagtaatccttttaaagttcaaggcccacaact
gi|21 : CAAGGGT-C-AACTC--A-ATCTT--T--A---T-ATAAG-------TCC---AT------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------GGTAA-CACA-T--AAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--c
gi|22 : T---T-T-TT-CAAATGCATGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---C-ATAAGAAa
gi|23 : ccaatgtaggaaattcgtaaggttagatttCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTTC--G--A---T-ATAAG-------------AA------C-ATC-----------------TT-------AGTGA-AACA-T--CAAA-AAT-AC-T--GA-----A---A--AG--AAC-AATC-
gi|25 : GGC-C-AACTC--A-ATATC--T--A---T-ATAAGATATTAG-TC---AA------TCATCTTG-AA--A
gi|26 : attcatATGCAGGGGT-T-AACTC--A-ATTTC--C--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------A-ATCTTG-A
gi|28 : GGT-G-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-GTAAGAAAGCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AA
gi|29 : GGT-C-AACTC--ACATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--
gi|3 : CGACATG-AATA--GCCCCCACC-TAAAG---TGA----G--GCG---AA--------------------A-------TCCCTA-AG--GT--TACAT---TAC-TT-CAACTCCA-GCGT-C-AACTCC-A-ATTTC--T--ACCTT-ACAA-ATATCGTTTC---AAT-----T-ATTTTG-AAACAAG-CACT-CT-------ACTGA-CACAGC--CATGCAATAAC-T--GA-----AT--A--TACTAGC-GCTC-TGCCAT--CA-----AGAAGTCTGATTTTC
gi|4 : aaactagatgtggttggtggCAACATG-AAT---GTCCTCGCC-TATAG--GTAA----G--TCC---AAT------------------GA-------TGG--A-AA--GCAGAA-AT---T-T-TT-CAAATCCAAGGGT-C-AACTC--A-ATTCCTAT--A---T-ATAAAAAATCAGTTC---AATACATGT-ATCTTG-AA--AAG-CA-A-TT-------AGTGA-AACA-T--CAAG-ACT-AC-T--GA-----A---A--TA--GAT-AATC-TA-TATACCA-----AAAAGTCAGTTTTTCaagttaaatgggggacagaccccactcaaaatcaatgaaccacaccaaaacaa
gi|5 : acttgaaattaagtgtgtcagcgCAAGGG--C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ACAA--AACC--------------------TTTG-AAG-AAGACA-T-T--------AGTGA-AACA-TTGCAAG-AAT-AC-A--AG-----A---A--TA--GGC-AATC-TG-CATACTA-----TAAAGT-AGTGTTTCaaaaataaaggggcacaactccattgaaaatcaatgagctggaac
gi|6 : aCGACATTTAAT---GCCTCCACC-TGTAG--ATAATTAAG--TCC---AAT------------------GAAAGACATTTG--ATAC--CCAGAA-AA---T-T-TT-CAAATCCAAGGGT-C-AACTA--A-ATTTC--T--A---T-ATAACAAATCAGTTC---AA------T-ATCTTG-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-AACA-T--CAAG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--AGC-AATC-TG-CATTCT------CAAAGTCAGATTTTCaaagtttcaagggcacaaactcgcaaacaaaaaatcaatctgaactaaaagtctaaacaaacctcacactcgattccgtaacctcattgattataaaacctgcctatacaaaagatcatcaatatctcaaag
gi|7 : actagatttgt-------TTG--G-AA--GTAGCA-AT---TATATT-CAAATCCAAACGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--G---T-ACAAGAAATCAGTTC---TA------T-ACCTCA-AA--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-TACA-T--CATG-AAT-AC-T--GA-----A---A--TA--GGC-AAT
gi|8 : tagctcagaacgtgtccatatgcccctttaacgcatgtaccaagttagccaacaaggttaaagATAG--AT------G--TTC---AAT--------------------------------A-AA--GCAGTA-AT---T-T-T--------CAATGGT-C-AACTC--A-ATTTC--T--A---T-ATAAGAAATCAGTTC---AA------T--TCTTGAAA--AAG-CA-C-TTTGAATAAAGTAA-CACA-T--CATG-AAT-AC-T--GA-----A---ATTTA--GGA-CATCTTG-CATACAA-----AAA
gi|9 : gctacagtaaagtcgataaaaaattaTAA----G--GTT---AAA------------------AA-------CTG--A-AA--GCATTA-TT---T-T-TT-CAAATCCAA--------------------------------------AATCAGTTC---AA------T-ATCTTC-AG--AAG-CA-T-TT-------AGTGA-CACA-T--CAAA-AAT-AC-TTCAA-----A---A--CA--GGC-AATC-TG-TGTACAATGTTTCAAAGTTAg
3 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): ACAAGATGTGTCGGTGCGACACGAATGCCAAACGTGCAAAGGCGACCAAACTTGCCGTCACAATGCC
Unaligned ( gi|27 ): TCAAAAAGCACCGGGGATGCTATAGCCAAGTTGCAGGTAATTTTCAAA
Unaligned ( gi|30 ): CCAAACGTGCAGAGAAGACCAAAGTTGCCGTCACAATTGC