lowQualScore : 22222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222222 111111111111111111111111111111111111
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lowQualScore : . . .... . ........ . ... ....................... . . ............ ..... .. .. .. . ........... ..... . .... . ... .... . . . ........ .. . ..... .. ............................................................................................................................................................................................ . ... ......... .................................... . ...... . . . . ....... ..... ...... ... .. . ...... .... . . . . . .... .. ....... . . ..... . .. . ...... ............ .. .. ..... ... . ..... .... . . . ............. . . .
lowQualScore : 5 2 7777 1 22222222 3 777 55555555555555555555555 1 4 333333333333 00000 55 99 55 2 22222222222 33333 9 6666 2 555 5555 1 3 6 00000000 77 1 77777 22 77777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777777 8 888 333333333 777777777777777777777777777777777777 0 444444 0 4 4 4 2222222 88888 888888 000 11 0 555555 5555 0 0 4 0 2 4444 77 2222222 4 8 00000 0 44 6 000000 111111111111 66 55 55555 222 6 00000 3333 5 7 4 1111111111111 0 2 7
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Reference ( gi|5 ) : ATAGATCTC-T----CA-TATA-------GCG---CAT------AGC-------G-----ATCTGACAAC-GATCAG-----TAG---A-----GGGT--CATGTTCTGTG--AA-GTAAA-CAT-----------GA----AC-TC---TGC-TTT-ACCCA----A-TCAGATTT-GAG--ATTTATCAT-AT-----CC--A-AGG--GTTCAATGATGAT---GC--TTG---CAATA-CAAT-CGGAAC-ACGCCACCAT-CTT-A--------AA-CTCCGAAAATATC-----G-ATC-TAAATGA-------AAGCG-G-GTCG--AT-C-GATCATT--------------------TATTTAG-------------T------TATACTACGATGGTGGAGCCACT---TACA---CCTCGTCGTG------CT----------------CA----------TTTGTG-T------A-CTTT-CG-TTTT-CAA--TT-A-CAGC-T--TGAAA------GTAA-C-AATTAT--TG-T------GAT----T-GG-CTATTA-TCAA--TAACTTCAATG---C---AATTTTTTAAGGT-----CATG-TTTAT-GTCGCA------GA----------ATATG--ACC--C-----T---CTA-----TTGGTT-T-TTGCCAGATCTCT-CTGCGCTTTGCGC------CATGGGATATTTGTATTT
gi|3 : ACAGATCTCATAAAGCA-TATA-------ACA---CAG------AGA-------G-----ATCTGACAAC-GACCAA-----TAATAAA-----GGGT--CATGTTCTGTG--AT-GTAAA-CAT-----------GA----TC-TT---TGC-TTTTAGTCA----A-TTAGATTT-GA---ACTTATCAT-AT-----CC--AGAAA--GT----TGATAA---------AG---TAATG-CAAT-CGG---------------CTA-A--------TA-CTCAGAAAATATCACGTAA-ATC-TTAATG----------GCT-G---CA-----C-AATCATT--------------------TATATAA-------------TTATACCTATACTACAATGGCAGAGCCACT---CGCA---ACTTGCCGTG------TTCATTCAAAGATAG---CA----------TTTGTG-T------A-CTTT-TG-TTTT-CAA--TT-G-CAGT-T--CCAAA------GTAA-G-AGTTAA--TG-T------GATTTAAT-AG-CTGTTA-TTAT--CAACTTTAATG---T---AAATGTTTGAGGT-----CCTG-TTAAT-GCCACATTACATGACCCTCTATTGGTATG--ACC--C-----T---CTA-----TTGGTC-G-TTGTGAGATCTCT-CTGCACTAT-----------ATGAGAGATCTGTATT
gi|3 : gtACAGATCTC-T----CA-TATA-------GTG---CAG------AGA-------G-----ATCTCACAAC-GACCAA-----TAG---A-----GGGT--CATatttcaatc
gi|4 : gtaatACAGATATC-T----CA-TATA-------GTG---CAG------AGA-------G-----ATCTGACAAC-AACCAA-----TAG---A----------------TCTGTG--AC-GTAAA-CAT-----------GA----CC-Taccaatagagggtcatgtaatgtggcattaacaggacctcaaacatttacattaaagttgataataacagctattaaatcacattaactcttactttggaactgcaattgaaaacaaaagtacacaaatgctatctttgaatgaacacggcaagttgcgagtggctctgccattgtagtataggtataattatataaatgattgtgcagccattaagatttacgtgatattttctgagtattagccgattgcattactttatcaactttctggatatgataagttcaaatctaattgactaaaagcaaagatcatgtttacatcacagaacatgaccctttattattggtcgttgtcagatctctctgtgttatatgctttatgagatctgtatttcaatc
gi|6 : gattgaaatATA-ATCT--------A-TATA-------GCG---CAT------AGA-------G-----ATCTGATAAT-GAACAA-----TAT---A-----GGGT--CATGATCTGTG--AC-GTAAG-CAC-----------Gaaaagaattacataaaaatcaataataacggccaatcacaattattactactttcgaattgcaatgaaaacaaaagttcattgacacaaacgttatatcttttaattaaacacagcaacgtgtaagtggctccaacatcgtagtataaataaatacatgtaacacttaatagcttaataaatgatcacgccaccatcacgtccataaacattttcagttttaggtcataggatgctggcatgttccaattgcattatatcaatcgcatcaacgttttcgatatgataaccttaaatctgattgactaacgcaaaggttgtttaaataaaaaaaaacattacccccaattggtcattgtcagatctttgtgctgtatgagt
gi|1 : aatACAGATCTC-T----CA-TA------------------------AG--------------ATTGGACAAC-GACCAA-----TAG---G-----GGGC--CATGTGTTGTG--AC-GTAAA-CAC-----------Ggcctaaaacatttgtgcataaaagttgataataacagccaatcacaataattgttacatgtactttcgagctgcaattgaaaacgaaaatacgcaaatgttacccgcgaagtggaagtggcttagacatcttagtataaataactaaactatcgcaccgtcatgattacattcgaaatgttaggtgttttagaatgcttgcgtgttttgattgcattatatcatcaactttctggaaacctaggataaatcaaaggttatgtttacatcacagaacatggccttgtcagatctctcagcgctatat
gi|7 : gaaaaattcttgaaatcttaatatttctaccaaatatgtatgaattaatgtaagccagtctgattaaaatACAGATCTC-T----TG-TATA-------GTG---CAG------AGA-------G-----GTCTGACATT-GACCAA-----TAG---A-----TGGT--CAtgactacctcaagaatttgcataaaagtttataataacagccaatctgaatcacaacaattgttactttggagctgcatttgaaaacgaaagtacatgcattaaacacagcaatgtacaagtgactctgccattgtagtatcaataagtataacatttaccttttaatagtgtcaaagttttaggatgcaaacgtgtttccattggattacatcataaaacttttttggtgtgcataatggtaagctcaaatctgattggctaaagcaaaggtctggtcgtgtttacgtcacggaacatgacttggtctgtatggcagattggaatgtaagagtttctctg
gi|20 : ttaaaaatacACAAATTTC-T----AA-TGCA-------GCG---CAT------AGT-------GCAGAGATCTGACAAC-GACCAA-----TAG---A-----GGGC--CATGTTCTGattcgcaaaaaagttaatgataaaaccaatcacaataattattacttttgtcgtagagctgaaaatcaaagtacataattgttatctttcaattaaacatggcaatgtgtattaagttactccccattgtattatacataagtataagatttgattgcgacaacatcatttacattcaatattttcaaagttttaggatgctggcttgttccagttggattacatcacctacattttggatatgataagctcaaatctgattggccaaagcaaaggtcatgtttacattacagaacaagacctct
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gi|9 : atctgattaaaatAGATCTC-T----CA-TAT--------------CATCAG---AGA-------G-----ATCTGACAAT-GACCAA-----TAG---ATTAGAGAGT--CATGTTCTGTG--AT-GTAAA-CAT-----------GA----CT-TT---TGC-TTT-AGCCA----A-TCAGATAT-CAG--CTTT-TCAT-GT-----CCAGA-AAA--ATTGAATG
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gi|10 : attcaatttttcAGATCTC-T----TGCTATAAGCCACGGCG---CAG------AGA-------G-----ATCTGACAACGGACCAT-----TTA---A-----GGG---CATGT--TGTG--AC-GTCAA-TAT-----------GAT---GC-TCCTTCCC-TTT-AGCCA----ATTCAG------------TCATCTT-AT-----GC--A-A-----TTTACCAAT-AT---GC--CTG---TAAAATCAGTGCGGAATGACATCGCTAT-cgta
gi|23 : tgataaaatacaAGATCTC-T----CA-TATG-------GCG---CACTATATGAGA-------G-----ATCTG
gi|16 : atctgattaaaataTCTC-T----CA-CATA-------GCA---CAC------AG--------------ATCTGACAAC-GACCAA------AA---A-----GGGC--CATGTTTTATG--AC-GTACA-CAT-----------AA----CC-TA---TGC-TAT-AGACAATCGA-TCAGCTTT-AAG---CTTATCAT-AT-----CT--A-Ag
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gi|7 : aatataatctatatagcgcatagagatctgataatgaacaatatagggtcatgatctgtgacgtaagcacggcctaaaacatttgtgcataaaagttgataataacagccaatcacaataattgttacatgtactttcgagctgcaattgaaaacgaaaatacgcaaatgttacccgcgaagtggaagtggcttagacatcttagtataaataactaaactatcgcaccgtcatgattacattcgaaatgttaggtgttttagaatgcttgcgtgttttgattgcattatatcatcaactttctggaaacctaggataaatcaAAGGT-----CATG-TTTAC-ATTACA------GA----------ACAAG--A-C--C-----T---CTatat
gi|8 : ttaaaaatacacagatctcttgtatagtgcagagaggtctgacattgaccaatagatggtcaattcgcaaaaaagttaatgataaaaccaatcacaataattattacttttgtcgtagagctgaaaatcaaagtacataattgttatctttcaattaaacatggcaatgtgtattaagttactccccattgtattatacataagtataagatttgattgcgacaacatcatttacattcaatattttcaaagttttaggatgctggcttgttccagttggattacatcacctacattttggatatgataagctcaaatctgattggccaaagcaAAGGT-----CATG-TTTAC-ATCACA------GA----------ACATG--ACC--C-----T---C-------TTGTTTAT-TTGAGAAATCT
gi|2 : acaaatgttgtctttcaaatcacacagcaaggtgcagtggctccaccattgtagtataactaaataaatgacgtgtgccatcatcatttacatcaatatttttggagttttaggacactggagtgttcccattgcattacatcatcaactttctagatatgatgattggctaaagcaAACGT-----CATG-TT-----TCACA------GA----------ACATG--ACCGGG-----T---CTA-----TTgtattttaatcagattgactgcatcaagcaaatgaa
gi|9 : gaaaacttctcattattttttcttttctttcaaagatttaggataatggcgaatctgaataaatacatgatctttcatatagcatagagagctgttcgtgtggcgaaaaacacttcaaaaatttacataaaagtttttgaataacaaaccaatcgcaatattttgttattctcacaatgctgcgaattgaaaagcgaagtatcacaaaggttattttctgaattaaaacacggcgggagaacgtaaatgctctacatcgtagtataaataatatgaataactaaataaattatcgtgtcgctaatcattttcggatgctggcgtgttccgattgcattaccttgatcaacatttctggataacataaagctcaaaatctgattggctaaaggcaaAAAGT-----CATG-TTTAC-ATCACA------GA----------ACATG--ACT--CTCTAAT---CTA-----TTGGTC-A-TTGTCAGATCTCT-CTG------ATGA------TATGAGAGATCTCTATTTtaatatgaagtctgtatttccatcagacttga
gi|14 : cattcaatttttctggacatgaaaagctgatatctgattggctaaagcaAAAGT-----CATGGTTTACAGTCACA------GA-----------CATG--ACT--C-----T---CTAATCTATTGGTC-T-TGGTCAGATCTCTGCTGtaactcagtcagactgaggtacagtatgctttatatataatgat
gi|19 : attcaatttttctggacatgaaaagctgatatctgattgctcaaagcaAAGGC-----CATG-CTTAC-GTCACA------GA----------CCATGGGACC--C-----T-----A-----TTGGTC-G-TCGTCAGATCatgatatgagagatctcgta
gi|16 : tttcatattgcgAGGT-----TATG-TGTAC-GTCATA------AA----------ACATG--GCC--C-----T---TT------TTGGTC-G-TTGTCAGATCTGT-GTGCttctttaaccaa
gi|17 : tttttagatatgataagcttaaagctgatcgattgtctatagcatAGAT-----CATA-TGGAC-GTCACA------GA----------ACATG--ACC--C-----T---TAA-----TGGGTC-G-TTGTCAGATtatgtgagaga
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gi|4 : tgattagA------AA----------ACATT--ACC--C-----C---CAA-----TTGGTC-A-TTGTCAGATCTTT-GTGC
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gi|2 : gaaaacttctcattattttttcttttctttcaaagatttaggataatggcgaatctgaataaatAATAG---A-----CCCGGTC--ATGTTCTGTG--A-----AAC-ATGA----CGT-----TTTGCCTTTAGCCA----A-TCAGATTTTGAG-CTTTATGTT-AT-----CC--A-GAA-------ATGTTGATCAAG---GTAATGCAATCGGAACACGCCAGCATCC------------------GAAAAT-------------GA-TT------------A-GCGA-CACG--ATAAT-TTATT--------------------T--------------AGTTATTCATA-TTAT--TTATACTACGAT-GTAGAG-CATTTA---CGTTCTCCCGCCGTGTTTTAATTCAGAAAATAACCTTTGTGAT------A-C-TT-CGCTTTT-CAATTCGCAGCATTGTGAGAATA------A-CAAAATAT--TG-C------GAT----T-GGTTTGTT---ATTCAAAAACTTTTATG---TA--AATTTTTGAAGT------GTTTTT-CGCCACACGAACA--GCTCTCTA----------------Tttcgtgtggcgaaaaacacttcaaaaatttacataaaagtttttgaataacaaaccaatcgcaatattttgttattctcacaatgctgcgaattgaaaagcgaagtatcacaaaggttattttctgaattaaaacacggcgggagaacgtaaatgctctacatcgtagtataaataatatgaataactaaataaattatcgtgtcgctaatcattttcggatgctggcgtgttccgattgcattaccttgatcaacatttctggataacataaagctcaaaatctgattggctaaaggcaaaacgtcatgtttcacagaacatgaccgggtctatttaatatgaagtctgtatttccatcagacttga
gi|20 : gaaaacttctcattattttttcttttctttcaaagatttaggataatggcgaatctgaataaatacatgatctttcatatagcCA-GAACATGGCCCTCTA----------------TTGGTCGTTGTCAGA--TCTCTGCACTATGCGCTGC---ATTAGAAATT--TGTATTtaatatgaagtctgtatttccatcagacttga
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gi|5 : gattgATA-GATCTC-T----CA-TAT----A-------GCG-CA------TAGCGATCTGACA-AC-GATCAGTAG---A-----G--GGTC--ATGTTCTGTG--AA-GTAAAC-ATGA----A-C-----TCTGC-TTTACCCA----A-TCAGATTT-GAGATTT-ATCAT-AT-----CC--A-AGG--GTTCAATGATGAT---GCTTGCAATACAATCGGAACACGCCACCATCTTA--------A-A-CTCCGAAAATAT----------CGA-TCTAA--A--TGA-AAGCGG-GTCG--ATCGA-TCATT--------------------T--------------A------T----TTAG--TTATACTACGATGGTGGAGCCACTTA---CA---CCTCGTCGTGCT----------------CATTTGTG-T------A-CTTT-CG-TTTT-CAATT-ACAGC-T--TGAAAGTA------A-C-AATTAT--TG-T------GAT----T-GG-CTATT---ATC-AATAACTTCAATG---CA--ATTTTTTAAGGT-----CATGTTTATGTCGCA-GAATATGACCCTCTA----------------TTGGTTTTTGCCAGATCTCTCTGCGCTTTGCGC--C---ATGGGATATT--TGTATTTt
gi|6 : A-TAT----A-------GCG-CT------GAGAGATCTGACA-A-----------------------GGCC--ATGTTCTGTG--AT-GTAAAC-ATAA----C-C-----TTTGA-TTTATCC--------TAGGTTT----------------------CC--AGAAA--GTT-GATGATA----------TAATGCAATCAAAACACGCAAGCATTCTA--------A-AACACCTAACATTT----------CGAATGTAATCA--TGA----CGG-TGCG--ATAG-----TT--------------------T--------------A------G----TTAT--TTATACTAAGATGTCTAAGCCACTTC---CA---CTTCGCGG-GTA---------------ACATTTGCG-T------A-TTTT-CG-TTTT-CAATT-GCAGC-T--CGAAAGTACATGTAA-C-AATTAT--TG-T------GAT----T-GG-CTGTT---ATT-ATCAACTTTTATG---CACAAATGTTTTAGGC-----CGTGCTTACGTCACA-GATCATGACCCTATA----------------TTGTTCATTATCAGATCTCTATGCGCTAT
gi|7 : aatataatctatAG---A-----G--G-TC--TTGTTCTGTA--AT-GTAAAC-ATGA----C-C-----TTTGC-TTTGGCCA----A-TCAGATTT-GAG-CTT-ATCAT-AT-----CC--A-AAA--TGT-A--GGTGAT---G--T--AATCCAACTGGAACAAGCCAGCATCCTA--------A-AACTTTGAAAATAT----------TGAATGTAA--A--TGA-T-GTTG--TCGCAATCAAATCTTA--------------------T--------------A------C----TTAT--GTATAATACAATGG-GGAGTAACTTAATACA---CATTGCCATGTTTAATTGAAAGATA--ACAATTATG-T------A-CTTT-GA-TTTT-CAGCT-CTACG-A--CAAAAGTA------A-T-AATTAT--TG-T------GAT----T-GG-TT-TT---ATC-ATTAACTTT-------------TTTGCGA---------AT------------------TGACCATCTA----------------TTGGTCAATGTCAGACCTCTCTGCACTAT----------ACAAGAGATCTGTGTATTT
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gi|6 : A-TATA-------GCG-CT------G-AGAGATCTGACA-A-----------------------GGCC--ATGTTCTGTG--AT-GTAAAC-ATAA----C-C-----TTTGA-TTT-ATCC--------TAGGTTT----------------------CC--AGAAA--G---TT----GATG--ATA-------TAATGCAATCAAAACACGCAAGCATTCTA-------AAACACCTAACATTT----------CGAATGTAATCATG--A----CGG-TGCG--ATAG-----TT--------------------TA------G----TTAT--TTATACTAAGATGTCTAAGCCACTTC---CA---CTTCGCGG-GT-----------------------------AACATTTGCG-T------A-TTTT-CG-TTTT-CAATT-GCAGC-T--CGAAAGTACATGTAA-C-AATTAT--TG-T------GATT----GG-CTGTT---ATT-ATCAACTTTTATG---CACAAATGTTTTAGGC-----CGTGCTTACGTCACA-GATCATGACCCTATA----------------TTGTTCATTATCAGATCTCTATGCGCTA-----T----------AT---AGAT---TATATT
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blockSeqs : . . . . A . T . . T AG . . T . . . . . . . . G . . . . A G . . G . . . A TGATGTAAATGATGATGGCACACGTCATTTAT . C . CA A . . . . . . . T . C . . . . . . . T T AT G CT . T . T .
blockSeqs : . . . A . G . . T GG . . A . . . . . . . . C . . . . A G . . G . . . . CGAATGTAATCATGACGGTGCGATAGTTTAG . T . CC . . . . . . . . T . C . . . . . . . C C AT . TG . T . T .
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blockSeqs : . . . . . . . . . AG . . T . . . . . . . . . . . . . A A . . . . . . . . . . . . . . .
blockSeqs : . . . AG . . T . . . . . . . . . . . . A . .
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gi|15 : at-T------GAT----T-GG-CTGTT---ATT-GTTAACTTTTATG---C-A--AATTTTTGAGGC-----TGTGTTTACGTCTCA-GAACACGACCCTCAA----------------C-------------ATCTTTCTGTGCTA-----TA---TTTTA-ATGAGAcgta
gi|16 : ctcattattcacaaTCTC-T----CA-CATA-------GCA-CA------C-AGA--TCTGACA-AC-GACCAA-AA---A-----G--GGCC--ATGTTTTATG--AC-GTACAC-ATAA----C-C-----TATGC-TAT-AGACAATCGA-TCAGCTTT-AAG-CTT-ATCAT-AT-----CT--A-AAA--aa
gi|17 : tATCTGACA-AC-GACCCATTA---A-----G--GGTC--ATGTTCTGTG--AC-GTCCAT-ATGA----T-C-----T
gi|18 : gcattcaattggcttaatcaatttctcagtctgattaaaatacagagctctcaaatACTTTTAAA---CTA--AACTTTT-ATGC-----AACGTTTACGTCACA-GAACATAACCC---------------------TGGTCGTTGTCAGAT-------CACCA-----T----------ATGAGATATC--TGTAT
gi|19 : caatctgTT-T----CA-TATT-------GCG--------------GATCTGACG-AC-GACCAATAG------------GGTCCCATGGTCTGTG--AC-GTAAGC-ATGG----C-C-----TTTTC-TTT-AACCA----A-
gi|2 : ACATGATCTT-T----CA-TATA-------GCA-TA------G-AGAG
gi|2 : gaaaacttctcattattttttcttttctttcaaagatttaggataatggcgaatctgaataaatAATAG---A-----CCCGGTC--ATGTTCTGTG--A-----AAC-ATGA----CGT-----TTTGCCTTT-AGCCA----A-TCAGATTTTGAG-CTTTATGTT-AT-----CC--A-GAAATG---TT----GATC--AAG---G---TAATGCAATCGGAACACGCCAGCATCC----------------GAAAAT-------------GA-T-T-----------A-GCGA-CACG--ATAAT-TTATT--------------------TAGTTATTCATA-TTAT--TTATACTACGAT-GTAGAG-CATTTA---CGTTCTCCCGCCGTGTTTTAATTCAGAAA---ATAACCTTTGTGAT------A-C-TT-CGCTTTT-CAATTCGCAGCATTGTGAGAATA------A-CAAAATAT--TG-C------GAT----T-GGTTTGTT---ATTCAAAAACTTTTATG---T-A--AATTTTTGAAG------TGTTTTT-CGCCACACGAACA--GCTCTCTA----------------Tctgttcgtgtggcgaaaaacacttcaaaaatttacataaaagtttttgaataacaaaccaatcgcaatattttgttattctcacaatgctgcgaattgaaaagcgaagtatcacaaaggttattttctgaattaaaacacggcgggagaacgtaaatgctctacatcgtagtataaataatatgaataactaaataaattatcgtgtcgctaatcattttcggatgctggcgtgttccgattgcattaccttgatcaacatttctggataacataaagctcaaaatctgattggctaaaggcaaaacgtcatgtttcacagaacatgaccgggtctatttaatatgaagtctgtatttccatcagacttga
gi|20 : gaaaacttctcattattttttcttttctttcaaagatttaggataatggcgaatctgaataaatacatgatctttcatatagcCA-GAACATGGCCCTCTA----------------TTGGTCGTTGTCAGA--TCTCTGCACTATGCGCTG---C-----ATTAGAAATT--TGTATTtaatatgaagtctgtatttccatcagacttga
gi|21 : tgattagAACATTTGTG-T------AGCTCTGCA-TTTT-TAAA--GCAGC-T--TAAAAGGA------AAC-AACTAT--TGGT------AAT----T-GG-CTGTT---ATT-A
gi|22 : CCTTAA----------------TGGGTAGTTGTCAGATCTCTCTGCGCCG-----TG---CACTGTATGAGAGATC--TGTATTT
gi|23 : gattaCA-GATCTC-T----CA-TATG-------GCG-CACTATATG-AGAGATCTG
gi|25 : atctgattaaaataACA-GATCTC-T----CA-TATA-------G
gi|3 : tctgattaaaatACA-GATCTCATAAAGCA-TATA-------ACA-CA------G-AGAGATCTGACA-AC-GACCAATAATAAA-----G--GGTC--ATGTTCTGTG--AT-GTAAAC-ATGA----T-C-----TTTGC-TTTTAGTCA----A-TTAGATTT-GAA-CTT-ATCAT-AT-----CC--AGAAA--G---TT----GATA--A-A---G---TAATGCAATCGG--------------CTA-------ATACTCAGAAAATAT----------C-A-CGTAA--ATCTTA-A-T--G-GCTG--CACAA-TCATT--------------------TA------TATAATTATACCTATACTACAATGGCAGAGCCACTCG---CA---ACTTGCCGTGTTC--ATTC-AAAG---ATAGCATTTGTG-T------A-CTTT-TG-TTTT-CAATT-GCAGT-T--CCAAAGTA------A-G-AGTTAA--TG-T------GATTTAAT-AG-CTGTT---ATT-ATCAACTTTAATG---T-A--AATGTTTGAGGT-----CCTGTTAATGCCACA-TTACATGACCCTCTATTGGTATGACCCTCTATTGGTCGTTGTGAGATCTCTCTGCACTA-----T----------ATGAGAGATC--TGTATT
gi|4 : gtC-T----CA-TACA-------GCA-CA------A-AGA--TCTGACA-AT-GACCAATTG---G-----G--GGTA--ATGTTTTTTTTTAT-TTAAAC-A--A----C-C-----TTTGC-GTT-AGTCA----A-TCAGATTT-AAG-GTT-ATCAT-AT-----CG--A-AAAC-G---TT----GATGCGATT---GATATAATGCAATTGGAACATGCCAGCATCCTATGACCTAAAACT--GAAAATGT----------TTA-TGGAC--GTG--ATG-GTGGCGT-G--ATCAT-TTATTAAGCTATTAAGTGTTACATGTA------T----TTAT--TTATACTACGATGTTGGAGCCACTTA---CA---CGTTGCTGTGTTTA-ATT--AAAAGATATAACGTTTGTG-TCAATGAA-CTTT-TG-TTTT-CA-TT-GCAAT-T--CGAAAGTA------G-T-AATAAT--TG-T------GAT----T-GG-CCGTT---ATT-ATTGATTTTTATG---T-A--ATTCTTTTAGGT-----CATGTTTACGTCACA-GA---------TCTA----------------TTGGTTGTTGTCAGATCTCTCTGCACTA-----T----------ATGAGATATC--TGTATTTatttcaatc
gi|5 : gattgATA-GATCTC-T----CA-TATA-------GCG-CA------T-AGCGATCTGACA-AC-GATCAGTAG---A-----G--GGTC--ATGTTCTGTG--AA-GTAAAC-ATGA----A-C-----TCTGC-TTT-ACCCA----A-TCAGATTT-GAGATTT-ATCAT-AT-----CC--A-AGG--G---TTCAATGATG--ATGCTTG---CAATACAATCGGAACACGCCACCATCTTA-------AA-CTCCGAAAATAT----------CGA-TCTAA--ATG--A-AAGCGG-GTCG--ATCGA-TCATT--------------------TA------T----TTAG--TTATACTACGATGGTGGAGCCACTTA---CA---CCTCGTCGTGCT-------------------CATTTGTG-T------A-CTTT-CG-TTTT-CAATT-ACAGC-T--TGAAAGTA------A-C-AATTAT--TG-T------GAT----T-GG-CTATT---ATC-AATAACTTCAATG---C-A--ATTTTTTAAGGT-----CATGTTTATGTCGCA-GAATATGACCCTCTA----------------TTGGTTTTTGCCAGATCTCTCTGCGCTT-----TGCGCC-----ATGGGATATT--TGTATTTt
gi|6 : A-TATA-------GCG-CT------G-AGAGATCTGACA-A-----------------------GGCC--ATGTTCTGTG--AT-GTAAAC-ATAA----C-C-----TTTGA-TTT-ATCC--------TAGGTTT----------------------CC--AGAAA--G---TT----GATG--ATA-------TAATGCAATCAAAACACGCAAGCATTCTA-------AAACACCTAACATTT----------CGAATGTAATCATG--A----CGG-TGCG--ATAG-----TT--------------------TA------G----TTAT--TTATACTAAGATGTCTAAGCCACTTC---CA---CTTCGC----------------GG---GTAACATTTGCG-T------A-TTTT-CG-TTTT-CAATT-GCAGC-T--CGAAAGTACATGTAA-C-AATTAT--TG-T------GAT----T-GG-CTGTT---ATT-ATCAACTTTTATG---C-ACAAATGTTTTAGGC-----CGTGCTTACGTCACA-GATCATGACCCTATA----------------TTGTTCATTATCAGATCTCTATGCGCTA-----T----------AT---AGAT---TATATT
gi|7 : AG---A-----G--G-TC--TTGTTCTGTA--AT-GTAAAC-ATGA----C-C-----TTTGC-TTT-GGCCA----A-TCAGATTT-GAG-CTT-ATCAT-AT-----CC--A-AAAT-G---TA----GGTG--ATG-------TAATCCAACTGGAACAAGCCAGCATCCTA-------AAACTTTGAAAATAT----------TGAATGTAA--ATG--A-T-GTTG--TCGCAATCAAATCTTA--------------------TA------C----TTAT--GTATAATACAATGG-GGAGTAACTTAATACA---CATTGCCATGTTTA-ATTG-AAAG---ATAACAATTATG-T------A-CTTT-GA-TTTT-CAGCT-CTACG-A--CAAAAGTA------A-T-AATTAT--TG-T------GAT----T-GG-TT-TT---ATC-ATTAACTT----------------TTTTG----------------------C--GAAT-TGACCATCTA----------------TTGGTCAATGTCAGACCTCTCTGCACTA-----TA---C-----A--AGAGATCTGTGTATTT
gi|8 : ttaaAG---A-----G--GGTC--ATGTTCTGTG--AT-GTAAAC-ATGA----C-C-----TTTGC-TTT-AGCCA----A-TCA---------------TCAT-AT-----CT--AGAAA--G---TT----GATG--ATG-------TAATGCAATGGGAACACTCCAGTGTCCTA-------AAACTCCAAAAATAT----------TGA-TGTAA--ATG--A-T-GATG-GCAC--A-CG--TCATT--------------------TA------T----TTAG--TTATACTACAATGGTGGAGCCAC-TG---CA---CCTTGCTGTGTG---ATTTGAAAG---ACAACATTTGT
gi|9 : A-GATCTC-T----CA-TAT---------CATCA------G-AGAGATCTGACA-AT-GACCAATAG---ATTAGAG--AGTC--ATGTTCTGTG--AT-GTAAAC-ATGA----C-T-----TTTGC-TTT-AGCCA----A-TCAGATAT-CAG-CTT-TTCAT-GT-----CCAGA-AAA--A---TT----GAtgtttatttgagaaatctgtattttaatcagattgactgcatcaagcaaatgaa
1 sequences could not be aligned to this reference sequence:
Unaligned ( gi|24 ): TTGTATGGTTTCCTTACAGATGTAGGCTTGATAAATTCATGATG